Markup | Genome Research

Table 1.

Allele Sizes Obtained with the Primers on a Selected Panel of Strains

Locus[i]		Dye		AT[ii]		cM to next[iii]		DBA/2		BALB/c		PWB		AKR		C57BL/6	A/J	JF1	C3H	129/J	SJL/J	C57BL/10	Δ[iv]
Locus[i]		Dye		AT[ii]		CCY	MIT	DBA/2		BALB/c		PWB		AKR		C57BL/6	A/J	JF1	C3H	129/J	SJL/J	C57BL/10	Δ[iv]
D1Mit211	FAM	55	10.7	13.1	142	146	130	146	134	142	150	142	142	134	134
D1Mit234^*	TET	49	9.1	7.7	143	145	173	145	145^*	143	173	143	143	143	145	−2
D1Mit303	FAM	55	8.3	10.9	118	128	106	118	142	118	134	118	118	118	128
D1Mit332	TET	55	6.6	5.5	122	118	104	110	122	118	98	118	110	122	122	0
D1Mit216	HEX	55	9.9	10.9	124	120	98	118	118	120	94	120	116	120	118	5
D1Mit136	TET	55	10.4	13.1	106	110	84	104	104	110	104	110	106	106	104	−2
D1Mit446^*	HEX	54	11.6	8.8	128	164	136	136	168	136	160	136	132	132	168
D1Mit424^*	TET	55	14.2	12	140	136	144	126	126	138	144	132	132	126	126	1
D1Mit206	TET	55	—	—	115	119	117	115	127^*	117	123	109^*	119	119	121	−1
D2Mit117^*	TET	55	15.8	13.1	174	174	174	172	166	174	174	170	172	174	174
D2Mit417	FAM	55	1.1	1.1	123	121	125	123	121	123^*	141	121	121	121	121	5
D2Mit365	TET	57	5.4	5.4	102	102	82	102	98	102	92	102	104	102	104	4
D2Mit372^*	HEX	55	13.1	13.1	113	121	121	113^*	117	113	121	113	113	121	117	6
D2Mit380	HEX	55	19.6	11	121	121	159	133	119	133	149	121	119	121	119	−1
D2Mit206^*	FAM	55	1.2	9.8	148	148	144	148	142	148	134	134	116	116	142
D2Mit525	HEX	55	10.9	10.9	181^*	127	177	129	121	125^*	105	129	129	129	127	2
D2Mit493^*	HEX	55	32.9	19.7	97	127	97	111	111	97	97	129	127	127	111
D2Mit148^*	HEX	55	—	—	120	130	144	132	116	132	142	120	130	132	116	1
D3Mit130^*	FAM	55	18.1	12	124	124	136	138	126	124	124	124	130	138	126
D3Mit307^*	FAM	55	11.7	8.7	104	96	102	104	104	96	84	96	104	108	104	5
D3Mit278	TET	55	16	12.1	106	88^*	96	106	110	102	94	106	88	106	110	6
D3Mit77	TET	55	20.6	12	147	151	127	151	151	165	157	169	151	151	151
D3Mit258^*	FAM	55	8.2	8.7	220	192	192	192	220	220	192	220	192	192	220
D3Mit44^*	HEX	55	5	5.5	143	129	125	135	141	129	127	129	129	129	141
D3Mit87	FAM	55	—	—	131	135	129	129	131	135	143	135	129	131	131
D4Mit211^*	FAM	57	29.2	19.7	132	138	138	138	132	138	132	132	138	138	132
D4Mit178^*	TET	59	9	8.7	168^*	170	190	166	144^*	170	176	164	170	180	144	6
D4Mit166^*	FAM	55	15.5	20.8	196	182	208	194	196	182	208	182	172	194	194	3
D4Mit203	HEX	55	11	10.9	113	113	101	113	103	111	103	113	101	115	101
D4Mit310	HEX	55	—	—	120	126	132	116	116	126	116	116	124	128	116	1
D5Mit346^*	HEX	53	17	14.2	177	141	113	121	121	177	113	177	141	147	121
D5Mit388^*	FAM	55	36	23	199	191	199^*	187	195	183	203	187	183	187	195	−3
D5Mit10	TET	55	7	8.7	206	190	194	204	198	190	184	196	198	196	198
D5Mit25	FAM	55	8	13.1	246	230	230	236	236	244^*	232	232	230	230	236	2
D5Mit138	TET	55	11	7.7	120	142	124	120	148	142	136	120	142	142	148
D5Mit31^*	TET	57	—	—	218	238	220	222	222	242	234	218	222	246	222
D6Mit139^*	FAM	49	24	9.8	114	118	112	114	114	118	110	118	118	118	114	1
D6Mit183^*	TET	57	6	8.8	94	156	170	94	102	156	190	94	94	96	102
D6Mit188^*	FAM	55	8	9.8	151	143	137	143	125	151	135	151	145	145	125
D6Mit102^*	HEX	55	5	9.8	171	135	149	141	145	135	125	125	177	147	145
D6Mit105^*	FAM	55	16.8	9.9	219	223	219	225	235	225	219	225	225	211	235
D6Mit52^*	TET	55	11.7	12	138	138^*	140	138	142	134^*	144	138	138	122	140	4
D6Mit289	TET	55	1.3	0	140	140	140	140	136	142	150	140	136	142	136	−2
D6Mit14^*	HEX	55	—	—	147	155	147	147	157	155	147	147	155	147	157
D7Mit227^*	FAM	55	10.5	10.9	104	98	76	80	88	98	104	98	98	98	88	4
D7Mit145^*	TET	57	17.5	7.7	148	144	136	144	202	144	134	148	148	146	202
D7Mit31^*	TET	55	9	10.9	222	236	238	238	244	234	186	226	220	234	246
D7Mit238	FAM	55	12.2	11	125	111	131	147	147	111	125	125	125	147	147
D7Mit71^*	TET	55	3.8	10.9	115	105^*	121	113	115	109	95	111	115	109	115	3
D7Mit46^*	FAM	55	—	—	181	195^*	181	181	181	181^*	187	181	181	181	181	−3
D8Mit4	FAM	55	14	17.5	188	192	152	188	156	192	156	156	156	192	156
D8Mit46^*	TET	55	19	17.5	222	196	268	222	222	196	244	196	222	222	222
D8Mit242	HEX	55	0	0	191	183	177	185	165^*	185	195	191	183	191	191	5
D8Mit184^*	FAM	55	6	8.7	137	123	115	137	135	137	137	137	123	137	137
D8Mit112^*	TET	55	14	13.2	120	124	132	120	118	120^*	126	124^*	126	112	118	4
D8Mit121	FAM	55	—	—	254	224^*	228	256	254	222^*	224	256	244	254	254	4
D9Mit89^*	FAM	55	35	34.9	139	139	127	139	139	139	143	139	139	149	139
D9Mit269^*	TET	55	12	12.1	156	138	182	156	164^*	138	190	138	138	136	162	0
D9Mit12	TET	55	10	9.8	90	86	94	90	98	86	92	86	98	94	98
D9Mit311^*	TET	55	—	—	138	120	114	138	138	120	126	120	104	138	138	4
D10Mit183^*	FAM	55	0	0	134	136	156	134	134	136	156	134	156	136	134
D10Mit86^*	TET	55	12	8.8	153	147	145	147	153	147	147	147	137	147	153	3
D10Mit36	FAM	55	2.2	9.8	147	137	129	145	145	145	129	145	137	145	145	1
D10Mit38^*	TET	55	9.2	0	145	149	149	149	149	149	173	149	169	149	149
D10Mit31	TET	55	4	3.3	154	154	138	156	148	154	148	154	154	154	148
D10Mit198	FAM	55	4	7.6	140	140	144	132^*	132^*	140	148	140	140	140	140	26
D10Mit42	FAM	55	3	1.1	199	195	193	199^*	185	195	193	199^*	191	195	185	−1
D10Mit132	TET	58	12	15.3	147	145	155	145	145	145	155	147^*	145	145	147	−2
D10Mit134^*	TET	55	3	5.5	115	115	89	87	95	115	109	87	87	111	95
D10Mit266^*	TET	55	8	12	95	87	73	95	95	87	73	95	89	89	95	5
D10Mit271^*	HEX	55	—	—	114	110	114	102	114	110	116	100^*	114	100	114	−6
D11Mit2^*	FAM	55	19	16.4	109	99	125	125	107	99	131	125	109	111	107
D11Mit271	HEX	55	10	10.9	121	115	117	123	121	115	115	115	115	123	119
D11Mit242	TET	55	16.67	12	120	114	96	116	114	128	108	126	114	96	114
D11Mit36	TET	55	7.33	14.2	213	229	289	227	239	235	293	235	235	213	229
D11Mit263^*	FAM	55	11	12	152	148	152	160	144	160	160	160	160	148	150
D11Mit224^*	TET	55	8	7.7	160	164	178	144^*	146^*	160	186	160	160	146	146	−14
D11Mit214^*	HEX	55	—	—	148	148	164	148	148	134	164	134	148	150	148	1
D12Mit12	FAM	55	10	7.6	154	170^*	160	154	144	170^*	150	162	154	154	154	2
D12Mit221^*	FAM	55	13	9.9	106	82	106	100	102	82	82	82	100	100	102
D12Mit201	TET	55	5	5.4	216	202	236	216	216	202	232	202	226	208	216
D12Mit4	FAM	55	11	12	200	188^*	212	178	198	200	216	200	178	178	200	4
D12Mit259^*	FAM	55	7	6.6	107	121	119	121	121	107	107	107	107	121	121	−1
D12Mit167	TET	55	6	9.8	150	140	140	146	146	140	146	140	146	140	146
D12Mit263^*	HEX	55	—	—	124	118	128	122	108	132	104	124	124	108	108
D13Mit14	FAM	55	20	12	147	147^*	143^*	147	143	143	155	143	143	143	147	1
D13Mit64^*	FAM	55	7	8.7	105	113	107	105	105	113	127	119	113	113	105	−3
D13Mit67	TET	55	10	8.8	168	170	134	166	160	170	160	146	154	160	150
D13Mit202^*	FAM	55	15	10.9	134	140	142	114	136	128	140	134	136	134	136	−5
D13Mit53^*	HEX	55	—	—	148	156	140	156	148	142^*	142	156	148	148	144	4
D14Mit109^*	FAM	55	13.5	21.8	118	90	116	114	114	114	118	118	118	90	114
D14Mit257^*	TET	50	12	12.1	104	106	106	106	92^*	106	112	106	106	98	92	−6
D14Mit158^*	TET	55	11.5	9.8	115	117	123	117	139	117	147	115	135	117	139
D14Mit160	HEX	55	5	5.5	138	156	158	150	136	158	154	156	140	136	136
D14Mit92^*	HEX	55	13	14.2	88	122	114	128	88	122	88	122	88	88	122^*	6
D14Mit97^*	HEX	55	—	—	132	132	122	132	130	130	132	132	128	124	124
D15Mit252^*	FAM	55	—	7.7	128	114	140	120	120	114	120	114^*	114	114	120	4
D15Mit85^*	FAM	55	—	9.8	201	197	187	193	197	179	205	201	203	197	197
D15Mit270^*	TET	55	42	11	192	180	200	190	200	190	176	180	200	200	200
D15Mit105	TET	55	12.5	14.2	108	126	128	122	120	126	106	128^*	120	120	120	5
D15Mit171^*	HEX	51	2.3	8.7	118^*	138	84	138	130^*	140	136	140	136	140	130	−8
D15Mit14^*	HEX	55	—	—	189	193	187	189	189	183^*	223	183^*	219	189	189	1
D16Mit55^*	TET	55	13.5	14.2	104	104	128	104	104	104	130	104	106	132	106
D16Mit146^*	HEX	55	26.1	16.4	155	155	155	155	155	155	147	153	165	155	155
D16Mit76	HEX	55	12.2	6.5	101	101	97	87	81	101	89	101	81	105	81
D16Mit189^*	FAM	55	—	—	242	242	260	248	270^*	242	232	242	270	242	248	−4
D17Mit133	FAM	55	12.8	10.9	168	158	186	158	184	172	142	158	158	158	184
D17Mit50	FAM	59	6.2	10.9	119	113	139	113	125	119	133	113	113	135	135
D17Mit180^*	FAM	55	11.2	9.9	138^*	138	132	138^*	136	138	136	138	140	140	136	−6
D17Mit185^*	TET	55	6.8	6.5	186	182	186	182	186	182	180	180	170	186	184
D17Mit72^*	HEX	55	9.3	8.8	188	196	194	184	190	200	192	188	188	188	192
D17Mit123^*	TET	55	—	—	154	140	162	154	134	140	162	154	154	150	134
D18Mit60^*	FAM	55	9	6.6	215	191	199	199	207	215	203	191	199	199	207
D18Mit55^*	FAM	55	12	8.7	149	163	153	167^*	157	149	159	163	163	149	157	3
D18Mit40^*	FAM	55	—	—	140	130	158	140	140	130	140	130	134	140	140	2
D19Mit56^*	FAM	59	10	13.1	123^*	113	125	123^*	121	113	131	113	123	123	123	−5
D19Mit111^*	TET	57	9	8.7	125	117	99	125^*	119	117	99	123	117	117	119	−7
D19Mit63^*	TET	55	10	0	141	141	151	147	147	141	151	141	141	147	147	5
D19Mit88^*	TET	55	13	11	139	133	123	133	139	133	119	139	131	133	139	−5
D19Mit10^*	HEX	55	8	22.9	186	188	228	126	150	188	228	144	184	140	150
D19Mit6^*	FAM	55	—	—	112	118	116	118	108	112	108	112	112	108	108	0
DXMit54	FAM	57	5.55	9.8	193	193	189	193	193	193	193	193	193	193	193
DXMit81	TET	55	6.75	6.6	197	197	181	199	197	197	183	199	197	197	197
DXMit192^*	FAM	55	1.5	3.3	120	116	106	116	118	116	128	118	116	116	118	−6
DXMit74^*	TET	55	26.5	7.6	125	131	123	125	125	131	123	131	125	131	125	−18
DXMit170^*	TET	55	3	10.9	108	116	94	108	110	116	108	116	116	110	110	0
DXMit172^*	HEX	55	18	9.9	147	129	137	147	147	129	129	129	147	147	147
DXMit80	HEX	57	—	—	142	146	142	142	142	146	152	142	142	142	138	−1

[i] (*) The primers have been redesigned for these locus names.

[ii] Annealing temperature used.

[iii] cM distance from the current marker to the next. From 1998 Chromosome Committee reports (http://www.jax.org; D15Mit270has no assigned position) and from http://www-genome.wi.mit.edu.

[iv] Systematic difference in base pairs between the allele sizes determined here and those determined by Dietrich et al (http://www-genome.wi.mit.edu) for the seven strains common to the two studies. Allele sizes not matching this pattern are marked with an asterisk. If there are more than two disagreeing sizes, no Δ is given.