
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2054] =>      2054 nucs 'mol-32-1ef5-000776_2054'

Score:        2054
Aligned:      2054        nucs
Identic:      2054 (100%) nucs =>      1509 (100%)       545 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31325943,31327451] EXCISED REGION [31327453,31327997]
 second seq =>  [       1,    1509] EXCISED REGION [    1510,    2054]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31327452,31327452]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        19 nucs [31327452,31327470] to [31327453,31327471]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31325943 ATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATA 31326002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATA 60

 31326003 GCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTA 31326062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTA 120

 31326063 GCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTA 31326122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTA 180

 31326123 CGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGT 31326182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGT 240

 31326183 CAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAA 31326242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAA 300

 31326243 CATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGG 31326302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGG 360

 31326303 AGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTA 31326362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTA 420

 31326363 CAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGT 31326422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGT 480

 31326423 CTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTA 31326482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTA 540

 31326483 CCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTA 31326542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTA 600

 31326543 TTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATA 31326602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATA 660

 31326603 ATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTG 31326662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTG 720

 31326663 GAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAG 31326722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAG 780

 31326723 AGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGACTTTAAA 31326782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGACTTTAAA 840

 31326783 CAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTG 31326842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTG 900

 31326843 CCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGC 31326902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGC 960

 31326903 TCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCT 31326962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCT 1020

 31326963 TCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTC 31327022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTC 1080

 31327023 CATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGAC 31327082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGAC 1140

 31327083 AACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATT 31327142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATT 1200

 31327143 GCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCC 31327202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCC 1260

 31327203 AGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCAC 31327262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCAC 1320

 31327263 TAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGG 31327322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGG 1380

 31327323 GTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGG 31327382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGG 1440

 31327383 TGGAGCTTGCAGTGAGTCGAGATTGCACCACTGTACTCCAGCCTCGGTGACAGAGCAAGG 31327442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGGAGCTTGCAGTGAGTCGAGATTGCACCACTGTACTCCAGCCTCGGTGACAGAGCAAGG 1500

 31327443 CTCTGTATC 31327451
          |||||||||
     1501 CTCTGTATC 1509

EXCISED REGION

 31327453 AAAAAAAAAAAAAAAAAAATACATAAAAGCACTTAGATCCCTATTGTCCAGTGGCCACTT 31327512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1510 AAAAAAAAAAAAAAAAAAATACATAAAAGCACTTAGATCCCTATTGTCCAGTGGCCACTT 1569

 31327513 GCCACATAAGCGCTTGAAAAGGGCTAATCTGACCAGGGGTGGTGGCTCACTCCTGTAATC 31327572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1570 GCCACATAAGCGCTTGAAAAGGGCTAATCTGACCAGGGGTGGTGGCTCACTCCTGTAATC 1629

 31327573 CCAGCACTTTGGGGGGCCAAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACTACCC 31327632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1630 CCAGCACTTTGGGGGGCCAAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACTACCC 1689

 31327633 TGACCAACATGGCGAAAGCCCATCTCTACTAAAAATACAAGAAAAAATTAGATGGGCATG 31327692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1690 TGACCAACATGGCGAAAGCCCATCTCTACTAAAAATACAAGAAAAAATTAGATGGGCATG 1749

 31327693 GTGGTGAACACCTGTAATCTCAGCTACTTGAGTGGCTGCAGCATGAGACTCACTTGAACC 31327752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1750 GTGGTGAACACCTGTAATCTCAGCTACTTGAGTGGCTGCAGCATGAGACTCACTTGAACC 1809

 31327753 CTGTAGGCGGAGGTTTCAGTGAGCCGAGATCACATCCCCGCACTCTAGCCTGGGCAACAA 31327812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1810 CTGTAGGCGGAGGTTTCAGTGAGCCGAGATCACATCCCCGCACTCTAGCCTGGGCAACAA 1869

 31327813 AGCGAGACTGTCTTTAAAAAGAAAAGGGCTGGCCGGATGCGGTGGCTCACACCTGTAATC 31327872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1870 AGCGAGACTGTCTTTAAAAAGAAAAGGGCTGGCCGGATGCGGTGGCTCACACCTGTAATC 1929

 31327873 CCAAAACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCATGAAGTCAGGAGATCGAGACCATCCTG 31327932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1930 CCAAAACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCATGAAGTCAGGAGATCGAGACCATCCTG 1989

 31327933 GCTAACACGGTGAAACCCCATCTCTATTAAAAATATAAAAAATCAGCCGGGCATGGTCGC 31327992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1990 GCTAACACGGTGAAACCCCATCTCTATTAAAAATATAAAAAATCAGCCGGGCATGGTCGC 2049

 31327993 AGGCA 31327997
          |||||
     2050 AGGCA 2054

Alignment time is 2.77121 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    3246] =>      3246 nucs 'mol-32-229c-044524_3246'

Score:        3160
Aligned:      3182        nucs
Identic:      3180 (100%) nucs =>        10 (100%)      3170 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31319136,31319145] EXCISED REGION [31324206,31327377]
 second seq =>  [      55,      64] EXCISED REGION [      75,    3245]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5060 nucs [31319146,31324205]
 second seq =>        10 nucs [65,74]
ALTERNATIVE REGION(S): 3
 first  seq =>         1 nucs [31325755,31325755]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [65,66] to [75,76]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31319136 ATAAAAAATA 31319145
          ||||||||||
       55 ATAAAAAATA 64

EXCISED REGION

 31324206 GGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCCGGCGGATCACAAGGTC 31324265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       75 GGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCCGGCGGATCACAAGGTC 134

 31324266 AGGCGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAA 31324325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      135 AGGCGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAA 194

 31324326 AATTAGCCAGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGCCTGAGGCAGG 31324385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      195 AATTAGCCAGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGCCTGAGGCAGG 254

 31324386 AGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTT 31324445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      255 AGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTT 314

 31324446 CAGCCTGGGTGATACAGCGAGACTCTGACTCAAACAAACAAACAAACAAACAACAACAAC 31324505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      315 CAGCCTGGGTGATACAGCGAGACTCTGACTCAAACAAACAAACAAACAAACAACAACAAC 374

 31324506 AAAAAAAACCAATAAAGGTAAAGGTTTACAGTATGTTTCAAGGTTAGAAAATGAGTCAGT 31324565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      375 AAAAAAAACCAATAAAGGTAAAGGTTTACAGTATGTTTCAAGGTTAGAAAATGAGTCAGT 434

 31324566 TCCTGGGGGTGATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCAATTTGGGAAGCCACAGTGGGTATA 31324625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      435 TCCTGGGGGTGATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCAATTTGGGAAGCCACAGTGGGTATA 494

 31324626 TCACTTGAGCCCGAAGTTCTAGACCAGCCTGGGCAACATGGCACAACCCCATTTCTTCAA 31324685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      495 TCACTTGAGCCCGAAGTTCTAGACCAGCCTGGGCAACATGGCACAACCCCATTTCTTCAA 554

 31324686 AAATTACAAAAATTAGCCAGAGCTGGGCACCATGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACTTT 31324745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      555 AAATTACAAAAATTAGCCAGAGCTGGGCACCATGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACTTT 614

 31324746 AGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTAAGGTCAGGAGTTCGAGAGTAGCCTGACCAACAT 31324805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      615 AGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTAAGGTCAGGAGTTCGAGAGTAGCCTGACCAACAT 674

 31324806 GGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTAGTGGCGGGCACCT 31324865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      675 GGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTAGTGGCGGGCACCT 734

 31324866 GTAGTCCCAGCCACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAACCCAGGAGGCAGAGC 31324925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      735 GTAGTCCCAGCCACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAACCCAGGAGGCAGAGC 794

 31324926 TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCAT 31324985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      795 TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCAT 854

 31324986 CTCAAAAAAAAAGAAATATATACATATACATATATATAAAGTTTAGCTGGGTGTGAGGGA 31325045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      855 CTCAAAAAAAAAGAAATATATACATATACATATATATAAAGTTTAGCTGGGTGTGAGGGA 914

 31325046 GGGCACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGA 31325105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      915 GGGCACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTCGGA 974

 31325106 GACAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAA 31325165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      975 GACAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAA 1034

 31325166 GACTCCGTCTCAAAAAAAAAAGATAAGCCAGGCACGGTGGTACATGCCTATAGTCCCAGC 31325225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1035 GACTCCGTCTCAAAAAAAAAAGATAAGCCAGGCACGGTGGTACATGCCTATAGTCCCAGC 1094

 31325226 TACTAGAAAGGCTGAGGTAGGAGGATCACTTGAGCCTGGGAGGTCGAGGCTGCACTCCAG 31325285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1095 TACTAGAAAGGCTGAGGTAGGAGGATCACTTGAGCCTGGGAGGTCGAGGCTGCACTCCAG 1154

 31325286 CCTGGGTGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAAAAAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAA 31325345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1155 CCTGGGTGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAAAAAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAA 1214

 31325346 TGAGTCAACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGG 31325405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1215 TGAGTCAACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGG 1274

 31325406 TGGGAGGATCCCTTAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAACCTAGGCAACAAACAGTGACCGTG 31325465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1275 TGGGAGGATCCCTTAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAACCTAGGCAACAAACAGTGACCGTG 1334

 31325466 TTGCTATAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCCTGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGG 31325525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1335 TTGCTATAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCCTGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGG 1394

 31325526 TTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGC 31325585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1395 TTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGC 1454

 31325586 AGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTGGCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTA 31325645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1455 AGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTGGCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTA 1514

 31325646 AAAAAAAAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTA 31325705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1515 AAAAAAAAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTA 1574

 31325706 CGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATACAATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAA 31325765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
     1575 CGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATACAATCCAGTATCTT-AAAAAAAAAA 1633

 31325766 AAAGAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCA 31325825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 AAAGAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCA 1693

 31325826 GAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAA 31325885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 GAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAA 1753

 31325886 CACGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTGGCTGCCTGACATTATTTATTTATT 31325945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1754 CACGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTGGCTGCCTGACATTATTTATTTATT 1813

 31325946 TTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCT 31326005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1814 TTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCT 1873

 31326006 CACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCT 31326065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1874 CACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCT 1933

 31326066 AGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGG 31326125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1934 AGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGG 1993

 31326126 TGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAG 31326185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1994 TGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAG 2053

 31326186 GAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAACAT 31326245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2054 GAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAACAT 2113

 31326246 GAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGA 31326305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2114 GAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGA 2173

 31326306 ATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAG 31326365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2174 ATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAG 2233

 31326366 CCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTT 31326425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2234 CCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTT 2293

 31326426 GCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCT 31326485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2294 GCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCT 2353

 31326486 CCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTT 31326545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2354 CCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTT 2413

 31326546 ACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATC 31326605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2414 ACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATC 2473

 31326606 ATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAG 31326665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2474 ATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAG 2533

 31326666 TAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGA 31326725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2534 TAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGA 2593

 31326726 TGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAG 31326785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2594 TGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAG 2653

 31326786 GTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCT 31326845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2654 GTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCT 2713

 31326846 TCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCA 31326905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2714 TCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCA 2773

 31326906 ATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCG 31326965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2774 ATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCG 2833

 31326966 TCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCAT 31327025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2834 TCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCAT 2893

 31327026 CACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAAC 31327085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2894 CACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAAC 2953

 31327086 ATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCA 31327145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2954 ATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCA 3013

 31327146 AGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGC 31327205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3014 AGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGC 3073

 31327206 ACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAA 31327265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3074 ACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAA 3133

 31327266 AGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTG 31327325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3134 AGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTG 3193

 31327326 CCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCG 31327377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3194 CCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCG 3245

Alignment time is 4.05328 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2469] =>      2469 nucs 'mol-32-2383-133687_2469'

Score:        2331
Aligned:      2331        nucs
Identic:      2331 (100%) nucs =>      2286 (100%)        45 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31324962,31327247] EXCISED REGION [31327354,31327398]
 second seq =>  [       1,    2286] EXCISED REGION [    2390,    2434]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       106 nucs [31327248,31327353]
 second seq =>       103 nucs [2287,2389]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31327248,31327248] to [31327354,31327354]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31324962 CTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAGAAATATATACATATACATATATA 31325021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAGAAATATATACATATACATATATA 60

 31325022 TAAAGTTTAGCTGGGTGTGAGGGAGGGCACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGG 31325081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAAAGTTTAGCTGGGTGTGAGGGAGGGCACCTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGG 120

 31325082 CAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGACAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGC 31325141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGACAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGC 180

 31325142 ACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAGATAAGCCAGGCACG 31325201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAGATAAGCCAGGCACG 240

 31325202 GTGGTACATGCCTATAGTCCCAGCTACTAGAAAGGCTGAGGTAGGAGGATCACTTGAGCC 31325261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTGGTACATGCCTATAGTCCCAGCTACTAGAAAGGCTGAGGTAGGAGGATCACTTGAGCC 300

 31325262 TGGGAGGTCGAGGCTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAA 31325321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGGGAGGTCGAGGCTGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAA 360

 31325322 AAAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAA 31325381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAA 420

 31325382 TCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAA 31325441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAA 480

 31325442 CCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCC 31325501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCC 540

 31325502 TGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCC 31325561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCC 600

 31325562 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTG 31325621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTG 660

 31325622 GCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTC 31325681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTC 720

 31325682 AAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATAC 31325741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATAC 780

 31325742 AATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTT 31325801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTT 840

 31325802 TATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCT 31325861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCT 900

 31325862 ACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACACGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTG 31325921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACACGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTG 960

 31325922 GCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTG 31325981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTG 1020

 31325982 GAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCT 31326041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCT 1080

 31326042 CCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATT 31326101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATT 1140

 31326102 TTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCC 31326161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCC 1200

 31326162 GAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCT 31326221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCT 1260

 31326222 CATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGC 31326281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGC 1320

 31326282 TACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGC 31326341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGC 1380

 31326342 CAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAA 31326401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAA 1440

 31326402 ATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCT 31326461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCT 1500

 31326462 CAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGC 31326521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGC 1560

 31326522 CTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCT 31326581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCT 1620

 31326582 GGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTG 31326641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTG 1680

 31326642 ATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGC 31326701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGC 1740

 31326702 TAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAAC 31326761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAAC 1800

 31326762 TCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGT 31326821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGT 1860

 31326822 AAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGT 31326881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGT 1920

 31326882 GCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCA 31326941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCA 1980

 31326942 CTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGC 31327001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGC 2040

 31327002 AGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCAT 31327061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCAT 2100

 31327062 GAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAG 31327121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAG 2160

 31327122 CAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCG 31327181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCG 2220

 31327182 GTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCA 31327241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCA 2280

 31327242 GGAGAT 31327247
          ||||||
     2281 GGAGAT 2286

EXCISED REGION

 31327354 AGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAG 31327398
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 AGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAG 2434

Alignment time is 2.88604 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4042] =>      4042 nucs 'mol-32-2b13-045000_4042'

Score:        3874
Aligned:      4045        nucs
Identic:      4027 (100%) nucs =>      2076 ( 99%)      1951 (100%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31325276,31327362] EXCISED REGION [31328035,31329987]
 second seq =>  [       1,    2088] EXCISED REGION [    2089,    4042]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       672 nucs [31327363,31328034]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        20 nucs [31327363,31327382] to [31328035,31328054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [31327363,31327364] to [31328033,31328034]
 second seq =>         0 nucs

 31325276 TGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAAAAAAACGAAAGAAA 31325335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGCACTCCAGCCTGGGTGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAAAAAAACGAAAGAAA 60

 31325336 GAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGG 31325395
          |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||
       61 GAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAGTGGCTCACACCTACAATCCCAGCACTTTGG 120

 31325396 GAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAA-GGCCAGGAGGCCCAGACCAACCTAGGCAACAAA 31325454
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAACCTAGGCAACAAA 180

 31325455 CAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCCTGGTGTGGTGGCA 31325514
          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAA-TTAAAAAATAAAAAATTAGCCTGGTGTGGTGGCA 239

 31325515 CATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCCTTGAGCCCAGGAG 31325574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 CATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCCTTGAGCCCAGGAG 299

 31325575 TTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTGGCAACAGAGTGAG 31325634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 TTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTGGCAACAGAGTGAG 359

 31325635 GTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAA--GAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTCAAAGGAAGTGG 31325692
          |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 GTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTCAAAGGAAGTGG 419

 31325693 TTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATACAATCCAGTATC 31325752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 TTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATACAATCCAGTATC 479

 31325753 TTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTTTATTCTCCAAA 31325812
          ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TTAAAAAAAAAAAAA-GAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTTTATTCTCCAAA 538

 31325813 TGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCTACCACCATAGG 31325872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 TGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCTACCACCATAGG 598

 31325873 CTTTGAAGCCAAACACGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTGGCTGCCTGACA 31325932
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 CTTTGAAGCCAAACATGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTGGCTGCCTGACA 658

 31325933 TTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGC 31325992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 TTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGC 718

 31325993 CATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGC 31326052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGC 778

 31326053 CACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTT 31326112
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|
      779 CACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACACACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTGT 838

 31326113 TGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAG 31326172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
      839 TGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGG 898

 31326173 GTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTA 31326232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 GTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTA 958

 31326233 AGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGG 31326292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 AGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGG 1018

 31326293 CTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGC 31326352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 CTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGC 1078

 31326353 CATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTA 31326412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 CATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTA 1138

 31326413 GAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCC 31326472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 GAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCC 1198

 31326473 CCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTG 31326532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 CCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTG 1258

 31326533 CATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTG 31326592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTG 1318

 31326593 CAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACC 31326652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 CAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACC 1378

 31326653 TAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTAT 31326712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTAT 1438

 31326713 CTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACA 31326772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 CTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACA 1498

 31326773 TGACTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAAT 31326832
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TGAGTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAAT 1558

 31326833 AATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACA 31326892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 AATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACA 1618

 31326893 TGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGA 31326952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 TGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGA 1678

 31326953 TTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATG 31327012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 TTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATG 1738

 31327013 CCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGAC 31327072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 CCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGAC 1798

 31327073 AAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTAT 31327132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTAT 1858

 31327133 AAAAGTGATTGCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGC 31327192
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 AAAAGTGATTGGAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGC 1918

 31327193 CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGA 31327252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGA 1978

 31327253 CCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGA 31327312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 CCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGA 2038

 31327313 GTAGTGGCGGGTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAG 31327362
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 GTAGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAG 2088

EXCISED REGION

 31328035 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCA 31328094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2089 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA 2148

 31328095 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 31328154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2149 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 2208

 31328155 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 31328214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2209 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 2268

 31328215 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 31328274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2269 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 2328

 31328275 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 31328334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2329 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 2388

 31328335 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 31328394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2389 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 2448

 31328395 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 31328454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2449 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 2508

 31328455 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 31328514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2509 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 2568

 31328515 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 31328574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2569 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 2628

 31328575 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 31328634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2629 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 2688

 31328635 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 31328694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2689 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 2748

 31328695 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 31328754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2749 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 2808

 31328755 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 31328814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2809 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 2868

 31328815 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 31328874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2869 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 2928

 31328875 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 31328934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2929 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 2988

 31328935 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAAC--AAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCA 31328992
          |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
     2989 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAA-AAAAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCA 3047

 31328993 ACTTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGC 31329052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3048 ACTTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGC 3107

 31329053 CCAGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAAT 31329112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3108 CCAGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAAT 3167

 31329113 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGC 31329172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3168 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGC 3227

 31329173 TGTGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCT 31329232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3228 TGTGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCT 3287

 31329233 ATTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGG 31329292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3288 ATTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGG 3347

 31329293 TTCAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTA 31329352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3348 TTCAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTA 3407

 31329353 CACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGG 31329412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3408 CACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGG 3467

 31329413 TCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTG 31329472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3468 TCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTG 3527

 31329473 TGAGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTC 31329532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3528 TGAGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTC 3587

 31329533 TATTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATT 31329592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3588 TATTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATT 3647

 31329593 CAGTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATC 31329652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3648 CAGTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATC 3707

 31329653 CTAGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATGAACTCAGG 31329712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3708 CTAGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATGAACTCAGG 3767

 31329713 GCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTCTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGAT 31329772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3768 GCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTCTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGAT 3827

 31329773 CACCTGAGGTCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTCAAACCCCATCTCTACTA 31329832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3828 CACCTGAGGTCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTCAAACCCCATCTCTACTA 3887

 31329833 AAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGTGTGCCTGTAGTCCCAGTTACTCGGGAGA 31329892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3888 AAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGTGTGCCTGTAGTCCCAGTTACTCGGGAGA 3947

 31329893 CTGAGACAGAGAACTGGTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGACCCGAGATCGCGCC 31329952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3948 CTGAGACAGAGAACTGGTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGACCCGAGATCGCGCC 4007

 31329953 ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTAC 31329987
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4008 ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTAC 4042

Alignment time is 4.80844 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2138] =>      2138 nucs 'mol-32-2b13-045000_2138'

Score:        2102
Aligned:      2139        nucs
Identic:      2134 (100%) nucs =>       183 ( 99%)      1951 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31327179,31327362] EXCISED REGION [31328035,31329987]
 second seq =>  [       1,     184] EXCISED REGION [     185,    2138]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       672 nucs [31327363,31328034]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        20 nucs [31327363,31327382] to [31328035,31328054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [31327363,31327364] to [31328033,31328034]
 second seq =>         0 nucs

 31327179 GCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGG 31327238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGG 60

 31327239 TCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAA 31327298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAA 120

 31327299 AAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCA 31327358
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCA 180

 31327359 GGAG 31327362
          ||||
      181 GGAG 184

EXCISED REGION

 31328035 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCA 31328094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      185 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA 244

 31328095 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 31328154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      245 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 304

 31328155 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 31328214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      305 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 364

 31328215 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 31328274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      365 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 424

 31328275 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 31328334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      425 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 484

 31328335 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 31328394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      485 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 544

 31328395 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 31328454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      545 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 604

 31328455 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 31328514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      605 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 664

 31328515 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 31328574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      665 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 724

 31328575 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 31328634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      725 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 784

 31328635 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 31328694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      785 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 844

 31328695 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 31328754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      845 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 904

 31328755 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 31328814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      905 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 964

 31328815 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 31328874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      965 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 1024

 31328875 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 31328934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1025 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 1084

 31328935 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAAC--AAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCA 31328992
          |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
     1085 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAA-AAAAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCA 1143

 31328993 ACTTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGC 31329052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1144 ACTTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGC 1203

 31329053 CCAGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAAT 31329112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1204 CCAGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAAT 1263

 31329113 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGC 31329172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1264 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGC 1323

 31329173 TGTGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCT 31329232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1324 TGTGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCT 1383

 31329233 ATTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGG 31329292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1384 ATTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGG 1443

 31329293 TTCAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTA 31329352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1444 TTCAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTA 1503

 31329353 CACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGG 31329412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1504 CACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGG 1563

 31329413 TCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTG 31329472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 TCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTG 1623

 31329473 TGAGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTC 31329532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 TGAGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTC 1683

 31329533 TATTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATT 31329592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1684 TATTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATT 1743

 31329593 CAGTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATC 31329652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1744 CAGTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATC 1803

 31329653 CTAGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATGAACTCAGG 31329712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1804 CTAGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATGAACTCAGG 1863

 31329713 GCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTCTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGAT 31329772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 GCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTCTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGAT 1923

 31329773 CACCTGAGGTCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTCAAACCCCATCTCTACTA 31329832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 CACCTGAGGTCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTCAAACCCCATCTCTACTA 1983

 31329833 AAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGTGTGCCTGTAGTCCCAGTTACTCGGGAGA 31329892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 AAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGTGTGCCTGTAGTCCCAGTTACTCGGGAGA 2043

 31329893 CTGAGACAGAGAACTGGTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGACCCGAGATCGCGCC 31329952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 CTGAGACAGAGAACTGGTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGACCCGAGATCGCGCC 2103

 31329953 ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTAC 31329987
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTAC 2138

Alignment time is 2.49998 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2184] =>      2184 nucs 'mol-32-2fc2-019719_2184'

Score:        2118
Aligned:      2184        nucs
Identic:      2178 (100%) nucs =>      1391 (100%)       787 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31325967,31327362] EXCISED REGION [31328035,31328822]
 second seq =>  [       1,    1396] EXCISED REGION [    1397,    2184]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       672 nucs [31327363,31328034]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        20 nucs [31327363,31327382] to [31328035,31328054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [31327363,31327364] to [31328033,31328034]
 second seq =>         0 nucs

 31325967 TTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTG 31326026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTG 60

 31326027 GGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCAC 31326086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCAC 120

 31326087 CACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCA 31326146
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTGTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCA 180

 31326147 ACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCC 31326206
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCC 240

 31326207 AACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCAC 31326266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCAC 300

 31326267 GCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCG 31326326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCG 360

 31326327 GAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTAT 31326386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTAT 420

 31326387 CTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTC 31326446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTC 480

 31326447 TTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGG 31326506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGG 540

 31326507 CATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGG 31326566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGG 600

 31326567 TCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAA 31326626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAA 660

 31326627 TTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGT 31326686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGT 720

 31326687 GCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTT 31326746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTT 780

 31326747 AGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACC 31326806
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGAGTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACC 840

 31326807 ATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCA 31326866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCA 900

 31326867 TACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATA 31326926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATA 960

 31326927 GCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAA 31326986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAA 1020

 31326987 TAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGG 31327046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGG 1080

 31327047 ATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAAT 31327106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAAT 1140

 31327107 TTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACTCAATTAGTTAACATA 31327166
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1141 TTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGGAAGGACTCAATTAGTTAACATA 1200

 31327167 CATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGG 31327226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGG 1260

 31327227 CGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTA 31327286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTA 1320

 31327287 CTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGG 31327346
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1321 CTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGG 1380

 31327347 AAGGCTGAGGCAGGAG 31327362
          ||||||||||||||||
     1381 AAGGCTGAGGCAGGAG 1396

EXCISED REGION

 31328035 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCA 31328094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1397 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA 1456

 31328095 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 31328154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1457 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 1516

 31328155 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 31328214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1517 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 1576

 31328215 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 31328274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1577 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 1636

 31328275 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 31328334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1637 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 1696

 31328335 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 31328394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1697 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 1756

 31328395 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 31328454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1757 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 1816

 31328455 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 31328514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1817 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 1876

 31328515 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 31328574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1877 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 1936

 31328575 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 31328634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1937 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 1996

 31328635 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 31328694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1997 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 2056

 31328695 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 31328754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2057 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 2116

 31328755 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 31328814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2117 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 2176

 31328815 GGTGCACG 31328822
          ||||||||
     2177 GGTGCACG 2184

Alignment time is 2.56262 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2752] =>      2752 nucs 'mol-32-3046-157213_2752'

Score:        2678
Aligned:      2755        nucs
Identic:      2748 (100%) nucs =>      1082 (100%)      1666 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31326278,31327362] EXCISED REGION [31328035,31329704]
 second seq =>  [       1,    1085] EXCISED REGION [    1086,    2752]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       672 nucs [31327363,31328034]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        20 nucs [31327363,31327382] to [31328035,31328054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [31327363,31327364] to [31328033,31328034]
 second seq =>         0 nucs

 31326278 CAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGT 31326337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGT 60

 31326338 AAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAA 31326397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAA 120

 31326398 AAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTG 31326457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTG 180

 31326458 GCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACC 31326517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACC 240

 31326518 TTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTT 31326577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTT 300

 31326578 CTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCA 31326637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCA 360

 31326638 AGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCC 31326697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCC 420

 31326698 TGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTT 31326757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTT 480

 31326758 GAACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAA 31326817
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAACTCCTGTCTACATGAGTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAA 540

 31326818 CTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAA 31326877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAA 600

 31326878 TGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCAT 31326937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCAT 660

 31326938 TTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGG 31326997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGG 720

 31326998 GTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGA 31327057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGA 780

 31327058 CCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATA 31327117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATA 840

 31327118 ACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGG 31327177
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGGAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGG 900

 31327178 CGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAG 31327237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAG 960

 31327238 GTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACA 31327297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACA 1020

 31327298 AAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGC 31327357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGC 1080

 31327358 AGGAG 31327362
          |||||
     1081 AGGAG 1085

EXCISED REGION

 31328035 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCA 31328094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1086 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA 1145

 31328095 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 31328154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1146 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 1205

 31328155 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 31328214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1206 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 1265

 31328215 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 31328274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1266 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 1325

 31328275 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 31328334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1326 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 1385

 31328335 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 31328394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1386 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 1445

 31328395 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 31328454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1446 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 1505

 31328455 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 31328514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 1565

 31328515 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 31328574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 1625

 31328575 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 31328634
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
     1626 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTC-AAAAAAAAAAAAAAA 1684

 31328635 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 31328694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1685 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 1744

 31328695 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 31328754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1745 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 1804

 31328755 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 31328814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1805 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 1864

 31328815 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 31328874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1865 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 1924

 31328875 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 31328934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1925 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 1984

 31328935 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCAAC 31328994
          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
     1985 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAA-AAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCAAC 2043

 31328995 TTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGCCC 31329054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 TTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGCCC 2103

 31329055 AGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAATCC 31329114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 AGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAATCC 2163

 31329115 TGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGCTG 31329174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2164 TGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGCTG 2223

 31329175 TGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCTAT 31329234
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 TGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTG-TTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCTAT 2282

 31329235 TGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGGTT 31329294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2283 TGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGGTT 2342

 31329295 CAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTACA 31329354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2343 CAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTACA 2402

 31329355 CCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGGTC 31329414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2403 CCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGGTC 2462

 31329415 TCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTGTG 31329474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2463 TCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTGTG 2522

 31329475 AGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTCTA 31329534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2523 AGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTCTA 2582

 31329535 TTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATTCA 31329594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2583 TTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATTCA 2642

 31329595 GTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATCCT 31329654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 GTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATCCT 2702

 31329655 AGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATG 31329704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 AGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATG 2752

Alignment time is 3.25402 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    8397] =>      8397 nucs 'mol-32-3185-219997_8397'

Score:        8364
Aligned:      8397        nucs
Identic:      8394 (100%) nucs =>      3022 (100%)      5372 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31318966,31321987] EXCISED REGION [31321992,31327366]
 second seq =>  [       1,    3022] EXCISED REGION [    3023,    8397]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [31321988,31321991]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        14 nucs [31321988,31322001] to [31321992,31322005]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [31321988,31321989] to [31321990,31321991]
 second seq =>         0 nucs

 31318966 AATTTAAAAATTAGCCAGGCAAGGTGGCATGCTCCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCT 31319025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATTTAAAAATTAGCCAGGCAAGGTGGCATGCTCCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCT 60

 31319026 GAGGCAGGAGGATTGCTTCAGCCCAGGCATTCCAAGCTGCAGTGAGTCATGATCACACCA 31319085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGGCAGGAGGATTGCTTCAGCCCAGGCATTCCAAGCTGCAGTGAGTCATGATCACACCA 120

 31319086 CTGAACTCCAGCCTGAGTGACAGAACAAGATCCTAGCTCAAAAAATAAAAATAAAAAATA 31319145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGAACTCCAGCCTGAGTGACAGAACAAGATCCTAGCTCAAAAAATAAAAATAAAAAATA 180

 31319146 AAAATAAATTAGTCAAGCATGGTGGTATGCACCTGTAGTTCTAGCTACTCTGGAGGCTGA 31319205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAATAAATTAGTCAAGCATGGTGGTATGCACCTGTAGTTCTAGCTACTCTGGAGGCTGA 240

 31319206 GGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGCTTGAGGCTGCAGCAAACTATGATTGCGCCACT 31319265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGTGGAAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGCTTGAGGCTGCAGCAAACTATGATTGCGCCACT 300

 31319266 GCAATCCAGCCTGAGCGACAGTGCAAGAATGTGTTATTGATCCCTCGTCCCTATCTCTCC 31319325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCAATCCAGCCTGAGCGACAGTGCAAGAATGTGTTATTGATCCCTCGTCCCTATCTCTCC 360

 31319326 CTTCCCAAGCCCTCCTTATCCTCCAAAGCCCTGCCAAGAAACCATGACACTCCCAACAAG 31319385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTTCCCAAGCCCTCCTTATCCTCCAAAGCCCTGCCAAGAAACCATGACACTCCCAACAAG 420

 31319386 AAAGGGACCTACCCAGATTCTCAACTTCTGAGGCTCCCTGGGGCCACCTACAATTTTCAA 31319445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAAGGGACCTACCCAGATTCTCAACTTCTGAGGCTCCCTGGGGCCACCTACAATTTTCAA 480

 31319446 CTCTGATAAGGAACACAAACATGTCTTAGAAGAGAAGTTTCCTTATATGGCATTGCAGCT 31319505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCTGATAAGGAACACAAACATGTCTTAGAAGAGAAGTTTCCTTATATGGCATTGCAGCT 540

 31319506 TCACAGCAACTTAAATACTGTAAGTGCACAGTATTTGCTGAATAAATCTTTCCTAAACAC 31319565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCACAGCAACTTAAATACTGTAAGTGCACAGTATTTGCTGAATAAATCTTTCCTAAACAC 600

 31319566 TCCCCGCAATGCTTTGCCTTTGCAATTGCATAGGTGCCTCCCTCTGGAATGCTCACCCAC 31319625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCCCCGCAATGCTTTGCCTTTGCAATTGCATAGGTGCCTCCCTCTGGAATGCTCACCCAC 660

 31319626 CCATGGCTATCTATGCATGCATCTCAAAATCTTAAGGATTCTCCCCAGTAAACTTAGGAA 31319685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCATGGCTATCTATGCATGCATCTCAAAATCTTAAGGATTCTCCCCAGTAAACTTAGGAA 720

 31319686 GAGATGCACAAGGTCATTCCAGACTAGAGAAATGCAAATCAGTAAAACCAGAATATACTA 31319745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAGATGCACAAGGTCATTCCAGACTAGAGAAATGCAAATCAGTAAAACCAGAATATACTA 780

 31319746 TTTTTCACTTATCAGATCTGCAAACCCAAAAGTTTGACTAGGACACCAGTGCTGGTGAAA 31319805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTTTCACTTATCAGATCTGCAAACCCAAAAGTTTGACTAGGACACCAGTGCTGGTGAAA 840

 31319806 GTACAAGGAAGCAGACAGGTTCCTGCATGACTGATAATAGGATACACTGGGGTGACCTTT 31319865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTACAAGGAAGCAGACAGGTTCCTGCATGACTGATAATAGGATACACTGGGGTGACCTTT 900

 31319866 CTAGGGGCAATTTCACAATGTGCATCTAACTTGTATTTTTTTGAGGCAGAGTCTGGCTCT 31319925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTAGGGGCAATTTCACAATGTGCATCTAACTTGTATTTTTTTGAGGCAGAGTCTGGCTCT 960

 31319926 GTCGCCCAGACTGGAGTGCAGTGGCGCAATCACGGCTCGCTGGAGCCTCCAACCTCTTGG 31319985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTCGCCCAGACTGGAGTGCAGTGGCGCAATCACGGCTCGCTGGAGCCTCCAACCTCTTGG 1020

 31319986 GTTCAAAGCAATCCTCCCACCTCAGTCTGCTGAGTAGCTGAGATTACAGGCACATGCCAC 31320045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTTCAAAGCAATCCTCCCACCTCAGTCTGCTGAGTAGCTGAGATTACAGGCACATGCCAC 1080

 31320046 CACATCCACATTGGGCTAATTTTTTTATATTTTGTAGAGACAGGGTCTCACAATGTTGCC 31320105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CACATCCACATTGGGCTAATTTTTTTATATTTTGTAGAGACAGGGTCTCACAATGTTGCC 1140

 31320106 CCAGCTCATCTGGAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCACCCTCCCTAAGAACT 31320165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCAGCTCATCTGGAACTCCTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCACCCTCCCTAAGAACT 1200

 31320166 GGGATTATAGGTTTGACCAACCACACCCAACCGGCATCAAATTTTTAAAGTGATTATACC 31320225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGGATTATAGGTTTGACCAACCACACCCAACCGGCATCAAATTTTTAAAGTGATTATACC 1260

 31320226 CCTCGACCTAGTAATTCCATTCCATGAAGTATATCCTTTAGGTATGTTCCAAAAAGTAAA 31320285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CCTCGACCTAGTAATTCCATTCCATGAAGTATATCCTTTAGGTATGTTCCAAAAAGTAAA 1320

 31320286 TGTTTTGGCAAGTCACAGTGGCTCATGCCTGTAATGCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCA 31320345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGTTTTGGCAAGTCACAGTGGCTCATGCCTGTAATGCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCA 1380

 31320346 GGAGGACCGCTTGATCCCAGGAGACAAGCATTATGTTCAGGCAACATAGTGAGAGCCCAT 31320405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGAGGACCGCTTGATCCCAGGAGACAAGCATTATGTTCAGGCAACATAGTGAGAGCCCAT 1440

 31320406 CTCTACAAATCATAATAATACATTTAAATTTAAAAAGAAAAAAAGAGGCCTGGCACCATG 31320465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTCTACAAATCATAATAATACATTTAAATTTAAAAAGAAAAAAAGAGGCCTGGCACCATG 1500

 31320466 GCTCAAGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCATGA 31320525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GCTCAAGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCGGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCATGA 1560

 31320526 GATCTAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTAAACCCTCTACTAAAAATA 31320585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GATCTAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTAAACCCTCTACTAAAAATA 1620

 31320586 CAAAAAAATTAGCCGGTCTTGGAAGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA 31320645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAAAAAAATTAGCCGGTCTTGGAAGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA 1680

 31320646 GGCAGGAGAATGGCATGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT 31320705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GGCAGGAGAATGGCATGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT 1740

 31320706 GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGATTCCATCTCAAAAAAAAAGAAAAAAGAAGGTC 31320765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGATTCCATCTCAAAAAAAAAGAAAAAAGAAGGTC 1800

 31320766 GGACGCGGTGGCTCACATCTGTAATCCCAGCACTTTGGTGGCTGAGGCGGGCGGATCACC 31320825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GGACGCGGTGGCTCACATCTGTAATCCCAGCACTTTGGTGGCTGAGGCGGGCGGATCACC 1860

 31320826 TGAGGTCAGGAGTTTGAGATCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA 31320885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGAGGTCAGGAGTTTGAGATCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA 1920

 31320886 TACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCAGAATTACTTCAACC 31320945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCAGAATTACTTCAACC 1980

 31320946 CAGGAGGCGGAGGCTACAGCAAGCTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAG 31321005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CAGGAGGCGGAGGCTACAGCAAGCTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAG 2040

 31321006 AGTAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAGAATGCAGTAGATCTATTTGTATTGAAGGGAGAAA 31321065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AGTAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAGAATGCAGTAGATCTATTTGTATTGAAGGGAGAAA 2100

 31321066 ATAGGATACATTGCTCAGTTTAAAAAACAACAACAAAACAGGCCACGCGCGGTGGCTCAC 31321125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATAGGATACATTGCTCAGTTTAAAAAACAACAACAAAACAGGCCACGCGCGGTGGCTCAC 2160

 31321126 GCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCGGGGGGATAACCAGAGGTTAGGAGTTT 31321185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCGGGGGGATAACCAGAGGTTAGGAGTTT 2220

 31321186 GAGACCAGCCTGGCCAACTTAGCCAAACAAACCCCGTCTCTACTAAAAATTCAAAAATGG 31321245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GAGACCAGCCTGGCCAACTTAGCCAAACAAACCCCGTCTCTACTAAAAATTCAAAAATGG 2280

 31321246 CCTGGAGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATC 31321305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CCTGGAGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATC 2340

 31321306 ACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTAGCTAACATGGTGAAACCCCATCTCGACTAA 31321365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTAGCTAACATGGTGAAACCCCATCTCGACTAA 2400

 31321366 AGAAACAAAAAATTAGCCGAGTGTGGTGGCACGTGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGG 31321425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AGAAACAAAAAATTAGCCGAGTGTGGTGGCACGTGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGG 2460

 31321426 CTGAGGCAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACCAT 31321485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CTGAGGCAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACCAT 2520

 31321486 TGCACTCCAACCTGGGCGACAGGGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTA 31321545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGCACTCCAACCTGGGCGACAGGGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTA 2580

 31321546 GCCAGGCGTGGTGGTGTGCGTCTATAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 31321605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GCCAGGCGTGGTGGTGTGCGTCTATAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 2640

 31321606 TGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACGATTGCACTCCAGCC 31321665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACGATTGCACTCCAGCC 2700

 31321666 TGGGCGGAGTGGAACTCCTTCTCAAAAAAAAAAAAGAAGGCCGGGTGCGGTGGCTCACAC 31321725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TGGGCGGAGTGGAACTCCTTCTCAAAAAAAAAAAAGAAGGCCGGGTGCGGTGGCTCACAC 2760

 31321726 CTGTAATCCCAATACTTAGGGAGGCCGAGGCGCGCAGATCATGAGGTCAGGAGACAGAGA 31321785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 CTGTAATCCCAATACTTAGGGAGGCCGAGGCGCGCAGATCATGAGGTCAGGAGACAGAGA 2820

 31321786 CCATCCTGGCTACGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATAAAAAATAAAAAAATTAGCCA 31321845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CCATCCTGGCTACGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATAAAAAATAAAAAAATTAGCCA 2880

 31321846 AGCGTGGTAGGGGGCGCCTATAGTCCCAGCTACAGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTG 31321905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AGCGTGGTAGGGGGCGCCTATAGTCCCAGCTACAGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTG 2940

 31321906 TGAACCTGGAAGGCAGAGCTTGTGGTGAGCCCAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGG 31321965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGAACCTGGAAGGCAGAGCTTGTGGTGAGCCCAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGG 3000

 31321966 CAACAGAGCGAGACTCCGTCAC 31321987
          ||||||||||||||||||||||
     3001 CAACAGAGCGAGACTCCGTCAC 3022

EXCISED REGION

 31321992 AAAAAAAAAAAAAAGTGCCGTGCCTCACGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGG 31322051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3023 AAAAAAAAAAAAAAGTGCCGTGCCTCACGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGG 3082

 31322052 CGGGTGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAACCCCGTC 31322111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3083 CGGGTGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAAGATGGTGAAACCCCGTC 3142

 31322112 TCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCCCAGCTACT 31322171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3143 TCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCCCAGCTACT 3202

 31322172 CGGGAGGCTGAGGCAGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCCAGA 31322231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3203 CGGGAGGCTGAGGCAGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCCAGA 3262

 31322232 TCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCTTGACTCCGTCTCAAAACCAACCAAA 31322291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3263 TCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCTTGACTCCGTCTCAAAACCAACCAAA 3322

 31322292 AAAAAACCCCAGCAAGATGAAGAAAAAATATATACAGAATGAACCATTTTCTATATATAT 31322351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3323 AAAAAACCCCAGCAAGATGAAGAAAAAATATATACAGAATGAACCATTTTCTATATATAT 3382

 31322352 ATAAAAATTCAAAGCCAGAAATGGGAGGATCACTTGAGCCTAGATGTTCAAGATCACCAT 31322411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3383 ATAAAAATTCAAAGCCAGAAATGGGAGGATCACTTGAGCCTAGATGTTCAAGATCACCAT 3442

 31322412 AGGCAGCATAGTAAGACCTCATCTCTAAAAAATAAAAATAAGGCCAGGCACAGCGGCTCA 31322471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3443 AGGCAGCATAGTAAGACCTCATCTCTAAAAAATAAAAATAAGGCCAGGCACAGCGGCTCA 3502

 31322472 CGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGCCGAGGATGGCAGATCACCTAAGGTCAGGAGTT 31322531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3503 CGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGGCCGAGGATGGCAGATCACCTAAGGTCAGGAGTT 3562

 31322532 CAAGACCATCCTGGCCAACATAATGAAACCCCATGTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCC 31322591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3563 CAAGACCATCCTGGCCAACATAATGAAACCCCATGTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCC 3622

 31322592 AGGTGTGGTGGTAGCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATGGCTTAA 31322651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3623 AGGTGTGGTGGTAGCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATGGCTTAA 3682

 31322652 ACCCAGGAGGCAAAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTACCATTGCAGTCCAGCTTGGGCAA 31322711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3683 ACCCAGGAGGCAAAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTACCATTGCAGTCCAGCTTGGGCAA 3742

 31322712 CACAGTGAGACTCCATCTCAAAAATAAAATAAAATAAAAATAAGAAAACATGCCCAGGCA 31322771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3743 CACAGTGAGACTCCATCTCAAAAATAAAATAAAATAAAAATAAGAAAACATGCCCAGGCA 3802

 31322772 CGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGCGAGTCTGAGGAAGGTGGATCACCTTTG 31322831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3803 CGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGCGAGTCTGAGGAAGGTGGATCACCTTTG 3862

 31322832 GTCAGGAGTTCAAGACCAGACTGGCAAACATGGTGAAACCCCATTCTACTAAAAACATAA 31322891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3863 GTCAGGAGTTCAAGACCAGACTGGCAAACATGGTGAAACCCCATTCTACTAAAAACATAA 3922

 31322892 AAAATTAGCTGGGCATAATGGTGAGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCA 31322951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3923 AAAATTAGCTGGGCATAATGGTGAGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCA 3982

 31322952 GGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGCCATTGCAC 31323011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3983 GGAGAACTGCTTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGCCATTGCAC 4042

 31323012 TCCAGCCTGGGCAACAGCGCGAGACTCAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTAAAGGATACTCA 31323071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4043 TCCAGCCTGGGCAACAGCGCGAGACTCAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTAAAGGATACTCA 4102

 31323072 TATATATGCTGGCAAATTAAGACTTTTATTTCTATAAAAATAACTAAGAAACTATTTTTT 31323131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4103 TATATATGCTGGCAAATTAAGACTTTTATTTCTATAAAAATAACTAAGAAACTATTTTTT 4162

 31323132 GTTTGTTTTTTGAGACAGAGTCTCTCTGTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATC 31323191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4163 GTTTGTTTTTTGAGACAGAGTCTCTCTGTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATC 4222

 31323192 ATGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTACAAGTGATTATCCTCCTCAGCCTCCTGAG 31323251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4223 ATGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTACAAGTGATTATCCTCCTCAGCCTCCTGAG 4282

 31323252 TAGCTGGGATTATAAGCGTGCACTACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTGGAGA 31323311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4283 TAGCTGGGATTATAAGCGTGCACTACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTGGAGA 4342

 31323312 CAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGACTGGTCTTAGACTGCTGGCCTGAAGTGATCCACCTG 31323371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4343 CAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGACTGGTCTTAGACTGCTGGCCTGAAGTGATCCACCTG 4402

 31323372 CCTCGGCTTCCCAAAGTGGTTGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGACCAGCTATAAGAAA 31323431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4403 CCTCGGCTTCCCAAAGTGGTTGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGACCAGCTATAAGAAA 4462

 31323432 CTATTAAAATGATTTCTGGAGATAAGAAAAATAAACATTTTATTTTTAAGAGATGGGGGT 31323491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4463 CTATTAAAATGATTTCTGGAGATAAGAAAAATAAACATTTTATTTTTAAGAGATGGGGGT 4522

 31323492 CTCACTCTTTCAGGCTGGAGTACAGTGGGTGATCATCATAGCTCACTGCAGCTTCCAACT 31323551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4523 CTCACTCTTTCAGGCTGGAGTACAGTGGGTGATCATCATAGCTCACTGCAGCTTCCAACT 4582

 31323552 CCTAGGCTCCTGCCTCAGCCTCCTGGGTTGCTCTGGGATTACAGACATGCTGTACCATAC 31323611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4583 CCTAGGCTCCTGCCTCAGCCTCCTGGGTTGCTCTGGGATTACAGACATGCTGTACCATAC 4642

 31323612 CTAGCTTATTTCACTTTGATATCTTTGTATACTGTTTGAATTTCCTGTCTATTACTTTCA 31323671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4643 CTAGCTTATTTCACTTTGATATCTTTGTATACTGTTTGAATTTCCTGTCTATTACTTTCA 4702

 31323672 TTTCCAGCTTGGTAAGAGGACTGTGGGCCACTTGCTTGTATTATCCTTTATATTTTTCTG 31323731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4703 TTTCCAGCTTGGTAAGAGGACTGTGGGCCACTTGCTTGTATTATCCTTTATATTTTTCTG 4762

 31323732 AGTTTACTCTCATTCTAAAATGATTAACTTAAAATCCTGCCTATTCTCAGACTCCACATT 31323791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4763 AGTTTACTCTCATTCTAAAATGATTAACTTAAAATCCTGCCTATTCTCAGACTCCACATT 4822

 31323792 GCCTGGGACTGGCCACGGGCATCAAAGGGCACATCTATGTGCAATTTGGTACTATCTGCT 31323851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4823 GCCTGGGACTGGCCACGGGCATCAAAGGGCACATCTATGTGCAATTTGGTACTATCTGCT 4882

 31323852 TCTTCATTTTATGACCTGCTGTAGAAGATCACAACTTCCCCAGGACAAAAGGCCTTGACC 31323911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4883 TCTTCATTTTATGACCTGCTGTAGAAGATCACAACTTCCCCAGGACAAAAGGCCTTGACC 4942

 31323912 ATCAAATATTCCTAAGTCCTACCAGGTTTAGTGGCTATTTGGTTTATGTAGGCATTCAGG 31323971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4943 ATCAAATATTCCTAAGTCCTACCAGGTTTAGTGGCTATTTGGTTTATGTAGGCATTCAGG 5002

 31323972 TAAACACCCACCGAATGAGCAATAAATGTTAAAGACAAGGTTCACACAATGATTCGTTTT 31324031
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5003 TAAACACCCACCGAACGAGCAATAAATGTTAAAGACAAGGTTCACACAATGATTCGTTTT 5062

 31324032 ACTACTTGAGGCCTACACCTTAGAATTCAAAATAAATTCAGCTAACAGAGTGGGTACTTG 31324091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5063 ACTACTTGAGGCCTACACCTTAGAATTCAAAATAAATTCAGCTAACAGAGTGGGTACTTG 5122

 31324092 GAGAAGTCTGATTATCCAACAAAAGACAGAGAAATGGGCCAAACGACTCAGGTAAGTTGC 31324151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5123 GAGAAGTCTGATTATCCAACAAAAGACAGAGAAATGGGCCAAACGACTCAGGTAAGTTGC 5182

 31324152 TTATTAGGAGAAAGGTTTAAGGTTTCTGTATTAACAATAAAGGTAGCTGGGCCTGGTGGC 31324211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5183 TTATTAGGAGAAAGGTTTAAGGTTTCTGTATTAACAATAAAGGTAGCTGGGCCTGGTGGC 5242

 31324212 TCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCCGGCGGATCACAAGGTCAGGCGA 31324271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5243 TCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCCGGCGGATCACAAGGTCAGGCGA 5302

 31324272 TTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAG 31324331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5303 TTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAG 5362

 31324332 CCAGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGCCTGAGGCAGGAGAATC 31324391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5363 CCAGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGCCTGAGGCAGGAGAATC 5422

 31324392 GCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTTCAGCCT 31324451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5423 GCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTTCAGCCT 5482

 31324452 GGGTGATACAGCGAGACTCTGACTCAAACAAACAAACAAACAAACAACAACAACAAAAAA 31324511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5483 GGGTGATACAGCGAGACTCTGACTCAAACAAACAAACAAACAAACAACAACAACAAAAAA 5542

 31324512 AACCAATAAAGGTAAAGGTTTACAGTATGTTTCAAGGTTAGAAAATGAGTCAGTTCCTGG 31324571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5543 AACCAATAAAGGTAAAGGTTTACAGTATGTTTCAAGGTTAGAAAATGAGTCAGTTCCTGG 5602

 31324572 GGGTGATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCAATTTGGGAAGCCACAGTGGGTATATCACTT 31324631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5603 GGGTGATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCAATTTGGGAAGCCACAGTGGGTATATCACTT 5662

 31324632 GAGCCCGAAGTTCTAGACCAGCCTGGGCAACATGGCACAACCCCATTTCTTCAAAAATTA 31324691
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5663 GAGCCCGAAGTTCTAGACCAGCCAGGGCAACATGGCACAACCCCATTTCTTCAAAAATTA 5722

 31324692 CAAAAATTAGCCAGAGCTGGGCACCATGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTAGGAGG 31324751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5723 CAAAAATTAGCCAGAGCTGGGCACCATGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTAGGAGG 5782

 31324752 CTGAGGCAGGTGGATCACCTAAGGTCAGGAGTTCGAGAGTAGCCTGACCAACATGGTGAA 31324811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5783 CTGAGGCAGGTGGATCACCTAAGGTCAGGAGTTCGAGAGTAGCCTGACCAACATGGTGAA 5842

 31324812 ACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTAGTGGCGGGCACCTGTAGTC 31324871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5843 ACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTAGTGGCGGGCACCTGTAGTC 5902

 31324872 CCAGCCACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGTGTGAACCCAGGAGGCAGAGCTTGCAG 31324931
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     5903 CCAGCCACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAGGATGGTGTGAACCCAGGAGGCAGAGCTTGCAG 5962

 31324932 TGAGCCGAGATCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAA 31324991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5963 TGAGCCGAGATCGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAA 6022

 31324992 AAAAAAGAAATATATACATATACATATATATAAAGTTTAGCTGGGTGTGAGGGAGGGCAC 31325051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6023 AAAAAAGAAATATATACATATACATATATATAAAGTTTAGCTGGGTGTGAGGGAGGGCAC 6082

 31325052 CTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGACAGA 31325111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6083 CTGTAATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGACAGA 6142

 31325112 GGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCC 31325171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6143 GGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCC 6202

 31325172 GTCTCAAAAAAAAAAGATAAGCCAGGCACGGTGGTACATGCCTATAGTCCCAGCTACTAG 31325231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6203 GTCTCAAAAAAAAAAGATAAGCCAGGCACGGTGGTACATGCCTATAGTCCCAGCTACTAG 6262

 31325232 AAAGGCTGAGGTAGGAGGATCACTTGAGCCTGGGAGGTCGAGGCTGCACTCCAGCCTGGG 31325291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6263 AAAGGCTGAGGTAGGAGGATCACTTGAGCCTGGGAGGTCGAGGCTGCACTCCAGCCTGGG 6322

 31325292 TGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAAAAAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTC 31325351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6323 TGATAGAATGAGACCCTGTCTCAAATTTAAAAAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTC 6382

 31325352 AACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAG 31325411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6383 AACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAG 6442

 31325412 GATCCCTTAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAACCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTA 31325471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6443 GATCCCTTAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAACCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTA 6502

 31325472 TAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCCTGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAG 31325531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6503 TAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCCTGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAG 6562

 31325532 CTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAG 31325591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6563 CTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAG 6622

 31325592 CCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTGGCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAA 31325651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6623 CCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTGGCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAA 6682

 31325652 AAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATA 31325711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6683 AAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATCTCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATA 6742

 31325712 CCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATACAATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAAAGAA 31325771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6743 CCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCATACAATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAAAGAA 6802

 31325772 AAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAAC 31325831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6803 AAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTTTTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAAC 6862

 31325832 ACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACACGTG 31325891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6863 ACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAGCTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACACGTG 6922

 31325892 ATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTGGCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTG 31325951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6923 ATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCCTGGCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTG 6982

 31325952 AGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGC 31326011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6983 AGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGCTGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGC 7042

 31326012 AGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACT 31326071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7043 AGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACT 7102

 31326072 ACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGGTGGCTC 31326131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7103 ACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAATTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGGTGGCTC 7162

 31326132 ACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAGGAGTTG 31326191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7163 ACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAGGAGTTG 7222

 31326192 GAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCG 31326251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7223 GAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAACCTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCG 7282

 31326252 GGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACT 31326311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7283 GGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACT 7342

 31326312 TGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGG 31326371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7343 TGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGG 7402

 31326372 CAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATG 31326431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7403 CAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAAAAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATG 7462

 31326432 TTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAA 31326491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7463 TTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAA 7522

 31326492 GTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTAT 31326551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7523 GTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTTGCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTAT 7582

 31326552 TTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCT 31326611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7583 TTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCTCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCT 7642

 31326612 AACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTG 31326671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7643 AACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAGTGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTG 7702

 31326672 GGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGT 31326731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7703 GGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGT 7762

 31326732 CTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAAT 31326791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7763 CTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGAACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAAT 7822

 31326792 TTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTT 31326851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7823 TTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACTGTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTT 7882

 31326852 TAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATAT 31326911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7883 TAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATGGTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATAT 7942

 31326912 TAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTA 31326971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7943 TAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTTCACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTA 8002

 31326972 AAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTT 31327031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8003 AAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTT 8062

 31327032 GGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGG 31327091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8063 GGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACCATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGG 8122

 31327092 AGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACT 31327151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8123 AGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAACAGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACT 8182

 31327152 CAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTG 31327211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8183 CAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCGCGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTG 8242

 31327212 GGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGT 31327271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8243 GGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGT 8302

 31327272 GAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTA 31327331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8303 GAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTA 8362

 31327332 CTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATG 31327366
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8363 CTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATG 8397

Alignment time is 10.2455 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    4727] =>      4727 nucs 'mol-32-331c-003898_4727'

Score:        4549
Aligned:      4731        nucs
Identic:      4712 (100%) nucs =>      2030 ( 99%)      2682 (100%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31325323,31327362] EXCISED REGION [31328035,31330720]
 second seq =>  [       1,    2041] EXCISED REGION [    2042,    4727]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       672 nucs [31327363,31328034]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        20 nucs [31327363,31327382] to [31328035,31328054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [31327363,31327364] to [31328033,31328034]
 second seq =>         0 nucs

 31325323 AAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAAT 31325382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||
        1 AAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAGTGGCTCACACCTACAAT 60

 31325383 CCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAA-GGCCAGGAGGCCCAGACCAA 31325441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
       61 CCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAA 120

 31325442 CCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCC 31325501
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
      121 CCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAA-TTAAAAAATAAAAAATTAGCC 179

 31325502 TGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCC 31325561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 TGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCC 239

 31325562 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTG 31325621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTG 299

 31325622 GCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAA--GAAAATGAGTCAAGTGCTGATC 31325679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
      300 GCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATC 359

 31325680 TCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCAT 31325739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 TCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCAT 419

 31325740 ACAATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTT 31325799
          |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
      420 ACAATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAA-GAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTT 478

 31325800 TTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAG 31325859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 TTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAG 538

 31325860 CTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACACGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCC 31325919
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      539 CTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACATGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCC 598

 31325920 TGGCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGC 31325979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 TGGCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGC 658

 31325980 TGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATT 31326039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 TGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATT 718

 31326040 CTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAA 31326099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAA 778

 31326100 TTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGG 31326159
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 TTTTTAAAACTGTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGG 838

 31326160 CCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAAC 31326219
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 CCGAGGTGGGCGGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAAC 898

 31326220 CTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCA 31326279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 CTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCA 958

 31326280 GCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAA 31326339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 GCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAA 1018

 31326340 GCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAA 31326399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 GCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAA 1078

 31326400 AAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGC 31326459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 AAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGC 1138

 31326460 CTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTT 31326519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 CTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTT 1198

 31326520 GCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCT 31326579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 GCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCT 1258

 31326580 CTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAG 31326639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAG 1318

 31326640 TGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTG 31326699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 TGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTG 1378

 31326700 GCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGA 31326759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 GCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGA 1438

 31326760 ACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACT 31326819
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 ACTCCTGTCTACATGAGTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACT 1498

 31326820 GTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATG 31326879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 GTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATG 1558

 31326880 GTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTT 31326939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 GTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTT 1618

 31326940 CACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGT 31326999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 CACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGT 1678

 31327000 GCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACC 31327059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 GCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACC 1738

 31327060 ATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAAC 31327119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 ATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAAC 1798

 31327120 AGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCG 31327179
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AGCAACTACCTATAAAAGTGATTGGAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCG 1858

 31327180 CGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGT 31327239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 CGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGT 1918

 31327240 CAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAA 31327299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 CAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAA 1978

 31327300 AAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAG 31327359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1979 AAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAG 2038

 31327360 GAG 31327362
          |||
     2039 GAG 2041

EXCISED REGION

 31328035 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCA 31328094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2042 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA 2101

 31328095 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 31328154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2102 GCCTGGGCAACAGGGCCAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAGAAAAGGGCTAAACTACTTTA 2161

 31328155 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 31328214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2162 AGATGTGCCGTAAGTATAAAACACCAGATTTAGAAAACTTTGTACCAAAAAGTAAAATGT 2221

 31328215 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 31328274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2222 CATTGATATTTGTATATGGGTAAGATATTGAAAAATATTTTGATATTGTGGATTTAAGCA 2281

 31328275 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 31328334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2282 TGCATGGCATTTTGATCAATGATGGACCATATATAAAATGATGGTCCCATAACATTATAA 2341

 31328335 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCACAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 31328394
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     2342 TGGAGGTAAAAGATCCCTGTTACCTAGTGATTGTCGCAGAAATCCGCGCCCAGCCATGTT 2401

 31328395 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 31328454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2402 TGTGTTTTAAGCTATGTGTTACTACAAAAGAGCCAAAAAGTTTAACAAAACCAGCCTGGG 2461

 31328455 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 31328514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2462 CAACATGGCAAAACTCTGTCTTTACAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCG 2521

 31328515 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 31328574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2522 TGCCTATAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAACCCAGGAGAT 2581

 31328575 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 31328634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2582 CAAGGCTACAGTGAGCAATGGGTGACAGAGCGAGACCCTGCCTCAAAAAAAAAAAAAAAA 2641

 31328635 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 31328694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2642 AGGTAAGCATTCATGAAGTAAAAAGTTACAGTTGGCAGGGTGCATGGCTTACGCCTGTAA 2701

 31328695 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 31328754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2702 TCCCAGCACTTTGGGAGGTTGAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCGTGACCAG 2761

 31328755 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 31328814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2762 CCTGGCCAACATGGTGAAACGCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGT 2821

 31328815 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 31328874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2822 GGTGCACGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGCCTGAGGCAAAAGAATCACTTGAGCCCA 2881

 31328875 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 31328934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2882 GGAGGTGAAGTTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG 2941

 31328935 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAAC--AAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCA 31328992
          |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
     2942 GAAGACTCCGTCTAAAACAAACAAACAAA-AAAAAAAAAACTGACAGTAGGCTAAGGTCA 3000

 31328993 ACTTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGC 31329052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 ACTTATCAAAAACAGAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAGGGATGGGGGTCTCACTATGCTGC 3060

 31329053 CCAGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAAT 31329112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 CCAGGCTGGAGTGCAATGGCTATTCACAGGTGGAATCACCATGCACTACAGCCTTGAAAT 3120

 31329113 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGC 31329172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACTGTGGTAGC 3180

 31329173 TGTGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCT 31329232
          |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TGTGCCACCGTACCCAACTAGAAAGTTG-TTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCACTCT 3239

 31329233 ATTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGG 31329292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 ATTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGTGCAATCGCAGCTTACTGCAACCTCCACCTCTCAGG 3299

 31329293 TTCAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTA 31329352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 TTCAGGCGATTCTCCTGCCTTAGCCTCCAGAGTAGCCGGGACTACAAGTGCCCGCCACTA 3359

 31329353 CACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGG 31329412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 CACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGG 3419

 31329413 TCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTG 31329472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 TCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTCCTAGGGTAGGTG 3479

 31329473 TGAGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTC 31329532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 TGAGCCACCGTGCCCGGCCTATTTTTTATCTTTTATACTGTATTTGTACTGTACCTTTTC 3539

 31329533 TATTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATT 31329592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 TATTTAGATTTGTCTAAACACACAAATATTTACCATTATAGTCCAGTTGCCTATGGTATT 3599

 31329593 CAGTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATC 31329652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 CAGTACAGTCACATGCTGTATAGGTTTGTAGCCTAGGAGCAATGCGCTATACCATATATC 3659

 31329653 CTAGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATGAACTCAGG 31329712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 CTAGGGTGCAGTAGGTTTGTGTAAATAAACTCTAGGATGCTTGCATAAGATGAACTCAGG 3719

 31329713 GCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTCTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGAT 31329772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 GCTGGGCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACACTCTGGGAGGCTGAGGTGGGCAGAT 3779

 31329773 CACCTGAGGTCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTCAAACCCCATCTCTACTA 31329832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3780 CACCTGAGGTCAGGTGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTCAAACCCCATCTCTACTA 3839

 31329833 AAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGTGTGCCTGTAGTCCCAGTTACTCGGGAGA 31329892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3840 AAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGTGTGCCTGTAGTCCCAGTTACTCGGGAGA 3899

 31329893 CTGAGACAGAGAACTGGTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGACCCGAGATCGCGCC 31329952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3900 CTGAGACAGAGAACTGGTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGACCCGAGATCGCGCC 3959

 31329953 ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTACGTCTCAAAAAAAAAAAATTAATTTC 31330012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3960 ACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAATGAGACTACGTCTCAAAAAAAAAAAATTAATTTC 4019

 31330013 CATTTCTATTTAATTTTTAAATGTGGCTACTACAAAATGCAAAGTTAGAAATGTGGCTTG 31330072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4020 CATTTCTATTTAATTTTTAAATGTGGCTACTACAAAATGCAAAGTTAGAAATGTGGCTTG 4079

 31330073 CAAATTTTTCTATTGCATAGCTCAAGCTTAGAACCTTCCTGTCGTTACAAGTTCTAAGTT 31330132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4080 CAAATTTTTCTATTGCATAGCTCAAGCTTAGAACCTTCCTGTCGTTACAAGTTCTAAGTT 4139

 31330133 TGGTTTTTATCTCGCAAGCAGCACTACTGTGTGGGAAGTTGTGGGGGGTATGGAGATGAA 31330192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4140 TGGTTTTTATCTCGCAAGCAGCACTACTGTGTGGGAAGTTGTGGGGGGTATGGAGATGAA 4199

 31330193 AGAAGAGGGGCGCTACCTCCTGGGAAGTGACAACCTAGCGGGGGAAATAGATGTATCTTC 31330252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4200 AGAAGAGGGGCGCTACCTCCTGGGAAGTGACAACCTAGCGGGGGAAATAGATGTATCTTC 4259

 31330253 CCAGTGGGGGTGAGAAGTGTCATTCTCACCTATTTCAGCAGCCTTGGTGGTATGAAAAGG 31330312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4260 CCAGTGGGGGTGAGAAGTGTCATTCTCACCTATTTCAGCAGCCTTGGTGGTATGAAAAGG 4319

 31330313 CATCCCAACCAGCACAGAAGCAGGATGCCTCCAAGACTGCCTTGGTTGGCACCTGCAGCC 31330372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4320 CATCCCAACCAGCACAGAAGCAGGATGCCTCCAAGACTGCCTTGGTTGGCACCTGCAGCC 4379

 31330373 TGAAGGGGGAGAAAAAGGCTTTGCTAGCTCCCCTACCATCGAGGATGAAGACCCCCACTG 31330432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4380 TGAAGGGGGAGAAAAAGGCTTTGCTAGCTCCCCTACCATCGAGGATGAAGACCCCCACTG 4439

 31330433 TACACAGTGTATAAGGTTTCTTTCCATGTGAATCCCAGTGACTCTCCTTAACTGGGTGGA 31330492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4440 TACACAGTGTATAAGGTTTCTTTCCATGTGAATCCCAGTGACTCTCCTTAACTGGGTGGA 4499

 31330493 GGTGGAAGGTGTCATCAGCCTTGTCCCAGATCGAGCCCCTCAGGCCCACAGAGCCCCAGT 31330552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4500 GGTGGAAGGTGTCATCAGCCTTGTCCCAGATCGAGCCCCTCAGGCCCACAGAGCCCCAGT 4559

 31330553 GGGGCCTGGCTATTACTGACACTCATGTCACACTGAGATGTAAGACGGCAGCCCAGGCCA 31330612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4560 GGGGCCTGGCTATTACTGACACTCATGTCACACTGAGATGTAAGACGGCAGCCCAGGCCA 4619

 31330613 AGCTTCCCCGGGCCCCCTCAGATTCTCGGGCCCTCCCACTCCCCTCAGGCTTCCTCGGCC 31330672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4620 AGCTTCCCCGGGCCCCCTCAGATTCTCGGGCCCTCCCACTCCCCTCAGGCTTCCTCGGCC 4679

 31330673 TCCCTGCCAAACATCTATCTCCCTTTGGACCCCACTGCTCCCCAAAAC 31330720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4680 TCCCTGCCAAACATCTATCTCCCTTTGGACCCCACTGCTCCCCAAAAC 4727

Alignment time is 6.06045 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31317362,31338034] =>     20673 nucs '20 dna:chromosome chromosome:GRCh37:20:1:63025520:1'
Second seq [       1,    2105] =>      2105 nucs 'mol-32-331c-003898_2105'

Score:        1962
Aligned:      2107        nucs
Identic:      2093 ( 99%) nucs =>      2030 ( 99%)        63 ( 98%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31325323,31327362] EXCISED REGION [31328035,31328098]
 second seq =>  [       1,    2041] EXCISED REGION [    2042,    2105]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       672 nucs [31327363,31328034]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>      2541 nucs [31327399,31329939]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        20 nucs [31327363,31327382] to [31328035,31328054]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [31327363,31327364] to [31328033,31328034]
 second seq =>         0 nucs

 31325323 AAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAATGGCTCACACCTATAAT 31325382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||
        1 AAAACGAAAGAAAGAAAAGAAAATGAGTCAACTCTGGGTGTAGTGGCTCACACCTACAAT 60

 31325383 CCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAA-GGCCAGGAGGCCCAGACCAA 31325441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
       61 CCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTAAAGGCCAGGAGGCCCAGACCAA 120

 31325442 CCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAATTAGCC 31325501
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
      121 CCTAGGCAACAAACAGTGACCGTGTTGCTATAAAAAAA-TTAAAAAATAAAAAATTAGCC 179

 31325502 TGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCC 31325561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 TGGTGTGGTGGCACATGCCTGTGGTTCCAGCTACTCAAGAGGCTGAGGCAGGAGGACTCC 239

 31325562 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTG 31325621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGACTGCAGTGAGCCATTATTGTAACACTGCTCTCCAGCCTTG 299

 31325622 GCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAA--GAAAATGAGTCAAGTGCTGATC 31325679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
      300 GCAACAGAGTGAGGTCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAATGAGTCAAGTGCTGATC 359

 31325680 TCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCAT 31325739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 TCAAAGGAAGTGGTTTGTATTTTCTACGAATACCAAGCTGGAGGTAATTTTACAGATCAT 419

 31325740 ACAATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTT 31325799
          |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
      420 ACAATCCAGTATCTTAAAAAAAAAAAAA-GAAAAAAACTTTGTTAGTAGCAGAATCTTTT 478

 31325800 TTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAG 31325859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 TTTATTCTCCAAATGGATATCTTCCAGAGAACACTGATACATTAACAAGTAAAAGCTAAG 538

 31325860 CTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACACGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCC 31325919
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      539 CTACCACCATAGGCTTTGAAGCCAAACATGTGATCCTAAATTCCTGGCTCCATCACTTCC 598

 31325920 TGGCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGC 31325979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 TGGCTGCCTGACATTATTTATTTATTTTCTTGAGACAGGGTCGCATTTTCTGACCCAGGC 658

 31325980 TGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATT 31326039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 TGGAGTGCAATGCCATGGTCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTTCTGGGCTTAAGGGATT 718

 31326040 CTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAA 31326099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CTCCTGCCTCAGCCACTTAAGTAGCTAGAACTACAGGCACATACCACCACTCTCAGCTAA 778

 31326100 TTTTTAAAACTTTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGG 31326159
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 TTTTTAAAACTGTTGGCCAGGTACGGTGGCTCACGCCTATAATCCCAACACTTTGGGAGG 838

 31326160 CCGAGGTGGGCAGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAAC 31326219
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 CCGAGGTGGGCGGGTTACAAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCTTAGCCAACATGGTGAAAC 898

 31326220 CTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCA 31326279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 CTCATCTCTATTAAGAATACAAACATGAGCCGGGCATGGTGGTGCACGCCTGTAGTCCCA 958

 31326280 GCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAA 31326339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 GCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTAA 1018

 31326340 GCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAA 31326399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 GCCAAGATCATGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAATATTGAGACTATCTCAAAGGAAAAA 1078

 31326400 AAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGC 31326459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 AAATGTTTTCCTAGAGATGGGGTCTTGCTATGTTGCTCAGGCTAGTCTTGAACTCCTGGC 1138

 31326460 CTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTT 31326519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 CTCAAGTGATCCCCCTACCTCTACCTCCCAAAGTGCTTGATTACAGGCATGAGCCACCTT 1198

 31326520 GCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCT 31326579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 GCCTGGCTTTCTGCATGATTTTATTTACTTATTTATTTGAAACAGGGTCTGGTCTGTTCT 1258

 31326580 CTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAG 31326639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CTGGGCTGGAGTGCAGTGGCATAATCATAGCTAACCGCAGCCTCCAATTTCTGACTCAAG 1318

 31326640 TGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTG 31326699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 TGATCCTCCCACCTAAGCCTCTGGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGTGCCACCATGCCTG 1378

 31326700 GCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGA 31326759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 GCTAATTTTTTATCTTATTGTAGAGATGGAGTCTTGCTACGTTGCTTAGGCTAGTCTTGA 1438

 31326760 ACTCCTGTCTACATGACTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACT 31326819
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 ACTCCTGTCTACATGAGTTTAAACAGGTCAATTTATTTCTCTGAACCATCTTTCTTAACT 1498

 31326820 GTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATG 31326879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 GTAAAATGGGAATAATAATAGTGCCTTCCTTTTAGAGTTGTTATGCATACATTTAAAATG 1558

 31326880 GTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTT 31326939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 GTGCCTGGCCACATGGTGCATGCTCAATATATTAATATCGTATAATAGCTATGTTCATTT 1618

 31326940 CACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGT 31326999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 CACTGCTCTGTGATTCAGTTTCTTCGTCTGTAAAATGTGAATAATAATAAGTGGCTGGGT 1678

 31327000 GCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACC 31327059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 GCAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCATCACCTTGGGAGGCCAAGATGGATCACCAGAGACC 1738

 31327060 ATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAAC 31327119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 ATGAGTTCAAGACAAGCCTAGACAACATAGGGAGACCCTGTCTCAATTTAAAATAATAAC 1798

 31327120 AGCAACTACCTATAAAAGTGATTGCAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCG 31327179
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AGCAACTACCTATAAAAGTGATTGGAAGGACTCAATTAGTTAACATACATAAGCTGGGCG 1858

 31327180 CGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGT 31327239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 CGGTGTCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACGAGGT 1918

 31327240 CAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAA 31327299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 CAGGAGATAAAGACCATCCTCACTAAAGCGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAA 1978

 31327300 AAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTACTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAG 31327359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1979 AAATTAGCAGGGAGTAGTGGCGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGAAGGCTGAGGCAG 2038

 31327360 GAG 31327362
          |||
     2039 GAG 2041

EXCISED REGION

 31328035 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCA 31328094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2042 AATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA 2101

 31328095 GCCT 31328098
          ||||
     2102 GCCT 2105

Alignment time is 3.02133 s

