Table 1.

Comparisons of the estimates of heterozygosity and FST of the 10 ENCODE regions, and the corresponding estimates in the same 500-kb windows of the HapMap and Perlegen data sets, with (asterisk) and without correction for ascertainment bias

Region
H-enc
H-hapmap
H-hapmap*
H-perl
H-perl*
FST-enc
FST-hapmap
FST-hapmap*
FST-perl
FST-perl*
2p16 0.243 0.305 0.199 0.282 0.202 0.076 0.080 0.073 0.079 0.068
2q37 0.259 0.319 0.217 0.280 0.188 0.112 0.122 0.105 0.091 0.073
4q26 0.213 0.334 0.178 0.326 0.255 0.126 0.146 0.119 0.069 0.056
7p15 0.193 0.305 0.196 0.277 0.199 0.103 0.126 0.115 0.095 0.079
7q21 0.170 0.262 0.144 0.253 0.168 0.089 0.110 0.081 0.086 0.068
7q31 0.177 0.297 0.194 0.262 0.207 0.096 0.107 0.092 0.104 0.081
8q24 0.194 0.318 0.210 0.264 0.183 0.106 0.113 0.102 0.076 0.063
9q34 0.187 0.312 0.176 0.344 0.274 0.138 0.141 0.118 0.107 0.087
12q12 0.205 0.299 0.208 0.267 0.202 0.049 0.053 0.049 0.065 0.054
18q12
0.182
0.282
0.183
0.304
0.254
0.083
0.083
0.076
0.070
0.058