Evolution of Eukaryotic Transcription: Insights From the Genome of Giardia lamblia

                                                                                        *                     *

M. jannaschii                                 MEPEIKIVNVV

V

STKIGDNIDLEEVAMI--LENAE--Y

E

PEQFPGL--VCRLSVPKV---ALLIFRSGKV

N

CTGAKSKEEAEIAIKKIIKELKDAG-ID-

A. fulgidus                                  MQDYKIKIENVVASTQIGENIDLNKISRE--IKDSE--Y

K

PKQFPGL--VLR

T

KEPKA---AAL

V

FRSGKVVCTGSKSVEDARRAVKQIVKMLKEIG-IS-

M. thermoautotrophicum                       MTDVDIKIENIVASATLGKSIDLQTVAEA--LENVD--

F

N

R

EQFPGL--VY

K

LKEPKT---AALIFGSGKLVCTGAKSIEDSKRAIKLTV

D

MMRTMD-PD-

P. woesei                                 MVDMSKVKLRIENIVASVDLFAQLDLEKVLDL--CPNS

K

--YNPE

E

FPG

I

--IC

H

LDDPKV---ALLIFSSGKLVVTGAKSVQDIERAVAKLA

Q

KLKSIG-VK-

S. solfataricus                                         

M

ATVTLEQSLDLYA

M

ERS--IPNIE--Y

D

PDQFPGL--IFRLEQPKV---TALIFKSGKMVVTGAKSTEELIKAVKRIIKTLKKYG-IK-

A. pernix                MAVVSEEISFVKEIDTGVEGLPKPEVKIENIVATVILENQLDLNLIETK--IQDVD--YNPDQFPGL--VYRLESPRV---T

V

LIFKSGKMVITGAKSINQLIH

V

VKKLLKAFADQG-IP-

A. thaliana                 MADQGTEGSQPVDLTKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQ--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIREPKT---TALIFASGKMVCTGAKSEHLSKLAARKYARIVQKLG-FP-

S. pombe              ...NEATNETADSGDAEVSKNEGVSGIVPTLQNIVATVNLDCRLDLKTIALH--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIREPKS---TALIFASGKMVV

L

GGKSEDDSKLASRKYARIIQKLG-FN-

S. cerevisiae         ...FQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRLDLKTVALH--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIREPKT---TALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIG-FA-

H. sapiens            ...---SPMTPMTPITPATPASESSGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALR--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIREPRT---TALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLG-FP-

D. melanogaster       ...NIHQTMGPSTPMTPATPGSADPGIVPQLQNIVSTVNLCCKLDLKKIALH--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIREPRT---TALIFSSGKMVCTGAKSEDDSRLAARKYARIIQKLG-FP-

T. thermophila        ...DQNKNKNNILSTIETMDKSISEDLYPKLQNIVSTVNLSTKLDLKQIALR--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRLRDPKT---TALIFASGKMVCTGAK

T

EEDSNRAARKYAKIIQKIG-FP-

D. discoideum             MSTATTTSTPAQNVDLSKHPSGIIPTLQNIVSTVN

M

ATEL

Y

LKAIALG--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIREPKT---TALIFKSGKMVCTGAKSEDASRFAARKYARIIQKLD-FP-

N. locustae           ...RMDAPDLSRELEIKGQDMYRKSDILPALQNVVATVNLNCKLDLKAIALR--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIRDPKT---TALIFASGKMVVTGAKSEQTSKLAAQKFSRIIHKLG-FN-

E. histolytica        ...NICHAVICQLQLSHKKVLIIQTITHPEIVNVVS

R

FQLGVKL

E

LRKIVQK--AINA

I

--YNPKRFAG

A

--IMRISSPKS---TALIFQ

T

GKIVCTGTRSIEESKIASKKYAKIIKKIG-YP-

G. theta nucleomorph  ...RTRGPSTEAQSSVVPFRAVRANEITPNIQNVVSTVSLGIQLDLKRIALK--ARNAE--YNPRRFAAV--IMRIRDPKT---TALIFSSGKMVVTGAKSEDSARVACKKYARIIQRLG-YG-

A. castellanii        ...PAQSTAASDDMDSDVDRTKHPSGIVPTLQNIVSTVNLGCKLDLKNIALH--ARNAE--YNPKRFAAV--IMRIREPKT---TALIFASGKMVCTGAKSEEASRLAARKYARIIQKLG-FA-

P. falciparum         ...TSEYDNNEKEKSDDLKNKLVHKNISLNIHNI

I

SSANLCIDI

N

LRLVAVS--IRNAE--YNPS

KINT

L--IIRLNKP

Q

C---TALIFK

N

G

R

I

M

LTGTR

T

KKDSIM

G

CKKIAKIIKIV

T

-KD-

G. lamblia                       MSSPGPSNIELAVQGLSVK

V

V

GYNCR

FSLGFN

V

D

M

RL

L

AAS--LL

T

AD--YNP-R

Y

P

T

V--

R

VRLTSP

Q

C---

CISVS

Y

H

G

H

C

T

I

F

GC

E

SVAQAATAAAVFLKLLNEI

EE

FV

G

primary amino acid                                  l NiVst  l   lDL  i   --  n e--YNP rFaav--i Ri  Pk ---taLIF SGK V TG kS      A     r     g-  -

secondary amino acid                                i  v as  i   i    v       d d      q pgl  v  l   r    al             r             k     d    

secondary amino acid                              i v  m    n       d  v                      v     tri      v                   v   l                 

primary amino acid                                f iQNiV S d      Le  a   -     --YEPE FPGL--iYR   pkv---V LiF SGK V TGAK       a   i   L             

M. jannaschii                               VIENPEIKIQNMVA

T

ADLGIEPNLDDIALM--VEGTE--YEPEQFPGL--VYRLDDPKV---VVLIFGSGKVVITG

L

KSEEDAKRALKKILDT

I

KEVQEL       

A. fulgidus                                 VIDEPE

V

KVQNIVASADLGVDLNL

N

AIAIGL

G

LENIE--YEPEQFPGL--VYRLDNPRV---VVLIFGSGKMVVTG

G

KSPEDARKAVERISEELRTLGLM       

M. thermoautotrophicum                      IPEEFEIKIQNIVASANLGKPLNLEAVALG--LENTE--YEPEQFPGL--VYRLDDPKV---VLL

L

FGSGKVVCTGAKSAEDAKL

G

VEK

T

KARLAELDLI       

P. woesei                                   FKRAPQIDVQNMVFSGDIGREFNLDVVALT--LPNCE--YEPEQFPG

V

--IYRVKEPK

S

---VIL

L

FSSGKIVC

S

GAKSEADAWEAVRKLLRELDKYGLLEEEEEEL

S. solfataricus                             IVGKPKIQIQNIVASANLHVNVNLDKAAFL--LENNM--YEPEQFPGL--I

F

RMDDPRV---VLLIFSSGKMVITGAKREDEVSKAVKRIFDKLAELDCVKPIE...

A. pernix                                   ISGKPQIQIQNIVASANLKVYIDLEKAALE--FENSL--YEPEQFPGL--IYRMDEPRV---VMLIFSSGKMVITGAKMENEVYDAVKK

V

ARKLKEADAIIGIAE  

A. thaliana                                 -AKFKDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAYSH-SAFSS--YEPELFPGL--IYRMKLPKI---VLLIFVSGKIVITGAKMREETYTAFENIYPVLREFRKVQQ     

S. pombe                                    -AKFTDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAYSH-GTFSS--YEPELFPGL--IYRMVKPKV---VLLIFVSGKIVLTGAKVREEIYQAFEAIYPVLSEFRKH       

S. cerevisiae                               -AKFTDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAFSH-GTFSS--YEPELFPGL--IYRMVKPKI---VLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM       

H. sapiens                                  -AKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTH-QQFSS--YEPELFPGL--IYRMIKPRI---VLLIFVSGKVVLTGAKVRAEIYEAFENIYPILKGFRKTT      

D. melanogaster                             -AKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTH-CNFSS--YEPELFPGL--IYRMVRPRI---VLLIFVSGKVVLTGAKVRQEIYDAFDKIFPILKKFKKQS      

T. thermophila                              -VQFKDFKIQNIVGSTDVKFPINLDHL

E

QDH-KKFVQ--YEPEIFPG

K

--IYREFNTKI---VLLIFVSGKIVLTGAKTRENINKAFQKIYWVLYNYQKKDYRG...

D. discoideum                               -ARFTDFKIQNIVGSCDVKFPIKLELL

H

NAH-TSFTN--YEPEIFPGL--IY

K

MIQPKV---

L

LLIFVSGKIVLTGAKVREYIYEAFENIYPVLSAFKKVNAITQ  

N. locustae                                 -TKFADFKIQNIVSSCDTQFSIRLEGLAFAH-SNFCS--YEPELFPGL--IYRMVKPKI---VLLIFVSGKIVLTGAKMRDEIYEAFDNIYPVLTQYKKI       

E. histolytica                              -IHYSNFNVQNIVGSCDVKFQIAL

R

TLVDSD-LAFCQ--YEPEVFPGL--VYRMASPKV---

T

LLVFS

T

GKVVLTGAKDEESLNLAYKNIYPILLANRKEDISNQ  

G. theta nucleomorph                        HAKFIDFRIQNIVASCDVRFPIRLESLAHAH-NQFCS--YEPELFPGL--IYRMITPKV---VLLIFVSGKLVLTGAKQRNDIFQAFSNIYSVLCLYKKT       

A. castellanii                              -AKFLDFKIQNIVGSCDVRFPIRLEGLAFAH-NHYCS--YEPELFPGL--IYRMVQPKI---VLLIFVSGKIVLTGAKVREEIYEAFENIYPVLTEYKKT       

P. falciparum                               KVKFCNFKI

E

NI

I

ASANCNIPIRLEVLAHDH-KEYCN--YEPELF

A

GL--VYRYKPT

SNLKS

VILIFVSGKI

I

ITG

C

KSVNKLYTVFQDIYNVLIQYKN        

G. lamblia                                  LARPSP

L

TV

VS

I

T

C

L

TDLGHGIRLDAAAAAT

I

SVFSS

AM

Y

Q

PEI

M

P

S

L

QV

V

FK

IAE

RN

I---

C

C

S

VFA

D

G

Q

V

T

I

V

GA

R

NIFDARDVITKLYEGLFDYFIT       

                                                                                        *                     *