
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    3269] =>      3269 nucs 'mol-32-1e7c-022222_3269'

Score:        3182
Aligned:      3272        nucs
Identic:      3263 (100%) nucs =>       436 (100%)      2827 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480833,42481268] EXCISED REGION [42483783,42486617]
 second seq =>  [       1,     436] EXCISED REGION [     437,    3269]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2514 nucs [42481269,42483782]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [42481269,42481277] to [42483783,42483791]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481268,42481268] to [42483783,42483783]
 second seq =>         1 nucs [436,436] to [437,437]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480833 AGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCT 42480892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCT 60

 42480893 CCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCA 42480952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCA 120

 42480953 GCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCT 42481012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCT 180

 42481013 CAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTT 42481072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTT 240

 42481073 GGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGA 42481132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGA 300

 42481133 CGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGA 42481192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGA 360

 42481193 TCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTAC 42481252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTAC 420

 42481253 AGGCGCCCGCCACCAG 42481268
          ||||||||||||||||
      421 AGGCGCCCGCCACCAG 436

EXCISED REGION

 42483783 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGT 42483842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      437 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGT 496

 42483843 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 42483902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      497 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 556

 42483903 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 42483962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      557 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 616

 42483963 TAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 42484022
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      617 TAATTTCAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 676

 42484023 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 42484082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      677 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 736

 42484083 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 42484142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      737 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 796

 42484143 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 42484202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      797 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 856

 42484203 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 42484262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      857 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 916

 42484263 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 42484322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      917 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 976

 42484323 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 42484382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      977 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 1036

 42484383 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGG- 42484441
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
     1037 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAA-TTTCTGGGT 1095

 42484442 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCT 42484501
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1096 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCT 1155

 42484502 AACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAA 42484561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1156 AACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAA 1215

 42484562 ACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCT 42484621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1216 ACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCT 1275

 42484622 GTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAG 42484681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1276 GTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAG 1335

 42484682 GATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAAT 42484741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1336 GATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAAT 1395

 42484742 ATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATAT 42484801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1396 ATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATAT 1455

 42484802 ATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATT 42484861
          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1456 ATATTTTCTAAC--ATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATT 1513

 42484862 TTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATA 42484921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1514 TTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATA 1573

 42484922 TATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAG 42484981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1574 TATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAG 1633

 42484982 ATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCT 42485041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 ATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCT 1693

 42485042 GCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTA 42485101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 GCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTA 1753

 42485102 TATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCT 42485161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1754 TATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCT 1813

 42485162 ATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGT 42485221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1814 ATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGT 1873

 42485222 AGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTT 42485281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1874 AGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTT 1933

 42485282 TTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGG 42485341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1934 TTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGG 1993

 42485342 AGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATT 42485401
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1994 AGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATT 2053

 42485402 TCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGT 42485461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2054 TCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGT 2113

 42485462 AGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAA 42485521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2114 AGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAA 2173

 42485522 TTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAA 42485581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2174 TTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAA 2233

 42485582 ATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATAT 42485641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2234 ATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATAT 2293

 42485642 TTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCT 42485701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2294 TTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCT 2353

 42485702 ATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCAT 42485761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2354 ATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCAT 2413

 42485762 CATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGG 42485821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2414 CATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGG 2473

 42485822 GAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAA 42485881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2474 GAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAA 2533

 42485882 GAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGG 42485941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2534 GAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGG 2593

 42485942 AGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGG 42486001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2594 AGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGG 2653

 42486002 AGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGA 42486061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2654 AGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGA 2713

 42486062 AGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCA 42486121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2714 AGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCA 2773

 42486122 GGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAG 42486181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2774 GGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAG 2833

 42486182 GCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACC 42486241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2834 GCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACC 2893

 42486242 TGAGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTC 42486301
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2894 TGAGAACGTATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTC 2953

 42486302 TGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGG 42486361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2954 TGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGG 3013

 42486362 AGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTG 42486421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3014 AGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTG 3073

 42486422 CATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTA 42486481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3074 CATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTA 3133

 42486482 CTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCAC 42486541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3134 CTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCAC 3193

 42486542 TGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATAT 42486601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3194 TGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATAT 3253

 42486602 ATACACATATTTGATC 42486617
          ||||||||||||||||
     3254 ATACACATATTTGATC 3269

Alignment time is 3.28597 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    7204] =>      7204 nucs 'mol-32-1f0b-172305_7204'

Score:        7135
Aligned:      7201        nucs
Identic:      7195 (100%) nucs =>      3067 (100%)      4128 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42481390,42484461] EXCISED REGION [42484467,42488595]
 second seq =>  [       1,    3071] EXCISED REGION [    3076,    7204]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         5 nucs [42484462,42484466]
 second seq =>         4 nucs [3072,3075]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42484462,42484462] to [42484467,42484467]
 second seq =>         2 nucs [3070,3071] to [3074,3075]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [42484460,42484461] to [42484467,42484468]
 second seq =>         2 nucs [3070,3071] to [3076,3077]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42481390 TGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGT 42481449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGT 60

 42481450 AATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGT 42481509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGT 120

 42481510 TAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTA 42481569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTA 180

 42481570 ATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAG 42481629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAG 240

 42481630 TCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATT 42481689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATT 300

 42481690 TCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGC 42481749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGC 360

 42481750 CTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCT 42481809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCT 420

 42481810 TATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAG 42481869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAG 480

 42481870 TTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCA 42481929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCA 540

 42481930 GCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGA 42481989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGA 600

 42481990 TCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAAC 42482049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAAC 660

 42482050 CTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACC 42482109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACC 720

 42482110 CCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCAT 42482169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCAT 780

 42482170 TTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTG 42482229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTG 840

 42482230 CCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGA 42482289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGA 900

 42482290 TATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATG 42482349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATG 960

 42482350 TGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATT 42482409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATT 1020

 42482410 ATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACAC 42482469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACAC 1080

 42482470 ACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTT 42482529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTT 1140

 42482530 CTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTA 42482589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTA 1200

 42482590 TCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATC 42482649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATC 1260

 42482650 TTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCC 42482709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCC 1320

 42482710 ACACACCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAG 42482769
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACACACCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAG 1380

 42482770 GCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTG 42482829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTG 1440

 42482830 ACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCT 42482889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCT 1500

 42482890 TACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAG 42482949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAG 1560

 42482950 AGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTC 42483009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTC 1620

 42483010 CGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCC 42483069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCC 1680

 42483070 ATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTT 42483129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTT 1740

 42483130 GGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGCCTCCTGAAGT 42483189
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     1741 GGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGCCTCCTGAAGT 1800

 42483190 GCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAAC 42483249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAAC 1860

 42483250 AAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCC 42483309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCC 1920

 42483310 ATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGA 42483369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGA 1980

 42483370 TGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTAC 42483429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTAC 2040

 42483430 CATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAG 42483489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAG 2100

 42483490 TTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCA 42483549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCA 2160

 42483550 TCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAAT 42483609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAAT 2220

 42483610 GTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCA 42483669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCA 2279

 42483670 AGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTG 42483729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 AGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTG 2339

 42483730 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGC 42483789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGC 2399

 42483790 TAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGTCTTGAAC 42483849
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2400 TAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGTCTTGAAC 2459

 42483850 TCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGGCGTGA 42483909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2460 TCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGACGTGA 2519

 42483910 GCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTG 42483969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 GCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTG 2579

 42483970 AACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCC 42484029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCC 2639

 42484030 ATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTA 42484089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 ATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTA 2699

 42484090 GTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTC 42484149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 GTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTC 2759

 42484150 TTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATT 42484209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 TTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATT 2819

 42484210 TTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAG 42484269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 TTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAG 2879

 42484270 ACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCA 42484329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 ACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCA 2939

 42484330 GTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGC 42484389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 GTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGC 2999

 42484390 ATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTT 42484449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 ATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTT 3059

 42484450 TTTTTTTTTTTT 42484461
          ||||||||||||
     3060 TTTTTTTTTTTT 3071

EXCISED REGION

 42484467 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 42484526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3076 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 3135

 42484527 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 42484586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3136 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 3195

 42484587 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 42484646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3196 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 3255

 42484647 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 42484706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3256 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 3315

 42484707 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 42484766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3316 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 3375

 42484767 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 42484826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3376 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 3435

 42484827 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 42484886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3436 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 3495

 42484887 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 42484946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3496 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 3555

 42484947 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 42485006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3556 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 3615

 42485007 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 42485066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3616 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 3675

 42485067 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 42485126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3676 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 3735

 42485127 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 42485186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3736 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 3795

 42485187 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 42485246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3796 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 3855

 42485247 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 42485306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3856 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 3915

 42485307 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTT 42485366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3916 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTT 3975

 42485367 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 42485426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3976 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 4035

 42485427 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 42485486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4036 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 4095

 42485487 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 42485546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4096 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 4155

 42485547 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 42485606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4156 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 4215

 42485607 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 42485666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4216 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 4275

 42485667 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 42485726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4276 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 4335

 42485727 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 42485786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4336 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 4395

 42485787 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 42485846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4396 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 4455

 42485847 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 42485906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4456 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 4515

 42485907 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 42485966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4516 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 4575

 42485967 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 42486026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4576 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 4635

 42486027 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 42486086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4636 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 4695

 42486087 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 42486146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4696 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 4755

 42486147 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 42486206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4756 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 4815

 42486207 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 42486266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4816 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 4875

 42486267 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 42486326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4876 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 4935

 42486327 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 42486386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4936 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 4995

 42486387 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 42486446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4996 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 5055

 42486447 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 42486506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5056 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 5115

 42486507 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 42486566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5116 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 5175

 42486567 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATT 42486626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5176 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATT 5235

 42486627 AATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTT 42486686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5236 AATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTT 5295

 42486687 TTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATG 42486746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5296 TTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATG 5355

 42486747 TCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTAC 42486806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5356 TCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTAC 5415

 42486807 ATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCA 42486866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5416 ATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCA 5475

 42486867 ACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGG 42486926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5476 ACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGG 5535

 42486927 TTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTC 42486986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5536 TTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTC 5595

 42486987 CTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAA 42487046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5596 CTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAA 5655

 42487047 AAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATA 42487106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5656 AAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATA 5715

 42487107 ATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTC 42487166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5716 ATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTC 5775

 42487167 CTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCACAGGCCATTGTAGGTATTCCATT 42487226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5776 CTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCACAGGCCATTGTAGGTATTCCATT 5835

 42487227 TTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAA 42487286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5836 TTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAA 5895

 42487287 ATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTT 42487346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5896 ATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTT 5955

 42487347 TTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTC 42487406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5956 TTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTC 6015

 42487407 ATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGA 42487466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6016 ATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGA 6075

 42487467 GTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAA 42487526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6076 GTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAA 6135

 42487527 ACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCC 42487586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6136 ACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCC 6195

 42487587 ACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGAACCACTGTGCTGGGCCCAAGATT 42487646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6196 ACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGAACCACTGTGCTGGGCCCAAGATT 6255

 42487647 CACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGCTTTCCTATTCCTGACTTCTTTAT 42487706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6256 CACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGCTTTCCTATTCCTGACTTCTTTAT 6315

 42487707 TTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTT 42487766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6316 TTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTT 6375

 42487767 TGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTAAC 42487826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6376 TGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTAAC 6435

 42487827 CGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG 42487886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6436 CGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG 6495

 42487887 ATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC 42487946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6496 ATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC 6555

 42487947 TCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCATCCT 42488006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6556 TCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCATCCT 6615

 42488007 CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTTGCCCGGTCTGGGTTTTATTATTGAA 42488066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6616 CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTTGCCCGGTCTGGGTTTTATTATTGAA 6675

 42488067 AAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCTACAGTCCCTGAATTTAGGTACTTCTAT 42488126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6676 AAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCTACAGTCCCTGAATTTAGGTACTTCTAT 6735

 42488127 GCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATATGTTAACAATTTGCTTGACTGTAGCAG 42488186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6736 GCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATATGTTAACAATTTGCTTGACTGTAGCAG 6795

 42488187 TTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATTTTATTATACCTTAAATACATACAATGA 42488246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6796 TTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATTTTATTATACCTTAAATACATACAATGA 6855

 42488247 ATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATGACAAAAATAAAAAACCTCACATCCGTT 42488306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6856 ATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATGACAAAAATAAAAAACCTCACATCCGTT 6915

 42488307 TATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTATGCCCTCAAACCTCTGCAGATGCTATG 42488366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6916 TATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTATGCCCTCAAACCTCTGCAGATGCTATG 6975

 42488367 CTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGAAATCAATGGGGGCAGTCTGATATTCTC 42488426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6976 CTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGAAATCAATGGGGGCAGTCTGATATTCTC 7035

 42488427 CCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGGCACTTATATAATTATCCTTCTTAAATG 42488486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7036 CCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGGCACTTATATAATTATCCTTCTTAAATG 7095

 42488487 CCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAATATATCTAGATTTTCATCTTTCTCTACTAATGTT 42488546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7096 CCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAATATATCTAGATTTTCATCTTTCTCTACTAATGTT 7155

 42488547 TTTTTGAAAGCCATATACTTTTCAATCTTCACATTCAGTATTTTTTCTT 42488595
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7156 TTTTTGAAAGCCATATACTTTTCAATCTTCACATTCAGTATTTTTTCTT 7204

Alignment time is 7.07585 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2215] =>      2215 nucs 'mol-32-1f21-096496_2215'

Score:        2140
Aligned:      2219        nucs
Identic:      2211 (100%) nucs =>       526 (100%)      1685 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480743,42481268] EXCISED REGION [42483783,42485475]
 second seq =>  [       1,     526] EXCISED REGION [     527,    2215]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2514 nucs [42481269,42483782]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [42481269,42481277] to [42483783,42483791]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481268,42481268] to [42483783,42483783]
 second seq =>         1 nucs [526,526] to [527,527]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480743 TTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGA 42480802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGA 60

 42480803 CCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGC 42480862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGC 120

 42480863 GCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGAT 42480922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGAT 180

 42480923 CCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGG 42480982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGG 240

 42480983 ATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGG 42481042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGG 300

 42481043 AGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTT 42481102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTT 360

 42481103 TATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGA 42481162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGA 420

 42481163 GTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCC 42481222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCC 480

 42481223 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAG 42481268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAG 526

EXCISED REGION

 42483783 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGT 42483842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      527 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGT 586

 42483843 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 42483902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      587 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 646

 42483903 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 42483962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      647 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 706

 42483963 TAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 42484022
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      707 TAATTTCAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 766

 42484023 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 42484082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      767 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 826

 42484083 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 42484142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      827 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 886

 42484143 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 42484202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      887 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 946

 42484203 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 42484262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      947 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 1006

 42484263 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 42484322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1007 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 1066

 42484323 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 42484382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1067 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 1126

 42484383 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGT 42484442
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
     1127 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAA-TTTCTGGG- 1184

 42484443 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTA 42484502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1185 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTA 1244

 42484503 ACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAA 42484562
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1245 ACTAGCTGTTACTTATATATGTGAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAA 1304

 42484563 CACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTG 42484622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1305 CACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTG 1364

 42484623 TGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGG 42484682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1365 TGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGG 1424

 42484683 ATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATA 42484742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1425 ATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATA 1484

 42484743 TTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATA 42484802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1485 TTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATA 1544

 42484803 TATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTT 42484862
          |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1545 TATTTTCTAAC--ATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTT 1602

 42484863 TATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATAT 42484922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1603 TATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATAT 1662

 42484923 ATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGA 42484982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1663 ATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGA 1722

 42484983 TGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTG 42485042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1723 TGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTG 1782

 42485043 CCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTAT 42485102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1783 CCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTAT 1842

 42485103 ATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTA 42485162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1843 ATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTA 1902

 42485163 TGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTA 42485222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1903 TGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTA 1962

 42485223 GTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTT 42485282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1963 GTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTT 2022

 42485283 TAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGA 42485342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2023 TAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGA 2082

 42485343 GATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTT 42485402
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2083 GATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTT 2142

 42485403 CCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTA 42485462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2143 CCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTA 2202

 42485463 GTTATATGATGTA 42485475
          |||||||||||||
     2203 GTTATATGATGTA 2215

Alignment time is 2.2027 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2504] =>      2504 nucs 'mol-32-20fa-139705_2504'

Score:        2456
Aligned:      2510        nucs
Identic:      2501 (100%) nucs =>      1866 (100%)       635 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42479396,42481268] EXCISED REGION [42483783,42484419]
 second seq =>  [       1,    1867] EXCISED REGION [    1868,    2504]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2514 nucs [42481269,42483782]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [42481269,42481277] to [42483783,42483791]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481268,42481268] to [42483783,42483783]
 second seq =>         1 nucs [1867,1867] to [1868,1868]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42479396 TGGGATTACAGGCGGGAGCCACTGCGCCTGGTCTCAACTTGTACTTTTCACTGAAGATAT 42479455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGGATTACAGGCGGGAGCCACTGCGCCTGGTCTCAACTTGTACTTTTCACTGAAGATAT 60

 42479456 CATAAATATTATTTGTTGATATGTCTGTCTCCTCAATTAGAAATTGGAGTTTCAGAAAAG 42479515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATAAATATTATTTGTTGATATGTCTGTCTCCTCAATTAGAAATTGGAGTTTCAGAAAAG 120

 42479516 GAAATACAGTACTTTATAAATCTTTTTAAATCAATGCGCCTTACCCAACAATTCATACAT 42479575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAATACAGTACTTTATAAATCTTTTTAAATCAATGCGCCTTACCCAACAATTCATACAT 180

 42479576 AATAGGATTCAACAAATATTTGCTGAGCTAGTGACCAAATTAATAAATACATAAATTTGT 42479635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATAGGATTCAACAAATATTTGCTGAGCTAGTGACCAAATTAATAAATACATAAATTTGT 240

 42479636 TTTTCAAAAAATAAATTGTGAACACCTTTGTATGTTCATTAAACAATACTTCATTGTTGC 42479695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTCAAAAAATAAATTGTGAACACCTTTGTATGTTCATTAAACAATACTTCATTGTTGC 300

 42479696 AGGGCTCCTGAGAGCTAAGTTGTAGGGACGTGACTGAATTTTTCAATGACCACTCACAGG 42479755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGGGCTCCTGAGAGCTAAGTTGTAGGGACGTGACTGAATTTTTCAATGACCACTCACAGG 360

 42479756 TACATGGGTTGTTTCCAATTTTTCAAACCTGTTCTGCCCCAAACATCCTTAAAACATATA 42479815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TACATGGGTTGTTTCCAATTTTTCAAACCTGTTCTGCCCCAAACATCCTTAAAACATATA 420

 42479816 TATCTTTGTATGCTTCTTTATGCATTTTTTAGACTCAAAGAAAGGCCTATTTAGATTGTA 42479875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATCTTTGTATGCTTCTTTATGCATTTTTTAGACTCAAAGAAAGGCCTATTTAGATTGTA 480

 42479876 CCAAATTACAAACCTATCACCACAGAATCTTTTTTATCTGTTCCCTCACCAACACTGAGT 42479935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCAAATTACAAACCTATCACCACAGAATCTTTTTTATCTGTTCCCTCACCAACACTGAGT 540

 42479936 GTTTATTTATTTAGTGGATGTGAATGCACTTTATTCAACAAAAATGAGGCCTATTTCAAA 42479995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTTTATTTATTTAGTGGATGTGAATGCACTTTATTCAACAAAAATGAGGCCTATTTCAAA 600

 42479996 TATGCCAAAGGTGCTTCTATAATTCTTTCTAGTAACATTTCTAATTGGATTTTTATTCTT 42480055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATGCCAAAGGTGCTTCTATAATTCTTTCTAGTAACATTTCTAATTGGATTTTTATTCTT 660

 42480056 TTGAATATTTCAAAAGATAATATACTTTGAACAATTTCAAGCTTGTGGAAAAATTGCTAG 42480115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGAATATTTCAAAAGATAATATACTTTGAACAATTTCAAGCTTGTGGAAAAATTGCTAG 720

 42480116 AACAATACATAGTACTACCATATAGCCCTCACCAAGATCATCAAATTCTTAACATTTTAT 42480175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AACAATACATAGTACTACCATATAGCCCTCACCAAGATCATCAAATTCTTAACATTTTAT 780

 42480176 CACATTCTGGCTTGTGCGTGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTCCTTCC 42480235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CACATTCTGGCTTGTGCGTGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTCCTTCC 840

 42480236 ATTATTCTCTTTCTGAATCTTTGGAGGGCAAGCTGCACACATAGTATTCCATCATCTTTA 42480295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTATTCTCTTTCTGAATCTTTGGAGGGCAAGCTGCACACATAGTATTCCATCATCTTTA 900

 42480296 AACACAGTCGTGTGTATTTCACCAGACCAAGTTCATTCTCTACCTAACCCCAATGCAACC 42480355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACACAGTCGTGTGTATTTCACCAGACCAAGTTCATTCTCTACCTAACCCCAATGCAACC 960

 42480356 CTCCAAATCAAGAAATCAACATCAGTACAAACACCACCACCCAATCCATGGACCCCATTC 42480415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTCCAAATCAAGAAATCAACATCAGTACAAACACCACCACCCAATCCATGGACCCCATTC 1020

 42480416 AAGCGTCCCAACAATTTGTCTTTTCCCCTCTGGTCCAGAACCTTCTCCAAGAACATGTAT 42480475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1021 AAGCGTCCCAACAATTTGTCTTTTCCCCTCTGGTCCAGAAGCTTCTCCAAGAACATGTAT 1080

 42480476 TGCATTTAGTTCTTGTGCATTTTCAGTTTCCTACAAGCTGGAACAGTTTCTCATTTTGCC 42480535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGCATTTAGTTCTTGTGCATTTTCAGTTTCCTACAAGCTGGAACAGTTTCTCATTTTGCC 1140

 42480536 CTGTCTTTTGAATCCTCAATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTC 42480595
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||
     1141 CTGTCTTTTGAATCCTCAATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTT------GAGACGGAGTCTC 1194

 42480596 GCTCTGTTGCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCT 42480655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1195 GCTCTGTTGCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCT 1254

 42480656 CCGCTTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGG 42480715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1255 CCGCTTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGG 1314

 42480716 CGCCCGCCACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTG 42480775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1315 CGCCCGCCACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTG 1374

 42480776 TTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGT 42480835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1375 TTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGT 1434

 42480836 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCA 42480895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1435 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCA 1494

 42480896 TTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCAGCC 42480955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 TTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCAGCC 1554

 42480956 CATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCTCAG 42481015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 CATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCTCAG 1614

 42481016 GAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTTGGT 42481075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 GAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTTGGT 1674

 42481076 GCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGG 42481135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 GCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGG 1734

 42481136 AGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCT 42481195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 AGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCT 1794

 42481196 CCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGG 42481255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 CCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGG 1854

 42481256 CGCCCGCCACCAG 42481268
          |||||||||||||
     1855 CGCCCGCCACCAG 1867

EXCISED REGION

 42483783 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGT 42483842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1868 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGT 1927

 42483843 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 42483902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 1987

 42483903 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 42483962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 2047

 42483963 TAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 42484022
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2048 TAATTTCAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 2107

 42484023 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 42484082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2108 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 2167

 42484083 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 42484142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 2227

 42484143 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 42484202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2228 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 2287

 42484203 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 42484262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2288 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 2347

 42484263 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 42484322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2348 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 2407

 42484323 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 42484382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2408 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 2467

 42484383 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGT 42484419
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2468 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGT 2504

Alignment time is 2.46545 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    3458] =>      3458 nucs 'mol-32-21ec-000410_3458'

Score:        3435
Aligned:      3457        nucs
Identic:      3455 (100%) nucs =>        83 (100%)      3372 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42483744,42483826] EXCISED REGION [42483828,42487201]
 second seq =>  [       1,      83] EXCISED REGION [      85,    3458]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [42483827,42483827]
 second seq =>         1 nucs [84,84]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42483744 GCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTT 42483803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTT 60

 42483804 TTAGTAAAGATGGAGTTTTACCA 42483826
          |||||||||||||||||||||||
       61 TTAGTAAAGATGGAGTTTTACCA 83

EXCISED REGION

 42483828 GTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAA 42483887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       85 GTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAA 144

 42483888 AATTTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAAT 42483947
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      145 AATTTTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAAT 204

 42483948 CCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACAC 42484007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      205 CCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACAC 264

 42484008 TTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACA 42484067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      265 TTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACA 324

 42484068 CAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAA 42484127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      325 CAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAA 384

 42484128 GGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTT 42484187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      385 GGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTT 444

 42484188 GGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAA 42484247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      445 GGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAA 504

 42484248 TTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGA 42484307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      505 TTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGA 564

 42484308 TCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAA 42484367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      565 TCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAA 624

 42484368 GCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCT 42484427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      625 GCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCT 684

 42484428 AAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATT 42484487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      685 AAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATT 744

 42484488 CCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAG 42484547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      745 CCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAG 804

 42484548 TCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTC 42484607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      805 TCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTC 864

 42484608 TGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTC 42484667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      865 TGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTC 924

 42484668 ATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTA 42484727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      925 ATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTA 984

 42484728 AGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCT 42484787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      985 AGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCT 1044

 42484788 ATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTAT 42484847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1045 ATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTAT 1104

 42484848 ATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAG 42484907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1105 ATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAG 1164

 42484908 GTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTA 42484967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1165 GTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTA 1224

 42484968 TTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTT 42485027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1225 TTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTT 1284

 42485028 CAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATG 42485087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1285 CAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATG 1344

 42485088 CCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCA 42485147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1345 CCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCA 1404

 42485148 GAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATA 42485207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1405 GAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATA 1464

 42485208 TGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAG 42485267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 TGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAG 1524

 42485268 TTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTG 42485327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1525 TTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTG 1584

 42485328 GGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAAT 42485387
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 GGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAAT 1644

 42485388 CATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTT 42485447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 CATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTT 1704

 42485448 GGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTA 42485507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1705 GGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTA 1764

 42485508 ATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGC 42485567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1765 ATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGC 1824

 42485568 CTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTA 42485627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 CTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTA 1884

 42485628 TTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGA 42485687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 TTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGA 1944

 42485688 GAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCA 42485747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 GAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCA 2004

 42485748 TAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAG 42485807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 TAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAG 2064

 42485808 AGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGA 42485867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2065 AGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGA 2124

 42485868 GAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGA 42485927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2125 GAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGA 2184

 42485928 AGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGA 42485987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2185 AGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGA 2244

 42485988 GAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGA 42486047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2245 GAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGA 2304

 42486048 GAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAA 42486107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2305 GAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAA 2364

 42486108 TCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGA 42486167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2365 TCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGA 2424

 42486168 TTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAA 42486227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 TTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAA 2484

 42486228 AGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCC 42486287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2485 AGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCC 2544

 42486288 TATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGG 42486347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2545 TATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGG 2604

 42486348 AGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAAT 42486407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2605 AGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAAT 2664

 42486408 TTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAAT 42486467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2665 TTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAAT 2724

 42486468 CTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACAT 42486527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2725 CTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACAT 2784

 42486528 GTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGT 42486587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2785 GTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGT 2844

 42486588 TTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATT 42486647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2845 TTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATT 2904

 42486648 TATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCT 42486707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2905 TATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCT 2964

 42486708 GATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCT 42486767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2965 GATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCT 3024

 42486768 GGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAA 42486827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3025 GGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAA 3084

 42486828 TGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCA 42486887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3085 TGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCA 3144

 42486888 TGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTA 42486947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3145 TGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTA 3204

 42486948 AAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCC 42487007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3205 AAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCC 3264

 42487008 AGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTC 42487067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3265 AGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTC 3324

 42487068 TTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTA 42487127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3325 TTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTA 3384

 42487128 CCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGA 42487187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3385 CCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGA 3444

 42487188 TCTGAGATTTTTAT 42487201
          ||||||||||||||
     3445 TCTGAGATTTTTAT 3458

Alignment time is 3.45135 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    3494] =>      3494 nucs 'mol-32-2202-023250_3494'

Score:        3471
Aligned:      3493        nucs
Identic:      3491 (100%) nucs =>      1538 (100%)      1953 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42479224,42480761] EXCISED REGION [42480763,42482717]
 second seq =>  [       1,    1538] EXCISED REGION [    1540,    3494]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [42480762,42480762]
 second seq =>         1 nucs [1539,1539]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [42480762,42480764] to [42480763,42480765]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42479224 GTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCATC 42479283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCATC 60

 42479284 ACACCTGGCTAATATGTGTACTTTTGGTAGAGACGGGGTGTCACCATGTTGGCCAGGCTG 42479343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACACCTGGCTAATATGTGTACTTTTGGTAGAGACGGGGTGTCACCATGTTGGCCAGGCTG 120

 42479344 GTCTCAAACTCCTGACCTCAGGCGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA 42479403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTCTCAAACTCCTGACCTCAGGCGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTA 180

 42479404 CAGGCGGGAGCCACTGCGCCTGGTCTCAACTTGTACTTTTCACTGAAGATATCATAAATA 42479463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGGCGGGAGCCACTGCGCCTGGTCTCAACTTGTACTTTTCACTGAAGATATCATAAATA 240

 42479464 TTATTTGTTGATATGTCTGTCTCCTCAATTAGAAATTGGAGTTTCAGAAAAGGAAATACA 42479523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTATTTGTTGATATGTCTGTCTCCTCAATTAGAAATTGGAGTTTCAGAAAAGGAAATACA 300

 42479524 GTACTTTATAAATCTTTTTAAATCAATGCGCCTTACCCAACAATTCATACATAATAGGAT 42479583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTACTTTATAAATCTTTTTAAATCAATGCGCCTTACCCAACAATTCATACATAATAGGAT 360

 42479584 TCAACAAATATTTGCTGAGCTAGTGACCAAATTAATAAATACATAAATTTGTTTTTCAAA 42479643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCAACAAATATTTGCTGAGCTAGTGACCAAATTAATAAATACATAAATTTGTTTTTCAAA 420

 42479644 AAATAAATTGTGAACACCTTTGTATGTTCATTAAACAATACTTCATTGTTGCAGGGCTCC 42479703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAATAAATTGTGAACACCTTTGTATGTTCATTAAACAATACTTCATTGTTGCAGGGCTCC 480

 42479704 TGAGAGCTAAGTTGTAGGGACGTGACTGAATTTTTCAATGACCACTCACAGGTACATGGG 42479763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAGAGCTAAGTTGTAGGGACGTGACTGAATTTTTCAATGACCACTCACAGGTACATGGG 540

 42479764 TTGTTTCCAATTTTTCAAACCTGTTCTGCCCCAAACATCCTTAAAACATATATATCTTTG 42479823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGTTTCCAATTTTTCAAACCTGTTCTGCCCCAAACATCCTTAAAACATATATATCTTTG 600

 42479824 TATGCTTCTTTATGCATTTTTTAGACTCAAAGAAAGGCCTATTTAGATTGTACCAAATTA 42479883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATGCTTCTTTATGCATTTTTTAGACTCAAAGAAAGGCCTATTTAGATTGTACCAAATTA 660

 42479884 CAAACCTATCACCACAGAATCTTTTTTATCTGTTCCCTCACCAACACTGAGTGTTTATTT 42479943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAAACCTATCACCACAGAATCTTTTTTATCTGTTCCCTCACCAACACTGAGTGTTTATTT 720

 42479944 ATTTAGTGGATGTGAATGCACTTTATTCAACAAAAATGAGGCCTATTTCAAATATGCCAA 42480003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATTTAGTGGATGTGAATGCACTTTATTCAACAAAAATGAGGCCTATTTCAAATATGCCAA 780

 42480004 AGGTGCTTCTATAATTCTTTCTAGTAACATTTCTAATTGGATTTTTATTCTTTTGAATAT 42480063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGTGCTTCTATAATTCTTTCTAGTAACATTTCTAATTGGATTTTTATTCTTTTGAATAT 840

 42480064 TTCAAAAGATAATATACTTTGAACAATTTCAAGCTTGTGGAAAAATTGCTAGAACAATAC 42480123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTCAAAAGATAATATACTTTGAACAATTTCAAGCTTGTGGAAAAATTGCTAGAACAATAC 900

 42480124 ATAGTACTACCATATAGCCCTCACCAAGATCATCAAATTCTTAACATTTTATCACATTCT 42480183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATAGTACTACCATATAGCCCTCACCAAGATCATCAAATTCTTAACATTTTATCACATTCT 960

 42480184 GGCTTGTGCGTGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTCCTTCCATTATTCT 42480243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGCTTGTGCGTGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTCCTTCCATTATTCT 1020

 42480244 CTTTCTGAATCTTTGGAGGGCAAGCTGCACACATAGTATTCCATCATCTTTAAACACAGT 42480303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTTTCTGAATCTTTGGAGGGCAAGCTGCACACATAGTATTCCATCATCTTTAAACACAGT 1080

 42480304 CGTGTGTATTTCACCAGACCAAGTTCATTCTCTACCTAACCCCAATGCAACCCTCCAAAT 42480363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CGTGTGTATTTCACCAGACCAAGTTCATTCTCTACCTAACCCCAATGCAACCCTCCAAAT 1140

 42480364 CAAGAAATCAACATCAGTACAAACACCACCACCCAATCCATGGACCCCATTCAAGCGTCC 42480423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAAGAAATCAACATCAGTACAAACACCACCACCCAATCCATGGACCCCATTCAAGCGTCC 1200

 42480424 CAACAATTTGTCTTTTCCCCTCTGGTCCAGAACCTTCTCCAAGAACATGTATTGCATTTA 42480483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAACAATTTGTCTTTTCCCCTCTGGTCCAGAACCTTCTCCAAGAACATGTATTGCATTTA 1260

 42480484 GTTCTTGTGCATTTTCAGTTTCCTACAAGCTGGAACAGTTTCTCATTTTGCCCTGTCTTT 42480543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTTCTTGTGCATTTTCAGTTTCCTACAAGCTGGAACAGTTTCTCATTTTGCCCTGTCTTT 1320

 42480544 TGAATCCTCAATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTT 42480603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGAATCCTCAATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTT 1380

 42480604 GCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCTTCC 42480663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCTTCC 1440

 42480664 CGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCC 42480723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCC 1500

 42480724 ACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 42480761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 1538

EXCISED REGION

 42480763 GGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTC 42480822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1540 GGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTC 1599

 42480823 GGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTT 42480882
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1600 GGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTT 1659

 42480883 TTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTG 42480942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1660 TTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTG 1719

 42480943 TCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAG 42481002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1720 TCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAG 1779

 42481003 TGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACC 42481062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1780 TGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACC 1839

 42481063 AGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTT 42481122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1840 AGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGTGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTT 1899

 42481123 ATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAG 42481182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1900 ATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAG 1959

 42481183 CTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAG 42481242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1960 CTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAG 2019

 42481243 GTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGT 42481302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2020 GTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGT 2079

 42481303 GTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTC 42481362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2080 GTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTC 2139

 42481363 GGCCTCCTAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCC 42481422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2140 GGCCTCCTAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCC 2199

 42481423 ACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAG 42481482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2200 ACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAG 2259

 42481483 ATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGT 42481542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2260 ATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGT 2319

 42481543 CACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTA 42481602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2320 CACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTA 2379

 42481603 TGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGT 42481662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2380 TGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGT 2439

 42481663 ATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAG 42481722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2440 ATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAG 2499

 42481723 TTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAA 42481782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2500 TTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAA 2559

 42481783 TAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGA 42481842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2560 TAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGA 2619

 42481843 GGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGC 42481902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2620 GGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGC 2679

 42481903 TGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAG 42481962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2680 TGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAG 2739

 42481963 CTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGA 42482022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2740 CTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGA 2799

 42482023 GCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAAC 42482082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2800 GCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAAC 2859

 42482083 CAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTT 42482142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2860 CAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTT 2919

 42482143 GCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAG 42482202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2920 GCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAG 2979

 42482203 GTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTA 42482262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2980 GTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTA 3039

 42482263 GCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTAC 42482322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3040 GCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTAC 3099

 42482323 TCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACAC 42482382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3100 TCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACAC 3159

 42482383 ATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATA 42482442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3160 ATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATA 3219

 42482443 TGTACATACACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAA 42482502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3220 TGTACATACACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAA 3279

 42482503 ATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTT 42482562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3280 ATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTT 3339

 42482563 AGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCT 42482622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3340 AGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCT 3399

 42482623 TTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGC 42482682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3400 TTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGC 3459

 42482683 ATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCT 42482717
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3460 ATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCT 3494

Alignment time is 3.47649 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    3067] =>      3067 nucs 'mol-32-22e9-015661_3067'

Score:        3020
Aligned:      3064        nucs
Identic:      3060 (100%) nucs =>       263 (100%)      2797 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480832,42481094] EXCISED REGION [42481096,42483896]
 second seq =>  [       4,     266] EXCISED REGION [     268,    3067]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [42481095,42481095]
 second seq =>         1 nucs [267,267]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [42483633,42483633]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481094,42481094] to [42481096,42481096]
 second seq =>         1 nucs [266,266] to [268,268]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480832 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 42480891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        4 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 63

 42480892 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 42480951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       64 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 123

 42480952 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 42481011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      124 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 183

 42481012 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 42481071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      184 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 243

 42481072 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAG 42481094
          |||||||||||||||||||||||
      244 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAG 266

EXCISED REGION

 42481096 GTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCA 42481155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      268 GTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCA 327

 42481156 GGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCG 42481215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      328 GGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCG 387

 42481216 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGC 42481275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      388 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGC 447

 42481276 TAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACT 42481335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      448 TAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACT 507

 42481336 CCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAG 42481395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      508 CCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAG 567

 42481396 CTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGA 42481455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      568 CTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGA 627

 42481456 TTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACC 42481515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      628 TTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACC 687

 42481516 CCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTTT 42481575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      688 CCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTTT 747

 42481576 GTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTT 42481635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      748 GTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTT 807

 42481636 CCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATT 42481695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      808 CCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATT 867

 42481696 TTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGC 42481755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      868 TTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGC 927

 42481756 AACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATACC 42481815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      928 AACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATACC 987

 42481816 TGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAG 42481875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      988 TGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAG 1047

 42481876 ACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGG 42481935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1048 ACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGG 1107

 42481936 CGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTT 42481995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1108 CGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTT 1167

 42481996 AAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGGT 42482055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1168 AAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGGT 1227

 42482056 GACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCA 42482115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1228 GACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCA 1287

 42482116 AGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCTT 42482175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1288 AGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCTT 1347

 42482176 ACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAG 42482235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1348 ACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAG 1407

 42482236 CCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTA 42482295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1408 CCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTA 1467

 42482296 CAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTG 42482355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1468 CAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTG 1527

 42482356 TGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGC 42482415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1528 TGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGC 1587

 42482416 ATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACGA 42482475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1588 ATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACGA 1647

 42482476 ATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCC 42482535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1648 ATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCC 1707

 42482536 TTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCA 42482595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1708 TTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCA 1767

 42482596 ATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCAC 42482655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1768 ATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCAC 1827

 42482656 CATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACAC 42482715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1828 CATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACAC 1887

 42482716 CTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCAT 42482775
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1888 CTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCAT 1947

 42482776 GGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGT 42482835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1948 GGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGT 2007

 42482836 GCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGT 42482895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2008 GCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGT 2067

 42482896 TTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTC 42482955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2068 TTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTC 2127

 42482956 ACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTC 42483015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2128 ACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTC 2187

 42483016 CCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGC 42483075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2188 CCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGC 2247

 42483076 CACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGG 42483135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2248 CACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGG 2307

 42483136 GCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGG 42483195
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2308 GCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGG 2367

 42483196 ATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTT 42483255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2368 ATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTT 2427

 42483256 GAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTT 42483315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2428 GAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTT 2487

 42483316 CTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGG 42483375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2488 CTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGG 2547

 42483376 ATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTA 42483435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2548 ATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTA 2607

 42483436 ACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTAT 42483495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2608 ACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTAT 2667

 42483496 ATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTC 42483555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2668 ATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTC 2727

 42483556 TGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAG 42483615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2728 TGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAG 2787

 42483616 CCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGG 42483675
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2788 CCATTTATCTCAACATC-TTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGG 2846

 42483676 AGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTC 42483735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2847 AGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTC 2906

 42483736 CTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTT 42483795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2907 CTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTT 2966

 42483796 TTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGA 42483855
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     2967 TTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGA 3026

 42483856 CCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGG 42483896
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3027 CCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGG 3067

Alignment time is 3.00705 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    6295] =>      6295 nucs 'mol-32-2895-057268_6295'

Score:        6197
Aligned:      6296        nucs
Identic:      6287 (100%) nucs =>      2920 (100%)      3367 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42481515,42484441] EXCISED REGION [42484444,42487812]
 second seq =>  [       1,    2926] EXCISED REGION [    2927,    6295]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [42484442,42484443]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        19 nucs [42484442,42484460] to [42484444,42484462]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42484442,42484442] to [42484443,42484443]
 second seq =>         0 nucs

 42481515 CCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTT 42481574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTT 60

 42481575 TGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTT 42481634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTT 120

 42481635 TCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTAT 42481694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTAT 180

 42481695 TTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGG 42481754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGG 240

 42481755 CAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATAC 42481814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATAC 300

 42481815 CTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGA 42481874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGA 360

 42481875 GACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGG 42481934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGG 420

 42481935 GCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATT 42481994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATT 480

 42481995 TAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGG 42482054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGG 540

 42482055 TGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTC 42482114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTC 600

 42482115 AAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCT 42482174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCT 660

 42482175 TACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCA 42482234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCA 720

 42482235 GCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTT 42482294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTT 780

 42482295 ACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGT 42482354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGT 840

 42482355 GTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTG 42482414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTG 900

 42482415 CATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACG 42482474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACG 960

 42482475 AATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGC 42482534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGC 1020

 42482535 CTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCC 42482594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCC 1080

 42482595 AATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCA 42482654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCA 1140

 42482655 CCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACA 42482714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACA 1200

 42482715 CCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCA 42482774
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCA 1260

 42482775 TGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAG 42482834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAG 1320

 42482835 TGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAG 42482894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAG 1380

 42482895 TTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCT 42482954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCT 1440

 42482955 CACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCT 42483014
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     1441 CACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCCCCGCCT 1500

 42483015 CCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTG 42483074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTG 1560

 42483075 CCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTG 42483134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTG 1620

 42483135 GGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGG 42483194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1621 GGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGG 1680

 42483195 GATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGT 42483254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGT 1740

 42483255 TGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTT 42483314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTT 1800

 42483315 TCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTG 42483374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTG 1860

 42483375 GATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTT 42483434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTT 1920

 42483435 AACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTA 42483494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTA 1980

 42483495 TATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCT 42483554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCT 2040

 42483555 CTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTA 42483614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTA 2100

 42483615 GCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTG 42483674
          |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTG 2159

 42483675 GAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCT 42483734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCT 2219

 42483735 CCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATT 42483794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 CCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATT 2279

 42483795 TTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTG 42483854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2280 TTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTG 2339

 42483855 ACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGGCGTGAGCCAC 42483914
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     2340 ACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGACGTGAGCCAC 2399

 42483915 TGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTC 42483974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTC 2459

 42483975 TGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCT 42484034
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGTTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCT 2519

 42484035 GTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTT 42484094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 GTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTT 2579

 42484095 ATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTT 42484154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 ATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTT 2639

 42484155 AAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTG 42484214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 AAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTG 2699

 42484215 TTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTAT 42484274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 TTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTAT 2759

 42484275 TTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATT 42484334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 TTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATT 2819

 42484335 CATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTAC 42484394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 CATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTAC 2879

 42484395 AGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGG 42484441
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 AGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGG 2926

EXCISED REGION

 42484444 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAA 42484503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2927 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAA 2986

 42484504 CTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAAC 42484563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2987 CTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAAC 3046

 42484564 ACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGT 42484623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3047 ACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGT 3106

 42484624 GTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGA 42484683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3107 GTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGA 3166

 42484684 TAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATAT 42484743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3167 TAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATAT 3226

 42484744 TAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATAT 42484803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3227 TAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATAT 3286

 42484804 ATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTT 42484863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3287 ATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTT 3346

 42484864 ATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATA 42484923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3347 ATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATA 3406

 42484924 TAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGAT 42484983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3407 TAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGAT 3466

 42484984 GAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGC 42485043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3467 GAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGC 3526

 42485044 CTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATA 42485103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3527 CTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATA 3586

 42485104 TTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTAT 42485163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3587 TTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTAT 3646

 42485164 GGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAG 42485223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3647 GGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAG 3706

 42485224 TTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTT 42485283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3707 TTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTT 3766

 42485284 AACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAG 42485343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3767 AACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAG 3826

 42485344 ATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTC 42485403
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3827 ATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTC 3886

 42485404 CTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAG 42485463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3887 CTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAG 3946

 42485464 TTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATT 42485523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3947 TTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATT 4006

 42485524 TGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAAT 42485583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4007 TGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAAT 4066

 42485584 TCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTT 42485643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4067 TCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTT 4126

 42485644 TTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTAT 42485703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4127 TTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTAT 4186

 42485704 GAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCA 42485763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4187 GAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCA 4246

 42485764 TTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGA 42485823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4247 TTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGA 4306

 42485824 AGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGA 42485883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4307 AGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGA 4366

 42485884 GAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAG 42485943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4367 GAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAG 4426

 42485944 GAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAG 42486003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4427 GAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAG 4486

 42486004 GAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAG 42486063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4487 GAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAG 4546

 42486064 GGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGG 42486123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4547 GGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGG 4606

 42486124 GGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGC 42486183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4607 GGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGC 4666

 42486184 TAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTG 42486243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4667 TAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTG 4726

 42486244 AGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTG 42486303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4727 AGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTG 4786

 42486304 AATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAG 42486363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4787 AATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAG 4846

 42486364 AAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCA 42486423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4847 AAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCA 4906

 42486424 TGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACT 42486483
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4907 TGAAGTTCGGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACT 4966

 42486484 ATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTG 42486543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4967 ATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTG 5026

 42486544 GCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATAT 42486603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5027 GCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATAT 5086

 42486604 ACACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATT 42486663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5087 ACACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATT 5146

 42486664 TCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATT 42486723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5147 TCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATT 5206

 42486724 TATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGA 42486783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5207 TATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGA 5266

 42486784 CAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTG 42486843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5267 CAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTG 5326

 42486844 ATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTT 42486903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5327 ATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTT 5386

 42486904 TTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATC 42486963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5387 TTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATC 5446

 42486964 CTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTT 42487023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5447 CTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTT 5506

 42487024 TATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAG 42487083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5507 TATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAG 5566

 42487084 CTCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAA 42487143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5567 CTCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAA 5626

 42487144 GATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCA 42487203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5627 GATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCA 5686

 42487204 CAGGCCATTGTAGGTATTCCATTTTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTG 42487263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5687 CAGGCCATTGTAGGTATTCCATTTTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTG 5746

 42487264 AGGAGTTATAATTTTGACTTAAAATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATT 42487323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5747 AGGAGTTATAATTTTGACTTAAAATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATT 5806

 42487324 TAAAAGGATCCAAGATTCACTTTTTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCA 42487383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5807 TAAAAGGATCCAAGATTCACTTTTTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCA 5866

 42487384 GGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTG 42487443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5867 GGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTG 5926

 42487444 GTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGC 42487503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5927 GTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGC 5986

 42487504 TAATTTTTAAATTTTTTGTGGAAACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAAC 42487563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5987 TAATTTTTAAATTTTTTGTGGAAACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAAC 6046

 42487564 TCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGA 42487623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6047 TCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGA 6106

 42487624 ACCACTGTGCTGGGCCCAAGATTCACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGC 42487683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6107 ACCACTGTGCTGGGCCCAAGATTCACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGC 6166

 42487684 TTTCCTATTCCTGACTTCTTTATTTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTT 42487743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6167 TTTCCTATTCCTGACTTCTTTATTTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTT 6226

 42487744 TCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGT 42487803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6227 TCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGT 6286

 42487804 GCAATGGCG 42487812
          |||||||||
     6287 GCAATGGCG 6295

Alignment time is 5.95691 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    5878] =>      5878 nucs 'mol-32-2e20-182765_5878'

Score:        5739
Aligned:      5885        nucs
Identic:      5866 (100%) nucs =>       452 (100%)      5414 (100%)
Gaps:           11 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480817,42481268] EXCISED REGION [42483783,42489211]
 second seq =>  [       1,     452] EXCISED REGION [     453,    5878]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2514 nucs [42481269,42483782]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [42481269,42481277] to [42483783,42483791]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481268,42481268] to [42483783,42483783]
 second seq =>         1 nucs [452,452] to [453,453]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480817 CGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCA 42480876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCA 60

 42480877 ATGGTTTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTC 42480936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGGTTTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTC 120

 42480937 CTTGTGTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTA 42480996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTTGTGTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTA 180

 42480997 TTTCAGTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCG 42481056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTCAGTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCG 240

 42481057 ACCACCAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATT 42481116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACCACCAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATT 300

 42481117 TTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAA 42481176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAA 360

 42481177 TCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCC 42481236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCC 420

 42481237 AAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAG 42481268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAG 452

EXCISED REGION

 42483783 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGT 42483842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      453 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGT 512

 42483843 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 42483902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      513 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 572

 42483903 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 42483962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      573 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 632

 42483963 TAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 42484022
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      633 TAATTTCAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 692

 42484023 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 42484082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      693 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 752

 42484083 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 42484142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      753 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 812

 42484143 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 42484202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      813 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 872

 42484203 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 42484262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      873 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 932

 42484263 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 42484322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      933 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 992

 42484323 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 42484382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      993 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 1052

 42484383 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGT 42484442
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
     1053 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAA-TTTCTGGGT 1111

 42484443 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTA---TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTT 42484499
          ||||||||||||||||||||       |||||||||||||.||||.||||||||||||||
     1112 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----TTTTTGGGAAATGAATTTTTTTTTCCATCATATTTT 1167

 42484500 CTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTT 42484559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1168 CTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTT 1227

 42484560 AAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAG 42484619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1228 AAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAG 1287

 42484620 CTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATA 42484679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1288 CTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATA 1347

 42484680 AGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAA 42484739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1348 AGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAA 1407

 42484740 ATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTAT 42484799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1408 ATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTAT 1467

 42484800 ATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTA 42484859
          ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1468 ATATATTTTCTAAC--ATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTA 1525

 42484860 TTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAA 42484919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1526 TTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAA 1585

 42484920 TATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAG 42484979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1586 TATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAG 1645

 42484980 AGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATC 42485039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1646 AGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATC 1705

 42485040 CTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCT 42485099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1706 CTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCT 1765

 42485100 TATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTC 42485159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1766 TATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTC 1825

 42485160 CTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACA 42485219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1826 CTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACA 1885

 42485220 GTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTAT 42485279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1886 GTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTAT 1945

 42485280 TTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAA 42485339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1946 TTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAA 2005

 42485340 GGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGA 42485399
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2006 GGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGA 2065

 42485400 TTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATG 42485459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2066 TTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATG 2125

 42485460 GTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATC 42485519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2126 GTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATC 2185

 42485520 AATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTA 42485579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2186 AATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTA 2245

 42485580 AAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTAT 42485639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2246 AAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTAT 2305

 42485640 ATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTT 42485699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2306 ATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTT 2365

 42485700 CTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCC 42485759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2366 CTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCC 2425

 42485760 ATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGA 42485819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2426 ATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGA 2485

 42485820 GGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAA 42485879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2486 GGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAA 2545

 42485880 AAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGG 42485939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2546 AAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGG 2605

 42485940 GGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAG 42485999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2606 GGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAG 2665

 42486000 GGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGA 42486059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2666 GGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGA 2725

 42486060 GAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCT 42486119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2726 GAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCT 2785

 42486120 CAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGA 42486179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2786 CAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGA 2845

 42486180 AGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAA 42486239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2846 AGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAA 2905

 42486240 CCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCT 42486299
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2906 CCTGAGAACGTATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCT 2965

 42486300 TCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGG 42486359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2966 TCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGG 3025

 42486360 GGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTAT 42486419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3026 GGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTAT 3085

 42486420 TGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATG 42486479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3086 TGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATG 3145

 42486480 TACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCC 42486539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3146 TACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCC 3205

 42486540 ACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTAT 42486599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3206 ACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTAT 3265

 42486600 ATATACACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAAT 42486659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3266 ATATACACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAAT 3325

 42486660 TATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTG 42486719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3326 TATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTG 3385

 42486720 TATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCA 42486779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3386 TATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCA 3445

 42486780 TTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCA 42486839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3446 TTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCA 3505

 42486840 TTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATT 42486899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3506 TTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATT 3565

 42486900 TCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCC 42486959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3566 TCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCC 3625

 42486960 AATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATAT 42487019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3626 AATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATAT 3685

 42487020 AGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTC 42487079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3686 AGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTC 3745

 42487080 TTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATT 42487139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3746 TTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATT 3805

 42487140 ACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTT 42487199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3806 ACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTT 3865

 42487200 ATCACAGGCCATTGTAGGTATTCCATTTTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTC 42487259
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3866 ATCATAGGCCATTGTAGGTATTCCATTTTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTC 3925

 42487260 TTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAAATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTA 42487319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3926 TTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAAATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTA 3985

 42487320 TATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTTTTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCG 42487379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3986 TATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTTTTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCG 4045

 42487380 CCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTA 42487439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4046 CCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTA 4105

 42487440 AGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACC 42487499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4106 AGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACC 4165

 42487500 CAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAAACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTT 42487559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4166 CAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAAACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTT 4225

 42487560 GAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGAT 42487619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4226 GAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGAT 4285

 42487620 ATGAACCACTGTGCTGGGCCCAAGATTCACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAA 42487679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4286 ATGAACCACTGTGCTGGGCCCAAGATTCACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAA 4345

 42487680 TAGCTTTCCTATTCCTGACTTCTTTATTTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATT 42487739
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4346 TAGATTTCCTATTCCTGACTTCTTTATTTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATT 4405

 42487740 ATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTG 42487799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4406 ATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTG 4465

 42487800 GAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTAACCGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTT 42487859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4466 GAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTAACCGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTT 4525

 42487860 CCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATT 42487919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4526 CCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATT 4585

 42487920 TTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAA 42487979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4586 TTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAA 4645

 42487980 CCTCAGGTGATCCACCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACC 42488039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4646 CCTCAGGTGATCCACCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACC 4705

 42488040 TTGCCCGGTCTGGGTTTTATTATTGAAAAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCT 42488099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4706 TTGCCCGGTCTGGGTTTTATTATTGAAAAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCT 4765

 42488100 ACAGTCCCTGAATTTAGGTACTTCTATGCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATA 42488159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4766 ACAGTCCCTGAATTTAGGTACTTCTATGCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATA 4825

 42488160 TGTTAACAATTTGCTTGACTGTAGCAGTTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATT 42488219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4826 TGTTAACAATTTGCTTGACTGTAGCAGTTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATT 4885

 42488220 TTATTATACCTTAAATACATACAATGAATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATG 42488279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4886 TTATTATACCTTAAATACATACAATGAATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATG 4945

 42488280 ACAAAAATAAAAAACCTCACATCCGTTTATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTA 42488339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4946 ACAAAAATAAAAAACCTCACATCCGTTTATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTA 5005

 42488340 TGCCCTCAAACCTCTGCAGATGCTATGCTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGA 42488399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5006 TGCCCTCAAACCTCTGCAGATGCTATGCTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGA 5065

 42488400 AATCAATGGGGGCAGTCTGATATTCTCCCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGG 42488459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5066 AATCAATGGGGGCAGTCTGATATTCTCCCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGG 5125

 42488460 CACTTATATAATTATCCTTCTTAAATGCCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAATATATCT 42488519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5126 CACTTATATAATTATCCTTCTTAAATGCCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAATATATCT 5185

 42488520 AGATTTTCATCTTTCTCTACTAATGTTTTTTTGAAAGCCATATACTTTTCAATCTTCACA 42488579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5186 AGATTTTCATCTTTCTCTACTAATGTTTTTTTGAAAGCCATATACTTTTCAATCTTCACA 5245

 42488580 TTCAGTATTTTTTCTTTATTATATGATGGATCATTTCCATGGTACATTTTTTCTGTTCTC 42488639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5246 TTCAGTATTTTTTCTTTATTATATGATGGATCATTTCCATGGTACATTTTTTCTGTTCTC 5305

 42488640 TCCTTTAAGGATGCTACTTATCGTTATGTTTACTTCCATTGTGTGTCATACATAACAATC 42488699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5306 TCCTTTAAGGATGCTACTTATCGTTATGTTTACTTCCATTGTGTGTCATACATAACAATC 5365

 42488700 ATCTGCTCTAAATTGTTTCTGACTCTTTGACCTTTTTCCTTTGCATTTTGGGTGATTTTT 42488759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5366 ATCTGCTCTAAATTGTTTCTGACTCTTTGACCTTTTTCCTTTGCATTTTGGGTGATTTTT 5425

 42488760 CTATTATCCTATCTTGAATTCTCCCTCTTTATATTCCTGCTGTTGTCAGTTCTGTCCTGG 42488819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5426 CTATTATCCTATCTTGAATTCTCCCTCTTTATATTCCTGCTGTTGTCAGTTCTGTCCTGG 5485

 42488820 CTGTTTCTTATCTATTTAATAAGAACATAATCCAATTATTCTGGTTCACAACTTATTAAC 42488879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5486 CTGTTTCTTATCTATTTAATAAGAACATAATCCAATTATTCTGGTTCACAACTTATTAAC 5545

 42488880 TTGGCTCTGCAATTCTTCCAATCTTATCCTGCTAAATTTTCATCTCATCTTTGGCTTTTT 42488939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5546 TTGGCTCTGCAATTCTTCCAATCTTATCCTGCTAAATTTTCATCTCATCTTTGGCTTTTT 5605

 42488940 TGAGACTATGATACATCTGTGGTCTAA-TTTTTTTTTTAATGTTTCTAAAATGTCTTCTT 42488998
          ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
     5606 TGAGACTATGATACATCTGTGGTCTAATTTTTTTTTTTAATGTTTCTAAAATGTCTTCTT 5665

 42488999 CTGAGATGAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGC 42489058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5666 CTGAGATGAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGC 5725

 42489059 CGGAGTGCAGTAGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGAGTTCACGCCATT 42489118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5726 CGGAGTGCAGTAGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGAGTTCACGCCATT 5785

 42489119 CTCCTGCCCCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCTGGCTAA 42489178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5786 CTCCTGCCCCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCTGGCTAA 5845

 42489179 TTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 42489211
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     5846 TTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 5878

Alignment time is 5.59337 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4679] =>      4679 nucs 'mol-32-2ef1-092364_4679'

Score:        4543
Aligned:      4689        nucs
Identic:      4670 (100%) nucs =>      1864 (100%)      2806 (100%)
Gaps:           11 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42479396,42481268] EXCISED REGION [42483783,42486597]
 second seq =>  [       1,    1866] EXCISED REGION [    1867,    4679]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2514 nucs [42481269,42483782]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [42481269,42481277] to [42483783,42483791]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481268,42481268] to [42483783,42483783]
 second seq =>         1 nucs [1866,1866] to [1867,1867]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42479396 TGGGATTACAGGCGGGAGCCACTGCGCCTGGTCTCAACTTGTACTTTTCACTGAAGATAT 42479455
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGGATTACAGGCGGGAACCACTGCGCCTGGTCTCAACTTGTACTTTTCACTGAAGATAT 60

 42479456 CATAAATATTATTTGTTGATATGTCTGTCTCCTCAATTAGAAATTGGAGTTTCAGAAAAG 42479515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATAAATATTATTTGTTGATATGTCTGTCTCCTCAATTAGAAATTGGAGTTTCAGAAAAG 120

 42479516 GAAATACAGTACTTTATAAATCTTTTTAAATCAATGCGCCTTACCCAACAATTCATACAT 42479575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAATACAGTACTTTATAAATCTTTTTAAATCAATGCGCCTTACCCAACAATTCATACAT 180

 42479576 AATAGGATTCAACAAATATTTGCTGAGCTAGTGACCAAATTAATAAATACATAAATTTGT 42479635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATAGGATTCAACAAATATTTGCTGAGCTAGTGACCAAATTAATAAATACATAAATTTGT 240

 42479636 TTTTCAAAAAATAAATTGTGAACACCTTTGTATGTTCATTAAACAATACTTCATTGTTGC 42479695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTCAAAAAATAAATTGTGAACACCTTTGTATGTTCATTAAACAATACTTCATTGTTGC 300

 42479696 AGGGCTCCTGAGAGCTAAGTTGTAGGGACGTGACTGAATTTTTCAATGACCACTCACAGG 42479755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGGGCTCCTGAGAGCTAAGTTGTAGGGACGTGACTGAATTTTTCAATGACCACTCACAGG 360

 42479756 TACATGGGTTGTTTCCAATTTTTCAAACCTGTTCTGCCCCAAACATCCTTAAAACATATA 42479815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TACATGGGTTGTTTCCAATTTTTCAAACCTGTTCTGCCCCAAACATCCTTAAAACATATA 420

 42479816 TATCTTTGTATGCTTCTTTATGCATTTTTTAGACTCAAAGAAAGGCCTATTTAGATTGTA 42479875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATCTTTGTATGCTTCTTTATGCATTTTTTAGACTCAAAGAAAGGCCTATTTAGATTGTA 480

 42479876 CCAAATTACAAACCTATCACCACAGAATCTTTTTTATCTGTTCCCTCACCAACACTGAGT 42479935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCAAATTACAAACCTATCACCACAGAATCTTTTTTATCTGTTCCCTCACCAACACTGAGT 540

 42479936 GTTTATTTATTTAGTGGATGTGAATGCACTTTATTCAACAAAAATGAGGCCTATTTCAAA 42479995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTTTATTTATTTAGTGGATGTGAATGCACTTTATTCAACAAAAATGAGGCCTATTTCAAA 600

 42479996 TATGCCAAAGGTGCTTCTATAATTCTTTCTAGTAACATTTCTAATTGGATTTTTATTCTT 42480055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATGCCAAAGGTGCTTCTATAATTCTTTCTAGTAACATTTCTAATTGGATTTTTATTCTT 660

 42480056 TTGAATATTTCAAAAGATAATATACTTTGAACAATTTCAAGCTTGTGGAAAAATTGCTAG 42480115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGAATATTTCAAAAGATAATATACTTTGAACAATTTCAAGCTTGTGGAAAAATTGCTAG 720

 42480116 AACAATACATAGTACTACCATATAGCCCTCACCAAGATCATCAAATTCTTAACATTTTAT 42480175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AACAATACATAGTACTACCATATAGCCCTCACCAAGATCATCAAATTCTTAACATTTTAT 780

 42480176 CACATTCTGGCTTGTGCGTGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTCCTTCC 42480235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CACATTCTGGCTTGTGCGTGTGCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTCCTTCC 840

 42480236 ATTATTCTCTTTCTGAATCTTTGGAGGGCAAGCTGCACACATAGTATTCCATCATCTTTA 42480295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTATTCTCTTTCTGAATCTTTGGAGGGCAAGCTGCACACATAGTATTCCATCATCTTTA 900

 42480296 AACACAGTCGTGTGTATTTCACCAGACCAAGTTCATTCTCTACCTAACCCCAATGCAACC 42480355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACACAGTCGTGTGTATTTCACCAGACCAAGTTCATTCTCTACCTAACCCCAATGCAACC 960

 42480356 CTCCAAATCAAGAAATCAACATCAGTACAAACACCACCACCCAATCCATGGACCCCATTC 42480415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTCCAAATCAAGAAATCAACATCAGTACAAACACCACCACCCAATCCATGGACCCCATTC 1020

 42480416 AAGCGTCCCAACAATTTGTCTTTTCCCCTCTGGTCCAGAACCTTCTCCAAGAACATGTAT 42480475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1021 AAGCGTCCCAACAATTTGTCTTTTCCCCTCTGGTCCAGAAGCTTCTCCAAGAACATGTAT 1080

 42480476 TGCATTTAGTTCTTGTGCATTTTCAGTTTCCTACAAGCTGGAACAGTTTCTCATTTTGCC 42480535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGCATTTAGTTCTTGTGCATTTTCAGTTTCCTACAAGCTGGAACAGTTTCTCATTTTGCC 1140

 42480536 CTGTCTTTTGAATCCTCAATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTC 42480595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||
     1141 CTGTCTTTTGAATCCTCAATGGTTTTTTTTTTTTTTTTTT-------GAGACGGAGTCTC 1193

 42480596 GCTCTGTTGCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCT 42480655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1194 GCTCTGTTGCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCT 1253

 42480656 CCGCTTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGG 42480715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1254 CCGCTTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGG 1313

 42480716 CGCCCGCCACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTG 42480775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1314 CGCCCGCCACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTG 1373

 42480776 TTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGT 42480835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1374 TTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGT 1433

 42480836 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCA 42480895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1434 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCA 1493

 42480896 TTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCAGCC 42480955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1494 TTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTCAGCC 1553

 42480956 CATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCTCAG 42481015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1554 CATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATCTCAG 1613

 42481016 GAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTTGGT 42481075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1614 GAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCTTGGT 1673

 42481076 GCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGG 42481135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1674 GCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGG 1733

 42481136 AGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCT 42481195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1734 AGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCT 1793

 42481196 CCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGG 42481255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1794 CCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGG 1853

 42481256 CGCCCGCCACCAG 42481268
          |||||||||||||
     1854 CGCCCGCCACCAG 1866

EXCISED REGION

 42483783 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGT 42483842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1867 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGT 1926

 42483843 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 42483902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1927 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 1986

 42483903 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 42483962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1987 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 2046

 42483963 TAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 42484022
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2047 TAATTTCAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 2106

 42484023 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 42484082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2107 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 2166

 42484083 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 42484142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2167 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 2226

 42484143 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 42484202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2227 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 2286

 42484203 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 42484262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2287 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 2346

 42484263 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 42484322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2347 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 2406

 42484323 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 42484382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2407 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 2466

 42484383 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGG- 42484441
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
     2467 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAA-TTTCTGGGT 2525

 42484442 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCT 42484501
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     2526 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTGGGAAATGAATTTTTTATTCCATCATATTTTCT 2585

 42484502 AACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAA 42484561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 AACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAA 2645

 42484562 ACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCT 42484621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 ACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCT 2705

 42484622 GTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAG 42484681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 GTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAG 2765

 42484682 GATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAAT 42484741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2766 GATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAAT 2825

 42484742 ATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATAT 42484801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2826 ATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATAT 2885

 42484802 ATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATT 42484861
          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2886 ATATTTTCTAAC--ATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATT 2943

 42484862 TTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATA 42484921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2944 TTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATA 3003

 42484922 TATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAG 42484981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3004 TATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAG 3063

 42484982 ATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCT 42485041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3064 ATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCT 3123

 42485042 GCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTA 42485101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3124 GCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTA 3183

 42485102 TATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCT 42485161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3184 TATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCT 3243

 42485162 ATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGT 42485221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3244 ATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGT 3303

 42485222 AGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTT 42485281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3304 AGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTT 3363

 42485282 TTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGG 42485341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3364 TTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGG 3423

 42485342 AGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATT 42485401
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3424 AGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATT 3483

 42485402 TCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGT 42485461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3484 TCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGT 3543

 42485462 AGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAA 42485521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3544 AGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAA 3603

 42485522 TTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAA 42485581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3604 TTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAA 3663

 42485582 ATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATAT 42485641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3664 ATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATAT 3723

 42485642 TTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCT 42485701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3724 TTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCT 3783

 42485702 ATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCAT 42485761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3784 ATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCAT 3843

 42485762 CATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGG 42485821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3844 CATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGG 3903

 42485822 GAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAA 42485881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3904 GAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAA 3963

 42485882 GAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGG 42485941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3964 GAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGG 4023

 42485942 AGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGG 42486001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4024 AGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGG 4083

 42486002 AGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGA 42486061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4084 AGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGA 4143

 42486062 AGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCA 42486121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4144 AGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCA 4203

 42486122 GGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAG 42486181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4204 GGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAG 4263

 42486182 GCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACC 42486241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4264 GCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACC 4323

 42486242 TGAGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTC 42486301
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4324 TGAGAACGTATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTC 4383

 42486302 TGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGG 42486361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4384 TGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGG 4443

 42486362 AGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTG 42486421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4444 AGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTG 4503

 42486422 CATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTA 42486481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4504 CATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTA 4563

 42486482 CTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCAC 42486541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4564 CTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCAC 4623

 42486542 TGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATT 42486597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4624 TGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATT 4679

Alignment time is 4.50024 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4990] =>      4990 nucs 'mol-32-2f28-031064_4990'

Score:        4910
Aligned:      4987        nucs
Identic:      4980 (100%) nucs =>      1901 (100%)      3079 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42482555,42484461] EXCISED REGION [42484467,42487546]
 second seq =>  [       1,    1906] EXCISED REGION [    1911,    4990]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         5 nucs [42484462,42484466]
 second seq =>         4 nucs [1907,1910]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42484462,42484462] to [42484467,42484467]
 second seq =>         2 nucs [1905,1906] to [1909,1910]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [42484460,42484461] to [42484467,42484468]
 second seq =>         2 nucs [1905,1906] to [1911,1912]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42482555 AATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATT 42482614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATT 60

 42482615 CAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCAC 42482674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCAC 120

 42482675 CGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCCCCG 42482734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      121 CGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCGCCG 180

 42482735 ACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCAT 42482794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCAT 240

 42482795 GACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTC 42482854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      241 GACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGGCTTCACCAGCCCACTTC 300

 42482855 CTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATG 42482914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATG 360

 42482915 TTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAG 42482974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAG 420

 42482975 AGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTC 42483034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTC 480

 42483035 ATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTT 42483094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTT 540

 42483095 TTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGA 42483154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGA 600

 42483155 CCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACC 42483214
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACC 660

 42483215 ATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGT 42483274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGT 720

 42483275 TTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTC 42483334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTC 780

 42483335 TCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACC 42483394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACC 840

 42483395 AATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAA 42483454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAA 900

 42483455 TAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTAC 42483514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTAC 960

 42483515 CATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATT 42483574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATT 1020

 42483575 TGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTT 42483634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTT 1080

 42483635 TTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTC 42483694
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTTTTTT-CGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTC 1139

 42483695 GCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGT 42483754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 GCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGT 1199

 42483755 AGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGAT 42483814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 AGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGAT 1259

 42483815 GGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCAC 42483874
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 GGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCAC 1319

 42483875 CTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATAT 42483934
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 CTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATAT 1379

 42483935 TTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAA 42483994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAA 1439

 42483995 CTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTT 42484054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 CTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTT 1499

 42484055 TCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTT 42484114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTT 1559

 42484115 AAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTA 42484174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 AAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTA 1619

 42484175 TACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTT 42484234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTT 1679

 42484235 TTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTT 42484294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTT 1739

 42484295 TTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATAT 42484354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATAT 1799

 42484355 GTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTAT 42484414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 GTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTAT 1859

 42484415 TATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 42484461
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 1906

EXCISED REGION

 42484467 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 42484526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1911 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 1970

 42484527 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 42484586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1971 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 2030

 42484587 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 42484646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2031 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 2090

 42484647 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 42484706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2091 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 2150

 42484707 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 42484766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2151 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 2210

 42484767 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 42484826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2211 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 2270

 42484827 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 42484886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2271 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 2330

 42484887 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 42484946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2331 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 2390

 42484947 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 42485006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2391 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 2450

 42485007 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 42485066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2451 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 2510

 42485067 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 42485126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2511 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 2570

 42485127 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 42485186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2571 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 2630

 42485187 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 42485246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2631 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 2690

 42485247 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 42485306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2691 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 2750

 42485307 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTT 42485366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2751 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTT 2810

 42485367 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 42485426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2811 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 2870

 42485427 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 42485486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2871 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 2930

 42485487 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 42485546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2931 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 2990

 42485547 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 42485606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2991 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 3050

 42485607 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 42485666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3051 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 3110

 42485667 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 42485726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3111 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 3170

 42485727 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 42485786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3171 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 3230

 42485787 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 42485846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3231 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 3290

 42485847 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 42485906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3291 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 3350

 42485907 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 42485966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3351 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 3410

 42485967 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 42486026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3411 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 3470

 42486027 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 42486086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3471 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 3530

 42486087 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 42486146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3531 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 3590

 42486147 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 42486206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3591 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 3650

 42486207 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 42486266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3651 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 3710

 42486267 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 42486326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3711 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 3770

 42486327 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 42486386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3771 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 3830

 42486387 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 42486446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3831 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 3890

 42486447 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 42486506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3891 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 3950

 42486507 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 42486566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3951 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 4010

 42486567 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATT 42486626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4011 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATT 4070

 42486627 AATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTT 42486686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4071 AATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTT 4130

 42486687 TTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATG 42486746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4131 TTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATG 4190

 42486747 TCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTAC 42486806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4191 TCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTAC 4250

 42486807 ATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCA 42486866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4251 ATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCA 4310

 42486867 ACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGG 42486926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4311 ACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGG 4370

 42486927 TTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTC 42486986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4371 TTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTC 4430

 42486987 CTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAA 42487046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4431 CTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAA 4490

 42487047 AAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATA 42487106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4491 AAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATA 4550

 42487107 ATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTC 42487166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4551 ATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTC 4610

 42487167 CTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCACAGGCCATTGTAGGTATTCCATT 42487226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4611 CTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCACAGGCCATTGTAGGTATTCCATT 4670

 42487227 TTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAA 42487286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4671 TTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAA 4730

 42487287 ATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTT 42487346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4731 ATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTT 4790

 42487347 TTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTC 42487406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4791 TTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTC 4850

 42487407 ATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGA 42487466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4851 ATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGA 4910

 42487467 GTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAA 42487526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4911 GTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAA 4970

 42487527 ACTGAGTTTCTCTATATTGC 42487546
          ||||||||||||||||||||
     4971 ACTGAGTTTCTCTATATTGC 4990

Alignment time is 5.07963 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    3618] =>      3618 nucs 'mol-32-2fb7-022537_3618'

Score:        3541
Aligned:      3618        nucs
Identic:      3611 (100%) nucs =>        43 (100%)      3568 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480788,42480830] EXCISED REGION [42480832,42484406]
 second seq =>  [       1,      43] EXCISED REGION [      45,    3618]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [42480831,42480831]
 second seq =>         1 nucs [44,44]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [42483633,42483633]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [44,45] to [45,46]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480788 GTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCC 42480830
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCC 43

EXCISED REGION

 42480832 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 42480891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       45 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 104

 42480892 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 42480951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      105 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 164

 42480952 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 42481011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      165 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 224

 42481012 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 42481071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      225 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 284

 42481072 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 42481131
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      285 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGTGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 344

 42481132 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 42481191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      345 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 404

 42481192 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 42481251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      405 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 464

 42481252 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCA 42481311
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
      465 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTATTTCACCA 524

 42481312 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 42481371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      525 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 584

 42481372 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 42481431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      585 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 644

 42481432 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 42481491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      645 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 704

 42481492 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 42481551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      705 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 764

 42481552 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 42481611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      765 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 824

 42481612 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 42481671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      825 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 884

 42481672 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 42481731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      885 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 944

 42481732 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 42481791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      945 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 1004

 42481792 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 42481851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1005 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 1064

 42481852 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 42481911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1065 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 1124

 42481912 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 42481971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1125 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 1184

 42481972 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 42482031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1185 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 1244

 42482032 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 42482091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1245 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 1304

 42482092 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 42482151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1305 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 1364

 42482152 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 42482211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1365 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 1424

 42482212 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 42482271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1425 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 1484

 42482272 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 42482331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1485 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 1544

 42482332 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 42482391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1545 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 1604

 42482392 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 42482451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1605 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 1664

 42482452 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 42482511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1665 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 1724

 42482512 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 42482571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1725 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 1784

 42482572 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 42482631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1785 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 1844

 42482632 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 42482691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1845 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 1904

 42482692 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCC 42482751
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1905 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCC 1964

 42482752 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 42482811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1965 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 2024

 42482812 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 42482871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2025 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 2084

 42482872 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 42482931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2085 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 2144

 42482932 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 42482991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2145 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 2204

 42482992 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 42483051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2205 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 2264

 42483052 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 42483111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2265 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 2324

 42483112 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 42483171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2325 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 2384

 42483172 GCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 42483231
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2385 GCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 2444

 42483232 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 42483291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2445 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 2504

 42483292 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 42483351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2505 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 2564

 42483352 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 42483411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2565 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 2624

 42483412 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 42483471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2625 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 2684

 42483472 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 42483531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2685 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 2744

 42483532 AAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAAT 42483591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2745 AAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAAT 2804

 42483592 TTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAA 42483651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
     2805 TTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATC-TTTTTTTTTTCGGATGAA 2863

 42483652 GTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCC 42483711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2864 GTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCC 2923

 42483712 ACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCA 42483771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2924 ACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCA 2983

 42483772 CCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTG 42483831
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2984 CCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTG 3043

 42483832 GCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATT 42483891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3044 GCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATT 3103

 42483892 TTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCAT 42483951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3104 TTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCAT 3163

 42483952 AAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGG 42484011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3164 AAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGG 3223

 42484012 GTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAAT 42484071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3224 GTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAAT 3283

 42484072 ATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAA 42484131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3284 ATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAA 3343

 42484132 AATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGG 42484191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3344 AATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGG 3403

 42484192 GCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTG 42484251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3404 GCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTG 3463

 42484252 GATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTA 42484311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3464 GATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTA 3523

 42484312 CATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCG 42484371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3524 CATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCG 3583

 42484372 TGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACG 42484406
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3584 TGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACG 3618

Alignment time is 3.47518 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2504] =>      2504 nucs 'mol-32-2fc2-159227_2504'

Score:        2431
Aligned:      2511        nucs
Identic:      2498 ( 99%) nucs =>       516 (100%)      1982 ( 99%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480753,42481268] EXCISED REGION [42483783,42485774]
 second seq =>  [       1,     516] EXCISED REGION [     517,    2504]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2514 nucs [42481269,42483782]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [42481269,42481277] to [42483783,42483791]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481268,42481268] to [42483783,42483783]
 second seq =>         1 nucs [516,516] to [517,517]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480753 AGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATC 42480812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATC 60

 42480813 CACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTC 42480872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CACCCGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTC 120

 42480873 CTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAG 42480932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTCAATGGTTTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAG 180

 42480933 TTTCCTTGTGTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGC 42480992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTCCTTGTGTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGC 240

 42480993 ATTATTTCAGTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAAT 42481052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATTATTTCAGTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAAT 300

 42481053 CTCGACCACCAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTT 42481112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTCGACCACCAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTT 360

 42481113 TATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGC 42481172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGC 420

 42481173 GCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC 42481232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC 480

 42481233 TCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAG 42481268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAG 516

EXCISED REGION

 42483783 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGT 42483842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      517 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGT 576

 42483843 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 42483902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      577 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 636

 42483903 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 42483962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      637 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 696

 42483963 TAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 42484022
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      697 TAATTTCAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 756

 42484023 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 42484082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      757 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 816

 42484083 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 42484142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      817 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 876

 42484143 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 42484202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      877 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 936

 42484203 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 42484262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      937 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 996

 42484263 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 42484322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      997 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 1056

 42484323 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 42484382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1057 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 1116

 42484383 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGT 42484442
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
     1117 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAA-TTTCTGGGT 1175

 42484443 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTA---TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTT 42484499
          ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||
     1176 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT----CTTTTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTT 1231

 42484500 CTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTT 42484559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1232 CTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTT 1291

 42484560 AAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAG 42484619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1292 AAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAG 1351

 42484620 CTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATA 42484679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1352 CTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATA 1411

 42484680 AGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAA 42484739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1412 AGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAA 1471

 42484740 ATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTAT 42484799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1472 ATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTAT 1531

 42484800 ATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTA 42484859
          ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1532 ATATATTTTCTAAC--ATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTA 1589

 42484860 TTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAA 42484919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1590 TTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAA 1649

 42484920 TATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAG 42484979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1650 TATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAG 1709

 42484980 AGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATC 42485039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1710 AGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATC 1769

 42485040 CTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCT 42485099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1770 CTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCT 1829

 42485100 TATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTC 42485159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1830 TATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTC 1889

 42485160 CTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACA 42485219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1890 CTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACA 1949

 42485220 GTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTAT 42485279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1950 GTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTAT 2009

 42485280 TTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAA 42485339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2010 TTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAA 2069

 42485340 GGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGA 42485399
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2070 GGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGA 2129

 42485400 TTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATG 42485459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2130 TTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATG 2189

 42485460 GTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATC 42485519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2190 GTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATC 2249

 42485520 AATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTA 42485579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2250 AATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTA 2309

 42485580 AAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTAT 42485639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2310 AAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTAT 2369

 42485640 ATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTT 42485699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2370 ATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTT 2429

 42485700 CTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCC 42485759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2430 CTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCC 2489

 42485760 ATCATTACATAAAGC 42485774
          |||||||||||||||
     2490 ATCATTACATAAAGC 2504

Alignment time is 2.43154 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4546] =>      4546 nucs 'mol-32-30f6-165478_4546'

Score:        4480
Aligned:      4546        nucs
Identic:      4540 (100%) nucs =>       170 (100%)      4370 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42482561,42482730] EXCISED REGION [42482732,42487107]
 second seq =>  [       1,     170] EXCISED REGION [     172,    4546]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [42482731,42482731]
 second seq =>         1 nucs [171,171]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [42483633,42483633]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [42482726,42482732] to [42482727,42482733]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [42482729,42482730] to [42482732,42482733]
 second seq =>         2 nucs [169,170] to [172,173]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42482561 TTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTG 42482620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTG 60

 42482621 CTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCT 42482680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCT 120

 42482681 GCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCC 42482730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCC 170

EXCISED REGION

 42482732 CCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGG 42482791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      172 CCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGG 231

 42482792 CATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCAC 42482851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      232 CATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCAC 291

 42482852 TTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCA 42482911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      292 TTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCA 351

 42482912 ATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGC 42482971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      352 ATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGC 411

 42482972 TAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATC 42483031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      412 TAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATC 471

 42483032 CTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAA 42483091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      472 CTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAA 531

 42483092 TTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCC 42483151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      532 TTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCC 591

 42483152 TGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCC 42483211
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
      592 TGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCC 651

 42483212 ACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGT 42483271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      652 ACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGT 711

 42483272 TGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTA 42483331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      712 TGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTA 771

 42483332 TTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCA 42483391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      772 TTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCA 831

 42483392 ACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATA 42483451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      832 ACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATA 891

 42483452 AAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCC 42483511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      892 AAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCC 951

 42483512 TACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGT 42483571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      952 TACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGT 1011

 42483572 ATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACAT 42483631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1012 ATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACAT 1071

 42483632 CTTTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAAT 42483691
          | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1072 C-TTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAAT 1130

 42483692 CTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTG 42483751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1131 CTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTG 1190

 42483752 AGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAA 42483811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1191 AGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAA 1250

 42483812 GATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACC 42483871
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1251 GATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACC 1310

 42483872 CACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATA 42483931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1311 CACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATA 1370

 42483932 TATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATT 42483991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1371 TATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATT 1430

 42483992 AAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCT 42484051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1431 AAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCT 1490

 42484052 GTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATT 42484111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1491 GTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATT 1550

 42484112 TTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCA 42484171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1551 TTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCA 1610

 42484172 TTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGT 42484231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1611 TTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGT 1670

 42484232 GTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATA 42484291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1671 GTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATA 1730

 42484292 TTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTA 42484351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1731 TTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTA 1790

 42484352 TATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCC 42484411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1791 TATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCC 1850

 42484412 TATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGG 42484471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1851 TATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGG 1910

 42484472 AAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTA 42484531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1911 AAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTA 1970

 42484532 TAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGG 42484591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1971 TAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGG 2030

 42484592 GTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCT 42484651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2031 GTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCT 2090

 42484652 CTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATG 42484711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2091 CTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATG 2150

 42484712 TTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAA 42484771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2151 TTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAA 2210

 42484772 GCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCC 42484831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2211 GCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCC 2270

 42484832 TGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTC 42484891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2271 TGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTC 2330

 42484892 TTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAA 42484951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2331 TTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAA 2390

 42484952 GTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGAT 42485011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2391 GTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGAT 2450

 42485012 CTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACA 42485071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2451 CTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACA 2510

 42485072 GGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCC 42485131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2511 GGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCC 2570

 42485132 TGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTT 42485191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2571 TGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTT 2630

 42485192 ATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGAT 42485251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2631 ATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGAT 2690

 42485252 ATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTT 42485311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2691 ATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTT 2750

 42485312 TAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACC 42485371
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2751 TAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACC 2810

 42485372 CATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTG 42485431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2811 CATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTG 2870

 42485432 GTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTC 42485491
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2871 GTGCAGACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTC 2930

 42485492 ATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTT 42485551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2931 ATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTT 2990

 42485552 AGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCAT 42485611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2991 AGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCAT 3050

 42485612 TGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAA 42485671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3051 TGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAA 3110

 42485672 ATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATC 42485731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3111 ATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATC 3170

 42485732 AGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAA 42485791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3171 AGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAA 3230

 42485792 CCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGA 42485851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3231 CCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGA 3290

 42485852 AAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAG 42485911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3291 AAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAG 3350

 42485912 GGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAA 42485971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3351 GGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAA 3410

 42485972 GGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGG 42486031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3411 GGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGG 3470

 42486032 AGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGG 42486091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3471 AGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGG 3530

 42486092 AACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAAC 42486151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3531 AACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAAC 3590

 42486152 CTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAA 42486211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3591 CTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAA 3650

 42486212 ATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGA 42486271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3651 ATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGA 3710

 42486272 AGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATT 42486331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3711 AGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATT 3770

 42486332 TGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTT 42486391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3771 TGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTT 3830

 42486392 TGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTA 42486451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3831 TGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTA 3890

 42486452 TATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCT 42486511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3891 TATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCT 3950

 42486512 TTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGT 42486571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3951 TTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGT 4010

 42486572 TTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATTAATTA 42486631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4011 TTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATTAATTA 4070

 42486632 TATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTA 42486691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4071 TATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTA 4130

 42486692 TTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTT 42486751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4131 TTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTT 4190

 42486752 TGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCT 42486811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4191 TGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCT 4250

 42486812 TTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTT 42486871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4251 TTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTT 4310

 42486872 GTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCC 42486931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4311 GTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCC 4370

 42486932 AAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCC 42486991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4371 AAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCC 4430

 42486992 CCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGA 42487051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4431 CCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGA 4490

 42487052 GATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATAA 42487107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4491 GATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATAA 4546

Alignment time is 4.34919 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4010] =>      4010 nucs 'mol-32-3101-225882_4010'

Score:        3941
Aligned:      4007        nucs
Identic:      4001 (100%) nucs =>      1861 (100%)      2140 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42482595,42484460] EXCISED REGION [42484467,42486607]
 second seq =>  [       1,    1865] EXCISED REGION [    1870,    4010]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [42484461,42484466]
 second seq =>         4 nucs [1866,1869]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [42484461,42484463] to [42484467,42484469]
 second seq =>         2 nucs [1864,1865] to [1868,1869]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [42484459,42484460] to [42484467,42484468]
 second seq =>         2 nucs [1864,1865] to [1870,1871]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42482595 AATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCA 42482654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCA 60

 42482655 CCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACA 42482714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACA 120

 42482715 CCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCA 42482774
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCA 180

 42482775 TGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAG 42482834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAG 240

 42482835 TGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAG 42482894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAG 300

 42482895 TTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCT 42482954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCT 360

 42482955 CACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCT 42483014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCT 420

 42483015 CCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTG 42483074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTG 480

 42483075 CCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTG 42483134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTG 540

 42483135 GGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGG 42483194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      541 GGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGG 600

 42483195 GATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGT 42483254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGT 660

 42483255 TGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTT 42483314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTT 720

 42483315 TCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTG 42483374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTG 780

 42483375 GATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTT 42483434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTT 840

 42483435 AACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTA 42483494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTA 900

 42483495 TATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCT 42483554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCT 960

 42483555 CTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTA 42483614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTA 1020

 42483615 GCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTG 42483674
          |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTG 1079

 42483675 GAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCT 42483734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCT 1139

 42483735 CCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATT 42483794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 CCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATT 1199

 42483795 TTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTG 42483854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1200 TTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTG 1259

 42483855 ACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGGCGTGAGCCAC 42483914
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1260 ACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGACGTGAGCCAC 1319

 42483915 TGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTC 42483974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTC 1379

 42483975 TGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCT 42484034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCT 1439

 42484035 GTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTT 42484094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTT 1499

 42484095 ATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTT 42484154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 ATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTT 1559

 42484155 AAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTG 42484214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 AAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTG 1619

 42484215 TTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTAT 42484274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTAT 1679

 42484275 TTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATT 42484334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATT 1739

 42484335 CATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTAC 42484394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 CATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTAC 1799

 42484395 AGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTT 42484454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 AGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTT 1859

 42484455 TTTTTT 42484460
          ||||||
     1860 TTTTTT 1865

EXCISED REGION

 42484467 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 42484526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1870 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 1929

 42484527 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 42484586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1930 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 1989

 42484587 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 42484646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1990 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 2049

 42484647 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 42484706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2050 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 2109

 42484707 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 42484766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2110 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 2169

 42484767 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 42484826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2170 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 2229

 42484827 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 42484886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2230 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 2289

 42484887 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 42484946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2290 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 2349

 42484947 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 42485006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2350 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 2409

 42485007 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 42485066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2410 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 2469

 42485067 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 42485126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2470 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 2529

 42485127 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 42485186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2530 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 2589

 42485187 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 42485246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2590 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 2649

 42485247 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 42485306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2650 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 2709

 42485307 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTT 42485366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2710 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTT 2769

 42485367 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 42485426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2770 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 2829

 42485427 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 42485486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2830 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 2889

 42485487 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 42485546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2890 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 2949

 42485547 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 42485606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2950 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 3009

 42485607 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 42485666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3010 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 3069

 42485667 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 42485726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3070 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 3129

 42485727 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 42485786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3130 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 3189

 42485787 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 42485846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3190 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 3249

 42485847 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 42485906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3250 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 3309

 42485907 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 42485966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3310 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 3369

 42485967 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 42486026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3370 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 3429

 42486027 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 42486086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3430 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 3489

 42486087 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 42486146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3490 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 3549

 42486147 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 42486206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3550 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 3609

 42486207 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 42486266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3610 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 3669

 42486267 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 42486326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3670 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 3729

 42486327 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 42486386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3730 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 3789

 42486387 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 42486446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3790 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 3849

 42486447 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 42486506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3850 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 3909

 42486507 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 42486566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3910 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 3969

 42486567 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACAC 42486607
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3970 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACAC 4010

Alignment time is 3.88781 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    6270] =>      6270 nucs 'mol-32-310c-011027_6270'

Score:        6194
Aligned:      6271        nucs
Identic:      6264 (100%) nucs =>      2198 (100%)      4066 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42482239,42484441] EXCISED REGION [42484445,42488512]
 second seq =>  [       1,    2202] EXCISED REGION [    2203,    6270]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [42484442,42484444]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        18 nucs [42484442,42484459] to [42484445,42484462]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42484442,42484442] to [42484444,42484444]
 second seq =>         0 nucs

 42482239 TGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAA 42482298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAA 60

 42482299 CCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGC 42482358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGC 120

 42482359 GTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATG 42482418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATG 180

 42482419 TGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACGAATC 42482478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACGAATC 240

 42482479 ATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTC 42482538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTC 300

 42482539 TCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATA 42482598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATA 360

 42482599 TATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCAT 42482658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCAT 420

 42482659 CGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTC 42482718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTC 480

 42482719 CACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGG 42482778
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGG 540

 42482779 CCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCC 42482838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCC 600

 42482839 TTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTC 42482898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTC 660

 42482899 AACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACT 42482958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACT 720

 42482959 CTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCG 42483018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCG 780

 42483019 GGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCAC 42483078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCAC 840

 42483079 CACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCT 42483138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCT 900

 42483139 GGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATT 42483198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
      901 GGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATT 960

 42483199 ACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAG 42483258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAG 1020

 42483259 TATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTA 42483318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTA 1080

 42483319 CTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATC 42483378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATC 1140

 42483379 TTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACA 42483438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACA 1200

 42483439 TTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATA 42483498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATA 1260

 42483499 GATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGG 42483558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGG 1320

 42483559 AATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCA 42483618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCA 1380

 42483619 TTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGT 42483678
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGAAGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGT 1439

 42483679 GTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTG 42483738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTG 1499

 42483739 CCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTG 42483798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 CCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTG 1559

 42483799 TATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCT 42483858
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCT 1619

 42483859 CAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCG 42483918
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1620 CAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCG 1679

 42483919 CCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCC 42483978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 CCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCC 1739

 42483979 TTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTT 42484038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTT 1799

 42484039 CCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAA 42484098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 CCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAA 1859

 42484099 TACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAG 42484158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAG 1919

 42484159 GATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAA 42484218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 GATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAA 1979

 42484219 AATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTG 42484278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 AATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTG 2039

 42484279 AGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATG 42484338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 AGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATG 2099

 42484339 CAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGC 42484398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 CAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGC 2159

 42484399 TCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGG 42484441
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 TCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGG 2202

EXCISED REGION

 42484445 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAAC 42484504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2203 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAAC 2262

 42484505 TAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACA 42484564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2263 TAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACA 2322

 42484565 CATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTG 42484624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2323 CATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTG 2382

 42484625 TGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGAT 42484684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2383 TGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGAT 2442

 42484685 AAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATT 42484744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2443 AAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATT 2502

 42484745 AGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATA 42484804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2503 AGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATA 2562

 42484805 TTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTA 42484864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2563 TTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTA 2622

 42484865 TTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATAT 42484924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2623 TTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATAT 2682

 42484925 AAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATG 42484984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2683 AAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATG 2742

 42484985 AGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCC 42485044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2743 AGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCC 2802

 42485045 TCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATAT 42485104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2803 TCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATAT 2862

 42485105 TATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATG 42485164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2863 TATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATG 2922

 42485165 GCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGT 42485224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2923 GCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGT 2982

 42485225 TATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTA 42485284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2983 TATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTA 3042

 42485285 ACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGA 42485344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3043 ACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGA 3102

 42485345 TGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCC 42485404
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3103 TGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCC 3162

 42485405 TAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGT 42485464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3163 TAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGT 3222

 42485465 TATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTT 42485524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3223 TATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTT 3282

 42485525 GCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATT 42485584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3283 GCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATT 3342

 42485585 CAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTT 42485644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3343 CAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTT 3402

 42485645 TAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATG 42485704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3403 TAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATG 3462

 42485705 AGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCAT 42485764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3463 AGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCAT 3522

 42485765 TACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAA 42485824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3523 TACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAA 3582

 42485825 GAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAG 42485884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3583 GAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAG 3642

 42485885 AAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGG 42485944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3643 AAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGG 3702

 42485945 AAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGG 42486004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3703 AAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGG 3762

 42486005 AAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGG 42486064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3763 AAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGG 3822

 42486065 GGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGG 42486124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3823 GGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGG 3882

 42486125 GTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCT 42486184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3883 GTTCCCAGAATTGTTTTTATGGGGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCT 3942

 42486185 AAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGA 42486244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3943 AAGAGTCATAGTAATTTGGATCTTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGA 4002

 42486245 GAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGA 42486304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4003 GAACATATTGGTGAATGTTTGTTTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGA 4062

 42486305 ATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGA 42486364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4063 ATACAGCTTTAACTGTTTCAGTTTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGA 4122

 42486365 AAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCAT 42486424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4123 AAATGTCTGAATTTTTATTTTTTGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCAT 4182

 42486425 GAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTA 42486484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4183 GAAGTTCAGAGCTTGTGAACTGTACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTA 4242

 42486485 TATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGG 42486544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4243 TATCTTTTAGATTTTTTTAGGTTTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGG 4302

 42486545 CATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATA 42486604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4303 CATGTGAAGAAAAGGAATATTCTCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATA 4362

 42486605 CACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTT 42486664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4363 CACATATTTGATCAATGTCATTAATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTT 4422

 42486665 CTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTT 42486724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4423 CTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTTTTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTT 4482

 42486725 ATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGAC 42486784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4483 ATCTAAGAGTTTTTGCTTCATGTCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGAC 4542

 42486785 AATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGA 42486844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4543 AATCATTCTCATTGTGTTTTACATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGA 4602

 42486845 TAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTT 42486904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4603 TAATTTTTTTGGTTTCATTTCAACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTT 4662

 42486905 TAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCC 42486964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4663 TAGTTCATATTTGCCCGGCAGGTTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCC 4722

 42486965 TTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTT 42487024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4723 TTTCCTTTTCTCTCACTCCCTCCTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTT 4782

 42487025 ATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGC 42487084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4783 ATCACATGTTTTTACTTTCTAAAAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGC 4842

 42487085 TCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAG 42487144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4843 TCAAGATACAAAACAATGTATAATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAG 4902

 42487145 ATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCAC 42487204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4903 ATCTGTGGATTCATACTTCCTCCTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCAC 4962

 42487205 AGGCCATTGTAGGTATTCCATTTTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGA 42487264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4963 AGGCCATTGTAGGTATTCCATTTTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGA 5022

 42487265 GGAGTTATAATTTTGACTTAAAATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTT 42487324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5023 GGAGTTATAATTTTGACTTAAAATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTT 5082

 42487325 AAAAGGATCCAAGATTCACTTTTTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAG 42487384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5083 AAAAGGATCCAAGATTCACTTTTTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAG 5142

 42487385 GCTGGAGTGCATTCTTGCAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGG 42487444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5143 GCTGGAGTGCATTCTTGCAGTCATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGG 5202

 42487445 TCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCT 42487504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5203 TCCTCCCATCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCT 5262

 42487505 AATTTTTAAATTTTTTGTGGAAACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAACT 42487564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5263 AATTTTTAAATTTTTTGTGGAAACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAACT 5322

 42487565 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGAA 42487624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5323 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGAA 5382

 42487625 CCACTGTGCTGGGCCCAAGATTCACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGCT 42487684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5383 CCACTGTGCTGGGCCCAAGATTCACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGCT 5442

 42487685 TTCCTATTCCTGACTTCTTTATTTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTTT 42487744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5443 TTCCTATTCCTGACTTCTTTATTTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTTT 5502

 42487745 CTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGTG 42487804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5503 CTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGTG 5562

 42487805 CAATGGCGTGATCTTGGCTAACCGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGC 42487864
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5563 CAATGGCGTGATCTTGGCTGACCGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGC 5622

 42487865 CTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATTTTGTA 42487924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5623 CTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATTTTGTA 5682

 42487925 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAACCTCA 42487984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5683 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAACCTCA 5742

 42487985 GGTGATCCACCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTTGCC 42488044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5743 GGTGATCCACCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTTGCC 5802

 42488045 CGGTCTGGGTTTTATTATTGAAAAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCTACAGT 42488104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5803 CGGTCTGGGTTTTATTATTGAAAAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCTACAGT 5862

 42488105 CCCTGAATTTAGGTACTTCTATGCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATATGTTA 42488164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5863 CCCTGAATTTAGGTACTTCTATGCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATATGTTA 5922

 42488165 ACAATTTGCTTGACTGTAGCAGTTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATTTTATT 42488224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5923 ACAATTTGCTTGACTGTAGCAGTTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATTTTATT 5982

 42488225 ATACCTTAAATACATACAATGAATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATGACAAA 42488284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5983 ATACCTTAAATACATACAATGAATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATGACAAA 6042

 42488285 AATAAAAAACCTCACATCCGTTTATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTATGCCC 42488344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6043 AATAAAAAACCTCACATCCGTTTATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTATGCCC 6102

 42488345 TCAAACCTCTGCAGATGCTATGCTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGAAATCA 42488404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6103 TCAAACCTCTGCAGATGCTATGCTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGAAATCA 6162

 42488405 ATGGGGGCAGTCTGATATTCTCCCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGGCACTT 42488464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6163 ATGGGGGCAGTCTGATATTCTCCCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGGCACTT 6222

 42488465 ATATAATTATCCTTCTTAAATGCCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAA 42488512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6223 ATATAATTATCCTTCTTAAATGCCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAA 6270

Alignment time is 6.57572 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4644] =>      4644 nucs 'mol-32-3164-167806_4644'

Score:        4551
Aligned:      4639        nucs
Identic:      4631 (100%) nucs =>      3604 (100%)      1027 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480832,42484441] EXCISED REGION [42484444,42485471]
 second seq =>  [       7,    3616] EXCISED REGION [    3617,    4644]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [42484442,42484443]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        19 nucs [42484442,42484460] to [42484444,42484462]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42484442,42484442] to [42484443,42484443]
 second seq =>         0 nucs

 42480832 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 42480891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        7 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 66

 42480892 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 42480951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       67 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 126

 42480952 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 42481011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      127 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 186

 42481012 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 42481071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      187 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 246

 42481072 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 42481131
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      247 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGTGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 306

 42481132 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 42481191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      307 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 366

 42481192 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 42481251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      367 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 426

 42481252 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTT-GTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACC 42481310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
      427 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACC 486

 42481311 ATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCT 42481370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      487 ATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCT 546

 42481371 AGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAA 42481430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      547 AGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAA 606

 42481431 CTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCC 42481490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      607 CTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCC 666

 42481491 AATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTG 42481550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      667 AATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTG 726

 42481551 TGATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGA 42481610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      727 TGATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGA 786

 42481611 TATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATAT 42481670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      787 TATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATAT 846

 42481671 CAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGA 42481730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      847 CAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGA 906

 42481731 TCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAA 42481790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      907 TCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAA 966

 42481791 AAATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCA 42481850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      967 AAATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCA 1026

 42481851 GATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTA 42481910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1027 GATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTA 1086

 42481911 AAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTG 42481970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1087 AAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTG 1146

 42481971 GGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGAT 42482030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1147 GGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGAT 1206

 42482031 CACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTT 42482090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1207 CACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTT 1266

 42482091 TTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGAC 42482150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1267 TTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGAC 1326

 42482151 TTCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCT 42482210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1327 TTCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCT 1386

 42482211 CGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGAT 42482270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1387 CGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGAT 1446

 42482271 TCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACA 42482330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1447 TCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACA 1506

 42482331 CCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCT 42482390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1507 CCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCT 1566

 42482391 GCTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATA 42482450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1567 GCTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATA 1626

 42482451 CACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATC 42482510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1627 CACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATC 1686

 42482511 CAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATG 42482570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1687 CAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATG 1746

 42482571 AGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTAT 42482630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1747 AGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTAT 1806

 42482631 TTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGG 42482690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1807 TTGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGG 1866

 42482691 CTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGC 42482750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1867 CTGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGC 1926

 42482751 CAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAG 42482810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1927 CAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAG 1986

 42482811 CCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAAT 42482870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1987 CCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAAT 2046

 42482871 CACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTT 42482930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2047 CACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTT 2106

 42482931 TTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGT 42482990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2107 TTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGT 2166

 42482991 CTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTA 42483050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2167 CTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTA 2226

 42483051 AGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGA 42483110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2227 AGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGA 2286

 42483111 GATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCT 42483170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2287 GATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCT 2346

 42483171 TGCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTT 42483230
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2347 TGCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTT 2406

 42483231 GAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGC 42483290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2407 GAACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGC 2466

 42483291 TTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGA 42483350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2467 TTGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGA 2526

 42483351 GTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTT 42483410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2527 GTTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTT 2586

 42483411 TGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTA 42483470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2587 TGCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTA 2646

 42483471 GGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAG 42483530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2647 GGGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAG 2706

 42483531 AAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAA 42483590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2707 AAAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAA 2766

 42483591 TTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGA 42483650
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
     2767 TTTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGA 2825

 42483651 AGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTC 42483710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2826 AGTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTC 2885

 42483711 CACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGC 42483770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2886 CACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGC 2945

 42483771 ACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTT 42483830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2946 ACCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTT 3005

 42483831 GGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAAT 42483890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3006 GGCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAAT 3065

 42483891 TTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCA 42483950
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3066 TTTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCA 3125

 42483951 TAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTG 42484010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3126 TAAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTG 3185

 42484011 GGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAA 42484070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3186 GGTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAA 3245

 42484071 TATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGA 42484130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3246 TATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGA 3305

 42484131 AAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGG 42484190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3306 AAATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGG 3365

 42484191 GGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTT 42484250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3366 GGCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTT 3425

 42484251 GGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCT 42484310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3426 GGATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCT 3485

 42484311 ACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCC 42484370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3486 ACATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCC 3545

 42484371 GTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAG 42484430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3546 GTGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAG 3605

 42484431 AATTTTCTGGG 42484441
          |||||||||||
     3606 AATTTTCTGGG 3616

EXCISED REGION

 42484444 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAA 42484503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3617 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAA 3676

 42484504 CTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAAC 42484563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3677 CTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAAC 3736

 42484564 ACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGT 42484623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3737 ACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGT 3796

 42484624 GTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGA 42484683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3797 GTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGA 3856

 42484684 TAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATAT 42484743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3857 TAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATAT 3916

 42484744 TAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATAT 42484803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3917 TAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATAT 3976

 42484804 ATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTT 42484863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3977 ATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTT 4036

 42484864 ATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATA 42484923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4037 ATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATA 4096

 42484924 TAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGAT 42484983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4097 TAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGAT 4156

 42484984 GAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGC 42485043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4157 GAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGC 4216

 42485044 CTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATA 42485103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4217 CTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATA 4276

 42485104 TTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTAT 42485163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4277 TTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTAT 4336

 42485164 GGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAG 42485223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4337 GGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAG 4396

 42485224 TTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTT 42485283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4397 TTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTT 4456

 42485284 AACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAG 42485343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4457 AACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAG 4516

 42485344 ATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTC 42485403
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4517 ATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTC 4576

 42485404 CTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAG 42485463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4577 CTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAG 4636

 42485464 TTATATGA 42485471
          ||||||||
     4637 TTATATGA 4644

Alignment time is 4.52879 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2792] =>      2792 nucs 'mol-32-3306-039348_2792'

Score:        2716
Aligned:      2795        nucs
Identic:      2787 (100%) nucs =>       440 (100%)      2347 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480829,42481268] EXCISED REGION [42483783,42486136]
 second seq =>  [       1,     440] EXCISED REGION [     441,    2792]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2514 nucs [42481269,42483782]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [42481269,42481277] to [42483783,42483791]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481268,42481268] to [42483783,42483783]
 second seq =>         1 nucs [440,440] to [441,441]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480829 CCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAG 42480888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAG 60

 42480889 GGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACA 42480948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACA 120

 42480949 CTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATC 42481008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATC 180

 42481009 ATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCA 42481068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCA 240

 42481069 TCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTT 42481128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTT 300

 42481129 GAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACT 42481188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACT 360

 42481189 GCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGA 42481248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGA 420

 42481249 TTACAGGCGCCCGCCACCAG 42481268
          ||||||||||||||||||||
      421 TTACAGGCGCCCGCCACCAG 440

EXCISED REGION

 42483783 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACTGGT 42483842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      441 GCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACTGGT 500

 42483843 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 42483902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      501 CTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATTACA 560

 42483903 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 42483962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      561 GGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCTGAC 620

 42483963 TAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 42484022
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      621 TAATTTCAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATTTGG 680

 42484023 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 42484082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      681 ATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATTGAT 740

 42484083 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 42484142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      741 TACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCCTTT 800

 42484143 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 42484202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      801 AATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATTTAG 860

 42484203 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 42484262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      861 AATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCATTAA 920

 42484263 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 42484322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      921 ATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAGGTA 980

 42484323 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 42484382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      981 CCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTACATT 1040

 42484383 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTGGG- 42484441
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
     1041 TCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAA-TTTCTGGGT 1099

 42484442 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTATTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCT 42484501
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1100 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCT 1159

 42484502 AACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAA 42484561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1160 AACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAA 1219

 42484562 ACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCT 42484621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1220 ACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCT 1279

 42484622 GTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAG 42484681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1280 GTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAG 1339

 42484682 GATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAAT 42484741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1340 GATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAAT 1399

 42484742 ATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATAT 42484801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1400 ATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATAT 1459

 42484802 ATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATT 42484861
          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1460 ATATTTTCTAAC--ATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATT 1517

 42484862 TTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATA 42484921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1518 TTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATA 1577

 42484922 TATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAG 42484981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1578 TATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAG 1637

 42484982 ATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCT 42485041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1638 ATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCT 1697

 42485042 GCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTA 42485101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1698 GCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTA 1757

 42485102 TATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCT 42485161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1758 TATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCT 1817

 42485162 ATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGT 42485221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1818 ATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGT 1877

 42485222 AGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTT 42485281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1878 AGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTT 1937

 42485282 TTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGG 42485341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1938 TTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGG 1997

 42485342 AGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATT 42485401
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1998 AGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATT 2057

 42485402 TCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGT 42485461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2058 TCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGT 2117

 42485462 AGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAA 42485521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2118 AGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAA 2177

 42485522 TTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAA 42485581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2178 TTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAGCTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAA 2237

 42485582 ATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATAT 42485641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2238 ATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAATGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATAT 2297

 42485642 TTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCT 42485701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2298 TTTTAAAATTGTATTTTACCATACAGTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCT 2357

 42485702 ATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCAT 42485761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2358 ATGAGTTTTGACAGATATATATATATAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCAT 2417

 42485762 CATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGG 42485821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2418 CATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTTGCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGG 2477

 42485822 GAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAA 42485881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2478 GAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAGAAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAA 2537

 42485882 GAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGG 42485941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2538 GAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAGGAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGG 2597

 42485942 AGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGG 42486001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2598 AGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAAGGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGG 2657

 42486002 AGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGA 42486061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2658 AGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAGGAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGA 2717

 42486062 AGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCA 42486121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2718 AGGGGAGAGAAGATGATGATGATCAGAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCA 2777

 42486122 GGGGTTCCCAGAATT 42486136
          |||||||||||||||
     2778 GGGGTTCCCAGAATT 2792

Alignment time is 2.67171 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2819] =>      2819 nucs 'mol-32-3395-092912_2819'

Score:        2785
Aligned:      2818        nucs
Identic:      2815 (100%) nucs =>       108 (100%)      2707 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480723,42480830] EXCISED REGION [42480832,42483541]
 second seq =>  [       1,     108] EXCISED REGION [     110,    2819]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [42480831,42480831]
 second seq =>         1 nucs [109,109]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [109,110] to [110,111]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480723 CACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCA 42480782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACCGCGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCA 60

 42480783 GGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCC 42480830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCGGCCTCCC 108

EXCISED REGION

 42480832 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 42480891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      110 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 169

 42480892 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 42480951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      170 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 229

 42480952 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 42481011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      230 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 289

 42481012 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 42481071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      290 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 349

 42481072 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 42481131
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      350 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGTGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 409

 42481132 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 42481191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      410 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 469

 42481192 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 42481251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      470 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 529

 42481252 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCA 42481311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      530 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCA 589

 42481312 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 42481371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      590 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 649

 42481372 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 42481431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      650 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 709

 42481432 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 42481491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      710 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 769

 42481492 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 42481551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      770 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 829

 42481552 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 42481611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      830 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 889

 42481612 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 42481671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      890 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 949

 42481672 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 42481731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      950 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 1009

 42481732 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 42481791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1010 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 1069

 42481792 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 42481851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1070 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 1129

 42481852 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 42481911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1130 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 1189

 42481912 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 42481971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1190 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 1249

 42481972 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 42482031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1250 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 1309

 42482032 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 42482091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1310 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 1369

 42482092 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 42482151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1370 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 1429

 42482152 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 42482211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 1489

 42482212 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 42482271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1490 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 1549

 42482272 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 42482331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1550 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 1609

 42482332 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 42482391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1610 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 1669

 42482392 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 42482451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1670 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 1729

 42482452 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 42482511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1730 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 1789

 42482512 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 42482571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1790 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 1849

 42482572 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 42482631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1850 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 1909

 42482632 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 42482691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1910 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 1969

 42482692 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCC 42482751
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1970 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCC 2029

 42482752 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 42482811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2030 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 2089

 42482812 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 42482871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 2149

 42482872 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 42482931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 2209

 42482932 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 42482991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 2269

 42482992 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 42483051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 2329

 42483052 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 42483111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 2389

 42483112 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 42483171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 2449

 42483172 GCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 42483231
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 GCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 2509

 42483232 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 42483291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 2569

 42483292 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 42483351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 2629

 42483352 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 42483411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 2689

 42483412 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 42483471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 2749

 42483472 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 42483531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 2809

 42483532 AAATATATAC 42483541
          ||||||||||
     2810 AAATATATAC 2819

Alignment time is 2.70146 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    8368] =>      8368 nucs 'mol-32-3487-051447_8368'

Score:        8274
Aligned:      8362        nucs
Identic:      8354 (100%) nucs =>      3625 (100%)      4729 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480832,42484462] EXCISED REGION [42484467,42489197]
 second seq =>  [       6,    3635] EXCISED REGION [    3639,    8368]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [42484463,42484466]
 second seq =>         3 nucs [3636,3638]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [3634,3635] to [3637,3638]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [42484461,42484462] to [42484467,42484468]
 second seq =>         2 nucs [3634,3635] to [3639,3640]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480832 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 42480891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        6 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 65

 42480892 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 42480951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       66 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 125

 42480952 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 42481011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      126 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 185

 42481012 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 42481071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      186 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 245

 42481072 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 42481131
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      246 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGTGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 305

 42481132 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 42481191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      306 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 365

 42481192 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 42481251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      366 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 425

 42481252 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCA 42481311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      426 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCA 485

 42481312 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 42481371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      486 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 545

 42481372 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 42481431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      546 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 605

 42481432 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 42481491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      606 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 665

 42481492 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 42481551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      666 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 725

 42481552 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 42481611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      726 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 785

 42481612 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 42481671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      786 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 845

 42481672 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 42481731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      846 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 905

 42481732 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 42481791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      906 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 965

 42481792 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 42481851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      966 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 1025

 42481852 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 42481911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1026 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 1085

 42481912 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 42481971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1086 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 1145

 42481972 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 42482031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1146 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 1205

 42482032 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 42482091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1206 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 1265

 42482092 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 42482151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1266 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 1325

 42482152 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 42482211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1326 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 1385

 42482212 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 42482271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1386 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 1445

 42482272 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 42482331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1446 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 1505

 42482332 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 42482391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 1565

 42482392 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 42482451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 1625

 42482452 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 42482511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1626 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 1685

 42482512 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 42482571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 1745

 42482572 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 42482631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 1805

 42482632 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 42482691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 1865

 42482692 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCC 42482751
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1866 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCC 1925

 42482752 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 42482811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 1985

 42482812 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 42482871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 2045

 42482872 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 42482931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 2105

 42482932 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 42482991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2106 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 2165

 42482992 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 42483051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 2225

 42483052 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 42483111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 2285

 42483112 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 42483171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 2345

 42483172 GCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 42483231
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 GCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 2405

 42483232 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 42483291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 2465

 42483292 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 42483351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 2525

 42483352 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 42483411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2526 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 2585

 42483412 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 42483471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 2645

 42483472 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 42483531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 2705

 42483532 AAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAAT 42483591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 AAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAAT 2765

 42483592 TTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAA 42483651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
     2766 TTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGAA 2824

 42483652 GTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCC 42483711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2825 GTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCC 2884

 42483712 ACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCA 42483771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2885 ACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCA 2944

 42483772 CCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTG 42483831
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2945 CCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTG 3004

 42483832 GCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATT 42483891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3005 GCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATT 3064

 42483892 TTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCAT 42483951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3065 TTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCAT 3124

 42483952 AAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGG 42484011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3125 AAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGG 3184

 42484012 GTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAAT 42484071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3185 GTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAAT 3244

 42484072 ATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAA 42484131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3245 ATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAA 3304

 42484132 AATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGG 42484191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3305 AATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGG 3364

 42484192 GCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTG 42484251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3365 GCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTG 3424

 42484252 GATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTA 42484311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3425 GATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTA 3484

 42484312 CATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCG 42484371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3485 CATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCG 3544

 42484372 TGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGA 42484431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3545 TGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGA 3604

 42484432 ATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 42484462
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     3605 ATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 3635

EXCISED REGION

 42484467 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 42484526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3639 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 3698

 42484527 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 42484586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3699 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 3758

 42484587 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 42484646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3759 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 3818

 42484647 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 42484706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3819 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 3878

 42484707 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 42484766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3879 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 3938

 42484767 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 42484826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3939 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 3998

 42484827 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 42484886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3999 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 4058

 42484887 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 42484946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4059 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 4118

 42484947 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 42485006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4119 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 4178

 42485007 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 42485066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4179 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 4238

 42485067 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 42485126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4239 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 4298

 42485127 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 42485186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4299 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 4358

 42485187 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 42485246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4359 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 4418

 42485247 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 42485306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4419 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 4478

 42485307 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTT 42485366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     4479 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTT 4538

 42485367 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 42485426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4539 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 4598

 42485427 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 42485486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4599 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 4658

 42485487 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 42485546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4659 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 4718

 42485547 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 42485606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4719 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 4778

 42485607 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 42485666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4779 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 4838

 42485667 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 42485726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4839 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 4898

 42485727 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 42485786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4899 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 4958

 42485787 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 42485846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4959 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 5018

 42485847 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 42485906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5019 AAAGAAAGATGGAGGGAGGGAGAGAAAGGGAAAAAGAGAAAGAGAAAGAAAGGAAGGGAG 5078

 42485907 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 42485966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5079 GAAAGGGGGAAAAAGGGAGGAAGGGAAGGAGGGGGAGGAAAAAAGGGAAAGAGAGGTGAA 5138

 42485967 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 42486026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5139 GGGAAGGAGAGAAAAGTGTGAGAGAGGGAGGAGGGAGGAAGGGAAGGCTGAAGCAGGGAG 5198

 42486027 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 42486086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5199 GAAGGAGAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAAAGGGAGAAGGGGAGAGAAGATGATGATGATCA 5258

 42486087 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 42486146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5259 GAAGGAACTTGTGGAACAGAATCAAACATTCCTCAGGGGTTCCCAGAATTGTTTTTATGG 5318

 42486147 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 42486206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5319 GGAACCTAGCAGAAGGATGGATTATGGTTGGGAAGGCTAAGAGTCATAGTAATTTGGATC 5378

 42486207 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 42486266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5379 TTAAAATTACTTTCTGGTCAAAGACTGTTGAAACCTGAGAACATATTGGTGAATGTTTGT 5438

 42486267 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 42486326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5439 TTGGAAGTAACTGTTGAAGCCTATTAATTTTCTTCTGAATACAGCTTTAACTGTTTCAGT 5498

 42486327 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 42486386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5499 TTATTTGTCCTTTCAGCCAGGAGTTGTTGGTGGGGAGAAAATGTCTGAATTTTTATTTTT 5558

 42486387 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 42486446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5559 TGGTTTGCCTTTACTATTAATTTATGCTTCTATTGCATGAAGTTCAGAGCTTGTGAACTG 5618

 42486447 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 42486506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5619 TACTATATCTACTATACAAATCTAAAAGATATGTACTATATCTTTTAGATTTTTTTAGGT 5678

 42486507 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 42486566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5679 TTCCTTTGTAGCCTAGCACATGTCAAATATTCCACTGGCATGTGAAGAAAAGGAATATTC 5738

 42486567 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATT 42486626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5739 TCTGTTTTCTGTGGACAGAGTTTAACATATTATATATACACATATTTGATCAATGTCATT 5798

 42486627 AATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTT 42486686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5799 AATTATATTATTTAAATTATTTATAGCTTTAATTATTTCTGAGAGGAGGGAGTTAAAGTT 5858

 42486687 TTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATG 42486746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5859 TTCTATTCTTGTGTTTCTCCTGATTTCACATTGTATTTATCTAAGAGTTTTTGCTTCATG 5918

 42486747 TCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTAC 42486806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5919 TCTTTTGATGTTACATTATCTGGAATGATGTCATTGACAATCATTCTCATTGTGTTTTAC 5978

 42486807 ATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCA 42486866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5979 ATCCTTTATCAGCATGGGTAATGCTTTGTCTCATTTGATAATTTTTTTGGTTTCATTTCA 6038

 42486867 ACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGG 42486926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6039 ACTTTGTTGATATTAGTGTCATGAATCCTAATTTCTTTTAGTTCATATTTGCCCGGCAGG 6098

 42486927 TTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTC 42486986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6099 TTCCCAAAAATCATTTCTTTAAAATTCCTTCCCAATCCTTTCCTTTTCTCTCACTCCCTC 6158

 42486987 CTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAA 42487046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6159 CTGCCCCCATCTTAACTATCCAGTTACTGATATAGTTTATCACATGTTTTTACTTTCTAA 6218

 42487047 AAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATA 42487106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6219 AAAGAGATATATTTATCTCTCTTCCTTGATTTCTTAGCTCAAGATACAAAACAATGTATA 6278

 42487107 ATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTC 42487166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6279 ATAGTGTATAGTGAGTCTCTACCATAAAAAATTACAAGATCTGTGGATTCATACTTCCTC 6338

 42487167 CTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCACAGGCCATTGTAGGTATTCCATT 42487226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6339 CTTATTTCAACTTTGTTATGATCTGAGATTTTTATCACAGGCCATTGTAGGTATTCCATT 6398

 42487227 TTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAA 42487286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6399 TTAATTGTTTATTTTTACATAATATAGATTTTCTTTGAGGAGTTATAATTTTGACTTAAA 6458

 42487287 ATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTT 42487346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6459 ATTAAATTTCACAGTTTTTGAGGCTTGATTTTATATTTAAAAGGATCCAAGATTCACTTT 6518

 42487347 TTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTC 42487406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6519 TTTTTCCCCCCGAGATAGGGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCATTCTTGCAGTC 6578

 42487407 ATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGA 42487466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6579 ATGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTGTGGCTTAAGTGGTCCTCCCATCTCAGCCTCCTGA 6638

 42487467 GTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAA 42487526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6639 GTAGCTGATGGTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTAAATTTTTTGTGGAA 6698

 42487527 ACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCC 42487586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6699 ACTGAGTTTCTCTATATTGCCTAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCC 6758

 42487587 ACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGAACCACTGTGCTGGGCCCAAGATT 42487646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6759 ACCTCAGCCTCCCCGAGTGCTGAGATTACAGATATGAACCACTGTGCTGGGCCCAAGATT 6818

 42487647 CACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGCTTTCCTATTCCTGACTTCTTTAT 42487706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6819 CACTTCTTAACCTCTTCTTTACCCTTCCTTCAATAGCTTTCCTATTCCTGACTTCTTTAT 6878

 42487707 TTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTT 42487766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6879 TTTGAATTATCTTTTGGTTTTCTGGGTTTTATTATTTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTT 6938

 42487767 TGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTAAC 42487826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6939 TGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGGTGGAGTGCAATGGCGTGATCTTGGCTAAC 6998

 42487827 CGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG 42487886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6999 CGCAATCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG 7058

 42487887 ATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC 42487946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7059 ATTATAGACATGCACCTCCATGCCTGGCTGATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC 7118

 42487947 TCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCATCCT 42488006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7119 TCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCCAACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCATCCT 7178

 42488007 CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTTGCCCGGTCTGGGTTTTATTATTGAA 42488066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7179 CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCTTGCCCGGTCTGGGTTTTATTATTGAA 7238

 42488067 AAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCTACAGTCCCTGAATTTAGGTACTTCTAT 42488126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7239 AAGCATTTTTTAAAAGAAATGTTGATGAATCCTACAGTCCCTGAATTTAGGTACTTCTAT 7298

 42488127 GCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATATGTTAACAATTTGCTTGACTGTAGCAG 42488186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7299 GCACACAAGGAAGATTATGTGAGATGATGGATATGTTAACAATTTGCTTGACTGTAGCAG 7358

 42488187 TTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATTTTATTATACCTTAAATACATACAATGA 42488246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7359 TTATTCCATTGTGTATATGTACATCAAAACATTTTATTATACCTTAAATACATACAATGA 7418

 42488247 ATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATGACAAAAATAAAAAACCTCACATCCGTT 42488306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7419 ATTTTTTAGAAGGAAAAAAAGCTAAAAACAATGACAAAAATAAAAAACCTCACATCCGTT 7478

 42488307 TATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTATGCCCTCAAACCTCTGCAGATGCTATG 42488366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7479 TATTAGGTATAAAGTTTTTAAGTCATACTTTTATGCCCTCAAACCTCTGCAGATGCTATG 7538

 42488367 CTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGAAATCAATGGGGGCAGTCTGATATTCTC 42488426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7539 CTGGTCTTCTGATATCAAATATTAATATGGAGAAATCAATGGGGGCAGTCTGATATTCTC 7598

 42488427 CCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGGCACTTATATAATTATCCTTCTTAAATG 42488486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7599 CCTTTAATTGGTAACTTGGTATTACTGGCGAGGCACTTATATAATTATCCTTCTTAAATG 7658

 42488487 CCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAATATATCTAGATTTTCATCTTTCTCTACTAATGTT 42488546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7659 CCTTAAGTTGAAGATCTTTATCACAATATATCTAGATTTTCATCTTTCTCTACTAATGTT 7718

 42488547 TTTTTGAAAGCCATATACTTTTCAATCTTCACATTCAGTATTTTTTCTTTATTATATGAT 42488606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7719 TTTTTGAAAGCCATATACTTTTCAATCTTCACATTCAGTATTTTTTCTTTATTATATGAT 7778

 42488607 GGATCATTTCCATGGTACATTTTTTCTGTTCTCTCCTTTAAGGATGCTACTTATCGTTAT 42488666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7779 GGATCATTTCCATGGTACATTTTTTCTGTTCTCTCCTTTAAGGATGCTACTTATCGTTAT 7838

 42488667 GTTTACTTCCATTGTGTGTCATACATAACAATCATCTGCTCTAAATTGTTTCTGACTCTT 42488726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7839 GTTTACTTCCATTGTGTGTCATACATAACAATCATCTGCTCTAAATTGTTTCTGACTCTT 7898

 42488727 TGACCTTTTTCCTTTGCATTTTGGGTGATTTTTCTATTATCCTATCTTGAATTCTCCCTC 42488786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7899 TGACCTTTTTCCTTTGCATTTTGGGTGATTTTTCTATTATCCTATCTTGAATTCTCCCTC 7958

 42488787 TTTATATTCCTGCTGTTGTCAGTTCTGTCCTGGCTGTTTCTTATCTATTTAATAAGAACA 42488846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7959 TTTATATTCCTGCTGTTGTCAGTTCTGTCCTGGCTGTTTCTTATCTATTTAATAAGAACA 8018

 42488847 TAATCCAATTATTCTGGTTCACAACTTATTAACTTGGCTCTGCAATTCTTCCAATCTTAT 42488906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8019 TAATCCAATTATTCTGGTTCACAACTTATTAACTTGGCTCTGCAATTCTTCCAATCTTAT 8078

 42488907 CCTGCTAAATTTTCATCTCATCTTTGGCTTTTTTGAGACTATGATACATCTGTGGTCTAA 42488966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8079 CCTGCTAAATTTTCATCTCATCTTTGGCTTTTTTGAGACTATGATACATCTGTGGTCTAA 8138

 42488967 TTTTTTTTTTAATGTTTCTAAAATGTCTTCTTCTGAGATGAAATCTTTTTTTTTTTTTTT 42489026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     8139 TTTTTTTTTTAATGTTTCTAAAATGTCTTCTTCTGAGATGAAATC-TTTTTTTTTTTTTT 8197

 42489027 TTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCCGGAGTGCAGTAGTGCGATCTCGGCTCA 42489086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8198 TTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCCGGAGTGCAGTAGTGCGATCTCGGCTCA 8257

 42489087 CTGCAAGCTCTGCCTCCTGAGTTCACGCCATTCTCCTGCCCCAGCCTCCCGAGTAGCTGG 42489146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8258 CTGCAAGCTCTGCCTCCTGAGTTCACGCCATTCTCCTGCCCCAGCCTCCCGAGTAGCTGG 8317

 42489147 GACTACAGGCGCCCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAG 42489197
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8318 GACTACAGGCGCCCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAG 8368

Alignment time is 7.98296 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2725] =>      2725 nucs 'mol-32-3492-158381_2725'

Score:        2635
Aligned:      2723        nucs
Identic:      2715 (100%) nucs =>      1339 (100%)      1376 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42483120,42484462] EXCISED REGION [42484467,42485846]
 second seq =>  [       1,    1342] EXCISED REGION [    1346,    2725]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [42484463,42484466]
 second seq =>         3 nucs [1343,1345]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        23 nucs [1322,1344] to [1325,1347]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [42484461,42484462] to [42484467,42484468]
 second seq =>         2 nucs [1341,1342] to [1346,1347]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1343,1343] to [1345,1345]

 42483120 TCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCGGC 42483179
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
        1 TCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTTGCCTCAGC 60

 42483180 CTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTT 42483239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTGAACTCCTT 120

 42483240 AATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATT 42483299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCTTGTTCATT 180

 42483300 TATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGT 42483359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAGTTCTTTGT 240

 42483360 ACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGG 42483419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTTGCTTATGG 300

 42483420 TATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTAT 42483479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAGGGTTTTAT 360

 42483480 ATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATAT 42483539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGAAAATATAT 420

 42483540 ACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTT 42483599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAATTTTTTTTT 480

 42483600 CCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAAGTCTCACT 42483659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
      481 CCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGAAGTCTCACT 539

 42483660 TTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAG 42483719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCCACCTCCAG 599

 42483720 GGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCAC 42483779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 GGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCACCCACCAC 659

 42483780 CATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTGGCCCCACT 42483839
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      660 CATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTGGCCCCACT 719

 42483840 GGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATT 42483899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 GGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATTTTGGGATT 779

 42483900 ACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCT 42483959
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 ACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCATAAACTTCT 839

 42483960 GACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATT 42484019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 GACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGGGTGTAATT 899

 42484020 TGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATT 42484079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAATATGTTATT 959

 42484080 GATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCC 42484139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 GATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAAAATCCCCC 1019

 42484140 TTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATT 42484199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGGGCAGAATT 1079

 42484200 TAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCAT 42484259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTGGATTGCAT 1139

 42484260 TAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAG 42484319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTACATACAAG 1199

 42484320 GTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTAC 42484379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 GTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCGTGCTTTAC 1259

 42484380 ATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTG 42484439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 ATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGAATTTTCTG 1319

 42484440 GGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 42484462
          |||||||||||||||||||||||
     1320 GGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 1342

EXCISED REGION

 42484467 TTGGGAAATGAATCTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCA 42484526
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1346 TTGGGAAATGAATTTTTTATTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACCTATATATGTCA 1405

 42484527 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 42484586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1406 GAGTATAGAGGGAGGAAGTAGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCA 1465

 42484587 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 42484646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1466 CCTGGGTTTTCATCCTGGCTCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCA 1525

 42484647 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 42484706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1526 CCTCTCTGAGCCTATGTCCTCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGG 1585

 42484707 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 42484766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1586 AAATGTTCATGTTACATAGTAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGT 1645

 42484767 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 42484826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1646 AATAAGCCATTTTAGTGAGCTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTT 1705

 42484827 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 42484886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1706 ATTCCTGTATTATCATATTATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGA 1765

 42484887 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 42484946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1766 CTCTCTTAGATTTTTGGGAAGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTC 1825

 42484947 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 42485006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1826 CAAAAGTTATATCTTATTTTATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGG 1885

 42485007 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 42485066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1886 CTGATCTTGAACTCCTGGCTTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGA 1945

 42485067 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 42485126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1946 TTACAGGTATGAGCCACTATGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGA 2005

 42485127 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 42485186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2006 TGCCCTGATTCTGTTTTATCAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGT 2065

 42485187 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 42485246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2066 TAGTTATTGGAGACATAAATATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACC 2125

 42485247 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 42485306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2126 CAGATATTTAGCTTACAAAAGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTT 2185

 42485307 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTT 42485366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2186 CATTTTAGCTAATACCTTTTGGGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTT 2245

 42485367 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 42485426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2246 TAACCCATTGATATGGTAAATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAG 2305

 42485427 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 42485486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2306 TCTTGGTGCAAACCCCTGCTTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGT 2365

 42485487 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGGGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 42485546
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     2366 GATTCATTAATATTTTATTTAATGTTTGAGATCAATTTGCTTTTTTCTTGTTGTTTTCAG 2425

 42485547 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 42485606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2426 CTTTTAGTGCTACTTTTATGCCTGCTTTATTTAAAATTCAAAAAAATTCTTCTTTCTAAA 2485

 42485607 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 42485666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2486 TGCATTGGAACACTATTTTTATTCCTTAATTATATTTTTAAAATTGTATTTTACCATACA 2545

 42485667 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 42485726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2546 GTAAAATTGACTTTATTTGGAGAGTGTACAGTTCTATGAGTTTTGACAGATATATATATA 2605

 42485727 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 42485786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2606 TAATCAGCACATATCAAGGCATAGGACAATTCCATCATTACATAAAGCTCTCTTGTGGTT 2665

 42485787 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 42485846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2666 GCTAACCAGCAGGGAAGGCAGAGGAGGAAGGGAGGGAAGAGGAGTAAGAGGAAGAAGAAG 2725

Alignment time is 2.67713 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2270] =>      2270 nucs 'mol-32-3492-159203_2270'

Score:        2248
Aligned:      2270        nucs
Identic:      2268 (100%) nucs =>       213 (100%)      2055 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480882,42481094] EXCISED REGION [42481096,42483152]
 second seq =>  [       1,     213] EXCISED REGION [     215,    2270]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [42481095,42481095]
 second seq =>         1 nucs [214,214]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [42481910,42481910]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [42481094,42481094] to [42481096,42481096]
 second seq =>         1 nucs [213,213] to [215,215]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 42480882 TTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGT 42480941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTAAAGGGCTCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGT 60

 42480942 GTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCA 42481001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTCCACACTCAGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCA 120

 42481002 GTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCAC 42481061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTGTATCATCTCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCAC 180

 42481062 CAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAG 42481094
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGGTCATCTTGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAG 213

EXCISED REGION

 42481096 GTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCA 42481155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      215 GTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAGACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCA 274

 42481156 GGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCG 42481215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      275 GGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCGATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCG 334

 42481216 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGC 42481275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      335 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTACAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGC 394

 42481276 TAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACT 42481335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      395 TAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCATGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACT 454

 42481336 CCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAG 42481395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      455 CCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAG 514

 42481396 CTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGA 42481455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      515 CTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAACTCACCATTTCCCTTTTGTAATTGA 574

 42481456 TTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACC 42481515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      575 TTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCAATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACC 634

 42481516 CCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTTT 42481575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      635 CCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGTGATATTGGCCAAATGGTAATTTTT 694

 42481576 GTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTT 42481635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      695 GTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGATATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTT 754

 42481636 CCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATT 42481695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      755 CCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATCAGCAGGAGCTCATGGATTTCTATT 814

 42481696 TTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGC 42481755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      815 TTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGATCAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGC 874

 42481756 AACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATACC 42481815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      875 AACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAAAATCCAGGCACAGTGGCTTATACC 934

 42481816 TGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAG 42481875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      935 TGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAGATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAG 994

 42481876 ACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAAAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGG 42481935
          |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
      995 ACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCT-AAAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGG 1053

 42481936 CGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTT 42481995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1054 CGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGGGGGCCGACGTGGGGAGGATCATTT 1113

 42481996 AAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGGT 42482055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1114 AAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAACCTGGGT 1173

 42482056 GACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCA 42482115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1174 GACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTTTCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCA 1233

 42482116 AGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCTT 42482175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1234 AGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACTTCATCTTTCATTCACCATTTCCTT 1293

 42482176 ACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAG 42482235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1294 ACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTCGTCATCATGCATTTTCTGCCTCAG 1353

 42482236 CCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTA 42482295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1354 CCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATTCATTTCAGTGAAGGGTGATATTTA 1413

 42482296 CAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTG 42482355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1414 CAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACACCTGGGATGTAGGTATATGTGTGTG 1473

 42482356 TGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGC 42482415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1474 TGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTGCTTATTCAACTAAAAATTATTTGC 1533

 42482416 ATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACGA 42482475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1534 ATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATACACACACACACGCACACACACACGA 1593

 42482476 ATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCC 42482535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1594 ATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCCAATACCTCAAGGTTATTTCTAGCC 1653

 42482536 TTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCA 42482595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1654 TTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGAGAATCTTGGCTCTCATTATCCCCA 1713

 42482596 ATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCAC 42482655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1714 ATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATTTGTTTCATATAACCTATCTTCCAC 1773

 42482656 CATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACAC 42482715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1774 CATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGCTGCTGTGACTGTCAGCCCACACAC 1833

 42482716 CTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCAT 42482775
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1834 CTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCCAGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCAT 1893

 42482776 GGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGT 42482835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1894 GGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGCCCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGT 1953

 42482836 GCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGT 42482895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1954 GCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATCACTCAATTTGGCCAATCTTACAGT 2013

 42482896 TTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTC 42482955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2014 TTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTTTTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTC 2073

 42482956 ACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTC 42483015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2074 ACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTC 2133

 42483016 CCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGC 42483075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2134 CCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAAGTAGCTGCGATTACAGCCATGTGC 2193

 42483076 CACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGG 42483135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2194 CACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGG 2253

 42483136 GCTGGCATCAGACTCCT 42483152
          |||||||||||||||||
     2254 GCTGGCATCAGACTCCT 2270

Alignment time is 2.18094 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [42471268,42493782] =>     22515 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4673] =>      4673 nucs 'mol-32-34c9-094533_4673'

Score:        4570
Aligned:      4647        nucs
Identic:      4640 (100%) nucs =>      3625 (100%)      1015 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [42480832,42484462] EXCISED REGION [42484486,42485501]
 second seq =>  [       6,    3635] EXCISED REGION [    3658,    4673]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        23 nucs [42484463,42484485]
 second seq =>        22 nucs [3636,3657]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         9 nucs [3629,3637] to [3651,3659]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [42484461,42484462] to [42484486,42484487]
 second seq =>         2 nucs [3634,3635] to [3658,3659]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         5 nucs [3636,3640] to [3653,3657]

 42480832 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 42480891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        6 AAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTCCTCAATGGTTTTAAAGGGC 65

 42480892 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 42480951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       66 TCCATTCTCTAGGGTGATACTCAACTCAGATCCATCTGAAGTTTCCTTGTGTCCACACTC 125

 42480952 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 42481011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      126 AGCCCATGTTCCTGGGCAAGGAGGCCGCAGGATGCTGCTGCATTATTTCAGTGTATCATC 185

 42481012 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 42481071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      186 TCAGGAGGCACAAGACGGTGACCACCTCTGGAGGTGTTAATCTCGACCACCAGGTCATCT 245

 42481072 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGCGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 42481131
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      246 TGGTGCCTGCCAGGTTTCCCCAGTGTATTTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTTTGAG 305

 42481132 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 42481191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      306 ACGGAGTTTAGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTTACTGCG 365

 42481192 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 42481251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      366 ATCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGGTGGGATTA 425

 42481252 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCA 42481311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      426 CAGGCGCCCGCCACCAGGCCCAGCTAGTTTTTTGTATTTTTAGTAGATGGTGTTTCACCA 485

 42481312 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 42481371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      486 TGTTGGCCAAGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGTTCTGCTCGCCTCGGCCTCCTA 545

 42481372 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 42481431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      546 GAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCTACTGTGCCCGGCCTTAGGTTTCCCCACCATAAAC 605

 42481432 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 42481491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      606 TCACCATTTCCCTTTTGTAATTGATTGGTATGTTGTGGGGAAGTTTCTGAGATGATGCCA 665

 42481492 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 42481551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      666 ATATTTTCTGTTCCTTGTTAAACCCCCTTCATGGATGACTTCTGGATCAGTCACCTTTGT 725

 42481552 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 42481611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      726 GATATTGGCCAAATGGTAATTTTTGTATTCTCATCATTCCTTCTATACCTATGAGTTGAT 785

 42481612 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 42481671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      786 ATTCTATTGTAAAAAAAGTCTTTTCCTTTTCCTTTTTGTATGTACGGGTGTATTTATATC 845

 42481672 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 42481731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      846 AGCAGGAGCTCATGGATTTCTATTTTATAATTCATTTCTATCATTACCTAGTTTGACGAT 905

 42481732 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 42481791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      906 CAGAATCTTGTCTCCAGCCTGGGCAACGGAATAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAAATAAA 965

 42481792 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 42481851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      966 AATCCAGGCACAGTGGCTTATACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCAG 1025

 42481852 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 42481911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1026 ATCCTTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACAGGACGAAATGCTGTTTCTAA 1085

 42481912 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 42481971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1086 AAAAAAATGCAAAAGTCAGCCGGGCGTGGTGGTGTGCCCCTGTAGTCCTAGCTACTTTGG 1145

 42481972 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 42482031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1146 GGGCCGACGTGGGGAGGATCATTTAAGCTCAGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCCAAGATC 1205

 42482032 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 42482091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1206 ACACCACTGCACTCCAACCTGGGTGACAGAGCCAGACTCTGTTGAAAAAACCAAGTCTTT 1265

 42482092 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 42482151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1266 TCCCAGATGGCAGGGACCCCTTCAAGAACACAGTGGCTGCCATGTCCTTTTGCTATGACT 1325

 42482152 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 42482211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1326 TCATCTTTCATTCACCATTTCCTTACTTTCTGGCATAATGAGATATTCTAGGTTCATCTC 1385

 42482212 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 42482271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1386 GTCATCATGCATTTTCTGCCTCAGCCTTGGCATTAGTCATTTCTTGGAGTAGCCCTGATT 1445

 42482272 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 42482331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1446 CATTTCAGTGAAGGGTGATATTTACAACCAAGATCTGGGCACTCAGTGTACTCATTACAC 1505

 42482332 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 42482391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 CTGGGATGTAGGTATATGTGTGTGTGCGTGCATGCACATGTGTGTACACACATACTCCTG 1565

 42482392 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 42482451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 CTTATTCAACTAAAAATTATTTGCATGTGTGTCTCTCTCTCTATATATATATGTACATAC 1625

 42482452 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 42482511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1626 ACACACACACGCACACACACACGAATCATGAGTTTATACCAAAACCTCCAAATCCAATCC 1685

 42482512 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 42482571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 AATACCTCAAGGTTATTTCTAGCCTTCTCCTTTTACATTTGTAAATATCTTAGGCAATGA 1745

 42482572 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 42482631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 GAATCTTGGCTCTCATTATCCCCAATATATGTACTAATTTATTCAATTGCTTTGCTTATT 1805

 42482632 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 42482691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 TGTTTCATATAACCTATCTTCCACCATCGCAACATCCTCTCACCGTCCTGCATCTGCGGC 1865

 42482692 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCCCCGACACCACCGCCCCAGCC 42482751
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1866 TGCTGTGACTGTCAGCCCACACACCTCCACAAAGCCCCCGCCGACACCACCGCCCCAGCC 1925

 42482752 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 42482811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 AGCCTCCTCGGCCATGAGGCCCATGGGCCTCACACTTTGGCATGACCCCCCACCTCCAGC 1985

 42482812 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 42482871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 CCTGTGTCCTTGCCACTGACTAGTGCCTTCACCAGCCCACTTCCTGCATTATTTCCAATC 2045

 42482872 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 42482931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 ACTCAATTTGGCCAATCTTACAGTTTCAACAAAAATATCAATGTTGTCATTTTAACTTTT 2105

 42482932 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 42482991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2106 TTTCTTTTTCTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGGGGCGCAGTC 2165

 42482992 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 42483051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 TCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATCCTCATGCCTTAGCCTCCTAA 2225

 42483052 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 42483111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 GTAGCTGCGATTACAGCCATGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 2285

 42483112 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 42483171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 ATAGGGTTTCATCACGTTGGCTGGGCTGGCATCAGACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCTT 2345

 42483172 GCCTCGGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 42483231
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 GCCTCAGCCTCCTGAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACCATGCCCGGCCTCATTTG 2405

 42483232 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 42483291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 AACTCCTTAATCATCAACAAGGTTGAGTATCTTTTCTTGTTGTTTCTTATTTGAATGGCT 2465

 42483292 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 42483351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 TGTTCATTTATTTTGCCCATTTTTCTACTATGTTGAGCTATTCTCTTCTTGATATGAGAG 2525

 42483352 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 42483411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2526 TTCTTTGTACTGTAGAGATGTTGGATCTTGGTTCCTTGCAACCAATTATCTTTTGATTTT 2585

 42483412 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 42483471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 GCTTATGGTATATGTTACCATTTAACATTTTTATGTAATAAAATAAGACTTCTTATTTAG 2645

 42483472 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 42483531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 GGTTTTATATTCCCCAAGTTTTATATAGATATATTTTTCCTACCATTTTAAACATTCAGA 2705

 42483532 AAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAAT 42483591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 AAATATATACCTCGCTCATCTCTCTGGAATATATTTTGGTATTTGAAGGAAGTTTGGAAT 2765

 42483592 TTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTTTCGGATGAA 42483651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
     2766 TTTTTTTTCCTCCCAAATGTGTAGCCATTTATCTCAACATCTTTTTTTTTT-CGGATGAA 2824

 42483652 GTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCC 42483711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2825 GTCTCACTTTGTCACCCAAGCTGGAGTGTAGTGGCGGAATCTCGCCTCACTGCAACCTCC 2884

 42483712 ACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCA 42483771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2885 ACCTCCAGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCGTGAGTAGCTGGGATTACAAGCA 2944

 42483772 CCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCACGTTG 42483831
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2945 CCCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGAGTTTTACCATGTTG 3004

 42483832 GCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATT 42483891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3005 GCCCCACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATTCACCCACCTCAGCCTCCCAAAATT 3064

 42483892 TTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCAT 42483951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3065 TTGGGATTACAGACGTGAGCCACTGCGCCCAGCCCCTATATATTTTATTGTATAATCCAT 3124

 42483952 AAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGG 42484011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3125 AAACTTCTGACTAATTTGAACTCTGCCTTTATTACAAATTAAACTTTGGTATACACTTGG 3184

 42484012 GTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAAT 42484071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3185 GTGTAATTTGGATTATCCATTCTGTTTCCCTCATTTGTCTGTTTCTTTAGGCAACACAAT 3244

 42484072 ATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAA 42484131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3245 ATGTTATTGATTACTGTAGTTTTATAATACTACAGTAATTTTTAAATATCTGGTAAGGAA 3304

 42484132 AATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGG 42484191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3305 AATCCCCCTTTAATGTTCTTTTTAAAGGATTTTTACAGCATTATACATTTATTTTTGGGG 3364

 42484192 GCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTG 42484251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3365 GCAGAATTTAGAATTATTTTTTGTTAAAATCCGAAAAAGTGTTTTTGATATTTTAATTTG 3424

 42484252 GATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTA 42484311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3425 GATTGCATTAAATTTTAGACTATTTTGAGGAGAATATATATTTTTATGGTGTTAGATCTA 3484

 42484312 CATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCG 42484371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3485 CATACAAGGTACCTATCAGTATTCATGCAGTCTTTTCTTATATGTTAAGTTTCTAAGCCG 3544

 42484372 TGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGA 42484431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3545 TGCTTTACATTTCTCTGCATTACAGGCTCTGCACGTTTCCTATTATGTTCATCCCTAAGA 3604

 42484432 ATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 42484462
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     3605 ATTTTCTGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 3635

EXCISED REGION

 42484486 TTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGT 42484545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3658 TTCCATCATATTTTCTAACTAGCTGTTACTTATATATGTCAGAGTATAGAGGGAGGAAGT 3717

 42484546 AGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGC 42484605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3718 AGTCTCTGGTGGTTAAACACATGGGCTTTGGAATAGGACCACCTGGGTTTTCATCCTGGC 3777

 42484606 TCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCC 42484665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3778 TCTGATATTCAAAGCTGTGTGAATGCAGCCTGGTGACGTCACCTCTCTGAGCCTATGTCC 3837

 42484666 TCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAG 42484725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3838 TCATTTTTACCATAAGGATAAAAATAATACCTATTTCATGGAAATGTTCATGTTACATAG 3897

 42484726 TAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAG 42484785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3898 TAAGTCCTTAACAAATATTAGCTATTATTTAAAATTTTTGTAATAAGCCATTTTAGTGAG 3957

 42484786 CTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATT 42484845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3958 CTATTCTATTGTATATATATTTTCTAACTTATTATATTGTTATTCCTGTATTATCATATT 4017

 42484846 ATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGA 42484905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4018 ATATTGAATTATTATTTTATTTCTAATGGTTTATCAGTTGACTCTCTTAGATTTTTGGGA 4077

 42484906 AGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTT 42484965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4078 AGGTGATTATATAATATATAAATATTTTGCTGCCTTCTTTCCAAAAGTTATATCTTATTT 4137

 42484966 TATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGC 42485025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4138 TATTTTTTCTGTAGAGATGAGGTGTCGCTATGTTGGCCAGGCTGATCTTGAACTCCTGGC 4197

 42485026 TTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTA 42485085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4198 TTCAAGAGATCATCCTGCCTCGGCTTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGAGCCACTA 4257

 42485086 TGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTAT 42485145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4258 TGCCTGGCCCCTCTTATATTATTTTCTTATTTACTTGTGGATGCCCTGATTCTGTTTTAT 4317

 42485146 CAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAA 42485205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4318 CAGAAGAAATGCTCCTATGGCTGAAGTTTTGAGTAAGATGTTAGTTATTGGAGACATAAA 4377

 42485206 TATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAA 42485265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4378 TATGTCTCCATACAGTAGTTATCTATAGATAGCTAAATACCCAGATATTTAGCTTACAAA 4437

 42485266 AGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTT 42485325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4438 AGTTACAAAATTATTTTTAACTTCATTATAAATTGATATTTCATTTTAGCTAATACCTTT 4497

 42485326 TGGGAGGGCATGAAGGAGATGACTTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAA 42485385
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4498 TGGGAGGGCATGAAGGAGATGACCTTGTCATTTTTCTATTTTAACCCATTGATATGGTAA 4557

 42485386 ATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGC 42485445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4558 ATCATATCTATAGATTTCCTAATATTGAACCATCCTTGTAGTCTTGGTGCAAACCCCTGC 4617

 42485446 TTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTT 42485501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4618 TTGGACATATTATGGTAGTTATATGATGTACTGTTGTAAGTGATTCATTAATATTT 4673

Alignment time is 5.0402 s

