
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2808] =>      2808 nucs 'mol-32-1e7c-111006_2808'

Score:        2773
Aligned:      2807        nucs
Identic:      2799 (100%) nucs =>      2272 (100%)       527 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55840741,55843013] EXCISED REGION [55843027,55843553]
 second seq =>  [       1,    2280] EXCISED REGION [    2282,    2808]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [2281,2281]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [2280,2280] to [2282,2282]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55840741 CTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAAG 55840800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAAG 60

 55840801 TTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGG 55840860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGG 120

 55840861 CCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAAA 55840920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAAA 180

 55840921 ACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCACCTGTAA 55840980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
      181 ACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCGCCTGTAA 240

 55840981 TCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTAC 55841040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTAC 300

 55841041 AGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTCA 55841100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTCA 360

 55841101 ATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAGA 55841160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAGA 420

 55841161 ATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCAA 55841220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCAA 480

 55841221 TTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGATC 55841280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGATC 540

 55841281 AATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTTG 55841340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTTG 600

 55841341 AAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTTT 55841400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTTT 660

 55841401 ATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTTG 55841460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTTG 720

 55841461 ATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTGT 55841520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTGT 780

 55841521 ATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCAT 55841580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCAT 840

 55841581 TTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCAC 55841640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCAC 900

 55841641 AGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATTT 55841700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATTT 960

 55841701 TAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTAT 55841760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTAT 1020

 55841761 TGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAA 55841820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAA 1080

 55841821 TAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGAC 55841880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGAC 1140

 55841881 TCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTC 55841940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTC 1200

 55841941 CAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCAT 55842000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCAT 1260

 55842001 TAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA 55842060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA 1320

 55842061 GGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAA 55842120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAA 1380

 55842121 ACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGT 55842180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGT 1440

 55842181 AGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTT 55842240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTT 1500

 55842241 GCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCT 55842300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCT 1560

 55842301 CAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGG 55842360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGG 1620

 55842361 TTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA-------AAG 55842413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||
     1621 TTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAAG 1680

 55842414 TATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAA 55842473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAA 1740

 55842474 TAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAG 55842533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAG 1800

 55842534 GGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTT 55842593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTT 1860

 55842594 GCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGT 55842653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGT 1920

 55842654 TTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTT 55842713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTT 1980

 55842714 AAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGAT 55842773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGAT 2040

 55842774 GGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGA 55842833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGA 2100

 55842834 AGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAAC 55842893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAAC 2160

 55842894 AGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTA 55842953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTA 2220

 55842954 TATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 55843013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 2280

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2282 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 2341

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2342 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 2401

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2402 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 2461

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2462 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 2521

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2522 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 2581

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2582 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 2641

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2642 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 2701

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2702 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 2761

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAA 55843553
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2762 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAA 2808

Alignment time is 3.88821 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2125] =>      2125 nucs 'mol-32-1e87-091091_2125'

Score:        2112
Aligned:      2123        nucs
Identic:      2122 (100%) nucs =>       619 (100%)      1503 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845906,55846524] EXCISED REGION [55846528,55848031]
 second seq =>  [       1,     619] EXCISED REGION [     623,    2125]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [620,622]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [620,620] to [622,622]

 55845906 TGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGA 55845965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGA 60

 55845966 CAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATT 55846025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATT 120

 55846026 TGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATG 55846085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATG 180

 55846086 AGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGC 55846145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGC 240

 55846146 CTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATG 55846205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATG 300

 55846206 CAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCC 55846265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCC 360

 55846266 CTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGC 55846325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGC 420

 55846326 ACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATT 55846385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATT 480

 55846386 TTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTC 55846445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTC 540

 55846446 TTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTT 55846505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTT 600

 55846506 TTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          |||||||||||||||||||
      601 TTAAAACACAGAGAGAAAG 619

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      623 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 682

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      683 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 742

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      743 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 802

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      803 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 862

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      863 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 922

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      923 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 982

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      983 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1042

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1043 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1102

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1103 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 1162

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1163 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 1222

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1223 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 1282

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1283 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 1342

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1343 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 1402

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1403 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 1462

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1463 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 1522

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1523 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 1582

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 1642

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 1702

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 1762

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1763 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 1821

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 1881

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 1941

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2001

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2061

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2121

 55848028 GATG 55848031
          ||||
     2122 GATG 2125

Alignment time is 3.07904 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    4525] =>      4525 nucs 'mol-32-1f58-244183_4525'

Score:        4501
Aligned:      4523        nucs
Identic:      4521 (100%) nucs =>      1470 (100%)      3051 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845055,55846524] EXCISED REGION [55846528,55849580]
 second seq =>  [       1,    1470] EXCISED REGION [    1474,    4525]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1471,1473]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1471,1471] to [1473,1473]

 55845055 TATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGT 55845114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGT 60

 55845115 AACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCA 55845174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCA 120

 55845175 CGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTG 55845234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTG 180

 55845235 TATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTT 55845294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTT 240

 55845295 TCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATC 55845354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATC 300

 55845355 TTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTA 55845414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTA 360

 55845415 TTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAA 55845474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAA 420

 55845475 AAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCA 55845534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCA 480

 55845535 ACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAA 55845594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAA 540

 55845595 ACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCT 55845654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCT 600

 55845655 GAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTT 55845714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTT 660

 55845715 GGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACAT 55845774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACAT 720

 55845775 TTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATAT 55845834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATAT 780

 55845835 TAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTG 55845894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTG 840

 55845895 TTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTT 55845954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTT 900

 55845955 CTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAA 55846014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAA 960

 55846015 AATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGC 55846074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGC 1020

 55846075 ATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCAC 55846134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCAC 1080

 55846135 TTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCC 55846194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCC 1140

 55846195 CATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATT 55846254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATT 1200

 55846255 CACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGT 55846314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGT 1260

 55846315 AATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTG 55846374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTG 1320

 55846375 TGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTT 55846434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTT 1380

 55846435 TTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTAC 55846494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTAC 1440

 55846495 TTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1470

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1474 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1533

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1534 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1593

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1594 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1653

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1654 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1713

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1714 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1773

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1774 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1833

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1834 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1893

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1894 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1953

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1954 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2013

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2014 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2073

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2074 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2133

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2134 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2193

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2194 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2253

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2254 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2313

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2314 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2373

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2374 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2433

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2434 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2493

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2494 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2553

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2554 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2613

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2614 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2672

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2673 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2732

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2733 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2792

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2793 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2852

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2853 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2912

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2913 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2972

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2973 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 3032

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3033 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3092

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3093 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3152

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3153 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3212

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3213 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3272

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3273 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3332

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3333 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3392

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3393 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3452

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3453 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3512

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3513 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3572

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3573 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3632

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3633 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3692

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3693 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3752

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3753 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3812

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3813 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3872

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3873 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3932

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3933 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 3992

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3993 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 4052

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4053 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 4112

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4113 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 4172

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4173 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4232

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4233 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4292

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4293 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4352

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4353 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4412

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4413 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4472

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACAC 55849580
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4473 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACAC 4525

Alignment time is 6.03922 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2777] =>      2777 nucs 'mol-32-2383-157614_2777'

Score:        2763
Aligned:      2774        nucs
Identic:      2773 (100%) nucs =>      1612 (100%)      1161 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55844913,55846524] EXCISED REGION [55846528,55847689]
 second seq =>  [       1,    1612] EXCISED REGION [    1616,    2777]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1613,1615]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1613,1613] to [1615,1615]

 55844913 AACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTA 55844972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTA 60

 55844973 AACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCA 55845032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCA 120

 55845033 AGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACAT 55845092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACAT 180

 55845093 TTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTAT 55845152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTAT 240

 55845153 GTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGT 55845212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGT 300

 55845213 ATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATT 55845272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATT 360

 55845273 GCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTA 55845332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTA 420

 55845333 ACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTT 55845392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTT 480

 55845393 ACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTA 55845452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTA 540

 55845453 TGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATT 55845512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATT 600

 55845513 CACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTA 55845572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTA 660

 55845573 GGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAA 55845632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAA 720

 55845633 AATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAA 55845692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAA 780

 55845693 ATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAA 55845752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAA 840

 55845753 TCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAG 55845812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAG 900

 55845813 TCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAG 55845872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAG 960

 55845873 ATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGT 55845932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGT 1020

 55845933 GCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCA 55845992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCA 1080

 55845993 ATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTG 55846052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTG 1140

 55846053 CATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGG 55846112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGG 1200

 55846113 TTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTC 55846172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTC 1260

 55846173 TGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACT 55846232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACT 1320

 55846233 CTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCA 55846292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCA 1380

 55846293 TCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAA 55846352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAA 1440

 55846353 GGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGAC 55846412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGAC 1500

 55846413 CAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATT 55846472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATT 1560

 55846473 TTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1612

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1616 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1675

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1676 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1735

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1736 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1795

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1796 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1855

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1856 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1915

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1916 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1975

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1976 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 2035

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2036 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 2095

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2096 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2155

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2156 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGAGACCTTGGA 2215

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2216 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2275

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2276 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2335

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2336 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2395

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2396 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2455

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2456 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2515

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2516 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2575

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2576 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2635

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2636 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2695

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2696 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2755

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATC 55847689
          ||||||||||||||||||||||
     2756 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATC 2777

Alignment time is 4.12336 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    3870] =>      3870 nucs 'mol-32-2399-019853_3870'

Score:        3813
Aligned:      3869        nucs
Identic:      3859 (100%) nucs =>      2587 (100%)      1272 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55840424,55843013] EXCISED REGION [55843027,55844298]
 second seq =>  [       1,    2597] EXCISED REGION [    2599,    3870]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [2598,2598]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [2597,2597] to [2599,2599]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55840424 TTTCATATATAAGACGTCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTG 55840483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTCATATATAAGACGTCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTG 60

 55840484 TTTTGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCA 55840543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTTGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCA 120

 55840544 TTTTGAGTACATTTTTGGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGT 55840603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTGAGTACATTTTTGGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGT 180

 55840604 GGATATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTT 55840663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGATATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTT 240

 55840664 TATTATCTTGTTGAAAATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTTTGGGCTCTATAT 55840723
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      241 TATTATCTTGTTGAAAATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTCTGGGCTCTATAT 300

 55840724 TATATTATTATGTTGATCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTAT 55840783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATATTATTATGTTGATCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTAT 360

 55840784 TAAAGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAAT 55840843
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAAGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAGACGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAAT 420

 55840844 CCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGC 55840903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGC 480

 55840904 CTGGCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTG 55840963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGGCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTG 540

 55840964 GTGGCACGCACCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCC 55841023
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTGGCACGCGCCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCC 600

 55841024 TGGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAG 55841083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAG 660

 55841084 AGCTAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTT 55841143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGCTAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTT 720

 55841144 TATTTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTT 55841203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATTTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTT 780

 55841204 TAGGATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTG 55841263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAGGATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTG 840

 55841264 TATTGAATCTACAGATCAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGA 55841323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATTGAATCTACAGATCAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGA 900

 55841324 CCTGATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAAC 55841383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTGATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAAC 960

 55841384 TATGTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAG 55841443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TATGTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAG 1020

 55841444 TATGTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGA 55841503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TATGTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGA 1080

 55841504 TTGTTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGC 55841563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTGTTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGC 1140

 55841564 CATCTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATT 55841623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CATCTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATT 1200

 55841624 CCTTTTTTTCACTTCACAGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGC 55841683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCTTTTTTTCACTTCACAGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGC 1260

 55841684 CTTTTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATA 55841743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTTTTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATA 1320

 55841744 TTTATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTA 55841803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTA 1380

 55841804 TCACAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTAT 55841863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCACAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTAT 1440

 55841864 CTTTTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAA 55841923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTTTTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAA 1500

 55841924 AATTTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAA 55841983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AATTTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAA 1560

 55841984 AGACATGGTAGATTCATTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTA 55842043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGACATGGTAGATTCATTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTA 1620

 55842044 ATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATC 55842103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATC 1680

 55842104 CTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCA 55842163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCA 1740

 55842164 TGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAA 55842223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAA 1800

 55842224 CCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAA 55842283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAA 1860

 55842284 AGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATA 55842343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATA 1920

 55842344 ATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTG 55842403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTG 1980

 55842404 ATAGTTA-------AAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAA 55842456
          |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATAGTTAGAGTGTTAAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAA 2040

 55842457 ACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTT 55842516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTT 2100

 55842517 TGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTT 55842576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTT 2160

 55842577 GCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAA 55842636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAA 2220

 55842637 TAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAAT 55842696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAAT 2280

 55842697 TTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTAT 55842756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTAT 2340

 55842757 TCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCT 55842816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCT 2400

 55842817 TCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAA 55842876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAA 2460

 55842877 TTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGAC 55842936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGAC 2520

 55842937 TATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGG 55842996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGG 2580

 55842997 AAGAAGTGAACTGAACC 55843013
          |||||||||||||||||
     2581 AAGAAGTGAACTGAACC 2597

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2599 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 2658

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2659 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 2718

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2719 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 2778

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2779 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 2838

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2839 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 2898

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2899 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 2958

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2959 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 3018

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3019 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 3078

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3079 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 3138

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3139 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 3198

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3199 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 3258

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3259 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 3318

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3319 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 3378

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3379 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 3438

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3439 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 3498

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3499 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 3558

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3559 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 3618

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3619 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 3678

 55844107 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 55844166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3679 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 3738

 55844167 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 55844226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3739 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 3798

 55844227 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 55844286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3799 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 3858

 55844287 TGGAAATAATTT 55844298
          ||||||||||||
     3859 TGGAAATAATTT 3870

Alignment time is 5.59237 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2004] =>      2004 nucs 'mol-32-29a8-026516_2004'

Score:        1969
Aligned:      2003        nucs
Identic:      1995 (100%) nucs =>       920 ( 99%)      1075 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55842093,55843013] EXCISED REGION [55843027,55844101]
 second seq =>  [       1,     928] EXCISED REGION [     930,    2004]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [929,929]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [928,928] to [930,930]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55842093 TCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAG 55842152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAG 60

 55842153 TTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAG 55842212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAG 120

 55842213 AATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCA 55842272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCA 180

 55842273 GCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGC 55842332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGC 240

 55842333 AATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGA 55842392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGA 300

 55842393 CCTCTTCTGTGATAGTTA-------AAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATC 55842445
          ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CCTCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATC 360

 55842446 TTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTT 55842505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTT 420

 55842506 TCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAA 55842565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAA 480

 55842566 AGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGG 55842625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGG 540

 55842626 ACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCA 55842685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCA 600

 55842686 TCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTAT 55842745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTAT 660

 55842746 TTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTT 55842805
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
      661 TTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTGGTTT 720

 55842806 ACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCAT 55842865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCAT 780

 55842866 ACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTAC 55842925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTAC 840

 55842926 TTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTAT 55842985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTAT 900

 55842986 TAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 55843013
          ||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 928

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      930 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 989

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      990 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 1049

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1050 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 1109

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1110 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 1169

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1170 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 1229

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1230 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 1289

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1290 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 1349

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1350 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 1409

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1410 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 1469

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1470 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 1529

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1530 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 1589

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1590 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 1649

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1650 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 1709

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1710 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 1769

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1770 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 1829

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1830 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 1889

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1890 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 1949

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACAC 55844101
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1950 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACAC 2004

Alignment time is 3.02406 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    3451] =>      3451 nucs 'mol-32-29a8-026547_3451'

Score:        3427
Aligned:      3449        nucs
Identic:      3447 (100%) nucs =>      1708 (100%)      1739 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55844817,55846524] EXCISED REGION [55846528,55848268]
 second seq =>  [       1,    1708] EXCISED REGION [    1712,    3451]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1709,1711]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1709,1709] to [1711,1711]

 55844817 ATATTACTTATTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTC 55844876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATATTACTTATTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTC 60

 55844877 TTAGTTTGTGATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTAT 55844936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAGTTTGTGATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTAT 120

 55844937 TTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTA 55844996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTA 180

 55844997 ATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTA 55845056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTA 240

 55845057 TTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAA 55845116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAA 300

 55845117 CTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACG 55845176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACG 360

 55845177 GTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTA 55845236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTA 420

 55845237 TTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTC 55845296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTC 480

 55845297 ATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTT 55845356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTT 540

 55845357 ATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATT 55845416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATT 600

 55845417 TTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAA 55845476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAA 660

 55845477 GGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAAC 55845536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAAC 720

 55845537 AAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAAC 55845596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAAC 780

 55845597 AGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGA 55845656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGA 840

 55845657 ACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGG 55845716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGG 900

 55845717 TTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTT 55845776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTT 960

 55845777 ATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTA 55845836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTA 1020

 55845837 ATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTT 55845896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTT 1080

 55845897 CTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCT 55845956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCT 1140

 55845957 GTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAA 55846016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAA 1200

 55846017 TAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCAT 55846076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCAT 1260

 55846077 TACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTT 55846136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTT 1320

 55846137 CATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCA 55846196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCA 1380

 55846197 TGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCA 55846256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCA 1440

 55846257 CTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAA 55846316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAA 1500

 55846317 TGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTG 55846376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTG 1560

 55846377 GACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTT 55846436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTT 1620

 55846437 TTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTT 55846496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTT 1680

 55846497 GTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1708

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1712 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1771

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1772 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1831

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1832 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1891

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1892 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1951

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1952 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 2011

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2012 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 2071

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2072 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 2131

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2132 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 2191

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2192 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2251

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2252 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2311

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2312 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2371

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2372 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2431

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2432 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2491

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2492 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2551

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2552 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2611

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2612 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2671

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2672 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2731

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2732 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2791

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2792 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2851

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2852 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2910

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2911 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2970

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2971 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 3030

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3031 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 3090

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3091 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 3150

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3151 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 3210

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3211 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 3270

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3271 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3330

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3331 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3390

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3391 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3450

 55848268 G 55848268
          |
     3451 G 3451

Alignment time is 5.24415 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2772] =>      2772 nucs 'mol-32-29d4-012401_2772'

Score:        2759
Aligned:      2770        nucs
Identic:      2769 (100%) nucs =>      1384 (100%)      1385 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845141,55846524] EXCISED REGION [55846528,55847913]
 second seq =>  [       1,    1384] EXCISED REGION [    1388,    2772]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1385,1387]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1385,1385] to [1387,1387]

 55845141 ATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTATCTTTAT 55845200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTATCTTTAT 60

 55845201 AATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTT 55845260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTT 120

 55845261 TAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGATAAATCT 55845320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGATAAATCT 180

 55845321 TAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTC 55845380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTC 240

 55845381 AGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAA 55845440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAA 300

 55845441 TTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTG 55845500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTG 360

 55845501 AATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTC 55845560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTC 420

 55845561 CAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGG 55845620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGG 480

 55845621 CAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCT 55845680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCT 540

 55845681 CTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATT 55845740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATT 600

 55845741 ACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTC 55845800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTC 660

 55845801 ACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACC 55845860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACC 720

 55845861 ACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAA 55845920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAA 780

 55845921 AACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTAT 55845980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTAT 840

 55845981 TGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCT 55846040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCT 900

 55846041 ACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCT 55846100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCT 960

 55846101 TAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAA 55846160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAA 1020

 55846161 CCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTT 55846220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTT 1080

 55846221 TCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACT 55846280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACT 1140

 55846281 TCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAA 55846340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAA 1200

 55846341 AGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTG 55846400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTG 1260

 55846401 GGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTG 55846460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTG 1320

 55846461 GGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAG 55846520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAG 1380

 55846521 AAAG 55846524
          ||||
     1381 AAAG 1384

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1388 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1447

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1448 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1507

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1567

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1568 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1627

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1687

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1688 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1747

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1748 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1807

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1808 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1867

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1868 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 1927

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 1987

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2047

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2048 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2107

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2108 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2167

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2227

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2228 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2287

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2288 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2347

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2348 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2407

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2408 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2467

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2468 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2527

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2528 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2586

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2587 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2646

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2647 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2706

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2707 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2766

 55847908 CAGACT 55847913
          ||||||
     2767 CAGACT 2772

Alignment time is 4.13058 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    5316] =>      5316 nucs 'mol-32-29d4-015989_5316'

Score:        5287
Aligned:      5319        nucs
Identic:      5312 (100%) nucs =>       429 (100%)      4883 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55842585,55843013] EXCISED REGION [55843027,55847913]
 second seq =>  [       1,     429] EXCISED REGION [     431,    5316]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [430,430]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [429,429] to [431,431]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55842585 GAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGAT 55842644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGAT 60

 55842645 TACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGT 55842704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGT 120

 55842705 AAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGA 55842764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGA 180

 55842765 AAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGA 55842824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGA 240

 55842825 GAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAG 55842884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAG 300

 55842885 AAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCT 55842944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCT 360

 55842945 GAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTG 55843004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTG 420

 55843005 AACTGAACC 55843013
          |||||||||
      421 AACTGAACC 429

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      431 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 490

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      491 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 550

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      551 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 610

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      611 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 670

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      671 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 730

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      731 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 790

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      791 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 850

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      851 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 910

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      911 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 970

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      971 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 1030

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1031 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 1090

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1091 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 1150

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1151 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 1210

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1211 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 1270

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1271 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 1330

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1331 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 1390

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1391 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 1450

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1451 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 1510

 55844107 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 55844166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1511 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 1570

 55844167 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 55844226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1571 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 1630

 55844227 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 55844286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1631 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 1690

 55844287 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 55844346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1691 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 1750

 55844347 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 55844406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1751 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 1810

 55844407 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 55844466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1811 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 1870

 55844467 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 55844526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1871 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 1930

 55844527 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 55844586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1931 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 1990

 55844587 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 55844646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1991 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 2050

 55844647 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTTTCCTTTAATACTTCTTTATGAATTGGCTCTTCTTGAAA 55844706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2051 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTTTCCTTTAATACTTCTTTATGAATTGGCTCTTCTTGAAA 2110

 55844707 TTTTTCTCATGAATATGTAAGTTCTTTATACAGCACTATTATATAGTACCTTTTCCATCA 55844766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2111 TTTTTCTCATGAATATGTAAGTTCTTTATACAGCACTATTATATAGTACCTTTTCCATCA 2170

 55844767 TATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACTATATTACTTA 55844826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2171 TATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACTATATTACTTA 2230

 55844827 TTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTCTTAGTTTGTG 55844886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2231 TTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTCTTAGTTTGTG 2290

 55844887 ATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAA 55844946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2291 ATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAA 2350

 55844947 TATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTT 55845006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2351 TATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTT 2410

 55845007 GAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAAT 55845066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2411 GAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAAT 2470

 55845067 AGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTT 55845126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2471 AGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTT 2530

 55845127 TTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATAC 55845186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2531 TTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATAC 2590

 55845187 TACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAA 55845246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2591 TACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAA 2650

 55845247 AGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTT 55845306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2651 AGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTT 2710

 55845307 ATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTG 55845366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2711 ATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTG 2770

 55845367 GTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATT 55845426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2771 GTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATT 2830

 55845427 TTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTA 55845486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2831 TTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTA 2890

 55845487 GAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCT 55845546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2891 GAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCT 2950

 55845547 AGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTC 55845606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2951 AGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTC 3010

 55845607 AAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCC 55845666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3011 AAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCC 3070

 55845667 AAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAA 55845726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3071 AAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAA 3130

 55845727 ACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATA 55845786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3131 ACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATA 3190

 55845787 CTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGT 55845846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3191 CTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGT 3250

 55845847 CTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAAT 55845906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3251 CTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAAT 3310

 55845907 GAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGAC 55845966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3311 GAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGAC 3370

 55845967 AGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTT 55846026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3371 AGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTT 3430

 55846027 GTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGA 55846086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3431 GTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGA 3490

 55846087 GCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCC 55846146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3491 GCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCC 3550

 55846147 TCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGC 55846206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3551 TCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGC 3610

 55846207 AATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCC 55846266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3611 AATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCC 3670

 55846267 TGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCA 55846326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3671 TGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCA 3730

 55846327 CAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTT 55846386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3731 CAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTT 3790

 55846387 TATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCT 55846446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3791 TATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCT 3850

 55846447 TCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTT 55846506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3851 TCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTT 3910

 55846507 TAAAACACAGAGAGAAAGGTG---TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGG 55846563
          ||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3911 TAAAACACAGAGAGAAAG---ATATAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGG 3967

 55846564 ATCTACAGAATGATGGGACAACTGACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAA 55846623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3968 ATCTACAGAATGATGGGACAACTGACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAA 4027

 55846624 CAACACTATCATCAAATGAAATTTGCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGC 55846683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4028 CAACACTATCATCAAATGAAATTTGCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGC 4087

 55846684 ATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAGAACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGT 55846743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4088 ATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAGAACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGT 4147

 55846744 GCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGAAATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACT 55846803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4148 GCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGAAATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACT 4207

 55846804 AGATCATGCATTTTTGAGAGGGGTCTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAA 55846863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4208 AGATCATGCATTTTTGAGAGGGGTCTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAA 4267

 55846864 AAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAATAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAG 55846923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4268 AAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAATAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAG 4327

 55846924 AAGAAAATGACATGTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGA 55846983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4328 AAGAAAATGACATGTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGA 4387

 55846984 AGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAGGAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTC 55847043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4388 AGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAGGAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTC 4447

 55847044 AAATGGAACAGAAAAATCATATACAATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCAT 55847103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4448 AAATGGAACAGAAAAATCATATACAATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCAT 4507

 55847104 CAGGAGGTCACATGTGACCTTGGAGATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAG 55847163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4508 CAGGAGGTCACATGTGACCTTGGAGATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAG 4567

 55847164 AGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAAGAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACC 55847223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4568 AGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAAGAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACC 4627

 55847224 TTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGATGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTT 55847283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4628 TTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGATGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTT 4687

 55847284 GATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAGAAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAA 55847343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4688 GATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAGAAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAA 4747

 55847344 TGTCACCTGAAAAACTGCTCCCATTGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTT 55847403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4748 TGTCACCTGAAAAACTGCTCCCATTGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTT 4807

 55847404 TCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCAACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAA 55847463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4808 TCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCAACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAA 4867

 55847464 GATTAAAATAAAAGAACTAATTCCTGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTA 55847523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4868 GATTAAAATAAAAGAACTAATTCCTGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTA 4927

 55847524 ACAATAATCTTTTATTCATCATCTTTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTG 55847583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4928 ACAATAATCTTTTATTCATCATCTTTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTG 4987

 55847584 AAATCTCAATTTATTAACAAGACAATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCT 55847643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4988 AAATCTCAATTTATTAACAAGACAATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCT 5047

 55847644 GATACGCAAATTTGCTAATGCAGAATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAA 55847703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5048 GATACGCAAATTTGCTAATGCAGAATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAA 5107

 55847704 AAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTGTTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAA 55847763
          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5108 AAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTGTTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAA 5166

 55847764 CTTCTCTTCTTACAACTAAATTTGTAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCA 55847823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5167 CTTCTCTTCTTACAACTAAATTTGTAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCA 5226

 55847824 TGGATTTTCATGGATTTATTATTGGTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGA 55847883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5227 TGGATTTTCATGGATTTATTATTGGTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGA 5286

 55847884 GTCACTTTCCTCTGGCATATACTGCAGACT 55847913
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     5287 GTCACTTTCCTCTGGCATATACTGCAGACT 5316

Alignment time is 7.50327 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    5220] =>      5220 nucs 'mol-32-2e0a-045829_5220'

Score:        5174
Aligned:      5218        nucs
Identic:      5214 (100%) nucs =>      1469 (100%)      3745 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845056,55846524] EXCISED REGION [55846528,55850276]
 second seq =>  [       1,    1469] EXCISED REGION [    1473,    5220]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1470,1472]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1470,1470] to [1472,1472]

 55845056 ATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTA 55845115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTA 60

 55845116 ACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCAC 55845175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCAC 120

 55845176 GGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGT 55845235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGT 180

 55845236 ATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTT 55845295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTT 240

 55845296 CATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCT 55845355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCT 300

 55845356 TATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTAT 55845415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTAT 360

 55845416 TTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAA 55845475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAA 420

 55845476 AGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAA 55845535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAA 480

 55845536 CAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAA 55845595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAA 540

 55845596 CAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTG 55845655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTG 600

 55845656 AACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTG 55845715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTG 660

 55845716 GTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATT 55845775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATT 720

 55845776 TATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATT 55845835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATT 780

 55845836 AATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGT 55845895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGT 840

 55845896 TCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTC 55845955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTC 900

 55845956 TGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAA 55846015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAA 960

 55846016 ATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCA 55846075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCA 1020

 55846076 TTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACT 55846135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACT 1080

 55846136 TCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCC 55846195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCC 1140

 55846196 ATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTC 55846255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTC 1200

 55846256 ACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTA 55846315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTA 1260

 55846316 ATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGT 55846375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGT 1320

 55846376 GGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTT 55846435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTT 1380

 55846436 TTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACT 55846495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACT 1440

 55846496 TGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          |||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1469

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1473 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1532

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1533 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1592

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1593 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1652

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1653 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1712

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1713 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1772

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1773 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1832

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1833 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1892

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1893 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1952

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1953 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2012

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2013 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2072

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2073 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2132

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2133 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2192

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2193 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2252

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2253 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2312

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2313 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2372

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2373 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2432

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2433 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2492

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2493 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2552

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2553 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2612

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2613 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2671

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2672 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2731

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2732 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2791

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2792 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2851

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2852 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2911

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2912 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2971

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2972 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 3031

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3032 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3091

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3092 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3151

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3152 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3211

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3212 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3271

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3272 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3331

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3332 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3391

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3392 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3451

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3452 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3511

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3512 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3571

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3572 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3631

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3632 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3691

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3692 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3751

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3752 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3811

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3812 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3871

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3872 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3931

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3932 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 3991

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3992 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 4051

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4052 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 4111

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4112 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 4171

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4172 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4231

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4232 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4291

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     4292 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAGGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4351

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4352 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4411

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4412 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4471

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4472 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 4531

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4532 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 4591

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     4592 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTATATGGCAGCA 4651

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4652 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 4711

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4712 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 4771

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4772 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 4831

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4832 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 4891

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4892 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 4951

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4952 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 5011

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5012 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 5071

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5072 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 5131

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 55850247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5132 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 5191

 55850248 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCT 55850276
          |||||||||||||||||||||||||||||
     5192 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCT 5220

Alignment time is 7.23622 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    6043] =>      6043 nucs 'mol-32-2e57-057079_6043'

Score:        5639
Aligned:      5694        nucs
Identic:      5689 (100%) nucs =>      1076 (100%)      4613 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845449,55846524] EXCISED REGION [55846528,55851145]
 second seq =>  [     348,    1423] EXCISED REGION [    1427,    6043]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1424,1426]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1424,1424] to [1426,1426]

 55845449 AGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAA 55845508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      348 AGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAA 407

 55845509 AATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGC 55845568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      408 AATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGC 467

 55845569 CTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCAC 55845628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      468 CTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCAC 527

 55845629 TCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGA 55845688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      528 TCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGA 587

 55845689 TAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCT 55845748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      588 TAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCT 647

 55845749 TAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAAT 55845808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      648 TAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAAT 707

 55845809 ATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCT 55845868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      708 ATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCT 767

 55845869 AAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAA 55845928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      768 AAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAA 827

 55845929 TTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAA 55845988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      828 TTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAA 887

 55845989 CTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATT 55846048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      888 CTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATT 947

 55846049 TCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAG 55846108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      948 TCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAG 1007

 55846109 TGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTC 55846168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1008 TGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTC 1067

 55846169 CCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCA 55846228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1068 CCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCA 1127

 55846229 TACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGG 55846288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1128 TACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGG 1187

 55846289 CCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGC 55846348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1188 CCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGC 1247

 55846349 TGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTAT 55846408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1248 TGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTAT 1307

 55846409 GGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATAT 55846468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1308 GGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATAT 1367

 55846469 AATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1368 AATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1423

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1427 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1486

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1546

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1606

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1666

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1726

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1727 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1786

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1846

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1847 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1906

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1907 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 1966

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1967 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2026

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2027 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2086

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2087 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2146

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2147 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2206

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2207 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2266

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2267 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2326

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2327 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2386

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2387 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCCTTTATTCATCATCT 2446

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2447 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2506

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2507 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2566

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2567 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2625

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2685

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2745

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2805

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2865

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2925

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2926 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 2985

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2986 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3045

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3046 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3105

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3106 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3165

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3166 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3225

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3226 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3285

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3286 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3345

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3346 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3405

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3406 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3465

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3466 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3525

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3526 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3585

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3586 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3645

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3646 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3705

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3706 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3765

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3766 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3825

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3826 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3885

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3886 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 3945

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3946 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 4005

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4006 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 4065

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4066 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 4125

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4126 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4185

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4186 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4245

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4246 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4305

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4306 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4365

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4366 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4425

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4426 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 4485

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4486 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 4545

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4546 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 4605

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4606 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 4665

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4666 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 4725

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4726 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 4785

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4786 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 4845

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4846 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 4905

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4906 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 4965

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4966 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 5025

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5026 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 5085

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 55850247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5086 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 5145

 55850248 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 55850307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5146 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 5205

 55850308 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 55850367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5206 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 5265

 55850368 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 55850427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5266 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 5325

 55850428 AGAAAACTGCATAGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 55850487
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5326 AGAAAACTGCATGGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 5385

 55850488 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 55850547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5386 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 5445

 55850548 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 55850607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5446 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 5505

 55850608 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 55850667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5506 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 5565

 55850668 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 55850727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5566 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 5625

 55850728 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 55850787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5626 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 5685

 55850788 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 55850847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5686 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 5745

 55850848 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 55850907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5746 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 5805

 55850908 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 55850967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5806 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 5865

 55850968 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAACTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 55851027
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     5866 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAGCTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 5925

 55851028 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 55851087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5926 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 5985

 55851088 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTT 55851145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5986 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTT 6043

Alignment time is 7.90164 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2724] =>      2724 nucs 'mol-32-2ef1-006769_2724'

Score:        2005
Aligned:      2065        nucs
Identic:      2044 ( 99%) nucs =>        37 (100%)      2007 ( 99%)
Gaps:           21 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55842027,55842063] EXCISED REGION [55842095,55844114]
 second seq =>  [     642,     678] EXCISED REGION [     710,    2724]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        31 nucs [55842064,55842094]
 second seq =>        31 nucs [679,709]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55842063,55842063] to [55842094,55842094]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55842064,55842064] to [55842094,55842094]
 second seq =>         1 nucs [679,679] to [709,709]

 55842027 GGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 55842063
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      642 GGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 678

EXCISED REGION

 55842095 GAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTT 55842154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      710 GAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTT 769

 55842155 AGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAA 55842214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      770 AGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAA 829

 55842215 TGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGC 55842274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      830 TGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGC 889

 55842275 CTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAA 55842334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      890 CTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAA 949

 55842335 TTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACC 55842394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      950 TTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACC 1009

 55842395 TCTTCTGTGATAGTTA-------AAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTT 55842447
          ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1010 TCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTT 1069

 55842448 TCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTC 55842507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1070 TCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTC 1129

 55842508 TGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAG 55842567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1130 TGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAG 1189

 55842568 CACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGAC 55842627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1190 CACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGAC 1249

 55842628 TTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATC 55842687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1250 TTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATC 1309

 55842688 TATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTT 55842747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1310 TATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTT 1369

 55842748 TAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTAC 55842807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1370 TAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTAC 1429

 55842808 ACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATAC 55842867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 ACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATAC 1489

 55842868 TTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTT 55842927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1490 TTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTT 1549

 55842928 AACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTA 55842987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1550 AACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTA 1609

 55842988 ATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACCCCACGTAAGGAGA-CACTGGGAAATGAGAAATGC 55843046
          ||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||||||
     1610 ATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC-------------TCACTGGGAAATGAGAAATGC 1656

 55843047 AGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGATTCAGGTTTATCAGTGATTT 55843106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1657 AGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGATTCAGGTTTATCAGTGATTT 1716

 55843107 TGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAAGGTACAGGATTTCTAGTTGA 55843166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1717 TGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAAGGTACAGGATTTCTAGTTGA 1776

 55843167 AATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAACTGAATTGCTTACAATTTGT 55843226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1777 AATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAACTGAATTGCTTACAATTTGT 1836

 55843227 CAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCTTTCATCTCAGCTCCAAAGCA 55843286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1837 CAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCTTTCATCTCAGCTCCAAAGCA 1896

 55843287 CATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTTAAGAGTTCTGGACAAAATAA 55843346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1897 CATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTTAAGAGTTCTGGACAAAATAA 1956

 55843347 TGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGGAAAGATAGGCATGCAGATAC 55843406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1957 TGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGGAAAGATAGGCATGCAGATAC 2016

 55843407 AAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCATTGTTTGCAGAGATTTTTCAT 55843466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2017 AAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCATTGTTTGCAGAGATTTTTCAT 2076

 55843467 GCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATATAAAGCTGTAATTAACCCTT 55843526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2077 GCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATATAAAGCTGTAATTAACCCTT 2136

 55843527 TAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGCTTTACTTAATTTTTAAAGTA 55843586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2137 TAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGCTTTACTTAATTTTTAAAGTA 2196

 55843587 GCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTCATTGTACCTCCAGCATTTAT 55843646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2197 GCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTCATTGTACCTCCAGCATTTAT 2256

 55843647 CACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAAATATATAATATATACAGTAA 55843706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2257 CACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAAATATATAATATATACAGTAA 2316

 55843707 TGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAATATGCAACAGTGGTCTCATGA 55843766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2317 TGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAATATGCAACAGTGGTCTCATGA 2376

 55843767 CATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGCTAGTTATTATAACATCATAG 55843826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2377 CATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGCTAGTTATTATAACATCATAG 2436

 55843827 AGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACAAATTGTGTAGTAATTGCCTA 55843886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2437 AGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACAAATTGTGTAGTAATTGCCTA 2496

 55843887 CAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAGGCAATAGGCTATAGCATATA 55843946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2497 CAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAGGCAATAGGCTATAGCATATA 2556

 55843947 ATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAAGTAGTTACATAAAGCCTAGA 55844006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2557 ATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAAGTAGTTACATAAAGCCTAGA 2616

 55844007 TGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTACACAGTGCCCTAAAGTTTAT 55844066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2617 TGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTACACAGTGCCCTAAAGTTTAT 2676

 55844067 GTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTACTTTCATAA 55844114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2677 GTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTACTTTCATAA 2724

Alignment time is 3.61166 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    5495] =>      5495 nucs 'mol-32-2ef1-006837_5495'

Score:        5449
Aligned:      5493        nucs
Identic:      5489 (100%) nucs =>      1470 (100%)      4019 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845055,55846524] EXCISED REGION [55846528,55850550]
 second seq =>  [       1,    1470] EXCISED REGION [    1474,    5495]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1471,1473]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1471,1471] to [1473,1473]

 55845055 TATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGT 55845114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGT 60

 55845115 AACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCA 55845174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCA 120

 55845175 CGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTG 55845234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTG 180

 55845235 TATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTT 55845294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTT 240

 55845295 TCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATC 55845354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATC 300

 55845355 TTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTA 55845414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTA 360

 55845415 TTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAA 55845474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAA 420

 55845475 AAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCA 55845534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCA 480

 55845535 ACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAA 55845594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAA 540

 55845595 ACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCT 55845654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCT 600

 55845655 GAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTT 55845714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTT 660

 55845715 GGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACAT 55845774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACAT 720

 55845775 TTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATAT 55845834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATAT 780

 55845835 TAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTG 55845894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTG 840

 55845895 TTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTT 55845954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTT 900

 55845955 CTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAA 55846014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAA 960

 55846015 AATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGC 55846074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGC 1020

 55846075 ATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCAC 55846134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCAC 1080

 55846135 TTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCC 55846194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCC 1140

 55846195 CATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATT 55846254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATT 1200

 55846255 CACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGT 55846314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGT 1260

 55846315 AATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTG 55846374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTG 1320

 55846375 TGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTT 55846434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTT 1380

 55846435 TTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTAC 55846494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTAC 1440

 55846495 TTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1470

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1474 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1533

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1534 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1593

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1594 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1653

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1654 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1713

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1714 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1773

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1774 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1833

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1834 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1893

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1894 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1953

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1954 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2013

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2014 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2073

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2074 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2133

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2134 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2193

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2194 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2253

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2254 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2313

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2314 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2373

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2374 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2433

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2434 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2493

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2494 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2553

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2554 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2613

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2614 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2672

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2673 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2732

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2733 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2792

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2793 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2852

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2853 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2912

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2913 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2972

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2973 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 3032

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3033 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3092

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3093 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3152

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3153 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3212

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3213 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3272

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3273 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3332

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3333 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3392

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3393 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3452

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3453 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3512

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3513 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3572

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3573 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3632

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3633 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3692

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3693 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3752

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3753 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3812

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3813 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3872

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3873 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3932

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3933 GGGATCACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 3992

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3993 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 4052

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4053 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 4112

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4113 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 4172

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4173 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4232

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4233 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4292

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4293 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4352

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4353 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4412

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4413 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4472

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4473 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 4532

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4533 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 4592

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4593 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 4652

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4653 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 4712

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4713 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 4772

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4773 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 4832

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4833 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 4892

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4893 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 4952

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4953 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 5012

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5013 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 5072

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5073 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 5132

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 55850247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5133 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 5192

 55850248 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 55850307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5193 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 5252

 55850308 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 55850367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5253 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 5312

 55850368 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 55850427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5313 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 5372

 55850428 AGAAAACTGCATAGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 55850487
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5373 AGAAAACTGCATGGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 5432

 55850488 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 55850547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5433 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 5492

 55850548 CCT 55850550
          |||
     5493 CCT 5495

Alignment time is 7.42193 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    5071] =>      5071 nucs 'mol-32-2efc-018014_5071'

Score:        5047
Aligned:      5069        nucs
Identic:      5067 (100%) nucs =>      1350 (100%)      3717 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845175,55846524] EXCISED REGION [55846528,55850246]
 second seq =>  [       1,    1350] EXCISED REGION [    1354,    5071]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1351,1353]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1351,1351] to [1353,1353]

 55845175 CGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTG 55845234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTG 60

 55845235 TATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTT 55845294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTT 120

 55845295 TCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATC 55845354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATC 180

 55845355 TTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTA 55845414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTA 240

 55845415 TTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAA 55845474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAA 300

 55845475 AAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCA 55845534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCA 360

 55845535 ACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAA 55845594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAA 420

 55845595 ACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCT 55845654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCT 480

 55845655 GAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTT 55845714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTT 540

 55845715 GGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACAT 55845774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACAT 600

 55845775 TTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATAT 55845834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATAT 660

 55845835 TAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTG 55845894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTG 720

 55845895 TTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTT 55845954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTT 780

 55845955 CTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAA 55846014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAA 840

 55846015 AATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGC 55846074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGC 900

 55846075 ATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCAC 55846134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCAC 960

 55846135 TTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCC 55846194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCC 1020

 55846195 CATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATT 55846254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATT 1080

 55846255 CACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGT 55846314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGT 1140

 55846315 AATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTG 55846374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTG 1200

 55846375 TGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTT 55846434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTT 1260

 55846435 TTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTAC 55846494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTAC 1320

 55846495 TTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1350

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1354 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1413

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1414 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1473

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1474 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1533

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1534 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1593

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1594 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1653

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1654 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1713

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1714 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1773

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1774 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1833

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1834 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 1893

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1894 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 1953

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1954 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2013

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2014 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2073

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2074 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2133

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2134 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2193

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2194 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2253

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2254 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2313

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2314 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2373

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2374 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2433

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2434 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2493

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2494 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2552

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2553 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2612

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2613 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2672

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2673 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2732

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2733 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2792

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2793 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2852

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2853 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 2912

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2913 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 2972

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2973 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3032

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3033 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3092

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3093 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3152

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3153 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3212

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3213 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3272

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3273 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3332

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3333 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3392

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3393 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3452

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3453 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3512

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3513 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3572

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3573 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3632

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3633 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3692

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3693 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3752

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3753 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3812

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3813 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 3872

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3873 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 3932

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3933 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 3992

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3993 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 4052

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4053 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4112

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4113 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4172

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4173 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4232

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4233 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4292

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4293 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4352

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4353 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 4412

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4413 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 4472

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4473 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 4532

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4533 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 4592

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4593 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 4652

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4653 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 4712

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4713 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 4772

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4773 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 4832

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4833 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 4892

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4893 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 4952

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4953 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 5012

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTAT 55850246
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5013 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTAT 5071

Alignment time is 7.27223 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2106] =>      2106 nucs 'mol-32-2efc-018015_2106'

Score:        2071
Aligned:      2105        nucs
Identic:      2097 (100%) nucs =>       903 ( 99%)      1194 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55842111,55843013] EXCISED REGION [55843027,55844221]
 second seq =>  [       1,     910] EXCISED REGION [     912,    2106]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [911,911]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [910,910] to [912,912]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55842111 ACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGC 55842170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGC 60

 55842171 TGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGA 55842230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGA 120

 55842231 GGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGG 55842290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGG 180

 55842291 GACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCC 55842350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCC 240

 55842351 TTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA 55842410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA 300

 55842411 -------AAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTT 55842463
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGTGTTAAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTT 360

 55842464 TAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGC 55842523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGC 420

 55842524 AGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTC 55842583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTC 480

 55842584 AGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGA 55842643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGA 540

 55842644 TTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTG 55842703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTG 600

 55842704 TAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAG 55842763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAG 660

 55842764 AAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAG 55842823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAG 720

 55842824 AGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCA 55842883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCA 780

 55842884 GAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGC 55842943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGC 840

 55842944 TGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGT 55843003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGT 900

 55843004 GAACTGAACC 55843013
          ||||||||||
      901 GAACTGAACC 910

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      912 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 971

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      972 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 1031

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1032 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 1091

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1092 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 1151

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1152 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 1211

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1212 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 1271

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1272 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 1331

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1332 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 1391

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1392 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCACAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 1451

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1452 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 1511

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1512 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 1571

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1572 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 1631

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 1691

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1692 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 1751

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1752 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 1811

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1812 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 1871

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1872 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 1931

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1932 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 1991

 55844107 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 55844166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1992 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 2051

 55844167 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCC 55844221
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2052 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCC 2106

Alignment time is 3.2363 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    5737] =>      5737 nucs 'mol-32-2fb7-014595_5737'

Score:        5647
Aligned:      5736        nucs
Identic:      5723 (100%) nucs =>      4081 (100%)      1642 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55838927,55843013] EXCISED REGION [55843027,55844668]
 second seq =>  [       1,    4094] EXCISED REGION [    4096,    5737]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [4095,4095]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [4094,4094] to [4096,4096]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55838927 AACTAGATGTAAGTTCTTTGGAATCAGGAACTATATCATTCACCTTTTTATCTCCAGGAC 55838986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AACTAGATGTAAGTTCTTTGGAATCAGGAACTATATCATTCACCTTTTTATCTCCAGGAC 60

 55838987 ATAGTCTAGTGTCAATAATTAATTGACAAATGAATGAACAGATCCCATCATTAACAAGAG 55839046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAGTCTAGTGTCAATAATTAATTGACAAATGAATGAACAGATCCCATCATTAACAAGAG 120

 55839047 CTACATTCATGATGTATTATACTAATCTATTGAGTATGTATTTATGATAGACTTATTCCT 55839106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTACATTCATGATGTATTATACTAATCTATTGAGTATGTATTTATGATAGACTTATTCCT 180

 55839107 TATAAGAAACACTAAATCAATTTGTGTGTTAAAACATATTAAAATAAATCAGAATTGAAT 55839166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATAAGAAACACTAAATCAATTTGTGTGTTAAAACATATTAAAATAAATCAGAATTGAAT 240

 55839167 AAAGTAGTGTTTGAATACTTCCCTCCCAATCCTTCCTCCTCCCTCCCTAGAGTCATTAAC 55839226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAAGTAGTGTTTGAATACTTCCCTCCCAATCCTTCCTCCTCCCTCCCTAGAGTCATTAAC 300

 55839227 AATTTCCTGAATGTATATAGTCCCATCTTTTTCTATGCTTATTTAAATACATATACATAT 55839286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATTTCCTGAATGTATATAGTCCCATCTTTTTCTATGCTTATTTAAATACATATACATAT 360

 55839287 ATTTAAACAAATTATAGATATTTAAACACATAGATATATATGTACTTTTAAACAAAAATT 55839346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
      361 ATTTAAACAAATTATAGATATTTAAACACATAGACATATATGTACTTTTAAACAAAAATT 420

 55839347 GAATCTTGTTACACATAATGCTTTTTTAATTTTATTGAGAATAAATTCATATACCATAAC 55839406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAATCTTGTTACACATAATGCTTTTTTAATTTTATTGAGAATAAATTCATATACCATAAC 480

 55839407 ATTTATTCATTTTTAAAATCATTGGTTCTTAGTGATTGTACAGTTTTATACAACCATTAT 55839466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTTATTCATTTTTAAAATCATTGGTTCTTAGTGATTGTACAGTTTTATACAACCATTAT 540

 55839467 CACATTCAAAGTTTAGAACATTTTTATCCACTGAAAAAGAAACCTTAGCAGTCATTTCCT 55839526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CACATTCAAAGTTTAGAACATTTTTATCCACTGAAAAAGAAACCTTAGCAGTCATTTCCT 600

 55839527 CTTCCCCCAGCCCCCACCCCCAAGTCATAGGCAACCACTAATCTATTTCCTGTCTCTGTA 55839586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTTCCCCCAGCCCCCACCCCCAAGTCATAGGCAACCACTAATCTATTTCCTGTCTCTGTA 660

 55839587 GGTTTTCCTAGTCTGGACATTTTTTAAATGGAATCATGCAATATGTGGTCTTTTGTGTCT 55839646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGTTTTCCTAGTCTGGACATTTTTTAAATGGAATCATGCAATATGTGGTCTTTTGTGTCT 720

 55839647 GGCTTCTTTCACTTAGAACGTTTTGGAAGTTTATCCATTTTGCTGCATGTATCAGTACTT 55839706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGCTTCTTTCACTTAGAACGTTTTGGAAGTTTATCCATTTTGCTGCATGTATCAGTACTT 780

 55839707 CCTTTCCTTTTATTATCCAATATTATTTCATTATATGGGTATAATATATTTTGTTTATCC 55839766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCTTTCCTTTTATTATCCAATATTATTTCATTATATGGGTATAATATATTTTGTTTATCC 840

 55839767 ATTCATCAGTTAATGGACATTTGGGTAGTTTCCACTTTTTGTTTCATGTGAATAATTCTG 55839826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      841 ATTCATCAGTTAATGGACATTTGGGTAGTTTCCACTTTTTGTTTCATGTGAATAATGCTG 900

 55839827 CTATGAACATTTGTGCACAAGTCTTTTATGGACATTTGTTTTCATTCCTCTTGGATAGAT 55839886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
      901 CTATGAACATTTGTGCACAAGTCTTTTATGGACATTTGTTTTCATTTCTCTTGGATAGAT 960

 55839887 ACCTAGAAGTGGAATTGCTGGGCCATATGGTAACTTTATGTTTAACATTGACAAACTGCC 55839946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACCTAGAAGTGGAATTGCTGGGCCATATGGTAACTTTATGTTTAACATTGACAAACTGCC 1020

 55839947 AAACTATTTTCTAAAGTGGCTACACCATTTTACATTCTCAGCAAACTTAAGAGTTCTAAT 55840006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAACTATTTTCTAAAGTGGCTACACCATTTTACATTCTCAGCAAACTTAAGAGTTCTAAT 1080

 55840007 TTTTTCATATGCTAATCAATACTTGCTTTTGTCTATACTTAATATTACTGTCATTTTACT 55840066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTTTCATATGCTAATCAATACTTGCTTTTGTCTATACTTAATATTACTGTCATTTTACT 1140

 55840067 GGTTATAAAGAGGTATTTCATTATGGTTTTGATGTGCATTTCCCTAATGTCTAATGATGA 55840126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGTTATAAAGAGGTATTTCATTATGGTTTTGATGTGCATTTCCCTAATGTCTAATGATGA 1200

 55840127 TGAACATCTACTAGTGTGCATATGGAATATTCTTTTATCTTCTTGGAAGAAATATCTATT 55840186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGAACATCTACTAGTGTGCATATGGAATATTCTTTTATCTTCTTGGAAGAAATATCTATT 1260

 55840187 TCAAATCGTTTGACTATTTTTAATTGGATTATATTTGCTTTCCAGTTATTGAGTTATAGG 55840246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCAAATCGTTTGACTATTTTTAATTGGATTATATTTGCTTTCCAGTTATTGAGTTATAGG 1320

 55840247 AATTCTTTATATATTCTGGATACAAATTCCATATTAGATACATGATTTCCAAGTATTTTA 55840306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATTCTTTATATATTCTGGATACAAATTCCATATTAGATACATGATTTCCAAGTATTTTA 1380

 55840307 TCCCAGTCTGTAGATGGGATACCACTTCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATTTT 55840366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCCCAGTCTGTAGATGGGATACCACTTCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATTTT 1440

 55840367 TAATTGTAATGAAGTTCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTT 55840426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TAATTGTAATGAAGTTCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTT 1500

 55840427 CATATATAAGACGTCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTT 55840486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CATATATAAGACGTCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTT 1560

 55840487 TGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTT 55840546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTT 1620

 55840547 TGAGTACATTTTTGGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGA 55840606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGAGTACATTTTTGGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGA 1680

 55840607 TATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTAT 55840666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTAT 1740

 55840667 TATCTTGTTGAAAATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTTTGGGCTCTATATTAT 55840726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1741 TATCTTGTTGAAAATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTCTGGGCTCTATATTAT 1800

 55840727 ATTATTATGTTGATCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAA 55840786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATTATTATGTTGATCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAA 1860

 55840787 AGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCT 55840846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCT 1920

 55840847 AGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTG 55840906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTG 1980

 55840907 GCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTG 55840966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTG 2040

 55840967 GCACGCACCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGG 55841026
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GCACGCGCCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGG 2100

 55841027 GAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGC 55841086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGC 2160

 55841087 TAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTAT 55841146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTAT 2220

 55841147 TTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAG 55841206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAG 2280

 55841207 GATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTAT 55841266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTAT 2340

 55841267 TGAATCTACAGATCAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCT 55841326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGAATCTACAGATCAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCT 2400

 55841327 GATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTAT 55841386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTAT 2460

 55841387 GTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTAT 55841446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTAT 2520

 55841447 GTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTG 55841506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTG 2580

 55841507 TTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCAT 55841566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCAT 2640

 55841567 CTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCT 55841626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCT 2700

 55841627 TTTTTTCACTTCACAGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTT 55841686
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     2701 TTTTTTCACTTCACAGTATATGGATATGTCTGTCTCTACAAGTCAGTTCATATACGCCTT 2760

 55841687 TTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTT 55841746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTT 2820

 55841747 ATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCA 55841806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 ATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCA 2880

 55841807 CAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTT 55841866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTT 2940

 55841867 TTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAAT 55841926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAAT 3000

 55841927 TTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGA 55841986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGA 3060

 55841987 CATGGTAGATTCATTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATC 55842046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 CATGGTAGATTCATTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATC 3120

 55842047 CCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTG 55842106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 CCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTG 3180

 55842107 GCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGG 55842166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 GCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGG 3240

 55842167 TGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCC 55842226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCC 3300

 55842227 GAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGA 55842286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 GAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGA 3360

 55842287 GAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATT 55842346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 GAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATT 3420

 55842347 GTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATA 55842406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATA 3480

 55842407 GTTA-------AAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACA 55842459
          ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 GTTAGAGTGTTAAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACA 3540

 55842460 CTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGC 55842519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 CTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGC 3600

 55842520 TAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCA 55842579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCA 3660

 55842580 ATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAA 55842639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 ATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAA 3720

 55842640 ATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTT 55842699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 ATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTT 3780

 55842700 GGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCC 55842759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCC 3840

 55842760 AAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCT 55842819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 AAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCT 3900

 55842820 AAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTG 55842879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 AAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTG 3960

 55842880 TGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTAT 55842939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTAT 4020

 55842940 ATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAG 55842999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 ATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAG 4080

 55843000 AAGTGAACTGAACC 55843013
          ||||||||||||||
     4081 AAGTGAACTGAACC 4094

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4096 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 4155

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4156 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 4215

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4216 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 4275

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4276 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 4335

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4336 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 4395

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4396 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 4455

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4456 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 4515

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4516 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 4575

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4576 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 4635

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4636 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 4695

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4696 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 4755

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4756 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 4815

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4816 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 4875

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4876 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 4935

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4936 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 4995

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4996 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 5055

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5056 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 5115

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5116 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 5175

 55844107 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 55844166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5176 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 5235

 55844167 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 55844226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5236 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 5295

 55844227 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 55844286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5296 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 5355

 55844287 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 55844346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5356 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 5415

 55844347 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 55844406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5416 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 5475

 55844407 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 55844466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5476 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 5535

 55844467 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 55844526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5536 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 5595

 55844527 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 55844586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5596 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 5655

 55844587 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 55844646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5656 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 5715

 55844647 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTT 55844668
          ||||||||||||||||||||||
     5716 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTT 5737

Alignment time is 8.09622 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2713] =>      2713 nucs 'mol-32-2fd8-042219_2713'

Score:        2689
Aligned:      2712        nucs
Identic:      2705 (100%) nucs =>       711 ( 99%)      1994 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55842303,55843013] EXCISED REGION [55843027,55845020]
 second seq =>  [       1,     718] EXCISED REGION [     720,    2713]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [719,719]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [718,718] to [720,720]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55842303 AAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTT 55842362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTT 60

 55842363 TAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA-------AAGTA 55842415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||
       61 TAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAAGTA 120

 55842416 TAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATA 55842475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATA 180

 55842476 ACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGG 55842535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGG 240

 55842536 GAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGC 55842595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGC 300

 55842596 AAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTT 55842655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTT 360

 55842656 GTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAA 55842715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAA 420

 55842716 ACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGG 55842775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGG 480

 55842776 TGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAG 55842835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAG 540

 55842836 TACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAG 55842895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAG 600

 55842896 AATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATA 55842955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATA 660

 55842956 TTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 55843013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 718

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 779

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 839

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 899

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 959

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 1019

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 1079

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 1139

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 1199

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 1259

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 1319

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 1379

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 1439

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 1499

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 1559

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 1619

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 1679

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 1739

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 1799

 55844107 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 55844166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 1859

 55844167 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 55844226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 1919

 55844227 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 55844286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 1979

 55844287 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 55844346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 2039

 55844347 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 55844406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 2099

 55844407 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 55844466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 2159

 55844467 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 55844526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 2219

 55844527 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 55844586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 2279

 55844587 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 55844646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 2339

 55844647 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTTTCCTTTAATACTTCTTTATGAATTGGCTCTTCTTGAAA 55844706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTTTCCTTTAATACTTCTTTATGAATTGGCTCTTCTTGAAA 2399

 55844707 TTTTTCTCATGAATATGTAAGTTCTTTATACAGCACTATTATATAGTACCTTTTCCATCA 55844766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TTTTTCTCATGAATATGTAAGTTCTTTATACAGCACTATTATATAGTACCTTTTCCATCA 2459

 55844767 TATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACTATATTACTTA 55844826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACTATATTACTTA 2519

 55844827 TTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTCTTAGTTTGTG 55844886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTCTTAGTTTGTG 2579

 55844887 ATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAA 55844946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 ATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAA 2639

 55844947 TATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTT 55845006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 TATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTT 2699

 55845007 GAAGTATCACTTCA 55845020
          ||||||||||||||
     2700 GAAGTATCACTTCA 2713

Alignment time is 4.17514 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    3261] =>      3261 nucs 'mol-32-2fe3-096259_3261'

Score:        3193
Aligned:      3260        nucs
Identic:      3249 (100%) nucs =>      2678 (100%)       571 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55840333,55843013] EXCISED REGION [55843027,55843598]
 second seq =>  [       1,    2688] EXCISED REGION [    2690,    3261]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [2689,2689]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [2688,2688] to [2690,2690]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55840333 TCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATTTTTAATTGTAATGAAGTTCAACTTGTTA 55840392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATTTTTAATTGTAATGAAGTTCAACTTGTTA 60

 55840393 ATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTTCATATATAAGACGTCCTTGGCTAATC 55840452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTTCATATATAAGACGTCCTTGGCTAATC 120

 55840453 CAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATG 55840512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATG 180

 55840513 TTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTTTGAGTACATTTTTGGATATAATGCGA 55840572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTTTGAGTACATTTTTGGATATAATGCGA 240

 55840573 GATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGATATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGT 55840632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGATATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGT 300

 55840633 GGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTATTATCTTGTTGAAAATCAATTGACTAC 55840692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTATTATCTTGTTGAAAATCAATTGACTAC 360

 55840693 TAAAGTAAAGGTTTATTTTTGGGCTCTATATTATATTATTATGTTGATCTACATGTCTAT 55840752
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAAGTAAAGGTTTATTTCTGGGCTCTATATTATATTATTATGTTGATCTACATGTCTAT 420

 55840753 ATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAG 55840812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAG 480

 55840813 ATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTG 55840872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTG 540

 55840873 GATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCT 55840932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCT 600

 55840933 ACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCACCTGTAATCCCAGCTTCTT 55840992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      601 ACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCGCCTGTAATCCCAGCTTCTT 660

 55840993 GGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGA 55841052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGA 720

 55841053 TGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAA 55841112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAA 780

 55841113 ATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCA 55841172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCA 840

 55841173 TTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAA 55841232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAA 900

 55841233 AAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGATCAATTTGAAAAAT 55841292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGATCAATTTGAAAAAT 960

 55841293 GTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCC 55841352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCC 1020

 55841353 ATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTC 55841412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTC 1080

 55841413 TTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGA 55841472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGA 1140

 55841473 ATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGA 55841532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGA 1200

 55841533 TTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAA 55841592
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTAATATTTGGATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAA 1260

 55841593 GAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCACAGTATATGGATA 55841652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCACAGTATATGGATA 1320

 55841653 TGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCT 55841712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCT 1380

 55841713 GGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTT 55841772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTT 1440

 55841773 ATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTA 55841832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTA 1500

 55841833 ATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAG 55841892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAG 1560

 55841893 AATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCC 55841952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCC 1620

 55841953 TCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCATTAAGAATGAATA 55842012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCATTAAGAATGAATA 1680

 55842013 TCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGG 55842072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGG 1740

 55842073 CGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTA 55842132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTA 1800

 55842133 CTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTAC 55842192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTAC 1860

 55842193 TAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGA 55842252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGA 1920

 55842253 GATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGA 55842312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGA 1980

 55842313 ATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCC 55842372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCC 2040

 55842373 TCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA-------AAGTATAGATATTCA 55842425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||
     2041 TCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAAGTATAGATATTCA 2100

 55842426 GTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGA 55842485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGA 2160

 55842486 ACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTT 55842545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTT 2220

 55842546 CACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTA 55842605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTA 2280

 55842606 TAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCT 55842665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCT 2340

 55842666 ACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGC 55842725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGC 2400

 55842726 TGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCAC 55842785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCAC 2460

 55842786 CAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCA 55842845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCA 2520

 55842846 TTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACA 55842905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACA 2580

 55842906 AAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAA 55842965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAA 2640

 55842966 CTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 55843013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 2688

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 2749

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 2809

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2810 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 2869

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2870 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 2929

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2930 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 2989

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2990 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 3049

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3050 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 3109

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3110 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 3169

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3170 TAAAGCTGTAATTAACCCTCTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 3229

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACT 55843598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     3230 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACT 3261

Alignment time is 4.77354 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    3873] =>      3873 nucs 'mol-32-2ff9-008507_3873'

Score:        3849
Aligned:      3871        nucs
Identic:      3869 (100%) nucs =>      1599 (100%)      2270 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55844926,55846524] EXCISED REGION [55846528,55848799]
 second seq =>  [       1,    1599] EXCISED REGION [    1603,    3873]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1600,1602]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1600,1600] to [1602,1602]

 55844926 AACATAATTATTTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATAT 55844985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AACATAATTATTTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATAT 60

 55844986 CAAGTGTTTTAATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTA 55845045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAAGTGTTTTAATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTA 120

 55845046 TTCTAATGTTATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAA 55845105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCTAATGTTATTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAA 180

 55845106 AAAAATTGTAACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACA 55845165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAAATTGTAACTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACA 240

 55845166 GTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTT 55845225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTT 300

 55845226 TTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGG 55845285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGG 360

 55845286 ACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCT 55845345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCT 420

 55845346 CTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATG 55845405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATG 480

 55845406 AGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGC 55845465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGC 540

 55845466 AAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAA 55845525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAA 600

 55845526 ATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACA 55845585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACA 660

 55845586 AAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATC 55845645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATC 720

 55845646 AGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAA 55845705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAA 780

 55845706 TAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCA 55845765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCA 840

 55845766 ATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATT 55845825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATATGACATTTATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATT 900

 55845826 TTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAAC 55845885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAAC 960

 55845886 CTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAG 55845945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAG 1020

 55845946 TCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAAT 55846005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAAT 1080

 55846006 AAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAAT 55846065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAAT 1140

 55846066 GAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGA 55846125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGA 1200

 55846126 GCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTAC 55846185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTAC 1260

 55846186 TCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAG 55846245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAG 1320

 55846246 ACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGT 55846305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGT 1380

 55846306 AGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTC 55846365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTC 1440

 55846366 TTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAA 55846425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAA 1500

 55846426 GGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATT 55846485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATT 1560

 55846486 ACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1599

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1603 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1662

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1663 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1722

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1723 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1782

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1783 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1842

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1843 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1902

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1903 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1962

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1963 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 2022

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2023 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 2082

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2083 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2142

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2143 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2202

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2203 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2262

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2263 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2322

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2323 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2382

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2383 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2442

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2443 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2502

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2503 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2562

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2563 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2622

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2623 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2682

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2683 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2742

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2743 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2801

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2802 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2861

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2862 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2921

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2922 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2981

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2982 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 3041

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3042 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 3101

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3102 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 3161

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3162 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3221

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3222 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3281

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3282 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3341

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3342 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3401

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3402 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3461

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3462 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3521

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3522 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3581

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3582 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3641

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3642 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3701

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3702 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3761

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3762 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3821

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAAT 55848799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3822 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAAT 3873

Alignment time is 5.59591 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    5174] =>      5174 nucs 'mol-32-2ff9-173086_5174'

Score:        5084
Aligned:      5173        nucs
Identic:      5160 (100%) nucs =>      4008 (100%)      1152 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55839000,55843013] EXCISED REGION [55843027,55844178]
 second seq =>  [       1,    4021] EXCISED REGION [    4023,    5174]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [4022,4022]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [4021,4021] to [4023,4023]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55839000 AATAATTAATTGACAAATGAATGAACAGATCCCATCATTAACAAGAGCTACATTCATGAT 55839059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATAATTAATTGACAAATGAATGAACAGATCCCATCATTAACAAGAGCTACATTCATGAT 60

 55839060 GTATTATACTAATCTATTGAGTATGTATTTATGATAGACTTATTCCTTATAAGAAACACT 55839119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTATTATACTAATCTATTGAGTATGTATTTATGATAGACTTATTCCTTATAAGAAACACT 120

 55839120 AAATCAATTTGTGTGTTAAAACATATTAAAATAAATCAGAATTGAATAAAGTAGTGTTTG 55839179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAATCAATTTGTGTGTTAAAACATATTAAAATAAATCAGAATTGAATAAAGTAGTGTTTG 180

 55839180 AATACTTCCCTCCCAATCCTTCCTCCTCCCTCCCTAGAGTCATTAACAATTTCCTGAATG 55839239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATACTTCCCTCCCAATCCTTCCTCCTCCCTCCCTAGAGTCATTAACAATTTCCTGAATG 240

 55839240 TATATAGTCCCATCTTTTTCTATGCTTATTTAAATACATATACATATATTTAAACAAATT 55839299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATATAGTCCCATCTTTTTCTATGCTTATTTAAATACATATACATATATTTAAACAAATT 300

 55839300 ATAGATATTTAAACACATAGATATATATGTACTTTTAAACAAAAATTGAATCTTGTTACA 55839359
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAGATATTTAAACACATAGACATATATGTACTTTTAAACAAAAATTGAATCTTGTTACA 360

 55839360 CATAATGCTTTTTTAATTTTATTGAGAATAAATTCATATACCATAACATTTATTCATTTT 55839419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATAATGCTTTTTTAATTTTATTGAGAATAAATTCATATACCATAACATTTATTCATTTT 420

 55839420 TAAAATCATTGGTTCTTAGTGATTGTACAGTTTTATACAACCATTATCACATTCAAAGTT 55839479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAAAATCATTGGTTCTTAGTGATTGTACAGTTTTATACAACCATTATCACATTCAAAGTT 480

 55839480 TAGAACATTTTTATCCACTGAAAAAGAAACCTTAGCAGTCATTTCCTCTTCCCCCAGCCC 55839539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAGAACATTTTTATCCACTGAAAAAGAAACCTTAGCAGTCATTTCCTCTTCCCCCAGCCC 540

 55839540 CCACCCCCAAGTCATAGGCAACCACTAATCTATTTCCTGTCTCTGTAGGTTTTCCTAGTC 55839599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCACCCCCAAGTCATAGGCAACCACTAATCTATTTCCTGTCTCTGTAGGTTTTCCTAGTC 600

 55839600 TGGACATTTTTTAAATGGAATCATGCAATATGTGGTCTTTTGTGTCTGGCTTCTTTCACT 55839659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGGACATTTTTTAAATGGAATCATGCAATATGTGGTCTTTTGTGTCTGGCTTCTTTCACT 660

 55839660 TAGAACGTTTTGGAAGTTTATCCATTTTGCTGCATGTATCAGTACTTCCTTTCCTTTTAT 55839719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAGAACGTTTTGGAAGTTTATCCATTTTGCTGCATGTATCAGTACTTCCTTTCCTTTTAT 720

 55839720 TATCCAATATTATTTCATTATATGGGTATAATATATTTTGTTTATCCATTCATCAGTTAA 55839779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATCCAATATTATTTCATTATATGGGTATAATATATTTTGTTTATCCATTCATCAGTTAA 780

 55839780 TGGACATTTGGGTAGTTTCCACTTTTTGTTTCATGTGAATAATTCTGCTATGAACATTTG 55839839
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
      781 TGGACATTTGGGTAGTTTCCACTTTTTGTTTCATGTGAATAATGCTGCTATGAACATTTG 840

 55839840 TGCACAAGTCTTTTATGGACATTTGTTTTCATTCCTCTTGGATAGATACCTAGAAGTGGA 55839899
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
      841 TGCACAAGTCTTTTATGGACATTTGTTTTCATTTCTCTTGGATAGATACCTAGAAGTGGA 900

 55839900 ATTGCTGGGCCATATGGTAACTTTATGTTTAACATTGACAAACTGCCAAACTATTTTCTA 55839959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTGCTGGGCCATATGGTAACTTTATGTTTAACATTGACAAACTGCCAAACTATTTTCTA 960

 55839960 AAGTGGCTACACCATTTTACATTCTCAGCAAACTTAAGAGTTCTAATTTTTTCATATGCT 55840019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAGTGGCTACACCATTTTACATTCTCAGCAAACTTAAGAGTTCTAATTTTTTCATATGCT 1020

 55840020 AATCAATACTTGCTTTTGTCTATACTTAATATTACTGTCATTTTACTGGTTATAAAGAGG 55840079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATCAATACTTGCTTTTGTCTATACTTAATATTACTGTCATTTTACTGGTTATAAAGAGG 1080

 55840080 TATTTCATTATGGTTTTGATGTGCATTTCCCTAATGTCTAATGATGATGAACATCTACTA 55840139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATTTCATTATGGTTTTGATGTGCATTTCCCTAATGTCTAATGATGATGAACATCTACTA 1140

 55840140 GTGTGCATATGGAATATTCTTTTATCTTCTTGGAAGAAATATCTATTTCAAATCGTTTGA 55840199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGTGCATATGGAATATTCTTTTATCTTCTTGGAAGAAATATCTATTTCAAATCGTTTGA 1200

 55840200 CTATTTTTAATTGGATTATATTTGCTTTCCAGTTATTGAGTTATAGGAATTCTTTATATA 55840259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTATTTTTAATTGGATTATATTTGCTTTCCAGTTATTGAGTTATAGGAATTCTTTATATA 1260

 55840260 TTCTGGATACAAATTCCATATTAGATACATGATTTCCAAGTATTTTATCCCAGTCTGTAG 55840319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTCTGGATACAAATTCCATATTAGATACATGATTTCCAAGTATTTTATCCCAGTCTGTAG 1320

 55840320 ATGGGATACCACTTCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATTTTTAATTGTAATGAA 55840379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGGGATACCACTTCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATTTTTAATTGTAATGAA 1380

 55840380 GTTCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTTCATATATAAGACG 55840439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTTCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTTCATATATAAGACG 1440

 55840440 TCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCCC 55840499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCCC 1500

 55840500 TAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTTTGAGTACATTTTT 55840559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTTTGAGTACATTTTT 1560

 55840560 GGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGATATCTAGTTGTCC 55840619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGATATCTAGTTGTCC 1620

 55840620 CAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTATTATCTTGTTGAAA 55840679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTATTATCTTGTTGAAA 1680

 55840680 ATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTTTGGGCTCTATATTATATTATTATGTTGA 55840739
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTCTGGGCTCTATATTATATTATTATGTTGA 1740

 55840740 TCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAA 55840799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAA 1800

 55840800 GTTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAG 55840859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GTTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAG 1860

 55840860 GCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAA 55840919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAA 1920

 55840920 AACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCACCTGTA 55840979
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     1921 AACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCGCCTGTA 1980

 55840980 ATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTA 55841039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTA 2040

 55841040 CAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTC 55841099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTC 2100

 55841100 AATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAG 55841159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAG 2160

 55841160 AATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCA 55841219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCA 2220

 55841220 ATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGAT 55841279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGAT 2280

 55841280 CAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTT 55841339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2281 CAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATCAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTT 2340

 55841340 GAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTT 55841399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTT 2400

 55841400 TATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTT 55841459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTT 2460

 55841460 GATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTG 55841519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTG 2520

 55841520 TATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCA 55841579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCA 2580

 55841580 TTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCA 55841639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCA 2640

 55841640 CAGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATT 55841699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CAGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATT 2700

 55841700 TTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTA 55841759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTA 2760

 55841760 TTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAA 55841819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAA 2820

 55841820 ATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGA 55841879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 ATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGA 2880

 55841880 CTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTT 55841939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTT 2940

 55841940 CCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCA 55841999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 CCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCA 3000

 55842000 TTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGG 55842059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGG 3060

 55842060 AGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGA 55842119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 AGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGA 3120

 55842120 AACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTG 55842179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 AACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTG 3180

 55842180 TAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCT 55842239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCT 3240

 55842240 TGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTC 55842299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTC 3300

 55842300 TCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGG 55842359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGG 3360

 55842360 GTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA-------AA 55842412
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||
     3361 GTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAA 3420

 55842413 GTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAA 55842472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAA 3480

 55842473 ATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTA 55842532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 ATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTA 3540

 55842533 GGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACT 55842592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACT 3600

 55842593 TGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAG 55842652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAG 3660

 55842653 TTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGT 55842712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGT 3720

 55842713 TAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGA 55842772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGA 3780

 55842773 TGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTG 55842832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTG 3840

 55842833 AAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAA 55842892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 AAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAA 3900

 55842893 CAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGT 55842952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 CAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGT 3960

 55842953 ATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAAC 55843012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 ATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAAC 4020

 55843013 C 55843013
          |
     4021 C 4021

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4023 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 4082

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4083 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 4142

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4143 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 4202

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4203 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 4262

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4263 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 4322

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4323 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 4382

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4383 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 4442

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4443 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 4502

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4503 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 4562

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4563 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 4622

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4623 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 4682

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4683 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 4742

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4743 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 4802

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4803 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 4862

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4863 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 4922

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4923 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 4982

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4983 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 5042

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5043 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 5102

 55844107 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 55844166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5103 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 5162

 55844167 TACTATGCCTAA 55844178
          ||||||||||||
     5163 TACTATGCCTAA 5174

Alignment time is 7.16556 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    6392] =>      6392 nucs 'mol-32-3101-088419_6392'

Score:        6346
Aligned:      6390        nucs
Identic:      6386 (100%) nucs =>      1511 (100%)      4875 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845014,55846524] EXCISED REGION [55846528,55851406]
 second seq =>  [       1,    1511] EXCISED REGION [    1515,    6392]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1512,1514]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1512,1512] to [1514,1514]

 55845014 CACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAATAGGCTAA 55845073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAATAGGCTAA 60

 55845074 TAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTTTTTAGTT 55845133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTTTTTAGTT 120

 55845134 CTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTA 55845193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATACTACGGTA 180

 55845194 TCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCC 55845253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAAAGCCTCC 240

 55845254 TCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGA 55845313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTCTGA 300

 55845314 TAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGC 55845373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTCTGC 360

 55845374 AATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTT 55845433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTATTTT 420

 55845434 AACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAAC 55845493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAACAAC 480

 55845494 AAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTT 55845553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGATCTT 540

 55845554 TTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCAC 55845613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAACCAC 600

 55845614 CAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTT 55845673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAGTTT 660

 55845674 CCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGA 55845733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTCTGA 720

 55845734 AATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAG 55845793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTAGAG 780

 55845794 AATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTG 55845853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGCCTG 840

 55845854 CCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATT 55845913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGAATT 900

 55845914 CCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTC 55845973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGACTC 960

 55845974 AGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCT 55846033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAGTCT 1020

 55846034 CGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTG 55846093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTATTG 1080

 55846094 CTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCA 55846153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTTCCA 1140

 55846154 GCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGG 55846213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATAGGG 1200

 55846214 CTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAG 55846273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTGTAG 1260

 55846274 TTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCA 55846333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGGGCA 1320

 55846334 GACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTG 55846393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATTGTG 1380

 55846394 CAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTAT 55846453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTAT 1440

 55846454 GTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACA 55846513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAAACA 1500

 55846514 CAGAGAGAAAG 55846524
          |||||||||||
     1501 CAGAGAGAAAG 1511

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1515 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1574

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1575 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1634

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1635 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1694

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1695 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1754

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1755 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1814

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1815 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1874

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1875 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1934

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1935 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1994

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1995 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2054

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2055 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2114

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2115 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2174

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2175 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2234

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2235 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2294

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2295 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2354

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2355 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2414

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2415 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2474

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2475 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2534

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2535 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2594

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2595 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2654

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2655 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2713

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2714 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2773

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2774 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2833

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2834 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2893

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2894 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2953

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2954 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 3013

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3014 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 3073

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3074 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3133

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3134 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3193

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3194 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3253

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3254 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3313

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3314 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3373

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3374 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3433

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3434 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3493

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3494 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3553

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3554 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3613

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3614 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3673

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3674 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3733

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3734 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3793

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3794 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3853

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3854 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3913

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3914 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3973

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3974 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 4033

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4034 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 4093

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4094 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 4153

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4154 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 4213

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4214 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4273

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4274 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4333

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4334 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4393

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4394 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4453

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4454 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4513

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4514 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 4573

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4574 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 4633

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4634 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 4693

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4694 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 4753

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4754 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 4813

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4814 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 4873

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4874 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 4933

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4934 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 4993

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4994 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 5053

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5054 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 5113

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5114 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 5173

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 55850247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5174 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 5233

 55850248 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 55850307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5234 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 5293

 55850308 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 55850367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5294 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 5353

 55850368 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 55850427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5354 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 5413

 55850428 AGAAAACTGCATAGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 55850487
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5414 AGAAAACTGCATGGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 5473

 55850488 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 55850547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5474 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 5533

 55850548 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 55850607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5534 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 5593

 55850608 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 55850667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5594 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 5653

 55850668 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 55850727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5654 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 5713

 55850728 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 55850787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5714 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 5773

 55850788 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 55850847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5774 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 5833

 55850848 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 55850907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5834 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 5893

 55850908 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 55850967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5894 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 5953

 55850968 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAACTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 55851027
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     5954 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAGCTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 6013

 55851028 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 55851087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6014 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 6073

 55851088 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 55851147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6074 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 6133

 55851148 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 55851207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6134 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 6193

 55851208 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 55851267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6194 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 6253

 55851268 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 55851327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6254 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 6313

 55851328 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACAGGACATCCTCAGACTAACAGC 55851387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6314 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACAGGACATCCTCAGACTAACAGC 6373

 55851388 CTCTCTGTATCTTAAACTA 55851406
          |||||||||||||||||||
     6374 CTCTCTGTATCTTAAACTA 6392

Alignment time is 8.88297 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    6128] =>      6128 nucs 'mol-32-314e-076059_6128'

Score:        6082
Aligned:      6126        nucs
Identic:      6122 (100%) nucs =>      1287 (100%)      4835 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845238,55846524] EXCISED REGION [55846528,55851366]
 second seq =>  [       1,    1287] EXCISED REGION [    1291,    6128]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1288,1290]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1288,1288] to [1290,1290]

 55845238 TTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCA 55845297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCA 60

 55845298 TGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTA 55845357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTA 120

 55845358 TTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTT 55845417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTT 180

 55845418 TGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAG 55845477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAG 240

 55845478 GAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACA 55845537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACA 300

 55845538 AAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACA 55845597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACA 360

 55845598 GTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAA 55845657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAA 420

 55845658 CTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGT 55845717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGT 480

 55845718 TCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTA 55845777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTA 540

 55845778 TTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAA 55845837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAA 600

 55845838 TATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTC 55845897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTC 660

 55845898 TGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTG 55845957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTG 720

 55845958 TACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAAT 55846017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAAT 780

 55846018 AAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATT 55846077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATT 840

 55846078 ACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTC 55846137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTC 900

 55846138 ATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCAT 55846197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCAT 960

 55846198 GGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCAC 55846257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCAC 1020

 55846258 TGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAAT 55846317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAAT 1080

 55846318 GGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGG 55846377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGG 1140

 55846378 ACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTT 55846437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTT 1200

 55846438 TCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTG 55846497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTG 1260

 55846498 TATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          |||||||||||||||||||||||||||
     1261 TATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1287

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1291 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1350

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1351 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1410

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1411 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1470

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1471 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1530

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1531 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1590

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1591 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1650

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1651 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1710

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1711 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1770

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1771 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 1830

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1831 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 1890

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1891 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 1950

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1951 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2010

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2011 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2070

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2071 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2130

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2131 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2190

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2191 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2250

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2251 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2310

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2311 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2370

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2371 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2430

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2431 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2489

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2490 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2549

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2550 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2609

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2610 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2669

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2670 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2729

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2730 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2789

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2790 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 2849

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2850 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 2909

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2910 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 2969

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2970 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3029

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3030 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3089

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3090 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3149

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3150 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3209

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3210 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3269

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3270 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3329

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3389

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3449

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3450 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3509

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3569

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3629

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3630 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3689

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3690 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3749

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3750 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 3809

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3810 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 3869

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3870 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 3929

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3930 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 3989

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3990 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4049

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4050 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4109

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4110 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4169

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4170 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4229

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4230 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4289

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4290 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 4349

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4350 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 4409

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4410 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 4469

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4470 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 4529

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4530 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 4589

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4590 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 4649

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4650 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 4709

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4710 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 4769

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4770 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 4829

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4830 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 4889

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4890 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 4949

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 55850247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4950 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 5009

 55850248 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 55850307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5010 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 5069

 55850308 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 55850367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5070 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 5129

 55850368 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 55850427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5130 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 5189

 55850428 AGAAAACTGCATAGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 55850487
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5190 AGAAAACTGCATGGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 5249

 55850488 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 55850547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5250 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 5309

 55850548 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 55850607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5310 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 5369

 55850608 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 55850667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5370 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 5429

 55850668 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 55850727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5430 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 5489

 55850728 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 55850787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5490 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 5549

 55850788 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 55850847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5550 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 5609

 55850848 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 55850907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5610 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 5669

 55850908 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 55850967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5670 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 5729

 55850968 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAACTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 55851027
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     5730 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAGCTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 5789

 55851028 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 55851087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5790 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 5849

 55851088 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 55851147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5850 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 5909

 55851148 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 55851207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5910 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 5969

 55851208 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 55851267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5970 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 6029

 55851268 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 55851327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6030 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 6089

 55851328 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACA 55851366
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6090 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACA 6128

Alignment time is 8.43301 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    3558] =>      3558 nucs 'mol-32-317a-063499_3558'

Score:        3534
Aligned:      3556        nucs
Identic:      3554 (100%) nucs =>      1223 (100%)      2331 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845302,55846524] EXCISED REGION [55846528,55848860]
 second seq =>  [       1,    1223] EXCISED REGION [    1227,    3558]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1224,1226]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1224,1224] to [1226,1226]

 55845302 TATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAG 55845361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAG 60

 55845362 AACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCT 55845421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCT 120

 55845422 CAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAAT 55845481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAAT 180

 55845482 AAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGA 55845541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGA 240

 55845542 CCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGC 55845601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGC 300

 55845602 TTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAA 55845661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAA 360

 55845662 AGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCAT 55845721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCAT 420

 55845722 TTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTA 55845781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTA 480

 55845782 TAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATT 55845841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATT 540

 55845842 ATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTA 55845901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTA 600

 55845902 TGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACA 55845961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACA 660

 55845962 TGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAAT 55846021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAAT 720

 55846022 GATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACAC 55846081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACAC 780

 55846082 TATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCT 55846141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCT 840

 55846142 GGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGC 55846201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGC 900

 55846202 AATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAA 55846261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAA 960

 55846262 GCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGT 55846321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGT 1020

 55846322 GTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAG 55846381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAG 1080

 55846382 AATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTC 55846441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTC 1140

 55846442 TTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATT 55846501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATT 1200

 55846502 GTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          |||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1223

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1227 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1286

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1287 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1346

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1347 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1406

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1407 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1466

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1467 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1526

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1527 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1586

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1587 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1646

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1647 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1706

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1707 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 1766

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1767 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 1826

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1827 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 1886

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1887 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 1946

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1947 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2006

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2007 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2066

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2067 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2126

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2127 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2186

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2187 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2246

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2247 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2306

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2307 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2366

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2367 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2425

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2426 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2485

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2486 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2545

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2546 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2605

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2606 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2665

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2666 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2725

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2726 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 2785

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2786 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 2845

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2846 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 2905

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2906 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 2965

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2966 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3025

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3026 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3085

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3086 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3145

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3146 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3205

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3206 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3265

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3266 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3325

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3326 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3385

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3386 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3445

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3446 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3505

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGA 55848860
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3506 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGA 3558

Alignment time is 5.18025 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    2357] =>      2357 nucs 'mol-32-317a-064246_2357'

Score:        2333
Aligned:      2356        nucs
Identic:      2349 (100%) nucs =>      1250 ( 99%)      1099 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55841764,55843013] EXCISED REGION [55843027,55844125]
 second seq =>  [       1,    1257] EXCISED REGION [    1259,    2357]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [1258,1258]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [1257,1257] to [1259,1259]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55841764 TAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAATAA 55841823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAATAA 60

 55841824 ACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGACTCC 55841883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGACTCC 120

 55841884 TGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTCCAA 55841943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTCCAA 180

 55841944 AATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCATTAA 55842003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCATTAA 240

 55842004 GAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 55842063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 300

 55842064 CAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACC 55842123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACC 360

 55842124 CCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGT 55842183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTAGT 420

 55842184 CCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCA 55842243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTGCA 480

 55842244 GTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAA 55842303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTCAA 540

 55842304 AACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTT 55842363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGTTT 600

 55842364 AAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA-------AAGTAT 55842416
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||
      601 AAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAAGTAT 660

 55842417 AGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAA 55842476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAATAA 720

 55842477 CAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGG 55842536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGGGG 780

 55842537 AATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCA 55842596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTGCA 840

 55842597 AACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTG 55842656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTTTG 900

 55842657 TATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAA 55842716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTAAA 960

 55842717 CCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGT 55842776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATGGT 1020

 55842777 GTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGT 55842836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAAGT 1080

 55842837 ACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGA 55842896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACAGA 1140

 55842897 ATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATAT 55842956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTATAT 1200

 55842957 TAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 55843013
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 1257

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 1318

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 1378

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 1438

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 1498

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 1558

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 1618

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 1678

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 1738

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 1798

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 1858

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 1918

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 1978

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 2038

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 2098

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 2158

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 2218

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 2278

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 2338

 55844107 TTTCATAACCTACTATACA 55844125
          |||||||||||||||||||
     2339 TTTCATAACCTACTATACA 2357

Alignment time is 3.65931 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    5549] =>      5549 nucs 'mol-32-317a-078812_5549'

Score:        5503
Aligned:      5547        nucs
Identic:      5543 (100%) nucs =>       454 (100%)      5089 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55846071,55846524] EXCISED REGION [55846528,55851620]
 second seq =>  [       1,     454] EXCISED REGION [     458,    5549]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [455,457]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [455,455] to [457,457]

 55846071 CTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCT 55846130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGCATTACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCT 60

 55846131 GCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCC 55846190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCACTTCATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCC 120

 55846191 TTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACA 55846250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCCCATGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACA 180

 55846251 GATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATT 55846310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GATTCACTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATT 240

 55846311 ATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGG 55846370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGTAATGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGG 300

 55846371 GCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGA 55846430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCTGTGGACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGA 360

 55846431 ATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTA 55846490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTTTTTTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTA 420

 55846491 TTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTACTTGTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 454

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      458 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 517

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      518 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 577

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      578 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 637

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      638 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 697

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      698 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 757

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      758 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 817

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      818 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 877

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      878 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 937

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      938 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 997

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      998 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 1057

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1058 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 1117

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1118 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 1177

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1178 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 1237

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1238 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 1297

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1298 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 1357

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1358 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 1417

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1418 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 1477

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1478 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 1537

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1538 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 1597

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1598 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 1656

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1657 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 1716

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1717 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 1776

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1777 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 1836

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1837 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 1896

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1897 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 1956

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1957 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 2016

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2017 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 2076

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2077 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 2136

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2137 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 2196

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2197 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 2256

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2257 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 2316

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2317 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 2376

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2377 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 2436

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2437 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 2496

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2497 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 2556

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2557 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 2616

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2617 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 2676

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2677 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 2736

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2737 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 2796

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2797 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 2856

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2857 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 2916

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2917 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 2976

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2977 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 3036

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3037 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 3096

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3097 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 3156

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3157 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 3216

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3217 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 3276

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3277 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 3336

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3337 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 3396

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3397 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 3456

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3457 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 3516

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3517 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 3576

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3577 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 3636

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3637 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 3696

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3697 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 3756

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3757 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 3816

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3817 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 3876

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3877 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 3936

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3937 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 3996

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3997 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 4056

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4057 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 4116

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 55850247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4117 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 4176

 55850248 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 55850307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4177 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 4236

 55850308 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 55850367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4237 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 4296

 55850368 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 55850427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4297 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 4356

 55850428 AGAAAACTGCATAGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 55850487
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4357 AGAAAACTGCATGGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 4416

 55850488 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 55850547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4417 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 4476

 55850548 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 55850607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4477 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 4536

 55850608 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 55850667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4537 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 4596

 55850668 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 55850727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4597 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 4656

 55850728 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 55850787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4657 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 4716

 55850788 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 55850847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4717 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 4776

 55850848 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 55850907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4777 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 4836

 55850908 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 55850967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4837 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 4896

 55850968 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAACTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 55851027
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     4897 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAGCTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 4956

 55851028 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 55851087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4957 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 5016

 55851088 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 55851147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5017 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 5076

 55851148 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 55851207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5077 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 5136

 55851208 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 55851267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5137 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 5196

 55851268 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 55851327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5197 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 5256

 55851328 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACAGGACATCCTCAGACTAACAGC 55851387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5257 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACAGGACATCCTCAGACTAACAGC 5316

 55851388 CTCTCTGTATCTTAAACTATCTCAAACACTAAGAGTTACCTCTTAGGATTCATGGAAATT 55851447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5317 CTCTCTGTATCTTAAACTATCTCAAACACTAAGAGTTACCTCTTAGGATTCATGGAAATT 5376

 55851448 AAAACACATTAAAGATGTTCATTGTGGTGAGTAACATATTCTGATTATCAGAGGCCATTA 55851507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5377 AAAACACATTAAAGATGTTCATTGTGGTGAGTAACATATTCTGATTATCAGAGGCCATTA 5436

 55851508 GAACAACTCTGCCTATAGCCAGTAACTTCCAAATTGACCTTCCACTAAAAATCACAAATT 55851567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5437 GAACAACTCTGCCTATAGCCAGTAACTTCCAAATTGACCTTCCACTAAAAATCACAAATT 5496

 55851568 TACACACACACACACATATACACACATATATATCTATATAAATACATATATAC 55851620
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5497 TACACACACACACACATATACACACATATATATCTATATAAATACATATATAC 5549

Alignment time is 7.74555 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    6337] =>      6337 nucs 'mol-32-3487-024085_6337'

Score:        6291
Aligned:      6335        nucs
Identic:      6331 (100%) nucs =>      1274 (100%)      5057 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55845251,55846524] EXCISED REGION [55846528,55851588]
 second seq =>  [       1,    1274] EXCISED REGION [    1278,    6337]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1275,1277]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1275,1275] to [1277,1277]

 55845251 TCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTC 55845310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTTATTC 60

 55845311 TGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTC 55845370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTGGTTC 120

 55845371 TGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTAT 55845430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATTTTAT 180

 55845431 TTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAAC 55845490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTAGAAC 240

 55845491 AACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGAT 55845550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCTAGAT 300

 55845551 CTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAAC 55845610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTCAAAC 360

 55845611 CACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAG 55845670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCCAAAG 420

 55845671 TTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTC 55845730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAAACTC 480

 55845731 TGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTA 55845790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATACTTA 540

 55845791 GAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGC 55845850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGTCTGC 600

 55845851 CTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGA 55845910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAATGAGA 660

 55845911 ATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGA 55845970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGACAGGA 720

 55845971 CTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAG 55846030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTTGTAG 780

 55846031 TCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTA 55846090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGAGCTA 840

 55846091 TTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTT 55846150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCCTCTT 900

 55846151 CCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATA 55846210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGCAATA 960

 55846211 GGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTG 55846270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCCTGTG 1020

 55846271 TAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGG 55846330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCACAGG 1080

 55846331 GCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATT 55846390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTTTATT 1140

 55846391 GTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCT 55846450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCTTCCT 1200

 55846451 TATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAA 55846510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTTTAAA 1260

 55846511 ACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||
     1261 ACACAGAGAGAAAG 1274

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1278 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1337

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1338 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1397

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1398 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1457

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1458 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 1517

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1518 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 1577

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1578 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 1637

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1638 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 1697

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1698 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 1757

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1758 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 1817

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1818 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 1877

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1878 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 1937

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1938 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 1997

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1998 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2057

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2058 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2117

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2118 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2177

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2178 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2237

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2238 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2297

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2298 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2357

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2358 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2417

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2418 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2476

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2477 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 2536

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2537 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 2596

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2597 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 2656

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2657 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 2716

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2717 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 2776

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2777 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 2836

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2837 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 2896

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2897 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 2956

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2957 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3016

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3017 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3076

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 55848387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3077 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCAAAATAAATGCTATGTGAGTTGGGGAAAAGGA 3136

 55848388 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 55848447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3137 AAGTGGGTACTACAAGCCTCACAGGGCCCTTAGAATGCTTTGGGTTCCCAGCTGCAGGAA 3196

 55848448 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 55848507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3197 GACCTCAAAGGACACACCTCTAGAGGACAAAGAAAAATTGTCAGACAGCATAGCTTGAAC 3256

 55848508 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 55848567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3257 CCATAAGGAAGCATGAAATAGTTTCCCAGCTGCCTCCAAGCTGCTTCGTAATTTGGGAGG 3316

 55848568 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 55848627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3317 CACCTCTGCCTCCTCTGATACAGTGAGTCACAAGATTAAATAGAGCAGTAATTGTACGTC 3376

 55848628 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 55848687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3377 TCAAGGGTGGATCCCTTAAGAAAAAATAAGTTTGGAGATAATTGTTCTACCAAGTCCTTA 3436

 55848688 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 55848747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3437 ATAAACTTCTTTGCCAAATACCCTTGTTCTCAATTTCCATTGGCGGGGGGTGGGGCAGAA 3496

 55848748 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 55848807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3497 GGGGGTGGTTTATGCTCCACTGACTTCTGCTTATTTCATTTAGGAAGAAAATCCAAAATT 3556

 55848808 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 55848867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3557 CATTGTGATGTGATGCCCAGGATACCAACTGACCCATTTGACAGTCTTGATGAGCCATCT 3616

 55848868 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 55848927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3617 GTTTTTGTTGTAGCCAAAATCTTCTCATCACAGCATCCTATGGTGAGCAAGAGATACGTT 3676

 55848928 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 55848987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3677 TTTAGATGTTATCCTTGTGCATTTATACAGTACCTGTGATATGATTCAAGGTATCCTAAA 3736

 55848988 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 55849047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3737 GGGATTACCAACACTTGTTCAGTTATTCATTTAACCAAACTATTTGACTGTCTTGCTGTA 3796

 55849048 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 55849107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3797 GTCATGGGAATTGTGACTGATATTGGGAATATCACATTGAATAAGACGTGGGTTCCTGCC 3856

 55849108 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 55849167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3857 TAGGAGCTTACAGAAAGTAAATAATTAGCCCTGAAATAGTGTGACTAGTGCTGTGATAGA 3916

 55849168 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 55849227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3917 ATGAGGCAAAAGGAGCGACGGGGAAAGAAAGGAAACACACTTGAAGAAATCAGAGATAGC 3976

 55849228 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 55849287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3977 TTCTAGAAGGAACTATCACTAAAGCTTGGCAGGCATACCAAAAAGGAGTAAGCATTATTG 4036

 55849288 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 55849347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4037 TAGCCCAGAAAAAACAAAAGTATATTCTAGTAGTGGGATCAGCCAAGGAAGATAAAAGCC 4096

 55849348 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 55849407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4097 TCAGATAACCTGGTTAGAGAATTTAAAAAGGCTTATTATGACTAGAATGCAAGGTTTAAT 4156

 55849408 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 55849467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4157 GTAAGTAATTTTACTTTCATCAAACAAATTCAGAATGTGTGGCAGAGATGTTTATTTTGT 4216

 55849468 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 55849527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4217 TTAAGGAAGAAAGTGGTGGAATCTTCAATAGAATTATTGTATTTGATCCGTTAAGTTCAG 4276

 55849528 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 55849587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4277 AAATTTTAGCATATATAGTTTATTAGTGTGTTTTCACACTGCTATGAAGACACTACCCAA 4336

 55849588 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 55849647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4337 GACTTGGTAATTGACAAAGAAAAGAGGTTTAATTGACTCACAGTTCCACATGGCTGGCAA 4396

 55849648 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 55849707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4397 GGCCTCAGGAAACTTACAATCATGGAGGAAGGGAAAGCAGGCACATCTTACATGGCAGCA 4456

 55849708 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 55849767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4457 GGCAAGAGAGAGAATGTCAAGGAAGAACTGTCAAACACTTATAAAACCGTCAGATCTCAT 4516

 55849768 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 55849827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4517 GAGAACTCACTCACTATCATGAGAACAGCATGAGGGAAACTGCTCCTTATGATCCAATCA 4576

 55849828 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 55849887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4577 CCTCCCACCATGTCCTTCCCTGAACACATGGGGATTATGGAGATTACAATTTGAGATGAG 4636

 55849888 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 55849947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4637 ATTTGGGTGGGGACACAGAACCAAATCATATCATATAGTTTGGGGATTTGGGCTGCTGGC 4696

 55849948 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 55850007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4697 GCTCAGAAACCCTCAAAATTCATTTTCTGAATTACGAGAACTTTTCTTTATAAACTTTTT 4756

 55850008 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 55850067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4757 ATTTTAGAATAATTGTAGATTTACAGAAAAGTGCAAGATTGTACAGAGAGTTCTCACATA 4816

 55850068 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 55850127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4817 CGCTACACTCAGTTTTCCCTATTATTAACACCTTGCAATAGTATCATATATTTGTTACGA 4876

 55850128 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 55850187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4877 TTAAAGATCCTAAATTGATATTACTAAGTAAAGTCCATACTTTATTCAGATTTCCTTAGT 4936

 55850188 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 55850247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4937 TTTTATCTAATGTCCTGTTCTGTTCCAGGATCTTGTCCAGGATACCACATTACATTTATT 4996

 55850248 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 55850307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4997 TGTCATGTGCTTCTGGGCTCTGAGTGTCTCAGATTTTACATGGTTTTGATGACCTTGACA 5056

 55850308 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 55850367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5057 GTTTTGAGAAGTAGTTGTCAGGTATTTTGTAAAATCTGCCACAGTTTGGGTTTGTCTGAT 5116

 55850368 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 55850427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5117 GTTTTTCTCATGATTAATCTGAGGTTATGGGTTTGTGGGAGGATGTATAAACTCTTAAGC 5176

 55850428 AGAAAACTGCATAGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 55850487
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5177 AGAAAACTGCATGGGTGTAAGGGAAGGCTGTCCTTAGGCAAAATTGAAAAGTGGGTACAG 5236

 55850488 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 55850547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5237 TTCCCACTAGACAACCATTTCCCCACTACATCCATGCACATTTTCTCTCCACTTCCCCAG 5296

 55850548 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 55850607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5297 CCTCCAACATGCAGTGCTGTCTCTTGTCCATTTCTCCATGCCTCTCAGGTTCTTCCCTAA 5356

 55850608 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 55850667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5357 GGAACGCTTCCTCTACCTTTCCCTCACTGTCTGCATTGGGGCTCACTAGCTCACTTAAGA 5416

 55850668 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 55850727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5417 GCCTATATTATGCCTCCCTCAATCCCCAGAGCTATTACACATGCTACTCTTTACCTAGAA 5476

 55850728 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 55850787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5477 ATTTCTCCGGAATATTCCCTACACCTCTAAATGGCCACTCCATTCCATTCTACACCCCTA 5536

 55850788 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 55850847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5537 TTGACCTCCCTTTCATACTTCCTGTCTCAGACAAACATCACCTTCCCGAGGAAGACCATC 5596

 55850848 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 55850907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5597 TATCCCTTGGCCACACCTTGCCTCTTGGAAAGTCAGATCCTTCTACTCTTAGGGAAGCTT 5656

 55850908 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 55850967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5657 GAGCTGTATTTTCATAGTATTTGTCTCAGGTTCTGATCAGATGCTCATGTGATTCTGTGA 5716

 55850968 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAACTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 55851027
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     5717 TTAATGCCTACTTTGTCCTATTATTTGTAAGCTGTATGAGGGCAGAAAATATTTCTATTT 5776

 55851028 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 55851087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5777 TTTCAAACCGAATATTGTCGGTGCTTTGCACAGGCCCTGACAGCCATTAGACATGCACTG 5836

 55851088 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 55851147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5837 CATATCAGTTAGAGGGAGGAAAGGAGAGATAAAGACAATAGAAAACACCAGCTTGGTTCT 5896

 55851148 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 55851207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5897 CTGACTTGATTAATCTGCGTTCTGGGATCTTAAAGACTATAGCAGTGTAACTTCAGTTTT 5956

 55851208 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 55851267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5957 CTGTGAGCATGGTAAGAAGCATTCCAAGGTAAAGTATGGAGGGCATGCTTTAAAAGAGCA 6016

 55851268 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 55851327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6017 AAGTTACCACCCTATGAAACAAAATATGGGGTGATAACACCTGTAGTAATAAGAAAATGT 6076

 55851328 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACAGGACATCCTCAGACTAACAGC 55851387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6077 TTTTGCATTAGCACATGCCATTCCACCTTATGAGACACAGGACATCCTCAGACTAACAGC 6136

 55851388 CTCTCTGTATCTTAAACTATCTCAAACACTAAGAGTTACCTCTTAGGATTCATGGAAATT 55851447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6137 CTCTCTGTATCTTAAACTATCTCAAACACTAAGAGTTACCTCTTAGGATTCATGGAAATT 6196

 55851448 AAAACACATTAAAGATGTTCATTGTGGTGAGTAACATATTCTGATTATCAGAGGCCATTA 55851507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6197 AAAACACATTAAAGATGTTCATTGTGGTGAGTAACATATTCTGATTATCAGAGGCCATTA 6256

 55851508 GAACAACTCTGCCTATAGCCAGTAACTTCCAAATTGACCTTCCACTAAAAATCACAAATT 55851567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6257 GAACAACTCTGCCTATAGCCAGTAACTTCCAAATTGACCTTCCACTAAAAATCACAAATT 6316

 55851568 TACACACACACACACATATAC 55851588
          |||||||||||||||||||||
     6317 TACACACACACACACATATAC 6337

Alignment time is 8.79606 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    3442] =>      3442 nucs 'mol-32-349d-128740_3442'

Score:        3385
Aligned:      3441        nucs
Identic:      3431 (100%) nucs =>      2630 (100%)       801 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55840382,55843013] EXCISED REGION [55843027,55843828]
 second seq =>  [       1,    2639] EXCISED REGION [    2641,    3442]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [2640,2640]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [2639,2639] to [2641,2641]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55840382 TCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTTCATATATAAGACGTC 55840441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGTTTCATATATAAGACGTC 60

 55840442 CTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCCCTA 55840501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGTTTTGTTTTTTTTCCCTA 120

 55840502 GGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTTTGAGTACATTTTTGG 55840561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCATTTTGAGTACATTTTTGG 180

 55840562 ATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGATATCTAGTTGTCCCA 55840621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTGGATATCTAGTTGTCCCA 240

 55840622 ACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTATTATCTTGTTGAAAAT 55840681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTTATTATCTTGTTGAAAAT 300

 55840682 CAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTTTGGGCTCTATATTATATTATTATGTTGATC 55840741
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTCTGGGCTCTATATTATATTATTATGTTGATC 360

 55840742 TACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAAGT 55840801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATTAAAGCTTTACAGTAAGT 420

 55840802 TTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGC 55840861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGC 480

 55840862 CGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAAAA 55840921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACAAGGCAAAA 540

 55840922 CACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCACCTGTAAT 55840981
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      541 CACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGGTGGCACGCGCCTGTAAT 600

 55840982 CCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTACA 55841041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCTGGGAGGTGGAGGTTACA 660

 55841042 GTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTCAA 55841101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAGCTAGACTCTGTCTCAA 720

 55841102 TAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAGAA 55841161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTTATTTCCATTTTCAAGAA 780

 55841162 TTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCAAT 55841221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTTAGGATAAGCTAGTCAAT 840

 55841222 TTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGATCA 55841281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGTATTGAATCTACAGATCA 900

 55841282 ATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTTGA 55841341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGACCTGATTCATGAACTTGA 960

 55841342 AATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTTTA 55841401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACTATGTTTTGTAGTTTTTA 1020

 55841402 TGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTTGA 55841461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGTATGTTTATTCCTTTTGA 1080

 55841462 TGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTGTA 55841521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGATTGTTAGTTGTTACTGTA 1140

 55841522 TAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCATT 55841581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCCATCTTGCTGAACTCATT 1200

 55841582 TATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCACA 55841641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTCCTTTTTTTCACTTCACA 1260

 55841642 GTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATTTT 55841701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCCTTTTTAATTTCCATTTT 1320

 55841702 AATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTATT 55841761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATATTTATCCATTCTTCTATT 1380

 55841762 GATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAAT 55841821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTATCACAAAAAAACTAAAAT 1440

 55841822 AAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGACT 55841881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATCTTTTTATAGGTCAGACT 1500

 55841882 CCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTCC 55841941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAAATTTTAGCAATTGTTCC 1560

 55841942 AAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCATT 55842001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAAGACATGGTAGATTCATT 1620

 55842002 AAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG 55842061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAG 1680

 55842062 GCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAA 55842121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAA 1740

 55842122 CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTA 55842181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGCTGGCGACTGTA 1800

 55842182 GTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTG 55842241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAACCCGAGAGGCGGAGCTTG 1860

 55842242 CAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTC 55842301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAAGAGAGGGACTCCGTCTC 1920

 55842302 AAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGT 55842361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAATTGTCCTTTAGCTGGGT 1980

 55842362 TTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTA-------AAGT 55842414
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||
     1981 TTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGATAGTTAGAGTGTTAAGT 2040

 55842415 ATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAAT 55842474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAACACTTTTAACTAGAAAT 2100

 55842475 AACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGG 55842534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTTGCTAGCAGATTCTTAGG 2160

 55842535 GGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTG 55842594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTGCAATTCAGAAACACTTG 2220

 55842595 CAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTT 55842654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAATAAATGATTACTCGAGTT 2280

 55842655 TGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTA 55842714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATTTTGGTGTAAAATGGTTA 2340

 55842715 AACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATG 55842774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATTCCAAAGAAAGTATGATG 2400

 55842775 GTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAA 55842834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTTCTAAAGAGAGTTTTGAA 2460

 55842835 GTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACA 55842894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAATTGTGCAGAAAAAAAACA 2520

 55842895 GAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTAT 55842954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACTATATGCTGAGTAAGTAT 2580

 55842955 ATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 55843013
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGAAGAAGTGAACTGAACC 2639

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 2700

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 2760

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 2820

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 2880

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2881 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATAGAAGCCATTGCGTT 2940

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 3000

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 3060

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 3120

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 3180

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 3240

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 3300

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 3360

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 3420

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAG 55843828
          ||||||||||||||||||||||
     3421 TAGTTATTATAACATCATAGAG 3442

Alignment time is 5.16267 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    3599] =>      3599 nucs 'mol-32-349d-129120_3599'

Score:        3575
Aligned:      3597        nucs
Identic:      3595 (100%) nucs =>      1768 (100%)      1827 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55844757,55846524] EXCISED REGION [55846528,55848356]
 second seq =>  [       1,    1768] EXCISED REGION [    1772,    3599]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55846525,55846527]
 second seq =>         3 nucs [1769,1771]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846524,55846524] to [55846527,55846527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55846525,55846525] to [55846527,55846527]
 second seq =>         1 nucs [1769,1769] to [1771,1771]

 55844757 TTTTCCATCATATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACT 55844816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTCCATCATATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACT 60

 55844817 ATATTACTTATTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTC 55844876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATATTACTTATTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTC 120

 55844877 TTAGTTTGTGATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTAT 55844936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAGTTTGTGATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTAT 180

 55844937 TTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTA 55844996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCTCTGTAATATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTA 240

 55844997 ATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTA 55845056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGTAAGCTTGAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTA 300

 55845057 TTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAA 55845116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTGATAAATAGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAA 360

 55845117 CTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACG 55845176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGTAATTTTTTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACG 420

 55845177 GTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTA 55845236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTTTCATACTACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTA 480

 55845237 TTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTC 55845296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTTGTTGAAAGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTC 540

 55845297 ATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTT 55845356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTTTATTTATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTT 600

 55845357 ATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATT 55845416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTAGAACTGGTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATT 660

 55845417 TTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAA 55845476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGCTCAATTTTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAA 720

 55845477 GGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAAC 55845536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGAATAAGTAGAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAAC 780

 55845537 AAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAAC 55845596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAGACCCCTAGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAAC 840

 55845597 AGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGA 55845656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGTGCTTTTCAAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGA 900

 55845657 ACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGG 55845716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACTAAAGCCCAAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGG 960

 55845717 TTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTT 55845776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCATTTTAAACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTT 1020

 55845777 ATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTA 55845836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTTATAATACTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTA 1080

 55845837 ATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTT 55845896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATATTATAGTCTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTT 1140

 55845897 CTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCT 55845956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTGTATGAATGAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCT 1200

 55845957 GTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAA 55846016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTACATGGACAGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAA 1260

 55846017 TAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCAT 55846076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAAATGATTTGTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCAT 1320

 55846077 TACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTT 55846136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TACACTATGAGCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTT 1380

 55846137 CATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCA 55846196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CATCTGGGCCTCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCA 1440

 55846197 TGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCA 55846256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGGGCAATGCAATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCA 1500

 55846257 CTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAA 55846316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTGAAGCCCCTGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAA 1560

 55846317 TGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTG 55846376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGGGTGTGCACAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTG 1620

 55846377 GACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTT 55846436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GACAGAATTTTATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTT 1680

 55846437 TTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTT 55846496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTCTCTTTCTTCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTT 1740

 55846497 GTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 55846524
          ||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTATTGTTTTTAAAACACAGAGAGAAAG 1768

EXCISED REGION

 55846528 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 55846587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1772 TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGGATCTACAGAATGATGGGACAACTG 1831

 55846588 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 55846647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1832 ACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAACAACACTATCATCAAATGAAATTT 1891

 55846648 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 55846707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1892 GCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGCATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAG 1951

 55846708 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 55846767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1952 AACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGTGCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGA 2011

 55846768 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 55846827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2012 AATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACTAGATCATGCATTTTTGAGAGGGGT 2071

 55846828 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 55846887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2072 CTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAAAAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAA 2131

 55846888 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 55846947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2132 TAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACATGTTAGAATAAG 2191

 55846948 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 55847007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2192 AGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGAAGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAG 2251

 55847008 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 55847067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2252 GAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTCAAATGGAACAGAAAAATCATATAC 2311

 55847068 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 55847127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2312 AATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCATCAGGAGGTCACATGTGACCTTGGA 2371

 55847128 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 55847187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2372 GATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAGAGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAA 2431

 55847188 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 55847247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2432 GAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACCTTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGA 2491

 55847248 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 55847307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2492 TGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTTGATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAG 2551

 55847308 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 55847367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2552 AAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAATGTCACCTGAAAAACTGCTCCCAT 2611

 55847368 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 55847427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2612 TGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTTTCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCA 2671

 55847428 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 55847487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2672 ACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAAGATTAAAATAAAAGAACTAATTCC 2731

 55847488 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 55847547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2732 TGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTAACAATAATCTTTTATTCATCATCT 2791

 55847548 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 55847607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2792 TTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTGAAATCTCAATTTATTAACAAGACA 2851

 55847608 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 55847667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2852 ATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCTGATACGCAAATTTGCTAATGCAGA 2911

 55847668 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTG 55847727
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     2912 ATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAAAAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTG 2970

 55847728 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 55847787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2971 TTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAACTTCTCTTCTTACAACTAAATTTG 3030

 55847788 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 55847847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3031 TAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCATGGATTTTCATGGATTTATTATTG 3090

 55847848 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 55847907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3091 GTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGAGTCACTTTCCTCTGGCATATACTG 3150

 55847908 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 55847967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3151 CAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTCTCTCACACCCAGCTTGAACCATCA 3210

 55847968 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 55848027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3211 GCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTGAGTGGACACTGCTGTCTTTATGTA 3270

 55848028 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 55848087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3271 GATGTCCACAGGAAACAAGGCTGTGAACTAAATCTGATACATTTTAAAGTCCAAGAAAGG 3330

 55848088 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTCAAGCACTCTCCAAAACAAC 55848147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3331 AACCCTAAGAAATTGAATCCCATTCCCTTCTTAACTGTTTTAAGCACTCTCCAAAACAAC 3390

 55848148 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 55848207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3391 GCCTTTCTGAGCTCTTCTGTGAGACTCTCCACTCTACTTTTTGAAACTCCATTTGCTTCT 3450

 55848208 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 55848267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3451 CATGATATCCCACCACCCTCTCTACCCACGCCCATCCTTCTAGCACAGTGCCCTAAATCC 3510

 55848268 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 55848327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3511 GATTCATTCCATCCATTTAATACTCTGGGGCTGGGGACCAAGGGACAGTCAACAATATGA 3570

 55848328 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCA 55848356
          |||||||||||||||||||||||||||||
     3571 CTAATGAGGAACATGACCCTCCTTTCCCA 3599

Alignment time is 5.21286 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55833175,55856429] =>     23255 nucs '6 dna:chromosome chromosome:GRCh37:6:1:171115067:1'
Second seq [       1,    9974] =>      9974 nucs 'mol-32-34c9-110338_9974'

Score:        9856
Aligned:      9977        nucs
Identic:      9957 (100%) nucs =>      4983 (100%)      4974 (100%)
Gaps:           14 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55838025,55843013] EXCISED REGION [55843027,55848004]
 second seq =>  [       1,    4996] EXCISED REGION [    4998,    9974]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        13 nucs [55843014,55843026]
 second seq =>         1 nucs [4997,4997]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843014,55843014] to [55843027,55843027]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55843013,55843013] to [55843027,55843027]
 second seq =>         1 nucs [4996,4996] to [4998,4998]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55838025 CAGAGACTATATCCTACTCACTTTCCCTTCCTCATTACCTAAAAGAGTGTGTGGAATTTA 55838084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGAGACTATATCCTACTCACTTTCCCTTCCTCATTACCTAAAAGAGTGTGTGGAATTTA 60

 55838085 GCAACAGTTCAATAAATGTATCTCGAATAAATGCATGCATGGAAAATGCCTATACTAACA 55838144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCAACAGTTCAATAAATGTATCTCGAATAAATGCATGCATGGAAAATGCCTATACTAACA 120

 55838145 GAAATCTAAAAATATAAAGAAAGCATAATTTAAAAAATCTTGGTCTGGTGCTGTGTATGT 55838204
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAATTTAAAAATATAAAGAAAGCATAATTTAAAAAATCTTGGTCTGGTGCTGTGTATGT 180

 55838205 CAAACCTCAATTCCAAAAGATTATACATTTTCCCTATATCAGATATTTTTAATTTTGTAA 55838264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAAACCTCAATTCCAAAAGATTATACATTTTCCCTATATCAGATATTTTTAATTTTGTAA 240

 55838265 AATACTATTACATTTTCAAATGTGACAACTTGATACATGGAAAATCACTAAACAGAGAAA 55838324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATACTATTACATTTTCAAATGTGACAACTTGATACATGGAAAATCACTAAACAGAGAAA 300

 55838325 CAGGGTGATACATGAATTATTTGAATTCATCTGACTGAAGTGAACCTGATTAGAATTATA 55838384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGGGTGATACATGAATTATTTGAATTCATCTGACTGAAGTGAACCTGATTAGAATTATA 360

 55838385 AACTGTAATTGAATTATTTTCCCAGCAAGCTACTGAAAAAAGGTGTGAATACTACACAAA 55838444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AACTGTAATTGAATTATTTTCCCAGCAAGCTACTGAAAAAAGGTGTGAATACTACACAAA 420

 55838445 TACTCTTTATTTATTGCAAATTAAGCTTAACTGAAGTTTGTTCATTTTCATTGCTTCAGA 55838504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TACTCTTTATTTATTGCAAATTAAGCTTAACTGAAGTTTGTTCATTTTCATTGCTTCAGA 480

 55838505 ACTCTTACTGTTGCTATTGACAACCAACTATCGGTTCATTCTACAGATAGATACAGAGAT 55838564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACTCTTACTGTTGCTATTGACAACCAACTATCGGTTCATTCTACAGATAGATACAGAGAT 540

 55838565 AAAATAACTTATACAGATAAATAATTTTTATAATTCATTCTAAAAATGGGTGGAAAGTTA 55838624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAAATAACTTATACAGATAAATAATTTTTATAATTCATTCTAAAAATGGGTGGAAAGTTA 600

 55838625 AAGGATAGGGAAATACTTATAGTATAGGGATGTAGAAGTAAATGCAGTATGCTAGGGTTT 55838684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGGATAGGGAAATACTTATAGTATAGGGATGTAGAAGTAAATGCAGTATGCTAGGGTTT 660

 55838685 TGTTTTCATAATGTCCATGCATCCAAGAAAACACTGTAGTTGTTAATCTTATATAAAAGA 55838744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTTTTCATAATGTCCATGCATCCAAGAAAACACTGTAGTTGTTAATCTTATATAAAAGA 720

 55838745 GAAAGCAGATTTAAGGTTGATTTATTTAATGTTATAAAGAAAAGTGATTTTTAAATAGTG 55838804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAAAGCAGATTTAAGGTTGATTTATTTAATGTTATAAAGAAAAGTGATTTTTAAATAGTG 780

 55838805 ATATGGAAAAAATTATATTACTTTCCCACTTGATATAAAATAGTATTATGAGAAATAGTG 55838864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATATGGAAAAAATTATATTACTTTCCCACTTGATATAAAATAGTATTATGAGAAATAGTG 840

 55838865 ATTTTTTAAAAGAGAAAGGGTGTTCAAGTTATAAATATGATTTGTTTTTATAGTTCTGTA 55838924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTTTTTAAAAGAGAAAGGGTGTTCAAGTTATAAATATGATTTGTTTTTATAGTTCTGTA 900

 55838925 TCAACTAGATGTAAGTTCTTTGGAATCAGGAACTATATCATTCACCTTTTTATCTCCAGG 55838984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCAACTAGATGTAAGTTCTTTGGAATCAGGAACTATATCATTCACCTTTTTATCTCCAGG 960

 55838985 ACATAGTCTAGTGTCAATAATTAATTGACAAATGAATGAACAGATCCCATCATTAACAAG 55839044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACATAGTCTAGTGTCAATAATTAATTGACAAATGAATGAACAGATCCCATCATTAACAAG 1020

 55839045 AGCTACATTCATGATGTATTATACTAATCTATTGAGTATGTATTTATGATAGACTTATTC 55839104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGCTACATTCATGATGTATTATACTAATCTATTGAGTATGTATTTATGATAGACTTATTC 1080

 55839105 CTTATAAGAAACACTAAATCAATTTGTGTGTTAAAACATATTAAAATAAATCAGAATTGA 55839164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTTATAAGAAACACTAAATCAATTTGTGTGTTAAAACATATTAAAATAAATCAGAATTGA 1140

 55839165 ATAAAGTAGTGTTTGAATACTTCCCTCCCAATCCTTCCTCCTCCCTCCCTAGAGTCATTA 55839224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATAAAGTAGTGTTTGAATACTTCCCTCCCAATCCTTCCTCCTCCCTCCCTAGAGTCATTA 1200

 55839225 ACAATTTCCTGAATGTATATAGTCCCATCTTTTTCTATGCTTATTTAAATACATATACAT 55839284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ACAATTTCCTGAATGTATATAGTCCCATCTTTTTCTATGCTTATTTAAATACATATACAT 1260

 55839285 ATATTTAAACAAATTATAGATATTTAAACACATAGATATATATGTACTTTTAAACAAAAA 55839344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     1261 ATATTTAAACAAATTATAGATATTTAAACACATAGACATATATGTACTTTTAAACAAAAA 1320

 55839345 TTGAATCTTGTTACACATAATGCTTTTTTAATTTTATTGAGAATAAATTCATATACCATA 55839404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGAATCTTGTTACACATAATGCTTTTTTAATTTTATTGAGAATAAATTCATATACCATA 1380

 55839405 ACATTTATTCATTTTTAAAATCATTGGTTCTTAGTGATTGTACAGTTTTATACAACCATT 55839464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ACATTTATTCATTTTTAAAATCATTGGTTCTTAGTGATTGTACAGTTTTATACAACCATT 1440

 55839465 ATCACATTCAAAGTTTAGAACATTTTTATCCACTGAAAAAGAAACCTTAGCAGTCATTTC 55839524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATCACATTCAAAGTTTAGAACATTTTTATCCACTGAAAAAGAAACCTTAGCAGTCATTTC 1500

 55839525 CTCTTCCCCCAGCCCCCACCCCCAAGTCATAGGCAACCACTAATCTATTTCCTGTCTCTG 55839584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTCTTCCCCCAGCCCCCACCCCCAAGTCATAGGCAACCACTAATCTATTTCCTGTCTCTG 1560

 55839585 TAGGTTTTCCTAGTCTGGACATTTTTTAAATGGAATCATGCAATATGTGGTCTTTTGTGT 55839644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAGGTTTTCCTAGTCTGGACATTTTTTAAATGGAATCATGCAATATGTGGTCTTTTGTGT 1620

 55839645 CTGGCTTCTTTCACTTAGAACGTTTTGGAAGTTTATCCATTTTGCTGCATGTATCAGTAC 55839704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTGGCTTCTTTCACTTAGAACGTTTTGGAAGTTTATCCATTTTGCTGCATGTATCAGTAC 1680

 55839705 TTCCTTTCCTTTTATTATCCAATATTATTTCATTATATGGGTATAATATATTTTGTTTAT 55839764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTCCTTTCCTTTTATTATCCAATATTATTTCATTATATGGGTATAATATATTTTGTTTAT 1740

 55839765 CCATTCATCAGTTAATGGACATTTGGGTAGTTTCCACTTTTTGTTTCATGTGAATAATTC 55839824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1741 CCATTCATCAGTTAATGGACATTTGGGTAGTTTCCACTTTTTGTTTCATGTGAATAATGC 1800

 55839825 TGCTATGAACATTTGTGCACAAGTCTTTTATGGACATTTGTTTTCATTCCTCTTGGATAG 55839884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1801 TGCTATGAACATTTGTGCACAAGTCTTTTATGGACATTTGTTTTCATTTCTCTTGGATAG 1860

 55839885 ATACCTAGAAGTGGAATTGCTGGGCCATATGGTAACTTTATGTTTAACATTGACAAACTG 55839944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATACCTAGAAGTGGAATTGCTGGGCCATATGGTAACTTTATGTTTAACATTGACAAACTG 1920

 55839945 CCAAACTATTTTCTAAAGTGGCTACACCATTTTACATTCTCAGCAAACTTAAGAGTTCTA 55840004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCAAACTATTTTCTAAAGTGGCTACACCATTTTACATTCTCAGCAAACTTAAGAGTTCTA 1980

 55840005 ATTTTTTCATATGCTAATCAATACTTGCTTTTGTCTATACTTAATATTACTGTCATTTTA 55840064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTTTTTCATATGCTAATCAATACTTGCTTTTGTCTATACTTAATATTACTGTCATTTTA 2040

 55840065 CTGGTTATAAAGAGGTATTTCATTATGGTTTTGATGTGCATTTCCCTAATGTCTAATGAT 55840124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTGGTTATAAAGAGGTATTTCATTATGGTTTTGATGTGCATTTCCCTAATGTCTAATGAT 2100

 55840125 GATGAACATCTACTAGTGTGCATATGGAATATTCTTTTATCTTCTTGGAAGAAATATCTA 55840184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GATGAACATCTACTAGTGTGCATATGGAATATTCTTTTATCTTCTTGGAAGAAATATCTA 2160

 55840185 TTTCAAATCGTTTGACTATTTTTAATTGGATTATATTTGCTTTCCAGTTATTGAGTTATA 55840244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTTCAAATCGTTTGACTATTTTTAATTGGATTATATTTGCTTTCCAGTTATTGAGTTATA 2220

 55840245 GGAATTCTTTATATATTCTGGATACAAATTCCATATTAGATACATGATTTCCAAGTATTT 55840304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GGAATTCTTTATATATTCTGGATACAAATTCCATATTAGATACATGATTTCCAAGTATTT 2280

 55840305 TATCCCAGTCTGTAGATGGGATACCACTTCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATT 55840364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TATCCCAGTCTGTAGATGGGATACCACTTCATGTAGATGGTGTTGTCTGAAGCAAAAATT 2340

 55840365 TTTAATTGTAATGAAGTTCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGT 55840424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTTAATTGTAATGAAGTTCAACTTGTTAATTATTTTTCTTTTATCATTTGTGGTTTTGGT 2400

 55840425 TTCATATATAAGACGTCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGT 55840484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TTCATATATAAGACGTCCTTGGCTAATCCAAGGTCATGAAGATTTGTTCCTATGTTTTGT 2460

 55840485 TTTGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCAT 55840544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTTGTTTTTTTTCCCTAGGAGTTTTATGTTTTGACTCTTACATTTTGTTCATTGGTTCAT 2520

 55840545 TTTGAGTACATTTTTGGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTG 55840604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTTGAGTACATTTTTGGATATAATGCGAGATAAGGCTCCAAATTCATTCTTCTGAATGTG 2580

 55840605 GATATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTT 55840664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GATATCTAGTTGTCCCAACATCATTTGTGGAAAAGAATATTTCTCCCACTGAATTGCTTT 2640

 55840665 ATTATCTTGTTGAAAATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTTTGGGCTCTATATT 55840724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     2641 ATTATCTTGTTGAAAATCAATTGACTACTAAAGTAAAGGTTTATTTCTGGGCTCTATATT 2700

 55840725 ATATTATTATGTTGATCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATT 55840784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 ATATTATTATGTTGATCTACATGTCTATATTTTTGCCATCACCACACTGTCTAGATTATT 2760

 55840785 AAAGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATC 55840844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AAAGCTTTACAGTAAGTTTTAAAAGTAGATGGCAGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATC 2820

 55840845 CTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCC 55840904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGCGGTTCAAGACCAGCC 2880

 55840905 TGGCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGG 55840964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TGGCCAACAAGGCAAAACACCCATCTCTACTAAATGTACAAAAAAATTAAGCAGGTGTGG 2940

 55840965 TGGCACGCACCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCT 55841024
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGGCACGCGCCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATCTCTTGAGCCT 3000

 55841025 GGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGA 55841084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGGTGAGATGGTGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGA 3060

 55841085 GCTAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTT 55841144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GCTAGACTCTGTCTCAATAAAATAAAAAATAAAATTAGAAAGTGTGAGTTCTCCAATTTT 3120

 55841145 ATTTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTT 55841204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 ATTTCCATTTTCAAGAATTTTTTGGCCATTCTGGGTCCCTTACATTTCCATATGAATTTT 3180

 55841205 AGGATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGT 55841264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 AGGATAAGCTAGTCAATTTCTAGGGGAAAAAAATCCAACTGGTATTTTGGTAAGGATTGT 3240

 55841265 ATTGAATCTACAGATCAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGAC 55841324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 ATTGAATCTACAGATCAATTTGAAAAATGTTGCTATTTCAACAATATTAAGTCTTCTGAC 3300

 55841325 CTGATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACT 55841384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 CTGATTCATGAACTTGAAATGCTTTTCCATTTATTTAGATCTTCTTCAACTTTTTCAACT 3360

 55841385 ATGTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGT 55841444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 ATGTTTTGTAGTTTTTATGGTACAAGTCTTGAAGTTTTATTGGTAAATTTATTCCCTAGT 3420

 55841445 ATGTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGAT 55841504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 ATGTTTATTCCTTTTGATGCCATTGTGAATGAAATTATTGTGGCAATTTTATTTTTAGAT 3480

 55841505 TGTTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCC 55841564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TGTTAGTTGTTACTGTATAGAAATGTGATTAATATTTGAATATTAATTTTGTGTCCTGCC 3540

 55841565 ATCTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTC 55841624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 ATCTTGCTGAACTCATTTATTATGTCAAGAATTTTTAATTAATACATATTTTCAAAATTC 3600

 55841625 CTTTTTTTCACTTCACAGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCC 55841684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 CTTTTTTTCACTTCACAGTATATGGATATGTCTGTCTTTACAAGTCAGTTCATATACGCC 3660

 55841685 TTTTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATAT 55841744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TTTTTAATTTCCATTTTAATAGTTGTCTGGTATTTCACATTATGATATAACAAAATATAT 3720

 55841745 TTATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTAT 55841804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TTATCCATTCTTCTATTGATAAGCCTTTATACTGATTTTTCTTATTTTTTGTTTTGCTAT 3780

 55841805 CACAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATC 55841864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 CACAAAAAAACTAAAATAAACATTTTTAATTATACCTGTAACTACTCACTTGTCCTTATC 3840

 55841865 TTTTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAA 55841924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TTTTTATAGGTCAGACTCCTGAAAACAGAATTGACTGGTCGTAGTATACATTTATCTAAA 3900

 55841925 ATTTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAA 55841984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 ATTTTAGCAATTGTTCCAAAATTGTTCCTCAAAAGAGTCCAGATTTTTCTCTCATCAAAA 3960

 55841985 GACATGGTAGATTCATTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAA 55842044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GACATGGTAGATTCATTAAGAATGAATATCAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAA 4020

 55842045 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCC 55842104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGATATCGAGACCATCC 4080

 55842105 TGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCAT 55842164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAGTTAGCTGGGCAT 4140

 55842165 GGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAAC 55842224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 GGTGGCTGGCGACTGTAGTCCCAGCTACTAAGGAGGCTGAGGCGGGAGAATGGCGTGAAC 4200

 55842225 CCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAA 55842284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 CCGAGAGGCGGAGCTTGCAGTGATCCGAGATTGCGCCGCTGCACTCCAGCCTGGGGGAAA 4260

 55842285 GAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAA 55842344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 GAGAGGGACTCCGTCTCAAAACAAAAGAATGACCATCAAAAAGTGAGCAATTCCTCATAA 4320

 55842345 TTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGA 55842404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TTGTCCTTTAGCTGGGTTTAAAAGGTCCTCTCCAAAACAGCAGCAAGACCTCTTCTGTGA 4380

 55842405 TAGTTA-------AAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAA 55842457
          ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 TAGTTAGAGTGTTAAGTATAGATATTCAGTATTGCTGGTGAAGGCATCTTTCTTTTTAAA 4440

 55842458 CACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTT 55842517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 CACTTTTAACTAGAAATAACAGAGAGGAACTAACATGCTGAGAAGCTTTCTGACACTTTT 4500

 55842518 GCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTG 55842577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 GCTAGCAGATTCTTAGGGGAATGTGGTTCACTAGGTCTCAAAATATAAAGCACATGTTTG 4560

 55842578 CAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAAT 55842637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 CAATTCAGAAACACTTGCAAACTGGGTATAGCTGTATACTCAACAAGGACTTCTCAAAAT 4620

 55842638 AAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATT 55842697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 AAATGATTACTCGAGTTTGTATATACCTACAAACTGATACATATGTCATCTATGTGAATT 4680

 55842698 TTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATT 55842757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 TTGGTGTAAAATGGTTAAACCCTCTTGCTGCTGCCAAAGGAGGTGTATTTTAATCGTATT 4740

 55842758 CCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTT 55842817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 CCAAAGAAAGTATGATGGTGTCACCCACCAGGAAATGTCTGTTAGTTTACACCCCTGCTT 4800

 55842818 CTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAAT 55842877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 CTAAAGAGAGTTTTGAAGTACTTCTCCATTGCCTCACCAAATTCCCATACTTTGTAGAAT 4860

 55842878 TGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACT 55842937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 TGTGCAGAAAAAAAACAGAATGGGAACAAAATGTTTGATAGGAATTACTTAACAAAGACT 4920

 55842938 ATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGA 55842997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 ATATGCTGAGTAAGTATATTAGCAAAAACTAAGATCTTTCTGCCTTATTAATAAGAAGGA 4980

 55842998 AGAAGTGAACTGAACC 55843013
          ||||||||||||||||
     4981 AGAAGTGAACTGAACC 4996

EXCISED REGION

 55843027 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 55843086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4998 CACTGGGAAATGAGAAATGCAGGCCATCCCAGCTCAGAACTTAGAAACTTTGCCACTAGA 5057

 55843087 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 55843146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5058 TTCAGGTTTATCAGTGATTTTGTTTTTATTGAGAAAGAACTAACTAAAAGCAGAATTCAA 5117

 55843147 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 55843206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5118 GGTACAGGATTTCTAGTTGAAATGTATGTATTTGGGGCTAAATTAACACTAGAGTGAAAA 5177

 55843207 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 55843266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5178 CTGAATTGCTTACAATTTGTCAAGATTTCTTTGTTCTTAATCCAAAATGTGTTTTTAGCT 5237

 55843267 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 55843326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5238 TTCATCTCAGCTCCAAAGCACATAACTGCTAAACAATTTCCATATGGAAGCCATTGCGTT 5297

 55843327 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 55843386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5298 AAGAGTTCTGGACAAAATAATGATACATGGTTGCCTTAAAGGAGTTTACTGTACAGTTGG 5357

 55843387 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 55843446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5358 AAAGATAGGCATGCAGATACAAAGATATAACACAAGGTCCTATAAAAATCTATAGCTCAT 5417

 55843447 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 55843506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5418 TGTTTGCAGAGATTTTTCATGCATTCTACATTTAATAGAATCTCTATTCTACAAACAATA 5477

 55843507 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 55843566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5478 TAAAGCTGTAATTAACCCTTTAAAGCTATTTGCCAAAGTAAATGTAAGTAATTACATTGC 5537

 55843567 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 55843626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5538 TTTACTTAATTTTTAAAGTAGCAAAGAAAACTCTTCCAACTAAGTGGATTCATCTTGTTC 5597

 55843627 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 55843686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5598 ATTGTACCTCCAGCATTTATCACGACACTTGTTATAGTAAGGATTCACTATTCCTCATAA 5657

 55843687 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 55843746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5658 ATATATAATATATACAGTAATGGCACCACATAACAATGTTTTGGTTAACAATGAACCAAT 5717

 55843747 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 55843806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5718 ATGCAACAGTGGTCTCATGACATTATAATGAAGCTGAAAAATTACTATTGCCTAGTGGGC 5777

 55843807 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 55843866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5778 TAGTTATTATAACATCATAGAGCATAACCTATTCTAAGTTTAGATTTGTGTAGATACACA 5837

 55843867 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 55843926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5838 AATTGTGTAGTAATTGCCTACAGTATTCAGTCACATGCTGAACAGGTTTTTAGCCTAGAG 5897

 55843927 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 55843986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5898 GCAATAGGCTATAGCATATAATCCGGTTGTGTAGTAGACTATGCCATCTAGGTTTATAAA 5957

 55843987 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 55844046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5958 GTAGTTACATAAAGCCTAGATGGCATAGCTGACTACACAGTGTACTTACATAGCCTACTA 6017

 55844047 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 55844106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6018 CACAGTGCCCTAAAGTTTATGTAAATACACTGTACTTATATAACCTACTACACACTGTAC 6077

 55844107 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 55844166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6078 TTTCATAACCTACTATACAGTATACTTACAGTTTATAGTACTTAGTACACTGTACTTACA 6137

 55844167 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 55844226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6138 TACTATGCCTAAAGATATATAATCCCCTAAGGTTACATTTCTTAGAAGAAATCCCTGTCA 6197

 55844227 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 55844286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6198 TTAGGTGACACATGAATAAAATTATTATTTGTCAATTCCATGAAAATTTTAAAAGATTAG 6257

 55844287 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 55844346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6258 TGGAAATAATTTTTAAAATTCAGACTAATGTATAAAAACATAAAATAGAAGATAAAGATG 6317

 55844347 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 55844406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6318 ACACAAAATTCAACCAGCTTTGTAAACAATCTAAAAGTACATTGTTTTGCTCAGATTTGT 6377

 55844407 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 55844466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6378 GATGGCATTCTTAGAAAATTATTGTAATTGGAATTGCTATGTTTGAAGTATATTTTCATG 6437

 55844467 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 55844526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6438 TTGCACTGCAATACTACTCTCAAAAAAGCTGACATTGCTTTACACTTCATTCACAAGTAT 6497

 55844527 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 55844586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6498 ATGAAATTCCTATTTCCCCAAAATGACCCAGAACTTTGTCAATGCTTCCTTTTTGGTCAA 6557

 55844587 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 55844646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6558 CCTGATATGTGACAAATAATCTTGCATTGCTATTTTCACTTGCATTCCTGTGATTACAAA 6617

 55844647 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTTTCCTTTAATACTTCTTTATGAATTGGCTCTTCTTGAAA 55844706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6618 ATAAAGCATTTTCTGTTCATTTTCCTTTAATACTTCTTTATGAATTGGCTCTTCTTGAAA 6677

 55844707 TTTTTCTCATGAATATGTAAGTTCTTTATACAGCACTATTATATAGTACCTTTTCCATCA 55844766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6678 TTTTTCTCATGAATATGTAAGTTCTTTATACAGCACTATTATATAGTACCTTTTCCATCA 6737

 55844767 TATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACTATATTACTTA 55844826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6738 TATATTGCAGTTTTTTCTGTTCTGTGCATTTGCTTTTAATGCCATACACTATATTACTTA 6797

 55844827 TTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTCTTAGTTTGTG 55844886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6798 TTATCAATATATTTTATTATTTATGTAACAAACCAACAAAAATTTTCCTCTTAGTTTGTG 6857

 55844887 ATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAA 55844946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6858 ATTTTGATGTCATTTCAAAGGCCATTAACAACCCAAGACAACATAATTATTTCTCTGTAA 6917

 55844947 TATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTT 55845006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6918 TATTCCTAGTTTTATTTTTTTCTTTAAACTTCAACATATCAAGTGTTTTAATGTAAGCTT 6977

 55845007 GAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAAT 55845066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6978 GAAGTATCACTTCAAATTTTTTTCCAAGCAGCACAGTTATTCTAATGTTATTTGATAAAT 7037

 55845067 AGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTT 55845126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7038 AGGCTAATAGCCTTGAAATGCTACATTTTTAAGACCAAAAAAAATTGTAACTGTAATTTT 7097

 55845127 TTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATAC 55845186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7098 TTTAGTTCTATGTTATTTATCATTATGTCTATTTTGACAGTAGTTCCACGGTTTTCATAC 7157

 55845187 TACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAA 55845246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7158 TACGGTATCTTTATAATATCTTTTGTATTATAATACTTTTTGTATTTGTATTTTGTTGAA 7217

 55845247 AGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTT 55845306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7218 AGCCTCCTCTCTTTTAGGTGAGCATTGCAGAGTTTCTGGACCATTCTTTCATGTTTATTT 7277

 55845307 ATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTG 55845366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7278 ATTCTGATAAATCTTAAAATGTTTTAACGAGGTATTTCTCTCCAAATCTTATTAGAACTG 7337

 55845367 GTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATT 55845426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7338 GTTCTGCAATTCTCAGAATGTTGTTTACAATTCTCCATGAGGTAGTTATTTTGCTCAATT 7397

 55845427 TTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTA 55845486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7398 TTATTTTAACATAATTTGAATAAGTATGGAAGTCTTTGCAAGAAAAAAAAGGAATAAGTA 7457

 55845487 GAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCT 55845546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7458 GAACAACAAATCTGAATGAGAAAATTCACAATGTCAAAAATCTTGTCAACAAAGACCCCT 7517

 55845547 AGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTC 55845606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7518 AGATCTTTTCTTTCCAGGGAGCCTTAGGGAAAACCAACAAAAATGAAAACAGTGCTTTTC 7577

 55845607 AAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCC 55845666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7578 AAACCACCAGAGGGCAGTGCACTCAAAATAATGGATATCAGCAATCCTGAACTAAAGCCC 7637

 55845667 AAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAA 55845726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7638 AAAGTTTCCCTTCTCTTAAAGATAAAATTTACATAACAATAGACTCTTGGTTCATTTTAA 7697

 55845727 ACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATA 55845786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7698 ACTCTGAAATAATTACAGTCCTTAAATCTGATATTAGCAATATGACATTTATTTATAATA 7757

 55845787 CTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGT 55845846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7758 CTTAGAGAATATTCACAGAAATATAGTCACCACTGAATTTTTCCATATTAATATTATAGT 7817

 55845847 CTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAAT 55845906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7818 CTGCCTGCCCAACCACTTTGCTAAAGATCTACATAAAACCTTAAGGTGTTCTGTATGAAT 7877

 55845907 GAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGAC 55845966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7878 GAGAATTCCTTGAAAACAGGAATTGTGCTTTCTCACCAGTCGTTTCTTCTGTACATGGAC 7937

 55845967 AGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTT 55846026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7938 AGGACTCAGTTTATTGTAATAACTCAATATCTAATGAATAAAAAACAAAATAAATGATTT 7997

 55846027 GTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGA 55846086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7998 GTAGTCTCGGCCCTACTCAATTTCTGCATTAATTCAAATGAAACCTGCATTACACTATGA 8057

 55846087 GCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCC 55846146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8058 GCTATTGCTACCCTTAGGCAAGTGGGTTCTCTGCCCTGAGCCCTGCACTTCATCTGGGCC 8117

 55846147 TCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGC 55846206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8118 TCTTCCAGCAACAACCCTTCTCCCTCTGGCCAGGATTACTCTCCTTCCCATGGGCAATGC 8177

 55846207 AATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCC 55846266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8178 AATAGGGCTACCTTTCACATCATACTCTGGGTGTCTCAGACACAGATTCACTGAAGCCCC 8237

 55846267 TGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCA 55846326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8238 TGTGTAGTTCTACTTCTCTAGGCCCATCTTACCCAGAGTAGATTATGTAATGGGTGTGCA 8297

 55846327 CAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTT 55846386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8298 CAGGGCAGACCCAAAGAGTGGCTGAAGGGGTGCTATTTCTTTGGGCTGTGGACAGAATTT 8357

 55846387 TATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCT 55846446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8358 TATTGTGCAATCTGGGATTTATGGACCAGACAGATTCAAGGAGAATTTTTTTCTCTTTCT 8417

 55846447 TCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTT 55846506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8418 TCCTTATGTTTCTGGGTCATATAATTTTTAACAATAATTACCTATTACTTGTATTGTTTT 8477

 55846507 TAAAACACAGAGAGAAAGGTG---TAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGG 55846563
          ||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8478 TAAAACACAGAGAGAAAG---ATATAGAAGTAAAATCCACTTCACTTGGGGACAGATTGG 8534

 55846564 ATCTACAGAATGATGGGACAACTGACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAA 55846623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8535 ATCTACAGAATGATGGGACAACTGACCTTGTATATCTTTCTGGCATGGGGACTGGTTAAA 8594

 55846624 CAACACTATCATCAAATGAAATTTGCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGC 55846683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8595 CAACACTATCATCAAATGAAATTTGCAATTCTAGAAAAGGAATAGATTTATGCACATGGC 8654

 55846684 ATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAGAACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGT 55846743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8655 ATAAGAATGCTAAATTCTGTGAAGAACAAGTTGTATTGAAGACCTGTGTAATATCTATGT 8714

 55846744 GCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGAAATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACT 55846803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8715 GCAACTATCTAGAAAGCAGTCAGAAATTTTTGTGGAGATCTCAAAAGGAAGGTTTTGACT 8774

 55846804 AGATCATGCATTTTTGAGAGGGGTCTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAA 55846863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8775 AGATCATGCATTTTTGAGAGGGGTCTATGTATAGCTAACAAGCAAAAAATCTACTGAGAA 8834

 55846864 AAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAATAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAG 55846923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8835 AAAGTGTAGAAGATACAAAAAGAATAAGACCAAAGTCAGTACCATTTTAGAATAAGAGAG 8894

 55846924 AAGAAAATGACATGTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGA 55846983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8895 AAGAAAATGACATGTTAGAATAAGAGAGAAGAAAATGACAAAGAGCATTCACTCAGGAGA 8954

 55846984 AGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAGGAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTC 55847043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8955 AGGATCAGAAAAGCAGAAACAAAGGAAAAGTTTCAACAAATACAAAGACTTCTTGATGTC 9014

 55847044 AAATGGAACAGAAAAATCATATACAATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCAT 55847103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9015 AAATGGAACAGAAAAATCATATACAATACATTCTTGCAAGCACTGTCTGGATTTGTTCAT 9074

 55847104 CAGGAGGTCACATGTGACCTTGGAGATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAG 55847163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9075 CAGGAGGTCACATGTGACCTTGGAGATAGTCATGTCAGTGAACTGTCAGAGTGAAGTCAG 9134

 55847164 AGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAAGAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACC 55847223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9135 AGAGCTGTAGGCAGAAAAAGGAAAGAGAGGTAGAGAAATAAAGCTAATGGAAGGTCTACC 9194

 55847224 TTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGATGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTT 55847283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9195 TTTTCAAGACTTCTTCCCTGGAGATGATAAGGAGAGAAAGAGTGCAATACCTTCCAGCTT 9254

 55847284 GATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAGAAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAA 55847343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9255 GATGGAAGAGGCTACTTTCAGAAGAAGCTGTAGGTTAATAATAAGCAAATCTGAAAAAAA 9314

 55847344 TGTCACCTGAAAAACTGCTCCCATTGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTT 55847403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9315 TGTCACCTGAAAAACTGCTCCCATTGGAAACACAAATGCAACCTCTATCTCTGCTATTTT 9374

 55847404 TCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCAACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAA 55847463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9375 TCTGTTCTTGACTCCCATCCAGCAACATCCATCATCAAGTGGTATCAATTAGAAATCAAA 9434

 55847464 GATTAAAATAAAAGAACTAATTCCTGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTA 55847523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9435 GATTAAAATAAAAGAACTAATTCCTGTCAACAAGGTAGAGTTTCTCTTCCATGAAGATTA 9494

 55847524 ACAATAATCTTTTATTCATCATCTTTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTG 55847583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9495 ACAATAATCTTTTATTCATCATCTTTTGATCATTTTCTTGGAATGTAACTCTGGTAATTG 9554

 55847584 AAATCTCAATTTATTAACAAGACAATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCT 55847643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9555 AAATCTCAATTTATTAACAAGACAATAGACAACAGGGTTCTAAGCAGTAAGTAGTAAGCT 9614

 55847644 GATACGCAAATTTGCTAATGCAGAATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAA 55847703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9615 GATACGCAAATTTGCTAATGCAGAATCAGAAGCTAGTATAAGAATCCTTAAGGAAGTCAA 9674

 55847704 AAAAAATGTAGGCTGACTAAAGTGTTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAA 55847763
          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9675 AAAAAA-GTAGGCTGACTAAAGTGTTTTAGTTTCCTTTGGCATTTTCATCTTGGCTTTAA 9733

 55847764 CTTCTCTTCTTACAACTAAATTTGTAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCA 55847823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9734 CTTCTCTTCTTACAACTAAATTTGTAAGTAATGAAGATTTAGTATTGATTTGTGCCAGCA 9793

 55847824 TGGATTTTCATGGATTTATTATTGGTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGA 55847883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9794 TGGATTTTCATGGATTTATTATTGGTCTAATTCAAACACCACTTCTTGGCTCTTACCAGA 9853

 55847884 GTCACTTTCCTCTGGCATATACTGCAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTC 55847943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9854 GTCACTTTCCTCTGGCATATACTGCAGACTTCCCCTGCCCTGCTCCTCATTGTTCTCTTC 9913

 55847944 TCTCACACCCAGCTTGAACCATCAGCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTG 55848003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9914 TCTCACACCCAGCTTGAACCATCAGCCATTGCTAATTGAGCAGTTTACATCTTGCCGCTG 9973

 55848004 A 55848004
          |
     9974 A 9974

Alignment time is 13.4203 s

