A novel fragmented mitochondrial genome in the protist pathogen Toxoplasma gondii and related tissue coccidia

Sivaranjani Namasivayam a,b, Rodrigo P. Baptista b,c, Wenyuan Xiao a,b,  Erica M. Hall a, Joseph S.
Doggett d, Karin Troell e and Jessica C. Kissinger a,b,c,1

a Department of Genetics, University of Georgia, Athens, GA, 30602, USA
b Center for Tropical and Emerging Global Diseases, University of Georgia, 30602, USA
c Institute of Bioinformatics, University of Georgia, Athens, GA 30602, USA
d Division of Infectious Diseases, Oregon Health Sciences University, OR, 97239, USA
e Department of Microbiology, National Veterinary Institute, SE-751 89 Uppsala, Sweden

Corresponding Author: Jessica C Kissinger, University of Georgia, 500 D.W. Brooks Drive,
Coverdell Center, Athens, GA, 30602, USA jkissing@uga.edu, +1-706-542-6562
ORCID: 0000-0002-6413-1101


Dataset_S9 (Neospora caninum nt and aa cytochrome sequences)

>Nc_coxI_nt
ATATTGAAATCCAACACTTTTAGCTGTCTTAAGCAGTCCAGTGGGGTGGTGGTGTACAGC
AATCATAAAGAACTTGGTTGTCTGTATCTCATAACTGGAGTCATATTCAGTATCCTAGGT
ACTATAATGTCTCTGTTTATTCGATTTGAGTTATACAGTTCTGGATCGCGTATCATTTGT
ACAGAGACAATATCTACTTATAATGTGATAATAACAATACATGGTCTAGCTATGATCTTT
ATGTTCTTAATGCCGGCTTTGTACGGAGGATATGGTAACTTCTTTGTACCAATCTATATT
GGGGGTTCGGAAGTCGTTTTCCCAAGAACTAACGCGATCTCCTATTTCCTAGTACCATTA
GGTTCTGTATTAGTTACTCAAAGTATCTGTTCAGAATTCGGTAGTGGTTTAGGTTGGACA
ATGTACCCTCCATTAAGTACTAGTCTGATGGTGTTAAATCCAGAGGCTACTGATTGGATA
ATTGGAGGTCTTGCTGT-CTTAGGTATCAGTAGTATCCTTAGTTCTATTAACTTCCTTGG
TACATGTGTCTTTATGGGATCTTGTGCAGGAGCTAAAAACTATATCTTATATATTTGGTC
TATTATCTTTACTGCTCTTATGTTAGTATTTACTCTACCTATTCTTACTGGTGGATTAGT
TATGATTCTATTAGATTTACATGTTAATACAGAATTCTATGATTCTATGTACTCAGGAGA
TAGTGTATTATATCAACATCTATTCTGGTTTTTCGGACATCCAGAAGTATATATTCTAAT
CTTACCTGGTTTCGGTGTAATCTCCCAAACTCTATCTATGTATTCATGCAGAGCGGTCTT
CGGTGGCCAATCTATGATTTTAGCAATGGGTTGCATCTCTATTCTAGGTTCCCTAGTGTG
GGCACATCACATGATGACTGTCGGTCTAGAAGTTGATACACGTGCTTACTTCTCAGCTAT
GACAATTATGATTGCTATTCCTACAGGTACTAAAATCTTTAACTGGTTAGGTACCTATAT
GGCTAGTCATATAAGTACACGAACAGTGGACCTATGGGCTGCCCTTA-GTTTCGTTCTTC
TATTCACCCTTGGTGGTACAACAGGAGTAGTTATGGGTAATGCAGGTATGGATATTGCAC
TACATGATACATACTATATTGTTGCACATTTCCATTTTGTATTATCTCTTGGAGCTGTCT
TAGCAACTATATGTGGATTTATCTTCTATAGTAAAGATATGTTCGGAGATACTGTCAATC
TATTCCATGTAAATTCAGGTTCTTCACCTTACTTAGGTATCTGGTTTGTTGTATTCTTGG
CTAGTATTATGTTAATCTTTCTACCTATGCATCTACTTGGATTTAATGTTATGCCAAGAA
GGATCCCAGATTACCCTGATTATCTTTGTTATATTAATACATGGTGTTCAATTGGTTCTA
TTTCCACAATAGTTATCATCTTAACTATGCTCTGCTAA
>Nc_coxIII_nt
ATGATTGCTGTACACCACCACCCCACTGGACTGCTTAAGACAGCTAAAAGTGTTGGATTT
CAATATCCTACTACATTAAGGTTATTCCACATCGGTTATGTTCTAGGCGTAATATATGGA
TTACTGTTATCACTCGTATTAACAGCGAGAGAAAACTACTACTCAGATGCTAGTATGATC
AGTACCATCGTACTGGGAGTGATACTCTCTGAGACAGGATTATTTATAAGCTTTTTCTGG
GGAGTATATACTACGAGTTGGACTACTGGTTTAGATCTTGAATGTCTTTGTTTACCGGAT
CCAAGTTCTATTGTGCTTTTCATGACCATCATGTTAAGTGCATTAAGTATAGTGGTGTCC
AGCGTATATTTGAAAAACCAACATTTGTATACAAGCTGTACGAATATCATGATATTCACT
TTGGTAGTCTCCTTCCTGATGTTAGTCTGTACGGAATACTTAGGTCTATCTATTTATATT
AACGATAATGGATTTGGTAATGGTCTATTTATACTTACTGGTATACATTTCAGTCATGTC
ATTGTTGGTGCTATCTTGGGATTCTTTAATCAGAGTATTTATAGCTCGCTGGTTACATAC
TTACCAACAAACTGTATAAGTTTGAGTAAATGCAAAGGTACATTATGTAAGATATTCTCA
GAACCATTTACAATTTTATATCTACATTTTGTCGAAGCAGTGTGGATAATGATCCACGTT
ACCTTCTATCTCTAA
>Nc_cob_nt
ATGGTTTCGAGAACACTCAGTATATCCATGAGTCTATTCCGGGCACACCTTGTCTTTTAT
CGGTGTGCTCTAAATCTAAATTCATCTTATAACTTTGGTTTTTTAGTTGCAATGACCTTT
GTACTCCAAATAATTACAGGTATCACTCTAGCATTTAGATATACTTCAGAAGCATCTTGT
GCATTTGCTAGCGTTCAACATCTAGTTAGAGAAGTAGCAGCAGGATGGGAATTTAGGATG
TTGCATGCTACAACTGCCTCTTTCGTATTCTTGTGTATTTTAATTCACATGACTCGAGGA
CTGTATAACTGGAGTTATAGTTATTTAACTACCGCTTGGATGTCTGGTTTAGTTTTATAT
CTACTTACTATAGCCACTGCCTTCCTTGGATATGTACTACCATGGGGACAAATGAGTTTC
TGGGGTGCTACAGTGATTACAAACCTCCTTTCTCCAATACCATATTTGGTACCTTGGCTA
CTTGGAGGATACTACGTATCTGATGTAACATTAAAACGATTCTTTGTATTACATTTTATA
TTGCCTTTTATAGGTTGTATTATAATAGTTTTACATATCTTCTACTTACATTTAAATGGT
TCTAGTAACCCTGCAGGTATAGATACCGCGCTTAAAGTTGCCTTTTATCCTCATATGTTA
ATGACGGATGCTAAATGTCTATCATACTTAATTGGATTAATCTTCTTACAAGCGGCTTTC
GGTTTGATGGAACTTTCACACCCAGATAACTCCATACCAGTCAACCGGTTCGTAACACCA
CTTCATATCGTACCAGAATGGTATTTTCTAGCATATTATGCGGTGTTAAAAGTAATACCA
TCCAAAACCGGTGGTTTGTTAGTATTTATGTCATCCCTTATTAATCTAGGTTTATTAGCA
GAGATTCGAGCTTTAAATACCCGAATGTTGATTCGTCAACAATTTATGACTCGAAATGTA
GTCAGTGGATGGGTTATTATTTGGGTATATAGTATGATCTTCTTGATTATTATAGGTAGT
GCTATTCCACAAGCGACTTACATCTTATATGGTAGACTAGCTACTATCTTATATCTTACT
ACCGGATTGGTACTATGCTTATACTAA

>Nc_coxI_prot
MLKSNTFSCLKQSSGVVVYSNHKELGCLYLITGVIFSILGTIMSLFIRFELYSSGSRIIC
TETISTYNVIITIHGLAMIFMFLMPALYGGYGNFFVPIYIGGSEVVFPRTNAISYFLVPL
GSVLVTQSICSEFGSGLGWTMYPPLSTSLMVLNPEATDWIIGGLAVLGISSILSSINFLG
TCVFMGSCAGAKNYILYIWSIIFTALMLVFTLPILTGGLVMILLDLHVNTEFYDSMYSGD
SVLYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGVISQTLSMYSCRAVFGGQSMILAMGCISILGSLVW
AHHMMTVGLEVDTRAYFSAMTIMIAIPTGTKIFNWLGTYMASHISTRTVDLWAALSFVLL
FTLGGTTGVVMGNAGMDIALHDTYYIVAHFHFVLSLGAVLATICGFIFYSKDMFGDTVNL
FHVNSGSSPYLGIWFVVFLASIMLIFLPMHLLGFNVMPRRIPDYPDYLCYINTWCSIGSI
STIVIILTMLC*
>Nc_coxIII_prot
MIAVHHHPTGLLKTAKSVGFQYPTTLRLFHIGYVLGVIYGLLLSLVLTARENYYSDASMI
STIVLGVILSETGLFISFFWGVYTTSWTTGLDLECLCLPDPSSIVLFMTIMLSALSIVVS
SVYLKNQHLYTSCTNIMIFTLVVSFLMLVCTEYLGLSIYINDNGFGNGLFILTGIHFSHV
IVGAILGFFNQSIYSSLVTYLPTNCISLSKCKGTLCKIFSEPFTILYLHFVEAVWIMIHV
TFYL*
>Nc_cob_prot
MVSRTLSISMSLFRAHLVFYRCALNLNSSYNFGFLVAMTFVLQIITGITLAFRYTSEASC
AFASVQHLVREVAAGWEFRMLHATTASFVFLCILIHMTRGLYNWSYSYLTTAWMSGLVLY
LLTIATAFLGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSPIPYLVPWLLGGYYVSDVTLKRFFVLHFI
LPFIGCIIIVLHIFYLHLNGSSNPAGIDTALKVAFYPHMLMTDAKCLSYLIGLIFLQAAF
GLMELSHPDNSIPVNRFVTPLHIVPEWYFLAYYAVLKVIPSKTGGLLVFMSSLINLGLLA
EIRALNTRMLIRQQFMTRNVVSGWVIIWVYSMIFLIIIGSAIPQATYILYGRLATILYLT
TGLVLCLY*