Effects of Worldwide Population Subdivision on ALDH2 Linkage Disequilibrium

Table 2.

Estimated Frequency of Unique ALDH2 Haplotypes (×1000) and Jackknife SE in 17 Worldwide Populations

Populations 2N Haplotypes
H1 H2 H3 H4 H6 H8 H9
Biaka 102 667 98 225 0 10 0 0
(52) (32) (40) (0) (10) (0) (0)
AFRICA 102 667 98 225 0 10 0 0
(48) (29) (41) (0) (10) (0) (0)
Cambodian 48 542 137 176 145 0 0 0
(114) (92) (81) (48) (0) (0) (0)
Chinese 94 415 106 170 298 0 11 0
(49) (37) (39) (47) (0) (11) (0)
Japanese 98 449 163 102 276 0 0 0
(51) (36) (28) (46) (0) (0) (10)
S. Korean 80 550 163 175 112 0 0 0
(60) (46) (40) (36) (0) (0) (0)
Taiwanese 86 384 116 233 256 0 0 0
(52) (35) (46) (47) (0) (0) (0)
Black Thai 100 570 140 230 60 0 0 0
(51) (35) (46) (23) (0) (0) (0)
ASIA 506 481 136 179 198 0 2 2
(22) (15) (17) (18) (0) (2) (2)
Ceph 64 16 766 218 0 0 0 0
(16) (54) (49) (0) (0) (0) (0)
Finn 82 12 793 195 0 0 0 0
(13) (47) (47) (0) (0) (0) (0)
Swede 90 11 844 145 0 0 0 0
(11) (34) (36) (0) (0) (0) (0)
EUROPE 236 13 805 182 0 0 0 0
(7) (26) (25) (0) (0) (0) (0)
Cheyenne 102 265 647 88 0 0 0 0
(49) (53) (28) (0) (0) (0) (0)
Mayan 100 380 510 110 0 0 0 0
(52) (55) (32) (0) (0) (0) (0)
Navajo 92 109 815 76 0 0 0 0
(34) (39) (27) (0) (0) (0) (0)
Pima 90 211 556 233 0 0 0 0
(43) (53) (44) (0) (0) (0) (0)
N. AMERICA 384 245 555 200 0 0 0 0
(22) (25) (17) (0) (0) (0) (0)
Karitiana 98 235 571 194 0 0 0 0
(37) (47) (40) (0) (0) (0) (0)
R Surui 88 45 943 11 0 0 0 0
(23) (23) (12) (0) (0) (0) (0)
Ticuna 98 224 541 235 0 0 0 0
(34) (44) (41) (0) (0) (0) (0)
S. AMERICA 284 173 676 151 0 0 0 0
(22) (28) (21) (0) (0) (0) (0)
WORLD 1512 302 446 183 66 1 1 1
(12) (13) (9) (6) (1) (1) (1)
  • With 1 as the reference allele, the haplotype configurations are H1: 111111; H2: 211111; H3: 122121; H4: 111212; H6: 111121; H8: 111211; and H9: 111112.

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  1. Genome Res. 9: 844-852

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