54_CAA_LMYQR	NCTTGTTARN
otp	NTAATTRN
NEMVEDRAFT_v1g113057	NYTAATCCNN
53_CAC_ERVSR	NCGTGTTAA
LHX1	NTAATNRN
LHX2	NNNNAANNNN
LHX3	NNTAATTAAWTNN
LHX4	NTAATTAN
LHX6	NNTAATTA
CBG04010	NNTTAATKNNN
LHX9	NTAATNANN
PK24181.1	NNNNNNNNNN
21_TAC_ERVSV	NCGYATTANN
ceh-74	NNGTGAGGNNN
IRX5	NNNTGTNNNACAYNN
IRX1	NNCANNNNNNNNNNTGNN
IRX3	WACAYGNWWWWNCRTGTW
IRX2	NWACAYGACANN
10_TGG_KSVMQ	NNCATTARNN
pal-1	GTAATWAA
GSC2	NTAATNNN
Isl1	NCTAATGGN
Isl2	NNNANNN
18_TAG_RLTQA	NNCAATTARN
271_AAC_KLQRF	NCGTYTTANN
HGTX	NTAATKAN
WOX11	ANTTAATTANN
WOX13	NNTGATTGAN
Q0N4F9_NEMVE	NTAATTAK
hox12	TTWATKAC
eve	NCTAATTASN
OdsH	NTAATTRN
unc-62	NNNANANNN
FGRRES_07914	NNTACATGTNN
225_AAC_SLQRF	NNGTYTTARN
HMLALPHA2	NNNACNNN
59_ATC_TRMAF	NNNNTAAATC
Q7M3U4_ACRFO	NNNTAATTNNN
SNOG_11642	NNTAATCAWNN
Hoxb8	NNWATNNNN
Hoxb9	NTTWAYNNNN
Six4	NNNANMNNN
Hoxb3	NTAATNNNN
GSX1	NTMATNAN
Hoxb6	NNNNNNN
Six1	NNNATAYNNN
Six2	NNATANNN
HOS66	NNNNNNNN
Hoxc11	NTTWAYNNNN
Hoxc10	NTTTTAYGAC
Hoxc12	NNTWAYNNNN
264_ACT_KVYHV	NNGTTTANNN
HOXB8	NTAATKRC
HOXB9	GTCGTAAAAN
SNAPOd2T00006145001	NNTRATTRNN
Q6Y859_MARMO	NNNNNATNNN
HOXB2	NTAATTRN
zfhx4	NNTAATTRN
HOXB1	NTAATTAC
HOXB6	NTAATKRC
HOXB5	NTAATKRN
HOXC11	NNTTTACGAYN
HOXC10	NNTTTATKRCN
HOXC12	NGTAATAAAAN
Hoxd12_CONSTRUCT	NNTNAYNNNN
272_AAC_VAQRC	NCGTTTTANN
hbn	NTAATTTAATTAN
HOX6	NTGATTGNNN
Hoxa6	NTAATNNNN
HDG11	NCATTWAWKN
CAD25866	NMTCTCAANNN
barx1	NTAATNNNN
Duxbl1	NTGATTRNN
Hmx2	NNAANYGNNN
243_GGT_ATKSM	NTMCTTARNN
ceh-24	NNRAGNRNN
ceh-23	NTAATTANNN
ceh-22	TNAAGTGNNN
vis	TGACAN
Dfd	NNTAATGRNN
MTAL2_KLUDE	CRTGTAAW
BSX	NTAACGNN
B-H2	NNTAAACGNN
B-H1	NNTAAACGNN
HNF1B	GTTAATNATTAAY
20_TAC_QRVSA	CGYATTARNN
CG5369	TAATTNNATTA
24_GTG_HLIQY	NCACTTANNN
ceh-90	NNTAAAACN
BARX1	TAATNGNTWTTTAATNN
CNK00090	TTAATTAT
mirr	NNNWAACA
Dbx2	NNNTNNN
Gbx2	NNTAATTRNN
Gbx1	NNTAATTRNN
Dbx1	ATTAATTA
Hlx	NNNAWNN
SNOG_08903	TTGATTTR
EMX2	CTAATTAN
EMX1	NTAATTAN
HAT1	NNATGATTRN
Q1WMN9_COPDI	NNNNAATCNN
GRMZM2G087741	NNTGACRKCN
Pdx1	NTAATNNN
15_TCC_RMIKS	NGGATTARNN
cad	NTTTTATKGCNN
Q0N4H2_NEMVE	TAATTRNT
Q9GP48_9TURB	NTAATTAN
Q24782_9CNID	TTAATTAA
FGRRES_01100	WTTAATTR
229_TTC_GRISA	NNYATTANNN
estExt_gwp_gw1.C_70211	NAATNANNNN
218_CTG_KQNQK	NNTRGTTAAN
Bsx	NTAATNNNN
ceh-5	NNTAATNNN
39_CTA_IFNAK	NCTAGTTANN
MTR_2g038000	NNNCTNNNNN
POU5F1B	NNAANNN
AAZ08039	NNTAATTRNN
YHP1	NWWATTRNN
255_CCT_RADGK	NNNGGTTANN
ATEG_00670	NNNNACNNN
TVAG_451170	NTGATGYGNN
lab	NTAATTAS
Nkx2-9	NNRAGTRNNN
HB-5	NNANCAATAATTGNNNNNNWN
Nkx2-1	NNRAGNRN
Nkx2-6	NNAAGTGNNN
Nkx2-4	NNRAGNRNNN
43_CCT_MTNGK	NTGGTTAANN
34_GAT_RTMRY	NGTCTTARNN
HMBOX1	NTAACTAGN
caup	NWNTAACA
so	NTGATACN
48_CCA_EHNAK	NNTRGTTANN
NEMVEDRAFT_v1g101664	AATCRATC
unc-4	TAATTNAATTA
Ubx	NTAATTRN
Rx	NTAATTRN
SNAPOd2T00005194001	NNTACATGTNN
CBG24578	NNNTGACAGSTN
HAT3.1	NTRMACCNNN
Nkx6-3	NNTNATNNN
Nkx6-1	NNTAATNRN
Q6WL90_TRICY	NTAATNNN
Q9C1N5_COPSC	NNCAATCNN
SIX4	NNYGATACNN
SIX5	GARTTGTAGT
SIX1	NNYGATACGN
SIX2	NNYGATACNN
Barx2	NTAATNNNN
HNF1A	NGTTAATNATTAAYN
Vsx1	NTAATTGN
Vsx2	NTAATTRN
RAX	YTAATTAN
WUS	TGAWTGAWTGA
GRMZM2G135447	NTGACRKS
HDG7	NCATTAAWTRN
HDG1	NCATTAATTRN
DPRX	NGATAATCCN
ESX1	NTAATTRN
SHOX2	NTAATTRN
270_AAG_RAQWF	CCTYTTNNNN
NEMVEDRAFT_v1g129868	NYNANNNNN
CADAORAG00002315	NNNNACANNN
203_GTC_VQKRF	NCGTCTTAR
ATHB-53	NCAATAATTGN
Tlx2	ATTAAWTA
ATHB-51	ATWATTNN
ceh-62	NNTAATTANN
CaO19.4000	NNNNATTRN
Rax	NNTAATTNN
49_CAT_LSQSR	NNTGTTARN
en	NTAATTRN
Nobox	NNNATNRNN
221_CTG_RLYQK	NNTRGTTAAN
abd-A	NNTAATTACN
Dll	NTAATTRN
Lhx6_CONSTRUCT	NNTRATTRN
pha-2	NNNATNNNNN
MNX1	NTAATTAN
Cphx1	WGATNNNNNN
CG11085	NTAATYGN
ftz	TTAATTAC
uncx	NNTAATTRN
EN1	NNTAATTA
EN2	NTAATTAN
42_CGA_TFYAA	NCTCGTTAN
E5	NTAATNNN
HAT22	NNYAATCATT
ro	NYTAATTA
2_TTT_RTVSA	NNNATTARNN
lms	NTAATTRN
ENSCING00000016045	NNYTAATTRGN
En1	NNNTNNN
Hoxa5	NTAATNNNN
egl-5	ATTTAATGGG
Hoxa3	NTAATNRNNN
Hoxa2	NNTAATTANN
Hoxa1	NNAATNRNN
PK19166.1	CCCCTAAY
26_GGT_ALKNM	NCGCCTTAAN
Hoxa9	NNNNNNNN
CIMG_06089	NNNNNNNNNN
Nanog	NNNATNNNN
Gsx2	NTAATNNNN
HAT3	NTGATTRN
HAT2	NNAATGATTRN
HAT5	NNAATAATTNW
Dbx	ATTAATTA
223_CTC_RTFGK	NTTAGTTANN
NCU03266	NNNWAATNRN
Q0N4H9_NEMVE	NNYRANNNN
PDX1	YTAATKAN
NK7.1	NTTAAACGGTN
ISX	NTAATTAG
Q70LF3_ARTSF	NTAATTAN
Hoxa11	NNNTTTACGANN
Hoxa10	NNNANNNNN
Nkx2-2	NNNRAGNRN
303_CTC_VMNRK	NTGAGTTANN
CAD26261	NNTAATWWA
KNAT4	NNGACNNNN
KNAT7	TGACRTCT
KNAT6	NNNGACNNNN
Hmx	NTAAKTGN
KNAT3	NNNGACNNNN
Lim3	NTAATTAN
Lim1	NTAATTRN
lin-39	GATTGATG
PRH_PETCR	TWATATAT
Abd-B	NGTCGTAAAWN
Q9BJW6_9CNID	NCTAATTANN
Nkx3-1	NNAAGTGNNN
Otp	NNTAATNN
Nkx3-2	NNAAGTRNN
ceh-19	NTAATNGNN
247_GCG_RTDRS	NKKCTTARNN
Meis3	NTGACAN
55_CAA_LHYVR	NNTTGTTANN
Q24780_9CNID	NNTTAATTANN
Hdx	NNATNNN
ATHB-12	NNNNNNNN
ATHB-13	NYAATAATTNN
ATHB-16	TAATMATT
ATHB-15	AATAATTACT
Q00354_COPCI	ACCAATCN
AGAP009986	NNNACANNNN
Mnx1	NTAATNNNNN
Q86SD7_PODCA	NNTAATTANN
HOXA6	NNTAATKRCN
HOXA5	STAATTAS
HOXA2	NTAATTAN
HOXA1	NNTAATTANN
Q8VHG7_MOUSE	WTAATCCN
4_TTC_VRVSA	NNNATTARNN
HOXA9	NNNTTTAYGAYN
Obox6	NTAATCYNN
Obox5	NTNATNNN
Obox3	NWNATNN
Obox1	NTAATCCNNN
lbe	TAACGANN
38_CTA_LHYAK	NCTAGTTARN
256_CCA_RLYQK	NNTRGTTANN
lbl	NTAATKAG
HXD12_HETFR	TTAATTAC
DMBX1	NTAATCCN
ALX3	NTAATTRN
73_AAT_KLTAF	NNYTAAGTAN
Emx2	NTAATNNNN
ALX4	NTAATTRN
75_AAC_SISRF	NNTCTTAANN
NEMVEDRAFT_v1g114268	NTAATNGRT
vnd	TYTCAAGTR
Smp_158000	TTAATTRG
CG32105	TTAATTAR
DRGX	NTAATTRN
46_CCC_RLDSK	NCGGGTTAR
Dlx4	NTAATNNN
bsh	TAATYTAATTA
ATEG_04171	NWAATTRNNN
exex	NNNNYAATTNNCNN
SNAPOd2T00003340001	NNNTAATWWN
CBG10835	NNTGANNNN
schlank	AWNTTGGTRG
TLX2	NTAATTRN
TLX3	NAATTGNNNNNNNNNNNNNCAATTN
GSX2	NTAATKRS
37_GAA_RFQKF	NSTTCTTAAN
TGIF2	TGACANNTGTCA
TGIF1	TGACAGCTGTCA
Dmbx1	NTAATCYNN
Rhox6	NTAATNNN
CG18599	YTAATTA
Rhox8	NGGTGTAAN
Uncx	NTAATTNRATTAN
40_CGG_STRER	YCCGTTAANN
13_TCT_ATVKA	NGGATTARNN
Hoxb5	NTNATNNNN
Tgif2	NNTGACANNN
Tgif1	NNTGACANNN
PK20392.1	NNAATMATNN
C4B866_NEMVE	NNTTAATTANNN
Hoxd8	NNNNNNNN
Hoxd9	TTTWATGGN
yox1	NNNNATNNNN
Hoxd1	NRATNNNN
Hoxd3	NNTAATTRNN
14_TCG_KGTQM	CCCATTARNN
POU6F1	NNTAATTANN
Y749_MIMIV	TTAATATA
Q0N4H7_NEMVE	NNNATNNNNN
Meox1	NTAATKRNN
HOXD8	NTAATKRC
HOXD9	NTTTTATTGC
EVX1	NTAATTAN
HOXD1	NTAATTAN
EVX2	NTAATTAN
repo	NTTAATTARN
PDF2	NNNGAATATTCYNTN
hbx4	NNTGACRNNN
hbx2	NWATATATNN
bap	NNTAAGTGNN
PK25034.1	NNTGACNKNN
SNAPOd2T00006620001	NTAATTRN
ems	NTAATTAN
PRRX1	NTAATTRN
CG15696	NNYAATNNN
PRRX2	NTNAYGNN
NCU03070	NNYCAATAWW
FGRRES_17238	NNNNACNNNN
hbx5-2	WTGATTRN
Meis2	NTGACAN
Meis1	NTGACANNN
hbx5-1	TTGATTGR
ara	TGTTWTNN
CG2808	TAATTNSATTA
btn	NNTAATKANN
CAGL0H02959g	NNTGACRNNN
CAD25284	TTAATTAN
HMRA2	CRTGTAAW
ATHB-22	NNATAATWTWNNN
ATHB-21	NNANCAATWATTNN
ATHB-20	NYAATAATTNN
MEIS3	TGACANNTGTCA
MEIS2	TGACAGCTGTCA
MEIS1	NTGACAN
tup	SWTAATKG
ceh-58	NNTAATTRNN
Awh	NTAATTAN
ceh-54	NTAATTRNN
Dobox5_CONSTRUCT	NTAATCYNN
ceh-57	NTWANNNNN
ceh-51	NNNATNRNN
ceh-53	NTAATCYN
PHO2	NNNNNATNNN
LBX2	TTAAYGAG
LBX1	NTAATTAG
226_TTT_KMISA	NNNATTANNN
Q5EVH4_OIKDI	NTGACAGN
Q1WMN0_COPDI	NNCAATCNN
PKNOX1	TGACASSTGTCA
PKNOX2	TGACANNTGTCA
Hnf1b	NNNACNNN
ANHX	TTGACAWG
253_CGT_VANSR	NNTGTTANN
NEMVEDRAFT_v1g81436	NNNNNANNNN
Hnf1a	NTAACNNN
220_CTG_LTYQK	NNTAACYAGN
ENSTNIG00000017092	NTAATCAN
H2.0	TTWATNA
NEMVEDRAFT_v1g80394	NNNNATNNN
unpg	SNTAATTGNN
NEMVEDRAFT_v1g164989	YTAATTAG
308_GCG_RLDRF	NNTCTTAANN
216_TGC_NRVMM	NGCATTARNN
250_GAT_AGKTF	NNYTAAGANN
310_GTC_YRRGA	NTACTTARNN
ANIA_01217	NNTATTNNNN
Noto	NNNNATNNNN
MEOX1	NNTAATTASN
MEOX2	NNTAATTANN
Nkx1-1	NNTAATNNNN
pdm3	CTAATTAN
UM04928	NNNNNATNNN
Hmbox1	NNNGTNNN
Alx3	TAATNNN
CG11617	TGTWAAAW
ZHX1	NNNYNNNN
HOXA11	NGTCGTAAAAN
HOXA10	NGTCGTAAAAN
pb	NTAATKAC
Alx4	NTAATTNRATTAN
Barx1	NNTAATNNNN
ATHB-4	NNMTGCATRNN
ATHB-5	NCAATAATTNN
ATHB-6	NATNATTNN
ATHB-7	NNATGATTGN
ATHB-9	NAWNRTAATGATTAN
Rhox11	NNNWACANNN
ventx3.2	ATTAATTA
208_CTC_HFNRK	NTTAASTMGN
phx1	NNTTAATTANN
CBG23031	NTTWATNNNN
CBG08197	NNNACNNN
Cdx4	TGATTTATNGNN
ATHB-X	NNAATRATTGN
51_CAG_MSHWR	NCTGTTAN
Prrx2	NTAATTRN
si:dkey-43p13.5	NNNNWWNNNN
Lbx2	NNAANNNN
CG9876	SNTAATYRNN
NEMVEDRAFT_v1g8907	NTAATKRNNN
ind	YNYTAATTA
7_TTA_RVLRA	NNYTAATTA
237_TAG_YAVNA	NNNYTAATKN
C15	NTTAAWKR
hbx7	NNNNGCATNTNNN
UNCX	NNAATTNN
TGIF2LY	TGACANNTGTCA
TGIF2LX	TGACANCTGTCA
CBG00023	NTWATNNNNN
Prrx1	TAATTNNN
236_TAG_KSTQM	NCCATTANNN
CG34031	NNNNNNRN
mixl1.S	NNTAATTAANN
NEMVEDRAFT_v1g205636	NTAATTAN
CBG07641	NNTAATTANN
NEMVEDRAFT_v1g197288	NNAAGTRNNN
dharma	NNNATCC
gsc	NTAATCCN
Q68SS9_PLEDJ	NNCAATCN
Dlx5	WAATNNN
Dlx1	NTAATTRN
Dlx2	NTAATTRN
Dlx3	NTAATNNNN
Hmx1	NNAANYGNNN
260_ATA_KAYNA	NTNGTTARNN
CDX1	NTTTTATGGCN
ISL1	NTAAGTGS
ISL2	NTAAGTGN
CDX2	NNTTAYRAYN
SPU_026099	TTAATTAN
GSC	NTAATCCN
ARGFX	NYTAATTAGN
ENSTNIG00000004116	TTAATTAG
NKX2-1	NTKGAGTGNN
Phyra73700	NTGANNNNNN
prd-b	NTRATTRNN
268_AAT_KLQAF	NTWCTTAANN
227_TTT_YRIAA	NAATTANNNN
ANIA_00885	NNTKACANNN
ventx1.1.L	NNNNNNNNNN
En2	NNTAATTASN
CBG00029	ATTAATTA
FGRRES_17152	CATGTCAT
FGRRES_17150	NWTGACAWNN
210_CCG_RSNQK	NTGGTTAANN
YOX1	NWWATNR
Hoxd10	NNNNNNNN
Hoxd11	NNNNNNNN
MTAL2_PICAN	NNNACANNN
NKX6-2	NTAATTRN
NKX6-3	NWTAATGAN
NKX6-1	NANWAATKNNNWWWTRATN
Hoxc9	NGTAATTAAN
Hoxc8	NNNNNNNNN
BARHL2	NTAAACGNT
BARHL1	NTAAACGN
Hoxc6	TTAATTAY
Shox2	NTAATTRN
vab-7	TTAATTAK
ENSTNIG00000006040	NNNNTAATNRNNN
HOXC9	NTTTATKGCN
lim-4	YTAATTANN
Evx1	NTAATNNNN
Evx2	NNTAATNN
Isx	NNNAATNN
NEMVEDRAFT_v1g136480	NNNNNNNNNN
258_ATT_RTVQQ	NTMATTANNN
Lhx1	TAATNNNNN
Lhx2	NTAATKRN
Lhx3	NNNTAATNN
Lhx4	NTAATTAN
Lhx5	TAATTRNNN
Lhx6	NTRATTRN
Lhx8	NTRATTANNNNTRATTAN
Lhx9	NTAATNRN
GRMZM2G038252	NTGATTGN
Pknox1	NGACANNN
Pknox2	TGACAGGTGTCA
DLX4	NTAATTGN
DLX5	NTAATTGN
DLX6	NTAATTGN
DLX1	NTAATTRN
DLX2	NTAATTRN
DLX3	NTAATTRN
44_CCT_RGDSK	CGGGTTAN
241_GTT_GLRAF	NTACTTANNN
ATML1	NNTNANTNNN
ceh-34	NNNRKATNNN
LMX1A	TTAATTAN
LMX1B	NNNNTAATTAN
MATALPHA2	NNNNCNNN
Gsc	TAATCCNNTWA
achi	TGACAN
252_CTC_LRYSK	NTAGTTANNN
HOXB3	NNTAATKRNN
RLT1	NNTTCNTN
HOXD12	NTTTACGAYN
HOXD10	NTTTTATKRC
HOXD11	NRTCGTAAANNNTWAN
CUP9	NTGACACAWN
UM00578	NNNNATCNN
FGRRES_16926_M	NNNACANN
Scr	NTAATKRN
TVAG_493070	NNTGATGTGNN
Q4RRY4_TETNG	NNYAATYAN
Q0ZPQ4_NEMVE	TTAAGAAG
267_ACA_RVSHT	NTGTTTAANN
Q00352_COPCI	TGATTGGTT
TOS8	NNNTGACGTMW
56_ATT_HRVQA	NYAATTARNN
NOBOX	NNNNATNRNN
GBX2	NTAATTRN
GBX1	NNTAATTRSN
O76842_CUPSA	TTAATTAN
NANOG	NTRAYNGN
kal-1	NNNNANNN
AAEL012091	NNNNATCNN
36_GAC_ATRRF	NCGTCTTAN
scro	NNNRAGTGN
HHEX	WTNAATTA
PK25011.1	NNWTNNNNNN
Q0ZPQ8_NEMVE	NTGACRNNN
NCU09556	TTAATATA
MIXL1	NNTAATTRNN
HDX	NNNNNNN
60_ATA_KTVQV	NTMATTARNN
CG4328	NWTWATTR
CNG03450	NTTAATWNN
232_TCG_IKNQM	NYCATTARNN
dve	NNTAATTAGN
Q0N4M8_NEMVE	NTAATTAC
NKX3-2	NNTAAGTGGN
NKX3-1	NNTAAGTGGN
Irx5	NNNNACANN
Irx4	NNNNANAN
CBG20882	NNNNATNRN
Irx6	NNNANAN
Irx3	TTTKTCATGTWR
Irx2	NNNACANNN
HMX1	NNTAAKTGN
HMX3	NNNTAAKTGNN
HMX2	GNYAAGTGN
NEMVEDRAFT_v1g81309	NTAATNNNN
Cdx1	NNWATNRNN
inv	WYTAATTA
Cdx2	NWWATNRNN
hbx10	NYAATWWN
ENSCING00000007395	NNNNNNWN
RHOXF1	NGATNATCC
ap	NYTAATTA
Q70HR3_PLEPI	NNNTACTTAN
Sebox	NNTTAATTAN
263_AGA_VRFAA	NNTACTTANN
235_TAT_RAVSV	NNYTAATGNN
17_TAT_TRVSA	NNYATTARNN
249_GCA_QLKQS	NNNNAAGTAN
XP_003689450.1	NNNANMCNNN
Lmx1a	NNNATNRN
Lmx1b	NNATNAN
217_GGG_KSKEG	NNYTAAGGGN
ANL2	NCATTAATTNN
304_CTG_TTNQK	CCRGTTANNN
AGAP006642	NNTAATCC
slou	NNTAATTRNN
Meox2	NTAATTAN
RAX2	NTAATTRN
SHOX	NTAATTRN
76_AAA_RAQWF	CCTYTTAANN
NEMVEDRAFT_v1g105595	NTAATTNN
CG11294	TAATTNNATTA
Nkx1-2	NNTAATNNN
Barhl2	NTAANNRNN
Barhl1	NNTAAAYGNN
bcd	NTAATCC
64_AGA_AFRAH	NNTMCTTAAN
242_GTC_LQRGA	NTACTTANNN
205_GAA_TQRQW	NTACTTANNN
Q8I9J5_9BILA	NNTAATWAYN
NOTO	NTAATTRN
KLLA0_D10043g	NNNNNNNNNN
