
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    4130] =>      4130 nucs 'mol-32-1e87-208443_4130'

Score:        4130
Aligned:      4130        nucs
Identic:      4130 (100%) nucs =>      2827 (100%)      1303 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28867016,28869842] EXCISED REGION [28869844,28871146]
 second seq =>  [       1,    2827] EXCISED REGION [    2828,    4130]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [28869843,28869843]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        22 nucs [28869843,28869864] to [28869844,28869865]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 28867016 AGGTTTCTTCCAACAATTGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGA 28867075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGTTTCTTCCAACAATTGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGA 60

 28867076 ACAAATGTTATGAAGGCTGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTT 28867135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAAATGTTATGAAGGCTGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTT 120

 28867136 AACTTAATGATCAGCTTGTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAA 28867195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AACTTAATGATCAGCTTGTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAA 180

 28867196 ACAAAAAACCAAATTCACACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAA 28867255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACAAAAAACCAAATTCACACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAA 240

 28867256 TGAACACTTAGCCAGGTAGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAA 28867315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGAACACTTAGCCAGGTAGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAA 300

 28867316 ACCTTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCA 28867375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACCTTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCA 360

 28867376 CAGACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAA 28867435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAA 420

 28867436 TCCTTATTCCCCAAAGCATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTAT 28867495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCCTTATTCCCCAAAGCATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTAT 480

 28867496 GTTTGCTTCAACTGTTATCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAAT 28867555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTTTGCTTCAACTGTTATCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAAT 540

 28867556 GCTTCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAA 28867615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTTCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAA 600

 28867616 AATAAATGTAAACTCTTAAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAG 28867675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AATAAATGTAAACTCTTAAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAG 660

 28867676 TGTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATC 28867735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATC 720

 28867736 TGGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACT 28867795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACT 780

 28867796 AGGGTTACTTAGAACACCACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTT 28867855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGGTTACTTAGAACACCACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTT 840

 28867856 TTGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCT 28867915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCT 900

 28867916 CCAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAAT 28867975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAAT 960

 28867976 TTGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGC 28868035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGC 1020

 28868036 TTTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTA 28868095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTA 1080

 28868096 TTCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCT 28868155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCT 1140

 28868156 TAATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAG 28868215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAG 1200

 28868216 TTATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAA 28868275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAA 1260

 28868276 TGTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACAT 28868335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACAT 1320

 28868336 CTGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAA 28868395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAA 1380

 28868396 TTTTTTATCCATTTTATGGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCT 28868455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTTTTATCCATTTTATGGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCT 1440

 28868456 TGTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACA 28868515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACA 1500

 28868516 TTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAG 28868575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAG 1560

 28868576 TACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAAC 28868635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAAC 1620

 28868636 TTTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATT 28868695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATT 1680

 28868696 ACGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCAT 28868755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ACGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCAT 1740

 28868756 TTTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTAT 28868815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTAT 1800

 28868816 ATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCA 28868875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCA 1860

 28868876 TTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGAT 28868935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGAT 1920

 28868936 TCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTAT 28868995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTAT 1980

 28868996 CTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTA 28869055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTA 2040

 28869056 CTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTT 28869115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTT 2100

 28869116 AATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTT 28869175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTT 2160

 28869176 TGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGA 28869235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGA 2220

 28869236 TACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAA 28869295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAA 2280

 28869296 TTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGT 28869355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGT 2340

 28869356 GTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAA 28869415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAA 2400

 28869416 ATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTAT 28869475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 ATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTAT 2460

 28869476 CTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCAT 28869535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCAT 2520

 28869536 TTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAA 28869595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAA 2580

 28869596 TAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTA 28869655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTA 2640

 28869656 AGAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAG 28869715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AGAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAG 2700

 28869716 TATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTT 28869775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTT 2760

 28869776 TTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGA 28869835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGA 2820

 28869836 ACTTCTC 28869842
          |||||||
     2821 ACTTCTC 2827

EXCISED REGION

 28869844 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTA 28869903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2828 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTA 2887

 28869904 TTTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCC 28869963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2888 TTTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCC 2947

 28869964 TGAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGA 28870023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2948 TGAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGA 3007

 28870024 AGACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACA 28870083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3008 AGACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACA 3067

 28870084 GGTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATAT 28870143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3068 GGTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATAT 3127

 28870144 GAACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTG 28870203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3128 GAACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTG 3187

 28870204 GCTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCA 28870263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3188 GCTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCA 3247

 28870264 TCCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATG 28870323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3248 TCCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATG 3307

 28870324 ATTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGT 28870383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3308 ATTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGT 3367

 28870384 GCTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGG 28870443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3368 GCTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGG 3427

 28870444 GTGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGT 28870503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3428 GTGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGT 3487

 28870504 TCACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTC 28870563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3488 TCACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTC 3547

 28870564 CACATGGGGTTTTAGGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCA 28870623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3548 CACATGGGGTTTTAGGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCA 3607

 28870624 CTAGGGCTCATGTCCAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCT 28870683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3608 CTAGGGCTCATGTCCAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCT 3667

 28870684 AAGCCACCTCCCCATGATGTGTGGCCTACCCCCCATCCTTTATTTCTTTCTTTTCTCCCA 28870743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3668 AAGCCACCTCCCCATGATGTGTGGCCTACCCCCCATCCTTTATTTCTTTCTTTTCTCCCA 3727

 28870744 CCACCACAAATTTGCAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAAT 28870803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3728 CCACCACAAATTTGCAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAAT 3787

 28870804 CAGAGGGCTAATCCTCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGC 28870863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3788 CAGAGGGCTAATCCTCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGC 3847

 28870864 TCACTCTTAACTGTCATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGT 28870923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3848 TCACTCTTAACTGTCATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGT 3907

 28870924 GTCTGCGTCCTCTTGGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAG 28870983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3908 GTCTGCGTCCTCTTGGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAG 3967

 28870984 CACAACATTTCAGAAGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTTT 28871043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3968 CACAACATTTCAGAAGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTTT 4027

 28871044 TTCTAACCATTTTAAGCTCATGGAATGTTTCAGGATGGCCCACTGTGATGATGACTGATG 28871103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4028 TTCTAACCATTTTAAGCTCATGGAATGTTTCAGGATGGCCCACTGTGATGATGACTGATG 4087

 28871104 GCTAGTCACTTTTGTAATGGAAACTGGGTCCCCTGTGCACTGG 28871146
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4088 GCTAGTCACTTTTGTAATGGAAACTGGGTCCCCTGTGCACTGG 4130

Alignment time is 3.37114 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    5908] =>      5908 nucs 'mol-32-2ee6-045164_5908'

Score:        5897
Aligned:      5908        nucs
Identic:      5907 (100%) nucs =>      4539 (100%)      1368 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28865303,28869842] EXCISED REGION [28869845,28871212]
 second seq =>  [       1,    4540] EXCISED REGION [    4541,    5908]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [28869843,28869844]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        21 nucs [28869843,28869863] to [28869845,28869865]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [28869843,28869843] to [28869844,28869844]
 second seq =>         0 nucs

 28865303 TCTATCAATTTGTGTTTCAATGCAAAGAATGTCTCCTGTAGACAGCATATAGTTTGGTTC 28865362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTATCAATTTGTGTTTCAATGCAAAGAATGTCTCCTGTAGACAGCATATAGTTTGGTTC 60

 28865363 ATGTCTTCTTATCTGTCCTGCCAAACTCTGCCTTTAATTGAATAATCTATTTACATCTAA 28865422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGTCTTCTTATCTGTCCTGCCAAACTCTGCCTTTAATTGAATAATCTATTTACATCTAA 120

 28865423 TATAATTACTGATAAGGATAAAATTAATTCCAAACTTAATTTGGATAGTATGGAAACCTT 28865482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATAATTACTGATAAGGATAAAATTAATTCCAAACTTAATTTGGATAGTATGGAAACCTT 180

 28865483 TTATTTGTATAGCTACAACTGCATTTTTTGTTGTCATTGTCACAAATTAAATCTTTATAC 28865542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTATTTGTATAGCTACAACTGCATTTTTTGTTGTCATTGTCACAAATTAAATCTTTATAC 240

 28865543 AGCATCCATCAACAGAGATGTATAATTATTGTTTTATGCAGTAGCCATATAAGTCAGATT 28865602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGCATCCATCAACAGAGATGTATAATTATTGTTTTATGCAGTAGCCATATAAGTCAGATT 300

 28865603 GGAAACAAAAAGAATTACAAATAAGAAATTCATTAATAGTGACTTTTAGATTCACCTATG 28865662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGAAACAAAAAGAATTACAAATAAGAAATTCATTAATAGTGACTTTTAGATTCACCTATG 360

 28865663 GTGTTACCTTAACCAGTGCTCTTTATTTCTTCATGCTTTGCATTATTTCTTTCTACAGCT 28865722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTGTTACCTTAACCAGTGCTCTTTATTTCTTCATGCTTTGCATTATTTCTTTCTACAGCT 420

 28865723 GAATAATAATCCATTGTTTGTATATATCACATTATATATATCAATTTTTCTGTTTATAGA 28865782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAATAATAATCCATTGTTTGTATATATCACATTATATATATCAATTTTTCTGTTTATAGA 480

 28865783 CACGAGTTTTTTCTACATTCTGCCTCTTGTATATAGTGTTACAATAAACATTGGTGTACA 28865842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CACGAGTTTTTTCTACATTCTGCCTCTTGTATATAGTGTTACAATAAACATTGGTGTACA 540

 28865843 AGTGTCTGTTTGAATCTCTTTCCTCAGTTCTTTTTGGAATATACTTAGGAGTAAAATTAC 28865902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTGTCTGTTTGAATCTCTTTCCTCAGTTCTTTTTGGAATATACTTAGGAGTAAAATTAC 600

 28865903 TGTATCAAATGGTACCTCGGTCTCTAGTTTTTTGAAAACCACCAAACTGTTTTCATGGTG 28865962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTATCAAATGGTACCTCGGTCTCTAGTTTTTTGAAAACCACCAAACTGTTTTCATGGTG 660

 28865963 GCTGCACCATTTTCCATTCCCACCAACAATGTAGGACAATTCCAAATTTTCTACATCCTT 28866022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCTGCACCATTTTCCATTCCCACCAACAATGTAGGACAATTCCAAATTTTCTACATCCTT 720

 28866023 AACAACATTTGTAATTTTTATGTTATTCTTTTAAATTATAGACAACCTAGTAGAAGTTAA 28866082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AACAACATTTGTAATTTTTATGTTATTCTTTTAAATTATAGACAACCTAGTAGAAGTTAA 780

 28866083 GTAGACCTTATTGTACTACTGCACTATACTACTAGTGTATTGCCATTTCCCTAATAACTA 28866142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GTAGACCTTATTGTACTACTGCACTATACTACTAGTGTATTGCCATTTCCCTAATAACTA 840

 28866143 ATGATATTGAGCATCTTTTCATGTGTTTATTGGCCATTCGAATAGCTTCACTGGAGAAAT 28866202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATGATATTGAGCATCTTTTCATGTGTTTATTGGCCATTCGAATAGCTTCACTGGAGAAAT 900

 28866203 GTCTATTCAAGTACTTTTCCCATGGTTTGAATTTGATTACTTTCTAATTGAGAAGTAAGA 28866262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTCTATTCAAGTACTTTTCCCATGGTTTGAATTTGATTACTTTCTAATTGAGAAGTAAGA 960

 28866263 GTTACTTACATAGTAAGCCCTTTTTTGATATATGATTCACAAGTATTTCCTTGGATTATA 28866322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTACTTACATAGTAAGCCCTTTTTTGATATATGATTCACAAGTATTTCCTTGGATTATA 1020

 28866323 TAGGTAATATTTTTATTTATTGATAAAGTTATTTTATGCACAATAATTTTTCATTGATAT 28866382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAGGTAATATTTTTATTTATTGATAAAGTTATTTTATGCACAATAATTTTTCATTGATAT 1080

 28866383 TGAGTCTAATTTATCTAATTTATCTATTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGAGCATTATTCTG 28866442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGAGTCTAATTTATCTAATTTATCTATTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGAGCATTATTCTG 1140

 28866443 GTGTCTAGAATTTCCACTGACAAATTCAAAGTCATTCAGATTTATCCCTTTTATATATAG 28866502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGTCTAGAATTTCCACTGACAAATTCAAAGTCATTCAGATTTATCCCTTTTATATATAG 1200

 28866503 GTCATTAAGCCATTTTGAGATAATTTTTAACATATGGTTTGAAGTAAGATTCCAACTTCA 28866562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTCATTAAGCCATTTTGAGATAATTTTTAACATATGGTTTGAAGTAAGATTCCAACTTCA 1260

 28866563 TCTCTTGCATGTAAAATCCAACCATCCCAGCACCATTTATTGAAAGGACTGTTCTTACCC 28866622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCTCTTGCATGTAAAATCCAACCATCCCAGCACCATTTATTGAAAGGACTGTTCTTACCC 1320

 28866623 CATTGAATGAACTTAGCAGCATTGTCAAAAATCAATTAACAATAGATAATATGAGTTTAT 28866682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CATTGAATGAACTTAGCAGCATTGTCAAAAATCAATTAACAATAGATAATATGAGTTTAT 1380

 28866683 TTCTGGACTCTCTTTTGAAATTTTTATTTCTTTATTGATATTGTCTATTTGATAAGATTA 28866742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTCTGGACTCTCTTTTGAAATTTTTATTTCTTTATTGATATTGTCTATTTGATAAGATTA 1440

 28866743 TTTTTATGGCTTCATTTAGTTGTTCAAATATGGTTTCCTTTAGCTTTTTAAAACATATTT 28866802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTTTATGGCTTCATTTAGTTGTTCAAATATGGTTTCCTTTAGCTTTTTAAAACATATTT 1500

 28866803 AATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGTCCAATACTTGGGCTTCCTAACAGAAA 28866862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGTCCAATACTTGGGCTTCCTAACAGAAA 1560

 28866863 GGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTGCCCATAATTTCTTCTTCCTTTGCATG 28866922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTGCCCATAATTTCTTCTTCCTTTGCATG 1620

 28866923 TTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAACTGAACATTTGGGATATAATAATGTG 28866982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAACTGAACATTTGGGATATAATAATGTG 1680

 28866983 GACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAAGGTTTCTTCCAACAATTGTTTTATTT 28867042
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GACACTCCCAAATTAAGGTTCCCTTCTGTCCCAAGGTTTCTTCCAACAATTGTTTTATTT 1740

 28867043 TTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACAAATGTTATGAAGGCTGTATTCTTT 28867102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACAAATGTTATGAAGGCTGTATTCTTT 1800

 28867103 ATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAACTTAATGATCAGCTTGTTATTGGAC 28867162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAACTTAATGATCAGCTTGTTATTGGAC 1860

 28867163 AGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACAAAAAACCAAATTCACACTCTCTGT 28867222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACAAAAAACCAAATTCACACTCTCTGT 1920

 28867223 AAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGAACACTTAGCCAGGTAGTTCACAAC 28867282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGAACACTTAGCCAGGTAGTTCACAAC 1980

 28867283 TCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACCTTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATC 28867342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACCTTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATC 2040

 28867343 AAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCACAGACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCT 28867402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCACAGACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCT 2100

 28867403 CAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCCTTATTCCCCAAAGCATCCCATTTA 28867462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCCTTATTCCCCAAAGCATCCCATTTA 2160

 28867463 CCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTTTGCTTCAACTGTTATCCATTGACC 28867522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTTTGCTTCAACTGTTATCCATTGACC 2220

 28867523 CCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCTTCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCT 28867582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCTTCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCT 2280

 28867583 GACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAATAAATGTAAACTCTTAAACTGATCC 28867642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAATAAATGTAAACTCTTAAACTGATCC 2340

 28867643 TACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAGTGTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCT 28867702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAGTGTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCT 2400

 28867703 GGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGG 28867762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGG 2460

 28867763 CCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACACCACAGATCTC 28867822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACACCACAGATCTC 2520

 28867823 ACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCAT 28867882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCAT 2580

 28867883 GATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTC 28867942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTC 2640

 28867943 TGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATG 28868002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATG 2700

 28868003 TCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAAT 28868062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAAT 2760

 28868063 TATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATT 28868122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATT 2820

 28868123 AGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGC 28868182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGC 2880

 28868183 TCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATG 28868242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATG 2940

 28868243 TTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGT 28868302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGT 3000

 28868303 TGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATT 28868362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATT 3060

 28868363 AACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTATGGGTATATTA 28868422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 AACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTATGGGTATATTA 3120

 28868423 GTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTA 28868482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTA 3180

 28868483 GAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTT 28868542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 GAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTT 3240

 28868543 TTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCC 28868602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCC 3300

 28868603 AACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAAC 28868662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 AACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAAC 3360

 28868663 CTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGA 28868722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 CTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGA 3420

 28868723 CTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGA 28868782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 CTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGA 3480

 28868783 CATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAG 28868842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 CATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAG 3540

 28868843 CTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTA 28868902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 CTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTA 3600

 28868903 GTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCT 28868962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCT 3660

 28868963 AATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAG 28869022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 AATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAG 3720

 28869023 AATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTA 28869082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 AATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTA 3780

 28869083 GACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTT 28869142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTT 3840

 28869143 TTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTA 28869202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTA 3900

 28869203 CTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGC 28869262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 CTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGC 3960

 28869263 TCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAG 28869322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAG 4020

 28869323 TCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATA 28869382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATA 4080

 28869383 GAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTA 28869442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 GAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTA 4140

 28869443 GACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCC 28869502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 GACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCC 4200

 28869503 TGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTT 28869562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 TGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTT 4260

 28869563 GGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAA 28869622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 GGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAA 4320

 28869623 CAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGAGA 28869682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 CAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGAGA 4380

 28869683 AGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGT 28869742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 AGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGT 4440

 28869743 TTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGA 28869802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGA 4500

 28869803 AGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAACTTCTC 28869842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 AGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAACTTCTC 4540

EXCISED REGION

 28869845 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTAT 28869904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4541 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTAT 4600

 28869905 TTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCT 28869964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4601 TTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCT 4660

 28869965 GAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAA 28870024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4661 GAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAA 4720

 28870025 GACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAG 28870084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4721 GACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAG 4780

 28870085 GTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATATG 28870144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4781 GTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATATG 4840

 28870145 AACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTGG 28870204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4841 AACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTGG 4900

 28870205 CTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCAT 28870264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4901 CTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCAT 4960

 28870265 CCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATGA 28870324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4961 CCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATGA 5020

 28870325 TTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGTG 28870384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5021 TTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGTG 5080

 28870385 CTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGGG 28870444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5081 CTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGGG 5140

 28870445 TGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGTT 28870504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5141 TGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGTT 5200

 28870505 CACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTCC 28870564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5201 CACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTCC 5260

 28870565 ACATGGGGTTTTAGGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCAC 28870624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5261 ACATGGGGTTTTAGGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCAC 5320

 28870625 TAGGGCTCATGTCCAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCTA 28870684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5321 TAGGGCTCATGTCCAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCTA 5380

 28870685 AGCCACCTCCCCATGATGTGTGGCCTACCCCCCATCCTTTATTTCTTTCTTTTCTCCCAC 28870744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5381 AGCCACCTCCCCATGATGTGTGGCCTACCCCCCATCCTTTATTTCTTTCTTTTCTCCCAC 5440

 28870745 CACCACAAATTTGCAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAATC 28870804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5441 CACCACAAATTTGCAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAATC 5500

 28870805 AGAGGGCTAATCCTCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGCT 28870864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5501 AGAGGGCTAATCCTCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGCT 5560

 28870865 CACTCTTAACTGTCATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGTG 28870924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5561 CACTCTTAACTGTCATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGTG 5620

 28870925 TCTGCGTCCTCTTGGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAGC 28870984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5621 TCTGCGTCCTCTTGGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAGC 5680

 28870985 ACAACATTTCAGAAGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTTTT 28871044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5681 ACAACATTTCAGAAGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTTTT 5740

 28871045 TCTAACCATTTTAAGCTCATGGAATGTTTCAGGATGGCCCACTGTGATGATGACTGATGG 28871104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5741 TCTAACCATTTTAAGCTCATGGAATGTTTCAGGATGGCCCACTGTGATGATGACTGATGG 5800

 28871105 CTAGTCACTTTTGTAATGGAAACTGGGTCCCCTGTGCACTGGCTTAGCCCCATTAACATT 28871164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5801 CTAGTCACTTTTGTAATGGAAACTGGGTCCCCTGTGCACTGGCTTAGCCCCATTAACATT 5860

 28871165 TCTCAACCCTCCGTTGGATAGATTACTGACTCTTTTCATAAGCTTTCT 28871212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5861 TCTCAACCCTCCGTTGGATAGATTACTGACTCTTTTCATAAGCTTTCT 5908

Alignment time is 4.65324 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    3675] =>      3675 nucs 'mol-32-2ff9-355238_3675'

Score:        3665
Aligned:      3676        nucs
Identic:      3675 (100%) nucs =>       882 (100%)      2793 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28866779,28867660] EXCISED REGION [28867662,28870455]
 second seq =>  [       1,     882] EXCISED REGION [     883,    3675]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [28867661,28867661]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        13 nucs [28867661,28867673] to [28867662,28867674]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 28866779 CCTTTAGCTTTTTAAAACATATTTAATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGTCC 28866838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTTTAGCTTTTTAAAACATATTTAATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGTCC 60

 28866839 AATACTTGGGCTTCCTAACAGAAAGGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTGCC 28866898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATACTTGGGCTTCCTAACAGAAAGGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTGCC 120

 28866899 CATAATTTCTTCTTCCTTTGCATGTTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAACT 28866958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CATAATTTCTTCTTCCTTTGCATGTTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAACT 180

 28866959 GAACATTTGGGATATAATAATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAAGG 28867018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAACATTTGGGATATAATAATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAAGG 240

 28867019 TTTCTTCCAACAATTGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACA 28867078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTCTTCCAACAATTGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACA 300

 28867079 AATGTTATGAAGGCTGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAAC 28867138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATGTTATGAAGGCTGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAAC 360

 28867139 TTAATGATCAGCTTGTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACA 28867198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTAATGATCAGCTTGTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACA 420

 28867199 AAAAACCAAATTCACACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGA 28867258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAAAACCAAATTCACACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGA 480

 28867259 ACACTTAGCCAGGTAGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACC 28867318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACACTTAGCCAGGTAGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACC 540

 28867319 TTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCACAG 28867378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCACAG 600

 28867379 ACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCC 28867438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCC 660

 28867439 TTATTCCCCAAAGCATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTT 28867498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTATTCCCCAAAGCATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTT 720

 28867499 TGCTTCAACTGTTATCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCT 28867558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGCTTCAACTGTTATCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCT 780

 28867559 TCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAAT 28867618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAAT 840

 28867619 AAATGTAAACTCTTAAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGAT 28867660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAATGTAAACTCTTAAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGAT 882

EXCISED REGION

 28867662 AAAAAAAAAAAAAGTGTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTAC 28867721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      883 AAAAAAAAAAAAAGTGTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTAC 942

 28867722 TTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAG 28867781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      943 TTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAG 1002

 28867782 AGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACACCACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATAC 28867841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1003 AGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACACCACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATAC 1062

 28867842 AGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGT 28867901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1063 AGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGT 1122

 28867902 CCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTA 28867961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1123 CCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTA 1182

 28867962 ACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACT 28868021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1183 ACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACT 1242

 28868022 ATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATT 28868081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1243 ATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATT 1302

 28868082 TTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAG 28868141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1303 TTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAG 1362

 28868142 CTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCT 28868201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1363 CTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCT 1422

 28868202 TTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAA 28868261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1423 TTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAA 1482

 28868262 CTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTAT 28868321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1483 CTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTAT 1542

 28868322 TTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTG 28868381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1543 TTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTG 1602

 28868382 TATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTATGGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTT 28868441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1603 TATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTATGGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTT 1662

 28868442 TACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTT 28868501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1663 TACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTT 1722

 28868502 TGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTT 28868561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1723 TGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTT 1782

 28868562 TTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATT 28868621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1783 TTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATT 1842

 28868622 TAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCA 28868681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1843 TAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCA 1902

 28868682 CTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAG 28868741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1903 CTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAG 1962

 28868742 GGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTC 28868801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1963 GGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTC 2022

 28868802 AAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTT 28868861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2023 AAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTT 2082

 28868862 TTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTG 28868921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2083 TTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTG 2142

 28868922 CTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCT 28868981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2143 CTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCT 2202

 28868982 ACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATT 28869041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2203 ACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATT 2262

 28869042 TTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGA 28869101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2263 TTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGA 2322

 28869102 TCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTC 28869161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2323 TCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTC 2382

 28869162 TCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGA 28869221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2383 TCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGA 2442

 28869222 ATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTC 28869281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2443 ATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTC 2502

 28869282 CCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAG 28869341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2503 CCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAG 2562

 28869342 GAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGC 28869401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2563 GAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGC 2622

 28869402 AGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGT 28869461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2623 AGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGT 2682

 28869462 CATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAG 28869521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2683 CATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAG 2742

 28869522 TTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGC 28869581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2743 TTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGC 2802

 28869582 AACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTAC 28869641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2803 AACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTAC 2862

 28869642 AAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAA 28869701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2863 AAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAA 2922

 28869702 AGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTG 28869761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2923 AGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTG 2982

 28869762 TAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTG 28869821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2983 TAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTG 3042

 28869822 TATGTGTATAGTGAACTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAG 28869881
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3043 TATGTGTATAGTGAACTTCTC-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAG 3101

 28869882 AATGGGTTTTGACATTATTTTATTTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTG 28869941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3102 AATGGGTTTTGACATTATTTTATTTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTG 3161

 28869942 ACTTCCATTACAGTAGTTTGCCTGAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACT 28870001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3162 ACTTCCATTACAGTAGTTTGCCTGAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACT 3221

 28870002 ACGCTTTTTGACAACACATTGAAGACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATA 28870061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3222 ACGCTTTTTGACAACACATTGAAGACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATA 3281

 28870062 CCAAATATACGCAACAGAGACAGGTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTT 28870121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3282 CCAAATATACGCAACAGAGACAGGTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTT 3341

 28870122 TATTTATTTATTTTTTAAATATGAACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGC 28870181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3342 TATTTATTTATTTTTTAAATATGAACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGC 3401

 28870182 CCTCTTGACACTTTCCTCTGTGGCTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTG 28870241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3402 CCTCTTGACACTTTCCTCTGTGGCTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTG 3461

 28870242 GAAGGAGCCATGGAAACTCTCATCCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCAC 28870301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3462 GAAGGAGCCATGGAAACTCTCATCCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCAC 3521

 28870302 TGTAAAGTATGGGGGTACCATGATTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTT 28870361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3522 TGTAAAGTATGGGGGTACCATGATTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTT 3581

 28870362 GGTGCCTTCTAGAACTCTATGTGCTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAG 28870421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3582 GGTGCCTTCTAGAACTCTATGTGCTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAG 3641

 28870422 AGAACTTGATTGCAATGGCTGGGTGGGAGAGGTA 28870455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3642 AGAACTTGATTGCAATGGCTGGGTGGGAGAGGTA 3675

Alignment time is 2.95021 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    4362] =>      4362 nucs 'mol-32-303b-003944_4362'

Score:        4290
Aligned:      4364        nucs
Identic:      4354 (100%) nucs =>      4231 (100%)       123 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28866978,28871218] EXCISED REGION [28871222,28871344]
 second seq =>  [       1,    4235] EXCISED REGION [    4240,    4362]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [28871219,28871221]
 second seq =>         4 nucs [4236,4239]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        17 nucs [4234,4250] to [4238,4254]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [28871217,28871218] to [28871222,28871223]
 second seq =>         2 nucs [4234,4235] to [4240,4241]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [4236,4237] to [4238,4239]

 28866978 ATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAAGGTTTCTTCCAACAATTGTTT 28867037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAAGGTTTCTTCCAACAATTGTTT 60

 28867038 TATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACAAATGTTATGAAGGCTGTAT 28867097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACAAATGTTATGAAGGCTGTAT 120

 28867098 TCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAACTTAATGATCAGCTTGTTAT 28867157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAACTTAATGATCAGCTTGTTAT 180

 28867158 TGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACAAAAAACCAAATTCACACTC 28867217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACAAAAAACCAAATTCACACTC 240

 28867218 TCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGAACACTTAGCCAGGTAGTTC 28867277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGAACACTTAGCCAGGTAGTTC 300

 28867278 ACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACCTTAAGGTCAACCAGAGTTG 28867337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACCTTAAGGTCAACCAGAGTTG 360

 28867338 AGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCACAGACTTGGGCATATTTTTGGC 28867397
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGATCAAGACCTTCTAAGATCTTTCTGAAGCATGTGCACAGACTTGGGCATATTTTTGGC 420

 28867398 CTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCCTTATTCCCCAAAGCATCCC 28867457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCCTTATTCCCCAAAGCATCCC 480

 28867458 ATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTTTGCTTCAACTGTTATCCAT 28867517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTTTGCTTCAACTGTTATCCAT 540

 28867518 TGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCTTCTTCCAAACACTCCTTGG 28867577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCTTCTTCCAAACACTCCTTGG 600

 28867578 TAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAATAAATGTAAACTCTTAAACT 28867637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAATAAATGTAAACTCTTAAACT 660

 28867638 GATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAGTGTCAAAATTCCTTACAAATTA 28867697
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
      661 GATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAA-GTGTCAAAATTCCTTACAAATTA 719

 28867698 AATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACAATCTT 28867757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 AATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACAATCTT 779

 28867758 CAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACACCACAG 28867817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACACCACAG 839

 28867818 ATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTAAGTAT 28867877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 ATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTAAGTAT 899

 28867878 TCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCTGGCAA 28867937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCTGGCAA 959

 28867938 CTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACGTTTGC 28867997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 CTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACGTTTGC 1019

 28867998 TGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGATGTCTT 28868057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGATGTCTT 1079

 28868058 GTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTGTAGTT 28868117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTGTAGTT 1139

 28868118 TCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTGTAATC 28868177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTGTAATC 1199

 28868178 TTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAATTTTG 28868237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 TTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAATTTTG 1259

 28868238 AAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATTTTAAA 28868297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 AAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATTTTAAA 1319

 28868298 GATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTTCCTTT 28868357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 GATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTTCCTTT 1379

 28868358 TTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTATGGGTA 28868417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTATGGGTA 1439

 28868418 TATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATTATTAT 28868477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATTATTAT 1499

 28868478 TCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAA 28868537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTTTCAAA 1559

 28868538 TATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTAGACAG 28868597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTAGACAG 1619

 28868598 TTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATTCGGAT 28868657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATTCGGAT 1679

 28868658 GTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAAAATTT 28868717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 GTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAAAATTT 1739

 28868718 CTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAGTTTAT 28868777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 CTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAGTTTAT 1799

 28868778 CAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCC 28868837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 CAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCC 1859

 28868838 CTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGT 28868897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 CTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGT 1919

 28868898 CTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCC 28868957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 CTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCC 1979

 28868958 TGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTC 28869017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTC 2039

 28869018 TTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAG 28869077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 TTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAG 2099

 28869078 ATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTT 28869137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 ATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTT 2159

 28869138 CTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCT 28869197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 CTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCT 2219

 28869198 CAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCT 28869257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 CAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCT 2279

 28869258 GCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTC 28869317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 GCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTC 2339

 28869318 CATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTG 28869377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 CATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTG 2399

 28869378 CTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTT 28869437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 CTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTT 2459

 28869438 TGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTG 28869497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTG 2519

 28869498 TCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCC 28869557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCC 2579

 28869558 ATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAA 28869617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 ATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAA 2639

 28869618 GAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTC 28869677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTC 2699

 28869678 AGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGT 28869737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGT 2759

 28869738 AGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTC 28869797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 AGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTC 2819

 28869798 CAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAACTTCTCTTTTTTTTTTTTTTT 28869857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 CAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAACTTCTCTTTTTTTTTTTTTTT 2879

 28869858 TTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTATTTGGAAATTAAAG 28869917
          |||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 TTT-----CTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTATTTGGAAATTAAAG 2934

 28869918 CTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCTGAGGTTGCAAAAG 28869977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2935 CTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCTGAGGTTGCAAAAG 2994

 28869978 GGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAAGACACAGATCATA 28870037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2995 GGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAAGACACAGATCATA 3054

 28870038 GCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAGGTGCTACTCATCC 28870097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3055 GCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAGGTGCTACTCATCC 3114

 28870098 TTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATATGAACATGTGTCACA 28870157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3115 TTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATATGAACATGTGTCACA 3174

 28870158 ATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTGGCTCCATTAGCTGC 28870217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3175 ATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTGGCTCCATTAGCTGC 3234

 28870218 TTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCATCCTGGAGCCCACA 28870277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3235 TTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCATCCTGGAGCCCACA 3294

 28870278 GGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATGATTACAAAAGGGGT 28870337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3295 GGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATGATTACAAAAGGGGT 3354

 28870338 GTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGTGCTCTCACACAGGT 28870397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3355 GTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGTGCTCTCACACAGGT 3414

 28870398 GATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGGGTGGGAGAGGTATG 28870457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3415 GATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGGGTGGGAGAGGTATG 3474

 28870458 AACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGTTCACCCAAGGACCA 28870517
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     3475 AACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGTTAACCCAAGGACCA 3534

 28870518 AGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTCCACATGGGGTTTTA 28870577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3535 AGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTCCACATGGGGTTTTA 3594

 28870578 GGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCACTAGGGCTCATGTC 28870637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3595 GGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCACTAGGGCTCATGTC 3654

 28870638 CAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCTAAGCCACCTCCCCA 28870697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3655 CAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCTAAGCCACCTCCCCA 3714

 28870698 TGATGTGTGGCCTACCCCCCATCCTTTATTTCTTTCTTTTCTCCCACCACCACAAATTTG 28870757
          |||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     3715 TGATGCGTGGCCTACCCCCCATCCTTTCTTTCTTTCTTTTCTCCCACCACCACAAATTTG 3774

 28870758 CAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAATCAGAGGGCTAATCC 28870817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3775 CAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAATCAGAGGGCTAATCC 3834

 28870818 TCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGCTCACTCTTAACTGT 28870877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3835 TCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGCTCACTCTTAACTGT 3894

 28870878 CATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGTGTCTGCGTCCTCTT 28870937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3895 CATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGTGTCTGCGTCCTCTT 3954

 28870938 GGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAGCACAACATTTCAGA 28870997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3955 GGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAGCACAACATTTCAGA 4014

 28870998 AGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTTTTTCTAACCATTTTA 28871057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4015 AGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTTTTTCTAACCATTTTA 4074

 28871058 AGCTCATGGAATGTTTCAGGATGGCCCACTGTGATGATGACTGATGGCTAGTCACTTTTG 28871117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4075 AGCTCATGGAATGTTTCAGGATGGCCCACTGTGATGATGACTGATGGCTAGTCACTTTTG 4134

 28871118 TAATGGAAACTGGGTCCCCTGTGCACTGGCTTAGCCCCATTAACATTTCTCAACCCTCCG 28871177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4135 TAATGGAAACTGGGTCCCCTGTGCACTGGCTTAGCCCCATTAACATTTCTCAACCCTCCG 4194

 28871178 TTGGATAGATTACTGACTCTTTTCATAAGCTTTCTGACCTT 28871218
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4195 TTGGATAGATTACTGACTCTTTTCATAAGCTTTCTGACCTT 4235

EXCISED REGION

 28871222 TTTTTTTTTTTTTTTCTTATATCCCTTTATTAAATACACACACATACTTGCTCAAAATGG 28871281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4240 TTTTTTTTTTTTTTTCTTATATCCCTTTATTAAATACACACACATACTTGCTCAAAATGG 4299

 28871282 TAGCAATTATTTATATCAGTAGTTCTCAGCTGGGCATGATTTTGCCGCCAATGGACATTT 28871341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4300 TAGCAATTATTTATATCAGTAGTTCTCAGCTGGGCATGATTTTGCCGCCAATGGACATTT 4359

 28871342 GGC 28871344
          |||
     4360 GGC 4362

Alignment time is 3.46259 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    6927] =>      6927 nucs 'mol-32-310c-197309_6927'

Score:        6861
Aligned:      6929        nucs
Identic:      6922 (100%) nucs =>       238 (100%)      6684 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28863657,28863894] EXCISED REGION [28863898,28870587]
 second seq =>  [       1,     238] EXCISED REGION [     239,    6927]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [28863895,28863897]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         6 nucs [28863895,28863900] to [28863898,28863903]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [28863893,28863894] to [28863898,28863899]
 second seq =>         2 nucs [237,238] to [239,240]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [28863895,28863895] to [28863897,28863897]
 second seq =>         0 nucs

 28863657 ATATTCTTCTTAAAATGCTGTTGGATTTGGTTTGCTAATATCTTATAAGCAAGAAAATAG 28863716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATATTCTTCTTAAAATGCTGTTGGATTTGGTTTGCTAATATCTTATAAGCAAGAAAATAG 60

 28863717 ATGTATTTGTCTTCTTATAAGACAACAAGGGAGATTTTGTCTTATAAGGACAATGATAAT 28863776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGTATTTGTCTTCTTATAAGACAACAAGGGAGATTTTGTCTTATAAGGACAATGATAAT 120

 28863777 CAGGGAGATTTTCATGTTTATTTATAGGGCATATTGGTCATTAGCTTTATTTTCTTATAA 28863836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGGGAGATTTTCATGTTTATTTATAGGGCATATTGGTCATTAGCTTTATTTTCTTATAA 180

 28863837 TGTCTTGGTTTGGCTTTGGTAATTTTGACCTCAAAGAAATGAATTAGAAGATGTTCTC 28863894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTCTTGGTTTGGCTTTGGTAATTTTGACCTCAAAGAAATGAATTAGAAGATGTTCTC 238

EXCISED REGION

 28863898 TCTTCTATTTTTTGGACAAGTTTGAAAAGGATTGGTTTAAATCTTCTTTAAAATTTGGCA 28863957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      239 TCTTCTATTTTTTGGACAAGTTTGAAAAGGATTGGTTTAAATCTTCTTTAAAATTTGGCA 298

 28863958 GAATTCCTATGTGAAACCATCTGGTTCTGATCCTTGGTCCTAGTTGTTGGCTTTTGTTTT 28864017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      299 GAATTCCTATGTGAAACCATCTGGTTCTGATCCTTGGTCCTAGTTGTTGGCTTTTGTTTT 358

 28864018 TCTTTTTGTTGTTAATTACTAATGTAAGCTTTTTACTTATTCATACTTTCTATTTCTCCT 28864077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      359 TCTTTTTGTTGTTAATTACTAATGTAAGCTTTTTACTTATTCATACTTTCTATTTCTCCT 418

 28864078 TGAGTCAGATTTGGTTTCTAGGAATTTTTCCATTTCATATAGGTTATCTAATCTTTTGTT 28864137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      419 TGAGTCAGATTTGGTTTCTAGGAATTTTTCCATTTCATATAGGTTATCTAATCTTTTGTT 478

 28864138 ATAAAATTGTTCATATTATTATTTTATAACC-TTTTTTTTGGGAAAAAGAGAAATGGGGT 28864196
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
      479 ATAAAATTGTTCATATTATTATTTTATAACCTTTTTTTTTGGGAAAAAGAGAAATGGGGT 538

 28864197 CTCACTATATTGTCCAGACTGGTCTCAAACTCCTGGCTTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAG 28864256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 CTCACTATATTGTCCAGACTGGTCTCAAACTCCTGGCTTCAAGTGATCCTCCTGTCTCAG 598

 28864257 CCTCTGTTTTACAATCCATTTTCTTGCTGTTAGGCTAGTAGTAGTGTTCCTGCTTTCAGT 28864316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 CCTCTGTTTTACAATCCATTTTCTTGCTGTTAGGCTAGTAGTAGTGTTCCTGCTTTCAGT 658

 28864317 ACTGATTTTAGTAAATTTAGTTGTCTCTCTTTTTCTCTTGGTCAGTCTTGCCTAAGTTCC 28864376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 ACTGATTTTAGTAAATTTAGTTGTCTCTCTTTTTCTCTTGGTCAGTCTTGCCTAAGTTCC 718

 28864377 TCAATTTTATTGATTTTTATTAAAAGAACAAAATTTGTATCTCATTGATCTTCTCTACTG 28864436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 TCAATTTTATTGATTTTTATTAAAAGAACAAAATTTGTATCTCATTGATCTTCTCTACTG 778

 28864437 ATTTCCTACTTTCTATCAACTTGTGCATTTTAATCTTTATTATTTTTATTATTTTATTAT 28864496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 ATTTCCTACTTTCTATCAACTTGTGCATTTTAATCTTTATTATTTTTATTATTTTATTAT 838

 28864497 TTATTATTTTCTTCCTTTTTCTAGATTTTAGTTTACTTTTTTCCTTTTTCTATTTTTTTG 28864556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 TTATTATTTTCTTCCTTTTTCTAGATTTTAGTTTACTTTTTTCCTTTTTCTATTTTTTTG 898

 28864557 AGGTGGATAGTTAGGTCACTGTTTTGAGATCTTTCTTCTGAATGCCTTCTAAAGGTAAAT 28864616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 AGGTGGATAGTTAGGTCACTGTTTTGAGATCTTTCTTCTGAATGCCTTCTAAAGGTAAAT 958

 28864617 GTTTGGATTATAATACTTAAGGTAAGTGTTTCTCCTTGAGCGACTACTATTGCTGCATCC 28864676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 GTTTGGATTATAATACTTAAGGTAAGTGTTTCTCCTTGAGCGACTACTATTGCTGCATCC 1018

 28864677 CGTATGTTTTCATATGTTGTATTTTGATTTTTATTTGCCTCAAAGTTTTTTCTAATTTAC 28864736
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 CATATGTTTTCATATGTTGTATTTTGATTTTTATTTGCCTCAAAGTTTTTTCTAATTTAC 1078

 28864737 CTTATAATTTCTTCTTTGATTATTGGCTATTTAAGAATGTAATATTTAATTTCAACATAT 28864796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 CTTATAATTTCTTCTTTGATTATTGGCTATTTAAGAATGTAATATTTAATTTCAACATAT 1138

 28864797 TTGTAAATTTTTCTAATTTTCTTCTGTTATTTCTAATTTAATTCTACATTATCCAGAGAA 28864856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 TTGTAAATTTTTCTAATTTTCTTCTGTTATTTCTAATTTAATTCTACATTATCCAGAGAA 1198

 28864857 ATTGTACTGAATAATTTAAATCTGTTTGAGCTTTTTGAGACTTGTCTTGTGGCCAAAGAA 28864916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 ATTGTACTGAATAATTTAAATCTGTTTGAGCTTTTTGAGACTTGTCTTGTGGCCAAAGAA 1258

 28864917 ATGGTCTATCCTAGAGAATGTTTCATGCACAGTTGAAAACAATGTATATTTTGTTATTCC 28864976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 ATGGTCTATCCTAGAGAATGTTTCATGCACAGTTGAAAACAATGTATATTTTGTTATTCC 1318

 28864977 TGTGTGTAGTATTCAGTAGTTGCCTATTTGGTATAGTTAGGTTTTAATGTTGCTGAAGTC 28865036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 TGTGTGTAGTATTCAGTAGTTGCCTATTTGGTATAGTTAGGTTTTAATGTTGCTGAAGTC 1378

 28865037 TTCTATTTTCTTGCTTATAATATGTTCAGTTCTGTTATCCATTATTGAAGCACTGCTAGT 28865096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TTCTATTTTCTTGCTTATAATATGTTCAGTTCTGTTATCCATTATTGAAGCACTGCTAGT 1438

 28865097 ATTTACTTAATAAATTTTGAGTCTATCTTATTAGATGCATATATGTTCATAAATGGTATA 28865156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 ATTTACTTAATAAATTTTGAGTCTATCTTATTAGATGCATATATGTTCATAAATGGTATA 1498

 28865157 TGTTTTTTATGGTTGGCTCTTTAATCATTATATAATATCCTCTGTCTGTATAAAATCTTA 28865216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TGTTTTTTATGGTTGGCTCTTTAATCATTATATAATATCCTCTGTCTGTATAAAATCTTA 1558

 28865217 AAGTCTATTTTGTTTGATAATAATATTGCCACACCAACTCTCTTTTGGTTGATCTTTTCA 28865276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 AAGTCTATTTTGTTTGATAATAATATTGCCACACCAACTCTCTTTTGGTTGATCTTTTCA 1618

 28865277 GGAAATATTGTTCTATCTTTTTACTGTCTATCAATTTGTGTTTCAATGCAAAGAATGTCT 28865336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 GGAAATATTGTTCTATCTTTTTACTGTCTATCAATTTGTGTTTCAATGCAAAGAATGTCT 1678

 28865337 CCTGTAGACAGCATATAGTTTGGTTCATGTCTTCTTATCTGTCCTGCCAAACTCTGCCTT 28865396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 CCTGTAGACAGCATATAGTTTGGTTCATGTCTTCTTATCTGTCCTGCCAAACTCTGCCTT 1738

 28865397 TAATTGAATAATCTATTTACATCTAATATAATTACTGATAAGGATAAAATTAATTCCAAA 28865456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 TAATTGAATAATCTATTTACATCTAATATAATTACTGATAAGGATAAAATTAATTCCAAA 1798

 28865457 CTTAATTTGGATAGTATGGAAACCTTTTATTTGTATAGCTACAACTGCATTTTTTGTTGT 28865516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 CTTAATTTGGATAGTATGGAAACCTTTTATTTGTATAGCTACAACTGCATTTTTTGTTGT 1858

 28865517 CATTGTCACAAATTAAATCTTTATACAGCATCCATCAACAGAGATGTATAATTATTGTTT 28865576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 CATTGTCACAAATTAAATCTTTATACAGCATCCATCAACAGAGATGTATAATTATTGTTT 1918

 28865577 TATGCAGTAGCCATATAAGTCAGATTGGAAACAAAAAGAATTACAAATAAGAAATTCATT 28865636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TATGCAGTAGCCATATAAGTCAGATTGGAAACAAAAAGAATTACAAATAAGAAATTCATT 1978

 28865637 AATAGTGACTTTTAGATTCACCTATGGTGTTACCTTAACCAGTGCTCTTTATTTCTTCAT 28865696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 AATAGTGACTTTTAGATTCACCTATGGTGTTACCTTAACCAGTGCTCTTTATTTCTTCAT 2038

 28865697 GCTTTGCATTATTTCTTTCTACAGCTGAATAATAATCCATTGTTTGTATATATCACATTA 28865756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 GCTTTGCATTATTTCTTTCTACAGCTGAATAATAATCCATTGTTTGTATATATCACATTA 2098

 28865757 TATATATCAATTTTTCTGTTTATAGACACGAGTTTTTTCTACATTCTGCCTCTTGTATAT 28865816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 TATATATCAATTTTTCTGTTTATAGACACGAGTTTTTTCTACATTCTGCCTCTTGTATAT 2158

 28865817 AGTGTTACAATAAACATTGGTGTACAAGTGTCTGTTTGAATCTCTTTCCTCAGTTCTTTT 28865876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 AGTGTTACAATAAACATTGGTGTACAAGTGTCTGTTTGAATCTCTTTCCTCAGTTCTTTT 2218

 28865877 TGGAATATACTTAGGAGTAAAATTACTGTATCAAATGGTACCTCGGTCTCTAGTTTTTTG 28865936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 TGGAATATACTTAGGAGTAAAATTACTGTATCAAATGGTACCTCGGTCTCTAGTTTTTTG 2278

 28865937 AAAACCACCAAACTGTTTTCATGGTGGCTGCACCATTTTCCATTCCCACCAACAATGTAG 28865996
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2279 AAAACCACCAAACTGTTTTCATGGTGGCTGCACCATTTTCCGTTCCCACCAACAATGTAG 2338

 28865997 GACAATTCCAAATTTTCTACATCCTTAACAACATTTGTAATTTTTATGTTATTCTTTTAA 28866056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 GACAATTCCAAATTTTCTACATCCTTAACAACATTTGTAATTTTTATGTTATTCTTTTAA 2398

 28866057 ATTATAGACAACCTAGTAGAAGTTAAGTAGACCTTATTGTACTACTGCACTATACTACTA 28866116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 ATTATAGACAACCTAGTAGAAGTTAAGTAGACCTTATTGTACTACTGCACTATACTACTA 2458

 28866117 GTGTATTGCCATTTCCCTAATAACTAATGATATTGAGCATCTTTTCATGTGTTTATTGGC 28866176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 GTGTATTGCCATTTCCCTAATAACTAATGATATTGAGCATCTTTTCATGTGTTTATTGGC 2518

 28866177 CATTCGAATAGCTTCACTGGAGAAATGTCTATTCAAGTACTTTTCCCATGGTTTGAATTT 28866236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 CATTCGAATAGCTTCACTGGAGAAATGTCTATTCAAGTACTTTTCCCATGGTTTGAATTT 2578

 28866237 GATTACTTTCTAATTGAGAAGTAAGAGTTACTTACATAGTAAGCCCTTTTTTGATATATG 28866296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 GATTACTTTCTAATTGAGAAGTAAGAGTTACTTACATAGTAAGCCCTTTTTTGATATATG 2638

 28866297 ATTCACAAGTATTTCCTTGGATTATATAGGTAATATTTTTATTTATTGATAAAGTTATTT 28866356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 ATTCACAAGTATTTCCTTGGATTATATAGGTAATATTTTTATTTATTGATAAAGTTATTT 2698

 28866357 TATGCACAATAATTTTTCATTGATATTGAGTCTAATTTATCTAATTTATCTATTTGTTGT 28866416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 TATGCACAATAATTTTTCATTGATATTGAGTCTAATTTATCTAATTTATCTATTTGTTGT 2758

 28866417 TGTTGTTGCTGCTGAGCATTATTCTGGTGTCTAGAATTTCCACTGACAAATTCAAAGTCA 28866476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 TGTTGTTGCTGCTGAGCATTATTCTGGTGTCTAGAATTTCCACTGACAAATTCAAAGTCA 2818

 28866477 TTCAGATTTATCCCTTTTATATATAGGTCATTAAGCCATTTTGAGATAATTTTTAACATA 28866536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 TTCAGATTTATCCCTTTTATATATAGGTCATTAAGCCATTTTGAGATAATTTTTAACATA 2878

 28866537 TGGTTTGAAGTAAGATTCCAACTTCATCTCTTGCATGTAAAATCCAACCATCCCAGCACC 28866596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 TGGTTTGAAGTAAGATTCCAACTTCATCTCTTGCATGTAAAATCCAACCATCCCAGCACC 2938

 28866597 ATTTATTGAAAGGACTGTTCTTACCCCATTGAATGAACTTAGCAGCATTGTCAAAAATCA 28866656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 ATTTATTGAAAGGACTGTTCTTACCCCATTGAATGAACTTAGCAGCATTGTCAAAAATCA 2998

 28866657 ATTAACAATAGATAATATGAGTTTATTTCTGGACTCTCTTTTGAAATTTTTATTTCTTTA 28866716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 ATTAACAATAGATAATATGAGTTTATTTCTGGACTCTCTTTTGAAATTTTTATTTCTTTA 3058

 28866717 TTGATATTGTCTATTTGATAAGATTATTTTTATGGCTTCATTTAGTTGTTCAAATATGGT 28866776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 TTGATATTGTCTATTTGATAAGATTATTTTTATGGCTTCATTTAGTTGTTCAAATATGGT 3118

 28866777 TTCCTTTAGCTTTTTAAAACATATTTAATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGT 28866836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 TTCCTTTAGCTTTTTAAAACATATTTAATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGT 3178

 28866837 CCAATACTTGGGCTTCCTAACAGAAAGGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTG 28866896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 CCAATACTTGGGCTTCCTAACAGAAAGGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTG 3238

 28866897 CCCATAATTTCTTCTTCCTTTGCATGTTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAA 28866956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 CCCATAATTTCTTCTTCCTTTGCATGTTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAA 3298

 28866957 CTGAACATTTGGGATATAATAATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAA 28867016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 CTGAACATTTGGGATATAATAATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAA 3358

 28867017 GGTTTCTTCCAACAATTGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAA 28867076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 GGTTTCTTCCAACAATTGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAA 3418

 28867077 CAAATGTTATGAAGGCTGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTA 28867136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 CAAATGTTATGAAGGCTGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTA 3478

 28867137 ACTTAATGATCAGCTTGTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAA 28867196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 ACTTAATGATCAGCTTGTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAA 3538

 28867197 CAAAAAACCAAATTCACACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAAT 28867256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 CAAAAAACCAAATTCACACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAAT 3598

 28867257 GAACACTTAGCCAGGTAGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAA 28867316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 GAACACTTAGCCAGGTAGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAA 3658

 28867317 CCTTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCAC 28867376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3659 CCTTAAGGTCAACCAGAGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCTTTCTGAAGCATGTGCAC 3718

 28867377 AGACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAAT 28867436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 AGACTTGGGCATATTTTTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAAT 3778

 28867437 CCTTATTCCCCAAAGCATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATG 28867496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 CCTTATTCCCCAAAGCATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATG 3838

 28867497 TTTGCTTCAACTGTTATCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATG 28867556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 TTTGCTTCAACTGTTATCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATG 3898

 28867557 CTTCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAA 28867616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 CTTCTTCCAAACACTCCTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAA 3958

 28867617 ATAAATGTAAACTCTTAAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAGT 28867676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 ATAAATGTAAACTCTTAAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAGT 4018

 28867677 GTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCT 28867736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 GTCAAAATTCCTTACAAATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCT 4078

 28867737 GGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTA 28867796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 GGGTTGTTAGGGGACAATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTA 4138

 28867797 GGGTTACTTAGAACACCACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTT 28867856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 GGGTTACTTAGAACACCACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTT 4198

 28867857 TGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTC 28867916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4199 TGGTTTTGTTTTATTAAGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTC 4258

 28867917 CAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATT 28867976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 CAAAAAAGTTGATTCTGGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATT 4318

 28867977 TGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCT 28868036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4319 TGCTTACTCCACCACGTTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCT 4378

 28868037 TTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTAT 28868096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 TTAAAATAAGAAAGATGTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTAT 4438

 28868097 TCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTT 28868156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 TCTTTGTGTACATCTGTAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTT 4498

 28868157 AATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGT 28868216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4499 AATATGTCTTATAGTGTAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGT 4558

 28868217 TATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAAT 28868276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4559 TATTATTTGCCTTCAATTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAAT 4618

 28868277 GTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATC 28868336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4619 GTCCTTTCTTATTATTTTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATC 4678

 28868337 TGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAAT 28868396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4679 TGCTGACTTGCCTGTTCCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAAT 4738

 28868397 TTTTTATCCATTTTATGGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTT 28868456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4739 TTTTTATCCATTTTATGGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTT 4798

 28868457 GTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACAT 28868516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4799 GTAATCAGGGTTCATTATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACAT 4858

 28868517 TTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGT 28868576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4859 TTTTTCAGCTTTTTTTTCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGT 4918

 28868577 ACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACT 28868636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4919 ACTCCAAATTCATGTAGACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACT 4978

 28868637 TTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTA 28868696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4979 TTAAGATGGGTTTATTCGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTA 5038

 28868697 CGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATT 28868756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5039 CGATGGTTAGACTTAAAATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATT 5098

 28868757 TTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATA 28868816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5099 TTCCAGTTGCAATGAGTTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATA 5158

 28868817 TTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCAT 28868876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5159 TTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCAT 5218

 28868877 TTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATT 28868936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5219 TTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATT 5278

 28868937 CACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATC 28868996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5279 CACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATC 5338

 28868997 TTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTAC 28869056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5339 TTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTAC 5398

 28869057 TTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTA 28869116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5399 TTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTA 5458

 28869117 ATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTT 28869176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5459 ATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTT 5518

 28869177 GGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGAT 28869236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5519 GGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGAT 5578

 28869237 ACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAAT 28869296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5579 ACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAAT 5638

 28869297 TGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTG 28869356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5639 TGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTG 5698

 28869357 TTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAA 28869416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5699 TTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAA 5758

 28869417 TTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATC 28869476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5759 TTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATC 5818

 28869477 TCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATT 28869536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5819 TCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATT 5878

 28869537 TTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAAT 28869596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5879 TTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAAT 5938

 28869597 AGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAA 28869656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5939 AGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAA 5998

 28869657 GAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGT 28869716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5999 GAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGT 6058

 28869717 ATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTT 28869776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6059 ATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTT 6118

 28869777 TTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAA 28869836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6119 TTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAA 6178

 28869837 CTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACAT 28869896
          ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6179 CTTCTC--TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACAT 6236

 28869897 TATTTTATTTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTA 28869956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6237 TATTTTATTTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTA 6296

 28869957 GTTTGCCTGAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAAC 28870016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6297 GTTTGCCTGAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAAC 6356

 28870017 ACATTGAAGACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAAC 28870076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6357 ACATTGAAGACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAAC 6416

 28870077 AGAGACAGGTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTT 28870136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6417 AGAGACAGGTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTT 6476

 28870137 TAAATATGAACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTC 28870196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6477 TAAATATGAACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTC 6536

 28870197 CTCTGTGGCTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAA 28870256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6537 CTCTGTGGCTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAA 6596

 28870257 ACTCTCATCCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGG 28870316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6597 ACTCTCATCCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGG 6656

 28870317 TACCATGATTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAAC 28870376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6657 TACCATGATTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAAC 6716

 28870377 TCTATGTGCTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAA 28870436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6717 TCTATGTGCTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAA 6776

 28870437 TGGCTGGGTGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGA 28870496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6777 TGGCTGGGTGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGA 6836

 28870497 AGTGGGTTCACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGA 28870556
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6837 AGTGGGTTAACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGA 6896

 28870557 AGGGCTCCACATGGGGTTTTAGGCCCACAAG 28870587
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     6897 AGGGCTCCACATGGGGTTTTAGGCCCACAAG 6927

Alignment time is 5.37026 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    2232] =>      2232 nucs 'mol-32-3306-044387_2232'

Score:        2199
Aligned:      2232        nucs
Identic:      2229 (100%) nucs =>      1034 (100%)      1195 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28868809,28869842] EXCISED REGION [28869845,28871042]
 second seq =>  [       1,    1034] EXCISED REGION [    1035,    2232]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [28869843,28869844]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        21 nucs [28869843,28869863] to [28869845,28869865]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [28869843,28869843] to [28869844,28869844]
 second seq =>         0 nucs

 28868809 TTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAAT 28868868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTGTATATTAGGTTGCTTGACGTTGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAAT 60

 28868869 CTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTC 28868928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTGTTCATTTTCTAAAGATTATTTTTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTC 120

 28868929 TTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGT 28868988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCAGATTCACTAATATTTTCTTCTGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGT 180

 28868989 TTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAAT 28869048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTTTTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAAT 240

 28869049 TTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTT 28869108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGACTACTTAATATTTGAAATATAGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTT 300

 28869109 CTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTA 28869168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTGTTAATCCTAACATCTATTTCAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTA 360

 28869169 GTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTG 28869228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCCAAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTG 420

 28869229 AGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATA 28869288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTGTCTCTGCAGCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATA 480

 28869289 ATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAG 28869348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCATAGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAG 540

 28869349 CTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATAC 28869408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTATAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATAC 600

 28869409 AGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAAT 28869468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGTTAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAAT 660

 28869469 TGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACT 28869528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCTCCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACT 720

 28869529 AGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTT 28869588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATCTTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTT 780

 28869589 AATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAG 28869648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAAAACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAG 840

 28869649 AAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGA 28869708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGAGAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGA 900

 28869709 AAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATT 28869768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGTGTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATT 960

 28869769 TCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGT 28869828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAAGAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGT 1020

 28869829 ATAGTGAACTTCTC 28869842
          ||||||||||||||
     1021 ATAGTGAACTTCTC 1034

EXCISED REGION

 28869845 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTAT 28869904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1035 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTAT 1094

 28869905 TTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCT 28869964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1095 TTGGAAATTAAAGCTAAAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCT 1154

 28869965 GAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAA 28870024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1155 GAGGTTGCAAAAGGGTCTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAA 1214

 28870025 GACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAG 28870084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1215 GACACAGATCATAGCACTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAG 1274

 28870085 GTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATATG 28870144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1275 GTGCTACTCATCCTTACACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTATTTATTTTTTAAATATG 1334

 28870145 AACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTGG 28870204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1335 AACATGTGTCACAATTTCCTGTCACGAGAGAGGCAGCCCTCTTGACACTTTCCTCTGTGG 1394

 28870205 CTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCAT 28870264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1395 CTCCATTAGCTGCTTCCATCTCACCACTAAGGATGTGGAAGGAGCCATGGAAACTCTCAT 1454

 28870265 CCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATGA 28870324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1455 CCTGGAGCCCACAGGTCCCTTCCTAGGCCTGGCTCACTGTAAAGTATGGGGGTACCATGA 1514

 28870325 TTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGTG 28870384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1515 TTACAAAAGGGGTGTGCTTCTGAGGCCAGGTAGATTTGGTGCCTTCTAGAACTCTATGTG 1574

 28870385 CTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGGG 28870444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1575 CTCTCACACAGGTGATGAGATACCTGCTGCTTTTCAGAGAACTTGATTGCAATGGCTGGG 1634

 28870445 TGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGTT 28870504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1635 TGGGAGAGGTATGAACAGAGATGGGTTCGCCCTGGGGGAGAGAATGGACAGAAGTGGGTT 1694

 28870505 CACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTCC 28870564
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1695 AACCCAAGGACCAAGATGGGCTGGCCCCAGAAGAGTGCAGACAGATAAGAGAAGGGCTCC 1754

 28870565 ACATGGGGTTTTAGGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCAC 28870624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1755 ACATGGGGTTTTAGGCCCACAAGGTCTCATGACCTGCCAGGGCCTGGGGCCAGGGACCAC 1814

 28870625 TAGGGCTCATGTCCAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCTA 28870684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1815 TAGGGCTCATGTCCAACTGTGCAGCTGCTCCTGGGGGCCCTTGGCCATTGGCAACCCCTA 1874

 28870685 AGCCACCTCCCCATGATGTGTGGCCTACCCCCCATCCTTTATTTCTTTCTTTTCTCCCAC 28870744
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1875 AGCCACCTCCCCATGATGCGTGGCCTACCCCCCATCCTTTCTTTCTTTCTTTTCTCCCAC 1934

 28870745 CACCACAAATTTGCAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAATC 28870804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1935 CACCACAAATTTGCAGTGGAGCTTCCTATATTTGGGAAAATGGCAGGGGTCAGCACAATC 1994

 28870805 AGAGGGCTAATCCTCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGCT 28870864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1995 AGAGGGCTAATCCTCGTCCTGGGAAAACCATGGTATCTCCCCTGCCAGGCAAATATTGCT 2054

 28870865 CACTCTTAACTGTCATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGTG 28870924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2055 CACTCTTAACTGTCATGGTACACGCAGCAGCCAGGCAGCTGACATAAAGCCACTCTGGTG 2114

 28870925 TCTGCGTCCTCTTGGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAGC 28870984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2115 TCTGCGTCCTCTTGGGGTCTTAGGATTCTCACAGGAACTCACTCTAGCCAAAGTTTTAGC 2174

 28870985 ACAACATTTCAGAAGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTT 28871042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2175 ACAACATTTCAGAAGCGGCTATTTTCTGGCCTGGCAGATATGATCCGTGCAGTGTTTT 2232

Alignment time is 1.78662 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    2029] =>      2029 nucs 'mol-32-3327-021236_2029'

Score:        1986
Aligned:      2019        nucs
Identic:      2016 (100%) nucs =>        26 (100%)      1990 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28872064,28872089] EXCISED REGION [28872091,28874083]
 second seq =>  [       1,      26] EXCISED REGION [      28,    2019]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [28872090,28872090]
 second seq =>         1 nucs [27,27]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [28874050,28874050]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [26,26] to [27,27]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 28872064 ACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTC 28872089
          ||||||||||||||||||||||||||
        1 ACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTC 26

EXCISED REGION

 28872091 ACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTCGTGT 28872150
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
       28 ACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGT 87

 28872151 GAGATGATACTTTGAATGAAGTAATTGGATTTGCCAAGAGAATGCTTTAAAATTTAATCT 28872210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       88 GAGATGATACTTTGAATGAAGTAATTGGATTTGCCAAGAGAATGCTTTAAAATTTAATCT 147

 28872211 TCTGTAAGAGCCCTTTAGTAGAGAAATATGGTGCAGATGAGGCAAACACTCTGCAATAGT 28872270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      148 TCTGTAAGAGCCCTTTAGTAGAGAAATATGGTGCAGATGAGGCAAACACTCTGCAATAGT 207

 28872271 TCTCATAGTAACCCAGGCACATTTCTTCCAGTAAATTGTTACTCTGGTCCTCATCATTTT 28872330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      208 TCTCATAGTAACCCAGGCACATTTCTTCCAGTAAATTGTTACTCTGGTCCTCATCATTTT 267

 28872331 GGCTTCTGTGACCTTACAAATATCCCTAGATGTGCTTTTTGCTATTTGTTTTATTTTACA 28872390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      268 GGCTTCTGTGACCTTACAAATATCCCTAGATGTGCTTTTTGCTATTTGTTTTATTTTACA 327

 28872391 AATTTGAAAAATAATATAAATATCTATGGCTAACTCTTTTTTGTTACTTTATTAAGGAGA 28872450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      328 AATTTGAAAAATAATATAAATATCTATGGCTAACTCTTTTTTGTTACTTTATTAAGGAGA 387

 28872451 ATTACAAGATTGCATATGAAAATAACTGATGAATAAGATGTCTCATTCAAGGGCATATAA 28872510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      388 ATTACAAGATTGCATATGAAAATAACTGATGAATAAGATGTCTCATTCAAGGGCATATAA 447

 28872511 CAACTTTGTGTAACACTGATTATGGTTAATTTTCACTGATAACTTGCTTTTATATTTAAT 28872570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      448 CAACTTTGTGTAACACTGATTATGGTTAATTTTCACTGATAACTTGCTTTTATATTTAAT 507

 28872571 GTGACTAAATTATGCAATGTGACTTTTTGAATATCATTTTAAGCACCTTTGAATTAATAG 28872630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      508 GTGACTAAATTATGCAATGTGACTTTTTGAATATCATTTTAAGCACCTTTGAATTAATAG 567

 28872631 ACCTATATTATCTATGAGTTTCCTGAGCCTTAAATTTTAAGAACATGCATAAAAATTCTA 28872690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      568 ACCTATATTATCTATGAGTTTCCTGAGCCTTAAATTTTAAGAACATGCATAAAAATTCTA 627

 28872691 TCAATAATTTTTAGCATCCCTAACTTTTAATTTTTTCTCAAAGAAAATGCATGTATACTT 28872750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      628 TCAATAATTTTTAGCATCCCTAACTTTTAATTTTTTCTCAAAGAAAATGCATGTATACTT 687

 28872751 TGACCTCTGCTCTGTGGTGTGTTGCATCAGCTTCTTTCATTGTTATTCCCCAAGTGCCTG 28872810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      688 TGACCTCTGCTCTGTGGTGTGTTGCATCAGCTTCTTTCATTGTTATTCCCCAAGTGCCTG 747

 28872811 ATTGATCATGCCCAAATGGCAGCAGGTCAGTTAGCTGCAGCTGGAAGTCAGTAGATTGAT 28872870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      748 ATTGATCATGCCCAAATGGCAGCAGGTCAGTTAGCTGCAGCTGGAAGTCAGTAGATTGAT 807

 28872871 TCTCATCTCCCACTCCAATATTCTCTGACCTTGACTCATTTAATTATAGGTTATTGGAAT 28872930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      808 TCTCATCTCCCACTCCAATATTCTCTGACCTTGACTCATTTAATTATAGGTTATTGGAAT 867

 28872931 ACAAAGTTGACAGAATTATTTGCTGTAAATTAAATGTAGAGAGATTATATGTAGAAAAAT 28872990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      868 ACAAAGTTGACAGAATTATTTGCTGTAAATTAAATGTAGAGAGATTATATGTAGAAAAAT 927

 28872991 AGAATTAAAAAGACAATTGGCAAATTTCTATATGATTTCTATAAAATCAACTTAAAGTAA 28873050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      928 AGAATTAAAAAGACAATTGGCAAATTTCTATATGATTTCTATAAAATCAACTTAAAGTAA 987

 28873051 TGTTTGCTCCAATTAAGTCCACAAACTCTGTTATCTCTTTTCATGTCTCTATTTACCCCT 28873110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      988 TGTTTGCTCCAATTAAGTCCACAAACTCTGTTATCTCTTTTCATGTCTCTATTTACCCCT 1047

 28873111 CCTTAGTTAAATAAAATGAAGTACCTATTAGAACAATGTGTGTAGGGTTCGCGATATTAT 28873170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1048 CCTTAGTTAAATAAAATGAAGTACCTATTAGAACAATGTGTGTAGGGTTCGCGATATTAT 1107

 28873171 CAGTGATAAACAGTTTATGGTAAAAACAATGTGCAACTTTGATCTACTAATACAAGTCAT 28873230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1108 CAGTGATAAACAGTTTATGGTAAAAACAATGTGCAACTTTGATCTACTAATACAAGTCAT 1167

 28873231 TCATTTATTCATTCATTCATTCAATATGTTTTTAGGCTCTGATATGTACAAGATCCTGTG 28873290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1168 TCATTTATTCATTCATTCATTCAATATGTTTTTAGGCTCTGATATGTACAAGATCCTGTG 1227

 28873291 CTTGACATTAGATATATATCATGCTGAACAAATTATATACAAACTCTGCCCTCAAAGTGG 28873350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1228 CTTGACATTAGATATATATCATGCTGAACAAATTATATACAAACTCTGCCCTCAAAGTGG 1287

 28873351 CTCTAATCCAGTGAAAAAACACAATTGCATGTTTTCAAATTGTTTATTTAGTTATCCATA 28873410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1288 CTCTAATCCAGTGAAAAAACACAATTGCATGTTTTCAAATTGTTTATTTAGTTATCCATA 1347

 28873411 AAGATATTTCTATTGTCTTTTAGGAGGCTTTCTGCCATAGTCTCATTGACGGAACCATCT 28873470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1348 AAGATATTTCTATTGTCTTTTAGGAGGCTTTCTGCCATAGTCTCATTGACGGAACCATCT 1407

 28873471 GCACTCACTTGTTCGGTGTTTCCTGTCACATCATGGCCAGAGCTCAGATTTTTCCTTGTT 28873530
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1408 GCACTCACTTGTTCGGTGTTTCCTGTCATATCATGGCCAGAGCTCAGATTTTTCCTTGTT 1467

 28873531 GAGCCTTATTAGCCTATGTAGGAGTTAAAAGCAAGTCTAACTAAAAATTTTCACAAAAAT 28873590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1468 GAGCCTTATTAGCCTATGTAGGAGTTAAAAGCAAGTCTAACTAAAAATTTTCACAAAAAT 1527

 28873591 GCCTTAATTTTGCTTCCTGAATTCATTAAAGGTTCAGAGTTCCTGTGGCTTCCTGAATCC 28873650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1528 GCCTTAATTTTGCTTCCTGAATTCATTAAAGGTTCAGAGTTCCTGTGGCTTCCTGAATCC 1587

 28873651 AATAAAAGTTCAGAAATTTCTGTACTTCAGGATATTTCAGCAGTGTCTGCTTAGTCCTTT 28873710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1588 AATAAAAGTTCAGAAATTTCTGTACTTCAGGATATTTCAGCAGTGTCTGCTTAGTCCTTT 1647

 28873711 CTGCAAATCTAGTTTGTTTTTTCCCAATTCTCTGGCATATCAGAACACAGTATTTCACAC 28873770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1648 CTGCAAATCTAGTTTGTTTTTTCCCAATTCTCTGGCATATCAGAACACAGTATTTCACAC 1707

 28873771 AAATTGCCTAGAAATATATTTGCAATTTAAAATTCCAGACAGGCAGGCTTTGTTTACTTT 28873830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1708 AAATTGCCTAGAAATATATTTGCAATTTAAAATTCCAGACAGGCAGGCTTTGTTTACTTT 1767

 28873831 AACCATTGTTAGGAAATTGTTTTAAAATATAGACTTTTCTTCCTCCTTAAATGGTATACA 28873890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1768 AACCATTGTTAGGAAATTGTTTTAAAATATAGACTTTTCTTCCTCCTTAAATGGTATACA 1827

 28873891 CAAGGTTTTTTTCTTGTTGACTCAGAATGTGAACTTTACTTAGTGTTTTAAAATATATAA 28873950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1828 CAAGGTTTTTTTCTTGTTGACTCAGAATGTGAACTTTACTTAGTGTTTTAAAATATATAA 1887

 28873951 TACCACATACTTTATTTTTATATTCTCAGTGATTATTTTTTTACCCATCTCTATCTTCTC 28874010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1888 TACCACATACTTTATTTTTATATTCTCAGTGATTATTTTTTTACCCATCTCTATCTTCTC 1947

 28874011 TCTGTCTTTCTAGTTTGCTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGGTCTGTC 28874070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
     1948 TCTGTCTTTCTAGTTTGCTGACTTTTTTTTTTTTTTTTT-AGACAGAGTCTCGGTCTGTC 2006

 28874071 GCCCAGGCTGGAG 28874083
          |||||||||||||
     2007 GCCCAGGCTGGAG 2019

Alignment time is 1.6204 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [28859843,28882160] =>     22318 nucs '14 dna:chromosome chromosome:GRCh37:14:1:107349540:1'
Second seq [       1,    3574] =>      3574 nucs 'mol-32-3487-045160_3574'

Score:        3563
Aligned:      3574        nucs
Identic:      3573 (100%) nucs =>      2707 (100%)       866 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [28866553,28869259] EXCISED REGION [28869261,28870127]
 second seq =>  [       1,    2707] EXCISED REGION [    2709,    3574]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [28869260,28869260]
 second seq =>         1 nucs [2708,2708]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [28869843,28869843]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2708,2708] to [2709,2709]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [28869258,28869259] to [28869261,28869262]
 second seq =>         2 nucs [2706,2707] to [2709,2710]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 28866553 TCCAACTTCATCTCTTGCATGTAAAATCCAACCATCCCAGCACCATTTATTGAAAGGACT 28866612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCAACTTCATCTCTTGCATGTAAAATCCAACCATCCCAGCACCATTTATTGAAAGGACT 60

 28866613 GTTCTTACCCCATTGAATGAACTTAGCAGCATTGTCAAAAATCAATTAACAATAGATAAT 28866672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTTCTTACCCCATTGAATGAACTTAGCAGCATTGTCAAAAATCAATTAACAATAGATAAT 120

 28866673 ATGAGTTTATTTCTGGACTCTCTTTTGAAATTTTTATTTCTTTATTGATATTGTCTATTT 28866732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGAGTTTATTTCTGGACTCTCTTTTGAAATTTTTATTTCTTTATTGATATTGTCTATTT 180

 28866733 GATAAGATTATTTTTATGGCTTCATTTAGTTGTTCAAATATGGTTTCCTTTAGCTTTTTA 28866792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GATAAGATTATTTTTATGGCTTCATTTAGTTGTTCAAATATGGTTTCCTTTAGCTTTTTA 240

 28866793 AAACATATTTAATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGTCCAATACTTGGGCTTC 28866852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAACATATTTAATATACTTGATTTAAAATCTTTGCCTAAAAAGTCCAATACTTGGGCTTC 300

 28866853 CTAACAGAAAGGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTGCCCATAATTTCTTCTT 28866912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTAACAGAAAGGTTCTATTAATTGCTTTTCTTCCTTGTGTACTGCCCATAATTTCTTCTT 360

 28866913 CCTTTGCATGTTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAACTGAACATTTGGGATA 28866972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTTTGCATGTTTTCTTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTTGAAAACTGAACATTTGGGATA 420

 28866973 TAATAATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAAGGTTTCTTCCAACAAT 28867032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAATAATGTGGACACTCCCAAATTAAGATTCCCTTCTGTCCCAAGGTTTCTTCCAACAAT 480

 28867033 TGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACAAATGTTATGAAGGC 28867092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTTTTATTTTTTGCTACTTGTTTATTCAGAGACATTTCATGAACAAATGTTATGAAGGC 540

 28867093 TGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAACTTAATGATCAGCTT 28867152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGTATTCTTTATTTTATGTATTCACTGAACTATCTGTTATTTTAACTTAATGATCAGCTT 600

 28867153 GTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACAAAAAACCAAATTCA 28867212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTTATTGGACAGAAATTTTCCTGAATGCCTGAAGTCAAAACAAACAAAAAACCAAATTCA 660

 28867213 CACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGAACACTTAGCCAGGT 28867272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CACTCTCTGTAAACTACTTCTCTGTATGTATTGGGACACACAATGAACACTTAGCCAGGT 720

 28867273 AGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACCTTAAGGTCAACCAG 28867332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGTTCACAACTCTGTTTTAGCCTTTACTTTCTGCTTGTGTGAAACCTTAAGGTCAACCAG 780

 28867333 AGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCACAGACTTGGGCATATTT 28867392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGTTGAGATCAAGACCTTCTAAGATCCTTCTGAAGCATGTGCACAGACTTGGGCATATTT 840

 28867393 TTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCCTTATTCCCCAAAGC 28867452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGGCCTTCTCAATTCCCAGAAATGTCTTAGATCTTTTCAAAATCCTTATTCCCCAAAGC 900

 28867453 ATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTTTGCTTCAACTGTTA 28867512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATCCCATTTACCAGTCTTTCTCCTAAGCTTTTGGTTAATCTATGTTTGCTTCAACTGTTA 960

 28867513 TCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCTTCTTCCAAACACTC 28867572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCCATTGACCCCGGCAACAATGAATATATGTTTACCTATAAATGCTTCTTCCAAACACTC 1020

 28867573 CTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAATAAATGTAAACTCTT 28867632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTTGGTAGCTGACTCAGCATCAAGAGAGTTCCAAGTAAGGAAAAATAAATGTAAACTCTT 1080

 28867633 AAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAGTGTCAAAATTCCTTACA 28867692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAACTGATCCTACAGGGACCAGGTAGATAAAAAAAAAAAAAAGTGTCAAAATTCCTTACA 1140

 28867693 AATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACA 28867752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AATTAAATCTGGCATGTTTTTCCCAGTACTTTTATCAAGAATCTGGGTTGTTAGGGGACA 1200

 28867753 ATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACAC 28867812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATCTTCAGGGCCACTGCTGAGTGGGGAAGAGGTGCACGGGACTAGGGTTACTTAGAACAC 1260

 28867813 CACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTA 28867872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CACAGATCTCACTGTTCTTTCTGATATACAGCTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTATTA 1320

 28867873 AGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCT 28867932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGTATTCCATGATTGCTTCAGGCTTTGGTCCTTTTCCAGAGCTCCAAAAAAGTTGATTCT 1380

 28867933 GGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACG 28867992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGCAACTTTCTGCTTGCTTTTATGGAGTAACAGACTTTTGAATTTGCTTACTCCACCACG 1440

 28867993 TTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGAT 28868052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTGCTGATGTCACTCTGAACAGTCAACTATTTTTTAAAGAGCTTTAAAATAAGAAAGAT 1500

 28868053 GTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTG 28868112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTCTTGTAATTATTCATGTGATTAGCATTTTTGGGGTTCTTTATTCTTTGTGTACATCTG 1560

 28868113 TAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTG 28868172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAGTTTCATTAGAATCATTTTTCTTTTAGCTTTATAAACGCCTTAATATGTCTTATAGTG 1620

 28868173 TAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAA 28868232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TAATCTTTGCTCAATAAATTCGTGAATCTTTTGTCTAACAAAGTTATTATTTGCCTTCAA 1680

 28868233 TTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATT 28868292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTTGAAATGTTTTTAGCTGAGTAAAAAACTCTAAGTTGGCAATGTCCTTTCTTATTATT 1740

 28868293 TTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTT 28868352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTAAAGATGTTGCTTGACTATACCATTATTTTCAATGAAACATCTGCTGACTTGCCTGTT 1800

 28868353 CCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTAT 28868412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCTTTTTATTAACATGCATTTTTTCTCTGTATATTTTTAAGAATTTTTTATCCATTTTAT 1860

 28868413 GGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATT 28868472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGGTATATTAGTTATGACTTGATTTAGTTTACATCATTTTTCTTGTAATCAGGGTTCATT 1920

 28868473 ATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTT 28868532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ATTATTCTTAGAACTAAAGGTATAATTTTTGTCAAATTTGACATTTTTTCAGCTTTTTTT 1980

 28868533 TCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTA 28868592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TCAAATATTTTTCTATCACCCCAGCTTTTTTCTCTTCATTTAGTACTCCAAATTCATGTA 2040

 28868593 GACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATT 28868652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GACAGTTCCCAACTTATTATAGTTCTATTTAAGATTTTTCAACTTTAAGATGGGTTTATT 2100

 28868653 CGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAA 28868712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CGGATGTAACCTCTTCATAAGTTCAGGCACTTCTGTGTTTATTACGATGGTTAGACTTAA 2160

 28868713 AATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAG 28868772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AATTTCTTGACTTTAAGATGGATTATCAGGGTATTAAATGCATTTTCCAGTTGCAATGAG 2220

 28868773 TTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGT 28868832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTTATCAGGACATAGCCCCATCATAAGTCAAGGACCTTTGTATATTAGGTTGCTTGACGT 2280

 28868833 TGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTT 28868892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGCCCCTCAGCTCAACATTTTTAATATTTTTTCAATCTGTTCATTTTCTAAAGATTATTT 2340

 28868893 TTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTC 28868952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTGGTCTTTAGTTTTGTTAGTTTCTATTGCTATGTCTTCAGATTCACTAATATTTTCTTC 2400

 28868953 TGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTT 28869012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGCCCTGTCTAATCTTCTATTATTTATCTACTATGTTTTTTATCTTGGACTTTGAAGTTT 2460

 28869013 TTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATAT 28869072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTGTCTTTAGAATTTGATCTGTCTATATTTTACAATTTGACTACTTAATATTTGAAATAT 2520

 28869073 AGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTT 28869132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AGAAGATGTAGACATAATATATATGTTGATCATCTTCTTTGTTAATCCTAACATCTATTT 2580

 28869133 CAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCC 28869192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CAGTTCTTTTTTGATTTATCAACGTTTTCTCTTCTAGTCTTTTTGGAAGATTCTTTTCCC 2640

 28869193 AAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTG 28869252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AAGCTCAGTACTGATCAATATTCAGTTGAATATTTGAGGAGGATACTTCAGAGTCCTCTG 2700

 28869253 TCTCTGC 28869259
          |||||||
     2701 TCTCTGC 2707

EXCISED REGION

 28869261 GCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCAT 28869320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2709 GCTCTCTCCTACTTGGTATTCCCTAATAATTCTAATTGCATTGGTATTCCCAGGCTCCAT 2768

 28869321 AGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTA 28869380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2769 AGTCCATCTTCTCAATTTAAGGAGTAAGCTGGGGTGTTATGTATCCCTTTCCTTGTGCTA 2828

 28869381 TAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGT 28869440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2829 TAGAGAGAAATTCTTTCAGGCAGTATACAGAAAAAATTTGAGGGATAATATCATTTTTGT 2888

 28869441 TAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCT 28869500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2889 TAGACCCTCAGGAATAGCTGTCATTAATTGCCTATCTCCAGTGTGTTGAAAAAACTGTCT 2948

 28869501 CCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATC 28869560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2949 CCTGTCCAGTTTTTTCATTAGTTTGACTAGGGCATTTTGCTTATTTCCTGTTAGTCCATC 3008

 28869561 TTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAA 28869620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3009 TTGGCTAGAAGCATAATTGGCAACTTTTAATGTAATAGCTAAATTATATACTAGCAAGAA 3068

 28869621 AACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGA 28869680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3069 AACAATCTTTTAATGTGCTACAAAGTAGAAAATTAAGAAATATATGATTAAATATTCAGA 3128

 28869681 GAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGT 28869740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3129 GAAGAAAGTGGAAAAAGATAAAGATAGAAAGGAAGTATATTAAAAGATTATAATTGTAGT 3188

 28869741 GTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAA 28869800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3189 GTTTAAGTAGCCTGTTTATTGTAACATTTCCCTTTTTTTCTCTTTCCAAATTTTCTCCAA 3248

 28869801 GAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAACTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTT 28869860
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     3249 GAAGCAGGTGTAAGTAAATTGTATGTGTATAGTGAACTTCTC-TTTTTTTTTTTTTTTTT 3307

 28869861 TTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTATTTGGAAATTAAAGCTA 28869920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3308 TTTTTCTGAAAATAAATGTAGAATGGGTTTTGACATTATTTTATTTGGAAATTAAAGCTA 3367

 28869921 AAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCTGAGGTTGCAAAAGGGT 28869980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3368 AAACAGAACCCAAATCTCCTGACTTCCATTACAGTAGTTTGCCTGAGGTTGCAAAAGGGT 3427

 28869981 CTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAAGACACAGATCATAGCA 28870040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3428 CTAATAAGGAAGATCTGTACTACGCTTTTTGACAACACATTGAAGACACAGATCATAGCA 3487

 28870041 CTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAGGTGCTACTCATCCTTA 28870100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3488 CTATGGCTCAAGATTATAATACCAAATATACGCAACAGAGACAGGTGCTACTCATCCTTA 3547

 28870101 CACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTA 28870127
          |||||||||||||||||||||||||||
     3548 CACTTCTCCTGCTCTTTCTTTTATTTA 3574

Alignment time is 3.33807 s

