
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    5059] =>      5059 nucs 'mol-32-1f16-093612_5059'

Score:        5059
Aligned:      5059        nucs
Identic:      5059 (100%) nucs =>      4439 (100%)       620 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41333971,41338409] EXCISED REGION [41338413,41339032]
 second seq =>  [       1,    4439] EXCISED REGION [    4440,    5059]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [41338410,41338412]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         5 nucs [41338410,41338414] to [41338413,41338417]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41338409,41338409] to [41338413,41338413]
 second seq =>         1 nucs [4439,4439] to [4440,4440]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41333971 ACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCAGGCACCTGTAATTCCAGCTACTCG 41334030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCAGGCACCTGTAATTCCAGCTACTCG 60

 41334031 GGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAGTAAGCTGAGA 41334090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAGTAAGCTGAGA 120

 41334091 TCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAAGAAAAAGAAA 41334150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAAGAAAAAGAAA 180

 41334151 AAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGA 41334210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGA 240

 41334211 TGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAACCCCGTCTCTA 41334270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAACCCCGTCTCTA 300

 41334271 TTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCAGCTACTCGGG 41334330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCAGCTACTCGGG 360

 41334331 AGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTG 41334390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTG 420

 41334391 CACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAAATAAAAAAAT 41334450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAAATAAAAAAAT 480

 41334451 AAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGTCACTTGGGAG 41334510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGTCACTTGGGAG 540

 41334511 GCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGTTAGGATCATG 41334570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGTTAGGATCATG 600

 41334571 TCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTGGTAACCTAAA 41334630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTGGTAACCTAAA 660

 41334631 GAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCATTTAGATAAC 41334690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCATTTAGATAAC 720

 41334691 CAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATCAGAAGAAAAT 41334750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATCAGAAGAAAAT 780

 41334751 AAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACATGAAAAACAAAGCTGGCAGGATTC 41334810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACATGAAAAACAAAGCTGGCAGGATTC 840

 41334811 CATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGGCAAAGAGAGAAG 41334870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGGCAAAGAGAGAAG 900

 41334871 AATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGTGCTGGGCCAGTC 41334930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGTGCTGGGCCAGTC 960

 41334931 ACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACCATCAAATGGAGA 41334990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACCATCAAATGGAGA 1020

 41334991 ACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAATCTCTGAAGGTCA 41335050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAATCTCTGAAGGTCA 1080

 41335051 TCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAATCCTATCTCCAC 41335110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAATCCTATCTCCAC 1140

 41335111 TGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTTTGCCTTGTTTCC 41335170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTTTGCCTTGTTTCC 1200

 41335171 TCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGAGTTAACAATT 41335230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGAGTTAACAATT 1260

 41335231 ACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCTATTATTATAT 41335290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCTATTATTATAT 1320

 41335291 AAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTC 41335350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTC 1380

 41335351 ATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGA 41335410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGA 1440

 41335411 GAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATATGAAGGTGTGGA 41335470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATATGAAGGTGTGGA 1500

 41335471 ACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAAGTCTGCAATG 41335530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAAGTCTGCAATG 1560

 41335531 CAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAAATACGT 41335590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAAATACGT 1620

 41335591 GTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGGAGGTGATGTT 41335650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGGAGGTGATGTT 1680

 41335651 TAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAG 41335710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAG 1740

 41335711 GAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTCTGGAGGATGC 41335770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTCTGGAGGATGC 1800

 41335771 AACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAATGAACCTGCT 41335830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAATGAACCTGCT 1860

 41335831 CATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAATTTCTTTTCCTT 41335890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAATTTCTTTTCCTT 1920

 41335891 ATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGACAACAGATCATT 41335950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGACAACAGATCATT 1980

 41335951 TGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAG 41336010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAG 2040

 41336011 GAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATACGTTTTATAAAAATAATG 41336070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATACGTTTTATAAAAATAATG 2100

 41336071 TGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACA 41336130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACA 2160

 41336131 CACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCACTCCTTTTCGA 41336190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCACTCCTTTTCGA 2220

 41336191 CATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAAAGATCTATTT 41336250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAAAGATCTATTT 2280

 41336251 GAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAAATGGAGAGAC 41336310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAAATGGAGAGAC 2340

 41336311 ATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAAC 41336370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAAC 2400

 41336371 TTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTT 41336430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTT 2460

 41336431 GACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTA 41336490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTA 2520

 41336491 TTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCG 41336550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCG 2580

 41336551 ACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGA 41336610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGA 2640

 41336611 ATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAA 41336670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 ATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAA 2700

 41336671 AGGCAAAACAATGGAGCAAACATAGTTTTTTCAAGAAATAGTGTTGGAACAACTGGATAT 41336730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGGCAAAACAATGGAGCAAACATAGTTTTTTCAAGAAATAGTGTTGGAACAACTGGATAT 2760

 41336731 CCACATGCAAAACATGAATGCAGACACAGATCTTTTACTCTCACAAAAATCAACTCAAAA 41336790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 CCACATGCAAAACATGAATGCAGACACAGATCTTTTACTCTCACAAAAATCAACTCAAAA 2820

 41336791 TGGATCACAGACCTAAATGTAAAATGCAAGACTTACAGACCTCAATGTGAAATGCAAAAC 41336850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TGGATCACAGACCTAAATGTAAAATGCAAGACTTACAGACCTCAATGTGAAATGCAAAAC 2880

 41336851 TATAAAACTCCTAAAAGATAACATAGGAAAACAAATCTAGATGACCTCGGGTATGACAAT 41336910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TATAAAACTCCTAAAAGATAACATAGGAAAACAAATCTAGATGACCTCGGGTATGACAAT 2940

 41336911 GACTTTTTAGATACAACACCAAAGACATGATCCATGAAAGAAATAACTGATAAGCTGGGT 41336970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 GACTTTTTAGATACAACACCAAAGACATGATCCATGAAAGAAATAACTGATAAGCTGGGT 3000

 41336971 TTTGTTAAAACTTAAAACTTCTGCCACAGACTGGGAGAAAATATTTGCAAAAGACACATC 41337030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTTGTTAAAACTTAAAACTTCTGCCACAGACTGGGAGAAAATATTTGCAAAAGACACATC 3060

 41337031 TGATAGACTGTTATAAAAAATACACAAAGAATTCTTAAAACTGAACAGTAAGAAAACAGT 41337090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TGATAGACTGTTATAAAAAATACACAAAGAATTCTTAAAACTGAACAGTAAGAAAACAGT 3120

 41337091 TGATAAAAAAAAAAAGCCAAAGACCATAACAGACACCTCACCAAAGAAGATATATAGATG 41337150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TGATAAAAAAAAAAAGCCAAAGACCATAACAGACACCTCACCAAAGAAGATATATAGATG 3180

 41337151 GCAAATAAGCATATGAAAAGATGCTCCACATCGTTTGACATCAAGAAATGTAAATTAAAA 41337210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 GCAAATAAGCATATGAAAAGATGCTCCACATCGTTTGACATCAAGAAATGTAAATTAAAA 3240

 41337211 CAATGATATACCACTACACACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAA 41337270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CAATGATATACCACTACACACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAA 3300

 41337271 ATGCTAGCAAGGATGCAGAGCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAAC 41337330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ATGCTAGCAAGGATGCAGAGCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAAC 3360

 41337331 GGTCCATCCACTTTGAAAGACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCT 41337390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 GGTCCATCCACTTTGAAAGACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCT 3420

 41337391 ATGGTATTTACTCAAAGTGAAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTA 41337450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 ATGGTATTTACTCAAAGTGAAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTA 3480

 41337451 TAGCAGCTTTACTCATAATTGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTA 41337510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TAGCAGCTTTACTCATAATTGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTA 3540

 41337511 GATGACTGAATAAACTGTGGTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAA 41337570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GATGACTGAATAAACTGTGGTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAA 3600

 41337571 AGGAGCTATCAAGCCATGAAAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTT 41337630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 AGGAGCTATCAAGCCATGAAAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTT 3660

 41337631 CATCGACTGTGACAAATATACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCA 41337690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 CATCGACTGTGACAAATATACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCA 3720

 41337691 TGTGTGGAGGCAGAAAGTATATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAA 41337750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TGTGTGGAGGCAGAAAGTATATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAA 3780

 41337751 CATAAAACTCCTCTAAAAAATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGA 41337810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 CATAAAACTCCTCTAAAAAATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGA 3840

 41337811 AAAGAAAAAGGGCTCCTGGAAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGG 41337870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 AAAGAAAAAGGGCTCCTGGAAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGG 3900

 41337871 GACCTTGGCCAGGGTGTTCACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGA 41337930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GACCTTGGCCAGGGTGTTCACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGA 3960

 41337931 GGCCACAGGCCCACCAGAACTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCC 41337990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GGCCACAGGCCCACCAGAACTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCC 4020

 41337991 TGTCTGTAGAACAGGCAAGAAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGC 41338050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TGTCTGTAGAACAGGCAAGAAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGC 4080

 41338051 CATGGGTGGAAAAAGAATTATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTT 41338110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 CATGGGTGGAAAAAGAATTATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTT 4140

 41338111 AAGATAAGGCCTAAAGGAGAAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGA 41338170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 AAGATAAGGCCTAAAGGAGAAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGA 4200

 41338171 GGGAACTCCAGGCAGAAGCGCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGA 41338230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 GGGAACTCCAGGCAGAAGCGCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGA 4260

 41338231 GTGAGGTGAGGGGGTCAATGGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTG 41338290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 GTGAGGTGAGGGGGTCAATGGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTG 4320

 41338291 GAGTAAGAACAAACAGAACGAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAAC 41338350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 GAGTAAGAACAAACAGAACGAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAAC 4380

 41338351 AAGTGAACCTGGAGAGGAAGGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAG 41338409
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 AAGTGAACCTGGAGAGGAAGGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAG 4439

EXCISED REGION

 41338413 GAAGAGAGGGATGGAGGAGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTG 41338472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4440 GAAGAGAGGGATGGAGGAGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTG 4499

 41338473 AGATCTCATCCCACATGTTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAAT 41338532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4500 AGATCTCATCCCACATGTTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAAT 4559

 41338533 TGAGCCTGAAACAGTAAGAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGG 41338592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4560 TGAGCCTGAAACAGTAAGAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGG 4619

 41338593 AATGTGCTCTCTTTGCTTCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCC 41338652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4620 AATGTGCTCTCTTTGCTTCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCC 4679

 41338653 TCCTGCTGCCTCCGTGAGCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTA 41338712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4680 TCCTGCTGCCTCCGTGAGCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTA 4739

 41338713 CTGTGCATGGGCTTTGTGATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCA 41338772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4740 CTGTGCATGGGCTTTGTGATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCA 4799

 41338773 ATCACTGGGCGGGGGGTTGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTG 41338832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4800 ATCACTGGGCGGGGGGTTGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTG 4859

 41338833 GAACAGAGGGCATGCCTCAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCA 41338892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4860 GAACAGAGGGCATGCCTCAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCA 4919

 41338893 TGAAGCATTCCAACATACTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGC 41338952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4920 TGAAGCATTCCAACATACTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGC 4979

 41338953 CCACTTAAAAGTGGAGTGGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCT 41339012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4980 CCACTTAAAAGTGGAGTGGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCT 5039

 41339013 CAGCCCTGTTATCCTGGATA 41339032
          ||||||||||||||||||||
     5040 CAGCCCTGTTATCCTGGATA 5059

Alignment time is 3.65726 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    3100] =>      3100 nucs 'mol-32-1f58-006091_3100'

Score:        3100
Aligned:      3100        nucs
Identic:      3100 (100%) nucs =>      1439 (100%)      1661 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41336971,41338409] EXCISED REGION [41338413,41340073]
 second seq =>  [       1,    1439] EXCISED REGION [    1440,    3100]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [41338410,41338412]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         5 nucs [41338410,41338414] to [41338413,41338417]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41338409,41338409] to [41338413,41338413]
 second seq =>         1 nucs [1439,1439] to [1440,1440]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41336971 TTTGTTAAAACTTAAAACTTCTGCCACAGACTGGGAGAAAATATTTGCAAAAGACACATC 41337030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTGTTAAAACTTAAAACTTCTGCCACAGACTGGGAGAAAATATTTGCAAAAGACACATC 60

 41337031 TGATAGACTGTTATAAAAAATACACAAAGAATTCTTAAAACTGAACAGTAAGAAAACAGT 41337090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGATAGACTGTTATAAAAAATACACAAAGAATTCTTAAAACTGAACAGTAAGAAAACAGT 120

 41337091 TGATAAAAAAAAAAAGCCAAAGACCATAACAGACACCTCACCAAAGAAGATATATAGATG 41337150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGATAAAAAAAAAAAGCCAAAGACCATAACAGACACCTCACCAAAGAAGATATATAGATG 180

 41337151 GCAAATAAGCATATGAAAAGATGCTCCACATCGTTTGACATCAAGAAATGTAAATTAAAA 41337210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCAAATAAGCATATGAAAAGATGCTCCACATCGTTTGACATCAAGAAATGTAAATTAAAA 240

 41337211 CAATGATATACCACTACACACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAA 41337270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAATGATATACCACTACACACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAA 300

 41337271 ATGCTAGCAAGGATGCAGAGCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAAC 41337330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATGCTAGCAAGGATGCAGAGCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAAC 360

 41337331 GGTCCATCCACTTTGAAAGACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCT 41337390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTCCATCCACTTTGAAAGACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCT 420

 41337391 ATGGTATTTACTCAAAGTGAAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTA 41337450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGGTATTTACTCAAAGTGAAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTA 480

 41337451 TAGCAGCTTTACTCATAATTGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTA 41337510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAGCAGCTTTACTCATAATTGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTA 540

 41337511 GATGACTGAATAAACTGTGGTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAA 41337570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GATGACTGAATAAACTGTGGTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAA 600

 41337571 AGGAGCTATCAAGCCATGAAAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTT 41337630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGGAGCTATCAAGCCATGAAAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTT 660

 41337631 CATCGACTGTGACAAATATACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCA 41337690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATCGACTGTGACAAATATACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCA 720

 41337691 TGTGTGGAGGCAGAAAGTATATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAA 41337750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTGTGGAGGCAGAAAGTATATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAA 780

 41337751 CATAAAACTCCTCTAAAAAATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGA 41337810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATAAAACTCCTCTAAAAAATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGA 840

 41337811 AAAGAAAAAGGGCTCCTGGAAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGG 41337870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAGAAAAAGGGCTCCTGGAAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGG 900

 41337871 GACCTTGGCCAGGGTGTTCACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGA 41337930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GACCTTGGCCAGGGTGTTCACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGA 960

 41337931 GGCCACAGGCCCACCAGAACTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCC 41337990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGCCACAGGCCCACCAGAACTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCC 1020

 41337991 TGTCTGTAGAACAGGCAAGAAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGC 41338050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGTCTGTAGAACAGGCAAGAAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGC 1080

 41338051 CATGGGTGGAAAAAGAATTATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTT 41338110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATGGGTGGAAAAAGAATTATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTT 1140

 41338111 AAGATAAGGCCTAAAGGAGAAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGA 41338170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAGATAAGGCCTAAAGGAGAAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGA 1200

 41338171 GGGAACTCCAGGCAGAAGCGCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGA 41338230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGGAACTCCAGGCAGAAGCGCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGA 1260

 41338231 GTGAGGTGAGGGGGTCAATGGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTG 41338290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTGAGGTGAGGGGGTCAATGGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTG 1320

 41338291 GAGTAAGAACAAACAGAACGAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAAC 41338350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GAGTAAGAACAAACAGAACGAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAAC 1380

 41338351 AAGTGAACCTGGAGAGGAAGGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAG 41338409
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AAGTGAACCTGGAGAGGAAGGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAG 1439

EXCISED REGION

 41338413 GAAGAGAGGGATGGAGGAGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTG 41338472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GAAGAGAGGGATGGAGGAGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTG 1499

 41338473 AGATCTCATCCCACATGTTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAAT 41338532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 AGATCTCATCCCACATGTTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAAT 1559

 41338533 TGAGCCTGAAACAGTAAGAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGG 41338592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TGAGCCTGAAACAGTAAGAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGG 1619

 41338593 AATGTGCTCTCTTTGCTTCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCC 41338652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 AATGTGCTCTCTTTGCTTCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCC 1679

 41338653 TCCTGCTGCCTCCGTGAGCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTA 41338712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TCCTGCTGCCTCCGTGAGCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTA 1739

 41338713 CTGTGCATGGGCTTTGTGATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCA 41338772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 CTGTGCATGGGCTTTGTGATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCA 1799

 41338773 ATCACTGGGCGGGGGGTTGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTG 41338832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 ATCACTGGGCGGGGGGTTGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTG 1859

 41338833 GAACAGAGGGCATGCCTCAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCA 41338892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GAACAGAGGGCATGCCTCAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCA 1919

 41338893 TGAAGCATTCCAACATACTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGC 41338952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TGAAGCATTCCAACATACTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGC 1979

 41338953 CCACTTAAAAGTGGAGTGGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCT 41339012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 CCACTTAAAAGTGGAGTGGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCT 2039

 41339013 CAGCCCTGTTATCCTGGATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGC 41339072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CAGCCCTGTTATCCTGGATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGC 2099

 41339073 CTCCAGATCCAGCAAATCAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTC 41339132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 CTCCAGATCCAGCAAATCAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTC 2159

 41339133 CCACAGATTAAGAGCCACTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTG 41339192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 CCACAGATTAAGAGCCACTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTG 2219

 41339193 ATTTGTTTCCTCCAACACCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAA 41339252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 ATTTGTTTCCTCCAACACCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAA 2279

 41339253 CTGCCTTGCCAGACAGAAACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCA 41339312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 CTGCCTTGCCAGACAGAAACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCA 2339

 41339313 GAAGTTTTTGGGTGGGTTAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGT 41339372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 GAAGTTTTTGGGTGGGTTAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGT 2399

 41339373 ATCCAAGGTCACAAAGGATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAG 41339432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 ATCCAAGGTCACAAAGGATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAG 2459

 41339433 GTCAAAGGCCTAACACAAGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTG 41339492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 GTCAAAGGCCTAACACAAGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTG 2519

 41339493 CCTCATCGGTTTACAGTAGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCA 41339552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 CCTCATCGGTTTACAGTAGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCA 2579

 41339553 TCTGATTCTGCTAAGAAATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACA 41339612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 TCTGATTCTGCTAAGAAATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACA 2639

 41339613 GAAAATAATATCCAGCTTAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTA 41339672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GAAAATAATATCCAGCTTAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTA 2699

 41339673 ACATATAAACTCAAACCAGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTT 41339732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 ACATATAAACTCAAACCAGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTT 2759

 41339733 CTGATGGATGAACTATTTCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAA 41339792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 CTGATGGATGAACTATTTCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAA 2819

 41339793 AGACGAACACATTAGCTTTTCCTAAGAGTTTAAAGATAAAGAGTTTAGGGATCACTATTC 41339852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 AGACGAACACATTAGCTTTTCCTAAGAGTTTAAAGATAAAGAGTTTAGGGATCACTATTC 2879

 41339853 AATTTCAAATTGGTCAGTATCCAAAAGTCAGCCCCCCAAAACTTCAACACTGTTCCATTA 41339912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 AATTTCAAATTGGTCAGTATCCAAAAGTCAGCCCCCCAAAACTTCAACACTGTTCCATTA 2939

 41339913 TTGCCTCTGTCTAATGTTTTCCTGTTGTTAAACTAATAAGTTAACCAAAATTATTGCTAT 41339972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 TTGCCTCTGTCTAATGTTTTCCTGTTGTTAAACTAATAAGTTAACCAAAATTATTGCTAT 2999

 41339973 TTGGAAACATTGAAATCTTCCTATTGTTTTTTCTCCCTTAAATCAAAAAGAAAATAAGAT 41340032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 TTGGAAACATTGAAATCTTCCTATTGTTTTTTCTCCCTTAAATCAAAAAGAAAATAAGAT 3059

 41340033 TCTGACCTAGCTGCAAGAAATACAGGTCTCAGCTACCATAA 41340073
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 TCTGACCTAGCTGCAAGAAATACAGGTCTCAGCTACCATAA 3100

Alignment time is 2.24212 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2965] =>      2965 nucs 'mol-32-2081-052060_2965'

Score:        2932
Aligned:      2965        nucs
Identic:      2962 (100%) nucs =>      2916 (100%)        46 ( 98%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41333763,41336680] EXCISED REGION [41337230,41337276]
 second seq =>  [       1,    2918] EXCISED REGION [    2919,    2965]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       549 nucs [41336681,41337229]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336681,41336681] to [41337230,41337230]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336680,41336680] to [41337230,41337230]
 second seq =>         1 nucs [2918,2918] to [2919,2919]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41333763 AAGCAATGCTTTGAGAAAGGTATTATTTTTCCCACTTAATAAACAGAGGCTCAGAAGGAT 41333822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAGCAATGCTTTGAGAAAGGTATTATTTTTCCCACTTAATAAACAGAGGCTCAGAAGGAT 60

 41333823 CAAATGACTTGCCAACAATCCCCTGGACTTTTGTTCAAGCCTCTGGGTCCAGTACCTCAG 41333882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAAATGACTTGCCAACAATCCCCTGGACTTTTGTTCAAGCCTCTGGGTCCAGTACCTCAG 120

 41333883 CTTGTAACCAGTGCCCTCTACTGAGGGTGGATCAACTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAAC 41333942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTTGTAACCAGTGCCCTCTACTGAGGGTGGATCAACTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAAC 180

 41333943 CAGGCCAACATGGCGAAACCCAGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGT 41334002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGGCCAACATGGCGAAACCCAGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGT 240

 41334003 GGCAGGCACCTGTAATTCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCC 41334062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGCAGGCACCTGTAATTCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCC 300

 41334063 GGGAGGCAGCAGTTTCAGTAAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGA 41334122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGGAGGCAGCAGTTTCAGTAAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGA 360

 41334123 GACTCCATCTCAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAA 41334182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GACTCCATCTCAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAA 420

 41334183 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCC 41334242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCC 480

 41334243 TGGCCAAGATGGTGAAACCCCGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGG 41334302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGGCCAAGATGGTGAAACCCCGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGG 540

 41334303 TGCATGTCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGG 41334362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGCATGTCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGG 600

 41334363 TGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 41334422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 660

 41334423 AGACACCGTCTCAAAAAAATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTG 41334482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGACACCGTCTCAAAAAAATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTG 720

 41334483 CATGTCTGTAGTCCCGGTCACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAG 41334542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CATGTCTGTAGTCCCGGTCACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAG 780

 41334543 GCAGAGGTTTTGGTGAGTTAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATC 41334602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCAGAGGTTTTGGTGAGTTAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATC 840

 41334603 TAAAAAAGAATAGGACTGGTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATA 41334662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAAAAAAGAATAGGACTGGTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATA 900

 41334663 AGGCAAGGAAGGTTATCATTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAA 41334722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGGCAAGGAAGGTTATCATTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAA 960

 41334723 AACAATGATGGGATTATCAGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAA 41334782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AACAATGATGGGATTATCAGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAA 1020

 41334783 AACATGAAAAACAAAGCTGGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGAT 41334842
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AACAGGAAAAACAAAGCTGGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGAT 1080

 41334843 TAAAATCAGGAAGTGGCAAAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACT 41334902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAAAATCAGGAAGTGGCAAAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACT 1140

 41334903 CACTCCGTAACCCAGTGCTGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCA 41334962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CACTCCGTAACCCAGTGCTGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCA 1200

 41334963 CTCTCAAAGACTCACCATCAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGT 41335022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTCTCAAAGACTCACCATCAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGT 1260

 41335023 AACATCATAGAGGAATCTCTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTG 41335082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AACATCATAGAGGAATCTCTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTG 1320

 41335083 ATACCCTGGGTTGAAATCCTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATG 41335142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATACCCTGGGTTGAAATCCTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATG 1380

 41335143 CAAACCAAACTATTTTTGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCT 41335202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CAAACCAAACTATTTTTGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCT 1440

 41335203 GCTGTGAGGAGCAAATGAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACT 41335262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GCTGTGAGGAGCAAATGAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACT 1500

 41335263 TGTTATCTATTCTTAGCTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAAT 41335322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGTTATCTATTCTTAGCTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAAT 1560

 41335323 TTCATCTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTG 41335382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTCATCTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTG 1620

 41335383 AAGGATTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAAC 41335442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AAGGATTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAAC 1680

 41335443 AGTGTGAACCAACATATGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGG 41335502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGTGTGAACCAACATATGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGG 1740

 41335503 GTTGATGTCACTGGTAAAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTA 41335562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTTGATGTCACTGGTAAAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTA 1800

 41335563 CAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAG 41335622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAG 1860

 41335623 GAGATGGGGCCTAATGGGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGT 41335682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GAGATGGGGCCTAATGGGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGT 1920

 41335683 TTAGTGCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGA 41335742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTAGTGCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGA 1980

 41335743 CAAAACATTCCTCCCCTCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGAC 41335802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CAAAACATTCCTCCCCTCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGAC 2040

 41335803 TGGACCCTCACCAGACAATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATAC 41335862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGGACCCTCACCAGACAATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATAC 2100

 41335863 AACTATGATAAATTAATTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGA 41335922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AACTATGATAAATTAATTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGA 2160

 41335923 AACAAATGGATTAAGACAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCAT 41335982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AACAAATGGATTAAGACAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCAT 2220

 41335983 GTTTAAGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAG 41336042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTTTAAGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAG 2280

 41336043 TAATCATATACGTTTTATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGA 41336102
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TAATCATATAAGTTTTATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGA 2340

 41336103 TGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAA 41336162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAA 2400

 41336163 AATGGCCTCTCTCACCACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATA 41336222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AATGGCCTCTCTCACCACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATA 2460

 41336223 ACAAGAAAAGAAAATAAAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAAT 41336282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ACAAGAAAAGAAAATAAAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAAT 2520

 41336283 TTAAAAAAACCTAAATAAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAA 41336342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTAAAAAAACCTAAATAAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAA 2580

 41336343 TACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAA 41336402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAA 2640

 41336403 AATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGA 41336462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGA 2700

 41336463 TAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACT 41336522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACT 2760

 41336523 TTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAA 41336582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAA 2820

 41336583 GAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATA 41336642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATA 2880

 41336643 CAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 41336680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 2918

EXCISED REGION

 41337230 ACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTA 41337276
          ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     2919 ACCTTTTAGAATGGCCCAGATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTA 2965

Alignment time is 2.16074 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    5643] =>      5643 nucs 'mol-32-2110-017324_5643'

Score:        5566
Aligned:      5643        nucs
Identic:      5636 (100%) nucs =>      2658 (100%)      2978 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41334021,41336680] EXCISED REGION [41337230,41340212]
 second seq =>  [       1,    2660] EXCISED REGION [    2661,    5643]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       549 nucs [41336681,41337229]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336681,41336681] to [41337230,41337230]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336680,41336680] to [41337230,41337230]
 second seq =>         1 nucs [2660,2660] to [2661,2661]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41334021 CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAG 41334080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAG 60

 41334081 TAAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAA 41334140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAA 120

 41334141 GAAAAAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGG 41334200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAAAAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGG 180

 41334201 CCAAGGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAAC 41334260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCAAGGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAAC 240

 41334261 CCCGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCA 41334320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCCGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCA 300

 41334321 GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGA 41334380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGA 360

 41334381 GCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAA 41334440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAA 420

 41334441 ATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGT 41334500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGT 480

 41334501 CACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGT 41334560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGT 540

 41334561 TAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTG 41334620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTG 600

 41334621 GTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCA 41334680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCA 660

 41334681 TTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATC 41334740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATC 720

 41334741 AGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACATGAAAAACAAAGCT 41334800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
      721 AGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACAGGAAAAACAAAGCT 780

 41334801 GGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGGCA 41334860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGGCA 840

 41334861 AAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGTGC 41334920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGTGC 900

 41334921 TGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACCAT 41334980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACCAT 960

 41334981 CAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAATCT 41335040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAATCT 1020

 41335041 CTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAATC 41335100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAATC 1080

 41335101 CTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTTTG 41335160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTTTG 1140

 41335161 CCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGA 41335220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGA 1200

 41335221 GTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCT 41335280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCT 1260

 41335281 ATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCAT 41335340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCAT 1320

 41335341 GGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTT 41335400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTT 1380

 41335401 GAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATATG 41335460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATATG 1440

 41335461 AAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAA 41335520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAA 1500

 41335521 GTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCC 41335580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCC 1560

 41335581 CAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGG 41335640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGG 1620

 41335641 AGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAA 41335700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAA 1680

 41335701 GAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTC 41335760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTC 1740

 41335761 TGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAA 41335820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAA 1800

 41335821 TGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAATT 41335880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAATT 1860

 41335881 TCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGACA 41335940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGACA 1920

 41335941 ACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTT 41336000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTT 1980

 41336001 TTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATACGTTTTAT 41336060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     1981 TTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATAAGTTTTAT 2040

 41336061 AAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTT 41336120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTT 2100

 41336121 TGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCAC 41336180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCAC 2160

 41336181 TCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAA 41336240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAA 2220

 41336241 AGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAA 41336300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAA 2280

 41336301 ATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGC 41336360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 ATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGC 2340

 41336361 TCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTT 41336420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTT 2400

 41336421 TGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGC 41336480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGC 2460

 41336481 CAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTA 41336540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTA 2520

 41336541 CTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCA 41336600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCA 2580

 41336601 ACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGA 41336660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGA 2640

 41336661 TGAAGAGCAAAGGCAAAACA 41336680
          ||||||||||||||||||||
     2641 TGAAGAGCAAAGGCAAAACA 2660

EXCISED REGION

 41337230 ACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 41337289
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2661 ACCTTTTAGAATGGCCCAGATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 2720

 41337290 GCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATCCACTTTGAAAG 41337349
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2721 GCAACAGGAACTCTCACTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATACACTTTGAAAG 2780

 41337350 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCTATGGTATTTACTCAAAGTG 41337409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2781 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCCATGGTATTTACTCAAAGTG 2840

 41337410 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 41337469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2841 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 2900

 41337470 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTGTG 41337529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2901 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTGTG 2960

 41337530 GTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAAGGAGCTATCAAGCCATGA 41337589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2961 GTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAAGGAGCTATCAAGCCATGA 3020

 41337590 AAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTCATCGACTGTGACAAATAT 41337649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3021 AAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTCATCGACTGTGACAAATAT 3080

 41337650 ACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCATGTGTGGAGGCAGAAAGTA 41337709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3081 ACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCATGTGTGGAGGCAGAAAGTA 3140

 41337710 TATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAACATAAAACTCCTCTAAAAA 41337769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3141 TATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAACATAAAACTCCTCTAAAAA 3200

 41337770 ATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAAAAGAAAAAGGGCTCCTGG 41337829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3201 ATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAAAAGAAAAAGGGCTCCTGG 3260

 41337830 AAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGGACCTTGGCCAGGGTGTTC 41337889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3261 AAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGGACCTTGGCCAGGGTGTTC 3320

 41337890 ACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAGGCCACAGGCCCACCAGAA 41337949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3321 ACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAGGCCACAGGCCCACCAGAA 3380

 41337950 CTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCTGTCTGTAGAACAGGCAAG 41338009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3381 CTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCTGTCTGTAGAACAGGCAAG 3440

 41338010 AAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCCATGGGTGGAAAAAGAATT 41338069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3441 AAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCCATGGGTGGAAAAAGAATT 3500

 41338070 ATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTAAGATAAGGCCTAAAGGAG 41338129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3501 ATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTAAGATAAGGCCTAAAGGAG 3560

 41338130 AAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAGGGAACTCCAGGCAGAAGC 41338189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3561 AAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAGGGAACTCCAGGCAGAAGC 3620

 41338190 GCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAGTGAGGTGAGGGGGTCAAT 41338249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3621 GCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAGTGAGGTGAGGGGGTCAAT 3680

 41338250 GGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGGAGTAAGAACAAACAGAAC 41338309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3681 GGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGGAGTAAGAACAAACAGAAC 3740

 41338310 GAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAACAAGTGAACCTGGAGAGGAA 41338369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     3741 GAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAAAAACAAGTGAACCTGGAGAGGAA 3800

 41338370 GGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAGGAAGAAGAGAGGGATGGAGG 41338429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3801 GGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAGGAAGAAGAGAGGGATGGAGG 3860

 41338430 AGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTGAGATCTCATCCCACATG 41338489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3861 AGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTGAGATCTCATCCCACATG 3920

 41338490 TTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAATTGAGCCTGAAACAGTAA 41338549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3921 TTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAATTGAGCCTGAAACAGTAA 3980

 41338550 GAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGGAATGTGCTCTCTTTGCT 41338609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3981 GAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGGAATGTGCTCTCTTTGCT 4040

 41338610 TCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCCTCCTGCTGCCTCCGTGA 41338669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4041 TCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCCTCCTGCTGCCTCCGTGA 4100

 41338670 GCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTACTGTGCATGGGCTTTGT 41338729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4101 GCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTACTGTGCATGGGCTTTGT 4160

 41338730 GATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCAATCACTGGGCGGGGGGT 41338789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4161 GATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCAATCACTGGGCGGGGGGT 4220

 41338790 TGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTGGAACAGAGGGCATGCCT 41338849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4221 TGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTGGAACAGAGGGCATGCCT 4280

 41338850 CAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCATGAAGCATTCCAACATA 41338909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4281 CAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCATGAAGCATTCCAACATA 4340

 41338910 CTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGCCCACTTAAAAGTGGAGT 41338969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4341 CTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGCCCACTTAAAAGTGGAGT 4400

 41338970 GGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCTCAGCCCTGTTATCCTGG 41339029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4401 GGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCTCAGCCCTGTTATCCTGG 4460

 41339030 ATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGCCTCCAGATCCAGCAAAT 41339089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4461 ATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGCCTCCAGATCCAGCAAAT 4520

 41339090 CAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTCCCACAGATTAAGAGCCA 41339149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4521 CAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTCCCACAGATTAAGAGCCA 4580

 41339150 CTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTGATTTGTTTCCTCCAACA 41339209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4581 CTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTGATTTGTTTCCTCCAACA 4640

 41339210 CCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAACTGCCTTGCCAGACAGA 41339269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4641 CCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAACTGCCTTGCCAGACAGA 4700

 41339270 AACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCAGAAGTTTTTGGGTGGGT 41339329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4701 AACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCAGAAGTTTTTGGGTGGGT 4760

 41339330 TAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGTATCCAAGGTCACAAAGG 41339389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4761 TAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGTATCCAAGGTCACAAAGG 4820

 41339390 ATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAGGTCAAAGGCCTAACACA 41339449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4821 ATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAGGTCAAAGGCCTAACACA 4880

 41339450 AGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTGCCTCATCGGTTTACAGT 41339509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4881 AGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTGCCTCATCGGTTTACAGT 4940

 41339510 AGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCATCTGATTCTGCTAAGAA 41339569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4941 AGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCATCTGATTCTGCTAAGAA 5000

 41339570 ATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACAGAAAATAATATCCAGCT 41339629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5001 ATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACAGAAAATAATATCCAGCT 5060

 41339630 TAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTAACATATAAACTCAAACC 41339689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5061 TAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTAACATATAAACTCAAACC 5120

 41339690 AGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTTCTGATGGATGAACTATT 41339749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5121 AGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTTCTGATGGATGAACTATT 5180

 41339750 TCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAAAGACGAACACATTAGCT 41339809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5181 TCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAAAGACGAACACATTAGCT 5240

 41339810 TTTCCTAAGAGTTTAAAGATAAAGAGTTTAGGGATCACTATTCAATTTCAAATTGGTCAG 41339869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5241 TTTCCTAAGAGTTTAAAGATAAAGAGTTTAGGGATCACTATTCAATTTCAAATTGGTCAG 5300

 41339870 TATCCAAAAGTCAGCCCCCCAAAACTTCAACACTGTTCCATTATTGCCTCTGTCTAATGT 41339929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5301 TATCCAAAAGTCAGCCCCCCAAAACTTCAACACTGTTCCATTATTGCCTCTGTCTAATGT 5360

 41339930 TTTCCTGTTGTTAAACTAATAAGTTAACCAAAATTATTGCTATTTGGAAACATTGAAATC 41339989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5361 TTTCCTGTTGTTAAACTAATAAGTTAACCAAAATTATTGCTATTTGGAAACATTGAAATC 5420

 41339990 TTCCTATTGTTTTTTCTCCCTTAAATCAAAAAGAAAATAAGATTCTGACCTAGCTGCAAG 41340049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5421 TTCCTATTGTTTTTTCTCCCTTAAATCAAAAAGAAAATAAGATTCTGACCTAGCTGCAAG 5480

 41340050 AAATACAGGTCTCAGCTACCATAATCATGCCCTCTGTTGTTGAAGATTAAGTCACTTAAC 41340109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5481 AAATACAGGTCTCAGCTACCATAATCATGCCCTCTGTTGTTGAAGATTAAGTCACTTAAC 5540

 41340110 AACCACACTCTCCAAACTGTGTATGAGGAAAGTGATAACCCTGGGAAGGTTGTGAACTTT 41340169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5541 AACCACACTCTCCAAACTGTGTATGAGGAAAGTGATAACCCTGGGAAGGTTGTGAACTTT 5600

 41340170 CATGCATATTTAGGGGATCCTCAAGTCATAGAGAGTCAAACAG 41340212
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5601 CATGCATATTTAGGGGATCCTCAAGTCATAGAGAGTCAAACAG 5643

Alignment time is 4.13362 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2661] =>      2661 nucs 'mol-32-2110-017324_2661'

Score:        2649
Aligned:      2660        nucs
Identic:      2659 (100%) nucs =>       766 (100%)      1893 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41334021,41334786] EXCISED REGION [41334788,41336681]
 second seq =>  [       1,     766] EXCISED REGION [     768,    2661]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [41334787,41334787]
 second seq =>         1 nucs [767,767]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [767,767] to [768,768]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41334021 CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAG 41334080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAG 60

 41334081 TAAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAA 41334140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAAGCTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAA 120

 41334141 GAAAAAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGG 41334200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAAAAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGG 180

 41334201 CCAAGGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAAC 41334260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCAAGGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAAC 240

 41334261 CCCGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCA 41334320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCCGTCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCA 300

 41334321 GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGA 41334380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGA 360

 41334381 GCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAA 41334440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAA 420

 41334441 ATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGT 41334500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGT 480

 41334501 CACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGT 41334560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGT 540

 41334561 TAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTG 41334620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTG 600

 41334621 GTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCA 41334680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCA 660

 41334681 TTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATC 41334740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATC 720

 41334741 AGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACA 41334786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACA 766

EXCISED REGION

 41334788 GAAAAACAAAGCTGGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAA 41334847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      768 GAAAAACAAAGCTGGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAA 827

 41334848 TCAGGAAGTGGCAAAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTC 41334907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      828 TCAGGAAGTGGCAAAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTC 887

 41334908 CGTAACCCAGTGCTGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTC 41334967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      888 CGTAACCCAGTGCTGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTC 947

 41334968 AAAGACTCACCATCAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACAT 41335027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      948 AAAGACTCACCATCAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACAT 1007

 41335028 CATAGAGGAATCTCTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACC 41335087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1008 CATAGAGGAATCTCTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACC 1067

 41335088 CTGGGTTGAAATCCTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAAC 41335147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1068 CTGGGTTGAAATCCTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAAC 1127

 41335148 CAAACTATTTTTGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGT 41335207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1128 CAAACTATTTTTGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGT 1187

 41335208 GAGGAGCAAATGAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTA 41335267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1188 GAGGAGCAAATGAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTA 1247

 41335268 TCTATTCTTAGCTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCAT 41335327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1248 TCTATTCTTAGCTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCAT 1307

 41335328 CTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGA 41335387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1308 CTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGA 1367

 41335388 TTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGT 41335447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1368 TTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGT 1427

 41335448 GAACCAACATATGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGA 41335507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1428 GAACCAACATATGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGA 1487

 41335508 TGTCACTGGTAAAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTC 41335567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1488 TGTCACTGGTAAAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTC 1547

 41335568 TGAGTGTGTCCCCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGAT 41335627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1548 TGAGTGTGTCCCCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGAT 1607

 41335628 GGGGCCTAATGGGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGT 41335687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1608 GGGGCCTAATGGGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGT 1667

 41335688 GCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAA 41335747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1668 GCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAA 1727

 41335748 CATTCCTCCCCTCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGAC 41335807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1728 CATTCCTCCCCTCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGAC 1787

 41335808 CCTCACCAGACAATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTA 41335867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1788 CCTCACCAGACAATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTA 1847

 41335868 TGATAAATTAATTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAA 41335927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1848 TGATAAATTAATTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAA 1907

 41335928 ATGGATTAAGACAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTA 41335987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1908 ATGGATTAAGACAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTA 1967

 41335988 AGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATC 41336047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1968 AGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATC 2027

 41336048 ATATACGTTTTATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGA 41336107
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2028 ATATAAGTTTTATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGA 2087

 41336108 AAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGG 41336167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2088 AAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGG 2147

 41336168 CCTCTCTCACCACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAG 41336227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2148 CCTCTCTCACCACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAG 2207

 41336228 AAAAGAAAATAAAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAA 41336287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2208 AAAAGAAAATAAAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAA 2267

 41336288 AAAACCTAAATAAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTG 41336347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2268 AAAACCTAAATAAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTG 2327

 41336348 TCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCC 41336407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2328 TCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCC 2387

 41336408 CAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAA 41336467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2388 CAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAA 2447

 41336468 GACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTA 41336527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2448 GACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTA 2507

 41336528 ACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACA 41336587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2508 ACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACA 2567

 41336588 GACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTC 41336647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2568 GACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTC 2627

 41336648 AACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACAA 41336681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2628 AACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACAA 2661

Alignment time is 1.9629 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2660] =>      2660 nucs 'mol-32-3101-243867_2660'

Score:        2594
Aligned:      2660        nucs
Identic:      2654 (100%) nucs =>      2360 (100%)       294 ( 99%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41334319,41336680] EXCISED REGION [41337230,41337527]
 second seq =>  [       1,    2362] EXCISED REGION [    2363,    2660]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       549 nucs [41336681,41337229]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336681,41336681] to [41337230,41337230]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336680,41336680] to [41337230,41337230]
 second seq =>         1 nucs [2362,2362] to [2363,2363]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41334319 CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGT 41334378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGT 60

 41334379 GAGCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAA 41334438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGCCAAGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAA 120

 41334439 AAATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCG 41334498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAATAAAAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCG 180

 41334499 GTCACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGA 41334558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTCACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGA 240

 41334559 GTTAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGAC 41334618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTAGGATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGAC 300

 41334619 TGGTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTAT 41334678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGGTAACCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTAT 360

 41334679 CATTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTA 41334738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATTTAGATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTA 420

 41334739 TCAGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACATGAAAAACAAAG 41334798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
      421 TCAGAAGAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACAGGAAAAACAAAG 480

 41334799 CTGGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGG 41334858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGGCAGGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGG 540

 41334859 CAAAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGT 41334918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAAAGAGAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGT 600

 41334919 GCTGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACC 41334978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GCTGGGCCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACC 660

 41334979 ATCAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAAT 41335038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCAAATGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAAT 720

 41335039 CTCTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAA 41335098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTCTGAAGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAA 780

 41335099 TCCTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTT 41335158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCCTATCTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTT 840

 41335159 TGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAAT 41335218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAAT 900

 41335219 GAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAG 41335278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAG 960

 41335279 CTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGC 41335338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGC 1020

 41335339 ATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGT 41335398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGT 1080

 41335399 TTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATA 41335458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATA 1140

 41335459 TGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTA 41335518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTA 1200

 41335519 AAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCC 41335578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCC 1260

 41335579 CCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATG 41335638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATG 1320

 41335639 GGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAA 41335698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAA 1380

 41335699 AAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCC 41335758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCC 1440

 41335759 TCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGAC 41335818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGAC 1500

 41335819 AATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAA 41335878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAA 1560

 41335879 TTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGA 41335938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGA 1620

 41335939 CAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCAC 41335998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCAC 1680

 41335999 TTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATACGTTTT 41336058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1681 TTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATAAGTTTT 1740

 41336059 ATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCT 41336118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCT 1800

 41336119 TTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACC 41336178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACC 1860

 41336179 ACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATA 41336238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATA 1920

 41336239 AAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAAT 41336298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAAT 1980

 41336299 AAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCA 41336358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCA 2040

 41336359 GCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTAT 41336418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTAT 2100

 41336419 TTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATA 41336478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATA 2160

 41336479 GCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATG 41336538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATG 2220

 41336539 TACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGAT 41336598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGAT 2280

 41336599 CAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTT 41336658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTT 2340

 41336659 GATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 41336680
          ||||||||||||||||||||||
     2341 GATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 2362

EXCISED REGION

 41337230 ACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 41337289
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2363 ACCTTTTAGAATGGCCCAGATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 2422

 41337290 GCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATCCACTTTGAAAG 41337349
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2423 GCAACAGGAACTCTCACTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATACACTTTGAAAG 2482

 41337350 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCTATGGTATTTACTCAAAGTG 41337409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2483 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCCATGGTATTTACTCAAAGTG 2542

 41337410 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 41337469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2543 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 2602

 41337470 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTG 41337527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2603 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTG 2660

Alignment time is 1.95315 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    5096] =>      5096 nucs 'mol-32-338a-053300_5096'

Score:        5096
Aligned:      5096        nucs
Identic:      5096 (100%) nucs =>      1378 (100%)      3718 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41337032,41338409] EXCISED REGION [41338413,41342130]
 second seq =>  [       1,    1378] EXCISED REGION [    1379,    5096]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [41338410,41338412]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         5 nucs [41338410,41338414] to [41338413,41338417]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41338409,41338409] to [41338413,41338413]
 second seq =>         1 nucs [1378,1378] to [1379,1379]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41337032 GATAGACTGTTATAAAAAATACACAAAGAATTCTTAAAACTGAACAGTAAGAAAACAGTT 41337091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GATAGACTGTTATAAAAAATACACAAAGAATTCTTAAAACTGAACAGTAAGAAAACAGTT 60

 41337092 GATAAAAAAAAAAAGCCAAAGACCATAACAGACACCTCACCAAAGAAGATATATAGATGG 41337151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GATAAAAAAAAAAAGCCAAAGACCATAACAGACACCTCACCAAAGAAGATATATAGATGG 120

 41337152 CAAATAAGCATATGAAAAGATGCTCCACATCGTTTGACATCAAGAAATGTAAATTAAAAC 41337211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAAATAAGCATATGAAAAGATGCTCCACATCGTTTGACATCAAGAAATGTAAATTAAAAC 180

 41337212 AATGATATACCACTACACACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAAA 41337271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATGATATACCACTACACACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAAA 240

 41337272 TGCTAGCAAGGATGCAGAGCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACG 41337331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCTAGCAAGGATGCAGAGCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACG 300

 41337332 GTCCATCCACTTTGAAAGACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCTA 41337391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTCCATCCACTTTGAAAGACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCTA 360

 41337392 TGGTATTTACTCAAAGTGAAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTAT 41337451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGGTATTTACTCAAAGTGAAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTAT 420

 41337452 AGCAGCTTTACTCATAATTGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAG 41337511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGCAGCTTTACTCATAATTGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAG 480

 41337512 ATGACTGAATAAACTGTGGTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAA 41337571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGACTGAATAAACTGTGGTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAA 540

 41337572 GGAGCTATCAAGCCATGAAAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTC 41337631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGAGCTATCAAGCCATGAAAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTC 600

 41337632 ATCGACTGTGACAAATATACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCAT 41337691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATCGACTGTGACAAATATACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCAT 660

 41337692 GTGTGGAGGCAGAAAGTATATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAAC 41337751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTGTGGAGGCAGAAAGTATATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAAC 720

 41337752 ATAAAACTCCTCTAAAAAATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAA 41337811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATAAAACTCCTCTAAAAAATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAA 780

 41337812 AAGAAAAAGGGCTCCTGGAAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGG 41337871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAGAAAAAGGGCTCCTGGAAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGG 840

 41337872 ACCTTGGCCAGGGTGTTCACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAG 41337931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACCTTGGCCAGGGTGTTCACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAG 900

 41337932 GCCACAGGCCCACCAGAACTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCT 41337991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GCCACAGGCCCACCAGAACTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCT 960

 41337992 GTCTGTAGAACAGGCAAGAAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCC 41338051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTCTGTAGAACAGGCAAGAAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCC 1020

 41338052 ATGGGTGGAAAAAGAATTATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTA 41338111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATGGGTGGAAAAAGAATTATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTA 1080

 41338112 AGATAAGGCCTAAAGGAGAAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAG 41338171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGATAAGGCCTAAAGGAGAAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAG 1140

 41338172 GGAACTCCAGGCAGAAGCGCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAG 41338231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGAACTCCAGGCAGAAGCGCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAG 1200

 41338232 TGAGGTGAGGGGGTCAATGGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGG 41338291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGAGGTGAGGGGGTCAATGGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGG 1260

 41338292 AGTAAGAACAAACAGAACGAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAACA 41338351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGTAAGAACAAACAGAACGAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAACA 1320

 41338352 AGTGAACCTGGAGAGGAAGGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAG 41338409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGTGAACCTGGAGAGGAAGGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAG 1378

EXCISED REGION

 41338413 GAAGAGAGGGATGGAGGAGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTG 41338472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 GAAGAGAGGGATGGAGGAGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTG 1438

 41338473 AGATCTCATCCCACATGTTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAAT 41338532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 AGATCTCATCCCACATGTTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAAT 1498

 41338533 TGAGCCTGAAACAGTAAGAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGG 41338592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TGAGCCTGAAACAGTAAGAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGG 1558

 41338593 AATGTGCTCTCTTTGCTTCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCC 41338652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 AATGTGCTCTCTTTGCTTCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCC 1618

 41338653 TCCTGCTGCCTCCGTGAGCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTA 41338712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 TCCTGCTGCCTCCGTGAGCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTA 1678

 41338713 CTGTGCATGGGCTTTGTGATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCA 41338772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 CTGTGCATGGGCTTTGTGATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCA 1738

 41338773 ATCACTGGGCGGGGGGTTGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTG 41338832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 ATCACTGGGCGGGGGGTTGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTG 1798

 41338833 GAACAGAGGGCATGCCTCAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCA 41338892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 GAACAGAGGGCATGCCTCAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCA 1858

 41338893 TGAAGCATTCCAACATACTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGC 41338952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 TGAAGCATTCCAACATACTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGC 1918

 41338953 CCACTTAAAAGTGGAGTGGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCT 41339012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 CCACTTAAAAGTGGAGTGGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCT 1978

 41339013 CAGCCCTGTTATCCTGGATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGC 41339072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 CAGCCCTGTTATCCTGGATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGC 2038

 41339073 CTCCAGATCCAGCAAATCAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTC 41339132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 CTCCAGATCCAGCAAATCAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTC 2098

 41339133 CCACAGATTAAGAGCCACTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTG 41339192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 CCACAGATTAAGAGCCACTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTG 2158

 41339193 ATTTGTTTCCTCCAACACCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAA 41339252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 ATTTGTTTCCTCCAACACCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAA 2218

 41339253 CTGCCTTGCCAGACAGAAACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCA 41339312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 CTGCCTTGCCAGACAGAAACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCA 2278

 41339313 GAAGTTTTTGGGTGGGTTAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGT 41339372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 GAAGTTTTTGGGTGGGTTAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGT 2338

 41339373 ATCCAAGGTCACAAAGGATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAG 41339432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 ATCCAAGGTCACAAAGGATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAG 2398

 41339433 GTCAAAGGCCTAACACAAGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTG 41339492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 GTCAAAGGCCTAACACAAGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTG 2458

 41339493 CCTCATCGGTTTACAGTAGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCA 41339552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 CCTCATCGGTTTACAGTAGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCA 2518

 41339553 TCTGATTCTGCTAAGAAATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACA 41339612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 TCTGATTCTGCTAAGAAATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACA 2578

 41339613 GAAAATAATATCCAGCTTAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTA 41339672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 GAAAATAATATCCAGCTTAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTA 2638

 41339673 ACATATAAACTCAAACCAGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTT 41339732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 ACATATAAACTCAAACCAGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTT 2698

 41339733 CTGATGGATGAACTATTTCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAA 41339792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 CTGATGGATGAACTATTTCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAA 2758

 41339793 AGACGAACACATTAGCTTTTCCTAAGAGTTTAAAGATAAAGAGTTTAGGGATCACTATTC 41339852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 AGACGAACACATTAGCTTTTCCTAAGAGTTTAAAGATAAAGAGTTTAGGGATCACTATTC 2818

 41339853 AATTTCAAATTGGTCAGTATCCAAAAGTCAGCCCCCCAAAACTTCAACACTGTTCCATTA 41339912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 AATTTCAAATTGGTCAGTATCCAAAAGTCAGCCCCCCAAAACTTCAACACTGTTCCATTA 2878

 41339913 TTGCCTCTGTCTAATGTTTTCCTGTTGTTAAACTAATAAGTTAACCAAAATTATTGCTAT 41339972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 TTGCCTCTGTCTAATGTTTTCCTGTTGTTAAACTAATAAGTTAACCAAAATTATTGCTAT 2938

 41339973 TTGGAAACATTGAAATCTTCCTATTGTTTTTTCTCCCTTAAATCAAAAAGAAAATAAGAT 41340032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 TTGGAAACATTGAAATCTTCCTATTGTTTTTTCTCCCTTAAATCAAAAAGAAAATAAGAT 2998

 41340033 TCTGACCTAGCTGCAAGAAATACAGGTCTCAGCTACCATAATCATGCCCTCTGTTGTTGA 41340092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 TCTGACCTAGCTGCAAGAAATACAGGTCTCAGCTACCATAATCATGCCCTCTGTTGTTGA 3058

 41340093 AGATTAAGTCACTTAACAACCACACTCTCCAAACTGTGTATGAGGAAAGTGATAACCCTG 41340152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 AGATTAAGTCACTTAACAACCACACTCTCCAAACTGTGTATGAGGAAAGTGATAACCCTG 3118

 41340153 GGAAGGTTGTGAACTTTCATGCATATTTAGGGGATCCTCAAGTCATAGAGAGTCAAACAG 41340212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 GGAAGGTTGTGAACTTTCATGCATATTTAGGGGATCCTCAAGTCATAGAGAGTCAAACAG 3178

 41340213 AAGAGATATTCAAAATCTTTAAGAAGCTGGTATGGCATTGGACTGAGAAGTCAGGATGGG 41340272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 AAGAGATATTCAAAATCTTTAAGAAGCTGGTATGGCATTGGACTGAGAAGTCAGGATGGG 3238

 41340273 CACCATGACCAACCCAAAGGGATGCACACTGGTGTGTACTAGTTGAATCTCAGCCCTGGG 41340332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 CACCATGACCAACCCAAAGGGATGCACACTGGTGTGTACTAGTTGAATCTCAGCCCTGGG 3298

 41340333 GTAAAGCATCAGATTTGGAATGCCTGAACTCTTTAAAGGGTCATTGAAGGTGATAAGGAA 41340392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 GTAAAGCATCAGATTTGGAATGCCTGAACTCTTTAAAGGGTCATTGAAGGTGATAAGGAA 3358

 41340393 ACTTGACAATTCAGTGAGTCAGAACAACAAATCAGTGAGTTAGGGTTAGTGGGTGAATGC 41340452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 ACTTGACAATTCAGTGAGTCAGAACAACAAATCAGTGAGTTAGGGTTAGTGGGTGAATGC 3418

 41340453 TTGCAAAAATGGCTGCAATTATTCTCCCAGCATCCACACCTCTGACAATGCAACACTGCA 41340512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 TTGCAAAAATGGCTGCAATTATTCTCCCAGCATCCACACCTCTGACAATGCAACACTGCA 3478

 41340513 GCTCCTCCCATCAAGACCTAGAGTCTATTTCTCATCCTTGAATCTGGGCTGGCCTTGTGA 41340572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 GCTCCTCCCATCAAGACCTAGAGTCTATTTCTCATCCTTGAATCTGGGCTGGCCTTGTGA 3538

 41340573 CTTGTGTTGGCCAACAGGATGTGATGGAAGTGATGTTGTGCAGATCCAAGCCTAGAACTC 41340632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 CTTGTGTTGGCCAACAGGATGTGATGGAAGTGATGTTGTGCAGATCCAAGCCTAGAACTC 3598

 41340633 AAGAGGCTTTGCACACTTCAGTTCTCTCCTTTGGGTCTATGTCTATGAGAACAAGCCTGG 41340692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 AAGAGGCTTTGCACACTTCAGTTCTCTCCTTTGGGTCTATGTCTATGAGAACAAGCCTGG 3658

 41340693 GCTATCCTGCTGGTGAACGAGAGGCCACGTGGGGCAGAACTGGCCCAGTCGTCCCAGTTA 41340752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 GCTATCCTGCTGGTGAACGAGAGGCCACGTGGGGCAGAACTGGCCCAGTCGTCCCAGTTA 3718

 41340753 AGATCCCAGATATGTGAGACAGACCAGCTGAGATTAGCAGTGCCACCAACCCCATTAGCA 41340812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 AGATCCCAGATATGTGAGACAGACCAGCTGAGATTAGCAGTGCCACCAACCCCATTAGCA 3778

 41340813 GCTGACCAAGGATGCATGAGGGAGCACAGCATTCAACCCCTAACCCTAAAAGTCACTGGA 41340872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 GCTGACCAAGGATGCATGAGGGAGCACAGCATTCAACCCCTAACCCTAAAAGTCACTGGA 3838

 41340873 TTGCCAACTTTCCTTATAACTTGCAATGATTCTTTAAAGAGTTCAGGTATTCCAAATCTC 41340932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 TTGCCAACTTTCCTTATAACTTGCAATGATTCTTTAAAGAGTTCAGGTATTCCAAATCTC 3898

 41340933 ACACTTTACCCCAGGGCTAGGATTCAACCAATAAAATCCCATCAAGACAAGCAAGAGGCT 41340992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 ACACTTTACCCCAGGGCTAGGATTCAACCAATAAAATCCCATCAAGACAAGCAAGAGGCT 3958

 41340993 TCCTGGCAGTGCCCAGCCTATTAAATGGCTGGCCTGCAGAATCATGAGCTATGTACGTGG 41341052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 TCCTGGCAGTGCCCAGCCTATTAAATGGCTGGCCTGCAGAATCATGAGCTATGTACGTGG 4018

 41341053 CTCTTGTTTTAAGTCAGTAAATTTGAGGGTGATTTGTTAATGCTGCAATATTTAACTGAA 41341112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 CTCTTGTTTTAAGTCAGTAAATTTGAGGGTGATTTGTTAATGCTGCAATATTTAACTGAA 4078

 41341113 AGAGTTGGGGGTCTCCTAAAAATTTAGATCAGGAGATTCTTATGTTCTGTGATCCTTTTG 41341172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 AGAGTTGGGGGTCTCCTAAAAATTTAGATCAGGAGATTCTTATGTTCTGTGATCCTTTTG 4138

 41341173 CTAAGGAGGAATAACTTATAATCCCAGTGAGCACACTATTTTTGTTGCTTTACTTCTAAC 41341232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 CTAAGGAGGAATAACTTATAATCCCAGTGAGCACACTATTTTTGTTGCTTTACTTCTAAC 4198

 41341233 CATCATAGCTTACATATTTTTCCACATTGCCAATCTGTATTTATTATAATAATCACTAAT 41341292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4199 CATCATAGCTTACATATTTTTCCACATTGCCAATCTGTATTTATTATAATAATCACTAAT 4258

 41341293 AGCTACAAAATATTCCACTGAAGGAATACAGTATAGTTTACCTAATCATGCTCATGTTGG 41341352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 AGCTACAAAATATTCCACTGAAGGAATACAGTATAGTTTACCTAATCATGCTCATGTTGG 4318

 41341353 TAGACTTTTAGATTGCTTCCAATTTCTGAGAAGTATAAATAAGCTTATACATCTAACATA 41341412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4319 TAGACTTTTAGATTGCTTCCAATTTCTGAGAAGTATAAATAAGCTTATACATCTAACATA 4378

 41341413 TTCTATATTTTGGATGATTTCTTTATGAGAGATTCTTAGGAGCAGAATTACCAAGTCAAG 41341472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 TTCTATATTTTGGATGATTTCTTTATGAGAGATTCTTAGGAGCAGAATTACCAAGTCAAG 4438

 41341473 GTTATTAACAGCAATATGGCTCTTGAAATAGGCCATCAGATATTTTCTACAGGGACTGAA 41341532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 GTTATTAACAGCAATATGGCTCTTGAAATAGGCCATCAGATATTTTCTACAGGGACTGAA 4498

 41341533 CCAATTTTCACCAACACCAGCAGAAGAAGAGCACCAGTTTCATCACACGCTTGCCAGCAC 41341592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4499 CCAATTTTCACCAACACCAGCAGAAGAAGAGCACCAGTTTCATCACACGCTTGCCAGCAC 4558

 41341593 TAGATTTATTTTTAGGAGGTACAAATTTAGTAGATGAAAAGTGGAAAAATGAGAGCATTG 41341652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4559 TAGATTTATTTTTAGGAGGTACAAATTTAGTAGATGAAAAGTGGAAAAATGAGAGCATTG 4618

 41341653 GTTACATTTCTTTGAATGGATAAAATCCTGGAGGAACCATTGAGCTGTCTGATTTATATA 41341712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4619 GTTACATTTCTTTGAATGGATAAAATCCTGGAGGAACCATTGAGCTGTCTGATTTATATA 4678

 41341713 TCACCGAATAAATGAGGCTGGCATACAATTTGAAACTGCAAAGAACTAACTAAGGAAGAG 41341772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4679 TCACCGAATAAATGAGGCTGGCATACAATTTGAAACTGCAAAGAACTAACTAAGGAAGAG 4738

 41341773 GTCAATGCTACTCAGATACTTAATACTGGAACATTTCCAGCAGCTCTAAATTGTGGAAAC 41341832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4739 GTCAATGCTACTCAGATACTTAATACTGGAACATTTCCAGCAGCTCTAAATTGTGGAAAC 4798

 41341833 TGCTGGGTATTTGCTTTTCTAAAACAAGTTTTAGAGGAAGAACTCTCAGGTGAATATGCA 41341892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4799 TGCTGGGTATTTGCTTTTCTAAAACAAGTTTTAGAGGAAGAACTCTCAGGTGAATATGCA 4858

 41341893 TAAGTTTCCGCTAAATGTATGCTTATAAGGGGCATTATTTTACATAAGCATATTGAAGGG 41341952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4859 TAAGTTTCCGCTAAATGTATGCTTATAAGGGGCATTATTTTACATAAGCATATTGAAGGG 4918

 41341953 ATAACAATAACTTGAAAGCAAATAAACTCTACAGGATTTTGTCGTAAGTTTTCACTGGTT 41342012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4919 ATAACAATAACTTGAAAGCAAATAAACTCTACAGGATTTTGTCGTAAGTTTTCACTGGTT 4978

 41342013 TCTGTATTAAAATTATTCTATAGTTGCTAAACACTACCCAAACAATATGACACACCTGTG 41342072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4979 TCTGTATTAAAATTATTCTATAGTTGCTAAACACTACCCAAACAATATGACACACCTGTG 5038

 41342073 TGAACCTTTATCTTAAGGCCTACAATGCATGCACAAAGTCACTACACAGCCTGGTGAG 41342130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5039 TGAACCTTTATCTTAAGGCCTACAATGCATGCACAAAGTCACTACACAGCCTGGTGAG 5096

Alignment time is 3.73367 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    3334] =>      3334 nucs 'mol-32-338a-053549_3334'

Score:        3334
Aligned:      3334        nucs
Identic:      3334 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41333605,41336938]
 second seq =>  [       1,    3334]

 41333605 TGAGCCACCGCGCCCGGCCTCACTTGTGATTTTCTCTAGGTATATTATTTATCAAAAAGT 41333664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGAGCCACCGCGCCCGGCCTCACTTGTGATTTTCTCTAGGTATATTATTTATCAAAAAGT 60

 41333665 TTACAAATAAATAATAATAACAATGGCAACAACAATAACTACTTCTAAGTGGAAGGTGGA 41333724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTACAAATAAATAATAATAACAATGGCAACAACAATAACTACTTCTAAGTGGAAGGTGGA 120

 41333725 GATTGTAAATAATTTGTAAAGACAAGTCTTTCAACTCAAAGCAATGCTTTGAGAAAGGTA 41333784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GATTGTAAATAATTTGTAAAGACAAGTCTTTCAACTCAAAGCAATGCTTTGAGAAAGGTA 180

 41333785 TTATTTTTCCCACTTAATAAACAGAGGCTCAGAAGGATCAAATGACTTGCCAACAATCCC 41333844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTATTTTTCCCACTTAATAAACAGAGGCTCAGAAGGATCAAATGACTTGCCAACAATCCC 240

 41333845 CTGGACTTTTGTTCAAGCCTCTGGGTCCAGTACCTCAGCTTGTAACCAGTGCCCTCTACT 41333904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGGACTTTTGTTCAAGCCTCTGGGTCCAGTACCTCAGCTTGTAACCAGTGCCCTCTACT 300

 41333905 GAGGGTGGATCAACTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAACCAGGCCAACATGGCGAAACCCA 41333964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGGGTGGATCAACTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAACCAGGCCAACATGGCGAAACCCA 360

 41333965 GTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCAGGCACCTGTAATTCCAGC 41334024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCAGGCACCTGTAATTCCAGC 420

 41334025 TACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAGTAAG 41334084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TACTCGGGAGGCTGAGGTAGGGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGCAGTTTCAGTAAG 480

 41334085 CTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAAGAAA 41334144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGAGATCATGCCACTGCATTCCAGCCTGAGTGACAGAGACTCCATCTCAAAAAAAGAAA 540

 41334145 AAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAA 41334204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGAAAAAAAGACCAGATGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAA 600

 41334205 GGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAACCCCG 41334264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGTGGATGGATCACAAGGTCAGGAATTTAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAACCCCG 660

 41334265 TCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCAGCTA 41334324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCTCTATTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAATCCCAGCTA 720

 41334325 CTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCA 41334384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCTGGGTGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCA 780

 41334385 AGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAAATAA 41334444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGATTGCACGACTGTACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACACCGTCTCAAAAAAATAA 840

 41334445 AAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGTCACT 41334504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAAATAAAAAATAAAAAATTAGTCAGGTGTGGTGGTGCATGTCTGTAGTCCCGGTCACT 900

 41334505 TGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGTTAGG 41334564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATCCAGGAGGCAGAGGTTTTGGTGAGTTAGG 960

 41334565 ATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTGGTAA 41334624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATCATGTCACTGCACTCCAGACAGAGAGAGGCTCCATCTAAAAAAGAATAGGACTGGTAA 1020

 41334625 CCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCATTTA 41334684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCTAAAGAATATAAATAAGGTAGAAATGAATAAAAATAAGGCAAGGAAGGTTATCATTTA 1080

 41334685 GATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATCAGAA 41334744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GATAACCAAGCCAGGAAACAACTTAAGATTCACAGAAAAACAATGATGGGATTATCAGAA 1140

 41334745 GAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACATGAAAAACAAAGCTGGCA 41334804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAAAATAAAAATAGGTACACAAACATACATACAAAAAAAACATGAAAAACAAAGCTGGCA 1200

 41334805 GGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGGCAAAGA 41334864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGATTCCATGGAAGGTCAAGGTCTCAGGAGAATGAGATTAAAATCAGGAAGTGGCAAAGA 1260

 41334865 GAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGTGCTGGG 41334924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAGAAGAATGTTATGGTAGTGAAGGTCAGTCCTCCACTCACTCCGTAACCCAGTGCTGGG 1320

 41334925 CCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACCATCAAA 41334984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCAGTCACAGACCTTGAGATATACATGATACAACCTCACTCTCAAAGACTCACCATCAAA 1380

 41334985 TGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAATCTCTGA 41335044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGGAGAACTAAATTCCCATACAACATGTTACAGGCTGTAACATCATAGAGGAATCTCTGA 1440

 41335045 AGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAATCCTAT 41335104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGGTCATCTAGTGTTAGGAGCCTGAGCTTTGTAGTCTGATACCCTGGGTTGAAATCCTAT 1500

 41335105 CTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTTTGCCTT 41335164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTCCACTGTTTCCTGGCAATATTATTCTCAGCAACATGCAAACCAAACTATTTTTGCCTT 1560

 41335165 GTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGAGTTA 41335224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTCACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGAGTTA 1620

 41335225 ACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCTATTA 41335284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATACAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCTATTA 1680

 41335285 TTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCATGGAA 41335344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAAATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCATGGAA 1740

 41335345 GGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTTGAAA 41335404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTTGTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTTGAAA 1800

 41335405 GGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATATGAAGG 41335464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTAAAGAGAACAGTGTGAACCAACATATGAAGG 1860

 41335465 TGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAAGTCT 41335524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAGCCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAAGTCT 1920

 41335525 GCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAA 41335584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAGAGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAA 1980

 41335585 ATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGGAGGT 41335644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAACAGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGGAGGT 2040

 41335645 GATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAAGAGC 41335704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCGTGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAAGAGC 2100

 41335705 CTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTCTGGA 41335764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCATGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTCTGGA 2160

 41335765 GGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAATGAA 41335824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAAGCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAATGAA 2220

 41335825 CCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAATTTCTT 41335884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCACTCTATACAACTATGATAAATTAATTTCTT 2280

 41335885 TTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGACAACAG 41335944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATTGTTATAGAAACAAATGGATTAAGACAACAG 2340

 41335945 ATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTTTTGT 41336004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTGTGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTTTTGT 2400

 41336005 TGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATACGTTTTATAAAA 41336064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAAAAAGAAAGTAATCATATACGTTTTATAAAA 2460

 41336065 ATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTC 41336124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGCAGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTC 2520

 41336125 CAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCACTCCT 41336184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAACAAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCACTCCT 2580

 41336185 TTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAAAGAT 41336244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTAATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAAAGAT 2640

 41336245 CTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAAATGG 41336304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATGAATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAAATGG 2700

 41336305 AGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTT 41336364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTT 2760

 41336365 GTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTG 41336424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTG 2820

 41336425 AATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAAT 41336484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAAT 2880

 41336485 GCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAA 41336544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAA 2940

 41336545 AAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGG 41336604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGG 3000

 41336605 AATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAA 41336664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 AATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAA 3060

 41336665 GAGCAAAGGCAAAACAATGGAGCAAACATAGTTTTTTCAAGAAATAGTGTTGGAACAACT 41336724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GAGCAAAGGCAAAACAATGGAGCAAACATAGTTTTTTCAAGAAATAGTGTTGGAACAACT 3120

 41336725 GGATATCCACATGCAAAACATGAATGCAGACACAGATCTTTTACTCTCACAAAAATCAAC 41336784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GGATATCCACATGCAAAACATGAATGCAGACACAGATCTTTTACTCTCACAAAAATCAAC 3180

 41336785 TCAAAATGGATCACAGACCTAAATGTAAAATGCAAGACTTACAGACCTCAATGTGAAATG 41336844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TCAAAATGGATCACAGACCTAAATGTAAAATGCAAGACTTACAGACCTCAATGTGAAATG 3240

 41336845 CAAAACTATAAAACTCCTAAAAGATAACATAGGAAAACAAATCTAGATGACCTCGGGTAT 41336904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CAAAACTATAAAACTCCTAAAAGATAACATAGGAAAACAAATCTAGATGACCTCGGGTAT 3300

 41336905 GACAATGACTTTTTAGATACAACACCAAAGACAT 41336938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 GACAATGACTTTTTAGATACAACACCAAAGACAT 3334

Alignment time is 2.15137 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2955] =>      2955 nucs 'mol-32-3492-069035_2955'

Score:        2900
Aligned:      2955        nucs
Identic:      2950 (100%) nucs =>       356 (100%)      2594 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41336325,41336680] EXCISED REGION [41337230,41339828]
 second seq =>  [       1,     356] EXCISED REGION [     357,    2955]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       549 nucs [41336681,41337229]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336681,41336681] to [41337230,41337230]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336680,41336680] to [41337230,41337230]
 second seq =>         1 nucs [356,356] to [357,357]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41336325 TTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATT 41336384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGGATAGGGACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATT 60

 41336385 CAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCT 41336444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAATGCAATTGCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCT 120

 41336445 AAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAA 41336504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAAGTTATATGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAA 180

 41336505 AGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGAC 41336564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGTTGGAGGACCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGAC 240

 41336565 AGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGA 41336624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTGTGGTACTGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGA 300

 41336625 AACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 41336680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACAGACCCACATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 356

EXCISED REGION

 41337230 ACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 41337289
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      357 ACCTTTTAGAATGGCCCAGATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 416

 41337290 GCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATCCACTTTGAAAG 41337349
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
      417 GCAACAGGAACTCTCACTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATACACTTTGAAAG 476

 41337350 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCTATGGTATTTACTCAAAGTG 41337409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      477 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCCATGGTATTTACTCAAAGTG 536

 41337410 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 41337469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      537 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 596

 41337470 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTGTG 41337529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      597 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTGTG 656

 41337530 GTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAAGGAGCTATCAAGCCATGA 41337589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      657 GTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAAGGAGCTATCAAGCCATGA 716

 41337590 AAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTCATCGACTGTGACAAATAT 41337649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      717 AAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTCATCGACTGTGACAAATAT 776

 41337650 ACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCATGTGTGGAGGCAGAAAGTA 41337709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      777 ACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCATGTGTGGAGGCAGAAAGTA 836

 41337710 TATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAACATAAAACTCCTCTAAAAA 41337769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      837 TATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAACATAAAACTCCTCTAAAAA 896

 41337770 ATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAAAAGAAAAAGGGCTCCTGG 41337829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      897 ATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAAAAGAAAAAGGGCTCCTGG 956

 41337830 AAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGGACCTTGGCCAGGGTGTTC 41337889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 AAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGGACCTTGGCCAGGGTGTTC 1016

 41337890 ACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAGGCCACAGGCCCACCAGAA 41337949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1017 ACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAGGCCACAGGCCCACCAGAA 1076

 41337950 CTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCTGTCTGTAGAACAGGCAAG 41338009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 CTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCTGTCTGTAGAACAGGCAAG 1136

 41338010 AAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCCATGGGTGGAAAAAGAATT 41338069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 AAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCCATGGGTGGAAAAAGAATT 1196

 41338070 ATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTAAGATAAGGCCTAAAGGAG 41338129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 ATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTAAGATAAGGCCTAAAGGAG 1256

 41338130 AAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAGGGAACTCCAGGCAGAAGC 41338189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 AAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAGGGAACTCCAGGCAGAAGC 1316

 41338190 GCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAGTGAGGTGAGGGGGTCAAT 41338249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 GCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAGTGAGGTGAGGGGGTCAAT 1376

 41338250 GGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGGAGTAAGAACAAACAGAAC 41338309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1377 GGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGGAGTAAGAACAAACAGAAC 1436

 41338310 GAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAACAAGTGAACCTGGAGAGGAA 41338369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     1437 GAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAAAAACAAGTGAACCTGGAGAGGAA 1496

 41338370 GGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAGGAAGAAGAGAGGGATGGAGG 41338429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 GGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAGGAAGAAGAGAGGGATGGAGG 1556

 41338430 AGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTGAGATCTCATCCCACATG 41338489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 AGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTGAGATCTCATCCCACATG 1616

 41338490 TTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAATTGAGCCTGAAACAGTAA 41338549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 TTTTCCTGTGCAGGAGCTCATCACACTTTCGCATTCCACAAATTGAGCCTGAAACAGTAA 1676

 41338550 GAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGGAATGTGCTCTCTTTGCT 41338609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 GAGGGGCTATGTTCTGCTGCTATGGTACCTGTCCACTGCTGGGAATGTGCTCTCTTTGCT 1736

 41338610 TCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCCTCCTGCTGCCTCCGTGA 41338669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 TCACTGAAGCCCATCCATCTTTGAGGGGCCCAATTTCTCTCCCTCCTGCTGCCTCCGTGA 1796

 41338670 GCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTACTGTGCATGGGCTTTGT 41338729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 GCGCCTGCTGTGCATCAGCATCATGGAGGTCCCCATCTATTTACTGTGCATGGGCTTTGT 1856

 41338730 GATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCAATCACTGGGCGGGGGGT 41338789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 GATCCTGGACTCCTTCTGAAACCCTAGCCCCTGCTTCTCTGCAATCACTGGGCGGGGGGT 1916

 41338790 TGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTGGAACAGAGGGCATGCCT 41338849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 TGGAGGGACATGGCTTCTTCCTGCCACAAATGCTTGGAAAGTGGAACAGAGGGCATGCCT 1976

 41338850 CAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCATGAAGCATTCCAACATA 41338909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 CAGCCTTCTGAGTTTGAGACTAATGCTCCATGTGAGGATCCCATGAAGCATTCCAACATA 2036

 41338910 CTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGCCCACTTAAAAGTGGAGT 41338969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 CTGCACTGGCAAAACAGGGGCCGAACTGATGCTGATGCTGAGCCCACTTAAAAGTGGAGT 2096

 41338970 GGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCTCAGCCCTGTTATCCTGG 41339029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 GGCAGAACCTTTTTTCCTTACCACTGGCTGTCACAAGAGGTCTCAGCCCTGTTATCCTGG 2156

 41339030 ATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGCCTCCAGATCCAGCAAAT 41339089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2157 ATAAACACCTATACCACCATAAAACACACAGATTTCCAGGTGCCTCCAGATCCAGCAAAT 2216

 41339090 CAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTCCCACAGATTAAGAGCCA 41339149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2217 CAGTGTCCTTTGGGAGTTAGGAGCCAATCCTGTTTTTAAGGTCCCACAGATTAAGAGCCA 2276

 41339150 CTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTGATTTGTTTCCTCCAACA 41339209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2277 CTGAATTCAACTGAAGCCAAAGAAAAATGAATACAACTAGCTGATTTGTTTCCTCCAACA 2336

 41339210 CCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAACTGCCTTGCCAGACAGA 41339269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 CCTGAGATGCTTTCTATGGCCCACTGCTGACTTCAAAAGTGAACTGCCTTGCCAGACAGA 2396

 41339270 AACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCAGAAGTTTTTGGGTGGGT 41339329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 AACACTGTGTCTCCATAAGAGGCTGAGGATGGTAACACTGTCAGAAGTTTTTGGGTGGGT 2456

 41339330 TAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGTATCCAAGGTCACAAAGG 41339389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2457 TAATGCATTATTACATTTCAGAACATAAACATCAGCCCACTGTATCCAAGGTCACAAAGG 2516

 41339390 ATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAGGTCAAAGGCCTAACACA 41339449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 ATGATGCTTTCCTGGCAATGTTACACACTTTTAGCACCTATAGGTCAAAGGCCTAACACA 2576

 41339450 AGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTGCCTCATCGGTTTACAGT 41339509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 AGTCAGTAAGTCCTTAGTCAACAACTGACCAGGCAGCACTTTGCCTCATCGGTTTACAGT 2636

 41339510 AGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCATCTGATTCTGCTAAGAA 41339569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2637 AGATAAAAATTGCCCATCACCACTCAGGGTATTCCCTCTATCATCTGATTCTGCTAAGAA 2696

 41339570 ATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACAGAAAATAATATCCAGCT 41339629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2697 ATGGAAAAACCAGACACCCAAATAATATCATACACCATATACAGAAAATAATATCCAGCT 2756

 41339630 TAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTAACATATAAACTCAAACC 41339689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2757 TAAAATGCAATAGATGGAAAACAATATTTGGCTTGTAAGTCTAACATATAAACTCAAACC 2816

 41339690 AGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTTCTGATGGATGAACTATT 41339749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2817 AGAAACCTACTGAAATACTTTAAAAAATTGGCTTTTGGTTTTTCTGATGGATGAACTATT 2876

 41339750 TCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAAAGACGAACACATTAGCT 41339809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2877 TCAGTTTTTCTGTCAATATGAAGAGATAACATTGGGATTCAAAAGACGAACACATTAGCT 2936

 41339810 TTTCCTAAGAGTTTAAAGA 41339828
          |||||||||||||||||||
     2937 TTTCCTAAGAGTTTAAAGA 2955

Alignment time is 2.15865 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [41326680,41347229] =>     20550 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2793] =>      2793 nucs 'mol-32-34be-113425_2793'

Score:        2717
Aligned:      2794        nucs
Identic:      2787 (100%) nucs =>      1545 (100%)      1242 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [41335135,41336680] EXCISED REGION [41337230,41338477]
 second seq =>  [       1,    1546] EXCISED REGION [    1547,    2793]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       549 nucs [41336681,41337229]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336681,41336681] to [41337230,41337230]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [41336680,41336680] to [41337230,41337230]
 second seq =>         1 nucs [1546,1546] to [1547,1547]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 41335135 GCAACATGCAAACCAAACTATTTTTGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTC 41335194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCAACATGCAAACCAAACTATTTTTGCCTTGTTTCCTCAATGGTAAAATAATAGTAGCTC 60

 41335195 ACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATA 41335254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAGAGCTGCTGTGAGGAGCAAATGAGTTAACAATTACACTTGAAACAATGTCTGGCATA 120

 41335255 CAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAA 41335314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGTAACTTGTTATCTATTCTTAGCTATTATTATATAAAGTGCCATGGAGCCCTATGGAA 180

 41335315 ATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTT 41335374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATACTAATTTCATCTGCAGTAGGCATGGAAGGCTTCATGGCAAAAGTGACATTTCATCTT 240

 41335375 GTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTA 41335434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTGTCTTGAAGGATTAGAGGCAGTTTGAAAGGTGGAGAGAAAGCAAAATGACTCTCAGTA 300

 41335435 AAGAGAACAGTGTGAACCAACATATGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAG 41335494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGAGAACAGTGTGAACCAACATATGAAGGTGTGGAACAGTGTGTGAATTCAGGGCCCAG 360

 41335495 CCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAG 41335554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCCGGAGGGTTGATGTCACTGGTAAAGTCTGCAATGCAGGATGCTAAGAGATGAGTGGAG 420

 41335555 AGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAAC 41335614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGATGTTACAGTCTGAGTGTGTCCCCCAAAATACGTGTTGGACACAATTCTCAGTGCAAC 480

 41335615 AGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCG 41335674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGTGTTAGGAGATGGGGCCTAATGGGAGGTGATGTTTAGGTCATGAGGGCTTTGCCTTCG 540

 41335675 TGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCA 41335734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGAATGGTTTAGTGCTGCTATAAAAAGAGCCTGCAGGAGTGGGTTTGCTCTCTTCTGCCA 600

 41335735 TGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAA 41335794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTGAAGACAAAACATTCCTCCCCTCTGGAGGATGCAACATTCAAGGTGCCATCTTGGAA 660

 41335795 GCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCA 41335854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCAGGGACTGGACCCTCACCAGACAATGAACCTGCTCATGCCTTGATCTTGGACTTCCCA 720

 41335855 CTCTATACAACTATGATAAATTAATTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATT 41335914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTCTATACAACTATGATAAATTAATTTCTTTTCCTTATAAATTACCTAGTCTGTGGTATT 780

 41335915 GTTATAGAAACAAATGGATTAAGACAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTG 41335974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GTTATAGAAACAAATGGATTAAGACAACAGATCATTTGAGACCAGCTGTCACAGGCTTTG 840

 41335975 TGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAA 41336034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGTACCATGTTTAAGAGTTTGCACTTTTGTTGGTAGGAGAGAATCATGAGTTTTTCTGAA 900

 41336035 AAAGAAAGTAATCATATACGTTTTATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGC 41336094
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAAGAAAGTAATCATATAAGTTTTATAAAAATAATGTGACTTCTGGTCAAAATGGCCGGC 960

 41336095 AGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAAC 41336154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGTAGTGATGTGAAAAGTCCCCCTTTTGTCCAAACACACTGAACCAAAACGTAAAGAAAC 1020

 41336155 AAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTA 41336214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAGCCAAAAATGGCCTCTCTCACCACTCCTTTTCGACATTGTCCTAAAAAGTATTAGCTA 1080

 41336215 ATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATG 41336274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATGCAATAACAAGAAAAGAAAATAAAAGATCTATTTGAGAAAAACTACAAAAATCTGATG 1140

 41336275 AATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGG 41336334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AATGAAATTTAAAAAAACCTAAATAAATGGAGAGACATTCCATGTTCTCATTGGATAGGG 1200

 41336335 ACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATT 41336394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ACACTCAATACTGTCAAGAGGTCAGCTCTTGTCAACTTGATCTATAGATTCAATGCAATT 1260

 41336395 GCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATA 41336454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GCAATCAAAATCCCAGGAGATTATTTTGTGAATGTTGACAAACTGACTCTAAAAGTTATA 1320

 41336455 TGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGA 41336514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGGAGAGATAAAAGACCCAGAATAGCCAATGCAGTATTGAAGAAGAACAAAGTTGGAGGA 1380

 41336515 CCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTAC 41336574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CCGACACTTTCTAACTTCAAGATGTACTAAAAAGCGACAGTAATCAAGACAGTGTGGTAC 1440

 41336575 TGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCA 41336634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGGTGAAAGAACAGACAAACAGATCAACGGAATAGAATAGAGAGCCCAGAAACAGACCCA 1500

 41336635 CATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 41336680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CATAAATACAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAGCAAAGGCAAAACA 1546

EXCISED REGION

 41337230 ACCTTTTAGAATGGCCCAAATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 41337289
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 ACCTTTTAGAATGGCCCAGATCTGGAATATTGACACATCAAATGCTAGCAAGGATGCAGA 1606

 41337290 GCAACAGGAACTCTCGCTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATCCACTTTGAAAG 41337349
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1607 GCAACAGGAACTCTCACTCATTGCTGGTAAGAATGCAAAACGGTCCATACACTTTGAAAG 1666

 41337350 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCTATGGTATTTACTCAAAGTG 41337409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1667 ACTAAGAATGCTCTTACCTTACTATCTAGCACTTGTGCTCCATGGTATTTACTCAAAGTG 1726

 41337410 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 41337469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1727 AAAACTTATGTCCACACAAAAGCTTACCCCACAGAGGTTTATAGCAGCTTTACTCATAAT 1786

 41337470 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTGTG 41337529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 TGCCAAAATTTGGAAGCAAGCAAGGTAGGTGCCATTCAGTAGATGACTGAATAAACTGTG 1846

 41337530 GTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAAGGAGCTATCAAGCCATGA 41337589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
     1847 GTATACCCAGATAATGAATTATTACTCAGCGCTAAAAAGAAAGGAGCTATCAAGCCATG- 1905

 41337590 AAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTCATCGACTGTGACAAATAT 41337649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1906 AAAGTGTATACAATGAACTTTGTAATTTGTCAGTGCAGGTTCATCGACTGTGACAAATAT 1965

 41337650 ACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCATGTGTGGAGGCAGAAAGTA 41337709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 ACTGCCTGGTGGGGGATGTTGATAGTGCGGGATGCAGTGCATGTGTGGAGGCAGAAAGTA 2025

 41337710 TATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAACATAAAACTCCTCTAAAAA 41337769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2026 TATGGGAAATCTCTGTACTTTTCTCTTCATTTTTCTGTGAACATAAAACTCCTCTAAAAA 2085

 41337770 ATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAAAAGAAAAAGGGCTCCTGG 41337829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2086 ATTAAGTTTCTAATTAAAAATACGTACCTCGGTTTGAAAGAAAAGAAAAAGGGCTCCTGG 2145

 41337830 AAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGGACCTTGGCCAGGGTGTTC 41337889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2146 AAGGTACTGAAGAGAAGGGTTGGAAGTAGAAACCCTCTGGGGACCTTGGCCAGGGTGTTC 2205

 41337890 ACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAGGCCACAGGCCCACCAGAA 41337949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 ACCCAGGGGCAAGCTTTAGCATCAGCCTGGTGCGTGCTCGAGGCCACAGGCCCACCAGAA 2265

 41337950 CTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCTGTCTGTAGAACAGGCAAG 41338009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 CTGAGTTTCCTGGCCGATGCTGGGGTCAGGAAGATCTGTCCTGTCTGTAGAACAGGCAAG 2325

 41338010 AAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCCATGGGTGGAAAAAGAATT 41338069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 AAAACTCTGCCCACCAGGTGAGAACTCTGTAGGGAGGCTGCCATGGGTGGAAAAAGAATT 2385

 41338070 ATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTAAGATAAGGCCTAAAGGAG 41338129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 ATTCCTGAGACATCAGAGGCCTTTGGTGGGAGGTGACATTTAAGATAAGGCCTAAAGGAG 2445

 41338130 AAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAGGGAACTCCAGGCAGAAGC 41338189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 AAAGGGAGGCAGCCACACCAGGGGAAGAGCAAATGAGCAGAGGGAACTCCAGGCAGAAGC 2505

 41338190 GCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAGTGAGGTGAGGGGGTCAAT 41338249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 GCTCTAAGATAACAAAGGTCCTCATGGCTAGGAGCTGATGAGTGAGGTGAGGGGGTCAAT 2565

 41338250 GGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGGAGTAAGAACAAACAGAAC 41338309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 GGCAGACTGCAGAAGGCCTTGAGTCCAGAGGACATCCAGTGGAGTAAGAACAAACAGAAC 2625

 41338310 GAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAGAAACAAGTGAACCTGGAGAGGAA 41338369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2626 GAGGCCACTGAAGGGAGGTTGAGAGGGAGGGAAGAAAAAACAAGTGAACCTGGAGAGGAA 2685

 41338370 GGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAGGAAGAAGAGAGGGATGGAGG 41338429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 GGGGAGAGGGATAAAAGAGGGCAGAAGTGACAGATGGCAGGAAGAAGAGAGGGATGGAGG 2745

 41338430 AGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTGAGATC 41338477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 AGGAAGAATCATGTTGAGGAAATGGAAATCAAACACAGGAGTGAGATC 2793

Alignment time is 2.05634 s

