
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [122941241,122962850] =>     21610 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2173] =>      2173 nucs 'mol-32-3327-025940_2173'

Score:        2161
Aligned:      2172        nucs
Identic:      2171 (100%) nucs =>        50 (100%)      2121 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [122950896,122950945] EXCISED REGION [122950947,122953068]
 second seq =>  [        1,       50] EXCISED REGION [       52,     2173]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [122950946,122950946]
 second seq =>         1 nucs [51,51]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [122950945,122950945] to [122950947,122950947]
 second seq =>         1 nucs [50,50] to [52,52]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

122950896 GGAGAATCACTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAATGATCCGAGATTGC 122950945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGAGAATCACTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAATGATCCGAGATTGC 50

EXCISED REGION

122950947 CCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAATAAAATAAAAT 122951006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       52 CCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAATAAAATAAAAT 111

122951007 AAAATGAAGAGATAGAGAGAAGGTTCTTATTGGGGGCTGGGTCCAGGTATGCTGCAAGGT 122951066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      112 AAAATGAAGAGATAGAGAGAAGGTTCTTATTGGGGGCTGGGTCCAGGTATGCTGCAAGGT 171

122951067 AATAAGAGTTCACATCATGGGTTGAACCAAGTCTCTTATTCTTTATCCTGAGCAACTGAG 122951126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      172 AATAAGAGTTCACATCATGGGTTGAACCAAGTCTCTTATTCTTTATCCTGAGCAACTGAG 231

122951127 AACACTGGGTCCCTGTACGGAGAAAGAGCTGGCTATCATAGAGTTTGCTTGAGGGTTGAC 122951186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      232 AACACTGGGTCCCTGTACGGAGAAAGAGCTGGCTATCATAGAGTTTGCTTGAGGGTTGAC 291

122951187 ATGTGTACAGATCCTGGCCTAAATATTGTCCTGTGCCTTGTTGGGCAGGGATATAGGTAG 122951246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      292 ATGTGTACAGATCCTGGCCTAAATATTGTCCTGTGCCTTGTTGGGCAGGGATATAGGTAG 351

122951247 AGTGCTGTTCTGCAGGTAGTTATCTCAGCTGGTGTTGGAACTGTAACCACCCAACGGGTT 122951306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      352 AGTGCTGTTCTGCAGGTAGTTATCTCAGCTGGTGTTGGAACTGTAACCACCCAACGGGTT 411

122951307 CACCTGGCCCGCTGCCTAGACAGAGCCGATTTATCAAGACAGGGGAATTGCAATAGAGGA 122951366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      412 CACCTGGCCCGCTGCCTAGACAGAGCCGATTTATCAAGACAGGGGAATTGCAATAGAGGA 471

122951367 ATTCACTCAGAGCCTGCTGCATGGGAAACCAGAGTTTTATTATTACCCAAATCAGTCTCC 122951426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      472 ATTCACTCAGAGCCTGCTGCATGGGAAACCAGAGTTTTATTATTACCCAAATCAGTCTCC 531

122951427 CCAAGCATTCAGGGATCAGAGTTATTATGGAGGACTTGGTGGGTGGGGTGCCAGTGAGTC 122951486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      532 CCAAGCATTCAGGGATCAGAGTTATTATGGAGGACTTGGTGGGTGGGGTGCCAGTGAGTC 591

122951487 AAAAGTGCTGATTGGTTGGGTTAGAGATGAAATCAAAGGGAGTCGAAGCTGTCCTCTGGT 122951546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      592 AAAAGTGCTGATTGGTTGGGTTAGAGATGAAATCAAAGGGAGTCGAAGCTGTCCTCTGGT 651

122951547 GCTGAGTCAGTTTCTGGGTAGGGGCCACAAGATCAGATAATCCAGTTTATCAATCTGGGT 122951606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      652 GCTGAGTCAGTTTCTGGGTAGGGGCCACAAGATCAGATAATCCAGTTTATCAATCTGGGT 711

122951607 GGTGCCAGGTGCAGGATCTGAAAAATATGTCAAGCGCTGATCTTAGGAGCAGTTTGGGGA 122951666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      712 GGTGCCAGGTGCAGGATCTGAAAAATATGTCAAGCGCTGATCTTAGGAGCAGTTTGGGGA 771

122951667 GGGTCAGAATCTTGTAGCCTCCAGCTGCATGACTCCTAAACCATAATTTCTTTTCTTTTT 122951726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      772 GGGTCAGAATCTTGTAGCCTCCAGCTGCATGACTCCTAAACCATAATTTCTTTTCTTTTT 831

122951727 CTTTTTATTTTTTTTTGAGACAGTGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCA 122951786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      832 CTTTTTATTTTTTTTTGAGACAGTGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCA 891

122951787 AAATCTCGGCTCACTGCAGCCTCGACCTCTTGGGACTCAAGCCATCTTCCCACCTCAGCC 122951846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      892 AAATCTCGGCTCACTGCAGCCTCGACCTCTTGGGACTCAAGCCATCTTCCCACCTCAGCC 951

122951847 TCCTGAGTAGCTAGGACCACAGGCGTGCACCACCACACCAGACTAATTTTTTTATTTTTT 122951906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      952 TCCTGAGTAGCTAGGACCACAGGCGTGCACCACCACACCAGACTAATTTTTTTATTTTTT 1011

122951907 GTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGCCCAGGGTGATCTCGAGCTCCTGAGATGAAATAAT 122951966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1012 GTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGCCCAGGGTGATCTCGAGCTCCTGAGATGAAATAAT 1071

122951967 CTGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGATCCACCCCACCCAGCCT 122952026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1072 CTGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGATCCACCCCACCCAGCCT 1131

122952027 AAATCATAATTTATCATCTTTTGGCTAATTTATTAGTCCTACAAAGACAGTCTAGTCCAC 122952086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1132 AAATCATAATTTATCATCTTTTGGCTAATTTATTAGTCCTACAAAGACAGTCTAGTCCAC 1191

122952087 AGGCAAAAAGGGAAAGAGCTATTATAATCTTTGTTCCAAAGTTAAATTATAAACTAGGTT 122952146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1192 AGGCAAAAAGGGAAAGAGCTATTATAATCTTTGTTCCAAAGTTAAATTATAAACTAGGTT 1251

122952147 CCCCCCAAAATTACTTCAGCCTACAGCCAGGAATGAACAAGGACAACTTGGAGGTTAGAA 122952206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1252 CCCCCCAAAATTACTTCAGCCTACAGCCAGGAATGAACAAGGACAACTTGGAGGTTAGAA 1311

122952207 GCAAGATGGGGTTGGTTAGGTTAGATCACTTTCACTGTCTCAGTTATCATTTTGCAATGG 122952266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1312 GCAAGATGGGGTTGGTTAGGTTAGATCACTTTCACTGTCTCAGTTATCATTTTGCAATGG 1371

122952267 CAGTTTCAGAACCAGCATCACATTCTGATCTGCTGATCAAGTGGTCACATGGGGTATGTC 122952326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1372 CAGTTTCAGAACCAGCATCACATTCTGATCTGCTGATCAAGTGGTCACATGGGGTATGTC 1431

122952327 TAGGAGCTGTGTCATAGTTTGCTGAACACTGGGCAATGATCTGTCTACAGGGAGGCCCTT 122952386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1432 TAGGAGCTGTGTCATAGTTTGCTGAACACTGGGCAATGATCTGTCTACAGGGAGGCCCTT 1491

122952387 CTCATAGTGTCCTGAGCAATGGCTCAGGTATGATTCATGTCCTGATAGGTCCTGGCATGC 122952446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1492 CTCATAGTGTCCTGAGCAATGGCTCAGGTATGATTCATGTCCTGATAGGTCCTGGCATGC 1551

122952447 CACTGAGAGTGTGTGGACTTAGCCTGTGGAGGCTAAAGCAACTCTATCTTGGAAGCTATT 122952506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1552 CACTGAGAGTGTGTGGACTTAGCCTGTGGAGGCTAAAGCAACTCTATCTTGGAAGCTATT 1611

122952507 TCACCATGTTGGCTTCCCATCAACCCCTATTCGAGGAAGGCCTCTAAGATTTCCAGTTTA 122952566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1612 TCACCATGTTGGCTTCCCATCAACCCCTATTCGAGGAAGGCCTCTAAGATTTCCAGTTTA 1671

122952567 TGTATTGATCCTAGTGTAAGAACATGTATTAATATTTACCGTAAATCCCACCCTTAGGTC 122952626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1672 TGTATTGATCCTAGTGTAAGAACATGTATTAATATTTACCGTAAATCCCACCCTTAGGTC 1731

122952627 AAACAACCTTGATGTTATCATACTTCAGTTTTCCTATATATCCCTTCTGAACCACCCCCC 122952686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1732 AAACAACCTTGATGTTATCATACTTCAGTTTTCCTATATATCCCTTCTGAACCACCCCCC 1791

122952687 TCCCCTATGGTGTATAAACCCTAGGTCTGGGGGAAAATGCTGCAGGGATCCACCATTTTG 122952746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1792 TCCCCTATGGTGTATAAACCCTAGGTCTGGGGGAAAATGCTGCAGGGATCCACCATTTTG 1851

122952747 TCTTGCTGTCACCCAAGACACACAGACCTGGCTTTTGTTCATAAGTCCCCCTTTTTTTTT 122952806
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1852 TCTTGCTGTCACCCAAGACACACAGACCTGGCTTTTGTTCATAAGTCCCCCTTTTTTTTC 1911

122952807 TTTTTTGACCGAGTCTCACTCGGTCGCCCAGGCTGGAGTGCCGTGGCGCCATCTTGATAC 122952866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1912 TTTTTTGACCGAGTCTCACTCGGTCGCCCAGGCTGGAGTGCCGTGGCGCCATCTTGATAC 1971

122952867 AGCTGCGATGAGTGGAGGAACACCAAGGTTCTTCCTATTGAGTCGAATTAGATAAAACGA 122952926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1972 AGCTGCGATGAGTGGAGGAACACCAAGGTTCTTCCTATTGAGTCGAATTAGATAAAACGA 2031

122952927 CATGGACACACGTGGAGTGGTTTTAAGGAGCGGAGAGTTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG 122952986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2032 CATGGACACACGTGGAGTGGTTTTAAGGAGCGGAGAGTTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACG 2091

122952987 CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATGGAG 122953046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2092 CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATGGAG 2151

122953047 ACCATCCTGGCTAACACGGTGA 122953068
          ||||||||||||||||||||||
     2152 ACCATCCTGGCTAACACGGTGA 2173

Alignment time is 1.97295 s

