
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [109300553,109322109] =>     21557 nucs '2 dna:chromosome chromosome:GRCh37:2:1:243199373:1'
Second seq [        1,     2304] =>      2304 nucs 'mol-32-22b2-074324_2304'

Score:        2271
Aligned:      2304        nucs
Identic:      2301 (100%) nucs =>      1210 (100%)      1091 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [109309344,109310553] EXCISED REGION [109312110,109313202]
 second seq =>  [        1,     1210] EXCISED REGION [     1211,     2304]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1556 nucs [109310554,109312109]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [109310554,109310554] to [109312110,109312110]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [109310554,109310554] to [109312109,109312109]
 second seq =>         0 nucs

109309344 CAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTT 109309403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTT 60

109309404 TGTATTTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACGTTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTG 109309463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTATTTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACGTTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTG 120

109309464 ACCTCATGATCGGCCCACCTCGACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCG 109309523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACCTCATGATCGGCCCACCTCGACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCG 180

109309524 CACCCGGCCCAACTTAACCACTTTCAAGTGTGCAATGCAGTAGCCTTATGTTGCTGTGCA 109309583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CACCCGGCCCAACTTAACCACTTTCAAGTGTGCAATGCAGTAGCCTTATGTTGCTGTGCA 240

109309584 ATGTATCTCCAGAAAGTTTTCATCTTTTATTTCTATTTATTTATTTATTATTTTGAGACA 109309643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGTATCTCCAGAAAGTTTTCATCTTTTATTTCTATTTATTTATTTATTATTTTGAGACA 300

109309644 TGATCTTGCTGTCACCTGGGATGGAATGCAGTGGTGCGATTATGGGTCTCTGCAACTTCG 109309703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGATCTTGCTGTCACCTGGGATGGAATGCAGTGGTGCGATTATGGGTCTCTGCAACTTCG 360

109309704 AACTCTTGCGCTCAATCAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGGACTACAGGT 109309763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AACTCTTGCGCTCAATCAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGGACTACAGGT 420

109309764 GCGTACCACTGAGCTGGGTTAATTTTTTTTTTCTTTTGTAAAGAGAGAGTCTTGCTTTGT 109309823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCGTACCACTGAGCTGGGTTAATTTTTTTTTTCTTTTGTAAAGAGAGAGTCTTGCTTTGT 480

109309824 TACCTAAGCTGCTCTTAAACTCCTGATTTCAAGCAATCCTCCCACCTCGGCCTCCCAAAG 109309883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TACCTAAGCTGCTCTTAAACTCCTGATTTCAAGCAATCCTCCCACCTCGGCCTCCCAAAG 540

109309884 TGTTGGGATTACAGGCACAAGCCACCACTTGGCCCAACTTTATCTTTTAAAACTTGAACA 109309943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGTTGGGATTACAGGCACAAGCCACCACTTGGCCCAACTTTATCTTTTAAAACTTGAACA 600

109309944 TCTATACCCATGAAACAACAATTCTCCATTTCCTCCTCCCCCTAGTTTCTGATGGCCACC 109310003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTATACCCATGAAACAACAATTCTCCATTTCCTCCTCCCCCTAGTTTCTGATGGCCACC 660

109310004 ATTTGATTTGCTGTTTCTGTGAATTTGACTACTTTAGATACCTCATATAAGTGGAAGCAT 109310063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTGATTTGCTGTTTCTGTGAATTTGACTACTTTAGATACCTCATATAAGTGGAAGCAT 720

109310064 ACAGTATTTGTATTTTTGCGACTGGCTTATTCCACTTAGCATGATGTCCTCAAGGTTCTT 109310123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACAGTATTTGTATTTTTGCGACTGGCTTATTCCACTTAGCATGATGTCCTCAAGGTTCTT 780

109310124 CCATGTTATAGCATGTAACAGAATTTCTTTCCTTTTTAAGGCTGAGTAATACTCCATTAT 109310183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCATGTTATAGCATGTAACAGAATTTCTTTCCTTTTTAAGGCTGAGTAATACTCCATTAT 840

109310184 TTGTATACACCACATTTTGTTTTTCCACTCATCTGTTGATGGACATTTAGGCTGCTTCTG 109310243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGTATACACCACATTTTGTTTTTCCACTCATCTGTTGATGGACATTTAGGCTGCTTCTG 900

109310244 CGTGTTGGCTATTGTGAATAATACTGCTATAAATACAGATGTGCAAATACCTCTTACAGG 109310303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CGTGTTGGCTATTGTGAATAATACTGCTATAAATACAGATGTGCAAATACCTCTTACAGG 960

109310304 CCCTGTTCTCCGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA 109310363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCCTGTTCTCCGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGA 1020

109310364 GGCAGGCGGATCACGGGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCG 109310423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGCAGGCGGATCACGGGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCG 1080

109310424 TCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCAGGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGC 109310483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCCGGGCAGGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGC 1140

109310484 TACTCCGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGC 109310543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TACTCCGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGC 1200

109310544 CGAGATCGCG 109310553
          ||||||||||
     1201 CGAGATCGCG 1210

EXCISED REGION

109312110 CTTCTGCTTGCCTTAAGCATGGTTTGCTC-TTTTTTTTTCCCAGGCTATTGATTTGAGGT 109312168
          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
     1211 CTTCTGCTTGCCTTAAGCATGGTTTGCTCTTTTTTTTTTCCCAGGCTATTGATTTGAGGT 1270

109312169 CTTTTTTTTAAGTCCACTGATATTCAAGGTAATTATTGATAGGTAAGGATTACCACTGTC 109312228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1271 CTTTTTTTTAAGTCCACTGATATTCAAGGTAATTATTGATAGGTAAGGATTACCACTGTC 1330

109312229 ATTTAAAAAATTGTTTTCCTGGCTGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTT 109312288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1331 ATTTAAAAAATTGTTTTCCTGGCTGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTT 1390

109312289 GGGAGGCCGAGGTGAGCGAATCACCTGAGGTCGGGAGTTCCAGACCAGCCTGACCAACAT 109312348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1391 GGGAGGCCGAGGTGAGCGAATCACCTGAGGTCGGGAGTTCCAGACCAGCCTGACCAACAT 1450

109312349 GAAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTAT 109312408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1451 GAAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCTAT 1510

109312409 AACCCCAGCTATTCAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCGCTTGAACCCGGTGCGGGGAGGTT 109312468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1511 AACCCCAGCTATTCAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCGCTTGAACCCGGTGCGGGGAGGTT 1570

109312469 GTCGTGAGCCAAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCATC 109312528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1571 GTCGTGAGCCAAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCATC 1630

109312529 TCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTCCAGATGGGCACAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCAG 109312588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1631 TCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTCCAGATGGGCACAGTGGCTCATGCCTGTAATTCCAG 1690

109312589 CATTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACTTCAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC 109312648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1691 CATTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACTTCAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGC 1750

109312649 CAACATGGTGAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGTCCCATGAGGTGGTGCAC 109312708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1751 CAACATGGTGAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGTCCCATGAGGTGGTGCAC 1810

109312709 ACCTGTGGTCCCAGCTACCCGGGAGGCTGAGGCACAAGGATTGCTTGAACCTGGGAGGCA 109312768
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1811 ACCTGTGGTCCCAGCTACCTGGGAGGCTGAGGCACAAGGATTGCTTGAACCTGGGAGGCA 1870

109312769 GAGGTTGCAGTGAGCCAAGAGTGTGCCACTGCACTCTCCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAG 109312828
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1871 GAGGTTGCAGTGAGCCAAGAGTGTGCCACTGCACTCTACCAGCCTGGGTGACAGAGTGAG 1930

109312829 ACGGTGTCTCAAAAAAAATTGTTTTCTAGTTGTTTTATAGATCCTTTGTTCCTTTCTTCC 109312888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1931 ACGGTGTCTCAAAAAAAATTGTTTTCTAGTTGTTTTATAGATCCTTTGTTCCTTTCTTCC 1990

109312889 CCTCTTACTGTCTTCCTTTATGATTCAATGACTTTCTGTAGTGGTATGCTTTGATTACTT 109312948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1991 CCTCTTACTGTCTTCCTTTATGATTCAATGACTTTCTGTAGTGGTATGCTTTGATTACTT 2050

109312949 GCTTTTTAGAGGTCATTCTTTTTTAAATATAGTCTTTACAGGTATACATTTCCTTCTTAA 109313008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2051 GCTTTTTAGAGGTCATTCTTTTTTAAATATAGTCTTTACAGGTATACATTTCCTTCTTAA 2110

109313009 TGTTGCTTTAGCTGTATCCCATAAGTTTTCGTATGTTGTATCTTCATTTATCCATCTCAA 109313068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2111 TGTTGCTTTAGCTGTATCCCATAAGTTTTCGTATGTTGTATCTTCATTTATCCATCTCAA 2170

109313069 ATTTCTCTAATTTTCTAATTTCACGTCGTGATTTCTTCTCATTTCCTGTGTACTTTCTAA 109313128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2171 ATTTCTCTAATTTTCTAATTTCACGTCGTGATTTCTTCTCATTTCCTGTGTACTTTCTAA 2230

109313129 TTTCCCCTGTGATTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTGAGTCGGAGTCTCGCTC 109313188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2231 TTTCCCCTGTGATTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTGAGTCGGAGTCTCGCTC 2290

109313189 TGTCAGCCAGGCTG 109313202
          ||||||||||||||
     2291 TGTCAGCCAGGCTG 2304

Alignment time is 1.82357 s

