Markup | Genome Research

Table 2.

Significance (P-Values) of Distributional Differences Between Divergence Cohorts

	Alu		L1
	0-1:	1-5:	5-10:	10-15:	15-20:	20-25:	0.5:	5-10:	10-15:	15-20:	20-25:	25-30:	30-35:
	1-5[ii]	5-10	10-15	15-20	20-25	25-30	5-10	10-15	15-20	20-25	25-30	30-35	35-40
<34[iii]	0.20	0.10	0.50	0.36	0.038		0.49	0.26	0.18	0.34	0.30	0.48	0.43
34-36	0.002	2.5E-06	0.43	7.9E-05	1.6E-07	0.07	0.06	0.002	2.0E-07	0.08	0.021	0.007	0.006
36-38	0.001	1.8E-04	0.25	1.3E-04	5.9E-07	0.31	0.004	0.27	0.031	0.002	0.001	0.016	0.47
38-40	4.4E-04	2.1E-04	0.002	9.2E-05	0.003	0.39	0.41	0.006	1.5E-04	9.2E-05	2.7E-05	0.13	0.020
40-42	0.007	0.17	0.013	0.002	0.006	0.24	0.029	0.010	8.0E-05	0.005	0.011	0.28	0.001
42-44	0.06	4.2E-05	0.009	0.46	0.001	0.14	0.37	0.36	0.003	0.042	0.18	0.12	0.05
44-46	4.1E-04	4.0E-05	0.025	0.002	1.4E-05	0.016	0.08	0.002	0.043	0.023	0.001	0.032	0.019
46-48	2.3E-04	6.1E-05	0.29	4.9E-04	9.1E-07		0.023	6.2E-05	0.005	0.002	0.09	0.003	0.25
48-50		4.0E-04	0.022	2.9E-04	3.5E-05		0.020	3.9E-05	0.010	0.021	0.009	3.9E-05	0.048
50-52		4.1E-04	0.040	1.2E-04	1.4E-06		0.10	0.001	0.001	0.008	0.017	0.013	0.001
52-54		6.8E-05	4.0E-04	7.7E-05	4.2E-06			0.002	0.002	0.001	0.001	3.9E-04
>54		0.017	3.2E-07	3.1E-07	0.001			2.6E-04	6.4E-06	1.4E-05	1.1E-04	1.8E-06	0.001
	MIR	L2		MLT		MST		MER4
	30-35:	30-35:	35-40:	15-20:	20-25:	25-30:	10-15:	15-20:	10-15:	15-20:	20-25:
	35-40	35-40	40+	20-25	25-30	30-35	15-20	20-25	15-20	20-25	25-30
<34	0.23	0.24		0.11	0.45	0.22	0.16	0.30	0.12	0.36	0.22
34-36	5.7E-05	3.8E-06	0.05	7.6E-05	0.12	0.001	1.5E-05	0.10	1.5E-04	0.029	0.10
36-38	9.2E-05	0.001	0.20	0.010	0.020	8.9E-05	3.7E-04	0.24	0.005	0.30	0.08
38-40	0.50	0.026	0.48	0.001	0.34	0.006	0.015	0.13	0.35	0.27	0.07
40-42	0.001	0.019	0.07	3.6E-04	0.23	0.014	1.2E-04	0.024	0.012	0.31	0.044
42-44	0.001	3.2E-05		8.4E-06	0.08	1.7E-04	0.001	0.14	2.8E-04	0.45	0.004
44-46	0.001	2.3E-04		9.1E-05	0.16	0.001	0.001	0.014	0.010	0.023	0.06
46-48	0.036	0.001		0.043	0.023	0.002	0.001	0.026	0.016	0.11	0.38
48-50	0.029	3.4E-04		0.25	0.039	0.004	0.031	0.38	0.21	0.17	0.29
50-52	0.06	1.6E-04		0.045	0.46	1.1E-04	0.011		0.40	0.38
52-54	0.43	0.009		0.032	0.30	0.019	0.14		0.45	0.23
>54	0.016	0.029		6.9E-05	0.22	0.004	0.16		0.15	0.002	0.014
	Class III		Class I		Class II
	15-20:	20-25:	25-30:	5-10:	10-15:	15-20:	20-25:	5-10:	10-15:
	20-25	25-30	30-35	10-15	15-20	20-25	25-30	10-15	15-20
<34	0.33	0.48	0.26	0.12	0.29	0.09	0.33
34-36	0.005	0.029	0.003	0.022	0.05	0.001	0.06	0.30	0.30
36-38	0.21	0.08	4.1E-05	0.020	0.18	0.041	0.06	0.050	0.028
38-40	0.008	0.13	0.39	0.07	0.038	0.39	0.13	0.32	0.20
40-42	0.016	0.16	0.026	0.13	0.07	0.010	0.29	0.21	0.07
42-44	0.023	0.020	2.8E-04	0.035	0.21	0.011	0.28	0.46	0.08
44-46	0.036	0.08	0.001	0.48	0.06	0.030	0.25	0.001	0.18
46-48	0.10	0.36	1.4E-06	0.38	0.006	0.003		0.18	0.001
48-50	0.06	0.21	0.011	0.004	0.08	0.031
50-52	0.033	0.24		0.30	0.031	0.15
52-54	0.041	0.19			0.05
>54	0.003	0.001

[i] Shaded regions are significant (P < 0.05).

[ii] Divergence cohorts compared.

[iii] GC content (%).