
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [136615194,136636267] =>     21074 nucs '9 dna:chromosome chromosome:GRCh37:9:1:141213431:1'
Second seq [        1,     3283] =>      3283 nucs 'mol-32-34a8-053100_3283'

Score:        3262
Aligned:      3284        nucs
Identic:      3282 (100%) nucs =>      3249 (100%)        33 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [136626006,136629256] EXCISED REGION [136629259,136629291]
 second seq =>  [        1,     3250] EXCISED REGION [     3251,     3283]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [136629257,136629258]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        19 nucs [136629257,136629275] to [136629259,136629277]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

136626006 CTGAGGACGAGGGATCAGGAAGGAGGAGCCTCTGAGGACGGCGGATCAGGAAGGAGGAGC 136626065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGAGGACGAGGGATCAGGAAGGAGGAGCCTCTGAGGACGGCGGATCAGGAAGGAGGAGC 60

136626066 CTCTGAGGACGAAGGATCGGGAAGGAGGAGCCTCTGAGGACGGCGGATCGGGAAAGGAGG 136626125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCTGAGGACGAAGGATCGGGAAGGAGGAGCCTCTGAGGACGGCGGATCGGGAAAGGAGG 120

136626126 AGCCTCTGAAGATGGGAGATTGGGAAGGAGGAGCCTCTGAGGATGGGGAATCAGGAAAGA 136626185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGCCTCTGAAGATGGGAGATTGGGAAGGAGGAGCCTCTGAGGATGGGGAATCAGGAAAGA 180

136626186 GGAGCCCCCCTGAGACCAGGGGATCAGGGAGGGGGGAGCCAGGGTTCCTGATGGCTCTGG 136626245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGAGCCCCCCTGAGACCAGGGGATCAGGGAGGGGGGAGCCAGGGTTCCTGATGGCTCTGG 240

136626246 GACCAGGGCAAGGCAAAGGAGCTGCTGCCTCTGGATGGTCCTCCATGAGGGGAAGGAGAA 136626305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GACCAGGGCAAGGCAAAGGAGCTGCTGCCTCTGGATGGTCCTCCATGAGGGGAAGGAGAA 300

136626306 ATAAATCTCTCATTTTCTATTTTGGTTTTCTCTATCATACACCACAGAACCCACCAAAAT 136626365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAAATCTCTCATTTTCTATTTTGGTTTTCTCTATCATACACCACAGAACCCACCAAAAT 360

136626366 GGAGAGGTTTTTTTTTTTTTTGTTCTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTAGATTCATGGTCTTG 136626425
          |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGAGAGGTTTTTTTTTTTTT-GTTCTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTAGATTCATGGTCTTG 419

136626426 CTCTGTTGTCCAGTCTGGAGTACAGTGGTGCAATCACAGCTCACTGCAGCCTCGACCTCC 136626485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 CTCTGTTGTCCAGTCTGGAGTACAGTGGTGCAATCACAGCTCACTGCAGCCTCGACCTCC 479

136626486 TGGACTCAAGCGACCCTCCCACCTCACCCTCCCGAGAAGCTGGGACCACAGATGTGCACC 136626545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TGGACTCAAGCGACCCTCCCACCTCACCCTCCCGAGAAGCTGGGACCACAGATGTGCACC 539

136626546 ACCATATGCCCAACTATTAAAAAAAAAATGTTGTAGAGACAGGGTCTCGCCATGTTGCCC 136626605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 ACCATATGCCCAACTATTAAAAAAAAAATGTTGTAGAGACAGGGTCTCGCCATGTTGCCC 599

136626606 AGGCGGGTCTCAACTTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCCACCTCAGCCTCCTACCTCAGCC 136626665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 AGGCGGGTCTCAACTTCCTGGGCTCAAGCCATCCTCCCACCTCAGCCTCCTACCTCAGCC 659

136626666 TCCCAAAGTGCTAAAATGACAGGTGTGTGCCACTGCACTGAGGCTATTTTTATCTTCAAT 136626725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 TCCCAAAGTGCTAAAATGACAGGTGTGTGCCACTGCACTGAGGCTATTTTTATCTTCAAT 719

136626726 ATACATGTAAAGAAACAGGGGCTCAAGAGGTACCCAAGTGATGGGGCAGGAATTAGAATC 136626785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 ATACATGTAAAGAAACAGGGGCTCAAGAGGTACCCAAGTGATGGGGCAGGAATTAGAATC 779

136626786 CCATTTGTATGCCCGATGCCACCTGGAGAATTCCAGGGCACCGCATGGGAAACCCAGGGT 136626845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CCATTTGTATGCCCGATGCCACCTGGAGAATTCCAGGGCACCGCATGGGAAACCCAGGGT 839

136626846 GCTGTGCCAGCCGGGAGGTGGCCATGGCACCATTACCTCCGTATCTCTCAGACCCTGCTG 136626905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 GCTGTGCCAGCCGGGAGGTGGCCATGGCACCATTACCTCCGTATCTCTCAGACCCTGCTG 899

136626906 CGGTTGGGCCACCCTGAGATCCAAGCACCCCAGTCAGACAGACCCTGCTGGACTTAGGCG 136626965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 CGGTTGGGCCACCCTGAGATCCAAGCACCCCAGTCAGACAGACCCTGCTGGACTTAGGCG 959

136626966 GAAGAATCCAGCCATTCCCTCCTCCCCTGGTACGAAAGGCTGACCACTCCTGCAGAAAAG 136627025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 GAAGAATCCAGCCATTCCCTCCTCCCCTGGTACGAAAGGCTGACCACTCCTGCAGAAAAG 1019

136627026 AACTCAGGTTTATTTGCAAGTAAAAACCATGGTCTGAAAAAAACCCATTGGCAAATGTAC 136627085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AACTCAGGTTTATTTGCAAGTAAAAACCATGGTCTGAAAAAAACCCATTGGCAAATGTAC 1079

136627086 AGTTTGTGTCCATTTGGGGTTCCCGCCAGCTGGGGGGGCCCCCAGATCCCTGACCCACAT 136627145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 AGTTTGTGTCCATTTGGGGTTCCCGCCAGCTGGGGGGGCCCCCAGATCCCTGACCCACAT 1139

136627146 GCATCGGGCTCCCACATGTTCACAGCTAATCTCAGGCCCCTGCAGTTTAGCCCCCTGCAG 136627205
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 GTATCGGGCTCCCACATGTTCACAGCTAATCTCAGGCCCCTGCAGTTTAGCCCCCTGCAG 1199

136627206 GGGACACCCCGTCTCCTGCTGAAAACCATCGGACTCCCAGGCTGCACCCAGCCCTCCAAC 136627265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 GGGACACCCCGTCTCCTGCTGAAAACCATCGGACTCCCAGGCTGCACCCAGCCCTCCAAC 1259

136627266 CCTCCTGCCTTAGTGCAGTGCAAAAACCAAACCAAACACAAATCTCAAAACAAAGAAACA 136627325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CCTCCTGCCTTAGTGCAGTGCAAAAACCAAACCAAACACAAATCTCAAAACAAAGAAACA 1319

136627326 CAAAACAAAAAAATTCACAAAAACCAGGGTTCTAAATTATTTTTTCTCAGTGTCCTTCGT 136627385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 CAAAACAAAAAAATTCACAAAAACCAGGGTTCTAAATTATTTTTTCTCAGTGTCCTTCGT 1379

136627386 GATCATGATGACTTATTTGTCAACAAACTAAAATATACATCATTTTCTTGCTATTATAAA 136627445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 GATCATGATGACTTATTTGTCAACAAACTAAAATATACATCATTTTCTTGCTATTATAAA 1439

136627446 ATCTCTTATTATTCACAGATATATAACGGGAGATTTGGATGAAATAATTACAAACTTTTT 136627505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 ATCTCTTATTATTCACAGATATATAACGGGAGATTTGGATGAAATAATTACAAACTTTTT 1499

136627506 TCCCCTTAAAAAACAAACAAGCCAAACAAAACACAAACAAAACAAAAACCCCAAAACCAA 136627565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TCCCCTTAAAAAACAAACAAGCCAAACAAAACACAAACAAAACAAAAACCCCAAAACCAA 1559

136627566 AACACAAGACCTTTCTGACGACAGTAAACACAGGGGCTGCTGGCTTCCTCCCCGCCATCC 136627625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 AACACAAGACCTTTCTGACGACAGTAAACACAGGGGCTGCTGGCTTCCTCCCCGCCATCC 1619

136627626 TCCGCGCCTGCTGGGCCGCAGGTCGCAAAGTGCTGGGTGTACCCCGACACGGAGGCCCCA 136627685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TCCGCGCCTGCTGGGCCGCAGGTCGCAAAGTGCTGGGTGTACCCCGACACGGAGGCCCCA 1679

136627686 GGGTGCTCTCTCCAAGGCTGACTCTTCGCTTCCCCTGCCCTGCCTCCACCTCCCCTCATT 136627745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 GGGTGCTCTCTCCAAGGCTGACTCTTCGCTTCCCCTGCCCTGCCTCCACCTCCCCTCATT 1739

136627746 TCCCAAGCCTTTGTCGAGGGCCCCTCTCTCCCCCTGCCGCTCCCCATCCCCATGACTCCT 136627805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TCCCAAGCCTTTGTCGAGGGCCCCTCTCTCCCCCTGCCGCTCCCCATCCCCATGACTCCT 1799

136627806 CCCGCCTCTTCCCTACACCCCAGAGGCATACAGCCCAGAGGCCACAAGGCCAACCTCAGA 136627865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 CCCGCCTCTTCCCTACACCCCAGAGGCATACAGCCCAGAGGCCACAAGGCCAACCTCAGA 1859

136627866 AGGAGCCCCTAGGTCCCCAGCGCCACCCACAGCAGGGACCAGCTTCCCCCACACCCAGCC 136627925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 AGGAGCCCCTAGGTCCCCAGCGCCACCCACAGCAGGGACCAGCTTCCCCCACACCCAGCC 1919

136627926 TGGGCCGGGCACCTCCCACAGGCTGTGCAGCTGGCCAGAGGGAGAAGGGGCTACAAGAAG 136627985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TGGGCCGGGCACCTCCCACAGGCTGTGCAGCTGGCCAGAGGGAGAAGGGGCTACAAGAAG 1979

136627986 CCCAGGTCTCAACAGAGGCTTTGGCAAGGAGCTGGGAGGGAGACACTGTTACCAGGTCTC 136628045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 CCCAGGTCTCAACAGAGGCTTTGGCAAGGAGCTGGGAGGGAGACACTGTTACCAGGTCTC 2039

136628046 ATGCAACATCAGGGTAGAGAAACCAGGGTCTGGCTAACCCAGCCAGAAGTCGAAGGCCAG 136628105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 ATGCAACATCAGGGTAGAGAAACCAGGGTCTGGCTAACCCAGCCAGAAGTCGAAGGCCAG 2099

136628106 GAGTTGTGGCTGGGGGAGGTAATGGGGTAGAGCCACCCCCAAGAGCACTTATTTTGAGTC 136628165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 GAGTTGTGGCTGGGGGAGGTAATGGGGTAGAGCCACCCCCAAGAGCACTTATTTTGAGTC 2159

136628166 GCCCGAGGCCCAGTTTGTAGGCTGCAGGGGCCCTTGGAAGGAAGCCCTGCCAGGGGCTGG 136628225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GCCCGAGGCCCAGTTTGTAGGCTGCAGGGGCCCTTGGAAGGAAGCCCTGCCAGGGGCTGG 2219

136628226 AACCAACCTCTCGTGCCAAGGCTGGGCAGACCCTCAGGGACCACCCTTCAGGAGAGCAGA 136628285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 AACCAACCTCTCGTGCCAAGGCTGGGCAGACCCTCAGGGACCACCCTTCAGGAGAGCAGA 2279

136628286 GGGGCCTCCTGGAGAGGGACCTGGCAGGGATCTAGAGAGGGGAAATCCCTGTTTTCTTCC 136628345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 GGGGCCTCCTGGAGAGGGACCTGGCAGGGATCTAGAGAGGGGAAATCCCTGTTTTCTTCC 2339

136628346 CTGCCCATTTCAGGGTTTTTACAAAAGATGTACTGATCTGGCAGCGCGGCCAGGCAGACA 136628405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 CTGCCCATTTCAGGGTTTTTACAAAAGATGTACTGATCTGGCAGCGCGGCCAGGCAGACA 2399

136628406 CCTTCCCAGGACTCCAGAAAGGGCCTCTCAGAGAGAGGGCAGGAAACGGTACCGCTGACC 136628465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 CCTTCCCAGGACTCCAGAAAGGGCCTCTCAGAGAGAGGGCAGGAAACGGTACCGCTGACC 2459

136628466 GGGCAGCAGGGTTGGAATTTCATCATTCCAAAGGCCCCTCCCAAGAGAGGGGCCTGCCGT 136628525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 GGGCAGCAGGGTTGGAATTTCATCATTCCAAAGGCCCCTCCCAAGAGAGGGGCCTGCCGT 2519

136628526 GTGGGGTCCGGGTGTGCCCCTGGCAAGGAGGGGAGTGGGGGAGTCAGGGAAGTCTTGGGA 136628585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 GTGGGGTCCGGGTGTGCCCCTGGCAAGGAGGGGAGTGGGGGAGTCAGGGAAGTCTTGGGA 2579

136628586 GCCAGAGTGGCTGCAGAGGGCGACCACAGTGCTCTCTCCTCCCGCGCCCTAGCACAGTGG 136628645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 GCCAGAGTGGCTGCAGAGGGCGACCACAGTGCTCTCTCCTCCCGCGCCCTAGCACAGTGG 2639

136628646 GGCAAGTGGGCCCACAGTGAACAGCCTGGCTCTGGTCCCGTCTGCCTCCCGAGGTCTGAC 136628705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GGCAAGTGGGCCCACAGTGAACAGCCTGGCTCTGGTCCCGTCTGCCTCCCGAGGTCTGAC 2699

136628706 ACCTCCCCCTGGGAGCAGCAGGAAAAGACAGGCAAGGCTGAGTCCAGGGGCTGAGCAGAG 136628765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 ACCTCCCCCTGGGAGCAGCAGGAAAAGACAGGCAAGGCTGAGTCCAGGGGCTGAGCAGAG 2759

136628766 GGTGTGGGGGCAGGTCCCCTCCGATGTCCCTAGCCCTTCCTGGGACAGCATCTGCTGTTC 136628825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 GGTGTGGGGGCAGGTCCCCTCCGATGTCCCTAGCCCTTCCTGGGACAGCATCTGCTGTTC 2819

136628826 AAACCTAGGCTCCTGAAGGCCATCTCAGTTGGACAGGGGCAGGCGATGGGCCTCTGGCCT 136628885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 AAACCTAGGCTCCTGAAGGCCATCTCAGTTGGACAGGGGCAGGCGATGGGCCTCTGGCCT 2879

136628886 CAGCCACTACCCAGAGCCTGGCTCGCAGCGCTGTCGGTGCCCCCTCCTCTGCGCTCTGGG 136628945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 CAGCCACTACCCAGAGCCTGGCTCGCAGCGCTGTCGGTGCCCCCTCCTCTGCGCTCTGGG 2939

136628946 TGGGGCTAGCCCAGGTTTCCTCTATGTACAATAGCATACCCAGTGATGGGTCGCCGAGGG 136629005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 TGGGGCTAGCCCAGGTTTCCTCTATGTACAATAGCATACCCAGTGATGGGTCGCCGAGGG 2999

136629006 CAGGCTGACAGTGAAACGGTTCGAGTTTAGGATTCTCAACACCCTCCCTATCCCTGTGGG 136629065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 CAGGCTGACAGTGAAACGGTTCGAGTTTAGGATTCTCAACACCCTCCCTATCCCTGTGGG 3059

136629066 CAGTGGAAGACTGGGAGGTTGGTATTTCCCCTCTGAGTCACAGAGGAGCTAGAGACAGAC 136629125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 CAGTGGAAGACTGGGAGGTTGGTATTTCCCCTCTGAGTCACAGAGGAGCTAGAGACAGAC 3119

136629126 TTCAGGGCTGGAGTGACTCTCCCAAGAAAATCTGCGAGTCTTGTCCACGTTCCTGCCGTC 136629185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 TTCAGGGCTGGAGTGACTCTCCCAAGAAAATCTGCGAGTCTTGTCCACGTTCCTGCCGTC 3179

136629186 ACTGGATGCCCTCCTCTTCTACGTACGTTGAAGGAAACCAGCCAATCTGAAAAAGATGGT 136629245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 ACTGGATGCCCTCCTCTTCTACGTACGTTGAAGGAAACCAGCCAATCTGAAAAAGATGGT 3239

136629246 AAGATCGTGTC 136629256
          |||||||||||
     3240 AAGATCGTGTC 3250

EXCISED REGION

136629259 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGCAGGTGTGTGC 136629291
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     3251 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGCAGGTGTGTGC 3283

Alignment time is 2.61539 s

