
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2564] =>      2564 nucs 'mol-32-1f00-200581_2564'

Score:        2564
Aligned:      2564        nucs
Identic:      2564 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55443980,55446543]
 second seq =>  [       1,    2564]

 55443980 TAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTA 55444039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTA 60

 55444040 CCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCAT 55444099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCAT 120

 55444100 CTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTAC 55444159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTAC 180

 55444160 TTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACC 55444219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACC 240

 55444220 AGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTT 55444279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTT 300

 55444280 ATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAA 55444339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAA 360

 55444340 TTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTT 55444399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTT 420

 55444400 AATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTA 55444459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTA 480

 55444460 TATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTA 55444519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTA 540

 55444520 TATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTT 55444579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTT 600

 55444580 TTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATG 55444639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATG 660

 55444640 CATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTT 55444699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTT 720

 55444700 TGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAA 55444759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAA 780

 55444760 AAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCAT 55444819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCAT 840

 55444820 TTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAG 55444879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAG 900

 55444880 AGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAG 55444939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAG 960

 55444940 ACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACAT 55444999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACAT 1020

 55445000 CCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGAC 55445059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGAC 1080

 55445060 TAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGC 55445119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGC 1140

 55445120 CCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACAT 55445179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACAT 1200

 55445180 GTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAG 55445239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAG 1260

 55445240 AGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGAC 55445299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGAC 1320

 55445300 TACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCC 55445359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCC 1380

 55445360 TTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGA 55445419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGA 1440

 55445420 TATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCAC 55445479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCAC 1500

 55445480 TTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAA 55445539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAA 1560

 55445540 ATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAA 55445599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAA 1620

 55445600 ATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAA 55445659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAA 1680

 55445660 TACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTA 55445719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTA 1740

 55445720 AAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGA 55445779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGA 1800

 55445780 CCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTA 55445839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTA 1860

 55445840 TGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTA 55445899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTA 1920

 55445900 TATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTA 55445959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTA 1980

 55445960 AATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGC 55446019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGC 2040

 55446020 TGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAG 55446079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAG 2100

 55446080 AAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGT 55446139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGT 2160

 55446140 TTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATA 55446199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATA 2220

 55446200 ATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCAC 55446259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCAC 2280

 55446260 TTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCT 55446319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCT 2340

 55446320 CTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGG 55446379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGG 2400

 55446380 CATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGA 55446439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGA 2460

 55446440 GGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAG 55446499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAG 2520

 55446500 AACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAAC 55446543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAAC 2564

Alignment time is 2.77585 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2362] =>      2362 nucs 'mol-32-2076-006848_2362'

Score:        1929
Aligned:      2133        nucs
Identic:      2103 ( 99%) nucs =>      1847 (100%)       256 ( 91%)
Gaps:           18 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55444016,55445866] EXCISED REGION [55456752,55457024]
 second seq =>  [     239,    2089] EXCISED REGION [    2090,    2362]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     10885 nucs [55445867,55456751]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55445867,55445868] to [55456752,55456753]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55445865,55445866] to [55456752,55456753]
 second seq =>         2 nucs [2088,2089] to [2090,2091]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55444016 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 55444075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      239 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 298

 55444076 TTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 55444135
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      299 TTTTTACTGATAAACAATCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 358

 55444136 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 55444195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      359 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 418

 55444196 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 55444255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      419 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 478

 55444256 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 55444315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 538

 55444316 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 55444375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 598

 55444376 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 55444435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 658

 55444436 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 55444495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 718

 55444496 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 55444555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 778

 55444556 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 55444615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 838

 55444616 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 55444675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 898

 55444676 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 55444735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 958

 55444736 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 55444795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 1018

 55444796 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 55444855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 1078

 55444856 ACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 55444915
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 ACCAATGCAAGGGCCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 1138

 55444916 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 55444975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 1198

 55444976 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 55445035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 1258

 55445036 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 55445095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 1318

 55445096 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 55445155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 1378

 55445156 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 55445215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 1438

 55445216 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 55445275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 1498

 55445276 TGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 55445335
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TGTCACATGAATCAAGAAACAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 1558

 55445336 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 55445395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 1618

 55445396 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 55445455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 1678

 55445456 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 55445515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 1738

 55445516 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 55445575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 1798

 55445576 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 55445635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 1858

 55445636 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 55445695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 1918

 55445696 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 55445755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 1978

 55445756 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTC 55445815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1979 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCAATCTC 2038

 55445816 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAA 55445866
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAA 2089

EXCISED REGION

 55456752 AATCCAGCAGCACATCAAAAAGCTTATCCACCATGATCAAGTGGGCTTCATCCCTGGGAT 55456811
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2090 AATCCAGCAGCACATCAAAAAGCTTATCCACCATGATCAAGTGGGCTTCATCCCTAGGAT 2149

 55456812 GCAAGGCTG--GTTCAATAT---ACACAAATCAATAAATG--TAATCCAGCATATAAACA 55456864
          |||||||    ||||||      |||||||||||||||    ||||||||||||||||||
     2150 GCAAGGC--CCGTTCAA---CAGACACAAATCAATAAA--CCTAATCCAGCATATAAACA 2202

 55456865 GAGCCAAAGAGAAAAATCACATGATTATCTCAATAGATGCAGAAAAAGCCTTTGACAAAA 55456924
          ||.|||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     2203 GAACCAAAGACAAAAACCACATGATTATCTCAATAGATGCAGAAAAGGCCTTTGACAAAA 2262

 55456925 TTCAACAACC--CTTCATGCTAAAAACTCTCAATAAATTAGGTATTGATGGGACGTATTT 55456982
          ||||||||    ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.|
     2263 TTCAACAA--TGCTTCATGCTAAAAACTGTCAATAAATTAGGTATTGATGGGACATATCT 2320

 55456983 CAAAATAATAAGAGCTATCTATGACAAACCCACAGCCAATAT 55457024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 CAAAATAATAAGAGCTATCTATGACAAACCCACAGCCAATAT 2362

Alignment time is 2.9738 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3841] =>      3841 nucs 'mol-32-22a7-060460_3841'

Score:        3840
Aligned:      3840        nucs
Identic:      3840 (100%) nucs =>      2423 (100%)      1417 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55444689,55447111] EXCISED REGION [55447113,55448529]
 second seq =>  [       1,    2423] EXCISED REGION [    2425,    3841]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55447112,55447112]
 second seq =>         1 nucs [2424,2424]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [55447108,55447111] to [55447109,55447112]
 second seq =>         1 nucs [2424,2424] to [2425,2425]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55444689 TTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCC 55444748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCC 60

 55444749 TTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAA 55444808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAA 120

 55444809 GGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGA 55444868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGA 180

 55444869 CCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGAT 55444928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGAT 240

 55444929 CTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACT 55444988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACT 300

 55444989 GGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGT 55445048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGT 360

 55445049 TGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAG 55445108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAG 420

 55445109 TCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAA 55445168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAA 480

 55445169 TTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAA 55445228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAA 540

 55445229 GAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATC 55445288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATC 600

 55445289 AAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCC 55445348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCC 660

 55445349 TTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAG 55445408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAG 720

 55445409 AGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGC 55445468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGC 780

 55445469 TCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAA 55445528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAA 840

 55445529 GAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTT 55445588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTT 900

 55445589 AAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCC 55445648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCC 960

 55445649 ACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTG 55445708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTG 1020

 55445709 TAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGG 55445768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGG 1080

 55445769 GAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATT 55445828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATT 1140

 55445829 TATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAG 55445888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAG 1200

 55445889 AAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGAT 55445948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGAT 1260

 55445949 TGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGAT 55446008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGAT 1320

 55446009 TCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCT 55446068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCT 1380

 55446069 TACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAA 55446128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAA 1440

 55446129 AGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACAT 55446188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACAT 1500

 55446189 CTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCA 55446248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCA 1560

 55446249 AATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCT 55446308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCT 1620

 55446309 GTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAA 55446368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAA 1680

 55446369 GTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAG 55446428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAG 1740

 55446429 AATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAAC 55446488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAAC 1800

 55446489 AATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAACAATTA 55446548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAACAATTA 1860

 55446549 CAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCCTGCCTAACTGTGTGGTCTTTG 55446608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCCTGCCTAACTGTGTGGTCTTTG 1920

 55446609 TTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACTGACTGTCAGTTAAATTTAAAT 55446668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACTGACTGTCAGTTAAATTTAAAT 1980

 55446669 ATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTTTAGCTTAGGGCAGCAATACAT 55446728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTTTAGCTTAGGGCAGCAATACAT 2040

 55446729 TCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTAAAGGGATAGATAGATAGTGAT 55446788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTAAAGGGATAGATAGATAGTGAT 2100

 55446789 AGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAAAAAAATACAGTAGTAGAATTT 55446848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAAAAAAATACAGTAGTAGAATTT 2160

 55446849 CTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCGTGATTCATAGGTTACAAAGAG 55446908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCGTGATTCATAGGTTACAAAGAG 2220

 55446909 AACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGAAGTACTAGAGGGGGCAAGGAT 55446968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGAAGTACTAGAGGGGGCAAGGAT 2280

 55446969 TGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGGTGACAGGATCATTCATACCTG 55447028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGGTGACAGGATCATTCATACCTG 2340

 55447029 AAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCTGCGCATGTACCATTGAATCTA 55447088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCTGCGCATGTACCATTGAATCTA 2400

 55447089 AAATAAAAGTTTTTTTAATAAAA 55447111
          |||||||||||||||||||||||
     2401 AAATAAAAGTTTTTTTAATAAAA 2423

EXCISED REGION

 55447113 GAAATGAGAAGACCATAACTGAAAGGACATGTAAGATCACTGCAATAACCACTACCATAA 55447172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 GAAATGAGAAGACCATAACTGAAAGGACATGTAAGATCACTGCAATAACCACTACCATAA 2484

 55447173 TCATTATTCCTCATTCTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCCACCCAAGAATTAACCAGTCA 55447232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2485 TCATTATTCCTCATTCTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCCACCCAAGAATTAACCAGTCA 2544

 55447233 GATACCCTAGGAAGGTCACTAAACAATCAAATGGAAATAACTCAAAATTGGGTCTGTGTG 55447292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2545 GATACCCTAGGAAGGTCACTAAACAATCAAATGGAAATAACTCAAAATTGGGTCTGTGTG 2604

 55447293 TACGTTATCCTATTTACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCTGTAATTAATGTATGGTAATG 55447352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2605 TACGTTATCCTATTTACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCTGTAATTAATGTATGGTAATG 2664

 55447353 ATTTTAATTATTGAATAATTTATTTTTATAATATTTTAAGTCATTGAAGTTATTTATTTT 55447412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2665 ATTTTAATTATTGAATAATTTATTTTTATAATATTTTAAGTCATTGAAGTTATTTATTTT 2724

 55447413 AATAATTCGACAAGTATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAATGGTAGCCTGTATTTCATAA 55447472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2725 AATAATTCGACAAGTATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAATGGTAGCCTGTATTTCATAA 2784

 55447473 GAGACAAACAAAAATAAAAGTCTTGGAAATAATTATTTATGGAGTGGCAAAGATGGACTT 55447532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2785 GAGACAAACAAAAATAAAAGTCTTGGAAATAATTATTTATGGAGTGGCAAAGATGGACTT 2844

 55447533 ATTGACACTTTCATGCACTTTATCTAGTTAATTACCTCAATAAAACTGGAAATAAATTAC 55447592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2845 ATTGACACTTTCATGCACTTTATCTAGTTAATTACCTCAATAAAACTGGAAATAAATTAC 2904

 55447593 TCATCAGCAGTATACTCATTAGTAATACAACAATCTGAGAAAAAAGTATTACATACCCCA 55447652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2905 TCATCAGCAGTATACTCATTAGTAATACAACAATCTGAGAAAAAAGTATTACATACCCCA 2964

 55447653 AATTACACAGATCACGGAGGGGTGAGTAGAATTCAAATTTAAATTTGTACAAGCACTTCT 55447712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2965 AATTACACAGATCACGGAGGGGTGAGTAGAATTCAAATTTAAATTTGTACAAGCACTTCT 3024

 55447713 TAATATTTCAAGACAGAGCATAAAACAGTCTCTGTCCTTGAGGGATTTAGGATCATGAAA 55447772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3025 TAATATTTCAAGACAGAGCATAAAACAGTCTCTGTCCTTGAGGGATTTAGGATCATGAAA 3084

 55447773 ATCAAGGATGCATAGAGTTTACTTTGGCATACATTAAAAATTGAAATGTTTGCATCATTG 55447832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3085 ATCAAGGATGCATAGAGTTTACTTTGGCATACATTAAAAATTGAAATGTTTGCATCATTG 3144

 55447833 AGAACCTCTATTTTAAACAATAACAGTATGAAATATTTATTAATTACATGTTATATATTA 55447892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3145 AGAACCTCTATTTTAAACAATAACAGTATGAAATATTTATTAATTACATGTTATATATTA 3204

 55447893 AGTCTATATTTTATAGACTTAGAGAGTTTGGTTTAATTTATTATCTCATTTTGTCATCCG 55447952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3205 AGTCTATATTTTATAGACTTAGAGAGTTTGGTTTAATTTATTATCTCATTTTGTCATCCG 3264

 55447953 CATATCAAAATTATAAGGGCTTTTAGCTCAAGGCCAATAGCTCTGGAGGTTATCTGATTT 55448012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3265 CATATCAAAATTATAAGGGCTTTTAGCTCAAGGCCAATAGCTCTGGAGGTTATCTGATTT 3324

 55448013 GCACAAAAGAATAAAATAATTATGAAATGAGTAGAGAATTTTATATTAAATCTGTTCTAC 55448072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3325 GCACAAAAGAATAAAATAATTATGAAATGAGTAGAGAATTTTATATTAAATCTGTTCTAC 3384

 55448073 TGTTTTGGTTCTACATCTTTTATGTATGAGCTCAGGCTCTGGATTCAACAAAATCTGATT 55448132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3385 TGTTTTGGTTCTACATCTTTTATGTATGAGCTCAGGCTCTGGATTCAACAAAATCTGATT 3444

 55448133 TCAAGTTCTGATTTGCTGCATACTAGTTTGATAATCTGTATATACTTTTTCAGGAAAACC 55448192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3445 TCAAGTTCTGATTTGCTGCATACTAGTTTGATAATCTGTATATACTTTTTCAGGAAAACC 3504

 55448193 TTAATTAATTTTTACATTTCTAAAATATTATTACTCTTGGATGTCCATCAAACTGAGCGT 55448252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3505 TTAATTAATTTTTACATTTCTAAAATATTATTACTCTTGGATGTCCATCAAACTGAGCGT 3564

 55448253 AATAGCATAGTCATCTGCATAGTGTTTTTTTCTTTTCAAAGTTCAACATATATCTTTAAA 55448312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3565 AATAGCATAGTCATCTGCATAGTGTTTTTTTCTTTTCAAAGTTCAACATATATCTTTAAA 3624

 55448313 TTTAAAACTTTGAACTATCTGATTTATATGAGGATAAATTATGTCTCAAATTTTACAGTG 55448372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3625 TTTAAAACTTTGAACTATCTGATTTATATGAGGATAAATTATGTCTCAAATTTTACAGTG 3684

 55448373 TGGAAGGAAATGAAATGAAGAGTACACATTTAGAATTGATGGCTGCGTCAAGAATAGAAA 55448432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3685 TGGAAGGAAATGAAATGAAGAGTACACATTTAGAATTGATGGCTGCGTCAAGAATAGAAA 3744

 55448433 CGTGATGTCAACTAAAACTCTAAAATTAAGAAGCTAGAAATATAGATGGTAGTAGATATA 55448492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3745 CGTGATGTCAACTAAAACTCTAAAATTAAGAAGCTAGAAATATAGATGGTAGTAGATATA 3804

 55448493 CAGTTAACCAGATGTGCATGAGGAAGTTGAAGATAAA 55448529
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3805 CAGTTAACCAGATGTGCATGAGGAAGTTGAAGATAAA 3841

Alignment time is 4.73568 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    8623] =>      8623 nucs 'mol-32-287f-106715_8623'

Score:        8580
Aligned:      8624        nucs
Identic:      8620 (100%) nucs =>      5901 (100%)      2719 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55437803,55443707] EXCISED REGION [55443712,55446430]
 second seq =>  [       1,    5904] EXCISED REGION [    5905,    8623]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [55443708,55443711]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        24 nucs [55443708,55443731] to [55443712,55443735]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55443708,55443709] to [55443710,55443711]
 second seq =>         0 nucs

 55437803 CTGTTGGTGAGAGTGTCACTTAGTTCAACCATTGTGGAAGACAGTGTTGCAATTCCTTAA 55437862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGTTGGTGAGAGTGTCACTTAGTTCAACCATTGTGGAAGACAGTGTTGCAATTCCTTAA 60

 55437863 AGACCTAAAGACAGAAATACTATTTGACCAGGCAATCCCATTACTGGGTATATACCCAAA 55437922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGACCTAAAGACAGAAATACTATTTGACCAGGCAATCCCATTACTGGGTATATACCCAAA 120

 55437923 AGAATATAAATTGTTCCATTATAAAGACACATGCACATGTACGTTCATTGCAGCACTCTT 55437982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGAATATAAATTGTTCCATTATAAAGACACATGCACATGTACGTTCATTGCAGCACTCTT 180

 55437983 CTCTTTACAATCCTGTATTCCTAGAAGGAGGATAGAAGGAGGAAATTCTGATATTTCATG 55438042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTCTTTACAATCCTGTATTCCTAGAAGGAGGATAGAAGGAGGAAATTCTGATATTTCATG 240

 55438043 TTACAGACAAAAGTGAAATTCCTTACTCAACATTCTGAGTATTTTTCCATTGCGTTAACT 55438102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTACAGACAAAAGTGAAATTCCTTACTCAACATTCTGAGTATTTTTCCATTGCGTTAACT 300

 55438103 ATCAAAACTCATACCAATAATGTTTAAAGTTCATGAAAATGTATATAATGGGAGAAAGTT 55438162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCAAAACTCATACCAATAATGTTTAAAGTTCATGAAAATGTATATAATGGGAGAAAGTT 360

 55438163 TCAGGAATTACCTGCCAGTGTTTCATCTTCTTGTTGCTTCACCCTGGGGCAACTGTGGGT 55438222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCAGGAATTACCTGCCAGTGTTTCATCTTCTTGTTGCTTCACCCTGGGGCAACTGTGGGT 420

 55438223 AAGGGTTAAGTATTCAATTTGCAGGGAAACACTGAATTTTTTAATTCCAAGAGAGAGACA 55438282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGGGTTAAGTATTCAATTTGCAGGGAAACACTGAATTTTTTAATTCCAAGAGAGAGACA 480

 55438283 GCCTCTCATGGACTGCTTCATTTTGACAAAAAAAAAAAAAAAGCCCCTTCAATGTAAGCC 55438342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
      481 GCCTCTCATGGACTGCTTCATTTTGACAAAAAAAAAAAAAA-GCCCCTTCAATGTAAGCC 539

 55438343 AGAATGTGAGTTTATAATGGACTATAATTCATGCCTGCTTGCTTCTTATCCTCCAATCAC 55438402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 AGAATGTGAGTTTATAATGGACTATAATTCATGCCTGCTTGCTTCTTATCCTCCAATCAC 599

 55438403 AATATAGCAGTGCTTAAAGCCATCAATATAGCAATTACACTTGAACACTGAAATTATGTG 55438462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 AATATAGCAGTGCTTAAAGCCATCAATATAGCAATTACACTTGAACACTGAAATTATGTG 659

 55438463 GTTATGCCTGGTTATAAATTGATTGTAAGATGACTCAGAACATACTTATATATGTTTTGA 55438522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 GTTATGCCTGGTTATAAATTGATTGTAAGATGACTCAGAACATACTTATATATGTTTTGA 719

 55438523 AATTATCATTTAAATGAAAACTTAAAGTGAAACATTCTTAGAGAAATTAGCAATCCCTAG 55438582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 AATTATCATTTAAATGAAAACTTAAAGTGAAACATTCTTAGAGAAATTAGCAATCCCTAG 779

 55438583 TATTATGATCTCCAGTTAAAACTCTTTAAAATTTCAAGTATTCAATAACACAGCTACCAC 55438642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TATTATGATCTCCAGTTAAAACTCTTTAAAATTTCAAGTATTCAATAACACAGCTACCAC 839

 55438643 AAATAGTAAATGAATTTCTATTATGTTCAAAGCATGCGACATCTGGTTTAGAATAAATTC 55438702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 AAATAGTAAATGAATTTCTATTATGTTCAAAGCATGCGACATCTGGTTTAGAATAAATTC 899

 55438703 CTAATCAAAATAGACATAAGACTGCATCAATCCATAGGAACAACAATTACTGTTTTGGTA 55438762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 CTAATCAAAATAGACATAAGACTGCATCAATCCATAGGAACAACAATTACTGTTTTGGTA 959

 55438763 CCAGGATAGTAATGAGTGTTTCTTAAAGAATAACATATTTAATTGTGTAGTAGTTCAGTG 55438822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 CCAGGATAGTAATGAGTGTTTCTTAAAGAATAACATATTTAATTGTGTAGTAGTTCAGTG 1019

 55438823 AAAAAAAATTATGTATATAAATATCCAAATATTTATAGATTAATCCAAATTCTTATTTTT 55438882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AAAAAAAATTATGTATATAAATATCCAAATATTTATAGATTAATCCAAATTCTTATTTTT 1079

 55438883 TTTTTTTTTACTGGCAGACTTGGTATTTCATGACTTTAAAACTAAAAGCACAGTTTCTGA 55438942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TTTTTTTTTACTGGCAGACTTGGTATTTCATGACTTTAAAACTAAAAGCACAGTTTCTGA 1139

 55438943 AGATTAAATGAATTTTTCTCTATTCATGTTATTTGAAAAGAGTATAAGGCAAGTCTTTTT 55439002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 AGATTAAATGAATTTTTCTCTATTCATGTTATTTGAAAAGAGTATAAGGCAAGTCTTTTT 1199

 55439003 ACTCTATTGGTATGGAACATTGAGACTGAAATTTGAGAATATTGTTTTAAAATATTGAAG 55439062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 ACTCTATTGGTATGGAACATTGAGACTGAAATTTGAGAATATTGTTTTAAAATATTGAAG 1259

 55439063 TTTTTCCCATTGCCAATCCGGCATTACCTCCACAAATCATAACTTATTACCATATGTGTA 55439122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 TTTTTCCCATTGCCAATCCGGCATTACCTCCACAAATCATAACTTATTACCATATGTGTA 1319

 55439123 CAGGATGAAATATTAAGTGTTATAGTAGTTAAATTGAAAGCCTAATACTTTGTAATGATT 55439182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 CAGGATGAAATATTAAGTGTTATAGTAGTTAAATTGAAAGCCTAATACTTTGTAATGATT 1379

 55439183 CCATAGCAGAGAGCTGCTACATCATACATTTAGTTTTATAATTATAGTGGTATGTTTTAC 55439242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CCATAGCAGAGAGCTGCTACATCATACATTTAGTTTTATAATTATAGTGGTATGTTTTAC 1439

 55439243 AAAGATCCGAGAGTCTATTACCTGTCATAAGCTGAGAAGTATGGTAGTTCCTCCCACTGC 55439302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 AAAGATCCGAGAGTCTATTACCTGTCATAAGCTGAGAAGTATGGTAGTTCCTCCCACTGC 1499

 55439303 TATCTTCTCTAATACATGCCTTCTTCCTTATTGGAGCAAGCAATAAACTGAGTAAGATTT 55439362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TATCTTCTCTAATACATGCCTTCTTCCTTATTGGAGCAAGCAATAAACTGAGTAAGATTT 1559

 55439363 AGAAAATCTAGTTTTCAAACTTCTAAAGTTTATTAGTTCTTTGATCTAGGAAATTCACTC 55439422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 AGAAAATCTAGTTTTCAAACTTCTAAAGTTTATTAGTTCTTTGATCTAGGAAATTCACTC 1619

 55439423 AGTTTTTTGTAATTGGTTCCTTCTATGCTGAGAAGAATATGGTTAGATTAGGTGGGTATT 55439482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 AGTTTTTTGTAATTGGTTCCTTCTATGCTGAGAAGAATATGGTTAGATTAGGTGGGTATT 1679

 55439483 TTAATTATTAAATCATGCTCATAGCTAGACACACTTATTATTTAATATTTCTTTTCAAGA 55439542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTAATTATTAAATCATGCTCATAGCTAGACACACTTATTATTTAATATTTCTTTTCAAGA 1739

 55439543 TCACTTCCATTTTATATAAATTTATATTAAAGAATGCTGTTAACTATGACAATATATTTA 55439602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TCACTTCCATTTTATATAAATTTATATTAAAGAATGCTGTTAACTATGACAATATATTTA 1799

 55439603 AAGAAATAAGAAAAAGTTATCAAATGTTATAGGACTAGTATAACTTTTTCATAATTTTGA 55439662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 AAGAAATAAGAAAAAGTTATCAAATGTTATAGGACTAGTATAACTTTTTCATAATTTTGA 1859

 55439663 GGATAATACCTGATGTCTTTGTGTTAAAAAAGGAGACTAAAAAGTATTAAAGAGATATTG 55439722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GGATAATACCTGATGTCTTTGTGTTAAAAAAGGAGACTAAAAAGTATTAAAGAGATATTG 1919

 55439723 ACAGAAAATGATCAATTTTGACTTTCCCTTCATAATGTTATCAAAGATACCGAGCTAAAT 55439782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 ACAGAAAATGATCAATTTTGACTTTCCCTTCATAATGTTATCAAAGATACCGAGCTAAAT 1979

 55439783 TGAAACAGGAATTATACTCTTAGTGTAGTATACAATGTATTCTAAAGCTATATCTGTTAA 55439842
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TGAAACAGGAATTATAGTCTTAGTGTAGTATACAATGTATTCTAAAGCTATATCTGTTAA 2039

 55439843 CCATCAAATAATCTTAAATATCACTAGTAATACAGCTACACAATTTAGAAAATGCTGAAC 55439902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CCATCAAATAATCTTAAATATCACTAGTAATACAGCTACACAATTTAGAAAATGCTGAAC 2099

 55439903 TTATTACATCATACATCTTATTGCACTGAACAGTTTTGCATTATTAATAATTTAGTATCT 55439962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 TTATTACATCATACATCTTATTGCACTGAACAGTTTTGCATTATTAATAATTTAGTATCT 2159

 55439963 GTGGAGTCCAGATATGGTTGCCATATCTGATCTAGGAGTAAGGTAAAAAGTCCACATGGA 55440022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GTGGAGTCCAGATATGGTTGCCATATCTGATCTAGGAGTAAGGTAAAAAGTCCACATGGA 2219

 55440023 TGCTGTGTAATTCCTCAAGAATGAAGAGAATAGAATTTGGAAATGCATGCTGTCTGTAGT 55440082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 TGCTGTGTAATTCCTCAAGAATGAAGAGAATAGAATTTGGAAATGCATGCTGTCTGTAGT 2279

 55440083 ACATTCTTCCATTGCCTTTGTGTATGTCCAGCCCTGATCATATACAAAATAACATGCAAA 55440142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 ACATTCTTCCATTGCCTTTGTGTATGTCCAGCCCTGATCATATACAAAATAACATGCAAA 2339

 55440143 GCTGAAAAATAAATCATGCAACATATAACAACTGAGTACGTCCTGACGACAGTTTATCTT 55440202
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 TCTGAAAAATAAATCATGCAACATATAACAACTGAGTACGTCCTGACGACAGTTTATCTT 2399

 55440203 ACAGTTACATTGTGTGATAACTCTATCTTTTATTGACTTTTGGTGCCTATAATTTATTCT 55440262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 ACAGTTACATTGTGTGATAACTCTATCTTTTATTGACTTTTGGTGCCTATAATTTATTCT 2459

 55440263 AGTACAGCCAGAACACACATTGTGAAGAATGCAAATGACCTATGCATTTATGTTTTCTTT 55440322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 AGTACAGCCAGAACACACATTGTGAAGAATGCAAATGACCTATGCATTTATGTTTTCTTT 2519

 55440323 CTTTCTTTGCAGCATTAATATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTAC 55440382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 CTTTCTTTGCAGCATTAATATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTAC 2579

 55440383 AGTAAAGTTTAAATAATAGGTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACA 55440442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AGTAAAGTTTAAATAATAGGTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACA 2639

 55440443 GAAAAACTCCAACTTTTTGCTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCA 55440502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GAAAAACTCCAACTTTTTGCTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCA 2699

 55440503 AAGTTATTTTCTCAAGTTCAATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATT 55440562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AAGTTATTTTCTCAAGTTCAATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATT 2759

 55440563 TCAAAGAACATTGCCCACTAATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAAT 55440622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 TCAAAGAACATTGCCCACTAATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAAT 2819

 55440623 GCATTCCTTGATCATGTGTCTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAG 55440682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 GCATTCCTTGATCATGTGTCTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAG 2879

 55440683 AAGGGAAAATTACCTAAAATGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTAT 55440742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 AAGGGAAAATTACCTAAAATGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTAT 2939

 55440743 AAATGAAATTTCCATGTGCATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGA 55440802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 AAATGAAATTTCCATGTGCATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGA 2999

 55440803 ATAGTGATATATATTGTTCTGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACA 55440862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 ATAGTGATATATATTGTTCTGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACA 3059

 55440863 ATAAAGTATATTCTTACGTTACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACT 55440922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 ATAAAGTATATTCTTACGTTACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACT 3119

 55440923 ATTAGAGAAATCAGTTATGATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATT 55440982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 ATTAGAGAAATCAGTTATGATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATT 3179

 55440983 AACTTCAGTGATTTGTGTAACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGA 55441042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 AACTTCAGTGATTTGTGTAACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGA 3239

 55441043 TTACATTGTAAATGTTTTAATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAG 55441102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 TTACATTGTAAATGTTTTAATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAG 3299

 55441103 CACACAACATATGGAAAGTCAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTC 55441162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 CACACAACATATGGAAAGTCAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTC 3359

 55441163 TATCCAGAACATACAAATATTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGT 55441222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 TATCCAGAACATACAAATATTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGT 3419

 55441223 GGGAAACTTTCTGATCCTTATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCA 55441282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 GGGAAACTTTCTGATCCTTATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCA 3479

 55441283 CTATTTCTTCAGGCTATATGAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTG 55441342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 CTATTTCTTCAGGCTATATGAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTG 3539

 55441343 GTGATCTAGTAGTGGGAAGAATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTC 55441402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 GTGATCTAGTAGTGGGAAGAATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTC 3599

 55441403 TTTGGAATCATTGAAATCTTCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATC 55441462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 TTTGGAATCATTGAAATCTTCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATC 3659

 55441463 TGCAAACCTCCCCGCTACCTAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCG 55441522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 TGCAAACCTCCCCGCTACCTAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCG 3719

 55441523 GTTGCTTGGCTGTTGGGGCTTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGC 55441582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 GTTGCTTGGCTGTTGGGGCTTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGC 3779

 55441583 CTTTCTGTGGCTCCAACAAAATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAG 55441642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3780 CTTTCTGTGGCTCCAACAAAATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAG 3839

 55441643 TCGCTTGTACTGATACCTGCATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTG 55441702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3840 TCGCTTGTACTGATACCTGCATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTG 3899

 55441703 CCTTGGTAACCTTGTTCTGTCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAA 55441762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3900 CCTTGGTAACCTTGTTCTGTCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAA 3959

 55441763 TCATTCAGTAGAGGGAAGATGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGT 55441822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3960 TCATTCAGTAGAGGGAAGATGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGT 4019

 55441823 AATCTTTTTCTTCGAACCTTCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGG 55441882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4020 AATCTTTTTCTTCGAACCTTCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGG 4079

 55441883 ACAAAATATCTGCTCTGTTTTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATA 55441942
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4080 ACAAAATATCTGCGCTGTTTTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATA 4139

 55441943 ACCTGAGAAATACAGAGATGAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTT 55442002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4140 ACCTGAGAAATACAGAGATGAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTT 4199

 55442003 CAGAAGAAAAACAGCTGATTTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAA 55442062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4200 CAGAAGAAAAACAGCTGATTTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAA 4259

 55442063 AAGTGTACATGTCTCCAACGACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAA 55442122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4260 AAGTGTACATGTCTCCAACGACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAA 4319

 55442123 AATTTTACTGTGGTAAAATATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTAC 55442182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4320 AATTTTACTGTGGTAAAATATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTAC 4379

 55442183 AGTTCAGTGGCTTTACATTCATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAAC 55442242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4380 AGTTCAGTGGCTTTACATTCATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAAC 4439

 55442243 TTTTTCTTCTTTCCAAACTAAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTT 55442302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4440 TTTTTCTTCTTTCCAAACTAAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTT 4499

 55442303 CCCCCAGTTTCTGGCAATGACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACA 55442362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4500 CCCCCAGTTTCTGGCAATGACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACA 4559

 55442363 TAATAGTGGTACATATTTATGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTA 55442422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4560 TAATAGTGGTACATATTTATGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTA 4619

 55442423 ATGATCAAAGCAGGGTATTTATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGT 55442482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4620 ATGATCAAAGCAGGGTATTTATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGT 4679

 55442483 TGGGAGCATTTTAATTCTTCTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTG 55442542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4680 TGGGAGCATTTTAATTCTTCTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTG 4739

 55442543 TTACCTGCAGTCATCCTACTGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTT 55442602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4740 TTACCTGCAGTCATCCTACTGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTT 4799

 55442603 CAGTCTTTACGTACCAATATATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTT 55442662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4800 CAGTCTTTACGTACCAATATATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTT 4859

 55442663 ACCGGGAAAGATTCGGTTGTGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATC 55442722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4860 ACCGGGAAAGATTCGGTTGTGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATC 4919

 55442723 CACTCCTAATTTTCTACAAGTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTAT 55442782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4920 CACTCCTAATTTTCTACAAGTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTAT 4979

 55442783 TTTTCTGGATCTATTGAGATGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGG 55442842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4980 TTTTCTGGATCTATTGAGATGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGG 5039

 55442843 TGGTGAATTATATTGATTTATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAA 55442902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5040 TGGTGAATTATATTGATTTATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAA 5099

 55442903 CACAACACGAAACATACATTGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAAT 55442962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5100 CACAACACGAAACATACATTGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAAT 5159

 55442963 TTCAAACCAATTTGTCTCATAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAA 55443022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5160 TTCAAACCAATTTGTCTCATAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAA 5219

 55443023 AAAACAAGGAATATATAAAATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGA 55443082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5220 AAAACAAGGAATATATAAAATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGA 5279

 55443083 ATCCAATTCATTCACTTATAATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAA 55443142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5280 ATCCAATTCATTCACTTATAATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAA 5339

 55443143 TTTCACAAGTGTATCTGAAATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAG 55443202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5340 TTTCACAAGTGTATCTGAAATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAG 5399

 55443203 AGGAATGCTGTCTATGTCATATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAA 55443262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5400 AGGAATGCTGTCTATGTCATATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAA 5459

 55443263 ATAATCTGCATCTGAAATTTGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGA 55443322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5460 ATAATCTGCATCTGAAATTTGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGA 5519

 55443323 ATGAAGTAGACTGAAAGTGGTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGC 55443382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5520 ATGAAGTAGACTGAAAGTGGTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGC 5579

 55443383 TTTACTTCCGGAGAAGATAGTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTA 55443442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5580 TTTACTTCCGGAGAAGATAGTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTA 5639

 55443443 TGTAATGAAAAAGTACACAGGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAA 55443502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5640 TGTAATGAAAAAGTACACAGGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAA 5699

 55443503 TCTGTCCTCTGTGAGCTGCAAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGG 55443562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5700 TCTGTCCTCTGTGAGCTGCAAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGG 5759

 55443563 CCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATC 55443622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5760 CCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATC 5819

 55443623 GCTTGAACCTGGGAGGCAGTGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCT 55443682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5820 GCTTGAACCTGGGAGGCAGTGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCT 5879

 55443683 CGGTGACACAGCGAGACTCTGTCTC 55443707
          |||||||||||||||||||||||||
     5880 CGGTGACACAGCGAGACTCTGTCTC 5904

EXCISED REGION

 55443712 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAGAGAA 55443771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5905 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAGAGAA 5964

 55443772 AATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTG 55443831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5965 AATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTG 6024

 55443832 GGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCA 55443891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6025 GGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCA 6084

 55443892 AGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGA 55443951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6085 AGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGA 6144

 55443952 TAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCA 55444011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6145 TAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCA 6204

 55444012 CATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAA 55444071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6205 CATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAA 6264

 55444072 AGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGT 55444131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6265 AGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGT 6324

 55444132 CATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTA 55444191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6325 CATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTA 6384

 55444192 TAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGA 55444251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6385 TAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGA 6444

 55444252 TGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATA 55444311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6445 TGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATA 6504

 55444312 TACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCT 55444371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6505 TACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCT 6564

 55444372 TAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATT 55444431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6565 TAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATT 6624

 55444432 TAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAA 55444491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6625 TAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAA 6684

 55444492 TTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATT 55444551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6685 TTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATT 6744

 55444552 ATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTC 55444611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6745 ATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTC 6804

 55444612 TGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCA 55444671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6805 TGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCA 6864

 55444672 ATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATA 55444731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6865 ATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATA 6924

 55444732 CGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATT 55444791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6925 CGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATT 6984

 55444792 TTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAA 55444851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6985 TTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAA 7044

 55444852 AGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGG 55444911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7045 AGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGG 7104

 55444912 GGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTG 55444971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7105 GGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTG 7164

 55444972 GGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAA 55445031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7165 GGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAA 7224

 55445032 GATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTC 55445091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7225 GATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTC 7284

 55445092 AAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCT 55445151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7285 AAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCT 7344

 55445152 TGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTC 55445211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7345 TGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTC 7404

 55445212 ACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTG 55445271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7405 ACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTG 7464

 55445272 TAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATC 55445331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7465 TAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATC 7524

 55445332 CTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCAC 55445391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7525 CTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCAC 7584

 55445392 TGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTT 55445451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7585 TGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTT 7644

 55445452 GCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGT 55445511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7645 GCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGT 7704

 55445512 TAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAA 55445571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7705 TAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAA 7764

 55445572 TTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAAT 55445631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7765 TTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAAT 7824

 55445632 GGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAA 55445691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7825 GGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAA 7884

 55445692 ATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAAT 55445751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7885 ATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAAT 7944

 55445752 ATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCA 55445811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7945 ATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCA 8004

 55445812 TCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTT 55445871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8005 TCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTT 8064

 55445872 CTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGC 55445931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8065 CTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGC 8124

 55445932 CCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATA 55445991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8125 CCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATA 8184

 55445992 CTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGA 55446051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8185 CTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGA 8244

 55446052 AATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAAC 55446111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8245 AATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAAC 8304

 55446112 CAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAAT 55446171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8305 CAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAAT 8364

 55446172 CATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTG 55446231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8365 CATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTG 8424

 55446232 CCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAA 55446291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8425 CCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAA 8484

 55446292 TTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTG 55446351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8485 TTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTG 8544

 55446352 CTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAAT 55446411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8545 CTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAAT 8604

 55446412 AACAGGAGAATGAACAGAA 55446430
          |||||||||||||||||||
     8605 AACAGGAGAATGAACAGAA 8623

Alignment time is 10.5639 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3800] =>      3800 nucs 'mol-32-2f28-017362_3800'

Score:        3788
Aligned:      3799        nucs
Identic:      3798 (100%) nucs =>       103 (100%)      3695 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55444049,55444151] EXCISED REGION [55444153,55447848]
 second seq =>  [       1,     103] EXCISED REGION [     105,    3800]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55444152,55444152]
 second seq =>         1 nucs [104,104]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55444151,55444151] to [55444153,55444153]
 second seq =>         1 nucs [103,103] to [105,105]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55444049 CGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCA 55444108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCA 60

 55444109 TATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCA 55444151
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCA 103

EXCISED REGION

 55444153 AGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAA 55444212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      105 AGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAA 164

 55444213 TGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGA 55444272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      165 TGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGA 224

 55444273 ATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCACAGGAATTTC 55444332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      225 ATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCACAGGAATTTC 284

 55444333 ATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATATTTTCTACCA 55444392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      285 ATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATATTTTCTACCA 344

 55444393 AGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAA 55444452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      345 AGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAA 404

 55444453 TTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCA 55444512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      405 TTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCA 464

 55444513 AATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGA 55444572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      465 AATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGA 524

 55444573 TAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTT 55444632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      525 TAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTT 584

 55444633 AAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACATATACCTTAA 55444692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      585 AAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACATATACCTTAA 644

 55444693 TAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCCTTTT 55444752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      645 TAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCCTTTT 704

 55444753 TTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAG 55444812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      705 TTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAG 764

 55444813 AATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCC 55444872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      765 AATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCC 824

 55444873 AAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCA 55444932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      825 AAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCA 884

 55444933 TGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACTGGAG 55444992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      885 TGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACTGGAG 944

 55444993 GAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGA 55445052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      945 GAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGA 1004

 55445053 AATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAA 55445112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1005 AATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAA 1064

 55445113 ATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGT 55445172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1065 ATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGT 1124

 55445173 CTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAA 55445232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1125 CTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAA 1184

 55445233 AAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATCAAGA 55445292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1185 AAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATCAAGA 1244

 55445293 AGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCC 55445352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1245 AGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCC 1304

 55445353 CTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTG 55445412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1305 CTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTG 1364

 55445413 CTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCAC 55445472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1365 CTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCAC 1424

 55445473 ATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAA 55445532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1425 ATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAA 1484

 55445533 GAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAA 55445592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1485 GAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAA 1544

 55445593 AATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCCACAC 55445652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1545 AATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCCACAC 1604

 55445653 AAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAA 55445712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1605 AAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAA 1664

 55445713 CAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGGGAAG 55445772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1665 CAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGGGAAG 1724

 55445773 ATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATG 55445832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1725 ATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATG 1784

 55445833 GATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAA 55445892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1785 GATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAA 1844

 55445893 CTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGATTGAG 55445952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1845 CTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGATTGAG 1904

 55445953 ATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGATTCTA 55446012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1905 ATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGATTCTA 1964

 55446013 TCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACC 55446072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1965 TCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACC 2024

 55446073 ATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGA 55446132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2025 ATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGA 2084

 55446133 ACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACATCTCT 55446192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2085 ACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACATCTCT 2144

 55446193 AGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCAAATT 55446252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2145 AGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCAAATT 2204

 55446253 ATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCA 55446312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2205 ATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCA 2264

 55446313 GTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAA 55446372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2265 GTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAA 2324

 55446373 AATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAGAATT 55446432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2325 AATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAGAATT 2384

 55446433 TCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAACAATT 55446492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2385 TCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAACAATT 2444

 55446493 GAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAACAATTACAAC 55446552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2445 GAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAACAATTACAAC 2504

 55446553 ATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCCTGCCTAACTGTGTGGTCTTTGTTGC 55446612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2505 ATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCCTGCCTAACTGTGTGGTCTTTGTTGC 2564

 55446613 ATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACTGACTGTCAGTTAAATTTAAATATAG 55446672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2565 ATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACTGACTGTCAGTTAAATTTAAATATAG 2624

 55446673 CCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTTTAGCTTAGGGCAGCAATACATTCAA 55446732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2625 CCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTTTAGCTTAGGGCAGCAATACATTCAA 2684

 55446733 ATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTAAAGGGATAGATAGATAGTGATAGAG 55446792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2685 ATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTAAAGGGATAGATAGATAGTGATAGAG 2744

 55446793 AATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAAAAAAATACAGTAGTAGAATTTCTGG 55446852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2745 AATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAAAAAAATACAGTAGTAGAATTTCTGG 2804

 55446853 TAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCGTGATTCATAGGTTACAAAGAGAACA 55446912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2805 TAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCGTGATTCATAGGTTACAAAGAGAACA 2864

 55446913 TATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGAAGTACTAGAGGGGGCAAGGATTGAA 55446972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2865 TATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGAAGTACTAGAGGGGGCAAGGATTGAA 2924

 55446973 AAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGGTGACAGGATCATTCATACCTGAAAG 55447032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2925 AAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGGTGACAGGATCATTCATACCTGAAAG 2984

 55447033 CTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCTGCGCATGTACCATTGAATCTAAAAT 55447092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2985 CTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCTGCGCATGTACCATTGAATCTAAAAT 3044

 55447093 AAAAGTTTTTTTAATAAAAAGAAATGAGAAGACCATAACTGAAAGGACATGTAAGATCAC 55447152
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3045 AAAAGTTTTTTTAATAAAAGGAAATGAGAAGACCATAACTGAAAGGACATGTAAGATCAC 3104

 55447153 TGCAATAACCACTACCATAATCATTATTCCTCATTCTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCC 55447212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3105 TGCAATAACCACTACCATAATCATTATTCCTCATTCTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCC 3164

 55447213 ACCCAAGAATTAACCAGTCAGATACCCTAGGAAGGTCACTAAACAATCAAATGGAAATAA 55447272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3165 ACCCAAGAATTAACCAGTCAGATACCCTAGGAAGGTCACTAAACAATCAAATGGAAATAA 3224

 55447273 CTCAAAATTGGGTCTGTGTGTACGTTATCCTATTTACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCT 55447332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3225 CTCAAAATTGGGTCTGTGTGTACGTTATCCTATTTACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCT 3284

 55447333 GTAATTAATGTATGGTAATGATTTTAATTATTGAATAATTTATTTTTATAATATTTTAAG 55447392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3285 GTAATTAATGTATGGTAATGATTTTAATTATTGAATAATTTATTTTTATAATATTTTAAG 3344

 55447393 TCATTGAAGTTATTTATTTTAATAATTCGACAAGTATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAA 55447452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3345 TCATTGAAGTTATTTATTTTAATAATTCGACAAGTATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAA 3404

 55447453 TGGTAGCCTGTATTTCATAAGAGACAAACAAAAATAAAAGTCTTGGAAATAATTATTTAT 55447512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3405 TGGTAGCCTGTATTTCATAAGAGACAAACAAAAATAAAAGTCTTGGAAATAATTATTTAT 3464

 55447513 GGAGTGGCAAAGATGGACTTATTGACACTTTCATGCACTTTATCTAGTTAATTACCTCAA 55447572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3465 GGAGTGGCAAAGATGGACTTATTGACACTTTCATGCACTTTATCTAGTTAATTACCTCAA 3524

 55447573 TAAAACTGGAAATAAATTACTCATCAGCAGTATACTCATTAGTAATACAACAATCTGAGA 55447632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3525 TAAAACTGGAAATAAATTACTCATCAGCAGTATACTCATTAGTAATACAACAATCTGAGA 3584

 55447633 AAAAAGTATTACATACCCCAAATTACACAGATCACGGAGGGGTGAGTAGAATTCAAATTT 55447692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3585 AAAAAGTATTACATACCCCAAATTACACAGATCACGGAGGGGTGAGTAGAATTCAAATTT 3644

 55447693 AAATTTGTACAAGCACTTCTTAATATTTCAAGACAGAGCATAAAACAGTCTCTGTCCTTG 55447752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3645 AAATTTGTACAAGCACTTCTTAATATTTCAAGACAGAGCATAAAACAGTCTCTGTCCTTG 3704

 55447753 AGGGATTTAGGATCATGAAAATCAAGGATGCATAGAGTTTACTTTGGCATACATTAAAAA 55447812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3705 AGGGATTTAGGATCATGAAAATCAAGGATGCATAGAGTTTACTTTGGCATACATTAAAAA 3764

 55447813 TTGAAATGTTTGCATCATTGAGAACCTCTATTTTAA 55447848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3765 TTGAAATGTTTGCATCATTGAGAACCTCTATTTTAA 3800

Alignment time is 4.56924 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3905] =>      3905 nucs 'mol-32-2f3e-082845_3905'

Score:        2183
Aligned:      2398        nucs
Identic:      2367 ( 99%) nucs =>      1847 (100%)       520 ( 95%)
Gaps:           18 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55444016,55445866] EXCISED REGION [55456752,55457289]
 second seq =>  [    1014,    2864] EXCISED REGION [    2865,    3402]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     10885 nucs [55445867,55456751]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55445867,55445868] to [55456752,55456753]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55445865,55445866] to [55456752,55456753]
 second seq =>         2 nucs [2863,2864] to [2865,2866]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55444016 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 55444075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1014 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 1073

 55444076 TTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 55444135
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1074 TTTTTACTGATAAACAATCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 1133

 55444136 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 55444195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1134 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 1193

 55444196 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 55444255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1194 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 1253

 55444256 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 55444315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1254 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 1313

 55444316 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 55444375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1314 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 1373

 55444376 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 55444435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1374 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 1433

 55444436 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 55444495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1434 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 1493

 55444496 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 55444555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1494 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 1553

 55444556 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 55444615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1554 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 1613

 55444616 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 55444675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1614 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 1673

 55444676 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 55444735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1674 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 1733

 55444736 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 55444795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1734 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 1793

 55444796 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 55444855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1794 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 1853

 55444856 ACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 55444915
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1854 ACCAATGCAAGGGCCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 1913

 55444916 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 55444975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1914 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 1973

 55444976 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 55445035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1974 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 2033

 55445036 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 55445095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2034 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 2093

 55445096 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 55445155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2094 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 2153

 55445156 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 55445215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2154 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 2213

 55445216 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 55445275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2214 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 2273

 55445276 TGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 55445335
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2274 TGTCACATGAATCAAGAAACAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 2333

 55445336 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 55445395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2334 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 2393

 55445396 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 55445455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2394 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 2453

 55445456 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 55445515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2454 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 2513

 55445516 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 55445575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2514 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 2573

 55445576 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 55445635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2574 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 2633

 55445636 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 55445695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2634 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 2693

 55445696 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 55445755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2694 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 2753

 55445756 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTC 55445815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2754 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCAATCTC 2813

 55445816 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAA 55445866
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2814 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAA 2864

EXCISED REGION

 55456752 AATCCAGCAGCACATCAAAAAGCTTATCCACCATGATCAAGTGGGCTTCATCCCTGGGAT 55456811
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2865 AATCCAGCAGCACATCAAAAAGCTTATCCACCATGATCAAGTGGGCTTCATCCCTAGGAT 2924

 55456812 GCAAGGCTG--GTTCAATAT---ACACAAATCAATAAATG--TAATCCAGCATATAAACA 55456864
          |||||||    ||||||      |||||||||||||||    ||||||||||||||||||
     2925 GCAAGGC--CCGTTCAA---CAGACACAAATCAATAAA--CCTAATCCAGCATATAAACA 2977

 55456865 GAGCCAAAGAGAAAAATCACATGATTATCTCAATAGATGCAGAAAAAGCCTTTGACAAAA 55456924
          ||.|||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     2978 GAACCAAAGACAAAAACCACATGATTATCTCAATAGATGCAGAAAAGGCCTTTGACAAAA 3037

 55456925 TTCAACAACC--CTTCATGCTAAAAACTCTCAATAAATTAGGTATTGATGGGACGTATTT 55456982
          ||||||||    ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||.|
     3038 TTCAACAA--TGCTTCATGCTAAAAACTGTCAATAAATTAGGTATTGATGGGACATATCT 3095

 55456983 CAAAATAATAAGAGCTATCTATGACAAACCCACAGCCAATATCATACTGAATGGGCAAAA 55457042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3096 CAAAATAATAAGAGCTATCTATGACAAACCCACAGCCAATATCATACTGAATGGGCAAAA 3155

 55457043 ACTGGAAGCATTCCCTTTGAAAACTGGCACAAGACAGGGATGCCCTCTCTCACAACTCCT 55457102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3156 ACTGGAAGCATTCCCTTTGAAAACTGGCACAAGACAGGGATGCCCTCTCTCACAACTCCT 3215

 55457103 ATTGAACATAGTGTTGGAAGTTCTGGCCAGGGCAATCAGGCAGGAGAAGGAAATAAAGTG 55457162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3216 ATTGAACATAGTGTTGGAAGTTCTGGCCAGGGCAATCAGGCAGGAGAAGGAAATAAAGGG 3275

 55457163 TATTCAATTAGGAAAAGAGGAAGTCAAATTGTCCTTGTTTGCAGATGACATGATTGTATA 55457222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3276 TATTCAATTAGGAAAAGAGGAAGTCAAATTGTCCTTGTTTGCAGATGACATGATTGTATA 3335

 55457223 TCCAGAAAACACCATCATCTCAGCCCAAAATCTCCTTCAGCTGATAGGCAACTTGAGCAA 55457282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3336 TCCAGAAAACACCATCATCTCAGCCCAAAATCTCCTTCAGCTGATAGGCAACTTGAGCAA 3395

 55457283 AGTGTCA 55457289
          |||||||
     3396 AGTGTCA 3402

Alignment time is 4.59401 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2803] =>      2803 nucs 'mol-32-2ff9-105180_2803'

Score:        2803
Aligned:      2803        nucs
Identic:      2803 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55444264,55447066]
 second seq =>  [       1,    2803]

 55444264 GTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCAC 55444323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCAC 60

 55444324 AGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATAT 55444383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATAT 120

 55444384 TTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGG 55444443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGG 180

 55444444 AATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATT 55444503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATT 240

 55444504 CAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAG 55444563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAG 300

 55444564 AGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAA 55444623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAA 360

 55444624 AAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACAT 55444683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACAT 420

 55444684 ATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAA 55444743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAA 480

 55444744 TTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGG 55444803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGG 540

 55444804 AGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGC 55444863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGC 600

 55444864 AAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAG 55444923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAG 660

 55444924 GGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACAT 55444983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACAT 720

 55444984 AGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGG 55445043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGG 780

 55445044 AGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTT 55445103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTT 840

 55445104 TGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTT 55445163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTT 900

 55445164 TAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTT 55445223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTT 960

 55445224 CAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACAT 55445283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACAT 1020

 55445284 GAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTC 55445343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTC 1080

 55445344 ACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAA 55445403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAA 1140

 55445404 ACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTAT 55445463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTAT 1200

 55445464 TCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAA 55445523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAA 1260

 55445524 GAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTT 55445583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTT 1320

 55445584 CTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACA 55445643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACA 1380

 55445644 TATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGC 55445703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGC 1440

 55445704 ACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTT 55445763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTT 1500

 55445764 TGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGT 55445823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGT 1560

 55445824 CAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTC 55445883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTC 1620

 55445884 ATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTAT 55445943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTAT 1680

 55445944 ATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATC 55446003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATC 1740

 55446004 CAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGT 55446063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGT 1800

 55446064 GAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGA 55446123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGA 1860

 55446124 ATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTG 55446183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTG 1920

 55446184 GACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGAT 55446243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGAT 1980

 55446244 ATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAA 55446303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAA 2040

 55446304 CAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGA 55446363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGA 2100

 55446364 GCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATG 55446423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATG 2160

 55446424 AACAGAATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTC 55446483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AACAGAATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTC 2220

 55446484 ACAACAATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAAC 55446543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ACAACAATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAAC 2280

 55446544 AATTACAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCCTGCCTAACTGTGTGGT 55446603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AATTACAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCCTGCCTAACTGTGTGGT 2340

 55446604 CTTTGTTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACTGACTGTCAGTTAAATT 55446663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CTTTGTTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACTGACTGTCAGTTAAATT 2400

 55446664 TAAATATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTTTAGCTTAGGGCAGCAA 55446723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TAAATATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTTTAGCTTAGGGCAGCAA 2460

 55446724 TACATTCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTAAAGGGATAGATAGATA 55446783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TACATTCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTAAAGGGATAGATAGATA 2520

 55446784 GTGATAGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAAAAAAATACAGTAGTAG 55446843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GTGATAGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAAAAAAATACAGTAGTAG 2580

 55446844 AATTTCTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCGTGATTCATAGGTTACA 55446903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 AATTTCTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCGTGATTCATAGGTTACA 2640

 55446904 AAGAGAACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGAAGTACTAGAGGGGGCA 55446963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AAGAGAACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGAAGTACTAGAGGGGGCA 2700

 55446964 AGGATTGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGGTGACAGGATCATTCAT 55447023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGGATTGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGGTGACAGGATCATTCAT 2760

 55447024 ACCTGAAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACC 55447066
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ACCTGAAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACC 2803

Alignment time is 3.18822 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2569] =>      2569 nucs 'mol-32-3025-168551_2569'

Score:        2569
Aligned:      2569        nucs
Identic:      2569 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55443774,55446342]
 second seq =>  [       1,    2569]

 55443774 TTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTGGG 55443833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTGGG 60

 55443834 ACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCAAG 55443893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCAAG 120

 55443894 TGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGATA 55443953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGATA 180

 55443954 AACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACA 55444013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACA 240

 55444014 TTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAG 55444073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAG 300

 55444074 TATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCA 55444133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCA 360

 55444134 TTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATA 55444193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATA 420

 55444194 AATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATG 55444253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATG 480

 55444254 GTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATA 55444313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATA 540

 55444314 CTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTA 55444373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTA 600

 55444374 AGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTA 55444433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTA 660

 55444434 AAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATT 55444493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATT 720

 55444494 TGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTAT 55444553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTAT 780

 55444554 TATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTG 55444613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTG 840

 55444614 ATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAAT 55444673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAAT 900

 55444674 GTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACG 55444733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACG 960

 55444734 CATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTT 55444793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTT 1020

 55444794 TTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAG 55444853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAG 1080

 55444854 TTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGG 55444913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGG 1140

 55444914 ACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGG 55444973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGG 1200

 55444974 AATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGA 55445033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGA 1260

 55445034 TGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAA 55445093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAA 1320

 55445094 ATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTG 55445153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTG 1380

 55445154 GATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCAC 55445213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCAC 1440

 55445214 ATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTA 55445273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTA 1500

 55445274 ACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCT 55445333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCT 1560

 55445334 TTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTG 55445393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTG 1620

 55445394 GGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGC 55445453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGC 1680

 55445454 CATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTA 55445513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTA 1740

 55445514 AAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATT 55445573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATT 1800

 55445574 AAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGG 55445633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGG 1860

 55445634 AAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAAT 55445693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAAT 1920

 55445694 TCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATAT 55445753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATAT 1980

 55445754 ATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATC 55445813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATC 2040

 55445814 TCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCT 55445873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCT 2100

 55445874 TTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCC 55445933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCC 2160

 55445934 CCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACT 55445993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACT 2220

 55445994 ATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAA 55446053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAA 2280

 55446054 TGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCA 55446113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCA 2340

 55446114 ATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCA 55446173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCA 2400

 55446174 TATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCC 55446233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCC 2460

 55446234 TTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATT 55446293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATT 2520

 55446294 CCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTC 55446342
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTC 2569

Alignment time is 2.67055 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55435866,55466751] =>     30886 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    7302] =>      7302 nucs 'mol-32-3332-124755_7302'

Score:        7271
Aligned:      7293        nucs
Identic:      7291 (100%) nucs =>      3365 (100%)      3926 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55440342,55443707] EXCISED REGION [55443708,55447634]
 second seq =>  [       1,    3366] EXCISED REGION [    3376,    7302]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         9 nucs [3367,3375]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        28 nucs [3367,3394] to [3376,3403]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [3367,3370] to [3372,3375]

 55440342 ATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTACAGTAAAGTTTAAATAATAG 55440401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTACAGTAAAGTTTAAATAATAG 60

 55440402 GTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACAGAAAAACTCCAACTTTTTG 55440461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACAGAAAAACTCCAACTTTTTG 120

 55440462 CTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCAAAGTTATTTTCTCAAGTTC 55440521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCAAAGTTATTTTCTCAAGTTC 180

 55440522 AATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATTTCAAAGAACATTGCCCACT 55440581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATTTCAAAGAACATTGCCCACT 240

 55440582 AATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAATGCATTCCTTGATCATGTGT 55440641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAATGCATTCCTTGATCATGTGT 300

 55440642 CTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAGAAGGGAAAATTACCTAAAA 55440701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAGAAGGGAAAATTACCTAAAA 360

 55440702 TGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTATAAATGAAATTTCCATGTGC 55440761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTATAAATGAAATTTCCATGTGC 420

 55440762 ATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGAATAGTGATATATATTGTTC 55440821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGAATAGTGATATATATTGTTC 480

 55440822 TGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACAATAAAGTATATTCTTACGT 55440881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACAATAAAGTATATTCTTACGT 540

 55440882 TACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACTATTAGAGAAATCAGTTATG 55440941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACTATTAGAGAAATCAGTTATG 600

 55440942 ATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATTAACTTCAGTGATTTGTGTA 55441001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATTAACTTCAGTGATTTGTGTA 660

 55441002 ACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGATTACATTGTAAATGTTTTA 55441061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGATTACATTGTAAATGTTTTA 720

 55441062 ATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAGCACACAACATATGGAAAGT 55441121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAGCACACAACATATGGAAAGT 780

 55441122 CAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTCTATCCAGAACATACAAATA 55441181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTCTATCCAGAACATACAAATA 840

 55441182 TTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGTGGGAAACTTTCTGATCCTT 55441241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGTGGGAAACTTTCTGATCCTT 900

 55441242 ATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCACTATTTCTTCAGGCTATAT 55441301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCACTATTTCTTCAGGCTATAT 960

 55441302 GAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTGGTGATCTAGTAGTGGGAAG 55441361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTGGTGATCTAGTAGTGGGAAG 1020

 55441362 AATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTCTTTGGAATCATTGAAATCT 55441421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTCTTTGGAATCATTGAAATCT 1080

 55441422 TCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATCTGCAAACCTCCCCGCTACC 55441481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATCTGCAAACCTCCCCGCTACC 1140

 55441482 TAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCGGTTGCTTGGCTGTTGGGGC 55441541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCGGTTGCTTGGCTGTTGGGGC 1200

 55441542 TTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGCCTTTCTGTGGCTCCAACAA 55441601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGCCTTTCTGTGGCTCCAACAA 1260

 55441602 AATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAGTCGCTTGTACTGATACCTG 55441661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAGTCGCTTGTACTGATACCTG 1320

 55441662 CATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTGCCTTGGTAACCTTGTTCTG 55441721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTGCCTTGGTAACCTTGTTCTG 1380

 55441722 TCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAATCATTCAGTAGAGGGAAGA 55441781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAATCATTCAGTAGAGGGAAGA 1440

 55441782 TGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGTAATCTTTTTCTTCGAACCT 55441841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGTAATCTTTTTCTTCGAACCT 1500

 55441842 TCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGGACAAAATATCTGCTCTGTT 55441901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1501 TCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGGACAAAATATCTGCGCTGTT 1560

 55441902 TTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATAACCTGAGAAATACAGAGAT 55441961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATAACCTGAGAAATACAGAGAT 1620

 55441962 GAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTTCAGAAGAAAAACAGCTGAT 55442021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTTCAGAAGAAAAACAGCTGAT 1680

 55442022 TTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAAAAGTGTACATGTCTCCAAC 55442081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAAAAGTGTACATGTCTCCAAC 1740

 55442082 GACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAAAATTTTACTGTGGTAAAAT 55442141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAAAATTTTACTGTGGTAAAAT 1800

 55442142 ATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTACAGTTCAGTGGCTTTACATT 55442201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTACAGTTCAGTGGCTTTACATT 1860

 55442202 CATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAACTTTTTCTTCTTTCCAAACT 55442261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAACTTTTTCTTCTTTCCAAACT 1920

 55442262 AAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTTCCCCCAGTTTCTGGCAATG 55442321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTTCCCCCAGTTTCTGGCAATG 1980

 55442322 ACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACATAATAGTGGTACATATTTA 55442381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACATAATAGTGGTACATATTTA 2040

 55442382 TGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTAATGATCAAAGCAGGGTATT 55442441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTAATGATCAAAGCAGGGTATT 2100

 55442442 TATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGTTGGGAGCATTTTAATTCTT 55442501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGTTGGGAGCATTTTAATTCTT 2160

 55442502 CTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTGTTACCTGCAGTCATCCTAC 55442561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTGTTACCTGCAGTCATCCTAC 2220

 55442562 TGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTTCAGTCTTTACGTACCAATA 55442621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTTCAGTCTTTACGTACCAATA 2280

 55442622 TATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTTACCGGGAAAGATTCGGTTG 55442681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTTACCGGGAAAGATTCGGTTG 2340

 55442682 TGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATCCACTCCTAATTTTCTACAA 55442741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATCCACTCCTAATTTTCTACAA 2400

 55442742 GTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTATTTTTCTGGATCTATTGAGA 55442801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTATTTTTCTGGATCTATTGAGA 2460

 55442802 TGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGGTGGTGAATTATATTGATTT 55442861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGGTGGTGAATTATATTGATTT 2520

 55442862 ATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAACACAACACGAAACATACAT 55442921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAACACAACACGAAACATACAT 2580

 55442922 TGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAATTTCAAACCAATTTGTCTCA 55442981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAATTTCAAACCAATTTGTCTCA 2640

 55442982 TAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAAAAAACAAGGAATATATAAA 55443041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAAAAAACAAGGAATATATAAA 2700

 55443042 ATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGAATCCAATTCATTCACTTAT 55443101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 ATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGAATCCAATTCATTCACTTAT 2760

 55443102 AATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAATTTCACAAGTGTATCTGAA 55443161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAATTTCACAAGTGTATCTGAA 2820

 55443162 ATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAGAGGAATGCTGTCTATGTCA 55443221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 ATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAGAGGAATGCTGTCTATGTCA 2880

 55443222 TATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAAATAATCTGCATCTGAAATT 55443281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAAATAATCTGCATCTGAAATT 2940

 55443282 TGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGAATGAAGTAGACTGAAAGTG 55443341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGAATGAAGTAGACTGAAAGTG 3000

 55443342 GTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGCTTTACTTCCGGAGAAGATA 55443401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGCTTTACTTCCGGAGAAGATA 3060

 55443402 GTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTATGTAATGAAAAAGTACACA 55443461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTATGTAATGAAAAAGTACACA 3120

 55443462 GGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAATCTGTCCTCTGTGAGCTGC 55443521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAATCTGTCCTCTGTGAGCTGC 3180

 55443522 AAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGGCCAGGCGCAGTGGCTCATG 55443581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 AAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGGCCAGGCGCAGTGGCTCATG 3240

 55443582 CCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAG 55443641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAG 3300

 55443642 TGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTCGGTGACACAGCGAGACTC 55443701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTCGGTGACACAGCGAGACTC 3360

 55443702 TGTCTC 55443707
          ||||||
     3361 TGTCTC 3366

EXCISED REGION

 55443708 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAG 55443767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3376 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAG 3435

 55443768 AGAAAATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATA 55443827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3436 AGAAAATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATA 3495

 55443828 ATTGGGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAAT 55443887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3496 ATTGGGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAAT 3555

 55443888 ACCAAGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGA 55443947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3556 ACCAAGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGA 3615

 55443948 ATGATAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATC 55444007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3616 ATGATAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATC 3675

 55444008 TTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCT 55444067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3676 TTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCT 3735

 55444068 AAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTT 55444127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3736 AAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTT 3795

 55444128 AAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCT 55444187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3796 AAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCT 3855

 55444188 ACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACT 55444247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3856 ACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACT 3915

 55444248 TTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCC 55444307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3916 TTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCC 3975

 55444308 AATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAAT 55444367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3976 AATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAAT 4035

 55444368 TCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTAT 55444427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4036 TCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTAT 4095

 55444428 TATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAA 55444487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4096 TATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAA 4155

 55444488 CAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGT 55444547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4156 CAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGT 4215

 55444548 AATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACT 55444607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4216 AATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACT 4275

 55444608 ACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTT 55444667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4276 ACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTT 4335

 55444668 ATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTT 55444727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4336 ATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTT 4395

 55444728 TATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTA 55444787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4396 TATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTA 4455

 55444788 GATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCT 55444847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4456 GATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCT 4515

 55444848 GCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAG 55444907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4516 GCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAG 4575

 55444908 AAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAAT 55444967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4576 AAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAAT 4635

 55444968 TGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAA 55445027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4636 TGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAA 4695

 55445028 AAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGAC 55445087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4696 AAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGAC 4755

 55445088 TTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAAT 55445147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4756 TTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAAT 4815

 55445148 GCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATA 55445207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4816 GCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATA 4875

 55445208 TCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATC 55445267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4876 TCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATC 4935

 55445268 CCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGA 55445327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4936 CCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGA 4995

 55445328 CATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGG 55445387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4996 CATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGG 5055

 55445388 TCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGC 55445447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5056 TCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGC 5115

 55445448 ATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATA 55445507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5116 ATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATA 5175

 55445508 GAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAA 55445567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5176 GAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAA 5235

 55445568 AAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTT 55445627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5236 AAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTT 5295

 55445628 TAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTC 55445687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5296 TAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTC 5355

 55445688 TGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACA 55445747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5356 TGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACA 5415

 55445748 CAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATG 55445807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5416 CAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATG 5475

 55445808 TCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAA 55445867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5476 TCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAA 5535

 55445868 AGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTG 55445927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5536 AGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTG 5595

 55445928 GAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTG 55445987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5596 GAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTG 5655

 55445988 CATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAA 55446047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5656 CATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAA 5715

 55446048 AGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAA 55446107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5716 AGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAA 5775

 55446108 TAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGT 55446167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5776 TAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGT 5835

 55446168 TAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGT 55446227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5836 TAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGT 5895

 55446228 TTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATA 55446287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5896 TTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATA 5955

 55446288 CGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGA 55446347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5956 CGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGA 6015

 55446348 ATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCT 55446407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6016 ATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCT 6075

 55446408 AAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAG 55446467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6076 AAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAG 6135

 55446468 GAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTT 55446527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6136 GAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTT 6195

 55446528 AGTGTACAATCAAAACAATTACAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCC 55446587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6196 AGTGTACAATCAAAACAATTACAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCC 6255

 55446588 TGCCTAACTGTGTGGTCTTTGTTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACT 55446647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6256 TGCCTAACTGTGTGGTCTTTGTTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACT 6315

 55446648 GACTGTCAGTTAAATTTAAATATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTT 55446707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6316 GACTGTCAGTTAAATTTAAATATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTT 6375

 55446708 TAGCTTAGGGCAGCAATACATTCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTA 55446767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6376 TAGCTTAGGGCAGCAATACATTCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTA 6435

 55446768 AAGGGATAGATAGATAGTGATAGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAA 55446827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6436 AAGGGATAGATAGATAGTGATAGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAA 6495

 55446828 AAAAATACAGTAGTAGAATTTCTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCG 55446887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6496 AAAAATACAGTAGTAGAATTTCTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCG 6555

 55446888 TGATTCATAGGTTACAAAGAGAACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGA 55446947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6556 TGATTCATAGGTTACAAAGAGAACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGA 6615

 55446948 AGTACTAGAGGGGGCAAGGATTGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGG 55447007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6616 AGTACTAGAGGGGGCAAGGATTGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGG 6675

 55447008 TGACAGGATCATTCATACCTGAAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCT 55447067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6676 TGACAGGATCATTCATACCTGAAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCT 6735

 55447068 GCGCATGTACCATTGAATCTAAAATAAAAGTTTTTTTAATAAAAAGAAATGAGAAGACCA 55447127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     6736 GCGCATGTACCATTGAATCTAAAATAAAAGTTTTTTTAATAAAAGGAAATGAGAAGACCA 6795

 55447128 TAACTGAAAGGACATGTAAGATCACTGCAATAACCACTACCATAATCATTATTCCTCATT 55447187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6796 TAACTGAAAGGACATGTAAGATCACTGCAATAACCACTACCATAATCATTATTCCTCATT 6855

 55447188 CTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCCACCCAAGAATTAACCAGTCAGATACCCTAGGAAGG 55447247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6856 CTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCCACCCAAGAATTAACCAGTCAGATACCCTAGGAAGG 6915

 55447248 TCACTAAACAATCAAATGGAAATAACTCAAAATTGGGTCTGTGTGTACGTTATCCTATTT 55447307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6916 TCACTAAACAATCAAATGGAAATAACTCAAAATTGGGTCTGTGTGTACGTTATCCTATTT 6975

 55447308 ACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCTGTAATTAATGTATGGTAATGATTTTAATTATTGAA 55447367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6976 ACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCTGTAATTAATGTATGGTAATGATTTTAATTATTGAA 7035

 55447368 TAATTTATTTTTATAATATTTTAAGTCATTGAAGTTATTTATTTTAATAATTCGACAAGT 55447427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7036 TAATTTATTTTTATAATATTTTAAGTCATTGAAGTTATTTATTTTAATAATTCGACAAGT 7095

 55447428 ATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAATGGTAGCCTGTATTTCATAAGAGACAAACAAAAAT 55447487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7096 ATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAATGGTAGCCTGTATTTCATAAGAGACAAACAAAAAT 7155

 55447488 AAAAGTCTTGGAAATAATTATTTATGGAGTGGCAAAGATGGACTTATTGACACTTTCATG 55447547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7156 AAAAGTCTTGGAAATAATTATTTATGGAGTGGCAAAGATGGACTTATTGACACTTTCATG 7215

 55447548 CACTTTATCTAGTTAATTACCTCAATAAAACTGGAAATAAATTACTCATCAGCAGTATAC 55447607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7216 CACTTTATCTAGTTAATTACCTCAATAAAACTGGAAATAAATTACTCATCAGCAGTATAC 7275

 55447608 TCATTAGTAATACAACAATCTGAGAAA 55447634
          |||||||||||||||||||||||||||
     7276 TCATTAGTAATACAACAATCTGAGAAA 7302

Alignment time is 8.38499 s

