Table 6.

Escherichia coli TUs Predicted to Belong to the CRP Regulon

Operon Site sequence Position Score
Category I
adhE AAATTTGATTTGGATCACGTAA −24118.71
aer AATTGCGATCTAAATCAAATTA −10417.51
atpIBEFHAGDC ATATGTGATCTGAAGCACGCTT −25117.30
b1458 AATTGTGATGTAAATCACGATT −10020.51
b1498-b1497 ATAAGTGACATCCATCACATAT −26519.07
b1520 GAATGTGATCGTAATCACGTTT −417.16
b1904 TTATGTGATACAAATCACATAA −18422.99
TAATATGACAACCATCACAAAA −21415.20
b1963-yedJ AAATGTGACTTTTATCACATAA 2521.90
TGGTGTGATCAGGCGCACATTA −26915.12
b2146-yeiA ATTTGTGAATCTTTTCACAGTT −11317.61
b2343 AAGTGTGATTTCGGTCACTTAT −10019.13
AATTTTGTTTTAGATCATTTTT −12210.09
b2595-b2596-yfiA TTATGAGATTTTCATCACACAT −8217.84
b2736-b2737 TTATGTGAATCAGATCACCATA −9118.83
cdd TAATGAGATTCAGATCACATAT −7921.29
ATTTGCGATGCGTCGCGCATTT −12910.13
deaD TACTTTGAGCCGGTTCACACTT −4817.36
TTTTTTGATTGCCATCACCTTA −10513.58
fadL ATAAGTGACCGAAATCACACTT −26419.13
AAAAATGATCTAAAACAAAATT −24210.09
fixAB ATAAGTGACCGAAATCACACTT −30020.42
ATTGGTGAGGAACTTAACAATA −12310.97
ATTGGTGATCCATAAAACAATA −18010.88
flhDC TTGTGTGATCTGCATCACGCAT −27119.67
folA AAGAGTGACGTAAATCACACTT −19019.46
galP TGATGTGATTTGCTTCACATCT −8318.25
gapA AATCGTGATGAAAATCACATTT −22719.67
CACTTTAATCGTGCTCACATTA −33010.39
gcd AATTGTGATGACGATCACACAT −8020.46
glpABC AAATGTGAATTGCCGCACACAT −16617.25
gntKU1U2 AAATTTGAAGTAGCTCACACTT −17119.84
hpt ATGTGTGATCGTCATCACAATT −13620.46
idnDO TGACGTGATCTTCATCACAAAT −8117.10
idnK ATTTGTGATGAAGATCACGTCA −15817.10
kdgT TTTTGTGATCAATTTCAAAATA −17217.07
TGATGTGGTTTTGATCACTTTT −11213.87
mtlADR AAATGTGACACTACTCACATTT −28021.14
TTATGTGATTGATATCACACAA −16321.01
TTTTGTGATGAACGTCACGTCA −20715.55
TCTTGTGATTCAGATCACAAAG −32411.91
TAACATGCTGTAGATCACATCA −36711.80
mutH ATTCGTGACCCAGGTCACACCT −37817.49
serC-aroA TTGTGTGATGCAAGCCACATTT −15618.52
CATTGCGATGTGTGTCACTGAA −11410.29
tsr ATATGTGATTCATATCACATAT −16923.71
yagA AAATTTAAGCTGGATCACATAT −17718.19
yagEF ATATGTGATCCAGCTTAAATTT −11918.19
ycdZ AAGTGTGATCTACGTCACTCAT −5619.86
AAATGTGTGCTCGATCTCATTC −513.87
ycfQ AGATGTGATCTGGATCACATAC −9720.54
ycfR GTATGTGATCCAGATCACATCT −8820.54
ychE TTACGTGATCCAAATCAAATTT −25818.71
yciCB TAATGTGATTTAAATCAATTTT −21218.20
yciD AAAATTGATTTAAATCACATTA −16718.20
ydaJ-b1337-ydaH-ogt CTACGTGAACCGGGTCACACTT −1917.07
ydaK AAGTGTGACCCGGTTCACGTAG −15417.07
ydeA AAACGCGATCCAGATCACAAAT −9518.17
yeaA-b1777 AAATGTGATTTTCATCACGATT −13719.67
yeaF AATTGTGACCAAACTCAAACTT −417.32
ygbI TATGGTGATCTGATTCACATAA −9718.83
ygcW CACTGTGATTACGATCACATTA −6817.12
TTGTGTGAGAGTAATCACGCTT −12515.17
Operon Site sequence Position Score
Category I
ygdP-pstP AGGTGTGACCTGGGTCACGAAT −32917.49
ygiG TAATTTGATTTAGATCGCAATT −22517.51
yhcN TTTTGTGATATGGGTCACGAAA −1018.70
yhcRQP AAAAGTGATTTAGATCACATAA −9821.67
yhcS TTATGTGATCTAAATCACTTTT −3821.67
yibIH TTGTGTGATATCAATCACATAA −39621.01
AAATGTGAGTAGTGTCACATTT −27921.14
TGACGTGACGTTCATCACAAAA −35215.55
CTTTGTGATCTGAATCACAAGA −23511.91
TGATGTGATCTACAGCATGTTA −19211.80
yjcB AATTGTGATATAGTTCACAAAA −8022.28
yjcC TTTTGTGAACTATATCACAATT −30322.28
yjhIHG AAGTGTGTACAAGATCACATTT −11518.78
yjiY ATATGTGATATGAATCACATAT −21623.71
yjjIW TAATGCGATCTGGTTCAAATAA −13017.11
CACTTCGATACACATCACAATT −18311.87
yohI AAACGTGCTACCGATCACATTA −19217.07
yohJK TAATGTGATCGGTAGCACGTTT −6917.07
yqcD AATTGTGGGTTGTATCACAATA −29917.33
yqcE-ygcE TAATGTGATCGTAATCACAGTG −19817.11
AAGCGTGATTACTCTCACACAA −14115.17
ysgA AAAAGTGATGCAAATCACATAA −17620.62
TTTCGTGATACTCATCACCATG −22811.04
Category IIA
aphA TTTTGCAACAAATCTCACAATA −5811.41
AAATATGCGCAAGATCACACAG −511.01
artPIQMJ AATCGTGATGCCCGTAACATTC −39712.39
b2463 ATGAGTGCGTTAATTCACACTT −25713.22
citCDEF CTATGTGAAATAAATCAAAATT −9616.51
cspD TAGCGTTAACTGCTTCAAATTT −18012.32
ATCAGCGACATCTGTCACATTC −20910.39
fdhD AAATGTGACAAATATCACAGGT −7213.26
folE-yeiB TTATGTGCGCCGCCTCACGCAC −10111.20
fucAO TTATGTGACTACCATCACTTTA −36116.91
TTAGTTGAACCAGGTCACAAAA −14415.59
TAGTGTGAAAGGAACAACATTA −5412.46
mglBAC ATCTGTGAGTGATTTCACAGTA −27016.65
ndh AAACTTGATTAACATCAATTTT −15511.17
nrdD TACTTTGAGCTACATCAAAAAA −25314.52
oppABCDF AAAAGAGAATTGCTTAACAATT −33811.12
pckA GAATGCGATTCCACTCACAATA −24114.03
ribA TTAGGTGAACCCCTTCTCGTTA −6711.55
rpsF-priB-rpsR-rplI AAGTGTGATGAACTTCAAATCA −19915.68
sdaC ATTTGAGATCAAGATCACTGAT −18014.46
sfsA-dksA TGCGGTGACGGAGTTCACCCTT −10510.25
sodA GTGGGTGATTTGCTTCACATCT −16213.65
spr TTTTGTGCGTTAGTCCACAGAT −13111.55
ung ATCTTTGATTTAAATCAATAAA −20211.25
uxuR AAATTTGATTAACCGCACCTAA −3610.83
xylAB TTTTGCGAGCGAGCGCACACTT −13412.26
ATTTATGACCGAGATCTTACTT −22410.68
xylFGHR AAGTGTGCGCTCGCTCGCAAAA −25412.26
AAGTAAGATCTCGGTCATAAAT −16410.68
yfiD TTTATTGATTTAAATCAAAGAT −12511.25
yhdG-fis AAGTGCGAGCAAGCTCACAAAA −29815.84
AATTGAGAACTTACTCAAATTT −21314.58
yiaJ GATCGTGAACTACGGCACACTT −4713.32
yiaKL AAGTGTGCCGTAGTTCACGATC −17613.32
yiaMNO-lyxK-sgbHUE AATTGTGGTTAAAGTCGCATTA −15513.48
yidKJ AATTCCGCTGGAGATCACATTT −25910.70
yqfB TAAGGTGAGTTTTTTCACTATC −6210.42

[i] Listed are predictions from categories I and IIA.