
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [46304914,46326823] =>     21910 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2305] =>      2305 nucs 'mol-32-1e71-022603_2305'

Score:        2239
Aligned:      2305        nucs
Identic:      2299 (100%) nucs =>        11 (100%)      2288 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [46312680,46312690] EXCISED REGION [46312692,46314985]
 second seq =>  [       1,      11] EXCISED REGION [      13,    2305]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [46312691,46312691]
 second seq =>         1 nucs [12,12]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [46313506,46313506]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [11,11] to [12,12]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [46312689,46312690] to [46312692,46312693]
 second seq =>         2 nucs [10,11] to [13,14]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 46312680 AGCCTCCCTAG 46312690
          |||||||||||
        1 AGCCTCCCTAG 11

EXCISED REGION

 46312692 AGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTCTTAGTAGAGA 46312751
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       13 AGCTGGGACTACAGGTGCCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTCTTAGTAGAGA 72

 46312752 CAGGGTTTCACTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGAACCACCCGCCTCAG 46312811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       73 CAGGGTTTCACTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGAACCACCCGCCTCAG 132

 46312812 CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCTAGTCAAAACTTTTC 46312871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      133 CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCTAGTCAAAACTTTTC 192

 46312872 AAAACAGAGGTTCAGTGATGGGGAGAATTATGCTACCAAAACAGCAACACCTGCCGTGCA 46312931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      193 AAAACAGAGGTTCAGTGATGGGGAGAATTATGCTACCAAAACAGCAACACCTGCCGTGCA 252

 46312932 GCTGCTGTCAGCAGTAAACAGGAGAGTCCTAGAGCAGGAAGCCATCCACAGAGCAAAGGC 46312991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      253 GCTGCTGTCAGCAGTAAACAGGAGAGTCCTAGAGCAGGAAGCCATCCACAGAGCAAAGGC 312

 46312992 CGGGAGCAGAGACTCCTGCAGGACCCTGTGTGGGGAGCAGATGGTGCAGGTGGCATTTCA 46313051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      313 CGGGAGCAGAGACTCCTGCAGGACCCTGTGTGGGGAGCAGATGGTGCAGGTGGCATTTCA 372

 46313052 AAGCAGTGGGGGGGCAGGAAGGAATGGTTTATTGCATAAATGCCATTCAAGGTCCTGGCT 46313111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      373 AAGCAGTGGGGGGGCAGGAAGGAATGGTTTATTGCATAAATGCCATTCAAGGTCCTGGCT 432

 46313112 AGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAATAAGAGCCTTGCCTTGACAGAAAAAGAAAC 46313171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      433 AGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAATAAGAGCCTTGCCTTGACAGAAAAAGAAAC 492

 46313172 ACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAGTCATTTCCTAGAAGCATGTACAGGCCACA 46313231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      493 ACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAGTCATTTCCTAGAAGCATGTACAGGCCACA 552

 46313232 AAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCCCACATTAAGAACTCCAGCTCTTGGCTGGG 46313291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      553 AAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCCCACATTAAGAACTCCAGCTCTTGGCTGGG 612

 46313292 AGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATGGCTTG 46313351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      613 AGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATGGCTTG 672

 46313352 AGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAACATAGCAAGACCCCCATCTCAATTATTTTT 46313411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      673 AGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAACATAGCAAGACCCCCATCTCAATTATTTTT 732

 46313412 ATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCA 46313471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      733 ATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCA 792

 46313472 GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCATGC 46313531
          |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
      793 GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTG-CAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCATGC 851

 46313532 CATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGACTGCATGTGCCTGCTGCCACGCTTGG 46313591
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      852 CATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTGCATGTGCCTGCTGCCACGCTTGG 911

 46313592 CTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTAGCAAAGATGGTCTTGA 46313651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      912 CTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTAGCAAAGATGGTCTTGA 971

 46313652 TCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGGTTACAGATGTAA 46313711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      972 TCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGGTTACAGATGTAA 1031

 46313712 GCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTGCAATGCTGTCTTT 46313771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     1032 GCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTCCAATGCTGTCTTT 1091

 46313772 CGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACTGACCCTGA 46313831
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     1092 CGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACTGTCCCTGA 1151

 46313832 TGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTCA 46313891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1152 TGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTCA 1211

 46313892 GTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGGC 46313951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1212 GTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGGC 1271

 46313952 TGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGTG 46314011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1272 TGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGTG 1331

 46314012 GTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTTG 46314071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1332 GTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTTG 1391

 46314072 GTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGGA 46314131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1392 GTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGGA 1451

 46314132 CCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTGG 46314191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1452 CCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTGG 1511

 46314192 GGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTAT 46314251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1512 GGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTAT 1571

 46314252 TTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGTG 46314311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1572 TTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGTG 1631

 46314312 GTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAGC 46314371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 GTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAGC 1691

 46314372 CTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTTT 46314431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1692 CTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTTT 1751

 46314432 AGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATC 46314491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1752 AGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATCTCGTGATC 1811

 46314492 TGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCGA 46314551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1812 TGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCGA 1871

 46314552 CATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGGC 46314611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1872 CATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGGC 1931

 46314612 ATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAGG 46314671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1932 ATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAGG 1991

 46314672 GATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTGT 46314731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1992 GATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTGT 2051

 46314732 GTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGGG 46314791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2052 GTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGGG 2111

 46314792 TTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCA 46314851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2112 TTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCA 2171

 46314852 TGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAGAGGGTTTCGCCATGGTGGCCAGGCTGGTC 46314911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2172 TGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAGAGGGTTTCGCCATGGTGGCCAGGCTGGTC 2231

 46314912 TCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTTCTTCCGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAG 46314971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2232 TCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTTCTTCCGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAG 2291

 46314972 GCGTGAGCCACCGC 46314985
          ||||||||||||||
     2292 GCGTGAGCCACCGC 2305

Alignment time is 1.90724 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [46304914,46326823] =>     21910 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2459] =>      2459 nucs 'mol-32-1f0b-134919_2459'

Score:        2414
Aligned:      2458        nucs
Identic:      2454 (100%) nucs =>       500 (100%)      1954 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [46315309,46315808] EXCISED REGION [46315810,46317767]
 second seq =>  [       1,     500] EXCISED REGION [     502,    2459]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [46315809,46315809]
 second seq =>         1 nucs [501,501]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [46315809,46315809] to [46315810,46315810]
 second seq =>         2 nucs [499,500] to [500,501]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 46315309 GTTAACAGGTGTGAACCACCGTGCCTGGCCAACATTTGTATTTTTTGTATTTTTTTTTTG 46315368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTAACAGGTGTGAACCACCGTGCCTGGCCAACATTTGTATTTTTTGTATTTTTTTTTTG 60

 46315369 AGACAGGGTCTCACTTTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTCGGTCTTGGCTCACTGC 46315428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGACAGGGTCTCACTTTGTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCTCGGTCTTGGCTCACTGC 120

 46315429 AACCTCTGGTTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCCACCTCAGACTCCCCAGAGCTGGGATTA 46315488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AACCTCTGGTTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCCACCTCAGACTCCCCAGAGCTGGGATTA 180

 46315489 CACGTGTGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTACTTTTTGTAGAGATGGGGTTTTGCCAT 46315548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CACGTGTGCCAACATGCCTGGCTAATTTTTGTACTTTTTGTAGAGATGGGGTTTTGCCAT 240

 46315549 GTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGACTCAAGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCCA 46315608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGACTCAAGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCCA 300

 46315609 ACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCAGGCCCGGCCACAGTCAGCCTTTGAAACCAAG 46315668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCAGGCCCGGCCACAGTCAGCCTTTGAAACCAAG 360

 46315669 TTGGTCTGATTTCCAAGCATGTATGTGTCACCTTTTGCTTTGCGGAAGCTGTTTTGTTGG 46315728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTGGTCTGATTTCCAAGCATGTATGTGTCACCTTTTGCTTTGCGGAAGCTGTTTTGTTGG 420

 46315729 CAGTCTTGGGTGTGGTGTTGGGCCATCATGGAAGTTGGGAAGGGTAAGAAGAGGTGAGAC 46315788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGTCTTGGGTGTGGTGTTGGGCCATCATGGAAGTTGGGAAGGGTAAGAAGAGGTGAGAC 480

 46315789 TTTGGCTAGGGCTTCTCAGG 46315808
          ||||||||||||||||||||
      481 TTTGGCTAGGGCTTCTCAGG 500

EXCISED REGION

 46315810 AGAGAGCCTGAAGCTCTGAAGAGCTGGCACTTGGGGAATAGCCAGAGGTTAATTCTGACT 46315869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      502 AGAGAGCCTGAAGCTCTGAAGAGCTGGCACTTGGGGAATAGCCAGAGGTTAATTCTGACT 561

 46315870 AGATTCTAGGATCCGAGGAAGGAGCAGGTAGTGACTAGAAATCAAGTTTGGTCAGCGGCC 46315929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      562 AGATTCTAGGATCCGAGGAAGGAGCAGGTAGTGACTAGAAATCAAGTTTGGTCAGCGGCC 621

 46315930 AGGGGCTGAACCACGTAAGGCCTTTTGTTTGTTGGTTTGTTTGAGACAGAGTCTCGCTCT 46315989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      622 AGGGGCTGAACCACGTAAGGCCTTTTGTTTGTTGGTTTGTTTGAGACAGAGTCTCGCTCT 681

 46315990 GTTGCTCAGGCTGGAGTGCACTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCCGGT 46316049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      682 GTTGCTCAGGCTGGAGTGCACTGGCACGATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCCGGT 741

 46316050 TCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGAGATCACAGGCGTGTGCCACCAC 46316109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      742 TCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGAGATCACAGGCGTGTGCCACCAC 801

 46316110 GCCTGGCTAACTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGG 46316169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      802 GCCTGGCTAACTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGG 861

 46316170 TCTTGAACTCCTGACTTCGAGTTATCTGTCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCAC 46316229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      862 TCTTGAACTCCTGACTTCGAGTTATCTGTCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCAC 921

 46316230 AGGCATGAGCAAGGCCTTATATGTCTCAGGCCAGGAGCCTTGAAGGTTGTGGTGAGGAGT 46316289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      922 AGGCATGAGCAAGGCCTTATATGTCTCAGGCCAGGAGCCTTGAAGGTTGTGGTGAGGAGT 981

 46316290 CTGAGCTTCCCCCTGTGGGCAATGGGGAGCCATAGCAGGTTCTGAGCATTGGAGGGACAC 46316349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      982 CTGAGCTTCCCCCTGTGGGCAATGGGGAGCCATAGCAGGTTCTGAGCATTGGAGGGACAC 1041

 46316350 GGCCAGCTTTGTGCTTTAATAAGAACCATTACTTCATCAACCTCATTTCTCCCGCTCTCC 46316409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1042 GGCCAGCTTTGTGCTTTAATAAGAACCATTACTTCATCAACCTCATTTCTCCCGCTCTCC 1101

 46316410 CTCTTCCTCCCTTGGTTCCAGACACACCAGCCCCTCCTTACTGCTCCTCAAAAACAGCAA 46316469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1102 CTCTTCCTCCCTTGGTTCCAGACACACCAGCCCCTCCTTACTGCTCCTCAAAAACAGCAA 1161

 46316470 GCCTCAGAGCCTTTGCATTTGCAGTGTGCTCTGCCTGGCTCACTCTTCCTCCGGTCATCT 46316529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1162 GCCTCAGAGCCTTTGCATTTGCAGTGTGCTCTGCCTGGCTCACTCTTCCTCCGGTCATCT 1221

 46316530 GCAAGATGCTCTCCCTCGACTCCTTCAGGGCCCTAATCAAATGTCACCTCCTTGGACAGG 46316589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1222 GCAAGATGCTCTCCCTCGACTCCTTCAGGGCCCTAATCAAATGTCACCTCCTTGGACAGG 1281

 46316590 CCTTCACTGACCCACACAATTTATTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCT 46316649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1282 CCTTCACTGACCCACACAATTTATTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCT 1341

 46316650 GGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCGCCCGGGTTCAAGTGATTC 46316709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1342 GGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCGCCCGGGTTCAAGTGATTC 1401

 46316710 TCCTGCCTCAACCTCCCGAGGAGCTGGGATTACAGGCCCATGCTACCATGCCCTGATAAT 46316769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1402 TCCTGCCTCAACCTCCCGAGGAGCTGGGATTACAGGCCCATGCTACCATGCCCTGATAAT 1461

 46316770 TTTTGTATTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGGCAAGGCTGGTCTCGAACTCC 46316829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1462 TTTTGTATTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGGCAAGGCTGGTCTCGAACTCC 1521

 46316830 TGACCTCAGGTGATCCGCCCGTCTTGGCCTCCTCAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCC 46316889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1522 TGACCTCAGGTGATCCGCCCGTCTTGGCCTCCTCAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCC 1581

 46316890 ACCGCACCTGGTTGGACCCCCACTATTTCATGTGTTCCCTAGCCCTCTTAGCCTCCCTTA 46316949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1582 ACCGCACCTGGTTGGACCCCCACTATTTCATGTGTTCCCTAGCCCTCTTAGCCTCCCTTA 1641

 46316950 TTTTTCACCTGAGTCCTTAGCTTCAGTTTATCACTTTTTCTGTTTCTTGTCCACTCTCCT 46317009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 TTTTTCACCTGAGTCCTTAGCTTCAGTTTATCACTTTTTCTGTTTCTTGTCCACTCTCCT 1701

 46317010 AGAATGAGAGCATCCTGGGTATCTAATGGAGGCTGAGAGCAGTGTTTTGTGACTGTAGCT 46317069
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1702 AGAATGAGAGCATCCTGGGTATCTAATGGAGGCTGAGAGCAGTGTTTTGTGACTGCAGCT 1761

 46317070 AAGTGGCTTTGGCAAGTATCTTCCTCAGGCAGGGAGGTTTAGTTGCAGGATAAGAGGGTC 46317129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 AAGTGGCTTTGGCAAGTATCTTCCTCAGGCAGGGAGGTTTAGTTGCAGGATAAGAGGGTC 1821

 46317130 TCAGGAGGGCTGGGCACGGTGGTTCATGCCTGCAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGAT 46317189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 TCAGGAGGGCTGGGCACGGTGGTTCATGCCTGCAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGAT 1881

 46317190 GGGCGGATCACTTGAGGTCGAGTTTGAGACTAGCCTGGGCAACATGGTGAAATCTTGCCT 46317249
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 GGGTGGATCACTTGAGGTCGAGTTTGAGACTAGCCTGGGCAACATGGTGAAATCTTGCCT 1941

 46317250 CTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGAAGTGGAGCGCGCCTGTAACCCCAACTACTC 46317309
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 CTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTTAAGTGGAGCGCGCCTGTAACCCCAACTACTC 2001

 46317310 GGGAGGCTGAAGCAGAAGAATCACTTGAACTTGGGAAGGAGAGGTTGCCCTAAGCCAAGA 46317369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 GGGAGGCTGAAGCAGAAGAATCACTTGAACTTGGGAAGGAGAGGTTGCCCTAAGCCAAGA 2061

 46317370 CCACGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGGGTGAGACTATGTCTGGGGGAAAAAAAAA 46317429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 CCACGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGGGTGAGACTATGTCTGGGGGAAAAAAAAA 2121

 46317430 GCAAGAGGGCTTGGGGAGCCAAATCACGTGTTCTGGAATCCTGACTCTGCCATATCCTAG 46317489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 GCAAGAGGGCTTGGGGAGCCAAATCACGTGTTCTGGAATCCTGACTCTGCCATATCCTAG 2181

 46317490 CTGTGTAGTTTTGGGTAAGCGACCCAACTTCTCTGTGTCTCGGTCTCCTCCTCTGTAAAG 46317549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 CTGTGTAGTTTTGGGTAAGCGACCCAACTTCTCTGTGTCTCGGTCTCCTCCTCTGTAAAG 2241

 46317550 TAGGATGAGCTGATGTGCTCATCTCCGGTGAGAATTAGGTGAGTGTGTGCAGTGCCAGCA 46317609
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2242 TAGGATGAGCTGATGTGCTCATCTCCGGTGAGAATTAGGTGAGGGTGTGCAGTGCCAGCA 2301

 46317610 CATGTCTGGGAAGTGAATGCTAGCTGTTGTTGGCATTGATTCCGACTCAGCTGAATTAGA 46317669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 CATGTCTGGGAAGTGAATGCTAGCTGTTGTTGGCATTGATTCCGACTCAGCTGAATTAGA 2361

 46317670 GTCACTGGTTTTCCATGAGGGATGATCCCTTGTCTGACTGACTGAGGCAGGCACTTCGGG 46317729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 GTCACTGGTTTTCCATGAGGGATGATCCCTTGTCTGACTGACTGAGGCAGGCACTTCGGG 2421

 46317730 TGGGGCCCCTCCCTGCCTGGGTCCCCCACCCGCCCCAC 46317767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 TGGGGCCCCTCCCTGCCTGGGTCCCCCACCCGCCCCAC 2459

Alignment time is 2.03328 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [46304914,46326823] =>     21910 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2349] =>      2349 nucs 'mol-32-1f0b-134920_2349'

Score:        2284
Aligned:      2350        nucs
Identic:      2344 (100%) nucs =>      2194 (100%)       150 ( 99%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [46312811,46315009] EXCISED REGION [46315015,46315165]
 second seq =>  [       1,    2198] EXCISED REGION [    2199,    2349]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         5 nucs [46315010,46315014]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [46315003,46315009] to [46315015,46315021]
 second seq =>         7 nucs [2192,2198] to [2199,2205]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [46315010,46315011] to [46315013,46315014]
 second seq =>         0 nucs

 46312811 GCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCTAGTCAAAACTTTT 46312870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCTAGTCAAAACTTTT 60

 46312871 CAAAACAGAGGTTCAGTGATGGGGAGAATTATGCTACCAAAACAGCAACACCTGCCGTGC 46312930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAAAACAGAGGTTCAGTGATGGGGAGAATTATGCTACCAAAACAGCAACACCTGCCGTGC 120

 46312931 AGCTGCTGTCAGCAGTAAACAGGAGAGTCCTAGAGCAGGAAGCCATCCACAGAGCAAAGG 46312990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGCTGCTGTCAGCAGTAAACAGGAGAGTCCTAGAGCAGGAAGCCATCCACAGAGCAAAGG 180

 46312991 CCGGGAGCAGAGACTCCTGCAGGACCCTGTGTGGGGAGCAGATGGTGCAGGTGGCATTTC 46313050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCGGGAGCAGAGACTCCTGCAGGACCCTGTGTGGGGAGCAGATGGTGCAGGTGGCATTTC 240

 46313051 AAAGCAGTGGGGGGGCAGGAAGGAATGGTTTATTGCATAAATGCCATTCAAGGTCCTGGC 46313110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAAGCAGTGGGGGGGCAGGAAGGAATGGTTTATTGCATAAATGCCATTCAAGGTCCTGGC 300

 46313111 TAGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAATAAGAGCCTTGCCTTGACAGAAAAAGAAA 46313170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAATAAGAGCCTTGCCTTGACAGAAAAAGAAA 360

 46313171 CACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAGTCATTTCCTAGAAGCATGTACAGGCCAC 46313230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAGTCATTTCCTAGAAGCATGTACAGGCCAC 420

 46313231 AAAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCCCACATTAAGAACTCCAGCTCTTGGCTGG 46313290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCCCACATTAAGAACTCCAGCTCTTGGCTGG 480

 46313291 GAGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATGGCTT 46313350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATGGCTT 540

 46313351 GAGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAACATAGCAAGACCCCCATCTCAATTATTTT 46313410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAACATAGCAAGACCCCCATCTCAATTATTTT 600

 46313411 TATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCC 46313470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCC 660

 46313471 AGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCATG 46313530
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
      661 AGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGC-AAGCTCCGCCTCCTGGGTTCATG 719

 46313531 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGACTGCATGTGCCTGCTGCCACGCTTG 46313590
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTGCATGTGCCTGCTGCCACGCTTG 779

 46313591 GCTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTAGCAAAGATGGTCTTG 46313650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 GCTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTAGCAAAGATGGTCTTG 839

 46313651 ATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGGTTACAGATGTA 46313710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 ATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGGTTACAGATGTA 899

 46313711 AGCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTGCAATGCTGTCTT 46313770
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      900 AGCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTCCAATGCTGTCTT 959

 46313771 TCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACTGACCCTG 46313830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      960 TCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACTGTCCCTG 1019

 46313831 ATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTC 46313890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 ATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTC 1079

 46313891 AGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGG 46313950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 AGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGG 1139

 46313951 CTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGT 46314010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 CTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGT 1199

 46314011 GGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTT 46314070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 GGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTT 1259

 46314071 GGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGG 46314130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 GGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGG 1319

 46314131 ACCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTG 46314190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 ACCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTG 1379

 46314191 GGGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTA 46314250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 GGGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTA 1439

 46314251 TTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGT 46314310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGT 1499

 46314311 GGTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAG 46314370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 GGTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAG 1559

 46314371 CCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTT 46314430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 CCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTT 1619

 46314431 TAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGAT 46314490
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1620 TAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATCTCGTGAT 1679

 46314491 CTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCG 46314550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 CTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCG 1739

 46314551 ACATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGG 46314610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 ACATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGG 1799

 46314611 CATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAG 46314670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 CATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAG 1859

 46314671 GGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTG 46314730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTG 1919

 46314731 TGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGG 46314790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGG 1979

 46314791 GTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACC 46314850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 GTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACC 2039

 46314851 ATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAGAGGGTTTCGCCATGGTGGCCAGGCTGGT 46314910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 ATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAGAGGGTTTCGCCATGGTGGCCAGGCTGGT 2099

 46314911 CTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTTCTTCCGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACA 46314970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 CTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTTCTTCCGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACA 2159

 46314971 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCAACATTTGTATTATTA 46315009
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCAACATTTGTATTATTA 2198

EXCISED REGION

 46315015 ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGAGACAGAGTTTTGCTTTGTTGCCCA 46315074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2199 ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGAGACAGAGTTTTGCTTTGTTGCCCA 2258

 46315075 GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCTGGGTTCCTGGG 46315134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2259 GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCTGGGTTCCTGGG 2318

 46315135 TTCAAGTGATTCTCCTGCCTCGGCCTCCTGA 46315165
          ||||||||||||||||||.||||||||||||
     2319 TTCAAGTGATTCTCCTGCATCGGCCTCCTGA 2349

Alignment time is 1.87232 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [46304914,46326823] =>     21910 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    4240] =>      4240 nucs 'mol-32-1f21-199207_4240'

Score:        4140
Aligned:      4243        nucs
Identic:      4232 (100%) nucs =>      1176 (100%)      3056 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [46313735,46314914] EXCISED REGION [46316824,46319885]
 second seq =>  [       1,    1180] EXCISED REGION [    1181,    4240]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1909 nucs [46314915,46316823]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        22 nucs [46314915,46314936] to [46316824,46316845]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [46314914,46314914] to [46316824,46316824]
 second seq =>         1 nucs [1180,1180] to [1181,1181]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 46313735 AAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTGCAATGCTGTCTTTCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGC 46313794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTGCAATGCTGTCTTTCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGC 60

 46313795 TGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACTGACCCTGATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTC 46313854
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACTGTCCCTGATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTC 120

 46313855 ACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTCAGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAA 46313914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTCAGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAA 180

 46313915 CAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGGCTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAG 46313974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGGCTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAG 240

 46313975 CGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGTGGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGAC 46314034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGTGGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGAC 300

 46314035 AGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTTGGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTC 46314094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTTGGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTC 360

 46314095 GTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGGACCTCACTCACTCAGCTCACTGAG 46314154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGGACCTCACTCACTCAGCTCACTGAG 420

 46314155 CTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTGGGGACACAGTAGGGAACTGAAAAG 46314214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTGGGGACACAGTAGGGAACTGAAAAG 480

 46314215 GTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGA 46314274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGA 540

 46314275 TGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGTGGTTCATCTCGGCTCACTGCAACC 46314334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGTGGTTCATCTCGGCTCACTGCAACC 600

 46314335 TCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAG 46314394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAG 660

 46314395 GCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATG 46314454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATG 720

 46314455 TTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGT 46314514
          |||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||
      721 TTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGTCTCCCAAAGT 780

 46314515 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCGACATTCTTATGGTGGAAACAGACA 46314574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCGACATTCTTATGGTGGAAACAGACA 840

 46314575 CTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGGCATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTG 46314634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGGCATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTG 900

 46314635 ACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAGGGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTT 46314694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAGGGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTT 960

 46314695 ATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 46314754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 1020

 46314755 GCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAG 46314814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAG 1080

 46314815 CCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATT 46314874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATT 1140

 46314875 TTTTGTAGAGGGTTTCGCCATGGTGGCCAGGCTGGTCTCA 46314914
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1141 TTTTGTAGAGGGTTTCGCCCTGGTGGCCAGGCTGGTCTCA 1180

EXCISED REGION

 46316824 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGTCTTGGCCTCCTCAAGTGCTGGGATAACAGGCG 46316883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1181 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGTCTTGGCCTCCTCAAGTGCTGGGATAACAGGCG 1240

 46316884 TGAGCCACCGCACCTGGTTGGACCCCCACTATTTCATGTGTTCCCTAGCCCTCTTAGCCT 46316943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1241 TGAGCCACCGCACCTGGTTGGACCCCCACTATTTCATGTGTTCCCTAGCCCTCTTAGCCT 1300

 46316944 CCCTTATTTTTCACCTGAGTCCTTAGCTTCAGTTTATCACTTTTTCTGTTTCTTGTCCAC 46317003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 CCCTTATTTTTCACCTGAGTCCTTAGCTTCAGTTTATCACTTTTTCTGTTTCTTGTCCAC 1360

 46317004 TCTCCTAGAATGAGAGCATCCTGGGTATCTAATGGAGGCTGAGAGCAGTGTTTTGTGACT 46317063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1361 TCTCCTAGAATGAGAGCATCCTGGGTATCTAATGGAGGCTGAGAGCAGTGTTTTGTGACT 1420

 46317064 GTAGCTAAGTGGCTTTGGCAAGTATCTTCCTCAGGCAGGGAGGTTTAGTTGCAGGATAAG 46317123
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 GCAGCTAAGTGGCTTTGGCAAGTATCTTCCTCAGGCAGGGAGGTTTAGTTGCAGGATAAG 1480

 46317124 AGGGTCTCAGGAGGGCTGGGCACGGTGGTTCATGCCTGCAATCCTAGCACTTTGGGAGGC 46317183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 AGGGTCTCAGGAGGGCTGGGCACGGTGGTTCATGCCTGCAATCCTAGCACTTTGGGAGGC 1540

 46317184 TGAGATGGGCGGATCACTTGAGGTCGAGTTTGAGACTAGCCTGGGCAACATGGTGAAATC 46317243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 TGAGATGGGCGGATCACTTGAGGTCGAGTTTGAGACTAGCCTGGGCAACATGGTGAAATC 1600

 46317244 TTGCCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGAAGTGGAGCGCGCCTGTAACCCCAA 46317303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     1601 TTGCCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTTAAGTGGAGCGCGCCTGTAACCCCAA 1660

 46317304 CTACTCGGGAGGCTGAAGCAGAAGAATCACTTGAACTTGGGAAGGAGAGGTTGCCCTAAG 46317363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 CTACTCGGGAGGCTGAAGCAGAAGAATCACTTGAACTTGGGAAGGAGAGGTTGCCCTAAG 1720

 46317364 CCAAGACCACGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGGGTGAGACTATGTCTGGGGGAAA 46317423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 CCAAGACCACGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGGGTGAGACTATGTCTGGGGGAAA 1780

 46317424 AAAAAAGCAAGAGGGCTTGGGGAGCCAAATCACGTGTTCTGGAATCCTGACTCTGCCATA 46317483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 AAAAAAGCAAGAGGGCTTGGGGAGCCAAATCACGTGTTCTGGAATCCTGACTCTGCCATA 1840

 46317484 TCCTAGCTGTGTAGTTTTGGGTAAGCGACCCAACTTCTCTGTGTCTCGGTCTCCTCCTCT 46317543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 TCCTAGCTGTGTAGTTTTGGGTAAGCGACCCAACTTCTCTGTGTCTCGGTCTCCTCCTCT 1900

 46317544 GTAAAGTAGGATGAGCTGATGTGCTCATCTCCGGTGAGAATTAGGTGAGTGTGTGCAGTG 46317603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 GTAAAGTAGGATGAGCTGATGTGCTCATCTCCGGTGAGAATTAGGTGAGTGTGTGCAGTG 1960

 46317604 CCAGCACATGTCTGGGAAGTGAATGCTAGCTGTTGTTGGCATTGATTCCGACTCAGCTGA 46317663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 CCAGCACATGTCTGGGAAGTGAATGCTAGCTGTTGTTGGCATTGATTCCGACTCAGCTGA 2020

 46317664 ATTAGAGTCACTGGTTTTCCATGAGGGATGATCCCTTGTCTGACTGACTGAGGCAGGCAC 46317723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 ATTAGAGTCACTGGTTTTCCATGAGGGATGATCCCTTGTCTGACTGACTGAGGCAGGCAC 2080

 46317724 TTCGGGTGGGGCCCCTCCCTGCCTGGGTCCCCCACCCGCCCCACTCCTAGCCCCTGCTCA 46317783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 TTCGGGTGGGGCCCCTCCCTGCCTGGGTCCCCCACCCGCCCCACTCCTAGCCCCTGCTCA 2140

 46317784 CAGGCTGAGGTCGCAATTGATGCTGGTCTGCAGCAGGTAGGCCTTGGCGTTCTGCACGGC 46317843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 CAGGCTGAGGTCGCAATTGATGCTGGTCTGCAGCAGGTAGGCCTTGGCGTTCTGCACGGC 2200

 46317844 CAGCTCCAGAGGCTCGGGCTCAGGCACCTGGGCACTGTAGTGTGGGAAGCCCAGCTCAGA 46317903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 CAGCTCCAGAGGCTCGGGCTCAGGCACCTGGGCACTGTAGTGTGGGAAGCCCAGCTCAGA 2260

 46317904 GGGCAAGAACTGAAGGGCAGGGTCATCCCTTATGTAAGGCCCGTGCTGGGCACCTTCAGA 46317963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 GGGCAAGAACTGAAGGGCAGGGTCATCCCTTATGTAAGGCCCGTGCTGGGCACCTTCAGA 2320

 46317964 GAACTGGTCTGTCTGGTAGAGGTTGAACTGGCCCAAGGGGTTGACTGGGGGCTCCTGGAA 46318023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 GAACTGGTCTGTCTGGTAGAGGTTGAACTGGCCCAAGGGGTTGACTGGGGGCTCCTGGAA 2380

 46318024 GGTGGGGTCCAGTTGCTGGAACAGGCTGCTTTGGCCCTGCTGGAGCCGCTGCAGCATTAG 46318083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 GGTGGGGTCCAGTTGCTGGAACAGGCTGCTTTGGCCCTGCTGGAGCCGCTGCAGCATTAG 2440

 46318084 GCTGGTGGTGAGCTCGGCGACCTGCATCCTGCTTTCATCAGAGTAAGGCTGAGGCTGGAA 46318143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 GCTGGTGGTGAGCTCGGCGACCTGCATCCTGCTTTCATCAGAGTAAGGCTGAGGCTGGAA 2500

 46318144 CTCTGAGGGAAAGCCCGTGTTCACAGATGGGTACTCCATGCCACCCAGCCGGGCTTCCTC 46318203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 CTCTGAGGGAAAGCCCGTGTTCACAGATGGGTACTCCATGCCACCCAGCCGGGCTTCCTC 2560

 46318204 AGCCTGGAAGACCTGGGGCATCAGCAAGTTCTCCTGTTGGGACAGGCTGCCCCTCTGTGA 46318263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 AGCCTGGAAGACCTGGGGCATCAGCAAGTTCTCCTGTTGGGACAGGCTGCCCCTCTGTGA 2620

 46318264 CCAACCAGGGGCGTTTCGCTGGGCGTCTGGAGGTATCTGCTGCCTCTCCTCGGGGTCCGC 46318323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 CCAACCAGGGGCGTTTCGCTGGGCGTCTGGAGGTATCTGCTGCCTCTCCTCGGGGTCCGC 2680

 46318324 TGCCAGGGCCTGAGCTTGGTCCCGACTGTGCCGCCTCTGGGAGGCCTGAGAAGTCCTCCG 46318383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 TGCCAGGGCCTGAGCTTGGTCCCGACTGTGCCGCCTCTGGGAGGCCTGAGAAGTCCTCCG 2740

 46318384 GCCCGGAGGCTGCTGGGCAGGGCGCTCAGGGTAGGGCGGCAGGTCTCCCATGGTTCGCCA 46318443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 GCCCGGAGGCTGCTGGGCAGGGCGCTCAGGGTAGGGCGGCAGGTCTCCCATGGTTCGCCA 2800

 46318444 GGAGGCACAGATCTCTAGGAGAAAGGCTTGCAGACAAGGAGGCCAAGCGAGAGCCACCTG 46318503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 GGAGGCACAGATCTCTAGGAGAAAGGCTTGCAGACAAGGAGGCCAAGCGAGAGCCACCTG 2860

 46318504 TCGACACCGCCGGTTTCTGAGCACCGAGAGAGGGGGCCGTTACCCGTGGAGGGCGCGGGG 46318563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2861 TCGACACCGCCGGTTTCTGAGCACCGAGAGAGGGGGCCGTTACCCGTGGAGGGCGCGGGG 2920

 46318564 AGCGGGCCAGGGTGGGTTCCGCGCAGGCTCTGGGCGCGCACTCCCGATCCCGCGCAGCCC 46318623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2921 AGCGGGCCAGGGTGGGTTCCGCGCAGGCTCTGGGCGCGCACTCCCGATCCCGCGCAGCCC 2980

 46318624 CACGGTGGACGTCGCGCCAGACTCGAGACGGCACCCGCGCCCCAGGCCCGCCATCCCTTT 46318683
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
     2981 CACGGTGGACGTCGCGCCAGACTCGAGACGGCACCCGCGCCCCAGGCCCGCCAT-CCTTT 3039

 46318684 TTTTTTTT-CTTTTCAGTAACTTGCCCAAGTTCACATCTTTTATTTCTTTTTAAGGCAAA 46318742
          ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3040 TTTTTT--CCTTTTCAGTAACTTGCCCAAGTTCACATCTTTTATTTCTTTTTAAGGCAAA 3097

 46318743 GCACCCGCAGGTCAAGCCCCGCCCCGTCCCCCAGCCCCGAGTCCCTGTCCCACCCCCTTT 46318802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3098 GCACCCGCAGGTCAAGCCCCGCCCCGTCCCCCAGCCCCGAGTCCCTGTCCCACCCCCTTT 3157

 46318803 CCCCCTCGAGCCCCGTCAGCTGTTCCCCTTGGCCTCGGGTTCCCTGGCGTCCTCGGCAGC 46318862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3158 CCCCCTCGAGCCCCGTCAGCTGTTCCCCTTGGCCTCGGGTTCCCTGGCGTCCTCGGCAGC 3217

 46318863 CGGGCTGGGAGTCTTCATAGCATCTTCTCCAACAGGTGCGAGGGTCTGGGGGCTCCGCTC 46318922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3218 CGGGCTGGGAGTCTTCATAGCATCTTCTCCAACAGGTGCGAGGGTCTGGGGGCTCCGCTC 3277

 46318923 CTCCTTCAAGGTCAGCCCGCCCGCTGCCGTCTCCTGGTGACCGGGGAAGGAAAGGGCAGC 46318982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3278 CTCCTTCAAGGTCAGCCCGCCCGCTGCCGTCTCCTGGTGAACGGGGAAGGAAAGGGCAGC 3337

 46318983 CGGGTGGAGGGCGCGGTCACCTCCACGCTCCCCTTCAGGCCCTGCCCCCTGATGGCCCCT 46319042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3338 CGGGTGGAGGGCGCGGTCACCTCCACGCTCCCCTTCAGGCCCTGCCCCCTGATGGCCCCT 3397

 46319043 CCTCCCCCACCTTCACCCCGGCCCAGATCCGGCTTCTTCCTTCGCAGCGGAGGCTGCTCT 46319102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3398 CCTCCCCCACCTTCACCCCGGCCCAGATCCGGCTTCTTCCTTCGCAGCGGAGGCTGCTCT 3457

 46319103 CCCTACCTTGGGTAGGGGGCCCTCGAGACTAGAGTCCAACAGCGCGGCCTCGGTCAGCCC 46319162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3458 CCCTACCTTGGGTAGGGGGCCCTCGAGACTAGAGTCCAACAGCGCGGCCTCGGTCAGCCC 3517

 46319163 CGAGTCGTCATCCATGCTGATGAAGATGCCCGGGGTCTCGCACTCAGGCCCCTCCTCCCG 46319222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3518 CGAGTCGTCATCCATGCTGATGAAGATGCCCGGGGTCTCGCACTCAGGCCCCTCCTCCCG 3577

 46319223 GAAATCCATGGCTTCCTCAGACGGGGGCGGGCCTGGCCGGGCCGACGGAGAGGGAGAGGG 46319282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3578 GAAATCCATGGCTTCCTCAGACGGGGGCGGGCCTGGCCGGGCCGACGGAGAGGGAGAGGG 3637

 46319283 GGAGGAAGAGGAGGGGGCTCCCACTCCTCCCGGCTTCAGCTTCTGTTCCTCCTCCAGCTG 46319342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3638 GGAGGAAGAGGAGGGGGCTCCCACTCCTCCCGGCTTCAGCTTCTGTTCCTCCTCCAGCTG 3697

 46319343 CCGCTTTAAGGCCTTCTCCTGGGCCAGTCGCAGGCCGATGAGGTCCTGAGGGGGCCGGGG 46319402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3698 CCGCTTTAAGGCCTTCTCCTGGGCCAGTCGCAGGCCGATGAGGTCCTGAGGGGGCCGGGG 3757

 46319403 TGCTGGGGCCGGGGCCAAGGTCAGGGGCTCCAGATCATCCTGGGGATAGGGAGGGCCACA 46319462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3758 TGCTGGGGCCGGGGCCAAGGTCAGGGGCTCCAGATCATCCTGGGGATAGGGAGGGCCACA 3817

 46319463 CAGAAGCTCAGAGGTGGGTGGCTCAGAGGACGGCCGGAAAGAGAAGGAACCACCCTGAGG 46319522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3818 CAGAAGCTCAGAGGTGGGTGGCTCAGAGGACGGCCGGAAAGAGAAGGAACCACCCTGAGG 3877

 46319523 TGGTCTTTGAGTTCTTCACCAAGAGCATGGGGAGGAAGGGGCAGTTGTCCCCCAGACCCC 46319582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3878 TGGTCTTTGAGTTCTTCACCAAGAGCATGGGGAGGAAGGGGCAGTTGTCCCCCAGACCCC 3937

 46319583 CAACTCCCAGCAGGAGCATCCCCTGGGAGACGGGTGGCCCAGAGGCAGGGGTGGCCTGAG 46319642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3938 CAACTCCCAGCAGGAGCATCCCCTGGGAGACGGGTGGCCCAGAGGCAGGGGTGGCCTGAG 3997

 46319643 TCTCTCGGGGTCAGGAGGAGGCCATGGTGAGCCTTGCTGGCTTGGGGTAGGGGGTGGGAG 46319702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3998 TCTCTCGGGGTCAGGAGGAGGCCATGGTGAGCCTTGCTGGCTTGGGGTAGGGGGTGGGAG 4057

 46319703 TCTGGGGATCCAGATGGGTGGGCTGCAGGGCCCTCACCTCCTCCAAGGGCCCCGCAGGCG 46319762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4058 TCTGGGGATCCAGATGGGTGGGCTGCAGGGCCCTCACCTCCTCCAAGGGCCCCGCAGGCG 4117

 46319763 CCTCCTTGGCCTCTGGCTCCTGCTTGCCGCTGGCCTCCAAGATGGTCATGATGGAGTTAG 46319822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4118 CCTCCTTGGCCTCTGGCTCCTGCTTGCCGCTGGCCTCCAAGATGGTCATGATGGAGTTAG 4177

 46319823 GGATGTGAGCTTGCTGGGTGGAGAGCAGGAAGGGGGCGCTGGGGGCAGCTCTGGCACAGA 46319882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4178 GGATGTGAGCTTGCTGGGTGGAGAGCAGGAAGGGGGCGCTGGGGGCAGCTCTGGCACAGA 4237

 46319883 GAC 46319885
          |||
     4238 GAC 4240

Alignment time is 3.69513 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [46304914,46326823] =>     21910 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    3706] =>      3706 nucs 'mol-32-20fa-049158_3706'

Score:        3580
Aligned:      3690        nucs
Identic:      3680 (100%) nucs =>      1805 (100%)      1875 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [46313104,46314914] EXCISED REGION [46316824,46318702]
 second seq =>  [      19,    1828] EXCISED REGION [    1829,    3706]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1909 nucs [46314915,46316823]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        22 nucs [46314915,46314936] to [46316824,46316845]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [46314914,46314914] to [46316824,46316824]
 second seq =>         1 nucs [1828,1828] to [1829,1829]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 46313104 TCCTGGCTAGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAATAAGAGCCTTGCCTTGACAGAA 46313163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       19 TCCTGGCTAGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAATAAGAGCCTTGCCTTGACAGAA 78

 46313164 AAAGAAACACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAGTCATTTCCTAGAAGCATGTAC 46313223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       79 AAAGAAACACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAGTCATTTCCTAGAAGCATGTAC 138

 46313224 AGGCCACAAAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCCCACATTAAGAACTCCAGCTCT 46313283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      139 AGGCCACAAAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCCCACATTAAGAACTCCAGCTCT 198

 46313284 TGGCTGGGAGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGG 46313343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      199 TGGCTGGGAGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGG 258

 46313344 ATGGCTTGAGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAACATAGCAAGACCCCCATCTCAA 46313403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      259 ATGGCTTGAGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAACATAGCAAGACCCCCATCTCAA 318

 46313404 TTATTTTTATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCT 46313463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      319 TTATTTTTATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCT 378

 46313464 GTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCCAAGCTCCGCCTCCTGG 46313523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
      379 GTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGC-AAGCTCCGCCTCCTGG 437

 46313524 GTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTGGGACTGCATGTGCCTGCTGCC 46313583
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      438 GTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTGCATGTGCCTGCTGCC 497

 46313584 ACGCTTGGCTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTAGCAAAGAT 46313643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      498 ACGCTTGGCTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTAGCAAAGAT 557

 46313644 GGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGGTTAC 46313703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      558 GGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGGTTAC 617

 46313704 AGATGTAAGCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTGCAATG 46313763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      618 AGATGTAAGCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTTTTGTGACTGGATTGTGCAATG 677

 46313764 CTGTCTTTCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACT 46313823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      678 CTGTCTTTCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCTAAGTATGCTTGGGCCCCCACT 737

 46313824 GACCCTGATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTT 46313883
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      738 GTCCCTGATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCACCTCCTCCTCCATCTCCTGTT 797

 46313884 CGCCTTCAGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGT 46313943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      798 CGCCTTCAGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCTTCTGTTTCTCCGCCATCTTGT 857

 46313944 AGGTGGGCTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCC 46314003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      858 AGGTGGGCTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCAGCTTGGGGTGGAACCACTCCC 917

 46314004 ACTGCGTGGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCA 46314063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      918 ACTGCGTGGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGGGGTCCTCAGGCCGCTGGTTCA 977

 46314064 GGATCTTGGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAG 46314123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      978 GGATCTTGGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGCCTCCCGCAGGAGGAGTGGGAG 1037

 46314124 GAGAGGGACCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCT 46314183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1038 GAGAGGGACCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCCCATGTGCCTGGCCCTGTGCCT 1097

 46314184 GGTGCTGGGGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTAT 46314243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1098 GGTGCTGGGGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGCCCAGGTGTAGCTGACATTTAT 1157

 46314244 TTATTTATTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGA 46314303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1158 TTATTTATTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTCTGTTGCTCAGGCTGGA 1217

 46314304 ATGCAGTGGTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCT 46314363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1218 ATGCAGTGGTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAATAATTCTCCT 1277

 46314364 GCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTT 46314423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1278 GCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGTTACTTTTT 1337

 46314424 GGATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACC 46314483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1338 GGATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATC 1397

 46314484 TCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGC 46314543
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1398 TCGTGATCTGCCCGCCTCAGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGC 1457

 46314544 CTTGCCGACATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTG 46314603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1458 CTTGCCGACATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAAACGAGCAAAATATATACAGTG 1517

 46314604 TGTCAGGCATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGG 46314663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1518 TGTCAGGCATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATATAGTACTGAATGGGGCCTGGGG 1577

 46314664 GTGCCAGGGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGT 46314723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1578 GTGCCAGGGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTTAATTTATTTTTCAGAGGAGGT 1637

 46314724 CTCGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGT 46314783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1638 CTCGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACCTCAGCTCGCTGCAGTCTCTGT 1697

 46314784 CTCCTGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATG 46314843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1698 CTCCTGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATG 1757

 46314844 CACCACCATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAGAGGGTTTCGCCATGGTGGCCA 46314903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1758 CACCACCATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAGAGGGTTTCGCCCTGGTGGCCA 1817

 46314904 GGCTGGTCTCA 46314914
          |||||||||||
     1818 GGCTGGTCTCA 1828

EXCISED REGION

 46316824 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGTCTTGGCCTCCTCAAGTGCTGGGATAACAGGCG 46316883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1829 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGTCTTGGCCTCCTCAAGTGCTGGGATAACAGGCG 1888

 46316884 TGAGCCACCGCACCTGGTTGGACCCCCACTATTTCATGTGTTCCCTAGCCCTCTTAGCCT 46316943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1889 TGAGCCACCGCACCTGGTTGGACCCCCACTATTTCATGTGTTCCCTAGCCCTCTTAGCCT 1948

 46316944 CCCTTATTTTTCACCTGAGTCCTTAGCTTCAGTTTATCACTTTTTCTGTTTCTTGTCCAC 46317003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1949 CCCTTATTTTTCACCTGAGTCCTTAGCTTCAGTTTATCACTTTTTCTGTTTCTTGTCCAC 2008

 46317004 TCTCCTAGAATGAGAGCATCCTGGGTATCTAATGGAGGCTGAGAGCAGTGTTTTGTGACT 46317063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2009 TCTCCTAGAATGAGAGCATCCTGGGTATCTAATGGAGGCTGAGAGCAGTGTTTTGTGACT 2068

 46317064 GTAGCTAAGTGGCTTTGGCAAGTATCTTCCTCAGGCAGGGAGGTTTAGTTGCAGGATAAG 46317123
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2069 GCAGCTAAGTGGCTTTGGCAAGTATCTTCCTCAGGCAGGGAGGTTTAGTTGCAGGATAAG 2128

 46317124 AGGGTCTCAGGAGGGCTGGGCACGGTGGTTCATGCCTGCAATCCTAGCACTTTGGGAGGC 46317183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2129 AGGGTCTCAGGAGGGCTGGGCACGGTGGTTCATGCCTGCAATCCTAGCACTTTGGGAGGC 2188

 46317184 TGAGATGGGCGGATCACTTGAGGTCGAGTTTGAGACTAGCCTGGGCAACATGGTGAAATC 46317243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2189 TGAGATGGGCGGATCACTTGAGGTCGAGTTTGAGACTAGCCTGGGCAACATGGTGAAATC 2248

 46317244 TTGCCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGAAGTGGAGCGCGCCTGTAACCCCAA 46317303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     2249 TTGCCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTTAAGTGGAGCGCGCCTGTAACCCCAA 2308

 46317304 CTACTCGGGAGGCTGAAGCAGAAGAATCACTTGAACTTGGGAAGGAGAGGTTGCCCTAAG 46317363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2309 CTACTCGGGAGGCTGAAGCAGAAGAATCACTTGAACTTGGGAAGGAGAGGTTGCCCTAAG 2368

 46317364 CCAAGACCACGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGGGTGAGACTATGTCTGGGGGAAA 46317423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2369 CCAAGACCACGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGGGTGAGACTATGTCTGGGGGAAA 2428

 46317424 AAAAAAGCAAGAGGGCTTGGGGAGCCAAATCACGTGTTCTGGAATCCTGACTCTGCCATA 46317483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2429 AAAAAAGCAAGAGGGCTTGGGGAGCCAAATCACGTGTTCTGGAATCCTGACTCTGCCATA 2488

 46317484 TCCTAGCTGTGTAGTTTTGGGTAAGCGACCCAACTTCTCTGTGTCTCGGTCTCCTCCTCT 46317543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2489 TCCTAGCTGTGTAGTTTTGGGTAAGCGACCCAACTTCTCTGTGTCTCGGTCTCCTCCTCT 2548

 46317544 GTAAAGTAGGATGAGCTGATGTGCTCATCTCCGGTGAGAATTAGGTGAGTGTGTGCAGTG 46317603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2549 GTAAAGTAGGATGAGCTGATGTGCTCATCTCCGGTGAGAATTAGGTGAGTGTGTGCAGTG 2608

 46317604 CCAGCACATGTCTGGGAAGTGAATGCTAGCTGTTGTTGGCATTGATTCCGACTCAGCTGA 46317663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2609 CCAGCACATGTCTGGGAAGTGAATGCTAGCTGTTGTTGGCATTGATTCCGACTCAGCTGA 2668

 46317664 ATTAGAGTCACTGGTTTTCCATGAGGGATGATCCCTTGTCTGACTGACTGAGGCAGGCAC 46317723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 ATTAGAGTCACTGGTTTTCCATGAGGGATGATCCCTTGTCTGACTGACTGAGGCAGGCAC 2728

 46317724 TTCGGGTGGGGCCCCTCCCTGCCTGGGTCCCCCACCCGCCCCACTCCTAGCCCCTGCTCA 46317783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2729 TTCGGGTGGGGCCCCTCCCTGCCTGGGTCCCCCACCCGCCCCACTCCTAGCCCCTGCTCA 2788

 46317784 CAGGCTGAGGTCGCAATTGATGCTGGTCTGCAGCAGGTAGGCCTTGGCGTTCTGCACGGC 46317843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2789 CAGGCTGAGGTCGCAATTGATGCTGGTCTGCAGCAGGTAGGCCTTGGCGTTCTGCACGGC 2848

 46317844 CAGCTCCAGAGGCTCGGGCTCAGGCACCTGGGCACTGTAGTGTGGGAAGCCCAGCTCAGA 46317903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2849 CAGCTCCAGAGGCTCGGGCTCAGGCACCTGGGCACTGTAGTGTGGGAAGCCCAGCTCAGA 2908

 46317904 GGGCAAGAACTGAAGGGCAGGGTCATCCCTTATGTAAGGCCCGTGCTGGGCACCTTCAGA 46317963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2909 GGGCAAGAACTGAAGGGCAGGGTCATCCCTTATGTAAGGCCCGTGCTGGGCACCTTCAGA 2968

 46317964 GAACTGGTCTGTCTGGTAGAGGTTGAACTGGCCCAAGGGGTTGACTGGGGGCTCCTGGAA 46318023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2969 GAACTGGTCTGTCTGGTAGAGGTTGAACTGGCCCAAGGGGTTGACTGGGGGCTCCTGGAA 3028

 46318024 GGTGGGGTCCAGTTGCTGGAACAGGCTGCTTTGGCCCTGCTGGAGCCGCTGCAGCATTAG 46318083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3029 GGTGGGGTCCAGTTGCTGGAACAGGCTGCTTTGGCCCTGCTGGAGCCGCTGCAGCATTAG 3088

 46318084 GCTGGTGGTGAGCTCGGCGACCTGCATCCTGCTTTCATCAGAGTAAGGCTGAGGCTGGAA 46318143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3089 GCTGGTGGTGAGCTCGGCGACCTGCATCCTGCTTTCATCAGAGTAAGGCTGAGGCTGGAA 3148

 46318144 CTCTGAGGGAAAGCCCGTGTTCACAGATGGGTACTCCATGCCACCCAGCCGGGCTTCCTC 46318203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3149 CTCTGAGGGAAAGCCCGTGTTCACAGATGGGTACTCCATGCCACCCAGCCGGGCTTCCTC 3208

 46318204 AGCCTGGAAGACCTGGGGCATCAGCAAGTTCTCCTGTTGGGACAGGCTGCCCCTCTGTGA 46318263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3209 AGCCTGGAAGACCTGGGGCATCAGCAAGTTCTCCTGTTGGGACAGGCTGCCCCTCTGTGA 3268

 46318264 CCAACCAGGGGCGTTTCGCTGGGCGTCTGGAGGTATCTGCTGCCTCTCCTCGGGGTCCGC 46318323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3269 CCAACCAGGGGCGTTTCGCTGGGCGTCTGGAGGTATCTGCTGCCTCTCCTCGGGGTCCGC 3328

 46318324 TGCCAGGGCCTGAGCTTGGTCCCGACTGTGCCGCCTCTGGGAGGCCTGAGAAGTCCTCCG 46318383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3329 TGCCAGGGCCTGAGCTTGGTCCCGACTGTGCCGCCTCTGGGAGGCCTGAGAAGTCCTCCG 3388

 46318384 GCCCGGAGGCTGCTGGGCAGGGCGCTCAGGGTAGGGCGGCAGGTCTCCCATGGTTCGCCA 46318443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3389 GCCCGGAGGCTGCTGGGCAGGGCGCTCAGGGTAGGGCGGCAGGTCTCCCATGGTTCGCCA 3448

 46318444 GGAGGCACAGATCTCTAGGAGAAAGGCTTGCAGACAAGGAGGCCAAGCGAGAGCCACCTG 46318503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3449 GGAGGCACAGATCTCTAGGAGAAAGGCTTGCAGACAAGGAGGCCAAGCGAGAGCCACCTG 3508

 46318504 TCGACACCGCCGGTTTCTGAGCACCGAGAGAGGGGGCCGTTACCCGTGGAGGGCGCGGGG 46318563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3509 TCGACACCGCCGGTTTCTGAGCACCGAGAGAGGGGGCCGTTACCCGTGGAGGGCGCGGGG 3568

 46318564 AGCGGGCCAGGGTGGGTTCCGCGCAGGCTCTGGGCGCGCACTCCCGATCCCGCGCAGCCC 46318623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3569 AGCGGGCCAGGGTGGGTTCCGCGCAGGCTCTGGGCGCGCACTCCCGATCCCGCGCAGCCC 3628

 46318624 CACGGTGGACGTCGCGCCAGACTCGAGACGGCACCCGCGCCCCAGGCCCGCCATCCCTTT 46318683
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
     3629 CACGGTGGACGTCGCGCCAGACTCGAGACGGCACCCGCGCCCCAGGCCCGCCAT-CCTTT 3687

 46318684 TTTTTTTTCTTTTCAGTAA 46318702
          |||||||.|||||||||||
     3688 TTTTTTTCCTTTTCAGTAA 3706

Alignment time is 2.98829 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [46304914,46326823] =>     21910 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2297] =>      2297 nucs 'mol-32-2383-088001_2297'

Score:        2243
Aligned:      2298        nucs
Identic:      2293 (100%) nucs =>      2162 (100%)       131 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [46312843,46315009] EXCISED REGION [46315012,46315142]
 second seq =>  [       1,    2166] EXCISED REGION [    2167,    2297]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [46315010,46315011]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         7 nucs [46315003,46315009] to [46315012,46315018]
 second seq =>         7 nucs [2160,2166] to [2167,2173]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [46315010,46315010] to [46315011,46315011]
 second seq =>         0 nucs

 46312843 CCACCGTGCCCGGCTAGTCAAAACTTTTCAAAACAGAGGTTCAGTGATGGGGAGAATTAT 46312902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCACCGTGCCCGGCTAGTCAAAACTTTTCAAAACAGAGGTTCAGTGATGGGGAGAATTAT 60

 46312903 GCTACCAAAACAGCAACACCTGCCGTGCAGCTGCTGTCAGCAGTAAACAGGAGAGTCCTA 46312962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTACCAAAACAGCAACACCTGCCGTGCAGCTGCTGTCAGCAGTAAACAGGAGAGTCCTA 120

 46312963 GAGCAGGAAGCCATCCACAGAGCAAAGGCCGGGAGCAGAGACTCCTGCAGGACCCTGTGT 46313022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAGCAGGAAGCCATCCACAGAGCAAAGGCCGGGAGCAGAGACTCCTGCAGGACCCTGTGT 180

 46313023 GGGGAGCAGATGGTGCAGGTGGCATTTCAAAGCAGTGGGGGGGCAGGAAGGAATGGTTTA 46313082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGGGAGCAGATGGTGCAGGTGGCATTTCAAAGCAGTGGGGGGGCAGGAAGGAATGGTTTA 240

 46313083 TTGCATAAATGCCATTCAAGGTCCTGGCTAGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAAT 46313142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGCATAAATGCCATTCAAGGTCCTGGCTAGCCGTCTGGAAGACAGAAAACGAGAGAAAT 300

 46313143 AAGAGCCTTGCCTTGACAGAAAAAGAAACACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAG 46313202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGAGCCTTGCCTTGACAGAAAAAGAAACACAAAATGCTGAATCATGCATTTTTTATGAG 360

 46313203 TCATTTCCTAGAAGCATGTACAGGCCACAAAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCC 46313262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCATTTCCTAGAAGCATGTACAGGCCACAAAAGCCCCCAGTTTTGCCCTTCCACAGACCC 420

 46313263 CACATTAAGAACTCCAGCTCTTGGCTGGGAGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACT 46313322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CACATTAAGAACTCCAGCTCTTGGCTGGGAGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAATACT 480

 46313323 TTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATGGCTTGAGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAAC 46313382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATGGCTTGAGGCCAAGAGTTCAAGACCAACCCGGCCAAC 540

 46313383 ATAGCAAGACCCCCATCTCAATTATTTTTATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTT 46313442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATAGCAAGACCCCCATCTCAATTATTTTTATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTATTTT 600

 46313443 TTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCA 46313502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCA 660

 46313503 CTGCCAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCGGAGTAGCTG 46313562
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      661 CTGC-AAGCTCCGCCTCCTGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTG 719

 46313563 GGACTGCATGTGCCTGCTGCCACGCTTGGCTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGG 46313622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 GGACTGCATGTGCCTGCTGCCACGCTTGGCTAATTTCTTATATTTTTAGTAGAGACGGGG 779

 46313623 TTTCATCATGTTAGCAAAGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGC 46313682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TTTCATCATGTTAGCAAAGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGC 839

 46313683 CTCCCAAAGTGCTGAGGTTACAGATGTAAGCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTT 46313742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 CTCCCAAAGTGCTGAGGTTACAGATGTAAGCCACCCCATCCTGCCAAGACTGAAGTTGTT 899

 46313743 TTGTGACTGGATTGTGCAATGCTGTCTTTCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCT 46313802
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TTGTGACTGGATTGTCCAATGCTGTCTTTCGCCTCCAGGCCTTGGCACAGGCTGTGCCCT 959

 46313803 AAGTATGCTTGGGCCCCCACTGACCCTGATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCA 46313862
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 AAGTATGCTTGGGCCCCCACTGTCCCTGATGCCCACCTCTCCTGACTGGCTCACTCACCA 1019

 46313863 CCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTCAGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCT 46313922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 CCTCCTCCTCCATCTCCTGTTCGCCTTCAGTGCCGCCTCCACTCCGGGTGAACAGCGCCT 1079

 46313923 TCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGGCTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCA 46313982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TCTGTTTCTCCGCCATCTTGTAGGTGGGCTGCATCTCGGGGTCGTCCCGCAGCGTGTCCA 1139

 46313983 GCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGTGGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGG 46314042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 GCTTGGGGTGGAACCACTCCCACTGCGTGGTGCGGTTCAGAGACTCCAGGACAGACAAGG 1199

 46314043 GGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTTGGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGC 46314102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 GGTCCTCAGGCCGCTGGTTCAGGATCTTGGTCAGCAGATTCACCAGGTGCTCGTACCTGC 1259

 46314103 CTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGGACCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCC 46314162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CTCCCGCAGGAGGAGTGGGAGGAGAGGGACCTCACTCACTCAGCTCACTGAGCTGGCTCC 1319

 46314163 CATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTGGGGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGC 46314222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 CATGTGCCTGGCCCTGTGCCTGGTGCTGGGGACACAGTAGGGAACTGAAAAGGTCCCTGC 1379

 46314223 CCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCT 46314282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CCAGGTGTAGCTGACATTTATTTATTTATTTTTATTTATTTAGTTTTTGAGATGGAGTCT 1439

 46314283 TGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGTGGTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTC 46314342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TGCTCTGTTGCTCAGGCTGGAATGCAGTGGTTCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTC 1499

 46314343 CCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGC 46314402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 CCGGGTTCAAATAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTATAGGCGCCCGC 1559

 46314403 CACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAG 46314462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 CACCACGCCTGGTTACTTTTTGGATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAG 1619

 46314463 GCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT 46314522
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 GCTGGTCTCGAACTCCTGATCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT 1679

 46314523 TACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCGACATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAA 46314582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TACAGGCGTGAGCCACCGCGCCTTGCCGACATTCTTATGGTGGAAACAGACACTAATCAA 1739

 46314583 ACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGGCATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATAT 46314642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 ACGAGCAAAATATATACAGTGTGTCAGGCATGGGGTGGTAATTTTTAGGGTGACACATAT 1799

 46314643 AGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAGGGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTT 46314702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 AGTACTGAATGGGGCCTGGGGGTGCCAGGGATGGGAGAAGGTTTGCAATTTTATTTTTTT 1859

 46314703 AATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACC 46314762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 AATTTATTTTTCAGAGGAGGTCTCGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGACC 1919

 46314763 TCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAA 46314822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TCAGCTCGCTGCAGTCTCTGTCTCCTGGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCCTCCCAA 1979

 46314823 GTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAG 46314882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 GTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCATGTCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTTTGTAG 2039

 46314883 AGGGTTTCGCCATGGTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTTC 46314942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 AGGGTTTCGCCATGGTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTTC 2099

 46314943 TTCCGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCAACATTTGT 46315002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 TTCCGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGCCAACATTTGT 2159

 46315003 ATTATTA 46315009
          |||||||
     2160 ATTATTA 2166

EXCISED REGION

 46315012 ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGAGACAGAGTTTTGCTTTGTTGC 46315071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2167 ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGAGACAGAGTTTTGCTTTGTTGC 2226

 46315072 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCTGGGTTCCT 46315131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2227 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCTGGGTTCCT 2286

 46315132 GGGTTCAAGTG 46315142
          |||||||||||
     2287 GGGTTCAAGTG 2297

Alignment time is 1.88125 s

