
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2277] =>      2277 nucs 'mol-32-1e7c-076068_2277'

Score:        2166
Aligned:      2282        nucs
Identic:      2269 ( 99%) nucs =>       969 (100%)      1300 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887478,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890220]
 second seq =>  [        1,      972] EXCISED REGION [      973,     2277]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887478 TGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATG 144887537
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCATCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATG 60

144887538 TGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTAC 144887597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTAC 120

144887598 AACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAA 144887657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAA 180

144887658 ATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATT 144887717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATT 240

144887718 TAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATT 144887777
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||
      241 TAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATT 300

144887778 AGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCAC 144887837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCAC 360

144887838 AGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGG 144887897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGG 420

144887898 AAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAG 144887957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAG 480

144887958 AAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAAC 144888017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAAC 540

144888018 ATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTG 144888077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTG 600

144888078 GACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAG 144888137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAG 660

144888138 CCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAA 144888197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAA 720

144888198 GCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTG 144888257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTG 780

144888258 ACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCA 144888317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCA 840

144888318 GCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATG 144888377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATG 900

144888378 TTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAA 144888437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAA 960

144888438 ATCTGTTTCTAC 144888449
          ||||||||||||
      961 ATCTGTTTCTAC 972

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      973 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1032

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1033 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1092

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1093 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1152

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1153 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1211

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1212 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1271

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1272 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1331

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1332 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1391

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1392 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1451

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1452 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1511

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1512 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1571

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1572 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1631

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1691

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1692 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1751

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1752 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1811

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1812 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1871

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1872 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 1931

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1932 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 1991

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1992 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2051

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2052 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2109

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2110 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2167

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 2227

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATA 144890220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2228 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATA 2277

Alignment time is 1.79873 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2275] =>      2275 nucs 'mol-32-206b-095878_2275'

Score:        2154
Aligned:      2281        nucs
Identic:      2267 ( 99%) nucs =>      1031 (100%)      1236 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887416,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890157]
 second seq =>  [        1,     1034] EXCISED REGION [     1035,     2275]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887416 ATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAA 144887475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAA 60

144887476 CTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATA 144887535
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
       61 CTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCATCTGTCTATATTTGAGTTTTTATA 120

144887536 TGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGT 144887595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGT 180

144887596 ACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAA 144887655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAA 240

144887656 AAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACA 144887715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACA 300

144887716 TTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAA 144887775
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||
      301 TTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAA 360

144887776 TTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACC 144887835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACC 420

144887836 ACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTT 144887895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTT 480

144887896 GGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAA 144887955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAA 540

144887956 AGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAA 144888015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAA 600

144888016 ACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAG 144888075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAG 660

144888076 TGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCA 144888135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCA 720

144888136 AGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATAT 144888195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATAT 780

144888196 AAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGC 144888255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGC 840

144888256 TGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTAT 144888315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTAT 900

144888316 CAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGA 144888375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGA 960

144888376 TGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGG 144888435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGG 1020

144888436 AAATCTGTTTCTAC 144888449
          ||||||||||||||
     1021 AAATCTGTTTCTAC 1034

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1035 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1094

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1095 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1154

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1155 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1214

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1215 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1273

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1274 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1333

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1334 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1393

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1394 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1453

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1454 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1513

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1514 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1573

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1574 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1633

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1693

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1753

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
     1754 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCT-AAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1812

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1813 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1872

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1873 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1932

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1933 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 1992

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1993 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 2052

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2053 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2112

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2113 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2170

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2171 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2228

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAAC 144890157
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2229 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAAC 2275

Alignment time is 1.77653 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2919] =>      2919 nucs 'mol-32-206b-099326_2919'

Score:        2918
Aligned:      2918        nucs
Identic:      2918 (100%) nucs =>      2297 (100%)       621 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144886946,144889242] EXCISED REGION [144889244,144889864]
 second seq =>  [        1,     2297] EXCISED REGION [     2299,     2919]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [2298,2298]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144886946 CTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCA 144887005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCA 60

144887006 CATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTT 144887065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTT 120

144887066 CATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTG 144887125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTG 180

144887126 TATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAA 144887185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAA 240

144887186 TATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAA 144887245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAA 300

144887246 ATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCA 144887305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCA 360

144887306 CACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATAT 144887365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATAT 420

144887366 TTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATG 144887425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATG 480

144887426 AAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGT 144887485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGT 540

144887486 ATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCG 144887545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCG 600

144887546 TGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTAT 144887605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTAT 660

144887606 CAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAA 144887665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAA 720

144887666 AAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACAT 144887725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACAT 780

144887726 AAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATA 144887785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATA 840

144887786 TTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTC 144887845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTC 900

144887846 CGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAAT 144887905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAAT 960

144887906 CTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGT 144887965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGT 1020

144887966 GAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACT 144888025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACT 1080

144888026 TGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCT 144888085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCT 1140

144888086 GCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATG 144888145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATG 1200

144888146 TGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATT 144888205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATT 1260

144888206 GGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTG 144888265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTG 1320

144888266 CCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAAC 144888325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAAC 1380

144888326 TATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGA 144888385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGA 1440

144888386 TTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTT 144888445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTT 1500

144888446 CTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTG 144888505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTG 1560

144888506 CTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGT 144888565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGT 1620

144888566 ACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCT 144888625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCT 1680

144888626 TTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGG 144888685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGG 1740

144888686 ATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCC 144888745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCC 1800

144888746 AGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTC 144888805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTC 1860

144888806 CTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACA 144888865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACA 1920

144888866 GAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTAC 144888925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTAC 1980

144888926 TATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAAT 144888985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAAT 2040

144888986 ATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATAT 144889045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATAT 2100

144889046 TAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACA 144889105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACA 2160

144889106 CATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGT 144889165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGT 2220

144889166 GTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATA 144889225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATA 2280

144889226 AAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          |||||||||||||||||
     2281 AAAGCAAATCATAAAAA 2297

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2299 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 2358

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2359 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 2418

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2419 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 2478

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2479 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 2538

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2539 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 2598

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2599 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 2658

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2659 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 2718

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2719 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2778

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2779 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2838

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2839 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2898

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATA 144889864
          |||||||||||||||||||||
     2899 GAAGAAATGATAAGAATGATA 2919

Alignment time is 2.24965 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2600] =>      2600 nucs 'mol-32-208c-089433_2600'

Score:        2479
Aligned:      2606        nucs
Identic:      2592 ( 99%) nucs =>      1176 (100%)      1416 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887271,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890337]
 second seq =>  [        1,     1179] EXCISED REGION [     1180,     2600]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887271 AGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGT 144887330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGT 60

144887331 CACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATAT 144887390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATAT 120

144887391 AGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGA 144887450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGA 180

144887451 TGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTC 144887510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTC 240

144887511 GTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACT 144887570
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACT 300

144887571 GTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTT 144887630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTT 360

144887631 AGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTA 144887690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTA 420

144887691 TAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTA 144887750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      421 TAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTA 480

144887751 AAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAA 144887810
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAA 540

144887811 TATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGC 144887870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGC 600

144887871 TTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTT 144887930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTT 660

144887931 AAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATG 144887990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATG 720

144887991 TTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAA 144888050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAA 780

144888051 TAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAG 144888110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAG 840

144888111 TTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAAT 144888170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAAT 900

144888171 CGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGT 144888230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGT 960

144888231 ACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTT 144888290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTT 1020

144888291 TGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCAC 144888350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCAC 1080

144888351 ACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATG 144888410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATG 1140

144888411 GAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 1179

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1180 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1239

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1240 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1299

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1300 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1359

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1360 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1418

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1419 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1478

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1479 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1538

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1539 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1598

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1599 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1658

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1659 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1718

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1719 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1778

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1779 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1838

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1839 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1898

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
     1899 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCT-AAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1957

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1958 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 2017

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2018 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 2077

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2078 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 2137

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2138 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 2197

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2198 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2257

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2258 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2315

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2316 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2373

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2374 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 2433

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2434 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2493

144890231 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 144890290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2494 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 2553

144890291 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTT 144890337
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2554 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTT 2600

Alignment time is 1.99895 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     3101] =>      3101 nucs 'mol-32-2105-091344_3101'

Score:        3101
Aligned:      3101        nucs
Identic:      3101 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144885561,144888661]
 second seq =>  [        1,     3101]

144885561 CTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAAC 144885620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAAC 60

144885621 ATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACA 144885680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACA 120

144885681 GCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGT 144885740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGT 180

144885741 CTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACC 144885800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACC 240

144885801 AATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGA 144885860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGA 300

144885861 ATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATA 144885920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATA 360

144885921 AAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAAT 144885980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAAT 420

144885981 TAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGG 144886040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGG 480

144886041 GAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGT 144886100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGT 540

144886101 TCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGA 144886160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGA 600

144886161 ACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGA 144886220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGA 660

144886221 GGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGA 144886280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGA 720

144886281 TTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAA 144886340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAA 780

144886341 AAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAG 144886400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAG 840

144886401 AAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATG 144886460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATG 900

144886461 TGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGA 144886520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGA 960

144886521 ATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCA 144886580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCA 1020

144886581 GCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAG 144886640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAG 1080

144886641 GCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTG 144886700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTG 1140

144886701 AGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTC 144886760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTC 1200

144886761 ACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTA 144886820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTA 1260

144886821 CAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATAT 144886880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATAT 1320

144886881 TTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATT 144886940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATT 1380

144886941 CTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAG 144887000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAG 1440

144887001 TTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATA 144887060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATA 1500

144887061 ATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTA 144887120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTA 1560

144887121 TTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATA 144887180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATA 1620

144887181 TGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATT 144887240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATT 1680

144887241 ATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGG 144887300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGG 1740

144887301 ACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACA 144887360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACA 1800

144887361 TATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGG 144887420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGG 1860

144887421 AGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGT 144887480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGT 1920

144887481 CATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGT 144887540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGT 1980

144887541 ATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAAC 144887600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAAC 2040

144887601 ATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATT 144887660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATT 2100

144887661 TCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAA 144887720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAA 2160

144887721 AACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGT 144887780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGT 2220

144887781 GGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGT 144887840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGT 2280

144887841 TTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAG 144887900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAG 2340

144887901 AAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAA 144887960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAA 2400

144887961 TGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATG 144888020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATG 2460

144888021 TCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGAC 144888080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGAC 2520

144888081 AACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCT 144888140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCT 2580

144888141 GAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCT 144888200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCT 2640

144888201 GCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACA 144888260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACA 2700

144888261 ACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCT 144888320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 ACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCT 2760

144888321 TGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTC 144888380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTC 2820

144888381 AGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATC 144888440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATC 2880

144888441 TGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAAT 144888500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAAT 2940

144888501 TGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAA 144888560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAA 3000

144888561 TTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTA 144888620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTA 3060

144888621 TAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTT 144888661
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTT 3101

Alignment time is 2.09139 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2851] =>      2851 nucs 'mol-32-2110-045005_2851'

Score:        2729
Aligned:      2856        nucs
Identic:      2842 (100%) nucs =>       803 (100%)      2039 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887645,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890961]
 second seq =>  [        1,      805] EXCISED REGION [      806,     2851]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887645 TAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTT 144887704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTT 60

144887705 TTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCAC 144887764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
       61 TTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCAC 120

144887765 TTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTC 144887824
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTAGCTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTC 180

144887825 ATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAA 144887884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAA 240

144887885 TCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGA 144887944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGA 300

144887945 ATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAA 144888004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAA 360

144888005 TCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCT 144888064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCT 420

144888065 ATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAA 144888124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAA 480

144888125 GCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGT 144888184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGT 540

144888185 AAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAG 144888244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAG 600

144888245 AGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAAC 144888304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAAC 660

144888305 AACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAA 144888364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAA 720

144888365 AATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGAT 144888424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGAT 780

144888425 TTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          |||||||||||||||||||||||||
      781 TTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 805

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      806 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 865

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      866 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 925

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      926 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 985

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
      986 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1044

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1045 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1104

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1105 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1164

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1165 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1224

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1225 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1284

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1285 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1344

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1345 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1404

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1405 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1464

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1524

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1525 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1584

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1644

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1704

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1705 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 1764

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1765 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 1824

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1825 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 1884

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     1885 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 1942

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1943 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2000

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2001 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 2060

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2061 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2120

144890231 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 144890290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2121 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 2180

144890291 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 144890350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2181 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 2240

144890351 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 144890410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2241 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 2300

144890411 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 144890470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2301 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 2360

144890471 GTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 144890530
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2361 GTAGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 2420

144890531 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAA 144890590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2421 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAA 2480

144890591 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAA 144890650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2481 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAA 2540

144890651 TAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACATCATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTT 144890710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2541 TAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACATCATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTT 2600

144890711 TAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAAGACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTT 144890770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2601 TAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAAGACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTT 2660

144890771 GACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTAAGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACC 144890830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2661 GACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTAAGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACC 2720

144890831 CACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAAGTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAACA 144890890
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2721 CACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAAGTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAGCA 2780

144890891 TTATTAAAATAAAAGTTGTTATCCAAGAGTTGTTTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTT 144890950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2781 TTATTAAAATAAAAGTTGTTATCCAAGAGTTGTTTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTT 2840

144890951 TTAAAAGTAAA 144890961
          |||||||||||
     2841 TTAAAAGTAAA 2851

Alignment time is 2.23183 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2045] =>      2045 nucs 'mol-32-22bd-011670_2045'

Score:        1945
Aligned:      2050        nucs
Identic:      2038 ( 99%) nucs =>       715 (100%)      1323 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887733,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890243]
 second seq =>  [        1,      717] EXCISED REGION [      718,     2045]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887733 CATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACAC 144887792
          ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
        1 CATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATTAGTGGATATTTACAC 60

144887793 AGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATC 144887852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATC 120

144887853 TTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCA 144887912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCA 180

144887913 TTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAA 144887972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAA 240

144887973 TTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAG 144888032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAG 300

144888033 AAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTC 144888092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTC 360

144888093 CAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGC 144888152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGC 420

144888153 GAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTA 144888212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTA 480

144888213 GGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCT 144888272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCT 540

144888273 ATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCC 144888332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCC 600

144888333 ACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCG 144888392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCG 660

144888393 ATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 717

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      718 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 777

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      778 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 837

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      838 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 897

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
      898 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 956

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1016

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1017 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1076

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1136

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1196

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1256

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1257 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1316

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1376

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1377 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1436

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1496

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1556

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1616

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 1676

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 1736

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1737 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 1796

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     1797 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 1854

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 1912

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1913 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 1972

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1973 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2032

144890231 TTATAAAACTAAG 144890243
          |||||||||||||
     2033 TTATAAAACTAAG 2045

Alignment time is 1.58889 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     3152] =>      3152 nucs 'mol-32-238e-021651_3152'

Score:        3151
Aligned:      3151        nucs
Identic:      3151 (100%) nucs =>      2856 (100%)       295 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144886387,144889242] EXCISED REGION [144889244,144889538]
 second seq =>  [        1,     2856] EXCISED REGION [     2858,     3152]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [2857,2857]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144886387 TCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCA 144886446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCA 60

144886447 GTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAA 144886506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAA 120

144886507 AAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCG 144886566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCG 180

144886567 CAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCC 144886626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCC 240

144886627 TCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGT 144886686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGT 300

144886687 ACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACT 144886746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACT 360

144886747 CAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGT 144886806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGT 420

144886807 AAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGG 144886866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGG 480

144886867 GTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGA 144886926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGA 540

144886927 ACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAA 144886986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAA 600

144886987 TTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTT 144887046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTT 660

144887047 ATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATA 144887106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATA 720

144887107 TATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACA 144887166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACA 780

144887167 AATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAA 144887226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAA 840

144887227 TATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAA 144887286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAA 900

144887287 TTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTG 144887346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTG 960

144887347 TATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATG 144887406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATG 1020

144887407 AGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGA 144887466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGA 1080

144887467 ACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGA 144887526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGA 1140

144887527 GTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAA 144887586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAA 1200

144887587 ATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTA 144887646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTA 1260

144887647 ATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTT 144887706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTT 1320

144887707 CCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTT 144887766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTT 1380

144887767 TTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCAT 144887826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCAT 1440

144887827 TTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATC 144887886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATC 1500

144887887 ATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAAT 144887946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAAT 1560

144887947 TAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATC 144888006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATC 1620

144888007 TTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTAT 144888066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTAT 1680

144888067 GCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGC 144888126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGC 1740

144888127 AGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAA 144888186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAA 1800

144888187 GCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAG 144888246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAG 1860

144888247 CATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAA 144888306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAA 1920

144888307 CATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAA 144888366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAA 1980

144888367 TAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTT 144888426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTT 2040

144888427 TGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATG 144888486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATG 2100

144888487 ATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCAT 144888546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCAT 2160

144888547 TATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTT 144888606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTT 2220

144888607 ATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAG 144888666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAG 2280

144888667 CAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATAC 144888726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATAC 2340

144888727 AAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGA 144888786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGA 2400

144888787 GTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAAT 144888846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAAT 2460

144888847 AATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAG 144888906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAG 2520

144888907 TGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTT 144888966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTT 2580

144888967 TATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGT 144889026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGT 2640

144889027 TTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGAT 144889086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGAT 2700

144889087 TCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTC 144889146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTC 2760

144889147 TCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAAT 144889206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAAT 2820

144889207 TGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 2856

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2858 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 2917

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2918 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 2977

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2978 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 3037

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3038 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 3097

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTC 144889538
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3098 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTC 3152

Alignment time is 2.39907 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2826] =>      2826 nucs 'mol-32-287f-045454_2826'

Score:        2803
Aligned:      2825        nucs
Identic:      2823 (100%) nucs =>       284 (100%)      2539 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887670,144887953] EXCISED REGION [144887955,144890495]
 second seq =>  [        1,      284] EXCISED REGION [      286,     2826]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144887954,144887954]
 second seq =>         1 nucs [285,285]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [144887953,144887955] to [144887954,144887956]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144887953,144887953] to [144887955,144887955]
 second seq =>         1 nucs [284,284] to [286,286]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887670 ACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAA 144887729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAA 60

144887730 CCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTA 144887789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTA 120

144887790 CACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCG 144887849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCG 180

144887850 ATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGA 144887909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGA 240

144887910 TCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGA 144887953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGA 284

EXCISED REGION

144887955 AAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGA 144888014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      286 AAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGA 345

144888015 AACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTA 144888074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      346 AACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTA 405

144888075 GTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATC 144888134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      406 GTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATC 465

144888135 AAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATA 144888194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      466 AAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATA 525

144888195 TAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTG 144888254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      526 TAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTG 585

144888255 CTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTA 144888314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      586 CTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTA 645

144888315 TCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAG 144888374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      646 TCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAG 705

144888375 ATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTG 144888434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      706 ATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTG 765

144888435 GAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTA 144888494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      766 GAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTA 825

144888495 CAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGA 144888554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      826 CAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGA 885

144888555 AGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATT 144888614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      886 AGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATT 945

144888615 TAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATG 144888674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      946 TAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATG 1005

144888675 GAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAAT 144888734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1006 GAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAAT 1065

144888735 CTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATA 144888794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1066 CTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATA 1125

144888795 TCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAAT 144888854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1126 TCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAAT 1185

144888855 CAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATA 144888914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1186 CAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATA 1245

144888915 AGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTT 144888974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1246 AGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTT 1305

144888975 CAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAAT 144889034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1306 CAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAAT 1365

144889035 ATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATC 144889094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1366 ATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATC 1425

144889095 ATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAAT 144889154
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1426 ATATTAATACACATAATCACAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAAT 1485

144889155 TTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCT 144889214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1486 TTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCT 1545

144889215 TGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAA 144889274
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1546 TGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAA 1605

144889275 CATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAA 144889334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1606 CATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAA 1665

144889335 GAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAAC 144889394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1666 GAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAAC 1725

144889395 GGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCC 144889454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1726 GGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCC 1785

144889455 CAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACT 144889514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1786 CAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACT 1845

144889515 CCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCC 144889574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1846 CCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCC 1905

144889575 ATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAA 144889634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1906 ATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAA 1965

144889635 TTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATA 144889694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 TTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATA 2025

144889695 AGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCT 144889754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2026 AGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCT 2085

144889755 AACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAA 144889814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2086 AACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAA 2145

144889815 ATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAAT 144889874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2146 ATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAAT 2205

144889875 TTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAAC 144889934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 TTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAAC 2265

144889935 AACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGA 144889994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 AACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGA 2325

144889995 ATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAA 144890054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 ATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAA 2385

144890055 GAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCAT 144890114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 GAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCAT 2445

144890115 AAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATC 144890174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 AAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATC 2505

144890175 AATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTAT 144890234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 AATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTAT 2565

144890235 AAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTT 144890294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 AAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTT 2625

144890295 ATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGC 144890354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 ATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGC 2685

144890355 AAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCA 144890414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 AAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCA 2745

144890415 GAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTG 144890474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 GAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTG 2805

144890475 ATGGGCACAAGACTAGAAAAA 144890495
          |||||||||||||||||||||
     2806 ATGGGCACAAGACTAGAAAAA 2826

Alignment time is 2.15956 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2713] =>      2713 nucs 'mol-32-288a-091711_2713'

Score:        2702
Aligned:      2713        nucs
Identic:      2712 (100%) nucs =>      1789 (100%)       923 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887454,144889242] EXCISED REGION [144889244,144890167]
 second seq =>  [        1,     1789] EXCISED REGION [     1791,     2713]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [1790,1790]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [144889668,144889668]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887454 TTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTC 144887513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTC 60

144887514 TGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTT 144887573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTT 120

144887574 TCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGG 144887633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGG 180

144887634 CATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAA 144887693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAA 240

144887694 GATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAG 144887753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAG 300

144887754 AGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATAT 144887813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATAT 360

144887814 ACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTT 144887873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTT 420

144887874 TCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAG 144887933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAG 480

144887934 TTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTT 144887993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTT 540

144887994 CCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAG 144888053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAG 600

144888054 AACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTA 144888113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTA 660

144888114 TTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGT 144888173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGT 720

144888174 TATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACT 144888233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACT 780

144888234 GAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGC 144888293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGC 840

144888294 ATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACG 144888353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACG 900

144888354 GGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAA 144888413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAA 960

144888414 GTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAAT 144888473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAAT 1020

144888474 AAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAAC 144888533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAAC 1080

144888534 ACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAAT 144888593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAAT 1140

144888594 CTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATT 144888653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATT 1200

144888654 TCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTT 144888713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTT 1260

144888714 ACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTT 144888773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTT 1320

144888774 ATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATAT 144888833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATAT 1380

144888834 TTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATAC 144888893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATAC 1440

144888894 TGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTT 144888953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTT 1500

144888954 TACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTA 144889013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTA 1560

144889014 TATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAG 144889073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAG 1620

144889074 TTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATAT 144889133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATAT 1680

144889134 ATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTT 144889193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTT 1740

144889194 TAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 1789

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1791 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 1850

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1851 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 1910

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1911 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 1970

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1971 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 2030

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2031 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 2090

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2091 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 2150

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2151 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 2210

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2211 AGCT-AAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2269

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2329

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2389

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2449

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 2509

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 144890023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 2569

144890024 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 144890083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 2629

144890084 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 144890143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 2689

144890144 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGAC 144890167
          ||||||||||||||||||||||||
     2690 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGAC 2713

Alignment time is 2.06218 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     8906] =>      8906 nucs 'mol-32-29be-067846_8906'

Score:        8665
Aligned:      8907        nucs
Identic:      8885 (100%) nucs =>      8204 (100%)       681 ( 99%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144880229,144888449] EXCISED REGION [144888911,144889596]
 second seq =>  [        1,     8221] EXCISED REGION [     8222,     8906]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144880229 GAGGCCAGGCATGGTGGCTCATGTTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCA 144880288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGGCCAGGCATGGTGGCTCATGTTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCA 60

144880289 GATTACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTAGT 144880348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GATTACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTAGT 120

144880349 AAAAATACAAAAAAAATAGAAGGGCGTGGTGGTGGGCACCTGTAGTCCTAGCTACTCAGG 144880408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAAATACAAAAAAAATAGAAGGGCGTGGTGGTGGGCACCTGTAGTCCTAGCTACTCAGG 180

144880409 AGGCTGAGGCAAGAGGATGGTGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCTGAGATCG 144880468
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      181 AGGCTGAGGCAAGAGGATGGTGTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGAGAGCTGAGATCG 240

144880469 TGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGATCGAGACTCCATCTCAGACAAACAAACAAAC 144880528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGATCGAGACTCCATCTCAGACAAACAAACAAAC 300

144880529 AAACAAAAGATAAAATTGGAGGTGGATAATGTAAGATATTTGTTGAAGAGGTAGTAACAC 144880588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAACAAAAGATAAAATTGGAGGTGGATAATGTAAGATATTTGTTGAAGAGGTAGTAACAC 360

144880589 TGTTTTTGGCTTGGAATTCTGGCAAATGCATTTGTTGAAGGATAGAGGTGAAAGAGAGTA 144880648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTTTTTGGCTTGGAATTCTGGCAAATGCATTTGTTGAAGGATAGAGGTGAAAGAGAGTA 420

144880649 AACGATACTTATGAGAGAACAACCTGATGACCAAGGATGGGATCTAAGGTGGTATGAAAT 144880708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACGATACTTATGAGAGAACAACCTGATGACCAAGGATGGGATCTAAGGTGGTATGAAAT 480

144880709 TACACAGCAATCATTCAAGTGGGTCTGATATACTGGAAGGAAATAGCAATACCATAGTGT 144880768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TACACAGCAATCATTCAAGTGGGTCTGATATACTGGAAGGAAATAGCAATACCATAGTGT 540

144880769 AGATATCTAAATGGAATTAAAGAACACGTTGGAAAAGTAAAAAAATAATAATAAATAAAT 144880828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGATATCTAAATGGAATTAAAGAACACGTTGGAAAAGTAAAAAAATAATAATAAATAAAT 600

144880829 AAAGTCATGATCAGAGTTTAATACTGGTGATTAAAATTATAGAGGTAGATAAGTAATGGA 144880888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAAGTCATGATCAGAGTTTAATACTGGTGATTAAAATTATAGAGGTAGATAAGTAATGGA 660

144880889 TGATAATATGGCCACGCTGAGACCCAAGGTGTTAGCAGGCACAGAGTTGGAGAAATGACA 144880948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGATAATATGGCCACGCTGAGACCCAAGGTGTTAGCAGGCACAGAGTTGGAGAAATGACA 720

144880949 GGGCTATGAATGACTAGCACTCCGGGATGTGTTCATTCTGGCAGCCTGAGACAGGGTTTG 144881008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGGCTATGAATGACTAGCACTCCGGGATGTGTTCATTCTGGCAGCCTGAGACAGGGTTTG 780

144881009 TGTAGAGGAAAGATTTAAGTGTAGAGTTCATCAGTGGAGAAAGGGTCAGGGGGTGATAGT 144881068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGTAGAGGAAAGATTTAAGTGTAGAGTTCATCAGTGGAGAAAGGGTCAGGGGGTGATAGT 840

144881069 CAATCAATGGGCTATGTTTCATGGTGGGACTTTCTAATTTCTTATCATTGTGTGTAACAA 144881128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAATCAATGGGCTATGTTTCATGGTGGGACTTTCTAATTTCTTATCATTGTGTGTAACAA 900

144881129 AGAGGACTTGACTTGAGTTTTACATAGAGTTGAAAATATCAAGCGAAAGGTGGTGTTAGT 144881188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGAGGACTTGACTTGAGTTTTACATAGAGTTGAAAATATCAAGCGAAAGGTGGTGTTAGT 960

144881189 AAATGGGAGAAAGTTCTTTCCTCAGTGAGGAGCCACATTCCTAGTAAGCCTGTTAGGAAA 144881248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAATGGGAGAAAGTTCTTTCCTCAGTGAGGAGCCACATTCCTAGTAAGCCTGTTAGGAAA 1020

144881249 CGGACGCTGGAAATTTTAGTATAATTATTAAGTATGTTTGGGGATTTTTCTATCATTTTT 144881308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CGGACGCTGGAAATTTTAGTATAATTATTAAGTATGTTTGGGGATTTTTCTATCATTTTT 1080

144881309 CTCAAAAAATATTTCTGAGCTCCTACTGTAAGCAAGTCATCATGCCAATCAATGGCCTAA 144881368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTCAAAAAATATTTCTGAGCTCCTACTGTAAGCAAGTCATCATGCCAATCAATGGCCTAA 1140

144881369 TTGCCAACACACACACACATATACACACTTATTTATTTACTTTTTAAATGATTGATATAA 144881428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTGCCAACACACACACACATATACACACTTATTTATTTACTTTTTAAATGATTGATATAA 1200

144881429 GTGTGATCTAAAATACTATATGGACATAGGGTTAGAGGGCACAATGAAAAAGCACTGACT 144881488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTGTGATCTAAAATACTATATGGACATAGGGTTAGAGGGCACAATGAAAAAGCACTGACT 1260

144881489 GATAATTTCTTTAATTAAATAGGACTCTAAACATGTAGTATTTATTCAACATCTCTGTGC 144881548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GATAATTTCTTTAATTAAATAGGACTCTAAACATGTAGTATTTATTCAACATCTCTGTGC 1320

144881549 TCCCAGGTTATTCAGCCTCCCTTTGTCTTTCTCTCTCTCTCTTTTTGTCTCTCCCTCCCG 144881608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCCCAGGTTATTCAGCCTCCCTTTGTCTTTCTCTCTCTCTCTTTTTGTCTCTCCCTCCCG 1380

144881609 TCTATACGTCCATATGCATATTATCTATCTATCAATCATCTATCTACCTGCTTACCTGTC 144881668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCTATACGTCCATATGCATATTATCTATCTATCAATCATCTATCTACCTGCTTACCTGTC 1440

144881669 TACATTCCTACCTACCTATTCTTCATATTTTTCTTTGTGCAGTCAATTTTGATCCTCCTG 144881728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TACATTCCTACCTACCTATTCTTCATATTTTTCTTTGTGCAGTCAATTTTGATCCTCCTG 1500

144881729 GAGATTGTTTCAATTATGCCCTCATTCATAATTACACATTTTCATCATTTTTTAAGGTTT 144881788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GAGATTGTTTCAATTATGCCCTCATTCATAATTACACATTTTCATCATTTTTTAAGGTTT 1560

144881789 CCTGTGCTTGGATTTAGTGAAAAGAATCAGGTAAACTAGGTAATTTTAATCAATCATAAT 144881848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CCTGTGCTTGGATTTAGTGAAAAGAATCAGGTAAACTAGGTAATTTTAATCAATCATAAT 1620

144881849 TCCATAAGTCATTATAAATACTTCAAAGAGTATTTTTAGATAGCGCATTTATGTTAATCA 144881908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCCATAAGTCATTATAAATACTTCAAAGAGTATTTTTAGATAGCGCATTTATGTTAATCA 1680

144881909 ACCAATTTATCTCACAAAAATGGTGCCTCATAATGAAAGAACATGAAGCTGTACAGGTAA 144881968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ACCAATTTATCTCACAAAAATGGTGCCTCATAATGAAAGAACATGAAGCTGTACAGGTAA 1740

144881969 TAAGATTTGGCCTTATAGAAACAAGCTTTGATTCCTGGTATTCCCAATATAAATTTAAAC 144882028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAAGATTTGGCCTTATAGAAACAAGCTTTGATTCCTGGTATTCCCAATATAAATTTAAAC 1800

144882029 CTCCAGCTTTTTAAAGATAACAGTTCATATAGTTTATAATATCAGGTCACTATATATATT 144882088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CTCCAGCTTTTTAAAGATAACAGTTCATATAGTTTATAATATCAGGTCACTATATATATT 1860

144882089 CTATCTGATAAGGAAAGCCTTGATGTTTGCCTTGAGGGGGGCAAATATCCTCCTTGTCCT 144882148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CTATCTGATAAGGAAAGCCTTGATGTTTGCCTTGAGGGGGGCAAATATCCTCCTTGTCCT 1920

144882149 CCAAAGCCTCATAATTACATTGGGAATATAGACATAAATACAAGTATCTTTATTACTTGG 144882208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCAAAGCCTCATAATTACATTGGGAATATAGACATAAATACAAGTATCTTTATTACTTGG 1980

144882209 AAAGGTGAGGAGCATCTTAAATGTGAGAAAAGTATGTTTCCATTTTGCCCTGTTCATACT 144882268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAAGGTGAGGAGCATCTTAAATGTGAGAAAAGTATGTTTCCATTTTGCCCTGTTCATACT 2040

144882269 GAGAACACCCCATAGTATTATGTCTTTTAGACTACACAATGTCTGTAGGAGAAAATAATA 144882328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GAGAACACCCCATAGTATTATGTCTTTTAGACTACACAATGTCTGTAGGAGAAAATAATA 2100

144882329 TATATTCCTAAAAGAGTTTTGAAATATCTAAATAATACTTTGTTTTCCCCAAGCTTCACT 144882388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATATTCCTAAAAGAGTTTTGAAATATCTAAATAATACTTTGTTTTCCCCAAGCTTCACT 2160

144882389 TAAATTGTTGAATTTGTTTCTGCTCCTCCAATTACCATACTCACGCACTGAAAAGTAAAA 144882448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TAAATTGTTGAATTTGTTTCTGCTCCTCCAATTACCATACTCACGCACTGAAAAGTAAAA 2220

144882449 TAAATCTATTTTCATTTTTACTTTTGAGTGTATTTTTTCCTCTAATGATAGAAAAGCTTC 144882508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TAAATCTATTTTCATTTTTACTTTTGAGTGTATTTTTTCCTCTAATGATAGAAAAGCTTC 2280

144882509 AAATAACAGTTATTTTAATATTTCCCTGAGATTTTTAGAGCACTTGCACTCAATCACTTG 144882568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AAATAACAGTTATTTTAATATTTCCCTGAGATTTTTAGAGCACTTGCACTCAATCACTTG 2340

144882569 TGAAGTGAATTCTATACTCAGTTAACTTATAAATATTACAAACAATTTAATCCATGTTTA 144882628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGAAGTGAATTCTATACTCAGTTAACTTATAAATATTACAAACAATTTAATCCATGTTTA 2400

144882629 CTTTGCTGTCCGTTTTAGTATTAGAGATTTTATTTTCTTCTTCTCCCTGTAACAGTACAA 144882688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CTTTGCTGTCCGTTTTAGTATTAGAGATTTTATTTTCTTCTTCTCCCTGTAACAGTACAA 2460

144882689 TGGGTCAATTACAGATGTTTATTTTGTTATAAAGTATAAAACAATATTATGTATTTAAGA 144882748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGGGTCAATTACAGATGTTTATTTTGTTATAAAGTATAAAACAATATTATGTATTTAAGA 2520

144882749 AGTGGCCCTTTCAAGTTTCTATCTCAGCACTACTGTATAATTCTTATTTGTATTATACTT 144882808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AGTGGCCCTTTCAAGTTTCTATCTCAGCACTACTGTATAATTCTTATTTGTATTATACTT 2580

144882809 GTAACTTGATATATAATATAATTTGAATATTTTGAAACTTTGTAGATGAAAGTCATTTAG 144882868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GTAACTTGATATATAATATAATTTGAATATTTTGAAACTTTGTAGATGAAAGTCATTTAG 2640

144882869 TTACAATTTTTATTGCATAGTACTGCATCTTTTTAGCAGATATTTTAAAGAAAATGATTT 144882928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TTACAATTTTTATTGCATAGTACTGCATCTTTTTAGCAGATATTTTAAAGAAAATGATTT 2700

144882929 ATGTTTCATTGATACAGAATATGATCAATTCTTTTTTGCACATATATTTGTTACTGTTTA 144882988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 ATGTTTCATTGATACAGAATATGATCAATTCTTTTTTGCACATATATTTGTTACTGTTTA 2760

144882989 AAATATCTTCATTATTTTAAAGCAATTCAAGAGGAAAAAGAACTCAGTTAACATCTATAT 144883048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AAATATCTTCATTATTTTAAAGCAATTCAAGAGGAAAAAGAACTCAGTTAACATCTATAT 2820

144883049 GACAATCAAATACATTTGTGATTTTACAATTACCACGAATATTATTCTGGGAATTTTATT 144883108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GACAATCAAATACATTTGTGATTTTACAATTACCACGAATATTATTCTGGGAATTTTATT 2880

144883109 ATATATATTTTTATACATATTCATAAATATGTACACACATATCTATGTATTTCAATTACT 144883168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 ATATATATTTTTATACATATTCATAAATATGTACACACATATCTATGTATTTCAATTACT 2940

144883169 TGAGCTAAGAAGAAAGTTTTTAGGAAAATGAAAGTGGTAAGGCTCAGAGTCCTCAAGATG 144883228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGAGCTAAGAAGAAAGTTTTTAGGAAAATGAAAGTGGTAAGGCTCAGAGTCCTCAAGATG 3000

144883229 GGGGTCATATTGTGAAATATTATTATATTCAGGATATTAAGTATAGAGACAATGTAGCAC 144883288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GGGGTCATATTGTGAAATATTATTATATTCAGGATATTAAGTATAGAGACAATGTAGCAC 3060

144883289 TAAATCTTTAAGATGTCTTCAATGGTGAGAAAAGATAGAATTAGAGACAGATACAGGGAG 144883348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TAAATCTTTAAGATGTCTTCAATGGTGAGAAAAGATAGAATTAGAGACAGATACAGGGAG 3120

144883349 TGGGAGAAGGAGAGAGAACAAGAAAAATAATGAGAGAGAGAGAAGGTAAATTTAAGAACT 144883408
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     3121 TGGGAGAAGGAGAGAGAACAAGAAAAATAATGAGAGATAGAGAAGGTAAATTTAAGAACT 3180

144883409 TGAAAATTGGTAAACCTACATGAAAGTGAAAAATGTAAGAGAGTTACTTTGAAATTATTT 144883468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TGAAAATTGGTAAACCTACATGAAAGTGAAAAATGTAAGAGAGTTACTTTGAAATTATTT 3240

144883469 CAAAAATAAAAGTTTTAAAATATGAGTGAAAGATGGCCTTTATGTTCCAAACTATTTTTA 144883528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CAAAAATAAAAGTTTTAAAATATGAGTGAAAGATGGCCTTTATGTTCCAAACTATTTTTA 3300

144883529 AATGATGCTTGTATAAAACAGCCTTGGAAGATGGGGTTAGCATCCTCTTATTAAGCAAAG 144883588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 AATGATGCTTGTATAAAACAGCCTTGGAAGATGGGGTTAGCATCCTCTTATTAAGCAAAG 3360

144883589 GGTTAGGCATGCTTTCTGTTAAAAGATAATTTCTCCCTCCAGAACAAAGGGTAGACAAGT 144883648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 GGTTAGGCATGCTTTCTGTTAAAAGATAATTTCTCCCTCCAGAACAAAGGGTAGACAAGT 3420

144883649 ATACTGCCCATTATAAAATCTTTCTGTTCCCTTAATTCAGGACTTCTCTTCCATAATACA 144883708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 ATACTGCCCATTATAAAATCTTTCTGTTCCCTTAATTCAGGACTTCTCTTCCATAATACA 3480

144883709 ACCAACTGCTTATGTGTTTGTCATCTGGCCCTCTTTGTGTCACCATCTAGGAATCAGAGC 144883768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 ACCAACTGCTTATGTGTTTGTCATCTGGCCCTCTTTGTGTCACCATCTAGGAATCAGAGC 3540

144883769 TCAAATAACTGGTACAAGGAAACATAAGTAATCCAGCAACTGCTTTCACTATATGTATTA 144883828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TCAAATAACTGGTACAAGGAAACATAAGTAATCCAGCAACTGCTTTCACTATATGTATTA 3600

144883829 ACATCTTTGTTTCTGATCTAGAATTCTTGTGTTTTCTGCCAGCATCTTGAAGCTGTGGCA 144883888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 ACATCTTTGTTTCTGATCTAGAATTCTTGTGTTTTCTGCCAGCATCTTGAAGCTGTGGCA 3660

144883889 GACTAACTTGTTGCTTTGAAAGTAGGATAAAATATCAGATTCTTCATAGTTCTTAACAGG 144883948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 GACTAACTTGTTGCTTTGAAAGTAGGATAAAATATCAGATTCTTCATAGTTCTTAACAGG 3720

144883949 TATACTTTTGATTAGCTAAAGTCTACTTTATCTCCTTCCTATTTTAAAACCATTTTCACA 144884008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TATACTTTTGATTAGCTAAAGTCTACTTTATCTCCTTCCTATTTTAAAACCATTTTCACA 3780

144884009 TGAAATTTACATTCAACATAGGGTAAAATTAAATTTATTTACTGAGAACTGAAGTCTTTA 144884068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TGAAATTTACATTCAACATAGGGTAAAATTAAATTTATTTACTGAGAACTGAAGTCTTTA 3840

144884069 TAATACTGAGATTTTATTTCAAAAGACATAGTATTACATTCTATTTGTTTTTATTGGGAG 144884128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TAATACTGAGATTTTATTTCAAAAGACATAGTATTACATTCTATTTGTTTTTATTGGGAG 3900

144884129 GGTATCTTTTGTTAGCATTTAATTTTTTGATAAAGTCAATGTAAATTTAAGTCTATTTTT 144884188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GGTATCTTTTGTTAGCATTTAATTTTTTGATAAAGTCAATGTAAATTTAAGTCTATTTTT 3960

144884189 ATATTTAAAGATTACATGTATATATTTAAACATTATATATTTATTTAAACAACATGCAGT 144884248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 ATATTTAAAGATTACATGTATATATTTAAACATTATATATTTATTTAAACAACATGCAGT 4020

144884249 TGATACTGTTTTATTATTCTGTTTACTATCTGAATGCAATTTAAGTATTTTTATATTTCA 144884308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TGATACTGTTTTATTATTCTGTTTACTATCTGAATGCAATTTAAGTATTTTTATATTTCA 4080

144884309 TGTGATTATAGACACATTTGGCCACATATCTGCCATAAATGCTTGTTTTATATTTATCCA 144884368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TGTGATTATAGACACATTTGGCCACATATCTGCCATAAATGCTTGTTTTATATTTATCCA 4140

144884369 ACTTTCTTGTTTCTCTTTCCTGCCTTATTTTCAGTATTGTGTATTTTATTTATACTTCTT 144884428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 ACTTTCTTGTTTCTCTTTCCTGCCTTATTTTCAGTATTGTGTATTTTATTTATACTTCTT 4200

144884429 TTTTTCTATATTGAAGTTTAGTTATAACTGTTATACCTAATAGTTTCTCTTGAGAATGAA 144884488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 TTTTTCTATATTGAAGTTTAGTTATAACTGTTATACCTAATAGTTTCTCTTGAGAATGAA 4260

144884489 AAGTTATCTTTAGGTTACCTATTTTTACCTCCAAGTACTATTACACTATTTTACAAACAC 144884548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 AAGTTATCTTTAGGTTACCTATTTTTACCTCCAAGTACTATTACACTATTTTACAAACAC 4320

144884549 TGTAAGAAGTTTACTATAATACGTTTTCTGAGAGTCATAATTCTCCTTAAATTCTTCCTC 144884608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TGTAAGAAGTTTACTATAATACGTTTTCTGAGAGTCATAATTCTCCTTAAATTCTTCCTC 4380

144884609 AGCCATAACATTCTATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAACAATGGTAGTCGTTAAAACCACC 144884668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 AGCCATAACATTCTATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAACAATGGTAGTCGTTAAAACCACC 4440

144884669 TTGGTTAATTTGGCAGATAACATAGTTTATTTAGGTTGTTGCTTACTCTCTTTACAGGTG 144884728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TTGGTTAATTTGGCAGATAACATAGTTTATTTAGGTTGTTGCTTACTCTCTTTACAGGTG 4500

144884729 TATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATTT 144884788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATTT 4560

144884789 TTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTATT 144884848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 TTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTATT 4620

144884849 TTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAACT 144884908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 TTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAACT 4680

144884909 AAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAAC 144884968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 AAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAAC 4740

144884969 TGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATGT 144885028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 TGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATGT 4800

144885029 GTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGC 144885088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 GTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGC 4860

144885089 AGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCAG 144885148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 AGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCAG 4920

144885149 AACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATAT 144885208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 AACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATAT 4980

144885209 GAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAA 144885268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 GAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAA 5040

144885269 AAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGCTGATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCT 144885328
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 AAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGCAGATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCT 5100

144885329 CACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGAT 144885388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 CACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGAT 5160

144885389 CAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGGAAACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCC 144885448
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 CAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAAAACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCC 5220

144885449 CGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGC 144885508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 CGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGC 5280

144885509 TTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAA 144885568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 TTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAA 5340

144885569 CAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACA 144885628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 CAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACA 5400

144885629 AGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAA 144885688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 AGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAA 5460

144885689 ATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATA 144885748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 ATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATA 5520

144885749 TGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAAT 144885808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 TGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAAT 5580

144885809 TCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAA 144885868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAA 5640

144885869 AAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGT 144885928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     5641 AAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATAAAGATTGT 5700

144885929 ACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAAC 144885988
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     5701 ACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGAGAAC 5760

144885989 CTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGT 144886048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 CTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGT 5820

144886049 GTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATA 144886108
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 GTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGGTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATA 5880

144886109 GTAATATATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGA 144886168
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 TTAATATATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGA 5940

144886169 TTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACC 144886228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 TTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACC 6000

144886229 ATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGA 144886288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     6001 ATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGATCAAGGTGGAAGGATTGCTTGA 6060

144886289 GCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTAT 144886348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 GCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTAT 6120

144886349 AAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAG 144886408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     6121 AAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTAGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAG 6180

144886409 GCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTG 144886468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 GCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTG 6240

144886469 CACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGAT 144886528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 CACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGAT 6300

144886529 AACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGC 144886588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 AACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGC 6360

144886589 AAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCC 144886648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 AAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCC 6420

144886649 ATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGA 144886708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 ATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGA 6480

144886709 TTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATA 144886768
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6481 TCTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATA 6540

144886769 TACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATT 144886828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6541 TACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATT 6600

144886829 TTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGT 144886888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6601 TTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGT 6660

144886889 GCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTA 144886948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6661 GCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTA 6720

144886949 CAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACAT 144887008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6721 CAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACAT 6780

144887009 ATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCAT 144887068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6781 ATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCAT 6840

144887069 GCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTAT 144887128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6841 GCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTAT 6900

144887129 TTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATAT 144887188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6901 TTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATAT 6960

144887189 TATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATC 144887248
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6961 TATCCCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATC 7020

144887249 TAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACAC 144887308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7021 TAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACAC 7080

144887309 ATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTA 144887368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7081 ATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTA 7140

144887369 TCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAA 144887428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7141 TCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAA 7200

144887429 AAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATG 144887488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7201 AAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATG 7260

144887489 AACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGT 144887548
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7261 AACTGCAGAGTACAATGAACTCATCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGT 7320

144887549 GTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAA 144887608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7321 GTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAA 7380

144887609 GCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAG 144887668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7381 GCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAG 7440

144887669 GACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAA 144887728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7441 GACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAA 7500

144887729 ACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTT 144887788
          ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     7501 ACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATTAGTGGATATTT 7560

144887789 ACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGC 144887848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7561 ACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGC 7620

144887849 GATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTG 144887908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7621 GATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTG 7680

144887909 ATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAA 144887968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7681 ATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAA 7740

144887969 GGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGC 144888028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7741 GGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGC 7800

144888029 TGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCT 144888088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7801 TGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCT 7860

144888089 GTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGA 144888148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     7861 GTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCCCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGA 7920

144888149 GAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGA 144888208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7921 GAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGA 7980

144888209 ACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCA 144888268
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7981 ACTAGGGCCTTGTACAATAAGCACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCA 8040

144888269 CCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTAT 144888328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8041 CCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTAT 8100

144888329 GGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTA 144888388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8101 GGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTA 8160

144888389 ATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTA 144888448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8161 ATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTA 8220

144888449 C 144888449
          |
     8221 C 8221

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8222 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 8281

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     8282 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 8341

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8342 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 8401

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     8402 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 8460

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8461 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 8520

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     8521 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 8580

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8581 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 8640

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8641 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 8700

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8701 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 8760

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     8761 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 8820

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8821 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 8880

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAA 144889596
          ||||||||||||||||||||||||||
     8881 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAA 8906

Alignment time is 6.71817 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2102] =>      2102 nucs 'mol-32-2b55-062516_2102'

Score:        2101
Aligned:      2101        nucs
Identic:      2101 (100%) nucs =>      1778 (100%)       323 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887465,144889242] EXCISED REGION [144889244,144889566]
 second seq =>  [        1,     1778] EXCISED REGION [     1780,     2102]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [1779,1779]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887465 GAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTT 144887524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTT 60

144887525 GAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAG 144887584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAG 120

144887585 AAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGT 144887644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGT 180

144887645 TAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTT 144887704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTT 240

144887705 TTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCAC 144887764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCAC 300

144887765 TTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTC 144887824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTC 360

144887825 ATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAA 144887884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAA 420

144887885 TCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGA 144887944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGA 480

144887945 ATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAA 144888004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAA 540

144888005 TCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCT 144888064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCT 600

144888065 ATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAA 144888124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAA 660

144888125 GCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGT 144888184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGT 720

144888185 AAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAG 144888244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAG 780

144888245 AGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAAC 144888304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAAC 840

144888305 AACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAA 144888364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAA 900

144888365 AATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGAT 144888424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGAT 960

144888425 TTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTA 144888484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTA 1020

144888485 TGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTC 144888544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTC 1080

144888545 ATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCT 144888604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCT 1140

144888605 TTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGG 144888664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGG 1200

144888665 AGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAAT 144888724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAAT 1260

144888725 ACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGT 144888784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGT 1320

144888785 GAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGA 144888844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGA 1380

144888845 ATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGT 144888904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGT 1440

144888905 AGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCT 144888964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCT 1500

144888965 TTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCT 144889024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCT 1560

144889025 GTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTG 144889084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTG 1620

144889085 ATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTT 144889144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTT 1680

144889145 TCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCA 144889204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCA 1740

144889205 ATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 1778

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1780 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 1839

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1840 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 1899

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1900 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 1959

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1960 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 2019

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2020 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 2079

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTA 144889566
          |||||||||||||||||||||||
     2080 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTA 2102

Alignment time is 1.63698 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2489] =>      2489 nucs 'mol-32-2e4c-046229_2489'

Score:        2357
Aligned:      2495        nucs
Identic:      2480 ( 99%) nucs =>      1182 (100%)      1298 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887265,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890220]
 second seq =>  [        1,     1185] EXCISED REGION [     1186,     2489]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887265 ACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTAC 144887324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTAC 60

144887325 TTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGAT 144887384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGAT 120

144887385 TCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAA 144887444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAA 180

144887445 CTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAAT 144887504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAAT 240

144887505 GAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATA 144887564
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAACTCATCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATA 300

144887565 CAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATA 144887624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATA 360

144887625 ATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCAC 144887684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCAC 420

144887685 TATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTA 144887744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTA 480

144887745 CAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAG 144887804
          .||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAG 540

144887805 TGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGT 144887864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGT 600

144887865 AGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTA 144887924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTA 660

144887925 ACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGG 144887984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGG 720

144887985 ACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTT 144888044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTT 780

144888045 TAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAA 144888104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAA 840

144888105 AAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTC 144888164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTC 900

144888165 CCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACA 144888224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACA 960

144888225 ATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGA 144888284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGA 1020

144888285 TTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCT 144888344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCT 1080

144888345 AGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTT 144888404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTT 1140

144888405 CTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 1185

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1186 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1245

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1246 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1305

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1306 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1365

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1366 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1424

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1425 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1484

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1485 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1544

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1545 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1604

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1605 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1664

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1665 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1724

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1725 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1784

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1785 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1844

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1845 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1904

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
     1905 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCT-AAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1963

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1964 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 2023

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2024 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 2083

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2084 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 2143

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2144 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 2203

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2204 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2263

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2264 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2321

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2322 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2379

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2380 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 2439

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATA 144890220
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2440 AATCAATATAGAGTATAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATA 2489

Alignment time is 1.91738 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2226] =>      2226 nucs 'mol-32-2ef1-018480_2226'

Score:        2105
Aligned:      2232        nucs
Identic:      2218 ( 99%) nucs =>       982 (100%)      1236 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887465,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890157]
 second seq =>  [        1,      985] EXCISED REGION [      986,     2226]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887465 GAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTT 144887524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
        1 GAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCATCTGTCTATATTT 60

144887525 GAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAG 144887584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAG 120

144887585 AAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGT 144887644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGT 180

144887645 TAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTT 144887704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTT 240

144887705 TTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCAC 144887764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      241 TTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCAC 300

144887765 TTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTC 144887824
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTAGCTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTC 360

144887825 ATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAA 144887884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAA 420

144887885 TCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGA 144887944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGA 480

144887945 ATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAA 144888004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAA 540

144888005 TCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCT 144888064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCT 600

144888065 ATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAA 144888124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAA 660

144888125 GCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGT 144888184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGT 720

144888185 AAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAG 144888244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAG 780

144888245 AGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAAC 144888304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAAC 840

144888305 AACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAA 144888364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAA 900

144888365 AATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGAT 144888424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGAT 960

144888425 TTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          |||||||||||||||||||||||||
      961 TTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 985

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      986 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1045

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1046 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1105

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1106 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1165

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1166 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1224

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1225 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1284

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1285 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1344

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1345 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1404

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1405 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1464

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1524

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1525 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1584

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1644

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1704

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
     1705 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCT-AAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1763

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1764 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1823

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1824 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1883

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1884 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 1943

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1944 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 2003

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2004 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2063

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2064 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2121

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2179

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAAC 144890157
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2180 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAAC 2226

Alignment time is 1.70537 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     4194] =>      4194 nucs 'mol-32-2fcd-006982_4194'

Score:        4149
Aligned:      4193        nucs
Identic:      4189 (100%) nucs =>       105 (100%)      4084 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144884718,144884822] EXCISED REGION [144884824,144888911]
 second seq =>  [        1,      105] EXCISED REGION [      107,     4194]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144884823,144884823]
 second seq =>         1 nucs [106,106]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144884823,144884823] to [144884824,144884824]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144884718 CTTTACAGGTGTATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTA 144884777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTTACAGGTGTATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTA 60

144884778 GTGTTATATTTTTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGG 144884822
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTGTTATATTTTTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGG 105

EXCISED REGION

144884824 TACAATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAA 144884883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      107 TACAATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAA 166

144884884 ACATTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACA 144884943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      167 ACATTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACA 226

144884944 ATAGAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAA 144885003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      227 ATAGAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAA 286

144885004 TATTTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACA 144885063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      287 TATTTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACA 346

144885064 TAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAA 144885123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      347 TAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAA 406

144885124 TCTTTAGATATATTGCAATTACCAGAACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACA 144885183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      407 TCTTTAGATATATTGCAATTACCAGAACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACA 466

144885184 AAAATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGA 144885243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      467 AAAATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGA 526

144885244 AATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGCTGATTTAAA 144885303
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      527 AATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGCAGATTTAAA 586

144885304 AAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCAAGG 144885363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      587 AAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGG 646

144885364 TGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGGAAACCCATC 144885423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      647 TGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAAAACCCATC 706

144885424 TCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACT 144885483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      707 TCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACT 766

144885484 CAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCA 144885543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      767 CAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCA 826

144885544 CACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTAC 144885603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      827 CACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTAC 886

144885604 AAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAAT 144885663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      887 AAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAAT 946

144885664 GTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGA 144885723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      947 GTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGA 1006

144885724 CCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATA 144885783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1007 CCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATA 1066

144885784 ATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAA 144885843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1067 ATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAA 1126

144885844 CTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTT 144885903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1127 CTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTT 1186

144885904 GATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATG 144885963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1187 GATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATG 1246

144885964 AAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATG 144886023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1247 AAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATG 1306

144886024 CATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTAATATTAGA 144886083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1307 CATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTAATATTAGA 1366

144886084 AAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGT 144886143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1367 AAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGT 1426

144886144 CAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCT 144886203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1427 CAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCT 1486

144886204 AGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGT 144886263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 AGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGT 1546

144886264 AGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTG 144886323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 AGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTG 1606

144886324 AGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTG 144886383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 AGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTG 1666

144886384 TGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCT 144886443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 TGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCT 1726

144886444 GCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCA 144886503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1727 GCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCA 1786

144886504 CAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAA 144886563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 CAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAA 1846

144886564 CCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTT 144886623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1847 CCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTT 1906

144886624 CCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGT 144886683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1907 CCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGT 1966

144886684 AGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGA 144886743
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1967 AGTACTGCAAATCATTGAGTAGGGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGA 2026

144886744 ACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAA 144886803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2027 ACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAA 2086

144886804 TGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGT 144886863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2087 TGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGT 2146

144886864 AGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTA 144886923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2147 AGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTA 2206

144886924 AGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTA 144886983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2207 AGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTA 2266

144886984 AAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTT 144887043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2267 AAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTT 2326

144887044 CTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAA 144887103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2327 CTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAA 2386

144887104 ATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGAC 144887163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2387 ATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGAC 2446

144887164 ACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTA 144887223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2447 ACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTA 2506

144887224 GAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCA 144887283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2507 GAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCA 2566

144887284 CAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATAT 144887343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2567 CAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATAT 2626

144887344 GTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGA 144887403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2627 GTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGA 2686

144887404 ATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTAC 144887463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2687 ATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTAC 2746

144887464 AGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATT 144887523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2747 AGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATT 2806

144887524 TGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCA 144887583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2807 TGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCA 2866

144887584 GAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATG 144887643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2867 GAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATG 2926

144887644 TTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCT 144887703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2927 TTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCT 2986

144887704 TTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCA 144887763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2987 TTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCA 3046

144887764 CTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATT 144887823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3047 CTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATT 3106

144887824 CATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATA 144887883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3107 CATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATA 3166

144887884 ATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTG 144887943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3167 ATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTG 3226

144887944 AATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGA 144888003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3227 AATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGA 3286

144888004 ATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGC 144888063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3287 ATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGC 3346

144888064 TATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCA 144888123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3347 TATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCA 3406

144888124 AGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTG 144888183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3407 AGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTG 3466

144888184 TAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGA 144888243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3467 TAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGA 3526

144888244 GAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAA 144888303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3527 GAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAA 3586

144888304 CAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTA 144888363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3587 CAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTA 3646

144888364 AAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGA 144888423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3647 AAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGA 3706

144888424 TTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACT 144888483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3707 TTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACT 3766

144888484 ATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTT 144888543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3767 ATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTT 3826

144888544 CATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATC 144888603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3827 CATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATC 3886

144888604 TTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTG 144888663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3887 TTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTG 3946

144888664 GAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAA 144888723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3947 GAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAA 4006

144888724 TACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATG 144888783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4007 TACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATG 4066

144888784 TGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAG 144888843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4067 TGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAG 4126

144888844 AATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATG 144888903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4127 AATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATG 4186

144888904 TAGTGCAT 144888911
          ||||||||
     4187 TAGTGCAT 4194

Alignment time is 3.2046 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2513] =>      2513 nucs 'mol-32-2ff9-203901_2513'

Score:        2380
Aligned:      2518        nucs
Identic:      2503 ( 99%) nucs =>       738 (100%)      1765 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887710,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890688]
 second seq =>  [        1,      740] EXCISED REGION [      741,     2513]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887710 ATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTA 144887769
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
        1 ATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTA 60

144887770 ACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTT 144887829
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTT 120

144887830 GTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATA 144887889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATA 180

144887890 CATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAA 144887949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAA 240

144887950 TAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTT 144888009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTT 300

144888010 AGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCA 144888069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCA 360

144888070 TATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGT 144888129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGT 420

144888130 AAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCA 144888189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCA 480

144888190 TTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCAT 144888249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCAT 540

144888250 AAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACAT 144888309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACAT 600

144888310 TTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAA 144888369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAA 660

144888370 TGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGA 144888429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGA 720

144888430 AACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          ||||||||||||||||||||
      721 AACTGGAAATCTGTTTCTAC 740

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      741 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 800

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      801 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 860

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      861 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 920

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
      921 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 979

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      980 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1039

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1040 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1099

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1100 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1159

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1160 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1219

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1220 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1279

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1280 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1339

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1340 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1399

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1400 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1459

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1460 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1519

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1520 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1579

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1580 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1639

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1640 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTACAC 1699

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1700 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 1759

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1760 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 1819

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     1820 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 1877

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1878 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 1935

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1936 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 1995

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1996 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2055

144890231 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 144890290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2056 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 2115

144890291 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 144890350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2116 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 2175

144890351 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 144890410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2176 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 2235

144890411 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 144890470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2236 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 2295

144890471 GTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 144890530
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2296 GTAGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 2355

144890531 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAA 144890590
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2356 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAGTATTGCAATCAAAA 2415

144890591 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAA 144890650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2416 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAA 2475

144890651 TAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACATCATTC 144890688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2476 TAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACATCATTC 2513

Alignment time is 1.98586 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     4167] =>      4167 nucs 'mol-32-300f-169757_4167'

Score:        4144
Aligned:      4166        nucs
Identic:      4164 (100%) nucs =>       567 (100%)      3597 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144884728,144885294] EXCISED REGION [144885296,144888894]
 second seq =>  [        1,      567] EXCISED REGION [      569,     4167]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144885295,144885295]
 second seq =>         1 nucs [568,568]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144884728 GTATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATT 144884787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATT 60

144884788 TTTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTAT 144884847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTAT 120

144884848 TTTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAAC 144884907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAAC 180

144884908 TAAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAA 144884967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAA 240

144884968 CTGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATG 144885027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATG 300

144885028 TGTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTG 144885087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTG 360

144885088 CAGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCA 144885147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCA 420

144885148 GAACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATA 144885207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATA 480

144885208 TGAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAA 144885267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAA 540

144885268 AAAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGC 144885294
          |||||||||||||||||||||||||||
      541 AAAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGC 567

EXCISED REGION

144885296 GATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGA 144885355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      569 GATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA 628

144885356 GGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGGA 144885415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
      629 GGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAA 688

144885416 AACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCC 144885475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      689 AACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCC 748

144885476 CAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGT 144885535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      749 CAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGT 808

144885536 GAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAAC 144885595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      809 GAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAAC 868

144885596 AAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTG 144885655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      869 AAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTG 928

144885656 GAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAA 144885715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      929 GAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAA 988

144885716 CACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCAT 144885775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      989 CACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCAT 1048

144885776 TTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTA 144885835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1049 TTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTA 1108

144885836 TCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTAC 144885895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1109 TCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTAC 1168

144885896 ATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTA 144885955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1169 ATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTA 1228

144885956 TATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAA 144886015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1229 TATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAA 1288

144886016 CAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTA 144886075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1289 CAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTA 1348

144886076 ATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATAT 144886135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1349 ATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATAT 1408

144886136 TTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCA 144886195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1409 TTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCA 1468

144886196 TAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGC 144886255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1469 TAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGC 1528

144886256 ACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCA 144886315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1529 ACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCA 1588

144886316 ACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTG 144886375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1589 ACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTG 1648

144886376 CACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGG 144886435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1649 CACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGG 1708

144886436 TTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGA 144886495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1709 TTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGA 1768

144886496 GGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAG 144886555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1769 GGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAG 1828

144886556 TAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCA 144886615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1829 TAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCA 1888

144886616 GCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATG 144886675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1889 GCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATG 1948

144886676 ACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAA 144886735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1949 ACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAA 2008

144886736 AATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAA 144886795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2009 AATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAA 2068

144886796 GATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTT 144886855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2069 GATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTT 2128

144886856 ACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAA 144886915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2129 ACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAA 2188

144886916 AGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAG 144886975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2189 AGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAG 2248

144886976 ACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATA 144887035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2249 ACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATA 2308

144887036 TGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAG 144887095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2309 TGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAG 2368

144887096 GCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTG 144887155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2369 GCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTG 2428

144887156 CTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATA 144887215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2429 CTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATA 2488

144887216 GACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGA 144887275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2489 GACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGA 2548

144887276 CAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAA 144887335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2549 CAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAA 2608

144887336 TAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAA 144887395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2609 TAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAA 2668

144887396 TGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTT 144887455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 TGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTT 2728

144887456 CCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTG 144887515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2729 CCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTG 2788

144887516 TCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTC 144887575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2789 TCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTC 2848

144887576 TTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCA 144887635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2849 TTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCA 2908

144887636 TGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGA 144887695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2909 TGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGA 2968

144887696 TGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAG 144887755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2969 TGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAG 3028

144887756 TTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATAC 144887815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3029 TTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATAC 3088

144887816 CAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTC 144887875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3089 CAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTC 3148

144887876 AATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTT 144887935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3149 AATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTT 3208

144887936 TGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCC 144887995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3209 TGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCC 3268

144887996 AGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAA 144888055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3269 AGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAA 3328

144888056 CTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATT 144888115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3329 CTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATT 3388

144888116 CTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTA 144888175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3389 CTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTA 3448

144888176 TTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGA 144888235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3449 TTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGA 3508

144888236 GAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCAT 144888295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3509 GAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCAT 3568

144888296 CTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGG 144888355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3569 CTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGG 3628

144888356 AGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGT 144888415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3629 AGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGT 3688

144888416 TCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAA 144888475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3689 TCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAA 3748

144888476 GAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACAC 144888535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3749 GAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACAC 3808

144888536 TCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCT 144888595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3809 TCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCT 3868

144888596 CATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTC 144888655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3869 CATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTC 3928

144888656 CAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTAC 144888715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3929 CAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTAC 3988

144888716 TCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTAT 144888775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3989 TCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTAT 4048

144888776 CAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTT 144888835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4049 CAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTT 4108

144888836 AGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACT 144888894
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4109 AGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACT 4167

Alignment time is 3.17355 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2442] =>      2442 nucs 'mol-32-303b-249444_2442'

Score:        2321
Aligned:      2448        nucs
Identic:      2434 ( 99%) nucs =>       731 (100%)      1703 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887717,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890625]
 second seq =>  [        1,      733] EXCISED REGION [      734,     2442]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887717 TTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAAT 144887776
          ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||
        1 TTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAAT 60

144887777 TAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCA 144887836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCA 120

144887837 CAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTG 144887896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTG 180

144887897 GAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAA 144887956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAA 240

144887957 GAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAA 144888016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAA 300

144888017 CATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGT 144888076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGT 360

144888077 GGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAA 144888136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAA 420

144888137 GCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATA 144888196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATA 480

144888197 AGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCT 144888256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCT 540

144888257 GACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATC 144888316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATC 600

144888317 AGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGAT 144888376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGAT 660

144888377 GTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGA 144888436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGA 720

144888437 AATCTGTTTCTAC 144888449
          |||||||||||||
      721 AATCTGTTTCTAC 733

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      734 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 793

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      794 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 853

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      854 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 913

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
      914 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 972

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      973 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1032

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1033 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1092

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1093 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1152

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1153 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1212

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1213 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1272

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1273 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1332

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1333 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1392

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1393 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1452

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
     1453 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCT-AAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1511

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1512 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1571

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1572 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1631

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 1691

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1692 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 1751

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1752 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 1811

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     1812 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 1869

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1870 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 1927

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 1987

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2047

144890231 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 144890290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2048 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 2107

144890291 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 144890350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2108 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 2167

144890351 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 144890410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 2227

144890411 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 144890470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2228 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 2287

144890471 GTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 144890530
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2288 GTAGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 2347

144890531 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAA 144890590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2348 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAA 2407

144890591 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGC 144890625
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2408 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGC 2442

Alignment time is 1.90023 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     9327] =>      9327 nucs 'mol-32-310c-055917_9327'

Score:        9216
Aligned:      9326        nucs
Identic:      9316 (100%) nucs =>        47 (100%)      9269 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144881627,144881673] EXCISED REGION [144881675,144890953]
 second seq =>  [        1,       47] EXCISED REGION [       49,     9327]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144881674,144881674]
 second seq =>         1 nucs [48,48]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144881673,144881673] to [144881674,144881674]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144881627 TATTATCTATCTATCAATCATCTATCTACCTGCTTACCTGTCTACAT 144881673
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATTATCTATCTATCAATCATCTATCTACCTGCTTACCTGTCTACAT 47

EXCISED REGION

144881675 CCTACCTACCTATTCTTCATATTTTTCTTTGTGCAGTCAATTTTGATCCTCCTGGAGATT 144881734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       49 CCTACCTACCTATTCTTCATATTTTTCTTTGTGCAGTCAATTTTGATCCTCCTGGAGATT 108

144881735 GTTTCAATTATGCCCTCATTCATAATTACACATTTTCATCATTTTTTAAGGTTTCCTGTG 144881794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      109 GTTTCAATTATGCCCTCATTCATAATTACACATTTTCATCATTTTTTAAGGTTTCCTGTG 168

144881795 CTTGGATTTAGTGAAAAGAATCAGGTAAACTAGGTAATTTTAATCAATCATAATTCCATA 144881854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      169 CTTGGATTTAGTGAAAAGAATCAGGTAAACTAGGTAATTTTAATCAATCATAATTCCATA 228

144881855 AGTCATTATAAATACTTCAAAGAGTATTTTTAGATAGCGCATTTATGTTAATCAACCAAT 144881914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      229 AGTCATTATAAATACTTCAAAGAGTATTTTTAGATAGCGCATTTATGTTAATCAACCAAT 288

144881915 TTATCTCACAAAAATGGTGCCTCATAATGAAAGAACATGAAGCTGTACAGGTAATAAGAT 144881974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      289 TTATCTCACAAAAATGGTGCCTCATAATGAAAGAACATGAAGCTGTACAGGTAATAAGAT 348

144881975 TTGGCCTTATAGAAACAAGCTTTGATTCCTGGTATTCCCAATATAAATTTAAACCTCCAG 144882034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      349 TTGGCCTTATAGAAACAAGCTTTGATTCCTGGTATTCCCAATATAAATTTAAACCTCCAG 408

144882035 CTTTTTAAAGATAACAGTTCATATAGTTTATAATATCAGGTCACTATATATATTCTATCT 144882094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      409 CTTTTTAAAGATAACAGTTCATATAGTTTATAATATCAGGTCACTATATATATTCTATCT 468

144882095 GATAAGGAAAGCCTTGATGTTTGCCTTGAGGGGGGCAAATATCCTCCTTGTCCTCCAAAG 144882154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      469 GATAAGGAAAGCCTTGATGTTTGCCTTGAGGGGGGCAAATATCCTCCTTGTCCTCCAAAG 528

144882155 CCTCATAATTACATTGGGAATATAGACATAAATACAAGTATCTTTATTACTTGGAAAGGT 144882214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      529 CCTCATAATTACATTGGGAATATAGACATAAATACAAGTATCTTTATTACTTGGAAAGGT 588

144882215 GAGGAGCATCTTAAATGTGAGAAAAGTATGTTTCCATTTTGCCCTGTTCATACTGAGAAC 144882274
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      589 GAGGCGCATCTTAAATGTGAGAAAAGTATGTTTCCATTTTGCCCTGTTCATACTGAGAAC 648

144882275 ACCCCATAGTATTATGTCTTTTAGACTACACAATGTCTGTAGGAGAAAATAATATATATT 144882334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      649 ACCCCATAGTATTATGTCTTTTAGACTACACAATGTCTGTAGGAGAAAATAATATATATT 708

144882335 CCTAAAAGAGTTTTGAAATATCTAAATAATACTTTGTTTTCCCCAAGCTTCACTTAAATT 144882394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      709 CCTAAAAGAGTTTTGAAATATCTAAATAATACTTTGTTTTCCCCAAGCTTCACTTAAATT 768

144882395 GTTGAATTTGTTTCTGCTCCTCCAATTACCATACTCACGCACTGAAAAGTAAAATAAATC 144882454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      769 GTTGAATTTGTTTCTGCTCCTCCAATTACCATACTCACGCACTGAAAAGTAAAATAAATC 828

144882455 TATTTTCATTTTTACTTTTGAGTGTATTTTTTCCTCTAATGATAGAAAAGCTTCAAATAA 144882514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      829 TATTTTCATTTTTACTTTTGAGTGTATTTTTTCCTCTAATGATAGAAAAGCTTCAAATAA 888

144882515 CAGTTATTTTAATATTTCCCTGAGATTTTTAGAGCACTTGCACTCAATCACTTGTGAAGT 144882574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      889 CAGTTATTTTAATATTTCCCTGAGATTTTTAGAGCACTTGCACTCAATCACTTGTGAAGT 948

144882575 GAATTCTATACTCAGTTAACTTATAAATATTACAAACAATTTAATCCATGTTTACTTTGC 144882634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      949 GAATTCTATACTCAGTTAACTTATAAATATTACAAACAATTTAATCCATGTTTACTTTGC 1008

144882635 TGTCCGTTTTAGTATTAGAGATTTTATTTTCTTCTTCTCCCTGTAACAGTACAATGGGTC 144882694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1009 TGTCCGTTTTAGTATTAGAGATTTTATTTTCTTCTTCTCCCTGTAACAGTACAATGGGTC 1068

144882695 AATTACAGATGTTTATTTTGTTATAAAGTATAAAACAATATTATGTATTTAAGAAGTGGC 144882754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1069 AATTACAGATGTTTATTTTGTTATAAAGTATAAAACAATATTATGTATTTAAGAAGTGGC 1128

144882755 CCTTTCAAGTTTCTATCTCAGCACTACTGTATAATTCTTATTTGTATTATACTTGTAACT 144882814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1129 CCTTTCAAGTTTCTATCTCAGCACTACTGTATAATTCTTATTTGTATTATACTTGTAACT 1188

144882815 TGATATATAATATAATTTGAATATTTTGAAACTTTGTAGATGAAAGTCATTTAGTTACAA 144882874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1189 TGATATATAATATAATTTGAATATTTTGAAACTTTGTAGATGAAAGTCATTTAGTTACAA 1248

144882875 TTTTTATTGCATAGTACTGCATCTTTTTAGCAGATATTTTAAAGAAAATGATTTATGTTT 144882934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1249 TTTTTATTGCATAGTACTGCATCTTTTTAGCAGATATTTTAAAGAAAATGATTTATGTTT 1308

144882935 CATTGATACAGAATATGATCAATTCTTTTTTGCACATATATTTGTTACTGTTTAAAATAT 144882994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1309 CATTGATACAGAATATGATCAATTCTTTTTTGCACATATATTTGTTACTGTTTAAAATAT 1368

144882995 CTTCATTATTTTAAAGCAATTCAAGAGGAAAAAGAACTCAGTTAACATCTATATGACAAT 144883054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1369 CTTCATTATTTTAAAGCAATTCAAGAGGAAAAAGAACTCAGTTAACATCTATATGACAAT 1428

144883055 CAAATACATTTGTGATTTTACAATTACCACGAATATTATTCTGGGAATTTTATTATATAT 144883114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1429 CAAATACATTTGTGATTTTACAATTACCACGAATATTATTCTGGGAATTTTATTATATAT 1488

144883115 ATTTTTATACATATTCATAAATATGTACACACATATCTATGTATTTCAATTACTTGAGCT 144883174
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1489 ATTTTTATACATATTCATAAATATGTACACACATATCTATGTATTTCAATTACTTGAACT 1548

144883175 AAGAAGAAAGTTTTTAGGAAAATGAAAGTGGTAAGGCTCAGAGTCCTCAAGATGGGGGTC 144883234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 AAGAAGAAAGTTTTTAGGAAAATGAAAGTGGTAAGGCTCAGAGTCCTCAAGATGGGGGTC 1608

144883235 ATATTGTGAAATATTATTATATTCAGGATATTAAGTATAGAGACAATGTAGCACTAAATC 144883294
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1609 ATATTGTGAAATATTATTATATTCAGGATATTAAGTATAGAGACAATGTAGCACTAAGTC 1668

144883295 TTTAAGATGTCTTCAATGGTGAGAAAAGATAGAATTAGAGACAGATACAGGGAGTGGGAG 144883354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 TTTAAGATGTCTTCAATGGTGAGAAAAGATAGAATTAGAGACAGATACAGGGAGTGGGAG 1728

144883355 AAGGAGAGAGAACAAGAAAAATAATGAGAGAGAGAGAAGGTAAATTTAAGAACTTGAAAA 144883414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1729 AAGGAGAGAGAACAAGAAAAATAATGAGAGAGAGAGAAGGTAAATTTAAGAACTTGAAAA 1788

144883415 TTGGTAAACCTACATGAAAGTGAAAAATGTAAGAGAGTTACTTTGAAATTATTTCAAAAA 144883474
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 TTGGTAAACATACATGAAAGTGAAAAATGTAAGAGAGTTACTTTGAAATTATTTCAAAAA 1848

144883475 TAAAAGTTTTAAAATATGAGTGAAAGATGGCCTTTATGTTCCAAACTATTTTTAAATGAT 144883534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1849 TAAAAGTTTTAAAATATGAGTGAAAGATGGCCTTTATGTTCCAAACTATTTTTAAATGAT 1908

144883535 GCTTGTATAAAACAGCCTTGGAAGATGGGGTTAGCATCCTCTTATTAAGCAAAGGGTTAG 144883594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1909 GCTTGTATAAAACAGCCTTGGAAGATGGGGTTAGCATCCTCTTATTAAGCAAAGGGTTAG 1968

144883595 GCATGCTTTCTGTTAAAAGATAATTTCTCCCTCCAGAACAAAGGGTAGACAAGTATACTG 144883654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1969 GCATGCTTTCTGTTAAAAGATAATTTCTCCCTCCAGAACAAAGGGTAGACAAGTATACTG 2028

144883655 CCCATTATAAAATCTTTCTGTTCCCTTAATTCAGGACTTCTCTTCCATAATACAACCAAC 144883714
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2029 CCCATTGTAAAATCTTTCTGTTCCCTTAATTCAGGACTTCTCTTCCATAATACAACCAAC 2088

144883715 TGCTTATGTGTTTGTCATCTGGCCCTCTTTGTGTCACCATCTAGGAATCAGAGCTCAAAT 144883774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2089 TGCTTATGTGTTTGTCATCTGGCCCTCTTTGTGTCACCATCTAGGAATCAGAGCTCAAAT 2148

144883775 AACTGGTACAAGGAAACATAAGTAATCCAGCAACTGCTTTCACTATATGTATTAACATCT 144883834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2149 AACTGGTACAAGGAAACATAAGTAATCCAGCAACTGCTTTCACTATATGTATTAACATCT 2208

144883835 TTGTTTCTGATCTAGAATTCTTGTGTTTTCTGCCAGCATCTTGAAGCTGTGGCAGACTAA 144883894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2209 TTGTTTCTGATCTAGAATTCTTGTGTTTTCTGCCAGCATCTTGAAGCTGTGGCAGACTAA 2268

144883895 CTTGTTGCTTTGAAAGTAGGATAAAATATCAGATTCTTCATAGTTCTTAACAGGTATACT 144883954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2269 CTTGTTGCTTTGAAAGTAGGATAAAATATCAGATTCTTCATAGTTCTTAACAGGTATACT 2328

144883955 TTTGATTAGCTAAAGTCTACTTTATCTCCTTCCTATTTTAAAACCATTTTCACATGAAAT 144884014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2329 TTTGATTAGCTAAAGTCTACTTTATCTCCTTCCTATTTTAAAACCATTTTCACATGAAAT 2388

144884015 TTACATTCAACATAGGGTAAAATTAAATTTATTTACTGAGAACTGAAGTCTTTATAATAC 144884074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2389 TTACATTCAACATAGGGTAAAATTAAATTTATTTACTGAGAACTGAAGTCTTTATAATAC 2448

144884075 TGAGATTTTATTTCAAAAGACATAGTATTACATTCTATTTGTTTTTATTGGGAGGGTATC 144884134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2449 TGAGATTTTATTTCAAAAGACATAGTATTACATTCTATTTGTTTTTATTGGGAGGGTATC 2508

144884135 TTTTGTTAGCATTTAATTTTTTGATAAAGTCAATGTAAATTTAAGTCTATTTTTATATTT 144884194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2509 TTTTGTTAGCATTTAATTTTTTGATAAAGTCAATGTAAATTTAAGTCTATTTTTATATTT 2568

144884195 AAAGATTACATGTATATATTTAAACATTATATATTTATTTAAACAACATGCAGTTGATAC 144884254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2569 AAAGATTACATGTATATATTTAAACATTATATATTTATTTAAACAACATGCAGTTGATAC 2628

144884255 TGTTTTATTATTCTGTTTACTATCTGAATGCAATTTAAGTATTTTTATATTTCATGTGAT 144884314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2629 TGTTTTATTATTCTGTTTACTATCTGAATGCAATTTAAGTATTTTTATATTTCATGTGAT 2688

144884315 TATAGACACATTTGGCCACATATCTGCCATAAATGCTTGTTTTATATTTATCCAACTTTC 144884374
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2689 TATAGACACATTTGGCCGCATATCTGCCATAAATGCTTGTTTTATATTTATCCAACTTTC 2748

144884375 TTGTTTCTCTTTCCTGCCTTATTTTCAGTATTGTGTATTTTATTTATACTTCTTTTTTTC 144884434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2749 TTGTTTCTCTTTCCTGCCTTATTTTCAGTATTGTGTATTTTATTTATACTTCTTTTTTTC 2808

144884435 TATATTGAAGTTTAGTTATAACTGTTATACCTAATAGTTTCTCTTGAGAATGAAAAGTTA 144884494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2809 TATATTGAAGTTTAGTTATAACTGTTATACCTAATAGTTTCTCTTGAGAATGAAAAGTTA 2868

144884495 TCTTTAGGTTACCTATTTTTACCTCCAAGTACTATTACACTATTTTACAAACACTGTAAG 144884554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2869 TCTTTAGGTTACCTATTTTTACCTCCAAGTACTATTACACTATTTTACAAACACTGTAAG 2928

144884555 AAGTTTACTATAATACGTTTTCTGAGAGTCATAATTCTCCTTAAATTCTTCCTCAGCCAT 144884614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2929 AAGTTTACTATAATACGTTTTCTGAGAGTCATAATTCTCCTTAAATTCTTCCTCAGCCAT 2988

144884615 AACATTCTATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAACAATGGTAGTCGTTAAAACCACCTTGGTT 144884674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2989 AACATTCTATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAACAATGGTAGTCGTTAAAACCACCTTGGTT 3048

144884675 AATTTGGCAGATAACATAGTTTATTTAGGTTGTTGCTTACTCTCTTTACAGGTGTATGCT 144884734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3049 AATTTGGCAGATAACATAGTTTATTTAGGTTGTTGCTTACTCTCTTTACAGGTGTATGCT 3108

144884735 CTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATTTTTAGTA 144884794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3109 CTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATTTTTAGTA 3168

144884795 CCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATG 144884854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3169 CCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATG 3228

144884855 ATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAA 144884914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3229 ATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAA 3288

144884915 ACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACAT 144884974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3289 ACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACAT 3348

144884975 GAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTA 144885034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3349 GAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTA 3408

144885035 TTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAA 144885094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3409 TTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAA 3468

144885095 GGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCAGAACCAC 144885154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3469 GGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCAGAACCAC 3528

144885155 AATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGG 144885214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3529 AATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGG 3588

144885215 AAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGA 144885274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3589 AAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGA 3648

144885275 AAACAATGGTATTAAGTAGCTGATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCC 144885334
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3649 AAACAATGGTATTAAGTAGCAGATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCC 3708

144885335 TGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGAC 144885394
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3709 TGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGAC 3768

144885395 CATCCTGGCCAACATGGTGGAAACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGT 144885454
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3769 CATCCTGGCCAACATGGTGAAAACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGT 3828

144885455 GGCAGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAA 144885514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3829 GGCAGTGTATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAA 3888

144885515 CTGGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGT 144885574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3889 CTGGGAGGCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGT 3948

144885575 GAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATA 144885634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3949 GAGACTCTGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATA 4008

144885635 ATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAA 144885694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4009 ATCACAAGGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAA 4068

144885695 TAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCA 144885754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4069 TAAATGAAGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCA 4128

144885755 AACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCAC 144885814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4129 AACTCTTTACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCAC 4188

144885815 GTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCC 144885874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4189 GTAAAATATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCC 4248

144885875 AACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTT 144885934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4249 AACTCATTTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTT 4308

144885935 AAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGAT 144885994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4309 AAAGCAAATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGAT 4368

144885995 AAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTC 144886054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4369 AAGCAATATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTC 4428

144886055 CCAGAGATAGAAGTTGGTTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATA 144886114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4429 CCAGAGATAGAAGTTGGTTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATA 4488

144886115 TATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAAT 144886174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4489 TATTAAAGGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAAT 4548

144886175 TCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATG 144886234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4549 TCAATAGTCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATG 4608

144886235 ACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAG 144886294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4609 ACTCACACCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAG 4668

144886295 AGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAG 144886354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4669 AGTTTGAGACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAG 4728

144886355 TATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGA 144886414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4729 TATTAGCTGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGA 4788

144886415 GGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCC 144886474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4789 GGAATGCTTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCC 4848

144886475 TGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTT 144886534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4849 TGCTTGGATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTT 4908

144886535 TTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTAT 144886594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4909 TTTGTCCACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTAT 4968

144886595 TATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAG 144886654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4969 TATACTTAATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAG 5028

144886655 GGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAA 144886714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5029 GGAATGCAAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAA 5088

144886715 CCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACA 144886774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5089 CCTCATAATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACA 5148

144886775 CATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAA 144886834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5149 CATCAATTTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAA 5208

144886835 TAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATG 144886894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5209 TAAAACAAAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATG 5268

144886895 CAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAG 144886954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5269 CAAATTTGCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAG 5328

144886955 GTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAA 144887014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5329 GTTAGTTAAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAA 5388

144887015 CCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACA 144887074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5389 CCAAATTATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACA 5448

144887075 GGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAAT 144887134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5449 GGCCTAATATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAAT 5508

144887135 CATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTC 144887194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5509 CATCAGTTTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTC 5568

144887195 CGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAA 144887254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5569 CGATATGTAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAA 5628

144887255 GCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAAT 144887314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5629 GCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAAT 5688

144887315 GCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAAT 144887374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5689 GCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAAT 5748

144887375 TAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATC 144887434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5749 TAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATC 5808

144887435 CAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGC 144887494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5809 CAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGC 5868

144887495 AGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGT 144887554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5869 AGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGT 5928

144887555 GTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGA 144887614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5929 GTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGA 5988

144887615 AAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAG 144887674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5989 AAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAG 6048

144887675 TTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACA 144887734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6049 TTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACA 6108

144887735 TTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAG 144887794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6109 TTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAG 6168

144887795 TACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTT 144887854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6169 TACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTT 6228

144887855 GTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATT 144887914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6229 GTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATT 6288

144887915 TTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATT 144887974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6289 TTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATT 6348

144887975 TTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAA 144888034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6349 TTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAA 6408

144888035 GCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCA 144888094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6409 GCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCA 6468

144888095 GACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGA 144888154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6469 GACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGA 6528

144888155 ATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGG 144888214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6529 ATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGG 6588

144888215 GCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTAT 144888274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6589 GCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTAT 6648

144888275 TTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCAC 144888334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6649 TTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCAC 6708

144888335 ACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGAT 144888394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6709 ACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGAT 6768

144888395 ATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTC 144888454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6769 ATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTC 6828

144888455 ATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAA 144888514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6829 ATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAA 6888

144888515 ATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTAT 144888574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6889 ATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTAT 6948

144888575 TCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTA 144888634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6949 TCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTA 7008

144888635 GCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTA 144888694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7009 GCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTA 7068

144888695 TGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAG 144888754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7069 TGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAG 7128

144888755 TACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATT 144888814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7129 TACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATT 7188

144888815 TGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGC 144888874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7189 TGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGC 7248

144888875 AAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTAT 144888934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7249 AAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTAT 7308

144888935 ATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACT 144888994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7309 ATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACT 7368

144888995 AAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGT 144889054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7369 AAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGT 7428

144889055 GCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCAT 144889114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7429 GCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCAT 7488

144889115 AGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAAT 144889174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7489 AGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAAT 7548

144889175 AACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAAT 144889234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7549 AACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAAT 7608

144889235 CATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAA 144889294
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7609 CATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAA 7668

144889295 CTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCAT 144889354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7669 CTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCAT 7728

144889355 GCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGAT 144889414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7729 GCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGAT 7788

144889415 TCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCA 144889474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7789 TCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCA 7848

144889475 AAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAAT 144889534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7849 AAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAAT 7908

144889535 ACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAG 144889594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7909 ACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAG 7968

144889595 AAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGT 144889654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7969 AAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGT 8028

144889655 GCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAAT 144889714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8029 GCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAAT 8088

144889715 TAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCA 144889774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8089 TAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCA 8148

144889775 GAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGAT 144889834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8149 GAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGAT 8208

144889835 GGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAAC 144889894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8209 GGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAAC 8268

144889895 AAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATT 144889954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8269 AAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATT 8328

144889955 CAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGG 144890014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8329 CAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGG 8388

144890015 AAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAA 144890074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8389 AAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAA 8448

144890075 GGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGA 144890134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8449 GGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGA 8508

144890135 GGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAAC 144890194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8509 GGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAAC 8568

144890195 GTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACT 144890254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8569 GTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACT 8628

144890255 TGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATAT 144890314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8629 TGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATAT 8688

144890315 CAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAA 144890374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8689 CAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAA 8748

144890375 TTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCC 144890434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8749 TTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCC 8808

144890435 AGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTGATGGGCACAAGACTAGAAAA 144890494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8809 AGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTGATGGGCACAAGACTAGAAAA 8868

144890495 AAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAAAATTCCTGAATAGGTGAAAAAACT 144890554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8869 AAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAAAATTCCTGAATAGGTGAAAAAACT 8928

144890555 ATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAAAAAATAATGCAGTAAACTTACCAA 144890614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8929 ATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAAAAAATAATGCAGTAAACTTACCAA 8988

144890615 TGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAATAAAGACTTTTAACGATGTGAGTC 144890674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8989 TGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAATAAAGACTTTTAACGATGTGAGTC 9048

144890675 TGAATACATCATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTTTAGATTGATGCACAGTGACACTCC 144890734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9049 TGAATACATCATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTTTAGATTGATGCACAGTGACACTCC 9108

144890735 ATATTGAAAGACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTTGACAGAATATATCCGTGAAAGCAG 144890794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9109 ATATTGAAAGACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTTGACAGAATATATCCGTGAAAGCAG 9168

144890795 AACTCTCTAAGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACCCACGAACTTTTATTGGAGTAATTA 144890854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9169 AACTCTCTAAGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACCCACGAACTTTTATTGGAGTAATTA 9228

144890855 CTCAATGAAGTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAACATTATTAAAATAAAAGTTGTTATCC 144890914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9229 CTCAATGAAGTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAACATTATTAAAATAAAAGTTGTTATCC 9288

144890915 AAGAGTTGTTTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTTTTA 144890953
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9289 AAGAGTTGTTTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTTTTA 9327

Alignment time is 6.86442 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2078] =>      2078 nucs 'mol-32-3235-098203_2078'

Score:        1978
Aligned:      2083        nucs
Identic:      2071 ( 99%) nucs =>       901 (100%)      1170 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887547,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890090]
 second seq =>  [        1,      903] EXCISED REGION [      904,     2078]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887547 GTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATC 144887606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATC 60

144887607 AAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAA 144887666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAA 120

144887667 AGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATA 144887726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATA 180

144887727 AAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATAT 144887786
          ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
      181 AAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATTAGTGGATAT 240

144887787 TTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCC 144887846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCC 300

144887847 GCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATC 144887906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATC 360

144887907 TGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTG 144887966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTG 420

144887967 AAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTT 144888026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTT 480

144888027 GCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTG 144888086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTG 540

144888087 CTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGT 144888146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGT 600

144888147 GAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTG 144888206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTG 660

144888207 GAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGC 144888266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGC 720

144888267 CACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACT 144888326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACT 780

144888327 ATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGAT 144888386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGAT 840

144888387 TAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTC 144888446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTC 900

144888447 TAC 144888449
          |||
      901 TAC 903

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      904 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 963

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      964 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1023

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1024 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1083

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1084 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1142

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1143 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1202

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1203 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1262

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1263 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1322

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1323 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1382

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1383 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1442

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1443 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1502

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1503 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1562

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1563 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1622

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1623 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1682

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1683 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1742

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1743 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1802

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1803 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 1862

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1863 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 1922

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1923 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 1982

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     1983 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2040

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAA 144890090
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAA 2078

Alignment time is 1.56445 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     6714] =>      6714 nucs 'mol-32-3240-093685_6714'

Score:        6658
Aligned:      6713        nucs
Identic:      6708 (100%) nucs =>       208 (100%)      6500 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144883453,144883660] EXCISED REGION [144883662,144890166]
 second seq =>  [        1,      208] EXCISED REGION [      210,     6714]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144883661,144883661]
 second seq =>         1 nucs [209,209]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144883660,144883660] to [144883662,144883662]
 second seq =>         1 nucs [208,208] to [210,210]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144883453 TACTTTGAAATTATTTCAAAAATAAAAGTTTTAAAATATGAGTGAAAGATGGCCTTTATG 144883512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TACTTTGAAATTATTTCAAAAATAAAAGTTTTAAAATATGAGTGAAAGATGGCCTTTATG 60

144883513 TTCCAAACTATTTTTAAATGATGCTTGTATAAAACAGCCTTGGAAGATGGGGTTAGCATC 144883572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCCAAACTATTTTTAAATGATGCTTGTATAAAACAGCCTTGGAAGATGGGGTTAGCATC 120

144883573 CTCTTATTAAGCAAAGGGTTAGGCATGCTTTCTGTTAAAAGATAATTTCTCCCTCCAGAA 144883632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTCTTATTAAGCAAAGGGTTAGGCATGCTTTCTGTTAAAAGATAATTTCTCCCTCCAGAA 180

144883633 CAAAGGGTAGACAAGTATACTGCCCATT 144883660
          ||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAAAGGGTAGACAAGTATACTGCCCATT 208

EXCISED REGION

144883662 TAAAATCTTTCTGTTCCCTTAATTCAGGACTTCTCTTCCATAATACAACCAACTGCTTAT 144883721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      210 TAAAATCTTTCTGTTCCCTTAATTCAGGACTTCTCTTCCATAATACAACCAACTGCTTAT 269

144883722 GTGTTTGTCATCTGGCCCTCTTTGTGTCACCATCTAGGAATCAGAGCTCAAATAACTGGT 144883781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      270 GTGTTTGTCATCTGGCCCTCTTTGTGTCACCATCTAGGAATCAGAGCTCAAATAACTGGT 329

144883782 ACAAGGAAACATAAGTAATCCAGCAACTGCTTTCACTATATGTATTAACATCTTTGTTTC 144883841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      330 ACAAGGAAACATAAGTAATCCAGCAACTGCTTTCACTATATGTATTAACATCTTTGTTTC 389

144883842 TGATCTAGAATTCTTGTGTTTTCTGCCAGCATCTTGAAGCTGTGGCAGACTAACTTGTTG 144883901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      390 TGATCTAGAATTCTTGTGTTTTCTGCCAGCATCTTGAAGCTGTGGCAGACTAACTTGTTG 449

144883902 CTTTGAAAGTAGGATAAAATATCAGATTCTTCATAGTTCTTAACAGGTATACTTTTGATT 144883961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      450 CTTTGAAAGTAGGATAAAATATCAGATTCTTCATAGTTCTTAACAGGTATACTTTTGATT 509

144883962 AGCTAAAGTCTACTTTATCTCCTTCCTATTTTAAAACCATTTTCACATGAAATTTACATT 144884021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      510 AGCTAAAGTCTACTTTATCTCCTTCCTATTTTAAAACCATTTTCACATGAAATTTACATT 569

144884022 CAACATAGGGTAAAATTAAATTTATTTACTGAGAACTGAAGTCTTTATAATACTGAGATT 144884081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      570 CAACATAGGGTAAAATTAAATTTATTTACTGAGAACTGAAGTCTTTATAATACTGAGATT 629

144884082 TTATTTCAAAAGACATAGTATTACATTCTATTTGTTTTTATTGGGAGGGTATCTTTTGTT 144884141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      630 TTATTTCAAAAGACATAGTATTACATTCTATTTGTTTTTATTGGGAGGGTATCTTTTGTT 689

144884142 AGCATTTAATTTTTTGATAAAGTCAATGTAAATTTAAGTCTATTTTTATATTTAAAGATT 144884201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      690 AGCATTTAATTTTTTGATAAAGTCAATGTAAATTTAAGTCTATTTTTATATTTAAAGATT 749

144884202 ACATGTATATATTTAAACATTATATATTTATTTAAACAACATGCAGTTGATACTGTTTTA 144884261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      750 ACATGTATATATTTAAACATTATATATTTATTTAAACAACATGCAGTTGATACTGTTTTA 809

144884262 TTATTCTGTTTACTATCTGAATGCAATTTAAGTATTTTTATATTTCATGTGATTATAGAC 144884321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      810 TTATTCTGTTTACTATCTGAATGCAATTTAAGTATTTTTATATTTCATGTGATTATAGAC 869

144884322 ACATTTGGCCACATATCTGCCATAAATGCTTGTTTTATATTTATCCAACTTTCTTGTTTC 144884381
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      870 ACATTTGGCCGCATATCTGCCATAAATGCTTGTTTTATATTTATCCAACTTTCTTGTTTC 929

144884382 TCTTTCCTGCCTTATTTTCAGTATTGTGTATTTTATTTATACTTCTTTTTTTCTATATTG 144884441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      930 TCTTTCCTGCCTTATTTTCAGTATTGTGTATTTTATTTATACTTCTTTTTTTCTATATTG 989

144884442 AAGTTTAGTTATAACTGTTATACCTAATAGTTTCTCTTGAGAATGAAAAGTTATCTTTAG 144884501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      990 AAGTTTAGTTATAACTGTTATACCTAATAGTTTCTCTTGAGAATGAAAAGTTATCTTTAG 1049

144884502 GTTACCTATTTTTACCTCCAAGTACTATTACACTATTTTACAAACACTGTAAGAAGTTTA 144884561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1050 GTTACCTATTTTTACCTCCAAGTACTATTACACTATTTTACAAACACTGTAAGAAGTTTA 1109

144884562 CTATAATACGTTTTCTGAGAGTCATAATTCTCCTTAAATTCTTCCTCAGCCATAACATTC 144884621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1110 CTATAATACGTTTTCTGAGAGTCATAATTCTCCTTAAATTCTTCCTCAGCCATAACATTC 1169

144884622 TATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAACAATGGTAGTCGTTAAAACCACCTTGGTTAATTTGG 144884681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1170 TATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAACAATGGTAGTCGTTAAAACCACCTTGGTTAATTTGG 1229

144884682 CAGATAACATAGTTTATTTAGGTTGTTGCTTACTCTCTTTACAGGTGTATGCTCTATATT 144884741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1230 CAGATAACATAGTTTATTTAGGTTGTTGCTTACTCTCTTTACAGGTGTATGCTCTATATT 1289

144884742 TCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATTTTTAGTACCTTGAA 144884801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1290 TCATCTAGATTGTGGAATCATGTAGGGTGGGGACTAGTGTTATATTTTTAGTACCTTGAA 1349

144884802 TAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATGATATGAG 144884861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1350 TAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTACAATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATGATATGAG 1409

144884862 GATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAAACTTTTT 144884921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1410 GATAACTTGAAACATTTAGCAAACATTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAAACTTTTT 1469

144884922 AAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACATGAATATT 144884981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1470 AAAGTTGGTTTACAAAATTACAATAGAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACATGAATATT 1529

144884982 GTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTATTATTTT 144885041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1530 GTTAGACACTGGATTATTATAATATTTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTATTATTTT 1589

144885042 TCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAAGGAAATT 144885101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1590 TCCTTATTTTGCAAAAATCACATAAAGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAAGGAAATT 1649

144885102 AAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCAGAACCACAATATAT 144885161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1650 AAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCTTTAGATATATTGCAATTACCAGAACCACAATATAT 1709

144885162 ACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGGAAGACAA 144885221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1710 ACATTCTTTCTAATGTATTACAAAAATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGGAAGACAA 1769

144885222 TAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGAAAACAAT 144885281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1770 TAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAATTAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGAAAACAAT 1829

144885282 GGTATTAAGTAGCTGATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATC 144885341
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1830 GGTATTAAGTAGCAGATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATC 1889

144885342 CCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTG 144885401
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1890 CCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTG 1949

144885402 GCCAACATGGTGGAAACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTG 144885461
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1950 GCCAACATGGTGAAAACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTG 2009

144885462 TATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAG 144885521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2010 TATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAG 2069

144885522 GCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTC 144885581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2070 GCAGAGGCTGCAGTGAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTC 2129

144885582 TGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAA 144885641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2130 TGTCTCAAACAAACAAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAA 2189

144885642 GGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGA 144885701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2190 GGAAGGTAGATTTGGAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGA 2249

144885702 AGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTT 144885761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2250 AGAAGAGCTTAAAACACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTT 2309

144885762 TACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAAT 144885821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2310 TACAACGGAGGCATTTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAAT 2369

144885822 ATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCAT 144885881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2370 ATAATCCCCAATTATCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCAT 2429

144885882 TTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAA 144885941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2430 TTTATGGAGTTTACATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAA 2489

144885942 ATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAAT 144886001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2490 ATTTCATCAATTTATATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAAT 2549

144886002 ATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGA 144886061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2550 ATATTTTTAAAAAACAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGA 2609

144886062 TAGAAGTTGGTTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAA 144886121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2610 TAGAAGTTGGTTTAATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAA 2669

144886122 GGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAG 144886181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2670 GGCAACACTTATATTTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAG 2729

144886182 TCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACA 144886241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2730 TCATGATAAATCCATAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACA 2789

144886242 CCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGA 144886301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2790 CCTGCAATCCCAGCACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGA 2849

144886302 GACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGC 144886361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2850 GACCAGCTTGGGCAACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGC 2909

144886362 TGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGC 144886421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2910 TGGGTTTGGTGGTGCACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGC 2969

144886422 TTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGG 144886481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2970 TTGAGCCTAGGAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGG 3029

144886482 ATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCC 144886541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3030 ATGACAGAGTGAGAGGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCC 3089

144886542 ACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTT 144886601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3090 ACACAGAATTACAGTAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTT 3149

144886602 AATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGC 144886661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3150 AATGGTGAATATCAGCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGC 3209

144886662 AAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATA 144886721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3210 AAAGGGAAACTATGACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATA 3269

144886722 ATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAAT 144886781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3270 ATGAATAATGAAAAAATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAAT 3329

144886782 TTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACA 144886841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 TTATAATCAATGAAGATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACA 3389

144886842 AAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTT 144886901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 AAGGTACTATATTTACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTT 3449

144886902 GCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTT 144886961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3450 GCTAATAATAAAAAAGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTT 3509

144886962 AAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATT 144887021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 AAGAGAGTAAAAAGACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATT 3569

144887022 ATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAA 144887081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 ATTGTAATTCAATATGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAA 3629

144887082 TATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGT 144887141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3630 TATTCAGCCAGTAGGCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGT 3689

144887142 TTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATG 144887201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3690 TTGACTGTTTGGTGCTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATG 3749

144887202 TAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAA 144887261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3750 TAACAAAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAA 3809

144887262 ACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCC 144887321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3810 ACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCC 3869

144887322 TACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTT 144887381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3870 TACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTT 3929

144887382 GATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTA 144887441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3930 GATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTA 3989

144887442 GAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTAC 144887501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3990 GAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTAC 4049

144887502 AATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGC 144887561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4050 AATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGC 4109

144887562 ATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAA 144887621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4110 ATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAA 4169

144887622 ATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACC 144887681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4170 ATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACC 4229

144887682 CACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCA 144887741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4230 CACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCA 4289

144887742 GTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAG 144887801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4290 GTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAG 4349

144887802 CAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTC 144887861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4350 CAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTC 4409

144887862 AGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCAT 144887921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4410 AGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCAT 4469

144887922 CTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCAT 144887981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4470 CTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCAT 4529

144887982 AGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGA 144888041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4530 AGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGA 4589

144888042 CTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTC 144888101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4590 CTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTC 4649

144888102 TAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCT 144888161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4650 TAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCT 4709

144888162 CTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGT 144888221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4710 CTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGT 4769

144888222 ACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTT 144888281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4770 ACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTT 4829

144888282 TGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAA 144888341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4830 TGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAA 4889

144888342 TCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTT 144888401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4890 TCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTT 4949

144888402 CTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTA 144888461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4950 CTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTA 5009

144888462 GCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAAC 144888521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5010 GCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAAC 5069

144888522 AGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGT 144888581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5070 AGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGT 5129

144888582 TTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAG 144888641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5130 TTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAG 5189

144888642 AATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGAC 144888701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5190 AATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGAC 5249

144888702 AAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACT 144888761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5250 AAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACT 5309

144888762 GTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAG 144888821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5310 GTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAG 5369

144888822 ACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTA 144888881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5370 ACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTA 5429

144888882 CCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGG 144888941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5430 CCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGG 5489

144888942 AGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGA 144889001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5490 AGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGA 5549

144889002 GATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCT 144889061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5550 GATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCT 5609

144889062 TAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA 144889121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5610 TAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA 5669

144889122 GAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGT 144889181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5670 GAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGT 5729

144889182 ATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAA 144889241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5730 ATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAA 5789

144889242 ATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATC 144889301
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5790 ACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATC 5849

144889302 ATATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAA 144889361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5850 ATATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAA 5909

144889362 CAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTT 144889421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5910 CAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTT 5969

144889422 AGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAAT 144889481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5970 AGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAAT 6029

144889482 AGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGC 144889541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6030 AGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGC 6089

144889542 CTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCT 144889601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6090 CTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCT 6149

144889602 ACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTA 144889661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6150 ACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTA 6209

144889662 GAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAAC 144889721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6210 GAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAAC 6269

144889722 AGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGA 144889781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6270 AGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGA 6329

144889782 AGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAAT 144889841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6330 AGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAAT 6389

144889842 GGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAAC 144889901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6390 GGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAAC 6449

144889902 AGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAG 144889961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6450 AGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAG 6509

144889962 TATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAA 144890021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6510 TATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAA 6569

144890022 GTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAA 144890081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6570 GTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAA 6629

144890082 GAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGA 144890141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6630 GAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGA 6689

144890142 AAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGA 144890166
          |||||||||||||||||||||||||
     6690 AAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGA 6714

Alignment time is 5.09422 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2290] =>      2290 nucs 'mol-32-32f0-027118_2290'

Score:        2289
Aligned:      2289        nucs
Identic:      2289 (100%) nucs =>      1501 (100%)       788 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887742,144889242] EXCISED REGION [144889244,144890031]
 second seq =>  [        1,     1501] EXCISED REGION [     1503,     2290]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [1502,1502]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887742 GTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAG 144887801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAG 60

144887802 CAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTC 144887861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTC 120

144887862 AGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCAT 144887921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCAT 180

144887922 CTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCAT 144887981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCAT 240

144887982 AGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGA 144888041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGA 300

144888042 CTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTC 144888101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTC 360

144888102 TAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCT 144888161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCT 420

144888162 CTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGT 144888221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGT 480

144888222 ACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTT 144888281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTT 540

144888282 TGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAA 144888341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAA 600

144888342 TCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTT 144888401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTT 660

144888402 CTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTA 144888461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTA 720

144888462 GCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAAC 144888521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAAC 780

144888522 AGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGT 144888581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGT 840

144888582 TTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAG 144888641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAG 900

144888642 AATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGAC 144888701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGAC 960

144888702 AAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACT 144888761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACT 1020

144888762 GTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAG 144888821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAG 1080

144888822 ACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTA 144888881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTA 1140

144888882 CCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGG 144888941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGG 1200

144888942 AGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGA 144889001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGA 1260

144889002 GATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCT 144889061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCT 1320

144889062 TAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA 144889121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA 1380

144889122 GAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGT 144889181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGT 1440

144889182 ATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAA 144889241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAA 1500

144889242 A 144889242
          |
     1501 A 1501

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1503 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 1562

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1563 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 1622

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1623 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 1682

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1683 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 1742

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1743 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 1802

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1803 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 1862

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1863 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 1922

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1923 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 1982

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1983 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2042

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2043 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2102

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2162

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 2222

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 144890023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 2282

144890024 GAATATAC 144890031
          ||||||||
     2283 GAATATAC 2290

Alignment time is 1.69235 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2612] =>      2612 nucs 'mol-32-3306-233053_2612'

Score:        2611
Aligned:      2611        nucs
Identic:      2611 (100%) nucs =>      1673 (100%)       938 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887570,144889242] EXCISED REGION [144889244,144890181]
 second seq =>  [        1,     1673] EXCISED REGION [     1675,     2612]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [1674,1674]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887570 TGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTT 144887629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTT 60

144887630 TAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTT 144887689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTT 120

144887690 ATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCT 144887749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCT 180

144887750 AAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAA 144887809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAA 240

144887810 ATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAG 144887869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAG 300

144887870 CTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGT 144887929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGT 360

144887930 TAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAAT 144887989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAAT 420

144887990 GTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAA 144888049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAA 480

144888050 ATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAA 144888109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAA 540

144888110 GTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAA 144888169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAA 600

144888170 TCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAG 144888229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAG 660

144888230 TACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACT 144888289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACT 720

144888290 TTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCA 144888349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCA 780

144888350 CACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCAT 144888409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCAT 840

144888410 GGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAA 144888469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAA 900

144888470 AAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCA 144888529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCA 960

144888530 AAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAA 144888589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAA 1020

144888590 CAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAA 144888649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAA 1080

144888650 AATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAA 144888709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAA 1140

144888710 ACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGC 144888769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGC 1200

144888770 AGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACA 144888829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACA 1260

144888830 ATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAA 144888889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAA 1320

144888890 ATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGC 144888949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGC 1380

144888950 TGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGG 144889009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGG 1440

144889010 TTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCA 144889069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCA 1500

144889070 TTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCT 144889129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCT 1560

144889130 ATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCA 144889189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCA 1620

144889190 GTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 1673

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 1734

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 1794

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 1854

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 1914

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 1974

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 2034

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 2094

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2095 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2154

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2155 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2214

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2215 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2274

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2275 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2334

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2335 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 2394

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 144890023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2395 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 2454

144890024 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 144890083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2455 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 2514

144890084 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 144890143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2515 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 2574

144890144 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAG 144890181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2575 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAG 2612

Alignment time is 2.01579 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     3763] =>      3763 nucs 'mol-32-3311-036830_3763'

Score:        3762
Aligned:      3762        nucs
Identic:      3762 (100%) nucs =>      2036 (100%)      1726 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887207,144889242] EXCISED REGION [144889244,144890969]
 second seq =>  [        1,     2036] EXCISED REGION [     2038,     3763]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [2037,2037]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887207 AAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAAC 144887266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAATGAATAGACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAAC 60

144887267 CTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTT 144887326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTT 120

144887327 AGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTC 144887386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTC 180

144887387 ATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACT 144887446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACT 240

144887447 AAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGA 144887506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGA 300

144887507 ACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACA 144887566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACA 360

144887567 GACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAAT 144887626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAAT 420

144887627 TTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTA 144887686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTA 480

144887687 TTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACA 144887746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACA 540

144887747 GCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTG 144887806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTG 600

144887807 AAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAG 144887866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAG 660

144887867 GAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAAC 144887926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAAC 720

144887927 AGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGAC 144887986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGAC 780

144887987 AATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTA 144888046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTA 840

144888047 AAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAA 144888106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAA 900

144888107 GAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCC 144888166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCC 960

144888167 AAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAAT 144888226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAAT 1020

144888227 AAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATT 144888286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATT 1080

144888287 ACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAG 144888346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAG 1140

144888347 TCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCT 144888406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCT 1200

144888407 CATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAA 144888466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAA 1260

144888467 AAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGA 144888526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGA 1320

144888527 CCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTC 144888586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTC 1380

144888587 TAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGT 144888646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGT 1440

144888647 AAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTT 144888706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTT 1500

144888707 GAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTT 144888766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTT 1560

144888767 AGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTG 144888826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTG 1620

144888827 ACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACT 144888886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACT 1680

144888887 AAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTA 144888946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTA 1740

144888947 AGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAA 144889006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAA 1800

144889007 TGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAAT 144889066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAAT 1860

144889067 CCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAAT 144889126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAAT 1920

144889127 TCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGA 144889186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGA 1980

144889187 GCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 2036

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 2097

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 2157

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 2217

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 2277

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 2337

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 2397

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 2457

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2517

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2577

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2637

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2697

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 2757

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 144890023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 2817

144890024 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 144890083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 2877

144890084 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 144890143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 2937

144890144 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAG 144890203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAG 2997

144890204 CAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGAT 144890263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 CAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGAT 3057

144890264 TATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAA 144890323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 TATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAA 3117

144890324 AATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAA 144890383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 AATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAA 3177

144890384 TTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAG 144890443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 TTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAG 3237

144890444 TATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAG 144890503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 TATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAG 3297

144890504 AAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAAAATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTA 144890563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3298 AAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAAAATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTA 3357

144890564 GTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAAAAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACA 144890623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3358 GTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAAAAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACA 3417

144890624 GCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAATAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACAT 144890683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3418 GCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAATAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACAT 3477

144890684 CATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTTTAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAA 144890743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3478 CATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTTTAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAA 3537

144890744 GACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTTGACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTA 144890803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3538 GACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTTGACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTA 3597

144890804 AGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACCCACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAA 144890863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3598 AGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACCCACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAA 3657

144890864 GTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAACATTATTAAAATAAAAGTTGTTATCCAAGAGTTGT 144890923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3658 GTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAACATTATTAAAATAAAAGTTGTTATCCAAGAGTTGT 3717

144890924 TTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTTTTAAAAGTAAAACCAACAT 144890969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3718 TTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTTTTAAAAGTAAAACCAACAT 3763

Alignment time is 2.94599 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2259] =>      2259 nucs 'mol-32-3311-120223_2259'

Score:        2231
Aligned:      2231        nucs
Identic:      2231 (100%) nucs =>      1534 (100%)       697 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887709,144889242] EXCISED REGION [144889244,144889940]
 second seq =>  [       28,     1561] EXCISED REGION [     1563,     2259]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [1562,1562]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887709 CATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTT 144887768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       28 CATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTT 87

144887769 AACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTT 144887828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       88 AACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTT 147

144887829 TGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCAT 144887888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      148 TGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCAT 207

144887889 ACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTA 144887948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      208 ACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTA 267

144887949 ATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTT 144888008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      268 ATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTT 327

144888009 TAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGC 144888068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      328 TAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGC 387

144888069 ATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAG 144888128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      388 ATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAG 447

144888129 TAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGC 144888188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      448 TAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGC 507

144888189 ATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCA 144888248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      508 ATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCA 567

144888249 TAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACA 144888308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      568 TAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACA 627

144888309 TTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATA 144888368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      628 TTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATA 687

144888369 ATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTG 144888428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      688 ATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTG 747

144888429 AAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGAT 144888488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      748 AAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGAT 807

144888489 TTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTA 144888548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      808 TTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTA 867

144888549 TACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTAT 144888608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      868 TACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTAT 927

144888609 CTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCA 144888668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      928 CTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCA 987

144888669 AAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAA 144888728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      988 AAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAA 1047

144888729 AAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGT 144888788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1048 AAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGT 1107

144888789 TATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAA 144888848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1108 TATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAA 1167

144888849 TTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTG 144888908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1168 TTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTG 1227

144888909 CATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTA 144888968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1228 CATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTA 1287

144888969 TTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTT 144889028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1288 TTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTT 1347

144889029 AAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTC 144889088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1348 AAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTC 1407

144889089 TAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTC 144889148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1408 TAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTC 1467

144889149 ATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTG 144889208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1468 ATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTG 1527

144889209 TCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1528 TCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 1561

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1563 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 1622

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1623 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 1682

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1683 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 1742

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1743 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 1802

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1803 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 1862

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1863 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 1922

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1923 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 1982

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1983 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2042

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2043 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2102

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2162

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2222

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTA 144889940
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTA 2259

Alignment time is 1.78283 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     4772] =>      4772 nucs 'mol-32-3327-101702_4772'

Score:        4738
Aligned:      4771        nucs
Identic:      4768 (100%) nucs =>       708 (100%)      4060 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144884587,144885294] EXCISED REGION [144885296,144889358]
 second seq =>  [        1,      708] EXCISED REGION [      710,     4772]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144885295,144885295]
 second seq =>         1 nucs [709,709]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144884587 AATTCTCCTTAAATTCTTCCTCAGCCATAACATTCTATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAAC 144884646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATTCTCCTTAAATTCTTCCTCAGCCATAACATTCTATAGCATTTCTCCTTCCTTTGAAC 60

144884647 AATGGTAGTCGTTAAAACCACCTTGGTTAATTTGGCAGATAACATAGTTTATTTAGGTTG 144884706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATGGTAGTCGTTAAAACCACCTTGGTTAATTTGGCAGATAACATAGTTTATTTAGGTTG 120

144884707 TTGCTTACTCTCTTTACAGGTGTATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAG 144884766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGCTTACTCTCTTTACAGGTGTATGCTCTATATTTCATCTAGATTGTGGAATCATGTAG 180

144884767 GGTGGGGACTAGTGTTATATTTTTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTAC 144884826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTGGGGACTAGTGTTATATTTTTAGTACCTTGAATAATGTTTTGCAAATAGTAGGTTAC 240

144884827 AATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACA 144884886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATGACTTTTCTTGTTCTTATTTTCATGATATGAGGATAACTTGAAACATTTAGCAAACA 300

144884887 TTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATA 144884946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTCCAAATAGGACTCATAACTAAGCAAACTTTTTAAAGTTGGTTTACAAAATTACAATA 360

144884947 GAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATAT 144885006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAGCCAAACATTTGTGAATAACTGACATGAATATTGTTAGACACTGGATTATTATAATAT 420

144885007 TTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAA 144885066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTAATTATTATAATAATATGTGTAGTATTATTTTTCCTTATTTTGCAAAAATCACATAA 480

144885067 AGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCT 144885126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGTGTTTTTATTTAAATTTTGCAGCCAAGGAAATTAAAGTAGAGGTAGGTTTTAAAATCT 540

144885127 TTAGATATATTGCAATTACCAGAACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAA 144885186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTAGATATATTGCAATTACCAGAACCACAATATATACATTCTTTCTAATGTATTACAAAA 600

144885187 ATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAAT 144885246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATACAATAGGAACATGAAATATGAGAGGAAGACAATAGAATTAGGAGCAAATTTAGAAAT 660

144885247 TAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGC 144885294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAAAACAGTAAAATGCTTGAAAAAATGAAAACAATGGTATTAAGTAGC 708

EXCISED REGION

144885296 GATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGA 144885355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      710 GATTTAAAAAAAAATAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGA 769

144885356 GGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGGA 144885415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
      770 GGCCAAGGTGGGCAGATCAGAAGGTCAGGAGATCAAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAA 829

144885416 AACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCC 144885475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      830 AACCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGCAGTGTATGCCTGTAGTCC 889

144885476 CAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGT 144885535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      890 CAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAAACTGGGAGGCAGAGGCTGCAGT 949

144885536 GAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAAC 144885595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      950 GAGCTTCACACCACTGCACTCCAGTCTGAGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAACAAAC 1009

144885596 AAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTG 144885655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1010 AAACCTACAAACAAAACACAAAAACATAGCACAAGTATAATCACAAGGAAGGTAGATTTG 1069

144885656 GAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAA 144885715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1070 GAGAAAATGTCCTTAGAGAATCACAGCAAGAAAATGGAATAAATGAAGAAGAGCTTAAAA 1129

144885716 CACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCAT 144885775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1130 CACTTGGACCAAAAAATGAGAAGGTCTAACATATGTCCAAACTCTTTACAACGGAGGCAT 1189

144885776 TTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTA 144885835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1190 TTTAGATAATTTTACTAGTGTGACCAATAAAATTCTCACGTAAAATATAATCCCCAATTA 1249

144885836 TCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTAC 144885895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1250 TCTCCAAACTGAATTAGGTTATAGAATTAAAAAAAATCCAACTCATTTTATGGAGTTTAC 1309

144885896 ATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTA 144885955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1310 ATACACTTGATATTAAAATATAATAAAAATTGTACATTTAAAGCAAATTTCATCAATTTA 1369

144885956 TATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAA 144886015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1370 TATTGATGAAAAAATAGTTGAAAATTAGGGAACCTAGATAAGCAATATATTTTTAAAAAA 1429

144886016 CAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTA 144886075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 CAATAATGCATTTTGACAAAGTTGGGAATGAGTGTGTTCCCAGAGATAGAAGTTGGTTTA 1489

144886076 ATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATAT 144886135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1490 ATATTAGAAAAGCATTGAATAAAGTTCACTATAGTAATATATTAAAGGCAACACTTATAT 1549

144886136 TTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCA 144886195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1550 TTTCATGTCAGTGGAGATTGAGAGAACACATGATTGAATTCAATAGTCATGATAAATCCA 1609

144886196 TAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGC 144886255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1610 TAATTCCTAGCGAATTAAGAATAGAGGCCAACCATGATGACTCACACCTGCAATCCCAGC 1669

144886256 ACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCA 144886315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1670 ACCTTGGTAGACCAAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGAGTTTGAGACCAGCTTGGGCA 1729

144886316 ACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTG 144886375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1730 ACATAGTGAGATCCCATCTCTATAAAAAGTTATAAAAAGTATTAGCTGGGTTTGGTGGTG 1789

144886376 CACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGG 144886435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1790 CACACTTGTGGTCCAGTTATTCAAGAAGCATAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCTAGGAGG 1849

144886436 TTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGA 144886495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1850 TTGAGGCTGCAGTGAGCCATGTATGTGCCACTGCACTCCTGCTTGGATGACAGAGTGAGA 1909

144886496 GGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAG 144886555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1910 GGGTCTCACAAAAGGGAAAAAAAGAATAAAGATAACTTTTTTGTCCACACAGAATTACAG 1969

144886556 TAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCA 144886615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1970 TAGCTAAACCGCAGCAACAACTTCAGCAATAGCAAGTATTATACTTAATGGTGAATATCA 2029

144886616 GCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATG 144886675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2030 GCAGTGTTCCCTCTTGAAGAACAAGGCAATGCCATAAAGGGAATGCAAAGGGAAACTATG 2089

144886676 ACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAA 144886735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 ACAGAAGTAGTACTGCAAATCATTGAGTAGAGATTTTAACCTCATAATGAATAATGAAAA 2149

144886736 AATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAA 144886795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 AATACTGAACTCAGACCCTTTTCTCACCTCATATACACACATCAATTTATAATCAATGAA 2209

144886796 GATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTT 144886855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 GATTTAAATGTAAGAGACAAAATTACAAATATTTTAGAATAAAACAAAGGTACTATATTT 2269

144886856 ACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAA 144886915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 ACGACTGTAGGGTTGGAAAATATATTTTTAAGTGCAATGCAAATTTGCTAATAATAAAAA 2329

144886916 AGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAG 144886975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 AGACACTAAGAACCATTAAGAAATTCTATTCTACAGCAGGTTAGTTAAGAGAGTAAAAAG 2389

144886976 ACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATA 144887035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 ACAGTTTAAAATTCAGAGAATATAGTTGCACATATAAAACCAAATTATTGTAATTCAATA 2449

144887036 TGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAG 144887095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 TGGCAGTTCTTATTGGATTTATATAATGTTCATGCAACAGGCCTAATATTCAGCCAGTAG 2509

144887096 GCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTG 144887155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 GCTACTAAATATATAGTCTCATCTATTGTGTATTTCAATCATCAGTTTGACTGTTTGGTG 2569

144887156 CTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATA 144887215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 CTCATGACACAAATTGTTAAGTATATGGAATATTATCTCCGATATGTAACAAAATGAATA 2629

144887216 GACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGA 144887275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 GACCTTTAGAATATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGA 2689

144887276 CAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAA 144887335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 CAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAA 2749

144887336 TAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAA 144887395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 TAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAA 2809

144887396 TGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTT 144887455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2810 TGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTT 2869

144887456 CCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTG 144887515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2870 CCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTG 2929

144887516 TCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTC 144887575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2930 TCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTC 2989

144887576 TTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCA 144887635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2990 TTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCA 3049

144887636 TGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGA 144887695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3050 TGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGA 3109

144887696 TGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAG 144887755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3110 TGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAG 3169

144887756 TTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATAC 144887815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3170 TTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATAC 3229

144887816 CAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTC 144887875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3230 CAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTC 3289

144887876 AATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTT 144887935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3290 AATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTT 3349

144887936 TGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCC 144887995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3350 TGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCC 3409

144887996 AGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAA 144888055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3410 AGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAA 3469

144888056 CTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATT 144888115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3470 CTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATT 3529

144888116 CTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTA 144888175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3530 CTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTA 3589

144888176 TTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGA 144888235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3590 TTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGA 3649

144888236 GAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCAT 144888295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3650 GAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCAT 3709

144888296 CTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGG 144888355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3710 CTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGG 3769

144888356 AGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGT 144888415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3770 AGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGT 3829

144888416 TCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAA 144888475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3830 TCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAA 3889

144888476 GAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACAC 144888535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3890 GAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACAC 3949

144888536 TCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCT 144888595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3950 TCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCT 4009

144888596 CATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTC 144888655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4010 CATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTC 4069

144888656 CAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTAC 144888715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4070 CAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTAC 4129

144888716 TCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTAT 144888775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4130 TCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTAT 4189

144888776 CAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTT 144888835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4190 CAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTT 4249

144888836 AGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTG 144888895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4250 AGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTG 4309

144888896 TGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTA 144888955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4310 TGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTA 4369

144888956 CATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATA 144889015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4370 CATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATA 4429

144889016 TAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTT 144889075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4430 TAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTT 4489

144889076 TTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATAT 144889135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4490 TTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATAT 4549

144889136 TTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTA 144889195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4550 TTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTA 4609

144889196 AAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTAT 144889255
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     4610 AAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTAT 4669

144889256 TACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATAT 144889315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4670 TACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATAT 4729

144889316 ATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCC 144889358
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4730 ATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCC 4772

Alignment time is 3.68431 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2296] =>      2296 nucs 'mol-32-3395-085846_2296'

Score:        2295
Aligned:      2295        nucs
Identic:      2295 (100%) nucs =>      1547 (100%)       748 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887696,144889242] EXCISED REGION [144889244,144889991]
 second seq =>  [        1,     1547] EXCISED REGION [     1549,     2296]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [1548,1548]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887696 TGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAG 144887755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAG 60

144887756 TTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATAC 144887815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATAC 120

144887816 CAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTC 144887875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTC 180

144887876 AATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTT 144887935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTT 240

144887936 TGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCC 144887995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCC 300

144887996 AGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAA 144888055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAA 360

144888056 CTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATT 144888115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATT 420

144888116 CTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTA 144888175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTA 480

144888176 TTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGA 144888235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGA 540

144888236 GAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCAT 144888295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCAT 600

144888296 CTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGG 144888355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGG 660

144888356 AGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGT 144888415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGT 720

144888416 TCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAA 144888475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAA 780

144888476 GAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACAC 144888535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACAC 840

144888536 TCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCT 144888595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCT 900

144888596 CATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTC 144888655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTC 960

144888656 CAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTAC 144888715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTAC 1020

144888716 TCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTAT 144888775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTAT 1080

144888776 CAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTT 144888835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTT 1140

144888836 AGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTG 144888895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTG 1200

144888896 TGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTA 144888955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTA 1260

144888956 CATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATA 144889015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATA 1320

144889016 TAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTT 144889075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTT 1380

144889076 TTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATAT 144889135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATAT 1440

144889136 TTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTA 144889195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTA 1500

144889196 AAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 1547

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 1608

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1609 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 1668

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 1728

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1729 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 1788

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 1848

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1849 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 1908

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1909 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 1968

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1969 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2028

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2029 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2088

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2089 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2148

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2149 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2208

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2209 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 2268

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCAC 144889991
          ||||||||||||||||||||||||||||
     2269 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCAC 2296

Alignment time is 1.76856 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2330] =>      2330 nucs 'mol-32-33a0-094780_2330'

Score:        2329
Aligned:      2329        nucs
Identic:      2329 (100%) nucs =>      1534 (100%)       795 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887709,144889242] EXCISED REGION [144889244,144890038]
 second seq =>  [        1,     1534] EXCISED REGION [     1536,     2330]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [1535,1535]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887709 CATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTT 144887768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTT 60

144887769 AACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTT 144887828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTT 120

144887829 TGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCAT 144887888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCAT 180

144887889 ACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTA 144887948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTA 240

144887949 ATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTT 144888008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTT 300

144888009 TAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGC 144888068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGC 360

144888069 ATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAG 144888128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAG 420

144888129 TAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGC 144888188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGC 480

144888189 ATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCA 144888248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCA 540

144888249 TAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACA 144888308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACA 600

144888309 TTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATA 144888368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATA 660

144888369 ATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTG 144888428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTG 720

144888429 AAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGAT 144888488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCTAAAAAAAATAAGAGTTACTATGAT 780

144888489 TTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTA 144888548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGTGACCAAAACACTCAGCTTTCATTA 840

144888549 TACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTAT 144888608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTTTCTAACAATCTCATTAATCTTTAT 900

144888609 CTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCA 144888668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAATGTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCA 960

144888669 AAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAA 144888728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAGTTGAAACTTACTCTGTGAATACAA 1020

144888729 AAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGT 144888788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTCTTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGT 1080

144888789 TATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAA 144888848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACTTGACAATATTTAGAACTAGAATAA 1140

144888849 TTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTG 144888908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCACTAAAATACTGTGTGTATGTAGTG 1200

144888909 CATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTA 144888968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTA 1260

144888969 TTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTT 144889028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTT 1320

144889029 AAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTC 144889088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTC 1380

144889089 TAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTC 144889148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTC 1440

144889149 ATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTG 144889208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTG 1500

144889209 TCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 1534

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1536 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 1595

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1596 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 1655

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1656 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 1715

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1716 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 1775

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1776 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 1835

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1836 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 1895

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1896 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 1955

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1956 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2015

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2016 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2075

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2076 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2135

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2136 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2195

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2196 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 2255

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 144890023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2256 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 2315

144890024 GAATATACTAAGTAC 144890038
          |||||||||||||||
     2316 GAATATACTAAGTAC 2330

Alignment time is 1.74268 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     3045] =>      3045 nucs 'mol-32-3487-099335_3045'

Score:        2912
Aligned:      3050        nucs
Identic:      3035 (100%) nucs =>      1075 (100%)      1960 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887372,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890882]
 second seq =>  [        1,     1078] EXCISED REGION [     1079,     3045]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887372 AATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAA 144887431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAA 60

144887432 ATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAAC 144887491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAAC 120

144887492 TGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTG 144887551
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCAGAGTACAATGAACTCATCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTG 180

144887552 TGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCC 144887611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCC 240

144887612 AGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGAC 144887671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGAC 300

144887672 AAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACC 144887731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACC 360

144887732 ACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACA 144887791
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
      361 ACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATTAGTGGATATTTACA 420

144887792 CAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGAT 144887851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGAT 480

144887852 CTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATC 144887911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATC 540

144887912 ATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGA 144887971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGA 600

144887972 ATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGA 144888031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGA 660

144888032 GAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTT 144888091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTT 720

144888092 CCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAG 144888151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAG 780

144888152 CGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACT 144888211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACT 840

144888212 AGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCC 144888271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCC 900

144888272 TATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGC 144888331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGC 960

144888332 CACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATC 144888391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATC 1020

144888392 GATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 1078

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1138

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1139 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1198

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1258

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1259 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1317

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1318 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1377

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1378 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1437

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1438 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1497

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1557

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1617

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1618 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1677

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1737

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1797

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 AGAATCCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1857

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 1917

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 1977

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 2037

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 2097

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2098 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2157

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2158 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2215

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2216 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2273

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2274 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 2333

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2334 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2393

144890231 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 144890290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2394 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGA 2453

144890291 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 144890350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2454 ATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAAAATACTGATATTTTCTTCATTTTATGA 2513

144890351 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 144890410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2514 TGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAATTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTG 2573

144890411 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 144890470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2574 GCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAGTATTGTTTTATCTACTATGCATCCACA 2633

144890471 GTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 144890530
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2634 GTAGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAGAAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAA 2693

144890531 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAA 144890590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2694 AATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTAGTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAA 2753

144890591 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAA 144890650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2754 AAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACAGCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAA 2813

144890651 TAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACATCATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTT 144890710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2814 TAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACATCATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTT 2873

144890711 TAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAAGACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTT 144890770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2874 TAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAAGACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTT 2933

144890771 GACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTAAGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACC 144890830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2934 GACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTAAGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACC 2993

144890831 CACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAAGTATAGTAAAAGACAGAGG 144890882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2994 CACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAAGTATAGTAAAAGACAGAGG 3045

Alignment time is 2.26447 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2544] =>      2544 nucs 'mol-32-349d-173914_2544'

Score:        2433
Aligned:      2549        nucs
Identic:      2536 ( 99%) nucs =>      1220 (100%)      1316 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887227,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890236]
 second seq =>  [        1,     1223] EXCISED REGION [     1224,     2544]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887227 TATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAA 144887286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAA 60

144887287 TTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTG 144887346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTG 120

144887347 TATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATG 144887406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATG 180

144887407 AGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGA 144887466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGA 240

144887467 ACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGA 144887526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      241 ACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCATCTGTCTATATTTGA 300

144887527 GTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAA 144887586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAA 360

144887587 ATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTA 144887646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTA 420

144887647 ATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTT 144887706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTT 480

144887707 CCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTT 144887766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
      481 CCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTT 540

144887767 TTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCAT 144887826
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTAGCTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCAT 600

144887827 TTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATC 144887886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATC 660

144887887 ATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAAT 144887946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAAT 720

144887947 TAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATC 144888006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATC 780

144888007 TTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTAT 144888066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTAT 840

144888067 GCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGC 144888126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGC 900

144888127 AGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAA 144888186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAA 960

144888187 GCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAG 144888246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAG 1020

144888247 CATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAA 144888306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAA 1080

144888307 CATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAA 144888366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAA 1140

144888367 TAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTT 144888426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTT 1200

144888427 TGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 144888449
          |||||||||||||||||||||||
     1201 TGAAACTGGAAATCTGTTTCTAC 1223

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1224 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1283

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1284 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1343

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1344 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1403

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1404 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1462

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1463 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1522

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1523 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1582

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1642

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1702

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1762

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1763 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1822

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1823 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1882

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1883 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1942

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1943 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 2002

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2003 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 2062

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2063 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 2122

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2123 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 2182

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2183 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 2242

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2243 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2302

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2303 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2360

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2361 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2418

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2419 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 2478

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2479 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2538

144890231 TTATAA 144890236
          ||||||
     2539 TTATAA 2544

Alignment time is 1.90627 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2561] =>      2561 nucs 'mol-32-34a8-058285_2561'

Score:        2450
Aligned:      2566        nucs
Identic:      2553 ( 99%) nucs =>      1201 (100%)      1352 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887246,144888449] EXCISED REGION [144888911,144890272]
 second seq =>  [        1,     1204] EXCISED REGION [     1205,     2561]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       461 nucs [144888450,144888910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144888450,144888450] to [144888910,144888910]
 second seq =>         0 nucs

144887246 ATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCA 144887305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCTAAGAAGCAGAAAACAACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCA 60

144887306 CACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATAT 144887365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CACATCAATGCCAGCCTACTTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATAT 120

144887366 TTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATG 144887425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTATCAAATTAAAGTTGATTCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATG 180

144887426 AAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGT 144887485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAAAAATCCAAAGTAGAACTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGT 240

144887486 ATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCG 144887545
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGAACTGCAGAGTACAATGAACTCATCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCG 300

144887546 TGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTAT 144887605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTGTGTGTGTGATGCATACAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTAT 360

144887606 CAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAA 144887665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAAGCCAGAAAGAAAAATAATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAA 420

144887666 AAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACAT 144887725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGGACAAGTTCTACCCACTATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACAT 480

144887726 AAAACCACATTATGCAGTACAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATA 144887785
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      481 AAAACCACATTATGCAGTAGAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAGCTGAATTAGTGGATA 540

144887786 TTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTC 144887845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTACACAGTACCTAGCAGTGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTC 600

144887846 CGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAAT 144887905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CGCGATCTTGTTTTTCAGTAGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAAT 660

144887906 CTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGT 144887965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTGATCATTTTAGCATCTAACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGT 720

144887966 GAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACT 144888025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAAGGAATTTTTCCATAGGACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACT 780

144888026 TGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCT 144888085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGCTGAGAAGCAGAGACTTTAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCT 840

144888086 GCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATG 144888145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCTGTTCCAGACATTCTAAAAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATG 900

144888146 TGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATT 144888205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGAGAGCGAATGTCCTCTCCCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATT 960

144888206 GGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTG 144888265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGAACTAGGGCCTTGTACAATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTG 1020

144888266 CCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAAC 144888325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCACCCTATTTAACTTTGATTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAAC 1080

144888326 TATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGA 144888385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATGGCCACACTTCAATCTAGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGA 1140

144888386 TTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTT 144888445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTAATCGATATGCTTTCTTCTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTT 1200

144888446 CTAC 144888449
          ||||
     1201 CTAC 1204

EXCISED REGION

144888911 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 144888970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1205 TATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATT 1264

144888971 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 144889030
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1265 GTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAGTGGTTTATATAATAATCTGTTTAA 1324

144889031 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 144889090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1325 AAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTA 1384

144889091 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 144889150
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1385 AATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAA-AAATTCTATATATTTACTTGTTTCTCAT 1443

144889151 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 144889210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1444 AAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTC 1503

144889211 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 144889270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1504 TTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACTTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCA 1563

144889271 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 144889330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 AAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATATGTATCTATATATCATCACCAGACAA 1623

144889331 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 144889390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 ACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAGGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCC 1683

144889391 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 144889450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1684 AAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGAAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAA 1743

144889451 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATT 144889510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1744 TGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGCCCAACCTACTCCAATTTGTCTCCATT 1803

144889511 GACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 144889570
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1804 GACTCCTCTAACAATTCCTTGAATACTCAGCCTTAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTA 1863

144889571 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 144889630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 GCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGT 1923

144889631 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 144889690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 AGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAAGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAAC 1983

144889691 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 144889750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 CATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAGGAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAA 2043

144889751 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 144889810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 TTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAGGAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAA 2103

144889811 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 144889870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 GGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGGGAAGAAATGATAAGAATGATATTTCAC 2163

144889871 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 144889930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2164 CAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAGGAGAAAATTATCATTTATCACTTTATT 2223

144889931 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTATAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 144889990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2224 GAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTGTAATTCAAATATCAGATAATAAAACCA 2283

144889991 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAA 144890050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
     2284 CAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGTGAATATACTAAGTACGCCACAGAAG-- 2341

144890051 GTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 144890110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2342 --AAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGAGCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAAC 2399

144890111 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 144890170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAAAGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGT 2459

144890171 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 144890230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 AATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAGCAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTT 2519

144890231 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAG 144890272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGATTATTCAAAG 2561

Alignment time is 1.96325 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     2108] =>      2108 nucs 'mol-32-34c9-054901_2108'

Score:        2097
Aligned:      2097        nucs
Identic:      2097 (100%) nucs =>       338 (100%)      1759 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144888905,144889242] EXCISED REGION [144889244,144891002]
 second seq =>  [        1,      338] EXCISED REGION [      340,     2098]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144889243,144889243]
 second seq =>         1 nucs [339,339]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [144889243,144889249] to [144889244,144889250]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144888905 AGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCT 144888964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGCTAAGCTGTTTACATTTTCCT 60

144888965 TTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCT 144889024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGATAATGGTTTATATAATAATCT 120

144889025 GTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTG 144889084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAAATCCATTAGTTTTAGCATTG 180

144889085 ATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTT 144889144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAAATTCTATATATTTACTTGTT 240

144889145 TCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCA 144889204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATTGAGCAGTTTTAAAAGATTCA 300

144889205 ATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 144889242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAA 338

EXCISED REGION

144889244 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 144889303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      340 TTTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCAT 399

144889304 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 144889363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      400 ATGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACA 459

144889364 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 144889423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      460 GGGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAG 519

144889424 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 144889483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      520 AAGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAG 579

144889484 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 144889543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      580 CCCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCT 639

144889544 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 144889603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      640 TAAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTAC 699

144889604 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 144889663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      700 ACATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGA 759

144889664 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      760 AGCTAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 819

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      820 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 879

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      880 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 939

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      940 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 999

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1000 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 1059

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 144890023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1060 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 1119

144890024 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 144890083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1120 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 1179

144890084 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 144890143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1180 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 1239

144890144 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAG 144890203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1240 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAG 1299

144890204 CAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGAT 144890263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1300 CAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGAT 1359

144890264 TATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAA 144890323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1360 TATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAA 1419

144890324 AATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAA 144890383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1420 AATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAA 1479

144890384 TTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAG 144890443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1480 TTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAG 1539

144890444 TATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAG 144890503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1540 TATTGTTTTATCTACTATGCATCCACAGTTGATGGGCACAAGACTAGAAAAAAAGCAAAG 1599

144890504 AAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAAAATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTA 144890563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1600 AAAGTAATTTTAATTTGTGTAGAAAAAAATTCCTGAATAGGTGAAAAAACTATGCATGTA 1659

144890564 GTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAAAAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACA 144890623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1660 GTATGAAAGATAATATTGCAATCAAAAAAAATAATGCAGTAAACTTACCAATGGGACACA 1719

144890624 GCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAATAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACAT 144890683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1720 GCTTAGTTAAGTAATTCATTTCAAGAATAAAGACTTTTAACGATGTGAGTCTGAATACAT 1779

144890684 CATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTTTAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAA 144890743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1780 CATTCAGGTCAAACACTAGATTAGTTTTAGATTGATGCACAGTGACACTCCATATTGAAA 1839

144890744 GACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTTGACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTA 144890803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1840 GACAATGCAGTTTTGCTATAAAATGTTGACAGAATATATCCGTGAAAGCAGAACTCTCTA 1899

144890804 AGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACCCACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAA 144890863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1900 AGCTGAAAACTGAGTCTCAGTGTTACCCACGAACTTTTATTGGAGTAATTACTCAATGAA 1959

144890864 GTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAACATTATTAAAATAAAAGTTGTTATCCAAGAGTTGT 144890923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1960 GTATAGTAAAAGACAGAGGACTCAACATTATTAAAATAAAAGTTGTTATCCAAGAGTTGT 2019

144890924 TTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTTTTAAAAGTAAAACCAACATACTTTGCTTTTTTT 144890983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2020 TTAAGCAAAAATAATTTTTTCTGTGTTTTAAAAGTAAAACCAACATACTTTGCTTTTTTT 2079

144890984 TTTTTTTTTTTTTTTTTTT 144891002
          |||||||||||||||||||
     2080 TTTTTTTTTTTTTTTTTTT 2098

Alignment time is 1.62068 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [144878449,144898910] =>     20462 nucs '3 dna:chromosome chromosome:GRCh37:3:1:198022430:1'
Second seq [        1,     3236] =>      3236 nucs 'mol-32-34d4-102254_3236'

Score:        3202
Aligned:      3235        nucs
Identic:      3232 (100%) nucs =>        37 (100%)      3195 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [144887227,144887263] EXCISED REGION [144887265,144890461]
 second seq =>  [        1,       37] EXCISED REGION [       39,     3236]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [144887264,144887264]
 second seq =>         1 nucs [38,38]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2442,2442]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [144887264,144887264] to [144887265,144887265]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [144887262,144887263] to [144887265,144887266]
 second seq =>         2 nucs [36,37] to [39,40]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

144887227 TATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAAC 144887263
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATAACATTGTATTATAAAATCTAAGAAGCAGAAAAC 37

EXCISED REGION

144887265 ACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTAC 144887324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       39 ACCTAGAGGGACAATACCACAATTAATGTACATTGGACCCACACATCAATGCCAGCCTAC 98

144887325 TTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGAT 144887384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       99 TTAGGTCACAATAATATATGTGTATTCTAATTGACATATATTTATCAAATTAAAGTTGAT 158

144887385 TCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAA 144887444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      159 TCATATAGGAATGAAGGGAATGAGAACATACATTGGAGATGAAAAAAATCCAAAGTAGAA 218

144887445 CTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAAT 144887504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      219 CTAAGATGTTTCCTAGTACAGAACAATGAAACTTGTCATGTATGAACTGCAGAGTACAAT 278

144887505 GAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATA 144887564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      279 GAACTCGTCTGTCTATATTTGAGTTTTTATATGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGATGCATA 338

144887565 CAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATA 144887624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      339 CAGACTGTTTCTTTCATCAGAAATTTGATGTACAACATTATCAAGCCAGAAAGAAAAATA 398

144887625 ATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCAC 144887684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      399 ATTTTTAGGCATGAAAATGTTAATAACAGAAAAATTTCCAAAAGGACAAGTTCTACCCAC 458

144887685 TATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTA 144887744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      459 TATTTATAAGATGATCTCTTTTCCCATCACATTTAAAACATAAAACCACATTATGCAGTA 518

144887745 CAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAG 144887804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      519 CAGCTAAAGAGTTTCCTCACTTTTAACTGAATTAGTGGATATTTACACAGTACCTAGCAG 578

144887805 TGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGT 144887864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      579 TGAAAATATACCAACCATTCATTTTGTTACCACAGTTTGTCCGCGATCTTGTTTTTCAGT 638

144887865 AGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTA 144887924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      639 AGGAGCTTTTCAATCTATAATCATACATTTTGGAAGAAAATCTGATCATTTTAGCATCTA 698

144887925 ACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGG 144887984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      699 ACAGTTAAGTTTGCTTGTGAATTAATAGAAAAGAAATGTGTGAAGGAATTTTTCCATAGG 758

144887985 ACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTT 144888044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      759 ACAATGTTTCCAGTTGTGAATCTTTAGAGAAACATGTCACTTGCTGAGAAGCAGAGACTT 818

144888045 TAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAA 144888104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      819 TAAAAATAGAACTCATTGCTATGCATATTAGTGGACAACCTGCTGTTCCAGACATTCTAA 878

144888105 AAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTC 144888164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      879 AAGAAGTTATTCTGGCTCAAGCAGTAAATCAAGCCTGAATGTGAGAGCGAATGTCCTCTC 938

144888165 CCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACA 144888224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      939 CCAAATCGTTATTATGCTGTAAGCATTATATAAGCTGCATTGGAACTAGGGCCTTGTACA 998

144888225 ATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGA 144888284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      999 ATAAGTACTGAGAAGCAGAGAGCATAAGTGCTGACAACCTGCCACCCTATTTAACTTTGA 1058

144888285 TTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCT 144888344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1059 TTACTTTGCATCTAATCAACAACATTTGTATCAGCTTGAACTATGGCCACACTTCAATCT 1118

144888345 AGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTT 144888404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1119 AGTCACACGGGAGTGATTAAAATAATGAAGATGTTCAGTGATTAATCGATATGCTTTCTT 1178

144888405 CTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCT 144888464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1179 CTCATGGAAGTTCCTGTGATTTTGAAACTGGAAATCTGTTTCTACAGCTCATCTCTAGCT 1238

144888465 AAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGT 144888524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1239 AAAAAAAATAAGAGTTACTATGATTTGCTACAAAATTGTTGCTTTAAAAAATTCAACAGT 1298

144888525 GACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTT 144888584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1299 GACCAAAACACTCAGCTTTCATTATACTGAAGATAATTTGTACTGAGTATTCTTTGTTTT 1358

144888585 TCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAAT 144888644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1359 TCTAACAATCTCATTAATCTTTATCTTATTTAATTATAGCTTTGAATTTAGCTTAAGAAT 1418

144888645 GTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAG 144888704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1419 GTAAAAATTTCCAATTTTGGAGCAAAAATGGAAATTATAGGATAATTTTATGTAGACAAG 1478

144888705 TTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTC 144888764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1479 TTGAAACTTACTCTGTGAATACAAAAAAATCTAAAATATCCAGTTTCTAGTACCACTGTC 1538

144888765 TTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACT 144888824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1539 TTAGCAGTTATCAGAAATGTGAGTTATATATCATATGGTTCCTCTTTATTTGTGCAGACT 1598

144888825 TGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCA 144888884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1599 TGACAATATTTAGAACTAGAATAATTAAATCAATTTTAACAGAAAAATGCAAAATTACCA 1658

144888885 CTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGC 144888944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1659 CTAAAATACTGTGTGTATGTAGTGCATATAAGTTTTCTTACTATTTTTATATACAGGAGC 1718

144888945 TAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGAT 144889004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1719 TAAGCTGTTTACATTTTCCTTTTATTGTTTCAATGTCTAATATTCCAACTAAAATGAGAT 1778

144889005 AATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATATTAGAATTGTGCCGTCTTAA 144889064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1779 AATGGTTTATATAATAATCTGTTTAAAAATATATTTTATACTAGAATTGTGCCGTCTTAA 1838

144889065 ATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAA 144889124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1839 ATCCATTAGTTTTAGCATTGATTCTAAATCATATTAATACACATAATCATAGTAAAAGAA 1898

144889125 ATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATT 144889184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1899 ATTCTATATATTTACTTGTTTCTCATAAATTTTAATTATGTGTTGTCAATAACTGGTATT 1958

144889185 GAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAATT 144889244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1959 GAGCAGTTTTAAAAGATTCAATTGTCTTCTTGGTAAAAATAAAAGCAAATCATAAAAACT 2018

144889245 TTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATA 144889304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2019 TTTTTTCTTATTACAAGGTATGAGCAAAAACATGATGTCCATATCTATAACTATATCATA 2078

144889305 TGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAG 144889364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2079 TGTATCTATATATCATCACCAGACAAACAAGAAAGGAGAAAATACCTCATGCCCAAACAG 2138

144889365 GGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGA 144889424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2139 GGCAGCATGTTATGGGTATCCTACCCAAACGGATTTGATTCTTTTATGATTCCTTTTAGA 2198

144889425 AGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGC 144889484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2199 AGATGTTTAATAAAATTTTACCAAAATGCCCAAGCCCCGGTTTGCCAGCAAAACAATAGC 2258

144889485 CCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTT 144889544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2259 CCAACCTACTCCAATTTGTCCCCATTGACTCCTCTAATAATTCCTTGAATACTCAGCCTT 2318

144889545 AAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACA 144889604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2319 AAAAAGTAGATTGTGCACTTTACCTAGCCCATCAACTATGTATCAAATAGAAGGCCTACA 2378

144889605 CATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAA 144889664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2379 CATCTTGATAATGAGGGAAGTCAAGTAGAATTCACCCATGTTGTACTAGTGCAACTAGAA 2438

144889665 GCT-AAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 144889723
          ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2439 GCTAAAAAAAAAAAAAACCCATATAACCATAAGTGAGATAAAATAACCAATTAACAACAG 2498

144889724 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 144889783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2499 GAAGAAAGTCCCACAAAATATATGGAATTCTAACTATGCAAACAAACTTCAGAAGAGAAG 2558

144889784 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 144889843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2559 GAAGACTGGAGGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAATAAGGAAGGAAGGAAGGATGGATAATGG 2618

144889844 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 144889903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2619 GAAGAAATGATAAGAATGATATTTCACCAATTTATAAATGAAATATGAAACAAAAAACAG 2678

144889904 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 144889963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2679 GAGAAAATTATCATTTATCACTTTATTGAACAACTTAATATTAAAACGATTCAATAAGTA 2738

144889964 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 144890023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2739 TAATTCAAATATCAGATAATAAAACCACAGAATGGAGTAGCAGCTCTAAGGAAACAAAGT 2798

144890024 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 144890083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2799 GAATATACTAAGTACGCCACAGAAGAAGTAAGAACTAATGGTAGAAACAAAGGAAAAAGA 2858

144890084 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 144890143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2859 GCTGAAAATCTCTGACCTAATGCAAACTCATAAAACAATAGCAGTATTAGAGGAACGAAA 2918

144890144 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAG 144890203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2919 AGATAGAAATGAACAGTAGTAGACAGTAATCAATATAGAGTACAGACAAACGTGATGCAG 2978

144890204 CAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGAT 144890263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2979 CAAGAGTTGGTATAATAATAATAATTTTTATAAAACTAAGAACATAGTACTTGTCTAGAT 3038

144890264 TATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAA 144890323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3039 TATTCAAAGTGGATTAAACATGTATGAATTTATTTCATCCACATAAAATATCAATTATAA 3098

144890324 AATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAA 144890383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3099 AATACTGATATTTTCTTCATTTTATGATGGCAAAATTTGAGACAGAGAAAATTTAAATAA 3158

144890384 TTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAG 144890443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3159 TTTACTTAGAGGTATGCATATTCTGTGGCCAGAATTCAAATTCAGTCACCCAGATTCCAG 3218

144890444 TATTGTTTTATCTACTAT 144890461
          ||||||||||||||||||
     3219 TATTGTTTTATCTACTAT 3236

Alignment time is 2.44626 s

