Functional Proteomics Mapping of a Human Signaling Pathway

Table 1.

Baits Used for Two-Hybrid Screening


Protein name

Accession number

Bait fragments (amino acids)
Primary screens
    Smad1 NM 005900 v1 (1-465); v2 (1-268); v3 (242-465)
    Smad2 NM 005901 v1 (1-467); v2 (1-271); v4 (403-467)
    Smad3 NM 005902 v1 (1-425); v2 (1-145); v3 (200-425); v4 (1-229)
    Smad4 NM 005359 v1 (1-552); v2 (1-318); v3 (251-552)
    Smad5 U59913 v1 (1-268)
    Smad7 NM 005904 v1 (251-426)
    Smad8 NM 005905 v1 (1-430); v2 (1-233); v3 (209-430)
    SARA AF104304 v5 (665-1323)
    Smurf2 AF301463 v1 (1-335)
    SnoN X15219 v1 (1-684); v2 (1-370); v3 (290-684)
    SNIP1 AK022615 v1 (1-396); v2 (1-198)
Rebound screens
    LAPTm5 NM 006762 v1 (1-262); v2 (219-262)
    PTPN12 NM 002835 v1 (69-457); v2 (100-336)
    PPP1CA NM 002708 v1 (11-330); v2 (1-324)
    HIPK3 NM 005734 v1 (667-1152); v2 (643-929)
    p621 NM 018179 v1 (1-709)
    PKD2 XM 028271 v1 (487-643)
    HYPA AF049528 v1 (1-452)
    LMO4 NM 006769 v1 (1-165)
    RNF11 NM 014372 v1 (232-154); v2 (1-154)
    KIAA1196 XM 028968 v1 (486-774); v2 (644-833)
    FLJ20037 NM 017633 v1 (1-447); v2 (27-252)
    ZNF8
XM 034263
v1 (245-436)
  • Twenty-three different proteins were used as bait fragments. The GenBank accession number of each protein is given. These proteins were divided into several fragments (v1, v2, v3, v4) to generate 44 different bait clones. The amino acid positions of each fragment are given in parentheses.

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  1. Genome Res. 14: 1324-1332

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