A Transcript Finishing Initiative for Closing Gaps in the Human Transcriptome

  1. The Ludwig–FAPESP Transcript Finishing Initiative1,
  2. Mari Cleide Sogayar2, and
  3. Anamaria A. Camargo2

Abstract

We report the results of a transcript finishing initiative, undertaken for the purpose of identifying and characterizing novel human transcripts, in which RT-PCR was used to bridge gaps between paired EST clusters, mapped against the genomic sequence. Each pair of EST clusters selected for experimental validation was designated a transcript finishing unit (TFU). A total of 489 TFUs were selected for validation, and an overall efficiency of 43.1% was achieved. We generated a total of 59,975 bp of transcribed sequences organized into 432 exons, contributing to the definition of the structure of 211 human transcripts. The structure of several transcripts reported here was confirmed during the course of this project, through the generation of their corresponding full-length cDNA sequences. Nevertheless, for 21% of the validated TFUs, a full-length cDNA sequence is not yet available in public databases, and the structure of 69.2% of these TFUs was not correctly predicted by computer programs. The TF strategy provides a significant contribution to the definition of the complete catalog of human genes and transcripts, because it appears to be particularly useful for identification of low abundance transcripts expressed in a restricted set of tissues as well as for the delineation of gene boundaries and alternatively spliced isoforms.

Footnotes

  • [Supplemental material is available online at www.genome.org. The sequence data from this study have been submitted to GenBank under accession nos. CF272536–CF272733.]

  • ↵3 Ludwig Institute for Cancer Research, São Paulo, SP, 01509–010, Brazil

  • ↵32 Departamento de Biologia, Centro de Estudos do Genoma Humano, Instituto de Biociências, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508–900, Brazil

  • ↵4 Department of Epidemiology, School of Public Health, University of São Paulo, SP, 01246–904, Brazil

  • ↵5 Instituto de Química, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05513–970, Brazil

  • ↵6 Dep. de Eng. Química e de Informática, Bioinformática, Universidade de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, 14096–380, Brazil

  • ↵7 Centro de Terapia Celular, Hemocentro e Departamento de Clínica Médica, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, 14051–140, Brazil

  • ↵8 Laboratório de Biologia Computacional, Instituto Ludwig, São Paulo, SP, 01509–010, Brazil

  • ↵9 Laboratório de Genética e Cardiologia Molecular, Instituto do Coração, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05403–000, Brazil

  • ↵10 Bioinformatics Laboratory, Health Informatics Department, Federal University of São Paulo, São Paulo, SP, 04039–032, Brazil

  • ↵11 Departamento de Clínica Médica, Hemocentro, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP, 13083–970, Brazil

  • ↵12 Rheumatology Division, Federal University of São Paulo, São Paulo, SP, 04113–001, Brazil

  • ↵13 Departamento de Histologia e Embriologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508–900, Brazil

  • ↵14 Department of Microbiology, Immunology and Parasitology, Federal University of São Paulo, São Paulo, SP, 04023–062, Brazil

  • ↵15 Laboratory for Cellular and Molecular Endocrinology, School of Medicine, University of São Paulo, São Paulo, SP, 01246–903, Brazil

  • ↵16 Laboratório de Endocrinologia Molecular, Disciplina de Endocrinologia, Departamento de Medicina, Universidade Federal de São Paulo, São Paulo, 04039–002, Brazil

  • ↵17 Laboratório de Transferência Gênica, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508–900, Brazil

  • ↵18 Departamento de Biologia Celular e Molecular e Bioagentes Patogênicos, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, 14049–900, Brazil

  • ↵19 Laboratório de Biologia Molecular, Hemocentro, Faculdade de Medicina, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, SP, 18618–970, Brazil

  • ↵20 Departamento de Genética e Evolução, Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, SP, 13565–905, Brazil

  • ↵21 Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, 14040–903, Brazil

  • ↵22 Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, 14040–901, Brazil

  • ↵23 Depto. de Patologia, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05508–000, Brazil

  • ↵24 Departamento de Genética Médica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP, 13081–970, Brazil

  • ↵25 Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, 14040–900, Brazil

  • ↵26 Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05599–970, Brazil

  • ↵27 Departamento de Neurologia, Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 01246–903, Brazil

  • ↵28 Laboratório de Genoma Funcional, Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP, 13083–970, Brazil

  • ↵29 Departamento de Genética e Evolução, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP, 13084–971, Brazil

  • ↵30 Departamento de Radiologia, Disciplina de Oncologia, Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 01246–903, Brazil

  • ↵31 Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento, Universidade do Vale do Paraíba, São José dos Campos, SP, 12244–000, Brazil

  • ↵33 Molecular Gynecology Laboratory, Gynecology Department, Federal University of São Paulo, São Paulo, SP, 04039–001, Brazil

  • ↵34 Department of Biological Sciences, School of Pharmacy, São Paulo State University, Araraquara, SP, 14801–902, Brazil

  • ↵35 Disciplina de Genética, Faculdade de Odontologia, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, 14040–900, Brazil

  • ↵36 Departamento de Biofísica, Universidade Federal de São Paulo, São Paulo, SP, 04023–062, Brazil

  • ↵37 Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista, São Jose do Rio Preto, SP 15054–000, Brazil

  • ↵38 Departamento de Genética, Instituto de Biociências, Universidade Estadual Paulista, Botucatu, SP, 18618–000, Brazil

  • ↵39 Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, SP, 14049–900, Brazil

  • ↵40 Laboratório de Genética Molecular do Câncer, Departamento de Clínica Médica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP, 13083–970, Brazil

  • ↵41 Departamento de Patologia Clínica, Faculdade de Ciências Médicas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP, 13083–970, Brazil

  • ↵42 Setor de Vetores Virais, Laboratório de Cardiologia Molecular, Instituto do Coração, Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP, 05403–000, Brazil

  • Article and publication are at http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.2111304. Article published online before print in June 2004.

  • ↵1 A complete list of authors appears at the end of this manuscript.

  • ↵2 Corresponding authors. E-MAIL anamaria{at}compbio.ludwig.org.br; FAX 55-11-3207-7001. E-MAIL mcsoga{at}iq.usp.br; FAX 55-11-3091-3820.

    • Accepted March 12, 2004.
    • Received October 23, 2003.
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This Article

  1. Published in Advance June 14, 2004, doi: 10.1101/gr.2111304 Genome Res. 14: 1413-1423 Cold Spring Harbor Laboratory Press

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