A Comparative Genomics Approach to Prediction of New Members of Regulons

Table 6.

Escherichia coli TUs Predicted to Belong to the CRP Regulon

Operon Site sequence Position Score
Category I
adhE AAATTTGATTTGGATCACGTAA −241 18.71
aer AATTGCGATCTAAATCAAATTA −104 17.51
atpIBEFHAGDC ATATGTGATCTGAAGCACGCTT −251 17.30
b1458 AATTGTGATGTAAATCACGATT −100 20.51
b1498-b1497 ATAAGTGACATCCATCACATAT −265 19.07
b1520 GAATGTGATCGTAATCACGTTT −4 17.16
b1904 TTATGTGATACAAATCACATAA −184 22.99
TAATATGACAACCATCACAAAA −214 15.20
b1963-yedJ AAATGTGACTTTTATCACATAA 25 21.90
TGGTGTGATCAGGCGCACATTA −269 15.12
b2146-yeiA ATTTGTGAATCTTTTCACAGTT −113 17.61
b2343 AAGTGTGATTTCGGTCACTTAT −100 19.13
AATTTTGTTTTAGATCATTTTT −122 10.09
b2595-b2596-yfiA TTATGAGATTTTCATCACACAT −82 17.84
b2736-b2737 TTATGTGAATCAGATCACCATA −91 18.83
cdd TAATGAGATTCAGATCACATAT −79 21.29
ATTTGCGATGCGTCGCGCATTT −129 10.13
deaD TACTTTGAGCCGGTTCACACTT −48 17.36
TTTTTTGATTGCCATCACCTTA −105 13.58
fadL ATAAGTGACCGAAATCACACTT −264 19.13
AAAAATGATCTAAAACAAAATT −242 10.09
fixAB ATAAGTGACCGAAATCACACTT −300 20.42
ATTGGTGAGGAACTTAACAATA −123 10.97
ATTGGTGATCCATAAAACAATA −180 10.88
flhDC TTGTGTGATCTGCATCACGCAT −271 19.67
folA AAGAGTGACGTAAATCACACTT −190 19.46
galP TGATGTGATTTGCTTCACATCT −83 18.25
gapA AATCGTGATGAAAATCACATTT −227 19.67
CACTTTAATCGTGCTCACATTA −330 10.39
gcd AATTGTGATGACGATCACACAT −80 20.46
glpABC AAATGTGAATTGCCGCACACAT −166 17.25
gntKU1U2 AAATTTGAAGTAGCTCACACTT −171 19.84
hpt ATGTGTGATCGTCATCACAATT −136 20.46
idnDO TGACGTGATCTTCATCACAAAT −81 17.10
idnK ATTTGTGATGAAGATCACGTCA −158 17.10
kdgT TTTTGTGATCAATTTCAAAATA −172 17.07
TGATGTGGTTTTGATCACTTTT −112 13.87
mtlADR AAATGTGACACTACTCACATTT −280 21.14
TTATGTGATTGATATCACACAA −163 21.01
TTTTGTGATGAACGTCACGTCA −207 15.55
TCTTGTGATTCAGATCACAAAG −324 11.91
TAACATGCTGTAGATCACATCA −367 11.80
mutH ATTCGTGACCCAGGTCACACCT −378 17.49
serC-aroA TTGTGTGATGCAAGCCACATTT −156 18.52
CATTGCGATGTGTGTCACTGAA −114 10.29
tsr ATATGTGATTCATATCACATAT −169 23.71
yagA AAATTTAAGCTGGATCACATAT −177 18.19
yagEF ATATGTGATCCAGCTTAAATTT −119 18.19
ycdZ AAGTGTGATCTACGTCACTCAT −56 19.86
AAATGTGTGCTCGATCTCATTC −5 13.87
ycfQ AGATGTGATCTGGATCACATAC −97 20.54
ycfR GTATGTGATCCAGATCACATCT −88 20.54
ychE TTACGTGATCCAAATCAAATTT −258 18.71
yciCB TAATGTGATTTAAATCAATTTT −212 18.20
yciD AAAATTGATTTAAATCACATTA −167 18.20
ydaJ-b1337-ydaH-ogt CTACGTGAACCGGGTCACACTT −19 17.07
ydaK AAGTGTGACCCGGTTCACGTAG −154 17.07
ydeA AAACGCGATCCAGATCACAAAT −95 18.17
yeaA-b1777 AAATGTGATTTTCATCACGATT −137 19.67
yeaF AATTGTGACCAAACTCAAACTT −4 17.32
ygbI TATGGTGATCTGATTCACATAA −97 18.83
ygcW CACTGTGATTACGATCACATTA −68 17.12
TTGTGTGAGAGTAATCACGCTT −125 15.17
Operon Site sequence Position Score
Category I
ygdP-pstP AGGTGTGACCTGGGTCACGAAT −329 17.49
ygiG TAATTTGATTTAGATCGCAATT −225 17.51
yhcN TTTTGTGATATGGGTCACGAAA −10 18.70
yhcRQP AAAAGTGATTTAGATCACATAA −98 21.67
yhcS TTATGTGATCTAAATCACTTTT −38 21.67
yibIH TTGTGTGATATCAATCACATAA −396 21.01
AAATGTGAGTAGTGTCACATTT −279 21.14
TGACGTGACGTTCATCACAAAA −352 15.55
CTTTGTGATCTGAATCACAAGA −235 11.91
TGATGTGATCTACAGCATGTTA −192 11.80
yjcB AATTGTGATATAGTTCACAAAA −80 22.28
yjcC TTTTGTGAACTATATCACAATT −303 22.28
yjhIHG AAGTGTGTACAAGATCACATTT −115 18.78
yjiY ATATGTGATATGAATCACATAT −216 23.71
yjjIW TAATGCGATCTGGTTCAAATAA −130 17.11
CACTTCGATACACATCACAATT −183 11.87
yohI AAACGTGCTACCGATCACATTA −192 17.07
yohJK TAATGTGATCGGTAGCACGTTT −69 17.07
yqcD AATTGTGGGTTGTATCACAATA −299 17.33
yqcE-ygcE TAATGTGATCGTAATCACAGTG −198 17.11
AAGCGTGATTACTCTCACACAA −141 15.17
ysgA AAAAGTGATGCAAATCACATAA −176 20.62
TTTCGTGATACTCATCACCATG −228 11.04
Category IIA
aphA TTTTGCAACAAATCTCACAATA −58 11.41
AAATATGCGCAAGATCACACAG −5 11.01
artPIQMJ AATCGTGATGCCCGTAACATTC −397 12.39
b2463 ATGAGTGCGTTAATTCACACTT −257 13.22
citCDEF CTATGTGAAATAAATCAAAATT −96 16.51
cspD TAGCGTTAACTGCTTCAAATTT −180 12.32
ATCAGCGACATCTGTCACATTC −209 10.39
fdhD AAATGTGACAAATATCACAGGT −72 13.26
folE-yeiB TTATGTGCGCCGCCTCACGCAC −101 11.20
fucAO TTATGTGACTACCATCACTTTA −361 16.91
TTAGTTGAACCAGGTCACAAAA −144 15.59
TAGTGTGAAAGGAACAACATTA −54 12.46
mglBAC ATCTGTGAGTGATTTCACAGTA −270 16.65
ndh AAACTTGATTAACATCAATTTT −155 11.17
nrdD TACTTTGAGCTACATCAAAAAA −253 14.52
oppABCDF AAAAGAGAATTGCTTAACAATT −338 11.12
pckA GAATGCGATTCCACTCACAATA −241 14.03
ribA TTAGGTGAACCCCTTCTCGTTA −67 11.55
rpsF-priB-rpsR-rplI AAGTGTGATGAACTTCAAATCA −199 15.68
sdaC ATTTGAGATCAAGATCACTGAT −180 14.46
sfsA-dksA TGCGGTGACGGAGTTCACCCTT −105 10.25
sodA GTGGGTGATTTGCTTCACATCT −162 13.65
spr TTTTGTGCGTTAGTCCACAGAT −131 11.55
ung ATCTTTGATTTAAATCAATAAA −202 11.25
uxuR AAATTTGATTAACCGCACCTAA −36 10.83
xylAB TTTTGCGAGCGAGCGCACACTT −134 12.26
ATTTATGACCGAGATCTTACTT −224 10.68
xylFGHR AAGTGTGCGCTCGCTCGCAAAA −254 12.26
AAGTAAGATCTCGGTCATAAAT −164 10.68
yfiD TTTATTGATTTAAATCAAAGAT −125 11.25
yhdG-fis AAGTGCGAGCAAGCTCACAAAA −298 15.84
AATTGAGAACTTACTCAAATTT −213 14.58
yiaJ GATCGTGAACTACGGCACACTT −47 13.32
yiaKL AAGTGTGCCGTAGTTCACGATC −176 13.32
yiaMNO-lyxK-sgbHUE AATTGTGGTTAAAGTCGCATTA −155 13.48
yidKJ AATTCCGCTGGAGATCACATTT −259 10.70
yqfB TAAGGTGAGTTTTTTCACTATC −62 10.42

  • Listed are predictions from categories I and IIA.

This Article

  1. Genome Res. 11: 566-584

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