
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2900] =>      2900 nucs 'mol-32-2081-077437_2900'

Score:        2834
Aligned:      2900        nucs
Identic:      2894 (100%) nucs =>       525 (100%)      2369 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27526225,27526749] EXCISED REGION [27526750,27529123]
 second seq =>  [       1,     525] EXCISED REGION [     527,    2900]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [526,526]
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         1 nucs [27527398,27527398]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [526,526] to [527,527]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27526225 TTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATT 27526284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATT 60

 27526285 AAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGC 27526344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGC 120

 27526345 CTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGT 27526404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGT 180

 27526405 CTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCT 27526464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCT 240

 27526465 TTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATAC 27526524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATAC 300

 27526525 TATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATG 27526584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATG 360

 27526585 TGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAA 27526644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAA 420

 27526645 CTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCT 27526704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCT 480

 27526705 CAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 27526749
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 525

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      527 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 586

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      587 TATTAAAGCATTGCTCTAGATGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 646

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      647 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 706

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      707 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 766

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATA-TTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCT 27527048
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
      767 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCT 826

 27527049 TCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTG 27527108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      827 TCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTG 886

 27527109 TATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGT 27527168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      887 TATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGT 946

 27527169 AATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCT 27527228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      947 AATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCT 1006

 27527229 CTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTC 27527288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1007 CTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTC 1066

 27527289 AAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGA 27527348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1067 AAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGA 1126

 27527349 AGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTT 27527408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
     1127 AGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCA-TTTTTTTTTT 1185

 27527409 AATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAA 27527468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1186 AATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAA 1245

 27527469 AATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTC 27527528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1246 AATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTC 1305

 27527529 CTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATG 27527588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1306 CTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATG 1365

 27527589 TACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATT 27527648
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1366 TACAATGATTATACATGTACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATT 1425

 27527649 CTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTA 27527708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1426 CTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTA 1485

 27527709 AATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTT 27527768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1486 AATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTT 1545

 27527769 TAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAA 27527828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1546 TAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAA 1605

 27527829 TTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTG 27527888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1606 TTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTG 1665

 27527889 CACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGAT 27527948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1666 CACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGAT 1725

 27527949 GCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTC 27528008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1726 GCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTC 1785

 27528009 TGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGT 27528068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1786 TGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGT 1845

 27528069 TTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGA 27528128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1846 TTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGA 1905

 27528129 GAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATT 27528188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1906 GAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATT 1965

 27528189 TAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATT 27528248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 TAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATT 2025

 27528249 ATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTT 27528308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2026 ATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTT 2085

 27528309 GGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAAT 27528368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2086 GGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAAT 2145

 27528369 TCTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCT 27528428
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2146 TCTGTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCT 2205

 27528429 AGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTG 27528488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 AGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTG 2265

 27528489 TGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATT 27528548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 TGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATT 2325

 27528549 TTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATG 27528608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 TTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATG 2385

 27528609 AGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCC 27528668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 AGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCC 2445

 27528669 ATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGT 27528728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 ATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGT 2505

 27528729 TGATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTT 27528788
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 TGATAGGTTTTTATTAACAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTT 2565

 27528789 TCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAA 27528848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 TCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAA 2625

 27528849 TTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCA 27528908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 TTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCA 2685

 27528909 GTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCT 27528968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 GTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCT 2745

 27528969 TTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACA 27529028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 TTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACA 2805

 27529029 CCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTT 27529088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 CCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTT 2865

 27529089 CTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTA 27529123
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 CTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTA 2900

Alignment time is 2.2466 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    5183] =>      5183 nucs 'mol-32-20fa-078261_5183'

Score:        5161
Aligned:      5183        nucs
Identic:      5181 (100%) nucs =>        15 (100%)      5166 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27525276,27525290] EXCISED REGION [27525292,27530458]
 second seq =>  [       1,      15] EXCISED REGION [      17,    5183]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [27525291,27525291]
 second seq =>         1 nucs [16,16]
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1474,1474]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27525290,27525290] to [27525291,27525291]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27525276 TCACCTAGCAAACTA 27525290
          |||||||||||||||
        1 TCACCTAGCAAACTA 15

EXCISED REGION

 27525292 CACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGA 27525351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
       17 CACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTT-TACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGA 75

 27525352 GAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATA 27525411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       76 GAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATA 135

 27525412 AGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAAC 27525471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      136 AGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAAC 195

 27525472 TAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACT 27525531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      196 TAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACT 255

 27525532 ACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCT 27525591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      256 ACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCT 315

 27525592 TTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATAT 27525651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      316 TTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATAT 375

 27525652 ACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACG 27525711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      376 ACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACG 435

 27525712 ATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTT 27525771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      436 ATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTT 495

 27525772 TAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTAT 27525831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      496 TAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTAT 555

 27525832 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAG 27525891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      556 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAG 615

 27525892 AGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGT 27525951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      616 AGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGT 675

 27525952 AGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAA 27526011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      676 AGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAA 735

 27526012 TAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAA 27526071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      736 TAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAA 795

 27526072 TAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATT 27526131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      796 TAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATT 855

 27526132 CATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGC 27526191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      856 CATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGC 915

 27526192 CTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATG 27526251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      916 CTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATG 975

 27526252 TATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCC 27526311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      976 TATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCC 1035

 27526312 CTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTT 27526371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1036 CTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTT 1095

 27526372 CACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTT 27526431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1096 CACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTT 1155

 27526432 TTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTT 27526491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1156 TTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTT 1215

 27526492 CATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATT 27526551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1216 CATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATT 1275

 27526552 TGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTA 27526611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1276 TGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTA 1335

 27526612 CTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCAT 27526671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1336 CTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCAT 1395

 27526672 TGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGT 27526731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1396 TGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGT 1455

 27526732 CATGTTCTATTTTTTTTT-CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAA 27526790
          |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1456 CATGTTCTATTTTTTTTTCCATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAA 1515

 27526791 CCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTAC 27526850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1516 CCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTAC 1575

 27526851 TGCAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTA 27526910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1576 TGCAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTA 1635

 27526911 GTAATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATA 27526970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1636 GTAATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATA 1695

 27526971 AAGCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTT 27527030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1696 AAGCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTT 1755

 27527031 CTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTG 27527090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1756 CTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTG 1815

 27527091 GTAGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTG 27527150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1816 GTAGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTG 1875

 27527151 CCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACA 27527210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1876 CCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACA 1935

 27527211 GGATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCT 27527270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1936 GGATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCT 1995

 27527271 TACATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAG 27527330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1996 TACATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAG 2055

 27527331 TTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCT 27527390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2056 TTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCT 2115

 27527391 TCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACC 27527450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2116 TCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACC 2175

 27527451 ACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCT 27527510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2176 ACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCT 2235

 27527511 TATGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCA 27527570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2236 TATGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCA 2295

 27527571 GACAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATA 27527630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2296 GACAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATA 2355

 27527631 AATTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAG 27527690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2356 AATTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAG 2415

 27527691 AGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTT 27527750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2416 AGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTT 2475

 27527751 TCTACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAA 27527810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2476 TCTACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAA 2535

 27527811 AACAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACA 27527870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2536 AACAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACA 2595

 27527871 TGCATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGA 27527930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2596 TGCATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGA 2655

 27527931 TTATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCAC 27527990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2656 TTATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCAC 2715

 27527991 ACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTT 27528050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2716 ACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTT 2775

 27528051 AGTATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTT 27528110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2776 AGTATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTT 2835

 27528111 GTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCA 27528170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2836 GTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCA 2895

 27528171 TTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTAT 27528230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2896 TTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTAT 2955

 27528231 TATTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTT 27528290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2956 TATTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTT 3015

 27528291 TTTATCATGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCAT 27528350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3016 TTTATCATGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCAT 3075

 27528351 ATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATT 27528410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3076 ATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATT 3135

 27528411 GAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGAT 27528470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3136 GAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGAT 3195

 27528471 ATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATT 27528530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3196 ATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATT 3255

 27528531 ATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGA 27528590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3256 ATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGA 3315

 27528591 TGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTT 27528650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3316 TGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTT 3375

 27528651 TCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGG 27528710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3376 TCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGG 3435

 27528711 TCCAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGT 27528770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3436 TCCAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGT 3495

 27528771 CTATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAAT 27528830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3496 CTATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAAT 3555

 27528831 TTATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTT 27528890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3556 TTATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTT 3615

 27528891 AGGGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTA 27528950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3616 AGGGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTA 3675

 27528951 CTTACTTGGATCTTCTCTTTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCT 27529010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3676 CTTACTTGGATCTTCTCTTTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCT 3735

 27529011 TTTTAAATATTTTGAACACCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACA 27529070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3736 TTTTAAATATTTTGAACACCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACA 3795

 27529071 CCACAATTTTTTTCAGTTCTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAG 27529130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3796 CCACAATTTTTTTCAGTTCTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAG 3855

 27529131 GGTGGAGTTGTCATATTTTTCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACA 27529190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3856 GGTGGAGTTGTCATATTTTTCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACA 3915

 27529191 TCTTTCTAACTTATTCATGAAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCA 27529250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3916 TCTTTCTAACTTATTCATGAAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCA 3975

 27529251 TCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAAT 27529310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3976 TCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAAT 4035

 27529311 TTCATAGTTCATCCAGGAGTTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTA 27529370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4036 TTCATAGTTCATCCAGGAGTTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTA 4095

 27529371 ATTTAAAGAGATCTTCTTGATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGT 27529430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4096 ATTTAAAGAGATCTTCTTGATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGT 4155

 27529431 GTTTGGCATGATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATG 27529490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4156 GTTTGGCATGATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATG 4215

 27529491 ACTAAACATGATATTAGAATATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGT 27529550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4216 ACTAAACATGATATTAGAATATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGT 4275

 27529551 TCTTGAGTATAGTATTCTGTAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAG 27529610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4276 TCTTGAGTATAGTATTCTGTAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAG 4335

 27529611 TCCATAATTTCTTTGTTAGTGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATT 27529670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4336 TCCATAATTTCTTTGTTAGTGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATT 4395

 27529671 TTGAAGCCTCCCACTGTTATTGTGAGGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAATGACTTATT 27529730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4396 TTGAAGCCTCCCACTGTTATTGTGAGGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAATGACTTATT 4455

 27529731 TTATGGATCTGGGTATTTCAATATTGGGTACATATATATTTAGGATAATTAAGTATTCTT 27529790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4456 TTATGGATCTGGGTATTTCAATATTGGGTACATATATATTTAGGATAATTAAGTATTCTT 4515

 27529791 GTTTAATTGAACCCTTTATTATCAGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATTGTTGTTGGT 27529850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4516 GTTTAATTGAACCCTTTATTATCAGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATTGTTGTTGGT 4575

 27529851 TTAAATTCTGTTGTATCAGATGTAAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTTCTTTTCATT 27529910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4576 TTAAATTCTGTTGTATCAGATGTAAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTTCTTTTCATT 4635

 27529911 TGCATGTAAATCTTTCTCCATCTTTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTTACATGTGGG 27529970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4636 TGCATGTAAATCTTTCTCCATCTTTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTTACATGTGGG 4695

 27529971 ATGGGTGTCTTAAAGACAGTGAACAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCGTGATACTCT 27530030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4696 ATGGGTGTCTTAAAGACAGTGAACAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCGTGATACTCT 4755

 27530031 ATGCCTTTTAAGTGAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGGTATGTGTGA 27530090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4756 ATGCCTTTTAAGTGAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGGTATGTGTGA 4815

 27530091 TTTTTATTCTATCATTTTGTTGTTATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGCTTATAACTC 27530150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4816 TTTTTATTCTATCATTTTGTTGTTATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGCTTATAACTC 4875

 27530151 GTGTCCGCAAATAGTCTCCATCTATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAAC 27530210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4876 GTGTCCGCAAATAGTCTCCATCTATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAAC 4935

 27530211 GACATATTTTATAAATCTGGTTGTTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTAATTCTAAGT 27530270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4936 GACATATTTTATAAATCTGGTTGTTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTAATTCTAAGT 4995

 27530271 AAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTTGAGTCCATC 27530330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4996 AAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTTGAGTCCATC 5055

 27530331 ATTTTGTTGTTACCAGGTTGTCATGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCCTGTCTGCTATGT 27530390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5056 ATTTTGTTGTTACCAGGTTGTCATGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCCTGTCTGCTATGT 5115

 27530391 GCTTACCTGTGTTTTTGTGGTAGTATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGTTTAGTACTC 27530450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5116 GCTTACCTGTGTTTTTGTGGTAGTATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGTTTAGTACTC 5175

 27530451 CTTAAAGG 27530458
          ||||||||
     5176 CTTAAAGG 5183

Alignment time is 3.94405 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4318] =>      4318 nucs 'mol-32-2110-000566_4318'

Score:        4307
Aligned:      4318        nucs
Identic:      4317 (100%) nucs =>       445 (100%)      3872 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524391,27524835] EXCISED REGION [27524837,27528708]
 second seq =>  [       1,     445] EXCISED REGION [     446,    4318]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [27524836,27524836]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2359,2359]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [27524836,27524839] to [27524837,27524840]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524391 GGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGT 27524450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGT 60

 27524451 TCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTG 27524510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTG 120

 27524511 ACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAG 27524570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAG 180

 27524571 AAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACA 27524630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACA 240

 27524631 ATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAA 27524690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAA 300

 27524691 GAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTT 27524750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTT 360

 27524751 ATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAAT 27524810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAAT 420

 27524811 AATGTTATAATTACTAACATTATTA 27524835
          |||||||||||||||||||||||||
      421 AATGTTATAATTACTAACATTATTA 445

EXCISED REGION

 27524837 TTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATGACCCA 27524896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      446 TTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATGACCCA 505

 27524897 GCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACTATATT 27524956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      506 GCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACTATATT 565

 27524957 TGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAGCACTG 27525016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      566 TGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAGCACTG 625

 27525017 ATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGTGGACC 27525076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      626 ATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGTGGACC 685

 27525077 TTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAAT 27525136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      686 TTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAAT 745

 27525137 GCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGA 27525196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      746 GCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGA 805

 27525197 GAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAAC 27525256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      806 GAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAAC 865

 27525257 AAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATA 27525316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      866 AAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATA 925

 27525317 CTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATA 27525376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      926 CTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATA 985

 27525377 ATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATT 27525436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      986 ATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATT 1045

 27525437 GTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATAC 27525496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1046 GTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATAC 1105

 27525497 ATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCA 27525556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1106 ATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCA 1165

 27525557 AAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATT 27525616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1166 AAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATT 1225

 27525617 TCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAAT 27525676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1226 TCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAAT 1285

 27525677 TTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTT 27525736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1286 TTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTT 1345

 27525737 GTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTA 27525796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1346 GTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTA 1405

 27525797 GGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC 27525856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1406 GGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC 1465

 27525857 TATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGA 27525916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1466 TATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGA 1525

 27525917 AAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACA 27525976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1526 AAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACA 1585

 27525977 GACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCT 27526036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1586 GACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCT 1645

 27526037 CTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAAT 27526096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1646 CTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAAT 1705

 27526097 TGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTT 27526156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1706 TGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTT 1765

 27526157 CTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTG 27526216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1766 CTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTG 1825

 27526217 GTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAA 27526276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1826 GTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAA 1885

 27526277 AAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCT 27526336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1886 AAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCT 1945

 27526337 TTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATT 27526396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1946 TTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATT 2005

 27526397 CAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTG 27526456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2006 CAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTG 2065

 27526457 ACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATA 27526516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2066 ACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATA 2125

 27526517 TCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCA 27526576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2126 TCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCA 2185

 27526577 ATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATT 27526636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2186 ATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATT 2245

 27526637 TCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCC 27526696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2246 TCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCC 2305

 27526697 AAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCTT 27526755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
     2306 AAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCTT 2365

 27526756 AAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAA 27526815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2366 AAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAA 2425

 27526816 AGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTT 27526875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2426 AGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTT 2485

 27526876 CAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGA 27526935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2486 CAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGA 2545

 27526936 TTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTT 27526995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2546 TTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTT 2605

 27526996 ACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTAT 27527055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2606 ACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTAT 2665

 27527056 TTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACAC 27527115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2666 TTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACAC 2725

 27527116 ACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAA 27527175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2726 ACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAA 2785

 27527176 TGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCAC 27527235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2786 TGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCAC 2845

 27527236 AGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAAT 27527295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2846 AGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAAT 2905

 27527296 AACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAA 27527355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2906 AACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAA 2965

 27527356 CATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTG 27527415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2966 CATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTG 3025

 27527416 GCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGA 27527475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3026 GCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGA 3085

 27527476 TACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAAT 27527535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3086 TACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAAT 3145

 27527536 ACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAATG 27527595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3146 ACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAATG 3205

 27527596 ATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGTA 27527655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3206 ATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGTA 3265

 27527656 CAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTC 27527715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3266 CAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTC 3325

 27527716 ATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAGT 27527775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3326 ATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAGT 3385

 27527776 CTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAGC 27527835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3386 CTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAGC 3445

 27527836 AGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACAC 27527895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3446 AGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACAC 3505

 27527896 ACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTAT 27527955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3506 ACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTAT 3565

 27527956 TGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTT 27528015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3566 TGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTT 3625

 27528016 TTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAACA 27528075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3626 TTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAACA 3685

 27528076 CCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGG 27528135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3686 CCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGG 3745

 27528136 CATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTG 27528195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3746 CATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTG 3805

 27528196 ATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTTA 27528255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3806 ATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTTA 3865

 27528256 TGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATTTA 27528315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3866 TGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATTTA 3925

 27528316 TTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTT 27528375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3926 TTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTT 3985

 27528376 ATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATA 27528435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3986 ATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATA 4045

 27528436 AAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATT 27528495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4046 AAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATT 4105

 27528496 CATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTT 27528555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4106 CATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTT 4165

 27528556 CGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGA 27528615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4166 CGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGA 4225

 27528616 GAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTT 27528675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4226 GAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTT 4285

 27528676 ACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCT 27528708
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     4286 ACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCT 4318

Alignment time is 3.32825 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4059] =>      4059 nucs 'mol-32-23a4-057353_4059'

Score:        4058
Aligned:      4058        nucs
Identic:      4058 (100%) nucs =>      1096 (100%)      2962 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27525654,27526749] EXCISED REGION [27526750,27529711]
 second seq =>  [       1,    1096] EXCISED REGION [    1098,    4059]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1097,1097]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1097,1097] to [1098,1098]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27525654 TAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGAT 27525713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGAT 60

 27525714 TTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTA 27525773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTA 120

 27525774 AAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCT 27525833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCT 180

 27525834 ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAG 27525893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAG 240

 27525894 AGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAG 27525953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAG 300

 27525954 CATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATA 27526013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATA 360

 27526014 ATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATA 27526073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATA 420

 27526074 AACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCA 27526133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCA 480

 27526134 TTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCT 27526193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCT 540

 27526194 CCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTA 27526253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTA 600

 27526254 TTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCT 27526313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCT 660

 27526314 TTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCA 27526373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCA 720

 27526374 CTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTT 27526433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTT 780

 27526434 AATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCA 27526493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCA 840

 27526494 TAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTG 27526553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTG 900

 27526554 GTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACT 27526613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACT 960

 27526614 TATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTG 27526673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTG 1020

 27526674 ATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCA 27526733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCA 1080

 27526734 TGTTCTATTTTTTTTT 27526749
          ||||||||||||||||
     1081 TGTTCTATTTTTTTTT 1096

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1098 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 1157

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1158 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 1217

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1218 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 1277

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1278 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 1337

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1338 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 1397

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1398 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 1457

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1458 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 1517

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1518 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 1577

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1578 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 1637

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 27527349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1638 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 1697

 27527350 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 27527409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1698 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 1757

 27527410 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 27527469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1758 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 1817

 27527470 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 27527529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1818 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 1877

 27527530 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 27527589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1878 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 1937

 27527590 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 27527649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1938 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 1997

 27527650 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 27527709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1998 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 2057

 27527710 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 27527769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2058 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 2117

 27527770 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 27527829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2118 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 2177

 27527830 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 27527889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2178 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 2237

 27527890 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 27527949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2238 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 2297

 27527950 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 27528009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2298 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 2357

 27528010 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 27528069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2358 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 2417

 27528070 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 27528129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2418 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 2477

 27528130 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 27528189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2478 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 2537

 27528190 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 27528249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2538 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 2597

 27528250 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 27528309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2598 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 2657

 27528310 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 27528369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2658 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 2717

 27528370 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 27528429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2718 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 2777

 27528430 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 27528489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2778 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 2837

 27528490 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 27528549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2838 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 2897

 27528550 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 27528609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2898 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 2957

 27528610 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 27528669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2958 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 3017

 27528670 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 27528729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3018 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 3077

 27528730 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 27528789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3078 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 3137

 27528790 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 27528849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3138 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 3197

 27528850 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 27528909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3198 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 3257

 27528910 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 27528969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3258 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 3317

 27528970 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 27529029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3318 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 3377

 27529030 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 27529089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3378 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 3437

 27529090 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 27529149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3438 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 3497

 27529150 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 27529209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3498 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 3557

 27529210 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 27529269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3558 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 3617

 27529270 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAG 27529329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3618 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAG 3677

 27529330 TTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTG 27529389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3678 TTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTG 3737

 27529390 ATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGTGTTTGGCATGATTTTATTT 27529449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3738 ATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGTGTTTGGCATGATTTTATTT 3797

 27529450 TATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAA 27529509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3798 TATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAA 3857

 27529510 TATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTG 27529569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3858 TATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTG 3917

 27529570 TAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAG 27529629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3918 TAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAG 3977

 27529630 TGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTA 27529689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3978 TGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTA 4037

 27529690 TTGTGAGGCTACATCTCTTTGT 27529711
          ||||||||||||||||||||||
     4038 TTGTGAGGCTACATCTCTTTGT 4059

Alignment time is 3.09991 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3239] =>      3239 nucs 'mol-32-29d4-064410_3239'

Score:        3147
Aligned:      3249        nucs
Identic:      3234 (100%) nucs =>      1946 ( 99%)      1288 (100%)
Gaps:           12 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27522928,27524884] EXCISED REGION [27526216,27527505]
 second seq =>  [       1,    1948] EXCISED REGION [    1949,    3239]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1331 nucs [27524885,27526215]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [27524885,27524886] to [27526216,27526217]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524884,27524884] to [27526216,27526216]
 second seq =>         1 nucs [1948,1948] to [1949,1949]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27522928 AAATAAGAATTGTTTGGCCTTTCTAAAGTAAACTTTGCTTGATACTTGAGCCATCTGCCT 27522987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAATAAGAATTGTTTGGCCTTTCTAAAGTAAACTTTGCTTGATACTTGAGCCATCTGCCT 60

 27522988 CTAAACAATAAAAGATCATGAATTATGGAAATGAGTATCTTACCTTAAAACAAAACAAAA 27523047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTAAACAATAAAAGATCATGAATTATGGAAATGAGTATCTTACCTTAAAACAAAACAAAA 120

 27523048 TTTTTTTCCATAATTAAATTGAAATAACAGCATTTAGAAAAATGAAAAGATTGGGAGAAT 27523107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTTTTCCATAATTAAATTGAAATAACAGCATTTAGAAAAATGAAAAGATTGGGAGAAT 180

 27523108 AACTTTGCAAAACAAATCTCAGATACAGGACTGATATATATATTTATTCCTCCCCCAAAT 27523167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACTTTGCAAAACAAATCTCAGATACAGGACTGATATATATATTTATTCCTCCCCCAAAT 240

 27523168 ATATTTATTCCACACTTTCAAGTTGCACTATGTAAAATGAAGAAAGGTGTTATCAAGTTT 27523227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATATTTATTCCACACTTTCAAGTTGCACTATGTAAAATGAAGAAAGGTGTTATCAAGTTT 300

 27523228 TCAATGCCTGTAATAACATTTCTGTAATACTTTAATCTCTAGGAAAATGATACATAAAAA 27523287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCAATGCCTGTAATAACATTTCTGTAATACTTTAATCTCTAGGAAAATGATACATAAAAA 360

 27523288 TGTTACTCACACAAAGCCAATCCATAATTTCAATTAATATCTAGCCTGTAGTTTCTCTCA 27523347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTTACTCACACAAAGCCAATCCATAATTTCAATTAATATCTAGCCTGTAGTTTCTCTCA 420

 27523348 TGCTTTGTGGAGTATGAGCATTTTGTAGATTGCTAGCCTTTGTACTACAATGATACATAA 27523407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGCTTTGTGGAGTATGAGCATTTTGTAGATTGCTAGCCTTTGTACTACAATGATACATAA 480

 27523408 AATACATGTTAAATTTATGTCTGAGATTAATCAGTATTACTACTTGCCAGTAAAAGTTTG 27523467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AATACATGTTAAATTTATGTCTGAGATTAATCAGTATTACTACTTGCCAGTAAAAGTTTG 540

 27523468 ATAAAAATGTAATGAAGACATGCAAGTCATGCTTGATTTCATTTTCTTGCACGGAATGCA 27523527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATAAAAATGTAATGAAGACATGCAAGTCATGCTTGATTTCATTTTCTTGCACGGAATGCA 600

 27523528 AACATTCAGTGCTTTGGTTTTTATTTAATGCCATTGTAGCAGTCTGTTTTCTGCTCTATA 27523587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AACATTCAGTGCTTTGGTTTTTATTTAATGCCATTGTAGCAGTCTGTTTTCTGCTCTATA 660

 27523588 TTGTACAATTCCAGAAGGCAGGGGTTGTGGCTATTTAAGTTACTTTGTGTGATATCATAT 27523647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGTACAATTCCAGAAGGCAGGGGTTGTGGCTATTTAAGTTACTTTGTGTGATATCATAT 720

 27523648 GGGATATTCTGTGGACACAGATTTGCAATTACATTTTGTTGATAAGTAAATAATGCTTGG 27523707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGGATATTCTGTGGACACAGATTTGCAATTACATTTTGTTGATAAGTAAATAATGCTTGG 780

 27523708 TAATGTAACAGGATCCCATGTGGCCGGTGGCACGTTCTGTCTGAGTATTGCTCACACCCA 27523767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAATGTAACAGGATCCCATGTGGCCGGTGGCACGTTCTGTCTGAGTATTGCTCACACCCA 840

 27523768 CTGAGTTTGTTCCACCCCCTCGGCCGGCCCAGCAGGCTGTGCTCTGCTGATGATACTGGC 27523827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTGAGTTTGTTCCACCCCCTCGGCCGGCCCAGCAGGCTGTGCTCTGCTGATGATACTGGC 900

 27523828 CTGGACTCCGCACCTGCTGAGGATGAGCCCCTCGAGGAGCGGCGCGGGGTGTGTGGGAGA 27523887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTGGACTCCGCACCTGCTGAGGATGAGCCCCTCGAGGAGCGGCGCGGGGTGTGTGGGAGA 960

 27523888 ACAATCACGGGCTCCGGCCACCGTGCACAGCCACGCACACCGGCTAGCACAGTGGGGAGG 27523947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACAATCACGGGCTCCGGCCACCGTGCACAGCCACGCACACCGGCTAGCACAGTGGGGAGG 1020

 27523948 GCAGCTCCAGGTGCCTGCACACGTGCCGGCTGCGTGCAAGGCTCCTGCTGAACCGGATGT 27524007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCAGCTCCAGGTGCCTGCACACGTGCCGGCTGCGTGCAAGGCTCCTGCTGAACCGGATGT 1080

 27524008 ACTGCACACGGCTTCCGCTGCAGGCACCTGCATCTGGACTATGGAAAAGCTGTGGTGACC 27524067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTGCACACGGCTTCCGCTGCAGGCACCTGCATCTGGACTATGGAAAAGCTGTGGTGACC 1140

 27524068 CGAAGCTGCCATGTAAGAAAGTGAGCTAGTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGT 27524127
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CGAAGCTGCCATGTAAGAAAGTGAGCTATTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGT 1200

 27524128 GGTGGCGGGCGTCTGTAATCCCACCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAC 27524187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGTGGCGGGCGTCTGTAATCCCACCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAC 1260

 27524188 CTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACA 27524247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACA 1320

 27524248 GAGCAAGACTCCGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGAGCTAACCTGTG 27524307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||
     1321 GAGCAAGACTCCGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-------GTGAGCTAACCTGTG 1373

 27524308 ATCACCATGTTGTGAAAAGAAAACAAACAACCCCCCCCCCCCACAAAAAAAAAAAAAATT 27524367
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     1374 ATCACCATGTTGTGAAAAAAAAACAAACAACCCCCCCCCC--ACAAAAAAAAAAAAAATT 1431

 27524368 CTCAGGTCATGAGGAAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGT 27524427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1432 CTCAGGTCATGAGGAAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGT 1491

 27524428 GGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGG 27524487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1492 GGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGG 1551

 27524488 CCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACAT 27524547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1552 CCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACAT 1611

 27524548 TCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGT 27524607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1612 TCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGT 1671

 27524608 AATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAG 27524667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1672 AATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAG 1731

 27524668 TTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAA 27524727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1732 TTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAA 1791

 27524728 AATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTAT 27524787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1792 AATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTAT 1851

 27524788 AATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTA 27524847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1852 AATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTA 1911

 27524848 ATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 27524884
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1912 ATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 1948

EXCISED REGION

 27526216 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 27526275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1949 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 2008

 27526276 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 27526335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2009 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 2068

 27526336 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 27526395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2069 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 2128

 27526396 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 27526455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2129 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 2188

 27526456 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 27526515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2189 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 2248

 27526516 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 27526575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2249 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 2308

 27526576 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 27526635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2309 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 2368

 27526636 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 27526695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2369 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 2428

 27526696 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCT 27526754
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
     2429 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCT 2488

 27526755 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 27526814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2489 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 2548

 27526815 AAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 27526874
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2549 AAGCATTGCTCTAGATGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 2608

 27526875 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 27526934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2609 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 2668

 27526935 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 27526994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 2728

 27526995 TACTTTGAAAAACTTTAAATA-TTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 27527053
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2729 TACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 2788

 27527054 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 27527113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2789 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 2848

 27527114 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 27527173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2849 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 2908

 27527174 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 27527233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2909 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 2968

 27527234 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 27527293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2969 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 3028

 27527294 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 27527353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3029 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 3088

 27527354 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCT 27527413
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
     3089 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCA-TTTTTTTTTTAATCT 3147

 27527414 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 27527473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3148 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 3207

 27527474 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCC 27527505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     3208 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCC 3239

Alignment time is 2.46467 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2924] =>      2924 nucs 'mol-32-29ea-041098_2924'

Score:        2835
Aligned:      2901        nucs
Identic:      2895 (100%) nucs =>       471 (100%)      2424 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524414,27524884] EXCISED REGION [27526216,27528644]
 second seq =>  [       1,     471] EXCISED REGION [     472,    2900]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1331 nucs [27524885,27526215]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [27524885,27524886] to [27526216,27526217]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524884,27524884] to [27526216,27526216]
 second seq =>         1 nucs [471,471] to [472,472]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524414 GGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAA 27524473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAA 60

 27524474 CTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCA 27524533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCA 120

 27524534 AACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTA 27524593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTA 180

 27524594 TTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAA 27524653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAA 240

 27524654 GAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTAT 27524713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTAT 300

 27524714 TTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAAT 27524773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAAT 360

 27524774 TTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTAT 27524833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTAT 420

 27524834 TATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 27524884
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 471

EXCISED REGION

 27526216 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 27526275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      472 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 531

 27526276 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 27526335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      532 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 591

 27526336 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 27526395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      592 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 651

 27526396 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 27526455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      652 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 711

 27526456 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 27526515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      712 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 771

 27526516 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 27526575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      772 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 831

 27526576 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 27526635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      832 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 891

 27526636 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 27526695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      892 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 951

 27526696 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCATCTT 27526755
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
      952 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTCCATCTT 1011

 27526756 AAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAA 27526815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1012 AAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAA 1071

 27526816 AGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTT 27526875
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1072 AGCATTGCTCTAGATGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTT 1131

 27526876 CAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGA 27526935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1132 CAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGA 1191

 27526936 TTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTT 27526995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1192 TTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTT 1251

 27526996 ACTTTGAAAAACTTTAAATA-TTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTA 27527054
          |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1252 ACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTA 1311

 27527055 TTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACA 27527114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1312 TTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACA 1371

 27527115 CACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGA 27527174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1372 CACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGA 1431

 27527175 ATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCA 27527234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1432 ATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCA 1491

 27527235 CAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAA 27527294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1492 CAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAA 1551

 27527295 TAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTA 27527354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1552 TAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTA 1611

 27527355 ACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCTT 27527414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
     1612 ACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCA-TTTTTTTTTTAATCTT 1670

 27527415 GGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCG 27527474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1671 GGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCG 1730

 27527475 ATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAA 27527534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1731 ATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAA 1790

 27527535 TACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAAT 27527594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1791 TACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAAT 1850

 27527595 GATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGT 27527654
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1851 GATTATACATGTACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGT 1910

 27527655 ACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTT 27527714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1911 ACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTT 1970

 27527715 CATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAG 27527774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1971 CATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAG 2030

 27527775 TCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAG 27527834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2031 TCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAG 2090

 27527835 CAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACA 27527894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2091 CAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACA 2150

 27527895 CACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTA 27527954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2151 CACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTA 2210

 27527955 TTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGT 27528014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2211 TTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGT 2270

 27528015 TTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAAC 27528074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2271 TTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAAC 2330

 27528075 ACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGG 27528134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2331 ACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGG 2390

 27528135 GCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGT 27528194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2391 GCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGT 2450

 27528195 GATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTT 27528254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2451 GATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTT 2510

 27528255 ATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATTT 27528314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2511 ATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATTT 2570

 27528315 ATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTT 27528374
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2571 ATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTGTT 2630

 27528375 TATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAAT 27528434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2631 TATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAAT 2690

 27528435 AAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATAT 27528494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2691 AAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATAT 2750

 27528495 TCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTT 27528554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2751 TCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTT 2810

 27528555 TCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGG 27528614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2811 TCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGG 2870

 27528615 AGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGA 27528644
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     2871 AGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGA 2900

Alignment time is 2.20469 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4762] =>      4762 nucs 'mol-32-2edb-152229_4762'

Score:        4628
Aligned:      4768        nucs
Identic:      4752 (100%) nucs =>       131 (100%)      4621 (100%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524754,27524884] EXCISED REGION [27526216,27530850]
 second seq =>  [       1,     131] EXCISED REGION [     132,    4762]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1331 nucs [27524885,27526215]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [27524885,27524886] to [27526216,27526217]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524884,27524884] to [27526216,27526216]
 second seq =>         1 nucs [131,131] to [132,132]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524754 TTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAAT 27524813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAAT 60

 27524814 GTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATAT 27524873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATAT 120

 27524874 GAATTTTGGAG 27524884
          |||||||||||
      121 GAATTTTGGAG 131

EXCISED REGION

 27526216 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 27526275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      132 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 191

 27526276 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 27526335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      192 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 251

 27526336 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 27526395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      252 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 311

 27526396 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 27526455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      312 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 371

 27526456 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 27526515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      372 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 431

 27526516 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 27526575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      432 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 491

 27526576 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 27526635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      492 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 551

 27526636 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 27526695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      552 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 611

 27526696 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCT 27526754
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
      612 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCT 671

 27526755 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 27526814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      672 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 731

 27526815 AAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 27526874
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      732 AAGCATTGCTCTAGATGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 791

 27526875 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 27526934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      792 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 851

 27526935 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 27526994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      852 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 911

 27526995 TACTTTGAAAAACTTTAAATA-TTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 27527053
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      912 TACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 971

 27527054 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 27527113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      972 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 1031

 27527114 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 27527173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1032 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 1091

 27527174 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 27527233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1092 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 1151

 27527234 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 27527293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1152 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 1211

 27527294 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 27527353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1212 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 1271

 27527354 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCT 27527413
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
     1272 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCA-TTTTTTTTTTAATCT 1330

 27527414 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 27527473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1331 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 1390

 27527474 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 27527533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1391 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 1450

 27527534 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 27527593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1451 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 1510

 27527594 TGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 27527653
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1511 TGATTATACATGTACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 1570

 27527654 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 27527713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1571 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 1630

 27527714 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 27527773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1631 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 1690

 27527774 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 27527833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1691 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 1750

 27527834 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 27527893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1751 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 1810

 27527894 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 27527953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1811 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 1870

 27527954 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 27528013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1871 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 1930

 27528014 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 27528073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1931 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 1990

 27528074 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 27528133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1991 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 2050

 27528134 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 27528193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2051 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 2110

 27528194 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 27528253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2111 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 2170

 27528254 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 27528313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2171 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 2230

 27528314 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCT 27528373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2231 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTGT 2290

 27528374 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAA 27528433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2291 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAA 2350

 27528434 TAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATA 27528493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2351 TAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATA 2410

 27528494 TTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTT 27528553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2411 TTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTT 2470

 27528554 TTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTG 27528613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2471 TTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTG 2530

 27528614 GAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCT 27528673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2531 GAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCT 2590

 27528674 TTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATA 27528733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2591 TTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATA 2650

 27528734 GGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTC 27528793
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2651 GGTTTTTATTAACAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTC 2710

 27528794 TTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTC 27528853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2711 TTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTC 2770

 27528854 TAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGG 27528913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2771 TAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGG 2830

 27528914 ATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTTTTC 27528973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2831 ATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTTTTC 2890

 27528974 TTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACCCAA 27529033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2891 TTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACCCAA 2950

 27529034 CTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCTCAT 27529093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2951 CTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCTCAT 3010

 27529094 CTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTTCCA 27529153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3011 CTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTTCCA 3070

 27529154 GTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATGAAGG 27529213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3071 GTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATGAAGG 3130

 27529214 CATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGT 27529273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3131 CATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGT 3190

 27529274 GTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAGTTAT 27529333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3191 GTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAGTTAT 3250

 27529334 TTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTGATAC 27529393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3251 TTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTGATAC 3310

 27529394 TAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGTGTTTGGCATGATTTTATTTTATT 27529453
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||
     3311 TAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGTGTTTGGCATG-----ATTTTATT 3365

 27529454 TTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAATATG 27529513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3366 TTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAATATG 3425

 27529514 TTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTGTAGA 27529573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3426 TTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTGTAGA 3485

 27529574 TGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAGTGTT 27529633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3486 TGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAGTGTT 3545

 27529634 CTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTATTGT 27529693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3546 CTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTATTGT 3605

 27529694 GAGGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAATGACTTATTTTATGGATCTGGGTATTTCAATA 27529753
          ||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     3606 GAAGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAATGACTTATTTTATGGATCTGGGTATTTCAGTA 3665

 27529754 TTGGGTACATATATATTTAGGATAATTAAGTATTCTTGTTTAATTGAACCCTTTATTATC 27529813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3666 TTGGGTACATATATATTTAGGATAATTAAGTATTCTTGTTTAATTGAACCCTTTATTATC 3725

 27529814 AGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATTGTTGTTGGTTTAAATTCTGTTGTATCAGATGT 27529873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3726 AGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATTGTTGTTGGTTTAAATTCTGTTGTATCAGATGT 3785

 27529874 AAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTTCTTTTCATTTGCATGTAAATCTTTCTCCATCT 27529933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3786 AAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTTCTTTTCATTTGCATGTAAATCTTTCTCCATCT 3845

 27529934 TTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTTACATGTGGGATGGGTGTCTTAAAGACAGTGAA 27529993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3846 TTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTTACATGTGGGATGGGTGTCTTAAAGACAGTGAA 3905

 27529994 CAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCGTGATACTCTATGCCTTTTAAGTGAGGTGTTTA 27530053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3906 CAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCGTGATACTCTATGCCTTTTAAGTGAGGTGTTTA 3965

 27530054 GCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGGTATGTGTGATTTTTATTCTATCATTTTGTTGT 27530113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3966 GCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGGTATGTGTGATTTTTATTCTATCATTTTGTTGT 4025

 27530114 TATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGCTTATAACTCGTGTCCGCAAATAGTCTCCATCT 27530173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4026 TATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGCTTATAACTCGTGTCCGCAAATAGTCTCCATCT 4085

 27530174 ATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAACGACATATTTTATAAATCTGGTTG 27530233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4086 ATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAACGACATATTTTATAAATCTGGTTG 4145

 27530234 TTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTAATTCTAAGTAAGGTGTTTAGCCCATTTACATT 27530293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4146 TTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTAATTCTAAGTAAGGTGTTTAGCCCATTTACATT 4205

 27530294 CAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTTGAGTCCATCATTTTGTTGTTACCAGGTTGTCA 27530353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4206 CAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTTGAGTCCATCATTTTGTTGTTACCAGGTTGTCA 4265

 27530354 TGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCCTGTCTGCTATGTGCTTACCTGTGTTTTTGTGGTAG 27530413
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4266 TGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCTTGTCTGCTATGTGCTTACCTGTGTTTTTGTGGTAG 4325

 27530414 TATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGTTTAGTACTCCTTAAAGGACCTCATGTAAGGCT 27530473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4326 TATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGTTTAGTACTCCTTAAAGGACCTCATGTAAGGCT 4385

 27530474 AGCCTAGTTGTAACAAATTCCATCAGAATTTGCTTGTCTGAGGAAAATCTTATTTCTCCT 27530533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4386 AGCCTAGTTGTAACAAATTCCATCAGAATTTGCTTGTCTGAGGAAAATCTTATTTCTCCT 4445

 27530534 TCACTTACGAAGCTTAGATTAATGGGATACAAAAAATCTTGGTTGAAATTTATTTTCTTT 27530593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4446 TCACTTACGAAGCTTAGATTAATGGGATACAAAAAATCTTGGTTGAAATTTATTTTCTTT 4505

 27530594 AATGATTCTGAAAATAGGACCCCAATCTCTTCTGGCTTGTAATGTTTCTGCTGAGGGGTC 27530653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     4506 AATGATTCTGAAAATAGGACCCCAATCTCTTCTGGCTTGTAATGTTTCTGCTGAGGAGTC 4565

 27530654 TATTGCTGGCCTGATTGGGTTTCTTTTGTATATGATTTGACCTTTCTTTCCAGCTACCTT 27530713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4566 TATTGCTGGCCTGATTGGGTTTCTTTTGTATATGATTTGACCTTTCTTTCCAGCTACCTT 4625

 27530714 TAAGATACTTTCTTTAGCACTGAGTCTGGTGCATCTAATGACTACCTTTCTCAGGGATGG 27530773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4626 TAAGATACTTTCTTTAGCACTGAGTCTGGTGCATCTAATGACTACCTTTCTCAGGGATGG 4685

 27530774 TTTTCTTGTACAGTATCTTGCCAGAGTTCTCTCTATTTCTTTGAATTTGTATGTCAACCT 27530833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4686 TTTTCTTGTACAGTATCTTGCCAGAGTTCTCTCTATTTCTTTGAATTTGTATGTCAACCT 4745

 27530834 CTCTAGTGACATTAGGG 27530850
          |||||||||||||||||
     4746 CTCTAGTGACATTAGGG 4762

Alignment time is 3.59222 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2226] =>      2226 nucs 'mol-32-2fd8-007198_2226'

Score:        2150
Aligned:      2227        nucs
Identic:      2220 (100%) nucs =>        27 (100%)      2193 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524858,27524884] EXCISED REGION [27526216,27528413]
 second seq =>  [       1,      27] EXCISED REGION [      28,    2226]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1331 nucs [27524885,27526215]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [27524885,27524886] to [27526216,27526217]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524884,27524884] to [27526216,27526216]
 second seq =>         1 nucs [27,27] to [28,28]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524858 TGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 27524884
          |||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 27

EXCISED REGION

 27526216 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 27526275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       28 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 87

 27526276 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 27526335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       88 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 147

 27526336 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 27526395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      148 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 207

 27526396 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 27526455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      208 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 267

 27526456 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 27526515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      268 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 327

 27526516 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 27526575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      328 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 387

 27526576 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 27526635
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      388 AATATCATGCGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 447

 27526636 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 27526695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      448 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 507

 27526696 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCT 27526754
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
      508 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCT 567

 27526755 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 27526814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      568 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 627

 27526815 AAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 27526874
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      628 AAGCATTGCTCTAGATGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 687

 27526875 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 27526934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      688 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 747

 27526935 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 27526994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      748 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 807

 27526995 TACTTTGAAAAACTTTAAATA-TTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 27527053
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      808 TACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 867

 27527054 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 27527113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      868 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 927

 27527114 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 27527173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      928 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 987

 27527174 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 27527233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      988 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 1047

 27527234 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 27527293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1048 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 1107

 27527294 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 27527353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1108 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 1167

 27527354 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCT 27527413
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
     1168 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCA-TTTTTTTTTTAATCT 1226

 27527414 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 27527473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1227 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 1286

 27527474 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 27527533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1287 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 1346

 27527534 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 27527593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1347 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 1406

 27527594 TGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 27527653
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1407 TGATTATACATGTACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 1466

 27527654 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 27527713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1467 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 1526

 27527714 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 27527773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1527 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 1586

 27527774 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 27527833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1587 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 1646

 27527834 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 27527893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1647 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 1706

 27527894 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 27527953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1707 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 1766

 27527954 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 27528013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1767 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 1826

 27528014 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 27528073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1827 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 1886

 27528074 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 27528133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1887 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 1946

 27528134 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 27528193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1947 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 2006

 27528194 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 27528253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2007 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 2066

 27528254 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 27528313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2067 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 2126

 27528314 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCT 27528373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2127 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTGT 2186

 27528374 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAA 27528413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2187 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAA 2226

Alignment time is 1.71022 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2934] =>      2934 nucs 'mol-32-2fd8-128060_2934'

Score:        2933
Aligned:      2933        nucs
Identic:      2933 (100%) nucs =>      2346 (100%)       587 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524404,27526749] EXCISED REGION [27526750,27527336]
 second seq =>  [       1,    2346] EXCISED REGION [    2348,    2934]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2347,2347]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2347,2347] to [2348,2348]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524404 TCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTC 27524463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTC 60

 27524464 TAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATC 27524523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATC 120

 27524524 TGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGA 27524583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGA 180

 27524584 TTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTT 27524643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTT 240

 27524644 GATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTT 27524703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTT 300

 27524704 GCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAAT 27524763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAAT 360

 27524764 ATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTA 27524823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTA 420

 27524824 CTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGA 27524883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGA 480

 27524884 GGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAA 27524943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAA 540

 27524944 ATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATA 27525003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATA 600

 27525004 AGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATA 27525063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATA 660

 27525064 TAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAG 27525123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAG 720

 27525124 AGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATG 27525183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATG 780

 27525184 CAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGA 27525243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGA 840

 27525244 ACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTA 27525303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTA 900

 27525304 TATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCA 27525363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCA 960

 27525364 TTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTT 27525423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTT 1020

 27525424 CAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTC 27525483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTC 1080

 27525484 AAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCAT 27525543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCAT 1140

 27525544 GGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATT 27525603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATT 1200

 27525604 CATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCAC 27525663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCAC 1260

 27525664 ACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGA 27525723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGA 1320

 27525724 GTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGT 27525783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGT 1380

 27525784 GTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTAT 27525843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTAT 1440

 27525844 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAC 27525903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAC 1500

 27525904 TCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTC 27525963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTC 1560

 27525964 AGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTA 27526023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTA 1620

 27526024 AACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTAT 27526083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTAT 1680

 27526084 AGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGG 27526143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGG 1740

 27526144 CCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCAC 27526203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCAC 1800

 27526204 TTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAAT 27526263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAAT 1860

 27526264 GCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGC 27526323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGC 1920

 27526324 CTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAAT 27526383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAAT 1980

 27526384 ATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTC 27526443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTC 2040

 27526444 ATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTC 27526503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTC 2100

 27526504 CTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACAT 27526563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACAT 2160

 27526564 CCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACT 27526623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACT 2220

 27526624 TTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCT 27526683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCT 2280

 27526684 GTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTT 27526743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTT 2340

 27526744 TTTTTT 27526749
          ||||||
     2341 TTTTTT 2346

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2348 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 2407

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2408 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 2467

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2468 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 2527

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2528 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 2587

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2588 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 2647

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2648 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 2707

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2708 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 2767

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2768 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 2827

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2828 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 2887

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATA 27527336
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2888 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATA 2934

Alignment time is 2.24315 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3256] =>      3256 nucs 'mol-32-2fe3-078407_3256'

Score:        3255
Aligned:      3255        nucs
Identic:      3255 (100%) nucs =>       644 (100%)      2611 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27526106,27526749] EXCISED REGION [27526750,27529360]
 second seq =>  [       1,     644] EXCISED REGION [     646,    3256]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [645,645]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [645,645] to [646,646]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27526106 CATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAAT 27526165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAAT 60

 27526166 TAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTT 27526225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTT 120

 27526226 TCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTA 27526285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTA 180

 27526286 AGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCC 27526345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCC 240

 27526346 TTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTC 27526405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTC 300

 27526406 TTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTT 27526465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTT 360

 27526466 TAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACT 27526525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACT 420

 27526526 ATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGT 27526585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGT 480

 27526586 GACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAAC 27526645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAAC 540

 27526646 TCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTC 27526705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTC 600

 27526706 AAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 27526749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 644

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      646 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 705

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      706 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 765

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      766 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 825

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      826 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 885

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      886 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 945

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      946 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 1005

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1006 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 1065

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1066 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 1125

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1126 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 1185

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 27527349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1186 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 1245

 27527350 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 27527409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1246 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 1305

 27527410 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 27527469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1306 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 1365

 27527470 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 27527529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1366 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 1425

 27527530 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 27527589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1426 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 1485

 27527590 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 27527649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1486 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 1545

 27527650 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 27527709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1546 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 1605

 27527710 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 27527769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1606 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 1665

 27527770 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 27527829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1666 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 1725

 27527830 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 27527889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1726 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 1785

 27527890 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 27527949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1786 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 1845

 27527950 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 27528009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1846 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 1905

 27528010 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 27528069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1906 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 1965

 27528070 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 27528129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 2025

 27528130 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 27528189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2026 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 2085

 27528190 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 27528249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2086 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 2145

 27528250 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 27528309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2146 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 2205

 27528310 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 27528369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 2265

 27528370 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 27528429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 2325

 27528430 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 27528489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 2385

 27528490 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 27528549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 2445

 27528550 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 27528609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 2505

 27528610 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 27528669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 2565

 27528670 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 27528729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 2625

 27528730 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 27528789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 2685

 27528790 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 27528849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 2745

 27528850 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 27528909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 2805

 27528910 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 27528969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 2865

 27528970 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 27529029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 2925

 27529030 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 27529089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2926 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 2985

 27529090 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 27529149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2986 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 3045

 27529150 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 27529209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3046 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 3105

 27529210 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 27529269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3106 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 3165

 27529270 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAG 27529329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3166 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAG 3225

 27529330 TTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATA 27529360
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     3226 TTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATA 3256

Alignment time is 2.48819 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    6281] =>      6281 nucs 'mol-32-2ff9-317579_6281'

Score:        6280
Aligned:      6280        nucs
Identic:      6280 (100%) nucs =>      1866 (100%)      4414 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524884,27526749] EXCISED REGION [27526750,27531163]
 second seq =>  [       1,    1866] EXCISED REGION [    1868,    6281]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1867,1867]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1867,1867] to [1868,1868]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524884 GGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAA 27524943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAA 60

 27524944 ATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATA 27525003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATA 120

 27525004 AGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATA 27525063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATA 180

 27525064 TAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAG 27525123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAG 240

 27525124 AGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATG 27525183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATG 300

 27525184 CAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGA 27525243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGA 360

 27525244 ACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTA 27525303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTA 420

 27525304 TATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCA 27525363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCA 480

 27525364 TTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTT 27525423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTT 540

 27525424 CAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTC 27525483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTC 600

 27525484 AAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCAT 27525543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCAT 660

 27525544 GGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATT 27525603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATT 720

 27525604 CATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCAC 27525663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCAC 780

 27525664 ACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGA 27525723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGA 840

 27525724 GTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGT 27525783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGT 900

 27525784 GTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTAT 27525843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTAT 960

 27525844 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAC 27525903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAC 1020

 27525904 TCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTC 27525963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTC 1080

 27525964 AGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTA 27526023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTA 1140

 27526024 AACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTAT 27526083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTAT 1200

 27526084 AGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGG 27526143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGG 1260

 27526144 CCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCAC 27526203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCAC 1320

 27526204 TTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAAT 27526263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAAT 1380

 27526264 GCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGC 27526323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGC 1440

 27526324 CTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAAT 27526383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAAT 1500

 27526384 ATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTC 27526443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTC 1560

 27526444 ATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTC 27526503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTC 1620

 27526504 CTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACAT 27526563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACAT 1680

 27526564 CCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACT 27526623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACT 1740

 27526624 TTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCT 27526683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCT 1800

 27526684 GTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTT 27526743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTT 1860

 27526744 TTTTTT 27526749
          ||||||
     1861 TTTTTT 1866

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1868 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 1927

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 1987

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 2047

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2048 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 2107

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2108 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 2167

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 2227

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2228 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 2287

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2288 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 2347

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2348 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 2407

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 27527349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2408 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 2467

 27527350 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 27527409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2468 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 2527

 27527410 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 27527469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2528 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 2587

 27527470 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 27527529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2588 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 2647

 27527530 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 27527589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2648 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 2707

 27527590 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 27527649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2708 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 2767

 27527650 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 27527709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2768 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 2827

 27527710 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 27527769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2828 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 2887

 27527770 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 27527829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2888 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 2947

 27527830 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 27527889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2948 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 3007

 27527890 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 27527949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3008 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 3067

 27527950 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 27528009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3068 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 3127

 27528010 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 27528069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3128 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 3187

 27528070 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 27528129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3188 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 3247

 27528130 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 27528189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3248 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 3307

 27528190 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 27528249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3308 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 3367

 27528250 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 27528309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3368 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 3427

 27528310 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 27528369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3428 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 3487

 27528370 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 27528429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3488 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 3547

 27528430 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 27528489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3548 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 3607

 27528490 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 27528549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3608 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 3667

 27528550 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 27528609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3668 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 3727

 27528610 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 27528669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3728 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 3787

 27528670 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 27528729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3788 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 3847

 27528730 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 27528789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3848 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 3907

 27528790 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 27528849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3908 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 3967

 27528850 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 27528909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3968 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 4027

 27528910 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 27528969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4028 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 4087

 27528970 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 27529029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4088 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 4147

 27529030 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 27529089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4148 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 4207

 27529090 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 27529149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4208 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 4267

 27529150 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 27529209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4268 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 4327

 27529210 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 27529269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4328 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 4387

 27529270 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAG 27529329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4388 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAG 4447

 27529330 TTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTG 27529389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4448 TTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTG 4507

 27529390 ATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGTGTTTGGCATGATTTTATTT 27529449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4508 ATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTCCAAGAGGGTGTTTGGCATGATTTTATTT 4567

 27529450 TATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAA 27529509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4568 TATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTTACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAA 4627

 27529510 TATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTG 27529569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4628 TATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATATTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTG 4687

 27529570 TAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAG 27529629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4688 TAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGTCAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAG 4747

 27529630 TGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTA 27529689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4748 TGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTCTGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTA 4807

 27529690 TTGTGAGGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAATGACTTATTTTATGGATCTGGGTATTTC 27529749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4808 TTGTGAGGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAATGACTTATTTTATGGATCTGGGTATTTC 4867

 27529750 AATATTGGGTACATATATATTTAGGATAATTAAGTATTCTTGTTTAATTGAACCCTTTAT 27529809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4868 AATATTGGGTACATATATATTTAGGATAATTAAGTATTCTTGTTTAATTGAACCCTTTAT 4927

 27529810 TATCAGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATTGTTGTTGGTTTAAATTCTGTTGTATCAG 27529869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4928 TATCAGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATTGTTGTTGGTTTAAATTCTGTTGTATCAG 4987

 27529870 ATGTAAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTTCTTTTCATTTGCATGTAAATCTTTCTCC 27529929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4988 ATGTAAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTTCTTTTCATTTGCATGTAAATCTTTCTCC 5047

 27529930 ATCTTTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTTACATGTGGGATGGGTGTCTTAAAGACAG 27529989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5048 ATCTTTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTTACATGTGGGATGGGTGTCTTAAAGACAG 5107

 27529990 TGAACAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCGTGATACTCTATGCCTTTTAAGTGAGGTG 27530049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5108 TGAACAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCGTGATACTCTATGCCTTTTAAGTGAGGTG 5167

 27530050 TTTAGCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGGTATGTGTGATTTTTATTCTATCATTTTG 27530109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5168 TTTAGCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGGTATGTGTGATTTTTATTCTATCATTTTG 5227

 27530110 TTGTTATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGCTTATAACTCGTGTCCGCAAATAGTCTCC 27530169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5228 TTGTTATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGCTTATAACTCGTGTCCGCAAATAGTCTCC 5287

 27530170 ATCTATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAACGACATATTTTATAAATCTG 27530229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5288 ATCTATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAACGACATATTTTATAAATCTG 5347

 27530230 GTTGTTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTAATTCTAAGTAAGGTGTTTAGCCCATTTA 27530289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5348 GTTGTTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTAATTCTAAGTAAGGTGTTTAGCCCATTTA 5407

 27530290 CATTCAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTTGAGTCCATCATTTTGTTGTTACCAGGTT 27530349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5408 CATTCAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTTGAGTCCATCATTTTGTTGTTACCAGGTT 5467

 27530350 GTCATGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCCTGTCTGCTATGTGCTTACCTGTGTTTTTGTG 27530409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5468 GTCATGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCCTGTCTGCTATGTGCTTACCTGTGTTTTTGTG 5527

 27530410 GTAGTATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGTTTAGTACTCCTTAAAGGACCTCATGTAA 27530469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5528 GTAGTATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGTTTAGTACTCCTTAAAGGACCTCATGTAA 5587

 27530470 GGCTAGCCTAGTTGTAACAAATTCCATCAGAATTTGCTTGTCTGAGGAAAATCTTATTTC 27530529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5588 GGCTAGCCTAGTTGTAACAAATTCCATCAGAATTTGCTTGTCTGAGGAAAATCTTATTTC 5647

 27530530 TCCTTCACTTACGAAGCTTAGATTAATGGGATACAAAAAATCTTGGTTGAAATTTATTTT 27530589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5648 TCCTTCACTTACGAAGCTTAGATTAATGGGATACAAAAAATCTTGGTTGAAATTTATTTT 5707

 27530590 CTTTAATGATTCTGAAAATAGGACCCCAATCTCTTCTGGCTTGTAATGTTTCTGCTGAGG 27530649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5708 CTTTAATGATTCTGAAAATAGGACCCCAATCTCTTCTGGCTTGTAATGTTTCTGCTGAGG 5767

 27530650 GGTCTATTGCTGGCCTGATTGGGTTTCTTTTGTATATGATTTGACCTTTCTTTCCAGCTA 27530709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5768 GGTCTATTGCTGGCCTGATTGGGTTTCTTTTGTATATGATTTGACCTTTCTTTCCAGCTA 5827

 27530710 CCTTTAAGATACTTTCTTTAGCACTGAGTCTGGTGCATCTAATGACTACCTTTCTCAGGG 27530769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5828 CCTTTAAGATACTTTCTTTAGCACTGAGTCTGGTGCATCTAATGACTACCTTTCTCAGGG 5887

 27530770 ATGGTTTTCTTGTACAGTATCTTGCCAGAGTTCTCTCTATTTCTTTGAATTTGTATGTCA 27530829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5888 ATGGTTTTCTTGTACAGTATCTTGCCAGAGTTCTCTCTATTTCTTTGAATTTGTATGTCA 5947

 27530830 ACCTCTCTAGTGACATTAGGGAAATTTTTATGGTTTATATCCTCAAATATGTTTTTTTTA 27530889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5948 ACCTCTCTAGTGACATTAGGGAAATTTTTATGGTTTATATCCTCAAATATGTTTTTTTTA 6007

 27530890 GTTTATTACTCTCTCTCCTCTCTCAGGAATATCAATAAATCGCAGGTTTGATTTTTTTTT 27530949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6008 GTTTATTACTCTCTCTCCTCTCTCAGGAATATCAATAAATCGCAGGTTTGATTTTTTTTT 6067

 27530950 ACATAATCTCTACTTCTTGGAGATTTTATCCATTTAAAAACTATTTTGTCTTTATTTTTG 27531009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6068 ACATAATCTCTACTTCTTGGAGATTTTATCCATTTAAAAACTATTTTGTCTTTATTTTTG 6127

 27531010 TATGATTGAGTTGACTTGAAGGATTGATCTTCAAGCTCTAAGATTCCTTTTCCAGCTTGG 27531069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6128 TATGATTGAGTTGACTTGAAGGATTGATCTTCAAGCTCTAAGATTCCTTTTCCAGCTTGG 6187

 27531070 TTTATTCCAATATTAATACTTCCAGCTCTTTTATGAAGTTCTTGCAGTGCATATTTCAAA 27531129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6188 TTTATTCCAATATTAATACTTCCAGCTCTTTTATGAAGTTCTTGCAGTGCATATTTCAAA 6247

 27531130 TCTAGAATTTGTTAGGTTCTTTTTTAAAATGGCT 27531163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6248 TCTAGAATTTGTTAGGTTCTTTTTTAAAATGGCT 6281

Alignment time is 4.76662 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3594] =>      3594 nucs 'mol-32-3025-093927_3594'

Score:        3593
Aligned:      3593        nucs
Identic:      3593 (100%) nucs =>      1817 (100%)      1776 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524933,27526749] EXCISED REGION [27526750,27528525]
 second seq =>  [       1,    1817] EXCISED REGION [    1819,    3594]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1818,1818]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1818,1818] to [1819,1819]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524933 GGTACCTGGAAATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAA 27524992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTACCTGGAAATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAA 60

 27524993 ATGAACTCATAAGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGA 27525052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGAACTCATAAGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGA 120

 27525053 GGTGATTAATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAG 27525112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGTGATTAATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAG 180

 27525113 AAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAG 27525172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAG 240

 27525173 GCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCC 27525232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCC 300

 27525233 CAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAAC 27525292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAAC 360

 27525293 ACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAG 27525352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAG 420

 27525353 AGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAA 27525412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAA 480

 27525413 GAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACT 27525472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACT 540

 27525473 AAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTA 27525532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTA 600

 27525533 CAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTT 27525592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTT 660

 27525593 TCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATA 27525652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATA 720

 27525653 CTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGA 27525712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGA 780

 27525713 TTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTT 27525772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTT 840

 27525773 AAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATC 27525832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATC 900

 27525833 TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGA 27525892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGA 960

 27525893 GAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTA 27525952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTA 1020

 27525953 GCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAAT 27526012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAAT 1080

 27526013 AATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAAT 27526072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAAT 1140

 27526073 AAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTC 27526132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTC 1200

 27526133 ATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCC 27526192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCC 1260

 27526193 TCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGT 27526252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGT 1320

 27526253 ATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCC 27526312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCC 1380

 27526313 TTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTC 27526372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTC 1440

 27526373 ACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTT 27526432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTT 1500

 27526433 TAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTC 27526492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTC 1560

 27526493 ATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTT 27526552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTT 1620

 27526553 GGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTAC 27526612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTAC 1680

 27526613 TTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATT 27526672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATT 1740

 27526673 GATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTC 27526732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTC 1800

 27526733 ATGTTCTATTTTTTTTT 27526749
          |||||||||||||||||
     1801 ATGTTCTATTTTTTTTT 1817

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1819 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 1878

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1879 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 1938

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1939 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 1998

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1999 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 2058

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2059 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 2118

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2119 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 2178

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2179 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 2238

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2239 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 2298

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2299 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 2358

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 27527349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2359 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 2418

 27527350 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 27527409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2419 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 2478

 27527410 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 27527469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2479 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 2538

 27527470 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 27527529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2539 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 2598

 27527530 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 27527589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2599 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 2658

 27527590 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 27527649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2659 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 2718

 27527650 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 27527709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2719 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 2778

 27527710 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 27527769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2779 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 2838

 27527770 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 27527829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2839 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 2898

 27527830 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 27527889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2899 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 2958

 27527890 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 27527949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2959 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 3018

 27527950 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 27528009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3019 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 3078

 27528010 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 27528069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3079 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 3138

 27528070 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 27528129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3139 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 3198

 27528130 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 27528189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3199 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 3258

 27528190 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 27528249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3259 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 3318

 27528250 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 27528309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3319 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 3378

 27528310 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 27528369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3379 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 3438

 27528370 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 27528429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3439 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 3498

 27528430 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 27528489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3499 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 3558

 27528490 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTA 27528525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3559 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTA 3594

Alignment time is 2.75882 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    8640] =>      8640 nucs 'mol-32-30f6-102532_8640'

Score:        8565
Aligned:      8635        nucs
Identic:      8627 (100%) nucs =>      3235 (100%)      5392 (100%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27522583,27525822] EXCISED REGION [27525823,27531215]
 second seq =>  [       1,    3238] EXCISED REGION [    3247,    8640]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         8 nucs [3239,3246]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        53 nucs [3239,3291] to [3247,3299]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [27525821,27525822] to [27525823,27525824]
 second seq =>         2 nucs [3237,3238] to [3247,3248]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [3239,3242] to [3243,3246]

 27522583 AAAAAAAAAAAAAAAAATAGAGAAATTTTTTGACATAATGTCAAAACAAGAAATCCAGAC 27522642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAAAAAAAAAAAAAAATAGAGAAATTTTTTGACATAATGTCAAAACAAGAAATCCAGAC 60

 27522643 AGTTATTCAATTATTTTTCCCTTTAAAAGACAAAACTCACATATGTATGGTAGGCATTTT 27522702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTTATTCAATTATTTTTCCCTTTAAAAGACAAAACTCACATATGTATGGTAGGCATTTT 120

 27522703 TAAAAATTTCTGATATCCTGTTATTATATGATCACATTATATGAGAAAAAAATTTTTAAA 27522762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAAAAATTTCTGATATCCTGTTATTATATGATCACATTATATGAGAAAAAAATTTTTAAA 180

 27522763 CTGTGATCTATGGTGTAGGGTAGAGAAATTCTGAACAGTCTTATGTGATATAGAACTATT 27522822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGTGATCTATGGTGTAGGGTAGAGAAATTCTAAACAGTCTTATGTGATATAGAACTATT 240

 27522823 TGTGTGCGTGCATTTCTTATGGAAATGAGATTTAGAAATTTTCTGGGTTGTACATGACAC 27522882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTGTGCGTGCATTTCTTATGGAAATGAGATTTAGAAATTTTCTGGGTTGTACATGACAC 300

 27522883 CAATAAATAGGGATATTTTCATTCTGTTATTTTGAGTATATGCTAAAATAAGAATTGTTT 27522942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAATAAATAGGGATATTTTCATTCTGTTATTTTGAGTATATGCTAAAATAAGAATTGTTT 360

 27522943 GGCCTTTCTAAAGTAAACTTTGCTTGATACTTGAGCCATCTGCCTCTAAACAATAAAAGA 27523002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGCCTTTCTAAAGTAAACTTTGCTTGATACTTGAGCCATCTGCCTCTAAACAATAAAAGA 420

 27523003 TCATGAATTATGGAAATGAGTATCTTACCTTAAAACAAAACAAAATTTTTTTCCATAATT 27523062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCATGAATTATGGAAATGAGTATCTTACCTTAAAACAAAACAAAATTTTTTTCCATAATT 480

 27523063 AAATTGAAATAACAGCATTTAGAAAAATGAAAAGATTGGGAGAATAACTTTGCAAAACAA 27523122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAATTGAAATAACAGCATTTAGAAAAATGAAAAGATTGGGAGAATAACTTTGCAAAACAA 540

 27523123 ATCTCAGATACAGGACTGATATATATATTTATTCCTCCCCCAAATATATTTATTCCACAC 27523182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATCTCAGATACAGGACTGATATATATATTTATTCCTCCCCCAAATATATTTATTCCACAC 600

 27523183 TTTCAAGTTGCACTATGTAAAATGAAGAAAGGTGTTATCAAGTTTTCAATGCCTGTAATA 27523242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTCAAGTTGCACTATGTAAAATGAAGAAAGGTGTTATCAAGTTTTCAATGCCTGTAATA 660

 27523243 ACATTTCTGTAATACTTTAATCTCTAGGAAAATGATACATAAAAATGTTACTCACACAAA 27523302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACATTTCTGTAATACTTTAATCTCTAGGAAAATGATACATAAAAATGTTACTCACACAAA 720

 27523303 GCCAATCCATAATTTCAATTAATATCTAGCCTGTAGTTTCTCTCATGCTTTGTGGAGTAT 27523362
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
      721 GCCAATCCATAATTTCAATTAATATCTAGCCTGTAGTGTCTCTCATGCTTTGTGGAGTAT 780

 27523363 GAGCATTTTGTAGATTGCTAGCCTTTGTACTACAATGATACATAAAATACATGTTAAATT 27523422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAGCATTTTGTAGATTGCTAGCCTTTGTACTACAATGATACATAAAATACATGTTAAATT 840

 27523423 TATGTCTGAGATTAATCAGTATTACTACTTGCCAGTAAAAGTTTGATAAAAATGTAATGA 27523482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATGTCTGAGATTAATCAGTATTACTACTTGCCAGTAAAAGTTTGATAAAAATGTAATGA 900

 27523483 AGACATGCAAGTCATGCTTGATTTCATTTTCTTGCACGGAATGCAAACATTCAGTGCTTT 27523542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGACATGCAAGTCATGCTTGATTTCATTTTCTTGCACGGAATGCAAACATTCAGTGCTTT 960

 27523543 GGTTTTTATTTAATGCCATTGTAGCAGTCTGTTTTCTGCTCTATATTGTACAATTCCAGA 27523602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGTTTTTATTTAATGCCATTGTAGCAGTCTGTTTTCTGCTCTATATTGTACAATTCCAGA 1020

 27523603 AGGCAGGGGTTGTGGCTATTTAAGTTACTTTGTGTGATATCATATGGGATATTCTGTGGA 27523662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGGCAGGGGTTGTGGCTATTTAAGTTACTTTGTGTGATATCATATGGGATATTCTGTGGA 1080

 27523663 CACAGATTTGCAATTACATTTTGTTGATAAGTAAATAATGCTTGGTAATGTAACAGGATC 27523722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CACAGATTTGCAATTACATTTTGTTGATAAGTAAATAATGCTTGGTAATGTAACAGGATC 1140

 27523723 CCATGTGGCCGGTGGCACGTTCTGTCTGAGTATTGCTCACACCCACTGAGTTTGTTCCAC 27523782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCATGTGGCCGGTGGCACGTTCTGTCTGAGTATTGCTCACACCCACTGAGTTTGTTCCAC 1200

 27523783 CCCCTCGGCCGGCCCAGCAGGCTGTGCTCTGCTGATGATACTGGCCTGGACTCCGCACCT 27523842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCCCTCGGCCGGCCCAGCAGGCTGTGCTCTGCTGATGATACTGGCCTGGACTCCGCACCT 1260

 27523843 GCTGAGGATGAGCCCCTCGAGGAGCGGCGCGGGGTGTGTGGGAGAACAATCACGGGCTCC 27523902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GCTGAGGATGAGCCCCTCGAGGAGCGGCGCGGGGTGTGTGGGAGAACAATCACGGGCTCC 1320

 27523903 GGCCACCGTGCACAGCCACGCACACCGGCTAGCACAGTGGGGAGGGCAGCTCCAGGTGCC 27523962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGCCACCGTGCACAGCCACGCACACCGGCTAGCACAGTGGGGAGGGCAGCTCCAGGTGCC 1380

 27523963 TGCACACGTGCCGGCTGCGTGCAAGGCTCCTGCTGAACCGGATGTACTGCACACGGCTTC 27524022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGCACACGTGCCGGCTGCGTGCAAGGCTCCTGCTGAACCGGATGTACTGCACACGGCTTC 1440

 27524023 CGCTGCAGGCACCTGCATCTGGACTATGGAAAAGCTGTGGTGACCCGAAGCTGCCATGTA 27524082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CGCTGCAGGCACCTGCATCTGGACTATGGAAAAGCTGTGGTGACCCGAAGCTGCCATGTA 1500

 27524083 AGAAAGTGAGCTAGTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCGGGCGTCTG 27524142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGAAAGTGAGCTAGTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCGGGCGTCTG 1560

 27524143 TAATCCCACCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGT 27524202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAATCCCACCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGT 1620

 27524203 TGCAGTGAGCCAAGATCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCGCC 27524262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGCAGTGAGCCAAGATCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCGCC 1680

 27524263 TCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGAGCTAACCTGTGATCACCATGTTGTGA 27524322
          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-GTGAGCTAACCTGTGATCACCATGTTGTGA 1739

 27524323 AAAGAAAACAAACAACCCCCCCCCCCC-ACAAAAAAAAAAAAAATTCTCAGGTCATGAGG 27524381
          |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 AAAGAAAACAAACAACCCCCCCCCC--AACAAAAAAAAAAAAAATTCTCAGGTCATGAGG 1797

 27524382 AAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTA 27524441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 AAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTA 1857

 27524442 GTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGAC 27524501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 GTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGAC 1917

 27524502 TCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAA 27524561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAA 1977

 27524562 ATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAA 27524621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 ATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAA 2037

 27524622 GAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACT 27524681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 GAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACT 2097

 27524682 CTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTT 27524741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 CTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTT 2157

 27524742 TAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGAT 27524801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 TAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGAT 2217

 27524802 GTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGC 27524861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 GTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGC 2277

 27524862 ACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAG 27524921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 ACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAG 2337

 27524922 TGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTG 27524981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 TGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTG 2397

 27524982 ATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAG 27525041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 ATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAG 2457

 27525042 GTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAAT 27525101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 GTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAAT 2517

 27525102 GTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGAC 27525161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 GTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGAC 2577

 27525162 ACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGC 27525221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 ACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGC 2637

 27525222 TCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCT 27525281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 TCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCT 2697

 27525282 AGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACA 27525341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 AGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACA 2757

 27525342 AAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTG 27525401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 AAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTG 2817

 27525402 GTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTT 27525461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 GTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTT 2877

 27525462 GTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTG 27525521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 GTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTG 2937

 27525522 GCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCAC 27525581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 GCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCAC 2997

 27525582 TTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCA 27525641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 TTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCA 3057

 27525642 GAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGA 27525701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 GAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGA 3117

 27525702 AATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCA 27525761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 AATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCA 3177

 27525762 AACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATAT 27525821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 AACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATAT 3237

 27525822 C 27525822
          |
     3238 C 3238

EXCISED REGION

 27525823 TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGA 27525882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3247 TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGA 3306

 27525883 GAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTG 27525942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3307 GAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTG 3366

 27525943 CCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAA 27526002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3367 CCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAA 3426

 27526003 TAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAAT 27526062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3427 TAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAAT 3486

 27526063 CAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGT 27526122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3487 CAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGT 3546

 27526123 TCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAA 27526182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3547 TCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAA 3606

 27526183 AATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGG 27526242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3607 AATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGG 3666

 27526243 GTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTG 27526302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3667 GTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTG 3726

 27526303 TTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATA 27526362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3727 TTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATA 3786

 27526363 TTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGC 27526422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3787 TTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGC 3846

 27526423 AAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAG 27526482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3847 AAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAG 3906

 27526483 ACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTT 27526542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3907 ACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTT 3966

 27526543 AGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACT 27526602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3967 AGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACT 4026

 27526603 CTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTA 27526662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4027 CTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTA 4086

 27526663 TTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTA 27526722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4087 TTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTA 4146

 27526723 GCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTC 27526781
          ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
     4147 GCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTC 4206

 27526782 CCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTC 27526841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4207 CCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTC 4266

 27526842 ATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTC 27526901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4267 ATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTC 4326

 27526902 TGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACT 27526961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4327 TGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACT 4386

 27526962 TGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTC 27527021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4387 TGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTC 4446

 27527022 TTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCT 27527081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4447 TTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCT 4506

 27527082 ATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAG 27527141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4507 ATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAG 4566

 27527142 CAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCT 27527201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4567 CAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCT 4626

 27527202 CCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTT 27527261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4627 CCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTT 4686

 27527262 CCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAA 27527321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4687 CCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAA 4746

 27527322 AATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAG 27527381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4747 AATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAG 4806

 27527382 ATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCAC 27527441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4807 ATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCAC 4866

 27527442 CTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACAC 27527501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4867 CTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACAC 4926

 27527502 ATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAA 27527561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4927 ATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAA 4986

 27527562 TCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGC 27527621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4987 TCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGC 5046

 27527622 TGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATAC 27527681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5047 TGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATAC 5106

 27527682 AATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAA 27527741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5107 AATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAA 5166

 27527742 TCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTA 27527801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5167 TCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTA 5226

 27527802 ACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCT 27527861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5227 ACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCT 5286

 27527862 CCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAAT 27527921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5287 CCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAAT 5346

 27527922 ATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATT 27527981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5347 ATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATT 5406

 27527982 GAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATC 27528041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5407 GAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATC 5466

 27528042 CATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTC 27528101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5467 CATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTC 5526

 27528102 TAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAA 27528161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5527 TAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAA 5586

 27528162 GCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGAT 27528221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5587 GCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGAT 5646

 27528222 GGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTG 27528281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5647 GGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTG 5706

 27528282 TCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGA 27528341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5707 TCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGA 5766

 27528342 GATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTA 27528401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5767 GATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTA 5826

 27528402 ACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAA 27528461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5827 ACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAA 5886

 27528462 CTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTC 27528521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5887 CTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTC 5946

 27528522 ATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTA 27528581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5947 ATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTA 6006

 27528582 TCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTT 27528641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6007 TCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTT 6066

 27528642 GGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAA 27528701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6067 GGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAA 6126

 27528702 TTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAA 27528761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6127 TTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAA 6186

 27528762 CTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTT 27528821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6187 CTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTT 6246

 27528822 TCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAA 27528881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6247 TCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAA 6306

 27528882 TAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTT 27528941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6307 TAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTT 6366

 27528942 CTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATT 27529001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6367 CTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATT 6426

 27529002 TATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGG 27529061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6427 TATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGG 6486

 27529062 ATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGC 27529121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6487 ATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGC 6546

 27529122 TAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTTCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTT 27529181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6547 TAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTTCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTT 6606

 27529182 AATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATGAAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCT 27529241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6607 AATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATGAAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCT 6666

 27529242 TTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTC 27529301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6667 TTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTC 6726

 27529302 TGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAGTTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATAT 27529361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6727 TGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGAGTTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATAT 6786

 27529362 ATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTGATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTC 27529421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6787 ATTTATGTAATTTAAAGAGATCTTCTTGATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGTGGTC 6846

 27529422 CAAGAGGGTGTTTGGCATGATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTT 27529481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6847 CAAGAGGGTGTTTGGCATGATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTAATTTACTGAGACTT 6906

 27529482 ACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAATATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATA 27529541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6907 ACTTTTATGACTAAACATGATATTAGAATATGTTCAGTGTGAAGATGAGAAGAATGTATA 6966

 27529542 TTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTGTAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGT 27529601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6967 TTTTGTGGTTCTTGAGTATAGTATTCTGTAGATGTCAATTAGGTCCAATTGGTTGAGGGT 7026

 27529602 CAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAGTGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTC 27529661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7027 CAAGTTTAGTCCATAATTTCTTTGTTAGTGTTCTCCATTAATAATCTGTCCAATACTGTC 7086

 27529662 TGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTATTGTGAGGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAA 27529721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7087 TGGAAGATTTTGAAGCCTCCCACTGTTATTGTGAGGCTACATCTCTTTGTAGGTCAAGAA 7146

 27529722 TGACTTATTTTATGGATCTGGGTATTTCAATATTGGGTACATATATATTTAGGATAATTA 27529781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7147 TGACTTATTTTATGGATCTGGGTATTTCAATATTGGGTACATATATATTTAGGATAATTA 7206

 27529782 AGTATTCTTGTTTAATTGAACCCTTTATTATCAGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATT 27529841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7207 AGTATTCTTGTTTAATTGAACCCTTTATTATCAGTAATTCCCTTCTTTTCCTTCTTAATT 7266

 27529842 GTTGTTGGTTTAAATTCTGTTGTATCAGATGTAAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTT 27529901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7267 GTTGTTGGTTTAAATTCTGTTGTATCAGATGTAAGAATAGTGACACCTGTTATTTTTTTT 7326

 27529902 CTTTTCATTTGCATGTAAATCTTTCTCCATCTTTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTT 27529961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7327 CTTTTCATTTGCATGTAAATCTTTCTCCATCTTTTTTATTTTAAGGCTGTGGGTGTTGTT 7386

 27529962 ACATGTGGGATGGGTGTCTTAAAGACAGTGAACAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCG 27530021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7387 ACATGTGGGATGGGTGTCTTAAAGACAGTGAACAGATGGCTCTTGTATTTTTATCCAGCG 7446

 27530022 TGATACTCTATGCCTTTTAAGTGAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGG 27530081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7447 TGATACTCTATGCCTTTTAAGTGAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGGTTGGTATAGG 7506

 27530082 TATGTGTGATTTTTATTCTATCATTTTGTTGTTATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGC 27530141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7507 TATGTGTGATTTTTATTCTATCATTTTGTTGTTATCTGGTTGTTACGTGGACTAGCTTGC 7566

 27530142 TTATAACTCGTGTCCGCAAATAGTCTCCATCTATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAG 27530201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7567 TTATAACTCGTGTCCGCAAATAGTCTCCATCTATTATTGTGAAGCTACATCTCTTTGTAG 7626

 27530202 GTCAAGAACGACATATTTTATAAATCTGGTTGTTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTA 27530261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7627 GTCAAGAACGACATATTTTATAAATCTGGTTGTTCTAATGTTGGGTACATACATATTTTA 7686

 27530262 ATTCTAAGTAAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTT 27530321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7687 ATTCTAAGTAAGGTGTTTAGCCCATTTACATTCAAGATTAGTATTGGTATATGTAATTTT 7746

 27530322 GAGTCCATCATTTTGTTGTTACCAGGTTGTCATGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCCTGT 27530381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7747 GAGTCCATCATTTTGTTGTTACCAGGTTGTCATGTAGACTTGCTTACTCATGGTGCCTGT 7806

 27530382 CTGCTATGTGCTTACCTGTGTTTTTGTGGTAGTATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGT 27530441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7807 CTGCTATGTGCTTACCTGTGTTTTTGTGGTAGTATCTTTTTTTTTTGTTTGGTTTTATGT 7866

 27530442 TTAGTACTCCTTAAAGGACCTCATGTAAGGCTAGCCTAGTTGTAACAAATTCCATCAGAA 27530501
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7867 TTAGTACTCCTTAAATGACCTCATGTAAGGCTAGCCTAGTTGTAACAAATTCCATCAGAA 7926

 27530502 TTTGCTTGTCTGAGGAAAATCTTATTTCTCCTTCACTTACGAAGCTTAGATTAATGGGAT 27530561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7927 TTTGCTTGTCTGAGGAAAATCTTATTTCTCCTTCACTTACGAAGCTTAGATTAATGGGAT 7986

 27530562 ACAAAAAATCTTGGTTGAAATTTATTTTCTTTAATGATTCTGAAAATAGGACCCCAATCT 27530621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7987 ACAAAAAATCTTGGTTGAAATTTATTTTCTTTAATGATTCTGAAAATAGGACCCCAATCT 8046

 27530622 CTTCTGGCTTGTAATGTTTCTGCTGAGGGGTCTATTGCTGGCCTGATTGGGTTTCTTTTG 27530681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8047 CTTCTGGCTTGTAATGTTTCTGCTGAGGGGTCTATTGCTGGCCTGATTGGGTTTCTTTTG 8106

 27530682 TATATGATTTGACCTTTCTTTCCAGCTACCTTTAAGATACTTTCTTTAGCACTGAGTCTG 27530741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8107 TATATGATTTGACCTTTCTTTCCAGCTACCTTTAAGATACTTTCTTTAGCACTGAGTCTG 8166

 27530742 GTGCATCTAATGACTACCTTTCTCAGGGATGGTTTTCTTGTACAGTATCTTGCCAGAGTT 27530801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8167 GTGCATCTAATGACTACCTTTCTCAGGGATGGTTTTCTTGTACAGTATCTTGCCAGAGTT 8226

 27530802 CTCTCTATTTCTTTGAATTTGTATGTCAACCTCTCTAGTGACATTAGGGAAATTTTTATG 27530861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8227 CTCTCTATTTCTTTGAATTTGTATGTCAACCTCTCTAGTGACATTAGGGAAATTTTTATG 8286

 27530862 GTTTATATCCTCAAATATGTTTTTTTTAGTTTATTACTCTCTCTCCTCTCTCAGGAATAT 27530921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8287 GTTTATATCCTCAAATATGTTTTTTTTAGTTTATTACTCTCTCTCCTCTCTCAGGAATAT 8346

 27530922 CAATAAATCGCAGGTTTGATTTTTTTTTACATAATCTCTACTTCTTGGAGATTTTATCCA 27530981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8347 CAATAAATCGCAGGTTTGATTTTTTTTTACATAATCTCTACTTCTTGGAGATTTTATCCA 8406

 27530982 TTTAAAAACTATTTTGTCTTTATTTTTGTATGATTGAGTTGACTTGAAGGATTGATCTTC 27531041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8407 TTTAAAAACTATTTTGTCTTTATTTTTGTATGATTGAGTTGACTTGAAGGATTGATCTTC 8466

 27531042 AAGCTCTAAGATTCCTTTTCCAGCTTGGTTTATTCCAATATTAATACTTCCAGCTCTTTT 27531101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8467 AAGCTCTAAGATTCCTTTTCCAGCTTGGTTTATTCCAATATTAATACTTCCAGCTCTTTT 8526

 27531102 ATGAAGTTCTTGCAGTGCATATTTCAAATCTAGAATTTGTTAGGTTCTTTTTTAAAATGG 27531161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8527 ATGAAGTTCTTGCAGTGCATATTTCAAATCTAGAATTTGTTAGGTTCTTTTTTAAAATGG 8586

 27531162 CTATGTCATCCTTTAGCTCCTGCATCATTTTACAGAATTCTTTGTCCTTCTTTA 27531215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8587 CTATGTCATCCTTTAGCTCCTGCATCATTTTACAGAATTCTTTGTCCTTCTTTA 8640

Alignment time is 6.46418 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4444] =>      4444 nucs 'mol-32-310c-068547_4444'

Score:        4443
Aligned:      4443        nucs
Identic:      4443 (100%) nucs =>      2365 (100%)      2078 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524385,27526749] EXCISED REGION [27526750,27528827]
 second seq =>  [       1,    2365] EXCISED REGION [    2367,    4444]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2366,2366]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2366,2366] to [2367,2367]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524385 GACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTT 27524444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTT 60

 27524445 ATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCA 27524504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCA 120

 27524505 ACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATT 27524564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATT 180

 27524565 GTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAA 27524624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAA 240

 27524625 TATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTA 27524684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTA 300

 27524685 ACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAG 27524744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAG 360

 27524745 TATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTT 27524804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTT 420

 27524805 ATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACT 27524864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACT 480

 27524865 TCAATATATGAATTTTGGAGGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGT 27524924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCAATATATGAATTTTGGAGGGACATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGT 540

 27524925 CAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATT 27524984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATT 600

 27524985 AAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTC 27525044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTC 660

 27525045 ATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTC 27525104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTC 720

 27525105 ATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACA 27525164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACA 780

 27525165 GGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCT 27525224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCT 840

 27525225 TGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGC 27525284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGC 900

 27525285 AAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAG 27525344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAG 960

 27525345 CATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTA 27525404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTA 1020

 27525405 TCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTA 27525464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTA 1080

 27525465 GGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCT 27525524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCT 1140

 27525525 AAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTT 27525584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTT 1200

 27525585 AAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAG 27525644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAG 1260

 27525645 GGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAAT 27525704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAAT 1320

 27525705 ACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAAC 27525764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAAC 1380

 27525765 ACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTC 27525824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTC 1440

 27525825 TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGA 27525884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGA 1500

 27525885 AAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCC 27525944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCC 1560

 27525945 TTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATA 27526004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATA 1620

 27526005 AAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCA 27526064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCA 1680

 27526065 ATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTC 27526124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTC 1740

 27526125 ACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAA 27526184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAA 1800

 27526185 TGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGT 27526244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGT 1860

 27526245 TTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTT 27526304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTT 1920

 27526305 GATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATT 27526364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATT 1980

 27526365 ATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAA 27526424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAA 2040

 27526425 AATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGAC 27526484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGAC 2100

 27526485 ACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAG 27526544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAG 2160

 27526545 CTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCT 27526604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCT 2220

 27526605 TTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATT 27526664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATT 2280

 27526665 GACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGC 27526724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGC 2340

 27526725 ATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 27526749
          |||||||||||||||||||||||||
     2341 ATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 2365

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2367 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 2426

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2427 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 2486

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2487 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 2546

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2547 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 2606

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2607 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 2666

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2667 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 2726

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2727 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 2786

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2787 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 2846

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2847 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 2906

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 27527349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2907 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 2966

 27527350 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 27527409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2967 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 3026

 27527410 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 27527469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3027 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 3086

 27527470 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 27527529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3087 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 3146

 27527530 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 27527589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3147 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 3206

 27527590 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 27527649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3207 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 3266

 27527650 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 27527709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3267 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 3326

 27527710 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 27527769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3327 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 3386

 27527770 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 27527829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3387 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 3446

 27527830 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 27527889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3447 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 3506

 27527890 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 27527949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3507 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 3566

 27527950 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 27528009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3567 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 3626

 27528010 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 27528069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3627 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 3686

 27528070 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 27528129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3687 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 3746

 27528130 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 27528189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3747 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 3806

 27528190 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 27528249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3807 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 3866

 27528250 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 27528309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3867 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 3926

 27528310 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 27528369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3927 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 3986

 27528370 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 27528429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3987 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 4046

 27528430 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 27528489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4047 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 4106

 27528490 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 27528549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4107 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 4166

 27528550 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 27528609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4167 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 4226

 27528610 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 27528669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4227 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 4286

 27528670 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 27528729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4287 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 4346

 27528730 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 27528789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4347 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 4406

 27528790 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAG 27528827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4407 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAG 4444

Alignment time is 3.35692 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4838] =>      4838 nucs 'mol-32-3164-121277_4838'

Score:        4818
Aligned:      4829        nucs
Identic:      4828 (100%) nucs =>        12 (100%)      4816 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524337,27524348] EXCISED REGION [27524352,27529167]
 second seq =>  [       7,      18] EXCISED REGION [      22,    4838]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [27524349,27524351]
 second seq =>         3 nucs [19,21]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [27524351,27524351]
 second seq =>         2 nucs [20,21]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524348,27524348] to [27524351,27524351]
 second seq =>        14 nucs [19,32] to [22,35]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524349,27524349] to [27524351,27524351]
 second seq =>         1 nucs [19,19] to [21,21]

 27524337 ACCCCCCCCCCC 27524348
          ||||||||||||
        7 ACCCCCCCCCCC 18

EXCISED REGION

 27524352 AAAAAAAAAAAAAATTCTCAGGTCATGAGGAAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGA 27524411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       22 AAAAAAAAAAAAAATTCTCAGGTCATGAGGAAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGA 81

 27524412 GAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATT 27524471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       82 GAGGTTTAGAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATT 141

 27524472 AACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGC 27524531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      142 AACTCTTCAGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGC 201

 27524532 CAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGT 27524591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      202 CAAACTATTCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGT 261

 27524592 TATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTA 27524651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      262 TATTAAGTTTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTA 321

 27524652 AAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCT 27524711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      322 AAGAAAATTGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCT 381

 27524712 ATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATA 27524771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      382 ATTTGAATATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATA 441

 27524772 ATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATT 27524831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      442 ATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATT 501

 27524832 ATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATG 27524891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      502 ATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATG 561

 27524892 ACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACT 27524951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      562 ACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACT 621

 27524952 ATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAG 27525011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      622 ATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAG 681

 27525012 CACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGT 27525071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      682 CACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGT 741

 27525072 GGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAA 27525131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      742 GGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAA 801

 27525132 GGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAG 27525191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      802 GGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAG 861

 27525192 TGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAG 27525251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      862 TGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAG 921

 27525252 AAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATT 27525311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      922 AAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATT 981

 27525312 CCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTAC 27525371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      982 CCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTAC 1041

 27525372 TTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATT 27525431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1042 TTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATT 1101

 27525432 TTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTA 27525491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1102 TTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTA 1161

 27525492 TATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGA 27525551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1162 TATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGA 1221

 27525552 GGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAA 27525611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1222 GGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAA 1281

 27525612 TTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGT 27525671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1282 TTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGT 1341

 27525672 GGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTT 27525731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1342 GGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTT 1401

 27525732 TCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAA 27525791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1402 TCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAA 1461

 27525792 TTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT 27525851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1462 TTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT 1521

 27525852 CTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACT 27525911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1522 CTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACT 1581

 27525912 GAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGA 27525971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1582 GAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGA 1641

 27525972 ATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATAC 27526031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 ATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATAC 1701

 27526032 ATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAG 27526091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1702 ATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAG 1761

 27526092 GGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGG 27526151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 GGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGG 1821

 27526152 AACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAG 27526211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 AACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAG 1881

 27526212 AAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGT 27526271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 AAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGT 1941

 27526272 TAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAAT 27526331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 TAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAAT 2001

 27526332 ATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTAT 27526391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 ATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTAT 2061

 27526392 CAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCA 27526451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 CAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCA 2121

 27526452 CTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATT 27526511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 CTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATT 2181

 27526512 TCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATT 27526571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 TCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATT 2241

 27526572 CCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTC 27526631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 CCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTC 2301

 27526632 CAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATA 27526691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 CAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATA 2361

 27526692 TTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-C 27526750
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
     2362 TTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCC 2421

 27526751 ATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTT 27526810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 ATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTT 2481

 27526811 ATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATC 27526870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 ATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATC 2541

 27526871 TACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAA 27526930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 TACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAA 2601

 27526931 ATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGAT 27526990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 ATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGAT 2661

 27526991 AATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTC 27527050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 AATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTC 2721

 27527051 TGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTA 27527110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 TGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTA 2781

 27527111 TACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAA 27527170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 TACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAA 2841

 27527171 TGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCT 27527230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 TGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCT 2901

 27527231 AGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAA 27527290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 AGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAA 2961

 27527291 ATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAG 27527350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 ATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAG 3021

 27527351 TTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAA 27527410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 TTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAA 3081

 27527411 TCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAA 27527470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 TCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAA 3141

 27527471 TCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCT 27527530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 TCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCT 3201

 27527531 TAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTA 27527590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 TAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTA 3261

 27527591 CAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCT 27527650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 CAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCT 3321

 27527651 ATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAA 27527710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3322 ATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAA 3381

 27527711 TCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTA 27527770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 TCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTA 3441

 27527771 ACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATT 27527830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 ACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATT 3501

 27527831 AGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCA 27527890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 AGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCA 3561

 27527891 CACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGC 27527950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3562 CACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGC 3621

 27527951 ATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTG 27528010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3622 ATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTG 3681

 27528011 TGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTT 27528070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 TGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTT 3741

 27528071 CAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGA 27528130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 CAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGA 3801

 27528131 GTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTA 27528190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3802 GTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTA 3861

 27528191 GTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTAT 27528250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3862 GTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTAT 3921

 27528251 TTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGG 27528310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3922 TTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGG 3981

 27528311 ATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTC 27528370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3982 ATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTC 4041

 27528371 TCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAG 27528430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4042 TCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAG 4101

 27528431 GAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTG 27528490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4102 GAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTG 4161

 27528491 ATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTT 27528550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4162 ATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTT 4221

 27528551 TTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAG 27528610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4222 TTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAG 4281

 27528611 TTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCAT 27528670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4282 TTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCAT 4341

 27528671 TCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTG 27528730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4342 TCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTG 4401

 27528731 ATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTC 27528790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4402 ATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTC 4461

 27528791 TTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATT 27528850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4462 TTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATT 4521

 27528851 TTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGT 27528910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4522 TTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGT 4581

 27528911 GGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTT 27528970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4582 GGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTT 4641

 27528971 TTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACC 27529030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4642 TTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACC 4701

 27529031 CAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCT 27529090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4702 CAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCT 4761

 27529091 CATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTT 27529150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4762 CATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTT 4821

 27529151 CCAGTTCCTCTAGGTGC 27529167
          |||||||||||||||||
     4822 CCAGTTCCTCTAGGTGC 4838

Alignment time is 3.69028 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3953] =>      3953 nucs 'mol-32-322a-174628_3953'

Score:        3952
Aligned:      3952        nucs
Identic:      3952 (100%) nucs =>      1981 (100%)      1971 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524769,27526749] EXCISED REGION [27526750,27528720]
 second seq =>  [       1,    1981] EXCISED REGION [    1983,    3953]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1982,1982]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1982,1982] to [1983,1983]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524769 ATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAAC 27524828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATAATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAAC 60

 27524829 ATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGAC 27524888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGAC 120

 27524889 ATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTA 27524948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTA 180

 27524949 ACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGT 27525008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACTATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGT 240

 27525009 GAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAAC 27525068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAGCACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAAC 300

 27525069 TGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACA 27525128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACA 360

 27525129 CAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGC 27525188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGC 420

 27525189 CAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGT 27525248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGT 480

 27525249 GAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTT 27525308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTT 540

 27525309 ATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAAT 27525368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAAT 600

 27525369 TACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACT 27525428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACT 660

 27525429 ATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATT 27525488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATT 720

 27525489 CTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAA 27525548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAA 780

 27525549 AGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCT 27525608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCT 840

 27525609 CAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTC 27525668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTC 900

 27525669 AGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCT 27525728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCT 960

 27525729 TTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATA 27525788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATA 1020

 27525789 TAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATC 27525848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATC 1080

 27525849 TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGG 27525908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGG 1140

 27525909 ACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAG 27525968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAG 1200

 27525969 TGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCA 27526028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCA 1260

 27526029 TACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCA 27526088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCA 1320

 27526089 AAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGG 27526148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGG 1380

 27526149 AGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCT 27526208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCT 1440

 27526209 CAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAG 27526268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAG 1500

 27526269 GGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAG 27526328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAG 1560

 27526329 AATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTAT 27526388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTAT 1620

 27526389 TATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGA 27526448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGA 1680

 27526449 TCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAA 27526508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAA 1740

 27526509 ATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGA 27526568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGA 1800

 27526569 ATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTC 27526628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTC 1860

 27526629 TTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCAT 27526688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCAT 1920

 27526689 ATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTT 27526748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTT 1980

 27526749 T 27526749
          |
     1981 T 1981

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1983 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 2042

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2043 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 2102

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 2162

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 2222

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 2282

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2283 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 2342

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2343 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 2402

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2403 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 2462

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2463 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 2522

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 27527349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2523 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 2582

 27527350 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 27527409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2583 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 2642

 27527410 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 27527469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 2702

 27527470 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 27527529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 2762

 27527530 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 27527589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 2822

 27527590 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 27527649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 2882

 27527650 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 27527709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 2942

 27527710 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 27527769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2943 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 3002

 27527770 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 27527829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3003 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 3062

 27527830 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 27527889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3063 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 3122

 27527890 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 27527949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3123 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 3182

 27527950 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 27528009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3183 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 3242

 27528010 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 27528069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3243 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 3302

 27528070 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 27528129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3303 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 3362

 27528130 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 27528189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3363 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 3422

 27528190 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 27528249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3423 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 3482

 27528250 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 27528309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3483 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 3542

 27528310 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 27528369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3543 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 3602

 27528370 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 27528429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3603 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 3662

 27528430 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 27528489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3663 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 3722

 27528490 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 27528549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3723 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 3782

 27528550 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 27528609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3783 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 3842

 27528610 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 27528669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3843 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 3902

 27528670 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATT 27528720
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3903 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATT 3953

Alignment time is 3.02332 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4647] =>      4647 nucs 'mol-32-32f0-095421_4647'

Score:        4635
Aligned:      4646        nucs
Identic:      4645 (100%) nucs =>      1361 (100%)      3284 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524772,27526132] EXCISED REGION [27526134,27529417]
 second seq =>  [       1,    1361] EXCISED REGION [    1363,    4647]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [27526133,27526133]
 second seq =>         1 nucs [1362,1362]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1979,1979]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524772 ATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATT 27524831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTAATAATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATT 60

 27524832 ATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATG 27524891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAGGGACATG 120

 27524892 ACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACT 27524951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACCCAGCCCTCCAAAATCCATAAATTGAAGTGTCAACTTCTGGTACCTGGAAATGTAACT 180

 27524952 ATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAG 27525011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATATTTGGAGTTAAGCACTTTAAAGAGGTGATTAAGACTAAATGAACTCATAAGGGTGAG 240

 27525012 CACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGT 27525071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CACTGATCTATGTGAATGTTTAGAGATAAGGTCATCGAAGAGGTGATTAATATAAACTGT 300

 27525072 GGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAA 27525131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAA 360

 27525132 GGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAG 27525191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAG 420

 27525192 TGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAG 27525251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAG 480

 27525252 AAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATT 27525311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATT 540

 27525312 CCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTAC 27525371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTAC 600

 27525372 TTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATT 27525431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATT 660

 27525432 TTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTA 27525491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTA 720

 27525492 TATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGA 27525551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGA 780

 27525552 GGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAA 27525611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAA 840

 27525612 TTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGT 27525671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGT 900

 27525672 GGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTT 27525731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTT 960

 27525732 TCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAA 27525791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAA 1020

 27525792 TTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT 27525851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT 1080

 27525852 CTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACT 27525911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACT 1140

 27525912 GAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGA 27525971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGA 1200

 27525972 ATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATAC 27526031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATAC 1260

 27526032 ATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAG 27526091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAG 1320

 27526092 GGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTC 27526132
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTC 1361

EXCISED REGION

 27526134 TTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCT 27526193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1363 TTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCT 1422

 27526194 CCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTA 27526253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1423 CCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTA 1482

 27526254 TTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCT 27526313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1483 TTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCT 1542

 27526314 TTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCA 27526373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1543 TTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCA 1602

 27526374 CTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTT 27526433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1603 CTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTT 1662

 27526434 AATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCA 27526493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1663 AATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCA 1722

 27526494 TAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTG 27526553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1723 TAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTG 1782

 27526554 GTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACT 27526613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1783 GTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACT 1842

 27526614 TATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTG 27526673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1843 TATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTG 1902

 27526674 ATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCA 27526733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1903 ATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCA 1962

 27526734 TGTTCTATTTTTTTTT-CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACC 27526792
          |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1963 TGTTCTATTTTTTTTTCCATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACC 2022

 27526793 ACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTG 27526852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2023 ACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTG 2082

 27526853 CAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGT 27526912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2083 CAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGT 2142

 27526913 AATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAA 27526972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2143 AATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAA 2202

 27526973 GCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCT 27527032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2203 GCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCT 2262

 27527033 TTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGT 27527092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2263 TTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGT 2322

 27527093 AGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCC 27527152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2323 AGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCC 2382

 27527153 TCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGG 27527212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2383 TCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGG 2442

 27527213 ATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTA 27527272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2443 ATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTA 2502

 27527273 CATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTT 27527332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2503 CATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTT 2562

 27527333 AATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTC 27527392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2563 AATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTC 2622

 27527393 ATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCAC 27527452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2623 ATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCAC 2682

 27527453 TGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTA 27527512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2683 TGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTA 2742

 27527513 TGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGA 27527572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2743 TGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGA 2802

 27527573 CAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAA 27527632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2803 CAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAA 2862

 27527633 TTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAG 27527692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2863 TTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAG 2922

 27527693 GCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTC 27527752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2923 GCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTC 2982

 27527753 TACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAA 27527812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2983 TACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAA 3042

 27527813 CAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATG 27527872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3043 CAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATG 3102

 27527873 CATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATT 27527932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3103 CATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATT 3162

 27527933 ATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACAC 27527992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3163 ATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACAC 3222

 27527993 TCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAG 27528052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3223 TCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAG 3282

 27528053 TATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGT 27528112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3283 TATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGT 3342

 27528113 TGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATT 27528172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3343 TGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATT 3402

 27528173 CCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTA 27528232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3403 CCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTA 3462

 27528233 TTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTT 27528292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3463 TTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTT 3522

 27528293 TATCATGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATAT 27528352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3523 TATCATGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATAT 3582

 27528353 CGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGA 27528412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3583 CGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGA 3642

 27528413 ACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATAT 27528472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3643 ACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATAT 3702

 27528473 GCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTAT 27528532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3703 GCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTAT 3762

 27528533 TGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATG 27528592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3763 TGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATG 3822

 27528593 CTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTC 27528652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3823 CTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTC 3882

 27528653 AGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTC 27528712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3883 AGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTC 3942

 27528713 CAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCT 27528772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3943 CAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCT 4002

 27528773 ATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTT 27528832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4003 ATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTT 4062

 27528833 ATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAG 27528892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4063 ATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAG 4122

 27528893 GGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACT 27528952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4123 GGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACT 4182

 27528953 TACTTGGATCTTCTCTTTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTT 27529012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4183 TACTTGGATCTTCTCTTTTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTT 4242

 27529013 TTAAATATTTTGAACACCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACC 27529072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4243 TTAAATATTTTGAACACCCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACC 4302

 27529073 ACAATTTTTTTCAGTTCTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGG 27529132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4303 ACAATTTTTTTCAGTTCTCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGG 4362

 27529133 TGGAGTTGTCATATTTTTCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATC 27529192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4363 TGGAGTTGTCATATTTTTCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATC 4422

 27529193 TTTCTAACTTATTCATGAAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATC 27529252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4423 TTTCTAACTTATTCATGAAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATC 4482

 27529253 CCCAAAATTTTGGTAAGCTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTT 27529312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4483 CCCAAAATTTTGGTAAGCTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTT 4542

 27529313 CATAGTTCATCCAGGAGTTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAAT 27529372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4543 CATAGTTCATCCAGGAGTTATTTGAGAGCAAGTTCCAAAATTTCCATATATTTATGTAAT 4602

 27529373 TTAAAGAGATCTTCTTGATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGT 27529417
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4603 TTAAAGAGATCTTCTTGATACTAACTTTTATTTTGAAGGCAACGT 4647

Alignment time is 3.51832 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2323] =>      2323 nucs 'mol-32-3306-029524_2323'

Score:        2247
Aligned:      2324        nucs
Identic:      2317 (100%) nucs =>        72 ( 99%)      2245 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524812,27524884] EXCISED REGION [27526216,27528464]
 second seq =>  [       1,      73] EXCISED REGION [      74,    2323]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1331 nucs [27524885,27526215]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [27524885,27524886] to [27526216,27526217]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524884,27524884] to [27526216,27526216]
 second seq =>         1 nucs [73,73] to [74,74]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524812 ATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATAT 27524871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
        1 ATGTTATAATTACTAACATTATTATTTTTATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTAAATAT 60

 27524872 ATGAATTTTGGAG 27524884
          |||||||||||||
       61 ATGAATTTTGGAG 73

EXCISED REGION

 27526216 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 27526275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       74 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 133

 27526276 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 27526335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      134 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 193

 27526336 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 27526395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      194 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 253

 27526396 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 27526455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      254 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 313

 27526456 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 27526515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      314 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 373

 27526516 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 27526575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      374 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 433

 27526576 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 27526635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      434 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 493

 27526636 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 27526695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      494 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 553

 27526696 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCT 27526754
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
      554 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCT 613

 27526755 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 27526814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      614 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 673

 27526815 AAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 27526874
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      674 AAGCATTGCTCTAGATGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 733

 27526875 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 27526934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      734 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 793

 27526935 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 27526994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      794 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 853

 27526995 TACTTTGAAAAACTTTAAATA-TTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 27527053
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      854 TACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 913

 27527054 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 27527113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      914 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 973

 27527114 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 27527173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      974 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 1033

 27527174 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 27527233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1034 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 1093

 27527234 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 27527293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1094 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 1153

 27527294 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 27527353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1154 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 1213

 27527354 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCT 27527413
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
     1214 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCA-TTTTTTTTTTAATCT 1272

 27527414 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 27527473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1273 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 1332

 27527474 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 27527533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1333 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 1392

 27527534 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 27527593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1393 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 1452

 27527594 TGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 27527653
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1453 TGATTATACATGTACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 1512

 27527654 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 27527713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1513 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 1572

 27527714 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 27527773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1573 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 1632

 27527774 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 27527833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1633 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 1692

 27527834 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 27527893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1693 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 1752

 27527894 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 27527953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1753 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 1812

 27527954 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 27528013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1813 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 1872

 27528014 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 27528073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1873 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 1932

 27528074 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 27528133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1933 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 1992

 27528134 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 27528193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1993 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 2052

 27528194 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 27528253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2053 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 2112

 27528254 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 27528313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2113 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 2172

 27528314 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCT 27528373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2173 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTGT 2232

 27528374 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAA 27528433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2233 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAA 2292

 27528434 TAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTT 27528464
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     2293 TAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTT 2323

Alignment time is 1.73263 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3630] =>      3630 nucs 'mol-32-3306-031921_3630'

Score:        3554
Aligned:      3631        nucs
Identic:      3624 (100%) nucs =>       525 (100%)      3099 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27524360,27524884] EXCISED REGION [27526216,27529319]
 second seq =>  [       1,     525] EXCISED REGION [     526,    3630]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1331 nucs [27524885,27526215]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [27524885,27524886] to [27526216,27526217]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27524884,27524884] to [27526216,27526216]
 second seq =>         1 nucs [525,525] to [526,526]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27524360 AAAAAATTCTCAGGTCATGAGGAAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTA 27524419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAAAATTCTCAGGTCATGAGGAAAGACCCTGGAGGTTGAGACATCTTTGGAGAGGTTTA 60

 27524420 GAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTC 27524479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGAGGGTGGTCAAAGAGACTAGTTATGTGTTCACCAGCTGTTCTAGAAATTAACTCTTC 120

 27524480 AGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTAT 27524539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGCCAGGCCAATCCAACTGACTCAACATTGACCAAAGATTATCTGCTCAGCCAAACTAT 180

 27524540 TCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGT 27524599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTCACATTCCTGACATGCAAAATTGTGAAGAAAACAAGTTTGATTTCAAGTTATTAAGT 240

 27524600 TTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAAT 27524659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCAAGGTAATTTCTTACAAAAGAATATACAATAAAAAAAACTTGATATTTAAAGAAAAT 300

 27524660 TGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAAT 27524719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTAGAAGTTTACCACCTGACTCTAACAAAAGAATGGTAATTTTGCTAAGCTATTTGAAT 360

 27524720 ATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATA 27524779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTAGTAAAATTATTATTATTTTAGTATTTTATATTTTAATAATATACTATAATTTAATA 420

 27524780 ATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTT 27524839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTATTATAATAAAATAATGATGTTATTAATAATGTTATAATTACTAACATTATTATTTT 480

 27524840 TATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 27524884
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TATATTTAATATTGAAGCTGGCACTTCAATATATGAATTTTGGAG 525

EXCISED REGION

 27526216 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 27526275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      526 GGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGA 585

 27526276 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 27526335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      586 AAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTC 645

 27526336 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 27526395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      646 TTTAATAGCCTTAATGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAAT 705

 27526396 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 27526455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      706 TCAGGGAGTCTTTGGAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGT 765

 27526456 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 27526515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      766 GACTTAGCTTTAGCACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCAT 825

 27526516 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 27526575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      826 ATCCAATACTATCCTAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTC 885

 27526576 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 27526635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      886 AATATCATGTGACAACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAAT 945

 27526636 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 27526695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      946 TTCAGAGAACTCTATCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTC 1005

 27526696 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCT 27526754
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
     1006 CAAATTTCTCAAGGTTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCT 1065

 27526755 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 27526814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1066 TAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTA 1125

 27526815 AAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 27526874
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1126 AAGCATTGCTCTAGATGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACT 1185

 27526875 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 27526934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1186 TCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGG 1245

 27526935 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 27526994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1246 ATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATT 1305

 27526995 TACTTTGAAAAACTTTAAATA-TTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 27527053
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1306 TACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGT 1365

 27527054 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 27527113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1366 ATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATAC 1425

 27527114 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 27527173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1426 ACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGG 1485

 27527174 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 27527233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1486 AATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGC 1545

 27527234 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 27527293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1546 ACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATA 1605

 27527294 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 27527353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1606 ATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTT 1665

 27527354 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCT 27527413
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
     1666 AACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCA-TTTTTTTTTTAATCT 1724

 27527414 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 27527473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1725 TGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCC 1784

 27527474 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 27527533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1785 GATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAA 1844

 27527534 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 27527593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1845 ATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAA 1904

 27527594 TGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 27527653
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1905 TGATTATACATGTACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATG 1964

 27527654 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 27527713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1965 TACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCT 2024

 27527714 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 27527773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2025 TCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACA 2084

 27527774 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 27527833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2085 GTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGA 2144

 27527834 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 27527893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2145 GCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACAC 2204

 27527894 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 27527953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2205 ACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATT 2264

 27527954 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 27528013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2265 ATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGG 2324

 27528014 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 27528073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2325 TTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAA 2384

 27528074 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 27528133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2385 CACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTG 2444

 27528134 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 27528193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2445 GGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTG 2504

 27528194 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 27528253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2505 TGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTT 2564

 27528254 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 27528313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2565 TATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATT 2624

 27528314 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCT 27528373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2625 TATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTGT 2684

 27528374 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAA 27528433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2685 TTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAA 2744

 27528434 TAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATA 27528493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2745 TAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATA 2804

 27528494 TTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTT 27528553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2805 TTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTT 2864

 27528554 TTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTG 27528613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2865 TTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTG 2924

 27528614 GAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCT 27528673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2925 GAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCT 2984

 27528674 TTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATA 27528733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2985 TTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATA 3044

 27528734 GGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTC 27528793
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3045 GGTTTTTATTAACAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTC 3104

 27528794 TTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTC 27528853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3105 TTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTC 3164

 27528854 TAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGG 27528913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3165 TAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGG 3224

 27528914 ATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTTTTC 27528973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3225 ATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTTTTTC 3284

 27528974 TTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACCCAA 27529033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3285 TTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACACCCAA 3344

 27529034 CTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCTCAT 27529093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3345 CTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTCTCAT 3404

 27529094 CTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTTCCA 27529153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3405 CTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTTTCCA 3464

 27529154 GTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATGAAGG 27529213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3465 GTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATGAAGG 3524

 27529214 CATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGT 27529273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3525 CATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAGCTGT 3584

 27529274 GTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTT 27529319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3585 GTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTT 3630

Alignment time is 3.85451 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4240] =>      4240 nucs 'mol-32-3332-107263_4240'

Score:        4239
Aligned:      4239        nucs
Identic:      4239 (100%) nucs =>      1660 (100%)      2579 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27525090,27526749] EXCISED REGION [27526750,27529328]
 second seq =>  [       1,    1660] EXCISED REGION [    1662,    4240]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1661,1661]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1661,1661] to [1662,1662]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27525090 CTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAG 27525149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAGAGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAG 60

 27525150 GCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAAC 27525209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCATATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAAC 120

 27525210 ATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTC 27525269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTC 180

 27525270 TGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACC 27525329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAGTTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACC 240

 27525330 AAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATG 27525389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAATGTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATG 300

 27525390 CCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGAT 27525449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGTGTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGAT 360

 27525450 GATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTG 27525509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAATGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTG 420

 27525510 TATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTC 27525569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATTTCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTC 480

 27525570 CTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAA 27525629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTAGATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAA 540

 27525630 AGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTA 27525689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATCTCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTA 600

 27525690 TTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTT 27525749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACAGTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTT 660

 27525750 TTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATG 27525809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTAATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATG 720

 27525810 CATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT 27525869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCT 780

 27525870 ATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAA 27525929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAA 840

 27525930 CACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTA 27525989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACAATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTA 900

 27525990 CACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAG 27526049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAGGTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAG 960

 27526050 AGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATC 27526109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTTTTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATC 1020

 27526110 CCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAAC 27526169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTTTTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAAC 1080

 27526170 TGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTT 27526229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAGTCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTT 1140

 27526230 ACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGA 27526289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATAAAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGA 1200

 27526290 AATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAA 27526349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTCCGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTAA 1260

 27526350 TGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTG 27526409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTG 1320

 27526410 GAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGC 27526469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGC 1380

 27526470 ACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCC 27526529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCC 1440

 27526530 TAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACA 27526589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACA 1500

 27526590 ACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTA 27526649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTA 1560

 27526650 TCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGG 27526709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGG 1620

 27526710 TTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 27526749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT 1660

EXCISED REGION

 27526750 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 27526809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1662 CATCTTAAACAAATTTACCTCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTT 1721

 27526810 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 27526869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1722 TATTAAAGCATTGCTCTAGTTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAAT 1781

 27526870 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 27526929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1782 CTACTTCAATCCAGTTACCACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGA 1841

 27526930 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 27526989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1842 AATGGATTGGCTCACTTAGTTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGA 1901

 27526990 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 27527049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1902 TAATTTACTTTGAAAAACTTTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTT 1961

 27527050 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 27527109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1962 CTGTATTTCATCCCTCTCTGACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGT 2021

 27527110 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 27527169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2022 ATACACACTTGGAACACAATTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTA 2081

 27527170 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 27527229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2082 ATGGAATGCAAAAGATGCACACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTC 2141

 27527230 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 27527289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2142 TAGCACAGCATATGAAATTCGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCA 2201

 27527290 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 27527349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2202 AATAATAACCCTGTAAGTTCAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAA 2261

 27527350 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 27527409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2262 GTTTAACATTTATTTCCTTTACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTA 2321

 27527410 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 27527469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2322 ATCTTGGCCCAGTATGTTTACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAA 2381

 27527470 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 27527529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2382 ATCCGATACGCTGTTGATCCGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCC 2441

 27527530 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 27527589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2442 TTAAATACTGGAAAAATCAAATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGT 2501

 27527590 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 27527649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2502 ACAATGATTATACATATACAATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTC 2561

 27527650 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 27527709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2562 TATGTACAATGATTAGAGGCTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAA 2621

 27527710 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 27527769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2622 ATCTTCATCATTTTATTCTCTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTT 2681

 27527770 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 27527829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2682 AACAGTCTCTAGTCATTGTATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAAT 2741

 27527830 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 27527889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2742 TAGAGCAGATAGTGCAGTTTTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGC 2801

 27527890 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 27527949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2802 ACACACACACACATATTTCTGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATG 2861

 27527950 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 27528009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2862 CATTATTGCTAATAAAATTCATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCT 2921

 27528010 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 27528069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2922 GTGGTTTTAACAAATGCATAATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTT 2981

 27528070 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 27528129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2982 TCAACACCCAAAATTGCTCTGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAG 3041

 27528130 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 27528189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3042 AGTGGGCATCCTTATCATGTTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTT 3101

 27528190 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 27528249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3102 AGTGTGATGTTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTA 3161

 27528250 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 27528309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3162 TTTTTATGTATGTTCCTCTGATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTG 3221

 27528310 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 27528369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3222 GATTTATTAAAATCTTTTTCTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATT 3281

 27528370 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 27528429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3282 CTCTTTATGGAGTAAATCACATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTA 3341

 27528430 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 27528489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3342 GGAATAAAACCTACTTGATCATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGT 3401

 27528490 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 27528549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3402 GATATTCATTGAAGACTTTTATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTT 3461

 27528550 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 27528609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3462 TTTTTTCGTTATATTTCTGCCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGA 3521

 27528610 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 27528669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3522 GTTGGAGAGCAGCCCCTCCTCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCA 3581

 27528670 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 27528729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3582 TTCTTTACATGTTGGTAGAAATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTT 3641

 27528730 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 27528789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3642 GATAGGTTTTTATTACCAATTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTT 3701

 27528790 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 27528849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3702 CTTCTTGATTTACTCCTGAGAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAAT 3761

 27528850 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 27528909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3762 TTTCTAACTTGTATGCATAGAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAG 3821

 27528910 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 27528969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3822 TGGGATTGATTATAATGTCATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTACTTGGATCTTCTCTT 3881

 27528970 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 27529029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3882 TTTCTTTTTATTTGTTAATCTAGCTAGAGATTTATCAATCTTTTTAAATATTTTGAACAC 3941

 27529030 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 27529089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3942 CCAACTCTTGGTTTTGTTGAACTTTTGTATGGATTTTTACACCACAATTTTTTTCAGTTC 4001

 27529090 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 27529149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4002 TCATCTAATTTTAGTTATTTCTTCTCTTCTGCTAGCTTTAGGGTGGAGTTGTCATATTTT 4061

 27529150 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 27529209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4062 TCCAGTTCCTCTAGGTGCAGTGTTAGATTGTTAATTTGACATCTTTCTAACTTATTCATG 4121

 27529210 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 27529269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4122 AAGGCATCTAGCACTATAAACTTTTAATAGCTTTAGCTGCATCCCCAAAATTTTGGTAAG 4181

 27529270 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGA 27529328
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4182 CTGTGTTCCTGTTTTTATTAATTTTTTGATTCTGCCCTAATTTCATAGTTCATCCAGGA 4240

Alignment time is 3.14051 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [27514884,27536215] =>     21332 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3896] =>      3896 nucs 'mol-32-3403-140588_3896'

Score:        3863
Aligned:      3896        nucs
Identic:      3893 (100%) nucs =>      1289 (100%)      2604 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [27525060,27526348] EXCISED REGION [27526350,27528955]
 second seq =>  [       1,    1289] EXCISED REGION [    1291,    3896]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [27526349,27526349]
 second seq =>         1 nucs [1290,1290]
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         1 nucs [27528547,27528547]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [27526348,27526348] to [27526349,27526349]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 27525060 AATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAG 27525119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATATAAACTGTGGACCTTAGGGTGGGGACCTAAATCACAATGTCATCATAAGAAGATAG 60

 27525120 AGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCA 27525179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAGAGACACAAGGAATGCACAAAGAAAAGGCACGTGAAGACACAGGGAGAAGGCAGCCA 120

 27525180 TATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTC 27525239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGCAAGCCAGTGAGAGAAGCCTACCAACATGGTGCATTGCTCTTGAAGGCCCAGCCTC 180

 27525240 CAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAG 27525299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGAACTGTGAGAAAACAAATCTCTGTTTCTGTAAGTCACCTAGCAAACTAACACAAAAG 240

 27525300 TTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAAT 27525359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTATATTTATTCCATACTCGTCTTGTACCAAAAACTGTACAAAGCATTTGAGAGATAAT 300

 27525360 GTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGT 27525419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTCATTAATTACTTATAATTGCTCAAAATGCCAGGATCATTGGTATCTCATAAGAATTGT 360

 27525420 GTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAA 27525479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTTCAACTATTTTATTGTTTCTTTCAGATGATGATGGACTTGTAGGACAACTAAAGAAA 420

 27525480 TGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATT 27525539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGTCAAATTCTATATACATTCCATGTAGTGTATGTGATATTGGCTAAAAACTACAGTATT 480

 27525540 TCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTA 27525599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCATGGTAAAGAGGGCAAAGCTGTAAACTCCTTCAGGGCCACTTTAAGATCTTTCTCTTA 540

 27525600 GATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATC 27525659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GATTCATCTCAATTATTTCTGAAAGTGGAAAGTGGATTACCAGAGGGCATATACTAAATC 600

 27525660 TCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACA 27525719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCACACTTCAGTGGAATTTTGTCTTTTCTATTCTCAAGCAGAAATACTGACGATTTAACA 660

 27525720 GTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTA 27525779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTGAGTGCTTTTTCCTTGTGCAATGCATTTTTTTCTTTAGCAAACACTTTTTTAAAACTA 720

 27525780 ATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTAT 27525839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATGTGTATATAATTTTAGGCATTGAGCATGCATTTTATATATCTCTATCTATCTATCTAT 780

 27525840 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAG 27525899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAG 840

 27525900 AGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACA 27525959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGACTCTGGACTGAAGAAAAGAATGAGTAACACCTACTTTTTGCCTTAAGGTAGCATACA 900

 27525960 ATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAG 27526019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTCAGTAGTGAATACAGACCTGAAAAGTACACAGAACTATAATAAAAGGAATAATCTAG 960

 27526020 GTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTT 27526079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTAAACCATACATGCTCTTAGCTGAAAAGAGATTTAAATAATCAATTCCAATAAACTTT 1020

 27526080 TTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTT 27526139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTATAGCCAAAGGGAATTGGCACTGCCATCCCTACACAAATGTTCACCGATTCATTGCTT 1080

 27526140 TTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAG 27526199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTGGCCTGGAGGAACTTCTGGGCAATTAACTGGACTTATCAAAAATGTGTGCCTCCGGAG 1140

 27526200 TCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATA 27526259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCACTTTCTCAGAAGTGGTTACCCTTTCTTACTCTTCTACAGGGTTTTTATGTATTTATA 1200

 27526260 AAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTC 27526319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAATGCTAGGGTTAGAAAAGAGATTAAGGAAATAGTTTTATTGTTGATTTCCCTTTTTTC 1260

 27526320 CGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTA 27526348
          |||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CGGCCTAAGAATATTCTTTAATAGCCTTA 1289

EXCISED REGION

 27526350 TGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTG 27526409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1291 TGAATATTTTATATTATTCCTTCACTGCTCCAATATTATTATCAATTCAGGGAGTCTTTG 1350

 27526410 GAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGC 27526469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1351 GAATACAAATGGCAAAATGTTTTTAATCATTGTCATGGATCACTGTGACTTAGCTTTAGC 1410

 27526470 ACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCC 27526529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1411 ACAAAACCACAAGACACAATTTCATAACACAGTCCTCAAATTTCATATCCAATACTATCC 1470

 27526530 TAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACA 27526589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1471 TAACTCTCCTGTTAGCTGAATTTGGTTTCTACATCCGGAATTCCTCAATATCATGTGACA 1530

 27526590 ACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTA 27526649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1531 ACACCCACATACTCTTTTTTTACTTATGTCCACTTTTTCTTCCAATTTCAGAGAACTCTA 1590

 27526650 TCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGG 27526709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1591 TCTCTACGAAGTATTGACCCATTGATTATCTCCTGTCATATATTTCCAAATTTCTCAAGG 1650

 27526710 TTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTT-CATCTTAAACAAATTTACC 27526768
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
     1651 TTGTTTTGCTGTAGCATAAAGTCATGTTCTATTTTTTTTTCCATCTTAAACAAATTTACC 1710

 27526769 TCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAG 27526828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1711 TCCAGCATGGGTCCCTTTTTAACCACTAGCCTGTCTAATTTTATTAAAGCATTGCTCTAG 1770

 27526829 TTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACC 27526888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1771 TTGTTTGTCTCTCATTTTTTACTGCAAACTTACTCCTCAATCTACTTCAATCCAGTTACC 1830

 27526889 ACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAG 27526948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1831 ACTAAAATGACTCTGATCACTAGTAATTTCCTAATTACTGAAATGGATTGGCTCACTTAG 1890

 27526949 TTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACT 27527008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1891 TTTTCAAGCTACTTGATCTATAAAGCATTTGTCACTGTTGATAATTTACTTTGAAAAACT 1950

 27527009 TTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCT 27527068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1951 TTAAATATTTTTCTTTGTTTTTCTTTTTCCTGCCATATCTTCTGTATTTCATCCCTCTCT 2010

 27527069 GACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAA 27527128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2011 GACTGTTTCTTCTATTTTTTTGGTAGCCACTATTCTTCTGTATACACACTTGGAACACAA 2070

 27527129 TTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCA 27527188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2071 TTTGGAACAAAAGCAGTGAGTGCCTCCTCTTGTAAGATGTAATGGAATGCAAAAGATGCA 2130

 27527189 CACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATT 27527248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2131 CACAGACTTGTCTCCCAGGACAGGATAAAGTCACAAATCTCTAGCACAGCATATGAAATT 2190

 27527249 CGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTT 27527308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2191 CGGCCTTACCTTTCCCATAGCTTACATCTTCTCACACTTCAAATAATAACCCTGTAAGTT 2250

 27527309 CAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTT 27527368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2251 CAATTGTTATTAAAATCCTCAGTTAATATGCATTTCTTGAAGTTTAACATTTATTTCCTT 2310

 27527369 TACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTT 27527428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2311 TACACTAATTTAGATTCTTTCTTCATCCATTTTTTTTTTTAATCTTGGCCCAGTATGTTT 2370

 27527429 ACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATC 27527488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2371 ACATTCTACTCACCTACTAACCACTGCATCTTCCATGGAAAATCCGATACGCTGTTGATC 2430

 27527489 CGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCA 27527548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2431 CGACAAGTTACACATCCCGTCTTATGCATATCAATCTCTCCTTAAATACTGGAAAAATCA 2490

 27527549 AATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATAC 27527608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2491 AATATCCTAAAAATCTGTGCCAGACAAAGACGATTATATGTACAATGATTATACATATAC 2550

 27527609 AATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGG 27527668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2551 AATGATTAGAGGCTGTTATATAAATTCTCATCATTTTATTCTATGTACAATGATTAGAGG 2610

 27527669 CTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCT 27527728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2611 CTGTTACGTATACAATGATTAGAGGCTATAGTATAGAGTAAATCTTCATCATTTTATTCT 2670

 27527729 CTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGT 27527788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2671 CTATGATATAAAATCCAGTTTTTCTACTTTGGTACAATTTTAACAGTCTCTAGTCATTGT 2730

 27527789 ATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTT 27527848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2731 ATACTTTTTTTTAACTTTTTAAAACAATTCTTATAAAAAATTAGAGCAGATAGTGCAGTT 2790

 27527849 TTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTC 27527908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2791 TTCTTGCCCCTCTCCTCAAACATGCATGTGTGTGCACGTGCACACACACACACATATTTC 2850

 27527909 TGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATT 27527968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2851 TGTTATTATTAATATCTTCAGATTATAACACAGTACTGATGCATTATTGCTAATAAAATT 2910

 27527969 CATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCAT 27528028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2911 CATAGTTTACATTGAAGTTCACACTCTTGTTAAATAGTTCTGTGGTTTTAACAAATGCAT 2970

 27528029 AATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTC 27528088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2971 AATGTTAAATATCCATAATTTTAGTATTATACAGAATAGTTTCAACACCCAAAATTGCTC 3030

 27528089 TGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATG 27528148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3031 TGGTTAGGGCTTCTAGTACTTTGTTGAATAGCAGTTGTGAGAGTGGGCATCCTTATCATG 3090

 27528149 TTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGG 27528208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3091 TTACAGTTCTCAAGCAGAGTCATTCCAGCATTTGCCCATTTAGTGTGATGTTGGCTGTGG 3150

 27528209 GTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCT 27528268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3151 GTTTGTCATAGATGGCCCTTATTATTTTTATGTATGTATTATTTTTATGTATGTTCCTCT 3210

 27528269 GATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCATGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTT 27528328
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     3211 GATGCCTCGTCTGTCGAAGGTTTTTATCGTGAAGGGAGTTGGATTTATTAAAATCTTTTT 3270

 27528329 CTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCA 27528388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3271 CTGTGTCTATTGAGATGATCATATCGTTTTTGCTTTTAATTCTCTTTATGGAGTAAATCA 3330

 27528389 CATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGAT 27528448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3331 CATTTAGTGATTAACATATATTGAACCAGTCTTGCATCCTAGGAATAAAACCTACTTGAT 3390

 27528449 CATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTT 27528508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3391 CATGGTGTATTAACTTTTTGATATGCTGCTGGAGTCAGTGTGATATTCATTGAAGACTTT 3450

 27528509 TATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTATTTTTTTTTCGTTATATTTCTG 27528568
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
     3451 TATGTCTATGTTCATTAGGATTATTGGCCTGAGGTTTA-TTTTTTTTCGTTATATTTCTG 3509

 27528569 CCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCC 27528628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 CCAGATTTTGTTATCAGGCTGATGCTGGCTTCATAGAATGAGTTGGAGAGCAGCCCCTCC 3569

 27528629 TCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGA 27528688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 TCCTTGAATTTTTGGAAGAGTTTCAGTAAGATTGGTACCCATTCTTTACATGTTGGTAGA 3629

 27528689 AATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAA 27528748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3630 AATTGGTTGCGAATTCATCTGGTCCAGGGATTTTTGCAGTTGATAGGTTTTTATTACCAA 3689

 27528749 TTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGA 27528808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3690 TTCAATTTCAGAACTTATTGGTCTATTCAGGGTTTTACTTTCTTCTTGATTTACTCCTGA 3749

 27528809 GAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATA 27528868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3750 GAGGATGTTTGTTTCCAAGAATTTATCTATTTCCTCTAAATTTTCTAACTTGTATGCATA 3809

 27528869 GAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTC 27528928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3810 GAGTTGTTCATAATAGTCTCTTAGGGACCTTTGTATTTCAGTGGGATTGATTATAATGTC 3869

 27528929 ATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTAC 27528955
          |||||||||||||||||||||||||||
     3870 ATCTTTGTCTTTTCTAACTGTACTTAC 3896

Alignment time is 3.38808 s

