
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2441] =>      2441 nucs 'mol-32-1eea-016372_2441'

Score:        2057
Aligned:      2374        nucs
Identic:      2310 ( 97%) nucs =>       245 ( 86%)      2065 ( 99%)
Gaps:           56 (  2%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108356555,108356821] EXCISED REGION [108356916,108358993]
 second seq =>  [        1,      269] EXCISED REGION [      364,     2441]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        94 nucs [108356822,108356915]
 second seq =>        94 nucs [270,363]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108356821,108356821] to [108356916,108356916]
 second seq =>         1 nucs [269,269] to [364,364]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108356822,108356822] to [108356915,108356915]
 second seq =>         0 nucs

108356555 GCCAAATAGGAACAGCTCTGGTCTACAGCTCCCAGCGTGAGCGAT----GCAGAAGACGG 108356610
          ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||        |||||||||||
        1 GCCAAATAGGAACAGCTCCGGTCTACAGCTCCCAGCGTGAG----TGACGCAGAAGACGG 56

108356611 GTGATTTCTGCATTTCCATCTGAGGTACTG--GGTTCATCTCACTAGGGAGTGCCAGACA 108356668
          ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||
       57 GTGATTTCTGCATTTCCATCTGAGGTAC--CAGGTTCATCTCACTAGGGAGTGCCAGACA 114

108356669 GTGGGCGCAGGCCAGTGGGTGCA-CGCACTG--TGCGCAAGCTG--AAGCAGGGCGAGGC 108356723
          |||||.|||||.||||||||||| |||||    |||||.|||    ||||||||||||||
      115 GTGGGTGCAGGACAGTGGGTGCAGCGCAC--CATGCGCGAGC--CAAAGCAGGGCGAGGC 170

108356724 ATTGCCTCACTTGG---GAAGCGCAAGGGGTCAGGGAGTTCCCTTTCTG--AGTCAAAGA 108356778
          |||||||||||      ||||.|||||||||||||||||||||||||    |||||||||
      171 ATTGCCTCACT---CCAGAAGTGCAAGGGGTCAGGGAGTTCCCTTTC--CTAGTCAAAGA 225

108356779 AAGGGGTGAAG--GACG-CACCTGGAAAATCGGGTCACTCCCACCC 108356821
          |||||||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||||
      226 AAGGGGTGA--CAGACGGCACCTGGAAAATCGGGTCACTCCCACCC 269

EXCISED REGION

108356916 CTGATTGCTAGCACAGCAGTCTGAGATCAAACTGCAAGGCA--GCAGTGAGGCTGGGGGA 108356973
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||.||||||||||||
      364 CTGATTGCTAGCACAGCAGTCTGAGATCAAACTGCAAGG--TGGCAGCGAGGCTGGGGGA 421

108356974 GGGGCACCC----GCCATTGCCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCAGGAAGCTGG 108357029
          |||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.|
      422 GGGGC----GCCTGCCATTGCCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCGGGAAGCTCG 477

108357030 AACTGGGTGGAGCCCACCACAGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCACCTCT 108357089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      478 AACTGGGTGGAGCCCACCACAGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCACCTCT 537

108357090 GGGGGCAGGGCACAGACAAACAAAAAGACAGCAGTAACCTCTGCAGACTTAAATGTCCCT 108357149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      538 GGGGGCAGGGCACAGACAAACAAAAAGACAGCAGTAACCTCTGCAGACTTAAATGTCCCT 597

108357150 GTCTGACAGCTTTGAAGAGAGCAGTGGTTCTCCCAGCACACAGCTGGAGATCTGAGAACG 108357209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      598 GTCTGACAGCTTTGAAGAGAGCAGTGGTTCTCCCAGCACACAGCTGGAGATCTGAGAACG 657

108357210 GGCAGACTGCCTCCTCAAGTGGGTCCATGACTCCTGACCCCCGAGCAGCCTAACTGGGAG 108357269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      658 GGCAGACTGCCTCCTCAAGTGGGTCCATGACTCCTGACCCCCGAGCAGCCTAACTGGGAG 717

108357270 GTACTCCCCAGCAGGGGCACACTGACACCTCACACGGCAGGGTATTCCAACAGACCTGCA 108357329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      718 GTACTCCCCAGCAGGGGCACACTGACACCTCACACGGCAGGGTATTCCAACAGACCTGCA 777

108357330 GCTGAGGGTCCTGTCTGTTAGAAGGAAAACTAACAAACAGAAAGGACATCCACACCAAAA 108357389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      778 GCTGAGGGTCCTGTCTGTTAGAAGGAAAACTAACAAACAGAAAGGACATCCACACCAAAA 837

108357390 ACCCATCTGTACATCACCATCATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGA 108357449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      838 ACCCATCTGTACATCACCATCATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGA 897

108357450 AAAAACAGAACAGAAAAACTGGAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGG 108357509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      898 AAAAACAGAACAGAAAAACTGGAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGG 957

108357510 AATGTAGTTCCTCACCAGCAACGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGA 108357569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      958 AATGTAGTTCCTCACCAGCAACGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGA 1017

108357570 GAGAAGAAGGCTTCAGATGATCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAG 108357629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1018 GAGAAGAAGGCTTCAGATGATCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAG 1077

108357630 GCAAAGAAGTTGAACACTTTGAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATA 108357689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1078 GCAAAGAAGTTGAACACTTTGAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATA 1137

108357690 CAGAGAAGTGCTTAAAGGAGCTGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGG 108357749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1138 CAGAGAAGTGCTTAAAGGAGCTGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGG 1197

108357750 AATGCAGAAGCCTCAGGAGCCGATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAG 108357809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1198 AATGCAGAAGCCTCAGGAGCCGATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAG 1257

108357810 ATGAAATGAATGAAATGAAGCGAGAAGGGAAATTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATG 108357869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1258 ATGAAATGAATGAAATGAAGCGAGAAGGGAAATTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATG 1317

108357870 AGCAAAGCCTCCAAGAAATATGGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTG 108357929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1318 AGCAAAGCCTCCAAGAAATATGGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTG 1377

108357930 TACCTGAAAGTGATGGGGAGAATGCAACCAAGTTGGAAAACACTCTGCCGGATATTATCC 108357989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1378 TACCTGAAAGTGATGGGGAGAATGCAACCAAGTTGGAAAACACTCTGCCGGATATTATCC 1437

108357990 AGGAGGACTTCCCTAATCTAGCAAGGCAGGCCAACGTTCAGATTCAGGAAATACAGAGAA 108358049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1438 AGGAGGACTTCCCTAATCTAGCAAGGCAGGCCAACGTTCAGATTCAGGAAATACAGAGAA 1497

108358050 CGCCACAAAGATACTCCTCGAGAAGAGCAACTCCAAGACACATAATTGTCAGATTCACCA 108358109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 CGCCACAAAGATACTCCTCGAGAAGAGCAACTCCAAGACACATAATTGTCAGATTCACCA 1557

108358110 AAGTTGAAATGAAGGAAAAAATGTTAAGGGCAGCCAGAGAGAAAGGTCGGGTTACCCTCA 108358169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 AAGTTGAAATGAAGGAAAAAATGTTAAGGGCAGCCAGAGAGAAAGGTCGGGTTACCCTCA 1617

108358170 AAGGGAAGCCCATCAGGCGAACAGCGGATCTCTCGGCAGAAACCCTACAAGCCAGAAGAG 108358229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 AAGGGAAGCCCATCAGGCGAACAGCGGATCTCTCGGCAGAAACCCTACAAGCCAGAAGAG 1677

108358230 AGTGGGGGCCAATATTCAACATTCCTAAAGAAAAGAATTTCCAACCCAGAATTTCATATC 108358289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 AGTGGGGGCCAATATTCAACATTCCTAAAGAAAAGAATTTCCAACCCAGAATTTCATATC 1737

108358290 CAGCCAAACTAAGCTTCATAAGTGAAGGAGAAATAAAATCCTTTACAGACAAGCAAATGC 108358349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 CAGCCAAACTAAGCTTCATAAGTGAAGGAGAAATAAAATCCTTTACAGACAAGCAAATGC 1797

108358350 TGAGAGATTTTGTCACCACCAGGCCTGCCCTAAAAGAGCTCCTGAAGGAAACGCTAAACA 108358409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 TGAGAGATTTTGTCACCACCAGGCCTGCCCTAAAAGAGCTCCTGAAGGAAACGCTAAACA 1857

108358410 TGGAAAGGAACAACCGGTACCAGCCACTGCAAAATCATGCCAAAATGTAAAGACCATCGA 108358469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 TGGAAAGGAACAACCGGTACCAGCCACTGCAAAATCATGCCAAAATGTAAAGACCATCGA 1917

108358470 GACTAGGAAGAAACTGCATCAACTAACGAGCAAAATCACCAGCTAACATCATAATGACAG 108358529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 GACTAGGAAGAAACTGCATCAACTAACGAGCAAAATCACCAGCTAACATCATAATGACAG 1977

108358530 GATCAAATTCACACATAACAATATTAACTTTAAATGTAAATGGACTAAACACTCCAATTA 108358589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 GATCAAATTCACACATAACAATATTAACTTTAAATGTAAATGGACTAAACACTCCAATTA 2037

108358590 AAAGACACAGACTGGCAAATTGGATAAAGAGTCAAGACCCATCAGTGTGCTGTATTCAGG 108358649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 AAAGACACAGACTGGCAAATTGGATAAAGAGTCAAGACCCATCAGTGTGCTGTATTCAGG 2097

108358650 AAACCCATCTCACGTGCAGAGACACACATAAG--CTCAAAATAAAAGGATGGAGGAAGAT 108358707
          ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||
     2098 AAACCCATCTCACGTGCAGAGACACACATA--GCCTCAAAATAAAAGGATGGAGGAAGAT 2155

108358708 CTACCAAGCAAATGGAAAACAAAAAAAGGCAGGGGTTGCAATCCTAGTCTCTGATAAAAC 108358767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2156 CTACCAAGCAAATGGAAAACAAAAAAAGGCAGGGGTTGCAATCCTAGTCTCTGATAAAAC 2215

108358768 AGACTTTAAACCAACAAAGATGAAAAGAGACAAAGAAGGCCATTACATACTGGTAAAGGG 108358827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2216 AGACTTTAAACCAACAAAGATGAAAAGAGACAAAGAAGGCCATTACATACTGGTAAAGGG 2275

108358828 ATCAATTCAACAAGAAGAGCTAACTATCCTAAATATATATGCACCCAATACAGGAGCACC 108358887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2276 ATCAATTCAACAAGAAGAGCTAACTATCCTAAATATATATGCACCCAATACAGGAGCACC 2335

108358888 AAGATTCATAAAGCAAGTCCTGAGTGACCTACAAAGAGACTTAGACTCCCACACAT--TA 108358945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||
     2336 AAGATTCATAAAGCAAGTCCTGAGTGACCTACAAAGAGACTTAGACTCCCACAC--GATA 2393

108358946 ATAATGGGAGACTTTAACACCCCACTGTCAACATTAGACAGATCAATG 108358993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2394 ATAATGGGAGACTTTAACACCCCACTGTCAACATTAGACAGATCAATG 2441

Alignment time is 8.15478 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2254] =>      2254 nucs 'mol-32-1f00-193757_2254'

Score:        2148
Aligned:      2242        nucs
Identic:      2204 ( 98%) nucs =>      2134 ( 98%)        70 (100%)
Gaps:           38 (  2%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108351062,108353215] EXCISED REGION [108357411,108357480]
 second seq =>  [        1,     2152] EXCISED REGION [     2185,     2254]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [2153,2184]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [2152,2153] to [2184,2185]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108351062 TCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTT 108351121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTT 60

108351122 TCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTG 108351181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTG 120

108351182 AGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCT 108351241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCT 180

108351242 TGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCAC 108351301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCAC 240

108351302 ACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCC 108351361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCC 300

108351362 CTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCA 108351421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCA 360

108351422 CTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGG 108351481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGG 420

108351482 ACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACC 108351541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACC 480

108351542 TCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAA 108351601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAA 540

108351602 ACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGT 108351661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGT 600

108351662 TGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTAC 108351721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTAC 660

108351722 TATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCAT 108351781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCAT 720

108351782 GTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAAT 108351841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAAT 780

108351842 GCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAG 108351901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAG 840

108351902 GAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGT 108351961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGT 900

108351962 TTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCA 108352021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCA 960

108352022 CAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCA 108352081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCA 1020

108352082 TAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTT 108352141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTT 1080

108352142 GACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCAC 108352201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCAC 1140

108352202 TTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGAC 108352261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGAC 1200

108352262 AAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAA 108352321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAA 1260

108352322 TGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCA 108352381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCA 1320

108352382 TACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTC 108352441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTC 1380

108352442 CCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTA 108352501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTA 1440

108352502 CTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGA 108352561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGA 1500

108352562 TAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTT 108352621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTT 1560

108352622 GAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGAT 108352681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGAT 1620

108352682 AGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTA-----------------T 108352724
          |||||||||||||||||||||||||||                                |
     1621 AGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGG---------------GTTTTTTTTTTTTTTTTT 1665

108352725 TTTTTTCATGCC-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACC 108352783
          |||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1666 TTTTTTC-----TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACC 1720

108352784 CAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAG 108352843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 CAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAG 1780

108352844 CCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTG 108352903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 CCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTG 1840

108352904 GCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGA 108352963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 GCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGA 1900

108352964 ACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTT 108353023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 ACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTT 1960

108353024 GAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAA 108353083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 GAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAA 2020

108353084 TGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAA 108353143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 TGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAA 2080

108353144 ATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATA 108353203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 ATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATA 2140

108353204 CTAGTTTCTACT 108353215
          ||||||||||||
     2141 CTAGTTTCTACT 2152

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2185 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 2244

108357471 GAAACTCTAA 108357480
          ||||||||||
     2245 GAAACTCTAA 2254

Alignment time is 3.66156 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2212] =>      2212 nucs 'mol-32-2dff-051774_2212'

Score:        2098
Aligned:      2197        nucs
Identic:      2188 (100%) nucs =>      1850 (100%)       338 ( 97%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108356090,108357939] EXCISED REGION [108357955,108358301]
 second seq =>  [        1,     1850] EXCISED REGION [     1866,     2212]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        15 nucs [108357940,108357954]
 second seq =>        15 nucs [1851,1865]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         4 nucs [108357940,108357943]
 second seq =>         4 nucs [1851,1854]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [1850,1851] to [1865,1866]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108356090 TTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCAC 108356149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCAC 60

108356150 TCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTAGTGAAAACTGCCTCATGGACTCCTTTGCTTT 108356209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTAGTGAAAACTGCCTCATGGACTCCTTTGCTTT 120

108356210 TGTATTTCTTGAGTCTAAGTTTAAAACTACTGTGAAGTTATCTTGGAAAAAAGACTCTTA 108356269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTATTTCTTGAGTCTAAGTTTAAAACTACTGTGAAGTTATCTTGGAAAAAAGACTCTTA 180

108356270 CTACCCTAGTTTTAGGTTGTAGATTTCCCTCCTCTATTTGTCCCATTAATCAGATCCCAT 108356329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTACCCTAGTTTTAGGTTGTAGATTTCCCTCCTCTATTTGTCCCATTAATCAGATCCCAT 240

108356330 GTGCTTTCTCTCTTTAATGATTTCCTCAAACTTTCTGGGTTACTGCTGAATTCCTTTCTT 108356389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTGCTTTCTCTCTTTAATGATTTCCTCAAACTTTCTGGGTTACTGCTGAATTCCTTTCTT 300

108356390 GTTTCTAGCACTGTTATGGTTTAATACTATTGAAAATATGTTTCCTTTCATTTCAATGAA 108356449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTTCTAGCACTGTTATGGTTTAATACTATTGAAAATATGTTTCCTTTCATTTCAATGAA 360

108356450 ACTATGGAAAGGAGAAGCAGTAAATACAAGTGCTCAGTCCACTATCTTTCATGGGAACAC 108356509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACTATGGAAAGGAGAAGCAGTAAATACAAGTGCTCAGTCCACTATCTTTCATGGGAACAC 420

108356510 CTTTCTCAGCTGAATATAAGAAATTTGTGGAGAGGAGTCAAGATGGCCAAATAGGAACAG 108356569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTTCTCAGCTGAATATAAGAAATTTGTGGAGAGGAGTCAAGATGGCCAAATAGGAACAG 480

108356570 CTCTGGTCTACAGCTCCCAGCGTGAGCGATGCAGAAGACGGGTGATTTCTGCATTTCCAT 108356629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCTGGTCTACAGCTCCCAGCGTGAGCGATGCAGAAGACGGGTGATTTCTGCATTTCCAT 540

108356630 CTGAGGTACTGGGTTCATCTCACTAGGGAGTGCCAGACAGTGGGCGCAGGCCAGTGGGTG 108356689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGAGGTACTGGGTTCATCTCACTAGGGAGTGCCAGACAGTGGGCGCAGGCCAGTGGGTG 600

108356690 CACGCACTGTGCGCAAGCTGAAGCAGGGCGAGGCATTGCCTCACTTGGGAAGCGCAAGGG 108356749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CACGCACTGTGCGCAAGCTGAAGCAGGGCGAGGCATTGCCTCACTTGGGAAGCGCAAGGG 660

108356750 GTCAGGGAGTTCCCTTTCTGAGTCAAAGAAAGGGGTGAAGGACGCACCTGGAAAATCGGG 108356809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTCAGGGAGTTCCCTTTCTGAGTCAAAGAAAGGGGTGAAGGACGCACCTGGAAAATCGGG 720

108356810 TCACTCCCACCCAAATATTGAGCTTTTCAGAACGGCTTAAAAAACGGTGCACCATGAGAC 108356869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCACTCCCACCCAAATATTGAGCTTTTCAGAACGGCTTAAAAAACGGTGCACCATGAGAC 780

108356870 TATATCCCACACCTGGCTCGGAGGGTCCTATGCCCACGGAATCTCACTGATTGCTAGCAC 108356929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TATATCCCACACCTGGCTCGGAGGGTCCTATGCCCACGGAATCTCACTGATTGCTAGCAC 840

108356930 AGCAGTCTGAGATCAAACTGCAAGGCAGCAGTGAGGCTGGGGGAGGGGCACCCGCCATTG 108356989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGCAGTCTGAGATCAAACTGCAAGGCAGCAGTGAGGCTGGGGGAGGGGCACCCGCCATTG 900

108356990 CCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCAGGAAGCTGGAACTGGGTGGAGCCCACCAC 108357049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCAGGAAGCTGGAACTGGGTGGAGCCCACCAC 960

108357050 AGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCACCTCTGGGGGCAGGGCACAGACAAA 108357109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCACCTCTGGGGGCAGGGCACAGACAAA 1020

108357110 CAAAAAGACAGCAGTAACCTCTGCAGACTTAAATGTCCCTGTCTGACAGCTTTGAAGAGA 108357169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CAAAAAGACAGCAGTAACCTCTGCAGACTTAAATGTCCCTGTCTGACAGCTTTGAAGAGA 1080

108357170 GCAGTGGTTCTCCCAGCACACAGCTGGAGATCTGAGAACGGGCAGACTGCCTCCTCAAGT 108357229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCAGTGGTTCTCCCAGCACACAGCTGGAGATCTGAGAACGGGCAGACTGCCTCCTCAAGT 1140

108357230 GGGTCCATGACTCCTGACCCCCGAGCAGCCTAACTGGGAGGTACTCCCCAGCAGGGGCAC 108357289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGGTCCATGACTCCTGACCCCCGAGCAGCCTAACTGGGAGGTACTCCCCAGCAGGGGCAC 1200

108357290 ACTGACACCTCACACGGCAGGGTATTCCAACAGACCTGCAGCTGAGGGTCCTGTCTGTTA 108357349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ACTGACACCTCACACGGCAGGGTATTCCAACAGACCTGCAGCTGAGGGTCCTGTCTGTTA 1260

108357350 GAAGGAAAACTAACAAACAGAAAGGACATCCACACCAAAAACCCATCTGTACATCACCAT 108357409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAAGGAAAACTAACAAACAGAAAGGACATCCACACCAAAAACCCATCTGTACATCACCAT 1320

108357410 CATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACT 108357469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACT 1380

108357470 GGAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCA 108357529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCA 1440

108357530 ACGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGA 108357589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ACGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGA 1500

108357590 TCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTT 108357649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTT 1560

108357650 GAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAG 108357709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAG 1620

108357710 CTGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGGAATGCAGAAGCCTCAGGAGC 108357769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGGAATGCAGAAGCCTCAGGAGC 1680

108357770 CGATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATGAAATGAAG 108357829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CGATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATGAAATGAAG 1740

108357830 CGAGAAGGGAAATTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATGAGCAAAGCCTCCAAGAAATA 108357889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CGAGAAGGGAAATTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATGAGCAAAGCCTCCAAGAAATA 1800

108357890 TGGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTGTACCTGAAAG 108357939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTGTACCTGAAAG 1850

EXCISED REGION

108357955 AACCAAGTTGGAAAACACTCTGCCGGATATTATCCAGGAGGACTTCCCTAATCTAGCAAG 108358014
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||||.|||||||.|||
     1866 AACCAAGTTGGAAAACACTCTGCAGGATATTATCCAGGAGAACTTCCCCAATCTAGGAAG 1925

108358015 GCAGGCCAACGTTCAGATTCAGGAAATACAGAGAACGCCACAAAGATACTCCTCGAGAAG 108358074
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||
     1926 GCAGGCCAACATTCAGATTCAGGAAATACAGAGAACACCACAAAGATACTCCTTGAGAAG 1985

108358075 AGCAACTCCAAGACACATAATTGTCAGATTCACCAAAGTTGAAATGAAGGAAAAAATGTT 108358134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 AGCAACTCCAAGACACATAATTGTCAGATTCACCAAAGTTGAAATGAAGGAAAAAATGTT 2045

108358135 AAGGGCAGCCAGAGAGAAAGGTCGGGTTACCCTCAAAGGGAAGCCCATCAGGCGAACAGC 108358194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 AAGGGCAGCCAGAGAGAAAGGTCGGGTTACCCTCAAAGGGAAGCCCATCAGGCGAACAGC 2105

108358195 GGATCTCTCGGCAGAAACCCTACAAGCCAGAAGAGAGTGGGGGCCAATATTCAACATTCC 108358254
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     2106 GGATCTCTCGGCAGAAACCCTACAAGCCAGAAGAGAGTGGGGGCCAATATTCAACATTCT 2165

108358255 TAAAGAAAAGAATTTCCAACCCAGAATTTCATATCCAGCCAAACTAA 108358301
          |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 TAAAGAAAAGAATTTTCAACCCAGAATTTCATATCCAGCCAAACTAA 2212

Alignment time is 2.28012 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2371] =>      2371 nucs 'mol-32-2dff-067787_2371'

Score:        2328
Aligned:      2339        nucs
Identic:      2338 (100%) nucs =>      2258 (100%)        80 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108350958,108353215] EXCISED REGION [108357411,108357490]
 second seq =>  [        1,     2259] EXCISED REGION [     2292,     2371]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [2260,2291]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [2259,2260] to [2291,2292]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108350958 CATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAG 108351017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAG 60

108351018 TCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGT 108351077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGT 120

108351078 TACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAG 108351137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAG 180

108351138 ATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCA 108351197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCA 240

108351198 CCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTG 108351257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTG 300

108351258 AGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATA 108351317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATA 360

108351318 CTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATC 108351377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATC 420

108351378 TTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGA 108351437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGA 480

108351438 GAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGC 108351497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGC 540

108351498 TAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCC 108351557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCC 600

108351558 TCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATT 108351617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATT 660

108351618 ATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAG 108351677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAG 720

108351678 AATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTC 108351737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTC 780

108351738 TGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACA 108351797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACA 840

108351798 CATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACT 108351857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACT 900

108351858 GTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGA 108351917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGA 960

108351918 AAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATC 108351977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATC 1020

108351978 TCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCA 108352037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCA 1080

108352038 GAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTA 108352097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTA 1140

108352098 TGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTA 108352157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTA 1200

108352158 GCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGA 108352217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGA 1260

108352218 ATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAA 108352277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAA 1320

108352278 CTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGA 108352337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGA 1380

108352338 TCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTT 108352397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTT 1440

108352398 TTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAA 108352457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAA 1500

108352458 CCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGT 108352517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGT 1560

108352518 GGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGG 108352577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGG 1620

108352578 AAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAA 108352637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAA 1680

108352638 AAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTT 108352697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTT 1740

108352698 TAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 108352757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 1800

108352758 TTTT-GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCA 108352816
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCA 1860

108352817 CTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGG 108352876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGG 1920

108352877 GACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTT 108352936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTT 1980

108352937 TTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGC 108352996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGC 2040

108352997 CTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAA 108353056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAA 2100

108353057 AGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTA 108353116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTA 2160

108353117 CTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGA 108353176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGA 2220

108353177 GTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 108353215
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 2259

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2292 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 2351

108357471 GAAACTCTAAAACGCAGAGC 108357490
          ||||||||||||||||||||
     2352 GAAACTCTAAAACGCAGAGC 2371

Alignment time is 2.14799 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2075] =>      2075 nucs 'mol-32-2edb-099431_2075'

Score:        2011
Aligned:      2044        nucs
Identic:      2041 (100%) nucs =>      1363 (100%)       678 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108351852,108353215] EXCISED REGION [108357411,108358090]
 second seq =>  [        1,     1363] EXCISED REGION [     1396,     2075]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [1364,1395]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [1363,1364] to [1395,1396]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108351852 TGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAA 108351911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAA 60

108351912 TGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAA 108351971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAA 120

108351972 GGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACC 108352031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACC 180

108352032 ACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTC 108352091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTC 240

108352092 ATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTA 108352151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTA 300

108352152 AATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGT 108352211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGT 360

108352212 CCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTG 108352271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTG 420

108352272 ACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCA 108352331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCA 480

108352332 GAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTA 108352391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTA 540

108352392 AGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCAC 108352451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCAC 600

108352452 CACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGA 108352511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGA 660

108352512 TGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAAC 108352571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAAC 720

108352572 TTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGA 108352631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGA 780

108352632 AAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGT 108352691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGT 840

108352692 TATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTT 108352751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTT 900

108352752 TTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACA 108352811
          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTTTTTTT-GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACA 959

108352812 GCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTA 108352871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 GCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTA 1019

108352872 GCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATG 108352931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 GCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATG 1079

108352932 GGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCC 108352991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCC 1139

108352992 TTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTC 108353051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTC 1199

108353052 TTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCA 108353111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 TTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCA 1259

108353112 AGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGG 108353171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 AGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGG 1319

108353172 CTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 108353215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 CTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 1363

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1396 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 1455

108357471 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 108357530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1456 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 1515

108357531 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 108357590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1516 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 1575

108357591 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 108357650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1576 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 1635

108357651 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAGC 108357710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1636 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAGC 1695

108357711 TGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGGAATGCAGAAGCCTCAGGAGCC 108357770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1696 TGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGGAATGCAGAAGCCTCAGGAGCC 1755

108357771 GATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATGAAATGAAGC 108357830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1756 GATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATGAAATGAAGC 1815

108357831 GAGAAGGGAAATTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATGAGCAAAGCCTCCAAGAAATAT 108357890
          |||.||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1816 GAGGAGGGAAGTTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATGAGCAAAGCCTCCAAGAAATAT 1875

108357891 GGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTGTACCTGAAAGTGATGGGGAGA 108357950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1876 GGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTGTACCTGAAAGTGATGGGGAGA 1935

108357951 ATGCAACCAAGTTGGAAAACACTCTGCCGGATATTATCCAGGAGGACTTCCCTAATCTAG 108358010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1936 ATGCAACCAAGTTGGAAAACACTCTGCCGGATATTATCCAGGAGGACTTCCCTAATCTAG 1995

108358011 CAAGGCAGGCCAACGTTCAGATTCAGGAAATACAGAGAACGCCACAAAGATACTCCTCGA 108358070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1996 CAAGGCAGGCCAACGTTCAGATTCAGGAAATACAGAGAACGCCACAAAGATACTCCTCGA 2055

108358071 GAAGAGCAACTCCAAGACAC 108358090
          ||||||||||||||||||||
     2056 GAAGAGCAACTCCAAGACAC 2075

Alignment time is 1.80534 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     4306] =>      4306 nucs 'mol-32-2fb7-050058_4306'

Score:        4176
Aligned:      4274        nucs
Identic:      4234 ( 99%) nucs =>      3907 ( 99%)       327 (100%)
Gaps:           39 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108349308,108353215] EXCISED REGION [108357411,108357737]
 second seq =>  [        1,     3947] EXCISED REGION [     3980,     4306]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [3948,3979]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [3947,3948] to [3979,3980]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108349308 TGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTT 108349367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTT 60

108349368 CCTTATTTTAGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATT 108349427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTTATTTTAGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATT 120

108349428 TCCTTTTCTCTGTTGAATTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTA 108349487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCCTTTTCTCTGTTGAATTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTA 180

108349488 TAAAACATATTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATA 108349547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAAAACATATTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATA 240

108349548 ATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTC 108349607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTC 300

108349608 ACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACT 108349667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACT 360

108349668 CTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTA 108349727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTA 420

108349728 GTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAG 108349787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAG 480

108349788 GCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACT 108349847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACT 540

108349848 TATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTC 108349907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTC 600

108349908 AAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAA 108349967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAA 660

108349968 ATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGG 108350027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGG 720

108350028 ATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAA 108350087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAA 780

108350088 GGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCT 108350147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCT 840

108350148 ACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAG 108350207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAG 900

108350208 ACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGG 108350267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGG 960

108350268 CAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCA 108350327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCA 1020

108350328 GACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGT 108350387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGT 1080

108350388 CAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACA 108350447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACA 1140

108350448 GGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAA 108350507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAA 1200

108350508 CAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACT 108350567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACT 1260

108350568 CAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAA 108350627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAA 1320

108350628 CAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCT 108350687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCT 1380

108350688 TATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGT 108350747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGT 1440

108350748 CCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAA 108350807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAA 1500

108350808 TGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCAT 108350867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCAT 1560

108350868 TCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCT 108350927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCT 1620

108350928 GGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATAT 108350987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATAT 1680

108350988 TCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAAC 108351047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAAC 1740

108351048 AACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTA 108351107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTA 1800

108351108 CCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGC 108351167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGC 1860

108351168 AAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAG 108351227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAG 1920

108351228 GCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTG 108351287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTG 1980

108351288 AATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGG 108351347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGG 2040

108351348 ATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAA 108351407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAA 2100

108351408 AAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCA 108351467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCA 2160

108351468 GAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGT 108351527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGT 2220

108351528 GAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATT 108351587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATT 2280

108351588 TCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTT 108351647
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2281 TCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATCTT 2340

108351648 TGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTC 108351707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTC 2400

108351708 TTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATAT 108351767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATAT 2460

108351768 ATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAG 108351827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAG 2520

108351828 CATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTG 108351887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTG 2580

108351888 AGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTG 108351947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTG 2640

108351948 GTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCA 108352007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCA 2700

108352008 GGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGAT 108352067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGAT 2760

108352068 GAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGT 108352127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGT 2820

108352128 TTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACC 108352187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACC 2880

108352188 TCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAA 108352247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAA 2940

108352248 GAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGG 108352307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 GAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGG 3000

108352308 ATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTG 108352367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 ATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTG 3060

108352368 ATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGAT 108352427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGAT 3120

108352428 GTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAAT 108352487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAAT 3180

108352488 ATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTC 108352547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 ATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTC 3240

108352548 CACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATT 108352607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATT 3300

108352608 GTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTA 108352667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 GTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTA 3360

108352668 ACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTT 108352727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 ACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTT 3420

108352728 TTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-------------------------- 108352761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
     3421 TTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 3480

108352762 -------------GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAAC 108352808
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAAC 3540

108352809 ACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTA 108352868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 ACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTA 3600

108352869 GTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAG 108352928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAG 3660

108352929 ATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCT 108352988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 ATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCT 3720

108352989 GCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATG 108353048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 GCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATG 3780

108353049 CTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTT 108353108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 CTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTT 3840

108353109 CCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCC 108353168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 CCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCC 3900

108353169 TGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 108353215
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 3947

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3980 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 4039

108357471 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 108357530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4040 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 4099

108357531 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 108357590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4100 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 4159

108357591 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 108357650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4160 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 4219

108357651 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAGC 108357710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4220 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAGC 4279

108357711 TGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAG 108357737
          |||||||||||||||||||||||||||
     4280 TGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAG 4306

Alignment time is 4.67884 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     4653] =>      4653 nucs 'mol-32-2fee-267448_4653'

Score:        4551
Aligned:      4623        nucs
Identic:      4614 (100%) nucs =>      4299 (100%)       315 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108348913,108353215] EXCISED REGION [108357411,108357727]
 second seq =>  [        1,     4304] EXCISED REGION [     4337,     4653]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [4305,4336]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [4304,4305] to [4336,4337]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108348913 GCTGTCATTCTTATCATTGTTCTCTTATATGTAATGCTACTGTATTCTCTGGCTACTTTC 108348972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCTGTCATTCTTATCATTGTTCTCTTATATGTAATGCTACTGTATTCTCTGGCTACTTTC 60

108348973 ATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCAGAATTTGACTATGATGTCTGTAAGTGCATGCT 108349032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCAGAATTTGACTATGATGTCTGTAAGTGCATGCT 120

108349033 GCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGGAGCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGTATCCTTTT 108349092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGGAGCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGTATCCTTTT 180

108349093 TTAAAGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCCCTTCAAAAATGTTTATGCTCTACTCTCGCTC 108349152
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTAATGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCCCTTCAAAAATGTTTATGCTCTACTCTCGCTC 240

108349153 TTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATATATAGGCTAAATCATTTGATATTGCCCTAAA 108349212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATATATAGGCTAAATCATTTGATATTGCCCTAAA 300

108349213 AGTCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTATTCTGTTTCTGTGTAATATCTTTGATTCAGT 108349272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTATTCTGTTTCTGTGTAATATCTTTGATTCAGT 360

108349273 TTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCATAAGATCTGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTT 108349332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCATAAGATCTGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTT 420

108349333 CTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTTCCTTATTTTAGATATACATTTTTTT 108349392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTTCCTTATTTTAGATATACATTTTTTT 480

108349393 AGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAATTTTTACA 108349452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAATTTTTACA 540

108349453 TTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTATAAAACATATTTATAATAACTATTT 108349512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTATAAAACATATTTATAATAACTATTT 600

108349513 TAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATAATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTG 108349572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATAATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTG 660

108349573 GTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTCACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGT 108349632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTCACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGT 720

108349633 ATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACTCTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGG 108349692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACTCTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGG 780

108349693 ATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCAC 108349752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCAC 840

108349753 TGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGG 108349812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGG 900

108349813 GTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAG 108349872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAG 960

108349873 TTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCA 108349932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCA 1020

108349933 AGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTAT 108349992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTAT 1080

108349993 GAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTT 108350052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTT 1140

108350053 CTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAA 108350112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAA 1200

108350113 ATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCT 108350172
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACCTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCT 1260

108350173 CATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCA 108350232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCA 1320

108350233 TTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAG 108350292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAG 1380

108350293 TCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGC 108350352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGC 1440

108350353 TTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAA 108350412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAA 1500

108350413 AAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATA 108350472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATA 1560

108350473 AAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAG 108350532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAG 1620

108350533 GACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCA 108350592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCA 1680

108350593 ATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGT 108350652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGT 1740

108350653 CCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATG 108350712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATG 1800

108350713 GACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCC 108350772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCC 1860

108350773 TTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCA 108350832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCA 1920

108350833 TCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTA 108350892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTA 1980

108350893 AGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGA 108350952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGA 2040

108350953 CTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATT 108351012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATT 2100

108351013 TCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCC 108351072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCC 2160

108351073 AATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAG 108351132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAG 2220

108351133 AGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGT 108351192
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AGGAGATGCATGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGT 2280

108351193 GTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGA 108351252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     2281 GTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTACTTGAGTCCAGGA 2340

108351253 GTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGA 108351312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGA 2400

108351313 CTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACT 108351372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACT 2460

108351373 CAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCT 108351432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCT 2520

108351433 ACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAG 108351492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAG 2580

108351493 GCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTA 108351552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTA 2640

108351553 TTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCA 108351612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCA 2700

108351613 AGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAA 108351672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAA 2760

108351673 TCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGT 108351732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGT 2820

108351733 CTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTA 108351792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTA 2880

108351793 AAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCT 108351852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCT 2940

108351853 GAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAAT 108351912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 GAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAAT 3000

108351913 GCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAG 108351972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAG 3060

108351973 GGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCA 108352032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCA 3120

108352033 CTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCA 108352092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 CTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCA 3180

108352093 TTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAA 108352152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAA 3240

108352153 ATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTC 108352212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 ATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTC 3300

108352213 CTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGA 108352272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 CTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGA 3360

108352273 CATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAG 108352332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 CATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAG 3420

108352333 AGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAA 108352392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 AGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAA 3480

108352393 GACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACC 108352452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 GACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACC 3540

108352453 ACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGAT 108352512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 ACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGAT 3600

108352513 GATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACT 108352572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACT 3660

108352573 TCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAA 108352632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAA 3720

108352633 AAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTT 108352692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 AAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTT 3780

108352693 ATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTT 108352752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 ATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTT 3840

108352753 TTTTTTTTT-GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACA 108352811
          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACA 3900

108352812 GCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTA 108352871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTA 3960

108352872 GCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATG 108352931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATG 4020

108352932 GGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCC 108352991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 GGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCC 4080

108352992 TTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTC 108353051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTC 4140

108353052 TTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCA 108353111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 TTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCA 4200

108353112 AGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGG 108353171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 AGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGG 4260

108353172 CTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 108353215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 CTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 4304

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4337 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 4396

108357471 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTG--CCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGC 108357528
          ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||
     4397 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTC--CTCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGC 4454

108357529 AACGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATG 108357588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4455 AACGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATG 4514

108357589 ATCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTT 108357648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4515 ATCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTT 4574

108357649 TGAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGA 108357708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4575 TGAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGA 4634

108357709 GCTGATGGAGCTGAAAACC 108357727
          |||||||||||||||||||
     4635 GCTGATGGAGCTGAAAACC 4653

Alignment time is 4.01696 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     3702] =>      3702 nucs 'mol-32-30eb-009669_3702'

Score:        3695
Aligned:      3695        nucs
Identic:      3695 (100%) nucs =>      2927 (100%)       768 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108349835,108352761] EXCISED REGION [108352767,108353534]
 second seq =>  [        1,     2927] EXCISED REGION [     2933,     3700]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         5 nucs [108352762,108352766]
 second seq =>         5 nucs [2928,2932]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108349835 TTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCC 108349894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCC 60

108349895 TTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGT 108349954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGT 120

108349955 TCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAG 108350014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAG 180

108350015 ACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTG 108350074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTG 240

108350075 AAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTC 108350134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTC 300

108350135 CAGTAACTTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCT 108350194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGTAACTTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCT 360

108350195 TTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGA 108350254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGA 420

108350255 AATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCT 108350314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCT 480

108350315 GCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATA 108350374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATA 540

108350375 TTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTT 108350434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTT 600

108350435 GTCCATACACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGA 108350494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTCCATACACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGA 660

108350495 GTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGG 108350554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGG 720

108350555 ATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTA 108350614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTA 780

108350615 AGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTA 108350674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTA 840

108350675 TACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGT 108350734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGT 900

108350735 CCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCA 108350794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCA 960

108350795 TGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAA 108350854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAA 1020

108350855 TCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGT 108350914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGT 1080

108350915 TGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGG 108350974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGG 1140

108350975 TTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATC 108351034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATC 1200

108351035 AAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACT 108351094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACT 1260

108351095 GGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATT 108351154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATT 1320

108351155 CCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTAC 108351214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTAC 1380

108351215 TACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGAT 108351274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGAT 1440

108351275 GATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACT 108351334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACT 1500

108351335 CCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTT 108351394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTT 1560

108351395 CCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGT 108351454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGT 1620

108351455 TTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTT 108351514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTT 1680

108351515 CCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGT 108351574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGT 1740

108351575 CACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATT 108351634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATT 1800

108351635 CTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCT 108351694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCT 1860

108351695 TTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAA 108351754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAA 1920

108351755 ACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCT 108351814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCT 1980

108351815 GAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATT 108351874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATT 2040

108351875 CTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCA 108351934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCA 2100

108351935 CCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTC 108351994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTC 2160

108351995 TTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCA 108352054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCA 2220

108352055 AAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTT 108352114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTT 2280

108352115 TCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGT 108352174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGT 2340

108352175 TTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTA 108352234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTA 2400

108352235 AAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTAC 108352294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTAC 2460

108352295 TTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATA 108352354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATA 2520

108352355 ATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTC 108352414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTC 2580

108352415 TTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTG 108352474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTG 2640

108352475 TTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGAT 108352534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGAT 2700

108352535 CTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAA 108352594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAA 2760

108352595 TCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATG 108352654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATG 2820

108352655 ATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATT 108352714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 ATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATT 2880

108352715 TCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 108352761
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 2927

EXCISED REGION

108352767 AGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTC 108352826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2933 AGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTC 2992

108352827 GATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGT 108352886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2993 GATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGT 3052

108352887 GCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTT 108352946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3053 GCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTT 3112

108352947 GGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGT 108353006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3113 GGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGT 3172

108353007 GTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGA 108353066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3173 GTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGA 3232

108353067 CGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTC 108353126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3233 CGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTC 3292

108353127 TCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGA 108353186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3293 TCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGA 3352

108353187 TAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTGGTTTCAAATTTAGCGTTCGACA 108353246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3353 TAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTGGTTTCAAATTTAGCGTTCGACA 3412

108353247 ATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGCATCTATTGACTCCTTTCCATTC 108353306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3413 ATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGCATCTATTGACTCCTTTCCATTC 3472

108353307 AGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATTTTGAAGCCTGACTGCCTGGGTTTGAATGCT 108353366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3473 AGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATTTTGAAGCCTGACTGCCTGGGTTTGAATGCT 3532

108353367 GGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTTTTTTTAATCTCTCTAAGCCTCA 108353426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3533 GGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTTTTTTTAATCTCTCTAAGCCTCA 3592

108353427 GTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATAACAGTACCTACCTCACAGTGTTGTTGTGAA 108353486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3593 GTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATAACAGTACCTACCTCACAGTGTTGTTGTGAA 3652

108353487 GATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTTTATGATAGTATTTATATG 108353534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3653 GATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTTTATGATAGTATTTATATG 3700

Alignment time is 3.1773 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     5548] =>      5548 nucs 'mol-32-310c-082096_5548'

Score:        5520
Aligned:      5542        nucs
Identic:      5540 (100%) nucs =>      4568 (100%)       972 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108348965,108353534] EXCISED REGION [108353542,108354513]
 second seq =>  [        1,     4569] EXCISED REGION [     4577,     5548]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [108353535,108353541]
 second seq =>         7 nucs [4570,4576]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353542,108353542]
 second seq =>         1 nucs [4569,4569] to [4576,4576]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353541,108353541]
 second seq =>         1 nucs [4570,4570] to [4576,4576]

108348965 CTACTTTCATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCAGAATTTGACTATGATGTCTGTAAG 108349024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTACTTTCATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCAGAATTTGACTATGATGTCTGTAAG 60

108349025 TGCATGCTGCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGGAGCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGT 108349084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCATGCTGCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGGAGCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGT 120

108349085 ATCCTTTTTTAAAGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCCCTTCAAAAATGTTTATGCTCTAC 108349144
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATCCTTTTTTAATGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCCCTTCAAAAATGTTTATGCTCTAC 180

108349145 TCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATATATAGGCTAAATCATTTGATATT 108349204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATATATAGGCTAAATCATTTGATATT 240

108349205 GCCCTAAAAGTCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTATTCTGTTTCTGTGTAATATCTTT 108349264
          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCCCTAAAA-TCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTATTCTGTTTCTGTGTAATATCTTT 299

108349265 GATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCATAAGATCTGTGTTTGAGTTCACTA 108349324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 GATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCATAAGATCTGTGTTTGAGTTCACTA 359

108349325 AGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTTCCTTATTTTAGATATAC 108349384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 AGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTTCCTTATTTTAGATATAC 419

108349385 ATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAA 108349444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 ATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAA 479

108349445 TTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTATAAAACATATTTATAAT 108349504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTATAAAACATATTTATAAT 539

108349505 AACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATAATTTCTAGGTCTCCTAA 108349564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 AACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATAATTTCTAGGTCTCCTAA 599

108349565 TGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTCACAGGTCTATGAATTGT 108349624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 TGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTCACAGGTCTATGAATTGT 659

108349625 TTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACTCTGAATTAGGTTATCTT 108349684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 TTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACTCTGAATTAGGTTATCTT 719

108349685 CTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTG 108349744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 CTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTG 779

108349745 GAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTC 108349804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 GAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTC 839

108349805 ATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAATCCTA 108349864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 ATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAATCCTA 899

108349865 GTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGT 108349924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 GTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGT 959

108349925 GTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTGCTATG 108349984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 GTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTGCTATG 1019

108349985 TACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTC 108350044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTC 1079

108350045 ATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTC 108350104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 ATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTC 1139

108350105 TTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAATTTTAGTCAACT 108350164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAATTTTAGTCAACT 1199

108350165 TAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCT 108350224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 TAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCT 1259

108350225 GGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTA 108350284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 GGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTA 1319

108350285 TGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTTCACTA 108350344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTTCACTA 1379

108350345 TCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAG 108350404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAG 1439

108350405 TGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGTGTTGAAGA 108350464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGTGTTGAAGA 1499

108350465 CATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAGCATTT 108350524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 CATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAGCATTT 1559

108350525 TCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTG 108350584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTG 1619

108350585 CTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAGCATTT 108350644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 CTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAGCATTT 1679

108350645 CATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTATGAGT 108350704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 CATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTATGAGT 1739

108350705 GCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGA 108350764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 GCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGA 1799

108350765 GTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGT 108350824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 GTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGT 1859

108350825 ATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGAATCTT 108350884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 ATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGAATCTT 1919

108350885 CCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTT 108350944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 CCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTT 1979

108350945 CACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATG 108351004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 CACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATCTGATG 2039

108351005 ACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCC 108351064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 ACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAATGTCC 2099

108351065 ATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCT 108351124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 ATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCT 2159

108351125 GCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGC 108351184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGC 2219

108351185 ACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGA 108351244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 ACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGA 2279

108351245 GTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACC 108351304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 GTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACC 2339

108351305 AGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTG 108351364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 AGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTG 2399

108351365 GGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTT 108351424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 GGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTT 2459

108351425 CATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACA 108351484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 CATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACA 2519

108351485 AATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCT 108351544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 AATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCT 2579

108351545 TTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACT 108351604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 TTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACT 2639

108351605 CAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGT 108351664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 CAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGT 2699

108351665 AACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTAT 108351724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTAT 2759

108351725 TCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTC 108351784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 TCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTC 2819

108351785 AGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCT 108351844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 AGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCT 2879

108351845 GGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAA 108351904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 GGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAA 2939

108351905 ATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTA 108351964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 ATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTA 2999

108351965 ACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAA 108352024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 ACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAA 3059

108352025 GAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAA 108352084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 GAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAA 3119

108352085 GGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGAC 108352144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 GGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGAC 3179

108352145 CATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTT 108352204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 CATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTT 3239

108352205 CTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAG 108352264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 CTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAG 3299

108352265 CTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGG 108352324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 CTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGG 3359

108352325 ACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATAC 108352384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 ACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATAC 3419

108352385 TAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCA 108352444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 TAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCA 3479

108352445 GGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTG 108352504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 GGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTG 3539

108352505 TTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAA 108352564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 TTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAA 3599

108352565 AAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAA 108352624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 AAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAA 3659

108352625 AGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGA 108352684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 AGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGA 3719

108352685 AAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTT 108352744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 AAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTT 3779

108352745 TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACAT 108352804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3780 TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACAT 3839

108352805 GAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTC 108352864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3840 GAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTC 3899

108352865 GTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGT 108352924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3900 GTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGT 3959

108352925 AGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCC 108352984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3960 AGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCC 4019

108352985 TCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTG 108353044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4020 TCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTG 4079

108353045 AATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGC 108353104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4080 AATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGC 4139

108353105 ACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCA 108353164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4140 ACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCA 4199

108353165 CCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTG 108353224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4200 CCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTG 4259

108353225 GTTTCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGC 108353284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4260 GTTTCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGC 4319

108353285 ATCTATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATTTTGAAGCC 108353344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4320 ATCTATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATTTTGAAGCC 4379

108353345 TGACTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTT 108353404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4380 TGACTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTT 4439

108353405 TTTTTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATAACAGTACC 108353464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4440 TTTTTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATAACAGTACC 4499

108353465 TACCTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTTTATGATAG 108353524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4500 TACCTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTTTATGATAG 4559

108353525 TATTTATATG 108353534
          ||||||||||
     4560 TATTTATATG 4569

EXCISED REGION

108353542 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 108353601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4577 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 4636

108353602 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 108353661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4637 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 4696

108353662 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 108353721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4697 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 4756

108353722 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 108353781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4757 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 4816

108353782 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 108353841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4817 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 4876

108353842 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 108353901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4877 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 4936

108353902 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 108353961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4937 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 4996

108353962 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 108354021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4997 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 5056

108354022 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 108354081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5057 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 5116

108354082 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 108354141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5117 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 5176

108354142 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATTCCCTTGG 108354201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5177 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATTCCCTTGG 5236

108354202 AGCATTTCTACTGAGGCAGGTAGTTTACTGTCTTCAGAATGCAGAGGCAATTTTCAGGCT 108354261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5237 AGCATTTCTACTGAGGCAGGTAGTTTACTGTCTTCAGAATGCAGAGGCAATTTTCAGGCT 5296

108354262 TAATCCTTTTGGCAAGTCTAAGTTGTCAAACACCCTTTGCTCTGAATGGGAGGGAGGGCA 108354321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5297 TAATCCTTTTGGCAAGTCTAAGTTGTCAAACACCCTTTGCTCTGAATGGGAGGGAGGGCA 5356

108354322 GTAGGTAGAAATAGTAACTCTATTGGCCTATCATTCCTGAATGCAATTCTTTTTATTATT 108354381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5357 GTAGGTAGAAATAGTAACTCTATTGGCCTATCATTCCTGAATGCAATTCTTTTTATTATT 5416

108354382 ATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCAAAACGTGCAGGTTTGTTACATATCTATAC 108354441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5417 ATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCAAAACGTGCAGGTTTGTTACATATCTATAC 5476

108354442 ATGTGCCAGGTTGGTGTGCTGCACGTATTAACTCGTCACTTACATTAGGTATATCTCCTA 108354501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5477 ATGTGCCAGGTTGGTGTGCTGCACGTATTAACTCGTCACTTACATTAGGTATATCTCCTA 5536

108354502 ATGCTATCCCTC 108354513
          ||||||||||||
     5537 ATGCTATCCCTC 5548

Alignment time is 4.71931 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     3740] =>      3740 nucs 'mol-32-321f-117286_3740'

Score:        3527
Aligned:      3715        nucs
Identic:      3693 ( 99%) nucs =>      3297 (100%)       396 ( 96%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108349914,108353215] EXCISED REGION [108357411,108357821]
 second seq =>  [        1,     3297] EXCISED REGION [     3330,     3740]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [3298,3329]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [3297,3298] to [3329,3330]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108349914 CTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCC 108349973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCC 60

108349974 TCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTC 108350033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTC 120

108350034 TGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAAC 108350093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAAC 180

108350094 AAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAAT 108350153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAAT 240

108350154 TTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCT 108350213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCT 300

108350214 GCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAA 108350273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAA 360

108350274 GCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTG 108350333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTG 420

108350334 TATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGA 108350393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGA 480

108350394 AGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATC 108350453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATC 540

108350454 AGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATT 108350513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATT 600

108350514 TCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGT 108350573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGT 660

108350574 ACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAG 108350633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAG 720

108350634 ATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAA 108350693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAA 780

108350694 AAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCT 108350753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCT 840

108350754 TTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACT 108350813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACT 900

108350814 TGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAA 108350873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAA 960

108350874 TAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGT 108350933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGT 1020

108350934 TTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAAT 108350993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAAT 1080

108350994 AATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAA 108351053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAA 1140

108351054 ATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTT 108351113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTT 1200

108351114 CGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATC 108351173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATC 1260

108351174 TAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGA 108351233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGA 1320

108351234 GAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGT 108351293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGT 1380

108351294 CACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCAT 108351353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCAT 1440

108351354 AAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTT 108351413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTT 1500

108351414 CTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATA 108351473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATA 1560

108351474 GCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACAT 108351533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACAT 1620

108351534 CAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACT 108351593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACT 1680

108351594 TGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGAC 108351653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGAC 1740

108351654 AACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATT 108351713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATT 1800

108351714 ATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTT 108351773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTT 1860

108351774 TATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACT 108351833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACT 1920

108351834 AATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCAT 108351893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCAT 1980

108351894 ATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAA 108351953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAA 2040

108351954 TTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGG 108352013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGG 2100

108352014 GGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTA 108352073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTA 2160

108352074 TCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCAT 108352133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCAT 2220

108352134 GTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGAC 108352193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGAC 2280

108352194 AGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTAC 108352253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTAC 2340

108352254 AGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGG 108352313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGG 2400

108352314 GAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTG 108352373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTG 2460

108352374 CAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCA 108352433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCA 2520

108352434 AGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAA 108352493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAA 2580

108352494 AAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGT 108352553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGT 2640

108352554 TTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTT 108352613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTT 2700

108352614 GAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCAC 108352673
          |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
     2701 GAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAA-TGACCATGATTTCCTACCCTAACTCAC 2759

108352674 CCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCAT 108352733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 CCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCAT 2819

108352734 GCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAG 108352793
          ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 GCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAG 2875

108352794 TGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCT 108352853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2876 TGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCT 2935

108352854 CTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTT 108352913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2936 CTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTT 2995

108352914 GTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACC 108352973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2996 GTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACC 3055

108352974 TCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGT 108353033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3056 TCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGT 3115

108353034 GCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTG 108353093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3116 GCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTG 3175

108353094 CATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTT 108353153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3176 CATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTT 3235

108353154 ATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTA 108353213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3236 ATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTA 3295

108353214 CT 108353215
          ||
     3296 CT 3297

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 3389

108357471 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTG--CCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGC 108357528
          ||||||||||||.|||||||||||||||||    |||||||||||.||||||||||||||
     3390 GAAACTCTAAAAAGCAGAGCGCCTCTCCTC--CTCCAAAGGAATGCAGTTCCTCACCAGC 3447

108357529 AACGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATG 108357588
          |||||||||||||||||.||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||.|
     3448 AACGGAACAAAGCTGGACGGAGAACGACCTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGACG 3507

108357589 ATCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTT 108357648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3508 ATCAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTT 3567

108357649 TGAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGA 108357708
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     3568 TGAAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTGAAAGGA 3627

108357709 GCTGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGGAATGCAGAAGCCTCAGGAG 108357768
          ||||||||||||||||||||||.|||.||||||||.|||.||||||||||||||||||||
     3628 GCTGATGGAGCTGAAAACCAAGACTCAAGAACTACGTGAAGAATGCAGAAGCCTCAGGAG 3687

108357769 CCGATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATG 108357821
          ||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3688 CCAATGCAATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATG 3740

Alignment time is 3.21178 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2628] =>      2628 nucs 'mol-32-3240-090170_2628'

Score:        2610
Aligned:      2623        nucs
Identic:      2621 (100%) nucs =>      1505 (100%)      1116 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108352028,108353534] EXCISED REGION [108353542,108354657]
 second seq =>  [        1,     1505] EXCISED REGION [     1513,     2628]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [108353535,108353541]
 second seq =>         7 nucs [1506,1512]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353542,108353542]
 second seq =>         1 nucs [1505,1505] to [1512,1512]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353541,108353541]
 second seq =>         1 nucs [1506,1506] to [1512,1512]

108352028 AACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGA 108352087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGA 60

108352088 ATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCAT 108352147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCAT 120

108352148 GCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTG 108352207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTG 180

108352208 ATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTT 108352267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTT 240

108352268 CTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACA 108352327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACA 300

108352328 AGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAG 108352387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAG 360

108352388 GGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGA 108352447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGA 420

108352448 CCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTT 108352507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTT 480

108352508 CTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAG 108352567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAG 540

108352568 TAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGG 108352627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGG 600

108352628 TTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAA 108352687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAA 660

108352688 CAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTT 108352747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTT 720

108352748 TTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAA 108352807
          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTTTTTTTT--GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAA 778

108352808 CACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTT 108352867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 CACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTT 838

108352868 AGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGA 108352927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 AGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGA 898

108352928 GATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCC 108352987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 GATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCC 958

108352988 TGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAAT 108353047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 TGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAAT 1018

108353048 GCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACT 108353107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 GCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACT 1078

108353108 TCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCC 108353167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 TCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCC 1138

108353168 CTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTGGTT 108353227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 CTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTGGTT 1198

108353228 TCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGCATC 108353287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 TCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGCATC 1258

108353288 TATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATTTTGAAGCCTGA 108353347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 TATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATTTTGAAGCCTGA 1318

108353348 CTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTTTTT 108353407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 CTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTTTTT 1378

108353408 TTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATAACAGTACCTAC 108353467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATAACAGTACCTAC 1438

108353468 CTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTTTATGATAGTAT 108353527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 CTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTTTATGATAGTAT 1498

108353528 TTATATG 108353534
          |||||||
     1499 TTATATG 1505

EXCISED REGION

108353542 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 108353601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1513 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 1572

108353602 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 108353661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1573 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 1632

108353662 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 108353721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1633 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 1692

108353722 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 108353781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1693 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 1752

108353782 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 108353841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1753 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 1812

108353842 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 108353901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1813 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 1872

108353902 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 108353961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1873 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 1932

108353962 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 108354021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1933 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 1992

108354022 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 108354081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1993 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 2052

108354082 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 108354141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2053 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 2112

108354142 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATTCCCTTGG 108354201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2113 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATTCCCTTGG 2172

108354202 AGCATTTCTACTGAGGCAGGTAGTTTACTGTCTTCAGAATGCAGAGGCAATTTTCAGGCT 108354261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2173 AGCATTTCTACTGAGGCAGGTAGTTTACTGTCTTCAGAATGCAGAGGCAATTTTCAGGCT 2232

108354262 TAATCCTTTTGGCAAGTCTAAGTTGTCAAACACCCTTTGCTCTGAATGGGAGGGAGGGCA 108354321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2233 TAATCCTTTTGGCAAGTCTAAGTTGTCAAACACCCTTTGCTCTGAATGGGAGGGAGGGCA 2292

108354322 GTAGGTAGAAATAGTAACTCTATTGGCCTATCATTCCTGAATGCAATTCTTTTTATTATT 108354381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2293 GTAGGTAGAAATAGTAACTCTATTGGCCTATCATTCCTGAATGCAATTCTTTTTATTATT 2352

108354382 ATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCAAAACGTGCAGGTTTGTTACATATCTATAC 108354441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2353 ATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCAAAACGTGCAGGTTTGTTACATATCTATAC 2412

108354442 ATGTGCCAGGTTGGTGTGCTGCACGTATTAACTCGTCACTTACATTAGGTATATCTCCTA 108354501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2413 ATGTGCCAGGTTGGTGTGCTGCACGTATTAACTCGTCACTTACATTAGGTATATCTCCTA 2472

108354502 ATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCATAACAGGCCCCAGTGTGTGAGGTTCCCCTT 108354561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2473 ATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCATAACAGGCCCCAGTGTGTGAGGTTCCCCTT 2532

108354562 CCTGTGTCCAAGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAACATGCAGCGTTT 108354621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2533 CCTGTGTCCAAGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAACATGCAGCGTTT 2592

108354622 GGTTTTTTGTCCTTGCAATAGTTTGCTGAGAATGAT 108354657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2593 GGTTTTTTGTCCTTGCAATAGTTTGCTGAGAATGAT 2628

Alignment time is 2.26872 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     5459] =>      5459 nucs 'mol-32-3332-143907_5459'

Score:        5382
Aligned:      5430        nucs
Identic:      5424 (100%) nucs =>      4271 (100%)      1153 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108348941,108353215] EXCISED REGION [108357411,108358565]
 second seq =>  [        1,     4272] EXCISED REGION [     4305,     5459]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [4273,4304]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [4272,4273] to [4304,4305]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108348941 ATGTAATGCTACTGTATTCTCTGGCTACTTTCATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCA 108349000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGTAATGCTACTGTATTCTCTGGCTACTTTCATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCA 60

108349001 GAATTTGACTATGATGTCTGTAAGTGCATGCTGCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGG 108349060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAATTTGACTATGATGTCTGTAAGTGCATGCTGCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGG 120

108349061 AGCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGTATCCTTTTTTAAAGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATC 108349120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
      121 AGCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGTATCCTTTTTTAATGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATC 180

108349121 CCTTCAAAAATGTTTATGCTCTACTCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTAT 108349180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCTTCAAAAATGTTTATGCTCTACTCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTAT 240

108349181 ATATAGGCTAAATCATTTGATATTGCCCTAAAAGTCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTT 108349240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATATAGGCTAAATCATTTGATATTGCCCTAAAAGTCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTT 300

108349241 ATTCTGTTTCTGTGTAATATCTTTGATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCA 108349300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTCTGTTTCTGTGTAATATCTTTGATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCA 360

108349301 TAAGATCTGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCA 108349360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAGATCTGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCA 420

108349361 ATGACTTCCTTATTTTAGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTT 108349420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGACTTCCTTATTTTAGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTT 480

108349421 CAGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAATTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTC 108349480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAATTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTC 540

108349481 TAATTTATAAAACATATTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAG 108349540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAATTTATAAAACATATTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAG 600

108349541 CTGGATAATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTG 108349600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTGGATAATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTG 660

108349601 ATTTTTCACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGT 108349660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTTTCACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGT 720

108349661 AGAAACTCTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTT 108349720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAAACTCTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTT 780

108349721 TTTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCT 108349780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCT 840

108349781 TGTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCC 108349840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCC 900

108349841 CCAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTC 108349900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTC 960

108349901 AGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAA 108349960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAA 1020

108349961 CTCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCT 108350020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCT 1080

108350021 AATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATT 108350080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATT 1140

108350081 TGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAA 108350140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAA 1200

108350141 CTTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACT 108350200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACT 1260

108350201 CCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTC 108350260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CCACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTC 1320

108350261 CCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAG 108350320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAG 1380

108350321 CATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGT 108350380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGT 1440

108350381 CATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCAT 108350440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCAT 1500

108350441 ACACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAAC 108350500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAAC 1560

108350501 TGTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAG 108350560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAG 1620

108350561 TGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGAT 108350620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGAT 1680

108350621 AGAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCT 108350680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCT 1740

108350681 GTGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACT 108350740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACT 1800

108350741 CCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTT 108350800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTT 1860

108350801 GGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATA 108350860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATA 1920

108350861 AGAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCAT 108350920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AGAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCAT 1980

108350921 CTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGAT 108350980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGAT 2040

108350981 AATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACAC 108351040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACAC 2100

108351041 AAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAAC 108351100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAAC 2160

108351101 TTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTA 108351160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTA 2220

108351161 AAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGA 108351220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGA 2280

108351221 GGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGT 108351280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGT 2340

108351281 ACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAA 108351340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ACCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAA 2400

108351341 AATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAA 108351400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAA 2460

108351401 AAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAG 108351460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAG 2520

108351461 CTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGT 108351520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CTTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGT 2580

108351521 ATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTAC 108351580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTAC 2640

108351581 CAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTAT 108351640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CAACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTAT 2700

108351641 AAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGG 108351700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AAATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGG 2760

108351701 CTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGA 108351760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 CTATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGA 2820

108351761 GAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTT 108351820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GAGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTT 2880

108351821 CTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGT 108351880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CTAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGT 2940

108351881 TATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTT 108351940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTT 3000

108351941 TAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAAC 108352000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAAC 3060

108352001 TGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTG 108352060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TGGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTG 3120

108352061 TCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGA 108352120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TCAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGA 3180

108352121 AGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCAT 108352180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 AGGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCAT 3240

108352181 GAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGAC 108352240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 GAAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGAC 3300

108352241 TGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTC 108352300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTC 3360

108352301 ATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATC 108352360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 ATGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATC 3420

108352361 CATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTC 108352420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 CATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTC 3480

108352421 TCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCA 108352480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCA 3540

108352481 ATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAG 108352540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 ATAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAG 3600

108352541 TTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCA 108352600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCA 3660

108352601 AACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCC 108352660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 AACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCC 3720

108352661 TACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTC 108352720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTC 3780

108352721 TTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATC 108352780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
     3781 TTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT---GAGACAGGCTTGCTCCATC 3837

108352781 ACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTC 108352840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3838 ACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTC 3897

108352841 AAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGC 108352900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3898 AAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGC 3957

108352901 CTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCT 108352960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3958 CTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCT 4017

108352961 CGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGG 108353020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4018 CGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGG 4077

108353021 CTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATT 108353080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4078 CTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATT 4137

108353081 AAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGG 108353140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4138 AAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGG 4197

108353141 TAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTT 108353200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4198 TAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTT 4257

108353201 ATACTAGTTTCTACT 108353215
          |||||||||||||||
     4258 ATACTAGTTTCTACT 4272

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4305 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 4364

108357471 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 108357530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4365 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 4424

108357531 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 108357590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4425 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 4484

108357591 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 108357650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4485 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 4544

108357651 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAGC 108357710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4545 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAATACAGAGAAGTGCTTAAAGGAGC 4604

108357711 TGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGGAATGCAGAAGCCTCAGGAGCC 108357770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4605 TGATGGAGCTGAAAACCAAGGCTCGAGAACTACATGAGGAATGCAGAAGCCTCAGGAGCC 4664

108357771 GATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATGAAATGAAGC 108357830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4665 GATGCGATCAACTGGAAGAAAGGGTATCAGCAATGGAAGATGAAATGAATGAAATGAAGC 4724

108357831 GAGAAGGGAAATTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATGAGCAAAGCCTCCAAGAAATAT 108357890
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4725 GAGAAGGGAAGTTTAGAGAAAAAAGAATAAAAAGAAATGAGCAAAGCCTCCAAGAAATAT 4784

108357891 GGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTGTACCTGAAAGTGATGGGGAGA 108357950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4785 GGGACTATGTGAAAAGACCAAATCTACGTCTGATTGGTGTACCTGAAAGTGATGGGGAGA 4844

108357951 ATGCAACCAAGTTGGAAAACACTCTGCCGGATATTATCCAGGAGGACTTCCCTAATCTAG 108358010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4845 ATGCAACCAAGTTGGAAAACACTCTGCCGGATATTATCCAGGAGGACTTCCCTAATCTAG 4904

108358011 CAAGGCAGGCCAACGTTCAGATTCAGGAAATACAGAGAACGCCACAAAGATACTCCTCGA 108358070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4905 CAAGGCAGGCCAACGTTCAGATTCAGGAAATACAGAGAACGCCACAAAGATACTCCTCGA 4964

108358071 GAAGAGCAACTCCAAGACACATAATTGTCAGATTCACCAAAGTTGAAATGAAGGAAAAAA 108358130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4965 GAAGAGCAACTCCAAGACACATAATTGTCAGATTCACCAAAGTTGAAATGAAGGAAAAAA 5024

108358131 TGTTAAGGGCAGCCAGAGAGAAAGGTCGGGTTACCCTCAAAGGGAAGCCCATCAGGCGAA 108358190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5025 TGTTAAGGGCAGCCAGAGAGAAAGGTCGGGTTACCCTCAAAGGGAAGCCCATCAGGCGAA 5084

108358191 CAGCGGATCTCTCGGCAGAAACCCTACAAGCCAGAAGAGAGTGGGGGCCAATATTCAACA 108358250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5085 CAGCGGATCTCTCGGCAGAAACCCTACAAGCCAGAAGAGAGTGGGGGCCAATATTCAACA 5144

108358251 TTCCTAAAGAAAAGAATTTCCAACCCAGAATTTCATATCCAGCCAAACTAAGCTTCATAA 108358310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5145 TTCCTAAAGAAAAGAATTTCCAACCCAGAATTTCATATCCAGCCAAACTAAGCTTCATAA 5204

108358311 GTGAAGGAGAAATAAAATCCTTTACAGACAAGCAAATGCTGAGAGATTTTGTCACCACCA 108358370
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5205 GTGAAGGAGAAATAAAATACTTTACAGACAAGCAAATGCTGAGAGATTTTGTCACCACCA 5264

108358371 GGCCTGCCCTAAAAGAGCTCCTGAAGGAAACGCTAAACATGGAAAGGAACAACCGGTACC 108358430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5265 GGCCTGCCCTAAAAGAGCTCCTGAAGGAAACGCTAAACATGGAAAGGAACAACCGGTACC 5324

108358431 AGCCACTGCAAAATCATGCCAAAATGTAAAGACCATCGAGACTAGGAAGAAACTGCATCA 108358490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5325 AGCCACTGCAAAATCATGCCAAAATGTAAAGACCATCGAGACTAGGAAGAAACTGCATCA 5384

108358491 ACTAACGAGCAAAATCACCAGCTAACATCATAATGACAGGATCAAATTCACACATAACAA 108358550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5385 ACTAACGAGCAAAATCACCAGCTAACATCATAATGACAGGATCAAATTCACACATAACAA 5444

108358551 TATTAACTTTAAATG 108358565
          |||||||||||||||
     5445 TATTAACTTTAAATG 5459

Alignment time is 4.6701 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     3783] =>      3783 nucs 'mol-32-33a0-059620_3783'

Score:        3729
Aligned:      3753        nucs
Identic:      3750 (100%) nucs =>      3473 (100%)       277 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108349740,108353215] EXCISED REGION [108357411,108357687]
 second seq =>  [        1,     3474] EXCISED REGION [     3507,     3783]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [3475,3506]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [3474,3475] to [3506,3507]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108349740 TTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTTTAG 108349799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTTTAG 60

108349800 GCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAA 108349859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCTTAA 120

108349860 TCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCT 108349919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTGCCT 180

108349920 AGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTG 108349979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCAGTG 240

108349980 CTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAG 108350039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGCTAG 300

108350040 GCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAG 108350099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAAAAG 360

108350100 CATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAATTTTAGT 108350159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAATTTTAGT 420

108350160 CAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTC 108350219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCTTTC 480

108350220 TGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAG 108350279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCCAAG 540

108350280 GAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTT 108350339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTATGTT 600

108350340 CACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATC 108350399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGTATC 660

108350400 TTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGTGTT 108350459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGTGTT 720

108350460 GAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAG 108350519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCTCAG 780

108350520 CATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTT 108350579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACTTTT 840

108350580 AGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAG 108350639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATTTAG 900

108350640 CATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTA 108350699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAATTA 960

108350700 TGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGA 108350759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTAGGA 1020

108350760 GTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCA 108350819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGCCCA 1080

108350820 GGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGA 108350879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAAGGA 1140

108350880 ATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAG 108350939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTTCAG 1200

108350940 GGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATC 108350999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAATATC 1260

108351000 TGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAA 108351059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATAAAA 1320

108351060 TGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACC 108351119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGTACC 1380

108351120 TTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGC 108351179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAGAGC 1440

108351180 TGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTG 108351239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTG 1500

108351240 CTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGC 108351299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGC 1560

108351300 ACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTT 108351359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTT 1620

108351360 CCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGT 108351419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGT 1680

108351420 CACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAAT 108351479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAAT 1740

108351480 GGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCA 108351539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCA 1800

108351540 CCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTG 108351599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTG 1860

108351600 AAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCT 108351659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCT 1920

108351660 GTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGT 108351719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGT 1980

108351720 ACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATC 108351779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATC 2040

108351780 ATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGA 108351839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGA 2100

108351840 ATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCAT 108351899
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2101 ATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATACCCAT 2160

108351900 AGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCAT 108351959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCAT 2220

108351960 GTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATC 108352019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATC 2280

108352020 CACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTT 108352079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTT 2340

108352080 CATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAAC 108352139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAAC 2400

108352140 TTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGC 108352199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGC 2460

108352200 ACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTG 108352259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTG 2520

108352260 ACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGG 108352319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGG 2580

108352320 AATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGC 108352379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGC 2640

108352380 CATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGG 108352439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGG 2700

108352440 TCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCAT 108352499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCAT 2760

108352500 TACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAA 108352559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAA 2820

108352560 GATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGG 108352619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGG 2880

108352620 TTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAG 108352679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAG 2940

108352680 ATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTT 108352739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTT 3000

108352740 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGT 108352799
          ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT--GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGT 3058

108352800 GACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCA 108352859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 GACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCA 3118

108352860 GCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTT 108352919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 GCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTT 3178

108352920 TCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGT 108352979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 TCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGT 3238

108352980 GATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGG 108353039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 GATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGG 3298

108353040 CCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGT 108353099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 CCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGT 3358

108353100 AAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCAT 108353159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 AAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCAT 3418

108353160 TTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 108353215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 TTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 3474

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3507 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 3566

108357471 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 108357530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3567 GAAACTCTAAAACGCAGAGCGCCTCTCCTCTGCCAAAGGAATGTAGTTCCTCACCAGCAA 3626

108357531 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 108357590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3627 CGGAACAAAGCTGGATGGAGAATGACTTTGACGAGCTGAGAGAAGAAGGCTTCAGATGAT 3686

108357591 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 108357650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3687 CAAATTACTCTGAGCTACGGGAGGACATTCAAACCAAAGGCAAAGAAGTTGAACACTTTG 3746

108357651 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAA 108357687
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3747 AAAAAAATTTAGAAGAATGTATAACTAGAATAACCAA 3783

Alignment time is 3.2506 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     2075] =>      2075 nucs 'mol-32-33ab-092839_2075'

Score:        2032
Aligned:      2043        nucs
Identic:      2042 (100%) nucs =>      1971 (100%)        71 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108351245,108353215] EXCISED REGION [108357411,108357481]
 second seq =>  [        1,     1972] EXCISED REGION [     2005,     2075]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4195 nucs [108353216,108357410]
 second seq =>        32 nucs [1973,2004]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [1972,1973] to [2004,2005]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

108351245 GTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACC 108351304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCACTGCACACC 60

108351305 AGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTG 108351364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAGCTTCCCTG 120

108351365 GGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTT 108351424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTGAGTCACTT 180

108351425 CATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACA 108351484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCTAATGGACA 240

108351485 AATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCT 108351544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAACCACCTCT 300

108351545 TTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACT 108351604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGCTTGAAACT 360

108351605 CAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGT 108351664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAACTCTGTTGT 420

108351665 AACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTAT 108351724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATTTGTACTAT 480

108351725 TCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTC 108351784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTATATCATGTC 540

108351785 AGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCT 108351844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAATTGAATGCT 600

108351845 GGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAA 108351904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATCCATAGGAA 660

108351905 ATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTA 108351964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTTCATGTTTA 720

108351965 ACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAA 108352024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGCATCCACAA 780

108352025 GAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAA 108352084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCTGTTCATAA 840

108352085 GGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGAC 108352144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTTAACTTGAC 900

108352145 CATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTT 108352204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGAAGCACTTT 960

108352205 CTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAG 108352264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGCCTGACAAG 1020

108352265 CTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGG 108352324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAGAGGAATGG 1080

108352325 ACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATAC 108352384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAGGGCCATAC 1140

108352385 TAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCA 108352444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCA 1200

108352445 GGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTG 108352504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAGCATTACTG 1260

108352505 TTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAA 108352564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTAGAAGATAA 1320

108352565 AAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAA 108352624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAATGGTTGAA 1380

108352625 AGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGA 108352684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCACAGATAGA 1440

108352685 AAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTT 108352744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCCTTTTTTTT 1500

108352745 TTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACA 108352803
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGCAGTGACA 1560

108352804 TGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCT 108352863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCT 1620

108352864 CGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAG 108352923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTCAG 1680

108352924 TAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATC 108352983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGATC 1740

108352984 CTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCT 108353043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCT 1800

108353044 GAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAG 108353103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCATGGTAAAG 1860

108353104 CACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCC 108353163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATTCATTTCC 1920

108353164 ACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 108353215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACT 1972

EXCISED REGION

108357411 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 108357470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 ATCAAAGACCAAAAGTAGATAAAACCACAAAGATGGGGAAAAAACAGAACAGAAAAACTG 2064

108357471 GAAACTCTAAA 108357481
          |||||||||||
     2065 GAAACTCTAAA 2075

Alignment time is 1.79644 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     5538] =>      5538 nucs 'mol-32-3492-028989_5538'

Score:        5478
Aligned:      5533        nucs
Identic:      5528 (100%) nucs =>      4469 (100%)      1059 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108349062,108353534] EXCISED REGION [108353542,108354600]
 second seq =>  [        1,     4472] EXCISED REGION [     4480,     5538]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [108353535,108353541]
 second seq =>         7 nucs [4473,4479]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353542,108353542]
 second seq =>         1 nucs [4472,4472] to [4479,4479]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353541,108353541]
 second seq =>         1 nucs [4473,4473] to [4479,4479]

108349062 GCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGTATCCTTTTTTAAAGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCC 108349121
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
        1 GCTTCTTGGATTTGTTGTTTGGTATCCTTTTTTAATGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCC 60

108349122 CTTCAAAAATGTTTATGCTCTACTCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATA 108349181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTCAAAAATGTTTATGCTCTACTCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATA 120

108349182 TATAGGCTAAATCATTTGATATTGCCCTAAAAGTCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTA 108349241
          |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
      121 TATAGGCTAAATCATTTGATATTGCCCTAAAA-TCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTA 179

108349242 TTCTGTTTCTGTGTAATATCTTTGATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCAT 108349301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 TTCTGTTTCTGTGTAATATCTTTGATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCAT 239

108349302 AAGATCTGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAA 108349361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 AAGATCTGTGTTTGAGTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAA 299

108349362 TGACTTCCTTATTTTAGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTC 108349421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 TGACTTCCTTATTTTAGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTC 359

108349422 AGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAATTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCT 108349481
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 AGGATTTCCTTTTCTCTGTTGAATCTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCT 419

108349482 AATTTATAAAACATATTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGC 108349541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 AATTTATAAAACATATTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGC 479

108349542 TGGATAATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGA 108349601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TGGATAATTTCTAGGTCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGA 539

108349602 TTTTTCACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTA 108349661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TTTTTCACAGGTCTATGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTA 599

108349662 GAAACTCTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTT 108349721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 GAAACTCTGAATTAGGTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTT 659

108349722 TTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTT 108349781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 TTGTTAGTTTGTTTGTTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTT 719

108349782 GTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCC 108349841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 GTCAAGGCCTGGTTTTAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCC 779

108349842 CAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCA 108349901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CAGACTTATAATGCTTAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCA 839

108349902 GGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAAC 108349961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 GGTCTCAAGTGACTGCCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAAC 899

108349962 TCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTA 108350021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TCTAAAATATCCTCAGTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTA 959

108350022 ATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTT 108350081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 ATAAGGATTCTCTGCTAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTT 1019

108350082 GGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAAC 108350141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 GGTCAAGGAAACAAAAAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAAC 1079

108350142 TTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTC 108350201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TTCCCTACAAATTTTAGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTC 1139

108350202 CACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCC 108350261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 CACAAGACTGCTGCTTTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCC 1199

108350262 CACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGC 108350321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 CACAGGCAGAAAGCCAAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGC 1259

108350322 ATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTC 108350381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 ATAGCAGACCTGTATGTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTC 1319

108350382 ATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATA 108350441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 ATTTGTCAAGGAAGTATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATA 1379

108350442 CACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACT 108350501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CACACAGGAATCAGTGTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACT 1439

108350502 GTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGT 108350561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GTCCAACAGATTTCTCAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGT 1499

108350562 GTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATA 108350621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 GTTACTCAGTGTACTTTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATA 1559

108350622 GAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTG 108350681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 GAAAAACAAGAGATTTAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTG 1619

108350682 TGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTC 108350741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TGAGCTTATAAAAAATTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTC 1679

108350742 CTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTG 108350801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 CTGTGTCCAGCTTTAGGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTG 1739

108350802 GTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAA 108350861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 GTAAAATGAACTTGCCCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAA 1799

108350862 GAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATC 108350921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 GAGCATTCTCAATAAGGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATC 1859

108350922 TTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATA 108350981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TTCTCTGGAAGTTTTCAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATA 1919

108350982 ATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACA 108351041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 ATATATTCCAATAATATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACA 1979

108351042 AGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACT 108351101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 AGAAACAACTAAATAAAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACT 2039

108351102 TCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAA 108351161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 TCTTTACCCCTTCGTACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAA 2099

108351162 AAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAG 108351221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 AAATGCAAGATCTAGAGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAG 2159

108351222 GCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTA 108351281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTA 2219

108351282 CCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAA 108351341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 CCTGTGAATAGTCACTGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAA 2279

108351342 ATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAA 108351401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 ATAAGGATGCATAAGCTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAA 2339

108351402 AGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGC 108351461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 AGTCAAAAATTTCTGAGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGC 2399

108351462 TTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTA 108351521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TTATCAGAAATAGCTAATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTA 2459

108351522 TGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACC 108351581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TGGAGTGAACATCAACCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACC 2519

108351582 AACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATA 108351641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 AACATTTCCACTTGCTTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATA 2579

108351642 AATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGC 108351701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AATTTTTGAGACAACTCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGC 2639

108351702 TATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAG 108351761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 TATGTCTTTATTATTTGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAG 2699

108351762 AGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTC 108351821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AGATATATTCTTTATATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTC 2759

108351822 TAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTT 108351881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 TAAGAGCATACTAATTGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTT 2819

108351882 ATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTT 108351941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 ATATTGAGTCATATCCATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTT 2879

108351942 AGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACT 108352001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 AGGCTGGTTGAATTTCATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACT 2939

108352002 GGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGT 108352061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 GGATCAGGAGGGGGCATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGT 2999

108352062 CAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAA 108352121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 CAAGATGAGTTATCTGTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAA 3059

108352122 GGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATG 108352181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 GGCAGTTTTCATGTTAACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATG 3119

108352182 AAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACT 108352241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 AAAACCTCAGACAGAAGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACT 3179

108352242 GTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCA 108352301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 GTAAAAGAGTACAGCCTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCA 3239

108352302 TGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCC 108352361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 TGGTGGATATGGGAGAGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCC 3299

108352362 ATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCT 108352421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 ATATTGATTTTGCAGGGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCT 3359

108352422 CAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAA 108352481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 CAAGATGTCTCAAGGAGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAA 3419

108352482 TAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGT 108352541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 TAAAATATCAAAAAGCATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGT 3479

108352542 TTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAA 108352601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 TTGTTCCACTGTTTAGAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAA 3539

108352602 ACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCT 108352661
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
     3540 ACCATTGTGTTTGAATGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAA-TGACCATGATTTCCT 3598

108352662 ACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCT 108352721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 ACCCTAACTCACCCACAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCT 3658

108352722 TATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGACAGGCTTGCTCCATC 108352780
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
     3659 TATTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATC 3718

108352781 ACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTC 108352840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 ACCCAGACTGGAGTGCAGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTC 3778

108352841 AAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGC 108352900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 AAGCCATCCTCCTCTCTCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGC 3838

108352901 CTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCT 108352960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 CTGGCTAATTTTTGTATTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCT 3898

108352961 CGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGG 108353020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 CGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGG 3958

108353021 CTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATT 108353080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 CTTGAGCCACTGTGCCTGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATT 4018

108353081 AAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGG 108353140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 AAATGTTTTGGTGCATGGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGG 4078

108353141 TAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTT 108353200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 TAAATTTTTATTTATTCATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTT 4138

108353201 ATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTGGTTTCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTT 108353260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 ATACTAGTTTCTACTTTTCAGGTGGTTTCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTT 4198

108353261 TTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGCATCTATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTG 108353320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4199 TTCTTTCTTGGTGTTTTAGATAGCATCTATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTG 4258

108353321 GTTAACAGTATAGATTTTGAAGCCTGACTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTC 108353380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 GTTAACAGTATAGATTTTGAAGCCTGACTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTC 4318

108353381 CTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTTTTTTTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGT 108353440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4319 CTGGTGTGTGGCCTTGAGCAATTTTTTTTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGT 4378

108353441 AAAAATGAAGATAATAACAGTACCTACCTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTG 108353500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 AAAAATGAAGATAATAACAGTACCTACCTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTG 4438

108353501 ATACTTGTAAGATGTTTATGATAGTATTTATATG 108353534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 ATACTTGTAAGATGTTTATGATAGTATTTATATG 4472

EXCISED REGION

108353542 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 108353601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4480 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 4539

108353602 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 108353661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4540 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 4599

108353662 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 108353721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4600 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 4659

108353722 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 108353781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4660 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 4719

108353782 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 108353841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4720 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 4779

108353842 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 108353901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4780 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 4839

108353902 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 108353961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4840 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 4899

108353962 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 108354021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4900 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 4959

108354022 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 108354081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4960 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 5019

108354082 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 108354141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5020 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 5079

108354142 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATTCCCTTGG 108354201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5080 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATTCCCTTGG 5139

108354202 AGCATTTCTACTGAGGCAGGTAGTTTACTGTCTTCAGAATGCAGAGGCAATTTTCAGGCT 108354261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5140 AGCATTTCTACTGAGGCAGGTAGTTTACTGTCTTCAGAATGCAGAGGCAATTTTCAGGCT 5199

108354262 TAATCCTTTTGGCAAGTCTAAGTTGTCAAACACCCTTTGCTCTGAATGGGAGGGAGGGCA 108354321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5200 TAATCCTTTTGGCAAGTCTAAGTTGTCAAACACCCTTTGCTCTGAATGGGAGGGAGGGCA 5259

108354322 GTAGGTAGAAATAGTAACTCTATTGGCCTATCATTCCTGAATGCAATTCTTTTTATTATT 108354381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5260 GTAGGTAGAAATAGTAACTCTATTGGCCTATCATTCCTGAATGCAATTCTTTTTATTATT 5319

108354382 ATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCAAAACGTGCAGGTTTGTTACATATCTATAC 108354441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5320 ATTATACTTTAAGTTCTAGGGTACATGTGCAAAACGTGCAGGTTTGTTACATATCTATAC 5379

108354442 ATGTGCCAGGTTGGTGTGCTGCACGTATTAACTCGTCACTTACATTAGGTATATCTCCTA 108354501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5380 ATGTGCCAGGTTGGTGTGCTGCACGTATTAACTCGTCACTTACATTAGGTATATCTCCTA 5439

108354502 ATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCATAACAGGCCCCAGTGTGTGAGGTTCCCCTT 108354561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5440 ATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCATAACAGGCCCCAGTGTGTGAGGTTCCCCTT 5499

108354562 CCTGTGTCCAAGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTAT 108354600
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5500 CCTGTGTCCAAGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTAT 5538

Alignment time is 4.70798 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [108343215,108367410] =>     24196 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [        1,     5296] =>      5296 nucs 'mol-32-34a8-086938_5296'

Score:        5247
Aligned:      5291        nucs
Identic:      5287 (100%) nucs =>      4634 (100%)       653 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [108348897,108353534] EXCISED REGION [108353542,108354194]
 second seq =>  [        1,     4636] EXCISED REGION [     4644,     5296]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [108353535,108353541]
 second seq =>         7 nucs [4637,4643]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353542,108353542]
 second seq =>         1 nucs [4636,4636] to [4643,4643]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [108353535,108353535] to [108353541,108353541]
 second seq =>         1 nucs [4637,4637] to [4643,4643]

108348897 TTCTGATAAGAAACCAGCTGTCATTCTTATCATTGTTCTCTTATATGTAATGCTACTGTA 108348956
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTGATAAGAAACCAGCAGTCATTCTTATCATTGTTCTCTTATATGTAATGCTACTGTA 60

108348957 TTCTCTGGCTACTTTCATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCAGAATTTGACTATGATG 108349016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCTCTGGCTACTTTCATGATTTTCTATTTTCCCTTGGTCTTCAGAATTTGACTATGATG 120

108349017 TCTGTAAGTGCATGCTGCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGGAGCTTCTTGGATTTGT 108349076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTGTAAGTGCATGCTGCATATTTATCTTGCTTGAGATTTGTGGAGCTTCTTGGATTTGT 180

108349077 TGTTTGGTATCCTTTTTTAAAGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCCCTTCAAAAATGTTTA 108349136
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTTTGGTATCCTTTTTTAATGTTCAAAAATTTCAGTCGTTATCCCTTCAAAAATGTTTA 240

108349137 TGCTCTACTCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATATATAGGCTAAATCAT 108349196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCTCTACTCTCGCTCTTTCCTTTCCTCCCAAAGCTCCAATTATATATAGGCTAAATCAT 300

108349197 TTGATATTGCCCTAAAAGTCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTATTCTGTTTCTGTGTA 108349256
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGATATTGCCCTAAAA-TCTCTGATGTGTATTTTTTTTTCTTTATTCTGTTTCTGTGTA 359

108349257 ATATCTTTGATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCATAAGATCTGTGTTTGA 108349316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 ATATCTTTGATTCAGTTTGGATAATTTCTATCTCTGAGGCAGCATAAGATCTGTGTTTGA 419

108349317 GTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTTCCTTATTTT 108349376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 GTTCACTAAGCCTTTTCTGTTACGTTCGGTAGTCTTCTATTTCAATGACTTCCTTATTTT 479

108349377 AGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATTTCCTTTTCT 108349436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 AGATATACATTTTTTTAGTTCTAAAATTTCCATCTTGTCCTTTTCAGGATTTCCTTTTCT 539

108349437 CTGTTGAATTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTATAAAACATA 108349496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 CTGTTGAATTTTTACATTTCTTTACAGTTTTCCACTTTTTTCTCTAATTTATAAAACATA 599

108349497 TTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATAATTTCTAGG 108349556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 TTTATAATAACTATTTTAAATTTTCCTCCTGTTAATTCCAATAGCTGGATAATTTCTAGG 659

108349557 TCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTCACAGGTCTA 108349616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 TCTCCTAATGAATTTGGTTTTAGTATTGTGGTTCACATTTTCTGATTTTTCACAGGTCTA 719

108349617 TGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACTCTGAATTAG 108349676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 TGAATTGTTTTATTGTATGCTGGACATTGTGAATTACATGCTGTAGAAACTCTGAATTAG 779

108349677 GTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTAGTTTGTTTG 108349736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 GTTATCTTCTTTCAGGATTAAGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTAGTTTGTTTG 839

108349737 TTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTT 108349796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 TTTTTCTGGAAGGCACTGAAATTACTGCTGAATCTCCTGGATCTTGTCAAGGCCTGGTTT 899

108349797 TAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCT 108349856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TAGGCTTCATTTGGGGGTGGAAGGCAGCTATTTTTATTTTTCCCCCAGACTTATAATGCT 959

108349857 TAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTG 108349916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 TAATCCTAGTTTGTAGTTCTTATTCCTAATGTGTGGCCTTTCTCAGGTCTCAAGTGACTG 1019

108349917 CCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCA 108349976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 CCTAGTGTGTTCACCAAGGTCTCTTCATTCTGGAGGGTTCAGAACTCTAAAATATCCTCA 1079

108349977 GTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGC 108350036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GTGCTATGTACATTATGAAATTTCCATTCAGCTCCCAGACTCCTAATAAGGATTCTCTGC 1139

108350037 TAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAA 108350096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TAGGCCTCATAGAGTTCTAACCTAAACATGAAGAGCTGAAGATTTGGTCAAGGAAACAAA 1199

108350097 AAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAATTTT 108350156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 AAGCATTCTTACACAAATTCCTTTAACCCCCTAATTTCCAGTAACTTCCCTACAAATTTT 1259

108350157 AGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCT 108350216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 AGTCAACTTAGCAGCTCATAATTCTGATCTCTCTTTCTTTCACTCCACAAGACTGCTGCT 1319

108350217 TTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCC 108350276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TTCTGCCTGGGCTCCATTTCCCTGCACTGGAATTTGGAAATTTCCCACAGGCAGAAAGCC 1379

108350277 AAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTAT 108350336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 AAGGAGTATGTGAAAGTCAAATTGTATGTTTCTCCTCTGCTGAGCATAGCAGACCTGTAT 1439

108350337 GTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGT 108350396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GTTCACTATCAAATGCTTAAAAACTATTACTTTTTATATTTTGTCATTTGTCAAGGAAGT 1499

108350397 ATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGT 108350456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 ATCTTGAGTGGTACAAAAAACCTCTTGAGAAGGAATTTGTCCATACACACAGGAATCAGT 1559

108350457 GTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCT 108350516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 GTTGAAGACATTTATAAAATTAGAACATTTTAATTAGAGTAAACTGTCCAACAGATTTCT 1619

108350517 CAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACT 108350576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 CAGCATTTTCTCTGAGGACCTAGGAACTTCCAGAAAGGATCCAGTGTTACTCAGTGTACT 1679

108350577 TTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATT 108350636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTTAGTTGCTGTACCAATTCACTATGCATTTTATCCTAAGTGATAGAAAAACAAGAGATT 1739

108350637 TAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAA 108350696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TAGCATTTCATTAAGTCCTCACAACATGTATAAATTTATACCCTGTGAGCTTATAAAAAA 1799

108350697 TTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTA 108350756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 TTATGAGTGCTCTATGGACAAGGCACTTATCTGCCAGTCCAACTCCTGTGTCCAGCTTTA 1859

108350757 GGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGC 108350816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GGAGTTGAGTAACTCCTTGATATTCTTGTTATCAGGCATGTCTTGGTAAAATGAACTTGC 1919

108350817 CCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAA 108350876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 CCAGGTGTATCAAGCATCAGATGATACTACTGCAAAAATCTATAAGAGCATTCTCAATAA 1979

108350877 GGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTT 108350936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 GGAATCTTCCCAATTAAGTACCTGCCATGGATTCAAGTTGCCATCTTCTCTGGAAGTTTT 2039

108350937 CAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAAT 108350996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CAGGGTTTCACAAAGACTCTGCATCTGATGGCTCCAGGTTTGATAATATATTCCAATAAT 2099

108350997 ATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATA 108351056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 ATCTGATGACATTATTTCAAGTCTTGTTTAGTTAAATCAAACACAAGAAACAACTAAATA 2159

108351057 AAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGT 108351116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 AAATGTCCATCTTTCCAATGTTACTTTCTTAGGCAACTGGCAACTTCTTTACCCCTTCGT 2219

108351117 ACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAG 108351176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 ACCTTTCTGCAGCAAGAGGAGATGCAGGGGAGTCCATTCCCTTAAAAATGCAAGATCTAG 2279

108351177 AGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAA 108351236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 AGCTGAGCACAGTGGTGTGCACCTGTAGTCTAAGCTACTACGGAGGCTGAGGCAGGAGAA 2339

108351237 TTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCAC 108351296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 TTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTATGTGATGATTGTACCTGTGAATAGTCAC 2399

108351297 TGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAG 108351356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TGCACACCAGCCTGGACTATACTGTGAGACCCTCAACTCCCTAAAATAAGGATGCATAAG 2459

108351357 CTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTG 108351416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 CTTCCCTGGGGCAACTCAATCTTTACTGTGTTTTTCTTCCATAAAAGTCAAAAATTTCTG 2519

108351417 AGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCT 108351476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 AGTCACTTCATTGTCTACTGAGAAAAAAAGTGTGTGGTTTGAAGCTTATCAGAAATAGCT 2579

108351477 AATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAA 108351536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AATGGACAAATTCTAGGCTGCTAAGAAATTATTGGCTTCCATGTATGGAGTGAACATCAA 2639

108351537 CCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGC 108351596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 CCACCTCTTTTTATTATTTCCTCTTAACCCCAAAAAGTCACTACCAACATTTCCACTTGC 2699

108351597 TTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAAC 108351656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 TTGAAACTCAAGAGCAAGATTATCTATATATAAGAATTCTGTATAAATTTTTGAGACAAC 2759

108351657 TCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATT 108351716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 TCTGTTGTAACAGAAATCAAGAATAACCACAAGTAGCTTTATGGCTATGTCTTTATTATT 2819

108351717 TGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTAT 108351776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 TGTACTATTCTCAAGTCTCTCTGAGGATTACTTTCCAAACCAGAGAGATATATTCTTTAT 2879

108351777 ATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAAT 108351836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 ATCATGTCAGTAGGTAAAACACATTAGAGTCCCTTGCTGAGTTTCTAAGAGCATACTAAT 2939

108351837 TGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATC 108351896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 TGAATGCTGGTATCCTGAACTGTCTGCCCCTGCAAATTCTAGGTTATATTGAGTCATATC 2999

108351897 CATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTT 108351956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 CATAGGAAATTTTAATGCTGAAAGATCTCCTAGACTCACCTCTTTAGGCTGGTTGAATTT 3059

108351957 CATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGC 108352016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 CATGTTTAACTGAAAGGGATCTCAGATTAGCCTGGGTCTTGAACTGGATCAGGAGGGGGC 3119

108352017 ATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCT 108352076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 ATCCACAAGAGAACCACTCCAGAAATGTAAGCTGTTCAAAACTGTCAAGATGAGTTATCT 3179

108352077 GTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTT 108352136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 GTTCATAAGGAATTCATTGTATGGAGGAATTGTATTTTTCAAGAAGGCAGTTTTCATGTT 3239

108352137 AACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGA 108352196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 AACTTGACCATGCTAAATGTAGCATATCCAAAATCTGTTTGCATGAAAACCTCAGACAGA 3299

108352197 AGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGC 108352256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 AGCACTTTCTGATGTCCTGGAATTGATTCTGATATTTAAAAGACTGTAAAAGAGTACAGC 3359

108352257 CTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAG 108352316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 CTGACAAGCTTCTTGACATAACTGGTTAAGGAACCTACTTTTTCATGGTGGATATGGGAG 3419

108352317 AGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAG 108352376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 AGGAATGGACAAGCAGAGGGATCAGGAAGACTTAGATAATAATCCATATTGATTTTGCAG 3479

108352377 GGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGG 108352436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 GGCCATACTAGGGTAAGACTTTTTTCATTGATCTAGTCTTCCTCTCAAGATGTCTCAAGG 3539

108352437 AGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAG 108352496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 AGGTCCCAGGACCACCACCAACCTCTCTATGTTAGTTGTTTTCAATAAAATATCAAAAAG 3599

108352497 CATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTA 108352556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 CATTACTGTTTCTGATGATGTGGCCTACACATTGAGATCTTAAGTTTGTTCCACTGTTTA 3659

108352557 GAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAA 108352616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 GAAGATAAAAGTAACTTCAGGAAATTTTGTGTTCAAAATCTTCAAACCATTGTGTTTGAA 3719

108352617 TGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCA 108352676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 TGGTTGAAAGGTTGAAAAGAAAAAAAAAAATGACCATGATTTCCTACCCTAACTCACCCA 3779

108352677 CAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCC 108352736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3780 CAGATAGAAAACAGTTATCTTTAATATTTTGGTGTATTTCTTTCTTATTTTTTTCATGCC 3839

108352737 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGC 108352796
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3840 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGACAGGCTTGCTCCATCACCCAGACTGGAGTGC 3898

108352797 AGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTC 108352856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 AGTGACATGAACACAGCTCACTGCAACCTCGATCTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTCTC 3958

108352857 TCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTA 108352916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 TCAGCCTCGTTAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTA 4018

108352917 TTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCA 108352976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 TTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCCTGACCTCA 4078

108352977 AGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCC 108353036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 AGTGATCCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCTTGAGCCACTGTGCC 4138

108353037 TGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCAT 108353096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 TGGCCCTGAATGCTCTTAAAAGCATTAAGACGGTTTTTAAAATTAAATGTTTTGGTGCAT 4198

108353097 GGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATT 108353156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4199 GGTAAAGCACTTCCAAGCTACTCAGAAGTCTCTAAAATAAAAGGTAAATTTTTATTTATT 4258

108353157 CATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTT 108353216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 CATTTCCACCCCTGGCTTGAGTCCCACAGATAGAGATAACACTTATACTAGTTTCTACTT 4318

108353217 TTCAGGTGGTTTCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTT 108353276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4319 TTCAGGTGGTTTCAAATTTAGCGTTCGACAATGTGTTTATGCTTTTCTTTCTTGGTGTTT 4378

108353277 TAGATAGCATCTATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATT 108353336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 TAGATAGCATCTATTGACTCCTTTCCATTCAGGAGATGTTAGTGGTTAACAGTATAGATT 4438

108353337 TTGAAGCCTGACTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTG 108353396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 TTGAAGCCTGACTGCCTGGGTTTGAATGCTGGTTCTCCTACTTCCTGGTGTGTGGCCTTG 4498

108353397 AGCAATTTTTTTTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATA 108353456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4499 AGCAATTTTTTTTAATCTCTCTAAGCCTCAGTTTTCTCAAAAGTAAAAATGAAGATAATA 4558

108353457 ACAGTACCTACCTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTT 108353516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4559 ACAGTACCTACCTCACAGTGTTGTTGTGAAGATTTTATGAGTTGATACTTGTAAGATGTT 4618

108353517 TATGATAGTATTTATATG 108353534
          ||||||||||||||||||
     4619 TATGATAGTATTTATATG 4636

EXCISED REGION

108353542 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 108353601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4644 TAAATTTTATTTTTATTAAATTTGAAAGATGAAAATTTTAGCTCACTTTCATGGCTTTCT 4703

108353602 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 108353661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4704 ATTTTTATTTTACTTCCTCTTATTTGCTATATTATGTATTTTAATAGATTTCAATAATAA 4763

108353662 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 108353721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4764 ATTAAACATATATTTCTTATTTCAACTTTAGACAGTATCAATTTACCCTGAATGTGAGAT 4823

108353722 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 108353781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4824 ATAAAAGATAATGAAATAATCATCCTTTTAATTATCTTCACTCTCCTATCTCCTCCCACT 4883

108353782 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 108353841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4884 TTCCCACTTATGTTAACTATATTTTTACTTTCATGTGATCAAGTTGCTTAATATTTATAT 4943

108353842 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 108353901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4944 TATTTTGAAACTATAATTAAATCTTTTGTGTTTCTTTTAGATCTTTGCTATTCAAAGTTT 5003

108353902 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 108353961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5004 GGTTCTTCCACCAAAAGCCTTGGACTTGGGAACCTGGGCCCTTAGTAGAAATGCAGAATC 5063

108353962 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 108354021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5064 TCAGGCCATACCTCAGATTTGCTGAATCAAAATCTGGATTTAACAAGGTCCCAGGTGATT 5123

108354022 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 108354081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5124 CTTATGCTCATGGAAGTTTAGGAAGACTGCTTTAGAGTGGTAGTTCTCAACATGACTGTT 5183

108354082 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 108354141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5184 TCCCAGATGATTCTAATATACAAGTAGGAGCGAGAACCATAGGTTGTAGACAATCATTAT 5243

108354142 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATT 108354194
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5244 GTGGATCTAAAGTTACCTCAAATTCTCCTCTGATGAACACTCATGTCCCCATT 5296

Alignment time is 4.4997 s

