
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [96490160,96513042] =>     22883 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2579] =>      2579 nucs 'mol-32-2110-066591_2579'

Score:        2546
Aligned:      2579        nucs
Identic:      2576 (100%) nucs =>       443 (100%)      2133 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [96499341,96499783] EXCISED REGION [96499785,96501920]
 second seq =>  [       1,     443] EXCISED REGION [     445,    2579]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [96499784,96499784]
 second seq =>         1 nucs [444,444]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [96500169,96500169]
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Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [444,445] to [445,446]
Identity outside breakpoints: 
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Identity inside breakpoints: 
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 second seq =>         0 nucs

 96499341 CATAGTGTTGTCTATTTCTTCTTGCAGTTCTATCAATTTTTGCCTCACGTACTTTGATGC 96499400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CATAGTGTTGTCTATTTCTTCTTGCAGTTCTATCAATTTTTGCCTCACGTACTTTGATGC 60

 96499401 TCTATTATAAGGTACAAACACATTGAGAATCGCTATGTCTAATCAAAACCACAATGAGAT 96499460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTATTATAAGGTACAAACACATTGAGAATCGCTATGTCTAATCAAAACCACAATGAGAT 120

 96499461 ACCATCTCACGCCAGTCAGAATGGTGATTATTAAAAAGTCAGGAAACAACAGATGCTGGA 96499520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACCATCTCACGCCAGTCAGAATGGTGATTATTAAAAAGTCAGGAAACAACAGATGCTGGA 180

 96499521 GAGGATGTGGAGAAATAGGAACCTTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAAATTAGTTCAAC 96499580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAGGATGTGGAGAAATAGGAACCTTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAAATTAGTTCAAC 240

 96499581 CATGGTGGAAGACAATGTGGCGATTCCAAGGATCTAGAACCAGAAATACCATTTGACCCA 96499640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CATGGTGGAAGACAATGTGGCGATTCCAAGGATCTAGAACCAGAAATACCATTTGACCCA 300

 96499641 GCAATCCCATTACTGGGTATATACCCAAAGGATTATAAATCATTCTATTATAAAGACACA 96499700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCAATCCCATTACTGGGTATATACCCAAAGGATTATAAATCATTCTATTATAAAGACACA 360

 96499701 CACACATGTATGTTTATTGCAGCACTATTTACAATAGCAAAGACTTGGAAGCAACCCAAA 96499760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CACACATGTATGTTTATTGCAGCACTATTTACAATAGCAAAGACTTGGAAGCAACCCAAA 420

 96499761 TGCCCATCAATGATAAACTGGAT 96499783
          |||||||||||||||||||||||
      421 TGCCCATCAATGATAAACTGGAT 443

EXCISED REGION

 96499785 AAGAAAATGTGGCACATATACACCATGGAATACTATGCAGCCCTAAAAAAGAATGAGTTC 96499844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      445 AAGAAAATGTGGCACATATACACCATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAAGAATGAGTTC 504

 96499845 ATGTCCTTTGCAGAGACATGGATGAAGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTAACACAG 96499904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      505 ATGTCCTTTGCAGAGACATGGATGAAGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTAACACAG 564

 96499905 GAACAGAAAACCAAACACCACATGTTCTCACTCCTAAGTAGGAGTTGAACAACTAGAACA 96499964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      565 GAACAGAAAACCAAACACCACATGTTCTCACTCCTAAGTAGGAGTTGAACAACTAGAACA 624

 96499965 CATGGACACAGGGAGGGGAACATCACACACTGGGGCCTGTCAGGGGATTTGGGGGAAGGG 96500024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      625 CATGGACACAGGGAGGGGAACATCACACACTGGGGCCTGTCAGGGGATTTGGGGGAAGGG 684

 96500025 GAGGGAGAGCATTAGGACAAATACCTAATGCATGCGGGGCTTAAAACCTAGATAACAGGT 96500084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      685 GAGGGAGAGCATTAGGACAAATACCTAATGCATGCGGGGCTTAAAACCTAGATAACAGGT 744

 96500085 TGATATGTGAAGCAAACCACCATGGCACATGTATACCTATCCAACAAACTTACACGTTCT 96500144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      745 TGATATGTGAAGCAAACCACCATGGCACATGTATACCTATCCAACAAACTTACACGTTCT 804

 96500145 GCACATGTATCCCAGAACTTAAAGAAAAAAAAAAAAGAACTGCTATGTCTTTTTGGAGAA 96500204
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
      805 GCACATGTATCCCAGAACTTAAAG-AAAAAAAAAAAGAACTGCTATGTCTTTTTGGAGAA 863

 96500205 TTGACACCTTCATTGTTAATTAGTGTTCCTCTTTATCCCTGATATATATATATTTTTTGC 96500264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      864 TTGACACCTTCATTGTTAATTAGTGTTCCTCTTTATCCCTGATATATATATATTTTTTGC 923

 96500265 TCTGAAATCTGTGTTGTCTTAAACTAATATGGCAACTCAAGCTTTATTTAATTAGTGCAT 96500324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      924 TCTGAAATCTGTGTTGTCTTAAACTAATATGGCAACTCAAGCTTTATTTAATTAGTGCAT 983

 96500325 TAGCATGGTATGTCTATTTCCTTCCCTTCACTTTTAATCTGTATCTTTATATTTCAAGGG 96500384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      984 TAGCATGGTATGTCTATTTCCTTCCCTTCACTTTTAATCTGTATCTTTATATTTCAAGGG 1043

 96500385 GCTTTCTCATAGACCACATATTCTTAGGTCTTTTTTAACCTACTCTGACAGATTATTCCT 96500444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1044 GCTTTCTCATAGACCACATATTCTTAGGTCTTTTTTAACCTACTCTGACAGATTATTCCT 1103

 96500445 ATTTAAAATGATTATTTATATAGTCAGATTAATATCTGCCTTATTTGTAACAGTTTTCTA 96500504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1104 ATTTAAAATGATTATTTATATAGTCAGATTAATATCTGCCTTATTTGTAACAGTTTTCTA 1163

 96500505 TTCATTGCCATTGTTCTTTGGGTTTTGTTTTTATTTTTGTCTTCTGTTTTTAATTGACTT 96500564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1164 TTCATTGCCATTGTTCTTTGGGTTTTGTTTTTATTTTTGTCTTCTGTTTTTAATTGACTT 1223

 96500565 CTCTAAACTGGGCATTTTATATTATTCCATTTTCTCTTCTTTCATAGTATGTTAATTGCA 96500624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1224 CTCTAAACTGGGCATTTTATATTATTCCATTTTCTCTTCTTTCATAGTATGTTAATTGCA 1283

 96500625 CTCCTTTAAAAAATTCTTTTTTGTGGTTGGTCTAGAGTTTGCAATATACATTTACAACTA 96500684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1284 CTCCTTTAAAAAATTCTTTTTTGTGGTTGGTCTAGAGTTTGCAATATACATTTACAACTA 1343

 96500685 AATCAGGTCTACTTTCAAATAACACTGTACAGCTTTACAGGTAGTGCAGGTGCCTTATGA 96500744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1344 AATCAGGTCTACTTTCAAATAACACTGTACAGCTTTACAGGTAGTGCAGGTGCCTTATGA 1403

 96500745 CAGAGTATTCCCAATTCCTCACTCCCTTTAATATTGCTTTCATTCATTTCACTTATTCAT 96500804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1404 CAGAGTATTCCCAATTCCTCACTCCCTTTAATATTGCTGTCATTCATTTCACTTATTCAT 1463

 96500805 AAGCTCTAATCAGCAAATACATCATTGTCATAATTAGTTTGAACAAACTGTTTTCCGTTA 96500864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1464 AAGCTCTAATCAGCAAATACATCATTGTCATAATTAGTTTGAACAAACTGTTTTCCGTTA 1523

 96500865 GGTTAATTAAGTCTAAGAAAAATAAAATATTTTATTTTACCTTCATTTATTCCTTCTCTA 96500924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1524 GGTTAATTAAGTCTAAGAAAAATAAAATATTTTATTTTACCTTCATTTATTCCTTCTCTA 1583

 96500925 ACACTATTTCTTTCTTTATGTACATCCAAATTTCTGGCCTATAATCAGTTTTTTTCTGTC 96500984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1584 ACACTATTTCTTTCTTTATGTACATCCAAATTTCTGGCCTATAATCAGTTTTTTTCTGTC 1643

 96500985 TGACGAATATCTTTTAATATTTCTTATTTAAAAATTCTACTTGTGACAGATTACCTCCAT 96501044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1644 TGACGAATATCTTTTAATATTTCTTATTTAAAAATTCTACTTGTGACAGATTACCTCCAT 1703

 96501045 TTTTGCTTTTCTGACAAAATCTTTATTTCTTTTCATTGAGATGACCACATGGCTTTTGTT 96501104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1704 TTTTGCTTTTCTGACAAAATCTTTATTTCTTTTCATTGAGATGACCACATGGCTTTTGTT 1763

 96501105 TTCAATTCTGTTTATGTGATGAATCAAAATTATTGATTTGCATCTGTTGAACCAACATGG 96501164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1764 TTCAATTCTGTTTATGTGATGAATCAAAATTATTGATTTGCATCTGTTGAACCAACATGG 1823

 96501165 AATCCCAAAGCTCACTCAAGAAAAATTAGATAACCTGAATATTCCTGTCTGTTACCTAGA 96501224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1824 AATCCCAAAGCTCACTCAAGAAAAATTAGATAACCTGAATATTCCTGTCTGTTACCTAGA 1883

 96501225 TTACATAGTCCTGTGTCTGTTAACTGGATTGCATTCATAGCTAAAAACCATTTCATTAGT 96501284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1884 TTACATAGTCCTGTGTCTGTTAACTGGATTGCATTCATAGCTAAAAACCATTTCATTAGT 1943

 96501285 AACATCAACATATGTGAGTTATCTGACTAATTATACCAAATATTTAAGGAATAAATAACA 96501344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1944 AACATCAACATATGTGAGTTATCTGACTAATTATACCAAATATTTAAGGAATAAATAACA 2003

 96501345 GTGATTCTACATCAAATCTTTCAGAAAATACAAGAAAAGACAACACTTCTGAACTCATTT 96501404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2004 GTGATTCTACATCAAATCTTTCAGAAAATACAAGAAAAGACAACACTTCTGAACTCATTT 2063

 96501405 TATTGGGATAGCATTGCCCTGCTACTAAAACCAAGTTATTAGAATAAAAACACAGCAATA 96501464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2064 TATTGGGATAGCATTGCCCTGCTACTAAAACCAAGTTATTAGAATAAAAACACAGCAATA 2123

 96501465 TTCCTCATGAACACAGACCCAAAAAATGCCTAACAAGACATTTGAAACTTAAATCTAGAA 96501524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2124 TTCCTCATGAACACAGACCCAAAAAATGCCTAACAAGACATTTGAAACTTAAATCTAGAA 2183

 96501525 ATAAATATAAATAAATTATTAAAAAACCAAAACCACATTGTGTATCATGATCAAGGGATT 96501584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2184 ATAAATATAAATAAATTATTAAAAAACCAAAACCACATTGTGTATCATGATCAAGGGATT 2243

 96501585 TTGTACCATGAATGCAAGGTTGACTGAATATCTGAAATTCAATCAATGTAGTTCGTATTA 96501644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2244 TTGTACCATGAATGCAAGGTTGACTGAATATCTGAAATTCAATCAATGTAGTTCGTATTA 2303

 96501645 ACAGAATAAAGAAGTAAACCTTGTGATTAACAGAATTTTTATATATATATATTTTTTATT 96501704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2304 ACAGAATAAAGAAGTAAACCTTGTGATTAACAGAATTTTTATATATATATATTTTTTATT 2363

 96501705 ATACTTTAAGTTCTGGGGTACATGTGCACAACATGCAGGTTTGTTACATATGTATACATG 96501764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2364 ATACTTTAAGTTCTGGGGTACATGTGCACAACATGCAGGTTTGTTACATATGTATACATG 2423

 96501765 TGCCACGTTGGTGTGCTGCACCCATCGACTCGTCTTTTACATTAGGTATATCTCCTAATG 96501824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2424 TGCCACGTTGGTGTGCTGCACCCATCGACTCGTCTTTTACATTAGGTATATCTCCTAATG 2483

 96501825 GTATCCCTCCCTGCTCCCCCCACCCCACAACAGGCGCCAGTGTGTGATGTTCGCCTTCCT 96501884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2484 GTATCCCTCCCTGCTCCCCCCACCCCACAACAGGCGCCAGTGTGTGATGTTCGCCTTCCT 2543

 96501885 GTGTTCAAGTGTTCTCACTGTTCAATTCCCACCTAT 96501920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2544 GTGTTCAAGTGTTCTCACTGTTCAATTCCCACCTAT 2579

Alignment time is 2.25396 s

