Table 3.

Performance of Ab Initio Programs on Burset/Guigo (1996) Data Set on Adding Similarity Information

Nucleotide level
Exon level
Program
No. genes
SEN
SPE
AC
CC
CR
PC
OL
ME
WE
ESEN
ESPE
EAVG
GENSCAN 8 0.93 0.91 0.92 0.90 2156 264 26 203 188 0.78 0.79 0.79
GENSCAN+BLASTX 0 0.98 0.91 0.94 0.93 2299 230 28 100 305 0.84 0.80 0.82
GENSCAN+BLASTX+BLASTN 0 0.98 0.93 0.94 0.94 2301 222 22 112 250 0.84 0.82 0.83
HMMgene 38 0.87 0.88 0.91 0.86 2092 239 21 308 139 0.76 0.77 0.77
HMMgene+BLASTX 2 0.95 0.95 0.94 0.94 2256 248 21 135 144 0.83 0.83 0.83
HMMgene+BLASTX+BLASTN 2 0.95 0.96 0.95 0.94 2252 234 17 154 97 0.83 0.84 0.84
EUI 20 0.90 0.92 0.93 0.90 2214 176 12 250 98 0.80 0.84 0.82
EUI+BLASTX 0 0.96 0.96 0.95 0.95 2297 213 14 129 106 0.84 0.86 0.85
EUI+BLASTX+BLASTN 0 0.96 0.97 0.95 0.95 2294 205 12 142 79 0.84 0.87 0.85
EUI-FRAME 27 0.88 0.92 0.92 0.88 2188 167 11 286 87 0.79 0.84 0.81
EUI-FRAME+BLASTX 1 0.96 0.96 0.95 0.95 2286 214 13 140 95 0.84 0.86 0.85
EUI-FRAME+BLASTX+BLASTN 1 0.95 0.97 95.00 0.90 2283 206 12 152 69 0.83 0.87 0.85
GI 43 0.84 0.90 0.91 0.85 2118 138 8 387 67 0.76 0.83 0.80
GI+BLASTX 2 0.95 0.97 0.95 0.95 2277 195 10 167 76 0.83 0.87 0.85
GI+BLASTX+BLASTN 2 0.94 0.97 0.94 0.94 2274 190 9 178 52 0.83 0.88 0.85
GENOMESCAN
12
0.95
0.89
0.92
0.90
2245
235
45
130
350
0.81
0.78
0.80