
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3040] =>      3040 nucs 'mol-32-1f00-107217_3040'

Score:        3011
Aligned:      3022        nucs
Identic:      3021 (100%) nucs =>       843 (100%)      2178 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55092849,55093691] EXCISED REGION [55093693,55095871]
 second seq =>  [      18,     860] EXCISED REGION [     862,    3040]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55093692,55093692]
 second seq =>         1 nucs [861,861]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [860,861] to [861,862]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55093691,55093691] to [55093693,55093693]
 second seq =>         1 nucs [860,860] to [862,862]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       18 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 77

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       78 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 137

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      138 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 197

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      198 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 257

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      258 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 317

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      318 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 377

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      378 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 437

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      438 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 497

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      498 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 557

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      558 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 617

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      618 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 677

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      678 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 737

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      738 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 797

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      798 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 857

 55093689 GCT 55093691
          |||
      858 GCT 860

EXCISED REGION

 55093693 TCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTT 55093752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      862 TCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTT 921

 55093753 TCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGT 55093812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      922 TCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGT 981

 55093813 TCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGA 55093872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      982 TCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGA 1041

 55093873 GACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTG 55093932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1042 GACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTG 1101

 55093933 AACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCC 55093992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1102 AACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCC 1161

 55093993 AAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTAT 55094052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1162 AAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTAT 1221

 55094053 TTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTG 55094112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1222 TTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTG 1281

 55094113 CCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGT 55094172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1282 CCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGT 1341

 55094173 CACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAA 55094232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1342 CACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAA 1401

 55094233 CCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAG 55094292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1402 CCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAG 1461

 55094293 TCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGT 55094352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1462 TCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGT 1521

 55094353 TTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACC 55094412
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1522 TTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACC 1581

 55094413 AGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAAC 55094472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1582 AGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAAC 1641

 55094473 ACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTG 55094532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 ACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTG 1701

 55094533 CACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAA 55094592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1702 CACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAA 1761

 55094593 ATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTG 55094652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 ATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTG 1821

 55094653 GCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGC 55094712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 GCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGC 1881

 55094713 CAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCT 55094772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 CAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCT 1941

 55094773 ATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACA 55094832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 ATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACA 2001

 55094833 GCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTT 55094892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 GCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTT 2061

 55094893 AACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTA 55094952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 AACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTA 2121

 55094953 TGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGAC 55095012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 TGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGAC 2181

 55095013 CGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAG 55095072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 CGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAG 2241

 55095073 ATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTC 55095132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 ATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTC 2301

 55095133 CTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGA 55095192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 CTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGA 2361

 55095193 GGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAG 55095252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 GGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAG 2421

 55095253 CTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTC 55095312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 CTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTC 2481

 55095313 TCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGG 55095372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 TCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGG 2541

 55095373 CTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGA 55095432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 CTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGA 2601

 55095433 AGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCT 55095492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 AGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCT 2661

 55095493 CAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGC 55095552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 CAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGC 2721

 55095553 CATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCC 55095612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 CATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCC 2781

 55095613 CACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTA 55095672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 CACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTA 2841

 55095673 GGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCC 55095732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 GGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCC 2901

 55095733 CAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTAC 55095792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 CAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTAC 2961

 55095793 CTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACG 55095852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 CTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACG 3021

 55095853 ACCCTGGGGTCTCTCTCCC 55095871
          |||||||||||||||||||
     3022 ACCCTGGGGTCTCTCTCCC 3040

Alignment time is 2.62348 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2039] =>      2039 nucs 'mol-32-23ba-056018_2039'

Score:        2027
Aligned:      2038        nucs
Identic:      2037 (100%) nucs =>      1086 (100%)       951 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55088534,55089619] EXCISED REGION [55089621,55090572]
 second seq =>  [       1,    1086] EXCISED REGION [    1088,    2039]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55089620,55089620]
 second seq =>         1 nucs [1087,1087]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [55089617,55089619] to [55089621,55089623]
 second seq =>         3 nucs [1084,1086] to [1088,1090]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55088534 GGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGC 55088593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGC 60

 55088594 TTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTC 55088653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTC 120

 55088654 AAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGA 55088713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGA 180

 55088714 CTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGT 55088773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGT 240

 55088774 CATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAG 55088833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAG 300

 55088834 GCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAA 55088893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAA 360

 55088894 CTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCC 55088953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCC 420

 55088954 ACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTC 55089013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTC 480

 55089014 ATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCC 55089073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCC 540

 55089074 CCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAG 55089133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAG 600

 55089134 GGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTC 55089193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTC 660

 55089194 ACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGT 55089253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGT 720

 55089254 GTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAG 55089313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAG 780

 55089314 CTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACA 55089373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACA 840

 55089374 TGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAG 55089433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAG 900

 55089434 AGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAG 55089493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAG 960

 55089494 CCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCA 55089553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCA 1020

 55089554 GCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAG 55089613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAG 1080

 55089614 AGTCTC 55089619
          ||||||
     1081 AGTCTC 1086

EXCISED REGION

 55089621 CTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCT 55089680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1088 CTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCT 1147

 55089681 GGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTA 55089740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1148 GGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTA 1207

 55089741 TGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGC 55089800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1208 TGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGC 1267

 55089801 TGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGAT 55089860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1268 TGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGAT 1327

 55089861 TATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGT 55089920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1328 TATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGT 1387

 55089921 AGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCC 55089980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1388 AGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCC 1447

 55089981 TTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCT 55090040
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1448 TTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTCGGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCT 1507

 55090041 GATTGAATCCTGATTGATACAAAACTTTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAAT 55090100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 GATTGAATCCTGATTGATACAAAACTTTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAAT 1567

 55090101 TGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTCCGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGA 55090160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1568 TGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTCCGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGA 1627

 55090161 TACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGTGTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACC 55090220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 TACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGTGTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACC 1687

 55090221 AATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAAATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATT 55090280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1688 AATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAAATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATT 1747

 55090281 TATTTATTTATTTATTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 55090340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1748 TATTTATTTATTTATTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 1807

 55090341 GCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCCCATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAG 55090400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1808 GCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCCCATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAG 1867

 55090401 CCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAGGCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTAT 55090460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1868 CCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAGGCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTAT 1927

 55090461 TTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCATGTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCA 55090520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 TTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCATGTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCA 1987

 55090521 AGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCAAAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCC 55090572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 AGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCAAAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCC 2039

Alignment time is 1.69121 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4620] =>      4620 nucs 'mol-32-29a8-005444_4620'

Score:        4528
Aligned:      4605        nucs
Identic:      4598 (100%) nucs =>        60 (100%)      4538 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55085120,55085179] EXCISED REGION [55085180,55089724]
 second seq =>  [       1,      60] EXCISED REGION [      67,    4611]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [61,66]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        17 nucs [61,77] to [67,83]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [61,62] to [65,66]

 55085120 GCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCATCTCT 55085179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCATCTCT 60

EXCISED REGION

 55085180 ACACACACACACACACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGGGCACCTGTAGTCCCAGCTAG 55085239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       67 ACACACACACACACACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGGGCACCTGTAGTCCCAGCTAG 126

 55085240 TTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGTGCTTGCAGTGAGCCGA 55085299
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      127 TTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATAGCGTGAACCCGGGAGGCAGTGCTTGCAGTGAGCCGA 186

 55085300 GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCCCAAAAATAAATA 55085359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      187 GATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCCCAAAAATAAATA 246

 55085360 AATAAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAAAGCTTATTCCTGCAGACTGTGAGG 55085419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      247 AATAAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAAAGCTTATTCCTGCAGACTGTGAGG 306

 55085420 AAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTTCAGACCCTGAGACTAAAAA 55085479
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      307 AAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTTGAGACCCTGAGACTAAAAA 366

 55085480 CAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTCACTGTTGGCAAGAACTCCAG 55085539
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      367 CAGGCTCCTGGGACAGAGACTATACATGTCCCTATGGTTCACTGTTGGCAAGAACTCCAG 426

 55085540 TGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCCTGGACATCACCCA 55085599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      427 TGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCCTGGACATCACCCA 486

 55085600 TGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACAAAAATGTTAGCTA 55085659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      487 TGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACAAAAATGTTAGCTA 546

 55085660 TTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCAACAAAGCAGTGAA 55085719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      547 TTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCAACAAAGCAGTGAA 606

 55085720 TCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAAAAGTTAGTGCATT 55085779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      607 TCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAAAAGTTAGTGCATT 666

 55085780 GATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCACAGATGAAGCTAGG 55085839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      667 GATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCACAGATGAAGCTAGG 726

 55085840 GGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGTCCGGGCAGGTTAA 55085899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      727 GGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGTCCGGGCAGGTTAA 786

 55085900 TCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAGGGCTCTTATTCCT 55085959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      787 TCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAGGGCTCTTATTCCT 846

 55085960 GCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAATCCCTGTGATCAG 55086019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      847 GCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAATCCCTGTGATCAG 906

 55086020 TTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCCACAGTATGCATGC 55086079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      907 TTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCCACAGTATGCATGC 966

 55086080 ATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGACAGCCCTGAAAGAT 55086139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      967 ATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGACAGCCCTGAAAGAT 1026

 55086140 GGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCACTCAGCTCTTCACT 55086199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1027 GGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCACTCAGCTCTTCACT 1086

 55086200 TTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATGATTTAGCTGGGTA 55086259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1087 TTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATGATTTAGCTGGGTA 1146

 55086260 TTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTTCATGCCTATAATA 55086319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1147 TTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTTCATGCCTATAATA 1206

 55086320 CCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCT 55086379
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1207 CCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTGAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCT 1266

 55086380 TGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAACTCAGCATGTTGG 55086439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1267 TGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAACTCAGCATGTTGG 1326

 55086440 TGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCACTTGAGCCTGGC 55086499
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1327 TGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCACTTGAGCCTGGG 1386

 55086500 AGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGTGACAGGGTGAGAC 55086559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1387 AGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGTGACAGGGTGAGAC 1446

 55086560 CTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAG 55086619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1447 CTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAG 1506

 55086620 AGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATA 55086679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1507 AGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATA 1566

 55086680 CTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCT 55086739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1567 CTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCT 1626

 55086740 ATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGAT 55086799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1627 ATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGAT 1686

 55086800 GGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACA 55086859
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1687 GGAGGCTACGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACA 1746

 55086860 GCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCA 55086919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1747 GCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCA 1806

 55086920 TCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACATTGGACCACTTTT 55086979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1807 TCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACATTGGACCACTTTT 1866

 55086980 ATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATG 55087039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1867 ATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATG 1926

 55087040 TGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCT 55087099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1927 TGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCT 1986

 55087100 CATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAA 55087159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1987 CATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAA 2046

 55087160 TTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAA 55087219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2047 TTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAA 2106

 55087220 TGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCT 55087279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2107 TGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCT 2166

 55087280 GCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGAT 55087339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2167 GCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGAT 2226

 55087340 TCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAG 55087399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2227 TCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAG 2286

 55087400 TGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGA 55087459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2287 TGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGA 2346

 55087460 GGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAA 55087519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2347 GGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAA 2406

 55087520 CTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGT 55087579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2407 CTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGT 2466

 55087580 CTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAA 55087639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2467 CTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAA 2526

 55087640 GAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTA 55087699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2527 GAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTA 2586

 55087700 AGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAA 55087759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2587 AGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAA 2646

 55087760 AAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGC 55087819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2647 AAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGC 2706

 55087820 AAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTATGACCTTGTGACC 55087879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2707 AAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTATGACCTTGTGACC 2766

 55087880 CACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATC 55087939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2767 CACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATC 2826

 55087940 TATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAA 55087999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2827 TATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAA 2886

 55088000 CCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCT 55088059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2887 CCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCT 2946

 55088060 GGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCA 55088119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2947 GGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCA 3006

 55088120 CCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGC 55088179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3007 CCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGC 3066

 55088180 TAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCC 55088239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3067 TAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCC 3126

 55088240 TCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTT 55088299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3127 TCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTT 3186

 55088300 TGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTG 55088359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3187 TGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTG 3246

 55088360 TTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAAT 55088419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3247 TTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAAT 3306

 55088420 CACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACT 55088479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3307 CACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACT 3366

 55088480 GCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGT 55088539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3367 GCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGT 3426

 55088540 TGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCC 55088599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3427 TGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCC 3486

 55088600 TCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAA 55088659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3487 TCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAA 3546

 55088660 GGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGA 55088719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3547 GGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGA 3606

 55088720 TTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGT 55088779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3607 TTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGT 3666

 55088780 AAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATG 55088839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3667 AAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATG 3726

 55088840 TTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCC 55088899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3727 TTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCC 3786

 55088900 TAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGA 55088959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3787 TAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGA 3846

 55088960 GAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCAT 55089019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3847 GAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCAT 3906

 55089020 GTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGAT 55089079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3907 GTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGAT 3966

 55089080 CCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCC 55089139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3967 CCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCC 4026

 55089140 AAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTG 55089199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4027 AAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTG 4086

 55089200 TTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTT 55089259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4087 TTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTT 4146

 55089260 CAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCAC 55089319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4147 CAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCAC 4206

 55089320 ACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAA 55089379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4207 ACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAA 4266

 55089380 CACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCAC 55089439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4267 CACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCAC 4326

 55089440 TCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCC 55089499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4327 TCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCC 4386

 55089500 TCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAAT 55089559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4387 TCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAAT 4446

 55089560 TCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTC 55089619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4447 TCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTC 4506

 55089620 GCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCC 55089679
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4507 ACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCC 4566

 55089680 TGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 55089724
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4567 TGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 4611

Alignment time is 3.78922 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3106] =>      3106 nucs 'mol-32-2af2-027132_3106'

Score:        3049
Aligned:      3082        nucs
Identic:      3079 (100%) nucs =>      1188 (100%)      1891 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55088536,55089724] EXCISED REGION [55092849,55094741]
 second seq =>  [       1,    1189] EXCISED REGION [    1214,    3106]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [1190,1213]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [1190,1190] to [1213,1213]

 55088536 GTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTT 55088595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTT 60

 55088596 GGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAA 55088655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAA 120

 55088656 GGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACT 55088715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACT 180

 55088716 CTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCA 55088775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCA 240

 55088776 TGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGC 55088835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGC 300

 55088836 AATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACT 55088895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACT 360

 55088896 TGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCAC 55088955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCAC 420

 55088956 AAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCAT 55089015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCAT 480

 55089016 GCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCC 55089075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCC 540

 55089076 GGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGG 55089135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGG 600

 55089136 ACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCAC 55089195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCAC 660

 55089196 ATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGT 55089255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGT 720

 55089256 ACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCT 55089315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCT 780

 55089316 CCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATG 55089375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATG 840

 55089376 CAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAG 55089435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAG 900

 55089436 TCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCC 55089495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCC 960

 55089496 ATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGC 55089555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGC 1020

 55089556 TAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAG 55089615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAG 1080

 55089616 TCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGC 55089675
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGC 1140

 55089676 CTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 55089724
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 1189

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1214 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 1273

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1274 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 1333

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1334 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 1393

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1394 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 1453

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1454 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 1513

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1514 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 1573

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1574 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 1633

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 1693

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 1753

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1754 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 1813

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1814 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 1873

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1874 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 1933

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1934 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 1993

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1994 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 2053

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2054 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 2113

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2114 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 2173

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2174 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 2233

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2234 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 2293

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2294 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 2353

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2354 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 2413

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2414 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 2473

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2474 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 2533

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2534 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 2593

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2594 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 2653

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2654 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 2713

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2714 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 2773

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2774 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 2833

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2834 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 2893

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2894 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 2953

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2954 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 3013

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3014 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 3073

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACC 55094741
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     3074 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACC 3106

Alignment time is 2.54547 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2596] =>      2596 nucs 'mol-32-2b4a-140752_2596'

Score:        2529
Aligned:      2562        nucs
Identic:      2559 (100%) nucs =>       829 (100%)      1730 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55088895,55089724] EXCISED REGION [55092849,55094580]
 second seq =>  [      11,     840] EXCISED REGION [     865,    2596]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [841,864]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [841,841] to [864,864]

 55088895 TTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCA 55088954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       11 TTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCA 70

 55088955 CAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCA 55089014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       71 CAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCA 130

 55089015 TGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCC 55089074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      131 TGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCC 190

 55089075 CGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGG 55089134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      191 CGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGG 250

 55089135 GACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCA 55089194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      251 GACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCA 310

 55089195 CATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTG 55089254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      311 CATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTG 370

 55089255 TACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGC 55089314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      371 TACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGC 430

 55089315 TCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACAT 55089374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      431 TCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACAT 490

 55089375 GCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGA 55089434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      491 GCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGA 550

 55089435 GTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGC 55089494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      551 GTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGC 610

 55089495 CATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAG 55089554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      611 CATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAG 670

 55089555 CTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGA 55089614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      671 CTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGA 730

 55089615 GTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTG 55089674
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      731 GTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTG 790

 55089675 CCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 55089724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      791 CCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 840

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      865 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 924

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      925 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 984

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      985 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 1044

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1045 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 1104

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1105 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 1164

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1165 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 1224

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1225 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 1284

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1285 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 1344

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1345 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 1404

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1405 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 1464

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 1524

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1525 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 1584

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 1644

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 1704

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1705 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 1764

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1765 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 1824

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 1884

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 1944

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 2004

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 2064

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2065 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 2124

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2125 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 2184

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2185 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 2244

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2245 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 2304

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2305 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 2364

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2365 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 2424

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 2484

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2485 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 2544

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCC 55094580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2545 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCC 2596

Alignment time is 2.2364 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4038] =>      4038 nucs 'mol-32-2e0a-042944_4038'

Score:        3012
Aligned:      3034        nucs
Identic:      3032 (100%) nucs =>      3019 (100%)        13 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55092848,55095868] EXCISED REGION [55102367,55102379]
 second seq =>  [       1,    3021] EXCISED REGION [    3774,    3786]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      6498 nucs [55095869,55102366]
 second seq =>       752 nucs [3022,3773]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55092848 TGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCT 55092907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCT 60

 55092908 CAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCA 55092967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCA 120

 55092968 TGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATC 55093027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATC 180

 55093028 TTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAA 55093087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAA 240

 55093088 GGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCC 55093147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCC 300

 55093148 TGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTC 55093207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTC 360

 55093208 TCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACC 55093267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACC 420

 55093268 CTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGA 55093327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGA 480

 55093328 CAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCC 55093387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCC 540

 55093388 CCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCA 55093447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCA 600

 55093448 TGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACA 55093507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACA 660

 55093508 ATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAG 55093567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAG 720

 55093568 CCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCA 55093627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCA 780

 55093628 GCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACT 55093687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACT 840

 55093688 GGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAA 55093747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAA 900

 55093748 CTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAA 55093807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAA 960

 55093808 CACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGT 55093867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGT 1020

 55093868 GGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCT 55093927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCT 1080

 55093928 GCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCT 55093987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCT 1140

 55093988 CGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTT 55094047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTT 1200

 55094048 TCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTG 55094107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTG 1260

 55094108 GGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTC 55094167
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1261 GGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACGTGATTTTCCTGATTTACTGGTC 1320

 55094168 TGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTG 55094227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTG 1380

 55094228 GTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGT 55094287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGT 1440

 55094288 TTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTG 55094347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTG 1500

 55094348 CTGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAG 55094407
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAG 1560

 55094408 GCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTC 55094467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTC 1620

 55094468 AGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATG 55094527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATG 1680

 55094528 ACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAA 55094587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAA 1740

 55094588 AAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTC 55094647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTC 1800

 55094648 TCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTG 55094707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTG 1860

 55094708 CCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCA 55094767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCA 1920

 55094768 CCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAAT 55094827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAAT 1980

 55094828 AAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGA 55094887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGA 2040

 55094888 AAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAG 55094947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAG 2100

 55094948 TGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCT 55095007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCT 2160

 55095008 TTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGA 55095067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGA 2220

 55095068 ACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGT 55095127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGT 2280

 55095128 AGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCT 55095187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCT 2340

 55095188 CAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAG 55095247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAG 2400

 55095248 GGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGC 55095307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGC 2460

 55095308 TGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCC 55095367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCC 2520

 55095368 CCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAAC 55095427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAAC 2580

 55095428 TCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTT 55095487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTT 2640

 55095488 AGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAAT 55095547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAAT 2700

 55095548 TCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCC 55095607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCC 2760

 55095608 CTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTT 55095667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 CTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTT 2820

 55095668 ATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCA 55095727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 ATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCA 2880

 55095728 AACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAAC 55095787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAAC 2940

 55095788 TTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAAC 55095847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAAC 3000

 55095848 AAACGACCCTGGGGTCTCTCT 55095868
          |||||||||||||||||||||
     3001 AAACGACCCTGGGGTCTCTCT 3021

EXCISED REGION

 55102367 AAAAAACTAAAAA 55102379
          |||||||||||||
     3774 AAAAAACTAAAAA 3786

Alignment time is 3.48436 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5334] =>      5334 nucs 'mol-32-2e15-207283_5334'

Score:        5276
Aligned:      5335        nucs
Identic:      5328 (100%) nucs =>       425 (100%)      4903 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55090791,55091216] EXCISED REGION [55091221,55096129]
 second seq =>  [       1,     426] EXCISED REGION [     430,    5334]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [55091217,55091220]
 second seq =>         3 nucs [427,429]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55091217,55091218] to [55091219,55091220]
 second seq =>         0 nucs

 55090791 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTTTTAGCCGGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCG 55090850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTTTTAGCCGGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCG 60

 55090851 TGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCG 55090910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCG 120

 55090911 GCCAAATATTTTTGTTAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACATTGATGTTTA 55090970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      121 GCCAAATATTTTTGTTAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACACTGATGTTTA 180

 55090971 GCTTTTAATGAATTTTGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTC 55091030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTTTTAATGAATTTTGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTC 240

 55091031 AGTTCAGCAATGCTTTCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTG 55091090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTCAGCAATGCTTTCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTG 300

 55091091 TTGTCCTTTAGCTTTCATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTT 55091150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGTCCTTTAGCTTTCATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTT 360

 55091151 CATTTTCGGTAATGTCACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTT 55091210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATTTTCGGTAATGTCACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTT 420

 55091211 TTTTTT 55091216
          ||||||
      421 TTTTTT 426

EXCISED REGION

 55091221 CGGAATCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAAC 55091280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      430 CGGAATCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAAC 489

 55091281 CTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACA 55091340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      490 CTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACA 549

 55091341 GGCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCAT 55091400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      550 GGCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCAT 609

 55091401 GTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAG 55091460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      610 GTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAG 669

 55091461 TGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTC 55091520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      670 TGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTC 729

 55091521 TTAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTT 55091580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      730 TTAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTT 789

 55091581 TCACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTA 55091640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      790 TCACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTA 849

 55091641 ATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGT 55091700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      850 ATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGT 909

 55091701 TCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTT 55091760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      910 TCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTT 969

 55091761 CCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATAT 55091820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      970 CCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATAT 1029

 55091821 AATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAA 55091880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1030 AATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAA 1089

 55091881 GCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAA 55091940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1090 GCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAA 1149

 55091941 TGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGG 55092000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1150 TGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGG 1209

 55092001 GAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGAT 55092060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1210 GAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGAT 1269

 55092061 GAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGAT 55092120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1270 GAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGAT 1329

 55092121 GAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCT 55092180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1330 GAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCT 1389

 55092181 CATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAG 55092240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1390 CATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAG 1449

 55092241 TTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAA 55092300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1450 TTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAA 1509

 55092301 AATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAAAACAACATTTATTATCTGACGGTTTC 55092360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||
     1510 AATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA---AACATTTATTATCTGACGGTTTC 1566

 55092361 TGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCCTCTACTTTAGGACCTCTACAAGA 55092420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1567 TGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCCTCTACTTTAGGACCTCTACAAGA 1626

 55092421 CTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCAAGGCCCAACTAGGGTAGAATGTG 55092480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1627 CTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCAAGGCCCAACTAGGGTAGAATGTG 1686

 55092481 GTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCGCTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTG 55092540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1687 GTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCGCTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTG 1746

 55092541 AAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCCATGGGCAGCTCACAATATGGCAG 55092600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1747 AAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCCATGGGCAGCTCACAATATGGCAG 1806

 55092601 CTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTGAGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCAT 55092660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1807 CTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTGAGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCAT 1866

 55092661 GGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGC 55092720
          |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
     1867 GGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATC-TTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGC 1925

 55092721 TCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCT 55092780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 TCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCT 1985

 55092781 GGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCGCCA 55092840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 GGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCGCCA 2045

 55092841 CCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGG 55092900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 CCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGG 2105

 55092901 ATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATT 55092960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2106 ATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATT 2165

 55092961 ACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAG 55093020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 ACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAG 2225

 55093021 TGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAAC 55093080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 TGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAAC 2285

 55093081 AAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCC 55093140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 AAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCC 2345

 55093141 ATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCT 55093200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 ATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCT 2405

 55093201 TCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGG 55093260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 TCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGG 2465

 55093261 TAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTT 55093320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 TAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTT 2525

 55093321 CTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCA 55093380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2526 CTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCA 2585

 55093381 TGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAAT 55093440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 TGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAAT 2645

 55093441 TCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATG 55093500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 TCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATG 2705

 55093501 CTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTC 55093560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 CTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTC 2765

 55093561 AAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCT 55093620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2766 AAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCT 2825

 55093621 CAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAG 55093680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2826 CAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAG 2885

 55093681 CCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCT 55093740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2886 CCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCT 2945

 55093741 GGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGG 55093800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2946 GGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGG 3005

 55093801 TTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTC 55093860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3006 TTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTC 3065

 55093861 TGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGAC 55093920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3066 TGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGAC 3125

 55093921 AGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGG 55093980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3126 AGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGG 3185

 55093981 AACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTA 55094040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3186 AACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTA 3245

 55094041 TCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTC 55094100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3246 TCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTC 3305

 55094101 TGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTT 55094160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     3306 TGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACGTGATTTTCCTGATTT 3365

 55094161 ACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCC 55094220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3366 ACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCC 3425

 55094221 AGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGA 55094280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3426 AGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGA 3485

 55094281 TTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGT 55094340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3486 TTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGT 3545

 55094341 AGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTT 55094400
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     3546 AGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTT 3605

 55094401 CAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGG 55094460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3606 CAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGG 3665

 55094461 AAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATC 55094520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3666 AAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATC 3725

 55094521 CCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCC 55094580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3726 CCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCC 3785

 55094581 ACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAA 55094640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3786 ACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAA 3845

 55094641 TTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCC 55094700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3846 TTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCC 3905

 55094701 ACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAAC 55094760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3906 ACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAAC 3965

 55094761 GGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAG 55094820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3966 GGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAG 4025

 55094821 GTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACG 55094880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4026 GTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACG 4085

 55094881 CGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCT 55094940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4086 CGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCT 4145

 55094941 AAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGT 55095000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4146 AAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGT 4205

 55095001 GGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGG 55095060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4206 GGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGG 4265

 55095061 AAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGC 55095120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4266 AAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGC 4325

 55095121 AGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGG 55095180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4326 AGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGG 4385

 55095181 AGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAG 55095240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4386 AGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAG 4445

 55095241 CAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGT 55095300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4446 CAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGT 4505

 55095301 GGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGG 55095360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4506 GGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGG 4565

 55095361 CTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATG 55095420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4566 CTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATG 4625

 55095421 GGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTG 55095480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4626 GGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTG 4685

 55095481 CCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCG 55095540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4686 CCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCG 4745

 55095541 CTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTG 55095600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4746 CTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTG 4805

 55095601 CCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTA 55095660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4806 CCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTA 4865

 55095661 AGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTA 55095720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4866 AGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTA 4925

 55095721 TAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATC 55095780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4926 TAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATC 4985

 55095781 AACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTT 55095840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4986 AACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTT 5045

 55095841 AACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCA 55095900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5046 AACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCA 5105

 55095901 GGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGA 55095960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5106 GGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGA 5165

 55095961 ACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTT 55096020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5166 ACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTT 5225

 55096021 TGCATTTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGA 55096080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5226 TGCATTTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGA 5285

 55096081 TCTCAAATGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGG 55096129
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5286 TCTCAAATGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGG 5334

Alignment time is 4.64399 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4171] =>      4171 nucs 'mol-32-2f28-020403_4171'

Score:        4092
Aligned:      4147        nucs
Identic:      4142 (100%) nucs =>       853 (100%)      3289 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55088871,55089724] EXCISED REGION [55092849,55096141]
 second seq =>  [       1,     854] EXCISED REGION [     879,    4171]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [855,878]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [855,855] to [878,878]

 55088871 GTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTG 55088930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTG 60

 55088931 TATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGT 55088990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGT 120

 55088991 GAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCT 55089050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCT 180

 55089051 GAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAG 55089110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAG 240

 55089111 GTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGAC 55089170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGAC 300

 55089171 TCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGT 55089230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGT 360

 55089231 TCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAG 55089290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAG 420

 55089291 CCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTC 55089350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTC 480

 55089351 CCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGA 55089410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGA 540

 55089411 ATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGC 55089470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGC 600

 55089471 CGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACT 55089530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACT 660

 55089531 ATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTA 55089590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTA 720

 55089591 TTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAT 55089650
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAT 780

 55089651 GATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCC 55089710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCC 840

 55089711 CCGAGTAGCTGGGA 55089724
          ||||||||||||||
      841 CCGAGTAGCTGGGA 854

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      879 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 938

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      939 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 998

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      999 GAGCCACCGTGCCTGGCCTGGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 1058

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1059 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 1118

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1119 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 1178

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1179 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 1238

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1239 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 1298

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1299 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 1358

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1359 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 1418

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1419 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 1478

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1479 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 1538

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1539 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 1598

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1599 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 1658

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1659 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 1718

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1719 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 1778

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1779 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 1838

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1839 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 1898

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1899 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 1958

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1959 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 2018

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2019 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 2078

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2079 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 2138

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2139 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 2198

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2199 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 2258

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2259 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 2318

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2319 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 2378

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2379 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 2438

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2439 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 2498

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2499 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 2558

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2559 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 2618

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2619 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 2678

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2679 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 2738

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2739 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 2798

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2799 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 2858

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2859 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 2918

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2919 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 2978

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2979 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 3038

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3039 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 3098

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3099 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 3158

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3159 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 3218

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3219 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 3278

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3279 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 3338

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3339 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 3398

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3399 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 3458

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 55095488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3459 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 3518

 55095489 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 55095548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3519 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 3578

 55095549 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 55095608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3579 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 3638

 55095609 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 55095668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3639 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 3698

 55095669 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 55095728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3699 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 3758

 55095729 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 55095788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3759 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 3818

 55095789 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 55095848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3819 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 3878

 55095849 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 55095908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3879 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 3938

 55095909 TCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 55095968
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3939 TCCTCTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 3998

 55095969 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 55096028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3999 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 4058

 55096029 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 55096088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4059 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 4118

 55096089 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTG 55096141
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4119 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTG 4171

Alignment time is 3.4214 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2603] =>      2603 nucs 'mol-32-2f33-013694_2603'

Score:        2582
Aligned:      2604        nucs
Identic:      2602 (100%) nucs =>      1485 (100%)      1117 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55090848,55092334] EXCISED REGION [55092338,55093454]
 second seq =>  [       1,    1486] EXCISED REGION [    1487,    2603]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55092335,55092337]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [55092335,55092338] to [55092338,55092341]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55092333,55092334] to [55092338,55092339]
 second seq =>         2 nucs [1485,1486] to [1487,1488]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55090848 TCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGC 55090907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGC 60

 55090908 CCGGCCAAATATTTTTGTTAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACATTGATGT 55090967
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
       61 CCGGCCAAATATTTTTGTTAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACACTGATGT 120

 55090968 TTAGCTTTTAATGAATTTTGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATC 55091027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAGCTTTTAATGAATTTTGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATC 180

 55091028 TTCAGTTCAGCAATGCTTTCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACT 55091087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCAGTTCAGCAATGCTTTCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACT 240

 55091088 TTGTTGTCCTTTAGCTTTCATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTA 55091147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGTTGTCCTTTAGCTTTCATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTA 300

 55091148 CTTCATTTTCGGTAATGTCACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTT 55091207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTCATTTTCGGTAATGTCACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTT 360

 55091208 TTTTTTTTTGAGACGGAATCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCC 55091267
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTTTTTT-GAGACGGAATCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCC 419

 55091268 AGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGT 55091327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 AGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGT 479

 55091328 AGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGAT 55091387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 AGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGAT 539

 55091388 GGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCT 55091447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 GGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCT 599

 55091448 CGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGT 55091507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 CGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGT 659

 55091508 TTCTAAAGGATTCTTAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTAT 55091567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 TTCTAAAGGATTCTTAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTAT 719

 55091568 GCCAGCTGCTGTTTCACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTC 55091627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 GCCAGCTGCTGTTTCACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTC 779

 55091628 CCGGTTTGCTTTAATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGC 55091687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CCGGTTTGCTTTAATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGC 839

 55091688 TTCCAAGGGATGTTCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTT 55091747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 TTCCAAGGGATGTTCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTT 899

 55091748 GCAGGTGTTTTTTCCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATG 55091807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 GCAGGTGTTTTTTCCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATG 959

 55091808 AGGGCAGTTATATAATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAAT 55091867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 AGGGCAGTTATATAATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAAT 1019

 55091868 TCTTATTCAGGAAGCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCC 55091927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TCTTATTCAGGAAGCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCC 1079

 55091928 TAAGGGCGGTGAATGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCC 55091987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TAAGGGCGGTGAATGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCC 1139

 55091988 CTTAGGACTTAGGGAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTC 55092047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 CTTAGGACTTAGGGAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTC 1199

 55092048 CCAGCTTCAGGATGAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGA 55092107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 CCAGCTTCAGGATGAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGA 1259

 55092108 CTCCTTATTTGATGAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCC 55092167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CTCCTTATTTGATGAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCC 1319

 55092168 AGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGC 55092227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 AGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGC 1379

 55092228 TTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATT 55092287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATT 1439

 55092288 TTTAAAAAATTAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 55092334
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TTTAAAAAATTAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 1486

EXCISED REGION

 55092338 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 55092397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 1546

 55092398 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 55092457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 1606

 55092458 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 55092517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 1666

 55092518 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 55092577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 1726

 55092578 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 55092637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1727 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 1786

 55092638 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 55092697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 1846

 55092698 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 55092757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1847 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 1906

 55092758 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 55092817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1907 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 1966

 55092818 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 55092877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1967 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 2026

 55092878 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 55092937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2027 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 2086

 55092938 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 55092997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2087 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 2146

 55092998 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 55093057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2147 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 2206

 55093058 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 55093117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2207 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 2266

 55093118 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 55093177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2267 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 2326

 55093178 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 55093237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2327 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 2386

 55093238 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 55093297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2387 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 2446

 55093298 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 55093357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2447 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 2506

 55093358 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 55093417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2507 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 2566

 55093418 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCT 55093454
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2567 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCT 2603

Alignment time is 3.02969 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5295] =>      5295 nucs 'mol-32-2f33-013695_5295'

Score:        5272
Aligned:      5294        nucs
Identic:      5292 (100%) nucs =>       158 (100%)      5134 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55085303,55085460] EXCISED REGION [55085462,55090597]
 second seq =>  [       1,     158] EXCISED REGION [     160,    5295]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55085461,55085461]
 second seq =>         1 nucs [159,159]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55085303 CGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCCCAAAAATAAATAAAT 55085362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCCCAAAAATAAATAAAT 60

 55085363 AAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAAAGCTTATTCCTGCAGACTGTGAGGAAA 55085422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAAAGCTTATTCCTGCAGACTGTGAGGAAA 120

 55085423 CAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTT 55085460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTT 158

EXCISED REGION

 55085462 AGACCCTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTCAC 55085521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      160 AGACCCTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTCAC 219

 55085522 TGTTGGCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGAT 55085581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      220 TGTTGGCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGAT 279

 55085582 ACCCCTGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTG 55085641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      280 ACCCCTGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTG 339

 55085642 TTACAAAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACC 55085701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      340 TTACAAAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACC 399

 55085702 ATCCAACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCT 55085761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      400 ATCCAACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCT 459

 55085762 GTTAAAAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACC 55085821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      460 GTTAAAAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACC 519

 55085822 TGCACAGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATT 55085881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      520 TGCACAGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATT 579

 55085882 GCTGTCCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTG 55085941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      580 GCTGTCCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTG 639

 55085942 CCCAGGGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTA 55086001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      640 CCCAGGGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTA 699

 55086002 GGGAATCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGG 55086061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      700 GGGAATCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGG 759

 55086062 GCTCCACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCC 55086121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      760 GCTCCACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCC 819

 55086122 AGGACAGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAG 55086181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      820 AGGACAGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAG 879

 55086182 TGCACTCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAAT 55086241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      880 TGCACTCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAAT 939

 55086242 TCATGATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAG 55086301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      940 TCATGATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAG 999

 55086302 TGGTTCATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCC 55086361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1000 TGGTTCATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCC 1059

 55086362 AGGAGTTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAAC 55086421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1060 AGGAGTTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAAC 1119

 55086422 ATTAACTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGA 55086481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1120 ATTAACTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGA 1179

 55086482 GAATCACTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCC 55086541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1180 GAATCACTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCC 1239

 55086542 TGAGTGACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGA 55086601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1240 TGAGTGACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGA 1299

 55086602 CAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCA 55086661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1300 CAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCA 1359

 55086662 TTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAG 55086721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1360 TTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAG 1419

 55086722 ATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGT 55086781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1420 ATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGT 1479

 55086782 GGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACT 55086841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1480 GGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACT 1539

 55086842 AAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACAC 55086901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1540 AAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACAC 1599

 55086902 TGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGA 55086961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1600 TGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGA 1659

 55086962 TTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCC 55087021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1660 TTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCC 1719

 55087022 TTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTG 55087081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1720 TTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTG 1779

 55087082 TGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGT 55087141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1780 TGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGT 1839

 55087142 GAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTG 55087201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1840 GAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTG 1899

 55087202 CCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGA 55087261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1900 CCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGA 1959

 55087262 TTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGT 55087321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1960 TTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGT 2019

 55087322 TTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCC 55087381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2020 TTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCC 2079

 55087382 TCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTT 55087441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2080 TCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTT 2139

 55087442 AGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACAC 55087501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2140 AGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACAC 2199

 55087502 AGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCAT 55087561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2200 AGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCAT 2259

 55087562 CAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCT 55087621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2260 CAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCT 2319

 55087622 CCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTAC 55087681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2320 CCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTAC 2379

 55087682 TGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAAT 55087741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2380 TGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAAT 2439

 55087742 GGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACT 55087801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2440 GGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACT 2499

 55087802 GAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAG 55087861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2500 GAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAG 2559

 55087862 TACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTT 55087921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2560 TACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTT 2619

 55087922 CTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGAC 55087981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2620 CTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGAC 2679

 55087982 AGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCC 55088041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2680 AGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCC 2739

 55088042 TTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGG 55088101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2740 TTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGG 2799

 55088102 GACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTT 55088161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2800 GACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTT 2859

 55088162 TTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGC 55088221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2860 TTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGC 2919

 55088222 CTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATC 55088281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2920 CTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATC 2979

 55088282 TGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAAT 55088341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2980 TGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAAT 3039

 55088342 AGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCT 55088401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3040 AGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCT 3099

 55088402 GCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCC 55088461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3100 GCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCC 3159

 55088462 TCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTT 55088521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3160 TCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTT 3219

 55088522 TTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGC 55088581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3220 TTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGC 3279

 55088582 AATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATA 55088641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3280 AATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATA 3339

 55088642 TTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAG 55088701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3340 TTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAG 3399

 55088702 ACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAA 55088761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3400 ACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAA 3459

 55088762 GGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAA 55088821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3460 GGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAA 3519

 55088822 GTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTT 55088881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3520 GTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTT 3579

 55088882 GTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGA 55088941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3580 GTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGA 3639

 55088942 TTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAAC 55089001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3640 TTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAAC 3699

 55089002 AGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTG 55089061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3700 AGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTG 3759

 55089062 CTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCT 55089121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3760 CTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCT 3819

 55089122 TAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTG 55089181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3820 TAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTG 3879

 55089182 CTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGAC 55089241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3880 CTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGAC 3939

 55089242 TGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGA 55089301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3940 TGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGA 3999

 55089302 CTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCA 55089361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4000 CTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCA 4059

 55089362 CGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTA 55089421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4060 CGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTA 4119

 55089422 TTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACT 55089481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4120 TTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACT 4179

 55089482 TCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTG 55089541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4180 TCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTG 4239

 55089542 CTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTT 55089601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4240 CTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTT 4299

 55089602 ATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTC 55089661
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4300 ATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTC 4359

 55089662 ACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTG 55089721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4360 ACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTG 4419

 55089722 GGATTACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTT 55089781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4420 GGATTACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTT 4479

 55089782 TTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAG 55089841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4480 TTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAG 4539

 55089842 CCTCCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTT 55089901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4540 CCTCCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTT 4599

 55089902 TTTTAAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAAC 55089961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4600 TTTTAAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAAC 4659

 55089962 TCCTGCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCAGGG 55090021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     4660 TCCTGCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTCGGATTACAGGCAGGG 4719

 55090022 ACCACTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGATACAAAACTTTATTATTTTAATGG 55090081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4720 ACCACTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGATACAAAACTTTATTATTTTAATGG 4779

 55090082 CTTCAAAATTCTCCACAATTGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTCCGTTGCCTATACTTG 55090141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4780 CTTCAAAATTCTCCACAATTGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTCCGTTGCCTATACTTG 4839

 55090142 TGAGCAACAATTGATCAGATACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGTGTTGCCACCTAATGT 55090201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4840 TGAGCAACAATTGATCAGATACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGTGTTGCCACCTAATGT 4899

 55090202 TGCTGAGAAATTTGAAACCAATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAAATAATGAGTTTATTT 55090261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4900 TGCTGAGAAATTTGAAACCAATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAAATAATGAGTTTATTT 4959

 55090262 TATTTTATTTTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGGTTG 55090321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4960 TATTTTATTTTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGGTTG 5019

 55090322 CCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCCCATCTCCTGGGCTCA 55090381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5020 CCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCCCATCTCCTGGGCTCA 5079

 55090382 GGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAGGCCTGCTGCCAAGCC 55090441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5080 GGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAGGCCTGCTGCCAAGCC 5139

 55090442 CGGCAACTTTTGTTTGTATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCATGTTACCCCAGGCTGA 55090501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5140 CGGCAACTTTTGTTTGTATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCATGTTACCCCAGGCTGA 5199

 55090502 TCTCGAACTCCTGGACTCAAGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCAAAGTGCGGGGATTAC 55090561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5200 TCTCGAACTCCTGGACTCAAGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCAAAGTGCGGGGATTAC 5259

 55090562 AGATGTGAGCCACCACACCTAGCCAACCAGTTTAAT 55090597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5260 AGATGTGAGCCACCACACCTAGCCAACCAGTTTAAT 5295

Alignment time is 4.36706 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4681] =>      4681 nucs 'mol-32-2f33-069652_4681'

Score:        4659
Aligned:      4681        nucs
Identic:      4679 (100%) nucs =>      1014 (100%)      3665 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55091321,55092334] EXCISED REGION [55092338,55096004]
 second seq =>  [       1,    1014] EXCISED REGION [    1015,    4681]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55092335,55092337]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [55092335,55092338] to [55092338,55092341]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55092333,55092334] to [55092338,55092339]
 second seq =>         2 nucs [1013,1014] to [1015,1016]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55091321 CCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAG 55091380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAG 60

 55091381 TAAAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTG 55091440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAAAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTG 120

 55091441 CCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGAC 55091500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGAC 180

 55091501 TTTGAGTTTCTAAAGGATTCTTAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCC 55091560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTGAGTTTCTAAAGGATTCTTAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCC 240

 55091561 TAGTTATGCCAGCTGCTGTTTCACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCA 55091620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGTTATGCCAGCTGCTGTTTCACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCA 300

 55091621 CAGGCTCCCGGTTTGCTTTAATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGT 55091680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGGCTCCCGGTTTGCTTTAATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGT 360

 55091681 GCAAAGCTTCCAAGGGATGTTCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCAT 55091740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCAAAGCTTCCAAGGGATGTTCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCAT 420

 55091741 TTTAGTTGCAGGTGTTTTTTCCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCT 55091800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTAGTTGCAGGTGTTTTTTCCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCT 480

 55091801 TTGAATGAGGGCAGTTATATAATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCC 55091860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGAATGAGGGCAGTTATATAATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCC 540

 55091861 ACTTAATTCTTATTCAGGAAGCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTC 55091920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ACTTAATTCTTATTCAGGAAGCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTC 600

 55091921 AGTTGCCTAAGGGCGGTGAATGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCC 55091980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGTTGCCTAAGGGCGGTGAATGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCC 660

 55091981 TGTGTCCCTTAGGACTTAGGGAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGT 55092040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTGTCCCTTAGGACTTAGGGAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGT 720

 55092041 TGTGTTCCCAGCTTCAGGATGAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAAT 55092100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTGTTCCCAGCTTCAGGATGAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAAT 780

 55092101 CCAGGGACTCCTTATTTGATGAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCA 55092160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCAGGGACTCCTTATTTGATGAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCA 840

 55092161 GAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAA 55092220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAA 900

 55092221 GGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCT 55092280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCT 960

 55092281 ATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 55092334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 1014

EXCISED REGION

 55092338 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 55092397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1015 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 1074

 55092398 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 55092457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1075 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 1134

 55092458 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 55092517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1135 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 1194

 55092518 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 55092577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1195 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 1254

 55092578 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 55092637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1255 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 1314

 55092638 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 55092697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1315 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 1374

 55092698 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 55092757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1375 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 1434

 55092758 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 55092817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1435 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 1494

 55092818 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 55092877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 1554

 55092878 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 55092937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 1614

 55092938 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 55092997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 1674

 55092998 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 55093057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 1734

 55093058 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 55093117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 1794

 55093118 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 55093177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 1854

 55093178 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 55093237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 1914

 55093238 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 55093297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 1974

 55093298 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 55093357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 2034

 55093358 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 55093417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 2094

 55093418 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 55093477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2095 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 2154

 55093478 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 55093537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2155 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 2214

 55093538 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 55093597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2215 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 2274

 55093598 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 55093657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2275 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 2334

 55093658 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 55093717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2335 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 2394

 55093718 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 55093777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2395 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 2454

 55093778 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 55093837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2455 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 2514

 55093838 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 55093897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2515 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 2574

 55093898 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 55093957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2575 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 2634

 55093958 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 55094017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2635 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 2694

 55094018 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 55094077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2695 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 2754

 55094078 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 55094137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2755 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 2814

 55094138 GGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 55094197
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2815 GGTTGACGTGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 2874

 55094198 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 55094257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2875 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 2934

 55094258 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 55094317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2935 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 2994

 55094318 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGT 55094377
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     2995 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGT 3054

 55094378 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 55094437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3055 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 3114

 55094438 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 55094497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3115 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 3174

 55094498 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 55094557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3175 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 3234

 55094558 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 55094617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3235 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 3294

 55094618 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 55094677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3295 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 3354

 55094678 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 55094737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3355 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 3414

 55094738 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 55094797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3415 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 3474

 55094798 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 55094857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3475 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 3534

 55094858 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 55094917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3535 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 3594

 55094918 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 55094977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3595 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 3654

 55094978 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 55095037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3655 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 3714

 55095038 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 55095097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3715 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 3774

 55095098 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 55095157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3775 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 3834

 55095158 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 55095217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3835 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 3894

 55095218 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 55095277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3895 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 3954

 55095278 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 55095337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3955 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 4014

 55095338 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 55095397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4015 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 4074

 55095398 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 55095457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4075 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 4134

 55095458 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 55095517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4135 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 4194

 55095518 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 55095577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4195 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 4254

 55095578 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 55095637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4255 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 4314

 55095638 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 55095697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4315 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 4374

 55095698 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 55095757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4375 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 4434

 55095758 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 55095817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4435 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 4494

 55095818 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 55095877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4495 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 4554

 55095878 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 55095937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4555 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 4614

 55095938 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGA 55095997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4615 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGA 4674

 55095998 CCTTACA 55096004
          |||||||
     4675 CCTTACA 4681

Alignment time is 3.81607 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2634] =>      2634 nucs 'mol-32-2f33-069659_2634'

Score:        2611
Aligned:      2633        nucs
Identic:      2631 (100%) nucs =>      1074 (100%)      1557 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55088546,55089619] EXCISED REGION [55089621,55091179]
 second seq =>  [       1,    1074] EXCISED REGION [    1076,    2634]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55089620,55089620]
 second seq =>         1 nucs [1075,1075]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [55089617,55089619] to [55089621,55089623]
 second seq =>         3 nucs [1072,1074] to [1076,1078]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55088546 GTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAA 55088605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAA 60

 55088606 AATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATG 55088665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATG 120

 55088666 TGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCT 55088725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCT 180

 55088726 TCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAG 55088785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAG 240

 55088786 AGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGG 55088845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGG 300

 55088846 GTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCT 55088905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCT 360

 55088906 AACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATT 55088965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATT 420

 55088966 CTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATC 55089025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATC 480

 55089026 GTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCT 55089085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCT 540

 55089086 AGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAAC 55089145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAAC 600

 55089146 TGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTG 55089205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTG 660

 55089206 TCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCT 55089265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCT 720

 55089266 CCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCA 55089325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCA 780

 55089326 TAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCA 55089385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCA 840

 55089386 CACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGC 55089445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGC 900

 55089446 TTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGC 55089505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGC 960

 55089506 CTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTT 55089565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTT 1020

 55089566 ATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTC 55089619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTC 1074

EXCISED REGION

 55089621 CTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCT 55089680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1076 CTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCT 1135

 55089681 GGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTA 55089740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1136 GGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTA 1195

 55089741 TGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGC 55089800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1196 TGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGC 1255

 55089801 TGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGAT 55089860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1256 TGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGAT 1315

 55089861 TATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGT 55089920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1316 TATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGT 1375

 55089921 AGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCC 55089980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1376 AGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCC 1435

 55089981 TTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCT 55090040
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1436 TTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTCGGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCT 1495

 55090041 GATTGAATCCTGATTGATACAAAACTTTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAAT 55090100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1496 GATTGAATCCTGATTGATACAAAACTTTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAAT 1555

 55090101 TGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTCCGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGA 55090160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1556 TGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTCCGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGA 1615

 55090161 TACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGTGTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACC 55090220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1616 TACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGTGTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACC 1675

 55090221 AATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAAATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATT 55090280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1676 AATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAAATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATT 1735

 55090281 TATTTATTTATTTATTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 55090340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1736 TATTTATTTATTTATTTTGAGACAGGGTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 1795

 55090341 GCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCCCATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAG 55090400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1796 GCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCCCATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAG 1855

 55090401 CCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAGGCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTAT 55090460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1856 CCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAGGCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTAT 1915

 55090461 TTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCATGTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCA 55090520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1916 TTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCATGTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCA 1975

 55090521 AGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCAAAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCCACCACACC 55090580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1976 AGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCAAAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCCACCACACC 2035

 55090581 TAGCCAACCAGTTTAATAAATGGTTGCTGTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGA 55090640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2036 TAGCCAACCAGTTTAATAAATGGTTGCTGTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGA 2095

 55090641 GTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCC 55090700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2096 GTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCC 2155

 55090701 GCCTCCCGGATTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCG 55090760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2156 GCCTCCCGGATTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCG 2215

 55090761 CCCGCCACTACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTTTT 55090820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2216 CCCGCCACTACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTTTT 2275

 55090821 AGCCGGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGC 55090880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2276 AGCCGGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGC 2335

 55090881 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTTTTGTTAAATTATGTAAACC 55090940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2336 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTTTTGTTAAATTATGTAAACC 2395

 55090941 GGGAACGTCTGATGGTTACATTGATGTTTAGCTTTTAATGAATTTTGCCTGATGTGTCGT 55091000
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2396 GGGAACGTCTGATGGTTACACTGATGTTTAGCTTTTAATGAATTTTGCCTGATGTGTCGT 2455

 55091001 GAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAATGCTTTCCAGTATTTATTTG 55091060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2456 GAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAATGCTTTCCAGTATTTATTTG 2515

 55091061 AATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAGCTTTCATTCTAGATACTTT 55091120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2516 AATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAGCTTTCATTCTAGATACTTT 2575

 55091121 TTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTAATGTCACTCTAGACTTTG 55091179
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2576 TTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTAATGTCACTCTAGACTTTG 2634

Alignment time is 2.66945 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4366] =>      4366 nucs 'mol-32-2fc2-098166_4366'

Score:        4256
Aligned:      4350        nucs
Identic:      4339 (100%) nucs =>      4316 (100%)        23 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55085400,55089724] EXCISED REGION [55090770,55090792]
 second seq =>  [       1,    4325] EXCISED REGION [    4344,    4366]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1045 nucs [55089725,55090769]
 second seq =>        18 nucs [4326,4343]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089724,55089724] to [55090770,55090770]
 second seq =>         1 nucs [4325,4325] to [4344,4344]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55090769,55090769]
 second seq =>         1 nucs [4326,4326] to [4343,4343]

 55085400 TATTCCTGCAGACTGTGAGGAAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCT 55085459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATTCCTGCAGACTGTGAGGAAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCT 60

 55085460 TCAGACCCTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTC 55085519
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGAGACCCTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTC 120

 55085520 ACTGTTGGCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGG 55085579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACTGTTGGCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGG 180

 55085580 ATACCCCTGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTT 55085639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATACCCCTGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTT 240

 55085640 TGTTACAAAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAA 55085699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTTACAAAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAA 300

 55085700 CCATCCAACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTT 55085759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CCATCCAACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTT 360

 55085760 CTGTTAAAAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCA 55085819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGTTAAAAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCA 420

 55085820 CCTGCACAGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCA 55085879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCTGCACAGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCA 480

 55085880 TTGCTGTCCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACT 55085939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGCTGTCCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACT 540

 55085940 TGCCCAGGGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCC 55085999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGCCCAGGGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCC 600

 55086000 TAGGGAATCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACG 55086059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAGGGAATCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACG 660

 55086060 GGGCTCCACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACT 55086119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGCTCCACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACT 720

 55086120 CCAGGACAGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAAC 55086179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCAGGACAGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAAC 780

 55086180 AGTGCACTCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCA 55086239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGTGCACTCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCA 840

 55086240 ATTCATGATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCAC 55086299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTCATGATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCAC 900

 55086300 AGTGGTTCATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGT 55086359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
      901 AGTGGTTCATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTGAGT 960

 55086360 CCAGGAGTTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAA 55086419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCAGGAGTTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAA 1020

 55086420 ACATTAACTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAG 55086479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACATTAACTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAG 1080

 55086480 GAGAATCACTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAG 55086539
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1081 GAGAATCACTTGAGCCTGGGAGGTTGGTTGAGGCTACATCGAGCCATATTTGTACTCCAG 1140

 55086540 CCTGAGTGACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGAT 55086599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCTGAGTGACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGAT 1200

 55086600 GACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGAT 55086659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGAT 1260

 55086660 CATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGT 55086719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGT 1320

 55086720 AGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAA 55086779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAA 1380

 55086780 GTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTA 55086839
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTACGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTA 1440

 55086840 CTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAAC 55086899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAAC 1500

 55086900 ACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCT 55086959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCT 1560

 55086960 GATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAAC 55087019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAAC 1620

 55087020 CCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATC 55087079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATC 1680

 55087080 TGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCA 55087139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCA 1740

 55087140 GTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAAC 55087199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAAC 1800

 55087200 TGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATA 55087259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATA 1860

 55087260 GATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTT 55087319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTT 1920

 55087320 GTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACT 55087379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACT 1980

 55087380 CCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACT 55087439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACT 2040

 55087440 TTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGAC 55087499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGAC 2100

 55087500 ACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGC 55087559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGC 2160

 55087560 ATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTG 55087619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTG 2220

 55087620 CTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGT 55087679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGT 2280

 55087680 ACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTA 55087739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 ACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTA 2340

 55087740 ATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAA 55087799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAA 2400

 55087800 CTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATA 55087859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATA 2460

 55087860 AGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCT 55087919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCT 2520

 55087920 TTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAG 55087979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAG 2580

 55087980 ACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAG 55088039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAG 2640

 55088040 CCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCT 55088099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCT 2700

 55088100 GGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAG 55088159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAG 2760

 55088160 TTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCT 55088219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCT 2820

 55088220 GCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCA 55088279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCA 2880

 55088280 TCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTA 55088339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTA 2940

 55088340 ATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGG 55088399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2941 ATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGACG 3000

 55088400 CTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGAT 55088459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGAT 3060

 55088460 CCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGG--CTTTTTTTTTTTTT 55088517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||
     3061 CCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCT--TTCTTTTTTTTTTTTT 3118

 55088518 TTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTA 55088577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 TTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTA 3178

 55088578 AAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATT 55088637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 AAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATT 3238

 55088638 TATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCC 55088697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 TATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCC 3298

 55088698 AAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATA 55088757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 AAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATA 3358

 55088758 GGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGA 55088817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 GGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGA 3418

 55088818 TTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGT 55088877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 TTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGT 3478

 55088878 TTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTT 55088937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 TTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTT 3538

 55088938 CTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAG 55088997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 CTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAG 3598

 55088998 CAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCA 55089057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 CAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCA 3658

 55089058 GCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTG 55089117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 GCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTG 3718

 55089118 TGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCT 55089177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 TGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCT 3778

 55089178 CTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCC 55089237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 CTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCC 3838

 55089238 TGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATG 55089297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 TGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATG 3898

 55089298 AAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATA 55089357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 AAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATA 3958

 55089358 CGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTT 55089417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 CGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTT 4018

 55089418 TTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCG 55089477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 TTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCG 4078

 55089478 AACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTG 55089537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 AACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTG 4138

 55089538 CGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTT 55089597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 CGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTT 4198

 55089598 ACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCG 55089657
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4199 ACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCG 4258

 55089658 GTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTA 55089717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 GTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTA 4318

 55089718 GCTGGGA 55089724
          |||||||
     4319 GCTGGGA 4325

EXCISED REGION

 55090770 ACGCCCGGCTAATTTTTTGTATT 55090792
          |||||||||||||||||||||||
     4344 ACGCCCGGCTAATTTTTTGTATT 4366

Alignment time is 3.56658 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    7519] =>      7519 nucs 'mol-32-3025-095307_7519'

Score:        7418
Aligned:      7521        nucs
Identic:      7510 (100%) nucs =>      5450 (100%)      2060 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55090812,55096268] EXCISED REGION [55096271,55098334]
 second seq =>  [       1,    5453] EXCISED REGION [    5456,    7519]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [55096269,55096270]
 second seq =>         2 nucs [5454,5455]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [55096267,55096269] to [55096269,55096271]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55090812 CACCGTTTTAGCCGGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTC 55090871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACCGTTTTAGCCGGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTC 60

 55090872 CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTTTTGTTAAATT 55090931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTTTTGTTAAATT 120

 55090932 ATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACATTGATGTTTAGCTTTTAATGAATTTTGCCTG 55090991
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACACTGATGTTTAGCTTTTAATGAATTTTGCCTG 180

 55090992 ATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAATGCTTTCCAGT 55091051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAATGCTTTCCAGT 240

 55091052 ATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAGCTTTCATTCT 55091111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAGCTTTCATTCT 300

 55091112 AGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTAATGTCACTCT 55091171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTAATGTCACTCT 360

 55091172 AGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTCCG 55091231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTCCG 420

 55091232 TCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCT 55091291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCT 480

 55091292 GGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCA 55091351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCA 540

 55091352 CCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGA 55091411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGA 600

 55091412 TGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTA 55091471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTA 660

 55091472 CAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTCTTAACTTCTAT 55091531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTCTTAACTTCTAT 720

 55091532 AATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTTTCACCTTATCT 55091591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTTTCACCTTATCT 780

 55091592 TTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTAATTTCCTTGAG 55091651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTAATTTCCTTGAG 840

 55091652 AGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGTTCCTCATTTAT 55091711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGTTCCTCATTTAT 900

 55091712 CTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTTCCCTATGTTTA 55091771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTTCCCTATGTTTA 960

 55091772 TGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATATAATCATCTAAT 55091831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATATAATCATCTAAT 1020

 55091832 TGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAAGCCTAGATGTG 55091891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAAGCCTAGATGTG 1080

 55091892 GCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAATGCCCAGCTCT 55091951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAATGCCCAGCTCT 1140

 55091952 TGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGGGAGTGTTTCCT 55092011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGGGAGTGTTTCCT 1200

 55092012 TCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGATGAACCCAAAAC 55092071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGATGAACCCAAAAC 1260

 55092072 TTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGATGAATATATTAG 55092131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGATGAATATATTAG 1320

 55092132 TTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAA 55092191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAA 1380

 55092192 TTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAG 55092251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAG 1440

 55092252 CCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAAATAAAA 55092311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAAATAAAA 1500

 55092312 TACCCAGAAACTTGGTGGCTTAAAACAACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGG 55092371
          |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TACCCAGAAACTTGGTGGCTTAAAACA---TTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGG 1557

 55092372 AGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCCTCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAG 55092431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 AGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCCTCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAG 1617

 55092432 GGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCAAGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTC 55092491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 GGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCAAGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTC 1677

 55092492 AGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCGCTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCT 55092551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 AGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCGCTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCT 1737

 55092552 TAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCCATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATC 55092611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 TAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCCATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATC 1797

 55092612 AGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTGAGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTG 55092671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 AGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTGAGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTG 1857

 55092672 CAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTA 55092731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 CAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTA 1917

 55092732 GGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCC 55092791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 GGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCC 1977

 55092792 ATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGC 55092851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 ATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGC 2037

 55092852 TAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAAT 55092911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 TAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAAT 2097

 55092912 CTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAG 55092971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 CTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAG 2157

 55092972 CCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTAT 55093031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 CCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTAT 2217

 55093032 TACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGG 55093091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 TACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGG 2277

 55093092 AAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGC 55093151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 AAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGC 2337

 55093152 TTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAG 55093211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 TTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAG 2397

 55093212 AATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGT 55093271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 AATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGT 2457

 55093272 TTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGA 55093331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 TTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGA 2517

 55093332 GTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCAC 55093391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 GTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCAC 2577

 55093392 TGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGT 55093451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 TGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGT 2637

 55093452 TCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTG 55093511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 TCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTG 2697

 55093512 ATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCAT 55093571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 ATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCAT 2757

 55093572 CGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCT 55093631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 CGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCT 2817

 55093632 ACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCT 55093691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 ACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCT 2877

 55093692 CTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTT 55093751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 CTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTT 2937

 55093752 TTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACG 55093811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 TTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACG 2997

 55093812 TTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGG 55093871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 TTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGG 3057

 55093872 AGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCT 55093931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 AGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCT 3117

 55093932 GAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCC 55093991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 GAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCC 3177

 55093992 CAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTA 55094051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 CAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTA 3237

 55094052 TTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTT 55094111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 TTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTT 3297

 55094112 GCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGG 55094171
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     3298 GCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACGTGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGG 3357

 55094172 TCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTA 55094231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3358 TCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTA 3417

 55094232 ACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAA 55094291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3418 ACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAA 3477

 55094292 GTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGG 55094351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3478 GTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGG 3537

 55094352 TTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCAC 55094411
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3538 TTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCAC 3597

 55094412 CAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAA 55094471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3598 CAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAA 3657

 55094472 CACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCT 55094531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3658 CACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCT 3717

 55094532 GCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGA 55094591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3718 GCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGA 3777

 55094592 AATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCT 55094651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3778 AATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCT 3837

 55094652 GGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTG 55094711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3838 GGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTG 3897

 55094712 CCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCC 55094771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3898 CCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCC 3957

 55094772 TATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAAC 55094831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3958 TATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAAC 4017

 55094832 AGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGT 55094891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4018 AGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGT 4077

 55094892 TAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTT 55094951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4078 TAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTT 4137

 55094952 ATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGA 55095011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4138 ATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGA 4197

 55095012 CCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAA 55095071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4198 CCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAA 4257

 55095072 GATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCT 55095131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4258 GATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCT 4317

 55095132 CCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAG 55095191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4318 CCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAG 4377

 55095192 AGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTA 55095251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4378 AGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTA 4437

 55095252 GCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCT 55095311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4438 GCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCT 4497

 55095312 CTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGG 55095371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4498 CTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGG 4557

 55095372 GCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAG 55095431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4558 GCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAG 4617

 55095432 AAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGC 55095491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4618 AAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGC 4677

 55095492 TCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTG 55095551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4678 TCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTG 4737

 55095552 CCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCC 55095611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4738 CCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCC 4797

 55095612 CCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCT 55095671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4798 CCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCT 4857

 55095672 AGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACC 55095731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4858 AGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACC 4917

 55095732 CCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTA 55095791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4918 CCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTA 4977

 55095792 CCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAAC 55095851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4978 CCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAAC 5037

 55095852 GACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCC 55095911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5038 GACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCC 5097

 55095912 TCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTC 55095971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5098 TCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTC 5157

 55095972 TCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTG 55096031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5158 TCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTG 5217

 55096032 GTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAATGAT 55096091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5218 GTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAATGAT 5277

 55096092 CCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCACCCA 55096151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5278 CCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCACCCA 5337

 55096152 AAGCATAACAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCC 55096211
          |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
     5338 AAGCATAACAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCC 5396

 55096212 AGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCCGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCA 55096268
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5397 AGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCCGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCA 5453

EXCISED REGION

 55096271 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTACCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCCG 55096330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     5456 CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTACCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCG 5515

 55096331 GCTAATATTTTGAGGTTTTTTTTAGTAGATACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAAGATGGT 55096390
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5516 GCTAATATTTTGAGGGTTTTTTTAGTAGATACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAAGATGGT 5575

 55096391 CTCAATATCCTGACCTAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTACAGG 55096450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5576 CTCAATATCCTGACCTAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTACAGG 5635

 55096451 TGTGAGCCACCGCGCCTGGCCCAAAGCATAGCAATCTTAAAAGCATGTATCGTTATGAAT 55096510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5636 TGTGAGCCACCGCGCCTGGCCCAAAGCATAGCAATCTTAAAAGCATGTATCGTTATGAAT 5695

 55096511 ATTGGGACATCTGGACTTTCCATCATTGTAAGAATGTGTCTTTTGCAGGTATCTTCAAGC 55096570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5696 ATTGGGACATCTGGACTTTCCATCATTGTAAGAATGTGTCTTTTGCAGGTATCTTCAAGC 5755

 55096571 TGTTTCCTGAACTGTAAACATCTCATGACTGTGAGTTGTGACAAGCATGGAATGCGCCTT 55096630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5756 TGTTTCCTGAACTGTAAACATCTCATGACTGTGAGTTGTGACAAGCATGGAATGCGCCTT 5815

 55096631 GTTAGTCTCAAGATGAGCTGAACTCAAAATGGCATCACCCTGGCTCTGCTATGCTCCTAT 55096690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5816 GTTAGTCTCAAGATGAGCTGAACTCAAAATGGCATCACCCTGGCTCTGCTATGCTCCTAT 5875

 55096691 TTCCCTAACATAACCCCCAAAATTATAACTGGACAGATCCCTCTCAAAATCTAAGGTTTT 55096750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5876 TTCCCTAACATAACCCCCAAAATTATAACTGGACAGATCCCTCTCAAAATCTAAGGTTTT 5935

 55096751 GCTCATTTTGCATTGCATTACCTGATCATCTTGACTCTTGGAGGCATCAAAAATTACCTT 55096810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5936 GCTCATTTTGCATTGCATTACCTGATCATCTTGACTCTTGGAGGCATCAAAAATTACCTT 5995

 55096811 GCATTATAAAAAAAATTTTAGCATTGATGTTTAATATCTAGGTAGGAAATAGTCTCTTTT 55096870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5996 GCATTATAAAAAAAATTTTAGCATTGATGTTTAATATCTAGGTAGGAAATAGTCTCTTTT 6055

 55096871 GACTCCATGGCTCATATCCAGGTGATGCTGATGCAAGGGGTGGGCTCCTAAGGCCTTGGG 55096930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6056 GACTCCATGGCTCATATCCAGGTGATGCTGATGCAAGGGGTGGGCTCCTAAGGCCTTGGG 6115

 55096931 TAGCTCCATCCCTGTGGCTCTGCAGGGTCCAGCCCCCACAGCTGCTTTCACGGTAGGCGT 55096990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6116 TAGCTCCATCCCTGTGGCTCTGCAGGGTCCAGCCCCCACAGCTGCTTTCACGGTAGGCGT 6175

 55096991 TGAGTGCCCTGGGCTTTTCCAGGCACATGGTGCAAGCTCTTGGTGGATCTACCATTCTAG 55097050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6176 TGAGTGCCCTGGGCTTTTCCAGGCACATGGTGCAAGCTCTTGGTGGATCTACCATTCTAG 6235

 55097051 GGTCTGGAGGATGGTGGTTCTCTTCTCACAGCTCCACTAGGCAGTGCTCCATTGAGGACT 55097110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6236 GGTCTGGAGGATGGTGGTTCTCTTCTCACAGCTCCACTAGGCAGTGCTCCATTGAGGACT 6295

 55097111 GAGTGTGGGGGCTCCAAGTTATCTTGGGACCTCCAAAGGAGAATTCACCCATTTCATATA 55097170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6296 GAGTGTGGGGGCTCCAAGTTATCTTGGGACCTCCAAAGGAGAATTCACCCATTTCATATA 6355

 55097171 GGCATTTGCAGGCAGAGATAAATCCATGGCTGGGCTCCAGGCTTTAAACAATCTAATCTG 55097230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6356 GGCATTTGCAGGCAGAGATAAATCCATGGCTGGGCTCCAGGCTTTAAACAATCTAATCTG 6415

 55097231 AGATTCTTACGGAACGAAGTTCTAGCAAAGCCAATTTAAAAAGAGAATAATTATCTTGCT 55097290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6416 AGATTCTTACGGAACGAAGTTCTAGCAAAGCCAATTTAAAAAGAGAATAATTATCTTGCT 6475

 55097291 GCACTTTATGCAAATAATCAGGCCAAGTATAATATGACTAAAACTTATTTTGCAAACACA 55097350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6476 GCACTTTATGCAAATAATCAGGCCAAGTATAATATGACTAAAACTTATTTTGCAAACACA 6535

 55097351 TTGGTCCTACCATGACTTGTCTTTGATTAAAAATGAAAGACTGGAGAAAAAATATTATAA 55097410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6536 TTGGTCCTACCATGACTTGTCTTTGATTAAAAATGAAAGACTGGAGAAAAAATATTATAA 6595

 55097411 TACACCTGCTATTAGGTTCTAGTCTTGTCTGTTATTTTTGAGTTTTTTAAATATGATTTT 55097470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6596 TACACCTGCTATTAGGTTCTAGTCTTGTCTGTTATTTTTGAGTTTTTTAAATATGATTTT 6655

 55097471 TACAACATGGACTGAATCTTAAACCTTTTCTGGGCTGCAAGTCTCCCAACTAATGTTTGG 55097530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6656 TACAACATGGACTGAATCTTAAACCTTTTCTGGGCTGCAAGTCTCCCAACTAATGTTTGG 6715

 55097531 AAATTTTTCTTCCATTTTTCTAACTTAAACTTGTGAAAAGAAAATAAAAACTTGGGACCC 55097590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6716 AAATTTTTCTTCCATTTTTCTAACTTAAACTTGTGAAAAGAAAATAAAAACTTGGGACCC 6775

 55097591 CAATTTACTATACCAAAGGGACAAAGTTAAGCTGAAACTGAGTCATGCAAGAAACTGCCT 55097650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6776 CAATTTACTATACCAAAGGGACAAAGTTAAGCTGAAACTGAGTCATGCAAGAAACTGCCT 6835

 55097651 TTCCTTTTGTTTCTAAGCAGACAGCTACAGATAAAAGGTTAAGTATCTCCACAGGTCACT 55097710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6836 TTCCTTTTGTTTCTAAGCAGACAGCTACAGATAAAAGGTTAAGTATCTCCACAGGTCACT 6895

 55097711 ACTCTATGTTCACCTTATCTTATGCAAAGTTCTGTCTTACTGAGGGCAAGACAAATACAT 55097770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6896 ACTCTATGTTCACCTTATCTTATGCAAAGTTCTGTCTTACTGAGGGCAAGACAAATACAT 6955

 55097771 AATTTACTATTCCCCTACCTGCTCCTTTTCTCTTGCAACATGTGATTCAGTAACGTGACC 55097830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6956 AATTTACTATTCCCCTACCTGCTCCTTTTCTCTTGCAACATGTGATTCAGTAACGTGACC 7015

 55097831 ATACCCTCCCTCTTCGCTTCCAGTCCACTTTTCTCCTTTACATATCGAAGCCCTCAAAAT 55097890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7016 ATACCCTCCCTCTTCGCTTCCAGTCCACTTTTCTCCTTTACATATCGAAGCCCTCAAAAT 7075

 55097891 CATCTTTGGAGAAAGACACAGACCTCTCTTCTGGGTATATCCTTAACCTTGGCAAAATAA 55097950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7076 CATCTTTGGAGAAAGACACAGACCTCTCTTCTGGGTATATCCTTAACCTTGGCAAAATAA 7135

 55097951 ACTTCTAAATTGATTGAGACCTGTCTCAGATACTTTTTGGTTTACAAACTCAATAGAATT 55098010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7136 ACTTCTAAATTGATTGAGACCTGTCTCAGATACTTTTTGGTTTACAAACTCAATAGAATT 7195

 55098011 GCTACTACCTTTTTCCGAAGGCCCTGCAAGCTGAAGCTTATTCCTTGTGATACACGTGAT 55098070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7196 GCTACTACCTTTTTCCGAAGGCCCTGCAAGCTGAAGCTTATTCCTTGTGATACACGTGAT 7255

 55098071 AAGAGCACGTCAGATTGTCACTGCCTTCCTCCTCTGTAACTAAGATACTTTGAGTCTAAC 55098130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7256 AAGAGCACGTCAGATTGTCACTGCCTTCCTCCTCTGTAACTAAGATACTTTGAGTCTAAC 7315

 55098131 ATCTGGATAGATTATGCCCACTATTAACATTTGTTTTTCTCCTGTTTATTCCATTTTTGG 55098190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     7316 ATCTGGATAGATTATGCCCACTATTAACATTTGTTTTTCTCCTGTTCATTCCATTTTTGG 7375

 55098191 GAAGTGCCTTTTATTAAAAGTCTGTTTGCTTTATACTTCAGGCAACAGGAGACTGGCTCT 55098250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7376 GAAGTGCCTTTTATTAAAAGTCTGTTTGCTTTATACTTCAGGCAACAGGAGACTGGCTCT 7435

 55098251 CTGGACTATTCACCTAAATTAACGGCATCTGATCTCTTATAAGAATTATCGAACTCTTTG 55098310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     7436 CTGGACTATTCACCTAAATTAACGGCATCTGATCTCTTATAAGAATTATCGATCTCTTTG 7495

 55098311 GGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACG 55098334
          ||||||||||||||||||||||||
     7496 GGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACG 7519

Alignment time is 7.58033 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5111] =>      5111 nucs 'mol-32-303b-134367_5111'

Score:        5067
Aligned:      5111        nucs
Identic:      5107 (100%) nucs =>      1468 (100%)      3639 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55090866,55092334] EXCISED REGION [55092338,55095979]
 second seq =>  [       1,    1469] EXCISED REGION [    1470,    5111]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55092335,55092337]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [55092335,55092338] to [55092338,55092341]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55092333,55092334] to [55092338,55092339]
 second seq =>         2 nucs [1468,1469] to [1470,1471]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55090866 GGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTTTTGT 55090925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTTTTGT 60

 55090926 TAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACATTGATGTTTAGCTTTTAATGAATTT 55090985
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
       61 TAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACACTGATGTTTAGCTTTTAATGAATTT 120

 55090986 TGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAATGCTT 55091045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAATGCTT 180

 55091046 TCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAGCTTT 55091105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAGCTTT 240

 55091106 CATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTAATGT 55091165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTAATGT 300

 55091166 CACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAA 55091225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAA 360

 55091226 TCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAACCTCCG 55091285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAACCTCCG 420

 55091286 CCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGC 55091345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGC 480

 55091346 CCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCATGTTGG 55091405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCATGTTGG 540

 55091406 CCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTG 55091465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTG 600

 55091466 GGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTCTTAAC 55091525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTCTTAAC 660

 55091526 TTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTTTCACC 55091585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTTTCACC 720

 55091586 TTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTAATTTC 55091645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTAATTTC 780

 55091646 CTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGTTCCTC 55091705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGTTCCTC 840

 55091706 ATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTTCCCTA 55091765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTTCCCTA 900

 55091766 TGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATATAATCA 55091825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATATAATCA 960

 55091826 TCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAAGCCTA 55091885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAAGCCTA 1020

 55091886 GATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAATGCCC 55091945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAATGCCC 1080

 55091946 AGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGGGAGTG 55092005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGGGAGTG 1140

 55092006 TTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGATGAACC 55092065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGATGAACC 1200

 55092066 CAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGATGAATA 55092125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGATGAATA 1260

 55092126 TATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGC 55092185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGC 1320

 55092186 CTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAA 55092245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAA 1380

 55092246 AACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAA 55092305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAA 1440

 55092306 ATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 55092334
          |||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 1469

EXCISED REGION

 55092338 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 55092397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1470 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 1529

 55092398 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 55092457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1530 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 1589

 55092458 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 55092517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1590 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 1649

 55092518 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 55092577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1650 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 1709

 55092578 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 55092637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1710 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 1769

 55092638 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 55092697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1770 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 1829

 55092698 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 55092757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1830 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 1889

 55092758 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 55092817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1890 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 1949

 55092818 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 55092877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1950 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 2009

 55092878 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 55092937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2010 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 2069

 55092938 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 55092997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2070 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 2129

 55092998 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 55093057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2130 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 2189

 55093058 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 55093117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2190 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 2249

 55093118 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 55093177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2250 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 2309

 55093178 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 55093237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2310 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 2369

 55093238 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 55093297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2370 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 2429

 55093298 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 55093357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2430 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 2489

 55093358 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 55093417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2490 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 2549

 55093418 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 55093477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2550 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 2609

 55093478 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 55093537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2610 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 2669

 55093538 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 55093597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2670 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 2729

 55093598 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 55093657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2730 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 2789

 55093658 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 55093717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2790 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 2849

 55093718 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 55093777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2850 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 2909

 55093778 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 55093837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2910 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 2969

 55093838 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 55093897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2970 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 3029

 55093898 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 55093957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3030 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 3089

 55093958 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 55094017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3090 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 3149

 55094018 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 55094077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3150 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 3209

 55094078 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 55094137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3210 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 3269

 55094138 GGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 55094197
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3270 GGTTGACGTGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 3329

 55094198 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 55094257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 3389

 55094258 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 55094317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 3449

 55094318 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGT 55094377
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     3450 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGT 3509

 55094378 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 55094437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 3569

 55094438 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 55094497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 3629

 55094498 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 55094557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3630 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 3689

 55094558 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 55094617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3690 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 3749

 55094618 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 55094677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3750 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 3809

 55094678 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 55094737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3810 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 3869

 55094738 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 55094797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3870 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 3929

 55094798 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 55094857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3930 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 3989

 55094858 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 55094917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3990 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 4049

 55094918 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 55094977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4050 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 4109

 55094978 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 55095037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4110 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 4169

 55095038 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 55095097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4170 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 4229

 55095098 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 55095157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4230 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 4289

 55095158 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 55095217
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4290 GTGTTCAGCTCTCAACACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 4349

 55095218 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 55095277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4350 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 4409

 55095278 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 55095337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4410 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 4469

 55095338 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 55095397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4470 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 4529

 55095398 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 55095457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4530 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 4589

 55095458 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 55095517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4590 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 4649

 55095518 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 55095577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4650 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 4709

 55095578 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 55095637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4710 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 4769

 55095638 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 55095697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4770 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 4829

 55095698 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 55095757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4830 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 4889

 55095758 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 55095817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4890 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 4949

 55095818 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 55095877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4950 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 5009

 55095878 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 55095937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5010 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 5069

 55095938 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTC 55095979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5070 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTC 5111

Alignment time is 4.2049 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3881] =>      3881 nucs 'mol-32-30eb-226657_3881'

Score:        3827
Aligned:      3882        nucs
Identic:      3877 (100%) nucs =>       184 (100%)      3693 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55092151,55092334] EXCISED REGION [55092338,55096035]
 second seq =>  [       1,     184] EXCISED REGION [     185,    3881]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55092335,55092337]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [55092335,55092338] to [55092338,55092341]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55092333,55092334] to [55092338,55092339]
 second seq =>         2 nucs [183,184] to [185,186]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55092151 AAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGC 55092210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGC 60

 55092211 CAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGG 55092270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGG 120

 55092271 CCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGC 55092330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGC 180

 55092331 TTAA 55092334
          ||||
      181 TTAA 184

EXCISED REGION

 55092338 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 55092397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      185 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 244

 55092398 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 55092457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      245 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 304

 55092458 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 55092517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      305 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 364

 55092518 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 55092577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      365 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 424

 55092578 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 55092637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      425 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 484

 55092638 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 55092697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
      485 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATC-TTTTTT 543

 55092698 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 55092757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      544 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 603

 55092758 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 55092817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      604 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 663

 55092818 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 55092877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      664 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGAC 723

 55092878 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 55092937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      724 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 783

 55092938 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 55092997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      784 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 843

 55092998 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 55093057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      844 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 903

 55093058 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 55093117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      904 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 963

 55093118 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 55093177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      964 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 1023

 55093178 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 55093237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1024 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 1083

 55093238 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 55093297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1084 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 1143

 55093298 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 55093357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1144 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 1203

 55093358 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 55093417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1204 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 1263

 55093418 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 55093477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1264 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 1323

 55093478 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 55093537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1324 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 1383

 55093538 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 55093597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1384 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 1443

 55093598 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 55093657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1444 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 1503

 55093658 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 55093717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1504 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 1563

 55093718 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 55093777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 1623

 55093778 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 55093837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 1683

 55093838 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 55093897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1684 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 1743

 55093898 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 55093957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1744 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 1803

 55093958 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 55094017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1804 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 1863

 55094018 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 55094077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 1923

 55094078 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 55094137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 1983

 55094138 GGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 55094197
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 GGTTGACGTGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 2043

 55094198 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 55094257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 2103

 55094258 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 55094317
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 ACCCATACCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 2163

 55094318 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGT 55094377
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     2164 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGT 2223

 55094378 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 55094437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 2283

 55094438 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 55094497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2284 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 2343

 55094498 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 55094557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2344 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 2403

 55094558 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 55094617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2404 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 2463

 55094618 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 55094677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 2523

 55094678 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 55094737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2524 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 2583

 55094738 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 55094797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2584 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 2643

 55094798 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 55094857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2644 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 2703

 55094858 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 55094917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2704 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 2763

 55094918 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 55094977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2764 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 2823

 55094978 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 55095037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2824 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 2883

 55095038 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 55095097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2884 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 2943

 55095098 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 55095157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2944 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 3003

 55095158 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 55095217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3004 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 3063

 55095218 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 55095277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3064 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 3123

 55095278 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 55095337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3124 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 3183

 55095338 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 55095397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3184 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 3243

 55095398 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 55095457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3244 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 3303

 55095458 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 55095517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3304 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 3363

 55095518 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 55095577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3364 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 3423

 55095578 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 55095637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3424 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 3483

 55095638 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 55095697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3484 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 3543

 55095698 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 55095757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3544 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 3603

 55095758 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 55095817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3604 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 3663

 55095818 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 55095877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3664 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 3723

 55095878 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 55095937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3724 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 3783

 55095938 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGA 55095997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3784 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGA 3843

 55095998 CCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTGGTAG 55096035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3844 CCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTGGTAG 3881

Alignment time is 4.24229 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    7676] =>      7676 nucs 'mol-32-3101-250463_7676'

Score:        7540
Aligned:      7658        nucs
Identic:      7644 (100%) nucs =>      4297 (100%)      3347 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55085420,55089724] EXCISED REGION [55092849,55096201]
 second seq =>  [       1,    4302] EXCISED REGION [    4327,    7676]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [4303,4326]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [4303,4303] to [4326,4326]

 55085420 AAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTTCAGACCCTGAGACTAAAAA 55085479
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
        1 AAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTTGAGACCCTGAGACTAAAAA 60

 55085480 CAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTCACTGTTGGCAAGAACTCCAG 55085539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTCACTGTTGGCAAGAACTCCAG 120

 55085540 TGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCCTGGACATCACCCA 55085599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCCTGGACATCACCCA 180

 55085600 TGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACAAAAATGTTAGCTA 55085659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACAAAAATGTTAGCTA 240

 55085660 TTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCAACAAAGCAGTGAA 55085719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCAACAAAGCAGTGAA 300

 55085720 TCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAAAAGTTAGTGCATT 55085779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAAAAGTTAGTGCATT 360

 55085780 GATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCACAGATGAAGCTAGG 55085839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCACAGATGAAGCTAGG 420

 55085840 GGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGTCCGGGCAGGTTAA 55085899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGTCCGGGCAGGTTAA 480

 55085900 TCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAGGGCTCTTATTCCT 55085959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAGGGCTCTTATTCCT 540

 55085960 GCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAATCCCTGTGATCAG 55086019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAATCCCTGTGATCAG 600

 55086020 TTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCCACAGTATGCATGC 55086079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCCACAGTATGCATGC 660

 55086080 ATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGACAGCCCTGAAAGAT 55086139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGACAGCCCTGAAAGAT 720

 55086140 GGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCACTCAGCTCTTCACT 55086199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCACTCAGCTCTTCACT 780

 55086200 TTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATGATTTAGCTGGGTA 55086259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATGATTTAGCTGGGTA 840

 55086260 TTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTTCATGCCTATAATA 55086319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTTCATGCCTATAATA 900

 55086320 CCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCT 55086379
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTTGAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCT 960

 55086380 TGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAACTCAGCATGTTGG 55086439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAACTCAGCATGTTGG 1020

 55086440 TGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCACTTGAGCCTGGC 55086499
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1021 TGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCACTTGAGCCTGGG 1080

 55086500 AGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGTGACAGGGTGAGAC 55086559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGTGACAGGGTGAGAC 1140

 55086560 CTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAG 55086619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAG 1200

 55086620 AGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATA 55086679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATA 1260

 55086680 CTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCT 55086739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCT 1320

 55086740 ATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGAT 55086799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGAT 1380

 55086800 GGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACA 55086859
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGAGGCTACGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACA 1440

 55086860 GCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCA 55086919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCA 1500

 55086920 TCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACATTGGACCACTTTT 55086979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACATTGGACCACTTTT 1560

 55086980 ATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATG 55087039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATG 1620

 55087040 TGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCT 55087099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCT 1680

 55087100 CATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAA 55087159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAA 1740

 55087160 TTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAA 55087219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAA 1800

 55087220 TGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCT 55087279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCT 1860

 55087280 GCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGAT 55087339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGAT 1920

 55087340 TCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAG 55087399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAG 1980

 55087400 TGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGA 55087459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGA 2040

 55087460 GGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAA 55087519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAA 2100

 55087520 CTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGT 55087579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGT 2160

 55087580 CTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAA 55087639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAA 2220

 55087640 GAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTA 55087699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTA 2280

 55087700 AGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAA 55087759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAA 2340

 55087760 AAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGC 55087819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGC 2400

 55087820 AAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTATGACCTTGTGACC 55087879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTATGACCTTGTGACC 2460

 55087880 CACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATC 55087939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATC 2520

 55087940 TATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAA 55087999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAA 2580

 55088000 CCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCT 55088059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCT 2640

 55088060 GGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCA 55088119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCA 2700

 55088120 CCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGC 55088179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGC 2760

 55088180 TAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCC 55088239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCC 2820

 55088240 TCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTT 55088299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTT 2880

 55088300 TGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTG 55088359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTG 2940

 55088360 TTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAAT 55088419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAAT 3000

 55088420 CACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACT 55088479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACT 3060

 55088480 GCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGT 55088539
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
     3061 GCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT---GAGACAGGGTGT 3117

 55088540 TGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCC 55088599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 TGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCC 3177

 55088600 TCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAA 55088659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 TCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAA 3237

 55088660 GGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGA 55088719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 GGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGA 3297

 55088720 TTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGT 55088779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3298 TTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGT 3357

 55088780 AAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATG 55088839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3358 AAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATG 3417

 55088840 TTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCC 55088899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3418 TTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCC 3477

 55088900 TAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGA 55088959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3478 TAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGA 3537

 55088960 GAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCAT 55089019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3538 GAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCAT 3597

 55089020 GTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGAT 55089079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3598 GTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGAT 3657

 55089080 CCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCC 55089139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3658 CCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCC 3717

 55089140 AAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTG 55089199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3718 AAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTG 3777

 55089200 TTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTT 55089259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3778 TTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTT 3837

 55089260 CAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCAC 55089319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3838 CAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCAC 3897

 55089320 ACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAA 55089379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3898 ACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAA 3957

 55089380 CACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCAC 55089439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3958 CACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCAC 4017

 55089440 TCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCC 55089499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4018 TCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCC 4077

 55089500 TCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAAT 55089559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4078 TCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAAT 4137

 55089560 TCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTC 55089619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4138 TCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTC 4197

 55089620 GCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCC 55089679
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4198 ACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCC 4257

 55089680 TGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 55089724
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4258 TGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 4302

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4327 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 4386

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4387 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 4446

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4447 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 4506

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4507 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 4566

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4567 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 4626

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4627 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 4686

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4687 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 4746

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4747 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 4806

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4807 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 4866

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4867 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 4926

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4927 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 4986

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4987 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 5046

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5047 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 5106

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5107 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 5166

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5167 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 5226

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5227 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 5286

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5287 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 5346

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5347 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 5406

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5407 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 5466

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5467 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 5526

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5527 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 5586

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5587 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 5646

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5647 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 5706

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5707 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 5766

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5767 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 5826

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5827 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 5886

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5887 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 5946

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5947 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 6006

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6007 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 6066

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6067 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 6126

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6127 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 6186

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6187 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 6246

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6247 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 6306

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6307 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 6366

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6367 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 6426

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6427 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 6486

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6487 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 6546

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6547 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 6606

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6607 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 6666

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6667 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 6726

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6727 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 6786

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6787 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 6846

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6847 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 6906

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 55095488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6907 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 6966

 55095489 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 55095548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6967 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 7026

 55095549 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 55095608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7027 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 7086

 55095609 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 55095668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7087 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 7146

 55095669 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 55095728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7147 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 7206

 55095729 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 55095788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7207 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 7266

 55095789 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 55095848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7267 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 7326

 55095849 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 55095908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7327 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 7386

 55095909 TCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 55095968
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7387 TCCTCTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 7446

 55095969 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 55096028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7447 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 7506

 55096029 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 55096088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7507 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 7566

 55096089 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 55096148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7567 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 7626

 55096149 CCAAAGCATAACAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGC 55096201
          ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7627 CCAAAGCATAACAA---TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGC 7676

Alignment time is 6.66423 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3496] =>      3496 nucs 'mol-32-3101-250463_3496'

Score:        3416
Aligned:      3475        nucs
Identic:      3468 (100%) nucs =>       121 ( 99%)      3347 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55089603,55089724] EXCISED REGION [55092849,55096201]
 second seq =>  [       1,     122] EXCISED REGION [     147,    3496]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [123,146]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [123,123] to [146,146]

 55089603 TTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCA 55089662
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCA 60

 55089663 CTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGG 55089722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGG 120

 55089723 GA 55089724
          ||
      121 GA 122

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      147 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 206

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      207 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 266

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      267 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 326

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      327 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 386

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      387 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 446

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      447 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 506

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      507 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 566

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      567 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 626

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      627 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 686

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      687 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 746

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      747 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 806

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      807 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 866

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      867 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 926

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      927 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 986

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      987 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 1046

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1047 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 1106

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1107 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 1166

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1167 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 1226

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1227 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 1286

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1287 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 1346

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1347 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 1406

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1407 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 1466

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1467 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 1526

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1527 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 1586

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1587 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 1646

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1647 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 1706

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1707 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 1766

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1767 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 1826

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1827 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 1886

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1887 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 1946

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1947 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 2006

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2007 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 2066

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2067 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 2126

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2127 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 2186

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2187 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 2246

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2247 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 2306

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2307 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 2366

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2367 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 2426

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2427 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 2486

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2487 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 2546

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2547 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 2606

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2607 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 2666

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2667 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 2726

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 55095488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2727 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 2786

 55095489 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 55095548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2787 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 2846

 55095549 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 55095608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2847 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 2906

 55095609 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 55095668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2907 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 2966

 55095669 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 55095728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2967 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 3026

 55095729 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 55095788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3027 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 3086

 55095789 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 55095848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3087 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 3146

 55095849 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 55095908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3147 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 3206

 55095909 TCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 55095968
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3207 TCCTCTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 3266

 55095969 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 55096028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3267 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 3326

 55096029 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 55096088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3327 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 3386

 55096089 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 55096148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3387 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 3446

 55096149 CCAAAGCATAACAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGC 55096201
          ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3447 CCAAAGCATAACAA---TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGC 3496

Alignment time is 2.82609 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    6218] =>      6218 nucs 'mol-32-3143-116955_6218'

Score:        6074
Aligned:      6194        nucs
Identic:      6179 (100%) nucs =>      5097 (100%)      1082 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55084622,55089724] EXCISED REGION [55092849,55093932]
 second seq =>  [       1,    5110] EXCISED REGION [    5135,    6218]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [5111,5134]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [5111,5111] to [5134,5134]

 55084622 GTTGATGTTGCAGTGAGCCATGATCAAGCCACTCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGACCCC 55084681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTGATGTTGCAGTGAGCCATGATCAAGCCACTCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGACCCC 60

 55084682 ATCTCAAAAAGAAAAAAAAATCTGCATAGGGGATCTAACAGCTTCTAGGACTGTCTGAAA 55084741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATCTCAAAAAGAAAAAAAAATCTGCATAGGGGATCTAACAGCTTCTAGGACTGTCTGAAA 120

 55084742 GAAATATCACCTCTTGTAGTTGCAGGGCTGAGATTTTATTTATTTATTTATTGAGACTCT 55084801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAATATCACCTCTTGTAGTTGCAGGGCTGAGATTTTATTTATTTATTTATTGAGACTCT 180

 55084802 GTGACCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCACAATCATGCCTCAAATGATCCTCCTGCCCCAGCC 55084861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTGACCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCACAATCATGCCTCAAATGATCCTCCTGCCCCAGCC 240

 55084862 TCCCAAGTAGCTAGTACCACAGGCAAGCACCATCACATCCAGCTAATTTTTAAAATTTTT 55084921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCCAAGTAGCTAGTACCACAGGCAAGCACCATCACATCCAGCTAATTTTTAAAATTTTT 300

 55084922 TCGTAGAGTTGGAGTCTCACTATGTGGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCAGGCTCTAGCA 55084981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCGTAGAGTTGGAGTCTCACTATGTGGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCAGGCTCTAGCA 360

 55084982 ATCCACCTGCCTTGGGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACCAAGCCTGGC 55085041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATCCACCTGCCTTGGGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACCAAGCCTGGC 420

 55085042 CAAAGGCTGAGATTTAAAAAAACAGCCAGGCACGGTGGCTCCAGCCTGTAATCCCAGCAC 55085101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAAAGGCTGAGATTTAAAAAAACAGCCAGGCACGGTGGCTCCAGCCTGTAATCCCAGCAC 480

 55085102 TTCGGGAGGCCAAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACA 55085161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCGGGAGGCCAAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACA 540

 55085162 CGGTGAAACCCCATCTCTACACACACACACACACA------AAATTAGCCAGGCGTGGTG 55085215
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||
      541 CGGTGAAACCCCATCTCTACACACACACACACACACACACAAAATTAGCCAGGCGTGGTG 600

 55085216 GCGGGCACCTGTAGTCCCAGCTAGTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGG 55085275
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      601 GCGGGCACCTGTAGTCCCAGCTAGTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATAGCGTGAACCCGG 660

 55085276 GAGGCAGTGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGC 55085335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAGGCAGTGCTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGC 720

 55085336 AAGACTCTGTCCCAAAAATAAATAAATAAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAA 55085395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAGACTCTGTCCCAAAAATAAATAAATAAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAA 780

 55085396 AGCTTATTCCTGCAGACTGTGAGGAAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAAC 55085455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGCTTATTCCTGCAGACTGTGAGGAAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAAC 840

 55085456 CCCTTCAGACCCTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATG 55085515
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCCTTGAGACCCTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATG 900

 55085516 GTTCACTGTTGGCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTG 55085575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTTCACTGTTGGCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTG 960

 55085576 CTGGATACCCCTGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCAT 55085635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTGGATACCCCTGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCAT 1020

 55085636 CTTTTGTTACAAAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGG 55085695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTTTTGTTACAAAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGG 1080

 55085696 TGAACCATCCAACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTC 55085755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGAACCATCCAACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTC 1140

 55085756 TCTTCTGTTAAAAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGA 55085815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCTTCTGTTAAAAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGA 1200

 55085816 GTCACCTGCACAGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCT 55085875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTCACCTGCACAGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCT 1260

 55085876 TCCATTGCTGTCCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTA 55085935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCCATTGCTGTCCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTA 1320

 55085936 GACTTGCCCAGGGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACC 55085995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GACTTGCCCAGGGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACC 1380

 55085996 TTCCTAGGGAATCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACA 55086055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTCCTAGGGAATCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACA 1440

 55086056 GACGGGGCTCCACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCA 55086115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GACGGGGCTCCACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCA 1500

 55086116 CACTCCAGGACAGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTG 55086175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CACTCCAGGACAGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTG 1560

 55086176 GAACAGTGCACTCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGC 55086235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GAACAGTGCACTCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGC 1620

 55086236 ACCAATTCATGATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGG 55086295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ACCAATTCATGATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGG 1680

 55086296 GCACAGTGGTTCATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTT 55086355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     1681 GCACAGTGGTTCATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCCTT 1740

 55086356 GAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAAT 55086415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAAT 1800

 55086416 AAAAACATTAACTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAG 55086475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAAAACATTAACTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAG 1860

 55086476 GTAGGAGAATCACTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACT 55086535
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GTAGGAGAATCACTTGAGCCTGGGAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACT 1920

 55086536 CCAGCCTGAGTGACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAAT 55086595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCAGCCTGAGTGACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAAT 1980

 55086596 TGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGA 55086655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGA 2040

 55086656 AGATCATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGT 55086715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AGATCATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGT 2100

 55086716 GGGTAGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAA 55086775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GGGTAGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAA 2160

 55086776 CAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCA 55086835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2161 CAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTACGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCA 2220

 55086836 CTTACTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAA 55086895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTTACTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAA 2280

 55086896 CAACACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTA 55086955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CAACACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTA 2340

 55086956 GGCTGATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAAT 55087015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GGCTGATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAAT 2400

 55087016 TAACCCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAG 55087075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TAACCCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAG 2460

 55087076 CATCTGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGC 55087135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CATCTGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGC 2520

 55087136 AGCAGTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAG 55087195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AGCAGTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAG 2580

 55087196 CAACTGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGG 55087255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CAACTGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGG 2640

 55087256 GATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCG 55087315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCG 2700

 55087316 CCTTGTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGC 55087375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CCTTGTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGC 2760

 55087376 GACTCCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGC 55087435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GACTCCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGC 2820

 55087436 AACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGG 55087495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGG 2880

 55087496 AGACACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCA 55087555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AGACACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCA 2940

 55087556 CTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGG 55087615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 CTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGG 3000

 55087616 GTTGCTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCC 55087675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GTTGCTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCC 3060

 55087676 TAGTACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACC 55087735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TAGTACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACC 3120

 55087736 GCTAATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGA 55087795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GCTAATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGA 3180

 55087796 CCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGT 55087855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 CCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGT 3240

 55087856 CATAAGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTAT 55087915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CATAAGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTAT 3300

 55087916 TTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTT 55087975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTT 3360

 55087976 TGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACT 55088035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACT 3420

 55088036 GCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGT 55088095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGT 3480

 55088096 AGCTGGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGAT 55088155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 AGCTGGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGAT 3540

 55088156 GAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGC 55088215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGC 3600

 55088216 CTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGC 55088275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 CTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGC 3660

 55088276 TGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGT 55088335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGT 3720

 55088336 GCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACC 55088395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 GCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACC 3780

 55088396 GAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAA 55088455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAA 3840

 55088456 CGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTT 55088515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 CGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTT 3900

 55088516 TTTTTTTTTTTT-GAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGC 55088574
          |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGC 3960

 55088575 TTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAAT 55088634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAAT 4020

 55088635 ATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCA 55088694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 ATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCA 4080

 55088695 TCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGT 55088754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGT 4140

 55088755 ATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGG 55088814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 ATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGG 4200

 55088815 AGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAG 55088874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 AGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAG 4260

 55088875 TGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATG 55088934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATG 4320

 55088935 TTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAG 55088994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAG 4380

 55088995 CAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGC 55089054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 CAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGC 4440

 55089055 TCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGA 55089114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGA 4500

 55089115 GTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCA 55089174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 GTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCA 4560

 55089175 TCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCT 55089234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 TCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCT 4620

 55089235 TCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTT 55089294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 TCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTT 4680

 55089295 ATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCC 55089354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 ATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCC 4740

 55089355 ATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCC 55089414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 ATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCC 4800

 55089415 TTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCC 55089474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 TTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCC 4860

 55089475 TCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCG 55089534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 TCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCG 4920

 55089535 GTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTA 55089594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 GTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTA 4980

 55089595 TTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATC 55089654
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 TTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATC 5040

 55089655 TCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGA 55089714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 TCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGA 5100

 55089715 GTAGCTGGGA 55089724
          ||||||||||
     5101 GTAGCTGGGA 5110

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5135 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 5194

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5195 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 5254

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5255 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 5314

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5315 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 5374

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5375 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 5434

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5435 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 5494

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5495 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 5554

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5555 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 5614

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5615 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 5674

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5675 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 5734

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5735 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 5794

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5795 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 5854

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     5855 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTTAGCCCAG 5914

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5915 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 5974

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5975 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 6034

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6035 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 6094

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6095 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 6154

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6155 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 6214

 55093929 CCTG 55093932
          ||||
     6215 CCTG 6218

Alignment time is 4.95176 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4773] =>      4773 nucs 'mol-32-321f-161407_4773'

Score:        4694
Aligned:      4751        nucs
Identic:      4745 (100%) nucs =>      1515 (100%)      3230 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55088207,55089724] EXCISED REGION [55092849,55096081]
 second seq =>  [       1,    1516] EXCISED REGION [    1541,    4773]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [1517,1540]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [1517,1517] to [1540,1540]

 55088207 TCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATA 55088266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATA 60

 55088267 AGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGT 55088326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGT 120

 55088327 CTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGC 55088386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGC 180

 55088387 TCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCT 55088446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCT 240

 55088447 GGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTT 55088506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTT 300

 55088507 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAA 55088566
          |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTTTTTTTTTTTTTTTT--GAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAA 358

 55088567 CTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTAC 55088626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      359 CTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTAC 418

 55088627 ATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAAT 55088686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      419 ATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAAT 478

 55088687 GAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTAT 55088746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 GAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTAT 538

 55088747 TTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACT 55088806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 TTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACT 598

 55088807 TTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTG 55088866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 TTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTG 658

 55088867 GACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTT 55088926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 GACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTT 718

 55088927 CTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTG 55088986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTG 778

 55088987 AAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTC 55089046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 AAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTC 838

 55089047 AGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGG 55089106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 AGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGG 898

 55089107 CCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCAT 55089166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 CCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCAT 958

 55089167 GGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCC 55089226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 GGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCC 1018

 55089227 TTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACA 55089286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 TTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACA 1078

 55089287 AAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACAC 55089346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 AAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACAC 1138

 55089347 CTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAA 55089406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 CTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAA 1198

 55089407 TTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCA 55089466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 TTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCA 1258

 55089467 CAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGG 55089526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGG 1318

 55089527 GACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATA 55089586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 GACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATA 1378

 55089587 TTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTG 55089646
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1379 TTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTG 1438

 55089647 GCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAG 55089706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 GCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAG 1498

 55089707 CCCCCCGAGTAGCTGGGA 55089724
          ||||||||||||||||||
     1499 CCCCCCGAGTAGCTGGGA 1516

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 1600

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 1660

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 1720

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 1780

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 1840

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 1900

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 1960

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 2020

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 2080

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 2140

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 2200

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 2260

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 2320

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 2380

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 2440

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 2500

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 2560

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 2620

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 2680

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 2740

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 2800

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 2860

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2861 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 2920

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2921 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 2980

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2981 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 3040

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3041 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 3100

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3101 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 3160

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3161 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 3220

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3221 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 3280

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3281 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 3340

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3341 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 3400

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3401 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 3460

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3461 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 3520

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3521 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 3580

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3581 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 3640

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3641 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 3700

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3701 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 3760

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3761 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 3820

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3821 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 3880

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3881 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 3940

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3941 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 4000

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4001 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 4060

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4061 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 4120

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 55095488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4121 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 4180

 55095489 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 55095548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4181 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 4240

 55095549 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 55095608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4241 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 4300

 55095609 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 55095668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4301 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 4360

 55095669 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 55095728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4361 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 4420

 55095729 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 55095788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4421 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 4480

 55095789 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 55095848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4481 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 4540

 55095849 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 55095908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4541 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 4600

 55095909 TCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 55095968
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4601 TCCTCTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 4660

 55095969 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 55096028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4661 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 4720

 55096029 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGAT 55096081
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4721 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGAT 4773

Alignment time is 4.73704 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5173] =>      5173 nucs 'mol-32-32fb-045874_5173'

Score:        5139
Aligned:      5172        nucs
Identic:      5169 (100%) nucs =>      2977 (100%)      2192 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55085528,55088504] EXCISED REGION [55088505,55090699]
 second seq =>  [       1,    2977] EXCISED REGION [    2979,    5173]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2978,2978]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [55089620,55089620]
 second seq =>         1 nucs [4094,4094]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        23 nucs [2978,3000] to [2979,3001]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55085528 CAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCCT 55085587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCCT 60

 55085588 GGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACAA 55085647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACAA 120

 55085648 AAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCAA 55085707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCAA 180

 55085708 CAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAAA 55085767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAAA 240

 55085768 AGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCACA 55085827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCACA 300

 55085828 GATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGTC 55085887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGTC 360

 55085888 CGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAGG 55085947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAGG 420

 55085948 GCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAAT 55086007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAAT 480

 55086008 CCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCCA 55086067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCCA 540

 55086068 CAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGACA 55086127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGACA 600

 55086128 GCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCACT 55086187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCACT 660

 55086188 CAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATGA 55086247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATGA 720

 55086248 TTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTTC 55086307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTTC 780

 55086308 ATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCCAGGAGT 55086367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCCAGGAGT 840

 55086368 TCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAAC 55086427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAAC 900

 55086428 TCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCA 55086487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATCA 960

 55086488 CTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGTG 55086547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGTG 1020

 55086548 ACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGAA 55086607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGAA 1080

 55086608 GCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTTT 55086667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTTT 1140

 55086668 TCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGACC 55086727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGACC 1200

 55086728 CATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCAT 55086787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCAT 1260

 55086788 GGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGGT 55086847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGGT 1320

 55086848 GACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGCC 55086907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGCC 1380

 55086908 CCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACAT 55086967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACAT 1440

 55086968 TGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCTC 55087027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCTC 1500

 55087028 TGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGACC 55087087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGACC 1560

 55087088 TACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATTT 55087147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATTT 1620

 55087148 ACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTGA 55087207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTGA 1680

 55087208 CAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCAG 55087267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCAG 1740

 55087268 GGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTCC 55087327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTCC 1800

 55087328 CATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCAC 55087387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCAC 1860

 55087388 TGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTTT 55087447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTTT 1920

 55087448 TGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAGA 55087507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAGA 1980

 55087508 TAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACAG 55087567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACAG 2040

 55087568 GCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTACA 55087627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTACA 2100

 55087628 CAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCAT 55087687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCAT 2160

 55087688 ATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCCA 55087747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCCA 2220

 55087748 GACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGTG 55087807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGTG 2280

 55087808 CTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTAT 55087867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTAT 2340

 55087868 GACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCTT 55087927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCTT 2400

 55087928 TTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGTT 55087987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGTT 2460

 55087988 ATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACC 55088047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACC 2520

 55088048 CCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGC 55088107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGC 2580

 55088108 AGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCA 55088167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCA 2640

 55088168 TGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCA 55088227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCA 2700

 55088228 AAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGA 55088287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGA 2760

 55088288 ACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATT 55088347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATT 2820

 55088348 TAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTG 55088407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTG 2880

 55088408 CAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAG 55088467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAG 2940

 55088468 GTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGC 55088504
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 GTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGC 2977

EXCISED REGION

 55088505 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTC 55088564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2979 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTC 3038

 55088565 AACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTT 55088624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3039 AACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTT 3098

 55088625 ACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGA 55088684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3099 ACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGA 3158

 55088685 ATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGT 55088744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3159 ATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGT 3218

 55088745 ATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGA 55088804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3219 ATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGA 3278

 55088805 CTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGG 55088864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3279 CTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGG 3338

 55088865 TGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCT 55088924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3339 TGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCT 3398

 55088925 TTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGG 55088984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3399 TTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGG 3458

 55088985 TGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGC 55089044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3459 TGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGC 3518

 55089045 TCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCG 55089104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3519 TCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCG 3578

 55089105 GGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCC 55089164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3579 GGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCC 3638

 55089165 ATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATT 55089224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3639 ATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATT 3698

 55089225 CCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGA 55089284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3699 CCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGA 3758

 55089285 CAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTAC 55089344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3759 CAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTAC 3818

 55089345 ACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGA 55089404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3819 ACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGA 3878

 55089405 AATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGAT 55089464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3879 AATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGAT 3938

 55089465 CACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCT 55089524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3939 CACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCT 3998

 55089525 GGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATA 55089584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3999 GGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATA 4058

 55089585 TATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAG 55089644
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     4059 TATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAG 4118

 55089645 TGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTC 55089704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4119 TGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTC 4178

 55089705 AGCCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATT 55089764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4179 AGCCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATT 4238

 55089765 TTTAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTG 55089824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4239 TTTAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTG 4298

 55089825 TGACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCG 55089884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4299 TGACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCG 4358

 55089885 GCCACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGG 55089944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4359 GCCACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGG 4418

 55089945 CCTGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTAC 55090004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4419 CCTGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTAC 4478

 55090005 TGGGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGATACAAAA 55090064
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4479 TCGGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGATACAAAA 4538

 55090065 CTTTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAATTGGAATCTGCATATCTGATGTCTT 55090124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4539 CTTTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAATTGGAATCTGCATATCTGATGTCTT 4598

 55090125 TCCGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGATACTCTCAAATCACATCGTTCTTA 55090184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4599 TCCGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGATACTCTCAAATCACATCGTTCTTA 4658

 55090185 GTGTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACCAATTCACTTCTTTTTCATCTTTGT 55090244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4659 GTGTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACCAATTCACTTCTTTTTCATCTTTGT 4718

 55090245 AAATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACA 55090304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4719 AAATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACA 4778

 55090305 GGGTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATATTGGCTCACTGCCTCC 55090364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4779 GGGTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATATTGGCTCACTGCCTCC 4838

 55090365 CCCATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAG 55090424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4839 CCCATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAG 4898

 55090425 AGGCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACC 55090484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4899 AGGCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACC 4958

 55090485 ATGTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCAAGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCC 55090544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4959 ATGTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCAAGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCC 5018

 55090545 CAAAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCCACCACACCTAGCCAACCAGTTTAATAAATGGT 55090604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5019 CAAAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCCACCACACCTAGCCAACCAGTTTAATAAATGGT 5078

 55090605 TGCTGTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGG 55090664
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5079 TGCGGTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGG 5138

 55090665 AGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTC 55090699
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5139 AGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTC 5173

Alignment time is 5.00998 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3325] =>      3325 nucs 'mol-32-3306-146874_3325'

Score:        3284
Aligned:      3306        nucs
Identic:      3304 (100%) nucs =>       843 (100%)      2461 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55092849,55093691] EXCISED REGION [55093693,55096155]
 second seq =>  [      19,     861] EXCISED REGION [     863,    3325]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55093692,55093692]
 second seq =>         1 nucs [862,862]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [861,862] to [862,863]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55093691,55093691] to [55093693,55093693]
 second seq =>         1 nucs [861,861] to [863,863]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       19 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 78

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       79 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 138

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      139 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 198

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      199 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 258

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      259 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 318

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      319 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 378

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      379 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 438

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      439 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 498

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      499 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 558

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      559 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 618

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      619 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 678

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      679 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 738

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      739 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 798

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      799 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 858

 55093689 GCT 55093691
          |||
      859 GCT 861

EXCISED REGION

 55093693 TCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTT 55093752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      863 TCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTT 922

 55093753 TCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGT 55093812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      923 TCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGT 982

 55093813 TCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGA 55093872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      983 TCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGA 1042

 55093873 GACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTG 55093932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1043 GACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTG 1102

 55093933 AACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCC 55093992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1103 AACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCC 1162

 55093993 AAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTAT 55094052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1163 AAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTAT 1222

 55094053 TTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTG 55094112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1223 TTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTG 1282

 55094113 CCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGT 55094172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1283 CCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGT 1342

 55094173 CACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAA 55094232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1343 CACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAA 1402

 55094233 CCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAG 55094292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1403 CCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAG 1462

 55094293 TCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGT 55094352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1463 TCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGT 1522

 55094353 TTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACC 55094412
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1523 TTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACC 1582

 55094413 AGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAAC 55094472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 AGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAAC 1642

 55094473 ACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTG 55094532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 ACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTG 1702

 55094533 CACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAA 55094592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 CACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAA 1762

 55094593 ATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTG 55094652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1763 ATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTG 1822

 55094653 GCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGC 55094712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1823 GCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGC 1882

 55094713 CAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCT 55094772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1883 CAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCT 1942

 55094773 ATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACA 55094832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1943 ATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACA 2002

 55094833 GCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTT 55094892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2003 GCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTT 2062

 55094893 AACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTA 55094952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2063 AACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTA 2122

 55094953 TGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGAC 55095012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2123 TGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGAC 2182

 55095013 CGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAG 55095072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2183 CGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAG 2242

 55095073 ATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTC 55095132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2243 ATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTC 2302

 55095133 CTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGA 55095192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2303 CTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGA 2362

 55095193 GGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAG 55095252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2363 GGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAG 2422

 55095253 CTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTC 55095312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2423 CTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTC 2482

 55095313 TCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGG 55095372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2483 TCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGG 2542

 55095373 CTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGA 55095432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2543 CTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGA 2602

 55095433 AGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCT 55095492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2603 AGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCT 2662

 55095493 CAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGC 55095552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2663 CAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGC 2722

 55095553 CATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCC 55095612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2723 CATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCC 2782

 55095613 CACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTA 55095672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2783 CACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTA 2842

 55095673 GGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCC 55095732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2843 GGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCC 2902

 55095733 CAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTAC 55095792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2903 CAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTAC 2962

 55095793 CTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACG 55095852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2963 CTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACG 3022

 55095853 ACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCT 55095912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3023 ACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCT 3082

 55095913 CTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCT 55095972
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3083 CTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCT 3142

 55095973 CTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTGG 55096032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3143 CTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTGG 3202

 55096033 TAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAATGATC 55096092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3203 TAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAATGATC 3262

 55096093 CACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCACCCAA 55096152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3263 CACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCACCCAA 3322

 55096153 AGC 55096155
          |||
     3323 AGC 3325

Alignment time is 3.52116 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2602] =>      2602 nucs 'mol-32-3311-206514_2602'

Score:        2580
Aligned:      2602        nucs
Identic:      2600 (100%) nucs =>       512 (100%)      2088 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55087993,55088504] EXCISED REGION [55088507,55090596]
 second seq =>  [       1,     512] EXCISED REGION [     513,    2602]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [55088505,55088506]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        21 nucs [55088505,55088525] to [55088507,55088527]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55088505,55088505] to [55088506,55088506]
 second seq =>         0 nucs

 55087993 CTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACCCCCCA 55088052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACCCCCCA 60

 55088053 CCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGCAGGCA 55088112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGCAGGCA 120

 55088113 TGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCATGTTG 55088172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCATGTTG 180

 55088173 CCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATG 55088232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCAAAATG 240

 55088233 CTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAA 55088292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGAACCAA 300

 55088293 ATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACC 55088352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATTTAACC 360

 55088353 TTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTG 55088412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTGCAGTG 420

 55088413 GTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGC 55088472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAGGTAGC 480

 55088473 TGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGC 55088504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGC 512

EXCISED REGION

 55088507 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAA 55088566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      513 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAA 572

 55088567 CTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTAC 55088626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      573 CTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTAC 632

 55088627 ATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAAT 55088686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      633 ATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAAT 692

 55088687 GAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTAT 55088746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      693 GAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTAT 752

 55088747 TTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACT 55088806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      753 TTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACT 812

 55088807 TTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTG 55088866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      813 TTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTG 872

 55088867 GACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTT 55088926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      873 GACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTT 932

 55088927 CTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTG 55088986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      933 CTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTG 992

 55088987 AAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTC 55089046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      993 AAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTC 1052

 55089047 AGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGG 55089106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1053 AGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGG 1112

 55089107 CCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCAT 55089166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1113 CCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCAT 1172

 55089167 GGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCC 55089226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1173 GGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCC 1232

 55089227 TTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACA 55089286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1233 TTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACA 1292

 55089287 AAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACAC 55089346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1293 AAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACAC 1352

 55089347 CTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAA 55089406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1353 CTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAA 1412

 55089407 TTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCA 55089466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1413 TTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCA 1472

 55089467 CAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGG 55089526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1473 CAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGG 1532

 55089527 GACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATA 55089586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1533 GACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATA 1592

 55089587 TTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTG 55089646
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1593 TTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTG 1652

 55089647 GCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAG 55089706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1653 GCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAG 1712

 55089707 CCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTT 55089766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1713 CCCCCCGAGTAGCTGGGATTACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTT 1772

 55089767 TAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTG 55089826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1773 TAGTACAGATGAGTTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTG 1832

 55089827 ACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGC 55089886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1833 ACCCGCCCGTCTTAGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGC 1892

 55089887 CACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCC 55089946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1893 CACCAGCTAATTCTTTTTTAAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCC 1952

 55089947 TGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTG 55090006
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1953 TGGCTAGTCTCAAACTCCTGCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTC 2012

 55090007 GGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGATACAAAACT 55090066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2013 GGATTACAGGCAGGGACCACTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGATACAAAACT 2072

 55090067 TTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAATTGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTC 55090126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2073 TTATTATTTTAATGGCTTCAAAATTCTCCACAATTGGAATCTGCATATCTGATGTCTTTC 2132

 55090127 CGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGATACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGT 55090186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2133 CGTTGCCTATACTTGTGAGCAACAATTGATCAGATACTCTCAAATCACATCGTTCTTAGT 2192

 55090187 GTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACCAATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAA 55090246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2193 GTTGCCACCTAATGTTGCTGAGAAATTTGAAACCAATTCACTTCTTTTTCATCTTTGTAA 2252

 55090247 ATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACAGG 55090306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2253 ATAATGAGTTTATTTTATTTTATTTTTTATTATTTATTTATTTATTTATTTTGAGACAGG 2312

 55090307 GTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCC 55090366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2313 GTCTCACTCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATATTGGCTCACTGCCTCCCC 2372

 55090367 CATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAG 55090426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2373 CATCTCCTGGGCTCAGGTGATTCTCCCACCTCAGCCTCTAAAGCAGCTGAGACTGCAGAG 2432

 55090427 GCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCAT 55090486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2433 GCCTGCTGCCAAGCCCGGCAACTTTTGTTTGTATTTTTAGTAGAGACTAGGTTTTACCAT 2492

 55090487 GTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCAAGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCA 55090546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2493 GTTACCCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGGACTCAAGCTATTCGCCCTCCTTGGGCTCCCA 2552

 55090547 AAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCCACCACACCTAGCCAACCAGTTTAA 55090596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2553 AAGTGCGGGGATTACAGATGTGAGCCACCACACCTAGCCAACCAGTTTAA 2602

Alignment time is 2.7689 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,   11608] =>     11608 nucs 'mol-32-331c-139127_11608'

Score:       10880
Aligned:     11170        nucs
Identic:     11115 (100%) nucs =>      1167 (100%)      9948 ( 99%)
Gaps:           39 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55088557,55089724] EXCISED REGION [55092849,55102848]
 second seq =>  [       1,    1168] EXCISED REGION [    1193,   11157]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [1169,1192]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [1169,1169] to [1192,1192]

 55088557 TGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTAC 55088616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTAC 60

 55088617 CTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTA 55088676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTA 120

 55088677 GTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAA 55088736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAA 180

 55088737 AGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTT 55088796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTT 240

 55088797 GTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTG 55088856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTG 300

 55088857 ACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAG 55088916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAG 360

 55088917 AATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAAT 55088976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAAT 420

 55088977 GTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCT 55089036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCT 480

 55089037 GGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCT 55089096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCT 540

 55089097 GCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTT 55089156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTT 600

 55089157 TCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCAC 55089216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCAC 660

 55089217 TTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGA 55089276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGA 720

 55089277 TTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATC 55089336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATC 780

 55089337 CCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCT 55089396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCT 840

 55089397 GCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGT 55089456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGT 900

 55089457 GGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCC 55089516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCC 960

 55089517 AAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATA 55089576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATA 1020

 55089577 TATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTG 55089636
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1021 TATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTG 1080

 55089637 GAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCT 55089696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCT 1140

 55089697 CCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 55089724
          ||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 1168

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1193 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 1252

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1253 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 1312

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1313 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 1372

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1373 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 1432

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1433 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 1492

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1493 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 1552

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1553 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 1612

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1613 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 1672

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1673 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 1732

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1733 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 1792

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1793 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 1852

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1853 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 1912

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1913 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 1972

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1973 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 2032

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2033 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 2092

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2093 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 2152

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2153 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 2212

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2213 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 2272

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2273 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 2332

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2333 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 2392

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2393 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 2452

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2453 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 2512

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2513 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 2572

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2573 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 2632

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2633 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 2692

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2693 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 2752

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2753 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 2812

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2813 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 2872

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2873 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 2932

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2933 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 2992

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2993 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 3052

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3053 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 3112

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3113 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 3172

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3173 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 3232

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3233 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 3292

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3293 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 3352

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3353 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 3412

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3413 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 3472

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3473 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 3532

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3533 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 3592

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3593 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 3652

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3653 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 3712

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3713 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 3772

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 55095488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3773 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 3832

 55095489 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 55095548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3833 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 3892

 55095549 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 55095608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3893 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 3952

 55095609 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 55095668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3953 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 4012

 55095669 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 55095728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4013 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 4072

 55095729 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 55095788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4073 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 4132

 55095789 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 55095848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4133 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 4192

 55095849 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 55095908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4193 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 4252

 55095909 TCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 55095968
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4253 TCCTCTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 4312

 55095969 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 55096028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4313 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 4372

 55096029 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 55096088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4373 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 4432

 55096089 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 55096148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4433 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 4492

 55096149 CCAAAGCATAACAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCA 55096208
          ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4493 CCAAAGCATAACAATC----TTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCA 4548

 55096209 CCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCCGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCA 55096268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4549 CCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCCGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCA 4608

 55096269 CA--CCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTACCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACG 55096326
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4609 --TGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTACCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACG 4666

 55096327 CCCGGCTAATATTTTGAGGTTTTTTTTAGTAGATACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAAGA 55096386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4667 CCCGGCTAATATTTTGAGGTTTTTTTTAGTAGATACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAAGA 4726

 55096387 TGGTCTCAATATCCTGACCTAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTA 55096446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4727 TGGTCTCAATATCCTGACCTAGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTA 4786

 55096447 CAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGCCCAAAGCATAGCAATCTTAAAAGCATGTATCGTTAT 55096506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4787 CAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGCCCAAAGCATAGCAATCTTAAAAGCATGTATCGTTAT 4846

 55096507 GAATATTGGGACATCTGGACTTTCCATCATTGTAAGAATGTGTCTTTTGCAGGTATCTTC 55096566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4847 GAATATTGGGACATCTGGACTTTCCATCATTGTAAGAATGTGTCTTTTGCAGGTATCTTC 4906

 55096567 AAGCTGTTTCCTGAACTGTAAACATCTCATGACTGTGAGTTGTGACAAGCATGGAATGCG 55096626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4907 AAGCTGTTTCCTGAACTGTAAACATCTCATGACTGTGAGTTGTGACAAGCATGGAATGCG 4966

 55096627 CCTTGTTAGTCTCAAGATGAGCTGAACTCAAAATGGCATCACCCTGGCTCTGCTATGCTC 55096686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4967 CCTTGTTAGTCTCAAGATGAGCTGAACTCAAAATGGCATCACCCTGGCTCTGCTATGCTC 5026

 55096687 CTATTTCCCTAACATAACCCCCAAAATTATAACTGGACAGATCCCTCTCAAAATCTAAGG 55096746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5027 CTATTTCCCTAACATAACCCCCAAAATTATAACTGGACAGATCCCTCTCAAAATCTAAGG 5086

 55096747 TTTTGCTCATTTTGCATTGCATTACCTGATCATCTTGACTCTTGGAGGCATCAAAAATTA 55096806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5087 TTTTGCTCATTTTGCATTGCATTACCTGATCATCTTGACTCTTGGAGGCATCAAAAATTA 5146

 55096807 CCTTGCATTATAAAAAAAATTTTAGCATTGATGTTTAATATCTAGGTAGGAAATAGTCTC 55096866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5147 CCTTGCATTATAAAAAAAATTTTAGCATTGATGTTTAATATCTAGGTAGGAAATAGTCTC 5206

 55096867 TTTTGACTCCATGGCTCATATCCAGGTGATGCTGATGCAAGGGGTGGGCTCCTAAGGCCT 55096926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5207 TTTTGACTCCATGGCTCATATCCAGGTGATGCTGATGCAAGGGGTGGGCTCCTAAGGCCT 5266

 55096927 TGGGTAGCTCCATCCCTGTGGCTCTGCAGGGTCCAGCCCCCACAGCTGCTTTCACGGTAG 55096986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5267 TGGGTAGCTCCATCCCTGTGGCTCTGCAGGGTCCAGCCCCCACAGCTGCTTTCACGGTAG 5326

 55096987 GCGTTGAGTGCCCTGGGCTTTTCCAGGCACATGGTGCAAGCTCTTGGTGGATCTACCATT 55097046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5327 GCGTTGAGTGCCCTGGGCTTTTCCAGGCACATGGTGCAAGCTCTTGGTGGATCTACCATT 5386

 55097047 CTAGGGTCTGGAGGATGGTGGTTCTCTTCTCACAGCTCCACTAGGCAGTGCTCCATTGAG 55097106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5387 CTAGGGTCTGGAGGATGGTGGTTCTCTTCTCACAGCTCCACTAGGCAGTGCTCCATTGAG 5446

 55097107 GACTGAGTGTGGGGGCTCCAAGTTATCTTGGGACCTCCAAAGGAGAATTCACCCATTTCA 55097166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5447 GACTGAGTGTGGGGGCTCCAAGTTATCTTGGGACCTCCAAAGGAGAATTCACCCATTTCA 5506

 55097167 TATAGGCATTTGCAGGCAGAGATAAATCCATGGCTGGGCTCCAGGCTTTAAACAATCTAA 55097226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5507 TATAGGCATTTGCAGGCAGAGATAAATCCATGGCTGGGCTCCAGGCTTTAAACAATCTAA 5566

 55097227 TCTGAGATTCTTACGGAACGAAGTTCTAGCAAAGCCAATTTAAAAAGAGAATAATTATCT 55097286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5567 TCTGAGATTCTTACGGAACGAAGTTCTAGCAAAGCCAATTTAAAAAGAGAATAATTATCT 5626

 55097287 TGCTGCACTTTATGCAAATAATCAGGCCAAGTATAATATGACTAAAACTTATTTTGCAAA 55097346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5627 TGCTGCACTTTATGCAAATAATCAGGCCAAGTATAATATGACTAAAACTTATTTTGCAAA 5686

 55097347 CACATTGGTCCTACCATGACTTGTCTTTGATTAAAAATGAAAGACTGGAGAAAAAATATT 55097406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5687 CACATTGGTCCTACCATGACTTGTCTTTGATTAAAAATGAAAGACTGGAGAAAAAATATT 5746

 55097407 ATAATACACCTGCTATTAGGTTCTAGTCTTGTCTGTTATTTTTGAGTTTTTTAAATATGA 55097466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5747 ATAATACACCTGCTATTAGGTTCTAGTCTTGTCTGTTATTTTTGAGTTTTTTAAATATGA 5806

 55097467 TTTTTACAACATGGACTGAATCTTAAACCTTTTCTGGGCTGCAAGTCTCCCAACTAATGT 55097526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5807 TTTTTACAACATGGACTGAATCTTAAACCTTTTCTGGGCTGCAAGTCTCCCAACTAATGT 5866

 55097527 TTGGAAATTTTTCTTCCATTTTTCTAACTTAAACTTGTGAAAAGAAAATAAAAACTTGGG 55097586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5867 TTGGAAATTTTTCTTCCATTTTTCTAACTTAAACTTGTGAAAAGAAAATAAAAACTTGGG 5926

 55097587 ACCCCAATTTACTATACCAAAGGGACAAAGTTAAGCTGAAACTGAGTCATGCAAGAAACT 55097646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5927 ACCCCAATTTACTATACCAAAGGGACAAAGTTAAGCTGAAACTGAGTCATGCAAGAAACT 5986

 55097647 GCCTTTCCTTTTGTTTCTAAGCAGACAGCTACAGATAAAAGGTTAAGTATCTCCACAGGT 55097706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5987 GCCTTTCCTTTTGTTTCTAAGCAGACAGCTACAGATAAAAGGTTAAGTATCTCCACAGGT 6046

 55097707 CACTACTCTATGTTCACCTTATCTTATGCAAAGTTCTGTCTTACTGAGGGCAAGACAAAT 55097766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6047 CACTACTCTATGTTCACCTTATCTTATGCAAAGTTCTGTCTTACTGAGGGCAAGACAAAT 6106

 55097767 ACATAATTTACTATTCCCCTACCTGCTCCTTTTCTCTTGCAACATGTGATTCAGTAACGT 55097826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6107 ACATAATTTACTATTCCCCTACCTGCTCCTTTTCTCTTGCAACATGTGATTCAGTAACGT 6166

 55097827 GACCATACCCTCCCTCTTCGCTTCCAGTCCACTTTTCTCCTTTACATATCGAAGCCCTCA 55097886
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6167 GACCATACCCTCCCTCTTCCCTTCCAGTCCACTTTTCTCCTTTACATATCGAAGCCCTCA 6226

 55097887 AAATCATCTTTGGAGAAAGACACAGACCTCTCTTCTGGGTATATCCTTAACCTTGGCAAA 55097946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6227 AAATCATCTTTGGAGAAAGACACAGACCTCTCTTCTGGGTATATCCTTAACCTTGGCAAA 6286

 55097947 ATAAACTTCTAAATTGATTGAGACCTGTCTCAGATACTTTTTGGTTTACAAACTCAATAG 55098006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6287 ATAAACTTCTAAATTGATTGAGACCTGTCTCAGATACTTTTTGGTTTACAAACTCAATAG 6346

 55098007 AATTGCTACTACCTTTTTCCGAAGGCCCTGCAAGCTGAAGCTTATTCCTTGTGATACACG 55098066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6347 AATTGCTACTACCTTTTTCCGAAGGCCCTGCAAGCTGAAGCTTATTCCTTGTGATACACG 6406

 55098067 TGATAAGAGCACGTCAGATTGTCACTGCCTTCCTCCTCTGTAACTAAGATACTTTGAGTC 55098126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6407 TGATAAGAGCACGTCAGATTGTCACTGCCTTCCTCCTCTGTAACTAAGATACTTTGAGTC 6466

 55098127 TAACATCTGGATAGATTATGCCCACTATTAACATTTGTTTTTCTCCTGTTTATTCCATTT 55098186
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6467 TAACATCTGGATGGATTATGCCCACTATTAACATTTGTTTTTCTCCTGTTTATTCCATTT 6526

 55098187 TTGGGAAGTGCCTTTTATTAAAAGTCTGTTTGCTTTATACTTCAGGCAACAGGAGACTGG 55098246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6527 TTGGGAAGTGCCTTTTATTAAAAGTCTGTTTGCTTTATACTTCAGGCAACAGGAGACTGG 6586

 55098247 CTCTCTGGACTATTCACCTAAATTAACGGCATCTGATCTCTTATAAGAATTATCGAACTC 55098306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6587 CTCTCTGGACTATTCACCTAAATTAACGGCATCTGATCTCTTATAAGAATTATCGAACTC 6646

 55098307 TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACGATCCTGGCTAACA 55098366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6647 TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACGATCCTGGCTAACA 6706

 55098367 TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGGGCGCC 55098426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6707 TGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGTGGGCGCC 6766

 55098427 TGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAAACTGGGAGGCAGAG 55098486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6767 TGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAAACTGGGAGGCAGAG 6826

 55098487 CTTGCAGTAAGCCAAGATCGCACTGCTGCACTCCAGCCTGAGCGACAGAGCGAGACTCTG 55098546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6827 CTTGCAGTAAGCCAAGATCGCACTGCTGCACTCCAGCCTGAGCGACAGAGCGAGACTCTG 6886

 55098547 TCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATCAAA 55098606
          ||||                             |||||||||||||||||||||||||||
     6887 TCTC-----------------------------AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATCAAA 6917

 55098607 CTGAGCTTAAGCATGTTATTATCACTGGGTATTATTTAATTTTTTAAAATAATTATTTGT 55098666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6918 CTGAGCTTAAGCATGTTATTATCACTGGGTATTATTTAATTTTTTAAAATAATTATTTGT 6977

 55098667 TATATTCAATAGGAGTATGGATGGTTAAAATTTATGTCTTCCAGGTTTCAACAGTGCCTA 55098726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6978 TATATTCAATAGGAGTATGGATGGTTAAAATTTATGTCTTCCAGGTTTCAACAGTGCCTA 7037

 55098727 GTCTCTATAGGTCTTTAGAGCAGTCAGGAAGAGATCTCCATGCCCTGCACGGTTAGGCGG 55098786
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     7038 GTCTCTATAGGTCTTTAGAGCAGTCAGGAAGAGATCTCCATGCCCTGCAAGGTTAGGCGG 7097

 55098787 GAAGTAGCTTCAGCAGGAAGTAGCTTCAGAAGATGAGATCTTTGGACCTTTCTCCTTAAG 55098846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7098 GAAGTAGCTTCAGCAGGAAGTAGCTTCAGAAGATGAGATCTTTGGACCTTTCTCCTTAAG 7157

 55098847 AATAAGGAGAGTGAAATCTCTCAGTGGCTAATGAGACAGAGTAGTAATGGGGCTGAGCTT 55098906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7158 AATAAGGAGAGTGAAATCTCTCAGTGGCTAATGAGACAGAGTAGTAATGGGGCTGAGCTT 7217

 55098907 CAGCTCACCCCCACTAGAGCATTATTTCATGCATCCTCACTGATCACAAAACCTATACCA 55098966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7218 CAGCTCACCCCCACTAGAGCATTATTTCATGCATCCTCACTGATCACAAAACCTATACCA 7277

 55098967 CTACTTCCCTGATGCCATAATGTTTGAGCCATGCCTTTCACTTTAAGAATTCCAGGAGCT 55099026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7278 CTACTTCCCTGATGCCATAATGTTTGAGCCATGCCTTTCACTTTAAGAATTCCAGGAGCT 7337

 55099027 GGCCTTAGGCAGTTTGGTTCCAAGAACAGAATGTGTCTTACTCAGCTTTACATCTCTAGC 55099086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7338 GGCCTTAGGCAGTTTGGTTCCAAGAACAGAATGTGTCTTACTCAGCTTTACATCTCTAGC 7397

 55099087 ACCTGGACCAGTGCCTGCCACATAGCACTGGGTAAATATTTGTCGAACTGAACTAAATTG 55099146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7398 ACCTGGACCAGTGCCTGCCACATAGCACTGGGTAAATATTTGTCGAACTGAACTAAATTG 7457

 55099147 GGAGTATCACACAGAGAACCTGGAGCTTGACTAAGAAATTGAGAAATGCATTTCCGGTTA 55099206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7458 GGAGTATCACACAGAGAACCTGGAGCTTGACTAAGAAATTGAGAAATGCATTTCCGGTTA 7517

 55099207 ATGGTTTCCATCAAGTTTCCTTTGGGACTTAAGTGATATGAGATATCCCTTTCACCATGC 55099266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7518 ATGGTTTCCATCAAGTTTCCTTTGGGACTTAAGTGATATGAGATATCCCTTTCACCATGC 7577

 55099267 AATCCACCCCAGACATTGATGAGCTTGTCTTAATAAATAATGGTTCACCTGTCTCTTGCA 55099326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7578 AATCCACCCCAGACATTGATGAGCTTGTCTTAATAAATAATGGTTCACCTGTCTCTTGCA 7637

 55099327 TCACTCTGAGACATTAGATGAACTCTTGCCAGATGCAGCATATTCCTTGTATCATCTAAA 55099386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7638 TCACTCTGAGACATTAGATGAACTCTTGCCAGATGCAGCATATTCCTTGTATCATCTAAA 7697

 55099387 GAGTTATGTCCATTAGACATTAGCGTTGGCCAACTTGAAAATCTTGGGTTACAGTTTTTT 55099446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7698 GAGTTATGTCCATTAGACATTAGCGTTGGCCAACTTGAAAATCTTGGGTTACAGTTTTTT 7757

 55099447 TTCCATTATCTTTTTTTTTTTTAAACGGAATCTTTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAG 55099506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7758 TTCCATTATCTTTTTTTTTTTTAAACGGAATCTTTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAG 7817

 55099507 TGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGGATTCTCCTGCCTCA 55099566
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     7818 TGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGGATTCTCCTGCCTCA 7877

 55099567 GCCTCTCAAGTAGTGGGGATTACAGGTTTATGCCAACATGGTTGGCTAATTTTTGTATTT 55099626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7878 GCCTCTCAAGTAGTGGGGATTACAGGTTTATGCCAACATGGTTGGCTAATTTTTGTATTT 7937

 55099627 TTAGTAGAGACAGGATTTCACCATGTTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAG 55099686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7938 TTAGTAGAGACAGGATTTCACCATGTTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAAG 7997

 55099687 TGATCCAACCACCTCACCTCCCACAGTGCTGTGATTACAGGCATGAGGCACTGTGTCTGG 55099746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7998 TGATCCAACCACCTCACCTCCCACAGTGCTGTGATTACAGGCATGAGGCACTGTGTCTGG 8057

 55099747 CCTCTTTAGAGTCTTGATAAATAGTTTTACTAAAGCAGGAAAAATAACTTCTTTTAGTCA 55099806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8058 CCTCTTTAGAGTCTTGATAAATAGTTTTACTAAAGCAGGAAAAATAACTTCTTTTAGTCA 8117

 55099807 TGTTGTTTTAATAGCACCTAGTCTGTCCTGCTGTAACAGAATACCTGAGACTTTATATTT 55099866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8118 TGTTGTTTTAATAGCACCTAGTCTGTCCTGCTGTAACAGAATACCTGAGACTTTATATTT 8177

 55099867 ACAATATTTATTTATAATCAACAGAGATTTATTGGCTCATGGTTCTAGAGGCTGAGAAGT 55099926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8178 ACAATATTTATTTATAATCAACAGAGATTTATTGGCTCATGGTTCTAGAGGCTGAGAAGT 8237

 55099927 CCAAGACTAAGTGATCAGCATCCAGTGAGGGCTTTCTTGCTGTGTCAGCCTGTGACAGAA 55099986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8238 CCAAGACTAAGTGATCAGCATCCAGTGAGGGCTTTCTTGCTGTGTCAGCCTGTGACAGAA 8297

 55099987 GAAGAGACATTGAGAGAGAGAAAGAATGCAATAAAGTGACTGAACTCATCCTGTTATGTG 55100046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8298 GAAGAGACATTGAGAGAGAGAAAGAATGCAATAAAGTGACTGAACTCATCCTGTTATGTG 8357

 55100047 GAGCCCCCTCCTGCATTAATCCATTCGTGAGGGCAGATTCCTTATGGCCTAATCGCCTCT 55100106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8358 GAGCCCCCTCCTGCATTAATCCATTCGTGAGGGCAGATTCCTTATGGCCTAATCGCCTCT 8417

 55100107 GATTAGGTCCCACCTCCCAACACTGTTGCATTGGGAGATTACATTTCTAACACATGCTTT 55100166
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8418 GATTAGGCCCCACCTCCCAACACTGTTGCATTGGGAGATTACATTTCTAACACATGCTTT 8477

 55100167 TTGGGGCTACATTCAAACCATAGCACAATGCAAATCCTGAAGCTATTGACAAAGCAAGCG 55100226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8478 TTGGGGCTACATTCAAACCATAGCACAATGCAAATCCTGAAGCTATTGACAAAGCAAGCG 8537

 55100227 GGGAAAGTCAGCAATGCCCTTATTAGAATGTATTCTGGATCACCTTGTGTGATACTGTGA 55100286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8538 GGGAAAGTCAGCAATGCCCTTATTAGAATGTATTCTGGATCACCTTGTGTGATACTGTGA 8597

 55100287 TTTATAATGAGAAATATATACTTGAACTTCAACCCCATTTCTGATACAGAGCTCCTACAA 55100346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8598 TTTATAATGAGAAATATATACTTGAACTTCAACCCCATTTCTGATACAGAGCTCCTACAA 8657

 55100347 CCCTGAGAATTTTCTAAGTGGTAAAAGTGAAAAAAGCATCTTGATTTTCCTAACAAGCCC 55100406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8658 CCCTGAGAATTTTCTAAGTGGTAAAAGTGAAAAAAGCATCTTGATTTTCCTAACAAGCCC 8717

 55100407 CTTTCAACCACACTAAAGTATATGTTAATTAGGTGACTTTTGGAAACCCCCTCTGGGTGG 55100466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8718 CTTTCAACCACACTAAAGTATATGTTAATTAGGTGACTTTTGGAAACCCCCTCTGGGTGG 8777

 55100467 GGGACTGGTTGCCAAGAAGCCAACCAAGTGATTAGAGGATTACAACTTTCAGCCCCACAC 55100526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8778 GGGACTGGTTGCCAAGAAGCCAACCAAGTGATTAGAGGATTACAACTTTCAGCCCCACAC 8837

 55100527 CCCACCCCCATCTCTAGGGGAGGGGAGATGAAGCTGGAGATTAGGTTCATTTCAATGGCC 55100586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8838 CCCACCCCCATCTCTAGGGGAGGGGAGATGAAGCTGGAGATTAGGTTCATTTCAATGGCC 8897

 55100587 AACGATTTAATCAGTCATGTCTACATAATGAAGCCTCCACAAAAACCCAAAAGGACCAGA 55100646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8898 AACGATTTAATCAGTCATGTCTACATAATGAAGCCTCCACAAAAACCCAAAAGGACCAGA 8957

 55100647 TCCAGATGGGTGAGGATGTGGAGGTGCCGAGAGAGTAGCATGCCTGGAGAGGGCATGGAA 55100706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8958 TCCAGATGGGTGAGGATGTGGAGGTGCCGAGAGAGTAGCATGCCTGGAGAGGGCATGGAA 9017

 55100707 GCTCCACACCCCTTCCCATACACCTTGCCCCATACATCTCTTTCATTTGGGTGTTTCTGA 55100766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9018 GCTCCACACCCCTTCCCATACACCTTGCCCCATACATCTCTTTCATTTGGGTGTTTCTGA 9077

 55100767 GTTGTATCCTTTTATAACAATCTGGTAATCTAGTAAATGAAGTGTGATATAGTTTGGATA 55100826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9078 GTTGTATCCTTTTATAACAATCTGGTAATCTAGTAAATGAAGTGTGATATAGTTTGGATA 9137

 55100827 CGTGTCCCTGCCCAAATCTCATGTTGAATTGTAATCTCTGGTATTAGAGATGGGGTCTGG 55100886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9138 CGTGTCCCTGCCCAAATCTCATGTTGAATTGTAATCTCTGGTATTAGAGATGGGGTCTGG 9197

 55100887 TGGGAGATGATGGGCTCATGGGGGCTGAGTTCTCACAAATGGTTTAGTACCAACCCCTTG 55100946
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     9198 TGGGAGATGATGGGCTCATGGGGGCTGAGTTCTCATAAATGGTTTAGTACCAACCCCTTG 9257

 55100947 TTGCTGTCCTCACCATAGTGAGTGACTTTTCATAAGATTTGGCTGTTTAAAACTGGGTGG 55101006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9258 TTGCTGTCCTCACCATAGTGAGTGACTTTTCATAAGATTTGGCTGTTTAAAACTGGGTGG 9317

 55101007 CACTGTTACTGGAAAGGGATCCCCATCTATACCCCAAGAGAGGGCTCTTGAATCTCCTGC 55101066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9318 CACTGTTACTGGAAAGGGATCCCCATCTATACCCCAAGAGAGGGCTCTTGAATCTCCTGC 9377

 55101067 AAGAAATAATTTAGGGTGAGGCCAGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTG 55101126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9378 AAGAAATAATTTAGGGTGAGGCCAGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTG 9437

 55101127 GGAGGCTGTGGTGGGCAGACTGCTTGAGCCTAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATG 55101186
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9438 GGAGGCTGTGATGGGCAGACTGCTTGAGCCTAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATG 9497

 55101187 GCAAAACCCCATCTCTACTAAAATTAAAAAAAAAAAAATTTAGCCAGGCATGGTGGCACA 55101246
          |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
     9498 GCAAAACCCCATCTCTACTAAAATT--AAAAAAAAAAATTTAGCCAGGCATGGTGGCACA 9555

 55101247 TGCCTATAACCCCAGCTACTTGTGATGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTAAGCCCTAGGAGG 55101306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9556 TGCCTATAACCCCAGCTACTTGTGATGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTAAGCCCTAGGAGG 9615

 55101307 TGGAGGTTGCAATGAGGCGACATGGCACTCACTCTGTCTCCAAAAAAAAAAGAAAAGAAA 55101366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9616 TGGAGGTTGCAATGAGGCGACATGGCACTCACTCTGTCTCCAAAAAAAAAAGAAAAGAAA 9675

 55101367 AAAAACTGGGGGCACAGAGCAGCCCCAAGGGCTACTAGTTGCCCTTTTTAATGGTTATTT 55101426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9676 AAAAACTGGGGGCACAGAGCAGCCCCAAGGGCTACTAGTTGCCCTTTTTAATGGTTATTT 9735

 55101427 CTTGATTATATGCTAACAAGGGGGTGGATTATTCCTGAGATTTCTGGGAAAGGTGTGGGC 55101486
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9736 CCTGATTATATGCTAACAAGGGGGTGGATTATTCCTGAGATTTCTGGGAAAGGTGTGGGC 9795

 55101487 AACTCCCAGAACTTAGGGTTTCTCCCCTTTTCAGACCATACAGGGCAACTACCTGACATT 55101546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9796 AACTCCCAGAACTTAGGGTTTCTCCCCTTTTCAGACCATACAGGGCAACTACCTGACATT 9855

 55101547 GTCATGGCATTTGTAAACTGTCATGGCTCTGGTCGGAGTGTAGCAGTGAGGACAACCAGA 55101606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9856 GTCATGGCATTTGTAAACTGTCATGGCTCTGGTCGGAGTGTAGCAGTGAGGACAACCAGA 9915

 55101607 GGACACTGTCGTCACCATCTTAGTTTTGGTAGGTTTGGGCTGGCTTCTTTACTGTAATCT 55101666
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9916 GGTCACTGTCGTCACCATCTTAGTTTTGGTAGGTTTGGGCTGGCTTCTTTACTGTAATCT 9975

 55101667 GTTTTATCAGTAAGATCTTTGTGACCTGTATATCATGCTGATCTCCTATCTCATCCTGTA 55101726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9976 GTTTTATCAGTAAGATCTTTGTGACCTGTATATCATGCTGATCTCCTATCTCATCCTGTA 10035

 55101727 ACTTAGAATGCCTTAACCTCCTGGGAATGCAGCCCAATAGGTCTCAGCCTTATTTTACCC 55101786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10036 ACTTAGAATGCCTTAACCTCCTGGGAATGCAGCCCAATAGGTCTCAGCCTTATTTTACCC 10095

 55101787 AGCCCCTATTCAAGATGGAGTTGCTCTGGTTCAAATGCCTCTGACGTATTTCCCCTCTTC 55101846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10096 AGCCCCTATTCAAGATGGAGTTGCTCTGGTTCAAATGCCTCTGACGTATTTCCCCTCTTC 10155

 55101847 CTTTTATAAGAGAACCCTTAATCCTAAGGGTTGTACAGGGATAAAGATGTATCTTCTGTA 55101906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10156 CTTTTATAAGAGAACCCTTAATCCTAAGGGTTGTACAGGGATAAAGATGTATCTTCTGTA 10215

 55101907 ACTTCTTAAGGCTGAATAGAGGCAATGATATTCCTGACTATTAGGGTCTTTTGCATTCAG 55101966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10216 ACTTCTTAAGGCTGAATAGAGGCAATGATATTCCTGACTATTAGGGTCTTTTGCATTCAG 10275

 55101967 GGTAGAGAGGAGCTCAGTCAGAAAGCATAGGCATGGTGAGGGCCATTCATAACTCTGAGA 55102026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10276 GGTAGAGAGGAGCTCAGTCAGAAAGCATAGGCATGGTGAGGGCCATTCATAACTCTGAGA 10335

 55102027 AAAGGTGATATCTGGAAAATTAATAAGTGTTCAATTTAAGAAACCATTAAGTAAACTTAT 55102086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10336 AAAGGTGATATCTGGAAAATTAATAAGTGTTCAATTTAAGAAACCATTAAGTAAACTTAT 10395

 55102087 CCTGCATCTCTACGCAAAGAGTACAACCACAATATGTTCCACAACAGCAAAGCAAAATAA 55102146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10396 CCTGCATCTCTACGCAAAGAGTACAACCACAATATGTTCCACAACAGCAAAGCAAAATAA 10455

 55102147 GTAAAATTATCCCAAGTAAATGAAATAAGAAGGCTTTCCATGAACTGGGCAACTGTTGAA 55102206
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10456 GTAAAATTATCCCAAGTAAACGAAATAAGAAGGCTTTCCATGAACTGGGCAACTGTTGAA 10515

 55102207 ACCAAGCTGATATGGGGACATTAGCTGATTCCAAAATGTGACCAGAATTAGAATATTGAT 55102266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10516 ACCAAGCTGATATGGGGACATTAGCTGATTCCAAAATGTGACCAGAATTAGAATATTGAT 10575

 55102267 CCAGATTTTTACATTACCCATCCCTCTTGTTTCTTCTGAACTGCAGCCAGAGCTCACTGG 55102326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10576 CCAGATTTTTACATTACCCATCCCTCTTGTTTCTTCTGAACTGCAGCCAGAGCTCACTGG 10635

 55102327 TTGGTTCACAGAAATAAGTAGGGTTAGTCTAAATTGCAGGAAAAAACTAAAAAATAACTG 55102386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10636 TTGGTTCACAGAAATAAGTAGGGTTAGTCTAAATTGCAGGAAAAAACTAAAAAATAACTG 10695

 55102387 ATGAGACTAGAATCTAAGAACAAGTTTTTGAAACATAATTTTTCTCTCTCTAGTCTCCCA 55102446
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10696 ATGAGACTAGAGTCTAAGAACAAGTTTTTGAAACATAATTTTTCTCTCTCTAGTCTCCCA 10755

 55102447 TTTTTATTAAAAACAAATCATGGCAAGACCAATTTGCTTTATTATACTTGGCCTGATTAT 55102506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10756 TTTTTATTAAAAACAAATCATGGCAAGACCAATTTGCTTTATTATACTTGGCCTGATTAT 10815

 55102507 TTCTATAAAGAGCAGCAAGAATAATTATTGTTCACATAGGCTTTTAAAATAGGCTTTTTT 55102566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
    10816 TTCTATAAAGAGCAGCAAGAATAATTATTGTTCACATAGGCTTTTAAAATTGGCTTTTTT 10875

 55102567 TTTTCTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCTCACCATTGCCCAGGCTGGAGAGCAGTGGCATGA 55102626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10876 TTTTCTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCTCACCATTGCCCAGGCTGGAGAGCAGTGGCATGA 10935

 55102627 TCTTGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTAAGGTTCAAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCT 55102686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10936 TCTTGGCTCACTGCAGCCTCCACTTCTAAGGTTCAAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCT 10995

 55102687 GAGTAGCTGGGATTATAGGCACCTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAG 55102746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    10996 GAGTAGCTGGGATTATAGGCACCTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAG 11055

 55102747 AAGCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCAC 55102806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    11056 AAGCAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCAC 11115

 55102807 CTGCCTTGGCCTCCCAAAATGTGGAATTACAGGTGTAAGCCA 55102848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
    11116 CTGCCTTGGCCTCCCAAAATGTGGAATTACAGGTGTAAGCCA 11157

Alignment time is 9.88979 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2651] =>      2651 nucs 'mol-32-33a0-084046_2651'

Score:        2619
Aligned:      2641        nucs
Identic:      2639 (100%) nucs =>        16 (100%)      2623 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55090750,55090765] EXCISED REGION [55092849,55095473]
 second seq =>  [       1,      16] EXCISED REGION [      27,    2651]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      2083 nucs [55090766,55092848]
 second seq =>        10 nucs [17,26]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [16,16] to [26,26]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55090750 GACTACAGGCGCCCGC 55090765
          ||||||||||||||||
        1 GACTACAGGCGCCCGC 16

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       27 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 86

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       87 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 146

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      147 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 206

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      207 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 266

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      267 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 326

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      327 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 386

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      387 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 446

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      447 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 506

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      507 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 566

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      567 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 626

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      627 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 686

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      687 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 746

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      747 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 806

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      807 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 866

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      867 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 926

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      927 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 986

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      987 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 1046

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1047 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 1106

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1107 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 1166

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1167 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 1226

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1227 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 1286

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1287 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 1346

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1347 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 1406

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1407 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 1466

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1467 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 1526

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1527 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 1586

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1587 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 1646

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1647 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 1706

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1707 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 1766

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1767 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 1826

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1827 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 1886

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1887 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 1946

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1947 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 2006

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2007 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 2066

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2067 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 2126

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2127 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 2186

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2187 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 2246

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2247 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 2306

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2307 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 2366

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2367 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 2426

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2427 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 2486

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2487 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 2546

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2547 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 2606

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGC 55095473
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2607 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGC 2651

Alignment time is 3.15354 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5109] =>      5109 nucs 'mol-32-33f8-113568_5109'

Score:        5006
Aligned:      5074        nucs
Identic:      5067 (100%) nucs =>      1733 (100%)      3334 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55087988,55089724] EXCISED REGION [55092849,55096185]
 second seq =>  [       1,    1735] EXCISED REGION [    1760,    5096]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [1736,1759]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [1736,1736] to [1759,1759]

 55087988 ATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACC 55088047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCACC 60

 55088048 CCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGC 55088107
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTCATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTGC 120

 55088108 AGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCA 55088167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACCA 180

 55088168 TGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCA 55088227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCCA 240

 55088228 AAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGA 55088287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTGA 300

 55088288 ACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATT 55088347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTATT 360

 55088348 TAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTG 55088407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGTG 420

 55088408 CAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAG 55088467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCAG 480

 55088468 GTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 55088527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
      481 GTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-- 538

 55088528 GAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCT 55088587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 GAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATCCT 598

 55088588 CGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAA 55088647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 CGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTACAA 658

 55088648 GATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAA 55088707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 GATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAAAA 718

 55088708 AGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAG 55088767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 AGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGACAG 778

 55088768 TTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGG 55088827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 TTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGTGG 838

 55088828 TTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATG 55088887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 TTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAATG 898

 55088888 TTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGG 55088947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 TTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAGGG 958

 55088948 TGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTT 55089007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 TGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTTTT 1018

 55089008 TCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCC 55089067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 TCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCCCC 1078

 55089068 CTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCAC 55089127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 CTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGCAC 1138

 55089128 TAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTG 55089187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 TAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTGTG 1198

 55089188 GGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTG 55089247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 GGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCTTG 1258

 55089248 CCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTT 55089307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTCTT 1318

 55089308 AACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTG 55089367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 AACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGCTG 1378

 55089368 TGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTG 55089427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTTTG 1438

 55089428 AGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGG 55089487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 AGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTGGG 1498

 55089488 CTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCA 55089547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 CTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTACCA 1558

 55089548 CTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTG 55089607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 CTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTTTG 1618

 55089608 AGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCT 55089667
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 AGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTGCT 1678

 55089668 ACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 55089724
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 ACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGA 1735

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1760 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 1819

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1820 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 1879

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1880 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 1939

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1940 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 1999

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2000 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 2059

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2060 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 2119

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2120 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 2179

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2180 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 2239

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2240 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 2299

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2300 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 2359

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2360 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 2419

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2420 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 2479

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2480 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 2539

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2540 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 2599

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2600 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 2659

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2660 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 2719

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2720 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 2779

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2780 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 2839

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2840 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 2899

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2900 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 2959

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2960 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 3019

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3020 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 3079

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3080 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 3139

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3140 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 3199

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3200 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 3259

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3260 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 3319

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3320 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 3379

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3380 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 3439

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3440 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 3499

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3500 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 3559

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3560 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 3619

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3620 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 3679

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3680 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 3739

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3740 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 3799

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3800 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 3859

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3860 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 3919

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3920 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 3979

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3980 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 4039

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4040 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 4099

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4100 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 4159

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4160 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 4219

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4220 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 4279

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4280 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 4339

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 55095488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4340 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 4399

 55095489 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 55095548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4400 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 4459

 55095549 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 55095608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4460 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 4519

 55095609 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 55095668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4520 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 4579

 55095669 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 55095728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4580 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 4639

 55095729 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 55095788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4640 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 4699

 55095789 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 55095848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4700 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 4759

 55095849 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 55095908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4760 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 4819

 55095909 TCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 55095968
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4820 TCCTCTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 4879

 55095969 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 55096028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4880 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 4939

 55096029 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 55096088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4940 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 4999

 55096089 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 55096148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5000 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 5059

 55096149 CCAAAGCATAACAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 55096185
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5060 CCAAAGCATAACAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 5096

Alignment time is 4.53329 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,   10001] =>     10001 nucs 'mol-32-349d-179783_10001'

Score:        9860
Aligned:      9998        nucs
Identic:      9983 (100%) nucs =>      3061 (100%)      6922 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55080061,55083126] EXCISED REGION [55083131,55090057]
 second seq =>  [       1,    3065] EXCISED REGION [    3070,   10001]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [55083127,55083130]
 second seq =>         4 nucs [3066,3069]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55083127,55083127] to [55083131,55083131]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [55083124,55083126] to [55083131,55083133]
 second seq =>         3 nucs [3063,3065] to [3070,3072]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55080061 CTGTCTCAAAAAAGAACAAAAATCAACCGGGCACGGTGGCGCATGCCTGTGGTCTCAGCT 55080120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGTCTCAAAAAAGAACAAAAATCAACCGGGCACGGTGGCGCATGCCTGTGGTCTCAGCT 60

 55080121 GCTCAGGAGGCTGAGTGAGGTGGGCAGATTGATTGAGCCTGAAAGTTAGAAGCTATAGTG 55080180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTCAGGAGGCTGAGTGAGGTGGGCAGATTGATTGAGCCTGAAAGTTAGAAGCTATAGTG 120

 55080181 AGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACCCTGTCTCAAAAA 55080240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGCCAAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACCCTGTCTCAAAAA 180

 55080241 AAAAAAAAAAAAGAAAAATTAAAAAAGAAATACTTAGGGCTTGGGAGTGTTTTGAGTTTC 55080300
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAAAAAAAAA-GAAAAATTAAAAAAGAAATACTTAGGGCTTGGGAGTGTTTTGAGTTTC 239

 55080301 CTAACAAAATTCCGCTATTAGCACTAGAGACTGCGAGCACAAGGGTGAGTGGTGCCCAGT 55080360
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      240 CTAACAAAATTCCGCTATTAGCACTAGACACTGCGAGCACAAGGGTGAGTGGTGCCCAGT 299

 55080361 CCCTGTCCTCAAGGAGCTTGTGGTCTAGAGACAGACAGGCAAGGAGACTGTCAACAGCTG 55080420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 CCCTGTCCTCAAGGAGCTTGTGGTCTAGAGACAGACAGGCAAGGAGACTGTCAACAGCTG 359

 55080421 GCTTGGCCCAGGGAAGGGTGCCCTGCCCAGGCATGCAGATCTGGAAGATTGTGCCCCACG 55080480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 GCTTGGCCCAGGGAAGGGTGCCCTGCCCAGGCATGCAGATCTGGAAGATTGTGCCCCACG 419

 55080481 TGATGCGTAGGAGTGATTTAAGGAAAGAGGAGGAGGTGGGGAGCATGGAGAGCAGTGAAT 55080540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 TGATGCGTAGGAGTGATTTAAGGAAAGAGGAGGAGGTGGGGAGCATGGAGAGCAGTGAAT 479

 55080541 ACAAGGTCCACAGGAGCCTCAGACAGCGAGGACTTGGAATGGACACTGGAGGGAGGTGGC 55080600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 ACAAGGTCCACAGGAGCCTCAGACAGCGAGGACTTGGAATGGACACTGGAGGGAGGTGGC 539

 55080601 TGCAGAGGGGGAATTTTCATACCACTCTAAGGAGTTCAGACAGTAGGGCACCAAGCAGGG 55080660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TGCAGAGGGGGAATTTTCATACCACTCTAAGGAGTTCAGACAGTAGGGCACCAAGCAGGG 599

 55080661 GTTTTAAGCAAAGGAGTGAAATTAACAGATTTGTCCAAGAAATACCATTCTAGCAGTAGA 55080720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 GTTTTAAGCAAAGGAGTGAAATTAACAGATTTGTCCAAGAAATACCATTCTAGCAGTAGA 659

 55080721 GGGCATGGGGCAAGCCTGGGGCCAAAGACCAATCAATGAGGCTGTCAGGTAAATCCAGAA 55080780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 GGGCATGGGGCAAGCCTGGGGCCAAAGACCAATCAATGAGGCTGTCAGGTAAATCCAGAA 719

 55080781 AGGAGGAAAGTAGATGGATTTGGTGAAGTGTAAAGAAGGGAAAATTGGCAGGACTTGGTA 55080840
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      720 AGGAGGAAAGTAGATGGATTTGGTGAAGTGTAAAGAAGGGATAATTGGCAGGACTTGGTA 779

 55080841 ATCATTTGGGGTAGAAAAGAACTGAAGGGTGGCTTGCAGGTTTCTGCTCCAGCATTGTGG 55080900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 ATCATTTGGGGTAGAAAAGAACTGAAGGGTGGCTTGCAGGTTTCTGCTCCAGCATTGTGG 839

 55080901 TTTGCGATGGAGGGAATTTGCACAAGCTGAGTTTGAATTGCCTATAGAACAGAAGGCAGA 55080960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 TTTGCGATGGAGGGAATTTGCACAAGCTGAGTTTGAATTGCCTATAGAACAGAAGGCAGA 899

 55080961 AGAAGAGCCTACAAATGAGACTGAGAAAGGAGCAGCCAGATAAGTGAGAAGGGAGACCAG 55081020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 AGAAGAGCCTACAAATGAGACTGAGAAAGGAGCAGCCAGATAAGTGAGAAGGGAGACCAG 959

 55081021 GGATGCGTGGCATCCCCAAAGCAGGGAGGGGCCCGCAGTGCTAAGTGAGAACTCAGGGGA 55081080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 GGATGCGTGGCATCCCCAAAGCAGGGAGGGGCCCGCAGTGCTAAGTGAGAACTCAGGGGA 1019

 55081081 AGGGCTGAAACGTGAGTGATGATGTGCTTACACCGATGTCCTTGGCACCTGCGTTGGTGA 55081140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AGGGCTGAAACGTGAGTGATGATGTGCTTACACCGATGTCCTTGGCACCTGCGTTGGTGA 1079

 55081141 GATATTTTGGTGAGGTGGCAAGCTCAGAAGCCAGATTGGAAAGACTGGAGAAAATGAATG 55081200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GATATTTTGGTGAGGTGGCAAGCTCAGAAGCCAGATTGGAAAGACTGGAGAAAATGAATG 1139

 55081201 AGTAGTGAGGAGAAGAGACAGTAGCTTCCTTTAAGAAGCCAGAGAAAGCAGCCCACTCTC 55081260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 AGTAGTGAGGAGAAGAGACAGTAGCTTCCTTTAAGAAGCCAGAGAAAGCAGCCCACTCTC 1199

 55081261 AAAAGACACTTAATCTAGGCTGGGTATGGTGGCTGACACCTGTAATCCCAGCATTTTGGG 55081320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 AAAAGACACTTAATCTAGGCTGGGTATGGTGGCTGACACCTGTAATCCCAGCATTTTGGG 1259

 55081321 AGGCGAAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTATGAGACCAGCTTGGCTAACATGGA 55081380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 AGGCGAAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTATGAGACCAGCTTGGCTAACATGGA 1319

 55081381 GAAACCCTATCTTTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGATGGTGGGCACCTGTAA 55081440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 GAAACCCTATCTTTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGATGGTGGGCACCTGTAA 1379

 55081441 TCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGC 55081500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGC 1439

 55081501 AGTGAGCCAAGATAGTGCCATTGCATCCAGCTGGCGAGATAGCGCCACTGCACTCCAGCC 55081560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 AGTGAGCCAAGATAGTGCCATTGCATCCAGCTGGCGAGATAGCGCCACTGCACTCCAGCC 1499

 55081561 TGGGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAGAACAAAAATCAACTGGGCGCGGTGGCG 55081620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TGGGCAACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAGAACAAAAATCAACTGGGCGCGGTGGCG 1559

 55081621 CCTGCCTGTGGTCTCAGCTGCTCTGGAGGCTGAGTGAGGTGGGAGGATTGATTGAGCCTG 55081680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 CCTGCCTGTGGTCTCAGCTGCTCTGGAGGCTGAGTGAGGTGGGAGGATTGATTGAGCCTG 1619

 55081681 AAAGCTTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAGTAAATCAATAAATAAACAAATA 55081740
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1620 AAAGCTTGGGTGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAGTAAATAAATAAATAAACAAATA 1679

 55081741 GACTTAATCTAAAGGGAGAACAAACAAGGCAGCAGGGCACAGAGGGAGAGGGCATTATTT 55081800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 GACTTAATCTAAAGGGAGAACAAACAAGGCAGCAGGGCACAGAGGGAGAGGGCATTATTT 1739

 55081801 ATGGCTCTCAGGATCTGAGTACCTTCAATATTGACTAAAAGAAAGAAAATTAGAACGTCT 55081860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 ATGGCTCTCAGGATCTGAGTACCTTCAATATTGACTAAAAGAAAGAAAATTAGAACGTCT 1799

 55081861 TAGAGCAAGCACTGTTACAGGTTGAGTACCCCTTATCTGAGATGTTTGGAACCAGAAATG 55081920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 TAGAGCAAGCACTGTTACAGGTTGAGTACCCCTTATCTGAGATGTTTGGAACCAGAAATG 1859

 55081921 TTTCAGATTTTTAATTTTTTTTTTATTTTGGAATATTTGCATATCCATAATGAGATATCT 55081980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TTTCAGATTTTTAATTTTTTTTTTATTTTGGAATATTTGCATATCCATAATGAGATATCT 1919

 55081981 TGGGGATGGGACCCAAGTCTAGGCAATGGAATTCATTTATGTTTCATATACACCTTATAC 55082040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TGGGGATGGGACCCAAGTCTAGGCAATGGAATTCATTTATGTTTCATATACACCTTATAC 1979

 55082041 ACATAGACCGAAGGTACTTTCGTACAATATTTTAAATAATTTTGTGCATGAAGCAAAGTT 55082100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 ACATAGACCGAAGGTACTTTCGTACAATATTTTAAATAATTTTGTGCATGAAGCAAAGTT 2039

 55082101 TGTGTGCACTGAGTTATTAGAGAGCAAAGGGTGGCTATTTCAGCCACCCATGGCTCTTCA 55082160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 TGTGTGCACTGAGTTATTAGAGAGCAAAGGGTGGCTATTTCAGCCACCCATGGCTCTTCA 2099

 55082161 ACCAATCTGTGGTTGTTAGGCATCATATCATTTCTGACTCCAAATTTATATGCTGCCGAT 55082220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 ACCAATCTGTGGTTGTTAGGCATCATATCATTTCTGACTCCAAATTTATATGCTGCCGAT 2159

 55082221 AAGCAATCTTTTTCTTGCATGTAGTCACACATAAGTACTTCACAGTAAGAAATACAACAT 55082280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 AAGCAATCTTTTTCTTGCATGTAGTCACACATAAGTACTTCACAGTAAGAAATACAACAT 2219

 55082281 ACCATTAATACAGTGGAAAAGTTGTGTGTTCAGAGTAACTGAGCAGCACAGTAGCATGAC 55082340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 ACCATTAATACAGTGGAAAAGTTGTGTGTTCAGAGTAACTGAGCAGCACAGTAGCATGAC 2279

 55082341 CAGAATACCTGTGTCAGCTGCTAGACAACAGCAACAGCAAGCAACAGCAGCTTTCGGTCT 55082400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 CAGAATACCTGTGTCAGCTGCTAGACAACAGCAACAGCAAGCAACAGCAGCTTTCGGTCT 2339

 55082401 CTACCTACAATGCTGTGTTTTGATTAAAAGGTTACTGTACTGTAACCCCCTTGGGGATGC 55082460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 CTACCTACAATGCTGTGTTTTGATTAAAAGGTTACTGTACTGTAACCCCCTTGGGGATGC 2399

 55082461 AGAAATAAACTGTGTGTTGTGCGCCTGCATTTTGAATGCAGCCGCCCATGGGGCAGGTGT 55082520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 AGAAATAAACTGTGTGTTGTGCGCCTGCATTTTGAATGCAGCCGCCCATGGGGCAGGTGT 2459

 55082521 GAAATGTTCCACTTGTGGCCTCATGGTGGCACTCAAAAAGGCTGGAATTGTGGAGCATTT 55082580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 GAAATGTTCCACTTGTGGCCTCATGGTGGCACTCAAAAAGGCTGGAATTGTGGAGCATTT 2519

 55082581 TGGATTTTCCAATGAGGGATGCTCAGCCTGCCCTAGAGAGAAGTCCCTGACGAGGCTGGT 55082640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TGGATTTTCCAATGAGGGATGCTCAGCCTGCCCTAGAGAGAAGTCCCTGACGAGGCTGGT 2579

 55082641 AGGAAGGCATGGAACAAGCCAACCACGCGCTCTGTATACTAGAGTTCAGGCCCATTTCCT 55082700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AGGAAGGCATGGAACAAGCCAACCACGCGCTCTGTATACTAGAGTTCAGGCCCATTTCCT 2639

 55082701 GTTGGTTTGTCACATATAGAACAACAGATCAGTTGGGGACAGGCTTAAAATAGCCCTTGG 55082760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GTTGGTTTGTCACATATAGAACAACAGATCAGTTGGGGACAGGCTTAAAATAGCCCTTGG 2699

 55082761 AGACTGTTGTTAAGTCGTCCCCAAACCACTTCCCCTTTCATTGATTAAATGACATTTTAG 55082820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AGACTGTTGTTAAGTCGTCCCCAAACCACTTCCCCTTTCATTGATTAAATGACATTTTAG 2759

 55082821 GATAACCCACCTTGCCTGTGCCTCCTGGGGACTCTTGGCAGAAGAGTCAAGGATGGGTGT 55082880
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 GATAACCCACCGTGCCTGTGCCTCCTGGGGACTCTTGGCAGAAGAGTCAAGGATGGGTGT 2819

 55082881 GCCATAGAGAATCATGGAGCCAGGGAATTACATAACGGGGAGACCATATACTCCAACCCC 55082940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 GCCATAGAGAATCATGGAGCCAGGGAATTACATAACGGGGAGACCATATACTCCAACCCC 2879

 55082941 TTCTGTGTAGGGAGAAACTGAGGCCTCTGCCCTTCCCCCTTTTGATGCTGTGTGGGAAGG 55083000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 TTCTGTGTAGGGAGAAACTGAGGCCTCTGCCCTTCCCCCTTTTGATGCTGTGTGGGAAGG 2939

 55083001 AAATTTTAAAGGACTTATTCTAAAAATCTGAGGGAAAACAAAAGAAAGTTGAATAACTGC 55083060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 AAATTTTAAAGGACTTATTCTAAAAATCTGAGGGAAAACAAAAGAAAGTTGAATAACTGC 2999

 55083061 GAAAATCGGATGCCACCCAAAGGGCCCTGTTTGTTTTTATTATTTGCGGCTCTCTGCTGT 55083120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 GAAAATCGGATGCCACCCAAAGGGCCCTGTTTGTTTTTATTATTTGCGGCTCTCTGCTGT 3059

 55083121 GAGCTC 55083126
          ||||||
     3060 GAGCTC 3065

EXCISED REGION

 55083131 CTCAGCCATTTCTCTATTCTCAATCCGGGATCCCTTCTAGACAGATGCCTTTAAAATGTT 55083190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3070 CTCAGCCATTTCTCTATTCTCAATCCGGGATCCCTTCTAGACAGATGCCTTTAAAATGTT 3129

 55083191 TAGAATCTTCCTTCTTCCTTGAACAGGCTAGGTCTAGTATCATTAGCATGACCCTTACCA 55083250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3130 TAGAATCTTCCTTCTTCCTTGAACAGGCTAGGTCTAGTATCATTAGCATGACCCTTACCA 3189

 55083251 AGAAATCAACAGATCAGCTCCAAATGGAGTAGAAGGTTCTTGTCTTAAATGCTGACTTCT 55083310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3190 AGAAATCAACAGATCAGCTCCAAATGGAGTAGAAGGTTCTTGTCTTAAATGCTGACTTCT 3249

 55083311 CCAGGTCCCTGCCACCCAGCCCAGTCAGGGCCCAGAAGAGCTTTCATCCAGTGCAGGAGT 55083370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3250 CCAGGTCCCTGCCACCCAGCCCAGTCAGGGCCCAGAAGAGCTTTCATCCAGTGCAGGAGT 3309

 55083371 CATTTTCAGGAAGGACCCTCTCTCAGGGATGTGCCCAGGTGTCTGCACAGGTTGCTGTCA 55083430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3310 CATTTTCAGGAAGGACCCTCTCTCAGGGATGTGCCCAGGTGTCTGCACAGGTTGCTGTCA 3369

 55083431 CAGAGCTGGCTCCCTTTTGGGAGCAAGGTTTCAGGATGTTGCCTCTGACCCCAGCCCCAG 55083490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3370 CAGAGCTGGCTCCCTTTTGGGAGCAAGGTTTCAGGATGTTGCCTCTGACCCCAGCCCCAG 3429

 55083491 GAATAGCACCAGGAGCACTAACTCAGATGTTGTTTTTTTCTAGGTTCCTTCTGACCAAGG 55083550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3430 GAATAGCACCAGGAGCACTAACTCAGATGTTGTTTTTTTCTAGGTTCCTTCTGACCAAGG 3489

 55083551 GGACATGGCTCTGAAGATGATGAGACTGGTGACTCAGCAAGAATAGGATGGATGGGGCTG 55083610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3490 GGACATGGCTCTGAAGATGATGAGACTGGTGACTCAGCAAGAATAGGATGGATGGGGCTG 3549

 55083611 GAGATGAGCTGGTTTGGCCTTGGGGCACAGAGCTGAGCTGAGGCCGCTGAAGCTGTAGGA 55083670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3550 GAGATGAGCTGGTTTGGCCTTGGGGCACAGAGCTGAGCTGAGGCCGCTGAAGCTGTAGGA 3609

 55083671 AGCGCCATTCTTCCCTGTATCTAACTGGGGCTGTGATCAAGAAGGTTCTGACCAGCTTCT 55083730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3610 AGCGCCATTCTTCCCTGTATCTAACTGGGGCTGTGATCAAGAAGGTTCTGACCAGCTTCT 3669

 55083731 GCAGAGGATAAAATCATTGTCTCTGGAGGCAATTTGGAAATTATTTCTGCTTCTTAAAAA 55083790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3670 GCAGAGGATAAAATCATTGTCTCTGGAGGCAATTTGGAAATTATTTCTGCTTCTTAAAAA 3729

 55083791 AACCTAAGATTTTTTAAAAAATTGATTTGTTTTGATCAAAATAAAGGATGATAATAGATA 55083850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3730 AACCTAAGATTTTTTAAAAAATTGATTTGTTTTGATCAAAATAAAGGATGATAATAGATA 3789

 55083851 TTATTTTTTCTTATGACAGAAGCAAATGATGTGATTTATAGAAAAACTGGGAAATACAGG 55083910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3790 TTATTTTTTCTTATGACAGAAGCAAATGATGTGATTTATAGAAAAACTGGGAAATACAGG 3849

 55083911 TACCCAAAGAGTAAATCAACATCTGTATACCCCCTTCCCAGGGGTAAGCACTGTTACCAA 55083970
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3850 TACCCAAAGAGTAAATCAACATATGTATACCCCCTTCCCAGGGGTAAGCACTGTTACCAA 3909

 55083971 TTTAGCATATGTCCTTGCAGAATTTTTTTTTCTATATATACATATATATTTTTTACCAAA 55084030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3910 TTTAGCATATGTCCTTGCAGAATTTTTTTTTCTATATATACATATATATTTTTTACCAAA 3969

 55084031 ATGAATCATTACTCTATGTTGTTTTACTATTTGTTTGACATATCAGTATATCTGAAACAC 55084090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3970 ATGAATCATTACTCTATGTTGTTTTACTATTTGTTTGACATATCAGTATATCTGAAACAC 4029

 55084091 CTTTTCATGTCAATAAATGTTCTTCTCTAACATTTTTAATGGCTGTGGAGCATTCTACTT 55084150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4030 CTTTTCATGTCAATAAATGTTCTTCTCTAACATTTTTAATGGCTGTGGAGCATTCTACTT 4089

 55084151 TATGGTTGTACTCTAGTTTATTTACAAAATTCCCAGTTGTTTCCGACAAGTATAATAATT 55084210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4090 TATGGTTGTACTCTAGTTTATTTACAAAATTCCCAGTTGTTTCCGACAAGTATAATAATT 4149

 55084211 TCTAGTTTGTTGCTATTATACATAGTGCTCTGTTGATTCACCCTGATAGTTAGATTTTTT 55084270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4150 TCTAGTTTGTTGCTATTATACATAGTGCTCTGTTGATTCACCCTGATAGTTAGATTTTTT 4209

 55084271 TGTACCTCCTTATTTTCTTAGAATAAATTCATAAAAGTGTAATTATTTAGTCAGAGGATT 55084330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4210 TGTACCTCCTTATTTTCTTAGAATAAATTCATAAAAGTGTAATTATTTAGTCAGAGGATT 4269

 55084331 GCCACATTTCCTTAAAATCAAAATAATTAGCTCAGGACTTTTAACTTTTTATTCATAGCT 55084390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4270 GCCACATTTCCTTAAAATCAAAATAATTAGCTCAGGACTTTTAACTTTTTATTCATAGCT 4329

 55084391 CAAGATCTACATAAGGAGGTTTGATGCCGTGGCTCACACCTATAAACCCAGCACTTTGGG 55084450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4330 CAAGATCTACATAAGGAGGTTTGATGCCGTGGCTCACACCTATAAACCCAGCACTTTGGG 4389

 55084451 AGGTCGAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCCAGGAGTTCAACAACAGCCTGGGCAACATAGG 55084510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4390 AGGTCGAGGCAGGAGGAATGCTTGAGCCCAGGAGTTCAACAACAGCCTGGGCAACATAGG 4449

 55084511 GAGACCCCATTTCTACAAAAAAAATAAAAACATTAGCCGAGCATGGTGGCACACACCTGT 55084570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4450 GAGACCCCATTTCTACAAAAAAAATAAAAACATTAGCCGAGCATGGTGGCACACACCTGT 4509

 55084571 AGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCAGGGAGGTTGATGTT 55084630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4510 AGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCAGGGAGGTTGATGTT 4569

 55084631 GCAGTGAGCCATGATCAAGCCACTCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGACCCCATCTCAAAA 55084690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4570 GCAGTGAGCCATGATCAAGCCACTCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGACCCCATCTCAAAA 4629

 55084691 AGAAAAAAAAATCTGCATAGGGGATCTAACAGCTTCTAGGACTGTCTGAAAGAAATATCA 55084750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4630 AGAAAAAAAAATCTGCATAGGGGATCTAACAGCTTCTAGGACTGTCTGAAAGAAATATCA 4689

 55084751 CCTCTTGTAGTTGCAGGGCTGAGATTTTATTTATTTATTTATTGAGACTCTGTGACCCAG 55084810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4690 CCTCTTGTAGTTGCAGGGCTGAGATTTTATTTATTTATTTATTGAGACTCTGTGACCCAG 4749

 55084811 GCTAGAGTGCAGTGGCACAATCATGCCTCAAATGATCCTCCTGCCCCAGCCTCCCAAGTA 55084870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4750 GCTAGAGTGCAGTGGCACAATCATGCCTCAAATGATCCTCCTGCCCCAGCCTCCCAAGTA 4809

 55084871 GCTAGTACCACAGGCAAGCACCATCACATCCAGCTAATTTTTAAAATTTTTTCGTAGAGT 55084930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4810 GCTAGTACCACAGGCAAGCACCATCACATCCAGCTAATTTTTAAAATTTTTTCGTAGAGT 4869

 55084931 TGGAGTCTCACTATGTGGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCAGGCTCTAGCAATCCACCTG 55084990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4870 TGGAGTCTCACTATGTGGCCCAGGCTGGTCTCGAACTCCCAGGCTCTAGCAATCCACCTG 4929

 55084991 CCTTGGGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACCAAGCCTGGCCAAAGGCTG 55085050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4930 CCTTGGGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGTCACCAAGCCTGGCCAAAGGCTG 4989

 55085051 AGATTTAAAAAAACAGCCAGGCACGGTGGCTCCAGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGG 55085110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4990 AGATTTAAAAAAACAGCCAGGCACGGTGGCTCCAGCCTGTAATCCCAGCACTTCGGGAGG 5049

 55085111 CCAAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAAC 55085170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5050 CCAAGGCGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAAC 5109

 55085171 CCCATCTCT----ACACACACACACACACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGGGCACCTG 55085226
          |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5110 CCCATCTCTACACACACACACACACACACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGGGCACCTG 5169

 55085227 TAGTCCCAGCTAGTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGTGCT 55085286
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     5170 TAGTCCCAGCTAGTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCTTGAACCCGGGAGGCAGTGCT 5229

 55085287 TGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTC 55085346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5230 TGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTC 5289

 55085347 CCAAAAATAAATAAATAAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAAAGCTTATTCCT 55085406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5290 CCAAAAATAAATAAATAAATTAATTAATTAAAAAAAATAACAAACCCAAAGCTTATTCCT 5349

 55085407 GCAGACTGTGAGGAAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTTCAGACC 55085466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     5350 GCAGACTGTGAGGAAACAGTTAACAGCAGGTTATGTCTACGTGACTAACCCCTTGAGACC 5409

 55085467 CTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTCACTGTTG 55085526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5410 CTGAGACTAAAAACAGGCTCCTGGGACAGAGACTACACATGTCCCTATGGTTCACTGTTG 5469

 55085527 GCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCC 55085586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5470 GCAAGAACTCCAGTGTGCCCATGGAAAGCAAGAACCTTAGAAGCCTGTGCTGGATACCCC 5529

 55085587 TGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACA 55085646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5530 TGGACATCACCCATGTGTATCGTTTTTACCTGCCGCTTTTGATATGCATCTTTTGTTACA 5589

 55085647 AAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCA 55085706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5590 AAAATGTTAGCTATTAGTATAACCTGCTACTGAGCCTTGTGAGTCTTGGTGAACCATCCA 5649

 55085707 ACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAA 55085766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5650 ACAAAGCAGTGAATCATAAAGCAAGTTGAATTCCCAACCTCACAGAGTCTCTTCTGTTAA 5709

 55085767 AAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCAC 55085826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5710 AAGTTAGTGCATTGATTGAGAAGAAATGTAATTCTGAACATTGAGATGAGTCACCTGCAC 5769

 55085827 AGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGT 55085886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5770 AGATGAAGCTAGGGGACCTCAAACCTTTTTGGCCATTAGAAGCCGCCCTTCCATTGCTGT 5829

 55085887 CCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAG 55085946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5830 CCGGGCAGGTTAATCATGTCTTGTCCTAAGATCTTGTAGTAAATTCCTAGACTTGCCCAG 5889

 55085947 GGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAA 55086006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5890 GGCTCTTATTCCTGCTGTATAACATTCTCTCTCAACCCACACCCCTACCTTCCTAGGGAA 5949

 55086007 TCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCC 55086066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5950 TCCCTGTGATCAGTTGACAAAGGAAGACAACTCTCAGGCTTGATTTACAGACGGGGCTCC 6009

 55086067 ACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGAC 55086126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6010 ACAGTATGCATGCATCACCTGAATGTGGACCGCTATGGCACCACGGCCACACTCCAGGAC 6069

 55086127 AGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCAC 55086186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6070 AGCCCTGAAAGATGGTGTGAAGAGAAATCCTCCCAGTGGACAGAACTTGGAACAGTGCAC 6129

 55086187 TCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATG 55086246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6130 TCAGCTCTTCACTTTCCCTGGAAGGGGAAATGAACAGAAGAATAAGTGCACCAATTCATG 6189

 55086247 ATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTT 55086306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6190 ATTTAGCTGGGTATTTAGGGACTTGGAAGAAACTTGATTAGAAGGCTGGGCACAGTGGTT 6249

 55086307 CATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCCAGGAG 55086366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6250 CATGCCTATAATACCAGCACTTTGAGAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAGTCCAGGAG 6309

 55086367 TTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAA 55086426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6310 TTCAAGACCAGCTTGAGCAAGATGATAACACCCTGTATCTACAGAAAATAAAAACATTAA 6369

 55086427 CTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATC 55086486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6370 CTCAGCATGTTGGTGCACCTCTGTGGTTTCAGCTGTGTAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATC 6429

 55086487 ACTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGT 55086546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6430 ACTTGAGCCTGGCAGGTTGGTTGAGGCTACAGCGAGCCATATTTGTACTCCAGCCTGAGT 6489

 55086547 GACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGA 55086606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6490 GACAGGGTGAGACCTTGTCTCAAAAAGAAAAAAAACTTGATTAGAAAATTGATGACAAGA 6549

 55086607 AGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTT 55086666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6550 AGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTATGAAGATCATTGTT 6609

 55086667 TTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGAC 55086726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6610 TTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAGGTGGGTAGATGAC 6669

 55086727 CCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCA 55086786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6670 CCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATGAACAAAGTGGCCA 6729

 55086787 TGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGG 55086846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6730 TGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTCCACTTACTAAGGG 6789

 55086847 TGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGC 55086906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6790 TGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGAAACAACACTGAGC 6849

 55086907 CCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACA 55086966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6850 CCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGTTAGGCTGATTACA 6909

 55086967 TTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCT 55087026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6910 TTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGAATTAACCCTTGCT 6969

 55087027 CTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGAC 55087086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6970 CTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACTAGCATCTGTGGAC 7029

 55087087 CTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATT 55087146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7030 CTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAGGCAGCAGTGAATT 7089

 55087147 TACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTG 55087206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7090 TACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGAAGCAACTGCCCTG 7149

 55087207 ACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCA 55087266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7150 ACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAGGGGATAGATTGCA 7209

 55087267 GGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTC 55087326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7210 GGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAACCGCCTTGTTTCTC 7269

 55087327 CCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCA 55087386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7270 CCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAAGCGACTCCTCTCA 7329

 55087387 CTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTT 55087446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7330 CTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCTGCAACTTTAGGTT 7389

 55087447 TTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAG 55087506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7390 TTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTAGGAGACACAGCAG 7449

 55087507 ATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACA 55087566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7450 ATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGGCACTGCATCAACA 7509

 55087567 GGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTAC 55087626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7510 GGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATGGGGTTGCTCCTAC 7569

 55087627 ACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCA 55087686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7570 ACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCCCCTAGTACTGCCA 7629

 55087687 TATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCC 55087746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7630 TATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGACCGCTAATGGCCC 7689

 55087747 AGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGT 55087806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7690 AGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCACGACCAACTGAAGT 7749

 55087807 GCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTA 55087866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7750 GCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCAGTCATAAGTACTA 7809

 55087867 TGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCT 55087926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7810 TGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGTATTTCTTTCTTCT 7869

 55087927 TTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGT 55087986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7870 TTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTTTTTGAGACAGGGT 7929

 55087987 TATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCAC 55088046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7930 TATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCACTGCAGCCTTCAC 7989

 55088047 CCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTG 55088106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7990 CCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCAGTAGCTGGGACTG 8049

 55088107 CAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACC 55088166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8050 CAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAGATGAAGTTTTACC 8109

 55088167 ATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCC 55088226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8110 ATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCTGCCTCCC 8169

 55088227 AAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTG 55088286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8170 AAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACAGCTGCATCTGGTG 8229

 55088287 AACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTAT 55088346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8230 AACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGATGTGCTAATAGTAT 8289

 55088347 TTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGT 55088406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8290 TTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCACCGAGGCTGCAGT 8349

 55088407 GCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCA 55088466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8350 GCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCAAACGATCCTCCCA 8409

 55088467 GGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGC-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 55088525
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
     8410 GGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 8469

 55088526 TTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATC 55088585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8470 TTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCTGGCTTAAAGCAATC 8529

 55088586 CTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTAC 55088645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8530 CTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATAAATATTTATATTAC 8589

 55088646 AAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAA 55088705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8590 AAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCATCATCCAAAGACAA 8649

 55088706 AAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGAC 55088765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8650 AAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTGGGTATAGGAAGGAC 8709

 55088766 AGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGT 55088825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8710 AGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATTTGGAGATTAAGTGT 8769

 55088826 GGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAA 55088885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8770 GGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTGTAGTGTTTTTGTAA 8829

 55088886 TGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAG 55088945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8830 TGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGTATGTTTCTGATTAG 8889

 55088946 GGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTT 55089005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8890 GGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTGAAGCAGCAACAGTT 8949

 55089006 TTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCC 55089065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8950 TTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTGAGCTCAGCTGCTCC 9009

 55089066 CCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGC 55089125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9010 CCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGGTGAGTGTGCTTAGC 9069

 55089126 ACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTG 55089185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9070 ACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACTCCATCTCTTGCTTG 9129

 55089186 TGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCT 55089245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9130 TGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTTCCTTCCTGACTGCT 9189

 55089246 TGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTC 55089305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9190 TGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGCCTTATGAAGACTTC 9249

 55089306 TTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGC 55089365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9250 TTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCCCCCATACGCACGGC 9309

 55089366 TGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTT 55089425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9310 TGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAATCCTTTTTTATTTT 9369

 55089426 TGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTG 55089485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9370 TGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCCGCCTCGAACTTCTG 9429

 55089486 GGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTAC 55089545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9430 GGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTATCGGTGCGTGCTAC 9489

 55089546 CACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTT 55089605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9490 CACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTATTTATTTACTTATTT 9549

 55089606 TGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTG 55089665
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9550 TGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGTTCACTG 9609

 55089666 CTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGAT 55089725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9610 CTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCCCGAGTAGCTGGGAT 9669

 55089726 TACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTTTTCG 55089785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9670 TACAGACGCGTGCTATGATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGAGTTTTCG 9729

 55089786 CCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAGCCTC 55089845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9730 CCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGGCCTTGTGTGACCCGCCCGTCTTAGCCTC 9789

 55089846 CCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTTTTTT 55089905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9790 CCAAAGTGTTGGGATTATAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCACCAGCTAATTCTTTTTT 9849

 55089906 AAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAACTCCT 55089965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9850 AAGTTTTATTTTTGTAGAGACAGGGTCTGGCTATGTTGGCCTGGCTAGTCTCAAACTCCT 9909

 55089966 GCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCAGGGACCA 55090025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     9910 GCCCTCAAGCAATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAAGTACTCGGATTACAGGCAGGGACCA 9969

 55090026 CTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGA 55090057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     9970 CTGTGCTCAGCTGCTGATTGAATCCTGATTGA 10001

Alignment time is 8.78558 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4559] =>      4559 nucs 'mol-32-34a8-118715_4559'

Score:        4515
Aligned:      4559        nucs
Identic:      4555 (100%) nucs =>      1472 (100%)      3083 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55090862,55092334] EXCISED REGION [55092338,55095423]
 second seq =>  [       1,    1473] EXCISED REGION [    1474,    4559]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55092335,55092337]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [55092335,55092338] to [55092338,55092341]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55092333,55092334] to [55092338,55092339]
 second seq =>         2 nucs [1472,1473] to [1474,1475]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55090862 CCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTT 55090921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCAAATATTT 60

 55090922 TTGTTAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACATTGATGTTTAGCTTTTAATGA 55090981
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
       61 TTGTTAAATTATGTAAACCGGGAACGTCTGATGGTTACACTGATGTTTAGCTTTTAATGA 120

 55090982 ATTTTGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAAT 55091041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTTTGCCTGATGTGTCGTGAGCTTTTAGATCCCCAGGCTCTGATCTTCAGTTCAGCAAT 180

 55091042 GCTTTCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAG 55091101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTTTCCAGTATTTATTTGAATATTGTTTTAAGATATTTTCCCACTTTGTTGTCCTTTAG 240

 55091102 CTTTCATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTA 55091161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTTCATTCTAGATACTTTTTCTCCAGACTCCCGTCAACATCATTACTTCATTTTCGGTA 300

 55091162 ATGTCACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTGAGAC 55091221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATGTCACTCTAGACTTTGAGTTTCTTTTTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTGAGAC 360

 55091222 GGAATCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAACC 55091281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGAATCTCCGTCTGTCACCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATTCCAGCTCACTGCAACC 420

 55091282 TCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAG 55091341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAG 480

 55091342 GCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCATG 55091401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCGCCCACCACCACGCCCGGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAAAGATGGGGTTTCACCATG 540

 55091402 TTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGT 55091461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAGAGT 600

 55091462 GCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTCT 55091521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GCTGGGATTACAGGCATGAGTCACTGCGCCCGGCTAGACTTTGAGTTTCTAAAGGATTCT 660

 55091522 TAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTTT 55091581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAACTTCTATAATTATCTTTCTCCTTAATTTATTTTCCCTAGTTATGCCAGCTGCTGTTT 720

 55091582 CACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTAA 55091641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CACCTTATCTTTTCATCTCATTTTACATTTCTTATTTCACAGGCTCCCGGTTTGCTTTAA 780

 55091642 TTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGTT 55091701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGATGTT 840

 55091702 CCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTTC 55091761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTTTTTC 900

 55091762 CCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATATA 55091821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTATATA 960

 55091822 ATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAAG 55091881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAGGAAG 1020

 55091882 CCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAAT 55091941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGTGAAT 1080

 55091942 GCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGGG 55092001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTTAGGG 1140

 55092002 AGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGATG 55092061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAGGATG 1200

 55092062 AACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGATG 55092121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTTGATG 1260

 55092122 AATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTC 55092181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTGGCTC 1320

 55092182 ATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGT 55092241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAGGAGT 1380

 55092242 TCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAA 55092301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAATTAAA 1440

 55092302 ATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 55092334
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 1473

EXCISED REGION

 55092338 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 55092397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1474 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 1533

 55092398 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 55092457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1534 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 1593

 55092458 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 55092517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1594 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 1653

 55092518 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 55092577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1654 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 1713

 55092578 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 55092637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1714 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 1773

 55092638 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 55092697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1774 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 1833

 55092698 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 55092757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1834 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 1893

 55092758 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 55092817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1894 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 1953

 55092818 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 55092877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1954 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 2013

 55092878 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 55092937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2014 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 2073

 55092938 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 55092997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2074 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 2133

 55092998 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 55093057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2134 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 2193

 55093058 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 55093117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2194 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 2253

 55093118 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 55093177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2254 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 2313

 55093178 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 55093237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2314 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 2373

 55093238 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 55093297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2374 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 2433

 55093298 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 55093357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2434 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 2493

 55093358 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 55093417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2494 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 2553

 55093418 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 55093477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2554 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 2613

 55093478 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 55093537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2614 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 2673

 55093538 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 55093597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2674 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 2733

 55093598 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 55093657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2734 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 2793

 55093658 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 55093717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2794 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 2853

 55093718 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 55093777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2854 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 2913

 55093778 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 55093837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2914 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 2973

 55093838 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 55093897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2974 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 3033

 55093898 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 55093957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3034 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 3093

 55093958 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 55094017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3094 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 3153

 55094018 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 55094077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3154 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 3213

 55094078 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 55094137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3214 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 3273

 55094138 GGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 55094197
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3274 GGTTGACGTGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAGTAAACATCCACACAGGA 3333

 55094198 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 55094257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3334 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 3393

 55094258 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 55094317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3394 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 3453

 55094318 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGT 55094377
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     3454 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGT 3513

 55094378 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 55094437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3514 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 3573

 55094438 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 55094497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3574 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 3633

 55094498 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 55094557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3634 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 3693

 55094558 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 55094617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3694 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 3753

 55094618 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 55094677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3754 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 3813

 55094678 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 55094737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3814 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 3873

 55094738 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 55094797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3874 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 3933

 55094798 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 55094857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3934 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 3993

 55094858 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 55094917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3994 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 4053

 55094918 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 55094977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4054 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 4113

 55094978 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 55095037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4114 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 4173

 55095038 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 55095097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4174 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 4233

 55095098 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 55095157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4234 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 4293

 55095158 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 55095217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4294 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 4353

 55095218 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 55095277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4354 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 4413

 55095278 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 55095337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4414 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 4473

 55095338 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 55095397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4474 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 4533

 55095398 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGC 55095423
          ||||||||||||||||||||||||||
     4534 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGC 4559

Alignment time is 4.73841 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    6459] =>      6459 nucs 'mol-32-34d4-042710_6459'

Score:        6356
Aligned:      6435        nucs
Identic:      6427 (100%) nucs =>      3128 (100%)      3299 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55086594,55089724] EXCISED REGION [55092849,55096150]
 second seq =>  [       1,    3133] EXCISED REGION [    3158,    6459]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [3134,3157]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [3134,3134] to [3157,3157]

 55086594 ATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTAT 55086653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTAT 60

 55086654 GAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAG 55086713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAG 120

 55086714 GTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATG 55086773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATG 180

 55086774 AACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTC 55086833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
      181 AACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTACGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTC 240

 55086834 CACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGA 55086893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGA 300

 55086894 AACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGT 55086953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGT 360

 55086954 TAGGCTGATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGA 55087013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAGGCTGATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGA 420

 55087014 ATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACT 55087073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACT 480

 55087074 AGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAG 55087133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAG 540

 55087134 GCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGA 55087193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGA 600

 55087194 AGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAG 55087253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAG 660

 55087254 GGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAAC 55087313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAAC 720

 55087314 CGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAA 55087373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAA 780

 55087374 GCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCT 55087433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCT 840

 55087434 GCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTA 55087493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTA 900

 55087494 GGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGG 55087553
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
      901 GGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGA 960

 55087554 CACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATG 55087613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATG 1020

 55087614 GGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCC 55087673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCC 1080

 55087674 CCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGA 55087733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGA 1140

 55087734 CCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCAC 55087793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCAC 1200

 55087794 GACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCA 55087853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCA 1260

 55087854 GTCATAAGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGT 55087913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTCATAAGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGT 1320

 55087914 ATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTT 55087973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTT 1380

 55087974 TTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCA 55088033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCA 1440

 55088034 CTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCA 55088093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCA 1500

 55088094 GTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAG 55088153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAG 1560

 55088154 ATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCC 55088213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCC 1620

 55088214 GCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACA 55088273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACA 1680

 55088274 GCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGAT 55088333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGAT 1740

 55088334 GTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCA 55088393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCA 1800

 55088394 CCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCA 55088453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCA 1860

 55088454 AACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTT 55088513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTT 1920

 55088514 TTTTTTTTTTTTTT--GAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCT 55088571
          ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCT 1980

 55088572 GGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATA 55088631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATA 2040

 55088632 AATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCA 55088691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCA 2100

 55088692 TCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTG 55088751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTG 2160

 55088752 GGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATT 55088811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATT 2220

 55088812 TGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTG 55088871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTG 2280

 55088872 TAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGT 55088931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGT 2340

 55088932 ATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTG 55088991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTG 2400

 55088992 AAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTG 55089051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTG 2460

 55089052 AGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGG 55089111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGG 2520

 55089112 TGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACT 55089171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACT 2580

 55089172 CCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTT 55089231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTT 2640

 55089232 CCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGC 55089291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGC 2700

 55089292 CTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCC 55089351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCC 2760

 55089352 CCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAA 55089411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 CCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAA 2820

 55089412 TCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCC 55089471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCC 2880

 55089472 GCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTA 55089531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTA 2940

 55089532 TCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTAT 55089591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTAT 3000

 55089592 TTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATG 55089651
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATG 3060

 55089652 ATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCC 55089711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCC 3120

 55089712 CGAGTAGCTGGGA 55089724
          |||||||||||||
     3121 CGAGTAGCTGGGA 3133

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3158 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 3217

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3218 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 3277

 55092969 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 55093028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3278 GAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGATCTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCT 3337

 55093029 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 55093088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3338 TATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAAGTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAG 3397

 55093089 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 55093148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3398 GGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCTCAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCT 3457

 55093149 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 55093208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3458 GGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTACCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCT 3517

 55093209 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 55093268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3518 CAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCCCTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCC 3577

 55093269 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 55093328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3578 TGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACCTGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGAC 3637

 55093329 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 55093388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3638 AGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTCACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCC 3697

 55093389 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 55093448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3698 CACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCTCACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCAT 3757

 55093449 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 55093508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3758 GGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGAGTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAA 3817

 55093509 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 55093568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3818 TTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCAGACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGC 3877

 55093569 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 55093628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3878 CATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATACCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAG 3937

 55093629 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 55093688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3938 CCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCCCATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTG 3997

 55093689 GCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 55093748
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3998 GCTTTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACATAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAAC 4057

 55093749 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 55093808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4058 TTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGCTTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAAC 4117

 55093809 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 55093868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4118 ACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAGGCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTG 4177

 55093869 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 55093928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4178 GGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTGGACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTG 4237

 55093929 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 55093988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4238 CCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAATGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTC 4297

 55093989 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 55094048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4298 GCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCCCTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTT 4357

 55094049 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 55094108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4358 CTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTCGCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGG 4417

 55094109 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 55094168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4418 GTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATGGGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCT 4477

 55094169 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 55094228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4478 GGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGATGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGG 4537

 55094229 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 55094288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4538 TTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCACACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTT 4597

 55094289 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 55094348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4598 TAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGC 4657

 55094349 TGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 55094408
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4658 TGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGTGCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGG 4717

 55094409 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 55094468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4718 CACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAGTATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCA 4777

 55094469 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 55094528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4778 GAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTGAGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGA 4837

 55094529 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 55094588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4838 CCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTTCCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAA 4897

 55094589 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 55094648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4898 AGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTAACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCT 4957

 55094649 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 55094708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4958 CCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCCTACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGC 5017

 55094709 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 55094768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5018 CTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTTTACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCAC 5077

 55094769 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 55094828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5078 CCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTCGGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATA 5137

 55094829 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 55094888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5138 AACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGTTTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAA 5197

 55094889 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 55094948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5198 AGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTTAAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGT 5257

 55094949 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 55095008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5258 GTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTCTGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTT 5317

 55095009 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 55095068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5318 TGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAAGAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAA 5377

 55095069 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 55095128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5378 CAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTTACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTA 5437

 55095129 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 55095188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5438 GCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGGGTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTC 5497

 55095189 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 55095248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5498 AAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTCATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGG 5557

 55095249 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 55095308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5558 GTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTGTCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCT 5617

 55095309 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 55095368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5618 GCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCTCTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCC 5677

 55095369 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 55095428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5678 CGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGGAAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACT 5737

 55095429 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 55095488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5738 CAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCTGGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTA 5797

 55095489 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 55095548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5798 GGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGTCTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATT 5857

 55095549 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 55095608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5858 CTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTGCTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCC 5917

 55095609 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 55095668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5918 TCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTGCCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTA 5977

 55095669 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 55095728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5978 TCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACTTTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAA 6037

 55095729 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 55095788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6038 ACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCACAGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACT 6097

 55095789 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 55095848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6098 TTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGTCACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACA 6157

 55095849 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 55095908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6158 AACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATATAAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCC 6217

 55095909 TCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 55095968
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6218 TCCTCTGTCTCTAACCGAGCAGCCAGCAGGTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGT 6277

 55095969 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 55096028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6278 CTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGACCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTT 6337

 55096029 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 55096088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6338 TTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGGCTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAAT 6397

 55096089 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 55096148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6398 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCAC 6457

 55096149 CC 55096150
          ||
     6458 CC 6459

Alignment time is 6.04277 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3284] =>      3284 nucs 'mol-32-34d4-042710_3284'

Score:        3214
Aligned:      3260        nucs
Identic:      3255 (100%) nucs =>      3128 (100%)       127 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55086594,55089724] EXCISED REGION [55092849,55092975]
 second seq =>  [       1,    3133] EXCISED REGION [    3158,    3284]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3124 nucs [55089725,55092848]
 second seq =>        24 nucs [3134,3157]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55089725,55089725] to [55092848,55092848]
 second seq =>         1 nucs [3134,3134] to [3157,3157]

 55086594 ATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTAT 55086653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTGATGACAAGAAGCTCTGAGGAAGAGGTATGAGATTAGATCTCTGAATGGCCGAGTAT 60

 55086654 GAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAG 55086713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAAGATCATTGTTTTCCATCTGAATACTCAACTAGGGCAAGGGAAGATTTTAATAATCAG 120

 55086714 GTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATG 55086773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTGGGTAGATGACCCATTCTGTGGCTATTAGCCTCCTTCAGCCATTCCTGTAGACTCATG 180

 55086774 AACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTATGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTC 55086833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
      181 AACAAAGTGGCCATGGCGGCGGGGATGGAGGCTACGCATGGGCTTGGCAACATGTGCTTC 240

 55086834 CACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGA 55086893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CACTTACTAAGGGTGACCTGGTCACAGCCACTGCTGAGTGCCCCATCTGCCAGCAGAAGA 300

 55086894 AACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGT 55086953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACAACACTGAGCCCCTAATGTGGCATCACTGCTGAAGAGATCAGCCGGCTACCTGGTGT 360

 55086954 TAGGCTGATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGA 55087013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAGGCTGATTACATTGGACCACTTTTATTATGAGGCAGGCAGCACTGTGTTTTCAATGGA 420

 55087014 ATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACT 55087073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTAACCCTTGCTCTGGACATAGATGTGCCTTCCTTTCCCACAATGCTTCTGCCAAAACT 480

 55087074 AGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAG 55087133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGCATCTGTGGACCTACGGAGTGTCTCATCCATGACTATGGTATTCACAGCAAATGAAAG 540

 55087134 GCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGA 55087193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCAGCAGTGAATTTACACAAGTGGAATTGACTGCTCTCACCATGTTCCCCATCCTCTTGA 600

 55087194 AGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAG 55087253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGCAACTGCCCTGACAGATGGTTGAATGACTGAAAATTCAGTTACAGGGCCAGCTAGGAG 660

 55087254 GGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAAC 55087313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGATAGATTGCAGGGCTGGGGTGCTGCCCTCCAGTATGTGGTACATGCTCTAAATCAAC 720

 55087314 CGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAA 55087373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGCCTTGTTTCTCCCATACCCAGGATTCATGAGTCCAGTTATCAAGGGATAAAAATGAAA 780

 55087374 GCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCT 55087433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCGACTCCTCTCACTGTTAACCCTAGTGATCCAGTGGTAGAATTTTTGCTTCCCATCCCT 840

 55087434 GCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTA 55087493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCAACTTTAGGTTTTGCTGGTCTAGAGGTCTTAGTTACAACGGGAGAAATGTTTTCTCTA 900

 55087494 GGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGG 55087553
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
      901 GGAGACACAGCAGATAATCCGTGGAACTGGAGCTTGAAGCCACCATCTGGCCTCTTTGGA 960

 55087554 CACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATG 55087613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACTGCATCAACAGGCAAAGTGCTGTCTGCAGTGATTGATCTGACTATCAAGAGGAAATG 1020

 55087614 GGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCC 55087673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGGTTGCTCCTACACAATGGACGTAAGAAGGAAGAATGCAGGAGATCCTTTGGGGCACCC 1080

 55087674 CCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGA 55087733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCTAGTACTGCCATATCCTGTGATTAAGGTCAATGGAGAGCTACAACAACCCAATTAAGA 1140

 55087734 CCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCAC 55087793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCGCTAATGGCCCAGACCCTTCACAAAAGATTTAAGTCATTCCATCAGGCAAAAAGCCAC 1200

 55087794 GACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCA 55087853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GACCAACTGAAGTGCTTGCCGAGGGCAAAAGATACGCAGAATAAATCATAGATGAGGGCA 1260

 55087854 GTCATAAGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGT 55087913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTCATAAGTACTATGACCTTGTGACCCACTGTAGAAACGAGGACTGTAATAATTATGAGT 1320

 55087914 ATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTT 55087973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTTCTTTCTTCTTTTGATGTGAATCTATTTTAATAAATATTAACAAAAAAACTTTTTTT 1380

 55087974 TTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCA 55088033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTGAGACAGGGTTATGCTCTGTCAACCAGGCTGAAGTGCAGTGGCACAATCACAGCTCA 1440

 55088034 CTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCA 55088093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTGCAGCCTTCACCCCCCACCTCCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCGCCCCCA 1500

 55088094 GTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAG 55088153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTAGCTGGGACTGCAGGCATGCACCACCATACCCAGCTAATTTCTGTATTTTTTGTAGAG 1560

 55088154 ATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCC 55088213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATGAAGTTTTACCATGTTGCCCAGGCTAGTCTGAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCTGCCC 1620

 55088214 GCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACA 55088273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GCCTCTGCCTCCCAAAATGCTCTGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATAAGCCACA 1680

 55088274 GCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGAT 55088333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GCTGCATCTGGTGAACCAAATATTTTTGTTTTTATCTCTCATTCCTTTATCGTCTCTGAT 1740

 55088334 GTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCA 55088393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTGCTAATAGTATTTAACCTTTTTTGTTTTTCTTTTTTAAGACAGGGTCTTGCTCTGTCA 1800

 55088394 CCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCA 55088453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCGAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCACGGCTCACTGCAGCCTCAATCTCCTGGGCTCA 1860

 55088454 AACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTT 55088513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AACGATCCTCCCAGGTAGCTGTGACTGCAGGTGCATACCATTGTGCCTGGCTTTTTTTTT 1920

 55088514 TTTTTTTTTTTTTT--GAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCT 55088571
          ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTGTTGCTATGTTACCCAGGCTGGTCTTCAACTCCT 1980

 55088572 GGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATA 55088631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGCTTAAAGCAATCCTCGCAGCTTGGCCTCCCAAAATGCTTGTACCTAACTTTACATATA 2040

 55088632 AATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCA 55088691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AATATTTATATTACAAGATGTCAAGGAAGGAATGTGAAACAGCTAGTAAAAGAATGAGCA 2100

 55088692 TCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTG 55088751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCATCCAAAGACAAAAAGTGGACTCTGATTCTCTTCTGGGGAAAAAGATGTGTATTTCTG 2160

 55088752 GGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATT 55088811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGTATAGGAAGGACAGTTGTGTCATGGTAAGCAGAGTATGACTTTGTTATTGACTTTATT 2220

 55088812 TGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTG 55088871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGGAGATTAAGTGTGGTTTAAGGCAATGTTATGGGTGCCAAGTTGACAAGGGGTGGACTG 2280

 55088872 TAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGT 55088931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TAGTGTTTTTGTAATGTTTCAACTTGCCTAGGCTAACTTTTTCAGAATTACCTTTCTTGT 2340

 55088932 ATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTG 55088991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATGTTTCTGATTAGGGTGGCCCACAAGAGAAATTCTTCGGAAAATGTGGAGGGTGAAGTG 2400

 55088992 AAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTG 55089051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AAGCAGCAACAGTTTTTCATTCATGCATGTTATCGTTTTTCTGCTGGCTCAGCTCAGCTG 2460

 55089052 AGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGG 55089111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AGCTCAGCTGCTCCCCCTTCCCCCGGATCCTCCTAGAGCATGTCTGCTTCCCGGGCCAGG 2520

 55089112 TGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACT 55089171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGAGTGTGCTTAGCACTAAGAGGGACCCAAGAACTGACATGCGTTTCAGTCCCATGGACT 2580

 55089172 CCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTT 55089231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CCATCTCTTGCTTGTGGGATTCACATTGTTCTTGTCCTTCTCCACTTTACATTCCTTGTT 2640

 55089232 CCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGC 55089291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CCTTCCTGACTGCTTGCCCTGTGTACTTCAATCTCCAGCATCAGATTTGGAGACAAAAGC 2700

 55089292 CTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCC 55089351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CTTATGAAGACTTCTTAACCAGCTCCACACTGCATAAGTCAAATCCCTGTTACACCTTCC 2760

 55089352 CCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAA 55089411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 CCCATACGCACGGCTGTGCACATGCAAACACGCACACACCGTTCTGCTTCTGAAATTGAA 2820

 55089412 TCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCC 55089471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TCCTTTTTTATTTTTGAGATAGAGTCACTCAGGCTTTAGGGCAGTGGTGCGATCACAGCC 2880

 55089472 GCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTA 55089531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GCCTCGAACTTCTGGGCTCAAGCCATCCTCCTGCCTCGGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTA 2940

 55089532 TCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTAT 55089591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TCGGTGCGTGCTACCACTCCCAGCTAATTCTTTTATTTATTTATATATTTATATATTTAT 3000

 55089592 TTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATG 55089651
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTATTTACTTATTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATG 3060

 55089652 ATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCC 55089711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ATCTCGGTTCACTGCTACCTCTGCCTCCTGGATTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCCCC 3120

 55089712 CGAGTAGCTGGGA 55089724
          |||||||||||||
     3121 CGAGTAGCTGGGA 3133

EXCISED REGION

 55092849 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 55092908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3158 GGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTC 3217

 55092909 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 55092968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3218 AATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCAT 3277

 55092969 GAGCCAC 55092975
          |||||||
     3278 GAGCCAC 3284

Alignment time is 3.53667 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55079724,55102848] =>     23125 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4457] =>      4457 nucs 'mol-32-34d4-087431_4457'

Score:        4435
Aligned:      4457        nucs
Identic:      4455 (100%) nucs =>       697 (100%)      3758 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55091638,55092334] EXCISED REGION [55092338,55096097]
 second seq =>  [       1,     697] EXCISED REGION [     698,    4457]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55092335,55092337]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [55092335,55092338] to [55092338,55092341]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55092333,55092334] to [55092338,55092339]
 second seq =>         2 nucs [696,697] to [698,699]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55091638 TTAATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGA 55091697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAATTTCCTTGAGAGCGAGAAAAGTATTTGTAGTTTCCCAGTGCAAAGCTTCCAAGGGA 60

 55091698 TGTTCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTT 55091757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTTCCTCATTTATCTTTTGTGCTTTGTGTTAATTTCCTCCATTTTAGTTGCAGGTGTTT 120

 55091758 TTTCCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTA 55091817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTCCCTATGTTTATGTGTTTGCTTTTTTATGTGTCTGTATCTTTGAATGAGGGCAGTTA 180

 55091818 TATAATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAG 55091877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATAATCATCTAATTGATTATCTGGTTATTTTTCAGATTGTCCACTTAATTCTTATTCAG 240

 55091878 GAAGCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGT 55091937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAAGCCTAGATGTGGCGGAGCTATATGGTCCTCACAGTTCTTCAGTTGCCTAAGGGCGGT 300

 55091938 GAATGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTT 55091997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAATGCCCAGCTCTTGGATAATAATTATTGGGAACTTATTTCCTGTGTCCCTTAGGACTT 360

 55091998 AGGGAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAG 55092057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGGAGTGTTTCCTTCCTAATGACATGAGTGCTCAGAATTTGTTGTGTTCCCAGCTTCAG 420

 55092058 GATGAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTT 55092117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GATGAACCCAAAACTTTGGTAAGATGCAAAGTCCATGATAAATCCAGGGACTCCTTATTT 480

 55092118 GATGAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTG 55092177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GATGAATATATTAGTTATCTATTACTGTATAAAAAATTACGCAGAAGGCCAGGCATGCTG 540

 55092178 GCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAG 55092237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTCATGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAAGCCAAGGTGGAAGGGTTGCTTGAAGCCAG 600

 55092238 GAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAAT 55092297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAGTTCAAAACAAGCCTGGTTAATATAGCGAGGCCCTGTCCCTATTAATTTTTAAAAAAT 660

 55092298 TAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 55092334
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAAAATAAATAAAATACCCAGAAACTTGGTGGCTTAA 697

EXCISED REGION

 55092338 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 55092397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      698 AACATTTATTATCTGACGGTTTCTGTATGTGAGGAGTCCACCTGTGGCTTAGCTGGGTCC 757

 55092398 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 55092457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      758 TCTACTTTAGGACCTCTACAAGACTGCAATCAAGGGTTGGCCAGGGCAGCAGTCATCTCA 817

 55092458 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 55092517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      818 AGGCCCAACTAGGGTAGAATGTGGTTCCAAGTTCAGCCATGAGGTTATTGGCACGATTCG 877

 55092518 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 55092577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      878 CTTCCTCATAGGCTGTTGGGCTGAAGGACTCCCTTAATTACTTGTCATGTGGACCCTTCC 937

 55092578 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 55092637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      938 ATGGGCAGCTCACAATATGGCAGCTGGCTTCATCAGATAGACACAGAGAAAGAAAGAGTG 997

 55092638 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 55092697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      998 AGAGAGCCAGAGAGAGAGAGCATGGGCAAATGTGCAAGACAAAGGTCACGATCTTTTTTT 1057

 55092698 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 55092757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1058 TTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCCCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCG 1117

 55092758 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 55092817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1118 GCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCCAGTA 1177

 55092818 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 55092877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1178 GCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 1237

 55092878 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 55092937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1238 GGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCT 1297

 55092938 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 55092997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1298 CGGCTTCCCAAAGTGTTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCTGGCCTAGGTCATGAT 1357

 55092998 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 55093057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1358 CTTTTATAATGAAATCTCAGAAGTGACATCTTATTACTTTTGCCTCTTCTTTAGAAGCAA 1417

 55093058 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 55093117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1418 GTCTTTAGGGAGGACTTAGAAACAAGAAAAGGGGAAGAAATCTTTTCTCTCCCAGCTCCT 1477

 55093118 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 55093177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1478 CAACCCTCAACACTGAATGTTCCATGTGCCTGGCTTTCTGGAAACCTCCTGCCCCTTCTA 1537

 55093178 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 55093237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1538 CCTAGCTGCTTTCTGATTTCTCTTCAGCTCTCAGAATAAATATGAATCTCTCAAGAAGCC 1597

 55093238 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 55093297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1598 CTCTCTGATCCCCCAAGCTAAGGTAGAACCCTGTTTTGCTCACTCTCTAAGCACTCTACC 1657

 55093298 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 55093357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1658 TGTACTTTGTAATCCTCAGTCTTCTTAAGACAGAGTAGAAACAGGGCTCGGTTTCAGCTC 1717

 55093358 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 55093417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1718 ACCTGCTCTAGAGCATTCTTTCATGCATCCCCACTGATCCCAAAACCCACACCACTACCT 1777

 55093418 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 55093477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1778 CACTCCTCTTTTACTTAAAGAATTCCAGCATGGTTCTTAGGAGATAATGAAGGTTGTGGA 1837

 55093478 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 55093537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1838 GTGTCCCACCTAGGGAAGGGATGCTGCACAATTGATTTGCAGCCTTGTTGCTGCAGGCCA 1897

 55093538 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 55093597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1898 GACCACCAAGTGGCCCATTACTCAAGATAGCCATCGCAACTAGATATGCTGCCTTGCATA 1957

 55093598 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 55093657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1958 CCCCACCCCTCACCGGCTTTGCTCAGCCCAGCCTACATAACCTACCCTGCTGTCAATGCC 2017

 55093658 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 55093717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2018 CATGCTTTGCATAATAAAAAAAGCCCTACTGGCTCTCTATGCCTCGCTTACCTCAGGACA 2077

 55093718 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 55093777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2078 TAAGCTCCAAGGAGGCCTTGTCTGGGAAAACTTTTTCAGGCTCAGGTCAATTTCTATTGC 2137

 55093778 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 55093837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2138 TTTGAGAGCCCAAGAACCCATGGTTGGTAACACGTTCTTTGAGGGCTCATCTGGGATCAG 2197

 55093838 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 55093897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2198 GCTACATGGGGAGATTTTTCTTCTGCTAGTGGGGAGACTTGAGGGCTGATGGGACTGCTG 2257

 55093898 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 55093957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2258 GACAATATCCCTTAGTGGCTGACAGCAGCTGCCTGAACTTTTGACTCAGTGTCACCACAA 2317

 55093958 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 55094017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2318 TGGATCAGTCTCCAGCCCCTTGGAACACCTCGCCCAAACCTCAAGGCAACACTTTTCTCC 2377

 55094018 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 55094077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2378 CTTCCTTTTCTCTGTCTTTCCTATCCCTTTTCTATTTTTTTCTGTCATTTGGGGTGCTTC 2437

 55094078 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 55094137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2438 GCCCCTCCTCTTCTAATCCCTTCTGGTTTGGGTTGCCTTATTAGACATCCATGAGGGATG 2497

 55094138 GGTTGACATGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 55094197
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2498 GGTTGACGTGATTTTCCTGATTTACTGGTCTGGGTCACTTGAATAAACATCCACACAGGA 2557

 55094198 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 55094257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2558 TGAATTAAAAGGGTTGACCATCCAGTTCTGGTTAACCCAGCAGGCAGTGGGATGAGTCAC 2617

 55094258 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 55094317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2618 ACCCATCCCCTGGCCTAAATTGATTTGAGTTTAAGTCCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTC 2677

 55094318 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCCGAGACAGGGT 55094377
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     2678 TTTGGGAGTCTGTCCAAATGTGTAGTCCTGCTGGTTTGGGGAGACTGCCTGAGACAGGGT 2737

 55094378 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 55094437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2738 GCCAGAAACGCCCAGCTAGCTTTCAGGAAGGCACCAGGGAGGCCTGGGTGTGACGGTCAG 2797

 55094438 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 55094497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2798 TATTGGTTTTCTAAACACTGAGGAAAGTTCAGAACACAAACCGTTAATGTCAAGCCTCTG 2857

 55094498 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 55094557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2858 AGCCCAAGCTAAGCCATCATATCCCCTATGACCTGCACGTACACATCCAGATGGCCGGTT 2917

 55094558 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 55094617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2918 CCTGCCTTAACTGATGACATTCCACCACAAAAGAAATGAAAATGGCCTGTTACTGCCTTA 2977

 55094618 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 55094677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2978 ACTGATGGCATTATCTTGTGAAATTCCTTCTCCTGGCTCATCCTGGCTCAAAAGCTCCCC 3037

 55094678 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 55094737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3038 TACTGAGCACCTTGTGACCCCCCACTCCTGCCTGCCAGAGAACAACCCCCCTTTTTCCTT 3097

 55094738 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 55094797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3098 TACCTACCCAAATCCTATGAAACGGCCCCACCCCTATCTCCCTTCGCTGACTCTCTTTTC 3157

 55094798 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 55094857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3158 GGACTCAGCCCGCCTGCACCCAGGTGAAATAAACAGCCATGTTGCTCACACAAAGCCTGT 3217

 55094858 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 55094917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3218 TTGGTGGTCTCTTCACACAGACGCGAGTGAAAGTTAACTTACTACAAAATTAAGAAATTT 3277

 55094918 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 55094977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3278 AAGAGGCTTTGGCCTGTGGTTCTAAGATAGTGTTATGGGATCTTTGGGGTGTCACTTTTC 3337

 55094978 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 55095037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3338 TGGCTGGAAACCTCTGTGCTGGTGGCCCCTTTGACCGGGTTCTTGTCCTGAGTCCAGGAA 3397

 55095038 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 55095097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3398 GAATGAGGTACAGAGACAAGTGGAAGGTGAACAAGATAAAGAGGAGCTTTATTGAGTGTT 3457

 55095098 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 55095157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3458 ACAACAGCTCAGAGGAGACCTGCAGTGGGTAGCTCCTCTGTAGGCAGGTCTTCTCGTCGG 3517

 55095158 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 55095217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3518 GTGTTCAGCTCTCAGCACAGAGGAGGCCCTCAAGAGGGAAGCTCCACTCTGCAACTGGTC 3577

 55095218 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 55095277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3578 ATCCTGAAGTCTGTGGCTCTCAGCAGAGAGGGTAGCTCCTCTCTGCAGCTGATCATCCTG 3637

 55095278 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 55095337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3638 TCATCTCCAGCTCTCAGAAGAGTGGGTAGCTGCTCTCTGCAGCTGGTCATCCCATCATCT 3697

 55095338 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 55095397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3698 CTCCATCCTCTGCCCTGCTCTGGCTGAGCCCCGGGCTTTTATGGATCTCAGAGGGGGAGG 3757

 55095398 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 55095457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3758 AAGTGTATGCCGATTGGTACATGGGCCAACTCAGAAGAGGCACCACAAGTCCCCACTCCT 3817

 55095458 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 55095517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3818 GGGGGCTCAGGAAGGCCCCCCTGCCCTTTTAGGCTCAGAAGTGCCTGCCCTTCTGCCGGT 3877

 55095518 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 55095577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3878 CTTCTCCCTGCTGTTGGCTCCCGCTCCAATTCTGCCATGATGCCTGTTAGAGACAAACTG 3937

 55095578 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 55095637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3938 CTCCAAAAAGCTTCTTGGTGCTGCCCGCCCCTCCCCACTCTGCAACTCCTCTCCATGCTG 3997

 55095638 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 55095697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3998 CCCCAAGCCTCTTTACATTTCTAAGCCCTTATCTAGGCACTGCAGTGAACCCGGCAGACT 4057

 55095698 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 55095757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4058 TTACCTATCAGGACTTGCTGCTATAAAGCAAACCCCAATTACAAACCATCCAGACCCCAC 4117

 55095758 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 55095817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4118 AGGGGGAGGTCATGGGAAGCATCAACAAACTTTACCTACATCCTCCGGTACCATAAATGT 4177

 55095818 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 55095877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4178 CACAGGTGATATGTGGCAGAGTTAACCAACAAACGACCCTGGGGTCTCTCTCCCCCATAT 4237

 55095878 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 55095937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4238 AAACCCCTCATTTTGTAAACTCAGGGCTGCCTCCTCTGTCTGTAACCGAGCAGCCAGCAG 4297

 55095938 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGA 55095997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4298 GTTCAATAAACTTACTTGCCTGAACTTGGGTCTCTCTCTCTCGTCCTTTCTCTCAGCTGA 4357

 55095998 CCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGG 55096057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4358 CCTTACAATGCCCGGCTAATTTTTGCATTTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTGGG 4417

 55096058 CTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAATGATCCACCT 55096097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4418 CTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGATCTCAAATGATCCACCT 4457

Alignment time is 4.41006 s

