
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2086] =>      2086 nucs 'mol-32-1f21-163314_2086'

Score:        1971
Aligned:      2029        nucs
Identic:      2018 ( 99%) nucs =>       162 (100%)      1856 ( 99%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20662426,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664927]
 second seq =>  [      67,     228] EXCISED REGION [     229,    2086]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20662426 CCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTT 20662485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       67 CCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTT 126

 20662486 TTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTC 20662545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      127 TTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTC 186

 20662546 ACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      187 ACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 228

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      229 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 288

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      289 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 348

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
      349 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 400

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      401 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 460

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      461 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 520

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      521 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 580

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      581 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 640

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      641 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 700

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      701 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 760

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      761 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 820

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      821 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 880

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      881 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 940

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      941 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 1000

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1001 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 1060

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1061 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 1120

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1121 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 1180

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1181 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 1240

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1241 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 1300

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 1360

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1361 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 1420

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 1480

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 1540

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 1600

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 1660

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 1720

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 1780

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 1840

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     1841 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 1899

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1900 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 1959

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1960 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 2019

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 20664920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2020 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 2079

 20664921 TTCTGCC 20664927
          |||||||
     2080 TTCTGCC 2086

Alignment time is 1.92159 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2833] =>      2833 nucs 'mol-32-1f58-137186_2833'

Score:        2728
Aligned:      2841        nucs
Identic:      2825 ( 99%) nucs =>      2083 (100%)       742 ( 99%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20660499,20662587] EXCISED REGION [20663061,20663812]
 second seq =>  [       1,    2089] EXCISED REGION [    2090,    2833]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20660499 AAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACA 20660558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
        1 AAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCACAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACA 60

 20660559 TAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAG 20660618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAG 120

 20660619 CTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGC 20660678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGC 180

 20660679 TAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGA 20660738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGA 240

 20660739 GGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAA 20660798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAA 300

 20660799 TAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACT 20660858
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGTTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACT 360

 20660859 ACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGAC 20660918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGAC 420

 20660919 TGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACT 20660978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACT 480

 20660979 TGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATT 20661038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATT 540

 20661039 TGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTC 20661098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTC 600

 20661099 CCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCA 20661158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCA 660

 20661159 TCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTT 20661218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTT 720

 20661219 CTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 20661278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 780

 20661279 CATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGC 20661338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGC 840

 20661339 CTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTT 20661398
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTT 900

 20661399 AGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATA 20661458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATA 960

 20661459 TGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTA 20661518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTA 1020

 20661519 TAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACT 20661578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACT 1080

 20661579 GATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTC 20661638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTC 1140

 20661639 ATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAA 20661698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAA 1200

 20661699 TTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATC 20661758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATC 1260

 20661759 TGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGA 20661818
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGA 1320

 20661819 TACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTG 20661878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTG 1380

 20661879 GCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGA 20661938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGA 1440

 20661939 TTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTC 20661998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTC 1500

 20661999 TTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATT 20662058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATT 1560

 20662059 AAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATT 20662118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATT 1620

 20662119 CAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTT 20662178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1621 CAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCATTT 1680

 20662179 TTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCC 20662238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCC 1740

 20662239 CAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAG 20662298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAG 1800

 20662299 TAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGA 20662358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGA 1860

 20662359 GACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCC 20662418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCC 1920

 20662419 GCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGT 20662478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGT 1980

 20662479 TTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATC 20662538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATC 2040

 20662539 TCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 2089

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 2149

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 2209

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     2210 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 2261

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2262 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 2321

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2322 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 2381

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2382 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 2441

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2442 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 2501

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2502 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 2561

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2562 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 2621

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2622 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 2681

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2682 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 2741

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2742 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 2801

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATAC 20663812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2802 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATAC 2833

Alignment time is 2.39371 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2594] =>      2594 nucs 'mol-32-20fa-085044_2594'

Score:        2594
Aligned:      2594        nucs
Identic:      2594 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20662519,20665112]
 second seq =>  [       1,    2594]

 20662519 TAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATT 20662578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATT 60

 20662579 CTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAA 20662638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAA 120

 20662639 TTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCT 20662698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCT 180

 20662699 GACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCA 20662758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCA 240

 20662759 CCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTC 20662818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTC 300

 20662819 CCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAAT 20662878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAAT 360

 20662879 CTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTG 20662938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTG 420

 20662939 AAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGT 20662998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGT 480

 20662999 GAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGC 20663058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGC 540

 20663059 CTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGT 20663118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGT 600

 20663119 ATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTC 20663178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTC 660

 20663179 AGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 20663238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 720

 20663239 CCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCA 20663298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCA 780

 20663299 CTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGA 20663358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGA 840

 20663359 GGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTC 20663418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTC 900

 20663419 TTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTG 20663478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTG 960

 20663479 TGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTG 20663538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTG 1020

 20663539 GCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACT 20663598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACT 1080

 20663599 ATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGT 20663658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGT 1140

 20663659 TGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCA 20663718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCA 1200

 20663719 CTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCT 20663778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCT 1260

 20663779 AAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTA 20663838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTA 1320

 20663839 TTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGA 20663898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGA 1380

 20663899 CAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAG 20663958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAG 1440

 20663959 CCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTAC 20664018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTAC 1500

 20664019 ATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACT 20664078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACT 1560

 20664079 ATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCC 20664138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCC 1620

 20664139 AAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATAT 20664198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATAT 1680

 20664199 GATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGT 20664258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGT 1740

 20664259 GAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAAT 20664318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAAT 1800

 20664319 TGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATAT 20664378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATAT 1860

 20664379 TTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGG 20664438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGG 1920

 20664439 CTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATC 20664498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATC 1980

 20664499 ACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAA 20664558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAA 2040

 20664559 AAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGC 20664618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGC 2100

 20664619 AGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTT 20664678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTT 2160

 20664679 CAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACT 20664738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACT 2220

 20664739 GTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAG 20664798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAG 2280

 20664799 GTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGC 20664858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGC 2340

 20664859 TTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAAT 20664918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAAT 2400

 20664919 TCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTA 20664978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTA 2460

 20664979 ATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCT 20665038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCT 2520

 20665039 CATCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCC 20665098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CATCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCC 2580

 20665099 ATGGTGCCCCGCCT 20665112
          ||||||||||||||
     2581 ATGGTGCCCCGCCT 2594

Alignment time is 1.64746 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4922] =>      4922 nucs 'mol-32-211b-045468_4922'

Score:        4733
Aligned:      4934        nucs
Identic:      4910 (100%) nucs =>      3230 (100%)      1680 ( 99%)
Gaps:           12 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20659346,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664752]
 second seq =>  [       1,    3239] EXCISED REGION [    3240,    4922]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20659346 ATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAG 20659405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAG 60

 20659406 TGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAA 20659465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAA 120

 20659466 GAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTT 20659525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTT 180

 20659526 CTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAA 20659585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAA 240

 20659586 AAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGA 20659645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
      241 AAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATATTGGAGAGAGAGA 300

 20659646 CATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAA 20659705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAA 360

 20659706 AGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTC 20659765
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTGGGTAGAT-ACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTC 419

 20659766 CATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCA 20659825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 CATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCA 479

 20659826 GCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGG 20659885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 GCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGG 539

 20659886 CCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGC 20659945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 CCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGC 599

 20659946 ACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGC 20660005
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      600 ACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGC 659

 20660006 AAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAA 20660065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 AAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAA 719

 20660066 TCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCA 20660125
          |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 TCCATCTCAAAAAAAAAAAA-TGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCA 778

 20660126 AACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATG 20660185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 AACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATG 838

 20660186 GAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGA 20660245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 GAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGA 898

 20660246 TATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCC 20660305
          |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
      899 TATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTT-GAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCC 957

 20660306 AGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGT 20660365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      958 AGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGT 1017

 20660366 GATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGC 20660425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1018 GATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGC 1077

 20660426 ACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAAT 20660485
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1078 ACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAGCATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAAT 1137

 20660486 ACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAA 20660545
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1138 ACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCACAGAGTAGTAA 1197

 20660546 GAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTA 20660605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1198 GAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTA 1257

 20660606 TTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTC 20660665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1258 TTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTC 1317

 20660666 AGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTC 20660725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1318 AGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTC 1377

 20660726 AGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGG 20660785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1378 AGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGG 1437

 20660786 AGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTG 20660845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1438 AGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGTTGCAGTTAAGCTCTG 1497

 20660846 TGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAG 20660905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 TGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAG 1557

 20660906 TCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAAT 20660965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 TCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAAT 1617

 20660966 GTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCC 20661025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 GTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCC 1677

 20661026 CTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGT 20661085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 CTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGT 1737

 20661086 GTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACAT 20661145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 GTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACAT 1797

 20661146 ATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATT 20661205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 ATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATT 1857

 20661206 CTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGC 20661265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 CTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGC 1917

 20661266 TGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATT 20661325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATT 1977

 20661326 CTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAA 20661385
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1978 CTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAA 2037

 20661386 TTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCC 20661445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 TTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCC 2097

 20661446 TGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCAC 20661505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 TGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCAC 2157

 20661506 TGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCAT 20661565
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2158 TGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCAT 2217

 20661566 AACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCT 20661625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 AACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCT 2277

 20661626 AAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATAT 20661685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 AAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATAT 2337

 20661686 TAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGT 20661745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 TAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGT 2397

 20661746 TTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAAC 20661805
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 TTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAAC 2457

 20661806 ATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGA 20661865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 ATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGA 2517

 20661866 AGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTT 20661925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 AGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTT 2577

 20661926 TTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTT 20661985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 TTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTT 2637

 20661986 CTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATG 20662045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 CTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATG 2697

 20662046 TTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTA 20662105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 TTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTA 2757

 20662106 AGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTG 20662165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 AGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTG 2817

 20662166 TTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGC 20662225
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 TTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGC 2877

 20662226 AGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCC 20662285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 AGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCC 2937

 20662286 TCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTG 20662345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 TCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTG 2997

 20662346 TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAG 20662405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAG 3057

 20662406 AGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCAC 20662465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 AGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCAC 3117

 20662466 CTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTG 20662525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 CTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTG 3177

 20662526 CATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGC 20662585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 CATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGC 3237

 20662586 CG 20662587
          ||
     3238 CG 3239

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 3299

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 3359

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     3360 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 3411

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3412 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 3471

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3472 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 3531

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3532 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 3591

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3592 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 3651

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3652 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 3711

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3712 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 3771

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3772 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 3831

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     3832 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGGCATTAGCACT 3891

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3892 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 3951

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3952 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 4011

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4012 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 4071

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4072 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 4131

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4132 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 4191

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4192 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 4251

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4252 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 4311

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4312 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 4371

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4372 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 4431

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4432 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 4491

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4492 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 4551

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4552 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 4611

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4612 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 4671

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4672 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 4731

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4732 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 4791

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4792 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 4851

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     4852 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 4910

 20664741 TTCTACTCTTCA 20664752
          ||||||||||||
     4911 TTCTACTCTTCA 4922

Alignment time is 4.16957 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3763] =>      3763 nucs 'mol-32-21ec-006755_3763'

Score:        3622
Aligned:      3765        nucs
Identic:      3752 (100%) nucs =>      3708 (100%)        44 ( 98%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658868,20662587] EXCISED REGION [20663061,20663105]
 second seq =>  [       1,    3718] EXCISED REGION [    3719,    3763]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658868 GTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTA 20658927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTA 60

 20658928 GGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGG 20658987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGG 120

 20658988 TATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCA 20659047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCA 180

 20659048 AATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGC 20659107
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
      181 AATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTCTAATCCTAGC 240

 20659108 ACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGC 20659167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGC 300

 20659168 AACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAA 20659227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAA 360

 20659228 GGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCA 20659287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCA 420

 20659288 TTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAT 20659347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAT 480

 20659348 TCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTG 20659407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTG 540

 20659408 CACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGA 20659467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGA 600

 20659468 AAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCT 20659527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCT 660

 20659528 TTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAA 20659587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAA 720

 20659588 AGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACA 20659647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      721 AGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATATTGGAGAGAGAGACA 780

 20659648 TAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAG 20659707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAG 840

 20659708 TGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCA 20659767
          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGGGTAGAT-ACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCA 899

 20659768 TTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGC 20659827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGC 959

 20659828 ACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCC 20659887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 ACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCC 1019

 20659888 AACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCAC 20659947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCAC 1079

 20659948 GCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAA 20660007
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1080 GCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAA 1139

 20660008 ATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATC 20660067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 ATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATC 1199

 20660068 CATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAA 20660127
          |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 CATCTCAAAAAAAAAAAA-TGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAA 1258

 20660128 CAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGA 20660187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGA 1318

 20660188 AGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATA 20660247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 AGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATA 1378

 20660248 TTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAG 20660307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAG 1438

 20660308 GCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGA 20660367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 GCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGA 1498

 20660368 TTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCAC 20660427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCAC 1558

 20660428 AAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATAC 20660487
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 AAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAGCATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATAC 1618

 20660488 CATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGA 20660547
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     1619 CATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCACAGAGTAGTAAGA 1678

 20660548 GATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATT 20660607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 GATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATT 1738

 20660608 CTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAG 20660667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 CTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAG 1798

 20660668 AATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAG 20660727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAG 1858

 20660728 GTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAG 20660787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 GTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAG 1918

 20660788 AGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTG 20660847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1919 AGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGTTGCAGTTAAGCTCTGTG 1978

 20660848 GCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTC 20660907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 GCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTC 2038

 20660908 TCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGT 20660967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGT 2098

 20660968 TAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCT 20661027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 TAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCT 2158

 20661028 TTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGT 20661087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 TTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGT 2218

 20661088 CCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATAT 20661147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 CCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATAT 2278

 20661148 GTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCT 20661207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 GTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCT 2338

 20661208 TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTG 20661267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 TTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTG 2398

 20661268 GAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCT 20661327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 GAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCT 2458

 20661328 CCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATT 20661387
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2459 CCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATT 2518

 20661388 TTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTG 20661447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 TTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTG 2578

 20661448 ACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTG 20661507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 ACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTG 2638

 20661508 CACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAA 20661567
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2639 CACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAA 2698

 20661568 CAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAA 20661627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 CAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAA 2758

 20661628 GACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTA 20661687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 GACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTA 2818

 20661688 GAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTT 20661747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 GAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTT 2878

 20661748 GGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACAT 20661807
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 GGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACAT 2938

 20661808 ACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAG 20661867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 ACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAG 2998

 20661868 TAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTT 20661927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 TAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTT 3058

 20661928 TTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCT 20661987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 TTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCT 3118

 20661988 GATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTT 20662047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 GATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTT 3178

 20662048 ATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAG 20662107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 ATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAG 3238

 20662108 GGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTT 20662167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 GGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTT 3298

 20662168 TGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAG 20662227
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 TGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAG 3358

 20662228 TGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTC 20662287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 TGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTC 3418

 20662288 AGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTA 20662347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 AGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTA 3478

 20662348 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAG 20662407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAG 3538

 20662408 TGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCT 20662467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 TGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCT 3598

 20662468 GGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCA 20662527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 GGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCA 3658

 20662528 TTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 TTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 3718

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCT 20663105
          |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     3719 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCT 3763

Alignment time is 2.73005 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2778] =>      2778 nucs 'mol-32-2218-049465_2778'

Score:        2707
Aligned:      2787        nucs
Identic:      2774 (100%) nucs =>       834 (100%)      1940 ( 99%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20661752,20662587] EXCISED REGION [20663061,20665011]
 second seq =>  [       1,     836] EXCISED REGION [     837,    2778]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20661752 AGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAG 20661811
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAG 60

 20661812 GTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAA 20661871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAA 120

 20661872 AGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTT 20661931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTT 180

 20661932 TTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATG 20661991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATG 240

 20661992 CCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTA 20662051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTA 300

 20662052 ATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGA 20662111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGA 360

 20662112 ATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTT 20662171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTT 420

 20662172 TCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGC 20662231
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGC 480

 20662232 GCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC 20662291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC 540

 20662292 TCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTT 20662351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTT 600

 20662352 TAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGA 20662411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGA 660

 20662412 TCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGC 20662471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGC 720

 20662472 CGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGG 20662531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGG 780

 20662532 TGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 836

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      837 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 896

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      897 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 956

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
      957 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 1008

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1009 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 1068

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1069 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 1128

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1129 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 1188

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1189 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 1248

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1249 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 1308

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1309 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 1368

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1369 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 1428

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1429 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 1488

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1489 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 1548

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 1608

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1609 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 1668

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 1728

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1729 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 1788

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 1848

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1849 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 1908

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1909 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 1968

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1969 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 2028

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2029 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 2088

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2089 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 2148

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2149 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 2208

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2209 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 2268

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2269 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 2328

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2329 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 2388

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2389 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 2448

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     2449 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 2507

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2508 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 2567

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2568 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 2627

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 20664920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2628 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 2687

 20664921 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAAT 20664980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2688 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAAT 2747

 20664981 ATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCA 20665011
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     2748 ATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCA 2778

Alignment time is 1.9945 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4199] =>      4199 nucs 'mol-32-22c8-033155_4199'

Score:        4188
Aligned:      4199        nucs
Identic:      4198 (100%) nucs =>       738 (100%)      3460 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20660813,20661550] EXCISED REGION [20661552,20665012]
 second seq =>  [       1,     738] EXCISED REGION [     740,    4199]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [739,739]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [20664714,20664714]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [737,739] to [738,740]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [20661550,20661550] to [20661552,20661552]
 second seq =>         1 nucs [738,738] to [740,740]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20660813 TTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTT 20660872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTT 60

 20660873 TTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATT 20660932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATT 120

 20660933 TGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCC 20660992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCC 180

 20660993 GCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGC 20661052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGC 240

 20661053 TAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGT 20661112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGT 300

 20661113 TGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCC 20661172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCC 360

 20661173 AGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTT 20661232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTT 420

 20661233 TTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTC 20661292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTC 480

 20661293 ACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTG 20661352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTG 540

 20661353 GGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGT 20661412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGT 600

 20661413 TTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCC 20661472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCC 660

 20661473 TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTT 20661532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTT 720

 20661533 TTCAGCCTCTAGGTTTGG 20661550
          ||||||||||||||||||
      721 TTCAGCCTCTAGGTTTGG 738

EXCISED REGION

 20661552 GCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGT 20661611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      740 GCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGT 799

 20661612 AAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATA 20661671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      800 AAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATA 859

 20661672 TTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTT 20661731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      860 TTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTT 919

 20661732 TTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGG 20661791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      920 TTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGG 979

 20661792 AGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGA 20661851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      980 AGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGA 1039

 20661852 GATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGC 20661911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1040 GATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGC 1099

 20661912 GTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAA 20661971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1100 GTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAA 1159

 20661972 CAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAA 20662031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1160 CAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAA 1219

 20662032 CTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCA 20662091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1220 CTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCA 1279

 20662092 TGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAA 20662151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1280 TGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAA 1339

 20662152 GTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGT 20662211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1340 GTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGT 1399

 20662212 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTA 20662271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1400 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTA 1459

 20662272 GCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCC 20662331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1460 GCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCC 1519

 20662332 TGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 20662391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1520 TGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 1579

 20662392 CAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGC 20662451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1580 CAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGC 1639

 20662452 GTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCG 20662511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1640 GTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCG 1699

 20662512 CCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCA 20662571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1700 CCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCA 1759

 20662572 AGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACC 20662631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1760 AGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACC 1819

 20662632 TGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGG 20662691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1820 TGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGG 1879

 20662692 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTG 20662751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1880 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTG 1939

 20662752 TGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAA 20662811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1940 TGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAA 1999

 20662812 TAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTT 20662871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2000 TAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTT 2059

 20662872 GACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGA 20662931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2060 GACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGA 2119

 20662932 TATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGG 20662991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2120 TATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGG 2179

 20662992 CTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATT 20663051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2180 CTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATT 2239

 20663052 CTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAA 20663111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2240 CTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAA 2299

 20663112 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTC 20663171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2300 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTC 2359

 20663172 TGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 20663231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2360 TGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 2419

 20663232 ACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATA 20663291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2420 ACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATA 2479

 20663292 AACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATT 20663351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2480 AACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATT 2539

 20663352 TTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTA 20663411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2540 TTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTA 2599

 20663412 ACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAA 20663471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2600 ACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAA 2659

 20663472 GAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGG 20663531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2660 GAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGG 2719

 20663532 CCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGC 20663591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2720 CCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGC 2779

 20663592 ATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGC 20663651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2780 ATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGC 2839

 20663652 ATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGAC 20663711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2840 ATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGAC 2899

 20663712 ATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAG 20663771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2900 ATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAG 2959

 20663772 TATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTT 20663831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2960 TATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTT 3019

 20663832 GGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTAT 20663891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3020 GGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTAT 3079

 20663892 TTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTC 20663951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3080 TTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTC 3139

 20663952 ACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTG 20664011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3140 ACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTG 3199

 20664012 GGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGA 20664071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3200 GGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGA 3259

 20664072 TGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTG 20664131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3260 TGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTG 3319

 20664132 ATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTT 20664191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3320 ATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTT 3379

 20664192 TATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTA 20664251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3380 TATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTA 3439

 20664252 CAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCC 20664311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3440 CAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCC 3499

 20664312 AATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGA 20664371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3500 AATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGA 3559

 20664372 AGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATA 20664431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3560 AGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATA 3619

 20664432 TTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGG 20664491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3620 TTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGG 3679

 20664492 GTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCT 20664551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3680 GTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCT 3739

 20664552 CTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTC 20664611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3740 CTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTC 3799

 20664612 TGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCAC 20664671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3800 TGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCAC 3859

 20664672 TGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATA 20664731
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     3860 TGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATA 3918

 20664732 TTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCC 20664791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3919 TTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCC 3978

 20664792 CCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTG 20664851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3979 CCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTG 4038

 20664852 CCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTC 20664911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4039 CCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTC 4098

 20664912 ACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGC 20664971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4099 ACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGC 4158

 20664972 CTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCAC 20665012
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4159 CTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCAC 4199

Alignment time is 3.01772 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3775] =>      3775 nucs 'mol-32-2383-127677_3775'

Score:        3774
Aligned:      3774        nucs
Identic:      3774 (100%) nucs =>      1340 (100%)      2434 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20660211,20661550] EXCISED REGION [20661552,20663985]
 second seq =>  [       1,    1340] EXCISED REGION [    1342,    3775]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [1341,1341]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [1339,1341] to [1340,1342]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [20661550,20661550] to [20661552,20661552]
 second seq =>         1 nucs [1340,1340] to [1342,1342]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20660211 TTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTT 20660270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTT 60

 20660271 TTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCT 20660330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCT 120

 20660331 TGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGA 20660390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGA 180

 20660391 TGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGA 20660450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGA 240

 20660451 TAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTT 20660510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTT 300

 20660511 TCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCT 20660570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCT 360

 20660571 AGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTT 20660630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTT 420

 20660631 AAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAG 20660690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAG 480

 20660691 TGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTT 20660750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTT 540

 20660751 GTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAG 20660810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAG 600

 20660811 GGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAAT 20660870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAAT 660

 20660871 TTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGA 20660930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGA 720

 20660931 TTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTT 20660990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTT 780

 20660991 CCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAA 20661050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAA 840

 20661051 GCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTG 20661110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTG 900

 20661111 GTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAG 20661170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAG 960

 20661171 CCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT 20661230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT 1020

 20661231 TTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGC 20661290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGC 1080

 20661291 TCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGC 20661350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGC 1140

 20661351 TGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGG 20661410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGG 1200

 20661411 GTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGG 20661470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGG 1260

 20661471 CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTC 20661530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTC 1320

 20661531 TTTTCAGCCTCTAGGTTTGG 20661550
          ||||||||||||||||||||
     1321 TTTTCAGCCTCTAGGTTTGG 1340

EXCISED REGION

 20661552 GCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGT 20661611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1342 GCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGT 1401

 20661612 AAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATA 20661671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1402 AAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATA 1461

 20661672 TTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTT 20661731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1462 TTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTT 1521

 20661732 TTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGG 20661791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1522 TTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGG 1581

 20661792 AGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGA 20661851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1582 AGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGA 1641

 20661852 GATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGC 20661911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 GATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGC 1701

 20661912 GTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAA 20661971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1702 GTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAA 1761

 20661972 CAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAA 20662031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 CAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAA 1821

 20662032 CTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCA 20662091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 CTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCA 1881

 20662092 TGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAA 20662151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 TGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAA 1941

 20662152 GTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGT 20662211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 GTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGT 2001

 20662212 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTA 20662271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTA 2061

 20662272 GCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCC 20662331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 GCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCC 2121

 20662332 TGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 20662391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 TGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 2181

 20662392 CAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGC 20662451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 CAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGC 2241

 20662452 GTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCG 20662511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 GTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCG 2301

 20662512 CCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCA 20662571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 CCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCA 2361

 20662572 AGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACC 20662631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 AGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACC 2421

 20662632 TGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGG 20662691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 TGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGG 2481

 20662692 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTG 20662751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTG 2541

 20662752 TGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAA 20662811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 TGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAA 2601

 20662812 TAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTT 20662871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 TAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTT 2661

 20662872 GACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGA 20662931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 GACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGA 2721

 20662932 TATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGG 20662991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 TATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGG 2781

 20662992 CTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATT 20663051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 CTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATT 2841

 20663052 CTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAA 20663111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 CTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAA 2901

 20663112 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTC 20663171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTC 2961

 20663172 TGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 20663231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 TGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 3021

 20663232 ACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATA 20663291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 ACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATA 3081

 20663292 AACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATT 20663351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 AACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATT 3141

 20663352 TTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTA 20663411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 TTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTA 3201

 20663412 ACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAA 20663471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 ACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAA 3261

 20663472 GAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGG 20663531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 GAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGG 3321

 20663532 CCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGC 20663591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3322 CCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGC 3381

 20663592 ATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGC 20663651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 ATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGC 3441

 20663652 ATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGAC 20663711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 ATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGAC 3501

 20663712 ATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAG 20663771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 ATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAG 3561

 20663772 TATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTT 20663831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3562 TATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTT 3621

 20663832 GGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTAT 20663891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3622 GGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTAT 3681

 20663892 TTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTC 20663951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 TTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTC 3741

 20663952 ACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCC 20663985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 ACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCC 3775

Alignment time is 2.68914 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3449] =>      3449 nucs 'mol-32-29b3-052542_3449'

Score:        3356
Aligned:      3458        nucs
Identic:      3443 (100%) nucs =>      1553 (100%)      1890 ( 99%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20661031,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664961]
 second seq =>  [       1,    1557] EXCISED REGION [    1558,    3449]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20661031 CCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCC 20661090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCC 60

 20661091 TAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTG 20661150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTG 120

 20661151 TGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTT 20661210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTT 180

 20661211 CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAG 20661270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAG 240

 20661271 TGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCT 20661330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCT 300

 20661331 ACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTT 20661390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
      301 ACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTT 360

 20661391 GTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACC 20661450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACC 420

 20661451 TTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 20661510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 480

 20661511 CCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAA 20661570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      481 CCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAA 540

 20661571 GATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGAC 20661630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGAC 600

 20661631 AAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAA 20661690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAA 660

 20661691 TAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGA 20661750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGA 720

 20661751 GAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACA 20661810
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACA 780

 20661811 GGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAA 20661870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAA 840

 20661871 AAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTT 20661930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTT 900

 20661931 TTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGAT 20661990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGAT 960

 20661991 GCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATT 20662050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATT 1020

 20662051 AATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGG 20662110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGG 1080

 20662111 AATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGT 20662170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGT 1140

 20662171 TTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 20662230
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 1200

 20662231 CGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGC 20662290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGC 1260

 20662291 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTT 20662350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTT 1320

 20662351 TTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGG 20662410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGG 1380

 20662411 ATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGG 20662470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGG 1440

 20662471 CCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTG 20662530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTG 1500

 20662531 GTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 1557

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 1617

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 1677

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     1678 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 1729

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1730 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 1789

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1790 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 1849

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1850 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 1909

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1910 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 1969

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1970 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 2029

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2030 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 2089

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 2149

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 2209

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 2269

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 2329

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 2389

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 2449

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 2509

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 2569

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 2629

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 2689

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 2749

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 2809

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2810 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 2869

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2870 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 2929

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2930 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 2989

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2990 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 3049

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3050 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 3109

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3110 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 3169

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     3170 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 3228

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3229 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 3288

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3289 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 3348

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 20664920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3349 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 3408

 20664921 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCC 20664961
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3409 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCC 3449

Alignment time is 2.50674 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5422] =>      5422 nucs 'mol-32-2e15-040672_5422'

Score:        5422
Aligned:      5422        nucs
Identic:      5422 (100%) nucs =>      2080 (100%)      3342 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20663032,20665111] EXCISED REGION [20665113,20668454]
 second seq =>  [       1,    2080] EXCISED REGION [    2081,    5422]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20665112,20665112]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        28 nucs [20665112,20665139] to [20665113,20665140]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20663032 CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAT 20663091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAT 60

 20663092 GTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGG 20663151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGG 120

 20663152 CCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGC 20663211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGC 180

 20663212 TGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCC 20663271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCC 240

 20663272 AGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATT 20663331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATT 300

 20663332 GCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTG 20663391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTG 360

 20663392 GTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAA 20663451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAA 420

 20663452 AATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTT 20663511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTT 480

 20663512 GGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAA 20663571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAA 540

 20663572 CTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAA 20663631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAA 600

 20663632 GTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACA 20663691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACA 660

 20663692 TCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATC 20663751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATC 720

 20663752 TTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATA 20663811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATA 780

 20663812 CAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTA 20663871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTA 840

 20663872 ATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGC 20663931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGC 900

 20663932 AGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTC 20663991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTC 960

 20663992 TTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAA 20664051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAA 1020

 20664052 AATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCT 20664111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCT 1080

 20664112 CAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACA 20664171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACA 1140

 20664172 CTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAA 20664231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAA 1200

 20664232 GTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCT 20664291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCT 1260

 20664292 GTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTT 20664351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTT 1320

 20664352 AGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTT 20664411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTT 1380

 20664412 GTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGC 20664471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGC 1440

 20664472 AATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCC 20664531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCC 1500

 20664532 AACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGC 20664591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGC 1560

 20664592 GCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCA 20664651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCA 1620

 20664652 GTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAA 20664711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAA 1680

 20664712 TTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATC 20664771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATC 1740

 20664772 CACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGA 20664831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGA 1800

 20664832 GACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGA 20664891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGA 1860

 20664892 AAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACT 20664951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACT 1920

 20664952 ACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCA 20665011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCA 1980

 20665012 CCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCATCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCC 20665071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCATCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCC 2040

 20665072 AAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATGGTGCCCCGCC 20665111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATGGTGCCCCGCC 2080

EXCISED REGION

 20665113 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTCCCCAGGT 20665172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTCCCCAGGT 2140

 20665173 TGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCACGTGACT 20665232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 TGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCACGTGACT 2200

 20665233 CCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAA 20665292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 CCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAA 2260

 20665293 TTTTCGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTTGTCTCAAACTCC 20665352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 TTTTCGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTTGTCTCAAACTCC 2320

 20665353 TGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACACAGGCGTGAGCC 20665412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 TGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACACAGGCGTGAGCC 2380

 20665413 ACCACGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTCTGTTGTAGTAGG 20665472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 ACCACGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTCTGTTGTAGTAGG 2440

 20665473 CTGAATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTCATAAATATTATT 20665532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 CTGAATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTCATAAATATTATT 2500

 20665533 TTATTTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGGAGTCAGTTACCT 20665592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 TTATTTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGGAGTCAGTTACCT 2560

 20665593 TGGATTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAGAGAGAGGCAATA 20665652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 TGGATTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAGAGAGAGGCAATA 2620

 20665653 GAGACACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGATGGAGCAGAGAGATATATGGCCTTAAGCCAA 20665712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 GAGACACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGATGGAGCAGAGAGATATATGGCCTTAAGCCAA 2680

 20665713 GGAATGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTATCCCCTATAGCC 20665772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 GGAATGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTATCCCCTATAGCC 2740

 20665773 TCCAGAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGCCTATAGAACTGT 20665832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 TCCAGAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGCCTATAGAACTGT 2800

 20665833 GAAAGAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTTGGTGCAGCATTT 20665892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 GAAAGAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTTGGTGCAGCATTT 2860

 20665893 ACAGGAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATATTAGACCATCTA 20665952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2861 ACAGGAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATATTAGACCATCTA 2920

 20665953 ATATTGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAATCTGTTTTTCTCT 20666012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2921 ATATTGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAATCTGTTTTTCTCT 2980

 20666013 GTTCTTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTTTTGAGAT 20666072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2981 GTTCTTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTTTTGAGAT 3040

 20666073 GGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTGGCTCATTGCAAC 20666132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3041 GGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTGGCTCATTGCAAC 3100

 20666133 CTCCGCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAGCTGGGATTACAG 20666192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3101 CTCCGCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAGCTGGGATTACAG 3160

 20666193 GCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATG 20666252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3161 GCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATG 3220

 20666253 TTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAA 20666312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3221 TTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAA 3280

 20666313 TTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCCACCTTCACTAAC 20666372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3281 TTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCCACCTTCACTAAC 3340

 20666373 TCTTTCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTGAAATTTTTTATT 20666432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3341 TCTTTCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTGAAATTTTTTATT 3400

 20666433 TCGGATATATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCATAGTTTTTTTCTT 20666492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3401 TCGGATATATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCATAGTTTTTTTCTT 3460

 20666493 CTGTTGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCATGATGATAATAG 20666552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3461 CTGTTGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCATGATGATAATAG 3520

 20666553 CTTTCTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGTTGATTATCTTTT 20666612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3521 CTTTCTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGTTGATTATCTTTT 3580

 20666613 TCGCTTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAATACCAGTTTGTAT 20666672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3581 TCGCTTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAATACCAGTTTGTAT 3640

 20666673 CCTGAACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAGTCTCCAGAGAAT 20666732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3641 CCTGAACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAGTCTCCAGAGAAT 3700

 20666733 GCTGATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTGAGACTGCAAGGT 20666792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3701 GCTGATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTGAGACTGCAAGGT 3760

 20666793 CTGTCTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTTTCAAAGCCTGTC 20666852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3761 CTGTCTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTTTCAAAGCCTGTC 3820

 20666853 CTGTGCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTTAGACTTGGACTT 20666912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3821 CTGTGCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTTAGACTTGGACTT 3880

 20666913 GTGCCTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTTGTGGTATTCTGT 20666972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3881 GTGCCTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTTGTGGTATTCTGT 3940

 20666973 GTATATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCACAGAAGTAGGAAA 20667032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3941 GTATATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCACAGAAGTAGGAAA 4000

 20667033 ACCCTTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTCTGTCCTAGAGCC 20667092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4001 ACCCTTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTCTGTCCTAGAGCC 4060

 20667093 AGAATGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCCACAGCAAGAGAGA 20667152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4061 AGAATGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCCACAGCAAGAGAGA 4120

 20667153 CAGGGAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGACTCATTTTCTGAG 20667212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4121 CAGGGAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGACTCATTTTCTGAG 4180

 20667213 TTCCTTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCACACTGCACTGCC 20667272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4181 TTCCTTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCACACTGCACTGCC 4240

 20667273 ACAGCTCACTGTAGCCTATCCTCAGATCACACACACACACACACACACACACACACACAC 20667332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4241 ACAGCTCACTGTAGCCTATCCTCAGATCACACACACACACACACACACACACACACACAC 4300

 20667333 ACACACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGACTCTGCATTTGT 20667392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4301 ACACACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGACTCTGCATTTGT 4360

 20667393 TTACTTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAGTGTTTAGTTATA 20667452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4361 TTACTTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAGTGTTTAGTTATA 4420

 20667453 ACCAGCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCACTGGAGTCTTAA 20667512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4421 ACCAGCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCACTGGAGTCTTAA 4480

 20667513 AATGTTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGGGTCCCACTCTTTT 20667572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4481 AATGTTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGGGTCCCACTCTTTT 4540

 20667573 GCCCAGGCTGCAATGCAGTGGCACTGTCACTGCAGCCTCAATCTCCCAGGCTCAAGTGAT 20667632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4541 GCCCAGGCTGCAATGCAGTGGCACTGTCACTGCAGCCTCAATCTCCCAGGCTCAAGTGAT 4600

 20667633 CCTCTAGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGCACACTACTGCATCCACTAA 20667692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4601 CCTCTAGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGCACACTACTGCATCCACTAA 4660

 20667693 TTTATTTTTATTTTTAGTTCTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTTGCTCTTGTTGCCCAGGT 20667752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4661 TTTATTTTTATTTTTAGTTCTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTTGCTCTTGTTGCCCAGGT 4720

 20667753 TAGAGTGCAATGCTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGACTCCTGGGTTCAAGCCGTT 20667812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4721 TAGAGTGCAATGCTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGACTCCTGGGTTCAAGCCGTT 4780

 20667813 CTCCTGCCTCAGCCCCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCCCCTGCCACCATGCCTGGCTAA 20667872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4781 CTCCTGCCTCAGCCCCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCCCCTGCCACCATGCCTGGCTAA 4840

 20667873 TTTTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTC 20667932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4841 TTTTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTC 4900

 20667933 CTGACCTCAAGTGATCCATCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGC 20667992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4901 CTGACCTCAAGTGATCCATCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGC 4960

 20667993 CACTGTGCCTGGCCCACTAATTTATTTTTTATAGAGATGGGGTCTTGCTTTGTTGCCCAG 20668052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4961 CACTGTGCCTGGCCCACTAATTTATTTTTTATAGAGATGGGGTCTTGCTTTGTTGCCCAG 5020

 20668053 GCTGCTCTTGAACTCCTGGCCTAAAGCTATCCCCTCATCTTGGCCTCCCAAAATGTTAGG 20668112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5021 GCTGCTCTTGAACTCCTGGCCTAAAGCTATCCCCTCATCTTGGCCTCCCAAAATGTTAGG 5080

 20668113 ATTACAGGTGTGAGCCACCACATCCAGCTTATTTCTTAAATGAGTGATTAAATGTGTGTC 20668172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5081 ATTACAGGTGTGAGCCACCACATCCAGCTTATTTCTTAAATGAGTGATTAAATGTGTGTC 5140

 20668173 TCTTTCACTATACTGAATGTCAGCAGGGACAATTTTGATTTTGTTTGTTTTATTTTGTTT 20668232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5141 TCTTTCACTATACTGAATGTCAGCAGGGACAATTTTGATTTTGTTTGTTTTATTTTGTTT 5200

 20668233 TGTTGCATTGCATTGCATTGCATACGGTGTCTCACTCTGTCTCCTTGGCTGGAGTGCAGT 20668292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5201 TGTTGCATTGCATTGCATTGCATACGGTGTCTCACTCTGTCTCCTTGGCTGGAGTGCAGT 5260

 20668293 GGCGTGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCA 20668352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5261 GGCGTGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCA 5320

 20668353 GCCTCCCGAATAGCTGGGGTTACAGGTGTGTGCCACCACGCCAAGCTAATTTTTGTATTT 20668412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5321 GCCTCCCGAATAGCTGGGGTTACAGGTGTGTGCCACCACGCCAAGCTAATTTTTGTATTT 5380

 20668413 TTAGTAAAGACGAGGTTTCTCTACGTTGGCCAGGCTGGTCTC 20668454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5381 TTAGTAAAGACGAGGTTTCTCTACGTTGGCCAGGCTGGTCTC 5422

Alignment time is 3.86383 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    6779] =>      6779 nucs 'mol-32-2e57-092390_6779'

Score:        6630
Aligned:      6791        nucs
Identic:      6769 (100%) nucs =>      1321 (100%)      5448 (100%)
Gaps:           12 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20661263,20662587] EXCISED REGION [20663061,20668526]
 second seq =>  [       1,    1325] EXCISED REGION [    1326,    6779]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20661263 GGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCT 20661322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCT 60

 20661323 ATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGC 20661382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
       61 ATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGC 120

 20661383 TAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAAC 20661442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAAC 180

 20661443 TCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGC 20661502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGC 240

 20661503 CACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTT 20661562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
      241 CACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTT 300

 20661563 CATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAG 20661622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAG 360

 20661623 TCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTA 20661682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTA 420

 20661683 TATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCA 20661742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCA 480

 20661743 AGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGA 20661802
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGA 540

 20661803 AACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATT 20661862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATT 600

 20661863 TGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGC 20661922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGC 660

 20661923 CTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCC 20661982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCC 720

 20661983 TTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTG 20662042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTG 780

 20662043 ATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATT 20662102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATT 840

 20662103 TTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCAT 20662162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCAT 900

 20662163 TTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAG 20662222
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTGTTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAG 960

 20662223 TGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCT 20662282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCT 1020

 20662283 GCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTT 20662342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTT 1080

 20662343 TTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGA 20662402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGA 1140

 20662403 CAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCG 20662462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCG 1200

 20662463 CACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGA 20662522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGA 1260

 20662523 GTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCC 20662582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCC 1320

 20662583 TGCCG 20662587
          |||||
     1321 TGCCG 1325

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1326 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 1385

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1386 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 1445

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     1446 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 1497

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 1557

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 1617

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 1677

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 1737

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 1797

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 1857

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 1917

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 1977

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 2037

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 2097

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 2157

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 2217

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 2277

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 2337

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 2397

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 2457

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 2517

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 2577

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 2637

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 2697

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 2757

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 2817

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 2877

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 2937

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     2938 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 2996

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2997 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 3056

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3057 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 3116

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 20664920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3117 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 3176

 20664921 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAAT 20664980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3177 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAAT 3236

 20664981 ATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCA 20665040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3237 ATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCA 3296

 20665041 TCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAT 20665100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3297 TCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAT 3356

 20665101 GGTGCCCCGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTC 20665160
          |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3357 GGTGCCCCGCC---TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTC 3413

 20665161 TGTTCCCCAGGTTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGG 20665220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3414 TGTTCCCCAGGTTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGG 3473

 20665221 GTTCACGTGACTCCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACC 20665280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3474 GTTCACGTGACTCCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACC 3533

 20665281 ATGCCTGGCTAATTTTCGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTT 20665340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3534 ATGCCTGGCTAATTTTCGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTT 3593

 20665341 GTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 20665400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3594 GTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 3653

 20665401 CAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTC 20665460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3654 CAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTC 3713

 20665461 TGTTGTAGTAGGCTGAATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTC 20665520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3714 TGTTGTAGTAGGCTGAATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTC 3773

 20665521 ATAAATATTATTTTATTTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGG 20665580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3774 ATAAATATTATTTTATTTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGG 3833

 20665581 AGTCAGTTACCTTGGATTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAG 20665640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3834 AGTCAGTTACCTTGGATTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAG 3893

 20665641 AGAGAGGCAATAGAGACACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGATGGAGCAGAGAGATATATG 20665700
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     3894 AGAGAGGCAATAGAGACACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGACGGAGCAGAGAGATATATG 3953

 20665701 GCCTTAAGCCAAGGAATGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTA 20665760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3954 GCCTTAAGCCAAGGAATGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTA 4013

 20665761 TCCCCTATAGCCTCCAGAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGC 20665820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4014 TCCCCTATAGCCTCCAGAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGC 4073

 20665821 CTATAGAACTGTGAAAGAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTT 20665880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4074 CTATAGAACTGTGAAAGAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTT 4133

 20665881 GGTGCAGCATTTACAGGAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATA 20665940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4134 GGTGCAGCATTTACAGGAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATA 4193

 20665941 TTAGACCATCTAATATTGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAAT 20666000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4194 TTAGACCATCTAATATTGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAAT 4253

 20666001 CTGTTTTTCTCTGTTCTTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTT 20666060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4254 CTGTTTTTCTCTGTTCTTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTT 4313

 20666061 GTTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTG 20666120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4314 GTTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTG 4373

 20666121 GCTCATTGCAACCTCCGCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAG 20666180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4374 GCTCATTGCAACCTCCGCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAG 4433

 20666181 CTGGGATTACAGGCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGG 20666240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4434 CTGGGATTACAGGCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGG 4493

 20666241 GGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCT 20666300
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4494 GGTTTCACTGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCT 4553

 20666301 TGGCCTCCCAAATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCC 20666360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4554 TGGCCTCCCAAATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCC 4613

 20666361 ACCTTCACTAACTCTTTCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTG 20666420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4614 ACCTTCACTAACTCTTTCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTG 4673

 20666421 AAATTTTTTATTTCGGATATATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCAT 20666480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4674 AAATTTTTTATTTCGGATATATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCAT 4733

 20666481 AGTTTTTTTCTTCTGTTGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCA 20666540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4734 AGTTTTTTTCTTCTGTTGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCA 4793

 20666541 TGATGATAATAGCTTTCTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGT 20666600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4794 TGATGATAATAGCTTTCTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGT 4853

 20666601 TGATTATCTTTTTCGCTTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAAT 20666660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4854 TGATTATCTTTTTCGCTTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAAT 4913

 20666661 ACCAGTTTGTATCCTGAACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAG 20666720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4914 ACCAGTTTGTATCCTGAACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAG 4973

 20666721 TCTCCAGAGAATGCTGATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTG 20666780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4974 TCTCCAGAGAATGCTGATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTG 5033

 20666781 AGACTGCAAGGTCTGTCTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTT 20666840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5034 AGACTGCAAGGTCTGTCTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTT 5093

 20666841 TCAAAGCCTGTCCTGTGCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTT 20666900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5094 TCAAAGCCTGTCCTGTGCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTT 5153

 20666901 AGACTTGGACTTGTGCCTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTT 20666960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5154 AGACTTGGACTTGTGCCTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTT 5213

 20666961 GTGGTATTCTGTGTATATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCAC 20667020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5214 GTGGTATTCTGTGTATATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCAC 5273

 20667021 AGAAGTAGGAAAACCCTTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTC 20667080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5274 AGAAGTAGGAAAACCCTTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTC 5333

 20667081 TGTCCTAGAGCCAGAATGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCCA 20667140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     5334 TGTCCTAGAGCCAGAATGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCGA 5393

 20667141 CAGCAAGAGAGACAGGGAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGAC 20667200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5394 CAGCAAGAGAGACAGGGAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGAC 5453

 20667201 TCATTTTCTGAGTTCCTTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCA 20667260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5454 TCATTTTCTGAGTTCCTTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCA 5513

 20667261 CACTGCACTGCCACAGCTCACTGTAGCCTATCCTCAGATCACACACACACACACACACAC 20667320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5514 CACTGCACTGCCACAGCTCACTGTAGCCTATCCTCAGATCACACACACACACACACACAC 5573

 20667321 ACACACACACACACACACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGA 20667380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5574 ACACACACACACACACACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGA 5633

 20667381 CTCTGCATTTGTTTACTTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAG 20667440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5634 CTCTGCATTTGTTTACTTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAG 5693

 20667441 TGTTTAGTTATAACCAGCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCA 20667500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5694 TGTTTAGTTATAACCAGCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCA 5753

 20667501 CTGGAGTCTTAAAATGTTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGGG 20667560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5754 CTGGAGTCTTAAAATGTTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGGG 5813

 20667561 TCCCACTCTTTTGCCCAGGCTGCAATGCAGTGGCACTGTCACTGCAGCCTCAATCTCCCA 20667620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5814 TCCCACTCTTTTGCCCAGGCTGCAATGCAGTGGCACTGTCACTGCAGCCTCAATCTCCCA 5873

 20667621 GGCTCAAGTGATCCTCTAGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGCACACTAC 20667680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5874 GGCTCAAGTGATCCTCTAGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGCACACTAC 5933

 20667681 TGCATCCACTAATTTATTTTTATTTTTAGTTCTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTTGCTCT 20667740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5934 TGCATCCACTAATTTATTTTTATTTTTAGTTCTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTTGCTCT 5993

 20667741 TGTTGCCCAGGTTAGAGTGCAATGCTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGACTCCTGG 20667800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5994 TGTTGCCCAGGTTAGAGTGCAATGCTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGACTCCTGG 6053

 20667801 GTTCAAGCCGTTCTCCTGCCTCAGCCCCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCCCCTGCCACC 20667860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6054 GTTCAAGCCGTTCTCCTGCCTCAGCCCCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCCCCTGCCACC 6113

 20667861 ATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCT 20667920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6114 ATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCT 6173

 20667921 GGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCATCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATT 20667980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6174 GGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCATCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATT 6233

 20667981 ACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCCACTAATTTATTTTTTATAGAGATGGGGTCTTGC 20668040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6234 ACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCCACTAATTTATTTTTTATAGAGATGGGGTCTTGC 6293

 20668041 TTTGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAACTCCTGGCCTAAAGCTATCCCCTCATCTTGGCCTCC 20668100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6294 TTTGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAACTCCTGGCCTAAAGCTATCCCCTCATCTTGGCCTCC 6353

 20668101 CAAAATGTTAGGATTACAGGTGTGAGCCACCACATCCAGCTTATTTCTTAAATGAGTGAT 20668160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6354 CAAAATGTTAGGATTACAGGTGTGAGCCACCACATCCAGCTTATTTCTTAAATGAGTGAT 6413

 20668161 TAAATGTGTGTCTCTTTCACTATACTGAATGTCAGCAGGGACAATTTTGATTTTGTTTGT 20668220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6414 TAAATGTGTGTCTCTTTCACTATACTGAATGTCAGCAGGGACAATTTTGATTTTGTTTGT 6473

 20668221 TTTATTTTGTTTTGTTGCATTGCATTGCATTGCATACGGTGTCTCACTCTGTCTCCTTGG 20668280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6474 TTTATTTTGTTTTGTTGCATTGCATTGCATTGCATACGGTGTCTCACTCTGTCTCCTTGG 6533

 20668281 CTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTTGGTTCAAGTGAT 20668340
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6534 CTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTTGGTTCAAGTGAT 6593

 20668341 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAATAGCTGGGGTTACAGGTGTGTGCCACCACGCCAAGCTA 20668400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6594 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAATAGCTGGGGTTACAGGTGTGTGCCACCACGCCAAGCTA 6653

 20668401 ATTTTTGTATTTTTAGTAAAGACGAGGTTTCTCTACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTC 20668460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6654 ATTTTTGTATTTTTAGTAAAGACGAGGTTTCTCTACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTC 6713

 20668461 CTGGCCTCAAGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAG 20668520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6714 CTGGCCTCAAGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAG 6773

 20668521 CCATTG 20668526
          ||||||
     6774 CCATTG 6779

Alignment time is 5.21105 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4766] =>      4766 nucs 'mol-32-2fb7-201718_4766'

Score:        4733
Aligned:      4766        nucs
Identic:      4763 (100%) nucs =>        35 (100%)      4728 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658792,20658826] EXCISED REGION [20658828,20663558]
 second seq =>  [       1,      35] EXCISED REGION [      37,    4766]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20658827,20658827]
 second seq =>         1 nucs [36,36]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [20660074,20660074]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [35,35] to [36,36]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658792 GTTATCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTG 20658826
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTATCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTG 35

EXCISED REGION

 20658828 TCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCA 20658887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       37 TCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCA 96

 20658888 GTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAA 20658947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       97 GTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAA 156

 20658948 GAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATA 20659007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      157 GAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATA 216

 20659008 ATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTC 20659067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      217 ATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTC 276

 20659068 ATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGA 20659127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      277 ATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGA 336

 20659128 AAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCT 20659187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      337 AAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCT 396

 20659188 CTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTAC 20659247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      397 CTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTAC 456

 20659248 TCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCG 20659307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      457 TCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCG 516

 20659308 ACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAA 20659367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      517 ACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAA 576

 20659368 CACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCAC 20659427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      577 CACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCAC 636

 20659428 CCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAA 20659487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      637 CCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAA 696

 20659488 GATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTG 20659547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      697 GATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTG 756

 20659548 TTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTAC 20659607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      757 TTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTAC 816

 20659608 TGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCA 20659667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      817 TGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCA 876

 20659668 TGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTC 20659727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      877 TGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTC 936

 20659728 AGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAA 20659787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      937 AGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAA 996

 20659788 ATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAG 20659847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      997 ATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAG 1056

 20659848 GTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCT 20659907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1057 GTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCT 1116

 20659908 CTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCA 20659967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1117 CTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCA 1176

 20659968 GGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATAT 20660027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1177 GGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATAT 1236

 20660028 CATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAAT 20660087
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     1237 CATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTC-AAAAAAAAAAAAT 1295

 20660088 GTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTG 20660147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1296 GTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTG 1355

 20660148 GAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTT 20660207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1356 GAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTT 1415

 20660208 AACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATT 20660267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1416 AACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATT 1475

 20660268 TTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAA 20660327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1476 TTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAA 1535

 20660328 TCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCT 20660387
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1536 TCTTGGCTTACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCT 1595

 20660388 GGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGC 20660447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1596 GGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGC 1655

 20660448 AGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGT 20660507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1656 AGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGT 1715

 20660508 TTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAA 20660567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1716 TTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAA 1775

 20660568 GCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGT 20660627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1776 GCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGT 1835

 20660628 TTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAG 20660687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1836 TTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAG 1895

 20660688 CAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAA 20660747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1896 CAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAA 1955

 20660748 CTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAA 20660807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1956 CTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAA 2015

 20660808 TAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACC 20660867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2016 TAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACC 2075

 20660868 AATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAG 20660927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2076 AATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAG 2135

 20660928 TGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATT 20660987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2136 TGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATT 2195

 20660988 CTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAAT 20661047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2196 CTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAAT 2255

 20661048 CAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTC 20661107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2256 CAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTC 2315

 20661108 CTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAAT 20661167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2316 CTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAAT 2375

 20661168 GAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 20661227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2376 GAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC 2435

 20661228 TTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTT 20661287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2436 TTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTT 2495

 20661288 GGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGT 20661347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2496 GGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGT 2555

 20661348 AGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGAC 20661407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2556 AGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGAC 2615

 20661408 GGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCT 20661467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2616 GGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCT 2675

 20661468 TGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATT 20661527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2676 TGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATT 2735

 20661528 TTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTA 20661587
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2736 TTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTA 2795

 20661588 ACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAG 20661647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2796 ACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAG 2855

 20661648 CATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCA 20661707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2856 CATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCA 2915

 20661708 TTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTT 20661767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2916 TTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTT 2975

 20661768 GGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTT 20661827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2976 GGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTT 3035

 20661828 GGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAA 20661887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3036 GGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAA 3095

 20661888 ACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTA 20661947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3096 ACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTA 3155

 20661948 GACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTT 20662007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3156 GACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTT 3215

 20662008 CTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAA 20662067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3216 CTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAA 3275

 20662068 TGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTT 20662127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3276 TGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTT 3335

 20662128 TACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTG 20662187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3336 TACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTG 3395

 20662188 TGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACT 20662247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3396 TGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACT 3455

 20662248 GCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGA 20662307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3456 GCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGA 3515

 20662308 TTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTT 20662367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3516 TTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTT 3575

 20662368 TCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCC 20662427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3576 TCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCC 3635

 20662428 TCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTT 20662487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3636 TCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTT 3695

 20662488 TTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCAC 20662547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3696 TTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCAC 3755

 20662548 TGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGG 20662607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3756 TGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGG 3815

 20662608 ATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTC 20662667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3816 ATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTC 3875

 20662668 ACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCT 20662727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3876 ACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCT 3935

 20662728 CCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTAT 20662787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3936 CCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTAT 3995

 20662788 GTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTT 20662847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3996 GTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTT 4055

 20662848 TATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACAC 20662907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4056 TATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACAC 4115

 20662908 AATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGAC 20662967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4116 AATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGAC 4175

 20662968 AGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATC 20663027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4176 AGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATC 4235

 20663028 TCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAG 20663087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4236 TCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAG 4295

 20663088 GCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATG 20663147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4296 GCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATG 4355

 20663148 TTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAA 20663207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4356 TTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAA 4415

 20663208 ATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTA 20663267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4416 ATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTA 4475

 20663268 AGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATA 20663327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4476 AGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATA 4535

 20663328 TATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGAT 20663387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4536 TATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGAT 4595

 20663388 ACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATT 20663447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4596 ACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATT 4655

 20663448 GGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAA 20663507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4656 GGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAA 4715

 20663508 TTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATG 20663558
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4716 TTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATG 4766

Alignment time is 3.5772 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    7736] =>      7736 nucs 'mol-32-2fc2-030927_7736'

Score:        7715
Aligned:      7737        nucs
Identic:      7735 (100%) nucs =>      1571 (100%)      6164 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20656540,20658110] EXCISED REGION [20658112,20664277]
 second seq =>  [       1,    1571] EXCISED REGION [    1572,    7736]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20658111,20658111]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [5010,5010]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        13 nucs [20658111,20658123] to [20658112,20658124]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20656540 GAGTCTCAGTCTGTATCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCAGCTCACTGCAACCT 20656599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGTCTCAGTCTGTATCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCAGCTCACTGCAACCT 60

 20656600 CCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTAGCTGGGAATATAGG 20656659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAGTAGCTGGGAATATAGG 120

 20656660 CACGTGCCACCACGCCTGGGTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTG 20656719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CACGTGCCACCACGCCTGGGTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCGTG 180

 20656720 TTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCTCAAAGT 20656779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCTCAAAGT 240

 20656780 GCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTATGTCCGGCCACTAAAAGTTGTTAACGATGATGAT 20656839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTATGTCCGGCCACTAAAAGTTGTTAACGATGATGAT 300

 20656840 ATTACTTAGTATCATCAAAGTAACTCATATAACATGAAGGGACTTGCCAAATCAGATCGA 20656899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTACTTAGTATCATCAAAGTAACTCATATAACATGAAGGGACTTGCCAAATCAGATCGA 360

 20656900 ATAGCGTGTTCTAACTCTTTTAATCCTTTTTACTACTTTTTCTTTAACAGTAACCAATTT 20656959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATAGCGTGTTCTAACTCTTTTAATCCTTTTTACTACTTTTTCTTTAACAGTAACCAATTT 420

 20656960 TTTTTTTTCTTACAAAGAAGGTAAGGTGAAGGAATTCAGCATTAGGAGAAATAATTTATT 20657019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTTTTTTCTTACAAAGAAGGTAAGGTGAAGGAATTCAGCATTAGGAGAAATAATTTATT 480

 20657020 CCAGGATTTAGATAACAAATTTAATATATCATGGAAGTTACAATATATCCCATTACTTCC 20657079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCAGGATTTAGATAACAAATTTAATATATCATGGAAGTTACAATATATCCCATTACTTCC 540

 20657080 TATTTTTTTCAAAAGTTATTTCCTATTTCTCTCAAAATTATTTGTCTAAAATCTATGGAG 20657139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATTTTTTTCAAAAGTTATTTCCTATTTCTCTCAAAATTATTTGTCTAAAATCTATGGAG 600

 20657140 AGAAACAGTTAATAATTTTTTAGTTGCTTGTTATACTTGCTTAGAAAAACCTGATTTACA 20657199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGAAACAGTTAATAATTTTTTAGTTGCTTGTTATACTTGCTTAGAAAAACCTGATTTACA 660

 20657200 GTGCTTTTGTTTGCATACATAAAAGTTGTTAGCAGCCCAATTCCAAGAGAAATTCCTGTT 20657259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTGCTTTTGTTTGCATACATAAAAGTTGTTAGCAGCCCAATTCCAAGAGAAATTCCTGTT 720

 20657260 AGAAAATAAGTTCCAGTTAATTGAAAGAAAAAAAAATCAAAGAGGATTATATAAGCTAAC 20657319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAAAATAAGTTCCAGTTAATTGAAAGAAAAAAAAATCAAAGAGGATTATATAAGCTAAC 780

 20657320 AATGACACAAATTAAAAGTAAACATATACAATAATAAAAGCTAACAAAAAATAAGTAACT 20657379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATGACACAAATTAAAAGTAAACATATACAATAATAAAAGCTAACAAAAAATAAGTAACT 840

 20657380 GAATGCATTAAGTAGACTACCAATAAAGAAAATTAACTGATTTTCAGAATGAAAACAAGT 20657439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAATGCATTAAGTAGACTACCAATAAAGAAAATTAACTGATTTTCAGAATGAAAACAAGT 900

 20657440 CAATGTTTTATTATGCCCTACCTGTTATATGCTGCATAACAAGTTTGACACTCAGAATCA 20657499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAATGTTTTATTATGCCCTACCTGTTATATGCTGCATAACAAGTTTGACACTCAGAATCA 960

 20657500 AAATATGTGGAAGACTTTTTTGCAACCACTTGAAGAGCTACTACCGTGATCTCCAGATTC 20657559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAATATGTGGAAGACTTTTTTGCAACCACTTGAAGAGCTACTACCGTGATCTCCAGATTC 1020

 20657560 TGCGGCAGTATCATCAGGCAGCCTTGCTTCACTGTGGGAGTGACCCTGTAAGTGACTGTG 20657619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGCGGCAGTATCATCAGGCAGCCTTGCTTCACTGTGGGAGTGACCCTGTAAGTGACTGTG 1080

 20657620 TACCCATCCATGGGCACAGCTATGGACATCTGACCTTATATTTCTGGAGCTTGTATTTTC 20657679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TACCCATCCATGGGCACAGCTATGGACATCTGACCTTATATTTCTGGAGCTTGTATTTTC 1140

 20657680 CGCACATTCTTTAGATATGGCATTTATCTGGATATGAACATCTCCAGAATGAAGACAAGA 20657739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CGCACATTCTTTAGATATGGCATTTATCTGGATATGAACATCTCCAGAATGAAGACAAGA 1200

 20657740 ACCTTCTTCTGTCAATCTTGTGTGGACACAGTGAGGGGCTGAGGCATCCTCACTGCTTTC 20657799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ACCTTCTTCTGTCAATCTTGTGTGGACACAGTGAGGGGCTGAGGCATCCTCACTGCTTTC 1260

 20657800 AGTTCCTGGAGGACTGCGCAGTTGGCTACGATTGGCTTGCGTGGCCCTTAAATACTTTTT 20657859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGTTCCTGGAGGACTGCGCAGTTGGCTACGATTGGCTTGCGTGGCCCTTAAATACTTTTT 1320

 20657860 CTCTGACCCACATGTCTTTGCTTCAGGGCTCTGTCTCCTAAAAAATCAAATAGCAGAAAA 20657919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTCTGACCCACATGTCTTTGCTTCAGGGCTCTGTCTCCTAAAAAATCAAATAGCAGAAAA 1380

 20657920 TATTCTAAGTAAACAGGCAGTTAAATACCGGCAGGATATTCCTCCCTGAGTATCCTTTAT 20657979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TATTCTAAGTAAACAGGCAGTTAAATACCGGCAGGATATTCCTCCCTGAGTATCCTTTAT 1440

 20657980 TCACTAAAGGAGTAGCAAATAATCACAGCAGATGAATTTTCAGGTTATTTATCACTGGAC 20658039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCACTAAAGGAGTAGCAAATAATCACAGCAGATGAATTTTCAGGTTATTTATCACTGGAC 1500

 20658040 TCCTCCCTTCTCTCTTACTGCCAAAGCTCTGCTGCCCTACACAAATGATCTTTTAGGGAA 20658099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCCTCCCTTCTCTCTTACTGCCAAAGCTCTGCTGCCCTACACAAATGATCTTTTAGGGAA 1560

 20658100 CATCTGCTACC 20658110
          |||||||||||
     1561 CATCTGCTACC 1571

EXCISED REGION

 20658112 AAAAAAAAAAAAAGCGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGT 20658171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1572 AAAAAAAAAAAAAGCGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCTGT 1631

 20658172 CTCTACTGAAAATACAAAAATACAAAAATCAGCCGGGCTTGGTGGCGGGTGCCTGTAATC 20658231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 CTCTACTGAAAATACAAAAATACAAAAATCAGCCGGGCTTGGTGGCGGGTGCCTGTAATC 1691

 20658232 CCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACCTGGGAGGCGGAAGTTGCAG 20658291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1692 CCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCTCTTGAACCTGGGAGGCGGAAGTTGCAG 1751

 20658292 TGAGCTGAAATCGTGCCTATGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGAGGGATCCCCCGTCTCA 20658351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1752 TGAGCTGAAATCGTGCCTATGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGAGGGATCCCCCGTCTCA 1811

 20658352 AAAAAAAAACGCATTGGCTTTCTTTTTTGGTGGGGGTGGGGTGGGCAGCGGTGGTGGAAG 20658411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1812 AAAAAAAAACGCATTGGCTTTCTTTTTTGGTGGGGGTGGGGTGGGCAGCGGTGGTGGAAG 1871

 20658412 GCGTACTTAAGTCTCTCTATGCTTACTAATTTAAATCTTTCTGACAGATTTCTGGGTCAG 20658471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1872 GCGTACTTAAGTCTCTCTATGCTTACTAATTTAAATCTTTCTGACAGATTTCTGGGTCAG 1931

 20658472 TAAGGGTGAGCGCCAGGCTCCAGACTATAGTGAATTTTCCGAGGAGATTTGTGTAAGTAT 20658531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1932 TAAGGGTGAGCGCCAGGCTCCAGACTATAGTGAATTTTCCGAGGAGATTTGTGTAAGTAT 1991

 20658532 TCTAACATTTCAACTATGTCGTGGATTTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTT 20658591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1992 TCTAACATTTCAACTATGTCGTGGATTTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTT 2051

 20658592 CTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGAT 20658651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2052 CTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGAT 2111

 20658652 CTCGGCTCACTGCAAACTCCGCCTCCCGGGTTCACCCCCTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCG 20658711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2112 CTCGGCTCACTGCAAACTCCGCCTCCCGGGTTCACCCCCTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCG 2171

 20658712 AGTAGATGGGACTACAGGCACCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTTTAG 20658771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2172 AGTAGATGGGACTACAGGCACCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTTTAG 2231

 20658772 TAGAGACGAAGTTTCACCGTGTTATCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCG 20658831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2232 TAGAGACGAAGTTTCACCGTGTTATCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCG 2291

 20658832 CCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCG 20658891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2292 CCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCG 2351

 20658892 TGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAAT 20658951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2352 TGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAAT 2411

 20658952 ACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTT 20659011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2412 ACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTT 2471

 20659012 TGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCT 20659071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2472 TGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCT 2531

 20659072 TGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAG 20659131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2532 TGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAG 2591

 20659132 ATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAG 20659191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2592 ATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAG 2651

 20659192 AAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAG 20659251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2652 AAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAG 2711

 20659252 GAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAG 20659311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2712 GAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAG 2771

 20659312 AATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACT 20659371
          |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2772 AATGAGGTCCTGTCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACT 2830

 20659372 GAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAA 20659431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2831 GAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAA 2890

 20659432 GTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATT 20659491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2891 GTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATT 2950

 20659492 TGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGG 20659551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2951 TGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGG 3010

 20659552 AAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAA 20659611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3011 AAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAA 3070

 20659612 TGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGC 20659671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3071 TGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGC 3130

 20659672 TCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCA 20659731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3131 TCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCA 3190

 20659732 GTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTA 20659791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3191 GTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTA 3250

 20659792 GGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGT 20659851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3251 GGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGT 3310

 20659852 ATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTAC 20659911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3311 ATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTAC 3370

 20659912 TAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAG 20659971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3371 TAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAG 3430

 20659972 GCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATG 20660031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3431 GCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATG 3490

 20660032 CCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTT 20660091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3491 CCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTT 3550

 20660092 CCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGA 20660151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3551 CCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGA 3610

 20660152 AAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACT 20660211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3611 AAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACT 3670

 20660212 TTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTT 20660271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3671 TTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTT 3730

 20660272 TTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTT 20660331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3731 TTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTT 3790

 20660332 GGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGAT 20660391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3791 GGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGAT 3850

 20660392 GAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGAT 20660451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3851 GAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGAT 3910

 20660452 AGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTT 20660511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3911 AGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTT 3970

 20660512 CATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTA 20660571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3971 CATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTA 4030

 20660572 GAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTA 20660631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4031 GAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTA 4090

 20660632 AGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGT 20660691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4091 AGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGT 4150

 20660692 GCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTG 20660751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4151 GCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTG 4210

 20660752 TCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGG 20660811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4211 TCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGG 4270

 20660812 GTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATT 20660871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4271 GTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATT 4330

 20660872 TTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGAT 20660931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4331 TTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGAT 4390

 20660932 TTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTC 20660991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4391 TTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTC 4450

 20660992 CGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAG 20661051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4451 CGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAG 4510

 20661052 CTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGG 20661111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4511 CTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGG 4570

 20661112 TTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGC 20661171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4571 TTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGC 4630

 20661172 CAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTT 20661231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4631 CAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTT 4690

 20661232 TTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCT 20661291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4691 TTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCT 4750

 20661292 CACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCT 20661351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4751 CACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCT 4810

 20661352 GGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGG 20661411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4811 GGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGG 4870

 20661412 TTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGC 20661471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4871 TTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGC 4930

 20661472 CTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCT 20661531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4931 CTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCT 4990

 20661532 TTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTG 20661591
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4991 TTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTG 5050

 20661592 ACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATG 20661651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5051 ACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATG 5110

 20661652 GATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTAC 20661711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5111 GATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTAC 5170

 20661712 CAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCT 20661771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5171 CAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCT 5230

 20661772 TGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCA 20661831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5231 TGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCA 5290

 20661832 ATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTT 20661891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5291 ATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTT 5350

 20661892 TGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACA 20661951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5351 TGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACA 5410

 20661952 GTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTG 20662011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5411 GTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTG 5470

 20662012 CTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGT 20662071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5471 CTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGT 5530

 20662072 GACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACC 20662131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5531 GACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACC 5590

 20662132 ATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAG 20662191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5591 ATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAG 5650

 20662192 ACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAA 20662251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5651 ACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAA 5710

 20662252 CCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTAC 20662311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5711 CCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTAC 5770

 20662312 AGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTC 20662371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5771 AGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTC 5830

 20662372 CATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCC 20662431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5831 CATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCC 5890

 20662432 AAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGA 20662491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5891 AAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGA 5950

 20662492 GATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCA 20662551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5951 GATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCA 6010

 20662552 ATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTA 20662611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6011 ATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTA 6070

 20662612 CAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCA 20662671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6071 CAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCA 6130

 20662672 TGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCA 20662731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6131 TGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCA 6190

 20662732 AAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGT 20662791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6191 AAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGT 6250

 20662792 CATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATC 20662851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6251 CATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATC 6310

 20662852 ATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATT 20662911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6311 ATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATT 6370

 20662912 TTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAG 20662971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6371 TTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAG 6430

 20662972 TCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTG 20663031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6431 TCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTG 6490

 20663032 CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAT 20663091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6491 CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAT 6550

 20663092 GTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGG 20663151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6551 GTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGG 6610

 20663152 CCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGC 20663211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6611 CCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGC 6670

 20663212 TGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCC 20663271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6671 TGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCC 6730

 20663272 AGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATT 20663331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6731 AGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATT 6790

 20663332 GCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTG 20663391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6791 GCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTG 6850

 20663392 GTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAA 20663451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6851 GTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAA 6910

 20663452 AATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTT 20663511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6911 AATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTT 6970

 20663512 GGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAA 20663571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6971 GGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAA 7030

 20663572 CTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAA 20663631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7031 CTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAA 7090

 20663632 GTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACA 20663691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7091 GTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACA 7150

 20663692 TCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATC 20663751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7151 TCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATC 7210

 20663752 TTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATA 20663811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7211 TTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATA 7270

 20663812 CAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTA 20663871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7271 CAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTA 7330

 20663872 ATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGC 20663931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7331 ATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGC 7390

 20663932 AGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTC 20663991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7391 AGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTC 7450

 20663992 TTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAA 20664051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7451 TTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAA 7510

 20664052 AATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCT 20664111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7511 AATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCT 7570

 20664112 CAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACA 20664171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7571 CAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACA 7630

 20664172 CTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAA 20664231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7631 CTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAA 7690

 20664232 GTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCAC 20664277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7691 GTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCAC 7736

Alignment time is 5.50891 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    6165] =>      6165 nucs 'mol-32-300f-276031_6165'

Score:        6144
Aligned:      6166        nucs
Identic:      6164 (100%) nucs =>       521 (100%)      5643 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658807,20659327] EXCISED REGION [20659329,20664973]
 second seq =>  [       1,     521] EXCISED REGION [     522,    6165]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20659328,20659328]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [2744,2744]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        16 nucs [20659328,20659343] to [20659329,20659344]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658807 CTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGG 20658866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGG 60

 20658867 CGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTT 20658926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTT 120

 20658927 AGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACG 20658986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACG 180

 20658987 GTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACC 20659046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACC 240

 20659047 AAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAG 20659106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAG 300

 20659107 CACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGG 20659166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGG 360

 20659167 CAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCA 20659226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCA 420

 20659227 AGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCC 20659286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCC 480

 20659287 ATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 20659327
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 521

EXCISED REGION

 20659329 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 20659388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      522 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 581

 20659389 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 20659448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      582 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 641

 20659449 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 20659508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      642 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 701

 20659509 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 20659568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      702 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 761

 20659569 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 20659628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      762 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 821

 20659629 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 20659688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      822 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 881

 20659689 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 20659748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      882 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 941

 20659749 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 20659808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      942 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 1001

 20659809 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 20659868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1002 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 1061

 20659869 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 20659928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1062 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 1121

 20659929 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 20659988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1122 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 1181

 20659989 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 20660048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1182 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 1241

 20660049 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 20660108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1242 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 1301

 20660109 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 20660168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1302 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 1361

 20660169 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 20660228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1362 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 1421

 20660229 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 20660288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1422 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 1481

 20660289 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 20660348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1482 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 1541

 20660349 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 20660408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1542 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 1601

 20660409 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 20660468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1602 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 1661

 20660469 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 20660528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1662 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 1721

 20660529 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 20660588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1722 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 1781

 20660589 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 20660648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1782 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 1841

 20660649 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 20660708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1842 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 1901

 20660709 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 20660768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1902 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 1961

 20660769 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 20660828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1962 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 2021

 20660829 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 20660888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2022 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 2081

 20660889 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 20660948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2082 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 2141

 20660949 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 20661008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2142 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 2201

 20661009 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 20661068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2202 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 2261

 20661069 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 20661128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2262 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 2321

 20661129 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 20661188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2322 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 2381

 20661189 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 20661248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2382 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 2441

 20661249 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 20661308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2442 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 2501

 20661309 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 20661368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2502 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 2561

 20661369 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 20661428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2562 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 2621

 20661429 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 20661488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2622 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 2681

 20661489 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 20661548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2682 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 2741

 20661549 GGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 20661608
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2742 GGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 2801

 20661609 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 20661668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2802 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 2861

 20661669 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 20661728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2862 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 2921

 20661729 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 20661788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2922 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 2981

 20661789 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 20661848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2982 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 3041

 20661849 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 20661908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3042 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 3101

 20661909 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 20661968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3102 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 3161

 20661969 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 20662028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3162 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 3221

 20662029 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 20662088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3222 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 3281

 20662089 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 20662148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3282 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 3341

 20662149 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 20662208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3342 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 3401

 20662209 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 20662268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3402 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 3461

 20662269 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 20662328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3462 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 3521

 20662329 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 20662388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3522 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 3581

 20662389 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 20662448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3582 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 3641

 20662449 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 20662508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3642 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 3701

 20662509 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 20662568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3702 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 3761

 20662569 TCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 20662628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3762 TCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 3821

 20662629 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 20662688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3822 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 3881

 20662689 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 20662748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3882 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 3941

 20662749 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 20662808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3942 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 4001

 20662809 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 20662868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4002 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 4061

 20662869 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 20662928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4062 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 4121

 20662929 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 20662988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4122 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 4181

 20662989 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 20663048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4182 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 4241

 20663049 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGC 20663108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4242 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGC 4301

 20663109 TAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAC 20663168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4302 TAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAC 4361

 20663169 TTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGA 20663228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4362 TTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGA 4421

 20663229 GCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGG 20663288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4422 GCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGG 4481

 20663289 ATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAAT 20663348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4482 ATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAAT 4541

 20663349 ATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCT 20663408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4542 ATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCT 4601

 20663409 TTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCA 20663468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4602 TTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCA 4661

 20663469 GAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTG 20663528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4662 GAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTG 4721

 20663529 AGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTC 20663588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4722 AGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTC 4781

 20663589 TGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATT 20663648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4782 TGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATT 4841

 20663649 GGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATT 20663708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4842 GGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATT 4901

 20663709 GACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGT 20663768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4902 GACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGT 4961

 20663769 CAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTA 20663828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4962 CAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTA 5021

 20663829 TTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATT 20663888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5022 TTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATT 5081

 20663889 TATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGG 20663948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5082 TATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGG 5141

 20663949 CTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTT 20664008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5142 CTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTT 5201

 20664009 CTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATA 20664068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5202 CTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATA 5261

 20664069 GGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCC 20664128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5262 GGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCC 5321

 20664129 TTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAA 20664188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5322 TTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAA 5381

 20664189 TTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGA 20664248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5382 TTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGA 5441

 20664249 TTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCT 20664308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5442 TTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCT 5501

 20664309 GCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAA 20664368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5502 GCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAA 5561

 20664369 TGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAG 20664428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5562 TGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAG 5621

 20664429 ATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGG 20664488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5622 ATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGG 5681

 20664489 TGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCA 20664548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5682 TGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCA 5741

 20664549 TCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTA 20664608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5742 TCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTA 5801

 20664609 CTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGC 20664668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5802 CTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGC 5861

 20664669 CACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAG 20664728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     5862 CACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAG 5920

 20664729 ATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGT 20664788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5921 ATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGT 5980

 20664789 TCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTG 20664848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5981 TCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTG 6040

 20664849 TTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGG 20664908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6041 TTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGG 6100

 20664909 TTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCA 20664968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6101 TTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCA 6160

 20664969 TGCCT 20664973
          |||||
     6161 TGCCT 6165

Alignment time is 4.39473 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5546] =>      5546 nucs 'mol-32-3046-143953_5546'

Score:        5357
Aligned:      5558        nucs
Identic:      5534 (100%) nucs =>      3720 (100%)      1814 ( 99%)
Gaps:           12 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658855,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664885]
 second seq =>  [       1,    3730] EXCISED REGION [    3731,    5546]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658855 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAAT 20658914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAAT 60

 20658915 GTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCA 20658974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCA 120

 20658975 CAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAA 20659034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAA 180

 20659035 ATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTC 20659094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTC 240

 20659095 CTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCA 20659154
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTCTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCA 300

 20659155 GAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCG 20659214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCG 360

 20659215 GGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGG 20659274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGG 420

 20659275 CTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAA 20659334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAA 480

 20659335 AAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGG 20659394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGG 540

 20659395 ATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACAT 20659454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACAT 600

 20659455 ATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATC 20659514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATC 660

 20659515 TGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATT 20659574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATT 720

 20659575 GGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTT 20659634
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
      721 GGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATATT 780

 20659635 GGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTT 20659694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTT 840

 20659695 TGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACA 20659754
          |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGGGAGGCCAAAGTGGGTAGAT-ACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACA 899

 20659755 TGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGC 20659814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGC 959

 20659815 CTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAA 20659874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 CTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAA 1019

 20659875 GACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGG 20659934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 GACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGG 1079

 20659935 CATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGA 20659994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     1080 CATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGA 1139

 20659995 ACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGA 20660054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 ACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGA 1199

 20660055 CAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGG 20660114
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     1200 CAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAA-TGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGG 1258

 20660115 TTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGT 20660174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 TTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGT 1318

 20660175 GAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTAT 20660234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 GAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTAT 1378

 20660235 TAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTG 20660294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     1379 TAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTT-GAGATGGAGTTTTG 1437

 20660295 CTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCC 20660354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1438 CTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCC 1497

 20660355 TGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATA 20660414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 TGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATA 1557

 20660415 TTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGT 20660474
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1558 TTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAGCATTATATGGAAAATGGT 1617

 20660475 GGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCA 20660534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 GGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCA 1677

 20660535 TAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCAC 20660594
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 CAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCAC 1737

 20660595 TTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGA 20660654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 TTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGA 1797

 20660655 TTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATT 20660714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 TTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATT 1857

 20660715 ATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAG 20660774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 ATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAG 1917

 20660775 AAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCA 20660834
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1918 AAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGTTGCA 1977

 20660835 GTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATA 20660894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 GTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATA 2037

 20660895 CCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACA 20660954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 CCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACA 2097

 20660955 GCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTAC 20661014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 GCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTAC 2157

 20661015 TGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACC 20661074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 TGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACC 2217

 20661075 ACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAA 20661134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 ACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAA 2277

 20661135 GCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGG 20661194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 GCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGG 2337

 20661195 AAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCT 20661254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 AAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCT 2397

 20661255 GTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGG 20661314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 GTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGG 2457

 20661315 TTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCA 20661374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2458 TTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCA 2517

 20661375 TGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGG 20661434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 TGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGG 2577

 20661435 TCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAG 20661494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 TCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAG 2637

 20661495 GCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCA 20661554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2638 GCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCA 2697

 20661555 GTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAG 20661614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 GTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAG 2757

 20661615 AGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTG 20661674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 AGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTG 2817

 20661675 GGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTG 20661734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 GGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTG 2877

 20661735 AAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGT 20661794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2878 AAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGT 2937

 20661795 TCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGAT 20661854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 TCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGAT 2997

 20661855 GGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTT 20661914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 GGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTT 3057

 20661915 TTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAG 20661974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 TTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAG 3117

 20661975 CTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTG 20662034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 CTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTG 3177

 20662035 CCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGC 20662094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 CCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGC 3237

 20662095 TCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTT 20662154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 TCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTT 3297

 20662155 TTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCA 20662214
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3298 TTGCTCATTTGTTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCA 3357

 20662215 GGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCG 20662274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3358 GGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCG 3417

 20662275 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGC 20662334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3418 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGC 3477

 20662335 TAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAA 20662394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3478 TAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAA 3537

 20662395 ACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTG 20662454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3538 ACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTG 3597

 20662455 AGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCC 20662514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3598 AGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCC 3657

 20662515 AGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGT 20662574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3658 AGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGT 3717

 20662575 GATTCTCCTGCCG 20662587
          |||||||||||||
     3718 GATTCTCCTGCCG 3730

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3731 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 3790

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3791 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 3850

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     3851 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 3902

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3903 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 3962

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3963 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 4022

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4023 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 4082

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4083 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 4142

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4143 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 4202

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4203 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 4262

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4263 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 4322

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4323 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 4382

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4383 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 4442

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4443 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 4502

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4503 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 4562

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4563 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 4622

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4623 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 4682

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4683 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 4742

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4743 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 4802

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4803 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 4862

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4863 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 4922

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4923 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 4982

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4983 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 5042

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5043 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 5102

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5103 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 5162

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5163 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 5222

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5223 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 5282

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5283 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 5342

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     5343 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 5401

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5402 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 5461

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5462 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 5521

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCT 20664885
          |||||||||||||||||||||||||
     5522 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCT 5546

Alignment time is 3.96116 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5125] =>      5125 nucs 'mol-32-3101-156593_5125'

Score:        4956
Aligned:      5135        nucs
Identic:      5113 (100%) nucs =>      3776 (100%)      1337 ( 99%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658800,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664407]
 second seq =>  [       1,    3786] EXCISED REGION [    3787,    5125]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658800 GGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 20658859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 60

 20658860 TTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTG 20658919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTG 120

 20658920 AAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATG 20658979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATG 180

 20658980 GAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTA 20659039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTA 240

 20659040 GAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTA 20659099
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
      241 GAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTCTA 300

 20659100 ATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCA 20659159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCA 360

 20659160 CCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTAT 20659219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTAT 420

 20659220 GGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCA 20659279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCA 480

 20659280 AGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAA 20659339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAA 540

 20659340 AAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTT 20659399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTT 600

 20659400 TATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTG 20659459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTG 660

 20659460 AAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATA 20659519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATA 720

 20659520 AATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTA 20659579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTA 780

 20659580 ATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGA 20659639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
      781 ATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATATTGGAGA 840

 20659640 GAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGA 20659699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGA 900

 20659700 GGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG 20659759
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGCCAAAGTGGGTAGAT-ACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTG 959

 20659760 AAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTA 20659819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 AAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTA 1019

 20659820 ATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTG 20659879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 ATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTG 1079

 20659880 GCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGG 20659939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGG 1139

 20659940 TGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCC 20659999
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1140 TGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCC 1199

 20660000 AGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAG 20660059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 AGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAG 1259

 20660060 CAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGA 20660119
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAA-TGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGA 1318

 20660120 CCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGAT 20660179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 CCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGAT 1378

 20660180 GCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAAT 20660239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 GCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAAT 1438

 20660240 TTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTG 20660299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 TTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTG 1498

 20660300 GTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGT 20660359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 GTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGT 1558

 20660360 TCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTAC 20660419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 TCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTAC 1618

 20660420 CAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTAT 20660479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     1619 CAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAGCATTATATGGAAAATGGTGGTAT 1678

 20660480 TGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAG 20660539
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1679 TGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCACAGAG 1738

 20660540 TAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGT 20660599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 TAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGT 1798

 20660600 AGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCT 20660659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCT 1858

 20660660 TTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAG 20660719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 TTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAG 1918

 20660720 TAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGA 20660779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGA 1978

 20660780 GATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAA 20660839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1979 GATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGTTGCAGTTAA 2038

 20660840 GCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTT 20660899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 GCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTT 2098

 20660900 GGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAAT 20660959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 GGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAAT 2158

 20660960 TGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTG 20661019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 TGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTG 2218

 20661020 GTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTT 20661079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 GTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTT 2278

 20661080 GAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCC 20661139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 GAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCC 2338

 20661140 AAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATA 20661199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 AAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATA 2398

 20661200 TAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCAC 20661259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 TAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCAC 2458

 20661260 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAA 20661319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAA 2518

 20661320 GCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCT 20661379
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2519 GCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCT 2578

 20661380 GGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCC 20661439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 GGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCC 2638

 20661440 AACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATG 20661499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 AACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATG 2698

 20661500 AGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGG 20661559
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     2699 AGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGG 2758

 20661560 TTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAA 20661619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 TTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAA 2818

 20661620 TAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAG 20661679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 TAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAG 2878

 20661680 CTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGA 20661739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 CTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGA 2938

 20661740 CCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTG 20661799
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 CCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTG 2998

 20661800 GGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAA 20661859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 GGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAA 3058

 20661860 ATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAG 20661919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 ATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAG 3118

 20661920 AGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCT 20661979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 AGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCT 3178

 20661980 TCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAAT 20662039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 TCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAAT 3238

 20662040 GTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTG 20662099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 GTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTG 3298

 20662100 ATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCT 20662159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 ATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCT 3358

 20662160 CATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTG 20662219
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 CATTTGTTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTG 3418

 20662220 GAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCT 20662279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 GAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCT 3478

 20662280 CCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATT 20662339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 CCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATT 3538

 20662340 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCC 20662399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCC 3598

 20662400 TGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCA 20662459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 TGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCA 3658

 20662460 CCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCT 20662519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 CCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCT 3718

 20662520 AGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTC 20662579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 AGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTC 3778

 20662580 TCCTGCCG 20662587
          ||||||||
     3779 TCCTGCCG 3786

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3787 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 3846

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3847 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 3906

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     3907 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 3958

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 4018

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 4078

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 4138

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 4198

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4199 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 4258

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 4318

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4319 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 4378

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 4438

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 4498

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4499 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 4558

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4559 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 4618

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4619 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 4678

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4679 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 4738

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4739 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 4798

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4799 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 4858

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4859 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 4918

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4919 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 4978

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4979 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 5038

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5039 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 5098

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACA 20664407
          |||||||||||||||||||||||||||
     5099 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACA 5125

Alignment time is 3.92302 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5086] =>      5086 nucs 'mol-32-3159-195684_5086'

Score:        5085
Aligned:      5085        nucs
Identic:      5085 (100%) nucs =>      2741 (100%)      2344 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658810,20661550] EXCISED REGION [20661552,20663895]
 second seq =>  [       1,    2741] EXCISED REGION [    2743,    5086]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [2742,2742]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [2740,2742] to [2741,2743]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [20661550,20661550] to [20661552,20661552]
 second seq =>         1 nucs [2741,2741] to [2743,2743]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658810 GATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT 20658869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT 60

 20658870 GAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGG 20658929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGG 120

 20658930 AAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTA 20658989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTA 180

 20658990 TGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAA 20659049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAA 240

 20659050 TGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCAC 20659109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCAC 300

 20659110 TTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAA 20659169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAA 360

 20659170 CATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGG 20659229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGG 420

 20659230 GCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATT 20659289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATT 480

 20659290 ATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTC 20659349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTC 540

 20659350 TCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCA 20659409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCA 600

 20659410 CCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAA 20659469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAA 660

 20659470 GTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTT 20659529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTT 720

 20659530 CCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAG 20659589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAG 780

 20659590 CATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACATA 20659649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACATA 840

 20659650 ATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTG 20659709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTG 900

 20659710 GGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATT 20659769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATT 960

 20659770 TCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAC 20659829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAC 1020

 20659830 TTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAA 20659889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAA 1080

 20659890 CATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGC 20659949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGC 1140

 20659950 CTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAAT 20660009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAAT 1200

 20660010 GTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCA 20660069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCA 1260

 20660070 TCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACA 20660129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACA 1320

 20660130 AATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAG 20660189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAG 1380

 20660190 CAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATT 20660249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATT 1440

 20660250 TAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGC 20660309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGC 1500

 20660310 TGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATT 20660369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATT 1560

 20660370 CTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAA 20660429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAA 1620

 20660430 GCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCA 20660489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCA 1680

 20660490 TGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGA 20660549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGA 1740

 20660550 TAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCT 20660609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCT 1800

 20660610 AAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAA 20660669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAA 1860

 20660670 TTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGT 20660729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGT 1920

 20660730 ACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAG 20660789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAG 1980

 20660790 GTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGC 20660849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGC 2040

 20660850 CCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTC 20660909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTC 2100

 20660910 CTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTA 20660969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTA 2160

 20660970 GCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTT 20661029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTT 2220

 20661030 GCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCC 20661089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCC 2280

 20661090 CTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGT 20661149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGT 2340

 20661150 GTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTT 20661209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTT 2400

 20661210 TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGA 20661269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGA 2460

 20661270 GTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCC 20661329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCC 2520

 20661330 TACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTT 20661389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTT 2580

 20661390 TGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGAC 20661449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGAC 2640

 20661450 CTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCA 20661509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCA 2700

 20661510 CCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGG 20661550
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGG 2741

EXCISED REGION

 20661552 GCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGT 20661611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2743 GCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGT 2802

 20661612 AAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATA 20661671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2803 AAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATA 2862

 20661672 TTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTT 20661731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2863 TTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTT 2922

 20661732 TTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGG 20661791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2923 TTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGG 2982

 20661792 AGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGA 20661851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2983 AGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGA 3042

 20661852 GATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGC 20661911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3043 GATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGC 3102

 20661912 GTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAA 20661971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3103 GTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAA 3162

 20661972 CAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAA 20662031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3163 CAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAA 3222

 20662032 CTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCA 20662091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3223 CTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCA 3282

 20662092 TGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAA 20662151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3283 TGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAA 3342

 20662152 GTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGT 20662211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3343 GTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGT 3402

 20662212 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTA 20662271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3403 CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTA 3462

 20662272 GCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCC 20662331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3463 GCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCC 3522

 20662332 TGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 20662391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3523 TGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 3582

 20662392 CAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGC 20662451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3583 CAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGC 3642

 20662452 GTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCG 20662511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3643 GTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCG 3702

 20662512 CCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCA 20662571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3703 CCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCA 3762

 20662572 AGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACC 20662631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3763 AGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACC 3822

 20662632 TGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGG 20662691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3823 TGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGG 3882

 20662692 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTG 20662751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3883 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTG 3942

 20662752 TGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAA 20662811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3943 TGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAA 4002

 20662812 TAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTT 20662871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4003 TAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTT 4062

 20662872 GACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGA 20662931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4063 GACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGA 4122

 20662932 TATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGG 20662991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4123 TATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGG 4182

 20662992 CTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATT 20663051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4183 CTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATT 4242

 20663052 CTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAA 20663111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4243 CTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAA 4302

 20663112 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTC 20663171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4303 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTC 4362

 20663172 TGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 20663231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4363 TGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 4422

 20663232 ACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATA 20663291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4423 ACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATA 4482

 20663292 AACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATT 20663351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4483 AACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATT 4542

 20663352 TTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTA 20663411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4543 TTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTA 4602

 20663412 ACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAA 20663471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4603 ACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAA 4662

 20663472 GAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGG 20663531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4663 GAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGG 4722

 20663532 CCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGC 20663591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4723 CCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGC 4782

 20663592 ATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGC 20663651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4783 ATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGC 4842

 20663652 ATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGAC 20663711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4843 ATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGAC 4902

 20663712 ATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAG 20663771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4903 ATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAG 4962

 20663772 TATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTT 20663831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4963 TATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTT 5022

 20663832 GGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTAT 20663891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5023 GGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTAT 5082

 20663892 TTTG 20663895
          ||||
     5083 TTTG 5086

Alignment time is 3.65092 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3802] =>      3802 nucs 'mol-32-3164-104231_3802'

Score:        3781
Aligned:      3803        nucs
Identic:      3801 (100%) nucs =>        22 (100%)      3779 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20659306,20659327] EXCISED REGION [20659329,20663109]
 second seq =>  [       1,      22] EXCISED REGION [      23,    3802]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20659328,20659328]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [2244,2244]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        16 nucs [20659328,20659343] to [20659329,20659344]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20659306 CGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 20659327
          ||||||||||||||||||||||
        1 CGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 22

EXCISED REGION

 20659329 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 20659388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       23 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 82

 20659389 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 20659448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       83 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 142

 20659449 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 20659508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      143 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 202

 20659509 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 20659568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      203 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 262

 20659569 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 20659628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      263 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 322

 20659629 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 20659688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      323 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 382

 20659689 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 20659748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      383 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 442

 20659749 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 20659808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      443 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 502

 20659809 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 20659868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      503 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 562

 20659869 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 20659928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      563 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 622

 20659929 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 20659988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      623 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 682

 20659989 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 20660048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      683 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 742

 20660049 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 20660108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      743 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 802

 20660109 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 20660168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      803 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 862

 20660169 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 20660228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      863 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 922

 20660229 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 20660288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
      923 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAA-TTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 981

 20660289 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 20660348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      982 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 1041

 20660349 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 20660408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1042 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 1101

 20660409 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 20660468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1102 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 1161

 20660469 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 20660528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1162 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 1221

 20660529 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 20660588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1222 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 1281

 20660589 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 20660648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1282 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 1341

 20660649 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 20660708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1342 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 1401

 20660709 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 20660768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1402 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 1461

 20660769 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 20660828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1462 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 1521

 20660829 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 20660888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1522 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 1581

 20660889 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 20660948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1582 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 1641

 20660949 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 20661008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 1701

 20661009 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 20661068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1702 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 1761

 20661069 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 20661128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 1821

 20661129 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 20661188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 1881

 20661189 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 20661248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 1941

 20661249 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 20661308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 2001

 20661309 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 20661368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 2061

 20661369 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 20661428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 2121

 20661429 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 20661488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 2181

 20661489 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 20661548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 2241

 20661549 GGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 20661608
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 GGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 2301

 20661609 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 20661668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 2361

 20661669 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 20661728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 2421

 20661729 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 20661788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 2481

 20661789 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 20661848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 2541

 20661849 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 20661908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 2601

 20661909 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 20661968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 2661

 20661969 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 20662028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 2721

 20662029 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 20662088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 2781

 20662089 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 20662148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 2841

 20662149 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 20662208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 2901

 20662209 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 20662268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 2961

 20662269 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 20662328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 3021

 20662329 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 20662388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 3081

 20662389 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 20662448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 3141

 20662449 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 20662508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 3201

 20662509 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 20662568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 3261

 20662569 TCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 20662628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 TCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 3321

 20662629 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 20662688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3322 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 3381

 20662689 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 20662748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 3441

 20662749 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 20662808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 3501

 20662809 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 20662868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 3561

 20662869 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 20662928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3562 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 3621

 20662929 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 20662988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3622 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 3681

 20662989 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 20663048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 3741

 20663049 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGC 20663108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGC 3801

 20663109 T 20663109
          |
     3802 T 3802

Alignment time is 3.08471 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3005] =>      3005 nucs 'mol-32-316f-038625_3005'

Score:        2922
Aligned:      3013        nucs
Identic:      2999 (100%) nucs =>      1378 (100%)      1621 ( 99%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20661206,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664691]
 second seq =>  [       1,    1382] EXCISED REGION [    1383,    3005]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20661206 CTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGC 20661265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGC 60

 20661266 TGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATT 20661325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATT 120

 20661326 CTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAA 20661385
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
      121 CTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAA 180

 20661386 TTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCC 20661445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCC 240

 20661446 TGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCAC 20661505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCAC 300

 20661506 TGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCAT 20661565
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
      301 TGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCAT 360

 20661566 AACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCT 20661625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCT 420

 20661626 AAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATAT 20661685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATAT 480

 20661686 TAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGT 20661745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGT 540

 20661746 TTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAAC 20661805
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAAC 600

 20661806 ATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGA 20661865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGA 660

 20661866 AGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTT 20661925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTT 720

 20661926 TTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTT 20661985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTT 780

 20661986 CTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATG 20662045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATG 840

 20662046 TTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTA 20662105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTA 900

 20662106 AGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTG 20662165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTG 960

 20662166 TTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGC 20662225
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGC 1020

 20662226 AGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCC 20662285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCC 1080

 20662286 TCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTG 20662345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTG 1140

 20662346 TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAG 20662405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAG 1200

 20662406 AGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCAC 20662465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCAC 1260

 20662466 CTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTG 20662525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTG 1320

 20662526 CATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGC 20662585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGC 1380

 20662586 CG 20662587
          ||
     1381 CG 1382

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1383 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 1442

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1443 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 1502

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     1503 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 1554

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 1614

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 1674

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 1734

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 1794

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 1854

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 1914

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 1974

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 2034

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 2094

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2095 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 2154

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2155 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 2214

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2215 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 2274

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2275 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 2334

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2335 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 2394

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2395 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 2454

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2455 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 2514

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2515 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 2574

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2575 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 2634

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2635 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 2694

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2695 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 2754

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2755 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 2814

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2815 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 2874

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2875 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 2934

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2935 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 2994

 20664681 GCCTGGACGAC 20664691
          |||||||||||
     2995 GCCTGGACGAC 3005

Alignment time is 2.18563 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3169] =>      3169 nucs 'mol-32-3311-073261_3169'

Score:        3076
Aligned:      3178        nucs
Identic:      3163 (100%) nucs =>      1334 (100%)      1829 ( 99%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20661250,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664900]
 second seq =>  [       1,    1338] EXCISED REGION [    1339,    3169]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20661250 GTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTT 20661309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTT 60

 20661310 CTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGC 20661369
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
       61 CTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGC 120

 20661370 CACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAG 20661429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAG 180

 20661430 GCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT 20661489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT 240

 20661490 TACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTG 20661549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTG 300

 20661550 GAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAG 20661609
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAG 360

 20661610 GTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAA 20661669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAA 420

 20661670 TATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTT 20661729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTT 480

 20661730 TTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTA 20661789
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
      481 TTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTA 540

 20661790 GGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTG 20661849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTG 600

 20661850 GAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTAT 20661909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTAT 660

 20661910 GCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGA 20661969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGA 720

 20661970 AACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGT 20662029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGT 780

 20662030 AACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGC 20662089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGC 840

 20662090 CATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGT 20662149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGT 900

 20662150 AAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTC 20662209
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTC 960

 20662210 GTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTC 20662269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTC 1020

 20662270 TAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGC 20662329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGC 1080

 20662330 CCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGT 20662389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGT 1140

 20662390 CTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAG 20662449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAG 1200

 20662450 GCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGT 20662509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGT 1260

 20662510 CGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTT 20662569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTT 1320

 20662570 CAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          ||||||||||||||||||
     1321 CAAGTGATTCTCCTGCCG 1338

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1339 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 1398

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1399 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 1458

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     1459 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 1510

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1511 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 1570

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1571 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 1630

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1631 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 1690

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1691 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 1750

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1751 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 1810

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1811 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 1870

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1871 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 1930

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1931 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 1990

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1991 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 2050

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2051 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 2110

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2111 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 2170

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2171 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 2230

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2231 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 2290

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2291 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 2350

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2351 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 2410

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2411 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 2470

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2471 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 2530

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2531 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 2590

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2591 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 2650

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2651 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 2710

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2711 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 2770

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2771 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 2830

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2831 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 2890

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2891 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 2950

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     2951 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 3009

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3010 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 3069

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3070 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 3129

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGC 20664900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3130 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGC 3169

Alignment time is 2.27717 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4142] =>      4142 nucs 'mol-32-3311-135544_4142'

Score:        4131
Aligned:      4142        nucs
Identic:      4141 (100%) nucs =>       394 (100%)      3747 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658934,20659327] EXCISED REGION [20659329,20663076]
 second seq =>  [       1,     394] EXCISED REGION [     395,    4142]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20659328,20659328]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [2617,2617]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        16 nucs [20659328,20659343] to [20659329,20659344]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658934 AGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTA 20658993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTA 60

 20658994 TTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTA 20659053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTA 120

 20659054 ATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTG 20659113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTG 180

 20659114 GGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATA 20659173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATA 240

 20659174 CAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTT 20659233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTT 300

 20659234 GTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTG 20659293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTG 360

 20659294 CTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 20659327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 394

EXCISED REGION

 20659329 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 20659388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      395 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 454

 20659389 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 20659448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      455 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 514

 20659449 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 20659508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      515 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 574

 20659509 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 20659568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      575 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 634

 20659569 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 20659628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      635 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 694

 20659629 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 20659688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      695 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 754

 20659689 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 20659748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      755 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 814

 20659749 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 20659808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      815 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 874

 20659809 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 20659868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      875 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 934

 20659869 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 20659928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      935 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 994

 20659929 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 20659988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      995 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 1054

 20659989 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 20660048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1055 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 1114

 20660049 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 20660108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1115 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 1174

 20660109 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 20660168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1175 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 1234

 20660169 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 20660228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1235 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 1294

 20660229 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 20660288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1295 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 1354

 20660289 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 20660348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1355 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 1414

 20660349 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 20660408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1415 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 1474

 20660409 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 20660468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1475 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 1534

 20660469 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 20660528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1535 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 1594

 20660529 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 20660588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1595 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 1654

 20660589 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 20660648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1655 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 1714

 20660649 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 20660708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1715 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 1774

 20660709 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 20660768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1775 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 1834

 20660769 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 20660828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1835 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 1894

 20660829 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 20660888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1895 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 1954

 20660889 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 20660948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1955 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 2014

 20660949 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 20661008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2015 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 2074

 20661009 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 20661068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2075 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 2134

 20661069 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 20661128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2135 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 2194

 20661129 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 20661188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2195 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 2254

 20661189 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 20661248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2255 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 2314

 20661249 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 20661308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2315 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 2374

 20661309 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 20661368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2375 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 2434

 20661369 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 20661428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2435 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 2494

 20661429 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 20661488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2495 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 2554

 20661489 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 20661548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2555 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 2614

 20661549 GGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 20661608
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2615 GGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 2674

 20661609 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 20661668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2675 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 2734

 20661669 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 20661728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2735 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 2794

 20661729 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 20661788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2795 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 2854

 20661789 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 20661848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2855 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 2914

 20661849 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 20661908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2915 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 2974

 20661909 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 20661968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2975 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 3034

 20661969 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 20662028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3035 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 3094

 20662029 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 20662088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3095 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 3154

 20662089 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 20662148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3155 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 3214

 20662149 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 20662208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3215 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 3274

 20662209 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 20662268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3275 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 3334

 20662269 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 20662328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3335 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 3394

 20662329 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 20662388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3395 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 3454

 20662389 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 20662448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3455 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 3514

 20662449 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 20662508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3515 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 3574

 20662509 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 20662568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3575 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 3634

 20662569 TCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 20662628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3635 TCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 3694

 20662629 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 20662688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3695 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 3754

 20662689 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 20662748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3755 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 3814

 20662749 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 20662808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3815 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 3874

 20662809 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 20662868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3875 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 3934

 20662869 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 20662928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3935 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 3994

 20662929 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 20662988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3995 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 4054

 20662989 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 20663048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4055 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 4114

 20663049 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGC 20663076
          ||||||||||||||||||||||||||||
     4115 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGC 4142

Alignment time is 3.00859 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4076] =>      4076 nucs 'mol-32-331c-081679_4076'

Score:        4055
Aligned:      4077        nucs
Identic:      4075 (100%) nucs =>       515 (100%)      3560 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658813,20659327] EXCISED REGION [20659330,20662891]
 second seq =>  [       1,     515] EXCISED REGION [     516,    4076]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [20659328,20659329]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        15 nucs [20659328,20659342] to [20659330,20659344]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [20659328,20659328] to [20659329,20659329]
 second seq =>         0 nucs

 20658813 CTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAG 20658872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAG 60

 20658873 CCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAA 20658932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAA 120

 20658933 CAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGT 20658992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGT 180

 20658993 ATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGT 20659052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGT 240

 20659053 AATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTT 20659112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTT 300

 20659113 GGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACAT 20659172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACAT 360

 20659173 ACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCT 20659232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCT 420

 20659233 TGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATT 20659292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATT 480

 20659293 GCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 20659327
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 515

EXCISED REGION

 20659330 AAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCAT 20659389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      516 AAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCAT 575

 20659390 ACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGT 20659449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      576 ACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATGT 635

 20659450 GACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTG 20659509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      636 GACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCTG 695

 20659510 TTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTT 20659569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      696 TTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATTT 755

 20659570 TAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAG 20659629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      756 TAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTAG 815

 20659630 ATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAG 20659689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      816 ATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCAG 875

 20659690 CACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGC 20659749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      876 CACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGGC 935

 20659750 CAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCT 20659809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      936 CAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGCT 995

 20659810 CACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAG 20659869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      996 CACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAG 1055

 20659870 TTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAG 20659929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1056 TTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAG 1115

 20659930 CCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTG 20659989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1116 CCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTG 1175

 20659990 CTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTG 20660049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1176 CTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTG 1235

 20660050 GGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGA 20660109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1236 GGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGA 1295

 20660110 AATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGT 20660169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1296 AATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGT 1355

 20660170 TCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCT 20660229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1356 TCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCT 1415

 20660230 TGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAG 20660289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1416 TGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAG 1475

 20660290 TTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTG 20660349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1476 TTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTG 1535

 20660350 CCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGT 20660409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1536 CCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGT 1595

 20660410 TGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAA 20660469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1596 TGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAA 1655

 20660470 ATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGG 20660529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1656 ATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGG 1715

 20660530 GTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGC 20660589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1716 GTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGC 1775

 20660590 CTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGA 20660649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1776 CTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGA 1835

 20660650 CTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGA 20660709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1836 CTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGA 1895

 20660710 CTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCA 20660769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1896 CTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCA 1955

 20660770 AGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTG 20660829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1956 AGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTG 2015

 20660830 CTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGT 20660889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2016 CTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGT 2075

 20660890 CCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGA 20660949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2076 CCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGA 2135

 20660950 CAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACT 20661009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2136 CAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACT 2195

 20661010 CTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATG 20661069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2196 CTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATG 2255

 20661070 AGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAG 20661129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2256 AGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAG 2315

 20661130 TTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATT 20661189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2316 TTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATT 2375

 20661190 ATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTC 20661249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2376 ATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTC 2435

 20661250 GTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTT 20661309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2436 GTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTT 2495

 20661310 CTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGC 20661369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2496 CTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGC 2555

 20661370 CACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAG 20661429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2556 CACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAG 2615

 20661430 GCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT 20661489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2616 GCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT 2675

 20661490 TACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTG 20661549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2676 TACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTG 2735

 20661550 GAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAG 20661609
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2736 GGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAG 2795

 20661610 GTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAA 20661669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2796 GTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAA 2855

 20661670 TATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTT 20661729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2856 TATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTT 2915

 20661730 TTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTA 20661789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2916 TTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTA 2975

 20661790 GGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTG 20661849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2976 GGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTG 3035

 20661850 GAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTAT 20661909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3036 GAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTAT 3095

 20661910 GCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGA 20661969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3096 GCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGA 3155

 20661970 AACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGT 20662029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3156 AACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGT 3215

 20662030 AACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGC 20662089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3216 AACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGC 3275

 20662090 CATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGT 20662149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3276 CATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGT 3335

 20662150 AAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTC 20662209
          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3336 AAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCC-TTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTC 3394

 20662210 GTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTC 20662269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3395 GTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTC 3454

 20662270 TAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGC 20662329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3455 TAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGC 3514

 20662330 CCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGT 20662389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3515 CCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGT 3574

 20662390 CTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAG 20662449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3575 CTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAG 3634

 20662450 GCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGT 20662509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3635 GCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGT 3694

 20662510 CGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTT 20662569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3695 CGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTT 3754

 20662570 CAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACA 20662629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3755 CAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACA 3814

 20662630 CCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 20662689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3815 CCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCT 3874

 20662690 GGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAG 20662749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3875 GGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAG 3934

 20662750 TGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTA 20662809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3935 TGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTA 3994

 20662810 AATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATT 20662869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3995 AATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATT 4054

 20662870 TTGACAAATCTTCTTCTGCCTT 20662891
          ||||||||||||||||||||||
     4055 TTGACAAATCTTCTTCTGCCTT 4076

Alignment time is 2.95348 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2802] =>      2802 nucs 'mol-32-33ab-209917_2802'

Score:        2802
Aligned:      2802        nucs
Identic:      2802 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20662276,20665077]
 second seq =>  [       1,    2802]

 20662276 TTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCT 20662335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCT 60

 20662336 AATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAA 20662395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAA 120

 20662396 CTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGA 20662455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGA 180

 20662456 GCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCA 20662515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCA 240

 20662516 GGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTG 20662575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTG 300

 20662576 ATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGC 20662635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGC 360

 20662636 TAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACT 20662695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACT 420

 20662696 CCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAG 20662755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAG 480

 20662756 CCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAA 20662815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAA 540

 20662816 TTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACA 20662875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACA 600

 20662876 AATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATG 20662935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATG 660

 20662936 GTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGG 20662995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGG 720

 20662996 AGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCA 20663055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCA 780

 20663056 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTT 20663115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTT 840

 20663116 TGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGAC 20663175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGAC 900

 20663176 CTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTG 20663235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTG 960

 20663236 CACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACC 20663295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACC 1020

 20663296 CCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGT 20663355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGT 1080

 20663356 GGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTG 20663415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTG 1140

 20663416 TTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAA 20663475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAA 1200

 20663476 TTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCAT 20663535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCAT 1260

 20663536 CTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTC 20663595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTC 1320

 20663596 ACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAA 20663655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAA 1380

 20663656 AGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTA 20663715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTA 1440

 20663716 GCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATA 20663775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATA 1500

 20663776 GCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTT 20663835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTT 1560

 20663836 TTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTG 20663895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTG 1620

 20663896 AGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTG 20663955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTG 1680

 20663956 CAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGAC 20664015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGAC 1740

 20664016 TACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTC 20664075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTC 1800

 20664076 ACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCT 20664135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCT 1860

 20664136 CCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATA 20664195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATA 1920

 20664196 TATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGA 20664255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGA 1980

 20664256 TGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATG 20664315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATG 2040

 20664316 AATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGA 20664375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGA 2100

 20664376 TATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCC 20664435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCC 2160

 20664436 TGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGG 20664495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGG 2220

 20664496 ATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTAC 20664555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTAC 2280

 20664556 TAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGA 20664615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGA 2340

 20664616 GGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCA 20664675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCA 2400

 20664676 CTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCC 20664735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCC 2460

 20664736 ACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTA 20664795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTA 2520

 20664796 TAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCA 20664855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCA 2580

 20664856 GGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGC 20664915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGC 2640

 20664916 AATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGG 20664975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGG 2700

 20664976 CTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGG 20665035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGG 2760

 20665036 TCTCATCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTG 20665077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCTCATCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTG 2802

Alignment time is 1.78339 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    6250] =>      6250 nucs 'mol-32-33f8-035680_6250'

Score:        6166
Aligned:      6242        nucs
Identic:      6231 (100%) nucs =>      6183 (100%)        48 ( 89%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658847,20665034] EXCISED REGION [20665043,20665093]
 second seq =>  [       1,    6185] EXCISED REGION [    6194,    6244]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         8 nucs [20665035,20665042]
 second seq =>         8 nucs [6186,6193]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [6185,6186] to [6193,6194]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658847 CAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAAC 20658906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAAC 60

 20658907 TTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGC 20658966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGC 120

 20658967 CACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTAC 20659026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTAC 180

 20659027 ATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTG 20659086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTG 240

 20659087 GTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAG 20659146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAG 300

 20659147 GAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAA 20659206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAA 360

 20659207 ATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGA 20659266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGA 420

 20659267 GGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCT 20659326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCT 480

 20659327 CAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTC 20659386
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAAAAAAAAAAAAAAAA-GATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTC 539

 20659387 CATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAA 20659446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 CATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAA 599

 20659447 TGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGG 20659506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 TGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGG 659

 20659507 CTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAA 20659566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 CTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAA 719

 20659567 TTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTAC 20659626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 TTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTAC 779

 20659627 TAGATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCT 20659686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TAGATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCT 839

 20659687 CAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCT 20659746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 CAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCT 899

 20659747 GGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTG 20659806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 GGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTG 959

 20659807 GCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAG 20659866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 GCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAG 1019

 20659867 GAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAT 20659926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 GAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAT 1079

 20659927 TAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAA 20659986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAA 1139

 20659987 TTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATC 20660046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATC 1199

 20660047 CTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGAC 20660106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
     1200 CTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAA-TGTTTCCGTCTCATGGTGAC 1258

 20660107 TGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAA 20660166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 TGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAA 1318

 20660167 GGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAA 20660226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     1319 GGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTCGTCAGGCAATAAA 1378

 20660227 TCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATG 20660286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATG 1438

 20660287 GAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCT 20660346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 GAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCT 1498

 20660347 CTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATA 20660406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 CTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATA 1558

 20660407 AGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGG 20660466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 AGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGG 1618

 20660467 AAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGT 20660526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 AAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGT 1678

 20660527 AGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTG 20660586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 AGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTG 1738

 20660587 GGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTG 20660646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 GGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTG 1798

 20660647 TGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGG 20660706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 TGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGG 1858

 20660707 AGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGAT 20660766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 AGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGAT 1918

 20660767 TCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGA 20660826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGA 1978

 20660827 TTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCA 20660886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 TTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCA 2038

 20660887 TGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTG 20660946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTG 2098

 20660947 GGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCAC 20661006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 GGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCAC 2158

 20661007 ACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAG 20661066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 ACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAG 2218

 20661067 ATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCT 20661126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 ATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCT 2278

 20661127 CAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGA 20661186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 CAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGA 2338

 20661187 ATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAAT 20661246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 ATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAAT 2398

 20661247 CTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGC 20661306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 CTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGC 2458

 20661307 CTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCC 20661366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 CTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCC 2518

 20661367 TGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGC 20661426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 TGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGC 2578

 20661427 CAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGG 20661486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 CAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGG 2638

 20661487 GATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGT 20661546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 GATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGT 2698

 20661547 TTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGG 20661606
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 TTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGG 2758

 20661607 CAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACAT 20661666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 CAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACAT 2818

 20661667 CAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAA 20661726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 CAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAA 2878

 20661727 TTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTC 20661786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 TTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTC 2938

 20661787 TTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGAT 20661846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 TTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGAT 2998

 20661847 CTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATT 20661906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 CTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATT 3058

 20661907 TATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAAT 20661966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 TATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAAT 3118

 20661967 AGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAAC 20662026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 AGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAAC 3178

 20662027 TGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCG 20662086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 TGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCG 3238

 20662087 TGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGC 20662146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 TGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGC 3298

 20662147 TGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCT 20662206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 TGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCT 3358

 20662207 GTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGG 20662266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 GTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGG 3418

 20662267 TTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCA 20662326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 TTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCA 3478

 20662327 CGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCT 20662386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 CGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCT 3538

 20662387 GGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTA 20662446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 GGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTA 3598

 20662447 CAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTT 20662506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 CAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTT 3658

 20662507 TGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAG 20662566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 TGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAG 3718

 20662567 TTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACC 20662626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 TTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACC 3778

 20662627 ACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGG 20662686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 ACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGG 3838

 20662687 TCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTAC 20662746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 TCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTAC 3898

 20662747 AAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAA 20662806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 AAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAA 3958

 20662807 GTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGA 20662866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 GTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGA 4018

 20662867 ATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCT 20662926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 ATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCT 4078

 20662927 GTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGC 20662986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 GTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGC 4138

 20662987 CCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAG 20663046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 CCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAG 4198

 20663047 CGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTG 20663106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4199 CGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTG 4258

 20663107 GCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGA 20663166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 GCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGA 4318

 20663167 ACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCAT 20663226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4319 ACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCAT 4378

 20663227 GAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAA 20663286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 GAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAA 4438

 20663287 GGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTA 20663346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 GGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTA 4498

 20663347 ATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATAT 20663406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4499 ATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATAT 4558

 20663407 CTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTG 20663466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4559 CTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTG 4618

 20663467 CAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAG 20663526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4619 CAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAG 4678

 20663527 TGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTT 20663586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4679 TGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTT 4738

 20663587 TCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAA 20663646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4739 TCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAA 4798

 20663647 TTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTA 20663706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4799 TTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTA 4858

 20663707 TTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTG 20663766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4859 TTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTG 4918

 20663767 GTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATT 20663826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4919 GTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATT 4978

 20663827 TATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAA 20663886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4979 TATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAA 5038

 20663887 TTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGG 20663946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5039 TTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGG 5098

 20663947 GGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGT 20664006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5099 GGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGT 5158

 20664007 TTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGA 20664066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5159 TTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGA 5218

 20664067 TAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTG 20664126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5219 TAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTG 5278

 20664127 CCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATAT 20664186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5279 CCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATAT 5338

 20664187 AATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGG 20664246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5339 AATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGG 5398

 20664247 GATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTG 20664306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5399 GATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTG 5458

 20664307 CTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATT 20664366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5459 CTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATT 5518

 20664367 AATGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAA 20664426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5519 AATGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAA 5578

 20664427 AGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGA 20664486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5579 AGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGA 5638

 20664487 GGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTC 20664546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5639 GGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTC 5698

 20664547 CATCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGC 20664606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5699 CATCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGC 5758

 20664607 TACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCAC 20664666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5759 TACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCAC 5818

 20664667 GCCACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAA 20664726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5819 GCCACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAA 5878

 20664727 AGATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATT 20664786
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5879 -GATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATT 5937

 20664787 GTTCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTC 20664846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5938 GTTCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTC 5997

 20664847 TGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCG 20664906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5998 TGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCG 6057

 20664907 GGTTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCAC 20664966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6058 GGTTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCAC 6117

 20664967 CATGCCTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGA 20665026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6118 CATGCCTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGA 6177

 20665027 TGGTCTCG 20665034
          ||||||||
     6178 TGGTCTCG 6185

EXCISED REGION

 20665043 ACCTCGTGATCCACCCACG---TCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGT 20665093
          ||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||
     6194 ACCTCGTGATCCACCC---TCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGT 6244

Alignment time is 4.4715 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    8951] =>      8951 nucs 'mol-32-3403-019728_8951'

Score:        8884
Aligned:      8956        nucs
Identic:      8947 (100%) nucs =>      5277 (100%)      3670 (100%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20659831,20665111] EXCISED REGION [20665117,20668791]
 second seq =>  [       1,    5280] EXCISED REGION [    5281,    8951]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         5 nucs [20665112,20665116]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        24 nucs [20665112,20665135] to [20665117,20665140]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [20665112,20665113] to [20665115,20665116]
 second seq =>         0 nucs

 20659831 TAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAAC 20659890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAAC 60

 20659891 ATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCC 20659950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCC 120

 20659951 TGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATG 20660010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATG 180

 20660011 TTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCAT 20660070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCAT 240

 20660071 CTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAA 20660130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAA 300

 20660131 ATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGC 20660190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGC 360

 20660191 AAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTT 20660250
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      361 AAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATCTTGCATTAAATTTGTGATATTT 420

 20660251 AAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCT 20660310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCT 480

 20660311 GGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTC 20660370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTC 540

 20660371 TAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAG 20660430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAG 600

 20660431 CAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCAT 20660490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCAT 660

 20660491 GGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGAT 20660550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGAT 720

 20660551 AAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTA 20660610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTA 780

 20660611 AAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAAT 20660670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAAT 840

 20660671 TCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTA 20660730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTA 900

 20660731 CAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGG 20660790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGG 960

 20660791 TTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCC 20660850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCC 1020

 20660851 CCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCC 20660910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCC 1080

 20660911 TCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAG 20660970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAG 1140

 20660971 CAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTG 20661030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTG 1200

 20661031 CCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCC 20661090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCC 1260

 20661091 TAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTG 20661150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTG 1320

 20661151 TGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTT 20661210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTT 1380

 20661211 CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAG 20661270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAG 1440

 20661271 TGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCT 20661330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCT 1500

 20661331 ACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTT 20661390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTT 1560

 20661391 GTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACC 20661450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACC 1620

 20661451 TTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 20661510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 1680

 20661511 CCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAA 20661570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1681 CCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAA 1740

 20661571 GATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGAC 20661630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGAC 1800

 20661631 AAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAA 20661690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAA 1860

 20661691 TAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGA 20661750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGA 1920

 20661751 GAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACA 20661810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACA 1980

 20661811 GGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAA 20661870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAA 2040

 20661871 AAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTT 20661930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTT 2100

 20661931 TTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGAT 20661990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGAT 2160

 20661991 GCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATT 20662050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATT 2220

 20662051 AATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGG 20662110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGG 2280

 20662111 AATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGT 20662170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGT 2340

 20662171 TTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 20662230
          ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTCCTTTTTTTTTTT-GTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 2399

 20662231 CGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGC 20662290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 CGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGC 2459

 20662291 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTT 20662350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTT 2519

 20662351 TTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGG 20662410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGG 2579

 20662411 ATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGG 20662470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 ATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGG 2639

 20662471 CCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTG 20662530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 CCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTG 2699

 20662531 GTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAG 20662590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 GTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAG 2759

 20662591 CCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTT 20662650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 CCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTT 2819

 20662651 AGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGA 20662710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 AGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGA 2879

 20662711 TCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCC 20662770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 TCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCC 2939

 20662771 TCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCT 20662830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 TCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCT 2999

 20662831 AGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCT 20662890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 AGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCT 3059

 20662891 TTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTT 20662950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 TTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTT 3119

 20662951 CTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGAT 20663010
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 CTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCCCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGAT 3179

 20663011 CTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCA 20663070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 CTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCA 3239

 20663071 AGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGA 20663130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 AGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGA 3299

 20663131 GGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACC 20663190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 GGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACC 3359

 20663191 CACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAA 20663250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 CACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAA 3419

 20663251 TTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGT 20663310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 TTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGT 3479

 20663311 GTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCAT 20663370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 GTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCAT 3539

 20663371 CCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGA 20663430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 CCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGA 3599

 20663431 TAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGT 20663490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 TAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGT 3659

 20663491 ATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTT 20663550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 ATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTT 3719

 20663551 TTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTC 20663610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 TTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTC 3779

 20663611 AGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATAT 20663670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3780 AGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATAT 3839

 20663671 TCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTG 20663730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3840 TCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTG 3899

 20663731 GTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCC 20663790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3900 GTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCC 3959

 20663791 ATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAA 20663850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3960 ATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAA 4019

 20663851 TATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCT 20663910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4020 TATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCT 4079

 20663911 CTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCC 20663970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4080 CTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCC 4139

 20663971 AAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTG 20664030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4140 AAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTG 4199

 20664031 CCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGG 20664090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4200 CCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGG 4259

 20664091 CTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGA 20664150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4260 CTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGA 4319

 20664151 TTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACC 20664210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4320 TTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACC 4379

 20664211 TCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGC 20664270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4380 TCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGC 4439

 20664271 CGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTT 20664330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4440 CGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTT 4499

 20664331 CCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTTTCATTGGTAT 20664390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4500 CCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTTTCATTGGTAT 4559

 20664391 CTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTG 20664450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4560 CTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTG 4619

 20664451 GCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAG 20664510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4620 GCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAG 4679

 20664511 GAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATAAGAAAAT 20664570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4680 GAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATAAGAAAAT 4739

 20664571 TAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGA 20664630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4740 TAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGA 4799

 20664631 ATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCAGCCTGGACGA 20664690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4800 ATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCAGCCTGGACGA 4859

 20664691 CAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGTTTCTACTCTT 20664750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4860 CAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGTTTCTACTCTT 4919

 20664751 CAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGTAATGTATTTT 20664810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4920 CAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGTAATGTATTTT 4979

 20664811 TTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTG 20664870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4980 TTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTG 5039

 20664871 GCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTCTTCTGCCTCA 20664930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5040 GCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTCTTCTGCCTCA 5099

 20664931 GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATATTTTGTATT 20664990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5100 GCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAATATTTTGTATT 5159

 20664991 TTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCATCACCTCGTG 20665050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5160 TTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCATCACCTCGTG 5219

 20665051 ATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATGGTGCCCCGC 20665110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5220 ATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATGGTGCCCCGC 5279

 20665111 C 20665111
          |
     5280 C 5280

EXCISED REGION

 20665117 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTCCCCAGGTTGGA 20665176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTCCCCAGGTTGGA 5340

 20665177 GTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCACGTGACTCCTC 20665236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 GTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCACGTGACTCCTC 5400

 20665237 TGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTT 20665296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 TGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAATTTT 5460

 20665297 CGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTTGTCTCAAACTCCTGAC 20665356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 CGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTTGTCTCAAACTCCTGAC 5520

 20665357 CTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACACAGGCGTGAGCCACCA 20665416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 CTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACACAGGCGTGAGCCACCA 5580

 20665417 CGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTCTGTTGTAGTAGGCTGA 20665476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 CGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTCTGTTGTAGTAGGCTGA 5640

 20665477 ATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTCATAAATATTATTTTAT 20665536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 ATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTCATAAATATTATTTTAT 5700

 20665537 TTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGGAGTCAGTTACCTTGGA 20665596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 TTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGGAGTCAGTTACCTTGGA 5760

 20665597 TTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAGAGAGAGGCAATAGAGA 20665656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 TTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAGAGAGAGGCAATAGAGA 5820

 20665657 CACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGATGGAGCAGAGAGATATATGGCCTTAAGCCAAGGAA 20665716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 CACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGATGGAGCAGAGAGATATATGGCCTTAAGCCAAGGAA 5880

 20665717 TGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTATCCCCTATAGCCTCCA 20665776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 TGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTATCCCCTATAGCCTCCA 5940

 20665777 GAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGCCTATAGAACTGTGAAA 20665836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 GAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGCCTATAGAACTGTGAAA 6000

 20665837 GAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTTGGTGCAGCATTTACAG 20665896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 GAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTTGGTGCAGCATTTACAG 6060

 20665897 GAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATATTAGACCATCTAATAT 20665956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 GAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATATTAGACCATCTAATAT 6120

 20665957 TGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAATCTGTTTTTCTCTGTTC 20666016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 TGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAATCTGTTTTTCTCTGTTC 6180

 20666017 TTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTTTTGAGATGGAG 20666076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 TTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTTTTGAGATGGAG 6240

 20666077 TTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTGGCTCATTGCAACCTCC 20666136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 TTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTGGCTCATTGCAACCTCC 6300

 20666137 GCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCAC 20666196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 GCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCAC 6360

 20666197 CCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATGTTGG 20666256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 CCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTATGTTGG 6420

 20666257 CCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAATTAC 20666316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 CCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAATTAC 6480

 20666317 AGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCCACCTTCACTAACTCTT 20666376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6481 AGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCCACCTTCACTAACTCTT 6540

 20666377 TCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTGAAATTTTTTATTTCGG 20666436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6541 TCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTGAAATTTTTTATTTCGG 6600

 20666437 ATATATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCATAGTTTTTTTCTTCTGT 20666496
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6601 ATACATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCATAGTTTTTTTCTTCTGT 6660

 20666497 TGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCATGATGATAATAGCTTT 20666556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6661 TGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCATGATGATAATAGCTTT 6720

 20666557 CTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGTTGATTATCTTTTTCGC 20666616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6721 CTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGTTGATTATCTTTTTCGC 6780

 20666617 TTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAATACCAGTTTGTATCCTG 20666676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6781 TTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAATACCAGTTTGTATCCTG 6840

 20666677 AACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAGTCTCCAGAGAATGCTG 20666736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6841 AACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAGTCTCCAGAGAATGCTG 6900

 20666737 ATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTGAGACTGCAAGGTCTGT 20666796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6901 ATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTGAGACTGCAAGGTCTGT 6960

 20666797 CTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTTTCAAAGCCTGTCCTGT 20666856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6961 CTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTTTCAAAGCCTGTCCTGT 7020

 20666857 GCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTTAGACTTGGACTTGTGC 20666916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7021 GCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTTAGACTTGGACTTGTGC 7080

 20666917 CTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTTGTGGTATTCTGTGTAT 20666976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7081 CTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTTGTGGTATTCTGTGTAT 7140

 20666977 ATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCACAGAAGTAGGAAAACCC 20667036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7141 ATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCACAGAAGTAGGAAAACCC 7200

 20667037 TTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTCTGTCCTAGAGCCAGAA 20667096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7201 TTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTCTGTCCTAGAGCCAGAA 7260

 20667097 TGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCCACAGCAAGAGAGACAGG 20667156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7261 TGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCCACAGCAAGAGAGACAGG 7320

 20667157 GAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGACTCATTTTCTGAGTTCC 20667216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7321 GAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGACTCATTTTCTGAGTTCC 7380

 20667217 TTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCACACTGCACTGCCACAG 20667276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7381 TTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCACACTGCACTGCCACAG 7440

 20667277 CTCACTGTAGCCTATCCTCAGATCACACACACACACACACACACACACACACACACACAC 20667336
          |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||
     7441 CTCACTGTAGCCTATCCTCAGAT----CACACACACACACACACACACACACACACACAC 7496

 20667337 ACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGACTCTGCATTTGTTTAC 20667396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7497 ACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGACTCTGCATTTGTTTAC 7556

 20667397 TTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAGTGTTTAGTTATAACCA 20667456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7557 TTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAGTGTTTAGTTATAACCA 7616

 20667457 GCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCACTGGAGTCTTAAAATG 20667516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7617 GCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCACTGGAGTCTTAAAATG 7676

 20667517 TTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGGGTCCCACTCTTTTGCCC 20667576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7677 TTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGACAGGGTCCCACTCTTTTGCCC 7736

 20667577 AGGCTGCAATGCAGTGGCACTGTCACTGCAGCCTCAATCTCCCAGGCTCAAGTGATCCTC 20667636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7737 AGGCTGCAATGCAGTGGCACTGTCACTGCAGCCTCAATCTCCCAGGCTCAAGTGATCCTC 7796

 20667637 TAGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGCACACTACTGCATCCACTAATTTA 20667696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7797 TAGCTTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGCACACTACTGCATCCACTAATTTA 7856

 20667697 TTTTTATTTTTAGTTCTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTTGCTCTTGTTGCCCAGGTTAGA 20667756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7857 TTTTTATTTTTAGTTCTTTTTTTTTTGAGACGGAATTTTGCTCTTGTTGCCCAGGTTAGA 7916

 20667757 GTGCAATGCTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGACTCCTGGGTTCAAGCCGTTCTCC 20667816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7917 GTGCAATGCTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGACTCCTGGGTTCAAGCCGTTCTCC 7976

 20667817 TGCCTCAGCCCCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCCCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTT 20667876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7977 TGCCTCAGCCCCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCCCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTT 8036

 20667877 TTGTATTTTTAGTACAGACAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGA 20667936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8037 TTGTATTTTTAGTACAGACAGGGTTTCACCATGCTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGA 8096

 20667937 CCTCAAGTGATCCATCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACT 20667996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8097 CCTCAAGTGATCCATCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACT 8156

 20667997 GTGCCTGGCCCACTAATTTATTTTTTATAGAGATGGGGTCTTGCTTTGTTGCCCAGGCTG 20668056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8157 GTGCCTGGCCCACTAATTTATTTTTTATAGAGATGGGGTCTTGCTTTGTTGCCCAGGCTG 8216

 20668057 CTCTTGAACTCCTGGCCTAAAGCTATCCCCTCATCTTGGCCTCCCAAAATGTTAGGATTA 20668116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8217 CTCTTGAACTCCTGGCCTAAAGCTATCCCCTCATCTTGGCCTCCCAAAATGTTAGGATTA 8276

 20668117 CAGGTGTGAGCCACCACATCCAGCTTATTTCTTAAATGAGTGATTAAATGTGTGTCTCTT 20668176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8277 CAGGTGTGAGCCACCACATCCAGCTTATTTCTTAAATGAGTGATTAAATGTGTGTCTCTT 8336

 20668177 TCACTATACTGAATGTCAGCAGGGACAATTTTGATTTTGTTTGTTTTATTTTGTTTTGTT 20668236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8337 TCACTATACTGAATGTCAGCAGGGACAATTTTGATTTTGTTTGTTTTATTTTGTTTTGTT 8396

 20668237 GCATTGCATTGCATTGCATACGGTGTCTCACTCTGTCTCCTTGGCTGGAGTGCAGTGGCG 20668296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8397 GCATTGCATTGCATTGCATACGGTGTCTCACTCTGTCTCCTTGGCTGGAGTGCAGTGGCG 8456

 20668297 TGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCT 20668356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8457 TGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCTTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCT 8516

 20668357 CCCGAATAGCTGGGGTTACAGGTGTGTGCCACCACGCCAAGCTAATTTTTGTATTTTTAG 20668416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8517 CCCGAATAGCTGGGGTTACAGGTGTGTGCCACCACGCCAAGCTAATTTTTGTATTTTTAG 8576

 20668417 TAAAGACGAGGTTTCTCTACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGTGATC 20668476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8577 TAAAGACGAGGTTTCTCTACGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGTGATC 8636

 20668477 CACCCGCCTCGGCCTCCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCATTGCACCCGGCCT 20668536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8637 CACCCGCCTCGGCCTCCCAAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCATTGCACCCGGCCT 8696

 20668537 ATTTTATTTTATTTTTTAAACATATTTTATTTTATTTTTAAACATATTTTATTTACTTAT 20668596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8697 ATTTTATTTTATTTTTTAAACATATTTTATTTTATTTTTAAACATATTTTATTTACTTAT 8756

 20668597 TTTTTTTTGAGACAAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGATCTC 20668656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8757 TTTTTTTTGAGACAAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGATCTC 8816

 20668657 AGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCCACCTCACCCTCCCTAGT 20668716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8817 AGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCCACCTCACCCTCCCTAGT 8876

 20668717 GGCTGGGATTACAGGCACCTACCATCATGCCCTGCAAATTTTTTTATTTTTGTAGAGACG 20668776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8877 GGCTGGGATTACAGGCACCTACCATCATGCCCTGCAAATTTTTTTATTTTTGTAGAGACG 8936

 20668777 GGGTTTCACCATGTT 20668791
          |||||||||||||||
     8937 GGGTTTCACCATGTT 8951

Alignment time is 6.42367 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3039] =>      3039 nucs 'mol-32-3403-200012_3039'

Score:        2934
Aligned:      3049        nucs
Identic:      3032 ( 99%) nucs =>      1308 (100%)      1724 ( 99%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20661275,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664796]
 second seq =>  [       1,    1313] EXCISED REGION [    1314,    3039]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20661275 GTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCT 20661334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCT 60

 20661335 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGT 20661394
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGT 120

 20661395 TTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGT 20661454
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
      121 TTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGC 180

 20661455 GATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAG 20661514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAG 240

 20661515 CCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATT 20661574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
      241 CCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATT 300

 20661575 AACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAAT 20661634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAAT 360

 20661635 CTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAG 20661694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAG 420

 20661695 TAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGA 20661754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGA 480

 20661755 TATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTG 20661814
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTG 540

 20661815 AAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGC 20661874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGC 600

 20661875 TGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTG 20661934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTG 660

 20661935 TAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCT 20661994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCT 720

 20661995 ATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATA 20662054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATA 780

 20662055 AATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATA 20662114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATA 840

 20662115 CATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCC 20662174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCC 900

 20662175 TTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCC 20662234
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCC 960

 20662235 TTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCC 20662294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCC 1020

 20662295 TGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAG 20662354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAG 1080

 20662355 TAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCC 20662414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCC 1140

 20662415 ACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGT 20662474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGT 1200

 20662475 TTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGT 20662534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGT 1260

 20662535 GATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 1313

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1314 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 1373

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1374 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 1433

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     1434 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 1485

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1486 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 1545

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1546 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 1605

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1606 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 1665

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1666 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 1725

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1726 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 1785

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1786 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 1845

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1846 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 1905

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1906 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 1965

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 2025

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2026 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 2085

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2086 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 2145

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2146 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 2205

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 2265

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 2325

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 2385

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 2445

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 2505

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 2565

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 2625

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 2685

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 2745

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 2805

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 2865

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 2925

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
     2926 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT--AAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 2983

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTAT 20664796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2984 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTAT 3039

Alignment time is 2.19218 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    6656] =>      6656 nucs 'mol-32-3419-013080_6656'

Score:        6470
Aligned:      6672        nucs
Identic:      6643 (100%) nucs =>      2181 (100%)      4462 (100%)
Gaps:           17 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20660398,20662587] EXCISED REGION [20663061,20667541]
 second seq =>  [       1,    2189] EXCISED REGION [    2190,    6656]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20660398 TTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAAC 20660457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
        1 TTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAGC 60

 20660458 ATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATT 20660517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATT 120

 20660518 TGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAAT 20660577
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGGAAGAGTAGGGTGCACAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAAT 180

 20660578 GACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAAC 20660637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAAC 240

 20660638 AGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGT 20660697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGT 300

 20660698 TCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTG 20660757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTG 360

 20660758 AAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAG 20660817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAG 420

 20660818 TGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCAC 20660877
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGTCCTAGATTGTTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCAC 480

 20660878 ACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTT 20660937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTT 540

 20660938 TGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATT 20660997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATT 600

 20660998 GGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCC 20661057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCC 660

 20661058 TCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCT 20661117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCT 720

 20661118 CAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCT 20661177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCT 780

 20661178 ATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATT 20661237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATT 840

 20661238 AGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGC 20661297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGC 900

 20661298 AACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACT 20661357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACT 960

 20661358 ACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 20661417
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 1020

 20661418 CATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCA 20661477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCA 1080

 20661478 AAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAG 20661537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAG 1140

 20661538 CCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAG 20661597
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAG 1200

 20661598 TATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGA 20661657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGA 1260

 20661658 TGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATG 20661717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATG 1320

 20661718 AATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAA 20661777
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1321 AATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAA 1380

 20661778 TACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGA 20661837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGA 1440

 20661838 TATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCA 20661897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCA 1500

 20661898 TTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTG 20661957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTG 1560

 20661958 TCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTAT 20662017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTAT 1620

 20662018 TGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGT 20662077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGT 1680

 20662078 AGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAG 20662137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAG 1740

 20662138 TATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTT-TTTTTTTTTTGTGAGACAGA 20662196
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||.||||||
     1741 TATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCC--ATTTTTTTTTTGTGTGACAGA 1798

 20662197 GTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTC 20662256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 GTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTC 1858

 20662257 GCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCG 20662316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 GCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCG 1918

 20662317 GCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGT 20662376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 GCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGT 1978

 20662377 TGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGT 20662436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 TGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGT 2038

 20662437 GCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGG 20662496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 GCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGG 2098

 20662497 AGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTC 20662556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 AGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTC 2158

 20662557 CATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 CATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 2189

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2190 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 2249

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2250 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 2309

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     2310 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 2361

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 2421

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 2481

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 2541

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 2601

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 2661

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 2721

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 2781

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 2841

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 2901

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 2961

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 3021

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 3081

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 3141

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 3201

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 3261

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 3321

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3322 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 3381

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 3441

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 3501

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 3561

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3562 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 3621

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3622 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 3681

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 3741

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 3801

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     3802 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 3860

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3861 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 3920

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3921 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 3980

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 20664920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3981 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 4040

 20664921 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAAT 20664980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4041 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCTGGCTAAT 4100

 20664981 ATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCA 20665040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4101 ATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGGTCTCA 4160

 20665041 TCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAT 20665100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4161 TCACCTCGTGATCCACCCACGTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAT 4220

 20665101 GGTGCCCCGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTC 20665160
          |||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4221 GGTGCCCCGCC-----TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGAGACAGAGTCTTGCTC 4275

 20665161 TGTTCCCCAGGTTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGG 20665220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4276 TGTTCCCCAGGTTGGAGTGCAATGGCGCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGG 4335

 20665221 GTTCACGTGACTCCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACC 20665280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4336 GTTCACGTGACTCCTCTGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACCACAGGCATGTGCCACC 4395

 20665281 ATGCCTGGCTAATTTTCGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTT 20665340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4396 ATGCCTGGCTAATTTTCGTATTTTTAATAGAGATGGAGTTTCACCATATTGGCCAGGCTT 4455

 20665341 GTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 20665400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4456 GTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTTGTCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 4515

 20665401 CAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTC 20665460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4516 CAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCTATGTAATGTATTTTTTTCTGCAGGTATCTCTCTC 4575

 20665461 TGTTGTAGTAGGCTGAATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTC 20665520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4576 TGTTGTAGTAGGCTGAATAAATAGCCACCCAAAGATGTCAAGTTTTAATTCCTGAAACTC 4635

 20665521 ATAAATATTATTTTATTTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGG 20665580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4636 ATAAATATTATTTTATTTGGAAAAAGAGTCTTTGCTGATGTAATTAAGGATTTTGAGAGG 4695

 20665581 AGTCAGTTACCTTGGATTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAG 20665640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4696 AGTCAGTTACCTTGGATTTTTCAGGTGGGTCCTGAATACCATCCCAAGTGTCCTTATAAG 4755

 20665641 AGAGAGGCAATAGAGACACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGATGGAGCAGAGAGATATATG 20665700
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     4756 AGAGAGGCAATAGAGACACAGAGGAGAAAGCCATGCGAAGACGGAGCAGAGAGATATATG 4815

 20665701 GCCTTAAGCCAAGGAATGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTA 20665760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4816 GCCTTAAGCCAAGGAATGCTGATAGCTGCCAGAAGCTGGAAGAAGGCAAGGAATGGATTA 4875

 20665761 TCCCCTATAGCCTCCAGAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGC 20665820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4876 TCCCCTATAGCCTCCAGAGGCAATGCAGCCCTGCCAACACTTTAATTTTAGATTTCTGGC 4935

 20665821 CTATAGAACTGTGAAAGAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTT 20665880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4936 CTATAGAACTGTGAAAGAATAAATTTCTGTTGTTTTCAGCTACTAAGTTTGTGATCATTT 4995

 20665881 GGTGCAGCATTTACAGGAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATA 20665940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4996 GGTGCAGCATTTACAGGAAACGAATACACCTCTCCTTCTAGGGCTCCAATTATGTGAATA 5055

 20665941 TTAGACCATCTAATATTGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAAT 20666000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5056 TTAGACCATCTAATATTGCCCCACATGTTCCTGAGGCTCTCTGTTCATTTTCTTTTAAAT 5115

 20666001 CTGTTTTTCTCTGTTCTTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTT 20666060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5116 CTGTTTTTCTCTGTTCTTCAGATTGGACAATTTCTCTCTGTCTTTTTTTGTTGTTTGTTT 5175

 20666061 GTTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTG 20666120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5176 GTTTTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAACGGTGCAATCTTG 5235

 20666121 GCTCATTGCAACCTCCGCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAG 20666180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5236 GCTCATTGCAACCTCCGCCTCCCACGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGAGTAG 5295

 20666181 CTGGGATTACAGGCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGG 20666240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5296 CTGGGATTACAGGCACCCACCACCATGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGG 5355

 20666241 GGTTTCACTATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCT 20666300
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5356 GGTTTCACTGTGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCT 5415

 20666301 TGGCCTCCCAAATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCC 20666360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5416 TGGCCTCCCAAATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGGCCTGGACAATTTCTCTTGATCC 5475

 20666361 ACCTTCACTAACTCTTTCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTG 20666420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5476 ACCTTCACTAACTCTTTCCTCTATTGGTAATCTTTATCCTATTATTGATACCATCTAGTG 5535

 20666421 AAATTTTTTATTTCGGATATATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCAT 20666480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5536 AAATTTTTTATTTCGGATATATTTTTTCAGTTGTAAACTTTCTGTTTGGTTCTTTTTCAT 5595

 20666481 AGTTTTTTTCTTCTGTTGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCA 20666540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5596 AGTTTTTTTCTTCTGTTGAGAACTTATATCTTACCATGTTCACTTTTATCTTATAGAGCA 5655

 20666541 TGATGATAATAGCTTTCTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGT 20666600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5656 TGATGATAATAGCTTTCTTAAAGTCTTTGATAATTCCATCATCTTGGCATTTGTATCTGT 5715

 20666601 TGATTATCTTTTTCGCTTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAAT 20666660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5716 TGATTATCTTTTTCGCTTGAGAATGGTCACTTTTTCATGACTCTTTGTATGTTGTATAAT 5775

 20666661 ACCAGTTTGTATCCTGAACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAG 20666720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5776 ACCAGTTTGTATCCTGAACAGTTTGAATATTCCTTTGTGACTCTCTGGGTCCTATTAAAG 5835

 20666721 TCTCCAGAGAATGCTGATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTG 20666780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5836 TCTCCAGAGAATGCTGATTTTAGTTGCTGTTTTCAGCATTCAGTCATCCTGGTTGGATTG 5895

 20666781 AGACTGCAAGGTCTGTCTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTT 20666840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5896 AGACTGCAAGGTCTGTCTTGCCCGTTTTTCTCCCTGTGGATTCCAATGTCAAGACAGTTT 5955

 20666841 TCAAAGCCTGTCCTGTGCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTT 20666900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5956 TCAAAGCCTGTCCTGTGCTGCTTTAGATCATCCTACATGTATCTGTGCCCTTTGGGGGTT 6015

 20666901 AGACTTGGACTTGTGCCTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTT 20666960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6016 AGACTTGGACTTGTGCCTTATGTTGTTCTTCGGTTTTCGAGGCTTTTGCTGTGCTGCTTT 6075

 20666961 GTGGTATTCTGTGTATATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCAC 20667020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6076 GTGGTATTCTGTGTATATGCACCTCAGGAATGAGCCCTGGACAGATGCTTATTCGTGCAC 6135

 20667021 AGAAGTAGGAAAACCCTTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTC 20667080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6136 AGAAGTAGGAAAACCCTTCTCTAGGTCTCCTCTCTGGGATTCTTCTCAACTTTCTGCCTC 6195

 20667081 TGTCCTAGAGCCAGAATGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCCA 20667140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     6196 TGTCCTAGAGCCAGAATGATGGGGCTTCTCAAGGAGGGTTAGTTGCCCATGCCACTGCGA 6255

 20667141 CAGCAAGAGAGACAGGGAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGAC 20667200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6256 CAGCAAGAGAGACAGGGAAAAAATGGACATTTCTCCCTTACAGCTCTGAAACCCAGGGAC 6315

 20667201 TCATTTTCTGAGTTCCTTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCA 20667260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6316 TCATTTTCTGAGTTCCTTGATCTACACAGACAGGGCTTCTCTGGGAGTTTTAGCTGTCCA 6375

 20667261 CACTGCACTGCCACAGCTCACTGTAGCCTATCCTCAGATCACACACACACACACACACAC 20667320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6376 CACTGCACTGCCACAGCTCACTGTAGCCTATCCTCAGATCACACACACACACACACACAC 6435

 20667321 ACACACACACACACACACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGA 20667380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6436 ACACACACACACACACACACGGAAACTCACTCCCATGTGGGCCCCTTTCTACAAGTTTGA 6495

 20667381 CTCTGCATTTGTTTACTTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAG 20667440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6496 CTCTGCATTTGTTTACTTTTCAGAGTGCACAGGGAGTTGCTTTTTGTATTTATTCCAGAG 6555

 20667441 TGTTTAGTTATAACCAGCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCA 20667500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6556 TGTTTAGTTATAACCAGCAATAGAAATAACCTATAGTGGACTACTCCATCTTGACTGGCA 6615

 20667501 CTGGAGTCTTAAAATGTTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTT 20667541
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6616 CTGGAGTCTTAAAATGTTAATAATTCTTTCTCTTTTTTTTT 6656

Alignment time is 5.0623 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2350] =>      2350 nucs 'mol-32-3419-013080_2350'

Score:        2238
Aligned:      2352        nucs
Identic:      2340 ( 99%) nucs =>      2181 (100%)       159 ( 99%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20660398,20662587] EXCISED REGION [20663061,20663221]
 second seq =>  [       1,    2189] EXCISED REGION [    2190,    2350]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20660398 TTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAAC 20660457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
        1 TTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAGC 60

 20660458 ATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATT 20660517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATT 120

 20660518 TGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAAT 20660577
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGGAAGAGTAGGGTGCACAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAAT 180

 20660578 GACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAAC 20660637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAAC 240

 20660638 AGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGT 20660697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGT 300

 20660698 TCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTG 20660757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTG 360

 20660758 AAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAG 20660817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAG 420

 20660818 TGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCAC 20660877
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGTCCTAGATTGTTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCAC 480

 20660878 ACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTT 20660937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTT 540

 20660938 TGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATT 20660997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATT 600

 20660998 GGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCC 20661057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCC 660

 20661058 TCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCT 20661117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCT 720

 20661118 CAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCT 20661177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCT 780

 20661178 ATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATT 20661237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATT 840

 20661238 AGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGC 20661297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGC 900

 20661298 AACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACT 20661357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACT 960

 20661358 ACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 20661417
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAC 1020

 20661418 CATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCA 20661477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCA 1080

 20661478 AAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAG 20661537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAG 1140

 20661538 CCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAG 20661597
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAG 1200

 20661598 TATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGA 20661657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGA 1260

 20661658 TGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATG 20661717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATG 1320

 20661718 AATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAA 20661777
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1321 AATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAA 1380

 20661778 TACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGA 20661837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGA 1440

 20661838 TATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCA 20661897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCA 1500

 20661898 TTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTG 20661957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTG 1560

 20661958 TCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTAT 20662017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTAT 1620

 20662018 TGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGT 20662077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGT 1680

 20662078 AGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAG 20662137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAG 1740

 20662138 TATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTT-TTTTTTTTTTGTGAGACAGA 20662196
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||.||||||
     1741 TATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCC--ATTTTTTTTTTGTGTGACAGA 1798

 20662197 GTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTC 20662256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 GTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTC 1858

 20662257 GCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCG 20662316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 GCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCG 1918

 20662317 GCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGT 20662376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 GCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGT 1978

 20662377 TGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGT 20662436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 TGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGT 2038

 20662437 GCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGG 20662496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 GCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGG 2098

 20662497 AGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTC 20662556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 AGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTC 2158

 20662557 CATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 CATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 2189

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2190 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 2249

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2250 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 2309

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACA 20663221
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2310 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACA 2350

Alignment time is 1.72083 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    5212] =>      5212 nucs 'mol-32-3487-141237_5212'

Score:        5034
Aligned:      5224        nucs
Identic:      5201 (100%) nucs =>      3326 (100%)      1875 ( 99%)
Gaps:           12 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20659250,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664946]
 second seq =>  [       1,    3335] EXCISED REGION [    3336,    5212]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20659250 AGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGAC 20659309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGAC 60

 20659310 AGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACA 20659369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAATGAGGTCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACA 120

 20659370 CTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCC 20659429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGAAGGTATATTAGTCCATACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCC 180

 20659430 AAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGA 20659489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAGTAACTTAACTGAAATGTGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGA 240

 20659490 TTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTT 20659549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTGACCTGGTGACAGGCTGTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTT 300

 20659550 GGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTG 20659609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGAAATAGACATTTTAATTTTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTG 360

 20659610 AATGTTAAGAATAGTACTAGATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATG 20659669
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATGTTAAGAATAGTACTAGATATTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATG 420

 20659670 GCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAG 20659729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
      421 GCTCACACCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGAT-ACTTGAGGTCAG 479

 20659730 CAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAAT 20659789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 CAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAAT 539

 20659790 TAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGT 20659849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TAGGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGT 599

 20659850 GTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCT 20659909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 GTATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCT 659

 20659910 ACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGG 20659969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 ACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGG 719

 20659970 AGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCA 20660029
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 AGGCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCA 779

 20660030 TGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGT 20660089
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
      780 TGCCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAA-TGT 838

 20660090 TTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGA 20660149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 TTCCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGA 898

 20660150 GAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAA 20660209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 GAAAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAA 958

 20660210 CTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTT 20660269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 CTTTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTT 1018

 20660270 TTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATC 20660329
          |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 TTTTTTTTTT-GAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATC 1077

 20660330 TTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGG 20660389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1078 TTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGG 1137

 20660390 ATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAG 20660449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1138 ATGAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAG 1197

 20660450 ATAGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTT 20660509
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1198 ATAGAAGCATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTT 1257

 20660510 TTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGC 20660569
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1258 TTCATATTTGGAAGAGTAGGGTGCACAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGC 1317

 20660570 TAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTT 20660629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1318 TAGAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTT 1377

 20660630 TAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCA 20660689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1378 TAAGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCA 1437

 20660690 GTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACT 20660749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1438 GTGCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACT 1497

 20660750 TGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATA 20660809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 TGTCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATA 1557

 20660810 GGGTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAA 20660869
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 GGGTTAAGTGTCCTAGATTGTTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAA 1617

 20660870 TTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTG 20660929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 TTTTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTG 1677

 20660930 ATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCT 20660989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 ATTTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCT 1737

 20660990 TCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCA 20661049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 TCCGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCA 1797

 20661050 AGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCT 20661109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 AGCTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCT 1857

 20661110 GGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGA 20661169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 GGTTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGA 1917

 20661170 GCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT 20661229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 GCCAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT 1977

 20661230 TTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGG 20661289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 TTTTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGG 2037

 20661290 CTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAG 20661349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 CTCACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAG 2097

 20661350 CTGGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGG 20661409
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 CTGGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGG 2157

 20661410 GGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTG 20661469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 GGTTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTG 2217

 20661470 GCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTT 20661529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 GCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTT 2277

 20661530 CTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAAC 20661589
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 CTTTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAAC 2337

 20661590 TGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCA 20661649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 TGACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCA 2397

 20661650 TGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATT 20661709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 TGGATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATT 2457

 20661710 ACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGG 20661769
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2458 ACCAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGG 2517

 20661770 CTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGG 20661829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 CTTGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGG 2577

 20661830 CAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAAC 20661889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 CAATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAAC 2637

 20661890 TTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGA 20661949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 TTTGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGA 2697

 20661950 CAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCT 20662009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 CAGTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCT 2757

 20662010 TGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATG 20662069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 TGCTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATG 2817

 20662070 GTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTA 20662129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 GTGACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTA 2877

 20662130 CCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTG 20662189
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2878 CCATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTG 2937

 20662190 AGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGC 20662249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 AGACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGC 2997

 20662250 AACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATT 20662309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 AACCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATT 3057

 20662310 ACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC 20662369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 ACAGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC 3117

 20662370 TCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTC 20662429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 TCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTC 3177

 20662430 CCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTT 20662489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 CCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTT 3237

 20662490 GAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTG 20662549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 GAGATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTG 3297

 20662550 CAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3298 CAATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 3335

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3336 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 3395

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3396 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 3455

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     3456 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 3507

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3508 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 3567

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3568 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 3627

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3628 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 3687

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3688 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 3747

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3748 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 3807

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3808 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 3867

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3868 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 3927

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3928 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 3987

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3988 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 4047

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4048 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 4107

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4108 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 4167

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4168 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 4227

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4228 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 4287

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4288 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 4347

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4348 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 4407

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4408 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 4467

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4468 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 4527

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4528 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 4587

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4588 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 4647

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4648 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 4707

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4708 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 4767

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4768 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 4827

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4828 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 4887

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4888 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 4947

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     4948 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 5006

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 20664800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5007 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGT 5066

 20664801 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 20664860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5067 AATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTT 5126

 20664861 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 20664920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5127 GAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGGTTCACGCAATTC 5186

 20664921 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTG 20664946
          ||||||||||||||||||||||||||
     5187 TTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTG 5212

Alignment time is 3.7445 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4488] =>      4488 nucs 'mol-32-349d-088716_4488'

Score:        4330
Aligned:      4498        nucs
Identic:      4477 (100%) nucs =>      2845 (100%)      1632 ( 99%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20659732,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664702]
 second seq =>  [       1,    2854] EXCISED REGION [    2855,    4488]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20659732 GTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTA 20659791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTA 60

 20659792 GGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGT 20659851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGGCCGAGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGT 120

 20659852 ATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTAC 20659911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      121 ATCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTTTCTAC 180

 20659912 TAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAG 20659971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAG 240

 20659972 GCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATG 20660031
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCTGAGGCAAGAGAATTGCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATG 300

 20660032 CCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTT 20660091
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
      301 CCACTGCACTCCATCCTGGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAA-TGTTT 359

 20660092 CCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGA 20660151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 CCGTCTCATGGTGACTGAAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGA 419

 20660152 AAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACT 20660211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 AAACACTATATTGAAGGTTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACT 479

 20660212 TTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTT 20660271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TTGTCAGGCAATAAATCTTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTT 539

 20660272 TTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTT 20660331
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TTTTTTTT-GAGATGGAGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTT 598

 20660332 GGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGAT 20660391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 GGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGAT 658

 20660392 GAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGAT 20660451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 GAAATCTTAAGAATAAGTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGAT 718

 20660452 AGAAACATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTT 20660511
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 AGAAGCATTATATGGAAAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTT 778

 20660512 CATATTTGGAAGAGTAGGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTA 20660571
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 CATATTTGGAAGAGTAGGGTGCACAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTA 838

 20660572 GAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTA 20660631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 GAAAATGACTTTGTGGGCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTA 898

 20660632 AGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGT 20660691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 AGCAACAGAATTGTGTGACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGT 958

 20660692 GCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTG 20660751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 GCAAGTTCCATTAGGAGACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTG 1018

 20660752 TCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGG 20660811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 TCAGTGAAGTGGGATTCAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGG 1078

 20660812 GTTAAGTGTCCTAGATTGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATT 20660871
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 GTTAAGTGTCCTAGATTGTTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATT 1138

 20660872 TTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGAT 20660931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 TTTCACACCTACCCATGTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGAT 1198

 20660932 TTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTC 20660991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 TTGCTTTGGCCCTTGGGACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTC 1258

 20660992 CGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAG 20661051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CGCATTGGGATTCACACTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAG 1318

 20661052 CTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGG 20661111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 CTAGCCTCCTAGAAGATGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGG 1378

 20661112 TTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGC 20661171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TTGTCTCAGCATTCTCAGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGC 1438

 20661172 CAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTT 20661231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 CAGTCTATACCTAGAATTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTT 1498

 20661232 TTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCT 20661291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TTTATTAGATGGAATCTCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCT 1558

 20661292 CACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCT 20661351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 CACTGCAACCTCTGCCTTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCT 1618

 20661352 GGGACTACAGGTGCCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGG 20661411
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 GGGACTACAGGTGTCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGG 1678

 20661412 TTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGC 20661471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 TTTCACCATATTAGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGC 1738

 20661472 CTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCT 20661531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 CTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCT 1798

 20661532 TTTCAGCCTCTAGGTTTGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTG 20661591
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 TTTCAGCCTCTAGGTTTGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTG 1858

 20661592 ACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATG 20661651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 ACCAAGTATATAGGGCAGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATG 1918

 20661652 GATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTAC 20661711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 GATAGATGGATACATCAATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTAC 1978

 20661712 CAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCT 20661771
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1979 CAGATGAATAGGGAATTTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCT 2038

 20661772 TGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCA 20661831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TGGAAATACTGAGTCTTAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCA 2098

 20661832 ATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTT 20661891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 ATGTGATATAAGGATCTGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTT 2158

 20661892 TGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACA 20661951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 TGCCCATTTCTCATTTATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACA 2218

 20661952 GTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTG 20662011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 GTGTTGTCTACAAATAGAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTG 2278

 20662012 CTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGT 20662071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 CTTTATTGTATTAACTGTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGT 2338

 20662072 GACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACC 20662131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 GACAGTAGACATCCGTGCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACC 2398

 20662132 ATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAG 20662191
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2399 ATTAAGTATGTCAGCTGTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCATTTTTTTTTTTGTGAG 2458

 20662192 ACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAA 20662251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 ACAGAGTCTCACTCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAA 2518

 20662252 CCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTAC 20662311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 CCTTCGCCCGCAGGGTTCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTAC 2578

 20662312 AGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTC 20662371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 AGGCGGCTGCCACCACGCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTC 2638

 20662372 CATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCC 20662431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 CATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCC 2698

 20662432 AAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGA 20662491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 AAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGA 2758

 20662492 GATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCA 20662551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 GATGGAGTCTCGCTTTGTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCA 2818

 20662552 ATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 ATTTCCATCTCCCAGTTTCAAGTGATTCTCCTGCCG 2854

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2855 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 2914

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2915 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 2974

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     2975 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 3026

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3027 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 3086

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3087 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 3146

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3147 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 3206

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3207 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 3266

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3267 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 3326

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3327 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 3386

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3387 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 3446

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3447 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 3506

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3507 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 3566

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3567 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 3626

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3627 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 3686

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3687 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 3746

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3747 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 3806

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3807 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 3866

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3867 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 3926

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3927 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 3986

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3987 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 4046

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4047 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 4106

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4107 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 4166

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4167 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 4226

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4227 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 4286

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4287 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 4346

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4347 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 4406

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4407 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 4466

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACT 20664702
          ||||||||||||||||||||||
     4467 GCCTGGACGACAGAACGAGACT 4488

Alignment time is 3.78981 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    6168] =>      6168 nucs 'mol-32-34b3-061841_6168'

Score:        6136
Aligned:      6169        nucs
Identic:      6166 (100%) nucs =>       473 (100%)      5693 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658855,20659327] EXCISED REGION [20659329,20665024]
 second seq =>  [       1,     473] EXCISED REGION [     474,    6168]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20659328,20659328]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [2696,2696]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        16 nucs [20659328,20659343] to [20659329,20659344]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658855 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAAT 20658914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAAT 60

 20658915 GTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCA 20658974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTGTGAAAACTTAGGAAACAGGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCA 120

 20658975 CAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAA 20659034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAATGGAGCACGGTATGTATTAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAA 180

 20659035 ATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTC 20659094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTAGAATACCAAATGTAATGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTC 240

 20659095 CTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCA 20659154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCA 300

 20659155 GAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCG 20659214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGCACCCTGGGCAACATACAGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCG 360

 20659215 GGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGG 20659274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTATGGTGGCAAGGGCTTGTAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGG 420

 20659275 CTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 20659327
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGCAAGGAGCCATTATTGCTGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 473

EXCISED REGION

 20659329 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 20659388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      474 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 533

 20659389 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 20659448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      534 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 593

 20659449 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 20659508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      594 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 653

 20659509 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 20659568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      654 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 713

 20659569 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 20659628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      714 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 773

 20659629 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 20659688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      774 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 833

 20659689 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 20659748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      834 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 893

 20659749 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 20659808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      894 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 953

 20659809 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 20659868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      954 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 1013

 20659869 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 20659928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1014 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 1073

 20659929 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 20659988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1074 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 1133

 20659989 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 20660048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1134 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 1193

 20660049 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 20660108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1194 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 1253

 20660109 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 20660168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1254 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 1313

 20660169 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 20660228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1314 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 1373

 20660229 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 20660288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1374 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 1433

 20660289 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 20660348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1434 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 1493

 20660349 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 20660408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1494 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 1553

 20660409 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 20660468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1554 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 1613

 20660469 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 20660528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1614 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 1673

 20660529 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 20660588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1674 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 1733

 20660589 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 20660648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1734 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 1793

 20660649 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 20660708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1794 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 1853

 20660709 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 20660768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1854 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 1913

 20660769 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 20660828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1914 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 1973

 20660829 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 20660888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1974 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 2033

 20660889 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 20660948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2034 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 2093

 20660949 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 20661008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2094 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 2153

 20661009 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 20661068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2154 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 2213

 20661069 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 20661128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2214 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 2273

 20661129 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 20661188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2274 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 2333

 20661189 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 20661248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2334 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 2393

 20661249 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 20661308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2394 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 2453

 20661309 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 20661368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2454 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 2513

 20661369 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 20661428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2514 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 2573

 20661429 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 20661488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2574 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 2633

 20661489 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 20661548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2634 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 2693

 20661549 GGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 20661608
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2694 GGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 2753

 20661609 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 20661668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2754 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 2813

 20661669 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 20661728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2814 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 2873

 20661729 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 20661788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2874 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 2933

 20661789 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 20661848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2934 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 2993

 20661849 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 20661908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2994 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 3053

 20661909 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 20661968
          ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3054 TGCGTTTTCAGAGCC-TTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 3112

 20661969 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 20662028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3113 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 3172

 20662029 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 20662088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3173 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 3232

 20662089 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 20662148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3233 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 3292

 20662149 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 20662208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3293 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTGT 3352

 20662209 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 20662268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3353 CGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGTT 3412

 20662269 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 20662328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3413 CTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCACG 3472

 20662329 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 20662388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3473 CCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTGG 3532

 20662389 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 20662448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3533 TCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACA 3592

 20662449 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 20662508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3593 GGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTTG 3652

 20662509 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 20662568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3653 TCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGTT 3712

 20662569 TCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 20662628
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3713 TCAAGTGATTCTCCCGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCAC 3772

 20662629 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 20662688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3773 ACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC 3832

 20662689 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 20662748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3833 TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAA 3892

 20662749 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 20662808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3893 GTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCTATCAGGTCAAGT 3952

 20662809 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 20662868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3953 AAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAGTAGATATTGAAT 4012

 20662869 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 20662928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4013 TTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCTTATTTAGCCTGT 4072

 20662929 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 20662988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4073 TGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCCCTCTGTTGGCCC 4132

 20662989 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 20663048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4133 AGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCG 4192

 20663049 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGC 20663108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4193 ATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGC 4252

 20663109 TAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAC 20663168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4253 TAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAAC 4312

 20663169 TTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGA 20663228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4313 TTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGA 4372

 20663229 GCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGG 20663288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4373 GCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGG 4432

 20663289 ATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAAT 20663348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4433 ATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAAT 4492

 20663349 ATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCT 20663408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4493 ATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCT 4552

 20663409 TTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCA 20663468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4553 TTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCA 4612

 20663469 GAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTG 20663528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4613 GAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTG 4672

 20663529 AGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTC 20663588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4673 AGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTC 4732

 20663589 TGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATT 20663648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4733 TGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATT 4792

 20663649 GGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATT 20663708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4793 GGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATT 4852

 20663709 GACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGT 20663768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4853 GACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGT 4912

 20663769 CAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTA 20663828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4913 CAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTA 4972

 20663829 TTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATT 20663888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4973 TTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATT 5032

 20663889 TATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGG 20663948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5033 TATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGG 5092

 20663949 CTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTT 20664008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5093 CTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTT 5152

 20664009 CTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATA 20664068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5153 CTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATA 5212

 20664069 GGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCC 20664128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5213 GGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCC 5272

 20664129 TTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAA 20664188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5273 TTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAA 5332

 20664189 TTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGA 20664248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5333 TTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGA 5392

 20664249 TTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCT 20664308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5393 TTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCT 5452

 20664309 GCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAA 20664368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5453 GCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAA 5512

 20664369 TGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAG 20664428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5513 TGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAG 5572

 20664429 ATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGG 20664488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5573 ATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGG 5632

 20664489 TGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCA 20664548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5633 TGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCA 5692

 20664549 TCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTA 20664608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5693 TCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTA 5752

 20664609 CTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGC 20664668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5753 CTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGC 5812

 20664669 CACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAG 20664728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5813 CACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAG 5872

 20664729 ATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGT 20664788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5873 ATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGT 5932

 20664789 TCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTG 20664848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5933 TCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTG 5992

 20664849 TTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGG 20664908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5993 TTGCCCAGGCTTGAGTGCAGTGGCGGTGATCTCGGCTCACTGAAAGCTGTGCTTCCCGGG 6052

 20664909 TTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCA 20664968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6053 TTCACGCAATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCA 6112

 20664969 TGCCTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAG 20665024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6113 TGCCTGGCTAATATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAG 6168

Alignment time is 4.71422 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    4437] =>      4437 nucs 'mol-32-34b3-185150_4437'

Score:        4265
Aligned:      4450        nucs
Identic:      4425 ( 99%) nucs =>      2706 ( 99%)      1719 ( 99%)
Gaps:           14 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20659869,20662587] EXCISED REGION [20663061,20664790]
 second seq =>  [       1,    2716] EXCISED REGION [    2717,    4437]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       473 nucs [20662588,20663060]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [20662588,20662596] to [20663061,20663069]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20659869 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 20659928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 60

 20659929 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 20659988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
       61 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAAGAGAATT 120

 20659989 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 20660048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 180

 20660049 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 20660108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
      181 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAA--TGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 238

 20660109 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 20660168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      239 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 298

 20660169 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 20660228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      299 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 358

 20660229 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 20660288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      359 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGA 418

 20660289 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 20660348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      419 GTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCT 478

 20660349 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 20660408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 GCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAAG 538

 20660409 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGAA 20660468
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      539 TTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAGCATTATATGGAA 598

 20660469 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 20660528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 AATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTAG 658

 20660529 GGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 20660588
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 GGTGCACAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGGG 718

 20660589 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 20660648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGTG 778

 20660649 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 20660708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 ACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGAG 838

 20660709 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 20660768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 ACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATTC 898

 20660769 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 20660828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 AAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGATT 958

 20660829 GCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 20660888
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 GTTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCATG 1018

 20660889 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 20660948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 TCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGGG 1078

 20660949 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 20661008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 ACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACAC 1138

 20661009 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 20661068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 TCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGAT 1198

 20661069 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 20661128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 GAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTCA 1258

 20661129 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 20661188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 GTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAAT 1318

 20661189 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 20661248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 TATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATCT 1378

 20661249 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 20661308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 CGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCT 1438

 20661309 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCTG 20661368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1439 TCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTCTG 1498

 20661369 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 20661428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 CCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCCA 1558

 20661429 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 20661488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 GGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA 1618

 20661489 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 20661548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTTT 1678

 20661549 GGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 20661608
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 GGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGCA 1738

 20661609 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 20661668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 GGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATCA 1798

 20661669 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 20661728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 ATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAATT 1858

 20661729 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 20661788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1859 TTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTCGGCTTGGAAATACTGAGTCTT 1918

 20661789 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 20661848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 AGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATCT 1978

 20661849 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 20661908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 GGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTTA 2038

 20661909 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 20661968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATAG 2098

 20661969 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 20662028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 AAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACTG 2158

 20662029 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 20662088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 TAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGTG 2218

 20662089 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 20662148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 CCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCTG 2278

 20662149 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTT-TTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTG 20662207
          ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 TAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCC--ATTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTG 2336

 20662208 TCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGT 20662267
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2337 TCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGTAACCTTCGCCCGCAGGGT 2396

 20662268 TCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCAC 20662327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2397 TCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCAC 2456

 20662328 GCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTG 20662387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2457 GCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTG 2516

 20662388 GTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTAC 20662447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2517 GTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTAC 2576

 20662448 AGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTT 20662507
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2577 AGGCGCGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTT 2636

 20662508 GTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGT 20662567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2637 GTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGT 2696

 20662568 TTCAAGTGATTCTCCTGCCG 20662587
          ||||||||||||||||||||
     2697 TTCAAGTGATTCTCCTGCCG 2716

EXCISED REGION

 20663061 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 20663120
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2717 CAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTAT 2776

 20663121 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 20663180
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2777 TTTTAGTAGAGGTGGGGTTCCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAG 2836

 20663181 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCACCC 20663240
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||
     2837 GTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAG--------CCC 2888

 20663241 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 20663300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2889 AGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCTTGCATTTCAAGGATAAACCCCACT 2948

 20663301 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 20663360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2949 GAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATTCATTTTACTAATATTTTGTGGAGG 3008

 20663361 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 20663420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3009 ATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTTCTTACAATATCTTTAACTGTTCTT 3068

 20663421 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 20663480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3069 GATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGTTTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTG 3128

 20663481 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 20663540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3129 TTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAGAATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGC 3188

 20663541 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 20663600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3189 CTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACAAATTTCAGTTTCTGCATTCACTAT 3248

 20663601 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 20663660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3249 AGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAGCTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTG 3308

 20663661 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 20663720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3309 TTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGTAGGCTCTGTATTGACATTAGCACT 3368

 20663721 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 20663780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3369 TTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGTTTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAA 3428

 20663781 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 20663840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3429 AAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATTTCATTTCATTTATTTGGTTTTATT 3488

 20663841 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 20663900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3489 TATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTAATTTGATTAATTTATTTTGAGACA 3548

 20663901 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 20663960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3549 GAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGGTGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCC 3608

 20663961 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 20664020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3609 TTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAGCCTCCCAAGTTTCTGGGACTACAT 3668

 20664021 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 20664080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3669 GTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTTTCTGTAGGGATAGGATGTCACTAT 3728

 20664081 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 20664140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3729 GTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAA 3788

 20664141 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 20664200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3789 AGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAGCCAAGTATATAATTTTATATATGA 3848

 20664201 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 20664260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3849 TCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCCAAACTGCTGGGATTACAGATGTGA 3908

 20664261 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 20664320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3909 GCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAGTGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTG 3968

 20664321 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 20664380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3969 TCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTTTCCCTTCATTAATGAAGGATATTT 4028

 20664381 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 20664440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4029 TCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTTAGCAAATTAAAGATATTCCTGGCT 4088

 20664441 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 20664500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4089 GGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCAC 4148

 20664501 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 20664560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4149 TTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACTAAAA 4208

 20664561 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 20664620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4209 ATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTGTAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAG 4268

 20664621 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 20664680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4269 AGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTTCA 4328

 20664681 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATTAAAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 20664740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
     4329 GCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT-AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGT 4387

 20664741 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTC 20664790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4388 TTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCACAGTCAAATCATTGTTC 4437

Alignment time is 3.19175 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    2177] =>      2177 nucs 'mol-32-34be-103985_2177'

Score:        2177
Aligned:      2177        nucs
Identic:      2177 (100%) nucs =>      2037 (100%)       140 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20662677,20664713] EXCISED REGION [20664715,20664854]
 second seq =>  [       1,    2037] EXCISED REGION [    2038,    2177]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20664714,20664714]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        13 nucs [20664714,20664726] to [20664715,20664727]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20662677 GCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTG 20662736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTG 60

 20662737 CTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCT 20662796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTGGAATTACAAGTGTGAGCCACCGTGCCCAGCCTCTAGTTTTTTTTGTATGTGTCATCT 120

 20662797 ATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAG 20662856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATCAGGTCAAGTAAATAAATTCCCTTCTTCTCCTAGTCTGCTAAGAATTTTTATCATAAG 180

 20662857 TAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCT 20662916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAGATATTGAATTTTGACAAATCTTCTTCTGCCTTTATTAAAAAATCACACAATTTTTCT 240

 20662917 TATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCC 20662976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATTTAGCCTGTTGATATGGTGAAATTTTCTTTTCTCTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTCC 300

 20662977 CTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCC 20663036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTCTGTTGGCCCAGGCTGGAGTGAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAATCTCTGCCTCC 360

 20663037 CAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCC 20663096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGGTTCAAGCGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCC 420

 20663097 ACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGG 20663156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGTGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGG 480

 20663157 CTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGA 20663216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGGTCTCGAACTTCTGACCTCAGGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAATGCTGGGA 540

 20663217 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCT 20663276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATCAATTGATTTTTAAATGTTAAGCCAGCCT 600

 20663277 TGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATT 20663336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGCATTTCAAGGATAAACCCCACTGAGTTGTAGTGTATTAACCTTTTTATATATTGCATT 660

 20663337 CATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTT 20663396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATTTTACTAATATTTTGTGGAGGATTCTTGCATCCCTGTTTGTGGGAGATACTGGTTTT 720

 20663397 CTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGT 20663456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTTACAATATCTTTAACTGTTCTTGATGTCAGGATAATGCTGGCCTGAATTGGAAAATGT 780

 20663457 TTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAG 20663516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTCCTGTTTGCAGAAGAAATTGTGTTGAATTGGTATCATTTCTTACTTAAATTTTGGTAG 840

 20663517 AATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACA 20663576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AATTTGCCAGTGAGGCCATCTGGCCTAGAATTTTTTTTTATGGAAAGGTTTTAAACTACA 900

 20663577 AATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAG 20663636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATTTCAGTTTCTGCATTCACTATAGAATTATTCAGGTTATATACTTCTTCTTAAGTCAG 960

 20663637 CTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGT 20663696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTTGAAGGAATTGGCATAAAGTTGTTCATAATATTCTCTTATTAGCCTTTTAACATCTGT 1020

 20663697 AGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGT 20663756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGGCTCTGTATTGACATTAGCACTTTTATTGCTGGTATTGGTAATCTGTGTAATCTTTGT 1080

 20663757 TTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATT 20663816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTTTTCTTGGTCAGTATAGCTAAAAGTTTATCCATTTTATTGGTATTTTCAATACAATT 1140

 20663817 TCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTA 20663876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCATTTCATTTATTTGGTTTTATTTATTTTCTAATATAAGCATATCATTACTTTAATTTA 1200

 20663877 ATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGG 20663936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATTTGATTAATTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCACACTGGAGTGCAGTGG 1260

 20663937 TGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAG 20663996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGCAGTCTGGGGCTCACTGCAGCCTTGAACTCCCAAGCTCAAGTGATCCTCCCTCTTCAG 1320

 20663997 CCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTT 20664056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCTCCCAAGTTTCTGGGACTACATGTGCACACTGCCACACCCAGCTAAGTTCTAAAATTT 1380

 20664057 TCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGC 20664116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCTGTAGGGATAGGATGTCACTATGTTGCCCAGGCTGATCTTGAGCTCTTGGGCTCAAGC 1440

 20664117 AATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAG 20664176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AATCCTCCTGCCTTGATCTCCCAAAGTGCCGGGATTACAGGCATGAGTCACCACACTCAG 1500

 20664177 CCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCC 20664236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCAAGTATATAATTTTATATATGATCCTCCCACCTCGGCCTCTCAAAGTGCCAAAGTGCC 1560

 20664237 AAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAG 20664296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAACTGCTGGGATTACAGATGTGAGCTACAGTGCCGGGCACCTTCGGTATTTTCTGTTAG 1620

 20664297 TGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTT 20664356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGCAGGTTTGCTGCCAATGAATTGTCTTAGTTTTCCTTCATTTGAGAATATCTTTAGTTT 1680

 20664357 TCCCTTCATTAATGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTT 20664416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCCCTTCATTAATGAAGGATATTTTCATTGGTATCTAATTCTGAGTAGACAGTTTGTTTT 1740

 20664417 AGCAAATTAAAGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTT 20664476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGCAAATTAAAGATATTCCTGGCTGGGCGTAGTGGCTCATGCCTGTAACCCCAGCAATTT 1800

 20664477 GGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACAT 20664536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAATTCTAGACCAGCCTGGCCAACAT 1860

 20664537 GGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTG 20664596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGTGAAACTCCATCTCTACTAAAAATAAGAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCATGCGCCTG 1920

 20664597 TAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAG 20664656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TAATCTCAGCTACTCTGGAGGCAGAGGTGGGAGAATTGCTGGAACCCAGGATGCAGTGAG 1980

 20664657 CCGGGATCACGCCACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT 20664713
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CCGGGATCACGCCACTGCACTTCAGCCTGGACGACAGAACGAGACTCCATCTCAATT 2037

EXCISED REGION

 20664715 AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCAC 20664774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 AAAAAAAAAAAAAGATATTCCACTGTTTCTACTCTTCAGGGTTTCTAATAAGAAATCCAC 2097

 20664775 AGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGAC 20664834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 AGTCAAATCATTGTTCCCCTATAGGTAATGTATTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTGAGAC 2157

 20664835 GGAGTCTTGCTCTGTTGCCC 20664854
          ||||||||||||||||||||
     2158 GGAGTCTTGCTCTGTTGCCC 2177

Alignment time is 1.57764 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [20652587,20673060] =>     20474 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [       1,    3882] =>      3882 nucs 'mol-32-34d4-032404_3882'

Score:        3850
Aligned:      3883        nucs
Identic:      3880 (100%) nucs =>       513 (100%)      3367 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [20658815,20659327] EXCISED REGION [20659329,20662697]
 second seq =>  [       1,     513] EXCISED REGION [     514,    3882]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [20659328,20659328]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         1 nucs [20661551,20661551]
 second seq =>         1 nucs [2736,2736]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        16 nucs [20659328,20659343] to [20659329,20659344]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 20658815 CCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCC 20658874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCC 60

 20658875 ACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACA 20658934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACTGCGCCCGGCAGTCGTGGATATTTTTAAACTTAAAAATGTGTGAAAACTTAGGAAACA 120

 20658935 GGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTAT 20658994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGAAAAAGAAAAAGAATACCACATAATTCAGCCACAGCCACAATGGAGCACGGTATGTAT 180

 20658995 TAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAA 20659054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAGTACACTGATAATTTTGGTACGTTTGGTACATTTGTAAATTTAGAATACCAAATGTAA 240

 20659055 TGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGG 20659114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTTTAAATTCTCATCTTGGCCAGACACTGTGGTTCATTCCTGTAATCCTAGCACTTTGG 300

 20659115 GAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATAC 20659174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGGCTGAGGTGAAAAGATCGCTTGAGCCCAGGAGGTCCAGAGCACCCTGGGCAACATAC 360

 20659175 AGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTG 20659234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGAGAACCTGTCTCTAGAAAAAAAATGTTAAAATTAGCCGGGTATGGTGGCAAGGGCTTG 420

 20659235 TAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGC 20659294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGTCAAGGCTGCAAGGAGCCATTATTGC 480

 20659295 TGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 20659327
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGCAGTCTGGGCGACAGAATGAGGTCCTGTCTC 513

EXCISED REGION

 20659329 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 20659388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      514 AAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTCCTTTTAACATACTCAACACTGAAGGTATATTAGTCCA 573

 20659389 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 20659448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      574 TACTGGATGTTTATTAGTGCACCTGGAGCTGCATTTCACCCAAGTAACTTAACTGAAATG 633

 20659449 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 20659508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      634 TGACATATTTGAAGAAAGAAAGTACTGAATTGATAAGAAGATTTGACCTGGTGACAGGCT 693

 20659509 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 20659568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      694 GTTATCTGATAAATTTTCTTTCCACTGGCATCTGGACTGTTGGAAATAGACATTTTAATT 753

 20659569 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 20659628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      754 TTAATTGGTTAATTCAAAAAGCATTTGCCACGTACTTACTGAATGTTAAGAATAGTACTA 813

 20659629 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 20659688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      814 GATGTTGGAGAGAGAGACATAATAATGGGCCAGGCACCATGGCTCACACCTGTAATCTCA 873

 20659689 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 20659748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      874 GCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGTAGATCACTTGAGGTCAGCAGTTCAAGACCAGCCTGG 933

 20659749 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 20659808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      934 CCAACATGGTGAAACTCCATTTCTGCTAAAAATATAAAAATTAGGGCCGAGCATGGTGGC 993

 20659809 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 20659868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      994 TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTAGGGAGGGTGAGGCAGGTGTATCACCTGAAGTCAGGA 1053

 20659869 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 20659928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1054 GTTCAAGACTGGCCTGGCCAACATGGCGGAACCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTA 1113

 20659929 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 20659988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1114 GCCAGGCATGGTGGCGCACGCCTGTAAACCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATT 1173

 20659989 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 20660048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1174 GCTTGAACCCCAGAGGCAAATGTTGCAGTGAGCCAATATCATGCCACTGCACTCCATCCT 1233

 20660049 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTCAAAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 20660108
          ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1234 GGGTGACAGAGCAAGAATCCATCTC-AAAAAAAAAAAATGTTTCCGTCTCATGGTGACTG 1292

 20660109 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 20660168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1293 AAATGGTTAGACCTGCAAACAAATAATTACAGTATTTTGGAGAAAACACTATATTGAAGG 1352

 20660169 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 20660228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1353 TTCTGTGAGATGCAATGGAAGCAAAAGGTAGAAGCATTTAACTTTGTCAGGCAATAAATC 1412

 20660229 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAA-TTTTTTTTTTTTTTTGAGATGG 20660287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
     1413 TTGTATTAAATTTGTGATATTTAAGATGAAATCTTAATTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGG 1472

 20660288 AGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTC 20660347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1473 AGTTTTGCTCTGGTGCCCAGGCTGGAGTAGAGCGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTC 1532

 20660348 TGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAA 20660407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1533 TGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTAGTGCCTCAGCATCCTGGATGAAATCTTAAGAATAA 1592

 20660408 GTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGA 20660467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1593 GTTGATATTTACCAGGGCACAAGCAGTAATAGGGCATTGCAGATAGAAACATTATATGGA 1652

 20660468 AAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTA 20660527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1653 AAATGGTGGTATTGAAATACCATGGTCATTTAAGGACTGTTTTTCATATTTGGAAGAGTA 1712

 20660528 GGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGG 20660587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1713 GGGTGCATAGAGTAGTAAGAGATAAGTCACATAAGTAGAAGCTAGAAAATGACTTTGTGG 1772

 20660588 GCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGT 20660647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1773 GCCTCACTTAGTAGTTTATTCTAAAGGGAAGCTACTGAGTTTTAAGCAACAGAATTGTGT 1832

 20660648 GACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGA 20660707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1833 GACTGGATTTCTTTTTTCAGAATTCATATGCTAATAGTAGCAGTGCAAGTTCCATTAGGA 1892

 20660708 GACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATT 20660767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1893 GACTATTATAAGTAGTTCAGGTACAAGATGAGGTCTTGAACTTGTCAGTGAAGTGGGATT 1952

 20660768 CAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGAT 20660827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1953 CAAGAAGAAGGAGATTGGAGAGGTTATGAAATAGAATCAATAGGGTTAAGTGTCCTAGAT 2012

 20660828 TGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCAT 20660887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2013 TGCTGCAGTTAAGCTCTGTGGCCCCTCCACTACCCACACCAATTTTTCACACCTACCCAT 2072

 20660888 GTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGG 20660947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2073 GTCCATACCCTTGGGTAGTCTCCTCACAGACTGATTTAAGTGATTTGCTTTGGCCCTTGG 2132

 20660948 GACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACA 20661007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2133 GACAACAGCAATTGTAATGTTAGCAGAGACTTGAAAAATTCTTCCGCATTGGGATTCACA 2192

 20661008 CTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGA 20661067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2193 CTCTTACTGCTGGTACCCCTTTGCCACAATTTGATTAAATCAAGCTAGCCTCCTAGAAGA 2252

 20661068 TGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTC 20661127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2253 TGAGACCACTTTGAGAGTGTCCCTAGCTCTCCCAGCCTTCCTGGTTGTCTCAGCATTCTC 2312

 20661128 AGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAA 20661187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2313 AGTTGAAGCCCCAAACATATGTGTGAGGCCATCCTAGAATGAGCCAGTCTATACCTAGAA 2372

 20661188 TTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATC 20661247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2373 TTATAGGAAATATAGATTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTATTAGATGGAATC 2432

 20661248 TCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCC 20661307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2433 TCGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCC 2492

 20661308 TTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCT 20661367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2493 TTCTGGGTTCAAGCTATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCT 2552

 20661368 GCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCC 20661427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2553 GCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTAGCC 2612

 20661428 AGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGG 20661487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2613 AGGCTGGTCTCCAACTCCTGACCTTGTGATATGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGG 2672

 20661488 ATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTT 20661547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2673 ATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCAGCCTATAGATTATTTTCTTTTCAGCCTCTAGGTT 2732

 20661548 TGGAGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGC 20661607
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2733 TGGGGCAGTTGGTTTCATAACAAGATTAACTGATAGCCTAACTGACCAAGTATATAGGGC 2792

 20661608 AGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATC 20661667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2793 AGGTAAGAGGAATAGTCTAAGACAAATCTTCATTTTTTAGCATGGATAGATGGATACATC 2852

 20661668 AATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAAT 20661727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2853 AATATTGGGAAGCTATATTAGAATAAGTAAATTGGTGGCATTACCAGATGAATAGGGAAT 2912

 20661728 TTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCT 20661787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2913 TTTTTTGAAAGACCAAGTTTGGAGAGATATCTGTAATTTTGGCTTGGAAATACTGAGTCT 2972

 20661788 TAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATC 20661847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2973 TAGGAGTTCCTGGGAAACATACAGGTGAAGATACCCAGTTGGCAATGTGATATAAGGATC 3032

 20661848 TGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTT 20661907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3033 TGGAGATGGAAAATTTGAAGTAAAAGCTGTGGCTGTGAAAACTTTGCCCATTTCTCATTT 3092

 20661908 ATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATA 20661967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3093 ATGCGTTTTCAGAGCCTTTTTTTTTTGTAGATTCTTTGTAGACAGTGTTGTCTACAAATA 3152

 20661968 GAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACT 20662027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3153 GAAACAGCTTCTTCCTTTCTGATGCCTATTCTTTTTATTTCTTGCTTTATTGTATTAACT 3212

 20662028 GTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGT 20662087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3213 GTAACTGCCAATGTGATGTTATTAATAAATTAAATAGGAATGGTGACAGTAGACATCCGT 3272

 20662088 GCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCT 20662147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3273 GCCATGCTCCTGATTTTAAGGGGAATACATTCAGCCTTTTTACCATTAAGTATGTCAGCT 3332

 20662148 GTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTG 20662207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3333 GTAAGTTTTGCTCATTTGTTTGTTTCCTTTTTTTTTTTTGTGAGACAGAGTCTCACTCTG 3392

 20662208 TCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGT 20662267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3393 TCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCCTTCCCAGCTCACTGCAACCTTCGCCCGCAGGGT 3452

 20662268 TCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCAC 20662327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3453 TCTAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGGCTGCCACCAC 3512

 20662328 GCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTG 20662387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3513 GCCCTGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGCCAGGCTG 3572

 20662388 GTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTAC 20662447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3573 GTCTCAAACTCCTGACAGAGTGGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTAC 3632

 20662448 AGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTT 20662507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3633 AGGCGTGAGCCACCGCACCTGGGCCGTTTGTTTCTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTTT 3692

 20662508 GTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGT 20662567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3693 GTCGCCCAGGCTAGAGTGCATTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAATTTCCATCTCCCAGT 3752

 20662568 TTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCA 20662627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3753 TTCAAGTGATTCTCCTGCCGCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTCCGCAACCA 3812

 20662628 CACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGT 20662687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3813 CACCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGT 3872

 20662688 CTGGAACTCC 20662697
          ||||||||||
     3873 CTGGAACTCC 3882

Alignment time is 2.79264 s

