
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5411] =>      5411 nucs 'mol-32-1e66-096415_5411'

Score:        5345
Aligned:      5408        nucs
Identic:      5399 (100%) nucs =>      3100 (100%)      2299 (100%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393441,55396545] EXCISED REGION [55396546,55398846]
 second seq =>  [       1,    3104] EXCISED REGION [    3111,    5411]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3105,3110]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3105,3110] to [3111,3116]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55393441 CTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTT 55393500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTT 60

 55393501 TATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTAT 55393560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTAT 120

 55393561 ATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAG 55393620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAG 180

 55393621 TTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGT 55393680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGT 240

 55393681 GGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAA 55393740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAA 300

 55393741 GAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGT 55393800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGT 360

 55393801 TACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTT 55393860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTT 420

 55393861 TTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTC 55393920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
      421 TTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACCATCTC 480

 55393921 GGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCC 55393980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCC 540

 55393981 GAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTG 55394040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTG 600

 55394041 TTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGAT 55394100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGAT 660

 55394101 CGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAA 55394160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAA 720

 55394161 GTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTT 55394220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTT 780

 55394221 GTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATT 55394280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATT 840

 55394281 GGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGC 55394340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGC 900

 55394341 AGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGG 55394400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGG 960

 55394401 CATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCA 55394460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCA 1020

 55394461 TGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTC 55394520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTC 1080

 55394521 TATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAG 55394580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAG 1140

 55394581 AAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTT 55394640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTT 1200

 55394641 GTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTG 55394700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTG 1260

 55394701 CTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGA 55394760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGA 1320

 55394761 AAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCT 55394820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCT 1380

 55394821 GTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAAT 55394880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAAT 1440

 55394881 ATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCT 55394940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCT 1500

 55394941 TGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATT 55395000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATT 1560

 55395001 TTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTA 55395060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTA 1620

 55395061 AATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGAT 55395120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGAT 1680

 55395121 CTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAG 55395180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAG 1740

 55395181 ACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGG 55395240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGG 1800

 55395241 AAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTT 55395300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTT 1860

 55395301 ATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAG 55395360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAG 1920

 55395361 ACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGT 55395420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGT 1980

 55395421 TGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTA 55395480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTA 2040

 55395481 CATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTG 55395540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTG 2100

 55395541 TCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGG 55395600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGG 2160

 55395601 TCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACC 55395660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACC 2220

 55395661 TCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATT 55395720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATT 2280

 55395721 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGTA--TTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCC 55395778
          ||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTTTTTTTTTTTTTTTTT---TTTTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCC 2337

 55395779 TGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCC 55395838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 TGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCC 2397

 55395839 TGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGG 55395898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 TGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGG 2457

 55395899 CTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTT 55395958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 CTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTT 2517

 55395959 TGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCG 55396018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 TGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCG 2577

 55396019 TCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGT 55396078
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 TCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGT 2637

 55396079 ATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGC 55396138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 ATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGC 2697

 55396139 TCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGT 55396198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 TCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGT 2757

 55396199 CCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCC 55396258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 CCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCC 2817

 55396259 CAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATC 55396318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 CAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATC 2877

 55396319 CTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAG 55396378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 CTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAG 2937

 55396379 CAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCA 55396438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 CAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCA 2997

 55396439 CACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCA 55396498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 CACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCA 3057

 55396499 TCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 55396545
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 TCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 3104

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3111 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 3170

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3171 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 3230

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3231 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 3290

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3291 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 3350

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3351 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 3410

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3411 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 3470

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3471 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 3530

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3531 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 3590

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3591 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 3650

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3651 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 3710

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3711 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 3770

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3771 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 3830

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3831 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 3890

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3891 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 3950

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3951 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 4010

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4011 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 4070

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4071 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 4130

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 55397625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4131 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 4190

 55397626 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 55397685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4191 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 4250

 55397686 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 55397745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4251 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 4310

 55397746 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 55397805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4311 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 4370

 55397806 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 55397865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4371 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 4430

 55397866 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 55397925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4431 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 4490

 55397926 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 55397985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4491 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 4550

 55397986 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 55398045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4551 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 4610

 55398046 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 55398105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4611 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 4670

 55398106 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 55398165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4671 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 4730

 55398166 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 55398225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4731 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 4790

 55398226 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 55398285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4791 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 4850

 55398286 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 55398345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     4851 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAATTTACTCATGTAAGTA 4910

 55398346 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 55398405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4911 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 4970

 55398406 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 55398465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4971 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 5030

 55398466 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 55398525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5031 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 5090

 55398526 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 55398585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5091 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 5150

 55398586 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 55398645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5151 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 5210

 55398646 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 55398705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5211 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 5270

 55398706 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 55398765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5271 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 5330

 55398766 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 55398825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5331 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 5390

 55398826 CTGCACTCTAGCCTGGGTGAC 55398846
          |||||||||||||||||||||
     5391 CTGCACTCTAGCCTGGGTGAC 5411

Alignment time is 13.6845 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5467] =>      5467 nucs 'mol-32-1f16-006100_5467'

Score:        5399
Aligned:      5464        nucs
Identic:      5454 (100%) nucs =>      1780 (100%)      3674 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393959,55395738] EXCISED REGION [55395742,55399419]
 second seq =>  [       1,    1780] EXCISED REGION [    1785,    5467]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55395739,55395741]
 second seq =>         4 nucs [1781,1784]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [1779,1781] to [1783,1785]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [55395736,55395738] to [55395742,55395744]
 second seq =>         3 nucs [1778,1780] to [1785,1787]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1781,1781] to [1784,1784]

 55393959 GATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGC 55394018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGC 60

 55394019 CTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCT 55394078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCT 120

 55394079 TCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTT 55394138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTT 180

 55394139 TTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATT 55394198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATT 240

 55394199 TTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTT 55394258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTT 300

 55394259 TTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGG 55394318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGG 360

 55394319 GTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCC 55394378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCC 420

 55394379 ACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATG 55394438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATG 480

 55394439 TGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAG 55394498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAG 540

 55394499 TTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTT 55394558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTT 600

 55394559 TGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAG 55394618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAG 660

 55394619 GACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGA 55394678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGA 720

 55394679 GAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGG 55394738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGG 780

 55394739 CTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAA 55394798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAA 840

 55394799 AGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTT 55394858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTT 900

 55394859 CTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAG 55394918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAG 960

 55394919 TGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCT 55394978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCT 1020

 55394979 ATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGA 55395038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGA 1080

 55395039 GGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAA 55395098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAA 1140

 55395099 CAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCT 55395158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCT 1200

 55395159 CCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTG 55395218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTG 1260

 55395219 TGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATT 55395278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATT 1320

 55395279 ACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGC 55395338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGC 1380

 55395339 ATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATA 55395398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATA 1440

 55395399 TCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTG 55395458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTG 1500

 55395459 ATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTT 55395518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTT 1560

 55395519 TGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTC 55395578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTC 1620

 55395579 TGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAA 55395638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAA 1680

 55395639 TTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCAT 55395698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCAT 1740

 55395699 TTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 55395738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 1780

EXCISED REGION

 55395742 TTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCC 55395801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1785 TTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCC 1844

 55395802 TATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGA 55395861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1845 TATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGA 1904

 55395862 AGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTT 55395921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1905 AGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTT 1964

 55395922 GTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCT 55395981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1965 GTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCT 2024

 55395982 GTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCA 55396041
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     2025 GTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCG 2084

 55396042 TTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTG 55396101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2085 TTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTG 2144

 55396102 ACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCT 55396161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2145 ACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCT 2204

 55396162 CTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTG 55396221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2205 CTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTG 2264

 55396222 CACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTT 55396281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2265 CACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTT 2324

 55396282 GGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGT 55396341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2325 GGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGT 2384

 55396342 AGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTG 55396401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2385 AGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTG 2444

 55396402 TGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAG 55396461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2445 TGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAG 2504

 55396462 TGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTT 55396521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2505 TGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTT 2564

 55396522 GGGTCTCTATAATATGCACTCTAA------TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTT 55396575
          ||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||
     2565 GGGTCTCTATAATATGCACTCTAATTTAACTTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTT 2624

 55396576 ACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTAC 55396635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2625 ACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTAC 2684

 55396636 ATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGA 55396695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     2685 ATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGA 2744

 55396696 GCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAA 55396755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2745 GCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAA 2804

 55396756 GTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCC 55396815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2805 GTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCC 2864

 55396816 ACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAAT 55396875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2865 ACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAAT 2924

 55396876 AATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGC 55396935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2925 AATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGC 2984

 55396936 TGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGC 55396995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2985 TGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGC 3044

 55396996 ATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGC 55397055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3045 ATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGC 3104

 55397056 ATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTG 55397115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3105 ATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTG 3164

 55397116 CTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACA 55397175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3165 CTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACA 3224

 55397176 ATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAAC 55397235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3225 ATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAAC 3284

 55397236 CTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCC 55397295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3285 CTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCC 3344

 55397296 CCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCA 55397355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3345 CCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCA 3404

 55397356 CGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACC 55397415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3405 CGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACC 3464

 55397416 TGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACC 55397475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3465 TGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACC 3524

 55397476 AGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGG 55397535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3525 AGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGG 3584

 55397536 ATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGT 55397595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3585 ATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGT 3644

 55397596 GTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAG 55397655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3645 GTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAG 3704

 55397656 CTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCAT 55397715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3705 CTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCAT 3764

 55397716 GTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTT 55397775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3765 GTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTT 3824

 55397776 TCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCT 55397835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3825 TCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCT 3884

 55397836 CACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCA 55397895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3885 CACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCA 3944

 55397896 CTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCAT 55397955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3945 CTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCAT 4004

 55397956 ATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCC 55398015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4005 ATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCC 4064

 55398016 AAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTT 55398075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4065 AAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTT 4124

 55398076 GCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAA 55398135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4125 GCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAA 4184

 55398136 ACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCAT 55398195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4185 ACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCAT 4244

 55398196 ATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATA 55398255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4245 ATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATA 4304

 55398256 AAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAA 55398315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4305 AAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAA 4364

 55398316 TCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAA 55398375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4365 TCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAA 4424

 55398376 AAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTT 55398435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4425 AAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTT 4484

 55398436 CAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAG 55398495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4485 CAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAG 4544

 55398496 AGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTT 55398555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4545 AGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTT 4604

 55398556 GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACC 55398615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4605 GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACC 4664

 55398616 ATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCAT 55398675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4665 ATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCAT 4724

 55398676 GGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAA 55398735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4725 GGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAA 4784

 55398736 ATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGG 55398795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4785 ATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGG 4844

 55398796 TTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGA 55398855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4845 TTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGA 4904

 55398856 CTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACA 55398915
          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4905 CTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACA 4963

 55398916 TTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAA 55398975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4964 TTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAA 5023

 55398976 AACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCAT 55399035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5024 AACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCAT 5083

 55399036 GACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTG 55399095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5084 GACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTG 5143

 55399096 ATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTC 55399155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5144 ATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTC 5203

 55399156 TCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGC 55399215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5204 TCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGC 5263

 55399216 ATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGA 55399275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5264 ATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGA 5323

 55399276 ATGTACATTCTTTATGAGTGAACATGGAACATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGA 55399335
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5324 ATGCACATTCTTTATGAGTGAACATGGAACATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGA 5383

 55399336 TTTAACAAGCCTTAACAAGTCATACCATAAACTTTCAACCTCAATAGACTTAAACTAGAA 55399395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5384 TTTAACAAGCCTTAACAAGTCATACCATAAACTTTCAACCTCAATAGACTTAAACTAGAA 5443

 55399396 ATTAATAACACAAAAATATCTGAA 55399419
          ||||||||||||||||||||||||
     5444 ATTAATAACACAAAAATATCTGAA 5467

Alignment time is 4.82954 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2868] =>      2868 nucs 'mol-32-2291-103428_2868'

Score:        2867
Aligned:      2867        nucs
Identic:      2867 (100%) nucs =>      2030 (100%)       837 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55389658,55391687] EXCISED REGION [55391689,55392525]
 second seq =>  [       1,    2030] EXCISED REGION [    2032,    2868]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391688,55391688]
 second seq =>         1 nucs [2031,2031]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2031,2031] to [2032,2032]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55391686,55391687] to [55391689,55391690]
 second seq =>         2 nucs [2029,2030] to [2032,2033]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55389658 GAATGTGTTTGCTCTTGCTTCTCTAGTTCTTTTAATTGTGATGTGAGAGTGTCAATTTTA 55389717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAATGTGTTTGCTCTTGCTTCTCTAGTTCTTTTAATTGTGATGTGAGAGTGTCAATTTTA 60

 55389718 GATCTTTTCTGCTTTCTCTTGCGGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCT 55389777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GATCTTTTCTGCTTTCTCTTGCGGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCT 120

 55389778 TTGAAGGTGTCCCAGAGATTCTGGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAAC 55389837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGAAGGTGTCCCAGAGATTCTGGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAAC 180

 55389838 ATCTTTATTTCTGCCTCCATTTCGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTC 55389897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCTTTATTTCTGCCTCCATTTCGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTC 240

 55389898 AGTTTCCATGTAGTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTT 55389957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTTCCATGTAGTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTT 300

 55389958 GCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGA 55390017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGA 360

 55390018 GCTTTACTTCCAACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAAT 55390077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCTTTACTTCCAACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAAT 420

 55390078 GTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGC 55390137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGC 480

 55390138 AGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAAT 55390197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAAT 540

 55390198 GTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCT 55390257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCT 600

 55390258 ACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTT 55390317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTT 660

 55390318 AGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCG 55390377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCG 720

 55390378 TTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCT 55390437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCT 780

 55390438 GCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCT 55390497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCT 840

 55390498 ATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACT 55390557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACT 900

 55390558 CTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAA 55390617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAA 960

 55390618 GGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTG 55390677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTG 1020

 55390678 AAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTT 55390737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTT 1080

 55390738 ATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTT 55390797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTT 1140

 55390798 AATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAAT 55390857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAAT 1200

 55390858 CTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTAT 55390917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTAT 1260

 55390918 AGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATA 55390977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATA 1320

 55390978 AGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTG 55391037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTG 1380

 55391038 TTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGG 55391097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGG 1440

 55391098 TTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTG 55391157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTG 1500

 55391158 TTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTA 55391217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTA 1560

 55391218 ATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCT 55391277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCT 1620

 55391278 TTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTG 55391337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTG 1680

 55391338 TTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAG 55391397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAG 1740

 55391398 ACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGAT 55391457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGAT 1800

 55391458 TTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGT 55391517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGT 1860

 55391518 ATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCT 55391577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCT 1920

 55391578 CTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGC 55391637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGC 1980

 55391638 TCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 55391687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 2030

EXCISED REGION

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2032 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 2091

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2092 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 2151

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2152 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 2211

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2212 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 2271

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2272 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 2331

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2332 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 2391

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2392 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 2451

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2452 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 2511

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2512 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 2571

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2572 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 2631

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2632 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 2691

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2692 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 2751

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2752 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 2811

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTG 55392525
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2812 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTG 2868

Alignment time is 2.41072 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    4743] =>      4743 nucs 'mol-32-2378-076500_4743'

Score:        4709
Aligned:      4742        nucs
Identic:      4739 (100%) nucs =>      2170 (100%)      2569 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55391729,55393898] EXCISED REGION [55393900,55396470]
 second seq =>  [       1,    2170] EXCISED REGION [    2172,    4743]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55393899,55393899]
 second seq =>         1 nucs [2171,2171]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [4004,4004]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2170,2170] to [2171,2171]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55391729 AGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAG 55391788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAG 60

 55391789 AGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCC 55391848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCC 120

 55391849 CCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAAT 55391908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAAT 180

 55391909 GCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACA 55391968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACA 240

 55391969 CCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGA 55392028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGA 300

 55392029 GAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGAT 55392088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGAT 360

 55392089 TGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTC 55392148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTC 420

 55392149 TTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTG 55392208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTG 480

 55392209 TGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTT 55392268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTT 540

 55392269 TGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGA 55392328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGA 600

 55392329 GATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTT 55392388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTT 660

 55392389 GTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAG 55392448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAG 720

 55392449 TTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTAT 55392508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTAT 780

 55392509 GTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGG 55392568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGG 840

 55392569 TATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGT 55392628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGT 900

 55392629 TAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAA 55392688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAA 960

 55392689 TGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAAT 55392748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAAT 1020

 55392749 TTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAG 55392808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAG 1080

 55392809 GCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAG 55392868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAG 1140

 55392869 GTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTA 55392928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTA 1200

 55392929 ATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTT 55392988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTT 1260

 55392989 TAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGT 55393048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGT 1320

 55393049 TTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTAT 55393108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTAT 1380

 55393109 TTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTG 55393168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTG 1440

 55393169 TGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCT 55393228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCT 1500

 55393229 ATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATAT 55393288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATAT 1560

 55393289 TTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCC 55393348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCC 1620

 55393349 AGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTT 55393408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTT 1680

 55393409 AATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTT 55393468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTT 1740

 55393469 TTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGA 55393528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGA 1800

 55393529 GTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTA 55393588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTA 1860

 55393589 GGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTT 55393648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTT 1920

 55393649 TCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTA 55393708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTA 1980

 55393709 TGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCC 55393768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCC 2040

 55393769 TGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTT 55393828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTT 2100

 55393829 ACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTG 55393888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTG 2160

 55393889 TCATCCAAGC 55393898
          ||||||||||
     2161 TCATCCAAGC 2170

EXCISED REGION

 55393900 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 55393959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2172 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 2231

 55393960 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 55394019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2232 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 2291

 55394020 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 55394079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2292 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 2351

 55394080 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 55394139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2352 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 2411

 55394140 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 55394199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2412 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 2471

 55394200 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 55394259
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2472 TTTCTTTTTAAAGTCCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 2531

 55394260 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 55394319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2532 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 2591

 55394320 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 55394379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2592 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 2651

 55394380 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 55394439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2652 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 2711

 55394440 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 55394499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2712 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 2771

 55394500 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 55394559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2772 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 2831

 55394560 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 55394619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2832 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 2891

 55394620 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 55394679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2892 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 2951

 55394680 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 55394739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2952 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 3011

 55394740 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 55394799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3012 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 3071

 55394800 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 55394859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3072 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 3131

 55394860 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 55394919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3132 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 3191

 55394920 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 55394979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3192 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 3251

 55394980 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 55395039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3252 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 3311

 55395040 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 55395099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3312 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 3371

 55395100 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 55395159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3372 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 3431

 55395160 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 55395219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3432 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 3491

 55395220 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 55395279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3492 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 3551

 55395280 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 55395339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3552 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 3611

 55395340 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 55395399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3612 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 3671

 55395400 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 55395459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3672 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 3731

 55395460 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 55395519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3732 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 3791

 55395520 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 55395579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3792 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 3851

 55395580 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 55395639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3852 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 3911

 55395640 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATT 55395699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3912 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATT 3971

 55395700 TCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTT-TTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGG 55395758
          |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
     3972 TCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGG 4031

 55395759 ATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATT 55395818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4032 ATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATT 4091

 55395819 CTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTG 55395878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4092 CTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTG 4151

 55395879 GAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTT 55395938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4152 GAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTT 4211

 55395939 TTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCC 55395998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4212 TTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCC 4271

 55395999 TTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCT 55396058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     4272 TTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCT 4331

 55396059 TTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGG 55396118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4332 TTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGG 4391

 55396119 AAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGC 55396178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4392 AAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGC 4451

 55396179 TACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGA 55396238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4452 TACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGA 4511

 55396239 TGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACT 55396298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4512 TGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACT 4571

 55396299 GAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTG 55396358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4572 GAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTG 4631

 55396359 AGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGG 55396418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4632 AGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGG 4691

 55396419 CACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGG 55396470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4692 CACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGG 4743

Alignment time is 3.95744 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    4329] =>      4329 nucs 'mol-32-23a4-036138_4329'

Score:        4306
Aligned:      4328        nucs
Identic:      4326 (100%) nucs =>       301 (100%)      4025 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55391387,55391687] EXCISED REGION [55391689,55395715]
 second seq =>  [       1,     301] EXCISED REGION [     303,    4329]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391688,55391688]
 second seq =>         1 nucs [302,302]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [302,302] to [303,303]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55391686,55391687] to [55391689,55391690]
 second seq =>         2 nucs [300,301] to [303,304]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55391387 ATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTA 55391446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTA 60

 55391447 TCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCC 55391506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCC 120

 55391507 TGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCAT 55391566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCAT 180

 55391567 TCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGA 55391626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGA 240

 55391627 TGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACC 55391686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACC 300

 55391687 A 55391687
          |
      301 A 301

EXCISED REGION

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      303 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 362

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      363 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 422

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      423 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 482

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      483 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 542

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      543 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 602

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      603 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 662

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      663 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 722

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      723 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 782

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      783 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 842

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      843 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 902

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      903 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 962

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      963 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 1022

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1023 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 1082

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 55392528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1083 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 1142

 55392529 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 55392588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1143 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 1202

 55392589 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 55392648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1203 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 1262

 55392649 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 55392708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1263 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 1322

 55392709 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 55392768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1323 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 1382

 55392769 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 55392828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1383 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 1442

 55392829 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 55392888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1443 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 1502

 55392889 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 55392948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1503 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 1562

 55392949 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 55393008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1563 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 1622

 55393009 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 55393068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1623 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 1682

 55393069 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 55393128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1683 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 1742

 55393129 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 55393188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1743 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 1802

 55393189 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 55393248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1803 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 1862

 55393249 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 55393308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1863 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 1922

 55393309 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 55393368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1923 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 1982

 55393369 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 55393428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1983 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 2042

 55393429 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 55393488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2043 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 2102

 55393489 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 55393548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2103 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 2162

 55393549 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 55393608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2163 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 2222

 55393609 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 55393668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2223 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 2282

 55393669 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 55393728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2283 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 2342

 55393729 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 55393788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2343 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 2402

 55393789 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 55393848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2403 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 2462

 55393849 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAG 55393908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2463 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAG 2522

 55393909 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 55393968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2523 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 2582

 55393969 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 55394028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2583 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 2642

 55394029 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 55394088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 2702

 55394089 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 55394148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 2762

 55394149 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 55394208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 2822

 55394209 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 55394268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 2882

 55394269 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 55394328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 2942

 55394329 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 55394388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2943 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 3002

 55394389 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 55394448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3003 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 3062

 55394449 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 55394508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3063 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 3122

 55394509 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 55394568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3123 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 3182

 55394569 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 55394628
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3183 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCGTTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 3242

 55394629 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 55394688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3243 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 3302

 55394689 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 55394748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3303 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 3362

 55394749 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 55394808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3363 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 3422

 55394809 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 55394868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3423 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 3482

 55394869 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 55394928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3483 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 3542

 55394929 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 55394988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3543 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 3602

 55394989 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 55395048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3603 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 3662

 55395049 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 55395108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3663 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 3722

 55395109 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 55395168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3723 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 3782

 55395169 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 55395228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3783 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 3842

 55395229 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 55395288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3843 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 3902

 55395289 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 55395348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3903 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 3962

 55395349 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 55395408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3963 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 4022

 55395409 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 55395468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4023 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 4082

 55395469 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 55395528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4083 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 4142

 55395529 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 55395588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4143 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 4202

 55395589 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 55395648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4203 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 4262

 55395649 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTT 55395708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4263 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTT 4322

 55395709 AGCTCCT 55395715
          |||||||
     4323 AGCTCCT 4329

Alignment time is 3.57125 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5525] =>      5525 nucs 'mol-32-2874-037382_5525'

Score:        5513
Aligned:      5524        nucs
Identic:      5523 (100%) nucs =>      1521 (100%)      4002 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390167,55391687] EXCISED REGION [55391689,55395691]
 second seq =>  [       1,    1521] EXCISED REGION [    1523,    5525]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391688,55391688]
 second seq =>         1 nucs [1522,1522]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1522,1522] to [1523,1523]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55391686,55391687] to [55391689,55391690]
 second seq =>         2 nucs [1520,1521] to [1523,1524]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55390167 TTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCAT 55390226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCAT 60

 55390227 TATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCT 55390286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCT 120

 55390287 GGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGA 55390346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGA 180

 55390347 TCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTC 55390406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTC 240

 55390407 TGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGT 55390466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGT 300

 55390467 AGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTT 55390526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTT 360

 55390527 CCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTT 55390586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTT 420

 55390587 TAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTG 55390646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTG 480

 55390647 GAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGG 55390706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGG 540

 55390707 GTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAG 55390766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAG 600

 55390767 TTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTT 55390826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTT 660

 55390827 TTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTG 55390886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTG 720

 55390887 TTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAA 55390946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAA 780

 55390947 TCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCA 55391006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCA 840

 55391007 TATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTT 55391066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTT 900

 55391067 ATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACA 55391126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACA 960

 55391127 CTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACT 55391186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACT 1020

 55391187 GTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTG 55391246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTG 1080

 55391247 CTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACT 55391306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACT 1140

 55391307 TTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAA 55391366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAA 1200

 55391367 TTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAA 55391426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAA 1260

 55391427 AGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTT 55391486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTT 1320

 55391487 ATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGC 55391546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGC 1380

 55391547 TAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAA 55391606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAA 1440

 55391607 ATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCAT 55391666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCAT 1500

 55391667 GATCTTGGCTCACTGCAACCA 55391687
          |||||||||||||||||||||
     1501 GATCTTGGCTCACTGCAACCA 1521

EXCISED REGION

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1523 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 1582

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 1642

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 1702

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 1762

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1763 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 1822

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1823 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 1882

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1883 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 1942

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1943 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 2002

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2003 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 2062

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2063 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 2122

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2123 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 2182

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2183 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 2242

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2243 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 2302

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 55392528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2303 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 2362

 55392529 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 55392588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2363 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 2422

 55392589 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 55392648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2423 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 2482

 55392649 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 55392708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2483 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 2542

 55392709 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 55392768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2543 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 2602

 55392769 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 55392828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2603 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 2662

 55392829 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 55392888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2663 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 2722

 55392889 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 55392948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2723 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 2782

 55392949 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 55393008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2783 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 2842

 55393009 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 55393068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2843 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 2902

 55393069 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 55393128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2903 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 2962

 55393129 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 55393188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2963 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 3022

 55393189 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 55393248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3023 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 3082

 55393249 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 55393308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3083 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 3142

 55393309 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 55393368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3143 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 3202

 55393369 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 55393428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3203 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 3262

 55393429 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 55393488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3263 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 3322

 55393489 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 55393548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3323 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 3382

 55393549 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 55393608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3383 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 3442

 55393609 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 55393668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3443 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 3502

 55393669 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 55393728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3503 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 3562

 55393729 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 55393788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3563 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 3622

 55393789 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 55393848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3623 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 3682

 55393849 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAG 55393908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3683 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAG 3742

 55393909 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 55393968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3743 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 3802

 55393969 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 55394028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3803 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 3862

 55394029 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 55394088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3863 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 3922

 55394089 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 55394148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3923 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 3982

 55394149 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 55394208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3983 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 4042

 55394209 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 55394268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4043 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 4102

 55394269 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 55394328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4103 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 4162

 55394329 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 55394388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4163 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 4222

 55394389 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 55394448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4223 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 4282

 55394449 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 55394508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4283 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 4342

 55394509 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 55394568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4343 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 4402

 55394569 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 55394628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4403 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 4462

 55394629 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 55394688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4463 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 4522

 55394689 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 55394748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4523 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 4582

 55394749 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 55394808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4583 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 4642

 55394809 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 55394868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4643 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 4702

 55394869 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 55394928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4703 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 4762

 55394929 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 55394988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4763 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 4822

 55394989 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 55395048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4823 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 4882

 55395049 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 55395108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4883 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 4942

 55395109 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 55395168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4943 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 5002

 55395169 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 55395228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5003 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 5062

 55395229 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 55395288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5063 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 5122

 55395289 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 55395348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5123 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 5182

 55395349 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 55395408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5183 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 5242

 55395409 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 55395468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5243 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 5302

 55395469 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 55395528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5303 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 5362

 55395529 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 55395588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5363 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 5422

 55395589 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 55395648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5423 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 5482

 55395649 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAA 55395691
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5483 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAA 5525

Alignment time is 5.34907 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    4777] =>      4777 nucs 'mol-32-2874-076766_4777'

Score:        4683
Aligned:      4774        nucs
Identic:      4760 (100%) nucs =>      1156 (100%)      3604 (100%)
Gaps:           11 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55394583,55395738] EXCISED REGION [55395746,55399357]
 second seq =>  [       1,    1156] EXCISED REGION [    1165,    4777]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [55395739,55395745]
 second seq =>         8 nucs [1157,1164]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        22 nucs [1137,1158] to [1145,1166]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55395737,55395738] to [55395746,55395747]
 second seq =>         2 nucs [1155,1156] to [1165,1166]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [1157,1160] to [1161,1164]

 55394583 ATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGT 55394642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGT 60

 55394643 TGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCT 55394702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCT 120

 55394703 TATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAA 55394762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAA 180

 55394763 ACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGT 55394822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGT 240

 55394823 TAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATAT 55394882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATAT 300

 55394883 ATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTG 55394942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTG 360

 55394943 TATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTT 55395002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTT 420

 55395003 GAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAA 55395062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAA 480

 55395063 TCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCT 55395122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCT 540

 55395123 GATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGAC 55395182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGAC 600

 55395183 GTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAA 55395242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAA 660

 55395243 ATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTAT 55395302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTAT 720

 55395303 TAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGAC 55395362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGAC 780

 55395363 TTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTG 55395422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTG 840

 55395423 CTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACA 55395482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACA 900

 55395483 TAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTC 55395542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTC 960

 55395543 TGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTC 55395602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTC 1020

 55395603 TATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTC 55395662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTC 1080

 55395663 TATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTT 55395722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTT 1140

 55395723 TTTTTTTTTTTTTTTT 55395738
          ||||||||||||||||
     1141 TTTTTTTTTTTTTTTT 1156

EXCISED REGION

 55395746 TTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATC 55395805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1165 TTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATC 1224

 55395806 TAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTA 55395865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1225 TAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTA 1284

 55395866 ATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGC 55395925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1285 ATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGC 1344

 55395926 TAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGT 55395985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1345 TAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGT 1404

 55395986 GGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTAT 55396045
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1405 GGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTAT 1464

 55396046 CTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTG 55396105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 CTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTG 1524

 55396106 GCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAA 55396165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1525 GCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAA 1584

 55396166 CACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACT 55396225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 CACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACT 1644

 55396226 GGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCC 55396285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 GGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCC 1704

 55396286 AAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCC 55396345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1705 AAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCC 1764

 55396346 ATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAG 55396405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1765 ATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAG 1824

 55396406 GCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGG 55396465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 GCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGG 1884

 55396466 GATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGT 55396525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 GATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGT 1944

 55396526 CTCTATAATATGCACTCTAA------TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTT 55396579
          ||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 CTCTATAATATGCACTCTAATTTAACTTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTT 2004

 55396580 ATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAA 55396639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 ATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAA 2064

 55396640 GCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCC 55396699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2065 GCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCC 2124

 55396700 AGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAG 55396759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2125 AGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAG 2184

 55396760 GCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTT 55396819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2185 GCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTT 2244

 55396820 ATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATG 55396879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2245 ATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATG 2304

 55396880 ACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCA 55396939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2305 ACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCA 2364

 55396940 TAGTATTCCATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTT 55396999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2365 TAGTATTCCATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTT 2424

 55397000 AGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGT 55397059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 AGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGT 2484

 55397060 ATATTTATAATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGG 55397119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2485 ATATTTATAATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGG 2544

 55397120 GTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGA 55397179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2545 GTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGA 2604

 55397180 CTGAACCAATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTG 55397239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2605 CTGAACCAATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTG 2664

 55397240 TCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCA 55397299
          ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2665 TCAGCATCTGTTATTTTTTGAC---TTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCA 2721

 55397300 GGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCC 55397359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 GGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCC 2781

 55397360 ATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGC 55397419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 ATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGC 2841

 55397420 TAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGA 55397479
          |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 TAATTTTTCGTA-TTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGA 2900

 55397480 TGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTA 55397539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2901 TGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTA 2960

 55397540 CAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTA 55397599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2961 CAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTA 3020

 55397600 GGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTT 55397659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3021 GGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTT 3080

 55397660 TTTTCACATGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCC 55397719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3081 TTTTCACATGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCC 3140

 55397720 TTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTT 55397779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3141 TTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTT 3200

 55397780 ATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACA 55397839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3201 ATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACA 3260

 55397840 TTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTT 55397899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3261 TTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTT 3320

 55397900 AATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTC 55397959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3321 AATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTC 3380

 55397960 ATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAA 55398019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3381 ATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAA 3440

 55398020 GCCCATCAATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTG 55398079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3441 GCCCATCAATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTG 3500

 55398080 TGACCTGGATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCA 55398139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3501 TGACCTGGATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCA 3560

 55398140 AACATTGTGTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGA 55398199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3561 AACATTGTGTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGA 3620

 55398200 ATGATACAATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAG 55398259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3621 ATGATACAATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAG 3680

 55398260 ACTACAAATATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAA 55398319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3681 ACTACAAATATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAA 3740

 55398320 CACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAA 55398379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3741 CACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAA 3800

 55398380 ATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAAC 55398439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3801 ATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAAC 3860

 55398440 ACAATCATATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGAT 55398499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3861 ACAATCATATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGAT 3920

 55398500 ATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAA 55398559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3921 ATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAA 3980

 55398560 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCC 55398619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3981 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCC 4040

 55398620 TGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTG 55398679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4041 TGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTG 4100

 55398680 GCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGT 55398739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4101 GCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGT 4160

 55398740 AATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGC 55398799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4161 AATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGC 4220

 55398800 AGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCC 55398859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4221 AGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCC 4280

 55398860 ATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAA 55398919
          ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4281 ATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAA 4339

 55398920 CTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACT 55398979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4340 CTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACT 4399

 55398980 ATAAGCAGTAAAGAACATTACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACT 55399039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4400 ATAAGCAGTAAAGAACATTACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACT 4459

 55399040 ACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAG 55399099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4460 ACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAG 4519

 55399100 ATCTGATAGATAAATAGACAAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTC 55399159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4520 ATCTGATAGATAAATAGACAAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTC 4579

 55399160 AGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTA 55399219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4580 AGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTA 4639

 55399220 CTAAGTAACTTGACCCAACTGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGT 55399279
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     4640 CTAAGTAACTTGACCCAACTGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGC 4699

 55399280 ACATTCTTTATGAGTGAACATGGAACATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGATTTA 55399339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4700 ACATTCTTTATGAGTGAACATGGAACATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGATTTA 4759

 55399340 ACAAGCCTTAACAAGTCA 55399357
          ||||||||||||||||||
     4760 ACAAGCCTTAACAAGTCA 4777

Alignment time is 4.00419 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5879] =>      5879 nucs 'mol-32-2874-093000_5879'

Score:        5794
Aligned:      5871        nucs
Identic:      5864 (100%) nucs =>      3134 (100%)      2730 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393408,55396545] EXCISED REGION [55396546,55399278]
 second seq =>  [       1,    3137] EXCISED REGION [    3144,    5874]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3138,3143]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3138,3143] to [3144,3149]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55393408 TAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTT 55393467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTT 60

 55393468 TTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAG 55393527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAG 120

 55393528 AGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGT 55393587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGT 180

 55393588 AGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTT 55393647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTT 240

 55393648 TTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATT 55393707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATT 300

 55393708 ATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTC 55393767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTC 360

 55393768 CTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTT 55393827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTT 420

 55393828 TACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTT 55393887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTT 480

 55393888 GTCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGC 55393947
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGC 540

 55393948 AGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATG 55394007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATG 600

 55394008 TGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGAC 55394067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGAC 660

 55394068 TAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCC 55394127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCC 720

 55394128 TTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGC 55394187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGC 780

 55394188 AACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGG 55394247
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AACTCTTGATTTTTTCCTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGG 840

 55394248 TTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTT 55394307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTT 900

 55394308 TGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTA 55394367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTA 960

 55394368 TTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTA 55394427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTA 1020

 55394428 ATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACT 55394487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACT 1080

 55394488 TGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTT 55394547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTT 1140

 55394548 TTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGC 55394607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGC 1200

 55394608 ATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATT 55394667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATT 1260

 55394668 TGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATAT 55394727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATAT 1320

 55394728 AACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTT 55394787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTT 1380

 55394788 CTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAG 55394847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAG 1440

 55394848 GTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAG 55394907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAG 1500

 55394908 AATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAAT 55394967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAAT 1560

 55394968 ATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCAT 55395027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCAT 1620

 55395028 GTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATAC 55395087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATAC 1680

 55395088 TGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCC 55395147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCC 1740

 55395148 CTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTT 55395207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTT 1800

 55395208 CACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTT 55395267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTT 1860

 55395268 CTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATAC 55395327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATAC 1920

 55395328 AGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTT 55395387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTT 1980

 55395388 CTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAG 55395447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAG 2040

 55395448 GGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTT 55395507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTT 2100

 55395508 GCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAG 55395567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAG 2160

 55395568 TCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATT 55395627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATT 2220

 55395628 CTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTT 55395687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTT 2280

 55395688 AAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTT 55395747
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
     2281 AAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GTATTTCTT 2339

 55395748 AAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTA 55395807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 AAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTA 2399

 55395808 AATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAAT 55395867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 AATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAAT 2459

 55395868 GTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTA 55395927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 GTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTA 2519

 55395928 GTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGG 55395987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 GTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGG 2579

 55395988 ACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCT 55396047
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     2580 ACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCT 2639

 55396048 TCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGC 55396107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 TCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGC 2699

 55396108 TTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACA 55396167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 TTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACA 2759

 55396168 CTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGG 55396227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 CTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGG 2819

 55396228 AGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAA 55396287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 AGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAA 2879

 55396288 AGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCAT 55396347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 AGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCAT 2939

 55396348 GATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGC 55396407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 GATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGC 2999

 55396408 TTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGA 55396467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 TTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGA 3059

 55396468 TGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCT 55396527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 TGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCT 3119

 55396528 CTATAATATGCACTCTAA 55396545
          ||||||||||||||||||
     3120 CTATAATATGCACTCTAA 3137

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3144 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 3203

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3204 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 3263

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3264 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 3323

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3324 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 3383

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3384 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 3443

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3444 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 3503

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3504 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 3563

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3564 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 3623

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3624 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 3683

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3684 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 3743

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3744 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 3803

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3804 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 3863

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3864 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 3923

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3924 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 3983

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     3984 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTA-TTTTTTTTTTTTT 4042

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4043 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 4102

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4103 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 4162

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 55397625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4163 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 4222

 55397626 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 55397685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4223 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 4282

 55397686 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 55397745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4283 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 4342

 55397746 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 55397805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4343 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 4402

 55397806 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 55397865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4403 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 4462

 55397866 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 55397925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4463 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 4522

 55397926 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 55397985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4523 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 4582

 55397986 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 55398045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4583 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 4642

 55398046 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 55398105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4643 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 4702

 55398106 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 55398165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4703 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 4762

 55398166 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 55398225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4763 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 4822

 55398226 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 55398285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4823 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 4882

 55398286 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 55398345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4883 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 4942

 55398346 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 55398405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4943 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 5002

 55398406 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 55398465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5003 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 5062

 55398466 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 55398525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5063 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 5122

 55398526 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 55398585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5123 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 5182

 55398586 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 55398645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5183 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 5242

 55398646 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 55398705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5243 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 5302

 55398706 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 55398765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5303 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 5362

 55398766 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 55398825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5363 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 5422

 55398826 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 55398885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
     5423 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 5481

 55398886 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 55398945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5482 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 5541

 55398946 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 55399005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5542 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 5601

 55399006 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 55399065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5602 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 5661

 55399066 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 55399125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5662 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 5721

 55399126 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 55399185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5722 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 5781

 55399186 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 55399245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5782 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 5841

 55399246 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATG 55399278
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     5842 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATG 5874

Alignment time is 7.52511 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5921] =>      5921 nucs 'mol-32-2b3f-041241_5921'

Score:        5872
Aligned:      5916        nucs
Identic:      5912 (100%) nucs =>      3251 (100%)      2661 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393293,55396545] EXCISED REGION [55396546,55399208]
 second seq =>  [       1,    3253] EXCISED REGION [    3260,    5921]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3254,3259]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3254,3259] to [3260,3265]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55393293 CTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAA 55393352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAA 60

 55393353 GTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATA 55393412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATA 120

 55393413 TTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTT 55393472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTT 180

 55393473 ATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTAT 55393532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTAT 240

 55393533 GTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTA 55393592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTA 300

 55393593 TGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTG 55393652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTG 360

 55393653 CCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTG 55393712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTG 420

 55393713 GTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTA 55393772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTA 480

 55393773 TTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTA 55393832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTA 540

 55393833 TTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCAT 55393892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCAT 600

 55393893 CCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGT 55393952
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGT 660

 55393953 TCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCA 55394012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCA 720

 55394013 CCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGC 55394072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGC 780

 55394073 AGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTT 55394132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTT 840

 55394133 TGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTC 55394192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTC 900

 55394193 TTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTT 55394252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTT 960

 55394253 TTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGC 55394312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGC 1020

 55394313 CTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCAT 55394372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCAT 1080

 55394373 TATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATC 55394432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATC 1140

 55394433 GATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACT 55394492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACT 1200

 55394493 ATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTT 55394552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTT 1260

 55394553 TTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCT 55394612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCT 1320

 55394613 TTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTT 55394672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTT 1380

 55394673 GTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACAT 55394732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACAT 1440

 55394733 TCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGC 55394792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGC 1500

 55394793 TTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGAC 55394852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGAC 1560

 55394853 CTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCT 55394912
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCT 1620

 55394913 GATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGT 55394972
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGT 1680

 55394973 TTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTT 55395032
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTT 1740

 55395033 GTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTA 55395092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTA 1800

 55395093 TCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCA 55395152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCA 1860

 55395153 CAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCA 55395212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCA 1920

 55395213 TGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTA 55395272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTA 1980

 55395273 TGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTT 55395332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTT 2040

 55395333 TTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGG 55395392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGG 2100

 55395393 ATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACA 55395452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACA 2160

 55395453 CCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCA 55395512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCA 2220

 55395513 CTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTT 55395572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTT 2280

 55395573 GGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATT 55395632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATT 2340

 55395633 ATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAAT 55395692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAAT 2400

 55395693 GACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATT 55395752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATT 2460

 55395753 CCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTC 55395812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTC 2520

 55395813 TGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGT 55395872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGT 2580

 55395873 CATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTT 55395932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTT 2640

 55395933 TGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGA 55395992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGA 2700

 55395993 TGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTG 55396052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2701 TGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTG 2760

 55396053 GAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGA 55396112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGA 2820

 55396113 TTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAG 55396172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAG 2880

 55396173 GGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGA 55396232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGA 2940

 55396233 CCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGC 55396292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 CCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGC 3000

 55396293 TTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGG 55396352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGG 3060

 55396353 TGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGG 55396412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGG 3120

 55396413 CAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTA 55396472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 CAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTA 3180

 55396473 TGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATA 55396532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATA 3240

 55396533 ATATGCACTCTAA 55396545
          |||||||||||||
     3241 ATATGCACTCTAA 3253

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3260 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 3319

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3320 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 3379

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3380 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 3439

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3440 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 3499

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3500 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 3559

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3560 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 3619

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3620 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 3679

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3680 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 3739

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3740 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 3799

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3800 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 3859

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3860 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 3919

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3920 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 3979

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3980 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 4039

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4040 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 4099

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4100 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 4159

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4160 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 4219

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4220 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 4279

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 55397625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4280 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 4339

 55397626 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 55397685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4340 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 4399

 55397686 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 55397745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4400 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 4459

 55397746 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 55397805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4460 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 4519

 55397806 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 55397865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4520 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 4579

 55397866 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 55397925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4580 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 4639

 55397926 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 55397985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4640 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 4699

 55397986 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 55398045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4700 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 4759

 55398046 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 55398105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4760 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 4819

 55398106 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 55398165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4820 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 4879

 55398166 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 55398225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4880 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 4939

 55398226 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 55398285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4940 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 4999

 55398286 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 55398345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5000 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 5059

 55398346 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 55398405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5060 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 5119

 55398406 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 55398465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5120 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 5179

 55398466 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 55398525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5180 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 5239

 55398526 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 55398585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5240 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 5299

 55398586 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 55398645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5300 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 5359

 55398646 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 55398705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5360 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 5419

 55398706 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 55398765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5420 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 5479

 55398766 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 55398825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5480 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 5539

 55398826 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 55398885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
     5540 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 5598

 55398886 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 55398945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5599 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 5658

 55398946 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 55399005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5659 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 5718

 55399006 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 55399065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5719 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 5778

 55399066 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 55399125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5779 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 5838

 55399126 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 55399185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5839 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 5898

 55399186 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTT 55399208
          |||||||||||||||||||||||
     5899 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTT 5921

Alignment time is 4.96708 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5559] =>      5559 nucs 'mol-32-2e20-196116_5559'

Score:        5510
Aligned:      5554        nucs
Identic:      5550 (100%) nucs =>      5520 (100%)        30 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55391022,55396545] EXCISED REGION [55396546,55396575]
 second seq =>  [       1,    5523] EXCISED REGION [    5530,    5559]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [5524,5529]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [5524,5529] to [5530,5535]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55391022 ACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTT 55391081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTT 60

 55391082 GTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCA 55391141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCA 120

 55391142 ATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCAT 55391201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCAT 180

 55391202 AGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTG 55391261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTG 240

 55391262 TCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGG 55391321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGG 300

 55391322 AAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTA 55391381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTA 360

 55391382 TGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGT 55391441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGT 420

 55391442 TTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGC 55391501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGC 480

 55391502 CTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTAT 55391561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTAT 540

 55391562 TCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTT 55391621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTT 600

 55391622 TAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTG 55391681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTG 660

 55391682 CAACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGAC 55391741
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGAC 720

 55391742 TACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCA 55391801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCA 780

 55391802 CCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTC 55391861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTC 840

 55391862 CAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTT 55391921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTT 900

 55391922 GTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTT 55391981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTT 960

 55391982 CGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGC 55392041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGC 1020

 55392042 TTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGA 55392101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGA 1080

 55392102 TTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCT 55392161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCT 1140

 55392162 CAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATA 55392221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATA 1200

 55392222 GATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTC 55392281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTC 1260

 55392282 ACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGG 55392341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGG 1320

 55392342 TTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAAC 55392401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAAC 1380

 55392402 TAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGC 55392461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGC 1440

 55392462 TGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGAT 55392521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGAT 1500

 55392522 ATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATG 55392581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATG 1560

 55392582 CTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTC 55392641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTC 1620

 55392642 AGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCT 55392701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCT 1680

 55392702 GGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATT 55392761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATT 1740

 55392762 ATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTC 55392821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTC 1800

 55392822 CAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAG 55392881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAG 1860

 55392882 TAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGT 55392941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGT 1920

 55392942 CATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCA 55393001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCA 1980

 55393002 GACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATA 55393061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATA 2040

 55393062 TTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTG 55393121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTG 2100

 55393122 TAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTG 55393181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTG 2160

 55393182 TTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTT 55393241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTT 2220

 55393242 TTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATT 55393301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATT 2280

 55393302 AGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAG 55393361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAG 2340

 55393362 GAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCT 55393421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCT 2400

 55393422 ATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATT 55393481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 ATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATT 2460

 55393482 AATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGG 55393541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGG 2520

 55393542 GCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGG 55393601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGG 2580

 55393602 TTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGA 55393661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGA 2640

 55393662 TCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGA 55393721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGA 2700

 55393722 TCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCA 55393781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCA 2760

 55393782 TATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAAT 55393841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAAT 2820

 55393842 GCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGG 55393901
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2821 GCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGG 2880

 55393902 AGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGAT 55393961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGAT 2940

 55393962 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTA 55394021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTA 3000

 55394022 GCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCA 55394081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCA 3060

 55394082 ACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTT 55394141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTT 3120

 55394142 TGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTT 55394201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTT 3180

 55394202 TCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTT 55394261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTT 3240

 55394262 TTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTG 55394321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTG 3300

 55394322 TCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACT 55394381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACT 3360

 55394382 CTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGT 55394441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 CTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGT 3420

 55394442 GGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTG 55394501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTG 3480

 55394502 CTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT 55394561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 CTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT 3540

 55394562 TTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGAC 55394621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGAC 3600

 55394622 CTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAA 55394681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 CTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAA 3660

 55394682 GGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTG 55394741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 GGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTG 3720

 55394742 GAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGT 55394801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 GAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGT 3780

 55394802 TTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTT 55394861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTT 3840

 55394862 CTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGT 55394921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 CTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGT 3900

 55394922 GTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATG 55394981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATG 3960

 55394982 TCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGG 55395041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGG 4020

 55395042 ACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAG 55395101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 ACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAG 4080

 55395102 TGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCC 55395161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCC 4140

 55395162 TTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGA 55395221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 TTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGA 4200

 55395222 GGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACC 55395281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 GGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACC 4260

 55395282 CAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATT 55395341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 CAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATT 4320

 55395342 TCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCC 55395401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCC 4380

 55395402 TCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATT 55395461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 TCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATT 4440

 55395462 TGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGT 55395521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGT 4500

 55395522 TATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGA 55395581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGA 4560

 55395582 GATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTC 55395641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 GATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTC 4620

 55395642 TTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTC 55395701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 TTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTC 4680

 55395702 ATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATT 55395761
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
     4681 ATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GTATTTCTTAAATTCCTTGGATT 4739

 55395762 GGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTA 55395821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4740 GGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTA 4799

 55395822 TGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAG 55395881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4800 TGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAG 4859

 55395882 GTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTG 55395941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4860 GTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTG 4919

 55395942 TTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTA 55396001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4920 TTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTA 4979

 55396002 AACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTC 55396061
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     4980 AACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTC 5039

 55396062 AAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAG 55396121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5040 AAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAG 5099

 55396122 ATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTAC 55396181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5100 ATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTAC 5159

 55396182 CAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGT 55396241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5160 CAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGT 5219

 55396242 TCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAG 55396301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5220 TCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAG 5279

 55396302 GTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGT 55396361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5280 GTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGT 5339

 55396362 TGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCAC 55396421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5340 TGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCAC 5399

 55396422 CAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAG 55396481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5400 CAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAG 5459

 55396482 GTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACT 55396541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5460 GTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACT 5519

 55396542 CTAA 55396545
          ||||
     5520 CTAA 5523

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTT 55396575
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     5530 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTT 5559

Alignment time is 4.95845 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2088] =>      2088 nucs 'mol-32-2fcd-062358_2088'

Score:        2087
Aligned:      2087        nucs
Identic:      2087 (100%) nucs =>       285 (100%)      1802 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393614,55393898] EXCISED REGION [55393900,55395701]
 second seq =>  [       1,     285] EXCISED REGION [     287,    2088]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55393899,55393899]
 second seq =>         1 nucs [286,286]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [285,285] to [286,286]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55393614 TGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATAC 55393673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATAC 60

 55393674 TGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGT 55393733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGT 120

 55393734 TCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTA 55393793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTA 180

 55393794 GAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGA 55393853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGA 240

 55393854 CTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGC 55393898
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGC 285

EXCISED REGION

 55393900 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 55393959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      287 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 346

 55393960 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 55394019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      347 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 406

 55394020 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 55394079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      407 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 466

 55394080 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 55394139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      467 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 526

 55394140 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 55394199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      527 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 586

 55394200 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 55394259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      587 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 646

 55394260 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 55394319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      647 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 706

 55394320 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 55394379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      707 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 766

 55394380 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 55394439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      767 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 826

 55394440 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 55394499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      827 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 886

 55394500 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 55394559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      887 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 946

 55394560 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 55394619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      947 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 1006

 55394620 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 55394679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1007 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 1066

 55394680 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 55394739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1067 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 1126

 55394740 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 55394799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1127 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 1186

 55394800 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 55394859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1187 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 1246

 55394860 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 55394919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1247 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 1306

 55394920 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 55394979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1307 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 1366

 55394980 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 55395039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1367 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 1426

 55395040 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 55395099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1427 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 1486

 55395100 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 55395159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 1546

 55395160 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 55395219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1547 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 1606

 55395220 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 55395279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 1666

 55395280 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 55395339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 1726

 55395340 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 55395399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1727 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 1786

 55395400 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 55395459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 1846

 55395460 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 55395519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1847 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 1906

 55395520 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 55395579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1907 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 1966

 55395580 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 55395639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1967 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 2026

 55395640 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATT 55395699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2027 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATT 2086

 55395700 TC 55395701
          ||
     2087 TC 2088

Alignment time is 1.76035 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    6983] =>      6983 nucs 'mol-32-2fe3-110176_6983'

Score:        6910
Aligned:      6978        nucs
Identic:      6971 (100%) nucs =>      5654 (100%)      1317 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390889,55396545] EXCISED REGION [55396546,55397864]
 second seq =>  [       1,    5659] EXCISED REGION [    5666,    6983]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [5660,5665]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [5660,5665] to [5666,5671]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55390889 TCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATC 55390948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATC 60

 55390949 CATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATA 55391008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATA 120

 55391009 TTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTAT 55391068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTAT 180

 55391069 TTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACT 55391128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACT 240

 55391129 CTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGT 55391188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGT 300

 55391189 AGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCT 55391248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCT 360

 55391249 AATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTT 55391308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTT 420

 55391309 TGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATT 55391368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATT 480

 55391369 GCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAG 55391428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAG 540

 55391429 TTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTAT 55391488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTAT 600

 55391489 AAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTA 55391548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTA 660

 55391549 ATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAAT 55391608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAAT 720

 55391609 GCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGA 55391668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGA 780

 55391669 TCTTGGCTCACTGCAACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCC 55391728
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTTGGCTCACTGCAACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCC 840

 55391729 AGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAG 55391788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAG 900

 55391789 AGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCC 55391848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCC 960

 55391849 CCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAAT 55391908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAAT 1020

 55391909 GCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACA 55391968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACA 1080

 55391969 CCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGA 55392028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGA 1140

 55392029 GAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGAT 55392088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGAT 1200

 55392089 TGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTC 55392148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTC 1260

 55392149 TTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTG 55392208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTG 1320

 55392209 TGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTT 55392268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTT 1380

 55392269 TGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGA 55392328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGA 1440

 55392329 GATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTT 55392388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTT 1500

 55392389 GTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAG 55392448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAG 1560

 55392449 TTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTAT 55392508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTAT 1620

 55392509 GTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGG 55392568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGG 1680

 55392569 TATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGT 55392628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGT 1740

 55392629 TAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAA 55392688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAA 1800

 55392689 TGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAAT 55392748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAAT 1860

 55392749 TTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAG 55392808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAG 1920

 55392809 GCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAG 55392868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAG 1980

 55392869 GTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTA 55392928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTA 2040

 55392929 ATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTT 55392988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTT 2100

 55392989 TAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGT 55393048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGT 2160

 55393049 TTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTAT 55393108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTAT 2220

 55393109 TTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTG 55393168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTG 2280

 55393169 TGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCT 55393228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCT 2340

 55393229 ATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATAT 55393288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATAT 2400

 55393289 TTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCC 55393348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCC 2460

 55393349 AGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTT 55393408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTT 2520

 55393409 AATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTT 55393468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTT 2580

 55393469 TTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGA 55393528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGA 2640

 55393529 GTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTA 55393588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTA 2700

 55393589 GGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTT 55393648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTT 2760

 55393649 TCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTA 55393708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTA 2820

 55393709 TGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCC 55393768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCC 2880

 55393769 TGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTT 55393828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTT 2940

 55393829 ACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTG 55393888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTG 3000

 55393889 TCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCA 55393948
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCA 3060

 55393949 GGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGT 55394008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGT 3120

 55394009 GCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACT 55394068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACT 3180

 55394069 AGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCT 55394128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 AGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCT 3240

 55394129 TCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCA 55394188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCA 3300

 55394189 ACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGT 55394248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGT 3360

 55394249 TGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTT 55394308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTT 3420

 55394309 GAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTAT 55394368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTAT 3480

 55394369 TCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAA 55394428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAA 3540

 55394429 TATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTT 55394488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTT 3600

 55394489 GACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTT 55394548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTT 3660

 55394549 TGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCA 55394608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCA 3720

 55394609 TTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTT 55394668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTT 3780

 55394669 GCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATA 55394728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATA 3840

 55394729 ACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTC 55394788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 ACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTC 3900

 55394789 TGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGG 55394848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGG 3960

 55394849 TGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGA 55394908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGA 4020

 55394909 ATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATA 55394968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 ATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATA 4080

 55394969 TGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATG 55395028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATG 4140

 55395029 TGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACT 55395088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 TGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACT 4200

 55395089 GTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCC 55395148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 GTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCC 4260

 55395149 TGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTC 55395208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTC 4320

 55395209 ACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTC 55395268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 ACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTC 4380

 55395269 TTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACA 55395328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 TTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACA 4440

 55395329 GTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTC 55395388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 GTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTC 4500

 55395389 TTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGG 55395448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGG 4560

 55395449 GACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTG 55395508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 GACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTG 4620

 55395509 CTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGT 55395568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 CTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGT 4680

 55395569 CTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTC 55395628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 CTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTC 4740

 55395629 TATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTA 55395688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 TATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTA 4800

 55395689 AAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT--GTATTTCT 55395746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
     4801 AAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCT 4860

 55395747 TAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCT 55395806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 TAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCT 4920

 55395807 AAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAA 55395866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 AAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAA 4980

 55395867 TGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCT 55395926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 TGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCT 5040

 55395927 AGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTG 55395986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 AGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTG 5100

 55395987 GACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATC 55396046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     5101 GACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATC 5160

 55396047 TTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGG 55396106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 TTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGG 5220

 55396107 CTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAAC 55396166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 CTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAAC 5280

 55396167 ACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTG 55396226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 ACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTG 5340

 55396227 GAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCA 55396286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 GAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCA 5400

 55396287 AAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCA 55396346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 AAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCA 5460

 55396347 TGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGG 55396406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 TGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGG 5520

 55396407 CTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGG 55396466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 CTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGG 5580

 55396467 ATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTC 55396526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 ATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTC 5640

 55396527 TCTATAATATGCACTCTAA 55396545
          |||||||||||||||||||
     5641 TCTATAATATGCACTCTAA 5659

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5666 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 5725

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5726 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 5785

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5786 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 5845

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5846 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 5905

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5906 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 5965

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5966 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 6025

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6026 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 6085

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6086 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 6145

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6146 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 6205

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6206 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 6265

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6266 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 6325

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
     6326 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGAC-TTT 6384

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6385 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 6444

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6445 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 6504

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6505 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 6564

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6565 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 6624

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6625 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 6684

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 55397625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6685 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 6744

 55397626 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 55397685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6745 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 6804

 55397686 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 55397745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6805 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 6864

 55397746 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 55397805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6865 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 6924

 55397806 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTC 55397864
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6925 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTC 6983

Alignment time is 6.47223 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3995] =>      3995 nucs 'mol-32-2fe3-117355_3995'

Score:        3925
Aligned:      3990        nucs
Identic:      3980 (100%) nucs =>       944 (100%)      3036 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55394795,55395738] EXCISED REGION [55395746,55398785]
 second seq =>  [       1,     944] EXCISED REGION [     951,    3995]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [55395739,55395745]
 second seq =>         6 nucs [945,950]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        22 nucs [925,946] to [931,952]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55395737,55395738] to [55395746,55395747]
 second seq =>         2 nucs [943,944] to [951,952]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [945,947] to [948,950]

 55394795 GTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCT 55394854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCT 60

 55394855 GCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGA 55394914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGA 120

 55394915 TGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTT 55394974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTT 180

 55394975 AGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGT 55395034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGT 240

 55395035 GAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATC 55395094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATC 300

 55395095 ATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACA 55395154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACA 360

 55395155 AGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATG 55395214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATG 420

 55395215 ATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATG 55395274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATG 480

 55395275 TATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTT 55395334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTT 540

 55395335 TTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGAT 55395394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGAT 600

 55395395 GATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACC 55395454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACC 660

 55395455 AGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACT 55395514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACT 720

 55395515 TTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGG 55395574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGG 780

 55395575 GCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTAT 55395634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTAT 840

 55395635 GAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGA 55395694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGA 900

 55395695 CCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 55395738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 944

EXCISED REGION

 55395746 TTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATC 55395805
          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
      951 TTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTT-TCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATC 1009

 55395806 TAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTA 55395865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1010 TAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTA 1069

 55395866 ATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGC 55395925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1070 ATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGC 1129

 55395926 TAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGT 55395985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1130 TAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGT 1189

 55395986 GGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTAT 55396045
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1190 GGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTAT 1249

 55396046 CTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTG 55396105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1250 CTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTG 1309

 55396106 GCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAA 55396165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1310 GCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAA 1369

 55396166 CACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACT 55396225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1370 CACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACT 1429

 55396226 GGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCC 55396285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 GGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCC 1489

 55396286 AAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCC 55396345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1490 AAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCC 1549

 55396346 ATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAG 55396405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1550 ATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAG 1609

 55396406 GCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGG 55396465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1610 GCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGG 1669

 55396466 GATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGT 55396525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1670 GATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGT 1729

 55396526 CTCTATAATATGCACTCTAA------TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTT 55396579
          ||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1730 CTCTATAATATGCACTCTAATTTAACTTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTT 1789

 55396580 ATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAA 55396639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1790 ATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAA 1849

 55396640 GCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCC 55396699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1850 GCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCC 1909

 55396700 AGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAG 55396759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1910 AGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAG 1969

 55396760 GCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTT 55396819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1970 GCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTT 2029

 55396820 ATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATG 55396879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2030 ATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATG 2089

 55396880 ACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCA 55396939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 ACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCA 2149

 55396940 TAGTATTCCATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTT 55396999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 TAGTATTCCATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTT 2209

 55397000 AGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGT 55397059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 AGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGT 2269

 55397060 ATATTTATAATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGG 55397119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 ATATTTATAATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGG 2329

 55397120 GTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGA 55397179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 GTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGA 2389

 55397180 CTGAACCAATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTG 55397239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 CTGAACCAATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTG 2449

 55397240 TCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCA 55397299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 TCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCA 2509

 55397300 GGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCC 55397359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 GGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCC 2569

 55397360 ATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGC 55397419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 ATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGC 2629

 55397420 TAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGA 55397479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 TAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGA 2689

 55397480 TGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTA 55397539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 TGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTA 2749

 55397540 CAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTA 55397599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 CAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTA 2809

 55397600 GGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTT 55397659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2810 GGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGTTTT 2869

 55397660 TTTTCACATGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCC 55397719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2870 TTTTCACATGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCC 2929

 55397720 TTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTT 55397779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2930 TTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTT 2989

 55397780 ATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACA 55397839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2990 ATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACA 3049

 55397840 TTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTT 55397899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3050 TTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTT 3109

 55397900 AATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTC 55397959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3110 AATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTC 3169

 55397960 ATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAA 55398019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3170 ATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAA 3229

 55398020 GCCCATCAATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTG 55398079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3230 GCCCATCAATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTG 3289

 55398080 TGACCTGGATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCA 55398139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3290 TGACCTGGATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCA 3349

 55398140 AACATTGTGTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGA 55398199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3350 AACATTGTGTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGA 3409

 55398200 ATGATACAATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAG 55398259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3410 ATGATACAATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAG 3469

 55398260 ACTACAAATATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAA 55398319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3470 ACTACAAATATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAA 3529

 55398320 CACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAA 55398379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3530 CACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAA 3589

 55398380 ATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAAC 55398439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3590 ATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAAC 3649

 55398440 ACAATCATATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGAT 55398499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3650 ACAATCATATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGAT 3709

 55398500 ATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAA 55398559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3710 ATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAA 3769

 55398560 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCC 55398619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3770 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCC 3829

 55398620 TGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTG 55398679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3830 TGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTG 3889

 55398680 GCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGT 55398739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3890 GCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGT 3949

 55398740 AATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAG 55398785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3950 AATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAG 3995

Alignment time is 3.30312 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2818] =>      2818 nucs 'mol-32-3101-151770_2818'

Score:        2765
Aligned:      2820        nucs
Identic:      2815 (100%) nucs =>      2337 (100%)       478 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393378,55395718] EXCISED REGION [55395722,55396200]
 second seq =>  [       1,    2339] EXCISED REGION [    2340,    2818]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         3 nucs [55395719,55395721]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        17 nucs [55395719,55395735] to [55395722,55395738]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55395719,55395719] to [55395721,55395721]
 second seq =>         0 nucs

 55393378 ATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGT 55393437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGT 60

 55393438 GGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTG 55393497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTG 120

 55393498 TTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATG 55393557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATG 180

 55393558 TATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTT 55393617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTT 240

 55393618 GAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTC 55393677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTC 300

 55393678 AGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTC 55393737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTC 360

 55393738 TAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAAT 55393797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAAT 420

 55393798 AGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTT 55393857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTT 480

 55393858 TTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACCAT 55393917
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      481 TTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACCAT 540

 55393918 CTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCT 55393977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCT 600

 55393978 CCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTT 55394037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTT 660

 55394038 TTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGT 55394097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGT 720

 55394098 GATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGT 55394157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGT 780

 55394158 AAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGT 55394217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGT 840

 55394218 TTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTG 55394277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
      841 TTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTT-CTATTTTCTGTTTG 899

 55394278 ATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGAT 55394337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 ATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGAT 959

 55394338 AGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTG 55394397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 AGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTG 1019

 55394398 AGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCG 55394457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCG 1079

 55394458 TCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATT 55394517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATT 1139

 55394518 GTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGC 55394577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 GTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGC 1199

 55394578 CAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGT 55394637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 CAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGT 1259

 55394638 CTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCT 55394697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCT 1319

 55394698 TTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTA 55394757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTA 1379

 55394758 AGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCT 55394817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 AGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCT 1439

 55394818 GCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTT 55394877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTT 1499

 55394878 AATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCA 55394937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 AATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCA 1559

 55394938 TCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTC 55394997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTC 1619

 55394998 ATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAA 55395057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 ATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAA 1679

 55395058 TTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGA 55395117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGA 1739

 55395118 GATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGT 55395177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 GATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGT 1799

 55395178 AAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATG 55395237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 AAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATG 1859

 55395238 TGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTC 55395297
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1860 TGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCGGTTTGAGGTATGTC 1919

 55395298 TTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGT 55395357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGT 1979

 55395358 TAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCA 55395417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCA 2039

 55395418 AGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCT 55395477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 AGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCT 2099

 55395478 CTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTT 55395537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 CTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTT 2159

 55395538 TTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACT 55395597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 TTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACT 2219

 55395598 TGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTC 55395657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 TGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTC 2279

 55395658 ACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGT 55395717
          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 ACCTCTATTAGATCAGTTT-GTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGT 2338

 55395718 A 55395718
          |
     2339 A 2339

EXCISED REGION

 55395722 TTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGA 55395781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 TTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGA 2399

 55395782 ATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGG 55395841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 ATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGG 2459

 55395842 TTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTT 55395901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTT 2519

 55395902 TTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGT 55395961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGT 2579

 55395962 TTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCA 55396021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 TTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCA 2639

 55396022 TTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATA 55396081
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 TTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATA 2699

 55396082 AGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCA 55396141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCA 2759

 55396142 ACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCC 55396200
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 ACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCC 2818

Alignment time is 2.34732 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    6249] =>      6249 nucs 'mol-32-3164-038907_6249'

Score:        6121
Aligned:      6250        nucs
Identic:      6235 (100%) nucs =>      3463 (100%)      2772 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393077,55396545] EXCISED REGION [55396546,55399326]
 second seq =>  [       1,    3467] EXCISED REGION [    3474,    6249]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3468,3473]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [3468,3473] to [3474,3479]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55393077 ATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTG 55393136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTG 60

 55393137 GTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTC 55393196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTC 120

 55393197 GCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAG 55393256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAG 180

 55393257 CTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTT 55393316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTT 240

 55393317 CTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTC 55393376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTC 300

 55393377 CATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTG 55393436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTG 360

 55393437 TGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATT 55393496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATT 420

 55393497 GTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAAT 55393556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAAT 480

 55393557 GTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGT 55393616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGT 540

 55393617 TGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGT 55393676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGT 600

 55393677 CAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCT 55393736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCT 660

 55393737 CTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAA 55393796
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGCGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAA 720

 55393797 TAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTT 55393856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTT 780

 55393857 TTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACCA 55393916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      781 TTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACCA 840

 55393917 TCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC 55393976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC 900

 55393977 TCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATT 55394036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATT 960

 55394037 TTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGG 55394096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGG 1020

 55394097 TGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTG 55394156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTG 1080

 55394157 TAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCG 55394216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCG 1140

 55394217 TTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTT 55394276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTT 1200

 55394277 GATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGA 55394336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGA 1260

 55394337 TAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATT 55394396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATT 1320

 55394397 GAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACC 55394456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACC 1380

 55394457 GTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAAT 55394516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAAT 1440

 55394517 TGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGG 55394576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGG 1500

 55394577 CCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGG 55394636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGG 1560

 55394637 TCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCC 55394696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCC 1620

 55394697 TTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTT 55394756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTT 1680

 55394757 AAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTC 55394816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTC 1740

 55394817 TGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTT 55394876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTT 1800

 55394877 TAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATC 55394936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATC 1860

 55394937 ATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCT 55394996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCT 1920

 55394997 CATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTA 55395056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTA 1980

 55395057 ATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATG 55395116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATG 2040

 55395117 AGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATG 55395176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATG 2100

 55395177 TAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCAT 55395236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCAT 2160

 55395237 GTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGT 55395296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGT 2220

 55395297 CTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATG 55395356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATG 2280

 55395357 TTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCC 55395416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCC 2340

 55395417 AAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTC 55395476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTC 2400

 55395477 TCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATT 55395536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATT 2460

 55395537 TTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAAC 55395596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAAC 2520

 55395597 TTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCT 55395656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCT 2580

 55395657 CACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTG 55395716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTG 2640

 55395717 TATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCT 55395776
          ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TATTTTTTTTTTTTTTTTTT--GTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCT 2698

 55395777 CCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAG 55395836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 CCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAG 2758

 55395837 CCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGT 55395896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 CCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGT 2818

 55395897 GGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGT 55395956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 GGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGT 2878

 55395957 TTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGC 55396016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 TTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGC 2938

 55396017 CGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTG 55396076
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 CGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTG 2998

 55396077 GTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCA 55396136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 GTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCA 3058

 55396137 GCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTG 55396196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 GCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTG 3118

 55396197 GTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGC 55396256
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 GTCCCTCAAGACTAGGAATCTACTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGC 3178

 55396257 CCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGA 55396316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 CCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGA 3238

 55396317 TCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATC 55396376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 TCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATC 3298

 55396377 AGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACT 55396436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 AGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACT 3358

 55396437 CACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGG 55396496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 CACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGG 3418

 55396497 CATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 55396545
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 CATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 3467

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3474 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 3533

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3534 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 3593

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3594 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 3653

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3654 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 3713

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3714 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 3773

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3774 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 3833

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3834 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 3893

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3894 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 3953

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3954 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 4013

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4014 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 4073

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4074 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 4133

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4134 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 4193

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     4194 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTACCATCTCA 4253

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4254 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 4313

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     4314 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTA-TTTTTTTTTTTTT 4372

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4373 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 4432

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4433 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 4492

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 55397625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4493 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 4552

 55397626 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 55397685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4553 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 4612

 55397686 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 55397745
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4613 ATGTCTTGCTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 4672

 55397746 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 55397805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4673 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 4732

 55397806 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 55397865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4733 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 4792

 55397866 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 55397925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4793 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 4852

 55397926 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 55397985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4853 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 4912

 55397986 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 55398045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4913 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 4972

 55398046 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 55398105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4973 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 5032

 55398106 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 55398165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5033 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 5092

 55398166 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 55398225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5093 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 5152

 55398226 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 55398285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5153 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 5212

 55398286 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 55398345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5213 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 5272

 55398346 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 55398405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5273 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 5332

 55398406 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 55398465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5333 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 5392

 55398466 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 55398525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5393 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 5452

 55398526 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 55398585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5453 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 5512

 55398586 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 55398645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5513 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 5572

 55398646 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 55398705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5573 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 5632

 55398706 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 55398765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5633 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 5692

 55398766 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 55398825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5693 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 5752

 55398826 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 55398885
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||
     5753 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC----AAAAAAAAAAAAAGGAA 5808

 55398886 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 55398945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5809 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 5868

 55398946 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 55399005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5869 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 5928

 55399006 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 55399065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5929 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 5988

 55399066 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 55399125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5989 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 6048

 55399126 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 55399185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6049 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 6108

 55399186 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 55399245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6109 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 6168

 55399246 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGTACATTCTTTATGAGTGAACATGGAAC 55399305
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     6169 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGCACATTCTTTATGAGTGAACATGGAAC 6228

 55399306 ATACACCAAAATGTACTATAT 55399326
          |||||||||||||||||||||
     6229 ATACACCAAAATGTACTATAT 6249

Alignment time is 5.1326 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3336] =>      3336 nucs 'mol-32-3164-038908_3336'

Score:        3254
Aligned:      3276        nucs
Identic:      3274 (100%) nucs =>       398 (100%)      2876 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55389730,55390127] EXCISED REGION [55390188,55393065]
 second seq =>  [       1,     398] EXCISED REGION [     459,    3336]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        60 nucs [55390128,55390187]
 second seq =>        60 nucs [399,458]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [399,399] to [459,459]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55390126,55390127] to [55390188,55390189]
 second seq =>         2 nucs [397,398] to [459,460]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55389730 TTTCTCTTGCGGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAAGGTGTCC 55389789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTCTCTTGCGGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAAGGTGTCC 60

 55389790 CAGAGATTCTGGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAACATCTTTATTTCT 55389849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGAGATTCTGGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAACATCTTTATTTCT 120

 55389850 GCCTCCATTTCGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTA 55389909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCCTCCATTTCGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTA 180

 55389910 GTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCT 55389969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCT 240

 55389970 GAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCA 55390029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCA 300

 55390030 ACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTT 55390089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTT 360

 55390090 GATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTC 55390127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTC 398

EXCISED REGION

 55390188 TCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAA 55390247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      459 TCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAA 518

 55390248 GTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGC 55390307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      519 GTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGC 578

 55390308 CTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATG 55390367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      579 CTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATG 638

 55390368 GCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGAT 55390427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      639 GCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGAT 698

 55390428 TGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTA 55390487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      699 TGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTA 758

 55390488 TTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATG 55390547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      759 TTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATG 818

 55390548 GGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCAT 55390607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      819 GGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCAT 878

 55390608 TTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGAT 55390667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      879 TTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGAT 938

 55390668 GCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTG 55390727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      939 GCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTG 998

 55390728 CAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACAC 55390787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      999 CAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACAC 1058

 55390788 TGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGC 55390847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1059 TGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGC 1118

 55390848 ATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGG 55390907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1119 ATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGG 1178

 55390908 ATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTT 55390967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1179 ATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTT 1238

 55390968 ATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCA 55391027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1239 ATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCA 1298

 55391028 GCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAA 55391087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1299 GCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAA 1358

 55391088 GATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTC 55391147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1359 GATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTC 1418

 55391148 TATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTG 55391207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1419 TATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTG 1478

 55391208 AAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACT 55391267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1479 AAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACT 1538

 55391268 GAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAAT 55391327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1539 GAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAAT 1598

 55391328 ATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCA 55391387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1599 ATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCA 1658

 55391388 TTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTAT 55391447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1659 TTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTAT 1718

 55391448 CATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCT 55391507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     1719 CATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTACCTCCCT 1778

 55391508 GTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATT 55391567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1779 GTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATT 1838

 55391568 CTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGAT 55391627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1839 CTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGAT 1898

 55391628 GGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 55391687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1899 GGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 1958

 55391688 TCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGG 55391747
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1959 CCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGG 2018

 55391748 CATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGT 55391807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2019 CATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGT 2078

 55391808 TGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACT 55391867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2079 TGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACT 2138

 55391868 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACAT 55391927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2139 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACAT 2198

 55391928 TGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAA 55391987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2199 TGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAA 2258

 55391988 AGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTT 55392047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2259 AGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTT 2318

 55392048 TTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCA 55392107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2319 TTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCA 2378

 55392108 GTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGG 55392167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2379 GTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGG 2438

 55392168 GATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGAC 55392227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2439 GATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGAC 2498

 55392228 TCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGA 55392287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2499 TCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGA 2558

 55392288 GGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATG 55392347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2559 GGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATG 2618

 55392348 CTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCT 55392407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2619 CTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCT 2678

 55392408 TGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGG 55392467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2679 TGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGG 2738

 55392468 GTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGAC 55392527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2739 GTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGAC 2798

 55392528 ATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACC 55392587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2799 ATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACC 2858

 55392588 TCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGA 55392647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2859 TCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGA 2918

 55392648 AATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCT 55392707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2919 AATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCT 2978

 55392708 GGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGC 55392767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2979 GGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGC 3038

 55392768 CTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAAT 55392827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3039 CTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAAT 3098

 55392828 TTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCT 55392887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3099 TTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCT 3158

 55392888 TTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTC 55392947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3159 TTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTC 3218

 55392948 TGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTC 55393007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3219 TGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTC 3278

 55393008 AATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTT 55393065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3279 AATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTT 3336

Alignment time is 2.7755 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5141] =>      5141 nucs 'mol-32-317a-156734_5141'

Score:        5129
Aligned:      5140        nucs
Identic:      5139 (100%) nucs =>      1130 (100%)      4009 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390558,55391687] EXCISED REGION [55391689,55395698]
 second seq =>  [       1,    1130] EXCISED REGION [    1132,    5141]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391688,55391688]
 second seq =>         1 nucs [1131,1131]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1131,1131] to [1132,1132]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55391686,55391687] to [55391689,55391690]
 second seq =>         2 nucs [1129,1130] to [1132,1133]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55390558 CTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAA 55390617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAA 60

 55390618 GGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTG 55390677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTG 120

 55390678 AAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTT 55390737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTT 180

 55390738 ATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTT 55390797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTT 240

 55390798 AATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAAT 55390857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAAT 300

 55390858 CTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTAT 55390917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTAT 360

 55390918 AGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATA 55390977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATA 420

 55390978 AGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTG 55391037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTG 480

 55391038 TTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGG 55391097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGG 540

 55391098 TTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTG 55391157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTG 600

 55391158 TTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTA 55391217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTA 660

 55391218 ATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCT 55391277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCT 720

 55391278 TTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTG 55391337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTG 780

 55391338 TTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAG 55391397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAG 840

 55391398 ACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGAT 55391457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGAT 900

 55391458 TTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGT 55391517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGT 960

 55391518 ATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCT 55391577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCT 1020

 55391578 CTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGC 55391637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGC 1080

 55391638 TCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 55391687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 1130

EXCISED REGION

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1132 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 1191

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1192 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 1251

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1252 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 1311

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1312 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 1371

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1372 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 1431

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1432 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 1491

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1492 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 1551

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1552 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 1611

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1612 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 1671

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1672 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 1731

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1732 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 1791

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1792 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 1851

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1852 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 1911

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 55392528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1912 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 1971

 55392529 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 55392588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1972 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 2031

 55392589 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 55392648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2032 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 2091

 55392649 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 55392708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2092 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 2151

 55392709 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 55392768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2152 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 2211

 55392769 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 55392828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2212 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 2271

 55392829 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 55392888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2272 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 2331

 55392889 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 55392948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2332 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 2391

 55392949 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 55393008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2392 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 2451

 55393009 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 55393068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2452 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 2511

 55393069 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 55393128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2512 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 2571

 55393129 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 55393188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2572 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 2631

 55393189 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 55393248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2632 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 2691

 55393249 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 55393308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2692 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 2751

 55393309 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 55393368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2752 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 2811

 55393369 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 55393428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2812 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 2871

 55393429 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 55393488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2872 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 2931

 55393489 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 55393548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2932 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 2991

 55393549 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 55393608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2992 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 3051

 55393609 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 55393668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3052 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 3111

 55393669 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 55393728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3112 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 3171

 55393729 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 55393788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3172 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 3231

 55393789 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 55393848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3232 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 3291

 55393849 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAG 55393908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3292 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAG 3351

 55393909 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 55393968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3352 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 3411

 55393969 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 55394028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3412 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 3471

 55394029 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 55394088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3472 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 3531

 55394089 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 55394148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3532 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 3591

 55394149 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 55394208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3592 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 3651

 55394209 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 55394268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3652 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 3711

 55394269 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 55394328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3712 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 3771

 55394329 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 55394388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3772 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 3831

 55394389 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 55394448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3832 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 3891

 55394449 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 55394508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3892 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 3951

 55394509 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 55394568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3952 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 4011

 55394569 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 55394628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4012 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 4071

 55394629 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 55394688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4072 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 4131

 55394689 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 55394748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4132 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 4191

 55394749 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 55394808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4192 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 4251

 55394809 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 55394868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4252 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 4311

 55394869 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 55394928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4312 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 4371

 55394929 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 55394988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4372 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 4431

 55394989 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 55395048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4432 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 4491

 55395049 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 55395108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4492 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 4551

 55395109 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 55395168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4552 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 4611

 55395169 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 55395228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4612 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 4671

 55395229 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 55395288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4672 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 4731

 55395289 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 55395348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4732 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 4791

 55395349 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 55395408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4792 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 4851

 55395409 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 55395468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4852 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 4911

 55395469 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 55395528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4912 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 4971

 55395529 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 55395588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4972 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 5031

 55395589 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 55395648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5032 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 5091

 55395649 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCAT 55395698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5092 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCAT 5141

Alignment time is 4.2519 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3929] =>      3929 nucs 'mol-32-3235-026007_3929'

Score:        3921
Aligned:      3921        nucs
Identic:      3921 (100%) nucs =>      2210 (100%)      1711 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55391689,55393898] EXCISED REGION [55393900,55395610]
 second seq =>  [       8,    2217] EXCISED REGION [    2219,    3929]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55393899,55393899]
 second seq =>         1 nucs [2218,2218]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2217,2217] to [2218,2218]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        8 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 67

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       68 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 127

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      128 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 187

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      188 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 247

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      248 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 307

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      308 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 367

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      368 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 427

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      428 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 487

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      488 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 547

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      548 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 607

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      608 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 667

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      668 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 727

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      728 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 787

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 55392528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      788 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 847

 55392529 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 55392588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      848 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 907

 55392589 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 55392648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      908 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 967

 55392649 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 55392708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      968 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 1027

 55392709 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 55392768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1028 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 1087

 55392769 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 55392828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1088 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 1147

 55392829 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 55392888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1148 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 1207

 55392889 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 55392948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1208 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 1267

 55392949 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 55393008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1268 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 1327

 55393009 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 55393068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1328 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 1387

 55393069 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 55393128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1388 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 1447

 55393129 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 55393188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1448 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 1507

 55393189 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 55393248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 1567

 55393249 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 55393308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1568 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 1627

 55393309 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 55393368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 1687

 55393369 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 55393428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1688 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 1747

 55393429 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 55393488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1748 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 1807

 55393489 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 55393548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1808 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 1867

 55393549 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 55393608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1868 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 1927

 55393609 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 55393668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 1987

 55393669 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 55393728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 2047

 55393729 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 55393788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2048 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 2107

 55393789 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 55393848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2108 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 2167

 55393849 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGC 55393898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGC 2217

EXCISED REGION

 55393900 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 55393959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 2278

 55393960 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 55394019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 2338

 55394020 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 55394079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 2398

 55394080 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 55394139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 2458

 55394140 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 55394199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 2518

 55394200 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 55394259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 2578

 55394260 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 55394319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 2638

 55394320 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 55394379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 2698

 55394380 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 55394439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 2758

 55394440 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 55394499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 2818

 55394500 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 55394559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 2878

 55394560 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 55394619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 2938

 55394620 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 55394679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 2998

 55394680 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 55394739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 3058

 55394740 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 55394799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 3118

 55394800 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 55394859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 3178

 55394860 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 55394919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 3238

 55394920 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 55394979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 3298

 55394980 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 55395039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 3358

 55395040 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 55395099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 3418

 55395100 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 55395159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 3478

 55395160 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 55395219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 3538

 55395220 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 55395279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 3598

 55395280 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 55395339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 3658

 55395340 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 55395399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 3718

 55395400 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 55395459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 3778

 55395460 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 55395519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 3838

 55395520 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 55395579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3839 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 3898

 55395580 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGC 55395610
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     3899 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGC 3929

Alignment time is 3.26566 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5015] =>      5015 nucs 'mol-32-3235-170531_5015'

Score:        4887
Aligned:      5008        nucs
Identic:      4997 (100%) nucs =>      1372 (100%)      3625 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55388438,55389815] EXCISED REGION [55389823,55393452]
 second seq =>  [       1,    1378] EXCISED REGION [    1386,    5015]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         7 nucs [55389816,55389822]
 second seq =>         7 nucs [1379,1385]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55389816,55389816] to [55389823,55389823]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55389814,55389815] to [55389823,55389824]
 second seq =>         2 nucs [1377,1378] to [1386,1387]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1379,1379] to [1385,1385]

 55388438 TTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGACACTTTTCTGAAGTTGCCTATCAGCTT 55388497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGACACTTTTCTGAAGTTGCCTATCAGCTT 60

 55388498 AAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTTTCTAGATATACGATCATGTCATCCACAAA 55388557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTTTCTAGATATACGATCATGTCATCCACAAA 120

 55388558 CAGGACAATTTGGCTTCCTGTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATATCCTTCTCCTGCCTA 55388617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGGACAATTTGGCTTCCTGTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATATCCTTCTCCTGCCTA 180

 55388618 ATTGCCCTGGTCAGAACTTCCAACACTATATTGAGTAAGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCC 55388677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTGCCCTGGTCAGAACTTCCAACACTATATTGAGTAAGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCC 240

 55388678 TGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGTCCATTCAGTATTATATTG 55388737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGTCCATTCAGTATTATATTG 300

 55388738 GCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTACTATTTTGAGATACGCCCCATCAATAACTAAT 55388797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTACTATTTTGAGATACGCCCCATCAATAACTAAT 360

 55388798 TTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGTTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATATA 55388857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGTTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATATA 420

 55388858 TTGAGATAATCATATGGTTTTTGTGGTTGGTTCTGTTTATATGCTGAATTATGTTTATTG 55388917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTGAGATAATCATATGGTTTTTGTGGTTGGTTCTGTTTATATGCTGAATTATGTTTATTG 480

 55388918 ATTTGTGTATGTTGAATCAGCTTTGCATTCTAGGGATGAAGGCCACTTGATCATGTTGGA 55388977
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      481 ATTTGTGTATGTTGAATCAGCTTTGCATTCTAGGGATGAAGACCACTTGATCATGTTGGA 540

 55388978 TAAGCTTTTTAATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTTTATTGAGGATTTGTGTGT 55389037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAAGCTTTTTAATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTTTATTGAGGATTTGTGTGT 600

 55389038 TGATGTTCATCAGAGATATTGGTCTAAAATTCTCTATTTTTGTTGTGTCTCTGCCAGGCT 55389097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGATGTTCATCAGAGATATTGGTCTAAAATTCTCTATTTTTGTTGTGTCTCTGCCAGGCT 660

 55389098 TTGGTATCAGGATAATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGGATTCCCTCTCTTTCTA 55389157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGGTATCAGGATAATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGAGGATTCCCTCTCTTTCTA 720

 55389158 TTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCCTTGTAACTCTGGTAGAATT 55389217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCCTTGTAACTCTGGTAGAATT 780

 55389218 CGGCTGTGAATCCATCTGGTTCTGGACTTTCTTTGGTTGGTAAGCTATTAGTTGTTGCCT 55389277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CGGCTGTGAATCCATCTGGTTCTGGACTTTCTTTGGTTGGTAAGCTATTAGTTGTTGCCT 840

 55389278 CAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATTCAGAGATTCAACTTCTTCCTGGTTTAGTCTTG 55389337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATTCAGAGATTCAACTTCTTCCTGGTTTAGTCTTG 900

 55389338 GGAGGGTGTGTGTGTCGAGGAATTTATCCATTTCTTCTAGATTTTCTAGTTTATTTGTGT 55389397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGAGGGTGTGTGTGTCGAGGAATTTATCCATTTCTTCTAGATTTTCTAGTTTATTTGTGT 960

 55389398 AGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGCAGTTTGTGTTTCTGTGGGATCGGTGGTGATAT 55389457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGCAGTTTGTGTTTCTGTGGGATCGGTGGTGATAT 1020

 55389458 CTCCTTTATCACTTTTTATTGCGTCTATTTTATTTTTCTCTCTTTTCTTCTTTATTAGTC 55389517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTCCTTTATCACTTTTTATTGCGTCTATTTTATTTTTCTCTCTTTTCTTCTTTATTAGTC 1080

 55389518 TTGATGGCGGTCTATCAATTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACCTGCTCCTGGATTCATTGA 55389577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTGATGGCGGTCTATCAATTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACCTGCTCCTGGATTCATTGA 1140

 55389578 TTTTTTGAAGGGTTTTTTGTGTCTCTATTTCCTTCAGTTCTGCTCTGATCTTAGTTATTT 55389637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTTTTGAAGGGTTTTTTGTGTCTCTATTTCCTTCAGTTCTGCTCTGATCTTAGTTATTT 1200

 55389638 CTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATGTGTTTGCTCTTGCTTCTCTAGTTCTTTTAATTGTG 55389697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATGTGTTTGCTCTTGCTTCTCTAGTTCTTTTAATTGTG 1260

 55389698 ATGTGAGAGTGTCAATTTTAGATCTTTTCTGCTTTCTCTTGCGGGCATTTAGTGCTATAA 55389757
          ||||.||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||
     1261 ATGTTAGGGTGTCAATTTTAGATCTTTCCTGCTTTCTCTTGTGGGCATTTAGTGCTATAA 1320

 55389758 ATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAAGGTGTCCCAGAGATTCTGGTATGTTGTGTCTTT 55389815
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAATGTGTCCCAGAGATTCTGGTATGTTGTGTCTTT 1378

EXCISED REGION

 55389823 TTGGTTTCAAATAACATCTTTATTTCTGCCTCCATTTCGTTATGTACCCACTAGTCATTC 55389882
          |||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||
     1386 TTGGTTTCAAAGAACATCTTTATTTCTGCCTTCATTTCGTTATGTACCCAGTAGTCATTC 1445

 55389883 AGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTG 55389942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1446 AGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTG 1505

 55389943 ATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTA 55390002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 ATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTA 1565

 55390003 CCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGT 55390062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 CCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGT 1625

 55390063 GGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATT 55390122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1626 GGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATT 1685

 55390123 AGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTT 55390182
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 AGGCCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTT 1745

 55390183 GTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAG 55390242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 GTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAG 1805

 55390243 TCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTG 55390302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 TCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTG 1865

 55390303 GGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATG 55390362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1866 GGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATG 1925

 55390363 TAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACT 55390422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 TAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACT 1985

 55390423 AGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCC 55390482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 AGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCC 2045

 55390483 CTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACAC 55390542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 CTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACAC 2105

 55390543 TGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAG 55390602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2106 TGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAG 2165

 55390603 CCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGT 55390662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 CCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGT 2225

 55390663 CAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTA 55390722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 CAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTA 2285

 55390723 AGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTA 55390782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 AGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTA 2345

 55390783 GACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTT 55390842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 GACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTT 2405

 55390843 GTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCT 55390902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 GTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCT 2465

 55390903 CAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGAT 55390962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 CAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGAT 2525

 55390963 TTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTA 55391022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2526 TTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTA 2585

 55391023 CCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTG 55391082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 CCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTG 2645

 55391083 TCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAA 55391142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 TCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAA 2705

 55391143 TGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATA 55391202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 TGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATA 2765

 55391203 GTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGT 55391262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2766 GTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGT 2825

 55391263 CCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGA 55391322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2826 CCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGA 2885

 55391323 AGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTAT 55391382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2886 AGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTAT 2945

 55391383 GGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTT 55391442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2946 GGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTT 3005

 55391443 TGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCC 55391502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3006 TGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCC 3065

 55391503 TCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATT 55391562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3066 TCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATT 3125

 55391563 CCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTT 55391622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3126 CCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTT 3185

 55391623 AAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGC 55391682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3186 AAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGC 3245

 55391683 AACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACT 55391742
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3246 AACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACT 3305

 55391743 ACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAC 55391802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3306 ACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAC 3365

 55391803 CATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCC 55391862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3366 CATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCC 3425

 55391863 AAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTG 55391922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3426 AAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTG 3485

 55391923 TACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTC 55391982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3486 TACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTC 3545

 55391983 GACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCT 55392042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3546 GACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCT 3605

 55392043 TTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGAT 55392102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3606 TTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGAT 3665

 55392103 TTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTC 55392162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3666 TTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTC 3725

 55392163 AAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAG 55392222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3726 AAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAG 3785

 55392223 ATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCA 55392282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3786 ATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCA 3845

 55392283 CATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGT 55392342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3846 CATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGT 3905

 55392343 TTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACT 55392402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3906 TTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACT 3965

 55392403 AACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCT 55392462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3966 AACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCT 4025

 55392463 GATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATA 55392522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4026 GATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATA 4085

 55392523 TTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGC 55392582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4086 TTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGC 4145

 55392583 TAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCA 55392642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4146 TAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCA 4205

 55392643 GTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTG 55392702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4206 GTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTG 4265

 55392703 GTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTA 55392762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4266 GTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTA 4325

 55392763 TTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCC 55392822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4326 TTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCC 4385

 55392823 AGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGT 55392882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4386 AGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGT 4445

 55392883 AGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTC 55392942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4446 AGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTC 4505

 55392943 ATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAG 55393002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4506 ATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAG 4565

 55393003 ACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATAT 55393062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4566 ACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATAT 4625

 55393063 TTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGT 55393122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4626 TTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGT 4685

 55393123 AGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGT 55393182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4686 AGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGT 4745

 55393183 TAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTT 55393242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4746 TAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTT 4805

 55393243 TAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTA 55393302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4806 TAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTA 4865

 55393303 GTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGG 55393362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4866 GTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGG 4925

 55393363 AGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTA 55393422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4926 AGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTA 4985

 55393423 TTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGT 55393452
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     4986 TTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGT 5015

Alignment time is 4.16856 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    8800] =>      8800 nucs 'mol-32-32f0-024393_8800'

Score:        8706
Aligned:      8796        nucs
Identic:      8787 (100%) nucs =>      5399 (100%)      3388 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55391143,55396545] EXCISED REGION [55396546,55399937]
 second seq =>  [       1,    5403] EXCISED REGION [    5410,    8800]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [5404,5409]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [5404,5409] to [5410,5415]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55391143 TGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATA 55391202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATA 60

 55391203 GTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGT 55391262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGT 120

 55391263 CCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGA 55391322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGA 180

 55391323 AGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTAT 55391382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTAT 240

 55391383 GGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTT 55391442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTT 300

 55391443 TGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCC 55391502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCC 360

 55391503 TCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATT 55391562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATT 420

 55391563 CCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTT 55391622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTT 480

 55391623 AAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGC 55391682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGC 540

 55391683 AACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACT 55391742
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACT 600

 55391743 ACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAC 55391802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAC 660

 55391803 CATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCC 55391862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCC 720

 55391863 AAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTG 55391922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTG 780

 55391923 TACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTC 55391982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTC 840

 55391983 GACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCT 55392042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCT 900

 55392043 TTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGAT 55392102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGAT 960

 55392103 TTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTC 55392162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTC 1020

 55392163 AAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAG 55392222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAG 1080

 55392223 ATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCA 55392282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCA 1140

 55392283 CATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGT 55392342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGT 1200

 55392343 TTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACT 55392402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACT 1260

 55392403 AACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCT 55392462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCT 1320

 55392463 GATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATA 55392522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATA 1380

 55392523 TTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGC 55392582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGC 1440

 55392583 TAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCA 55392642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCA 1500

 55392643 GTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTG 55392702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTG 1560

 55392703 GTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTA 55392762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTA 1620

 55392763 TTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCC 55392822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCC 1680

 55392823 AGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGT 55392882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGT 1740

 55392883 AGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTC 55392942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTC 1800

 55392943 ATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAG 55393002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAG 1860

 55393003 ACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATAT 55393062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATAT 1920

 55393063 TTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGT 55393122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGT 1980

 55393123 AGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGT 55393182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGT 2040

 55393183 TAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTT 55393242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTT 2100

 55393243 TAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTA 55393302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTA 2160

 55393303 GTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGG 55393362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGG 2220

 55393363 AGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTA 55393422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTA 2280

 55393423 TTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTA 55393482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTA 2340

 55393483 ATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGG 55393542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGG 2400

 55393543 CACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGT 55393602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGT 2460

 55393603 TGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGAT 55393662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGAT 2520

 55393663 CTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGAT 55393722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGAT 2580

 55393723 CTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCAT 55393782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCAT 2640

 55393783 ATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATG 55393842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 ATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATG 2700

 55393843 CCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGA 55393902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2701 CCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGA 2760

 55393903 GTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATT 55393962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATT 2820

 55393963 CTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAG 55394022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAG 2880

 55394023 CTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAA 55394082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAA 2940

 55394083 CTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTT 55394142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 CTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTT 3000

 55394143 GATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTT 55394202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTT 3060

 55394203 CTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTT 55394262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 CTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTT 3120

 55394263 TCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGT 55394322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGT 3180

 55394323 CATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTC 55394382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 CATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTC 3240

 55394383 TGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTG 55394442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTG 3300

 55394443 GATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGC 55394502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 GATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGC 3360

 55394503 TTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT 55394562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT 3420

 55394563 TTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACC 55394622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 TTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACC 3480

 55394623 TCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAG 55394682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAG 3540

 55394683 GAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGG 55394742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGG 3600

 55394743 AGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTT 55394802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 AGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTT 3660

 55394803 TCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTC 55394862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTC 3720

 55394863 TCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTG 55394922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTG 3780

 55394923 TACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGT 55394982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGT 3840

 55394983 CCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGA 55395042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 CCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGA 3900

 55395043 CCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGT 55395102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 CCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGT 3960

 55395103 GAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCT 55395162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCT 4020

 55395163 TGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAG 55395222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAG 4080

 55395223 GCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCC 55395282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 GCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCC 4140

 55395283 AGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTT 55395342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 AGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTT 4200

 55395343 CCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCT 55395402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 CCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCT 4260

 55395403 CAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTT 55395462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 CAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTT 4320

 55395463 GTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTT 55395522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 GTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTT 4380

 55395523 ATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAG 55395582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 ATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAG 4440

 55395583 ATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCT 55395642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 ATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCT 4500

 55395643 TGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCA 55395702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCA 4560

 55395703 TCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTG 55395762
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 TCTTTTAGCTCCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTG 4620

 55395763 GGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTAT 55395822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 GGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTAT 4680

 55395823 GCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGG 55395882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 GCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGG 4740

 55395883 TAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGT 55395942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 TAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGT 4800

 55395943 TGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAA 55396002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 TGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAA 4860

 55396003 ACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCA 55396062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     4861 ACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCA 4920

 55396063 AGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGA 55396122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 AGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGA 4980

 55396123 TTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACC 55396182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 TTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACC 5040

 55396183 AGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTT 55396242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 AGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTT 5100

 55396243 CCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGG 55396302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 CCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGG 5160

 55396303 TAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTT 55396362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 TAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTT 5220

 55396363 GCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACC 55396422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 GCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACC 5280

 55396423 AGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGG 55396482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 AGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGG 5340

 55396483 TGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTC 55396542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 TGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTC 5400

 55396543 TAA 55396545
          |||
     5401 TAA 5403

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5410 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 5469

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5470 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 5529

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5530 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 5589

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5590 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 5649

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5650 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 5709

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5710 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 5769

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5770 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 5829

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5830 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 5889

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5890 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 5949

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5950 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 6009

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6010 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 6069

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6070 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 6129

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6130 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 6189

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6190 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 6249

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTA-TTTTTTTTTTTTT 55397444
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     6250 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 6309

 55397445 TTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGA 55397504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6310 TTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGA 6369

 55397505 TCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCC 55397564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6370 TCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCC 6429

 55397565 TTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGAT 55397624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6430 TTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGAT 6489

 55397625 TTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATG 55397684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6490 TTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATG 6549

 55397685 TATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTT 55397744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6550 TATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTT 6609

 55397745 TTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTG 55397804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6610 TTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTG 6669

 55397805 TCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTC 55397864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6670 TCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTC 6729

 55397865 TGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAA 55397924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6730 TGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAA 6789

 55397925 TTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACA 55397984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6790 TTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACA 6849

 55397985 ATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACAC 55398044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6850 ATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACAC 6909

 55398045 AGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTAT 55398104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6910 AGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTAT 6969

 55398105 TATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATG 55398164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6970 TATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATG 7029

 55398165 TGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTT 55398224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7030 TGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTT 7089

 55398225 GGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATAC 55398284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7090 GGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATAC 7149

 55398285 ATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGT 55398344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7150 ATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGT 7209

 55398345 AAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACA 55398404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7210 AAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACA 7269

 55398405 AATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAA 55398464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7270 AATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAA 7329

 55398465 GTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGG 55398524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7330 GTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGG 7389

 55398525 TATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGA 55398584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7390 TATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGA 7449

 55398585 GGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCT 55398644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7450 GGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCT 7509

 55398645 CTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAAT 55398704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7510 CTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAAT 7569

 55398705 ATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGC 55398764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7570 ATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGC 7629

 55398765 AGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCC 55398824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7630 AGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCC 7689

 55398825 ACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGA 55398884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
     7690 ACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC--AAAAAAAAAAAAAAAGGA 7747

 55398885 ACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTA 55398944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7748 ACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTA 7807

 55398945 AATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAA 55399004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7808 AATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAA 7867

 55399005 TGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAA 55399064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7868 TGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAA 7927

 55399065 CAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCA 55399124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7928 CAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCA 7987

 55399125 AAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATA 55399184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7988 AAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATA 8047

 55399185 ATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACAT 55399244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8048 ATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACAT 8107

 55399245 CTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGTACATTCTTTATGAGTGAACATGGAA 55399304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     8108 CTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGCACATTCTTTATGAGTGAACATGGAA 8167

 55399305 CATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGATTTAACAAGCCTTAACAAGTCATACCATA 55399364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8168 CATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGATTTAACAAGCCTTAACAAGTCATACCATA 8227

 55399365 AACTTTCAACCTCAATAGACTTAAACTAGAAATTAATAACACAAAAATATCTGAAAGTGT 55399424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8228 AACTTTCAACCTCAATAGACTTAAACTAGAAATTAATAACACAAAAATATCTGAAAGTGT 8287

 55399425 TCTAATATTTAGAAATTAAACAATATCCATAAATAATTCATGGGTGAAAGTGAAAATTTC 55399484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8288 TCTAATATTTAGAAATTAAACAATATCCATAAATAATTCATGGGTGAAAGTGAAAATTTC 8347

 55399485 TAGAAAGAATTTTTAAAAATATTTGAAACTAAATGAAAACTCATCATCCCAAATTAGCAG 55399544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8348 TAGAAAGAATTTTTAAAAATATTTGAAACTAAATGAAAACTCATCATCCCAAATTAGCAG 8407

 55399545 CATGCAACAATAGCAGCACTTTGAGGAACATTTATAGTACTGAAGGTATACATTTTAAAA 55399604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8408 CATGCAACAATAGCAGCACTTTGAGGAACATTTATAGTACTGAAGGTATACATTTTAAAA 8467

 55399605 ATGAAAAATCCCAATAACACAAGCTTCTACCTAAGAAAATTAGAGAAGAAGTTCAAGCCT 55399664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8468 ATGAAAAATCCCAATAACACAAGCTTCTACCTAAGAAAATTAGAGAAGAAGTTCAAGCCT 8527

 55399665 AAACCAAGTAGAGTGAAGAAAATAATAATATTAGAATAGAAATAAGTTAAACTGAAAACA 55399724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8528 AAACCAAGTAGAGTGAAGAAAATAATAATATTAGAATAGAAATAAGTTAAACTGAAAACA 8587

 55399725 GAAAAACAATACAGGAAATAAAATCAAAAGCTAGTTCTTTGAAAAGCACAATGAAACTCA 55399784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8588 GAAAAACAATACAGGAAATAAAATCAAAAGCTAGTTCTTTGAAAAGCACAATGAAACTCA 8647

 55399785 TAAACTTCATTTCAGCTTAATAGAGAAAGAGACAATGTGAGAAAGAGATAAAGAAGACAC 55399844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8648 TAAACTTCATTTCAGCTTAATAGAGAAAGAGACAATGTGAGAAAGAGATAAAGAAGACAC 8707

 55399845 ACATTACCAATATCAGAAATAAAGAGGGGACATTACTCTTCTTCATACTCCAGACAGCAA 55399904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8708 ACATTACCAATATCAGAAATAAAGAGGGGACATTACTCTTCTTCATACTCCAGACAGCAA 8767

 55399905 CAGGATAATAAGTTTGATATCATGAACAACTCT 55399937
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     8768 CAGGATAATAAGTTTGATATCATGAACAACTCT 8800

Alignment time is 10.1077 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5342] =>      5342 nucs 'mol-32-32f0-026219_5342'

Score:        5330
Aligned:      5341        nucs
Identic:      5340 (100%) nucs =>      1328 (100%)      4012 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390360,55391687] EXCISED REGION [55391689,55395701]
 second seq =>  [       1,    1328] EXCISED REGION [    1330,    5342]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391688,55391688]
 second seq =>         1 nucs [1329,1329]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1329,1329] to [1330,1330]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55391686,55391687] to [55391689,55391690]
 second seq =>         2 nucs [1327,1328] to [1330,1331]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55390360 ATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAG 55390419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAG 60

 55390420 ACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCA 55390479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCA 120

 55390480 TCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCA 55390539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCA 180

 55390540 CACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATT 55390599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATT 240

 55390600 TAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTT 55390659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTT 300

 55390660 TGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTG 55390719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTG 360

 55390720 GTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGT 55390779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGT 420

 55390780 GTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGC 55390839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGC 480

 55390840 TTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTT 55390899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTT 540

 55390900 TCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGT 55390959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGT 600

 55390960 GATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAG 55391019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAG 660

 55391020 TTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAAT 55391079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAAT 720

 55391080 TTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTC 55391139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTC 780

 55391140 CAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGC 55391199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGC 840

 55391200 ATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTT 55391259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTT 900

 55391260 TGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCA 55391319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCA 960

 55391320 GGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATG 55391379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATG 1020

 55391380 TATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTT 55391439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTT 1080

 55391440 GTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTT 55391499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTT 1140

 55391500 GCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGT 55391559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGT 1200

 55391560 ATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTT 55391619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTT 1260

 55391620 TTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCAC 55391679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCAC 1320

 55391680 TGCAACCA 55391687
          ||||||||
     1321 TGCAACCA 1328

EXCISED REGION

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1330 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 1389

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1390 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 1449

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1450 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 1509

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1510 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 1569

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1570 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 1629

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1630 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 1689

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1690 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 1749

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1750 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 1809

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1810 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 1869

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1870 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 1929

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1930 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 1989

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1990 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 2049

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2050 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 2109

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 55392528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2110 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 2169

 55392529 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 55392588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2170 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 2229

 55392589 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 55392648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2230 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 2289

 55392649 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 55392708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2290 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 2349

 55392709 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 55392768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2350 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 2409

 55392769 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 55392828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2410 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 2469

 55392829 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 55392888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2470 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 2529

 55392889 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 55392948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2530 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 2589

 55392949 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 55393008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2590 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 2649

 55393009 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 55393068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2650 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 2709

 55393069 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 55393128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2710 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 2769

 55393129 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 55393188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2770 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 2829

 55393189 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 55393248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2830 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 2889

 55393249 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 55393308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2890 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 2949

 55393309 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 55393368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2950 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 3009

 55393369 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 55393428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3010 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 3069

 55393429 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 55393488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3070 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 3129

 55393489 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 55393548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3130 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 3189

 55393549 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 55393608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3190 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 3249

 55393609 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 55393668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3250 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 3309

 55393669 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 55393728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3310 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 3369

 55393729 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 55393788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3370 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 3429

 55393789 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 55393848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3430 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 3489

 55393849 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAG 55393908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3490 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAG 3549

 55393909 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 55393968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3550 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 3609

 55393969 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 55394028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3610 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 3669

 55394029 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 55394088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3670 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 3729

 55394089 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 55394148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3730 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 3789

 55394149 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 55394208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3790 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 3849

 55394209 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 55394268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3850 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 3909

 55394269 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 55394328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3910 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 3969

 55394329 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 55394388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3970 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 4029

 55394389 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 55394448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4030 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 4089

 55394449 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 55394508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4090 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 4149

 55394509 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 55394568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4150 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 4209

 55394569 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 55394628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4210 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 4269

 55394629 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 55394688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4270 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 4329

 55394689 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 55394748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4330 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 4389

 55394749 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 55394808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4390 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 4449

 55394809 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 55394868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4450 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 4509

 55394869 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 55394928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4510 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 4569

 55394929 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 55394988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4570 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 4629

 55394989 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 55395048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4630 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 4689

 55395049 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 55395108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4690 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 4749

 55395109 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 55395168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4750 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 4809

 55395169 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 55395228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4810 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 4869

 55395229 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 55395288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4870 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 4929

 55395289 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 55395348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4930 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 4989

 55395349 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 55395408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4990 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 5049

 55395409 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 55395468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5050 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 5109

 55395469 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 55395528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5110 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 5169

 55395529 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 55395588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5170 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 5229

 55395589 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 55395648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5230 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 5289

 55395649 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTC 55395701
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5290 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTC 5342

Alignment time is 4.43853 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3326] =>      3326 nucs 'mol-32-32f0-119863_3326'

Score:        3164
Aligned:      3334        nucs
Identic:      3303 ( 99%) nucs =>       129 (100%)      3174 ( 99%)
Gaps:           24 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390127,55390255] EXCISED REGION [55390261,55393454]
 second seq =>  [       1,     129] EXCISED REGION [     135,    3326]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         5 nucs [55390256,55390260]
 second seq =>         5 nucs [130,134]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55390255,55390255] to [55390261,55390261]
 second seq =>         1 nucs [129,129] to [135,135]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [130,130] to [134,134]

 55390127 CCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTG 55390186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTG 60

 55390187 GTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTA 55390246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTA 120

 55390247 AGTCTCTTT 55390255
          |||||||||
      121 AGTCTCTTT 129

EXCISED REGION

 55390261 TCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTAC----ATATT 55390316
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||        |||||
      135 TCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCTGTATTGGGTGC----ATATATATT 190

 55390317 TAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTC 55390376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||| 
      191 TAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCCCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTT- 249

 55390377 GTT----TCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAA 55390432
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      250 ---TGTCTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAA 306

 55390433 CCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTC---GTAGATCTTCCTCCATCCCTTTATT 55390489
          |||||||| ||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||.|||| |
      307 CCCCTGCC-TTTTTTTGTTTTCCATTTGC---TTGGTAGATCTTCCTCCATCCTTTTA-T 361

 55390490 TTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATGGG 55390549
          ||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
      362 TTGAGCCTATGTGTGTCTCTGCACGTGAGATGGGTTTCCTGAATACAGCACACTGATGGG 421

 55390550 TCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTT 55390609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      422 TCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTT 481

 55390610 ACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGC 55390669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      482 ACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGC 541

 55390670 ATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCA 55390729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      542 ATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCA 601

 55390730 AATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTG 55390789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      602 AATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTG 661

 55390790 TTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCAT 55390849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      662 TTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCAT 721

 55390850 CATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGAT 55390909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      722 CATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGAT 781

 55390910 TTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTAT 55390969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      782 TTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTAT 841

 55390970 ATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGC 55391029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      842 ATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGC 901

 55391030 ACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGA 55391089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      902 ACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGA 961

 55391090 TTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTA 55391149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      962 TTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTA 1021

 55391150 TGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAA 55391209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1022 TGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAA 1081

 55391210 GTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGA 55391269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1082 GTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGA 1141

 55391270 GGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATAT 55391329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1142 GGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATAT 1201

 55391330 CATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATT 55391389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1202 CATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATT 1261

 55391390 TTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCA 55391449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1262 TTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCA 1321

 55391450 TCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGT 55391509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1322 TCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGT 1381

 55391510 TTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCT 55391569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1382 TTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCT 1441

 55391570 TTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGG 55391629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1442 TTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGG 1501

 55391630 AGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCATC 55391689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1502 AGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCACC 1561

 55391690 ACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCA 55391749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1562 ACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCA 1621

 55391750 TGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTG 55391809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1622 TGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTG 1681

 55391810 GCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGC 55391869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1682 GCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGC 1741

 55391870 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTG 55391929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1742 TGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTG 1801

 55391930 GTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAG 55391989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1802 GTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAG 1861

 55391990 ACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTT 55392049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1862 ACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTT 1921

 55392050 TTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGT 55392109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1922 TTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGT 1981

 55392110 ACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGA 55392169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1982 ACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGA 2041

 55392170 TTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTC 55392229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2042 TTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTC 2101

 55392230 ATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGG 55392289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2102 ATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGG 2161

 55392290 GAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCT 55392349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2162 GAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCT 2221

 55392350 TTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTG 55392409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2222 TTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTG 2281

 55392410 CATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGT 55392469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2282 CATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGT 2341

 55392470 TCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACAT 55392529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2342 TCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACAT 2401

 55392530 GAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTC 55392589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2402 GAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTC 2461

 55392590 ATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAA 55392649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2462 ATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAA 2521

 55392650 TTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGG 55392709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2522 TTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGG 2581

 55392710 GCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCT 55392769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2582 GCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCT 2641

 55392770 GTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTT 55392829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2642 GTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTT 2701

 55392830 ATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTT 55392889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2702 ATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTT 2761

 55392890 GAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTG 55392949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2762 GAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTG 2821

 55392950 ATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAA 55393009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2822 ATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAA 2881

 55393010 TTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATG 55393069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2882 TTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATG 2941

 55393070 TATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATT 55393129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2942 TATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATT 3001

 55393130 GGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTA 55393189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3002 GGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTA 3061

 55393190 AGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTT 55393249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3062 AGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTT 3121

 55393250 ACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAA 55393309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3122 ACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAA 3181

 55393310 GGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGT 55393369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3182 GGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGT 3241

 55393370 TAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACAT 55393429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3242 TAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACAT 3301

 55393430 TGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTT 55393454
          |||||||||||||||||||||||||
     3302 TGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTT 3326

Alignment time is 2.77509 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5322] =>      5322 nucs 'mol-32-32fb-077130_5322'

Score:        5231
Aligned:      5318        nucs
Identic:      5306 (100%) nucs =>      1737 (100%)      3569 (100%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393959,55395696] EXCISED REGION [55395705,55399278]
 second seq =>  [       1,    1737] EXCISED REGION [    1745,    5321]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         8 nucs [55395697,55395704]
 second seq =>         7 nucs [1738,1744]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55395696,55395696] to [55395704,55395704]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         3 nucs [1738,1740] to [1742,1744]

 55393959 GATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGC 55394018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGC 60

 55394019 CTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCT 55394078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCT 120

 55394079 TCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTT 55394138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTT 180

 55394139 TTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATT 55394198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATT 240

 55394199 TTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTT 55394258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTT 300

 55394259 TTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGG 55394318
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTT-CTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGG 359

 55394319 GTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCC 55394378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 GTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCC 419

 55394379 ACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATG 55394438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 ACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATG 479

 55394439 TGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAG 55394498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAG 539

 55394499 TTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTT 55394558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTT 599

 55394559 TGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAG 55394618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 TGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAG 659

 55394619 GACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGA 55394678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 GACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGA 719

 55394679 GAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGG 55394738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 GAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGG 779

 55394739 CTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAA 55394798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAA 839

 55394799 AGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTT 55394858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 AGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTT 899

 55394859 CTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAG 55394918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 CTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAG 959

 55394919 TGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCT 55394978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 TGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCT 1019

 55394979 ATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGA 55395038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 ATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGA 1079

 55395039 GGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAA 55395098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAA 1139

 55395099 CAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCT 55395158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 CAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCT 1199

 55395159 CCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTG 55395218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 CCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTG 1259

 55395219 TGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATT 55395278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 TGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATT 1319

 55395279 ACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGC 55395338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 ACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGC 1379

 55395339 ATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATA 55395398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 ATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATA 1439

 55395399 TCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTG 55395458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTG 1499

 55395459 ATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTT 55395518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 ATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTT 1559

 55395519 TGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTC 55395578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTC 1619

 55395579 TGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAA 55395638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAA 1679

 55395639 TTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACC 55395696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACC 1737

EXCISED REGION

 55395705 TTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGG 55395764
          |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1745 TTTTAGCTCCTGTA-TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGG 1803

 55395765 TTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGC 55395824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1804 TTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGC 1863

 55395825 CTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTA 55395884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 CTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTA 1923

 55395885 AGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTG 55395944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 AGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTG 1983

 55395945 TTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAAC 55396004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 TTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAAC 2043

 55396005 CTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAG 55396064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2044 CTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAG 2103

 55396065 GGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATT 55396124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 GGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATT 2163

 55396125 TCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAG 55396184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2164 TCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAG 2223

 55396185 CCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCC 55396244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 CCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCC 2283

 55396245 TGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTA 55396304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2284 TGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTA 2343

 55396305 GTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGC 55396364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2344 GTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGC 2403

 55396365 CTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAG 55396424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2404 CTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAG 2463

 55396425 CATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTG 55396484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 CATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTG 2523

 55396485 TAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTA 55396544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2524 TAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTA 2583

 55396545 A------TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTT 55396598
          |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2584 ATTTAACTTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTT 2643

 55396599 AACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGG 55396658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2644 AACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGG 2703

 55396659 ATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTT 55396718
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2704 ATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTT 2763

 55396719 TCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCC 55396778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2764 TCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCC 2823

 55396779 CCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGT 55396838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2824 CCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGT 2883

 55396839 ATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATG 55396898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2884 ATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATG 2943

 55396899 TCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATA 55396958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2944 TCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATA 3003

 55396959 TATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTT 55397018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3004 TATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTT 3063

 55397019 GCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAAT 55397078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3064 GCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAAT 3123

 55397079 TTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATC 55397138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3124 TTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATC 3183

 55397139 TTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACC 55397198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3184 TTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACC 3243

 55397199 CACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTT 55397258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3244 CACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTT 3303

 55397259 GACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGC 55397318
          ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3304 GAC-TTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGC 3362

 55397319 CATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTT 55397378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3363 CATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTT 3422

 55397379 CCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTT 55397438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3423 CCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTT 3482

 55397439 TTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACC 55397498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3483 TTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACC 3542

 55397499 TCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCAC 55397558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3543 TCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCAC 3602

 55397559 CTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGT 55397618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3603 CTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGT 3662

 55397619 TTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGC 55397678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3663 TTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGC 3722

 55397679 CACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGG 55397738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3723 CACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGG 3782

 55397739 GATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGA 55397798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3783 GATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGA 3842

 55397799 CCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGT 55397858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3843 CCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGT 3902

 55397859 TTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATT 55397918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3903 TTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATT 3962

 55397919 TGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGC 55397978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3963 TGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGC 4022

 55397979 AGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATA 55398038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4023 AGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATA 4082

 55398039 CTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGA 55398098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4083 CTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGA 4142

 55398099 GACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACT 55398158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4143 GACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACT 4202

 55398159 GATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTG 55398218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4203 GATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTG 4262

 55398219 GGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGT 55398278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4263 GGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGT 4322

 55398279 TTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCAT 55398338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4323 TTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCAT 4382

 55398339 GTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAAC 55398398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4383 GTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAAC 4442

 55398399 AAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTA 55398458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4443 AAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTA 4502

 55398459 TTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAG 55398518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4503 TTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAG 4562

 55398519 TAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 55398578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4563 TAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 4622

 55398579 CAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACC 55398638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4623 CAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACC 4682

 55398639 CTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCA 55398698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4683 CTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCA 4742

 55398699 ATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGC 55398758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4743 ATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGC 4802

 55398759 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACC 55398818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4803 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACC 4862

 55398819 ACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAA 55398878
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     4863 ACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAA 4921

 55398879 AAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAA 55398938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4922 AAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAA 4981

 55398939 ATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATT 55398998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4982 ATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATT 5041

 55398999 ACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCC 55399058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5042 ACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCC 5101

 55399059 TAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGAC 55399118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5102 TAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGAC 5161

 55399119 AAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAG 55399178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5162 AAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAG 5221

 55399179 AAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAAC 55399238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5222 AAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAAC 5281

 55399239 TGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATG 55399278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5282 TGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATG 5321

Alignment time is 4.39756 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5665] =>      5665 nucs 'mol-32-32fb-078198_5665'

Score:        5653
Aligned:      5664        nucs
Identic:      5663 (100%) nucs =>      1640 (100%)      4023 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390048,55391687] EXCISED REGION [55391689,55395712]
 second seq =>  [       1,    1640] EXCISED REGION [    1642,    5665]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391688,55391688]
 second seq =>         1 nucs [1641,1641]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1641,1641] to [1642,1642]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55391686,55391687] to [55391689,55391690]
 second seq =>         2 nucs [1639,1640] to [1642,1643]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55390048 GAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTT 55390107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTT 60

 55390108 CTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTT 55390167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTT 120

 55390168 TTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATT 55390227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATT 180

 55390228 ATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTG 55390287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTG 240

 55390288 GGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGAT 55390347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGAT 300

 55390348 CTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCT 55390407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCT 360

 55390408 GTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTA 55390467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTA 420

 55390468 GATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTC 55390527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTC 480

 55390528 CTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTT 55390587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTT 540

 55390588 AATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGG 55390647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGG 600

 55390648 AGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGG 55390707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGG 660

 55390708 TGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGT 55390767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGT 720

 55390768 TTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTT 55390827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTT 780

 55390828 TGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGT 55390887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGT 840

 55390888 TTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAAT 55390947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAAT 900

 55390948 CCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCAT 55391007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCAT 960

 55391008 ATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTA 55391067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTA 1020

 55391068 TTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACAC 55391127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACAC 1080

 55391128 TCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTG 55391187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTG 1140

 55391188 TAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGC 55391247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGC 1200

 55391248 TAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTT 55391307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTT 1260

 55391308 TTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAAT 55391367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAAT 1320

 55391368 TGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAA 55391427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAA 1380

 55391428 GTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTA 55391487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTA 1440

 55391488 TAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCT 55391547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCT 1500

 55391548 AATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAA 55391607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAA 1560

 55391608 TGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATG 55391667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATG 1620

 55391668 ATCTTGGCTCACTGCAACCA 55391687
          ||||||||||||||||||||
     1621 ATCTTGGCTCACTGCAACCA 1640

EXCISED REGION

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1642 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 1701

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1702 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 1761

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1762 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 1821

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1822 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 1881

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1882 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 1941

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1942 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 2001

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2002 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 2061

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 2121

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2122 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 2181

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 2241

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 2301

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 2361

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 2421

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 55392528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 2481

 55392529 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 55392588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 2541

 55392589 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 55392648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 2601

 55392649 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 55392708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 2661

 55392709 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 55392768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 2721

 55392769 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 55392828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 2781

 55392829 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 55392888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 2841

 55392889 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 55392948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 2901

 55392949 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 55393008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 2961

 55393009 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 55393068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 3021

 55393069 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 55393128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 3081

 55393129 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 55393188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 3141

 55393189 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 55393248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 3201

 55393249 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 55393308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 3261

 55393309 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 55393368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 3321

 55393369 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 55393428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3322 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 3381

 55393429 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 55393488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3382 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 3441

 55393489 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 55393548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3442 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 3501

 55393549 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 55393608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3502 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 3561

 55393609 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 55393668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3562 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 3621

 55393669 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 55393728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3622 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 3681

 55393729 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 55393788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3682 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATAT 3741

 55393789 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 55393848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3742 ATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTC 3801

 55393849 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAG 55393908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3802 CTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAG 3861

 55393909 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 55393968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3862 TGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTG 3921

 55393969 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 55394028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3922 CCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATT 3981

 55394029 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 55394088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3982 TTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTG 4041

 55394089 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 55394148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4042 ACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTAT 4101

 55394149 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 55394208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4102 TGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTT 4161

 55394209 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 55394268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4162 AAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATT 4221

 55394269 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 55394328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4222 TTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGC 4281

 55394329 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 55394388
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4282 AAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTC 4341

 55394389 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 55394448
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4342 TTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTT 4401

 55394449 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 55394508
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4402 ATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATA 4461

 55394509 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 55394568
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4462 GGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTT 4521

 55394569 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 55394628
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4522 GGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGT 4581

 55394629 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 55394688
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4582 GAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTT 4641

 55394689 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 55394748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4642 ATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTC 4701

 55394749 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 55394808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4702 TTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCC 4761

 55394809 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 55394868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4762 AAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTA 4821

 55394869 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 55394928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4822 ACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGG 4881

 55394929 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 55394988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4882 GGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCAC 4941

 55394989 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 55395048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4942 CCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGT 5001

 55395049 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 55395108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5002 GGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAA 5061

 55395109 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 55395168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5062 GTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTG 5121

 55395169 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 55395228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5122 CCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCC 5181

 55395229 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 55395288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5182 CCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTG 5241

 55395289 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 55395348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5242 AGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAA 5301

 55395349 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 55395408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5302 TTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATA 5361

 55395409 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 55395468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5362 TGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGAT 5421

 55395469 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 55395528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5422 TTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTT 5481

 55395529 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 55395588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5482 TCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTT 5541

 55395589 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 55395648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5542 TCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGT 5601

 55395649 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTT 55395708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5602 GTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTT 5661

 55395709 AGCT 55395712
          ||||
     5662 AGCT 5665

Alignment time is 4.70733 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3314] =>      3314 nucs 'mol-32-3306-266516_3314'

Score:        3273
Aligned:      3312        nucs
Identic:      3306 (100%) nucs =>      2234 (100%)      1072 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55394307,55396545] EXCISED REGION [55396546,55397618]
 second seq =>  [       1,    2235] EXCISED REGION [    2242,    3314]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [2236,2241]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [2236,2241] to [2242,2247]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55394307 TTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTT 55394366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTT 60

 55394367 ATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTT 55394426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTT 120

 55394427 AATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGAC 55394486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGAC 180

 55394487 TTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGT 55394546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGT 240

 55394547 TTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAG 55394606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAG 300

 55394607 CATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCAT 55394666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCAT 360

 55394667 TTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATA 55394726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATA 420

 55394727 TAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCT 55394786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCT 480

 55394787 TCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTA 55394846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTA 540

 55394847 GGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGA 55394906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGA 600

 55394907 GAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAA 55394966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAA 660

 55394967 TATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCA 55395026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCA 720

 55395027 TGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATA 55395086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATA 780

 55395087 CTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCC 55395146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCC 840

 55395147 CCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTT 55395206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTT 900

 55395207 TCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTT 55395266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTT 960

 55395267 TCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATA 55395326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATA 1020

 55395327 CAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTT 55395386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTT 1080

 55395387 TCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCA 55395446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCA 1140

 55395447 GGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTT 55395506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTT 1200

 55395507 TGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCA 55395566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCA 1260

 55395567 GTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAAT 55395626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAAT 1320

 55395627 TCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCT 55395686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCT 1380

 55395687 TAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCT 55395746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||
     1381 TAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTT----GTATTTCT 1436

 55395747 TAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCT 55395806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1437 TAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCT 1496

 55395807 AAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAA 55395866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1497 AAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAA 1556

 55395867 TGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCT 55395926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1557 TGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCT 1616

 55395927 AGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTG 55395986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1617 AGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTG 1676

 55395987 GACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATC 55396046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1677 GACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATC 1736

 55396047 TTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGG 55396106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1737 TTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGG 1796

 55396107 CTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAAC 55396166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1797 CTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAAC 1856

 55396167 ACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTG 55396226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1857 ACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTG 1916

 55396227 GAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCA 55396286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1917 GAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCA 1976

 55396287 AAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCA 55396346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1977 AAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCA 2036

 55396347 TGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGG 55396406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2037 TGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGG 2096

 55396407 CTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGG 55396466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2097 CTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGG 2156

 55396467 ATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTC 55396526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2157 ATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTC 2216

 55396527 TCTATAATATGCACTCTAA 55396545
          |||||||||||||||||||
     2217 TCTATAATATGCACTCTAA 2235

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 2301

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 2361

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 2421

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 2481

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 2541

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 2601

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2602 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 2661

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2662 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 2721

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 2781

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 2841

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 2901

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 2961

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 3021

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 3081

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 3141

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 3201

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 3261

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGT 55397618
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGT 3314

Alignment time is 2.77248 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2890] =>      2890 nucs 'mol-32-3306-266881_2890'

Score:        2879
Aligned:      2890        nucs
Identic:      2889 (100%) nucs =>       810 (100%)      2079 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390878,55391687] EXCISED REGION [55391689,55393768]
 second seq =>  [       1,     810] EXCISED REGION [     812,    2890]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391688,55391688]
 second seq =>         1 nucs [811,811]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [55392895,55392895]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [811,811] to [812,812]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55391686,55391687] to [55391689,55391690]
 second seq =>         2 nucs [809,810] to [812,813]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55390878 ATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTT 55390937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTT 60

 55390938 AGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTA 55390997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTA 120

 55390998 TCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCC 55391057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCC 180

 55391058 CCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTAT 55391117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTAT 240

 55391118 TTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTT 55391177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTT 300

 55391178 TTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTG 55391237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTG 360

 55391238 TACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTT 55391297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTT 420

 55391298 GGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGA 55391357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGA 480

 55391358 AACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATG 55391417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATG 540

 55391418 AGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGT 55391477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGT 600

 55391478 AATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCC 55391537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCC 660

 55391538 TTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGG 55391597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGG 720

 55391598 TGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTG 55391657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTG 780

 55391658 CAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 55391687
          ||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCA 810

EXCISED REGION

 55391689 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 55391748
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      812 CACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGC 871

 55391749 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 55391808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      872 ATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTT 931

 55391809 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 55391868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      932 GGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTG 991

 55391869 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 55391928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      992 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATT 1051

 55391929 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 55391988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1052 GGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAA 1111

 55391989 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 55392048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1112 GACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTT 1171

 55392049 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 55392108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1172 TTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAG 1231

 55392109 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 55392168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1232 TACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGG 1291

 55392169 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 55392228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1292 ATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACT 1351

 55392229 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 55392288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1352 CATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAG 1411

 55392289 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 55392348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1412 GGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGC 1471

 55392349 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 55392408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1472 TTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTT 1531

 55392409 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 55392468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1532 GCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGG 1591

 55392469 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 55392528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1592 TTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACA 1651

 55392529 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 55392588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1652 TGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCT 1711

 55392589 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 55392648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1712 CATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAA 1771

 55392649 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 55392708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1772 ATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTG 1831

 55392709 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 55392768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1832 GGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCC 1891

 55392769 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 55392828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1892 TGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATT 1951

 55392829 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 55392888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1952 TATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTT 2011

 55392889 TGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 55392948
          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2012 TGAGGG-TTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCT 2070

 55392949 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 55393008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2071 GATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCA 2130

 55393009 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 55393068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2131 ATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTAT 2190

 55393069 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 55393128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2191 GTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCAT 2250

 55393129 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 55393188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2251 TGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTT 2310

 55393189 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 55393248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2311 AAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGT 2370

 55393249 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 55393308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2371 TACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCA 2430

 55393309 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 55393368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2431 AGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAG 2490

 55393369 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 55393428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2491 TTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACA 2550

 55393429 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 55393488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2551 TTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGC 2610

 55393489 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 55393548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2611 TGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATG 2670

 55393549 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 55393608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2671 AGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTT 2730

 55393609 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 55393668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2731 GGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCT 2790

 55393669 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 55393728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2791 AATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTC 2850

 55393729 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCC 55393768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2851 ATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCC 2890

Alignment time is 2.42102 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3048] =>      3048 nucs 'mol-32-33b6-033978_3048'

Score:        3025
Aligned:      3047        nucs
Identic:      3045 (100%) nucs =>      1467 (100%)      1578 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55389886,55391352] EXCISED REGION [55391354,55392933]
 second seq =>  [       1,    1467] EXCISED REGION [    1469,    3048]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55391353,55391353]
 second seq =>         1 nucs [1468,1468]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55389886 AGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATT 55389945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGTTTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATT 60

 55389946 TCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCT 55390005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGTTTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCT 120

 55390006 TTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGT 55390065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGCCAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGT 180

 55390066 GCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGG 55390125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGG 240

 55390126 TCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTT 55390185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTT 300

 55390186 GGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCT 55390245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCT 360

 55390246 AAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGT 55390305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGT 420

 55390306 GCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATGTAA 55390365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATGTAA 480

 55390366 TGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGG 55390425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGG 540

 55390426 ATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTT 55390485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTT 600

 55390486 TATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGA 55390545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGA 660

 55390546 TGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCC 55390605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCC 720

 55390606 ATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAG 55390665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAG 780

 55390666 ATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGT 55390725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGT 840

 55390726 TGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGAC 55390785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGAC 900

 55390786 ACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTC 55390845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTC 960

 55390846 GCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAA 55390905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAA 1020

 55390906 GGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTT 55390965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTT 1080

 55390966 TTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCC 55391025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCC 1140

 55391026 CAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCA 55391085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCA 1200

 55391086 AAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGG 55391145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGG 1260

 55391146 TCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTT 55391205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTT 1320

 55391206 TGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCA 55391265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCA 1380

 55391266 CTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGA 55391325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGA 1440

 55391326 ATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGC 55391352
          |||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGC 1467

EXCISED REGION

 55391354 TTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATC 55391413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1469 TTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATC 1528

 55391414 CATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTT 55391473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1529 CATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTT 1588

 55391474 TTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTA 55391533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1589 TTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTA 1648

 55391534 TTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTA 55391593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1649 TTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTA 1708

 55391594 TTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAG 55391653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1709 TTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAG 1768

 55391654 AGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTC 55391713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     1769 AGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTC 1828

 55391714 CTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTT 55391773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1829 CTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTT 1888

 55391774 TTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGA 55391833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1889 TTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGA 1948

 55391834 CCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTG 55391893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1949 CCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTG 2008

 55391894 TGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTA 55391953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2009 TGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTA 2068

 55391954 AAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAAT 55392013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2069 AAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAAT 2128

 55392014 CATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTA 55392073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2129 CATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTA 2188

 55392074 TTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAG 55392133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2189 TTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAG 2248

 55392134 AGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCA 55392193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2249 AGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCA 2308

 55392194 GAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTT 55392253
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2309 GAATGATGTTGTCTATGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTT 2368

 55392254 CAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCC 55392313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2369 CAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCC 2428

 55392314 TTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAAT 55392373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2429 TTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAAT 2488

 55392374 CACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTG 55392433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2489 CACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTG 2548

 55392434 ATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAA 55392493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2549 ATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAA 2608

 55392494 GATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCC 55392553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2609 GATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCC 2668

 55392554 TCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCC 55392613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 TCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCC 2728

 55392614 ATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAA 55392673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2729 ATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAA 2788

 55392674 CTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTT 55392733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2789 CTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTT 2848

 55392734 TATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTG 55392793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2849 TATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTG 2908

 55392794 GTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAG 55392853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2909 GTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAG 2968

 55392854 TTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCT 55392913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2969 TTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCT 3028

 55392914 GTGGGTTCAGTTGTAATGTC 55392933
          ||||||||||||||||||||
     3029 GTGGGTTCAGTTGTAATGTC 3048

Alignment time is 2.92244 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2317] =>      2317 nucs 'mol-32-33b6-034045_2317'

Score:        2316
Aligned:      2316        nucs
Identic:      2316 (100%) nucs =>       539 (100%)      1777 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55393360,55393898] EXCISED REGION [55393900,55395676]
 second seq =>  [       1,     539] EXCISED REGION [     541,    2317]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55393899,55393899]
 second seq =>         1 nucs [540,540]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [539,539] to [540,540]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55393360 AGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTT 55393419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTT 60

 55393420 CTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAA 55393479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAA 120

 55393480 TTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCAT 55393539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCAT 180

 55393540 GGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTA 55393599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTA 240

 55393600 GGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGAT 55393659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGAT 300

 55393660 GATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTT 55393719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTT 360

 55393720 GATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTG 55393779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTG 420

 55393780 CATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGA 55393839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGA 480

 55393840 ATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGC 55393898
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGC 539

EXCISED REGION

 55393900 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 55393959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 600

 55393960 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 55394019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 660

 55394020 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 55394079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 720

 55394080 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 55394139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 780

 55394140 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 55394199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 840

 55394200 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 55394259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 900

 55394260 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 55394319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 960

 55394320 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 55394379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 1020

 55394380 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 55394439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 1080

 55394440 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 55394499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 1140

 55394500 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 55394559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 1200

 55394560 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 55394619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 1260

 55394620 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 55394679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 1320

 55394680 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 55394739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 1380

 55394740 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 55394799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 1440

 55394800 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 55394859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 1500

 55394860 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 55394919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 1560

 55394920 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 55394979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 1620

 55394980 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 55395039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 1680

 55395040 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 55395099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 1740

 55395100 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 55395159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 1800

 55395160 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 55395219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 1860

 55395220 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 55395279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 1920

 55395280 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 55395339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 1980

 55395340 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 55395399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 2040

 55395400 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 55395459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 2100

 55395460 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 55395519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 2160

 55395520 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 55395579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 2220

 55395580 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 55395639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 2280

 55395640 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTT 55395676
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTT 2317

Alignment time is 1.96617 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5178] =>      5178 nucs 'mol-32-33b6-142874_5178'

Score:        5119
Aligned:      5174        nucs
Identic:      5169 (100%) nucs =>      2385 (100%)      2784 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55394159,55396545] EXCISED REGION [55396546,55399332]
 second seq =>  [       1,    2386] EXCISED REGION [    2393,    5178]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [2387,2392]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [2387,2392] to [2393,2398]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55394159 AAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTT 55394218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTT 60

 55394219 TTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGA 55394278
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
       61 TTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTT-CTATTTTCTGTTTGA 119

 55394279 TTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATA 55394338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      120 TTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATA 179

 55394339 GCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGA 55394398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 GCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGA 239

 55394399 GGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGT 55394458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 GGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGT 299

 55394459 CATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTG 55394518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 CATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTG 359

 55394519 TCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCC 55394578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 TCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCC 419

 55394579 AGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTC 55394638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 AGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTC 479

 55394639 TTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTT 55394698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 TTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTT 539

 55394699 TGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAA 55394758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 TGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTTTAA 599

 55394759 GAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTG 55394818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 GAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGTCTG 659

 55394819 CTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTA 55394878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 CTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCTTTA 719

 55394879 ATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCAT 55394938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 ATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGATCAT 779

 55394939 CTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCA 55394998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATCTCA 839

 55394999 TTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAAT 55395058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 TTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGTAAT 899

 55395059 TAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAG 55395118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCATGAG 959

 55395119 ATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTA 55395178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 ATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCATGTA 1019

 55395179 AGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGT 55395238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCATGT 1079

 55395239 GGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCT 55395298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATGTCT 1139

 55395299 TTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTT 55395358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAATGTT 1199

 55395359 AGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAA 55395418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 AGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTCCAA 1259

 55395419 GTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTC 55395478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 GTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCTCTC 1319

 55395479 TACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTT 55395538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTATTTT 1379

 55395539 TGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTT 55395598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAACTT 1439

 55395599 GGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCA 55395658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTCTCA 1499

 55395659 CCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTA 55395718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 CCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCTGTA 1559

 55395719 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCC 55395778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCC 1619

 55395779 TGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCC 55395838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCC 1679

 55395839 TGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGG 55395898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGG 1739

 55395899 CTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTT 55395958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 CTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTT 1799

 55395959 TGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCG 55396018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 TGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCG 1859

 55396019 TCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGT 55396078
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGT 1919

 55396079 ATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGC 55396138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 ATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGC 1979

 55396139 TCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGT 55396198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGT 2039

 55396199 CCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCC 55396258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCC 2099

 55396259 CAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATC 55396318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 CAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATC 2159

 55396319 CTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAG 55396378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 CTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATCATCAG 2219

 55396379 CAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCA 55396438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 CAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACACACTCA 2279

 55396439 CACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCA 55396498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 CACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCA 2339

 55396499 TCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 55396545
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 TCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 2386

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2393 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 2452

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2453 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 2512

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2513 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 2572

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2573 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 2632

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2633 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 2692

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2693 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 2752

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2753 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 2812

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2813 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 2872

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2873 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 2932

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2933 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 2992

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2993 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 3052

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3053 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 3112

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3113 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 3172

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3173 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 3232

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3233 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 3292

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3293 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 3352

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3353 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 3412

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 55397625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3413 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 3472

 55397626 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 55397685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3473 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 3532

 55397686 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 55397745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3533 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 3592

 55397746 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 55397805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3593 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 3652

 55397806 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 55397865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3653 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 3712

 55397866 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 55397925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3713 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 3772

 55397926 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 55397985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3773 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 3832

 55397986 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 55398045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3833 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 3892

 55398046 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 55398105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3893 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 3952

 55398106 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 55398165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3953 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 4012

 55398166 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 55398225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4013 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 4072

 55398226 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 55398285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4073 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 4132

 55398286 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 55398345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4133 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 4192

 55398346 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 55398405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4193 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 4252

 55398406 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 55398465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4253 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 4312

 55398466 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 55398525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4313 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 4372

 55398526 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 55398585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4373 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 4432

 55398586 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 55398645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4433 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 4492

 55398646 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 55398705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4493 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 4552

 55398706 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 55398765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4553 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 4612

 55398766 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 55398825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4613 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 4672

 55398826 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 55398885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
     4673 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 4731

 55398886 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 55398945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4732 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 4791

 55398946 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 55399005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4792 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 4851

 55399006 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 55399065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4852 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 4911

 55399066 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 55399125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4912 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 4971

 55399126 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 55399185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4972 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 5031

 55399186 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 55399245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5032 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 5091

 55399246 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGTACATTCTTTATGAGTGAACATGGAAC 55399305
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     5092 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGCACATTCTTTATGAGTGAACATGGAAC 5151

 55399306 ATACACCAAAATGTACTATATTCTCAG 55399332
          |||||||||||||||||||||||||||
     5152 ATACACCAAAATGTACTATATTCTCAG 5178

Alignment time is 5.15898 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3278] =>      3278 nucs 'mol-32-33f8-027109_3278'

Score:        3277
Aligned:      3277        nucs
Identic:      3277 (100%) nucs =>      1455 (100%)      1822 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55392444,55393898] EXCISED REGION [55393900,55395721]
 second seq =>  [       1,    1455] EXCISED REGION [    1457,    3278]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55393899,55393899]
 second seq =>         1 nucs [1456,1456]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [1455,1455] to [1456,1456]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55392444 ATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCA 55392503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCA 60

 55392504 TCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGT 55392563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGT 120

 55392564 TCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCA 55392623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCA 180

 55392624 GTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAAT 55392683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAAT 240

 55392684 TCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGAT 55392743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGAT 300

 55392744 TCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTT 55392803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTT 360

 55392804 GGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTA 55392863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTA 420

 55392864 TAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAG 55392923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAG 480

 55392924 TTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTAT 55392983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTAT 540

 55392984 TAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGT 55393043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGT 600

 55393044 ATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTG 55393103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTG 660

 55393104 GTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCT 55393163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCT 720

 55393164 TGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTA 55393223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTA 780

 55393224 ATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTG 55393283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTG 840

 55393284 TATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTT 55393343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTT 900

 55393344 TACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATC 55393403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATC 960

 55393404 TTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATT 55393463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATT 1020

 55393464 CCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATT 55393523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATT 1080

 55393524 TTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATT 55393583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATT 1140

 55393584 TAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTT 55393643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTT 1200

 55393644 AGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTAT 55393703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTAT 1260

 55393704 TATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGT 55393763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGT 1320

 55393764 TCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAAC 55393823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAAC 1380

 55393824 CCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGC 55393883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGC 1440

 55393884 TCTTGTCATCCAAGC 55393898
          |||||||||||||||
     1441 TCTTGTCATCCAAGC 1455

EXCISED REGION

 55393900 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 55393959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1457 GGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCG 1516

 55393960 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 55394019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1517 ATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCC 1576

 55394020 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 55394079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1577 TAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTT 1636

 55394080 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 55394139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1637 CAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTT 1696

 55394140 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 55394199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1697 TTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTT 1756

 55394200 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 55394259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1757 TTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTT 1816

 55394260 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 55394319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1817 TTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGG 1876

 55394320 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 55394379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1877 TGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCA 1936

 55394380 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 55394439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1937 CTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGT 1996

 55394440 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 55394499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1997 GTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGT 2056

 55394500 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 55394559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2057 TGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTT 2116

 55394560 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 55394619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2117 GTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGG 2176

 55394620 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 55394679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2177 ACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAG 2236

 55394680 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 55394739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2237 AAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGC 2296

 55394740 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 55394799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2297 TGGAGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAA 2356

 55394800 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 55394859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2357 GTTTCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTC 2416

 55394860 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 55394919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2417 TTCTCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGT 2476

 55394920 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 55394979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2477 GTGTACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTA 2536

 55394980 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 55395039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2537 TGTCCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAG 2596

 55395040 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 55395099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2597 GGACCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAAC 2656

 55395100 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 55395159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2657 AGTGAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTC 2716

 55395160 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 55395219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2717 CCTTGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGT 2776

 55395220 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 55395279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2777 GAGGCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTA 2836

 55395280 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 55395339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2837 CCCAGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCA 2896

 55395340 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 55395399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2897 TTTCCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATAT 2956

 55395400 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 55395459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2957 CCTCAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGA 3016

 55395460 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 55395519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3017 TTTGTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTT 3076

 55395520 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 55395579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3077 GTTATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCT 3136

 55395580 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 55395639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3137 GAGATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAAT 3196

 55395640 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATT 55395699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3197 TCTTGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATT 3256

 55395700 TCATCTTTTAGCTCCTGTATTT 55395721
          ||||||||||||||||||||||
     3257 TCATCTTTTAGCTCCTGTATTT 3278

Alignment time is 3.19079 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    4420] =>      4420 nucs 'mol-32-340e-068069_4420'

Score:        4387
Aligned:      4420        nucs
Identic:      4417 (100%) nucs =>       495 (100%)      3922 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55388464,55388958] EXCISED REGION [55388960,55392884]
 second seq =>  [       1,     495] EXCISED REGION [     497,    4420]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55388959,55388959]
 second seq =>         1 nucs [496,496]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [55392046,55392046]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55388958,55388958] to [55388959,55388959]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55388464 ATCCTGACACTTTTCTGAAGTTGCCTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGG 55388523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATCCTGACACTTTTCTGAAGTTGCCTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGG 60

 55388524 GGTTTTCTAGATATACGATCATGTCATCCACAAACAGGACAATTTGGCTTCCTGTTTTCC 55388583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGTTTTCTAGATATACGATCATGTCATCCACAAACAGGACAATTTGGCTTCCTGTTTTCC 120

 55388584 TAATTGAATACCCTTTATATCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGTCAGAACTTCCAACAC 55388643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAATTGAATACCCTTTATATCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGTCAGAACTTCCAACAC 180

 55388644 TATATTGAGTAAGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAA 55388703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TATATTGAGTAAGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAA 240

 55388704 TGCTTCCAGTTTTTGTCCATTCAGTATTATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCT 55388763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TGCTTCCAGTTTTTGTCCATTCAGTATTATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCT 300

 55388764 TACTATTTTGAGATACGCCCCATCAATAACTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGT 55388823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TACTATTTTGAGATACGCCCCATCAATAACTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGT 360

 55388824 TGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATATATTGAGATAATCATATGGTTTTTGTGG 55388883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATATATTGAGATAATCATATGGTTTTTGTGG 420

 55388884 TTGGTTCTGTTTATATGCTGAATTATGTTTATTGATTTGTGTATGTTGAATCAGCTTTGC 55388943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTGGTTCTGTTTATATGCTGAATTATGTTTATTGATTTGTGTATGTTGAATCAGCTTTGC 480

 55388944 ATTCTAGGGATGAAG 55388958
          |||||||||||||||
      481 ATTCTAGGGATGAAG 495

EXCISED REGION

 55388960 CCACTTGATCATGTTGGATAAGCTTTTTAATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTT 55389019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      497 CCACTTGATCATGTTGGATAAGCTTTTTAATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTT 556

 55389020 TATTGAGGATTTGTGTGTTGATGTTCATCAGAGATATTGGTCTAAAATTCTCTATTTTTG 55389079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      557 TATTGAGGATTTGTGTGTTGATGTTCATCAGAGATATTGGTCTAAAATTCTCTATTTTTG 616

 55389080 TTGTGTCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGGATAATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGA 55389139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      617 TTGTGTCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGGATAATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGA 676

 55389140 GGATTCCCTCTCTTTCTATTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCCT 55389199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      677 GGATTCCCTCTCTTTCTATTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCCT 736

 55389200 TGTAACTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCCATCTGGTTCTGGACTTTCTTTGGTTGGTA 55389259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      737 TGTAACTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCCATCTGGTTCTGGACTTTCTTTGGTTGGTA 796

 55389260 AGCTATTAGTTGTTGCCTCAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATTCAGAGATTCAACTT 55389319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      797 AGCTATTAGTTGTTGCCTCAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATTCAGAGATTCAACTT 856

 55389320 CTTCCTGGTTTAGTCTTGGGAGGGTGTGTGTGTCGAGGAATTTATCCATTTCTTCTAGAT 55389379
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
      857 CTTCCTGGTTTAGTCTTGGGAGGGTGTGTGTGTCGAGGATTTTATCCATTTCTTCTAGAT 916

 55389380 TTTCTAGTTTATTTGTGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGCAGTTTGTGTTTCTG 55389439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      917 TTTCTAGTTTATTTGTGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGCAGTTTGTGTTTCTG 976

 55389440 TGGGATCGGTGGTGATATCTCCTTTATCACTTTTTATTGCGTCTATTTTATTTTTCTCTC 55389499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      977 TGGGATCGGTGGTGATATCTCCTTTATCACTTTTTATTGCGTCTATTTTATTTTTCTCTC 1036

 55389500 TTTTCTTCTTTATTAGTCTTGATGGCGGTCTATCAATTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACC 55389559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1037 TTTTCTTCTTTATTAGTCTTGATGGCGGTCTATCAATTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACC 1096

 55389560 TGCTCCTGGATTCATTGATTTTTTGAAGGGTTTTTTGTGTCTCTATTTCCTTCAGTTCTG 55389619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1097 TGCTCCTGGATTCATTGATTTTTTGAAGGGTTTTTTGTGTCTCTATTTCCTTCAGTTCTG 1156

 55389620 CTCTGATCTTAGTTATTTCTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATGTGTTTGCTCTTGCTTCT 55389679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1157 CTCTGATCTTAGTTATTTCTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATGTGTTTGCTCTTGCTTCT 1216

 55389680 CTAGTTCTTTTAATTGTGATGTGAGAGTGTCAATTTTAGATCTTTTCTGCTTTCTCTTGC 55389739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1217 CTAGTTCTTTTAATTGTGATGTGAGAGTGTCAATTTTAGATCTTTTCTGCTTTCTCTTGC 1276

 55389740 GGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAAGGTGTCCCAGAGATTCT 55389799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1277 GGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAAGGTGTCCCAGAGATTCT 1336

 55389800 GGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAACATCTTTATTTCTGCCTCCATTT 55389859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1337 GGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAACATCTTTATTTCTGCCTCCATTT 1396

 55389860 CGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGT 55389919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1397 CGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGT 1456

 55389920 TTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGT 55389979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1457 TTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGT 1516

 55389980 TTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGC 55390039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1517 TTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGC 1576

 55390040 CAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGT 55390099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1577 CAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGT 1636

 55390100 GGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGA 55390159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1637 GGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGA 1696

 55390160 TATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGT 55390219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1697 TATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGT 1756

 55390220 CTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTA 55390279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1757 CTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTA 1816

 55390280 TGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTT 55390339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1817 TGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTT 1876

 55390340 GAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTT 55390399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1877 GAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTT 1936

 55390400 TAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTT 55390459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1937 TAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTT 1996

 55390460 GCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGA 55390519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1997 GCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGA 2056

 55390520 TGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTG 55390579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2057 TGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTG 2116

 55390580 TGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATA 55390639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2117 TGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATA 2176

 55390640 AATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGT 55390699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2177 AATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGT 2236

 55390700 AGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTG 55390759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2237 AGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTG 2296

 55390760 TTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATG 55390819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2297 TTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATG 2356

 55390820 TTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCAT 55390879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2357 TTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCAT 2416

 55390880 AATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAG 55390939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2417 AATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAG 2476

 55390940 TATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATC 55390999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2477 TATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATC 2536

 55391000 CTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCC 55391059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2537 CTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCC 2596

 55391060 ATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTT 55391119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2597 ATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTT 2656

 55391120 CTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTT 55391179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2657 CTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTT 2716

 55391180 GGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTA 55391239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2717 GGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTA 2776

 55391240 CGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGG 55391299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2777 CGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGG 2836

 55391300 AATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAA 55391359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2837 AATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAA 2896

 55391360 CTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAG 55391419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2897 CTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAG 2956

 55391420 TATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAA 55391479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2957 TATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAA 3016

 55391480 TTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTT 55391539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3017 TTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTT 3076

 55391540 TTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTG 55391599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3077 TTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTG 3136

 55391600 TATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCA 55391659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3137 TATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCA 3196

 55391660 GTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTT 55391719
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     3197 GTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTT 3256

 55391720 CAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTAT 55391779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3257 CAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTAT 3316

 55391780 TTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGT 55391839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3317 TTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGT 3376

 55391840 GATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTG 55391899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3377 GATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTG 3436

 55391900 GCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTA 55391959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3437 GCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTA 3496

 55391960 TTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATA 55392019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3497 TTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATA 3556

 55392020 GTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTC 55392079
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
     3557 GTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTC-TTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTC 3615

 55392080 TTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTC 55392139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3616 TTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTC 3675

 55392140 ATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGA 55392199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3676 ATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGA 3735

 55392200 TGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGA 55392259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3736 TGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGA 3795

 55392260 CTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGC 55392319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3796 CTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGC 3855

 55392320 ATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTT 55392379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3856 ATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTT 3915

 55392380 CATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACG 55392439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3916 CATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACG 3975

 55392440 ATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTC 55392499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3976 ATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTC 4035

 55392500 TGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCC 55392559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4036 TGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCC 4095

 55392560 ATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTC 55392619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4096 ATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTC 4155

 55392620 CTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTA 55392679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4156 CTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTA 4215

 55392680 GAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTAC 55392739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4216 GAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTAC 4275

 55392740 TGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAA 55392799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4276 TGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAA 4335

 55392800 TCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTT 55392859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4336 TCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTT 4395

 55392860 TGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAG 55392884
          |||||||||||||||||||||||||
     4396 TGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAG 4420

Alignment time is 4.23241 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    7456] =>      7456 nucs 'mol-32-3487-086260_7456'

Score:        7374
Aligned:      7451        nucs
Identic:      7444 (100%) nucs =>      4368 (100%)      3076 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55392175,55396545] EXCISED REGION [55396546,55399624]
 second seq =>  [       1,    4372] EXCISED REGION [    4379,    7456]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [4373,4378]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [4373,4378] to [4379,4384]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55392175 TTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATT 55392234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATT 60

 55392235 ATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATG 55392294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATG 120

 55392295 TTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTG 55392354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTG 180

 55392355 TTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCC 55392414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCC 240

 55392415 CAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAAT 55392474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAAT 300

 55392475 TTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGT 55392534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGT 360

 55392535 TTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGA 55392594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGA 420

 55392595 ATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATA 55392654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATA 480

 55392655 CCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTT 55392714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTT 540

 55392715 TTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCA 55392774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCA 600

 55392775 GTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAA 55392834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAA 660

 55392835 TTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGG 55392894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGG 720

 55392895 TTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGT 55392954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGT 780

 55392955 TCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTA 55393014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTA 840

 55393015 TTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCT 55393074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCT 900

 55393075 CAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGT 55393134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGT 960

 55393135 TGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATT 55393194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATT 1020

 55393195 TCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTT 55393254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTT 1080

 55393255 AGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGT 55393314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGT 1140

 55393315 TTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATT 55393374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATT 1200

 55393375 TCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGT 55393434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGT 1260

 55393435 TGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAA 55393494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAA 1320

 55393495 TTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGA 55393554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGA 1380

 55393555 ATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCAT 55393614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCAT 1440

 55393615 GTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACT 55393674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACT 1500

 55393675 GTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTT 55393734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTT 1560

 55393735 CTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAG 55393794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAG 1620

 55393795 AATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGAC 55393854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGAC 1680

 55393855 TTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCAC 55393914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     1681 TTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCAC 1740

 55393915 CATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAG 55393974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAG 1800

 55393975 CCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTA 55394034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTA 1860

 55394035 TTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCA 55394094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCA 1920

 55394095 GGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGG 55394154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGG 1980

 55394155 TGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTT 55394214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTT 2040

 55394215 CGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGT 55394274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGT 2100

 55394275 TTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGA 55394334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGA 2160

 55394335 GATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAA 55394394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAA 2220

 55394395 TTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCA 55394454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCA 2280

 55394455 CCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCA 55394514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCA 2340

 55394515 ATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGT 55394574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGT 2400

 55394575 GGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCA 55394634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCA 2460

 55394635 GGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCT 55394694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCT 2520

 55394695 CCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCT 55394754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCT 2580

 55394755 TTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGG 55394814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGG 2640

 55394815 TCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTC 55394874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTC 2700

 55394875 TTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGA 55394934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGA 2760

 55394935 TCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAAT 55394994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAAT 2820

 55394995 CTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGG 55395054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGG 2880

 55395055 TAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCA 55395114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCA 2940

 55395115 TGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCA 55395174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCA 3000

 55395175 TGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCC 55395234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCC 3060

 55395235 ATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTAT 55395294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 ATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTAT 3120

 55395295 GTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAA 55395354
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     3121 GTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAC 3180

 55395355 TGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTT 55395414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTT 3240

 55395415 CCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACC 55395474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACC 3300

 55395475 TCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTA 55395534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTA 3360

 55395535 TTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCA 55395594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCA 3420

 55395595 ACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTT 55395654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 ACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTT 3480

 55395655 CTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCC 55395714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 CTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCC 3540

 55395715 TGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCT 55395773
          |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTGGGTTTCAACCT 3600

 55395774 TCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTT 55395833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTATGCCTGCCATTT 3660

 55395834 CAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACAC 55395893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 CAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGGTAAGAAGACAC 3720

 55395894 TGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTT 55395953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 TGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTT 3780

 55395954 TGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAAT 55396013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAAACCTTTTAAAT 3840

 55396014 TGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATT 55396073
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCAAGGGTTTGATT 3900

 55396074 GTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGC 55396133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGATTTCAGGGAGC 3960

 55396134 TCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCT 55396193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACCAGCCTTGTTCT 4020

 55396194 CTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCT 55396253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 CTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTTCCTGGTCTGCT 4080

 55396254 GGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCA 55396313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 GGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGGTAGTGACAGCA 4140

 55396314 GGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATC 55396373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 GGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTTGCCTATACATC 4200

 55396374 ATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACAC 55396433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 ATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACCAGCATATACAC 4260

 55396434 ACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGC 55396493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 ACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGGTGTAGGAGTGC 4320

 55396494 TGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 55396545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTCTAA 4372

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4379 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 4438

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4439 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 4498

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4499 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 4558

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4559 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 4618

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4619 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 4678

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4679 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 4738

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4739 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 4798

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4799 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 4858

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4859 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 4918

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 55397145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4919 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCTTTAGGT 4978

 55397146 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 55397205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4979 CTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCAATTTACTCACCCACCAAC 5038

 55397206 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 55397265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5039 AGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATCTGTTATTTTTTGACTTTT 5098

 55397266 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 55397325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5099 TTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAGTTCAGTGGTGCCATCTCA 5158

 55397326 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 55397385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5159 GCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTTAGCCTTCCGAGTA 5218

 55397386 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 55397445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5219 GTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTTCGTATTTTTTTTTTTTTT 5278

 55397446 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 55397505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5279 TAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCGTGAT 5338

 55397506 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 55397565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5339 CCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCT 5398

 55397566 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 55397625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5399 TGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTATCTTATTGTGGTTTTGATT 5458

 55397626 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 55397685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5459 TGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACATGATTCTTGGCCACATGT 5518

 55397686 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 55397745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5519 ATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCACTTTTTTATGGGATTTTT 5578

 55397746 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 55397805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5579 TAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGCTGGATATTAGACCTTTGT 5638

 55397806 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 55397865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5639 CAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGTAGGTTGTCTGTTTACTCT 5698

 55397866 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 55397925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5699 GTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAATTAGTTCCCATTTGTCAAT 5758

 55397926 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 55397985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5759 TTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGAATGTTTATAGCAGCACAA 5818

 55397986 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 55398045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5819 TTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCAATCATGGAATACTACACA 5878

 55398046 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 55398105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5879 GTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGGATGAGACTGGAGACTATT 5938

 55398106 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 55398165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5939 ATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGTGTGCTCTCACTGATATGT 5998

 55398166 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 55398225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5999 GGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACAATGGACTCTTGGGACTTG 6058

 55398226 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 55398285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6059 GGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAATATGGTGCAGTTTATACA 6118

 55398286 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 55398345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6119 TGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAGAACTTACTCATGTAAGTA 6178

 55398346 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 55398405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6179 AATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATAAAACAAGAAACAAAACAA 6238

 55398406 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 55398465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6239 ATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCATATAAATAATTATTTTAAG 6298

 55398466 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 55398525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6299 TGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATATGTGATTAAAAGTAAGGGT 6358

 55398526 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 55398585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6359 ATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAG 6418

 55398586 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 55398645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6419 GGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAACCCTGTCTC 6478

 55398646 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 55398705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6479 TACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCACCTGTAGTCCCAATAAATA 6538

 55398706 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 55398765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6539 TAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGATAGAGAAGAGGCTGAGGCA 6598

 55398766 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 55398825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6599 GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGACTGCACCACTGCCA 6658

 55398826 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 55398885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
     6659 CTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC-AAAAAAAAAAAAAAAAGGAA 6717

 55398886 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 55398945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6718 CTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGAAAGCTAAAGAAATATTAA 6777

 55398946 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 55399005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6778 ATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAGTAAAGAACATTACATAAT 6837

 55399006 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 55399065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6838 GATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAATATACGTGCTCCTAAAAAC 6897

 55399066 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 55399125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6898 AGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATAGATAAATAGACAAATCAA 6957

 55399126 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 55399185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6958 AAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTGATAGAAAGTAGAAAATAA 7017

 55399186 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 55399245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7018 TTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAACTTGACCCAACTGACATC 7077

 55399246 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGTACATTCTTTATGAGTGAACATGGAAC 55399305
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     7078 TATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGCACATTCTTTATGAGTGAACATGGAAC 7137

 55399306 ATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGATTTAACAAGCCTTAACAAGTCATACCATAA 55399365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7138 ATACACCAAAATGTACTATATTCTCAGTGATTTAACAAGCCTTAACAAGTCATACCATAA 7197

 55399366 ACTTTCAACCTCAATAGACTTAAACTAGAAATTAATAACACAAAAATATCTGAAAGTGTT 55399425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7198 ACTTTCAACCTCAATAGACTTAAACTAGAAATTAATAACACAAAAATATCTGAAAGTGTT 7257

 55399426 CTAATATTTAGAAATTAAACAATATCCATAAATAATTCATGGGTGAAAGTGAAAATTTCT 55399485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7258 CTAATATTTAGAAATTAAACAATATCCATAAATAATTCATGGGTGAAAGTGAAAATTTCT 7317

 55399486 AGAAAGAATTTTTAAAAATATTTGAAACTAAATGAAAACTCATCATCCCAAATTAGCAGC 55399545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7318 AGAAAGAATTTTTAAAAATATTTGAAACTAAATGAAAACTCATCATCCCAAATTAGCAGC 7377

 55399546 ATGCAACAATAGCAGCACTTTGAGGAACATTTATAGTACTGAAGGTATACATTTTAAAAA 55399605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7378 ATGCAACAATAGCAGCACTTTGAGGAACATTTATAGTACTGAAGGTATACATTTTAAAAA 7437

 55399606 TGAAAAATCCCAATAACAC 55399624
          |||||||||||||||||||
     7438 TGAAAAATCCCAATAACAC 7456

Alignment time is 6.14803 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    6373] =>      6373 nucs 'mol-32-3492-149570_6373'

Score:        6350
Aligned:      6372        nucs
Identic:      6370 (100%) nucs =>       598 (100%)      5772 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55388361,55388958] EXCISED REGION [55388960,55394733]
 second seq =>  [       1,     598] EXCISED REGION [     600,    6373]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55388959,55388959]
 second seq =>         1 nucs [599,599]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55388958,55388958] to [55388959,55388959]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55388361 CTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTA 55388420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTA 60

 55388421 TTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGACACTTTTCTG 55388480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGGTGTATAAGAATGCTTGTGATTTTTGCACATTGATTTTGTATCCTGACACTTTTCTG 120

 55388481 AAGTTGCCTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTTTCTAGATATACG 55388540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAGTTGCCTATCAGCTTAAGGAGATTTTGGGCTGAGACGATGGGGTTTTCTAGATATACG 180

 55388541 ATCATGTCATCCACAAACAGGACAATTTGGCTTCCTGTTTTCCTAATTGAATACCCTTTA 55388600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCATGTCATCCACAAACAGGACAATTTGGCTTCCTGTTTTCCTAATTGAATACCCTTTA 240

 55388601 TATCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGTCAGAACTTCCAACACTATATTGAGTAAGAGTG 55388660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATCCTTCTCCTGCCTAATTGCCCTGGTCAGAACTTCCAACACTATATTGAGTAAGAGTG 300

 55388661 GTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGTC 55388720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGTC 360

 55388721 CATTCAGTATTATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTACTATTTTGAGATACG 55388780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATTCAGTATTATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTACTATTTTGAGATACG 420

 55388781 CCCCATCAATAACTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGTTGTTGAATTTTGTCAAA 55388840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCCCATCAATAACTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGGTTGTTGAATTTTGTCAAA 480

 55388841 GGCCTTTTCTGCATATATTGAGATAATCATATGGTTTTTGTGGTTGGTTCTGTTTATATG 55388900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGCCTTTTCTGCATATATTGAGATAATCATATGGTTTTTGTGGTTGGTTCTGTTTATATG 540

 55388901 CTGAATTATGTTTATTGATTTGTGTATGTTGAATCAGCTTTGCATTCTAGGGATGAAG 55388958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGAATTATGTTTATTGATTTGTGTATGTTGAATCAGCTTTGCATTCTAGGGATGAAG 598

EXCISED REGION

 55388960 CCACTTGATCATGTTGGATAAGCTTTTTAATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTT 55389019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 CCACTTGATCATGTTGGATAAGCTTTTTAATGTGCTGCTGGATTCGGTTTGCCAGTATTT 659

 55389020 TATTGAGGATTTGTGTGTTGATGTTCATCAGAGATATTGGTCTAAAATTCTCTATTTTTG 55389079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 TATTGAGGATTTGTGTGTTGATGTTCATCAGAGATATTGGTCTAAAATTCTCTATTTTTG 719

 55389080 TTGTGTCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGGATAATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGA 55389139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 TTGTGTCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGGATAATGCTGGCCTCATAAAATGAGTTAGGGA 779

 55389140 GGATTCCCTCTCTTTCTATTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCCT 55389199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 GGATTCCCTCTCTTTCTATTGATTGGAATAGTTTCAGAAGGAATGGTATCAGCTCCTCCT 839

 55389200 TGTAACTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCCATCTGGTTCTGGACTTTCTTTGGTTGGTA 55389259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 TGTAACTCTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCCATCTGGTTCTGGACTTTCTTTGGTTGGTA 899

 55389260 AGCTATTAGTTGTTGCCTCAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATTCAGAGATTCAACTT 55389319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 AGCTATTAGTTGTTGCCTCAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATTCAGAGATTCAACTT 959

 55389320 CTTCCTGGTTTAGTCTTGGGAGGGTGTGTGTGTCGAGGAATTTATCCATTTCTTCTAGAT 55389379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 CTTCCTGGTTTAGTCTTGGGAGGGTGTGTGTGTCGAGGAATTTATCCATTTCTTCTAGAT 1019

 55389380 TTTCTAGTTTATTTGTGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGCAGTTTGTGTTTCTG 55389439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 TTTCTAGTTTATTTGTGTAGAGGTGTTTATAGTATTCTCTGATGGCAGTTTGTGTTTCTG 1079

 55389440 TGGGATCGGTGGTGATATCTCCTTTATCACTTTTTATTGCGTCTATTTTATTTTTCTCTC 55389499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TGGGATCGGTGGTGATATCTCCTTTATCACTTTTTATTGCGTCTATTTTATTTTTCTCTC 1139

 55389500 TTTTCTTCTTTATTAGTCTTGATGGCGGTCTATCAATTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACC 55389559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 TTTTCTTCTTTATTAGTCTTGATGGCGGTCTATCAATTTTGTTGATCTTTTCAAAAAACC 1199

 55389560 TGCTCCTGGATTCATTGATTTTTTGAAGGGTTTTTTGTGTCTCTATTTCCTTCAGTTCTG 55389619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 TGCTCCTGGATTCATTGATTTTTTGAAGGGTTTTTTGTGTCTCTATTTCCTTCAGTTCTG 1259

 55389620 CTCTGATCTTAGTTATTTCTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATGTGTTTGCTCTTGCTTCT 55389679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CTCTGATCTTAGTTATTTCTTGCCTTCTGCTAGCTTTTGAATGTGTTTGCTCTTGCTTCT 1319

 55389680 CTAGTTCTTTTAATTGTGATGTGAGAGTGTCAATTTTAGATCTTTTCTGCTTTCTCTTGC 55389739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 CTAGTTCTTTTAATTGTGATGTGAGAGTGTCAATTTTAGATCTTTTCTGCTTTCTCTTGC 1379

 55389740 GGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAAGGTGTCCCAGAGATTCT 55389799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 GGGCATTTAGTGCTATAAATTTCCCTCTACACACTGCTTTGAAGGTGTCCCAGAGATTCT 1439

 55389800 GGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAACATCTTTATTTCTGCCTCCATTT 55389859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 GGTATGTTGTGTCTTTTGTCTCATTGGTTTCAAATAACATCTTTATTTCTGCCTCCATTT 1499

 55389860 CGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGT 55389919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 CGTTATGTACCCACTAGTCATTCAGGAGCAGGTTGTTCAGTTTCCATGTAGTTGAGTGGT 1559

 55389920 TTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGT 55389979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TTTGAGTGAGTTTCTTAATCCTGATTTCTAGTTTGTTTGCACTGTGGTCTGAGAGACAGT 1619

 55389980 TTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGC 55390039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 TTGTTATAATTTCTGTTCTTTTACCTTTGCTGAGGAGAGCTTTACTTCCAACTATGTGGC 1679

 55390040 CAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGT 55390099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 CAATTTTGGAACAGGTGTGGTGTGGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGT 1739

 55390100 GGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGA 55390159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 GGAGAGTTCTGTAGATGTCTATTAGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGA 1799

 55390160 TATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGT 55390219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 TATCCTTTTTAAATTTTTGCCTTGTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGT 1859

 55390220 CTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTA 55390279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 CTCCCATTATTATTGTGTGGGAGTCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTA 1919

 55390280 TGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTT 55390339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TGAATCTGGGTGCTCCAGTATTGGGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTT 1979

 55390340 GAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTT 55390399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 GAATTGATCTCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTT 2039

 55390400 TAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTT 55390459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 TAAATTCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTT 2099

 55390460 GCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGA 55390519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 GCCTCGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGA 2159

 55390520 TGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTG 55390579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 TGGTTTTCCTGAATATAGCACACTGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTG 2219

 55390580 TGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATA 55390639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 TGTCTTTTAATTGGAGCATTTAGCCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATA 2279

 55390640 AATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGT 55390699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 AATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGT 2339

 55390700 AGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTG 55390759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 AGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTG 2399

 55390760 TTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATG 55390819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATG 2459

 55390820 TTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCAT 55390879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 TTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCAT 2519

 55390880 AATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAG 55390939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 AATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAG 2579

 55390940 TATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATC 55390999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 TATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATC 2639

 55391000 CTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCC 55391059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 CTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCC 2699

 55391060 ATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTT 55391119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 ATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTT 2759

 55391120 CTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTT 55391179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 CTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTT 2819

 55391180 GGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTA 55391239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 GGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTA 2879

 55391240 CGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGG 55391299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 CGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGG 2939

 55391300 AATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAA 55391359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 AATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAA 2999

 55391360 CTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAG 55391419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 CTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAG 3059

 55391420 TATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAA 55391479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 TATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAA 3119

 55391480 TTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTT 55391539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 TTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTT 3179

 55391540 TTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTG 55391599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 TTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTG 3239

 55391600 TATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCA 55391659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 TATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCA 3299

 55391660 GTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTT 55391719
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 GTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTT 3359

 55391720 CAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTAT 55391779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 CAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTAT 3419

 55391780 TTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGT 55391839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 TTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGT 3479

 55391840 GATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTG 55391899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 GATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTG 3539

 55391900 GCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTA 55391959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 GCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTA 3599

 55391960 TTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATA 55392019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 TTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATA 3659

 55392020 GTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTC 55392079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 GTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTC 3719

 55392080 TTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTC 55392139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 TTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTC 3779

 55392140 ATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGA 55392199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3780 ATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGA 3839

 55392200 TGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGA 55392259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3840 TGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGA 3899

 55392260 CTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGC 55392319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3900 CTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGC 3959

 55392320 ATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTT 55392379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3960 ATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTT 4019

 55392380 CATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACG 55392439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4020 CATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACG 4079

 55392440 ATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTC 55392499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4080 ATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTC 4139

 55392500 TGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCC 55392559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4140 TGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCC 4199

 55392560 ATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTC 55392619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4200 ATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTC 4259

 55392620 CTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTA 55392679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4260 CTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTA 4319

 55392680 GAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTAC 55392739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4320 GAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTAC 4379

 55392740 TGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAA 55392799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4380 TGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAA 4439

 55392800 TCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTT 55392859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4440 TCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTT 4499

 55392860 TGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGT 55392919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4500 TGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGT 4559

 55392920 TCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCT 55392979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4560 TCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCT 4619

 55392980 TTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTC 55393039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4620 TTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTC 4679

 55393040 TGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGAT 55393099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4680 TGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGAT 4739

 55393100 TTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTC 55393159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4740 TTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTC 4799

 55393160 ATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACT 55393219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4800 ATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACT 4859

 55393220 CTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTAT 55393279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4860 CTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTAT 4919

 55393280 GTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCAT 55393339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4920 GTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCAT 4979

 55393340 TGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGT 55393399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4980 TGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGT 5039

 55393400 GATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTAT 55393459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5040 GATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTAT 5099

 55393460 GATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTT 55393519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5100 GATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTT 5159

 55393520 GATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAG 55393579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5160 GATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAG 5219

 55393580 GATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTT 55393639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5220 GATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTT 5279

 55393640 GGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCA 55393699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5280 GGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCA 5339

 55393700 TTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCT 55393759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5340 TTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCT 5399

 55393760 GGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATT 55393819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5400 GGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATT 5459

 55393820 GAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTT 55393879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5460 GAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTT 5519

 55393880 TTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGC 55393939
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5520 TTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGC 5579

 55393940 AATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTA 55393999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5580 AATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTA 5639

 55394000 CAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACC 55394059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5640 CAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACC 5699

 55394060 ATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCC 55394119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5700 ATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCC 5759

 55394120 AAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATT 55394179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5760 AAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATT 5819

 55394180 AGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCA 55394239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5820 AGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCA 5879

 55394240 ACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCC 55394299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5880 ACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCC 5939

 55394300 CTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTA 55394359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5940 CTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTA 5999

 55394360 CTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAAT 55394419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6000 CTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAAT 6059

 55394420 GAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTA 55394479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6060 GAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTA 6119

 55394480 TGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTT 55394539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6120 TGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTT 6179

 55394540 TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCT 55394599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6180 TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCT 6239

 55394600 TATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCC 55394659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6240 TATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCC 6299

 55394660 TTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGG 55394719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6300 TTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGG 6359

 55394720 CTGGATATAACATT 55394733
          ||||||||||||||
     6360 CTGGATATAACATT 6373

Alignment time is 5.41953 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    7081] =>      7081 nucs 'mol-32-34c9-155451_7081'

Score:        7020
Aligned:      7077        nucs
Identic:      7071 (100%) nucs =>      6478 (100%)       593 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390063,55396545] EXCISED REGION [55396546,55397139]
 second seq =>  [       1,    6481] EXCISED REGION [    6488,    7081]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [6482,6487]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         6 nucs [6482,6487] to [6488,6493]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55390063 GGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATT 55390122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTGCTGAGAAGAATGTATATTCTGTTGATTTGGGGTGGAGAGTTCTGTAGATGTCTATT 60

 55390123 AGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTT 55390182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGGTCCACTAGGTGCAGAGCTGATCTCAGTTCCTGGATATCCTTTTTAAATTTTTGCCTT 120

 55390183 GTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAG 55390242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTTGGTCTGTCTAATGTTGACAGTGGGGTGTTAAAGTCTCCCATTATTATTGTGTGGGAG 180

 55390243 TCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTG 55390302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTAAGTCTCTTTCTACATCTCTAAGGACTTGCTTTATGAATCTGGGTGCTCCAGTATTG 240

 55390303 GGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATG 55390362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGTGCCTACATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCTCTTTACCATTATG 300

 55390363 TAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACT 55390422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TAATGGCCTTCTTCGTTTCTTTTGATCTTTGTTGGTTTAAATTCTGTTTTATCAGAGACT 360

 55390423 AGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCC 55390482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGATTGCAACCCCTGCCTTTTTTTTGTTTTCCATTTGCCTCGTAGATCTTCCTCCATCC 420

 55390483 CTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACAC 55390542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTTATTTTGAGCCTATGTGTGTCTGTGCACGTGAGATGGTTTTCCTGAATATAGCACAC 480

 55390543 TGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAG 55390602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGATGGGTCTTGACTCTTTATCCAATTTGCCAGTCTGTGTCTTTTAATTGGAGCATTTAG 540

 55390603 CCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGT 55390662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCCATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGT 600

 55390663 CAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTA 55390722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CAGATGCATAATTTGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTA 660

 55390723 AGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTA 55390782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTTGCAAATATTTTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTA 720

 55390783 GACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTT 55390842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GACACTGTTTAGTTTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTT 780

 55390843 GTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCT 55390902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GTCGCATCATGAAATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCT 840

 55390903 CAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGAT 55390962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAAGGATTTTTTTATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGAT 900

 55390963 TTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTA 55391022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTTTATATGGTATAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTA 960

 55391023 CCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTG 55391082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCCCAGCACAATTTGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTG 1020

 55391083 TCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAA 55391142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCAAAGATTGGATGGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAA 1080

 55391143 TGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATA 55391202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGGTCTATGTGTCTGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATA 1140

 55391203 GTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGT 55391262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTTTGAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGT 1200

 55391263 CCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGA 55391322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCACTGAGGTTCTCTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGA 1260

 55391323 AGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTAT 55391382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGAATATCATTGGTGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTAT 1320

 55391383 GGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTT 55391442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGCCATTTTAACAAGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTT 1380

 55391443 TGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCC 55391502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGTATCATCTCTGATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCC 1440

 55391503 TCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATT 55391562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCCCTGTTTAGCTGTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATT 1500

 55391563 CCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTT 55391622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 CCATTCTTTATGGCTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTT 1560

 55391623 AAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGC 55391682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAGATGGAGTCTGGCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGC 1620

 55391683 AACCATCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACT 55391742
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AACCACCACCTCCTGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACT 1680

 55391743 ACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAC 55391802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ACAGGCATGAACCATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCAC 1740

 55391803 CATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCC 55391862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CATGTTGGCCAAGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCC 1800

 55391863 AAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTG 55391922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAACTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTG 1860

 55391923 TACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTC 55391982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TACATTGGTTTTGTATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTC 1920

 55391983 GACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCT 55392042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GACAAAGACTGGAATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCT 1980

 55392043 TTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGAT 55392102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTCTTTTTTTTTTCTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGAT 2040

 55392103 TTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTC 55392162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTCCAGTACTACATTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTC 2100

 55392163 AAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAG 55392222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAGGGGATTGCTTTCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAG 2160

 55392223 ATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCA 55392282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATGACTCATATTATTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCA 2220

 55392283 CATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGT 55392342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CATGAGGGAATGTTGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGT 2280

 55392343 TTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACT 55392402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTATGCTTTTTGTTCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACT 2340

 55392403 AACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCT 55392462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AACCTTGCATCCCAGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCT 2400

 55392463 GATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATA 55392522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GATGGGTTCAATTTGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATA 2460

 55392523 TTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGC 55392582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTGACATGAAGTTTTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGC 2520

 55392583 TAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCA 55392642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TAACCTCATAGAATGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCA 2580

 55392643 GTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTG 55392702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GTAGAAATTATACCAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTG 2640

 55392703 GTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTA 55392762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GTCCTGGGCTTTTTCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTA 2700

 55392763 TTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCC 55392822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TTGGCCTGTTCAGTGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCC 2760

 55392823 AGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGT 55392882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AGAATTTATCAATTTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGT 2820

 55392883 AGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTC 55392942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AGTCTTTGAGGGTTTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTC 2880

 55392943 ATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAG 55393002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 ATGTCTGATTGTTCTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAG 2940

 55393003 ACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATAT 55393062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ACTTCAATTTTATTTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATAT 3000

 55393063 TTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGT 55393122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTTTATGTATCTCAATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGT 3060

 55393123 AGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGT 55393182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 AGGCATTGGGGTTGGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGT 3120

 55393183 TAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTT 55393242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TAATTTAAGATTTCGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTT 3180

 55393243 TAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTA 55393302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TAACGTTACTTTAGCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTA 3240

 55393303 GTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGG 55393362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 GTTTCAAGGAGTTTCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGG 3300

 55393363 AGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTA 55393422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 AGTCAGTTAATTTCCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTA 3360

 55393423 TTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTA 55393482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TTGACATTGTGTTGTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTA 3420

 55393483 ATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGG 55393542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 ATTTGCTGAGAATTGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGG 3480

 55393543 CACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGT 55393602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 CACATGAGAAGAATGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGT 3540

 55393603 TGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGAT 55393662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TGATTTGGTCATGTTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGAT 3600

 55393663 CTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGAT 55393722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 CTGTCTAATACTGTCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGAT 3660

 55393723 CTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCAT 55393782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 CTCTTCATAGTTCTCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCAT 3720

 55393783 ATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATG 55393842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 ATATATATTTAGAATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATG 3780

 55393843 CCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGA 55393902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     3781 CCCTTCCTTGACTTTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGA 3840

 55393903 GTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATT 55393962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 GTGCAGTGGCACCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATT 3900

 55393963 CTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAG 55394022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 CTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAG 3960

 55394023 CTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAA 55394082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 CTAATTTTTGTATTTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAA 4020

 55394083 CTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTT 55394142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 CTCCTGACCTCAGGTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTT 4080

 55394143 GATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTT 55394202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 GATTATTGTTGGTGTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTT 4140

 55394203 CTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTT 55394262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 CTTTTTAAAGTTCGTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTT 4200

 55394263 TCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGT 55394322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 TCTATTTTCTGTTTGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGT 4260

 55394323 CATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTC 55394382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 CATTGCAAGTGAGATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTC 4320

 55394383 TGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTG 55394442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TGGGTCTTTTAATTGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTG 4380

 55394443 GATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGC 55394502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 GATTTTATCCCACCGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGC 4440

 55394503 TTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT 55394562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 TTTATAGGGTCAATTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT 4500

 55394563 TTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACC 55394622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TTTTTTGGTAGTGGCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACC 4560

 55394623 TCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAG 55394682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 TCTTGTGAGGCAGGTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAG 4620

 55394683 GAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGG 55394742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 GAATTTATTTCTCCTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGG 4680

 55394743 AGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTT 55394802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 AGTTTCTTGCCTTTAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTT 4740

 55394803 TCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTC 55394862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 TCTGCCAAAAGGTCTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTC 4800

 55394863 TCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTG 55394922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 TCTCTAACTGTCTTTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTG 4860

 55394923 TACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGT 55394982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 TACTGGGGATGATCATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGT 4920

 55394983 CCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGA 55395042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 CCCCACCCAAATCTCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGA 4980

 55395043 CCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGT 55395102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 CCTGGTGGGAGGTAATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGT 5040

 55395103 GAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCT 55395162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 GAATAAGTCTCATGAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCT 5100

 55395163 TGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAG 55395222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 TGCCTGCCACCATGTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAG 5160

 55395223 GCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCC 55395282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 GCCTCCCCAGCCATGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCC 5220

 55395283 AGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTT 55395342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 AGTTTGAGGTATGTCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTT 5280

 55395343 CCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCT 55395402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 CCTGAATTTAAATGTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCT 5340

 55395403 CAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTT 55395462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 CAAATATGTTTTCCAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTT 5400

 55395463 GTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTT 55395522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 GTAGATTTCACCTCTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTT 5460

 55395523 ATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAG 55395582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 ATTTTTTCTTTATTTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAG 5520

 55395583 ATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCT 55395642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 ATTGTTTCCTCAACTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCT 5580

 55395643 TGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCA 55395702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TGTAGTGTGTTTCTCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCA 5640

 55395703 TCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTCTTAAATTCCTTGGATTG 55395762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
     5641 TCTTTTAGCTCCTGTATTTTTTTTTTTTTTTTTT--GTATTTCTTAAATTCCTTGGATTG 5698

 55395763 GGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTAT 55395822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5699 GGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCTGAATTCTAT 5758

 55395823 GCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGG 55395882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5759 GCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTCATTTGGAGG 5818

 55395883 TAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGT 55395942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5819 TAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTTGTTTTTTGT 5878

 55395943 TGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAA 55396002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5879 TGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGATGTTCCTTAA 5938

 55396003 ACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGGAAGCTTTCA 55396062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     5939 ACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGGAAGCTTTCA 5998

 55396063 AGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGA 55396122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5999 AGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGATTCTGGAAGA 6058

 55396123 TTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACC 55396182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6059 TTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGGGCTGCTACC 6118

 55396183 AGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTT 55396242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6119 AGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGACCAAGATGTT 6178

 55396243 CCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGG 55396302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6179 CCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCTTCACTGAGG 6238

 55396303 TAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTT 55396362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6239 TAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGTGATTGAGTT 6298

 55396363 GCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACC 55396422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6299 GCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGCAGTGGCACC 6358

 55396423 AGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGG 55396482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6359 AGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTATGCTAGTAGG 6418

 55396483 TGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTC 55396542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6419 TGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAATATGCACTC 6478

 55396543 TAA 55396545
          |||
     6479 TAA 6481

EXCISED REGION

 55396546 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 55396605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6488 TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTTACTTATTTTTTAACTTTA 6547

 55396606 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 55396665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6548 AGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTCGTGTTATGAGGATTTGTT 6607

 55396666 GTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 55396725
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6608 GTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTATTAGTTATTTTTCCTAAT 6667

 55396726 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 55396785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6668 CCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTGTGTGCTGTTCCCCTCTAT 6727

 55396786 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 55396845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6728 GTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAAGAACATGCAGTATTTGGT 6787

 55396846 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 55396905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6788 TTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAGCTCCATCCATGTCCTTGC 6847

 55396906 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 55396965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6848 AAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTCCATGATGTATATATCACA 6907

 55396966 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 55397025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6908 TCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGACTCTATATCTTTGCTATTG 6967

 55397026 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 55397085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6968 TGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTATAATAGAACAATTTATATT 7027

 55397086 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCT 55397139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7028 CCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATAGTATTTCTATCT 7081

Alignment time is 6.34172 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55381317,55405063] =>     23747 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    8690] =>      8690 nucs 'mol-32-34d4-042395_8690'

Score:        8578
Aligned:      8678        nucs
Identic:      8664 (100%) nucs =>      5121 (100%)      3543 (100%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55390616,55395738] EXCISED REGION [55395754,55399302]
 second seq =>  [       1,    5123] EXCISED REGION [    5139,    8690]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        15 nucs [55395739,55395753]
 second seq =>        15 nucs [5124,5138]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [5122,5123] to [5137,5138]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [5124,5125] to [5137,5138]

 55390616 AAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATT 55390675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAGGTTAATATTGTTATGTGTATAAATTCTGGAGAATAGATCTTTGTCAGATGCATAATT 60

 55390676 TGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATT 55390735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGAAAATATTTTCTCCCATTCTGTAGGTTGGGTGCTGATAGTTGGTAAGTTGCAAATATT 120

 55390736 TTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGT 55390795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTATCTCATTCTGTAAGTTATCTGTTTATAGTTTCTTTTATTGTGTAGACACTGTTTAGT 180

 55390796 TTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAA 55390855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTAATTAGATTTCATTTGTCGATGTTTGTTTTTGTTGCCATTGCTTTGTCGCATCATGAA 240

 55390856 ATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTT 55390915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATCTTTGCCAGGGCCTATGTTCATAATAGTGTTTCCTAGGTTTTTCTCAAGGATTTTTTT 300

 55390916 ATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTA 55390975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAGTTTTAGATTTTATATTTTAGTATTTAATCCATCTTGATGTGATTTTTTATATGGTA 360

 55390976 TAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATT 55391035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAAGGAAGGGGTCTAGTGTCTATCCTCTGCATATTGTTACCCAGTTACCCCAGCACAATT 420

 55391036 TGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGAT 55391095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGTTGAATAGGGAATCCTTTCCCCATTGCTTATTTTTGTAGAATTTGTCAAAGATTGGAT 480

 55391096 GGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTC 55391155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GGTTGTTGGTGTGTGGCTTTATTTCTGCACACTCTATTCTGTTCCAATGGTCTATGTGTC 540

 55391156 TGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGG 55391215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGTTTTTGCAACAGTACCCGTTTTGGTTACTGTAGCTTTGTAGCATAGTTTGAAGTCAGG 600

 55391216 TAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCT 55391275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAATGTGATGCCTCCAGCTTTGTACGTTTTGCTAATGATTGCTTTGTCCACTGAGGTTCT 660

 55391276 CTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGG 55391335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTTTTCATTGCATATGAACTTTGGAATAACTTTTGCTAATGCCAGGAAGAATATCATTGG 720

 55391336 TGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACA 55391395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTTTGATTGGAATAGCATTGAAACTGTAAATTGCTTTGAGATGTATGGCCATTTTAACA 780

 55391396 AGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTG 55391455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGACTGATTCTTCCTATCCATGAGTATGGAAAGTTTTTCCATTTGTTTGTATCATCTCTG 840

 55391456 ATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCT 55391515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTTCTTTGAGCATTGTTTTGTAATTATTTTATAAAGGTCTTTTGCCTCCCTGTTTAGCT 900

 55391516 GTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGG 55391575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTATTTCTCAGTACTTTATTCCTTTTGTGGCTAATGTGAATGGTATTCCATTCTTTATGG 960

 55391576 CTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTG 55391635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTCTCAGCTTGGATGGTATTGGTGTATAGAAATGCTATTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTG 1020

 55391636 GCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCATCACCTCC 55391695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     1021 GCTCTGTTGCTAGGGTAGAGTGCAGTGCCATGATCTTGGCTCACTGCAACCACCACCTCC 1080

 55391696 TGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACC 55391755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TGGCTTTAAGTGATTCTCCTGCTTCAGCCTCCCAGGTAGTTGGGACTACAGGCATGAACC 1140

 55391756 ATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAG 55391815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATCATGCCTAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAAG 1200

 55391816 ATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGAT 55391875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 ATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCCCCCGTCAGCCTTCCAAACTGCTGGGAT 1260

 55391876 TACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTG 55391935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TACAGGCGTGAGCCACTGTGCCTGGCCAGAAATGCTATTGATTTTTGTACATTGGTTTTG 1320

 55391936 TATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGA 55391995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TATCCTGAAACTTTGCTAAAGTTATTTATCACACCTAGGAGCTTTTCGACAAAGACTGGA 1380

 55391996 ATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTT 55392055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATTTTATAGTTATAGAATCATATAGTCTGAAGAGAGATAGTTTGGCTTTCTTTTTTTTTT 1440

 55392056 CTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACA 55392115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTAATTGGATGCCTTTTATTTCTCTTCTCTGATTGCTCTGCTAGGATTTCCAGTACTACA 1500

 55392116 TTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTT 55392175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTGAATAAGTGTGGTGAGAGTGTCATCTTTGTCTTGTTCCACTTCTCAAGGGGATTGCTT 1560

 55392176 TCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTA 55392235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TCAGTTTTTGCCCATTCAGAATGATGTTGTCTGTGTGTTTGTCATAGATGACTCATATTA 1620

 55392236 TTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGT 55392295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTTTGTGGTATGTTCCTTCAATGACTAGTTTTTTGAAGGTTTTTTCACATGAGGGAATGT 1680

 55392296 TGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGT 55392355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGAATTTTACTGAAAGCCTTCTGCATCTATTGAGATAATTATGCGGTTTATGCTTTTTGT 1740

 55392356 TCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCC 55392415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TCTGTTTATATGATGAATCACCTTCATTGATTTGTGTATGTTGAACTAACCTTGCATCCC 1800

 55392416 AGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATT 55392475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AGGGATAAAGCAAACTTGATCACGATAGATTAGTTTTTTGAAGAGCTGATGGGTTCAATT 1860

 55392476 TGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTT 55392535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGCTAGTATTTTGTGGAAGATTTCTGCATCTATGTTTATCAAGGATATTGACATGAAGTT 1920

 55392536 TTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAA 55392595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTGTTTTTCTATTGTGCCTCTGCCATGTTCTGGTATCAGGATGATGCTAACCTCATAGAA 1980

 55392596 TGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATAC 55392655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGAGTGACGGAGGAATCCATCCTCCTCAGTTGTTAGGAATAGTTTCAGTAGAAATTATAC 2040

 55392656 CAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTT 55392715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CAACTCTTCTTTACACAACTTGTAGAATTCAAATGTGAATCCATCTGGTCCTGGGCTTTT 2100

 55392716 TCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAG 55392775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCTGGTTGGATGACTTTTTATTACTGATTCAATTTCAGAACTCATTATTGGCCTGTTCAG 2160

 55392776 TGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAAT 55392835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGATTCAATTTCTACCTGGTTCAATCTTGGGAGGCTGTATGTTTTCCAGAATTTATCAAT 2220

 55392836 TTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGT 55392895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTGTTCTAGGTGTATTAGTTTGTTTGTATAGAGGTGTTCATAGTAGTAGTCTTTGAGGGT 2280

 55392896 TTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTT 55392955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTTTTTTTTTGTATTTCTGTGGGTTCAGTTGTAATGTCCCCTTTGTCATGTCTGATTGTT 2340

 55392956 CTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTAT 55393015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CTTATGTGGATCTTCTCTCTTCCTTTATTAGTTTAGCTAGCAAGCAGACTTCAATTTTAT 2400

 55393016 TTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTC 55393075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TTAGTCTTTCAAAGAACCAATTTCTGGTATCGTTTTTCTTTATATATTTTTATGTATCTC 2460

 55393076 AATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTT 55393135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AATTTCATTCAGTTCAGCTCTGATTTTGGTTATTTCTTGTCTTCTGTAGGCATTGGGGTT 2520

 55393136 GGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTT 55393195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GGTTTGCTCTTGTTTGTCTAGTTCATCTTGGTGTGATGTTAAGTTGTTAATTTAAGATTT 2580

 55393196 CGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTA 55393255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 CGCTGTCGTTTTTTGACATGCACTCTTAATGCTATAAACTTTCCTTTTAACGTTACTTTA 2640

 55393256 GCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTT 55393315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GCTGTGTCCCAGAGATTTTGGTATGTTGTATATTTTTCTTCCCATTAGTTTCAAGGAGTT 2700

 55393316 TCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTT 55393375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TCTTGATTTGTTCCTAAATTTCATTGTTTACCCAGAAGTCATTTAGGAGTCAGTTAATTT 2760

 55393376 CCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTT 55393435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 CCATGTAGTTGTATTGTTTTAAGTGATCTTCTTAATATTGATTTCTATTGACATTGTGTT 2820

 55393436 GTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAAT 55393495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GTGGTCTGAAAGTGTGTTTGGTATGATTCCTTTTTTTATTTTAATTAATTTGCTGAGAAT 2880

 55393496 TGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAA 55393555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TGTTTTATGGAAGATTGTGTGGTTGATTTTAGAGTATGTGCCATGGGCACATGAGAAGAA 2940

 55393556 TGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATG 55393615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGTATATTCTGTTGTTGGGAGGAGGATTTAGTAGGTATGTGTTAGGTTGATTTGGTCATG 3000

 55393616 TTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTG 55393675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTGAGTTCAGGTCCCAAATGTCTTGGTTAGTTTTCTGCCTTGATGATCTGTCTAATACTG 3060

 55393676 TCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTC 55393735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TCAGTGGTATGCTGAAGTCTCCCATTATTATTATGTGGTTATTTGATCTCTTCATAGTTC 3120

 55393736 TCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGA 55393795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TCTAAGAACTTGTTGTATGAATCTGGGTTCTCCTGTATTGGGTGCATATATATATTTAGA 3180

 55393796 ATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACT 55393855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 ATAGTTACTTTTTCTTGTTGAATTGAACCCTTTACTATTATAGAATGCCCTTCCTTGACT 3240

 55393856 TTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACC 55393915
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     3241 TTTTTTTTTTCTTGATGCAGAGTTTTGCTCTTGTCATCCAAGCCGGAGTGCAGTGGCACC 3300

 55393916 ATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGC 55393975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCAATGAGGCAGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGC 3360

 55393976 CTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTAT 55394035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 CTCCCGAGTAGCTGGGATTGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTAGCTAATTTTTGTAT 3420

 55394036 TTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAG 55394095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 TTTTGTTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACTAGGCAGGTCTTCAACTCCTGACCTCAG 3480

 55394096 GTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGT 55394155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 GTGATCGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCCTTCTTTGCCTTTTTTGATTATTGTTGGT 3540

 55394156 GTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTC 55394215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GTAAAGTTTCTTTAGTCTGAAATTAGAATAGCAACTCTTGATTTTTTCTTTTTAAAGTTC 3600

 55394216 GTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTT 55394275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GTTTTGTCTGAAATTAGAATGGCAACCCCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTCTATTTTCTGTT 3660

 55394276 TGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAG 55394335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TGATTGGTAGGTTTTTCTCCATCCCTTTGCTTTGAGCCTATGGGTGTCATTGCAAGTGAG 3720

 55394336 ATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAAT 55394395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 ATAGCAGCATACCATCAGAGACTACTTCTTTATTCATTATGCCACTCTGGGTCTTTTAAT 3780

 55394396 TGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCAC 55394455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TGAGGCATTTAGCACATTTACAATGAAGTTTAATATCGATATGTGTGGATTTTATCCCAC 3840

 55394456 CGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAA 55394515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 CGTCATGATGTTAGCTGGTTATTATGTAGACTTGACTATGCAGTTGCTTTATAGGGTCAA 3900

 55394516 TTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTG 55394575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TTGTCTATCTACTTAAGTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTGGTAGTG 3960

 55394576 GCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAG 55394635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GCCAGAAATAGTCTTTCATTTCCTTATTTAGCATTCTTTTAAGGACCTCTTGTGAGGCAG 4020

 55394636 GTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTC 55394695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 GTCTTGTTGTAGTAATACATTTCCTTATCATTTGCTTGTCTGAGAAGGAATTTATTTCTC 4080

 55394696 CTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTT 55394755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 CTTTGCTTATGAAGCTTAGTTTGGCTGGATATAACATTCTTGGCTGGAGTTTCTTGCCTT 4140

 55394756 TAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGT 55394815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 TAAGAAAACTAAATACAGGCTTCCATTCTCTTCTGGCTTGTAAAGTTTCTGCCAAAAGGT 4200

 55394816 CTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCT 55394875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 CTGCTGTTAGCCTGATGGGGTTCCCTTTTTAGGTGACCTGCTTCTTCTCTCTAACTGTCT 4260

 55394876 TTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGAT 55394935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TTAATATATTTTGTTTCATGTCGACCTTGGAGAATCTGATGAGTGTGTACTGGGGATGAT 4320

 55394936 CATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATC 55394995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 CATCTTGTATAGTATCTCACAGGGGTTCTAATATGGTTTAGCTATGTCCCCACCCAAATC 4380

 55394996 TCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGT 55395055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 TCATTTTGAATTGTAGTTCCCATAATCCCCATGTGTTGTGAGAGGGACCTGGTGGGAGGT 4440

 55395056 AATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCAT 55395115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 AATTAAATCATGGGGGAGGGTTATTCCCATACTGTTATCATAACAGTGAATAAGTCTCAT 4500

 55395116 GAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCAT 55395175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 GAGATCTGATGGTTTTATAAATGGGAGTTCCCCTGCACAAGCTCCCTTGCCTGCCACCAT 4560

 55395176 GTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCA 55395235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 GTAAGACGTGGCTTTGCTCCTTCCTCATCTTTCACCATGATTGTGAGGCCTCCCCAGCCA 4620

 55395236 TGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATG 55395295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 TGTGGAAATGTGAGTCCATTAAACCTCTTTTTCTTTATGTATTACCCAGTTTGAGGTATG 4680

 55395296 TCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAAT 55395355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 TCTTTATTAGCAGCATGAGAACAAACTAATACAGTTTTTTTGCATTTCCTGAATTTAAAT 4740

 55395356 GTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTC 55395415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 GTTAGACTTTCTGGAGAGGTTGGGGAAATTTTCTTGGATGATATCCTCAAATATGTTTTC 4800

 55395416 CAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCT 55395475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 CAAGTTGCTTGCTTTCTCTCCCTTTCTTTCAGGGACACCAGTGATTTGTAGATTTCACCT 4860

 55395476 CTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTAT 55395535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 CTCTACATAGTTCCACATTTCTCAGAGGTTTTGCTCACTTTTTTGTTATTTTTTCTTTAT 4920

 55395536 TTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAA 55395595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 TTTTGTCTGGCTGAGTTAATTCAGAGAACCAGTCTTTGGGCTCTGAGATTGTTTCCTCAA 4980

 55395596 CTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTC 55395655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 CTTGGTCTATTTTGCTGTTAATACTTGCAATTCTATTATGAAATTCTTGTAGTGTGTTTC 5040

 55395656 TCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCT 55395715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 TCACCTCTATTAGATCAGTTTTGTGCTTTCTTAAAATGACCATTTCATCTTTTAGCTCCT 5100

 55395716 GTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 55395738
          |||||||||||||||||||||||
     5101 GTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 5123

EXCISED REGION

 55395754 CTTGGATTGGGTTTCAACCTTCTCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCT 55395813
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5139 CTTGGATTGGGTTTCAACCTT-TCCTGAATCTTAATAATCTTCCTTCCTATCTAAATTCT 5197

 55395814 GAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTC 55395873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5198 GAATTCTATGCCTGCCATTTCAGCCTGGTTAAGAACCATTTCTGGGGAAGTAATGTGGTC 5257

 55395874 ATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTT 55395933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5258 ATTTGGAGGTAAGAAGACACTGTGGCTTTTTGAGTTCCAAGAGTTCTTGTGCTAGTTTTT 5317

 55395934 GTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGAT 55395993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5318 GTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCAGCTGTGTGGACTGAT 5377

 55395994 GTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCATTATCTTCTTGG 55396053
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     5378 GTTCCTTAAACCTTTTAAATTGCCGTCATTTGGATGGGATATTTTGCGTTATCTTCTTGG 5437

 55396054 AAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGAT 55396113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5438 AAGCTTTCAAGGGTTTGATTGTGGTATAAGAAGGGTATAAGTCAGCTGACTGGCTTTGAT 5497

 55396114 TCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGG 55396173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5498 TCTGGAAGATTTCAGGGAGCTCAGCTCAACACTCCTTGGCTGTGTGCTCTAACACTGAGG 5557

 55396174 GCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGAC 55396233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5558 GCTGCTACCAGCCTTGTTCTCTGGTCCCTCAAGACTAGGAATCTGCTGCACTGGAGGGAC 5617

 55396234 CAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCT 55396293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5618 CAAGATGTTCCTGGTCTGCTGGCCCCAATACTCTGATTAGGGGGTGTTGGCCAAAGTGCT 5677

 55396294 TCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGT 55396353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5678 TCACTGAGGTAGTGACAGCAGGATCCTTGCCTGCTAGTGTATGTCAGTAGCCATGATGGT 5737

 55396354 GATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGC 55396413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5738 GATTGAGTTGCCTATACATCATCAGCAGGGTCAGAACATTAGTGGGTGTGAGGCTTTGGC 5797

 55396414 AGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTAT 55396473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5798 AGTGGCACCAGCATATACACACTCACACTGGTGGTGGTGGCAGTGCAGTGGGGATGGTAT 5857

 55396474 GCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAA 55396533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5858 GCTAGTAGGTGTAGGAGTGCTGGCATCCATGCACACTGATTGGCTTTTGGGTCTCTATAA 5917

 55396534 TATGCACTCTAA------TTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTT 55396587
          ||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5918 TATGCACTCTAATTTAACTTTAACATTTGCCACCCCCCTCAGGTTTTTACTTATTTATTT 5977

 55396588 ACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTC 55396647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5978 ACTTATTTTTTAACTTTAAGTTTAGGTGTATACATGTAAATTTGTTACATAAGCAAACTC 6037

 55396648 GTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCATGCTTTGAGCCCAGTACCTA 55396707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     6038 GTGTTATGAGGATTTGTTGTGTAGGTTATTTTATCACCCAGGCTTTGAGCCCAGTACCTA 6097

 55396708 TTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTG 55396767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6098 TTAGTTATTTTTCCTAATCCTTTCCCTCCTCCCAGCTTCCACCTTCAAGTAGGCCCAGTG 6157

 55396768 TGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAA 55396827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6158 TGTGCTGTTCCCCTCTATGTATCCATGTGTTCTCATCACTTAGCTTCCACTTATAAGTAA 6217

 55396828 GAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAG 55396887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6218 GAACATGCAGTATTTGGTTTCCTGTTTCTACAATAGTTTACTAGGAATAATGACCTCTAG 6277

 55396888 CTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTC 55396947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6278 CTCCATCCATGTCCTTGCAAAGGCCATGATCTTTTTCTTTCTTATGGCTGCATAGTATTC 6337

 55396948 CATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGAC 55397007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6338 CATGATGTATATATCACATCTTCTTTAGCCAGTCTATTGTTGATAGGCATTTAGGTTGAC 6397

 55397008 TCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTAT 55397067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6398 TCTATATCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATGAACATATGTGTGCATGTATATTTAT 6457

 55397068 AATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATA 55397127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6458 AATAGAACAATTTATATTCCTTTGGGTTTATACCCAGTAATGGGATTGCTGGGTCAAATA 6517

 55397128 GTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCA 55397187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6518 GTATTTCTATCTTTAGGTCTTAGAGGAATTGTCAACCTGTCTTTCACAATGACTGAACCA 6577

 55397188 ATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATC 55397247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6578 ATTTACTCACCCACCAACAGTGTACAAGTGTTTCTTTTCTCCCACAACCTTGTCAGCATC 6637

 55397248 TGTTATTTTTTGACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAG 55397307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6638 TGTTATTTTTTGACTTTTTTTTTTTTTAGATGTAGTCTCAATCTGTCCCCCAGGCTGGAG 6697

 55397308 TTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCT 55397367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6698 TTCAGTGGTGCCATCTCAGCTCTCTGCAAGCTCCACCTCCCAGGTTCACGCCATTCTCCT 6757

 55397368 GCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTT 55397427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6758 GCCTTAGCCTTCCGAGTAGTTGGGACTACAGGTGCTTGCTACCACACCTGGCTAATTTTT 6817

 55397428 CGTATTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCC 55397487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6818 CGTATTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGAGGGGATTTCACCATGTTAACCAGGATGGTCTCC 6877

 55397488 ATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTG 55397547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6878 ATCTCCTGACCTCGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGCGTG 6937

 55397548 AGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTAT 55397607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6938 AGCCACTGCACCTGGCCTTGACTTTTTAATAATTCCATTCTGACCAGTGTTAGGTGGTAT 6997

 55397608 CTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACA 55397667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6998 CTTATTGTGGTTTTGATTTGCATTTGTCTAATGATCAGTGAAGTTGAGCTTTTTTTCACA 7057

 55397668 TGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCA 55397727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7058 TGATTCTTGGCCACATGTATGTCTTGTTTTGAAAAAGTGTCTGTTCATGTCCTTTGCCCA 7117

 55397728 CTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGC 55397787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7118 CTTTTTTATGGGATTTTTTAAATGTTCGTATGTACATTTTTTTATGTTTCTTATAGATGC 7177

 55397788 TGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGT 55397847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7178 TGGATATTAGACCTTTGTCAGATACATAGTTTGCAAAAATTTCTCTCTCACATTCTCTGT 7237

 55397848 AGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAAT 55397907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7238 AGGTTGTCTGTTTACTCTGTTGATAATTTCTTTTGCTGTACAAAACCACTTTAATTTAAT 7297

 55397908 TAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGA 55397967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7298 TAGTTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTTTGTTGCAATTGCTTTTAGCATATTCATCATTGA 7357

 55397968 ATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCA 55398027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7358 ATGTTTATAGCAGCACAATTGACAATTGCGAAATTGTTGAACCAACCCAAAAGCCCATCA 7417

 55398028 ATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGG 55398087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7418 ATCATGGAATACTACACAGTCACAAAAAGGAATTAATTAACAACATTTGCTGTGACCTGG 7477

 55398088 ATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGT 55398147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7478 ATGAGACTGGAGACTATTATTCTAAGTGATGTAACTCAGAAATAGAAAACCAAACATTGT 7537

 55398148 GTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACA 55398207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7538 GTGCTCTCACTGATATGTGGGAACTGAGCTATGAGGATGCAAAGGCATATGAATGATACA 7597

 55398208 ATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAA 55398267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7598 ATGGACTCTTGGGACTTGGGGTAAAGAGTAGGGGGAGGGGGAGGAATAAAAGACTACAAA 7657

 55398268 TATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAG 55398327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7658 TATGGTGCAGTTTATACATGGGTGATGGCTGCACCAAAATCTCACAAATCAACACTAAAG 7717

 55398328 AACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATA 55398387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7718 AACTTACTCATGTAAGTAAATACCACCTTACCCCAATAACTTATGGAAAAAAATAAAATA 7777

 55398388 AAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCAT 55398447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7778 AAACAAGAAACAAAACAAATTGATTAAAAACAGCAAGATGGAAGACTTCAACACAATCAT 7837

 55398448 ATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATAT 55398507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7838 ATAAATAATTATTTTAAGTGTGATCTAAATATATCAGTTACAAAGCAGAGATATAAATAT 7897

 55398508 GTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCA 55398567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7898 GTGATTAAAAGTAAGGGTATAGATGGCCAGGCTTGGTGGCTCACTCTTGTAATCCCAGCA 7957

 55398568 CTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAAC 55398627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7958 CTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGATCATGATGTCAGGAGATCCAGACCATCCTGGCTAAC 8017

 55398628 ATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCAC 55398687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8018 ATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCCAGGCATGGTGGCACGCAC 8077

 55398688 CTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGAT 55398747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8078 CTGTAGTCCCAATAAATATAGATAACTGGTTTTTGACAAAAGAGGAAAATGTAATCTGAT 8137

 55398748 AGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCC 55398807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8138 AGAGAAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCC 8197

 55398808 AAGACTGCACCACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAAA 55398867
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
     8198 AAGACTGCACCACTGCCACTGCACTCTAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTC--A 8255

 55398868 AAAAAAAAAAAAAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGA 55398927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8256 AAAAAAAAAAAAAAGGAACTGTATAGAGAAAGATATACCACAAAAACATTAACTGAAAGA 8315

 55398928 AAGCTAAAGAAATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAG 55398987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8316 AAGCTAAAGAAATATTAAATTCTAACAAAGTGGCTTTCAGAAAATGAAAACTATAAGCAG 8375

 55398988 TAAAGAACATTACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAAT 55399047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8376 TAAAGAACATTACATAATGATAAAGGGATCAATTCTCTGAGAAAGCATGACTACCCTAAT 8435

 55399048 ATACGTGCTCCTAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATA 55399107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8436 ATACGTGCTCCTAAAAACAGAGTTTCAAAATACATGAACCCCACATTGATAGATCTGATA 8495

 55399108 GATAAATAGACAAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTG 55399167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8496 GATAAATAGACAAATCAAAAATTACAGTTGAAGACTTCAATGCCCTTCTCTCAGTAATTG 8555

 55399168 ATAGAAAGTAGAAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAA 55399227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8556 ATAGAAAGTAGAAAATAATTCAGTAAATCCGAAGATTATTTCAACAGCATTACTAAGTAA 8615

 55399228 CTTGACCCAACTGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGTACATTCTT 55399287
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     8616 CTTGACCCAACTGACATCTATAAAACATTTCATATCAACAACAGCAGAATGCACATTCTT 8675

 55399288 TATGAGTGAACATGG 55399302
          |||||||||||||||
     8676 TATGAGTGAACATGG 8690

Alignment time is 9.25384 s

