Markup | Genome Research

Table 1.

Significance (P Values) of Retroelement Locations With Respect to Genes

Sense vs. Antisense
	Alu	L1	MIR	L2	MLT	MST	MER4	Class III	Class I	Class II
in^a	0.001	4.9E-05	0.34	0.005	2.9E-05	9.7E-05	9.2E-06	3.6E-04	1.6E-04	3.7E-04
0-5 dnst^b	0.051	0.041	0.042	0.007	9.1E-06	0.069	3.9E-05	0.011	0.02	0.44
5-10 dnst	0.48	0.22	0.17	0.32	0.03	0.034	0.054	0.13	0.44	0.037
10-20 dnst	0.014	0.19	0.43	0.32	0.24	0.26	0.2	0.35	0.012	0.18
20-30 dnst	0.002	0.034	0.29	0.37	0.37	0.092	0.089	0.26	0.14	0.078
>30 dnst	0.019	0.003	0.4	0.39	0.35	0.29	0.3	0.21	0.41	0.2
>30 upst^c	0.035	0.047	0.41	0.24	0.057	0.29	0.21	0.14	0.38	0.34
20-30 upst	0.25	0.16	0.23	0.45	0.037	0.27	0.018	0.14	0.13	0.17
10-20 upst	0.42	0.053	0.067	0.054	0.008	0.012	0.11	0.28	0.25	0.23
5-10 upst	0.043	0.17	0.066	0.23	0.014	0.042	0.15	0.25	0.23	0.35
0-5 upst	6.0E-05	0.001	0.29	0.024	0.015	0.009	0.096	0.03	0.15	0.15
in	0.001	4.9E-05	0.34	0.005	2.9E-05	9.7E-05	9.2E-06	3.6E-04	1.6E-04	3.7E-04
Antisense vs. >30 kb from genes
	Alu	L1	MIR	L2	MLT	MST	MER4	Class III	Class I	Class II
in	8.9E-06	0.015	0.13	0.007	0.003	1.2E-04	0.001	6.9E-05	4.3E-05	0.02
0-5 dnst	9.9E-07	2.3E-06	0.006	0.1	1.3E-04	1.0E-04	0.005	0.012	0.015	0.27
5-10 dnst	7.1E-07	0.45	0.009	0.29	0.006	0.018	0.08	0.12	0.42	1.8E-04
10-20 dnst	4.9E-07	0.058	0.003	0.49	0.026	0.097	0.07	0.002	0.005	0.006
20-30 dnst	1.1E-06	0.002	0.074	0.5	0.011	0.03	0.032	0.18	0.41	0.005
20-30 upst	4.2E-07	0.38	0.2	0.27	0.06	0.007	0.033	0.01	0.013	0.17
10-20 upst	1.5E-07	0.38	0.011	0.012	0.045	0.064	0.061	0.054	0.46	0.014
5-10 upst	2.1E-07	0.004	0.083	0.001	0.38	0.004	0.022	0.029	0.028	0.022
0-5 upst	3.0E-07	3.0E-06	0.34	7.7E-05	2.4E-05	4.8E-04	0.033	1.2E-06	0.06	0.016
in	8.9E-06	0.015	0.13	0.007	0.003	1.2E-04	0.001	6.9E-05	4.3E-05	0.02
Sense vs. >30 kb from genes
	Alu	L1	MIR	L2	MLT	MST	MER4	Class III	Class I	Class II
in	1.7E-04	8.6E-07	0.069	0.14	4.4E-07	2.2E-06	1.3E-07	1.6E-07	1.5E-07	1.3E-05
0-5 dnst	1.0E-06	6.9E-06	9.3E-05	0.002	2.5E-06	2.3E-05	1.0E-05	1.9E-04	2.0E-06	0.3
5-10 dnst	9.0E-07	0.45	0.003	0.12	0.003	0.001	0.39	0.003	0.48	0.055
10-20 dnst	2.9E-06	0.007	0.003	0.39	0.15	0.019	0.034	0.02	0.18	0.005
20-30 dnst	3.9E-06	0.096	0.011	0.24	0.28	0.22	0.03	0.068	0.078	0.002
20-30 upst	1.8E-07	0.4	0.36	0.24	0.012	0.002	0.44	0.002	0.073	0.4
10-20 upst	1.4E-07	0.053	0.066	0.24	0.015	0.003	0.23	0.002	0.04	0.041
5-10 upst	4.7E-07	0.02	0.41	0.012	0.026	4.6E-04	0.14	0.045	0.33	0.002
0-5 upst	6.8E-07	6.8E-07	0.13	0.012	2.1E-05	1.3E-06	0.017	8.3E-06	0.48	0.043
in	1.7E-04	8.6E-07	0.069	0.14	4.4E-07	2.2E-06	1.3E-07	1.6E-07	1.5E-07	1.3E-05

[i] Shaded regions are significant (P < 0.05).^aWithin a gene. ^bdnst: kb downstream of the nearest gene. ^cupst: kb upstream of the nearest gene.