
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2924] =>      2924 nucs 'mol-32-2110-004870_2924'

Score:        2732
Aligned:      2925        nucs
Identic:      2905 ( 99%) nucs =>       362 (100%)      2543 ( 99%)
Gaps:            5 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19374907,19375269] EXCISED REGION [19376397,19378957]
 second seq =>  [       1,     363] EXCISED REGION [     367,    2924]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [364,366]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [363,363] to [367,367]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19374907 TTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATT 19374966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATT 60

 19374967 AAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAG 19375026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAG 120

 19375027 TTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATA 19375086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATA 180

 19375087 TGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAAT 19375146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAAT 240

 19375147 GTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATA 19375206
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTCTGTCCTGAAAAGGAATTATCTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATA 300

 19375207 GGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAA 19375266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAA 360

 19375267 CCA 19375269
          |||
      361 CCA 363

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      367 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 426

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      427 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 486

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      487 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 546

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      547 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 606

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      607 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 666

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCT 19376756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      667 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCT 726

 19376757 TTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAAT 19376816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      727 TTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAAT 786

 19376817 TGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCA 19376876
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      787 TGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCA 846

 19376877 TACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCA 19376936
          |||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
      847 TACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTCA 906

 19376937 AGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCT 19376996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      907 AGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCT 966

 19376997 TGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATG 19377056
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
      967 TGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAATG 1026

 19377057 AAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCA 19377116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1027 AAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCA 1086

 19377117 GAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATC 19377176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1087 GAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATC 1146

 19377177 CACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATA 19377236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     1147 CACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAATA 1206

 19377237 ATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTA 19377296
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1207 ATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACTA 1266

 19377297 TAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAG 19377356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1267 TAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAG 1326

 19377357 TAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGT 19377416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1327 TAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGT 1386

 19377417 GGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGC 19377476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1387 GGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGC 1446

 19377477 TAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTT 19377536
          |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1447 TAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTT 1506

 19377537 AAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTGT 19377596
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1507 AAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTGT 1566

 19377597 TTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAAC 19377656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1567 TTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAAC 1626

 19377657 ACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATAA 19377716
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1627 ACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATAA 1686

 19377717 TTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAAA 19377776
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1687 TTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAAA 1746

 19377777 GGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCATT 19377836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1747 GGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCATT 1806

 19377837 TTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGAA 19377896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1807 TTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGAA 1866

 19377897 TAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTCA 19377956
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1867 GAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTCA 1926

 19377957 TTTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATTT 19378016
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1927 TTTCTATGGAAATAGTGTTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATTT 1986

 19378017 AGAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTAA 19378076
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1987 AGAATTTAACTTTATATTATGGAAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTAA 2046

 19378077 AAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACACT 19378136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2047 AAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACACT 2106

 19378137 TAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGATT 19378196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2107 TAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAAATT 2166

 19378197 TTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAAT 19378256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2167 TTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAAT 2226

 19378257 GTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTAA 19378316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2227 GTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTAA 2286

 19378317 GAAAAAGACCAAGTTCAGTT-AAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAAC 19378375
          |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     2287 GAAAAAGACCAAGTTCAGTTAAAAAAAAAACAAAACAAACACAAAACAAAAAACAACAAC 2346

 19378376 AAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGCT 19378435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2347 AAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGCT 2406

 19378436 GCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAAT 19378495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2407 GCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAAT 2466

 19378496 AACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGTTTTC 19378555
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     2467 AACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGCTTTC 2526

 19378556 AGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAGT 19378615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2527 AGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAGT 2586

 19378616 AATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATAT 19378675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2587 AATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATAT 2646

 19378676 ATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAAA 19378735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2647 ATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAAA 2706

 19378736 TCTTACTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGATT 19378795
          |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2707 T----CTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGATT 2762

 19378796 TTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAAA 19378855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 TTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAAA 2822

 19378856 ATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTTT 19378915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 ATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTTT 2882

 19378916 ATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGA 19378957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 ATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGA 2924

Alignment time is 2.25198 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2497] =>      2497 nucs 'mol-32-211b-027826_2497'

Score:        2402
Aligned:      2424        nucs
Identic:      2422 (100%) nucs =>        11 (100%)      2411 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19370438,19370448] EXCISED REGION [19376218,19378630]
 second seq =>  [      55,      65] EXCISED REGION [      85,    2497]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      5769 nucs [19370449,19376217]
 second seq =>        19 nucs [66,84]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19370449,19370449] to [19376218,19376218]
 second seq =>         1 nucs [65,65] to [84,84]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19370448,19370448] to [19376218,19376218]
 second seq =>         1 nucs [65,65] to [85,85]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19370438 AACAACAATGT 19370448
          |||||||||||
       55 AACAACAATGT 65

EXCISED REGION

 19376218 TACATACTGATTTCTCCTTTTCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCC 19376277
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       85 TACATACTGATTTCTCCTTTTCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCC 144

 19376278 AATGATCTGCTGATCCTCTACTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTT 19376337
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      145 AATGATCTGCTGATCCTCTACTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTT 204

 19376338 AAAATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCA 19376397
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      205 AAAATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCA 264

 19376398 GGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGA 19376457
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      265 GGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGA 324

 19376458 CAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAA 19376517
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      325 CAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAA 384

 19376518 GCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGC 19376577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      385 GCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGC 444

 19376578 TACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGC 19376637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      445 TACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGC 504

 19376638 CCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTC 19376697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      505 CCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTC 564

 19376698 TTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTT 19376757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      565 TTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTT 624

 19376758 TTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATT 19376817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      625 TTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATT 684

 19376818 GTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCAT 19376877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      685 GTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCAT 744

 19376878 ACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAA 19376937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      745 ACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAA 804

 19376938 GGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTT 19376997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      805 GGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTT 864

 19376998 GATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGA 19377057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      865 GATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGA 924

 19377058 AAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAG 19377117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      925 AAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAG 984

 19377118 AAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCC 19377177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      985 AAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCC 1044

 19377178 ACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAA 19377237
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1045 ACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAA 1104

 19377238 TTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTAT 19377297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1105 TTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTAT 1164

 19377298 AAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGT 19377357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1165 AAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGT 1224

 19377358 AGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTG 19377417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1225 AGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTG 1284

 19377418 GCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCT 19377477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1285 GCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCT 1344

 19377478 AATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTA 19377537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1345 AATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTA 1404

 19377538 AAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTGTT 19377597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1405 AAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTGTT 1464

 19377598 TTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAACA 19377657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1465 TTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAACA 1524

 19377658 CATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATAAT 19377717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1525 CATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATAAT 1584

 19377718 TTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAAAG 19377777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1585 TTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAAAG 1644

 19377778 GGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCATTT 19377837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1645 GGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCATTT 1704

 19377838 TAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGAAT 19377897
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
     1705 TAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGAAG 1764

 19377898 AATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTCAT 19377957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1765 AATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTCAT 1824

 19377958 TTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATTTA 19378017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1825 TTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATTTA 1884

 19378018 GAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTAAA 19378077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1885 GAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTAAA 1944

 19378078 AGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACACTT 19378137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1945 AGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACACTT 2004

 19378138 AGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGATTT 19378197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2005 AGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGATTT 2064

 19378198 TACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAATG 19378257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2065 TACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAATG 2124

 19378258 TTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTAAG 19378317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2125 TTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTAAG 2184

 19378318 AAAAAGACCAAGTTCAGTTAAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAACAA 19378377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2185 AAAAAGACCAAGTTCAGTTAAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAACAA 2244

 19378378 AAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGCTGC 19378437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2245 AAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGCTGC 2304

 19378438 CATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAATAA 19378497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2305 CATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAATAA 2364

 19378498 CAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGTTTTCAG 19378557
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     2365 CAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGCTTTCAG 2424

 19378558 GAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAGTAA 19378617
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2425 GAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAGTAA 2484

 19378618 TTTTAAAGCAATT 19378630
          |||||||||||||
     2485 TTTTAAAGCAATT 2497

Alignment time is 1.92054 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3911] =>      3911 nucs 'mol-32-287f-037839_3911'

Score:        3675
Aligned:      3912        nucs
Identic:      3888 ( 99%) nucs =>       369 ( 99%)      3519 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19374899,19375269] EXCISED REGION [19376397,19379935]
 second seq =>  [       1,     371] EXCISED REGION [     375,    3911]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [372,374]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [371,371] to [375,375]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19374899 ATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAA 19374958
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAA 60

 19374959 TGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATT 19375018
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATT 120

 19375019 CCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAAC 19375078
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAAC 180

 19375079 TTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTT 19375138
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTT 240

 19375139 CTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAA 19375198
          ||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
      241 CTGCAAATGTCTGTCCTGAAGAGGAATTATCTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAA 300

 19375199 TTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTA 19375258
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTA 360

 19375259 ATGAGAAACCA 19375269
          |||||||||||
      361 ATGAGAAACCA 371

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      375 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 434

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      435 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 494

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      495 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 554

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      555 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 614

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      615 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 674

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
      675 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 734

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      735 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 794

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      795 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 854

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      855 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 914

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      915 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 974

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      975 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 1034

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1035 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 1094

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1095 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 1154

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1155 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 1214

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1215 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 1274

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1275 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 1334

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1335 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 1394

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1395 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 1454

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1455 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 1514

 19377536 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 19377595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1515 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 1574

 19377596 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 19377655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1575 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 1634

 19377656 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 19377715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1635 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 1694

 19377716 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 19377775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1695 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 1754

 19377776 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 19377835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1755 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 1814

 19377836 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 19377895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1815 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 1874

 19377896 ATAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 19377955
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1875 AGAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 1934

 19377956 ATTTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 19378015
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1935 ATTTCTATGGAAATAGTGTTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 1994

 19378016 TAGAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 19378075
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1995 TAGAATTTAACTTTATATTATGGAAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 2054

 19378076 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 19378135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2055 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 2114

 19378136 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGAT 19378195
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2115 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAAAT 2174

 19378196 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 19378255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2175 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 2234

 19378256 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 19378315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2235 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 2294

 19378316 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTT-AAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAA 19378374
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2295 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTTAAAAAAAAAACAAAACAAACACAAAACAAAAAACAACAA 2354

 19378375 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 19378434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2355 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 2414

 19378435 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 19378494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2415 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 2474

 19378495 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGTTTT 19378554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2475 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGCTTT 2534

 19378555 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 19378614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2535 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 2594

 19378615 TAATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 19378674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2595 TAATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 2654

 19378675 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 19378734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2655 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 2714

 19378735 ATCTTACTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 19378794
          ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2715 AT----CTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 2770

 19378795 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 19378854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2771 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 2830

 19378855 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 19378914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2831 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 2890

 19378915 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 19378974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2891 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 2950

 19378975 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATATACAATTAATTT 19379034
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     2951 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATTTACAATTAATTT 3010

 19379035 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACAAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 19379094
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3011 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACGAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 3070

 19379095 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 19379154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3071 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 3130

 19379155 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 19379214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3131 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 3190

 19379215 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 19379274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3191 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 3250

 19379275 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 19379334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3251 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 3310

 19379335 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 19379394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3311 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 3370

 19379395 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 19379454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3371 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 3430

 19379455 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 19379514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3431 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 3490

 19379515 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 19379574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3491 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 3550

 19379575 CTTTATATTTGAGAAATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGT 19379634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3551 CTTTATATTTGAGAAATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGT 3610

 19379635 AGCAATCCCACCACTGGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATAC 19379694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3611 AGCAATCCCACCACTGGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATAC 3670

 19379695 CTGTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTGAAGATATGGAATTAACCTAA 19379754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3671 CTGTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTGAAGATATGGAATTAACCTAA 3730

 19379755 GTGACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAACGATTTATAT 19379814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3731 GTGACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAACGATTTATAT 3790

 19379815 TACTTTGGGTATATACCCAATAATGGGATTGCTGGGTTGAATGGTATGTCTTTCTTTAGG 19379874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3791 TACTTTGGGTATATACCCAATAATGGGATTGCTGGGTTGAATGGTATGTCTTTCTTTAGG 3850

 19379875 TCTTTGAGGAATCTCTATACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAACTTACACTCCCATCAA 19379934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3851 TCTTTGAGGAATCTCTATACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAACTTACACTCCCATCAA 3910

 19379935 C 19379935
          |
     3911 C 3911

Alignment time is 2.99526 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    5855] =>      5855 nucs 'mol-32-287f-083039_5855'

Score:        5206
Aligned:      5868        nucs
Identic:      5789 ( 99%) nucs =>      2624 ( 98%)      3165 ( 99%)
Gaps:           30 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372604,19375269] EXCISED REGION [19376397,19379584]
 second seq =>  [       1,    2666] EXCISED REGION [    2670,    5855]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [2667,2669]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [2666,2666] to [2670,2670]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372604 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTT 19372663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTT 60

 19372664 GATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAG 19372723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAG 120

 19372724 GAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGC 19372783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      121 GAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTACCCTCAATCTGGGTGGGC 180

 19372784 ACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGAC 19372843
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
      181 ACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAGGGAC 240

 19372844 CAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGTCCGTGTTGGATGCTTCCTG 19372903
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||
      241 CAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGT------TGGATGCTTCCTG 294

 19372904 TCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGT 19372963
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      295 TCCTCAAACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGT 354

 19372964 GTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTAC 19373023
          .|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
      355 TTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAGACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTAC 414

 19373024 TTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTG 19373083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      415 TTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTG 474

 19373084 TGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAACGCCCCTACATTTAT 19373143
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
      475 TGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAATGCCCCTACATTTAT 534

 19373144 ACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGT 19373203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      535 ACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGT 594

 19373204 AGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTC 19373263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      595 AGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTC 654

 19373264 TAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAA 19373323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      655 TAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAA 714

 19373324 GGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACA 19373383
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      715 GGAGTAGGGGATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACA 774

 19373384 CAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAAT 19373443
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      775 CAATAAGAGGAGATACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAAT 834

 19373444 AGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTGCATTGCCTAACAA 19373503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
      835 AGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTACATTGCCTAACAA 894

 19373504 TGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAAT 19373563
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      895 TGAAAAAAAATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAAT 954

 19373564 AGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATT 19373623
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      955 AGTTGTATAAAATTTTAAAAATCGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATT 1014

 19373624 TGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATGTGATGTTCACTT 19373683
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     1015 TGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATATGATGTTCACTT 1074

 19373684 AGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTACATAATTAACTTA 19373743
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     1075 AGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTATATAATTAACTTA 1134

 19373744 CATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAA 19373803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1135 CATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAA 1194

 19373804 GACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTT 19373863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1195 GACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTT 1254

 19373864 AATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCAC 19373923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1255 AATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCAC 1314

 19373924 TATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGT 19373983
          |||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1315 TATAATAAGTCCTTTACTGTAATTTAATACTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGT 1374

 19373984 TCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCA 19374043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1375 TCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCA 1434

 19374044 CCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTG 19374103
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1435 CCCCCTCTGAATGAACTTTCAAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTG 1494

 19374104 TGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAA 19374163
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 TGAAGGACACAACTTCGCATCATCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAA 1554

 19374164 TGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTA 19374223
          ||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 TGATCCCACGTCGATATCCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTA 1614

 19374224 AACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATT 19374283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 AACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATT 1674

 19374284 TGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCT 19374343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 TGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCT 1734

 19374344 AATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGT 19374403
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 AATAATAACATTCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGT 1794

 19374404 CACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTA 19374463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 CACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTA 1854

 19374464 AAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTAATT 19374523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1855 AAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTGATT 1914

 19374524 ACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAAATAAAATTACATAATGCTG 19374583
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1915 ACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAATAAGAAAATAAAATTACATAATGCTG 1974

 19374584 ACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATG 19374643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     1975 ACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAGGATGGAGAGATGATGTCCAGATG 2034

 19374644 AAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACTGAATGTAAACAAGGAA 19374703
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2035 AAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACCGAATGTAAACAAGGAA 2094

 19374704 GATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGTTATTA 19374763
          |||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||    |
     2095 GATTGGACTTGGAAGATATACCTGCTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGT----A 2150

 19374764 TTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTATGGTCATTCT 19374823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2151 TTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTAGGGTCATTCT 2210

 19374824 GATTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAC------------CTA 19374871
          ||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||             |||
     2211 GATTAAGCTAGTATTGTATACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA-AAAAAAAAAAAACTA 2269

 19374872 CTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTA 19374931
          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 CTAATTTTAAAGACTGAAA-TCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTA 2328

 19374932 AAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTC 19374991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2329 AAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTC 2388

 19374992 CCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAA 19375051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2389 CCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAA 2448

 19375052 AATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGG 19375111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2449 AATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGG 2508

 19375112 CTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGTT 19375171
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2509 CTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATCTT 2568

 19375172 CTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCC 19375231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2569 CTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCC 2628

 19375232 AGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2629 AGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 2666

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2670 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 2729

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2730 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 2789

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2790 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 2849

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2850 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 2909

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2910 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 2969

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     2970 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 3029

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3030 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 3089

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3090 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 3149

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3150 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 3209

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3210 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 3269

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     3270 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 3329

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3330 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 3389

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3390 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 3449

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     3450 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 3509

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     3510 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 3569

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3570 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 3629

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3630 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 3689

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3690 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 3749

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3750 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 3809

 19377536 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 19377595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3810 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 3869

 19377596 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 19377655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3870 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 3929

 19377656 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 19377715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3930 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 3989

 19377716 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 19377775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3990 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 4049

 19377776 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 19377835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4050 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 4109

 19377836 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 19377895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4110 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 4169

 19377896 ATAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 19377955
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4170 AGAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 4229

 19377956 ATTTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 19378015
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4230 ATTTCTATGGAAATAGTGTTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 4289

 19378016 TAGAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 19378075
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4290 TAGAATTTAACTTTATATTATGGAAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 4349

 19378076 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 19378135
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4350 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTGGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 4409

 19378136 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGAT 19378195
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     4410 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAAAT 4469

 19378196 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 19378255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4470 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 4529

 19378256 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 19378315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4530 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 4589

 19378316 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTT-AAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAA 19378374
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     4590 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTTAAAAAAAAAACAAAACAAACACAAAACAAAAAACAACAA 4649

 19378375 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 19378434
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     4650 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCCCAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 4709

 19378435 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 19378494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4710 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 4769

 19378495 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGTTTT 19378554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     4770 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGCTTT 4829

 19378555 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 19378614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4830 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 4889

 19378615 TAATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 19378674
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4890 TAATTTTAATGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 4949

 19378675 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 19378734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4950 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 5009

 19378735 ATCTTACTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 19378794
          ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5010 AT----CTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 5065

 19378795 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 19378854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5066 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 5125

 19378855 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 19378914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5126 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 5185

 19378915 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 19378974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5186 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 5245

 19378975 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATATACAATTAATTT 19379034
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     5246 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATTTACAATTAATTT 5305

 19379035 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACAAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 19379094
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     5306 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACGAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 5365

 19379095 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 19379154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5366 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 5425

 19379155 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 19379214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5426 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 5485

 19379215 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 19379274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5486 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 5545

 19379275 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 19379334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5546 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 5605

 19379335 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 19379394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5606 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 5665

 19379395 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 19379454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5666 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 5725

 19379455 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 19379514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5726 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 5785

 19379515 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 19379574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5786 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 5845

 19379575 CTTTATATTT 19379584
          ||||||||||
     5846 CTTTATATTT 5855

Alignment time is 4.4605 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2666] =>      2666 nucs 'mol-32-287f-083039_2666'

Score:        2290
Aligned:      2658        nucs
Identic:      2618 ( 98%) nucs =>      2201 ( 98%)       417 ( 99%)
Gaps:           12 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372604,19374841] EXCISED REGION [19374850,19375269]
 second seq =>  [       1,    2228] EXCISED REGION [    2249,    2666]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         8 nucs [19374842,19374849]
 second seq =>        20 nucs [2229,2248]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         8 nucs [19374842,19374849]
 second seq =>        19 nucs [2229,2247]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [2228,2228] to [2248,2248]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19374841,19374841] to [19374850,19374850]
 second seq =>         1 nucs [2228,2228] to [2249,2249]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19374842,19374842] to [19374849,19374849]
 second seq =>         0 nucs

 19372604 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTT 19372663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTT 60

 19372664 GATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAG 19372723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 GATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAG 120

 19372724 GAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGC 19372783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      121 GAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTACCCTCAATCTGGGTGGGC 180

 19372784 ACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGAC 19372843
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
      181 ACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAGGGAC 240

 19372844 CAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGTCCGTGTTGGATGCTTCCTG 19372903
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||
      241 CAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGT------TGGATGCTTCCTG 294

 19372904 TCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGT 19372963
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      295 TCCTCAAACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGT 354

 19372964 GTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTAC 19373023
          .|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
      355 TTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAGACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTAC 414

 19373024 TTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTG 19373083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      415 TTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTG 474

 19373084 TGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAACGCCCCTACATTTAT 19373143
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
      475 TGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAATGCCCCTACATTTAT 534

 19373144 ACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGT 19373203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      535 ACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGT 594

 19373204 AGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTC 19373263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      595 AGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTC 654

 19373264 TAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAA 19373323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      655 TAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAA 714

 19373324 GGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACA 19373383
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      715 GGAGTAGGGGATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACA 774

 19373384 CAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAAT 19373443
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      775 CAATAAGAGGAGATACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAAT 834

 19373444 AGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTGCATTGCCTAACAA 19373503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
      835 AGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTACATTGCCTAACAA 894

 19373504 TGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAAT 19373563
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      895 TGAAAAAAAATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAAT 954

 19373564 AGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATT 19373623
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      955 AGTTGTATAAAATTTTAAAAATCGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATT 1014

 19373624 TGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATGTGATGTTCACTT 19373683
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     1015 TGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATATGATGTTCACTT 1074

 19373684 AGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTACATAATTAACTTA 19373743
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     1075 AGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTATATAATTAACTTA 1134

 19373744 CATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAA 19373803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1135 CATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAA 1194

 19373804 GACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTT 19373863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1195 GACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTT 1254

 19373864 AATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCAC 19373923
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1255 AATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCAC 1314

 19373924 TATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGT 19373983
          |||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     1315 TATAATAAGTCCTTTACTGTAATTTAATACTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGT 1374

 19373984 TCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCA 19374043
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1375 TCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCA 1434

 19374044 CCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTG 19374103
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1435 CCCCCTCTGAATGAACTTTCAAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTG 1494

 19374104 TGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAA 19374163
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 TGAAGGACACAACTTCGCATCATCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAA 1554

 19374164 TGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTA 19374223
          ||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 TGATCCCACGTCGATATCCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTA 1614

 19374224 AACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATT 19374283
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 AACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATT 1674

 19374284 TGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCT 19374343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 TGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCT 1734

 19374344 AATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGT 19374403
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 AATAATAACATTCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGT 1794

 19374404 CACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTA 19374463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 CACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTA 1854

 19374464 AAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTAATT 19374523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     1855 AAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTGATT 1914

 19374524 ACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAAATAAAATTACATAATGCTG 19374583
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1915 ACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAATAAGAAAATAAAATTACATAATGCTG 1974

 19374584 ACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATG 19374643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     1975 ACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAGGATGGAGAGATGATGTCCAGATG 2034

 19374644 AAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACTGAATGTAAACAAGGAA 19374703
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2035 AAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACCGAATGTAAACAAGGAA 2094

 19374704 GATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGTTATTA 19374763
          |||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||    |
     2095 GATTGGACTTGGAAGATATACCTGCTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGT----A 2150

 19374764 TTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTATGGTCATTCT 19374823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2151 TTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTAGGGTCATTCT 2210

 19374824 GATTAAGCTAGTATTGTA 19374841
          ||||||||||||||||||
     2211 GATTAAGCTAGTATTGTA 2228

EXCISED REGION

 19374850 AAAAAAAAAAAAAAAAAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTA 19374909
          |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
     2249 AAAAAAAAAAAAAAAAAA-CTACTAATTTTAAAGACTG-AAATCGGCCTATTATATATTA 2306

 19374910 TAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAA 19374969
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2307 TAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAA 2366

 19374970 TGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTG 19375029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2367 TGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTG 2426

 19375030 GGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGT 19375089
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2427 GGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGT 2486

 19375090 TCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTC 19375149
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2487 TCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTC 2546

 19375150 TGTCCTGAAAAGGAATTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGG 19375209
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2547 TGTCCTGAAAAGGAATTATCTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGG 2606

 19375210 GGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2607 GGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 2666

Alignment time is 2.04515 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4199] =>      4199 nucs 'mol-32-287f-129236_4199'

Score:        4122
Aligned:      4199        nucs
Identic:      4192 (100%) nucs =>        36 (100%)      4156 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19375355,19375390] EXCISED REGION [19375392,19379553]
 second seq =>  [       1,      36] EXCISED REGION [      37,    4199]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [19375391,19375391]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         1 nucs [19376213,19376213]
 second seq =>         1 nucs [859,859]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375391,19375391] to [19375392,19375392]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19375355 TGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATA 19375390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATA 36

EXCISED REGION

 19375392 CTAATGTTAAATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATG 19375451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       37 CTAATGTTAAATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATG 96

 19375452 TAACTAACCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT-AAAAAAAAGG 19375510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
       97 TAACTAACCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATAAAAAAAAAGG 156

 19375511 GGTCAGAACTAAAATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAA 19375570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      157 GGTCAGAACTAAAATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAA 216

 19375571 ACTTTGCAAATGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATC 19375630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      217 ACTTTGCAAATGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATC 276

 19375631 CAGACATTTTACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTC 19375690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      277 CAGACATTTTACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTC 336

 19375691 AAGAAATATTATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTAT 19375750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      337 AAGAAATATTATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTAT 396

 19375751 CTTTATATTGTGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAA 19375810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      397 CTTTATATTGTGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAA 456

 19375811 ATACATAATAAAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAA 19375870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      457 ATACATAATAAAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAA 516

 19375871 CTCTAATTTGTATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGA 19375930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      517 CTCTAATTTGTATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGA 576

 19375931 ATAAATGCAACATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTT 19375990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      577 ATAAATGCAACATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTT 636

 19375991 TTTGTGAGTGGCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATG 19376050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      637 TTTGTGAGTGGCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATG 696

 19376051 CAATGAACGGGACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGC 19376110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      697 CAATGAACGGGACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGC 756

 19376111 ATTCTTTGTTCACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAA 19376170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      757 ATTCTTTGTTCACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAA 816

 19376171 GGTAATTCGTATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACGACACTACATACTGATTT 19376230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      817 GGTAATTCGTATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACAACACTACATACTGATTT 876

 19376231 CTCCTTTTCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGA 19376290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      877 CTCCTTTTCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGA 936

 19376291 TCCTCTACTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAG 19376350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      937 TCCTCTACTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAG 996

 19376351 CAATGAGTTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAA 19376410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      997 CAATGAGTTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAA 1056

 19376411 GTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATAT 19376470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1057 GTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATAT 1116

 19376471 TAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTG 19376530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1117 TAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTG 1176

 19376531 GCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTG 19376590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1177 GCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTG 1236

 19376591 TCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTT 19376650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1237 TCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTT 1296

 19376651 GCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAG 19376710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1297 GCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAG 1356

 19376711 TTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTG 19376770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1357 TTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTG 1416

 19376771 GGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTT 19376830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1417 GGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTT 1476

 19376831 TAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGC 19376890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1477 TAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGC 1536

 19376891 CAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGC 19376950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1537 CAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGC 1596

 19376951 TGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAG 19377010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1597 TGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAG 1656

 19377011 TGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACA 19377070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1657 TGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACA 1716

 19377071 AACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAG 19377130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1717 AACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGAGCAGAAAATGTCTGGAG 1776

 19377131 ATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCT 19377190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1777 ATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCT 1836

 19377191 GTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTC 19377250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1837 GTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTC 1896

 19377251 CAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGAC 19377310
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1897 CAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGAC 1956

 19377311 AGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGA 19377370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1957 AGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGA 2016

 19377371 ATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTA 19377430
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2017 ATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTA 2076

 19377431 AAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATA 19377490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2077 AAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATA 2136

 19377491 TCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTAAAAATGCAGACAG 19377550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2137 TCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTAAAAATGCAGACAG 2196

 19377551 AGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTGTTTTAATTCATAGAT 19377610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2197 AGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTGTTTTAATTCATAGAT 2256

 19377611 AAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAACACATTTGTTTTGAA 19377670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2257 AAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAACACATTTGTTTTGAA 2316

 19377671 TATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATAATTTTACTGCCTTGT 19377730
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2317 TATACATTCCTGGAAATTTACGATTTTTTTTCACTAGGTAACATAATTTTACTGCCTTGT 2376

 19377731 AGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAAAGGGCAGAATAGTTA 19377790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2377 AGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAAAGGGCAGAATAGTTA 2436

 19377791 AAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCATTTTAACATAACAGTA 19377850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2437 AAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCATTTTAACATAACAGTA 2496

 19377851 TAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGAATAATGCAAAATTAT 19377910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
     2497 TAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGAAGAATGCAAAATTAT 2556

 19377911 ATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTCATTTCTATGGAAATA 19377970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2557 ATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTCATTTCTATGGAAATA 2616

 19377971 GTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATTTAGAATTTAACTTTA 19378030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2617 GTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATTTAGAATTTAACTTTA 2676

 19378031 TATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTAAAAGAATCAAAAGTC 19378090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2677 TATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTAAAAGAATCAAAAGTC 2736

 19378091 AGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACACTTAGAAAAAGACAGG 19378150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2737 AGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACACTTAGAAAAAGACAGG 2796

 19378151 AAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGATTTTACATTTTTAATT 19378210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2797 AAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGATTTTACATTTTTAATT 2856

 19378211 TAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAATGTTTAACAAAGATA 19378270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2857 TAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAATGTTTAACAAAGATA 2916

 19378271 AATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTAAGAAAAAGACCAAGT 19378330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2917 AATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTAAGAAAAAGACCAAGT 2976

 19378331 TCAGTTAAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAACAAAAAACTTTGGCAT 19378390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2977 TCAGTTAAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAACAAAAAACTTTGGCAT 3036

 19378391 GATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGCTGCCATAGCTTGAAGG 19378450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3037 GATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGCTGCCATAGCTTGAAGG 3096

 19378451 GAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAATAACAATGAAATATAT 19378510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3097 GAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAATAACAATGAAATATAT 3156

 19378511 TTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGTTTTCAGGAATGTAAGGACT 19378570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     3157 TTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGCTTTCAGGAATGTAAGGACT 3216

 19378571 ATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAGTAATTTTAAAGCAATT 19378630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3217 ATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAGTAATTTTAAAGCAATT 3276

 19378631 TGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATATATATAAATAACAAAT 19378690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3277 TGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATATATATAAATAACAAAT 3336

 19378691 AATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAAATCTTACTTTATATAA 19378750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3337 AATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAAATCTTACTTTATATAA 3396

 19378751 GCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGATTTTTGAGTCTTTCATA 19378810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3397 GCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGATTTTTGAGTCTTTCATA 3456

 19378811 ACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAAAATGGTTAAATAACAA 19378870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3457 ACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAAAATGGTTAAATAACAA 3516

 19378871 ATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTTTATATATATGTATAAT 19378930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3517 ATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTTTATATATATGTATAAT 3576

 19378931 CTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTAAACAAAAAAGCTTCTG 19378990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3577 CTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTAAACAAAAAAGCTTCTG 3636

 19378991 CATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATATACAATTAATTTATAAGAAACTCATTCA 19379050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3637 CATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATATACAATTAATTTATAAGAAACTCATTCA 3696

 19379051 ACTTCAGAATAACAAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTATAAAGTGGCCAAAGGAC 19379110
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     3697 ACTTCAGAATAACAAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTATAAAGTGGCCGAAGGAC 3756

 19379111 AAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCATATGAAGAGATGCTCA 19379170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3757 AAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCATATGAAGAGATGCTCA 3816

 19379171 ATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAGATATCATTTTACACTG 19379230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3817 ATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAGATATCATTTTACACTG 3876

 19379231 GTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGGTATTGGTGAGAATGCA 19379290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3877 GTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGGTATTGGTGAGAATGCA 3936

 19379291 GAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTCTATGAAAAACAGTATG 19379350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3937 GAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTCTATGAAAAACAGTATG 3996

 19379351 AAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAGCAATCCCACCACTAGG 19379410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3997 AAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAGCAATCCCACCACTAGG 4056

 19379411 TATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCTGTACTTGTATGTTTAT 19379470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4057 TATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCTGTACTTGTATGTTTAT 4116

 19379471 TGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGTGACCATTAATGGATGA 19379530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4117 TGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGTGACCATTAATGGATGA 4176

 19379531 TTGGATAAAGAAAATGTGTCTTA 19379553
          |||||||||||||||||||||||
     4177 TTGGATAAAGAAAATGTGTCTTA 4199

Alignment time is 3.14391 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    8268] =>      8268 nucs 'mol-32-2895-015898_8268'

Score:        7554
Aligned:      8286        nucs
Identic:      8199 ( 99%) nucs =>      6320 ( 99%)      1879 ( 99%)
Gaps:           32 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19368887,19375269] EXCISED REGION [19376397,19378288]
 second seq =>  [       1,    6372] EXCISED REGION [    6376,    8268]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [6373,6375]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [6372,6372] to [6376,6376]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19368887 ATGAATTATCCTGGTGGGTCTAATATAATCACAACAGTTCTTATAAGTGGCAAAGAGAGG 19368946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATGAATTATCCTGGTGGGTCTAATATAATCACAACAGTTCTTATAAGTGGCAAAGAGAGG 60

 19368947 CAGAAGTGTTAGATTCAGAAAAGACATGAAGCCAGAAGCATAGGTCAGAGCGATGATGCC 19369006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CAGAAGTGTTAGATTCAGAAAAGACATGAAGCCAGAAGCATAGGTCAGAGCGATGATGCC 120

 19369007 CTGTGAGAAGCAACCTAGCCACCTTGGTTGACTTTGAAGATGAAGGAAGAGAGCCATCTA 19369066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTGTGAGAAGCAACCTAGCCACCTTGGTTGACTTTGAAGATGAAGGAAGAGAGCCATCTA 180

 19369067 GGAATGCAGGCAGTCTCTAAACTCTAGAAGAAAGGGCTTCTCCTGTAAACCCTCTAAAAA 19369126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GGAATGCAGGCAGTCTCTAAACTCTAGAAGAAAGGGCTTCTCCTGTAAACCCTCTAAAAA 240

 19369127 GCAACAAAGCTCTGCCAGTACTTGGTGTCTCAGTCCATTCTAACACCTGTAACAGAATAC 19369186
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GCAACAAAGCTCTGCCAGTACTTGGTGTCTCAGTCCATTCTAACACCTGTAACAGAATAC 300

 19369187 CATAGACCAGATGGCTTATAAATAACTGAAATGTATTTCACTCAGTTCTGGGAGCTGGAA 19369246
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||| ||
      301 CATAGACCAGATGGCTTATAAATAAATGAAATGTATTTCACTCAGTTCTGGGAGCTG-AA 359

 19369247 AGTCCTAGATCAAGGCAGATTTGATTTCTGGGAAGGACCCATCTTCTGGCTGTGCCTTGC 19369306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 AGTCCTAGATCAAGGCAGATTTGATTTCTGGGAAGGACCCATCTTCTGGCTGTGCCTTGC 419

 19369307 ATAATAAAAGGGGCTATAGGGATCTATCCCTTTAGGGCCTCTTTTATAAAGGCACTAATC 19369366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 ATAATAAAAGGGGCTATAGGGATCTATCCCTTTAGGGCCTCTTTTATAAAGGCACTAATC 479

 19369367 CCATTCATGGAGGCTCTGACCTCATGACCTACTCGCCTCTTAAAGGCACAAACTCCTAAT 19369426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 CCATTCATGGAGGCTCTGACCTCATGACCTACTCGCCTCTTAAAGGCACAAACTCCTAAT 539

 19369427 ATCGTTACATTGTGGGTCAGGAGTTCAACTTAAGAATTTCGAGAGGACACAAATGTTTAG 19369486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 ATCGTTACATTGTGGGTCAGGAGTTCAACTTAAGAATTTCGAGAGGACACAAATGTTTAG 599

 19369487 ACCATAGCACCTGCATTTTAGCCTAGTGATATTTCTAACTGACAGAACTACAAGATAACA 19369546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 ACCATAGCACCTGCATTTTAGCCTAGTGATATTTCTAACTGACAGAACTACAAGATAACA 659

 19369547 AATTTGTGTTGTTTTAGGCCACTACATTTGTGGTAATTTGTTCCAGCAGTAATAGGGAGC 19369606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 AATTTGTGTTGTTTTAGGCCACTACATTTGTGGTAATTTGTTCCAGCAGTAATAGGGAGC 719

 19369607 TAATGCAATTGCCTACAGTCTTCCAACATCCTCTTAATCAAAAATACTCAGACATATGAA 19369666
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 TAATGCAATTGCCTACAGTCTTCCGACATCCTCTTAATCAAAAATACTCAGACATATGAA 779

 19369667 GAGAATCTTACTATGATATCCTCCTTGACTTTGCATTTATCACATTTACAATTAAGAATA 19369726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      780 GAGAATCTTACTATGATATCCTCCTTGACTTTGCATTTATTACATTTACAATTAAGAATA 839

 19369727 AGCAAAAGGTAGATTCAAACATATTTAAAAATACAATGTATTTTAGACATGTATTCACAA 19369786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 AGCAAAAGGTAGATTCAAACATATTTAAAAATACAATGTATTTTAGACATGTATTCACAA 899

 19369787 TGATGCTCTTATTAAAAGCCTGTAAGAAACCGGGTGAGGTGACTCATGCCTGTAATCCTA 19369846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TGATGCTCTTATTAAAAGCCTGTAAGAAACCGGGTGAGGTGACTCATGCCTGTAATCCTA 959

 19369847 CTATTTTGGGAGGCTGAGGCTGGCAGGTGGCTTGAGCTCAGGAGTTTGAGACCAGCCAGG 19369906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 CTATTTTGGGAGGCTGAGGCTGGCAGGTGGCTTGAGCTCAGGAGTTTGAGACCAGCCAGG 1019

 19369907 GCAATATGGCAAAACGTCATCTCTACAAAAAAATACAAAAAGTAGTCGAGCGTGGTGGTG 19369966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 GCAATATGGCAAAACGTCATCTCTACAAAAAAATACAAAAAGTAGTCGAGCGTGGTGGTG 1079

 19369967 CACATCTGTAGTTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGTTTGGGCCTGAAAG 19370026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1080 CACATCTGTAGTTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATTGTTTGGGCCTGAAAG 1139

 19370027 GCCAAGGATGTAGGGAGCCCTGCTTGTGCCACTGCACTCCAGCCTACATGACAAAGTGAG 19370086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 GCCAAGGATGTAGGGAGCCCTGCTTGTGCCACTGCACTCCAGCCTACATGACAAAGTGAG 1199

 19370087 ACTCTGTCTCAAAAAAAAGCCTGTACGGGTTATGACACGTGTCCTTAAATATATCAACTT 19370146
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 ACTCTGTCTCAAAAAAAAGCCTGTAAGGGTTATGACACGTGTCCTTAAATATATCAACTT 1259

 19370147 TAATGATACTTTAAATTGGGTAATTTGCCTGCAACTATTTTAAATATTAGCAATTTTATA 19370206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 TAATGATACTTTAAATTGGGTAATTTGCCTGCAACTATTTTAAATATTAGCAATTTTATA 1319

 19370207 TAAGCCTCCATGTATGTAACAGATGTATTGCTTAGACTGGATACTCAAAGTGTTAAAAAG 19370266
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 TAAGCCTCCATGCATGTAACAGATGTATTGCTTAGACTGGATACTCAAAGTGTTAAAAAG 1379

 19370267 TAATGGTTTAAGAAAAAGAAATCGTAAAAATAAATCCAACCTGAAATCAGTACTATGCCA 19370326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1380 TAATGGTTTAAGAAAAAGAAATCGTAAAAATAAATCCAGCCTGAAATCAGTACTATGCCA 1439

 19370327 ATATCTCAACGATCATGTGGGAATTTTAATCTCAGTCATTATAGCAGTTTACTTTCCGTT 19370386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 ATATCTCAACGATCATGTGGGAATTTTAATCTCAGTCATTATAGCAGTTTACTTTCCGTT 1499

 19370387 CCAATTTTATATAAGGATCTTAGAGGTCTAACATACATTTACAGTATAATGAACAACAAT 19370446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 CCAATTTTATATAAGGATCTTAGAGGTCTAACATACATTTACAGTATAATGAACAACAAT 1559

 19370447 GTTGCTGCTGATATGATCATTGTTCAGAACCTCAGGGACCACTGTAAAGGTCTAAAATGC 19370506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 GTTGCTGCTGATATGATCATTGTTCAGAACCTCAGGGACCACTGTAAAGGTCTAAAATGC 1619

 19370507 ATTGACCCATTTGTGGTCATACCATTTTCTCTCACACTCAGGAGAATCTGCCATTTCATT 19370566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 ATTGACCCATTTGTGGTCATACCATTTTCTCTCACACTCAGGAGAATCTGCCATTTCATT 1679

 19370567 TTCAGTTTTTTATTTCATCAAATATTAAATTGGACTCAATATTTAAAAATTTTAAAATGT 19370626
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TTCAGTTTTTTATTTCATCAAATATTAAATTGGACTCAATATTTAAAAATTTTAAAATGT 1739

 19370627 ATATTGTTTGTATATTCTTTGTGCTAGAAATTGAGAACTGGTTAAACTGAACTAAATCCC 19370686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 ATATTGTTTGTATATTCTTTGTGCTAGAAATTGAGAACTGGTTAAACTGAACTAAATCCC 1799

 19370687 TTTTCTCAGAAGGTTTACCCTGTGGTCTTTCATTGAAAACTAAGAGTCAACATTGTGCTT 19370746
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     1800 TTTTCTCAGAAGGTTTACCCTGTGGTCTTTCGTTGAAAACTAAGAGTCAACATTGTGCTT 1859

 19370747 TGTTTTTTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTGTGTGTGTGTTGTTTTTCCCCCGCTAAG 19370806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 TGTTTTTTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTGTGTGTGTGTTGTTTTTCCCCCGCTAAG 1919

 19370807 AATAGGGGAGTGACTGAGGAGCTGGCCAACAGAAATGAAATTAAGATCTAAATGAATTAT 19370866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 AATAGGGGAGTGACTGAGGAGCTGGCCAACAGAAATGAAATTAAGATCTAAATGAATTAT 1979

 19370867 TATACCACCACTGGAAAACATGCTATTATATTTTAAAAATCAAATAATTTCAGTAATATG 19370926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TATACCACCACTGGAAAACATGCTATTATATTTTAAAAATCAAATAATTTCAGTAATATG 2039

 19370927 AGTGTACCTTGGTGACTGTCAGCCTTTGAGAGATAGGATCTGTTAAACACAAATAAAGAC 19370986
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 AGTGTACCTTGGTGACTGTCAGCCTTTGAGAGATAGGATCTGTTAAACACAAATAAAGAC 2099

 19370987 ACAGATAGAAATGATTCATGCTATAATGTTTATTTGCTGCCTGTAAAACCTTGTGAACTA 19371046
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     2100 ACGGATAGAAATGATTCATGCTATAATGTTTATTTGCTGCCTGTTAAACCTTGTGAACTA 2159

 19371047 GAAATAAAATACTTTATATTTTTTGTCACAATAACATCATTAAACATTTTGAACAGATAC 19371106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 GAAATAAAATACTTTATATTTTTTGTCACAATAACATCATTAAACATTTTGAACAGATAC 2219

 19371107 AGGTTAAAATCCTACATTTTATTACATATGAAACAATATGGATGGGTTATGAGTTTCAGA 19371166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2220 AGGTTAAAATCCTACATTTTATTACATATGAAACAATATGGATGGGTTATGAGTTTCAGA 2279

 19371167 GGTAAAACCATATCATTAAATAATTATTACGATGGGCAGTATCTTAAATGACCCCCAGTG 19371226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2280 GGTAAAACCATATCATTAAATAATTATTACGATGGGCAGTATCTTAAATGACCCCCAGTG 2339

 19371227 ATCCCTGTTTCCTGGAATCCATGCCTTTGTGCAGCAGCCACCTCTACAGTGTGGAATGTA 19371286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2340 ATCCCTGTTTCCTGGAATCCATGCCTTTGTGCAGCAGCCACCTCTACAGTGTGGAATGTA 2399

 19371287 TGTATTTGAGTCACTTTTGGAGAATATATAACACCACAGAAATGATGGGATGTCACTTCT 19371346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2400 TGTATTTGAGTCACTTTTGGAGAATATATAACACCACAGAAATGATGGGATGTCACTTCT 2459

 19371347 GAAGTTAGATTATAAAAAGTTTCTGGCTTTCATCCTAGGCATTCTTATTTATATAGAGAA 19371406
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2460 GAAGTTAGATTATAAAAAGTTTCTGGCTTTCATCCTAGGCATTCTTATTTATATAGAGAA 2519

 19371407 TGCAAGAGGGAGTACTCAAAGACATAAATGGTGGTGAATACTGTTCTAGGTTTTAATACA 19371466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2520 TGCAAGAGGGAGTACTCAAAGACATAAATGGTGGTGAATACTGTTCTAGGTTTTAATACA 2579

 19371467 GAGATTAATGTTGCATTGGATAAAAGATACATTCACATCTAGACATATGTTATTGTAATT 19371526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2580 GAGATTAATGTTGCATTGGATAAAAGATACATTCACATCTAGACATATGTTATTGTAATT 2639

 19371527 GCAATTGCTGAGAAGAAAAATAGGATGTTTAATTTTACAAAGAAAAAAGAAATGTAGGAA 19371586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2640 GCAATTGCTGAGAAGAAAAATAGGATGTTTAATTTTACAAAGAAAAAAGAAATGTAGGAA 2699

 19371587 AGTAGAAATTATGTCAGCCTAATAAATGTCAGGAAAAGAGACAAAAAATAAATTTTGTAA 19371646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2700 AGTAGAAATTATGTCAGCCTAATAAATGTCAGGAAAAGAGACAAAAAATAAATTTTGTAA 2759

 19371647 ATGCAAAATGAAATTATAAAAATAATGACAAGTATATCAAACAACACAACAAATAAAAAG 19371706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2760 ATGCAAAATGAAATTATAAAAATAATGACAAGTATATCAAGCAACACAACAAATAAAAAG 2819

 19371707 TTATATATTTTAAGTCTACTATACACTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATA 19371766
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2820 TTATATATTTTAAGTCTACTATACACTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATA 2879

 19371767 TTTAATTTGCTTTATGTCAACAATCAGATTGGCTTAAACACTTATAAAAGTAGCAACTCA 19371826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     2880 TTTAATTTGCTTTATGTCAACAATCAGATTGGCTTAAACACTTATAAAAGTAACAACTCA 2939

 19371827 AAATTATATTCTACTGAACAATTCACTTATACCTCAAAATCATAGTTTAGAAACTAAAAA 19371886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2940 AAATTATATTCTACTGAACAATTCACTTATACCTCAAAATCATAGTTTAGAAACTAAAAA 2999

 19371887 AGGGTAACAGTACAAATTCTTTTATATACTAGTCTAATCCCAATTTTTTTTAAAAAAGTA 19371946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3000 AGGGTAACAGTACAAATTCTTTTATATACTAGTCTAATCCCAATTTTTTTTAAAAAAGTA 3059

 19371947 TAACTATAAACTTGAAAAGATAAAAAGGATTAATAAAAATAAAACTTTGGAATATATATG 19372006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3060 TAACTATAAACTTGAAAAGATAAAAAGGATTAATAAAAATAAAACTTTGGAATATATATG 3119

 19372007 AAAATTCCATATAGAATAATATGAATAATAATTGGATTTTATAGAACTTTTTAAAGGACT 19372066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     3120 AAAATTCCATATAGAATAATATGAATAATAATTGGATTTTATAGAACTTTTTAATGGACT 3179

 19372067 TATGATGGATATAGTGATATTTAGAATATGTTCATCATAAAGCTAAAATAATTTCAAAAT 19372126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3180 TATGATGGATATAGTGATATTTAGAATATGTTCATCATAAAGCTAAAATAATTTCAAAAT 3239

 19372127 ATTCTTAATTAATGCTGAAGCATATGAAATTAATCCCCAAATCTACAGCTATAAACAAGT 19372186
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3240 TTTCTTAATTAATGCTGAAGCATATGAAATTAATCCCCAAATCTACAGCTATAAACAAGT 3299

 19372187 AAGTGAATAAATCAACAGACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAAT 19372246
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3300 AAGTGAATAAATCAACAGACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAAT 3359

 19372247 TGCTCCAAACTAACAGTCCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGAT 19372306
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3360 TGCTCCAAACTAACAGTCCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGAT 3419

 19372307 AACAAATGAATGTACTTACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGT 19372366
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3420 AACAAATGAATGTACTTACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGT 3479

 19372367 AACTAACATTACATAAAAGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATA 19372426
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3480 AACTAACATTACATAAAAGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATA 3539

 19372427 TATCAGCAAATACAGTTAGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACT 19372486
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3540 TATCAGCAAATACAGTTAGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACT 3599

 19372487 GAAAAAAAGTTAAATATCTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAG 19372546
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3600 GAAAAAAAGTTAAATATCTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAG 3659

 19372547 GTAACTATAGTTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 19372606
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3660 GTAACTATAGTTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 3719

 19372607 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGAT 19372666
          |||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3720 TGTGTGTGTGTGT--------TGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGAT 3771

 19372667 TGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAG 19372726
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3772 TGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAG 3831

 19372727 ATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACC 19372786
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     3832 ATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTACCCTCAATCTGGGTGGGCACC 3891

 19372787 ATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAG 19372846
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3892 ATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAG 3951

 19372847 ACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGTCCGTGTTGGATGCTTCCTGTCC 19372906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||
     3952 ACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGT------TGGATGCTTCCTGTCC 4005

 19372907 TCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGTGTT 19372966
          |||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||
     4006 TCAAACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAACTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGTTTT 4065

 19372967 TCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTACTTT 19373026
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     4066 TCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAGACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTACTTT 4125

 19373027 TGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTGTGG 19373086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4126 TGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTGTGG 4185

 19373087 GACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAACGCCCCTACATTTATACA 19373146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     4186 GACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAATGCCCCTACATTTATACA 4245

 19373147 TCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGTAGA 19373206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4246 TCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGTAGA 4305

 19373207 GTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTCTAA 19373266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4306 GTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTCTAA 4365

 19373267 GACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGA 19373326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4366 GACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGA 4425

 19373327 GTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACACAA 19373386
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4426 GTAGGGGATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACACAA 4485

 19373387 TAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAATAGG 19373446
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4486 TAAGAGGAGATACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAATAGG 4545

 19373447 ATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTGCATTGCCTAACAATGA 19373506
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     4546 ATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTACATTGCCTAACAATGA 4605

 19373507 AAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAATAGT 19373566
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4606 AAAAAAATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAATAGT 4665

 19373567 TGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATTTGC 19373626
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4666 TGTATAAAATTTTAAAAATCGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATTTGC 4725

 19373627 ACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATGTGATGTTCACTTAGG 19373686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     4726 ACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATATGATGTTCACTTAGG 4785

 19373687 TAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTACATAATTAACTTACAT 19373746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
     4786 TAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTATATAATTAACTTACAT 4845

 19373747 GAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAAGAC 19373806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4846 GAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAAGAC 4905

 19373807 ATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTTAAT 19373866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4906 ATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTTAAT 4965

 19373867 TTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCACTAT 19373926
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4966 TTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCACTAT 5025

 19373927 AATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGTTCA 19373986
          ||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     5026 AATAAGTCCTTTACTGTAATTTAATACTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGTTCA 5085

 19373987 TCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCACCC 19374046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5086 TCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCACCC 5145

 19374047 CCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTGTGA 19374106
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5146 CCTCTGAATGAACTTTCAAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTGTGA 5205

 19374107 AGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAATGA 19374166
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5206 AGGACACAACTTCGCATCATCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAATGA 5265

 19374167 TCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTAAAC 19374226
          |||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5266 TCCCACGTCGATATCCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTAAAC 5325

 19374227 ATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATTTGA 19374286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5326 ATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATTTGA 5385

 19374287 GGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCTAAT 19374346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5386 GGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCTAAT 5445

 19374347 AATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGTCAC 19374406
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5446 AATAACATTCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGTCAC 5505

 19374407 CTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTAAAG 19374466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5506 CTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTAAAG 5565

 19374467 TGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTAATTACT 19374526
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
     5566 TGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTGATTACT 5625

 19374527 TATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAAATAAAATTACATAATGCTGACT 19374586
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
     5626 TATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAATAAGAAAATAAAATTACATAATGCTGACT 5685

 19374587 TGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATGAAG 19374646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5686 TGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATGAAG 5745

 19374647 TTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACTGAATGTAAACAAGGAAGAT 19374706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     5746 TTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACCGAATGTAAACAAGGAAGAT 5805

 19374707 CGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGTTATTATTC 19374766
          .||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||    ||||
     5806 TGGACTTGGAAGATATACCTGCTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGT----ATTC 5861

 19374767 TCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTATGGTCATTCTGAT 19374826
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     5862 TCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTAGGGTCATTCTGAT 5921

 19374827 TAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAC----------CTACTAAT 19374876
          |||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||           ||||||||
     5922 TAAGCTAGTATTGTATACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA-AAAAAAAAAACTACTAAT 5980

 19374877 TTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAG 19374936
          |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5981 TTTAAAGACTGAAA-TCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAG 6039

 19374937 TAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACA 19374996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6040 TAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACA 6099

 19374997 GCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTT 19375056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6100 GCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTT 6159

 19375057 AACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCA 19375116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6160 AACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCA 6219

 19375117 GGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGTTCTTTT 19375176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     6220 GGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATCTTCTTTT 6279

 19375177 TCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAA 19375236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6280 TCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAA 6339

 19375237 CACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     6340 CACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 6372

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6376 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 6435

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6436 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 6495

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6496 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 6555

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6556 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 6615

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6616 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 6675

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     6676 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 6735

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6736 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 6795

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6796 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 6855

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     6856 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 6915

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6916 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 6975

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     6976 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 7035

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7036 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 7095

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7096 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 7155

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     7156 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 7215

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     7216 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 7275

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7276 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 7335

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     7336 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATACGTG 7395

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7396 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 7455

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7456 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 7515

 19377536 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 19377595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7516 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 7575

 19377596 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 19377655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7576 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 7635

 19377656 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 19377715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7636 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 7695

 19377716 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 19377775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7696 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 7755

 19377776 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 19377835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7756 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 7815

 19377836 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 19377895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7816 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 7875

 19377896 ATAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 19377955
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7876 AGAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 7935

 19377956 ATTTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 19378015
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7936 ATTTCTATGGAAATAGTGTTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 7995

 19378016 TAGAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 19378075
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     7996 TAGAATTTAACTTTATATTATGGAAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 8055

 19378076 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 19378135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8056 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 8115

 19378136 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGAT 19378195
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     8116 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAAAT 8175

 19378196 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 19378255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     8176 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 8235

 19378256 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATAT 19378288
          |||||||||||||||||||||||||||||||||
     8236 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATAT 8268

Alignment time is 6.08063 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3984] =>      3984 nucs 'mol-32-29a8-059996_3984'

Score:        3466
Aligned:      3994        nucs
Identic:      3928 ( 98%) nucs =>      2622 ( 98%)      1306 ( 99%)
Gaps:           27 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372606,19375269] EXCISED REGION [19376397,19377712]
 second seq =>  [       1,    2664] EXCISED REGION [    2668,    3984]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [2665,2667]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [2664,2664] to [2668,2668]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372606 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGA 19372665
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGA 60

 19372666 TTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGA 19372725
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGA 120

 19372726 GATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCAC 19372785
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      121 GATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTACCCTCAATCTGGGTGGGCAC 180

 19372786 CATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCA 19372845
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCA 240

 19372846 GACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGTCCGTGTTGGATGCTTCCTGTC 19372905
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||
      241 GACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGT------TGGATGCTTCCTGTC 294

 19372906 CTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGTGT 19372965
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
      295 CTCAAACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGTTT 354

 19372966 TTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTACTT 19373025
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
      355 TTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAGACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTACTT 414

 19373026 TTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTGTG 19373085
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      415 TTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTGTG 474

 19373086 GGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAACGCCCCTACATTTATAC 19373145
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
      475 GGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAATGCCCCTACATTTATAC 534

 19373146 ATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGTAG 19373205
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      535 ATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGTAG 594

 19373206 AGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTCTA 19373265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      595 AGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTCTA 654

 19373266 AGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAAGG 19373325
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      655 AGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAAGG 714

 19373326 AGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACACA 19373385
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      715 AGTAGGGGATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACACA 774

 19373386 ATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAATAG 19373445
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      775 ATAAGAGGAGATACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAATAG 834

 19373446 GATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTGCATTGCCTAACAATG 19373505
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      835 GATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTACATTGCCTAACAATG 894

 19373506 AAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAATAG 19373565
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      895 AAAAAAAATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAATAG 954

 19373566 TTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATTTG 19373625
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      955 TTGTATAAAATTTTAAAAATCGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATTTG 1014

 19373626 CACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATGTGATGTTCACTTAG 19373685
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1015 CACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATATGATGTTCACTTAG 1074

 19373686 GTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTACATAATTAACTTACA 19373745
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     1075 GTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTATATAATTAACTTACA 1134

 19373746 TGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAAGA 19373805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1135 TGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAAGA 1194

 19373806 CATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTTAA 19373865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1195 CATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTTAA 1254

 19373866 TTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCACTA 19373925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1255 TTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCACTA 1314

 19373926 TAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGTTC 19373985
          |||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
     1315 TAATAAGTCCTTTACTGTAATTTAATACTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGTTC 1374

 19373986 ATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCACC 19374045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1375 ATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCACC 1434

 19374046 CCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTGTG 19374105
          ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1435 CCCTCTGAATGAACTTTCAAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTGTG 1494

 19374106 AAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAATG 19374165
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 AAGGACACAACTTCGCATCATCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAATG 1554

 19374166 ATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTAAA 19374225
          ||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 ATCCCACGTCGATATCCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTAAA 1614

 19374226 CATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATTTG 19374285
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 CATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATTTG 1674

 19374286 AGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCTAA 19374345
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 AGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCTAA 1734

 19374346 TAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGTCA 19374405
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 TAATAACATTCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGTCA 1794

 19374406 CCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTAAA 19374465
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 CCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTAAA 1854

 19374466 GTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTAATTAC 19374525
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1855 GTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTGATTAC 1914

 19374526 TTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAAATAAAATTACATAATGCTGAC 19374585
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     1915 TTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAATAAGAAAATAAAATTACATAATGCTGAC 1974

 19374586 TTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATGAA 19374645
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 TTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATGAA 2034

 19374646 GTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACTGAATGTAAACAAGGAAGA 19374705
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     2035 GTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACCGAATGTAAACAAGGAAGA 2094

 19374706 TCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGTTATTATT 19374765
          |.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||    |||
     2095 TTGGACTTGGAAGATATACCTGCTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGT----ATT 2150

 19374766 CTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTATGGTCATTCTGA 19374825
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2151 CTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTAGGGTCATTCTGA 2210

 19374826 TTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAACC-------------TAC 19374872
          ||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||               |||
     2211 TTAAGCTAGTATTGTATACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA--AAAAAAAAAAAAATAC 2268

 19374873 TAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAA 19374932
          .||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2269 AAATTTTAAAGACTGAAA-TCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAA 2327

 19374933 AAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCC 19374992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2328 AAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCC 2387

 19374993 CACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAA 19375052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2388 CACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAA 2447

 19375053 ATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGC 19375112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2448 ATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGC 2507

 19375113 TCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGTTC 19375172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2508 TCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATCTTC 2567

 19375173 TTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCA 19375232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2568 TTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCA 2627

 19375233 GGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2628 GGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 2664

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2668 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 2727

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2728 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 2787

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2788 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 2847

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2848 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 2907

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2908 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 2967

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     2968 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 3027

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3028 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 3087

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3088 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 3147

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3148 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 3207

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3208 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 3267

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     3268 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 3327

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3328 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 3387

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3388 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 3447

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     3448 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 3507

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     3508 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 3567

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3568 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 3627

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3628 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 3687

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3688 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 3747

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3748 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 3807

 19377536 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 19377595
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3808 TAAAAATGCAGACAGAGGTTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 3867

 19377596 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 19377655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3868 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGGTAGGATGAA 3927

 19377656 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAAC 19377712
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3928 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAAC 3984

Alignment time is 2.99383 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2029] =>      2029 nucs 'mol-32-29c9-012333_2029'

Score:        1883
Aligned:      2026        nucs
Identic:      2013 ( 99%) nucs =>       348 (100%)      1665 ( 99%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19374921,19375269] EXCISED REGION [19376397,19378072]
 second seq =>  [       1,     349] EXCISED REGION [     353,    2029]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [350,352]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [349,349] to [353,353]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19374921 TGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTC 19374980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTC 60

 19374981 AGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAA 19375040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAA 120

 19375041 GCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCT 19375100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCT 180

 19375101 GCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAA 19375160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAA 240

 19375161 GGAATTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAG 19375220
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GGAATTATCTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAG 300

 19375221 GAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 349

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      353 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 412

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      413 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 472

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      473 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 532

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      533 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 592

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      593 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 652

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
      653 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 712

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      713 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 772

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      773 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 832

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      833 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 892

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      893 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 952

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      953 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 1012

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1013 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 1072

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1073 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 1132

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1133 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 1192

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1193 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 1252

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1253 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 1312

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1313 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 1372

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1373 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 1432

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1433 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 1492

 19377536 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 19377595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1493 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 1552

 19377596 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 19377655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1553 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 1612

 19377656 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 19377715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1613 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 1672

 19377716 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 19377775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1673 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 1732

 19377776 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 19377835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1733 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 1792

 19377836 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 19377895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1793 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 1852

 19377896 ATAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 19377955
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1853 AGAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 1912

 19377956 ATTTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 19378015
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1913 ATTTCTATGGAAATAGTGTTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 1972

 19378016 TAGAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATT 19378072
          |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     1973 TAGAATTTAACTTTATATTATGGAAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATT 2029

Alignment time is 1.49075 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2658] =>      2658 nucs 'mol-32-2f07-000718_2658'

Score:        2614
Aligned:      2658        nucs
Identic:      2654 (100%) nucs =>        16 (100%)      2638 (100%)
Gaps:            2 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19374844,19374859] EXCISED REGION [19374862,19377502]
 second seq =>  [       1,      16] EXCISED REGION [      18,    2658]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         2 nucs [19374860,19374861]
 second seq =>         1 nucs [17,17]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        16 nucs [19374850,19374865] to [19374852,19374867]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         6 nucs [19374854,19374859] to [19374862,19374867]
 second seq =>         6 nucs [11,16] to [18,23]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19374860,19374860] to [19374861,19374861]
 second seq =>         0 nucs

 19374844 CTTGACAAAAAAAAAA 19374859
          ||||||||||||||||
        1 CTTGACAAAAAAAAAA 16

EXCISED REGION

 19374862 AAAAAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGT 19374921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       18 AAAAAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGT 77

 19374922 GACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCA 19374981
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       78 GACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCA 137

 19374982 GAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAG 19375041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      138 GAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAG 197

 19375042 CACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTG 19375101
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      198 CACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTG 257

 19375102 CACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAG 19375161
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      258 CACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAG 317

 19375162 GAATTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGG 19375221
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      318 GAATTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGG 377

 19375222 AAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAA 19375281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      378 AAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAA 437

 19375282 GGGAGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGG 19375341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      438 GGGAGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGG 497

 19375342 GCCTGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATACCTAATGTTAA 19375401
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
      498 GCCTGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATA-CTAATGTTAA 556

 19375402 ATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCT 19375461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      557 ATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCT 616

 19375462 GCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT-AAAAAAAAGGGGTCAGAACT 19375520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
      617 GCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATAAAAAAAAAGGGGTCAGAACT 676

 19375521 AAAATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAA 19375580
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      677 AAAATTAGAGACCGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAA 736

 19375581 TGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTT 19375640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      737 TGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTT 796

 19375641 ACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAATATT 19375700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      797 ACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAATATT 856

 19375701 ATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATATTG 19375760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      857 ATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATATTG 916

 19375761 TGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATAATA 19375820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      917 TGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATAATA 976

 19375821 AAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAATTTG 19375880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      977 AAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAATTTG 1036

 19375881 TATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATGCAA 19375940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1037 TATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATGCAA 1096

 19375941 CATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGAGTG 19376000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1097 CATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGAGTG 1156

 19376001 GCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAACGG 19376060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1157 GCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAACGG 1216

 19376061 GACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTTGTT 19376120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1217 GACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTTGTT 1276

 19376121 CACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATTCGT 19376180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1277 CACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATTCGT 1336

 19376181 ATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACGACACTACATACTGATTTCTCCTTTTCA 19376240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     1337 ATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACAACACTACATACTGATTTCTCCTTTTCA 1396

 19376241 CAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTACTT 19376300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1397 CAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTACTT 1456

 19376301 TCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAGTTG 19376360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1457 TCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAGTTG 1516

 19376361 CAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCT 19376420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1517 CAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCT 1576

 19376421 AGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATATCA 19376480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1577 AGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATATCA 1636

 19376481 CTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTGGGT 19376540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1637 CTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTGGGT 1696

 19376541 GTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTTCGC 19376600
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1697 GTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTTCGC 1756

 19376601 TTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCCATA 19376660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1757 TTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCCATA 1816

 19376661 TCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTA 19376720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1817 TCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTA 1876

 19376721 TTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAA 19376780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1877 TTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAA 1936

 19376781 ATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTGTAA 19376840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1937 ATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTGTAA 1996

 19376841 ATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAATATT 19376900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1997 ATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAATATT 2056

 19376901 CTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAA 19376960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2057 CTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAA 2116

 19376961 ATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCT 19377020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2117 ATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCT 2176

 19377021 CAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAAATC 19377080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2177 CAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAAATC 2236

 19377081 CCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGA 19377140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2237 CCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGA 2296

 19377141 ACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTG 19377200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2297 ACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTG 2356

 19377201 GTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGG 19377260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2357 GTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGG 2416

 19377261 CCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGACAGATGATTTC 19377320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2417 CCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGACAGATGATTTC 2476

 19377321 TGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGAATTAAATCAC 19377380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2477 TGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGAATTAAATCAC 2536

 19377381 CATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTC 19377440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2537 CATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTC 2596

 19377441 TTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATATCTATTGGTC 19377500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2597 TTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATATCTATTGGTC 2656

 19377501 CT 19377502
          ||
     2657 CT 2658

Alignment time is 1.96982 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3214] =>      3214 nucs 'mol-32-2f3e-122093_3214'

Score:        3178
Aligned:      3221        nucs
Identic:      3213 (100%) nucs =>       820 (100%)      2393 (100%)
Gaps:            7 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372055,19372878] EXCISED REGION [19372885,19375281]
 second seq =>  [       1,     820] EXCISED REGION [     821,    3214]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884] to [19372885,19372890]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19372878,19372878] to [19372885,19372885]
 second seq =>         1 nucs [820,820] to [821,821]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372055 TTTTAAAGGACTTATGATGGATATAGTGATATTTAGAATATGTTCATCATAAAGCTAAAA 19372114
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTTTAAAGGACTTATGATGGATATAGTGATATTTAGAATATGTTCATCATAAAGCTAAAA 60

 19372115 TAATTTCAAAATATTCTTAATTAATGCTGAAGCATATGAAATTAATCCCCAAATCTACAG 19372174
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAATTTCAAAATATTCTTAATTAATGCTGAAGCATATGAAATTAATCCCCAAATCTACAG 120

 19372175 CTATAAACAAGTAAGTGAATAAATCAACAGACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTG 19372234
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CTATAAACAAGTAAGTGAATAAATCAACAGACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTG 180

 19372235 TGAAAACATAATTGCTCCAAACTAACAGTCCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTAC 19372294
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TGAAAACATAATTGCTCCAAACTAACAGTCCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTAC 240

 19372295 TTTGAATTTGATAACAAATGAATGTACTTACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGG 19372354
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTTGAATTTGATAACAAATGAATGTACTTACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGG 300

 19372355 GTTACCCAATGTAACTAACATTACATAAAAGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATT 19372414
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTACCCAATGTAACTAACATTACATAAAAGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATT 360

 19372415 TGTTTCTATATATATCAGCAAATACAGTTAGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTA 19372474
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 TGTTTCTATATATATCAGCAAATACAGTTAGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTA 420

 19372475 CAAACACCAACTGAAAAAAAGTTAAATATCTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGA 19372534
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CAAACACCAACTGAAAAAAAGTTAAATATCTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGA 480

 19372535 ATTCTTATGAAGGTAACTATAGTTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTG 19372594
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATTCTTATGAAGGTAACTATAGTTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTG 540

 19372595 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAG 19372654
          |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||
      541 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT----TGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAG 596

 19372655 TATCACCTTGATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATG 19372714
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      597 TATCACCTTGATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATG 656

 19372715 TTGCCAAAGGAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATC 19372774
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      657 TTGCCAAAGGAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATC 716

 19372775 TGGGTGGGCACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAG 19372834
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      717 TGGGTGGGCACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAG 776

 19372835 TGGAAGGACCAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTC 19372878
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      777 TGGAAGGACCAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTC 820

EXCISED REGION

 19372885 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 19372944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      821 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 880

 19372945 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 19373004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      881 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 940

 19373005 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 19373064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      941 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 1000

 19373065 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 19373124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1001 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 1060

 19373125 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 19373184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1061 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 1120

 19373185 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 19373244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1121 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 1180

 19373245 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 19373304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1181 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 1240

 19373305 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 19373364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1241 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 1300

 19373365 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 19373424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1301 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 1360

 19373425 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 19373484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1361 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 1420

 19373485 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 19373544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1421 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 1480

 19373545 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 19373604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1481 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 1540

 19373605 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 19373664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1541 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 1600

 19373665 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 19373724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1601 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 1660

 19373725 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 19373784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1661 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 1720

 19373785 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 19373844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1721 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 1780

 19373845 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 19373904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 1840

 19373905 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGG 19373964
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1841 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGATTCTAGAAGG 1900

 19373965 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 19374024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 1960

 19374025 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 19374084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1961 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 2020

 19374085 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 19374144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2021 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 2080

 19374145 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 19374204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2081 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 2140

 19374205 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 19374264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2141 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 2200

 19374265 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 19374324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2201 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 2260

 19374325 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 19374384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2261 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 2320

 19374385 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 19374444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2321 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 2380

 19374445 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 19374504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 2440

 19374505 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 19374564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 2500

 19374565 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 19374624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 2560

 19374625 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 19374684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2561 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 2620

 19374685 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 19374744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 2680

 19374745 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 19374804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2681 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 2740

 19374805 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAA 19374864
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
     2741 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGAC---AAAAAAAAAAAA 2797

 19374865 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 19374924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2798 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 2857

 19374925 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 19374984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2858 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 2917

 19374985 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 19375044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2918 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 2977

 19375045 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 19375104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2978 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 3037

 19375105 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 19375164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3038 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 3097

 19375165 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 19375224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3098 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 3157

 19375225 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAA 19375281
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3158 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAA 3214

Alignment time is 2.38783 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    5330] =>      5330 nucs 'mol-32-2fc2-161771_5330'

Score:        5274
Aligned:      5335        nucs
Identic:      5327 (100%) nucs =>       663 ( 99%)      4664 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372212,19372878] EXCISED REGION [19372885,19377551]
 second seq =>  [       1,     663] EXCISED REGION [     664,    5330]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884] to [19372885,19372890]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19372878,19372878] to [19372885,19372885]
 second seq =>         1 nucs [663,663] to [664,664]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372212 ATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAATTGCTCCAAACTAACAGTCCTTATCA 19372271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 ATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAATTGCTCCAAACTAACAGTCCTTATCA 60

 19372272 TGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGATAACAAATGAATGTACTTACTATTAT 19372331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGATAACAAATGAATGTACTTACTATTAT 120

 19372332 CAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGTAACTAACATTACATAAAAGGAAACA 19372391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGTAACTAACATTACATAAAAGGAAACA 180

 19372392 AGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATATATCAGCAAATACAGTTAGAGGACA 19372451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATATATCAGCAAATACAGTTAGAGGACA 240

 19372452 TATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACTGAAAAAAAGTTAAATATCTAAGTAT 19372511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACTGAAAAAAAGTTAAATATCTAAGTAT 300

 19372512 AACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAGGTAACTATAGTTCTCCAATATGAGA 19372571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAGGTAACTATAGTTCTCCAATATGAGA 360

 19372572 TAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTA 19372631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||
      361 TAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT----TGTA 416

 19372632 TGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGT 19372691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      417 TGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGT 476

 19372692 TTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGG 19372751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      477 TTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGG 536

 19372752 GAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTG 19372811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      537 GAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTG 596

 19372812 GAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCAT 19372871
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      597 GAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCAT 656

 19372872 CTTTCTC 19372878
          |||||||
      657 CTTTCTC 663

EXCISED REGION

 19372885 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 19372944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      664 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 723

 19372945 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 19373004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      724 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 783

 19373005 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 19373064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      784 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 843

 19373065 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 19373124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      844 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 903

 19373125 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 19373184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      904 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 963

 19373185 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 19373244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      964 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 1023

 19373245 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 19373304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1024 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 1083

 19373305 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 19373364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1084 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 1143

 19373365 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 19373424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1144 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 1203

 19373425 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 19373484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1204 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 1263

 19373485 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 19373544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1264 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 1323

 19373545 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 19373604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1324 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 1383

 19373605 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 19373664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1384 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 1443

 19373665 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 19373724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1444 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 1503

 19373725 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 19373784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1504 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 1563

 19373785 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 19373844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1564 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 1623

 19373845 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 19373904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1624 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 1683

 19373905 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGG 19373964
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1684 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGATTCTAGAAGG 1743

 19373965 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 19374024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1744 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 1803

 19374025 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 19374084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1804 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 1863

 19374085 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 19374144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1864 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 1923

 19374145 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 19374204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1924 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 1983

 19374205 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 19374264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1984 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 2043

 19374265 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 19374324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2044 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 2103

 19374325 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 19374384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2104 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 2163

 19374385 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 19374444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2164 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 2223

 19374445 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 19374504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2224 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 2283

 19374505 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 19374564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2284 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 2343

 19374565 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 19374624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2344 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 2403

 19374625 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 19374684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2404 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 2463

 19374685 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 19374744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2464 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 2523

 19374745 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 19374804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2524 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 2583

 19374805 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAA 19374864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     2584 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGAC-AAAAAAAAAAAAAA 2642

 19374865 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 19374924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 2702

 19374925 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 19374984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 2762

 19374985 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 19375044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 2822

 19375045 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 19375104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 2882

 19375105 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 19375164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 2942

 19375165 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 19375224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2943 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 3002

 19375225 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAAGGG 19375284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3003 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAAGGG 3062

 19375285 AGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGGGCC 19375344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3063 AGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGGGCC 3122

 19375345 TGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATACCTAATGTTAAATG 19375404
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3123 TGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATACCTAATGTTAAATG 3182

 19375405 ACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCA 19375464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3183 ACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCA 3242

 19375465 CGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT-AAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAA 19375523
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
     3243 CGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATAAAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAA 3302

 19375524 ATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAATGT 19375583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3303 ATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAATGT 3362

 19375584 CTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTTACC 19375643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3363 CTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTTACC 3422

 19375644 ATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAATATTATT 19375703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3423 ATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAATATTATT 3482

 19375704 TTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATATTGTGG 19375763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3483 TTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATATTGTGG 3542

 19375764 AGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATAATAAAA 19375823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3543 AGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATAATAAAA 3602

 19375824 TGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAATTTGTAT 19375883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3603 TGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAATTTGTAT 3662

 19375884 CTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATGCAACAT 19375943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3663 CTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATGCAACAT 3722

 19375944 GAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGAGTGGCT 19376003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3723 GAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGAGTGGCT 3782

 19376004 GTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAACGGGAC 19376063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3783 GTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAACGGGAC 3842

 19376064 AACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTTGTTCAC 19376123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3843 AACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTTGTTCAC 3902

 19376124 AGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATTCGTATG 19376183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3903 AGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATTCGTATG 3962

 19376184 GGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACGACACTACATACTGATTTCTCCTTTTCACAG 19376243
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3963 GGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACAACACTACATACTGATTTCTCCTTTTCACAG 4022

 19376244 GAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTACTTTCA 19376303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4023 GAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTACTTTCA 4082

 19376304 GGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAA 19376363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4083 GGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAA 4142

 19376364 AAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGT 19376423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4143 AAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGT 4202

 19376424 TCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATATCACTG 19376483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4203 TCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATATCACTG 4262

 19376484 TAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTA 19376543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4263 TAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTA 4322

 19376544 AATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTT 19376603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4323 AATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTT 4382

 19376604 GCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCC 19376663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4383 GCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCC 4442

 19376664 CTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTT 19376723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4443 CTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTT 4502

 19376724 TGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATA 19376783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4503 TGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATA 4562

 19376784 CATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATG 19376843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4563 CATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATG 4622

 19376844 ATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTC 19376903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4623 ATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTC 4682

 19376904 AAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATT 19376963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4683 AAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATT 4742

 19376964 AATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAG 19377023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4743 AATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAG 4802

 19377024 TCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCT 19377083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4803 TCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCT 4862

 19377084 TTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACA 19377143
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4863 TTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACA 4922

 19377144 GCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTG 19377203
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4923 GCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTG 4982

 19377204 TCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCT 19377263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4983 TCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCT 5042

 19377264 TCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGA 19377323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5043 TCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGA 5102

 19377324 AAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCAT 19377383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5103 AAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCAT 5162

 19377384 CTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTA 19377443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5163 CTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTA 5222

 19377444 TAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTA 19377503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5223 TAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTA 5282

 19377504 CTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTAAAAATGCAGACAGA 19377551
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5283 CTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTAAAAATGCAGACAGA 5330

Alignment time is 3.95826 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3856] =>      3856 nucs 'mol-32-2fee-322620_3856'

Score:        3359
Aligned:      3873        nucs
Identic:      3805 ( 98%) nucs =>      2665 ( 98%)      1140 ( 99%)
Gaps:           32 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372557,19375269] EXCISED REGION [19376397,19377544]
 second seq =>  [       1,    2704] EXCISED REGION [    2708,    3856]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [2705,2707]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [2704,2704] to [2708,2708]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372557 TTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 19372616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 60

 19372617 TGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGAAG 19372676
          |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TGT--------TGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGAAG 112

 19372677 GATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGTTT 19372736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      113 GATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGTTT 172

 19372737 GTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATCAG 19372796
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      173 GTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTACCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATCAG 232

 19372797 CTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTGAG 19372856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      233 CTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTGAG 292

 19372857 TCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGTCCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCG 19372916
          ||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||.||||||
      293 TCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGT------TGGATGCTTCCTGTCCTCAAACATCG 346

 19372917 AGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTC 19372976
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      347 AGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTGGTTTTTCAGGGGCTC 406

 19372977 TCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTG 19373036
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      407 TCAGCCCTTCAGCCACAGACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTG 466

 19373037 GGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTT 19373096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      467 GGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTT 526

 19373097 TGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTAT 19373156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
      527 TGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAATGCCCCTACATTTATACATCAATTCTAT 586

 19373157 TATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGG 19373216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      587 TATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGG 646

 19373217 GAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTAT 19373276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      647 GAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTAT 706

 19373277 AAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATA 19373336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
      707 AAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGGATA 766

 19373337 TTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGG 19373396
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
      767 TTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGA 826

 19373397 TACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATT 19373456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      827 TACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATT 886

 19373457 GTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTT 19373516
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||
      887 GTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTACATTGCCTAACAATGAAAAAAAATTT 946

 19373517 TAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAAT 19373576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      947 TAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAAT 1006

 19373577 TTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAA 19373636
          |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1007 TTTAAAAATCGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAA 1066

 19373637 CAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCT 19373696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     1067 CAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATATGATGTTCACTTAGGTAAATATTCT 1126

 19373697 TATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAG 19373756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
     1127 TATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTATATAATTAACTTACATGAAGAGGCAG 1186

 19373757 AGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGG 19373816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1187 AGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGG 1246

 19373817 CATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATG 19373876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1247 CATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATG 1306

 19373877 GCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCT 19373936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1307 GCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCT 1366

 19373937 TTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTT 19373996
          ||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1367 TTACTGTAATTTAATACTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTT 1426

 19373997 CTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATG 19374056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1427 CTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATG 1486

 19374057 AACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAAC 19374116
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1487 AACTTTCAAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAAC 1546

 19374117 TTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCG 19374176
          ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
     1547 TTCGCATCATCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCACGTCG 1606

 19374177 ATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAAT 19374236
          ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1607 ATATCCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAAT 1666

 19374237 ACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGA 19374296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1667 ACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGA 1726

 19374297 ATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCC 19374356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1727 ATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATTC 1786

 19374357 AAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTC 19374416
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1787 AAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTC 1846

 19374417 TGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTT 19374476
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1847 TGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTT 1906

 19374477 GATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATAC 19374536
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1907 GATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTGATTACTTATGAAATAC 1966

 19374537 CCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAAATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAG 19374596
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1967 CCATAATAGCTTTTGACAGAATAAGAAAATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAG 2026

 19374597 CTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGA 19374656
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2027 CTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGA 2086

 19374657 AATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGA 19374716
          ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||
     2087 AATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACCGAATGTAAACAAGGAAGATTGGACTTGGA 2146

 19374717 AGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCT 19374776
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||
     2147 AGATATACCTGCTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGT----ATTCTCCACTTTCT 2202

 19374777 TTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTA 19374836
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2203 TTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTAGGGTCATTCTGATTAAGCTAGTA 2262

 19374837 TTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAC-----------CTACTAATTTTAAAGAC 19374885
          |||||.|||||.|||||||||||||||||||            |||||||||||||||||
     2263 TTGTATACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA-AAAAAAAAAAACTACTAATTTTAAAGAC 2321

 19374886 TGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTA 19374945
          | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2322 T-AAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTA 2380

 19374946 AGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAA 19375005
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2381 AGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAA 2440

 19375006 ATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCA 19375065
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2441 ATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCA 2500

 19375066 GATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTG 19375125
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2501 GATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTG 2560

 19375126 ACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGTTCTTTTTCATTTAAT 19375185
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2561 ACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATCTTCTTTTTCATTTAAT 2620

 19375186 TTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTG 19375245
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2621 TTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTG 2680

 19375246 TAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          ||||||||||||||||||||||||
     2681 TAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 2704

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2708 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 2767

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2768 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 2827

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2828 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 2887

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2888 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 2947

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2948 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 3007

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     3008 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 3067

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3068 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 3127

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3128 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 3187

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     3188 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 3247

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3248 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 3307

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     3308 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 3367

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3368 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 3427

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3428 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 3487

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     3488 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 3547

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     3548 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 3607

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3608 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 3667

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3668 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 3727

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3728 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 3787

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3788 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 3847

 19377536 TAAAAATGC 19377544
          |||||||||
     3848 TAAAAATGC 3856

Alignment time is 2.89593 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2866] =>      2866 nucs 'mol-32-3030-076473_2866'

Score:        2483
Aligned:      2877        nucs
Identic:      2824 ( 98%) nucs =>      2626 ( 98%)       198 (100%)
Gaps:           25 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372602,19375269] EXCISED REGION [19376397,19376594]
 second seq =>  [       1,    2665] EXCISED REGION [    2669,    2866]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [2666,2668]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [2665,2665] to [2669,2669]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372602 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACC 19372661
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACC 60

 19372662 TTGATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAA 19372721
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTGATTGGATTGAAGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAA 120

 19372722 AGGAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGG 19372781
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      121 AGGAGATTAACGTTTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTACCCTCAATCTGGGTGG 180

 19372782 GCACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGG 19372841
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GCACCATCTAATCAGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGG 240

 19372842 ACCAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGTCCGTGTTGGATGCTTCC 19372901
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||
      241 ACCAGACTGGCTGAGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTCCCGTGT------TGGATGCTTCC 294

 19372902 TGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTG 19372961
          ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      295 TGTCCTCAAACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTCTTCAGCCTACACCAGTG 354

 19372962 GTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCT 19373021
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
      355 GTTTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAGACTAACAGCGGCACTGTTGGCTTCCCT 414

 19373022 ACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTAC 19373081
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      415 ACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCATCTTGCAGATGGACTAC 474

 19373082 TGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAACGCCCCTACATTT 19373141
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
      475 TGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAATAAATGCCCCTACATTT 534

 19373142 ATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGT 19373201
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      535 ATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGATTAGTACAATGTGTAAGT 594

 19373202 GTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATG 19373261
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      595 GTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAATAATGAATTAAAAAATG 654

 19373262 TCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAG 19373321
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      655 TCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAATGAGAGAGCAAGAGAAAG 714

 19373322 AAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAA 19373381
          |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      715 AAGGAGTAGGGGATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTCATGACTCAAAAGAAAAA 774

 19373382 CACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCA 19373441
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      775 CACAATAAGAGGAGATACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGTTTTAGATTTTCTTCTCA 834

 19373442 ATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTGCATTGCCTAAC 19373501
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
      835 ATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCAATTTTACATTGCCTAAC 894

 19373502 AATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGA 19373561
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      895 AATGAAAAAAAATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTTGTCTAATGCATCAAGGA 954

 19373562 ATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACA 19373621
          ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
      955 ATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATCGCATGAGTTGAAAGACATGATTAGCAGGATTTACA 1014

 19373622 TTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATGTGATGTTCAC 19373681
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1015 TTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTAAAAGATATGATGTTCAC 1074

 19373682 TTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTACATAATTAACT 19373741
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1075 TTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCCTACTTATATAATTAACT 1134

 19373742 TACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTG 19373801
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1135 TACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGCGTTTTCATCCAGAGCTG 1194

 19373802 AAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAG 19373861
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1195 AAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATTTGGAGGATCGTTTCAAG 1254

 19373862 TTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGC 19373921
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1255 TTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTCAAATAGAGATTAGATGC 1314

 19373922 ACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTG 19373981
          |||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     1315 ACTATAATAAGTCCTTTACTGTAATTTAATACTTTCTAGAAGGATTTGATTCCCCATTTG 1374

 19373982 GTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAAC 19374041
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1375 GTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGTTGTAAACAAGTTACAAC 1434

 19374042 CACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGC 19374101
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1435 CACCCCCTCTGAATGAACTTTCAAGGAGATATTTCGGAATATTTATAGGTACATAAATGC 1494

 19374102 TGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAA 19374161
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1495 TGTGAAGGACACAACTTCGCATCATCTCTTCTCTGCCACCTCACTTGGCAGATCTTATAA 1554

 19374162 AATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATAC 19374221
          ||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1555 AATGATCCCACGTCGATATCCCTATTAGTGGAACTGCTTATAAACTTTATGGAGTAATAC 1614

 19374222 TAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAA 19374281
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1615 TAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAGAACTATTCAGTACTCAA 1674

 19374282 TTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGT 19374341
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1675 TTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCATTCAGAATATTTGATGT 1734

 19374342 CTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCT 19374401
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1735 CTAATAATAACATTCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACATGAATTTGTCTTCCTCT 1794

 19374402 GTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATT 19374461
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1795 GTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGTCTGTGTTCCACATTATT 1854

 19374462 TAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTAA 19374521
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     1855 TAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTGCCTTAATAAGAAATTGA 1914

 19374522 TTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAAATAAAATTACATAATGC 19374581
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     1915 TTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAATAAGAAAATAAAATTACATAATGC 1974

 19374582 TGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGA 19374641
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 TGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATGGAGAGATGATGTCCAGA 2034

 19374642 TGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACTGAATGTAAACAAGG 19374701
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     2035 TGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGAACCGAATGTAAACAAGG 2094

 19374702 AAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGTTAT 19374761
          |||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||   
     2095 AAGATTGGACTTGGAAGATATACCTGCTTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGT--- 2151

 19374762 TATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTATGGTCATT 19374821
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
     2152 -ATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAACATATCGTAGGGTCATT 2210

 19374822 CTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAACCT----------- 19374870
          ||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||              
     2211 CTGATTAAGCTAGTATTGTATACTTGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA---AAAAAAAAAAA 2267

 19374871 ACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTT 19374930
          |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2268 ACTAATTTTAAAGACTGAAA-TCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTT 2326

 19374931 AAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTT 19374990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2327 AAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTT 2386

 19374991 CCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTA 19375050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2387 CCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTA 2446

 19375051 AAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGG 19375110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2447 AAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGG 2506

 19375111 GCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGT 19375170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2507 GCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATCT 2566

 19375171 TCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCC 19375230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2567 TCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCC 2626

 19375231 CAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2627 CAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 2665

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2669 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 2728

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2729 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 2788

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2789 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 2848

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAG 19376594
          ||||||||||||||||||
     2849 CTACTATTTTATTGTCAG 2866

Alignment time is 2.16871 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3884] =>      3884 nucs 'mol-32-30f6-108331_3884'

Score:        3575
Aligned:      3891        nucs
Identic:      3850 ( 99%) nucs =>       531 ( 97%)      3319 ( 99%)
Gaps:           21 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19374729,19375269] EXCISED REGION [19376397,19379735]
 second seq =>  [       1,     544] EXCISED REGION [     548,    3884]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [545,547]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [544,544] to [548,548]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19374729 TTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCA 19374788
          ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGGGGTTAATTTAAATCAGACATATATGT----ATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCA 56

 19374789 AAATAACCTAATGTAACATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGA 19374848
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||.
       57 AAATAACCTAATGTAACATATCGTAGGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTATACTTGG 116

 19374849 CAAAAAAAAAAAAAAAAAAC---------CTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTA 19374899
          |||||||||||||||||||          |||||||||||||||||| ||||||||||||
      117 CAAAAAAAAAAAAAAAAAA-AAAAAAAAACTACTAATTTTAAAGACT-AAAATCGGCCTA 174

 19374900 TTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAAT 19374959
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      175 TTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAAT 234

 19374960 GAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTC 19375019
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      235 GAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTC 294

 19375020 CATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACT 19375079
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      295 CATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACT 354

 19375080 TTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTC 19375139
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      355 TTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTC 414

 19375140 TGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAAT 19375199
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
      415 TGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTATCTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAAT 474

 19375200 TGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAA 19375259
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      475 TGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAA 534

 19375260 TGAGAAACCA 19375269
          ||||||||||
      535 TGAGAAACCA 544

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      548 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 607

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      608 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 667

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      668 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 727

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      728 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 787

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      788 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 847

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
      848 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 907

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      908 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 967

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      968 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 1027

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1028 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 1087

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1088 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 1147

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1148 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 1207

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1208 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 1267

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1268 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 1327

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1328 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 1387

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1388 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 1447

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1448 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 1507

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1508 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 1567

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1568 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 1627

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1628 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 1687

 19377536 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 19377595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1688 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 1747

 19377596 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 19377655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1748 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 1807

 19377656 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 19377715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1808 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 1867

 19377716 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 19377775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1868 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 1927

 19377776 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 19377835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1928 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 1987

 19377836 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 19377895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1988 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 2047

 19377896 ATAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 19377955
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2048 AGAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 2107

 19377956 ATTTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 19378015
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2108 ATTTCTATGGAAATAGTGTTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 2167

 19378016 TAGAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 19378075
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2168 TAGAATTTAACTTTATATTATGGAAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 2227

 19378076 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 19378135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2228 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 2287

 19378136 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGAT 19378195
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2288 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAAAT 2347

 19378196 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 19378255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2348 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 2407

 19378256 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 19378315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2408 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 2467

 19378316 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTT-AAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAA 19378374
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2468 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTTAAAAAAAAAACAAAACAAACACAAAACAAAAAACAACAA 2527

 19378375 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 19378434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2528 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 2587

 19378435 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 19378494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2588 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 2647

 19378495 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGTTTT 19378554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2648 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGCTTT 2707

 19378555 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 19378614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2708 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 2767

 19378615 TAATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 19378674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2768 TAATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 2827

 19378675 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 19378734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2828 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 2887

 19378735 ATCTTACTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 19378794
          ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2888 AT----CTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 2943

 19378795 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 19378854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2944 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 3003

 19378855 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 19378914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3004 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 3063

 19378915 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 19378974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3064 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 3123

 19378975 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATATACAATTAATTT 19379034
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     3124 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATTTACAATTAATTT 3183

 19379035 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACAAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 19379094
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3184 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACGAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 3243

 19379095 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 19379154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3244 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 3303

 19379155 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 19379214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3304 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 3363

 19379215 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 19379274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3364 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 3423

 19379275 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 19379334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3424 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 3483

 19379335 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 19379394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3484 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 3543

 19379395 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 19379454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3544 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 3603

 19379455 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 19379514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3604 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 3663

 19379515 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 19379574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3664 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 3723

 19379575 CTTTATATTTGAGAAATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGT 19379634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3724 CTTTATATTTGAGAAATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGT 3783

 19379635 AGCAATCCCACCACTGGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATAC 19379694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3784 AGCAATCCCACCACTGGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATAC 3843

 19379695 CTGTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTGA 19379735
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3844 CTGTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTGA 3884

Alignment time is 2.93575 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4066] =>      4066 nucs 'mol-32-30f6-147115_4066'

Score:        3804
Aligned:      4063        nucs
Identic:      4037 ( 99%) nucs =>       399 (100%)      3638 ( 99%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19374869,19375269] EXCISED REGION [19376397,19380056]
 second seq =>  [       7,     406] EXCISED REGION [     410,    4066]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1127 nucs [19375270,19376396]
 second seq =>         3 nucs [407,409]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375269,19375269] to [19376397,19376397]
 second seq =>         1 nucs [406,406] to [410,410]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19374869 CTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTT 19374928
          |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        7 CTACTAATTTTAAAGACTGAAA-TCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGACCTTT 65

 19374929 TTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATT 19374988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       66 TTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAATATT 125

 19374989 TTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTT 19375048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      126 TTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCACTTTT 185

 19375049 TAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCT 19375108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      186 TAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCACCCCT 245

 19375109 GGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTAT 19375168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      246 GGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAATTAT 305

 19375169 GTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGT 19375228
          .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      306 CTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAAAAGT 365

 19375229 CCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 19375269
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      366 CCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCA 406

EXCISED REGION

 19376397 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 19376456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      410 AGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTG 469

 19376457 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 19376516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      470 ACAATTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTA 529

 19376517 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 19376576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      530 AGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTG 589

 19376577 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 19376636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      590 CTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATG 649

 19376637 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 19376696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      650 CCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTT 709

 19376697 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATC-TTTTTTTTTTGCTC 19376755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
      710 CTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTTGCTC 769

 19376756 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 19376815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      770 TTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAA 829

 19376816 TTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 19376875
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      830 TTGTAAATTACATTGTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACC 889

 19376876 ATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTC 19376935
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
      890 ATACAATAACATGGCCAAAAATTTTCTCAAACTGTGGGAATGATCACCCCATATTCTCTC 949

 19376936 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 19376995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      950 AAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACC 1009

 19376996 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAAT 19377055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     1010 TTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAACAAAT 1069

 19377056 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 19377115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1070 GAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGC 1129

 19377116 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 19377175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1130 AGAAAATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAAT 1189

 19377176 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAAT 19377235
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     1190 CCACTTGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATACCAATGTAGGGGGTAAAT 1249

 19377236 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACT 19377295
          |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
     1250 AATTGTATTCTCTTCCAGAGAGGGGTCTTCAAAGATCTTAGGGATATTATAATAGGAACT 1309

 19377296 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 19377355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1310 ATAAACTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAA 1369

 19377356 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 19377415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1370 GTAGAGAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTG 1429

 19377416 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 19377475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1430 TGGCAAAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAG 1489

 19377476 CTAATGGTTAAAATATCTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 19377535
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1490 CTAATGGTTAAAATATTTATTGGTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATT 1549

 19377536 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 19377595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1550 TAAAAATGCAGACAGAGATTGTAAAGTATATTTTTAGTGGCTATTTAAAACATATCTTTG 1609

 19377596 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 19377655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1610 TTTTAATTCATAGATAAAAAAGAAGAAATATTTGTTCAATGATTGAGAAGTTAGGATGAA 1669

 19377656 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 19377715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1670 CACATTTGTTTTGAATATACATTCCTGGAAATTTATGATTTTTTTTCACTAGGTAACATA 1729

 19377716 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 19377775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1730 ATTTTACTGCCTTGTAGTAAATAATGTTATAAATGGTAAAGAATATAGAAAAATACTGAA 1789

 19377776 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 19377835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1790 AGGGCAGAATAGTTAAAAAGAGTTTTTGTCGTCAAATAGTAAACCATAACTTTAAACCAT 1849

 19377836 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 19377895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1850 TTTAACATAACAGTATAGGACTTTAATAGCAATAGAAAATAATTTCTGGAAGCTAAATGA 1909

 19377896 ATAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 19377955
          |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1910 AGAATGCAAAATTATATCCTAGTTTGTATAGGAATTTAAGCTATGACAGAGAGGTATTTC 1969

 19377956 ATTTCTATGGAAATAGTATTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 19378015
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1970 ATTTCTATGGAAATAGTGTTGTTGCTGAAAAAATATGCTATGCATTTGGAAAAATACATT 2029

 19378016 TAGAATTTAACTTTATATTATGGGAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 19378075
          |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2030 TAGAATTTAACTTTATATTATGGAAAAAGAATGTAAATTATATAAAGGTAAAGTATTTTA 2089

 19378076 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 19378135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2090 AAAGAATCAAAAGTCAGTAAATGCTAGTGAGATAAATGCACACATTAGGAATAATGACAC 2149

 19378136 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAGAT 19378195
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     2150 TTAGAAAAAGACAGGAAATGCAGAAGCAATACACAATATATAATATTTGACTATCCAAAT 2209

 19378196 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 19378255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2210 TTTACATTTTTAATTTAAAATTATACCATTACACAGCTTTAAAACAAAAAGATTAGCAAA 2269

 19378256 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 19378315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2270 TGTTTAACAAAGATAAATTTGTGATATTTATATTGCCCAAGCATCTGCCACTATTTAGTA 2329

 19378316 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTT-AAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAACAACAA 19378374
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
     2330 AGAAAAAGACCAAGTTCAGTTAAAAAAAAAACAAAACAAACACAAAACAAAAAACAACAA 2389

 19378375 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 19378434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2390 CAAAAAACTTTGGCATGATGTGAATTCACAGAAGAATCTATCTAAACGAGATCTGCAAGC 2449

 19378435 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 19378494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2450 TGCCATAGCTTGAAGGGAAAATAATCAGTGTTAGAGGTTGTTCAAGAAATTGAACAAAAA 2509

 19378495 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGTTTT 19378554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
     2510 TAACAATGAAATATATTTCTTGTCATAAGAAAAAATTAAATATGTAACACCCAGTGCTTT 2569

 19378555 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 19378614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2570 CAGGAATGTAAGGACTATGACATTGTAATACATTGTTGTTAAAAATGTGCACTGGTAGAG 2629

 19378615 TAATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 19378674
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2630 TAATTTTAAAGCAATTTGATAATAGGAATTAAAATAAATATATTTTATATAGACAGAATA 2689

 19378675 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 19378734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2690 TATATAAATAACAAATAATAGTTTATTTTTATTTTTATAAAGTATATTATTTAGTTAAAA 2749

 19378735 ATCTTACTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 19378794
          ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2750 AT----CTTTATATAAGCATCTAGAGATAAAATAATTATTTTATAAAATAATATGATGAT 2805

 19378795 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 19378854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2806 TTTTGAGTCTTTCATAACACCAGAAAACTGGGAACTTCTGTAATATCTATCAATAGAAAA 2865

 19378855 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 19378914
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2866 AATGGTTAAATAACAAATGGTGCATTTTAAAGAAAAATACTATGCAAGTATTTAATATTT 2925

 19378915 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 19378974
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2926 TATATATATGTATAATCTAAACACAAGCAACAAAACAATAAGACAAATAGAGCATTATTA 2985

 19378975 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATATACAATTAATTT 19379034
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     2986 AACAAAAAAGCTTCTGCATAGAAAGAAAAATAATCAACACAACGAATTTACAATTAATTT 3045

 19379035 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACAAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 19379094
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     3046 ATAAGAAACTCATTCAACTTCAGAATAACGAAATAAAAATAAGAACAAAAAACCCATTAT 3105

 19379095 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 19379154
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3106 AAAGTGGCCAAAGGACAAGAATAGACATTTTTCAAAAGACATACAAATGGCCAAAAAGCA 3165

 19379155 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 19379214
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3166 TATGAAGAGATGCTCAATATCACTAATTATTAGAGAAATGCAAATTAAAATCACAATGAG 3225

 19379215 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 19379274
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3226 ATATCATTTTACACTGGTCTAAATGGCTATTACTAAAATGAAAACAAACAAACAAACAGG 3285

 19379275 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 19379334
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3286 TATTGGTGAGAATGCAGAGAATAGAGAACACTTATTCCCTATGTAAATTAGTACAACCTC 3345

 19379335 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 19379394
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3346 TATGAAAAACAGTATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGTAG 3405

 19379395 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 19379454
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3406 CAATCCCACCACTAGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATACCT 3465

 19379455 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 19379514
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3466 GTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTAAAGATATGGAATTAACCTAAGT 3525

 19379515 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 19379574
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3526 GACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAATGATTTATATTC 3585

 19379575 CTTTATATTTGAGAAATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGT 19379634
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3586 CTTTATATTTGAGAAATGAAGATTTCTCAAATAACTAGAAATATAATTACCCTTCAATGT 3645

 19379635 AGCAATCCCACCACTGGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATAC 19379694
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3646 AGCAATCCCACCACTGGGTATCTACCCAGAAGAAAAGAAATCATTATATCAAAAAGATAC 3705

 19379695 CTGTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTGAAGATATGGAATTAACCTAA 19379754
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3706 CTGTACTTGTATGTTTATTGCATCATTATTTACAATGGTGAAGATATGGAATTAACCTAA 3765

 19379755 GTGACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAACGATTTATAT 19379814
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3766 GTGACCATTAATGGATGATTGGATAAAGAAAATGTGTCTTAGTAATAGAACGATTTATAT 3825

 19379815 TACTTTGGGTATATACCCAATAATGGGATTGCTGGGTTGAATGGTATGTCTTTCTTTAGG 19379874
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3826 TACTTTGGGTATATACCCAATAATGGGATTGCTGGGTTGAATGGTATGTCTTTCTTTAGG 3885

 19379875 TCTTTGAGGAATCTCTATACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAACTTACACTCCCATCAA 19379934
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3886 TCTTTGAGGAATCTCTATACTGTCTTCCACAATGGTTGAACTAACTTACACTCCCATCAA 3945

 19379935 CAGTGTATAATCGTTCCTTTTTCTCCAAAACCTTGCCAGCATCTGTTGTTTTTTAACTTT 19379994
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
     3946 CAGTGTATAATCGTTCCTTTTTCTCCAAAACCTTGCCAGCATCTGTTGTTTTTTAAC-TT 4004

 19379995 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGACACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGCCTGGAGTGCAGTGG 19380054
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
     4005 TTTTTTTTTTTTTTTTTTGACACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 4064

 19380055 TG 19380056
          ||
     4065 TG 4066

Alignment time is 3.09233 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    4987] =>      4987 nucs 'mol-32-30f6-171181_4987'

Score:        4931
Aligned:      4992        nucs
Identic:      4984 (100%) nucs =>       740 ( 99%)      4244 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372135,19372878] EXCISED REGION [19372885,19377131]
 second seq =>  [       1,     740] EXCISED REGION [     741,    4987]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884] to [19372885,19372890]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19372878,19372878] to [19372885,19372885]
 second seq =>         1 nucs [740,740] to [741,741]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372135 TTAATGCTGAAGCATATGAAATTAATCCCCAAATCTACAGCTATAAACAAGTAAGTGAAT 19372194
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTAATGCTGAAGCATATGAAATTAATCCCCAAATCTACAGCTATAAACAAGTAAGTGAAT 60

 19372195 AAATCAACAGACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAATTGCTCCAA 19372254
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AAATCAACAGACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAATTGCTCCAA 120

 19372255 ACTAACAGTCCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGATAACAAATG 19372314
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACTAACAGTCCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGATAACAAATG 180

 19372315 AATGTACTTACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGTAACTAACA 19372374
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AATGTACTTACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGTAACTAACA 240

 19372375 TTACATAAAAGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATATATCAGCA 19372434
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TTACATAAAAGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATATATCAGCA 300

 19372435 AATACAGTTAGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACTGAAAAAAA 19372494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AATACAGTTAGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACTGAAAAAAA 360

 19372495 GTTAAATATCTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAGGTAACTAT 19372554
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTTAAATATCTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAGGTAACTAT 420

 19372555 AGTTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 19372614
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AGTTCTCCAATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 480

 19372615 TGTGTGTGTGTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGA 19372674
          |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTGTGTGT----TGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGA 536

 19372675 AGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGT 19372734
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      537 AGGATGCAATGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGT 596

 19372735 TTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATC 19372794
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      597 TTGTGTCAGTGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATC 656

 19372795 AGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTG 19372854
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      657 AGCTGCCAATGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTG 716

 19372855 AGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTC 19372878
          ||||||||||||||||||||||||
      717 AGTCTTCCAGGCTTCATCTTTCTC 740

EXCISED REGION

 19372885 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 19372944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      741 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 800

 19372945 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 19373004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      801 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 860

 19373005 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 19373064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      861 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 920

 19373065 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 19373124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      921 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 980

 19373125 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 19373184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      981 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 1040

 19373185 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 19373244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1041 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 1100

 19373245 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 19373304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1101 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 1160

 19373305 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 19373364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1161 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 1220

 19373365 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 19373424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1221 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 1280

 19373425 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 19373484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1281 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 1340

 19373485 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 19373544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1341 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 1400

 19373545 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 19373604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1401 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 1460

 19373605 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 19373664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1461 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 1520

 19373665 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 19373724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1521 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 1580

 19373725 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 19373784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1581 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 1640

 19373785 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 19373844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1641 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 1700

 19373845 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 19373904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1701 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 1760

 19373905 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGG 19373964
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1761 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGATTCTAGAAGG 1820

 19373965 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 19374024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1821 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 1880

 19374025 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 19374084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1881 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 1940

 19374085 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 19374144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1941 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 2000

 19374145 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 19374204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2001 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 2060

 19374205 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 19374264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2061 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 2120

 19374265 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 19374324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2121 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 2180

 19374325 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 19374384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2181 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 2240

 19374385 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 19374444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2241 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 2300

 19374445 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 19374504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2301 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 2360

 19374505 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 19374564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2361 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 2420

 19374565 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 19374624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2421 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 2480

 19374625 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 19374684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2481 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 2540

 19374685 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 19374744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2541 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 2600

 19374745 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 19374804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2601 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 2660

 19374805 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAA 19374864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2661 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAA 2720

 19374865 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 19374924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2721 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 2780

 19374925 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 19374984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2781 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 2840

 19374985 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 19375044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2841 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 2900

 19375045 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 19375104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2901 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 2960

 19375105 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 19375164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2961 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 3020

 19375165 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 19375224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3021 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 3080

 19375225 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAAGGG 19375284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3081 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAAGGG 3140

 19375285 AGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGGGCC 19375344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3141 AGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGGGCC 3200

 19375345 TGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATACCTAATGTTAAATG 19375404
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     3201 TGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATA-CTAATGTTAAATG 3259

 19375405 ACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCA 19375464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3260 ACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCA 3319

 19375465 CGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT-AAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAA 19375523
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
     3320 CGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATAAAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAA 3379

 19375524 ATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAATGT 19375583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3380 ATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAATGT 3439

 19375584 CTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTTACC 19375643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3440 CTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTTACC 3499

 19375644 ATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAATATTATT 19375703
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3500 ATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAATATTATT 3559

 19375704 TTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATATTGTGG 19375763
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3560 TTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATATTGTGG 3619

 19375764 AGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATAATAAAA 19375823
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3620 AGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATAATAAAA 3679

 19375824 TGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAATTTGTAT 19375883
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3680 TGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAATTTGTAT 3739

 19375884 CTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATGCAACAT 19375943
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3740 CTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATGCAACAT 3799

 19375944 GAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGAGTGGCT 19376003
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3800 GAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGAGTGGCT 3859

 19376004 GTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAACGGGAC 19376063
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3860 GTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAACGGGAC 3919

 19376064 AACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTTGTTCAC 19376123
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3920 AACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTTGTTCAC 3979

 19376124 AGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATTCGTATG 19376183
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3980 AGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATTCGTATG 4039

 19376184 GGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACGACACTACATACTGATTTCTCCTTTTCACAG 19376243
          |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
     4040 GGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACAACACTACATACTGATTTCTCCTTTTCACAG 4099

 19376244 GAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTACTTTCA 19376303
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4100 GAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTACTTTCA 4159

 19376304 GGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAA 19376363
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4160 GGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAA 4219

 19376364 AAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGT 19376423
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4220 AAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGT 4279

 19376424 TCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATATCACTG 19376483
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4280 TCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATATCACTG 4339

 19376484 TAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTA 19376543
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4340 TAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTGGGTGTA 4399

 19376544 AATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTT 19376603
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4400 AATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTTCGCTTT 4459

 19376604 GCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCC 19376663
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4460 GCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCCATATCC 4519

 19376664 CTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTT 19376723
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4520 CTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTATTATTT 4579

 19376724 TGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATA 19376783
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4580 TGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCAAAAATA 4639

 19376784 CATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATG 19376843
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4640 CATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTGTAAATG 4699

 19376844 ATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTC 19376903
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4700 ATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAATATTCTC 4759

 19376904 AAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATT 19376963
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4760 AAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATT 4819

 19376964 AATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAG 19377023
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4820 AATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAG 4879

 19377024 TCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCT 19377083
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4880 TCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAAATCCCT 4939

 19377084 TTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGA 19377131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4940 TTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGA 4987

Alignment time is 3.72726 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2201] =>      2201 nucs 'mol-32-321f-011338_2201'

Score:        2179
Aligned:      2201        nucs
Identic:      2199 (100%) nucs =>        22 (100%)      2177 (100%)
Gaps:            1 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19375376,19375397] EXCISED REGION [19375399,19377576]
 second seq =>  [       1,      22] EXCISED REGION [      23,    2201]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [19375398,19375398]
 second seq =>         0 nucs
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         1 nucs [19376213,19376213]
 second seq =>         1 nucs [838,838]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19375398,19375398] to [19375399,19375399]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19375376 GCTTTAGGAGATATACCTAATG 19375397
          ||||||||||||||||||||||
        1 GCTTTAGGAGATATACCTAATG 22

EXCISED REGION

 19375399 TAAATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAA 19375458
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       23 TAAATGACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAA 82

 19375459 CCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT-AAAAAAAAGGGGTCAGA 19375517
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
       83 CCTGCACGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATAAAAAAAAAGGGGTCAGA 142

 19375518 ACTAAAATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGC 19375577
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      143 ACTAAAATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGC 202

 19375578 AAATGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACAT 19375637
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      203 AAATGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACAT 262

 19375638 TTTACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAAT 19375697
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      263 TTTACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAAACTCCTCTTCAAGAAAT 322

 19375698 ATTATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATA 19375757
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      323 ATTATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATAATAGCGGTATCTTTATA 382

 19375758 TTGTGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATA 19375817
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      383 TTGTGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGCAGATAACAAAATACATA 442

 19375818 ATAAAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAAT 19375877
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      443 ATAAAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGAGACTATTCAACTCTAAT 502

 19375878 TTGTATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATG 19375937
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      503 TTGTATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCCATATAAAGGAATAAATG 562

 19375938 CAACATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGA 19375997
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      563 CAACATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTCCTGTGTATTTTTTGTGA 622

 19375998 GTGGCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAA 19376057
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      623 GTGGCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTGAACAGATATGCAATGAA 682

 19376058 CGGGACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTT 19376117
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      683 CGGGACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGTTGAACTTAGCATTCTTT 742

 19376118 GTTCACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATT 19376177
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      743 GTTCACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTTCTAACCCTAAGGTAATT 802

 19376178 CGTATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACGACACTACATACTGATTTCTCCTTT 19376237
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
      803 CGTATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACAACACTACATACTGATTTCTCCTTT 862

 19376238 TCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTA 19376297
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      863 TCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAATGATCTGCTGATCCTCTA 922

 19376298 CTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAG 19376357
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      923 CTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAAATGGTTAGAGCAATGAG 982

 19376358 TTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTT 19376417
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      983 TTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGACTCTACTGAAGTCCCTT 1042

 19376418 TCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATA 19376477
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1043 TCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAATTTATGATATTAACATA 1102

 19376478 TCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTG 19376537
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1103 TCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCAATCTTACTTGGCATGTG 1162

 19376538 GGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTT 19376597
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1163 GGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTACTATTTTATTGTCAGTTT 1222

 19376598 CGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCC 19376657
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1223 CGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCAGCACACTGTTGCTCTCC 1282

 19376658 ATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTA 19376717
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1283 ATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTTGTTTTTTAAGTTTTGTA 1342

 19376718 TTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCA 19376777
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1343 TTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTTCATACTTGTGGGTTGCA 1402

 19376778 AAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTG 19376837
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1403 AAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTAAATTACATTTTAAATTG 1462

 19376838 TAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAAT 19376897
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1463 TAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACAATAACATGGCCAAAAAT 1522

 19376898 ATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTG 19376957
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1523 ATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGGACTTAGTTGCTGGTTTG 1582

 19376958 AAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGC 19377017
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1583 AAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGATCATTGCTAAGTGTTAGC 1642

 19377018 TCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAA 19377077
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1643 TCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAAATAAAAGACAAACAAAA 1702

 19377078 ATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGATTATTA 19377137
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1703 ATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAAATGTCTGGAGATTATTA 1762

 19377138 AGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCTGTATCTC 19377197
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1763 AGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACTTGCTTGGTCTGTATCTC 1822

 19377198 TTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTCCAGAGAG 19377257
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1823 TTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTGTATTCTCTTCCAGAGAG 1882

 19377258 GGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGACAGATGAT 19377317
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1883 GGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAACTGGTGGGACAGATGAT 1942

 19377318 TTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGAATTAAAT 19377377
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1943 TTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGAGAATGATGGAATTAAAT 2002

 19377378 CACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTAAAGGATG 19377437
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2003 CACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCAAAATTTTGTAAAGGATG 2062

 19377438 GTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATATCTATTG 19377497
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2063 GTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAATGTATTAGCTAATGGTTAAAATATCTATTG 2122

 19377498 GTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTAAAAATGCAGACAGAGATTGT 19377557
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2123 GTCCTACTCTAGAATTCATGAAAAATTTATTCAGTATTTAAAAATGCAGACAGAGATTGT 2182

 19377558 AAAGTATATTTTTAGTGGC 19377576
          |||||||||||||||||||
     2183 AAAGTATATTTTTAGTGGC 2201

Alignment time is 1.66513 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    2002] =>      2002 nucs 'mol-32-3403-144381_2002'

Score:        1990
Aligned:      2001        nucs
Identic:      2000 (100%) nucs =>        34 (100%)      1966 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19375467,19375500] EXCISED REGION [19375501,19377467]
 second seq =>  [       1,      34] EXCISED REGION [      36,    2002]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [35,35]
ALTERNATIVE REGION(S): 1
 first  seq =>         1 nucs [19376213,19376213]
 second seq =>         1 nucs [748,748]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         8 nucs [35,42] to [36,43]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19375467 TTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT 19375500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT 34

EXCISED REGION

 19375501 AAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAAATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTT 19375560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       36 AAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAAATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTT 95

 19375561 CCAAGGTAAAACTTTGCAAATGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGA 19375620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       96 CCAAGGTAAAACTTTGCAAATGTCTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGA 155

 19375621 CCTAAGGATCCAGACATTTTACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAA 19375680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      156 CCTAAGGATCCAGACATTTTACCATATGTATTAGTAAAAGTGATAGGGAGAAATGTGAAA 215

 19375681 ACTCCTCTTCAAGAAATATTATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATA 19375740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      216 ACTCCTCTTCAAGAAATATTATTTTCTGTCTCTTTACTCCACCTGGAGATAATCAAAATA 275

 19375741 ATAGCGGTATCTTTATATTGTGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGC 19375800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      276 ATAGCGGTATCTTTATATTGTGGAGTAAAAGTGAAAGCAAGCATAGGGTTATGGTTATGC 335

 19375801 AGATAACAAAATACATAATAAAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGA 19375860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      336 AGATAACAAAATACATAATAAAATGTACAATGTGGTAAATGTAGAGTCGACAGAAAGGGA 395

 19375861 GACTATTCAACTCTAATTTGTATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCC 19375920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      396 GACTATTCAACTCTAATTTGTATCTCCATTTTTAAATTAATAAAAGAAATTATATTCTCC 455

 19375921 ATATAAAGGAATAAATGCAACATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTC 19375980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      456 ATATAAAGGAATAAATGCAACATGAGTGACAGAATTGCAACTTGTGAGTCCAGCAGCCTC 515

 19375981 CTGTGTATTTTTTGTGAGTGGCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTG 19376040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      516 CTGTGTATTTTTTGTGAGTGGCTGTGTGTGGTGTACTCTTAGAGTGACTGGATGTGGTTG 575

 19376041 AACAGATATGCAATGAACGGGACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGT 19376100
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      576 AACAGATATGCAATGAACGGGACAACATCTGTGAATAAACCTTGTAGTTAATATATTTGT 635

 19376101 TGAACTTAGCATTCTTTGTTCACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTT 19376160
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      636 TGAACTTAGCATTCTTTGTTCACAGTTGTCCTAATTGTTCATGGATAAAATATAATCTTT 695

 19376161 CTAACCCTAAGGTAATTCGTATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACGACACTAC 19376220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
      696 CTAACCCTAAGGTAATTCGTATGGGAAATCCATAGGGCCTGAGATCTGTAACAACACTAC 755

 19376221 ATACTGATTTCTCCTTTTCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAAT 19376280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      756 ATACTGATTTCTCCTTTTCACAGGAACAAGTGAGACTGGTAAATCATGACTACTGCCAAT 815

 19376281 GATCTGCTGATCCTCTACTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAA 19376340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      816 GATCTGCTGATCCTCTACTTTCAGGGGTCTCCTTTCTGCCTAGTATCACTAACAGTTAAA 875

 19376341 ATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGA 19376400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      876 ATGGTTAGAGCAATGAGTTGCAAAAATAAGAATTTAAGTCTTAAGTACCAACTCTCAGGA 935

 19376401 CTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAA 19376460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      936 CTCTACTGAAGTCCCTTTCTAGTTCTAATGTCAAGAGGCCATTGTAGTAATTATTGACAA 995

 19376461 TTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCA 19376520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      996 TTTATGATATTAACATATCACTGTAACTGATACGTGATGAGTGGATGAGTTTACTAAGCA 1055

 19376521 ATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTAC 19376580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1056 ATCTTACTTGGCATGTGGGTGTAAATTTAATATACTCCCTGTAGTTAAATGAGTTGCTAC 1115

 19376581 TATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCA 19376640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1116 TATTTTATTGTCAGTTTCGCTTTGCCTCAACAATGATTGTTTTTGAACAAGGTATGCCCA 1175

 19376641 GCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTT 19376700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1176 GCACACTGTTGCTCTCCATATCCCTTCTGAGGGACTGAAGGATATTACCTAAAGTTCTTT 1235

 19376701 GTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTT 19376760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1236 GTTTTTTAAGTTTTGTATTATTTTGTTTTGCAAGGAGCATCTTTTTTTTTTGCTCTTTTT 1295

 19376761 CATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTA 19376820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1296 CATACTTGTGGGTTGCAAAAATACATATCTATGTATTTTCAAAGGTGTGATGTAATTGTA 1355

 19376821 AATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACA 19376880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1356 AATTACATTTTAAATTGTAAATGATTATCTTCATGAATTTCAAACTGATGCCACCATACA 1415

 19376881 ATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGG 19376940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1416 ATAACATGGCCAAAAATATTCTCAAACTGTGGGAATGGTCACCCCATATTCTCTCAAGGG 1475

 19376941 ACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGAT 19377000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1476 ACTTAGTTGCTGGTTTGAAAATTAATTTTCTATTAGCTTTTTTTCTAATATCACCTTGAT 1535

 19377001 CATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAA 19377060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1536 CATTGCTAAGTGTTAGCTCTCAGTCTCAAGAACTTTCAAAAAATTAAAAGCAAATGAAAA 1595

 19377061 ATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAA 19377120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1596 ATAAAAGACAAACAAAAATCCCTTTTCTCCCTTAGACAAAACACTGAAGGAGTGCAGAAA 1655

 19377121 ATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACT 19377180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1656 ATGTCTGGAGATTATTAAGAACAGCTGCTGAAAGAGAAGAGTAGATTTGTGAAATCCACT 1715

 19377181 TGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTG 19377240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1716 TGCTTGGTCTGTATCTCTTGGTGTCCCGATTTCAATCCCAATGTAGGGGGTAAATAATTG 1775

 19377241 TATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAA 19377300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1776 TATTCTCTTCCAGAGAGGGGCCTTCAAAGATCTTAGGGGTATTATAATAGGAACTATAAA 1835

 19377301 CTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGA 19377360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1836 CTGGTGGGACAGATGATTTCTGAAAAATCATTGACAATGGACAAAGCAGTACGAAGTAGA 1895

 19377361 GAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCA 19377420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1896 GAATGATGGAATTAAATCACCATCTTTGATTCAACAAATGACAGATTGATAGGTGTGGCA 1955

 19377421 AAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAA 19377467
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1956 AAATTTTGTAAAGGATGGTCTTATAAATGGTTTGTGAGTCCATACAA 2002

Alignment time is 1.52761 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [19365269,19386396] =>     21128 nucs '5 dna:chromosome chromosome:GRCh37:5:1:180915260:1'
Second seq [       1,    3436] =>      3436 nucs 'mol-32-34a8-127725_3436'

Score:        3380
Aligned:      3443        nucs
Identic:      3434 (100%) nucs =>       671 ( 99%)      2763 (100%)
Gaps:            8 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [19372204,19372878] EXCISED REGION [19372885,19375651]
 second seq =>  [       1,     671] EXCISED REGION [     672,    3436]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         6 nucs [19372879,19372884] to [19372885,19372890]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [19372878,19372878] to [19372885,19372885]
 second seq =>         1 nucs [671,671] to [672,672]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

 19372204 GACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAATTGCTCCAAACTAACAGT 19372263
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GACTAATAATATAGGCTTCTTCCTTAATCTGTGAAAACATAATTGCTCCAAACTAACAGT 60

 19372264 CCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGATAACAAATGAATGTACTT 19372323
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCTTATCATGGTGAAATACTGGCAGCATTACTTTGAATTTGATAACAAATGAATGTACTT 120

 19372324 ACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGTAACTAACATTACATAAA 19372383
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACTATTATCAGTCTAGTTTCCATTTGTTAGGGTTACCCAATGTAACTAACATTACATAAA 180

 19372384 AGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATATATCAGCAAATACAGTT 19372443
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 AGGAAACAAGTAGTATTGCATAAGACGAATTTGTTTCTATATATATCAGCAAATACAGTT 240

 19372444 AGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACTGAAAAAAAGTTAAATAT 19372503
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AGAGGACATATTGGGGGAAAATATTCTCCTACAAACACCAACTGAAAAAAAGTTAAATAT 300

 19372504 CTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAGGTAACTATAGTTCTCCA 19372563
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTAAGTATAACCCAAGGAAGAAATATTAAGAATTCTTATGAAGGTAACTATAGTTCTCCA 360

 19372564 ATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 19372623
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATATGAGATAGTAATGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 420

 19372624 GTGTTGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGAAGGATGCAA 19372683
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 ----TGTATGTGTATAATGGTTAATACTGAGTATCACCTTGATTGGATTGAAGGATGCAA 476

 19372684 TGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGTTTGTGTCAG 19372743
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      477 TGTATTGTTTCTGGGTGTGTCTGTGAGGATGTTGCCAAAGGAGATTAACGTTTGTGTCAG 536

 19372744 TGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATCAGCTGCCAA 19372803
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      537 TGGACTGGGAGAGGCAGACCTATCCTCAATCTGGGTGGGCACCATCTAATCAGCTGCCAA 596

 19372804 TGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTGAGTCTTCCA 19372863
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      597 TGCAGCTGGAATAAAAGCAGGCAGAGGAAAGTGGAAGGACCAGACTGGCTGAGTCTTCCA 656

 19372864 GGCTTCATCTTTCTC 19372878
          |||||||||||||||
      657 GGCTTCATCTTTCTC 671

EXCISED REGION

 19372885 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 19372944
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      672 CCGTGTTGGATGCTTCCTGTCCTCAGACATCGAGCTCTGAGTTCTTCAGCTTTTGGACTC 731

 19372945 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 19373004
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      732 TTCAGCCTACACCAGTGGTGTTTCAGGGGCTCTCAGCCCTTCAGCCACAAACTAACAGCG 791

 19373005 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 19373064
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      792 GCACTGTTGGCTTCCCTACTTTTGAGGTTTTGGGACTCTGACTGGCTTTCTTGCTTCTCA 851

 19373065 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 19373124
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      852 TCTTGCAGATGGACTACTGTGGGACTTCACTTTGTGATCATGTGAGTCAATACTCCTTAA 911

 19373125 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 19373184
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      912 TAAACGCCCCTACATTTATACATCAATTCTATTATTTCTGTCCCTGTAGAGAACCCTGAT 971

 19373185 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 19373244
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      972 TAGTACAATGTGTAAGTGTAGAGTCTGGAGGGGAGGGGAACACTCACAATGAATCTGCAA 1031

 19373245 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 19373304
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1032 TAATGAATTAAAAAATGTCTAAGACACATTATAAGAGAAAAATATGTAAAAGAGAAAAAT 1091

 19373305 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 19373364
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1092 GAGAGAGCAAGAGAAAGAAGGAGTAGGGAATATTGGCAGAGAAAATCACAGGAAAATTTC 1151

 19373365 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 19373424
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1152 ATGACTCAAAAGAAAAACACAATAAGAGGAGGTACCTTCAATTGGTAGGAAAAGAGGAGT 1211

 19373425 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 19373484
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1212 TTTAGATTTTCTTCTCAATAGGATTCTGAATTGTGTAAATTTTATAATATGTATGCATCA 1271

 19373485 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 19373544
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1272 ATTTTGCATTGCCTAACAATGAAAAAAGATTTTAAAATTGAAAACAAAGTTGCAAATTTT 1331

 19373545 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 19373604
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1332 GTCTAATGCATCAAGGAATAGTTGTATAAAATTTTAAAAATTGCATGAGTTGAAAGACAT 1391

 19373605 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 19373664
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1392 GATTAGCAGGATTTACATTTGCACATGAACAACAGGAAATTAGAAGATGGTAGAAATTTA 1451

 19373665 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 19373724
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1452 AAAGATGTGATGTTCACTTAGGTAAATATTCTTATCATAACAGTTTGTAAGGTTTTACCC 1511

 19373725 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 19373784
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1512 TACTTACATAATTAACTTACATGAAGAGGCAGAGGTGGAAATGAGTTTGCTCAGGTGGGC 1571

 19373785 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 19373844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1572 GTTTTCATCCAGAGCTGAAGACATTTATTAGGCATAAACACACACACACAGCTTCTCATT 1631

 19373845 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 19373904
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 TGGAGGATCGTTTCAAGTTAATTTGGTTTATGGCTATGCTTTAGAGAAATGACAATTTTC 1691

 19373905 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGTTTCTAGAAGG 19373964
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
     1692 AAATAGAGATTAGATGCACTATAATAAGTCCTTTGCTGTAATTTAATAGATTCTAGAAGG 1751

 19373965 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 19374024
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1752 ATTTGATTCCCCATTTGGTTCATCTGCTAGTTCTATTTATCAAGGTGTGTGCAAGATTGT 1811

 19374025 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 19374084
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1812 TGTAAACAAGTTACAACCACCCCCTCTGAATGAACTTTCGAGGAGATATTTCGGAATATT 1871

 19374085 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 19374144
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1872 TATAGGTACATAAATGCTGTGAAGGACACAACTTCGCATCGTCTCTTCTCTGCCACCTCA 1931

 19374145 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 19374204
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1932 CTTGGCAGATCTTATAAAATGATCCCATGTCGATATGCCTATTAGTGGAACTGCTTATAA 1991

 19374205 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 19374264
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1992 ACTTTATGGAGTAATACTAAACATCAAAAAATACAGAAATCTAAGGTTAGCATTGGAAAG 2051

 19374265 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 19374324
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2052 AACTATTCAGTACTCAATTTGAGGTAGGAAGAATATTATCAACTATTGTATTTCAAAGCA 2111

 19374325 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 19374384
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2112 TTCAGAATATTTGATGTCTAATAATAACATCCAAATGAGAAAGCACTGGGTGAGAGCACA 2171

 19374385 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 19374444
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2172 TGAATTTGTCTTCCTCTGTCACCTCTCTTCTCTGCTAGACATCTGCAGGTTTTATTTAGT 2231

 19374445 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 19374504
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2232 CTGTGTTCCACATTATTTAAAGTGGTTTTGTTGATCTTAATGAGTGAATCTAATGTTCTG 2291

 19374505 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 19374564
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2292 CCTTAATAAGAAATTAATTACTTATGAAATACCCATAATAGCTTTTGACAGAGTAAGAAA 2351

 19374565 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 19374624
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2352 ATAAAATTACATAATGCTGACTTGTGAATGAGCTTTAAGGTAAAGAGAAGAAAAAAGATG 2411

 19374625 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 19374684
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2412 GAGAGATGATGTCCAGATGAAGTTATTTTAGAAATATTTTATTTGAAATACCCACAGAGA 2471

 19374685 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 19374744
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2472 ACTGAATGTAAACAAGGAAGATCGGACTTGGAAGATATACCTGTTTGGGGTTAATTTAAA 2531

 19374745 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 19374804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2532 TCAGACATATATGTTATTATTCTCCACTTTCTTTAGTGGCTCCAAAATAACCTAATGTAA 2591

 19374805 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGACAAAAAAAAAAAAAAA 19374864
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||
     2592 CATATCGTATGGTCATTCTGATTAAGCTAGTATTGTACACTTGAC--AAAAAAAAAAAAA 2649

 19374865 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 19374924
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2650 AAACCTACTAATTTTAAAGACTGAAAATCGGCCTATTATATATTATAAAGACATTGTGAC 2709

 19374925 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 19374984
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2710 CTTTTTAAAAAGTAAGACTTAAGAGAGAGAAAAATGAAAATTAAATGTTTCTATTCAGAA 2769

 19374985 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 19375044
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2770 TATTTTCCCACAGCTTGGGAAATCATACTTTATTCCATTTAGTTGGGAAGAGGCAAGCAC 2829

 19375045 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 19375104
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2830 TTTTTAAAATTTAACTCTTCAGATCATGTTCAACTTTAAATATGTTCTTTTATCCTGCAC 2889

 19375105 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 19375164
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2890 CCCTGGGCTCCAGGTTCTTTGACATGCAGCTCTTCTGCAAATGTCTGTCCTGAAAAGGAA 2949

 19375165 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 19375224
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2950 TTATGTTCTTTTTCATTTAATTTCCCTAGAGCAATTGTTATAGGGGGGAAGGAGAGGAAA 3009

 19375225 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAAGGG 19375284
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3010 AAGTCCCAGGAACACTGAGTGTAGAAGAAACGTAATGAGAAACCAGGGCGGAGGGAAGGG 3069

 19375285 AGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGGGCC 19375344
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3070 AGCAGGGATGAACAGTGAGAACACATGGACACAGGAAGGGGAACATCACACACTGGGGCC 3129

 19375345 TGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATACCTAATGTTAAATG 19375404
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     3130 TGTTGTGGGGTGTGGGGAGCGGGGAGGGATAGCTTTAGGAGATATA-CTAATGTTAAATG 3188

 19375405 ACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCA 19375464
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3189 ACGAGTTAATGGGTGCAGCACACCAACATGGCACATGTATACATATGTAACTAACCTGCA 3248

 19375465 CGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAAT-AAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAA 19375523
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
     3249 CGTTGTGCACATGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATAAAAAAAAAGGGGTCAGAACTAAA 3308

 19375524 ATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAATGT 19375583
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3309 ATTAGAGACTGAGGGTGATTTTTCCTACTGCACTTTTCCAAGGTAAAACTTTGCAAATGT 3368

 19375584 CTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTTACC 19375643
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3369 CTCATATGACAAAGCAAACAATTAACAGTGTATTTGACCTAAGGATCCAGACATTTTACC 3428

 19375644 ATATGTAT 19375651
          ||||||||
     3429 ATATGTAT 3436

Alignment time is 2.5805 s

