Retroelement Distributions in the Human Genome: Variations Associated With Age and Proximity to Genes

Table 2.

Significance (P-Values) of Distributional Differences Between Divergence Cohorts

Alu L1
0-1: 1-5: 5-10: 10-15: 15-20: 20-25: 0.5: 5-10: 10-15: 15-20: 20-25: 25-30: 30-35:
1-5 5-10 10-15 15-20 20-25 25-30 5-10 10-15 15-20 20-25 25-30 30-35 35-40
<34 0.20 0.10 0.50 0.36 0.038 0.49 0.26 0.18 0.34 0.30 0.48 0.43
34-36 0.002 2.5E-06 0.43 7.9E-05 1.6E-07 0.07 0.06 0.002 2.0E-07 0.08 0.021 0.007 0.006
36-38 0.001 1.8E-04 0.25 1.3E-04 5.9E-07 0.31 0.004 0.27 0.031 0.002 0.001 0.016 0.47
38-40 4.4E-04 2.1E-04 0.002 9.2E-05 0.003 0.39 0.41 0.006 1.5E-04 9.2E-05 2.7E-05 0.13 0.020
40-42 0.007 0.17 0.013 0.002 0.006 0.24 0.029 0.010 8.0E-05 0.005 0.011 0.28 0.001
42-44 0.06 4.2E-05 0.009 0.46 0.001 0.14 0.37 0.36 0.003 0.042 0.18 0.12 0.05
44-46 4.1E-04 4.0E-05 0.025 0.002 1.4E-05 0.016 0.08 0.002 0.043 0.023 0.001 0.032 0.019
46-48 2.3E-04 6.1E-05 0.29 4.9E-04 9.1E-07 0.023 6.2E-05 0.005 0.002 0.09 0.003 0.25
48-50 4.0E-04 0.022 2.9E-04 3.5E-05 0.020 3.9E-05 0.010 0.021 0.009 3.9E-05 0.048
50-52 4.1E-04 0.040 1.2E-04 1.4E-06 0.10 0.001 0.001 0.008 0.017 0.013 0.001
52-54 6.8E-05 4.0E-04 7.7E-05 4.2E-06 0.002 0.002 0.001 0.001 3.9E-04
>54 0.017 3.2E-07 3.1E-07 0.001 2.6E-04 6.4E-06 1.4E-05 1.1E-04 1.8E-06 0.001
MIR L2 MLT MST MER4
30-35: 30-35: 35-40: 15-20: 20-25: 25-30: 10-15: 15-20: 10-15: 15-20: 20-25:
35-40 35-40 40+ 20-25 25-30 30-35 15-20 20-25 15-20 20-25 25-30
<34 0.23 0.24 0.11 0.45 0.22 0.16 0.30 0.12 0.36 0.22
34-36 5.7E-05 3.8E-06 0.05 7.6E-05 0.12 0.001 1.5E-05 0.10 1.5E-04 0.029 0.10
36-38 9.2E-05 0.001 0.20 0.010 0.020 8.9E-05 3.7E-04 0.24 0.005 0.30 0.08
38-40 0.50 0.026 0.48 0.001 0.34 0.006 0.015 0.13 0.35 0.27 0.07
40-42 0.001 0.019 0.07 3.6E-04 0.23 0.014 1.2E-04 0.024 0.012 0.31 0.044
42-44 0.001 3.2E-05 8.4E-06 0.08 1.7E-04 0.001 0.14 2.8E-04 0.45 0.004
44-46 0.001 2.3E-04 9.1E-05 0.16 0.001 0.001 0.014 0.010 0.023 0.06
46-48 0.036 0.001 0.043 0.023 0.002 0.001 0.026 0.016 0.11 0.38
48-50 0.029 3.4E-04 0.25 0.039 0.004 0.031 0.38 0.21 0.17 0.29
50-52 0.06 1.6E-04 0.045 0.46 1.1E-04 0.011 0.40 0.38
52-54 0.43 0.009 0.032 0.30 0.019 0.14 0.45 0.23
>54 0.016 0.029 6.9E-05 0.22 0.004 0.16 0.15 0.002 0.014
Class III Class I Class II
15-20: 20-25: 25-30: 5-10: 10-15: 15-20: 20-25: 5-10: 10-15:
20-25 25-30 30-35 10-15 15-20 20-25 25-30 10-15 15-20
<34 0.33 0.48 0.26 0.12 0.29 0.09 0.33
34-36 0.005 0.029 0.003 0.022 0.05 0.001 0.06 0.30 0.30
36-38 0.21 0.08 4.1E-05 0.020 0.18 0.041 0.06 0.050 0.028
38-40 0.008 0.13 0.39 0.07 0.038 0.39 0.13 0.32 0.20
40-42 0.016 0.16 0.026 0.13 0.07 0.010 0.29 0.21 0.07
42-44 0.023 0.020 2.8E-04 0.035 0.21 0.011 0.28 0.46 0.08
44-46 0.036 0.08 0.001 0.48 0.06 0.030 0.25 0.001 0.18
46-48 0.10 0.36 1.4E-06 0.38 0.006 0.003 0.18 0.001
48-50 0.06 0.21 0.011 0.004 0.08 0.031
50-52 0.033 0.24 0.30 0.031 0.15
52-54 0.041 0.19 0.05
>54 0.003 0.001

  • Shaded regions are significant (P < 0.05).

  • ↵Divergence cohorts compared.

  • ↵GC content (%).

This Article

  1. Genome Res. 12: 1483-1495

Preprint Server



Current Issue

  1. January 2026, 36 (1)
  1. Current Issue
  1. Alert me to new issues of Genome Research