
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    9382] =>      9382 nucs 'mol-32-287f-030115_9382'

Score:        8847
Aligned:      9564        nucs
Identic:      9354 ( 98%) nucs =>      9141 ( 98%)       213 (100%)
Gaps:          183 (  2%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85927351,85936700] EXCISED REGION [85937632,85937844]
 second seq =>  [       1,    9169] EXCISED REGION [    9170,    9382]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85927351 ATGAGAGATGGTTCTGCACTCTCAAACATCCCATTCTTCACCATTTTCCCTTCTCCATTG 85927410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGAGAGATGGTTCTGCACTCTCAAACATCCCATTCTTCACCATTTTCCCTTCTCCATTG 60

 85927411 TTTCTCTCCTCTGCTAGCAGTATATGAAGAGCCCACTATAAGATACTGATTTATAACAAT 85927470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTCTCTCCTCTGCTAGCAGTATATGAAGAGCCCACTATAAGATACTGATTTATAACAAT 120

 85927471 AATTATAAACTAATAAATTTAGTTATCTCAAGGTAAAAATAAGATATGATTTAATGTGCT 85927530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATTATAAACTAATAAATTTAGTTATCTCAAGGTAAAAATAAGATATGATTTAATGTGCT 180

 85927531 AATTAGGGGTAAGGCATTAGTGTTAGTAAGAAGAGGGAATACATTTGTGTTGAAAGATAT 85927590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATTAGGGGTAAGGCATTAGTGTTAGTAAGAAGAGGGAATACATTTGTGTTGAAAGATAT 240

 85927591 TCAGATTATACTTGAAGCCAGTTAGGAGTGTTAAGAAAAATCCTGGGTGTCTAATGTAAA 85927650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCAGATTATACTTGAAGCCAGTTAGGAGTGTTAAGAAAAATCCTGGGTGTCTAATGTAAA 300

 85927651 ATACATAAATCAAAGGTACTGGATAAATACTGTGGTTACAAAAACAAACAAAAATACCAA 85927710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATACATAAATCAAAGGTACTGGATAAATACTGTGGTTACAAAAACAAACAAAAATACCAA 360

 85927711 ACGATCAAGTAATTTATTATGAAGAAATAGGCCAGGGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCTC 85927770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACGATCAAGTAATTTATTATGAAGAAATAGGCCAGGGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCTC 420

 85927771 AGCACTTTGGGAAGCTGAGGCTGGTGGATCACTTGAGTTCAGATGTTCAAGCCCAACCTG 85927830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGCACTTTGGGAAGCTGAGGCTGGTGGATCACTTGAGTTCAGATGTTCAAGCCCAACCTG 480

 85927831 GACAACATGGTAAAACCCCACCTCTAAAAGATATACAAAAAGAACTAACAAATAACCAGG 85927890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GACAACATGGTAAAACCCCACCTCTAAAAGATATACAAAAAGAACTAACAAATAACCAGG 540

 85927891 CATGGTGCTGCACTCTTGTAGTCGCAGCTACTTGGGAGGCCCACGAATTCGAGGCTGCGG 85927950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      541 CATGGTGCTGCACTCTTGTAGTCGCAGCTACTTGGGAGGCCCACGAATTCAAGGCTGCGG 600

 85927951 TGAGCTATAATCGTGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGAAGAAGTCCCTGCACTCCC 85928010
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      601 TGAGCTATAATCGTGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGTGACAGAAGAAGACCCTGCACTCCC 660

 85928011 AGCCCCCACAGAAAGAAGTAAAATATGGTTAGATGACACATTTCTCAAGAAGCAATGCTA 85928070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGCCCCCACAGAAAGAAGTAAAATATGGTTAGATGACACATTTCTCAAGAAGCAATGCTA 720

 85928071 CTGAAATTTCAAATTGCACAATTCAGAAAATATCTGGGGCCAAGATGGCTGTCTCTATGC 85928130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGAAATTTCAAATTGCACAATTCAGAAAATATCTGGGGCCAAGATGGCTGTCTCTATGC 780

 85928131 AGCCAGGTGGAACAGCTGCCATGGAAGGACCAGGATGACTGGCGGCACTTCTAACAGATC 85928190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGCCAGGTGGAACAGCTGCCATGGAAGGACCAGGATGACTGGCGGCACTTCTAACAGATC 840

 85928191 TTCAGATGGAAAGCACTGAGAGTGGACAGAGGGAAGATACAGAAGCTGGGTGAAGGAGGA 85928250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTCAGATGGAAAGCACTGAGAGTGGACAGAGGGAAGATACAGAAGCTGGGTGAAGGAGGA 900

 85928251 GGAAGTCGGGAGCCCTGGACGGGGCTACTGTGCACTGGTACTCATTGCTGGCTCCCAATA 85928310
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
      901 GGAAGTCGGGAGCCCTGGACGGGGCTACTGTGCACTGGTACTCATTGCTGGCTCCCAGTA 960

 85928311 ATTCCTGGAGAACTGGCAAAGAACAACCTACTTACACCTCTGCACTCTGGAACCCTGGAA 85928370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATTCCTGGAGAACTGGCAAAGAACAACCTACTTACACCTCTGCACTCTGGAACCCTGGAA 1020

 85928371 GGAGGAGACCCCTTGACCACCAGAGATAATTGAGTTGGCAGGGAGAGCTCCTTAGACAAG 85928430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGAGGAGACCCCTTGACCACCAGAGATAATTGAGTTGGCAGGGAGAGCTCCTTAGACAAG 1080

 85928431 TAGTAGGGGCAGCTGACCAGCTGTTGAAGAGCGAGGAGGGTTTGCCATGGGAGCATCCCT 85928490
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1081 TAGTAGGGGCAGCTGACCAGCTGTTGAAGAGCGAGGAGGGTTTGCCATGGGGGCATCCCT 1140

 85928491 ACTGGAGCATGGCCGAGGACATCCATCCCCCTTGGCTTGACTGGTTCCCATAGGAGAATT 85928550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACTGGAGCATGGCCGAGGACATCCATCCCCCTTGGCTTGACTGGTTCCCATAGGAGAATT 1200

 85928551 TAGCTCTAGGGGAACTATTGGACTGAACTGTGCAGAGCAGCCTTGCCCCTCAGGGGCCAG 85928610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1201 TAGCTCTAGGGGAACTATTGGACTGAACTGTGCAGAGCGGCCTTGCCCCTCAGGGGCCAG 1260

 85928611 TCCAACCTGAGCAGCCTTGGTCTGTGGGTCTCTCCTGGGGCCACAGCCTGGCTGAACCTG 85928670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCCAACCTGAGCAGCCTTGGTCTGTGGGTCTCTCCTGGGGCCACAGCCTGGCTGAACCTG 1320

 85928671 CTTGCAGTGCAGCCTCAGGTTCCCTGGGGACCTGCATCATAGCTTCTTTGCTAGAAGACA 85928730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTTGCAGTGCAGCCTCAGGTTCCCTGGGGACCTGCATCATAGCTTCTTTGCTAGAAGACA 1380

 85928731 GTACTTGATCAGCTGAGAGCTCCAGCAGGGCAACCCTTGCAGCCATACACCAGCCTGCTC 85928790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTACTTGATCAGCTGAGAGCTCCAGCAGGGCAACCCTTGCAGCCATACACCAGCCTGCTC 1440

 85928791 ACTCTCTCCTCTGCTGCAGCTTACCCCCCGGGCCACAGTCACCCTGCACATCATTTTGTC 85928850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ACTCTCTCCTCTGCTGCAGCTTACCCCCCGGGCCACAGTCACCCTGCACATCATTTTGTC 1500

 85928851 AGCATGTGTATAGGCAGGTGGATTTTGCCTTCTCTGCCCCACCAGCATGCATGTGTGCAT 85928910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGCATGTGTATAGGCAGGTGGATTTTGCCTTCTCTGCCCCACCAGCATGCATGTGTGCAT 1560

 85928911 GCACCCTGCCCTGCCACTGCTGCTGGTGGGAGTGCACTTCTCTCCTCAACTCCCACCTTA 85928970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GCACCCTGCCCTGCCACTGCTGCTGGTGGGAGTGCACTTCTCTCCTCAACTCCCACCTTA 1620

 85928971 TCACCATTGCAGTCAGAGCCTTAGCAGGCACACAGTCACCAGCCCTGCCCCTGCCAGGAA 85929030
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCACTATTGCAGTCAGAGCCTTAGCAGGCACACAGTCACCAGCCCTGCCCCTGCCAGGAA 1680

 85929031 CCCAGCAATTTCATATTTGGCCATACTAAGCTTCTTAAGTAAAGGAGAAATAAGATCCAT 85929090
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CCCAGCAATTTCATGTTTGGCCATACTAAGCTTCTTAAGTAAAGGAGAAATAAGATCCAT 1740

 85929091 TCCAGACAAGCAAATGCTGAGAGAATTCATTACCACCAGACCTGCCTCACAAGAGCTTCA 85929150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TCCAGACAAGCAAATGCTGAGAGAATTCATTACCACCAGACCTGCCTCACAAGAGCTTCA 1800

 85929151 GAAGGAAGCACTAAATATGGAAAGGAAATATCATTACCCGCCACTACAAAAACACAGGTA 85929210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GAAGGAAGCACTAAATATGGAAAGGAAATATCATTACCCGCCACTACAAAAACACAGGTA 1860

 85929211 AGTACACAGACCAGGTGGCACTATAAAGCATCCACAAACAAGTCTTCATAATAACCAGCT 85929270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGTACACAGACCAGGTGGCACTATAAAGCATCCACAAACAAGTCTTCATAATAACCAGCT 1920

 85929271 AACATCATGATGATAGGATCAAATCCACACATATCAATACTAACCTTGAATGTAAATGGG 85929330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AACATCATGATGATAGGATCAAATCCACACATATCAATACTAACCTTGAATGTAAATGGG 1980

 85929331 CTAAATGCCCCAGTTAAAATGCACAGAGTGGCAAGCTGGATAAAAATCCAAGACAGCAAC 85929390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTAAATGCCCCAGTTAAAATGCACAGAGTGGCAAGCTGGATAAAAATCCAAGACAGCAAC 2040

 85929391 CGTATGCCATCTTTAAGAAACCCATTTCACATGCAGTGACAACCATACGCTCAAAGTTAA 85929450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CGTATGCCATCTTTAAGAAACCCATTTCACATGCAGTGACAACCATACGCTCAAAGTTAA 2100

 85929451 GGAGTAGAGAAAAATCTACCAAATAAATGGAAAACAGAAAAAAGCAGGGGTTGTAATCTT 85929510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GGAGTAGAGAAAAATCTACCAAATAAATGGAAAACAGAAAAAAGCAGGGGTTGTAATCTT 2160

 85929511 ATTTTAGACAAAACAGATTCTAGACCAACAAAGATTTTCAAAAAGACAAAGAAGGGCAAT 85929570
          |||||                                                       
     2161 ATTTT------------------------------------------------------- 2165

 85929571 ACATAATGATAAAGCATTTGATTTAATAAGAAGACCTAACTATACTAAATATATATATAC 85929630
                                                                      
          ------------------------------------------------------------

 85929631 ACCCAACACAGGCGCACTCAGATTCATAAAGAAAGTTCTTACAGACCATTAAAGAGACTT 85929690
                                                                      
          ------------------------------------------------------------

 85929691 AGACTCAAACACAATAATAATGGGATACTTCAACATACCACTAACAGTATTAGACAGATC 85929750
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 ---CTCAAACACAATAATAATGGGATACTTCAACATACCACTAACAGTATTAGACAGATC 2222

 85929751 ATCAAGGCAGAAAATTAACAAAGATATTCAGGACCTGAACTCAGTACTGGATCAAATGGA 85929810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 ATCAAGGCAGAAAATTAACAAAGATATTCAGGACCTGAACTCAGTACTGGATCAAATGGA 2282

 85929811 CCTGATAGACATCTACAGGATTTTCCATCCAAAAACAACAAGCTATACATTCTTCTCATC 85929870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2283 CCTGATAGACATCTACAGGATTTTCCATCCAAAAACAACAAGCTATACATTCTTCTCATC 2342

 85929871 ACTACATGGTTCATACTCTAAAATCAACCACATAATCAGATATAAAATAATCATCAGTGA 85929930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2343 ACTACATGGTTCATACTCTAAAATCAACCACATAATCAGATATAAAATAATCATCAGTGA 2402

 85929931 ATGCAAAAGTTATCATACCAAACACTCTTACAGACAACAGCAGAATAAAATTAGAAATCA 85929990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2403 ATGCAAAAGTTATCATACCAAACACTCTTACAGACAACAGCAGAATAAAATTAGAAATCA 2462

 85929991 AGACTAAGAAAATTGCTCAAAACCAGACACTTACATTGAAATTAAATAACCTGCTCTCGA 85930050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2463 AGACTAAGAAAATTGCTCAAAACCAGACACTTACATTGAAATTAAATAACCTGCTCTCGA 2522

 85930051 ATGACTTTTGGGTAAATAATGAAATTAAGGCAGAGAGCAAGAAGTTCTTTGAAACTGATG 85930110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2523 ATGACTTTTGGGTAAATAATGAAATTAAGGCAGAGAGCAAGAAGTTCTTTGAAACTGATG 2582

 85930111 AAAACAAAGATAGAACATACCAGGATCCCTGGACACAGCTAAGGCAGTGTTAAAAATAAA 85930170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2583 AAAACAAAGATAGAACATACCAGGATCCCTGGACACAGCTAAGGCAGTGTTAAAAATAAA 2642

 85930171 ATTTACAGCACTAAATGCCCTAACATCAAAAAATTAGAAAGACTTCAATTTAGGACCCTA 85930230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 ATTTACAGCACTAAATGCCCTAACATCAAAAAATTAGAAAGACTTCAATTTAGGACCCTA 2702

 85930231 ACAACACAAGTAAAAGAACTCAAGAACCGAAAGCAAATCAACACCAAAGCTTGCAGAAGA 85930290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 ACAACACAAGTAAAAGAACTCAAGAACCGAAAGCAAATCAACACCAAAGCTTGCAGAAGA 2762

 85930291 CAAGATATAACCAAAATCAAAGCTGAACTGAAAGAGAATGAGACATGAAAAATCACTTAA 85930350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 CAAGATATAACCAAAATCAAAGCTGAACTGAAAGAGAATGAGACATGAAAAATCACTTAA 2822

 85930351 ATGATCAGCAAATCCAGGAGTTGTTTCTTTGAAAAAAAAAGTAATAAAATAGTTAGATCA 85930410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 ATGATCAGCAAATCCAGGAGTTGTTTCTTTGAAAAAAAAAGTAATAAAATAGTTAGATCA 2882

 85930411 CTATCTAGACTAATAAAGAAAAGAGAGAAGATTCAAATAAACACAATTAGAAATGACAAA 85930470
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 CTATCTAGATTAATAAAGAAAAGAGAGAAGATTCAAATAAACACAATTAGAAATGACAAA 2942

 85930471 AGGTATATTACCACTGACCCCACAGAAGTACAAATAGCCATCAGGGAATATTATGACCAC 85930530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2943 AGGTATATTACCACTGACCCCACAGAAGTACAAATAGCCATCAGGGAATATTATGACCAC 3002

 85930531 CTCTATGCACACAAACTGGAAAATCGAAAAGAAAAGAATACATTCCTGGACACATACACC 85930590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3003 CTCTATGCACACAAACTGGAAAATCGAAAAGAAAAGAATACATTCCTGGACACATACACC 3062

 85930591 CTCCCAAGACTGAACCAGGAAGAAATCGAATCCCTAAATGCACCAACAGTGATCTCCAAA 85930650
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     3063 CTCCCAAGACTGAACCAGGAAGAAATCGAATCCCTAAATGCACCAACAGTGATCTTCAAA 3122

 85930651 ATTAAAACAGTAATAAATAACCTACCAACCAAAAAAAGCGCAGGACCAGGTCAATTCATA 85930710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3123 ATTAAAACAGTAATAAATAACCTACCAACCAAAAAAAGCGCAGGACCAGGTCAATTCATA 3182

 85930711 GCTGAGTTTTACCAGATGTACAAAAAAGAGCTAGTACCATTCCTACTGAAACTACTTTAA 85930770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3183 GCTGAGTTTTACCAGATGTACAAAAAAGAGCTAGTACCATTCCTACTGAAACTACTTTAA 3242

 85930771 AAAAAAAAAGAGAAGGATGGATTCCTCCCTAAGTCATTTTATGAGGTATCATTCTGATAC 85930830
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3243 AAAAAAAA-GAGAAGGATGGATTCCTCCCTAAGTCATTTTATGAGGTATCATTCTGATAC 3301

 85930831 CAAAACCTGGCAGAGATACAGGAAAAGAAAACTTCAGGCCAATATCCACCAATGAGCATC 85930890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3302 CAAAACCTGGCAGAGATACAGGAAAAGAAAACTTCAGGCCAATATCCACCAATGAGCATC 3361

 85930891 AATGCAAAAATCCTCAACAAAATACTGGCAAACCAAATCCAGCAGCACATCAAAAAGCTT 85930950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3362 AATGCAAAAATCCTCAACAAAATACTGGCAAACCAAATCCAGCAGCACATCAAAAAGCTT 3421

 85930951 ATCCACCATGATCAAATAGGTTGTATCCCAGGATTGCAAGGTTGCTGCAACATATGCAAA 85931010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3422 ATCCACCATGATCAAATAGGTTGTATCCCAGGATTGCAAGGTTGCTGCAACATATGCAAA 3481

 85931011 TCAATAAATTTGATTCATCCCACAAACAGAATTAAAGACAAAAACCTCACGATTATCTTA 85931070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3482 TCAATAAATTTGATTCATCCCACAAACAGAATTAAAGACAAAAACCTCACGATTATCTTA 3541

 85931071 ATAGACACAGAAAAGGCTTTTGATAAAATTCAACACTATTTCATTTAAAAAACTCTCAAT 85931130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3542 ATAGACACAGAAAAGGCTTTTGATAAAATTCAACACTATTTCATTTAAAAAACTCTCAAT 3601

 85931131 AAAGTATTGAGGGAATATACCATGAAATAATAAGAGCCATGTATGACAAACTCACAACCA 85931190
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     3602 AAAGTATTGAGGGAATATACCATGAAATAATAAGAGCCACGTATGACAAACTCACAACCA 3661

 85931191 ACATCATACTGAATAATCAAAAGCTGGAAGCATTCCCCATGAAAACCAGCACAAGACAAG 85931250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3662 ACATCATACTGAATAATCAAAAGCTGGAAGCATTCCCCATGAAAACCAGCACAAGACAAG 3721

 85931251 GATGCCCTCTCTCACCACTCCTGTTCAACATAGTAATGGAAATCCTGGCCAGAGCAATCA 85931310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3722 GATGCCCTCTCTCACCACTCCTGTTCAACATAGTAATGGAAATCCTGGCCAGAGCAATCA 3781

 85931311 GGCAAGAGAAAGAAATAAAGGGCATCCAAATAGGAAAAGAGAAAGTCAAACTATCTCTGT 85931370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     3782 GGCAAGAGAAAGAAATAAAGGGCATCCAAATAGGAAAAGAGAAAGTCAAACTATCTGTGT 3841

 85931371 TTGCAGATGACATGATTCTCCATCTAGACAACCTCATTGTCTCAGCCCCAAACCTCCTTA 85931430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3842 TTGCAGATGACATGATTCTCCATCTAGACAACCTCATTGTCTCAGCCCCAAACCTCCTTA 3901

 85931431 AGCTGATAAACAACTTCATCAATATCTCAGGATACAAAATCGATGTACAAAAATTAATTG 85931490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3902 AGCTGATAAACAACTTCATCAATATCTCAGGATACAAAATCGATGTACAAAAATTAATTG 3961

 85931491 CATTCCTATACACTAACAACAACTGAGCTGAGTGCCAAGTCAGGAATGCAATCTCATTCA 85931550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3962 CATTCCTATACACTAACAACAACTGAGCTGAGTGCCAAGTCAGGAATGCAATCTCATTCA 4021

 85931551 CAATTACTACATAAAGAATAAAATACCCAGGAATACAACTAACCAGAGAAATAAAACATC 85931610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4022 CAATTACTACATAAAGAATAAAATACCCAGGAATACAACTAACCAGAGAAATAAAACATC 4081

 85931611 TCTACAATGAGAAGTAAAAAACACTGTTCAAAGAAATCAGATATGACACAAACAAACGGA 85931670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4082 TCTACAATGAGAAGTAAAAAACACTGTTCAAAGAAATCAGATATGACACAAACAAACGGA 4141

 85931671 AAAACATTGCATGCTCATGGGTAGGAAGAATTAATGTTGTTAAAATGGCAATACTGCCTA 85931730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4142 AAAACATTGCATGCTCATGGGTAGGAAGAATTAATGTTGTTAAAATGGCAATACTGCCTA 4201

 85931731 TAACAATTTATAGATTCAACGCTATTTCTATCAAATTACCAATGACATTCTTCACAGAAC 85931790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4202 TAACAATTTATAGATTCAACGCTATTTCTATCAAATTACCAATGACATTCTTCACAGAAC 4261

 85931791 TAGAGAAAACTATTAAAAAATGCATATGGAACCAAAAAAGAGCCCAAATAGCCAAGGCAA 85931850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4262 TAGAGAAAACTATTAAAAAATGCATATGGAACCAAAAAAGAGCCCAAATAGCCAAGGCAA 4321

 85931851 TCCTAAGCAAAAAGAACAAAGCAAGGGGCATCATGCTACCTGACTTCAAACTATACTACA 85931910
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4322 TCCTAAGCAAAAAGAACAAAGCAAGAGGCATCATGCTACCTGACTTCAAACTATACTACA 4381

 85931911 GGGCTACAGTAATCAAAACAGCATGGTACTGGTACAAAAACAGACACACGAACAGACACT 85931970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4382 GGGCTACAGTAATCAAAACAGCATGGTACTGGTACAAAAACAGACACACGAACAGACACT 4441

 85931971 CTTCAAAAGAAGACCTAAATGGGGCCAACAAGGATATGAAAAAAAAAAAA-GCTCAACAT 85932029
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
     4442 CTTCAAAAGAAGACCTAAATGGGGCCAACAAGGATATGAAAAAAAAAAAAAGCTCAACAT 4501

 85932030 TACTGATCAGTAGAGAAATGCAAATCAAAAGCACAATGAAATCCCATCTCACACCAGTCA 85932089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4502 TACTGATCAGTAGAGAAATGCAAATCAAAAGCACAATGAAATCCCATCTCACACCAGTCA 4561

 85932090 GAAAAGCTATTATTAAAAAGTCAAAAATAACAGATGCTGGTGAGGCTATAGAGCAAAAAG 85932149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4562 GAAAAGCTATTATTAAAAAGTCAAAAATAACAGATGCTGGTGAGGCTATAGAGCAAAAAG 4621

 85932150 GAATACTTACACGTTGTTTGTGATTGTGGAAAACAGTGTGGTGATTCCTAAAAGACCTAA 85932209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4622 GAATACTTACACGTTGTTTGTGATTGTGGAAAACAGTGTGGTGATTCCTAAAAGACCTAA 4681

 85932210 AAGCAGAACTGCCGTTTGACCCAGCAATCCCATTACTTATATACTCAAAGGAATATAAAC 85932269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4682 AAGCAGAACTGCCGTTTGACCCAGCAATCCCATTACTTATATACTCAAAGGAATATAAAC 4741

 85932270 TGTTCTATCATAAAGACACAGGCACATGTATGTTCATTGCAGCAGTGTTCACAATAGCAA 85932329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4742 TGTTCTATCATAAAGACACAGGCACATGTATGTTCATTGCAGCAGTGTTCACAATAGCAA 4801

 85932330 AGACATAGAATCAACATAAGTGCCCATCAATGGTAGACTGGCTAAAGAAAATTTGAGACA 85932389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4802 AGACATAGAATCAACATAAGTGCCCATCAATGGTAGACTGGCTAAAGAAAATTTGAGACA 4861

 85932390 TATACACCATGGAATACTATGCAGCCAAAAAAAGAATGAGATCATGTTCTTTGCAGGAAC 85932449
          |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
     4862 TATACACCATGGAATACTATGCAGCCAAAAAA-GAATGAGATCATGTTCTTTGCAGGAAC 4920

 85932450 ATGGGTGAAGTTGCAGGCCATTATTGTTAGCAAACTAATGCAGGAACAGGAAGCCAAATA 85932509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 ATGGGTGAAGTTGCAGGCCATTATTGTTAGCAAACTAATGCAGGAACAGGAAGCCAAATA 4980

 85932510 CCACAAGGTCTCACTTATAAGTGAGAACTAAATAAAATGAACACATGGACACACAGAGGG 85932569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 CCACAAGGTCTCACTTATAAGTGAGAACTAAATAAAATGAACACATGGACACACAGAGGG 5040

 85932570 AAACAACAGACACTGGGGCCTACCTGAGGGTAAAAGGTAGGAGGAGGGAGAGGATCAGGA 85932629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 AAACAACAGACACTGGGGCCTACCTGAGGGTAAAAGGTAGGAGGAGGGAGAGGATCAGGA 5100

 85932630 AAAATAACCAGTGGGTACTAGGCTCAATATCTGGTTGAAAAAATAATCTATACAACAAAC 85932689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 AAAATAACCAGTGGGTACTAGGCTCAATATCTGGTTGAAAAAATAATCTATACAACAAAC 5160

 85932690 CCCTGTGATATGAGTTTACCTATGTAACAAATCTGCAGATGTACCCCTGAACTTAAAATA 85932749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 CCCTGTGATATGAGTTTACCTATGTAACAAATCTGCAGATGTACCCCTGAACTTAAAATA 5220

 85932750 AAAGTTAAAAAAAGAAAGTCAATGTCTTATTGTGCTATGTAAATAATTAGTTCTTGCGTA 85932809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 AAAGTTAAAAAAAGAAAGTCAATGTCTTATTGTGCTATGTAAATAATTAGTTCTTGCGTA 5280

 85932810 TTATTTCCTATTAACATTGTATATATCTCAGTCATTAATTAATCTAACATGATTAACATT 85932869
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 TTATTTCCTATTAACATTGTATATATATCAGTCATTAATTAATCTAACATGATTAACATT 5340

 85932870 AATCAGTATCACAATGTGACTAAAGGTAAACTGATTTCAGTCACAATCACATTTCTAATT 85932929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 AATCAGTATCACAATGTGACTAAAGGTAAACTGATTTCAGTCACAATCACATTTCTAATT 5400

 85932930 TATATTTCTGAAACATTTTGTTTCCACATTATTTGAAGACATATACTATTTCAATGACTT 85932989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     5401 TATATTTCTGAAACATTTTGTTTCCACATTATCTGAAGACATATACTATTTCAATGACTT 5460

 85932990 TAAAATGAATACCTAGATTGGTAAGCATAAATTTCTCAGTTTATTTCTCCAGGTTGTGCA 85933049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 TAAAATGAATACCTAGATTGGTAAGCATAAATTTCTCAGTTTATTTCTCCAGGTTGTGCA 5520

 85933050 GCAAATTATAACTGTAGAAATTATGTGAATTTTAGTACTGCCTATGCCACATTTTGGCAA 85933109
          |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||
     5521 GCAAATTATAACTGTAGAAATTATGTGAATTGTAGTACTGCCTATGCCATATTTTGGCAA 5580

 85933110 TGTGATCTTGAGGAAGTGTCTGATATTGTCAAGAGGTTTCTAAATGTCTAATCTTATTTC 85933169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TGTGATCTTGAGGAAGTGTCTGATATTGTCAAGAGGTTTCTAAATGTCTAATCTTATTTC 5640

 85933170 TTCAAGAGATTAACCAGTTTTAATTAAATTACTTATTATCAAGACAAGATATACCAATTT 85933229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 TTCAAGAGATTAACCAGTTTTAATTAAATTACTTATTATCAAGACAAGATATACCAATTT 5700

 85933230 AAACAACGTTTAATGTGGATTTTAATTTTAAAATAATCAATGTAAACATTTCATTAATTC 85933289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 AAACAACGTTTAATGTGGATTTTAATTTTAAAATAATCAATGTAAACATTTCATTAATTC 5760

 85933290 TGTTCATATTGGAAAACTTTTATGGTTTAAGTGTGCATTGTCTAAACAGAATAAAGTGTT 85933349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 TGTTCATATTGGAAAACTTTTATGGTTTAAGTGTGCATTGTCTAAACAGAATAAAGTGTT 5820

 85933350 TACAACACTATAATAAAATATAAAATATGCATATGTTAATGTTTACATAACTTAATTGTA 85933409
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 TATAACACTATAATAAAATATAAAATATGCATATGTTAATGTTTACATAACTTAATTGTA 5880

 85933410 TACATTTATTTTAAGCTTTTTCTTCTCTAAATAGGGACTGTGAATTGCAGAATAATATTT 85933469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 TACATTTATTTTAAGCTTTTTCTTCTCTAAATAGGGACTGTGAATTGCAGAATAATATTT 5940

 85933470 TTTTCTGAAACTATTAATTATGGAAAAGGTAAAAATTTTACATCAAATTTTGGAACTGCT 85933529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 TTTTCTGAAACTATTAATTATGGAAAAGGTAAAAATTTTACATCAAATTTTGGAACTGCT 6000

 85933530 ATGCCTGGGAGAAAAATACATTTAATTAACATCAACACCAGCATTTCCGTTGCATAAGCC 85933589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 ATGCCTGGGAGAAAAATACATTTAATTAACATCAACACCAGCATTTCCGTTGCATAAGCC 6060

 85933590 AAGTAGACATAAAGTACTGAATGTCTCAGCTATAACTTCTTTAAGAACATTATTGTATTT 85933649
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 AAGTAGACATAAAGTACTGAATGTGTCAGCTATAACTTCTTTAAGAACATTATTGTATTT 6120

 85933650 TCTTGAATAACTACATGATTTACAGAGTGTTAGTGAAAAAAAACTTTATGTTCAATGCTA 85933709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 TCTTGAATAACTACATGATTTACAGAGTGTTAGTGAAAAAAAACTTTATGTTCAATGCTA 6180

 85933710 TTGGGATATACGTTAACCTGATTAAATGTCTAAGAATAATAAAACTAGAATTTGATGTTA 85933769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 TTGGGATATACGTTAACCTGATTAAATGTCTAAGAATAATAAAACTAGAATTTGATGTTA 6240

 85933770 TATTTCCTTACAGGCAACTATCAATTTTGAAAGAAACCATCTATCACAAAGACAAAAAAA 85933829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 TATTTCCTTACAGGCAACTATCAATTTTGAAAGAAACCATCTATCACAAAGACAAAAAAA 6300

 85933830 AAACTGTTTTCAGAATATTTAAATTACGGAAAATATGCAATGAATCGCATTCTGATGAAC 85933889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 AAACTGTTTTCAGAATATTTAAATTACGGAAAATATGCAATGAATCGCATTCTGATGAAC 6360

 85933890 CCAGGGGGCTGATAAGAAAACTGGAACTTGCAGATGAACATAGTACACAAAGTTCTTCTC 85933949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 CCAGGGGGCTGATAAGAAAACTGGAACTTGCAGATGAACATAGTACACAAAGTTCTTCTC 6420

 85933950 GGTTTTCTTTTCATTTTCCAAACATTTTATATAGGCTTATTAGGTACAAATGAATGTATA 85934009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 GGTTTTCTTTTCATTTTCCAAACATTTTATATAGGCTTATTAGGTACAAATGAATGTATA 6480

 85934010 ACTGTGAATTTGCATCTAGTTAGGGACACTGGAGAGAAGGTTAATAATATTGCCATCTTT 85934069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6481 ACTGTGAATTTGCATCTAGTTAGGGACACTGGAGAGAAGGTTAATAATATTGCCATCTTT 6540

 85934070 TAAAGACGTGGCTATTAGCTGTAAACATAATTAAATTGGATTTTTGTTAAAACTATGCTA 85934129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6541 TAAAGACGTGGCTATTAGCTGTAAACATAATTAAATTGGATTTTTGTTAAAACTATGCTA 6600

 85934130 TAGAATTGTGAATAAAGCTATTTAAATGAAAGGTCAGGGCTGTACAGGTAATGATGTACT 85934189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6601 TAGAATTGTGAATAAAGCTATTTAAATGAAAGGTCAGGGCTGTACAGGTAATGATGTACT 6660

 85934190 AAGTTTCCTTCCACATAGGTTCAATATTTTCTGTACATCCTTTGGAATGTTATCCTAGTG 85934249
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     6661 AAGTTTCCTTCCACATAGGTTCAATATTTTCTGTACATCCTTTGGAATGTTCTCCTAGTG 6720

 85934250 TTCATGTCTGCCAATATCGATGGAAACAACTATGCAGTCACCCCTGAACTTGGGTGTCTG 85934309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6721 TTCATGTCTGCCAATATCGATGGAAACAACTATGCAGTCACCCCTGAACTTGGGTGTCTG 6780

 85934310 GGTTTGGTGGAATGAACACTACTGGGAGTCAGTGTATCTAGAGTTTTGTACTGCCTGTGC 85934369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6781 GGTTTGGTGGAATGAACACTACTGGGAGTCAGTGTATCTAGAGTTTTGTACTGCCTGTGC 6840

 85934370 CAAATTCTAGCTCTGTGGCCTGGAAGAAGAGATTAAAATTGAGGAAGTGATTTCTAATTT 85934429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6841 CAAATTCTAGCTCTGTGGCCTGGAAGAAGAGATTAAAATTGAGGAAGTGATTTCTAATTT 6900

 85934430 AAAAATTGGAAATTCTAATTTAAAAATTGAAAATACAAAATACCAAGAAATTATATTATT 85934489
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6901 AAAAGTTGGAAATTCTAATTTAAAAATTGAAAATACAAAATACCAAGAAATTATATTATT 6960

 85934490 GCAACCATTAGATTAAAATAGAATATAATACTTTTTAAAGGACAGTTTCTAAATATTTAT 85934549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6961 GCAACCATTAGATTAAAATAGAATATAATACTTTTTAAAGGACAGTTTCTAAATATTTAT 7020

 85934550 TTTTATCTTATGCTATTATATTAGGCTCCAAAATGCTTTTTTTTTAAAAAAAAAAACAGC 85934609
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
     7021 TTTTATCTTAAGCTATTATATTAGGCTCCAAAATGCTTTTTTTTTAAAAAAAAAA-CAGC 7079

 85934610 CTTATGGAGGTATACTTGACATATGATAACTATGCATATTTCAAGTGTGCAAATTGATGA 85934669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7080 CTTATGGAGGTATACTTGACATATGATAACTATGCATATTTCAAGTGTGCAAATTGATGA 7139

 85934670 GTTTGACATAGATGGATATGCATCCACCCATGAAATTATCACCACAATCACAATAGTAAA 85934729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7140 GTTTGACATAGATGGATATGCATCCACCCATGAAATTATCACCACAATCACAATAGTAAA 7199

 85934730 CTTATTCACCACCCCAAAAGTTTTCTTGTGCCTCTTTGCAAATCTTCCATCTCATTTCTA 85934789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7200 CTTATTCACCACCCCAAAAGTTTTCTTGTGCCTCTTTGCAAATCTTCCATCTCATTTCTA 7259

 85934790 AAAGCCAACCTAATTCCTAGGCAACTCCTGATTGGCTCTCTGTCACCATAAATTAATTTG 85934849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7260 AAAGCCAACCTAATTCCTAGGCAACTCCTGATTGGCTCTCTGTCACCATAAATTAATTTG 7319

 85934850 TATATTCCAGATTGTATAGAAAAGGAATTATAGGGCCTGGCATGGTGGCTCACGCCTATA 85934909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7320 TATATTCCAGATTGTATAGAAAAGGAATTATAGGGCCTGGCATGGTGGCTCACGCCTATA 7379

 85934910 ATTCCAGTACCTTGGGAGGCCAAGAGGGGCGGGTCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCA 85934969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7380 ATTCCAGTACCTTGGGAGGCCAAGAGGGGCGGGTCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCA 7439

 85934970 GCCTGGCCAACATGGAGAAAACCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCAGGGCATTG 85935029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7440 GCCTGGCCAACATGGAGAAAACCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCAGGGCATTG 7499

 85935030 TGGTGCGCACCTGTGATATCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATCGCTTGAACCC 85935089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7500 TGGTGCGCACCTGTGATATCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATCGCTTGAACCC 7559

 85935090 GGAAGGCAGTTATTACAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTGGAGCCCTCGAGCCTGG 85935149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7560 GGAAGGCAGTTATTACAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTGGAGCCCTCGAGCCTGG 7619

 85935150 GCGACAGAGCCAGACTCCATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATTATATAG 85935209
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
     7620 GCGACAGAGCCAGACTCCATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-GGATTATATAG 7678

 85935210 TGTATACTCTTTGCATTTGGCTTTTTTAACACAGCATAATTATTTTGAGATTCAACTATG 85935269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7679 TGTATACTCTTTGCATTTGGCTTTTTTAACACAGCATAATTATTTTGAGATTCAACTATG 7738

 85935270 TTGTTCCATGTCACAACTGCATATTAATTTTTATTGCTGAGTAGTACTCCATTGTAAGTC 85935329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7739 TTGTTCCATGTCACAACTGCATATTAATTTTTATTGCTGAGTAGTACTCCATTGTAAGTC 7798

 85935330 TACAACACAACTTATTTATTAATTCACTTGTTAAACACTGGTGTAGTTTCCAGCAGCTTG 85935389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7799 TACAACACAACTTATTTATTAATTCACTTGTTAAACACTGGTGTAGTTTCCAGCAGCTTG 7858

 85935390 CTACAGGAGATAAAGATCCCATTATCTTAACAATTTTATTGTCTGTATAGTAATATCTCA 85935449
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     7859 CTACAGGAAATAAAGATCCCATTATCTTAACAATTTTAGTGTCTGTATAGTAATATCTCA 7918

 85935450 CTGTAGTTATTATTCCCATTTTCCAAATGATTCATGATGTTAAACTTCTTTTCATGTATC 85935509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7919 CTGTAGTTATTATTCCCATTTTCCAAATGATTCATGATGTTAAACTTCTTTTCATGTATC 7978

 85935510 TGTATATCTTCCTCGGAGGGCCTACTTTTTATTCACCTTATGTACACTGCACTTACCACA 85935569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     7979 TGTATATCTTCCTCGGAGGGCCTACTTTTTATTCACCTTATGTACACTGCACTTACCATA 8038

 85935570 GTGTCTTGAATATGATACACACAGGCAAAATATAACTTAACATAAATTTTGTCAGATTTT 85935629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8039 GTGTCTTGAATATGATACACACAGGCAAAATATAACTTAACATAAATTTTGTCAGATTTT 8098

 85935630 GAGTAATAATATAGTTTTCATAGATTTGTCATCTTTAAAAAATGAACTTTTTTTGTAGAA 85935689
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8099 GAGTAATAATATATTTTTCATAGATTTGTCATCTTTAAAAAATGAACTTTTTTTGTAGAA 8158

 85935690 TGAGTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCGTATACCTAAC 85935749
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     8159 TGAGTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCATATACCTAAC 8218

 85935750 ACCCAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTCACAATTAGTG 85935809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8219 ACCCAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTCACAATTAGTG 8278

 85935810 ATAGAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTTTTCATTTTTA 85935869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8279 ATAGAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTTTTCATTTTTA 8338

 85935870 CCCAATTCCCTTCTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACATGTAATCGTC 85935929
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8339 CCCAATTCCCTTTTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACATGTAATCGTC 8398

 85935930 GTGTCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTCTTTTCAATAA 85935989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8399 GTGTCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTCTTTTCAATAA 8458

 85935990 TCACAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAACTGAGATTTGT 85936049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8459 TCACAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAACTGAGATTTGT 8518

 85936050 ATATGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGAGCATAGAGGT 85936109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8519 ATATGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGAGCATAGAGGT 8578

 85936110 GAATTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCACTTGGTTTTG 85936169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8579 GAATTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCACTTGGTTTTG 8638

 85936170 TGACAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAAT 85936229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8639 TGACAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAAT 8698

 85936230 TTTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTC 85936289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8699 TTTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTC 8758

 85936290 ATTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATA 85936349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8759 ATTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATA 8818

 85936350 TACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCT 85936409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8819 TACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCT 8878

 85936410 TCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTT 85936469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8879 TCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTT 8938

 85936470 GATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTC 85936529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8939 GATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTC 8998

 85936530 TAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAA 85936589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8999 TAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAA 9058

 85936590 TCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAG 85936649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9059 TCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAG 9118

 85936650 GCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9119 GCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 9169

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9170 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 9229

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9230 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 9289

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9290 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 9349

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATT 85937844
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     9350 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATT 9382

Alignment time is 7.04881 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    6672] =>      6672 nucs 'mol-32-2efc-108854_6672'

Score:        6568
Aligned:      6683        nucs
Identic:      6666 (100%) nucs =>       350 (100%)      6316 (100%)
Gaps:           13 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936351,85936700] EXCISED REGION [85937632,85943962]
 second seq =>  [       1,     350] EXCISED REGION [     351,    6672]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936351 ACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTT 85936410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTT 60

 85936411 CTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTG 85936470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTG 120

 85936471 ATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCT 85936530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCT 180

 85936531 AACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAAT 85936590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAAT 240

 85936591 CTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGG 85936650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGG 300

 85936651 CACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 350

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      351 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 410

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      411 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 470

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      471 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 530

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      531 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 590

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      591 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 650

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      651 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 710

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      711 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 770

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      771 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 830

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      831 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 890

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      891 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 950

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      951 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1010

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1011 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1070

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1071 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1130

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1131 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1190

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1191 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1246

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1247 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1306

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1307 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1366

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1367 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 1426

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1427 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1486

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1546

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1606

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1666

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1725

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1726 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1785

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1786 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1845

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1846 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1905

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1906 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 1965

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2025

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 85939371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
     2026 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATAT--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 2083

 85939372 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 85939431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2084 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 2143

 85939432 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 85939491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2144 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 2203

 85939492 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 85939551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2204 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 2263

 85939552 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 85939611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2264 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 2323

 85939612 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 85939671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2324 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 2383

 85939672 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 85939731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2384 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 2443

 85939732 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTG--TATAT 85939789
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
     2444 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTGTATATAT 2503

 85939790 ATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTAGT 85939849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2504 ATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTAGT 2563

 85939850 TTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTTTC 85939909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2564 TTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTTTC 2623

 85939910 TCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAAAC 85939969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2624 TCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAAAC 2683

 85939970 TGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTCAG 85940029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2684 TGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTCAG 2743

 85940030 GATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTTAG 85940089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2744 GATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTTAG 2803

 85940090 CAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAATC 85940149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2804 CAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAATC 2863

 85940150 TAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGAGT 85940209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2864 TAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGAGT 2923

 85940210 GCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAATCA 85940269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2924 GCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAATCA 2983

 85940270 ACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTTTT 85940329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2984 ACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTTTT 3043

 85940330 CCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTATG 85940389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3044 CCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTATG 3103

 85940390 TAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTATCA 85940449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3104 TAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTATCA 3163

 85940450 CTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATTTA 85940509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3164 CTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATTTA 3223

 85940510 GTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATCTG 85940569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3224 GTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATCTG 3283

 85940570 GCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAATG 85940629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3284 GCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAATG 3343

 85940630 TTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAACTT 85940689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3344 TTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAACTT 3403

 85940690 CATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACAAA 85940749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3404 CATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACAAA 3463

 85940750 TATAAAAATGGTACTATATGATATTCAGTTCTATCGGATGTTTATTTGTATTTATCAGAT 85940809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||
     3464 TATAAAAATGGTACTATATGATATTCAGTTCTATCGGATGTTTATTTGTATT----AGAT 3519

 85940810 GTTTACTTTTTAATTCTACAGAAACATTTTCAAGGTAATTTATTGGAGAGTTATCTGAGA 85940869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     3520 GTTTACTTTTTAATTCTACAGAAACATTTTCAAGATAATTTATTGGAGAGTTATCTGAGA 3579

 85940870 GAATTTTCATCAGATATTTATATGAACTGAGTCTATAATTCTTTTGTCTATCAAATTGAT 85940929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3580 GAATTTTCATCAGATATTTATATGAACTGAGTCTATAATTCTTTTGTCTATCAAATTGAT 3639

 85940930 AATGCAGACTGGAAAATCCACTTAATAGAAATTGAGGCAATTTAGAATAAGAGAGGAAAT 85940989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3640 AATGCAGACTGGAAAATCCACTTAATAGAAATTGAGGCAATTTAGAATAAGAGAGGAAAT 3699

 85940990 TACAAAGAAAAGCTAATAATGGCACTGAAACAAAAAGAGAATTCAGAACATGATGGCTGG 85941049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3700 TACAAAGAAAAGCTAATAATGGCACTGAAACAAAAAGAGAATTCAGAACATGATGGCTGG 3759

 85941050 GAATGACCTAATCTTTACCCCGTCTCCTTCTGTTGTTTCTGTTGCGTGCCAGAGAGCTCA 85941109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3760 GAATGACCTAATCTTTACCCCGTCTCCTTCTGTTGTTTCTGTTGCGTGCCAGAGAGCTCA 3819

 85941110 TATTTAAGCTCAAGAAAAACAAAAATGAGAATGCCTAACAGGCTAAATTGTATTTTCTAT 85941169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3820 TATTTAAGCTCAAGAAAAACAAAAATGAGAATGCCTAACAGGCTAAATTGTATTTTCTAT 3879

 85941170 GTGTGCATTTCCTACACAAAAGTATAGCATTTTATGATTTCCAACATATTTTATTAAAAT 85941229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3880 GTGTGCATTTCCTACACAAAAGTATAGCATTTTATGATTTCCAACATATTTTATTAAAAT 3939

 85941230 GCATAATATATCTATTCACACGTAAATGTTCTTATAATGTCTATCACATTTAAGTGGAAA 85941289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3940 GCATAATATATCTATTCACACGTAAATGTTCTTATAATGTCTATCACATTTAAGTGGAAA 3999

 85941290 TTTTTACATTTCCATCTAATTTTAGTTTCTTTAACTATAAAAGATTTACGCAGGCTCTGG 85941349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4000 TTTTTACATTTCCATCTAATTTTAGTTTCTTTAACTATAAAAGATTTACGCAGGCTCTGG 4059

 85941350 TTATATGTGATTCATACACACAAGAATGTACACACACACATTTTTAAACATGTATAATGG 85941409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4060 TTATATGTGATTCATACACACAAGAATGTACACACACACATTTTTAAACATGTATAATGG 4119

 85941410 CAGTGTATGCGTTAAAATTATATTGACAAAATATGAGTAGATTTCTGATGTATCTGTGAA 85941469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4120 CAGTGTATGCGTTAAAATTATATTGACAAAATATGAGTAGATTTCTGATGTATCTGTGAA 4179

 85941470 CTCTTCAGTACATCAAAAAGGAAATAAATTTCTTTACTTGCTGTTTTCTCTTTCTACTGT 85941529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4180 CTCTTCAGTACATCAAAAAGGAAATAAATTTCTTTACTTGCTGTTTTCTCTTTCTACTGT 4239

 85941530 GTCTGTAAACATGCTGCATTTATTTCTCCCTTAAGTGGTATATTTACTTTCTGCAAGACC 85941589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4240 GTCTGTAAACATGCTGCATTTATTTCTCCCTTAAGTGGTATATTTACTTTCTGCAAGACC 4299

 85941590 ACGAGGCTCTATTTCCATGGTACACTTGAAAAAAAAAATTAGCCCAAATAATTTCAAACC 85941649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4300 ACGAGGCTCTATTTCCATGGTACACTTGAAAAAAAAAATTAGCCCAAATAATTTCAAACC 4359

 85941650 AGAGTTTTTCAGTCTTCACATGATTCACCTACTCTACTTTTATACTCGCTTTCATGTAAA 85941709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4360 AGAGTTTTTCAGTCTTCACATGATTCACCTACTCTACTTTTATACTCGCTTTCATGTAAA 4419

 85941710 GATCTAAGTAATGTCAGATTTGGGGAGAGAGGCTTGGACAAATATATAAAATATGGCATG 85941769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4420 GATCTAAGTAATGTCAGATTTGGGGAGAGAGGCTTGGACAAATATATAAAATATGGCATG 4479

 85941770 TGCTGCCTGCTATGAGAGACTACAAATTTTCTATCACTTGAGGTCAGTAGTAGAACTGAA 85941829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4480 TGCTGCCTGCTATGAGAGACTACAAATTTTCTATCACTTGAGGTCAGTAGTAGAACTGAA 4539

 85941830 TATTATATGCAACATTTATGAATCAGATGTGAAAATATGGCCTGTATGGATTCTAAGGAA 85941889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4540 TATTATATGCAACATTTATGAATCAGATGTGAAAATATGGCCTGTATGGATTCTAAGGAA 4599

 85941890 CTTCACAAGTACACTTTTCTGAGTTAATTTACATATTTTTTATTACTTACATGTATATGA 85941949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4600 CTTCACAAGTACACTTTTCTGAGTTAATTTACATATTTTTTATTACTTACATGTATATGA 4659

 85941950 TAGTGTTTTTATATAGTGCATGTTCTTATTTCCAGTTCATTGATATTCTCTTGTCCTCTT 85942009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4660 TAGTGTTTTTATATAGTGCATGTTCTTATTTCCAGTTCATTGATATTCTCTTGTCCTCTT 4719

 85942010 TATTACTTGGCAGATCATAGTGCTGATAAGCAACTGAAAAGGATTAAATTCTAACATCTC 85942069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4720 TATTACTTGGCAGATCATAGTGCTGATAAGCAACTGAAAAGGATTAAATTCTAACATCTC 4779

 85942070 TTGTAGTGTGCTTGCATCTAAATGAATGCACCACAAATATTTGTGGTCTTCTCAACTGTC 85942129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4780 TTGTAGTGTGCTTGCATCTAAATGAATGCACCACAAATATTTGTGGTCTTCTCAACTGTC 4839

 85942130 AGCACCAGAATAGTCATGTGTGCTATTGATGGTTCTAGTTATCTCTTGTTACATAACAAA 85942189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4840 AGCACCAGAATAGTCATGTGTGCTATTGATGGTTCTAGTTATCTCTTGTTACATAACAAA 4899

 85942190 CTGTCACAAAACTGTATCTTAAAGCAAAAAATATTACTTCTTTCAAATTTGTAGATTGAG 85942249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4900 CTGTCACAAAACTGTATCTTAAAGCAAAAAATATTACTTCTTTCAAATTTGTAGATTGAG 4959

 85942250 CTCAGTTGACTTCTTGATTGTGGTTTTCTATGTGGTTTTAGTCAGATAATGGCTAGCATT 85942309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4960 CTCAGTTGACTTCTTGATTGTGGTTTTCTATGTGGTTTTAGTCAGATAATGGCTAGCATT 5019

 85942310 GTAGATATCTCAAGATTTCTTTACTTACGTGTCTGATGTTTGGGTTGGAATGACAAGAAT 85942369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5020 GTAGATATCTCAAGATTTCTTTACTTACGTGTCTGATGTTTGGGTTGGAATGACAAGAAT 5079

 85942370 AGCTGTAGGCCGAGGAAGCTTTTTTGTCTTTAGGCAGCCCCTTCCTGTGGGCTTTCTCAA 85942429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5080 AGCTGTAGGCCGAGGAAGCTTTTTTGTCTTTAGGCAGCCCCTTCCTGTGGGCTTTCTCAA 5139

 85942430 AACATGGCAATCTCAAAGCTATTGGACATCTTGCATGGTGGCCAGCTTTCCCCAGAGTGA 85942489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5140 AACATGGCAATCTCAAAGCTATTGGACATCTTGCATGGTGGCCAGCTTTCCCCAGAGTGA 5199

 85942490 AGTTTCCAAAAGACTAAAGCAAGAGCCAACAATTTTTCCTATAATCTTATAACCAGAAAA 85942549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5200 AGTTTCCAAAAGACTAAAGCAAGAGCCAACAATTTTTCCTATAATCTTATAACCAGAAAA 5259

 85942550 ATCAGTGCCACTTTTGCTGCACTCTATTATAGGGCCAGCCTAGATCTAAAGAGGGAGGAA 85942609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5260 ATCAGTGCCACTTTTGCTGCACTCTATTATAGGGCCAGCCTAGATCTAAAGAGGGAGGAA 5319

 85942610 AGGGAATTTACAAGGAAATGAACGCTAGGAAGTGTGGTTCACTGGGTAGGAAGGATTGTC 85942669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5320 AGGGAATTTACAAGGAAATGAACGCTAGGAAGTGTGGTTCACTGGGTAGGAAGGATTGTC 5379

 85942670 TTCTAGATTAACTACCACAATGTTAACCAAATCAAGAAAATTTTTAAAAATCTGATTTTT 85942729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5380 TTCTAGATTAACTACCACAATGTTAACCAAATCAAGAAAATTTTTAAAAATCTGATTTTT 5439

 85942730 AAAAATAATTGTTACTAGAAAGATCAATCCAACAAAATTTAAATAATTATCTTGAGATTT 85942789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5440 AAAAATAATTGTTACTAGAAAGATCAATCCAACAAAATTTAAATAATTATCTTGAGATTT 5499

 85942790 CATTTACCTGCATTGCAGTGGGTGTTGAAATGTAATTATGTGTGAAAAATTTATCTATTG 85942849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5500 CATTTACCTGCATTGCAGTGGGTGTTGAAATGTAATTATGTGTGAAAAATTTATCTATTG 5559

 85942850 ATTTACTTATTTTGCTATAAACACATTCTGCTAGATCAATGAAGTTCCCATTAAAATATG 85942909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5560 ATTTACTTATTTTGCTATAAACACATTCTGCTAGATCAATGAAGTTCCCATTAAAATATG 5619

 85942910 ATGTTTCTCAGTAGTCACAATAAATCTGCTTCACAGTGTTAAGACAGCTAGCTGATGACT 85942969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5620 ATGTTTCTCAGTAGTCACAATAAATCTGCTTCACAGTGTTAAGACAGCTAGCTGATGACT 5679

 85942970 TTCAGCTCTTTATCGACTGTATGACAGAGAACTCTGGGACATCAGTCAATCATTTGCCAA 85943029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5680 TTCAGCTCTTTATCGACTGTATGACAGAGAACTCTGGGACATCAGTCAATCATTTGCCAA 5739

 85943030 GAGAATGTAAAATGTACAGAGCTATTTTCCCTGAAAATATGATAATTTTCCCCATGAAAT 85943089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5740 GAGAATGTAAAATGTACAGAGCTATTTTCCCTGAAAATATGATAATTTTCCCCATGAAAT 5799

 85943090 TCCTGTGGACTCCTTATGAGATTCAGGATAATCCTCAATTTGTGCAAACTTACTTAGATT 85943149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5800 TCCTGTGGACTCCTTATGAGATTCAGGATAATCCTCAATTTGTGCAAACTTACTTAGATT 5859

 85943150 TCAGTACAAACTTTGGTCTTATTTCTAATATTTATTGTTCTTTTTTAAATCAACAATATA 85943209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5860 TCAGTACAAACTTTGGTCTTATTTCTAATATTTATTGTTCTTTTTTAAATCAACAATATA 5919

 85943210 AAATCATTGTATCCCACTCGAGATCATTCAGTCTAAATTTTAGCATTAACTACCTCTTGA 85943269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5920 AAATCATTGTATCCCACTCGAGATCATTCAGTCTAAATTTTAGCATTAACTACCTCTTGA 5979

 85943270 CAAAAGAATAGTTTTAAAACTTGATGATTAGAGAACATTTCTAAAGGAAATCATAACTAT 85943329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5980 CAAAAGAATAGTTTTAAAACTTGATGATTAGAGAACATTTCTAAAGGAAATCATAACTAT 6039

 85943330 ACTGAAATTATTTTACCACTGACAGTCACTGATAATCATTTTTTGGGTTGGTCATTTTTG 85943389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6040 ACTGAAATTATTTTACCACTGACAGTCACTGATAATCATTTTTTGGGTTGGTCATTTTTG 6099

 85943390 CCTGTGTCTGCAAGAGGAATATTGATCAGGTTCCCTCTGCTCTAATTTGACCCAAATAAG 85943449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6100 CCTGTGTCTGCAAGAGGAATATTGATCAGGTTCCCTCTGCTCTAATTTGACCCAAATAAG 6159

 85943450 ATTAAACACCTAACTGCATGGCGTATTTTGCCAATGGAACTACATTCTGGGATAGGGCCA 85943509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6160 ATTAAACACCTAACTGCATGGCGTATTTTGCCAATGGAACTACATTCTGGGATAGGGCCA 6219

 85943510 AGCCCATTCAGCAATATTAATTGATGCATTACTTCTAGGTCAGATAGACTTTCTAGAATA 85943569
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6220 CGCCCATTCAGCAATATTAATTGATGCATTACTTCTAGGTCAGATAGACTTTCTAGAATA 6279

 85943570 TTTCAATCCATATTAAATTCCTCCTCACACATCTTAAGGATCAATTTGTGTGTAATTCTC 85943629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6280 TTTCAATCCATATTAAATTCCTCCTCACACATCTTAAGGATCAATTTGTGTGTAATTCTC 6339

 85943630 GAGGATGATAATGTTTTATTCACTTGATAAAAATAGATGATTGTGTCTAGATTATTTATC 85943689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6340 GAGGATGATAATGTTTTATTCACTTGATAAAAATAGATGATTGTGTCTAGATTATTTATC 6399

 85943690 TATCCATACTTAGAGATGTTACATTCATCGAGTTTTACTAAAATTATTACTGTCCCAAAC 85943749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6400 TATCCATACTTAGAGATGTTACATTCATCGAGTTTTACTAAAATTATTACTGTCCCAAAC 6459

 85943750 TTTTAAGCTCTTGTTTGGGAAGTATGTCATCCAGATTTTGTAACACCCAGGTGTTTTACA 85943809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6460 TTTTAAGCTCTTGTTTGGGAAGTATGTCATCCAGATTTTGTAACACCCAGGTGTTTTACA 6519

 85943810 CATTTCAAGTTCAGATTATTCAACTAATCATTTTAAATACAGCTTTTAGACTCATATGCC 85943869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6520 CATTTCAAGTTCAGATTATTCAACTAATCATTTTAAATACAGCTTTTAGACTCATATGCC 6579

 85943870 AGAAAACCAAAAGTGATATTATTATGATTTTTCAATTTTCTTTATTTATGCTAACCAGAT 85943929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6580 AGAAAACCAAAAGTGATATTATTATGATTTTTCAATTTTCTTTATTTATGCTAACCAGAT 6639

 85943930 TATTAAAAAGACTCAATAATCGGTAGTTTAATC 85943962
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     6640 TATTAAAAAGACTCAATAATCGGTAGTTTAATC 6672

Alignment time is 4.98256 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2336] =>      2336 nucs 'mol-32-2fc2-213169_2336'

Score:        2277
Aligned:      2344        nucs
Identic:      2333 (100%) nucs =>       386 (100%)      1947 ( 99%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936315,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939588]
 second seq =>  [       1,     386] EXCISED REGION [     387,    2336]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936315 AAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTC 85936374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTC 60

 85936375 TCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTAT 85936434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTAT 120

 85936435 TTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAAC 85936494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAAC 180

 85936495 AGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGA 85936554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGA 240

 85936555 AAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCA 85936614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCA 300

 85936615 AGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTT 85936674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTT 360

 85936675 TGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||
      361 TGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 386

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      387 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 446

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      447 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 506

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      507 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 566

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      567 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 626

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      627 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 686

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      687 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 746

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      747 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 806

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      807 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 866

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      867 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 926

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      927 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 986

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      987 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1046

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1047 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1106

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1107 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1166

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1167 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1226

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1227 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1282

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1283 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1342

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1343 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1402

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1403 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 1462

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1463 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1522

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1523 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1582

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1642

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1702

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1761

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1821

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1881

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1941

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 2001

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2061

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGC- 85939370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
     2062 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG---T 2118

 85939371 ATTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAAT 85939430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2119 ATTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAAT 2178

 85939431 TGCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCT 85939490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2179 TGCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCT 2238

 85939491 TCTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCT 85939550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2239 TCTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCT 2298

 85939551 TTTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAA 85939588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2299 TTTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAA 2336

Alignment time is 1.7398 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    8151] =>      8151 nucs 'mol-32-2fcd-226979_8151'

Score:        8025
Aligned:      8162        nucs
Identic:      8143 (100%) nucs =>      1006 (100%)      7137 (100%)
Gaps:           13 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85935693,85936700] EXCISED REGION [85937632,85944783]
 second seq =>  [       1,    1008] EXCISED REGION [    1009,    8151]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85935693 GTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCGTATACCTAACACC 85935752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
        1 GTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCATATACCTAACACC 60

 85935753 CAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTCACAATTAGTGATA 85935812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTCACAATTAGTGATA 120

 85935813 GAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTTTTCATTTTTACCC 85935872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTTTTCATTTTTACCC 180

 85935873 AATTCCCTTCTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACATGTAATCGTCGTG 85935932
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATTCCCTTTTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACATGTAATCGTCGTG 240

 85935933 TCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTCTTTTCAATAATCA 85935992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTCTTTTCAATAATCA 300

 85935993 CAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAACTGAGATTTGTATA 85936052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAACTGAGATTTGTATA 360

 85936053 TGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGAGCATAGAGGTGAA 85936112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGAGCATAGAGGTGAA 420

 85936113 TTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCACTTGGTTTTGTGA 85936172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCACTTGGTTTTGTGA 480

 85936173 CAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAATTTT 85936232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAATTTT 540

 85936233 TAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCATT 85936292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCATT 600

 85936293 AAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATAC 85936352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATAC 660

 85936353 ATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCT 85936412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCT 720

 85936413 GTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGAT 85936472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGAT 780

 85936473 AAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAA 85936532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAA 840

 85936533 CTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCT 85936592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCT 900

 85936593 GAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCA 85936652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCA 960

 85936653 CACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 1008

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1009 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 1068

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1069 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 1128

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1129 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 1188

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1189 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 1248

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1249 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 1308

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1309 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 1368

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1369 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 1428

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1429 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 1488

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1489 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 1548

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 1608

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1609 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1668

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1728

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1729 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1788

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1848

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1849 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1904

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1905 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1964

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1965 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 2024

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2025 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 2084

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2085 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 2144

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2145 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 2204

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2205 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 2264

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2265 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 2324

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2325 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 2383

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2384 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 2443

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2444 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 2503

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2504 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 2563

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2564 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 2623

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2624 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2683

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 85939371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
     2684 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATAT--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 2741

 85939372 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 85939431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2742 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 2801

 85939432 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 85939491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2802 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 2861

 85939492 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 85939551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2862 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 2921

 85939552 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 85939611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2922 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 2981

 85939612 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 85939671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2982 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 3041

 85939672 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 85939731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3042 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 3101

 85939732 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTG--TATAT 85939789
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
     3102 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTGTATATAT 3161

 85939790 ATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTAGT 85939849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3162 ATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTAGT 3221

 85939850 TTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTTTC 85939909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3222 TTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTTTC 3281

 85939910 TCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAAAC 85939969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3282 TCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAAAC 3341

 85939970 TGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTCAG 85940029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3342 TGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTCAG 3401

 85940030 GATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTTAG 85940089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3402 GATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTTAG 3461

 85940090 CAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAATC 85940149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3462 CAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAATC 3521

 85940150 TAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGAGT 85940209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3522 TAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGAGT 3581

 85940210 GCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAATCA 85940269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3582 GCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAATCA 3641

 85940270 ACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTTTT 85940329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3642 ACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTTTT 3701

 85940330 CCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTATG 85940389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3702 CCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTATG 3761

 85940390 TAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTATCA 85940449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3762 TAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTATCA 3821

 85940450 CTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATTTA 85940509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3822 CTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATTTA 3881

 85940510 GTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATCTG 85940569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3882 GTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATCTG 3941

 85940570 GCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAATG 85940629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3942 GCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAATG 4001

 85940630 TTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAACTT 85940689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4002 TTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAACTT 4061

 85940690 CATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACAAA 85940749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4062 CATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACAAA 4121

 85940750 TATAAAAATGGTACTATATGATATTCAGTTCTATCGGATGTTTATTTGTATTTATCAGAT 85940809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||
     4122 TATAAAAATGGTACTATATGATATTCAGTTCTATCGGATGTTTATTTGTATT----AGAT 4177

 85940810 GTTTACTTTTTAATTCTACAGAAACATTTTCAAGGTAATTTATTGGAGAGTTATCTGAGA 85940869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     4178 GTTTACTTTTTAATTCTACAGAAACATTTTCAAGATAATTTATTGGAGAGTTATCTGAGA 4237

 85940870 GAATTTTCATCAGATATTTATATGAACTGAGTCTATAATTCTTTTGTCTATCAAATTGAT 85940929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4238 GAATTTTCATCAGATATTTATATGAACTGAGTCTATAATTCTTTTGTCTATCAAATTGAT 4297

 85940930 AATGCAGACTGGAAAATCCACTTAATAGAAATTGAGGCAATTTAGAATAAGAGAGGAAAT 85940989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4298 AATGCAGACTGGAAAATCCACTTAATAGAAATTGAGGCAATTTAGAATAAGAGAGGAAAT 4357

 85940990 TACAAAGAAAAGCTAATAATGGCACTGAAACAAAAAGAGAATTCAGAACATGATGGCTGG 85941049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4358 TACAAAGAAAAGCTAATAATGGCACTGAAACAAAAAGAGAATTCAGAACATGATGGCTGG 4417

 85941050 GAATGACCTAATCTTTACCCCGTCTCCTTCTGTTGTTTCTGTTGCGTGCCAGAGAGCTCA 85941109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4418 GAATGACCTAATCTTTACCCCGTCTCCTTCTGTTGTTTCTGTTGCGTGCCAGAGAGCTCA 4477

 85941110 TATTTAAGCTCAAGAAAAACAAAAATGAGAATGCCTAACAGGCTAAATTGTATTTTCTAT 85941169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4478 TATTTAAGCTCAAGAAAAACAAAAATGAGAATGCCTAACAGGCTAAATTGTATTTTCTAT 4537

 85941170 GTGTGCATTTCCTACACAAAAGTATAGCATTTTATGATTTCCAACATATTTTATTAAAAT 85941229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4538 GTGTGCATTTCCTACACAAAAGTATAGCATTTTATGATTTCCAACATATTTTATTAAAAT 4597

 85941230 GCATAATATATCTATTCACACGTAAATGTTCTTATAATGTCTATCACATTTAAGTGGAAA 85941289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4598 GCATAATATATCTATTCACACGTAAATGTTCTTATAATGTCTATCACATTTAAGTGGAAA 4657

 85941290 TTTTTACATTTCCATCTAATTTTAGTTTCTTTAACTATAAAAGATTTACGCAGGCTCTGG 85941349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4658 TTTTTACATTTCCATCTAATTTTAGTTTCTTTAACTATAAAAGATTTACGCAGGCTCTGG 4717

 85941350 TTATATGTGATTCATACACACAAGAATGTACACACACACATTTTTAAACATGTATAATGG 85941409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4718 TTATATGTGATTCATACACACAAGAATGTACACACACACATTTTTAAACATGTATAATGG 4777

 85941410 CAGTGTATGCGTTAAAATTATATTGACAAAATATGAGTAGATTTCTGATGTATCTGTGAA 85941469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4778 CAGTGTATGCGTTAAAATTATATTGACAAAATATGAGTAGATTTCTGATGTATCTGTGAA 4837

 85941470 CTCTTCAGTACATCAAAAAGGAAATAAATTTCTTTACTTGCTGTTTTCTCTTTCTACTGT 85941529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4838 CTCTTCAGTACATCAAAAAGGAAATAAATTTCTTTACTTGCTGTTTTCTCTTTCTACTGT 4897

 85941530 GTCTGTAAACATGCTGCATTTATTTCTCCCTTAAGTGGTATATTTACTTTCTGCAAGACC 85941589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4898 GTCTGTAAACATGCTGCATTTATTTCTCCCTTAAGTGGTATATTTACTTTCTGCAAGACC 4957

 85941590 ACGAGGCTCTATTTCCATGGTACACTTGAAAAAAAAAATTAGCCCAAATAATTTCAAACC 85941649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4958 ACGAGGCTCTATTTCCATGGTACACTTGAAAAAAAAAATTAGCCCAAATAATTTCAAACC 5017

 85941650 AGAGTTTTTCAGTCTTCACATGATTCACCTACTCTACTTTTATACTCGCTTTCATGTAAA 85941709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5018 AGAGTTTTTCAGTCTTCACATGATTCACCTACTCTACTTTTATACTCGCTTTCATGTAAA 5077

 85941710 GATCTAAGTAATGTCAGATTTGGGGAGAGAGGCTTGGACAAATATATAAAATATGGCATG 85941769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5078 GATCTAAGTAATGTCAGATTTGGGGAGAGAGGCTTGGACAAATATATAAAATATGGCATG 5137

 85941770 TGCTGCCTGCTATGAGAGACTACAAATTTTCTATCACTTGAGGTCAGTAGTAGAACTGAA 85941829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5138 TGCTGCCTGCTATGAGAGACTACAAATTTTCTATCACTTGAGGTCAGTAGTAGAACTGAA 5197

 85941830 TATTATATGCAACATTTATGAATCAGATGTGAAAATATGGCCTGTATGGATTCTAAGGAA 85941889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5198 TATTATATGCAACATTTATGAATCAGATGTGAAAATATGGCCTGTATGGATTCTAAGGAA 5257

 85941890 CTTCACAAGTACACTTTTCTGAGTTAATTTACATATTTTTTATTACTTACATGTATATGA 85941949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5258 CTTCACAAGTACACTTTTCTGAGTTAATTTACATATTTTTTATTACTTACATGTATATGA 5317

 85941950 TAGTGTTTTTATATAGTGCATGTTCTTATTTCCAGTTCATTGATATTCTCTTGTCCTCTT 85942009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5318 TAGTGTTTTTATATAGTGCATGTTCTTATTTCCAGTTCATTGATATTCTCTTGTCCTCTT 5377

 85942010 TATTACTTGGCAGATCATAGTGCTGATAAGCAACTGAAAAGGATTAAATTCTAACATCTC 85942069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5378 TATTACTTGGCAGATCATAGTGCTGATAAGCAACTGAAAAGGATTAAATTCTAACATCTC 5437

 85942070 TTGTAGTGTGCTTGCATCTAAATGAATGCACCACAAATATTTGTGGTCTTCTCAACTGTC 85942129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5438 TTGTAGTGTGCTTGCATCTAAATGAATGCACCACAAATATTTGTGGTCTTCTCAACTGTC 5497

 85942130 AGCACCAGAATAGTCATGTGTGCTATTGATGGTTCTAGTTATCTCTTGTTACATAACAAA 85942189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5498 AGCACCAGAATAGTCATGTGTGCTATTGATGGTTCTAGTTATCTCTTGTTACATAACAAA 5557

 85942190 CTGTCACAAAACTGTATCTTAAAGCAAAAAATATTACTTCTTTCAAATTTGTAGATTGAG 85942249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5558 CTGTCACAAAACTGTATCTTAAAGCAAAAAATATTACTTCTTTCAAATTTGTAGATTGAG 5617

 85942250 CTCAGTTGACTTCTTGATTGTGGTTTTCTATGTGGTTTTAGTCAGATAATGGCTAGCATT 85942309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5618 CTCAGTTGACTTCTTGATTGTGGTTTTCTATGTGGTTTTAGTCAGATAATGGCTAGCATT 5677

 85942310 GTAGATATCTCAAGATTTCTTTACTTACGTGTCTGATGTTTGGGTTGGAATGACAAGAAT 85942369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5678 GTAGATATCTCAAGATTTCTTTACTTACGTGTCTGATGTTTGGGTTGGAATGACAAGAAT 5737

 85942370 AGCTGTAGGCCGAGGAAGCTTTTTTGTCTTTAGGCAGCCCCTTCCTGTGGGCTTTCTCAA 85942429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5738 AGCTGTAGGCCGAGGAAGCTTTTTTGTCTTTAGGCAGCCCCTTCCTGTGGGCTTTCTCAA 5797

 85942430 AACATGGCAATCTCAAAGCTATTGGACATCTTGCATGGTGGCCAGCTTTCCCCAGAGTGA 85942489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5798 AACATGGCAATCTCAAAGCTATTGGACATCTTGCATGGTGGCCAGCTTTCCCCAGAGTGA 5857

 85942490 AGTTTCCAAAAGACTAAAGCAAGAGCCAACAATTTTTCCTATAATCTTATAACCAGAAAA 85942549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5858 AGTTTCCAAAAGACTAAAGCAAGAGCCAACAATTTTTCCTATAATCTTATAACCAGAAAA 5917

 85942550 ATCAGTGCCACTTTTGCTGCACTCTATTATAGGGCCAGCCTAGATCTAAAGAGGGAGGAA 85942609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5918 ATCAGTGCCACTTTTGCTGCACTCTATTATAGGGCCAGCCTAGATCTAAAGAGGGAGGAA 5977

 85942610 AGGGAATTTACAAGGAAATGAACGCTAGGAAGTGTGGTTCACTGGGTAGGAAGGATTGTC 85942669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5978 AGGGAATTTACAAGGAAATGAACGCTAGGAAGTGTGGTTCACTGGGTAGGAAGGATTGTC 6037

 85942670 TTCTAGATTAACTACCACAATGTTAACCAAATCAAGAAAATTTTTAAAAATCTGATTTTT 85942729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6038 TTCTAGATTAACTACCACAATGTTAACCAAATCAAGAAAATTTTTAAAAATCTGATTTTT 6097

 85942730 AAAAATAATTGTTACTAGAAAGATCAATCCAACAAAATTTAAATAATTATCTTGAGATTT 85942789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6098 AAAAATAATTGTTACTAGAAAGATCAATCCAACAAAATTTAAATAATTATCTTGAGATTT 6157

 85942790 CATTTACCTGCATTGCAGTGGGTGTTGAAATGTAATTATGTGTGAAAAATTTATCTATTG 85942849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6158 CATTTACCTGCATTGCAGTGGGTGTTGAAATGTAATTATGTGTGAAAAATTTATCTATTG 6217

 85942850 ATTTACTTATTTTGCTATAAACACATTCTGCTAGATCAATGAAGTTCCCATTAAAATATG 85942909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6218 ATTTACTTATTTTGCTATAAACACATTCTGCTAGATCAATGAAGTTCCCATTAAAATATG 6277

 85942910 ATGTTTCTCAGTAGTCACAATAAATCTGCTTCACAGTGTTAAGACAGCTAGCTGATGACT 85942969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6278 ATGTTTCTCAGTAGTCACAATAAATCTGCTTCACAGTGTTAAGACAGCTAGCTGATGACT 6337

 85942970 TTCAGCTCTTTATCGACTGTATGACAGAGAACTCTGGGACATCAGTCAATCATTTGCCAA 85943029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6338 TTCAGCTCTTTATCGACTGTATGACAGAGAACTCTGGGACATCAGTCAATCATTTGCCAA 6397

 85943030 GAGAATGTAAAATGTACAGAGCTATTTTCCCTGAAAATATGATAATTTTCCCCATGAAAT 85943089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6398 GAGAATGTAAAATGTACAGAGCTATTTTCCCTGAAAATATGATAATTTTCCCCATGAAAT 6457

 85943090 TCCTGTGGACTCCTTATGAGATTCAGGATAATCCTCAATTTGTGCAAACTTACTTAGATT 85943149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6458 TCCTGTGGACTCCTTATGAGATTCAGGATAATCCTCAATTTGTGCAAACTTACTTAGATT 6517

 85943150 TCAGTACAAACTTTGGTCTTATTTCTAATATTTATTGTTCTTTTTTAAATCAACAATATA 85943209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6518 TCAGTACAAACTTTGGTCTTATTTCTAATATTTATTGTTCTTTTTTAAATCAACAATATA 6577

 85943210 AAATCATTGTATCCCACTCGAGATCATTCAGTCTAAATTTTAGCATTAACTACCTCTTGA 85943269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6578 AAATCATTGTATCCCACTCGAGATCATTCAGTCTAAATTTTAGCATTAACTACCTCTTGA 6637

 85943270 CAAAAGAATAGTTTTAAAACTTGATGATTAGAGAACATTTCTAAAGGAAATCATAACTAT 85943329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6638 CAAAAGAATAGTTTTAAAACTTGATGATTAGAGAACATTTCTAAAGGAAATCATAACTAT 6697

 85943330 ACTGAAATTATTTTACCACTGACAGTCACTGATAATCATTTTTTGGGTTGGTCATTTTTG 85943389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6698 ACTGAAATTATTTTACCACTGACAGTCACTGATAATCATTTTTTGGGTTGGTCATTTTTG 6757

 85943390 CCTGTGTCTGCAAGAGGAATATTGATCAGGTTCCCTCTGCTCTAATTTGACCCAAATAAG 85943449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6758 CCTGTGTCTGCAAGAGGAATATTGATCAGGTTCCCTCTGCTCTAATTTGACCCAAATAAG 6817

 85943450 ATTAAACACCTAACTGCATGGCGTATTTTGCCAATGGAACTACATTCTGGGATAGGGCCA 85943509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6818 ATTAAACACCTAACTGCATGGCGTATTTTGCCAATGGAACTACATTCTGGGATAGGGCCA 6877

 85943510 AGCCCATTCAGCAATATTAATTGATGCATTACTTCTAGGTCAGATAGACTTTCTAGAATA 85943569
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6878 CGCCCATTCAGCAATATTAATTGATGCATTACTTCTAGGTCAGATAGACTTTCTAGAATA 6937

 85943570 TTTCAATCCATATTAAATTCCTCCTCACACATCTTAAGGATCAATTTGTGTGTAATTCTC 85943629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6938 TTTCAATCCATATTAAATTCCTCCTCACACATCTTAAGGATCAATTTGTGTGTAATTCTC 6997

 85943630 GAGGATGATAATGTTTTATTCACTTGATAAAAATAGATGATTGTGTCTAGATTATTTATC 85943689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6998 GAGGATGATAATGTTTTATTCACTTGATAAAAATAGATGATTGTGTCTAGATTATTTATC 7057

 85943690 TATCCATACTTAGAGATGTTACATTCATCGAGTTTTACTAAAATTATTACTGTCCCAAAC 85943749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7058 TATCCATACTTAGAGATGTTACATTCATCGAGTTTTACTAAAATTATTACTGTCCCAAAC 7117

 85943750 TTTTAAGCTCTTGTTTGGGAAGTATGTCATCCAGATTTTGTAACACCCAGGTGTTTTACA 85943809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7118 TTTTAAGCTCTTGTTTGGGAAGTATGTCATCCAGATTTTGTAACACCCAGGTGTTTTACA 7177

 85943810 CATTTCAAGTTCAGATTATTCAACTAATCATTTTAAATACAGCTTTTAGACTCATATGCC 85943869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7178 CATTTCAAGTTCAGATTATTCAACTAATCATTTTAAATACAGCTTTTAGACTCATATGCC 7237

 85943870 AGAAAACCAAAAGTGATATTATTATGATTTTTCAATTTTCTTTATTTATGCTAACCAGAT 85943929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7238 AGAAAACCAAAAGTGATATTATTATGATTTTTCAATTTTCTTTATTTATGCTAACCAGAT 7297

 85943930 TATTAAAAAGACTCAATAATCGGTAGTTTAATCACTGTACCTTAGTACTCATGCAAAACA 85943989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7298 TATTAAAAAGACTCAATAATCGGTAGTTTAATCACTGTACCTTAGTACTCATGCAAAACA 7357

 85943990 AAGATGGTAAAAATAATCTTATTGAGGCTTCAAAAGGTTTTTTTGGTCAATATTAAATTT 85944049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7358 AAGATGGTAAAAATAATCTTATTGAGGCTTCAAAAGGTTTTTTTGGTCAATATTAAATTT 7417

 85944050 TCTTTAGGTGCACATTCTTTTTTACTTATTAAGTATCTGACACCATTGTTAAATAAGTGG 85944109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7418 TCTTTAGGTGCACATTCTTTTTTACTTATTAAGTATCTGACACCATTGTTAAATAAGTGG 7477

 85944110 CATAGAAACAATCACACTCACGTTTGGGAAAAAAAGACTTTAGAGTAAATTGTGTATTTT 85944169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7478 CATAGAAACAATCACACTCACGTTTGGGAAAAAAAGACTTTAGAGTAAATTGTGTATTTT 7537

 85944170 CTGTCAAAACGGGCAAATGATGCTACTAAAGAATCACTATAAAGAAATAATCTAAAATTA 85944229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7538 CTGTCAAAACGGGCAAATGATGCTACTAAAGAATCACTATAAAGAAATAATCTAAAATTA 7597

 85944230 ATTATTTTAGAAGTGAATATTTTGGATAGATATGTTGCAACTATGAGATACTTTTTAAAA 85944289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7598 ATTATTTTAGAAGTGAATATTTTGGATAGATATGTTGCAACTATGAGATACTTTTTAAAA 7657

 85944290 TGATAAACATATAACCTATTTCATTTTTTTTACAGGTAATATCCTATAATTCATGAATTT 85944349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7658 TGATAAACATATAACCTATTTCATTTTTTTTACAGGTAATATCCTATAATTCATGAATTT 7717

 85944350 CAAGTATATAATTCAGTTTTTAGGTAAATTTACCAAGCAGTGCAAACATTAAAATAAATC 85944409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7718 CAAGTATATAATTCAGTTTTTAGGTAAATTTACCAAGCAGTGCAAACATTAAAATAAATC 7777

 85944410 CATTTTCAAACATTTCTATCATCCAGTAAAATCCATCCAGCCTACTTATTGTCAATCTCT 85944469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7778 CATTTTCAAACATTTCTATCATCCAGTAAAATCCATCCAGCCTACTTATTGTCAATCTCT 7837

 85944470 TCCCACCTCCCTCAACTCTCACCCCAGGTAACCACTATTTTCCTTTCTGTCTCTATAGAT 85944529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7838 TCCCACCTCCCTCAACTCTCACCCCAGGTAACCACTATTTTCCTTTCTGTCTCTATAGAT 7897

 85944530 TCCAGATTTCATGTCATTTCTTATAAATGGTACAACAAAATAGATGGTCATTTTTGCCTG 85944589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7898 TCCAGATTTCATGTCATTTCTTATAAATGGTACAACAAAATAGATGGTCATTTTTGCCTG 7957

 85944590 ACTTTTTAATTTACATAATATTTTTCAAGTTTATTCATACTTATTATGAATAATGCTACT 85944649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7958 ACTTTTTAATTTACATAATATTTTTCAAGTTTATTCATACTTATTATGAATAATGCTACT 8017

 85944650 GAGAGCATTAGTGTACAGTTCTCATGTGAATATGTTGGGTATTCACATACCCAAAGAAAA 85944709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8018 GAGAGCATTAGTGTACAGTTCTCATGTGAATATGTTGGGTATTCACATACCCAAAGAAAA 8077

 85944710 TTAAATTGATACACCATATAGTAAAACTAGGTTTAACTTTCTAGGAAACTATCAAACTGT 85944769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8078 TTAAATTGATACACCATATAGTAAAACTAGGTTTAACTTTCTAGGAAACTATCAAACTGT 8137

 85944770 TTTCTAACATAGTC 85944783
          ||||||||||||||
     8138 TTTCTAACATAGTC 8151

Alignment time is 5.99401 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2358] =>      2358 nucs 'mol-32-2fd8-021794_2358'

Score:        2281
Aligned:      2366        nucs
Identic:      2355 (100%) nucs =>       341 (100%)      2014 ( 99%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936360,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939656]
 second seq =>  [       1,     341] EXCISED REGION [     342,    2358]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936360 AAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCT 85936419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCT 60

 85936420 CAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGT 85936479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGT 120

 85936480 ATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAG 85936539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAG 180

 85936540 TTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCA 85936599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCA 240

 85936600 TCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTA 85936659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTA 300

 85936660 AAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 341

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
      342 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTATAAAATGGCCCAAT 401

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      402 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 461

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      462 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 521

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      522 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 581

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      582 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 641

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      642 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 701

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      702 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 761

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      762 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 821

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      822 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 881

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      882 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 941

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      942 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1001

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1002 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1061

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1062 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1121

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1122 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1181

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1182 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1237

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1238 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1297

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1298 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1357

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1358 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACC-AAAAAAAAAAAAAAACT 1416

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1417 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1476

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1477 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1536

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1537 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1596

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1597 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1656

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1657 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1715

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1716 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1775

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1776 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1835

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1836 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1895

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1896 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 1955

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1956 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2015

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 85939371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
     2016 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATAT--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 2073

 85939372 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 85939431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2074 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 2133

 85939432 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 85939491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2134 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 2193

 85939492 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 85939551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2194 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 2253

 85939552 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 85939611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2254 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 2313

 85939612 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTAC 85939656
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2314 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTAC 2358

Alignment time is 1.76242 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2173] =>      2173 nucs 'mol-32-2fee-147783_2173'

Score:        2138
Aligned:      2177        nucs
Identic:      2171 (100%) nucs =>       455 (100%)      1716 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936246,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939353]
 second seq =>  [       1,     455] EXCISED REGION [     456,    2173]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936246 ATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCATTAAAATTCACACAT 85936305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCATTAAAATTCACACAT 60

 85936306 TTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATGC 85936365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATGC 120

 85936366 AATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTC 85936425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTC 180

 85936426 CTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCA 85936485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCA 240

 85936486 TTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCT 85936545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCT 300

 85936546 ATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAA 85936605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAA 360

 85936606 AGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATG 85936665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATG 420

 85936666 TCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 455

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      456 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 515

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      516 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 575

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      576 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 635

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      636 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 695

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      696 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 755

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      756 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 815

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      816 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 875

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      876 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 935

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      936 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 995

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      996 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 1055

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1056 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1115

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1116 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1175

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1176 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1235

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1236 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1295

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1296 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1351

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1352 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1411

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1412 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1471

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1472 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 1531

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1532 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1591

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1592 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1651

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1652 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1711

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1712 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1771

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1772 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1831

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1832 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1891

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1892 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1951

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1952 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 2011

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2012 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 2071

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2072 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2131

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAG 85939353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2132 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAG 2173

Alignment time is 1.63545 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    6301] =>      6301 nucs 'mol-32-3004-129757_6301'

Score:        6187
Aligned:      6313        nucs
Identic:      6295 (100%) nucs =>        92 (100%)      6203 (100%)
Gaps:           14 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936609,85936700] EXCISED REGION [85937632,85943850]
 second seq =>  [       1,      92] EXCISED REGION [      93,    6301]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936609 GTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCC 85936668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCC 60

 85936669 TAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 92

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       93 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 152

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      153 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 212

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      213 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 272

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      273 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 332

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      333 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 392

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      393 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 452

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      453 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 512

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      513 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 572

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      573 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 632

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      633 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 692

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      693 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 752

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      753 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 812

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      813 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 872

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      873 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 932

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      933 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 988

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      989 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1048

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1049 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1108

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1109 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACC-AAAAAAAAAAAAAAACT 1167

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1168 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1227

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1228 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1287

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1288 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1347

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1348 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1407

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1408 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1466

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1467 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1526

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1527 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1586

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1587 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1646

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1647 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 1706

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1707 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 1766

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 85939371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
     1767 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATAT--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 1824

 85939372 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 85939431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 1884

 85939432 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 85939491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 1944

 85939492 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 85939551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 2004

 85939552 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 85939611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 2064

 85939612 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 85939671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2065 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 2124

 85939672 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 85939731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2125 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 2184

 85939732 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTG--TATAT 85939789
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
     2185 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTGTATATAT 2244

 85939790 ATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTAGT 85939849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2245 ATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTAGT 2304

 85939850 TTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTTTC 85939909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2305 TTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTTTC 2364

 85939910 TCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAAAC 85939969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2365 TCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAAAC 2424

 85939970 TGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTCAG 85940029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 TGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTCAG 2484

 85940030 GATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTTAG 85940089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2485 GATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTTAG 2544

 85940090 CAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAATC 85940149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2545 CAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAATC 2604

 85940150 TAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGAGT 85940209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2605 TAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGAGT 2664

 85940210 GCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAATCA 85940269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2665 GCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAATCA 2724

 85940270 ACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTTTT 85940329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2725 ACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTTTT 2784

 85940330 CCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTATG 85940389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2785 CCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTATG 2844

 85940390 TAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTATCA 85940449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2845 TAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTATCA 2904

 85940450 CTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATTTA 85940509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2905 CTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATTTA 2964

 85940510 GTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATCTG 85940569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2965 GTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATCTG 3024

 85940570 GCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAATG 85940629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3025 GCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAATG 3084

 85940630 TTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAACTT 85940689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3085 TTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAACTT 3144

 85940690 CATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACAAA 85940749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3145 CATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACAAA 3204

 85940750 TATAAAAATGGTACTATATGATATTCAGTTCTATCGGATGTTTATTTGTATTTATCAGAT 85940809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||
     3205 TATAAAAATGGTACTATATGATATTCAGTTCTATCGGATGTTTATTTGTATT----AGAT 3260

 85940810 GTTTACTTTTTAATTCTACAGAAACATTTTCAAGGTAATTTATTGGAGAGTTATCTGAGA 85940869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     3261 GTTTACTTTTTAATTCTACAGAAACATTTTCAAGATAATTTATTGGAGAGTTATCTGAGA 3320

 85940870 GAATTTTCATCAGATATTTATATGAACTGAGTCTATAATTCTTTTGTCTATCAAATTGAT 85940929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3321 GAATTTTCATCAGATATTTATATGAACTGAGTCTATAATTCTTTTGTCTATCAAATTGAT 3380

 85940930 AATGCAGACTGGAAAATCCACTTAATAGAAATTGAGGCAATTTAGAATAAGAGAGGAAAT 85940989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3381 AATGCAGACTGGAAAATCCACTTAATAGAAATTGAGGCAATTTAGAATAAGAGAGGAAAT 3440

 85940990 TACAAAGAAAAGCTAATAATGGCACTGAAACAAAAAGAGAATTCAGAACATGATGGCTGG 85941049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3441 TACAAAGAAAAGCTAATAATGGCACTGAAACAAAAAGAGAATTCAGAACATGATGGCTGG 3500

 85941050 GAATGACCTAATCTTTACCCCGTCTCCTTCTGTTGTTTCTGTTGCGTGCCAGAGAGCTCA 85941109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3501 GAATGACCTAATCTTTACCCCGTCTCCTTCTGTTGTTTCTGTTGCGTGCCAGAGAGCTCA 3560

 85941110 TATTTAAGCTCAAGAAAAACAAAAATGAGAATGCCTAACAGGCTAAATTGTATTTTCTAT 85941169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3561 TATTTAAGCTCAAGAAAAACAAAAATGAGAATGCCTAACAGGCTAAATTGTATTTTCTAT 3620

 85941170 GTGTGCATTTCCTACACAAAAGTATAGCATTTTATGATTTCCAACATATTTTATTAAAAT 85941229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3621 GTGTGCATTTCCTACACAAAAGTATAGCATTTTATGATTTCCAACATATTTTATTAAAAT 3680

 85941230 GCATAATATATCTATTCACACGTAAATGTTCTTATAATGTCTATCACATTTAAGTGGAAA 85941289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3681 GCATAATATATCTATTCACACGTAAATGTTCTTATAATGTCTATCACATTTAAGTGGAAA 3740

 85941290 TTTTTACATTTCCATCTAATTTTAGTTTCTTTAACTATAAAAGATTTACGCAGGCTCTGG 85941349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3741 TTTTTACATTTCCATCTAATTTTAGTTTCTTTAACTATAAAAGATTTACGCAGGCTCTGG 3800

 85941350 TTATATGTGATTCATACACACAAGAATGTACACACACACATTTTTAAACATGTATAATGG 85941409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3801 TTATATGTGATTCATACACACAAGAATGTACACACACACATTTTTAAACATGTATAATGG 3860

 85941410 CAGTGTATGCGTTAAAATTATATTGACAAAATATGAGTAGATTTCTGATGTATCTGTGAA 85941469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3861 CAGTGTATGCGTTAAAATTATATTGACAAAATATGAGTAGATTTCTGATGTATCTGTGAA 3920

 85941470 CTCTTCAGTACATCAAAAAGGAAATAAATTTCTTTACTTGCTGTTTTCTCTTTCTACTGT 85941529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3921 CTCTTCAGTACATCAAAAAGGAAATAAATTTCTTTACTTGCTGTTTTCTCTTTCTACTGT 3980

 85941530 GTCTGTAAACATGCTGCATTTATTTCTCCCTTAAGTGGTATATTTACTTTCTGCAAGACC 85941589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3981 GTCTGTAAACATGCTGCATTTATTTCTCCCTTAAGTGGTATATTTACTTTCTGCAAGACC 4040

 85941590 ACGAGGCTCTATTTCCATGGTACACTTGAAAAAAAAAATTAGCCCAAATAATTTCAAACC 85941649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4041 ACGAGGCTCTATTTCCATGGTACACTTGAAAAAAAAAATTAGCCCAAATAATTTCAAACC 4100

 85941650 AGAGTTTTTCAGTCTTCACATGATTCACCTACTCTACTTTTATACTCGCTTTCATGTAAA 85941709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4101 AGAGTTTTTCAGTCTTCACATGATTCACCTACTCTACTTTTATACTCGCTTTCATGTAAA 4160

 85941710 GATCTAAGTAATGTCAGATTTGGGGAGAGAGGCTTGGACAAATATATAAAATATGGCATG 85941769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4161 GATCTAAGTAATGTCAGATTTGGGGAGAGAGGCTTGGACAAATATATAAAATATGGCATG 4220

 85941770 TGCTGCCTGCTATGAGAGACTACAAATTTTCTATCACTTGAGGTCAGTAGTAGAACTGAA 85941829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4221 TGCTGCCTGCTATGAGAGACTACAAATTTTCTATCACTTGAGGTCAGTAGTAGAACTGAA 4280

 85941830 TATTATATGCAACATTTATGAATCAGATGTGAAAATATGGCCTGTATGGATTCTAAGGAA 85941889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4281 TATTATATGCAACATTTATGAATCAGATGTGAAAATATGGCCTGTATGGATTCTAAGGAA 4340

 85941890 CTTCACAAGTACACTTTTCTGAGTTAATTTACATATTTTTTATTACTTACATGTATATGA 85941949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4341 CTTCACAAGTACACTTTTCTGAGTTAATTTACATATTTTTTATTACTTACATGTATATGA 4400

 85941950 TAGTGTTTTTATATAGTGCATGTTCTTATTTCCAGTTCATTGATATTCTCTTGTCCTCTT 85942009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4401 TAGTGTTTTTATATAGTGCATGTTCTTATTTCCAGTTCATTGATATTCTCTTGTCCTCTT 4460

 85942010 TATTACTTGGCAGATCATAGTGCTGATAAGCAACTGAAAAGGATTAAATTCTAACATCTC 85942069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4461 TATTACTTGGCAGATCATAGTGCTGATAAGCAACTGAAAAGGATTAAATTCTAACATCTC 4520

 85942070 TTGTAGTGTGCTTGCATCTAAATGAATGCACCACAAATATTTGTGGTCTTCTCAACTGTC 85942129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4521 TTGTAGTGTGCTTGCATCTAAATGAATGCACCACAAATATTTGTGGTCTTCTCAACTGTC 4580

 85942130 AGCACCAGAATAGTCATGTGTGCTATTGATGGTTCTAGTTATCTCTTGTTACATAACAAA 85942189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4581 AGCACCAGAATAGTCATGTGTGCTATTGATGGTTCTAGTTATCTCTTGTTACATAACAAA 4640

 85942190 CTGTCACAAAACTGTATCTTAAAGCAAAAAATATTACTTCTTTCAAATTTGTAGATTGAG 85942249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4641 CTGTCACAAAACTGTATCTTAAAGCAAAAAATATTACTTCTTTCAAATTTGTAGATTGAG 4700

 85942250 CTCAGTTGACTTCTTGATTGTGGTTTTCTATGTGGTTTTAGTCAGATAATGGCTAGCATT 85942309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4701 CTCAGTTGACTTCTTGATTGTGGTTTTCTATGTGGTTTTAGTCAGATAATGGCTAGCATT 4760

 85942310 GTAGATATCTCAAGATTTCTTTACTTACGTGTCTGATGTTTGGGTTGGAATGACAAGAAT 85942369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4761 GTAGATATCTCAAGATTTCTTTACTTACGTGTCTGATGTTTGGGTTGGAATGACAAGAAT 4820

 85942370 AGCTGTAGGCCGAGGAAGCTTTTTTGTCTTTAGGCAGCCCCTTCCTGTGGGCTTTCTCAA 85942429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4821 AGCTGTAGGCCGAGGAAGCTTTTTTGTCTTTAGGCAGCCCCTTCCTGTGGGCTTTCTCAA 4880

 85942430 AACATGGCAATCTCAAAGCTATTGGACATCTTGCATGGTGGCCAGCTTTCCCCAGAGTGA 85942489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4881 AACATGGCAATCTCAAAGCTATTGGACATCTTGCATGGTGGCCAGCTTTCCCCAGAGTGA 4940

 85942490 AGTTTCCAAAAGACTAAAGCAAGAGCCAACAATTTTTCCTATAATCTTATAACCAGAAAA 85942549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4941 AGTTTCCAAAAGACTAAAGCAAGAGCCAACAATTTTTCCTATAATCTTATAACCAGAAAA 5000

 85942550 ATCAGTGCCACTTTTGCTGCACTCTATTATAGGGCCAGCCTAGATCTAAAGAGGGAGGAA 85942609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5001 ATCAGTGCCACTTTTGCTGCACTCTATTATAGGGCCAGCCTAGATCTAAAGAGGGAGGAA 5060

 85942610 AGGGAATTTACAAGGAAATGAACGCTAGGAAGTGTGGTTCACTGGGTAGGAAGGATTGTC 85942669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5061 AGGGAATTTACAAGGAAATGAACGCTAGGAAGTGTGGTTCACTGGGTAGGAAGGATTGTC 5120

 85942670 TTCTAGATTAACTACCACAATGTTAACCAAATCAAGAAAATTTTTAAAAATCTGATTTTT 85942729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5121 TTCTAGATTAACTACCACAATGTTAACCAAATCAAGAAAATTTTTAAAAATCTGATTTTT 5180

 85942730 AAAAATAATTGTTACTAGAAAGATCAATCCAACAAAATTTAAATAATTATCTTGAGATTT 85942789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5181 AAAAATAATTGTTACTAGAAAGATCAATCCAACAAAATTTAAATAATTATCTTGAGATTT 5240

 85942790 CATTTACCTGCATTGCAGTGGGTGTTGAAATGTAATTATGTGTGAAAAATTTATCTATTG 85942849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5241 CATTTACCTGCATTGCAGTGGGTGTTGAAATGTAATTATGTGTGAAAAATTTATCTATTG 5300

 85942850 ATTTACTTATTTTGCTATAAACACATTCTGCTAGATCAATGAAGTTCCCATTAAAATATG 85942909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5301 ATTTACTTATTTTGCTATAAACACATTCTGCTAGATCAATGAAGTTCCCATTAAAATATG 5360

 85942910 ATGTTTCTCAGTAGTCACAATAAATCTGCTTCACAGTGTTAAGACAGCTAGCTGATGACT 85942969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5361 ATGTTTCTCAGTAGTCACAATAAATCTGCTTCACAGTGTTAAGACAGCTAGCTGATGACT 5420

 85942970 TTCAGCTCTTTATCGACTGTATGACAGAGAACTCTGGGACATCAGTCAATCATTTGCCAA 85943029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5421 TTCAGCTCTTTATCGACTGTATGACAGAGAACTCTGGGACATCAGTCAATCATTTGCCAA 5480

 85943030 GAGAATGTAAAATGTACAGAGCTATTTTCCCTGAAAATATGATAATTTTCCCCATGAAAT 85943089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5481 GAGAATGTAAAATGTACAGAGCTATTTTCCCTGAAAATATGATAATTTTCCCCATGAAAT 5540

 85943090 TCCTGTGGACTCCTTATGAGATTCAGGATAATCCTCAATTTGTGCAAACTTACTTAGATT 85943149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5541 TCCTGTGGACTCCTTATGAGATTCAGGATAATCCTCAATTTGTGCAAACTTACTTAGATT 5600

 85943150 TCAGTACAAACTTTGGTCTTATTTCTAATATTTATTGTTCTTTTTTAAATCAACAATATA 85943209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5601 TCAGTACAAACTTTGGTCTTATTTCTAATATTTATTGTTCTTTTTTAAATCAACAATATA 5660

 85943210 AAATCATTGTATCCCACTCGAGATCATTCAGTCTAAATTTTAGCATTAACTACCTCTTGA 85943269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5661 AAATCATTGTATCCCACTCGAGATCATTCAGTCTAAATTTTAGCATTAACTACCTCTTGA 5720

 85943270 CAAAAGAATAGTTTTAAAACTTGATGATTAGAGAACATTTCTAAAGGAAATCATAACTAT 85943329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5721 CAAAAGAATAGTTTTAAAACTTGATGATTAGAGAACATTTCTAAAGGAAATCATAACTAT 5780

 85943330 ACTGAAATTATTTTACCACTGACAGTCACTGATAATCATTTTTTGGGTTGGTCATTTTTG 85943389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5781 ACTGAAATTATTTTACCACTGACAGTCACTGATAATCATTTTTTGGGTTGGTCATTTTTG 5840

 85943390 CCTGTGTCTGCAAGAGGAATATTGATCAGGTTCCCTCTGCTCTAATTTGACCCAAATAAG 85943449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5841 CCTGTGTCTGCAAGAGGAATATTGATCAGGTTCCCTCTGCTCTAATTTGACCCAAATAAG 5900

 85943450 ATTAAACACCTAACTGCATGGCGTATTTTGCCAATGGAACTACATTCTGGGATAGGGCCA 85943509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5901 ATTAAACACCTAACTGCATGGCGTATTTTGCCAATGGAACTACATTCTGGGATAGGGCCA 5960

 85943510 AGCCCATTCAGCAATATTAATTGATGCATTACTTCTAGGTCAGATAGACTTTCTAGAATA 85943569
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5961 CGCCCATTCAGCAATATTAATTGATGCATTACTTCTAGGTCAGATAGACTTTCTAGAATA 6020

 85943570 TTTCAATCCATATTAAATTCCTCCTCACACATCTTAAGGATCAATTTGTGTGTAATTCTC 85943629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6021 TTTCAATCCATATTAAATTCCTCCTCACACATCTTAAGGATCAATTTGTGTGTAATTCTC 6080

 85943630 GAGGATGATAATGTTTTATTCACTTGATAAAAATAGATGATTGTGTCTAGATTATTTATC 85943689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6081 GAGGATGATAATGTTTTATTCACTTGATAAAAATAGATGATTGTGTCTAGATTATTTATC 6140

 85943690 TATCCATACTTAGAGATGTTACATTCATCGAGTTTTACTAAAATTATTACTGTCCCAAAC 85943749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6141 TATCCATACTTAGAGATGTTACATTCATCGAGTTTTACTAAAATTATTACTGTCCCAAAC 6200

 85943750 TTTTAAGCTCTTGTTTGGGAAGTATGTCATCCAGATTTTGTAACACCCAGGTGTTTTACA 85943809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6201 TTTTAAGCTCTTGTTTGGGAAGTATGTCATCCAGATTTTGTAACACCCAGGTGTTTTACA 6260

 85943810 CATTTCAAGTTCAGATTATTCAACTAATCATTTTAAATACA 85943850
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6261 CATTTCAAGTTCAGATTATTCAACTAATCATTTTAAATACA 6301

Alignment time is 4.66328 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2060] =>      2060 nucs 'mol-32-3025-162306_2060'

Score:        2005
Aligned:      2066        nucs
Identic:      2058 (100%) nucs =>       360 (100%)      1698 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936341,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939337]
 second seq =>  [       1,     360] EXCISED REGION [     361,    2060]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936341 GAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAA 85936400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAA 60

 85936401 ATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAA 85936460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAA 120

 85936461 ATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAA 85936520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAA 180

 85936521 GCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACT 85936580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACT 240

 85936581 TAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCA 85936640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCA 300

 85936641 ATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 360

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 420

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 480

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 540

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 600

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 660

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 720

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 780

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 840

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 900

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 960

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1020

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1080

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1140

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1200

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1256

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1316

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1376

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1377 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACC-AAAAAAAAAAAAAAACT 1435

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1436 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1495

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1496 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1555

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1556 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1615

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1616 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1675

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1676 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1734

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1794

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1854

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1914

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 1974

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2034

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATAT 85939337
          ||||||||||||||||||||||||||
     2035 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATAT 2060

Alignment time is 1.54778 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2024] =>      2024 nucs 'mol-32-30eb-161757_2024'

Score:        1968
Aligned:      2029        nucs
Identic:      2021 (100%) nucs =>       311 (100%)      1710 (100%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936390,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939349]
 second seq =>  [       1,     311] EXCISED REGION [     312,    2024]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936390 TATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTT 85936449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTT 60

 85936450 TAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTC 85936509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTC 120

 85936510 TTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAA 85936569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAA 180

 85936570 ATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGG 85936629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGG 240

 85936630 TTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAG 85936689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAG 300

 85936690 CCACTAACAAG 85936700
          |||||||||||
      301 CCACTAACAAG 311

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      312 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 371

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      372 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 431

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      432 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 491

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      492 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 551

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      552 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 611

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      612 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 671

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      672 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 731

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      732 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 791

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      792 AACACACACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 851

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      852 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 911

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      912 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 971

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      972 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1031

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1032 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1091

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1092 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1151

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1152 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1207

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1208 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1267

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1268 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1327

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1328 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 1387

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1388 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1447

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1448 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1507

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1567

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1568 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1627

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1686

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1687 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1746

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1747 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1806

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1807 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1866

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1867 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 1926

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1927 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 1986

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAG 85939349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1987 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAG 2024

Alignment time is 1.50946 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2317] =>      2317 nucs 'mol-32-314e-145039_2317'

Score:        2261
Aligned:      2324        nucs
Identic:      2315 (100%) nucs =>       344 (100%)      1971 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936357,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939611]
 second seq =>  [       1,     344] EXCISED REGION [     345,    2317]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936357 TTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCT 85936416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCT 60

 85936417 GCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAAT 85936476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAAT 120

 85936477 AGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTA 85936536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTA 180

 85936537 CAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAA 85936596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAA 240

 85936597 TCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACA 85936656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACA 300

 85936657 CTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 344

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      345 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 404

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      405 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 464

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      465 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 524

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      525 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 584

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      585 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 644

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      645 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 704

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      705 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 764

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      765 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 824

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      825 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 884

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      885 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 944

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      945 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1004

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1005 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1064

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1065 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1124

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1125 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1184

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1185 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1240

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1241 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1300

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1360

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1361 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 1420

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1480

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1540

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1600

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1660

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1719

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1720 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1779

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1780 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1839

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1840 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1899

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1900 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 1959

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1960 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2019

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 85939371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
     2020 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATAT--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 2077

 85939372 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 85939431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2078 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 2137

 85939432 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 85939491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2138 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 2197

 85939492 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 85939551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2198 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 2257

 85939552 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 85939611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2258 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 2317

Alignment time is 1.74922 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2069] =>      2069 nucs 'mol-32-3240-071791_2069'

Score:        2014
Aligned:      2075        nucs
Identic:      2067 (100%) nucs =>       378 (100%)      1689 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936323,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939328]
 second seq =>  [       1,     378] EXCISED REGION [     379,    2069]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936323 TATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACC 85936382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACC 60

 85936383 AAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATA 85936442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATA 120

 85936443 ATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGA 85936502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGA 180

 85936503 AATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAAC 85936562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAAC 240

 85936563 GGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAAC 85936622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAAC 300

 85936623 AATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTC 85936682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTC 360

 85936683 ATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||
      361 ATAAAAGCCACTAACAAG 378

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      379 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 438

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      439 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 498

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      499 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 558

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      559 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 618

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      619 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 678

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      679 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 738

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      739 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 798

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      799 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 858

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      859 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 918

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      919 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 978

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      979 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1038

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1039 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1098

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1099 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1158

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1159 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1218

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1219 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1274

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1275 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1334

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1335 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1394

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1395 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACC-AAAAAAAAAAAAAAACT 1453

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1454 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1513

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1514 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1573

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1574 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1633

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1693

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1752

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1753 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1812

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1813 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1872

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1873 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1932

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1933 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 1992

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1993 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2052

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGG 85939328
          |||||||||||||||||
     2053 TGTGTAGTATTCCATGG 2069

Alignment time is 1.55415 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2086] =>      2086 nucs 'mol-32-3240-126918_2086'

Score:        2020
Aligned:      2092        nucs
Identic:      2083 (100%) nucs =>       396 (100%)      1687 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936305,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939327]
 second seq =>  [       1,     396] EXCISED REGION [     397,    2086]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936305 TTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATG 85936364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATG 60

 85936365 CAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATT 85936424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATT 120

 85936425 CCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATC 85936484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATC 180

 85936485 ATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTC 85936544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTC 240

 85936545 TATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTA 85936604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTA 300

 85936605 AAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAAT 85936664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAAT 360

 85936665 GTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 396

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      397 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 456

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      457 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 516

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      517 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 576

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      577 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 636

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      637 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 696

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      697 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 756

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      757 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 816

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      817 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 876

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      877 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 936

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      937 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 996

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      997 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1056

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1057 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1116

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1117 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1176

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1177 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1236

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1237 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1292

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1293 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1352

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1353 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1412

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1413 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACC-AAAAAAAAAAAAAAACT 1471

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1472 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1531

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1532 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1591

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1592 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1651

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1652 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1711

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          ||||||||||||||||.||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1712 CTTCCAGGTTATCTCAATTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1770

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1771 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1830

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1831 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1890

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1891 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 1950

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1951 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 2010

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2011 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2070

 85939312 TGTGTAGTATTCCATG 85939327
          ||||||||||||||||
     2071 TGTGTAGTATTCCATG 2086

Alignment time is 1.593 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2267] =>      2267 nucs 'mol-32-3306-024896_2267'

Score:        2211
Aligned:      2274        nucs
Identic:      2265 (100%) nucs =>       516 (100%)      1749 ( 99%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936185,85936700] EXCISED REGION [85937632,85939389]
 second seq =>  [       1,     516] EXCISED REGION [     517,    2267]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936185 TTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAATTTTTAACATATATAT 85936244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAATTTTTAACATATATAT 60

 85936245 AATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCATTAAAATTCACACA 85936304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCATTAAAATTCACACA 120

 85936305 TTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATG 85936364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATATACATGTTTGAAATG 180

 85936365 CAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATT 85936424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATT 240

 85936425 CCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATC 85936484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTGATAAATAGTATATC 300

 85936485 ATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTC 85936544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTC 360

 85936545 TATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTA 85936604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAATCTGAAATCATCCTA 420

 85936605 AAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAAT 85936664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGGCACACACTAAAAAT 480

 85936665 GTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 516

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      517 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 576

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      577 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 636

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      637 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 696

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      697 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 756

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      757 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 816

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      817 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 876

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      877 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 936

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      937 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 996

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      997 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 1056

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1057 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 1116

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1117 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1176

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1177 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1236

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1237 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1296

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1297 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1356

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1357 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1412

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1413 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1472

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1473 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1532

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1533 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 1592

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1593 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1652

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1653 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1712

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1713 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1772

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1773 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1832

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1833 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1891

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1892 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1951

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1952 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 2011

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2012 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 2071

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2072 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 2131

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2132 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2191

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 85939371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
     2192 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATAT--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 2249

 85939372 TTTTCCTTATCCATGCAT 85939389
          ||||||||||||||||||
     2250 TTTTCCTTATCCATGCAT 2267

Alignment time is 1.7226 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    2127] =>      2127 nucs 'mol-32-3332-005848_2127'

Score:        2077
Aligned:      2127        nucs
Identic:      2120 (100%) nucs =>      1856 (100%)       264 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85937483,85939344] EXCISED REGION [85939348,85939611]
 second seq =>  [       1,    1858] EXCISED REGION [    1864,    2127]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [85939345,85939347]
 second seq =>         5 nucs [1859,1863]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85939344,85939344] to [85939348,85939348]
 second seq =>         1 nucs [1858,1858] to [1864,1864]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85939345,85939345] to [85939347,85939347]
 second seq =>         1 nucs [1859,1859] to [1863,1863]

 85937483 GAGTGCCACTGAAGGATGAAGCCAGCTGGGCTTCTCGGACCGGTGGGGACTTGGAGACCT 85937542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGTGCCACTGAAGGATGAAGCCAGCTGGGCTTCTCGGACCGGTGGGGACTTGGAGACCT 60

 85937543 TTTCTGTCTAGCTAAAGGAGTGTAAACGCAACAATCAGCACTCTGTGTCTAGCTAAAGGT 85937602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTCTGTCTAGCTAAAGGAGTGTAAACGCAACAATCAGCACTCTGTGTCTAGCTAAAGGT 120

 85937603 TTGTAAACACACCAATCAGCACTCTGTCAAAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGA 85937662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGTAAACACACCAATCAGCACTCTGTCAAAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGA 180

 85937663 CCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAATCAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGA 85937722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAATCAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGA 240

 85937723 ATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAGTCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGT 85937782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAGTCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGT 300

 85937783 GGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT-GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTC 85937841
          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTTTGCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTC 360

 85937842 ATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGCTGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTT 85937901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGCTGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTT 420

 85937902 CAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCCACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGA 85937961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCCACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGA 480

 85937962 CGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGAAGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGG 85938021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGAAGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGG 540

 85938022 AGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACTCCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAA 85938081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACTCCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAA 600

 85938082 ACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGTAACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGC 85938141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGTAACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGC 660

 85938142 AGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAGAACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTC 85938201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAGAACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTC 720

 85938202 CTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGGTAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCA 85938261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGGTAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCA 780

 85938262 ATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTAATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCT 85938321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTAATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCT 840

 85938322 TTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCCACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTA 85938381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCCACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTA 900

 85938382 CATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGCCTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTC 85938441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGCCTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTC 960

 85938442 AAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGACCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGG 85938501
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||
      961 AAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGACCCTTTGTGTGTGTGTGTGTG----GGTGG 1016

 85938502 GTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATATATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAA 85938561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1017 GTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATATATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAA 1076

 85938562 AAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAATCATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAA 85938621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1077 AAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAATCATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAA 1136

 85938622 AATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGAAACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGT 85938681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1137 AATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGAAACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGT 1196

 85938682 GGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACTAATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAG 85938741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1197 GGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACTAATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAG 1256

 85938742 AGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGAAACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAG 85938801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1257 AGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGAAACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAG 1316

 85938802 ATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGGTGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAA 85938861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1317 ATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGGTGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAA 1376

 85938862 TTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTCCACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCAT 85938921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1377 TTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTCCACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCAT 1436

 85938922 CAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGTCTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAA 85938981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 CAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGTCTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAA 1496

 85938982 AAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAACAGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCT 85939041
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 AAAAAAAA-TTCAATAGGTTTTTGGGGAACAGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCT 1555

 85939042 TTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCACCCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCA 85939101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1556 TTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCACCCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCA 1615

 85939102 ATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATTTCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCT 85939161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1616 ATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATTTCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCT 1675

 85939162 TATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCCACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGT 85939221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1676 TATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCCACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGT 1735

 85939222 TTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAATGATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTAC 85939281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1736 TTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAATGATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTAC 1795

 85939282 AAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGCTGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATAT 85939341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1796 AAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGCTGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATAT 1855

 85939342 ATA 85939344
          |||
     1856 ATA 1858

EXCISED REGION

 85939348 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCATTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGG 85939407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCATTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGG 1923

 85939408 GTTAATTCCATATTTTTTTCAATTGCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCT 85939467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 GTTAATTCCATATTTTTTTCAATTGCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCT 1983

 85939468 TTTCATATTATGACTTATTTTCTTCTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGA 85939527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 TTTCATATTATGACTTATTTTCTTCTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGA 2043

 85939528 ATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTTTTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTA 85939587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 ATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTTTTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTA 2103

 85939588 ATATTATGATAAACATTAATTCTC 85939611
          ||||||||||||||||||||||||
     2104 ATATTATGATAAACATTAATTCTC 2127

Alignment time is 1.6132 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    3686] =>      3686 nucs 'mol-32-3487-148627_3686'

Score:        3528
Aligned:      3682        nucs
Identic:      3668 (100%) nucs =>      3587 (100%)        81 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85933100,85936700] EXCISED REGION [85937632,85937712]
 second seq =>  [       7,    3605] EXCISED REGION [    3606,    3686]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85933100 ATTTTGGCAATGTGATCTTGAGGAAGTGTCTGATATTGTCAAGAGGTTTCTAAATGTCTA 85933159
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        7 ATTTTGGCAATGGGATCTTGAGGAAGTGTCTGATATTGTCAAGAGGTTTCTAAATGTCTA 66

 85933160 ATCTTATTTCTTCAAGAGATTAACCAGTTTTAATTAAATTACTTATTATCAAGACAAGAT 85933219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       67 ATCTTATTTCTTCAAGAGATTAACCAGTTTTAATTAAATTACTTATTATCAAGACAAGAT 126

 85933220 ATACCAATTTAAACAACGTTTAATGTGGATTTTAATTTTAAAATAATCAATGTAAACATT 85933279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      127 ATACCAATTTAAACAACGTTTAATGTGGATTTTAATTTTAAAATAATCAATGTAAACATT 186

 85933280 TCATTAATTCTGTTCATATTGGAAAACTTTTATGGTTTAAGTGTGCATTGTCTAAACAGA 85933339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      187 TCATTAATTCTGTTCATATTGGAAAACTTTTATGGTTTAAGTGTGCATTGTCTAAACAGA 246

 85933340 ATAAAGTGTTTACAACACTATAATAAAATATAAAATATGCATATGTTAATGTTTACATAA 85933399
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      247 ATAAAGTGTTTATAACACTATAATAAAATATAAAATATGCATATGTTAATGTTTACATAA 306

 85933400 CTTAATTGTATACATTTATTTTAAGCTTTTTCTTCTCTAAATAGGGACTGTGAATTGCAG 85933459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      307 CTTAATTGTATACATTTATTTTAAGCTTTTTCTTCTCTAAATAGGGACTGTGAATTGCAG 366

 85933460 AATAATATTTTTTTCTGAAACTATTAATTATGGAAAAGGTAAAAATTTTACATCAAATTT 85933519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      367 AATAATATTTTTTTCTGAAACTATTAATTATGGAAAAGGTAAAAATTTTACATCAAATTT 426

 85933520 TGGAACTGCTATGCCTGGGAGAAAAATACATTTAATTAACATCAACACCAGCATTTCCGT 85933579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      427 TGGAACTGCTATGCCTGGGAGAAAAATACATTTAATTAACATCAACACCAGCATTTCCGT 486

 85933580 TGCATAAGCCAAGTAGACATAAAGTACTGAATGTCTCAGCTATAACTTCTTTAAGAACAT 85933639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
      487 TGCATAAGCCAAGTAGACATAAAGTACTGAATGTGTCAGCTATAACTTCTTTAAGAACAT 546

 85933640 TATTGTATTTTCTTGAATAACTACATGATTTACAGAGTGTTAGTGAAAAAAAACTTTATG 85933699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      547 TATTGTATTTTCTTGAATAACTACATGATTTACAGAGTGTTAGTGAAAAAAAACTTTATG 606

 85933700 TTCAATGCTATTGGGATATACGTTAACCTGATTAAATGTCTAAGAATAATAAAACTAGAA 85933759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      607 TTCAATGCTATTGGGATATACGTTAACCTGATTAAATGTCTAAGAATAATAAAACTAGAA 666

 85933760 TTTGATGTTATATTTCCTTACAGGCAACTATCAATTTTGAAAGAAACCATCTATCACAAA 85933819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      667 TTTGATGTTATATTTCCTTACAGGCAACTATCAATTTTGAAAGAAACCATCTATCACAAA 726

 85933820 GACAAAAAAAAAACTGTTTTCAGAATATTTAAATTACGGAAAATATGCAATGAATCGCAT 85933879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      727 GACAAAAAAAAAACTGTTTTCAGAATATTTAAATTACGGAAAATATGCAATGAATCGCAT 786

 85933880 TCTGATGAACCCAGGGGGCTGATAAGAAAACTGGAACTTGCAGATGAACATAGTACACAA 85933939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      787 TCTGATGAACCCAGGGGGCTGATAAGAAAACTGGAACTTGCAGATGAACATAGTACACAA 846

 85933940 AGTTCTTCTCGGTTTTCTTTTCATTTTCCAAACATTTTATATAGGCTTATTAGGTACAAA 85933999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      847 AGTTCTTCTCGGTTTTCTTTTCATTTTCCAAACATTTTATATAGGCTTATTAGGTACAAA 906

 85934000 TGAATGTATAACTGTGAATTTGCATCTAGTTAGGGACACTGGAGAGAAGGTTAATAATAT 85934059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      907 TGAATGTATAACTGTGAATTTGCATCTAGTTAGGGACACTGGAGAGAAGGTTAATAATAT 966

 85934060 TGCCATCTTTTAAAGACGTGGCTATTAGCTGTAAACATAATTAAATTGGATTTTTGTTAA 85934119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      967 TGCCATCTTTTAAAGACGTGGCTATTAGCTGTAAACATAATTAAATTGGATTTTTGTTAA 1026

 85934120 AACTATGCTATAGAATTGTGAATAAAGCTATTTAAATGAAAGGTCAGGGCTGTACAGGTA 85934179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1027 AACTATGCTATAGAATTGTGAATAAAGCTATTTAAATGAAAGGTCAGGGCTGTACAGGTA 1086

 85934180 ATGATGTACTAAGTTTCCTTCCACATAGGTTCAATATTTTCTGTACATCCTTTGGAATGT 85934239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1087 ATGATGTACTAAGTTTCCTTCCACATAGGTTCAATATTTTCTGTACATCCTTTGGAATGT 1146

 85934240 TATCCTAGTGTTCATGTCTGCCAATATCGATGGAAACAACTATGCAGTCACCCCTGAACT 85934299
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1147 TCTCCTAGTGTTCATGTCTGCCAATATCGATGGAAACAACTATGCAGTCACCCCTGAACT 1206

 85934300 TGGGTGTCTGGGTTTGGTGGAATGAACACTACTGGGAGTCAGTGTATCTAGAGTTTTGTA 85934359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1207 TGGGTGTCTGGGTTTGGTGGAATGAACACTACTGGGAGTCAGTGTATCTAGAGTTTTGTA 1266

 85934360 CTGCCTGTGCCAAATTCTAGCTCTGTGGCCTGGAAGAAGAGATTAAAATTGAGGAAGTGA 85934419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1267 CTGCCTGTGCCAAATTCTAGCTCTGTGGCCTGGAAGAAGAGATTAAAATTGAGGAAGTGA 1326

 85934420 TTTCTAATTTAAAAATTGGAAATTCTAATTTAAAAATTGAAAATACAAAATACCAAGAAA 85934479
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1327 TTTCTAATTTAAAAGTTGGAAATTCTAATTTAAAAATTGAAAATACAAAATACCAAGAAA 1386

 85934480 TTATATTATTGCAACCATTAGATTAAAATAGAATATAATACTTTTTAAAGGACAGTTTCT 85934539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1387 TTATATTATTGCAACCATTAGATTAAAATAGAATATAATACTTTTTAAAGGACAGTTTCT 1446

 85934540 AAATATTTATTTTTATCTTATGCTATTATATTAGGCTCCAAAATGCTTTTTTTTTAAAAA 85934599
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1447 AAATATTTATTTTTATCTTAAGCTATTATATTAGGCTCCAAAATGCTTTTTTTTTAAAAA 1506

 85934600 AAAAAACAGCCTTATGGAGGTATACTTGACATATGATAACTATGCATATTTCAAGTGTGC 85934659
          ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1507 AAAAA-CAGCCTTATGGAGGTATACTTGACATATGATAACTATGCATATTTCAAGTGTGC 1565

 85934660 AAATTGATGAGTTTGACATAGATGGATATGCATCCACCCATGAAATTATCACCACAATCA 85934719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 AAATTGATGAGTTTGACATAGATGGATATGCATCCACCCATGAAATTATCACCACAATCA 1625

 85934720 CAATAGTAAACTTATTCACCACCCCAAAAGTTTTCTTGTGCCTCTTTGCAAATCTTCCAT 85934779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1626 CAATAGTAAACTTATTCACCACCCCAAAAGTTTTCTTGTGCCTCTTTGCAAATCTTCCAT 1685

 85934780 CTCATTTCTAAAAGCCAACCTAATTCCTAGGCAACTCCTGATTGGCTCTCTGTCACCATA 85934839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 CTCATTTCTAAAAGCCAACCTAATTCCTAGGCAACTCCTGATTGGCTCTCTGTCACCATA 1745

 85934840 AATTAATTTGTATATTCCAGATTGTATAGAAAAGGAATTATAGGGCCTGGCATGGTGGCT 85934899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 AATTAATTTGTATATTCCAGATTGTATAGAAAAGGAATTATAGGGCCTGGCATGGTGGCT 1805

 85934900 CACGCCTATAATTCCAGTACCTTGGGAGGCCAAGAGGGGCGGGTCACTTGAGGTCAGGAG 85934959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 CACGCCTATAATTCCAGTACCTTGGGAGGCCAAGAGGGGCGGGTCACTTGAGGTCAGGAG 1865

 85934960 TTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGAGAAAACCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAG 85935019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1866 TTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGAGAAAACCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAG 1925

 85935020 CAGGGCATTGTGGTGCGCACCTGTGATATCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATC 85935079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 CAGGGCATTGTGGTGCGCACCTGTGATATCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATC 1985

 85935080 GCTTGAACCCGGAAGGCAGTTATTACAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTGGAGCCC 85935139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 GCTTGAACCCGGAAGGCAGTTATTACAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTGGAGCCC 2045

 85935140 TCGAGCCTGGGCGACAGAGCCAGACTCCATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 85935199
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
     2046 TCGAGCCTGGGCGACAGAGCCAGACTCCATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-G 2104

 85935200 GATTATATAGTGTATACTCTTTGCATTTGGCTTTTTTAACACAGCATAATTATTTTGAGA 85935259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2105 GATTATATAGTGTATACTCTTTGCATTTGGCTTTTTTAACACAGCATAATTATTTTGAGA 2164

 85935260 TTCAACTATGTTGTTCCATGTCACAACTGCATATTAATTTTTATTGCTGAGTAGTACTCC 85935319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2165 TTCAACTATGTTGTTCCATGTCACAACTGCATATTAATTTTTATTGCTGAGTAGTACTCC 2224

 85935320 ATTGTAAGTCTACAACACAACTTATTTATTAATTCACTTGTTAAACACTGGTGTAGTTTC 85935379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2225 ATTGTAAGTCTACAACACAACTTATTTATTAATTCACTTGTTAAACACTGGTGTAGTTTC 2284

 85935380 CAGCAGCTTGCTACAGGAGATAAAGATCCCATTATCTTAACAATTTTATTGTCTGTATAG 85935439
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2285 CAGCAGCTTGCTACAGGAAATAAAGATCCCATTATCTTAACAATTTTAGTGTCTGTATAG 2344

 85935440 TAATATCTCACTGTAGTTATTATTCCCATTTTCCAAATGATTCATGATGTTAAACTTCTT 85935499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2345 TAATATCTCACTGTAGTTATTATTCCCATTTTCCAAATGATTCATGATGTTAAACTTCTT 2404

 85935500 TTCATGTATCTGTATATCTTCCTCGGAGGGCCTACTTTTTATTCACCTTATGTACACTGC 85935559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2405 TTCATGTATCTGTATATCTTCCTCGGAGGGCCTACTTTTTATTCACCTTATGTACACTGC 2464

 85935560 ACTTACCACAGTGTCTTGAATATGATACACACAGGCAAAATATAACTTAACATAAATTTT 85935619
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2465 ACTTACCATAGTGTCTTGAATATGATACACACAGGCAAAATATAACTTAACATAAATTTT 2524

 85935620 GTCAGATTTTGAGTAATAATATAGTTTTCATAGATTTGTCATCTTTAAAAAATGAACTTT 85935679
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2525 GTCAGATTTTGAGTAATAATATATTTTTCATAGATTTGTCATCTTTAAAAAATGAACTTT 2584

 85935680 TTTTGTAGAATGAGTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCG 85935739
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     2585 TTTTGTAGAATGAGTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCA 2644

 85935740 TATACCTAACACCCAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTC 85935799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2645 TATACCTAACACCCAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTC 2704

 85935800 ACAATTAGTGATAGAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTT 85935859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2705 ACAATTAGTGATAGAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTT 2764

 85935860 TTCATTTTTACCCAATTCCCTTCTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACA 85935919
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2765 TTCATTTTTACCCAATTCCCTTTTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACA 2824

 85935920 TGTAATCGTCGTGTCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTC 85935979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2825 TGTAATCGTCGTGTCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTC 2884

 85935980 TTTTCAATAATCACAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAAC 85936039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2885 TTTTCAATAATCACAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAAC 2944

 85936040 TGAGATTTGTATATGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGA 85936099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2945 TGAGATTTGTATATGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGA 3004

 85936100 GCATAGAGGTGAATTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCA 85936159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3005 GCATAGAGGTGAATTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCA 3064

 85936160 CTTGGTTTTGTGACAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGT 85936219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3065 CTTGGTTTTGTGACAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGT 3124

 85936220 GGTAGCTAATTTTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAAC 85936279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3125 GGTAGCTAATTTTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAAC 3184

 85936280 TAGTAGTCTCATTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAAC 85936339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3185 TAGTAGTCTCATTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAAC 3244

 85936340 AGAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACA 85936399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3245 AGAATAAATATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACA 3304

 85936400 AATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTA 85936459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3305 AATGTCTCCTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTA 3364

 85936460 AATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTA 85936519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3365 AATGCAGGTTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTA 3424

 85936520 AGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTAC 85936579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3425 AGCAAAAGTCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTAC 3484

 85936580 TTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGC 85936639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3485 TTAATGAAAATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGC 3544

 85936640 AATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAA 85936699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3545 AATGTAAAAGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAA 3604

 85936700 G 85936700
          |
     3605 G 3605

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3606 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 3665

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACC 85937712
          |||||||||||||||||||||
     3666 CAGTAGGATGTGGGTGGGACC 3686

Alignment time is 2.79287 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    3608] =>      3608 nucs 'mol-32-34d4-138102_3608'

Score:        3525
Aligned:      3616        nucs
Identic:      3602 (100%) nucs =>       473 (100%)      3129 (100%)
Gaps:           12 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85936228,85936700] EXCISED REGION [85937632,85940770]
 second seq =>  [       1,     473] EXCISED REGION [     474,    3608]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85936228 ATTTTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTC 85936287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTC 60

 85936288 TCATTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAA 85936347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCATTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAA 120

 85936348 TATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTC 85936407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTC 180

 85936408 CTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGG 85936467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTTCTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGG 240

 85936468 TTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAG 85936527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAG 300

 85936528 TCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAA 85936587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTAACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAA 360

 85936588 AATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAA 85936647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATCTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAA 420

 85936648 AGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGCACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 473

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      474 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 533

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      534 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 593

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      594 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 653

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      654 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 713

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      714 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 773

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      774 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 833

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 85938051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      834 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTCACCAGAAGAAATAAACT 893

 85938052 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 85938111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      894 CCGGACACATTTGAGCATCTGAAGGAACAAACTCCGAACACACCATCTTTTAAGAACTGT 953

 85938112 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 85938171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      954 AACACTCACTGCGAGGGTCCAAGGGTCTGCAGCTTCATTTTTGAAGTCACCAAGACCAAG 1013

 85938172 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 85938231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1014 AACCACAAATTCTGGACACAACATCATTTCCTGTGGGATCATATTCTGGAATCACAGAGG 1073

 85938232 TAATTTATTCCAACGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 85938291
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1074 TAATTTATTCCAATGCAAATCAGAATTGCAATCTATGTAACAATATTACCTACACTTTTA 1133

 85938292 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 85938351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1134 ATTGTTCACCTCCCTTCTATTTGAGCACCTTTAGAGACAGGAACTCAGAATACTCACTCC 1193

 85938352 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 85938411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1194 ACTTGCATATCACCATCTACATGCCGCTTACATGCTGAAAATTTTATATTTACCAATTGC 1253

 85938412 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 85938471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1254 CTACTCACTTGAATTTTTAATAGGTATCTCAAACTTGACGTGAGTAAAACTGGGCCCTGA 1313

 85938472 CCCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 85938531
          |||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1314 CCCTT----TGTGTGTGTGTGTGTGGGTGGGTGGGTGGAGGGGGGGGTCAAAAAACAATA 1369

 85938532 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 85938591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1370 TATTTTCCATTTTGTTTTGAAAATTCTGAAAAATCTAAAAAAGCTTAAAATATCTATAAT 1429

 85938592 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 85938651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 CATGCTATTTTGAAAATCATAAAGAAGTAAAATTCTATTCCCCAACCCACTTTCTAGAGA 1489

 85938652 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACCAAAAAAAAAAAAAAAACT 85938711
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1490 AACGTTGAGTATCATGACACATTGTTTGGTGGAGAAATAACC-AAAAAAAAAAAAAAACT 1548

 85938712 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 85938771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 AATTTCTGGGAAGATCAGGTTTTACTGCAGAGGAAAAAGAATCTAGCTGGTTTAGAGAGA 1608

 85938772 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 85938831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1609 AACAGTTTTATCACTGGAGTATTACATAAGATTTTATGACTGTTGGGAGACTTGAAGAGG 1668

 85938832 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 85938891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 TGAACTCCAAGCTGCTCTTCCAGCAACAAATTCCCAAGCAGAGTGGGGTGGTGCCAGCTC 1728

 85938892 CACAACCAGCTGATCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 85938951
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1729 CACAACCAGCTGTTCTGTTATTGTCTTCATCAGCAAAGGGGTGGCTCACACCCTGACTGT 1788

 85938952 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTTAAAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 85939011
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 CTTCCAGGTTATCTCAGTTTCTTT-AAAAAAAAAAAAAATTCAATAGGTTTTTGGGGAAC 1847

 85939012 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 85939071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1848 AGGTGGTGTTTTGTTACATGGATATGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCAC 1907

 85939072 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 85939131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1908 CCATCACTTGAGCAGTGTACGCTGTACCCAATGTGTAGTCTTTTCTCTCTCACCCCCATT 1967

 85939132 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 85939191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1968 TCACCCTTCCAAAGTCCGTTGTGTCATTCTTATGCCTTTGTGTCCTCAAAGCTTAGGCCC 2027

 85939192 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 85939251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2028 ACTTACAAGTGAGTATATACAATGTTTGGTTTTCCATTTCTGAGTTACTTCACTTAGAAT 2087

 85939252 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 85939311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2088 GATAGTCTCCAATTCCATCCAGGTTGTTACAAATGCCATTATTTTGCTCCTTTTTATGGC 2147

 85939312 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 85939371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
     2148 TGTGTAGTATTCCATGGTGTATATATATATAT--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCA 2205

 85939372 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 85939431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 TTTTCCTTATCCATGCATTGATTGATGGGCATTTGGGTTAATTCCATATTTTTTTCAATT 2265

 85939432 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 85939491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 GCTAATTGTGCTGCTATTAACACGTGTGCAAGTCCTTTTCATATTATGACTTATTTTCTT 2325

 85939492 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 85939551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 CTGGGTAGATACCCAATAGTGGGATTGCTGGATCGAATGGTAGATCTACTTTTAGTTCTT 2385

 85939552 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 85939611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 TTTGGAATCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGTTGTAATATTATGATAAACATTAATTCTC 2445

 85939612 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 85939671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 ACTACTCTAATTTGAAAGCAAAATTTGTTAGGTAGTTACTTCTACTTTTAAGACCCACAT 2505

 85939672 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 85939731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 TATTTCTCTTCTGAATGTTTTAGGTTATGCTTCTTTAGAATACCACAGTCAATTTAATTC 2565

 85939732 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTG----TAT 85939787
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||
     2566 ATAACTCTGACTCATAGTTGTATTAAAATTCTGCTGTCTTGTATATCTTTTTGTATATAT 2625

 85939788 ATATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTA 85939847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 ATATATATATATGTGCATTTCATGCTCATGCTTATTAAATATAGAATTTAAAGAGTATTA 2685

 85939848 GTTTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTT 85939907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 GTTTTGTCCCAATCCAGAAAAAATTTGGATGATAACTTTGTTGAGAAATCAGTATTATTT 2745

 85939908 TCTCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAA 85939967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 TCTCTCAACGTATTGTTTTATTTTAATTTTATATCATCCTGATTTTCTTCAATGAAATAA 2805

 85939968 ACTGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTC 85940027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 ACTGGGTAGTATTTTATATATCTAATATTTCATATCCCAAGTTCTGCTAACTTTGACTTC 2865

 85940028 AGGATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTT 85940087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 AGGATTAAGACTCTTAATTGCTCATGGATGTTTATCAAAATCAGATTAATCAAAAGATTT 2925

 85940088 AGCAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAA 85940147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2926 AGCAAATGTGCCTCGTTTTCTTGATTAAAAGCAATCAAATGCTGAATGTTTTCCAAGTAA 2985

 85940148 TCTAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGA 85940207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2986 TCTAAGGGGGAAAAAAAGATCTAAATGACACCACATGCTTCCAATTGAAAATAGAGTAGA 3045

 85940208 GTGCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAAT 85940267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3046 GTGCGTGACAGCTTCATTAAAGCCTTGTTATAAACCACTTTTAACAAAAACAACAAAAAT 3105

 85940268 CAACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTT 85940327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3106 CAACATACCCAACAAATCTGAACCGTGGGAAGAATACTACTGGATAACTTTGCCATTCTT 3165

 85940328 TTCCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTA 85940387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3166 TTCCTCCCTCTGGCTAAGTAACTTTATTCAATATTTTTATCTGGTAGCTAAATACTCTTA 3225

 85940388 TGTAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTAT 85940447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3226 TGTAATCAACAAGATGTCTAGAATTTTTCTTCTCTCGTAATGTTAGTCTTGAAGCAGTAT 3285

 85940448 CACTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATT 85940507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3286 CACTTCCCTTTAGTGAAGAAAAAGAGTATATTATACTGATTTTGTGAAATATTTTTGATT 3345

 85940508 TAGTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATC 85940567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3346 TAGTATAAAGAGCAACCATACTTTCACTGTCATGCAGTGTTCAAATAAAAATTATATATC 3405

 85940568 TGGCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAA 85940627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3406 TGGCGATGGTGATATACCTGTAAAAATTCAAACTTTCTCTTTAAAATAATCTATTGATAA 3465

 85940628 TGTTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAAC 85940687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3466 TGTTCCAGAAAAGTTAATCTAAGAGTTTAGCAATGATCAAAGTTTTTCAATTTTGCCAAC 3525

 85940688 TTCATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACA 85940747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3526 TTCATTTCTATAAATCTATTGTAATTTTGTTGAGATTTTGTTTTGTTGTCACTACTGACA 3585

 85940748 AATATAAAAATGGTACTATATGA 85940770
          |||||||||||||||||||||||
     3586 AATATAAAAATGGTACTATATGA 3608

Alignment time is 2.7687 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [85926700,85947631] =>     20932 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [       1,    3507] =>      3507 nucs 'mol-32-34d4-159876_3507'

Score:        3373
Aligned:      3513        nucs
Identic:      3497 (100%) nucs =>      3094 ( 99%)       403 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [85933591,85936700] EXCISED REGION [85937632,85938034]
 second seq =>  [       1,    3104] EXCISED REGION [    3105,    3507]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       931 nucs [85936701,85937631]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937632,85937632]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [85936701,85936701] to [85937631,85937631]
 second seq =>         0 nucs

 85933591 AGTAGACATAAAGTACTGAATGTCTCAGCTATAACTTCTTTAAGAACATTATTGTATTTT 85933650
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTAGACATAAAGTACTGAATGTGTCAGCTATAACTTCTTTAAGAACATTATTGTATTTT 60

 85933651 CTTGAATAACTACATGATTTACAGAGTGTTAGTGAAAAAAAACTTTATGTTCAATGCTAT 85933710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTGAATAACTACATGATTTACAGAGTGTTAGTGAAAAAAAACTTTATGTTCAATGCTAT 120

 85933711 TGGGATATACGTTAACCTGATTAAATGTCTAAGAATAATAAAACTAGAATTTGATGTTAT 85933770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGGGATATACGTTAACCTGATTAAATGTCTAAGAATAATAAAACTAGAATTTGATGTTAT 180

 85933771 ATTTCCTTACAGGCAACTATCAATTTTGAAAGAAACCATCTATCACAAAGACAAAAAAAA 85933830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTCCTTACAGGCAACTATCAATTTTGAAAGAAACCATCTATCACAAAGACAAAAAAAA 240

 85933831 AACTGTTTTCAGAATATTTAAATTACGGAAAATATGCAATGAATCGCATTCTGATGAACC 85933890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AACTGTTTTCAGAATATTTAAATTACGGAAAATATGCAATGAATCGCATTCTGATGAACC 300

 85933891 CAGGGGGCTGATAAGAAAACTGGAACTTGCAGATGAACATAGTACACAAAGTTCTTCTCG 85933950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGGGGGCTGATAAGAAAACTGGAACTTGCAGATGAACATAGTACACAAAGTTCTTCTCG 360

 85933951 GTTTTCTTTTCATTTTCCAAACATTTTATATAGGCTTATTAGGTACAAATGAATGTATAA 85934010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTTTCTTTTCATTTTCCAAACATTTTATATAGGCTTATTAGGTACAAATGAATGTATAA 420

 85934011 CTGTGAATTTGCATCTAGTTAGGGACACTGGAGAGAAGGTTAATAATATTGCCATCTTTT 85934070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGTGAATTTGCATCTAGTTAGGGACACTGGAGAGAAGGTTAATAATATTGCCATCTTTT 480

 85934071 AAAGACGTGGCTATTAGCTGTAAACATAATTAAATTGGATTTTTGTTAAAACTATGCTAT 85934130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAGACGTGGCTATTAGCTGTAAACATAATTAAATTGGATTTTTGTTAAAACTATGCTAT 540

 85934131 AGAATTGTGAATAAAGCTATTTAAATGAAAGGTCAGGGCTGTACAGGTAATGATGTACTA 85934190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGAATTGTGAATAAAGCTATTTAAATGAAAGGTCAGGGCTGTACAGGTAATGATGTACTA 600

 85934191 AGTTTCCTTCCACATAGGTTCAATATTTTCTGTACATCCTTTGGAATGTTATCCTAGTGT 85934250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
      601 AGTTTCCTTCCACATAGGTTCAATATTTTCTGTACATCCTTTGGAATGTTCTCCTAGTGT 660

 85934251 TCATGTCTGCCAATATCGATGGAAACAACTATGCAGTCACCCCTGAACTTGGGTGTCTGG 85934310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCATGTCTGCCAATATCGATGGAAACAACTATGCAGTCACCCCTGAACTTGGGTGTCTGG 720

 85934311 GTTTGGTGGAATGAACACTACTGGGAGTCAGTGTATCTAGAGTTTTGTACTGCCTGTGCC 85934370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTTTGGTGGAATGAACACTACTGGGAGTCAGTGTATCTAGAGTTTTGTACTGCCTGTGCC 780

 85934371 AAATTCTAGCTCTGTGGCCTGGAAGAAGAGATTAAAATTGAGGAAGTGATTTCTAATTTA 85934430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAATTCTAGCTCTGTGGCCTGGAAGAAGAGATTAAAATTGAGGAAGTGATTTCTAATTTA 840

 85934431 AAAATTGGAAATTCTAATTTAAAAATTGAAAATACAAAATACCAAGAAATTATATTATTG 85934490
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAGTTGGAAATTCTAATTTAAAAATTGAAAATACAAAATACCAAGAAATTATATTATTG 900

 85934491 CAACCATTAGATTAAAATAGAATATAATACTTTTTAAAGGACAGTTTCTAAATATTTATT 85934550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAACCATTAGATTAAAATAGAATATAATACTTTTTAAAGGACAGTTTCTAAATATTTATT 960

 85934551 TTTATCTTATGCTATTATATTAGGCTCCAAAATGCTTTTTTTTTAAAAAAAAAAACAGCC 85934610
          |||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
      961 TTTATCTTAAGCTATTATATTAGGCTCCAAAATGCTTTTTTTTTAAAAAAAAAA-CAGCC 1019

 85934611 TTATGGAGGTATACTTGACATATGATAACTATGCATATTTCAAGTGTGCAAATTGATGAG 85934670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TTATGGAGGTATACTTGACATATGATAACTATGCATATTTCAAGTGTGCAAATTGATGAG 1079

 85934671 TTTGACATAGATGGATATGCATCCACCCATGAAATTATCACCACAATCACAATAGTAAAC 85934730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TTTGACATAGATGGATATGCATCCACCCATGAAATTATCACCACAATCACAATAGTAAAC 1139

 85934731 TTATTCACCACCCCAAAAGTTTTCTTGTGCCTCTTTGCAAATCTTCCATCTCATTTCTAA 85934790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TTATTCACCACCCCAAAAGTTTTCTTGTGCCTCTTTGCAAATCTTCCATCTCATTTCTAA 1199

 85934791 AAGCCAACCTAATTCCTAGGCAACTCCTGATTGGCTCTCTGTCACCATAAATTAATTTGT 85934850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 AAGCCAACCTAATTCCTAGGCAACTCCTGATTGGCTCTCTGTCACCATAAATTAATTTGT 1259

 85934851 ATATTCCAGATTGTATAGAAAAGGAATTATAGGGCCTGGCATGGTGGCTCACGCCTATAA 85934910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 ATATTCCAGATTGTATAGAAAAGGAATTATAGGGCCTGGCATGGTGGCTCACGCCTATAA 1319

 85934911 TTCCAGTACCTTGGGAGGCCAAGAGGGGCGGGTCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAG 85934970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TTCCAGTACCTTGGGAGGCCAAGAGGGGCGGGTCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAG 1379

 85934971 CCTGGCCAACATGGAGAAAACCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCAGGGCATTGT 85935030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CCTGGCCAACATGGAGAAAACCTGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCAGGGCATTGT 1439

 85935031 GGTGCGCACCTGTGATATCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATCGCTTGAACCCG 85935090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GGTGCGCACCTGTGATATCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATCGCTTGAACCCG 1499

 85935091 GAAGGCAGTTATTACAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTGGAGCCCTCGAGCCTGGG 85935150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 GAAGGCAGTTATTACAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGTACTGGAGCCCTCGAGCCTGGG 1559

 85935151 CGACAGAGCCAGACTCCATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATTATATAGT 85935210
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||
     1560 CGACAGAGCCAGACTCCATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-----GGATTATATAGT 1614

 85935211 GTATACTCTTTGCATTTGGCTTTTTTAACACAGCATAATTATTTTGAGATTCAACTATGT 85935270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 GTATACTCTTTGCATTTGGCTTTTTTAACACAGCATAATTATTTTGAGATTCAACTATGT 1674

 85935271 TGTTCCATGTCACAACTGCATATTAATTTTTATTGCTGAGTAGTACTCCATTGTAAGTCT 85935330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 TGTTCCATGTCACAACTGCATATTAATTTTTATTGCTGAGTAGTACTCCATTGTAAGTCT 1734

 85935331 ACAACACAACTTATTTATTAATTCACTTGTTAAACACTGGTGTAGTTTCCAGCAGCTTGC 85935390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 ACAACACAACTTATTTATTAATTCACTTGTTAAACACTGGTGTAGTTTCCAGCAGCTTGC 1794

 85935391 TACAGGAGATAAAGATCCCATTATCTTAACAATTTTATTGTCTGTATAGTAATATCTCAC 85935450
          |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1795 TACAGGAAATAAAGATCCCATTATCTTAACAATTTTAGTGTCTGTATAGTAATATCTCAC 1854

 85935451 TGTAGTTATTATTCCCATTTTCCAAATGATTCATGATGTTAAACTTCTTTTCATGTATCT 85935510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1855 TGTAGTTATTATTCCCATTTTCCAAATGATTCATGATGTTAAACTTCTTTTCATGTATCT 1914

 85935511 GTATATCTTCCTCGGAGGGCCTACTTTTTATTCACCTTATGTACACTGCACTTACCACAG 85935570
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1915 GTATATCTTCCTCGGAGGGCCTACTTTTTATTCACCTTATGTACACTGCACTTACCATAG 1974

 85935571 TGTCTTGAATATGATACACACAGGCAAAATATAACTTAACATAAATTTTGTCAGATTTTG 85935630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 TGTCTTGAATATGATACACACAGGCAAAATATAACTTAACATAAATTTTGTCAGATTTTG 2034

 85935631 AGTAATAATATAGTTTTCATAGATTTGTCATCTTTAAAAAATGAACTTTTTTTGTAGAAT 85935690
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 AGTAATAATATATTTTTCATAGATTTGTCATCTTTAAAAAATGAACTTTTTTTGTAGAAT 2094

 85935691 GAGTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCGTATACCTAACA 85935750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2095 GAGTTTAGGTTTATCTAAAAATTTGAACAGATAGTACAGAGGAAATTCATATACCTAACA 2154

 85935751 CCCAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTCACAATTAGTGA 85935810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2155 CCCAATTTTCACTTTTATTAACATTTTACAAGAGTATGATACATTTGTCACAATTAGTGA 2214

 85935811 TAGAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTTTTCATTTTTAC 85935870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2215 TAGAATATTGATACAGTTATTAAATCAAACCATATTTCATTCAGCTCTTTTCATTTTTAC 2274

 85935871 CCAATTCCCTTCTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACATGTAATCGTCG 85935930
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2275 CCAATTCCCTTTTTCTGTTCCAGAATCCCATCCAAGATTCCATATTACATGTAATCGTCG 2334

 85935931 TGTCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTCTTTTCAATAAT 85935990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2335 TGTCTCCTTAGCCTCTTTTTGGCTGTGATAGTATCACAGACTTTCCTTCTTTTCAATAAT 2394

 85935991 CACAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAACTGAGATTTGTA 85936050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2395 CACAGTTTTGAGGAATAATTGCCAGTTATTTCATATACTGCCCCTCAACTGAGATTTGTA 2454

 85936051 TATGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGAGCATAGAGGTG 85936110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2455 TATGTTTTTTCTCATTACAGATAGGGGTTACGGGTTTTTGATACAAAGAGCATAGAGGTG 2514

 85936111 AATTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCACTTGGTTTTGT 85936170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2515 AATTATCATATTCATCAGATTATACCAAGAGCATCTACTATCAACATCACTTGGTTTTGT 2574

 85936171 GACAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAATT 85936230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2575 GACAGTTGTTAGAGTTTACAATATTCTATAAAATATATTTTGAGAGAGTGGTAGCTAATT 2634

 85936231 TTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCA 85936290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2635 TTTAACATATATATAATTTGGTCCATTTCTCACAAGATTAAAAGAAAACTAGTAGTCTCA 2694

 85936291 TTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATAT 85936350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2695 TTAAAATTCACACATTTTGGAACCAAAAATATTATAGCTGTCTCACAACAGAATAAATAT 2754

 85936351 ACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTT 85936410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2755 ACATGTTTGAAATGCAATTGTCTCTCACAACCAAGACATTATCTAAACAAATGTCTCCTT 2814

 85936411 CTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTG 85936470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2815 CTGTCTGCTCAATTCCTGTCCTATTTAATATAATTAGTTTAGCTTTCTAAATGCAGGTTG 2874

 85936471 ATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCT 85936530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2875 ATAAATAGTATATCATTGTAAAACAGAGTTGAAATATTCTTACGTCTTAAGCAAAAGTCT 2934

 85936531 AACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAAT 85936590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2935 AACTTACAGTTGTCTATTTTAAGAAAATAAACGGGCTAAATTTTATTACTTAATGAAAAT 2994

 85936591 CTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGG 85936650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2995 CTGAAATCATCCTAAAGTGTCTCAAGGGAAACAATTTGGTTCATGGTGCAATGTAAAAGG 3054

 85936651 CACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 85936700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3055 CACACACTAAAAATGTCCTAAGTTTGAATTTCATAAAAGCCACTAACAAG 3104

EXCISED REGION

 85937632 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 85937691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3105 AAACGAACCAGTCAGCTCTCTGTAAAATGGACCAATCAGCTCTCTGTAAAATGGCCCAAT 3164

 85937692 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 85937751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3165 CAGTAGGATGTGGGTGGGACCAGATAAGGGAATAAAAGCGGGCCACCCCAGCCAGCAGAG 3224

 85937752 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 85937811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3225 TCAGCCTACTCAGATTTCCTATCCGTGATGTGGGAGCGTTGATTTTTTGCGTTTTTTTTT 3284

 85937812 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 85937871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3285 GCTCTTCAGGAATGAGTCTCGCTGTTGCTCATTCTGTGGATCCCTGCTGCGTTTATAAGC 3344

 85937872 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 85937931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3345 TGTAACGCTCAGCGCTAAGGTCTGCAGGTTCAGTCCTAAAACCAGTGAGACCAGCGACCC 3404

 85937932 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 85937991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3405 ACCAGAAAAAACTAGCAACTGCAGACGCGACGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCATCGCGA 3464

 85937992 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTC 85938034
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3465 AGGTTTGCAGCTTCACTCCTGAAGCCAGGGAGACCACGAACTC 3507

Alignment time is 2.67075 s

