A novel fragmented mitochondrial genome in the protist pathogen Toxoplasma gondii and related tissue coccidia Sivaranjani Namasivayam a,b, Rodrigo P. Baptista b,c, Wenyuan Xiao a,b, Erica M. Hall a, Joseph S. Doggett d, Karin Troell e and Jessica C. Kissinger a,b,c,1 a Department of Genetics, University of Georgia, Athens, GA, 30602, USA b Center for Tropical and Emerging Global Diseases, University of Georgia, 30602, USA c Institute of Bioinformatics, University of Georgia, Athens, GA 30602, USA d Division of Infectious Diseases, Oregon Health Sciences University, OR, 97239, USA e Department of Microbiology, National Veterinary Institute, SE-751 89 Uppsala, Sweden Corresponding Author: Jessica C Kissinger, University of Georgia, 500 D.W. Brooks Drive, Coverdell Center, Athens, GA, 30602, USA jkissing@uga.edu, +1-706-542-6562 ORCID: 0000-0002-6413-1101 Dataset_S4 (Toxoplasma gondii nt and aa cytochrome sequences) >Tg_coxI_RTPCR ATGCNTAGTGTAAGAAGATTAACTTANTACTAGCCAAGAATACAACAAACCAAATATTTA AATAAGGTGATGAACCTGTATTCCCATGGAATAGATTTAAAGTATCTCCGAACATATCTT TACTATAGAAGACAAATCCACATATAGTTGCTAAGATAGCTCCCAGAGATAATACAAAAT GGAAATGTGCAACAATATAATATGTATCGTGTAGTGCAATATCCATACCTGCATTACCCA TAACTACACCTGTGNTACCACCTANAGTAAATGGAGGAANAAAGCCAAAGGCNGCCCATG AATCTATTGGATGTGATNATTTNAGGANACCGCTAGCCGNNTNCAACAAGATTTATCCAA TTAAATCCNCATANANAATTNNTNTCTNTATGGNCTANTATTTTTACAGCTCTCATGNAA GTATTTACACTCCCTATTTTAACAGGNNGNCGAGTTATGATCTTATTAGATTTACANGTA AATACNGCATTTTAAGAATTNNTGGATTCTGGNGNANNNGTCCTAAACAACCTCCANTCN TGTTTTTTTGGGAATCCCANAAAAAAAATGTAAATTTNACATGGNNNTGGGTGGAGGACC AAAAAACTNNATTANNNGTTGATGNNNANNNATCTCCGGGAGNNCNTNNACCATNAAATT CCTGGNTTGACATGTAAATCTAANNNNATCANAACTANGTCCACCTGGTTAAAATAGGNN GGNGTAAATACTAGCA >Tg_coxIII_nt ATGATTGCTGTACACCACCACCCCACTGGACTGCTTAAGACAGCTAAAAGTGTTGGATTT CAATATCCTACGACATTAAGGTTATTCCACATCGGTTATGTTCTAGGCGTAATATATGGA TTACTGTTATCACTCGTATTAACAGCGAGAGAAAACTACTACTCAGATGCTAGTATGATC AGTACCATCGTACTGGGAGTAATCATCTCTGAGACAGGATTATTTATAAGCTTTTTCTGG GGAGTATATACTACGAGTTGGACTACTGGTTTAGATCTTGAAGGTCTTTGTTTACCGGAT CCAAGTTCTATTGTGCTCTTCATGACCATCATGTTAAGTGCATTAAGTATAGTGGTATCC AGCGTATATTTGAAAAACCAACATTTATATACAAGCTGTACAAATATCATGATATTCACT TTGGTAGTCTCCTTCCTAATGTTAGTCTGTACGGAATACTTAGGTCTATCTATTTATATT AACGATAATGGATTTGGTAATGGTCTATTTATACTTACTGGTATACATTTCAGTCATGTT ATTGTCGGTGCTATCTTGGGTTTCTTTAATCAGGGTATGTATAGCTCTCTAGTTACATAT TTACCAGTAAACTGCATAACTTTGAGTAAATGCAAAGGTACATTATGTAAAATCTTCTCA GAACCATTTACAATCTTATATCTACATTTCGTCGAAGCAGTGTGGATAATGATCCACGTT ACATTCTATCTCTAA >Tg_cob_nt ATGGTTTCGAGAACACTCAGTCTATCTATGAGTCTATTCCGGGCACACCTTGTCTTTTAT CGGTGTGCTCTAAATCTAAATTCATCTTATAATTTTGGTTTCTTAGTTGCAATGACCTTT GTACTCCAAATAATTACAGGTATCACTCTAGCGTTTAGATATACTTCTGAAGCATCTTGT GCATTTGCTAGCGTTCAACATCTAGTTAGAGAAGTAGCAGCAGGATGGGAATTTAGGATG TTGCATGCTACAACAGCCTCTTTTGTATTCTTGTGTATTTTAATTCACATGACTCGAGGA TTGTATAACTGGAGTTATAGTTATTTAACTACCGCTTGGATGTCTGGTTTAGTTTTATAT TTACTTACTATAGCCACTGCCTTCCTCGGATATGTACTACCATGGGGACAAATGAGTTTC TGGGGTGCTACAGTCATTACAAACCTCCTTTCTCCAATACCATATTTGGTACCTTGGCTA CTTGGAGGTTACTACGTATCTGATGTAACATTAAAACGATTCTTTGTATTACATTTTATC TTGCCTTTTATTGGTTGTATTATAATAGTTTTACATATCTTCTATTTACATTTAAATGGT TCTAGCAATCCTGCAGGTATTGATACCGCGCTTAAAGTTGCCTTTTATCCTCATATGTTA ATGACAGATGCTAAATGTCTATCCTATTTAATTGGATTAATCTTCTTACAAGCGGCTTTT GGTTTGATGGAACTATCACATCCAGATAACTCAATACCAGTCAACCGGTTCGTAACACCA CTTCATATCGTACCTGAATGGTATTTTCTAGCATATTATGCGGTGTTAAAAGTAATTCCA TCCAAAACCGGTGGTTTGTTAGTATTTATGTCATCTCTGATTAATTTAGGTTTACTTTCT GAGATTCGAGCTTTAAATACCCGAATGTTAATTCGTCAACAGTTCATGACTCGAAATGTA GTCAGTGGATGGGTGATTATTTGGGTATATAGTATGATCTTCTTGATTATTATAGGTAGT GCTATTCCACAAGCAACATACATCTTATATGGTAGATTAGCTACTATCTTATACCTTACT ACCGGATTGGTTCTATGCTTATACTAA >Tg_coxI_prot MLKSNTFSCLKQSSGVVVYSNHKELGCLYLITGVIFSILGTIMSLFIRFELYSSGSRIIC TETISTYNVIITIHGLAMIFMFLMPALYGGYGNFFVPIYIGGSEVVFPRTNAISYFLVPL GSVLVTQSICAEFGSGLGWTMYPPLSTSLMVLNPEATDWLIGGLAVLGISSILSSINFLG TCVFMGSCAGAKNYILYIWSIIFTALMLVFTLPILTGGLVMILLDLHVNTEFYDSMYSGD SVLYQHLFWFFGHPEVYILILPAFGVVSQTLSMYSCRAVFGGQSMILAMGCISILGSLVW AHHMMTVGLEVDTRAYFSAMTIMIAIPTGTKIFNWLGTYMASHNTTRTIDLWAALCFILL FTLGGTTGVVMGNAGMDIALHDTYYIVAHFHFVLSLGAILATICGFVFYSKDMFGDTLNL FHVNTGSSPYLNIWFVVFLASIMLIFLPMHILGFNVMPRRIPDYPDYLCYINTWCSIGSI STIIIILTMLC* >Tg_coxIII_prot MIAVHHHPTGLLKTAKSVGFQYPTTLRLFHIGYVLGVIYGLLLSLVLTARENYYSDASMI STIVLGVIISETGLFISFFWGVYTTSWTTGLDLEGLCLPDPSSIVLFMTIMLSALSIVVS SVYLKNQHLYTSCTNIMIFTLVVSFLMLVCTEYLGLSIYINDNGFGNGLFILTGIHFSHV IVGAILGFFNQGMYSSLVTYLPVNCITLSKCKGTLCKIFSEPFTILYLHFVEAVWIMIHV TFYL* >Tg_cob_prot MVSRTLSLSMSLFRAHLVFYRCALNLNSSYNFGFLVAMTFVLQIITGITLAFRYTSEASC AFASVQHLVREVAAGWEFRMLHATTASFVFLCILIHMTRGLYNWSYSYLTTAWMSGLVLY LLTIATAFLGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSPIPYLVPWLLGGYYVSDVTLKRFFVLHFI LPFIGCIIIVLHIFYLHLNGSSNPAGIDTALKVAFYPHMLMTDAKCLSYLIGLIFLQAAF GLMELSHPDNSIPVNRFVTPLHIVPEWYFLAYYAVLKVIPSKTGGLLVFMSSLINLGLLS EIRALNTRMLIRQQFMTRNVVSGWVIIWVYSMIFLIIIGSAIPQATYILYGRLATILYLT TGLVLCLY*