
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2115] =>      2115 nucs 'mol-32-1f0b-177442_2115'

Score:        2115
Aligned:      2115        nucs
Identic:      2115 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395939,31398053]
 second seq =>  [       1,    2115]

 31395939 TGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCA 31395998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCA 60

 31395999 CTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTC 31396058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTC 120

 31396059 ATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAAT 31396118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAAT 180

 31396119 GTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCT 31396178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCT 240

 31396179 GGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTT 31396238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTT 300

 31396239 TCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCC 31396298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCC 360

 31396299 TCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTT 31396358
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTT 420

 31396359 AGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCT 31396418
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCT 480

 31396419 CTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTC 31396478
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTC 540

 31396479 TCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTT 31396538
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTT 600

 31396539 TCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCAC 31396598
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCAC 660

 31396599 ACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTC 31396658
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTC 720

 31396659 AAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACC 31396718
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACC 780

 31396719 CTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGA 31396778
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGA 840

 31396779 GGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCT 31396838
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCT 900

 31396839 CACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTC 31396898
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTC 960

 31396899 CCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTT 31396958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTT 1020

 31396959 AGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTT 31397018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTT 1080

 31397019 TTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGA 31397078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGA 1140

 31397079 AAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAG 31397138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAG 1200

 31397139 GATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCA 31397198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCA 1260

 31397199 TTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGT 31397258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGT 1320

 31397259 TTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTA 31397318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTA 1380

 31397319 GAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAG 31397378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAG 1440

 31397379 AGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATG 31397438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATG 1500

 31397439 GGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATA 31397498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATA 1560

 31397499 TAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATG 31397558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATG 1620

 31397559 TGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCC 31397618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCC 1680

 31397619 CCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGG 31397678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGG 1740

 31397679 GGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTT 31397738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTT 1800

 31397739 TCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACC 31397798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACC 1860

 31397799 TGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGA 31397858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGA 1920

 31397859 TTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTC 31397918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTC 1980

 31397919 CTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCA 31397978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCA 2040

 31397979 GTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACG 31398038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACG 2100

 31398039 TGTATTGTACTTAGC 31398053
          |||||||||||||||
     2101 TGTATTGTACTTAGC 2115

Alignment time is 1.69512 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2055] =>      2055 nucs 'mol-32-1f63-103769_2055'

Score:        2055
Aligned:      2055        nucs
Identic:      2055 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31396022,31398076]
 second seq =>  [       1,    2055]

 31396022 TTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCA 31396081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCA 60

 31396082 TGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCA 31396141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCA 120

 31396142 TAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGG 31396201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGG 180

 31396202 TGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTC 31396261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTC 240

 31396262 AACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTG 31396321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTG 300

 31396322 AATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACA 31396381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACA 360

 31396382 CTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGC 31396441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGC 420

 31396442 CTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTAC 31396501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTAC 480

 31396502 ACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTC 31396561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTC 540

 31396562 AGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTG 31396621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTG 600

 31396622 AGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTG 31396681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTG 660

 31396682 TGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATT 31396741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATT 720

 31396742 TAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCA 31396801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCA 780

 31396802 TATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTT 31396861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTT 840

 31396862 CAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTT 31396921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTT 900

 31396922 CATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGT 31396981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGT 960

 31396982 GGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGAC 31397041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGAC 1020

 31397042 TTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAG 31397101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAG 1080

 31397102 GAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGA 31397161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGA 1140

 31397162 TTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGA 31397221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGA 1200

 31397222 AGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGC 31397281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGC 1260

 31397282 TCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGA 31397341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGA 1320

 31397342 AGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATT 31397401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATT 1380

 31397402 CTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACA 31397461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACA 1440

 31397462 ACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTA 31397521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTA 1500

 31397522 AATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGG 31397581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGG 1560

 31397582 AGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTA 31397641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTA 1620

 31397642 GTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCT 31397701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCT 1680

 31397702 TATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAG 31397761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAG 1740

 31397762 GCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCA 31397821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCA 1800

 31397822 GTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATT 31397881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATT 1860

 31397882 TTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAAT 31397941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAAT 1920

 31397942 AATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTA 31398001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTA 1980

 31398002 GGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACA 31398061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACA 2040

 31398062 AATGCTTTCACATCT 31398076
          |||||||||||||||
     2041 AATGCTTTCACATCT 2055

Alignment time is 1.58556 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2055] =>      2055 nucs 'mol-32-2105-009485_2055'

Score:        2055
Aligned:      2055        nucs
Identic:      2055 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395984,31398038]
 second seq =>  [       1,    2055]

 31395984 AGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGT 31396043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGT 60

 31396044 TGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATT 31396103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATT 120

 31396104 TTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAA 31396163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAA 180

 31396164 TGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTA 31396223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTA 240

 31396224 GTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTT 31396283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTT 300

 31396284 AATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTC 31396343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTC 360

 31396344 TTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTG 31396403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTG 420

 31396404 ATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTT 31396463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTT 480

 31396464 TTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAA 31396523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAA 540

 31396524 AATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCA 31396583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCA 600

 31396584 GTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCT 31396643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCT 660

 31396644 TGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGG 31396703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGG 720

 31396704 CGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTT 31396763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTT 780

 31396764 TCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCT 31396823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCT 840

 31396824 GCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATC 31396883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATC 900

 31396884 GTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGG 31396943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGG 960

 31396944 GGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAA 31397003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAA 1020

 31397004 TTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATG 31397063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATG 1080

 31397064 GGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAA 31397123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAA 1140

 31397124 AGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGG 31397183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGG 1200

 31397184 AGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCC 31397243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCC 1260

 31397244 GGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTT 31397303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTT 1320

 31397304 ATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGC 31397363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGC 1380

 31397364 AGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATA 31397423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATA 1440

 31397424 GCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAG 31397483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAG 1500

 31397484 ACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCT 31397543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCT 1560

 31397544 CTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGG 31397603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGG 1620

 31397604 CGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTT 31397663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTT 1680

 31397664 GATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCA 31397723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCA 1740

 31397724 TGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACT 31397783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACT 1800

 31397784 TTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTG 31397843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTG 1860

 31397844 CAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTT 31397903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTT 1920

 31397904 GATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGC 31397963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGC 1980

 31397964 CATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGT 31398023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGT 2040

 31398024 ATAATTAGTAGCACG 31398038
          |||||||||||||||
     2041 ATAATTAGTAGCACG 2055

Alignment time is 1.5706 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2770] =>      2770 nucs 'mol-32-21ec-039602_2770'

Score:        2758
Aligned:      2769        nucs
Identic:      2768 (100%) nucs =>       817 (100%)      1951 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31397162,31397978] EXCISED REGION [31397980,31399931]
 second seq =>  [       1,     817] EXCISED REGION [     819,    2770]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31397979,31397979]
 second seq =>         1 nucs [818,818]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [817,817] to [818,818]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31397162 TTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGA 31397221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGA 60

 31397222 AGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGC 31397281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGC 120

 31397282 TCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGA 31397341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGA 180

 31397342 AGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATT 31397401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATT 240

 31397402 CTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACA 31397461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACA 300

 31397462 ACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTA 31397521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTA 360

 31397522 AATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGG 31397581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGG 420

 31397582 AGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTA 31397641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTA 480

 31397642 GTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCT 31397701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCT 540

 31397702 TATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAG 31397761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAG 600

 31397762 GCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCA 31397821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCA 660

 31397822 GTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATT 31397881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATT 720

 31397882 TTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAAT 31397941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAAT 780

 31397942 AATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCA 31397978
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCA 817

EXCISED REGION

 31397980 TTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGT 31398039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      819 TTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGT 878

 31398040 GTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGG 31398099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      879 GTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGG 938

 31398100 CTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTT 31398159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      939 CTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTT 998

 31398160 GTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTC 31398219
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      999 GTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTC 1058

 31398220 TAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTG 31398279
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1059 TAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTG 1118

 31398280 TTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAG 31398339
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1119 TTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAG 1178

 31398340 TTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGAT 31398399
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1179 TTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGAT 1238

 31398400 CTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTT 31398459
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1239 CTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTT 1298

 31398460 AGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTT 31398519
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1299 AGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTT 1358

 31398520 TATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAG 31398579
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1359 TATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAG 1418

 31398580 AACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGAGAATAA 31398639
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1419 AACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGAGAATAA 1478

 31398640 AATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTATTACAT 31398699
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1479 AATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTATTACAT 1538

 31398700 GTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGTGTTTAG 31398759
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1539 GTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGTGTTTAG 1598

 31398760 ATAAAATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGTAAATAC 31398819
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1599 ATAAAATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGTAAATAC 1658

 31398820 TGTTTCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCTGAAAAA 31398879
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1659 TGTTTCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCTGAAAAA 1718

 31398880 ATTCTTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAAGTGCAG 31398939
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1719 ATTCTTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAAGTGCAG 1778

 31398940 AATTAGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACATATTGG 31398999
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1779 AATTAGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACATATTGG 1838

 31399000 CCTGCCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTTTTCAGC 31399059
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1839 CCTGCCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTTTTCAGC 1898

 31399060 ACTGTTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTTTTAAAA 31399119
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1899 ACTGTTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTTTTAAAA 1958

 31399120 TTTTTTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAATGGTCT 31399179
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1959 TTTTTTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAATGGTCT 2018

 31399180 AGGGTCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGTGAAAAT 31399239
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2019 AGGGTCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGTGAAAAT 2078

 31399240 TGCTATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACTGGGGGT 31399299
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2079 TGCTATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACTGGGGGT 2138

 31399300 CTTTTCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGTTATTGT 31399359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2139 CTTTTCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGTTATTGT 2198

 31399360 GTTGGAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATCCATGTA 31399419
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2199 GTTGGAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATCCATGTA 2258

 31399420 ATTTGAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAAAATACC 31399479
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2259 ATTTGAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAAAATACC 2318

 31399480 ACTTAATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAGAAATGGTTATATATAGA 31399539
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     2319 ACTTAATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGCCTCATTTGATTAGAAATGGTTATATATAGA 2378

 31399540 TTAGCTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGAAAGGGG 31399599
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2379 TTAGCTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGAAAGGGG 2438

 31399600 ACCTGTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGAACAATT 31399659
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2439 ACCTGTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGAACAATT 2498

 31399660 CTTTAAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGGAAAGGT 31399719
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2499 CTTTAAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGGAAAGGT 2558

 31399720 ACTTAGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAAAAATCT 31399779
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2559 ACTTAGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAAAAATCT 2618

 31399780 GGAAGATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTTACCATAGTTAACTATTT 31399839
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2619 GGAAGATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTTACCATAGTTAACTATTT 2678

 31399840 AGCTGTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACGTAACAATAAATAGTTAT 31399899
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2679 AGCTGTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACGTAACAATAAATAGTTAT 2738

 31399900 GTCATAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTT 31399931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2739 GTCATAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTT 2770

Alignment time is 2.40916 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2696] =>      2696 nucs 'mol-32-21ec-039755_2696'

Score:        2695
Aligned:      2695        nucs
Identic:      2695 (100%) nucs =>      2011 (100%)       684 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31393488,31395498] EXCISED REGION [31395500,31396183]
 second seq =>  [       1,    2011] EXCISED REGION [    2013,    2696]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31395499,31395499]
 second seq =>         1 nucs [2012,2012]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31395498,31395498] to [31395499,31395499]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31393488 AGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTT 31393547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTT 60

 31393548 TTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGT 31393607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGT 120

 31393608 GATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGG 31393667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGG 180

 31393668 CCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATA 31393727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATA 240

 31393728 TTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGA 31393787
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGA 300

 31393788 CGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTC 31393847
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTC 360

 31393848 TCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTG 31393907
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTG 420

 31393908 AGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTG 31393967
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTG 480

 31393968 GACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAAT 31394027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAAT 540

 31394028 CAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTA 31394087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTA 600

 31394088 ATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGG 31394147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGG 660

 31394148 CCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAA 31394207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAA 720

 31394208 AGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTAC 31394267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTAC 780

 31394268 AGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAA 31394327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAA 840

 31394328 TTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCT 31394387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCT 900

 31394388 TTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGT 31394447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGT 960

 31394448 CAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCA 31394507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCA 1020

 31394508 TTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTA 31394567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTA 1080

 31394568 ATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAAT 31394627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAAT 1140

 31394628 ATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACCAGGT 31394687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACCAGGT 1200

 31394688 CATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATTTATC 31394747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATTTATC 1260

 31394748 AAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATTCTTC 31394807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATTCTTC 1320

 31394808 GATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGTGTAT 31394867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGTGTAT 1380

 31394868 AGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAGCATC 31394927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAGCATC 1440

 31394928 ATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAATATGAGTCTATTACTGGAC 31394987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAATATGAGTCTATTACTGGAC 1500

 31394988 TCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCTCCATCTTGATTACTGTAG 31395047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCTCCATCTTGATTACTGTAG 1560

 31395048 ATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTAATATTATCCTTCTTTTCC 31395107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTAATATTATCCTTCTTTTCC 1620

 31395108 AGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCACAGAAATTTTAGAATCAGCTTGT 31395167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCACAGAAATTTTAGAATCAGCTTGT 1680

 31395168 AAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACTGGGATTGCAATAATAGGTATCC 31395227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACTGGGATTGCAATAATAGGTATCC 1740

 31395228 ACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCTTTGAATCTATGAACATGTATCCTT 31395287
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCTTTGAATCTATGAACATGTATCCTT 1800

 31395288 CTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTGTTTTATAATTTTCAGTGTAGAG 31395347
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTGTTTTATAATTTTCAGTGTAGAG 1860

 31395348 GTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATTTGGTTTTTGGTTCCATTATAAA 31395407
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATTTGGTTTTTGGTTCCATTATAAA 1920

 31395408 TGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGATTGATAGTATATAAAATTATAGC 31395467
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGATTGATAGTATATAAAATTATAGC 1980

 31395468 TTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACA 31395498
          |||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACA 2011

EXCISED REGION

 31395500 TCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCT 31395559
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2013 TCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCT 2072

 31395560 GCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGT 31395619
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2073 GCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGT 2132

 31395620 ATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTT 31395679
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2133 ATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTT 2192

 31395680 CAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTT 31395739
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2193 CAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTT 2252

 31395740 CAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGC 31395799
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2253 CAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGC 2312

 31395800 TTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAA 31395859
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2313 TTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAA 2372

 31395860 ATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTC 31395919
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2373 ATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTC 2432

 31395920 ATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCAT 31395979
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2433 ATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCAT 2492

 31395980 CCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTC 31396039
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2493 CCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTC 2552

 31396040 TAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGT 31396099
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2553 TAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGT 2612

 31396100 AATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCAT 31396159
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2613 AATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCAT 2672

 31396160 AAAATGAATTGTGATTTCTGGCTT 31396183
          ||||||||||||||||||||||||
     2673 AAAATGAATTGTGATTTCTGGCTT 2696

Alignment time is 2.35528 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2277] =>      2277 nucs 'mol-32-2218-007567_2277'

Score:        2277
Aligned:      2277        nucs
Identic:      2277 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395916,31398192]
 second seq =>  [       1,    2277]

 31395916 TCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTC 31395975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTC 60

 31395976 TCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGG 31396035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGG 120

 31396036 ATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGT 31396095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGT 180

 31396096 CTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCC 31396155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCC 240

 31396156 CCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCA 31396215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCA 300

 31396216 TTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAA 31396275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAA 360

 31396276 AGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTC 31396335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTC 420

 31396336 TTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATC 31396395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATC 480

 31396396 ATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTC 31396455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTC 540

 31396456 CTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTT 31396515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTT 600

 31396516 TTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGT 31396575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGT 660

 31396576 GTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGA 31396635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGA 720

 31396636 GGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCC 31396695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCC 780

 31396696 AGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTG 31396755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTG 840

 31396756 AACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACT 31396815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 AACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACT 900

 31396816 TGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAG 31396875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAG 960

 31396876 TTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCT 31396935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCT 1020

 31396936 AAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAA 31396995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAA 1080

 31396996 GGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTAC 31397055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTAC 1140

 31397056 ACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAA 31397115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAA 1200

 31397116 TTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAA 31397175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAA 1260

 31397176 GAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTG 31397235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTG 1320

 31397236 CAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACC 31397295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACC 1380

 31397296 TTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGA 31397355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGA 1440

 31397356 AGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCT 31397415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCT 1500

 31397416 TGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGC 31397475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGC 1560

 31397476 AACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAA 31397535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAA 1620

 31397536 TTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCA 31397595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCA 1680

 31397596 TGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCA 31397655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCA 1740

 31397656 CAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCC 31397715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCC 1800

 31397716 TGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGT 31397775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGT 1860

 31397776 GTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATC 31397835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATC 1920

 31397836 TTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTT 31397895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTT 1980

 31397896 TCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATA 31397955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATA 2040

 31397956 ATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTA 31398015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTA 2100

 31398016 GTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATC 31398075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATC 2160

 31398076 TGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAA 31398135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAA 2220

 31398136 GGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATC 31398192
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATC 2277

Alignment time is 1.7093 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3899] =>      3899 nucs 'mol-32-22e9-023382_3899'

Score:        3899
Aligned:      3899        nucs
Identic:      3899 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395897,31399795]
 second seq =>  [       1,    3899]

 31395897 TTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTT 31395956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTT 60

 31395957 CTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTAT 31396016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTAT 120

 31396017 TATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAA 31396076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAA 180

 31396077 TTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAG 31396136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAG 240

 31396137 TATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAG 31396196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAG 300

 31396197 AGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGC 31396256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGC 360

 31396257 CCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCT 31396316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCT 420

 31396317 GTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAG 31396376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAG 480

 31396377 GTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCT 31396436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCT 540

 31396437 TTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTT 31396496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTT 600

 31396497 CTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAA 31396556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAA 660

 31396557 TTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTAC 31396616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTAC 720

 31396617 TTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATAT 31396676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATAT 780

 31396677 GATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTG 31396736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTG 840

 31396737 CCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGT 31396796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGT 900

 31396797 GGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCAC 31396856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCAC 960

 31396857 TGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTA 31396916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTA 1020

 31396917 CATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGG 31396976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGG 1080

 31396977 TAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGA 31397036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGA 1140

 31397037 GAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGT 31397096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGT 1200

 31397097 TATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAG 31397156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAG 1260

 31397157 AAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGG 31397216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGG 1320

 31397217 AAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGA 31397276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGA 1380

 31397277 TGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGT 31397336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGT 1440

 31397337 TGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCA 31397396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCA 1500

 31397397 TTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGC 31397456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGC 1560

 31397457 TAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCC 31397516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCC 1620

 31397517 ACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCA 31397576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCA 1680

 31397577 GTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCA 31397636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCA 1740

 31397637 TGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTG 31397696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTG 1800

 31397697 GCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATT 31397756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATT 1860

 31397757 GCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATT 31397816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATT 1920

 31397817 GCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATA 31397876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATA 1980

 31397877 GCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGC 31397936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGC 2040

 31397937 GCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAA 31397996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAA 2100

 31397997 GGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGT 31398056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGT 2160

 31398057 TTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGT 31398116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGT 2220

 31398117 TTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATT 31398176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATT 2280

 31398177 AGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTA 31398236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTA 2340

 31398237 TATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTT 31398296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTT 2400

 31398297 TATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGG 31398356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGG 2460

 31398357 AAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCT 31398416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 AAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCT 2520

 31398417 TATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATT 31398476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATT 2580

 31398477 TAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAA 31398536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAA 2640

 31398537 CAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAGAACTATCACATTTTGTT 31398596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 CAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAGAACTATCACATTTTGTT 2700

 31398597 AGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGAGAATAAAATTACATTTGACTAAC 31398656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGAGAATAAAATTACATTTGACTAAC 2760

 31398657 AGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTATTACATGTAATTTTCTAAGTTCA 31398716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTATTACATGTAATTTTCTAAGTTCA 2820

 31398717 GAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGTGTTTAGATAAAATATTGCTAAAT 31398776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 GAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGTGTTTAGATAAAATATTGCTAAAT 2880

 31398777 TGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGTAAATACTGTTTCCTTATTTCAGT 31398836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGTAAATACTGTTTCCTTATTTCAGT 2940

 31398837 TTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCTGAAAAAATTCTTACTAATTGAGA 31398896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCTGAAAAAATTCTTACTAATTGAGA 3000

 31398897 TATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAAGTGCAGAATTAGTTTTAAAGACA 31398956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAAGTGCAGAATTAGTTTTAAAGACA 3060

 31398957 TTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACATATTGGCCTGCCGTGTAATAGTT 31399016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACATATTGGCCTGCCGTGTAATAGTT 3120

 31399017 TACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTTTTCAGCACTGTTTTATTAATAGG 31399076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 TACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTTTTCAGCACTGTTTTATTAATAGG 3180

 31399077 GACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTTTTAAAATTTTTTTTAGTTTTCTA 31399136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 GACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTTTTAAAATTTTTTTTAGTTTTCTA 3240

 31399137 TTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAATGGTCTAGGGTCCAGAATGATTA 31399196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 TTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAATGGTCTAGGGTCCAGAATGATTA 3300

 31399197 GTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGTGAAAATTGCTATTTACTTAAGAG 31399256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 GTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGTGAAAATTGCTATTTACTTAAGAG 3360

 31399257 AAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACTGGGGGTCTTTTCCCACTGATCCT 31399316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 AAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACTGGGGGTCTTTTCCCACTGATCCT 3420

 31399317 GATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGTTATTGTGTTGGAAAATTATATGC 31399376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGTTATTGTGTTGGAAAATTATATGC 3480

 31399377 TTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATCCATGTAATTTGAGTCAGGAGTGT 31399436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATCCATGTAATTTGAGTCAGGAGTGT 3540

 31399437 GCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAAAATACCACTTAATACTTACGTGG 31399496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 GCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAAAATACCACTTAATACTTACGTGG 3600

 31399497 GCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAGAAATGGTTATATATAGATTAGCTTTAAGCTAGTT 31399556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAGAAATGGTTATATATAGATTAGCTTTAAGCTAGTT 3660

 31399557 ATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGAAAGGGGACCTGTACTATAGTCAG 31399616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 ATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGAAAGGGGACCTGTACTATAGTCAG 3720

 31399617 AAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGAACAATTCTTTAAATAAGTCTTTT 31399676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 AAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGAACAATTCTTTAAATAAGTCTTTT 3780

 31399677 GAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGGAAAGGTACTTAGGCATTAAGAGA 31399736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGGAAAGGTACTTAGGCATTAAGAGA 3840

 31399737 AATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAAAAATCTGGAAGATATAACTTGT 31399795
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 AATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAAAAATCTGGAAGATATAACTTGT 3899

Alignment time is 2.87956 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    5333] =>      5333 nucs 'mol-32-2874-071904_5333'

Score:        5307
Aligned:      5329        nucs
Identic:      5327 (100%) nucs =>      1217 (100%)      4110 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31393444,31394660] EXCISED REGION [31394662,31398773]
 second seq =>  [       1,    1217] EXCISED REGION [    1219,    5330]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31394661,31394661]
 second seq =>         1 nucs [1218,1218]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [31394660,31394662] to [31394661,31394663]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31394660,31394660] to [31394662,31394662]
 second seq =>         1 nucs [1217,1217] to [1219,1219]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31393444 CACTGCAACCTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCT 31393503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CACTGCAACCTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCT 60

 31393504 GGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGT 31393563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGT 120

 31393564 TTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAG 31393623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAG 180

 31393624 CCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTT 31393683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTT 240

 31393684 TAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCT 31393743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCT 300

 31393744 GTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAG 31393803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAG 360

 31393804 TTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCA 31393863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCA 420

 31393864 GTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTC 31393923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTC 480

 31393924 ATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAA 31393983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAA 540

 31393984 GGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTG 31394043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTG 600

 31394044 AAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCT 31394103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCT 660

 31394104 GGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACT 31394163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACT 720

 31394164 GAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTT 31394223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTT 780

 31394224 CACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTT 31394283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTT 840

 31394284 GATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGAC 31394343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGAC 900

 31394344 ATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGC 31394403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGC 960

 31394404 AGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCC 31394463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCC 1020

 31394464 CATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCT 31394523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCT 1080

 31394524 TTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCA 31394583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCA 1140

 31394584 TTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGT 31394643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGT 1200

 31394644 ATATATGTTGTATATAT 31394660
          |||||||||||||||||
     1201 ATATATGTTGTATATAT 1217

EXCISED REGION

 31394662 TTCTCCTAGTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTT 31394721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1219 TTCTCCTAGTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTT 1278

 31394722 TTTGTTTTGACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCT 31394781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1279 TTTGTTTTGACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCT 1338

 31394782 TCTCTAAGGTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTA 31394841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1339 TCTCTAAGGTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTA 1398

 31394842 CCTTTAGACTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCC 31394901
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1399 CCTTTAGACTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCC 1458

 31394902 TCAGTATATTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTC 31394961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1459 TCAGTATATTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTC 1518

 31394962 TTGGCAATATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTAC 31395021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1519 TTGGCAATATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTAC 1578

 31395022 TAATACCTCCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTA 31395081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1579 TAATACCTCCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTA 1638

 31395082 GTTCTCTAATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTT 31395141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1639 GTTCTCTAATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTT 1698

 31395142 CCACAGAAATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTC 31395201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1699 CCACAGAAATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTC 1758

 31395202 AACTGGGATTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGT 31395261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1759 AACTGGGATTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGT 1818

 31395262 CTTTGAATCTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTC 31395321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1819 CTTTGAATCTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTC 1878

 31395322 AGTGTTTTATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGG 31395381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1879 AGTGTTTTATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGG 1938

 31395382 TATTTGGTTTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGT 31395441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1939 TATTTGGTTTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGT 1998

 31395442 TGATTGATAGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATC 31395501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1999 TGATTGATAGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATC 2058

 31395502 TAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGC 31395561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2059 TAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGC 2118

 31395562 CAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTAT 31395621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2119 CAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTAT 2178

 31395622 GTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCA 31395681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2179 GTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCA 2238

 31395682 GTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCA 31395741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2239 GTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCA 2298

 31395742 ATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTT 31395801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2299 ATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTT 2358

 31395802 GGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAAT 31395861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2359 GGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAAT 2418

 31395862 TTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCAT 31395921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2419 TTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCAT 2478

 31395922 TTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCC 31395981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2479 TTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCC 2538

 31395982 CTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTA 31396041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2539 CTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTA 2598

 31396042 GTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAA 31396101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2599 GTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAA 2658

 31396102 TTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAA 31396161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2659 TTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAA 2718

 31396162 AATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTT 31396221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2719 AATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTT 2778

 31396222 TAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTAC 31396281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2779 TAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTAC 2838

 31396282 TTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTC 31396341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2839 TTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTC 2898

 31396342 TCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTAT 31396401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2899 TCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTAT 2958

 31396402 TGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTC 31396461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2959 TGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTC 3018

 31396462 TTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAA 31396521
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     3019 TTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTCTTAA 3078

 31396522 AAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGC 31396581
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3079 AAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGC 3138

 31396582 CAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTG 31396641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3139 CAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTG 3198

 31396642 CTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTG 31396701
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3199 CTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTG 3258

 31396702 GGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTAT 31396761
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3259 GGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTAT 3318

 31396762 TTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACT 31396821
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3319 TTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACT 3378

 31396822 CTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAA 31396881
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3379 CTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAA 3438

 31396882 TCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACA 31396941
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3439 TCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACA 3498

 31396942 GGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGA 31397001
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3499 GGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGA 3558

 31397002 AATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTA 31397061
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3559 AATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTA 3618

 31397062 TGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACA 31397121
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3619 TGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACA 3678

 31397122 AAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATA 31397181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3679 AAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATA 3738

 31397182 GGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAG 31397241
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3739 GGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAG 3798

 31397242 CCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTT 31397301
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3799 CCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTT 3858

 31397302 TTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAA 31397361
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3859 TTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAA 3918

 31397362 GCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGA 31397421
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3919 GCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGA 3978

 31397422 TAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAG 31397481
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3979 TAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAG 4038

 31397482 AGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAG 31397541
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4039 AGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAG 4098

 31397542 CTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGT 31397601
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4099 CTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGT 4158

 31397602 GGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGAT 31397661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4159 GGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGAT 4218

 31397662 TTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGC 31397721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4219 TTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGC 4278

 31397722 CATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAA 31397781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4279 CATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAA 4338

 31397782 CTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATC 31397841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4339 CTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATC 4398

 31397842 TGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGG 31397901
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     4399 TGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCACAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGG 4458

 31397902 TTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATG 31397961
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4459 TTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATG 4518

 31397962 GCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGT 31398021
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4519 GCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGT 4578

 31398022 GTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTT 31398081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4579 GTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTT 4638

 31398082 TATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTA 31398141
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4639 TATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTA 4698

 31398142 CTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGA 31398201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4699 CTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGA 4758

 31398202 TCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATC 31398261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4759 TCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATC 4818

 31398262 TAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAA 31398321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4819 TAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAA 4878

 31398322 CACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTC 31398381
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4879 CACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTC 4938

 31398382 TTGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTA 31398441
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4939 TTGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTA 4998

 31398442 CTCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAG 31398501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4999 CTCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAG 5058

 31398502 CATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTA 31398561
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5059 CATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTA 5118

 31398562 TTCTTGTTTCCCAATTAGAACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCAC 31398621
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5119 TTCTTGTTTCCCAATTAGAACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCAC 5178

 31398622 AAAACAGTTGGAGAATAAAATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAA 31398681
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5179 AAAACAGTTGGAGAATAAAATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAA 5238

 31398682 AAGGCACACGTATTACATGTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCT 31398741
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5239 AAGGCACACGTATTACATGTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCT 5298

 31398742 GCACAATTAGGTGTTTAGATAAAATATTGCTA 31398773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     5299 GCACAATTAGGTGTTTAGATAAAATATTGCTA 5330

Alignment time is 4.81706 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    4455] =>      4455 nucs 'mol-32-29ea-038901_4455'

Score:        4455
Aligned:      4455        nucs
Identic:      4455 (100%) nucs =>      2467 (100%)      1988 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31393406,31395872] EXCISED REGION [31395874,31397861]
 second seq =>  [       1,    2467] EXCISED REGION [    2468,    4455]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31395873,31395873]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        10 nucs [31395873,31395882] to [31395874,31395883]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31393406 TGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCAC 31393465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCAC 60

 31393466 TTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCA 31393525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCA 120

 31393526 CGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGG 31393585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGG 180

 31393586 TCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTAC 31393645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTAC 240

 31393646 AGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTA 31393705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTA 300

 31393706 AATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCC 31393765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCC 360

 31393766 AATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCAT 31393825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCAT 420

 31393826 TATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCC 31393885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCC 480

 31393886 AAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATAT 31393945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATAT 540

 31393946 TCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTT 31394005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTT 600

 31394006 TTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACC 31394065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACC 660

 31394066 ATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTC 31394125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTC 720

 31394126 TGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATA 31394185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATA 780

 31394186 TGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTAT 31394245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTAT 840

 31394246 CAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATT 31394305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATT 900

 31394306 TTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTT 31394365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTT 960

 31394366 GTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACA 31394425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACA 1020

 31394426 ACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTC 31394485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTC 1080

 31394486 TACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGAC 31394545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGAC 1140

 31394546 TAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGA 31394605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGA 1200

 31394606 AGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCT 31394665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCT 1260

 31394666 CCTAGTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTG 31394725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CCTAGTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTG 1320

 31394726 TTTTGACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTC 31394785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TTTTGACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTC 1380

 31394786 TAAGGTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTT 31394845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TAAGGTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTT 1440

 31394846 TAGACTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAG 31394905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TAGACTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAG 1500

 31394906 TATATTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGG 31394965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TATATTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGG 1560

 31394966 CAATATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAAT 31395025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CAATATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAAT 1620

 31395026 ACCTCCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTC 31395085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ACCTCCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTC 1680

 31395086 TCTAATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCAC 31395145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TCTAATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCAC 1740

 31395146 AGAAATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACT 31395205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGAAATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACT 1800

 31395206 GGGATTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCTTT 31395265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GGGATTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCTTT 1860

 31395266 GAATCTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTG 31395325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GAATCTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTG 1920

 31395326 TTTTATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATT 31395385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTTATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATT 1980

 31395386 TGGTTTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGAT 31395445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGGTTTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGAT 2040

 31395446 TGATAGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATCTAGG 31395505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGATAGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATCTAGG 2100

 31395506 TAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGCCAAC 31395565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGCCAAC 2160

 31395566 ACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCT 31395625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCT 2220

 31395626 TGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTG 31395685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTG 2280

 31395686 AAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGT 31395745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGT 2340

 31395746 TTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGG 31395805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGG 2400

 31395806 AAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGT 31395865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGT 2460

 31395866 TAGATCC 31395872
          |||||||
     2461 TAGATCC 2467

EXCISED REGION

 31395874 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 31395933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2468 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 2527

 31395934 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 31395993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2528 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 2587

 31395994 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 31396053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2588 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 2647

 31396054 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 31396113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2648 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 2707

 31396114 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 31396173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2708 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 2767

 31396174 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 31396233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2768 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 2827

 31396234 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 31396293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2828 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 2887

 31396294 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 31396353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2888 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 2947

 31396354 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 31396413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2948 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 3007

 31396414 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 31396473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3008 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 3067

 31396474 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 31396533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3068 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 3127

 31396534 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 31396593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3128 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 3187

 31396594 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 31396653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3188 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 3247

 31396654 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 31396713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3248 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 3307

 31396714 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 31396773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3308 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 3367

 31396774 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 31396833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3368 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 3427

 31396834 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 31396893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3428 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 3487

 31396894 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 31396953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3488 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 3547

 31396954 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 31397013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3548 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 3607

 31397014 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 31397073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3608 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 3667

 31397074 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 31397133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3668 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 3727

 31397134 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 31397193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3728 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 3787

 31397194 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 31397253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3788 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 3847

 31397254 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 31397313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3848 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 3907

 31397314 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 31397373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3908 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 3967

 31397374 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 31397433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3968 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 4027

 31397434 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 31397493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4028 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 4087

 31397494 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 31397553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4088 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 4147

 31397554 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 31397613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4148 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 4207

 31397614 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 31397673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4208 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 4267

 31397674 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 31397733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4268 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 4327

 31397734 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 31397793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4328 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 4387

 31397794 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 31397853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4388 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 4447

 31397854 ATGGATTA 31397861
          ||||||||
     4448 ATGGATTA 4455

Alignment time is 3.79112 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2333] =>      2333 nucs 'mol-32-2af2-081817_2333'

Score:        2333
Aligned:      2333        nucs
Identic:      2333 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395995,31398327]
 second seq =>  [       1,    2333]

 31395995 ACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTT 31396054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTT 60

 31396055 TGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCG 31396114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCG 120

 31396115 TAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGAT 31396174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGAT 180

 31396175 TTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAG 31396234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAG 240

 31396235 TCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCG 31396294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCG 300

 31396295 TTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAG 31396354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAG 360

 31396355 ACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCC 31396414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCC 420

 31396415 ATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTT 31396474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTT 480

 31396475 TTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTC 31396534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTC 540

 31396535 CTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGT 31396594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGT 600

 31396595 TCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGA 31396654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGA 660

 31396655 GTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAA 31396714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAA 720

 31396715 GACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTT 31396774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTT 780

 31396775 TAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACT 31396834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACT 840

 31396835 ACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCA 31396894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCA 900

 31396895 GCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGC 31396954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGC 960

 31396955 TGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCT 31397014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCT 1020

 31397015 GCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCA 31397074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCA 1080

 31397075 CGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGA 31397134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGA 1140

 31397135 ATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTC 31397194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTC 1200

 31397195 TTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGT 31397254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGT 1260

 31397255 AGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGA 31397314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGA 1320

 31397315 AGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACA 31397374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACA 1380

 31397375 GGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATAC 31397434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATAC 1440

 31397435 TATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCT 31397494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCT 1500

 31397495 GATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCC 31397554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCC 1560

 31397555 CATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGG 31397614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGG 1620

 31397615 TTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTAT 31397674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTAT 1680

 31397675 AAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATG 31397734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATG 1740

 31397735 CTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTA 31397794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTA 1800

 31397795 AACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAA 31397854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAA 1860

 31397855 TGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGT 31397914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGT 1920

 31397915 GGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATG 31397974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATG 1980

 31397975 TTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAG 31398034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAG 2040

 31398035 CACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAG 31398094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAG 2100

 31398095 ATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGT 31398154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGT 2160

 31398155 GGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCT 31398214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCT 2220

 31398215 GACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTAC 31398274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTAC 2280

 31398275 TGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTC 31398327
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTC 2333

Alignment time is 1.74097 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2925] =>      2925 nucs 'mol-32-2b08-022209_2925'

Score:        2897
Aligned:      2919        nucs
Identic:      2917 (100%) nucs =>       664 (100%)      2253 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31393585,31394248] EXCISED REGION [31394250,31396504]
 second seq =>  [       1,     664] EXCISED REGION [     666,    2920]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31394249,31394249]
 second seq =>         1 nucs [665,665]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31394248,31394248] to [31394250,31394250]
 second seq =>         1 nucs [664,664] to [666,666]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31393585 GTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTA 31393644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTA 60

 31393645 CAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGT 31393704
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGT 120

 31393705 AAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGC 31393764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGC 180

 31393765 CAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCA 31393824
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCA 240

 31393825 TTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGC 31393884
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGC 300

 31393885 CAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATA 31393944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATA 360

 31393945 TTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGT 31394004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGT 420

 31394005 TTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAAC 31394064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAAC 480

 31394065 CATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATT 31394124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATT 540

 31394125 CTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAAT 31394184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAAT 600

 31394185 ATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTA 31394244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTA 660

 31394245 TCAG 31394248
          ||||
      661 TCAG 664

EXCISED REGION

 31394250 GAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGG 31394309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
      666 GAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATCTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGG 725

 31394310 CTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTA 31394369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      726 CTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTA 785

 31394370 TTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCA 31394429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      786 TTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCA 845

 31394430 AAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACA 31394489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      846 AAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACA 905

 31394490 GTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAAT 31394549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      906 GTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAAT 965

 31394550 GATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTG 31394609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      966 GATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTG 1025

 31394610 TTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTA 31394669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1026 TTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTA 1085

 31394670 GTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTT 31394729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1086 GTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTT 1145

 31394730 GACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAG 31394789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1146 GACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAG 1205

 31394790 GTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGA 31394849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1206 GTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGA 1265

 31394850 CTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATA 31394909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1266 CTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATA 1325

 31394910 TTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAAT 31394969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1326 TTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAAT 1385

 31394970 ATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCT 31395029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1386 ATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCT 1445

 31395030 CCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTA 31395089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1446 CCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTA 1505

 31395090 ATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCACAGAA 31395149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1506 ATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCACAGAA 1565

 31395150 ATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACTGGGA 31395209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1566 ATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACTGGGA 1625

 31395210 TTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCTTTGAAT 31395269
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     1626 TTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCCTTGAAT 1685

 31395270 CTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTGTTTT 31395329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1686 CTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTGTTTT 1745

 31395330 ATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATTTGGT 31395389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1746 ATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATTTGGT 1805

 31395390 TTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGATTGAT 31395449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1806 TTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGATTGAT 1865

 31395450 AGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATCTAGGTAAA 31395509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1866 AGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATCTAGGTAAA 1925

 31395510 TTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGCCAACACAA 31395569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1926 TTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGCCAACACAA 1985

 31395570 TTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTA 31395629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1986 TTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTA 2045

 31395630 TTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGT 31395689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2046 TTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGT 2105

 31395690 GTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTA 31395749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2106 GTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTA 2165

 31395750 CCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAAT 31395809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2166 CCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAAT 2225

 31395810 TCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGA 31395869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2226 TCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGA 2285

 31395870 TCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTG 31395929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2286 TCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTG 2345

 31395930 TTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATA 31395989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2346 TTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATA 2405

 31395990 AACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTAT 31396049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2406 AACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTAT 2465

 31396050 TATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTT 31396109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2466 TATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTT 2525

 31396110 TCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATT 31396169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2526 TCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATT 2585

 31396170 GTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTA 31396229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2586 GTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTA 2645

 31396230 ACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCC 31396289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2646 ACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCC 2705

 31396290 TTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCAC 31396349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2706 TTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCAC 2765

 31396350 TTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAAT 31396409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2766 TTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAAT 2825

 31396410 TTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCT 31396469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2826 TTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCT 2885

 31396470 GTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACA 31396504
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2886 GTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACA 2920

Alignment time is 2.49887 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2868] =>      2868 nucs 'mol-32-2e20-028566_2868'

Score:        2868
Aligned:      2868        nucs
Identic:      2868 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395624,31398491]
 second seq =>  [       1,    2868]

 31395624 CTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGT 31395683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGT 60

 31395684 TGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAAT 31395743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAAT 120

 31395744 GTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGG 31395803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGG 180

 31395804 GGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTT 31395863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTT 240

 31395864 GTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTT 31395923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTT 300

 31395924 AATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCT 31395983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCT 360

 31395984 AGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGT 31396043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGT 420

 31396044 TGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATT 31396103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATT 480

 31396104 TTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAA 31396163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAA 540

 31396164 TGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTA 31396223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTA 600

 31396224 GTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTT 31396283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTT 660

 31396284 AATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTC 31396343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTC 720

 31396344 TTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTG 31396403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTG 780

 31396404 ATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTT 31396463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTT 840

 31396464 TTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAA 31396523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAA 900

 31396524 AATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCA 31396583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCA 960

 31396584 GTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCT 31396643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCT 1020

 31396644 TGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGG 31396703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGG 1080

 31396704 CGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTT 31396763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTT 1140

 31396764 TCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCT 31396823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCT 1200

 31396824 GCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATC 31396883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATC 1260

 31396884 GTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGG 31396943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGG 1320

 31396944 GGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAA 31397003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAA 1380

 31397004 TTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATG 31397063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATG 1440

 31397064 GGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAA 31397123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAA 1500

 31397124 AGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGG 31397183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGG 1560

 31397184 AGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCC 31397243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCC 1620

 31397244 GGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTT 31397303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTT 1680

 31397304 ATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGC 31397363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 ATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGC 1740

 31397364 AGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATA 31397423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATA 1800

 31397424 GCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAG 31397483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAG 1860

 31397484 ACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCT 31397543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCT 1920

 31397544 CTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGG 31397603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGG 1980

 31397604 CGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTT 31397663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTT 2040

 31397664 GATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCA 31397723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCA 2100

 31397724 TGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACT 31397783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACT 2160

 31397784 TTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTG 31397843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTG 2220

 31397844 CAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTT 31397903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTT 2280

 31397904 GATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGC 31397963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGC 2340

 31397964 CATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGT 31398023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGT 2400

 31398024 ATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTA 31398083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 ATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTA 2460

 31398084 TCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACT 31398143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACT 2520

 31398144 TACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATC 31398203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATC 2580

 31398204 ATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTA 31398263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTA 2640

 31398264 AAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACA 31398323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACA 2700

 31398324 CCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTT 31398383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTT 2760

 31398384 GTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACT 31398443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACT 2820

 31398444 CTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTAT 31398491
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 CTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTAT 2868

Alignment time is 2.17934 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2106] =>      2106 nucs 'mol-32-2f12-065651_2106'

Score:        2105
Aligned:      2105        nucs
Identic:      2105 (100%) nucs =>       838 (100%)      1267 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31396129,31396966] EXCISED REGION [31396968,31398234]
 second seq =>  [       1,     838] EXCISED REGION [     840,    2106]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31396967,31396967]
 second seq =>         1 nucs [839,839]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31396966,31396966] to [31396968,31396968]
 second seq =>         1 nucs [838,838] to [840,840]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31396129 AAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAG 31396188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAG 60

 31396189 TGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTT 31396248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTT 120

 31396249 AGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTC 31396308
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTC 180

 31396309 CTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGT 31396368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGT 240

 31396369 TTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTT 31396428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTT 300

 31396429 TGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCC 31396488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCC 360

 31396489 TGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTA 31396548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTA 420

 31396549 TCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATC 31396608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATC 480

 31396609 TTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAG 31396668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAG 540

 31396669 TGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAA 31396728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAA 600

 31396729 TTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATAC 31396788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATAC 660

 31396789 CCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTC 31396848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTC 720

 31396849 TCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGT 31396908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGT 780

 31396909 CTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGG 31396966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGG 838

EXCISED REGION

 31396968 GAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAG 31397027
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 GAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAG 899

 31397028 AAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGA 31397087
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 AAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGA 959

 31397088 GATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAAT 31397147
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 GATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAAT 1019

 31397148 CATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAG 31397207
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 CATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAG 1079

 31397208 GAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCG 31397267
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 GAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCG 1139

 31397268 GAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAA 31397327
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 GAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAA 1199

 31397328 GTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTT 31397387
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 GTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTT 1259

 31397388 CAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGA 31397447
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 CAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGA 1319

 31397448 AGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGC 31397507
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 AGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGC 1379

 31397508 TGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGG 31397567
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGG 1439

 31397568 AGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTG 31397627
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 AGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTG 1499

 31397628 TTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCC 31397687
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCC 1559

 31397688 TTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCT 31397747
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 TTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCT 1619

 31397748 GCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCT 31397807
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 GCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCT 1679

 31397808 TTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACAC 31397867
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACAC 1739

 31397868 CATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTA 31397927
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 CATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTA 1799

 31397928 CAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTT 31397987
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 CAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTT 1859

 31397988 GTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTA 31398047
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTA 1919

 31398048 CTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTA 31398107
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 CTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTA 1979

 31398108 CCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAA 31398167
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 CCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAA 2039

 31398168 CACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCT 31398227
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 CACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCT 2099

 31398228 CTCGCAT 31398234
          |||||||
     2100 CTCGCAT 2106

Alignment time is 1.83862 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3394] =>      3394 nucs 'mol-32-2fc2-045880_3394'

Score:        3387
Aligned:      3387        nucs
Identic:      3387 (100%) nucs =>      2145 (100%)      1242 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31391241,31393385] EXCISED REGION [31393396,31394637]
 second seq =>  [       1,    2145] EXCISED REGION [    2153,    3394]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        10 nucs [31393386,31393395]
 second seq =>         7 nucs [2146,2152]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2146,2146] to [2153,2153]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         2 nucs [2146,2147] to [2151,2152]

 31391241 TACTGGTAGTAAACGCCACTCCATAGAAGCGGTGACCGGTTACCATAGAGACCGCGTCGG 31391300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TACTGGTAGTAAACGCCACTCCATAGAAGCGGTGACCGGTTACCATAGAGACCGCGTCGG 60

 31391301 GGTGGGCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTGCCACGGCCACATCAGCTCGGCCAGAAACGCG 31391360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GGTGGGCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTGCCACGGCCACATCAGCTCGGCCAGAAACGCG 120

 31391361 AACACGTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGAAGAAGAAGCCGGTCCGGAGTTCTGGCCGACA 31391420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AACACGTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGAAGAAGAAGCCGGTCCGGAGTTCTGGCCGACA 180

 31391421 GCAGGCGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTATGTGAAGTTAGGTAGGTCTGATGTCGTATAAA 31391480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCAGGCGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTATGTGAAGTTAGGTAGGTCTGATGTCGTATAAA 240

 31391481 GCGCGGAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGGGTGGGTAAAGCCGACTGTGAATGGAGAAGAT 31391540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCGCGGAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGGGTGGGTAAAGCCGACTGTGAATGGAGAAGAT 300

 31391541 TCCCAAGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCGGCTGTTTCGTTAAGTGTATATAGCTGTGGGA 31391600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCCCAAGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCGGCTGTTTCGTTAAGTGTATATAGCTGTGGGA 360

 31391601 AGAGGTTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGGTAGGGTCTCTCTTCTGGAGCGTGGAAGACTG 31391660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGAGGTTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGGTAGGGTCTCTCTTCTGGAGCGTGGAAGACTG 420

 31391661 GGGCATCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCTGTCTTTGCGAGGTCTCAGCGCCTCTCCAATA 31391720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGGCATCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCTGTCTTTGCGAGGTCTCAGCGCCTCTCCAATA 480

 31391721 ACAGGGGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGGTGCTGACGTTATTTCCCATATCATGCTCTCC 31391780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ACAGGGGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGGTGCTGACGTTATTTCCCATATCATGCTCTCC 540

 31391781 AGACAATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAAACTTTCAGAAGGAATGCCCCCAAATTTATTT 31391840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGACAATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAAACTTTCAGAAGGAATGCCCCCAAATTTATTT 600

 31391841 TAATTCTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTTTTTTATTCGTTCATTTTGTAAATATTCATTA 31391900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TAATTCTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTTTTTTATTCGTTCATTTTGTAAATATTCATTA 660

 31391901 AGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACTAGC 31391960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACTAGC 720

 31391961 AGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTTTAA 31392020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTTTAA 780

 31392021 TGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCATAC 31392080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCATAC 840

 31392081 TTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCT 31392140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCT 900

 31392141 CAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGT 31392200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGT 960

 31392201 ACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTC 31392260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 ACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTC 1020

 31392261 AGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAA 31392320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAA 1080

 31392321 AAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAAC 31392380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAAC 1140

 31392381 AAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGG 31392440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGG 1200

 31392441 GGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCA 31392500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCA 1260

 31392501 GTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAA 31392560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAA 1320

 31392561 ACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAG 31392620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAG 1380

 31392621 TTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATG 31392680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATG 1440

 31392681 TGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAA 31392740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAA 1500

 31392741 TAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTG 31392800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTG 1560

 31392801 ACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGG 31392860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGG 1620

 31392861 AATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTAT 31392920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTAT 1680

 31392921 TTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACC 31392980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACC 1740

 31392981 TAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCAT 31393040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCAT 1800

 31393041 CTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAA 31393100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAA 1860

 31393101 ACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATA 31393160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATA 1920

 31393161 TTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATG 31393220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATG 1980

 31393221 CATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATA 31393280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATA 2040

 31393281 TGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTT 31393340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTT 2100

 31393341 ATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 31393385
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 2145

EXCISED REGION

 31393396 GTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTC 31393455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2153 GTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTC 2212

 31393456 CGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCG 31393515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2213 CGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCG 2272

 31393516 CATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTG 31393575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2273 CATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTG 2332

 31393576 GTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTC 31393635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2333 GTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTC 2392

 31393636 CTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGT 31393695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2393 CTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGT 2452

 31393696 AGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGC 31393755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2453 AGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGC 2512

 31393756 TTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGT 31393815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2513 TTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGT 2572

 31393816 AAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTG 31393875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2573 AAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTG 2632

 31393876 TTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATT 31393935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2633 TTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATT 2692

 31393936 GTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGC 31393995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2693 GTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGC 2752

 31393996 CCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTA 31394055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2753 CCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTA 2812

 31394056 ATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGAC 31394115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2813 ATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGAC 2872

 31394116 TGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCT 31394175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2873 TGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCT 2932

 31394176 GCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCT 31394235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2933 GCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCT 2992

 31394236 AACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGT 31394295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2993 AACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGT 3052

 31394296 CTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGG 31394355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3053 CTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGG 3112

 31394356 ATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGAT 31394415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3113 ATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGAT 3172

 31394416 GCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCAC 31394475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3173 GCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCAC 3232

 31394476 TGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTT 31394535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3233 TGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTT 3292

 31394536 ATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTT 31394595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3293 ATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTT 3352

 31394596 TCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGA 31394637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3353 TCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGA 3394

Alignment time is 2.92066 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2276] =>      2276 nucs 'mol-32-2fd8-024675_2276'

Score:        2276
Aligned:      2276        nucs
Identic:      2276 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395972,31398247]
 second seq =>  [       1,    2276]

 31395972 CTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTG 31396031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTG 60

 31396032 AGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATAT 31396091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATAT 120

 31396092 TTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCT 31396151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCT 180

 31396152 AGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTA 31396211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTA 240

 31396212 ACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTC 31396271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTC 300

 31396272 TCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCA 31396331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCA 360

 31396332 CTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGT 31396391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGT 420

 31396392 TATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTC 31396451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTC 480

 31396452 TCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGC 31396511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGC 540

 31396512 CTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGA 31396571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGA 600

 31396572 AAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGC 31396631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGC 660

 31396632 AGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCA 31396691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCA 720

 31396692 CGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGC 31396751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGC 780

 31396752 CCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTG 31396811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTG 840

 31396812 CACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATC 31396871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATC 900

 31396872 TTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTT 31396931
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTT 960

 31396932 CTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAAT 31396991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAAT 1020

 31396992 AAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGT 31397051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGT 1080

 31397052 TTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGA 31397111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGA 1140

 31397112 ATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAG 31397171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAG 1200

 31397172 GTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATA 31397231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATA 1260

 31397232 GTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGG 31397291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGG 1320

 31397292 TACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAG 31397351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAG 1380

 31397352 ATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGC 31397411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGC 1440

 31397412 TCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGC 31397471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGC 1500

 31397472 AGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCT 31397531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCT 1560

 31397532 TGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGA 31397591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGA 1620

 31397592 ATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGT 31397651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGT 1680

 31397652 CTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCT 31397711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCT 1740

 31397712 TGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAG 31397771
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAG 1800

 31397772 CCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTA 31397831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTA 1860

 31397832 TATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCT 31397891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCT 1920

 31397892 TTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAAT 31397951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAAT 1980

 31397952 CATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAG 31398011
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAG 2040

 31398012 AGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCA 31398071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCA 2100

 31398072 CATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAA 31398131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAA 2160

 31398132 TGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGAT 31398191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGAT 2220

 31398192 CTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTC 31398247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTC 2276

Alignment time is 1.71894 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2350] =>      2350 nucs 'mol-32-2ff9-239688_2350'

Score:        2349
Aligned:      2349        nucs
Identic:      2349 (100%) nucs =>      1091 (100%)      1258 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395989,31397079] EXCISED REGION [31397081,31398338]
 second seq =>  [       1,    1091] EXCISED REGION [    1093,    2350]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31397080,31397080]
 second seq =>         1 nucs [1092,1092]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [31397078,31397080] to [31397079,31397081]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31397079,31397079] to [31397081,31397081]
 second seq =>         1 nucs [1091,1091] to [1093,1093]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31395989 AAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTA 31396048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTA 60

 31396049 TTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTT 31396108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTT 120

 31396109 TTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAAT 31396168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAAT 180

 31396169 TGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTT 31396228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTT 240

 31396229 AACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGC 31396288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGC 300

 31396289 CTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCA 31396348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCA 360

 31396349 CTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAA 31396408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAA 420

 31396409 TTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCC 31396468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCC 480

 31396469 TGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTA 31396528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTA 540

 31396529 TTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGC 31396588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGC 600

 31396589 TGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGC 31396648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGC 660

 31396649 CCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACA 31396708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACA 720

 31396709 GAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTT 31396768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTT 780

 31396769 TCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCA 31396828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCA 840

 31396829 TCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCC 31396888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCC 900

 31396889 TCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGG 31396948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGG 960

 31396949 TATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTT 31397008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTT 1020

 31397009 TCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAG 31397068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAG 1080

 31397069 TGGCCACGGAA 31397079
          |||||||||||
     1081 TGGCCACGGAA 1091

EXCISED REGION

 31397081 AGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGA 31397140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1093 AGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGA 1152

 31397141 TCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATT 31397200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1153 TCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATT 1212

 31397201 GTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTT 31397260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1213 GTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTT 1272

 31397261 GGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGA 31397320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1273 GGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGA 1332

 31397321 AGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAG 31397380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1333 AGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAG 1392

 31397381 AGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGG 31397440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1393 AGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGG 1452

 31397441 AGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATA 31397500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1453 AGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATA 1512

 31397501 ATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTG 31397560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1513 ATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTG 1572

 31397561 TTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCC 31397620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1573 TTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCC 1632

 31397621 CATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGG 31397680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1633 CATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGG 1692

 31397681 TTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTC 31397740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1693 TTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTC 1752

 31397741 GCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTG 31397800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1753 GCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTG 1812

 31397801 TTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATT 31397860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1813 TTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATT 1872

 31397861 AATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCT 31397920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1873 AATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCT 1932

 31397921 TATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGT 31397980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1933 TATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGT 1992

 31397981 TAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTG 31398040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1993 TAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTG 2052

 31398041 TATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGC 31398100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2053 TATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGC 2112

 31398101 TTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTG 31398160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2113 TTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTG 2172

 31398161 TCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCT 31398220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2173 TCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCT 2232

 31398221 AGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGT 31398280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2233 AGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGT 2292

 31398281 TTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACA 31398338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2293 TTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACA 2350

Alignment time is 2.0278 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    6287] =>      6287 nucs 'mol-32-2ff9-289242_6287'

Score:        6287
Aligned:      6287        nucs
Identic:      6287 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31396343,31402629]
 second seq =>  [       1,    6287]

 31396343 CTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATT 31396402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATT 60

 31396403 GATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCT 31396462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCT 120

 31396463 TTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAA 31396522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAA 180

 31396523 AAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCC 31396582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCC 240

 31396583 AGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGC 31396642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGC 300

 31396643 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGG 31396702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGG 360

 31396703 GCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATT 31396762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATT 420

 31396763 TTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTC 31396822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTC 480

 31396823 TGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAAT 31396882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAAT 540

 31396883 CGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAG 31396942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAG 600

 31396943 GGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAA 31397002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAA 660

 31397003 ATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTAT 31397062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTAT 720

 31397063 GGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAA 31397122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAA 780

 31397123 AAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAG 31397182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAG 840

 31397183 GAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGC 31397242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGC 900

 31397243 CGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTT 31397302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTT 960

 31397303 TATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAG 31397362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAG 1020

 31397363 CAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGAT 31397422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGAT 1080

 31397423 AGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGA 31397482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGA 1140

 31397483 GACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGC 31397542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGC 1200

 31397543 TCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTG 31397602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTG 1260

 31397603 GCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATT 31397662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATT 1320

 31397663 TGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCC 31397722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCC 1380

 31397723 ATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAAC 31397782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAAC 1440

 31397783 TTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCT 31397842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCT 1500

 31397843 GCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGT 31397902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGT 1560

 31397903 TGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGG 31397962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGG 1620

 31397963 CCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTG 31398022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTG 1680

 31398023 TATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTT 31398082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTT 1740

 31398083 ATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTAC 31398142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 ATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTAC 1800

 31398143 TTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGAT 31398202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGAT 1860

 31398203 CATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCT 31398262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCT 1920

 31398263 AAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAAC 31398322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAAC 1980

 31398323 ACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCT 31398382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCT 2040

 31398383 TGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTAC 31398442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTAC 2100

 31398443 TCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGC 31398502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGC 2160

 31398503 ATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTAT 31398562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTAT 2220

 31398563 TCTTGTTTCCCAATTAGAACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACA 31398622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TCTTGTTTCCCAATTAGAACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACA 2280

 31398623 AAACAGTTGGAGAATAAAATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAA 31398682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AAACAGTTGGAGAATAAAATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAA 2340

 31398683 AGGCACACGTATTACATGTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTG 31398742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AGGCACACGTATTACATGTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTG 2400

 31398743 CACAATTAGGTGTTTAGATAAAATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACAT 31398802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 CACAATTAGGTGTTTAGATAAAATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACAT 2460

 31398803 ATTGATTTAGTAAATACTGTTTCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGG 31398862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATTGATTTAGTAAATACTGTTTCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGG 2520

 31398863 GTCCTGATTCTGAAAAAATTCTTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACAT 31398922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GTCCTGATTCTGAAAAAATTCTTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACAT 2580

 31398923 ATTTACGTAAAGTGCAGAATTAGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATT 31398982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATTTACGTAAAGTGCAGAATTAGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATT 2640

 31398983 ATAGACATACATATTGGCCTGCCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTG 31399042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 ATAGACATACATATTGGCCTGCCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTG 2700

 31399043 AACCAACATTTTTCAGCACTGTTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTG 31399102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AACCAACATTTTTCAGCACTGTTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTG 2760

 31399103 TGAATTGATTTTTAAAATTTTTTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCA 31399162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TGAATTGATTTTTAAAATTTTTTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCA 2820

 31399163 TTGCTTTGAAATGGTCTAGGGTCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCA 31399222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TTGCTTTGAAATGGTCTAGGGTCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCA 2880

 31399223 GTTATGCATGTGAAAATTGCTATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCA 31399282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 GTTATGCATGTGAAAATTGCTATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCA 2940

 31399283 AATTGAGAACTGGGGGTCTTTTCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGT 31399342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AATTGAGAACTGGGGGTCTTTTCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGT 3000

 31399343 TGGAAAAGAGTTATTGTGTTGGAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCT 31399402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TGGAAAAGAGTTATTGTGTTGGAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCT 3060

 31399403 TGAAGAAAATCCATGTAATTTGAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTG 31399462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 TGAAGAAAATCCATGTAATTTGAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTG 3120

 31399463 GAAGGGTGTAAAATACCACTTAATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAG 31399522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GAAGGGTGTAAAATACCACTTAATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAG 3180

 31399523 AAATGGTTATATATAGATTAGCTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAA 31399582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 AAATGGTTATATATAGATTAGCTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAA 3240

 31399583 AAGAAAGTAGAAAGGGGACCTGTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAA 31399642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 AAGAAAGTAGAAAGGGGACCTGTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAA 3300

 31399643 GGGAGTGAAGAACAATTCTTTAAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATC 31399702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 GGGAGTGAAGAACAATTCTTTAAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATC 3360

 31399703 TTGATTACAGGAAAGGTACTTAGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGT 31399762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TTGATTACAGGAAAGGTACTTAGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGT 3420

 31399763 GTTGTAAGTAAAAATCTGGAAGATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTT 31399822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GTTGTAAGTAAAAATCTGGAAGATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTT 3480

 31399823 ACCATAGTTAACTATTTAGCTGTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACG 31399882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 ACCATAGTTAACTATTTAGCTGTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACG 3540

 31399883 TAACAATAAATAGTTATGTCATAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTTTTTCGTGATAA 31399942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TAACAATAAATAGTTATGTCATAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTTTTTCGTGATAA 3600

 31399943 AAGTGGTAGGAATAGCATTTTAAATGAATAACTTTAGCTAACATGTAGCACTGCGTATCA 31400002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 AAGTGGTAGGAATAGCATTTTAAATGAATAACTTTAGCTAACATGTAGCACTGCGTATCA 3660

 31400003 GATACTCTTGTAATCACTTCATGTGAATTATTCAACTCTGCAAAGTGCAATATCATTATT 31400062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 GATACTCTTGTAATCACTTCATGTGAATTATTCAACTCTGCAAAGTGCAATATCATTATT 3720

 31400063 ATTTCTAATATATAGATGGGTAAACCAAGGCTCAGAGATTAAGTAACATACTGACTAGCA 31400122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 ATTTCTAATATATAGATGGGTAAACCAAGGCTCAGAGATTAAGTAACATACTGACTAGCA 3780

 31400123 GCAAGAAATTATGACACACTTTACATATACTTTGAAAACTGTATTAAAAAAAAGCAGGCA 31400182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 GCAAGAAATTATGACACACTTTACATATACTTTGAAAACTGTATTAAAAAAAAGCAGGCA 3840

 31400183 GTCAGTTACCTTTCCAGTGGTTTTTTTTTTAATATTCCTATCGCATAAATGCAGCAATAA 31400242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 GTCAGTTACCTTTCCAGTGGTTTTTTTTTTAATATTCCTATCGCATAAATGCAGCAATAA 3900

 31400243 TAGATTATATCTTTAGAGAAAAGGTATTATTTATGTTAAAGGTACAGACTAGTGAAAAGT 31400302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TAGATTATATCTTTAGAGAAAAGGTATTATTTATGTTAAAGGTACAGACTAGTGAAAAGT 3960

 31400303 TAAGCGTGAGCTCTAGAGGGAGGGAAGGAAATTACACTAGAAACTTGGTGAAAAGTGTGA 31400362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 TAAGCGTGAGCTCTAGAGGGAGGGAAGGAAATTACACTAGAAACTTGGTGAAAAGTGTGA 4020

 31400363 AAGGTGGCAGTGTGGTGTTGTGGAAACCTGAGTTCTTATCATGCCTGATTATTAGTTAAT 31400422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 AAGGTGGCAGTGTGGTGTTGTGGAAACCTGAGTTCTTATCATGCCTGATTATTAGTTAAT 4080

 31400423 GACATTTACTTCCCCAATTCTTGAGGAATGTAAAAATATCTTAAGAAGTTCATTTTCTTT 31400482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 GACATTTACTTCCCCAATTCTTGAGGAATGTAAAAATATCTTAAGAAGTTCATTTTCTTT 4140

 31400483 TATCTTAGCCATTTCCAGTAAAATTGTGCTAGGACAACTAAGGTGTGTCTTAACATACAT 31400542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 TATCTTAGCCATTTCCAGTAAAATTGTGCTAGGACAACTAAGGTGTGTCTTAACATACAT 4200

 31400543 AAACTGCATGGATCTGAGTTTCTTCATCTGTAAAAATGAGATGCTTATACTATGTTACTC 31400602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 AAACTGCATGGATCTGAGTTTCTTCATCTGTAAAAATGAGATGCTTATACTATGTTACTC 4260

 31400603 TCTAAAGCCAGCTCTGGTATTTGTTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTCTATTATATTTTCA 31400662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TCTAAAGCCAGCTCTGGTATTTGTTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTCTATTATATTTTCA 4320

 31400663 TTTGTCCTCTAGCTCAGGGGTCCCCAGTCCCCGCGCTGCAAACCAGTACTGGTCCATGGC 31400722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TTTGTCCTCTAGCTCAGGGGTCCCCAGTCCCCGCGCTGCAAACCAGTACTGGTCCATGGC 4380

 31400723 CAGTTAGGAACCAGGCCATGCAGCAGGTGGTGCGGAGCCAGTGTGCGAGTGTTACCACCT 31400782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 CAGTTAGGAACCAGGCCATGCAGCAGGTGGTGCGGAGCCAGTGTGCGAGTGTTACCACCT 4440

 31400783 GAGCTCTGCATCCTGTCAGATCCACTGTGGCACTGGGTTCTCATAGGAGCACAAACCTAT 31400842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 GAGCTCTGCATCCTGTCAGATCCACTGTGGCACTGGGTTCTCATAGGAGCACAAACCTAT 4500

 31400843 TGTGAACTGTGCATGTGAGGGATGTAGGTCGCACATTCCTTATGAGAATCTAATTAATGC 31400902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TGTGAACTGTGCATGTGAGGGATGTAGGTCGCACATTCCTTATGAGAATCTAATTAATGC 4560

 31400903 CTGATGAACTGAGGTGGAACAGTTTCATTCTGAAACCATACTCCCTACACCCCCATCCAT 31400962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 CTGATGAACTGAGGTGGAACAGTTTCATTCTGAAACCATACTCCCTACACCCCCATCCAT 4620

 31400963 GGAAAAATTGTTTTCCACAAAACTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGGTTGGGGACCGCTGCTC 31401022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 GGAAAAATTGTTTTCCACAAAACTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGGTTGGGGACCGCTGCTC 4680

 31401023 TCGCTGACCCACCAAGTCTGAGAATTTTTTTCTTAATTTAACATACTGTAAGTAACTTTT 31401082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 TCGCTGACCCACCAAGTCTGAGAATTTTTTTCTTAATTTAACATACTGTAAGTAACTTTT 4740

 31401083 GGCAACCCAAGATTGGTTTGTTGACTCATAATGGATGCAATTTAAACAGAACAATTAATT 31401142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 GGCAACCCAAGATTGGTTTGTTGACTCATAATGGATGCAATTTAAACAGAACAATTAATT 4800

 31401143 GAGACTGCAGTGGTAATCTGTCTCTCATTTGCCATGTTTTTAAGATGAAAAATATCCCCT 31401202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 GAGACTGCAGTGGTAATCTGTCTCTCATTTGCCATGTTTTTAAGATGAAAAATATCCCCT 4860

 31401203 TTATGGCTTGTTTAAAATGTCATCGTTGATAATGCTTTTAAGTTAGAAAATCTGAGTATA 31401262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 TTATGGCTTGTTTAAAATGTCATCGTTGATAATGCTTTTAAGTTAGAAAATCTGAGTATA 4920

 31401263 AATGCTCCACAGTTTCCTTTTACAGACAGTGAAAGAAATAAATCTTTTTTTTTTTCTTTT 31401322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 AATGCTCCACAGTTTCCTTTTACAGACAGTGAAAGAAATAAATCTTTTTTTTTTTCTTTT 4980

 31401323 GAGACAGAGTCTCACCCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTAGTCTCACTG 31401382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 GAGACAGAGTCTCACCCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTAGTCTCACTG 5040

 31401383 CAACCTCCACTTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTCCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAT 31401442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 CAACCTCCACTTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTCCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGAT 5100

 31401443 TACAGGCGCCCGCTACCACACTCAGCTAATTTTTTTTTCTTTTTTTGTATTTTTAGTAGA 31401502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 TACAGGCGCCCGCTACCACACTCAGCTAATTTTTTTTTCTTTTTTTGTATTTTTAGTAGA 5160

 31401503 GACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAAGCTGGTCTTGACCTCCTGACCTCAGGTGATCCACC 31401562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 GACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAAGCTGGTCTTGACCTCCTGACCTCAGGTGATCCACC 5220

 31401563 CGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGATTATGGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCTGAAAGA 31401622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 CGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGGGATTATGGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCTGAAAGA 5280

 31401623 AATCTTAAAATAACTTTCTAATTATCATCTGACTTACCTAGCTGATAGGAAATCTATGAA 31401682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 AATCTTAAAATAACTTTCTAATTATCATCTGACTTACCTAGCTGATAGGAAATCTATGAA 5340

 31401683 GAGATGATTTAGGGCATTATTATATTTATCACATAGTCTAGCTTAAAAGAATTATAGCGT 31401742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 GAGATGATTTAGGGCATTATTATATTTATCACATAGTCTAGCTTAAAAGAATTATAGCGT 5400

 31401743 TTCAGAAACTGAAAGAATCTAGCTAAAAGAATCATAGAATGTCAAAAACTAAAGAAAGAG 31401802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 TTCAGAAACTGAAAGAATCTAGCTAAAAGAATCATAGAATGTCAAAAACTAAAGAAAGAG 5460

 31401803 ATTGAGGATGTGGAAGATGAGCACAGAAAAGTAGAACAAAGACACATAATAAATATTCAA 31401862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 ATTGAGGATGTGGAAGATGAGCACAGAAAAGTAGAACAAAGACACATAATAAATATTCAA 5520

 31401863 AATCGAGTAACATGCAACGAACTTACAGACCAAAAATCATTTTCAACCAGTATTATTAAG 31401922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 AATCGAGTAACATGCAACGAACTTACAGACCAAAAATCATTTTCAACCAGTATTATTAAG 5580

 31401923 CAAACATTAACATGGGAAAAGTGAAAGTTTTGTTTTAAAATATATTCACATTTAGAATTT 31401982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 CAAACATTAACATGGGAAAAGTGAAAGTTTTGTTTTAAAATATATTCACATTTAGAATTT 5640

 31401983 CCTTATGATTTGGCGTATGTTATTTTCAGTTACGCCAAAATACAAAGACAGGAAAACATT 31402042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 CCTTATGATTTGGCGTATGTTATTTTCAGTTACGCCAAAATACAAAGACAGGAAAACATT 5700

 31402043 TTTGTCAGTCCTTTCTGAAGGGATTAATATCCCACTTTTGTTAAATTTTTGGAGTTCTAG 31402102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 TTTGTCAGTCCTTTCTGAAGGGATTAATATCCCACTTTTGTTAAATTTTTGGAGTTCTAG 5760

 31402103 AAACTAGGGTGATAGTTGTTTTACTTTTTCTTTTATTTTTATAAAATAACTCGAACTTTA 31402162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 AAACTAGGGTGATAGTTGTTTTACTTTTTCTTTTATTTTTATAAAATAACTCGAACTTTA 5820

 31402163 TTATGTTTCTTATTAGGATGTATTTCTTTTAGGCATTTAAAAAATAAACTTTATTGAGGT 31402222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 TTATGTTTCTTATTAGGATGTATTTCTTTTAGGCATTTAAAAAATAAACTTTATTGAGGT 5880

 31402223 ATAATTTATATGCAATAAAGTGTACCTATTTTAGTACATTTCAGTGAGTCTTGACTACAT 31402282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 ATAATTTATATGCAATAAAGTGTACCTATTTTAGTACATTTCAGTGAGTCTTGACTACAT 5940

 31402283 GTATGTGTATAATCAACACCATATCAAGATATAGAACATTTTCATCTCAGAAAGTTCCTT 31402342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 GTATGTGTATAATCAACACCATATCAAGATATAGAACATTTTCATCTCAGAAAGTTCCTT 6000

 31402343 TATGCTTCTCATTCTTCCCTGGGCAACCATGGATCTGCTTTCTGTTGCTATAGATTTCTT 31402402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 TATGCTTCTCATTCTTCCCTGGGCAACCATGGATCTGCTTTCTGTTGCTATAGATTTCTT 6060

 31402403 GAGCCATTATTTTAGGCTCTAAAAACATCTTGATGTTTTATTTGGCCTTTAATGAACCAT 31402462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 GAGCCATTATTTTAGGCTCTAAAAACATCTTGATGTTTTATTTGGCCTTTAATGAACCAT 6120

 31402463 ATTAGTAAAGATTTTTAAAGAGAGATTAATTTATCCCTTCACCCACTCCCAAAGAGTAAA 31402522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 ATTAGTAAAGATTTTTAAAGAGAGATTAATTTATCCCTTCACCCACTCCCAAAGAGTAAA 6180

 31402523 TCTTATTATAGCACATTACATAGTATACTTTCAACCAAAATGTTTTGTAAGAAGTCTGAT 31402582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 TCTTATTATAGCACATTACATAGTATACTTTCAACCAAAATGTTTTGTAAGAAGTCTGAT 6240

 31402583 TAGTGCATTTGGGTATGTTTTATAAGAAGTCTGATTAGTGCATTCGG 31402629
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 TAGTGCATTTGGGTATGTTTTATAAGAAGTCTGATTAGTGCATTCGG 6287

Alignment time is 4.74804 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2843] =>      2843 nucs 'mol-32-300f-054216_2843'

Score:        2843
Aligned:      2843        nucs
Identic:      2843 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395496,31398338]
 second seq =>  [       1,    2843]

 31395496 ACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATT 31395555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATT 60

 31395556 TTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAAT 31395615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAAT 120

 31395616 CTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAA 31395675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAA 180

 31395676 TGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAA 31395735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAA 240

 31395736 CCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTAT 31395795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTAT 300

 31395796 CAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTAT 31395855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTAT 360

 31395856 TTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTT 31395915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTT 420

 31395916 TCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTC 31395975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTC 480

 31395976 TCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGG 31396035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGG 540

 31396036 ATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGT 31396095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGT 600

 31396096 CTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCC 31396155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCC 660

 31396156 CCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCA 31396215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCA 720

 31396216 TTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAA 31396275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAA 780

 31396276 AGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTC 31396335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTC 840

 31396336 TTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATC 31396395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATC 900

 31396396 ATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTC 31396455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTC 960

 31396456 CTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTT 31396515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTT 1020

 31396516 TTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGT 31396575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGT 1080

 31396576 GTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGA 31396635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGA 1140

 31396636 GGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCC 31396695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCC 1200

 31396696 AGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTG 31396755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTG 1260

 31396756 AACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACT 31396815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACT 1320

 31396816 TGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAG 31396875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAG 1380

 31396876 TTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCT 31396935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCT 1440

 31396936 AAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAA 31396995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAA 1500

 31396996 GGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTAC 31397055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTAC 1560

 31397056 ACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAA 31397115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAA 1620

 31397116 TTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAA 31397175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAA 1680

 31397176 GAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTG 31397235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTG 1740

 31397236 CAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACC 31397295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACC 1800

 31397296 TTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGA 31397355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGA 1860

 31397356 AGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCT 31397415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 AGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCT 1920

 31397416 TGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGC 31397475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGC 1980

 31397476 AACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAA 31397535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAA 2040

 31397536 TTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCA 31397595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCA 2100

 31397596 TGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCA 31397655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCA 2160

 31397656 CAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCC 31397715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCC 2220

 31397716 TGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGT 31397775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGT 2280

 31397776 GTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATC 31397835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATC 2340

 31397836 TTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTT 31397895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTT 2400

 31397896 TCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATA 31397955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATA 2460

 31397956 ATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTA 31398015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTA 2520

 31398016 GTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATC 31398075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATC 2580

 31398076 TGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAA 31398135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAA 2640

 31398136 GGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAG 31398195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 GGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAG 2700

 31398196 GCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATT 31398255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATT 2760

 31398256 GCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCC 31398315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCC 2820

 31398316 ATAGAACACCTCATTTATGCACA 31398338
          |||||||||||||||||||||||
     2821 ATAGAACACCTCATTTATGCACA 2843

Alignment time is 2.66242 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2222] =>      2222 nucs 'mol-32-3025-084964_2222'

Score:        2222
Aligned:      2222        nucs
Identic:      2222 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395995,31398216]
 second seq =>  [       1,    2222]

 31395995 ACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTT 31396054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTT 60

 31396055 TGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCG 31396114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCG 120

 31396115 TAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGAT 31396174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGAT 180

 31396175 TTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAG 31396234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAG 240

 31396235 TCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCG 31396294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCG 300

 31396295 TTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAG 31396354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAG 360

 31396355 ACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCC 31396414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCC 420

 31396415 ATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTT 31396474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTT 480

 31396475 TTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTC 31396534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTC 540

 31396535 CTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGT 31396594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGT 600

 31396595 TCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGA 31396654
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGA 660

 31396655 GTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAA 31396714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAA 720

 31396715 GACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTT 31396774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTT 780

 31396775 TAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACT 31396834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACT 840

 31396835 ACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCA 31396894
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCA 900

 31396895 GCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGC 31396954
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGC 960

 31396955 TGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCT 31397014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCT 1020

 31397015 GCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCA 31397074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCA 1080

 31397075 CGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGA 31397134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGA 1140

 31397135 ATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTC 31397194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTC 1200

 31397195 TTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGT 31397254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGT 1260

 31397255 AGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGA 31397314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGA 1320

 31397315 AGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACA 31397374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACA 1380

 31397375 GGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATAC 31397434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATAC 1440

 31397435 TATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCT 31397494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCT 1500

 31397495 GATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCC 31397554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCC 1560

 31397555 CATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGG 31397614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGG 1620

 31397615 TTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTAT 31397674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTAT 1680

 31397675 AAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATG 31397734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 AAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATG 1740

 31397735 CTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTA 31397794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTA 1800

 31397795 AACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAA 31397854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAA 1860

 31397855 TGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGT 31397914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGT 1920

 31397915 GGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATG 31397974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATG 1980

 31397975 TTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAG 31398034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAG 2040

 31398035 CACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAG 31398094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAG 2100

 31398095 ATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGT 31398154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 ATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGT 2160

 31398155 GGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCT 31398214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCT 2220

 31398215 GA 31398216
          ||
     2221 GA 2222

Alignment time is 1.77043 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2564] =>      2564 nucs 'mol-32-3025-137843_2564'

Score:        2564
Aligned:      2564        nucs
Identic:      2564 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395618,31398181]
 second seq =>  [       1,    2564]

 31395618 GTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATG 31395677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATG 60

 31395678 TTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACC 31395737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACC 120

 31395738 TTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCA 31395797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCA 180

 31395798 GCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTT 31395857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTT 240

 31395858 AAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTC 31395917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTC 300

 31395918 TCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTC 31395977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTC 360

 31395978 ATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGAT 31396037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGAT 420

 31396038 TCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCT 31396097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCT 480

 31396098 GTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCC 31396157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCC 540

 31396158 ATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATT 31396217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATT 600

 31396218 TTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAG 31396277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAG 660

 31396278 GTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTT 31396337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTT 720

 31396338 TGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCAT 31396397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCAT 780

 31396398 TTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCT 31396457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCT 840

 31396458 GTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTT 31396517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTT 900

 31396518 TTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGT 31396577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGT 960

 31396578 GAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGG 31396637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGG 1020

 31396638 ATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAG 31396697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAG 1080

 31396698 CCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAA 31396757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAA 1140

 31396758 CTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTG 31396817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTG 1200

 31396818 CACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTT 31396877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTT 1260

 31396878 GTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAA 31396937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAA 1320

 31396938 GACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGG 31396997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGG 1380

 31396998 TTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACAC 31397057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACAC 1440

 31397058 TGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATT 31397117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATT 1500

 31397118 AACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGA 31397177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGA 1560

 31397178 GATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCA 31397237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCA 1620

 31397238 ATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTT 31397297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTT 1680

 31397298 CTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAG 31397357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAG 1740

 31397358 TGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTG 31397417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTG 1800

 31397418 TAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAA 31397477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAA 1860

 31397478 CAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATT 31397537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATT 1920

 31397538 GTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATG 31397597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATG 1980

 31397598 GGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACA 31397657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACA 2040

 31397658 AGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTG 31397717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTG 2100

 31397718 CTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGT 31397777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGT 2160

 31397778 GGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTT 31397837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTT 2220

 31397838 TATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTC 31397897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTC 2280

 31397898 TTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAAT 31397957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 TTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAAT 2340

 31397958 TATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGT 31398017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGT 2400

 31398018 AAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTG 31398077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 AAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTG 2460

 31398078 GTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGG 31398137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGG 2520

 31398138 CTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAA 31398181
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 CTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAA 2564

Alignment time is 2.81229 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2284] =>      2284 nucs 'mol-32-3030-104287_2284'

Score:        2284
Aligned:      2284        nucs
Identic:      2284 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395941,31398224]
 second seq =>  [       1,    2284]

 31395941 AATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACT 31396000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACT 60

 31396001 TATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCAT 31396060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCAT 120

 31396061 GGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGT 31396120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGT 180

 31396121 TTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGG 31396180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGG 240

 31396181 CTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTC 31396240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTC 300

 31396241 TCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTC 31396300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTC 360

 31396301 AATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAG 31396360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAG 420

 31396361 GTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCT 31396420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCT 480

 31396421 TCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTC 31396480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTC 540

 31396481 TTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTC 31396540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTC 600

 31396541 TGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACAC 31396600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACAC 660

 31396601 TTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAA 31396660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAA 720

 31396661 GGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCT 31396720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCT 780

 31396721 CTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGG 31396780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGG 840

 31396781 CCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCA 31396840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCA 900

 31396841 CCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCC 31396900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCC 960

 31396901 TGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAG 31396960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAG 1020

 31396961 ATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTT 31397020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTT 1080

 31397021 CTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAA 31397080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAA 1140

 31397081 AGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGA 31397140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGA 1200

 31397141 TCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATT 31397200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATT 1260

 31397201 GTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTT 31397260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTT 1320

 31397261 GGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGA 31397320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGA 1380

 31397321 AGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAG 31397380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAG 1440

 31397381 AGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGG 31397440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGG 1500

 31397441 AGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATA 31397500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATA 1560

 31397501 ATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTG 31397560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTG 1620

 31397561 TTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCC 31397620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCC 1680

 31397621 CATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGG 31397680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGG 1740

 31397681 TTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTC 31397740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTC 1800

 31397741 GCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTG 31397800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTG 1860

 31397801 TTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATT 31397860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATT 1920

 31397861 AATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCT 31397920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 AATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCT 1980

 31397921 TATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGT 31397980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGT 2040

 31397981 TAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTG 31398040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTG 2100

 31398041 TATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGC 31398100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGC 2160

 31398101 TTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTG 31398160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTG 2220

 31398161 TCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCT 31398220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCT 2280

 31398221 AGAT 31398224
          ||||
     2281 AGAT 2284

Alignment time is 2.05804 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2537] =>      2537 nucs 'mol-32-3030-108523_2537'

Score:        2537
Aligned:      2537        nucs
Identic:      2537 (100%) nucs =>       183 (100%)      2354 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395690,31395872] EXCISED REGION [31395874,31398227]
 second seq =>  [       1,     183] EXCISED REGION [     184,    2537]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31395873,31395873]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        10 nucs [31395873,31395882] to [31395874,31395883]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31395690 GTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTA 31395749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTA 60

 31395750 CCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAAT 31395809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAAT 120

 31395810 TCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGA 31395869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGA 180

 31395870 TCC 31395872
          |||
      181 TCC 183

EXCISED REGION

 31395874 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 31395933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      184 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 243

 31395934 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 31395993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      244 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 303

 31395994 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 31396053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      304 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 363

 31396054 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 31396113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      364 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 423

 31396114 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 31396173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      424 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 483

 31396174 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 31396233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      484 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 543

 31396234 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 31396293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      544 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 603

 31396294 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 31396353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      604 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 663

 31396354 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 31396413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      664 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 723

 31396414 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 31396473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      724 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 783

 31396474 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 31396533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      784 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 843

 31396534 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 31396593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      844 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 903

 31396594 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 31396653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      904 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 963

 31396654 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 31396713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      964 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 1023

 31396714 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 31396773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1024 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 1083

 31396774 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 31396833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1084 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 1143

 31396834 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 31396893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1144 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 1203

 31396894 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 31396953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1204 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 1263

 31396954 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 31397013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1264 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 1323

 31397014 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 31397073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1324 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 1383

 31397074 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 31397133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1384 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 1443

 31397134 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 31397193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1444 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 1503

 31397194 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 31397253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1504 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 1563

 31397254 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 31397313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 1623

 31397314 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 31397373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 1683

 31397374 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 31397433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1684 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 1743

 31397434 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 31397493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1744 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 1803

 31397494 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 31397553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1804 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 1863

 31397554 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 31397613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 1923

 31397614 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 31397673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 1983

 31397674 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 31397733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 2043

 31397734 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 31397793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 2103

 31397794 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 31397853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 2163

 31397854 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 31397913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2164 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 2223

 31397914 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 31397973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 2283

 31397974 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 31398033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2284 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 2343

 31398034 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 31398093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2344 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 2403

 31398094 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 31398153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2404 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 2463

 31398154 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 31398213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 2523

 31398214 TGACTCTAGATTCT 31398227
          ||||||||||||||
     2524 TGACTCTAGATTCT 2537

Alignment time is 2.22539 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2287] =>      2287 nucs 'mol-32-3030-173316_2287'

Score:        2287
Aligned:      2287        nucs
Identic:      2287 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31396026,31398312]
 second seq =>  [       1,    2287]

 31396026 ACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCT 31396085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCT 60

 31396086 GTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGT 31396145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGT 120

 31396146 TATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGA 31396205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGA 180

 31396206 GGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACT 31396265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACT 240

 31396266 CCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATG 31396325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATG 300

 31396326 AACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGA 31396385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGA 360

 31396386 ATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGT 31396445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGT 420

 31396446 CTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACAT 31396505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACAT 480

 31396506 TTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAG 31396565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAG 540

 31396566 GGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGC 31396625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGC 600

 31396626 TGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTC 31396685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTC 660

 31396686 ACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGT 31396745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGT 720

 31396746 GGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATG 31396805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATG 780

 31396806 CCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAA 31396865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAA 840

 31396866 ATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATG 31396925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATG 900

 31396926 ATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGAC 31396985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGAC 960

 31396986 TGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGA 31397045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGA 1020

 31397046 ACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGA 31397105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 ACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGA 1080

 31397106 GTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAG 31397165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAG 1140

 31397166 CTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAA 31397225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAA 1200

 31397226 AAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTC 31397285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTC 1260

 31397286 ATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGG 31397345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGG 1320

 31397346 TGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGG 31397405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 TGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGG 1380

 31397406 GAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCT 31397465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCT 1440

 31397466 GGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATC 31397525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 GGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATC 1500

 31397526 TCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGAT 31397585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGAT 1560

 31397586 AATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGA 31397645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGA 1620

 31397646 ATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATT 31397705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 ATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATT 1680

 31397706 CTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCT 31397765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCT 1740

 31397766 CCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCC 31397825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCC 1800

 31397826 CGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGC 31397885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGC 1860

 31397886 CCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATT 31397945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATT 1920

 31397946 TATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAA 31398005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAA 1980

 31398006 GTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATG 31398065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATG 2040

 31398066 CTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTG 31398125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTG 2100

 31398126 AGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGT 31398185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 AGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGT 2160

 31398186 TATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACT 31398245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACT 2220

 31398246 TCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTT 31398305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTT 2280

 31398306 CTGGATT 31398312
          |||||||
     2281 CTGGATT 2287

Alignment time is 2.62964 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3063] =>      3063 nucs 'mol-32-3030-173337_3063'

Score:        3063
Aligned:      3063        nucs
Identic:      3063 (100%) nucs =>      1464 (100%)      1599 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31391898,31393361] EXCISED REGION [31393364,31394962]
 second seq =>  [       1,    1464] EXCISED REGION [    1465,    3063]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [31393362,31393363]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        24 nucs [31393362,31393385] to [31393364,31393387]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31393362,31393362] to [31393363,31393363]
 second seq =>         0 nucs

 31391898 TTAAGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACT 31391957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAAGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACT 60

 31391958 AGCAGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTT 31392017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGCAGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTT 120

 31392018 TAATGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCA 31392077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TAATGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCA 180

 31392078 TACTTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTT 31392137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TACTTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTT 240

 31392138 CCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGC 31392197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGC 300

 31392198 AGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTA 31392257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTA 360

 31392258 TTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGC 31392317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGC 420

 31392318 CAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAA 31392377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAA 480

 31392378 AACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATG 31392437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 AACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATG 540

 31392438 AGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATA 31392497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATA 600

 31392498 CCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGA 31392557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGA 660

 31392558 AAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTT 31392617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTT 720

 31392618 GAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTAT 31392677
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTAT 780

 31392678 ATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACA 31392737
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACA 840

 31392738 TAATAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGC 31392797
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TAATAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGC 900

 31392798 CTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAA 31392857
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAA 960

 31392858 AGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTT 31392917
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTT 1020

 31392918 TATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTT 31392977
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTT 1080

 31392978 ACCTAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCT 31393037
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACCTAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCT 1140

 31393038 CATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGT 31393097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGT 1200

 31393098 TAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTAT 31393157
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTAT 1260

 31393158 ATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACATAATATGC 31393217
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACATAATATGC 1320

 31393218 ATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGC 31393277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGC 1380

 31393278 ATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCA 31393337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCA 1440

 31393338 TTTATACACTAATTATCAGTTGAC 31393361
          ||||||||||||||||||||||||
     1441 TTTATACACTAATTATCAGTTGAC 1464

EXCISED REGION

 31393364 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGT 31393423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGT 1524

 31393424 GCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTG 31393483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1525 GCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTG 1584

 31393484 TCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTAT 31393543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 TCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTAT 1644

 31393544 ATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTC 31393603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 ATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTC 1704

 31393604 AAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 31393663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1705 AAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCAC 1764

 31393664 CCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTT 31393723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1765 CCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTT 1824

 31393724 TATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATA 31393783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 TATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATA 1884

 31393784 CCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGT 31393843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 CCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGT 1944

 31393844 TGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCAT 31393903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 TGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCAT 2004

 31393904 TGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTAT 31393963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 TGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTAT 2064

 31393964 GTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCA 31394023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2065 GTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCA 2124

 31394024 GAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCA 31394083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2125 GAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCA 2184

 31394084 GTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATG 31394143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2185 GTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATG 2244

 31394144 CTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACA 31394203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2245 CTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACA 2304

 31394204 GCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCT 31394263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2305 GCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCT 2364

 31394264 CTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTT 31394323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2365 CTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTT 2424

 31394324 GCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTG 31394383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 GCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTG 2484

 31394384 TGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGC 31394443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2485 TGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGC 2544

 31394444 ATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATAC 31394503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2545 ATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATAC 2604

 31394504 CCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTT 31394563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2605 CCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTT 2664

 31394564 TTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATT 31394623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2665 TTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATT 2724

 31394624 AAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACC 31394683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2725 AAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACC 2784

 31394684 AGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATT 31394743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2785 AGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATT 2844

 31394744 TATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATT 31394803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2845 TATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATT 2904

 31394804 CTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGT 31394863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2905 CTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGT 2964

 31394864 GTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAG 31394923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2965 GTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAG 3024

 31394924 CATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCT 31394962
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3025 CATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCT 3063

Alignment time is 3.87094 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2710] =>      2710 nucs 'mol-32-303b-163977_2710'

Score:        2687
Aligned:      2709        nucs
Identic:      2707 (100%) nucs =>       782 (100%)      1925 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395626,31396407] EXCISED REGION [31396409,31398335]
 second seq =>  [       1,     782] EXCISED REGION [     784,    2710]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31396408,31396408]
 second seq =>         1 nucs [783,783]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31396407,31396407] to [31396408,31396408]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31395626 TGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTG 31395685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTG 60

 31395686 AAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGT 31395745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGT 120

 31395746 TTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGG 31395805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGG 180

 31395806 AAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGT 31395865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGT 240

 31395866 TAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAA 31395925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAA 300

 31395926 TTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAG 31395985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAG 360

 31395986 GATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTG 31396045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTG 420

 31396046 CTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTT 31396105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTT 480

 31396106 CTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATG 31396165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATG 540

 31396166 AATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGT 31396225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGT 600

 31396226 CTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAA 31396285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAA 660

 31396286 TGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTT 31396345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTT 720

 31396346 TCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGAT 31396405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGAT 780

 31396406 GA 31396407
          ||
      781 GA 782

EXCISED REGION

 31396409 TTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCC 31396468
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      784 TTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCC 843

 31396469 TGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTA 31396528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      844 TGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTA 903

 31396529 TTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGC 31396588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      904 TTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGC 963

 31396589 TGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGC 31396648
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      964 TGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGC 1023

 31396649 CCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACA 31396708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1024 CCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACA 1083

 31396709 GAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTT 31396768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1084 GAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTT 1143

 31396769 TCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCA 31396828
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1144 TCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCA 1203

 31396829 TCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCC 31396888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1204 TCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCC 1263

 31396889 TCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGG 31396948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1264 TCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGG 1323

 31396949 TATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTT 31397008
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1324 TATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGCTGAAATTTTT 1383

 31397009 TCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAG 31397068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1384 TCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAG 1443

 31397069 TGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAG 31397128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1444 TGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAG 1503

 31397129 AGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGA 31397188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1504 AGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGA 1563

 31397189 CCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTT 31397248
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 CCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTT 1623

 31397249 ATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCT 31397308
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 ATTTGTAGGTTTAGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCT 1683

 31397309 CTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAA 31397368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1684 CTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAA 1743

 31397369 ATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTAT 31397428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1744 ATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTAT 1803

 31397429 GTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAAT 31397488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1804 GTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAAT 1863

 31397489 ACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCAT 31397548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 ACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCAT 1923

 31397549 AGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGG 31397608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 AGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGG 1983

 31397609 AGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGA 31397668
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 AGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGA 2043

 31397669 TTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAA 31397728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 TTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAA 2103

 31397729 GACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAA 31397788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 GACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAA 2163

 31397789 CCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTG 31397848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2164 CCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTG 2223

 31397849 TGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGT 31397908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 TGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGT 2283

 31397909 ATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGA 31397968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2284 ATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGA 2343

 31397969 GTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAAT 31398028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2344 GTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAAT 2403

 31398029 TAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTC 31398088
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2404 TAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTC 2463

 31398089 TGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAG 31398148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 TGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAG 2523

 31398149 TTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTA 31398208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2524 TTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTA 2583

 31398209 TCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGG 31398268
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2584 TCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGG 2643

 31398269 GTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCA 31398328
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2644 GTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCA 2703

 31398329 TTTATGC 31398335
          |||||||
     2704 TTTATGC 2710

Alignment time is 3.37967 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    6266] =>      6266 nucs 'mol-32-3046-216401_6266'

Score:        6153
Aligned:      6269        nucs
Identic:      6256 (100%) nucs =>      5638 (100%)       618 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31388126,31393773] EXCISED REGION [31397647,31398266]
 second seq =>  [       1,    5646] EXCISED REGION [    5647,    6266]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3873 nucs [31393774,31397646]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [31393774,31393776] to [31397647,31397649]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31388126 AAGAAAAGAATTAGGGTGTTATAAGTAAGGAGAAGCATTTGAACACAATTATTGATGAAA 31388185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAGAAAAGAATTAGGGTGTTATAAGTAAGGAGAAGCATTTGAACACAATTATTGATGAAA 60

 31388186 TGCTGTTACCAAAACACCAGGAGTTCCATCTATGTCTTGCTGCTTACCACCCAAAAAGTC 31388245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGCTGTTACCAAAACACCAGGAGTTCCATCTATGTCTTGCTGCTTACCACCCAAAAAGTC 120

 31388246 AATCACTGAGACAATGATTATTGTCAAAGAAGAAGGCTTTAATCAGATGCTGCAGCCAAG 31388305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATCACTGAGACAATGATTATTGTCAAAGAAGAAGGCTTTAATCAGATGCTGCAGCCAAG 180

 31388306 GAGATGGGACATCAGTGTCAAATTCACCTTCCTCACTGACTAAAATTAGGGGTTTATATA 31388365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAGATGGGACATCAGTGTCAAATTCACCTTCCTCACTGACTAAAATTAGGGGTTTATATA 240

 31388366 ACAGGGAAGAAATGTTAACTACGTATGAGAAAACAGGAACTAAGGAAGGGTAAGGAAACA 31388425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACAGGGAAGAAATGTTAACTACGTATGAGAAAACAGGAACTAAGGAAGGGTAAGGAAACA 300

 31388426 ATAACGAAGAATGAGGGGTCTGGCATATCACTGTCTAGATGCAGTAATCTGGTGAGTTTC 31388485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 ATAACGAAGAATGAGGGGTCTGGCATATCACTGTCTAGATGCAGTAATCTGGTGAGTTTC 360

 31388486 AGCTCTTTGATACTTGTTGAGAGGTCTGGGCATCCTTTCTTGAGGAAGGAACTGAGATAA 31388545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AGCTCTTTGATACTTGTTGAGAGGTCTGGGCATCCTTTCTTGAGGAAGGAACTGAGATAA 420

 31388546 AGATCAACAAAATGTGGCTGGGCGCAGTGGCGCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAG 31388605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGATCAACAAAATGTGGCTGGGCGCAGTGGCGCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAG 480

 31388606 GCTGAGGCAGGCAGATTGCTTGAGCTCAAGAGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGA 31388665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCTGAGGCAGGCAGATTGCTTGAGCTCAAGAGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGA 540

 31388666 AACTCCATCTCTACAAAAAAAAATACAAACATTAGCCAGGCATAGTGGCATGCACCTGTG 31388725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AACTCCATCTCTACAAAAAAAAATACAAACATTAGCCAGGCATAGTGGCATGCACCTGTG 600

 31388726 GTCCCAACTACTTGGGAATCTGAGGTGGGCAGATGACTTGAGCCTGGGAGGTAGAGGCTG 31388785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GTCCCAACTACTTGGGAATCTGAGGTGGGCAGATGACTTGAGCCTGGGAGGTAGAGGCTG 660

 31388786 CAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTCCAGACTGGACACCAGGGCAAGACTCTGTCTC 31388845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGCACTCCAGACTGGACACCAGGGCAAGACTCTGTCTC 720

 31388846 AAACAAGCAAACAAAAAGATAAAACAAATGCAAGTTTCAAGCTTTCAGAAAAGAAGTGTC 31388905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAACAAGCAAACAAAAAGATAAAACAAATGCAAGTTTCAAGCTTTCAGAAAAGAAGTGTC 780

 31388906 CATTTCTATGTTTATTAATTTAAAAAACCCCAATAAACAAAACTAAACAAACAAACAAAA 31388965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CATTTCTATGTTTATTAATTTAAAAAACCCCAATAAACAAAACTAAACAAACAAACAAAA 840

 31388966 CCCTGTCTATGGGACTGTTGGGTTGATTTCAGTACCATGAAAAGATCCAATTGTTTAAAT 31389025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CCCTGTCTATGGGACTGTTGGGTTGATTTCAGTACCATGAAAAGATCCAATTGTTTAAAT 900

 31389026 GTTTAATGTATGGAGATAATAGGGGAGGTTGGAAAAGTAAGGATCATATTGAAGAGGTAA 31389085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GTTTAATGTATGGAGATAATAGGGGAGGTTGGAAAAGTAAGGATCATATTGAAGAGGTAA 960

 31389086 CTTGAATGCTAGGTTAAGGAGTTAGGACTTTATTCTCTAGACCTGCCCTGCTGGATACAG 31389145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTTGAATGCTAGGTTAAGGAGTTAGGACTTTATTCTCTAGACCTGCCCTGCTGGATACAG 1020

 31389146 TAGCCACTAGTCACATGTGGCTACTGAGCATTTGAAATGTGCTAGTTCAAATTGAGGTGT 31389205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAGCCACTAGTCACATGTGGCTACTGAGCATTTGAAATGTGCTAGTTCAAATTGAGGTGT 1080

 31389206 GTTCGGGCACAATACATACCAGCTTTTGAAGACTTAGTAGGAGAAAAGAATGTAAAGTAT 31389265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GTTCGGGCACAATACATACCAGCTTTTGAAGACTTAGTAGGAGAAAAGAATGTAAAGTAT 1140

 31389266 CGCCTTAATAATTTTTAGATTAATTAATTTTGTAGCTTGCACTTACGGCTTACATTATAT 31389325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CGCCTTAATAATTTTTAGATTAATTAATTTTGTAGCTTGCACTTACGGCTTACATTATAT 1200

 31389326 TTCTATTGGAAAGTACTGCTCTATAAAATGAAAAATGAAGGAAGCTTAATGATCAGAAAT 31389385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTCTATTGGAAAGTACTGCTCTATAAAATGAAAAATGAAGGAAGCTTAATGATCAGAAAT 1260

 31389386 TTATGTAAAAATTGTTTTAAGAAGTTTATTTTGGTATAAGCAGAGTGTAAGACAACTGTT 31389445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TTATGTAAAAATTGTTTTAAGAAGTTTATTTTGGTATAAGCAGAGTGTAAGACAACTGTT 1320

 31389446 CTCATTCAGTAAGCCAATGGCAAGTAAAGAAAAAAACAAGGTTCTAGTGAAGAAATGGGA 31389505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 CTCATTCAGTAAGCCAATGGCAAGTAAAGAAAAAAACAAGGTTCTAGTGAAGAAATGGGA 1380

 31389506 CTGCTATAATTTAAAAGATATTTAAGAGACAGAACAGCTAAATGGAAAGTGTACATTTTG 31389565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTGCTATAATTTAAAAGATATTTAAGAGACAGAACAGCTAAATGGAAAGTGTACATTTTG 1440

 31389566 TCTGATTCTGAGTCAAGCAAACCAACCAGAAAAAGACATTTTCAATTAACCGTGGAAATG 31389625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TCTGATTCTGAGTCAAGCAAACCAACCAGAAAAAGACATTTTCAATTAACCGTGGAAATG 1500

 31389626 TAAGTAAGGTCTAGATATTATGTGACAGTCCAATAATGACATTATGGAGATAAAAGAAAA 31389685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TAAGTAAGGTCTAGATATTATGTGACAGTCCAATAATGACATTATGGAGATAAAAGAAAA 1560

 31389686 AGTTGGTACATTTTAGGGATGCAAACTAAAGTATGTAGAGATGAAATGACAAAATATTTG 31389745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AGTTGGTACATTTTAGGGATGCAAACTAAAGTATGTAGAGATGAAATGACAAAATATTTG 1620

 31389746 GTATTGCTGGGGAAAAAAACTATTTCTTACTTTCCAAACCCCAATAAATAAATAAGGTAA 31389805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTATTGCTGGGGAAAAAAACTATTTCTTACTTTCCAAACCCCAATAAATAAATAAGGTAA 1680

 31389806 CACAATAACCTAATAAATAGTAAATCAAAATAAAATGCTTTTGCTGTAAAAAACAAAAAA 31389865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CACAATAACCTAATAAATAGTAAATCAAAATAAAATGCTTTTGCTGTAAAAAACAAAAAA 1740

 31389866 CCTGGAGTACCGGAGCATATCTACCTACACAAGGAAGAACCAAGCTGTGGACAGAAGGGA 31389925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CCTGGAGTACCGGAGCATATCTACCTACACAAGGAAGAACCAAGCTGTGGACAGAAGGGA 1800

 31389926 GTTTGAGGGCTAGAGATGTTCAAGGTGGCATCATTCTGACAGTACTGTTTAGAAAAGCAT 31389985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 GTTTGAGGGCTAGAGATGTTCAAGGTGGCATCATTCTGACAGTACTGTTTAGAAAAGCAT 1860

 31389986 TCACCACACTACTTAATTCCATTGCTTTAGGTATTTTCATGAGGCCACACAAGAAAGTAT 31390045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TCACCACACTACTTAATTCCATTGCTTTAGGTATTTTCATGAGGCCACACAAGAAAGTAT 1920

 31390046 GATGCAGCCAGGACTAAAACCAGATGCTCTTTGTATCTGCCTTTAAACATGACAAAACCC 31390105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GATGCAGCCAGGACTAAAACCAGATGCTCTTTGTATCTGCCTTTAAACATGACAAAACCC 1980

 31390106 TGTGGAGAACCTAATCTATGCTTTCATCTTTAGATTTTTAAACTTGCTTGTTTCATTCAG 31390165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TGTGGAGAACCTAATCTATGCTTTCATCTTTAGATTTTTAAACTTGCTTGTTTCATTCAG 2040

 31390166 TTATTCTTTATAGTTCATAACATCATTAAATAACTGATCATATTAGATTATTTTATTTAT 31390225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTATTCTTTATAGTTCATAACATCATTAAATAACTGATCATATTAGATTATTTTATTTAT 2100

 31390226 TCTGCTTAAGTTTATCTTGACTGCTTCTCAAACTCAGATTGGTAGAAGTTTAAAAAAGAA 31390285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TCTGCTTAAGTTTATCTTGACTGCTTCTCAAACTCAGATTGGTAGAAGTTTAAAAAAGAA 2160

 31390286 GGAAAGCAAAATCAAAGCAGTAACAACAAAACCATTTTAACATCTCCAAGTGAAATTTAT 31390345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GGAAAGCAAAATCAAAGCAGTAACAACAAAACCATTTTAACATCTCCAAGTGAAATTTAT 2220

 31390346 GTCATGCTGGCCAAAAATAAGATGTAGTTTTCATCTCCAGGTACAATGCTAGGAAGAGGT 31390405
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GTCATGCTGGCCAAAAATAAGATGTAGTTTTCATCTCCAGGTACAATGCTAGGAAGAGGT 2280

 31390406 GTTAATGTAAAGTAAGCAGCACAAAGAAGTAATAAAAGGAAACACAGGAATCAAGAAAGG 31390465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 GTTAATGTAAAGTAAGCAGCACAAAGAAGTAATAAAAGGAAACACAGGAATCAAGAAAGG 2340

 31390466 GAGAAGAAAGAAAGGTGAGAAAAACACCACCACCACCACCACCACCACCACCAGCAACAA 31390525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 GAGAAGAAAGAAAGGTGAGAAAAACACCACCACCACCACCACCACCACCACCAGCAACAA 2400

 31390526 TAACAAACCCCAACAGTGCCCATATGCAGTGCCCCCTAACTGCTTCGAAGAAGAACAGTT 31390585
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TAACAAACCCCAACAGTGCCCATATGCAGTGCCCCCTAACTGCTTCGAAGAAGAACAGTT 2460

 31390586 CATTCTGCTTTTTTCTGTAAGCTTGAAAGATAGCATAGCTGCCCTGGGAATGTGTAGACT 31390645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 CATTCTGCTTTTTTCTGTAAGCTTGAAAGATAGCATAGCTGCCCTGGGAATGTGTAGACT 2520

 31390646 TGCTGAGTCCTTGTTCTGCCCCTACCCAACTAGCTGTTTGGCCTTGATCCTTGATTTCTT 31390705
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGCTGAGTCCTTGTTCTGCCCCTACCCAACTAGCTGTTTGGCCTTGATCCTTGATTTCTT 2580

 31390706 TCCTCATCTATAAAGTGGGAATAATGGCACCTGCCTTACTTGTCTCACTGGGTTGAAATG 31390765
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TCCTCATCTATAAAGTGGGAATAATGGCACCTGCCTTACTTGTCTCACTGGGTTGAAATG 2640

 31390766 AAAGCGAAGTGAAATAGCAAATGTGAAAGAATTTTGGAACGTTTTTATGTTGTAAGTTGG 31390825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 AAAGCGAAGTGAAATAGCAAATGTGAAAGAATTTTGGAACGTTTTTATGTTGTAAGTTGG 2700

 31390826 TTGCTAAGGTCTAAAAGAAATATTAATAATTACGTCGAATATCTTCTGCAGAAAAAATTA 31390885
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 TTGCTAAGGTCTAAAAGAAATATTAATAATTACGTCGAATATCTTCTGCAGAAAAAATTA 2760

 31390886 AACCGACCCCATCCCCCGCACATCTAGCCCTACCTGGCATAGGTTTTAGTTCTTTTAATT 31390945
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 AACCGACCCCATCCCCCGCACATCTAGCCCTACCTGGCATAGGTTTTAGTTCTTTTAATT 2820

 31390946 TTCGAATTAGAACATTGTAAAGGAACTGTAGGGACGAGAGTGGCATCAGGTCTCCTCATC 31391005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TTCGAATTAGAACATTGTAAAGGAACTGTAGGGACGAGAGTGGCATCAGGTCTCCTCATC 2880

 31391006 CTTCTCACATCCTTGCCCCCGCACCCCTCTCTCACCCCAGAGTTCAAGCACCAACCGAAA 31391065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 CTTCTCACATCCTTGCCCCCGCACCCCTCTCTCACCCCAGAGTTCAAGCACCAACCGAAA 2940

 31391066 AGATTGAGAGTAGCTCAGGGTACGGTAAACGGAGGAAGCTTTGAAAAAGGCGGGGAAAGC 31391125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 AGATTGAGAGTAGCTCAGGGTACGGTAAACGGAGGAAGCTTTGAAAAAGGCGGGGAAAGC 3000

 31391126 CTGGGATGGCGAGGGGGTGCTCGCTGAGGAGGAGGAGAGAAGCGACAGTCGCGGGGCCCG 31391185
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 CTGGGATGGCGAGGGGGTGCTCGCTGAGGAGGAGGAGAGAAGCGACAGTCGCGGGGCCCG 3060

 31391186 GAAAAGAGAGACTTAGAGCGAAGCCAAAGGCGCCTTTCTTCACAGTTTGGGAACTTACTG 31391245
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     3061 GAAAAGAGAGACTTAGAGCGAAGCCAAAGGCGCCTTTCTTCACAGTTCGGGAACTTACTG 3120

 31391246 GTAGTAAACGCCACTCCATAGAAGCGGTGACCGGTTACCATAGAGACCGCGTCGGGGTGG 31391305
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GTAGTAAACGCCACTCCATAGAAGCGGTGACCGGTTACCATAGAGACCGCGTCGGGGTGG 3180

 31391306 GCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTGCCACGGCCACATCAGCTCGGCCAGAAACGCGAACAC 31391365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 GCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTGCCACGGCCACATCAGCTCGGCCAGAAACGCGAACAC 3240

 31391366 GTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGAAGAAGAAGCCGGTCCGGAGTTCTGGCCGACAGCAGG 31391425
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 GTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGAAGAAGAAGCCGGTCCGGAGTTCTGGCCGACAGCAGG 3300

 31391426 CGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTATGTGAAGTTAGGTAGGTCTGATGTCGTATAAAGCGCG 31391485
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 CGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTATGTGAAGTTAGGTAGGTCTGATGTCGTATAAAGCGCG 3360

 31391486 GAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGGGTGGGTAAAGCCGACTGTGAATGGAGAAGATTCCCA 31391545
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 GAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGGGTGGGTAAAGCCGACTGTGAATGGAGAAGATTCCCA 3420

 31391546 AGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCGGCTGTTTCGTTAAGTGTATATAGCTGTGGGAAGAGG 31391605
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 AGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCGGCTGTTTCGTTAAGTGTATATAGCTGTGGGAAGAGG 3480

 31391606 TTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGGTAGGGTCTCTCTTCTGGAGCGTGGAAGACTGGGGCA 31391665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 TTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGGTAGGGTCTCTCTTCTGGAGCGTGGAAGACTGGGGCA 3540

 31391666 TCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCTGTCTTTGCGAGGTCTCAGCGCCTCTCCAATAACAGG 31391725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 TCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCTGTCTTTGCGAGGTCTCAGCGCCTCTCCAATAACAGG 3600

 31391726 GGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGGTGCTGACGTTATTTCCCATATCATGCTCTCCAGACA 31391785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 GGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGGTGCTGACGTTATTTCCCATATCATGCTCTCCAGACA 3660

 31391786 ATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAAACTTTCAGAAGGAATGCCCCCAAATTTATTTTAATT 31391845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 ATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAAACTTTCAGAAGGAATGCCCCCAAATTTATTTTAATT 3720

 31391846 CTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTTTTTTATTCGTTCATTTTGTAAATATTCATTAAGCTC 31391905
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 CTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTTTTTTATTCGTTCATTTTGTAAATATTCATTAAGCTC 3780

 31391906 CTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACTAGCAGAAA 31391965
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 CTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACTAGCAGAAA 3840

 31391966 TACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTTTAATGCTG 31392025
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTTTAATGCTG 3900

 31392026 TTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCATACTTGTC 31392085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 TTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCATACTTGTC 3960

 31392086 GGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCTCAGGT 31392145
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 GGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCTCAGGT 4020

 31392146 TTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGTACTTA 31392205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGTACTTA 4080

 31392206 ATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTCAGCTA 31392265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 ATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTCAGCTA 4140

 31392266 ATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAAAAAAG 31392325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 ATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAAAAAAG 4200

 31392326 GATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAACAAAAA 31392385
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 GATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAACAAAAA 4260

 31392386 TATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGGGGAAA 31392445
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGGGGAAA 4320

 31392446 AAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCAGTGGC 31392505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 AAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCAGTGGC 4380

 31392506 AGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAAACTTG 31392565
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 AGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAAACTTG 4440

 31392566 ATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAGTTAGA 31392625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 ATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAGTTAGA 4500

 31392626 ATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATGTGCCA 31392685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 ATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATGTGCCA 4560

 31392686 AGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAATAAAC 31392745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 AGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAATAAAC 4620

 31392746 AACAGTAGCTACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTGACTTG 31392805
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 AACAGTAGCCACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTGACTTG 4680

 31392806 AGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGGAATTA 31392865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 AGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGGAATTA 4740

 31392866 AAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTATTTTTC 31392925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 AAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTATTTTTC 4800

 31392926 CTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACCTAATT 31392985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 CTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACCTAATT 4860

 31392986 TTCATATCTAGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCATCTTTT 31393045
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 TTCATATCTGGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCATCTTTT 4920

 31393046 TATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAAACTCC 31393105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 TATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAAACTCC 4980

 31393106 CTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATATTGAA 31393165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 CTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATATTGAA 5040

 31393166 ATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATGCATGT 31393225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 ATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATGCATGT 5100

 31393226 ATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATATGTAG 31393285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 ATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATATGTAG 5160

 31393286 CCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTTATACA 31393345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 CCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTTATACA 5220

 31393346 CTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGA-GATGGAGTTTTACTC 31393404
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||
     5221 CTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT---GGATGGAGTTTTACTC 5277

 31393405 TTGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCA 31393464
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5278 TTGTTGCCCAGGCTAGGGTTCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCA 5337

 31393465 CTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACC 31393524
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5338 GTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACC 5397

 31393525 ACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTG 31393584
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5398 ACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTG 5457

 31393585 GTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTA 31393644
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     5458 GTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTA 5517

 31393645 CAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGT 31393704
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5518 CAGGCATGAGCCACTGCCCCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGT 5577

 31393705 AAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGC 31393764
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5578 AAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGC 5637

 31393765 CAATGTCTG 31393773
          |||||||||
     5638 CAATGTCTG 5646

EXCISED REGION

 31397647 TAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTC 31397706
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     5647 TAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTCATTC 5706

 31397707 TCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTC 31397766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5707 TCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTC 5766

 31397767 CCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCC 31397826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5767 CCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCC 5826

 31397827 GGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCC 31397886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5827 GGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCC 5886

 31397887 CTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTT 31397946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5887 CTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTT 5946

 31397947 ATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAG 31398006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5947 ATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAG 6006

 31398007 TATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGC 31398066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6007 TATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGC 6066

 31398067 TTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGA 31398126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6067 TTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGA 6126

 31398127 GAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTT 31398186
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6127 GAAAATGAAGGCTTAGTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTT 6186

 31398187 ATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTT 31398246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6187 ATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTT 6246

 31398247 CTCATAATTGCCATCTAAAA 31398266
          ||||||||||||||||||||
     6247 CTCATAATTGCCATCTAAAA 6266

Alignment time is 6.33945 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2804] =>      2804 nucs 'mol-32-30eb-016535_2804'

Score:        2804
Aligned:      2804        nucs
Identic:      2804 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395574,31398377]
 second seq =>  [       1,    2804]

 31395574 GTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTATTTC 31395633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTATTTC 60

 31395634 CTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGTGTTA 31395693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGTGTTA 120

 31395694 AGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTACCAG 31395753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTACCAG 180

 31395754 TAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAATTCTT 31395813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAATTCTT 240

 31395814 CCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCT 31395873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCT 300

 31395874 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 31395933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 360

 31395934 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 31395993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 420

 31395994 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 31396053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 480

 31396054 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 31396113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 540

 31396114 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 31396173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 600

 31396174 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 31396233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 660

 31396234 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 31396293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 720

 31396294 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 31396353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 780

 31396354 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 31396413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 840

 31396414 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 31396473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 900

 31396474 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 31396533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 960

 31396534 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 31396593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 1020

 31396594 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 31396653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 1080

 31396654 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 31396713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 1140

 31396714 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 31396773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 1200

 31396774 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 31396833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 1260

 31396834 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 31396893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 1320

 31396894 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 31396953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 1380

 31396954 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 31397013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 1440

 31397014 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 31397073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 1500

 31397074 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 31397133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 1560

 31397134 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 31397193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 1620

 31397194 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 31397253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 1680

 31397254 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 31397313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 1740

 31397314 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 31397373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 1800

 31397374 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 31397433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 1860

 31397434 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 31397493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 1920

 31397494 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 31397553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 1980

 31397554 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 31397613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 2040

 31397614 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 31397673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 2100

 31397674 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 31397733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 2160

 31397734 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 31397793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 2220

 31397794 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 31397853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 2280

 31397854 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 31397913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 2340

 31397914 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 31397973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 2400

 31397974 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 31398033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 2460

 31398034 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 31398093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 2520

 31398094 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 31398153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 2580

 31398154 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 31398213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 2640

 31398214 TGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTA 31398273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTA 2700

 31398274 CTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTAT 31398333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 CTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTAT 2760

 31398334 GCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTAC 31398377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 GCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTAC 2804

Alignment time is 3.08513 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2869] =>      2869 nucs 'mol-32-30eb-078033_2869'

Score:        2869
Aligned:      2869        nucs
Identic:      2869 (100%) nucs =>       377 (100%)      2492 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395496,31395872] EXCISED REGION [31395874,31398365]
 second seq =>  [       1,     377] EXCISED REGION [     378,    2869]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31395873,31395873]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        10 nucs [31395873,31395882] to [31395874,31395883]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31395496 ACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATT 31395555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATT 60

 31395556 TTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAAT 31395615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAAT 120

 31395616 CTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAA 31395675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAA 180

 31395676 TGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAA 31395735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAA 240

 31395736 CCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTAT 31395795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTAT 300

 31395796 CAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTAT 31395855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTAT 360

 31395856 TTAAATTTGTTAGATCC 31395872
          |||||||||||||||||
      361 TTAAATTTGTTAGATCC 377

EXCISED REGION

 31395874 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 31395933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      378 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 437

 31395934 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 31395993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      438 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 497

 31395994 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 31396053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      498 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 557

 31396054 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 31396113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      558 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 617

 31396114 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 31396173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      618 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 677

 31396174 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 31396233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      678 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 737

 31396234 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 31396293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      738 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 797

 31396294 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 31396353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      798 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 857

 31396354 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 31396413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      858 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 917

 31396414 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 31396473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      918 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 977

 31396474 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 31396533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      978 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 1037

 31396534 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 31396593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1038 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 1097

 31396594 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 31396653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1098 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 1157

 31396654 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 31396713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1158 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 1217

 31396714 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 31396773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1218 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 1277

 31396774 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 31396833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1278 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 1337

 31396834 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 31396893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1338 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 1397

 31396894 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 31396953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1398 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 1457

 31396954 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 31397013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1458 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 1517

 31397014 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 31397073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1518 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 1577

 31397074 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 31397133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1578 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 1637

 31397134 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 31397193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1638 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 1697

 31397194 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 31397253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1698 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 1757

 31397254 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 31397313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1758 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 1817

 31397314 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 31397373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1818 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 1877

 31397374 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 31397433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1878 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 1937

 31397434 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 31397493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1938 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 1997

 31397494 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 31397553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1998 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 2057

 31397554 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 31397613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2058 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 2117

 31397614 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 31397673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2118 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 2177

 31397674 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 31397733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2178 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 2237

 31397734 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 31397793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2238 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 2297

 31397794 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 31397853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2298 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 2357

 31397854 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 31397913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2358 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 2417

 31397914 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 31397973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2418 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 2477

 31397974 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 31398033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2478 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 2537

 31398034 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 31398093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2538 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 2597

 31398094 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 31398153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2598 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 2657

 31398154 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 31398213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2658 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 2717

 31398214 TGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTA 31398273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2718 TGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTA 2777

 31398274 CTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTAT 31398333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2778 CTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTAT 2837

 31398334 GCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGA 31398365
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2838 GCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGA 2869

Alignment time is 3.65174 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    7374] =>      7374 nucs 'mol-32-30f6-026672_7374'

Score:        7374
Aligned:      7374        nucs
Identic:      7374 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31393724,31401097]
 second seq =>  [       1,    7374]

 31393724 TATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATA 31393783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATA 60

 31393784 CCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGT 31393843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGT 120

 31393844 TGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCAT 31393903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCAT 180

 31393904 TGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTAT 31393963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTAT 240

 31393964 GTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCA 31394023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCA 300

 31394024 GAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCA 31394083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCA 360

 31394084 GTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATG 31394143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATG 420

 31394144 CTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACA 31394203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACA 480

 31394204 GCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCT 31394263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCT 540

 31394264 CTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTT 31394323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTT 600

 31394324 GCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTG 31394383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTG 660

 31394384 TGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGC 31394443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGC 720

 31394444 ATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATAC 31394503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATAC 780

 31394504 CCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTT 31394563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTT 840

 31394564 TTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATT 31394623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATT 900

 31394624 AAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACC 31394683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACC 960

 31394684 AGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATT 31394743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATT 1020

 31394744 TATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATT 31394803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATT 1080

 31394804 CTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGT 31394863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGT 1140

 31394864 GTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAG 31394923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAG 1200

 31394924 CATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAATATGAGTCTATTACT 31394983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAATATGAGTCTATTACT 1260

 31394984 GGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCTCCATCTTGATTACT 31395043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCTCCATCTTGATTACT 1320

 31395044 GTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTAATATTATCCTTCTT 31395103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTAATATTATCCTTCTT 1380

 31395104 TTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCACAGAAATTTTAGAATCAGC 31395163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTTATATTTCCACAGAAATTTTAGAATCAGC 1440

 31395164 TTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACTGGGATTGCAATAATAGGT 31395223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCTTGAGTTTTCAACTGGGATTGCAATAATAGGT 1500

 31395224 ATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCTTTGAATCTATGAACATGTAT 31395283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATAATATTGAGTCTTTGAATCTATGAACATGTAT 1560

 31395284 CCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTGTTTTATAATTTTCAGTGT 31395343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATTTCTCTCGTCAGTGTTTTATAATTTTCAGTGT 1620

 31395344 AGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATTTGGTTTTTGGTTCCATTA 31395403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTTATTTCTAGGTATTTGGTTTTTGGTTCCATTA 1680

 31395404 TAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGATTGATAGTATATAAAATTA 31395463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTTTTCACTTGTTGATTGATAGTATATAAAATTA 1740

 31395464 TAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATT 31395523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTATCCTACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATT 1800

 31395524 TTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCA 31395583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGAATTTTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCA 1860

 31395584 GATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTAC 31395643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTAC 1920

 31395644 GTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTA 31395703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTA 1980

 31395704 TCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCT 31395763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCT 2040

 31395764 GTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATA 31395823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 GTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATA 2100

 31395824 CTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTT 31395883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTT 2160

 31395884 GCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAAT 31395943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAAT 2220

 31395944 CACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTAT 31396003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 CACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTAT 2280

 31396004 CATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGA 31396063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGA 2340

 31396064 TTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTA 31396123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTA 2400

 31396124 TGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTT 31396183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTT 2460

 31396184 TATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCT 31396243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 TATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCT 2520

 31396244 TGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAAT 31396303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 TGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAAT 2580

 31396304 TTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTT 31396363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 TTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTT 2640

 31396364 TCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCA 31396423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCA 2700

 31396424 AATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTC 31396483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 AATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTC 2760

 31396484 TCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGT 31396543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 TCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGT 2820

 31396544 TACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTG 31396603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTG 2880

 31396604 TAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGC 31396663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 TAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGC 2940

 31396664 TACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTC 31396723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 TACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTC 3000

 31396724 TCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCA 31396783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 TCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCA 3060

 31396784 GATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCT 31396843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 GATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCT 3120

 31396844 GATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGC 31396903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3121 GATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGC 3180

 31396904 CATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATA 31396963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3181 CATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATA 3240

 31396964 AGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTT 31397023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3241 AGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTT 3300

 31397024 TTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGC 31397083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3301 TTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGC 3360

 31397084 TTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCT 31397143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3361 TTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCT 3420

 31397144 GAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTT 31397203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3421 GAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTT 3480

 31397204 ACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGT 31397263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3481 ACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGT 3540

 31397264 AGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGA 31397323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3541 AGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGA 3600

 31397324 CAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGA 31397383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3601 CAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGA 3660

 31397384 ATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGC 31397443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3661 ATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGC 3720

 31397444 AAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATT 31397503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3721 AAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATT 3780

 31397504 TGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTG 31397563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3781 TGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTG 3840

 31397564 TGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCAT 31397623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3841 TGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCAT 3900

 31397624 ATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTT 31397683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3901 ATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTT 3960

 31397684 CCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCC 31397743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3961 CCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCC 4020

 31397744 TTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTT 31397803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4021 TTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTT 4080

 31397804 TTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAAT 31397863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4081 TTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAAT 4140

 31397864 ACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTAT 31397923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4141 ACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTAT 4200

 31397924 ATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAA 31397983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4201 ATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAA 4260

 31397984 TTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTAT 31398043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4261 TTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTAT 4320

 31398044 TGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTT 31398103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4321 TGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTT 4380

 31398104 GTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCA 31398163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4381 GTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCA 4440

 31398164 GAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGA 31398223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4441 GAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGA 4500

 31398224 TTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTA 31398283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4501 TTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTA 4560

 31398284 AAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAA 31398343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4561 AAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAA 4620

 31398344 TTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGATCTAG 31398403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4621 TTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGATCTAG 4680

 31398404 ATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTTAGAC 31398463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4681 ATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTTAGAC 4740

 31398464 TTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTTTATC 31398523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4741 TTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTTTATC 4800

 31398524 AGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAGAACT 31398583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4801 AGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAGAACT 4860

 31398584 ATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGAGAATAAAATT 31398643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4861 ATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGAGAATAAAATT 4920

 31398644 ACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTATTACATGTAA 31398703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4921 ACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTATTACATGTAA 4980

 31398704 TTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGTGTTTAGATAA 31398763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4981 TTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGTGTTTAGATAA 5040

 31398764 AATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGTAAATACTGTT 31398823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5041 AATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGTAAATACTGTT 5100

 31398824 TCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCTGAAAAAATTC 31398883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5101 TCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCTGAAAAAATTC 5160

 31398884 TTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAAGTGCAGAATT 31398943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5161 TTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAAGTGCAGAATT 5220

 31398944 AGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACATATTGGCCTG 31399003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5221 AGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACATATTGGCCTG 5280

 31399004 CCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTTTTCAGCACTG 31399063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5281 CCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTTTTCAGCACTG 5340

 31399064 TTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTTTTAAAATTTT 31399123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5341 TTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTTTTAAAATTTT 5400

 31399124 TTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAATGGTCTAGGG 31399183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5401 TTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAATGGTCTAGGG 5460

 31399184 TCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGTGAAAATTGCT 31399243
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5461 TCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGTGAAAATTGCT 5520

 31399244 ATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACTGGGGGTCTTT 31399303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5521 ATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACTGGGGGTCTTT 5580

 31399304 TCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGTTATTGTGTTG 31399363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5581 TCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGTTATTGTGTTG 5640

 31399364 GAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATCCATGTAATTT 31399423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5641 GAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATCCATGTAATTT 5700

 31399424 GAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAAAATACCACTT 31399483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5701 GAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAAAATACCACTT 5760

 31399484 AATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAGAAATGGTTATATATAGATTAG 31399543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5761 AATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAGAAATGGTTATATATAGATTAG 5820

 31399544 CTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGAAAGGGGACCT 31399603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5821 CTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGAAAGGGGACCT 5880

 31399604 GTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGAACAATTCTTT 31399663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5881 GTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGAACAATTCTTT 5940

 31399664 AAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGGAAAGGTACTT 31399723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5941 AAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGGAAAGGTACTT 6000

 31399724 AGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAAAAATCTGGAA 31399783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 AGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAAAAATCTGGAA 6060

 31399784 GATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTTACCATAGTTAACTATTTAGCT 31399843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 GATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTTACCATAGTTAACTATTTAGCT 6120

 31399844 GTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACGTAACAATAAATAGTTATGTCA 31399903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 GTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACGTAACAATAAATAGTTATGTCA 6180

 31399904 TAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTTTTTCGTGATAAAAGTGGTAGGAATAGCATTTT 31399963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6181 TAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTTTTTCGTGATAAAAGTGGTAGGAATAGCATTTT 6240

 31399964 AAATGAATAACTTTAGCTAACATGTAGCACTGCGTATCAGATACTCTTGTAATCACTTCA 31400023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6241 AAATGAATAACTTTAGCTAACATGTAGCACTGCGTATCAGATACTCTTGTAATCACTTCA 6300

 31400024 TGTGAATTATTCAACTCTGCAAAGTGCAATATCATTATTATTTCTAATATATAGATGGGT 31400083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6301 TGTGAATTATTCAACTCTGCAAAGTGCAATATCATTATTATTTCTAATATATAGATGGGT 6360

 31400084 AAACCAAGGCTCAGAGATTAAGTAACATACTGACTAGCAGCAAGAAATTATGACACACTT 31400143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6361 AAACCAAGGCTCAGAGATTAAGTAACATACTGACTAGCAGCAAGAAATTATGACACACTT 6420

 31400144 TACATATACTTTGAAAACTGTATTAAAAAAAAGCAGGCAGTCAGTTACCTTTCCAGTGGT 31400203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6421 TACATATACTTTGAAAACTGTATTAAAAAAAAGCAGGCAGTCAGTTACCTTTCCAGTGGT 6480

 31400204 TTTTTTTTTAATATTCCTATCGCATAAATGCAGCAATAATAGATTATATCTTTAGAGAAA 31400263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6481 TTTTTTTTTAATATTCCTATCGCATAAATGCAGCAATAATAGATTATATCTTTAGAGAAA 6540

 31400264 AGGTATTATTTATGTTAAAGGTACAGACTAGTGAAAAGTTAAGCGTGAGCTCTAGAGGGA 31400323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6541 AGGTATTATTTATGTTAAAGGTACAGACTAGTGAAAAGTTAAGCGTGAGCTCTAGAGGGA 6600

 31400324 GGGAAGGAAATTACACTAGAAACTTGGTGAAAAGTGTGAAAGGTGGCAGTGTGGTGTTGT 31400383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6601 GGGAAGGAAATTACACTAGAAACTTGGTGAAAAGTGTGAAAGGTGGCAGTGTGGTGTTGT 6660

 31400384 GGAAACCTGAGTTCTTATCATGCCTGATTATTAGTTAATGACATTTACTTCCCCAATTCT 31400443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6661 GGAAACCTGAGTTCTTATCATGCCTGATTATTAGTTAATGACATTTACTTCCCCAATTCT 6720

 31400444 TGAGGAATGTAAAAATATCTTAAGAAGTTCATTTTCTTTTATCTTAGCCATTTCCAGTAA 31400503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6721 TGAGGAATGTAAAAATATCTTAAGAAGTTCATTTTCTTTTATCTTAGCCATTTCCAGTAA 6780

 31400504 AATTGTGCTAGGACAACTAAGGTGTGTCTTAACATACATAAACTGCATGGATCTGAGTTT 31400563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6781 AATTGTGCTAGGACAACTAAGGTGTGTCTTAACATACATAAACTGCATGGATCTGAGTTT 6840

 31400564 CTTCATCTGTAAAAATGAGATGCTTATACTATGTTACTCTCTAAAGCCAGCTCTGGTATT 31400623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6841 CTTCATCTGTAAAAATGAGATGCTTATACTATGTTACTCTCTAAAGCCAGCTCTGGTATT 6900

 31400624 TGTTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTCTATTATATTTTCATTTGTCCTCTAGCTCAGGGGT 31400683
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6901 TGTTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTCTATTATATTTTCATTTGTCCTCTAGCTCAGGGGT 6960

 31400684 CCCCAGTCCCCGCGCTGCAAACCAGTACTGGTCCATGGCCAGTTAGGAACCAGGCCATGC 31400743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6961 CCCCAGTCCCCGCGCTGCAAACCAGTACTGGTCCATGGCCAGTTAGGAACCAGGCCATGC 7020

 31400744 AGCAGGTGGTGCGGAGCCAGTGTGCGAGTGTTACCACCTGAGCTCTGCATCCTGTCAGAT 31400803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7021 AGCAGGTGGTGCGGAGCCAGTGTGCGAGTGTTACCACCTGAGCTCTGCATCCTGTCAGAT 7080

 31400804 CCACTGTGGCACTGGGTTCTCATAGGAGCACAAACCTATTGTGAACTGTGCATGTGAGGG 31400863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7081 CCACTGTGGCACTGGGTTCTCATAGGAGCACAAACCTATTGTGAACTGTGCATGTGAGGG 7140

 31400864 ATGTAGGTCGCACATTCCTTATGAGAATCTAATTAATGCCTGATGAACTGAGGTGGAACA 31400923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7141 ATGTAGGTCGCACATTCCTTATGAGAATCTAATTAATGCCTGATGAACTGAGGTGGAACA 7200

 31400924 GTTTCATTCTGAAACCATACTCCCTACACCCCCATCCATGGAAAAATTGTTTTCCACAAA 31400983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7201 GTTTCATTCTGAAACCATACTCCCTACACCCCCATCCATGGAAAAATTGTTTTCCACAAA 7260

 31400984 ACTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGGTTGGGGACCGCTGCTCTCGCTGACCCACCAAGTCTGA 31401043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7261 ACTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGGTTGGGGACCGCTGCTCTCGCTGACCCACCAAGTCTGA 7320

 31401044 GAATTTTTTTCTTAATTTAACATACTGTAAGTAACTTTTGGCAACCCAAGATTG 31401097
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7321 GAATTTTTTTCTTAATTTAACATACTGTAAGTAACTTTTGGCAACCCAAGATTG 7374

Alignment time is 6.4648 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2031] =>      2031 nucs 'mol-32-3101-157653_2031'

Score:        2031
Aligned:      2031        nucs
Identic:      2031 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395994,31398024]
 second seq =>  [       1,    2031]

 31395994 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 31396053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 60

 31396054 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 31396113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 120

 31396114 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 31396173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 180

 31396174 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 31396233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 240

 31396234 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 31396293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 300

 31396294 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 31396353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 360

 31396354 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 31396413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 420

 31396414 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 31396473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 480

 31396474 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 31396533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 540

 31396534 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 31396593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 600

 31396594 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 31396653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 660

 31396654 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 31396713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 720

 31396714 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 31396773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 780

 31396774 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 31396833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 840

 31396834 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 31396893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 900

 31396894 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 31396953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 960

 31396954 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 31397013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 1020

 31397014 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 31397073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 1080

 31397074 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 31397133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 1140

 31397134 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 31397193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 1200

 31397194 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 31397253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 1260

 31397254 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 31397313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 1320

 31397314 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 31397373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 1380

 31397374 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 31397433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 1440

 31397434 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 31397493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 1500

 31397494 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 31397553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 1560

 31397554 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 31397613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 1620

 31397614 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 31397673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 1680

 31397674 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 31397733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 1740

 31397734 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 31397793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 1800

 31397794 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 31397853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 1860

 31397854 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 31397913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 1920

 31397914 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 31397973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 1980

 31397974 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTA 31398024
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTA 2031

Alignment time is 2.59395 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    9696] =>      9696 nucs 'mol-32-310c-228437_9696'

Score:        9696
Aligned:      9696        nucs
Identic:      9696 (100%) nucs =>      2480 (100%)      7216 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31393393,31395872] EXCISED REGION [31395874,31403089]
 second seq =>  [       1,    2480] EXCISED REGION [    2481,    9696]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31395873,31395873]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        10 nucs [31395873,31395882] to [31395874,31395883]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31393393 GGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAAC 31393452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAAC 60

 31393453 CTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAG 31393512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAG 120

 31393513 GCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATA 31393572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATA 180

 31393573 TTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAA 31393632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAA 240

 31393633 GTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAAT 31393692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAAT 300

 31393693 TGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGA 31393752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGA 360

 31393753 TGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAG 31393812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGCTTCTTAAGCCAATGTCTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAG 420

 31393813 AGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCA 31393872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGTAAAGAACCATTATTTATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCA 480

 31393873 GTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGG 31393932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GTGTTGTTTTGCCAAAACTATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGG 540

 31393933 ATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTT 31393992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 ATTGTACTAATATTCTTACTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTT 600

 31393993 TGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATC 31394052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGCCCCAGAAGTTTTAAAGTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATC 660

 31394053 CTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTA 31394112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTAATATTAAACCATCCTTGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTA 720

 31394113 GACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAG 31394172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GACTGGATCATTCTGGTTCTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAG 780

 31394173 TCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGC 31394232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TCTGCACATAATATGTAGTATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGC 840

 31394233 GCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATT 31394292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GCTAACAATGTATCAGAGAATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATT 900

 31394293 GGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGC 31394352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GGTCTCTTTCATTTTGGCTATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGC 960

 31394353 AGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTA 31394412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 AGGATAATTCTTTGTTATTTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTA 1020

 31394413 GATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAAT 31394472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GATGCCAGTAACAACCAAAAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAAT 1080

 31394473 CACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAA 31394532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CACTGGACTACTCTACAGTGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAA 1140

 31394533 TTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAA 31394592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TTTATCTGATGACTAATGATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAA 1200

 31394593 TTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTT 31394652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TTTTCTTTTATGAAGTGTTTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTT 1260

 31394653 GTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGAT 31394712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTATATATTTTCTCCTAGTCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGAT 1320

 31394713 GCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATAC 31394772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GCAGAGTTTTTTGTTTTGACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATAC 1380

 31394773 TTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCAT 31394832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TTTCCATCTTCTCTAAGGTTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCAT 1440

 31394833 TTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTT 31394892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTGCTTTTACCTTTAGACTTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTT 1500

 31394893 TATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCAT 31394952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TATTTTTCCTCAGTATATTCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCAT 1560

 31394953 TGGACTGTCTTGGCAATATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTA 31395012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGGACTGTCTTGGCAATATGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTA 1620

 31395013 TCCTTTTACTAATACCTCCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATT 31395072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TCCTTTTACTAATACCTCCATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATT 1680

 31395073 GTAAAGTTAGTTCTCTAATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTG 31395132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 GTAAAGTTAGTTCTCTAATATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTG 1740

 31395133 CTTATATTTCCACAGAAATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCT 31395192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CTTATATTTCCACAGAAATTTTAGAATCAGCTTGTAAATGTCTACCAAAAAAATCTTGCT 1800

 31395193 TGAGTTTTCAACTGGGATTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATA 31395252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TGAGTTTTCAACTGGGATTGCAATAATAGGTATCCACTTTGGTAGAATGGCATCTTAATA 1860

 31395253 ATATTGAGTCTTTGAATCTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATT 31395312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 ATATTGAGTCTTTGAATCTATGAACATGTATCCTTCTCCTTACTTAAGCCATCTTTCATT 1920

 31395313 TCTCTCGTCAGTGTTTTATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTT 31395372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TCTCTCGTCAGTGTTTTATAATTTTCAGTGTAGAGGTCTCACATATCTTTTCTTGAATTT 1980

 31395373 ATTTCTAGGTATTTGGTTTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTT 31395432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATTTCTAGGTATTTGGTTTTTGGTTCCATTATAAATGGTATTTTAAAAAATAATTCATTT 2040

 31395433 TTCACTTGTTGATTGATAGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTAT 31395492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTCACTTGTTGATTGATAGTATATAAAATTATAGCTTATTTTTATATACTGGTCTCTTAT 2100

 31395493 CCTACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGA 31395552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CCTACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCAATTTCTTAGA 2160

 31395553 ATTTTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACC 31395612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATTTTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATTCTGTCTTACC 2220

 31395613 AATCTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTA 31395672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 AATCTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTTGCTTCTATTA 2280

 31395673 AAATGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGA 31395732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 AAATGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGATTTTAAGAGGA 2340

 31395733 AAACCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTT 31395792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 AAACCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAAAGATGCCCTT 2400

 31395793 TATCAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGG 31395852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TATCAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGG 2460

 31395853 TATTTAAATTTGTTAGATCC 31395872
          ||||||||||||||||||||
     2461 TATTTAAATTTGTTAGATCC 2480

EXCISED REGION

 31395874 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 31395933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2481 TTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAA 2540

 31395934 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 31395993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2541 TGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACA 2600

 31395994 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 31396053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2601 AACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATT 2660

 31396054 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 31396113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2661 TTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTC 2720

 31396114 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 31396173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2721 GTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGA 2780

 31396174 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 31396233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2781 TTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCA 2840

 31396234 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 31396293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2841 GTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCC 2900

 31396294 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 31396353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2901 GTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTA 2960

 31396354 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 31396413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2961 GACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTC 3020

 31396414 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 31396473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3021 CATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTT 3080

 31396474 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 31396533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3081 TTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATT 3140

 31396534 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 31396593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3141 CCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGG 3200

 31396594 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 31396653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3201 TTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGG 3260

 31396654 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 31396713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3261 AGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCA 3320

 31396714 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 31396773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3321 AGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCT 3380

 31396774 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 31396833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3381 TTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCAC 3440

 31396834 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 31396893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3441 TACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCC 3500

 31396894 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 31396953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3501 AGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAG 3560

 31396954 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 31397013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3561 CTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTC 3620

 31397014 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 31397073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3621 TGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCC 3680

 31397074 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 31397133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3681 ACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGG 3740

 31397134 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 31397193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3741 AATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGT 3800

 31397194 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 31397253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3801 CTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTG 3860

 31397254 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 31397313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3861 TAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTG 3920

 31397314 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 31397373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3921 AAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTAC 3980

 31397374 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 31397433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3981 AGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATA 4040

 31397434 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 31397493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4041 CTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATC 4100

 31397494 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 31397553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4101 TGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTC 4160

 31397554 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 31397613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4161 CCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGG 4220

 31397614 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 31397673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4221 GTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTA 4280

 31397674 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 31397733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4281 TAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACAT 4340

 31397734 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 31397793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4341 GCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATT 4400

 31397794 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 31397853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4401 AAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAA 4460

 31397854 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 31397913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4461 ATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAG 4520

 31397914 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 31397973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4521 TGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTAT 4580

 31397974 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 31398033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4581 GTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTA 4640

 31398034 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 31398093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4641 GCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAA 4700

 31398094 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 31398153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4701 GATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAG 4760

 31398154 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 31398213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4761 TGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTC 4820

 31398214 TGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTA 31398273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4821 TGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTA 4880

 31398274 CTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTAT 31398333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4881 CTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTAT 4940

 31398334 GCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGA 31398393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4941 GCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTCAGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGA 5000

 31398394 AAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCAT 31398453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5001 AAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAAGTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCAT 5060

 31398454 AAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTAT 31398513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5061 AAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGAGAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTAT 5120

 31398514 AATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCC 31398573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5121 AATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAACAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCC 5180

 31398574 AATTAGAACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGA 31398633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5181 AATTAGAACTATCACATTTTGTTAGTCTGTGTTTTTCAACAATGTCACAAAACAGTTGGA 5240

 31398634 GAATAAAATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTA 31398693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5241 GAATAAAATTACATTTGACTAACAGCATTTTGTATCTAATTTTGTAAAAAGGCACACGTA 5300

 31398694 TTACATGTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGT 31398753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5301 TTACATGTAATTTTCTAAGTTCAGAAGACTTTGAATTTAACACCTCCTGCACAATTAGGT 5360

 31398754 GTTTAGATAAAATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGT 31398813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5361 GTTTAGATAAAATATTGCTAAATTGTAGGCTGCTGAGTTTACAATACATATTGATTTAGT 5420

 31398814 AAATACTGTTTCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCT 31398873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5421 AAATACTGTTTCCTTATTTCAGTTTTTGTAAATGTAATGCTTACTCAGGGTCCTGATTCT 5480

 31398874 GAAAAAATTCTTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAA 31398933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5481 GAAAAAATTCTTACTAATTGAGATATTTTAGAATACTTTAAAGATACATATTTACGTAAA 5540

 31398934 GTGCAGAATTAGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACA 31398993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5541 GTGCAGAATTAGTTTTAAAGACATTCACATACCATACATATTACATATTATAGACATACA 5600

 31398994 TATTGGCCTGCCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTT 31399053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5601 TATTGGCCTGCCGTGTAATAGTTTACTATATAAAAAATAAAAGTAATTGAACCAACATTT 5660

 31399054 TTCAGCACTGTTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTT 31399113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5661 TTCAGCACTGTTTTATTAATAGGGACTTTACTTATTAGTAAATCAATTGTGAATTGATTT 5720

 31399114 TTAAAATTTTTTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAA 31399173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5721 TTAAAATTTTTTTTAGTTTTCTATTAAAAACAATTTGAATAGTAATCCATTGCTTTGAAA 5780

 31399174 TGGTCTAGGGTCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGT 31399233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5781 TGGTCTAGGGTCCAGAATGATTAGTTATGTTATTCCTGTATTTTTTGCAGTTATGCATGT 5840

 31399234 GAAAATTGCTATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACT 31399293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5841 GAAAATTGCTATTTACTTAAGAGAAAGCTTCATCTCAAAAGCTTTGTCAAATTGAGAACT 5900

 31399294 GGGGGTCTTTTCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGT 31399353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5901 GGGGGTCTTTTCCCACTGATCCTGATAATATTACAGGATACTTCTCAGTTGGAAAAGAGT 5960

 31399354 TATTGTGTTGGAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATC 31399413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5961 TATTGTGTTGGAAAATTATATGCTTCTGTTATAATATGTTCTATAATCTTGAAGAAAATC 6020

 31399414 CATGTAATTTGAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAA 31399473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6021 CATGTAATTTGAGTCAGGAGTGTGCAGGATGGTCTTGTTGTTAATGTTGGAAGGGTGTAA 6080

 31399474 AATACCACTTAATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAGAAATGGTTATA 31399533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6081 AATACCACTTAATACTTACGTGGGCATTCAGAGGGTCTCATTTGATTAGAAATGGTTATA 6140

 31399534 TATAGATTAGCTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGA 31399593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6141 TATAGATTAGCTTTAAGCTAGTTATGTCATCCACTTTAATGTCTTGAAAAAGAAAGTAGA 6200

 31399594 AAGGGGACCTGTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGA 31399653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6201 AAGGGGACCTGTACTATAGTCAGAAGAAAATTACCACGTTGGAAAAGAAGGGAGTGAAGA 6260

 31399654 ACAATTCTTTAAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGG 31399713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6261 ACAATTCTTTAAATAAGTCTTTTGAGTACATTACAAAGCAAAAGAGATCTTGATTACAGG 6320

 31399714 AAAGGTACTTAGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAA 31399773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6321 AAAGGTACTTAGGCATTAAGAGAAATTTTGTGAAAAAAAATCTAGGAGTGTTGTAAGTAA 6380

 31399774 AAATCTGGAAGATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTTACCATAGTTAA 31399833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6381 AAATCTGGAAGATATAACTTGTCTTGTAGTTCACATTATAATTTCTGTTACCATAGTTAA 6440

 31399834 CTATTTAGCTGTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACGTAACAATAAAT 31399893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6441 CTATTTAGCTGTCATCTAGGTATTATTAATATATAGAATGCATGATACGTAACAATAAAT 6500

 31399894 AGTTATGTCATAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTTTTTCGTGATAAAAGTGGTAGGA 31399953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6501 AGTTATGTCATAGGGAGACTCTATCATAAACAATTCTTTTTCGTGATAAAAGTGGTAGGA 6560

 31399954 ATAGCATTTTAAATGAATAACTTTAGCTAACATGTAGCACTGCGTATCAGATACTCTTGT 31400013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6561 ATAGCATTTTAAATGAATAACTTTAGCTAACATGTAGCACTGCGTATCAGATACTCTTGT 6620

 31400014 AATCACTTCATGTGAATTATTCAACTCTGCAAAGTGCAATATCATTATTATTTCTAATAT 31400073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6621 AATCACTTCATGTGAATTATTCAACTCTGCAAAGTGCAATATCATTATTATTTCTAATAT 6680

 31400074 ATAGATGGGTAAACCAAGGCTCAGAGATTAAGTAACATACTGACTAGCAGCAAGAAATTA 31400133
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6681 ATAGATGGGTAAACCAAGGCTCAGAGATTAAGTAACATACTGACTAGCAGCAAGAAATTA 6740

 31400134 TGACACACTTTACATATACTTTGAAAACTGTATTAAAAAAAAGCAGGCAGTCAGTTACCT 31400193
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6741 TGACACACTTTACATATACTTTGAAAACTGTATTAAAAAAAAGCAGGCAGTCAGTTACCT 6800

 31400194 TTCCAGTGGTTTTTTTTTTAATATTCCTATCGCATAAATGCAGCAATAATAGATTATATC 31400253
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6801 TTCCAGTGGTTTTTTTTTTAATATTCCTATCGCATAAATGCAGCAATAATAGATTATATC 6860

 31400254 TTTAGAGAAAAGGTATTATTTATGTTAAAGGTACAGACTAGTGAAAAGTTAAGCGTGAGC 31400313
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6861 TTTAGAGAAAAGGTATTATTTATGTTAAAGGTACAGACTAGTGAAAAGTTAAGCGTGAGC 6920

 31400314 TCTAGAGGGAGGGAAGGAAATTACACTAGAAACTTGGTGAAAAGTGTGAAAGGTGGCAGT 31400373
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6921 TCTAGAGGGAGGGAAGGAAATTACACTAGAAACTTGGTGAAAAGTGTGAAAGGTGGCAGT 6980

 31400374 GTGGTGTTGTGGAAACCTGAGTTCTTATCATGCCTGATTATTAGTTAATGACATTTACTT 31400433
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6981 GTGGTGTTGTGGAAACCTGAGTTCTTATCATGCCTGATTATTAGTTAATGACATTTACTT 7040

 31400434 CCCCAATTCTTGAGGAATGTAAAAATATCTTAAGAAGTTCATTTTCTTTTATCTTAGCCA 31400493
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7041 CCCCAATTCTTGAGGAATGTAAAAATATCTTAAGAAGTTCATTTTCTTTTATCTTAGCCA 7100

 31400494 TTTCCAGTAAAATTGTGCTAGGACAACTAAGGTGTGTCTTAACATACATAAACTGCATGG 31400553
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7101 TTTCCAGTAAAATTGTGCTAGGACAACTAAGGTGTGTCTTAACATACATAAACTGCATGG 7160

 31400554 ATCTGAGTTTCTTCATCTGTAAAAATGAGATGCTTATACTATGTTACTCTCTAAAGCCAG 31400613
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7161 ATCTGAGTTTCTTCATCTGTAAAAATGAGATGCTTATACTATGTTACTCTCTAAAGCCAG 7220

 31400614 CTCTGGTATTTGTTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTCTATTATATTTTCATTTGTCCTCTA 31400673
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7221 CTCTGGTATTTGTTCTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTCTATTATATTTTCATTTGTCCTCTA 7280

 31400674 GCTCAGGGGTCCCCAGTCCCCGCGCTGCAAACCAGTACTGGTCCATGGCCAGTTAGGAAC 31400733
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7281 GCTCAGGGGTCCCCAGTCCCCGCGCTGCAAACCAGTACTGGTCCATGGCCAGTTAGGAAC 7340

 31400734 CAGGCCATGCAGCAGGTGGTGCGGAGCCAGTGTGCGAGTGTTACCACCTGAGCTCTGCAT 31400793
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7341 CAGGCCATGCAGCAGGTGGTGCGGAGCCAGTGTGCGAGTGTTACCACCTGAGCTCTGCAT 7400

 31400794 CCTGTCAGATCCACTGTGGCACTGGGTTCTCATAGGAGCACAAACCTATTGTGAACTGTG 31400853
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7401 CCTGTCAGATCCACTGTGGCACTGGGTTCTCATAGGAGCACAAACCTATTGTGAACTGTG 7460

 31400854 CATGTGAGGGATGTAGGTCGCACATTCCTTATGAGAATCTAATTAATGCCTGATGAACTG 31400913
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7461 CATGTGAGGGATGTAGGTCGCACATTCCTTATGAGAATCTAATTAATGCCTGATGAACTG 7520

 31400914 AGGTGGAACAGTTTCATTCTGAAACCATACTCCCTACACCCCCATCCATGGAAAAATTGT 31400973
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7521 AGGTGGAACAGTTTCATTCTGAAACCATACTCCCTACACCCCCATCCATGGAAAAATTGT 7580

 31400974 TTTCCACAAAACTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGGTTGGGGACCGCTGCTCTCGCTGACCCA 31401033
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7581 TTTCCACAAAACTGGTCCCTGGTGCCAAAAAGGTTGGGGACCGCTGCTCTCGCTGACCCA 7640

 31401034 CCAAGTCTGAGAATTTTTTTCTTAATTTAACATACTGTAAGTAACTTTTGGCAACCCAAG 31401093
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7641 CCAAGTCTGAGAATTTTTTTCTTAATTTAACATACTGTAAGTAACTTTTGGCAACCCAAG 7700

 31401094 ATTGGTTTGTTGACTCATAATGGATGCAATTTAAACAGAACAATTAATTGAGACTGCAGT 31401153
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7701 ATTGGTTTGTTGACTCATAATGGATGCAATTTAAACAGAACAATTAATTGAGACTGCAGT 7760

 31401154 GGTAATCTGTCTCTCATTTGCCATGTTTTTAAGATGAAAAATATCCCCTTTATGGCTTGT 31401213
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7761 GGTAATCTGTCTCTCATTTGCCATGTTTTTAAGATGAAAAATATCCCCTTTATGGCTTGT 7820

 31401214 TTAAAATGTCATCGTTGATAATGCTTTTAAGTTAGAAAATCTGAGTATAAATGCTCCACA 31401273
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7821 TTAAAATGTCATCGTTGATAATGCTTTTAAGTTAGAAAATCTGAGTATAAATGCTCCACA 7880

 31401274 GTTTCCTTTTACAGACAGTGAAAGAAATAAATCTTTTTTTTTTTCTTTTGAGACAGAGTC 31401333
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7881 GTTTCCTTTTACAGACAGTGAAAGAAATAAATCTTTTTTTTTTTCTTTTGAGACAGAGTC 7940

 31401334 TCACCCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTAGTCTCACTGCAACCTCCACT 31401393
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7941 TCACCCTGTCGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTAGTCTCACTGCAACCTCCACT 8000

 31401394 TCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTCCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCC 31401453
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8001 TCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTCCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCC 8060

 31401454 GCTACCACACTCAGCTAATTTTTTTTTCTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTC 31401513
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8061 GCTACCACACTCAGCTAATTTTTTTTTCTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTC 8120

 31401514 ACCATGTTAGCCAAGCTGGTCTTGACCTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCT 31401573
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8121 ACCATGTTAGCCAAGCTGGTCTTGACCTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCT 8180

 31401574 CCCAAAATGCTGGGATTATGGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCTGAAAGAAATCTTAAAAT 31401633
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8181 CCCAAAATGCTGGGATTATGGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCTGAAAGAAATCTTAAAAT 8240

 31401634 AACTTTCTAATTATCATCTGACTTACCTAGCTGATAGGAAATCTATGAAGAGATGATTTA 31401693
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8241 AACTTTCTAATTATCATCTGACTTACCTAGCTGATAGGAAATCTATGAAGAGATGATTTA 8300

 31401694 GGGCATTATTATATTTATCACATAGTCTAGCTTAAAAGAATTATAGCGTTTCAGAAACTG 31401753
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8301 GGGCATTATTATATTTATCACATAGTCTAGCTTAAAAGAATTATAGCGTTTCAGAAACTG 8360

 31401754 AAAGAATCTAGCTAAAAGAATCATAGAATGTCAAAAACTAAAGAAAGAGATTGAGGATGT 31401813
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8361 AAAGAATCTAGCTAAAAGAATCATAGAATGTCAAAAACTAAAGAAAGAGATTGAGGATGT 8420

 31401814 GGAAGATGAGCACAGAAAAGTAGAACAAAGACACATAATAAATATTCAAAATCGAGTAAC 31401873
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8421 GGAAGATGAGCACAGAAAAGTAGAACAAAGACACATAATAAATATTCAAAATCGAGTAAC 8480

 31401874 ATGCAACGAACTTACAGACCAAAAATCATTTTCAACCAGTATTATTAAGCAAACATTAAC 31401933
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8481 ATGCAACGAACTTACAGACCAAAAATCATTTTCAACCAGTATTATTAAGCAAACATTAAC 8540

 31401934 ATGGGAAAAGTGAAAGTTTTGTTTTAAAATATATTCACATTTAGAATTTCCTTATGATTT 31401993
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8541 ATGGGAAAAGTGAAAGTTTTGTTTTAAAATATATTCACATTTAGAATTTCCTTATGATTT 8600

 31401994 GGCGTATGTTATTTTCAGTTACGCCAAAATACAAAGACAGGAAAACATTTTTGTCAGTCC 31402053
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8601 GGCGTATGTTATTTTCAGTTACGCCAAAATACAAAGACAGGAAAACATTTTTGTCAGTCC 8660

 31402054 TTTCTGAAGGGATTAATATCCCACTTTTGTTAAATTTTTGGAGTTCTAGAAACTAGGGTG 31402113
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8661 TTTCTGAAGGGATTAATATCCCACTTTTGTTAAATTTTTGGAGTTCTAGAAACTAGGGTG 8720

 31402114 ATAGTTGTTTTACTTTTTCTTTTATTTTTATAAAATAACTCGAACTTTATTATGTTTCTT 31402173
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8721 ATAGTTGTTTTACTTTTTCTTTTATTTTTATAAAATAACTCGAACTTTATTATGTTTCTT 8780

 31402174 ATTAGGATGTATTTCTTTTAGGCATTTAAAAAATAAACTTTATTGAGGTATAATTTATAT 31402233
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8781 ATTAGGATGTATTTCTTTTAGGCATTTAAAAAATAAACTTTATTGAGGTATAATTTATAT 8840

 31402234 GCAATAAAGTGTACCTATTTTAGTACATTTCAGTGAGTCTTGACTACATGTATGTGTATA 31402293
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8841 GCAATAAAGTGTACCTATTTTAGTACATTTCAGTGAGTCTTGACTACATGTATGTGTATA 8900

 31402294 ATCAACACCATATCAAGATATAGAACATTTTCATCTCAGAAAGTTCCTTTATGCTTCTCA 31402353
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8901 ATCAACACCATATCAAGATATAGAACATTTTCATCTCAGAAAGTTCCTTTATGCTTCTCA 8960

 31402354 TTCTTCCCTGGGCAACCATGGATCTGCTTTCTGTTGCTATAGATTTCTTGAGCCATTATT 31402413
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8961 TTCTTCCCTGGGCAACCATGGATCTGCTTTCTGTTGCTATAGATTTCTTGAGCCATTATT 9020

 31402414 TTAGGCTCTAAAAACATCTTGATGTTTTATTTGGCCTTTAATGAACCATATTAGTAAAGA 31402473
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9021 TTAGGCTCTAAAAACATCTTGATGTTTTATTTGGCCTTTAATGAACCATATTAGTAAAGA 9080

 31402474 TTTTTAAAGAGAGATTAATTTATCCCTTCACCCACTCCCAAAGAGTAAATCTTATTATAG 31402533
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9081 TTTTTAAAGAGAGATTAATTTATCCCTTCACCCACTCCCAAAGAGTAAATCTTATTATAG 9140

 31402534 CACATTACATAGTATACTTTCAACCAAAATGTTTTGTAAGAAGTCTGATTAGTGCATTTG 31402593
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9141 CACATTACATAGTATACTTTCAACCAAAATGTTTTGTAAGAAGTCTGATTAGTGCATTTG 9200

 31402594 GGTATGTTTTATAAGAAGTCTGATTAGTGCATTCGGGTGTTATATGGGTTTTATATGATT 31402653
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9201 GGTATGTTTTATAAGAAGTCTGATTAGTGCATTCGGGTGTTATATGGGTTTTATATGATT 9260

 31402654 AAAAGTAGTAACTATTACTTGTAAGGTATACATAAAATCATACCTCTTGAGACATGAAGC 31402713
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9261 AAAAGTAGTAACTATTACTTGTAAGGTATACATAAAATCATACCTCTTGAGACATGAAGC 9320

 31402714 ATCGTTAAAATTTGACTTCAAGTAAATCATAAATTTTTAGCTCACGAATCCCCTTTTACT 31402773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9321 ATCGTTAAAATTTGACTTCAAGTAAATCATAAATTTTTAGCTCACGAATCCCCTTTTACT 9380

 31402774 GGTTAAGGTTATTTGTGTTTTGACTGATTTTTCCCTTATTTTCAAATTCACTCTTCTTAA 31402833
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9381 GGTTAAGGTTATTTGTGTTTTGACTGATTTTTCCCTTATTTTCAAATTCACTCTTCTTAA 9440

 31402834 TAATTATAATAATTTGTATTACATATCTGTGCTTGAATTATTTTCTGTGTCACAAATACA 31402893
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9441 TAATTATAATAATTTGTATTACATATCTGTGCTTGAATTATTTTCTGTGTCACAAATACA 9500

 31402894 ATTAATGTTGTTGTGTCCATGTTATCTACAATTAAAGATCAAATAGATTCTTAAACTCAG 31402953
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9501 ATTAATGTTGTTGTGTCCATGTTATCTACAATTAAAGATCAAATAGATTCTTAAACTCAG 9560

 31402954 TAATGGACTGTAAAGTCTCTTCTCATTCTGTTAAGATTTTGAAATTGACTGTAAATTGAG 31403013
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9561 TAATGGACTGTAAAGTCTCTTCTCATTCTGTTAAGATTTTGAAATTGACTGTAAATTGAG 9620

 31403014 CATTGTTATTGGTGTGGTGTGTAGGATAAGTGTCTGGAAAAGACATATCTTTTTCCCTGA 31403073
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     9621 CATTGTTATTGGTGTGGTGTGTAGGATAAGTGTCTGGAAAAGACATATCTTTTTCCCTGA 9680

 31403074 AGCAACTTAAACTAGC 31403089
          ||||||||||||||||
     9681 AGCAACTTAAACTAGC 9696

Alignment time is 9.30944 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2391] =>      2391 nucs 'mol-32-3185-086962_2391'

Score:        2391
Aligned:      2391        nucs
Identic:      2391 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395937,31398327]
 second seq =>  [       1,    2391]

 31395937 GGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAAC 31395996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAAC 60

 31395997 CACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTG 31396056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTG 120

 31396057 TCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTA 31396116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTA 180

 31396117 ATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTT 31396176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTT 240

 31396177 CTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTC 31396236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTC 300

 31396237 TTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTT 31396296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTT 360

 31396297 CCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGAC 31396356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGAC 420

 31396357 TTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCAT 31396416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCAT 480

 31396417 CTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTT 31396476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTT 540

 31396477 TCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCT 31396536
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCT 600

 31396537 TTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTC 31396596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTC 660

 31396597 ACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGT 31396656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGT 720

 31396657 TCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGA 31396716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGA 780

 31396717 CCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTA 31396776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTA 840

 31396777 GAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTAC 31396836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTAC 900

 31396837 CTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGC 31396896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGC 960

 31396897 TCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTG 31396956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTG 1020

 31396957 TTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGC 31397016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGC 1080

 31397017 TTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACG 31397076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 TTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACG 1140

 31397077 GAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAAT 31397136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAAT 1200

 31397137 AGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTT 31397196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTT 1260

 31397197 CATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAG 31397256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 CATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAG 1320

 31397257 GTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAG 31397316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAG 1380

 31397317 TAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGG 31397376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGG 1440

 31397377 AGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTA 31397436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 AGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTA 1500

 31397437 TGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGA 31397496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGA 1560

 31397497 TATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCA 31397556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCA 1620

 31397557 TGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTT 31397616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTT 1680

 31397617 CCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAA 31397676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAA 1740

 31397677 GGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCT 31397736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCT 1800

 31397737 TTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAA 31397796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAA 1860

 31397797 CCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATG 31397856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATG 1920

 31397857 GATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGG 31397916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 GATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGG 1980

 31397917 TCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTT 31397976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 TCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTT 2040

 31397977 CAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCA 31398036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 CAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCA 2100

 31398037 CGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGAT 31398096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGAT 2160

 31398097 AGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGG 31398156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGG 2220

 31398157 TTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGA 31398216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGA 2280

 31398217 CTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTG 31398276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTG 2340

 31398277 TTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTC 31398327
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTCTGGATTTCCATAGAACACCTC 2391

Alignment time is 2.82805 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2168] =>      2168 nucs 'mol-32-3190-264564_2168'

Score:        2167
Aligned:      2167        nucs
Identic:      2167 (100%) nucs =>       820 (100%)      1347 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395923,31396742] EXCISED REGION [31396744,31398090]
 second seq =>  [       1,     820] EXCISED REGION [     822,    2168]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31396743,31396743]
 second seq =>         1 nucs [821,821]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [821,821] to [822,822]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31395923 TAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCC 31395982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCC 60

 31395983 TAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAG 31396042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAG 120

 31396043 TTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAAT 31396102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAAT 180

 31396103 TTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAA 31396162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAA 240

 31396163 ATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTT 31396222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTT 300

 31396223 AGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACT 31396282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACT 360

 31396283 TAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCT 31396342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCT 420

 31396343 CTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATT 31396402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATT 480

 31396403 GATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCT 31396462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCT 540

 31396463 TTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAA 31396522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAA 600

 31396523 AAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCC 31396582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCC 660

 31396583 AGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGC 31396642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGC 720

 31396643 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGG 31396702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGG 780

 31396703 GCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTT 31396742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 GCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTT 820

EXCISED REGION

 31396744 GTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATA 31396803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      822 GTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCATA 881

 31396804 TGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCA 31396863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      882 TGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTCA 941

 31396864 AAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCA 31396923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      942 AAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTCA 1001

 31396924 TGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGG 31396983
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1002 TGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTGG 1061

 31396984 ACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTT 31397043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1062 ACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACTT 1121

 31397044 GAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGA 31397103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1122 GAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGGA 1181

 31397104 GAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATT 31397163
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1182 GAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGATT 1241

 31397164 AGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAG 31397223
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1242 AGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAAG 1301

 31397224 AAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTC 31397283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1302 AAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCTC 1361

 31397284 TCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAG 31397343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1362 TCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAAG 1421

 31397344 GGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCT 31397403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1422 GGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTCT 1481

 31397404 GGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAAC 31397463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1482 GGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAAC 1541

 31397464 CTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAA 31397523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1542 CTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAAA 1601

 31397524 TCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAG 31397583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1602 TCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGAG 1661

 31397584 ATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGT 31397643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1662 ATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAGT 1721

 31397644 GAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTA 31397703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1722 GAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTA 1781

 31397704 TTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGC 31397763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1782 TTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGC 1841

 31397764 CTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGT 31397823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1842 CTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGT 1901

 31397824 CCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTT 31397883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1902 CCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTT 1961

 31397884 GCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAA 31397943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1962 GCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAA 2021

 31397944 TTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGG 31398003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2022 TTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGG 2081

 31398004 AAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAA 31398063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2082 AAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAA 2141

 31398064 TGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTG 31398090
          |||||||||||||||||||||||||||
     2142 TGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTG 2168

Alignment time is 3.11151 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2290] =>      2290 nucs 'mol-32-322a-144371_2290'

Score:        2290
Aligned:      2290        nucs
Identic:      2290 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395955,31398244]
 second seq =>  [       1,    2290]

 31395955 TTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATT 31396014
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTTAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATT 60

 31396015 ATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTT 31396074
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTATATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTT 120

 31396075 AATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTT 31396134
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AATTTCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTT 180

 31396135 AGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGA 31396194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGTATCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGA 240

 31396195 AGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTT 31396254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGAGAGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTT 300

 31396255 GCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCT 31396314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GCCCCTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCT 360

 31396315 CTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGC 31396374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CTGTGTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGC 420

 31396375 AGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGT 31396434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGGTACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGT 480

 31396435 CTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTG 31396494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CTTTTGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTG 540

 31396495 TTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGG 31396554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TTCTTACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGG 600

 31396555 AATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCT 31396614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AATTTTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCT 660

 31396615 ACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGAT 31396674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 ACTTGTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGAT 720

 31396675 ATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATT 31396734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 ATGATTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATT 780

 31396735 TGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCT 31396794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGCCATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCT 840

 31396795 GTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTC 31396854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTGGCCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTC 900

 31396855 ACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAG 31396914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACTGTTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAG 960

 31396915 TACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAG 31396974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TACATTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAG 1020

 31396975 GGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGA 31397034
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GGTAGGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGA 1080

 31397035 GAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAA 31397094
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAGAGACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAA 1140

 31397095 GTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGT 31397154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GTTATAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGT 1200

 31397155 AGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAA 31397214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 AGAAGGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAA 1260

 31397215 GGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTT 31397274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGAAGGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTT 1320

 31397275 GATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCT 31397334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GATGAGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCT 1380

 31397335 GTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAG 31397394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GTTGAGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAG 1440

 31397395 CATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCA 31397454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CATTATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCA 1500

 31397455 GCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCC 31397514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GCTAACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCC 1560

 31397515 CCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACC 31397574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CCACCTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACC 1620

 31397575 CAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCT 31397634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAGTGGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCT 1680

 31397635 CATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCT 31397694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATGGTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCT 1740

 31397695 TGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGA 31397754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGGCTCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGA 1800

 31397755 TTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAA 31397814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTGCGAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAA 1860

 31397815 TTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCA 31397874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TTGCTCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCA 1920

 31397875 TAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCA 31397934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TAGCATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCA 1980

 31397935 GCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAG 31397994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 GCGCAATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAG 2040

 31397995 AAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCA 31398054
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 AAGGCTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCA 2100

 31398055 GTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTAT 31398114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GTTTACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTAT 2160

 31398115 GTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAA 31398174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 GTTTGTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAA 2220

 31398175 TTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCAT 31398234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TTAGTAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCAT 2280

 31398235 TATATCACAC 31398244
          ||||||||||
     2281 TATATCACAC 2290

Alignment time is 2.35557 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    2486] =>      2486 nucs 'mol-32-322a-174808_2486'

Score:        2485
Aligned:      2485        nucs
Identic:      2485 (100%) nucs =>       131 (100%)      2354 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395827,31395957] EXCISED REGION [31395959,31398312]
 second seq =>  [       1,     131] EXCISED REGION [     133,    2486]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [31395958,31395958]
 second seq =>         1 nucs [132,132]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31395958,31395958] to [31395959,31395959]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31395827 TGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCA 31395886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGCTAAGAGTTTTTATGGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCA 60

 31395887 TTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCAC 31395946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTATTGAATTTTTGCATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCAC 120

 31395947 GTAGATTTTTC 31395957
          |||||||||||
      121 GTAGATTTTTC 131

EXCISED REGION

 31395959 TAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTA 31396018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      133 TAAGTTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTA 192

 31396019 TATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATT 31396078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      193 TATTTATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATT 252

 31396079 TCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTA 31396138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      253 TCATGCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTA 312

 31396139 TCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAG 31396198
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      313 TCATAGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAG 372

 31396199 AGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCC 31396258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      373 AGGTGGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCC 432

 31396259 CTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGT 31396318
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      433 CTCAACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGT 492

 31396319 GTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGT 31396378
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      493 GTGAATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGT 552

 31396379 ACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTT 31396438
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      553 ACACTGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTT 612

 31396439 TGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCT 31396498
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      613 TGCCTGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCT 672

 31396499 TACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATT 31396558
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      673 TACACATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATT 732

 31396559 TTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTT 31396618
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      733 TTCAGAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTT 792

 31396619 GTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGA 31396678
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      793 GTGAGGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGA 852

 31396679 TTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCC 31396738
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      853 TTGTGTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCC 912

 31396739 ATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGG 31396798
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      913 ATTTAGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGG 972

 31396799 CCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTG 31396858
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      973 CCATATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTG 1032

 31396859 TTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACA 31396918
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1033 TTTCAAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACA 1092

 31396919 TTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTA 31396978
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1093 TTTCATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTA 1152

 31396979 GGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGA 31397038
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1153 GGTGGACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGA 1212

 31397039 GACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTA 31397098
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1213 GACTTGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTA 1272

 31397099 TAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAA 31397158
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1273 TAGGAGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAA 1332

 31397159 GGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAA 31397218
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1333 GGATTAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAA 1392

 31397219 GGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATG 31397278
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1393 GGAAGAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATG 1452

 31397279 AGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTG 31397338
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1453 AGCTCTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTG 1512

 31397339 AGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATT 31397398
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1513 AGAAGGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATT 1572

 31397399 ATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTA 31397458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1573 ATTCTGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTA 1632

 31397459 ACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCAC 31397518
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1633 ACAACCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCAC 1692

 31397519 CTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGT 31397578
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1693 CTAAATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGT 1752

 31397579 GGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATG 31397638
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1753 GGGAGATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATG 1812

 31397639 GTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGC 31397698
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1813 GTAGTGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGC 1872

 31397699 TCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGC 31397758
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1873 TCTTATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGC 1932

 31397759 GAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGC 31397818
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1933 GAGGCCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGC 1992

 31397819 TCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGC 31397878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1993 TCAGTCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGC 2052

 31397879 ATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGC 31397938
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2053 ATTTTGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGC 2112

 31397939 AATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGG 31397998
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2113 AATAATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGG 2172

 31397999 CTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTT 31398058
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2173 CTAGGAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTT 2232

 31398059 ACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTT 31398118
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2233 ACAAATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTT 2292

 31398119 GTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAG 31398178
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2293 GTACTTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAG 2352

 31398179 TAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATA 31398238
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2353 TAAGGGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATA 2412

 31398239 TCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTA 31398298
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2413 TCACACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTA 2472

 31398299 TTTTTTTCTGGATT 31398312
          ||||||||||||||
     2473 TTTTTTTCTGGATT 2486

Alignment time is 2.17577 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3377] =>      3377 nucs 'mol-32-33b6-058782_3377'

Score:        3266
Aligned:      3380        nucs
Identic:      3368 (100%) nucs =>      2654 (100%)       714 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31391110,31393773] EXCISED REGION [31397647,31398362]
 second seq =>  [       1,    2661] EXCISED REGION [    2662,    3377]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3873 nucs [31393774,31397646]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [31393774,31393776] to [31397647,31397649]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31391110 AAAAGGCGGGGAAAGCCTGGGATGGCGAGGGGGTGCTCGCTGAGGAGGAGGAGAGAAGCG 31391169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAAGGCGGGGAAAGCCTGGGATGGCGAGGGGGTGCTCGCTGAGGAGGAGGAGAGAAGCG 60

 31391170 ACAGTCGCGGGGCCCGGAAAAGAGAGACTTAGAGCGAAGCCAAAGGCGCCTTTCTTCACA 31391229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAGTCGCGGGGCCCGGAAAAGAGAGACTTAGAGCGAAGCCAAAGGCGCCTTTCTTCACA 120

 31391230 GTTTGGGAACTTACTGGTAGTAAACGCCACTCCATAGAAGCGGTGACCGGTTACCATAGA 31391289
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GTTCGGGAACTTACTGGTAGTAAACGCCACTCCATAGAAGCGGTGACCGGTTACCATAGA 180

 31391290 GACCGCGTCGGGGTGGGCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTGCCACGGCCACATCAGCTCGG 31391349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GACCGCGTCGGGGTGGGCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTGCCACGGCCACATCAGCTCGG 240

 31391350 CCAGAAACGCGAACACGTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGAAGAAGAAGCCGGTCCGGAGT 31391409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCAGAAACGCGAACACGTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGAAGAAGAAGCCGGTCCGGAGT 300

 31391410 TCTGGCCGACAGCAGGCGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTATGTGAAGTTAGGTAGGTCTGA 31391469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTGGCCGACAGCAGGCGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTATGTGAAGTTAGGTAGGTCTGA 360

 31391470 TGTCGTATAAAGCGCGGAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGGGTGGGTAAAGCCGACTGTGA 31391529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTCGTATAAAGCGCGGAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGGGTGGGTAAAGCCGACTGTGA 420

 31391530 ATGGAGAAGATTCCCAAGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCGGCTGTTTCGTTAAGTGTATA 31391589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATGGAGAAGATTCCCAAGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCGGCTGTTTCGTTAAGTGTATA 480

 31391590 TAGCTGTGGGAAGAGGTTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGGTAGGGTCTCTCTTCTGGAGC 31391649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TAGCTGTGGGAAGAGGTTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGGTAGGGTCTCTCTTCTGGAGC 540

 31391650 GTGGAAGACTGGGGCATCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCTGTCTTTGCGAGGTCTCAGCG 31391709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTGGAAGACTGGGGCATCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCTGTCTTTGCGAGGTCTCAGCG 600

 31391710 CCTCTCCAATAACAGGGGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGGTGCTGACGTTATTTCCCATA 31391769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCTCTCCAATAACAGGGGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGGTGCTGACGTTATTTCCCATA 660

 31391770 TCATGCTCTCCAGACAATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAAACTTTCAGAAGGAATGCCCC 31391829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TCATGCTCTCCAGACAATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAAACTTTCAGAAGGAATGCCCC 720

 31391830 CAAATTTATTTTAATTCTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTTTTTTATTCGTTCATTTTGTA 31391889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CAAATTTATTTTAATTCTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTTTTTTATTCGTTCATTTTGTA 780

 31391890 AATATTCATTAAGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATC 31391949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AATATTCATTAAGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTTACTTGTGTGCCAGTTTTATC 840

 31391950 ATAAGACTAGCAGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATT 31392009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATAAGACTAGCAGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACCACCTGGTTCATTATAAAATT 900

 31392010 CTTTTTTTTAATGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACAC 31392069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTTTTTTTAATGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATATATCGTGAAATACCTAACAC 960

 31392070 GTTTTCCATACTTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAAT 31392129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GTTTTCCATACTTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTTGGGGCATTTTAAATGAAAAT 1020

 31392130 CTGTGCTTCCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTT 31392189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTGTGCTTCCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCGACTAAATACTAAAGAATTT 1080

 31392190 ACAAGGGCAGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAA 31392249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACAAGGGCAGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAACTGTGATGAATTGTCATTAA 1140

 31392250 TATTTCTATTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGA 31392309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TATTTCTATTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTCCATGGATGATGGCGGTTGA 1200

 31392310 GCAGATGCCAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATC 31392369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GCAGATGCCAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAGACCCATCTGCAAATATATC 1260

 31392370 AGACCTAAAACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTT 31392429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGACCTAAAACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAAGTCTTTTCTTTCAGATTTT 1320

 31392430 AAATCATGAGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAA 31392489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AAATCATGAGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCACAAATTTAGGTTTCCAGAAA 1380

 31392490 ATAGGATACCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAAT 31392549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 ATAGGATACCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTTAATTGAACATTTCAGTAAT 1440

 31392550 ATTGCAGAAAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCA 31392609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATTGCAGAAAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAGGAGCAGGAGATCTGAGTCA 1500

 31392610 GGCTGCTTGAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTT 31392669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GGCTGCTTGAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGAGAATTTGGACAAGTTACTT 1560

 31392670 TTTCTTATATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTG 31392729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TTTCTTATATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCATGTAAAATATTTAGAAGTG 1620

 31392730 TTGTTACATAATAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTG 31392789
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 TTGTTACATAATAAACAACAGTAGCCACTAGCCACATGTGGCTGTTGATTACTTGAAGTG 1680

 31392790 TGGCTAGCCTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAG 31392849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TGGCTAGCCTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATACACTGGATTTTAAAGACAG 1740

 31392850 TATTTAAAAGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTC 31392909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TATTTAAAAGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTGATTATGTTGATTAAAGTTC 1800

 31392910 ACTGGTTTTATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTT 31392969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ACTGGTTTTATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAAACTTCTTAAAAGAATTCTT 1860

 31392970 GATCTCTTACCTAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTAT 31393029
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GATCTCTTACCTAATTTTCATATCTGGCATTTCTACTGGCTCCTTTTTTAAAGTTTCTAT 1920

 31393030 CTCTTTCTCATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTT 31393089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CTCTTTCTCATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTACTATATCCTTTAATAAACTT 1980

 31393090 ATCACAGTTAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATG 31393149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 ATCACAGTTAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAATAATCAAACAGTTTTTATG 2040

 31393150 TGGATTATATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACA 31393209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TGGATTATATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCTATTTTGTGTTTTATATACA 2100

 31393210 TAATATGCATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTT 31393269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 TAATATGCATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTCTCTTGCATTTTACTTTTTT 2160

 31393270 AACATTGCATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGAT 31393329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 AACATTGCATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATTTCTATTGGGTAATGCTGAT 2220

 31393330 TTAGACCATTTATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGA 31393389
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
     2221 TTAGACCATTTATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT---GA 2277

 31393390 GATGGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGC 31393449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     2278 GATGGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTTCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGC 2337

 31393450 AACCTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATT 31393509
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 AACCTCCGCCTCCCAGTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATT 2397

 31393510 AAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATC 31393569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 AAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATC 2457

 31393570 ATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCC 31393629
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     2458 ATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCC 2517

 31393630 AAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATG 31393689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2518 AAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCCCCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATG 2577

 31393690 AATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTG 31393749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 AATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTG 2637

 31393750 TGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTG 31393773
          ||||||||||||||||||||||||
     2638 TGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTG 2661

EXCISED REGION

 31397647 TAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTC 31397706
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2662 TAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTCATTC 2721

 31397707 TCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTC 31397766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2722 TCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTC 2781

 31397767 CCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCC 31397826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2782 CCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCC 2841

 31397827 GGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCC 31397886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2842 GGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCC 2901

 31397887 CTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTT 31397946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2902 CTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTT 2961

 31397947 ATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAG 31398006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2962 ATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAG 3021

 31398007 TATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGC 31398066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3022 TATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGC 3081

 31398067 TTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGA 31398126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3082 TTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGA 3141

 31398127 GAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTT 31398186
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3142 GAAAATGAAGGCTTAGTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTT 3201

 31398187 ATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTT 31398246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3202 ATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTT 3261

 31398247 CTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTC 31398306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3262 CTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTC 3321

 31398307 TGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTC 31398362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3322 TGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTC 3377

Alignment time is 3.2172 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    7125] =>      7125 nucs 'mol-32-3487-040255_7125'

Score:        7003
Aligned:      7130        nucs
Identic:      7116 (100%) nucs =>      6452 (100%)       664 (100%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31387310,31393773] EXCISED REGION [31397647,31398312]
 second seq =>  [       1,    6459] EXCISED REGION [    6460,    7125]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      3873 nucs [31393774,31397646]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         3 nucs [31393774,31393776] to [31397647,31397649]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 31387310 TTTAATATACGCCTACCTTGGTTATGTTAGATGCTGATGACGCAAACTAAAGTTTTGCCT 31387369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTAATATACGCCTACCTTGGTTATGTTAGATGCTGATGACGCAAACTAAAGTTTTGCCT 60

 31387370 ATCCTTTTAATTTATTCTGAAGTCCAACCAAATGTACAGTTCAACAAATATTTGGGTTTG 31387429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATCCTTTTAATTTATTCTGAAGTCCAACCAAATGTACAGTTCAACAAATATTTGGGTTTG 120

 31387430 ATTTTATTTTTCCAATTCAATTGTTTCTTGCTGTCATTTGCTCTCTTTGGAAATTCCTAA 31387489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ATTTTATTTTTCCAATTCAATTGTTTCTTGCTGTCATTTGCTCTCTTTGGAAATTCCTAA 180

 31387490 AATACTGTTATGAATGTCCAACATTCTAATATATCAAATGTGCAACAAATATTATTAATT 31387549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
      181 AATACTGTTATGAATGTCCAACATTCTAATATATCAAATGTGCAACAAATATTA---ATT 237

 31387550 AATAATAACAACAATAGCTAACCTTTACTGAATACTTATTACTTTCAGGCACAACTATCT 31387609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      238 AATAATAACAACAATAGCTAACCTTTACTGAATACTTATTACTTTCAGGCACAACTATCT 297

 31387610 CATTTAATTCCCACAACAAATCTATGAGGGAAATACTATTATTACTCCCATATTACAGAG 31387669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      298 CATTTAATTCCCACAACAAATCTATGAGGGAAATACTATTATTACTCCCATATTACAGAG 357

 31387670 GAAGAAACCAAAGCAAAGAGATGAATTAAGTTCACATAGCCGTAAGAGGAAAAGCCTGGA 31387729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      358 GAAGAAACCAAAGCAAAGAGATGAATTAAGTTCACATAGCCGTAAGAGGAAAAGCCTGGA 417

 31387730 CTAAACACATATGTTCTGACTCTAGAGTTCATGCTTTTAACCATGATACTAACATAGTTT 31387789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      418 CTAAACACATATGTTCTGACTCTAGAGTTCATGCTTTTAACCATGATACTAACATAGTTT 477

 31387790 ATATTTCCACTATGTAAGTTTCACATAAAATGGATAAATTGCCTTTTAAATATAAGATAC 31387849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      478 ATATTTCCACTATGTAAGTTTCACATAAAATGGATAAATTGCCTTTTAAATATAAGATAC 537

 31387850 TGAGAAACAAAACTATTAGAGCTATGTATCATTAGAACTCCAGAGAATGAGGCAAGATAG 31387909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      538 TGAGAAACAAAACTATTAGAGCTATGTATCATTAGAACTCCAGAGAATGAGGCAAGATAG 597

 31387910 CTGGTTCTTAGTTTCTCTGGAGAGGTGTTCTTGCTCTCAGAAAGCTTGCAACCCAACTGG 31387969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      598 CTGGTTCTTAGTTTCTCTGGAGAGGTGTTCTTGCTCTCAGAAAGCTTGCAACCCAACTGG 657

 31387970 GGAATCAGAATATATTCTAAGGAAAACAATATACTGTGATATACAAAGGACTTGCTATGA 31388029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      658 GGAATCAGAATATATTCTAAGGAAAACAATATACTGTGATATACAAAGGACTTGCTATGA 717

 31388030 AAGTTGAGGGGCGGCAGTAAGTTCTAAGGACCAGGCCATCATAAAAGGCTTGATGGAAGA 31388089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      718 AAGTTGAGGGGCGGCAGTAAGTTCTAAGGACCAGGCCATCATAAAAGGCTTGATGGAAGA 777

 31388090 GATAGGCCTTAAAGCAGGGATTACTCTGATAGGAGGAAGAAAAGAATTAGGGTGTTATAA 31388149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      778 GATAGGCCTTAAAGCAGGGATTACTCTGATAGGAGGAAGAAAAGAATTAGGGTGTTATAA 837

 31388150 GTAAGGAGAAGCATTTGAACACAATTATTGATGAAATGCTGTTACCAAAACACCAGGAGT 31388209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      838 GTAAGGAGAAGCATTTGAACACAATTATTGATGAAATGCTGTTACCAAAACACCAGGAGT 897

 31388210 TCCATCTATGTCTTGCTGCTTACCACCCAAAAAGTCAATCACTGAGACAATGATTATTGT 31388269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      898 TCCATCTATGTCTTGCTGCTTACCACCCAAAAAGTCAATCACTGAGACAATGATTATTGT 957

 31388270 CAAAGAAGAAGGCTTTAATCAGATGCTGCAGCCAAGGAGATGGGACATCAGTGTCAAATT 31388329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      958 CAAAGAAGAAGGCTTTAATCAGATGCTGCAGCCAAGGAGATGGGACATCAGTGTCAAATT 1017

 31388330 CACCTTCCTCACTGACTAAAATTAGGGGTTTATATAACAGGGAAGAAATGTTAACTACGT 31388389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1018 CACCTTCCTCACTGACTAAAATTAGGGGTTTATATAACAGGGAAGAAATGTTAACTACGT 1077

 31388390 ATGAGAAAACAGGAACTAAGGAAGGGTAAGGAAACAATAACGAAGAATGAGGGGTCTGGC 31388449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1078 ATGAGAAAACAGGAACTAAGGAAGGGTAAGGAAACAATAACGAAGAATGAGGGGTCTGGC 1137

 31388450 ATATCACTGTCTAGATGCAGTAATCTGGTGAGTTTCAGCTCTTTGATACTTGTTGAGAGG 31388509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1138 ATATCACTGTCTAGATGCAGTAATCTGGTGAGTTTCAGCTCTTTGATACTTGTTGAGAGG 1197

 31388510 TCTGGGCATCCTTTCTTGAGGAAGGAACTGAGATAAAGATCAACAAAATGTGGCTGGGCG 31388569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1198 TCTGGGCATCCTTTCTTGAGGAAGGAACTGAGATAAAGATCAACAAAATGTGGCTGGGCG 1257

 31388570 CAGTGGCGCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATTGCTTGAG 31388629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1258 CAGTGGCGCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATTGCTTGAG 1317

 31388630 CTCAAGAGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACAAAAAAAAAT 31388689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1318 CTCAAGAGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACTCCATCTCTACAAAAAAAAAT 1377

 31388690 ACAAACATTAGCCAGGCATAGTGGCATGCACCTGTGGTCCCAACTACTTGGGAATCTGAG 31388749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1378 ACAAACATTAGCCAGGCATAGTGGCATGCACCTGTGGTCCCAACTACTTGGGAATCTGAG 1437

 31388750 GTGGGCAGATGACTTGAGCCTGGGAGGTAGAGGCTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTG 31388809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1438 GTGGGCAGATGACTTGAGCCTGGGAGGTAGAGGCTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTG 1497

 31388810 CACTCCAGACTGGACACCAGGGCAAGACTCTGTCTCAAACAAGCAAACAAAAAGATAAAA 31388869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1498 CACTCCAGACTGGACACCAGGGCAAGACTCTGTCTCAAACAAGCAAACAAAAAGATAAAA 1557

 31388870 CAAATGCAAGTTTCAAGCTTTCAGAAAAGAAGTGTCCATTTCTATGTTTATTAATTTAAA 31388929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1558 CAAATGCAAGTTTCAAGCTTTCAGAAAAGAAGTGTCCATTTCTATGTTTATTAATTTAAA 1617

 31388930 AAACCCCAATAAACAAAACTAAACAAACAAACAAAACCCTGTCTATGGGACTGTTGGGTT 31388989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1618 AAACCCCAATAAACAAAACTAAACAAACAAACAAAACCCTGTCTATGGGACTGTTGGGTT 1677

 31388990 GATTTCAGTACCATGAAAAGATCCAATTGTTTAAATGTTTAATGTATGGAGATAATAGGG 31389049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1678 GATTTCAGTACCATGAAAAGATCCAATTGTTTAAATGTTTAATGTATGGAGATAATAGGG 1737

 31389050 GAGGTTGGAAAAGTAAGGATCATATTGAAGAGGTAACTTGAATGCTAGGTTAAGGAGTTA 31389109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1738 GAGGTTGGAAAAGTAAGGATCATATTGAAGAGGTAACTTGAATGCTAGGTTAAGGAGTTA 1797

 31389110 GGACTTTATTCTCTAGACCTGCCCTGCTGGATACAGTAGCCACTAGTCACATGTGGCTAC 31389169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 GGACTTTATTCTCTAGACCTGCCCTGCTGGATACAGTAGCCACTAGTCACATGTGGCTAC 1857

 31389170 TGAGCATTTGAAATGTGCTAGTTCAAATTGAGGTGTGTTCGGGCACAATACATACCAGCT 31389229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 TGAGCATTTGAAATGTGCTAGTTCAAATTGAGGTGTGTTCGGGCACAATACATACCAGCT 1917

 31389230 TTTGAAGACTTAGTAGGAGAAAAGAATGTAAAGTATCGCCTTAATAATTTTTAGATTAAT 31389289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TTTGAAGACTTAGTAGGAGAAAAGAATGTAAAGTATCGCCTTAATAATTTTTAGATTAAT 1977

 31389290 TAATTTTGTAGCTTGCACTTACGGCTTACATTATATTTCTATTGGAAAGTACTGCTCTAT 31389349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 TAATTTTGTAGCTTGCACTTACGGCTTACATTATATTTCTATTGGAAAGTACTGCTCTAT 2037

 31389350 AAAATGAAAAATGAAGGAAGCTTAATGATCAGAAATTTATGTAAAAATTGTTTTAAGAAG 31389409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 AAAATGAAAAATGAAGGAAGCTTAATGATCAGAAATTTATGTAAAAATTGTTTTAAGAAG 2097

 31389410 TTTATTTTGGTATAAGCAGAGTGTAAGACAACTGTTCTCATTCAGTAAGCCAATGGCAAG 31389469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 TTTATTTTGGTATAAGCAGAGTGTAAGACAACTGTTCTCATTCAGTAAGCCAATGGCAAG 2157

 31389470 TAAAGAAAAAAACAAGGTTCTAGTGAAGAAATGGGACTGCTATAATTTAAAAGATATTTA 31389529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 TAAAGAAAAAAACAAGGTTCTAGTGAAGAAATGGGACTGCTATAATTTAAAAGATATTTA 2217

 31389530 AGAGACAGAACAGCTAAATGGAAAGTGTACATTTTGTCTGATTCTGAGTCAAGCAAACCA 31389589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 AGAGACAGAACAGCTAAATGGAAAGTGTACATTTTGTCTGATTCTGAGTCAAGCAAACCA 2277

 31389590 ACCAGAAAAAGACATTTTCAATTAACCGTGGAAATGTAAGTAAGGTCTAGATATTATGTG 31389649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 ACCAGAAAAAGACATTTTCAATTAACCGTGGAAATGTAAGTAAGGTCTAGATATTATGTG 2337

 31389650 ACAGTCCAATAATGACATTATGGAGATAAAAGAAAAAGTTGGTACATTTTAGGGATGCAA 31389709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 ACAGTCCAATAATGACATTATGGAGATAAAAGAAAAAGTTGGTACATTTTAGGGATGCAA 2397

 31389710 ACTAAAGTATGTAGAGATGAAATGACAAAATATTTGGTATTGCTGGGGAAAAAAACTATT 31389769
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 ACTAAAGTATGTAGAGATGAAATGACAAAATATTTGGTATTGCTGGGGAAAAAAACTATT 2457

 31389770 TCTTACTTTCCAAACCCCAATAAATAAATAAGGTAACACAATAACCTAATAAATAGTAAA 31389829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 TCTTACTTTCCAAACCCCAATAAATAAATAAGGTAACACAATAACCTAATAAATAGTAAA 2517

 31389830 TCAAAATAAAATGCTTTTGCTGTAAAAAACAAAAAACCTGGAGTACCGGAGCATATCTAC 31389889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 TCAAAATAAAATGCTTTTGCTGTAAAAAACAAAAAACCTGGAGTACCGGAGCATATCTAC 2577

 31389890 CTACACAAGGAAGAACCAAGCTGTGGACAGAAGGGAGTTTGAGGGCTAGAGATGTTCAAG 31389949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 CTACACAAGGAAGAACCAAGCTGTGGACAGAAGGGAGTTTGAGGGCTAGAGATGTTCAAG 2637

 31389950 GTGGCATCATTCTGACAGTACTGTTTAGAAAAGCATTCACCACACTACTTAATTCCATTG 31390009
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 GTGGCATCATTCTGACAGTACTGTTTAGAAAAGCATTCACCACACTACTTAATTCCATTG 2697

 31390010 CTTTAGGTATTTTCATGAGGCCACACAAGAAAGTATGATGCAGCCAGGACTAAAACCAGA 31390069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 CTTTAGGTATTTTCATGAGGCCACACAAGAAAGTATGATGCAGCCAGGACTAAAACCAGA 2757

 31390070 TGCTCTTTGTATCTGCCTTTAAACATGACAAAACCCTGTGGAGAACCTAATCTATGCTTT 31390129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 TGCTCTTTGTATCTGCCTTTAAACATGACAAAACCCTGTGGAGAACCTAATCTATGCTTT 2817

 31390130 CATCTTTAGATTTTTAAACTTGCTTGTTTCATTCAGTTATTCTTTATAGTTCATAACATC 31390189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 CATCTTTAGATTTTTAAACTTGCTTGTTTCATTCAGTTATTCTTTATAGTTCATAACATC 2877

 31390190 ATTAAATAACTGATCATATTAGATTATTTTATTTATTCTGCTTAAGTTTATCTTGACTGC 31390249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 ATTAAATAACTGATCATATTAGATTATTTTATTTATTCTGCTTAAGTTTATCTTGACTGC 2937

 31390250 TTCTCAAACTCAGATTGGTAGAAGTTTAAAAAAGAAGGAAAGCAAAATCAAAGCAGTAAC 31390309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2938 TTCTCAAACTCAGATTGGTAGAAGTTTAAAAAAGAAGGAAAGCAAAATCAAAGCAGTAAC 2997

 31390310 AACAAAACCATTTTAACATCTCCAAGTGAAATTTATGTCATGCTGGCCAAAAATAAGATG 31390369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2998 AACAAAACCATTTTAACATCTCCAAGTGAAATTTATGTCATGCTGGCCAAAAATAAGATG 3057

 31390370 TAGTTTTCATCTCCAGGTACAATGCTAGGAAGAGGTGTTAATGTAAAGTAAGCAGCACAA 31390429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3058 TAGTTTTCATCTCCAGGTACAATGCTAGGAAGAGGTGTTAATGTAAAGTAAGCAGCACAA 3117

 31390430 AGAAGTAATAAAAGGAAACACAGGAATCAAGAAAGGGAGAAGAAAGAAAGGTGAGAAAAA 31390489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3118 AGAAGTAATAAAAGGAAACACAGGAATCAAGAAAGGGAGAAGAAAGAAAGGTGAGAAAAA 3177

 31390490 CACCACCACCACCACCACCACCACCACCAGCAACAATAACAAACCCCAACAGTGCCCATA 31390549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3178 CACCACCACCACCACCACCACCACCACCAGCAACAATAACAAACCCCAACAGTGCCCATA 3237

 31390550 TGCAGTGCCCCCTAACTGCTTCGAAGAAGAACAGTTCATTCTGCTTTTTTCTGTAAGCTT 31390609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3238 TGCAGTGCCCCCTAACTGCTTCGAAGAAGAACAGTTCATTCTGCTTTTTTCTGTAAGCTT 3297

 31390610 GAAAGATAGCATAGCTGCCCTGGGAATGTGTAGACTTGCTGAGTCCTTGTTCTGCCCCTA 31390669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3298 GAAAGATAGCATAGCTGCCCTGGGAATGTGTAGACTTGCTGAGTCCTTGTTCTGCCCCTA 3357

 31390670 CCCAACTAGCTGTTTGGCCTTGATCCTTGATTTCTTTCCTCATCTATAAAGTGGGAATAA 31390729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3358 CCCAACTAGCTGTTTGGCCTTGATCCTTGATTTCTTTCCTCATCTATAAAGTGGGAATAA 3417

 31390730 TGGCACCTGCCTTACTTGTCTCACTGGGTTGAAATGAAAGCGAAGTGAAATAGCAAATGT 31390789
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3418 TGGCACCTGCCTTACTTGTCTCACTGGGTTGAAATGAAAGCGAAGTGAAATAGCAAATGT 3477

 31390790 GAAAGAATTTTGGAACGTTTTTATGTTGTAAGTTGGTTGCTAAGGTCTAAAAGAAATATT 31390849
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3478 GAAAGAATTTTGGAACGTTTTTATGTTGTAAGTTGGTTGCTAAGGTCTAAAAGAAATATT 3537

 31390850 AATAATTACGTCGAATATCTTCTGCAGAAAAAATTAAACCGACCCCATCCCCCGCACATC 31390909
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3538 AATAATTACGTCGAATATCTTCTGCAGAAAAAATTAAACCGACCCCATCCCCCGCACATC 3597

 31390910 TAGCCCTACCTGGCATAGGTTTTAGTTCTTTTAATTTTCGAATTAGAACATTGTAAAGGA 31390969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3598 TAGCCCTACCTGGCATAGGTTTTAGTTCTTTTAATTTTCGAATTAGAACATTGTAAAGGA 3657

 31390970 ACTGTAGGGACGAGAGTGGCATCAGGTCTCCTCATCCTTCTCACATCCTTGCCCCCGCAC 31391029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3658 ACTGTAGGGACGAGAGTGGCATCAGGTCTCCTCATCCTTCTCACATCCTTGCCCCCGCAC 3717

 31391030 CCCTCTCTCACCCCAGAGTTCAAGCACCAACCGAAAAGATTGAGAGTAGCTCAGGGTACG 31391089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3718 CCCTCTCTCACCCCAGAGTTCAAGCACCAACCGAAAAGATTGAGAGTAGCTCAGGGTACG 3777

 31391090 GTAAACGGAGGAAGCTTTGAAAAAGGCGGGGAAAGCCTGGGATGGCGAGGGGGTGCTCGC 31391149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3778 GTAAACGGAGGAAGCTTTGAAAAAGGCGGGGAAAGCCTGGGATGGCGAGGGGGTGCTCGC 3837

 31391150 TGAGGAGGAGGAGAGAAGCGACAGTCGCGGGGCCCGGAAAAGAGAGACTTAGAGCGAAGC 31391209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3838 TGAGGAGGAGGAGAGAAGCGACAGTCGCGGGGCCCGGAAAAGAGAGACTTAGAGCGAAGC 3897

 31391210 CAAAGGCGCCTTTCTTCACAGTTTGGGAACTTACTGGTAGTAAACGCCACTCCATAGAAG 31391269
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3898 CAAAGGCGCCTTTCTTCACAGTTCGGGAACTTACTGGTAGTAAACGCCACTCCATAGAAG 3957

 31391270 CGGTGACCGGTTACCATAGAGACCGCGTCGGGGTGGGCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTG 31391329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3958 CGGTGACCGGTTACCATAGAGACCGCGTCGGGGTGGGCGGAGCGTCGCTTCTGAGCTGTG 4017

 31391330 CCACGGCCACATCAGCTCGGCCAGAAACGCGAACACGTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGA 31391389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4018 CCACGGCCACATCAGCTCGGCCAGAAACGCGAACACGTCGGAACAGTGACTTCCGGCGGA 4077

 31391390 AGAAGAAGCCGGTCCGGAGTTCTGGCCGACAGCAGGCGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTAT 31391449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4078 AGAAGAAGCCGGTCCGGAGTTCTGGCCGACAGCAGGCGAGGAGTGGGTAGCAGCGCCTAT 4137

 31391450 GTGAAGTTAGGTAGGTCTGATGTCGTATAAAGCGCGGAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGG 31391509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4138 GTGAAGTTAGGTAGGTCTGATGTCGTATAAAGCGCGGAGAGGGTGCCCGCCAATGGCTGG 4197

 31391510 GTGGGTAAAGCCGACTGTGAATGGAGAAGATTCCCAAGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCG 31391569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4198 GTGGGTAAAGCCGACTGTGAATGGAGAAGATTCCCAAGTCCCGAGCTTGAGGAGGCCCCG 4257

 31391570 GCTGTTTCGTTAAGTGTATATAGCTGTGGGAAGAGGTTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGG 31391629
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4258 GCTGTTTCGTTAAGTGTATATAGCTGTGGGAAGAGGTTGCCTGATTTCTGGGGCTCCTGG 4317

 31391630 TAGGGTCTCTCTTCTGGAGCGTGGAAGACTGGGGCATCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCT 31391689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4318 TAGGGTCTCTCTTCTGGAGCGTGGAAGACTGGGGCATCCTCGCGTAGAGAGTTTCACTCT 4377

 31391690 GTCTTTGCGAGGTCTCAGCGCCTCTCCAATAACAGGGGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGG 31391749
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4378 GTCTTTGCGAGGTCTCAGCGCCTCTCCAATAACAGGGGACTCTTGTTCTCTACCAGCTGG 4437

 31391750 TGCTGACGTTATTTCCCATATCATGCTCTCCAGACAATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAA 31391809
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4438 TGCTGACGTTATTTCCCATATCATGCTCTCCAGACAATCTGGAGGAAAAGCAAACGAGAA 4497

 31391810 ACTTTCAGAAGGAATGCCCCCAAATTTATTTTAATTCTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTT 31391869
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4498 ACTTTCAGAAGGAATGCCCCCAAATTTATTTTAATTCTTTGATGTTCTGTTTTGCTTTTT 4557

 31391870 TTTTATTCGTTCATTTTGTAAATATTCATTAAGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTT 31391929
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4558 TTTTATTCGTTCATTTTGTAAATATTCATTAAGCTCCTCCAGCGTGTTTAGTGGGTGCTT 4617

 31391930 ACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACTAGCAGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACC 31391989
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4618 ACTTGTGTGCCAGTTTTATCATAAGACTAGCAGAAATACCTTCTTAGAGGTTCATACACC 4677

 31391990 ACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTTTAATGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATA 31392049
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4678 ACCTGGTTCATTATAAAATTCTTTTTTTTAATGCTGTTCATTAATTAAAGTATAAATATA 4737

 31392050 TATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCATACTTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTT 31392109
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4738 TATCGTGAAATACCTAACACGTTTTCCATACTTGTCGGTACACTTATACCTGGAATTCTT 4797

 31392110 GGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTC 31392169
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4798 GGGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTC 4857

 31392170 GACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAA 31392229
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4858 GACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAA 4917

 31392230 CTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTT 31392289
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4918 CTGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTT 4977

 31392290 CCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCA 31392349
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4978 CCATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCA 5037

 31392350 GACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTA 31392409
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5038 GACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTA 5097

 31392410 AGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCA 31392469
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5098 AGTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCA 5157

 31392470 CAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATT 31392529
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5158 CAAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATT 5217

 31392530 TAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTA 31392589
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5218 TAATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTA 5277

 31392590 GGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTG 31392649
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5278 GGAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTG 5337

 31392650 AGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCC 31392709
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5338 AGAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCC 5397

 31392710 ATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAATAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTG 31392769
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     5398 ATGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAATAAACAACAGTAGCCACTAGCCACATGTG 5457

 31392770 GCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATAT 31392829
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5458 GCTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATAT 5517

 31392830 ACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTT 31392889
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5518 ACACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTT 5577

 31392890 GATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATA 31392949
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5578 GATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATA 5637

 31392950 AACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACCTAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGC 31393009
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     5638 AACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACCTAATTTTCATATCTGGCATTTCTACTGGC 5697

 31393010 TCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTA 31393069
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5698 TCCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTA 5757

 31393070 CTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTA 31393129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5758 CTATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTA 5817

 31393130 ATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGC 31393189
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5818 ATAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGC 5877

 31393190 TATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTT 31393249
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5878 TATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTT 5937

 31393250 CTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATAT 31393309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5938 CTCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATAT 5997

 31393310 TTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTTATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTT 31393369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5998 TTCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTTATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTT 6057

 31393370 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTGCAATG 31393429
          ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     6058 TTTTTTTTTTTTTTTT--GAGATGGAGTTTTACTCTTGTTGCCCAGGCTAGGGTTCAATG 6115

 31393430 GTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCACTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAG 31393489
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     6116 GTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCAGTTTCAAAGGATTCTCCTGTCTCAG 6175

 31393490 CCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTT 31393549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6176 CCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTATATTTTT 6235

 31393550 AGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGA 31393609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6236 AGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCGAACACCTGACCTCAAGTGA 6295

 31393610 TCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCACCCGGCC 31393669
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     6296 TCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCATGAGCCACTGCCCCCGGCC 6355

 31393670 GACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATT 31393729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6356 GACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATATATCTCTGAATTTTTATATT 6415

 31393730 CATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTG 31393773
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6416 CATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGTCTG 6459

EXCISED REGION

 31397647 TAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTTATTC 31397706
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     6460 TAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTCATTC 6519

 31397707 TCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTC 31397766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6520 TCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGGCCTC 6579

 31397767 CCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCC 31397826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6580 CCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAGTCCC 6639

 31397827 GGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCC 31397886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6640 GGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTTTGCC 6699

 31397887 CTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTT 31397946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6700 CTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATAATTT 6759

 31397947 ATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAG 31398006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6760 ATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAGGAAG 6819

 31398007 TATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGC 31398066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6820 TATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAAATGC 6879

 31398067 TTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGA 31398126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6880 TTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTACTTGA 6939

 31398127 GAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTT 31398186
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6940 GAAAATGAAGGCTTAGTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAGGGTT 6999

 31398187 ATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTT 31398246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7000 ATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCACACTT 7059

 31398247 CTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTC 31398306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7060 CTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTTTTTC 7119

 31398307 TGGATT 31398312
          ||||||
     7120 TGGATT 7125

Alignment time is 5.97088 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3028] =>      3028 nucs 'mol-32-34d4-059094_3028'

Score:        3002
Aligned:      3002        nucs
Identic:      3002 (100%) nucs =>      1277 (100%)      1725 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31392111,31393387] EXCISED REGION [31393411,31395135]
 second seq =>  [       1,    1277] EXCISED REGION [    1301,    3025]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>        23 nucs [31393388,31393410]
 second seq =>        23 nucs [1278,1300]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>        14 nucs [1264,1277] to [1287,1300]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [31393388,31393388] to [31393410,31393410]
 second seq =>         3 nucs [1278,1280] to [1298,1300]

 31392111 GGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCG 31392170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGGCATTTTAAATGAAAATCTGTGCTTCCTCAGGTTTGCATTATAATCATGATTTACTCG 60

 31392171 ACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAAC 31392230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACTAAATACTAAAGAATTTACAAGGGCAGTACTTAATTTTTTCTTAGATACATGGCAAAC 120

 31392231 TGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTC 31392290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGTGATGAATTGTCATTAATATTTCTATTCAGCTAATCTGAGAAGGCCCACTTCTGGTTC 180

 31392291 CATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAG 31392350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATGGATGATGGCGGTTGAGCAGATGCCAAAAAAGGATTGGTACAGCATCCTGGGAGCAG 240

 31392351 ACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAA 31392410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 ACCCATCTGCAAATATATCAGACCTAAAACAAAAATATCAAAAACTCATATTAATGGTAA 300

 31392411 GTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCAC 31392470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTCTTTTCTTTCAGATTTTAAATCATGAGGGGAAAAAAATCAATTTTTATATGAAACCAC 360

 31392471 AAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTT 31392530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 AAATTTAGGTTTCCAGAAAATAGGATACCAGTGGCAGGAATCCAGGTATTAATTTGATTT 420

 31392531 AATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAG 31392590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATTGAACATTTCAGTAATATTGCAGAAAAACTTGATTTGAGGTGGAAAAGCATGGTTAG 480

 31392591 GAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGA 31392650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 GAGCAGGAGATCTGAGTCAGGCTGCTTGAGTTAGAATCTTGAGTCCATCTTTATCTGTGA 540

 31392651 GAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCA 31392710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GAATTTGGACAAGTTACTTTTTCTTATATGTGCCAAGGGAGGATTAAATGAAATAATCCA 600

 31392711 TGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAATAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTGG 31392770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 TGTAAAATATTTAGAAGTGTTGTTACATAATAAACAACAGTAGCTACTAGCCACATGTGG 660

 31392771 CTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATA 31392830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTGTTGATTACTTGAAGTGTGGCTAGCCTGACTTGAGATGGACTGTAAGGGTAAAATATA 720

 31392831 CACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTG 31392890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CACTGGATTTTAAAGACAGTATTTAAAAGGAATTAAAATAATTTAACAATTTTTATGTTG 780

 31392891 ATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAA 31392950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ATTATGTTGATTAAAGTTCACTGGTTTTATTTTTCCTCTACTGTGTCCATCTGCTGATAA 840

 31392951 ACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACCTAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGCT 31393010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ACTTCTTAAAAGAATTCTTGATCTCTTACCTAATTTTCATATCTAGCATTTCTACTGGCT 900

 31393011 CCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTAC 31393070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CCTTTTTTAAAGTTTCTATCTCTTTCTCATCTTTTTATACATACTGTCCACTGTTTCTAC 960

 31393071 TATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAA 31393130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TATATCCTTTAATAAACTTATCACAGTTAAACTCCCTGTCTGATAATTCTTTGTAGTTAA 1020

 31393131 TAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCT 31393190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 TAATCAAACAGTTTTTATGTGGATTATATATTGAAATGATGATATTTTGGATTACTGGCT 1080

 31393191 ATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTC 31393250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ATTTTGTGTTTTATATACATAATATGCATGCATGTATTTGCACATATCAAAGTTTGTTTC 1140

 31393251 TCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATT 31393310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 TCTTGCATTTTACTTTTTTAACATTGCATATGTAGCCGGCATTTATACTTACATTATATT 1200

 31393311 TCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTTATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTT 31393370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTATTGGGTAATGCTGATTTAGACCATTTATACACTAATTATCAGTTGACTTTTTTTTT 1260

 31393371 TTTTTTTTTTTTTTTTT 31393387
          |||||||||||||||||
     1261 TTTTTTTTTTTTTTTTT 1277

EXCISED REGION

 31393411 CCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCACTTTCA 31393470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 CCCAGGCTAGGGTGCAATGGTGCGATCTTGGCACACTGCAACCTCCGCCTCCCACTTTCA 1360

 31393471 AAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCT 31393530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1361 AAGGATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAAGGCGCATGCCACCACGCCT 1420

 31393531 GGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCG 31393590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 GGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCATCATATTGGTCAGGCTGGTCTCG 1480

 31393591 AACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCA 31393650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 AACACCTGACCTCAAGTGATCCTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTCCTGGTATTACAGGCA 1540

 31393651 TGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATAT 31393710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 TGAGCCACTGCACCCGGCCGACTCTTTTTTTTTTAAATGAATTGTAGTATTTGTAAATAT 1600

 31393711 ATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGT 31393770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 ATCTCTGAATTTTTATATTCATTTTTTCAATCTGTATTGTGATGCTTCTTAAGCCAATGT 1660

 31393771 CTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTT 31393830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 CTGTAATTCTATACCGACGTCCGGTTAACTCAGTTTATAAAGAGTAAAGAACCATTATTT 1720

 31393831 ATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAAC 31393890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 ATATAGAATTTGTTGTCTCTTTAGTTTATACCAGTTACATCAGTGTTGTTTTGCCAAAAC 1780

 31393891 TATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTA 31393950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 TATTAATGTTCATTGTGAGAGACTAACTGTTTCATCATCAGGATTGTACTAATATTCTTA 1840

 31393951 CTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAA 31394010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 CTTTAGGTAGTATGTTGGACTAAATGACCTTAAGGTACCTTTTGCCCCAGAAGTTTTAAA 1900

 31394011 GTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCT 31394070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 GTTTCTGTCAGCAGAATCAAGTAGACTTTATTGAAAAATATCCTAATATTAAACCATCCT 1960

 31394071 TGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTT 31394130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 TGTACCTCACTCAGTTAATTGGGAAATGAACCTGGAAAAGTAGACTGGATCATTCTGGTT 2020

 31394131 CTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAG 31394190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 CTTGTAGGCCATGCTGGCCTTTAATTGGCCACTGAGAAGCAGTCTGCACATAATATGTAG 2080

 31394191 TATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAG 31394250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 TATCTGTCAAACAGCAAAGTAGGTAAATCATTTCACATATGCGCTAACAATGTATCAGAG 2140

 31394251 AATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGC 31394310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 AATTCTGGTTGCTCTACAGCTTTGCCAATATTTGATGTTATTGGTCTCTTTCATTTTGGC 2200

 31394311 TATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTAT 31394370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 TATTGGAGTTTTTGCAATTTTGCCACCATTGACATTTTGGGCAGGATAATTCTTTGTTAT 2260

 31394371 TTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAA 31394430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 TTCGGCTGTCCTGTGCTTTGTAAGATGTGTGGCAGGATCCTAGATGCCAGTAACAACCAA 2320

 31394431 AAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAG 31394490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 AAATGCCGCCTGCATGTCAAAATTGCCACATCCCATGAGAATCACTGGACTACTCTACAG 2380

 31394491 TGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATG 31394550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 TGTCTGGTCATACCCCATTGTGGGGTTGTTGCTTTTTTAAAATTTATCTGATGACTAATG 2440

 31394551 ATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGT 31394610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 ATGTTGAGCCCTTTTTAATGTGATAATTGGCCATTTGTATAATTTTCTTTTATGAAGTGT 2500

 31394611 TTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAG 31394670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 TTTTTTTTAAATTAAATATATTCTTGATTCTGTATATATGTTGTATATATTTTCTCCTAG 2560

 31394671 TCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTG 31394730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 TCTGTGATTTACCAGGTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTTGATGCAGAGTTTTTTGTTTTG 2620

 31394731 ACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGG 31394790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 ACAAAATATAATTTATCAAATGTGTGTTTTTATAGTTAATACTTTCCATCTTCTCTAAGG 2680

 31394791 TTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGAC 31394850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 TTATGAGAATATTCTTCGATGTTTTCTTCTAGAAGTGGTCATTTGCTTTTACCTTTAGAC 2740

 31394851 TTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATAT 31394910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2741 TTATGATTTCTGTGTATAGCATGAGATGTGAGGTCATGTTTTTATTTTTCCTCAGTATAT 2800

 31394911 TCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAATA 31394970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2801 TCAGTTGTGCCAGCATCATTTGTTGAAAATTTTTTTCTCCATTGGACTGTCTTGGCAATA 2860

 31394971 TGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCTC 31395030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2861 TGAGTCTATTACTGGACTCTATTCTGTTTTATATGTTGTTTATCCTTTTACTAATACCTC 2920

 31395031 CATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTAA 31395090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2921 CATCTTGATTACTGTAGATTTATAATCAGTCTCAAAGTCATTGTAAAGTTAGTTCTCTAA 2980

 31395091 TATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTT 31395135
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2981 TATTATCCTTCTTTTCCAGTTTATTTCGGTTATTCTAGTTTGCTT 3025

Alignment time is 3.57223 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [31383773,31407646] =>     23874 nucs '11 dna:chromosome chromosome:GRCh37:11:1:135006516:1'
Second seq [       1,    3104] =>      3104 nucs 'mol-32-34d4-059095_3104'

Score:        3104
Aligned:      3104        nucs
Identic:      3104 (100%) nucs
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [31395483,31398586]
 second seq =>  [       1,    3104]

 31395483 GGTCTCTTATCCTACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCA 31395542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGTCTCTTATCCTACAATCTAGGTAAATTTGCTTTTTAATTTTCATAGCTATTTTTGTCA 60

 31395543 ATTTCTTAGAATTTTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATT 31395602
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ATTTCTTAGAATTTTCTGCCAACACAATTATGTCATTTGCAGATAACGAGAGTTTTAATT 120

 31395603 CTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTT 31395662
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGTCTTACCAATCTGTATGTCTTGTATTTCCTTTTCTTACGTTAAGGCACTAGCTGGTT 180

 31395663 GCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGAT 31395722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCTTCTATTAAAATGTTCAGTTGAAGTGTTAAGAGCAGGTATCCTTGCCTTGTTCCTGAT 240

 31395723 TTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAA 31395782
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTAAGAGGAAAACCTTCAATGTTTTACCAGTAAGTATGCTGTTAGGTGTATGTTTTTAA 300

 31395783 AGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTAT 31395842
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGATGCCCTTTATCAGCTTGGGGAAATTCTTCCAATTAATACTTTGCTAAGAGTTTTTAT 360

 31395843 GGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGC 31395902
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GGTAAGTAGGTATTTAAATTTGTTAGATCCTTTTTTTTTTTGCATTTATTGAATTTTTGC 420

 31395903 ATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAG 31395962
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ATTTATTGATTTTTCTCATTTAATTTGTTAATGTGGTGAATCACGTAGATTTTTCTTAAG 480

 31395963 TTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATT 31396022
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTAAACCCACTTCTCATCCCTAGGATAAACAAACCACTTATCATGAAGCATTATTATATT 540

 31396023 TATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCAT 31396082
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TATACATTGAGGGATTCTAGTTGCTATTATTTTGTCATGGATTTTTATGTTTAATTTCAT 600

 31396083 GCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCAT 31396142
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GCTGTATATTTGTCTGTAATTTTCTTTTCTCGTAATGTTTATGTCTAAATTTAGTATCAT 660

 31396143 AGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGT 31396202
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 AGTTATGCTAGCCCCATAAAATGAATTGTGATTTCTGGCTTTATAGTGAGGAAGAGAGGT 720

 31396203 GGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCA 31396262
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 GGAGGGCTAACCATTTTTTTAGTCTTAACCAGTCTTTCTCTTGTTTAGTTTTGCCCCTCA 780

 31396263 ACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGA 31396322
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 ACTCCACTCTCAAAGGTACTTAATGCCTTCCGTTCCTCAATTTCTCCTGCCTCTGTGTGA 840

 31396323 ATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACAC 31396382
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 ATGAACTCACTTCTTTGTCTCTTTCACTTTAGACTTAGGTTTCAGTTTTTGCAGGTACAC 900

 31396383 TGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCC 31396442
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TGAATTTGTTATCATTTATTGATGAATTTTCCATCTCTTCAAATTTTGGTGTCTTTTGCC 960

 31396443 TGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACA 31396502
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TGTCTTTTCTCTCCTGTTCTTTTGCCTGTTTTTTTCTCTTCTCTCCTGTTTGTTCTTACA 1020

 31396503 CATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCA 31396562
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CATTTATGCCTTTTTTTAAAAAATTATTATTCCTTTTCTGTTACTATCAAGGAATTTTCA 1080

 31396563 GAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGA 31396622
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 GAGGGATGAAAGTGTGAGCCAGTTGCTGTGGTTCACACTTGTAATCTTAGCTACTTGTGA 1140

 31396623 GGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGT 31396682
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGCTGAAGCAGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGTTCAAGGCTACAGTGAGATATGATTGT 1200

 31396683 GTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTT 31396742
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GTCACTGCACGCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACCCTCTCTCTAATTAATTTGCCATTT 1260

 31396743 AGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCAT 31396802
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AGTGGAAGCCCTGAACTATTTTCTTTTCCCTTTAGAGGCCAGATACCCTTCTGTGGCCAT 1320

 31396803 ATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTC 31396862
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ATGCCTTTGCACTTGCACTCTGCCCATCCACTACCTCACCTGATTCTCACTCACTGTTTC 1380

 31396863 AAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTC 31396922
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AAAATGATCTTAGTTGTAATCGTGCCTCCCCAGCTCCCTGCCATGTCTTTAGTACATTTC 1440

 31396923 ATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTG 31396982
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATGATATTTCTCTAAGACAGGGGAGGTATAGCTGTTAGATAAGGAGAATGAGGGTAGGTG 1500

 31396983 GACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACT 31397042
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 GACTGTAATAAAAGGTTGAAATTTTTTCTTCTGCTTTTCTTTTAGAAGATGAGAGAGACT 1560

 31397043 TGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGG 31397102
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGAACATGTTTACACTGTATGGGAAGTGGCCACGGAAAAGCTTGAGATTGAAGTTATAGG 1620

 31397103 AGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGAT 31397162
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 AGAGTTTGAATAATTAACAAAAGCAGAGAGGAATAGGATCTGAATCATAGGTAGAAGGAT 1680

 31397163 TAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAA 31397222
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TAGCTTTAGGTAAGAGATAGGAGGGACCTGTCTTCATTGTTACAGGAAGGAAGGAAGGAA 1740

 31397223 GAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCT 31397282
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 GAAAAGATAGTTGCAATAGCCGGTTTATTTGTAGGTTTGGTAGCGGAAAGTTGATGAGCT 1800

 31397283 CTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAA 31397342
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 CTCATTTGGTACCTTCTTTTTATTCTCTGTGAAGTAGAAGACAAAGTTATCTGTTGAGAA 1860

 31397343 GGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTC 31397402
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 GGGTGAGAGATGAAGTGAAGCAGCAAATTACAGGAGAGAGAATTTCAACTAGCATTATTC 1920

 31397403 TGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAA 31397462
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TGGGAAGGCTCCTTGTAGATAGCTATGTATACTATGGGAGCAAGAAGTCTCAGCTAACAA 1980

 31397463 CCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAA 31397522
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CCTGGCAGCAGGCAACAAGAGACAATACATCTGATATAATTTGGCTGTGTCCCCACCTAA 2040

 31397523 ATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGA 31397582
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 ATCTCATCTTGAATTGTAGCTCTCATAGTTCCCATGTGTTGTGGGAGGGACCCAGTGGGA 2100

 31397583 GATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAG 31397642
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GATAATTGAATCATGGGGTGGCGAGGAGGGGGTTCCCCCATATTGTTCTCCTCATGGTAG 2160

 31397643 TGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTT 31397702
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 TGAATAAGTCTCACAAGATTTGATGATTTTATAAGGGGTTTCCCCTTTCGCTTGGCTCTT 2220

 31397703 ATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGG 31397762
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ATTCTCTCTTGCCTGCTGCCATGTAAGACATGCTTTTCGCCTTCTGCCATGATTGCGAGG 2280

 31397763 CCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAG 31397822
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CCTCCCCAGCCGTGTGGAACTTTGAACCATTAAACCTGTTTTTCTTTATAAATTGCTCAG 2340

 31397823 TCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTT 31397882
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 TCCCGGGTATATCTTTATCTGCAGTGTGAAAATGGATTAATACACCATCTCATAGCATTT 2400

 31397883 TGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATA 31397942
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 TGCCCTTCTTTTTTCTTGGTTGATGTATCAGTGGTCCTTATATTACAGTTCAGCGCAATA 2460

 31397943 ATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAG 31398002
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATTTATAATCATAATTATGGCCATGAGTTATGTTCAGTTAATTTTGTTTAAGAAGGCTAG 2520

 31398003 GAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAA 31398062
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 GAAGTATAGAGTAGTAAGTGTATAATTAGTAGCACGTGTATTGTACTTAGCAGTTTACAA 2580

 31398063 ATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTAC 31398122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2581 ATGCTTTCACATCTGGTTTTATCTTCTGTAAGATAGGCTTTGTTACCCCTATGTTTGTAC 2640

 31398123 TTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAG 31398182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2641 TTGAGAAAATGAAGGCTTACTTACAGTTAAGTGGTTTGTCAGAAACACAGAATTAGTAAG 2700

 31398183 GGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCAC 31398242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2701 GGTTATGATCTAGGCTTGATCATGTATCCTCTGACTCTAGATTCTCTCGCATTATATCAC 2760

 31398243 ACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTT 31398302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2761 ACTTCTCATAATTGCCATCTAAAAGGGTTTACTGTTGTTTAAAGGCATAATTTTTATTTT 2820

 31398303 TTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTC 31398362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2821 TTTCTGGATTTCCATAGAACACCTCATTTATGCACAGTTAATTAAGTATTATGGAAGGTC 2880

 31398363 AGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAA 31398422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2881 AGACATAATTACTACTGTCTTGTAATTTTGAAAGGATCTAGATTTTTTATGGCTTATGAA 2940

 31398423 GTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGA 31398482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2941 GTGAAATTTAGTTTTCTTACTCTTTTTGCATAAGTTTAGACTTTCTAATAGATTTAAGGA 3000

 31398483 GAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAA 31398542
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3001 GAAAATTATAAGGGAAAAGCATATTATTTATAATGTTTATCAGATTTTTAAAAACAAAAA 3060

 31398543 CAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAGAACTATC 31398586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3061 CAGGCTTTTAAAGTTCGTATTCTTGTTTCCCAATTAGAACTATC 3104

Alignment time is 3.2474 s

