Retroelement Distributions in the Human Genome: Variations Associated With Age and Proximity to Genes

Table 1.

Significance (P Values) of Retroelement Locations With Respect to Genes

Sense vs. Antisense
Alu L1 MIR L2 MLT MST MER4 Class III Class I Class II
ina 0.001 4.9E-05 0.34 0.005 2.9E-05 9.7E-05 9.2E-06 3.6E-04 1.6E-04 3.7E-04
0-5 dnstb 0.051 0.041 0.042 0.007 9.1E-06 0.069 3.9E-05 0.011 0.02 0.44
5-10 dnst 0.48 0.22 0.17 0.32 0.03 0.034 0.054 0.13 0.44 0.037
10-20 dnst 0.014 0.19 0.43 0.32 0.24 0.26 0.2 0.35 0.012 0.18
20-30 dnst 0.002 0.034 0.29 0.37 0.37 0.092 0.089 0.26 0.14 0.078
>30 dnst 0.019 0.003 0.4 0.39 0.35 0.29 0.3 0.21 0.41 0.2
>30 upstc 0.035 0.047 0.41 0.24 0.057 0.29 0.21 0.14 0.38 0.34
20-30 upst 0.25 0.16 0.23 0.45 0.037 0.27 0.018 0.14 0.13 0.17
10-20 upst 0.42 0.053 0.067 0.054 0.008 0.012 0.11 0.28 0.25 0.23
5-10 upst 0.043 0.17 0.066 0.23 0.014 0.042 0.15 0.25 0.23 0.35
0-5 upst 6.0E-05 0.001 0.29 0.024 0.015 0.009 0.096 0.03 0.15 0.15
in 0.001 4.9E-05 0.34 0.005 2.9E-05 9.7E-05 9.2E-06 3.6E-04 1.6E-04 3.7E-04
Antisense vs. >30 kb from genes
Alu L1 MIR L2 MLT MST MER4 Class III Class I Class II
in 8.9E-06 0.015 0.13 0.007 0.003 1.2E-04 0.001 6.9E-05 4.3E-05 0.02
0-5 dnst 9.9E-07 2.3E-06 0.006 0.1 1.3E-04 1.0E-04 0.005 0.012 0.015 0.27
5-10 dnst 7.1E-07 0.45 0.009 0.29 0.006 0.018 0.08 0.12 0.42 1.8E-04
10-20 dnst 4.9E-07 0.058 0.003 0.49 0.026 0.097 0.07 0.002 0.005 0.006
20-30 dnst 1.1E-06 0.002 0.074 0.5 0.011 0.03 0.032 0.18 0.41 0.005
20-30 upst 4.2E-07 0.38 0.2 0.27 0.06 0.007 0.033 0.01 0.013 0.17
10-20 upst 1.5E-07 0.38 0.011 0.012 0.045 0.064 0.061 0.054 0.46 0.014
5-10 upst 2.1E-07 0.004 0.083 0.001 0.38 0.004 0.022 0.029 0.028 0.022
0-5 upst 3.0E-07 3.0E-06 0.34 7.7E-05 2.4E-05 4.8E-04 0.033 1.2E-06 0.06 0.016
in 8.9E-06 0.015 0.13 0.007 0.003 1.2E-04 0.001 6.9E-05 4.3E-05 0.02
Sense vs. >30 kb from genes
Alu L1 MIR L2 MLT MST MER4 Class III Class I Class II
in 1.7E-04 8.6E-07 0.069 0.14 4.4E-07 2.2E-06 1.3E-07 1.6E-07 1.5E-07 1.3E-05
0-5 dnst 1.0E-06 6.9E-06 9.3E-05 0.002 2.5E-06 2.3E-05 1.0E-05 1.9E-04 2.0E-06 0.3
5-10 dnst 9.0E-07 0.45 0.003 0.12 0.003 0.001 0.39 0.003 0.48 0.055
10-20 dnst 2.9E-06 0.007 0.003 0.39 0.15 0.019 0.034 0.02 0.18 0.005
20-30 dnst 3.9E-06 0.096 0.011 0.24 0.28 0.22 0.03 0.068 0.078 0.002
20-30 upst 1.8E-07 0.4 0.36 0.24 0.012 0.002 0.44 0.002 0.073 0.4
10-20 upst 1.4E-07 0.053 0.066 0.24 0.015 0.003 0.23 0.002 0.04 0.041
5-10 upst 4.7E-07 0.02 0.41 0.012 0.026 4.6E-04 0.14 0.045 0.33 0.002
0-5 upst 6.8E-07 6.8E-07 0.13 0.012 2.1E-05 1.3E-06 0.017 8.3E-06 0.48 0.043
in 1.7E-04 8.6E-07 0.069 0.14 4.4E-07 2.2E-06 1.3E-07 1.6E-07 1.5E-07 1.3E-05

  • Shaded regions are significant (P < 0.05).aWithin a gene. bdnst: kb downstream of the nearest gene. cupst: kb upstream of the nearest gene.

This Article

  1. Genome Res. 12: 1483-1495

Preprint Server



Current Issue

  1. January 2026, 36 (1)
  1. Current Issue
  1. Alert me to new issues of Genome Research