
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2437] =>      2437 nucs 'mol-32-1e71-078356_2437'

Score:        2279
Aligned:      2446        nucs
Identic:      2421 ( 99%) nucs =>       361 ( 99%)      2060 ( 99%)
Gaps:           15 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29092212,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100091]
 second seq =>  [       1,     363] EXCISED REGION [     364,    2437]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [362,363] to [364,365]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29092212 TCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTC 29092271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTC 60

 29092272 CAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGAT 29092331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGAT 120

 29092332 CTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCA 29092391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCA 180

 29092392 GGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCA 29092451
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCA 240

 29092452 AGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCA 29092511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCA 300

 29092512 GGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGC 29092571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      301 GGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGC 360

 29092572 ATT 29092574
          |||
      361 ATT 363

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      364 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 423

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      424 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 483

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      484 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 543

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      544 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 603

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      604 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 663

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      664 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 723

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      724 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 783

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
      784 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 843

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      844 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 903

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      904 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 963

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      964 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1023

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1024 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 1083

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1084 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 1143

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1144 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 1203

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1204 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 1263

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1264 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 1323

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1324 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1383

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1384 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1443

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1444 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 1503

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1504 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 1563

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 1623

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 1683

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1684 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 1739

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1740 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 1799

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1800 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 1859

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 1919

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 1979

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 2039

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 2099

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 2159

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     2160 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 2214

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2215 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 2274

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2275 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 2334

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2335 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 2394

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTG 29100091
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2395 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTG 2437

Alignment time is 2.31704 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3218] =>      3218 nucs 'mol-32-1e87-125875_3218'

Score:        3218
Aligned:      3218        nucs
Identic:      3218 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097408,29100625]
 second seq =>  [       1,    3218]

 29097408 CCTTAAAAATTTATGCCCTTTCTTCTACAAGTCATTAAAAGTAAATTTTAAAATACTGTA 29097467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTTAAAAATTTATGCCCTTTCTTCTACAAGTCATTAAAAGTAAATTTTAAAATACTGTA 60

 29097468 ATTAGAAAATGTTGACATCCTCTATGCTATAGATATTAACAAAATGCTATAGGTATTACC 29097527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTAGAAAATGTTGACATCCTCTATGCTATAGATATTAACAAAATGCTATAGGTATTACC 120

 29097528 TATGCTATAGGTATTAACAAAATGCTATTAAAATTAATGTTATAAACTTTACTGTTACAC 29097587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGCTATAGGTATTAACAAAATGCTATTAAAATTAATGTTATAAACTTTACTGTTACAC 180

 29097588 CAATAAAGATAATTTTACTTAAAATACTGTTTATTGTATGATGTGAAAAAATAAGCAATT 29097647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAATAAAGATAATTTTACTTAAAATACTGTTTATTGTATGATGTGAAAAAATAAGCAATT 240

 29097648 TTTTTTTCTACTTCCTAAGCAGGTGGTCAGTTTTTCTTGTGCTTAAAAGAGTTGGTAAGA 29097707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTTTTCTACTTCCTAAGCAGGTGGTCAGTTTTTCTTGTGCTTAAAAGAGTTGGTAAGA 300

 29097708 ATCGCTTGGTAGTATTTATTTAAAAACAAAAACTCCATCAATGCATGCCCCTTCACTAGA 29097767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCGCTTGGTAGTATTTATTTAAAAACAAAAACTCCATCAATGCATGCCCCTTCACTAGA 360

 29097768 GATTATAATTCAGCAGGATGCACTTCCAGAATTTTTATTATTCACAAAAATACTATGATA 29097827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATTATAATTCAGCAGGATGCACTTCCAGAATTTTTATTATTCACAAAAATACTATGATA 420

 29097828 GCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATC 29097887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATC 480

 29097888 CTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGG 29097947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGG 540

 29097948 TGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAG 29098007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAG 600

 29098008 GGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAA 29098067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAA 660

 29098068 CTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTAC 29098127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTAC 720

 29098128 AAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTC 29098187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTC 780

 29098188 ATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATG 29098247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATG 840

 29098248 ACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTA 29098307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTA 900

 29098308 ATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAA 29098367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAA 960

 29098368 GGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAA 29098427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAA 1020

 29098428 GTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATA 29098487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATA 1080

 29098488 CACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCA 29098547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCA 1140

 29098548 ACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTG 29098607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTG 1200

 29098608 GATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGC 29098667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGC 1260

 29098668 TAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGA 29098727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGA 1320

 29098728 AATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTT 29098787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTT 1380

 29098788 TTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGA 29098847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGA 1440

 29098848 CCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGAC 29098907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGAC 1500

 29098908 CCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTG 29098967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTG 1560

 29098968 ACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACA 29099027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACA 1620

 29099028 GATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTG 29099087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTG 1680

 29099088 AATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATC 29099147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATC 1740

 29099148 GATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCT 29099207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCT 1800

 29099208 CTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACT 29099267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACT 1860

 29099268 ATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGAC 29099327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGAC 1920

 29099328 TTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCAC 29099387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCAC 1980

 29099388 ATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCC 29099447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCC 2040

 29099448 ATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATA 29099507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATA 2100

 29099508 TATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAAC 29099567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAAC 2160

 29099568 AAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAA 29099627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAA 2220

 29099628 AAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATT 29099687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATT 2280

 29099688 TCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGG 29099747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGG 2340

 29099748 TGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGG 29099807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGG 2400

 29099808 GGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACC 29099867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACC 2460

 29099868 CCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACT 29099927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACT 2520

 29099928 CCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCA 29099987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCA 2580

 29099988 TCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAA 29100047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAA 2640

 29100048 AAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAA 29100107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAA 2700

 29100108 GTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGT 29100167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGT 2760

 29100168 AAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGA 29100227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGA 2820

 29100228 GAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTA 29100287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTA 2880

 29100288 GGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGA 29100347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGA 2940

 29100348 ACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAAC 29100407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAAC 3000

 29100408 ATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAGATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCC 29100467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 ATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAGATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCC 3060

 29100468 TGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAA 29100527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAA 3120

 29100528 GTTACAATGAACCAAGATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTT 29100587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GTTACAATGAACCAAGATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTT 3180

 29100588 ATCTCAAAAAAAAAAAGCTACAAAAAATAGTTAAAAAG 29100625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 ATCTCAAAAAAAAAAAGCTACAAAAAATAGTTAAAAAG 3218

Alignment time is 2.61303 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3084] =>      3084 nucs 'mol-32-1f21-204103_3084'

Score:        3084
Aligned:      3084        nucs
Identic:      3084 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097790,29100873]
 second seq =>  [       1,    3084]

 29097790 CTTCCAGAATTTTTATTATTCACAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGAAT 29097849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTCCAGAATTTTTATTATTCACAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGAAT 60

 29097850 GCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCA 29097909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCA 120

 29097910 TAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTA 29097969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTA 180

 29097970 AACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTT 29098029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTT 240

 29098030 CTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCT 29098089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCT 300

 29098090 AGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGT 29098149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGT 360

 29098150 AGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTT 29098209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTT 420

 29098210 GAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCT 29098269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCT 480

 29098270 CATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAA 29098329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAA 540

 29098330 AAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATC 29098389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATC 600

 29098390 TAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACA 29098449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACA 660

 29098450 CACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTAT 29098509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTAT 720

 29098510 CAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAG 29098569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAG 780

 29098570 ACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGG 29098629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGG 840

 29098630 AAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAA 29098689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAA 900

 29098690 TTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTT 29098749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTT 960

 29098750 TTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGT 29098809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGT 1020

 29098810 GTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAG 29098869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAG 1080

 29098870 AAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCT 29098929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCT 1140

 29098930 GAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGC 29098989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGC 1200

 29098990 TATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAG 29099049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAG 1260

 29099050 AATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTC 29099109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTC 1320

 29099110 CAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAAT 29099169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAAT 1380

 29099170 ATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAAT 29099229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAAT 1440

 29099230 CAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACA 29099289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACA 1500

 29099290 TTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGA 29099349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGA 1560

 29099350 CACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCA 29099409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCA 1620

 29099410 ATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTG 29099469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTG 1680

 29099470 TATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCT 29099529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCT 1740

 29099530 ATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATC 29099589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATC 1800

 29099590 TCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATC 29099649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATC 1860

 29099650 ATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTAT 29099709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTAT 1920

 29099710 ATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAA 29099769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAA 1980

 29099770 ATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCC 29099829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCC 2040

 29099830 GAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCA 29099889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCA 2100

 29099890 AAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTAT 29099949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTAT 2160

 29099950 TCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGA 29100009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGA 2220

 29100010 AAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATT 29100069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATT 2280

 29100070 TGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAA 29100129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAA 2340

 29100130 AGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCG 29100189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCG 2400

 29100190 TGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGG 29100249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGG 2460

 29100250 ACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAA 29100309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAA 2520

 29100310 AAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGC 29100369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGC 2580

 29100370 AGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATCTCTACT 29100429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATCTCTACT 2640

 29100430 AAAGATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAG 29100489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AAAGATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAG 2700

 29100490 GCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAGATTGTG 29100549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAGATTGTG 2760

 29100550 ACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAAGCTACA 29100609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAAGCTACA 2820

 29100610 AAAAATAGTTAAAAAGAATAAATGAGATCTAGTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATG 29100669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AAAAATAGTTAAAAAGAATAAATGAGATCTAGTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATG 2880

 29100670 GTATAAAAATAATTTAATTGTTCATTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTT 29100729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GTATAAAAATAATTTAATTGTTCATTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTT 2940

 29100730 TAAAACACAAAGGATACATGCTTGAGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTAT 29100789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TAAAACACAAAGGATACATGCTTGAGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTAT 3000

 29100790 TATGTATTGCGTGCCTGTATCAAAATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTATCTATCT 29100849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TATGTATTGCGTGCCTGTATCAAAATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTATCTATCT 3060

 29100850 AGGTAGCTAGCTATAACATGTGCT 29100873
          ||||||||||||||||||||||||
     3061 AGGTAGCTAGCTATAACATGTGCT 3084

Alignment time is 2.47335 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2888] =>      2888 nucs 'mol-32-1f63-131710_2888'

Score:        2887
Aligned:      2887        nucs
Identic:      2887 (100%) nucs =>      2262 (100%)       625 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089849,29092110] EXCISED REGION [29092112,29092736]
 second seq =>  [       1,    2262] EXCISED REGION [    2264,    2888]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111]
 second seq =>         1 nucs [2263,2263]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111] to [29092112,29092112]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089849 GCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTAT 29089908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTAT 60

 29089909 ATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATA 29089968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATA 120

 29089969 GTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAA 29090028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAA 180

 29090029 ACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGG 29090088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGG 240

 29090089 TATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGA 29090148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGA 300

 29090149 TTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAA 29090208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAA 360

 29090209 TGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTC 29090268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTC 420

 29090269 AAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTC 29090328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTC 480

 29090329 TTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTT 29090388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTT 540

 29090389 CACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCA 29090448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCA 600

 29090449 TCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATA 29090508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATA 660

 29090509 CAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAG 29090568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAG 720

 29090569 CAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTA 29090628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTA 780

 29090629 GTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACA 29090688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACA 840

 29090689 ACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAA 29090748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAA 900

 29090749 AGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACT 29090808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACT 960

 29090809 AGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTA 29090868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTA 1020

 29090869 TCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATT 29090928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATT 1080

 29090929 ATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCT 29090988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCT 1140

 29090989 CTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCA 29091048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCA 1200

 29091049 TGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATG 29091108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATG 1260

 29091109 ATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTC 29091168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTC 1320

 29091169 TTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTC 29091228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTC 1380

 29091229 TTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACC 29091288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACC 1440

 29091289 CCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAA 29091348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAA 1500

 29091349 TATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATT 29091408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATT 1560

 29091409 TTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAA 29091468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAA 1620

 29091469 CTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCT 29091528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCT 1680

 29091529 AGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCT 29091588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCT 1740

 29091589 CCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAAT 29091648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAAT 1800

 29091649 TGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCAC 29091708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCAC 1860

 29091709 AGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCA 29091768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCA 1920

 29091769 CCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGC 29091828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGC 1980

 29091829 CCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTC 29091888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTC 2040

 29091889 TATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCA 29091948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCA 2100

 29091949 ACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTG 29092008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTG 2160

 29092009 ATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTA 29092068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTA 2220

 29092069 CTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 29092110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 2262

EXCISED REGION

 29092112 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 29092171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2264 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 2323

 29092172 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 29092231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2324 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 2383

 29092232 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 29092291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2384 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 2443

 29092292 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 29092351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2444 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 2503

 29092352 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 29092411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2504 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 2563

 29092412 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 29092471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2564 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 2623

 29092472 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 29092531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2624 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 2683

 29092532 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 29092591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2684 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 2743

 29092592 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 29092651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2744 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 2803

 29092652 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 29092711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2804 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 2863

 29092712 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTT 29092736
          |||||||||||||||||||||||||
     2864 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTT 2888

Alignment time is 2.64806 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    8599] =>      8599 nucs 'mol-32-211b-050290_8599'

Score:        8298
Aligned:      8623        nucs
Identic:      8573 ( 99%) nucs =>      7695 ( 99%)       878 (100%)
Gaps:           31 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29084839,29092574] EXCISED REGION [29098015,29098894]
 second seq =>  [       1,    7717] EXCISED REGION [    7718,    8599]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [7716,7717] to [7718,7719]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29084839 TAAATAACAAGTGCCCAGAAATCCAGAGTACCTGCTCCATAGGAAGCACTCAATATATTC 29084898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAAATAACAAGTGCCCAGAAATCCAGAGTACCTGCTCCATAGGAAGCACTCAATATATTC 60

 29084899 AGTTAAATGAATAAACAAGTGAATGAGTAAATGCAATAACTCGATAGAAAGAGCTCAAGT 29084958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTTAAATGAATAAACAAGTGAATGAGTAAATGCAATAACTCGATAGAAAGAGCTCAAGT 120

 29084959 ACAAGGTCAACTACACATGTTGTATTACTTGTTTTGGTTTTTATTGCTCAATTAGAAATT 29085018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
      121 ACAAGGTCAACTACACATGTTGTATTACTTGTTTTGGTTTT-ATTGCTCAATTAGAAATT 179

 29085019 CACTCACCTAATTATTTTCAAACCTAGAACACAGGTACTCCCTTTTCCATACAAAATTTA 29085078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 CACTCACCTAATTATTTTCAAACCTAGAACACAGGTACTCCCTTTTCCATACAAAATTTA 239

 29085079 TTGTAACAACATTTCATTTAAATGTGGGAATTTGTTCCTAAATCGATCTATTTTATCATT 29085138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 TTGTAACAACATTTCATTTAAATGTGGGAATTTGTTCCTAAATCGATCTATTTTATCATT 299

 29085139 ATCATAGCTGCAGGATTCAAAATTAATATTTGGCAGCCTGGTTCACTGATGTTCCAAAAA 29085198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 ATCATAGCTGCAGGATTCAAAATTAATATTTGGCAGCCTGGTTCACTGATGTTCCAAAAA 359

 29085199 TTCCTCTTATATTCTCTAGGTTGTAGAAAGTCCCTATCTTATCTAACTCAACAGGAATCA 29085258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 TTCCTCTTATATTCTCTAGGTTGTAGAAAGTCCCTATCTTATCTAACTCAACAGGAATCA 419

 29085259 ACAAAATAGCCTATGGTAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAAATT 29085318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||
      420 ACAAAATAGCCTATGGTAAGTAAAAAAAAAAAAA-----------------GAATAAATT 462

 29085319 AAACCATTGGAAATTTCTAGATGTTTGCTGTCTTAAGAAAGACAAAAATAATGATAAAAT 29085378
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      463 AAACCATTGGAAATTTCTAGATGTTTGCTGTCTTAAGAAAGACAAAAATAAGGATAAAAT 522

 29085379 AATAGCAGCTACCATCAGCTAATTGGTTACTATGTATCACAGTCTAACCTAAGCTATGAA 29085438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      523 AATAGCAGCTACCATCAGCTAATTGGTTACTATGTATCACAGTCTAACCTAAGCTATGAA 582

 29085439 TTCATTTATTCTTCAGAATAATCCTATGAAATAGTTATCACCTTCCTCCAATTATTCGAA 29085498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      583 TTCATTTATTCTTCAGAATAATCCTATGAAATAGTTATCACCTTCCTCCAATTATTCGAA 642

 29085499 AAGAAAAAAATCAAAGACCAAAGAAGTACTATATCTAAATTTGAGGGTCCACATGAATGA 29085558
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      643 AAGAAAAAAATCAAAGACCAAAGAAGTACTATATCTAAATTCGAGGGTCCACATGAATGA 702

 29085559 AAGACTGAAGCAGAACCTCTAATAGTTTTGGCCTGAATAAAGAGCAATATCAAGAAATAG 29085618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      703 AAGACTGAAGCAGAACCTCTAATAGTTTTGGCCTGAATAAAGAGCAATATCAAGAAATAG 762

 29085619 CTTAGAAGATATGATTTTACTCTTAGAAGCCCTATCAAGCTAAATACTACTCTAACACTA 29085678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      763 CTTAGAAGATATGATTTTACTCTTAGAAGCCCTATCAAGCTAAATACTACTCTAACACTA 822

 29085679 ATAAAACCTAAACTTACTCTAGCACTTAGTTTGTCCCCAATACTTTGTATACAGAGTCTA 29085738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      823 ATAAAACCTAAACTTACTCTAGCACTTAGTTTGTCCCCAATACTTTGTATACAGAGTCTA 882

 29085739 CCATTTAAGTTTATGAGACAAATATAGTATTATAAGTACTATTAGATAAATGTTTATCCA 29085798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      883 CCATTTAAGTTTATGAGACAAATATAGTATTATAAGTACTATTAGATAAATGTTTATCCA 942

 29085799 CTACTTATCAACAAGGAAATTGAAACTCAATGAGGTTGTGTAATTTGCCCTATTAACATA 29085858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
      943 CTACTTATCAACAAGGAAATTGAAACTCAATGAGGTTGAGTAATTTGCCCTATTAACATA 1002

 29085859 CATCTGTTAAATCTAGTTGTATCTATGATTTGCATGCTTAGCCTCTACACTACTTATTCC 29085918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1003 CATCTGTTAAATCTAGTTGTATCTATGATTTGCATGCTTAGCCTCTACACTACTTATTCC 1062

 29085919 TGTTAGTAGTTCCAAATCCGTCTTATCATAGCTAAGTGCATTTGTGCCCGTTGGATCAAC 29085978
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1063 TGTTAGTAGTTCCAAATCCGTCTTATCATAGCTAAGTGCATTTGTGCCCCTTGGATCAAC 1122

 29085979 AGAGGCTTGTACTTGCTTGTTTTTCTGGAAGATATAAAGAAAGCTCAGTGGAAAAGGTGG 29086038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1123 AGAGGCTTGTACTTGCTTGTTTTTCTGGAAGATATAAAGAAAGCTCAGTGGAAAAGGTGG 1182

 29086039 GAAAGGATGCTATGCCTATTTCATCTCACCTCCTCATTTCCTAATTAGACCATAGGGAGA 29086098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1183 GAAAGGATGCTATGCCTATTTCATCTCACCTCCTCATTTCCTAATTAGACCATAGGGAGA 1242

 29086099 GCAGGAAAATGTGTGAGACAAAACAATAAAGTAGACAAAAAGCAGATAATTTAGGACATG 29086158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1243 GCAGGAAAATGTGTGAGACAAAACAATAAAGTAGACAAAAAGCAGATAATTTAGGACATG 1302

 29086159 TAAGACTCTGAAGTTCCATGGTTAGAGAACATAGCTGTTGATATTCTTCTCATGAGGACC 29086218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1303 TAAGACTCTGAAGTTCCATGGTTAGAGAACATAGCTGTTGATATTCTTCTCATGAGGACC 1362

 29086219 TCTTGTGAGGGATGTAAGAGTTAATTAAGAATAATAATTTAATGAGTAGAATGCATATTT 29086278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1363 TCTTGTGAGGGATGTAAGAGTTAATTAAGAATAATAATTTAATGAGTAGAATGCATATTT 1422

 29086279 CTCTTCAATTACTTATCTTAGAAATTTCTATGAAATAGAGCCCTAAATTTTTGGTATGAT 29086338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1423 CTCTTCAATTACTTATCTTAGAAATTTCTATGAAATAGAGCCCTAAATTTTTGGTATGAT 1482

 29086339 TGAACAATTTATTATAAGAAACATATTACTCTTTATCAAGGTTTTTTTTGGTCTTAATTA 29086398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1483 TGAACAATTTATTATAAGAAACATATTACTCTTTATCAAGGTTTTTTTTGGTCTTAATTA 1542

 29086399 ATACAGGTTGTGTGATACTGTCAAAAAAAAAATCTGGAAACCTGAGCATTAGTCTTAGTT 29086458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1543 ATACAGGTTGTGTGATACTGTCAAAAAAAAAATCTGGAAACCTGAGCATTAGTCTTAGTT 1602

 29086459 CAGGCATTATGAGTTGGACCTGGGTAAGGCTTATCCACTCTGACCCTCAATTCCACACTT 29086518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1603 CAGGCATTATGAGTTGGACCTGGGTAAGGCTTATCCACTCTGACCCTCAATTCCACACTT 1662

 29086519 GATAATATTAAAAAATTGGGCAAGTTCCTTATGAAAATGTTTCTACGTAAAGTCTATGAT 29086578
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1663 GATAATATTAAAAAATTGGACAAGTTCCTTATGAAAATGTTTCTACGTAAAGTCTATGAT 1722

 29086579 TATTTAATGTTCTTCTAGGAAAGTAAGAGAAGGTGAAAAAAATTGAAAGAATAAGCAAGG 29086638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1723 TATTTAATGTTCTTCTAGGAAAGTAAGAGAAGGTGAAAAAAATTGAAAGAATAAGCAAGG 1782

 29086639 AAATATAATTTTAGTTAAATTACACTAATTCTTCTTCCTTGCAGTATTCATTAATGTATT 29086698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1783 AAATATAATTTTAGTTAAATTACACTAATTCTTCTTCCTTGCAGTATTCATTAATGTATT 1842

 29086699 TCCAAACATAAGTATCTTCTCAGACACAGATAAGATATATGAGTTCATCATTTGAGCTAC 29086758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1843 TCCAAACATAAGTATCTTCTCAGACACAGATAAGATATATGAGTTCATCATTTGAGCTAC 1902

 29086759 AACTTACAGAGTGCGCTCTATATGCTAAATCTTGTCTCAGAGGTTTCATATACCACAGTT 29086818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1903 AACTTACAGAGTGCGCTCTATATGCTAAATCTTGTCTCAGAGGTTTCATATACCACAGTT 1962

 29086819 ACTACTTTGACCACTGTTAGATTCAGCATTTACTTTGGGGAAGCTGTTAGTTGAATAATT 29086878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1963 ACTACTTTGACCACTGTTAGATTCAGCATTTACTTTGGGGAAGCTGTTAGTTGAATAATT 2022

 29086879 AAGAGCAGTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTTTCACTCTGTCACCGCAATG 29086938
          ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
     2023 AAGAGCAGTGATTTTTTTTTTTTTTTTT--GAGACAGAGTTTCACTCTGTCACCGCAATG 2080

 29086939 GCACAATCTCTGCTCACTGCAACATCTGCCTCCCGGGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCT 29086998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 GCACAATCTCTGCTCACTGCAACATCTGCCTCCCGGGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCT 2140

 29086999 GAGTAGCTGGGATTGCAGGTGCCTGCCACCACACCCCATTAATTTTTTGTATTTTTAGTA 29087058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 GAGTAGCTGGGATTGCAGGTGCCTGCCACCACACCCCATTAATTTTTTGTATTTTTAGTA 2200

 29087059 GAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGACCTCAGGTGATCCA 29087118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 GAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGACCTCAGGTGATCCA 2260

 29087119 CCGGCCCTGGCCTACCAATGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCCAAG 29087178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 CCGGCCCTGGCCTACCAATGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCCAAG 2320

 29087179 AAGTAATCTTTTTAATGTTACATAGAGTTAAATCCTAGTTCCACTGCTTCCCTGGTGACC 29087238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 AAGTAATCTTTTTAATGTTACATAGAGTTAAATCCTAGTTCCACTGCTTCCCTGGTGACC 2380

 29087239 TGGGTAAGTTCTACAAGACTCAGTTACTCACCTGTGGTATGGCAGTGATGATGCTTATCT 29087298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 TGGGTAAGTTCTACAAGACTCAGTTACTCACCTGTGGTATGGCAGTGATGATGCTTATCT 2440

 29087299 TGAAGGGTTAAAATATTAAATGAGATAAATATAGCAGAGTTCTTGAAACCAGGACTGGTA 29087358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 TGAAGGGTTAAAATATTAAATGAGATAAATATAGCAGAGTTCTTGAAACCAGGACTGGTA 2500

 29087359 CACATTAAGCCGCTAGTAAATGGAAGCTATTGATGCTGATATTGATTTATCCACATTTTC 29087418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 CACATTAAGCCGCTAGTAAATGGAAGCTATTGATGCTGATATTGATTTATCCACATTTTC 2560

 29087419 TTGGAAACTACATTATACAGTTGAAGGAAAAGAAGCTCAAAGATAGTAGGTAACTTTCCC 29087478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 TTGGAAACTACATTATACAGTTGAAGGAAAAGAAGCTCAAAGATAGTAGGTAACTTTCCC 2620

 29087479 ATGAGTGTTCACAATTAGCAAGTAATGAAACTAGAATGTAAAGTTGGCTTTACTGGATTC 29087538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 ATGAGTGTTCACAATTAGCAAGTAATGAAACTAGAATGTAAAGTTGGCTTTACTGGATTC 2680

 29087539 TAAAGCCTATGAGTTTTCCCATAGACCACACTGTTTCCCAAGACTGGGACTCTCTCGCTC 29087598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 TAAAGCCTATGAGTTTTCCCATAGACCACACTGTTTCCCAAGACTGGGACTCTCTCGCTC 2740

 29087599 ATAGACCTCTATACCAAATGTCTTATCTCTTAATCTTTTAATTTTTTTCCCAGTCTTTAA 29087658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 ATAGACCTCTATACCAAATGTCTTATCTCTTAATCTTTTAATTTTTTTCCCAGTCTTTAA 2800

 29087659 TTAGACTAGAATTTGCTTAAGTGTCTTCTGTTTGTAATTCATATTTATATAATGCCCAAT 29087718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 TTAGACTAGAATTTGCTTAAGTGTCTTCTGTTTGTAATTCATATTTATATAATGCCCAAT 2860

 29087719 ATAGGATTTTGGCAAGGTAGGATGCTAAGGAATAGAAAAATTAGCCCTCATTCCTTGGAA 29087778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2861 ATAGGATTTTGGCAAGGTAGGATGCTAAGGAATAGAAAAATTAGCCCTCATTCCTTGGAA 2920

 29087779 AAAAAAGGAAGCTGGTACTGTCTGGGTTTATATCCCAGCTCTAGAACTTACCAGCCCTGG 29087838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2921 AAAAAAGGAAGCTGGTACTGTCTGGGTTTATATCCCAGCTCTAGAACTTACCAGCCCTGG 2980

 29087839 GATCCTGGGAATATTCTTTAACTTTTCTATAAATATATGTCCTCACTTGTAAAATAGCAA 29087898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2981 GATCCTGGGAATATTCTTTAACTTTTCTATAAATATATGTCCTCACTTGTAAAATAGCAA 3040

 29087899 AATAATGATACCTACCTCATAAAGATTAAGTGTATGGTTAAATGAGATAAGTTATATGCT 29087958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3041 AATAATGATACCTACCTCATAAAGATTAAGTGTATGGTTAAATGAGATAAGTTATATGCT 3100

 29087959 GGCACATGTTGAGTACTCAATGAATAAAAGACCTTTTAAATATATTATCAATACTTCCAT 29088018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3101 GGCACATGTTGAGTACTCAATGAATAAAAGACCTTTTAAATATATTATCAATACTTCCAT 3160

 29088019 TTATTTTTATTCTTTCTGACTTCATTTTTCATCCATATAGTAGGTGGCCTATGTCAAATG 29088078
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     3161 TTATTTTTATTCTTTCTGACTTCATTTTTCATCCATATAGTAGGTGGCCTATGTCAAATT 3220

 29088079 GTTGCTGTGAGGATTAGATGAGAAATGTATTTACAGTCCTTAGAAGAGTGCTGTCTCATA 29088138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3221 GTTGCTGTGAGGATTAGATGAGAAATGTATTTACAGTCCTTAGAAGAGTGCTGTCTCATA 3280

 29088139 GTAAAGTTGAATAATGTGTTACTTTTATTAATGTCATAATGAGTGCAATATTGCCTTCAA 29088198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3281 GTAAAGTTGAATAATGTGTTACTTTTATTAATGTCATAATGAGTGCAATATTGCCTTCAA 3340

 29088199 GCTCACAAAGATTGACCACACCTAGGAGCTTTTGAGTCCTCCATCTTCCTATGATCCACG 29088258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3341 GCTCACAAAGATTGACCACACCTAGGAGCTTTTGAGTCCTCCATCTTCCTATGATCCACG 3400

 29088259 CCATCTAGGTTTGGTTATCTAAGGATCTAGTGTCCAAAGCAAATACACAACTCTCTGCTC 29088318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3401 CCATCTAGGTTTGGTTATCTAAGGATCTAGTGTCCAAAGCAAATACACAACTCTCTGCTC 3460

 29088319 ATGGCAAAACCGGTACTGCTCACTTCTTCTATCAGAGAACATACACACACTGTGGCCAAG 29088378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3461 ATGGCAAAACCGGTACTGCTCACTTCTTCTATCAGAGAACATACACACACTGTGGCCAAG 3520

 29088379 GCTTACCCTAAAGAGTCGACTCTGAGTAAACCATAAAGGCATGACTATAAAGGCATCCAT 29088438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3521 GCTTACCCTAAAGAGTCGACTCTGAGTAAACCATAAAGGCATGACTATAAAGGCATCCAT 3580

 29088439 GAGCCAGAGGACCATTCTTTACACCTTAGATACCATGCTGCACTGGCCTCTTAAGTGTCA 29088498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3581 GAGCCAGAGGACCATTCTTTACACCTTAGATACCATGCTGCACTGGCCTCTTAAGTGTCA 3640

 29088499 CACAAATCTTGATCTCTTCCATGCCCAGTGATTACTGTGATCACACTGCAATTTTATAAC 29088558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3641 CACAAATCTTGATCTCTTCCATGCCCAGTGATTACTGTGATCACACTGCAATTTTATAAC 3700

 29088559 ATCTTCTAACTGGAATGGTGTTAGGAAATATAATTTGTTAGTTTGCTAGGTAAAATATTA 29088618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3701 ATCTTCTAACTGGAATGGTGTTAGGAAATATAATTTGTTAGTTTGCTAGGTAAAATATTA 3760

 29088619 GTGAAAATAATACCTACACAGACTAATTTTTTCCTTGGCAAATATATTACACTATAGATA 29088678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3761 GTGAAAATAATACCTACACAGACTAATTTTTTCCTTGGCAAATATATTACACTATAGATA 3820

 29088679 TAACTCCAAATGTGATTCTAAGATAATCCTTTTAAATCCACAGTTCTTCAGTTTAAAATG 29088738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3821 TAACTCCAAATGTGATTCTAAGATAATCCTTTTAAATCCACAGTTCTTCAGTTTAAAATG 3880

 29088739 AATATAGTTGCATTTATCTGAAAAAATTATTTTGGAATACGCAATGCTCACAATATAGGA 29088798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3881 AATATAGTTGCATTTATCTGAAAAAATTATTTTGGAATACGCAATGCTCACAATATAGGA 3940

 29088799 GAAAGACTCATGGAACAGTGAAACAATTTTTTCATCAATCTAAAATCCAAGTAAAATGTT 29088858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3941 GAAAGACTCATGGAACAGTGAAACAATTTTTTCATCAATCTAAAATCCAAGTAAAATGTT 4000

 29088859 TCTATCAACAATATTAACATATGCCTTTCAGTTAAACTTAACTGATTTAAATCCTGAAAT 29088918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4001 TCTATCAACAATATTAACATATGCCTTTCAGTTAAACTTAGCTGATTTAAATCCTGAAAT 4060

 29088919 ATGTGCTTCTGATATCATAGCAAATAATTTTTATAAAATGCTTTCTTCTCTACGTGTGCT 29088978
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     4061 ATGTGCTTCTGATATCATAGCAAATAATTTTTATAAAATGCTTTCTTCTCTACATGTGCT 4120

 29088979 AACCATCACCCTCCAAAAAACAGATCCAGGGCTTAGACAATCAACATATTTATTATTGGA 29089038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4121 AACCATCACCCTCCAAAAAACAGATCCAGGGCTTAGACAATCAACATATTTATTATTGGA 4180

 29089039 AGTAGTCTGACATGTCCTTAAAACTTAATTCTCTTCATTTTTAAAATATGATAAACATCA 29089098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4181 AGTAGTCTGACATGTCCTTAAAACTTAATTCTCTTCATTTTTAAAATATGATAAACATCA 4240

 29089099 AAAGTATTCATAAAGCAATTATAATAAGTACATTTTTACTGTAGGCATAAAACAGAATTA 29089158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4241 AAAGTATTCATAAAGCAATTATAATAAGTACATTTTTACTGTAGGCATAAAACAGAATTA 4300

 29089159 AATTCATTGGGCTTACACTATGGTGTGCTTTATTTATATTTTTAATATATCATCAACATA 29089218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4301 AATTCATTGGGCTTACACTATGGTGTGCTTTATTTATATTTTTAATATATCATCAACATA 4360

 29089219 ATATTATTTATAGCAATATAGTATTATTATTAGATAGTATTATTATATACTAATATATCT 29089278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4361 ATATTATTTATAGCAATATAGTATTATTATTAGATAGTATTATTATATACTAATATATCT 4420

 29089279 CTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTGAACA 29089338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4421 CTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTGAACA 4480

 29089339 ATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAATAGTA 29089398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4481 ATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAATAGTA 4540

 29089399 TTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGATATAA 29089458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4541 TTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGATATAA 4600

 29089459 ACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGGACAT 29089518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4601 ACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGGACAT 4660

 29089519 TTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCCATCT 29089578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4661 TTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCCATCT 4720

 29089579 GCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTACTGC 29089638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4721 GCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTACTGC 4780

 29089639 AATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAAATAC 29089698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4781 AATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAAATAC 4840

 29089699 AACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTTATTG 29089758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4841 AACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTTATTG 4900

 29089759 GTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGT 29089818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4901 GTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGT 4960

 29089819 CAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAA 29089878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4961 CAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAA 5020

 29089879 AAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACA 29089938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5021 AAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACA 5080

 29089939 TGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTT 29089998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5081 TGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTT 5140

 29089999 CATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATT 29090058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5141 CATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATT 5200

 29090059 AAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTG 29090118
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     5201 AAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGGCTTTGTTTATTG 5260

 29090119 AATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACC 29090178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5261 AATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACC 5320

 29090179 CCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATG 29090238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5321 CCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATG 5380

 29090239 CTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCAT 29090298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5381 CTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCAT 5440

 29090299 ATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCC 29090358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5441 ATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCC 5500

 29090359 TTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGT 29090418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5501 TTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGT 5560

 29090419 ACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCT 29090478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5561 ACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCT 5620

 29090479 GATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATT 29090538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5621 GATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATT 5680

 29090539 ACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCT 29090598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5681 ACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCT 5740

 29090599 TAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGT 29090658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5741 TAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGT 5800

 29090659 TATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATG 29090718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5801 TATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATG 5860

 29090719 GGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTA----AATTTATTAT 29090774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||
     5861 GGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTT----CGTCAATTTATTAT 5916

 29090775 TTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAAT 29090834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5917 TTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAAT 5976

 29090835 AATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTG 29090894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5977 AATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTG 6036

 29090895 ATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGAT 29090954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6037 ATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGAT 6096

 29090955 TATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAA 29091014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6097 TATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAA 6156

 29091015 ACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTT 29091074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6157 ACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTT 6216

 29091075 TTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGA 29091134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6217 TTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGA 6276

 29091135 CAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGT 29091194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6277 CAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGT 6336

 29091195 AAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCAT 29091254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6337 AAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCAT 6396

 29091255 TTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCAT 29091314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6397 TTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCAT 6456

 29091315 GTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGA 29091374
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6457 GTTTAGATTTATAGACATCATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGA 6516

 29091375 ATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTT 29091433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
     6517 ATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTT 6576

 29091434 ACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAAC 29091493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6577 ACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAAC 6636

 29091494 AGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTA 29091553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6637 AGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTA 6696

 29091554 GACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGAT 29091613
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     6697 GACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGAT 6756

 29091614 TCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAG 29091673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     6757 TCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAG 6816

 29091674 GACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAAT 29091733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6817 GACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAAT 6876

 29091734 AATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCAC 29091793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6877 AATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCAC 6936

 29091794 TTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAA 29091853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6937 TTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAA 6996

 29091854 ATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCT 29091913
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     6997 ATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCT 7056

 29091914 TCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAG 29091973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7057 TCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAG 7116

 29091974 ATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAA 29092033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7117 ATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAA 7176

 29092034 GCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCA 29092093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7177 GCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCA 7236

 29092094 CTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTA 29092153
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7237 CTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTA 7296

 29092154 CTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATC 29092213
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7297 CTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATC 7356

 29092214 AAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCA 29092273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7357 AAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCA 7416

 29092274 AAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCT 29092333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7417 AAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCT 7476

 29092334 AAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGG 29092393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7477 AAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGG 7536

 29092394 TACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAG 29092453
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7537 TACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAG 7596

 29092454 TACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGG 29092513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7597 TACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGG 7656

 29092514 TTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCAT 29092573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     7657 TTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCAT 7716

 29092574 T 29092574
          |
     7717 T 7717

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     7718 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 7777

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7778 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 7837

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7838 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 7897

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7898 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 7957

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7958 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 8017

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8018 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 8077

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8078 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 8137

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     8138 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 8197

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8198 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 8257

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8258 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 8317

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8318 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 8377

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8378 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 8437

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8438 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 8497

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8498 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 8557

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGG 29098894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8558 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGG 8599

Alignment time is 7.8783 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3527] =>      3527 nucs 'mol-32-21ec-019500_3527'

Score:        3526
Aligned:      3526        nucs
Identic:      3526 (100%) nucs =>      2725 (100%)       801 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089386,29092110] EXCISED REGION [29092112,29092912]
 second seq =>  [       1,    2725] EXCISED REGION [    2727,    3527]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111]
 second seq =>         1 nucs [2726,2726]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111] to [29092112,29092112]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089386 AGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATA 29089445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATA 60

 29089446 AATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAA 29089505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAA 120

 29089506 TATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCT 29089565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCT 180

 29089566 CATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATT 29089625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATT 240

 29089626 TTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTT 29089685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTT 300

 29089686 GGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACA 29089745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACA 360

 29089746 GGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTA 29089805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTA 420

 29089806 GTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTA 29089865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTA 480

 29089866 AACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATC 29089925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATC 540

 29089926 AGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATT 29089985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATT 600

 29089986 CTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACT 29090045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACT 660

 29090046 CTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGG 29090105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGG 720

 29090106 TCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTT 29090165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTT 780

 29090166 TGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCT 29090225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCT 840

 29090226 GATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTAC 29090285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTAC 900

 29090286 CACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCT 29090345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCT 960

 29090346 TCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCA 29090405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCA 1020

 29090406 ACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTA 29090465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTA 1080

 29090466 AGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGAT 29090525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGAT 1140

 29090526 CAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATA 29090585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATA 1200

 29090586 AGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAA 29090645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAA 1260

 29090646 AACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGG 29090705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGG 1320

 29090706 ATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAA 29090765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAA 1380

 29090766 ATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTA 29090825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTA 1440

 29090826 AGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACT 29090885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACT 1500

 29090886 ATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACA 29090945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACA 1560

 29090946 TCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAAT 29091005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAAT 1620

 29091006 ATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGAT 29091065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGAT 1680

 29091066 TTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTA 29091125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTA 1740

 29091126 GACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAG 29091185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAG 1800

 29091186 GATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATA 29091245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATA 1860

 29091246 GTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAA 29091305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAA 1920

 29091306 TCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGA 29091365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGA 1980

 29091366 AGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCT 29091425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCT 2040

 29091426 AAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAG 29091485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAG 2100

 29091486 TGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATG 29091545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATG 2160

 29091546 TTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAA 29091605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAA 2220

 29091606 GTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTC 29091665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTC 2280

 29091666 GTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGC 29091725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGC 2340

 29091726 AACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAA 29091785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAA 2400

 29091786 GTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAG 29091845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAG 2460

 29091846 TGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATA 29091905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATA 2520

 29091906 GCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTC 29091965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTC 2580

 29091966 CTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGT 29092025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGT 2640

 29092026 AATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACAT 29092085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACAT 2700

 29092086 TCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 29092110
          |||||||||||||||||||||||||
     2701 TCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 2725

EXCISED REGION

 29092112 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 29092171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2727 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 2786

 29092172 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 29092231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2787 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 2846

 29092232 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 29092291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2847 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 2906

 29092292 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 29092351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2907 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 2966

 29092352 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 29092411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2967 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 3026

 29092412 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 29092471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3027 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 3086

 29092472 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 29092531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3087 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 3146

 29092532 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 29092591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3147 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 3206

 29092592 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 29092651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3207 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 3266

 29092652 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 29092711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3267 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 3326

 29092712 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 29092771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3327 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 3386

 29092772 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAAC 29092831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3387 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAAC 3446

 29092832 ATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTT 29092891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3447 ATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTT 3506

 29092892 TATATTATTGGATATATATCA 29092912
          |||||||||||||||||||||
     3507 TATATTATTGGATATATATCA 3527

Alignment time is 3.30587 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3357] =>      3357 nucs 'mol-32-21ec-024778_3357'

Score:        3343
Aligned:      3354        nucs
Identic:      3353 (100%) nucs =>      3116 (100%)       237 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089911,29093027] EXCISED REGION [29093032,29093268]
 second seq =>  [       1,    3117] EXCISED REGION [    3118,    3354]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [29093028,29093031]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        23 nucs [29093028,29093050] to [29093032,29093054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29093028,29093029] to [29093030,29093031]
 second seq =>         0 nucs

 29089911 CTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGT 29089970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGT 60

 29089971 TAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAAC 29090030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAAC 120

 29090031 CTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTA 29090090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTA 180

 29090091 TTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATT 29090150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATT 240

 29090151 CTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATG 29090210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATG 300

 29090211 ATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAA 29090270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAA 360

 29090271 GTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTT 29090330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTT 420

 29090331 CTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCA 29090390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCA 480

 29090391 CGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATC 29090450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATC 540

 29090451 TCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACA 29090510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACA 600

 29090511 GTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCA 29090570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCA 660

 29090571 ACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGT 29090630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGT 720

 29090631 AATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAAC 29090690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAAC 780

 29090691 CCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAG 29090750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAG 840

 29090751 TCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAG 29090810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAG 900

 29090811 ATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATC 29090870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATC 960

 29090871 TAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTAT 29090930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTAT 1020

 29090931 CTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCT 29090990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCT 1080

 29090991 CCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATG 29091050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATG 1140

 29091051 AAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGAT 29091110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGAT 1200

 29091111 ATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTT 29091170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTT 1260

 29091171 GGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTT 29091230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTT 1320

 29091231 TTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCC 29091290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCC 1380

 29091291 CATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATA 29091350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATA 1440

 29091351 TTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTT 29091410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTT 1500

 29091411 TTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACT 29091470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACT 1560

 29091471 TAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAG 29091530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAG 1620

 29091531 GAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCC 29091590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCC 1680

 29091591 TTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTG 29091650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTG 1740

 29091651 GATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAG 29091710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAG 1800

 29091711 GAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACC 29091770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACC 1860

 29091771 TTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCC 29091830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCC 1920

 29091831 CATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTA 29091890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTA 1980

 29091891 TTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAAC 29091950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAAC 2040

 29091951 TGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGAT 29092010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGAT 2100

 29092011 GACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACT 29092070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACT 2160

 29092071 GAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAAT 29092130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2161 GAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGTCTTAGTTGTATTACTTAAT 2220

 29092131 ATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGC 29092190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGC 2280

 29092191 TTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCAC 29092250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCAC 2340

 29092251 AGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGAC 29092310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGAC 2400

 29092311 AACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTC 29092370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTC 2460

 29092371 TACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTG 29092430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTG 2520

 29092431 GCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATG 29092490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATG 2580

 29092491 TAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCA 29092550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCA 2640

 29092551 TAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATGATTTAAGTACAGTCTTCAA 29092610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATGATTTAAGTACAGTCTTCAA 2700

 29092611 AAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATATGTTTGTGACTCTAGAATTT 29092670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATATGTTTGTGACTCTAGAATTT 2760

 29092671 TCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTTAAAGTTCAAAGTGATAGGT 29092730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTTAAAGTTCAAAGTGATAGGT 2820

 29092731 AAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGTGGCACAGGCAGATCAAAAA 29092790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGTGGCACAGGCAGATCAAAAA 2880

 29092791 TATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAACATTTGTACATATGAACATA 29092850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAACATTTGTACATATGAACATA 2940

 29092851 ATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTTTATATTATTGGATATATAT 29092910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTTTATATTATTGGATATATAT 3000

 29092911 CATAACCTATTCTATGAAAAATAATTTTAGAAAAAAGTCATAAGATATGCCATAATTTTT 29092970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CATAACCTATTCTATGAAAAATAATTTTAGAAAAAAGTCATAAGATATGCCATAATTTTT 3060

 29092971 ACAAAAAAATCAAAATCCTGTAGGAATGATTAACATATATATATGATAATGTGTGTG 29093027
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ACAAAAAAATCAAAATCCTGTAGGAATGATTAACATATATATATGATAATGTGTGTG 3117

EXCISED REGION

 29093032 TATATATATATATATATATATATGGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGGGACAGAGAGAGA 29093091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 TATATATATATATATATATATATGGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGGGACAGAGAGAGA 3177

 29093092 GAGAGAGACATGGATATTGATATCTATCTTTGTTTATAGTTTTTTATACTTATGTTTGTT 29093151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 GAGAGAGACATGGATATTGATATCTATCTTTGTTTATAGTTTTTTATACTTATGTTTGTT 3237

 29093152 TCTTTTTGGCAACAATGACAAACAAAATATATAGAAAAAAATATAGCACAATTATTCCCT 29093211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 TCTTTTTGGCAACAATGACAAACAAAATATATAGAAAAAAATATAGCACAATTATTCCCT 3297

 29093212 GTAGAAACAACTCATATAATTTGCATTAAAAGTAAAATATTATAATTAATTCATCAT 29093268
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3298 GTAGAAACAACTCATATAATTTGCATTAAAAGTAAAATATTATAATTAATTCATCAT 3354

Alignment time is 3.08174 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3751] =>      3751 nucs 'mol-32-238e-055599_3751'

Score:        3739
Aligned:      3750        nucs
Identic:      3749 (100%) nucs =>      1531 (100%)      2218 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29088958,29090488] EXCISED REGION [29090490,29092708]
 second seq =>  [       1,    1531] EXCISED REGION [    1533,    3751]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29090489,29090489]
 second seq =>         1 nucs [1532,1532]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29090488,29090488] to [29090490,29090490]
 second seq =>         1 nucs [1531,1531] to [1533,1533]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29088958 GCTTTCTTCTCTACGTGTGCTAACCATCACCCTCCAAAAAACAGATCCAGGGCTTAGACA 29089017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCTTTCTTCTCTACGTGTGCTAACCATCACCCTCCAAAAAACAGATCCAGGGCTTAGACA 60

 29089018 ATCAACATATTTATTATTGGAAGTAGTCTGACATGTCCTTAAAACTTAATTCTCTTCATT 29089077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATCAACATATTTATTATTGGAAGTAGTCTGACATGTCCTTAAAACTTAATTCTCTTCATT 120

 29089078 TTTAAAATATGATAAACATCAAAAGTATTCATAAAGCAATTATAATAAGTACATTTTTAC 29089137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTAAAATATGATAAACATCAAAAGTATTCATAAAGCAATTATAATAAGTACATTTTTAC 180

 29089138 TGTAGGCATAAAACAGAATTAAATTCATTGGGCTTACACTATGGTGTGCTTTATTTATAT 29089197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTAGGCATAAAACAGAATTAAATTCATTGGGCTTACACTATGGTGTGCTTTATTTATAT 240

 29089198 TTTTAATATATCATCAACATAATATTATTTATAGCAATATAGTATTATTATTAGATAGTA 29089257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTAATATATCATCAACATAATATTATTTATAGCAATATAGTATTATTATTAGATAGTA 300

 29089258 TTATTATATACTAATATATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATA 29089317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTATTATATACTAATATATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATA 360

 29089318 CATCCTTTTGTCAAGTGAACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGC 29089377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATCCTTTTGTCAAGTGAACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGC 420

 29089378 TATGCAGTAGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATC 29089437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATGCAGTAGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATC 480

 29089438 TTCTCATAAATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTC 29089497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCTCATAAATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTC 540

 29089498 TACTCTAATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTA 29089557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TACTCTAATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTA 600

 29089558 TATACTCTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAA 29089617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATACTCTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAA 660

 29089618 TGATCATTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAA 29089677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGATCATTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAA 720

 29089678 TATAATTTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAAT 29089737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATAATTTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAAT 780

 29089738 GACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAA 29089797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAA 840

 29089798 GGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAAT 29089857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAAT 900

 29089858 GGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATA 29089917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATA 960

 29089918 CCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAAC 29089977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAAC 1020

 29089978 ATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTAT 29090037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTAT 1080

 29090038 ATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAAT 29090097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAAT 1140

 29090098 ATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCC 29090157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCC 1200

 29090158 CATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCA 29090217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCA 1260

 29090218 TCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCAT 29090277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCAT 1320

 29090278 TATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAA 29090337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAA 1380

 29090338 ATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCC 29090397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCC 1440

 29090398 TCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAA 29090457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAA 1500

 29090458 GTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTG 29090488
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTG 1531

EXCISED REGION

 29090490 GTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTG 29090549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1533 GTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTG 1592

 29090550 AATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATC 29090609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1593 AATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATC 1652

 29090610 ATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATT 29090669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1653 ATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATT 1712

 29090670 TAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATAT 29090729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1713 TAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATAT 1772

 29090730 AACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGAT 29090789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1773 AACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGAT 1832

 29090790 TTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTC 29090849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1833 TTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTC 1892

 29090850 TATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAG 29090909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1893 TATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAG 1952

 29090910 TAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATG 29090969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1953 TAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATG 2012

 29090970 CACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTG 29091029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2013 CACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTG 2072

 29091030 AGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGC 29091089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2073 AGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGC 2132

 29091090 CTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCA 29091149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2133 CTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCA 2192

 29091150 GTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAA 29091209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2193 GTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAA 2252

 29091210 GCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTC 29091269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2253 GCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTC 2312

 29091270 TCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGA 29091329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2313 TCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGA 2372

 29091330 CATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAG 29091389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2373 CATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAG 2432

 29091390 TAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAAC 29091449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2433 TAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAAC 2492

 29091450 AGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCAC 29091509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2493 AGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCAC 2552

 29091510 CAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGG 29091569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2553 CAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGG 2612

 29091570 CACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCA 29091629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2613 CACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCA 2672

 29091630 CCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATT 29091689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2673 CCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATT 2732

 29091690 ACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAAT 29091749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2733 ACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAAT 2792

 29091750 TCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGT 29091809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2793 TCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGT 2852

 29091810 CTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTT 29091869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2853 CTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTT 2912

 29091870 TGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTAT 29091929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2913 TGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTAT 2972

 29091930 AAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCA 29091989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2973 AAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCA 3032

 29091990 CGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAA 29092049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3033 CGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAA 3092

 29092050 TGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGT 29092109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3093 TGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGT 3152

 29092110 GCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAAT 29092169
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3153 GTCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAAT 3212

 29092170 TATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTA 29092229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3213 TATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTA 3272

 29092230 TAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAA 29092289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3273 TAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAA 3332

 29092290 CCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCG 29092349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3333 CCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCG 3392

 29092350 TATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTT 29092409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3393 TATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTT 3452

 29092410 GTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGG 29092469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3453 GTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGG 3512

 29092470 TTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACT 29092529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3513 TTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACT 3572

 29092530 CATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACA 29092589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3573 CATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACA 3632

 29092590 TGATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTAT 29092649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3633 TGATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTAT 3692

 29092650 ATGTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCA 29092708
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3693 ATGTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCA 3751

Alignment time is 3.5211 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3356] =>      3356 nucs 'mol-32-2848-007343_3356'

Score:        3010
Aligned:      3265        nucs
Identic:      3232 ( 99%) nucs =>      1281 ( 99%)      1951 ( 99%)
Gaps:           16 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091286,29092574] EXCISED REGION [29098015,29099983]
 second seq =>  [       1,    1290] EXCISED REGION [    1291,    3256]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [1289,1290] to [1291,1292]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091286 ACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATA 29091345
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
        1 ACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTTTTAAATA 60

 29091346 AAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAA 29091405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAA 120

 29091406 ATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATT 29091464
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATT 180

 29091465 TAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGC 29091524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGC 240

 29091525 TCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAA 29091584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAA 300

 29091585 GCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTG 29091644
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTG 360

 29091645 GAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAA 29091704
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAA 420

 29091705 TCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCA 29091764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCA 480

 29091765 TTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATT 29091824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATT 540

 29091825 AGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGT 29091884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      541 AGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGT 600

 29091885 CTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAAT 29091944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAAT 660

 29091945 CGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACC 29092004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACC 720

 29092005 CTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGA 29092064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGA 780

 29092065 TGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTA 29092124
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
      781 TGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTA 840

 29092125 CTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAA 29092184
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAA 900

 29092185 ACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCA 29092244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCA 960

 29092245 GGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCC 29092304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCC 1020

 29092305 AAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGG 29092364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGG 1080

 29092365 ATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAA 29092424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1081 ATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAA 1140

 29092425 TTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTAT 29092484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTAT 1200

 29092485 AAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATAT 29092544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATAT 1260

 29092545 AAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          |||||||||||.||||||||||||||||||
     1261 AAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 1290

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1291 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 1350

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1351 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 1410

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1411 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 1470

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1471 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 1530

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1531 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 1590

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1591 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 1650

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1651 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1710

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1711 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1770

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1771 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1830

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1831 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1890

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1891 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1950

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1951 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 2010

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2011 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 2070

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2071 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 2130

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2131 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 2190

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2191 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 2250

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2251 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 2310

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2311 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 2370

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2371 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 2430

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2431 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 2490

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2491 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 2550

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2551 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 2610

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2611 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 2666

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2667 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 2726

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2727 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 2786

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2787 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 2846

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2847 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 2906

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2907 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 2966

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2967 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 3026

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3027 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 3086

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     3087 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 3141

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 3201

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTG 29099983
          |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 CCACATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTG 3256

Alignment time is 3.14554 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    5761] =>      5761 nucs 'mol-32-2895-104610_5761'

Score:        5707
Aligned:      5762        nucs
Identic:      5757 (100%) nucs =>      3791 (100%)      1966 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089234,29093027] EXCISED REGION [29093034,29095001]
 second seq =>  [       1,    3793] EXCISED REGION [    3794,    5761]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [29093028,29093033]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        21 nucs [29093028,29093048] to [29093034,29093054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29093028,29093029] to [29093032,29093033]
 second seq =>         0 nucs

 29089234 ATATAGTATTATTATTAGATAGTATTATTATATACTAATATATCTCTTAGGACAGAGCAC 29089293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATATAGTATTATTATTAGATAGTATTATTATATACTAATATATCTCTTAGGACAGAGCAC 60

 29089294 AGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTGAACAATCATAGCAATTCAA 29089353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTGAACAATCATAGCAATTCAA 120

 29089354 AGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAAC 29089413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAAC 180

 29089414 ATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAAC 29089473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAAC 240

 29089474 AAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTT 29089533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTT 300

 29089534 CAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCC 29089593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCC 360

 29089594 TAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCT 29089653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCT 420

 29089654 TCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATT 29089713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATT 480

 29089714 TGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTG 29089773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTG 540

 29089774 GTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGAT 29089833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGAT 600

 29089834 GATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGT 29089893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGT 660

 29089894 TTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATA 29089953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATA 720

 29089954 TTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAA 29090013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAA 780

 29090014 CAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAAT 29090073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAAT 840

 29090074 TATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGAT 29090133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGAT 900

 29090134 TGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCAT 29090193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCAT 960

 29090194 CACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGAC 29090253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGAC 1020

 29090254 ATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCT 29090313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCT 1080

 29090314 GTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTT 29090373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTT 1140

 29090374 GCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCA 29090433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCA 1200

 29090434 TGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTAT 29090493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTAT 1260

 29090494 CTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATG 29090553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATG 1320

 29090554 AATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAA 29090613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAA 1380

 29090614 AGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAAT 29090673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAAT 1440

 29090674 CCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACA 29090733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACA 1500

 29090734 TTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGA 29090793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGA 1560

 29090794 TTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATT 29090853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATT 1620

 29090854 ATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAAT 29090913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAAT 1680

 29090914 TATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACA 29090973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACA 1740

 29090974 GTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCC 29091033
          || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GT-ATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCC 1799

 29091034 CAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTC 29091093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 CAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTC 1859

 29091094 TTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTC 29091153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTC 1919

 29091154 CAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAA 29091213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 CAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAA 1979

 29091214 CAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAG 29091273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 CAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAG 2039

 29091274 TTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATT 29091333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 TTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATT 2099

 29091334 ATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAAT 29091393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 ATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAAT 2159

 29091394 ATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAA 29091453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 ATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAA 2219

 29091454 TCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGT 29091513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 TCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGT 2279

 29091514 TACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACC 29091573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 TACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACC 2339

 29091574 TGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAG 29091633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 TGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAG 2399

 29091634 GTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTG 29091693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 GTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTG 2459

 29091694 TTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTA 29091753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTA 2519

 29091754 CATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTAC 29091813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 CATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTAC 2579

 29091814 AAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTT 29091873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTT 2639

 29091874 TTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGA 29091933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 TTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGA 2699

 29091934 AAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTG 29091993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTG 2759

 29091994 GTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGAT 29092053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 GTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGAT 2819

 29092054 GATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCT 29092113
          .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2820 TATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGTCT 2879

 29092114 TAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATA 29092173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 TAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATA 2939

 29092174 CAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAA 29092233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 CAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAA 2999

 29092234 AGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCAC 29092293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 AGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCAC 3059

 29092294 TGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATC 29092353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 TGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATC 3119

 29092354 CCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAG 29092413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 CCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAG 3179

 29092414 ACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAA 29092473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 ACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAA 3239

 29092474 TACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATA 29092533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 TACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATA 3299

 29092534 CAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATGAT 29092593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 CAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATGAT 3359

 29092594 TTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATATGT 29092653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 TTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATATGT 3419

 29092654 TTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTTAA 29092713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 TTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTTAA 3479

 29092714 AGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGTGG 29092773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 AGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGTGG 3539

 29092774 CACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAACAT 29092833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 CACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAACAT 3599

 29092834 TTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTTTA 29092893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 TTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTTTA 3659

 29092894 TATTATTGGATATATATCATAACCTATTCTATGAAAAATAATTTTAGAAAAAAGTCATAA 29092953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 TATTATTGGATATATATCATAACCTATTCTATGAAAAATAATTTTAGAAAAAAGTCATAA 3719

 29092954 GATATGCCATAATTTTTACAAAAAAATCAAAATCCTGTAGGAATGATTAACATATATATA 29093013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 GATATGCCATAATTTTTACAAAAAAATCAAAATCCTGTAGGAATGATTAACATATATATA 3779

 29093014 TGATAATGTGTGTG 29093027
          ||||||||||||||
     3780 TGATAATGTGTGTG 3793

EXCISED REGION

 29093034 TATATATATATATATATATATGGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGGGACAGAGAGAGAGA 29093093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3794 TATATATATATATATATATATGGAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGGGACAGAGAGAGAGA 3853

 29093094 GAGAGACATGGATATTGATATCTATCTTTGTTTATAGTTTTTTATACTTATGTTTGTTTC 29093153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3854 GAGAGACATGGATATTGATATCTATCTTTGTTTATAGTTTTTTATACTTATGTTTGTTTC 3913

 29093154 TTTTTGGCAACAATGACAAACAAAATATATAGAAAAAAATATAGCACAATTATTCCCTGT 29093213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3914 TTTTTGGCAACAATGACAAACAAAATATATAGAAAAAAATATAGCACAATTATTCCCTGT 3973

 29093214 AGAAACAACTCATATAATTTGCATTAAAAGTAAAATATTATAATTAATTCATCATCATCA 29093273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3974 AGAAACAACTCATATAATTTGCATTAAAAGTAAAATATTATAATTAATTCATCATCATCA 4033

 29093274 CAATAATTTTTTCAAGAATTGAGTAGGGTAATTCAAAAGGCTTTACACCTGATTAAGATG 29093333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4034 CAATAATTTTTTCAAGAATTGAGTAGGGTAATTCAAAAGGCTTTACACCTGATTAAGATG 4093

 29093334 CCAACATCAAGGTAAATATATCTGATGTCCTATACTAATTTGTTTTATCAGTATTATTAT 29093393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4094 CCAACATCAAGGTAAATATATCTGATGTCCTATACTAATTTGTTTTATCAGTATTATTAT 4153

 29093394 TATTATATATAATAAATAACAAGATATATATAACATTTGTAAATCATTTTGAAATTTATA 29093453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4154 TATTATATATAATAAATAACAAGATATATATAACATTTGTAAATCATTTTGAAATTTATA 4213

 29093454 AAACACTTTCCCATATACTATCCTCTCTTAACTATTCTATTTTATAATTTACTAATTTTC 29093513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4214 AAACACTTTCCCATATACTATCCTCTCTTAACTATTCTATTTTATAATTTACTAATTTTC 4273

 29093514 ATACAAAATTTTAATGAAAATTTTTTCTATTTAAAATCAATTAGCCTGTCATTTCCCCAC 29093573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4274 ATACAAAATTTTAATGAAAATTTTTTCTATTTAAAATCAATTAGCCTGTCATTTCCCCAC 4333

 29093574 ATTATATATAAGAATTAACACCTAAATAGTATCACCTAAATTATAATTAATAAGATAATA 29093633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4334 ATTATATATAAGAATTAACACCTAAATAGTATCACCTAAATTATAATTAATAAGATAATA 4393

 29093634 TCCCTATCCTACCTCCAAGTATCTTGATAATAGAAACTGTAGTTGTTTTGTCAAGCAATC 29093693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4394 TCCCTATCCTACCTCCAAGTATCTTGATAATAGAAACTGTAGTTGTTTTGTCAAGCAATC 4453

 29093694 CAGCAGCAGGCACAGAATTAAAAGGTCACCTCTGTGATTTTCATCTTTAGGTAGAATAAA 29093753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4454 CAGCAGCAGGCACAGAATTAAAAGGTCACCTCTGTGATTTTCATCTTTAGGTAGAATAAA 4513

 29093754 GGTCTCCTGAATTTTAATAAGAACATTAATATGTGCATAAATGAGAAAGGAAGAAAATAG 29093813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4514 GGTCTCCTGAATTTTAATAAGAACATTAATATGTGCATAAATGAGAAAGGAAGAAAATAG 4573

 29093814 TGGAAATTGAACTTTAGTTCTAAGAATAGTCAAACACAACAGGAATCTTCCCCGCCCCAG 29093873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4574 TGGAAATTGAACTTTAGTTCTAAGAATAGTCAAACACAACAGGAATCTTCCCCGCCCCAG 4633

 29093874 AGAACAATTTCAGTATGTTAAAATATAAAATAAGCAACATTTTTGCAAGTTATATCCAAA 29093933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4634 AGAACAATTTCAGTATGTTAAAATATAAAATAAGCAACATTTTTGCAAGTTATATCCAAA 4693

 29093934 TTTGACAAACTTGATTTATTGACTTTTCAAATTACCTTGCTTAAGAAAAATCTGCATATT 29093993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4694 TTTGACAAACTTGATTTATTGACTTTTCAAATTACCTTGCTTAAGAAAAATCTGCATATT 4753

 29093994 TTAACTTTAAATATATATTTGAAATCAGAATAAATTTCTGCATTGGAAGGCCATCTATAT 29094053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4754 TTAACTTTAAATATATATTTGAAATCAGAATAAATTTCTGCATTGGAAGGCCATCTATAT 4813

 29094054 ACTCTAGTTTCTGAAGAACATGCACTACTTGATCCCTTAACATCCAGTTATCTGAGTAAG 29094113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4814 ACTCTAGTTTCTGAAGAACATGCACTACTTGATCCCTTAACATCCAGTTATCTGAGTAAG 4873

 29094114 CTGACATAATGTCAAATAAAACATTTTGTCATTAAACAATGTCCTTAAAAAACAAAAAGT 29094173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4874 CTGACATAATGTCAAATAAAACATTTTGTCATTAAACAATGTCCTTAAAAAACAAAAAGT 4933

 29094174 CTAGAAAAGTAAGTATGGGTATTGATAAAATCATTTAATTGTCTAGAGCCAAAATTATCC 29094233
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4934 CTAGAAAAGTAAGTATAGGTATTGATAAAATCATTTAATTGTCTAGAGCCAAAATTATCC 4993

 29094234 TTTACTCTGATTTAGAACAGAGGTGATTTAACCCTCTTTATAAATAAAAGGCATTTTATG 29094293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4994 TTTACTCTGATTTAGAACAGAGGTGATTTAACCCTCTTTATAAATAAAAGGCATTTTATG 5053

 29094294 ATGATGTACAGAGTACTGCAGTATTTTATTCTAACAAGCTATCACGTTTCATTACACAAA 29094353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5054 ATGATGTACAGAGTACTGCAGTATTTTATTCTAACAAGCTATCACGTTTCATTACACAAA 5113

 29094354 CCCTATCAAGAAGATGTTATATGGCCTTTTCTTAAGCAGCATGACATAAATTTCTAGAGT 29094413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5114 CCCTATCAAGAAGATGTTATATGGCCTTTTCTTAAGCAGCATGACATAAATTTCTAGAGT 5173

 29094414 AGCAAAATGTAATATTGGAAATAACAGCATAAACAATTCATCTAACTCATGTCTTTTATA 29094473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5174 AGCAAAATGTAATATTGGAAATAACAGCATAAACAATTCATCTAACTCATGTCTTTTATA 5233

 29094474 AATGAAGAAACTGAAGCAAAGAAAAATTATGTGGGTGCTTAAATCTCACAGCTAGCATAT 29094533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5234 AATGAAGAAACTGAAGCAAAGAAAAATTATGTGGGTGCTTAAATCTCACAGCTAGCATAT 5293

 29094534 CCAGTCCTTTTTCTATACCTCTCCTGTCCAGCACAGTAGGTACCAGCTACATGTACTGTT 29094593
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5294 CCAGTCCTTTTTCTATACCTCTCCCGTCCAGCACAGTAGGTACCAGCTACATGTACTGTT 5353

 29094594 AATTACTTGAAGTATGGTTAAGTGGAATTGAGATGTGCTGTAAGTGTAAAATATAAACTG 29094653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5354 AATTACTTGAAGTATGGTTAAGTGGAATTGAGATGTGCTGTAAGTGTAAAATATAAACTG 5413

 29094654 GATTTTAGTGGCTGACTATAGAAAGTAACACAAAATATCTCTCCCAATAATTTTATTCTA 29094713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5414 GATTTTAGTGGCTGACTATAGAAAGTAACACAAAATATCTCTCCCAATAATTTTATTCTA 5473

 29094714 ATTCTATGTTGCAAGATAATATTTTGGATATGCTAGATCAAAAATATATTATTAAAATAA 29094773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5474 ATTCTATGTTGCAAGATAATATTTTGGATATGCTAGATCAAAAATATATTATTAAAATAA 5533

 29094774 ATTTCACTTGTTTCATTTTACCAGTTTTAAATGTGTCTACTAGACATTTTTAAATTATAT 29094833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5534 ATTTCACTTGTTTCATTTTACCAGTTTTAAATGTGTCTACTAGACATTTTTAAATTATAT 5593

 29094834 TCAAGGCTCACATTATATTTCTATCTGACAGCACTGTTCTAGACCATTACATTTTATATT 29094893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5594 TCAAGGCTCACATTATATTTCTATCTGACAGCACTGTTCTAGACCATTACATTTTATATT 5653

 29094894 CTTTTAGGTATATCTCTTTTTGAGATTCTAAGTACATACAGTAATTTCTTATATGAAATT 29094953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5654 CTTTTAGGTATATCTCTTTTTGAGATTCTAAGTACATACAGTAATTTCTTATATGAAATT 5713

 29094954 CATACATTTTCATTAGTCAACTAAAAATATTCCCGTTTTTCATTCAAG 29095001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5714 CATACATTTTCATTAGTCAACTAAAAATATTCCCGTTTTTCATTCAAG 5761

Alignment time is 5.27618 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3323] =>      3323 nucs 'mol-32-2e57-044551_3323'

Score:        2426
Aligned:      2604        nucs
Identic:      2578 ( 99%) nucs =>       296 ( 99%)      2282 ( 99%)
Gaps:           15 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29092277,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100314]
 second seq =>  [       1,     298] EXCISED REGION [     299,    2595]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [297,298] to [299,300]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29092277 TTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAG 29092336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAG 60

 29092337 ACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTAC 29092396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTAC 120

 29092397 TCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTAC 29092456
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTAC 180

 29092457 AAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTC 29092516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTC 240

 29092517 AACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      241 AACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 298

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      299 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 358

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      359 ATGAATAAAATATCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 418

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      419 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 478

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 538

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 598

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 658

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 718

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
      719 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 778

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 838

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 898

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 958

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 1018

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 1078

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 1138

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 1198

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 1258

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1318

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1378

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1379 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 1438

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 1498

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 1558

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 1618

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 1674

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1675 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 1734

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1735 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 1794

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 1854

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 1914

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 1974

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 2034

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 2094

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     2095 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 2149

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 2209

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 2269

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 2329

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 29100108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 2389

 29100109 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 29100168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 2449

 29100169 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 29100228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 2509

 29100229 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAG 29100288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAG 2569

 29100289 GGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGG 29100314
          ||||||||||||||||||||||||||
     2570 GGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGG 2595

Alignment time is 3.04015 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3056] =>      3056 nucs 'mol-32-2edb-179314_3056'

Score:        3055
Aligned:      3055        nucs
Identic:      3055 (100%) nucs =>      2377 (100%)       678 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089734,29092110] EXCISED REGION [29092112,29092789]
 second seq =>  [       1,    2377] EXCISED REGION [    2379,    3056]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111]
 second seq =>         1 nucs [2378,2378]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111] to [29092112,29092112]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089734 GAATGACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTC 29089793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAATGACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTC 60

 29089794 ATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATG 29089853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATG 120

 29089854 GAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTA 29089913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTA 180

 29089914 CATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAA 29089973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAA 240

 29089974 TAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTA 29090033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTA 300

 29090034 TTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTG 29090093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTG 360

 29090094 AAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTT 29090153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTT 420

 29090154 CTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATA 29090213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATA 480

 29090214 TTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTG 29090273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTG 540

 29090274 CCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTC 29090333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTC 600

 29090334 TGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGA 29090393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGA 660

 29090394 ACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCT 29090453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCT 720

 29090454 CTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTT 29090513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTT 780

 29090514 ATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACA 29090573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACA 840

 29090574 TATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAAT 29090633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAAT 900

 29090634 TATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCA 29090693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCA 960

 29090694 GAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCA 29090753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCA 1020

 29090754 GAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATT 29090813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATT 1080

 29090814 ATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAG 29090873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAG 1140

 29090874 GAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTT 29090933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTT 1200

 29090934 CCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCA 29090993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCA 1260

 29090994 GATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAA 29091053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAA 1320

 29091054 ATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATT 29091113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATT 1380

 29091114 GGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGG 29091173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGG 1440

 29091174 AAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTG 29091233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTG 1500

 29091234 ACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCAT 29091293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCAT 1560

 29091294 GGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTG 29091353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTG 1620

 29091354 TGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTT 29091413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTT 1680

 29091414 GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAA 29091473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAA 1740

 29091474 AAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAG 29091533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAG 1800

 29091534 CCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTT 29091593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTT 1860

 29091594 GCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGAT 29091653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGAT 1920

 29091654 AATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAG 29091713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAG 1980

 29091714 AGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTG 29091773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTG 2040

 29091774 CCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCAT 29091833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCAT 2100

 29091834 AGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTA 29091893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTA 2160

 29091894 TTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGA 29091953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGA 2220

 29091954 TTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGAC 29092013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGAC 2280

 29092014 TATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAG 29092073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAG 2340

 29092074 TACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 29092110
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 2377

EXCISED REGION

 29092112 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 29092171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2379 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 2438

 29092172 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 29092231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2439 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 2498

 29092232 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 29092291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2499 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 2558

 29092292 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 29092351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2559 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 2618

 29092352 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 29092411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2619 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 2678

 29092412 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 29092471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2679 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 2738

 29092472 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 29092531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2739 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 2798

 29092532 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 29092591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2799 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 2858

 29092592 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 29092651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2859 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 2918

 29092652 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 29092711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2919 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 2978

 29092712 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 29092771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2979 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 3038

 29092772 GGCACAGGCAGATCAAAA 29092789
          ||||||||||||||||||
     3039 GGCACAGGCAGATCAAAA 3056

Alignment time is 2.81985 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2851] =>      2851 nucs 'mol-32-2ef1-085782_2851'

Score:        2828
Aligned:      2850        nucs
Identic:      2848 (100%) nucs =>      1239 (100%)      1609 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29090198,29091436] EXCISED REGION [29091438,29093048]
 second seq =>  [       1,    1239] EXCISED REGION [    1241,    2851]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29091437,29091437]
 second seq =>         1 nucs [1240,1240]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29091436,29091436] to [29091437,29091437]
 second seq =>         1 nucs [1240,1240] to [1241,1241]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29090198 ATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCT 29090257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCT 60

 29090258 CATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTC 29090317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTC 120

 29090318 AAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAG 29090377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAG 180

 29090378 GGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTC 29090437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTC 240

 29090438 TGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCA 29090497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCA 300

 29090498 AAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATT 29090557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATT 360

 29090558 AATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAA 29090617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAA 420

 29090618 AACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCAC 29090677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCAC 480

 29090678 CCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTA 29090737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTA 540

 29090738 ATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTAC 29090797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTAC 600

 29090798 TCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGG 29090857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGG 660

 29090858 TATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATT 29090917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATT 720

 29090918 ATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTA 29090977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTA 780

 29090978 TTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGT 29091037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGT 840

 29091038 TAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGT 29091097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGT 900

 29091098 TGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAA 29091157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAA 960

 29091158 TCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAA 29091217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAA 1020

 29091218 CGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGT 29091277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGT 1080

 29091278 GCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTT 29091337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTT 1140

 29091338 TTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTT 29091397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTT 1200

 29091398 CAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACA 29091436
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACA 1239

EXCISED REGION

 29091438 GAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCT 29091497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1241 GAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCT 1300

 29091498 CTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACC 29091557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 CTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACC 1360

 29091558 TACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTC 29091617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1361 TACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTC 1420

 29091618 TGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACA 29091677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 TGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACA 1480

 29091678 GTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATT 29091737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 GTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATT 1540

 29091738 TTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAG 29091797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 TTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAG 1600

 29091798 GTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATAC 29091857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 GTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATAC 1660

 29091858 ACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCAT 29091917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 ACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCAT 1720

 29091918 ACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATAT 29091977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 ACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATAT 1780

 29091978 CCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAA 29092037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 CCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAA 1840

 29092038 AATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTT 29092097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 AATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTT 1900

 29092098 GCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAA 29092157
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 GCTAGAATCTGTGTCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAA 1960

 29092158 CGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAA 29092217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 CGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAA 2020

 29092218 GCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGT 29092277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 GCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGT 2080

 29092278 TTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGA 29092337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 TTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGA 2140

 29092338 CAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACT 29092397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 CAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACT 2200

 29092398 CATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACA 29092457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 CATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACA 2260

 29092458 AAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCA 29092517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 AAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCA 2320

 29092518 ACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTT 29092577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 ACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTT 2380

 29092578 CCATGTATTACATGATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGAT 29092637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 CCATGTATTACATGATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGAT 2440

 29092638 GTTAAAGTGTATATGTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCAT 29092697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 GTTAAAGTGTATATGTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCAT 2500

 29092698 TTCTGTTAGCATTTAAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAG 29092757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 TTCTGTTAGCATTTAAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAG 2560

 29092758 GGATATTTAATAGTGGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGG 29092817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 GGATATTTAATAGTGGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGG 2620

 29092818 ATATCTTTATTAACATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAA 29092877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 ATATCTTTATTAACATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAA 2680

 29092878 AAGATGTTTATTTTTATATTATTGGATATATATCATAACCTATTCTATGAAAAATAATTT 29092937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 AAGATGTTTATTTTTATATTATTGGATATATATCATAACCTATTCTATGAAAAATAATTT 2740

 29092938 TAGAAAAAAGTCATAAGATATGCCATAATTTTTACAAAAAAATCAAAATCCTGTAGGAAT 29092997
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 TAGAAAAAAGTCATAGGATATGCCATAATTTTTACAAAAAAATCAAAATCCTGTAGGAAT 2800

 29092998 GATTAACATATATATATGATAATGTGTGTGTATATATATATATATATATAT 29093048
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 GATTAACATATATATATGATAATGTGTGTGTATATATATATATATATATAT 2851

Alignment time is 3.11369 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    4607] =>      4607 nucs 'mol-32-2f28-051690_4607'

Score:        4607
Aligned:      4607        nucs
Identic:      4607 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29094872,29099478]
 second seq =>  [       1,    4607]

 29094872 CTAGACCATTACATTTTATATTCTTTTAGGTATATCTCTTTTTGAGATTCTAAGTACATA 29094931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTAGACCATTACATTTTATATTCTTTTAGGTATATCTCTTTTTGAGATTCTAAGTACATA 60

 29094932 CAGTAATTTCTTATATGAAATTCATACATTTTCATTAGTCAACTAAAAATATTCCCGTTT 29094991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGTAATTTCTTATATGAAATTCATACATTTTCATTAGTCAACTAAAAATATTCCCGTTT 120

 29094992 TTCATTCAAGAGTCTATGCTTACAAAATCTAAAAACCATACCACAACAAATGCCAAATGA 29095051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCATTCAAGAGTCTATGCTTACAAAATCTAAAAACCATACCACAACAAATGCCAAATGA 180

 29095052 GTATCAGAAATGTTTACAAGTTCATTGTAACTCTGTCCTTCACAAGGAGTGCTTCTCTTT 29095111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTATCAGAAATGTTTACAAGTTCATTGTAACTCTGTCCTTCACAAGGAGTGCTTCTCTTT 240

 29095112 GTTTCATACTCATTAATTTGAGTATTCTAAGATGTTATTCCCTAAACTCCACAGTAGTCC 29095171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTTCATACTCATTAATTTGAGTATTCTAAGATGTTATTCCCTAAACTCCACAGTAGTCC 300

 29095172 AAAACCTATTCTATACTTTGATAAATGTTTGCAAGGCAAAGGACTAAAAGGAAAAAGAGG 29095231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAAACCTATTCTATACTTTGATAAATGTTTGCAAGGCAAAGGACTAAAAGGAAAAAGAGG 360

 29095232 GTATTGAATTTTCATTGCCACAGGAGAATAATCAAAGATAATTCCAATAAGAGTAAATTT 29095291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTATTGAATTTTCATTGCCACAGGAGAATAATCAAAGATAATTCCAATAAGAGTAAATTT 420

 29095292 TTTATTTAACTATGGCAATAGCTAACAAGATTTCTCAAAAGGAAAAATAATCGCTTTTAT 29095351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTATTTAACTATGGCAATAGCTAACAAGATTTCTCAAAAGGAAAAATAATCGCTTTTAT 480

 29095352 ATAACAAGTCAAAATTTAAGTGTATTCTGCCTAAAAGCTGACAGCTGGTAAATTTGAAGG 29095411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATAACAAGTCAAAATTTAAGTGTATTCTGCCTAAAAGCTGACAGCTGGTAAATTTGAAGG 540

 29095412 TCTCAGGATAAGGAAAATAATAATAATAATAATAATAAACACAACAAAACACCTGAAACA 29095471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTCAGGATAAGGAAAATAATAATAATAATAATAATAAACACAACAAAACACCTGAAACA 600

 29095472 CAATAGGTTAGCCTTAACTCAAAGTCATTTTTACCTGATGGACAACAGGGTATCAATGCA 29095531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAATAGGTTAGCCTTAACTCAAAGTCATTTTTACCTGATGGACAACAGGGTATCAATGCA 660

 29095532 TGTGCTCACTGAACCAATATTTTGAAAGAACCATTTCATAGGGGCAGGCAATAAGCATTT 29095591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTGCTCACTGAACCAATATTTTGAAAGAACCATTTCATAGGGGCAGGCAATAAGCATTT 720

 29095592 CCCCAAAAACTATTCTTCTATCTTAAATCCCTAGTATAATTGAGGCTTCTACAATAAGTG 29095651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCCCAAAAACTATTCTTCTATCTTAAATCCCTAGTATAATTGAGGCTTCTACAATAAGTG 780

 29095652 AATTCATGAAGGCTGTGTACTCTTTAAAGACCGGAAGATAGTACTTGGTATATTGTCAAG 29095711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATTCATGAAGGCTGTGTACTCTTTAAAGACCGGAAGATAGTACTTGGTATATTGTCAAG 840

 29095712 TGTTGGGACTGGGAGTCCTTCATACAAATCATGGGGATTCTGTTTACTTCTCCCCATGCA 29095771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGTTGGGACTGGGAGTCCTTCATACAAATCATGGGGATTCTGTTTACTTCTCCCCATGCA 900

 29095772 GATTCGGTTTCCTGACAGACACTCCTGACCAATACTGATTCATTAAATAGGAGTAACAAA 29095831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GATTCGGTTTCCTGACAGACACTCCTGACCAATACTGATTCATTAAATAGGAGTAACAAA 960

 29095832 CCTTTCTTTGGGAGAGTAGTCACTTTTCCATTTTCTAGTAACTAAGTAAGAACTGCTGAG 29095891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCTTTCTTTGGGAGAGTAGTCACTTTTCCATTTTCTAGTAACTAAGTAAGAACTGCTGAG 1020

 29095892 AGCTTGTGAAGATGAGGGACATATTGGAGTGATACCAAGGAATGAGAGTTGAGAAGTAGC 29095951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGCTTGTGAAGATGAGGGACATATTGGAGTGATACCAAGGAATGAGAGTTGAGAAGTAGC 1080

 29095952 TGATAGTGATCAGCCCTTAGAAACTTAAAGTATACAAAAAAAAAATAAATAGGATCATGT 29096011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGATAGTGATCAGCCCTTAGAAACTTAAAGTATACAAAAAAAAAATAAATAGGATCATGT 1140

 29096012 TGGATTTCTCCCAGTGTAGGTAATTCCTAGTCCAGGAGCTCTTTTCAGAAGCCCAATGAT 29096071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGGATTTCTCCCAGTGTAGGTAATTCCTAGTCCAGGAGCTCTTTTCAGAAGCCCAATGAT 1200

 29096072 GTTACTGTTGATAGGATGAGGTTGGATTTTTATTTGTGTGATGCATATTTTAAGACATGG 29096131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTACTGTTGATAGGATGAGGTTGGATTTTTATTTGTGTGATGCATATTTTAAGACATGG 1260

 29096132 AAGACAGCATTTAAAAAAACAAAAAAAGGAATGATTTGGAAGACAGGAGGAGTCTGCTCT 29096191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAGACAGCATTTAAAAAAACAAAAAAAGGAATGATTTGGAAGACAGGAGGAGTCTGCTCT 1320

 29096192 GCTATAGAGTGATTTTCAGCCAACCTCTTCCCTGAACCTGAATACAAATACTCAAAGAGT 29096251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GCTATAGAGTGATTTTCAGCCAACCTCTTCCCTGAACCTGAATACAAATACTCAAAGAGT 1380

 29096252 GGAATTAGATGGTGTCTACATTCTTTCTTTATTTTTTATTTTTTTATTTTGAGACAGAGT 29096311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGAATTAGATGGTGTCTACATTCTTTCTTTATTTTTTATTTTTTTATTTTGAGACAGAGT 1440

 29096312 CTTACTCTGTTGCCCAGGCTGGACTGCAGTGGCGAAATTTTCACTCACTGCAATGTCCAC 29096371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTTACTCTGTTGCCCAGGCTGGACTGCAGTGGCGAAATTTTCACTCACTGCAATGTCCAC 1500

 29096372 CTCCTGGGCTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCC 29096431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTCCTGGGCTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCC 1560

 29096432 CACCATTATGCCCATCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGC 29096491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CACCATTATGCCCATCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGC 1620

 29096492 CAGGCTGGTCTCAAATTCCTGACCCCAAGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAATGTGCT 29096551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAGGCTGGTCTCAAATTCCTGACCCCAAGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAATGTGCT 1680

 29096552 GGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGGCCAGCCTCTACATTCTTTAAAACTCACATTTCCT 29096611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GGGATTACAGGCGTGAGCCACCATGGCCAGCCTCTACATTCTTTAAAACTCACATTTCCT 1740

 29096612 AAATAGAGATTTGTGAACCTTCAAAAGATTGTAAGACTGTTCCACATAGATCCTGCCAGA 29096671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAATAGAGATTTGTGAACCTTCAAAAGATTGTAAGACTGTTCCACATAGATCCTGCCAGA 1800

 29096672 AAAAGGCTAACTTGTCTGTTTCCATTATTATCTTTAATCAAAAACAAAATGTTCTTTAGC 29096731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAAAGGCTAACTTGTCTGTTTCCATTATTATCTTTAATCAAAAACAAAATGTTCTTTAGC 1860

 29096732 ATTTGGTTTTCCACTTTGGACAAAACATGCCAAGTGCATCTCCGGTGAGTACATGTAGGA 29096791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATTTGGTTTTCCACTTTGGACAAAACATGCCAAGTGCATCTCCGGTGAGTACATGTAGGA 1920

 29096792 AATACTGGTTATTGAATGAACTTGTTCATTTCTTCCTTTCATATTCACCAAAATGTTCCT 29096851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AATACTGGTTATTGAATGAACTTGTTCATTTCTTCCTTTCATATTCACCAAAATGTTCCT 1980

 29096852 GGAAATAATGAGATTTTTTCAACATTATACTGATTTTAGTTTTTTTATGTTAGTCACATA 29096911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGAAATAATGAGATTTTTTCAACATTATACTGATTTTAGTTTTTTTATGTTAGTCACATA 2040

 29096912 TTTTAACATTTAATTTAAATTTTAAGATTATCTTCAAAATGAATACTACAGATAGGCAGA 29096971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTTTAACATTTAATTTAAATTTTAAGATTATCTTCAAAATGAATACTACAGATAGGCAGA 2100

 29096972 AAACATAAGAAAACCTTATGAAATTTTTATAAGTTTGTGCAAATCATAATATGGTAATTC 29097031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAACATAAGAAAACCTTATGAAATTTTTATAAGTTTGTGCAAATCATAATATGGTAATTC 2160

 29097032 TGCAAATTCCCAAGATAGCAGCATTCTAAGGTATCTATAGCATAGAAATTGATATTAAAC 29097091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGCAAATTCCCAAGATAGCAGCATTCTAAGGTATCTATAGCATAGAAATTGATATTAAAC 2220

 29097092 ATTCATATTTTAAAATATGTATTTAATAAGAATAAAATCTGTTCTTGCTTTTCATATATC 29097151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATTCATATTTTAAAATATGTATTTAATAAGAATAAAATCTGTTCTTGCTTTTCATATATC 2280

 29097152 GTTACAAAGTTTATACACATTCTAAATGTATTATACTTTAGAGAGGATTTTGTAAACATC 29097211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTTACAAAGTTTATACACATTCTAAATGTATTATACTTTAGAGAGGATTTTGTAAACATC 2340

 29097212 ATAAAGCAATCTCCCTTATCTCACCATTTATAAGCAAAACAGAACATATAAGTAAATAGT 29097271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATAAAGCAATCTCCCTTATCTCACCATTTATAAGCAAAACAGAACATATAAGTAAATAGT 2400

 29097272 ATGCTATTTCAGTGGAAATGGAAGAATAAAGTAGTTTTAATCTTTTTTTGATGATATGAA 29097331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 ATGCTATTTCAGTGGAAATGGAAGAATAAAGTAGTTTTAATCTTTTTTTGATGATATGAA 2460

 29097332 GTATATTAAAATTATATCTGTATTTTAATGTATTTTAGCTCCTAAATCAAATTTCATATG 29097391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GTATATTAAAATTATATCTGTATTTTAATGTATTTTAGCTCCTAAATCAAATTTCATATG 2520

 29097392 CCATCTTCAAATCTTTCCTTAAAAATTTATGCCCTTTCTTCTACAAGTCATTAAAAGTAA 29097451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCATCTTCAAATCTTTCCTTAAAAATTTATGCCCTTTCTTCTACAAGTCATTAAAAGTAA 2580

 29097452 ATTTTAAAATACTGTAATTAGAAAATGTTGACATCCTCTATGCTATAGATATTAACAAAA 29097511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATTTTAAAATACTGTAATTAGAAAATGTTGACATCCTCTATGCTATAGATATTAACAAAA 2640

 29097512 TGCTATAGGTATTACCTATGCTATAGGTATTAACAAAATGCTATTAAAATTAATGTTATA 29097571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGCTATAGGTATTACCTATGCTATAGGTATTAACAAAATGCTATTAAAATTAATGTTATA 2700

 29097572 AACTTTACTGTTACACCAATAAAGATAATTTTACTTAAAATACTGTTTATTGTATGATGT 29097631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AACTTTACTGTTACACCAATAAAGATAATTTTACTTAAAATACTGTTTATTGTATGATGT 2760

 29097632 GAAAAAATAAGCAATTTTTTTTTCTACTTCCTAAGCAGGTGGTCAGTTTTTCTTGTGCTT 29097691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GAAAAAATAAGCAATTTTTTTTTCTACTTCCTAAGCAGGTGGTCAGTTTTTCTTGTGCTT 2820

 29097692 AAAAGAGTTGGTAAGAATCGCTTGGTAGTATTTATTTAAAAACAAAAACTCCATCAATGC 29097751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AAAAGAGTTGGTAAGAATCGCTTGGTAGTATTTATTTAAAAACAAAAACTCCATCAATGC 2880

 29097752 ATGCCCCTTCACTAGAGATTATAATTCAGCAGGATGCACTTCCAGAATTTTTATTATTCA 29097811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 ATGCCCCTTCACTAGAGATTATAATTCAGCAGGATGCACTTCCAGAATTTTTATTATTCA 2940

 29097812 CAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAG 29097871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 CAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAG 3000

 29097872 GTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATAC 29097931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATAC 3060

 29097932 ACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTA 29097991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTA 3120

 29097992 TCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGA 29098051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGA 3180

 29098052 TCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAG 29098111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAG 3240

 29098112 CATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATT 29098171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATT 3300

 29098172 ATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGG 29098231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGG 3360

 29098232 AGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAG 29098291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 AGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAG 3420

 29098292 CACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAA 29098351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 CACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAA 3480

 29098352 AAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTA 29098411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 AAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTA 3540

 29098412 GTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCA 29098471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCA 3600

 29098472 CACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAA 29098531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 CACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAA 3660

 29098532 ACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTA 29098591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 ACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTA 3720

 29098592 CTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACA 29098651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 CTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACA 3780

 29098652 GTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGT 29098711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGT 3840

 29098712 ACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATC 29098771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 ACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATC 3900

 29098772 AAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGAC 29098831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 AAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGAC 3960

 29098832 AAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATA 29098891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 AAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATA 4020

 29098892 TGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGA 29098951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGA 4080

 29098952 TGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAG 29099011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAG 4140

 29099012 CACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAAT 29099071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 CACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAAT 4200

 29099072 CCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAA 29099131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 CCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAA 4260

 29099132 GACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAA 29099191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 GACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAA 4320

 29099192 TTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAA 29099251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAA 4380

 29099252 GCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGC 29099311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 GCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGC 4440

 29099312 TGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTT 29099371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTT 4500

 29099372 GGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGT 29099431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 GGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGT 4560

 29099432 AGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACC 29099478
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 AGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACC 4607

Alignment time is 3.65046 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3256] =>      3256 nucs 'mol-32-2f33-091657_3256'

Score:        3233
Aligned:      3255        nucs
Identic:      3253 (100%) nucs =>      2341 (100%)       912 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089770,29092110] EXCISED REGION [29092112,29093025]
 second seq =>  [       1,    2341] EXCISED REGION [    2343,    3256]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111]
 second seq =>         1 nucs [2342,2342]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111] to [29092112,29092112]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089770 CTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATC 29089829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATC 60

 29089830 TGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTT 29089889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTT 120

 29089890 CTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTT 29089949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTT 180

 29089950 GATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAAC 29090009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAAC 240

 29090010 AAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACT 29090069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACT 300

 29090070 TAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTG 29090129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTG 360

 29090130 TGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCAT 29090189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCAT 420

 29090190 GCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTA 29090249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTA 480

 29090250 TGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAG 29090309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAG 540

 29090310 TCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAG 29090369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAG 600

 29090370 TCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATA 29090429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATA 660

 29090430 TCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGT 29090489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGT 720

 29090490 GTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTG 29090549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTG 780

 29090550 AATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATC 29090609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATC 840

 29090610 ATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATT 29090669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATT 900

 29090670 TAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATAT 29090729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATAT 960

 29090730 AACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGAT 29090789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGAT 1020

 29090790 TTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTC 29090849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTC 1080

 29090850 TATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAG 29090909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAG 1140

 29090910 TAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATG 29090969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATG 1200

 29090970 CACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTG 29091029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTG 1260

 29091030 AGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGC 29091089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGC 1320

 29091090 CTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCA 29091149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCA 1380

 29091150 GTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAA 29091209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAA 1440

 29091210 GCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTC 29091269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTC 1500

 29091270 TCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGA 29091329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGA 1560

 29091330 CATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAG 29091389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAG 1620

 29091390 TAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAAC 29091449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAAC 1680

 29091450 AGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCAC 29091509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCAC 1740

 29091510 CAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGG 29091569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGG 1800

 29091570 CACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCA 29091629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCA 1860

 29091630 CCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATT 29091689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATT 1920

 29091690 ACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAAT 29091749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAAT 1980

 29091750 TCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGT 29091809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGT 2040

 29091810 CTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTT 29091869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTT 2100

 29091870 TGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTAT 29091929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTAT 2160

 29091930 AAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCA 29091989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCA 2220

 29091990 CGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAA 29092049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAA 2280

 29092050 TGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGT 29092109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGT 2340

 29092110 G 29092110
          |
     2341 G 2341

EXCISED REGION

 29092112 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 29092171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2343 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 2402

 29092172 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 29092231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2403 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 2462

 29092232 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 29092291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2463 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 2522

 29092292 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 29092351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2523 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 2582

 29092352 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 29092411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2583 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 2642

 29092412 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 29092471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 2702

 29092472 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 29092531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 2762

 29092532 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 29092591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 2822

 29092592 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 29092651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 2882

 29092652 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 29092711
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 GTTTGTGACTCTAGAATTTTTTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 2942

 29092712 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 29092771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2943 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 3002

 29092772 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAAC 29092831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3003 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTAAC 3062

 29092832 ATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTT 29092891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3063 ATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATTTT 3122

 29092892 TATATTATTGGATATATATCATAACCTATTCTATGAAAAATAATTTTAGAAAAAAGTCAT 29092951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3123 TATATTATTGGATATATATCATAACCTATTCTATGAAAAATAATTTTAGAAAAAAGTCAT 3182

 29092952 AAGATATGCCATAATTTTTACAAAAAAATCAAAATCCTGTAGGAATGATTAACATATATA 29093011
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3183 AAGATATGCCATAATTTTTACAAAAAAATAAAAATCCTGTAGGAATGATTAACATATATA 3242

 29093012 TATGATAATGTGTG 29093025
          ||||||||||||||
     3243 TATGATAATGTGTG 3256

Alignment time is 2.98606 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    5763] =>      5763 nucs 'mol-32-2fc2-071819_5763'

Score:        5474
Aligned:      5776        nucs
Identic:      5733 ( 99%) nucs =>      3378 ( 99%)      2355 ( 99%)
Gaps:           24 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089183,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100387]
 second seq =>  [       1,    3393] EXCISED REGION [    3394,    5763]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [3392,3393] to [3394,3395]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089183 GTGCTTTATTTATATTTTTAATATATCATCAACATAATATTATTTATAGCAATATAGTAT 29089242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGCTTTATTTATATTTTTAATATATCATCAACATAATATTATTTATAGCAATATAGTAT 60

 29089243 TATTATTAGATAGTATTATTATATACTAATATATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTT 29089302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATTATTAGATAGTATTATTATATACTAATATATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTT 120

 29089303 GGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTGAACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGA 29089362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTGAACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGA 180

 29089363 GGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCA 29089422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCA 240

 29089423 AGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACG 29089482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACG 300

 29089483 ATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAAT 29089542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAAT 360

 29089543 AAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTG 29089602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTG 420

 29089603 AGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGA 29089662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGA 480

 29089663 AAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATG 29089722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATG 540

 29089723 AGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTA 29089782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTA 600

 29089783 CAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTAT 29089842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTAT 660

 29089843 GGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGAC 29089902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGAC 720

 29089903 TGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAA 29089962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAA 780

 29089963 TAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGT 29090022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGT 840

 29090023 AACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTA 29090082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTA 900

 29090083 CAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATA 29090142
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAGTGGTATTGAAATATGGGAGGGCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATA 960

 29090143 GAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTA 29090202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTA 1020

 29090203 TTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCT 29090262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCT 1080

 29090263 GTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATG 29090322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATG 1140

 29090323 TTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCT 29090382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCT 1200

 29090383 CCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCC 29090442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCC 1260

 29090443 CTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGC 29090502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGC 1320

 29090503 TTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTA 29090562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTA 1380

 29090563 ATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACAT 29090622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     1381 ATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTCAAAAAGTATCATAAAGAAAACAT 1440

 29090623 ATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAA 29090682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAA 1500

 29090683 ATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGA 29090742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGA 1560

 29090743 ATCTAAAGTCAGAATTTTAGTA----AATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACT 29090798
          ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATCTAAAGTCAGAATTTT----CGTCAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACT 1616

 29090799 CAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGT 29090858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 CAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGT 1676

 29090859 ATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTA 29090918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 ATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTA 1736

 29090919 TCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTAT 29090978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 TCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTAT 1796

 29090979 TTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTT 29091038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 TTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTT 1856

 29091039 AAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTT 29091098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 AAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTT 1916

 29091099 GACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAAT 29091158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 GACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAAT 1976

 29091159 CTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAAC 29091218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 CTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAAC 2036

 29091219 GAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTG 29091278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 GAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTG 2096

 29091279 CCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTT 29091338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2097 CCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTT 2156

 29091339 TTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTC 29091398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2157 TTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTC 2216

 29091399 AAAAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTA 29091457
          ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2217 AAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTA 2276

 29091458 TTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACC 29091517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2277 TTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACC 2336

 29091518 AACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAG 29091577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 AACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAG 2396

 29091578 AAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTAC 29091637
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 AAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTAC 2456

 29091638 TTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCT 29091697
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     2457 TTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCT 2516

 29091698 CCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATT 29091757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 CCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATT 2576

 29091758 GGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAG 29091817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 GGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAG 2636

 29091818 TTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAG 29091877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2637 TTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAG 2696

 29091878 ATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGT 29091937
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2697 ATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGT 2756

 29091938 ACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAG 29091997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2757 ACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAG 2816

 29091998 TCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATC 29092057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2817 TCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATC 2876

 29092058 ATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGT 29092117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2877 ATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGT 2936

 29092118 TGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGA 29092177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2937 TGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGA 2996

 29092178 TGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTT 29092237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2997 TGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTT 3056

 29092238 AGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTT 29092297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3057 AGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTT 3116

 29092298 GTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCA 29092357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3117 GTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCA 3176

 29092358 AAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACAT 29092417
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     3177 AAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGAT 3236

 29092418 AAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACT 29092477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3237 AAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACT 3296

 29092478 TACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGT 29092537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3297 TACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGT 3356

 29092538 GATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     3357 GATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 3393

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3394 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 3453

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3454 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 3513

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3514 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 3573

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3574 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 3633

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3634 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 3693

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3694 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 3753

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3754 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 3813

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     3814 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 3873

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3874 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 3933

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3934 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 3993

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3994 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 4053

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4054 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 4113

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4114 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 4173

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4174 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 4233

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4234 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 4293

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4294 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 4353

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4354 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 4413

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4414 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 4473

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     4474 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 4533

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4534 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 4593

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4594 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 4653

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4654 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 4713

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4714 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 4769

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4770 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 4829

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     4830 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 4889

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4890 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 4949

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4950 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 5009

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5010 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 5069

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5070 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 5129

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5130 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 5189

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     5190 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 5244

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5245 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 5304

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5305 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 5364

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5365 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 5424

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 29100108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5425 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 5484

 29100109 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 29100168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5485 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 5544

 29100169 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 29100228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5545 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 5604

 29100229 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAG 29100288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5605 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAG 5664

 29100289 GGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAA 29100348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5665 GGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAA 5724

 29100349 CTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGT 29100387
          |||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     5725 CTTTCGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGT 5763

Alignment time is 5.2439 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2370] =>      2370 nucs 'mol-32-2fc2-071819_2370'

Score:        2240
Aligned:      2371        nucs
Identic:      2355 ( 99%) nucs =>      1318 (100%)      1037 ( 99%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29098015,29099335] EXCISED REGION [29099340,29100387]
 second seq =>  [       1,    1323] EXCISED REGION [    1328,    2370]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [29099336,29099339]
 second seq =>         4 nucs [1324,1327]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29099336,29099336] to [29099339,29099339]
 second seq =>         1 nucs [1324,1324] to [1327,1327]

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
        1 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 60

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 120

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 180

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 240

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 300

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 360

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 420

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACA--TACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
      421 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 480

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 540

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 600

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 660

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 720

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 780

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 840

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 900

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 960

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1020

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1080

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1081 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 1140

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 1200

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 1260

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 1320

 29099333 GAG 29099335
          |||
     1321 GAG 1323

EXCISED REGION

 29099340 ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAA 29099399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1328 ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAA 1387

 29099400 AGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAG 29099459
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1388 AGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAG 1447

 29099460 AAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGC 29099519
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1448 AAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATATATGAGGAGAGC 1507

 29099520 AAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAA 29099579
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 AAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAA 1567

 29099580 TAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAAC 29099639
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1568 TAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAAC 1627

 29099640 ATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAA 29099699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 ATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAA 1687

 29099700 TATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGC 29099759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1688 TATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGC 1747

 29099760 AACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGG 29099819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1748 AACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGG 1807

 29099820 AGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGT 29099879
          |||||||||||||||||||.|||||||||||||||     ||||||||||||||||||||
     1808 AGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCCCACTGCTAGGT 1862

 29099880 ATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATT 29099939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1863 ATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATT 1922

 29099940 GCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGAC 29099999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1923 GCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGAC 1982

 29100000 TCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGA 29100059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1983 TCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGA 2042

 29100060 TCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTC 29100119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2043 TCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTC 2102

 29100120 AGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACA 29100179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 AGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACA 2162

 29100180 GTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCT 29100239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 GTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCT 2222

 29100240 GTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTA 29100299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 GTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTA 2282

 29100300 ATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGC 29100359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2283 ATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCGGAGGC 2342

 29100360 CGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGT 29100387
          ||||||||||||||||||||||||||||
     2343 CGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGT 2370

Alignment time is 2.18727 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2552] =>      2552 nucs 'mol-32-2ff9-018977_2552'

Score:        2375
Aligned:      2556        nucs
Identic:      2533 ( 99%) nucs =>       903 ( 99%)      1630 ( 99%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091667,29092574] EXCISED REGION [29098015,29099656]
 second seq =>  [       1,     908] EXCISED REGION [     909,    2552]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [907,908] to [909,910]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091667 TCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCA 29091726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCA 60

 29091727 ACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAG 29091786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAG 120

 29091787 TAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGT 29091846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGT 180

 29091847 GGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAG 29091906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
      181 GGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAG 240

 29091907 CCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCC 29091966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCC 300

 29091967 TAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTA 29092026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTA 360

 29092027 ATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATT 29092086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATT 420

 29092087 CCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAA 29092146
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAA 480

 29092147 ATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCA 29092206
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCA 540

 29092207 ATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTG 29092266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTG 600

 29092267 GGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAAT 29092326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAAT 660

 29092327 AAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTT 29092386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTT 720

 29092387 TCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAA 29092446
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAA 780

 29092447 AACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACT 29092506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACT 840

 29092507 CATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTT 29092566
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
      841 CATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTT 900

 29092567 AATGCATT 29092574
          ||||||||
      901 AATGCATT 908

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      909 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 968

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      969 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 1028

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1029 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 1088

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1089 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 1148

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1149 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 1208

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1209 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 1268

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1269 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1328

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1329 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1388

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1389 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1448

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1449 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1508

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1509 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1568

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1569 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 1628

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1629 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 1688

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1689 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 1748

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1749 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 1808

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1809 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 1868

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1869 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1928

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1929 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1988

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1989 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 2048

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2049 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 2108

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2109 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 2168

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2169 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 2228

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2229 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 2284

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2285 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 2344

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2345 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 2404

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2405 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 2464

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2465 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 2524

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAG 29099656
          |||||||||||||.||||||||||||||
     2525 AGATGCTCAACATTATTGATCATCAGAG 2552

Alignment time is 2.32832 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2200] =>      2200 nucs 'mol-32-2ff9-259341_2200'

Score:        2034
Aligned:      2206        nucs
Identic:      2183 ( 99%) nucs =>       589 ( 99%)      1594 ( 99%)
Gaps:           12 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091982,29092574] EXCISED REGION [29098015,29099621]
 second seq =>  [       1,     593] EXCISED REGION [     594,    2200]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [592,593] to [594,595]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091982 GTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATA 29092041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATA 60

 29092042 AATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTA 29092101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTA 120

 29092102 GAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGAT 29092161
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      121 GAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGAT 180

 29092162 ATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCT 29092221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCT 240

 29092222 CGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGT 29092281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGT 300

 29092282 GTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAA 29092341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAA 360

 29092342 GGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATA 29092401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATA 420

 29092402 AAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAAT 29092461
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAAT 480

 29092462 GAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTA 29092521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTA 540

 29092522 ACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      541 ACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 593

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      594 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 653

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      654 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 713

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      714 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 773

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      774 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 833

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      834 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 893

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      894 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 953

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      954 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1013

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1014 AGGATGAGGGAT--ACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1071

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1072 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1131

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1132 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1191

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1192 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1251

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1252 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 1311

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1312 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 1371

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1372 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 1431

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1432 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 1491

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1492 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 1551

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1552 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1611

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1612 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1671

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1672 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 1731

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1732 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 1791

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1792 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 1851

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1852 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 1911

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1912 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 1967

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1968 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 2027

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2028 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 2087

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2088 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 2147

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTA 29099621
          |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     2148 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTA 2200

Alignment time is 2.32967 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3286] =>      3286 nucs 'mol-32-3004-270009_3286'

Score:        3285
Aligned:      3285        nucs
Identic:      3285 (100%) nucs =>      2607 (100%)       678 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089504,29092110] EXCISED REGION [29092112,29092789]
 second seq =>  [       1,    2607] EXCISED REGION [    2609,    3286]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111]
 second seq =>         1 nucs [2608,2608]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111] to [29092112,29092112]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089504 AATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACT 29089563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACT 60

 29089564 CTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCA 29089623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCA 120

 29089624 TTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAAT 29089683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAAT 180

 29089684 TTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGA 29089743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGA 240

 29089744 CAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAAC 29089803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAGGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAAC 300

 29089804 TAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATG 29089863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAGTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATG 360

 29089864 TAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATA 29089923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATA 420

 29089924 TCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAA 29089983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAA 480

 29089984 TTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACA 29090043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACA 540

 29090044 CTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGA 29090103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGA 600

 29090104 GGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATC 29090163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATC 660

 29090164 TTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTC 29090223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTC 720

 29090224 CTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCT 29090283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCT 780

 29090284 ACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTC 29090343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTC 840

 29090344 CTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAG 29090403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAG 900

 29090404 CAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCC 29090463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCC 960

 29090464 TAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAG 29090523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAG 1020

 29090524 ATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCA 29090583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCA 1080

 29090584 TAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAG 29090643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAG 1140

 29090644 AAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAG 29090703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAG 1200

 29090704 GGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGT 29090763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGT 1260

 29090764 AAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGC 29090823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGC 1320

 29090824 TAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTA 29090883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTA 1380

 29090884 CTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAA 29090943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAA 1440

 29090944 CATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGA 29091003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGA 1500

 29091004 ATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAG 29091063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAG 1560

 29091064 ATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATT 29091123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATT 1620

 29091124 TAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAA 29091183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAA 1680

 29091184 AGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAA 29091243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAA 1740

 29091244 TAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTG 29091303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTG 1800

 29091304 AATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAG 29091363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAG 1860

 29091364 GAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTG 29091423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTG 1920

 29091424 CTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATG 29091483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATG 1980

 29091484 AGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGA 29091543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGA 2040

 29091544 TGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATG 29091603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATG 2100

 29091604 AAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATC 29091663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATC 2160

 29091664 TCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTA 29091723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTA 2220

 29091724 GCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTT 29091783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTT 2280

 29091784 AAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACA 29091843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACA 2340

 29091844 AGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTA 29091903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTA 2400

 29091904 TAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGG 29091963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGG 2460

 29091964 TCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATA 29092023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATA 2520

 29092024 GTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTAC 29092083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTAC 2580

 29092084 ATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 29092110
          |||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 2607

EXCISED REGION

 29092112 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 29092171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2609 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 2668

 29092172 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 29092231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 2728

 29092232 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 29092291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2729 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 2788

 29092292 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 29092351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2789 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 2848

 29092352 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 29092411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2849 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 2908

 29092412 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 29092471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2909 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 2968

 29092472 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 29092531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2969 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 3028

 29092532 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 29092591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3029 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 3088

 29092592 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 29092651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3089 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 3148

 29092652 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 29092711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3149 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 3208

 29092712 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 29092771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3209 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 3268

 29092772 GGCACAGGCAGATCAAAA 29092789
          ||||||||||||||||||
     3269 GGCACAGGCAGATCAAAA 3286

Alignment time is 3.00873 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3514] =>      3514 nucs 'mol-32-300f-197097_3514'

Score:        3502
Aligned:      3513        nucs
Identic:      3512 (100%) nucs =>      2603 (100%)       909 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089386,29091988] EXCISED REGION [29091990,29092899]
 second seq =>  [       1,    2603] EXCISED REGION [    2605,    3514]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29091989,29091989]
 second seq =>         1 nucs [2604,2604]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29091988,29091988] to [29091990,29091990]
 second seq =>         1 nucs [2603,2603] to [2605,2605]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089386 AGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATA 29089445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTAGTAATAGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATA 60

 29089446 AATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAA 29089505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATAATGATATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAA 120

 29089506 TATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCT 29089565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGATAGGACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCT 180

 29089566 CATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATT 29089625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATTCTCCCATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATT 240

 29089626 TTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTT 29089685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGATCTTACTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTT 300

 29089686 GGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACA 29089745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGTTCCTAAATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACA 360

 29089746 GGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTA 29089805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTTTGCTTATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTA 420

 29089806 GTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTA 29089865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTCCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTA 480

 29089866 AACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATC 29089925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATC 540

 29089926 AGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATT 29089985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATT 600

 29089986 CTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACT 29090045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACT 660

 29090046 CTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGG 29090105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGG 720

 29090106 TCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTT 29090165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTT 780

 29090166 TGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCT 29090225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCT 840

 29090226 GATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTAC 29090285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTAC 900

 29090286 CACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCT 29090345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCT 960

 29090346 TCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCA 29090405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCA 1020

 29090406 ACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTA 29090465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTA 1080

 29090466 AGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGAT 29090525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGAT 1140

 29090526 CAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATA 29090585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATA 1200

 29090586 AGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAA 29090645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAA 1260

 29090646 AACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGG 29090705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGG 1320

 29090706 ATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAA 29090765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAA 1380

 29090766 ATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTA 29090825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTA 1440

 29090826 AGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACT 29090885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACT 1500

 29090886 ATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACA 29090945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACA 1560

 29090946 TCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAAT 29091005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAAT 1620

 29091006 ATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGAT 29091065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGAT 1680

 29091066 TTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTA 29091125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTA 1740

 29091126 GACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAG 29091185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAG 1800

 29091186 GATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATA 29091245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATA 1860

 29091246 GTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAA 29091305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAA 1920

 29091306 TCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGA 29091365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGA 1980

 29091366 AGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCT 29091425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCT 2040

 29091426 AAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAG 29091485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAG 2100

 29091486 TGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATG 29091545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATG 2160

 29091546 TTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAA 29091605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAA 2220

 29091606 GTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTC 29091665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTC 2280

 29091666 GTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGC 29091725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGC 2340

 29091726 AACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAA 29091785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAA 2400

 29091786 GTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAG 29091845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAG 2460

 29091846 TGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATA 29091905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATA 2520

 29091906 GCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTC 29091965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTC 2580

 29091966 CTAAATAGATATCCTAGTTAGTC 29091988
          |||||||||||||||||||||||
     2581 CTAAATAGATATCCTAGTTAGTC 2603

EXCISED REGION

 29091990 CGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAA 29092049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2605 CGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAA 2664

 29092050 TGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGT 29092109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2665 TGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGT 2724

 29092110 GCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAAT 29092169
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2725 GTCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAAT 2784

 29092170 TATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTA 29092229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2785 TATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTA 2844

 29092230 TAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAA 29092289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2845 TAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAA 2904

 29092290 CCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCG 29092349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2905 CCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCG 2964

 29092350 TATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTT 29092409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2965 TATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTT 3024

 29092410 GTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGG 29092469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3025 GTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGG 3084

 29092470 TTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACT 29092529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3085 TTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACT 3144

 29092530 CATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACA 29092589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3145 CATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACA 3204

 29092590 TGATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTAT 29092649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3205 TGATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTAT 3264

 29092650 ATGTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCAT 29092709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3265 ATGTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCAT 3324

 29092710 TTAAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATA 29092769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3325 TTAAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATA 3384

 29092770 GTGGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTA 29092829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3385 GTGGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTA 3444

 29092830 ACATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATT 29092889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3445 ACATTTGTACATATGAACATAATTCAGTCTTTAAAAACAAACTTGAAAAAGATGTTTATT 3504

 29092890 TTTATATTAT 29092899
          ||||||||||
     3505 TTTATATTAT 3514

Alignment time is 3.66463 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2034] =>      2034 nucs 'mol-32-3025-178261_2034'

Score:        2033
Aligned:      2033        nucs
Identic:      2033 (100%) nucs =>      1335 (100%)       698 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29090776,29092110] EXCISED REGION [29092112,29092809]
 second seq =>  [       1,    1335] EXCISED REGION [    1337,    2034]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111]
 second seq =>         1 nucs [1336,1336]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111] to [29092112,29092112]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29090776 TATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATA 29090835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATA 60

 29090836 ATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGA 29090895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGA 120

 29090896 TGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATT 29090955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATT 180

 29090956 ATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAA 29091015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAA 240

 29091016 CACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTT 29091075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTT 300

 29091076 TCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGAC 29091135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGAC 360

 29091136 AATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTA 29091195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTA 420

 29091196 AGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATT 29091255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATT 480

 29091256 TTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATG 29091315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATG 540

 29091316 TTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAA 29091375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAA 600

 29091376 TTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTAC 29091435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTAC 660

 29091436 AAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAG 29091495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAG 720

 29091496 CTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGA 29091555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGA 780

 29091556 CCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTC 29091615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTC 840

 29091616 TCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGA 29091675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGA 900

 29091676 CAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAA 29091735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAA 960

 29091736 TTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTT 29091795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTT 1020

 29091796 AGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAAT 29091855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAAT 1080

 29091856 ACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTC 29091915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTC 1140

 29091916 ATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGAT 29091975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGAT 1200

 29091976 ATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGC 29092035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGC 1260

 29092036 AAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACT 29092095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACT 1320

 29092096 TTGCTAGAATCTGTG 29092110
          |||||||||||||||
     1321 TTGCTAGAATCTGTG 1335

EXCISED REGION

 29092112 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 29092171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1337 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 1396

 29092172 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 29092231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1397 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 1456

 29092232 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 29092291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1457 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 1516

 29092292 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 29092351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1517 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 1576

 29092352 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 29092411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1577 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 1636

 29092412 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 29092471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1637 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 1696

 29092472 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 29092531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1697 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 1756

 29092532 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 29092591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1757 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 1816

 29092592 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 29092651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1817 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 1876

 29092652 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 29092711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1877 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 1936

 29092712 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 29092771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1937 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 1996

 29092772 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGT 29092809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1997 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGT 2034

Alignment time is 1.87316 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2723] =>      2723 nucs 'mol-32-303b-209376_2723'

Score:        2557
Aligned:      2727        nucs
Identic:      2705 ( 99%) nucs =>      1355 ( 99%)      1350 ( 99%)
Gaps:           11 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091212,29092574] EXCISED REGION [29098015,29099371]
 second seq =>  [       1,    1364] EXCISED REGION [    1365,    2723]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [1363,1364] to [1365,1366]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091212 AACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTC 29091271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTC 60

 29091272 AGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACA 29091331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACA 120

 29091332 TTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTA 29091391
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTA 180

 29091392 ATATTTCAAAAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACA 29091450
          |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATATTTCAAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACA 240

 29091451 GAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACC 29091510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACC 300

 29091511 AGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGC 29091570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGC 360

 29091571 ACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCAC 29091630
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCAC 420

 29091631 CAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTA 29091690
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      421 CAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTA 480

 29091691 CTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATT 29091750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATT 540

 29091751 CTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTC 29091810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTC 600

 29091811 TACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTT 29091870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTT 660

 29091871 GTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATA 29091930
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATA 720

 29091931 AGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCAC 29091990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCAC 780

 29091991 GTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAAT 29092050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAAT 840

 29092051 GATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 29092110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTG 900

 29092111 CCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATT 29092170
          |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      901 CCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATT 960

 29092171 ATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTAT 29092230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTAT 1020

 29092231 AAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAAC 29092290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAAC 1080

 29092291 CACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGT 29092350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGT 1140

 29092351 ATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTG 29092410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTG 1200

 29092411 TAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGT 29092470
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGT 1260

 29092471 TAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTC 29092530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTC 1320

 29092531 ATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1321 ATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 1364

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1365 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 1424

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1425 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 1484

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1485 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 1544

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1545 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 1604

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1605 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 1664

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1665 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 1724

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1725 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1784

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1785 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1844

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1845 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1904

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1905 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1964

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1965 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 2024

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2025 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 2084

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2085 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 2144

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2145 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 2204

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2205 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 2264

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2265 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 2324

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2325 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 2384

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2385 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 2444

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2445 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 2504

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2505 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 2564

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2565 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 2624

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2625 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 2684

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTT 29099371
          |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2685 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTT 2723

Alignment time is 2.48881 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    6746] =>      6746 nucs 'mol-32-30eb-088355_6746'

Score:        6261
Aligned:      6767        nucs
Identic:      6694 ( 99%) nucs =>      3285 ( 99%)      3409 ( 98%)
Gaps:           40 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089275,29092574] EXCISED REGION [29098015,29101462]
 second seq =>  [       1,    3301] EXCISED REGION [    3302,    6746]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [3300,3301] to [3302,3303]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089275 ATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTG 29089334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTG 60

 29089335 AACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAAT 29089394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAAT 120

 29089395 AGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGAT 29089454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGAT 180

 29089455 ATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGG 29089514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGG 240

 29089515 ACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCC 29089574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCC 300

 29089575 ATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTA 29089634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTA 360

 29089635 CTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAA 29089694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAA 420

 29089695 ATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTT 29089754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTT 480

 29089755 ATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGA 29089814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGA 540

 29089815 ATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTG 29089874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTG 600

 29089875 AGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAG 29089934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAG 660

 29089935 CACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTC 29089994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTC 720

 29089995 TTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATA 29090054
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTCATACTGAAACAAAATAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATA 780

 29090055 TATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTT 29090114
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      781 TATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGGCTTTGTTT 840

 29090115 ATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATAT 29090174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATAT 900

 29090175 AACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACAT 29090234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACAT 960

 29090235 CATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACT 29090294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACT 1020

 29090295 CCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTT 29090354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTT 1080

 29090355 CCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATT 29090414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATT 1140

 29090415 TAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTC 29090474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTC 1200

 29090475 TTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTA 29090534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTA 1260

 29090535 AATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAG 29090594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAG 1320

 29090595 ATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTC 29090654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTC 1380

 29090655 TTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGA 29090714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGA 1440

 29090715 AATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTA----AATTTA 29090770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||
     1441 AATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTT----CGTCAATTTA 1496

 29090771 TTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAG 29090830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 TTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAG 1556

 29090831 GAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCC 29090890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1557 GAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTACCCC 1616

 29090891 TCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGC 29090950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 TCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGC 1676

 29090951 TGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACA 29091010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 TGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACA 1736

 29091011 TGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCA 29091070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 TGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCA 1796

 29091071 TCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTC 29091130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 TCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTC 1856

 29091131 CTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTA 29091190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 CTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTA 1916

 29091191 TTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTAC 29091250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 TTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTAC 1976

 29091251 TCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCC 29091310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 TCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCC 2036

 29091311 CCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGG 29091370
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 CCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGG 2096

 29091371 AAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAAC 29091429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
     2097 AAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAAC 2156

 29091430 ATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTA 29091489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2157 ATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTA 2216

 29091490 CAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTAT 29091549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2217 CAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTAT 2276

 29091550 CCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGA 29091609
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     2277 CCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGA 2336

 29091610 AGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCC 29091669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2337 AGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCC 2396

 29091670 ACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACA 29091729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 ACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACA 2456

 29091730 AAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAA 29091789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2457 AAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAA 2516

 29091790 CCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGA 29091849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 CCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGA 2576

 29091850 TTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCA 29091909
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     2577 TTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCA 2636

 29091910 TCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAA 29091969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2637 TCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAA 2696

 29091970 ATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATA 29092029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2697 ATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATA 2756

 29092030 ATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCA 29092089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2757 ATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCA 2816

 29092090 GCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATA 29092149
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2817 GCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATA 2876

 29092150 GGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATA 29092209
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2877 GGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATA 2936

 29092210 TATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGC 29092269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2937 TATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGC 2996

 29092270 TCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAG 29092329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2997 TCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAG 3056

 29092330 ATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCC 29092389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3057 ATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCC 3116

 29092390 CAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAAC 29092449
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3117 CAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAAC 3176

 29092450 CAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCAT 29092509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3177 CAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCAT 3236

 29092510 CAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAAT 29092569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     3237 CAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAAT 3296

 29092570 GCATT 29092574
          |||||
     3297 GCATT 3301

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3302 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 3361

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3362 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 3421

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3422 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 3481

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3482 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 3541

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3542 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 3601

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3602 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 3661

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3662 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 3721

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     3722 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 3781

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3782 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 3841

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3842 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 3901

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3902 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 3961

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3962 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 4021

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4022 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 4081

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4082 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 4141

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4142 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 4201

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     4202 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACCTC 4261

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4262 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 4321

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4322 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 4381

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     4382 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 4441

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4442 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 4501

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4502 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 4561

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4562 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 4621

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4622 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 4677

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4678 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 4737

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     4738 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 4797

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4798 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 4857

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4858 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 4917

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4918 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 4977

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4978 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 5037

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5038 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 5097

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     5098 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 5152

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5153 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 5212

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5213 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 5272

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5273 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 5332

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 29100108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5333 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 5392

 29100109 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 29100168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5393 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 5452

 29100169 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 29100228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5453 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 5512

 29100229 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAG 29100288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5513 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAG 5572

 29100289 GGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAA 29100348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5573 GGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAA 5632

 29100349 CTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGACCAGC----CTGGCC 29100404
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||
     5633 CTTTCGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGAC----TAGTCTGGCC 5688

 29100405 AACATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAGATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACAC 29100464
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     5689 AACATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACAC 5748

 29100465 TCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCA 29100524
          ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     5749 TCCTGTCATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCG 5808

 29100525 GAAGTTACAATGAACCAAGATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACT 29100584
          ||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5809 GAGGTTACAATGAACCGAGATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACT 5868

 29100585 CTTATCTCAAAAAAAAAAAGC----TACAAAAAATAGTTAAAAAGAATAAATGAGATCTA 29100640
          |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5869 CTTATCTCAAAAAAAAA----TAGGTACAAAAAATAGTTAAAAAGAATAAATGAGATCTA 5924

 29100641 GTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATGGTATAAAAATAATTTAATTGTTCATTTTAAA 29100700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     5925 GTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATGGTATAAAAATAATTTAATTGTTCCTTTTAAA 5984

 29100701 AATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTTTAAAACACAAAGGATACATGCTTGAGGAGAC 29100760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5985 AATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTTTAAAACACAAAGGATACATGCTTGAGGAGAC 6044

 29100761 AGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTATTATGTATTGCGTGCCTGTATCAAAATATCTC 29100820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     6045 AGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTATTATGTATTGTGTGCCTGTATCAAAATATCTC 6104

 29100821 ATGTAACCCATAAATCTAACTATCTATCTAGGTAGCTAGCTATAACATGTGCTCACAAAA 29100880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6105 ATGTAACCCATAAATCTAACTATCTATCTAGGTAGCTAGCTATAACATGTGCTCACAAAA 6164

 29100881 ATTAAAAATTAAGACAGAAGAAACTGCGGAGAAAAAAAGGAAGTAACTGCTGTAATGCAA 29100940
          ||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     6165 ATTAAAAATTAAGAAAGAAGAAACTGTGGAGAAAAAAAGGAAGTAACTGCTGTAATGCAA 6224

 29100941 ACAGAGGGCAAAGGTGTCATGTACTAAGGTGGTAGCAGTAGGAATGGAGAAGTGAAAATG 29101000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6225 ACAGAGGGCAAAGGTGTCATGTACTAAGGTGGTAGCAGTAGGAATGGAGAAGTGAAAATG 6284

 29101001 ACAAGGCTCAGATTCATAAATAGGATTATTTCCCCAGAGTTTTTACCATTCTTCCTAATA 29101060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6285 ACAAGGCTCAGATTCATAAATAGGATTATTTCCCCAGAGTTTTTACCATTCTTCCTAATA 6344

 29101061 GAGTATGCTTATATTATTTATTTCTTGTAACACTCTCTTTATGCCTAAAAGATGTCATAA 29101120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6345 GAGTATGCTTATATTATTTATTTCTTGTAACACTCTCTTTATGCCTAAAAGATGTCATAA 6404

 29101121 CTTTAGCAAGGTCATTTAATTTATTAGGGGTTAGAAAAACGTACTTTATAGGATAAGAGT 29101180
          ||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     6405 CTTTAGCAAGGTCATTTAATTTCTTAGGAGTTAGAAAAACGTACTTTATAGGATAAGAGT 6464

 29101181 GTTGACACTTGGAAAGGAGTAATACAACATTTATACCACCGTTAGTGGAATTAATCAAAG 29101240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6465 GTTGACACTTGGAAAGGAGTAATACAACATTTATACCACCGTTAGTGGAATTAATCAAAG 6524

 29101241 GAACTCCTAGGTCTGACAGTAAAAAGTAGGGGAGAAACTACAACCTATATTACCTAAAGT 29101300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6525 GAACTCCTAGGTCTGACAGTAAAAAGTAGGGGAGAAACTACAACCTATATTACCTAAAGT 6584

 29101301 TAATAAAGATAGGTTGGGGACTTAAGAAACTATTCAGTGTAGGGTAAATCTATGGAAAGA 29101360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6585 TAATAAAGATAGGTTGGGGACTTAAGAAACTATTCAGTGTAGGGTAAATCTATGGAAAGA 6644

 29101361 GATTCATAACAGGAATCATAGACATACAAATTTAATTCCCACATTCAGAGAATTATTCAA 29101420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6645 GATTCATAACAGGAATCATAGACATACAAATTTAATTCCCACATTCAGAGAATTATTCAA 6704

 29101421 CAAAATTGTCAATAGATTAGTGTGAATCCACCTTGTGGGAAT 29101462
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     6705 CAAAATTGTCAGTAGATTAGTGTGAATCCACCTTGTGGGAAT 6746

Alignment time is 6.81244 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3304] =>      3304 nucs 'mol-32-30eb-088355_3304'

Score:        3168
Aligned:      3300        nucs
Identic:      3288 (100%) nucs =>      1484 (100%)      1804 ( 99%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089275,29090760] EXCISED REGION [29090765,29092577]
 second seq =>  [       1,    1486] EXCISED REGION [    1491,    3304]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [29090761,29090764]
 second seq =>         4 nucs [1487,1490]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29090761,29090761] to [29090765,29090765]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29090761,29090761] to [29090764,29090764]
 second seq =>         1 nucs [1487,1487] to [1490,1490]

 29089275 ATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTG 29089334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCTCTTAGGACAGAGCACAGTAGTTTTGGTTGAACAATAATACATCCTTTTGTCAAGTG 60

 29089335 AACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAAT 29089394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACAATCATAGCAATTCAAAGTTTTTGAGGTAATTCCAACAGCTATGCAGTAGTAGTAAT 120

 29089395 AGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGAT 29089454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTATTATTATCTTTTAACATTCTTCCAAGCTGCTTCAAGATCTTCTCATAAATAATGAT 180

 29089455 ATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGG 29089514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATAAACTAAAAGGCAGAACAAGGAAACGATGCACACAAAGGTCTACTCTAATATGATAGG 240

 29089515 ACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCC 29089574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACATTTTAAACAATTTCTTCAACCAAATAAACTCCAAAGTTTATATACTCTCATTCTCCC 300

 29089575 ATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTA 29089634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCTGCTTATTTATTTCCCTAGTTTTTGAGGTCTTTGGCTTAATGATCATTTTGATCTTA 360

 29089635 CTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAA 29089694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGCAATTTTATAACACCTTCTAACTGAAAAGGTGGTAGGAAATATAATTTGGTTCCTAA 420

 29089695 ATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTT 29089754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATACAACTCAGTAAATATTTGTTTCATGAGTTAGTGAGTGAATGACAGACAGGTTTGCTT 480

 29089755 ATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGA 29089814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTGGTTTTTATCTGCTTGGTCTTCTTACAAGAAGTTTCATAAGGAAACTAGTTCCATGA 540

 29089815 ATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTG 29089874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTCAATCATTATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTG 600

 29089875 AGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAG 29089934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAG 660

 29089935 CACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTC 29089994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTC 720

 29089995 TTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATA 29090054
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTCATACTGAAACAAAATAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATA 780

 29090055 TATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTT 29090114
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      781 TATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGGCTTTGTTT 840

 29090115 ATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATAT 29090174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATAT 900

 29090175 AACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACAT 29090234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACAT 960

 29090235 CATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACT 29090294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACT 1020

 29090295 CCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTT 29090354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTT 1080

 29090355 CCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATT 29090414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATT 1140

 29090415 TAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTC 29090474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTC 1200

 29090475 TTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTA 29090534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTA 1260

 29090535 AATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAG 29090594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAG 1320

 29090595 ATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTC 29090654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTC 1380

 29090655 TTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGA 29090714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGA 1440

 29090715 AATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTT 29090760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTT 1486

EXCISED REGION

 29090765 AATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCT 29090824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1491 AATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCT 1550

 29090825 AAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTAC 29090884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1551 AAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTAC 1610

 29090885 TATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAAC 29090944
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1611 TACCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAAC 1670

 29090945 ATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAA 29091004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1671 ATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAA 1730

 29091005 TATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGA 29091064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1731 TATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGA 1790

 29091065 TTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTT 29091124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1791 TTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTT 1850

 29091125 AGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAA 29091184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1851 AGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAA 1910

 29091185 GGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAAT 29091244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1911 GGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAAT 1970

 29091245 AGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGA 29091304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1971 AGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGA 2030

 29091305 ATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGG 29091364
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     2031 ATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGG 2090

 29091365 AAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAA-TTTTTTTGCTATTTTTG 29091423
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2091 AAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTG 2150

 29091424 CTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATG 29091483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2151 CTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATG 2210

 29091484 AGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGA 29091543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2211 AGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGA 2270

 29091544 TGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATG 29091603
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2271 TGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATG 2330

 29091604 AAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATC 29091663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2331 AAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATC 2390

 29091664 TCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTA 29091723
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2391 TCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTA 2450

 29091724 GCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTT 29091783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2451 GCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTT 2510

 29091784 AAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACA 29091843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2511 AAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACA 2570

 29091844 AGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTA 29091903
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2571 AGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTA 2630

 29091904 TAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGG 29091963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2631 TAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGG 2690

 29091964 TCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATA 29092023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2691 TCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATA 2750

 29092024 GTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTAC 29092083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2751 GTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTAC 2810

 29092084 ATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTAT 29092143
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     2811 ATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTAT 2870

 29092144 AAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGA 29092203
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2871 AAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGA 2930

 29092204 GCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTG 29092263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2931 GCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTG 2990

 29092264 CTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATT 29092323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2991 CTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATT 3050

 29092324 AATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAA 29092383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3051 AATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAA 3110

 29092384 GTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGG 29092443
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     3111 GTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGG 3170

 29092444 GAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTC 29092503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3171 GAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTC 3230

 29092504 ACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGA 29092563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     3231 ACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGA 3290

 29092564 TTTAATGCATTTTT 29092577
          ||||||||||||||
     3291 TTTAATGCATTTTT 3304

Alignment time is 3.96961 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2011] =>      2011 nucs 'mol-32-30eb-132613_2011'

Score:        1999
Aligned:      2010        nucs
Identic:      2009 (100%) nucs =>        16 (100%)      1993 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29098007,29098022] EXCISED REGION [29098024,29100017]
 second seq =>  [       1,      16] EXCISED REGION [      18,    2011]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29098023,29098023]
 second seq =>         1 nucs [17,17]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29098022,29098023] to [29098023,29098024]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29098022,29098022] to [29098024,29098024]
 second seq =>         1 nucs [16,16] to [18,18]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29098007 GGGTTTTATTTTATGT 29098022
          ||||||||||||||||
        1 GGGTTTTATTTTATGT 16

EXCISED REGION

 29098024 TGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAA 29098083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       18 TGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAA 77

 29098084 ATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAA 29098143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       78 ATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAA 137

 29098144 AATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATA 29098203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      138 AATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATA 197

 29098204 GTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTG 29098263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      198 GTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTG 257

 29098264 GAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAAT 29098323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      258 GAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAAT 317

 29098324 TATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCA 29098383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      318 TATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCA 377

 29098384 ATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGG 29098443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      378 ATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGG 437

 29098444 GATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAG 29098503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      438 GATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAG 497

 29098504 GGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTC 29098563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      498 GGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTC 557

 29098564 CCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATA 29098623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      558 CCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATA 617

 29098624 TAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAAC 29098683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      618 TAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAAC 677

 29098684 TTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGA 29098743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      678 TTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGA 737

 29098744 TACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGT 29098803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      738 TACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGT 797

 29098804 TTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAAC 29098863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      798 TTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAAC 857

 29098864 TGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGC 29098923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      858 TGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGC 917

 29098924 TATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTT 29098983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      918 TATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTT 977

 29098984 CAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCG 29099043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      978 CAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCG 1037

 29099044 GAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAA 29099103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1038 GAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAA 1097

 29099104 AGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAA 29099163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1098 AGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAA 1157

 29099164 CTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGG 29099223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1158 CTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGG 1217

 29099224 TGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAG 29099283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1218 TGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAG 1277

 29099284 AAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCC 29099343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1278 AAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCC 1337

 29099344 CACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCT 29099403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1338 CACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCT 1397

 29099404 TCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAA 29099463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1398 TCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAA 1457

 29099464 TATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAG 29099523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1458 TATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAG 1517

 29099524 AACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGA 29099583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1518 AACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGA 1577

 29099584 TGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCA 29099643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1578 TGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCA 1637

 29099644 TTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATG 29099703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1638 TTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATG 1697

 29099704 GTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACA 29099763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1698 GTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACA 1757

 29099764 TCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGT 29099823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1758 TCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGT 1817

 29099824 TACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATAT 29099883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1818 TACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATAT 1877

 29099884 ACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAG 29099943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1878 ACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCACTGCAG 1937

 29099944 CACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGA 29100003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1938 CACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGA 1997

 29100004 TAAAGAAAATGTGG 29100017
          ||||||||||||||
     1998 TAAAGAAAATGTGG 2011

Alignment time is 3.00761 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2916] =>      2916 nucs 'mol-32-3143-232803_2916'

Score:        2717
Aligned:      2920        nucs
Identic:      2895 ( 99%) nucs =>      1194 ( 99%)      1701 ( 99%)
Gaps:           11 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091374,29092574] EXCISED REGION [29098015,29099726]
 second seq =>  [       1,    1202] EXCISED REGION [    1203,    2916]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [1201,1202] to [1203,1204]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091374 AATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATT 29091432
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
        1 AATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATT 60

 29091433 TACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAA 29091492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAA 120

 29091493 CAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCT 29091552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCT 180

 29091553 AGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGA 29091612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
      181 AGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGA 240

 29091613 TTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACA 29091672
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
      241 TTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACA 300

 29091673 GGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAA 29091732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAA 360

 29091733 TAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCA 29091792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCA 420

 29091793 CTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTA 29091852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTA 480

 29091853 AATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCC 29091912
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCC 540

 29091913 TTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATA 29091972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATA 600

 29091973 GATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATA 29092032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATA 660

 29092033 AGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCC 29092092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCC 720

 29092093 ACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGT 29092152
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGT 780

 29092153 ACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATAT 29092212
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATAT 840

 29092213 CAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCC 29092272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCC 900

 29092273 AAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATC 29092332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATC 960

 29092333 TAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAG 29092392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAG 1020

 29092393 GTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAA 29092452
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAA 1080

 29092453 GTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAG 29092512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAG 1140

 29092513 GTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCA 29092572
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1141 GTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCA 1200

 29092573 TT 29092574
          ||
     1201 TT 1202

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1203 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 1262

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1263 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 1322

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1323 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 1382

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1383 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 1442

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1443 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 1502

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1503 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 1562

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1563 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1622

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1623 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1682

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1683 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1742

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1743 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1802

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1803 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1862

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1863 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 1922

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1923 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 1982

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1983 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 2042

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2043 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 2102

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 2162

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 2222

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 2282

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2283 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 2342

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2343 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 2402

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2403 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 2462

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2463 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 2522

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2523 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 2578

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2579 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 2638

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2639 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 2698

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 2758

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 2818

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 2878

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAA 29099726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAA 2916

Alignment time is 3.79929 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2965] =>      2965 nucs 'mol-32-3159-076152_2965'

Score:        2964
Aligned:      2964        nucs
Identic:      2964 (100%) nucs =>      1597 (100%)      1367 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097881,29099477] EXCISED REGION [29099479,29100845]
 second seq =>  [       1,    1597] EXCISED REGION [    1599,    2965]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29099478,29099478]
 second seq =>         1 nucs [1598,1598]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29099477,29099478] to [29099478,29099479]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29099477,29099477] to [29099479,29099479]
 second seq =>         1 nucs [1597,1597] to [1599,1599]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29097881 AATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAG 29097940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAG 60

 29097941 ATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAA 29098000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAA 120

 29098001 AATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAG 29098060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAG 180

 29098061 GTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGC 29098120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGC 240

 29098121 AGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACA 29098180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACA 300

 29098181 TTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAG 29098240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAG 360

 29098241 CAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTA 29098300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTA 420

 29098301 CACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTA 29098360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTA 480

 29098361 AACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCT 29098420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCT 540

 29098421 CAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACAC 29098480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACAC 600

 29098481 ACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGC 29098540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGC 660

 29098541 AGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGC 29098600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGC 720

 29098601 TATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAG 29098660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAG 780

 29098661 GCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATAT 29098720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATAT 840

 29098721 TTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATC 29098780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATC 900

 29098781 TGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAA 29098840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAA 960

 29098841 AGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCAC 29098900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCAC 1020

 29098901 AAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACA 29098960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACA 1080

 29098961 TTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCAT 29099020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCAT 1140

 29099021 AAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTC 29099080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTC 1200

 29099081 TGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTC 29099140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTC 1260

 29099141 TTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCC 29099200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCC 1320

 29099201 TATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACT 29099260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACT 1380

 29099261 TCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGG 29099320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGG 1440

 29099321 CAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATG 29099380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATG 1500

 29099381 GGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGAT 29099440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGAT 1560

 29099441 ACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTAC 29099477
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTAC 1597

EXCISED REGION

 29099479 CATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAA 29099538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1599 CATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAA 1658

 29099539 AAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAA 29099598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1659 AAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAA 1718

 29099599 GACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAA 29099658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1719 GACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAA 1778

 29099659 TGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAG 29099718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1779 TGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAG 1838

 29099719 ACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGT 29099778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1839 ACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGT 1898

 29099779 GGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAA 29099838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1899 GGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAA 1958

 29099839 CAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGA 29099898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1959 CAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGA 2018

 29099899 AATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAG 29099958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2019 AATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAG 2078

 29099959 CCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGT 29100018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2079 CCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGT 2138

 29100019 ACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAAT 29100078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2139 ACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAAT 2198

 29100079 ATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACA 29100138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2199 ATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACA 2258

 29100139 TCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAG 29100198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2259 TCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAG 2318

 29100199 AGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACAC 29100258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2319 AGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACAC 2378

 29100259 GGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAG 29100318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2379 GGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAG 2438

 29100319 GAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCT 29100378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2439 GAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCT 2498

 29100379 GAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAGATACA 29100438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2499 GAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAGATACA 2558

 29100439 AAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCA 29100498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2559 AAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCA 2618

 29100499 AGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAGATTGTGACACTGCCC 29100558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2619 AGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAGATTGTGACACTGCCC 2678

 29100559 TACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAAGCTACAAAAAATAGT 29100618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2679 TACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAAGCTACAAAAAATAGT 2738

 29100619 TAAAAAGAATAAATGAGATCTAGTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATGGTATAAAAA 29100678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2739 TAAAAAGAATAAATGAGATCTAGTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATGGTATAAAAA 2798

 29100679 TAATTTAATTGTTCATTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTTTAAAACACA 29100738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2799 TAATTTAATTGTTCATTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTTTAAAACACA 2858

 29100739 AAGGATACATGCTTGAGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTATTATGTATTG 29100798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2859 AAGGATACATGCTTGAGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTATTATGTATTG 2918

 29100799 CGTGCCTGTATCAAAATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTATCT 29100845
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2919 CGTGCCTGTATCAAAATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTATCT 2965

Alignment time is 2.70375 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2242] =>      2242 nucs 'mol-32-3164-037430_2242'

Score:        2242
Aligned:      2242        nucs
Identic:      2242 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097866,29100107]
 second seq =>  [       1,    2242]

 29097866 GGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCAC 29097925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCAC 60

 29097926 TAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAA 29097985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAA 120

 29097986 GCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAAT 29098045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAAT 180

 29098046 GCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTT 29098105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTT 240

 29098106 ATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGA 29098165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGA 300

 29098166 GTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCA 29098225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCA 360

 29098226 CTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCA 29098285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCA 420

 29098286 AGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAG 29098345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAG 480

 29098346 AATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATT 29098405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATT 540

 29098406 CAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATA 29098465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATA 600

 29098466 TGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGT 29098525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGT 660

 29098526 AGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAG 29098585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAG 720

 29098586 AACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCT 29098645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCT 780

 29098646 GAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGA 29098705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGA 840

 29098706 TATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCC 29098765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCC 900

 29098766 ATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAG 29098825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAG 960

 29098826 TAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAA 29098885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAA 1020

 29098886 TTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAA 29098945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAA 1080

 29098946 ACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACA 29099005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACA 1140

 29099006 GTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAA 29099065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAA 1200

 29099066 ACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGG 29099125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGG 1260

 29099126 GGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAA 29099185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAA 1320

 29099186 ATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGA 29099245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGA 1380

 29099246 CTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCA 29099305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCA 1440

 29099306 GGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGC 29099365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGC 1500

 29099366 AAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAAT 29099425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAAT 1560

 29099426 CAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGA 29099485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGA 1620

 29099486 CAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTA 29099545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTA 1680

 29099546 ATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATAC 29099605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATAC 1740

 29099606 TAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAAT 29099665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAAT 1800

 29099666 CAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCA 29099725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCA 1860

 29099726 ATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATG 29099785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATG 1920

 29099786 TAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGG 29099845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGG 1980

 29099846 GTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACT 29099905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACT 2040

 29099906 ATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGAT 29099965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGAT 2100

 29099966 TTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGA 29100025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGA 2160

 29100026 CACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATG 29100085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATG 2220

 29100086 GAACTGGAGATTATTATGCTAA 29100107
          ||||||||||||||||||||||
     2221 GAACTGGAGATTATTATGCTAA 2242

Alignment time is 2.4369 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    4321] =>      4321 nucs 'mol-32-3164-082591_4321'

Score:        4079
Aligned:      4329        nucs
Identic:      4294 ( 99%) nucs =>      2716 ( 99%)      1578 ( 99%)
Gaps:           19 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089846,29092574] EXCISED REGION [29098015,29099603]
 second seq =>  [       1,    2730] EXCISED REGION [    2731,    4321]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [2729,2730] to [2731,2732]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089846 GGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGC 29089905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTTGACTGC 60

 29089906 TATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAA 29089965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAA 120

 29089966 ATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAAC 29090025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAAC 180

 29090026 AAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAG 29090085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAG 240

 29090086 TGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAG 29090145
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGGTATTGAAATATGGGAGGGCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAG 300

 29090146 AGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTT 29090205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTT 360

 29090206 TAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTC 29090265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTC 420

 29090266 CTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTC 29090325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTC 480

 29090326 CTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCT 29090385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCT 540

 29090386 TTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTG 29090445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTG 600

 29090446 TCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTA 29090505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTA 660

 29090506 ATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATT 29090565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATT 720

 29090566 TAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATT 29090625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATT 780

 29090626 TTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATA 29090685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATA 840

 29090686 ACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATC 29090745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATC 900

 29090746 TAAAGTCAGAATTTTAGTA----AATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAA 29090801
          |||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAAAGTCAGAATTTT----CGTCAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAA 956

 29090802 TGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATT 29090861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 TGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATT 1016

 29090862 ATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCT 29090921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1017 ATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCT 1076

 29090922 TGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTA 29090981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 TGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTA 1136

 29090982 TATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAG 29091041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 TATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAG 1196

 29091042 GTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGAC 29091101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 GTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGAC 1256

 29091102 ATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTG 29091161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 ATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTG 1316

 29091162 ACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAA 29091221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 ACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAA 1376

 29091222 TGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCA 29091281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1377 TGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCA 1436

 29091282 ATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTA 29091341
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1437 ATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTTTTA 1496

 29091342 AATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAA 29091401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 AATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAA 1556

 29091402 AAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTT 29091460
          |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 AAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTT 1616

 29091461 TATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAAC 29091520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 TATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAAC 1676

 29091521 ATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAA 29091580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 ATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAA 1736

 29091581 TGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTT 29091640
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 TGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTT 1796

 29091641 ACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCC 29091700
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 ACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCC 1856

 29091701 CAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGA 29091760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 CAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGA 1916

 29091761 TTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTG 29091820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 TTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTG 1976

 29091821 TATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATT 29091880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 TATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATT 2036

 29091881 TTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACT 29091940
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 CTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACT 2096

 29091941 AAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCC 29092000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 AAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCC 2156

 29092001 AACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATA 29092060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2157 AACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATA 2216

 29092061 CAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGT 29092120
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     2217 CAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGT 2276

 29092121 ATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGA 29092180
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2277 ATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGA 2336

 29092181 GGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGA 29092240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 GGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGA 2396

 29092241 GTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTG 29092300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 GTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTG 2456

 29092301 TTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAA 29092360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2457 TTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAA 2516

 29092361 AAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAA 29092420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2517 AAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAA 2576

 29092421 CCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTAC 29092480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 CCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTAC 2636

 29092481 CTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGAT 29092540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2637 CTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGAT 2696

 29092541 ATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2697 ATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 2730

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2731 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 2790

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2791 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 2850

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2851 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 2910

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2911 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 2970

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2971 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 3030

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3031 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 3090

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3091 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 3150

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     3151 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 3210

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3211 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 3270

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3271 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 3330

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3331 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 3390

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3391 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 3450

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3451 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 3510

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3511 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 3570

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3571 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 3630

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3631 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 3690

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3691 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 3750

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3751 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 3810

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3811 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 3870

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3871 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 3930

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3931 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 3990

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3991 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 4050

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4051 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 4106

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4107 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 4166

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     4167 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 4226

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4227 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 4286

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACAT 29099603
          |||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     4287 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACAT 4321

Alignment time is 3.86519 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2416] =>      2416 nucs 'mol-32-3164-187151_2416'

Score:        2416
Aligned:      2416        nucs
Identic:      2416 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097914,29100329]
 second seq =>  [       1,    2416]

 29097914 AATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACC 29097973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACC 60

 29097974 CAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAG 29098033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAG 120

 29098034 ACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGA 29098093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGA 180

 29098094 TCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTT 29098153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTT 240

 29098154 AAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGC 29098213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGC 300

 29098214 ATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATC 29098273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATC 360

 29098274 CGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGT 29098333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGT 420

 29098334 GCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAAT 29098393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAAT 480

 29098394 CTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACA 29098453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACA 540

 29098454 CACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAG 29098513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAG 600

 29098514 AAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGT 29098573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGT 660

 29098574 GAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGA 29098633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGA 720

 29098634 GTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCA 29098693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCA 780

 29098694 TGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTAT 29098753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTAT 840

 29098754 GAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTA 29098813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTA 900

 29098814 AAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAA 29098873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAA 960

 29098874 AAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGC 29098933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGC 1020

 29098934 AAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATA 29098993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATA 1080

 29098994 GTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATA 29099053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATA 1140

 29099054 GAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAAT 29099113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAAT 1200

 29099114 TACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCC 29099173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCC 1260

 29099174 TTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAA 29099233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAA 1320

 29099234 ATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGG 29099293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGG 1380

 29099294 GGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACA 29099353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACA 1440

 29099354 GGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGC 29099413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGC 1500

 29099414 CAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATA 29099473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATA 1560

 29099474 CTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAT 29099533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAT 1620

 29099534 GAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGA 29099593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGA 1680

 29099594 AAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCA 29099653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCA 1740

 29099654 GAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCC 29099713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCC 1800

 29099714 AAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTG 29099773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTG 1860

 29099774 TGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAA 29099833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAA 1920

 29099834 ACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGA 29099893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGA 1980

 29099894 AAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCAC 29099953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCAC 2040

 29099954 AACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAAT 29100013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAAT 2100

 29100014 GTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCA 29100073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCA 2160

 29100074 ACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGAC 29100133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGAC 2220

 29100134 AGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGA 29100193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGA 2280

 29100194 TATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACAC 29100253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACAC 2340

 29100254 TACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAG 29100313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAG 2400

 29100314 GTCAGGAGTGGTGGCT 29100329
          ||||||||||||||||
     2401 GTCAGGAGTGGTGGCT 2416

Alignment time is 1.91234 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    4462] =>      4462 nucs 'mol-32-316f-014752_4462'

Score:        4220
Aligned:      4470        nucs
Identic:      4435 ( 99%) nucs =>      2655 ( 99%)      1780 ( 99%)
Gaps:           19 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089907,29092574] EXCISED REGION [29098015,29099805]
 second seq =>  [       1,    2669] EXCISED REGION [    2670,    4462]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [2668,2669] to [2670,2671]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089907 ATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAA 29089966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAA 60

 29089967 TAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACA 29090026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACA 120

 29090027 AAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGT 29090086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGT 180

 29090087 GGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGA 29090146
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTATTGAAATATGGGAGGGCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGA 240

 29090147 GATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTT 29090206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTT 300

 29090207 AATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCC 29090266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCC 360

 29090267 TCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCC 29090326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCC 420

 29090327 TCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTT 29090386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTT 480

 29090387 TTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGT 29090446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGT 540

 29090447 CATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAA 29090506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAA 600

 29090507 TACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTT 29090566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTT 660

 29090567 AGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTT 29090626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTT 720

 29090627 TAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAA 29090686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAA 780

 29090687 CAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCT 29090746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCT 840

 29090747 AAAGTCAGAATTTTAGTA----AATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAAT 29090802
          ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAGTCAGAATTTT----CGTCAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAAT 896

 29090803 GTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTA 29090862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      897 GTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTA 956

 29090863 TATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTT 29090922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 TATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTT 1016

 29090923 GAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTAT 29090982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1017 GAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTAT 1076

 29090983 ATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGG 29091042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 ATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGG 1136

 29091043 TAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACA 29091102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 TAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACA 1196

 29091103 TTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGA 29091162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 TTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGA 1256

 29091163 CATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAAT 29091222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 CATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAAT 1316

 29091223 GCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAA 29091282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 GCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAA 1376

 29091283 TGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAA 29091342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1377 TGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTTTTAA 1436

 29091343 ATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAA 29091402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 ATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAA 1496

 29091403 AAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTT 29091461
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 AAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTT 1556

 29091462 ATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACA 29091521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 ATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACA 1616

 29091522 TGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAAT 29091581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 TGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAAT 1676

 29091582 GAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTA 29091641
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 GAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTA 1736

 29091642 CTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCC 29091701
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 CTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCC 1796

 29091702 AAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGAT 29091761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 AAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGAT 1856

 29091762 TCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGT 29091821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 TCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGT 1916

 29091822 ATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTT 29091881
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1917 ATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTC 1976

 29091882 TGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTA 29091941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 TGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTA 2036

 29091942 AATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCA 29092001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 AATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCA 2096

 29092002 ACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATAC 29092061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 ACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATAC 2156

 29092062 AGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTA 29092121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     2157 AGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTA 2216

 29092122 TTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAG 29092181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2217 TTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAG 2276

 29092182 GAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAG 29092241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2277 GAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAG 2336

 29092242 TCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGT 29092301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 TCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGT 2396

 29092302 TCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAA 29092361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 TCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAA 2456

 29092362 AGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAAC 29092421
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     2457 AGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAAC 2516

 29092422 CAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACC 29092481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 CAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACC 2576

 29092482 TATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATA 29092541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 TATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATA 2636

 29092542 TATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          ||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2637 TATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 2669

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2670 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 2729

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2730 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 2789

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2790 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 2849

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2850 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 2909

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2910 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 2969

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2970 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 3029

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3030 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 3089

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     3090 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 3149

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3150 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 3209

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3210 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 3269

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3270 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 3329

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 3389

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 3449

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3450 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 3509

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 3569

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 3629

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3630 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 3689

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3690 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 3749

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3750 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 3809

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3810 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 3869

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3870 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 3929

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3930 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 3989

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3990 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 4045

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4046 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 4105

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     4106 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 4165

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4166 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 4225

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4226 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 4285

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4286 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 4345

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4346 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 4405

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTAT 29099805
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4406 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTAT 4462

Alignment time is 4.72928 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3375] =>      3375 nucs 'mol-32-317a-082031_3375'

Score:        3140
Aligned:      3384        nucs
Identic:      3352 ( 99%) nucs =>      1299 ( 99%)      2053 ( 99%)
Gaps:           16 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091268,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100084]
 second seq =>  [       1,    1308] EXCISED REGION [    1309,    3375]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [1307,1308] to [1309,1310]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091268 TCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATA 29091327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATA 60

 29091328 GACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAAT 29091387
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GACATCATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAAT 120

 29091388 AGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAA 29091446
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAA 180

 29091447 AACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAG 29091506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAG 240

 29091507 CACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCT 29091566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCT 300

 29091567 GGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAA 29091626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
      301 GGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAA 360

 29091627 TCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAA 29091686
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
      361 TCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAA 420

 29091687 ATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTA 29091746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTA 480

 29091747 AATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAA 29091806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAA 540

 29091807 GGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATAT 29091866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATAT 600

 29091867 TTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAAC 29091926
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAAC 660

 29091927 TATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAG 29091986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAG 720

 29091987 TCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAA 29092046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAA 780

 29092047 TAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATC 29092106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATC 840

 29092107 TGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTT 29092166
          |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      841 TGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTT 900

 29092167 AATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAA 29092226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAA 960

 29092227 CTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCC 29092286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCC 1020

 29092287 TAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCA 29092346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCA 1080

 29092347 TCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAG 29092406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAG 1140

 29092407 GTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAAT 29092466
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAAT 1200

 29092467 TGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTA 29092526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTA 1260

 29092527 ACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1261 ACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 1308

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1309 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 1368

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1369 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 1428

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1429 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 1488

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1489 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 1548

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 1608

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1609 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 1668

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1728

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1729 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1788

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1848

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1849 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1908

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1909 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1968

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1969 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 2028

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2029 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 2088

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2089 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 2148

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2149 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 2208

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2209 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 2268

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2269 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 2328

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2329 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 2388

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2389 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 2448

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2449 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 2508

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2509 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 2568

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2569 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 2628

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2629 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 2684

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2685 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 2744

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2745 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 2804

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2805 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 2864

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2865 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 2924

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2925 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 2984

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2985 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 3044

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3045 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 3104

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     3105 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 3159

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3160 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 3219

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3220 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 3279

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3280 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 3339

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGAT 29100084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3340 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGAT 3375

Alignment time is 4.07322 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3768] =>      3768 nucs 'mol-32-3190-259972_3768'

Score:        3768
Aligned:      3768        nucs
Identic:      3768 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097874,29101641]
 second seq =>  [       1,    3768]

 29097874 CAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACAC 29097933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACAC 60

 29097934 TGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATC 29097993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATC 120

 29097994 TAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATC 29098053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATC 180

 29098054 ATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCA 29098113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCA 240

 29098114 TAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTAT 29098173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTAT 300

 29098174 TTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAG 29098233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAG 360

 29098234 ATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCA 29098293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCA 420

 29098294 CTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAA 29098353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAA 480

 29098354 AGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGT 29098413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGT 540

 29098414 GAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACA 29098473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACA 600

 29098474 CACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAAC 29098533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAAC 660

 29098534 TTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACT 29098593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACT 720

 29098594 AGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGT 29098653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGT 780

 29098654 GAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTAC 29098713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTAC 840

 29098714 TTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAA 29098773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAA 900

 29098774 ATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAA 29098833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAA 960

 29098834 AAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATG 29098893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATG 1020

 29098894 GAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATG 29098953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATG 1080

 29098954 CATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCA 29099013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCA 1140

 29099014 CTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCC 29099073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCC 1200

 29099074 ATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGA 29099133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGA 1260

 29099134 CAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATT 29099193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATT 1320

 29099194 AGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGC 29099253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGC 1380

 29099254 TAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTG 29099313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTG 1440

 29099314 GACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGG 29099373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGG 1500

 29099374 ACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAG 29099433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAG 1560

 29099434 TGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGAT 29099493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGAT 1620

 29099494 TAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCA 29099553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCA 1680

 29099554 ATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCA 29099613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCA 1740

 29099614 AACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAA 29099673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAA 1800

 29099674 AATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAA 29099733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAA 1860

 29099734 TGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTAT 29099793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTAT 1920

 29099794 TACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCAT 29099853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCAT 1980

 29099854 ACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAA 29099913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAA 2040

 29099914 GAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGC 29099973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGC 2100

 29099974 AACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATA 29100033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATA 2160

 29100034 CTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGA 29100093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGA 2220

 29100094 GATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACT 29100153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACT 2280

 29100154 TATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGG 29100213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGG 2340

 29100214 TTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCC 29100273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCC 2400

 29100274 ATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATG 29100333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 ATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAGCTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATG 2460

 29100334 CCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGA 29100393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGA 2520

 29100394 CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAGATACAAAAATTAGCCAGGGG 29100453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATCTCTACTAAAGATACAAAAATTAGCCAGGGG 2580

 29100454 TGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAA 29100513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAA 2640

 29100514 CCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAGATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAAC 29100573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAGATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAAC 2700

 29100574 AGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAAGCTACAAAAAATAGTTAAAAAGAATAAATG 29100633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAAGCTACAAAAAATAGTTAAAAAGAATAAATG 2760

 29100634 AGATCTAGTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATGGTATAAAAATAATTTAATTGTTCA 29100693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AGATCTAGTATTTGCTAATACAACAGGGTGACCATGGTATAAAAATAATTTAATTGTTCA 2820

 29100694 TTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTTTAAAACACAAAGGATACATGCTTG 29100753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTGATTGTTTAAAACACAAAGGATACATGCTTG 2880

 29100754 AGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTATTATGTATTGCGTGCCTGTATCAAA 29100813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGTGATTATTATGTATTGCGTGCCTGTATCAAA 2940

 29100814 ATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTATCTATCTAGGTAGCTAGCTATAACATGTGCT 29100873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTATCTATCTAGGTAGCTAGCTATAACATGTGCT 3000

 29100874 CACAAAAATTAAAAATTAAGACAGAAGAAACTGCGGAGAAAAAAAGGAAGTAACTGCTGT 29100933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CACAAAAATTAAAAATTAAGACAGAAGAAACTGCGGAGAAAAAAAGGAAGTAACTGCTGT 3060

 29100934 AATGCAAACAGAGGGCAAAGGTGTCATGTACTAAGGTGGTAGCAGTAGGAATGGAGAAGT 29100993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 AATGCAAACAGAGGGCAAAGGTGTCATGTACTAAGGTGGTAGCAGTAGGAATGGAGAAGT 3120

 29100994 GAAAATGACAAGGCTCAGATTCATAAATAGGATTATTTCCCCAGAGTTTTTACCATTCTT 29101053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GAAAATGACAAGGCTCAGATTCATAAATAGGATTATTTCCCCAGAGTTTTTACCATTCTT 3180

 29101054 CCTAATAGAGTATGCTTATATTATTTATTTCTTGTAACACTCTCTTTATGCCTAAAAGAT 29101113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 CCTAATAGAGTATGCTTATATTATTTATTTCTTGTAACACTCTCTTTATGCCTAAAAGAT 3240

 29101114 GTCATAACTTTAGCAAGGTCATTTAATTTATTAGGGGTTAGAAAAACGTACTTTATAGGA 29101173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 GTCATAACTTTAGCAAGGTCATTTAATTTATTAGGGGTTAGAAAAACGTACTTTATAGGA 3300

 29101174 TAAGAGTGTTGACACTTGGAAAGGAGTAATACAACATTTATACCACCGTTAGTGGAATTA 29101233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TAAGAGTGTTGACACTTGGAAAGGAGTAATACAACATTTATACCACCGTTAGTGGAATTA 3360

 29101234 ATCAAAGGAACTCCTAGGTCTGACAGTAAAAAGTAGGGGAGAAACTACAACCTATATTAC 29101293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 ATCAAAGGAACTCCTAGGTCTGACAGTAAAAAGTAGGGGAGAAACTACAACCTATATTAC 3420

 29101294 CTAAAGTTAATAAAGATAGGTTGGGGACTTAAGAAACTATTCAGTGTAGGGTAAATCTAT 29101353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 CTAAAGTTAATAAAGATAGGTTGGGGACTTAAGAAACTATTCAGTGTAGGGTAAATCTAT 3480

 29101354 GGAAAGAGATTCATAACAGGAATCATAGACATACAAATTTAATTCCCACATTCAGAGAAT 29101413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 GGAAAGAGATTCATAACAGGAATCATAGACATACAAATTTAATTCCCACATTCAGAGAAT 3540

 29101414 TATTCAACAAAATTGTCAATAGATTAGTGTGAATCCACCTTGTGGGAATGGGATAGAAGG 29101473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TATTCAACAAAATTGTCAATAGATTAGTGTGAATCCACCTTGTGGGAATGGGATAGAAGG 3600

 29101474 TAGGCCTGTAGGCCTTTTTGTAGCTATTAACCATCCCCCTACCCAGTTAAAATGGCTTCC 29101533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TAGGCCTGTAGGCCTTTTTGTAGCTATTAACCATCCCCCTACCCAGTTAAAATGGCTTCC 3660

 29101534 CCTCCCCCGTGTAGTGTCTTCTCACACAGATCACTCTTCTCAGCCTTGGGTAACCATCCT 29101593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 CCTCCCCCGTGTAGTGTCTTCTCACACAGATCACTCTTCTCAGCCTTGGGTAACCATCCT 3720

 29101594 TCTATTCTCTATATCCACGAGTTCAACTGTTTTATTTTTACCTCCCAC 29101641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TCTATTCTCTATATCCACGAGTTCAACTGTTTTATTTTTACCTCCCAC 3768

Alignment time is 3.84298 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2796] =>      2796 nucs 'mol-32-322a-097303_2796'

Score:        2605
Aligned:      2805        nucs
Identic:      2777 ( 99%) nucs =>       724 ( 99%)      2053 ( 99%)
Gaps:           15 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091846,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100084]
 second seq =>  [       1,     729] EXCISED REGION [     730,    2796]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [728,729] to [730,731]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091846 TGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATA 29091905
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
        1 TGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATA 60

 29091906 GCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTC 29091965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTC 120

 29091966 CTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGT 29092025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGT 180

 29092026 AATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACAT 29092085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACAT 240

 29092086 TCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAA 29092145
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAA 300

 29092146 AATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGC 29092205
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGC 360

 29092206 AATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCT 29092265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCT 420

 29092266 GGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAA 29092325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAA 480

 29092326 TAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGT 29092385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGT 540

 29092386 TTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGA 29092445
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGA 600

 29092446 AAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCAC 29092505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCAC 660

 29092506 TCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATT 29092565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      661 TCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATT 720

 29092566 TAATGCATT 29092574
          |||||||||
      721 TAATGCATT 729

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      730 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 789

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      790 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 849

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      850 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 909

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      910 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 969

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      970 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 1029

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1030 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 1089

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1090 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1149

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1150 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1209

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1210 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1269

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1270 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1329

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1330 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1389

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1390 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 1449

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1450 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 1509

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1510 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 1569

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1570 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 1629

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1630 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 1689

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1690 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1749

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1750 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1809

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1810 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 1869

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1870 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 1929

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1930 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 1989

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1990 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 2049

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2050 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 2105

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2106 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 2165

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2166 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 2225

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 2285

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 2345

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 2405

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 2465

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 2525

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     2526 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 2580

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 2640

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 2700

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 2760

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGAT 29100084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGAT 2796

Alignment time is 3.42109 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    4905] =>      4905 nucs 'mol-32-32fb-151702_4905'

Score:        4638
Aligned:      4918        nucs
Identic:      4877 ( 99%) nucs =>      2650 ( 99%)      2227 ( 99%)
Gaps:           24 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089912,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100258]
 second seq =>  [       1,    2664] EXCISED REGION [    2665,    4905]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [2663,2664] to [2665,2666]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089912 TACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTT 29089971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTTGAATAAATAGTT 60

 29089972 AATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACC 29090031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAAAGTAACAAAACC 120

 29090032 TATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTAT 29090091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATATTACAGTGGTAT 180

 29090092 TGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTC 29090151
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGAAATATGGGAGGGCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGAGAGATTC 240

 29090152 TTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGA 29090211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATTTTAATGA 300

 29090212 TATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAG 29090271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGTCCTCAAG 360

 29090272 TGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTC 29090331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTC 420

 29090332 TCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCAC 29090391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCAC 480

 29090392 GAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCT 29090451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCT 540

 29090452 CTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAG 29090511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAG 600

 29090512 TTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAA 29090571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAATTTAGCAA 660

 29090572 CATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTA 29090631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATATTTTAGTA 720

 29090632 ATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACC 29090691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAATAACAACC 780

 29090692 CAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGT 29090751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAATCTAAAGT 840

 29090752 CAGAATTTTAGTA----AATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCAC 29090807
          |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAGAATTTT----CGTCAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCAATGTCAC 896

 29090808 TAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGT 29090867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      897 TAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTATTATATGT 956

 29090868 ATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGAT 29090927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 ATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATCTTGAGAT 1016

 29090928 TATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTC 29090987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1017 TATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTTATATTTC 1076

 29090988 TCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATC 29091047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 TCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAAGGTAATC 1136

 29091048 ATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCAT 29091107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 ATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGACATTCAT 1196

 29091108 GATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCT 29091167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 GATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCTGACATCT 1256

 29091168 CTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCT 29091227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 CTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGAATGCTCT 1316

 29091228 CTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGAC 29091287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 CTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCCAATGGAC 1376

 29091288 CCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTTAAATAAA 29091347
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1377 CCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTTTTAAATAAA 1436

 29091348 ATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAAT 29091407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 ATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAAAAAAAAT 1496

 29091408 TTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTA 29091466
          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 TTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATTTTATTTA 1556

 29091467 AACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTC 29091526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 AACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAACATGCTC 1616

 29091527 CTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGC 29091586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 CTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAAATGAAGC 1676

 29091587 CTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGA 29091646
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 CTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTTTACTGGA 1736

 29091647 ATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATC 29091706
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 ATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCCCCAAATC 1796

 29091707 ACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATT 29091766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 ACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGGATTCATT 1856

 29091767 CACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAG 29091826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 CACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAG 1916

 29091827 GCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCT 29091886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1917 GCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCT 1976

 29091887 TCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCG 29091946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 TCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCG 2036

 29091947 CAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCT 29092006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 CAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCT 2096

 29092007 TGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATG 29092066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 TGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCATACAGATG 2156

 29092067 TACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACT 29092126
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     2157 TACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACT 2216

 29092127 TAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAAC 29092186
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     2217 TAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATGAGGAAAC 2276

 29092187 AGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGG 29092246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2277 AGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGG 2336

 29092247 GCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAA 29092306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 GCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAA 2396

 29092307 GGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGAT 29092366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 GGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGAT 2456

 29092367 ATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATT 29092426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2457 ATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATT 2516

 29092427 ATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAA 29092486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 ATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAA 2576

 29092487 AATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAA 29092546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 AATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGATATATAA 2636

 29092547 GCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          |||||||||.||||||||||||||||||
     2637 GCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 2664

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2665 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 2724

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2725 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 2784

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2785 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 2844

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2845 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 2904

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2905 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 2964

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2965 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 3024

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3025 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 3084

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     3085 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 3144

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3145 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 3204

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3205 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 3264

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3265 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 3324

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3325 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 3384

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3385 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 3444

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3445 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 3504

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3505 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 3564

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3565 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 3624

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3625 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 3684

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3685 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 3744

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3745 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 3804

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3805 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 3864

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3865 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 3924

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3925 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 3984

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3985 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 4040

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4041 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 4100

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     4101 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 4160

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4161 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 4220

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4221 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 4280

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4281 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 4340

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4341 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 4400

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4401 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 4460

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     4461 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 4515

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4516 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 4575

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4576 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 4635

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4636 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 4695

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 29100108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4696 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 4755

 29100109 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 29100168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4756 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 4815

 29100169 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 29100228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4816 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAG 4875

 29100229 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACAC 29100258
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     4876 AAGAGTGATCTGTGTGAGAGGACACTACAC 4905

Alignment time is 5.23789 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2241] =>      2241 nucs 'mol-32-32fb-151702_2241'

Score:        2122
Aligned:      2242        nucs
Identic:      2227 ( 99%) nucs =>      1318 (100%)       909 ( 99%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29098015,29099335] EXCISED REGION [29099340,29100258]
 second seq =>  [       1,    1323] EXCISED REGION [    1328,    2241]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [29099336,29099339]
 second seq =>         4 nucs [1324,1327]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29099336,29099336] to [29099339,29099339]
 second seq =>         1 nucs [1324,1324] to [1327,1327]

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
        1 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 60

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 120

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 180

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 240

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 300

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 360

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 420

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACA--TACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
      421 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 480

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 540

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 600

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 660

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 720

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 780

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 840

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 900

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 960

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1020

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1080

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1081 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 1140

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 1200

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 1260

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 1320

 29099333 GAG 29099335
          |||
     1321 GAG 1323

EXCISED REGION

 29099340 ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAA 29099399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1328 ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAA 1387

 29099400 AGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAG 29099459
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1388 AGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAG 1447

 29099460 AAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGC 29099519
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1448 AAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATATATGAGGAGAGC 1507

 29099520 AAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAA 29099579
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 AAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAA 1567

 29099580 TAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAAC 29099639
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1568 TAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAAC 1627

 29099640 ATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAA 29099699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 ATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAA 1687

 29099700 TATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGC 29099759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1688 TATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGC 1747

 29099760 AACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGG 29099819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1748 AACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGG 1807

 29099820 AGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGT 29099879
          |||||||||||||||||||.|||||||||||||||     ||||||||||||||||||||
     1808 AGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCCCACTGCTAGGT 1862

 29099880 ATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATT 29099939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1863 ATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATT 1922

 29099940 GCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGAC 29099999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1923 GCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGAC 1982

 29100000 TCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGA 29100059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1983 TCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGA 2042

 29100060 TCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTC 29100119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2043 TCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTC 2102

 29100120 AGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACA 29100179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 AGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACA 2162

 29100180 GTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCT 29100239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 GTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCT 2222

 29100240 GTGTGAGAGGACACTACAC 29100258
          |||||||||||||||||||
     2223 GTGTGAGAGGACACTACAC 2241

Alignment time is 3.10249 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2977] =>      2977 nucs 'mol-32-3395-190425_2977'

Score:        2976
Aligned:      2976        nucs
Identic:      2976 (100%) nucs =>      2284 (100%)       692 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089827,29092110] EXCISED REGION [29092112,29092803]
 second seq =>  [       1,    2284] EXCISED REGION [    2286,    2977]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111]
 second seq =>         1 nucs [2285,2285]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29092111,29092111] to [29092112,29092112]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089827 ATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAAT 29089886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCTGATGATTCCTATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAAT 60

 29089887 TTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTT 29089946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTCTGTTTTGTTGACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTT 120

 29089947 CTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGA 29090006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTTGATATTTGTTGAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGA 180

 29090007 AACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATA 29090066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACAAAACAGAAAAGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATA 240

 29090067 ACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATA 29090126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACTTAATTATATATTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATA 300

 29090127 TTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTG 29090186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGTGATTGATATATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTG 360

 29090187 CATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCA 29090246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATGCATCACAATGTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCA 420

 29090247 TTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATA 29090306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTATGACATCTCATCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATA 480

 29090307 AAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCAT 29090366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAGTCCTGTTCAAATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCAT 540

 29090367 CAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCT 29090426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAGTCTTGCAGGGTCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCT 600

 29090427 ATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATT 29090486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATATCCATGTCTGTCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATT 660

 29090487 TGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAA 29090546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTGTATCTCAAAAGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAA 720

 29090547 CTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGT 29090606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGAATGAATTAATTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGT 780

 29090607 ATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTT 29090666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATCATAAAGAAAACATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTT 840

 29090667 ATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTA 29090726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTTAATCCACCCAAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTA 900

 29090727 TATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTT 29090786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATAACATTTAATGGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTT 960

 29090787 GATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATT 29090846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GATTTGATTACTCAATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATT 1020

 29090847 TTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTT 29090906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTCTATTATGGTATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTT 1080

 29090907 CAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTAC 29090966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CAGTAATTATTATCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTAC 1140

 29090967 ATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTT 29091026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATGCACAGTTATTTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTT 1200

 29091027 CTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCC 29091086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTGAGCCCAGTTAAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCC 1260

 29091087 AGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATT 29091146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGCCTTCTTGTTGACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATT 1320

 29091147 GCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTA 29091206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GCAGTTCCAAATCTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTA 1380

 29091207 AAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGC 29091266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AAAGCAACAAACGAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGC 1440

 29091267 TTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTAT 29091326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTCTCAGTTGTGCCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTAT 1500

 29091327 AGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAA 29091386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGACATTATTTTTTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAA 1560

 29091387 TAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAA 29091446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAGTAATATTTCAAAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAA 1620

 29091447 AACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAG 29091506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AACAGAATCTATTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAG 1680

 29091507 CACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCT 29091566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CACCAGTTACCAACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCT 1740

 29091567 GGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAA 29091626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GGGCACCTGAGAAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAA 1800

 29091627 TCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAA 29091686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCACCAGGTACTTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAA 1860

 29091687 ATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTA 29091746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATTACTGTTCTCCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTA 1920

 29091747 AATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAA 29091806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AATTCTACATTGGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAA 1980

 29091807 GGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATAT 29091866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATAT 2040

 29091867 TTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAAC 29091926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAAC 2100

 29091927 TATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAG 29091986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAG 2160

 29091987 TCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAA 29092046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAA 2220

 29092047 TAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATC 29092106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATC 2280

 29092107 TGTG 29092110
          ||||
     2281 TGTG 2284

EXCISED REGION

 29092112 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 29092171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 CTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTA 2345

 29092172 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 29092231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 TACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATA 2405

 29092232 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 29092291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 AAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACC 2465

 29092292 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 29092351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 ACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTA 2525

 29092352 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 29092411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2526 TCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGT 2585

 29092412 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 29092471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 AGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTT 2645

 29092472 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 29092531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 AATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCA 2705

 29092532 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 29092591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 TACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATG 2765

 29092592 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 29092651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2766 ATTTAAGTACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATAT 2825

 29092652 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 29092711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2826 GTTTGTGACTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTT 2885

 29092712 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 29092771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2886 AAAGTTCAAAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGT 2945

 29092772 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATA 29092803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2946 GGCACAGGCAGATCAAAAATATCTATATAATA 2977

Alignment time is 3.7161 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2234] =>      2234 nucs 'mol-32-33a0-064531_2234'

Score:        2233
Aligned:      2233        nucs
Identic:      2233 (100%) nucs =>      1572 (100%)       661 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097871,29099442] EXCISED REGION [29099444,29100104]
 second seq =>  [       1,    1572] EXCISED REGION [    1574,    2234]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29099443,29099443]
 second seq =>         1 nucs [1573,1573]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29099443,29099443] to [29099444,29099444]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29099441,29099442] to [29099444,29099445]
 second seq =>         2 nucs [1571,1572] to [1574,1575]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29097871 GGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATA 29097930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATA 60

 29097931 CACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACT 29097990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACT 120

 29097991 ATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGG 29098050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGG 180

 29098051 ATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTA 29098110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTA 240

 29098111 GCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAAT 29098170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAAT 300

 29098171 TATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAG 29098230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAG 360

 29098231 GAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAA 29098290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAA 420

 29098291 GCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTA 29098350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTA 480

 29098351 AAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGT 29098410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGT 540

 29098411 AGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGC 29098470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGC 600

 29098471 ACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACA 29098530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACA 660

 29098531 AACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGT 29098590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGT 720

 29098591 ACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAAC 29098650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAAC 780

 29098651 AGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTG 29098710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTG 840

 29098711 TACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTAT 29098770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTAT 900

 29098771 CAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGA 29098830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGA 960

 29098831 CAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTAT 29098890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTAT 1020

 29098891 ATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGG 29098950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGG 1080

 29098951 ATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATA 29099010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATA 1140

 29099011 GCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAA 29099070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAA 1200

 29099071 TCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAA 29099130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAA 1260

 29099131 AGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAA 29099190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAA 1320

 29099191 ATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAA 29099250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAA 1380

 29099251 AGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATG 29099310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATG 1440

 29099311 CTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATT 29099370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATT 1500

 29099371 TGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATG 29099430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATG 1560

 29099431 TAGTGAAGATAC 29099442
          ||||||||||||
     1561 TAGTGAAGATAC 1572

EXCISED REGION

 29099444 ACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAA 29099503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1574 ACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAA 1633

 29099504 AATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAAT 29099563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 AATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAAT 1693

 29099564 GAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATA 29099623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 GAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATA 1753

 29099624 TGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATAT 29099683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1754 TGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATAT 1813

 29099684 CATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAG 29099743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1814 CATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAG 1873

 29099744 GAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACT 29099803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1874 GAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACT 1933

 29099804 ATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATC 29099863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1934 ATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATC 1993

 29099864 AACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTG 29099923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1994 AACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTG 2053

 29099924 CACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTG 29099983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2054 CACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTG 2113

 29099984 TCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCC 29100043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2114 TCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCC 2173

 29100044 ATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATG 29100103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2174 ATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATG 2233

 29100104 C 29100104
          |
     2234 C 2234

Alignment time is 2.81408 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3789] =>      3789 nucs 'mol-32-33b6-040860_3789'

Score:        3554
Aligned:      3798        nucs
Identic:      3766 ( 99%) nucs =>      1708 ( 99%)      2058 ( 99%)
Gaps:           16 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29090859,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100089]
 second seq =>  [       1,    1717] EXCISED REGION [    1718,    3789]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [1716,1717] to [1718,1719]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29090859 ATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTA 29090918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTA 60

 29090919 TCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTAT 29090978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTAT 120

 29090979 TTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTT 29091038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTT 180

 29091039 AAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTT 29091098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTT 240

 29091099 GACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAAT 29091158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAAT 300

 29091159 CTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAAC 29091218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAAC 360

 29091219 GAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTG 29091278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTG 420

 29091279 CCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTT 29091338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      421 CCAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTT 480

 29091339 TTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTC 29091398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTC 540

 29091399 AAAAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTA 29091457
          ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAAAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTA 600

 29091458 TTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACC 29091517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACC 660

 29091518 AACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAG 29091577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AACATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAG 720

 29091578 AAATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTAC 29091637
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTAC 780

 29091638 TTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCT 29091697
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCT 840

 29091698 CCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATT 29091757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCCCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATT 900

 29091758 GGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAG 29091817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAG 960

 29091818 TTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAG 29091877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAG 1020

 29091878 ATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGT 29091937
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGT 1080

 29091938 ACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAG 29091997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAG 1140

 29091998 TCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATC 29092057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATC 1200

 29092058 ATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGT 29092117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1201 ATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGT 1260

 29092118 TGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGA 29092177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1261 TGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGA 1320

 29092178 TGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTT 29092237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTT 1380

 29092238 AGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTT 29092297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTT 1440

 29092298 GTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCA 29092357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCA 1500

 29092358 AAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACAT 29092417
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1501 AAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGAT 1560

 29092418 AAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACT 29092477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACT 1620

 29092478 TACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGT 29092537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGT 1680

 29092538 GATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1681 GATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 1717

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1718 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 1777

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1778 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 1837

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1838 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 1897

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1898 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 1957

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1958 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 2017

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2018 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 2077

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2078 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 2137

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     2138 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 2197

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2198 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 2257

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2258 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 2317

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2318 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 2377

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2378 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 2437

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2438 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 2497

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2498 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 2557

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2558 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 2617

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2618 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 2677

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2678 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 2737

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2738 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 2797

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2798 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 2857

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2858 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 2917

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2918 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 2977

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2978 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 3037

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3038 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 3093

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3094 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 3153

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     3154 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 3213

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3214 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 3273

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3274 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 3333

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3334 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 3393

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3394 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 3453

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3454 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 3513

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     3514 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 3568

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3569 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 3628

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3629 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 3688

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3689 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 3748

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAAC 29100089
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3749 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAAC 3789

Alignment time is 4.43564 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    4491] =>      4491 nucs 'mol-32-3403-077721_4491'

Score:        4213
Aligned:      4504        nucs
Identic:      4462 ( 99%) nucs =>      2477 ( 99%)      1985 ( 99%)
Gaps:           24 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29090085,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100017]
 second seq =>  [       1,    2491] EXCISED REGION [    2492,    4491]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [2490,2491] to [2492,2493]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29090085 GTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGA 29090144
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGGTATTGAAATATGGGAGGGCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATATATAGA 60

 29090145 GAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATT 29090204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAATGTATT 120

 29090205 TTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGT 29090264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCATCTGT 180

 29090265 CCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTT 29090324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAAATGTT 240

 29090325 CCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCC 29090384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGGTCTCC 300

 29090385 TTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCT 29090444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTGTCCCT 360

 29090445 GTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTT 29090504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAAAGCTT 420

 29090505 AATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAAT 29090564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAATTAAT 480

 29090565 TTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATAT 29090624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAACATAT 540

 29090625 TTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAAT 29090684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCCAAAAT 600

 29090685 AACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAAT 29090744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAATGGAAT 660

 29090745 CTAAAGTCAGAATTTTAGTA----AATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCA 29090800
          ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTAAAGTCAGAATTTT----CGTCAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTCA 716

 29090801 ATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTAT 29090860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      717 ATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTAT 776

 29090861 TATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATC 29090920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      777 TATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTATC 836

 29090921 TTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTT 29090980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      837 TTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATTT 896

 29090981 ATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAA 29091040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      897 ATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTAA 956

 29091041 GGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGA 29091100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 GGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTGA 1016

 29091101 CATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCT 29091160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1017 CATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATCT 1076

 29091161 GACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGA 29091220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 GACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACGA 1136

 29091221 ATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCC 29091280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 ATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGCC 1196

 29091281 AATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTTT 29091340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     1197 AATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATCATTTTTT 1256

 29091341 AAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAA 29091400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 AAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCAA 1316

 29091401 AAAAAATTTTTTT-GCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATT 29091459
          ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 AAAAAATTTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATT 1376

 29091460 TTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAA 29091519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1377 TTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAA 1436

 29091520 CATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAA 29091579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 CATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAA 1496

 29091580 ATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTT 29091639
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 ATGAAGCCTCCTTTGCAGTGCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTT 1556

 29091640 TACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCC 29091699
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 TACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCATCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCC 1616

 29091700 CCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGG 29091759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 CCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGG 1676

 29091760 ATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTT 29091819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 ATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTT 1736

 29091820 GTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGAT 29091879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 GTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGAT 1796

 29091880 TTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTAC 29091939
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 TCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTAC 1856

 29091940 TAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTC 29091999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 TAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTC 1916

 29092000 CAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCAT 29092059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 CAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCAT 1976

 29092060 ACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTG 29092119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1977 ACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTAAGTTG 2036

 29092120 TATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATG 29092179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     2037 TATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATGATATTTTAATTATACAGATG 2096

 29092180 AGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAG 29092239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 AGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAG 2156

 29092240 AGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGT 29092299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2157 AGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGT 2216

 29092300 GTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAA 29092359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2217 GTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAA 2276

 29092360 AAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAA 29092419
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2277 AAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGAGATAA 2336

 29092420 ACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTA 29092479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 ACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTA 2396

 29092480 CCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGA 29092539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 CCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGA 2456

 29092540 TATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          ||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2457 TATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 2491

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2492 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 2551

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2552 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 2611

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2612 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 2671

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2672 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 2731

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2732 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 2791

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2792 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 2851

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2852 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 2911

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     2912 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 2971

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2972 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 3031

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3032 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 3091

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3092 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 3151

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3152 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 3211

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3212 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 3271

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3272 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 3331

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3332 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 3391

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3392 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 3451

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3452 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 3511

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3512 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 3571

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3572 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 3631

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3632 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 3691

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3692 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 3751

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3752 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 3811

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3812 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 3867

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3868 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 3927

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     3928 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 3987

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3988 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 4047

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4048 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 4107

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4108 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 4167

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4168 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 4227

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4228 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 4287

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     4288 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 4342

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     4343 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTACACTC 4402

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4403 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 4462

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGG 29100017
          |||||||||||||||||||||||||||||
     4463 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGG 4491

Alignment time is 4.85894 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2214] =>      2214 nucs 'mol-32-3403-181529_2214'

Score:        2213
Aligned:      2213        nucs
Identic:      2213 (100%) nucs =>      1284 (100%)       929 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097881,29099164] EXCISED REGION [29099166,29100094]
 second seq =>  [       1,    1284] EXCISED REGION [    1286,    2214]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29099165,29099165]
 second seq =>         1 nucs [1285,1285]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1284,1284] to [1285,1285]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29097881 AATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAG 29097940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAG 60

 29097941 ATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAA 29098000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAA 120

 29098001 AATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAG 29098060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAG 180

 29098061 GTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGC 29098120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGC 240

 29098121 AGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACA 29098180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACA 300

 29098181 TTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAG 29098240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAG 360

 29098241 CAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTA 29098300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTA 420

 29098301 CACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTA 29098360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTA 480

 29098361 AACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCT 29098420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCT 540

 29098421 CAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACAC 29098480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACAC 600

 29098481 ACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGC 29098540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGC 660

 29098541 AGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGC 29098600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGC 720

 29098601 TATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAG 29098660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAG 780

 29098661 GCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATAT 29098720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATAT 840

 29098721 TTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATC 29098780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATC 900

 29098781 TGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAA 29098840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAA 960

 29098841 AGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCAC 29098900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCAC 1020

 29098901 AAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACA 29098960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACA 1080

 29098961 TTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCAT 29099020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCAT 1140

 29099021 AAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTC 29099080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTC 1200

 29099081 TGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTC 29099140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTC 1260

 29099141 TTCAATCGATAGTGCTGGGAAAAC 29099164
          ||||||||||||||||||||||||
     1261 TTCAATCGATAGTGCTGGGAAAAC 1284

EXCISED REGION

 29099166 AAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTG 29099225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1286 AAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTG 1345

 29099226 AAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAA 29099285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1346 AAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAA 1405

 29099286 AACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCA 29099345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1406 AACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCA 1465

 29099346 CAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTC 29099405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1466 CAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTC 1525

 29099406 TGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATA 29099465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1526 TGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATA 1585

 29099466 TCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAA 29099525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1586 TCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAA 1645

 29099526 CTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATG 29099585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1646 CTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATG 1705

 29099586 TATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATT 29099645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1706 TATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATT 1765

 29099646 GATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGT 29099705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1766 GATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGT 1825

 29099706 TTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATC 29099765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1826 TTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATC 1885

 29099766 ATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTA 29099825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1886 ATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTA 1945

 29099826 CTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATAC 29099885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1946 CTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATAC 2005

 29099886 GCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCA 29099945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2006 GCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCA 2065

 29099946 CTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATA 29100005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2066 CTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATA 2125

 29100006 AAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGT 29100065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2126 AAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGT 2185

 29100066 CATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAG 29100094
          |||||||||||||||||||||||||||||
     2186 CATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAG 2214

Alignment time is 2.64228 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2982] =>      2982 nucs 'mol-32-3487-102761_2982'

Score:        2791
Aligned:      2991        nucs
Identic:      2963 ( 99%) nucs =>       770 ( 99%)      2193 ( 99%)
Gaps:           15 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29091800,29092574] EXCISED REGION [29098015,29100224]
 second seq =>  [       1,     775] EXCISED REGION [     776,    2982]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5440 nucs [29092575,29098014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [29092575,29092577] to [29098015,29098017]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [29092573,29092574] to [29098015,29098016]
 second seq =>         2 nucs [774,775] to [776,777]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29091800 TACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACAC 29091859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TACATAAGGTCTACAAAGTTGTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACAC 60

 29091860 ATAATATTTTTGTTTTAGATTTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATAC 29091919
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAATATTTTTGTTTTAGATTCTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATAC 120

 29091920 ACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCC 29091979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACAAAACTATAAGAAAGTACTAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCC 180

 29091980 TAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAA 29092039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAGTTAGTCACGTGGTAGTCCAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAA 240

 29092040 TAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGC 29092099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAAATAATAATGATGATCATACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGC 300

 29092100 TAGAATCTGTGCCTTAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACG 29092159
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
      301 TAGAATCTGTGCCTAAGTTGTATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAATG 360

 29092160 ATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGC 29092219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATATTTTAATTATACAGATGAGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGC 420

 29092220 CTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTT 29092279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCGTAACTATAAAAGTTAGAGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTT 480

 29092280 GTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACA 29092339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTGTTCCTAACCACTGTTGTGTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACA 540

 29092340 AAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCA 29092399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGGCCATCGTATCCCCAAAAAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCA 600

 29092400 TAAAAAGGTTGTAGACATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAA 29092459
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAAAAAGGTTGTAGAGATAAACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAA 660

 29092460 ATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAAC 29092519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGAAATTGGTTAATACTTACCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAAC 720

 29092520 TAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATT 29092574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      721 TAACTTAACTCATACAGTGATATATAAGCCATAATTAATATAGATTTAATGCATT 775

EXCISED REGION

 29098015 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGA 29098074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      776 TTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTAAAACTGATGA 835

 29098075 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 29098134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      836 ATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTC 895

 29098135 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 29098194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      896 CATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACT 955

 29098195 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 29098254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      956 TATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTA 1015

 29098255 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 29098314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1016 TTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTT 1075

 29098315 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 29098374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1076 AACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATAT 1135

 29098375 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 29098434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1136 AACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAA 1195

 29098435 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCG--CACACACACACACACATACACAC 29098492
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
     1196 AGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACACATACACAC 1255

 29098493 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 29098552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1256 ACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGT 1315

 29098553 ATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 29098612
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1316 ATGTGGAAGTCCCTGAGATGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGG 1375

 29098613 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 29098672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1376 AGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGT 1435

 29098673 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 29098732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1436 CATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAA 1495

 29098733 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 29098792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1496 GAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAA 1555

 29098793 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 29098852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1556 ATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGT 1615

 29098853 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 29098912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1616 TAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGA 1675

 29098913 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 29098972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1676 ATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTC 1735

 29098973 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 29099032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1736 CAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGC 1795

 29099033 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 29099092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1796 ATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTC 1855

 29099093 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAG 29099152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1856 ACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATGG 1915

 29099153 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 29099212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1916 TGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCAC 1975

 29099213 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 29099272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1976 CACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAA 2035

 29099273 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 29099332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2036 ACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTT 2095

 29099333 GAGCGAC----ATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 29099388
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2096 GAG----TGATATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACA 2151

 29099389 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCA 29099448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2152 TCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAACGTAGTGAAGATACAACCCA 2211

 29099449 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATAT 29099508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2212 TAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAACAACCAAAATAT 2271

 29099509 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 29099568
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2272 ATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATAAGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACA 2331

 29099569 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 29099628
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2332 AAAGGTCTGAATAGATGTATCTCAAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAA 2391

 29099629 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 29099688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2392 AGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTT 2451

 29099689 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 29099748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2452 CACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGT 2511

 29099749 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 29099808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2512 GGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGG 2571

 29099809 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCC 29099868
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||     |||||||||
     2572 GAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAAAAATAGGGTTACCATA-----CATCAACCC 2626

 29099869 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 29099928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2627 CACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTC 2686

 29099929 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 29099988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2687 CCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCAT 2746

 29099989 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 29100048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2747 CAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAA 2806

 29100049 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 29100108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2807 AAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAG 2866

 29100109 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 29100168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2867 TAAAATAAGTCAGGCACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTA 2926

 29100169 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGC 29100224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2927 AAAATAAAACAGTTGAACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGC 2982

Alignment time is 3.76022 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2262] =>      2262 nucs 'mol-32-3487-156946_2262'

Score:        2262
Aligned:      2262        nucs
Identic:      2262 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097843,29100104]
 second seq =>  [       1,    2262]

 29097843 GAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACC 29097902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACC 60

 29097903 TGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAAT 29097962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAAT 120

 29097963 GTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGT 29098022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGT 180

 29098023 TTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAA 29098082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAA 240

 29098083 AATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAA 29098142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAA 300

 29098143 AAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAAT 29098202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAAT 360

 29098203 AGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCT 29098262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCT 420

 29098263 GGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAA 29098322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAA 480

 29098323 TTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGC 29098382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGC 540

 29098383 AATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAG 29098442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAG 600

 29098443 GGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGA 29098502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGA 660

 29098503 GGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGT 29098562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGT 720

 29098563 CCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAAT 29098622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAAT 780

 29098623 ATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAA 29098682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAA 840

 29098683 CTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTG 29098742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTG 900

 29098743 ATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGG 29098802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGG 960

 29098803 TTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAA 29098862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAA 1020

 29098863 CTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAG 29098922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAG 1080

 29098923 CTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACT 29098982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACT 1140

 29098983 TCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGC 29099042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGC 1200

 29099043 GGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACA 29099102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACA 1260

 29099103 AAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAA 29099162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAA 1320

 29099163 ACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGG 29099222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGG 1380

 29099223 GTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAA 29099282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAA 1440

 29099283 GAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATC 29099342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATC 1500

 29099343 CCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGC 29099402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGC 1560

 29099403 TTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAA 29099462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAA 1620

 29099463 ATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAA 29099522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAA 1680

 29099523 GAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAG 29099582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAG 1740

 29099583 ATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATC 29099642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATC 1800

 29099643 ATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATAT 29099702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATAT 1860

 29099703 GGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAAC 29099762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAAC 1920

 29099763 ATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGG 29099822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGG 1980

 29099823 TTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATA 29099882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATA 2040

 29099883 TACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCA 29099942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCA 2100

 29099943 GCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCG 29100002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCG 2160

 29100003 ATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCC 29100062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCC 2220

 29100063 TGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGC 29100104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGC 2262

Alignment time is 2.57792 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3636] =>      3636 nucs 'mol-32-349d-052623_3636'

Score:        3602
Aligned:      3635        nucs
Identic:      3632 (100%) nucs =>      1315 (100%)      2317 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097668,29098982] EXCISED REGION [29098984,29101303]
 second seq =>  [       1,    1315] EXCISED REGION [    1317,    3636]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29098983,29098983]
 second seq =>         1 nucs [1316,1316]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29098982,29098982] to [29098983,29098983]
 second seq =>         1 nucs [1316,1316] to [1317,1317]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29097668 AGGTGGTCAGTTTTTCTTGTGCTTAAAAGAGTTGGTAAGAATCGCTTGGTAGTATTTATT 29097727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGTGGTCAGTTTTTCTTGTGCTTAAAAGAGTTGGTAAGAATCGCTTGGTAGTATTTATT 60

 29097728 TAAAAACAAAAACTCCATCAATGCATGCCCCTTCACTAGAGATTATAATTCAGCAGGATG 29097787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAAAAACAAAAACTCCATCAATGCATGCCCCTTCACTAGAGATTATAATTCAGCAGGATG 120

 29097788 CACTTCCAGAATTTTTATTATTCACAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGA 29097847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CACTTCCAGAATTTTTATTATTCACAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGA 180

 29097848 ATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTAT 29097907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTAT 240

 29097908 CATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCC 29097967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCC 300

 29097968 TAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGAC 29098027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGAC 360

 29098028 TTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATAC 29098087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATAC 420

 29098088 CTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATG 29098147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATG 480

 29098148 GTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGG 29098207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGG 540

 29098208 TTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGT 29098267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGT 600

 29098268 CTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATG 29098327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATG 660

 29098328 AAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTA 29098387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTA 720

 29098388 TCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATA 29098447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATA 780

 29098448 CACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGT 29098507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGT 840

 29098508 ATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTG 29098567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTG 900

 29098568 AGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGG 29098627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGG 960

 29098628 GGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTAT 29098687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTAT 1020

 29098688 AATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACT 29098747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACT 1080

 29098748 TTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCC 29098807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCC 1140

 29098808 GTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAA 29098867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAA 1200

 29098868 AGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATC 29098927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATC 1260

 29098928 CTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACT 29098982
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACT 1315

EXCISED REGION

 29098984 CAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCG 29099043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 CAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCG 1376

 29099044 GAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAA 29099103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1377 GAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAA 1436

 29099104 AGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAA 29099163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 AGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAA 1496

 29099164 CTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGG 29099223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 CTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGG 1556

 29099224 TGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAG 29099283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 TGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAG 1616

 29099284 AAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCC 29099343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 AAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCC 1676

 29099344 CACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCT 29099403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 CACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCT 1736

 29099404 TCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAA 29099463
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 TCTGCAATGCCGAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAA 1796

 29099464 TATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAG 29099523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 TATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAG 1856

 29099524 AACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGA 29099583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 AACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGA 1916

 29099584 TGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCA 29099643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 TGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCA 1976

 29099644 TTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATG 29099703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 TTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATG 2036

 29099704 GTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACA 29099763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 GTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACA 2096

 29099764 TCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGT 29099823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 TCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGT 2156

 29099824 TACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATAT 29099883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2157 TACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACCTCACTGCTAGGTATAT 2216

 29099884 ACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAG 29099943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2217 ACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAG 2276

 29099944 CACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGA 29100003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2277 CACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGA 2336

 29100004 TAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCT 29100063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 TAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCT 2396

 29100064 GTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGC 29100123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 GTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAGATTATTATGCTAAGTAAAATAAGTCAGGC 2456

 29100124 ACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTG 29100183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2457 ACATAAAGACAGACATCACATATTCTCACTTATCTGTGGGAGGTAAAAATAAAACAGTTG 2516

 29100184 AACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGT 29100243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 AACTCGTGGATATAGAGAATAGAAGGATGGTTACCCAAGGCTGAGAAGAGTGATCTGTGT 2576

 29100244 GAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAG 29100303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 GAGAGGACACTACACGGGGGAGGGGAAGCCATTTTAACTGGGTAGGGGGATGGTTAATAG 2636

 29100304 CTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAG 29100363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2637 CTACAAAAAGGTCAGGAGTGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGAACTTTCAGAGGCCGAG 2696

 29100364 GCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATC 29100423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2697 GCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCACATC 2756

 29100424 TCTACTAAAGATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACT 29100483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2757 TCTACTAAAGATACAAAAATTAGCCAGGGGTGGTGACACACTCCTGTAATCCCAGCTACT 2816

 29100484 CAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAG 29100543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2817 CAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTACAATGAACCAAG 2876

 29100544 ATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAA 29100603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2877 ATTGTGACACTGCCCTACAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTTATCTCAAAAAAAAAAA 2936

 29100604 GCTACAAAAAATAGTTAAAAAGAATAAATGAGATCTAGTATTTGCTAATACAACAGGGTG 29100663
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     2937 GCTACAAAAAATAGTTAAAAAGAATAAATGAGATCTAGTGTTTGCTAATACAACAGGGTG 2996

 29100664 ACCATGGTATAAAAATAATTTAATTGTTCATTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTG 29100723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2997 ACCATGGTATAAAAATAATTTAATTGTTCATTTTAAAAATAACTGAAAGAGTATATTTTG 3056

 29100724 ATTGTTTAAAACACAAAGGATACATGCTTGAGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGT 29100783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3057 ATTGTTTAAAACACAAAGGATACATGCTTGAGGAGACAGACACTCTTTTAACCCTAATGT 3116

 29100784 GATTATTATGTATTGCGTGCCTGTATCAAAATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTAT 29100843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3117 GATTATTATGTATTGCGTGCCTGTATCAAAATATCTCATGTAACCCATAAATCTAACTAT 3176

 29100844 CTATCTAGGTAGCTAGCTATAACATGTGCTCACAAAAATTAAAAATTAAGACAGAAGAAA 29100903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3177 CTATCTAGGTAGCTAGCTATAACATGTGCTCACAAAAATTAAAAATTAAGACAGAAGAAA 3236

 29100904 CTGCGGAGAAAAAAAGGAAGTAACTGCTGTAATGCAAACAGAGGGCAAAGGTGTCATGTA 29100963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3237 CTGCGGAGAAAAAAAGGAAGTAACTGCTGTAATGCAAACAGAGGGCAAAGGTGTCATGTA 3296

 29100964 CTAAGGTGGTAGCAGTAGGAATGGAGAAGTGAAAATGACAAGGCTCAGATTCATAAATAG 29101023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3297 CTAAGGTGGTAGCAGTAGGAATGGAGAAGTGAAAATGACAAGGCTCAGATTCATAAATAG 3356

 29101024 GATTATTTCCCCAGAGTTTTTACCATTCTTCCTAATAGAGTATGCTTATATTATTTATTT 29101083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3357 GATTATTTCCCCAGAGTTTTTACCATTCTTCCTAATAGAGTATGCTTATATTATTTATTT 3416

 29101084 CTTGTAACACTCTCTTTATGCCTAAAAGATGTCATAACTTTAGCAAGGTCATTTAATTTA 29101143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3417 CTTGTAACACTCTCTTTATGCCTAAAAGATGTCATAACTTTAGCAAGGTCATTTAATTTA 3476

 29101144 TTAGGGGTTAGAAAAACGTACTTTATAGGATAAGAGTGTTGACACTTGGAAAGGAGTAAT 29101203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3477 TTAGGGGTTAGAAAAACGTACTTTATAGGATAAGAGTGTTGACACTTGGAAAGGAGTAAT 3536

 29101204 ACAACATTTATACCACCGTTAGTGGAATTAATCAAAGGAACTCCTAGGTCTGACAGTAAA 29101263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3537 ACAACATTTATACCACCGTTAGTGGAATTAATCAAAGGAACTCCTAGGTCTGACAGTAAA 3596

 29101264 AAGTAGGGGAGAAACTACAACCTATATTACCTAAAGTTAA 29101303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3597 AAGTAGGGGAGAAACTACAACCTATATTACCTAAAGTTAA 3636

Alignment time is 4.13471 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3021] =>      3021 nucs 'mol-32-349d-060073_3021'

Score:        2998
Aligned:      3020        nucs
Identic:      3018 (100%) nucs =>        30 (100%)      2988 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29089809,29089838] EXCISED REGION [29089840,29092829]
 second seq =>  [       1,      30] EXCISED REGION [      32,    3021]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [29089839,29089839]
 second seq =>         1 nucs [31,31]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [29089838,29089838] to [29089839,29089839]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 29089809 CCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTC 29089838
          ||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCATGAATGTCAATCATTATCTGATGATTC 30

EXCISED REGION

 29089840 TATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTT 29089899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       32 TATGGTGGTGCATGGAATGGTATGTAAACCCCGTGAGAAAAAGGAATTTTCTGTTTTGTT 91

 29089900 GACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTT 29089959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       92 GACTGCTATATCTACATACCTATATCAGGTTCTAGCACATGGTGGTTCTTGATATTTGTT 151

 29089960 GAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAA 29090019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      152 GAATAAATAGTTAATAACATATAATTCTCACCCTCTTTTCATACTGAAACAAAACAGAAA 211

 29090020 AGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATA 29090079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      212 AGTAACAAAACCTATTATATTACACTCTAAAGATATATTAAATTATAACTTAATTATATA 271

 29090080 TTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATAT 29090139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      272 TTACAGTGGTATTGAAATATGGGAGGTCTTTGTTTATTGAATGTATATTGTGATTGATAT 331

 29090140 ATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAAT 29090199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      332 ATAGAGAGATTCTTCTCCCATATCTTTGCTAATATAACCCCTGCTTGCATGCATCACAAT 391

 29090200 GTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCA 29090259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      392 GTATTTTAATGATATTCATCATTCCTGATACACATCATGCTTTTTCATTATGACATCTCA 451

 29090260 TCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAA 29090319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      452 TCTGTCCTCAAGTGCCATTATTCTACCACCCAACTCCATATAGTATAAAGTCCTGTTCAA 511

 29090320 ATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGG 29090379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      512 ATGTTCCTCTTCTCTGAAATATTCCTTCCTCAGTTCCCCTTCAGCATCAGTCTTGCAGGG 571

 29090380 TCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTG 29090439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      572 TCTCCTTTTCACGAACCCTCTGAGCAACCGTCATTTAGTACTTGTCTATATCCATGTCTG 631

 29090440 TCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAA 29090499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      632 TCCCTGTCATCTCTCTAAGTCTCCTAAGAGACTTCTTCTGATTCATTTGTGTATCTCAAA 691

 29090500 AGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAA 29090559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      692 AGCTTAATACAGTTATTGGCACAGATCAAGTCCTAAATTACTGAAAACTGAATGAATTAA 751

 29090560 TTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAA 29090619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      752 TTAATTTAGCAACATATGTTCTCATAAGATGGGAGATCTTAAAAAGTATCATAAAGAAAA 811

 29090620 CATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCC 29090679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      812 CATATTTTAGTAATTATAATGAAGAAAACCAATTCTTGTTATGATTTATTTAATCCACCC 871

 29090680 AAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAAT 29090739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      872 AAAATAACAACCCAGAAATTTCAGGGATGGGGAGAAATGGGTAATTATATAACATTTAAT 931

 29090740 GGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTC 29090799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      932 GGAATCTAAAGTCAGAATTTTAGTAAATTTATTATTTATTTATCCTTGATTTGATTACTC 991

 29090800 AATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTA 29090859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      992 AATGTCACTAGATTATATATTTGCTAAGTAGGAATAATATCAACATTTTCTATTATGGTA 1051

 29090860 TTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTAT 29090919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1052 TTATATGTATCTAGGAGTAACTTACTATCCCTCTGATGCTTACTTTTCAGTAATTATTAT 1111

 29090920 CTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATT 29090979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1112 CTTGAGATTATCTTCCACAAGAAACATCAGCTGATTATAATTCCTACATGCACAGTTATT 1171

 29090980 TATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTA 29091039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1172 TATATTTCTCTCCAGATTAAAAGAATATACATGAAACACAAATTCTTCTGAGCCCAGTTA 1231

 29091040 AGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTG 29091099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1232 AGGTAATCATGAAAATGAAATAAGATTTTCATCTTTTCTATTTGTCCAGCCTTCTTGTTG 1291

 29091100 ACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATC 29091159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1292 ACATTCATGATATTGGTTGAAATTTAGACTCCTGACAATTGAAAATTGCAGTTCCAAATC 1351

 29091160 TGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACG 29091219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1352 TGACATCTCTTGGGAAATTATCAAAGGATTATTGTAAGGGAAAAGTAAAAGCAACAAACG 1411

 29091220 AATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGC 29091279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1412 AATGCTCTCTTTTGACAGCTGAAATAGTTACTCATTTTACTTTATGCTTCTCAGTTGTGC 1471

 29091280 CAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTT 29091339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1472 CAATGGACCCCCATGGAAACACTGAATCTCCCCATGTTTAGATTTATAGACATTATTTTT 1531

 29091340 TAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAAGAATTCCATATGAATAGTAATATTTCA 29091399
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1532 TAAATAAAATATTGTGAGGAATAGGAAGAGGAACAATTCCATATGAATAGTAATATTTCA 1591

 29091400 AAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATT 29091459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1592 AAAAAAATTTTTTTGCTATTTTTGCTAAACATTTACAAGAGTAGAAAAACAGAATCTATT 1651

 29091460 TTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAA 29091519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1652 TTATTTAAACTTAAAAGTCAGATGAGTGTACAACAGCTCTCAGCCAGCACCAGTTACCAA 1711

 29091520 CATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAA 29091579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1712 CATGCTCCTAGGAGCCTTTTAAGATGTTATCCTAGACCTACAAATCTGGGCACCTGAGAA 1771

 29091580 ATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTT 29091639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1772 ATGAAGCCTCCTTTGCAGTTCATGAAGTGAAGATTCTCTGCTCTCAATCACCAGGTACTT 1831

 29091640 TACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCC 29091699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1832 TACTGGAATTGGATAATGTCTATCTCGTCCACAGGACAGTCCAAGAAATTACTGTTCTCC 1891

 29091700 CCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGG 29091759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1892 CCAAATCACAGGAGAGTGTCTGTAGCAACAAAATAATTTTAACTCTAAATTCTACATTGG 1951

 29091760 ATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTT 29091819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1952 ATTCATTCACCTTGCCCATGAGTTAAGTAACCACTTAGGTTACATAAGGTCTACAAAGTT 2011

 29091820 GTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGAT 29091879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2012 GTATTAGGCCCCATAGACATGACAAGTGGATTAAATACACATAATATTTTTGTTTTAGAT 2071

 29091880 TTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTAC 29091939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2072 TTTGTCTTCTATTATTAAAAGTTATAGCCATCCTTCATACACAAAACTATAAGAAAGTAC 2131

 29091940 TAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTC 29091999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2132 TAAATCGCAACTGATTATATGTGGTCCTAAATAGATATCCTAGTTAGTCACGTGGTAGTC 2191

 29092000 CAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCAT 29092059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2192 CAACCCTTGATGACTATAAAAATAGTAATAATAAGCAAAATAAATAATAATGATGATCAT 2251

 29092060 ACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGCCTTAGTTG 29092119
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     2252 ACAGATGTACTGAGTACATATTACATTCCAGCCACTTTGCTAGAATCTGTGTCTTAGTTG 2311

 29092120 TATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATG 29092179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2312 TATTACTTAATATAACATTCCTATAAAATAGGTACTAACGATATTTTAATTATACAGATG 2371

 29092180 AGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAG 29092239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2372 AGGAAACAGGCTTAGACAGACTGAGCAATATATCAAAAGCCTCGTAACTATAAAAGTTAG 2431

 29092240 AGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGT 29092299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2432 AGTCAGGGCACAGATCAAAGTGTGCTGGGCTCCAAAGTTTGTGTTCCTAACCACTGTTGT 2491

 29092300 GTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAA 29092359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2492 GTTCCAAGGACAACACAATCAATTAATAAGATCTAAGACAAAGGCCATCGTATCCCCAAA 2551

 29092360 AAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAA 29092419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2552 AAAGGATATTCTACACACCAAAAAGTTTCCCAGGTACTCATAAAAAGGTTGTAGACATAA 2611

 29092420 ACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTA 29092479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2612 ACCAATTATTGGCTGTAAAATAGGGAAAACCAAGTACAAAATGAAATTGGTTAATACTTA 2671

 29092480 CCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGA 29092539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2672 CCTATAAAATGTAATATTATGCTCACTCATCAGGTTCAACTAACTTAACTCATACAGTGA 2731

 29092540 TATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATGATTTAAGT 29092599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2732 TATATAAGCCATAATTCATATAGATTTAATGCATTTTTCCATGTATTACATGATTTAAGT 2791

 29092600 ACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATATGTTTGTGA 29092659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2792 ACAGTCTTCAAAAGTGAAGGAGTCTTTACTTGAAAGATGTTAAAGTGTATATGTTTGTGA 2851

 29092660 CTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTTAAAGTTCA 29092719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2852 CTCTAGAATTTTCTTAACAAAGACTGCCAACAGAGCATTTCTGTTAGCATTTAAAGTTCA 2911

 29092720 AAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGTGGCACAGG 29092779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2912 AAGTGATAGGTAAGTTTTCTGTGGAGCTGACAACAAAGGGATATTTAATAGTGGCACAGG 2971

 29092780 CAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTA 29092829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2972 CAGATCAAAAATATCTATATAATAAGGTGTAGATTAGGATATCTTTATTA 3021

Alignment time is 3.79294 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    3260] =>      3260 nucs 'mol-32-34be-109618_3260'

Score:        3260
Aligned:      3260        nucs
Identic:      3260 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29096848,29100107]
 second seq =>  [       1,    3260]

 29096848 TCCTGGAAATAATGAGATTTTTTCAACATTATACTGATTTTAGTTTTTTTATGTTAGTCA 29096907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCTGGAAATAATGAGATTTTTTCAACATTATACTGATTTTAGTTTTTTTATGTTAGTCA 60

 29096908 CATATTTTAACATTTAATTTAAATTTTAAGATTATCTTCAAAATGAATACTACAGATAGG 29096967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATATTTTAACATTTAATTTAAATTTTAAGATTATCTTCAAAATGAATACTACAGATAGG 120

 29096968 CAGAAAACATAAGAAAACCTTATGAAATTTTTATAAGTTTGTGCAAATCATAATATGGTA 29097027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGAAAACATAAGAAAACCTTATGAAATTTTTATAAGTTTGTGCAAATCATAATATGGTA 180

 29097028 ATTCTGCAAATTCCCAAGATAGCAGCATTCTAAGGTATCTATAGCATAGAAATTGATATT 29097087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTCTGCAAATTCCCAAGATAGCAGCATTCTAAGGTATCTATAGCATAGAAATTGATATT 240

 29097088 AAACATTCATATTTTAAAATATGTATTTAATAAGAATAAAATCTGTTCTTGCTTTTCATA 29097147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAACATTCATATTTTAAAATATGTATTTAATAAGAATAAAATCTGTTCTTGCTTTTCATA 300

 29097148 TATCGTTACAAAGTTTATACACATTCTAAATGTATTATACTTTAGAGAGGATTTTGTAAA 29097207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATCGTTACAAAGTTTATACACATTCTAAATGTATTATACTTTAGAGAGGATTTTGTAAA 360

 29097208 CATCATAAAGCAATCTCCCTTATCTCACCATTTATAAGCAAAACAGAACATATAAGTAAA 29097267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATCATAAAGCAATCTCCCTTATCTCACCATTTATAAGCAAAACAGAACATATAAGTAAA 420

 29097268 TAGTATGCTATTTCAGTGGAAATGGAAGAATAAAGTAGTTTTAATCTTTTTTTGATGATA 29097327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAGTATGCTATTTCAGTGGAAATGGAAGAATAAAGTAGTTTTAATCTTTTTTTGATGATA 480

 29097328 TGAAGTATATTAAAATTATATCTGTATTTTAATGTATTTTAGCTCCTAAATCAAATTTCA 29097387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAAGTATATTAAAATTATATCTGTATTTTAATGTATTTTAGCTCCTAAATCAAATTTCA 540

 29097388 TATGCCATCTTCAAATCTTTCCTTAAAAATTTATGCCCTTTCTTCTACAAGTCATTAAAA 29097447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATGCCATCTTCAAATCTTTCCTTAAAAATTTATGCCCTTTCTTCTACAAGTCATTAAAA 600

 29097448 GTAAATTTTAAAATACTGTAATTAGAAAATGTTGACATCCTCTATGCTATAGATATTAAC 29097507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTAAATTTTAAAATACTGTAATTAGAAAATGTTGACATCCTCTATGCTATAGATATTAAC 660

 29097508 AAAATGCTATAGGTATTACCTATGCTATAGGTATTAACAAAATGCTATTAAAATTAATGT 29097567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAATGCTATAGGTATTACCTATGCTATAGGTATTAACAAAATGCTATTAAAATTAATGT 720

 29097568 TATAAACTTTACTGTTACACCAATAAAGATAATTTTACTTAAAATACTGTTTATTGTATG 29097627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATAAACTTTACTGTTACACCAATAAAGATAATTTTACTTAAAATACTGTTTATTGTATG 780

 29097628 ATGTGAAAAAATAAGCAATTTTTTTTTCTACTTCCTAAGCAGGTGGTCAGTTTTTCTTGT 29097687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGTGAAAAAATAAGCAATTTTTTTTTCTACTTCCTAAGCAGGTGGTCAGTTTTTCTTGT 840

 29097688 GCTTAAAAGAGTTGGTAAGAATCGCTTGGTAGTATTTATTTAAAAACAAAAACTCCATCA 29097747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCTTAAAAGAGTTGGTAAGAATCGCTTGGTAGTATTTATTTAAAAACAAAAACTCCATCA 900

 29097748 ATGCATGCCCCTTCACTAGAGATTATAATTCAGCAGGATGCACTTCCAGAATTTTTATTA 29097807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATGCATGCCCCTTCACTAGAGATTATAATTCAGCAGGATGCACTTCCAGAATTTTTATTA 960

 29097808 TTCACAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGG 29097867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCACAAAAATACTATGATAGCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGG 1020

 29097868 TCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTA 29097927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCAGGTCAATGCTAATAATCCTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTA 1080

 29097928 ATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGC 29097987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATACACTGGAAAGATTATGGTGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGC 1140

 29097988 ACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGC 29098047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACTATCTAAATAAAATACAGGGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGC 1200

 29098048 TGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTAT 29098107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGGATCATAATAGGTTATAACTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTAT 1260

 29098108 CTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGT 29098167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTAGCATAGTTGCAGGGTACAAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGT 1320

 29098168 AATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACT 29098227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATTATTTAAACATTTGTTCATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACT 1380

 29098228 GAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAG 29098287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GAGGAGATAGCAGCAATATGACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAG 1440

 29098288 CAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAA 29098347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CAAGCACTGCTTACACTTTAATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAA 1500

 29098348 TTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCA 29098407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTAAAAAGTGCTAAACAAAAGGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCA 1560

 29098408 AGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATG 29098467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGTAGTGAAATCTCAGCTAAGTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATG 1620

 29098468 CGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAG 29098527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CGCACACACACACACACATACACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAG 1680

 29098528 ACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAA 29098587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ACAAACTTTCAGCAGAGGCAACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAA 1740

 29098588 CGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGA 29098647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CGTACTAGAAGGCTATTGTGGATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGA 1800

 29098648 AACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATA 29098707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AACAGTGAAATAGGCCCAGCTAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATA 1860

 29098708 TTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCAT 29098767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTGTACTTTATATTTGGGGAAATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCAT 1920

 29098768 TATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTA 29098827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TATCAAATATATCTGCATTTTTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTA 1980

 29098828 GGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATT 29098887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGACAAAAGCTAAAGAAAGACCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATT 2040

 29098888 TATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAAC 29098947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TATATGGAACCACAAAAGACCCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAAC 2100

 29098948 TGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGT 29099007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGGATGCATCACATTACCTGACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGT 2160

 29099008 ATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAAC 29099067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATAGCACTGGCATAAAAACAGATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAAC 2220

 29099068 AAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGG 29099127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAATCCATATGTCTGCAGTGAATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGG 2280

 29099128 AAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAAT 29099187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AAAAGACAGTTTCTTCAATCGATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAAT 2340

 29099188 GAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACT 29099247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GAAATTAGACCCCTATATCTCTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACT 2400

 29099248 TAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGG 29099307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TAAAGCTAAGACTTCAAACTATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGG 2460

 29099308 ATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAA 29099367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATGCTGGACTGGGCAAAGACTTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAA 2520

 29099368 ATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCA 29099427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ATTTGGACAAATGGGATCACATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCA 2580

 29099428 ATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACA 29099487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATGTAGTGAAGATACAACCCATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACA 2640

 29099488 AGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAAT 29099547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AGGGATTAATAACCAAAATATATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAAT 2700

 29099548 AATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTA 29099607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AATCCAATTTTAAAATGAACAAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTA 2760

 29099608 GCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCA 29099667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GCAGCAAACAGGTATATGAAAAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCA 2820

 29099668 AACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAAT 29099727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AACTAAAATGAGATATCATTTCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAAT 2880

 29099728 AACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTA 29099787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AACAAATGCTGGCAAGGAGGTGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTA 2940

 29099788 AATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGT 29099847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AATTATTACAACCACTATGGGGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGT 3000

 29099848 TACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTAT 29099907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TACCATACAATCCATCAACCCCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTAT 3060

 29099908 ATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTT 29099967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ATTGAAGAGAAATCTGCACTCCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTT 3120

 29099968 GGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACA 29100027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GGAAGCAACCTAGGTGTCCATCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACA 3180

 29100028 CAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGA 29100087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 CAAATACTATTCAGCCATAAAAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGA 3240

 29100088 ACTGGAGATTATTATGCTAA 29100107
          ||||||||||||||||||||
     3241 ACTGGAGATTATTATGCTAA 3260

Alignment time is 3.31652 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [29082574,29108014] =>     25441 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [       1,    2267] =>      2267 nucs 'mol-32-34c9-050083_2267'

Score:        2267
Aligned:      2267        nucs
Identic:      2267 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [29097828,29100094]
 second seq =>  [       1,    2267]

 29097828 GCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATC 29097887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCTAATCTGATTTACGAGGAATGCAGCCTGTAGATACAGGTCAGGTCAATGCTAATAATC 60

 29097888 CTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGG 29097947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCAACTATTTGACCTGTATCATAACAATTATAATCACTAATACACTGGAAAGATTATGG 120

 29097948 TGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAG 29098007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTGTTCATGACAATGTGCCTAAACCCAAAAGAAGAAAGCACTATCTAAATAAAATACAG 180

 29098008 GGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAA 29098067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTTTTATTTTATGTTTGACTTCTAGACTTAATGCAATGCTGGATCATAATAGGTTATAA 240

 29098068 CTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTAC 29098127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGATGAATGAATAAAATACCTAGGATCTATATAATTTATCTAGCATAGTTGCAGGGTAC 300

 29098128 AAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTC 29098187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAAATTCCATAGTAAAAATGGTAGTTAAATACTATAGAGTAATTATTTAAACATTTGTTC 360

 29098188 ATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATG 29098247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTCACTTATCAAATAGTGGTTGAGCATCTAACTGGCACTGAGGAGATAGCAGCAATATG 420

 29098248 ACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTA 29098307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACAACTATTGCTCCTGGAGTCTCATCCGTGTAACTGCAAGCAAGCACTGCTTACACTTTA 480

 29098308 ATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAA 29098367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTATTTAACAAAAATTATGAAAAGTGCTAAACAGTAGAATTAAAAAGTGCTAAACAAAA 540

 29098368 GGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAA 29098427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGCATATAACTAGGCAATTATCTAATCTTGGGAAGATTCAAGTAGTGAAATCTCAGCTAA 600

 29098428 GTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATA 29098487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTCCTAAAGGATGAGGGATACACACACACACACACATATGCGCACACACACACACACATA 660

 29098488 CACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCA 29098547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CACACACATCAATGAGGGGTATCAAGAAGTAGAGAAGTAGACAAACTTTCAGCAGAGGCA 720

 29098548 ACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTG 29098607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACAGTATGTGGAAGTCCCTGAGACGTGAAAAACTGGAGAACGTACTAGAAGGCTATTGTG 780

 29098608 GATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGC 29098667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GATGGAGTGTGTAATATAGGGGAAGAGTGGCATTAGCTGAAACAGTGAAATAGGCCCAGC 840

 29098668 TAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGA 29098727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAGGTCATGTAAGAACTTATAATTCATGATACTGCTGATATTGTACTTTATATTTGGGGA 900

 29098728 AATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTT 29098787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATAAGAAGCCTTTGATACTTTTTATGAGGATAATTCCATTATCAAATATATCTGCATTT 960

 29098788 TTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGA 29098847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTGAAATGTCTATGGTTTCCGTGTTAAAGTAAGTGTAGTAGGACAAAAGCTAAAGAAAGA 1020

 29098848 CCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGAC 29098907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCAGTTAAGAAGCAACTGAAAGAAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAACCACAAAAGAC 1080

 29098908 CCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTG 29098967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCAGAATAGCCAAAGCTATCCTGAGCAAAAAGAACGAAACTGGATGCATCACATTACCTG 1140

 29098968 ACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACA 29099027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACTTCCAATTATACTTCAGAGCTATAGTAACCAAAACAGTATAGCACTGGCATAAAAACA 1200

 29099028 GATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTG 29099087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GATGCATAGACCAGCGGAACAGAATAGAGAACCCAGAAACAAATCCATATGTCTGCAGTG 1260

 29099088 AATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATC 29099147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATTCACTTTAGACAAAGATTCCAATTACATACACTGGGGAAAAGACAGTTTCTTCAATC 1320

 29099148 GATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCT 29099207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GATAGTGCTGGGAAAACTAAATATCCTTATGCAGAAAAATGAAATTAGACCCCTATATCT 1380

 29099208 CTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACT 29099267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTCACCACCTACAGGGTGAAATCAAAATTGATTAAAGACTTAAAGCTAAGACTTCAAACT 1440

 29099268 ATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGAC 29099327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATGAAACTACAACAAGAAAACATTGGGGAAACTATCCAGGATGCTGGACTGGGCAAAGAC 1500

 29099328 TTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCAC 29099387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTCTTGAGCGACATCCCACAGACACAGGCAACTAAAGCAAATTTGGACAAATGGGATCAC 1560

 29099388 ATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCC 29099447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATCAAGATAAAAAGCTTCTGCAATGCCAAAGAAACAATCAATGTAGTGAAGATACAACCC 1620

 29099448 ATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATA 29099507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATAGAATGGGAGAAAATATCTGTATACTACCCATCTGACAAGGGATTAATAACCAAAATA 1680

 29099508 TATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAAC 29099567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATGAGGAGAGCAAAGAACTCTATATGAAAAAAAATTAATAATCCAATTTTAAAATGAAC 1740

 29099568 AAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAA 29099627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAAAGGTCTGAATAGATGTATCTCGAAAGAAGACATACTAGCAGCAAACAGGTATATGAA 1800

 29099628 AAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATT 29099687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAGATGCTCAACATCATTGATCATCAGAGAATGCAAATCAAACTAAAATGAGATATCATT 1860

 29099688 TCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGG 29099747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TCACCCAGTTAATATGGTTTATATCCAAAAGACAGGCAATAACAAATGCTGGCAAGGAGG 1920

 29099748 TGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGG 29099807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGGAGAAAAGGCAACATCATAAATTGTGGGTGGAAATGTAAATTATTACAACCACTATGG 1980

 29099808 GGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACC 29099867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGAACATTTTGGAGGTTACTCCGAAAACTAACAATAGGGTTACCATACAATCCATCAACC 2040

 29099868 CCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACT 29099927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CCACTGCTAGGTATATACGCCAAAGAAAGGAAATTACTATATTGAAGAGAAATCTGCACT 2100

 29099928 CCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCA 29099987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CCCATATTCATTGCAGCACTATTCACAACAGCCAAGATTTGGAAGCAACCTAGGTGTCCA 2160

 29099988 TCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAA 29100047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCAGCAGAAGACTCGATAAAGAAAATGTGGTACATAGACACAAATACTATTCAGCCATAA 2220

 29100048 AAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAG 29100094
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAAAGAGTGAGATCCTGTCATTTGCAACAATATGGATGGAACTGGAG 2267

Alignment time is 2.74853 s

