Candidate Regulatory Sequence Elements for Cell Cycle-Dependent Transcription in Saccharomyces cerevisiae

Table 5.

Summary

A. Hexamers
Phase Hexamer Aligns with MCB at positions Contains pentamer Clustered
4/6 5/6
Early
 G1 *C C C C G C / G C G G G G
C C C C G C
A C G C G G / C C G C G T Y Y Y
Late
 G1 *A C G C G T / A C G C G T Y Y Y Y
*A C G C G T Y Y Y Y
*A A C G C G / C G C G T T Y Y Y Y
*A A C G C G Y Y Y Y
*C G C G T T Y Y Y Y
*C G C G T C / G A C G C G Y Y Y Y
*G A C G C G Y Y Y Y
*C G C G T C Y Y Y
*A C G C G A / T C G C G T Y Y Y Y
*A C G C G A Y Y Y Y
T C G C G T Y Y Y
*C G C G T A / T A C G C G Y Y Y Y
*C G C G A A / T T C G C G Y Y Y
C G C G A A Y Y
*C G A C G C / G C G T C G Y Y
S C C G T G C / G C A C G G
A G T C A G / C T G A C T
G2 *G A G T C A / T G A C T C
Early
 G1, M C C C T T T Y
B. Pentamers
Phase Pentamer Aligns with MCB at 4/5 positions Contained within hexamer Clustered
Early
 G1 A T A T A / T A T A T Y
A T A T A Y
G G C C A / T G G C C Y
C C G C G / C G C G G Y Y
*C C C T T Y
T A T A A Y
Late
 G1 *A C G C G / C G C G T Y Y Y
*A C G C G Y Y Y
*C G C G T Y Y Y
*C G C G A / T C G C G Y Y Y
*C G C G A Y Y Y
*T C G C G Y Y
*G A C G C / G C G T C Y Y
*G A C G C Y Y
*G C G T C Y Y
*A A C G C / G C G T T Y Y Y
*G C G T T Y Y Y
*A A C G C Y Y Y
*G C G A A / T T C G C Y Y
G C G T A / T A C G C Y Y
C G A A A / T T T C G
*A T A A A Y
*A A T A A Y
T A A C A
T A A T A Y
S G C C A C / G T G G C
*A A C A A Y
G T T G G
A A A C A Y
M *A A C C C / G G G T T
G2,
 Late G1 *C A G C C / G G C T G Y
Many G C C G C / G C G G C
*A C A A A
  • Summary of the data presented in Tables 1 T2 T3 T4. (*) Hexamers and pentamers with P ≤ 0.05 from Table 1 or 2.

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  1. Genome Res. 9: 775-792

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