
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2564] =>      2564 nucs 'mol-32-1f00-200581_2564'

Score:        2564
Aligned:      2564        nucs
Identic:      2564 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55443980,55446543]
 second seq =>  [       1,    2564]

 55443980 TAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTA 55444039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTA 60

 55444040 CCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCAT 55444099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCAT 120

 55444100 CTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTAC 55444159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTAC 180

 55444160 TTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACC 55444219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACC 240

 55444220 AGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTT 55444279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTT 300

 55444280 ATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAA 55444339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAA 360

 55444340 TTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTT 55444399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTT 420

 55444400 AATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTA 55444459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTA 480

 55444460 TATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTA 55444519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTA 540

 55444520 TATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTT 55444579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTT 600

 55444580 TTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATG 55444639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATG 660

 55444640 CATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTT 55444699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTT 720

 55444700 TGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAA 55444759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAA 780

 55444760 AAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCAT 55444819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCAT 840

 55444820 TTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAG 55444879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAG 900

 55444880 AGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAG 55444939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAG 960

 55444940 ACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACAT 55444999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACAT 1020

 55445000 CCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGAC 55445059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGAC 1080

 55445060 TAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGC 55445119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGC 1140

 55445120 CCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACAT 55445179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACAT 1200

 55445180 GTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAG 55445239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAG 1260

 55445240 AGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGAC 55445299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGAC 1320

 55445300 TACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCC 55445359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCC 1380

 55445360 TTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGA 55445419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGA 1440

 55445420 TATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCAC 55445479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCAC 1500

 55445480 TTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAA 55445539
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAA 1560

 55445540 ATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAA 55445599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAA 1620

 55445600 ATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAA 55445659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAA 1680

 55445660 TACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTA 55445719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTA 1740

 55445720 AAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGA 55445779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGA 1800

 55445780 CCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTA 55445839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTA 1860

 55445840 TGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTA 55445899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTA 1920

 55445900 TATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTA 55445959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTA 1980

 55445960 AATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGC 55446019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGC 2040

 55446020 TGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAG 55446079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAG 2100

 55446080 AAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGT 55446139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGT 2160

 55446140 TTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATA 55446199
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATA 2220

 55446200 ATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCAC 55446259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCAC 2280

 55446260 TTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCT 55446319
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCT 2340

 55446320 CTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGG 55446379
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGG 2400

 55446380 CATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGA 55446439
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGA 2460

 55446440 GGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAG 55446499
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAGGAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAG 2520

 55446500 AACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAAC 55446543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTTAGTGTACAATCAAAAC 2564

Alignment time is 8.28022 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2362] =>      2362 nucs 'mol-32-2076-006848_2362'

Score:        1981
Aligned:      2091        nucs
Identic:      2081 (100%) nucs =>       232 ( 97%)      1849 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55364180,55364417] EXCISED REGION [55444016,55445868]
 second seq =>  [       1,     238] EXCISED REGION [     239,    2091]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     79598 nucs [55364418,55444015]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         5 nucs [55364418,55364422] to [55444016,55444020]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55364418,55364418] to [55444015,55444015]
 second seq =>         0 nucs

 55364180 CTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCT 55364239
          |||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||.||||.||||||||||
        1 CTTTAATCCATCTTGAATTGATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCT 60

 55364240 TTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCC 55364299
          ||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||
       61 TTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTTCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCCTTCCCC 120

 55364300 ATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTT 55364359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTT 180

 55364360 CTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGC 55364417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGC 238

EXCISED REGION

 55444016 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 55444075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      239 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 298

 55444076 TTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 55444135
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      299 TTTTTACTGATAAACAATCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 358

 55444136 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 55444195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      359 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 418

 55444196 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 55444255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      419 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 478

 55444256 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 55444315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      479 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 538

 55444316 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 55444375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      539 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 598

 55444376 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 55444435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      599 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 658

 55444436 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 55444495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      659 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 718

 55444496 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 55444555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      719 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 778

 55444556 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 55444615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      779 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 838

 55444616 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 55444675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      839 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 898

 55444676 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 55444735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      899 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 958

 55444736 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 55444795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      959 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 1018

 55444796 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 55444855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1019 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 1078

 55444856 ACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 55444915
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1079 ACCAATGCAAGGGCCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 1138

 55444916 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 55444975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1139 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 1198

 55444976 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 55445035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1199 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 1258

 55445036 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 55445095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1259 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 1318

 55445096 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 55445155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1319 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 1378

 55445156 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 55445215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1379 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 1438

 55445216 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 55445275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1439 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 1498

 55445276 TGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 55445335
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 TGTCACATGAATCAAGAAACAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 1558

 55445336 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 55445395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1559 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 1618

 55445396 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 55445455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1619 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 1678

 55445456 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 55445515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 1738

 55445516 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 55445575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 1798

 55445576 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 55445635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 1858

 55445636 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 55445695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 1918

 55445696 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 55445755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 1978

 55445756 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTC 55445815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1979 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCAATCTC 2038

 55445816 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAA 55445868
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAA 2091

Alignment time is 8.44139 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3844] =>      3844 nucs 'mol-32-2378-084983_3844'

Score:        3822
Aligned:      3844        nucs
Identic:      3842 (100%) nucs =>      3365 (100%)       477 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55440341,55443707] EXCISED REGION [55443710,55444186]
 second seq =>  [       1,    3367] EXCISED REGION [    3368,    3844]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [55443708,55443709]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        26 nucs [55443708,55443733] to [55443710,55443735]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55443708,55443708] to [55443709,55443709]
 second seq =>         0 nucs

 55440341 TATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTACAGTAAAGTTTAAATAATA 55440400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTACAGTAAAGTTTAAATAATA 60

 55440401 GGTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACAGAAAAACTCCAACTTTTT 55440460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACAGAAAAACTCCAACTTTTT 120

 55440461 GCTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCAAAGTTATTTTCTCAAGTT 55440520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCAAAGTTATTTTCTCAAGTT 180

 55440521 CAATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATTTCAAAGAACATTGCCCAC 55440580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATTTCAAAGAACATTGCCCAC 240

 55440581 TAATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAATGCATTCCTTGATCATGTG 55440640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAATGCATTCCTTGATCATGTG 300

 55440641 TCTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAGAAGGGAAAATTACCTAAA 55440700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAGAAGGGAAAATTACCTAAA 360

 55440701 ATGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTATAAATGAAATTTCCATGTG 55440760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTATAAATGAAATTTCCATGTG 420

 55440761 CATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGAATAGTGATATATATTGTT 55440820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGAATAGTGATATATATTGTT 480

 55440821 CTGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACAATAAAGTATATTCTTACG 55440880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACAATAAAGTATATTCTTACG 540

 55440881 TTACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACTATTAGAGAAATCAGTTAT 55440940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACTATTAGAGAAATCAGTTAT 600

 55440941 GATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATTAACTTCAGTGATTTGTGT 55441000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATTAACTTCAGTGATTTGTGT 660

 55441001 AACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGATTACATTGTAAATGTTTT 55441060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGATTACATTGTAAATGTTTT 720

 55441061 AATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAGCACACAACATATGGAAAG 55441120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAGCACACAACATATGGAAAG 780

 55441121 TCAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTCTATCCAGAACATACAAAT 55441180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTCTATCCAGAACATACAAAT 840

 55441181 ATTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGTGGGAAACTTTCTGATCCT 55441240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGTGGGAAACTTTCTGATCCT 900

 55441241 TATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCACTATTTCTTCAGGCTATA 55441300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCACTATTTCTTCAGGCTATA 960

 55441301 TGAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTGGTGATCTAGTAGTGGGAA 55441360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTGGTGATCTAGTAGTGGGAA 1020

 55441361 GAATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTCTTTGGAATCATTGAAATC 55441420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GAATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTCTTTGGAATCATTGAAATC 1080

 55441421 TTCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATCTGCAAACCTCCCCGCTAC 55441480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATCTGCAAACCTCCCCGCTAC 1140

 55441481 CTAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCGGTTGCTTGGCTGTTGGGG 55441540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCGGTTGCTTGGCTGTTGGGG 1200

 55441541 CTTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGCCTTTCTGTGGCTCCAACA 55441600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGCCTTTCTGTGGCTCCAACA 1260

 55441601 AAATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAGTCGCTTGTACTGATACCT 55441660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAGTCGCTTGTACTGATACCT 1320

 55441661 GCATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTGCCTTGGTAACCTTGTTCT 55441720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GCATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTGCCTTGGTAACCTTGTTCT 1380

 55441721 GTCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAATCATTCAGTAGAGGGAAG 55441780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAATCATTCAGTAGAGGGAAG 1440

 55441781 ATGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGTAATCTTTTTCTTCGAACC 55441840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGTAATCTTTTTCTTCGAACC 1500

 55441841 TTCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGGACAAAATATCTGCTCTGT 55441900
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1501 TTCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGGACAAAATATCTGCGCTGT 1560

 55441901 TTTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATAACCTGAGAAATACAGAGA 55441960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATAACCTGAGAAATACAGAGA 1620

 55441961 TGAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTTCAGAAGAAAAACAGCTGA 55442020
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGAAAAAGACCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTTCAGAAGAAAAACAGCTGA 1680

 55442021 TTTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAAAAGTGTACATGTCTCCAA 55442080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAAAAGTGTACATGTCTCCAA 1740

 55442081 CGACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAAAATTTTACTGTGGTAAAA 55442140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CGACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAAAATTTTACTGTGGTAAAA 1800

 55442141 TATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTACAGTTCAGTGGCTTTACAT 55442200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTACAGTTCAGTGGCTTTACAT 1860

 55442201 TCATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAACTTTTTCTTCTTTCCAAAC 55442260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TCATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAACTTTTTCTTCTTTCCAAAC 1920

 55442261 TAAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTTCCCCCAGTTTCTGGCAAT 55442320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TAAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTTCCCCCAGTTTCTGGCAAT 1980

 55442321 GACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACATAATAGTGGTACATATTT 55442380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACATAATAGTGGTACATATTT 2040

 55442381 ATGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTAATGATCAAAGCAGGGTAT 55442440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTAATGATCAAAGCAGGGTAT 2100

 55442441 TTATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGTTGGGAGCATTTTAATTCT 55442500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGTTGGGAGCATTTTAATTCT 2160

 55442501 TCTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTGTTACCTGCAGTCATCCTA 55442560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TCTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTGTTACCTGCAGTCATCCTA 2220

 55442561 CTGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTTCAGTCTTTACGTACCAAT 55442620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTTCAGTCTTTACGTACCAAT 2280

 55442621 ATATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTTACCGGGAAAGATTCGGTT 55442680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 ATATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTTACCGGGAAAGATTCGGTT 2340

 55442681 GTGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATCCACTCCTAATTTTCTACA 55442740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GTGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATCCACTCCTAATTTTCTACA 2400

 55442741 AGTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTATTTTTCTGGATCTATTGAG 55442800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AGTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTATTTTTCTGGATCTATTGAG 2460

 55442801 ATGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGGTGGTGAATTATATTGATT 55442860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGGTGGTGAATTATATTGATT 2520

 55442861 TATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAACACAACACGAAACATACA 55442920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAACACAACACGAAACATACA 2580

 55442921 TTGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAATTTCAAACCAATTTGTCTC 55442980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAATTTCAAACCAATTTGTCTC 2640

 55442981 ATAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAAAAAACAAGGAATATATAA 55443040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 ATAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAAAAAACAAGGAATATATAA 2700

 55443041 AATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGAATCCAATTCATTCACTTA 55443100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGAATCCAATTCATTCACTTA 2760

 55443101 TAATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAATTTCACAAGTGTATCTGA 55443160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TAATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAATTTCACAAGTGTATCTGA 2820

 55443161 AATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAGAGGAATGCTGTCTATGTC 55443220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 AATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAGAGGAATGCTGTCTATGTC 2880

 55443221 ATATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAAATAATCTGCATCTGAAAT 55443280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 ATATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAAATAATCTGCATCTGAAAT 2940

 55443281 TTGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGAATGAAGTAGACTGAAAGT 55443340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGAATGAAGTAGACTGAAAGT 3000

 55443341 GGTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGCTTTACTTCCGGAGAAGAT 55443400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GGTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGCTTTACTTCCGGAGAAGAT 3060

 55443401 AGTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTATGTAATGAAAAAGTACAC 55443460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 AGTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTATGTAATGAAAAAGTACAC 3120

 55443461 AGGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAATCTGTCCTCTGTGAGCTG 55443520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 AGGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAATCTGTCCTCTGTGAGCTG 3180

 55443521 CAAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGGCCAGGCGCAGTGGCTCAT 55443580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 CAAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGGCCAGGCGCAGTGGCTCAT 3240

 55443581 GCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCA 55443640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 GCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCA 3300

 55443641 GTGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTCGGTGACACAGCGAGACT 55443700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 GTGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTCGGTGACACAGCGAGACT 3360

 55443701 CTGTCTC 55443707
          |||||||
     3361 CTGTCTC 3367

EXCISED REGION

 55443710 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAGAG 55443769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3368 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAGAG 3427

 55443770 AAAATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAAT 55443829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3428 AAAATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAAT 3487

 55443830 TGGGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATAC 55443889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3488 TGGGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATAC 3547

 55443890 CAAGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAAT 55443949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3548 CAAGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAAT 3607

 55443950 GATAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTT 55444009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3608 GATAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTT 3667

 55444010 CACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAA 55444069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3668 CACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAA 3727

 55444070 AAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAA 55444129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3728 AAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAA 3787

 55444130 GTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTC 55444186
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3788 GTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTC 3844

Alignment time is 13.6261 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    8623] =>      8623 nucs 'mol-32-287f-106715_8623'

Score:        8580
Aligned:      8624        nucs
Identic:      8620 (100%) nucs =>      5901 (100%)      2719 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55437803,55443707] EXCISED REGION [55443712,55446430]
 second seq =>  [       1,    5904] EXCISED REGION [    5905,    8623]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         4 nucs [55443708,55443711]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        24 nucs [55443708,55443731] to [55443712,55443735]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55443708,55443709] to [55443710,55443711]
 second seq =>         0 nucs

 55437803 CTGTTGGTGAGAGTGTCACTTAGTTCAACCATTGTGGAAGACAGTGTTGCAATTCCTTAA 55437862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGTTGGTGAGAGTGTCACTTAGTTCAACCATTGTGGAAGACAGTGTTGCAATTCCTTAA 60

 55437863 AGACCTAAAGACAGAAATACTATTTGACCAGGCAATCCCATTACTGGGTATATACCCAAA 55437922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGACCTAAAGACAGAAATACTATTTGACCAGGCAATCCCATTACTGGGTATATACCCAAA 120

 55437923 AGAATATAAATTGTTCCATTATAAAGACACATGCACATGTACGTTCATTGCAGCACTCTT 55437982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGAATATAAATTGTTCCATTATAAAGACACATGCACATGTACGTTCATTGCAGCACTCTT 180

 55437983 CTCTTTACAATCCTGTATTCCTAGAAGGAGGATAGAAGGAGGAAATTCTGATATTTCATG 55438042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTCTTTACAATCCTGTATTCCTAGAAGGAGGATAGAAGGAGGAAATTCTGATATTTCATG 240

 55438043 TTACAGACAAAAGTGAAATTCCTTACTCAACATTCTGAGTATTTTTCCATTGCGTTAACT 55438102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTACAGACAAAAGTGAAATTCCTTACTCAACATTCTGAGTATTTTTCCATTGCGTTAACT 300

 55438103 ATCAAAACTCATACCAATAATGTTTAAAGTTCATGAAAATGTATATAATGGGAGAAAGTT 55438162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATCAAAACTCATACCAATAATGTTTAAAGTTCATGAAAATGTATATAATGGGAGAAAGTT 360

 55438163 TCAGGAATTACCTGCCAGTGTTTCATCTTCTTGTTGCTTCACCCTGGGGCAACTGTGGGT 55438222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCAGGAATTACCTGCCAGTGTTTCATCTTCTTGTTGCTTCACCCTGGGGCAACTGTGGGT 420

 55438223 AAGGGTTAAGTATTCAATTTGCAGGGAAACACTGAATTTTTTAATTCCAAGAGAGAGACA 55438282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AAGGGTTAAGTATTCAATTTGCAGGGAAACACTGAATTTTTTAATTCCAAGAGAGAGACA 480

 55438283 GCCTCTCATGGACTGCTTCATTTTGACAAAAAAAAAAAAAAAGCCCCTTCAATGTAAGCC 55438342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
      481 GCCTCTCATGGACTGCTTCATTTTGACAAAAAAAAAAAAAA-GCCCCTTCAATGTAAGCC 539

 55438343 AGAATGTGAGTTTATAATGGACTATAATTCATGCCTGCTTGCTTCTTATCCTCCAATCAC 55438402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 AGAATGTGAGTTTATAATGGACTATAATTCATGCCTGCTTGCTTCTTATCCTCCAATCAC 599

 55438403 AATATAGCAGTGCTTAAAGCCATCAATATAGCAATTACACTTGAACACTGAAATTATGTG 55438462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 AATATAGCAGTGCTTAAAGCCATCAATATAGCAATTACACTTGAACACTGAAATTATGTG 659

 55438463 GTTATGCCTGGTTATAAATTGATTGTAAGATGACTCAGAACATACTTATATATGTTTTGA 55438522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 GTTATGCCTGGTTATAAATTGATTGTAAGATGACTCAGAACATACTTATATATGTTTTGA 719

 55438523 AATTATCATTTAAATGAAAACTTAAAGTGAAACATTCTTAGAGAAATTAGCAATCCCTAG 55438582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 AATTATCATTTAAATGAAAACTTAAAGTGAAACATTCTTAGAGAAATTAGCAATCCCTAG 779

 55438583 TATTATGATCTCCAGTTAAAACTCTTTAAAATTTCAAGTATTCAATAACACAGCTACCAC 55438642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 TATTATGATCTCCAGTTAAAACTCTTTAAAATTTCAAGTATTCAATAACACAGCTACCAC 839

 55438643 AAATAGTAAATGAATTTCTATTATGTTCAAAGCATGCGACATCTGGTTTAGAATAAATTC 55438702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 AAATAGTAAATGAATTTCTATTATGTTCAAAGCATGCGACATCTGGTTTAGAATAAATTC 899

 55438703 CTAATCAAAATAGACATAAGACTGCATCAATCCATAGGAACAACAATTACTGTTTTGGTA 55438762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 CTAATCAAAATAGACATAAGACTGCATCAATCCATAGGAACAACAATTACTGTTTTGGTA 959

 55438763 CCAGGATAGTAATGAGTGTTTCTTAAAGAATAACATATTTAATTGTGTAGTAGTTCAGTG 55438822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 CCAGGATAGTAATGAGTGTTTCTTAAAGAATAACATATTTAATTGTGTAGTAGTTCAGTG 1019

 55438823 AAAAAAAATTATGTATATAAATATCCAAATATTTATAGATTAATCCAAATTCTTATTTTT 55438882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AAAAAAAATTATGTATATAAATATCCAAATATTTATAGATTAATCCAAATTCTTATTTTT 1079

 55438883 TTTTTTTTTACTGGCAGACTTGGTATTTCATGACTTTAAAACTAAAAGCACAGTTTCTGA 55438942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 TTTTTTTTTACTGGCAGACTTGGTATTTCATGACTTTAAAACTAAAAGCACAGTTTCTGA 1139

 55438943 AGATTAAATGAATTTTTCTCTATTCATGTTATTTGAAAAGAGTATAAGGCAAGTCTTTTT 55439002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 AGATTAAATGAATTTTTCTCTATTCATGTTATTTGAAAAGAGTATAAGGCAAGTCTTTTT 1199

 55439003 ACTCTATTGGTATGGAACATTGAGACTGAAATTTGAGAATATTGTTTTAAAATATTGAAG 55439062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 ACTCTATTGGTATGGAACATTGAGACTGAAATTTGAGAATATTGTTTTAAAATATTGAAG 1259

 55439063 TTTTTCCCATTGCCAATCCGGCATTACCTCCACAAATCATAACTTATTACCATATGTGTA 55439122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 TTTTTCCCATTGCCAATCCGGCATTACCTCCACAAATCATAACTTATTACCATATGTGTA 1319

 55439123 CAGGATGAAATATTAAGTGTTATAGTAGTTAAATTGAAAGCCTAATACTTTGTAATGATT 55439182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 CAGGATGAAATATTAAGTGTTATAGTAGTTAAATTGAAAGCCTAATACTTTGTAATGATT 1379

 55439183 CCATAGCAGAGAGCTGCTACATCATACATTTAGTTTTATAATTATAGTGGTATGTTTTAC 55439242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 CCATAGCAGAGAGCTGCTACATCATACATTTAGTTTTATAATTATAGTGGTATGTTTTAC 1439

 55439243 AAAGATCCGAGAGTCTATTACCTGTCATAAGCTGAGAAGTATGGTAGTTCCTCCCACTGC 55439302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 AAAGATCCGAGAGTCTATTACCTGTCATAAGCTGAGAAGTATGGTAGTTCCTCCCACTGC 1499

 55439303 TATCTTCTCTAATACATGCCTTCTTCCTTATTGGAGCAAGCAATAAACTGAGTAAGATTT 55439362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TATCTTCTCTAATACATGCCTTCTTCCTTATTGGAGCAAGCAATAAACTGAGTAAGATTT 1559

 55439363 AGAAAATCTAGTTTTCAAACTTCTAAAGTTTATTAGTTCTTTGATCTAGGAAATTCACTC 55439422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 AGAAAATCTAGTTTTCAAACTTCTAAAGTTTATTAGTTCTTTGATCTAGGAAATTCACTC 1619

 55439423 AGTTTTTTGTAATTGGTTCCTTCTATGCTGAGAAGAATATGGTTAGATTAGGTGGGTATT 55439482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 AGTTTTTTGTAATTGGTTCCTTCTATGCTGAGAAGAATATGGTTAGATTAGGTGGGTATT 1679

 55439483 TTAATTATTAAATCATGCTCATAGCTAGACACACTTATTATTTAATATTTCTTTTCAAGA 55439542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTAATTATTAAATCATGCTCATAGCTAGACACACTTATTATTTAATATTTCTTTTCAAGA 1739

 55439543 TCACTTCCATTTTATATAAATTTATATTAAAGAATGCTGTTAACTATGACAATATATTTA 55439602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TCACTTCCATTTTATATAAATTTATATTAAAGAATGCTGTTAACTATGACAATATATTTA 1799

 55439603 AAGAAATAAGAAAAAGTTATCAAATGTTATAGGACTAGTATAACTTTTTCATAATTTTGA 55439662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 AAGAAATAAGAAAAAGTTATCAAATGTTATAGGACTAGTATAACTTTTTCATAATTTTGA 1859

 55439663 GGATAATACCTGATGTCTTTGTGTTAAAAAAGGAGACTAAAAAGTATTAAAGAGATATTG 55439722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GGATAATACCTGATGTCTTTGTGTTAAAAAAGGAGACTAAAAAGTATTAAAGAGATATTG 1919

 55439723 ACAGAAAATGATCAATTTTGACTTTCCCTTCATAATGTTATCAAAGATACCGAGCTAAAT 55439782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 ACAGAAAATGATCAATTTTGACTTTCCCTTCATAATGTTATCAAAGATACCGAGCTAAAT 1979

 55439783 TGAAACAGGAATTATACTCTTAGTGTAGTATACAATGTATTCTAAAGCTATATCTGTTAA 55439842
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TGAAACAGGAATTATAGTCTTAGTGTAGTATACAATGTATTCTAAAGCTATATCTGTTAA 2039

 55439843 CCATCAAATAATCTTAAATATCACTAGTAATACAGCTACACAATTTAGAAAATGCTGAAC 55439902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CCATCAAATAATCTTAAATATCACTAGTAATACAGCTACACAATTTAGAAAATGCTGAAC 2099

 55439903 TTATTACATCATACATCTTATTGCACTGAACAGTTTTGCATTATTAATAATTTAGTATCT 55439962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 TTATTACATCATACATCTTATTGCACTGAACAGTTTTGCATTATTAATAATTTAGTATCT 2159

 55439963 GTGGAGTCCAGATATGGTTGCCATATCTGATCTAGGAGTAAGGTAAAAAGTCCACATGGA 55440022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GTGGAGTCCAGATATGGTTGCCATATCTGATCTAGGAGTAAGGTAAAAAGTCCACATGGA 2219

 55440023 TGCTGTGTAATTCCTCAAGAATGAAGAGAATAGAATTTGGAAATGCATGCTGTCTGTAGT 55440082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 TGCTGTGTAATTCCTCAAGAATGAAGAGAATAGAATTTGGAAATGCATGCTGTCTGTAGT 2279

 55440083 ACATTCTTCCATTGCCTTTGTGTATGTCCAGCCCTGATCATATACAAAATAACATGCAAA 55440142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 ACATTCTTCCATTGCCTTTGTGTATGTCCAGCCCTGATCATATACAAAATAACATGCAAA 2339

 55440143 GCTGAAAAATAAATCATGCAACATATAACAACTGAGTACGTCCTGACGACAGTTTATCTT 55440202
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 TCTGAAAAATAAATCATGCAACATATAACAACTGAGTACGTCCTGACGACAGTTTATCTT 2399

 55440203 ACAGTTACATTGTGTGATAACTCTATCTTTTATTGACTTTTGGTGCCTATAATTTATTCT 55440262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 ACAGTTACATTGTGTGATAACTCTATCTTTTATTGACTTTTGGTGCCTATAATTTATTCT 2459

 55440263 AGTACAGCCAGAACACACATTGTGAAGAATGCAAATGACCTATGCATTTATGTTTTCTTT 55440322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 AGTACAGCCAGAACACACATTGTGAAGAATGCAAATGACCTATGCATTTATGTTTTCTTT 2519

 55440323 CTTTCTTTGCAGCATTAATATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTAC 55440382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 CTTTCTTTGCAGCATTAATATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTAC 2579

 55440383 AGTAAAGTTTAAATAATAGGTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACA 55440442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 AGTAAAGTTTAAATAATAGGTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACA 2639

 55440443 GAAAAACTCCAACTTTTTGCTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCA 55440502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GAAAAACTCCAACTTTTTGCTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCA 2699

 55440503 AAGTTATTTTCTCAAGTTCAATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATT 55440562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AAGTTATTTTCTCAAGTTCAATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATT 2759

 55440563 TCAAAGAACATTGCCCACTAATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAAT 55440622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2760 TCAAAGAACATTGCCCACTAATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAAT 2819

 55440623 GCATTCCTTGATCATGTGTCTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAG 55440682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 GCATTCCTTGATCATGTGTCTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAG 2879

 55440683 AAGGGAAAATTACCTAAAATGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTAT 55440742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2880 AAGGGAAAATTACCTAAAATGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTAT 2939

 55440743 AAATGAAATTTCCATGTGCATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGA 55440802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 AAATGAAATTTCCATGTGCATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGA 2999

 55440803 ATAGTGATATATATTGTTCTGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACA 55440862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 ATAGTGATATATATTGTTCTGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACA 3059

 55440863 ATAAAGTATATTCTTACGTTACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACT 55440922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 ATAAAGTATATTCTTACGTTACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACT 3119

 55440923 ATTAGAGAAATCAGTTATGATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATT 55440982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3120 ATTAGAGAAATCAGTTATGATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATT 3179

 55440983 AACTTCAGTGATTTGTGTAACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGA 55441042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 AACTTCAGTGATTTGTGTAACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGA 3239

 55441043 TTACATTGTAAATGTTTTAATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAG 55441102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 TTACATTGTAAATGTTTTAATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAG 3299

 55441103 CACACAACATATGGAAAGTCAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTC 55441162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 CACACAACATATGGAAAGTCAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTC 3359

 55441163 TATCCAGAACATACAAATATTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGT 55441222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 TATCCAGAACATACAAATATTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGT 3419

 55441223 GGGAAACTTTCTGATCCTTATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCA 55441282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 GGGAAACTTTCTGATCCTTATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCA 3479

 55441283 CTATTTCTTCAGGCTATATGAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTG 55441342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 CTATTTCTTCAGGCTATATGAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTG 3539

 55441343 GTGATCTAGTAGTGGGAAGAATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTC 55441402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 GTGATCTAGTAGTGGGAAGAATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTC 3599

 55441403 TTTGGAATCATTGAAATCTTCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATC 55441462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 TTTGGAATCATTGAAATCTTCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATC 3659

 55441463 TGCAAACCTCCCCGCTACCTAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCG 55441522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 TGCAAACCTCCCCGCTACCTAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCG 3719

 55441523 GTTGCTTGGCTGTTGGGGCTTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGC 55441582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 GTTGCTTGGCTGTTGGGGCTTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGC 3779

 55441583 CTTTCTGTGGCTCCAACAAAATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAG 55441642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3780 CTTTCTGTGGCTCCAACAAAATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAG 3839

 55441643 TCGCTTGTACTGATACCTGCATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTG 55441702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3840 TCGCTTGTACTGATACCTGCATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTG 3899

 55441703 CCTTGGTAACCTTGTTCTGTCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAA 55441762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3900 CCTTGGTAACCTTGTTCTGTCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAA 3959

 55441763 TCATTCAGTAGAGGGAAGATGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGT 55441822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3960 TCATTCAGTAGAGGGAAGATGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGT 4019

 55441823 AATCTTTTTCTTCGAACCTTCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGG 55441882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4020 AATCTTTTTCTTCGAACCTTCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGG 4079

 55441883 ACAAAATATCTGCTCTGTTTTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATA 55441942
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4080 ACAAAATATCTGCGCTGTTTTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATA 4139

 55441943 ACCTGAGAAATACAGAGATGAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTT 55442002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4140 ACCTGAGAAATACAGAGATGAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTT 4199

 55442003 CAGAAGAAAAACAGCTGATTTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAA 55442062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4200 CAGAAGAAAAACAGCTGATTTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAA 4259

 55442063 AAGTGTACATGTCTCCAACGACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAA 55442122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4260 AAGTGTACATGTCTCCAACGACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAA 4319

 55442123 AATTTTACTGTGGTAAAATATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTAC 55442182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4320 AATTTTACTGTGGTAAAATATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTAC 4379

 55442183 AGTTCAGTGGCTTTACATTCATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAAC 55442242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4380 AGTTCAGTGGCTTTACATTCATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAAC 4439

 55442243 TTTTTCTTCTTTCCAAACTAAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTT 55442302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4440 TTTTTCTTCTTTCCAAACTAAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTT 4499

 55442303 CCCCCAGTTTCTGGCAATGACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACA 55442362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4500 CCCCCAGTTTCTGGCAATGACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACA 4559

 55442363 TAATAGTGGTACATATTTATGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTA 55442422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4560 TAATAGTGGTACATATTTATGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTA 4619

 55442423 ATGATCAAAGCAGGGTATTTATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGT 55442482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4620 ATGATCAAAGCAGGGTATTTATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGT 4679

 55442483 TGGGAGCATTTTAATTCTTCTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTG 55442542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4680 TGGGAGCATTTTAATTCTTCTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTG 4739

 55442543 TTACCTGCAGTCATCCTACTGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTT 55442602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4740 TTACCTGCAGTCATCCTACTGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTT 4799

 55442603 CAGTCTTTACGTACCAATATATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTT 55442662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4800 CAGTCTTTACGTACCAATATATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTT 4859

 55442663 ACCGGGAAAGATTCGGTTGTGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATC 55442722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4860 ACCGGGAAAGATTCGGTTGTGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATC 4919

 55442723 CACTCCTAATTTTCTACAAGTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTAT 55442782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4920 CACTCCTAATTTTCTACAAGTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTAT 4979

 55442783 TTTTCTGGATCTATTGAGATGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGG 55442842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4980 TTTTCTGGATCTATTGAGATGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGG 5039

 55442843 TGGTGAATTATATTGATTTATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAA 55442902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5040 TGGTGAATTATATTGATTTATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAA 5099

 55442903 CACAACACGAAACATACATTGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAAT 55442962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5100 CACAACACGAAACATACATTGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAAT 5159

 55442963 TTCAAACCAATTTGTCTCATAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAA 55443022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5160 TTCAAACCAATTTGTCTCATAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAA 5219

 55443023 AAAACAAGGAATATATAAAATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGA 55443082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5220 AAAACAAGGAATATATAAAATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGA 5279

 55443083 ATCCAATTCATTCACTTATAATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAA 55443142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5280 ATCCAATTCATTCACTTATAATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAA 5339

 55443143 TTTCACAAGTGTATCTGAAATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAG 55443202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5340 TTTCACAAGTGTATCTGAAATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAG 5399

 55443203 AGGAATGCTGTCTATGTCATATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAA 55443262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5400 AGGAATGCTGTCTATGTCATATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAA 5459

 55443263 ATAATCTGCATCTGAAATTTGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGA 55443322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5460 ATAATCTGCATCTGAAATTTGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGA 5519

 55443323 ATGAAGTAGACTGAAAGTGGTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGC 55443382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5520 ATGAAGTAGACTGAAAGTGGTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGC 5579

 55443383 TTTACTTCCGGAGAAGATAGTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTA 55443442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5580 TTTACTTCCGGAGAAGATAGTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTA 5639

 55443443 TGTAATGAAAAAGTACACAGGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAA 55443502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5640 TGTAATGAAAAAGTACACAGGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAA 5699

 55443503 TCTGTCCTCTGTGAGCTGCAAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGG 55443562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5700 TCTGTCCTCTGTGAGCTGCAAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGG 5759

 55443563 CCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATC 55443622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5760 CCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATC 5819

 55443623 GCTTGAACCTGGGAGGCAGTGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCT 55443682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5820 GCTTGAACCTGGGAGGCAGTGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCT 5879

 55443683 CGGTGACACAGCGAGACTCTGTCTC 55443707
          |||||||||||||||||||||||||
     5880 CGGTGACACAGCGAGACTCTGTCTC 5904

EXCISED REGION

 55443712 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAGAGAA 55443771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5905 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAGAGAA 5964

 55443772 AATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTG 55443831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5965 AATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTG 6024

 55443832 GGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCA 55443891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6025 GGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCA 6084

 55443892 AGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGA 55443951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6085 AGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGA 6144

 55443952 TAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCA 55444011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6145 TAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCA 6204

 55444012 CATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAA 55444071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6205 CATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAA 6264

 55444072 AGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGT 55444131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6265 AGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGT 6324

 55444132 CATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTA 55444191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6325 CATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTA 6384

 55444192 TAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGA 55444251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6385 TAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGA 6444

 55444252 TGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATA 55444311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6445 TGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATA 6504

 55444312 TACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCT 55444371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6505 TACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCT 6564

 55444372 TAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATT 55444431
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6565 TAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATT 6624

 55444432 TAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAA 55444491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6625 TAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAA 6684

 55444492 TTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATT 55444551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6685 TTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATT 6744

 55444552 ATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTC 55444611
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6745 ATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTC 6804

 55444612 TGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCA 55444671
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6805 TGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCA 6864

 55444672 ATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATA 55444731
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6865 ATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATA 6924

 55444732 CGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATT 55444791
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6925 CGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATT 6984

 55444792 TTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAA 55444851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6985 TTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAA 7044

 55444852 AGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGG 55444911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7045 AGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGG 7104

 55444912 GGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTG 55444971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7105 GGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTG 7164

 55444972 GGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAA 55445031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7165 GGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAA 7224

 55445032 GATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTC 55445091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7225 GATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTC 7284

 55445092 AAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCT 55445151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7285 AAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCT 7344

 55445152 TGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTC 55445211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7345 TGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTC 7404

 55445212 ACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTG 55445271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7405 ACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTG 7464

 55445272 TAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATC 55445331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7465 TAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATC 7524

 55445332 CTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCAC 55445391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7525 CTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCAC 7584

 55445392 TGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTT 55445451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7585 TGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTT 7644

 55445452 GCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGT 55445511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7645 GCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGT 7704

 55445512 TAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAA 55445571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7705 TAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAA 7764

 55445572 TTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAAT 55445631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7765 TTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAAT 7824

 55445632 GGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAA 55445691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7825 GGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAA 7884

 55445692 ATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAAT 55445751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7885 ATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAAT 7944

 55445752 ATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCA 55445811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7945 ATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCA 8004

 55445812 TCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTT 55445871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8005 TCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTT 8064

 55445872 CTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGC 55445931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8065 CTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGC 8124

 55445932 CCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATA 55445991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8125 CCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATA 8184

 55445992 CTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGA 55446051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8185 CTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGA 8244

 55446052 AATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAAC 55446111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8245 AATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAAC 8304

 55446112 CAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAAT 55446171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8305 CAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAAT 8364

 55446172 CATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTG 55446231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8365 CATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTG 8424

 55446232 CCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAA 55446291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8425 CCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAA 8484

 55446292 TTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTG 55446351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8485 TTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGAATTG 8544

 55446352 CTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAAT 55446411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8545 CTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCTAAAT 8604

 55446412 AACAGGAGAATGAACAGAA 55446430
          |||||||||||||||||||
     8605 AACAGGAGAATGAACAGAA 8623

Alignment time is 30.6313 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,   10048] =>     10048 nucs 'mol-32-2895-077188_10048'

Score:        7600
Aligned:      7874        nucs
Identic:      7845 (100%) nucs =>      7821 (100%)        24 (100%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55356679,55364522] EXCISED REGION [55409245,55409268]
 second seq =>  [       1,    7847] EXCISED REGION [    8408,    8431]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     44722 nucs [55364523,55409244]
 second seq =>       560 nucs [7848,8407]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [7847,7847] to [8407,8407]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [7848,7849] to [8406,8407]

 55356679 ACTCCTGTCATCTCTGGTATTATCTGAGCTGGGACATGATTTTTTTGTATTAACTCACTT 55356738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACTCCTGTCATCTCTGGTATTATCTGAGCTGGGACATGATTTTTTTGTATTAACTCACTT 60

 55356739 TTTATTTGCTATTGACTATCTGTTCTCCCAAAATGTCTGCTTTCAAATAGGTTTCAGTTT 55356798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTATTTGCTATTGACTATCTGTTCTCCCAAAATGTCTGCTTTCAAATAGGTTTCAGTTT 120

 55356799 TTAAGATGCAGATTCTCTTTCCAATATCCTATAAGCTTCTTCTTCCTCCTTCCAGCCTGT 55356858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTAAGATGCAGATTCTCTTTCCAATATCCTATAAGCTTCTTCTTCCTCCTTCCAGCCTGT 180

 55356859 TCAGAATTCAAAGAGGAACTCTGAACAGACTTGCTTTTGAATTGGGTGGACTAAACTTAC 55356918
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCAGAATTCAGAGAGGAACTCTGAACAGACTTGCTTTTGAATTGGGTGGACTAAACTTAC 240

 55356919 ATGGAAAATCTGTGGACTAACTGCACAAATTCAAATGCCAATGCTAGTTCAATCTGCTGT 55356978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGGAAAATCTGTGGACTAACTGCACAAATTCAAATGCCAATGCTAGTTCAATCTGCTGT 300

 55356979 GATTTGTAAGAAAGAGGTAAAAGGGTAGTAAGATCCAAAATACAGCAACCTATGATGTTT 55357038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GATTTGTAAGAAAGAGGTAAAAGGGTAGTAAGATCCAAAATACAGCAACCTATGATGTTT 360

 55357039 GATCAGCATGGACTGTAACTAATAGCCAAGCATACTGAAAAAAAAAAACATTTTTATTAG 55357098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATCAGCATGGACTGTAACTAATAGCCAAGCATACTGAAAAAAAAAAACATTTTTATTAG 420

 55357099 CAGATTTTATCAGCTAAAATATGTCTAGACATTTTATCAATTACTTGTTTTCTGAGGTTA 55357158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAGATTTTATCAGCTAAAATATGTCTAGACATTTTATCAATTACTTGTTTTCTGAGGTTA 480

 55357159 ATTCATTCTCCTTTGAGTTTCCAAATTCCTTTTCTTCAAACTCTTCTACAATTATTTTCT 55357218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTCATTCTCCTTTGAGTTTCCAAATTCCTTTTCTTCAAACTCTTCTACAATTATTTTCT 540

 55357219 GTTGAGTTAAACAGCTCAGAAATCAAATATTCTAGATTCAAAATTTAAAAAATATTCATT 55357278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTTGAGTTAAACAGCTCAGAAATCAAATATTCTAGATTCAAAATTTAAAAAATATTCATT 600

 55357279 TTTTTTGAGACAAGGTATTTGTTGTCCAGGCTGCAGTGCAGTAGTAGGATCTCAGCTCAC 55357338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTTTGAGACAAGGTATTTGTTGTCCAGGCTGCAGTGCAGTAGTAGGATCTCAGCTCAC 660

 55357339 TGCAACCTCGCCCTCCTGGGCTCAAGCGATTCTCCCACCTCAGCCACCAGAGTAGCTGGG 55357398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGCAACCTCGCCCTCCTGGGCTCAAGCGATTCTCCCACCTCAGCCACCAGAGTAGCTGGG 720

 55357399 AGTACAGGTGTGTGCCACCACATCTGGCTAATTTTTTTATTTTTATTTTTTGTGGAGATA 55357458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGTACAGGTGTGTGCCACCACATCTGGCTAATTTTTTTATTTTTATTTTTTGTGGAGATA 780

 55357459 GAGTATTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGGGCTCAAGTGAACCACATTCT 55357518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GAGTATTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGGGCTCAAGTGAACCACATTCT 840

 55357519 TTGGACTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGTATGAGCCACGGAACCTGGCAACAACGACAA 55357578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGGACTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGTATGAGCCACGGAACCTGGCAACAACGACAA 900

 55357579 CAACAACAACAACAACAACA---TAAACTTAGGTCTTGAGTTTGAGAAAATTATTTTGAA 55357635
          ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAACAACAACAACAACAACAACATAAACTTAGGTCTTGAGTTTGAGAAAATTATTTTGAA 960

 55357636 ATTTCCCCTCTGAACTTTTTAATTTTTCCCCAAAATGGATGCTGTTGTACTGAGACTAAT 55357695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ATTTCCCCTCTGAACTTTTTAATTTTTCCCCAAAATGGATGCTGTTGTACTGAGACTAAT 1020

 55357696 ACTTTTTAGGAGACTTCACAGAGGTTCCTAAGGCTTCTATGTACTTATTCCAAGTTAAAT 55357755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACTTTTTAGGAGACTTCACAGAGGTTCCTAAGGCTTCTATGTACTTATTCCAAGTTAAAT 1080

 55357756 TAATCCTTCATTTCTAAAACACATTCTTCTCCAGAACAGCAGAGGATGTCTGTGTACTAG 55357815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAATCCTTCATTTCTAAAACACATTCTTCTCCAGAACAGCAGAGGATGTCTGTGTACTAG 1140

 55357816 GTGTTAACTGCTAGTTTAAAAGTGTTGGCATGTTCATATTTGCTCTGTTCATAGAGAAAT 55357875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGTTAACTGCTAGTTTAAAAGTGTTGGCATGTTCATATTTGCTCTGTTCATAGAGAAAT 1200

 55357876 TCCCAAGTGGTTCCCTTCAGTTGGGGAGTGATCATACCCCAACACCAGGTGACCAAGGCA 55357935
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCCCAAGTGGTTCCCTTCAGTTGGGGAGTGATCATACCCCAACACCAGGTGACCAAGGCA 1260

 55357936 ACACCTCCTTTAGGATAACTTACACGTTTTTAGGACTATAAAATTAGGGTAGTGAAATTA 55357995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACACCTCCTTTAGGATAACTTACACGTTTTTAGGACTATAAAATTAGGGTAGTGAAATTA 1320

 55357996 AAATTATCTTCAACATTTGGTCGTGTCGGTGTTTTGGATTTTAGCTTGTCAAGTAGGTAT 55358055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAATTATCTTCAACATTTGGTCGTGTCGGTGTTTTGGATTTTAGCTTGTCAAGTAGGTAT 1380

 55358056 ATGTGATAGTTCATTGTCTTAATTTGTAATTCCCTACGACATAATTTCATTCACTTATTT 55358115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATGTGATAGTTCATTGTCTTAATTTGTAATTCCCTACGACATAATTTCATTCACTTATTT 1440

 55358116 CCTGTGTATATATATTGTCTTAGGTGAGATGTCTTTTGAGATCTTTTGACCACTGTTTTA 55358175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCTGTGTATATATATTGTCTTAGGTGAGATGTCTTTTGAGATCTTTTGACCACTGTTTTA 1500

 55358176 TGTTTTTTTTAAATTGGGTTGCTTACTTTTTATTATTATTGAGTCTTAAGGGTTCTTTGT 55358235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGTTTTTTTTAAATTGGGTTGCTTACTTTTTATTATTATTGAGTCTTAAGGGTTCTTTGT 1560

 55358236 AAATTCTGTTTAATAGTCATTTGTCAGATGTGTTTTGCAAATGTGTTCTTCCAGGTTCAT 55358295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AAATTCTGTTTAATAGTCATTTGTCAGATGTGTTTTGCAAATGTGTTCTTCCAGGTTCAT 1620

 55358296 CTTTTTATTAAGTGTTTTACAGAACAGGATTTTTAAATTTTGTGACATCCAATTTGTTAA 55358355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTTTTTATTAAGTGTTTTACAGAACAGGATTTTTAAATTTTGTGACATCCAATTTGTTAA 1680

 55358356 TTCTTTCTTTCATTGCTGTAAACATAATATTTGTAATAGATATTATTTATAGAGCAGTTT 55358415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTCTTTCTTTCATTGCTGTAAACATAATATTTGTAATAGATATTATTTATAGAGCAGTTT 1740

 55358416 AAGTTCTAAGAAAAATTGGGCAGAAGGTATACAGACTTCCCATATACTCCCTGCCCCCCA 55358475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAGTTCTAAGAAAAATTGGGCAGAAGGTATACAGACTTCCCATATACTCCCTGCCCCCCA 1800

 55358476 CATACATAGCCTTCTCCATTATCAACATCCTTTACCATGGTGGTACATTTGGTATAATTG 55358535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CATACATAGCCTTCTCCATTATCAACATCCTTTACCATGGTGGTACATTTGGTATAATTG 1860

 55358536 ATAAAGCTACATTGACACATTGTTATCACCTAGACTCTATATTTTATATCATGGTTCACT 55358595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATAAAGCTACATTGACACATTGTTATCACCTAGACTCTATATTTTATATCATGGTTCACT 1920

 55358596 CTTGCTATTGTACATTCTATGGGTGTGGACAGATGTCTAATATATGTATCCACTATTATA 55358655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CTTGCTATTGTACATTCTATGGGTGTGGACAGATGTCTAATATATGTATCCACTATTATA 1980

 55358656 ATAGCACTGATTTTTTTCACTGCCCTGAAAAATGTCTATGCTATGCCTCTTCATCACTCC 55358715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATAGCACTGATTTTTTTCACTGCCCTGAAAAATGTCTATGCTATGCCTCTTCATCACTCC 2040

 55358716 TTCCCTCCAACCCTAGAAACCACTGACCTTTTTACTGTCTCCACAGTTTTTTTCCAAAAT 55358775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     2041 TTCCCTCCAACCCTAGAAACCACTGACCTTTTTATTGTCTCCACAGTTTTTTTCCAAAAT 2100

 55358776 ATTGTATATTTGGAATCATACCTTCAGATTGACTTCTTTCACTTAGTCATTTAAGCACTG 55358835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATTGTATATTTGGAATCATACCTTCAGATTGACTTCTTTCACTTAGTCATTTAAGCACTG 2160

 55358836 CATTTAAATTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAGATGGAG 55358894
          |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
     2161 CATTTAAATTTACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAG 2220

 55358895 CCTCACACCGTCACCTGGCCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACAGCAACCTCTG 55358954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CCTCACACCGTCACCTGGCCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACAGCAACCTCTG 2280

 55358955 CCTCCTGGGTTCATGTGATTCTCCTGACTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGC 55359014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CCTCCTGGGTTCATGTGATTCTCCTGACTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGC 2340

 55359015 CCACCACCACTCCCAGATAATTTTTTCTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTCACCATGTTGG 55359074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CCACCACCACTCCCAGATAATTTTTTCTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTCACCATGTTGG 2400

 55359075 CCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTTTGATTCACCTGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTG 55359134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTTTTGATTCACCTGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTG 2460

 55359135 GGTTACAGGCCTGAAGCGCCGTGCCTGGCCCTTCCATGTCTTTTTATGGCTTAATAGCTC 55359194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GGTTACAGGCCTGAAGCGCCGTGCCTGGCCCTTCCATGTCTTTTTATGGCTTAATAGCTC 2520

 55359195 ATTTCTTCTTAGCACTGAATACTATTTTATTGTGTGGATGTACTATAGTTTATTTATACA 55359254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ATTTCTTCTTAGCACTGAATACTATTTTATTGTGTGGATGTACTATAGTTTATTTATACA 2580

 55359255 TTCAACTACCAAAGACATTTTGGTTGCTTCCATATTTCACATTTCTGGATAAACTTACTG 55359314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTCAACTACCAAAGACATTTTGGTTGCTTCCATATTTCACATTTCTGGATAAACTTACTG 2640

 55359315 TAAACATATGAGTGCAGGTTTTTTTGTGACATAAGCTTTCAACTCATTTTGGTAAATACA 55359374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TAAACATATGAGTGCAGGTTTTTTTGTGACATAAGCTTTCAACTCATTTTGGTAAATACA 2700

 55359375 AAGGAGAGTGATTGCTGCATTGCATGTAAGAGTATGTTTAGTTTTGTAAAAAACTTCCAA 55359434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AAGGAGAGTGATTGCTGCATTGCATGTAAGAGTATGTTTAGTTTTGTAAAAAACTTCCAA 2760

 55359435 ACTGTCTCACAAAGTAACTGTACTATTTTGCCTTGGTAGAGAATTCTCAAAACAAGAGTT 55359494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ACTGTCTCACAAAGTAACTGTACTATTTTGCCTTGGTAGAGAATTCTCAAAACAAGAGTT 2820

 55359495 CCTAATAATAAGAGTTCATAATAAGAGTTCCTGTTGTTCCTCCCCTGTGCCAGCATTTTG 55359554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CCTAATAATAAGAGTTCATAATAAGAGTTCCTGTTGTTCCTCCCCTGTGCCAGCATTTTG 2880

 55359555 TCTTGTCAGTATTTTGGTTTGGCATCCTAAATAAGTGTATAGTAATCTCCTATTGTTTTA 55359614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TCTTGTCAGTATTTTGGTTTGGCATCCTAAATAAGTGTATAGTAATCTCCTATTGTTTTA 2940

 55359615 ATTTGCAATTATTTAATGACATTATGATGTTCAAAATCTTTTCATTGTTATTCAATTCTT 55359674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 ATTTGCAATTATTTAATGACATTATGATGTTCAAAATCTTTTCATTGTTATTCAATTCTT 3000

 55359675 TTTTTCTCATTTTAAATTAGACTATTTGTTTTTGGAAATTGAGTTGAAGTTCCTTATATA 55359734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TTTTTCTCATTTTAAATTAGACTATTTGTTTTTGGAAATTGAGTTGAAGTTCCTTATATA 3060

 55359735 TTTTGAATATTAGTCTCTTAGATACATATTATGTGAATATTTTCTGCTTTTGTGCTATGT 55359794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TTTTGAATATTAGTCTCTTAGATACATATTATGTGAATATTTTCTGCTTTTGTGCTATGT 3120

 55359795 ATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTAATAAAGACATACCCAAGATTGAGTAATTTATTAAAAA 55359854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 ATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTAATAAAGACATACCCAAGATTGAGTAATTTATTAAAAA 3180

 55359855 ATAAAGAGGTTTAATGGACTCACAGTTCTATGTGGCTGGGAAAGACTCACAATCATAGTG 55359914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 ATAAAGAGGTTTAATGGACTCACAGTTCTATGTGGCTGGGAAAGACTCACAATCATAGTG 3240

 55359915 GAAGGTGAAAAGCATGTCTTACATGGTGGCAGACAAGGAAGAATGAAAACCAAGTGAAAG 55359974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 GAAGGTGAAAAGCATGTCTTACATGGTGGCAGACAAGGAAGAATGAAAACCAAGTGAAAG 3300

 55359975 TTGTTTCCCTTTATAAAACCACCAGATATTATGGGACTTATTCACTACCAAGAGAACACA 55360034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TTGTTTCCCTTTATAAAACCACCAGATATTATGGGACTTATTCACTACCAAGAGAACACA 3360

 55360035 ATGAGGGAAACTGCCCCCGTGATTCAATTATCTTTCACCAAGTCCCTCCCACAACACATA 55360094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 ATGAGGGAAACTGCCCCCGTGATTCAATTATCTTTCACCAAGTCCCTCCCACAACACATA 3420

 55360095 GGAATTACTGGAGCTACAATTCAAGATGAGATTTGGGTGGCGACACAGCCAAATCATATC 55360154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GGAATTACTGGAGCTACAATTCAAGATGAGATTTGGGTGGCGACACAGCCAAATCATATC 3480

 55360155 ATGCTGGTTATCTCTTACTGCGTTGATTGATTCCTTTATTGTGTAGAAGCTTTTAGTTTG 55360214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     3481 ATGCTGGTTATCTCTTACTGCGTTGATTGATTCCTTTATTGTGTAGAAGCTTTTAGTTGG 3540

 55360215 GTGTCATCCCACTTGTCTTATTTGTCTTTGGTTGCTTGTGCTTTTGTTGTTGTACCTATG 55360274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GTGTCATCCCACTTGTCTTATTTGTCTTTGGTTGCTTGTGCTTTTGTTGTTGTACCTATG 3600

 55360275 AAATCATTTCCAAGACCAATGTGATGAATCTTTTCCTGTTTTTTTTTCTACTATAAGTTT 55360334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 AAATCATTTCCAAGACCAATGTGATGAATCTTTTCCTGTTTTTTTTTCTACTATAAGTTT 3660

 55360335 TACAGTTCTAGTTCTTTGTCTTTAAATCTCTAATTAAATTTGAATTGATTTTTAAACTAT 55360394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TACAGTTCTAGTTCTTTGTCTTTAAATCTCTAATTAAATTTGAATTGATTTTTAAACTAT 3720

 55360395 GCTGTACAATGAGTCTGTTTTTGTCATTTGGCTTATGGATATTCAGTTTTCCCAGTATCA 55360454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 GCTGTACAATGAGTCTGTTTTTGTCATTTGGCTTATGGATATTCAGTTTTCCCAGTATCA 3780

 55360455 TTGTTTAAATGACTCTCTTTTCCTTAGGGTGTATTTTTGTAATTCTTGTTGAAGATGAGT 55360514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TTGTTTAAATGACTCTCTTTTCCTTAGGGTGTATTTTTGTAATTCTTGTTGAAGATGAGT 3840

 55360515 TGACCATATCTGCCTGGATTTATTTGCAGAATCTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGT 55360574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TGACCATATCTGCCTGGATTTATTTGCAGAATCTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGT 3900

 55360575 CTGGATTTATGCTAGGGTCATACTACTAAAATTAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAG 55360634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 CTGGATTTATGCTAGGGTCATACTACTAAAATTAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAG 3960

 55360635 TCAAGAAGTGTGGTATCTGCAGCTTTGTTCTTTCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGG 55360694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TCAAGAAGTGTGGTATCTGCAGCTTTGTTCTTTCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGG 4020

 55360695 GTTATTATGAGGTCTGCATGGATTTCAGAATATTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCA 55360754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 GTTATTATGAGGTCTGCATGGATTTCAGAATATTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCA 4080

 55360755 CTGAAATTTTGATAGAGATTGAATTGAATCTGTTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAA 55360814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 CTGAAATTTTGATAGAGATTGAATTGAATCTGTTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAA 4140

 55360815 CACTGCCAGGTCTTCCAGTCTATGAACAAAGTGTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTT 55360874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 CACTGCCAGGTCTTCCAGTCTATGAACAAAGTGTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTT 4200

 55360875 TGATTTTGTTCATCAATAATTTGTAGTTTTAAAGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAA 55360934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 TGATTTTGTTCATCAATAATTTGTAGTTTTAAAGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAA 4260

 55360935 GTTTATATCTGCAAATTTTATTCTTGGCTGAGCATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGC 55360994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 GTTTATATCTGCAAATTTTATTCTTGGCTGAGCATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGC 4320

 55360995 ACTATGGGAGATGGAAGCAGGATGATCCTTTAACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGC 55361054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 ACTATGGGAGATGGAAGCAGGATGATCCTTTAACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGC 4380

 55361055 AATATAGTGAGATCTTGTCTCCACACACAAAAAATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAG 55361114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 AATATAGTGAGATCTTGTCTCCACACACAAAAAATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAG 4440

 55361115 CTGGGTAGGTGGTGCATGCATGTAGTCTCAGCTATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGG 55361174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 CTGGGTAGGTGGTGCATGCATGTAGTCTCAGCTATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGG 4500

 55361175 GTTGAATCCAGGAGATTGAGGCTGCAGCGAGCCATGATTGCACCACTGCACTCTAACCCT 55361234
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     4501 GTTGAATCCAGGAGATTGAGGCTGCAGCGAGCCATGATTGCACCACTGCACTCTAGCCCT 4560

 55361235 AGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTTACAAAAATAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAAT 55361294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 AGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTTACAAAAATAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAAT 4620

 55361295 AATTTTATTATTTTTGATGCTATACTAAATGGGATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTG 55361354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 AATTTTATTATTTTTGATGCTATACTAAATGGGATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTG 4680

 55361355 ATTTTGTCATTAGTGTACAGAAATTCAACTAAATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAA 55361414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 ATTTTGTCATTAGTGTACAGAAATTCAACTAAATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAA 4740

 55361415 CTTTACGGTATTTTTTGAGGTCTAGCATGTTTGTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCA 55361474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 CTTTACGGTATTTTTTGAGGTCTAGCATGTTTGTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCA 4800

 55361475 TCTTTAAACAGGCATAATTGTGCTTCTCTTTTCCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTAT 55361534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 TCTTTAAACAGGCATAATTGTGCTTCTCTTTTCCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTAT 4860

 55361535 CTTGCCTAATTGATCTGGCTAATACTTTCAGTACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTG 55361594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 CTTGCCTAATTGATCTGGCTAATACTTTCAGTACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTG 4920

 55361595 AGAATGGACATCCTTGTCTTGTTTCAGTGGACCTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTAT 55361654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 AGAATGGACATCCTTGTCTTGTTTCAGTGGACCTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTAT 4980

 55361655 TATTTTATGTCAGACTCTCTCCCTTCAGAACACTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTA 55361714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 TATTTTATGTCAGACTCTCTCCCTTCAGAACACTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTA 5040

 55361715 TTTTTATTTTTTTCAATATTCAATATTATCCAAATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTG 55361774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 TTTTTATTTTTTTCAATATTCAATATTATCCAAATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTG 5100

 55361775 AGACAGGACTGGAGTCCAGGTTGAAGTCTAGTGATGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCG 55361834
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     5101 AGACAGGACTGGAGTCCAGGTTGAAGTCTAGTGGTGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCG 5160

 55361835 AACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTGCCTTATCCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTAT 55361894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 AACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTGCCTTATCCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTAT 5220

 55361895 GAGTCACCACACCTGGCTAACAATTTCTTTATGTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGG 55361954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 GAGTCACCACACCTGGCTAACAATTTCTTTATGTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGG 5280

 55361955 GTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTCTCTTGGTGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAA 55362014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 GTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTCTCTTGGTGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAA 5340

 55362015 TAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTCACAGTTTTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATA 55362074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 TAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTCACAGTTTTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATA 5400

 55362075 AATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCC 55362134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 AATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCC 5460

 55362135 TTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTTACTAGTAAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATT 55362194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 TTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTTACTAGTAAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATT 5520

 55362195 GTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATCAGTTGCTGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAAC 55362254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 GTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATCAGTTGCTGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAAC 5580

 55362255 TCATTTATATTTAAGGTAACTATCAATAGGTAAGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTG 55362314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TCATTTATATTTAAGGTAACTATCAATAGGTAAGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTG 5640

 55362315 TGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCATTTTTTTCAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTC 55362374
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
     5641 TGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCATTTTTT-CAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTC 5699

 55362375 TTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATGTGGTGGTGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGT 55362434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5700 TTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATGTGGTGGTGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGT 5759

 55362435 GCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCATGGTAAACATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATC 55362494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5760 GCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCATGGTAAACATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATC 5819

 55362495 TTATAACAGTATACTTTGAGCTGATAACAACTTTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTAT 55362554
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5820 TTATAACAGTATACTTTGGGCTGATAACAACTTTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTAT 5879

 55362555 ACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGATTTTGATGTCAACATTTATATTTGTTTTTGTAAT 55362614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5880 ACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGATTTTGATGTCAACATTTATATTTGTTTTTGTAAT 5939

 55362615 TTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAGCTACAGTTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAA 55362674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5940 TTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAGCTACAGTTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAA 5999

 55362675 CTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGT 55362734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6000 CTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGT 6059

 55362735 ATGAATTACTTATGCCGTTGACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTA 55362794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6060 ATGAATTACTTATGCCGTTGACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTA 6119

 55362795 GACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTC 55362854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6120 GACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTC 6179

 55362855 TGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCT 55362914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6180 TGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCT 6239

 55362915 TAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCAGCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCT 55362974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     6240 TAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCAGCACGTTGAATATGTAACCCCAATTTCT 6299

 55362975 TCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAG 55363034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6300 TCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAG 6359

 55363035 TGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTT 55363094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6360 TGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTT 6419

 55363095 ACATATGTATACATGTGCCATGGTGGTGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTA 55363154
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6420 ACATATGTATACATGTGCCATGGTGATGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTA 6479

 55363155 GATATATTTCCTAATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTG 55363214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6480 GATATATTTCCTAATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTG 6539

 55363215 TGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGCGACA 55363274
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     6540 TGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGACA 6599

 55363275 ACAGGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCT 55363334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6600 ACAGGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCT 6659

 55363335 TCATCTATTTCTCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTA 55363394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6660 TCATCTATTTCTCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTA 6719

 55363395 TGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGT 55363454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6720 TGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGT 6779

 55363455 TCCAAGTCTTTGTTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTAT 55363514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6780 TCCAAGTCTTTGTTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTAT 6839

 55363515 AGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATG 55363574
          |||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     6840 AGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATG 6899

 55363575 GTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTA 55363634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6900 GTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTA 6959

 55363635 GTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGAT--TTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCA 55363692
          ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||.||||||||||||||||.||||
     6960 GTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAG--TGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCTAGCA 7017

 55363693 CCTGTTGTTCCCTGACTTTTTAATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCAT 55363752
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     7018 CCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTACCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCAT 7077

 55363753 TGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCT 55363812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7078 TGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCT 7137

 55363813 TTTGGCTGCATAAATATCTTCTTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTG 55363872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7138 TTTGGCTGCATAAATATCTTCTTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTG 7197

 55363873 ATGGGGTTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAG 55363932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7198 ATGGGGTTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAG 7257

 55363933 CCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTAC 55363992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7258 CCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTAC 7317

 55363993 TCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTC 55364052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7318 TCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTC 7377

 55364053 AATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCC 55364112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7378 AATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCC 7437

 55364113 TATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACA 55364172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7438 TATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACA 7497

 55364173 TTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGT 55364232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||.|||
     7498 TTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGATCCAGT 7557

 55364233 TTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCC 55364292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7558 TTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCC 7617

 55364293 TTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGC 55364352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7618 TTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGC 7677

 55364353 ATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTAC 55364412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7678 ATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTAC 7737

 55364413 CATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCT 55364472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7738 CATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCT 7797

 55364473 CCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTT 55364522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7798 CCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTT 7847

EXCISED REGION

 55409245 CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGG 55409268
          ||||||||||||||||||||||||
     8408 CTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGG 8431

Alignment time is 35.0662 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    4732] =>      4732 nucs 'mol-32-2b4a-020337_4732'

Score:        4709
Aligned:      4731        nucs
Identic:      4729 (100%) nucs =>       468 (100%)      4261 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55360078,55360545] EXCISED REGION [55360547,55364809]
 second seq =>  [       1,     468] EXCISED REGION [     470,    4732]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55360546,55360546]
 second seq =>         1 nucs [469,469]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [469,469] to [470,470]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55360078 CCCTCCCACAACACATAGGAATTACTGGAGCTACAATTCAAGATGAGATTTGGGTGGCGA 55360137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCCTCCCACAACACATAGGAATTACTGGAGCTACAATTCAAGATGAGATTTGGGTGGCGA 60

 55360138 CACAGCCAAATCATATCATGCTGGTTATCTCTTACTGCGTTGATTGATTCCTTTATTGTG 55360197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CACAGCCAAATCATATCATGCTGGTTATCTCTTACTGCGTTGATTGATTCCTTTATTGTG 120

 55360198 TAGAAGCTTTTAGTTTGGTGTCATCCCACTTGTCTTATTTGTCTTTGGTTGCTTGTGCTT 55360257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAGAAGCTTTTAGTTTGGTGTCATCCCACTTGTCTTATTTGTCTTTGGTTGCTTGTGCTT 180

 55360258 TTGTTGTTGTACCTATGAAATCATTTCCAAGACCAATGTGATGAATCTTTTCCTGTTTTT 55360317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGTTGTTGTACCTATGAAATCATTTCCAAGACCAATGTGATGAATCTTTTCCTGTTTTT 240

 55360318 TTTTCTACTATAAGTTTTACAGTTCTAGTTCTTTGTCTTTAAATCTCTAATTAAATTTGA 55360377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTCTACTATAAGTTTTACAGTTCTAGTTCTTTGTCTTTAAATCTCTAATTAAATTTGA 300

 55360378 ATTGATTTTTAAACTATGCTGTACAATGAGTCTGTTTTTGTCATTTGGCTTATGGATATT 55360437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATTGATTTTTAAACTATGCTGTACAATGAGTCTGTTTTTGTCATTTGGCTTATGGATATT 360

 55360438 CAGTTTTCCCAGTATCATTGTTTAAATGACTCTCTTTTCCTTAGGGTGTATTTTTGTAAT 55360497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CAGTTTTCCCAGTATCATTGTTTAAATGACTCTCTTTTCCTTAGGGTGTATTTTTGTAAT 420

 55360498 TCTTGTTGAAGATGAGTTGACCATATCTGCCTGGATTTATTTGCAGAA 55360545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTTGTTGAAGATGAGTTGACCATATCTGCCTGGATTTATTTGCAGAA 468

EXCISED REGION

 55360547 CTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGTCTGGATTTATGCTAGGGTCATACTACTAAAAT 55360606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      470 CTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGTCTGGATTTATGCTAGGGTCATACTACTAAAAT 529

 55360607 TAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAGTCAAGAAGTGTGGTATCTGCAGCTTTGTTCTT 55360666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      530 TAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAGTCAAGAAGTGTGGTATCTGCAGCTTTGTTCTT 589

 55360667 TCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGGGTTATTATGAGGTCTGCATGGATTTCAGAATA 55360726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      590 TCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGGGTTATTATGAGGTCTGCATGGATTTCAGAATA 649

 55360727 TTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCACTGAAATTTTGATAGAGATTGAATTGAATCTG 55360786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      650 TTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCACTGAAATTTTGATAGAGATTGAATTGAATCTG 709

 55360787 TTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAACACTGCCAGGTCTTCCAGTCTATGAACAAAGT 55360846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      710 TTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAACACTGCCAGGTCTTCCAGTCTATGAACAAAGT 769

 55360847 GTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTTTGATTTTGTTCATCAATAATTTGTAGTTTTAA 55360906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      770 GTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTTTGATTTTGTTCATCAATAATTTGTAGTTTTAA 829

 55360907 AGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAAGTTTATATCTGCAAATTTTATTCTTGGCTGAG 55360966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      830 AGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAAGTTTATATCTGCAAATTTTATTCTTGGCTGAG 889

 55360967 CATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGCACTATGGGAGATGGAAGCAGGATGATCCTTTA 55361026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      890 CATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGCACTATGGGAGATGGAAGCAGGATGATCCTTTA 949

 55361027 ACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGCAATATAGTGAGATCTTGTCTCCACACACAAAA 55361086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      950 ACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGCAATATAGTGAGATCTTGTCTCCACACACAAAA 1009

 55361087 AATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAGCTGGGTAGGTGGTGCATGCATGTAGTCTCAGC 55361146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1010 AATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAGCTGGGTAGGTGGTGCATGCATGTAGTCTCAGC 1069

 55361147 TATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGGGTTGAATCCAGGAGATTGAGGCTGCAGCGAGC 55361206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1070 TATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGGGTTGAATCCAGGAGATTGAGGCTGCAGCGAGC 1129

 55361207 CATGATTGCACCACTGCACTCTAACCCTAGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTTACAAAAA 55361266
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1130 CATGATTGCACCACTGCACTCTAGCCCTAGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTTACAAAAA 1189

 55361267 TAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAATAATTTTATTATTTTTGATGCTATACTAAATGG 55361326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1190 TAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAATAATTTTATTATTTTTGATGCTATACTAAATGG 1249

 55361327 GATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTGATTTTGTCATTAGTGTACAGAAATTCAACTAA 55361386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1250 GATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTGATTTTGTCATTAGTGTACAGAAATTCAACTAA 1309

 55361387 ATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAACTTTACGGTATTTTTTGAGGTCTAGCATGTTT 55361446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1310 ATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAACTTTACGGTATTTTTTGAGGTCTAGCATGTTT 1369

 55361447 GTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCATCTTTAAACAGGCATAATTGTGCTTCTCTTTT 55361506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1370 GTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCATCTTTAAACAGGCATAATTGTGCTTCTCTTTT 1429

 55361507 CCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTATCTTGCCTAATTGATCTGGCTAATACTTTCAGT 55361566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 CCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTATCTTGCCTAATTGATCTGGCTAATACTTTCAGT 1489

 55361567 ACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTGAGAATGGACATCCTTGTCTTGTTTCAGTGGAC 55361626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1490 ACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTGAGAATGGACATCCTTGTCTTGTTTCAGTGGAC 1549

 55361627 CTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTATTATTTTATGTCAGACTCTCTCCCTTCAGAACA 55361686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1550 CTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTATTATTTTATGTCAGACTCTCTCCCTTCAGAACA 1609

 55361687 CTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTATTTTTATTTTTTTCAATATTCAATATTATCCA 55361746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1610 CTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTATTTTTATTTTTTTCAATATTCAATATTATCCA 1669

 55361747 AATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAGACAGGACTGGAGTCCAGGTTGAAGTCTAGT 55361806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1670 AATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAGACAGGACTGGAGTCCAGGTTGAAGTCTAGT 1729

 55361807 GATGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTGCCTTAT 55361866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1730 GATGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTGCCTTAT 1789

 55361867 CCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTAACAATTTCTTTAT 55361926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1790 CCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTAACAATTTCTTTAT 1849

 55361927 GTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTCTCTTGG 55361986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1850 GTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTCTCTTGG 1909

 55361987 TGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTCACAGTT 55362046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1910 TGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTCACAGTT 1969

 55362047 TTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTGGTTTCC 55362106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1970 TTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTGGTTTCC 2029

 55362107 ATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTTACTAGT 55362166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2030 ATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTTACTAGT 2089

 55362167 AAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATCAGTTGC 55362226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 AAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATCAGTTGC 2149

 55362227 TGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAACTATCAATAGGTA 55362286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2150 TGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAACTATCAATAGGTA 2209

 55362287 AGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCATTTTTTT 55362346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 AGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCATTTTTTT 2269

 55362347 CAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATGTGGTGG 55362406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 CAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATGTGGTGG 2329

 55362407 TGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCATGGTAAA 55362466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2330 TGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCATGGTAAA 2389

 55362467 CATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGAGCTGATAACAACT 55362526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 CATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGAGCTGATAACAACT 2449

 55362527 TTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGATTTTGA 55362586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 TTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGATTTTGA 2509

 55362587 TGTCAACATTTATATTTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAGCTACAG 55362646
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2510 TGTCAACATTTATATGTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAGCTACAG 2569

 55362647 TTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTACACACT 55362706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 TTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTACACACT 2629

 55362707 AACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTTGACATATTTTTAG 55362766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 AACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTTGACATATTTTTAG 2689

 55362767 TTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACCTCCTGG 55362826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 TTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACCTCCTGG 2749

 55362827 TGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTTTTCTGA 55362886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 TGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTTTTCTGA 2809

 55362887 AGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCA 55362946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2810 AGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCA 2869

 55362947 GCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAAAATCTT 55363006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2870 GCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAAAATCTT 2929

 55363007 CTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGTTTTAGG 55363066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2930 CTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGTTTTAGG 2989

 55363067 GTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCCATGGTGGTGTGCT 55363126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2990 GTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCCATGGTGGTGTGCT 3049

 55363127 GCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTATCCCTCTCCCCTC 55363186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3050 GCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTATCCCTCTCCCCTC 3109

 55363187 CCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTC 55363246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3110 CCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTC 3169

 55363247 ATTGTTCAATTCCCACCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGAT 55363306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3170 ATTGTTCAATTCCCACCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGAT 3229

 55363307 AGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAAGGACATGAACTCA 55363366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3230 AGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAAGGACATGAACTCA 3289

 55363367 TCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAG 55363426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3290 TCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAG 3349

 55363427 TCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGTTATTGTGAATAGTGCTGCA 55363486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3350 TCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGTTATTGTGAATAGTGCTGCA 3409

 55363487 ATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGATATATA 55363546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3410 ATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGATATATA 3469

 55363547 TCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGC 55363606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3470 TCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGC 3529

 55363607 CACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGATTT 55363666
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3530 CACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGATTT 3589

 55363667 CCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTTAATGATTACCATT 55363726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3590 CCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTTAATGATTACCATT 3649

 55363727 CTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGT 55363786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3650 CTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGT 3709

 55363787 GATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTCTTTTGAGAAGTAT 55363846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3710 GATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTCTTTTGAGAAGTAT 3769

 55363847 CTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTG 55363906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3770 CTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTG 3829

 55363907 AGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTC 55363966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3830 AGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTC 3889

 55363967 TCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTC 55364026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3890 TCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTC 3949

 55364027 TTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTT 55364086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3950 TTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTT 4009

 55364087 TTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTA 55364146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4010 TTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTA 4069

 55364147 GGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTG 55364206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4070 GGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTG 4129

 55364207 TATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCC 55364266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4130 TATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCC 4189

 55364267 AGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCA 55364326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4190 AGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCA 4249

 55364327 AGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGAT 55364386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4250 AGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGAT 4309

 55364387 ATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATA 55364446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4310 ATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATA 4369

 55364447 GTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGG 55364506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4370 GTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGG 4429

 55364507 CAATGTGGGCTAGTTTTTGGTTACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGA 55364566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4430 CAATGTGGGCTAGTTTTTGGTTACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGA 4489

 55364567 AGAAAGTCATTGGTAGCTTGACGGGGATGGCATTTAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTA 55364626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4490 AGAAAGTCATTGGTAGCTTGACGGGGATGGCATTTAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTA 4549

 55364627 TGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTACCTATGAGCATAGAATGCTCTTCCCTTTGC 55364686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4550 TGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTACCTATGAGCATAGAATGCTCTTCCCTTTGC 4609

 55364687 TTGTATCTTCTTTTATTTCATTAAGCAGTGGTTTGTAGGTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCA 55364746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4610 TTGTATCTTCTTTTATTTCATTAAGCAGTGGTTTGTAGGTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCA 4669

 55364747 CATCCCTTGTAAGTTGGATCCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGA 55364806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4670 CATCCCTTGTAAGTTGGATCCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGA 4729

 55364807 GTT 55364809
          |||
     4730 GTT 4732

Alignment time is 17.4871 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3905] =>      3905 nucs 'mol-32-2f3e-082845_3905'

Score:        2237
Aligned:      2891        nucs
Identic:      2798 ( 97%) nucs =>       949 ( 91%)      1849 (100%)
Gaps:           49 (  2%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55386984,55387997] EXCISED REGION [55444016,55445868]
 second seq =>  [       1,    1013] EXCISED REGION [    1014,    2866]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>     56018 nucs [55387998,55444015]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         5 nucs [55387998,55388002] to [55444016,55444020]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55387998,55387998] to [55444015,55444015]
 second seq =>         0 nucs

 55386984 CACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGAGTTGGTTCCAAGTCTTTGCT 55387043
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
        1 CACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCT 60

 55387044 GTTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATACATGTGCATATGTCTTTATAGCAGCATGTTTC- 55387102
          .|||||||||.|||.|||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||      
       61 ATTGTGAATAATGCCGCAATAAACATACATGTGCATGTGTCCTTATAGCAGCAT-----T 115

 55387103 ----ATAATCC----TTTGGGTATACACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAGTGGTATT 55387154
              |||        ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||
      116 ATTTATA----GTCATTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATT 171

 55387155 TCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTCTA 55387214
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
      172 TCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTA 231

 55387215 CAGTCCCACCAACAGTGTAAAATTGTTCCTATTTTTCCAAATCCTCTCCAGCACATGTTG 55387274
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||  
      232 CAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACATGT-- 289

 55387275 C---TTCCAGA----TTCTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCAT 55387327
              ||||       || |||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||
      290 -AGTTTCC---TGACTT-TTTAATGATTGCCATTCTAGCTGGTGTGAGATGATATCTCAT 344

 55387328 AGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATATGTCT 55387387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|
      345 AGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATGTGTTT 404

 55387388 TTTGGCTACATAAATGTCTTCTTTTGAGGAGTGTCTGTTCATATCCTTCGCCCACTTTTT 55387447
          |||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||
      405 TTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATGTCCTTCGCCCACTTTTT 464

 55387448 GATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATAT 55387507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      465 GATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATAT 524

 55387508 TAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCAAAAATTTTCTCCCATTTTGCAGGTTGCCTGTT 55387567
          |||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||.||||||||||||
      525 TAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATGTTGTAGGTTGCCTGTT 584

 55387568 CACTCTGATGGTAGTTTTT-TTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCAT 55387626
          |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      585 CACTCTGATGGTAGTTT--CTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCAT 642

 55387627 TTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGACTTGAAGTCCTTGCCC 55387686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||.||||||||||||||
      643 TTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGATGTTTTGGACATGAAGTCCTTGCCC 702

 55387687 ATGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCAAGGGTTTTTATGGTATTAGGT 55387746
          |.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||
      703 ACGCCTATGTCCTGAATGGTAATGCCTAGGTTTTCTTCTAGGGTTTTTATGGTTTTAGGT 762

 55387747 CTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATAAGGTATAAGGAAAGGA 55387806
          |||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|||
      763 CTAACATTTAAATCTTTAATCCATCTTGAATTGATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGA 822

 55387807 TCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGG 55387866
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
      823 TCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTTCCAGCACCATTTATTAAATAGG 882

 55387867 GAATCCTTTCCCCATTTCTTGTTTTTGTCAGGTTTGTGA--AAGATCAGATAGTTGTAGA 55387924
          ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||    ||||||||||.||||||||
      883 GAATCCCTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGT--CCAAGATCAGATGGTTGTAGA 940

 55387925 TATGTGGTG-----TTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTCCATTGATCTATATCTCTGTT 55387979
          ||||          |||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||
      941 TATG-----CAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTT 995

 55387980 TTGGTACCAGTACCATGC 55387997
          |.||||||||||||||||
      996 TCGGTACCAGTACCATGC 1013

EXCISED REGION

 55444016 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 55444075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1014 TGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAGTA 1073

 55444076 TTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 55444135
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1074 TTTTTACTGATAAACAATCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCATT 1133

 55444136 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 55444195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1134 CCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATAAA 1193

 55444196 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 55444255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1194 TGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATGGT 1253

 55444256 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 55444315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1254 GTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATACT 1313

 55444316 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 55444375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1314 ATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTAAG 1373

 55444376 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 55444435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1374 CAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTAAA 1433

 55444436 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 55444495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1434 AATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATTTG 1493

 55444496 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 55444555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1494 CAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTATTA 1553

 55444556 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 55444615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1554 TTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTGAT 1613

 55444616 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 55444675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1614 AACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAATGT 1673

 55444676 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 55444735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1674 GCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACGCA 1733

 55444736 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 55444795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1734 TTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTTTT 1793

 55444796 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 55444855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1794 TTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAGTT 1853

 55444856 ACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 55444915
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1854 ACCAATGCAAGGGCCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGGAC 1913

 55444916 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 55444975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1914 GATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGGAA 1973

 55444976 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 55445035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1974 TGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGATG 2033

 55445036 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 55445095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2034 ACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAAAT 2093

 55445096 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 55445155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2094 TAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTGGA 2153

 55445156 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 55445215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2154 TATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCACAT 2213

 55445216 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 55445275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2214 AAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTAAC 2273

 55445276 TGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 55445335
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2274 TGTCACATGAATCAAGAAACAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCTTT 2333

 55445336 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 55445395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2334 CTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTGGG 2393

 55445396 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 55445455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2394 AAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGCCA 2453

 55445456 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 55445515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2454 TGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTAAA 2513

 55445516 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 55445575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2514 AGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATTAA 2573

 55445576 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 55445635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2574 AACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGGAA 2633

 55445636 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 55445695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2634 GTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAATTC 2693

 55445696 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 55445755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2694 TACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATATAT 2753

 55445756 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATCTC 55445815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2754 ACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCAATCTC 2813

 55445816 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAA 55445868
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2814 CCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAA 2866

Alignment time is 14.0348 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3242] =>      3242 nucs 'mol-32-2fee-171090_3242'

Score:        3103
Aligned:      3191        nucs
Identic:      3183 (100%) nucs =>      2831 (100%)       352 ( 99%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55361822,55364658] EXCISED REGION [55364710,55365063]
 second seq =>  [       1,    2837] EXCISED REGION [    2889,    3242]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        51 nucs [55364659,55364709]
 second seq =>        51 nucs [2838,2888]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55364659,55364660] to [55364708,55364709]
 second seq =>         0 nucs

 55361822 CACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTGCCTTATCCTGCAGAGTAGCTG 55361881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTGCCTTATCCTGCAGAGTAGCTG 60

 55361882 GGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTAACAATTTCTTTATGTATTTAGATGCTCT 55361941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTAACAATTTCTTTATGTATTTAGATGCTCT 120

 55361942 GCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTCTCTTGGTGAATTTATCCTTTT 55362001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTCTCTTGGTGAATTTATCCTTTT 180

 55362002 ATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTCACAGTTTTTGGCTAAAGGCTT 55362061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTCACAGTTTTTGGCTAAAGGCTT 240

 55362062 ATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATAT 55362121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATAT 300

 55362122 TTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTTACTAGTAAAATGAGTCTCTTA 55362181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTTACTAGTAAAATGAGTCTCTTA 360

 55362182 TAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATCAGTTGCTGTAAATGTTTTTAT 55362241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATCAGTTGCTGTAAATGTTTTTAT 420

 55362242 TGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAACTATCAATAGGTAAGAACTTACTACTGC 55362301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAACTATCAATAGGTAAGAACTTACTACTGC 480

 55362302 CATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCATTTTTTTCAGATCTTTTGATTC 55362361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCATTTTTTTCAGATCTTTTGATTC 540

 55362362 TTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATGTGGTGGTGTGCTTTGAGTCCT 55362421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATGTGGTGGTGTGCTTTGAGTCCT 600

 55362422 TTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCATGGTAAACATGGAGCTTACATA 55362481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCATGGTAAACATGGAGCTTACATA 660

 55362482 AAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGAGCTGATAACAACTTTCCTTTCATTGCAT 55362541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGAGCTGATAACAACTTTCCTTTCATTGCAT 720

 55362542 AGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGATTTTGATGTCAACATTTATAT 55362601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGATTTTGATGTCAACATTTATAT 780

 55362602 TTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAGCTACAGTTGTTTTCAATAGTT 55362661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAGCTACAGTTGTTTTCAATAGTT 840

 55362662 TTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTA 55362721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTA 900

 55362722 GAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTTGACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCAT 55362781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTTGACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCAT 960

 55362782 GTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTA 55362841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTA 1020

 55362842 ACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCA 55362901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCA 1080

 55362902 GGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCAGCACGTTGGATATGT 55362961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTCAGCACGTTGGATATGT 1140

 55362962 AACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTT 55363021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTT 1200

 55363022 GGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAAT 55363081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAAT 1260

 55363082 GTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCCATGGTGGTGTGCTGCACCCAGTAACTTG 55363141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCCATGGTGGTGTGCTGCACCCAGTAACTTG 1320

 55363142 TCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAAC 55363201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTATCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAAC 1380

 55363202 AGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCA 55363261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCA 1440

 55363262 CCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATG 55363321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATG 1500

 55363322 ATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCT 55363381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCT 1560

 55363382 GCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGA 55363441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGA 1620

 55363442 CACTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGTTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTG 55363501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CACTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGTTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTG 1680

 55363502 CATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATG 55363561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATG 1740

 55363562 GCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCAC 55363621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCAC 1800

 55363622 AATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACAT 55363681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACAT 1860

 55363682 CCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTTAATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGA 55363741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTTAATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGA 1920

 55363742 TGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTT 55363801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTT 1980

 55363802 TTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTCTTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTG 55363861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTCTTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTG 2040

 55363862 CCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATT 55363921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATT 2100

 55363922 CTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGT 55363981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGT 2160

 55363982 TGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAA 55364041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAA 2220

 55364042 TTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGC 55364101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGC 2280

 55364102 TTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTT 55364161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTT 2340

 55364162 TAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGA 55364221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGA 2400

 55364222 AGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAA 55364281
          ||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAA 2460

 55364282 ATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGT 55364341
          ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2461 ATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGTTTTTGTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATGGTTGT 2520

 55364342 AGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTC 55364401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTC 2580

 55364402 GGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTA 55364461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 GGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTA 2640

 55364462 GCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTT 55364521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTT 2700

 55364522 TTTGGTTACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTA 55364581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TTTGGTTACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTA 2760

 55364582 GCTTGACGGGGATGGCATTTAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGA 55364641
          ||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGA 2820

 55364642 TATTGATTCTTCCTACC 55364658
          |||||||||||||||||
     2821 TATTGATTCTTCCTACC 2837

EXCISED REGION

 55364710 AGCAGTGGTTTGTAGGTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATCCCT 55364769
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2889 AGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATTCCT 2948

 55364770 AGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCT 55364829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2949 AGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCT 3008

 55364830 GTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGTTTGTGATTTTTACACATTGATTTTGTATCCT 55364889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3009 GTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGTTTGTGATTTTTACACATTGATTTTGTATCCT 3068

 55364890 GACACTTTGCTCAAGTTGCCTATCAGCTGAAGGAGATTTTGGGCTGAGATGATGGTGTTT 55364949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3069 GACACTTTGCTCAAGTTGCCTATCAGCTGAAGGAGATTTTGGGCTGAGATGATGGTGTTT 3128

 55364950 TCTGGATATACAATCATGTCATCTGCAAACAAGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAAT 55365009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3129 TCTGGATATACAATCATGTCATCTGCAAACAAGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAAT 3188

 55365010 TGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAAC 55365063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3189 TGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAAC 3242

Alignment time is 11.7432 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3162] =>      3162 nucs 'mol-32-301a-174123_3162'

Score:        2893
Aligned:      3136        nucs
Identic:      3100 ( 99%) nucs =>      1957 (100%)      1143 ( 98%)
Gaps:           20 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55362694,55364658] EXCISED REGION [55364695,55365855]
 second seq =>  [       1,    1965] EXCISED REGION [    2002,    3162]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        36 nucs [55364659,55364694]
 second seq =>        36 nucs [1966,2001]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55364659,55364659] to [55364695,55364695]
 second seq =>         2 nucs [1964,1965] to [2000,2001]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55364659,55364659] to [55364694,55364694]
 second seq =>         1 nucs [1966,1966] to [2001,2001]

 55362694 TTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTT 55362753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTT 60

 55362754 GACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCT 55362813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCT 120

 55362814 GAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCT 55362873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCT 180

 55362874 CCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGT 55362933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGT 240

 55362934 TTGTTTGTTTTCAGCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGT 55362993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTGTTTGTTTTCAGCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGT 300

 55362994 GCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATAC 55363053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      301 GCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTACATTTCTTTTTATAC 360

 55363054 TTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCC 55363113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCC 420

 55363114 ATGGTGGTGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTA 55363173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGGTGGTGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTA 480

 55363174 TCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTG 55363233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTG 540

 55363234 TCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTT 55363293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTT 600

 55363294 TTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAA 55363353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAA 660

 55363354 GGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACAT 55363413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACAT 720

 55363414 TTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGTTATTGT 55363473
          ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||
      721 TTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGT 780

 55363474 GAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATC 55363533
          |||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
      781 GAATAGTGCCGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAGTC 840

 55363534 CTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATC 55363593
          ||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATC 900

 55363594 CCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACA 55363653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACA 960

 55363654 GTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTT 55363713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTT 1020

 55363714 AATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTC 55363773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTC 1080

 55363774 TCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTC 55363833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTC 1140

 55363834 TTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTT 55363893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTT 1200

 55363894 GTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGT 55363953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGT 1260

 55363954 TGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGC 55364013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGC 1320

 55364014 TGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCAT 55364073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCAT 1380

 55364074 TGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCC 55364133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCC 1440

 55364134 TAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTT 55364193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTT 1500

 55364194 GAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCT 55364253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCT 1560

 55364254 AGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTG 55364313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTG 1620

 55364314 TCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTT 55364373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTT 1680

 55364374 CTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTA 55364433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTA 1740

 55364434 GCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTT 55364493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTT 1800

 55364494 CAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTTTTGGTTACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTT 55364553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTTTTGGTTACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTT 1860

 55364554 TCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGACGGGGATGGCATTTAATCTATAAATT 55364613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGACGGGGATGGCATTTAATCTATAAATT 1920

 55364614 ACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTACC 55364658
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 ACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTACC 1965

EXCISED REGION

 55364695 TCTTTTATTTCATTAAGCAGTGGTTTGTAGGTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTT 55364754
          ||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     2002 TCTTTTATTTCATTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTT 2061

 55364755 GTAAGTTGGATCCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTC 55364814
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2062 GTAAGTTGGATTCCTAGGTATTTTATTCTCTTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTC 2121

 55364815 ATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGTTTGTGATTTTTACACA 55364874
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2122 ATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTATTGGTGTATAAGAATGTTTGTGATTTTTGCACA 2181

 55364875 TTGATTTTGTATCCTGACACTTTGCTCAAGTTGCCTATCAGCTGAAGGAGATTTTGGGCT 55364934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2182 TTGATTTTGTATCCTGACACTTTGCTCAAGTTGCCTATCAGCTGAAGGAGATTTTGGGCT 2241

 55364935 GAGATGATGGTGTTTTCTGGATATACAATCATGTCATCTGCAAACAAGGACAATTTGACT 55364994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2242 GAGATGATGGTGTTTTCTGGATATACAATCATGTCATCTGCAAACAAGGACAATTTGACT 2301

 55364995 TCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGGCCAGA 55365054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2302 TCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATTTCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGGCCAGA 2361

 55365055 ACTTCCAACACTATGTTCAATAGGAGTTGTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTT 55365114
          |||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     2362 ACTTCCAACACTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTT 2421

 55365115 TTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGCCCATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCA 55365174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2422 TTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGCCCATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCA 2481

 55365175 TAGATAGCTCTTATTATTTTGAGATATGTCCCATCAATACCTAATTTATTGACAGTTTTT 55365234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2482 TAGATAGCTCTTATTATTTTGAGATATGTCCCATCAATACCTAATTTATTGACAGTTTTT 2541

 55365235 AGCATGAAGCATTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATG 55365294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2542 AGCATGAAGCATTGTTGAATTTTGTCAAAGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATG 2601

 55365295 TGGTTTTTGTCTTTGGTTCTGTTTATATGCTGGATTAGG--TTTATTGATTTGTGTCTG- 55365351
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||       
     2602 TGGTTTTTGTCTTTGGTTCTGTTTATATGCTGGATTA--CATTTATTGATTTG------C 2653

 55365352 -----TTGAACGG--GCCTTGCATCCTAGGGATGAAGCCCACTTGATCATGGTGGATAAG 55365404
               ||||||    |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     2654 ATATATTGAAC--CAGCCTTGCATCCCAGGGATGAAGCCCACTTGATCATGGTGGATAAG 2711

 55365405 CTTTTTGATGTGCTGCTGGATTTTGTTTGCCAGTAGTTTATTGAGTATTTCTGCATCGAT 55365464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2712 CTTTTTGATGTGCTGCTGGATTTTGTTTGCCAGTAGTTTATTGAGTATTTCTGCATCGAT 2771

 55365465 GTTCATCAGGGATATTGGTCTAAAATTCTCTTTTTTTGTTGTATCTCTGCCAGGCTTTGG 55365524
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2772 GTTCATCAGGGATATTGGTCTAAAATTCTCTTTTTTTGTTGTATCTCTGCCAGGCTTTGG 2831

 55365525 TATCAGCAGTATGCTGGCCTCACAAAATGAGTTAGGGAGGATTCCCTCTTTTTCTATTGA 55365584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2832 TATCAGCAGTATGCTGGCCTCACAAAATGAGTTAGGGAGGATTCCCTCTTTTTCTATTGA 2891

 55365585 TTGGAATAGCTTCAGAAGGAATGGTACCAGCTCCTCCTTGTACCACTGGTAGAATTCGGC 55365644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2892 TTGGAATAGCTTCAGAAGGAATGGTACCAGCTCCTCCTTGTACCACTGGTAGAATTCGGC 2951

 55365645 TGTGAATCCATCTTGTCCTGGACTTTTTTTGGTTGGTAGGCTATTAATTATTGCTGCAAT 55365704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2952 TGTGAATCCATCTTGTCCTGGACTTTTTTTGGTTGGTAGGCTATTAATTATTGCTGCAAT 3011

 55365705 TTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATCCTAGCCAGTTGCGGGATAGAATCTGGTGTGAAGTTT 55365764
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     3012 TTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATCCTAGGCAGTTGCGGGATAGAATCTGGTGTGAAGTTT 3071

 55365765 GCTAAGCCTGTTGGAAAAGCGGAGTACTAGGGTGAGAGTAACCCAATTTTCCAGGTGCCA 55365824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3072 GCTAAGCCTGTTGGAAAAGCGGAGTACTAGGGTGAGAGTAACCCAATTTTCCAGGTGCCA 3131

 55365825 TCTGTCACCTCTTTCTTTGCCTAGGAAAGGG 55365855
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     3132 TCTGTCACCTCTTTCTTTGCCTAGGAAAGGG 3162

Alignment time is 11.4086 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2569] =>      2569 nucs 'mol-32-3025-168551_2569'

Score:        2569
Aligned:      2569        nucs
Identic:      2569 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55443774,55446342]
 second seq =>  [       1,    2569]

 55443774 TTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTGGG 55443833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATAATTGGG 60

 55443834 ACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCAAG 55443893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAATACCAAG 120

 55443894 TGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGATA 55443953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGAATGATA 180

 55443954 AACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACA 55444013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATCTTCACA 240

 55444014 TTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAG 55444073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCTAAAAAG 300

 55444074 TATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCA 55444133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTTAAGTCA 360

 55444134 TTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATA 55444193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCTACTATA 420

 55444194 AATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATG 55444253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACTTTGATG 480

 55444254 GTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATA 55444313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCCAATATA 540

 55444314 CTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTA 55444373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAATTCCTTA 600

 55444374 AGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTA 55444433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTATTATTTA 660

 55444434 AAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATT 55444493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAACAAATT 720

 55444494 TGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTAT 55444553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGTAATTAT 780

 55444554 TATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTG 55444613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACTACTCTG 840

 55444614 ATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAAT 55444673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTTATCAAT 900

 55444674 GTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACG 55444733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTTTATACG 960

 55444734 CATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTT 55444793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTAGATTTT 1020

 55444794 TTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAG 55444853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCTGCAAAG 1080

 55444854 TTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGG 55444913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAGAAGGGG 1140

 55444914 ACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGG 55444973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAATTGTGGG 1200

 55444974 AATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGA 55445033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAAAAAAGA 1260

 55445034 TGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAA 55445093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGACTTTCAA 1320

 55445094 ATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTG 55445153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAATGCCTTG 1380

 55445154 GATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCAC 55445213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATATCTCAC 1440

 55445214 ATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTA 55445273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATCCCTGTA 1500

 55445274 ACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCT 55445333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGACATCCT 1560

 55445334 TTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTG 55445393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGGTCACTG 1620

 55445394 GGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGC 55445453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGCATTTGC 1680

 55445454 CATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTA 55445513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATAGAGTTA 1740

 55445514 AAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATT 55445573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAAAAAATT 1800

 55445574 AAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGG 55445633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTTTAATGG 1860

 55445634 AAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAAT 55445693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTCTGAAAT 1920

 55445694 TCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATAT 55445753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACACAATAT 1980

 55445754 ATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATC 55445813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATGTCCATC 2040

 55445814 TCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCT 55445873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAAAGTTCT 2100

 55445874 TTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCC 55445933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTGGAGCCC 2160

 55445934 CCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACT 55445993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTGCATACT 2220

 55445994 ATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAA 55446053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAAAGGAAA 2280

 55446054 TGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCA 55446113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAATAACCA 2340

 55446114 ATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCA 55446173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 ATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGTTAATCA 2400

 55446174 TATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCC 55446233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGTTTTGCC 2460

 55446234 TTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATT 55446293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATACGAATT 2520

 55446294 CCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTC 55446342
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTC 2569

Alignment time is 8.2905 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    7903] =>      7903 nucs 'mol-32-3101-164218_7903'

Score:        7669
Aligned:      7902        nucs
Identic:      7862 ( 99%) nucs =>      6503 (100%)      1359 ( 98%)
Gaps:           28 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55356766,55363269] EXCISED REGION [55363282,55364661]
 second seq =>  [       1,    6509] EXCISED REGION [    6521,    7903]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        12 nucs [55363270,55363281]
 second seq =>        11 nucs [6510,6520]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55363269,55363269] to [55363281,55363281]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55363269,55363269] to [55363282,55363282]
 second seq =>         1 nucs [6509,6509] to [6521,6521]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55363270,55363271] to [55363280,55363281]
 second seq =>         0 nucs

 55356766 CCAAAATGTCTGCTTTCAAATAGGTTTCAGTTTTTAAGATGCAGATTCTCTTTCCAATAT 55356825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CCAAAATGTCTGCTTTCAAATAGGTTTCAGTTTTTAAGATGCAGATTCTCTTTCCAATAT 60

 55356826 CCTATAAGCTTCTTCTTCCTCCTTCCAGCCTGTTCAGAATTCAAAGAGGAACTCTGAACA 55356885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTATAAGCTTCTTCTTCCTCCTTCCAGCCTGTTCAGAATTCAAAGAGGAACTCTGAACA 120

 55356886 GACTTGCTTTTGAATTGGGTGGACTAAACTTACATGGAAAATCTGTGGACTAACTGCACA 55356945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GACTTGCTTTTGAATTGGGTGGACTAAACTTACATGGAAAATCTGTGGACTAACTGCACA 180

 55356946 AATTCAAATGCCAATGCTAGTTCAATCTGCTGTGATTTGTAAGAAAGAGGTAAAAGGGTA 55357005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATTCAAATGCCAATGCTAGTTCAATCTGCTGTGATTTGTAAGAAAGAGGTAAAAGGGTA 240

 55357006 GTAAGATCCAAAATACAGCAACCTATGATGTTTGATCAGCATGGACTGTAACTAATAGCC 55357065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTAAGATCCAAAATACAGCAACCTATGATGTTTGATCAGCATGGACTGTAACTAATAGCC 300

 55357066 AAGCATACTGAAAAAAAAAAACATTTTTATTAGCAGATTTTATCAGCTAAAATATGTCTA 55357125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AAGCATACTGAAAAAAAAAAACATTTTTATTAGCAGATTTTATCAGCTAAAATATGTCTA 360

 55357126 GACATTTTATCAATTACTTGTTTTCTGAGGTTAATTCATTCTCCTTTGAGTTTCCAAATT 55357185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GACATTTTATCAATTACTTGTTTTCTGAGGTTAATTCATTCTCCTTTGAGTTTCCAAATT 420

 55357186 CCTTTTCTTCAAACTCTTCTACAATTATTTTCTGTTGAGTTAAACAGCTCAGAAATCAAA 55357245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCTTTTCTTCAAACTCTTCTACAATTATTTTCTGTTGAGTTAAACAGCTCAGAAATCAAA 480

 55357246 TATTCTAGATTCAAAATTTAAAAAATATTCATTTTTTTTGAGACAAGGTATTTGTTGTCC 55357305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TATTCTAGATTCAAAATTTAAAAAATATTCATTTTTTTTGAGACAAGGTATTTGTTGTCC 540

 55357306 AGGCTGCAGTGCAGTAGTAGGATCTCAGCTCACTGCAACCTCGCCCTCCTGGGCTCAAGC 55357365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGGCTGCAGTGCAGTAGTAGGATCTCAGCTCACTGCAACCTCGCCCTCCTGGGCTCAAGC 600

 55357366 GATTCTCCCACCTCAGCCACCAGAGTAGCTGGGAGTACAGGTGTGTGCCACCACATCTGG 55357425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GATTCTCCCACCTCAGCCACCAGAGTAGCTGGGAGTACAGGTGTGTGCCACCACATCTGG 660

 55357426 CTAATTTTTTTATTTTTATTTTTTGTGGAGATAGAGTATTGCCATGTTGCCCAGGCTGGT 55357485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTAATTTTTTTATTTTTATTTTTTGTGGAGATAGAGTATTGCCATGTTGCCCAGGCTGGT 720

 55357486 CTGGAACTCCTGGGCTCAAGTGAACCACATTCTTTGGACTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 55357545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CTGGAACTCCTGGGCTCAAGTGAACCACATTCTTTGGACTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 780

 55357546 AGTATGAGCCACGGAACCTGGCAACAACGACAACAACAACAACAACAACAACA---TAAA 55357602
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
      781 AGTATGAGCCACGGAACCTGGCAACAACGACAACAACAACAACAACAACAACAACATAAA 840

 55357603 CTTAGGTCTTGAGTTTGAGAAAATTATTTTGAAATTTCCCCTCTGAACTTTTTAATTTTT 55357662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTTAGGTCTTGAGTTTGAGAAAATTATTTTGAAATTTCCCCTCTGAACTTTTTAATTTTT 900

 55357663 CCCCAAAATGGATGCTGTTGTACTGAGACTAATACTTTTTAGGAGACTTCACAGAGGTTC 55357722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCCCAAAATGGATGCTGTTGTACTGAGACTAATACTTTTTAGGAGACTTCACAGAGGTTC 960

 55357723 CTAAGGCTTCTATGTACTTATTCCAAGTTAAATTAATCCTTCATTTCTAAAACACATTCT 55357782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTAAGGCTTCTATGTACTTATTCCAAGTTAAATTAATCCTTCATTTCTAAAACACATTCT 1020

 55357783 TCTCCAGAACAGCAGAGGATGTCTGTGTACTAGGTGTTAACTGCTAGTTTAAAAGTGTTG 55357842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTCCAGAACAGCAGAGGATGTCTGTGTACTAGGTGTTAACTGCTAGTTTAAAAGTGTTG 1080

 55357843 GCATGTTCATATTTGCTCTGTTCATAGAGAAATTCCCAAGTGGTTCCCTTCAGTTGGGGA 55357902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GCATGTTCATATTTGCTCTGTTCATAGAGAAATTCCCAAGTGGTTCCCTTCAGTTGGGGA 1140

 55357903 GTGATCATACCCCAACACCAGGTGACCAAGGCAACACCTCCTTTAGGATAACTTACACGT 55357962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTGATCATACCCCAACACCAGGTGACCAAGGCAACACCTCCTTTAGGATAACTTACACGT 1200

 55357963 TTTTAGGACTATAAAATTAGGGTAGTGAAATTAAAATTATCTTCAACATTTGGTCGTGTC 55358022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTTTAGGACTATAAAATTAGGGTAGTGAAATTAAAATTATCTTCAACATTTGGTCGTGTC 1260

 55358023 GGTGTTTTGGATTTTAGCTTGTCAAGTAGGTATATGTGATAGTTCATTGTCTTAATTTGT 55358082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGTGTTTTGGATTTTAGCTTGTCAAGTAGGTATATGTGATAGTTCATTGTCTTAATTTGT 1320

 55358083 AATTCCCTACGACATAATTTCATTCACTTATTTCCTGTGTATATATATTGTCTTAGGTGA 55358142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AATTCCCTACGACATAATTTCATTCACTTATTTCCTGTGTATATATATTGTCTTAGGTGA 1380

 55358143 GATGTCTTTTGAGATCTTTTGACCACTGTTTTATGTTTTTTTTAAATTGGGTTGCTTACT 55358202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GATGTCTTTTGAGATCTTTTGACCACTGTTTTATGTTTTTTTTAAATTGGGTTGCTTACT 1440

 55358203 TTTTATTATTATTGAGTCTTAAGGGTTCTTTGTAAATTCTGTTTAATAGTCATTTGTCAG 55358262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTTATTATTATTGAGTCTTAAGGGTTCTTTGTAAATTCTGTTTAATAGTCATTTGTCAG 1500

 55358263 ATGTGTTTTGCAAATGTGTTCTTCCAGGTTCATCTTTTTATTAAGTGTTTTACAGAACAG 55358322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATGTGTTTTGCAAATGTGTTCTTCCAGGTTCATCTTTTTATTAAGTGTTTTACAGAACAG 1560

 55358323 GATTTTTAAATTTTGTGACATCCAATTTGTTAATTCTTTCTTTCATTGCTGTAAACATAA 55358382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GATTTTTAAATTTTGTGACATCCAATTTGTTAATTCTTTCTTTCATTGCTGTAAACATAA 1620

 55358383 TATTTGTAATAGATATTATTTATAGAGCAGTTTAAGTTCTAAGAAAAATTGGGCAGAAGG 55358442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TATTTGTAATAGATATTATTTATAGAGCAGTTTAAGTTCTAAGAAAAATTGGGCAGAAGG 1680

 55358443 TATACAGACTTCCCATATACTCCCTGCCCCCCACATACATAGCCTTCTCCATTATCAACA 55358502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATACAGACTTCCCATATACTCCCTGCCCCCCACATACATAGCCTTCTCCATTATCAACA 1740

 55358503 TCCTTTACCATGGTGGTACATTTGGTATAATTGATAAAGCTACATTGACACATTGTTATC 55358562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TCCTTTACCATGGTGGTACATTTGGTATAATTGATAAAGCTACATTGACACATTGTTATC 1800

 55358563 ACCTAGACTCTATATTTTATATCATGGTTCACTCTTGCTATTGTACATTCTATGGGTGTG 55358622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ACCTAGACTCTATATTTTATATCATGGTTCACTCTTGCTATTGTACATTCTATGGGTGTG 1860

 55358623 GACAGATGTCTAATATATGTATCCACTATTATAATAGCACTGATTTTTTTCACTGCCCTG 55358682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GACAGATGTCTAATATATGTATCCACTATTATAATAGCACTGATTTTTTTCACTGCCCTG 1920

 55358683 AAAAATGTCTATGCTATGCCTCTTCATCACTCCTTCCCTCCAACCCTAGAAACCACTGAC 55358742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAAAATGTCTATGCTATGCCTCTTCATCACTCCTTCCCTCCAACCCTAGAAACCACTGAC 1980

 55358743 CTTTTTACTGTCTCCACAGTTTTTTTCCAAAATATTGTATATTTGGAATCATACCTTCAG 55358802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTTTTTACTGTCTCCACAGTTTTTTTCCAAAATATTGTATATTTGGAATCATACCTTCAG 2040

 55358803 ATTGACTTCTTTCACTTAGTCATTTAAGCACTGCATTTAAATTTTCTCCTTTTTTTTTTT 55358862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATTGACTTCTTTCACTTAGTCATTTAAGCACTGCATTTAAATTTTCTCCTTTTTTTTTTT 2100

 55358863 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT--GAGATGGAGCCTCACACCGTCACCTGGCCTGGAGT 55358920
          |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGCCTCACACCGTCACCTGGCCTGGAGT 2160

 55358921 GCAGTGGCACAATCTCAGCTCACAGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCATGTGATTCTCCTG 55358980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCAGTGGCACAATCTCAGCTCACAGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCATGTGATTCTCCTG 2220

 55358981 ACTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCACTCCCAGATAATTTTTT 55359040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ACTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCACTCCCAGATAATTTTTT 2280

 55359041 CTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCT 55359100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCT 2340

 55359101 TTTGATTCACCTGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTGGGTTACAGGCCTGAAGCGCCGTGCCT 55359160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTTGATTCACCTGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTGGGTTACAGGCCTGAAGCGCCGTGCCT 2400

 55359161 GGCCCTTCCATGTCTTTTTATGGCTTAATAGCTCATTTCTTCTTAGCACTGAATACTATT 55359220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GGCCCTTCCATGTCTTTTTATGGCTTAATAGCTCATTTCTTCTTAGCACTGAATACTATT 2460

 55359221 TTATTGTGTGGATGTACTATAGTTTATTTATACATTCAACTACCAAAGACATTTTGGTTG 55359280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TTATTGTGTGGATGTACTATAGTTTATTTATACATTCAACTACCAAAGACATTTTGGTTG 2520

 55359281 CTTCCATATTTCACATTTCTGGATAAACTTACTGTAAACATATGAGTGCAGGTTTTTTTG 55359340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CTTCCATATTTCACATTTCTGGATAAACTTACTGTAAACATATGAGTGCAGGTTTTTTTG 2580

 55359341 TGACATAAGCTTTCAACTCATTTTGGTAAATACAAAGGAGAGTGATTGCTGCATTGCATG 55359400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGACATAAGCTTTCAACTCATTTTGGTAAATACAAAGGAGAGTGATTGCTGCATTGCATG 2640

 55359401 TAAGAGTATGTTTAGTTTTGTAAAAAACTTCCAAACTGTCTCACAAAGTAACTGTACTAT 55359460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TAAGAGTATGTTTAGTTTTGTAAAAAACTTCCAAACTGTCTCACAAAGTAACTGTACTAT 2700

 55359461 TTTGCCTTGGTAGAGAATTCTCAAAACAAGAGTTCCTAATAATAAGAGTTCATAATAAGA 55359520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TTTGCCTTGGTAGAGAATTCTCAAAACAAGAGTTCCTAATAATAAGAGTTCATAATAAGA 2760

 55359521 GTTCCTGTTGTTCCTCCCCTGTGCCAGCATTTTGTCTTGTCAGTATTTTGGTTTGGCATC 55359580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GTTCCTGTTGTTCCTCCCCTGTGCCAGCATTTTGTCTTGTCAGTATTTTGGTTTGGCATC 2820

 55359581 CTAAATAAGTGTATAGTAATCTCCTATTGTTTTAATTTGCAATTATTTAATGACATTATG 55359640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CTAAATAAGTGTATAGTAATCTCCTATTGTTTTAATTTGCAATTATTTAATGACATTATG 2880

 55359641 ATGTTCAAAATCTTTTCATTGTTATTCAATTCTTTTTTTCTCATTTTAAATTAGACTATT 55359700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 ATGTTCAAAATCTTTTCATTGTTATTCAATTCTTTTTTTCTCATTTTAAATTAGACTATT 2940

 55359701 TGTTTTTGGAAATTGAGTTGAAGTTCCTTATATATTTTGAATATTAGTCTCTTAGATACA 55359760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGTTTTTGGAAATTGAGTTGAAGTTCCTTATATATTTTGAATATTAGTCTCTTAGATACA 3000

 55359761 TATTATGTGAATATTTTCTGCTTTTGTGCTATGTATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTAATA 55359820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TATTATGTGAATATTTTCTGCTTTTGTGCTATGTATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTAATA 3060

 55359821 AAGACATACCCAAGATTGAGTAATTTATTAAAAAATAAAGAGGTTTAATGGACTCACAGT 55359880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 AAGACATACCCAAGATTGAGTAATTTATTAAAAAATAAAGAGGTTTAATGGACTCACAGT 3120

 55359881 TCTATGTGGCTGGGAAAGACTCACAATCATAGTGGAAGGTGAAAAGCATGTCTTACATGG 55359940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TCTATGTGGCTGGGAAAGACTCACAATCATAGTGGAAGGTGAAAAGCATGTCTTACATGG 3180

 55359941 TGGCAGACAAGGAAGAATGAAAACCAAGTGAAAGTTGTTTCCCTTTATAAAACCACCAGA 55360000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 TGGCAGACAAGGAAGAATGAAAACCAAGTGAAAGTTGTTTCCCTTTATAAAACCACCAGA 3240

 55360001 TATTATGGGACTTATTCACTACCAAGAGAACACAATGAGGGAAACTGCCCCCGTGATTCA 55360060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TATTATGGGACTTATTCACTACCAAGAGAACACAATGAGGGAAACTGCCCCCGTGATTCA 3300

 55360061 ATTATCTTTCACCAAGTCCCTCCCACAACACATAGGAATTACTGGAGCTACAATTCAAGA 55360120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 ATTATCTTTCACCAAGTCCCTCCCACAACACATAGGAATTACTGGAGCTACAATTCAAGA 3360

 55360121 TGAGATTTGGGTGGCGACACAGCCAAATCATATCATGCTGGTTATCTCTTACTGCGTTGA 55360180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TGAGATTTGGGTGGCGACACAGCCAAATCATATCATGCTGGTTATCTCTTACTGCGTTGA 3420

 55360181 TTGATTCCTTTATTGTGTAGAAGCTTTTAGTTTGGTGTCATCCCACTTGTCTTATTTGTC 55360240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 TTGATTCCTTTATTGTGTAGAAGCTTTTAGTTTGGTGTCATCCCACTTGTCTTATTTGTC 3480

 55360241 TTTGGTTGCTTGTGCTTTTGTTGTTGTACCTATGAAATCATTTCCAAGACCAATGTGATG 55360300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TTTGGTTGCTTGTGCTTTTGTTGTTGTACCTATGAAATCATTTCCAAGACCAATGTGATG 3540

 55360301 AATCTTTTCCTGTTTTTTTTTCTACTATAAGTTTTACAGTTCTAGTTCTTTGTCTTTAAA 55360360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 AATCTTTTCCTGTTTTTTTTTCTACTATAAGTTTTACAGTTCTAGTTCTTTGTCTTTAAA 3600

 55360361 TCTCTAATTAAATTTGAATTGATTTTTAAACTATGCTGTACAATGAGTCTGTTTTTGTCA 55360420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 TCTCTAATTAAATTTGAATTGATTTTTAAACTATGCTGTACAATGAGTCTGTTTTTGTCA 3660

 55360421 TTTGGCTTATGGATATTCAGTTTTCCCAGTATCATTGTTTAAATGACTCTCTTTTCCTTA 55360480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 TTTGGCTTATGGATATTCAGTTTTCCCAGTATCATTGTTTAAATGACTCTCTTTTCCTTA 3720

 55360481 GGGTGTATTTTTGTAATTCTTGTTGAAGATGAGTTGACCATATCTGCCTGGATTTATTTG 55360540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 GGGTGTATTTTTGTAATTCTTGTTGAAGATGAGTTGACCATATCTGCCTGGATTTATTTG 3780

 55360541 CAGAATCTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGTCTGGATTTATGCTAGGGTCATACTAC 55360600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 CAGAATCTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGTCTGGATTTATGCTAGGGTCATACTAC 3840

 55360601 TAAAATTAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAGTCAAGAAGTGTGGTATCTGCAGCTTT 55360660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TAAAATTAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAGTCAAGAAGTGTGGTATCTGCAGCTTT 3900

 55360661 GTTCTTTCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGGGTTATTATGAGGTCTGCATGGATTTC 55360720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 GTTCTTTCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGGGTTATTATGAGGTCTGCATGGATTTC 3960

 55360721 AGAATATTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCACTGAAATTTTGATAGAGATTGAATTG 55360780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 AGAATATTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCACTGAAATTTTGATAGAGATTGAATTG 4020

 55360781 AATCTGTTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAACACTGCCAGGTCTTCCAGTCTATGAA 55360840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 AATCTGTTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAACACTGCCAGGTCTTCCAGTCTATGAA 4080

 55360841 CAAAGTGTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTTTGATTTTGTTCATCAATAATTTGTAG 55360900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 CAAAGTGTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTTTGATTTTGTTCATCAATAATTTGTAG 4140

 55360901 TTTTAAAGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAAGTTTATATCTGCAAATTTTATTCTTG 55360960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 TTTTAAAGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAAGTTTATATCTGCAAATTTTATTCTTG 4200

 55360961 GCTGAGCATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGCACTATGGGAGATGGAAGCAGGATGAT 55361020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 GCTGAGCATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGCACTATGGGAGATGGAAGCAGGATGAT 4260

 55361021 CCTTTAACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGCAATATAGTGAGATCTTGTCTCCACAC 55361080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 CCTTTAACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGCAATATAGTGAGATCTTGTCTCCACAC 4320

 55361081 ACAAAAAATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAGCTGGGTAGGTGGTGCATGCATGTAGT 55361140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 ACAAAAAATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAGCTGGGTAGGTGGTGCATGCATGTAGT 4380

 55361141 CTCAGCTATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGGGTTGAATCCAGGAGATTGAGGCTGCA 55361200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 CTCAGCTATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGGGTTGAATCCAGGAGATTGAGGCTGCA 4440

 55361201 GCGAGCCATGATTGCACCACTGCACTCTAACCCTAGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTTA 55361260
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 GCGAGCCATGATTGCACCACTGCACTCTAGCCCTAGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTTA 4500

 55361261 CAAAAATAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAATAATTTTATTATTTTTGATGCTATACT 55361320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 CAAAAATAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAATAATTTTATTATTTTTGATGCTATACT 4560

 55361321 AAATGGGATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTGATTTTGTCATTAGTGTACAGAAATTC 55361380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 AAATGGGATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTGATTTTGTCATTAGTGTACAGAAATTC 4620

 55361381 AACTAAATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAACTTTACGGTATTTTTTGAGGTCTAGC 55361440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 AACTAAATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAACTTTACGGTATTTTTTGAGGTCTAGC 4680

 55361441 ATGTTTGTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCATCTTTAAACAGGCATAATTGTGCTTC 55361500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 ATGTTTGTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCATCTTTAAACAGGCATAATTGTGCTTC 4740

 55361501 TCTTTTCCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTATCTTGCCTAATTGATCTGGCTAATACT 55361560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 TCTTTTCCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTATCTTGCCTAATTGATCTGGCTAATACT 4800

 55361561 TTCAGTACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTGAGAATGGACATCCTTGTCTTGTTTCA 55361620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 TTCAGTACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTGAGAATGGACATCCTTGTCTTGTTTCA 4860

 55361621 GTGGACCTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTATTATTTTATGTCAGACTCTCTCCCTTC 55361680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 GTGGACCTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTATTATTTTATGTCAGACTCTCTCCCTTC 4920

 55361681 AGAACACTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTATTTTTATTTTTTTCAATATTCAATAT 55361740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 AGAACACTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTATTTTTATTTTTTTCAATATTCAATAT 4980

 55361741 TATCCAAATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAGACAGGACTGGAGTCCAGGTTGAAG 55361800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 TATCCAAATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAGACAGGACTGGAGTCCAGGTTGAAG 5040

 55361801 TCTAGTGATGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTG 55361860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 TCTAGTGATGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGATACTTCTG 5100

 55361861 CCTTATCCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTAACAATTT 55361920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 CCTTATCCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTAACAATTT 5160

 55361921 CTTTATGTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTC 55361980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 CTTTATGTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTGTTATGTC 5220

 55361981 TCTTGGTGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTC 55362040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 TCTTGGTGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTCTCTTTTC 5280

 55362041 ACAGTTTTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTG 55362100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 ACAGTTTTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTTTCTTTTG 5340

 55362101 GTTTCCATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTT 55362160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 GTTTCCATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTGTGTTCTT 5400

 55362161 ACTAGTAAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATC 55362220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 ACTAGTAAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAATCCAATC 5460

 55362221 AGTTGCTGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAACTATCAA 55362280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 AGTTGCTGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAACTATCAA 5520

 55362281 TAGGTAAGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCAT 55362340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 TAGGTAAGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTTTTTTCAT 5580

 55362341 TTTTTTCAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATG 55362400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TTTTTTCAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGGTTTTATG 5640

 55362401 TGGTGGTGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCAT 55362460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 TGGTGGTGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTTGCTTCAT 5700

 55362461 GGTAAACATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGAGCTGATA 55362520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 GGTAAACATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGAGCTGATA 5760

 55362521 ACAACTTTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGA 55362580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 ACAACTTTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTTTTTAGGA 5820

 55362581 TTTTGATGTCAACATTTATATTTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAG 55362640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 TTTTGATGTCAACATTTATATTTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTTATTGTAG 5880

 55362641 CTACAGTTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTA 55362700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 CTACAGTTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACTTTTTTTA 5940

 55362701 CACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTTGACATAT 55362760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 CACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTTGACATAT 6000

 55362761 TTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACC 55362820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 TTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCTGAAGACC 6060

 55362821 TCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTT 55362880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 TCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCTCCTTTTT 6120

 55362881 TTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTG 55362940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 TTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGTTTGTTTG 6180

 55362941 TTTTCAGCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAA 55363000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 TTTTCAGCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGTGCTGAAA 6240

 55363001 AATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGT 55363060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 AATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATACTTTAAGT 6300

 55363061 TTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCCATGGTGG 55363120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 TTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCCATGGTGG 6360

 55363121 TGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTATCCCTCT 55363180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 TGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTATCCCTCT 6420

 55363181 CCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGT 55363240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 CCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGT 6480

 55363241 GTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAG 55363269
          |||||||||||||||||||||||||||||
     6481 GTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAG 6509

EXCISED REGION

 55363282 GTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCTTCATCTA 55363341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||  
     6521 GTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGCTTCATC-- 6578

 55363342 TTTCT-------CTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTA 55363394
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     6579 -----CATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCA 6633

 55363395 TGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGT 55363454
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||
     6634 TGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATTTGGGTTGGT 6693

 55363455 TCCAAGTCTTTGTTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTAT 55363514
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6694 TCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTAT 6753

 55363515 AGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATG 55363574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6754 AGCAGCATGATTTATAATCCTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATG 6813

 55363575 GTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTA 55363634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6814 GTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTA 6873

 55363635 GTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACC 55363694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6874 GTTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACC 6933

 55363695 TGTTGTTCCCTGACTTTTTAATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTG 55363754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6934 TGTTGTTCCCTGACTTTTTAATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTG 6993

 55363755 TGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTT 55363814
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     6994 TGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCATTTTTTCATGTGTCTTT 7053

 55363815 TGGCTGCATAAATATCTTCTTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTT----GCCCACTTGT 55363870
          |||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||       ||||||||.|
     7054 TGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATC---CTTCGCCCACTTTT 7110

 55363871 TGATGGGGTTTT--GTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATA 55363928
          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7111 TGATGGGGTTTTTGGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATA 7170

 55363929 TTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGT 55363988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7171 TTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGT 7230

 55363989 GTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATT 55364048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7231 GTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATT 7290

 55364049 TGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCA 55364108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7291 TGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCA 7350

 55364109 TGCCTATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCT 55364168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7351 TGCCTATGTACTGAATGATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCT 7410

 55364169 AACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATC 55364228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||
     7411 AACATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGATC 7470

 55364229 TAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGA 55364288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7471 TAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGA 7530

 55364289 ATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATG 55364348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7531 ATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATG 7590

 55364349 CAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCA 55364408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7591 CAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCA 7650

 55364409 GTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGG 55364468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7651 GTACCATGCTGTTTTGGTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGG 7710

 55364469 GCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTTTTGGTT 55364528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7711 GCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTTTTGGTT 7770

 55364529 ACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGAC 55364588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7771 ACATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGAC 7830

 55364589 GGGGATGGCATTTAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGAT 55364648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7831 GGGGATGGCATTTAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGAT 7890

 55364649 TCTTCCTACCTAT 55364661
          |||||||||||||
     7891 TCTTCCTACCTAT 7903

Alignment time is 29.269 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    7302] =>      7302 nucs 'mol-32-3332-124755_7302'

Score:        7271
Aligned:      7293        nucs
Identic:      7291 (100%) nucs =>      3365 (100%)      3926 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55440342,55443707] EXCISED REGION [55443708,55447634]
 second seq =>  [       1,    3366] EXCISED REGION [    3376,    7302]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         9 nucs [3367,3375]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        28 nucs [3367,3394] to [3376,3403]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         4 nucs [3367,3370] to [3372,3375]

 55440342 ATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTACAGTAAAGTTTAAATAATAG 55440401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTAATGACTCTTGAGTTTATCTTAAAACATTATCTTTTACAGTAAAGTTTAAATAATAG 60

 55440402 GTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACAGAAAAACTCCAACTTTTTG 55440461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTATAAACAATATTTCCATTTAAAAATGTAAGTAACTGACAGAAAAACTCCAACTTTTTG 120

 55440462 CTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCAAAGTTATTTTCTCAAGTTC 55440521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGTATTTTCAACTATATTTTGCCTTATAACATAGCTAGCAAAGTTATTTTCTCAAGTTC 180

 55440522 AATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATTTCAAAGAACATTGCCCACT 55440581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATATGCAGTGCCCAACTCCCAAGGCCCCTGCACTTGCATTTCAAAGAACATTGCCCACT 240

 55440582 AATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAATGCATTCCTTGATCATGTGT 55440641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATCATGCAGCTCAGTTTAGGCAAATTTTTTAGATGTAAATGCATTCCTTGATCATGTGT 300

 55440642 CTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAGAAGGGAAAATTACCTAAAA 55440701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGCACACGGTTCAGGGAAGTGTTACATTCTATGCTGGGAGAAGGGAAAATTACCTAAAA 360

 55440702 TGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTATAAATGAAATTTCCATGTGC 55440761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGAAAACCCTGTTATGAATAAGGAACAGAATTAAAAATTATAAATGAAATTTCCATGTGC 420

 55440762 ATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGAATAGTGATATATATTGTTC 55440821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTTAATTAATTTTTGTTGATTCTAAATGTTACAAATAAGAATAGTGATATATATTGTTC 480

 55440822 TGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACAATAAAGTATATTCTTACGT 55440881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGAAGAACTAGTATTTTTTTAAATCATTATATTTTCAAACAATAAAGTATATTCTTACGT 540

 55440882 TACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACTATTAGAGAAATCAGTTATG 55440941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TACTAATGTGACACAGTATTTGGAAAAATGTTTCAAAAACTATTAGAGAAATCAGTTATG 600

 55440942 ATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATTAACTTCAGTGATTTGTGTA 55441001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTTCTAAGAACAAATATAGTTAATATATTGATTCTGAATTAACTTCAGTGATTTGTGTA 660

 55441002 ACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGATTACATTGTAAATGTTTTA 55441061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACTAGATTCCACGATCTGTTGATAGTTTTACATGATTGTGATTACATTGTAAATGTTTTA 720

 55441062 ATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAGCACACAACATATGGAAAGT 55441121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATCCAAATTCATTTTTCCCTAGATACTTTATTTTTGCATAGCACACAACATATGGAAAGT 780

 55441122 CAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTCTATCCAGAACATACAAATA 55441181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CAAAGGAACATATAAAAATTCATACTCATGAGCCTTTCCTCTATCCAGAACATACAAATA 840

 55441182 TTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGTGGGAAACTTTCTGATCCTT 55441241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTGTTTTTGTGTTCTTATTTTGTAATGTTGCCATCTTGGTGGGAAACTTTCTGATCCTT 900

 55441242 ATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCACTATTTCTTCAGGCTATAT 55441301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATCTCTATTTGATGTAGTCCTCTTTTTAACCAACCAATGCACTATTTCTTCAGGCTATAT 960

 55441302 GAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTGGTGATCTAGTAGTGGGAAG 55441361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAATATCTACTATACCTCCTGTGTCACACCCAAAATAATTGGTGATCTAGTAGTGGGAAG 1020

 55441362 AATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTCTTTGGAATCATTGAAATCT 55441421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATAAACATCTCCTATGATAGGAGTCTTTCCCATGCACTTCTTTGGAATCATTGAAATCT 1080

 55441422 TCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATCTGCAAACCTCCCCGCTACC 55441481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TCATCCTTACAGTCATGGCTTTTGATCACTATGTTGCCATCTGCAAACCTCCCCGCTACC 1140

 55441482 TAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCGGTTGCTTGGCTGTTGGGGC 55441541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAATTATCATGAATAGGACAAAATACAATACTCTAATCTCGGTTGCTTGGCTGTTGGGGC 1200

 55441542 TTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGCCTTTCTGTGGCTCCAACAA 55441601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTTCCATTCTTTGTTTCAGTTTTCTATGAAAATCTGGTTGCCTTTCTGTGGCTCCAACAA 1260

 55441602 AATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAGTCGCTTGTACTGATACCTG 55441661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AATTGATGACTAATATTAAGATATTTTTCCTTTACTGAAAGTCGCTTGTACTGATACCTG 1320

 55441662 CATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTGCCTTGGTAACCTTGTTCTG 55441721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CATCACTGGTGTCCTCGTGGTTGCCAATTCTGGAATGTTTGCCTTGGTAACCTTGTTCTG 1380

 55441722 TCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAATCATTCAGTAGAGGGAAGA 55441781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TCGTTTGGCTCTTATGTCATTATACTATTCCCCTTAAAAAATCATTCAGTAGAGGGAAGA 1440

 55441782 TGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGTAATCTTTTTCTTCGAACCT 55441841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGCAAAGCCCTCTCTACCTGTGGATCTCATATCACCATGGTAATCTTTTTCTTCGAACCT 1500

 55441842 TCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGGACAAAATATCTGCTCTGTT 55441901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1501 TCAATCTTTGCCTACCTTAGACCTTCTCACTTTTCCTGAGGACAAAATATCTGCGCTGTT 1560

 55441902 TTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATAACCTGAGAAATACAGAGAT 55441961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTACACTATTATTGCTCCAATGTTCAACCACCTAATCTATAACCTGAGAAATACAGAGAT 1620

 55441962 GAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTTCAGAAGAAAAACAGCTGAT 55442021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GAAAAAGGCCATGAGAAAAGTTTGGTACCAAATATCATTTTCAGAAGAAAAACAGCTGAT 1680

 55442022 TTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAAAAGTGTACATGTCTCCAAC 55442081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTGTCCTACTTAGTGTACTAAAGAACTTTATGCAGCAGGAAAAGTGTACATGTCTCCAAC 1740

 55442082 GACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAAAATTTTACTGTGGTAAAAT 55442141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GACTGCTGTTAGGTTATAAATTTTTTCCTTTTCTAGTTTAAAATTTTACTGTGGTAAAAT 1800

 55442142 ATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTACAGTTCAGTGGCTTTACATT 55442201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATGTATAACATAAATTTACCATTTTAATCATTTAAGTGTACAGTTCAGTGGCTTTACATT 1860

 55442202 CATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAACTTTTTCTTCTTTCCAAACT 55442261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CATTTTGTGGTTCAACCATCATCACCATCCAGCTCCAGAACTTTTTCTTCTTTCCAAACT 1920

 55442262 AAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTTCCCCCAGTTTCTGGCAATG 55442321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAACCTCTCTGCTCTTTAACACTAACTCTCCAATGCCCCTTCCCCCAGTTTCTGGCAATG 1980

 55442322 ACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACATAATAGTGGTACATATTTA 55442381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ACTAATCTCCTTTTTGTCTCTATACATTTTTTATTAATACATAATAGTGGTACATATTTA 2040

 55442382 TGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTAATGATCAAAGCAGGGTATT 55442441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGACCTACACGTGATATGTTGATACATGCATACAATGTGTAATGATCAAAGCAGGGTATT 2100

 55442442 TATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGTTGGGAGCATTTTAATTCTT 55442501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATGATTTCCGTCACCTCAAACATTTATTATTTCTTTGTGTTGGGAGCATTTTAATTCTT 2160

 55442502 CTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTGTTACCTGCAGTCATCCTAC 55442561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CTCCTCCAGCTATTTTGAAATATATAATAATTAAATTATTGTTACCTGCAGTCATCCTAC 2220

 55442562 TGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTTCAGTCTTTACGTACCAATA 55442621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGTGACACCAAACACTAGAATGCATTTATCTGAATCTTTTTCAGTCTTTACGTACCAATA 2280

 55442622 TATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTTACCGGGAAAGATTCGGTTG 55442681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TATATCACCATTTCCATTTATAAATTCCAGTTTTGTGACTTACCGGGAAAGATTCGGTTG 2340

 55442682 TGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATCCACTCCTAATTTTCTACAA 55442741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGTCCAAAATTATATCTAAAACTCTCTTGGACAGTCTCATCCACTCCTAATTTTCTACAA 2400

 55442742 GTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTATTTTTCTGGATCTATTGAGA 55442801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GTTGTTTCATCACGAATGAATGATGTCTTTAATCAAATTATTTTTCTGGATCTATTGAGA 2460

 55442802 TGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGGTGGTGAATTATATTGATTT 55442861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TGGCAACATTTAGTTTCCTTCTTCCCTTTAATCTGTTAAGGTGGTGAATTATATTGATTT 2520

 55442862 ATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAACACAACACGAAACATACAT 55442921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 ATTTTCCAGTGTTAACTCAGCTTTAGCTTTTCTAGGACAAACACAACACGAAACATACAT 2580

 55442922 TGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAATTTCAAACCAATTTGTCTCA 55442981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGATACCGAAACTAGACAAGGACAATTTAAGAAGAACAAATTTCAAACCAATTTGTCTCA 2640

 55442982 TAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAAAAAACAAGGAATATATAAA 55443041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TAGACATAGAAGAAAATATCCTAAGACACATTCTTGGATAAAAAACAAGGAATATATAAA 2700

 55443042 ATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGAATCCAATTCATTCACTTAT 55443101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 ATGATTCTATACCATGACTGAGTCAGGTTTTAAATCTTTGAATCCAATTCATTCACTTAT 2760

 55443102 AATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAATTTCACAAGTGTATCTGAA 55443161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AATTGCCAGAAATGGACTGAAGTGTATCAGCAAAATCACAATTTCACAAGTGTATCTGAA 2820

 55443162 ATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAGAGGAATGCTGTCTATGTCA 55443221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 ATTTGGAAGAGTATATATATTTTGAAATTATTCTGGGCTAGAGGAATGCTGTCTATGTCA 2880

 55443222 TATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAAATAATCTGCATCTGAAATT 55443281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TATAGAGTAAGCAATTCTGAGGCTGATGGTGTATTTCAAAAATAATCTGCATCTGAAATT 2940

 55443282 TGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGAATGAAGTAGACTGAAAGTG 55443341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TGCACATGGAAACTCGAAAACCTTTCTAGCATTCTGTAAGAATGAAGTAGACTGAAAGTG 3000

 55443342 GTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGCTTTACTTCCGGAGAAGATA 55443401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GTTTTCAGATATTAAAAAAAATAGTATTTTTATTATTGAGCTTTACTTCCGGAGAAGATA 3060

 55443402 GTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTATGTAATGAAAAAGTACACA 55443461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GTCAACTAAATCTTACATGATGGGCACTCTAATATAAACTATGTAATGAAAAAGTACACA 3120

 55443462 GGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAATCTGTCCTCTGTGAGCTGC 55443521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GGGAATTTTGCTTAAAACGTGGAAAATAAAAGATGGTCAAATCTGTCCTCTGTGAGCTGC 3180

 55443522 AAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGGCCAGGCGCAGTGGCTCATG 55443581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 AAAAGCCACTTCTCCATTATCCTTTTAAAGCATCACTGGGGCCAGGCGCAGTGGCTCATG 3240

 55443582 CCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAG 55443641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 CCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAG 3300

 55443642 TGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTCGGTGACACAGCGAGACTC 55443701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTCGGTGACACAGCGAGACTC 3360

 55443702 TGTCTC 55443707
          ||||||
     3361 TGTCTC 3366

EXCISED REGION

 55443708 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAG 55443767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3376 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTAATACACACAAAAGAGAAGGAAAGGGAG 3435

 55443768 AGAAAATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATA 55443827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3436 AGAAAATTATAAAGAAGTCAATTTATAGCAAATTTATATTGAAGGAGTATATACATCATA 3495

 55443828 ATTGGGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAAT 55443887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3496 ATTGGGACAAGTCACCAATAAAGAAATGAATATCGTGTTAGGTTTTACCACTTCTCTAAT 3555

 55443888 ACCAAGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGA 55443947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3556 ACCAAGTGTTAGAAAACATTGTAGTAATGTCTACAGTTTTCTAGAGAAAAAGGGTTGAGA 3615

 55443948 ATGATAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATC 55444007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3616 ATGATAAACTTTATTTCTAGTCTTACTGTCTTTAATAAGTGTAGGAAATAAAATGACATC 3675

 55444008 TTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCT 55444067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3676 TTCACATTTGTTTGGCTTCATAATATACACTACCTACATGTCGTTTTGAATAAAAATTCT 3735

 55444068 AAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTT 55444127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3736 AAAAAGTATTTTTACTGATAAACATTCACCATCTTTGTTCATATCATGCTTGATGAGTTT 3795

 55444128 AAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCT 55444187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3796 AAGTCATTCCTCATTTTTGTGTCATAGCCTACTTATGTTTACACTGATCCCTCAAATTCT 3855

 55444188 ACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACT 55444247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3856 ACTATAAATGTTGAAACTTTTCTAATGCAACCAGCCTCTAAGAAACCTTTAATTCCCACT 3915

 55444248 TTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCC 55444307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3916 TTGATGGTGTTAGCAAGTAAAAGGAATTACTTATTTTATAGTTATATTTCAAATTTGGCC 3975

 55444308 AATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAAT 55444367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3976 AATATACTATTGGCACAGGAATTTCATTAAAATTTTGCATTTCATCACTCAGACAGTAAT 4035

 55444368 TCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTAT 55444427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4036 TCCTTAAGCAATATATTTTCTACCAAGAACTTAATGCACAAGGAAATATTTTTTTACTAT 4095

 55444428 TATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAA 55444487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4096 TATTTAAAAATTGAGGAATAAAAAATTCATTATATGAAAGTATAAAATACATGCAATAAA 4155

 55444488 CAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGT 55444547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4156 CAAATTTGCAAAAATTCAAAGATCAAATATTATATTAAAACATTCTAAAATATTGGATGT 4215

 55444548 AATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACT 55444607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4216 AATTATTATTAGAAAGAGAAAAAGATAAATTTTTTATTTGTATTTTTCAAGAGTAGTACT 4275

 55444608 ACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTT 55444667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4276 ACTCTGATAACTAGAAAAGTAGCTTAAAAATGCATGTACAGCATGAACCAATTTTGTTTT 4335

 55444668 ATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTT 55444727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4336 ATCAATGTGCACACATATACCTTAATAATGTTTGCCTCAAACTAGAGGGAGAATATATTT 4395

 55444728 TATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTA 55444787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4396 TATACGCATTTTTTAATTCCCTTTTTTTTAAAAAAAAGCCAACATAGAAGGATAAATGTA 4455

 55444788 GATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCT 55444847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4456 GATTTTTTTTCACTGGAGAAAGGAGAATTCATTTGAGCAAATGAATGAGAAAGTAAGTCT 4515

 55444848 GCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAG 55444907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4516 GCAAAGTTACCAATGCAAGGACCCCAAATCAGAGCTTGAAGAGTATCTGTAGGGCCAGAG 4575

 55444908 AAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAAT 55444967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4576 AAGGGGACGATCAGAGGGGATCTCATGGAAAGACCTCTGTGTGTTTAGAAGAGAAATAAT 4635

 55444968 TGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAA 55445027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4636 TGTGGGAATGCTACATAGACTGGAGGAGACATCCAGAATAAAAGTGTAGTAATGTTTGAA 4695

 55445028 AAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGAC 55445087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4696 AAAAGATGACCTTAGGAGTGTTGGAAATAGACTAGACAAAAATAGAATACCTAGAATGAC 4755

 55445088 TTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAAT 55445147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4756 TTTCAAATTAATTCTTTGGAGTCAAATCAAGCCCCATAACCTGCCCTAGGCAGCTTTAAT 4815

 55445148 GCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATA 55445207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4816 GCCTTGGATATGGCTTTAGAATTGTCTGACATGTTTTTCACTTCTACAAATTATTAAATA 4875

 55445208 TCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATC 55445267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4876 TCTCACATAAAGACTTCAGAAGAAAAAAGAAGAGACAGAGAGAATTACAGTGGAAGTATC 4935

 55445268 CCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGA 55445327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4936 CCTGTAACTGTCACATGAATCAAGAAGCAGACTACTCTCATGATCTCCAAAGCCACTCGA 4995

 55445328 CATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGG 55445387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4996 CATCCTTTCTGGCCTCACTCCTTCCCTTCTCCTTACACTCTTAGAGCCCATCTCATCAGG 5055

 55445388 TCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGC 55445447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5056 TCACTGGGAAGATTAAACCAGAGTGCTTAGGATATGGTGCCTAATAAATACTCAACATGC 5115

 55445448 ATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATA 55445507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5116 ATTTGCCATGGTTTATTCTGCTCACATAGCACTTGGAAGTCAGCTCTAACATTATATATA 5175

 55445508 GAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAA 55445567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5176 GAGTTAAAAGAGGAAAGAAAAGAAAGAAAGAAATATGAAAATGATGTAAGGGCTTGGGAA 5235

 55445568 AAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTT 55445627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5236 AAAATTAAAACATGTTCTTTTAAAAAATTAAAATATGTTCTATATTTTTCCAAATTCTTT 5295

 55445628 TAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTC 55445687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5296 TAATGGAAGTTTTACATATCCACACAAAAGAATACTAAAGTTTGTTTGTTTATATTTTTC 5355

 55445688 TGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACA 55445747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5356 TGAAATTCTACCTAGCACTTGTAAACAAACTAAAACCTATTATAGTTCTCTCAGAGAACA 5415

 55445748 CAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATG 55445807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5416 CAATATATACATTTTTTGAGGGAAGATGAAGACCATTATCTACCATAAAAGCCTGAGATG 5475

 55445808 TCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAA 55445867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5476 TCCATCTCCCTTCAGTCAATTTATGGATATTATGGAAATAATAAGTCCTTCCGTTAAAAA 5535

 55445868 AGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTG 55445927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5536 AGTTCTTTTTTTTTTCATCAGAAAACTCCCTATATAAAGTGCAAGAGAGTTCAGTCATTG 5595

 55445928 GAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTG 55445987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5596 GAGCCCCCGAGACTATATGATTGAGATTCCTAAATCACATGCAAAGATAATTGCAGCTTG 5655

 55445988 CATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAA 55446047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5656 CATACTATTTATAATCCAGATTCTATCCTAGCTGCAGCAAGCCTGCCAACTTGAATCTAA 5715

 55446048 AGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAA 55446107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5716 AGGAAATGGACTTGGTGAGCTTACCATTTCAGAAAGTAAATTCAAACAACTTGCAAGGAA 5775

 55446108 TAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGT 55446167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5776 TAACCAATGCTCTAGAATGAAAGGAACACAGTTTTAAAATTTATACTTTAAGTATTTAGT 5835

 55446168 TAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGT 55446227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5836 TAATCATATGAGTCTGGACATCTCTAGAAATAATTTTAGTGATGCATATATAGATTGTGT 5895

 55446228 TTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATA 55446287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5896 TTTGCCTTATTTGGATATTCAAATTATTCCACTTACCTTCAAACTGTTGCTCTGAGCATA 5955

 55446288 CGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGA 55446347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5956 CGAATTCCCATTGTAACAGCTGTCAGTTATCTCTAAAATGATACACTGTTGTTTCCATGA 6015

 55446348 ATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCT 55446407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6016 ATTGCTAATAGACTGAGCTAAGTAAAATATGGCATTCAAGAAGCTGAAATGAAATAATCT 6075

 55446408 AAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAG 55446467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6076 AAATAACAGGAGAATGAACAGAATTTCAATGAGGACAGAGAGAAAACACTGGAAAGGAAG 6135

 55446468 GAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTT 55446527
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6136 GAACAGGAATGGATTCACAACAATTGAAGCAGAACAATTGAATCAGAGCTACTGATGGTT 6195

 55446528 AGTGTACAATCAAAACAATTACAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCC 55446587
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6196 AGTGTACAATCAAAACAATTACAACATATGTGGTAAATTATTTTTCCCTTCCTATTATCC 6255

 55446588 TGCCTAACTGTGTGGTCTTTGTTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACT 55446647
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6256 TGCCTAACTGTGTGGTCTTTGTTGCATATATTTTTGTCTCCTTTTTATAGAACACAGACT 6315

 55446648 GACTGTCAGTTAAATTTAAATATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTT 55446707
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6316 GACTGTCAGTTAAATTTAAATATAGCCATCCTCTCAGAATTTGATAGATCATTTTTTTTT 6375

 55446708 TAGCTTAGGGCAGCAATACATTCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTA 55446767
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6376 TAGCTTAGGGCAGCAATACATTCAAATAGTTGCCCAATGAGGATGTAACATGATGTCCTA 6435

 55446768 AAGGGATAGATAGATAGTGATAGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAA 55446827
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6436 AAGGGATAGATAGATAGTGATAGAGAATGATGCTTAACTGGGTAGCAAATTTCAAACAAA 6495

 55446828 AAAAATACAGTAGTAGAATTTCTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCG 55446887
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6496 AAAAATACAGTAGTAGAATTTCTGGTAGAATGTCAACAAAGTATTGATCAAGAAAAAGCG 6555

 55446888 TGATTCATAGGTTACAAAGAGAACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGA 55446947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6556 TGATTCATAGGTTACAAAGAGAACATATGGACATAAAGATGGGAACAGTAAACACTGGGA 6615

 55446948 AGTACTAGAGGGGGCAAGGATTGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGG 55447007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6616 AGTACTAGAGGGGGCAAGGATTGAAAAACTACCTATTGAGTACTATGCTCACGACCTGGG 6675

 55447008 TGACAGGATCATTCATACCTGAAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCT 55447067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6676 TGACAGGATCATTCATACCTGAAAGCTCTGCATCACAAAGCGAACACACATAACAAACCT 6735

 55447068 GCGCATGTACCATTGAATCTAAAATAAAAGTTTTTTTAATAAAAAGAAATGAGAAGACCA 55447127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     6736 GCGCATGTACCATTGAATCTAAAATAAAAGTTTTTTTAATAAAAGGAAATGAGAAGACCA 6795

 55447128 TAACTGAAAGGACATGTAAGATCACTGCAATAACCACTACCATAATCATTATTCCTCATT 55447187
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6796 TAACTGAAAGGACATGTAAGATCACTGCAATAACCACTACCATAATCATTATTCCTCATT 6855

 55447188 CTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCCACCCAAGAATTAACCAGTCAGATACCCTAGGAAGG 55447247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6856 CTTCTAAAGAAAAAAAAAAAAGTCCACCCAAGAATTAACCAGTCAGATACCCTAGGAAGG 6915

 55447248 TCACTAAACAATCAAATGGAAATAACTCAAAATTGGGTCTGTGTGTACGTTATCCTATTT 55447307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6916 TCACTAAACAATCAAATGGAAATAACTCAAAATTGGGTCTGTGTGTACGTTATCCTATTT 6975

 55447308 ACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCTGTAATTAATGTATGGTAATGATTTTAATTATTGAA 55447367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6976 ACTTTGTTCCCTGCCCTTGTTGCCTGTAATTAATGTATGGTAATGATTTTAATTATTGAA 7035

 55447368 TAATTTATTTTTATAATATTTTAAGTCATTGAAGTTATTTATTTTAATAATTCGACAAGT 55447427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7036 TAATTTATTTTTATAATATTTTAAGTCATTGAAGTTATTTATTTTAATAATTCGACAAGT 7095

 55447428 ATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAATGGTAGCCTGTATTTCATAAGAGACAAACAAAAAT 55447487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7096 ATTTGCTGATTGTTGTGTAAATGAATGGTAGCCTGTATTTCATAAGAGACAAACAAAAAT 7155

 55447488 AAAAGTCTTGGAAATAATTATTTATGGAGTGGCAAAGATGGACTTATTGACACTTTCATG 55447547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7156 AAAAGTCTTGGAAATAATTATTTATGGAGTGGCAAAGATGGACTTATTGACACTTTCATG 7215

 55447548 CACTTTATCTAGTTAATTACCTCAATAAAACTGGAAATAAATTACTCATCAGCAGTATAC 55447607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7216 CACTTTATCTAGTTAATTACCTCAATAAAACTGGAAATAAATTACTCATCAGCAGTATAC 7275

 55447608 TCATTAGTAATACAACAATCTGAGAAA 55447634
          |||||||||||||||||||||||||||
     7276 TCATTAGTAATACAACAATCTGAGAAA 7302

Alignment time is 26.5148 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5837] =>      5837 nucs 'mol-32-3332-168395_5837'

Score:        5815
Aligned:      5837        nucs
Identic:      5835 (100%) nucs =>       280 (100%)      5555 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55358572,55358851] EXCISED REGION [55358854,55364410]
 second seq =>  [       1,     280] EXCISED REGION [     281,    5837]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [55358852,55358853]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        32 nucs [55358852,55358883] to [55358854,55358885]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55358852,55358852] to [55358853,55358853]
 second seq =>         0 nucs

 55358572 CTATATTTTATATCATGGTTCACTCTTGCTATTGTACATTCTATGGGTGTGGACAGATGT 55358631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTATATTTTATATCATGGTTCACTCTTGCTATTGTACATTCTATGGGTGTGGACAGATGT 60

 55358632 CTAATATATGTATCCACTATTATAATAGCACTGATTTTTTTCACTGCCCTGAAAAATGTC 55358691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTAATATATGTATCCACTATTATAATAGCACTGATTTTTTTCACTGCCCTGAAAAATGTC 120

 55358692 TATGCTATGCCTCTTCATCACTCCTTCCCTCCAACCCTAGAAACCACTGACCTTTTTACT 55358751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGCTATGCCTCTTCATCACTCCTTCCCTCCAACCCTAGAAACCACTGACCTTTTTACT 180

 55358752 GTCTCCACAGTTTTTTTCCAAAATATTGTATATTTGGAATCATACCTTCAGATTGACTTC 55358811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTCTCCACAGTTTTTTTCCAAAATATTGTATATTTGGAATCATACCTTCAGATTGACTTC 240

 55358812 TTTCACTTAGTCATTTAAGCACTGCATTTAAATTTTCTCC 55358851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTCACTTAGTCATTTAAGCACTGCATTTAAATTTTCTCC 280

EXCISED REGION

 55358854 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGCCTCACACCGTCACCTGGC 55358913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      281 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGCCTCACACCGTCACCTGGC 340

 55358914 CTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACAGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCATGTGAT 55358973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      341 CTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACAGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCATGTGAT 400

 55358974 TCTCCTGACTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCACTCCCAGATA 55359033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      401 TCTCCTGACTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACCACTCCCAGATA 460

 55359034 ATTTTTTCTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTC 55359093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      461 ATTTTTTCTATTTTTAGTGGAGACAGGGTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTC 520

 55359094 CTGACCTTTTGATTCACCTGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTGGGTTACAGGCCTGAAGCGC 55359153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      521 CTGACCTTTTGATTCACCTGCCTTGGCCTTCCAAAGTGCTGGGTTACAGGCCTGAAGCGC 580

 55359154 CGTGCCTGGCCCTTCCATGTCTTTTTATGGCTTAATAGCTCATTTCTTCTTAGCACTGAA 55359213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      581 CGTGCCTGGCCCTTCCATGTCTTTTTATGGCTTAATAGCTCATTTCTTCTTAGCACTGAA 640

 55359214 TACTATTTTATTGTGTGGATGTACTATAGTTTATTTATACATTCAACTACCAAAGACATT 55359273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      641 TACTATTTTATTGTGTGGATGTACTATAGTTTATTTATACATTCAACTACCAAAGACATT 700

 55359274 TTGGTTGCTTCCATATTTCACATTTCTGGATAAACTTACTGTAAACATATGAGTGCAGGT 55359333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      701 TTGGTTGCTTCCATATTTCACATTTCTGGATAAACTTACTGTAAACATATGAGTGCAGGT 760

 55359334 TTTTTTGTGACATAAGCTTTCAACTCATTTTGGTAAATACAAAGGAGAGTGATTGCTGCA 55359393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      761 TTTTTTGTGACATAAGCTTTCAACTCATTTTGGTAAATACAAAGGAGAGTGATTGCTGCA 820

 55359394 TTGCATGTAAGAGTATGTTTAGTTTTGTAAAAAACTTCCAAACTGTCTCACAAAGTAACT 55359453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      821 TTGCATGTAAGAGTATGTTTAGTTTTGTAAAAAACTTCCAAACTGTCTCACAAAGTAACT 880

 55359454 GTACTATTTTGCCTTGGTAGAGAATTCTCAAAACAAGAGTTCCTAATAATAAGAGTTCAT 55359513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      881 GTACTATTTTGCCTTGGTAGAGAATTCTCAAAACAAGAGTTCCTAATAATAAGAGTTCAT 940

 55359514 AATAAGAGTTCCTGTTGTTCCTCCCCTGTGCCAGCATTTTGTCTTGTCAGTATTTTGGTT 55359573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      941 AATAAGAGTTCCTGTTGTTCCTCCCCTGTGCCAGCATTTTGTCTTGTCAGTATTTTGGTT 1000

 55359574 TGGCATCCTAAATAAGTGTATAGTAATCTCCTATTGTTTTAATTTGCAATTATTTAATGA 55359633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1001 TGGCATCCTAAATAAGTGTATAGTAATCTCCTATTGTTTTAATTTGCAATTATTTAATGA 1060

 55359634 CATTATGATGTTCAAAATCTTTTCATTGTTATTCAATTCTTTTTTTCTCATTTTAAATTA 55359693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1061 CATTATGATGTTCAAAATCTTTTCATTGTTATTCAATTCTTTTTTTCTCATTTTAAATTA 1120

 55359694 GACTATTTGTTTTTGGAAATTGAGTTGAAGTTCCTTATATATTTTGAATATTAGTCTCTT 55359753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1121 GACTATTTGTTTTTGGAAATTGAGTTGAAGTTCCTTATATATTTTGAATATTAGTCTCTT 1180

 55359754 AGATACATATTATGTGAATATTTTCTGCTTTTGTGCTATGTATTAGTCTGTTCTCATGCT 55359813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1181 AGATACATATTATGTGAATATTTTCTGCTTTTGTGCTATGTATTAGTCTGTTCTCATGCT 1240

 55359814 GCTAATAAAGACATACCCAAGATTGAGTAATTTATTAAAAAATAAAGAGGTTTAATGGAC 55359873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1241 GCTAATAAAGACATACCCAAGATTGAGTAATTTATTAAAAAATAAAGAGGTTTAATGGAC 1300

 55359874 TCACAGTTCTATGTGGCTGGGAAAGACTCACAATCATAGTGGAAGGTGAAAAGCATGTCT 55359933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 TCACAGTTCTATGTGGCTGGGAAAGACTCACAATCATAGTGGAAGGTGAAAAGCATGTCT 1360

 55359934 TACATGGTGGCAGACAAGGAAGAATGAAAACCAAGTGAAAGTTGTTTCCCTTTATAAAAC 55359993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1361 TACATGGTGGCAGACAAGGAAGAATGAAAACCAAGTGAAAGTTGTTTCCCTTTATAAAAC 1420

 55359994 CACCAGATATTATGGGACTTATTCACTACCAAGAGAACACAATGAGGGAAACTGCCCCCG 55360053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 CACCAGATATTATGGGACTTATTCACTACCAAGAGAACACAATGAGGGAAACTGCCCCCG 1480

 55360054 TGATTCAATTATCTTTCACCAAGTCCCTCCCACAACACATAGGAATTACTGGAGCTACAA 55360113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 TGATTCAATTATCTTTCACCAAGTCCCTCCCACAACACATAGGAATTACTGGAGCTACAA 1540

 55360114 TTCAAGATGAGATTTGGGTGGCGACACAGCCAAATCATATCATGCTGGTTATCTCTTACT 55360173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 TTCAAGATGAGATTTGGGTGGCGACACAGCCAAATCATATCATGCTGGTTATCTCTTACT 1600

 55360174 GCGTTGATTGATTCCTTTATTGTGTAGAAGCTTTTAGTTTGGTGTCATCCCACTTGTCTT 55360233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 GCGTTGATTGATTCCTTTATTGTGTAGAAGCTTTTAGTTTGGTGTCATCCCACTTGTCTT 1660

 55360234 ATTTGTCTTTGGTTGCTTGTGCTTTTGTTGTTGTACCTATGAAATCATTTCCAAGACCAA 55360293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 ATTTGTCTTTGGTTGCTTGTGCTTTTGTTGTTGTACCTATGAAATCATTTCCAAGACCAA 1720

 55360294 TGTGATGAATCTTTTCCTGTTTTTTTTTCTACTATAAGTTTTACAGTTCTAGTTCTTTGT 55360353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 TGTGATGAATCTTTTCCTGTTTTTTTTTCTACTATAAGTTTTACAGTTCTAGTTCTTTGT 1780

 55360354 CTTTAAATCTCTAATTAAATTTGAATTGATTTTTAAACTATGCTGTACAATGAGTCTGTT 55360413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 CTTTAAATCTCTAATTAAATTTGAATTGATTTTTAAACTATGCTGTACAATGAGTCTGTT 1840

 55360414 TTTGTCATTTGGCTTATGGATATTCAGTTTTCCCAGTATCATTGTTTAAATGACTCTCTT 55360473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 TTTGTCATTTGGCTTATGGATATTCAGTTTTCCCAGTATCATTGTTTAAATGACTCTCTT 1900

 55360474 TTCCTTAGGGTGTATTTTTGTAATTCTTGTTGAAGATGAGTTGACCATATCTGCCTGGAT 55360533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 TTCCTTAGGGTGTATTTTTGTAATTCTTGTTGAAGATGAGTTGACCATATCTGCCTGGAT 1960

 55360534 TTATTTGCAGAATCTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGTCTGGATTTATGCTAGGGTC 55360593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 TTATTTGCAGAATCTCTATTCTGTTCCATTGAACTATATGTCTGGATTTATGCTAGGGTC 2020

 55360594 ATACTACTAAAATTAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAGTCAAGAAGTGTGGTATCTG 55360653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 ATACTACTAAAATTAGTATAGTTTTGTAAAATATTTTGAAGTCAAGAAGTGTGGTATCTG 2080

 55360654 CAGCTTTGTTCTTTCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGGGTTATTATGAGGTCTGCAT 55360713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 CAGCTTTGTTCTTTCTAAAAAGATTACTCTCATTATTCTGGGTTATTATGAGGTCTGCAT 2140

 55360714 GGATTTCAGAATATTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCACTGAAATTTTGATAGAGAT 55360773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 GGATTTCAGAATATTTTCCTTTGTTTCTGTATAAAAAGCCACTGAAATTTTGATAGAGAT 2200

 55360774 TGAATTGAATCTGTTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAACACTGCCAGGTCTTCCAGT 55360833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 TGAATTGAATCTGTTGATCCCTTTGTTGCATGAACTGTTAACACTGCCAGGTCTTCCAGT 2260

 55360834 CTATGAACAAAGTGTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTTTGATTTTGTTCATCAATAA 55360893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 CTATGAACAAAGTGTACCTTTTCATTTATTTGTGTCTTCTTTGATTTTGTTCATCAATAA 2320

 55360894 TTTGTAGTTTTAAAGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAAGTTTATATCTGCAAATTTT 55360953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 TTTGTAGTTTTAAAGCACAAGTCTTTCATCTCCTTGGTTAAGTTTATATCTGCAAATTTT 2380

 55360954 ATTCTTGGCTGAGCATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGCACTATGGGAGATGGAAGCA 55361013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 ATTCTTGGCTGAGCATGGTGGTGCATTCCTGTAATCCTAGCACTATGGGAGATGGAAGCA 2440

 55361014 GGATGATCCTTTAACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGCAATATAGTGAGATCTTGTC 55361073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 GGATGATCCTTTAACCTCGGGAGTTTGAGGCAAGCCTGGGCAATATAGTGAGATCTTGTC 2500

 55361074 TCCACACACAAAAAATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAGCTGGGTAGGTGGTGCATGC 55361133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 TCCACACACAAAAAATAATAATTAAGAATTTAAAAAAATAGCTGGGTAGGTGGTGCATGC 2560

 55361134 ATGTAGTCTCAGCTATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGGGTTGAATCCAGGAGATTGA 55361193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 ATGTAGTCTCAGCTATTTGGGATGCTGAGGCTGGAGGATGGGTTGAATCCAGGAGATTGA 2620

 55361194 GGCTGCAGCGAGCCATGATTGCACCACTGCACTCTAACCCTAGGCAACAGAGTGAGACCC 55361253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2621 GGCTGCAGCGAGCCATGATTGCACCACTGCACTCTAGCCCTAGGCAACAGAGTGAGACCC 2680

 55361254 TGTCTTACAAAAATAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAATAATTTTATTATTTTTGATG 55361313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 TGTCTTACAAAAATAATAATAAAAATAAAATAAAATAAAATAATTTTATTATTTTTGATG 2740

 55361314 CTATACTAAATGGGATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTGATTTTGTCATTAGTGTACA 55361373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 CTATACTAAATGGGATTGTTTTCTTAATATCTTTTCCAGTGATTTTGTCATTAGTGTACA 2800

 55361374 GAAATTCAACTAAATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAACTTTACGGTATTTTTTGAG 55361433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 GAAATTCAACTAAATTTTGTATATTGACTTGTGTTCAGCAACTTTACGGTATTTTTTGAG 2860

 55361434 GTCTAGCATGTTTGTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCATCTTTAAACAGGCATAATT 55361493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2861 GTCTAGCATGTTTGTATTTGTTTTTGTATTTTGTTATGTCATCTTTAAACAGGCATAATT 2920

 55361494 GTGCTTCTCTTTTCCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTATCTTGCCTAATTGATCTGGC 55361553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2921 GTGCTTCTCTTTTCCCATTTGGATGTCTTTTATTTCTTTATCTTGCCTAATTGATCTGGC 2980

 55361554 TAATACTTTCAGTACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTGAGAATGGACATCCTTGTCT 55361613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2981 TAATACTTTCAGTACTAATTTAAATATAAAAATAAATTTTGAGAATGGACATCCTTGTCT 3040

 55361614 TGTTTCAGTGGACCTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTATTATTTTATGTCAGACTCTC 55361673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3041 TGTTTCAGTGGACCTGTTCATTTTTAAACATGAGGTGCTATTATTTTATGTCAGACTCTC 3100

 55361674 TCCCTTCAGAACACTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTATTTTTATTTTTTTCAATAT 55361733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3101 TCCCTTCAGAACACTAAATAATGGATTTTTAAAATTATTTATTTTTATTTTTTTCAATAT 3160

 55361734 TCAATATTATCCAAATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAGACAGGACTGGAGTCCAG 55361793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3161 TCAATATTATCCAAATTATTTATTTTTATTTTTATTTTTTGAGACAGGACTGGAGTCCAG 3220

 55361794 GTTGAAGTCTAGTGATGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGAT 55361853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3221 GTTGAAGTCTAGTGATGCTATCATAGCTCACTGCAGCCTCGAACTCCTGGACTCAGTGAT 3280

 55361854 ACTTCTGCCTTATCCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTA 55361913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3281 ACTTCTGCCTTATCCTGCAGAGTAGCTGGGACTATAGGTATGAGTCACCACACCTGGCTA 3340

 55361914 ACAATTTCTTTATGTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTG 55361973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3341 ACAATTTCTTTATGTATTTAGATGCTCTGCTGTTCAATTGGGTGCAGTCATAGTTAATTG 3400

 55361974 TTATGTCTCTTGGTGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTC 55362033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3401 TTATGTCTCTTGGTGAATTTATCCTTTTATCATTATATTAATAGAATTATCTTCTTTGTC 3460

 55362034 TCTTTTCACAGTTTTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTT 55362093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3461 TCTTTTCACAGTTTTTGGCTAAAGGCTTATTTTGAGATATAAATATAGCCACCTCTGCTT 3520

 55362094 TCTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTG 55362153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3521 TCTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATATTTTCTTCCATCCCTTCACTTTTAATTTATGTG 3580

 55362154 TGTTCTTACTAGTAAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAA 55362213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3581 TGTTCTTACTAGTAAAATGAGTCTCTTATAGGCAGCATATTGTTGTATATTGTTTTTTAA 3640

 55362214 TCCAATCAGTTGCTGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAA 55362273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3641 TCCAATCAGTTGCTGTAAATGTTTTTATTGGAGAATATAACTCATTTATATTTAAGGTAA 3700

 55362274 CTATCAATAGGTAAGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTT 55362333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3701 CTATCAATAGGTAAGAACTTACTACTGCCATTTACAATTTGTGTTCTGATTTTTTTACTT 3760

 55362334 TTTTCATTTTTTTCAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGG 55362393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3761 TTTTCATTTTTTTCAGATCTTTTGATTCTTCCTGTCTTGTCTTCTTTTGTAGTTTGAAGG 3820

 55362394 TTTTATGTGGTGGTGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTT 55362453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3821 TTTTATGTGGTGGTGTGCTTTGAGTCCTTTTCATGTTAGGTGCAAATACTACAGGTTTTT 3880

 55362454 GCTTCATGGTAAACATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGA 55362513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3881 GCTTCATGGTAAACATGGAGCTTACATAAAATATCTTAATCTTATAACAGTATACTTTGA 3940

 55362514 GCTGATAACAACTTTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTT 55362573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3941 GCTGATAACAACTTTCCTTTCATTGCATAGAAAAACTCTATACTTTCATCCCATTCACTT 4000

 55362574 TTTAGGATTTTGATGTCAACATTTATATTTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTT 55362633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4001 TTTAGGATTTTGATGTCAACATTTATATTTGTTTTTGTAATTTTTATGCCTTAACAATTT 4060

 55362634 ATTGTAGCTACAGTTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACT 55362693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4061 ATTGTAGCTACAGTTGTTTTCAATAGTTTTGTCTTTTAAAACTTACGTAGTGATACAACT 4120

 55362694 TTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTT 55362753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4121 TTTTTTACACACTAACCTTACAGTATTAGAGAACTCTGAGTATGAATTACTTATGCCGTT 4180

 55362754 GACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCT 55362813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4181 GACATATTTTTAGTTTCATATGTGTCATGTCATAAATTTTAGACTTTTGGTAATTCCTCT 4240

 55362814 GAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCT 55362873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4241 GAAGACCTCCTGGTGATGAACTCCCTTAACTTTTGTTTGTCTGGGAACGTTTTTATTTCT 4300

 55362874 CCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGT 55362933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4301 CCTTTTTTTCTGAAGAACAGATTTGCCAGGTAAAGTATTCTTAGTTGACTGTTTGTTTGT 4360

 55362934 TTGTTTGTTTTCAGCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGT 55362993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4361 TTGTTTGTTTTCAGCACGTTGGATATGTAACCCCAATTTCTTCTTGCCTAAAGAGTTTGT 4420

 55362994 GCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATAC 55363053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4421 GCTGAAAAATCTTCTGAAAGCTGTATTTGGGCTTCTTTCAGTGTGCATTTCTTTTTATAC 4480

 55363054 TTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCC 55363113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4481 TTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTATTTACATATGTATACATGTGCC 4540

 55363114 ATGGTGGTGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTA 55363173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4541 ATGGTGGTGTGCTGCACCCAGTAACTTGTCATTTAACATTAGATATATTTCCTAATGCTA 4600

 55363174 TCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTG 55363233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4601 TCCCTCTCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGGCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTG 4660

 55363234 TCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTT 55363293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4661 TCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGCGACAACAGGCGGTGTTTGGTTTT 4720

 55363294 TTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAA 55363353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4721 TTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATTGTTTCCAGCTTCATCTATTTCTCTACAAA 4780

 55363354 GGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACAT 55363413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4781 GGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCTATGGTGTATATGTGCCACAT 4840

 55363414 TTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGTTATTGT 55363473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4841 TTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACACTTGGCTTGGTTCCAAGTCTTTGTTATTGT 4900

 55363474 GAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATC 55363533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4901 GAATAGTGCTGCAATAAACATAGGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATAATC 4960

 55363534 CTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATC 55363593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4961 CTTTGGATATATATCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATC 5020

 55363594 CCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACA 55363653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5021 CCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCCCACCAACA 5080

 55363654 GTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTT 55363713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5081 GTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCCTGACTTTTT 5140

 55363714 AATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTC 55363773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5141 AATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTC 5200

 55363774 TCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTC 55363833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5201 TCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATAAATATCTTC 5260

 55363834 TTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTT 55363893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5261 TTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGTTTTTTTCTT 5320

 55363894 GTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGT 55363953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5321 GTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGT 5380

 55363954 TGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGC 55364013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5381 TGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGTATCTTTTGC 5440

 55364014 TGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCAT 55364073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5441 TGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCAT 5500

 55364074 TGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCC 55364133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5501 TGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAATGATATTGCC 5560

 55364134 TAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTT 55364193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5561 TAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTAATCCATCTT 5620

 55364194 GAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCT 55364253
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     5621 GAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCT 5680

 55364254 AGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTG 55364313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5681 AGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTCTTGCTTTTG 5740

 55364314 TCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTT 55364373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5741 TCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAGGGCTCTGTT 5800

 55364374 CTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGT 55364410
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5801 CTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGT 5837

Alignment time is 22.3276 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [55354417,55454015] =>     99599 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    4538] =>      4538 nucs 'mol-32-3403-001988_4538'

Score:        4450
Aligned:      4538        nucs
Identic:      4530 (100%) nucs =>      1497 (100%)      3033 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [55363585,55365081] EXCISED REGION [55365083,55368123]
 second seq =>  [       1,    1497] EXCISED REGION [    1499,    4538]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [55365082,55365082]
 second seq =>         1 nucs [1498,1498]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [55367374,55367374]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [55365081,55365081] to [55365082,55365082]
 second seq =>         1 nucs [1498,1498] to [1499,1499]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         2 nucs [55365080,55365081] to [55365083,55365084]
 second seq =>         2 nucs [1496,1497] to [1499,1500]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 55363585 TTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTC 55363644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTAGATCCCTGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTC 60

 55363645 CCACCAACAGTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCC 55363704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCACCAACAGTGTAAAAGATTTCCTAATTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTCCC 120

 55363705 TGACTTTTTAATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGAT 55363764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGACTTTTTAATGATTACCATTCTAAATGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGAT 180

 55363765 TTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATA 55363824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAGCACTTTTTCATGTGTCTTTTGGCTGCATA 240

 55363825 AATATCTTCTTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGT 55363884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AATATCTTCTTTTGAGAAGTATCTGTTCATATCTTTGCCCACTTGTTGATGGGGTTTTGT 300

 55363885 TTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGA 55363944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGGATATTAGCCCTTTGTCAGA 360

 55363945 TGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGT 55364004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGAGTAGGTTGCGAAAATTTTCTCCCATTCTGTTGGTTGCCTGTGTACTCTGATGGTAGT 420

 55364005 ATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTT 55364064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTGAGTTTAATTAAATTCCATTTGTCAATTTTGGCTTT 480

 55364065 TGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAAT 55364124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTTGCCATTGCTTTTGTTGTTTTAGACATGAAGAGCTTGTCCATGCCTATGTACTGAAT 540

 55364125 GATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTA 55364184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GATATTGCCTAGGTTTCCTCTAGGGTTTTTATGTTTTTAGGTCTAACATTTAAGTCTTTA 600

 55364185 ATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTA 55364244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATACGGTGTAAGGAAGAGATCTAGTTTCAGCTTTCTA 660

 55364245 CATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTC 55364304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCATTTC 720

 55364305 TTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAG 55364364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGCTTTTGTCAGGTTTGTCCAAGATCAGATGGTTGTAGATATGCAGCATTATTTCTGAG 780

 55364365 GGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGCTGTTTTG 55364424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GGCTCTGTTCTGTTTCATTGATATATATCTCTGTTTCGGTACCAGTACCATGCTGTTTTG 840

 55364425 GTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTC 55364484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTTACAGTAGCCTTGTATTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGGGGCCTCCAGCTTTGTTC 900

 55364485 TTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTTTTGGTTACATATGAACTTTAAA 55364544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTTGGCTTCAGATTGACTTGGCAATGTGGGCTAGTTTTTGGTTACATATGAACTTTAAA 960

 55364545 GTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGACGGGGATGGCATTTAAT 55364604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTAGTTTTTTCCAGTTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTAGCTTGACGGGGATGGCATTTAAT 1020

 55364605 CTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTACCTATGAG 55364664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTACCTATGAG 1080

 55364665 CATAGAATGCTCTTCCCTTTGCTTGTATCTTCTTTTATTTCATTAAGCAGTGGTTTGTAG 55364724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CATAGAATGCTCTTCCCTTTGCTTGTATCTTCTTTTATTTCATTAAGCAGTGGTTTGTAG 1140

 55364725 GTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATCCCTAGGTATTTTATTCTC 55364784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTCTCCTTGAAGAGGTCCTTCACATCCCTTGTAAGTTGGATCCCTAGGTATTTTATTCTC 1200

 55364785 TTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTATTG 55364844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTTGAAGCAATTGTGAATGGGAGTTCACTCATGATTTGGCTCTCTGTTTGTCTGTTATTG 1260

 55364845 GTGTATAAGAATGTTTGTGATTTTTACACATTGATTTTGTATCCTGACACTTTGCTCAAG 55364904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTGTATAAGAATGTTTGTGATTTTTACACATTGATTTTGTATCCTGACACTTTGCTCAAG 1320

 55364905 TTGCCTATCAGCTGAAGGAGATTTTGGGCTGAGATGATGGTGTTTTCTGGATATACAATC 55364964
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGCCTATCAGCTGAAGGAGATTTTGGGCTGAGATGATGGTGTTTTCTGGATATACAATC 1380

 55364965 ATGTCATCTGCAAACAAGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATT 55365024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATGTCATCTGCAAACAAGGACAATTTGACTTCCTCTTTTCCTAATTGAATACCCTTTATT 1440

 55365025 TCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAACACTATGTTCAATAGGAGT 55365081
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCCTTCTCCTGCCTGATTGCCCTGGCCAGAACTTCCAACACTATGTTCAATAGGAGT 1497

EXCISED REGION

 55365083 GTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGCC 55365142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1499 GTGAGAGAGGGCATCCCTGTCTTGTGCCAGTTTTCAAAGGGAATGCTTCCAGTTTTTGCC 1558

 55365143 CATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTATTATTTTGAGATATG 55365202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1559 CATTCAGTATGATATTGGCTGTGGGTTTGTCATAGATAGCTCTTATTATTTTGAGATACG 1618

 55365203 TCCCATCAATACCTAATTTATTGACAGTTTTTAGCATGAAGCATTGTTGAATTTTGTCAA 55365262
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1619 TCCCATCAATACCTAATTTATTGAGAGTTTTTAGCATGAAGCGTTGTTGAATTTTGTCAA 1678

 55365263 AGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATGTGGTTTTTGTCTTTGGTTCTGTTTATAT 55365322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1679 AGGCCTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCATGTGGTTTTTGTCTTTGGTTCTGTTTATAT 1738

 55365323 GCTGGATTAGGTTTATTGATTTGTGTCTGTTGAACGGGCCTTGCATCCTAGGGATGAAGC 55365382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1739 GCTGGATTAGGTTTATTGATTTGTGTCTGTTGAACGGGCCTTGCATCCTAGGGATGAAGC 1798

 55365383 CCACTTGATCATGGTGGATAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTTTGTTTGCCAGTAGTT 55365442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1799 CCACTTGATCATGGTGGATAAGCTTTTTGATGTGCTGCTGGATTTTGTTTGCCAGTAGTT 1858

 55365443 TATTGAGTATTTCTGCATCGATGTTCATCAGGGATATTGGTCTAAAATTCTCTTTTTTTG 55365502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1859 TATTGAGTATTTCTGCATCGATGTTCATCAGGGATATTGGTCTAAAATTCTCTTTTTTTG 1918

 55365503 TTGTATCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGCAGTATGCTGGCCTCACAAAATGAGTTAGGGA 55365562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1919 TTGTATCTCTGCCAGGCTTTGGTATCAGCAGTATGCTGGCCTCACAAAATGAGTTAGGGA 1978

 55365563 GGATTCCCTCTTTTTCTATTGATTGGAATAGCTTCAGAAGGAATGGTACCAGCTCCTCCT 55365622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1979 GGATTCCCTCTTTTTCTATTGATTGGAATAGCTTCAGAAGGAATGGTACCAGCTCCTCCT 2038

 55365623 TGTACCACTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCCATCTTGTCCTGGACTTTTTTTGGTTGGTA 55365682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2039 TGTACCACTGGTAGAATTCGGCTGTGAATCCATCTTGTCCTGGACTTTTTTTGGTTGGTA 2098

 55365683 GGCTATTAATTATTGCTGCAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATCCTAGCCAGTTGCGG 55365742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2099 GGCTATTAATTATTGCTGCAATTTCAGAGCCTGTTATTGGTCTATCCTAGGCAGTTGCGG 2158

 55365743 GATAGAATCTGGTGTGAAGTTTGCTAAGCCTGTTGGAAAAGCGGAGTACTAGGGTGAGAG 55365802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2159 GATAGAATCTGGTGTGAAGTTTGCTAAGCCTGTTGGAAAAGCGGAGTACTAGGGTGAGAG 2218

 55365803 TAACCCAATTTTCCAGGTGCCATCTGTCACCTCTTTCTTTGCCTAGGAAAGGGAATTTCC 55365862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2219 TAACCCAATTTTCCAGGTGCCATCTGTCACCTCTTTCTTTGCCTAGGAAAGGGAATTTCC 2278

 55365863 AGACCCCTTGTGCTTCCCAGGTGAGGCGATGCTTCACCCTGCTTCGGCTCATGCTCAGTG 55365922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 AGACCCCTTGTGCTTCCCAGGTGAGGCGATGCTTCACCCTGCTTCGGCTCATGCTCAGTG 2338

 55365923 TGCTGCACCCACTGTCCTGCACCCACTTTCCAACATTCCCCAGTGAGATGAACCCAGTAC 55365982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 TGCTGCACCCACTGTCCTGCACCCACTTTCCAACATTCCCCAGTGAGATGAACCCAGTAC 2398

 55365983 CTCAGTTGGAAATGCAGAAATCACACATCTTCTGCATCGCTCATGCTTGGAGCTGTAGAC 55366042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 CTCAGTTGGAAATGCAGAAATCACACATCTTCTGCATCGCTCATGCTTGGAGCTGTAGAC 2458

 55366043 TGGAGCTGTTCCTATTCGGCCATCTTGGCTCCACCCCCCGTGAATGTTTTTTTAATTCTT 55366102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 TGGAGCTGTTCCTATTCGGCCATCTTGGCTCCACCCCCCGTGAATGTTTTTTTAATTCTT 2518

 55366103 GCTGTCTTCAGTATTCTTTGTCTTTGATAATTTGATGATGATTGTCTTGGTGAATTCCTC 55366162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 GCTGTCTTCAGTATTCTTTGTCTTTGATAATTTGATGATGATTGTCTTGGTGAATTCCTC 2578

 55366163 TTTCAGTTGAATTTGATTGGTGACAACTAACCTTCCTGCACGTGGATGATGTTGGCTTTC 55366222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 TTTCAGTTGAATTTGATTGGTGACAACTAACCTTCCTGCACGTGGATGATGTTGGCTTTC 2638

 55366223 CCCAGATTTACAAAGTTTTATCTATTATTTTCTTAAATACGTTTTCTGGGTCTTTTGCTG 55366282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 CCCAGATTTACAAAGTTTTATCTATTATTTTCTTAAATACGTTTTCTGGGTCTTTTGCTG 2698

 55366283 TCTCTGCTTCATAAACTTTTTAAAGTATAAATAATAGTTTGTCAGATGATGTCCCATGAT 55366342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 TCTCTGCTTCATAAACTTTTTAAAGTATAAATAATAGTTTGTCAGATGATGTCCCATGAT 2758

 55366343 TCCTGTAGTCCTTCTTTATTTTTTTCATTCATTTTTTATTTTTGCTCTTCTAACTGGATA 55366402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 TCCTGTAGTCCTTCTTTATTTTTTTCATTCATTTTTTATTTTTGCTCTTCTAACTGGATA 2818

 55366403 GTTTCAGATGTCTTATCTTTGAGTTCACTGATTTTTTTCTTTTTTTTCAAGACTGCTTTT 55366462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 GTTTCAGATGTCTTATCTTTGAGTTCACTGATTTTTTTCTTTTTTTTCAAGACTGCTTTT 2878

 55366463 GTAGCTTTCCATTGAATTTTTTTAATGTAGTTATTCTTTATCTCTAGGATTTTGATTTTC 55366522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 GTAGCTTTCCATTGAATTTTTTTAATGTAGTTATTCTTTATCTCTAGGATTTTGATTTTC 2938

 55366523 TTTTAAAATTGTTTCTATTTCTTTGTAAAATCTTTCATTTTGTTCATTGTTTTCCAAATT 55366582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2939 TTTTAAAATTGTTTCTATTTCTTTGTAAAATCTTTCATTTTGTTCATTGTTTTCCAAATT 2998

 55366583 TTATTTAATTTTGTATTTATATTTTCTTAAAGTTCTCTGAACCTCTTTAAAAGGATTATT 55366642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2999 TTATTTAATTTTGTATTTATATTTTCTTAAAGTTCTCTGAACCTCTTTAAAAGGATTATT 3058

 55366643 TTGAATTCTTTTGTCAGTTGTTTCACAGATCTGCACTTCTTCTGAGTCTATTATTGGAAC 55366702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3059 TTGAATTCTTTTGTCAGTTGTTTCACAGATCTGCACTTCTTCTGAGTCTATTATTGGAAC 3118

 55366703 TTTATTAGATCTTTTCATGATGTTATGTTTACTTGACTTTTCATAATCTTTGTGTTCTTA 55366762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3119 TTTATTAGATCTTTTCATGATGTTATGTTTACTTGACTTTTCATAATCTTTGTGTTCTTA 3178

 55366763 GATAGATACCAGTGCATTTGAGAAGATAACCTCCTCTTCTACCTTTGGTGGTGACAAACC 55366822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3179 GATAGATACCAGTGCATTTGAGAAGATAACCTCCTCTTCTACCTTTGGTGGTGACAAACC 3238

 55366823 TTTATTATTTGTCTATTCTGGGTTCTGGATGAGCTGGCTGGTAGCAACTCCAGACAGGCA 55366882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3239 TTTATTATTTGTCTATTCTGGGTTCTGGATGAGCTGGCTGGTAGCAACTCCAGACAGGCA 3298

 55366883 GACCATGGTGTTGGGTTATCTAGTTGTGCTGGATAATGTTTTGTCTTCTGAGGTTAAATG 55366942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3299 GACCATGGTGTTGGGTTATCTAGTTGTGCTGGATAATGTTTTGTCTTCTGAGGTTAAATG 3358

 55366943 ATACTGATGGCTATGCTTCATGGACTGATGAGATCACTCTGACACAAAATGGAGCTGCTG 55367002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3359 ATACTGATGGCTATGCTTCATGGACTGATGAGATCACTCTGACACAAAATGGAGCTGCTG 3418

 55367003 GTTGGCAATACAAACATCTCTGATTAGGCAGGGTGACAGGATGTCTCTCCTAGCTGCACC 55367062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3419 GTTGGCAATACAAACATCTCTGATTAGGCAGGGTGACAGGATGTCTCTCCTAGCTGCACC 3478

 55367063 ATTGTTGTTTGGAATCTGCAGTTTTGCAGAGCTGTGTGCTGGAATCTGAAACAGGGTGAG 55367122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3479 ATTGTTGTTTGGAATCTGCAGTTTTGCAGAGCTGTGTGCTGGAATCTGAAACAGGGTGAG 3538

 55367123 GTCTATGGGCTTGCTGCTAGGCCACACAGGTATGGCAGGGCCTAAGACTACGCTTGATAT 55367182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3539 GTCTATGGGCTTGCTGCTAGGCCACACAGGTATGGCAGGGCCTAAGACTACGCTTGATAT 3598

 55367183 GTTTTTACTTGGGCTTGCCTCCCAGCCTAGGGTAGTCTTAAGCAGAGTACTGAGGCTTGG 55367242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3599 GTTTTTACTTGGGCTTGCCTCCCAGCCTAGGGTAGTCTTAAGCAGAGTACTGAGGCTTGG 3658

 55367243 TCCACTTATGATGCAGCTGCTGGGGTTTAATGGGGGCAGACGCTCCCTCCATGGATAACA 55367302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3659 TCCACTTATGATGCAGCTGCTGGGGTTTAATGGGGGCAGACGCTCCCTCCATGGATAACA 3718

 55367303 CTGACTTGCAGTTGGCTCCTGGGATGAGGAAGATGTGAAAATGTGGCTTTCCTCAGTTCT 55367362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3719 CTGACTTGCAGTTGGCTCCTGGGATGAGGAAGATGTGAAAATGTGGCTTTCCTCAGTTCT 3778

 55367363 CTGGTCCAAAAGGGTTTCTCAGACTCACTCTCAAGTTCTGGAATGCTCATTATAGTATTT 55367422
          ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3779 CTGGTCCAAAA-GGTTTCTCAGACTCACTCTCAAGTTCTGGAATGCTCATTATAGTATTT 3837

 55367423 TTTTGCCTCTGGTTAGTTGCTAGTTGAATTTCTGTCAGCATCAGGGGAGTGAAGCTGGAG 55367482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3838 TTTTGCCTCTGGTTAGTTGCTAGTTGAATTTCTGTCAGCATCAGGGGAGTGAAGCTGGAG 3897

 55367483 AACTCCTATTCTGCCATGCTGCTAACATTACTTTCCATGATCAACCTCTTTGTCTTTTCA 55367542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3898 AACTCCTATTCTGCCATGCTGCTAACATTACTTTCCATGATCAACCTCTTTGTCTTTTCA 3957

 55367543 TTCTAATATTTTATTTACAATGTGTCTTTATAATGATATTTTTAGGTTCAACCTATTTGG 55367602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3958 TTCTAATATTTTATTTACAATGTGTCTTTATAATGATATTTTTAGGTTCAACCTATTTGG 4017

 55367603 AAAACTTTAAGCTTCTTCAATGTCAATTTTCATTTCCCTTTCTATGCAATGTATAAGAGT 55367662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4018 AAAACTTTAAGCTTCTTCAATGTCAATTTTCATTTCCCTTTCTATGCAATGTATAAGAGT 4077

 55367663 TCCTGTTGTCCCACATCCTTGTCAACATTTGGTGTTGTTATTATTTTGAATTCTGGTCAT 55367722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4078 TCCTGTTGTCCCACATCCTTGTCAACATTTGGTGTTGTTATTATTTTGAATTCTGGTCAT 4137

 55367723 TATAATAGGGGTGTAGTTGTATCTCATTGTTTTAATTCACAATTCCTTAATAACACATAG 55367782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4138 TATAATAGGGGTGTAGTTGTATCTCATTGTTTTAATTCACAATTCCTTAATAACACATAG 4197

 55367783 TGTTAAGCATATTTTTATATGCTTATCTACCCATATATGTTCCTCTCTAATTTTACTTTG 55367842
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     4198 TGTTAAGCATATTTTTATATGCTTATCTGCCCATATATGTTCCTCTCTAATTTTACTTTG 4257

 55367843 TTTTTACAACACTGCTTCTCAATGGTGTCTTCTAAAAGTGTGTGTATAACCATGGTAGAA 55367902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4258 TTTTTACAACACTGCTTCTCAATGGTGTCTTCTAAAAGTGTGTGTATAACCATGGTAGAA 4317

 55367903 AATAGATGGGAAGACAAGGGAAAAGGAGGTTAAAGAGGAAAGAAAATTTCATTAAGTATT 55367962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4318 AATAGATGGGAAGACAAGGGAAAAGGAGGTTAAAGAGGAAAGAAAATTTCATTAAGTATT 4377

 55367963 CAGTAGTCCAATCAATTAACCAAAAATTGTTCTTGTGGGACCTCAATATAAATAGATTTT 55368022
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     4378 CAGTAGTCCAATCAATTAACCAAAAATTGTTCTTGCGGGACCTCAATATAAATAGATTTT 4437

 55368023 CAATCATCTGTCTCTTGCACCTTGTGTCAGCATTCAGGTGAAATGAAGAATAGAGAAGGA 55368082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4438 CAATCATCTGTCTCTTGCACCTTGTGTCAGCATTCAGGTGAAATGAAGAATAGAGAAGGA 4497

 55368083 ATCAGAAGAGTGAAAAGTAGAATACACTATTCCAGCTTATG 55368123
          |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4498 AGCAGAAGAGTGAAAAGTAGAATACACTATTCCAGCTTATG 4538

Alignment time is 16.2871 s

