
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    3897] =>      3897 nucs 'mol-32-1e66-021997_3897'

Score:        3812
Aligned:      3895        nucs
Identic:      3885 (100%) nucs =>      2081 (100%)      1804 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708485,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712377]
 second seq =>  [       1,    2086] EXCISED REGION [    2091,    3897]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [2087,2090]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [3065,3066]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [2087,2089] to [2091,2093]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708485 ACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCA 25708544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCA 60

 25708545 TTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGA 25708604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGA 120

 25708605 CAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAAC 25708664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAAC 180

 25708665 AAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAG 25708724
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAG 240

 25708725 ACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGAC 25708784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGAC 300

 25708785 AATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGA 25708844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGA 360

 25708845 CCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTAC 25708904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTAC 420

 25708905 ATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATC 25708964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATC 480

 25708965 CCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGA 25709024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGA 540

 25709025 TGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGT 25709084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGT 600

 25709085 AACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACC 25709144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACC 660

 25709145 CATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAG 25709204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAG 720

 25709205 CGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCG 25709264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCG 780

 25709265 GCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGA 25709324
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
      781 GCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTATTGA 840

 25709325 ACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT 25709384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT 900

 25709385 GAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGT 25709444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGT 960

 25709445 TGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTAT 25709504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTAT 1020

 25709505 AGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAA 25709564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAA 1080

 25709565 TTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTT 25709624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTT 1140

 25709625 CAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCA 25709684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCA 1200

 25709685 AAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAG 25709744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAG 1260

 25709745 TTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTG 25709804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTG 1320

 25709805 ATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCC 25709864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCC 1380

 25709865 TCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTC 25709924
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||
     1381 TCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTTATCATCTC 1440

 25709925 TCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATT 25709984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATT 1500

 25709985 TTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAG 25710044
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     1501 TTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGTATAAAG 1560

 25710045 ATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAG 25710104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAG 1620

 25710105 CACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTG 25710164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTG 1680

 25710165 TGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTC 25710224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTC 1740

 25710225 ACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGG 25710284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGG 1800

 25710285 TAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTA 25710344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTA 1860

 25710345 TTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGG 25710404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGG 1920

 25710405 AAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTA 25710464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTA 1980

 25710465 TAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATC 25710524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATC 2040

 25710525 AAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 25710570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 2086

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2091 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 2150

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2151 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 2210

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2211 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 2270

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2271 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 2330

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2331 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 2390

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2391 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 2450

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2451 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 2510

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2511 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 2570

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2571 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 2630

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2631 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 2690

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2691 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 2750

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2751 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 2810

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2811 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 2870

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2871 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 2930

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2931 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 2990

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2991 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 3050

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3051 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 3108

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3109 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 3168

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3169 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 3228

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3229 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 3288

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3289 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 3348

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3349 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 3408

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3409 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 3468

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3469 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 3528

 25712009 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 25712068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3529 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 3588

 25712069 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 25712128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3589 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 3648

 25712129 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 25712188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3649 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 3708

 25712189 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 25712248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3709 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 3768

 25712249 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 25712308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3769 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 3828

 25712309 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 25712368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3829 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 3888

 25712369 ACCAAATAG 25712377
          |||||||||
     3889 ACCAAATAG 3897

Alignment time is 5.1343 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    4398] =>      4398 nucs 'mol-32-1e71-004281_4398'

Score:        4313
Aligned:      4396        nucs
Identic:      4386 (100%) nucs =>      2230 (100%)      2156 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708336,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712729]
 second seq =>  [       1,    2235] EXCISED REGION [    2240,    4398]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [2236,2239]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [3214,3215]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [2236,2238] to [2240,2242]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708336 ATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGA 25708395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGA 60

 25708396 ATTGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCACCAACAGTGTAAAAG 25708455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCACCAACAGTGTAAAAG 120

 25708456 TATTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGC 25708515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGC 180

 25708516 CATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGT 25708575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGT 240

 25708576 AATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTC 25708635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTC 300

 25708636 TCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACAAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTG 25708695
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACCAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTG 360

 25708696 GTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGT 25708755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGT 420

 25708756 GCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTT 25708815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTT 480

 25708816 AGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAA 25708875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAA 540

 25708876 AGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAG 25708935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAG 600

 25708936 CAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGAC 25708995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGAC 660

 25708996 AACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTT 25709055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTT 720

 25709056 ATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCT 25709115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCT 780

 25709116 CTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCT 25709175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCT 840

 25709176 CACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCT 25709235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCT 900

 25709236 GGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGG 25709295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGG 960

 25709296 TTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTG 25709355
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTATTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTG 1020

 25709356 GCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTT 25709415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTT 1080

 25709416 TGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCA 25709475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCA 1140

 25709476 TTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCT 25709535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCT 1200

 25709536 TACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCC 25709595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCC 1260

 25709596 TGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTA 25709655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTA 1320

 25709656 GTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATT 25709715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATT 1380

 25709716 TCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGC 25709775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGC 1440

 25709776 CTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGA 25709835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGA 1500

 25709836 TGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGA 25709895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGA 1560

 25709896 GAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACC 25709955
          ||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GAGCTCTGCCCTCACAATCTTATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACC 1620

 25709956 TTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACA 25710015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACA 1680

 25710016 TCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTT 25710075
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCACTATATGTAGTAAGCTTAGTATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTT 1740

 25710076 AATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAA 25710135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAA 1800

 25710136 TATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATT 25710195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATT 1860

 25710196 GGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGT 25710255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGT 1920

 25710256 TGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTC 25710315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTC 1980

 25710316 CAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCT 25710375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCT 2040

 25710376 TAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTT 25710435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTT 2100

 25710436 ATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTC 25710495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTC 2160

 25710496 AAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAA 25710555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAA 2220

 25710556 AGAAGACAAACAAAT 25710570
          |||||||||||||||
     2221 AGAAGACAAACAAAT 2235

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2240 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 2299

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2300 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 2359

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2360 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 2419

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2420 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 2479

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2480 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 2539

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2540 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 2599

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2600 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 2659

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2660 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 2719

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2720 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 2779

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2780 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 2839

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2840 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 2899

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2900 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 2959

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2960 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 3019

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3020 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 3079

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3080 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 3139

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3140 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 3199

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3200 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 3257

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3258 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 3317

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3318 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 3377

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3378 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 3437

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3438 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 3497

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3498 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 3557

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3558 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 3617

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3618 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 3677

 25712009 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 25712068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3678 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 3737

 25712069 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 25712128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3738 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 3797

 25712129 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 25712188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3798 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 3857

 25712189 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 25712248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3858 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 3917

 25712249 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 25712308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3918 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 3977

 25712309 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 25712368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3978 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 4037

 25712369 ACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTATTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAG 25712428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4038 ACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTATTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAG 4097

 25712429 TTTGAAGCAAAGGCAGGTATCAAACATTTGAAAAAAAGTTTTAAATATTTAAACCGGTAG 25712488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4098 TTTGAAGCAAAGGCAGGTATCAAACATTTGAAAAAAAGTTTTAAATATTTAAACCGGTAG 4157

 25712489 CGATTTTTCATAAAAATTAAGTCTCTACCGTAATAAAAATAATAACTAATGGAAAATTGT 25712548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4158 CGATTTTTCATAAAAATTAAGTCTCTACCGTAATAAAAATAATAACTAATGGAAAATTGT 4217

 25712549 TATCATGTGATCTAAAATTATTTCTCATCTTATTTTTATCTTATGGCAATATTAACTTAG 25712608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4218 TATCATGTGATCTAAAATTATTTCTCATCTTATTTTTATCTTATGGCAATATTAACTTAG 4277

 25712609 GCACTGAAAAATTCAAAAACTAAAGCAAACCAAAATATGTTCATGTACTTGGGAGAACAA 25712668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4278 GCACTGAAAAATTCAAAAACTAAAGCAAACCAAAATATGTTCATGTACTTGGGAGAACAA 4337

 25712669 TTTAAATCAAATACTAGTGGCCTGTTTTTTTATTGTAATCAATTCAGATGATAATTTTTA 25712728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4338 TTTAAATCAAATACTAGTGGCCTGTTTTTTTATTGTAATCAATTCAGATGATAATTTTTA 4397

 25712729 T 25712729
          |
     4398 T 4398

Alignment time is 5.37649 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,   11020] =>     11020 nucs 'mol-32-1e71-069037_11020'

Score:       10851
Aligned:     11022        nucs
Identic:     11004 (100%) nucs =>      9580 (100%)      1424 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25700594,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712032]
 second seq =>  [       1,    9592] EXCISED REGION [    9593,   11020]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [9592,9592] to [9593,9593]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25700594 CATCCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCC 25700653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CATCCTTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCC 60

 25700654 AGTCTATCATTGATGAACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCG 25700713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTCTATCATTGATGAACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCG 120

 25700714 CAATAAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTGGATATAT 25700773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAATAAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTGGATATAT 180

 25700774 ACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTAAGGAATCG 25700833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCTTAAGGAATCG 240

 25700834 CCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCTACCAACAGTGTAAAAGTGT 25700893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCTACCAACAGTGTAAAAGTGT 300

 25700894 TCCTATTTCTCCATATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATCTCCAT 25700953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCCTATTTCTCCATATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATCTCCAT 360

 25700954 TCTAATTGGTGTGAGATGGTATTTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAG 25701013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTAATTGGTGTGAGATGGTATTTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAG 420

 25701014 TGATGATGAGCTTCTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAAGTGTCTG 25701073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGATGATGAGCTTCTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAAGTGTCTG 480

 25701074 TTCGTATCCTTCGCCCGCTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTA 25701133
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCGTATCCTTCGCCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTA 540

 25701134 AGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGATTACAAAAATTTTC 25701193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGATTACAAAAATTTTC 600

 25701194 TCCCATTCTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGTTC 25701253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCCCATTCTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGTTC 660

 25701254 TTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATGTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTT 25701313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATGTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTT 720

 25701314 TTAGACATGAAGTCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCT 25701373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTAGACATGAAGTCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCT 780

 25701374 AGGGTTTTTATGGTTTTGGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTT 25701433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGGTTTTTATGGTTTTGGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTT 840

 25701434 CTTTCTATTTCTAAAAAAAAATTTAAAAATCTTATTCAAAATTTCAGGAGTTGACTTCAA 25701493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTTCTATTTCTAAAAAAAAATTTAAAAATCTTATTCAAAATTTCAGGAGTTGACTTCAA 900

 25701494 TTCCAGAAGTTTGGATAGCTTTAAGACTGACATATTAACAAGATTATTGCCCCCCTAGTG 25701553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTCCAGAAGTTTGGATAGCTTTAAGACTGACATATTAACAAGATTATTGCCCCCCTAGTG 960

 25701554 GTTCCAAATTTGCCTGGGAGTAGTTTGATAGTGATGCACCATTTCAGAAAGGATGAGGGA 25701613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTCCAAATTTGCCTGGGAGTAGTTTGATAGTGATGCACCATTTCAGAAAGGATGAGGGA 1020

 25701614 AGTGTATTAGAAAGGAGATTTCTAGTGGTGAGTTTGGATTTTTTCTCACATGCAAAACAA 25701673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGTGTATTAGAAAGGAGATTTCTAGTGGTGAGTTTGGATTTTTTCTCACATGCAAAACAA 1080

 25701674 TGAAACTTTAGTAAAATTTGTAAAAGCAAAAAATAGAAAGACTCTGACTTTTTTCAGTGA 25701733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGAAACTTTAGTAAAATTTGTAAAAGCAAAAAATAGAAAGACTCTGACTTTTTTCAGTGA 1140

 25701734 TGTGCCTCTACCTAATTAGCTCAATTGCATCATTTTTTATTCCCCAGGAAATAATTGTTC 25701793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGTGCCTCTACCTAATTAGCTCAATTGCATCATTTTTTATTCCCCAGGAAATAATTGTTC 1200

 25701794 TGGACATTTCCTCTCCAACCACTCTAAGATCTTTCATTTCACTATGTAATTCTTGTTTCA 25701853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGGACATTTCCTCTCCAACCACTCTAAGATCTTTCATTTCACTATGTAATTCTTGTTTCA 1260

 25701854 ATAACATATATTAATATGTTAATAATATTTCTGCAATTTTTAATCTCTTATGATAATGTC 25701913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATAACATATATTAATATGTTAATAATATTTCTGCAATTTTTAATCTCTTATGATAATGTC 1320

 25701914 ATAGATCAAAACAGCTCATGCAATATTACTTGTTACTGATTGCCTTGGGTATTTTAATAG 25701973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATAGATCAAAACAGCTCATGCAATATTACTTGTTACTGATTGCCTTGGGTATTTTAATAG 1380

 25701974 TGTCTTAACACTTGAAATAAAACAAAAATTAGGATATCTTTAATCACATGCCCACTCCTT 25702033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGTCTTAACACTTGAAATAAAACAAAAATTAGGATATCTTTAATCACATGCCCACTCCTT 1440

 25702034 TTCTCTTTTCATCTCCATGCCTCTCTTTTCTCATCTTATTATTATATTCTTATCCAGTCA 25702093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTCTCTTTTCATCTCCATGCCTCTCTTTTCTCATCTTATTATTATATTCTTATCCAGTCA 1500

 25702094 GTACAACTTCAGATCTTGTGCTGCTCATCACCACATCCACTCAGAAATACAAAGTATTGA 25702153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTACAACTTCAGATCTTGTGCTGCTCATCACCACATCCACTCAGAAATACAAAGTATTGA 1560

 25702154 TATGTTCTCATTAAAGTCTCAGTCCTGTTTAACTCATCAGTGTAAGCATATAGTTGTGTC 25702213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TATGTTCTCATTAAAGTCTCAGTCCTGTTTAACTCATCAGTGTAAGCATATAGTTGTGTC 1620

 25702214 TCGGACTGGTTGTCACACCACACACTGTGTTATAAACAGGCACAGAAGGTGCTCAGTCTT 25702273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCGGACTGGTTGTCACACCACACACTGTGTTATAAACAGGCACAGAAGGTGCTCAGTCTT 1680

 25702274 TGCCCATTAACCTTGGGAATGGCTATTTGTTGCATCCAAGAAGGCTCTATGTATGTCTAC 25702333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGCCCATTAACCTTGGGAATGGCTATTTGTTGCATCCAAGAAGGCTCTATGTATGTCTAC 1740

 25702334 ACTTTGTTTGATAGGGTGATTGTAAGAGGATTACAAGTTACATAAGCAGGCAGAATAATC 25702393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ACTTTGTTTGATAGGGTGATTGTAAGAGGATTACAAGTTACATAAGCAGGCAGAATAATC 1800

 25702394 TCCTAATTAGAGATAGGGCTAGAAATCAATTCCTCTTTGTACAACATAATGACAATGCCT 25702453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCCTAATTAGAGATAGGGCTAGAAATCAATTCCTCTTTGTACAACATAATGACAATGCCT 1860

 25702454 TTTAAACATTTAAAGGTTCTTTCTGAGCAGTAGATCTTGTCACTATTGCTCATTAACTTC 25702513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTTAAACATTTAAAGGTTCTTTCTGAGCAGTAGATCTTGTCACTATTGCTCATTAACTTC 1920

 25702514 TCAGCCAATGTTATGTGGGTCATGGTAGCTTTGTGTACATTGCAAATATTACAAGTCAGT 25702573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCAGCCAATGTTATGTGGGTCATGGTAGCTTTGTGTACATTGCAAATATTACAAGTCAGT 1980

 25702574 CACATTTAAATTTACTGTCTATTTTAAGATTTGAAAATGTTGCTTGATTCTAGTCAAAGA 25702633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CACATTTAAATTTACTGTCTATTTTAAGATTTGAAAATGTTGCTTGATTCTAGTCAAAGA 2040

 25702634 AAGCAATACATAACATTTGCAACAAAAGAGCTTATGGAAAAAAAGACATCATTAACCTGT 25702693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAGCAATACATAACATTTGCAACAAAAGAGCTTATGGAAAAAAAGACATCATTAACCTGT 2100

 25702694 GAGATCTATGTTAGTCAGAGTTTCATCTCTATTTACATACAGATGCAGTGTACACACATA 25702753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GAGATCTATGTTAGTCAGAGTTTCATCTCTATTTACATACAGATGCAGTGTACACACATA 2160

 25702754 CACACAGATACTCTTCCTCTGTTTATTAAAACTTTCATGTAATAGTGGCTGGCACAATAA 25702813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CACACAGATACTCTTCCTCTGTTTATTAAAACTTTCATGTAATAGTGGCTGGCACAATAA 2220

 25702814 CATAAAATTATTCCTATGAAATAACATACTTTTATTTATTTTTCCTGATTTTTAAAAATG 25702873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CATAAAATTATTCCTATGAAATAACATACTTTTATTTATTTTTCCTGATTTTTAAAAATG 2280

 25702874 AACAAAACAAGTTGTTAGTCCATTTCTATAGAATTAGCTTCCCAAATGAAGAATTCATTC 25702933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AACAAAACAAGTTGTTAGTCCATTTCTATAGAATTAGCTTCCCAAATGAAGAATTCATTC 2340

 25702934 AAAATTGTTTGAAGGACTTGAATAATTATTGATTCACTGAACACAATGACATATAATATC 25702993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AAAATTGTTTGAAGGACTTGAATAATTATTGATTCACTGAACACAATGACATATAATATC 2400

 25702994 TATGCACAAATGCAAGTTTCACACATAGGCAATGGGAAAACCATTAGTTTTAAAAATGTT 25703053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TATGCACAAATGCAAGTTTCACACATAGGCAATGGGAAAACCATTAGTTTTAAAAATGTT 2460

 25703054 TCTGTATTTTCTCCACAGAGCTAGAGATTGTATTACTTTCATTCATTCTTCATTTTCTTT 25703113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TCTGTATTTTCTCCACAGAGCTAGAGATTGTATTACTTTCATTCATTCTTCATTTTCTTT 2520

 25703114 CAAATAAACATTATACCATGTGGTTAGCTGGAAATGTACTTAAAATGTCTATAAAGCCTG 25703173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CAAATAAACATTATACCATGTGGTTAGCTGGAAATGTACTTAAAATGTCTATAAAGCCTG 2580

 25703174 AGACAAATTTCATTTCAGAAATAAAAGCATATATGGAGGAAATAGGATGGGATTATTTGG 25703233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AGACAAATTTCATTTCAGAAATAAAAGCATATATGGAGGAAATAGGATGGGATTATTTGG 2640

 25703234 GAAGTAACTCATTGAATCACTAATTAACTCTACATAGAAACACTGATGTTAGAAAAAGGA 25703293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GAAGTAACTCATTGAATCACTAATTAACTCTACATAGAAACACTGATGTTAGAAAAAGGA 2700

 25703294 AGAAGGAAAGAAAGAAATATGTTCGTGAGATCTATTGTAGAGTTTCCTTTGTAATTAAAG 25703353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGAAGGAAAGAAAGAAATATGTTCGTGAGATCTATTGTAGAGTTTCCTTTGTAATTAAAG 2760

 25703354 AATCAATTAACAAATATAAAATACAATATCTTTGAACTTATTAATAATTAACTTTCTGGC 25703413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AATCAATTAACAAATATAAAATACAATATCTTTGAACTTATTAATAATTAACTTTCTGGC 2820

 25703414 CCACAGATTTAATAGTTAAGTTTTTCTAATAATGGCAGGTGGAAGATAAATGAATAACAA 25703473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CCACAGATTTAATAGTTAAGTTTTTCTAATAATGGCAGGTGGAAGATAAATGAATAACAA 2880

 25703474 TCTTAGTTCTTTGCTGGAGTTCAATACAATAGTCAGATATACCACACATGTATAAGTATA 25703533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TCTTAGTTCTTTGCTGGAGTTCAATACAATAGTCAGATATACCACACATGTATAAGTATA 2940

 25703534 ATCACATGCATATTTGCAAGTTTACCCAATAATATACAATTATATATGTTTGACTCTATG 25703593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ATCACATGCATATTTGCAAGTTTACCCAATAATATACAATTATATATGTTTGACTCTATG 3000

 25703594 TGTCAGTATTTATATAACTTCTAGCACCATAGAACTGTGCATTTTCATAAAGATACAGTT 25703653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TGTCAGTATTTATATAACTTCTAGCACCATAGAACTGTGCATTTTCATAAAGATACAGTT 3060

 25703654 TTCTTCTGGAAACAAATCCTAGTATTTTAATTTTGGCTATCATATTAAAAATTAAACAAT 25703713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TTCTTCTGGAAACAAATCCTAGTATTTTAATTTTGGCTATCATATTAAAAATTAAACAAT 3120

 25703714 ACAGAGGCAATAATTCTCAAGATGTTTTAGTTCCTGTATAAGCGATCATCTTCACTTTAT 25703773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 ACAGAGGCAATAATTCTCAAGATGTTTTAGTTCCTGTATAAGCGATCATCTTCACTTTAT 3180

 25703774 ATGTTTGGGATAGCAAAGATAAAATTTTCATGAATGCTATATATCTTACACTTCTTTCTT 25703833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 ATGTTTGGGATAGCAAAGATAAAATTTTCATGAATGCTATATATCTTACACTTCTTTCTT 3240

 25703834 CTTTATACTTGCTCTGCAAAAAGGCAAACTTTTCTATAAAGGCACCAGATATTCTATAAA 25703893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CTTTATACTTGCTCTGCAAAAAGGCAAACTTTTCTATAAAGGCACCAGATATTCTATAAA 3300

 25703894 TGTGACAGATATTTGAATTACTAAATAAATTGCATACCCAATAAAATTAGTCTATATATA 25703953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TGTGACAGATATTTGAATTACTAAATAAATTGCATACCCAATAAAATTAGTCTATATATA 3360

 25703954 CACCCTCAATAACTATGAAACAAAATTTGAAATAGACCTTCTTTTACCCTGATTTAATTT 25704013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 CACCCTCAATAACTATGAAACAAAATTTGAAATAGACCTTCTTTTACCCTGATTTAATTT 3420

 25704014 ATTTATTCGTTTAATTTTTGGTCTTCCAGAATATTGGGTACATTCTTAAAACAGGTGGAA 25704073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 ATTTATTCGTTTAATTTTTGGTCTTCCAGAATATTGGGTACATTCTTAAAACAGGTGGAA 3480

 25704074 TGGGGAATGGAGACAAGTATCAGGAGGGCGGATCACAAAGTCAGAAGTTCAAGACCAGCC 25704133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TGGGGAATGGAGACAAGTATCAGGAGGGCGGATCACAAAGTCAGAAGTTCAAGACCAGCC 3540

 25704134 TGGCCAATATGGTGAAATCTCCATCTCTACTAAAAATACACACACACACACACAAAATTA 25704193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TGGCCAATATGGTGAAATCTCCATCTCTACTAAAAATACACACACACACACACAAAATTA 3600

 25704194 GCTGGGTGTGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 25704253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GCTGGGTGTGGTGGCGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 3660

 25704254 TGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCACTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGTC 25704313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCACTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGTC 3720

 25704314 TGGGCGACACAGTGAGCCTCCGTCTCAGAAAGAAAGGGTTAATGTCTTATTAAGAAATAA 25704373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TGGGCGACACAGTGAGCCTCCGTCTCAGAAAGAAAGGGTTAATGTCTTATTAAGAAATAA 3780

 25704374 CTGCATGACTTTCTCATTTTAGCCTTTGTAAAAAGAAAGCTGAACATTCATTAGAATGAA 25704433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 CTGCATGACTTTCTCATTTTAGCCTTTGTAAAAAGAAAGCTGAACATTCATTAGAATGAA 3840

 25704434 GGACTGTAAAGAATGCTGTCAGTTTTAGCCCTCAAGACATATTTTGAAGGTATTTGTAAG 25704493
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     3841 GGACTGTAAAGAATGCTGTCAGTTTTAGCCCTCAAGACATATTTTGAAGATATTTGTAAG 3900

 25704494 AAAATGGGAAAAGCATCTCTCTCCTTCTTTATCTGAATACTGCTGAGTTAAACATCATGT 25704553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 AAAATGGGAAAAGCATCTCTCTCCTTCTTTATCTGAATACTGCTGAGTTAAACATCATGT 3960

 25704554 GGGTTGTATGTACTGTTACAAGAACCTAGACACTTGGTAGGGCACTGAAGAGCTTTGGGA 25704613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GGGTTGTATGTACTGTTACAAGAACCTAGACACTTGGTAGGGCACTGAAGAGCTTTGGGA 4020

 25704614 AACCCTCACAAGTCCTCAGGAATTTGGGAAGAATAGAGACTTCTGTCTGCTTTTCACCTG 25704673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 AACCCTCACAAGTCCTCAGGAATTTGGGAAGAATAGAGACTTCTGTCTGCTTTTCACCTG 4080

 25704674 CTTCTCAAAAACGTACACAGCAGGAGATCCTAATTTTGATTATGTTCCCTGATGAAGCTG 25704733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 CTTCTCAAAAACGTACACAGCAGGAGATCCTAATTTTGATTATGTTCCCTGATGAAGCTG 4140

 25704734 TGCTCAGAGAGCACAAAACCAGTGAAGTGATGTTTTTACTTTCTTCTCCTGCCTTCTCTC 25704793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 TGCTCAGAGAGCACAAAACCAGTGAAGTGATGTTTTTACTTTCTTCTCCTGCCTTCTCTC 4200

 25704794 TCCTCCTCTGAGCCTGAAGTGTCCATAGCCAGCAGGATCGAAAGGTGACGGGGTGGAAGA 25704853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 TCCTCCTCTGAGCCTGAAGTGTCCATAGCCAGCAGGATCGAAAGGTGACGGGGTGGAAGA 4260

 25704854 TGAGTAATGAGAACATCTCATTGCCCAACTCCCCGTCCAAATTGTGCACCAGGCCTGACC 25704913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TGAGTAATGAGAACATCTCATTGCCCAACTCCCCGTCCAAATTGTGCACCAGGCCTGACC 4320

 25704914 TGCAGGATGGGAGAACTTAGAATCGAGTGCAAATTAGTTTTGGTTTAGATTGGATTGGTC 25704973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TGCAGGATGGGAGAACTTAGAATCGAGTGCAAATTAGTTTTGGTTTAGATTGGATTGGTC 4380

 25704974 TTTCATACTGAACATGAAGCCAAACCTAAGCTAAAAGGTTACAGAAAACTATTTATTATG 25705033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 TTTCATACTGAACATGAAGCCAAACCTAAGCTAAAAGGTTACAGAAAACTATTTATTATG 4440

 25705034 TAAGATATGTACACCAAGGATGGAAAATGGAATTCTGACAAAACATTTGTAAAGACCATG 25705093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TAAGATATGTACACCAAGGATGGAAAATGGAATTCTGACAAAACATTTGTAAAGACCATG 4500

 25705094 GTGGGATAAAAATGGTAAAAAGCATAATTATCAGATTGTTTATTAGTGATCCCCACACAT 25705153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 GTGGGATAAAAATGGTAAAAAGCATAATTATCAGATTGTTTATTAGTGATCCCCACACAT 4560

 25705154 TAAGTAAATTGCCTCTGCCTAAAAGTAGTTAGGTTTCAGGAAAACTCTTCTACTCAGAAT 25705213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 TAAGTAAATTGCCTCTGCCTAAAAGTAGTTAGGTTTCAGGAAAACTCTTCTACTCAGAAT 4620

 25705214 ACAGAGAGGCAAGAGCAGAGACTCAACGCTGTTCGTGTGAAGAATATGGGACTTTTCCCC 25705273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 ACAGAGAGGCAAGAGCAGAGACTCAACGCTGTTCGTGTGAAGAATATGGGACTTTTCCCC 4680

 25705274 AACAGCAATCATTTACCTATCACTTTTTTCTCGTTGCCAAAAATCTAATAATTGAATATT 25705333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 AACAGCAATCATTTACCTATCACTTTTTTCTCGTTGCCAAAAATCTAATAATTGAATATT 4740

 25705334 GTTTGGGGAAAGTATTTCATAGAAAATCTTCATGAAGACACAAATGTAGATGTGTACACT 25705393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 GTTTGGGGAAAGTATTTCATAGAAAATCTTCATGAAGACACAAATGTAGATGTGTACACT 4800

 25705394 ACTATTACTATGTAGTCCTAAATTATTAACTATGACAGGTGCCTTAAAATTACTAGCTTT 25705453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 ACTATTACTATGTAGTCCTAAATTATTAACTATGACAGGTGCCTTAAAATTACTAGCTTT 4860

 25705454 CTCCAAAAAAATACTTTACACTGTCAAGGAAGGTTTTTGAATAACAAGTTCTATAAATCT 25705513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 CTCCAAAAAAATACTTTACACTGTCAAGGAAGGTTTTTGAATAACAAGTTCTATAAATCT 4920

 25705514 GAAAACCAAAGACAATTATCATTACATCACGGAATGCCAGATGTAATAGGCTAATCAGAA 25705573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 GAAAACCAAAGACAATTATCATTACATCACGGAATGCCAGATGTAATAGGCTAATCAGAA 4980

 25705574 GAAGGCTGATCCTCCTAAGAAATTTCCAGTTCCTCCCAATTAAGCCACACACCTAGATGA 25705633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 GAAGGCTGATCCTCCTAAGAAATTTCCAGTTCCTCCCAATTAAGCCACACACCTAGATGA 5040

 25705634 ACATATGTGATGTAGAGTGGCTGAAGGAGGGGAGATTTTTAGAAAAGAAAAAACTGGGCA 25705693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 ACATATGTGATGTAGAGTGGCTGAAGGAGGGGAGATTTTTAGAAAAGAAAAAACTGGGCA 5100

 25705694 ACAATATTTAAGGTTAATAAAGATTTGATTATATTCTATTATATTTTATATTTGTAGTGA 25705753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 ACAATATTTAAGGTTAATAAAGATTTGATTATATTCTATTATATTTTATATTTGTAGTGA 5160

 25705754 CTCATATGAGCATAAAAACACATATAAAAAATTGATTGACTTGGCCGGGCACGGTAGCTC 25705813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 CTCATATGAGCATAAAAACACATATAAAAAATTGATTGACTTGGCCGGGCACGGTAGCTC 5220

 25705814 ACACCTGTAATCTGAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCTCAGATCATGAGGTCAAGAGA 25705873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 ACACCTGTAATCTGAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCTCAGATCATGAGGTCAAGAGA 5280

 25705874 TCGAAACCATCTTGGCTAACATGTTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAA 25705933
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 TCGAAACCATCTTGGCTAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAA 5340

 25705934 TTAACTGGGCATGGTGGCAGGCGCCTGTGGTCCCAGCTACTCAGGAGACTGAGGCAGGAG 25705993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 TTAACTGGGCATGGTGGCAGGCGCCTGTGGTCCCAGCTACTCAGGAGACTGAGGCAGGAG 5400

 25705994 AATGGCATGGACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGTTCGTGCCACTGCATTCCA 25706053
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     5401 AATGGCATGGACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGTTCGTGCCACTGCACTCCA 5460

 25706054 GCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAGAAAAAAAAAAAATTGATTGACTTAATAGA 25706113
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 GCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCCGTCTTAGAAAAAAAAAAAATTGATTGACTTAATAGA 5520

 25706114 CACATACAATTCAAATGCCTATGAAATAAGAGAAAGGAATTTCCTTAATCTATTGAACAT 25706173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 CACATACAATTCAAATGCCTATGAAATAAGAGAAAGGAATTTCCTTAATCTATTGAACAT 5580

 25706174 TAAAACAAATGAACCAAAAGCATAAAAACATCATACTCAGTGGTATGGTGCCAATTGCTA 25706233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TAAAACAAATGAACCAAAAGCATAAAAACATCATACTCAGTGGTATGGTGCCAATTGCTA 5640

 25706234 TGAATTCAGTTCCACCCTGAACTAAATAGCAACCAGTACATAATTATCAGAAAATTTAAA 25706293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 TGAATTCAGTTCCACCCTGAACTAAATAGCAACCAGTACATAATTATCAGAAAATTTAAA 5700

 25706294 ATGACACATAATTTGCAGAAAAGACAAAAAGGTTGCCAACATTTTAAGATAATATACCAA 25706353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 ATGACACATAATTTGCAGAAAAGACAAAAAGGTTGCCAACATTTTAAGATAATATACCAA 5760

 25706354 AATATCTATATTTTTATTCATTTATTAAAGTAAAAAAGTTTGTCAATGTGCAGAAATCAA 25706413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 AATATCTATATTTTTATTCATTTATTAAAGTAAAAAAGTTTGTCAATGTGCAGAAATCAA 5820

 25706414 AGGCACATTATAGATTAGCAATGTAGCTATGTACTTTTAAGAATATTCCATTTAAACTAT 25706473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 AGGCACATTATAGATTAGCAATGTAGCTATGTACTTTTAAGAATATTCCATTTAAACTAT 5880

 25706474 CATCAAAGTATGACATCTATAGGAATAAATACAACTAAAGTTGTCTAAAATCTTAACGGT 25706533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 CATCAAAGTATGACATCTATAGGAATAAATACAACTAAAGTTGTCTAAAATCTTAACGGT 5940

 25706534 AAAAATTTTAAGACTTCGAAGAAATTTATAAGATATATTTTTAATAACAATGATACCTAT 25706593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 AAAAATTTTAAGACTTCGAAGAAATTTATAAGATATATTTTTAATAACAATGATACCTAT 6000

 25706594 AAATTTAATTTAATGTTCAGAATACGTAAGAATTACAATGAGCCACTAAGAAAAAACATT 25706653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 AAATTTAATTTAATGTTCAGAATACGTAAGAATTACAATGAGCCACTAAGAAAAAACATT 6060

 25706654 TGCAAAAAAAGAGCAAAATATATCAACTAGAATTTCATTCGTGAAGAAGCATGTTATTAT 25706713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     6061 TGCAAAAAAAGAGCAAAATATATCAACTAGAACTTCATTCGTGAAGAAGCATGTTATTAT 6120

 25706714 GTAGAAGAATACAAATTAAATTGCAGAGATACAATTTTATAATCATCACCAAAAGGATGG 25706773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 GTAGAAGAATACAAATTAAATTGCAGAGATACAATTTTATAATCATCACCAAAAGGATGG 6180

 25706774 AGAAGTAGAAGAGAAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGGCAGGAAGATGAGGAAGAG 25706833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 AGAAGTAGAAGAGAAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGGGCAGGAAGATGAGGAAGAG 6240

 25706834 AAGGAAGAGAAGGTAGAAAATAAAAGAAAAAAAGGATATTACCAGTATTTGTTATCATGA 25706893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 AAGGAAGAGAAGGTAGAAAATAAAAGAAAAAAAGGATATTACCAGTATTTGTTATCATGA 6300

 25706894 AGAAGTATTACTCAGTAGAACCACTTATAACTGGTTGGCATCACCTATTAAAGTATAACA 25706953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 AGAAGTATTACTCAGTAGAACCACTTATAACTGGTTGGCATCACCTATTAAAGTATAACA 6360

 25706954 TGACTGAGTGCATCCTACAACCGAGAAAATGTCTTGCTAAGTATATATTCTAGAGAAACT 25707013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 TGACTGAGTGCATCCTACAACCGAGAAAATGTCTTGCTAAGTATATATTCTAGAGAAACT 6420

 25707014 CATCTTCATTTATAAAGAAGGGTTTTTTTAATTAAAAATATTCAAGTTTCAACCTTGCAT 25707073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 CATCTTCATTTATAAAGAAGGGTTTTTTTAATTAAAAATATTCAAGTTTCAACCTTGCAT 6480

 25707074 CAGAAACTGATCAAGATATTAAAAATGCAACAGTGAGCAAAATGCAGTTCTCTGGTTTCT 25707133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6481 CAGAAACTGATCAAGATATTAAAAATGCAACAGTGAGCAAAATGCAGTTCTCTGGTTTCT 6540

 25707134 TGGAGTTTTAATTCCATTGGGAGAAATAAATATTAACATACCTATATAAAATACTTCAGA 25707193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6541 TGGAGTTTTAATTCCATTGGGAGAAATAAATATTAACATACCTATATAAAATACTTCAGA 6600

 25707194 CCAGGCACAGTGGTTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATC 25707253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6601 CCAGGCACAGTGGTTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATC 6660

 25707254 ACGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAA 25707313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6661 ACGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCTCGTCTCTACTAAAA 6720

 25707314 ATACAAAAATTAGCTGTGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGAGAGGCCG 25707373
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6721 ATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGGGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGAGAGGCCG 6780

 25707374 AGGCAGGAGAATCGCTTAAACCCGGAGATGGAGGTTGCAGTGAGCGAAGATCGTGCCACT 25707433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6781 AGGCAGGAGAATCGCTTAAACCCGGAGATGGAGGTTGCAGTGAGCGAAGATCGTGCCACT 6840

 25707434 GCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTTCAAACAAACAACCCAAAAAACCCA 25707493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6841 GCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTTCAAACAAACAACCCAAAAAACCCA 6900

 25707494 CAAAATACTTCAGATGTTGATAAGAAAAGGAAAACAGTCAGGGCAGGCAATAAGTAGTGG 25707553
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     6901 CAAAATACTTCAGATGTTGATAAGAAAAGGAAAGCAGTCAGGGCAGGCAATAAGTAGTGG 6960

 25707554 AAATTGACCTGAGACATTTTCCCCAGAAATGACAATTTGGGAAAAAGGTTTAAATGAGGT 25707613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6961 AAATTGACCTGAGACATTTTCCCCAGAAATGACAATTTGGGAAAAAGGTTTAAATGAGGT 7020

 25707614 AAAGGAGACAGCTCTGCATATTTGAGGATGAGGATTTCAGGCATAGGAAACAGCATGTGC 25707673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7021 AAAGGAGACAGCTCTGCATATTTGAGGATGAGGATTTCAGGCATAGGAAACAGCATGTGC 7080

 25707674 AAAGAACAGGCGACATGAATGCCTGAAAATTTTGAGGAACAGCATGTCCGGAATTTTGAC 25707733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7081 AAAGAACAGGCGACATGAATGCCTGAAAATTTTGAGGAACAGCATGTCCGGAATTTTGAC 7140

 25707734 AGTAGCTGGTTTTTCTGAAAGAAAAATATGAAAACATCTCTCATTTACATTACTAGTGAA 25707793
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7141 AGTAGCTGGTTTCTCTGAAAGAAAAATATGAAAACATCTCTCATTTACATTACTAGTGAA 7200

 25707794 ATGAATAAATTATGCTACATTTGTGAAAAATAATATTCTTTTTTTTTAATCATACTTTAA 25707853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7201 ATGAATAAATTATGCTACATTTGTGAAAAATAATATTCTTTTTTTTTAATCATACTTTAA 7260

 25707854 GTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTTGTTACATATGTATACATGTGCCATGTT 25707913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7261 GTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTTGTTACATATGTATACATGTGCCATGTT 7320

 25707914 GGTGTGCTGCACCCATTAACTCATCATTTAATATTAGGTATATCTCCTAATGCTGTCCCT 25707973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7321 GGTGTGCTGCACCCATTAACTCATCATTTAATATTAGGTATATCTCCTAATGCTGTCCCT 7380

 25707974 CCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCCGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCAT 25708033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7381 CCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCCGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCAT 7440

 25708034 GGGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATCAGTGAGAACATACAGTGTTCAGGTTTTGTCC 25708093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7441 GGGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATCAGTGAGAACATACAGTGTTCAGGTTTTGTCC 7500

 25708094 TTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACAT 25708153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7501 TTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACAT 7560

 25708154 CAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTT 25708213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7561 CAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTT 7620

 25708214 AATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGCTAGGTTCCAAGTCTTTGCTATCGTGAGTAG 25708273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7621 AATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGCTAGGTTCCAAGTCTTTGCTATCGTGAGTAG 7680

 25708274 TGCTGCAATAAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTTGG 25708333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7681 TGCTGCAATAAACATATGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTTGG 7740

 25708334 GTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAG 25708393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     7741 GTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCAAGATCCCTGAG 7800

 25708394 GAATTGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCACCAACAGTGTAAA 25708453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7801 GAATTGCCACACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCACCAACAGTGTAAA 7860

 25708454 AGTATTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATT 25708513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7861 AGTATTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATT 7920

 25708514 GCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAAT 25708573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7921 GCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAAT 7980

 25708574 GTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTT 25708633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7981 GTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTT 8040

 25708634 TCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACAAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTT 25708693
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     8041 TCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACCAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTT 8100

 25708694 TGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACT 25708753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8101 TGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACT 8160

 25708754 GTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTT 25708813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8161 GTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTT 8220

 25708814 TTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAG 25708873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8221 TTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAG 8280

 25708874 AAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTC 25708933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8281 AAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTC 8340

 25708934 AGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAG 25708993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8341 AGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAG 8400

 25708994 ACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTC 25709053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8401 ACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTC 8460

 25709054 TTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTT 25709113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8461 TTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTT 8520

 25709114 CTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGG 25709173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8521 CTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGG 8580

 25709174 CTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAG 25709233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8581 CTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAG 8640

 25709234 CTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGG 25709293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8641 CTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGG 8700

 25709294 GGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCT 25709353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8701 GGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCT 8760

 25709354 TGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATC 25709413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8761 TGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATC 8820

 25709414 TTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTG 25709473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8821 TTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTG 8880

 25709474 CATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATC 25709533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8881 CATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATC 8940

 25709534 CTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCT 25709593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8941 CTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCT 9000

 25709594 CCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTC 25709653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9001 CCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTC 9060

 25709654 TAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAA 25709713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9061 TAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAA 9120

 25709714 TTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAAT 25709773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9121 TTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAAT 9180

 25709774 GCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACAT 25709833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9181 GCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACAT 9240

 25709834 GATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCAT 25709893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9241 GATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCAT 9300

 25709894 GAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCA 25709953
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9301 GAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCA 9360

 25709954 CCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAA 25710013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9361 CCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAA 9420

 25710014 CATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTC 25710073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9421 CATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTC 9480

 25710074 TTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGC 25710133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9481 TTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGC 9540

 25710134 AATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9541 AATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 9592

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9593 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 9652

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9653 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 9712

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9713 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 9772

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9773 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 9832

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9833 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 9892

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9893 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 9952

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9953 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 10012

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10013 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 10072

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
    10073 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 10132

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10133 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 10192

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10193 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 10252

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10253 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 10312

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10313 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 10372

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10373 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 10432

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10433 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 10492

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
    10493 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 10550

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10551 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 10610

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10611 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 10670

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10671 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 10730

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10731 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 10790

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
    10791 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 10850

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10851 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 10910

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10911 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 10970

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTT 25712032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10971 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTT 11020

Alignment time is 12.9531 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2676] =>      2676 nucs 'mol-32-1e7c-151088_2676'

Score:        2628
Aligned:      2678        nucs
Identic:      2671 (100%) nucs =>      1712 (100%)       959 ( 99%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708472,25710185] EXCISED REGION [25710605,25711566]
 second seq =>  [       1,    1714] EXCISED REGION [    1715,    2676]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [1714,1714] to [1715,1715]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708472 CATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTG 25708531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTG 60

 25708532 AGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCAT 25708591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCAT 120

 25708592 TTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTA 25708651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTA 180

 25708652 TAACTATGAAAACAAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCT 25708711
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAACTATGAAAACCAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCT 240

 25708712 CTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAAC 25708771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAAC 300

 25708772 CACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCG 25708831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCG 360

 25708832 ACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAG 25708891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAG 420

 25708892 CGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTT 25708951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTT 480

 25708952 TATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAG 25709011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAG 540

 25709012 TGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTC 25709071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTC 600

 25709072 CTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTC 25709131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTC 660

 25709132 TCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCC 25709191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCC 720

 25709192 TCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGT 25709251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGT 780

 25709252 GCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCC 25709311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCC 840

 25709312 AGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTG 25709371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTG 900

 25709372 GGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGC 25709431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGC 960

 25709432 CTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCC 25709491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCC 1020

 25709492 ATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGA 25709551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGA 1080

 25709552 AAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCA 25709611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCA 1140

 25709612 TTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCT 25709671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCT 1200

 25709672 ATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCT 25709731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCT 1260

 25709732 GAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCT 25709791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCT 1320

 25709792 TTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTA 25709851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTA 1380

 25709852 GCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACA 25709911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1381 GCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACA 1440

 25709912 ATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTT 25709971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTT 1500

 25709972 TAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAA 25710031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAA 1560

 25710032 GCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTT 25710091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTT 1620

 25710092 CCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAG 25710151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAG 1680

 25710152 GTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 1714

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1715 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 1774

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1775 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 1834

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1835 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 1894

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1895 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 1954

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1955 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 2014

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2015 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 2074

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2075 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 2134

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2135 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 2194

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2195 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 2254

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2255 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 2314

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2315 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 2374

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2375 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 2434

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2435 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 2494

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2495 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 2554

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2555 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 2614

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     2615 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 2672

 25711563 TTCT 25711566
          ||||
     2673 TTCT 2676

Alignment time is 3.22461 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2564] =>      2564 nucs 'mol-32-1eea-007878_2564'

Score:        2516
Aligned:      2566        nucs
Identic:      2559 (100%) nucs =>       800 (100%)      1759 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709385,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712367]
 second seq =>  [       1,     801] EXCISED REGION [     802,    2564]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [801,801] to [802,802]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709385 GAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGT 25709444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGT 60

 25709445 TGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTAT 25709504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTAT 120

 25709505 AGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAA 25709564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAA 180

 25709565 TTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTT 25709624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTT 240

 25709625 CAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCA 25709684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCA 300

 25709685 AAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAG 25709744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAG 360

 25709745 TTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTG 25709804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTG 420

 25709805 ATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCC 25709864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCC 480

 25709865 TCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTC 25709924
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      481 TCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTC 540

 25709925 TCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATT 25709984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATT 600

 25709985 TTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAG 25710044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAG 660

 25710045 ATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAG 25710104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAG 720

 25710105 CACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTG 25710164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTG 780

 25710165 TGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          |||||||||||||||||||||
      781 TGGAGAAAGAATAGTCACTAT 801

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      802 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 861

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      862 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 921

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      922 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 981

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      982 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 1041

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1042 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 1101

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1102 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 1161

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1162 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 1221

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1222 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 1281

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1282 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 1341

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1342 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 1401

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1402 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 1461

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1462 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 1521

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1522 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1581

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1582 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1641

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1701

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1702 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 1759

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1760 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 1819

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1820 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 1879

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1880 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 1939

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1940 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 1999

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     2000 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 2059

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2060 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 2119

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2120 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 2179

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2180 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 2239

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2240 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 2299

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2300 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 2359

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 25712222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2360 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 2419

 25712223 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 25712282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2420 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 2479

 25712283 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 25712342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2480 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 2539

 25712343 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAA 25712367
          |||||||||||||||||||||||||
     2540 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAA 2564

Alignment time is 3.43509 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    3576] =>      3576 nucs 'mol-32-1f58-191873_3576'

Score:        3483
Aligned:      3566        nucs
Identic:      3556 (100%) nucs =>      2108 (100%)      1448 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708458,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712021]
 second seq =>  [       9,    2121] EXCISED REGION [    2126,    3576]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [2122,2125]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [3100,3101]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [2122,2124] to [2126,2128]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708458 TTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCA 25708517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        9 TTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCA 68

 25708518 TTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAA 25708577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       69 TTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAA 128

 25708578 TGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTC 25708637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      129 TGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTC 188

 25708638 TTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACAAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGT 25708697
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
      189 TTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACCAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGT 248

 25708698 GCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGC 25708757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      249 GCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGC 308

 25708758 TCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAG 25708817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      309 TCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAG 368

 25708818 ACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAG 25708877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      369 ACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAG 428

 25708878 CCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCA 25708937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      429 CCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCA 488

 25708938 ACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAA 25708997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      489 ACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAA 548

 25708998 CTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTAT 25709057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      549 CTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTAT 608

 25709058 CTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCT 25709117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      609 CTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCT 668

 25709118 TTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCA 25709177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      669 TTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCA 728

 25709178 CTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGG 25709237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      729 CTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGG 788

 25709238 GACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTT 25709297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      789 GACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTT 848

 25709298 TCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGC 25709357
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      849 TCACCATGTTGGCCAGGCTGGTATTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGC 908

 25709358 CACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTG 25709417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      909 CACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTG 968

 25709418 AGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATT 25709477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      969 AGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATT 1028

 25709478 TGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTA 25709537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1029 TGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTA 1088

 25709538 CTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTG 25709597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1089 CTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTG 1148

 25709598 CATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGT 25709657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1149 CATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGT 1208

 25709658 TTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTC 25709717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1209 TTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTC 1268

 25709718 CTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCT 25709777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1269 CTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCT 1328

 25709778 GGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATG 25709837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1329 GGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATG 1388

 25709838 GACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGA 25709897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1389 GACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGA 1448

 25709898 GCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTT 25709957
          ||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1449 GCTCTGCCCTCACAATCTTATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTT 1508

 25709958 GGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATC 25710017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1509 GGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATC 1568

 25710018 ACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAA 25710077
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1569 ACTATATGTAGTAAGCTTAGTATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAA 1628

 25710078 TCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATA 25710137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1629 TCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATA 1688

 25710138 TATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGG 25710197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1689 TATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGG 1748

 25710198 GCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTG 25710257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1749 GCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTG 1808

 25710258 TTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCA 25710317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1809 TTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCA 1868

 25710318 AGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTA 25710377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1869 AGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTA 1928

 25710378 ATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTAT 25710437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1929 ATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTAT 1988

 25710438 TTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAA 25710497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1989 TTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAA 2048

 25710498 ACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAG 25710557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2049 ACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAG 2108

 25710558 AAGACAAACAAAT 25710570
          |||||||||||||
     2109 AAGACAAACAAAT 2121

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2126 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 2185

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2186 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 2245

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2246 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 2305

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2306 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 2365

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2366 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 2425

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2426 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 2485

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2486 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 2545

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2546 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 2605

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2606 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 2665

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2666 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 2725

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2726 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 2785

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2786 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 2845

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2846 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 2905

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2906 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 2965

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2966 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 3025

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3026 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 3085

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3086 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 3143

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3144 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 3203

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3204 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 3263

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3264 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 3323

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3324 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 3383

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3384 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 3443

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3444 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 3503

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3504 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 3563

 25712009 AATACTAATAATT 25712021
          |||||||||||||
     3564 AATACTAATAATT 3576

Alignment time is 4.50889 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    4767] =>      4767 nucs 'mol-32-2110-034602_4767'

Score:        4636
Aligned:      4771        nucs
Identic:      4753 (100%) nucs =>       470 (100%)      4283 (100%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709715,25710185] EXCISED REGION [25710605,25714898]
 second seq =>  [       1,     471] EXCISED REGION [     472,    4767]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [471,471] to [472,472]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709715 TTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATG 25709774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATG 60

 25709775 CCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATG 25709834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATG 120

 25709835 ATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATG 25709894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATG 180

 25709895 AGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCAC 25709954
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCAC 240

 25709955 CTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAAC 25710014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAAC 300

 25710015 ATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCT 25710074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCT 360

 25710075 TAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCA 25710134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCA 420

 25710135 ATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 471

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      472 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 531

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      532 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 591

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      592 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 651

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      652 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 711

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      712 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 771

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      772 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 831

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      832 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 891

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      892 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 951

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
      952 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 1011

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1012 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 1071

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1072 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 1131

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1132 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 1191

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1192 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1251

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1252 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1311

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1312 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1371

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1372 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 1429

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 1489

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1490 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 1549

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1550 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 1609

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1610 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 1669

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1670 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 1729

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1730 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 1789

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1790 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 1849

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1850 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 1909

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1910 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 1969

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1970 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 2029

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 25712222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2030 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 2089

 25712223 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 25712282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 2149

 25712283 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 25712342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 2209

 25712343 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTA 25712402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTA 2269

 25712403 TTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAGTTTGAAGCAAAGGCAGGTATCAAACATTTGAAAA 25712462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 TTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAGTTTGAAGCAAAGGCAGGTATCAAACATTTGAAAA 2329

 25712463 AAAGTTTTAAATATTTAAACCGGTAGCGATTTTTCATAAAAATTAAGTCTCTACCGTAAT 25712522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 AAAGTTTTAAATATTTAAACCGGTAGCGATTTTTCATAAAAATTAAGTCTCTACCGTAAT 2389

 25712523 AAAAATAATAACTAATGGAAAATTGTTATCATGTGATCTAAAATTATTTCTCATCTTATT 25712582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 AAAAATAATAACTAATGGAAAATTGTTATCATGTGATCTAAAATTATTTCTCATCTTATT 2449

 25712583 TTTATCTTATGGCAATATTAACTTAGGCACTGAAAAATTCAAAAACTAAAGCAAACCAAA 25712642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 TTTATCTTATGGCAATATTAACTTAGGCACTGAAAAATTCAAAAACTAAAGCAAACCAAA 2509

 25712643 ATATGTTCATGTACTTGGGAGAACAATTTAAATCAAATACTAGTGGCCTGTTTTTTTATT 25712702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 ATATGTTCATGTACTTGGGAGAACAATTTAAATCAAATACTAGTGGCCTGTTTTTTTATT 2569

 25712703 GTAATCAATTCAGATGATAATTTTTATATACTTCAAATTTATGGTTAAATGTCACTAACA 25712762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 GTAATCAATTCAGATGATAATTTTTATATACTTCAAATTTATGGTTAAATGTCACTAACA 2629

 25712763 TATTATGGATTTAATATCTTTAAAAATTCGTTTTAAAGTCAGAGGTCATAGGTAATATTC 25712822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 TATTATGGATTTAATATCTTTAAAAATTCGTTTTAAAGTCAGAGGTCATAGGTAATATTC 2689

 25712823 CTGTTGTTAAATAATATCTATGACCCTCAGTTTTCCCACAGATAAAAGAAGGATAATAGA 25712882
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 CTGTTGTTAAATAATATCTATGAACCTCAGTTTTCCCACAGATAAAAGAAGGATAATAGA 2749

 25712883 ACTGTTGAAAGAGGGTTGCTATAAGGAATAAAAGAGGTAATAAAACTGAAAATGACATTC 25712942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 ACTGTTGAAAGAGGGTTGCTATAAGGAATAAAAGAGGTAATAAAACTGAAAATGACATTC 2809

 25712943 GCAGGGTCTAACTTACATAAGATACTCAATAATTTTTGGCATAATTTAAGAATCCTCTGA 25713002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2810 GCAGGGTCTAACTTACATAAGATACTCAATAATTTTTGGCATAATTTAAGAATCCTCTGA 2869

 25713003 GAATAAGAAAATATTTCACTTCTCAATGAAACATTAGAAGAATGGCTTTTGTCTCTTGAA 25713062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2870 GAATAAGAAAATATTTCACTTCTCAATGAAACATTAGAAGAATGGCTTTTGTCTCTTGAA 2929

 25713063 CACCGACATAAAATCATACTGCTAATTAATTGGCCATCGAGACTAATCAGAAGGAACAGT 25713122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2930 CACCGACATAAAATCATACTGCTAATTAATTGGCCATCGAGACTAATCAGAAGGAACAGT 2989

 25713123 ATGATAAGTTTGGTCAGTGAATGCTCAGGAAGCAATCACATCAGAATGATAAATGCATCT 25713182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2990 ATGATAAGTTTGGTCAGTGAATGCTCAGGAAGCAATCACATCAGAATGATAAATGCATCT 3049

 25713183 ATAGTTCTCGGGAACATAAATTTATTTTCAGGAGTGGCTCAGTGACAAAGGATTGACTCC 25713242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3050 ATAGTTCTCGGGAACATAAATTTATTTTCAGGAGTGGCTCAGTGACAAAGGATTGACTCC 3109

 25713243 TAGTTCTGATAAAATTGTTAACTCAAGTTACCATACTATTTTTATTTAAGAAATACTGAT 25713302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3110 TAGTTCTGATAAAATTGTTAACTCAAGTTACCATACTATTTTTATTTAAGAAATACTGAT 3169

 25713303 TTCAGCCCTCTTGATACACTGATTTTTCCAATGTCATTGCTGATTCATGTTTAATTATAC 25713362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     3170 TTCAGCCCTCTTGATACACTGATTTTTCCAATGTCATTGCTGATTCATGTTTGATTATAC 3229

 25713363 TACCCCTCCCTTTTTTTTTTTTTGGACCTTTCCATATCCATTTATATGATTTGCCTGATT 25713422
          ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3230 TACCCCTCCC--TTTTTTTTTTTGGACCTTTCCATATCCATTTATATGATTTGCCTGATT 3287

 25713423 TCTATAAAACAGATCAGGATATGAAGAAGAAAACAATAAAAAAATCATGTCTAGCAAGAA 25713482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3288 TCTATAAAACAGATCAGGATATGAAGAAGAAAACAATAAAAAAATCATGTCTAGCAAGGA 3347

 25713483 CAGAGGTCACCTCCAATGGAGACACTTCAGGAATTGCTCGGGAAAGAACATCAAGTGGTC 25713542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3348 CAGAGGTCACCTCCAATGGAGACACTTCAGGAATTGCTCGGGAAAGAACATCAAGTGGTC 3407

 25713543 AAACAGGAGGATATATGTGGTTCAAGCTACAGAAACAGCAACAGGCTGAGCAGCCAACAT 25713602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3408 AAACAGGAGGATATATGTGGTTCAAGCTACAGAAACAGCAACAGGCTGAGCAGCCAACAT 3467

 25713603 AAGGTAAGAACTGATTCCAGGATGGGTGACTCTGCTATGTGTTGCCTGATCCGGATACAT 25713662
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     3468 AAGGTAAGAACTGATTCCAGGATGGGTGACTCTGCTATGTGTTGCCTGATCTGGATACAT 3527

 25713663 TTTAAATTGAACTCCATCATTTTTTGAGGCCCTCTGGGAAACGTATCCATTGAAAACAGT 25713722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3528 TTTAAATTGAACTCCATCATTTTTTGAGGCCCTCTGGGAAACGTATCCATTGAAAACAGT 3587

 25713723 CGACACCAGGGTCTACTTGAATGGGGCTGGGGGAGGTGGGATGAGGGAGAGGAGCAGAAA 25713782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3588 CGACACCAGGGTCTACTTGAATGGGGCTGGGGGAGGTGGGATGAGGGAGAGGAGCAGAAA 3647

 25713783 AGACAACTACTGGGTACTGGGCTTAATAACTGGGTGATGAAATAATATGTACAACAAATC 25713842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3648 AGACAACTACTGGGTACTGGGCTTAATAACTGGGTGATGAAATAATATGTACAACAAATC 3707

 25713843 TCATGACACATATTTTCCCATTTAACAAACCTGCACATGCACCTCCAAACCAAAAATAAA 25713902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3708 TCATGACACATATTTTCCCATTTAACAAACCTGCACATGCACCTCCAAACCAAAAATAAA 3767

 25713903 AATAAAAATAAATGAATAACAACACCACAAAGACCAGCAGGATTCCAGCCTGATACTGTA 25713962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3768 AATAAAAATAAATGAATAACAACACCACAAAGACCAGCAGGATTCCAGCCTGATACTGTA 3827

 25713963 ATGTATTTTGGATTCTTAACTCGATCCTAAAATAGGAAATTTGTGCATTGCTAGTGACAG 25714022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3828 ATGTATTTTGGATTCTTAACTCGATCCTAAAATAGGAAATTTGTGCATTGCTAGTGACAG 3887

 25714023 AAAGAATATTATTTGCAAGATTTATTGGCAACTTTGCATTTATTCTCGAAGGCAGTGGTT 25714082
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3888 AAGGAATATTATTTGCAAGATTTATTGGCAACTTTGCATTTATTCTCGAAGGCAGTGGTT 3947

 25714083 CCCAACCTTTTTGGCACCAGGGACCAGTTTCATGGAAGACAATTTTTCACAGATGGGGGA 25714142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3948 CCCAACCTTTTTGGCACCAGGGACCAGTTTCATGGAAGACAATTTTTCACAGATGGGGGA 4007

 25714143 AGGTGGGAGGATGGTTTTGGTATTATTCAAGCTATTACATTTATCATTAAATTCTCATAA 25714202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4008 AGGTGGGAGGATGGTTTTGGTATTATTCAAGCTATTACATTTATCATTAAATTCTCATAA 4067

 25714203 GGACAACACAGCCTAGATCCCTCCCATGCACAGTTCACAGTGGGGTTGGCATTCCTATGA 25714262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4068 GGACAACACAGCCTAGATCCCTCCCATGCACAGTTCACAGTGGGGTTGGCATTCCTATGA 4127

 25714263 GAACCTAATGCTACGGCTGATCTGACAGGAGGCAGAGCTCAGGTGGCCATGCTTGCTTGC 25714322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4128 GAACCTAATGCTACGGCTGATCTGACAGGAGGCAGAGCTCAGGTGGCCATGCTTGCTTGC 4187

 25714323 CCCTGGCTCACTTTCTGTTGTGCAGCCAGTGCCTCAAATGCCATGGGCCAGTATAAACAC 25714382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4188 CCCTGGCTCACTTTCTGTTGTGCAGCCAGTGCCTCAAATGCCATGGGCCAGTATAAACAC 4247

 25714383 AGAAGATGGGAACACCTGCTCTAAGGCCTAACTTAGAATATTTTTTGTAATTTCTATCCC 25714442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4248 AGAAGATGGGAACACCTGCTCTAAGGCCTAACTTAGAATATTTTTTGTAATTTCTATCCC 4307

 25714443 TCTAGTATAGCCACAATTCCCAAATGGGCTTTCAAAAGCGTGTAAAAAAATATTATTTGG 25714502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4308 TCTAGTATAGCCACAATTCCCAAATGGGCTTTCAAAAGCGTGTAAAAAAATATTATTTGG 4367

 25714503 AAGTTTTAATGGGGAAAAATAACTGAATACAGATGAATCTGCAAAAGAAAAACTATGAAT 25714562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4368 AAGTTTTAATGGGGAAAAATAACTGAATACAGATGAATCTGCAAAAGAAAAACTATGAAT 4427

 25714563 GTTATGGAACCTCCTTTATTAA----ATCTATCTATCTATCTATGTATCTATCTATCAAC 25714618
          ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4428 GTTATGGAACCTCCTTTATTAAATCTATCTATCTATCTATCTATGTATCTATCTATCAAC 4487

 25714619 TGTCTATCATCTGTCTATTTATCATCTATCTATCTCAGCTGTCTTTCACTTGGATGATGC 25714678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4488 TGTCTATCATCTGTCTATTTATCATCTATCTATCTCAGCTGTCTTTCACTTGGATGATGC 4547

 25714679 TAATTATTGTTTATTTAGCTATTTTCCAGTTCTACTTGTGAAAAGAAATAGGAAGAGACA 25714738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4548 TAATTATTGTTTATTTAGCTATTTTCCAGTTCTACTTGTGAAAAGAAATAGGAAGAGACA 4607

 25714739 ATACTAATCTAGAATAGTCTATGAAAGTTAACTTTAGATGAAAGTACACTTACAATAAAT 25714798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4608 ATACTAATCTAGAATAGTCTATGAAAGTTAACTTTAGATGAAAGTACACTTACAATAAAT 4667

 25714799 GCTTTAAGTCAAAAGGAACTAATAAATTGCCCATCTTTAAAAAGTGTCTAATATCACGGG 25714858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4668 GCTTTAAGTCAAAAGGAACTAATAAATTGCCCATCTTTAAAAAGTGTCTAATATCACGGG 4727

 25714859 ACAATTCCATGAAAATTTCTCTGAAAATTTGTTAAGATCT 25714898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4728 ACAATTCCATGAAAATTTCTCTGAAAATTTGTTAAGATCT 4767

Alignment time is 6.04338 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    3400] =>      3400 nucs 'mol-32-29a8-067461_3400'

Score:        3341
Aligned:      3402        nucs
Identic:      3394 (100%) nucs =>      1637 (100%)      1757 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708547,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712365]
 second seq =>  [       1,    1639] EXCISED REGION [    1640,    3400]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [1639,1639] to [1640,1640]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708547 GTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACA 25708606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCTGACA 60

 25708607 GCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACAA 25708666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
       61 GCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAAACCA 120

 25708667 ATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGAC 25708726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGCAGAC 180

 25708727 ACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAA 25708786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAGACAA 240

 25708787 TGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACC 25708846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTAGACC 300

 25708847 TGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACAT 25708906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTTACAT 360

 25708907 ACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCC 25708966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAATCCC 420

 25708967 ATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATG 25709026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGTGATG 480

 25709027 ATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAA 25709086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGTGTAA 540

 25709087 CCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCA 25709146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCA 600

 25709147 TGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCG 25709206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCG 660

 25709207 ATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGC 25709266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGC 720

 25709267 TAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAAC 25709326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAAC 780

 25709327 TCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGA 25709386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGA 840

 25709387 GCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTG 25709446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTG 900

 25709447 CACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAG 25709506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAG 960

 25709507 ACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATT 25709566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATT 1020

 25709567 GGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCA 25709626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCA 1080

 25709627 GATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAA 25709686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAA 1140

 25709687 AACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTT 25709746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTT 1200

 25709747 CATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGAT 25709806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGAT 1260

 25709807 GGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTC 25709866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTC 1320

 25709867 TTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTC 25709926
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTC 1380

 25709927 AAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTT 25709986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTT 1440

 25709987 GGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGAT 25710046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGAT 1500

 25710047 TTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCA 25710106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCA 1560

 25710107 CTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTG 25710166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTG 1620

 25710167 GAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          |||||||||||||||||||
     1621 GAGAAAGAATAGTCACTAT 1639

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1640 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 1699

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1700 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 1759

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1760 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 1819

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1820 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 1879

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1880 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 1939

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1940 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 1999

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2000 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 2059

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2060 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 2119

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2120 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 2179

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2180 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 2239

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2240 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 2299

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2300 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 2359

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2360 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 2419

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2420 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 2479

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2480 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 2539

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     2540 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 2597

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2598 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 2657

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2658 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 2717

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2718 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 2777

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2778 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 2837

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     2838 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 2897

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2898 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 2957

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2958 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 3017

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3018 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 3077

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3078 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 3137

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3138 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 3197

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 25712222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3198 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 3257

 25712223 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 25712282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3258 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 3317

 25712283 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 25712342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3318 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 3377

 25712343 TTAACATTTATATTCAATTGCAG 25712365
          |||||||||||||||||||||||
     3378 TTAACATTTATATTCAATTGCAG 3400

Alignment time is 4.55546 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    5692] =>      5692 nucs 'mol-32-2b3f-051786_5692'

Score:        5567
Aligned:      5696        nucs
Identic:      5681 (100%) nucs =>      1701 (100%)      3980 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708483,25710185] EXCISED REGION [25710605,25714595]
 second seq =>  [       1,    1703] EXCISED REGION [    1704,    5692]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [1703,1703] to [1704,1704]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708483 GCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCT 25708542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCT 60

 25708543 CATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCT 25708602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTTAAATCT 120

 25708603 GACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAA 25708662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACTATGAAA 180

 25708663 ACAAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGC 25708722
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACCAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTCCTATGC 240

 25708723 AGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAG 25708782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAACAACAG 300

 25708783 ACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTA 25708842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCAGTTTTA 360

 25708843 GACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTT 25708902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAAACATTT 420

 25708903 ACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAA 25708962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATATGGGGAA 480

 25708963 TCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGT 25709022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGTGCAGGT 540

 25709023 GATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGT 25709082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAATGGTGT 600

 25709083 GTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCA 25709142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCA 660

 25709143 CCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCA 25709202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCA 720

 25709203 AGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCC 25709262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCC 780

 25709263 CGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTT 25709322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTT 840

 25709323 GAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGC 25709382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGC 900

 25709383 GTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAA 25709442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAA 960

 25709443 GTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTT 25709502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTT 1020

 25709503 ATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGA 25709562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGA 1080

 25709563 AATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTAT 25709622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTAT 1140

 25709623 TTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATAC 25709682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATAC 1200

 25709683 CAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGA 25709742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGA 1260

 25709743 AGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCAC 25709802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCAC 1320

 25709803 TGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGG 25709862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGG 1380

 25709863 CCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATC 25709922
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1381 CCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATC 1440

 25709923 TCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAA 25709982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAA 1500

 25709983 TTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAA 25710042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAA 1560

 25710043 AGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAG 25710102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAG 1620

 25710103 AGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCC 25710162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCC 1680

 25710163 TGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          |||||||||||||||||||||||
     1681 TGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 1703

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1704 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 1763

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1764 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 1823

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1824 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 1883

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1884 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 1943

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1944 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 2003

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2004 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 2063

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2064 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 2123

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2124 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 2183

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2184 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 2243

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2244 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 2303

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2304 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 2363

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2364 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 2423

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2424 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 2483

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2484 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 2543

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2544 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 2603

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     2604 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 2661

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 2721

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 2781

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 2841

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 2901

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     2902 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 2961

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 3021

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 3081

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 3141

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 3201

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 3261

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 25712222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 3321

 25712223 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 25712282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3322 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 3381

 25712283 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 25712342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 3441

 25712343 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTA 25712402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTA 3501

 25712403 TTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAGTTTGAAGCAAAGGCAGGTATCAAACATTTGAAAA 25712462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 TTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAGTTTGAAGCAAAGGCAGGTATCAAACATTTGAAAA 3561

 25712463 AAAGTTTTAAATATTTAAACCGGTAGCGATTTTTCATAAAAATTAAGTCTCTACCGTAAT 25712522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3562 AAAGTTTTAAATATTTAAACCGGTAGCGATTTTTCATAAAAATTAAGTCTCTACCGTAAT 3621

 25712523 AAAAATAATAACTAATGGAAAATTGTTATCATGTGATCTAAAATTATTTCTCATCTTATT 25712582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3622 AAAAATAATAACTAATGGAAAATTGTTATCATGTGATCTAAAATTATTTCTCATCTTATT 3681

 25712583 TTTATCTTATGGCAATATTAACTTAGGCACTGAAAAATTCAAAAACTAAAGCAAACCAAA 25712642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 TTTATCTTATGGCAATATTAACTTAGGCACTGAAAAATTCAAAAACTAAAGCAAACCAAA 3741

 25712643 ATATGTTCATGTACTTGGGAGAACAATTTAAATCAAATACTAGTGGCCTGTTTTTTTATT 25712702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 ATATGTTCATGTACTTGGGAGAACAATTTAAATCAAATACTAGTGGCCTGTTTTTTTATT 3801

 25712703 GTAATCAATTCAGATGATAATTTTTATATACTTCAAATTTATGGTTAAATGTCACTAACA 25712762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3802 GTAATCAATTCAGATGATAATTTTTATATACTTCAAATTTATGGTTAAATGTCACTAACA 3861

 25712763 TATTATGGATTTAATATCTTTAAAAATTCGTTTTAAAGTCAGAGGTCATAGGTAATATTC 25712822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3862 TATTATGGATTTAATATCTTTAAAAATTCGTTTTAAAGTCAGAGGTCATAGGTAATATTC 3921

 25712823 CTGTTGTTAAATAATATCTATGACCCTCAGTTTTCCCACAGATAAAAGAAGGATAATAGA 25712882
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3922 CTGTTGTTAAATAATATCTATGAACCTCAGTTTTCCCACAGATAAAAGAAGGATAATAGA 3981

 25712883 ACTGTTGAAAGAGGGTTGCTATAAGGAATAAAAGAGGTAATAAAACTGAAAATGACATTC 25712942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3982 ACTGTTGAAAGAGGGTTGCTATAAGGAATAAAAGAGGTAATAAAACTGAAAATGACATTC 4041

 25712943 GCAGGGTCTAACTTACATAAGATACTCAATAATTTTTGGCATAATTTAAGAATCCTCTGA 25713002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4042 GCAGGGTCTAACTTACATAAGATACTCAATAATTTTTGGCATAATTTAAGAATCCTCTGA 4101

 25713003 GAATAAGAAAATATTTCACTTCTCAATGAAACATTAGAAGAATGGCTTTTGTCTCTTGAA 25713062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4102 GAATAAGAAAATATTTCACTTCTCAATGAAACATTAGAAGAATGGCTTTTGTCTCTTGAA 4161

 25713063 CACCGACATAAAATCATACTGCTAATTAATTGGCCATCGAGACTAATCAGAAGGAACAGT 25713122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4162 CACCGACATAAAATCATACTGCTAATTAATTGGCCATCGAGACTAATCAGAAGGAACAGT 4221

 25713123 ATGATAAGTTTGGTCAGTGAATGCTCAGGAAGCAATCACATCAGAATGATAAATGCATCT 25713182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4222 ATGATAAGTTTGGTCAGTGAATGCTCAGGAAGCAATCACATCAGAATGATAAATGCATCT 4281

 25713183 ATAGTTCTCGGGAACATAAATTTATTTTCAGGAGTGGCTCAGTGACAAAGGATTGACTCC 25713242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4282 ATAGTTCTCGGGAACATAAATTTATTTTCAGGAGTGGCTCAGTGACAAAGGATTGACTCC 4341

 25713243 TAGTTCTGATAAAATTGTTAACTCAAGTTACCATACTATTTTTATTTAAGAAATACTGAT 25713302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4342 TAGTTCTGATAAAATTGTTAACTCAAGTTACCATACTATTTTTATTTAAGAAATACTGAT 4401

 25713303 TTCAGCCCTCTTGATACACTGATTTTTCCAATGTCATTGCTGATTCATGTTTAATTATAC 25713362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     4402 TTCAGCCCTCTTGATACACTGATTTTTCCAATGTCATTGCTGATTCATGTTTGATTATAC 4461

 25713363 TACCCCTCCCTTTTTTTTTTTTTGGACCTTTCCATATCCATTTATATGATTTGCCTGATT 25713422
          ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4462 TACCCCTCCC--TTTTTTTTTTTGGACCTTTCCATATCCATTTATATGATTTGCCTGATT 4519

 25713423 TCTATAAAACAGATCAGGATATGAAGAAGAAAACAATAAAAAAATCATGTCTAGCAAGAA 25713482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     4520 TCTATAAAACAGATCAGGATATGAAGAAGAAAACAATAAAAAAATCATGTCTAGCAAGGA 4579

 25713483 CAGAGGTCACCTCCAATGGAGACACTTCAGGAATTGCTCGGGAAAGAACATCAAGTGGTC 25713542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4580 CAGAGGTCACCTCCAATGGAGACACTTCAGGAATTGCTCGGGAAAGAACATCAAGTGGTC 4639

 25713543 AAACAGGAGGATATATGTGGTTCAAGCTACAGAAACAGCAACAGGCTGAGCAGCCAACAT 25713602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4640 AAACAGGAGGATATATGTGGTTCAAGCTACAGAAACAGCAACAGGCTGAGCAGCCAACAT 4699

 25713603 AAGGTAAGAACTGATTCCAGGATGGGTGACTCTGCTATGTGTTGCCTGATCCGGATACAT 25713662
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     4700 AAGGTAAGAACTGATTCCAGGATGGGTGACTCTGCTATGTGTTGCCTGATCTGGATACAT 4759

 25713663 TTTAAATTGAACTCCATCATTTTTTGAGGCCCTCTGGGAAACGTATCCATTGAAAACAGT 25713722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4760 TTTAAATTGAACTCCATCATTTTTTGAGGCCCTCTGGGAAACGTATCCATTGAAAACAGT 4819

 25713723 CGACACCAGGGTCTACTTGAATGGGGCTGGGGGAGGTGGGATGAGGGAGAGGAGCAGAAA 25713782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4820 CGACACCAGGGTCTACTTGAATGGGGCTGGGGGAGGTGGGATGAGGGAGAGGAGCAGAAA 4879

 25713783 AGACAACTACTGGGTACTGGGCTTAATAACTGGGTGATGAAATAATATGTACAACAAATC 25713842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4880 AGACAACTACTGGGTACTGGGCTTAATAACTGGGTGATGAAATAATATGTACAACAAATC 4939

 25713843 TCATGACACATATTTTCCCATTTAACAAACCTGCACATGCACCTCCAAACCAAAAATAAA 25713902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4940 TCATGACACATATTTTCCCATTTAACAAACCTGCACATGCACCTCCAAACCAAAAATAAA 4999

 25713903 AATAAAAATAAATGAATAACAACACCACAAAGACCAGCAGGATTCCAGCCTGATACTGTA 25713962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5000 AATAAAAATAAATGAATAACAACACCACAAAGACCAGCAGGATTCCAGCCTGATACTGTA 5059

 25713963 ATGTATTTTGGATTCTTAACTCGATCCTAAAATAGGAAATTTGTGCATTGCTAGTGACAG 25714022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5060 ATGTATTTTGGATTCTTAACTCGATCCTAAAATAGGAAATTTGTGCATTGCTAGTGACAG 5119

 25714023 AAAGAATATTATTTGCAAGATTTATTGGCAACTTTGCATTTATTCTCGAAGGCAGTGGTT 25714082
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5120 AAGGAATATTATTTGCAAGATTTATTGGCAACTTTGCATTTATTCTCGAAGGCAGTGGTT 5179

 25714083 CCCAACCTTTTTGGCACCAGGGACCAGTTTCATGGAAGACAATTTTTCACAGATGGGGGA 25714142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5180 CCCAACCTTTTTGGCACCAGGGACCAGTTTCATGGAAGACAATTTTTCACAGATGGGGGA 5239

 25714143 AGGTGGGAGGATGGTTTTGGTATTATTCAAGCTATTACATTTATCATTAAATTCTCATAA 25714202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5240 AGGTGGGAGGATGGTTTTGGTATTATTCAAGCTATTACATTTATCATTAAATTCTCATAA 5299

 25714203 GGACAACACAGCCTAGATCCCTCCCATGCACAGTTCACAGTGGGGTTGGCATTCCTATGA 25714262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5300 GGACAACACAGCCTAGATCCCTCCCATGCACAGTTCACAGTGGGGTTGGCATTCCTATGA 5359

 25714263 GAACCTAATGCTACGGCTGATCTGACAGGAGGCAGAGCTCAGGTGGCCATGCTTGCTTGC 25714322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5360 GAACCTAATGCTACGGCTGATCTGACAGGAGGCAGAGCTCAGGTGGCCATGCTTGCTTGC 5419

 25714323 CCCTGGCTCACTTTCTGTTGTGCAGCCAGTGCCTCAAATGCCATGGGCCAGTATAAACAC 25714382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5420 CCCTGGCTCACTTTCTGTTGTGCAGCCAGTGCCTCAAATGCCATGGGCCAGTATAAACAC 5479

 25714383 AGAAGATGGGAACACCTGCTCTAAGGCCTAACTTAGAATATTTTTTGTAATTTCTATCCC 25714442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5480 AGAAGATGGGAACACCTGCTCTAAGGCCTAACTTAGAATATTTTTTGTAATTTCTATCCC 5539

 25714443 TCTAGTATAGCCACAATTCCCAAATGGGCTTTCAAAAGCGTGTAAAAAAATATTATTTGG 25714502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5540 TCTAGTATAGCCACAATTCCCAAATGGGCTTTCAAAAGCGTGTAAAAAAATATTATTTGG 5599

 25714503 AAGTTTTAATGGGGAAAAATAACTGAATACAGATGAATCTGCAAAAGAAAAACTATGAAT 25714562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5600 AAGTTTTAATGGGGAAAAATAACTGAATACAGATGAATCTGCAAAAGAAAAACTATGAAT 5659

 25714563 GTTATGGAACCTCCTTTATTAAATCTATCTATC 25714595
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     5660 GTTATGGAACCTCCTTTATTAAATCTATCTATC 5692

Alignment time is 6.92185 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    3919] =>      3919 nucs 'mol-32-2e15-056862_3919'

Score:        3834
Aligned:      3917        nucs
Identic:      3907 (100%) nucs =>      2093 (100%)      1814 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708473,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712387]
 second seq =>  [       1,    2098] EXCISED REGION [    2103,    3919]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [2099,2102]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [3077,3078]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [2099,2101] to [2103,2105]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708473 ATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGA 25708532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGA 60

 25708533 GATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATT 25708592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATT 120

 25708593 TTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTAT 25708652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTAAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTAT 180

 25708653 AACTATGAAAACAAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTC 25708712
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACTATGAAAACCAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTC 240

 25708713 TGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACC 25708772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTCCTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACC 300

 25708773 ACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGA 25708832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACAACAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGA 360

 25708833 CCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGC 25708892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCCAGTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGC 420

 25708893 GTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTT 25708952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTAAACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTT 480

 25708953 ATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGT 25709012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATATGGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGT 540

 25709013 GTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCC 25709072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTGTGCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCC 600

 25709073 TAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCT 25709132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAAATGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCT 660

 25709133 CGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCT 25709192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CGCTCTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCT 720

 25709193 CCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTG 25709252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCCGGGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTG 780

 25709253 CCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCA 25709312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCAACACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCA 840

 25709313 GGCTGGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGG 25709372
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGCTGGTATTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGG 900

 25709373 GATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCC 25709432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCC 960

 25709433 TACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCA 25709492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCA 1020

 25709493 TGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAA 25709552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAA 1080

 25709553 AGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCAT 25709612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCAT 1140

 25709613 TTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTA 25709672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTA 1200

 25709673 TAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTG 25709732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTG 1260

 25709733 AAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTT 25709792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTT 1320

 25709793 TCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAG 25709852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAG 1380

 25709853 CTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAA 25709912
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     1381 CTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAA 1440

 25709913 TCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTT 25709972
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCTTATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTT 1500

 25709973 AGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAG 25710032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAG 1560

 25710033 CTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTC 25710092
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTTAGTATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTC 1620

 25710093 CATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGG 25710152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGG 1680

 25710153 TGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAA 25710212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAA 1740

 25710213 AGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTT 25710272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTT 1800

 25710273 CATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGC 25710332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGC 1860

 25710333 ACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTA 25710392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTA 1920

 25710393 CCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCA 25710452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCA 1980

 25710453 AAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATAT 25710512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATAT 2040

 25710513 CCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 25710570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 2098

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 2162

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 2222

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 2282

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2283 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 2342

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2343 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 2402

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2403 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 2462

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2463 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 2522

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2523 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 2582

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2583 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 2642

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 2702

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 2762

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 2822

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 2882

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 2942

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2943 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 3002

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3003 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 3062

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3063 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 3120

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 3180

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 3240

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 3300

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 3360

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 3420

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 3480

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 3540

 25712009 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 25712068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 3600

 25712069 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 25712128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 3660

 25712129 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 25712188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 3720

 25712189 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 25712248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 3780

 25712249 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 25712308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 3840

 25712309 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 25712368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 3900

 25712369 ACCAAATAGAGTAATATAA 25712387
          |||||||||||||||||||
     3901 ACCAAATAGAGTAATATAA 3919

Alignment time is 5.03667 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2017] =>      2017 nucs 'mol-32-2f1d-001557_2017'

Score:        1980
Aligned:      2019        nucs
Identic:      2013 (100%) nucs =>       246 (100%)      1767 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709940,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712375]
 second seq =>  [       1,     246] EXCISED REGION [     247,    2017]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [246,246] to [247,247]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709940 TCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATA 25709999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATA 60

 25710000 TATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACT 25710059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACT 120

 25710060 GTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGA 25710119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGA 180

 25710120 CTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGT 25710179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGT 240

 25710180 CACTAT 25710185
          ||||||
      241 CACTAT 246

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      247 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 306

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      307 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 366

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      367 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 426

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      427 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 486

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      487 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 546

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      547 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 606

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      607 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 666

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      667 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 726

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
      727 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 786

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      787 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 846

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      847 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 906

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      907 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 966

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      967 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1026

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1027 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1086

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1087 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1146

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1147 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 1204

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1205 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 1264

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1265 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 1324

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1325 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 1384

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1385 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 1444

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1445 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 1504

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1505 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 1564

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1565 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 1624

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1625 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 1684

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1685 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 1744

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1745 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 1804

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 25712222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1805 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 1864

 25712223 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 25712282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1865 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 1924

 25712283 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 25712342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1925 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 1984

 25712343 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAAT 25712375
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     1985 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAAT 2017

Alignment time is 2.92512 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2584] =>      2584 nucs 'mol-32-2fcd-193700_2584'

Score:        2511
Aligned:      2561        nucs
Identic:      2554 (100%) nucs =>      1090 (100%)      1464 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709095,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712072]
 second seq =>  [       1,    1091] EXCISED REGION [    1092,    2559]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [1091,1091] to [1092,1092]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709095 CTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAG 25709154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCTCTCTCACCCATGCTGGAG 60

 25709155 TGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCAT 25709214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCAT 120

 25709215 GTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTT 25709274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAACACTCCCGGCTAATCTTT 180

 25709275 GTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCC 25709334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTGTTGAACTCCTAGCC 240

 25709335 TCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGT 25709394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGT 300

 25709395 GCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGA 25709454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGA 360

 25709455 GTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACT 25709514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACT 420

 25709515 GACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTT 25709574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTT 480

 25709575 CCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGG 25709634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGG 540

 25709635 CATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGA 25709694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGA 600

 25709695 AGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACA 25709754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACA 660

 25709755 AGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCT 25709814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCT 720

 25709815 TCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGT 25709874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGT 780

 25709875 GGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCA 25709934
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCA 840

 25709935 TCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAAC 25709994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAAC 900

 25709995 ACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGG 25710054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGG 960

 25710055 GGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGG 25710114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGG 1020

 25710115 AAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGA 25710174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGA 1080

 25710175 ATAGTCACTAT 25710185
          |||||||||||
     1081 ATAGTCACTAT 1091

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1092 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 1151

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1152 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 1211

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1212 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 1271

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1272 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 1331

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1332 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 1391

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1392 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 1451

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1452 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 1511

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1512 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 1571

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1572 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 1631

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 1691

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1692 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 1751

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1752 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 1811

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1812 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1871

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1872 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1931

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1932 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1991

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1992 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 2049

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2050 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 2109

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2110 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 2169

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2170 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 2229

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2230 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 2289

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     2290 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 2349

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2350 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 2409

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2410 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 2469

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2470 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 2529

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGG 25712072
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     2530 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGG 2559

Alignment time is 3.48108 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2130] =>      2130 nucs 'mol-32-2fee-075146_2130'

Score:        2082
Aligned:      2132        nucs
Identic:      2125 (100%) nucs =>       535 (100%)      1590 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709650,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712198]
 second seq =>  [       1,     536] EXCISED REGION [     537,    2130]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [536,536] to [537,537]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709650 TGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAA 25709709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAA 60

 25709710 GAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATT 25709769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATT 120

 25709770 CAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTC 25709829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTC 180

 25709830 ACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCAT 25709889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCAT 240

 25709890 TCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTT 25709949
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTT 300

 25709950 ATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACA 25710009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACA 360

 25710010 ATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTA 25710069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTA 420

 25710070 TGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGT 25710129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGT 480

 25710130 GTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 536

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      537 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 596

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      597 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 656

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      657 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 716

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      717 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 776

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      777 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 836

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      837 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 896

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      897 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 956

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 1016

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1017 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 1076

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 1136

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 1196

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 1256

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1316

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1376

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1377 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1436

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1437 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 1494

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 1554

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 1614

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 1674

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 1734

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1735 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 1794

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 1854

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 1914

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 1974

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 2034

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 2094

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAA 25712198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2095 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAA 2130

Alignment time is 3.08305 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2979] =>      2979 nucs 'mol-32-2fee-228000_2979'

Score:        2916
Aligned:      2977        nucs
Identic:      2969 (100%) nucs =>      1121 (100%)      1848 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709447,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712421]
 second seq =>  [       1,    1124] EXCISED REGION [    1129,    2979]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [1125,1128]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [2103,2104]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [1125,1127] to [1129,1131]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709447 CACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAG 25709506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAG 60

 25709507 ACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATT 25709566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATT 120

 25709567 GGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCA 25709626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCA 180

 25709627 GATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAA 25709686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAA 240

 25709687 AACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTT 25709746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTT 300

 25709747 CATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGAT 25709806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGAT 360

 25709807 GGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTC 25709866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTC 420

 25709867 TTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTC 25709926
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||
      421 TTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTTATCATCTCTC 480

 25709927 AAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTT 25709986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTT 540

 25709987 GGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGAT 25710046
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      541 GGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGTATAAAGAT 600

 25710047 TTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCA 25710106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCA 660

 25710107 CTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTG 25710166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTG 720

 25710167 GAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCAC 25710226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCAC 780

 25710227 TAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTA 25710286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTA 840

 25710287 GTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATT 25710346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATT 900

 25710347 AATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAA 25710406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAA 960

 25710407 GAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATA 25710466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATA 1020

 25710467 AATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAA 25710526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAA 1080

 25710527 AAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 25710570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 1124

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1129 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 1188

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1189 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 1248

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1249 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 1308

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1309 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 1368

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1369 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 1428

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1429 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 1488

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1489 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 1548

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 1608

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1609 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 1668

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 1728

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1729 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 1788

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 1848

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1849 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 1908

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1909 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 1968

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1969 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 2028

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2029 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 2088

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2089 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 2146

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2147 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 2206

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2207 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 2266

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2267 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 2326

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2327 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 2386

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2387 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 2446

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2447 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 2506

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2507 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 2566

 25712009 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 25712068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2567 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 2626

 25712069 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 25712128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2627 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 2686

 25712129 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 25712188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2687 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 2746

 25712189 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 25712248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2747 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 2806

 25712249 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 25712308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2807 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 2866

 25712309 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 25712368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2867 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 2926

 25712369 ACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTATTGAAAAATAGAAATGAAA 25712421
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2927 ACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTATTGAAAAATAGAAATGAAA 2979

Alignment time is 3.98948 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2850] =>      2850 nucs 'mol-32-316f-157480_2850'

Score:        2776
Aligned:      2848        nucs
Identic:      2839 (100%) nucs =>      1197 (100%)      1642 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709370,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712215]
 second seq =>  [       1,    1201] EXCISED REGION [    1206,    2850]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [1202,1205]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [2180,2181]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [1202,1204] to [1206,1208]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709370 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCT 25709429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCT 60

 25709430 GCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTG 25709489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTG 120

 25709490 CCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAA 25709549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAA 180

 25709550 GAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTG 25709609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTG 240

 25709610 CATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTT 25709669
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
      241 CATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTCTTTCAGCCTT 300

 25709670 CTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTT 25709729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTT 360

 25709730 CTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTG 25709789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTG 420

 25709790 CTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGC 25709849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGC 480

 25709850 TAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCA 25709909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      481 TAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCA 540

 25709910 CAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATAT 25709969
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAATCTTATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATAT 600

 25709970 TTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGT 25710029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGT 660

 25710030 AAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGAT 25710089
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAGCTTAGTATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGAT 720

 25710090 TTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACC 25710149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACC 780

 25710150 AGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCAT 25710209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCAT 840

 25710210 AAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCC 25710269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCC 900

 25710270 CTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCT 25710329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCT 960

 25710330 GGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAG 25710389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAG 1020

 25710390 CTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAG 25710449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAG 1080

 25710450 GCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCA 25710509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCA 1140

 25710510 TATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAA 25710569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAA 1200

 25710570 T 25710570
          |
     1201 T 1201

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1206 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 1265

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1266 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 1325

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1326 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 1385

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1386 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 1445

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1446 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 1505

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 1565

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 1625

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1626 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 1685

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 1745

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 1805

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 1865

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1866 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 1925

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 1985

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 2045

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 2105

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2106 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 2165

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 2223

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 2283

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2284 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 2343

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2344 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 2403

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2404 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 2463

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 2523

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2524 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 2583

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2584 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 2643

 25712009 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 25712068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2644 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 2703

 25712069 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 25712128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2704 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 2763

 25712129 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 25712188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2764 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 2823

 25712189 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAG 25712215
          |||||||||||||||||||||||||||
     2824 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAG 2850

Alignment time is 3.8903 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    3855] =>      3855 nucs 'mol-32-32fb-187416_3855'

Score:        3759
Aligned:      3853        nucs
Identic:      3842 (100%) nucs =>      2029 (100%)      1813 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25708537,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712387]
 second seq =>  [       1,    2034] EXCISED REGION [    2039,    3855]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [2035,2038]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [3013,3014]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [2035,2037] to [2039,2041]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25708537 GTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTT 25708596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATGATCAGGAATGTAATGTTCTGATTCCATTTTTT 60

 25708597 AAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACT 25708656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATCTGACAGCTGACAGCTTTTAATTCCCACTCTTTTCTCTTCTCTGCTTTCTATAACT 120

 25708657 ATGAAAACAAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTC 25708716
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGAAAACCAATAAGAAAACCTGATTACTTTCTTCTTTGGTGCCAATTAGAATCTCTGTC 180

 25708717 CTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAA 25708776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTATGCAGACACCAGATCAGCCATGGGAACCCTCACTGTGCTCTCATACTCCAACCACAA 240

 25708777 CAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCA 25708836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAACAGACAATGCCAATTCTTGTCTTTCAACCCAGTTTTAGACCTTGCTCTTTCGACCCA 300

 25708837 GTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAA 25708896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTTTAGACCTGCTTGTTAGCTCTCTTGCTCTTCTAGAAAGCCTTATTATTTGAGCGTAA 360

 25708897 ACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATAT 25708956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACATTTACATACCCTGTTGGCATATGTGTGGCACCTCAGCAACTGCGGTGGATTTTATAT 420

 25708957 GGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGT 25709016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGGGAATCCCATCTTGCCTCCATATAGAGACCACAAGACAACTGCCACAAAGCAGTGTGT 480

 25709017 GCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAA 25709076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCAGGTGATGATGATCAGTACTGATAGGGTGTTTGTCTTATCTTGCTTTGGCTTCCTAAA 540

 25709077 TGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCT 25709136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGGTGTGTAACCTTCTGTCTGCATACTTTTTTTTTTTCTCTTTTAAGTTGGAGTCTCGCT 600

 25709137 CTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCG 25709196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTCTCACCCATGCTGGAGTGCAATGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCATCGCCTCCCG 660

 25709197 GGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAA 25709256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGTTCAAGCGATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGCCATGTGCCAA 720

 25709257 CACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCT 25709316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CACTCCCGGCTAATCTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCT 780

 25709317 GGTGTTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATT 25709376
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGTATTGAACTCCTAGCCTCAGGTGATCTGCCCACCTTGGCCACCCAAAGTGCTGGGATT 840

 25709377 ACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACA 25709436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGTCTCCTGCATAATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACA 900

 25709437 GGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCT 25709496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCT 960

 25709497 TCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGA 25709556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGA 1020

 25709557 TTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTAT 25709616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTAT 1080

 25709617 CTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAA 25709676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAA 1140

 25709677 AAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGT 25709736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGT 1200

 25709737 CTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTC 25709796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTC 1260

 25709797 GTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCT 25709856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCT 1320

 25709857 CTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTA 25709916
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.
     1321 CTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTT 1380

 25709917 ATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCA 25709976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCA 1440

 25709977 GATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTA 25710036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTA 1500

 25710037 GGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATC 25710096
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATC 1560

 25710097 CTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGC 25710156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGC 1620

 25710157 CACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAAAGCA 25710216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATATTGGGCCCACATTCATAAAAGCA 1680

 25710217 AAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTTCATT 25710276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTGTTGTTGCCTGTGTCCCTTCATT 1740

 25710277 AAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGCACAG 25710336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGTCCAAGACACCTCCCTGGCACAG 1800

 25710337 GCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTACCAT 25710396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCCTTAATCTCAATAAAGCTACCAT 1860

 25710397 CACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCAAAAG 25710456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCTTATTTGAAATTCTAGGCAAAAG 1920

 25710457 GTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATATCCAG 25710516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGTCAAACCCCTATTGCATATCCAG 1980

 25710517 TAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 25710570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATAAAGAAGACAAACAAAT 2034

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 AAAAACTAAATCAGGCATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 2098

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 2158

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 2218

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 2278

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 2338

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 2398

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 2458

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 2518

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 2578

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 2638

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 2698

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 2758

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 2818

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 2878

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 2938

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 2998

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 3056

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3057 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 3116

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3117 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 3176

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3177 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 3236

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3237 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 3296

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3297 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 3356

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3357 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 3416

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3417 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 3476

 25712009 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 25712068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3477 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 3536

 25712069 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 25712128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3537 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 3596

 25712129 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 25712188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3597 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 3656

 25712189 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 25712248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3657 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 3716

 25712249 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 25712308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3717 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 3776

 25712309 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 25712368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3777 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATTGCAGAAT 3836

 25712369 ACCAAATAGAGTAATATAA 25712387
          |||||||||||||||||||
     3837 ACCAAATAGAGTAATATAA 3855

Alignment time is 5.05345 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2385] =>      2385 nucs 'mol-32-338a-157132_2385'

Score:        2337
Aligned:      2387        nucs
Identic:      2380 (100%) nucs =>       669 (100%)      1711 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709516,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712319]
 second seq =>  [       1,     670] EXCISED REGION [     671,    2385]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [670,670] to [671,671]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709516 ACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTC 25709575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACCAATATCAGAAGTATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTC 60

 25709576 CTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGC 25709635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTAAAGGGGCCTTGGCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGC 120

 25709636 ATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAA 25709695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGTGTCTTGATTCTGTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAA 180

 25709696 GGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAA 25709755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTTATAAACAAAAGAAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAA 240

 25709756 GTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTT 25709815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTGCTGGCAGATTCAATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTT 300

 25709816 CACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTG 25709875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CACCTTGCGTTCTCACATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTG 360

 25709876 GGCACTACTACCATTCATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCAT 25709935
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGCACTACTACCATTCATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCAT 420

 25709936 CATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACA 25709995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CATCTCCTAATGTTATCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACA 480

 25709996 CATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGG 25710055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CATATATTCAGACAATAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGG 540

 25710056 GACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGA 25710115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GACTGTCGGTTTTATGTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGA 600

 25710116 AAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAA 25710175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGACTGATGCCGTGTGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAA 660

 25710176 TAGTCACTAT 25710185
          ||||||||||
      661 TAGTCACTAT 670

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      671 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 730

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      731 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 790

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      791 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 850

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      851 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 910

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      911 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 970

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      971 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 1030

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1031 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 1090

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1091 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 1150

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1151 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 1210

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1211 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 1270

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1271 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 1330

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1331 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 1390

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1391 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1450

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1451 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1510

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1511 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1570

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1571 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 1628

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1629 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 1688

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1689 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 1748

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1749 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 1808

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1809 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 1868

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1869 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 1928

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1929 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 1988

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1989 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 2048

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2049 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 2108

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2109 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 2168

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2169 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 2228

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 25712222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2229 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 2288

 25712223 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 25712282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2289 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 2348

 25712283 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTT 25712319
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2349 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTT 2385

Alignment time is 3.25788 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2611] =>      2611 nucs 'mol-32-33a0-060349_2611'

Score:        2563
Aligned:      2613        nucs
Identic:      2606 (100%) nucs =>       771 (100%)      1835 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709414,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712443]
 second seq =>  [       1,     772] EXCISED REGION [     773,    2611]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [772,772] to [773,773]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709414 TTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTG 25709473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTG 60

 25709474 CATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATC 25709533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATC 120

 25709534 CTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCT 25709593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCT 180

 25709594 CCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTC 25709653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTC 240

 25709654 TAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAA 25709713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAA 300

 25709714 TTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAAT 25709773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAAT 360

 25709774 GCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACAT 25709833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACAT 420

 25709834 GATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCAT 25709893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCAT 480

 25709894 GAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCA 25709953
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCA 540

 25709954 CCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAA 25710013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAA 600

 25710014 CATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTC 25710073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTC 660

 25710074 TTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGC 25710133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGC 720

 25710134 AATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 772

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      773 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 832

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      833 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 892

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      893 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 952

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      953 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 1012

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1013 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 1072

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1073 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 1132

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1133 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 1192

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1193 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 1252

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1253 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 1312

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1313 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 1372

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1373 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 1432

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1433 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 1492

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1493 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1552

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1553 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1612

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1613 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1672

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1673 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 1730

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1731 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 1790

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1791 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 1850

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1851 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 1910

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1911 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 1970

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1971 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 2030

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2031 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 2090

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2091 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 2150

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2151 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 2210

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2211 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 2270

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 25712162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2271 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTAT 2330

 25712163 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 25712222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2331 GAATTAATGCAATTAAAATTAATATAAATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGAC 2390

 25712223 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 25712282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2391 TGCATATTATCAGAAAATGGCATGCAGAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTC 2450

 25712283 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 25712342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2451 TTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAACCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTT 2510

 25712343 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTA 25712402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2511 TTAACATTTATATTCAATTGCAGAATACCAAATAGAGTAATATAATCAATAGTGTAGTTA 2570

 25712403 TTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAGTTTGAAGCAAAGGCA 25712443
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2571 TTGAAAAATAGAAATGAAAAACTGAGTTTGAAGCAAAGGCA 2611

Alignment time is 3.53804 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2951] =>      2951 nucs 'mol-32-33ab-038397_2951'

Score:        2888
Aligned:      2949        nucs
Identic:      2941 (100%) nucs =>      1153 (100%)      1788 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709415,25710570] EXCISED REGION [25710571,25712361]
 second seq =>  [       1,    1156] EXCISED REGION [    1161,    2951]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [1157,1160]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         2 nucs [25711545,25711546]
 second seq =>         2 nucs [2135,2136]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [1157,1159] to [1161,1163]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709415 TTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGC 25709474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTGCTGC 60

 25709475 ATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCC 25709534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGTATCC 120

 25709535 TTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTC 25709594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTGGCTC 180

 25709595 CTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCT 25709654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCTGTCT 240

 25709655 AGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAAT 25709714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAGAAAT 300

 25709715 TTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATG 25709774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTCAATG 360

 25709775 CCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATG 25709834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCACATG 420

 25709835 ATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATG 25709894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATTCATG 480

 25709895 AGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCAC 25709954
          |||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGAGCTCTGCCCTCACAATCTTATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTATCAC 540

 25709955 CTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAAC 25710014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAATAAC 600

 25710015 ATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCT 25710074
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATCACTATATGTAGTAAGCTTAGTATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTATGTCT 660

 25710075 TAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCA 25710134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTGTGCA 720

 25710135 ATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATAT 25710194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTATTTGGTATAT 780

 25710195 TGGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTG 25710254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGGGCCCACATTCATAAAAGCAAAGGGCTCACTAGTACCTCACAAATGCCTTTGCTGCTG 840

 25710255 TTGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGT 25710314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGTTGCCTGTGTCCCTTCATTAAAGAAGGTAGTGATTCTTGGAGCTACAGGAAAAAAGT 900

 25710315 CCAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCC 25710374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCAAGACACCTCCCTGGCACAGGCAAGGTATTAATTTTAAACTGTGTTAAGCCCAAGTCC 960

 25710375 TTAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCT 25710434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTAATCTCAATAAAGCTACCATCACCACGGAAGAGGCCTCTAACTAACTCCTGTGAGGCT 1020

 25710435 TATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGT 25710494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TATTTGAAATTCTAGGCAAAAGGTAGTGTATAAATATAAGAAAGGTAGAGGAAACTCAGT 1080

 25710495 CAAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATA 25710554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CAAACCCCTATTGCATATCCAGTAACCATCAAAAAACAAAAACAATGAAAAACTTGAATA 1140

 25710555 AAGAAGACAAACAAAT 25710570
          ||||||||||||||||
     1141 AAGAAGACAAACAAAT 1156

EXCISED REGION

 25710571 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 25710630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1161 AAAAACTAAATCAGACATCTGCAATTTGACACAATTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATA 1220

 25710631 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 25710690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1221 ATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGATGATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGA 1280

 25710691 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 25710750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1281 AACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTACCAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTA 1340

 25710751 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 25710810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1341 TCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGGGAATCGAAATAATTTTAAACAAGATA 1400

 25710811 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 25710870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1401 TCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAACAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCA 1460

 25710871 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 25710930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1461 GAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCATAGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCA 1520

 25710931 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 25710990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1521 TCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAACTTAAATATTCATAAACAGTAACTAA 1580

 25710991 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 25711050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1581 ATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATTAAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTT 1640

 25711051 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 25711110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1641 AAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTCCCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCG 1700

 25711111 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 25711170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1701 CTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATAGAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCA 1760

 25711171 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 25711230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1761 TATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCATTCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGG 1820

 25711231 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 25711290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1821 ATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTACCTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGA 1880

 25711291 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 25711350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1881 GTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGATGGCAGCACCACGTTACATATGATGA 1940

 25711351 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 25711410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1941 AGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCAATCATGATATCACAGATCAAAGACAC 2000

 25711411 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 25711470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2001 ACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGCATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTG 2060

 25711471 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 25711530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2061 GCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGATTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGG 2120

 25711531 TCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 25711588
          ||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2121 TCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAATTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTG 2178

 25711589 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 25711648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2179 TGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACCACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAG 2238

 25711649 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 25711708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2239 TAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTTATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTT 2298

 25711709 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 25711768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2299 TCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAAATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAA 2358

 25711769 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 25711828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2359 AGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCTAGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAG 2418

 25711829 GCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 25711888
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2419 GCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTCAAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTG 2478

 25711889 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 25711948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2479 TATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCTTCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTT 2538

 25711949 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 25712008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2539 TAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACTCTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCAT 2598

 25712009 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 25712068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2599 AATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTTCTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTC 2658

 25712069 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 25712128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2659 AGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTCATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCAT 2718

 25712129 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 25712188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2719 GCTATTTTGGGGAATGTGTATATATATAAATTATGAATTAATGCAATTAAAATTAATATA 2778

 25712189 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 25712248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2779 AATTCAAAAAAGTGGTCACATGGGCAGTGAGGACTGCATATTATCAGAAAATGGCATGCA 2838

 25712249 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 25712308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2839 GAAGATATTGAGAACGTTGGAAATGTTGTATTTCTTAATCCATGGTGCTCACATTTGTAA 2898

 25712309 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATT 25712361
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2899 CCATCATTTTTTCCTTTAAGCTTTCTCATAGGTTTTAACATTTATATTCAATT 2951

Alignment time is 4.13248 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [25700185,25720604] =>     20420 nucs '21 dna:chromosome chromosome:GRCh37:21:1:48129895:1'
Second seq [       1,    2313] =>      2313 nucs 'mol-32-33f8-097644_2313'

Score:        2254
Aligned:      2315        nucs
Identic:      2307 (100%) nucs =>       773 (100%)      1534 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [25709411,25710185] EXCISED REGION [25710605,25712142]
 second seq =>  [       1,     775] EXCISED REGION [     776,    2313]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       419 nucs [25710186,25710604]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [25710186,25710187] to [25710605,25710606]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [25710185,25710185] to [25710605,25710605]
 second seq =>         1 nucs [775,775] to [776,776]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 25709411 ATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTG 25709470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCTTTGAGTTGTGTTGCTGCCTACAGGCAAAGTTGCACTTTGAGTTGAGCTTCTTTGTG 60

 25709471 CTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGT 25709530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTGCATTTGCTGAGTTCTGCCATGCTTCTGTTATAGACTTAACTGACCAATATCAGAAGT 120

 25709531 ATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTG 25709590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATCCTTACTGGCATCTGAAGAAAGGATTAAGAAATTGGGACCTTCCTTAAAGGGGCCTTG 180

 25709591 GCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCT 25709650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTCCTGCATCATAACCTGCATTTATCTGTATTTCAGATTAAGGCATGTGTCTTGATTCT 240

 25709651 GTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAG 25709710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTCTAGTTTTTTCAGCCTTCTATAAAAAATACCAAAAACTGAGAAGGTTATAAACAAAAG 300

 25709711 AAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTC 25709770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAATTTCCTTCTCATAGTTCTGAAGTCTGGGAAGTTCATGAACAAGTTGCTGGCAGATTC 360

 25709771 AATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCA 25709830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATGCCTGGTGAGGGCCTGCTTTCTCGTTCACTGATGGTCATCTTCACCTTGCGTTCTCA 420

 25709831 CATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATT 25709890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CATGATGGACAGGGCTAGCTAGCTCTCTGGGGCCTCTTTTATGTGGGCACTACTACCATT 480

 25709891 CATGAGAGCACTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTA 25709950
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CATGAGAGCTCTGCCCTCACAATCTAATCATCTCTCAAATGCCATCATCTCCTAATGTTA 540

 25709951 TCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAA 25710010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCACCTTGGGAATTAATATTTTAGCAGATGAATTTTGGGAGAACACATATATTCAGACAA 600

 25710011 TAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTAT 25710070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAACATCACTATATGTAGTAAGCTTAGGATAAAGATTTGCCCGGGGACTGTCGGTTTTAT 660

 25710071 GTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAGCACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTG 25710130
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
      661 GTCTTAATCAGGCTATGATTTCCATCCTATAGAACACTTCTGGGAAAGACTGATGCCGTG 720

 25710131 TGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 25710185
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGCAATATATGGGTTCACCAGGTGGCCACTCCTGTGGAGAAAGAATAGTCACTAT 775

EXCISED REGION

 25710605 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 25710664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      776 TTAGAAATCCAGAATTTACTAAAATAATTTATGTAAGAAGAAAAATAAAAGGACTTTGAT 835

 25710665 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 25710724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      836 GATTTTTGTACTGCTACAAGAAAGGAAACTTGATTAACTTTAGCAGATGCTAAAATGTAC 895

 25710725 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 25710784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      896 CAATCAGAAAAATTTAATGACCTTTATCAACACTAGGTCTCAAATTACAGTTACATCTGG 955

 25710785 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 25710844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      956 GAATCGAAATAATTTTAAACAAGATATCCTGTTTAATCTAGGGGGAATTACCAATGAAAA 1015

 25710845 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 25710904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1016 CAGAAGAAAACAAGTACACCTCACCAGAGCTACTGCACTGCCCAAGTTCCCCATAGTCAT 1075

 25710905 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 25710964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1076 AGCGCCCATTGCCCTAAAATATTCCATCAAAGACAGAAACTCTTACCATACAAGCCAAAA 1135

 25710965 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 25711024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1136 CTTAAATATTCATAAACAGTAACTAAATAAAATTAGTTAGTAATGAAATTAAGTTAAATT 1195

 25711025 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 25711084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1196 AAATTGCATTTAAATCTCTAGTCCTTAAAATGCTATTGACATAATGAGACTTATTCCGTC 1255

 25711085 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAATA 25711144
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1256 CCCACCAGTTAAAATAGTTAATACCGCTTAGTATAAATAAAAACATGACCTTTAAGAGTA 1315

 25711145 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 25711204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1316 GAACTCGGCCTCTCTAGCATATCCCATATGCAAGAAATGTTGGCCTCCTCCTCTCCCCAT 1375

 25711205 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 25711264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1376 TCCTTTGCCAGATGCCATGGTGCTGGATGAAGTTATCCCTCTCCCAGACCCCTTGGCTAC 1435

 25711265 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 25711324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1436 CTGGGCAGCTCCTTGTGATCAACTGAGTAAATAGCACAGAGCATTTCTAAATTGTATAGA 1495

 25711325 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 25711384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1496 TGGCAGCACCACGTTACATATGATGAAGTCCCCAGGAGCGTTCTTGCCATCTACCTTTCA 1555

 25711385 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 25711444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1556 ATCATGATATCACAGATCAAAGACACACAAAAAGTCAGCACAAATGGCCTGGCTTTGGGC 1615

 25711445 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 25711504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1616 ATTCATTCCTAGCACTGGATGCCCTGGCCAACAACAGCCCCATCTGCACATTTTTACAGA 1675

 25711505 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGCAT--ATGGCCAAAGCAACAA 25711562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||
     1676 TTATTGAGCTATTGCCACTATTCTGGTCATCTGATCCAGC--CAATGGCCAAAGCAACAA 1733

 25711563 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 25711622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1734 TTCTTTATCCAAGGTTTCTCTATTTGTGGTAAAGAACATATGGGGTAAACAATATAAACC 1793

 25711623 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 25711682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1794 ACAGTTCTCTATGTCTCTGTACATAGTAAAGCCACAATACAAGTTCTTATCAAGGCATTT 1853

 25711683 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 25711742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1854 ATACCCTTTGGATTTCAAGATAGCTTTCATAGTGGCCAAGGTACATCTCACTTCTCAAAA 1913

 25711743 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 25711802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1914 ATGCGCAGTGCTGGGATCCTGGACAAAGCATTCAGTGAAACTAAACTTTCTTACTGGCCT 1973

 25711803 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTACAAAGACAAATTTTAATGTTTC 25711862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1974 AGGCTACAGCTCTCATAGAATGTCAGGCATATAGCTTATAAAGACAAATTTTAATGTTTC 2033

 25711863 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 25711922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2034 AAGTCCCACTCCTCCTTCTTCGCCTGTATCTAAGCAAGACAAAAATAGAGCCCAGCTGCT 2093

 25711923 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 25711982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2094 TCCTCCTTTGGTACCAGCAAGAAGTTTAAATAATGCAAGTCACTGGCCCAAACAGGAACT 2153

 25711983 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 25712042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2154 CTCACCCTGGCCCCACCTCTAATCATAATACTAATAATTAAAGCCAGTTTCTACTCTTTT 2213

 25712043 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 25712102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2214 CTCTCTCAAGTCATTTTCAGACCTTCAGGGAAGCCTCACTTGCTCTTTCCCAAAAAACTC 2273

 25712103 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAA 25712142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2274 ATTTTAAGTGTAGTAAAACTTTCCATGCTATTTTGGGGAA 2313

Alignment time is 3.28166 s

