
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,   10552] =>     10552 nucs 'mol-32-1f16-099178_10552'

Score:       10441
Aligned:     10555        nucs
Identic:     10543 (100%) nucs =>      9623 (100%)       920 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18720322,18729953] EXCISED REGION [18730779,18731701]
 second seq =>  [       1,    9629] EXCISED REGION [    9630,   10552]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       825 nucs [18729954,18730778]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [18729954,18729957] to [18730779,18730782]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729953,18729953] to [18730779,18730779]
 second seq =>         1 nucs [9629,9629] to [9630,9630]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18720322 GCTTATTCCTATTTGCAGATAAAAATCTGAAGTTCAAAGAACTTAAACAATTAAATGACC 18720381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCTTATTCCTATTTGCAGATAAAAATCTGAAGTTCAAAGAACTTAAACAATTAAATGACC 60

 18720382 TGTGTAATGCCACTCTATTAATGGCACAGCATTTTGAGTTCAGGCTTTTGATTCCAACAC 18720441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTGTAATGCCACTCTATTAATGGCACAGCATGTTGAGTTCAGGCTTTTGATTCCAACAC 120

 18720442 TCTATCATGGGACATTTCCAATATATGAACTTGTAAAATAAAATTGTGGGACGAGATACC 18720501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTATCATGGGACATTTCCAATATATGAACTTGTAAAATAAAATTGTGGGACGAGATACC 180

 18720502 TGAATTGCAAGGAAAGAGAAATACTTCAAGGAATGAAAAATGTAAAGCCTTCTCCCTGAA 18720561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGAATTGCAAGGAAAGAGAAATACTTCAAGGAATGAAAAATGTAAAGCCTTCTCCCTGAA 240

 18720562 GCTTCTATTGAGCCAGAAGGAAAAATGTGAGCCCTGGCTGGAGGGTGGACATAAGCTTAA 18720621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCTTCTATTGAGCCAGAAGGAAAAATGTGAGCCCTGGCTGGAGGGTGGACATAAGCTTAA 300

 18720622 TAAAAAACAAAATCAAAAAAGTTATGTTGCAATTTGTTGTTTGAGAGCCAAGCTTCAATG 18720681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAAAAAACAAAATCAAAAAAGTTATGTTGCAATTTGTTGTTTGAGAGCCAAGCTTCAATG 360

 18720682 TTGCAGGCAAGGCAGTGTGGAGTTAATTCTTTTTGTTAAAAAACTGAACTGCAGCTATGT 18720741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTGCAGGCAAGGCAGTGTGGAGTTAATTCTTTTTGTTAAAAAACTGAACTGCAGCTATGT 420

 18720742 TTTCTCCAGAAATTTTGTAGCTTCTAAAGCTTTCAACTATTTCTAATGACGGCATTAAAG 18720801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTCTCCAGAAATTTTGTAGCTTCTAAAGCTTTCAACTATTTCTAATGACGGCATTAAAG 480

 18720802 GGGATGGGAGAGAAAATATCAGATCTCATTTAGACCTCAAGTGGTAACGTAGTAAAGTGA 18720861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGGATGGGAGAGAAAATATCAGATCTCATTTAGACCTCAAGTGGTAACGTAGTAAAGTGA 540

 18720862 ACTTGCTTCACATTTGCACTGCGGCTTCCTTGCTTATCTCTCTCTTTCTTTCTCTGATTC 18720921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACTTGCTTCACATTTGCACTGCGGCTTCCTTGCTTATCTCTCTCTTTCTTTCTCTGATTC 600

 18720922 TCAGCTGTAGGTGACATTGTCGTGGCCACACTGAAAATCTTCACCTGCTCTGTCATCTCT 18720981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCAGCTGTAGGTGACATTGTCGTGGCCACACTGAAAATCTTCACCTGCTCTGTCATCTCT 660

 18720982 GAATTTATGTTGCACTTTTTGGTATCAGCCCCAGTGATCTTCTCTCTTTCTCTCTCTCTC 18721041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAATTTATGTTGCACTTTTTGGTATCAGCCCCAGTGATCTTCTCTCTTTCTCTCTCTCTC 720

 18721042 TTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTGCACCTTTTTGCTCATTCACTTCCTGACAACATAATAC 18721101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTGCACCTTTTTGCTCATTCACTTCCTGACAACATAATAC 780

 18721102 TAATTTTCATTCTGAAACTGTATTTAGCCCTCTTCACTATTGCCAGTAATTCAAAACCAA 18721161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAATTTTCATTCTGAAACTGTATTTAGCCCTCTTCACTATTGCCAGTAATTCAAAACCAA 840

 18721162 TAATTCCCCAGACTGCTTAAATTCAAGGAACCACACTAAATTTCCAGGTTGCTATAATGA 18721221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAATTCCCCAGACTGCTTAAATTCAAGGAACCACACTAAATTTCCAGGTTGCTATAATGA 900

 18721222 TTTTCTTTGAGAAATCCAAAATAAACCTTCTCACCATGTTTCTGCACATAGAATGGACAC 18721281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTTCTTTGAGAAATCCAAAATAAACCTTCTCACCATGTTTCTGCACATAGAATGGACAC 960

 18721282 TTTATAGTATCTTCCATCTTTATGAACTCTCAGGATCTCCATAGGTCTGTGTACGGCAAT 18721341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTATAGTATCTTCCATCTTTATGAACTCTCAGGATCTCCATAGGTCTGTGTACGGCAAT 1020

 18721342 CACAACTCTTAGTTTATTTTCCTGATAGTGACCTCAATAATCAAAAACTCCTTCCATTGT 18721401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CACAACTCTTAGTTTATTTTCCTGATAGTGACCTCAATAATCAAAAACTCCTTCCATTGT 1080

 18721402 GGAAGCCCAGGAAAACTGCAAAAATAGTCACTTTGCTGAATGGAAATGAATTACATTTTG 18721461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGAAGCCCAGGAAAACTGCAAAAATAGTCACTTTGCTGAATGGAAATGAATTACATTTTG 1140

 18721462 GACAGAATTGAGTGAAAGGTTACATTTGAAAATTTGCCCTGTCTTTAAATTTTGCCATCA 18721521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GACAGAATTGAGTGAAAGGTTACATTTGAAAATTTGCCCTGTCTTTAAATTTTGCCATCA 1200

 18721522 CAGTTGTAGTACTTCTGGCTGGGTAAGATTTTAATCTATGAGGATATTTCCATATTGTAT 18721581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAGTTGTAGTACTTCTGGCTGGGTAAGATTTTAATCTATGAGGATATTTCCATATTGTAT 1260

 18721582 ATTTGAACAAACCACCAGTCGTGAACATTTAGTTGTGCTGAATACACTGGAGCTATCAGC 18721641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTTGAACAAACCACCAGTCGTGAACATTTAGTTGTGCTGAATACACTGGAGCTATCAGC 1320

 18721642 ATGCTGTCTGAGCCAGTTGGACTACTTCTTCACATTTTATGTTAATAGTGGTTCTGGATT 18721701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGCTGTCTGAGCCAGTTGGACTACTTCTTCACATTTTATGTTAATAGTGGTTCTGGATT 1380

 18721702 AGCCAGACATGTTTTGATTTTTTAAGAATTTATGTATGCAGAACTGGACAACCATAAATT 18721761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGCCAGACATGTTTTGATTTTTTAAGAATTTATGTATGCAGAACTGGACAACCATAAATT 1440

 18721762 CAAAAGTACATAGAAATTATAAAATTAATTGTGAATCCCAACTTGAAATATGTGTAGAAT 18721821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CAAAAGTACATAGAAATTATAAAATTAATTGTGAATCCCAACTTGAAATATGTGTAGAAT 1500

 18721822 TCCATTACTGTGTAGAGTACAAAAATAAGTAGGAGAATAATAATTAGGATAAATATTAGT 18721881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCCATTACTGTGTAGAGTACAAAAATAAGTAGGAGAATAATAATTAGGATAAATATTAGT 1560

 18721882 TGCATCATGCTCAGCAATTTTTAAATGGTTTCACATAATTATTTTACTTGATTTTTCAAT 18721941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGCATCATGCTCAGCAATTTTTAAATGGTTTCACATAATTATTTTACTTGATTTTTCAAT 1620

 18721942 ATCCTCAGATAGTAAATTTGACATGTTTTTATCAGTTTCTTCATTTTACCAGTGAGGAAA 18722001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATCCTCAGATAGTAAATTTGACATGTTTTTATCAGTTTCTTCATTTTACCAGTGAGGAAA 1680

 18722002 TTAAGAATAAATGAGTAAATAAAAAAACCTAAAAGGTCACAACTCTATAAGTAGAAAAGA 18722061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTAAGAATAAATGAGTAAATAAAAAAACCTAAAAGGTCACAACTCTATAAGTAGAAAAGA 1740

 18722062 TATACACAAATATATATGCCCTTGACTCAAATTACATGCTCTTACTATTACATAATATTA 18722121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TATACACAAATATATATGCCCTTGACTCAAATTACATGCTCTTACTATTACATAATATTA 1800

 18722122 GGACTTATAAACTAAAATCAAACAACTTTAAATGAATAATGATAACAAATTAGAATAAAT 18722181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GGACTTATAAACTAAAATCAAACAACTTTAAATGAATAATGATAACAAATTAGAATAAAT 1860

 18722182 ATTAATAATCATTATATTAAATATTATGACTACAAGCCAGAAAATCAAAACATTAACATT 18722241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATTAATAATCATTATATTAAATATTATGACTACAAGCCAGAAAATCAAAACATTAACATT 1920

 18722242 AGTCTTTTGAAAAGACTGGCTTCAAAATGAACTTAAACAATTTGCTTTCTGTGAATTAAA 18722301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AGTCTTTTGAAAAGACTGGCTTCAAAATGAACTTAAACAATTTGCTTTCTGTGAATTAAA 1980

 18722302 CACTGAAGTGTACAAAACAATTTAAAAAATGATCATAGCCGTTTTTTTACAGATTAGAGA 18722361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CACTGAAGTGTACAAAACAATTTAAAAAATGATCATAGCCGTTTTTTTACAGATTAGAGA 2040

 18722362 AAAGATGCAATCATGTTCCTTTGGCCTTTGGAGGAGGAAGAGAAAAAAACTGCATTTTTC 18722421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAAGATGCAATCATGTTCCTTTGGCCTTTGGAGGAGGAAGAGAAAAAAACTGCATTTTTC 2100

 18722422 CTATGGCTAGCAAAACTGCTGAAAATGGATGAGTCGTCAATTTTGATAAGATCCATGACT 18722481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTATGGCTAGCAAAACTGCTGAAAATGGATGAGTCGTCAATTTTGATAAGATCCATGACT 2160

 18722482 GGTATCATAATTTGCAGTGATTCATCTGTGATTTTTTCCCCTTCCAAAATAAGGTCTGAA 18722541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGTATCATAATTTGCAGTGATTCATCTGTGATTTTTTCCCCTTCCAAAATAAGGTCTGAA 2220

 18722542 ACAAAACCAAAGCCTTGGGAAAAAGATAACAACTGGCATTTTTATCTCTTTTGTGTGTTC 18722601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ACAAAACCAAAGCCTTGGGAAAAAGATAACAACTGGCATTTTTATCTCTTTTGTGTGTTC 2280

 18722602 GTATGTGTATAAAATGGAACTTATGATAGATTTAGAATACATTTGATTCTGGCACAGTAA 18722661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTATGTGTATAAAATGGAACTTATGATAGATTTAGAATACATTTGATTCTGGCACAGTAA 2340

 18722662 GCGATCTTAAAGATCATCTGGTCCACCCCCTCACCGCCCTTCCCCCAAATTCTAGGTTGA 18722721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GCGATCTTAAAGATCATCTGGTCCACCCCCTCACCGCCCTTCCCCCAAATTCTAGGTTGA 2400

 18722722 AGAAAATAAGGCCTCAGGGAAAGTCCTTCCAACTAATTCTTGATAAACCTAGGAACAAAA 18722781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AGAAAATAAGGCCTCAGGGAAAGTCCTTCCAACTAATTCTTGATAAACCTAGGAACAAAA 2460

 18722782 TTCAATGCCTGTTCAGCTACACTAATTGTTCCTGGGATATAATATTTCTTCTTCATGGCT 18722841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTCAATGCCTGTTCAGCTACACTAATTGTTCCTGGGATATAATATTTCTTCTTCATGGCT 2520

 18722842 TATTTTTAAAAATTAGAAAAAGAACAAATGTTATCCCTCTACCTTCCATCATGTTTAGCC 18722901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TATTTTTAAAAATTAGAAAAAGAACAAATGTTATCCCTCTACCTTCCATCATGTTTAGCC 2580

 18722902 ATTCTTCTTTACTCTAATGGTATGGAATTTGACATTATAGTTTATAGATAAATGTATGTT 18722961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATTCTTCTTTACTCTAATGGTATGGAATTTGACATTATAGTTTATAGATAAATGTATGTT 2640

 18722962 TCACAAACACTATAAATTACTCCATATTATGATGCTTTATTCTCTCTCTTTTATTTGTGC 18723021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TCACAAACACTATAAATTACTCCATATTATGATGCTTTATTCTCTCTCTTTTATTTGTGC 2700

 18723022 CTGTGTTTCTTAGTAAAACCAAAACTCACATCCTCATGTGAACCTACAATCCCCAGGCAT 18723081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CTGTGTTTCTTAGTAAAACCAAAACTCACATCCTCATGTGAACCTACAATCCCCAGGCAT 2760

 18723082 TCAACTCTATACTACCTAAGTTCACTAGATATATTTTTTAAAGTTTCTCCTTTATTAAAT 18723141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCAACTCTATACTACCTAAGTTCACTAGATATATTTTTTAAAGTTTCTCCTTTATTAAAT 2820

 18723142 TTGCAATTAAAAATCAATTCTGAATCTTTGAGTTTTTTCAAAAAGGAAGCCCAAAGATTG 18723201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TTGCAATTAAAAATCAATTCTGAATCTTTGAGTTTTTTCAAAAAGGAAGCCCAAAGATTG 2880

 18723202 GAAGGAGAAAAACAATAGTACTGTTTTTGTATTTTTCTCACTAGCTTTTAGGCATTGTTT 18723261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GAAGGAGAAAAACAATAGTACTGTTTTTGTATTTTTCTCACTAGCTTTTAGGCATTGTTT 2940

 18723262 AGACAATGACCTAGAGGAATCATTCTGACTACTGGTAATTTTTGCTGTAGCAAAATTTCT 18723321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AGACAATGACCTAGAGGAATCATTCTGACTACTGGTAATTTTTGCTGTAGCAAAATTTCT 3000

 18723322 CAAATGAACGTCTCTGTTGAGATTTTTCTCAGTTCAATTGCATTTCTGAACAGGATATAT 18723381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CAAATGAACGTCTCTGTTGAGATTTTTCTCAGTTCAATTGCATTTCTGAACAGGATATAT 3060

 18723382 TATCTGTTTTCATCATATTTGGAGGTACCATTTTAGATGGATGCAAATCTCAATAGATGC 18723441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TATCTGTTTTCATCATATTTGGAGGTACCATTTTAGATGGATGCAAATCTCAATAGATGC 3120

 18723442 TGAAGAATCATTGACACTTTGGATTTGTGTGTGCACATGCCAGTTACCCGCTCTTTGCCC 18723501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TGAAGAATCATTGACACTTTGGATTTGTGTGTGCACATGCCAGTTACCCGCTCTTTGCCC 3180

 18723502 ACCACCTCTGTTCTTCATAATAAGAAAGGATAAAAGGAAATGAGAAAATGAACAGTGAAA 18723561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 ACCACCTCTGTTCTTCATAATAAGAAAGGATAAAAGGAAATGAGAAAATGAACAGTGAAA 3240

 18723562 ATAATATTTTTTTCTTCTGTTTCCCTTCTTATTTGGTCTGTGGCTTTTTAGAATGGTAGT 18723621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 ATAATATTTTTTTCTTCTGTTTCCCTTCTTATTTGGTCTGTGGCTTTTTAGAATGGTAGT 3300

 18723622 TCTTTGTAATCAGATATCACACCTTTCTAGACATTTCATTCATCACCAAGAACTGTGTAG 18723681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TCTTTGTAATCAGATATCACACCTTTCTAGACATTTCATTCATCACCAAGAACTGTGTAG 3360

 18723682 ACGTCCAAAGCATAACAACAGCAATTATATAATAATGCTAATACTCAATTCTATATAACT 18723741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 ACGTCCAAAGCATAACAACAGCAATTATATAATAATGCTAATACTCAATTCTATATAACT 3420

 18723742 TTGTGACATACCAAATTCCCAGCTCCAAATTTCTATTGGTTAAAGTTTTGAACCCATGTT 18723801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 TTGTGACATACCAAATTCCCAGCTCCAAATTTCTATTGGTTAAAGTTTTGAACCCATGTT 3480

 18723802 TGGAACTACAGGCATGCACCTCAGAGAAATAGAGGGTTTGGTTCAAGACCACCACAATAA 18723861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TGGAACTACAGGCATGCACCTCAGAGAAATAGAGGGTTTGGTTCAAGACCACCACAATAA 3540

 18723862 AATGAATATTGAAATGAATCAAATCACATGAATTTTTTGCTTCCCAGTGCATACAAAATT 18723921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 AATGAATATTGAAATGAATCAAATCACATGAATTTTTTGCTTCCCAGTGCATACAAAATT 3600

 18723922 ATATTTAAATTATCCTGTAATCCATTATGTTTACCATAGCATTATACCTACAGAAACAAT 18723981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 ATATTTAAATTATCCTGTAATCCATTATGTTTACCATAGCATTATACCTACAGAAACAAT 3660

 18723982 GTATGTATCTTAATTAAAAAACACTTAGCAGCTAAAAATTGCTGACAAACATCTGAGCCT 18724041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 GTATGTATCTTAATTAAAAAACACTTAGCAGCTAAAAATTGCTGACAAACATCTGAGCCT 3720

 18724042 TCAGCAAGTTGTAATCTTTTTGCTGGTGAAGGGTCTTGCCTCAATGTTGATGGCTGCTGA 18724101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TCAGCAAGTTGTAATCTTTTTGCTGGTGAAGGGTCTTGCCTCAATGTTGATGGCTGCTGA 3780

 18724102 ATGATGAGGATGGTAGTAGCTGAAGCTTGGCTTGGCTGTTGCAATTCCTTAAAATAAGAC 18724161
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     3781 ATGATGAGGATGGTAGTAGCTGAAGCTTGGCTTGGTTGTTGCAATTCCTTAAAATAAGAC 3840

 18724162 AATAATAAAATGTGTCACATCGATTGACTCTTCCTTTTATGCAAGACTTCTCTGTAGCAT 18724221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 AATAATAAAATGTGTCACATCGATTGACTCTTCCTTTTATGCAAGACTTCTCTGTAGCAT 3900

 18724222 GTGGTGCTGTTTGATAGGTTTTTACTCACAGTACAACTTCTTTCAAAATTGGAGTCAGTC 18724281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GTGGTGCTGTTTGATAGGTTTTTACTCACAGTACAACTTCTTTCAAAATTGGAGTCAGTC 3960

 18724282 TTCTCAAACCCTCCTGCTGCTTTATCTATTAAGTTTTTGTAGCATTCTAACTCCTTTGCT 18724341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TTCTCAAACCCTCCTGCTGCTTTATCTATTAAGTTTTTGTAGCATTCTAACTCCTTTGCT 4020

 18724342 GTCATTTCAACAATGTACACAACATCTTCACCAGGAGTAGATTTCATCTCAAGAAACCAC 18724401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 GTCATTTCAACAATGTACACAACATCTTCACCAGGAGTAGATTTCATCTCAAGAAACCAC 4080

 18724402 TTTATTTGTTCATCCATAAGAAGTGACTCTTCATCTGTTCAAGTTTTATCATGAGATTGC 18724461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TTTATTTGTTCATCCATAAGAAGTGACTCTTCATCTGTTCAAGTTTTATCATGAGATTGC 4140

 18724462 AGCAATTCAGCCACATCTTCAGGCTCCACTTCAGATATAGTCTGGCTCTGTGTTCCTACC 18724521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 AGCAATTCAGCCACATCTTCAGGCTCCACTTCAGATATAGTCTGGCTCTGTGTTCCTACC 4200

 18724522 CAAATCTCACGTTGAATTGTAATTCCCAGTGTTGAGGGAGGGAACTGGTGGGAGATGGCT 18724581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 CAAATCTCACGTTGAATTGTAATTCCCAGTGTTGAGGGAGGGAACTGGTGGGAGATGGCT 4260

 18724582 GGATAGTGGGGGCAGATTTCTCCCATGCTGTTCTCTTATGATAGTGAGGTCTCATGAAAT 18724641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 GGATAGTGGGGGCAGATTTCTCCCATGCTGTTCTCTTATGATAGTGAGGTCTCATGAAAT 4320

 18724642 GTGATGGTTTAAAGATATGTGGCCCTTTCCCCCACGCTTTTCTCTCTATCCTTCTCCATC 18724701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 GTGATGGTTTAAAGATATGTGGCCCTTTCCCCCACGCTTTTCTCTCTATCCTTCTCCATC 4380

 18724702 ATGGTAAAACGTGCCTGCTTCCCCTTTGCTTTCCATCATGATTGTTAGTTTCCTGAGGCC 18724761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 ATGGTAAAACGTGCCTGCTTCCCCTTTGCTTTCCATCATGATTGTTAGTTTCCTGAGGCC 4440

 18724762 TCCCAGCCATGCTTCCTATATGGCCTGTGGAGAATTAAATCTCTTTTCTTCATGAATTAC 18724821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TCCCAGCCATGCTTCCTATATGGCCTGTGGAGAATTAAATCTCTTTTCTTCATGAATTAC 4500

 18724822 CCAGTCTCAGGTAGTTCTTCATAGCAGTATGAAAATAGAGTAGTACAGAAAATTGGTACC 18724881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 CCAGTCTCAGGTAGTTCTTCATAGCAGTATGAAAATAGAGTAGTACAGAAAATTGGTACC 4560

 18724882 AGGAAAGTGGGGCACTGCTATAGAGACACCTGAAAATGTGGAAGTGACTTTGAAACTGGG 18724941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 AGGAAAGTGGGGCACTGCTATAGAGACACCTGAAAATGTGGAAGTGACTTTGAAACTGGG 4620

 18724942 TAACTGGAGGAGGTTGCAACAGTTTGGACAGCTCAAAAGACAGAAAGATGTGGGAAAGTT 18725001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 TAACTGGAGGAGGTTGCAACAGTTTGGACAGCTCAAAAGACAGAAAGATGTGGGAAAGTT 4680

 18725002 TGGAACTTCCTAGAGACTTGTTGAATGGTTTTGACCAAAATGCTGATAGTGATATGGACA 18725061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 TGGAACTTCCTAGAGACTTGTTGAATGGTTTTGACCAAAATGCTGATAGTGATATGGACA 4740

 18725062 ATGAAGTTCAGGCTGAGGTGGTCTCTGATGGGGATGAATAACTTATTGGGAACTGGAGTA 18725121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 ATGAAGTTCAGGCTGAGGTGGTCTCTGATGGGGATGAATAACTTATTGGGAACTGGAGTA 4800

 18725122 AAGGTCACTCTTGCTACACTTTAGCAAAGAGATTGGTGGCACTGTGCACCTGCCCTACAG 18725181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 AAGGTCACTCTTGCTACACTTTAGCAAAGAGATTGGTGGCACTGTGCACCTGCCCTACAG 4860

 18725182 ATCTATGGAACTTTGAACTTGAGAGAGATGATTTAGGGTATCTGATAGAAGAAATTTCTA 18725241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 ATCTATGGAACTTTGAACTTGAGAGAGATGATTTAGGGTATCTGATAGAAGAAATTTCTA 4920

 18725242 AGCAGCATGTGACCTAGCTGTTTCTGAAAGTATATGCTTATATGTGTGAACAAACAGATT 18725301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 AGCAGCATGTGACCTAGCTGTTTCTGAAAGTATATGCTTATATGTGTGAACAAACAGATT 4980

 18725302 ATCTGAAACTAGAATTTACATTTTAAAAAGAAACAGCATAAAAGCTTGGAAAATTTGCAG 18725361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 ATCTGAAACTAGAATTTACATTTTAAAAAGAAACAGCATAAAAGCTTGGAAAATTTGCAG 5040

 18725362 CTCAGCCATGTGGTAGAAAAGAAAAACCCATTTTCTGGGGAGAAAGTCAAGCCTGCTGCA 18725421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 CTCAGCCATGTGGTAGAAAAGAAAAACCCATTTTCTGGGGAGAAAGTCAAGCCTGCTGCA 5100

 18725422 GAAATTTGCATAAATGAAGAGGAGCCAAATGTTAATAGCCAAGACAATGAGAAAATTGTT 18725481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 GAAATTTGCATAAATGAAGAGGAGCCAAATGTTAATAGCCAAGACAATGAGAAAATTGTT 5160

 18725482 TCCAGAGCATTTCAGAGACCTTCATAGTAGCCCCTCCCACCACATGCCCAGAGGCCTAGG 18725541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 TCCAGAGCATTTCAGAGACCTTCATAGTAGCCCCTCCCACCACATGCCCAGAGGCCTAGG 5220

 18725542 AGGGAAAAATGGTTTCATGGGCCAGGCCCAGGGCTCAGCTGCTCTGTGAAGCTTTAGGAC 18725601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 AGGGAAAAATGGTTTCATGGGCCAGGCCCAGGGCTCAGCTGCTCTGTGAAGCTTTAGGAC 5280

 18725602 ATGGCACCTTGCATCCCAGCTGCACCAGCTCCAGCTGTGACTAAAAGAGGCCAAGGTATG 18725661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 ATGGCACCTTGCATCCCAGCTGCACCAGCTCCAGCTGTGACTAAAAGAGGCCAAGGTATG 5340

 18725662 TCTCAGGCCATGACTTCAGAGGGGGCAAGCACCAAGCCTTGGTAGCTTCCATATGGTGTT 18725721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 TCTCAGGCCATGACTTCAGAGGGGGCAAGCACCAAGCCTTGGTAGCTTCCATATGGTGTT 5400

 18725722 GGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGCAAGATTTGAGGTTTGGGAAGTGCTCTGCCTAGATTTC 18725781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 GGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGCAAGATTTGAGGTTTGGGAAGTGCTCTGCCTAGATTTC 5460

 18725782 AGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAAAGTCTGCTGCAGGGGCAGAGCCTC 18725841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 AGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAAAGTCTGCTGCAGGGGCAGAGCCTC 5520

 18725842 ATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAAGGTGGGGTTGGAGCCCACACACAT 18725901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 ATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAAGGTGGGGTTGGAGCCCACACACAT 5580

 18725902 AGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCC 18725961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 AGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCC 5640

 18725962 CCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTCATAAATAATCCACAGGCACTGA 18726021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 CCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTCATAAATAATCCACAGGCACTGA 5700

 18726022 ATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCT 18726081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 ATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCT 5760

 18726082 GCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATGCCCTGGATATGAGACATGGAGT 18726141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 GCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATGCCCTGGATATGAGACATGGAGT 5820

 18726142 CAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTG 18726201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 CAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTG 5880

 18726202 CATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTCCATTTTAGAATGGAAGCATTTA 18726261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 CATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTCCATTTTAGAATGGAAGCATTTA 5940

 18726262 TCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACTAACATGTTTTTGATTTTACAGG 18726321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 TCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACTAACATGTTTTTGATTTTACAGG 6000

 18726322 TAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTT 18726381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 TAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTT 6060

 18726382 AATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGGAAATTATGATTGGTTTTGAAAT 18726441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 AATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGGAAATTATGATTGGTTTTGAAAT 6120

 18726442 GTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTCTTTCTTTAGTTGAGATCATACC 18726501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 GTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTCTTTCTTTAGTTGAGATCATACC 6180

 18726502 TCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGG 18726561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 TCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGG 6240

 18726562 TGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCT 18726621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 TGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCT 6300

 18726622 CCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTC 18726681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 CCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTC 6360

 18726682 TTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATCATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTT 18726741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 TTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATCATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTT 6420

 18726742 GAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGA 18726801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 GAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGA 6480

 18726802 AAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATA 18726861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6481 AAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATA 6540

 18726862 GACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCAT 18726921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6541 GACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCAT 6600

 18726922 ATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAAT 18726981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6601 ATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAAT 6660

 18726982 CCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCA 18727041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6661 CCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCA 6720

 18727042 ACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGA 18727101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6721 ACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGA 6780

 18727102 CCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATT 18727161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6781 CCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATT 6840

 18727162 TCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTT 18727221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6841 TCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTT 6900

 18727222 ACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTG 18727281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6901 ACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTG 6960

 18727282 AAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAAC 18727341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6961 AAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAAC 7020

 18727342 TTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCC 18727401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7021 TTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCC 7080

 18727402 CCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTA 18727461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7081 CCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTA 7140

 18727462 TTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGT 18727521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7141 TTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGT 7200

 18727522 CTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAA 18727581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7201 CTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAA 7260

 18727582 TAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACA 18727641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7261 TAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACA 7320

 18727642 CATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGT 18727701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7321 CATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGT 7380

 18727702 TAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCT 18727761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7381 TAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCT 7440

 18727762 TCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTG 18727821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7441 TCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTG 7500

 18727822 GTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTT 18727881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7501 GTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTT 7560

 18727882 TCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTAT 18727941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7561 TCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTAT 7620

 18727942 CCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAA 18728001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7621 CCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAA 7680

 18728002 GGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGT 18728061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7681 GGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGT 7740

 18728062 AATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGAT 18728121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7741 AATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGAT 7800

 18728122 TCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCA 18728181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7801 TCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCA 7860

 18728182 AGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCA 18728241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7861 AGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCA 7920

 18728242 GCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTA 18728301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7921 GCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTA 7980

 18728302 CAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTAT 18728361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7981 CAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTAT 8040

 18728362 TTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCA 18728421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8041 TTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCA 8100

 18728422 AAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATT 18728481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8101 AAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATT 8160

 18728482 TACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCT 18728541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8161 TACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCT 8220

 18728542 TTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCA 18728601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8221 TTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCA 8280

 18728602 CCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATG 18728661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8281 CCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATG 8340

 18728662 TTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACT 18728721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8341 TTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACT 8400

 18728722 TAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCA 18728781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8401 TAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCA 8460

 18728782 GAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATAT 18728841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8461 GAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATAT 8520

 18728842 CAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATG 18728901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     8521 CAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATG 8580

 18728902 TACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGA 18728961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8581 TACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGA 8640

 18728962 AAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATC 18729021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8641 AAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATC 8700

 18729022 ATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGT 18729081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8701 ATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGT 8760

 18729082 TTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACC 18729141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8761 TTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACC 8820

 18729142 ACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGC 18729201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
     8821 ACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTT---GACAAAATGACATGC 8877

 18729202 TAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGC 18729261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8878 TAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGC 8937

 18729262 CACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACC 18729321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8938 CACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACC 8997

 18729322 CAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGA 18729381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     8998 CAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGA 9057

 18729382 GCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCA 18729441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     9058 GCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCGAAAAACTGGAAACAATCCA 9117

 18729442 ATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATT 18729501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9118 ATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATT 9177

 18729502 AAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCT 18729561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9178 AAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCT 9237

 18729562 AAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCT 18729621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9238 AAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCT 9297

 18729622 GAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGG 18729681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9298 GAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGG 9357

 18729682 GAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTT 18729741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9358 GAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTT 9417

 18729742 GTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTC 18729801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9418 GTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTC 9477

 18729802 ATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAA 18729861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9478 ATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAA 9537

 18729862 ACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTC 18729921
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9538 ACAACCCCGGGACTGGTGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTC 9597

 18729922 TAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 18729953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     9598 TAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 9629

EXCISED REGION

 18730779 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 18730838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9630 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 9689

 18730839 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 18730898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9690 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 9749

 18730899 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 18730958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9750 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 9809

 18730959 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 18731018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9810 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 9869

 18731019 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 18731078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9870 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 9929

 18731079 CTATTAAATGTATCCATTAAAAATATAATTTCAATTTTATTTTCAGTTTATTGAAGTTCT 18731138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9930 CTATTAAATGTATCCATTAAAAATATAATTTCAATTTTATTTTCAGTTTATTGAAGTTCT 9989

 18731139 ATTTGGCTCTTTACAAATCAACTTCCTATTATATTGTTATTATATTATAAGCCTCCTTTT 18731198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9990 ATTTGGCTCTTTACAAATCAACTTCCTATTATATTGTTATTATATTATAAGCCTCCTTTT 10049

 18731199 ATTTTGAACCTTATTAAATATATTTATTGTATATTTTATGTCTAATGCTATACTTCTATA 18731258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10050 ATTTTGAACCTTATTAAATATATTTATTGTATATTTTATGTCTAATGCTATACTTCTATA 10109

 18731259 GCTTCTGTATTTCTAAAATTGTTTAGCTTTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTATTTTTAT 18731318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10110 GCTTCTGTATTTCTAAAATTGTTTAGCTTTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTATTTTTAT 10169

 18731319 ACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTACTTACATATGTATACATGTG 18731378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
    10170 ACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTG 10229

 18731379 CCATGCTGGTGTACTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGC 18731438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10230 CCATGCTGGTGTACTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGC 10289

 18731439 TATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCACCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTG 18731498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10290 TATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCACCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTG 10349

 18731499 TGTCCATGTGATCTCATTGTTCAGTTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTT 18731558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
    10350 TGTCCATGTGATCTCATTGTTCAGTTCCCACCCATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTT 10409

 18731559 TTTTGTCCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGGTTTCCAATTTTATCCATGTCCCTACA 18731618
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
    10410 TTTTGTCCTTGCGATAGTTTACTGAGAAAGATGGTTTCCAATTTTATCCATGTCCCTACA 10469

 18731619 AAGGACATTAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTATATATGTGCCAC 18731678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10470 AAGGACATTAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTATATATGTGCCAC 10529

 18731679 ATTTTCTTCATCCAGTCTATCAT 18731701
          |||||||||||||||||||||||
    10530 ATTTTCTTCATCCAGTCTATCAT 10552

Alignment time is 12.5788 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    3315] =>      3315 nucs 'mol-32-1f63-193836_3315'

Score:        3222
Aligned:      3310        nucs
Identic:      3302 (100%) nucs =>      3246 (100%)        56 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18726815,18730067] EXCISED REGION [18730068,18730123]
 second seq =>  [       1,    3254] EXCISED REGION [    3260,    3315]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         5 nucs [3255,3259]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [3255,3257] to [3260,3262]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18730067,18730067] to [18730068,18730068]
 second seq =>         1 nucs [3254,3254] to [3260,3260]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [3255,3256] to [3258,3259]

 18726815 AGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTT 18726874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTT 60

 18726875 CAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAG 18726934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAG 120

 18726935 CAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATC 18726994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATC 180

 18726995 TAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTAC 18727054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTAC 240

 18727055 TACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGAT 18727114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGAT 300

 18727115 CTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATAC 18727174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATAC 360

 18727175 TTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTT 18727234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTT 420

 18727235 TGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTT 18727294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTT 480

 18727295 AAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAAC 18727354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAAC 540

 18727355 ATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTC 18727414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTC 600

 18727415 ATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTC 18727474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTC 660

 18727475 TGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCAC 18727534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCAC 720

 18727535 ACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAAT 18727594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAAT 780

 18727595 AGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATA 18727654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATA 840

 18727655 TGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAA 18727714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAA 900

 18727715 CCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTA 18727774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTA 960

 18727775 ACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAA 18727834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAA 1020

 18727835 TTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCA 18727894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     1021 TTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAGACATTCA 1080

 18727895 AGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAA 18727954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAA 1140

 18727955 TGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATA 18728014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATA 1200

 18728015 GGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAAT 18728074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAAT 1260

 18728075 CTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAA 18728134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAA 1320

 18728135 CAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTT 18728194
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1321 CAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACACGCAAGATTTCCTCTTT 1380

 18728195 TGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAA 18728254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAA 1440

 18728255 TGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAG 18728314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAG 1500

 18728315 AGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTAC 18728374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTAC 1560

 18728375 AACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGG 18728434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGG 1620

 18728435 CGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTG 18728494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTG 1680

 18728495 ATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTA 18728554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTA 1740

 18728555 ATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTC 18728614
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATAGCTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTC 1800

 18728615 CAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTT 18728674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTT 1860

 18728675 GTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGT 18728734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGT 1920

 18728735 TTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTT 18728794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1921 TTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTATCCAGAATTTATTTTTT 1980

 18728795 AAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTA 18728854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTA 2040

 18728855 TAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTT 18728914
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTT 2100

 18728915 AGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGC 18728974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGC 2160

 18728975 AATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCAT 18729034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCAT 2220

 18729035 AAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAAT 18729094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAAT 2280

 18729095 TACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTAT 18729154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTAT 2340

 18729155 TAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTT-GACAAAATGACATGCTAAGCACTGACA 18729213
          |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
     2341 TAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACA 2400

 18729214 AGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAA 18729273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAA 2460

 18729274 CACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCAC 18729333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCAC 2520

 18729334 TTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAA 18729393
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAA 2580

 18729394 TGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCA 18729453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCA 2640

 18729454 CTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGA 18729513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGA 2700

 18729514 ACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAA 18729573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 ACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAA 2760

 18729574 GCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAA 18729633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAA 2820

 18729634 GTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTG 18729693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTG 2880

 18729694 TACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTG 18729753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTG 2940

 18729754 TGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAG 18729813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAG 3000

 18729814 TATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGA 18729873
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     3001 TATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATACATCCAATAAAAAACAACCCCGGGA 3060

 18729874 CTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAA 18729933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 CTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAA 3120

 18729934 TATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTT 18729993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTT 3180

 18729994 TTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGAATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGA 18730053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGAATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGA 3240

 18730054 GTGTTTATTTGTGC 18730067
          ||||||||||||||
     3241 GTGTTTATTTGTGC 3254

EXCISED REGION

 18730068 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACT 18730123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3260 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACT 3315

Alignment time is 4.08075 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    6397] =>      6397 nucs 'mol-32-2105-070480_6397'

Score:        6238
Aligned:      6392        nucs
Identic:      6378 (100%) nucs =>      6290 (100%)        88 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18723765,18730067] EXCISED REGION [18730068,18730155]
 second seq =>  [       1,    6304] EXCISED REGION [    6310,    6397]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         5 nucs [6305,6309]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [6305,6307] to [6310,6312]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18730067,18730067] to [18730068,18730068]
 second seq =>         1 nucs [6304,6304] to [6310,6310]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [6305,6306] to [6308,6309]

 18723765 TCCAAATTTCTATTGGTTAAAGTTTTGAACCCATGTTTGGAACTACAGGCATGCACCTCA 18723824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCAAATTTCTATTGGTTAAAGTTTTGAACCCATGTTTGGAACTACAGGCATGCACCTCA 60

 18723825 GAGAAATAGAGGGTTTGGTTCAAGACCACCACAATAAAATGAATATTGAAATGAATCAAA 18723884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGAAATAGAGGGTTTGGTTCAAGACCACCACAATAAAATGAATATTGAAATGAATCAAA 120

 18723885 TCACATGAATTTTTTGCTTCCCAGTGCATACAAAATTATATTTAAATTATCCTGTAATCC 18723944
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||
      121 TCACATGAATTTTTTGCTTCCCAGTGCATATAAAATTATATTTAAACTATCCTGTAATCC 180

 18723945 ATTATGTTTACCATAGCATTATACCTACAGAAACAATGTATGTATCTTAATTAAAAAACA 18724004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTATGTTTACCATAGCATTATACCTACAGAAACAATGTATGTATCTTAATTAAAAAACA 240

 18724005 CTTAGCAGCTAAAAATTGCTGACAAACATCTGAGCCTTCAGCAAGTTGTAATCTTTTTGC 18724064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTAGCAGCTAAAAATTGCTGACAAACATCTGAGCCTTCAGCAAGTTGTAATCTTTTTGC 300

 18724065 TGGTGAAGGGTCTTGCCTCAATGTTGATGGCTGCTGAATGATGAGGATGGTAGTAGCTGA 18724124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGGTGAAGGGTCTTGCCTCAATGTTGATGGCTGCTGAATGATGAGGATGGTAGTAGCTGA 360

 18724125 AGCTTGGCTTGGCTGTTGCAATTCCTTAAAATAAGACAATAATAAAATGTGTCACATCGA 18724184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGCTTGGCTTGGCTGTTGCAATTCCTTAAAATAAGACAATAATAAAATGTGTCACATCGA 420

 18724185 TTGACTCTTCCTTTTATGCAAGACTTCTCTGTAGCATGTGGTGCTGTTTGATAGGTTTTT 18724244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTGACTCTTCCTTTTATGCAAGACTTCTCTGTAGCATGTGGTGCTGTTTGATAGGTTTTT 480

 18724245 ACTCACAGTACAACTTCTTTCAAAATTGGAGTCAGTCTTCTCAAACCCTCCTGCTGCTTT 18724304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACTCACAGTACAACTTCTTTCAAAATTGGAGTCAGTCTTCTCAAACCCTCCTGCTGCTTT 540

 18724305 ATCTATTAAGTTTTTGTAGCATTCTAACTCCTTTGCTGTCATTTCAACAATGTACACAAC 18724364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATCTATTAAGTTTTTGTAGCATTCTAACTCCTTTGCTGTCATTTCAACAATGTACACAAC 600

 18724365 ATCTTCACCAGGAGTAGATTTCATCTCAAGAAACCACTTTATTTGTTCATCCATAAGAAG 18724424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATCTTCACCAGGAGTAGATTTCATCTCAAGAAACCACTTTATTTGTTCATCCATAAGAAG 660

 18724425 TGACTCTTCATCTGTTCAAGTTTTATCATGAGATTGCAGCAATTCAGCCACATCTTCAGG 18724484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGACTCTTCATCTGTTCAAGTTTTATCATGAGATTGCAGCAATTCAGCCACATCTTCAGG 720

 18724485 CTCCACTTCAGATATAGTCTGGCTCTGTGTTCCTACCCAAATCTCACGTTGAATTGTAAT 18724544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTCCACTTCAGATATAGTCTGGCTCTGTGTTCCTACCCAAATCTCACGTTGAATTGTAAT 780

 18724545 TCCCAGTGTTGAGGGAGGGAACTGGTGGGAGATGGCTGGATAGTGGGGGCAGATTTCTCC 18724604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCCCAGTGTTGAGGGAGGGAACTGGTGGGAGATGGCTGGATAGTGGGGGCAGATTTCTCC 840

 18724605 CATGCTGTTCTCTTATGATAGTGAGGTCTCATGAAATGTGATGGTTTAAAGATATGTGGC 18724664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATGCTGTTCTCTTATGATAGTGAGGTCTCATGAAATGTGATGGTTTAAAGATATGTGGC 900

 18724665 CCTTTCCCCCACGCTTTTCTCTCTATCCTTCTCCATCATGGTAAAACGTGCCTGCTTCCC 18724724
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTTTCCCCGACGCTTTTCTCTCTATCCTTCTCCATCATGGTAAAACGTGCCTGCTTCCC 960

 18724725 CTTTGCTTTCCATCATGATTGTTAGTTTCCTGAGGCCTCCCAGCCATGCTTCCTATATGG 18724784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTTTGCTTTCCATCATGATTGTTAGTTTCCTGAGGCCTCCCAGCCATGCTTCCTATATGG 1020

 18724785 CCTGTGGAGAATTAAATCTCTTTTCTTCATGAATTACCCAGTCTCAGGTAGTTCTTCATA 18724844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCTGTGGAGAATTAAATCTCTTTTCTTCATGAATTACCCAGTCTCAGGTAGTTCTTCATA 1080

 18724845 GCAGTATGAAAATAGAGTAGTACAGAAAATTGGTACCAGGAAAGTGGGGCACTGCTATAG 18724904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCAGTATGAAAATAGAGTAGTACAGAAAATTGGTACCAGGAAAGTGGGGCACTGCTATAG 1140

 18724905 AGACACCTGAAAATGTGGAAGTGACTTTGAAACTGGGTAACTGGAGGAGGTTGCAACAGT 18724964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGACACCTGAAAATGTGGAAGTGACTTTGAAACTGGGTAACTGGAGGAGGTTGCAACAGT 1200

 18724965 TTGGACAGCTCAAAAGACAGAAAGATGTGGGAAAGTTTGGAACTTCCTAGAGACTTGTTG 18725024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTGGACAGCTCAAAAGACAGAAAGATGTGGGAAAGTTTGGAACTTCCTAGAGACTTGTTG 1260

 18725025 AATGGTTTTGACCAAAATGCTGATAGTGATATGGACAATGAAGTTCAGGCTGAGGTGGTC 18725084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATGGTTTTGACCAAAATGCTGATAGTGATATGGACAATGAAGTTCAGGCTGAGGTGGTC 1320

 18725085 TCTGATGGGGATGAATAACTTATTGGGAACTGGAGTAAAGGTCACTCTTGCTACACTTTA 18725144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCTGATGGGGATGAATAACTTATTGGGAACTGGAGTAAAGGTCACTCTTGCTACACTTTA 1380

 18725145 GCAAAGAGATTGGTGGCACTGTGCACCTGCCCTACAGATCTATGGAACTTTGAACTTGAG 18725204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GCAAAGAGATTGGTGGCACTGTGCACCTGCCCTACAGATCTATGGAACTTTGAACTTGAG 1440

 18725205 AGAGATGATTTAGGGTATCTGATAGAAGAAATTTCTAAGCAGCATGTGACCTAGCTGTTT 18725264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGAGATGATTTAGGGTATCTGATAGAAGAAATTTCTAAGCAGCATGTGACCTAGCTGTTT 1500

 18725265 CTGAAAGTATATGCTTATATGTGTGAACAAACAGATTATCTGAAACTAGAATTTACATTT 18725324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTGAAAGTATATGCTTATATGTGTGAACAAACAGATTATCTGAAACTAGAATTTACATTT 1560

 18725325 TAAAAAGAAACAGCATAAAAGCTTGGAAAATTTGCAGCTCAGCCATGTGGTAGAAAAGAA 18725384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAAAAAGAAACAGCATAAAAGCTTGGAAAATTTGCAGCTCAGCCATGTGGTAGAAAAGAA 1620

 18725385 AAACCCATTTTCTGGGGAGAAAGTCAAGCCTGCTGCAGAAATTTGCATAAATGAAGAGGA 18725444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AAACCCATTTTCTGGGGAGAAAGTCAAGCCTGCTGCAGAAATTTGCATAAATGAAGAGGA 1680

 18725445 GCCAAATGTTAATAGCCAAGACAATGAGAAAATTGTTTCCAGAGCATTTCAGAGACCTTC 18725504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GCCAAATGTTAATAGCCAAGACAATGAGAAAATTGTTTCCAGAGCATTTCAGAGACCTTC 1740

 18725505 ATAGTAGCCCCTCCCACCACATGCCCAGAGGCCTAGGAGGGAAAAATGGTTTCATGGGCC 18725564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATAGTAGCCCCTCCCACCACATGCCCAGAGGCCTAGGAGGGAAAAATGGTTTCATGGGCC 1800

 18725565 AGGCCCAGGGCTCAGCTGCTCTGTGAAGCTTTAGGACATGGCACCTTGCATCCCAGCTGC 18725624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AGGCCCAGGGCTCAGCTGCTCTGTGAAGCTTTAGGACATGGCACCTTGCATCCCAGCTGC 1860

 18725625 ACCAGCTCCAGCTGTGACTAAAAGAGGCCAAGGTATGTCTCAGGCCATGACTTCAGAGGG 18725684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ACCAGCTCCAGCTGTGACTAAAAGAGGCCAAGGTATGTCTCAGGCCATGACTTCAGAGGG 1920

 18725685 GGCAAGCACCAAGCCTTGGTAGCTTCCATATGGTGTTGGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGC 18725744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GGCAAGCACCAAGCCTTGGTAGCTTCCATATGGTGTTGGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGC 1980

 18725745 AAGATTTGAGGTTTGGGAAGTGCTCTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGA 18725804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAGATTTGAGGTTTGGGAAGTGCTCTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGA 2040

 18725805 ATGTCCAGGCAAAAGTCTGCTGCAGGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAG 18725864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATGTCCAGGCAAAAGTCTGCTGCAGGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAG 2100

 18725865 TATGCAGGGGAAAGGTGGGGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTA 18725924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATGCAGGGGAAAGGTGGGGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTA 2160

 18725925 GTGGAGCTGTGAGAAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACA 18725984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GTGGAGCTGTGAGAAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACA 2220

 18725985 GCTTGCACCACGTTCATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCA 18726044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GCTTGCACCACGTTCATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCA 2280

 18726045 AGGGGTCTCTACCCTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACT 18726104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AGGGGTCTCTACCCTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACT 2340

 18726105 CCTTGCATCAGAATGCCCTGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTT 18726164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CCTTGCATCAGAATGCCCTGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTT 2400

 18726165 TAAGATTTAATGACTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCT 18726224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TAAGATTTAATGACTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCT 2460

 18726225 GTTGGCTGATTGCTCCATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGC 18726284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GTTGGCTGATTGCTCCATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGC 2520

 18726285 ATCTTGGATATAACTAACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCT 18726344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ATCTTGGATATAACTAACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCT 2580

 18726345 TGTCTCAGATGAGACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTT 18726404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGTCTCAGATGAGACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTT 2640

 18726405 TGGGGGACTGTTGGGAAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTG 18726464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGGGGGACTGTTGGGAAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTG 2700

 18726465 TTCTTCTGTACTTTCTTTCTTTAGTTGAGATCATACCTCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAA 18726524
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2701 TTCTTCTGTACTTTCTTTCTTTAGTTGAGATCATACCCCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAA 2760

 18726525 ATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCC 18726584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCC 2820

 18726585 CACATTGGCTCCCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTG 18726644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CACATTGGCTCCCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTG 2880

 18726645 TTCCATAACCCTCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACT 18726704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TTCCATAACCCTCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACT 2940

 18726705 TTCCTGGAATCATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCT 18726764
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTCCTGGAATTATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCT 3000

 18726765 GAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCA 18726824
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     3001 GAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCACAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCA 3060

 18726825 GTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGC 18726884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGC 3120

 18726885 TTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTG 18726944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTG 3180

 18726945 TCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAG 18727004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAG 3240

 18727005 TATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCT 18727064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCT 3300

 18727065 ACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACA 18727124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACA 3360

 18727125 GCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCA 18727184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 GCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCA 3420

 18727185 CAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTG 18727244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 CAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTG 3480

 18727245 ATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCT 18727304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 ATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCT 3540

 18727305 TTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAA 18727364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAA 3600

 18727365 TTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAA 18727424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAA 3660

 18727425 CTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTA 18727484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 CTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTA 3720

 18727485 ATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTT 18727544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 ATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTT 3780

 18727545 CTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGAT 18727604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 CTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGAT 3840

 18727605 ACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTG 18727664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 ACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTG 3900

 18727665 GGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCT 18727724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCT 3960

 18727725 GGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATAT 18727784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATAT 4020

 18727785 TGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTT 18727844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTT 4080

 18727845 TTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCA 18727904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     4081 TTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAGACATTCAAGAATTCCCA 4140

 18727905 AGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAG 18727964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 AGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAG 4200

 18727965 AATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTT 18728024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 AATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTT 4260

 18728025 TAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTG 18728084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTG 4320

 18728085 AAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAA 18728144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 AAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAA 4380

 18728145 CAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATT 18728204
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     4381 CAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACACGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATT 4440

 18728205 ATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAA 18728264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 ATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAA 4500

 18728265 TAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGA 18728324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGA 4560

 18728325 ATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGT 18728384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 ATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGT 4620

 18728385 GTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTA 18728444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 GTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTA 4680

 18728445 AGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGA 18728504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 AGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGA 4740

 18728505 ATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGA 18728564
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     4741 ATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAGCTAGGA 4800

 18728565 CCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAA 18728624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 CCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAA 4860

 18728625 AGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAA 18728684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 AGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAA 4920

 18728685 CCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTA 18728744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 CCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTA 4980

 18728745 AATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGG 18728804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     4981 AATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTATCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGG 5040

 18728805 TTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAG 18728864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 TTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAG 5100

 18728865 ATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAA 18728924
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 ATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAA 5160

 18728925 TATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTT 18728984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 TATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTT 5220

 18728985 CCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGA 18729044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 CCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGA 5280

 18729045 GTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCC 18729104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 GTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCC 5340

 18729105 TTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGT 18729164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 TTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGT 5400

 18729165 ATAACTTTTTTTTTTTTTTTTT-GACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGA 18729223
          |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 ATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGA 5460

 18729224 GCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCA 18729283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 GCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCA 5520

 18729284 ATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTAT 18729343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 ATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTAT 5580

 18729344 TTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGA 18729403
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGA 5640

 18729404 ACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATA 18729463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 ACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATA 5700

 18729464 AACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATA 18729523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 AACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATA 5760

 18729524 AACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAA 18729583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 AACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAA 5820

 18729584 TGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTT 18729643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 TGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTT 5880

 18729644 CAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAG 18729703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 CAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAG 5940

 18729704 GCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGT 18729763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 GCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGT 6000

 18729764 TACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTT 18729823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 TACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTT 6060

 18729824 ACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTAC 18729883
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 ACTCTATACAAATTATATCTTAATACATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTAC 6120

 18729884 TTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCT 18729943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 TTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCT 6180

 18729944 TTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAA 18730003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 TTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAA 6240

 18730004 TTATGTAATATTTGCGGAATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTT 18730063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 TTATGTAATATTTGCGGAATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTT 6300

 18730064 GTGC 18730067
          ||||
     6301 GTGC 6304

EXCISED REGION

 18730068 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACTACTT 18730127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6310 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACTACTT 6369

 18730128 TTTTGGTTGCTTTGATCCATTCCATTCT 18730155
          ||||||||||||||||||||||||||||
     6370 TTTTGGTTGCTTTGATCCATTCCATTCT 6397

Alignment time is 7.79791 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    4937] =>      4937 nucs 'mol-32-211b-032219_4937'

Score:        4822
Aligned:      4932        nucs
Identic:      4922 (100%) nucs =>      4889 (100%)        33 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18725169,18730067] EXCISED REGION [18730068,18730100]
 second seq =>  [       1,    4899] EXCISED REGION [    4905,    4937]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         5 nucs [4900,4904]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [4900,4902] to [4905,4907]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18730067,18730067] to [18730068,18730068]
 second seq =>         1 nucs [4899,4899] to [4905,4905]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [4900,4901] to [4903,4904]

 18725169 ACCTGCCCTACAGATCTATGGAACTTTGAACTTGAGAGAGATGATTTAGGGTATCTGATA 18725228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACCTGCCCTACAGATCTATGGAACTTTGAACTTGAGAGAGATGATTTAGGGTATCTGATA 60

 18725229 GAAGAAATTTCTAAGCAGCATGTGACCTAGCTGTTTCTGAAAGTATATGCTTATATGTGT 18725288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAAGAAATTTCTAAGCAGCATGTGACCTAGCTGTTTCTGAAAGTATATGCTTATATGTGT 120

 18725289 GAACAAACAGATTATCTGAAACTAGAATTTACATTTTAAAAAGAAACAGCATAAAAGCTT 18725348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAACAAACAGATTATCTGAAACTAGAATTTACATTTTAAAAAGAAACAGCATAAAAGCTT 180

 18725349 GGAAAATTTGCAGCTCAGCCATGTGGTAGAAAAGAAAAACCCATTTTCTGGGGAGAAAGT 18725408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGAAAATTTGCAGCTCAGCCATGTGGTAGAAAAGAAAAACCCATTTTCTGGGGAGAAAGT 240

 18725409 CAAGCCTGCTGCAGAAATTTGCATAAATGAAGAGGAGCCAAATGTTAATAGCCAAGACAA 18725468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAAGCCTGCTGCAGAAATTTGCATAAATGAAGAGGAGCCAAATGTTAATAGCCAAGACAA 300

 18725469 TGAGAAAATTGTTTCCAGAGCATTTCAGAGACCTTCATAGTAGCCCCTCCCACCACATGC 18725528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGAGAAAATTGTTTCCAGAGCATTTCAGAGACCTTCATAGTAGCCCCTCCCACCACATGC 360

 18725529 CCAGAGGCCTAGGAGGGAAAAATGGTTTCATGGGCCAGGCCCAGGGCTCAGCTGCTCTGT 18725588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCAGAGGCCTAGGAGGGAAAAATGGTTTCATGGGCCAGGCCCAGGGCTCAGCTGCTCTGT 420

 18725589 GAAGCTTTAGGACATGGCACCTTGCATCCCAGCTGCACCAGCTCCAGCTGTGACTAAAAG 18725648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAAGCTTTAGGACATGGCACCTTGCATCCCAGCTGCACCAGCTCCAGCTGTGACTAAAAG 480

 18725649 AGGCCAAGGTATGTCTCAGGCCATGACTTCAGAGGGGGCAAGCACCAAGCCTTGGTAGCT 18725708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGGCCAAGGTATGTCTCAGGCCATGACTTCAGAGGGGGCAAGCACCAAGCCTTGGTAGCT 540

 18725709 TCCATATGGTGTTGGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGCAAGATTTGAGGTTTGGGAAGTGCT 18725768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCATATGGTGTTGGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGCAAGATTTGAGGTTTGGGAAGTGCT 600

 18725769 CTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAAAGTCTGCTGCA 18725828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAAAGTCTGCTGCA 660

 18725829 GGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAAGGTGGGGTTGG 18725888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAAGGTGGGGTTGG 720

 18725889 AGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAAGAGGGCCAC 18725948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAAGAGGGCCAC 780

 18725949 CATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTCATAAATAAT 18726008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTCATAAATAAT 840

 18726009 CCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCTGCAGAGTCA 18726068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCTGCAGAGTCA 900

 18726069 CAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATGCCCTGGATA 18726128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATGCCCTGGATA 960

 18726129 TGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACTACCCAGCTG 18726188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACTACCCAGCTG 1020

 18726189 GGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTCCATTTTAGA 18726248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTCCATTTTAGA 1080

 18726249 ATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACTAACATGTTT 18726308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACTAACATGTTT 1140

 18726309 TTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGACTTTGGACTT 18726368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGACTTTGGACTT 1200

 18726369 GGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGGAAATTATGA 18726428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGGAAATTATGA 1260

 18726429 TTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTCTTTCTTTAG 18726488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTCTTTCTTTAG 1320

 18726489 TTGAGATCATACCTCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTT 18726548
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGAGATCATACCCCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTT 1380

 18726549 CAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACTTCCCCA 18726608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACTTCCCCA 1440

 18726609 GTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTGGCTACC 18726668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTGGCTACC 1500

 18726669 TAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATCATCGCCCTAATAA 18726728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     1501 TAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATTATCGCCCTAATAA 1560

 18726729 ATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAG 18726788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAG 1620

 18726789 TTTGCTTCATAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGT 18726848
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTGCTTCACAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGT 1680

 18726849 GTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAAT 18726908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAAT 1740

 18726909 AATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATA 18726968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATA 1800

 18726969 AAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCT 18727028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCT 1860

 18727029 TACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTT 18727088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTT 1920

 18727089 GCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGT 18727148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGT 1980

 18727149 GGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGT 18727208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGT 2040

 18727209 CAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTT 18727268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTT 2100

 18727269 TGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATC 18727328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATC 2160

 18727329 TTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAG 18727388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAG 2220

 18727389 TCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTA 18727448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTA 2280

 18727449 TGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGA 18727508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGA 2340

 18727509 CAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTG 18727568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTG 2400

 18727569 TATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAAT 18727628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAAT 2460

 18727629 AATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCA 18727688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCA 2520

 18727689 ATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAG 18727748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAG 2580

 18727749 AGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGA 18727808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGA 2640

 18727809 GGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTG 18727868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTG 2700

 18727869 TACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAAT 18727928
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TACTTTAATATTTTCTAAGACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAAT 2760

 18727929 ACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGA 18727988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGA 2820

 18727989 CATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGG 18728048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGG 2880

 18728049 GTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATT 18728108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATT 2940

 18728109 TCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAA 18728168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAA 3000

 18728169 CCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTG 18728228
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CCTTTTACACGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTG 3060

 18728229 TGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAG 18728288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAG 3120

 18728289 GCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCAT 18728348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCAT 3180

 18728349 CACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACA 18728408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 CACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACA 3240

 18728409 TTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGA 18728468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGA 3300

 18728469 ATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCC 18728528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCC 3360

 18728529 TTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAA 18728588
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAGCTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAA 3420

 18728589 TAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACC 18728648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 TAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACC 3480

 18728649 ATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAA 18728708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 ATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAA 3540

 18728709 TTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAG 18728768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAG 3600

 18728769 CAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCT 18728828
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 CAAGGTTTATCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCT 3660

 18728829 TATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTT 18728888
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     3661 TATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTT 3720

 18728889 TTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTT 18728948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTT 3780

 18728949 TAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTT 18729008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTT 3840

 18729009 GGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTC 18729068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 GGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTC 3900

 18729069 TAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCA 18729128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCA 3960

 18729129 ATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGA 18729188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 ATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGA 4020

 18729189 CAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTC 18729248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 CAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTC 4080

 18729249 AAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACAC 18729308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 AAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACAC 4140

 18729309 TTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATAT 18729368
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     4141 TTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATAT 4200

 18729369 GTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAAC 18729428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 GTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAAC 4260

 18729429 TGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGG 18729488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGG 4320

 18729489 CATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCC 18729548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 CATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCC 4380

 18729549 AAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATT 18729608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 AAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATT 4440

 18729609 TGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAG 18729668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAG 4500

 18729669 GAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGAT 18729728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 GAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGAT 4560

 18729729 GATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAA 18729788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 GATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAA 4620

 18729789 ACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATA 18729848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 ACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATA 4680

 18729849 AATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACT 18729908
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 CATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACT 4740

 18729909 AATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTA 18729968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 AATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTA 4800

 18729969 GGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGAATACATA 18730028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 GGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGAATACATA 4860

 18730029 GTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGC 18730067
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 GTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGC 4899

EXCISED REGION

 18730068 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACAT 18730100
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     4905 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACAT 4937

Alignment time is 5.92561 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2753] =>      2753 nucs 'mol-32-220d-024687_2753'

Score:        2649
Aligned:      2748        nucs
Identic:      2739 (100%) nucs =>      2266 (100%)       473 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18727795,18730067] EXCISED REGION [18730068,18730542]
 second seq =>  [       1,    2273] EXCISED REGION [    2279,    2753]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         5 nucs [2274,2278]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [2274,2276] to [2279,2281]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18730067,18730067] to [18730068,18730068]
 second seq =>         1 nucs [2273,2273] to [2279,2279]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [2274,2275] to [2277,2278]

 18727795 CAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTT 18727854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTT 60

 18727855 TATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAA 18727914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
       61 TATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAGACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAA 120

 18727915 ACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGAC 18727974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGAC 180

 18727975 TTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGA 18728034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGA 240

 18728035 TATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCT 18728094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCT 300

 18728095 TGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAA 18728154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAA 360

 18728155 ACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTT 18728214
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACCTCCTCTGTTAACCTTTTACACGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTT 420

 18728215 TATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGG 18728274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGG 480

 18728275 TGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAAC 18728334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAAC 540

 18728335 CTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCA 18728394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCA 600

 18728395 TACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCAT 18728454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCAT 660

 18728455 TTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTT 18728514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTT 720

 18728515 TTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAA 18728574
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
      721 TTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAGCTAGGACCCCAGTAAA 780

 18728575 ATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCC 18728634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCC 840

 18728635 TATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCT 18728694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCT 900

 18728695 GGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATT 18728754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATT 960

 18728755 AATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATT 18728814
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AATGTTAATTTTAGCAAGGTTTATCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATT 1020

 18728815 AATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAA 18728874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAA 1080

 18728875 CTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTAT 18728934
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTAT 1140

 18728935 AGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTG 18728994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTG 1200

 18728995 TGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTC 18729054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTC 1260

 18729055 ATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTT 18729114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTT 1320

 18729115 GGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTT 18729174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTT 1380

 18729175 TTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACT 18729234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACT 1440

 18729235 GCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAA 18729294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAA 1500

 18729295 AGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAG 18729354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAG 1560

 18729355 AAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCAT 18729414
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCAT 1620

 18729415 AATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTG 18729474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTG 1680

 18729475 CATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGAC 18729534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGAC 1740

 18729535 ATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGT 18729594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGT 1800

 18729595 TGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAG 18729654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAG 1860

 18729655 TCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGG 18729714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGG 1920

 18729715 AACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGC 18729774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGC 1980

 18729775 CTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAA 18729834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAA 2040

 18729835 ATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCAT 18729894
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATTATATCTTAATACATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCAT 2100

 18729895 ATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTT 18729954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTT 2160

 18729955 TAATTTTTTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATAT 18730014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TAATTTTTTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATAT 2220

 18730015 TTGCGGAATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGC 18730067
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTGCGGAATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGC 2273

EXCISED REGION

 18730068 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACTACTT 18730127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACTACTT 2338

 18730128 TTTTGGTTGCTTTGATCCATTCCATTCTAGAATTCACTTGTTTTCTGATTTGTTATTTTC 18730187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 TTTTGGTTGCTTTGATCCATTCCATTCTAGAATTCACTTGTTTTCTGATTTGTTATTTTC 2398

 18730188 CACCTTATCTTTTTTCTTTTAATTTCTTTGTGTTTGTCAACTTCTTGAAATAAATCTTAT 18730247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 CACCTTATCTTTTTTCTTTTAATTTCTTTGTGTTTGTCAACTTCTTGAAATAAATCTTAT 2458

 18730248 CTTGCGAATTTGTAACTTTTCTTATTTTCTAACATAAGCATTTAAGACCATACAAGTCCC 18730307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 CTTGCGAATTTGTAACTTTTCTTATTTTCTAACATAAGCATTTAAGACCATACAAGTCCC 2518

 18730308 TCTAAATGCTGCTTTTGCTGCATCTCACAATTTTTATTAGGTAGTATTTTAAAATTCTTT 18730367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 TCTAAATGCTGCTTTTGCTGCATCTCACAATTTTTATTAGGTAGTATTTTAAAATTCTTT 2578

 18730368 CTTTCTAAGAATTTATAATGTATACCATAATTTATTCTTTGATTCTTGGTTTACTTAGAA 18730427
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 CTTTCTAAGAATTTATAATGTATACCGTAATTTATTCTTTGATTCTTGGTTTACTTAGAA 2638

 18730428 GTTTGCTCCTTAACATTTCAACTTATGGAATTTTCATAGTTATCTTTTGATTATTGATAT 18730487
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 GTTTGTTCCTTAACATTTCAACTTATGGAATTTTCATAGTTATCTTTTGATTATTGATAT 2698

 18730488 CTAGATGAATTGCATATTGGTGAGAGAATATATTCTGTTTTATTTCAGTCCTTTG 18730542
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 CTAGATGAATTGCATATTGGTGAGAGAATATATTCTGTTTTATTTCAGTCCTTTG 2753

Alignment time is 3.27687 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    4703] =>      4703 nucs 'mol-32-29a8-076138_4703'

Score:        4648
Aligned:      4705        nucs
Identic:      4699 (100%) nucs =>      4013 (100%)       686 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18725936,18729953] EXCISED REGION [18730779,18731465]
 second seq =>  [       1,    4016] EXCISED REGION [    4017,    4703]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       825 nucs [18729954,18730778]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [18729954,18729957] to [18730779,18730782]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729953,18729953] to [18730779,18730779]
 second seq =>         1 nucs [4016,4016] to [4017,4017]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18725936 AGAAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCAC 18725995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGAAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCAC 60

 18725996 GTTCATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTA 18726055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTTCATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTA 120

 18726056 CCCTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAG 18726115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCCTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAG 180

 18726116 AATGCCCTGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAAT 18726175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATGCCCTGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAAT 240

 18726176 GACTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATT 18726235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GACTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATT 300

 18726236 GCTCCATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATAT 18726295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCTCCATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATAT 360

 18726296 AACTAACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATG 18726355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AACTAACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATG 420

 18726356 AGACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGT 18726415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGT 480

 18726416 TGGGAAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTAC 18726475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGGGAAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTAC 540

 18726476 TTTCTTTCTTTAGTTGAGATCATACCTCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCT 18726535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTCTTTCTTTAGTTGAGATCATACCTCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCT 600

 18726536 TCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTC 18726595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTC 660

 18726596 CCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCC 18726655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCC 720

 18726656 TCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATC 18726715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATC 780

 18726716 ATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATC 18726775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATC 840

 18726776 CGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAA 18726835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAA 900

 18726836 CACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTT 18726895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTT 960

 18726896 TGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTG 18726955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTG 1020

 18726956 AAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAA 18727015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAA 1080

 18727016 TTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCAC 18727075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCAC 1140

 18727076 CCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGC 18727135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGC 1200

 18727136 TGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGA 18727195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGA 1260

 18727196 ATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTA 18727255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTA 1320

 18727256 GTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTG 18727315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTG 1380

 18727316 CTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCC 18727375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCC 1440

 18727376 AAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAG 18727435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAG 1500

 18727436 CGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTA 18727495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTA 1560

 18727496 AGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAG 18727555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAG 1620

 18727556 GAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCG 18727615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCG 1680

 18727616 TATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTT 18727675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTT 1740

 18727676 GTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACT 18727735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACT 1800

 18727736 ATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGC 18727795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGC 1860

 18727796 AGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTT 18727855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTT 1920

 18727856 ATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAA 18727915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAA 1980

 18727916 CAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACT 18727975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACT 2040

 18727976 TTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGAT 18728035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGAT 2100

 18728036 ATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTT 18728095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTT 2160

 18728096 GGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAA 18728155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAA 2220

 18728156 CCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTT 18728215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTT 2280

 18728216 ATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGT 18728275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 ATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGT 2340

 18728276 GCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACC 18728335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACC 2400

 18728336 TAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCAT 18728395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCAT 2460

 18728396 ACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATT 18728455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATT 2520

 18728456 TGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTT 18728515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTT 2580

 18728516 TCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAA 18728575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAA 2640

 18728576 TGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCT 18728635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCT 2700

 18728636 ATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTG 18728695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 ATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTG 2760

 18728696 GTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTA 18728755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTA 2820

 18728756 ATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTA 18728815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 ATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTA 2880

 18728816 ATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAAC 18728875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 ATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAAC 2940

 18728876 TTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATA 18728935
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATA 3000

 18728936 GAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGT 18728995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGT 3060

 18728996 GCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCA 18729055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCA 3120

 18729056 TTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTG 18729115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTG 3180

 18729116 GTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTT 18729175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 GTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTT 3240

 18729176 TTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTG 18729235
          |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TTTTTTTTT--GACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTG 3298

 18729236 CTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAA 18729295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 CTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAA 3358

 18729296 GTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGA 18729355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 GTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGA 3418

 18729356 AATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATA 18729415
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 AATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATA 3478

 18729416 ATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGC 18729475
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 ATTGCCGAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGC 3538

 18729476 ATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACA 18729535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 ATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACA 3598

 18729536 TGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTT 18729595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 TGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTT 3658

 18729596 GTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGT 18729655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 GTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGT 3718

 18729656 CAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGA 18729715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 CAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGA 3778

 18729716 ACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCC 18729775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 ACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCC 3838

 18729776 TGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAA 18729835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 TGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAA 3898

 18729836 TTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATA 18729895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 TTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATA 3958

 18729896 TTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 18729953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 TTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 4016

EXCISED REGION

 18730779 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 18730838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4017 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 4076

 18730839 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 18730898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4077 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 4136

 18730899 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 18730958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4137 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 4196

 18730959 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 18731018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4197 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 4256

 18731019 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 18731078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4257 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 4316

 18731079 CTATTAAATGTATCCATTAAAAATATAATTTCAATTTTATTTTCAGTTTATTGAAGTTCT 18731138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4317 CTATTAAATGTATCCATTAAAAATATAATTTCAATTTTATTTTCAGTTTATTGAAGTTCT 4376

 18731139 ATTTGGCTCTTTACAAATCAACTTCCTATTATATTGTTATTATATTATAAGCCTCCTTTT 18731198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4377 ATTTGGCTCTTTACAAATCAACTTCCTATTATATTGTTATTATATTATAAGCCTCCTTTT 4436

 18731199 ATTTTGAACCTTATTAAATATATTTATTGTATATTTTATGTCTAATGCTATACTTCTATA 18731258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4437 ATTTTGAACCTTATTAAATATATTTATTGTATATTTTATGTCTAATGCTATACTTCTATA 4496

 18731259 GCTTCTGTATTTCTAAAATTGTTTAGCTTTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTATTTTTAT 18731318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4497 GCTTCTGTATTTCTAAAATTGTTTAGCTTTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTATTTTTAT 4556

 18731319 ACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTACTTACATATGTATACATGTG 18731378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4557 ACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTG 4616

 18731379 CCATGCTGGTGTACTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGC 18731438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4617 CCATGCTGGTGTACTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGC 4676

 18731439 TATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCAC 18731465
          |||||||||||||||||||||||||||
     4677 TATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCAC 4703

Alignment time is 5.57844 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    4700] =>      4700 nucs 'mol-32-2af2-088141_4700'

Score:        4538
Aligned:      4693        nucs
Identic:      4674 (100%) nucs =>      1271 (100%)      3403 (100%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18725518,18726791] EXCISED REGION [18726799,18730209]
 second seq =>  [       1,    1274] EXCISED REGION [    1282,    4700]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [18726792,18726798]
 second seq =>         7 nucs [1275,1281]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18726791,18726791] to [18726798,18726798]
 second seq =>         1 nucs [1275,1275] to [1282,1282]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [1275,1276] to [1280,1281]

 18725518 CCACCACATGCCCAGAGGCCTAGGAGGGAAAAATGGTTTCATGGGCCAGGCCCAGGGCTC 18725577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCACCACATGCCCAGAGGCCTAGGAGGGAAAAATGGTTTCATGGGCCAGGCCCAGGGCTC 60

 18725578 AGCTGCTCTGTGAAGCTTTAGGACATGGCACCTTGCATCCCAGCTGCACCAGCTCCAGCT 18725637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGCTGCTCTGTGAAGCTTTAGGACATGGCACCTTGCATCCCAGCTGCACCAGCTCCAGCT 120

 18725638 GTGACTAAAAGAGGCCAAGGTATGTCTCAGGCCATGACTTCAGAGGGGGCAAGCACCAAG 18725697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTGACTAAAAGAGGCCAAGGTATGTCTCAGGCCATGACTTCAGAGGGGGCAAGCACCAAG 180

 18725698 CCTTGGTAGCTTCCATATGGTGTTGGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGCAAGATTTGAGGTT 18725757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCTTGGTAGCTTCCATATGGTGTTGGGCCTGCAGGTGTGCAGAAGGCAAGATTTGAGGTT 240

 18725758 TGGGAAGTGCTCTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAA 18725817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGGGAAGTGCTCTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAA 300

 18725818 AGTCTGCTGCAGGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAA 18725877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTCTGCTGCAGGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAA 360

 18725878 GGTGGGGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAG 18725937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTGGGGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAG 420

 18725938 AAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGT 18725997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGT 480

 18725998 TCATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACC 18726057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACC 540

 18726058 CTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAA 18726117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAA 600

 18726118 TGCCCTGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGA 18726177
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGCCCTGGATATGAGACATGGGGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGA 660

 18726178 CTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGC 18726237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGC 720

 18726238 TCCATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAA 18726297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCCATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAA 780

 18726298 CTAACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAG 18726357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTAACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAG 840

 18726358 ACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTG 18726417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACTTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTG 900

 18726418 GGAAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTT 18726477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGAAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTT 960

 18726478 TCTTTCTTTAGTTGAGATCATACCTCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTC 18726537
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCTTTCTTTAGTTGAGATCATACCCCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTC 1020

 18726538 AGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCC 18726597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCC 1080

 18726598 AGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTC 18726657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTC 1140

 18726658 TATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATCAT 18726717
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1141 TATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATTAT 1200

 18726718 CGCCCTAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCG 18726777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CGCCCTAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCG 1260

 18726778 AACTAATAGAGTTT 18726791
          ||||||||||||||
     1261 AACTAATAGAGTTT 1274

EXCISED REGION

 18726799 AGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGC 18726858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1282 AGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGC 1341

 18726859 ATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTT 18726918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1342 ATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTT 1401

 18726919 CATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTC 18726978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1402 CATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTC 1461

 18726979 AATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCC 18727038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1462 AATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCC 1521

 18727039 CCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCA 18727098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1522 CCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCA 1581

 18727099 AGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTA 18727158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1582 AGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTA 1641

 18727159 ATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACA 18727218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 ATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACA 1701

 18727219 GTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTT 18727278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1702 GTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTT 1761

 18727279 CTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGA 18727338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 CTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGA 1821

 18727339 AACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTAC 18727398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 AACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTAC 1881

 18727399 TCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTT 18727458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 TCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTT 1941

 18727459 TTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTT 18727518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 TTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTT 2001

 18727519 TGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTT 18727578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 TGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTT 2061

 18727579 GAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCT 18727638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 GAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCT 2121

 18727639 ACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATT 18727698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 ACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATT 2181

 18727699 TGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAA 18727758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 TGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAA 2241

 18727759 TCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCT 18727818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 TCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCT 2301

 18727819 GTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATA 18727878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 GTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATA 2361

 18727879 TTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAG 18727938
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 TTTTCTAAGACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAG 2421

 18727939 TATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTC 18727998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 TATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTC 2481

 18727999 AAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACC 18728058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 AAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACC 2541

 18728059 AGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGG 18728118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 AGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGG 2601

 18728119 GATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACAT 18728178
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     2602 GATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACAC 2661

 18728179 GCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCT 18728238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 GCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCT 2721

 18728239 CCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGG 18728298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 CCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGG 2781

 18728299 TTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAG 18728358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     2782 TTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAGCCTAGTAGTATTCATCACTTATCAG 2841

 18728359 TATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGT 18728418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 TATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGT 2901

 18728419 GCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAA 18728478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 GCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAA 2961

 18728479 ATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTT 18728538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 ATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTT 3021

 18728539 CCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGC 18728598
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 CCTTTTCTTCTCTTTAATAGCTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGC 3081

 18728599 TCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTG 18728658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 TCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTG 3141

 18728659 ATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTAT 18728718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 ATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTAT 3201

 18728719 ACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTT 18728778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3202 ACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTAT 3261

 18728779 CCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAA 18728838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 CCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAA 3321

 18728839 TATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTT 18728898
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     3322 TATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTT 3381

 18728899 ATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATG 18728958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 ATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATG 3441

 18728959 AGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAG 18729018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 AGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAG 3501

 18729019 ATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTT 18729078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 ATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTT 3561

 18729079 TGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGT 18729138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3562 TGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGT 3621

 18729139 ACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAAC---TTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATG 18729195
          |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
     3622 ACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATG 3681

 18729196 ACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGA 18729255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 ACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGA 3741

 18729256 CACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCAT 18729315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 CACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCAT 3801

 18729316 GTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACA 18729375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     3802 GTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACA 3861

 18729376 CAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAAC 18729435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3862 CAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAAC 3921

 18729436 AATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTC 18729495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3922 AATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTC 3981

 18729496 AGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTT 18729555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3982 AGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTT 4041

 18729556 TATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGA 18729615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4042 TATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGA 4101

 18729616 AATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGG 18729675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4102 AATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGG 4161

 18729676 AGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAA 18729735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4162 AGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAA 4221

 18729736 ATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATT 18729795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4222 ATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATT 4281

 18729796 GAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAA 18729855
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     4282 GAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATACATCCAA 4341

 18729856 TAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAA 18729915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4342 TAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAA 4401

 18729916 TATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTAGGAATTT 18729975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4402 TATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTTTCTAGGAATTT 4461

 18729976 GGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGAATACATAGTTATGT 18730035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4462 GGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGAATACATAGTTATGT 4521

 18730036 GTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGC-----CTTATTAATAAATCTAAAAAGAG 18730090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||
     4522 GTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGCCTTCTCTTATTAATAAATCTAAAAAGAG 4581

 18730091 ATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACTACTTTTTTGGTTGCTTTGATCCATTCC 18730150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4582 ATTTTCACATTGTATTAAGATTTATATATAACTACTTTTTTGGTTGCTTTGATCCATTCC 4641

 18730151 ATTCTAGAATTCACTTGTTTTCTGATTTGTTATTTTCCACCTTATCTTTTTTCTTTTAA 18730209
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4642 ATTCTAGAATTCACTTGTTTTCTGATTTGTTATTTTCCACCTTATCTTTTTTCTTTTAA 4700

Alignment time is 5.61299 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    3282] =>      3282 nucs 'mol-32-2efc-070335_3282'

Score:        3237
Aligned:      3285        nucs
Identic:      3279 (100%) nucs =>      3156 (100%)       123 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18726792,18729953] EXCISED REGION [18730779,18730901]
 second seq =>  [       1,    3159] EXCISED REGION [    3160,    3282]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       825 nucs [18729954,18730778]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [18729954,18729957] to [18730779,18730782]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729953,18729953] to [18730779,18730779]
 second seq =>         1 nucs [3159,3159] to [3160,3160]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18726792 GCTTCATAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTG 18726851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCTTCATAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTG 60

 18726852 TCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAAT 18726911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAAT 120

 18726912 TTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAG 18726971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAG 180

 18726972 CATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTAC 18727031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTAC 240

 18727032 CTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCT 18727091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCT 300

 18727092 GGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGG 18727151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGG 360

 18727152 TAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAA 18727211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAA 420

 18727212 AAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGA 18727271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGA 480

 18727272 CTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTG 18727331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTG 540

 18727332 TTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCC 18727391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCC 600

 18727392 TCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGT 18727451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGT 660

 18727452 TGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAA 18727511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAA 720

 18727512 GGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTAT 18727571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTAT 780

 18727572 ATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAAT 18727631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAAT 840

 18727632 CATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATT 18727691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATT 900

 18727692 TTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGG 18727751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGG 960

 18727752 TTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGC 18727811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGC 1020

 18727812 AATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTAC 18727871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTAC 1080

 18727872 TTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACA 18727931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACA 1140

 18727932 GGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACAT 18727991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACAT 1200

 18727992 GATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTG 18728051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTG 1260

 18728052 CTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCA 18728111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCA 1320

 18728112 GATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCT 18728171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCT 1380

 18728172 TTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGA 18728231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGA 1440

 18728232 ATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCT 18728291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCT 1500

 18728292 GCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCAC 18728351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCAC 1560

 18728352 TTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTC 18728411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTC 1620

 18728412 TTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATC 18728471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATC 1680

 18728472 AATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTA 18728531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTA 1740

 18728532 TTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAA 18728591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAA 1800

 18728592 TGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATT 18728651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATT 1860

 18728652 AAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTG 18728711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTG 1920

 18728712 TTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAA 18728771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAA 1980

 18728772 GGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTAT 18728831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTAT 2040

 18728832 TTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTA 18728891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     2041 TTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTA 2100

 18728892 TCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAA 18728951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAA 2160

 18728952 CATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGG 18729011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGG 2220

 18729012 CATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAG 18729071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAG 2280

 18729072 AAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATA 18729131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATA 2340

 18729132 AAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAA 18729191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
     2341 AAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTT---GACAA 2397

 18729192 AATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAA 18729251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 AATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAA 2457

 18729252 CTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTC 18729311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 CTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTC 2517

 18729312 CCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTT 18729371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2518 CCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTT 2577

 18729372 CACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGG 18729431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2578 CACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCGAAAAACTGG 2637

 18729432 AAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCAT 18729491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 AAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCAT 2697

 18729492 ATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAA 18729551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 ATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAA 2757

 18729552 CCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGT 18729611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 CCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGT 2817

 18729612 ATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAG 18729671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 ATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAG 2877

 18729672 CTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGAT 18729731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 CTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGAT 2937

 18729732 GGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACA 18729791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 GGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACA 2997

 18729792 TATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAAT 18729851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 TATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAAT 3057

 18729852 CCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAAT 18729911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 CCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAAT 3117

 18729912 TTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 18729953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 TTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 3159

EXCISED REGION

 18730779 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 18730838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3160 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 3219

 18730839 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 18730898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3220 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 3279

 18730899 AAT 18730901
          |||
     3280 AAT 3282

Alignment time is 3.85966 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2012] =>      2012 nucs 'mol-32-2fd8-117574_2012'

Score:        1957
Aligned:      2014        nucs
Identic:      2008 (100%) nucs =>      1693 (100%)       315 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18728255,18729953] EXCISED REGION [18730779,18731093]
 second seq =>  [       1,    1697] EXCISED REGION [    1698,    2012]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       825 nucs [18729954,18730778]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [18729954,18729957] to [18730779,18730782]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729953,18729953] to [18730779,18730779]
 second seq =>         1 nucs [1697,1697] to [1698,1698]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18728255 TGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAG 18728314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAG 60

 18728315 AGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTAC 18728374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTAC 120

 18728375 AACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGG 18728434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGG 180

 18728435 CGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTG 18728494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTG 240

 18728495 ATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTA 18728554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTA 300

 18728555 ATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTC 18728614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTC 360

 18728615 CAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTT 18728674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTT 420

 18728675 GTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGT 18728734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGT 480

 18728735 TTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTT 18728794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTT 540

 18728795 AAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTA 18728854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTA 600

 18728855 TAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTT 18728914
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTT 660

 18728915 AGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGC 18728974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGC 720

 18728975 AATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCAT 18729034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCAT 780

 18729035 AAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAAT 18729094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAAT 840

 18729095 TACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTAT 18729154
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      841 TACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATTGTACCACTACATACCTAT 900

 18729155 TAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAA 18729214
          ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTT--GACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAA 958

 18729215 GAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAAC 18729274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 GAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAAC 1018

 18729275 ACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACT 18729334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 ACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACT 1078

 18729335 TCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAAT 18729394
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 TCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAAT 1138

 18729395 GTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCAC 18729454
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 GTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCGAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCAC 1198

 18729455 TGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAA 18729514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 TGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAA 1258

 18729515 CCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAG 18729574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAG 1318

 18729575 CCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAG 18729634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 CCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAG 1378

 18729635 TTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGT 18729694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGT 1438

 18729695 ACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGT 18729754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 ACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGT 1498

 18729755 GGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGT 18729814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 GGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGT 1558

 18729815 ATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGAC 18729874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 ATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGAC 1618

 18729875 TGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAAT 18729934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 TGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAAT 1678

 18729935 ATTCAGGCTTTTAAATTCT 18729953
          |||||||||||||||||||
     1679 ATTCAGGCTTTTAAATTCT 1697

EXCISED REGION

 18730779 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 18730838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1698 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 1757

 18730839 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 18730898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1758 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 1817

 18730899 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 18730958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1818 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 1877

 18730959 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 18731018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1878 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 1937

 18731019 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 18731078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1938 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 1997

 18731079 CTATTAAATGTATCC 18731093
          |||||||||||||||
     1998 CTATTAAATGTATCC 2012

Alignment time is 2.4528 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    3978] =>      3978 nucs 'mol-32-30f6-084524_3978'

Score:        3900
Aligned:      3981        nucs
Identic:      3972 (100%) nucs =>      3205 (100%)       767 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18726742,18729953] EXCISED REGION [18730779,18731547]
 second seq =>  [       1,    3209] EXCISED REGION [    3210,    3978]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       825 nucs [18729954,18730778]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [18729954,18729957] to [18730779,18730782]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729953,18729953] to [18730779,18730779]
 second seq =>         1 nucs [3209,3209] to [3210,3210]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18726742 GAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGA 18726801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGA 60

 18726802 AAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATA 18726861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATA 120

 18726862 GACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCAT 18726921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCAT 180

 18726922 ATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAAT 18726981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAAT 240

 18726982 CCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCA 18727041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCA 300

 18727042 ACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGA 18727101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGA 360

 18727102 CCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATT 18727161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATT 420

 18727162 TCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTT 18727221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTT 480

 18727222 ACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTG 18727281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTG 540

 18727282 AAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAAC 18727341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAAC 600

 18727342 TTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCC 18727401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCC 660

 18727402 CCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTA 18727461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTA 720

 18727462 TTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGT 18727521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGT 780

 18727522 CTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAA 18727581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAA 840

 18727582 TAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACA 18727641
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACA 900

 18727642 CATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGT 18727701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGT 960

 18727702 TAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCT 18727761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCT 1020

 18727762 TCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTG 18727821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTG 1080

 18727822 GTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTT 18727881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTT 1140

 18727882 TCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTAT 18727941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTAT 1200

 18727942 CCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAA 18728001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAA 1260

 18728002 GGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGT 18728061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGT 1320

 18728062 AATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGAT 18728121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGAT 1380

 18728122 TCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCA 18728181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCA 1440

 18728182 AGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCA 18728241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCA 1500

 18728242 GCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTA 18728301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTA 1560

 18728302 CAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTAT 18728361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTAT 1620

 18728362 TTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCA 18728421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCA 1680

 18728422 AAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATT 18728481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATT 1740

 18728482 TACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCT 18728541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCT 1800

 18728542 TTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCA 18728601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCA 1860

 18728602 CCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATG 18728661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATG 1920

 18728662 TTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACT 18728721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACT 1980

 18728722 TAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCA 18728781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCA 2040

 18728782 GAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATAT 18728841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATAT 2100

 18728842 CAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATG 18728901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2101 CAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATG 2160

 18728902 TACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGA 18728961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGA 2220

 18728962 AAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATC 18729021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATC 2280

 18729022 ATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGT 18729081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 ATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGT 2340

 18729082 TTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACC 18729141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACC 2400

 18729142 ACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGC 18729201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
     2401 ACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTT---GACAAAATGACATGC 2457

 18729202 TAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGC 18729261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 TAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGC 2517

 18729262 CACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACC 18729321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 CACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACC 2577

 18729322 CAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGA 18729381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     2578 CAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGA 2637

 18729382 GCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCA 18729441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2638 GCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCGAAAAACTGGAAACAATCCA 2697

 18729442 ATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATT 18729501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 ATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATT 2757

 18729502 AAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCT 18729561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 AAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCT 2817

 18729562 AAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCT 18729621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 AAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCT 2877

 18729622 GAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGG 18729681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 GAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGG 2937

 18729682 GAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTT 18729741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 GAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTT 2997

 18729742 GTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTC 18729801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 GTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTC 3057

 18729802 ATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAA 18729861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 ATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAA 3117

 18729862 ACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTC 18729921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 ACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTC 3177

 18729922 TAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 18729953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 TAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 3209

EXCISED REGION

 18730779 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 18730838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3210 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 3269

 18730839 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 18730898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3270 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 3329

 18730899 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 18730958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 3389

 18730959 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 18731018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 3449

 18731019 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 18731078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3450 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGACACACCTGCAGGATCTATTGGTTCTA 3509

 18731079 CTATTAAATGTATCCATTAAAAATATAATTTCAATTTTATTTTCAGTTTATTGAAGTTCT 18731138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 CTATTAAATGTATCCATTAAAAATATAATTTCAATTTTATTTTCAGTTTATTGAAGTTCT 3569

 18731139 ATTTGGCTCTTTACAAATCAACTTCCTATTATATTGTTATTATATTATAAGCCTCCTTTT 18731198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 ATTTGGCTCTTTACAAATCAACTTCCTATTATATTGTTATTATATTATAAGCCTCCTTTT 3629

 18731199 ATTTTGAACCTTATTAAATATATTTATTGTATATTTTATGTCTAATGCTATACTTCTATA 18731258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3630 ATTTTGAACCTTATTAAATATATTTATTGTATATTTTATGTCTAATGCTATACTTCTATA 3689

 18731259 GCTTCTGTATTTCTAAAATTGTTTAGCTTTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTATTTTTAT 18731318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3690 GCTTCTGTATTTCTAAAATTGTTTAGCTTTTTTTATTTTTATTTTATTTTTTATTTTTAT 3749

 18731319 ACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTACTTACATATGTATACATGTG 18731378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3750 ACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTACATATGTATACATGTG 3809

 18731379 CCATGCTGGTGTACTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGC 18731438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3810 CCATGCTGGTGTACTGCACCCACTAACTCATCATCTAGCATTAGGTATATCTCCCAAAGC 3869

 18731439 TATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCACCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTG 18731498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3870 TATCCCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCACCAGAGTGTGATGTTCCCCTTCCTG 3929

 18731499 TGTCCATGTGATCTCATTGTTCAGTTCCCACCTATGAGTGAGAATATGC 18731547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     3930 TGTCCATGTGATCTCATTGTTCAGTTCCCACCCATGAGTGAGAATATGC 3978

Alignment time is 4.72313 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2663] =>      2663 nucs 'mol-32-3235-212196_2663'

Score:        2619
Aligned:      2665        nucs
Identic:      2660 (100%) nucs =>      2582 (100%)        78 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18727367,18729953] EXCISED REGION [18730779,18730856]
 second seq =>  [       1,    2585] EXCISED REGION [    2586,    2663]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       825 nucs [18729954,18730778]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [18729954,18729957] to [18730779,18730782]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729953,18729953] to [18730779,18730779]
 second seq =>         1 nucs [2585,2585] to [2586,2586]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18727367 TTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACT 18727426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACT 60

 18727427 TGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAAT 18727486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAAT 120

 18727487 CAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCT 18727546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCT 180

 18727547 ACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATAC 18727606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATAC 240

 18727607 TGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGG 18727666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGG 300

 18727667 TAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGG 18727726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGG 360

 18727727 CTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTG 18727786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTG 420

 18727787 AAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTT 18727846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTT 480

 18727847 AAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAG 18727906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAG 540

 18727907 TACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAA 18727966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAA 600

 18727967 TTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTA 18728026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTA 660

 18728027 ATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAA 18728086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAA 720

 18728087 ACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACA 18728146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACA 780

 18728147 ACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTAT 18728206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTAT 840

 18728207 GTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATA 18728266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATA 900

 18728267 AATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAAT 18728326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAAT 960

 18728327 CCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGT 18728386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGT 1020

 18728387 CAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAG 18728446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAG 1080

 18728447 CATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAAT 18728506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAAT 1140

 18728507 TATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACC 18728566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACC 1200

 18728567 CCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAG 18728626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAG 1260

 18728627 AGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACC 18728686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACC 1320

 18728687 TTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAA 18728746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAA 1380

 18728747 TATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTT 18728806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTT 1440

 18728807 ATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGAT 18728866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGAT 1500

 18728867 AAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATA 18728926
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATA 1560

 18728927 TTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCC 18728986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCC 1620

 18728987 TTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGT 18729046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGT 1680

 18729047 GTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTT 18729106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTT 1740

 18729107 GACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTAT 18729166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTAT 1800

 18729167 AACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCA 18729226
          ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AACTTTTTTTTTTTTTTT--GACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCA 1858

 18729227 ACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATT 18729286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 ACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATT 1918

 18729287 TCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTA 18729346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTA 1978

 18729347 CCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACT 18729406
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 CCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACT 2038

 18729407 TTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAAC 18729466
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TTATTCATAATTGCCGAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAAC 2098

 18729467 AAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAAC 18729526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 AAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAAC 2158

 18729527 ACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGG 18729586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 ACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGG 2218

 18729587 CTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAG 18729646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 CTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAG 2278

 18729647 AAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCA 18729706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 AAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCA 2338

 18729707 TGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTAC 18729766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 TGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTAC 2398

 18729767 ATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACT 18729826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 ATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACT 2458

 18729827 CTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTT 18729886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 CTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTT 2518

 18729887 ACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTT 18729946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 ACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTT 2578

 18729947 AAATTCT 18729953
          |||||||
     2579 AAATTCT 2585

EXCISED REGION

 18730779 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 18730838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 2645

 18730839 ATCTGACCCTTTTTATAT 18730856
          ||||||||||||||||||
     2646 ATCTGACCCTTTTTATAT 2663

Alignment time is 3.3595 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    4345] =>      4345 nucs 'mol-32-3240-125126_4345'

Score:        4219
Aligned:      4340        nucs
Identic:      4329 (100%) nucs =>      4295 (100%)        34 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18725763,18730067] EXCISED REGION [18730068,18730101]
 second seq =>  [       1,    4306] EXCISED REGION [    4312,    4345]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         5 nucs [4307,4311]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [4307,4309] to [4312,4314]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18730067,18730067] to [18730068,18730068]
 second seq =>         1 nucs [4306,4306] to [4312,4312]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [4307,4308] to [4310,4311]

 18725763 AGTGCTCTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAAAGTCT 18725822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTGCTCTGCCTAGATTTCAGAGGATGAATAGAATTGCCTGAATGTCCAGGCAAAAGTCT 60

 18725823 GCTGCAGGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAAGGTGG 18725882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTGCAGGGGCAGAGCCTCATGGAGAACTTCTACTGTGGTAGTATGCAGGGGAAAGGTGG 120

 18725883 GGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAAGAG 18725942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAAGAG 180

 18725943 GGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTCATA 18726002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTCATA 240

 18726003 AATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCTGCA 18726062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCTGCA 300

 18726063 GAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATGCCC 18726122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATGCCC 360

 18726123 TGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACTACC 18726182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACTACC 420

 18726183 CAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTCCAT 18726242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTCCAT 480

 18726243 TTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACTAAC 18726302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACTAAC 540

 18726303 ATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGACTTT 18726362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGACTTT 600

 18726363 GGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGGAAA 18726422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGGAAA 660

 18726423 TTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTCTTT 18726482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTCTTT 720

 18726483 CTTTAGTTGAGATCATACCTCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGC 18726542
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTTTAGTTGAGATCATACCCCTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGC 780

 18726543 ATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACT 18726602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATCCTTCAACAAAGGTTGGTGGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACT 840

 18726603 TCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTG 18726662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCCCCAGTGGAATTAAGCTCCAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTG 900

 18726663 GCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATCATCGCCC 18726722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
      901 GCTACCTAACTTTTGTCTCTTTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATTATCGCCC 960

 18726723 TAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTA 18726782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAATAAATTATTTGGACTTGAATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTA 1020

 18726783 ATAGAGTTTGCTTCATAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTAC 18726842
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATAGAGTTTGCTTCACAGAAAGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTAC 1080

 18726843 ACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTC 18726902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACAGGTGTGTCCATGCATAGACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTC 1140

 18726903 TTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGA 18726962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTAAATAATTTTCTTTCATATATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGA 1200

 18726963 TGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGC 18727022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGCATAAAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGC 1260

 18727023 ACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGT 18727082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACACCTTACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGT 1320

 18727083 CCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGG 18727142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCCGTTGCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGG 1380

 18727143 GCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAG 18727202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GCCAGTGGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAG 1440

 18727203 GTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTC 18727262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTGTGTCAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTC 1500

 18727263 TGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAAT 18727322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGATTTTGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAAT 1560

 18727323 TTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCAT 18727382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTGATCTTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCAT 1620

 18727383 CCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACAT 18727442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CCTCAGTCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACAT 1680

 18727443 TTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTA 18727502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTCTATGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTA 1740

 18727503 TGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCAT 18727562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGACGACAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCAT 1800

 18727563 TCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGT 18727622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCAGTGTATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGT 1860

 18727623 TAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTA 18727682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TAAAATAATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTA 1920

 18727683 TAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCA 18727742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TAGCCAATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCA 1980

 18727743 TTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAG 18727802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTTTAGAGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAG 2040

 18727803 CAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCT 18727862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CAAAGAGGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCT 2100

 18727863 TCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAA 18727922
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCCTTGTACTTTAATATTTTCTAAGACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAA 2160

 18727923 ACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAG 18727982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ACAAATACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAG 2220

 18727983 TACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGA 18728042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TACTGACATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGA 2280

 18728043 TTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCA 18728102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTGGGGGTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCA 2340

 18728103 AGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTC 18728162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AGCATTTCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTC 2400

 18728163 TGTTAACCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCT 18728222
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGTTAACCTTTTACACGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCT 2460

 18728223 GATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAA 18728282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GATTTGTGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAA 2520

 18728283 AGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGT 18728342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AGTCAGGCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGT 2580

 18728343 ATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAG 18728402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATTCATCACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAG 2640

 18728403 TACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACAC 18728462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TACACATTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACAC 2700

 18728463 TAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCC 18728522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TAATGAATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCC 2760

 18728523 TGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAA 18728582
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     2761 TGATCCTTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAGCTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAA 2820

 18728583 CAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGA 18728642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CAGAAATAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGA 2880

 18728643 CTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAA 18728702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CTCACCATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAA 2940

 18728703 AAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAA 18728762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AAAAAATTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAA 3000

 18728763 TTTTAGCAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATG 18728822
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTTTAGCAAGGTTTATCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATG 3060

 18728823 TGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCA 18728882
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     3061 TGAGCTTATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCA 3120

 18728883 TCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGT 18728942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TCTGTTTTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGT 3180

 18728943 TTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTC 18729002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TTCGTTTAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTC 3240

 18729003 ATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTG 18729062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 ATGTTTGGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTG 3300

 18729063 CTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAAT 18729122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 CTTCTCTAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAAT 3360

 18729123 TCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTT 18729182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TCACCAATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTT 3420

 18729183 TTTT-GACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCA 18729241
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 TTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCA 3480

 18729242 GGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAA 18729301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 GGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAA 3540

 18729302 CTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGA 18729361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3541 CTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTA 3600

 18729362 AACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCC 18729421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 AACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCC 3660

 18729422 AAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCT 18729481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 AAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCT 3720

 18729482 ACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAG 18729541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 ACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAG 3780

 18729542 AATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGA 18729601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 AATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGA 3840

 18729602 TTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAG 18729661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAG 3900

 18729662 TTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTT 18729721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTT 3960

 18729722 GGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCA 18729781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCA 4020

 18729782 TGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATAT 18729841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATAT 4080

 18729842 CTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTT 18729901
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 CTTAATACATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTT 4140

 18729902 AACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTT 18729961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 AACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTT 4200

 18729962 TTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGA 18730021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 TTTTCTAGGAATTTGGCCTATTTTTTAACTTTTTGACATAAATTATGTAATATTTGCGGA 4260

 18730022 ATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGC 18730067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 ATACATAGTTATGTGTTCCTTTTCATTTCTGAGTGTTTATTTGTGC 4306

EXCISED REGION

 18730068 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATT 18730101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4312 CTTATTAATAAATCTAAAAAGAGATTTTCACATT 4345

Alignment time is 5.1438 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    4085] =>      4085 nucs 'mol-32-3306-137901_4085'

Score:        3985
Aligned:      4084        nucs
Identic:      4075 (100%) nucs =>       622 (100%)      3453 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18725880,18726501] EXCISED REGION [18726503,18729964]
 second seq =>  [       1,     622] EXCISED REGION [     624,    4085]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [18726502,18726502]
 second seq =>         1 nucs [623,623]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [621,623] to [622,624]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18726501,18726501] to [18726503,18726503]
 second seq =>         1 nucs [622,622] to [624,624]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18725880 TGGGGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAA 18725939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGGGTTGGAGCCCACACACATAGTCCCCACTAAGGCCCCAGCTAGTGGAGCTGTGAGAA 60

 18725940 GAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTC 18725999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGGGCCACCATCCTTCAGGCCCCAGAATAGTAGATTCACAAACAGCTTGCACCACGTTC 120

 18726000 ATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCT 18726059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATAAATAATCCACAGGCACTGAATGCTAGCCCATGAAAGCAGCCAAGGGGTCTCTACCCT 180

 18726060 GCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATG 18726119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCAGAGTCACAGGGGCAGAGCTGCCCAAGGCCTAGGAATCCCACTCCTTGCATCAGAATG 240

 18726120 CCCTGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACT 18726179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCCTGGATATGAGACATGGAGTCAAAGGAGATTGTTTTGGTACTTTAAGATTTAATGACT 300

 18726180 ACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTC 18726239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACCCAGCTGGGTTTTGGACTTGCATGGGGCCTTTAGCCCCTTTCTGTTGGCTGATTGCTC 360

 18726240 CATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACT 18726299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATTTTAGAATGGAAGCATTTATCCAATGCCTGTACCCCCATTGCATCTTGGATATAACT 420

 18726300 AACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGAC 18726359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACATGTTTTTGATTTTACAGGTAATAGGCAGAAGGGAGTTACCTTGTCTCAGATGAGAC 480

 18726360 TTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGG 18726419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTGGACTTGGACTTTTGAGTTAATGCCGTAATAAGTTAAGACTTTGGGGGACTGTTGGG 540

 18726420 AAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTC 18726479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAATTATGATTGGTTTTGAAATGTGAGAAGGACATGAGATTTTTGTTCTTCTGTACTTTC 600

 18726480 TTTCTTTAGTTGAGATCATACC 18726501
          ||||||||||||||||||||||
      601 TTTCTTTAGTTGAGATCATACC 622

EXCISED REGION

 18726503 CTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGT 18726562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      624 CTTGAGTGTCGGGTGCTTGGAAATTAATGCCCTTCAGAGCATCCTTCAACAAAGGTTGGT 683

 18726563 GGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTC 18726622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      684 GGGTAACTCTGAGGATATGTCCCACATTGGCTCCCAGACTTCCCCAGTGGAATTAAGCTC 743

 18726623 CAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCT 18726682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      744 CAACTGACCCAGCAGGAACTTGTTCCATAACCCTCTATTGGCTACCTAACTTTTGTCTCT 803

 18726683 TTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATCATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTTG 18726742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
      804 TTCCCCGTTTCCCTTCTGTACTTTCCTGGAATTATCGCCCTAATAAATTATTTGGACTTG 863

 18726743 AATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCATAGAA 18726802
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
      864 AATCCATGTCTCAATATCTTCTGAAGGAAAATCCGAACTAATAGAGTTTGCTTCACAGAA 923

 18726803 AGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAG 18726862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      924 AGAACCTGAATGAGTCAAGCCAGTGAATGAAAACACGTACACAGGTGTGTCCATGCATAG 983

 18726863 ACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATA 18726922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      984 ACATTAAGACTTCAGTATTAGCTTCTGTCTTTTTGGTCTCTTAAATAATTTTCTTTCATA 1043

 18726923 TATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATC 18726982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1044 TATTTCTAATAGCAGTTTGCTGTCAAAAAGCTGAAGGAGATGCATAAAGCATCTTCAATC 1103

 18726983 CAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAA 18727042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1104 CAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCTTACCTACCCCCCAA 1163

 18727043 CCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGAC 18727102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1164 CCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTTGCTGGTCCCAAGAC 1223

 18727103 CTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTT 18727162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1224 CTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGTGGGTAGAGTAATTT 1283

 18727163 CAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTA 18727222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1284 CAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGTCAAAAGCACAGTTA 1343

 18727223 CATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGA 18727282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1344 CATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTTTGACTGGTTTCTGA 1403

 18727283 AATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACT 18727342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1404 AATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATCTTGTTAGTGAAACT 1463

 18727343 TTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCC 18727402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1464 TTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAGTCCTCTCTACTCCC 1523

 18727403 CATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTAT 18727462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1524 CATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTATGTTGTTCTTTTAT 1583

 18727463 TTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTC 18727522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1584 TTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGACAAGGATTTTTGTC 1643

 18727523 TGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAAT 18727582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1644 TGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAAT 1703

 18727583 AAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACAC 18727642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1704 AAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACAC 1763

 18727643 ATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTT 18727702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1764 ATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTT 1823

 18727703 AGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTT 18727762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1824 AGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTT 1883

 18727763 CCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGG 18727822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1884 CCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGG 1943

 18727823 TTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTT 18727882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1944 TTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTT 2003

 18727883 CTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATC 18727942
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2004 CTAAGACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATC 2063

 18727943 CCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAG 18728002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2064 CCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAG 2123

 18728003 GAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTA 18728062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2124 GAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTA 2183

 18728063 ATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATT 18728122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2184 ATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATT 2243

 18728123 CTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAA 18728182
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2244 CTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACACGCAA 2303

 18728183 GATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAG 18728242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2304 GATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAG 2363

 18728243 CAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTAC 18728302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2364 CAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTAC 2423

 18728303 AGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATT 18728362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2424 AGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATT 2483

 18728363 TCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAA 18728422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2484 TCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAA 2543

 18728423 AATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTT 18728482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2544 AATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTT 2603

 18728483 ACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTT 18728542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2604 ACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTT 2663

 18728543 TTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCAC 18728602
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2664 TTCTTCTCTTTAATAGCTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCAC 2723

 18728603 CTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGT 18728662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2724 CTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGT 2783

 18728663 TCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTT 18728722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2784 TCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTT 2843

 18728723 AGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAG 18728782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2844 AGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTATCCAG 2903

 18728783 AATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATC 18728842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2904 AATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATC 2963

 18728843 AAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGT 18728902
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     2964 AAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGT 3023

 18728903 ACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAA 18728962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3024 ACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAA 3083

 18728963 AGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCA 18729022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3084 AGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCA 3143

 18729023 TGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTT 18729082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3144 TGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTT 3203

 18729083 TATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCA 18729142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3204 TATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCA 3263

 18729143 CTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCT 18729202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3264 CTACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCT 3323

 18729203 AAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCC 18729262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3324 AAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCC 3383

 18729263 ACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCC 18729322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3384 ACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCC 3443

 18729323 AGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAG 18729382
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     3444 AGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAG 3503

 18729383 CTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAA 18729442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3504 CTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAA 3563

 18729443 TTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTA 18729502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3564 TTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTA 3623

 18729503 AAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTA 18729562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3624 AAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTA 3683

 18729563 AATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTG 18729622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3684 AATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTG 3743

 18729623 AAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGG 18729682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3744 AAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGG 3803

 18729683 AGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTG 18729742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3804 AGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTG 3863

 18729743 TATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCA 18729802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3864 TATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCA 3923

 18729803 TACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAA 18729862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     3924 TACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATACATCCAATAAAAAA 3983

 18729863 CAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCT 18729922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3984 CAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCT 4043

 18729923 AATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTT 18729964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4044 AATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCTTTAATTTTTTT 4085

Alignment time is 4.9228 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2996] =>      2996 nucs 'mol-32-3487-100300_2996'

Score:        2932
Aligned:      2987        nucs
Identic:      2982 (100%) nucs =>      2200 (100%)       782 ( 99%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18726969,18729169] EXCISED REGION [18729172,18729957]
 second seq =>  [       1,    2201] EXCISED REGION [    2202,    2987]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [18729170,18729171]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        15 nucs [18729170,18729184] to [18729172,18729186]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729170,18729170] to [18729171,18729171]
 second seq =>         0 nucs

 18726969 AAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCT 18727028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAGCATCTTCAATCCAAGACAAGATCTAATAATGAGTATAGTTTCAATTTCAGCACACCT 60

 18727029 TACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTT 18727088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TACCTACCCCCCAACCCCGATTGTACTACACACTCTACCAGTCTCACCCCATGTCCCGTT 120

 18727089 GCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGT 18727148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCTGGTCCCAAGACCTTCCCCTTGATCTGTGCTACAGCCCTTATGGCTGAGAGGGCCAGT 180

 18727149 GGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGT 18727208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGGTAGAGTAATTTCAATTTAAATACTTTAGAGGCACAAATTATTGAATTACAGGTGTGT 240

 18727209 CAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTT 18727268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAAAAGCACAGTTACATTGTTAACTTTGCGTGACTGATTGGTGTCTAGTTTCTCTGATTT 300

 18727269 TGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATC 18727328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGACTGGTTTCTGAAATGCATGACTTAAAGTCTTCTTTAGGTCTTTGCTCAAATTTGATC 360

 18727329 TTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAG 18727388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTGTTAGTGAAACTTTTTCCAAAAACATCTTCAGAATTTTAAATTCCAAACCATCCTCAG 420

 18727389 TCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTA 18727448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCCTCTCTACTCCCCATTTCATTTTCATTCATAGAACTTGTTTGCAGCGGACATTTTCTA 480

 18727449 TGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGA 18727508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTTGTTCTTTTATTTTGTTACTCTCTGTCTCCCTAATCAAGAAGTAAGCTCTATGACGA 540

 18727509 CAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTG 18727568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAAGGATTTTTGTCTGTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTG 600

 18727569 TATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAAT 18727628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATATTTGTTGAATAAACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAAT 660

 18727629 AATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCA 18727688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AATCATGGCTACACATTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCA 720

 18727689 ATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAG 18727748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATTTTTTATTTGTTAGACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAG 780

 18727749 AGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGA 18727808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGTTGAGAATCTTCCTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGA 840

 18727809 GGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTG 18727868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGCAATTTCTGTGGTTTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTG 900

 18727869 TACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAAT 18727928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TACTTTAATATTTTCTAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAAT 960

 18727929 ACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGA 18727988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACAGGTTGAGTATCCCAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGA 1020

 18727989 CATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGG 18728048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATGATGCTCAAAGGAAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGG 1080

 18728049 GTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATT 18728108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTGCTCAACCAGTAATCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATT 1140

 18728109 TCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAA 18728168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCAGATAAGGGATTCTCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAA 1200

 18728169 CCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTG 18728228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCTTTTACATGCAAGATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTG 1260

 18728229 TGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAG 18728288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGAATTTCCTCCAGCAACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAG 1320

 18728289 GCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCAT 18728348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GCTGCAATGGTTACAGGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCAT 1380

 18728349 CACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACA 18728408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CACTTATCAGTATTTCATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACA 1440

 18728409 TTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGA 18728468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTCTTTTTGTGCAAAATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGA 1500

 18728469 ATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCC 18728528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATCAATTAAAATTTACTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCC 1560

 18728529 TTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAA 18728588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTATTTTTTTCCTTTTCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAA 1620

 18728589 TAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACC 18728648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TAATGATAGCTCACCTTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACC 1680

 18728649 ATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAA 18728708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATTAAGTGTGATGTTCAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAA 1740

 18728709 TTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAG 18728768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTGTTTCTATACTTAGTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAG 1800

 18728769 CAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCT 18728828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CAAGGTTTTTCCAGAATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCT 1860

 18728829 TATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTT 18728888
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1861 TATTTTCTAATATCAAATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTT 1920

 18728889 TTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTT 18728948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTATCCTTTTATGTACTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTT 1980

 18728949 TAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTT 18729008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TAACATCATGAGAAAGTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTT 2040

 18729009 GGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTC 18729068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GGGCATCAAGATCATGTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTC 2100

 18729069 TAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCA 18729128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAGAAGATTTTGTTTATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCA 2160

 18729129 ATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAAC 18729169
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATAAAATCGTACCACTACATACCTATTAGAATAGGTATAAC 2201

EXCISED REGION

 18729172 TTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGG 18729231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2202 TTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTAAGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGG 2261

 18729232 ACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTA 18729291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2262 ACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCACTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTA 2321

 18729292 CAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAA 18729351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2322 CAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCAGGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAA 2381

 18729352 GAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATT 18729411
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2382 GAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGCTGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATT 2441

 18729412 CATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATT 18729471
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2442 CATAATTGCCGAAAAACTGGAAACAATCCAATTGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATT 2501

 18729472 GTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAAT 18729531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2502 GTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAAAAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAAT 2561

 18729532 GACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACA 18729591
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2562 GACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAAATGACAAAAAGTCATTCTAATGGCTACA 2621

 18729592 TGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATC 18729651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2622 TGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGAAAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATC 2681

 18729652 AAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAA 18729711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2682 AAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGAGAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAA 2741

 18729712 GGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGAC 18729771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2742 GGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGTATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGAC 2801

 18729772 TGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATA 18729831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2802 TGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCATACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATA 2861

 18729832 CAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGG 18729891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2862 CAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAACAACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGG 2921

 18729892 CATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATT 18729951
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     2922 CATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTAATCATGGGAATATTCAGGCCTTTAAATT 2981

 18729952 CTTTAA 18729957
          ||||||
     2982 CTTTAA 2987

Alignment time is 3.5346 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [18719953,18740778] =>     20826 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [       1,    2703] =>      2703 nucs 'mol-32-349d-122931_2703'

Score:        2659
Aligned:      2705        nucs
Identic:      2700 (100%) nucs =>      2425 (100%)       275 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [18727524,18729953] EXCISED REGION [18730779,18731053]
 second seq =>  [       1,    2428] EXCISED REGION [    2429,    2703]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       825 nucs [18729954,18730778]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [18729954,18729957] to [18730779,18730782]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [18729953,18729953] to [18730779,18730779]
 second seq =>         1 nucs [2428,2428] to [2429,2429]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 18727524 GTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATA 18727583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTTTATTCACACCTATGTTTCTACTACATAGGAAGCATTCAGTGTATATTTGTTGAATA 60

 18727584 AACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACA 18727643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACAAGTGAATAGATTTGGATACTGAAAACCGTATATGTTAAAATAATCATGGCTACACA 120

 18727644 TTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTA 18727703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCAGAAAATATGAAAGGCTGGGTAGTTGGTTGTACTTATAGCCAATTTTTTATTTGTTA 180

 18727704 GACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTC 18727763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GACCCTGGAAACCTGAATTCTGGCTGGAAACTATAGTCATTTTAGAGGTTGAGAATCTTC 240

 18727764 CTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGT 18727823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTAACATCCTAACATGGATATTGAAATTGGGCAGATTAGCAAAGAGGCAATTTCTGTGGT 300

 18727824 TTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTC 18727883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTATTAAATAATTGATGATTTTTAAAGATTTTATAAGCTTCCTTGTACTTTAATATTTTC 360

 18727884 TAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCC 18727943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAAACATTCAAGAATTCCCAAGTACAGCAAACAAGCAAACAAATACAGGTTGAGTATCC 420

 18727944 CAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGG 18728003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAAACCTGAAATGCACTCCAGAATTTTAGACTTTTTGAGTACTGACATGATGCTCAAAGG 480

 18728004 AAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAA 18728063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAATGCTCATAGGATCATTTTTAATTTCGGATATTTGGATTGGGGGTGCTCAACCAGTAA 540

 18728064 TCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTC 18728123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCAAAAAAATCTGAAAACTGAAACACTTCTTGGTCCCAAGCATTTCAGATAAGGGATTC 600

 18728124 TCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAG 18728183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCAACCTGTAACAGCCAACAACAACAAGAAAACCTCCTCTGTTAACCTTTTACATGCAAG 660

 18728184 ATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGC 18728243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTCCTCTTTTGTCTTTATTATGTTACTTTTATGGTCTGATTTGTGAATTTCCTCCAGC 720

 18728244 AACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACA 18728303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AACCTGTTGAATGCCTCATAATAAATAATGGTGCAGCAAAGTCAGGCTGCAATGGTTACA 780

 18728304 GGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTT 18728363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGGAATAAAAGAGAACAGAGAATCCCACAACCTAGTAGTATTCATCACTTATCAGTATTT 840

 18728364 CATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAA 18728423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATCATGGTACAACTGCTAGTGTCAGAAGCATACATGAGTACACATTCTTTTTGTGCAAA 900

 18728424 ATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTA 18728483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATCTTGGACGGCGAGAGATTAAGCATTCCATTTGCACACTAATGAATCAATTAAAATTTA 960

 18728484 CTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTT 18728543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTATTTAAGTGATAATTAAGAATTATCACTTTTCTTTCCTGATCCTTATTTTTTTCCTTT 1020

 18728544 TCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACC 18728603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTTCTCTTTAATAACTAGGACCCCAGTAAAATGTCAAACAGAAATAATGATAGCTCACC 1080

 18728604 TTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTT 18728663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTTCTTGTTCCAAATCTTAAAGAGATTGCCTATAATGACTCACCATTAAGTGTGATGTT 1140

 18728664 CAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTA 18728723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAATGTACCTTGTTTGTACAACCTTTTATCTGGTTAAAAAAAAAATTGTTTCTATACTTA 1200

 18728724 GTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGA 18728783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTGCCAAGTTTCTTTTTTAAATATGAATTAATGTTAATTTTAGCAAGGTTTTTCCAGA 1260

 18728784 ATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCA 18728843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTTATTTTTTAAAAATTGGGTTATTGTATTAATTTATGTGAGCTTATTTTCTAATATCA 1320

 18728844 AATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTCGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTA 18728903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     1321 AATCACCTTTATAAGCTTGAGATAAATGTAACTTAGTCATCTGTTTTATCCTTTTATGTA 1380

 18728904 CTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAA 18728963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTGCTGGATTTAGTTTGCTAATATTTGGTATAGAGTAGTTTCGTTTAACATCATGAGAAA 1440

 18728964 GTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCAT 18729023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTTTGTTATGCAATTTTCCTTCCTTGTTCTGTGCTCGTCATGTTTGGGCATCAAGATCAT 1500

 18729024 GTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTT 18729083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTTAGCTTCATAAAATGAAGAGTGTGTCTTCATTTACTGCTTCTCTAGAAGATTTTGTTT 1560

 18729084 ATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCAC 18729143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTGTTGAAATTACTTGTTCCTTGACTGTTTGGTAGAATTCACCAATAAAATCGTACCAC 1620

 18729144 TACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATGACATGCTA 18729203
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
     1621 TACATACCTATTAGAATAGGTATAACTTTTTTTTTTTTTTT--GACAAAATGACATGCTA 1678

 18729204 AGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCA 18729263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 AGCACTGACAAGAATGTGGAGCAACGGGACTGCTAGCAGGGGTTCAAACTGACACAGCCA 1738

 18729264 CTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCA 18729323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 CTTGGAGGAACACTTTGGCAATTTCTTACAAAGTTAAACTTACACTTCCCATGTAACCCA 1798

 18729324 GGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGGAAACATATGTTCACACAAAGAGC 18729383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     1799 GGAATCCCACTTCTAAGTATTTACCCAAGAGAAATGTAAACATATGTTCACACAAAGAGC 1858

 18729384 TGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCAAAAAACTGGAAACAATCCAAT 18729443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1859 TGTATAAGAATGTTTATTGAACTTTATTCATAATTGCCGAAAAACTGGAAACAATCCAAT 1918

 18729444 TGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAA 18729503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TGTCCATCCACTGGTGCATAAACAAATTGTGCATCCCTACAGTGGCATATTCAGCATTAA 1978

 18729504 AAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAA 18729563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 AAAGGAATGAACCAGTGATAAACACAATGACATGGAAGAATCTCCAAACCTTTATGCTAA 2038

 18729564 ATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGA 18729623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 ATGACAAAAAGCCATTCTAATGGCTACATGTTGTCTGATTCCATTTGTATGAAATTCTGA 2098

 18729624 AAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGA 18729683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 AAAAGACAAAGTTATAGGTTCAGAAATCAAGTCAGTAGTTACCAGGAGCTGGAGTAGGGA 2158

 18729684 GAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGT 18729743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 GAAGGGAGTGTACTACAAAGGCATGTAAGGGAACTTTTGGGGGATGATGGAAATATTTGT 2218

 18729744 ATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCAT 18729803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 ATTTCGATTGTGGTAATAGTTACATGACTGCCTGTGCATGCCAAAACATATTGAGCTCAT 2278

 18729804 ACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAAC 18729863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 ACTGAGAAAGTATGGATTTTACTCTATACAAATTATATCTTAATAAATCCAATAAAAAAC 2338

 18729864 AACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTA 18729923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 AACCCCGGGACTGGGGTTACTTTACAGGCATATTTTTTAACTACTAATTTAATATTTCTA 2398

 18729924 ATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 18729953
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 ATCATGGGAATATTCAGGCTTTTAAATTCT 2428

EXCISED REGION

 18730779 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 18730838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2429 TTAAATCCTTCCAGATTTAACATCCTATGCCTTGGTGAAATGAAACTTTTTAATATTATG 2488

 18730839 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 18730898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2489 ATCTGACCCTTTTTATATCTAGTAATACTTTTTACTTTGAAGTCTATTTCATCTGATATT 2548

 18730899 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 18730958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2549 AATGTAATTAATTACTCTATTTTCCACTTATGCCAATATCTTTTTTTTCCTCCATATTTT 2608

 18730959 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 18731018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2609 TCTCTCTGGTTTGCATTTTTTTCTGCATATTTTTCTCTCTGGTTTGCATTCTGGATAATA 2668

 18731019 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGAC 18731053
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 TATTTTGCCTTATCTTTTAGTTTTTGTCTCTTGAC 2703

Alignment time is 3.56441 s

