Table 3.

Haplotypes inferred at each region and the fraction of chromosomes carrying each haplotype

Frequency
Region
Haplotype
AK
BM
GR
LB
PK
1 GGTICAC 0.09 — 0.78 0.33 0.20
AGTICAC — 0.83 0.10 0.25 0.08
GGCDTTT 0.12 — 0.10 — 0.58
GCTICAC 0.38 0.18 0.03 0.20 —
GCCDTTT 0.41 — — — —
2 GCTCTTC — 0.08 0.30 0.53 0.60
GGTCTTT 0.12 — 0.60 0.23 0.10
ACATCCT — 0.78 — — —
ATATCCT 0.68 — — — 0.15
ACTCTTC — 0.03 0.10 0.08 0.05
3 CATITC 0.65 0.28 0.73 0.50 0.80
GGCDGT 0.24 0.73 0.28 0.28 0.20
4 CCTTATC 0.47 0.38 0.20 0.13 0.55
CCCGTCT 0.09 0.15 0.05 0.38 0.30
AACGTCT — 0.13 0.65 0.40 —
CCCGACT 0.26 — — — 0.15
AATTATC — 0.35 — — —
5 CADCAATAG 0.09 0.45 0.15 0.28 0.60
CAITATCCA 0.35 0.05 0.40 0.25 —
GGITATCCA 0.03 0.43 0.23 0.30 —
GGITCTCCA 0.38 — — — 0.30
CAITCTCCA 0.09 0.03 0.23 0.03 0.10
6 TCGIGCTT — 0.55 — — 0.55
CTADATTT — 0.33 0.40 0.28 —
CCGIGCTT 0.62 — — — —
CTADATCC 0.12 — 0.10 0.30 —
CTAIGCTT 0.06 — 0.05 — 0.30
CTAIGCTC — — 0.30 — 0.08
TCGDATCC — — 0.05 0.28 —
CCGIGCCC 0.18 0.10 — — —
7 GCAAGATTA — 0.50 0.35 0.15 —
GCGGGGCCG 0.56 — — — 0.25
AGAGCACTA — 0.33 0.23 — —
GCAGGGCCG 0.06 — 0.10 0.28 —
AGAGCACCG — — — 0.03 0.35
GCGGGACTA — — — — 0.28
AGGGCACCG — 0.10 0.03 0.10 0.03
8 GIGA 0.59 — 0.40 0.75 0.70
GDAG 0.32 0.65 0.13 — 0.08
AIGA — — 0.20 0.08 0.23
AIGG — 0.33 — — —
9 CCAATGG 0.53 0.33 0.30 0.28 0.55
TATGCTC — 0.20 0.45 0.43 0.33
TCTGCGC 0.18 — 0.10 0.05 0.05
TATGCGC — 0.23 — 0.10 —
CCTGCGC — 0.23 0.03 — 0.05
CATGCGC 0.18 — 0.05 0.08 —
10 ADTT 0.32 0.18 0.18 0.28 0.88
ADTG 0.18 0.38 0.38 0.30 —
GIAT 0.06 0.28 0.25 0.20 0.05
GDAT
0.12
0.13
0.15
0.20
0.08

[i] Haplotypes that are observed on <5% of all chromosomes are not shown. Alleles for insertion/deletion polymorphisms are: (I) inserted; (D) deleted sequence. Note that the second marker in region 2 is a triallelic SNP. Haplotypes were inferred for these 10 regions since they contain at least four SNPs of ≥0.2 MAF in all breeds, and the SNPs span a distance of at least 9 kb. (AK) Akita; (BM) Bernese Mountain Dog; (GR) Golden Retriever; (LB) Labrador Retriever; (PK) Pekingese.