Input files (4): 
ACTB.sam
ACTB.bed
ACTB_plus.bedgraph
ACTB_minus.bedgraph

Output files (2): 
ACTB.cliques.t_o0.1.sam
ACTB.cliques.t_o0.1_dg.bedpe

Converting bedpe to bed12 file (1): 
ACTB.cliques.t_o0.1_dg.bed
