Ecologic Genomics of DNA: Upstream Bending in Prokaryotic Promoters

Table 1.

Average DNA Curvature Genomic Values

Genome Size (bp) % AT Average curvature (n.u.) Noncoding vs. coding vs. shuffled noncoding
window = 50 bp window = 100 bp window = 150 bp
Escherichia coli 4639221 49 0.141 0.119 0.129 0.104 0.084 0.092 0.087 0.068 0.075
Mycobacterium tuberculosis 4411529 34 0.099 0.089 0.096 0.071 0.063 0.068 0.059 0.052 0.056
Bacillussp. 4214814 56 0.153 0.132 0.135 0.111 0.093 0.094 0.092 0.076 0.077
SynechocystisPCC6803 3573470 52 0.154 0.137 0.129 0.112 0.098 0.091 0.093 0.080 0.074
Haemophilus influenzae 1830138 62 0.170 0.145 0.143 0.124 0.102 0.101 0.104 0.083 0.082
Helicobacter pylori 1667867 61 0.178 0.160 0.147 0.133 0.115 0.104 0.113 0.094 0.084
Chlamydia pneumonia 1230230 59 0.151 0.135 0.140 0.109 0.096 0.099 0.089 0.079 0.081
Chlamydia trachomatis 1042519 59 0.153 0.135 0.134 0.109 0.096 0.096 0.090 0.079 0.077
Mycoplasma pneumoniae 816394 60 0.156 0.140 0.137 0.109 0.097 0.095 0.089 0.079 0.076
Mycoplasma genitalium 580074 68 0.161 0.151 0.143 0.113 0.107 0.100 0.088 0.088 0.081
Borrelia burgdorferi 910724 71 0.166 0.160 0.149 0.123 0.114 0.103 0.104 0.094 0.083
Rickettsia prowazekii 1111523 71 0.158 0.154 0.151 0.114 0.109 0.107 0.095 0.089 0.089
Treponema pallidum 1138011 47 0.118 0.117 0.107 0.080 0.083 0.080 0.065 0.068 0.065
Hyperthermophiles
 Aquifex aeolicus 1551335 57 0.140 0.136 0.133 0.100 0.097 0.093 0.081 0.080 0.076
 Thermotoga maritima 1860725 54 0.136 0.126 0.131 0.095 0.090 0.093 0.076 0.073 0.076
Archaea
 Aeropyrum pernix 1669695 44 0.109 0.100 0.109 0.077 0.071 0.077 0.062 0.058 0.064
 Pyrococcus horikoshii 1738505 58 0.137 0.130 0.133 0.097 0.092 0.095 0.080 0.076 0.077
 Pyrococcus abyssi 1765118 55 0.138 0.123 0.131 0.098 0.087 0.092 0.082 0.071 0.074
 Archaeoglobus fulgidus 2178400 51 0.143 0.128 0.131 0.101 0.092 0.091 0.083 0.075 0.073
 Methanobacterium   thermoautotrophicum 1751377 50 0.130 0.111 0.135 0.091 0.079 0.096 0.074 0.065 0.078
 Methanococcus jannaschii 1664970 69 0.159 0.152 0.145 0.113 0.108 0.102 0.092 0.088 0.082

  • ↵The largest values are shown in boldface type.

This Article

  1. Genome Res. 10: 1185-1193

Preprint Server



Current Issue

  1. February 2026, 36 (2)
  1. Current Issue
  1. Alert me to new issues of Genome Research