
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [6978734,6999969] =>     21236 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2069] =>      2069 nucs 'mol-32-1e7c-195381_2069'

Score:        2058
Aligned:      2069        nucs
Identic:      2068 (100%) nucs =>      1704 (100%)       364 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [6986934,6988637] EXCISED REGION [6988639,6989003]
 second seq =>  [      1,   1704] EXCISED REGION [   1705,   2069]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [6988638,6988638]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [6988668,6988668]
 second seq =>         1 nucs [1734,1734]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        13 nucs [6988638,6988650] to [6988639,6988651]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  6986934 GTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCACAAGGGGCTCTGGCAGGAAGAGTGATGCAGGGA 6986993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCACAAGGGGCTCTGGCAGGAAGAGTGATGCAGGGA 60

  6986994 GCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGAGGTGGGAGAACGTCTGGTGTGTATGAGGATCA 6987053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGAGGTGGGAGAACGTCTGGTGTGTATGAGGATCA 120

  6987054 TCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTTATAGAGAAGTGAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAG 6987113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTTATAGAGAAGTGAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAG 180

  6987114 ATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTTGTTGGCTGTTATTAAGGACTTGTTTTTACTCT 6987173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTTGTTGGCTGTTATTAAGGACTTGTTTTTACTCT 240

  6987174 GAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGTTGGAGCAGAGGAATGACATAACCTGACATATG 6987233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGTTGGAGCAGAGGAATGACATAACCTGACATATG 300

  6987234 TTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTTGTGAATTTGATGAAACAAGCTGGAAACAGAGA 6987293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTTGTGAATTTGATGAAACAAGCTGGAAACAGAGA 360

  6987294 GTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCCAGGTGAGAAATGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTG 6987353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCCAGGTGAGAAATGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTG 420

  6987354 ATTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCAGACAGAATTTCGCTGATAAATTGCTTGCGGGT 6987413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCAGACAGAATTTCGCTGATAAATTGCTTGCGGGT 480

  6987414 TTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCCCCAAAATAAACTAAACATTGAGCATTTTCTAT 6987473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCCCCAAAATAAACTAAACATTGAGCATTTTCTAT 540

  6987474 AAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACTCTAACCCTGATGTTTGCAATGCTGACGCCTGG 6987533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACTCTAACCCTGATGTTTGCAATGCTGACGCCTGG 600

  6987534 GTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAAAATCATGTGAGAAAAGCGCTGGGTTTTGCCAT 6987593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAAAATCATGTGAGAAAAGCGCTGGGTTTTGCCAT 660

  6987594 CATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCACAATGGTAATCTTGGAGAATTTCCCTTTCAAT 6987653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCACAATGGTAATCTTGGAGAATTTCCCTTTCAAT 720

  6987654 ACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCCTGTCCTTCTAAAGCCTGATTTATTTGCCAGGT 6987713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCCTGTCCTTCTAAAGCCTGATTTATTTGCCAGGT 780

  6987714 CTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCTAAATGCTTCTGTCCCTGAGACCCCTTTCACTG 6987773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCTAAATGCTTCTGTCCCTGAGACCCCTTTCACTG 840

  6987774 TTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCCACATTTTCCGCAAATTCTTACCCTCTCCTAGA 6987833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCCACATTTTCCGCAAATTCTTACCCTCTCCTAGA 900

  6987834 ACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCTAGGAACAAGAGAAAGCACGC 6987893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCTAGGAACAAGAGAAAGCACGC 960

  6987894 TCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTCTTCCAGACCATACAGAAAGACAAGTGATTGGAA 6987953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTCTTCCAGACCATACAGAAAGACAAGTGATTGGAA 1020

  6987954 CATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAACTGTCATTATTGGTAAATGACATGATTGTCTAC 6988013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAACTGTCATTATTGGTAAATGACATGATTGTCTAC 1080

  6988014 TTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTC 6988073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTC 1140

  6988074 CTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACTAGTTAAACATTTTACTGTGTAGA 6988133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACTAGTTAAACATTTTACTGTGTAGA 1200

  6988134 GAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGCCTAGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTC 6988193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGCCTAGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTC 1260

  6988194 CCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCATGCCCAGCCTGTGT 6988253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCATGCCCAGCCTGTGT 1320

  6988254 TCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAGCTTTGATGTGTGTCTATGATCATTATGAATTAG 6988313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAGCTTTGATGTGTGTCTATGATCATTATGAATTAG 1380

  6988314 ATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCCAGCACCATTTATTGAAAATACTTTTCTCCATTT 6988373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCCAGCACCATTTATTGAAAATACTTTTCTCCATTT 1440

  6988374 AATTATTTCTACCTATATAGTTGATAGAATTCATCAGAGACGTCATCTGAAACTGGATAT 6988433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AATTATTTCTACCTATATAGTTGATAGAATTCATCAGAGACGTCATCTGAAACTGGATAT 1500

  6988434 TTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGTGAATTTATTTGAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGA 6988493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGTGAATTTATTTGAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGA 1560

  6988494 TTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTAATGTGTATCTTTCAAGTAATTTTTCCATTTTAT 6988553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTAATGTGTATCTTTCAAGTAATTTTTCCATTTTAT 1620

  6988554 TCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAAAAAGTTGTTCATATTATCCTTTTGATGTATGTA 6988613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAAAAAGTTGTTCATATTATCCTTTTGATGTATGTA 1680

  6988614 GGAGCTGTATTTATATTTTCTTTC 6988637
          ||||||||||||||||||||||||
     1681 GGAGCTGTATTTATATTTTCTTTC 1704

EXCISED REGION

  6988639 TTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTTGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCAT 6988698
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1705 TTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCAT 1764

  6988699 CTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCG 6988758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1765 CTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCG 1824

  6988759 AGTAGCTGGGACTATAGGCGCCCGCCGCCACGCCTGGCTAATTTTTTTTTTTTGTATTTT 6988818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 AGTAGCTGGGACTATAGGCGCCCGCCGCCACGCCTGGCTAATTTTTTTTTTTTGTATTTT 1884

  6988819 TAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGAT 6988878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 TAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGAT 1944

  6988879 CTGCCCGCTTCGGCCCCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCT 6988938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 CTGCCCGCTTCGGCCCCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCT 2004

  6988939 TATATTTTCTTTCATTCTTAACACTGGCAATTTGGGGGTTTGTTTGTTTGTTTTTGAGAC 6988998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 TATATTTTCTTTCATTCTTAACACTGGCAATTTGGGGGTTTGTTTGTTTGTTTTTGAGAC 2064

  6988999 AGAGT 6989003
          |||||
     2065 AGAGT 2069

Alignment time is 1.95903 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [6978734,6999969] =>     21236 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2035] =>      2035 nucs 'mol-32-1f0b-048211_2035'

Score:        1958
Aligned:      2035        nucs
Identic:      2028 (100%) nucs =>      1937 (100%)        91 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [6986792,6988734] EXCISED REGION [6989970,6990060]
 second seq =>  [      1,   1944] EXCISED REGION [   1945,   2035]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1235 nucs [6988735,6989969]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        23 nucs [6988735,6988757] to [6989970,6989992]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  6986792 CCCATAATCCAATCACCTCCTACCAGGCCCCACCTCCAACATCGGGGATTACAATTCAAG 6986851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCCATAATCCAATCACCTCCTACCAGGCCCCACCTCCAACATCGGGGATTACAATTCAAG 60

  6986852 ATGAGATTTGGGCGGGGACACAGATCCAAACCATACCAGAGTGTCAAGAAAGGCCTCACT 6986911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGAGATTTGGGCGGGGACACAGATCCAAACCATACCAGAGTGTCAAGAAAGGCCTCACT 120

  6986912 GGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCACAAGGGGCTCT 6986971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCACAAGGGGCTCT 180

  6986972 GGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGAGGTGGGAGAA 6987031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGAGGTGGGAGAA 240

  6987032 CGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTTATAGAGAAGT 6987091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTTATAGAGAAGT 300

  6987092 GAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTTGTTGGCTGTT 6987151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTTGTTGGCTGTT 360

  6987152 ATTAAGGACTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGTTGGAGCAGAG 6987211
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTAAGGATTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGTTGGAGCAGAG 420

  6987212 GAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTTGTGAATTTGA 6987271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTTGTGAATTTGA 480

  6987272 TGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCCAGGTGAGAAA 6987331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCCAGGTGAGAAA 540

  6987332 TGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGATTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCAGACAGAATTT 6987391
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGACTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCAGACAGAATTT 600

  6987392 CGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCCCCAAAATAAA 6987451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCCCCAAAATAAA 660

  6987452 CTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACTCTAACCCTGA 6987511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACTCTAACCCTGA 720

  6987512 TGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAAAATCATGTGA 6987571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAAAATCATGTGA 780

  6987572 GAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCACAATGGTAAT 6987631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCACAATGGTAAT 840

  6987632 CTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCCTGTCCTTCTA 6987691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCCTGTCCTTCTA 900

  6987692 AAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCTAAATGCTTCT 6987751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCTAAATGCTTCT 960

  6987752 GTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCCACATTTTCCG 6987811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCCACATTTTCCG 1020

  6987812 CAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTT-AA 6987870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
     1021 CAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA 1080

  6987871 GCTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTCTTCCAGACCA 6987930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTCTTCCAGACCA 1140

  6987931 TACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAACTGTCATTAT 6987990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAACTGTCATTAT 1200

  6987991 TGGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCTCCTGGGCTCA 6988050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCTCCTGGGCTCA 1260

  6988051 AGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACT 6988110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACT 1320

  6988111 AGTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGCCTAGTCTCAA 6988170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGCCTAGTCTCAA 1380

  6988171 ACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGT 6988230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGT 1440

  6988231 GAGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAGCTTTGATGTG 6988290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GAGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAGCTTTGATGTG 1500

  6988291 TGTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCCAGCACCATTT 6988350
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1501 TGTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCCAGCACCATTC 1560

  6988351 ATTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATAGTTGATAGAATTCATCAG 6988410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATAGTTGATAGAATTCATCAG 1620

  6988411 AGACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGTGAATTTATTT 6988470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGTGAATTTATTT 1680

  6988471 GAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTAATGTGTATCT 6988530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTAATGTGTATCT 1740

  6988531 TTCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAAAAAGTTGTTC 6988590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAAAAAGTTGTTC 1800

  6988591 ATATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTT 6988650
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||
     1801 ATATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTT 1860

  6988651 TGAGATGGAGTCTCACTTGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTG 6988710
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGAGATGGAGTCTCACTCGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTG 1920

  6988711 CAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACG 6988734
          ||||||||||||||||||||||||
     1921 CAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACG 1944

EXCISED REGION

  6989970 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCG 6990029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCG 2004

  6990030 GCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGG 6990060
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 GCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGG 2035

Alignment time is 1.57411 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [6978734,6999969] =>     21236 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2686] =>      2686 nucs 'mol-32-2895-056421_2686'

Score:        2556
Aligned:      2622        nucs
Identic:      2616 (100%) nucs =>      1818 (100%)       798 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [6986912,6988734] EXCISED REGION [6989970,6990768]
 second seq =>  [      1,   1823] EXCISED REGION [   1824,   2622]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1235 nucs [6988735,6989969]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        23 nucs [6988735,6988757] to [6989970,6989992]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  6986912 GGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCACAAGGGGCTCT 6986971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCACAAGGGGCTCT 60

  6986972 GGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGAGGTGGGAGAA 6987031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGAGGTGGGAGAA 120

  6987032 CGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTTATAGAGAAGT 6987091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTTATAGAGAAGT 180

  6987092 GAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTTGTTGGCTGTT 6987151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTTGTTGGCTGTT 240

  6987152 ATTAAGGACTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGTTGGAGCAGAG 6987211
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATTAAGGATTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGTTGGAGCAGAG 300

  6987212 GAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTTGTGAATTTGA 6987271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTTGTGAATTTGA 360

  6987272 TGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCCAGGTGAGAAA 6987331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCCAGGTGAGAAA 420

  6987332 TGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGATTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCAGACAGAATTT 6987391
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGACTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCAGACAGAATTT 480

  6987392 CGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCCCCAAAATAAA 6987451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCCCCAAAATAAA 540

  6987452 CTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACTCTAACCCTGA 6987511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACTCTAACCCTGA 600

  6987512 TGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAAAATCATGTGA 6987571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAAAATCATGTGA 660

  6987572 GAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCACAATGGTAAT 6987631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCACAATGGTAAT 720

  6987632 CTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCCTGTCCTTCTA 6987691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCCTGTCCTTCTA 780

  6987692 AAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCTAAATGCTTCT 6987751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCTAAATGCTTCT 840

  6987752 GTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCCACATTTTCCG 6987811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCCACATTTTCCG 900

  6987812 CAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTAAG 6987871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTAAG 960

  6987872 CTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTCTTCCAGACCAT 6987931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTCTTCCAGACCAT 1020

  6987932 ACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAACTGTCATTATT 6987991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAACTGTCATTATT 1080

  6987992 GGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCTCCTGGGCTCAA 6988051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCTCCTGGGCTCAA 1140

  6988052 GTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACTA 6988111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACTA 1200

  6988112 GTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGCCTAGTCTCAAA 6988171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGCCTAGTCTCAAA 1260

  6988172 CTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTG 6988231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGATTACAGGTGTG 1320

  6988232 AGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAGCTTTGATGTGT 6988291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAGCTTTGATGTGT 1380

  6988292 GTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCCAGCACCATTTA 6988351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1381 GTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCCAGCACCATTCA 1440

  6988352 TTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATAGTTGATAGAATTCATCAGA 6988411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATAGTTGATAGAATTCATCAGA 1500

  6988412 GACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGTGAATTTATTTG 6988471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGTGAATTTATTTG 1560

  6988472 AATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTAATGTGTATCTT 6988531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTAATGTGTATCTT 1620

  6988532 TCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAAAAAGTTGTTCA 6988591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAAAAAGTTGTTCA 1680

  6988592 TATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATATTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTT 6988651
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1681 TATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATATTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTT 1740

  6988652 GAGATGGAGTCTCACTTGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTGC 6988711
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GAGATGGAGTCTCACTCGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCATCTCGGCTCACTGC 1800

  6988712 AAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACG 6988734
          |||||||||||||||||||||||
     1801 AAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACG 1823

EXCISED REGION

  6989970 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCG 6990029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1824 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCG 1883

  6990030 GCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCG 6990089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1884 GCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCG 1943

  6990090 ATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTG 6990149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     1944 ATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTG 2003

  6990150 AGCCACCGCGCAGGGCCCTCATTTTCATTCAGTTAAAAATATCTTCTAATTTATGGTTTC 6990209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2004 AGCCACCGCGCAGGGCCCTCATTTTCATTCAGTTAAAAATATCTTCTAATTTATGGTTTC 2063

  6990210 TTTTTTGATCCATAGGTGATTCAGAGGTATATTGTTTAATTCCAAAATATTTGGATTTTT 6990269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2064 TTTTTTGATCCATAGGTGATTCAGAGGTATATTGTTTAATTCCAAAATATTTGGATTTTT 2123

  6990270 TTTTCCACTTTTTTTGTTATTGATTTAATATATTTAATATTTAATTCCATTTTGATCTTA 6990329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2124 TTTTCCACTTTTTTTGTTATTGATTTAATATATTTAATATTTAATTCCATTTTGATCTTA 2183

  6990330 GAAAATGTATTATTTTTAGCTTTAAACATTTATTGAGGGCTTCCAGTTCCAGGTAAAATG 6990389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2184 GAAAATGTATTATTTTTAGCTTTAAACATTTATTGAGGGCTTCCAGTTCCAGGTAAAATG 2243

  6990390 ATGGAAACACATTCCATCCTTTCTGTCCCATTGAATACAACTCTAAAATGTGGGTAGAAT 6990449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2244 ATGGAAACACATTCCATCCTTTCTGTCCCATTGAATACAACTCTAAAATGTGGGTAGAAT 2303

  6990450 ATATGCATCAGCTTATTGAAAACCCTGAAAAATGAATTGTAACATGTTTGTCATAGAAAA 6990509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2304 ATATGCATCAGCTTATTGAAAACCCTGAAAAATGAATTGTAACATGTTTGTCATAGAAAA 2363

  6990510 ACACCAGAATTTGAAGTATCACTGAACTGGCAGCAAGTTTACCATTTTTTCTTCTATGGT 6990569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2364 ACACCAGAATTTGAAGTATCACTGAACTGGCAGCAAGTTTACCATTTTTTCTTCTATGGT 2423

  6990570 TCCCCAACCTGAGTTCAGCATGGCCAAAATTCTGGAAATGAACACTGTGGCATGGATAGA 6990629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2424 TCCCCAACCTGAGTTCAGCATGGCCAAAATTCTGGAAATGAACACTGTGGCATGGATAGA 2483

  6990630 GGGAGCTCCAGGAAATGCTTTCTAGGCCTGGCTTGAGGAACTCCTAACACTCACAGGAAA 6990689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2484 GGGAGCTCCAGGAAATGCTTTCTAGGCCTGGCTTGAGGAACTCCTAACACTCACAGGAAA 2543

  6990690 TACAGAAATCTCCTGTGGACTTTTCCCCCCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTT 6990749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2544 TACAGAAATCTCCTGTGGACTTTTCCCCCCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTT 2603

  6990750 TTTTTTTTTTTTTTTTTTT 6990768
          |||||||||||||||||||
     2604 TTTTTTTTTTTTTTTTTTT 2622

Alignment time is 2.0238 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [6978734,6999969] =>     21236 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2170] =>      2170 nucs 'mol-32-2e4c-082791_2170'

Score:        2104
Aligned:      2170        nucs
Identic:      2164 (100%) nucs =>      2008 (100%)       156 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [6986722,6988734] EXCISED REGION [6989970,6990125]
 second seq =>  [      1,   2014] EXCISED REGION [   2015,   2170]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1235 nucs [6988735,6989969]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        23 nucs [6988735,6988757] to [6989970,6989992]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  6986722 CACGAGAACTCCCTCACTATCATGAGAACAGCACCAAGGAGATGGTGCTAACCATTCATG 6986781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACGAGAACTCCCTCACTATCATGAGAACAGCACCAAGGAGATGGTGCTAACCATTCATG 60

  6986782 AGAAATCCATCCCATAATCCAATCACCTCCTACCAGGCCCCACCTCCAACATCGGGGATT 6986841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAAATCCATCCCATAATCCAATCACCTCCTACCAGGCCCCACCTCCAACATCGGGGATT 120

  6986842 ACAATTCAAGATGAGATTTGGGCGGGGACACAGATCCAAACCATACCAGAGTGTCAAGAA 6986901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACAATTCAAGATGAGATTTGGGCGGGGACACAGATCCAAACCATACCAGAGTGTCAAGAA 180

  6986902 AGGCCTCACTGGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCAC 6986961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGGCCTCACTGGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAAGCAAGTCAC 240

  6986962 AAGGGGCTCTGGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGA 6987021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAGGGGCTCTGGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAAAGGCCCTGA 300

  6987022 GGTGGGAGAACGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTT 6987081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGTGGGAGAACGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCCAGAGATTTT 360

  6987082 ATAGAGAAGTGAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTT 6987141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATAGAGAAGTGAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAATGTGAGCCTT 420

  6987142 GTTGGCTGTTATTAAGGACTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGT 6987201
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTGGCTGTTATTAAGGATTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTTTGAAGGGGT 480

  6987202 TGGAGCAGAGGAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTT 6987261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGGAGCAGAGGAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGCTTTTGTGTT 540

  6987262 GTGAATTTGATGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCC 6987321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTGAATTTGATGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCTGTCATATCC 600

  6987322 AGGTGAGAAATGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGATTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCA 6987381
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
      601 AGGTGAGAAATGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGACTCTGGATATATTGTGAAGGTAGAGCA 660

  6987382 GACAGAATTTCGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCC 6987441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GACAGAATTTCGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTCTTCTAGTCC 720

  6987442 CCAAAATAAACTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACT 6987501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCAAAATAAACTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGAAAAACAACT 780

  6987502 CTAACCCTGATGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAA 6987561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTAACCCTGATGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGTGCATATGAA 840

  6987562 AATCATGTGAGAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCA 6987621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AATCATGTGAGAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAAACGTGCTCA 900

  6987622 CAATGGTAATCTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCC 6987681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAATGGTAATCTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTTTGGCAAGCC 960

  6987682 TGTCCTTCTAAAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCT 6987741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTCCTTCTAAAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTTTTCTTTCCT 1020

  6987742 AAATGCTTCTGTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCC 6987801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAATGCTTCTGTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCCTCTTCCGCC 1080

  6987802 ACATTTTCCGCAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTT 6987861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACATTTTCCGCAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACTTTTTTTTTT 1140

  6987862 TTTTTTT-AAGCTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTC 6987920
          ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTTTTTTAAGCTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCATGAGATTC 1200

  6987921 TTCCAGACCATACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAA 6987980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTCCAGACCATACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGGAAAGAGAA 1260

  6987981 CTGTCATTATTGGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCT 6988040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGTCATTATTGGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAACAGCCCCT 1320

  6988041 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCA 6988100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACAGGCATGCA 1380

  6988101 CCACCACACTAGTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGC 6988160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CCACCACACTAGTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGTTCCCCAGC 1440

  6988161 CTAGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGA 6988220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTAGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGGTGCTGGGA 1500

  6988221 TTACAGGTGTGAGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAG 6988280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTACAGGTGTGAGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTATAGTTTCAG 1560

  6988281 CTTTGATGTGTGTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCC 6988340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTTTGATGTGTGTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACAGTTGTTCC 1620

  6988341 AGCACCATTTATTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATAGTTGATAG 6988400
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGCACCATTCATTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATAGTTGATAG 1680

  6988401 AATTCATCAGAGACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGT 6988460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AATTCATCAGAGACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTTTAAATTGT 1740

  6988461 GAATTTATTTGAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTA 6988520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GAATTTATTTGAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAGTTTTGGTA 1800

  6988521 ATGTGTATCTTTCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAA 6988580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATGTGTATCTTTCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTTATTGGCAA 1860

  6988581 AAAGTTGTTCATATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATATTTTCTTTCTTT 6988640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1861 AAAGTTGTTCATATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATATTTTCTTTTTTT 1920

  6988641 TTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTTGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCATCT 6988700
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGCCATCT 1980

  6988701 CGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACG 6988734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACG 2014

EXCISED REGION

  6989970 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCG 6990029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2015 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCG 2074

  6990030 GCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCG 6990089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2075 GCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCG 2134

  6990090 ATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCC 6990125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2135 ATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCC 2170

Alignment time is 1.65336 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [6978734,6999969] =>     21236 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2817] =>      2817 nucs 'mol-32-2fee-147318_2817'

Score:        2755
Aligned:      2799        nucs
Identic:      2795 (100%) nucs =>      1003 (100%)      1792 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [6989717,6990719] EXCISED REGION [6990743,6992538]
 second seq =>  [      1,   1003] EXCISED REGION [   1024,   2817]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        23 nucs [6990720,6990742]
 second seq =>        20 nucs [1004,1023]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [6990719,6990722] to [6990742,6990745]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [6990720,6990723] to [6990739,6990742]
 second seq =>         0 nucs

  6989717 ATTGGATATAAACATCTTTTTCTGGTCTCTTAAGGTAGAAGCTTAGATTCTTTGATTTTT 6989776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTGGATATAAACATCTTTTTCTGGTCTCTTAAGGTAGAAGCTTAGATTCTTTGATTTTT 60

  6989777 GGCCCTTTCTCTTTTTCTAGTATAAGCAATGAATGTTGTAAAATTTCATCTAAGCATTGT 6989836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGCCCTTTCTCTTTTTCTAGTATAAGCAATGAATGTTGTAAAATTTCATCTAAGCATTGT 120

  6989837 TTTGAATGCAGCATCTTCTCATTTTCTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGAGACGGAGTCTCG 6989896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTGAATGCAGCATCTTCTCATTTTCTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGAGACGGAGTCTCG 180

  6989897 CTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAGCGCTATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCACC 6989956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAGCGCTATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCACC 240

  6989957 TCCCGGGTTCACTCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCC 6990016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCCGGGTTCACTCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTAAAGGTGCCC 300

  6990017 GCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACTGTGTTAGC 6990076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACTGTGTTAGC 360

  6990077 CAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGG 6990136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGG 420

  6990137 GATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCAGGGCCCTCATTTTCATTCAGTTAAAAATATCTTCT 6990196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCAGGGCCCTCATTTTCATTCAGTTAAAAATATCTTCT 480

  6990197 AATTTATGGTTTCTTTTTTGATCCATAGGTGATTCAGAGGTATATTGTTTAATTCCAAAA 6990256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AATTTATGGTTTCTTTTTTGATCCATAGGTGATTCAGAGGTATATTGTTTAATTCCAAAA 540

  6990257 TATTTGGATTTTTTTTTCCACTTTTTTTGTTATTGATTTAATATATTTAATATTTAATTC 6990316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATTTGGATTTTTTTTTCCACTTTTTTTGTTATTGATTTAATATATTTAATATTTAATTC 600

  6990317 CATTTTGATCTTAGAAAATGTATTATTTTTAGCTTTAAACATTTATTGAGGGCTTCCAGT 6990376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CATTTTGATCTTAGAAAATGTATTATTTTTAGCTTTAAACATTTATTGAGGGCTTCCAGT 660

  6990377 TCCAGGTAAAATGATGGAAACACATTCCATCCTTTCTGTCCCATTGAATACAACTCTAAA 6990436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCAGGTAAAATGATGGAAACACATTCCATCCTTTCTGTCCCATTGAATACAACTCTAAA 720

  6990437 ATGTGGGTAGAATATATGCATCAGCTTATTGAAAACCCTGAAAAATGAATTGTAACATGT 6990496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATGTGGGTAGAATATATGCATCAGCTTATTGAAAACCCTGAAAAATGAATTGTAACATGT 780

  6990497 TTGTCATAGAAAAACACCAGAATTTGAAGTATCACTGAACTGGCAGCAAGTTTACCATTT 6990556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTGTCATAGAAAAACACCAGAATTTGAAGTATCACTGAACTGGCAGCAAGTTTACCATTT 840

  6990557 TTTCTTCTATGGTTCCCCAACCTGAGTTCAGCATGGCCAAAATTCTGGAAATGAACACTG 6990616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTCTTCTATGGTTCCCCAACCTGAGTTCAGCATGGCCAAAATTCTGGAAATGAACACTG 900

  6990617 TGGCATGGATAGAGGGAGCTCCAGGAAATGCTTTCTAGGCCTGGCTTGAGGAACTCCTAA 6990676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGGCATGGATAGAGGGAGCTCCAGGAAATGCTTTCTAGGCCTGGCTTGAGGAACTCCTAA 960

  6990677 CACTCACAGGAAATACAGAAATCTCCTGTGGACTTTTCCCCCC 6990719
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACTCACAGGAAATACAGAAATCTCCTGTGGACTTTTCCCCCC 1003

EXCISED REGION

  6990743 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGACGCAGTCTTGCTCTGTCCAGGCTTGAGTGC 6990802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1024 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGACGCAGTCTTGCTCTGTCCAGGCTTGAGTGC 1083

  6990803 AGTGGCGGGATCTCCGCTCACTGCAACCTTCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTGTCCTGCC 6990862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1084 AGTGGCGGGATCTCCGCTCACTGCAACCTTCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTGTCCTGCC 1143

  6990863 TCAGCCTCCTGAGAAGCTGAGACTACAAGCGCATGCCACCACACCCAGCTAATTCTTGTG 6990922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1144 TCAGCCTCCTGAGAAGCTGAGACTACAAGCGCATGCCACCACACCCAGCTAATTCTTGTG 1203

  6990923 TTTTTAGTAGAGTCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTTG 6990982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1204 TTTTTAGTAGAGTCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTTG 1263

  6990983 TGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACGCCCA 6991042
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1264 TGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACGCCCG 1323

  6991043 GCCTCCCCCTTTCTTTTCTTGTGCCATGTCCATGGTCAATCTCATGGCAGCAATGGCAGC 6991102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1324 GCCTCCCCCTTTCTTTTCTTGTGCCATGTCCATGGTCAATCTCATGGCAGCAATGGCAGC 1383

  6991103 ACTGGGATGACTAGGGCCAGAAGAGGCCAAAACTTTAAGGGAGAAGAACCTTCCTCTCTG 6991162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1384 ACTGGGATGACTAGGGCCAGAAGAGGCCAAAACTTTAAGGGAGAAGAACCTTCCTCTCTG 1443

  6991163 TGTAAGGGAGCTGCAGTTCCAATAAATTGAGAATGCCTTTGTGTTGTTATTGTTTTTTTT 6991222
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
     1444 TGTAAGGGAGCTGCAGTTCCAATAAATTGAGAATGCCTTTGTGTTGTTATTG-TTTTTTT 1502

  6991223 TTTCTCTGTGCCCTTCCTCCATTTAGACGAGTTTCTCACGATAGAGCCAAAAAGAAGAGC 6991282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1503 TTTCTCTGTGCCCTTCCTCCATTTAGACGAGTTTCTCACGATAGAGCCAAAAAGAAGAGC 1562

  6991283 TGCAGGAAACCAGAGAGTACCAGGGAGACCATGAAGATATGTATGCTTGGGAAAGCTACA 6991342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1563 TGCAGGAAACCAGAGAGTACCAGGGAGACCATGAAGATATGTATGCTTGGGAAAGCTACA 1622

  6991343 CTGTAAAGCTGTTGATGAGCTCCAGGGCTGACCACTGAGCCGTGATTGTAAGGATCTCAC 6991402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1623 CTGTAAAGCTGTTGATGAGCTCCAGGGCTGACCACTGAGCCGTGATTGTAAGGATCTCAC 1682

  6991403 CCTAATTAGCATCCTAAAGACTTTCAGATCTAAACTCACGAACAAACTACCGCTCATGCC 6991462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1683 CCTAATTAGCATCCTAAAGACTTTCAGATCTAAACTCACGAACAAACTACCGCTCATGCC 1742

  6991463 GCACACTAACCAGAGTGGCACACAGTCATGACAGACCTAAAGAGATCTAAAAAAAAAAAC 6991522
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
     1743 GCACACTAACCAGAGTGGCACACAGTCATGACAGACCTAAAGAGATCT-AAAAAAAAAAC 1801

  6991523 AGAAGAGAACATAACATATCAAAAGGCTTTAGAACTGAACTGACATTGGAACCATACCCT 6991582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1802 AGAAGAGAACATAACATATCAAAAGGCTTTAGAACTGAACTGACATTGGAACCATACCCT 1861

  6991583 ACAGAGGTGTGTTGGAACACACAGCCTCAACCTAACCAGGTCAATTGCCTGCTAAACAAA 6991642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1862 ACAGAGGTGTGTTGGAACACACAGCCTCAACCTAACCAGGTCAATTGCCTGCTAAACAAA 1921

  6991643 AATATCAACTGTGGGGAAAAGAAAGAGAGATCAGACTGTTACTGTGCATACGTAGAAAGA 6991702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1922 AATATCAACTGTGGGGAAAAGAAAGAGAGATCAGACTGTTACTGTGCATACGTAGAAAGA 1981

  6991703 AGTAGACATAAGAAACTCCATTTTGTTCTGTACTAAGAGAAATTCTTCTGCCTTGAGATG 6991762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1982 AGTAGACATAAGAAACTCCATTTTGTTCTGTACTAAGAGAAATTCTTCTGCCTTGAGATG 2041

  6991763 CTGTTAATCTGTAACCCTAGCCCCAACCCTGTGCTTGTAGAGACATGTGCTGTGTTGACT 6991822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2042 CTGTTAATCTGTAACCCTAGCCCCAACCCTGTGCTTGTAGAGACATGTGCTGTGTTGACT 2101

  6991823 CAAGGTTTAACGGATTTAGGGCTGTGCAGGATGTGCTCTGTTAAAAATGTGTTTGCAGGC 6991882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2102 CAAGGTTTAACGGATTTAGGGCTGTGCAGGATGTGCTCTGTTAAAAATGTGTTTGCAGGC 2161

  6991883 AGTGTGCTTGGTAAAAGTCATCGCCATTCTCTAATCTTGAGTACCCAGGGACACAGTGCA 6991942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2162 AGTGTGCTTGGTAAAAGTCATCGCCATTCTCTAATCTTGAGTACCCAGGGACACAGTGCA 2221

  6991943 CTGCGGAAGGCTGCAGGGACCTCTGCCCAGGAAAGCCAGGTATTGTCCAAGGTTTCTCCC 6992002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2222 CTGCGGAAGGCTGCAGGGACCTCTGCCCAGGAAAGCCAGGTATTGTCCAAGGTTTCTCCC 2281

  6992003 CATGTGATAGCCTGAGATACAGCCTCATGGGAAGGGAAAGATCCCAGCCCAAAACCCGTA 6992062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2282 CATGTGATAGCCTGAGATACAGCCTCATGGGAAGGGAAAGATCCCAGCCCAAAACCCGTA 2341

  6992063 AAGGGTCTGTGCTGAGGAGGATTAGTGAAAGAGGAAGGCCTCTTTGCAGTTGAGATAAGA 6992122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2342 AAGGGTCTGTGCTGAGGAGGATTAGTGAAAGAGGAAGGCCTCTTTGCAGTTGAGATAAGA 2401

  6992123 GGAAGGCATCTGTCTCCTGCTCATCCCTGGAAATGGAATGTCTCGGTGTAAAACCCGATC 6992182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2402 GGAAGGCATCTGTCTCCTGCTCATCCCTGGAAATGGAATGTCTCGGTGTAAAACCCGATC 2461

  6992183 GTATGTTCTATTTACTGCGATAGGAGAAAACCGCCTTATGGCTGGAGGTGAGACATGCTG 6992242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2462 GTATGTTCTATTTACTGCGATAGGAGAAAACCGCCTTATGGCTGGAGGTGAGACATGCTG 2521

  6992243 GCGGCAATACTGCTCTTTAATGCACTGAGATGTTTGTGTAAAGTCAAACATAAATCTGGC 6992302
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2522 GCGGCAATACTGCTCTTTAATGCGCTGAGATGTTTGTGTAAAGTCAAACATAAATCTGGC 2581

  6992303 CTATGTGCACATCAAGGCACAGCACCTTTCCTTAAACTTATTTATGACACAGAGATCTTT 6992362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2582 CTATGTGCACATCAAGGCACAGCACCTTTCCTTAAACTTATTTATGACACAGAGATCTTT 2641

  6992363 GCTCACGTTTTCCTGCTGACCCTCTCCCCACCATTACCCTATAGTCCTGCCACATCCCCC 6992422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2642 GCTCACGTTTTCCTGCTGACCCTCTCCCCACCATTACCCTATAGTCCTGCCACATCCCCC 2701

  6992423 TCTCCGAGATGGTAGAGATAGTGATCAATAAATACGGAGGGAGCCGGGCGCGGTGGCTCA 6992482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2702 TCTCCGAGATGGTAGAGATAGTGATCAATAAATACGGAGGGAGCCGGGCGCGGTGGCTCA 2761

  6992483 CGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCAGATCACGAGATCAGGAG 6992538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2762 CGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGCAGATCACGAGATCAGGAG 2817

Alignment time is 2.12733 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [6978734,6999969] =>     21236 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2696] =>      2696 nucs 'mol-32-33f8-043485_2696'

Score:        2656
Aligned:      2678        nucs
Identic:      2676 (100%) nucs =>      1467 (100%)      1209 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [6989276,6990742] EXCISED REGION [6990743,6991953]
 second seq =>  [      1,   1467] EXCISED REGION [   1487,   2696]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        19 nucs [1468,1486]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        26 nucs [1468,1493] to [1487,1512]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         9 nucs [1468,1476] to [1478,1486]

  6989276 CGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGAGTTT 6989335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGAGTTT 60

  6989336 CACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCACGGGATCCGCCTGCTTCGGCCTC 6989395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCACGGGATCCGCCTGCTTCGGCCTC 120

  6989396 CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCCGGCCAATTTTCGTATTTTTAGT 6989455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACACCCGGCCAATTTTCGTATTTTTAGT 180

  6989456 AGAAATGGGGTTTTACTACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCTCAGCTTTAAGTGATCT 6989515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAAATGGGGTTTTACTACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCTCAGCTTTAAGTGATCT 240

  6989516 GCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGAATGAGCACTGTACCTGGCCAACA 6989575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGAATGAGCACTGTACCTGGCCAACA 300

  6989576 CTGGCAATTTATGTCTTCACACTTTTTTTCTATCAATTTTATCAATTTTATTGATCTTTT 6989635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGGCAATTTATGTCTTCACACTTTTTTTCTATCAATTTTATCAATTTTATTGATCTTTT 360

  6989636 CAGAAACAGTTTCTGGTATAATTAATTTTCCTTGTTTGTTTATTTCATTGACTTCCGCTC 6989695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGAAACAGTTTCTGGTATAATTAATTTTCCTTGTTTGTTTATTTCATTGACTTCCGCTC 420

  6989696 TTATTTTCTTCATGTTTGTACATTGGATATAAACATCTTTTTCTGGTCTCTTAAGGTAGA 6989755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTATTTTCTTCATGTTTGTACATTGGATATAAACATCTTTTTCTGGTCTCTTAAGGTAGA 480

  6989756 AGCTTAGATTCTTTGATTTTTGGCCCTTTCTCTTTTTCTAGTATAAGCAATGAATGTTGT 6989815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGCTTAGATTCTTTGATTTTTGGCCCTTTCTCTTTTTCTAGTATAAGCAATGAATGTTGT 540

  6989816 AAAATTTCATCTAAGCATTGTTTTGAATGCAGCATCTTCTCATTTTCTTTTTGTTGTTGT 6989875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAAATTTCATCTAAGCATTGTTTTGAATGCAGCATCTTCTCATTTTCTTTTTGTTGTTGT 600

  6989876 TGTTGTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAGCGCTATCT 6989935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTTGTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAGCGCTATCT 660

  6989936 TGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACTCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAG 6989995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACTCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAG 720

  6989996 TAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAG 6990055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAGCTGGGACTAAAGGTGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAG 780

  6990056 ACGGGATTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGC 6990115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACGGGATTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGC 840

  6990116 CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCAGGGCCCTCATTTTC 6990175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCAGGGCCCTCATTTTC 900

  6990176 ATTCAGTTAAAAATATCTTCTAATTTATGGTTTCTTTTTTGATCCATAGGTGATTCAGAG 6990235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTCAGTTAAAAATATCTTCTAATTTATGGTTTCTTTTTTGATCCATAGGTGATTCAGAG 960

  6990236 GTATATTGTTTAATTCCAAAATATTTGGATTTTTTTTTCCACTTTTTTTGTTATTGATTT 6990295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTATATTGTTTAATTCCAAAATATTTGGATTTTTTTTTCCACTTTTTTTGTTATTGATTT 1020

  6990296 AATATATTTAATATTTAATTCCATTTTGATCTTAGAAAATGTATTATTTTTAGCTTTAAA 6990355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATATATTTAATATTTAATTCCATTTTGATCTTAGAAAATGTATTATTTTTAGCTTTAAA 1080

  6990356 CATTTATTGAGGGCTTCCAGTTCCAGGTAAAATGATGGAAACACATTCCATCCTTTCTGT 6990415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATTTATTGAGGGCTTCCAGTTCCAGGTAAAATGATGGAAACACATTCCATCCTTTCTGT 1140

  6990416 CCCATTGAATACAACTCTAAAATGTGGGTAGAATATATGCATCAGCTTATTGAAAACCCT 6990475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCCATTGAATACAACTCTAAAATGTGGGTAGAATATATGCATCAGCTTATTGAAAACCCT 1200

  6990476 GAAAAATGAATTGTAACATGTTTGTCATAGAAAAACACCAGAATTTGAAGTATCACTGAA 6990535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GAAAAATGAATTGTAACATGTTTGTCATAGAAAAACACCAGAATTTGAAGTATCACTGAA 1260

  6990536 CTGGCAGCAAGTTTACCATTTTTTCTTCTATGGTTCCCCAACCTGAGTTCAGCATGGCCA 6990595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGGCAGCAAGTTTACCATTTTTTCTTCTATGGTTCCCCAACCTGAGTTCAGCATGGCCA 1320

  6990596 AAATTCTGGAAATGAACACTGTGGCATGGATAGAGGGAGCTCCAGGAAATGCTTTCTAGG 6990655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAATTCTGGAAATGAACACTGTGGCATGGATAGAGGGAGCTCCAGGAAATGCTTTCTAGG 1380

  6990656 CCTGGCTTGAGGAACTCCTAACACTCACAGGAAATACAGAAATCTCCTGTGGACTTTTCC 6990715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CCTGGCTTGAGGAACTCCTAACACTCACAGGAAATACAGAAATCTCCTGTGGACTTTTCC 1440

  6990716 CCCCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTTC 6990742
          |||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCCCTTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTTC 1467

EXCISED REGION

  6990743 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGACGCAGTCTTGCTCTGTCCAGGCTTGAGTGC 6990802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGACGCAGTCTTGCTCTGTCCAGGCTTGAGTGC 1546

  6990803 AGTGGCGGGATCTCCGCTCACTGCAACCTTCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTGTCCTGCC 6990862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 AGTGGCGGGATCTCCGCTCACTGCAACCTTCGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTGTCCTGCC 1606

  6990863 TCAGCCTCCTGAGAAGCTGAGACTACAAGCGCATGCCACCACACCCAGCTAATTCTTGTG 6990922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 TCAGCCTCCTGAGAAGCTGAGACTACAAGCGCATGCCACCACACCCAGCTAATTCTTGTG 1666

  6990923 TTTTTAGTAGAGTCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTTG 6990982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 TTTTTAGTAGAGTCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTTG 1726

  6990983 TGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACGCCCA 6991042
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1727 TGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACGCCCG 1786

  6991043 GCCTCCCCCTTTCTTTTCTTGTGCCATGTCCATGGTCAATCTCATGGCAGCAATGGCAGC 6991102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 GCCTCCCCCTTTCTTTTCTTGTGCCATGTCCATGGTCAATCTCATGGCAGCAATGGCAGC 1846

  6991103 ACTGGGATGACTAGGGCCAGAAGAGGCCAAAACTTTAAGGGAGAAGAACCTTCCTCTCTG 6991162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1847 ACTGGGATGACTAGGGCCAGAAGAGGCCAAAACTTTAAGGGAGAAGAACCTTCCTCTCTG 1906

  6991163 TGTAAGGGAGCTGCAGTTCCAATAAATTGAGAATGCCTTTGTGTTGTTATTGTTTTTTTT 6991222
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
     1907 TGTAAGGGAGCTGCAGTTCCAATAAATTGAGAATGCCTTTGTGTTGTTATTG-TTTTTTT 1965

  6991223 TTTCTCTGTGCCCTTCCTCCATTTAGACGAGTTTCTCACGATAGAGCCAAAAAGAAGAGC 6991282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 TTTCTCTGTGCCCTTCCTCCATTTAGACGAGTTTCTCACGATAGAGCCAAAAAGAAGAGC 2025

  6991283 TGCAGGAAACCAGAGAGTACCAGGGAGACCATGAAGATATGTATGCTTGGGAAAGCTACA 6991342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2026 TGCAGGAAACCAGAGAGTACCAGGGAGACCATGAAGATATGTATGCTTGGGAAAGCTACA 2085

  6991343 CTGTAAAGCTGTTGATGAGCTCCAGGGCTGACCACTGAGCCGTGATTGTAAGGATCTCAC 6991402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2086 CTGTAAAGCTGTTGATGAGCTCCAGGGCTGACCACTGAGCCGTGATTGTAAGGATCTCAC 2145

  6991403 CCTAATTAGCATCCTAAAGACTTTCAGATCTAAACTCACGAACAAACTACCGCTCATGCC 6991462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2146 CCTAATTAGCATCCTAAAGACTTTCAGATCTAAACTCACGAACAAACTACCGCTCATGCC 2205

  6991463 GCACACTAACCAGAGTGGCACACAGTCATGACAGACCTAAAGAGATCTAAAAAAAAAAAC 6991522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 GCACACTAACCAGAGTGGCACACAGTCATGACAGACCTAAAGAGATCTAAAAAAAAAAAC 2265

  6991523 AGAAGAGAACATAACATATCAAAAGGCTTTAGAACTGAACTGACATTGGAACCATACCCT 6991582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 AGAAGAGAACATAACATATCAAAAGGCTTTAGAACTGAACTGACATTGGAACCATACCCT 2325

  6991583 ACAGAGGTGTGTTGGAACACACAGCCTCAACCTAACCAGGTCAATTGCCTGCTAAACAAA 6991642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 ACAGAGGTGTGTTGGAACACACAGCCTCAACCTAACCAGGTCAATTGCCTGCTAAACAAA 2385

  6991643 AATATCAACTGTGGGGAAAAGAAAGAGAGATCAGACTGTTACTGTGCATACGTAGAAAGA 6991702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 AATATCAACTGTGGGGAAAAGAAAGAGAGATCAGACTGTTACTGTGCATACGTAGAAAGA 2445

  6991703 AGTAGACATAAGAAACTCCATTTTGTTCTGTACTAAGAGAAATTCTTCTGCCTTGAGATG 6991762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 AGTAGACATAAGAAACTCCATTTTGTTCTGTACTAAGAGAAATTCTTCTGCCTTGAGATG 2505

  6991763 CTGTTAATCTGTAACCCTAGCCCCAACCCTGTGCTTGTAGAGACATGTGCTGTGTTGACT 6991822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 CTGTTAATCTGTAACCCTAGCCCCAACCCTGTGCTTGTAGAGACATGTGCTGTGTTGACT 2565

  6991823 CAAGGTTTAACGGATTTAGGGCTGTGCAGGATGTGCTCTGTTAAAAATGTGTTTGCAGGC 6991882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 CAAGGTTTAACGGATTTAGGGCTGTGCAGGATGTGCTCTGTTAAAAATGTGTTTGCAGGC 2625

  6991883 AGTGTGCTTGGTAAAAGTCATCGCCATTCTCTAATCTTGAGTACCCAGGGACACAGTGCA 6991942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 AGTGTGCTTGGTAAAAGTCATCGCCATTCTCTAATCTTGAGTACCCAGGGACACAGTGCA 2685

  6991943 CTGCGGAAGGC 6991953
          |||||||||||
     2686 CTGCGGAAGGC 2696

Alignment time is 2.02672 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [6978734,6999969] =>     21236 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   5214] =>      5214 nucs 'mol-32-33f8-043486_5214'

Score:        5193
Aligned:      5215        nucs
Identic:      5213 (100%) nucs =>      2736 (100%)      2477 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [6983973,6986708] EXCISED REGION [6986713,6989191]
 second seq =>  [      1,   2736] EXCISED REGION [   2737,   5214]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [6986709,6986712]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [6986709,6986709] to [6986713,6986713]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [6986708,6986708] to [6986713,6986713]
 second seq =>         1 nucs [2736,2736] to [2737,2737]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  6983973 TTCTTGGCCCTAATAGGACGGGAGAAGCCAAGGAAAAGAGCAAATTTTATTGAGTAATCT 6984032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTTGGCCCTAATAGGACGGGAGAAGCCAAGGAAAAGAGCAAATTTTATTGAGTAATCT 60

  6984033 GTGATAGGATTATGCCAGACATTTACCTTCCACAACCATTCCCCCCAAGCACCTGGGGAG 6984092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTGATAGGATTATGCCAGACATTTACCTTCCACAACCATTCCCCCCAAGCACCTGGGGAG 120

  6984093 GCATTTTGGATGACGGACTAAAGGCTCAGAGCCCAAGATCACTCACAGCTTGTAAGGAGA 6984152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCATTTTGGATGACGGACTAAAGGCTCAGAGCCCAAGATCACTCACAGCTTGTAAGGAGA 180

  6984153 CAGTTTGGCACCCTGCTCTGGCTCTCAGCACAGGCGCTGTCTTCATGAACAGGATTCCAT 6984212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGTTTGGCACCCTGCTCTGGCTCTCAGCACAGGCGCTGTCTTCATGAACAGGATTCCAT 240

  6984213 TTCATCCCATGATCCCTGCTCAACCCCTAAGGGAGCTGCCCTGAATCCACGCGCACATCC 6984272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCATCCCATGATCCCTGCTCAACCCCTAAGGGAGCTGCCCTGAATCCACGCGCACATCC 300

  6984273 CTTTCAGTAGGAAGGAAACTGAGTATCTTACAAGGTGGAGAAGGAGAAGAAATACATTTT 6984332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTCAGTAGGAAGGAAACTGAGTATCTTACAAGGTGGAGAAGGAGAAGAAATACATTTT 360

  6984333 AGGTTATATTTTGTATGTACATGGGGTTGTGTTCTGCTATGTGCTTTTTTTTTTTTTTTT 6984392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGTTATATTTTGTATGTACATGGGGTTGTGTTCTGCTATGTGCTTTTTTTTTTTTTTTT 420

  6984393 TGGAGTTAACAAGCTATCAGGAACATTTCTCCACATCAGTTTATAAAATGTACTTGATCT 6984452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGGAGTTAACAAGCTATCAGGAACATTTCTCCACATCAGTTTATAAAATGTACTTGATCT 480

  6984453 ACCTGCACCTCATTTCATCATAGGCACCGTAATTTATTTATTTAGCATTTCTCTATTGAC 6984512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACCTGCACCTCATTTCATCATAGGCACCGTAATTTATTTATTTAGCATTTCTCTATTGAC 540

  6984513 AGAAATAAATCAGAAATTTAAGTTGTTTCTTTTTCTTTTCTTTTTTATTTTATTTATTTA 6984572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGAAATAAATCAGAAATTTAAGTTGTTTCTTTTTCTTTTCTTTTTTATTTTATTTATTTA 600

  6984573 TTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGACACAATC 6984632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTATTTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGACACAATC 660

  6984633 TCGGCTACTGCATCTCCTGGGTTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCCGA 6984692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCGGCTACTGCATCTCCTGGGTTTAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCCGA 720

  6984693 GATTACAGGTCCCGCCACCACACCCAGCTAATTCTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTC 6984752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GATTACAGGTCCCGCCACCACACCCAGCTAATTCTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTC 780

  6984753 ACCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGACCTCCTGACCTCACATGATCTGCCCGCCTCAGCCT 6984812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGACCTCCTGACCTCACATGATCTGCCCGCCTCAGCCT 840

  6984813 CCCAAAGTGCAGGGATTACAGGCGCGAGCCACCGCACCCGGCCAGGTCGTTGCCAGTTTT 6984872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCCAAAGTGCAGGGATTACAGGCGCGAGCCACCGCACCCGGCCAGGTCGTTGCCAGTTTT 900

  6984873 GTTTTTATTTGGTATTCGGTATTTTGATTAGTATATGTCGCAGGTTCGGTTTTTGGAAGC 6984932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTTTTTATTTGGTATTCGGTATTTTGATTAGTATATGTCGCAGGTTCGGTTTTTGGAAGC 960

  6984933 CAAGGTTGAGGCTGAATTTGGGGTACAAGCTATTTATTAGGGATTAGCACTTCGAAAAGG 6984992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAAGGTTGAGGCTGAATTTGGGGTACAAGCTATTTATTAGGGATTAGCACTTCGAAAAGG 1020

  6984993 AAAGTGGATGAAATGGTGCTGGGCAGAGGGAGAAGCCCAGCACTTTGGAGAGCTTCAACC 6985052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAGTGGATGAAATGGTGCTGGGCAGAGGGAGAAGCCCAGCACTTTGGAGAGCTTCAACC 1080

  6985053 AAACCAACAGGGAGCTCTGGGTTCAAACAATGCCACCCCCGGGAGCTGTCCAGCATTGGA 6985112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAACCAACAGGGAGCTCTGGGTTCAAACAATGCCACCCCCGGGAGCTGTCCAGCATTGGA 1140

  6985113 CTGCCACAGGGTCCTGTAGAGCACCAGCTCCTTCGGTCACTGGCAGTCAGCCCTGACATG 6985172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTGCCACAGGGTCCTGTAGAGCACCAGCTCCTTCGGTCACTGGCAGTCAGCCCTGACATG 1200

  6985173 GGTGTGACCTCAGGAAGCAGCTGTCTGCAGGTTACACTCCCCACAGTGGGTCACCACATC 6985232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGTGTGACCTCAGGAAGCAGCTGTCTGCAGGTTACACTCCCCACAGTGGGTCACCACATC 1260

  6985233 CTTCCTAGAAGGGGGACCTGGGTAGCTCTCTGTGTGTCTACCACAGTCTTGCAGTGTATT 6985292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTTCCTAGAAGGGGGACCTGGGTAGCTCTCTGTGTGTCTACCACAGTCTTGCAGTGTATT 1320

  6985293 CACATATTAATTTGGAGATAATCAACATTTTGACATTGTTGAATCTTCCATGAAAAGAAC 6985352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CACATATTAATTTGGAGATAATCAACATTTTGACATTGTTGAATCTTCCATGAAAAGAAC 1380

  6985353 ATGATATTTCTCCATTCACTAACTTTTTTTTTTCAGTCTGGTTCAGTGGGTTTGAAGCTT 6985412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATGATATTTCTCCATTCACTAACTTTTTTTTTTCAGTCTGGTTCAGTGGGTTTGAAGCTT 1440

  6985413 CTTTTTTTTTTTTTAGTTCTGGGATACATGTGCAGAATGTGCAGGTTTGTTACGTAGGTA 6985472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTTTTTTTTTTTTTAGTTCTGGGATACATGTGCAGAATGTGCAGGTTTGTTACGTAGGTA 1500

  6985473 TACGTGTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCTATCAACCCATCACCTAGGTTTTAAGGCCCGC 6985532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TACGTGTGCCATGGTGGTTTGCTGCACCTATCAACCCATCACCTAGGTTTTAAGGCCCGC 1560

  6985533 ATACATTAGGTATTTGTCCTAATGCTCTCCCTCCCCTTGCCGCCCACCCCCTGACAGACC 6985592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATACATTAGGTATTTGTCCTAATGCTCTCCCTCCCCTTGCCGCCCACCCCCTGACAGACC 1620

  6985593 CTGGTGTGTGATGTTCCCCTCCCTGTATCCATGTGTTCTCATTGTTCAGCTCCCGGTTAT 6985652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTGGTGTGTGATGTTCCCCTCCCTGTATCCATGTGTTCTCATTGTTCAGCTCCCGGTTAT 1680

  6985653 GAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTGTTCTGTTCCTGTGTTACTTTGCTGAGAATGATGGT 6985712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GAGTGAGAACATGCGGTGTTTGGTGTTCTGTTCCTGTGTTACTTTGCTGAGAATGATGGT 1740

  6985713 TTCCAGCTTCATCTATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATTCTTTTTTATGGCTGCATA 6985772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTCCAGCTTCATCTATGTCCCTGCAAAGGACATGAACTCATTCTTTTTTATGGCTGCATA 1800

  6985773 GTATTCCATGGTGTATATGTGCCACAATTTCCTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTT 6985832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GTATTCCATGGTGTATATGTGCCACAATTTCCTTATCCAGTCTATCATTGATGGGCATTT 1860

  6985833 GGGTTGGTTCCAAGTCTTTCCTATTGTAAATAGTTCTGCAATAAACATACGTCCAATCAC 6985892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGGTTGGTTCCAAGTCTTTCCTATTGTAAATAGTTCTGCAATAAACATACGTCCAATCAC 1920

  6985893 TCTTATACACATTTATTCATCCATTTGAGTACTTATTGAGTCTACGGCATGCCAAGCACT 6985952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTTATACACATTTATTCATCCATTTGAGTACTTATTGAGTCTACGGCATGCCAAGCACT 1980

  6985953 TTCCTTCCCAAGAGGCAGAGTTCAGGAGTTCAAAAGTAAACAGACAAAAAAGTCCTGCCT 6986012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTCCTTCCCAAGAGGCAGAGTTCAGGAGTTCAAAAGTAAACAGACAAAAAAGTCCTGCCT 2040

  6986013 TCATAGAGCTTACCTTCTAGTGGGTCACCAATAAACAAAATAAATGAGTAAAATATACAT 6986072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TCATAGAGCTTACCTTCTAGTGGGTCACCAATAAACAAAATAAATGAGTAAAATATACAT 2100

  6986073 AAGCCACATGGCAATAGTGCTTTGCGGAAAAAGAGCAGGGATATGAGATAGGGTTGATTT 6986132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAGCCACATGGCAATAGTGCTTTGCGGAAAAAGAGCAGGGATATGAGATAGGGTTGATTT 2160

  6986133 TTAATGTCCCTCAAGAATAGGGCATGTATTAGTCCATTCTCACATTGCTCTAAATAAATA 6986192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTAATGTCCCTCAAGAATAGGGCATGTATTAGTCCATTCTCACATTGCTCTAAATAAATA 2220

  6986193 CCTGAGACTCGGTAATTTATCAAGGAAAGGGGTTTAATTGCTTCGTAGTTCTGCAGGCTG 6986252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CCTGAGACTCGGTAATTTATCAAGGAAAGGGGTTTAATTGCTTCGTAGTTCTGCAGGCTG 2280

  6986253 TGCAGGAAGCATGGTGCCGGCCTCTGCTCAGTTTCTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTATGA 6986312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGCAGGAAGCATGGTGCCGGCCTCTGCTCAGTTTCTGGGGAGGCCTCAGGAAACTTATGA 2340

  6986313 TCATGGTGGAAGATGAAGGGGGAGCAGGTGCCTCACATGGTAAGAACAGGAGCAAGAGAA 6986372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TCATGGTGGAAGATGAAGGGGGAGCAGGTGCCTCACATGGTAAGAACAGGAGCAAGAGAA 2400

  6986373 AAGACAGGGGATCAGATTTTAAATGACCAGATCTCACGGCTGTGCGCAGTGGCTCACGCC 6986432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AAGACAGGGGATCAGATTTTAAATGACCAGATCTCACGGCTGTGCGCAGTGGCTCACGCC 2460

  6986433 TGTAATCCCAGCACTTTGGATGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGAC 6986492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGTAATCCCAGCACTTTGGATGGCCAAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGAC 2520

  6986493 CATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCG 6986552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCG 2580

  6986553 GGGTAGCGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCATGAA 6986612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GGGTAGCGGGCACCTGTAGTCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCATGAA 2640

  6986613 CCCAGAAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAAC 6986672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CCCAGAAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAAC 2700

  6986673 AGAGCAAGACTCCATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 6986708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGAGCAAGACTCCATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2736

EXCISED REGION

  6986713 ACCAGATCTCACGAGAACTCCCTCACTATCATGAGAACAGCACCAAGGAGATGGTGCTAA 6986772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2737 ACCAGATCTCACGAGAACTCCCTCACTATCATGAGAACAGCACCAAGGAGATGGTGCTAA 2796

  6986773 CCATTCATGAGAAATCCATCCCATAATCCAATCACCTCCTACCAGGCCCCACCTCCAACA 6986832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2797 CCATTCATGAGAAATCCATCCCATAATCCAATCACCTCCTACCAGGCCCCACCTCCAACA 2856

  6986833 TCGGGGATTACAATTCAAGATGAGATTTGGGCGGGGACACAGATCCAAACCATACCAGAG 6986892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2857 TCGGGGATTACAATTCAAGATGAGATTTGGGCGGGGACACAGATCCAAACCATACCAGAG 2916

  6986893 TGTCAAGAAAGGCCTCACTGGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAA 6986952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2917 TGTCAAGAAAGGCCTCACTGGGAAGGTGATATCTGAGCAAAGTTTGAAGGAGGTAAGGAA 2976

  6986953 GCAAGTCACAAGGGGCTCTGGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAA 6987012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2977 GCAAGTCACAAGGGGCTCTGGCAGGAAGAGTGATGCAGGGAGCGGGCAGAGCAAGTGCAA 3036

  6987013 AGGCCCTGAGGTGGGAGAACGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCC 6987072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3037 AGGCCCTGAGGTGGGAGAACGTCTGGTGTGTATGAGGATCATCCATTTGACAGACTTGCC 3096

  6987073 AGAGATTTTATAGAGAAGTGAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAAT 6987132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3097 AGAGATTTTATAGAGAAGTGAGTCAGGGAGGAGAAGAGTAGATGAGCGATGGGGGAAAAT 3156

  6987133 GTGAGCCTTGTTGGCTGTTATTAAGGACTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTT 6987192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3157 GTGAGCCTTGTTGGCTGTTATTAAGGACTTGTTTTTACTCTGAGTCAGAGATGCAGACTT 3216

  6987193 TGAAGGGGTTGGAGCAGAGGAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGC 6987252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3217 TGAAGGGGTTGGAGCAGAGGAATGACATAACCTGACATATGTTAACTGTAACGGTGTGGC 3276

  6987253 TTTTGTGTTGTGAATTTGATGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCT 6987312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3277 TTTTGTGTTGTGAATTTGATGAAACAAGCTGGAAACAGAGAGTCTAGGTAAGAAGCTGCT 3336

  6987313 GTCATATCCAGGTGAGAAATGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGATTCTGGATATATTGTGAA 6987372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3337 GTCATATCCAGGTGAGAAATGAGGTGGTCAGAAGTGTTGTGATTCTGGATATATTGTGAA 3396

  6987373 GGTAGAGCAGACAGAATTTCGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTC 6987432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3397 GGTAGAGCAGACAGAATTTCGCTGATAAATTGCTTGCGGGTTTCATGAAAAAAATAGTTC 3456

  6987433 TTCTAGTCCCCAAAATAAACTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGA 6987492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3457 TTCTAGTCCCCAAAATAAACTAAACATTGAGCATTTTCTATAAATTGCTGACTCCCTAGA 3516

  6987493 AAAACAACTCTAACCCTGATGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGT 6987552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3517 AAAACAACTCTAACCCTGATGTTTGCAATGCTGACGCCTGGGTAGGTCATGACCTTTCGT 3576

  6987553 GCATATGAAAATCATGTGAGAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAA 6987612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3577 GCATATGAAAATCATGTGAGAAAAGCGCTGGGTTTTGCCATCATGAGTAGACTGATAAAA 3636

  6987613 ACGTGCTCACAATGGTAATCTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTT 6987672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3637 ACGTGCTCACAATGGTAATCTTGGAGAATTTCCCTTTCAATACTTGTTGTGGTTTTAGTT 3696

  6987673 TGGCAAGCCTGTCCTTCTAAAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTT 6987732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3697 TGGCAAGCCTGTCCTTCTAAAGCCTGATTTATTTGCCAGGTCTTGGCAAGCAATCTTCTT 3756

  6987733 TTCTTTCCTAAATGCTTCTGTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCC 6987792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3757 TTCTTTCCTAAATGCTTCTGTCCCTGAGACCCCTTTCACTGTTGACAATGATCGTTTCCC 3816

  6987793 TCTTCCGCCACATTTTCCGCAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACT 6987852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3817 TCTTCCGCCACATTTTCCGCAAATTCTTACCCTCTCCTAGAACCGCTACTGGTCAGGACT 3876

  6987853 TTTTTTTTTTTTTTTTAAGCTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCA 6987912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3877 TTTTTTTTTTTTTTTTAAGCTAGGAACAAGAGAAAGCACGCTCGTGCCACCAGTTCTCCA 3936

  6987913 TGAGATTCTTCCAGACCATACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGG 6987972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3937 TGAGATTCTTCCAGACCATACAGAAAGACAAGTGATTGGAACATATGAAGGTTGAAAGGG 3996

  6987973 AAAGAGAACTGTCATTATTGGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAA 6988032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3997 AAAGAGAACTGTCATTATTGGTAAATGACATGATTGTCTACTTTAAAAATCCAAGAGAAA 4056

  6988033 CAGCCCCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACA 6988092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4057 CAGCCCCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTAGGACTACA 4116

  6988093 GGCATGCACCACCACACTAGTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGT 6988152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4117 GGCATGCACCACCACACTAGTTAAACATTTTACTGTGTAGAGAACAGATCTCACTATTGT 4176

  6988153 TCCCCAGCCTAGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGG 6988212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4177 TCCCCAGCCTAGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGG 4236

  6988213 TGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTAT 6988272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4237 TGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCATGCCCAGCCTGTGTTCTCTTCGATAATTTTTAT 4296

  6988273 AGTTTCAGCTTTGATGTGTGTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACA 6988332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4297 AGTTTCAGCTTTGATGTGTGTCTATGATCATTATGAATTAGATTTTTTCATATATATACA 4356

  6988333 GTTGTTCCAGCACCATTTATTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATA 6988392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4357 GTTGTTCCAGCACCATTTATTGAAAATACTTTTCTCCATTTAATTATTTCTACCTATATA 4416

  6988393 GTTGATAGAATTCATCAGAGACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTT 6988452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4417 GTTGATAGAATTCATCAGAGACGTCATCTGAAACTGGATATTTTCTTTGTTGAAAGATTT 4476

  6988453 TAAATTGTGAATTTATTTGAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAG 6988512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4477 TAAATTGTGAATTTATTTGAATTCAGGAAAGTCTGTTCAGATTTCCTATTGCGTTTTTAG 4536

  6988513 TTTTGGTAATGTGTATCTTTCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTT 6988572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4537 TTTTGGTAATGTGTATCTTTCAAGTAATTTTTCCATTTTATTCTATTTATGGGCAAATTT 4596

  6988573 ATTGGCAAAAAGTTGTTCATATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATATTTT 6988632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4597 ATTGGCAAAAAGTTGTTCATATTATCCTTTTGATGTATGTAGGAGCTGTATTTATATTTT 4656

  6988633 CTTTCTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTTGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGG 6988692
          ||||| |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     4657 CTTTC-TTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCGTCGCCCAGGCTGGAATGCAGTGG 4715

  6988693 CGCCATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGC 6988752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4716 CGCCATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGC 4775

  6988753 CTCCCGAGTAGCTGGGACTATAGGCGCCCGCCGCCACGCCTGGCTAATTTTTTTTTTTTG 6988812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4776 CTCCCGAGTAGCTGGGACTATAGGCGCCCGCCGCCACGCCTGGCTAATTTTTTTTTTTTG 4835

  6988813 TATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCT 6988872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4836 TATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCT 4895

  6988873 TGTGATCTGCCCGCTTCGGCCCCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCC 6988932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4896 TGTGATCTGCCCGCTTCGGCCCCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCC 4955

  6988933 CGGCCTTATATTTTCTTTCATTCTTAACACTGGCAATTTGGGGGTTTGTTTGTTTGTTTT 6988992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4956 CGGCCTTATATTTTCTTTCATTCTTAACACTGGCAATTTGGGGGTTTGTTTGTTTGTTTT 5015

  6988993 TGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCATG 6989052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5016 TGAGACAGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCATG 5075

  6989053 CAGCCTCTGCCTACCAGATTCAAGAGATTCTTGCGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGAT 6989112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5076 CAGCCTCTGCCTACCAGATTCAAGAGATTCTTGCGCCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGAT 5135

  6989113 TACAGGCGTGCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTCGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGA 6989172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5136 TACAGGCGTGCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTCGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGA 5195

  6989173 GACAGAGTCTCGCTCATTG 6989191
          |||||||||||||||||||
     5196 GACAGAGTCTCGCTCATTG 5214

Alignment time is 3.8575 s

