
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3130] =>      3130 nucs 'mol-32-1e7c-020822_3130'

Score:        3063
Aligned:      3129        nucs
Identic:      3123 (100%) nucs =>      1406 (100%)      1717 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447071,106448476] EXCISED REGION [106448478,106450200]
 second seq =>  [        1,     1406] EXCISED REGION [     1408,     3130]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1407,1407]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1406,1406] to [1407,1407]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447071 CTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTC 106447130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTC 60

106447131 AATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTG 106447190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTG 120

106447191 TAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACAC 106447250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACAC 180

106447251 CTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAAT 106447310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAAT 240

106447311 TAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCT 106447370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCT 300

106447371 GTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGC 106447430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGC 360

106447431 CAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTT 106447490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTT 420

106447491 CAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCAT 106447550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCAT 480

106447551 TTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCC 106447610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCC 540

106447611 TAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGT 106447670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGT 600

106447671 GAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACC 106447730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACC 660

106447731 TCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTG 106447790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTG 720

106447791 CTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAA 106447850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAA 780

106447851 CACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCT 106447910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCT 840

106447911 CTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAG 106447970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAG 900

106447971 CACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAG 106448030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAG 960

106448031 GGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGC 106448090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGC 1020

106448091 CTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTAT 106448150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTAT 1080

106448151 TGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGAT 106448210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGAT 1140

106448211 TGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTT 106448270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTT 1200

106448271 TGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTA 106448330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTA 1260

106448331 TGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTC 106448390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTC 1320

106448391 CTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGT 106448450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGT 1380

106448451 CTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          ||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1406

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1408 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1467

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1468 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1527

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1528 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1587

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1588 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1647

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1648 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1707

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1708 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1767

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1768 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1827

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1828 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1887

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1888 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1947

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1948 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2007

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2008 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2067

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2068 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2127

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2128 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2187

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2188 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2247

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2248 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2307

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2308 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2367

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2368 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2427

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2428 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2487

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2488 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2547

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2548 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2607

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2608 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2667

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2668 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2727

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2728 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2787

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 106449917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2788 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 2847

106449918 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATG 106449977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2848 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATG 2907

106449978 ATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAAT 106450037
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2908 ATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCCTTTTTTCAAAAACTCTTTAAAT 2967

106450038 GTAAGTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTC 106450097
          |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     2968 GTAAGTAATTTCAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTTATTCTC 3027

106450098 CAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGT 106450157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3028 CAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGT 3087

106450158 TGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTAC 106450200
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3088 TGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTAC 3130

Alignment time is 3.93213 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3297] =>      3297 nucs 'mol-32-1ef5-090596_3297'

Score:        3253
Aligned:      3297        nucs
Identic:      3293 (100%) nucs =>        75 (100%)      3218 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446656,106446730] EXCISED REGION [106446732,106449953]
 second seq =>  [        1,       75] EXCISED REGION [       76,     3297]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106446731,106446731]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1821,1821]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [106446731,106446734] to [106446732,106446735]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106446656 GTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTC 106446715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTC 60

106446716 TTTAAGAAAATGTAT 106446730
          |||||||||||||||
       61 TTTAAGAAAATGTAT 75

EXCISED REGION

106446732 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 106446791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       76 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 135

106446792 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 106446851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      136 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 195

106446852 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 106446911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      196 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 255

106446912 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 106446971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      256 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 315

106446972 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 106447031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      316 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 375

106447032 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 106447091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      376 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 435

106447092 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAA 106447151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      436 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAA 495

106447152 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 106447211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      496 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 555

106447212 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 106447271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      556 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 615

106447272 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 106447331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      616 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 675

106447332 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 106447391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      676 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 735

106447392 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 106447451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      736 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 795

106447452 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 106447511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      796 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 855

106447512 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 106447571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      856 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 915

106447572 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 106447631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      916 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 975

106447632 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 106447691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      976 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 1035

106447692 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 106447751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1036 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 1095

106447752 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 106447811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1096 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 1155

106447812 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 106447871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1156 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 1215

106447872 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 106447931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1216 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 1275

106447932 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 106447991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1276 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 1335

106447992 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 106448051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1336 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 1395

106448052 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 106448111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1396 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 1455

106448112 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 106448171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1456 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 1515

106448172 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 106448231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1516 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 1575

106448232 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 106448291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1576 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 1635

106448292 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 106448351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1636 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 1695

106448352 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 106448411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1696 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 1755

106448412 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 106448471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1756 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 1815

106448472 ATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 106448531
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1816 ATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 1875

106448532 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 106448591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1876 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 1935

106448592 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 106448651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1936 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 1995

106448652 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 106448711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1996 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 2055

106448712 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 106448771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2056 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 2115

106448772 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 106448831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2116 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 2175

106448832 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 106448891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2176 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 2235

106448892 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 106448951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2236 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 2295

106448952 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 106449011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2296 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 2355

106449012 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 106449071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2356 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 2415

106449072 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGG 106449131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2416 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGG 2475

106449132 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 106449191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2476 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 2535

106449192 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 106449251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2536 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 2595

106449252 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 106449311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2596 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 2655

106449312 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 106449371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2656 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 2715

106449372 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 106449431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2716 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 2775

106449432 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 106449491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2776 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 2835

106449492 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 106449551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2836 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 2895

106449552 ATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGC 106449611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2896 ATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGC 2955

106449612 TTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTG 106449671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2956 TTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTG 3015

106449672 TTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCA 106449731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3016 TTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCA 3075

106449732 TCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTA 106449791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3076 TCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTA 3135

106449792 ATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTAT 106449851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3136 ATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTAT 3195

106449852 TTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAA 106449911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3196 TTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAA 3255

106449912 AAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTG 106449953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3256 AAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTG 3297

Alignment time is 4.27957 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2894] =>      2894 nucs 'mol-32-1f0b-106004_2894'

Score:        2860
Aligned:      2893        nucs
Identic:      2890 (100%) nucs =>      1401 (100%)      1489 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447076,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449969]
 second seq =>  [        1,     1401] EXCISED REGION [     1403,     2894]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1402,1402]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1401,1401] to [1402,1402]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447076 ATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAA 106447135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAA 60

106447136 ATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAA 106447195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAA 120

106447196 AAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCA 106447255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCA 180

106447256 TAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACA 106447315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACA 240

106447316 AGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCT 106447375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCT 300

106447376 TTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCA 106447435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCA 360

106447436 TGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAG 106447495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAG 420

106447496 GCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTC 106447555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTC 480

106447556 TCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATG 106447615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATG 540

106447616 CAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATT 106447675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATT 600

106447676 TCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGA 106447735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGA 660

106447736 ATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATG 106447795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATG 720

106447796 TCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCA 106447855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCA 780

106447856 AAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTC 106447915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTC 840

106447916 TGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCT 106447975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCT 900

106447976 ATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGA 106448035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGA 960

106448036 AAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGT 106448095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGT 1020

106448096 ATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAAT 106448155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAAT 1080

106448156 TTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGC 106448215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGC 1140

106448216 TGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACT 106448275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACT 1200

106448276 GTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGA 106448335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGA 1260

106448336 AAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCT 106448395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCT 1320

106448396 TGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCT 106448455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCT 1380

106448456 ATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||
     1381 ATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1401

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1403 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1462

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1463 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1522

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1523 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1582

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1642

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1702

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1762

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1763 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1822

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1823 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1882

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1883 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1942

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1943 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2002

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2003 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2062

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2063 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2122

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2123 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2182

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2183 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2242

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2243 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2302

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2303 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2362

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2363 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2422

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2423 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2482

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2483 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2542

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2543 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2602

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2603 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2662

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2663 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2722

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2723 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2782

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 106449917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2783 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 2842

106449918 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAA 106449969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2843 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAA 2894

Alignment time is 3.77319 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     4420] =>      4420 nucs 'mol-32-1f16-039002_4420'

Score:        4208
Aligned:      4417        nucs
Identic:      4398 (100%) nucs =>      2143 (100%)      2255 ( 99%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447175,106449323] EXCISED REGION [106449922,106452188]
 second seq =>  [        1,     2149] EXCISED REGION [     2154,     4420]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [2150,2153]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [2149,2149] to [2153,2153]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [2150,2150] to [2153,2153]

106447175 AAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACAC 106447234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACAC 60

106447235 ATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTC 106447294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTC 120

106447295 TCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATC 106447354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATC 180

106447355 GCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGG 106447414
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
      181 GCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTTTGG 240

106447415 TCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTC 106447474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTC 300

106447475 CTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGC 106447534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGC 360

106447535 AATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACC 106447594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACC 420

106447595 CAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCT 106447654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCT 480

106447655 TTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATA 106447714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATA 540

106447715 AATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTT 106447774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      541 AATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTT 600

106447775 GAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC-ATTA 106447833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
      601 GAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCTAT-A 659

106447834 ATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGT 106447893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 ATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGT 719

106447894 CTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAAT 106447953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 CTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAAT 779

106447954 GGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCAT 106448013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 GGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCAT 839

106448014 ACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAG 106448073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 ACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAG 899

106448074 GATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGT 106448133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 GATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGT 959

106448134 TTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAA 106448193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 TTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAA 1019

106448194 TGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCAC 106448253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCAC 1079

106448254 TGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAA 106448313
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1080 TGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTATGAAA 1139

106448314 TATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTT 106448373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTT 1199

106448374 TGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATA 106448433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 TGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATA 1259

106448434 ACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTGGA 106448493
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1260 ACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTGGA 1319

106448494 TCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAAT 106448553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAAT 1379

106448554 CTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACAT 106448613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACAT 1439

106448614 TATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCA 106448673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCA 1499

106448674 GTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAA 106448733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 GTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAA 1559

106448734 GATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGA 106448793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 GATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGA 1619

106448794 GCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACT 106448853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 GCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACT 1679

106448854 GTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCC 106448913
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 GTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCC 1739

106448914 TCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACA 106448973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACA 1799

106448974 AACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAA 106449033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 AACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAA 1859

106449034 GTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTG 106449093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTG 1919

106449094 GTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTC 106449153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 GTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTC 1979

106449154 TTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTA 106449213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTA 2039

106449214 TTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTT 106449273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 TTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTT 2099

106449274 AGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 AGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 2149

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2154 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 2213

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 106450041
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     2214 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTTAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 2273

106450042 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 106450101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2274 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 2333

106450102 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 106450161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2334 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 2393

106450162 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 106450221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2394 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 2453

106450222 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 106450281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2454 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 2513

106450282 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGT 106450341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2514 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGT 2573

106450342 TCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGC 106450401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2574 TCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGC 2633

106450402 ATTACGTATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATG 106450461
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2634 ATTACATATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATG 2693

106450462 TTTCAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTAT 106450521
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2694 TTACAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTAT 2753

106450522 ATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTA 106450581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2754 ATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTA 2813

106450582 TTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAA 106450641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2814 TTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAA 2873

106450642 TTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATT 106450701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2874 TTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATT 2933

106450702 GTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTA 106450761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2934 GTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTA 2993

106450762 ACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCAT 106450821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2994 ACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCAT 3053

106450822 TTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAG 106450881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3054 TTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAG 3113

106450882 CTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAAT 106450941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3114 CTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAAT 3173

106450942 GCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCGGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCC 106451001
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3174 GCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCAGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCC 3233

106451002 TAAAATAGCTATGAAGCTGTATACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACA 106451061
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3234 TAAAATAGCTATGAAGCTGTGTACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACA 3293

106451062 GGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAG 106451121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3294 GGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAG 3353

106451122 ATAGCAGTGCATGCACCTACACACATAGTACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAAT 106451181
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3354 ATAGCAGTGCATGCACCTAAACACATAGTACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAAT 3413

106451182 GATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGTTGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCA 106451241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3414 GATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGTTGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCA 3473

106451242 GCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATCTTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGT 106451301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3474 GCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATCTTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGT 3533

106451302 CATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAATTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCAT 106451361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3534 CATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAATTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCAT 3593

106451362 ACCTGGATATTGCTGTCTGTAGTCACTGCTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAAC 106451421
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3594 ACCTGGATATTGCTGACTGTAGTCACTGCTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAAC 3653

106451422 TGTATATATGGGGGACAATATTTAATAATTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGC 106451481
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3654 TGTATATATGGGGGAAAATATTTAATAATTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGC 3713

106451482 ATACTCATTCTATATGCAAATATGCAAGCTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTA 106451541
          ||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     3714 ATACTCATTCTACATGCAAATATGCAAGTTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTA 3773

106451542 TCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTAAAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATA 106451601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3774 TCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTAAAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATA 3833

106451602 ATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGAAAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTT 106451661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3834 ATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGAAAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTT 3893

106451662 AAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGTGGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACA 106451721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3894 AAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGTGGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACA 3953

106451722 ATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCACTCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAAT 106451781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3954 ATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCACTCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAAT 4013

106451782 ATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACACTGATGCCATCATGTCACAAAGAATAAAGCTC 106451841
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     4014 ATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACACTGATGCCATCATGTTACAAAGAATAAAGCTC 4073

106451842 ATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCTCACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCA 106451901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4074 ATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCTCACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCA 4133

106451902 GAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTCCATCACAAAGGGCAATTTATTTTCATGGATCT 106451961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     4134 GAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTCCATCACAACGGGCAATTTATTTTCATGGATCT 4193

106451962 GGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTCTATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTA 106452021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4194 GGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTCTATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTA 4253

106452022 AATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAAGAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATAT 106452081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4254 AATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAAGAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATAT 4313

106452082 ATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCTGATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAA 106452141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4314 ATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCTGATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAA 4373

106452142 GAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTGCAACCTAGGTGATGAGTCT 106452188
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4374 GAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTGCAACCTAGGTGATGAGTCT 4420

Alignment time is 5.64852 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2149] =>      2149 nucs 'mol-32-1f16-039002_2149'

Score:        2092
Aligned:      2147        nucs
Identic:      2142 (100%) nucs =>       653 (100%)      1489 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447175,106447829] EXCISED REGION [106447832,106449323]
 second seq =>  [        1,      655] EXCISED REGION [      658,     2149]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [106447830,106447831]
 second seq =>         2 nucs [656,657]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [656,657] to [658,659]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447175 AAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACAC 106447234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACAC 60

106447235 ATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTC 106447294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTC 120

106447295 TCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATC 106447354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATC 180

106447355 GCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGG 106447414
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
      181 GCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTTTGG 240

106447415 TCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTC 106447474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTC 300

106447475 CTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGC 106447534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGC 360

106447535 AATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACC 106447594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACC 420

106447595 CAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCT 106447654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCT 480

106447655 TTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATA 106447714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATA 540

106447715 AATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTT 106447774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      541 AATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTT 600

106447775 GAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC 106447829
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC 655

EXCISED REGION

106447832 TAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCA 106447891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      658 TAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCA 717

106447892 GTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGA 106447951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      718 GTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGA 777

106447952 ATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACC 106448011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      778 ATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACC 837

106448012 ATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCA 106448071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      838 ATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCA 897

106448072 AGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATA 106448131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      898 AGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATA 957

106448132 GTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAA 106448191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      958 GTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAA 1017

106448192 AATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACC 106448251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1018 AATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACC 1077

106448252 ACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGA 106448311
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1078 ACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTATGA 1137

106448312 AATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAAT 106448371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1138 AATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAAT 1197

106448372 TTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGA 106448431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1198 TTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGA 1257

106448432 TAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTG 106448491
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1258 TAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTG 1317

106448492 GATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAA 106448551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1318 GATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAA 1377

106448552 ATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGAC 106448611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1378 ATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGAC 1437

106448612 ATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCC 106448671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1438 ATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCC 1497

106448672 CAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTA 106448731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 CAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTA 1557

106448732 AAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAA 106448791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 AAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAA 1617

106448792 GAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTA 106448851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 GAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTA 1677

106448852 CTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTC 106448911
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 CTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTC 1737

106448912 CCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAA 106448971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 CCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAA 1797

106448972 CAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAA 106449031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 CAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAA 1857

106449032 AAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTT 106449091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 AAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTT 1917

106449092 TGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATT 106449151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATT 1977

106449152 TCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAG 106449211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 TCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAG 2037

106449212 TATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATT 106449271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 TATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATT 2097

106449272 TTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 TTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 2149

Alignment time is 3.0974 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2934] =>      2934 nucs 'mol-32-1f63-228350_2934'

Score:        2900
Aligned:      2933        nucs
Identic:      2930 (100%) nucs =>      1413 (100%)      1517 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447064,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449997]
 second seq =>  [        1,     1413] EXCISED REGION [     1415,     2934]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1414,1414]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1413,1413] to [1414,1414]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447064 GTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAG 106447123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAG 60

106447124 TAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTA 106447183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTA 120

106447184 ATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCT 106447243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCT 180

106447244 TATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGA 106447303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGA 240

106447304 GAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTT 106447363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTT 300

106447364 GTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGA 106447423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGA 360

106447424 TGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAG 106447483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAG 420

106447484 AGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTC 106447543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTC 480

106447544 TAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAG 106447603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAG 540

106447604 CAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACA 106447663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACA 600

106447664 TTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTT 106447723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTT 660

106447724 CTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACC 106447783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACC 720

106447784 TAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAG 106447843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAG 780

106447844 ACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTC 106447903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTC 840

106447904 CACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATA 106447963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATA 900

106447964 TTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGAC 106448023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGAC 960

106448024 TTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAG 106448083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAG 1020

106448084 AGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCT 106448143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCT 1080

106448144 TATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGT 106448203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGT 1140

106448204 GGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCT 106448263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCT 1200

106448264 TACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTT 106448323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTT 1260

106448324 TCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTG 106448383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTG 1320

106448384 ATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCT 106448443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCT 1380

106448444 ACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1413

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1415 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1474

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1475 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1534

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1535 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1594

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1595 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1654

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1655 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1714

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1715 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1774

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1775 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1834

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1835 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1894

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1895 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1954

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1955 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2014

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2015 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2074

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2075 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2134

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2135 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2194

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2195 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2254

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2255 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2314

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2315 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2374

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2375 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2434

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2435 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2494

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2495 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2554

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2555 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2614

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2615 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2674

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2675 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2734

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2735 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2794

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 106449917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2795 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 2854

106449918 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATG 106449977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2855 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATG 2914

106449978 ATCATGTTCTTGTGTCATTG 106449997
          ||||||||||||||||||||
     2915 ATCATGTTCTTGTGTCATTG 2934

Alignment time is 3.85821 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2785] =>      2785 nucs 'mol-32-2383-059987_2785'

Score:        2740
Aligned:      2784        nucs
Identic:      2780 (100%) nucs =>      1568 (100%)      1212 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446909,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449693]
 second seq =>  [        1,     1568] EXCISED REGION [     1570,     2785]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1569,1569]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>        12 nucs [106448857,106448868]
 second seq =>        12 nucs [1949,1960]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1568,1568] to [1569,1569]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106446909 TGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGC 106446968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGC 60

106446969 TGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCT 106447028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCT 120

106447029 GAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAA 106447088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAA 180

106447089 ATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACT 106447148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACT 240

106447149 CAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGT 106447208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGT 300

106447209 TCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAA 106447268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAA 360

106447269 GATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAA 106447328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAA 420

106447329 AACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAA 106447388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAA 480

106447389 AATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCAT 106447448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCAT 540

106447449 GTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAA 106447508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAA 600

106447509 ACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCC 106447568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCC 660

106447569 ATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAAC 106447628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAAC 720

106447629 ACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGC 106447688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGC 780

106447689 CATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAG 106447748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAG 840

106447749 ATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCA 106447808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCA 900

106447809 GCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGA 106447868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGA 960

106447869 ACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCT 106447928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCT 1020

106447929 TCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGA 106447988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGA 1080

106447989 GACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCA 106448048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCA 1140

106448049 AGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGA 106448108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGA 1200

106448109 GTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCG 106448168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCG 1260

106448169 GGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTT 106448228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTT 1320

106448229 TTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAA 106448288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAA 1380

106448289 CATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAAT 106448348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAAT 1440

106448349 TTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCA 106448408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCA 1500

106448409 TCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGG 106448468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGG 1560

106448469 TACATCTG 106448476
          ||||||||
     1561 TACATCTG 1568

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1570 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1629

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1630 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1689

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1690 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1749

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1750 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1809

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1810 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1869

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1870 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1929

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          |||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1930 TCCATTGATGTTTACTGTCATGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1989

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1990 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 2049

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2050 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 2109

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2110 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2169

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2170 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2229

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2230 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2289

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2290 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2349

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2350 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2409

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2410 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2469

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2470 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2529

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2530 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2589

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2590 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2649

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2650 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2709

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2710 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2769

106449678 TTGATGTTGGTTTTAT 106449693
          ||||||||||||||||
     2770 TTGATGTTGGTTTTAT 2785

Alignment time is 3.89762 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3617] =>      3617 nucs 'mol-32-2874-087495_3617'

Score:        3461
Aligned:      3615        nucs
Identic:      3601 (100%) nucs =>      3314 (100%)       287 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106445999,106449323] EXCISED REGION [106449922,106450209]
 second seq =>  [        1,     3325] EXCISED REGION [     3330,     3617]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [3326,3329]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [3325,3325] to [3329,3329]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [3326,3326] to [3329,3329]

106445999 TCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACCAC 106446058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACCAC 60

106446059 GCACAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCA 106446118
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCACAGCTAATTTTTTTTTTTTTT-GTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCA 119

106446119 CCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCCGCCTTGGCCTCCC 106446178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
      120 CCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCTGCCTTGGCCTCCC 179

106446179 AAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACACTAACAGCA 106446238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 AAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACACTAACAGCA 239

106446239 CCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAATCACCTCCC 106446298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 CCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAATCACCTCCC 299

106446299 ACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAGTGGGGACAA 106446358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 ACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAGTGGGGACAA 359

106446359 ACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATATTAAGGTGTT 106446418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 ACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATATTAAGGTGTT 419

106446419 TAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACATTT 106446478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
      420 TAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACATCT 479

106446479 GTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCT 106446538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 GTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCT 539

106446539 ATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAACAC 106446598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 ATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAACAC 599

106446599 TTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTA 106446658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 TTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTA 659

106446659 TTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTT 106446718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 TTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTT 719

106446719 AAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACT 106446778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 AAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACT 779

106446779 TAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGT 106446838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGT 839

106446839 AAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGT 106446898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 AAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGT 899

106446899 GTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAA 106446958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 GTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAA 959

106446959 TTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAA 106447018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 TTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAA 1019

106447019 AATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATG 106447078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATG 1079

106447079 TGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATG 106447138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATG 1139

106447139 TGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAA-GAACTAATTTCTGTAGAAAA 106447197
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||| ||||||||||||||||||||
     1140 TGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATAAAGAAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAA 1199

106447198 AAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATA 106447257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 AAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATA 1259

106447258 ATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAG 106447317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 ATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAG 1319

106447318 TTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTT 106447377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTT 1379

106447378 ACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATG 106447437
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1380 ACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATG 1439

106447438 GATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGC 106447497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGC 1499

106447498 AACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTC 106447557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1500 AACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATAGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTC 1559

106447558 ACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCA 106447617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 ACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCA 1619

106447618 GCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTC 106447677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 GCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTC 1679

106447678 AAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAAT 106447737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 AAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAAT 1739

106447738 CTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTC 106447797
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 CTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTC 1799

106447798 ACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC-ATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAA 106447856
          |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
     1800 ACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCTAT-AATATCTAAAGACCAAAACACCAA 1858

106447857 AAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCT 106447916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 AAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCT 1918

106447917 GTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTA 106447976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 GTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTA 1978

106447977 TCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAA 106448036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 TCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAA 2038

106448037 AAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTA 106448096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 AAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTA 2098

106448097 TGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATT 106448156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 TGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATT 2158

106448157 TAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCT 106448216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 TAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCT 2218

106448217 GAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTG 106448276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 GAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTG 2278

106448277 TTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAA 106448336
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 TTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAA 2338

106448337 AATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTT 106448396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 AATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTT 2398

106448397 GCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTA 106448456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 GCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTA 2458

106448457 TCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGT 106448516
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 TCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGT 2518

106448517 TTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCT 106448576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 TTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCT 2578

106448577 CAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTAT 106448636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 CAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTAT 2638

106448637 GAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATG 106448696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 GAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATG 2698

106448697 TTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCAT 106448756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 TTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCAT 2758

106448757 TAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTA 106448816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 TAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTA 2818

106448817 ACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTT 106448876
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     2819 ACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTT 2878

106448877 TCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTC 106448936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 TCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTC 2938

106448937 TCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAA 106448996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 TCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAA 2998

106448997 AGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAAT 106449056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 AGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAAT 3058

106449057 ATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAA 106449116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 ATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAA 3118

106449117 ATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGA 106449176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 ATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGA 3178

106449177 TATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAA 106449236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 TATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAA 3238

106449237 ACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTT 106449296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 ACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTT 3298

106449297 AGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          |||||||||||||||||||||||||||
     3299 AGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 3325

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 3389

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 106450041
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTTAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 3449

106450042 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 106450101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3450 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 3509

106450102 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 106450161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 3569

106450162 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGAT 106450209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGAT 3617

Alignment time is 4.88974 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2779] =>      2779 nucs 'mol-32-288a-024320_2779'

Score:        2745
Aligned:      2778        nucs
Identic:      2775 (100%) nucs =>      1432 (100%)      1343 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447045,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449823]
 second seq =>  [        1,     1432] EXCISED REGION [     1434,     2779]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1433,1433]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1432,1432] to [1433,1433]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447045 ATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTA 106447104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTA 60

106447105 AAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTAC 106447164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTAC 120

106447165 CATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATAT 106447224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATAT 180

106447225 ACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAA 106447284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAA 240

106447285 GAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTA 106447344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTA 300

106447345 ACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACA 106447404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACA 360

106447405 TAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATA 106447464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATA 420

106447465 ACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATT 106447524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATT 480

106447525 AATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAG 106447584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAG 540

106447585 CACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCA 106447644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCA 600

106447645 AAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATT 106447704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATT 660

106447705 TTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATC 106447764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATC 720

106447765 CCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATC 106447824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATC 780

106447825 ACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGC 106447884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGC 840

106447885 GTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTG 106447944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTG 900

106447945 ATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCA 106448004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCA 960

106448005 CCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGA 106448064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGA 1020

106448065 CCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCC 106448124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCC 1080

106448125 ATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGAC 106448184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGAC 1140

106448185 TCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGAT 106448244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGAT 1200

106448245 TATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACA 106448304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACA 1260

106448305 ATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGC 106448364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGC 1320

106448365 CTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGT 106448424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGT 1380

106448425 CAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1432

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1434 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1493

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1494 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1553

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1554 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1613

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1614 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1673

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1674 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1733

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1734 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1793

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1794 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1853

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1854 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1913

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1914 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1973

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1974 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2033

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2034 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2093

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2094 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2153

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2154 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2213

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2214 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2273

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2274 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2333

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2334 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2393

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2394 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2453

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2454 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2513

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2514 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2573

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2574 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2633

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2634 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2693

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2694 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2753

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTT 106449823
          ||||||||||||||||||||||||||
     2754 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTT 2779

Alignment time is 3.62189 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3415] =>      3415 nucs 'mol-32-2895-052982_3415'

Score:        3360
Aligned:      3415        nucs
Identic:      3410 (100%) nucs =>       577 (100%)      2833 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446154,106446730] EXCISED REGION [106446732,106449569]
 second seq =>  [        1,      577] EXCISED REGION [      578,     3415]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106446731,106446731]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [106447131,106447131]
 second seq =>         1 nucs [977,977]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [106446731,106446734] to [106446732,106446735]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106446154 TGTGACCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACC 106446213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTGACCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACC 60

106446214 AGAACTCACTATCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATC 106446273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAACTCACTATCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATC 120

106446274 CACCCTCATGATGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATT 106446333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CACCCTCATGATGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATT 180

106446334 CAGCATGAGATTTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGG 106446393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAGCATGAGATTTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGG 240

106446394 TGAGAAGAGCCCATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGC 106446453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGAGAAGAGCCCATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGC 300

106446454 ACAATATTCTTAAATGATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGA 106446513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACAATATTCTTAAATGATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGA 360

106446514 TAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGT 106446573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGT 420

106446574 ATGTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGA 106446633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGA 480

106446634 TGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAA 106446693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAA 540

106446694 CATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTAT 106446730
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTAT 577

EXCISED REGION

106446732 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 106446791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      578 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 637

106446792 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 106446851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      638 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 697

106446852 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 106446911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      698 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 757

106446912 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 106446971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      758 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 817

106446972 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 106447031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      818 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 877

106447032 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 106447091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      878 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 937

106447092 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAA 106447151
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
      938 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCTATAAATGTGTCATAACTCAA 997

106447152 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 106447211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      998 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 1057

106447212 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 106447271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1058 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 1117

106447272 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 106447331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1118 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 1177

106447332 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 106447391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1178 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 1237

106447392 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 106447451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1238 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 1297

106447452 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 106447511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1298 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 1357

106447512 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 106447571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1358 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 1417

106447572 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 106447631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1418 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 1477

106447632 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 106447691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1478 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 1537

106447692 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 106447751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1538 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 1597

106447752 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 106447811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1598 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 1657

106447812 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 106447871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1658 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 1717

106447872 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 106447931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1718 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 1777

106447932 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 106447991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1778 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 1837

106447992 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 106448051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1838 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 1897

106448052 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 106448111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1898 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 1957

106448112 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 106448171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1958 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 2017

106448172 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 106448231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2018 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 2077

106448232 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 106448291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2078 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 2137

106448292 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 106448351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2138 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 2197

106448352 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 106448411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2198 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 2257

106448412 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 106448471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2258 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 2317

106448472 ATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 106448531
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2318 ATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 2377

106448532 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 106448591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2378 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 2437

106448592 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 106448651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2438 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 2497

106448652 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 106448711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2498 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 2557

106448712 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 106448771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2558 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 2617

106448772 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 106448831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2618 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 2677

106448832 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 106448891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2678 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 2737

106448892 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 106448951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2738 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 2797

106448952 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 106449011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2798 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 2857

106449012 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 106449071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2858 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCGTACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 2917

106449072 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGG 106449131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2918 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGG 2977

106449132 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 106449191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2978 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 3037

106449192 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 106449251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3038 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 3097

106449252 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 106449311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3098 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 3157

106449312 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 106449371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3158 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 3217

106449372 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 106449431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3218 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 3277

106449432 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 106449491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3278 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 3337

106449492 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 106449551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3338 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 3397

106449552 ATGCTATATGGATTTAGA 106449569
          ||||||||||||||||||
     3398 ATGCTATATGGATTTAGA 3415

Alignment time is 4.48522 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     6069] =>      6069 nucs 'mol-32-299d-060197_6069'

Score:        5802
Aligned:      6066        nucs
Identic:      6042 (100%) nucs =>      2548 (100%)      3494 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446769,106449323] EXCISED REGION [106449922,106453430]
 second seq =>  [        1,     2556] EXCISED REGION [     2561,     6069]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [2557,2560]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [2556,2556] to [2560,2560]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [2557,2557] to [2560,2560]

106446769 TTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGC 106446828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGC 60

106446829 TCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAG 106446888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAG 120

106446889 TATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGG 106446948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGG 180

106446949 AGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACA 106447008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACA 240

106447009 AGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATC 106447068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATC 300

106447069 ATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAG 106447128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAG 360

106447129 TCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAA-GAACTAATTT 106447187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||| ||||||||||
      361 TCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATAAAGAAAAAAAGAACTAATTT 420

106447188 CTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATA 106447247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATA 480

106447248 CACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAA 106447307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAA 540

106447308 AATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGT 106447367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGT 600

106447368 TCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGAC 106447427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      601 TCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTTTGGTCATAATGATGAC 660

106447428 AGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCG 106447487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCG 720

106447488 TTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAG 106447547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAG 780

106447548 CATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGG 106447607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGG 840

106447608 GCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTA 106447667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTA 900

106447668 TGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCC 106447727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCC 960

106447728 ACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGC 106447787
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGC 1020

106447788 GTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC-ATTAATATCTAAAGACC 106447846
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
     1021 GTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCTAT-AATATCTAAAGACC 1079

106447847 AAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCAC 106447906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 AAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCAC 1139

106447907 TTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTG 106447966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTG 1199

106447967 GAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTT 106448026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 GAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTT 1259

106448027 CAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGT 106448086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGT 1319

106448087 TGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTAT 106448146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTAT 1379

106448147 TTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGA 106448206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGA 1439

106448207 AGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTAC 106448266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 AGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTAC 1499

106448267 ATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCT 106448326
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 ATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCT 1559

106448327 GCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATT 106448386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 GCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATT 1619

106448387 CTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACT 106448446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 CTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACT 1679

106448447 ATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCT 106448506
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1680 ATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCT 1739

106448507 TTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTA 106448566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTA 1799

106448567 TTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTAC 106448626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 TTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTAC 1859

106448627 ATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATG 106448686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 ATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATG 1919

106448687 TAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTC 106448746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTC 1979

106448747 AAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAG 106448806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 AAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAG 2039

106448807 CCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTT 106448866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTT 2099

106448867 CAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATC 106448926
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 CCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATC 2159

106448927 CAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCA 106448986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 CAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCA 2219

106448987 ATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATA 106449046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 ATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATA 2279

106449047 CTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAA 106449106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 CTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAA 2339

106449107 AGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCAC 106449166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 AGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCAC 2399

106449167 CGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGT 106449226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 CGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGT 2459

106449227 GTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTA 106449286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 GTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTA 2519

106449287 CAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 CAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 2556

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 2620

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 106450041
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTTAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 2680

106450042 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 106450101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 2740

106450102 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 106450161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 2800

106450162 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 106450221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 2860

106450222 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 106450281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2861 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 2920

106450282 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGT 106450341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2921 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGT 2980

106450342 TCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGC 106450401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2981 TCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGC 3040

106450402 ATTACGTATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATG 106450461
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3041 ATTACATATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATG 3100

106450462 TTTCAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTAT 106450521
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3101 TTACAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTAT 3160

106450522 ATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTA 106450581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3161 ATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTA 3220

106450582 TTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAA 106450641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3221 TTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAA 3280

106450642 TTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATT 106450701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3281 TTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATT 3340

106450702 GTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTA 106450761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3341 GTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTA 3400

106450762 ACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCAT 106450821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3401 ACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCAT 3460

106450822 TTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAG 106450881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3461 TTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAG 3520

106450882 CTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAAT 106450941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3521 CTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAAT 3580

106450942 GCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCGGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCC 106451001
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3581 GCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCAGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCC 3640

106451002 TAAAATAGCTATGAAGCTGTATACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACA 106451061
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3641 TAAAATAGCTATGAAGCTGTGTACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACA 3700

106451062 GGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAG 106451121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3701 GGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAG 3760

106451122 ATAGCAGTGCATGCACCTACACACATAGTACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAAT 106451181
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3761 ATAGCAGTGCATGCACCTAAACACATAGTACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAAT 3820

106451182 GATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGTTGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCA 106451241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3821 GATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGTTGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCA 3880

106451242 GCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATCTTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGT 106451301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3881 GCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATCTTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGT 3940

106451302 CATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAATTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCAT 106451361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3941 CATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAATTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCAT 4000

106451362 ACCTGGATATTGCTGTCTGTAGTCACTGCTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAAC 106451421
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4001 ACCTGGATATTGCTGACTGTAGTCACTGCTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAAC 4060

106451422 TGTATATATGGGGGACAATATTTAATAATTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGC 106451481
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4061 TGTATATATGGGGGAAAATATTTAATAATTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGC 4120

106451482 ATACTCATTCTATATGCAAATATGCAAGCTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTA 106451541
          ||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     4121 ATACTCATTCTACATGCAAATATGCAAGTTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTA 4180

106451542 TCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTAAAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATA 106451601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4181 TCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTAAAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATA 4240

106451602 ATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGAAAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTT 106451661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4241 ATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGAAAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTT 4300

106451662 AAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGTGGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACA 106451721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4301 AAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGTGGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACA 4360

106451722 ATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCACTCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAAT 106451781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4361 ATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCACTCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAAT 4420

106451782 ATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACACTGATGCCATCATGTCACAAAGAATAAAGCTC 106451841
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     4421 ATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACACTGATGCCATCATGTTACAAAGAATAAAGCTC 4480

106451842 ATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCTCACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCA 106451901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4481 ATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCTCACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCA 4540

106451902 GAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTCCATCACAAAGGGCAATTTATTTTCATGGATCT 106451961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     4541 GAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTCCATCACAACGGGCAATTTATTTTCATGGATCT 4600

106451962 GGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTCTATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTA 106452021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4601 GGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTCTATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTA 4660

106452022 AATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAAGAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATAT 106452081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4661 AATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAAGAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATAT 4720

106452082 ATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCTGATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAA 106452141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4721 ATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCTGATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAA 4780

106452142 GAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTGCAACCTAGGTGATGAGTCTGACCCAGTGGACA 106452201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4781 GAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTGCAACCTAGGTGATGAGTCTGACCCAGTGGACA 4840

106452202 CCTCTGGGCAAACAGAGTTTAAAGAAGTGACACATTGTGTTCCAAGACCTCATTATAGCT 106452261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4841 CCTCTGGGCAAACAGAGTTTAAAGAAGTGACACATTGTGTTCCAAGACCTCATTATAGCT 4900

106452262 GCCATTTGGCCCTTTAGCTTGTCACATAAAGATTCATATTATAAACAGGTCTTTATTCCT 106452321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     4901 GCCATTTGGCCCTTTAGCTTGTCACATAAAGATTCATATTATAAACAGGTTTTTATTCCT 4960

106452322 TATTACTGCCCACCACCATGAATATTCTATTTTTGCACATAAAAGTACACTGTTGTTTAC 106452381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4961 TATTACTGCCCACCACCATGAATATTCTATTTTTGCACATAAAAGTACACTGTTGTTTAC 5020

106452382 TTGAATGCAGCTTCTTTCTCTTTTATTTGTTTTTTACGTTCCAATGGAAAAGTGCCATAT 106452441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5021 TTGAATGCAGCTTCTTTCTCTTTTATTTGTTTTTTACGTTCCAATGGAAAAGTGCCATAT 5080

106452442 ATGTGACAAGCAGAGTGTCTCATTTGGAATGTGGCTTTCCTCATGAAACCCTTTTGCACA 106452501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5081 ATGTGACAAGCAGAGTGTCTCATTTGGAATGTGGCTTTCCTCATGAAACCCTTTTGCACA 5140

106452502 ATGCCTTTGAAGCAATGGAACGTAATTCTTCAACACATCTCATGATTGCCAAATGTGGAC 106452561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5141 ATGCCTTTGAAGCAATGGAACGTAATTCTTCAACACATCTCATGATTGCCAAATGTGGAC 5200

106452562 AGGAAACAAGAGAAACAGCTGTTTAACTGGCCACAAATTCACCTTTATTACAATATATTT 106452621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5201 AGGAAACAAGAGAAACAGCTGTTTAACTGGCCACAAATTCACCTTTATTACAATATATTT 5260

106452622 GAACAAGTAGAATATTTCTAGTTTTCAAAGTACACATTGATAACAATACTAATAAAAATA 106452681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5261 GAACAAGTAGAATATTTCTAGTTTTCAAAGTACACATTGATAACAATACTAATAAAAATA 5320

106452682 ATAATGGCTAAGTTATCTTGAGTAATTAACATAAATCAGACATTTTCTAAGTAATGTACT 106452741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5321 ATAATGGCTAAGTTATCTTGAGTAATTAACATAAATCAGACATTTTCTAAGTAATGTACT 5380

106452742 CCTATACAAAAATGTTAGTACCTTGCCGTAGGTCGCACAGCTACCTAGGAGTAGAGCTGT 106452801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5381 CCTATACAAAAATGTTAGTACCTTGCCGTAGGTCGCACAGCTACCTAGGAGTAGAGCTGT 5440

106452802 AGTTTAAATGCAGGTGGTCTGGCCTCAGCACTGGTGTCCTTTCTCACCACAACATACTGT 106452861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5441 AGTTTAAATGCAGGTGGTCTGGCCTCAGCACTGGTGTCCTTTCTCACCACAACATACTGT 5500

106452862 ATCTGCTCATCACAGGTACTTAGGGACGCTAATCATTCCTGTGGGTGCCCACAGTTTGGC 106452921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5501 ATCTGCTCATCACAGGTACTTAGGGACGCTAATCATTCCTGTGGGTGCCCACAGTTTGGC 5560

106452922 AAGATAAAGCACCTTCAGGCCTTCATGAAGCCAAACAATGTCTACTAACAGATTTGATGG 106452981
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     5561 AAGATAAAGCACCTTCAGGCCTTCATGAAGCCAAACAATGTCTACTAACAGATTTTATGG 5620

106452982 AAAATGGCTGTATCACATAGCCATAGATGAAACACCAATGCATTTTCTGTGGTAAAACTC 106453041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5621 AAAATGGCTGTATCACATAGCCATAGATGAAACACCAATGCATTTTCTGTGGTAAAACTC 5680

106453042 CCTCTGAAGACAGTCTTTACCATGGTATTCAATATTTCTCATAAAAGATGTGTAAAAAAT 106453101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5681 CCTCTGAAGACAGTCTTTACCATGGTATTCAATATTTCTCATAAAAGATGTGTAAAAAAT 5740

106453102 TCTATCAGATTAGGCAAAAATGATCTCTTCTGATTAATTTACTTCCTTTTATTAGAAAAG 106453161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5741 TCTATCAGATTAGGCAAAAATGATCTCTTCTGATTAATTTACTTCCTTTTATTAGAAAAG 5800

106453162 GGGAGCCATAAAATTTCTGGTTTTCTGTATTTACTTTGGCTATTAGAAAGCTCAGAGAGA 106453221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5801 GGGAGCCATAAAATTTCTGGTTTTCTGTATTTACTTTGGCTATTAGAAAGCTCAGAGAGA 5860

106453222 AGCTCAGAGTGAATTGTGGTAGGTTTACAGTGTTAGAGTTTTGTTGTGATTATTTCCCTC 106453281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5861 AGCTCAGAGTGAATTGTGGTAGGTTTACAGTGTTAGAGTTTTGTTGTGATTATTTCCCTC 5920

106453282 TCCTATTCTTCATTACTGAACTCTGTTATTTTCTTTTTAATATAATACAAGCCAAACAAA 106453341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     5921 TCCTATTCTTCATTACTGAACTCTGTTATTTTCTTTTTAATATAATACAAGCTAAACAAA 5980

106453342 TGCAATTGCTTTAAAGTAAACATTTTAATCTCATTACTTAAGTATTTTAATTTGAACACA 106453401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5981 TGCAATTGCTTTAAAGTAAACATTTTAATCTCATTACTTAAGTATTTTAATTTGAACACA 6040

106453402 TTTGAAAAAAATATGGTCTTTTAGACAAG 106453430
          |||||||||||||||||||||||||||||
     6041 TTTGAAAAAAATATGGTCTTTTAGACAAG 6069

Alignment time is 7.5089 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2556] =>      2556 nucs 'mol-32-299d-060197_2556'

Score:        2479
Aligned:      2555        nucs
Identic:      2544 (100%) nucs =>       400 (100%)      2144 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446769,106447168] EXCISED REGION [106447172,106449323]
 second seq =>  [        1,      400] EXCISED REGION [      405,     2556]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [106447169,106447171]
 second seq =>         4 nucs [401,404]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [400,402] to [404,406]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106447168,106447168] to [106447172,106447172]
 second seq =>         1 nucs [400,400] to [405,405]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [401,401] to [404,404]

106446769 TTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGC 106446828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGC 60

106446829 TCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAG 106446888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAG 120

106446889 TATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGG 106446948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGG 180

106446949 AGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACA 106447008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACA 240

106447009 AGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATC 106447068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATC 300

106447069 ATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAG 106447128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAG 360

106447129 TCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATA 106447168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATA 400

EXCISED REGION

106447172 AAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACA 106447231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      405 AAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACA 464

106447232 CACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATT 106447291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      465 CACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATT 524

106447292 CTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCAT 106447351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      525 CTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCAT 584

106447352 ATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTT 106447411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      585 ATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTT 644

106447412 TGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAG 106447471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      645 TGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAG 704

106447472 TTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGG 106447531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      705 TTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGG 764

106447532 GGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATC 106447591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      765 GGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATC 824

106447592 ACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTT 106447651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      825 ACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTT 884

106447652 GCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAAT 106447711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      885 GCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAAT 944

106447712 ATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCT 106447771
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
      945 ATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCT 1004

106447772 TTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCAT 106447831
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
     1005 TTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTT--- 1061

106447832 ---TAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAG 106447888
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1062 CTATAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAG 1121

106447889 CCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAG 106447948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1122 CCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAG 1181

106447949 TGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTT 106448008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1182 TGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTT 1241

106448009 ACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCA 106448068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1242 ACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCA 1301

106448069 CCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTC 106448128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1302 CCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTC 1361

106448129 ATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCAT 106448188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1362 ATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCAT 1421

106448189 TAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATG 106448248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1422 TAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATG 1481

106448249 ACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTA 106448308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1482 ACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTA 1541

106448309 TGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGG 106448368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1542 TGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGG 1601

106448369 AATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAAT 106448428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1602 AATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAAT 1661

106448429 GGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAA 106448488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1662 GGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAA 1721

106448489 TTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAA 106448548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1722 TTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAA 1781

106448549 GAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTA 106448608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1782 GAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTA 1841

106448609 GACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTT 106448668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1842 GACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTT 1901

106448669 TCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCAT 106448728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1902 TCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCAT 1961

106448729 TTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATG 106448788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1962 TTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATG 2021

106448789 GAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGT 106448848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2022 GAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGT 2081

106448849 TTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAA 106448908
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2082 TTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAA 2141

106448909 TTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAAC 106448968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2142 TTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAAC 2201

106448969 TAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAA 106449028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2202 TAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAA 2261

106449029 AAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCT 106449088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2262 AAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCT 2321

106449089 CTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCA 106449148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2322 CTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCA 2381

106449149 ATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCT 106449208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2382 ATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCT 2441

106449209 TAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTA 106449268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2442 TAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTA 2501

106449269 ATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2502 ATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 2556

Alignment time is 3.52192 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3923] =>      3923 nucs 'mol-32-2b13-045533_3923'

Score:        3724
Aligned:      3922        nucs
Identic:      3904 (100%) nucs =>      3792 (100%)       112 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106445517,106449323] EXCISED REGION [106449922,106450034]
 second seq =>  [        1,     3806] EXCISED REGION [     3811,     3923]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [3807,3810]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [3806,3806] to [3810,3810]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [3807,3807] to [3810,3810]

106445517 GAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGCGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATC 106445576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGCGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATC 60

106445577 GCACCACTGCACTCCAGCCCGGGCGACGGGGCAAGATTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAG 106445636
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
       61 GCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACGGGGCAAGATTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAA- 119

106445637 AAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAATACCTGAGACTGGGTAATTGATAAAGA 106445696
          |||| |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      120 AAAA-AAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATACCTGAGACTGGGTAATTGATAAAGA 178

106445697 AAAGAGGTTTAATTGACTCACGTCTCCGCAGGCTGTACAGGAACCATGGCAGCATCAACT 106445756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      179 AAAGAGGTTTAATTGACTCACGTCTCCGCAGGCTGTACAGGAACCATGGCAGCATCAACT 238

106445757 TCTAGGGAGGCCTCAGGAAACATATTCATGGCGGAAGGCAAAGGGGGGTGAGGCACTTGT 106445816
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      239 TCTAGGGAGGCCTCAGGAAACATAGTCATGGCGGAAGGCAAAGGGGGGTGAGGCACTTGT 298

106445817 GGCTGGAGGAGGAAGGGCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAACCAGGTCTCATAAGA 106445876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      299 GGCTGGAGGAGGAAGGGCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAACCAGGTCTCATAAGA 358

106445877 ACTCACTATCTTTTGCATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTGAG 106445936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
      359 ACTCACTATCTTTTGCATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGAG 418

106445937 ACGGAATCTCACTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGG 106445996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      419 ACGGAATCTCACTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGG 478

106445997 GTTCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACC 106446056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 GTTCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACC 538

106446057 ACGCACAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTT 106446116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 ACGCACAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTT 598

106446117 CACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCCGCCTTGGCCTC 106446176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
      599 CACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCTGCCTTGGCCTC 658

106446177 CCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACACTAACAG 106446236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 CCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACACTAACAG 718

106446237 CACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAATCACCTC 106446296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAATCACCTC 778

106446297 CCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAGTGGGGAC 106446356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 CCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAGTGGGGAC 838

106446357 AAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATATTAAGGTG 106446416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 AAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATATTAAGGTG 898

106446417 TTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACAT 106446476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 TTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACAT 958

106446477 TTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTT 106446536
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 CTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTT 1018

106446537 CTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAAC 106446596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 CTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAAC 1078

106446597 ACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAG 106446656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 ACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAG 1138

106446657 TATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCT 106446716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 TATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCT 1198

106446717 TTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAA 106446776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 TTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAA 1258

106446777 CTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAG 106446836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 CTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAG 1318

106446837 GTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCT 106446896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 GTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCT 1378

106446897 GTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGC 106446956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 GTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGC 1438

106446957 AATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCAT 106447016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 AATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCAT 1498

106447017 AAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCA 106447076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 AAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCA 1558

106447077 TGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAA 106447136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 TGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAA 1618

106447137 TGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAA-GAACTAATTTCTGTAGAA 106447195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||| ||||||||||||||||||
     1619 TGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATAAAGAAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAA 1678

106447196 AAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCA 106447255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 AAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCA 1738

106447256 TAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACA 106447315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 TAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACA 1798

106447316 AGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCT 106447375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCT 1858

106447376 TTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCA 106447435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1859 TTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCA 1918

106447436 TGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAG 106447495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAG 1978

106447496 GCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTC 106447555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 GCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTC 2038

106447556 TCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATG 106447615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATG 2098

106447616 CAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATT 106447675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 CAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATT 2158

106447676 TCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGA 106447735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 TCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGA 2218

106447736 ATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATG 106447795
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 ATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATG 2278

106447796 TCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC-ATTAATATCTAAAGACCAAAACACC 106447854
          |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
     2279 TCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCTAT-AATATCTAAAGACCAAAACACC 2337

106447855 AAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGT 106447914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 AAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGT 2397

106447915 CTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACC 106447974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 CTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACC 2457

106447975 TATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAG 106448034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 TATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAG 2517

106448035 AAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAG 106448094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 AAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAG 2577

106448095 TATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAA 106448154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 TATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAA 2637

106448155 TTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGG 106448214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 TTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGG 2697

106448215 CTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGAC 106448274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 CTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGAC 2757

106448275 TGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGG 106448334
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 TGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGG 2817

106448335 AAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCC 106448394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 AAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCC 2877

106448395 TTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTC 106448454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 TTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTC 2937

106448455 TATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAAT 106448514
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 TATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAAT 2997

106448515 GTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTT 106448574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 GTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTT 3057

106448575 CTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTT 106448634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 CTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTT 3117

106448635 ATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGA 106448694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 ATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGA 3177

106448695 TGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTC 106448754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 TGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTC 3237

106448755 ATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTC 106448814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 ATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTC 3297

106448815 TAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCC 106448874
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     3298 TAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCC 3357

106448875 TTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTC 106448934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3358 TTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTC 3417

106448935 TCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAA 106448994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3418 TCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAA 3477

106448995 AAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGA 106449054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3478 AAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGA 3537

106449055 ATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAA 106449114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3538 ATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAA 3597

106449115 AAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAA 106449174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3598 AAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAA 3657

106449175 GATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTG 106449234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3658 GATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTG 3717

106449235 AAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATT 106449294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3718 AAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATT 3777

106449295 TTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          |||||||||||||||||||||||||||||
     3778 TTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 3806

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3811 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 3870

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTA 106450034
          ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     3871 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTTAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTA 3923

Alignment time is 5.17109 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2991] =>      2991 nucs 'mol-32-2dff-078602_2991'

Score:        2856
Aligned:      2988        nucs
Identic:      2976 (100%) nucs =>      2870 (100%)       106 ( 99%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446445,106449323] EXCISED REGION [106449922,106450028]
 second seq =>  [        1,     2880] EXCISED REGION [     2885,     2991]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [2881,2884]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [2880,2880] to [2884,2884]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [2881,2881] to [2884,2884]

106446445 TTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATG 106446504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACATCTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATG 60

106446505 CTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCA 106446564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCA 120

106446565 TTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAG 106446624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAG 180

106446625 AATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATA 106446684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATA 240

106446685 AAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATT 106446744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATT 300

106446745 GACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATG 106446804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATG 360

106446805 TTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACC 106446864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACC 420

106446865 CAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATG 106446924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATG 480

106446925 GCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAG 106446984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAG 540

106446985 TTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCA 106447044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCA 600

106447045 ATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTA 106447104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTA 660

106447105 AAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTAC 106447164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
      661 AAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGCGTCATAACTCAATTTGAGAATGTAC 720

106447165 CATACAGAAAAAA-GAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATA 106447223
          ||||.|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CATAAAGAAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATA 780

106447224 TACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAA 106447283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAA 840

106447284 AGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTT 106447343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTT 900

106447344 AACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATAC 106447403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATAC 960

106447404 ATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAAT 106447463
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATAACTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAAT 1020

106447464 AACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTAT 106447523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTAT 1080

106447524 TAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATA 106447583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATA 1140

106447584 GCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTC 106447643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTC 1200

106447644 AAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATAT 106447703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATAT 1260

106447704 TTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGAT 106447763
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1261 TTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGAT 1320

106447764 CCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAAT 106447823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAAT 1380

106447824 CACTTC-ATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAA 106447882
          |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CACTTCTAT-AATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAA 1439

106447883 GCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTC 106447942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTC 1499

106447943 TGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGT 106448002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGT 1559

106448003 CACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAA 106448062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 CACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAA 1619

106448063 GACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCT 106448122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 GACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCT 1679

106448123 CCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTG 106448182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 CCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTG 1739

106448183 ACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGG 106448242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 ACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGG 1799

106448243 ATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTA 106448302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     1800 ATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTA 1859

106448303 CAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCT 106448362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 CAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCT 1919

106448363 GCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCA 106448422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 GCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCA 1979

106448423 GTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTT 106448482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1980 GTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTT 2039

106448483 GCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTC 106448542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 GCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTC 2099

106448543 TCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGT 106448602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 TCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGT 2159

106448603 AAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGAT 106448662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 AAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGAT 2219

106448663 ATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTAC 106448722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 ATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTAC 2279

106448723 TGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAG 106448782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 TGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAG 2339

106448783 GAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCAT 106448842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 GAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCAT 2399

106448843 TGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATC 106448902
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATC 2459

106448903 TTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTG 106448962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTG 2519

106448963 TCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCA 106449022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCA 2579

106449023 AATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTA 106449082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTA 2639

106449083 GAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTT 106449142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTT 2699

106449143 AAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTC 106449202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTC 2759

106449203 CTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTA 106449262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 CTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTA 2819

106449263 TTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGA 106449322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 TTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGA 2879

106449323 A 106449323
          |
     2880 A 2880

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2885 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 2944

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAAC 106450028
          ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     2945 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTTAAACTCTTTTTTTCAAAAAC 2991

Alignment time is 3.94449 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     6610] =>      6610 nucs 'mol-32-2e57-011451_6610'

Score:        6423
Aligned:      6614        nucs
Identic:      6595 (100%) nucs =>       122 (100%)      6473 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106445802,106445923] EXCISED REGION [106445930,106452421]
 second seq =>  [        1,      122] EXCISED REGION [      123,     6610]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [106445924,106445929]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [106445924,106445927] to [106445930,106445933]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         5 nucs [106445919,106445923] to [106445930,106445934]
 second seq =>         5 nucs [118,122] to [123,127]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [106445924,106445926] to [106445927,106445929]
 second seq =>         0 nucs

106445802 GGGTGAGGCACTTGTGGCTGGAGGAGGAAGGGCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAA 106445861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGGTGAGGCACTTGTGGCTGGAGGAGGAAGGGCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAA 60

106445862 CCAGGTCTCATAAGAACTCACTATCTTTTGCATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTT 106445921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCAGGTCTCATAAGAACTCACTATCTTTTGCATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTT 120

106445922 TG 106445923
          ||
      121 TG 122

EXCISED REGION

106445930 TTTTGAGACGGAATCTCACTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGC 106445989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      123 TTTTGAGACGGAATCTCACTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGC 182

106445990 CTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCC 106446049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      183 CTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCC 242

106446050 CGCCACCACGCACAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 106446109
          |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      243 CGCCACCACGCACAGCTAA---TTTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 299

106446110 GGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCCGCCT 106446169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 GGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCCGCCT 359

106446170 TGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACA 106446229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 TGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACA 419

106446230 CTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAA 106446289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 CTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAA 479

106446290 TCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAG 106446349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAG 539

106446350 TGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATAT 106446409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATAT 599

106446410 TAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATG 106446469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 TAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATG 659

106446470 ATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTT 106446529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 ATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTT 719

106446530 CAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTAT 106446589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 CAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTAT 779

106446590 CGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTC 106446649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTC 839

106446650 AATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTA 106446709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 AATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTA 899

106446710 GGTTTCTTTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACT 106446769
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 GGTTTCTTTAAGAAAATGTAT-AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACT 958

106446770 TAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCT 106446829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 TAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCT 1018

106446830 CTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGT 106446889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 CTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGT 1078

106446890 ATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGA 106446949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 ATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGA 1138

106446950 GAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAA 106447009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 GAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAA 1198

106447010 GTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCA 106447069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 GTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCA 1258

106447070 TCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGT 106447129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 TCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGT 1318

106447130 CAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCT 106447189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 CAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCT 1378

106447190 GTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACA 106447249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 GTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACA 1438

106447250 CCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAA 106447309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 CCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAA 1498

106447310 TTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTC 106447369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTC 1558

106447370 TGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAG 106447429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 TGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAG 1618

106447430 CCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTT 106447489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 CCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTT 1678

106447490 TCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCA 106447549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 TCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCA 1738

106447550 TTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGC 106447609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 TTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGC 1798

106447610 CTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATG 106447669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 CTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATG 1858

106447670 TGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCAC 106447729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 TGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCAC 1918

106447730 CTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGT 106447789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 CTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGT 1978

106447790 GCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAA 106447849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 GCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAA 2038

106447850 ACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTC 106447909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 ACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTC 2098

106447910 TCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAA 106447969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2099 TCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAA 2158

106447970 GCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAA 106448029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 GCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAA 2218

106448030 GGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGG 106448089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 GGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGG 2278

106448090 CCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTA 106448149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 CCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTA 2338

106448150 TTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGA 106448209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 TTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGA 2398

106448210 TTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATT 106448269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 TTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATT 2458

106448270 TTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCT 106448329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 TTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCT 2518

106448330 ATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTT 106448389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 ATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTT 2578

106448390 CCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATG 106448449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 CCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATG 2638

106448450 TCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTG 106448509
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 TCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTG 2698

106448510 ACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTT 106448569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 ACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTT 2758

106448570 GTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATT 106448629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 GTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATT 2818

106448630 CGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAA 106448689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 CGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAA 2878

106448690 CAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAA 106448749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 CAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAA 2938

106448750 AGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCC 106448809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 AGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCC 2998

106448810 AGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAG 106448869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2999 AGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCG 3058

106448870 TCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAG 106448929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 TCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAG 3118

106448930 CATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATA 106448989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 CATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATA 3178

106448990 AAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTA 106449049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 AAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTA 3238

106449050 TTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGC 106449109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 TTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGC 3298

106449110 ACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGT 106449169
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 ACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGT 3358

106449170 AAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTT 106449229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 AAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTT 3418

106449230 TTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAA 106449289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 TTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAA 3478

106449290 AAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATA 106449349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 AAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATA 3538

106449350 ATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCC 106449409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 ATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCC 3598

106449410 AAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAAT 106449469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 AAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAAT 3658

106449470 TTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATT 106449529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 TTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATT 3718

106449530 TCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTT 106449589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 TCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTT 3778

106449590 TTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAA 106449649
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 TTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAA 3838

106449650 GTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCC 106449709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 GTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCC 3898

106449710 ATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTT 106449769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 ATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTT 3958

106449770 CACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTT 106449829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3959 CACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTT 4018

106449830 TGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACT 106449889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4019 TGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACT 4078

106449890 ACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAAC 106449949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4079 ACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAAC 4138

106449950 TTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCA 106450009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4139 TTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCA 4198

106450010 AACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAAGTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTT 106450069
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     4199 AACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAAGTAATTTCAAATTAAACTATTTGCATTT 4258

106450070 TACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTT 106450129
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4259 TACATATTGAGTTTATATGTTTATTCTCCAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTT 4318

106450130 TTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTC 106450189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4319 TTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTC 4378

106450190 CATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAAGAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTT 106450249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 CATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAAGAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTT 4438

106450250 ACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGACATGATCTACCACATACATGTAGTATCTT 106450309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 ACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGACATGATCTACCACATACATGTAGTATCTT 4498

106450310 AGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGTTCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATT 106450369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4499 AGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGTTCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATT 4558

106450370 AACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGCATTACGTATATCCTCTACACAGTGATGG 106450429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4559 AACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGCATTACGTATATCCTCTACACAGTGATGG 4618

106450430 CAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATGTTTCAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAG 106450489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4619 CAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATGTTTCAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAG 4678

106450490 AATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTATATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACT 106450549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4679 AATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTATATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACT 4738

106450550 TTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTATTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTT 106450609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4739 TTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTATTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTT 4798

106450610 ATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAATTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGC 106450669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4799 ATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAATTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGC 4858

106450670 AATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATTGTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTA 106450729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4859 AATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATTGTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTA 4918

106450730 TGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTAACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTC 106450789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4919 TGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTAACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTC 4978

106450790 TAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCATTTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGC 106450849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4979 TAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCATTTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGC 5038

106450850 TCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAGCTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTA 106450909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5039 TCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAGCTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTA 5098

106450910 AATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAATGCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCGGAT 106450969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     5099 AATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAATGCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCAGAT 5158

106450970 GGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCCTAAAATAGCTATGAAGCTGTATACCCAA 106451029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     5159 GGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCCTAAAATAGCTATGAAGCTGTGTACCCAA 5218

106451030 AGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACAGGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTAT 106451089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5219 AGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACAGGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTAT 5278

106451090 TAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAGATAGCAGTGCATGCACCTACACACATAG 106451149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5279 TAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAGATAGCAGTGCATGCACCTACACACATAG 5338

106451150 TACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAATGATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGT 106451209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5339 TACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAATGATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGT 5398

106451210 TGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCAGCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATC 106451269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5399 TGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCAGCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATC 5458

106451270 TTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGTCATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAA 106451329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5459 TTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGTCATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAA 5518

106451330 TTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCATACCTGGATATTGCTGTCTGTAGTCACTG 106451389
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     5519 TTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCATACCTGGATATTGCTGACTGTAGTCACTG 5578

106451390 CTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAACTGTATATATGGGGGACAATATTTAATAA 106451449
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     5579 CTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAACTGTATATATGGGGGAAAATATTTAATAA 5638

106451450 TTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGCATACTCATTCTATATGCAAATATGCAAG 106451509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     5639 TTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGCATACTCATTCTACATGCAAATATGCAAG 5698

106451510 CTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTATCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTA 106451569
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5699 TTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTATCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTA 5758

106451570 AAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATAATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGA 106451629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5759 AAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATAATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGA 5818

106451630 AAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTTAAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGT 106451689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5819 AAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTTAAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGT 5878

106451690 GGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACAATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCAC 106451749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5879 GGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACAATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCAC 5938

106451750 TCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAATATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACA 106451809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5939 TCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAATATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACA 5998

106451810 CTGATGCCATCATGTCACAAAGAATAAAGCTCATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCT 106451869
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5999 CTGATGCCATCATGTTACAAAGAATAAAGCTCATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCT 6058

106451870 CACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCAGAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTC 106451929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6059 CACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCAGAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTC 6118

106451930 CATCACAAAGGGCAATTTATTTTCATGGATCTGGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTC 106451989
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6119 CATCACAACGGGCAATTTATTTTCATGGATCTGGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTC 6178

106451990 TATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTAAATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAA 106452049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6179 TATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTAAATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAA 6238

106452050 GAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATATATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCT 106452109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6239 GAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATATATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCT 6298

106452110 GATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAAGAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTG 106452169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6299 GATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAAGAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTG 6358

106452170 CAACCTAGGTGATGAGTCTGACCCAGTGGACACCTCTGGGCAAACAGAGTTTAAAGAAGT 106452229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6359 CAACCTAGGTGATGAGTCTGACCCAGTGGACACCTCTGGGCAAACAGAGTTTAAAGAAGT 6418

106452230 GACACATTGTGTTCCAAGACCTCATTATAGCTGCCATTTGGCCCTTTAGCTTGTCACATA 106452289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6419 GACACATTGTGTTCCAAGACCTCATTATAGCTGCCATTTGGCCCTTTAGCTTGTCACATA 6478

106452290 AAGATTCATATTATAAACAGGTCTTTATTCCTTATTACTGCCCACCACCATGAATATTCT 106452349
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6479 AAGATTCATATTATAAACAGGTTTTTATTCCTTATTACTGCCCACCACCATGAATATTCT 6538

106452350 ATTTTTGCACATAAAAGTACACTGTTGTTTACTTGAATGCAGCTTCTTTCTCTTTTATTT 106452409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6539 ATTTTTGCACATAAAAGTACACTGTTGTTTACTTGAATGCAGCTTCTTTCTCTTTTATTT 6598

106452410 GTTTTTTACGTT 106452421
          ||||||||||||
     6599 GTTTTTTACGTT 6610

Alignment time is 8.01821 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2585] =>      2585 nucs 'mol-32-2ee6-042711_2585'

Score:        2551
Aligned:      2584        nucs
Identic:      2581 (100%) nucs =>      1175 (100%)      1406 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447302,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449886]
 second seq =>  [        1,     1175] EXCISED REGION [     1177,     2585]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1176,1176]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1175,1175] to [1176,1176]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447302 GAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCT 106447361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCT 60

106447362 TTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAAT 106447421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAAT 120

106447422 GATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAG 106447481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAG 180

106447482 AGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCC 106447541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCC 240

106447542 TCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTC 106447601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTC 300

106447602 AGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAA 106447661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAA 360

106447662 CATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATT 106447721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATT 420

106447722 TTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAA 106447781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAA 480

106447782 CCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAA 106447841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAA 540

106447842 AGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACC 106447901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACC 600

106447902 TCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAA 106447961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAA 660

106447962 TATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGG 106448021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGG 720

106448022 ACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAA 106448081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAA 780

106448082 AGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATC 106448141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATC 840

106448142 CTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTC 106448201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTC 900

106448202 GTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTC 106448261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTC 960

106448262 CTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCT 106448321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCT 1020

106448322 TTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAAT 106448381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAAT 1080

106448382 TGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACT 106448441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACT 1140

106448442 CTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1175

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1177 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1236

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1237 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1296

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1297 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1356

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1357 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1416

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1417 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1476

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1477 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1536

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1537 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1596

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1597 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1656

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1657 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1716

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1717 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 1776

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1777 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 1836

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1837 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 1896

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1897 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 1956

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1957 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2016

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2017 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2076

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2077 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2136

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2137 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2196

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2197 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2256

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2257 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2316

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2317 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2376

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2377 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2436

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2437 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2496

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2497 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2556

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTAC 106449886
          |||||||||||||||||||||||||||||
     2557 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTAC 2585

Alignment time is 3.4729 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     4131] =>      4131 nucs 'mol-32-2efc-095436_4131'

Score:        3930
Aligned:      4123        nucs
Identic:      4103 (100%) nucs =>      3714 ( 99%)       389 (100%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106445597,106449323] EXCISED REGION [106449922,106450311]
 second seq =>  [        8,     3737] EXCISED REGION [     3742,     4131]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [3738,3741]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [3737,3737] to [3741,3741]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [3738,3738] to [3741,3741]

106445597 GGGCGACGGGGCAAGATTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAA--GAAAAGAAAAAGAAAAAGA 106445654
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
        8 GGGCGACGGGGCAAGATTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAAAAGA 67

106445655 AAAAAAAAAAAG--AAATACCTGAGACTGGGTAATTGATAAAGAAAAGAGGTTTAATTGA 106445712
          |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       68 AAAAAAAAAAA-ACAAATACCTGAGACTGGGTAATTGATAAAGAAAAGAGGTTTAATTGA 126

106445713 CTCACGTCTCCGCAGGCTGTACAGGAACCATGGCAGCATCAACTTCTAGGGAGGCCTCAG 106445772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      127 CTCACGTCTCCGCAGGCTGTACAGGAACCATGGCAGCATCAACTTCTAGGGAGGCCTCAG 186

106445773 GAAACATATTCATGGCGGAAGGCAAAGGGGGGTGAGGCACTTGTGGCTGGAGGAGGAAGG 106445832
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      187 GAAACATAGTCATGGCGGAAGGCAAAGGGGGGTGAGGCACTTGTGGCTGGAGGAGGAAGG 246

106445833 GCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAACCAGGTCTCATAAGAACTCACTATCTTTTGC 106445892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      247 GCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAACCAGGTCTCATAAGAACTCACTATCTTTTGC 306

106445893 ATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTCACTGGA 106445952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
      307 ATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTGAGACGGAATCTCACTGGA 366

106445953 GTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCC 106446012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      367 GTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCC 426

106446013 TCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACCACGCACAGCTAATTTT 106446072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      427 TCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCCCGCCACCACGCACAGCTAATTTT 486

106446073 TTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGG 106446132
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      487 TTTTTTTTTTT-TATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGG 545

106446133 ATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATT 106446192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
      546 ATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATT 605

106446193 GCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTG 106446252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      606 GCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTG 665

106446253 CTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCT 106446312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      666 CTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCT 725

106446313 CCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGG 106446372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      726 CCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGG 785

106446373 CAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGAT 106446432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      786 CAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGAT 845

106446433 GCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACATTTGTACACTTGTGGAT 106446492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      846 GCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATGATAACATCTGTACACTTGTGGAT 905

106446493 TTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAA 106446552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      906 TTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAA 965

106446553 TGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGT 106446612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      966 TGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGT 1025

106446613 GACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAAT 106446672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1026 GACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAAT 1085

106446673 TAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTATAA 106446732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1086 TAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTATAA 1145

106446733 AAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGCT 106446792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1146 AAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGCT 1205

106446793 ACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCA 106446852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1206 ACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCA 1265

106446853 ATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTA 106446912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1266 ATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTA 1325

106446913 TAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTT 106446972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1326 TAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTT 1385

106446973 TGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAG 106447032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1386 TGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAG 1445

106447033 AAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTG 106447092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1446 AAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTG 1505

106447093 TTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAAT 106447152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 TTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAAT 1565

106447153 TTGAGAATGTACCATACAGAAAAAA-GAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 106447211
          ||||||||||||||||.|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 TTGAGAATGTACCATAAAGAAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 1625

106447212 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 106447271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1626 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 1685

106447272 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 106447331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 1745

106447332 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 106447391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 1805

106447392 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 106447451
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 ATAACAACATACATAACTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 1865

106447452 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 106447511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1866 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 1925

106447512 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 106447571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 1985

106447572 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 106447631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 2045

106447632 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 106447691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 2105

106447692 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 106447751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2106 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 2165

106447752 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 106447811
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 CAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 2225

106447812 AAGCTACAGAATCACTTC-ATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAAC 106447870
          |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 AAGCTACAGAATCACTTCTAT-AATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAAC 2284

106447871 TAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTC 106447930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2285 TAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTC 2344

106447931 CATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGA 106447990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2345 CATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGA 2404

106447991 CCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAG 106448050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2405 CCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAG 2464

106448051 AGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGT 106448110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2465 AGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGT 2524

106448111 TTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGG 106448170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2525 TTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGG 2584

106448171 TTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTT 106448230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2585 TTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTT 2644

106448231 TCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACA 106448290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2645 TCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACA 2704

106448291 TAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTT 106448350
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2705 TACGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTT 2764

106448351 GGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATC 106448410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2765 GGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATC 2824

106448411 AATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTA 106448470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2825 AATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTA 2884

106448471 CATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATC 106448530
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2885 CATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATC 2944

106448531 TGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTT 106448590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2945 TGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTT 3004

106448591 GTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAG 106448650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3005 GTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAG 3064

106448651 ATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGT 106448710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3065 ATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGT 3124

106448711 AACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGG 106448770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3125 AACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGG 3184

106448771 GCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAG 106448830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3185 GCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAG 3244

106448831 GGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAG 106448890
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     3245 GGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAG 3304

106448891 AGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTC 106448950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3305 AGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTC 3364

106448951 CCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTT 106449010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3365 CCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTT 3424

106449011 AAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAA 106449070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3425 AAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAA 3484

106449071 ATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGG 106449130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3485 ATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGG 3544

106449131 GCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGC 106449190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3545 GCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGC 3604

106449191 TTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGA 106449250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3605 TTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGA 3664

106449251 ACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGG 106449310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3665 ACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGG 3724

106449311 GGAAATCAATGAA 106449323
          |||||||||||||
     3725 GGAAATCAATGAA 3737

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 3801

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 106450041
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     3802 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTTAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 3861

106450042 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 106450101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3862 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 3921

106450102 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 106450161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3922 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 3981

106450162 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 106450221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3982 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 4041

106450222 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 106450281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4042 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 4101

106450282 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAG 106450311
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     4102 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAG 4131

Alignment time is 5.25529 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2714] =>      2714 nucs 'mol-32-2fd8-066306_2714'

Score:        2680
Aligned:      2713        nucs
Identic:      2710 (100%) nucs =>      1282 (100%)      1428 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447195,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449908]
 second seq =>  [        1,     1282] EXCISED REGION [     1284,     2714]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1283,1283]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1282,1282] to [1283,1283]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447195 AAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTC 106447254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTC 60

106447255 ATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAAC 106447314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAAC 120

106447315 AAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGC 106447374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGC 180

106447375 TTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGC 106447434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGC 240

106447435 ATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAA 106447494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAA 300

106447495 GGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCT 106447554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCT 360

106447555 CTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAAT 106447614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAAT 420

106447615 GCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAAT 106447674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAAT 480

106447675 TTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTG 106447734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTG 540

106447735 AATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTAT 106447794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTAT 600

106447795 GTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACC 106447854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACC 660

106447855 AAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGT 106447914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGT 720

106447915 CTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACC 106447974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACC 780

106447975 TATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAG 106448034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAG 840

106448035 AAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAG 106448094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAG 900

106448095 TATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAA 106448154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAA 960

106448155 TTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGG 106448214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGG 1020

106448215 CTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGAC 106448274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGAC 1080

106448275 TGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGG 106448334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGG 1140

106448335 AAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCC 106448394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCC 1200

106448395 TTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTC 106448454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTC 1260

106448455 TATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          ||||||||||||||||||||||
     1261 TATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1282

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1284 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1343

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1344 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1403

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1404 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1463

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1464 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1523

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1524 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1583

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1584 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1643

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1644 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1703

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1704 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1763

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1764 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1823

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1824 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 1883

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1884 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 1943

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1944 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2003

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2004 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2063

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2064 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2123

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2124 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2183

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2184 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2243

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2244 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2303

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2304 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2363

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2364 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2423

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2424 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2483

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2484 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2543

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2544 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2603

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2604 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2663

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAA 106449908
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2664 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAA 2714

Alignment time is 3.55143 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2815] =>      2815 nucs 'mol-32-3025-109552_2815'

Score:        2781
Aligned:      2814        nucs
Identic:      2811 (100%) nucs =>      1403 (100%)      1408 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447074,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449888]
 second seq =>  [        1,     1403] EXCISED REGION [     1405,     2815]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1404,1404]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1403,1403] to [1404,1404]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447074 CCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAAT 106447133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAAT 60

106447134 AAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAG 106447193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAG 120

106447194 AAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTT 106447253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTT 180

106447254 CATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAA 106447313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAA 240

106447314 CAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTG 106447373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTG 300

106447374 CTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAG 106447433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAG 360

106447434 CATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAA 106447493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAA 420

106447494 AGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTC 106447553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTC 480

106447554 TCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAA 106447613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAA 540

106447614 TGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAA 106447673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAA 600

106447674 TTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCT 106447733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCT 660

106447734 GAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTA 106447793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTA 720

106447794 TGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACAC 106447853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACAC 780

106447854 CAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTG 106447913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTG 840

106447914 TCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCAC 106447973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCAC 900

106447974 CTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGA 106448033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGA 960

106448034 GAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTA 106448093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTA 1020

106448094 GTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGA 106448153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGA 1080

106448154 ATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGG 106448213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGG 1140

106448214 GCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGA 106448273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGA 1200

106448274 CTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGG 106448333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGG 1260

106448334 GAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTC 106448393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTC 1320

106448394 CTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTT 106448453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTT 1380

106448454 CTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||||
     1381 CTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1403

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1405 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1464

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1524

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1525 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1584

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1644

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1704

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1705 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1764

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1765 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1824

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1884

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1944

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2004

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2005 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2064

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2065 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2124

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2125 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2184

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2185 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2244

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2245 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2304

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2305 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2364

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2365 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2424

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2484

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2485 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2544

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2545 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2604

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2605 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2664

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2665 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2724

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2725 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2784

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACAC 106449888
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     2785 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACAC 2815

Alignment time is 3.81839 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2863] =>      2863 nucs 'mol-32-3025-165162_2863'

Score:        2829
Aligned:      2862        nucs
Identic:      2859 (100%) nucs =>      1405 (100%)      1454 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447072,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449934]
 second seq =>  [        1,     1405] EXCISED REGION [     1407,     2863]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1406,1406]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1405,1405] to [1406,1406]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447072 TACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCA 106447131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCA 60

106447132 ATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGT 106447191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGT 120

106447192 AGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACC 106447251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACC 180

106447252 TTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATT 106447311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATT 240

106447312 AACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTG 106447371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTG 300

106447372 TGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCC 106447431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCC 360

106447432 AGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTC 106447491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTC 420

106447492 AAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATT 106447551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATT 480

106447552 TCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCT 106447611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCT 540

106447612 AATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTG 106447671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTG 600

106447672 AATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCT 106447731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCT 660

106447732 CTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGC 106447791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGC 720

106447792 TATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAAC 106447851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAAC 780

106447852 ACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTC 106447911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTC 840

106447912 TGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGC 106447971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGC 900

106447972 ACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGG 106448031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGG 960

106448032 GAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCC 106448091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCC 1020

106448092 TAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATT 106448151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATT 1080

106448152 GAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATT 106448211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATT 1140

106448212 GGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTT 106448271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTT 1200

106448272 GACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTAT 106448331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTAT 1260

106448332 GGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCC 106448391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCC 1320

106448392 TCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTC 106448451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTC 1380

106448452 TTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||||||
     1381 TTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1405

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1407 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1466

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1467 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1526

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1527 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1586

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1587 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1646

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1647 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1706

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1707 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1766

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1767 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1826

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1827 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1886

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1887 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1946

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1947 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2006

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2007 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2066

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2067 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2126

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2127 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2186

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2187 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2246

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2247 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2306

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2307 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2366

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2367 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2426

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2427 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2486

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2487 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2546

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2547 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2606

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2607 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2666

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2667 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2726

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2727 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2786

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 106449917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2787 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 2846

106449918 GTTTTCTGAAAGTGATG 106449934
          |||||||||||||||||
     2847 GTTTTCTGAAAGTGATG 2863

Alignment time is 3.85128 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2979] =>      2979 nucs 'mol-32-303b-026990_2979'

Score:        2945
Aligned:      2978        nucs
Identic:      2975 (100%) nucs =>      1504 (100%)      1471 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446973,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449951]
 second seq =>  [        1,     1504] EXCISED REGION [     1506,     2979]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1505,1505]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1504,1504] to [1505,1505]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106446973 TGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAG 106447032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAG 60

106447033 AAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTG 106447092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTG 120

106447093 TTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAAT 106447152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAAT 180

106447153 TTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCAC 106447212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCAC 240

106447213 CAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATA 106447272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATA 300

106447273 TACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACA 106447332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACA 360

106447333 TCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATA 106447392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATA 420

106447393 TAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTA 106447452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTA 480

106447453 TCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACAT 106447512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACAT 540

106447513 GCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGC 106447572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGC 600

106447573 CCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACAT 106447632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACAT 660

106447633 AAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATA 106447692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATA 720

106447693 TCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGC 106447752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGC 780

106447753 AGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCA 106447812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCA 840

106447813 AGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTA 106447872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTA 900

106447873 GGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCA 106447932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCA 960

106447933 TGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACC 106447992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACC 1020

106447993 CTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAG 106448052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAG 1080

106448053 GATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTT 106448112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTT 1140

106448113 TGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTT 106448172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTT 1200

106448173 TTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTC 106448232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTC 1260

106448233 TAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATA 106448292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATA 1320

106448293 GGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGG 106448352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGG 1380

106448353 AAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAA 106448412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAA 1440

106448413 TCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACA 106448472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACA 1500

106448473 TCTG 106448476
          ||||
     1501 TCTG 1504

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1565

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1625

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1626 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1685

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1745

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1805

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1865

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1866 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1925

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1985

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 2045

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2105

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2106 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2165

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2225

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2285

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2345

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2405

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2465

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2525

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2526 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2585

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2586 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2645

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2705

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2765

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2766 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2825

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2826 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2885

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 106449917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2886 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 2945

106449918 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTT 106449951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2946 GTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTT 2979

Alignment time is 4.07819 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2465] =>      2465 nucs 'mol-32-30eb-063491_2465'

Score:        2420
Aligned:      2464        nucs
Identic:      2460 (100%) nucs =>      1007 (100%)      1453 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447470,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449934]
 second seq =>  [        1,     1007] EXCISED REGION [     1009,     2465]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1008,1008]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1007,1007] to [1008,1008]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447470 AGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATAT 106447529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATAT 60

106447530 GGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCA 106447589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCA 120

106447590 TCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTT 106447649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTT 180

106447650 TTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTA 106447709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTA 240

106447710 ATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTG 106447769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTG 300

106447770 CTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC 106447829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC 360

106447830 ATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGC 106447889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGC 420

106447890 CAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGT 106447949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGT 480

106447950 GAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTA 106448009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTA 540

106448010 CCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCAC 106448069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCAC 600

106448070 CAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCA 106448129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCA 660

106448130 TAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATT 106448189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATT 720

106448190 AAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGA 106448249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGA 780

106448250 CCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTAT 106448309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTAT 840

106448310 GAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGA 106448369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGA 900

106448370 ATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATG 106448429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATG 960

106448430 GATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1007

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1009 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1068

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1069 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1128

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1129 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1188

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1189 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1248

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1249 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1308

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1309 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1368

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1369 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1428

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1429 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1488

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1489 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1548

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1549 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 1608

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1609 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 1668

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1669 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 1728

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1729 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 1788

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1789 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 1848

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1849 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 1908

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1909 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 1968

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1969 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2028

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2029 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2088

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2089 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2148

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2149 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2208

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2209 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2268

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2269 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2328

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2329 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2388

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCT 106449917
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2389 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAGATAAGAAAACAAAAGGCT 2448

106449918 GTTTTCTGAAAGTGATG 106449934
          |||||||||||||||||
     2449 GTTTTCTGAAAGTGATG 2465

Alignment time is 3.34409 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     5058] =>      5058 nucs 'mol-32-30f6-075200_5058'

Score:        4970
Aligned:      5058        nucs
Identic:      5050 (100%) nucs =>       626 (100%)      4424 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446105,106446730] EXCISED REGION [106446732,106451163]
 second seq =>  [        1,      626] EXCISED REGION [      627,     5058]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106446731,106446731]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [2372,2372]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [106446731,106446734] to [106446732,106446735]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106446105 GAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCC 106446164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCC 60

106446165 CGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTA 106446224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTA 120

106446225 TCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGA 106446284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGA 180

106446285 TGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGAT 106446344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGAT 240

106446345 TTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCC 106446404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCC 300

106446405 CATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTT 106446464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTT 360

106446465 AAATGATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTG 106446524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAATGATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTG 420

106446525 GTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGC 106446584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGC 480

106446585 CTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAG 106446644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAG 540

106446645 TTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGT 106446704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGT 600

106446705 TCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTAT 106446730
          ||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTAT 626

EXCISED REGION

106446732 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 106446791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      627 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 686

106446792 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 106446851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      687 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 746

106446852 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 106446911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      747 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 806

106446912 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 106446971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      807 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 866

106446972 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 106447031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      867 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 926

106447032 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 106447091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      927 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 986

106447092 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAA 106447151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      987 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAA 1046

106447152 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 106447211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1047 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 1106

106447212 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 106447271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1107 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 1166

106447272 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 106447331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1167 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 1226

106447332 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 106447391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1227 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 1286

106447392 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 106447451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1287 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 1346

106447452 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 106447511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1347 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 1406

106447512 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 106447571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1407 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 1466

106447572 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 106447631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1467 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 1526

106447632 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 106447691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1527 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 1586

106447692 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 106447751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1587 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 1646

106447752 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 106447811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1647 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 1706

106447812 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 106447871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1707 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 1766

106447872 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 106447931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1767 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 1826

106447932 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 106447991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1827 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 1886

106447992 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 106448051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1887 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 1946

106448052 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 106448111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1947 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 2006

106448112 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 106448171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2007 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 2066

106448172 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 106448231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2067 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 2126

106448232 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 106448291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2127 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 2186

106448292 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 106448351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2187 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 2246

106448352 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 106448411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2247 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 2306

106448412 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 106448471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2307 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 2366

106448472 ATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 106448531
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2367 ATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 2426

106448532 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 106448591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2427 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 2486

106448592 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 106448651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2487 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 2546

106448652 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 106448711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2547 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 2606

106448712 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 106448771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2607 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 2666

106448772 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 106448831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2667 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 2726

106448832 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 106448891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2727 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 2786

106448892 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 106448951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2787 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 2846

106448952 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 106449011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2847 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 2906

106449012 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 106449071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2907 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 2966

106449072 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGG 106449131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2967 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGG 3026

106449132 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 106449191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3027 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 3086

106449192 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 106449251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3087 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 3146

106449252 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 106449311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3147 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 3206

106449312 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 106449371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3207 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 3266

106449372 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 106449431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3267 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 3326

106449432 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 106449491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3327 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 3386

106449492 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 106449551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3387 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 3446

106449552 ATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGC 106449611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     3447 ATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGC 3506

106449612 TTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTG 106449671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3507 TTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTG 3566

106449672 TTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCA 106449731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3567 TTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCA 3626

106449732 TCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTA 106449791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3627 TCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTA 3686

106449792 ATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTAT 106449851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3687 ATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTAT 3746

106449852 TTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAA 106449911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3747 TTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAA 3806

106449912 AAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATA 106449971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3807 AAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATA 3866

106449972 TTTATGATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCT 106450031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3867 TTTATGATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCT 3926

106450032 TTAAATGTAAGTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTC 106450091
          |||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     3927 TTAAATGTAAGTAATTTCAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTT 3986

106450092 ATTCTCCAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAA 106450151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3987 ATTCTCCAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAA 4046

106450152 GCCTGTTGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCC 106450211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4047 GCCTGTTGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCC 4106

106450212 TTTGCAGGAAGAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCAT 106450271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4107 TTTGCAGGAAGAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCAT 4166

106450272 ATACACAGACATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGT 106450331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4167 ATACACAGACATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGT 4226

106450332 TTGAGACAGTTCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCAT 106450391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4227 TTGAGACAGTTCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCAT 4286

106450392 AAGAAAATGCATTACGTATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCT 106450451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4287 AAGAAAATGCATTACGTATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCT 4346

106450452 ATGGCTTATGTTTCAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTT 106450511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4347 ATGGCTTATGTTTCAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTT 4406

106450512 AGTGAAGTATATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTG 106450571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4407 AGTGAAGTATATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTG 4466

106450572 AGTTAACGTATTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAA 106450631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4467 AGTTAACGTATTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAA 4526

106450632 TTGAACAAAATTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGA 106450691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4527 TTGAACAAAATTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGA 4586

106450692 ATGCAGGATTGTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCA 106450751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4587 ATGCAGGATTGTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCA 4646

106450752 AGTTATGCTAACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAA 106450811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4647 AGTTATGCTAACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAA 4706

106450812 ATGTCTCCATTTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTT 106450871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4707 ATGTCTCCATTTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTT 4766

106450872 ACCCAAGAAGCTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGT 106450931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4767 ACCCAAGAAGCTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGT 4826

106450932 TGGAGAAAATGCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCGGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAG 106450991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     4827 TGGAGAAAATGCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCAGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAG 4886

106450992 TAGCAGAGCCTAAAATAGCTATGAAGCTGTATACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCT 106451051
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     4887 TAGCAGAGCCTAAAATAGCTATGAAGCTGTGTACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCT 4946

106451052 CCTATAAACAGGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGG 106451111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4947 CCTATAAACAGGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGG 5006

106451112 GAAAAAAGAGATAGCAGTGCATGCACCTACACACATAGTACACACAGTCCTC 106451163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5007 GAAAAAAGAGATAGCAGTGCATGCACCTACACACATAGTACACACAGTCCTC 5058

Alignment time is 6.33275 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2066] =>      2066 nucs 'mol-32-3143-227032_2066'

Score:        2009
Aligned:      2064        nucs
Identic:      2059 (100%) nucs =>       578 (100%)      1481 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447250,106447829] EXCISED REGION [106447832,106449315]
 second seq =>  [        1,      580] EXCISED REGION [      583,     2066]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [106447830,106447831]
 second seq =>         2 nucs [581,582]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [581,582] to [583,584]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447250 CCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAA 106447309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAA 60

106447310 TTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTC 106447369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTC 120

106447370 TGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAG 106447429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
      121 TGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTTTGGTCATAATGATGACAG 180

106447430 CCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTT 106447489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTT 240

106447490 TCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCA 106447549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCA 300

106447550 TTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGC 106447609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGC 360

106447610 CTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATG 106447669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATG 420

106447670 TGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCAC 106447729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCAC 480

106447730 CTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGT 106447789
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGT 540

106447790 GCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC 106447829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC 580

EXCISED REGION

106447832 TAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCA 106447891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      583 TAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCA 642

106447892 GTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGA 106447951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      643 GTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGA 702

106447952 ATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACC 106448011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      703 ATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACC 762

106448012 ATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCA 106448071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      763 ATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCA 822

106448072 AGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATA 106448131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      823 AGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATA 882

106448132 GTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAA 106448191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      883 GTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAA 942

106448192 AATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACC 106448251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      943 AATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACC 1002

106448252 ACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGA 106448311
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1003 ACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTATGA 1062

106448312 AATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAAT 106448371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1063 AATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAAT 1122

106448372 TTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGA 106448431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1123 TTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGA 1182

106448432 TAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTG 106448491
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1183 TAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTG 1242

106448492 GATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAA 106448551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1243 GATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAA 1302

106448552 ATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGAC 106448611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1303 ATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGAC 1362

106448612 ATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCC 106448671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1363 ATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCC 1422

106448672 CAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTA 106448731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1423 CAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTA 1482

106448732 AAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAA 106448791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1483 AAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAA 1542

106448792 GAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTA 106448851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1543 GAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTA 1602

106448852 CTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTC 106448911
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1603 CTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTC 1662

106448912 CCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAA 106448971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1663 CCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAA 1722

106448972 CAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAA 106449031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1723 CAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAA 1782

106449032 AAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTT 106449091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1783 AAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTT 1842

106449092 TGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATT 106449151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1843 TGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATT 1902

106449152 TCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAG 106449211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1903 TCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAG 1962

106449212 TATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATT 106449271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1963 TATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATT 2022

106449272 TTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAA 106449315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2023 TTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAA 2066

Alignment time is 2.82085 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3477] =>      3477 nucs 'mol-32-3164-090050_3477'

Score:        3422
Aligned:      3477        nucs
Identic:      3472 (100%) nucs =>       262 (100%)      3210 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446469,106446730] EXCISED REGION [106446732,106449946]
 second seq =>  [        1,      262] EXCISED REGION [      263,     3477]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106446731,106446731]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [2008,2008]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [106446731,106446734] to [106446732,106446735]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106446469 GATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCT 106446528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCT 60

106446529 TCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTA 106446588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTA 120

106446589 TCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGT 106446648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGT 180

106446649 CAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTT 106446708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTT 240

106446709 AGGTTTCTTTAAGAAAATGTAT 106446730
          ||||||||||||||||||||||
      241 AGGTTTCTTTAAGAAAATGTAT 262

EXCISED REGION

106446732 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 106446791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      263 AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGC 322

106446792 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 106446851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      323 TACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACC 382

106446852 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 106446911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      383 AATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGT 442

106446912 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 106446971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      443 ATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGT 502

106446972 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 106447031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      503 TTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAA 562

106447032 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 106447091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      563 GAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATT 622

106447092 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAA 106447151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      623 GTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAA 682

106447152 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 106447211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      683 TTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 742

106447212 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 106447271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      743 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 802

106447272 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 106447331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      803 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 862

106447332 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 106447391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      863 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 922

106447392 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 106447451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      923 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 982

106447452 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 106447511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      983 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 1042

106447512 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 106447571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1043 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 1102

106447572 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 106447631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1103 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 1162

106447632 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 106447691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1163 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 1222

106447692 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 106447751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1223 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 1282

106447752 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 106447811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1283 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 1342

106447812 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 106447871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1343 AAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACT 1402

106447872 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 106447931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1403 AGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCC 1462

106447932 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 106447991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1463 ATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGAC 1522

106447992 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 106448051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1523 CCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGA 1582

106448052 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 106448111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 GGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTT 1642

106448112 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 106448171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 TTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGT 1702

106448172 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 106448231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 TTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTT 1762

106448232 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 106448291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1763 CTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACAT 1822

106448292 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 106448351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1823 AGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTG 1882

106448352 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 106448411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1883 GAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCA 1942

106448412 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 106448471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1943 ATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTAC 2002

106448472 ATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 106448531
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2003 ATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCT 2062

106448532 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 106448591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2063 GTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTG 2122

106448592 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 106448651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2123 TACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGA 2182

106448652 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 106448711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2183 TATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTA 2242

106448712 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 106448771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2243 ACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGG 2302

106448772 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 106448831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2303 CATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGG 2362

106448832 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 106448891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2363 GATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGA 2422

106448892 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 106448951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2423 GAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCC 2482

106448952 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 106449011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2483 CAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTA 2542

106449012 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 106449071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2543 AGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAA 2602

106449072 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGG 106449131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2603 TTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGG 2662

106449132 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 106449191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2663 CAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCT 2722

106449192 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 106449251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2723 TAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAA 2782

106449252 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 106449311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2783 CTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGG 2842

106449312 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 106449371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2843 GAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATAC 2902

106449372 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 106449431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2903 AGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAA 2962

106449432 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 106449491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2963 GGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACT 3022

106449492 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 106449551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3023 TGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGC 3082

106449552 ATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGC 106449611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     3083 ATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGC 3142

106449612 TTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTG 106449671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3143 TTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTG 3202

106449672 TTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCA 106449731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3203 TTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCA 3262

106449732 TCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTA 106449791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3263 TCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTA 3322

106449792 ATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTAT 106449851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3323 ATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTAT 3382

106449852 TTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAA 106449911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3383 TTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACTACTAGAGAAAATAAGAAAACAA 3442

106449912 AAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACAC 106449946
          ||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     3443 AAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATTAATGTAATACAC 3477

Alignment time is 4.67704 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2412] =>      2412 nucs 'mol-32-3164-246014_2412'

Score:        2378
Aligned:      2411        nucs
Identic:      2408 (100%) nucs =>      1079 (100%)      1329 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447398,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449809]
 second seq =>  [        1,     1079] EXCISED REGION [     1081,     2412]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1080,1080]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1079,1079] to [1080,1080]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447398 ACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAAT 106447457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAAT 60

106447458 GAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACT 106447517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACT 120

106447518 ATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAG 106447577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAG 180

106447578 CCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATT 106447637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATT 240

106447638 GTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGA 106447697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGA 300

106447698 CCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGT 106447757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGT 360

106447758 GTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTA 106447817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTA 420

106447818 CAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGC 106447877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGC 480

106447878 AAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTAT 106447937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTAT 540

106447938 CCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCAC 106447997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCAC 600

106447998 CCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAA 106448057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAA 660

106448058 GAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATT 106448117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATT 720

106448118 TCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAG 106448177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAG 780

106448178 TCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAG 106448237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAG 840

106448238 GTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAG 106448297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAG 900

106448298 CACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCA 106448357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCA 960

106448358 GTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAAC 106448417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAAC 1020

106448418 CTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 1079

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1140

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1200

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1260

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1320

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1380

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1440

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1500

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1560

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1620

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 1680

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1681 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 1740

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 1800

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 1860

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 1920

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 1980

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2040

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2100

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2160

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2161 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2220

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 2280

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2340

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2400

106449798 TATGGTTAAGTA 106449809
          ||||||||||||
     2401 TATGGTTAAGTA 2412

Alignment time is 3.40218 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2189] =>      2189 nucs 'mol-32-3190-219921_2189'

Score:        2155
Aligned:      2188        nucs
Identic:      2185 (100%) nucs =>       779 (100%)      1406 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447698,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449886]
 second seq =>  [        1,      779] EXCISED REGION [      781,     2189]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [780,780]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [779,779] to [780,780]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447698 CCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGT 106447757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGT 60

106447758 GTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTA 106447817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTA 120

106447818 CAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGC 106447877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGC 180

106447878 AAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTAT 106447937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTAT 240

106447938 CCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCAC 106447997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCAC 300

106447998 CCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAA 106448057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAA 360

106448058 GAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATT 106448117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATT 420

106448118 TCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAG 106448177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAG 480

106448178 TCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAG 106448237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAG 540

106448238 GTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAG 106448297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAG 600

106448298 CACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCA 106448357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCA 660

106448358 GTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAAC 106448417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAAC 720

106448418 CTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 106448476
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTG 779

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 840

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 900

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 960

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1020

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1080

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1140

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1200

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1260

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1320

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 1380

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1381 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 1440

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 1500

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 1560

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 1620

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 1680

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 1740

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 1800

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 1860

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1861 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 1920

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 106449677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTG 1980

106449678 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 106449737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCCATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGT 2040

106449738 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 106449797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTTCACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCAT 2100

106449798 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 106449857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTTTGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATAT 2160

106449858 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTAC 106449886
          |||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTAC 2189

Alignment time is 2.99772 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     4513] =>      4513 nucs 'mol-32-322a-150479_4513'

Score:        4416
Aligned:      4515        nucs
Identic:      4506 (100%) nucs =>       166 ( 99%)      4340 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106445757,106445923] EXCISED REGION [106445930,106450277]
 second seq =>  [        1,      167] EXCISED REGION [      168,     4513]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [106445924,106445929]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [106445924,106445927] to [106445930,106445933]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         5 nucs [106445919,106445923] to [106445930,106445934]
 second seq =>         5 nucs [163,167] to [168,172]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [106445924,106445926] to [106445927,106445929]
 second seq =>         0 nucs

106445757 TCTAGGGAGGCCTCAGGAAACATATTCATGGCGGAAGGCAAAGGGGGGTGAGGCACTTGT 106445816
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTAGGGAGGCCTCAGGAAACATAGTCATGGCGGAAGGCAAAGGGGGGTGAGGCACTTGT 60

106445817 GGCTGGAGGAGGAAGGGCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAACCAGGTCTCATAAGA 106445876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGCTGGAGGAGGAAGGGCGGGGAGGTGCTACGCAGTTTTAAACAACCAGGTCTCATAAGA 120

106445877 ACTCACTATCTTTTGCATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTTTG 106445923
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACTCACTATCTTTTGCATTTGTTTTTGTTGTTTTGTTTTTGTTTTTG 167

EXCISED REGION

106445930 TTTTGAGACGGAATCTCACTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGC 106445989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      168 TTTTGAGACGGAATCTCACTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGC 227

106445990 CTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCC 106446049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      228 CTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTCCCTCAGTCTCCAGAGCAGCTGGAACTACAGGCGCC 287

106446050 CGCCACCACGCACAGCTAATTTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 106446109
          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      288 CGCCACCACGCACAGCTAA-TTTTTTTTTTTTTTGTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC 346

106446110 GGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCCGCCT 106446169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      347 GGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTGTGACCCGCCCGCCT 406

106446170 TGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACA 106446229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      407 TGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAGAACTCACTATCACA 466

106446230 CTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAA 106446289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      467 CTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCACCCTCATGATGCAA 526

106446290 TCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAG 106446349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      527 TCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCAGCATGAGATTTGAG 586

106446350 TGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATAT 106446409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      587 TGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTGAGAAGAGCCCATAT 646

106446410 TAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATG 106446469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      647 TAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCACAATATTCTTAAATG 706

106446470 ATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTT 106446529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      707 ATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATAACAGGAGTGGTCTT 766

106446530 CAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTAT 106446589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      767 CAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTATGTAGACTGCCTTAT 826

106446590 CGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTC 106446649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      827 CGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATGTTTTTCAAGTTGTC 886

106446650 AATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTA 106446709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      887 AATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACATGGAAATGTTCTTA 946

106446710 GGTTTCTTTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACT 106446769
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      947 GGTTTCTTTAAGAAAATGTAT-AAAACTTGAAATTGACTTACTACTGCCTGCATTTTACT 1005

106446770 TAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCT 106446829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1006 TAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTGTTTTTTCAAAAGCT 1065

106446830 CTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGT 106446889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1066 CTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTCTTAACTTTTTGAGT 1125

106446890 ATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGA 106446949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1126 ATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAAACTGTAGGAGTGGA 1185

106446950 GAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAA 106447009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1186 GAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATTTTCCATTTCCACAA 1245

106447010 GTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCA 106447069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1246 GTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCA 1305

106447070 TCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGT 106447129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1306 TCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGT 1365

106447130 CAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCT 106447189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1366 CAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCT 1425

106447190 GTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACA 106447249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1426 GTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACA 1485

106447250 CCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAA 106447309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1486 CCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAA 1545

106447310 TTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTC 106447369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1546 TTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTC 1605

106447370 TGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAG 106447429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1606 TGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAG 1665

106447430 CCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTT 106447489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1666 CCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTT 1725

106447490 TCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCA 106447549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1726 TCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCA 1785

106447550 TTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGC 106447609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1786 TTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGC 1845

106447610 CTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATG 106447669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1846 CTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATG 1905

106447670 TGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCAC 106447729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1906 TGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCAC 1965

106447730 CTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGT 106447789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1966 CTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGT 2025

106447790 GCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAA 106447849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2026 GCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAA 2085

106447850 ACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTC 106447909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2086 ACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTC 2145

106447910 TCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAA 106447969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2146 TCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAA 2205

106447970 GCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAA 106448029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2206 GCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAA 2265

106448030 GGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGG 106448089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2266 GGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGG 2325

106448090 CCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTA 106448149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2326 CCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTA 2385

106448150 TTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGA 106448209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2386 TTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGA 2445

106448210 TTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATT 106448269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2446 TTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATT 2505

106448270 TTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCT 106448329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2506 TTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCT 2565

106448330 ATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTT 106448389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2566 ATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTT 2625

106448390 CCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATG 106448449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2626 CCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATG 2685

106448450 TCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTG 106448509
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     2686 TCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTG 2745

106448510 ACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTT 106448569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2746 ACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTT 2805

106448570 GTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATT 106448629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 GTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATT 2865

106448630 CGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAA 106448689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 CGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAA 2925

106448690 CAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAA 106448749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2926 CAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAA 2985

106448750 AGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCC 106448809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2986 AGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCC 3045

106448810 AGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAG 106448869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3046 AGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCG 3105

106448870 TCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAG 106448929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3106 TCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAG 3165

106448930 CATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATA 106448989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3166 CATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATA 3225

106448990 AAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTA 106449049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3226 AAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTA 3285

106449050 TTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGC 106449109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3286 TTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGC 3345

106449110 ACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGT 106449169
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3346 ACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGT 3405

106449170 AAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTT 106449229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3406 AAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTT 3465

106449230 TTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAA 106449289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3466 TTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAA 3525

106449290 AAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATA 106449349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3526 AAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATA 3585

106449350 ATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCC 106449409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3586 ATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAGGCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCC 3645

106449410 AAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAAT 106449469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3646 AAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCACCAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAAT 3705

106449470 TTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATT 106449529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3706 TTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGATGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATT 3765

106449530 TCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTT 106449589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3766 TCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTATATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTT 3825

106449590 TTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAA 106449649
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3826 TTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTTTAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAA 3885

106449650 GTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCC 106449709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3886 GTTGTTTTATGACAATATCTTGTTATTGTTGATGTTGGTTTTATTACCACCACTGCTGCC 3945

106449710 ATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTT 106449769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3946 ATTGTTATCATTATGTTTGCCATCCTGTACTATTTATTTCAGTTAGTCTTTTATTGAGTT 4005

106449770 CACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTT 106449829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4006 CACATGGAACTTGTTCAGAGTAATGCATTATGGTTAAGTAACTCTATGTATGTTACAGTT 4065

106449830 TGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACT 106449889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4066 TGGGTTGTTGCAATAATCGTATTTATATTCTCAATGATTATCAGATTTATACAGTACACT 4125

106449890 ACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAAC 106449949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4126 ACTAGAGAAAATAAGAAAACAAAAGGCTGTTTTCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAAC 4185

106449950 TTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCA 106450009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4186 TTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCATGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCA 4245

106450010 AACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAAGTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTT 106450069
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     4246 AACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAAGTAATTTCAAATTAAACTATTTGCATTT 4305

106450070 TACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTT 106450129
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4306 TACATATTGAGTTTATATGTTTATTCTCCAAAAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTT 4365

106450130 TTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTC 106450189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4366 TTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGCTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTC 4425

106450190 CATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAAGAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTT 106450249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4426 CATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAAGAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTT 4485

106450250 ACAATTTCTTAAAACCATTCATATACAC 106450277
          ||||||||||||||||||||||||||||
     4486 ACAATTTCTTAAAACCATTCATATACAC 4513

Alignment time is 5.75664 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2630] =>      2630 nucs 'mol-32-331c-001070_2630'

Score:        2596
Aligned:      2629        nucs
Identic:      2626 (100%) nucs =>      1442 (100%)      1184 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447035,106448476] EXCISED REGION [106448478,106449664]
 second seq =>  [        1,     1442] EXCISED REGION [     1444,     2630]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [106448477,106448477]
 second seq =>         1 nucs [1443,1443]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [106448477,106448478] to [106448478,106448479]
 second seq =>         1 nucs [1442,1442] to [1443,1443]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

106447035 ATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTT 106447094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATATCAGTCAATTAAAAGAAAACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTT 60

106447095 ATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTT 106447154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTT 120

106447155 GAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCA 106447214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAGAATGTACCATACAGAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCA 180

106447215 AAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATA 106447274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATA 240

106447275 CTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATC 106447334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATC 300

106447335 TTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATA 106447394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATA 360

106447395 ACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATC 106447454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATC 420

106447455 AATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGC 106447514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGC 480

106447515 ACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCC 106447574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCC 540

106447575 AAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAA 106447634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAA 600

106447635 ATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATC 106447694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATC 660

106447695 TGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAG 106447754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAG 720

106447755 CGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAG 106447814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAG 780

106447815 CTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGG 106447874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTACAGAATCACTTCATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGG 840

106447875 TGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATG 106447934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATG 900

106447935 TATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCT 106447994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCT 960

106447995 CACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGA 106448054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGA 1020

106448055 TAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTG 106448114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTG 1080

106448115 ATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTT 106448174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTT 1140

106448175 GAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTA 106448234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTA 1200

106448235 GAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGG 106448294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGG 1260

106448295 GAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAA 106448354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAA 1320

106448355 GCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATC 106448414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATC 1380

106448415 AACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATC 106448474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATC 1440

106448475 TG 106448476
          ||
     1441 TG 1442

EXCISED REGION

106448478 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 106448537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1444 AAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTA 1503

106448538 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 106448597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1504 AACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCAC 1563

106448598 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 106448657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 CAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCA 1623

106448658 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 106448717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 AAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATG 1683

106448718 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 106448777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1684 TTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCA 1743

106448778 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 106448837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1744 ACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTT 1803

106448838 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 106448897
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     1804 TCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTT 1863

106448898 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 106448957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 CAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACA 1923

106448958 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 106449017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 ATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAG 1983

106449018 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 106449077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 AAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATT 2043

106449078 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAA 106449137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2044 TTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCAAGCTTTGGGCAATAA 2103

106449138 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 106449197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 TGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTC 2163

106449198 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 106449257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2164 TATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAA 2223

106449258 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 106449317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 GATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATC 2283

106449318 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 106449377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2284 AATGAATATTTTTGGCAAAAGTAAAAGCAATAATAAATACAAGGACCAGGATACAGGCAG 2343

106449378 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 106449437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2344 GCGTATATGGTTAGAAAGAGTTTCACTGAGCCAAAAAGCTCTGGAAAGGAGTAAGGGCAC 2403

106449438 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 106449497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2404 CAACTTGCCTTTAAATAATGCTGATCCAAAATTTCTGCTGTAATTAGTCAGACTTGTGGA 2463

106449498 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 106449557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 TGATAGGCTAATACTTTGAAAAACATAGAATTTCTGTCAGGCCAAAGTTGAAGCATGCTA 2523

106449558 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTCTGGATAATAGCTTTCTT 106449617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2524 TATGGATTTAGAAAAAATGCTGTTTTTATTTTTTTAAACTTTTTGGATAATAGCTTTCTT 2583

106449618 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAA 106449664
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2584 TAGGGTAACATAGTAATTTCTTTAAGCACAAAGTTGTTTTATGACAA 2630

Alignment time is 3.59939 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3696] =>      3696 nucs 'mol-32-33b6-031015_3696'

Score:        3527
Aligned:      3692        nucs
Identic:      3677 (100%) nucs =>       265 (100%)      3412 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106449059,106449323] EXCISED REGION [106449922,106453348]
 second seq =>  [        1,      265] EXCISED REGION [      270,     3696]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [266,269]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [265,265] to [269,269]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [266,266] to [269,269]

106449059 TTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAAT 106449118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAAT 60

106449119 TTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATA 106449178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATA 120

106449179 TTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAAC 106449238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAAC 180

106449239 GTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAG 106449298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAG 240

106449299 AGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          |||||||||||||||||||||||||
      241 AGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 265

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      270 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 329

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 106450041
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
      330 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCTTTAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTAA 389

106450042 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 106450101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      390 GTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAAA 449

106450102 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 106450161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      450 AAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGGC 509

106450162 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 106450221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      510 TCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGAA 569

106450222 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 106450281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      570 GAAATAAAGATTTATATTGCTTCTTGTTACAATTTCTTAAAACCATTCATATACACAGAC 629

106450282 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGT 106450341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      630 ATGATCTACCACATACATGTAGTATCTTAGTTTGTTATATGTGTGCCTGTTTGAGACAGT 689

106450342 TCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGC 106450401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      690 TCATTCTCCATTATTGGCTTACTGCATTAACAGACTGAAGACTTATTCATAAGAAAATGC 749

106450402 ATTACGTATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATG 106450461
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      750 ATTACATATATCCTCTACACAGTGATGGCAACAGCAGGCAGTCTTTAGCTATGGCTTATG 809

106450462 TTTCAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTAT 106450521
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      810 TTACAAAGAACCTTTGGTGTGTAAACAGAATATATCGTTCAACCAATTTTAGTGAAGTAT 869

106450522 ATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTA 106450581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      870 ATATGAAACAATATGTTTTTCATAAACTTTTTTTGTAATATTGGAAACTGAGTTAACGTA 929

106450582 TTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAA 106450641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      930 TTTACAACATGTCCCCATACCTTATTTTATTCGATTGCCAGAAGTTGAAATTGAACAAAA 989

106450642 TTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATT 106450701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      990 TTAAAGAAAGAAGGCTGAATCACAAAGCAATATGAGATGGGGGAAACTGAATGCAGGATT 1049

106450702 GTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTA 106450761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1050 GTGTTCCAAAATTTGTATAGAAAGATTATGTGACAAACAGAGTAATTCCAAGTTATGCTA 1109

106450762 ACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCAT 106450821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1110 ACCTACACATTTTTAGCTTTCTCAATTCTAAGCAATAAAAAAGTAGTGAAATGTCTCCAT 1169

106450822 TTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAG 106450881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1170 TTTCCCCTACACTTCTATAATGAATGGCTCATGAACAGATCTTGCCGTTTACCCAAGAAG 1229

106450882 CTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAAT 106450941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1230 CTTGTTCATAAGTTGACAAATATGCCTAAATATAAAATTCCAAGGTGAGTTGGAGAAAAT 1289

106450942 GCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCGGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCC 106451001
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1290 GCCATGCAAAACTTGGAAAAGCCCAGATGGTCCATCCACAGTTAATTAAGTAGCAGAGCC 1349

106451002 TAAAATAGCTATGAAGCTGTATACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACA 106451061
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1350 TAAAATAGCTATGAAGCTGTGTACCCAAAGGCTGCAGTCATTTCTAGCCTCCTATAAACA 1409

106451062 GGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAG 106451121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1410 GGAAACCAAAATGGTCTGAAGCTGGTATTAAGGATCTGTGATGTCATAGGGAAAAAAGAG 1469

106451122 ATAGCAGTGCATGCACCTACACACATAGTACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAAT 106451181
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1470 ATAGCAGTGCATGCACCTAAACACATAGTACACACAGTCCTCAGTACAGGCTAAAAGAAT 1529

106451182 GATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGTTGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCA 106451241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1530 GATGCCAACACTCAGAGACAAAATGAGTTGGGATATGGGTAATGCAATAGAAAGTCTTCA 1589

106451242 GCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATCTTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGT 106451301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1590 GCACAGACCTTTGGTCTTTGTCAGCATCTTTAATATTGTTAAATGCAACTGGGATTAAGT 1649

106451302 CATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAATTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCAT 106451361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1650 CATTAGCCTCTCCCATCTGTTCACATAATTATATAAAACAGAACTGAGTCTATGTTCCAT 1709

106451362 ACCTGGATATTGCTGTCTGTAGTCACTGCTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAAC 106451421
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1710 ACCTGGATATTGCTGACTGTAGTCACTGCTCTAGCAGCCTTCAAAACCTTCATACTAAAC 1769

106451422 TGTATATATGGGGGACAATATTTAATAATTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGC 106451481
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1770 TGTATATATGGGGGAAAATATTTAATAATTTTCAAGGCAATATTTCATAATAACCAAGGC 1829

106451482 ATACTCATTCTATATGCAAATATGCAAGCTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTA 106451541
          ||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     1830 ATACTCATTCTACATGCAAATATGCAAGTTACATAAGCTCTCTGAGCCTGGAGTTCTCTA 1889

106451542 TCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTAAAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATA 106451601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1890 TCTGTAAAATGGTATCATTAGTACTGTAAAATAGTAATGTTGTGAGGACAAAATGAAATA 1949

106451602 ATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGAAAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTT 106451661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1950 ATTCATGTGAGAATAGTGGCACAGTGGAAAGAATATTATGACAAAAAATGTTAGCTGCTT 2009

106451662 AAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGTGGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACA 106451721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2010 AAATGATAATGAAGATGATCATGGTGGTGGTGGTGATAATGATGTCATAGGCACTCAACA 2069

106451722 ATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCACTCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAAT 106451781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2070 ATTTCAGTTCTTGGCACATGATAGCCACTCAATAAATATGTGTTGAAATAATGAGGGAAT 2129

106451782 ATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACACTGATGCCATCATGTCACAAAGAATAAAGCTC 106451841
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2130 ATAACAGCATAACTATGTGGGATAGACACTGATGCCATCATGTTACAAAGAATAAAGCTC 2189

106451842 ATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCTCACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCA 106451901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2190 ATTTCCAAATGGGTTAAGTGAACAATCTCACCCAGCTAGTAACAATCTGCTGGGCAGGCA 2249

106451902 GAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTCCATCACAAAGGGCAATTTATTTTCATGGATCT 106451961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2250 GAGATCTTCTCATTGTATCCTGTTATTCCATCACAACGGGCAATTTATTTTCATGGATCT 2309

106451962 GGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTCTATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTA 106452021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2310 GGTTTTCATTTGATCAACACAACCCCTCTATTAGTCAGAAATAACAGGTATTTAAATCTA 2369

106452022 AATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAAGAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATAT 106452081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2370 AATGCAGATGAGTTAGCTAATGTCCAAAGAGGTTGAGCATTTTGCTCGAGATCATTATAT 2429

106452082 ATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCTGATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAA 106452141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2430 ATGTCTTAGGAAAAATGGTCTGTAAGCTGATTTTAGTGATGTGAGTGAGGAAAAACAGAA 2489

106452142 GAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTGCAACCTAGGTGATGAGTCTGACCCAGTGGACA 106452201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2490 GAAATTGGTTCTGGCCCTATAATTTCTGCAACCTAGGTGATGAGTCTGACCCAGTGGACA 2549

106452202 CCTCTGGGCAAACAGAGTTTAAAGAAGTGACACATTGTGTTCCAAGACCTCATTATAGCT 106452261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2550 CCTCTGGGCAAACAGAGTTTAAAGAAGTGACACATTGTGTTCCAAGACCTCATTATAGCT 2609

106452262 GCCATTTGGCCCTTTAGCTTGTCACATAAAGATTCATATTATAAACAGGTCTTTATTCCT 106452321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2610 GCCATTTGGCCCTTTAGCTTGTCACATAAAGATTCATATTATAAACAGGTTTTTATTCCT 2669

106452322 TATTACTGCCCACCACCATGAATATTCTATTTTTGCACATAAAAGTACACTGTTGTTTAC 106452381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2670 TATTACTGCCCACCACCATGAATATTCTATTTTTGCACATAAAAGTACACTGTTGTTTAC 2729

106452382 TTGAATGCAGCTTCTTTCTCTTTTATTTGTTTTTTACGTTCCAATGGAAAAGTGCCATAT 106452441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2730 TTGAATGCAGCTTCTTTCTCTTTTATTTGTTTTTTACGTTCCAATGGAAAAGTGCCATAT 2789

106452442 ATGTGACAAGCAGAGTGTCTCATTTGGAATGTGGCTTTCCTCATGAAACCCTTTTGCACA 106452501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2790 ATGTGACAAGCAGAGTGTCTCATTTGGAATGTGGCTTTCCTCATGAAACCCTTTTGCACA 2849

106452502 ATGCCTTTGAAGCAATGGAACGTAATTCTTCAACACATCTCATGATTGCCAAATGTGGAC 106452561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2850 ATGCCTTTGAAGCAATGGAACGTAATTCTTCAACACATCTCATGATTGCCAAATGTGGAC 2909

106452562 AGGAAACAAGAGAAACAGCTGTTTAACTGGCCACAAATTCACCTTTATTACAATATATTT 106452621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2910 AGGAAACAAGAGAAACAGCTGTTTAACTGGCCACAAATTCACCTTTATTACAATATATTT 2969

106452622 GAACAAGTAGAATATTTCTAGTTTTCAAAGTACACATTGATAACAATACTAATAAAAATA 106452681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2970 GAACAAGTAGAATATTTCTAGTTTTCAAAGTACACATTGATAACAATACTAATAAAAATA 3029

106452682 ATAATGGCTAAGTTATCTTGAGTAATTAACATAAATCAGACATTTTCTAAGTAATGTACT 106452741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3030 ATAATGGCTAAGTTATCTTGAGTAATTAACATAAATCAGACATTTTCTAAGTAATGTACT 3089

106452742 CCTATACAAAAATGTTAGTACCTTGCCGTAGGTCGCACAGCTACCTAGGAGTAGAGCTGT 106452801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3090 CCTATACAAAAATGTTAGTACCTTGCCGTAGGTCGCACAGCTACCTAGGAGTAGAGCTGT 3149

106452802 AGTTTAAATGCAGGTGGTCTGGCCTCAGCACTGGTGTCCTTTCTCACCACAACATACTGT 106452861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3150 AGTTTAAATGCAGGTGGTCTGGCCTCAGCACTGGTGTCCTTTCTCACCACAACATACTGT 3209

106452862 ATCTGCTCATCACAGGTACTTAGGGACGCTAATCATTCCTGTGGGTGCCCACAGTTTGGC 106452921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3210 ATCTGCTCATCACAGGTACTTAGGGACGCTAATCATTCCTGTGGGTGCCCACAGTTTGGC 3269

106452922 AAGATAAAGCACCTTCAGGCCTTCATGAAGCCAAACAATGTCTACTAACAGATTTGATGG 106452981
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     3270 AAGATAAAGCACCTTCAGGCCTTCATGAAGCCAAACAATGTCTACTAACAGATTTTATGG 3329

106452982 AAAATGGCTGTATCACATAGCCATAGATGAAACACCAATGCATTTTCTGTGGTAAAACTC 106453041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 AAAATGGCTGTATCACATAGCCATAGATGAAACACCAATGCATTTTCTGTGGTAAAACTC 3389

106453042 CCTCTGAAGACAGTCTTTACCATGGTATTCAATATTTCTCATAAAAGATGTGTAAAAAAT 106453101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 CCTCTGAAGACAGTCTTTACCATGGTATTCAATATTTCTCATAAAAGATGTGTAAAAAAT 3449

106453102 TCTATCAGATTAGGCAAAAATGATCTCTTCTGATTAATTTACTTCCTTTTATTAGAAAAG 106453161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3450 TCTATCAGATTAGGCAAAAATGATCTCTTCTGATTAATTTACTTCCTTTTATTAGAAAAG 3509

106453162 GGGAGCCATAAAATTTCTGGTTTTCTGTATTTACTTTGGCTATTAGAAAGCTCAGAGAGA 106453221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3510 GGGAGCCATAAAATTTCTGGTTTTCTGTATTTACTTTGGCTATTAGAAAGCTCAGAGAGA 3569

106453222 AGCTCAGAGTGAATTGTGGTAGGTTTACAGTGTTAGAGTTTTGTTGTGATTATTTCCCTC 106453281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 AGCTCAGAGTGAATTGTGGTAGGTTTACAGTGTTAGAGTTTTGTTGTGATTATTTCCCTC 3629

106453282 TCCTATTCTTCATTACTGAACTCTGTTATTTTCTTTTTAATATAATACAAGCCAAACAAA 106453341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     3630 TCCTATTCTTCATTACTGAACTCTGTTATTTTCTTTTTAATATAATACAAGCTAAACAAA 3689

106453342 TGCAATT 106453348
          |||||||
     3690 TGCAATT 3696

Alignment time is 4.96368 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     3297] =>      3297 nucs 'mol-32-33f8-116667_3297'

Score:        3173
Aligned:      3294        nucs
Identic:      3283 (100%) nucs =>      3219 (100%)        64 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106446096,106449323] EXCISED REGION [106449922,106449985]
 second seq =>  [        1,     3229] EXCISED REGION [     3234,     3297]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [3230,3233]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [3229,3229] to [3233,3233]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [3230,3230] to [3233,3233]

106446096 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTG 106446155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTTG 60

106446156 TGACCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAG 106446215
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGACCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGAATTGCAGACGTGAGCCACCGCACCAG 120

106446216 AACTCACTATCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCA 106446275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AACTCACTATCACACTAACAGCACCAAGGTGATGGTGCTAAACCATTCACGACGGATCCA 180

106446276 CCCTCATGATGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCA 106446335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCCTCATGATGCAATCACCTCCCACCAGGATCCGCCTCCAACATTAGGGATTATGATTCA 240

106446336 GCATGAGATTTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTG 106446395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCATGAGATTTGAGTGGGGACAAACCATATCAGGTGGCAATTAATGTAATAAAAGAGGTG 300

106446396 AGAAGAGCCCATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCAC 106446455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGAAGAGCCCATATTAAGGTGTTTAGTCCTCAGAGATGCATATCAATTCTTTACATGCAC 360

106446456 AATATTCTTAAATGATAACATTTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATA 106446515
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATATTCTTAAATGATAACATCTGTACACTTGTGGATTTGGTAAAAATGCTTACCTGATA 420

106446516 ACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTAT 106446575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACAGGAGTGGTCTTCAGCTTTCTATGCGTTCATGTAATGCTTCATTTCATTGATATGTAT 480

106446576 GTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATG 106446635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTAGACTGCCTTATCGGAAACACTTGTGAAAATATGTGACCTCTGAGAGAATGTATGATG 540

106446636 TTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACA 106446695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTTTCAAGTTGTCAATACAGTATTTGCAATATAAATTAAAGAAACATAAAATTAAAACA 600

106446696 TGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACT 106446755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGGAAATGTTCTTAGGTTTCTTTAAGAAAATGTATAAAAACTTGAAATTGACTTACTACT 660

106446756 GCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTG 106446815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GCCTGCATTTTACTTAAGAAACTTAAAACAAATAGCTACCATTAAGATGTTCCACATGTG 720

106446816 TTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTC 106446875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTTCAAAAGCTCTTGTAGGTAAGCCAATAAACCAATTAGATCAACCCAAACAAATTC 780

106446876 TTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAA 106446935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTAACTTTTTGAGTATTTCCTGTGTCTTGTGCATGTATAAACATTAATGGCATTATAAAA 840

106446936 ACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATT 106446995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACTGTAGGAGTGGAGAAATGCAATTTAGGCAGCTGTTTGTCAAATCAAGTTTTCCTAATT 900

106446996 TTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAA 106447055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTCCATTTCCACAAGTTTCATAAAATTTTTCCTGAAGAAATATCAGTCAATTAAAAGAAA 960

106447056 ACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTT 106447115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACAATGGTGTATCATCTACCATGTGAACTATAAATTGTTATAGACACTAAAATTCTGTTT 1020

106447116 ATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATACAGAAAA 106447175
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     1021 ATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAATTTGAGAATGTACCATAAAGAAAA 1080

106447176 AA-GAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACAC 106447234
          || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCACCAAAACTCATATACAAACACAC 1140

106447235 ATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTC 106447294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGATATACTTGATTAAAGAGTATTCTC 1200

106447295 TCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATC 106447354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAACATCTTCAAATTTAACATCATATC 1260

106447355 GCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAATTTTTGG 106447414
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     1261 GCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAATATAACAACATACATAACTTTTGG 1320

106447415 TCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTC 106447474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTTATCAATGAGAATAACTCCAGTTC 1380

106447475 CTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGC 106447534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACATGCACTATTTATTAATATGGGGC 1440

106447535 AATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACC 106447594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATGCCCAAGCCCATAGCACCATCACC 1500

106447595 CAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCT 106447654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACATAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCT 1560

106447655 TTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATA 106447714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCATATCTGACCATATTTTTTAATATA 1620

106447715 AATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTT 106447774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1621 AATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATGCAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTT 1680

106447775 GAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTC-ATTA 106447833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
     1681 GAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCCAAGCTACAGAATCACTTCTAT-A 1739

106447834 ATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGT 106447893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 ATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAACTAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGT 1799

106447894 CTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAAT 106447953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 CTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTCCATGTATCCTTCTGATAGTGAAT 1859

106447954 GGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCAT 106448013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGACCCTCACCCTGTCACCTTACCAT 1919

106448014 ACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAG 106448073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 ACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAGAGGATAAGAAAAGACCCACCAAG 1979

106448074 GATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGT 106448133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 GATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGTTTTGATTTCTCTCCATTCATAGT 2039

106448134 TTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAA 106448193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 TTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGGTTTTGAGTCTTGACTCATTAAAA 2099

106448194 TGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCAC 106448253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 TGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTTTCTAGAGGTTGGATTATGACCAC 2159

106448254 TGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATAGGGAGCACTACAATTATGAAA 106448313
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     2160 TGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACATACGGAGCACTACAATTATGAAA 2219

106448314 TATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTT 106448373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 TATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTTGGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTT 2279

106448374 TGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATA 106448433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 TGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATCAATCAACCTGCAGTCAATGGATA 2339

106448434 ACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGAAAGTTGCTGAATTGGA 106448493
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2340 ACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTACATCTGGAAGTTGCTGAATTGGA 2399

106448494 TCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAAT 106448553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATCTGTTGTAAACTCTCCCAAGAAAT 2459

106448554 CTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACAT 106448613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 CTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTTGTACCACCAAGTAAATTAGACAT 2519

106448614 TATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCA 106448673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAGATATTCAAAGATATCGTTTCCCA 2579

106448674 GTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAA 106448733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 GTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGTAACTATGTTTACTGTCATTTAAA 2639

106448734 GATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGA 106448793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGGGCATCCAACTAGGAAATGGAAGA 2699

106448794 GCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACT 106448853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 GCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAGGGATGTTTCCATTGATGTTTACT 2759

106448854 GTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCC 106448913
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 GTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAGAGAATTTCAATCTTGGAATTCCC 2819

106448914 TCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACA 106448973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 TCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTCCCAGACAATGTGTCTAACTAACA 2879

106448974 AACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAA 106449033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 AACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTTAAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAA 2939

106449034 GTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTG 106449093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 GTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAAATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTG 2999

106449094 GTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTC 106449153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 GTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGGGCAATAATGCTTAAATCAATTTC 3059

106449154 TTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTA 106449213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 TTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGCTTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTA 3119

106449214 TTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTT 106449273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 TTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGAACTTCAAGATTATTTTTAATTTT 3179

106449274 AGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 106449323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 AGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGGGGAAATCAATGAA 3229

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3234 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 3293

106449982 TGTT 106449985
          ||||
     3294 TGTT 3297

Alignment time is 4.41788 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [106439323,106459921] =>     20599 nucs '13 dna:chromosome chromosome:GRCh37:13:1:115169878:1'
Second seq [        1,     2543] =>      2543 nucs 'mol-32-340e-140124_2543'

Score:        2398
Aligned:      2541        nucs
Identic:      2528 ( 99%) nucs =>      2222 (100%)       306 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [106447093,106449323] EXCISED REGION [106449922,106450228]
 second seq =>  [        1,     2232] EXCISED REGION [     2237,     2543]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       598 nucs [106449324,106449921]
 second seq =>         4 nucs [2233,2236]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449922,106449922]
 second seq =>         1 nucs [2232,2232] to [2236,2236]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [106449324,106449324] to [106449921,106449921]
 second seq =>         1 nucs [2233,2233] to [2236,2236]

106447093 TTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAAT 106447152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTATAGACACTAAAATTCTGTTTATTTATAGTAGAGTCAATAAATGTGTCATAACTCAAT 60

106447153 TTGAGAATGTACCATACAGAAAAAA-GAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 106447211
          ||||||||||||||||.|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGAGAATGTACCATAAAGAAAAAAAGAACTAATTTCTGTAGAAAAAAGAATTTAGTTCA 120

106447212 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 106447271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCAAAACTCATATACAAACACACATACTTGCTTATACACCTTCATAATTTTTGTAAAGAT 180

106447272 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 106447331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATACTTGATTAAAGAGTATTCTCTCTAATAGAGAAAAATTAACAAGTTCAGAATGAAAAC 240

106447332 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 106447391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATCTTCAAATTTAACATCATATCGCCTTCTTTGTGTTCTGTGCTTTACATTTTACAAAAT 300

106447392 ATAACAACATACATAATTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 106447451
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAACAACATACATAACTTTTGGTCATAATGATGACAGCCAGCATGGATATTTCCATGTT 360

106447452 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 106447511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATCAATGAGAATAACTCCAGTTCCTAATAGAGAGCGTTTCAAAGGCAACTCTAGAAAACA 420

106447512 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 106447571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGCACTATTTATTAATATGGGGCAATGGCCTCTAAGCATTTCTCTCACCTCTCCTCCATG 480

106447572 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 106447631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCCAAGCCCATAGCACCATCACCCAGAGTCAGCAGGGCCTAATGCAGCACACCAAACACA 540

106447632 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 106447691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAAATTGTTTTCAAAGTTTTGCTTTTACAACATTTATGTGAATTTCAAATTTTCTGCCAT 600

106447692 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 106447751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATCTGACCATATTTTTTAATATAAATTATTTTCTCCACCTCTGAATCTTCCAGGAAGATG 660

106447752 CAGCGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 106447811
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAGTGTGTTGATCCCGTGCTTTTGAGGAAACCTAGCGTGCTATGTCACATCTTGCCAGCC 720

106447812 AAGCTACAGAATCACTTC-ATTAATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATATGAAC 106447870
          |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      721 AAGCTACAGAATCACTTCTAT-AATATCTAAAGACCAAAACACCAAAAGCTAATGTGAAC 779

106447871 TAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTC 106447930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TAGGTGCAAAAAGCGTAGCCAGTCTCAAACCTCCACTTCTCTGTCTGTTACATAGGCTTC 839

106447931 CATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGA 106447990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 CATGTATCCTTCTGATAGTGAATGGAAAAAATATTGGAAGCACCTATCAGTGGGGTGAGA 899

106447991 CCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAG 106448050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 CCCTCACCCTGTCACCTTACCATACATAGGGACTTTCAAGGGAGAAAAGGAAGGACCAAG 959

106448051 AGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGT 106448110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 AGGATAAGAAAAGACCCACCAAGGATACCAAAGAGTTGGCCTAGTATGCAAATACAGAGT 1019

106448111 TTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGG 106448170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TTTGATTTCTCTCCATTCATAGTTTTCAATCCTTATTTATTGAATTTAAAGACACTCGGG 1079

106448171 TTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTT 106448230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TTTTGAGTCTTGACTCATTAAAATGTTTCTCGTGGAAGATTGGGCTGAGCCCTTGTTTTT 1139

106448231 TCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACA 106448290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TCTAGAGGTTGGATTATGACCACTGTCATTCCTTACATTTTGACTGTTTTTCTGTTAACA 1199

106448291 TAGGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTT 106448350
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 TACGGAGCACTACAATTATGAAATATATTCTTTTCTGCTATGGGAAAATCAACACAATTT 1259

106448351 GGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATC 106448410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 GGAAGCAGTCCTGCCTGGAATTTTGGGAAATTGATTCTTCCTCCTTGCCACTTTTCCATC 1319

106448411 AATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTA 106448470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 AATCAACCTGCAGTCAATGGATAACTCCACTCTACTATGTCTTCTATCTCCTTTGTGGTA 1379

106448471 CATCTGAAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATC 106448530
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CATCTGGAAGTTGCTGAATTGGATCAGGTCATTGCTTTGACAATGTTTGTCACAAGGATC 1439

106448531 TGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTT 106448590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TGTTGTAAACTCTCCCAAGAAATCTTCCTCTGTGTATTTGTCTTCTCAAGTCATTATGTT 1499

106448591 GTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAG 106448650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 GTACCACCAAGTAAATTAGACATTATGCAAAAGTACATTCGTTTATGAAATATACAGCAG 1559

106448651 ATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGT 106448710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 ATATTCAAAGATATCGTTTCCCAGTAAAACAGAATGTAACAGGATGTTTGCACACTAAGT 1619

106448711 AACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGG 106448770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 AACTATGTTTACTGTCATTTAAAGATCGACAAATTCAAAAGTTCATTAAATTGCCCAGGG 1679

106448771 GCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAG 106448830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 GCATCCAACTAGGAAATGGAAGAGCCAGGATCCAAGCCCAGGTCTAACTGAGGGAGAAAG 1739

106448831 GGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCAGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAG 106448890
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1740 GGATGTTTCCATTGATGTTTACTGTCCTGTGCCCTTCCGTCCCCTTTCTGCCCATCTCAG 1799

106448891 AGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTC 106448950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 AGAATTTCAATCTTGGAATTCCCTCTCCAGTGTATCCAGCATTCTCTCAATCACCCTTTC 1859

106448951 CCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTT 106449010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 CCAGACAATGTGTCTAACTAACAAACAAACGAACCAATAAAGAAAAAGAAATGGTCTGTT 1919

106449011 AAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAA 106449070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 AAGTAAGAAGCAAATCAAAAAAAGTAAACCTCCATACTATTTGAATATTTCCCATTTTAA 1979

106449071 ATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGG 106449130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 ATTTATTTTCTAGAAGCTCTTTGGTAAGAAATAAAAAGCACTAAAAATTTCGAGCTTTGG 2039

106449131 GCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGC 106449190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 GCAATAATGCTTAAATCAATTTCTTTTCATGTTCACCGTAAAAAGATATTGCACTGATGC 2099

106449191 TTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGTTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGA 106449250
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2100 TTAAGTCTATTCCTGTCTTAGTATTACAGTATTAGTGCTTTCTGAAACGTAAAGTTCAGA 2159

106449251 ACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGG 106449310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 ACTTCAAGATTATTTTTAATTTTAGTTTTAAAGTTACAAAAATTTTAGAGACAGTTTGGG 2219

106449311 GGAAATCAATGAA 106449323
          |||||||||||||
     2220 GGAAATCAATGAA 2232

EXCISED REGION

106449922 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 106449981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2237 TCTGAAAGTGATGAATGTAATACACAACTTTGAATATTAATTTATAAATATTTATGATCA 2296

106449982 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGT-CTTCAAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTA 106450040
          ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2297 TGTTCTTGTGTCATTGCTTCAGTCCTT-AAACTCTTTTTTTCAAAAACTCTTTAAATGTA 2355

106450041 AGTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAA 106450100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2356 AGTAATTTTAAATTAAACTATTTGCATTTTACATATTGAGTTTATATGTTCATTCTCCAA 2415

106450101 AAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGG 106450160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2416 AAAGGAGAAAGCAAATGGCATGGTCTGTTTTTATTACAAAGAATTTCCTAAGCCTGTTGG 2475

106450161 CTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGA 106450220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2476 CTCTAAACAATTATGAAACCAATCACTTCCATAGTAGTACATCTAAGATCCTTTGCAGGA 2535

106450221 AGAAATAA 106450228
          ||||||||
     2536 AGAAATAA 2543

Alignment time is 3.03742 s

