
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    4848] =>      4848 nucs 'mol-32-2076-042593_4848'

Score:        4773
Aligned:      4847        nucs
Identic:      4837 (100%) nucs =>       542 (100%)      4295 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52749145,52749686] EXCISED REGION [52785271,52789572]
 second seq =>  [       1,     542] EXCISED REGION [     548,    4848]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [543,547]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [541,542] to [546,547]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [541,542] to [548,549]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [543,543] to [547,547]

 52749145 CACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAG 52749204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAG 60

 52749205 GCCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAG 52749264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAG 120

 52749265 TCTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAA 52749324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAA 180

 52749325 GGTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTT 52749384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTT 240

 52749385 CTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATC 52749444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATC 300

 52749445 AAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTG 52749504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTG 360

 52749505 GGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTT 52749564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTT 420

 52749565 TTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGT 52749624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGT 480

 52749625 AACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGG 52749684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGG 540

 52749685 TA 52749686
          ||
      541 TA 542

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      548 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 607

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      608 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 667

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      668 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 727

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      728 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 787

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      788 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 847

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      848 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 907

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      908 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 967

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      968 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1027

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1028 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1087

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1088 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1147

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1148 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1207

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1208 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1267

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1268 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1327

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1328 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1387

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1388 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1447

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1448 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1507

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1567

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1568 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1627

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1687

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1688 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1747

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1748 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 1807

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1808 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 1867

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1868 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 1927

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 1987

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2047

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2048 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2107

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2108 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 2167

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2227

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2228 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2287

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2288 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2347

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2348 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2407

 52787131 A--GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATATA 52787188
          |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||
     2408 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG----TATATATATATATATATA 2463

 52787189 TATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCTTT 52787248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 TATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCTTT 2523

 52787249 TCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGACA 52787308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2524 TCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGACA 2583

 52787309 TATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTCTT 52787368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2584 TATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTCTT 2643

 52787369 TTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTAAT 52787428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2644 TTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTAAT 2703

 52787429 TTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATCTA 52787488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2704 TTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATCTA 2763

 52787489 TCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGGTT 52787548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2764 TCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGGTT 2823

 52787549 TTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTTGT 52787608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2824 TTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTTGT 2883

 52787609 TTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTTTT 52787668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2884 TTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTTTT 2943

 52787669 TCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGCAT 52787728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2944 TCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGCAT 3003

 52787729 AGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTCTT 52787788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3004 AGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTCTT 3063

 52787789 TTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTTGC 52787848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3064 TTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTTGC 3123

 52787849 ATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTACA 52787908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3124 ATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTACA 3183

 52787909 TGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTTTT 52787968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3184 TGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTTTT 3243

 52787969 GTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTTAT 52788028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3244 GTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTTAT 3303

 52788029 TCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACTAT 52788088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3304 TCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACTAT 3363

 52788089 AGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTGCT 52788148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3364 AGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTGCT 3423

 52788149 TAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTTTT 52788207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
     3424 TAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTTTT 3483

 52788208 TTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATATA 52788267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3484 TTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATATA 3543

 52788268 GATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCATGG 52788327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3544 GATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCATGG 3603

 52788328 AATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTCTC 52788387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3604 AATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTCTC 3663

 52788388 CTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTACTA 52788447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3664 CTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTACTA 3723

 52788448 ATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTAAT 52788507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3724 ATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTAAT 3783

 52788508 TAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACACA 52788567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3784 TAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACACA 3843

 52788568 TGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGGCT 52788627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3844 TGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGGCT 3903

 52788628 CAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGAT 52788687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3904 CAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGAT 3963

 52788688 CAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGC 52788747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3964 CAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGC 4023

 52788748 CGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGG 52788807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4024 CGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGG 4083

 52788808 CGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCCTG 52788867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4084 CGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCCTG 4143

 52788868 GGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATTGT 52788927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4144 GGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATTGT 4203

 52788928 GGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCAGA 52788987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4204 GGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCAGA 4263

 52788988 ATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAATA 52789047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4264 ATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAATA 4323

 52789048 TTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAACAG 52789107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4324 TTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAACAG 4383

 52789108 TAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAATA 52789167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4384 TAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAATA 4443

 52789168 GCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTATGA 52789227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4444 GCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTATGA 4503

 52789228 CATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATGGT 52789287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4504 CATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATGGT 4563

 52789288 AACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAGAC 52789347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4564 AACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAGAC 4623

 52789348 AATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGAAAGTCTTCTAGATAGTGTTCAG 52789407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     4624 AATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGAAAGTCTTCCAGATAGTGTTCAG 4683

 52789408 TTTATCTCTGGTTTTCAATTGCTTTTTTCAACTCGTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGTCGTT 52789467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4684 TTTATCTCTGGTTTTCAATTGCTTTTTTCAACTCGTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGTCGTT 4743

 52789468 GTTAAGGGGCCATATGCTCAAGTTGCTTGCTGAAGTTGTGATGAGGTTCTTTCTACAGGA 52789527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4744 GTTAAGGGGCCATATGCTCAAGTTGCTTGCTGAAGTTGTGATGAGGTTCTTTCTACAGGA 4803

 52789528 TGTGCTCAACAAGGTAAGTTTAAGGAAGGTTAAAGGAACATAACT 52789572
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4804 TGTGCTCAACAAGGTAAGTTTAAGGAAGGTTAAAGGAACATAACT 4848

Alignment time is 9.96236 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    2319] =>      2319 nucs 'mol-32-2081-098464_2319'

Score:        2303
Aligned:      2314        nucs
Identic:      2313 (100%) nucs =>       795 (100%)      1518 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52748892,52749686] EXCISED REGION [52785271,52786789]
 second seq =>  [       1,     795] EXCISED REGION [     801,    2319]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [796,800]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [794,795] to [799,800]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [794,795] to [801,802]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [796,796] to [800,800]

 52748892 AAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTC 52748951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTC 60

 52748952 CTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTT 52749011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTT 120

 52749012 ATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCA 52749071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCA 180

 52749072 TAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAG 52749131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAG 240

 52749132 TTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAA 52749191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAA 300

 52749192 TATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAG 52749251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAG 360

 52749252 GAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAA 52749311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAA 420

 52749312 ATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGT 52749371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGT 480

 52749372 CTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATT 52749431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATT 540

 52749432 ACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCA 52749491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCA 600

 52749492 TGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAA 52749551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAA 660

 52749552 TAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGT 52749611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGT 720

 52749612 ATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCC 52749671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCC 780

 52749672 TTCTCCAATTAGGTA 52749686
          |||||||||||||||
      781 TTCTCCAATTAGGTA 795

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      801 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 860

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      861 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 920

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      921 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 980

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      981 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 1040

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1041 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 1100

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1101 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1160

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1161 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1220

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1221 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1280

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1281 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1340

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1341 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1400

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1401 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1460

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1461 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1520

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1521 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1580

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1581 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1640

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1641 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1700

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1701 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1760

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1761 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1820

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1821 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1880

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1881 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1940

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1941 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 2000

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2001 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 2060

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2061 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 2120

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2121 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2180

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2181 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2240

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2241 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2300

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTT 52786789
          |||||||||||||||||||
     2301 AATATTTTTTCAATGGTTT 2319

Alignment time is 4.77843 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    2446] =>      2446 nucs 'mol-32-22d3-041440_2446'

Score:        2422
Aligned:      2433        nucs
Identic:      2432 (100%) nucs =>       822 (100%)      1610 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52748865,52749686] EXCISED REGION [52785271,52786881]
 second seq =>  [       9,     830] EXCISED REGION [     836,    2446]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [831,835]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [829,830] to [834,835]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [829,830] to [836,837]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [831,831] to [835,835]

 52748865 TATATATAACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAAT 52748924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        9 TATATATAACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAAT 68

 52748925 AAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTG 52748984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       69 AAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTG 128

 52748985 TTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTG 52749044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      129 TTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTG 188

 52749045 ATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACAT 52749104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      189 ATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACAT 248

 52749105 CCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAA 52749164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      249 CCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAA 308

 52749165 TGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTAT 52749224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      309 TGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTAT 368

 52749225 CTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGT 52749284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      369 CTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGT 428

 52749285 AAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAA 52749344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      429 AAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAA 488

 52749345 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 52749404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      489 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 548

 52749405 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 52749464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      549 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 608

 52749465 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 52749524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      609 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 668

 52749525 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 52749584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      669 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 728

 52749585 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 52749644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      729 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 788

 52749645 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      789 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 830

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      836 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 895

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      896 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 955

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      956 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 1015

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1016 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 1075

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1076 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 1135

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1136 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1195

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1196 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1255

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1256 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1315

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1316 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1375

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1376 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1435

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1436 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1495

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1496 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1555

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1556 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1615

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1616 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1675

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1676 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1735

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1736 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1795

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1796 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1855

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1856 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1915

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1916 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1975

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1976 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 2035

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2036 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 2095

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2096 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 2155

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2156 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2215

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2216 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2275

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2276 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2335

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2336 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2395

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCG 52786881
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2396 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCG 2446

Alignment time is 5.36117 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    5248] =>      5248 nucs 'mol-32-238e-061007_5248'

Score:        3959
Aligned:      4033        nucs
Identic:      4023 (100%) nucs =>       774 (100%)      3249 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52748913,52749686] EXCISED REGION [52785271,52788524]
 second seq =>  [       1,     774] EXCISED REGION [     780,    4036]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [775,779]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [773,774] to [778,779]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [773,774] to [780,781]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [775,775] to [779,779]

 52748913 ATCTTCATGAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTT 52748972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCTTCATGAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTT 60

 52748973 ACAATGATTGTGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAA 52749032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAATGATTGTGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAA 120

 52749033 TATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATG 52749092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATG 180

 52749093 TCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCA 52749152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCA 240

 52749153 TCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCC 52749212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCC 300

 52749213 TCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAA 52749272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAA 360

 52749273 TCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTC 52749332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTC 420

 52749333 TTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTT 52749392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTT 480

 52749393 TGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATAT 52749452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATAT 540

 52749453 AAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGC 52749512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGC 600

 52749513 AAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCC 52749572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCC 660

 52749573 TTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTG 52749632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTG 720

 52749633 AATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 774

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 839

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 899

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 959

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 1019

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 1079

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1139

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1199

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1259

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1319

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1379

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1439

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1499

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1559

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1619

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1679

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1739

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1799

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1800 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1859

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1919

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1979

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 2039

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 2099

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2159

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2219

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2279

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2339

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 2399

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2459

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2519

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2579

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2639

 52787131 A----GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATA 52787186
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     2640 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG--TATATATATATATATATA 2697

 52787187 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 52787246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 2757

 52787247 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 52787306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 2817

 52787307 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 52787366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 2877

 52787367 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 52787426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 2937

 52787427 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 52787486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 2997

 52787487 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 52787546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 3057

 52787547 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 52787606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 3117

 52787607 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 52787666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 3177

 52787667 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 52787726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 3237

 52787727 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 52787786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 3297

 52787787 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 52787846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3298 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 3357

 52787847 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 52787906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3358 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 3417

 52787907 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTT 52787966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3418 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTT 3477

 52787967 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 52788026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3478 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 3537

 52788027 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 52788086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3538 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 3597

 52788087 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 52788146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3598 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 3657

 52788147 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTT 52788205
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||| ||||
     3658 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGATTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 3717

 52788206 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 52788265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3718 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 3777

 52788266 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 52788325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3778 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 3837

 52788326 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 52788385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3838 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 3897

 52788386 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 52788445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3898 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 3957

 52788446 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 52788505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3958 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 4017

 52788506 ATTAGTGGTTTTAAAACTG 52788524
          |||||||||||||||||||
     4018 ATTAGTGGTTTTAAAACTG 4036

Alignment time is 10.4892 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    8658] =>      8658 nucs 'mol-32-2895-070676_8658'

Score:        8521
Aligned:      8653        nucs
Identic:      8623 (100%) nucs =>      7817 (100%)       806 (100%)
Gaps:           24 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52741865,52749686] EXCISED REGION [52785271,52786077]
 second seq =>  [       1,    7846] EXCISED REGION [    7852,    8658]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [7847,7851]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [7845,7846] to [7850,7851]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [7845,7846] to [7852,7853]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [7847,7847] to [7851,7851]

 52741865 TAGTAATGGATGAGGAAAGAAATCTCTTCTCCCAAACAAATGTGATCCCTATAAAAATTC 52741924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAGTAATGGATGAGGAAAGAAATCTCTTCTCCCAAACAAATGTGATCCCTATAAAAATTC 60

 52741925 CAATTACATTTTTTATTGAAGAAGTAAAAGTAATTCTAAAATTCATATGGTATTACAAAA 52741984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAATTACATTTTTTATTGAAGAAGTAAAAGTAATTCTAAAATTCATATGGTATTACAAAA 120

 52741985 GTCCCAAATAGTCAAAGCGATATTGAGCAAGAAGAACCAAGGTGGAGGCATCACACTTCC 52742044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTCCCAAATAGTCAAAGCGATATTGAGCAAGAAGAACCAAGGTGGAGGCATCACACTTCC 180

 52742045 TGATTTCAAATTATATTACAAAGCCATAATAAACAAACAGTACAGTCTGACACAAAAACA 52742104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGATTTCAAATTATATTACAAAGCCATAATAAACAAACAGTACAGTCTGACACAAAAACA 240

 52742105 GACATACAGACCAATGTAACAATAAAAAACCCAGAAATAAACTTACATTTATATATTCAA 52742164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GACATACAGACCAATGTAACAATAAAAAACCCAGAAATAAACTTACATTTATATATTCAA 300

 52742165 CTAATTTTGGACAAAGATACCAAGAATACACAATGGAGAAACGATAGTTCTTTGGTAAGT 52742224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTAATTTTGGACAAAGATACCAAGAATACACAATGGAGAAACGATAGTTCTTTGGTAAGT 360

 52742225 GTGCTGAGAAAACTGAATATCTACGTGCAAAAACATTAAAACTGGACCCTTATCTTACAT 52742284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTGCTGAGAAAACTGAATATCTACGTGCAAAAACATTAAAACTGGACCCTTATCTTACAT 420

 52742285 CATAAACAGAAATCAACTAAAAGTAGAATAAATATGTAGACATAAAGCCTGCAACCAGAA 52742344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CATAAACAGAAATCAACTAAAAGTAGAATAAATATGTAGACATAAAGCCTGCAACCAGAA 480

 52742345 AACTAGTAGAACACAATGTAAAAGAAAAGCTCCTTGACATTGGTTTTGGCAATTTTTTTT 52742404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACTAGTAGAACACAATGTAAAAGAAAAGCTCCTTGACATTGGTTTTGGCAATTTTTTTT 540

 52742405 TATATGACACCAGAAACACAGGCAATATAACCAAAATAAACAAGTAGGATCATATCAAAA 52742464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATATGACACCAGAAACACAGGCAATATAACCAAAATAAACAAGTAGGATCATATCAAAA 600

 52742465 TAAAAAGCTTCTGCCCAGGAAACAAAACATTCAACAAAATGAACAGGCAACTTATGGAAG 52742524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAAAAAGCTTCTGCCCAGGAAACAAAACATTCAACAAAATGAACAGGCAACTTATGGAAG 660

 52742525 TAAAGATTTGCAAAACACGTATCTATCTGATAAGGGTTACTATACAAAATACATAAGAAA 52742584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAAAGATTTGCAAAACACGTATCTATCTGATAAGGGTTACTATACAAAATACATAAGAAA 720

 52742585 CTCATACAACTGAATAGCAAAACAGACCCAAACAAAAACCAAATAACCTTAACAAAAATG 52742644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTCATACAACTGAATAGCAAAACAGACCCAAACAAAAACCAAATAACCTTAACAAAAATG 780

 52742645 GGCAAAGACCTGAGTAATTTGTCTAAAAACGACATACAAATATGTAACAGATATATTAAG 52742704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGCAAAGACCTGAGTAATTTGTCTAAAAACGACATACAAATATGTAACAGATATATTAAG 840

 52742705 AAGTGCTCAACATTGCTAATGATCAGGAAAATCCAAATCAAACTGCAGTGATTTATCGTC 52742764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAGTGCTCAACATTGCTAATGATCAGGAAAATCCAAATCAAACTGCAGTGATTTATCGTC 900

 52742765 TCACAACTGTTAACATGGGCTATTATTTTACAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGACAA 52742824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCACAACTGTTAACATGGGCTATTATTTTACAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGACAA 960

 52742825 CAAATTTGGTGAGAATGTGGGCAAAAGAGAGTCCTTACACATTGTTGGTGGGAATGTAAA 52742884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAAATTTGGTGAGAATGTGGGCAAAAGAGAGTCCTTACACATTGTTGGTGGGAATGTAAA 1020

 52742885 CTGGTGAAGACATTATGGAAAACATAATGGAATATGCTGAGGAAACATACAGGGTTTAAT 52742944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTGGTGAAGACATTATGGAAAACATAATGGAATATGCTGAGGAAACATACAGGGTTTAAT 1080

 52742945 GAAGGAGTTAAAGCTAGAAAAACTGTATGACCCAGCAATCCCAATGTTGTGTATATATTC 52743004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAAGGAGTTAAAGCTAGAAAAACTGTATGACCCAGCAATCCCAATGTTGTGTATATATTC 1140

 52743005 AAAGGAATTGAAAGAATCTTGAAATATCTGCATTCCCATGTTCATTGCAAAATTATTTAC 52743064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAGGAATTGAAAGAATCTTGAAATATCTGCATTCCCATGTTCATTGCAAAATTATTTAC 1200

 52743065 CATATCCAAGATAATTCAACCTTAAATGTTCATTGATAGATGAATAGATTAAGAAAGTGT 52743124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATATCCAAGATAATTCAACCTTAAATGTTCATTGATAGATGAATAGATTAAGAAAGTGT 1260

 52743125 CATATATTCTTACAATTGAATATTATTCAGCCTTTTAAAAAAGGAAATTCTATCATTTGC 52743184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CATATATTCTTACAATTGAATATTATTCAGCCTTTTAAAAAAGGAAATTCTATCATTTGC 1320

 52743185 AACAACATAATGCCTAGAGGACATTATGTTAAGTGACGTAAGCCAGGCACAGAGAGTATT 52743244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AACAACATAATGCCTAGAGGACATTATGTTAAGTGACGTAAGCCAGGCACAGAGAGTATT 1380

 52743245 TGTCTCTTACTTACATGAGAGTTTTAGTCTGTTCAGGCTGCTATAATAAAATATCATAGA 52743304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGTCTCTTACTTACATGAGAGTTTTAGTCTGTTCAGGCTGCTATAATAAAATATCATAGA 1440

 52743305 CTAGGTATCTTATAAACAATATAAATTTATATTTCTCAGAGTTTTGGAGGCTGGAAAGTC 52743364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTAGGTATCTTATAAACAATATAAATTTATATTTCTCAGAGTTTTGGAGGCTGGAAAGTC 1500

 52743365 AAAGATCAAGACATAGGCCATTTCCATGTCTTGTGAGGGTCTACTTTCTATTTATAGATG 52743424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AAAGATCAAGACATAGGCCATTTCCATGTCTTGTGAGGGTCTACTTTCTATTTATAGATG 1560

 52743425 GCACATTGTCATTGTGTCCTCACGTGGTAGAAGGGACTAGCTAGCTTCTAGGATCTCTTA 52743484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GCACATTGTCATTGTGTCCTCACGTGGTAGAAGGGACTAGCTAGCTTCTAGGATCTCTTA 1620

 52743485 TAAGAGCACAAATCCCAATACTGAGGGCCTTGCTCTTATAATCTAATTACCTCTCAAAGG 52743544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TAAGAGCACAAATCCCAATACTGAGGGCCTTGCTCTTATAATCTAATTACCTCTCAAAGG 1680

 52743545 CCCCACCTCCTAAAACCATCACCTGTGGGGTGAGGATTCAACATATGAATTCAAGGAGCA 52743604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CCCCACCTCCTAAAACCATCACCTGTGGGGTGAGGATTCAACATATGAATTCAAGGAGCA 1740

 52743605 GGCACAAATGTTTAGACCATAGAAATGTATAATCTAAAATAGTCAGACTTAGGGAAGCAA 52743664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GGCACAAATGTTTAGACCATAGAAATGTATAATCTAAAATAGTCAGACTTAGGGAAGCAA 1800

 52743665 AGCAGCATGGTGGTTGCCAAGGGCTTGAGTGAGGAGAAAATGAGGAGGTGATTTTTAAAG 52743724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AGCAGCATGGTGGTTGCCAAGGGCTTGAGTGAGGAGAAAATGAGGAGGTGATTTTTAAAG 1860

 52743725 GGTATGAAGTTTCTGTTATACAAGATAAGCAAGTTTTAGAGACCTACTGTACAGCATAGT 52743784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGTATGAAGTTTCTGTTATACAAGATAAGCAAGTTTTAGAGACCTACTGTACAGCATAGT 1920

 52743785 GCCTATAACTAACAATACTGTACTGCTATATTTTATACTTAAAATTTGCTAACATGATAG 52743844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCCTATAACTAACAATACTGTACTGCTATATTTTATACTTAAAATTTGCTAACATGATAG 1980

 52743845 ATTTTATGTTAAGTGTTCTTACCAAAAAGTTCCCCCAAACCACAGATTGTTTATAATAAA 52743904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTTTATGTTAAGTGTTCTTACCAAAAAGTTCCCCCAAACCACAGATTGTTTATAATAAA 2040

 52743905 GGGGGTGGGAGGAAGCTTTCAGAGGTGATGAATATGTTTATGTCCTCTATAGTGGTGGTG 52743964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GGGGGTGGGAGGAAGCTTTCAGAGGTGATGAATATGTTTATGTCCTCTATAGTGGTGGTG 2100

 52743965 GTTTCACAGGTGTATGCTGCTACCCAAGCTCATGATGTATATATTAAATATGTACAGATT 52744024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GTTTCACAGGTGTATGCTGCTACCCAAGCTCATGATGTATATATTAAATATGTACAGATT 2160

 52744025 TTTATGTGTCGATTATACTTCAATAAAGTGGTCAAATAAATAAATTCCCCTTAAAATAAT 52744084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTTATGTGTCGATTATACTTCAATAAAGTGGTCAAATAAATAAATTCCCCTTAAAATAAT 2220

 52744085 AAAAGCAGGAAGGGAGTATATATTTTTTCAAAATGGCAGTTCCTTAAAGCTGTGGTTTTC 52744144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAAAGCAGGAAGGGAGTATATATTTTTTCAAAATGGCAGTTCCTTAAAGCTGTGGTTTTC 2280

 52744145 AACTTTGCTTATTCAATCATTTGTTGCTTAACGAGGATATATTCTGAGAAATGCATCATT 52744204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AACTTTGCTTATTCAATCATTTGTTGCTTAACGAGGATATATTCTGAGAAATGCATCATT 2340

 52744205 AGGCAATTACTTCATTGCACAAACATCACAGAGTATACTCACACAAATCCAGATGGTATA 52744264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AGGCAATTACTTCATTGCACAAACATCACAGAGTATACTCACACAAATCCAGATGGTATA 2400

 52744265 GCTTACTACACACCTAGGGCTATGTGGTATAACTTATTGCTTCTAGGCTACAAACCTGTT 52744324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GCTTACTACACACCTAGGGCTATGTGGTATAACTTATTGCTTCTAGGCTACAAACCTGTT 2460

 52744325 CAGTGTGTGACTACACTGAATACTGTAGGCAACTGTAGCACAATGTTAAGTATTTGTGTA 52744384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CAGTGTGTGACTACACTGAATACTGTAGGCAACTGTAGCACAATGTTAAGTATTTGTGTA 2520

 52744385 AATAAATATATCTAAACATAGATGAGGTACAATAAAAACCAGTATAAAAGATAAAAAATG 52744444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AATAAATATATCTAAACATAGATGAGGTACAATAAAAACCAGTATAAAAGATAAAAAATG 2580

 52744445 GCACACCATTTGGTAGGATAACTACCATTAATGGAGCATGAAGGACTGAAAGTTGCTTTG 52744504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GCACACCATTTGGTAGGATAACTACCATTAATGGAGCATGAAGGACTGAAAGTTGCTTTG 2640

 52744505 GGTGAGTAAGTGAGTGATGAGTGAACGTGAAGCCCTAGAACATTACTCTATACTACTGTA 52744564
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2641 GGTGAGTAAGTGAGTGATGAGTGAACGTGAAGCCCTAGAACATTATTCTATACTACTGTA 2700

 52744565 GACTTTATAAACACTGCAAACTTAGCCTTTCCTAAATTTATTTAAATTTTTTTCAATAAT 52744624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GACTTTATAAACACTGCAAACTTAGCCTTTCCTAAATTTATTTAAATTTTTTTCAATAAT 2760

 52744625 ACATTAACTTTAGCTTACTGTAAACTTACTTTAAAGCATTTTTATATTTTAAAATTTTTT 52744684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ACATTAACTTTAGCTTACTGTAAACTTACTTTAAAGCATTTTTATATTTTAAAATTTTTT 2820

 52744685 GATTCTTAAAATAACACAGCTAAAAATGCAGCTGTACAAAAATATTTTTTATACCCTTAT 52744744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GATTCTTAAAATAACACAGCTAAAAATGCAGCTGTACAAAAATATTTTTTATACCCTTAT 2880

 52744745 TCTGTAAGTTTGTTGCTATTTTCAATTTTTTTCTTTTACTTTTTAAACACTTGTGTTAAA 52744804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TCTGTAAGTTTGTTGCTATTTTCAATTTTTTTCTTTTACTTTTTAAACACTTGTGTTAAA 2940

 52744805 AACTAAGGCACGAACACACACATTAGCCTAGGCCTGCACAGGTCAGAATTGTCAGTATCA 52744864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AACTAAGGCACGAACACACACATTAGCCTAGGCCTGCACAGGTCAGAATTGTCAGTATCA 3000

 52744865 CCATTGTCCACCTCCGTATCTTATCCCACTGGAATGTCTTGAAGGGCAATAACAAGCATG 52744924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CCATTGTCCACCTCCGTATCTTATCCCACTGGAATGTCTTGAAGGGCAATAACAAGCATG 3060

 52744925 GAGCTGTCATCTCCTATGATGAGAATGCCTTCTGGAATACCTCCTGAAGGACCTACCTGA 52744984
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GAGCTGTCATCTCCTATGATGAGGATGCCTTCTGGAATACCTCCTGAAGGACCTACCTGA 3120

 52744985 GGCTGTTTTACAGGTAACTTCTAAAAATACATAAGTAGAAGGAGTACACTCTAAAATAAT 52745044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GGCTGTTTTACAGGTAACTTCTAAAAATACATAAGTAGAAGGAGTACACTCTAAAATAAT 3180

 52745045 AAAACATATGGTATAGTAAATGCATAAACTAGTAACATAGTTGTTGATTATCATTATCAA 52745104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 AAAACATATGGTATAGTAAATGCATAAACTAGTAACATAGTTGTTGATTATCATTATCAA 3240

 52745105 ATATGTACTATATATAATTGCATAGGATATACTGTTATATGACTGGCAGCACAGTAGGTT 52745164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 ATATGTACTATATATAATTGCATAGGATATACTGTTATATGACTGGCAGCACAGTAGGTT 3300

 52745165 TGTTTACACCAGCATTTCCATAAACATATAAATAATGCATAATTCTACAACTTTACAATG 52745224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TGTTTACACCAGCATTTCCATAAACATATAAATAATGCATAATTCTACAACTTTACAATG 3360

 52745225 TATACTACAATGTCACCAGGCAATAGAACTTTTTCAGCTCCATTATAATCTTATGGCACC 52745284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TATACTACAATGTCACCAGGCAATAGAACTTTTTCAGCTCCATTATAATCTTATGGCACC 3420

 52745285 ACCAACATATATGCAATCTGTATTGACCAAAAAGTCTTTAGACAGGTGATAACTATATCA 52745344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 ACCAACATATATGCAATCTGTATTGACCAAAAAGTCTTTAGACAGGTGATAACTATATCA 3480

 52745345 GTAACCTCTGGGGAACATTTAAAAATTTCCAATGTCCTAACATCATCAGCCAAGCTTCTG 52745404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 GTAACCTCTGGGGAACATTTAAAAATTTCCAATGTCCTAACATCATCAGCCAAGCTTCTG 3540

 52745405 ATTTAATGAATATGAGATGTAGTCTGACCATCAGATTTTTTTTCTTTTTATTTCACCTAA 52745464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 ATTTAATGAATATGAGATGTAGTCTGACCATCAGATTTTTTTTCTTTTTATTTCACCTAA 3600

 52745465 TGTAATTCAAAGATGATTGACACCACTGCATTAGAGTCGTCTTCTCAACAATGTGGATTA 52745524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TGTAATTCAAAGATGATTGACACCACTGCATTAGAGTCGTCTTCTCAACAATGTGGATTA 3660

 52745525 AAGAGGCAAACAAACCGTAGGTGGATTTGTGCTTTCCTGAACCAAACCTATGTTAAGTGT 52745584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 AAGAGGCAAACAAACCGTAGGTGGATTTGTGCTTTCCTGAACCAAACCTATGTTAAGTGT 3720

 52745585 TTGACTTGGAGATTTATCTAAATAAATGAGGGCAAGCTACAATTTCTAATTGACAAGTAA 52745644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TTGACTTGGAGATTTATCTAAATAAATGAGGGCAAGCTACAATTTCTAATTGACAAGTAA 3780

 52745645 AGTCTAAGACACTGACTAATACAGGTTGGTTTCTCTCATTGATTGGATTAAAAGTTCTCA 52745704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 AGTCTAAGACACTGACTAATACAGGTTGGTTTCTCTCATTGATTGGATTAAAAGTTCTCA 3840

 52745705 CCTCATGAAAGTACAATAGAGTGTGTAAACTCGGATTTTCAATTAGAAAGTAACTCTCTT 52745764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 CCTCATGAAAGTACAATAGAGTGTGTAAACTCGGATTTTCAATTAGAAAGTAACTCTCTT 3900

 52745765 TCATCTAAGCAAATTTCATGTTTCCAGTTCTTACAGATTTAATCCTTAAAGCCAGAATAT 52745824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TCATCTAAGCAAATTTCATGTTTCCAGTTCTTACAGATTTAATCCTTAAAGCCAGAATAT 3960

 52745825 TTATGAATAAGAACACTGCAATTTTCACTTTTTATTCTAGAATGAATAGACTTGACAGTA 52745884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TTATGAATAAGAACACTGCAATTTTCACTTTTTATTCTAGAATGAATAGACTTGACAGTA 4020

 52745885 ATCTCAGCCTCTTTTCAAATTTTAAGTAATTAGATGCCAAATAATATTTCCCTACTGCCC 52745944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 ATCTCAGCCTCTTTTCAAATTTTAAGTAATTAGATGCCAAATAATATTTCCCTACTGCCC 4080

 52745945 TAAGGAATTAAGCACCAAGTTTTTCCCTATCAAGGACTCCCTTCAGTGGAGATGTACATT 52746004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TAAGGAATTAAGCACCAAGTTTTTCCCTATCAAGGACTCCCTTCAGTGGAGATGTACATT 4140

 52746005 CTCTGAATTGTCAATTCTTGAGTCATAATAGTGGCTCTCATGTTCTTTTAGATTTTCAAG 52746064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 CTCTGAATTGTCAATTCTTGAGTCATAATAGTGGCTCTCATGTTCTTTTAGATTTTCAAG 4200

 52746065 ATGGAAAACTCATATTTAGTTATATCATCCTGTTTACTTCCCACAAGTGATCTGTCATCA 52746124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 ATGGAAAACTCATATTTAGTTATATCATCCTGTTTACTTCCCACAAGTGATCTGTCATCA 4260

 52746125 AATCTCATATTTTCCTGAGAAGTATCTCTTAGATTCTCCAGTTGCTTCTTGTTACCAAGA 52746184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 AATCTCATATTTTCCTGAGAAGTATCTCTTAGATTCTCCAGTTGCTTCTTGTTACCAAGA 4320

 52746185 CTTCATCTAGAACATCCTCACTACTTTTTGGGACAAATTTTTTATAGGATGAGTCAACAC 52746244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 CTTCATCTAGAACATCCTCACTACTTTTTGGGACAAATTTTTTATAGGATGAGTCAACAC 4380

 52746245 TTTAAAATATAAATTTTACCAAAATCTCTTTGTCAAGAGTATATAATTGTTCTATGTCAC 52746304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 TTTAAAATATAAATTTTACCAAAATCTCTTTGTCAAGAGTATATAATTGTTCTATGTCAC 4440

 52746305 TGATAAGGTGATATGGTTTGGCTGTGTCCCCACCCAGATCTCATCCTGAATTATAGTTCC 52746364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TGATAAGGTGATATGGTTTGGCTGTGTCCCCACCCAGATCTCATCCTGAATTATAGTTCC 4500

 52746365 CATAATCCCCACATGTCGTGGGAGGGATGTCGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGGTAACTGA 52746424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 CATAATCCCCACATGTCGTGGGAGGGATGTCGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGGTAACTGA 4560

 52746425 ATCATGGGGCAGTTACCCCAGTGCTGCTGTTCTCATGATAGTGAGTGAGCTCTCACAAGA 52746484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 ATCATGGGGCAGTTACCCCAGTGCTGCTGTTCTCATGATAGTGAGTGAGCTCTCACAAGA 4620

 52746485 TCTGATGATTTTATAAGGGGCTTTCCCCCCTTTTGCTGGGCACTTCTCCTTGCTGCCACA 52746544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 TCTGATGATTTTATAAGGGGCTTTCCCCCCTTTTGCTGGGCACTTCTCCTTGCTGCCACA 4680

 52746545 ATGAGAAGAAGGACGTGTTTGCTTCCTCTTCCTCTATGAATTTTAAGTTTCCTGAGGCCT 52746604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 ATGAGAAGAAGGACGTGTTTGCTTCCTCTTCCTCTATGAATTTTAAGTTTCCTGAGGCCT 4740

 52746605 CCCCAGCCATGGTGAACTGTGAGTCAACTAACCCTCTTTCCTTTATAAATTATCCAGTCT 52746664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 CCCCAGCCATGGTGAACTGTGAGTCAACTAACCCTCTTTCCTTTATAAATTATCCAGTCT 4800

 52746665 TGGGGATGTCTGTATTAGCAGCATGAGAATGGACTAATACGTAGGCAAACTCCAAACTCC 52746724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 TGGGGATGTCTGTATTAGCAGCATGAGAATGGACTAATACGTAGGCAAACTCCAAACTCC 4860

 52746725 AGAATGCTTTCCTTTTTAACAAATAAAAGTTAAACAGTGTCTTAACTTCTTCCACTAACA 52746784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 AGAATGCTTTCCTTTTTAACAAATAAAAGTTAAACAGTGTCTTAACTTCTTCCACTAACA 4920

 52746785 TTTACTTACTGTACTTGAAAATTACCCAAAGGAAAACAAACTCTTTTAGTTATATGAAAG 52746844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 TTTACTTACTGTACTTGAAAATTACCCAAAGGAAAACAAACTCTTTTAGTTATATGAAAG 4980

 52746845 TTGAAGTCTCTGTCTTATACTTTATTCTATAATATTACAGTGTGGATAGTAGGAAGGACA 52746904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 TTGAAGTCTCTGTCTTATACTTTATTCTATAATATTACAGTGTGGATAGTAGGAAGGACA 5040

 52746905 AGGGTGTTAAAGTGAAATACAACTGGATTCAAATGCTTACTTTGTTGATTACTGTTTGCT 52746964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 AGGGTGTTAAAGTGAAATACAACTGGATTCAAATGCTTACTTTGTTGATTACTGTTTGCT 5100

 52746965 CATGAGCAAGTTTTCAAAACTTTTTATATTCAGTTTATTCATTGTGAAGTGGGGTTTAAT 52747024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 CATGAGCAAGTTTTCAAAACTTTTTATATTCAGTTTATTCATTGTGAAGTGGGGTTTAAT 5160

 52747025 AAATGTCAACCTATTGAGTTGTTATGAGTTCTCTACAAAAAATATCTATCATCTATCTTT 52747084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 AAATGTCAACCTATTGAGTTGTTATGAGTTCTCTACAAAAAATATCTATCATCTATCTTT 5220

 52747085 CTGCCAATCTTTCTATCTCTATCATCTACATTGATAGCCTATGCCATATGTTTTGAACAG 52747144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 CTGCCAATCTTTCTATCTCTATCATCTACATTGATAGCCTATGCCATATGTTTTGAACAG 5280

 52747145 TTATCCTCAATAAACAGAAGCTCTTGTTGCGATTTCTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTT 52747204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 TTATCCTCAATAAACAGAAGCTCTTGTTGCGATTTCTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTT 5340

 52747205 CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT--------GTTTTTAATAACAT 52747256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||
     5341 CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTGTTTTTAATAACAT 5400

 52747257 AGTATTTATCTACAATGAAAAACCTGTACTAGGAAGAAAATGGCAGTCCTTCTTCAAAGG 52747316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 AGTATTTATCTACAATGAAAAACCTGTACTAGGAAGAAAATGGCAGTCCTTCTTCAAAGG 5460

 52747317 GGTTAATTTTCTTTTGTAAGATTCAGGAATTGATGGCTGAGGTGTTATTTTTTTCTTGTT 52747376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 GGTTAATTTTCTTTTGTAAGATTCAGGAATTGATGGCTGAGGTGTTATTTTTTTCTTGTT 5520

 52747377 TACAGCATAAGTTTAAACCACAGAAAACATCAAAACCTAGCTTGGCTTTGTTTAGTATGT 52747436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 TACAGCATAAGTTTAAACCACAGAAAACATCAAAACCTAGCTTGGCTTTGTTTAGTATGT 5580

 52747437 GTCATAACTTGGTGATTCAAAGGATCTTTGCTTTTTAGCTTCCAAGTGAAAGGGTTTGTT 52747496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 GTCATAACTTGGTGATTCAAAGGATCTTTGCTTTTTAGCTTCCAAGTGAAAGGGTTTGTT 5640

 52747497 TATGGTGTCTACAAAGGTAAGAACAAAATTTGCTAATTAGAAATTGAAAAACTTAGTCAA 52747556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 TATGGTGTCTACAAAGGTAAGAACAAAATTTGCTAATTAGAAATTGAAAAACTTAGTCAA 5700

 52747557 TCAAAAGGCCTTTGTTGTTAGGTTTTGATCATGGCAAAAGGAGGAGTTTTGCATTTGCCT 52747616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 TCAAAAGGCCTTTGTTGTTAGGTTTTGATCATGGCAAAAGGAGGAGTTTTGCATTTGCCT 5760

 52747617 AGATGCATACAAAAGGCAATTTGTTAAAATAGCAAAAGAGCAGCAAAGGCTGTCTGTTTC 52747676
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     5761 AGATGCATACAAAAGGCAATTTGTTAAAATAGCAAAAGAGCAGCAAAGGTTGTCTGTTTC 5820

 52747677 TCTGCTTACTCTGAATATACTACAAGTAGAAAGCATAGGCTCTTTACCAGTTCACCAGTA 52747736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 TCTGCTTACTCTGAATATACTACAAGTAGAAAGCATAGGCTCTTTACCAGTTCACCAGTA 5880

 52747737 ATCACATTTTTGGTACAAAAGGGGACTCTGCAAAGGCAAATTTATTTAGGCTTAAAAATT 52747796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 ATCACATTTTTGGTACAAAAGGGGACTCTGCAAAGGCAAATTTATTTAGGCTTAAAAATT 5940

 52747797 ATTCATGTTCTTCCTTCCAATCAAATACCACCTGGCACAAATATTTGGCCCTCAATAGGA 52747856
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     5941 ATTCATGTTCTTCCTTCCAATCAAATACCACCTTGCACAAATATTTGGCCCTCAATAGGA 6000

 52747857 GAGAACCTGTAGTGGGAACAGAACCTTGTAAATGAGAGGAGGAAAACTTATTCACCACTG 52747916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 GAGAACCTGTAGTGGGAACAGAACCTTGTAAATGAGAGGAGGAAAACTTATTCACCACTG 6060

 52747917 TGACCCTTTTCCTTTTCCTTATGGCCTTTTCTCTGTGTGAGAAATCAGGGAAGTCTGCAC 52747976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 TGACCCTTTTCCTTTTCCTTATGGCCTTTTCTCTGTGTGAGAAATCAGGGAAGTCTGCAC 6120

 52747977 AGCTGACAGGCAAGGGAGGAGAAACTGCAGGGGCAAGGTGCACAATGTGGATATAAAATT 52748036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 AGCTGACAGGCAAGGGAGGAGAAACTGCAGGGGCAAGGTGCACAATGTGGATATAAAATT 6180

 52748037 CTACTCTAAGAGAGTGTGGAGGGAAGCCACATTTGAGTTGATAACATTATTTTATTCCTC 52748096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 CTACTCTAAGAGAGTGTGGAGGGAAGCCACATTTGAGTTGATAACATTATTTTATTCCTC 6240

 52748097 TTAATATAAGAAGACACTTTTTGTCATTTAAATTGATTTGGTTAAAAGAAGACATAGATG 52748156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 TTAATATAAGAAGACACTTTTTGTCATTTAAATTGATTTGGTTAAAAGAAGACATAGATG 6300

 52748157 AAATAGAAATACGAGAGGAAAGGACATTTTTCCTTCTCAGAAACTGTGTGCAGGAGTTTG 52748216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 AAATAGAAATACGAGAGGAAAGGACATTTTTCCTTCTCAGAAACTGTGTGCAGGAGTTTG 6360

 52748217 AAAATGCGGGATAGATGGCTGTCCCAGGAGAATGATCGAGGAAAGTGTGATCCTGCAGTA 52748276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 AAAATGCGGGATAGATGGCTGTCCCAGGAGAATGATCGAGGAAAGTGTGATCCTGCAGTA 6420

 52748277 GTAAACGCAAGCATGAGGCATCTTTCTTATTTATACATTAGAGTTCTTTCAACTCATATG 52748336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 GTAAACGCAAGCATGAGGCATCTTTCTTATTTATACATTAGAGTTCTTTCAACTCATATG 6480

 52748337 TGATTTAAAAGAATATTGAAATACTACCAACAGTGTTTTCTCTTTTCCTGTGAAATGCTT 52748396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6481 TGATTTAAAAGAATATTGAAATACTACCAACAGTGTTTTCTCTTTTCCTGTGAAATGCTT 6540

 52748397 ATTTTCAATCTCAAATTAACTTCCATATTCTTTAAAAACTTTCCATTCCACTCACAGACA 52748456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6541 ATTTTCAATCTCAAATTAACTTCCATATTCTTTAAAAACTTTCCATTCCACTCACAGACA 6600

 52748457 CAGGATTTTCTCCCTTCTCTGACATATGATCTTTCTTTGTGGAGAAAGGGTCTTTTATAC 52748516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6601 CAGGATTTTCTCCCTTCTCTGACATATGATCTTTCTTTGTGGAGAAAGGGTCTTTTATAC 6660

 52748517 TCTGGTGGTGCCAGCATTACCCAGGGCAGCAAACTTTCAGCAAGGCAATTTGAAATGTAT 52748576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6661 TCTGGTGGTGCCAGCATTACCCAGGGCAGCAAACTTTCAGCAAGGCAATTTGAAATGTAT 6720

 52748577 CTGAAAAAATGTAAGTGTATATACCAGGAATTTATATAAAGAAAATGCATGGACTATGTT 52748636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6721 CTGAAAAAATGTAAGTGTATATACCAGGAATTTATATAAAGAAAATGCATGGACTATGTT 6780

 52748637 TAGAGGATATTAATTGCAAGGTTAATTATAAATTAAGAAAAAAAGAAACAAATCTCATGT 52748696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6781 TAGAGGATATTAATTGCAAGGTTAATTATAAATTAAGAAAAAAAGAAACAAATCTCATGT 6840

 52748697 CCTATAACATAGGATCAGTTAAATAAGTTATGGAAGATAAAAAATGGATAGTATGCAATA 52748756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6841 CCTATAACATAGGATCAGTTAAATAAGTTATGGAAGATAAAAAATGGATAGTATGCAATA 6900

 52748757 GTTCATATAAAAATATGTATTTATATTTACTTATGTAGAAATGAATTTGAGGTACAAATG 52748816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6901 GTTCATATAAAAATATGTATTTATATTTACTTATGTAGAAATGAATTTGAGGTACAAATG 6960

 52748817 TAAACTACATAATGGTATGTGTTAGATGATTATATATATATATATATATATATATA---- 52748872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
     6961 TAAACTACATAATGGTATGTGTTAGATGATTATATATATATATATATATATATATATCTA 7020

 52748873 ------------ACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCAT 52748920
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7021 TATCTATATATAACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCAT 7080

 52748921 GAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGAT 52748980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7081 GAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGAT 7140

 52748981 TGTGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACT 52749040
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7141 TGCGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACT 7200

 52749041 TTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTA 52749100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7201 TTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTA 7260

 52749101 ACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTC 52749160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7261 ACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTC 7320

 52749161 ATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTC 52749220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7321 ATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTC 7380

 52749221 TTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAA 52749280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7381 TTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAA 7440

 52749281 GGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTT 52749340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7441 GGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTT 7500

 52749341 AGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTA 52749400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7501 AGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTA 7560

 52749401 ATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTA 52749460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7561 ATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTA 7620

 52749461 CTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGA 52749520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7621 CTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGA 7680

 52749521 GGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAG 52749580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7681 GGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAG 7740

 52749581 GTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCA 52749640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7741 GTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCA 7800

 52749641 AAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7801 AAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 7846

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7852 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 7911

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7912 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 7971

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7972 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 8031

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8032 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 8091

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8092 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 8151

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8152 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 8211

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8212 ATGTTCAAATTAGGTTAGCCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 8271

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8272 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 8331

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8332 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 8391

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8392 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 8451

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8452 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 8511

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8512 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 8571

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8572 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 8631

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGT 52786077
          |||||||||||||||||||||||||||
     8632 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGT 8658

Alignment time is 17.3377 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    4784] =>      4784 nucs 'mol-32-2afd-086094_4784'

Score:        4696
Aligned:      4781        nucs
Identic:      4770 (100%) nucs =>       660 (100%)      4110 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52749026,52749686] EXCISED REGION [52785271,52789385]
 second seq =>  [       1,     661] EXCISED REGION [     667,    4784]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [662,666]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [660,661] to [665,666]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [660,661] to [667,668]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [662,662] to [666,666]

 52749026 TTCCTAATATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATC 52749085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCCTAATATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATC 60

 52749086 TTTTATGTCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATAC 52749145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTTATGTCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATAC 120

 52749146 ACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGG 52749205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGG 180

 52749206 CCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGT 52749265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGT 240

 52749266 CTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAG 52749325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAG 300

 52749326 GTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTC 52749385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTC 360

 52749386 TGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCA 52749445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCA 420

 52749446 AGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGG 52749505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGG 480

 52749506 GGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTT 52749565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTT 540

 52749566 TAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTA 52749625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTA 600

 52749626 ACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGT 52749685
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACATGCGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGT 660

 52749686 A 52749686
          |
      661 A 661

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      667 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 726

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      727 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 786

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      787 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 846

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      847 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 906

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      907 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 966

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      967 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1026

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1027 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1086

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1087 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1146

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1147 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1206

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1207 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1266

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1267 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1326

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1327 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1386

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1387 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1446

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1447 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1506

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1507 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1566

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1567 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1626

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1627 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1686

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1687 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1746

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1747 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1806

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1807 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1866

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1867 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 1926

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1927 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 1986

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1987 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2046

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2047 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2106

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2107 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2166

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2167 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2226

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2227 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 2286

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2287 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2346

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2347 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2406

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2407 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2466

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2467 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2526

 52787131 A----GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATA 52787186
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     2527 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG--TATATATATATATATATA 2584

 52787187 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 52787246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2585 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 2644

 52787247 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 52787306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2645 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 2704

 52787307 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 52787366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2705 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 2764

 52787367 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 52787426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2765 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 2824

 52787427 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 52787486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2825 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 2884

 52787487 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 52787546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2885 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 2944

 52787547 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 52787606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2945 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 3004

 52787607 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 52787666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3005 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 3064

 52787667 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 52787726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3065 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 3124

 52787727 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 52787786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3125 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 3184

 52787787 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 52787846
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3185 TTTTGCTGTACAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 3244

 52787847 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 52787906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3245 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 3304

 52787907 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTT 52787966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3305 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTT 3364

 52787967 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 52788026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3365 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 3424

 52788027 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 52788086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3425 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 3484

 52788087 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 52788146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3485 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 3544

 52788147 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTT 52788205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
     3545 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 3604

 52788206 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 52788265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3605 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 3664

 52788266 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 52788325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3665 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 3724

 52788326 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 52788385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3725 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 3784

 52788386 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 52788445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3785 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 3844

 52788446 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 52788505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3845 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 3904

 52788506 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 52788565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3905 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 3964

 52788566 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 52788625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3965 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 4024

 52788626 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAG 52788685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4025 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAG 4084

 52788686 ATCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTA 52788745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4085 ATCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTA 4144

 52788746 GCCGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 52788805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4145 GCCGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 4204

 52788806 GGCGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCC 52788865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4205 GGCGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCC 4264

 52788866 TGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATT 52788925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4265 TGGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATT 4324

 52788926 GTGGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCA 52788985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4325 GTGGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCA 4384

 52788986 GAATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAA 52789045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4385 GAATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAA 4444

 52789046 TATTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAAC 52789105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4445 TATTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAAC 4504

 52789106 AGTAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAA 52789165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4505 AGTAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAA 4564

 52789166 TAGCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTAT 52789225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4565 TAGCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTAT 4624

 52789226 GACATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATG 52789285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4625 GACATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATG 4684

 52789286 GTAACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAG 52789345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4685 GTAACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAG 4744

 52789346 ACAATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGA 52789385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4745 ACAATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGA 4784

Alignment time is 9.79285 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    4214] =>      4214 nucs 'mol-32-2afd-120785_4214'

Score:        4130
Aligned:      4204        nucs
Identic:      4194 (100%) nucs =>       822 (100%)      3372 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52748865,52749686] EXCISED REGION [52785271,52788647]
 second seq =>  [       8,     829] EXCISED REGION [     835,    4214]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [830,834]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [828,829] to [833,834]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [828,829] to [835,836]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [830,830] to [834,834]

 52748865 TATATATAACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAAT 52748924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        8 TATATATAACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAAT 67

 52748925 AAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTG 52748984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       68 AAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTG 127

 52748985 TTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTG 52749044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      128 TTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTG 187

 52749045 ATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACAT 52749104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      188 ATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACAT 247

 52749105 CCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAA 52749164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      248 CCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAA 307

 52749165 TGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTAT 52749224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      308 TGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTAT 367

 52749225 CTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGT 52749284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      368 CTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGT 427

 52749285 AAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAA 52749344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      428 AAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAA 487

 52749345 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 52749404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      488 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 547

 52749405 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 52749464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      548 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 607

 52749465 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 52749524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      608 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 667

 52749525 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 52749584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      668 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 727

 52749585 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 52749644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      728 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 787

 52749645 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      788 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 829

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      835 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 894

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      895 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 954

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      955 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 1014

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1015 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 1074

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1075 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 1134

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1135 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1194

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1195 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1254

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1255 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1314

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1315 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1374

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1375 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1434

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1435 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1494

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1554

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1614

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1674

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1734

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1794

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1854

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1855 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1914

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1974

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 2034

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 2094

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2095 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 2154

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2155 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2214

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2215 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2274

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2275 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2334

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2335 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2394

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2395 GTGGTGAATTATTAGACTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 2454

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2455 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2514

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2515 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2574

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2575 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2634

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2635 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2694

 52787131 A----GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATA 52787186
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     2695 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG--TATATATATATATATATA 2752

 52787187 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 52787246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2753 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 2812

 52787247 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 52787306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2813 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 2872

 52787307 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 52787366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2873 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 2932

 52787367 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 52787426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2933 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 2992

 52787427 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 52787486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2993 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 3052

 52787487 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 52787546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3053 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 3112

 52787547 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 52787606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3113 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 3172

 52787607 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 52787666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3173 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 3232

 52787667 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 52787726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3233 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 3292

 52787727 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 52787786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3293 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 3352

 52787787 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 52787846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3353 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 3412

 52787847 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 52787906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3413 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 3472

 52787907 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTT 52787966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3473 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTT 3532

 52787967 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 52788026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3533 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 3592

 52788027 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 52788086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3593 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 3652

 52788087 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 52788146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3653 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 3712

 52788147 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTT 52788205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
     3713 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 3772

 52788206 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 52788265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3773 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 3832

 52788266 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 52788325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3833 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 3892

 52788326 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 52788385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3893 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 3952

 52788386 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 52788445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3953 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 4012

 52788446 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 52788505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4013 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 4072

 52788506 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 52788565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4073 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 4132

 52788566 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 52788625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4133 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 4192

 52788626 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCAC 52788647
          ||||||||||||||||||||||
     4193 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCAC 4214

Alignment time is 8.66343 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    4130] =>      4130 nucs 'mol-32-3101-052346_4130'

Score:        4055
Aligned:      4118        nucs
Identic:      4109 (100%) nucs =>       822 (100%)      3287 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52748865,52749686] EXCISED REGION [52785271,52788561]
 second seq =>  [      10,     831] EXCISED REGION [     837,    4130]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [832,836]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [830,831] to [835,836]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [830,831] to [837,838]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [832,832] to [836,836]

 52748865 TATATATAACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAAT 52748924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       10 TATATATAACTGCAAGATAATTGCACCAAACTTGTTAACTGTGGTTGTATCTTCATGAAT 69

 52748925 AAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTG 52748984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       70 AAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTACAATGATTGTG 129

 52748985 TTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTG 52749044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      130 TTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTG 189

 52749045 ATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACAT 52749104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      190 ATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACAT 249

 52749105 CCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAA 52749164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      250 CCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAA 309

 52749165 TGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTAT 52749224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      310 TGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTAT 369

 52749225 CTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGT 52749284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      370 CTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGT 429

 52749285 AAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAA 52749344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      430 AAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAA 489

 52749345 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 52749404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      490 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 549

 52749405 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 52749464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      550 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 609

 52749465 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 52749524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      610 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 669

 52749525 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 52749584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      670 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 729

 52749585 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 52749644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      730 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 789

 52749645 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      790 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 831

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      837 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 896

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      897 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 956

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      957 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 1016

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1017 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 1076

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 1136

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1196

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1256

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1316

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1376

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1377 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1436

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1496

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1556

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1616

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1676

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1677 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1736

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1796

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1856

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1857 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1916

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1976

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 2036

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 2096

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 2156

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2157 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2216

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2217 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2276

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2277 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2336

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2337 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2396

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 2456

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2457 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2516

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2576

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2636

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2637 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2696

 52787131 A----GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATA 52787186
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     2697 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG--TATATATATATATATATA 2754

 52787187 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 52787246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2755 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 2814

 52787247 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 52787306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2815 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 2874

 52787307 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 52787366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2875 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 2934

 52787367 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 52787426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2935 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 2994

 52787427 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 52787486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2995 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 3054

 52787487 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 52787546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3055 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 3114

 52787547 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 52787606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3115 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 3174

 52787607 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 52787666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3175 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 3234

 52787667 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 52787726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3235 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 3294

 52787727 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 52787786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3295 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 3354

 52787787 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 52787846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3355 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 3414

 52787847 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 52787906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3415 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 3474

 52787907 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTT 52787966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3475 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTT 3534

 52787967 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 52788026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3535 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 3594

 52788027 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 52788086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3595 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 3654

 52788087 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 52788146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3655 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 3714

 52788147 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTT 52788205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
     3715 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 3774

 52788206 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 52788265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3775 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 3834

 52788266 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 52788325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3835 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 3894

 52788326 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 52788385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3895 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 3954

 52788386 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 52788445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3955 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 4014

 52788446 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 52788505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4015 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 4074

 52788506 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTA 52788561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4075 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTA 4130

Alignment time is 8.45834 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    2669] =>      2669 nucs 'mol-32-321f-272243_2669'

Score:        2635
Aligned:      2657        nucs
Identic:      2655 (100%) nucs =>       772 (100%)      1883 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52748915,52749686] EXCISED REGION [52785271,52787155]
 second seq =>  [       1,     772] EXCISED REGION [     778,    2662]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [773,777]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [771,772] to [776,777]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [771,772] to [778,779]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [773,773] to [777,777]

 52748915 CTTCATGAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTAC 52748974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTCATGAATAAAGTTTGACTAATTTAAAATTTTTTCCTAAATTTTTAATATTATTTTAC 60

 52748975 AATGATTGTGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATA 52749034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATGATTGTGTTCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATA 120

 52749035 TATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTC 52749094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTC 180

 52749095 TTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATC 52749154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATC 240

 52749155 ATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTC 52749214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTC 300

 52749215 CAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATC 52749274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATC 360

 52749275 GCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTT 52749334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTT 420

 52749335 GTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTG 52749394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTG 480

 52749395 TCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAA 52749454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAA 540

 52749455 ATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAA 52749514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAA 600

 52749515 AGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTT 52749574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTT 660

 52749575 GCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAA 52749634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAA 720

 52749635 TATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 772

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      778 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 837

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      838 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 897

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      898 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 957

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      958 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 1017

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1018 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 1077

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1078 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1137

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1138 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1197

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1198 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1257

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1258 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1317

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1318 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1377

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1378 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1437

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1438 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1497

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1557

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1617

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1677

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1737

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1797

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1798 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1857

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1917

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1977

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 2037

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 2097

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 AATTAAGACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2157

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2217

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2277

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2337

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 2397

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2457

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2517

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2577

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2637

 52787131 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 52787155
          |||||||||||||||||||||||||
     2638 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 2662

Alignment time is 5.38514 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    3788] =>      3788 nucs 'mol-32-32f0-181707_3788'

Score:        3722
Aligned:      3785        nucs
Identic:      3776 (100%) nucs =>       342 (100%)      3434 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52749345,52749686] EXCISED REGION [52785271,52788708]
 second seq =>  [       1,     342] EXCISED REGION [     348,    3788]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [343,347]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [341,342] to [346,347]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [341,342] to [348,349]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [343,343] to [347,347]

 52749345 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 52749404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGC 60

 52749405 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 52749464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCA 120

 52749465 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 52749524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGG 180

 52749525 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 52749584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCT 240

 52749585 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 52749644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGC 300

 52749645 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 342

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      348 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 407

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      408 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 467

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      468 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 527

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      528 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 587

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      588 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 647

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      648 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 707

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      708 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 767

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      768 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 827

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      828 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 887

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      888 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 947

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      948 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1007

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1008 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1067

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1068 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1127

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1128 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1187

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1188 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1247

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1248 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1307

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1308 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1367

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1368 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1427

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1428 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1487

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1488 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1547

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1548 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 1607

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1608 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 1667

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1668 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 1727

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1728 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 1787

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1788 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 1847

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1848 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 1907

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1908 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 1967

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1968 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2027

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2028 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2087

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2088 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2147

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2148 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2207

 52787131 A----GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATA 52787186
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     2208 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG--TATATATATATATATATA 2265

 52787187 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 52787246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 2325

 52787247 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 52787306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 2385

 52787307 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 52787366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 2445

 52787367 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 52787426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 2505

 52787427 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 52787486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 2565

 52787487 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 52787546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 2625

 52787547 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 52787606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 2685

 52787607 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 52787666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 2745

 52787667 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 52787726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 2805

 52787727 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 52787786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 2865

 52787787 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 52787846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 2925

 52787847 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 52787906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2926 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 2985

 52787907 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTT 52787966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2986 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTT 3045

 52787967 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 52788026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3046 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 3105

 52788027 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 52788086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3106 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 3165

 52788087 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 52788146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3166 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 3225

 52788147 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTT 52788205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
     3226 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 3285

 52788206 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 52788265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3286 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 3345

 52788266 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 52788325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3346 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 3405

 52788326 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 52788385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3406 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 3465

 52788386 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 52788445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3466 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 3525

 52788446 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 52788505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3526 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 3585

 52788506 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 52788565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3586 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 3645

 52788566 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 52788625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3646 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 3705

 52788626 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAG 52788685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3706 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAG 3765

 52788686 ATCAAGACCATCCTGGCTAACAC 52788708
          |||||||||||||||||||||||
     3766 ATCAAGACCATCCTGGCTAACAC 3788

Alignment time is 7.6395 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    7075] =>      7075 nucs 'mol-32-3332-038641_7075'

Score:        6987
Aligned:      7072        nucs
Identic:      7061 (100%) nucs =>       265 (100%)      6796 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52749422,52749686] EXCISED REGION [52785271,52792073]
 second seq =>  [       1,     265] EXCISED REGION [     271,    7075]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [266,270]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [264,265] to [269,270]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [264,265] to [271,272]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [266,266] to [270,270]

 52749422 CCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAG 52749481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAG 60

 52749482 ATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCT 52749541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCT 120

 52749542 AGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTA 52749601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTA 180

 52749602 ACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAA 52749661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAA 240

 52749662 AACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          |||||||||||||||||||||||||
      241 AACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 265

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 330

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 390

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 450

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 510

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 570

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 630

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 690

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 750

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 810

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 870

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 930

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 990

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1050

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1110

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1170

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1230

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1290

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1350

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1410

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1470

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 1530

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 1590

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 1650

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 1710

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 1770

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 1830

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 1890

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 1950

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2010

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2070

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2130

 52787131 A----GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATA 52787186
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     2131 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG--TATATATATATATATATA 2188

 52787187 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 52787246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2189 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 2248

 52787247 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 52787306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2249 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 2308

 52787307 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 52787366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2309 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 2368

 52787367 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 52787426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2369 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 2428

 52787427 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 52787486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2429 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 2488

 52787487 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 52787546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2489 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 2548

 52787547 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 52787606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2549 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 2608

 52787607 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 52787666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2609 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 2668

 52787667 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 52787726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 2728

 52787727 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 52787786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2729 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 2788

 52787787 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 52787846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2789 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 2848

 52787847 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 52787906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2849 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 2908

 52787907 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTT 52787966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2909 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTT 2968

 52787967 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 52788026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2969 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 3028

 52788027 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 52788086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3029 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 3088

 52788087 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 52788146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3089 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 3148

 52788147 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 52788206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3149 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 3208

 52788207 TTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATAT 52788266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3209 TTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATAT 3268

 52788267 AGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCATG 52788326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3269 AGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCATG 3328

 52788327 GAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTCT 52788386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3329 GAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTCT 3388

 52788387 CCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTACT 52788446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3389 CCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTACT 3448

 52788447 AATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTAA 52788506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3449 AATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTAA 3508

 52788507 TTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACAC 52788566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3509 TTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACAC 3568

 52788567 ATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGGC 52788626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3569 ATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGGC 3628

 52788627 TCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGA 52788686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3629 TCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGA 3688

 52788687 TCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAG 52788746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3689 TCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAG 3748

 52788747 CCGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATG 52788806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3749 CCGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATG 3808

 52788807 GCGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCCT 52788866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3809 GCGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCCT 3868

 52788867 GGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATTG 52788926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3869 GGGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATTG 3928

 52788927 TGGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCAG 52788986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3929 TGGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCAG 3988

 52788987 AATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAAT 52789046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3989 AATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAAT 4048

 52789047 ATTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAACA 52789106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4049 ATTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAACA 4108

 52789107 GTAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAAT 52789166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4109 GTAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAAT 4168

 52789167 AGCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTATG 52789226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4169 AGCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTATG 4228

 52789227 ACATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATGG 52789286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4229 ACATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATGG 4288

 52789287 TAACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAGA 52789346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4289 TAACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAGA 4348

 52789347 CAATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGAAAGTCTTCTAGATAGTGTTCA 52789406
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     4349 CAATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGAAAGTCTTCCAGATAGTGTTCA 4408

 52789407 GTTTATCTCTGGTTTTCAATTGCTTTTTTCAACTCGTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGTCGT 52789466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4409 GTTTATCTCTGGTTTTCAATTGCTTTTTTCAACTCGTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGTCGT 4468

 52789467 TGTTAAGGGGCCATATGCTCAAGTTGCTTGCTGAAGTTGTGATGAGGTTCTTTCTACAGG 52789526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4469 TGTTAAGGGGCCATATGCTCAAGTTGCTTGCTGAAGTTGTGATGAGGTTCTTTCTACAGG 4528

 52789527 ATGTGCTCAACAAGGTAAGTTTAAGGAAGGTTAAAGGAACATAACTCTCAAGTGATAAAG 52789586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4529 ATGTGCTCAACAAGGTAAGTTTAAGGAAGGTTAAAGGAACATAACTCTCAAGTGATAAAG 4588

 52789587 TACTAGGTACTAATTCTAAATGAAAAAAGGAGATGGCATCTCAGGTGAGAACACACTTCC 52789646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4589 TACTAGGTACTAATTCTAAATGAAAAAAGGAGATGGCATCTCAGGTGAGAACACACTTCC 4648

 52789647 AGTGTTAGATGAAGTACTAGTTAAGAGACAAGATGGGATAATCTCTTGTGCTTAAATTCT 52789706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4649 AGTGTTAGATGAAGTACTAGTTAAGAGACAAGATGGGATAATCTCTTGTGCTTAAATTCT 4708

 52789707 ATTTTTTAAAAAATTTACTTTCTTTTTGCCCTTTTTAATGTAATATTTTTAATTTCCAAA 52789766
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     4709 ATTTTTTAAAAAATTTACTTTCTTTTTGCCCTTTTTAATCTAATATTTTTAATTTCCAAA 4768

 52789767 TTAAATGGTATATATTTAATGTGAAATTTTTTTCAAATTTAGGCTATTAAGAATCCAGAG 52789826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4769 TTAAATGGTATATATTTAATGTGAAATTTTTTTCAAATTTAGGCTATTAAGAATCCAGAG 4828

 52789827 ATACATGTCTTAATCAATCTTCGTATCTTATTAACAGGAGTAATTTTTTTTCCTTAACAT 52789886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4829 ATACATGTCTTAATCAATCTTCGTATCTTATTAACAGGAGTAATTTTTTTTCCTTAACAT 4888

 52789887 ACATTGCCTTATAAATGGGTGATTATCTAGCCCATGGGAAGAAGCCAGGTAGGTGCTGAC 52789946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4889 ACATTGCCTTATAAATGGGTGATTATCTAGCCCATGGGAAGAAGCCAGGTAGGTGCTGAC 4948

 52789947 TATAGCATATGTCTCTCATATGCCTGCTGCTTCTTGAAATTCTAGAAACTCAGATATTTT 52790006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4949 TATAGCATATGTCTCTCATATGCCTGCTGCTTCTTGAAATTCTAGAAACTCAGATATTTT 5008

 52790007 CCCAGTTTTAAGGCACTACCTTTTGTTTCAGTGAAGATGGTCTGGGAGATGAAGTACATT 52790066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5009 CCCAGTTTTAAGGCACTACCTTTTGTTTCAGTGAAGATGGTCTGGGAGATGAAGTACATT 5068

 52790067 TCAATCTGACTTTTACTGGAAATGTCTAAGGGTAGGTCTTTTTGGAGTGCAAGTTTTGAT 52790126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5069 TCAATCTGACTTTTACTGGAAATGTCTAAGGGTAGGTCTTTTTGGAGTGCAAGTTTTGAT 5128

 52790127 AGGAGAATGATGATGAAAGAAAACAGAAGTGGCTGGGGGCTTGGGAGTTGGAAAATGCAT 52790186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5129 AGGAGAATGATGATGAAAGAAAACAGAAGTGGCTGGGGGCTTGGGAGTTGGAAAATGCAT 5188

 52790187 CTAAAGGAGGGAAAAACACTACATTAACTAGAATGACAGCAATATTTCTGCCAAAGACCA 52790246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5189 CTAAAGGAGGGAAAAACACTACATTAACTAGAATGACAGCAATATTTCTGCCAAAGACCA 5248

 52790247 ACTTTCTTCAATTTGCAATTCCATATAGGTTCAGTCAGAGGTAAAATACAAACCCAGCTA 52790306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5249 ACTTTCTTCAATTTGCAATTCCATATAGGTTCAGTCAGAGGTAAAATACAAACCCAGCTA 5308

 52790307 TTAGCCTAGGATGATTGGTAGCATTTTTATAAGGACATATCTTGAAACAGAAAATTCACA 52790366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5309 TTAGCCTAGGATGATTGGTAGCATTTTTATAAGGACATATCTTGAAACAGAAAATTCACA 5368

 52790367 ACTATTATTTTTATCATTTTTTTTCTTATCACTCTTGACTTCAATTTGATAATAGTCATG 52790426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5369 ACTATTATTTTTATCATTTTTTTTCTTATCACTCTTGACTTCAATTTGATAATAGTCATG 5428

 52790427 TAAGCATTCCAGGAGCTACTGGGCTAAAGTACCTCCTGATAACATCCCCACTGTCTCGGG 52790486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5429 TAAGCATTCCAGGAGCTACTGGGCTAAAGTACCTCCTGATAACATCCCCACTGTCTCGGG 5488

 52790487 GATTAGCGATCATGGGTGACCCGTTAAGAATGAGACATTGTGTCAATTCCAAAGTTCAAG 52790546
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5489 GATTAGTGATCATGGGTGACCCGTTAAGAATGAGACATTGTGTCAATTCCAAAGTTCAAG 5548

 52790547 TAGAGCTTCACCTCTAAATCTATTTTAGATAATTCTTTTGATAGTTAGAATATAATATAT 52790606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5549 TAGAGCTTCACCTCTAAATCTATTTTAGATAATTCTTTTGATAGTTAGAATATAATATAT 5608

 52790607 CTTGAGATCACTGCTTTTAATTAATGATTACCCCTCTGCCTTTATCTTAATTCCCTTTAT 52790666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5609 CTTGAGATCACTGCTTTTAATTAATGATTACCCCTCTGCCTTTATCTTAATTCCCTTTAT 5668

 52790667 CTTCATCAGTGAAAGAGTCACACTGTGGCAATGAGGGTTGTTGGGCTGGAGGTCAGAATC 52790726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5669 CTTCATCAGTGAAAGAGTCACACTGTGGCAATGAGGGTTGTTGGGCTGGAGGTCAGAATC 5728

 52790727 AAGTGAAACTTATTTCATCTTTAGTTTGAAATTACATTTCTTTAAATACTGCTCCAGGGG 52790786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5729 AAGTGAAACTTATTTCATCTTTAGTTTGAAATTACATTTCTTTAAATACTGCTCCAGGGG 5788

 52790787 AAAATCAATGGGTATAAACAGAAAATGCTCAAGTATGAGAAAAATAGACTTCAAGGTGAA 52790846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5789 AAAATCAATGGGTATAAACAGAAAATGCTCAAGTATGAGAAAAATAGACTTCAAGGTGAA 5848

 52790847 ATCTTTAAAATATATGGCTCAGGAAGAAAAAGCAGCCAAAAGGCATGTATTTCTGCTACT 52790906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5849 ATCTTTAAAATATATGGCTCAGGAAGAAAAAGCAGCCAAAAGGCATGTATTTCTGCTACT 5908

 52790907 GGGGACTGAAAAAGATGAGCCATAAAGTGTAATCGTTTTATATTAACAACTTCCATCTTC 52790966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5909 GGGGACTGAAAAAGATGAGCCATAAAGTGTAATCGTTTTATATTAACAACTTCCATCTTC 5968

 52790967 TCACATTCATAATTGCTTTTAGCTAATGCAAAAGTGAAGATCTTAATATTATCCGACATT 52791026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5969 TCACATTCATAATTGCTTTTAGCTAATGCAAAAGTGAAGATCTTAATATTATCCGACATT 6028

 52791027 TGTTTGGGTGAATGGGAAAATGTGATCTAACAAAAGAGTAACACAGGATACAATAAAGCA 52791086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6029 TGTTTGGGTGAATGGGAAAATGTGATCTAACAAAAGAGTAACACAGGATACAATAAAGCA 6088

 52791087 CTACTTTAGAAACAGCAGCAAGAGTTATATATTCCAACAGTGCTGGGTCCCATGATCCTT 52791146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6089 CTACTTTAGAAACAGCAGCAAGAGTTATATATTCCAACAGTGCTGGGTCCCATGATCCTT 6148

 52791147 AATTTGCATATAAATAATTAATATGCATACCCCAATAATGCCAGCTTCTGTGCACTACAT 52791206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6149 AATTTGCATATAAATAATTAATATGCATACCCCAATAATGCCAGCTTCTGTGCACTACAT 6208

 52791207 TTAGTATGAATTATGCAGAAATGCTTCAGAAATGCCTTTAATAGTAAAGGGAATTGCTAC 52791266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6209 TTAGTATGAATTATGCAGAAATGCTTCAGAAATGCCTTTAATAGTAAAGGGAATTGCTAC 6268

 52791267 CCTCCAAGATATGTAGGAAATAAAATCATTTGTTTGAAACATAAAATGAAAACAGAAGAT 52791326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6269 CCTCCAAGATATGTAGGAAATAAAATCATTTGTTTGAAACATAAAATGAAAACAGAAGAT 6328

 52791327 CTGATTAAAAAACATTCAGGAAAGGCAAGTTTCTTGATCAACTATCTTTTTTTTTGAGAC 52791386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6329 CTGATTAAAAAACATTCAGGAAAGGCAAGTTTCTTGATCAACTATCTTTTTTTTTGAGAC 6388

 52791387 AGAGTCTCGCTCTGTCACCCACGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGATCACTGCAAGC 52791446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6389 AGAGTCTCGCTCTGTCACCCACGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGATCACTGCAAGC 6448

 52791447 TCCACCTCCCAGGTTCACACCATTCTCGTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAG 52791506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6449 TCCACCTCCCAGGTTCACACCATTCTCGTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAG 6508

 52791507 GCACCCGCCACCACGCTCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAAAGACGGGGTTTCACCAG 52791566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6509 GCACCCGCCACCACGCTCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAAAGACGGGGTTTCACCAG 6568

 52791567 GTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCAGCCACCCAAAG 52791626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6569 GTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCAGCCACCCAAAG 6628

 52791627 TGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCCAGCCCAACTATCTTGTGTTTTATGTGTG 52791686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6629 TGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCCAGCCCAACTATCTTGTGTTTTATGTGTG 6688

 52791687 TTTTATCTTTTAGGATTTGTACTAGCCTTCAGGAATATGAAAGTGCATATGAGTCCTTAG 52791746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6689 TTTTATCTTTTAGGATTTGTACTAGCCTTCAGGAATATGAAAGTGCATATGAGTCCTTAG 6748

 52791747 AAAAAGAACATAGTGAAATCACACAAATAAAACTGCTGAACAATTAGGAAGTAGTAAAGG 52791806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6749 AAAAAGAACATAGTGAAATCACACAAATAAAACTGCTGAACAATTAGGAAGTAGTAAAGG 6808

 52791807 GCAAGCCCTGAGAGTTACACAGCTCCCTAGAGGGGACACTTGAAGAAAGAGTTGAGTACC 52791866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6809 GCAAGCCCTGAGAGTTACACAGCTCCCTAGAGGGGACACTTGAAGAAAGAGTTGAGTACC 6868

 52791867 CCAAGGGAGAGATATATGTATTTTTTTAATGTTGTATGTCAGAGCACAGAAAGAGAGATT 52791926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6869 CCAAGGGAGAGATATATGTATTTTTTTAATGTTGTATGTCAGAGCACAGAAAGAGAGATT 6928

 52791927 TAATATGTATTTGGAAGATTTGTTGGTTAAGAGAATCTATGCAGGCTATGCTTATGATCA 52791986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6929 TAATATGTATTTGGAAGATTTGTTGGTTAAGAGAATCTATGCAGGCTATGCTTATGATCA 6988

 52791987 CAAAAACGTCAACATAAGACAATACTAGGGTTACTCCCACGGCTAAGCCAACATGTCAAA 52792046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6989 CAAAAACGTCAACATAAGACAATACTAGGGTTACTCCCACGGCTAAGCCAACATGTCAAA 7048

 52792047 AAGTTTTCACCTAATGTTAGGAATAAT 52792073
          |||||||||||||||||||||||||||
     7049 AAGTTTTCACCTAATGTTAGGAATAAT 7075

Alignment time is 14.2921 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    4135] =>      4135 nucs 'mol-32-3492-070662_4135'

Score:        4069
Aligned:      4132        nucs
Identic:      4123 (100%) nucs =>       678 (100%)      3445 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52749009,52749686] EXCISED REGION [52785271,52788719]
 second seq =>  [       1,     678] EXCISED REGION [     684,    4135]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [679,683]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [677,678] to [682,683]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [677,678] to [684,685]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [679,679] to [683,683]

 52749009 GTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTT 52749068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTGATCTTTCTAACTATACTATAAGTT 60

 52749069 CCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGT 52749128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACATCCCAGCCCCCTTTATCCACATTGT 120

 52749129 GAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAA 52749188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAATGATTTGGGGTTATTTCTTGCAAA 180

 52749189 GAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTC 52749248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTATCTAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTC 240

 52749249 TAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCT 52749308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGTAAAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCT 300

 52749309 GAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGAC 52749368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAATAGGCACTGGGGAACTCTGGGGAC 360

 52749369 TGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGAC 52749428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAAAGATCACTCTCCTTGAC 420

 52749429 ATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCT 52749488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCAAAGCCACTAGATAGTCT 480

 52749489 GCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGC 52749548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGC 540

 52749549 TAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATAT 52749608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTCTCTCTCAGTAACAATAT 600

 52749609 TGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCA 52749668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCATTTGAAAGAAAAACATCA 660

 52749669 GCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          ||||||||||||||||||
      661 GCCTTCTCCAATTAGGTA 678

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      684 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 743

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      744 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 803

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      804 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 863

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      864 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 923

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      924 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 983

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      984 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1043

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1044 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1103

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1104 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1163

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1164 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1223

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1224 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1283

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1284 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1343

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1344 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1403

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1404 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1463

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1464 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1523

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1524 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1583

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1584 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1643

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1644 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1703

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1704 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1763

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1764 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1823

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1824 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1883

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1884 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 1943

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1944 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 2003

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2004 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 2063

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2064 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 2123

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2124 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 2183

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2184 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 2243

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2244 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 2303

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2304 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2363

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2364 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2423

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2424 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2483

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2484 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2543

 52787131 A----GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATA 52787186
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     2544 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG--TATATATATATATATATA 2601

 52787187 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 52787246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 TATATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCT 2661

 52787247 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 52787306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 TTTCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGA 2721

 52787307 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 52787366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 CATATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTC 2781

 52787367 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 52787426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 TTTTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTA 2841

 52787427 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 52787486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 ATTTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATC 2901

 52787487 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 52787546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 TATCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGG 2961

 52787547 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 52787606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 TTTTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTT 3021

 52787607 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 52787666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 GTTTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTT 3081

 52787667 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 52787726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 TTTCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGC 3141

 52787727 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 52787786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 ATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTC 3201

 52787787 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 52787846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 TTTTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTT 3261

 52787847 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 52787906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 GCATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTA 3321

 52787907 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTT 52787966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3322 CATGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTT 3381

 52787967 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 52788026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 TTGTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTT 3441

 52788027 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 52788086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 ATTCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACT 3501

 52788087 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 52788146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 ATAGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTG 3561

 52788147 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTT 52788205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
     3562 CTTAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTT 3621

 52788206 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 52788265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3622 TTTTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATA 3681

 52788266 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 52788325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 TAGATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCAT 3741

 52788326 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 52788385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 GGAATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTC 3801

 52788386 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 52788445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3802 TCCTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTAC 3861

 52788446 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 52788505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3862 TAATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTA 3921

 52788506 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 52788565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3922 ATTAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACA 3981

 52788566 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 52788625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3982 CATGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGG 4041

 52788626 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAG 52788685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4042 CTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAG 4101

 52788686 ATCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCT 52788719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4102 ATCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCT 4135

Alignment time is 8.55978 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    2013] =>      2013 nucs 'mol-32-34a8-049512_2013'

Score:        1997
Aligned:      2008        nucs
Identic:      2007 (100%) nucs =>       701 (100%)      1306 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52748986,52749686] EXCISED REGION [52785271,52786577]
 second seq =>  [       1,     701] EXCISED REGION [     707,    2013]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [702,706]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [700,701] to [705,706]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [700,701] to [707,708]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [702,702] to [706,706]

 52748986 TCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTGA 52749045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTCCAATGAGAAAAAAAGCATTGTTATAGTTAGGTACTCTTCCTAATATATACTTTTGA 60

 52749046 TCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACATC 52749105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTTTCTAACTATACTATAAGTTCCATAATGATGGGGATCTTTTATGTCTTGGTAACATC 120

 52749106 CCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAAT 52749165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCAGCCCCCTTTATCCACATTGTGAGTTATCACTCCATACACCTTCATCATAGTCATAAT 180

 52749166 GATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTATC 52749225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GATTTGGGGTTATTTCTTGCAAAGAATATTTATTCCCAGGCCATTCCTCCAATTCTTATC 240

 52749226 TAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGTA 52749285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAAAGTCTCAAGAGAAGTAATTCTAGGAACATTGAAGAGTCTTCAAATCGCACAAGGGTA 300

 52749286 AAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAAT 52749345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAATCAGTAAGCTCCCCAAAGCTGAAATTCTAATTCTAAGGTTACTCTTGTTCTTAGAAT 360

 52749346 AGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCA 52749405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGCACTGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCA 420

 52749406 TTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAG 52749465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTCTAAAGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAG 480

 52749466 GAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGA 52749525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAATCAAAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGA 540

 52749526 GAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTT 52749585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAGCCCTAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTT 600

 52749586 AAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCT 52749645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAATTCTCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCT 660

 52749646 CATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATCATTTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 701

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      707 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 766

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      767 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 826

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      827 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 886

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      887 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 946

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      947 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 1006

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1007 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 1066

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1067 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 1126

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1127 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 1186

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1187 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 1246

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1247 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 1306

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1307 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1366

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1367 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1426

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1427 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1486

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1546

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1606

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1666

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1726

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1727 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1786

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1846

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1847 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1906

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1907 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 1966

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAA 52786577
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1967 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAA 2013

Alignment time is 4.51884 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [52739686,52795270] =>     55585 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [       1,    6558] =>      6558 nucs 'mol-32-34a8-097747_6558'

Score:        6428
Aligned:      6557        nucs
Identic:      6542 (100%) nucs =>       335 (100%)      6207 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [52749352,52749686] EXCISED REGION [52785271,52791489]
 second seq =>  [       1,     335] EXCISED REGION [     341,    6558]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     35584 nucs [52749687,52785270]
 second seq =>         5 nucs [336,340]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [334,335] to [339,340]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [52749685,52749686] to [52785271,52785272]
 second seq =>         2 nucs [334,335] to [341,342]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [336,336] to [340,340]

 52749352 TGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAA 52749411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGGGAACTCTGGGGACTGTCTCCTTGACTGTTCTGCATTTTGTCTGTAATGCATTCTAA 60

 52749412 AGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCA 52749471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGATCACTCTCCTTGACATTACTCTTCTAAATCAAGCATATAAATTCTACTCAGGAATCA 120

 52749472 AAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCC 52749531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAGCCACTAGATAGTCTGCATGCATTTACACTGGGGAGGGCAAAGCAGAGGGGAGAGCCC 180

 52749532 TAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTC 52749591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAGCAGGGCTAGCCTGCTAATAAAACATGACTTTTAACTCCTTGCTCAGGTCTTAAATTC 240

 52749592 TCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCAT 52749651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTCTCAGTAACAATATTGTATAAGCCAAATGTAACATGTGAATATGCAAAGCTCATCAT 300

 52749652 TTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 52749686
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGAAAGAAAAACATCAGCCTTCTCCAATTAGGTA 335

EXCISED REGION

 52785271 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 52785330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      341 TAATTTATAAATAAAAGGAGTGTATTTGGCTTAGGGTTCTGCAAGCTGTTCAAGAAGCAT 400

 52785331 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 52785390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      401 AGAGGCAGCATCTGCCTCTTTTGAGGGCTTCAAGAAGCTTCTATGCATGGCAGAAGGGGA 460

 52785391 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 52785450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      461 AAGGGAGCCAGTGTGTGCAGATAATATGGTGAAAGAGAAACAAGAGAGGACAGAGGGTAG 520

 52785451 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 52785510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      521 TGCCAAACTCTTTTTAACAATCAGATCTTACAGAAACTAATAGAGTGAAAAGGCTCATTA 580

 52785511 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 52785570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      581 CCACCAAAATGGCATCAAGCCGTGCATGAGGGATCTAGCCCCATGACCCAAATACCTTTC 640

 52785571 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 52785630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      641 ATCAGGCTCCACCTTCAGTTTTGCAGCTCTACTTTCAAACAGGAGATTTAGAGAGGACAA 700

 52785631 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 52785690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      701 ATGTTCAAATTAGGTTAGTCACAGTTTAACTGGGATCTTTAGACAATCCCCTTATTAACT 760

 52785691 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 52785750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      761 GTGCGCTTGTTCCCTCTATTGTCTGGCATTCGTGAATGTGGAGCATCCTTTCTTGGATAG 820

 52785751 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 52785810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      821 CTCCAGGAGGTAAAATCCCCAGGGTCCCCTCCACCTCAGGAAAGAGAGGGTTTTGTGAGG 880

 52785811 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 52785870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      881 GTATCTGGGGTGTCTTACCGCTTCTTATAAAATTTAATCCAGGACTCTAGTGTTAAGTTG 940

 52785871 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 52785930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      941 CTCTCTTCAAGGTACTTAGTGCCTCCAATTCTCTCCATAGCATTAGTTAGCTTGTTTCTT 1000

 52785931 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 52785990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1001 TTTCCCTAAGACTTGCACTCTGCCAATTCTGATTTTATTTATCCATCTACTCTGCATTTT 1060

 52785991 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 52786050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1061 TCAAAAGTTCTCAATTGCTCTCTCTTCCTCCATTTATTTTGTTTTTGTGAGTTTAGAATT 1120

 52786051 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 52786110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1121 TTTTAATTTATCTAGTTTCAGTGTAGTGGGTTTTGAGAAACAATATAGGTAAAGACACAT 1180

 52786111 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 52786170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1181 ATTCAACCTTCCAAGTTAAGTGGAAATTACCACATTCCCTTCTATTCCTTAGCTTTTGTC 1240

 52786171 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 52786230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1241 TCCCACCCATTGGTGTCATTCTTCAGTCACTTTGCCAAACTGACTAAACCCAAACCACTT 1300

 52786231 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 52786290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 TCCATCTCTTAATTTTTACTTATTTTATTTCTTTCACCTTCACCTGAAGGTCTTTTTCCC 1360

 52786291 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGTAAAATCAT 52786350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1361 TTTGGAAGAGTATTTCTTCACATGCATTATTATTCTGTTCGCACTTCAAAGCAAAATCAT 1420

 52786351 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 52786410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 ATCTAACACTTGGTGAAAGTCACTCATCTGCCCATCTTGAATTATTTTCTCTTTCTCCTG 1480

 52786411 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 52786470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 TATTTGTATCATCTCCAATTTTGCTTGTTATAAAATCAATATTATTCTGCCTCAACTTAA 1540

 52786471 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 52786530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 GCTCCCTTTTCCCCCAGGTTTTATTCTACTTAAAAGTTAAGACTTACTAATCTCAGTCAC 1600

 52786531 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 52786590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 CTCCACATAGTCCGAATAGCATAACATCTATAGTACAGTTATTTAAATGCATATTTGTTG 1660

 52786591 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 52786650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 AATTAAAACAAATTGAACTCTAACACTTTATGAGAAGATGCTATATTTCTTCTGCTCCTT 1720

 52786651 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 52786710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 CATTTTTATTTCTTTTCACTTCTTTCTAGGAGCTAAAAGTTTAAACACTGTTATCCAGTA 1780

 52786711 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 52786770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 TTAGAACTGAGAATCACATATCCATTTCACTCTCTCTTTCTCTGTCTCTGTGTGCATTTA 1840

 52786771 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 52786830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 AATATTTTTTCAATGGTTTTTGGGGTACAAGTGGTTTTTGTTGTATGGATGAATTATATA 1900

 52786831 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 52786890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 GTGGTGAATTATTAGATTTTAGTGCACCAATTACCCAGGTAGTATACATCGTACCTAATG 1960

 52786891 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 52786950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 TGTAGTTTTTTTATTCATGGCCCTTCTCCTACCCTCCCCTTTCTGAGTCTCTAAGGTCCA 2020

 52786951 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 52787010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 TCATATCACCTGTATGCCTTTGCATACTCACAGCTTAGCTCCCACTCGTAAGTGAGAATA 2080

 52787011 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 52787070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 TATGGTTTTGGGTTTTCCATTCCTGTGTTACTTCACTTAGAACAATGGCCTCCAGCTCCA 2140

 52787071 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 52787130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 TCCAAATTGCTGCAAAAGACATTATTTTATTCCTTTTAATGGCTGAGTAGTATTCCACAG 2200

 52787131 A--GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATGTATATATATATATATATATATA 52787188
          |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||
     2201 AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTATG----TATATATATATATATATA 2256

 52787189 TATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCTTT 52787248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2257 TATCACATTTTTATTATTCACTCATTAGTCAATGGGCACTTAAGCTGGTTCGACATCTTT 2316

 52787249 TCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGACA 52787308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2317 TCACTGTGACTTGTACTACTATAAACATATGTGTGTGAATGTCTTTTTCACATAATGACA 2376

 52787309 TATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTCTT 52787368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2377 TATTTTTCTTTGGGTAGATACCCAGTAGTGGGACTGATGGATCAAATGATAGATCTTCTT 2436

 52787369 TTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTAAT 52787428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2437 TTAGCTTTTTAAGGAATAGCCATACTGTTTACCATGGAGGCTGTACTAATTTACATTAAT 2496

 52787429 TTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATCTA 52787488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2497 TTACATTCCCACAAGCAGTGTATAACCATTACCTTTTCTCCACATCCATGCCAACATCTA 2556

 52787489 TCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGGTT 52787548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2557 TCATCTTTTGACTTAATAATGACCATTCTTGTAGGAATAAGATATTATTTCATTGTGGTT 2616

 52787549 TTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTTGT 52787608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2617 TTAATTTGCACTTCCCTGTTGATTACTGATATTGAGCATTTTTTCATGTTTGCCATTTGT 2676

 52787609 TTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTTTT 52787668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2677 TTATCAACTTTTAAGAACTGTCTATTCATGTCCTTTCTCCACTTTTTAAAGGGATTTTTT 2736

 52787669 TCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGCAT 52787728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2737 TCTTGTTGATTTGTTTGAATCCCTTGTATATTCTGGACACTAGTCCTTTGTCAGATGCAT 2796

 52787729 AGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTCTT 52787788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2797 AGTTTGCAAATATTTTCTCCCACTCTGTGGATGGTCTGTTTACTCTGCTGATTATTTCTT 2856

 52787789 TTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTTGC 52787848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2857 TTGCTGTGCAGAGCATTTTAGCTTAATTAGGTCCCATTTATTTATTTCTGTTTTTGTTGC 2916

 52787849 ATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTACA 52787908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2917 ATTTGCTTTGGGGGTCTTAGTATACTGTGAGAGAGAGGGATTCTGTTTCATCCTTCTACA 2976

 52787909 TGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTCCATTTCCAATATGCGTTTT 52787968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2977 TGTGGCTTGCCAGTTTTCCCAGCACCATTAAATACGGTGTTCATTTCCAATATGCGTTTT 3036

 52787969 GTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTTAT 52788028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3037 GTATGCTTTGTTGAAGATCAGTTGGTTATACATATGTGGCTTTATTTCTGGGTTCTTTAT 3096

 52788029 TCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACTAT 52788088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3097 TCTGTTGCACTGGTCTATGTGACTACTTTTATACCAGTGCCATGCTCTTTTGGTAACTAT 3156

 52788089 AGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTGCT 52788148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3157 AGCCTTGTAGTATAATTTGAAGTCAGCTAATGTGATACCTCCAGATTTGTTCTTTTTGCT 3216

 52788149 TAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGA-TTTTTT 52788207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
     3217 TAGAATTCCTTGGGCTATTCATGCTCTTTTTTGGTTCCATATGAATTTTAAGATTTTTTT 3276

 52788208 TTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATATA 52788267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3277 TTTGCTAATTCTGTTAAAAAACAATGTTGGTATTTTGATGGGAATTGCACTGAATATATA 3336

 52788268 GATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCATGG 52788327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3337 GATTGTTTTTGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGGTTCTTCCAATACATGAGCATGG 3396

 52788328 AATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTCTC 52788387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3397 AATGTATTTCCATTTATTTGTTTCATCTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTGTGTAGTTCTC 3456

 52788388 CTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTACTA 52788447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3457 CTTGTAGAGATCTTTCACCTCCTTGGTTAAATATATTCCTAGGTAATTAAGCTTTTACTA 3516

 52788448 ATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTAAT 52788507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3517 ATAAATAAAAGTAACCTAACTTGTGCATTGCACTCTTTGGAGTTGAGAAAACCACGTAAT 3576

 52788508 TAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACACA 52788567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3577 TAGTGGTTTTAAAACTGGCTTTAACTGACAGCGTAATAGGGGAAATAAGACTTAAACACA 3636

 52788568 TGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGGCT 52788627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3637 TGAAACAATTTATAATTCAAGGCAGTATAAAATAAAGAGTGAGGGCCAGGCGTGGTGGCT 3696

 52788628 CAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGAT 52788687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3697 CAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGAT 3756

 52788688 CAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGC 52788747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3757 CAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGC 3816

 52788748 CGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGG 52788807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3817 CGGGCGTGGTGGCTGGAGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGG 3876

 52788808 CGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCCTG 52788867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3877 CGTGAATCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCGCCCCACTGCACTCCAGCCTG 3936

 52788868 GGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATTGT 52788927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3937 GGCGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAATAAATAAATAAAATAAAATAGTTAGATTGT 3996

 52788928 GGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCAGA 52788987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3997 GGGTTCTGTGACAGCCCAGATAAACAGTGAAAATTATATGGGTATAATCCTTTTTGCAGA 4056

 52788988 ATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAATA 52789047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4057 ATGGGTAAGAATCTAAAGGAAATAGAAGAAAAAAGGGAAAATGTAAGTGAAAACAAAATA 4116

 52789048 TTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAACAG 52789107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4117 TTTGAAAACCTAGAAAAACTCTGGGACTTTATAGGGAGATTTGTCTGACTTAAGTAACAG 4176

 52789108 TAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAATA 52789167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4177 TAGGCCAATTCTGGAGAGTTGTGGAGAAATATGAATCTGCTAAGAATATAAATATGAATA 4236

 52789168 GCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTATGA 52789227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4237 GCTTGAAAACAGAGGCATCATAAAAAAGGAGACAAGGAGCTTCTAATCAGGCAAGTATGA 4296

 52789228 CATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATGGT 52789287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4297 CATTGAAATTAGAAAATTTACATCAAGGCTCCTAAATAATGGCTATGATGGGGGGATGGT 4356

 52789288 AACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAGAC 52789347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4357 AACTGGAAACCAGAATCAGCCCAGAAATTCCAGATTATACATTCTTAATCCCAAAAAGAC 4416

 52789348 AATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGAAAGTCTTCTAGATAGTGTTCAG 52789407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     4417 AATACTGATGGGACAATCAAGAACAGGAATGAGAGGGAAAGTCTTCCAGATAGTGTTCAG 4476

 52789408 TTTATCTCTGGTTTTCAATTGCTTTTTTCAACTCGTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGTCGTT 52789467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4477 TTTATCTCTGGTTTTCAATTGCTTTTTTCAACTCGTTTTGTTGTTGTTGCTGCTGTCGTT 4536

 52789468 GTTAAGGGGCCATATGCTCAAGTTGCTTGCTGAAGTTGTGATGAGGTTCTTTCTACAGGA 52789527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4537 GTTAAGGGGCCATATGCTCAAGTTGCTTGCTGAAGTTGTGATGAGGTTCTTTCTACAGGA 4596

 52789528 TGTGCTCAACAAGGTAAGTTTAAGGAAGGTTAAAGGAACATAACTCTCAAGTGATAAAGT 52789587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4597 TGTGCTCAACAAGGTAAGTTTAAGGAAGGTTAAAGGAACATAACTCTCAAGTGATAAAGT 4656

 52789588 ACTAGGTACTAATTCTAAATGAAAAAAGGAGATGGCATCTCAGGTGAGAACACACTTCCA 52789647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4657 ACTAGGTACTAATTCTAAATGAAAAAAGGAGATGGCATCTCAGGTGAGAACACACTTCCA 4716

 52789648 GTGTTAGATGAAGTACTAGTTAAGAGACAAGATGGGATAATCTCTTGTGCTTAAATTCTA 52789707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4717 GTGTTAGATGAAGTACTAGTTAAGAGACAAGATGGGATAATCTCTTGTGCTTAAATTCTA 4776

 52789708 TTTTTTAAAAAATTTACTTTCTTTTTGCCCTTTTTAATGTAATATTTTTAATTTCCAAAT 52789767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     4777 TTTTTTAAAAAATTTACTTTCTTTTTGCCCTTTTTAATCTAATATTTTTAATTTCCAAAT 4836

 52789768 TAAATGGTATATATTTAATGTGAAATTTTTTTCAAATTTAGGCTATTAAGAATCCAGAGA 52789827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4837 TAAATGGTATATATTTAATGTGAAATTTTTTTCAAATTTAGGCTATTAAGAATCCAGAGA 4896

 52789828 TACATGTCTTAATCAATCTTCGTATCTTATTAACAGGAGTAATTTTTTTTCCTTAACATA 52789887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4897 TACATGTCTTAATCAATCTTCGTATCTTATTAACAGGAGTAATTTTTTTTCCTTAACATA 4956

 52789888 CATTGCCTTATAAATGGGTGATTATCTAGCCCATGGGAAGAAGCCAGGTAGGTGCTGACT 52789947
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     4957 CATTGCCTTATAAATGGGTGATTATCTAGCCCACGGGAAGAAGCCAGGTAGGTGCTGACT 5016

 52789948 ATAGCATATGTCTCTCATATGCCTGCTGCTTCTTGAAATTCTAGAAACTCAGATATTTTC 52790007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5017 ATAGCATATGTCTCTCATATGCCTGCTGCTTCTTGAAATTCTAGAAACTCAGATATTTTC 5076

 52790008 CCAGTTTTAAGGCACTACCTTTTGTTTCAGTGAAGATGGTCTGGGAGATGAAGTACATTT 52790067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5077 CCAGTTTTAAGGCACTACCTTTTGTTTCAGTGAAGATGGTCTGGGAGATGAAGTACATTT 5136

 52790068 CAATCTGACTTTTACTGGAAATGTCTAAGGGTAGGTCTTTTTGGAGTGCAAGTTTTGATA 52790127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5137 CAATCTGACTTTTACTGGAAATGTCTAAGGGTAGGTCTTTTTGGAGTGCAAGTTTTGATA 5196

 52790128 GGAGAATGATGATGAAAGAAAACAGAAGTGGCTGGGGGCTTGGGAGTTGGAAAATGCATC 52790187
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5197 GGAGAATGATGATTAAAGAAAACAGAAGTGGCTGGGGGCTTGGGAGTTGGAAAATGCATC 5256

 52790188 TAAAGGAGGGAAAAACACTACATTAACTAGAATGACAGCAATATTTCTGCCAAAGACCAA 52790247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5257 TAAAGGAGGGAAAAACACTACATTAACTAGAATGACAGCAATATTTCTGCCAAAGACCAA 5316

 52790248 CTTTCTTCAATTTGCAATTCCATATAGGTTCAGTCAGAGGTAAAATACAAACCCAGCTAT 52790307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5317 CTTTCTTCAATTTGCAATTCCATATAGGTTCAGTCAGAGGTAAAATACAAACCCAGCTAT 5376

 52790308 TAGCCTAGGATGATTGGTAGCATTTTTATAAGGACATATCTTGAAACAGAAAATTCACAA 52790367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5377 TAGCCTAGGATGATTGGTAGCATTTTTATAAGGACATATCTTGAAACAGAAAATTCACAA 5436

 52790368 CTATTATTTTTATCATTTTTTTTCTTATCACTCTTGACTTCAATTTGATAATAGTCATGT 52790427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5437 CTATTATTTTTATCATTTTTTTTCTTATCACTCTTGACTTCAATTTGATAATAGTCATGT 5496

 52790428 AAGCATTCCAGGAGCTACTGGGCTAAAGTACCTCCTGATAACATCCCCACTGTCTCGGGG 52790487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5497 AAGCATTCCAGGAGCTACTGGGCTAAAGTACCTCCTGATAACATCCCCACTGTCTCGGGG 5556

 52790488 ATTAGCGATCATGGGTGACCCGTTAAGAATGAGACATTGTGTCAATTCCAAAGTTCAAGT 52790547
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5557 ATTAGTGATCATGGGTGACCCGTTAAGAATGAGACATTGTGTCAATTCCAAAGTTCAAGT 5616

 52790548 AGAGCTTCACCTCTAAATCTATTTTAGATAATTCTTTTGATAGTTAGAATATAATATATC 52790607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5617 AGAGCTTCACCTCTAAATCTATTTTAGATAATTCTTTTGATAGTTAGAATATAATATATC 5676

 52790608 TTGAGATCACTGCTTTTAATTAATGATTACCCCTCTGCCTTTATCTTAATTCCCTTTATC 52790667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5677 TTGAGATCACTGCTTTTAATTAATGATTACCCCTCTGCCTTTATCTTAATTCCCTTTATC 5736

 52790668 TTCATCAGTGAAAGAGTCACACTGTGGCAATGAGGGTTGTTGGGCTGGAGGTCAGAATCA 52790727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5737 TTCATCAGTGAAAGAGTCACACTGTGGCAATGAGGGTTGTTGGGCTGGAGGTCAGAATCA 5796

 52790728 AGTGAAACTTATTTCATCTTTAGTTTGAAATTACATTTCTTTAAATACTGCTCCAGGGGA 52790787
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5797 AGTGAAACTTATATCATCTTTAGTTTGAAATTACATTTCTTTAAATACTGCTCCAGGGGA 5856

 52790788 AAATCAATGGGTATAAACAGAAAATGCTCAAGTATGAGAAAAATAGACTTCAAGGTGAAA 52790847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5857 AAATCAATGGGTATAAACAGAAAATGCTCAAGTATGAGAAAAATAGACTTCAAGGTGAAA 5916

 52790848 TCTTTAAAATATATGGCTCAGGAAGAAAAAGCAGCCAAAAGGCATGTATTTCTGCTACTG 52790907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5917 TCTTTAAAATATATGGCTCAGGAAGAAAAAGCAGCCAAAAGGCATGTATTTCTGCTACTG 5976

 52790908 GGGACTGAAAAAGATGAGCCATAAAGTGTAATCGTTTTATATTAACAACTTCCATCTTCT 52790967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5977 GGGACTGAAAAAGATGAGCCATAAAGTGTAATCGTTTTATATTAACAACTTCCATCTTCT 6036

 52790968 CACATTCATAATTGCTTTTAGCTAATGCAAAAGTGAAGATCTTAATATTATCCGACATTT 52791027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6037 CACATTCATAATTGCTTTTAGCTAATGCAAAAGTGAAGATCTTAATATTATCCGACATTT 6096

 52791028 GTTTGGGTGAATGGGAAAATGTGATCTAACAAAAGAGTAACACAGGATACAATAAAGCAC 52791087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6097 GTTTGGGTGAATGGGAAAATGTGATCTAACAAAAGAGTAACACAGGATACAATAAAGCAC 6156

 52791088 TACTTTAGAAACAGCAGCAAGAGTTATATATTCCAACAGTGCTGGGTCCCATGATCCTTA 52791147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6157 TACTTTAGAAACAGCAGCAAGAGTTATATATTCCAACAGTGCTGGGTCCCATGATCCTTA 6216

 52791148 ATTTGCATATAAATAATTAATATGCATACCCCAATAATGCCAGCTTCTGTGCACTACATT 52791207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6217 ATTTGCATATAAATAATTAATATGCATACCCCAATAATGCCAGCTTCTGTGCACTACATT 6276

 52791208 TAGTATGAATTATGCAGAAATGCTTCAGAAATGCCTTTAATAGTAAAGGGAATTGCTACC 52791267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6277 TAGTATGAATTATGCAGAAATGCTTCAGAAATGCCTTTAATAGTAAAGGGAATTGCTACC 6336

 52791268 CTCCAAGATATGTAGGAAATAAAATCATTTGTTTGAAACATAAAATGAAAACAGAAGATC 52791327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6337 CTCCAAGATATGTAGGAAATAAAATCATTTGTTTGAAACATAAAATGAAAACAGAAGATC 6396

 52791328 TGATTAAAAAACATTCAGGAAAGGCAAGTTTCTTGATCAACTATCTTTTTTTTTGAGACA 52791387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6397 TGATTAAAAAACATTCAGGAAAGGCAAGTTTCTTGATCAACTATCTTTTTTTTTGAGACA 6456

 52791388 GAGTCTCGCTCTGTCACCCACGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGATCACTGCAAGCT 52791447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6457 GAGTCTCGCTCTGTCACCCACGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCTTGGATCACTGCAAGCT 6516

 52791448 CCACCTCCCAGGTTCACACCATTCTCGTGCCTCAGCCTCCCA 52791489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6517 CCACCTCCCAGGTTCACACCATTCTCGTGCCTCAGCCTCCCA 6558

Alignment time is 13.4495 s

