
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [714370,735391] =>     21022 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [     1,  2660] =>      2660 nucs 'mol-32-1f16-116655_2660'

Score:        2396
Aligned:      2687        nucs
Identic:      2636 ( 98%) nucs =>      2362 ( 98%)       274 ( 99%)
Gaps:           37 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [721970,724370] EXCISED REGION [725392,725667]
 second seq =>  [     1,  2384] EXCISED REGION [  2385,  2660]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      1021 nucs [724371,725391]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        38 nucs [724371,724408] to [725392,725429]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [724370,724370] to [725392,725392]
 second seq =>         1 nucs [2384,2384] to [2385,2385]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

   721970 TCCTCCTCCTCATCCTTCTCCTCCTCCTTCTCATCCTTCTCCTCCTCCTCCTTGTCCTTC 722029
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
        1 TCCTCCTCCTCATCCTTCTCCTCCTCCTTCTCATCCTTCTCCTCCTCCTC---GTCCTTC 57

   722030 TCCTTCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTACTCCTCCTCCTCCTTCTCCCCGTACTTCTCC 722089
          |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
       58 TCCTTCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCCACTCCTCCTCCTCCTTCTCCCCGTACTTCTCC 117

   722090 TTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTTTTCCTTCTCCTTCTTCTTGTTTTTTTGTTCT 722149
          |||||||||||||               ||||||||||||.|||||||||||||||||||
      118 TTCTCCTCCTCCT---------------TTTCCTTCTCCTCCTTCTTGTTTTTTTGTTCT 162

   722150 TCTTCCTCTCTCCACCCCACCCCTCATCCTTCCACAGTCTGGGGAGCTTAAACAACAAAT 722209
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      163 TCTTCCTCTCTCCACCCCACCCCTCATCCTTCCACAGTCTGGGGAGCTTAAACAACAAAT 222

   722210 ATTTATATTCTCTGTTCTGGAGATCAGAAGTTTGAGATGAAGGTGTCTCAGGATTGCACT 722269
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      223 ATTTATATTCTCTGTTCTGGAGATCAGAAGTTTGAGATGAAGGTGTCTCAGGATTGCACT 282

   722270 TCCTCTGCAGGCTTTAGGGGAGGATGCTTCCTGCCACTCCCAGCTCCTGGGGGGTCCAGG 722329
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
      283 TCCTCTGCAGGCTTTAGGGGAGGATCCTTCCTGCCACTCCCAGCTCCTGGGGGGTCCAGG 342

   722330 CGTCCCTGGGCTTGTGGCCTCATCACTCCAGTCTCTGCCTCCATCTCCATGTGACCTTCT 722389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      343 CGTCCCTGGGCTTGTGGCCTCATCACTCCAGTCTCTGCCTCCATCTCCATGTGACCTTCT 402

   722390 CCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGG 722449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      403 CCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGG 462

   722450 CCCAGCCTAATCCAGGATAACCTCATCTCAAACTCCTTCAGTTCACTGTATCTGCAAAGA 722509
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
      463 CCCAGCCTAATCCAGGATAACCTCATCTCAAACTCCTTCAGTTCATTGTATCTGCAAAGA 522

   722510 CCCTATTTTCAAATAAGTTCTCGTTCACAGATACTGGGAGCTTAAAACTACAGAAATTTA 722569
          |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      523 CCCTATTTTCAAATAAGTTGTCGTTCACAGATACTGGGAGCTTAAAACTACAGAAATTTA 582

   722570 TTCTCTCTCTGTCCTGGAGACCATGAC----TCTGAGATGAAGATATCTCAGGGCCGTGC 722625
          |||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||
      583 TTCTCTCTCTGTCCTGGAGACCA----GGAGTCTGAGATGAAGATATCTCAGGGCCGTGC 638

   722626 TCCCTCCACAGTCTCTAGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGTGCTCCAG 722685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      639 TCCCTCCACAGTCTCTAGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGTGCTCCAG 698

   722686 GCATCCCTGGCTTGTGGCCGCCTCACTCCAGTCTCTGCCTCCGTCTCCACGTGGCCTTCT 722745
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      699 GCATCCCTGGCTTGTGGCCGCCTCACTCCAGTCTCTGCCTCCGTCTCCACGTGGCCTTCT 758

   722746 CCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACATTTACCATTGCATTTAGGG 722805
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      759 CCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACATTTACCATTGCATTTAGGG 818

   722806 CCCATCCTAATCCAGGATTATCTCATCTCCAGATCCTTAATTACATCTACAAATAACCTT 722865
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      819 CCCATCCTAATCCAGGATTATCTCATCTCCAGATCCTTAATTACATCTACAAATAACCTT 878

   722866 TTTCCAAATGAGGTCCCATTCCCAGGTTCCTGGGCTTAGGACATGGACATATCTTTTGGA 722925
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      879 TTTCCAAATGAGGTCCCATTCCCAGGTTCCTGGGCTTAGGACATGGACATATCTTTTGGA 938

   722926 CGTCACCACCCAACCCATTGCAGTTGTGTTTTGTTCTTCCTGGAGGCTCTAGGGGAGGGT 722985
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      939 CGTCACCACCCAACCCATTGCAGTTGTGTTTTGTTCTTCCTGGAGGCTCTAGGGGAGGGT 998

   722986 CCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGGGCTCCAGGCATCCCTGGGCTTGAGGCCCCATCA 723045
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      999 CCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGGGCTCCAGGCATCCCTGGGCTTGAGGCCCCATCA 1058

   723046 CTCCAGTCTCTGCCTCTGTCTCCACGTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCT 723105
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1059 CTCCAGTCTCTGCCTCTGTCTCCACGTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCT 1118

   723106 GTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGATCCACCCTAATCCAGAATGATGTCA 723165
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1119 GTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGATCCACCCTAATCCAGAATGATGTCA 1178

   723166 TTCTAACTTAACTGCATTGGTAAAGACTGTCTTTCCAAATAAGACGACGTTGCCTAGTTG 723225
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1179 TTCTAACTTAACTGCATTGGTAAAGACTGTCTTTCCAAATAAGACGACGTTGCCTAGTTG 1238

   723226 TAGGGCTTTGGAGTTCAACATTTTTTTTTTTTT--GGAGAGCCCCCTATTCAACCTGTAA 723283
          |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||.|||
     1239 TAGGGCTTTGGAGTTCAACATTTTTTTTTTTTTTTGGAGAGCCCCCTATTCAACCTATAA 1298

   723284 CATTAAATATTATATATTATTCCCCTCTTCAACCCATAACATCATATATTATATATTATA 723343
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1299 CATTAAATATTATATATTATTCCCCTCTTCAACCCATAACATCATATATTATATATTATA 1358

   723344 AATGGTTGTTCTTTCTACATTATCAACATATCATTATCTATTTATATTTTATAAGTGCTT 723403
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1359 AATGGTTGTTCTTTCTACATTATCAACATATCATTATCTATTTATATTTTATAAGTGCTT 1418

   723404 TAGAAAGAAAGAAAATGAATGGGGTTATATGATGAATGAGTCAGCTGTGTTCATCCCTCC 723463
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1419 TAGAAAGAAAGAAAATGAATGGGGTTATATGATGAATGAGTCAGCTGTGTTCATCCCTCC 1478

   723464 TGATGGAAAATGAAGGTGGCCAAAATGCTAAATTGAGAATTCATTTGTCCCCTAAAGATA 723523
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1479 TGATGGAAAATGAAGGTGGCCAAAATGCTAAATTGAGAATTCATTTGTCCCCTAAAGATA 1538

   723524 TAGCCTTAGTAGGC---CAGCATGAGGCCATTTTCTTGTCTTCCTTTTCCGTTCATACGA 723580
          |||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||
     1539 TAGCCTTAGTA---AGACAGCATGAGGCCATTTTCTTGTCTTCCTTTCCCGTTCATATGA 1595

   723581 TGATCTATATTCTATTCTCCTTATACACTAACTCTGTGTGATCTTTGCCTAGATAAACTT 723640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1596 TGATCTATATTCTATTCTCCTTATACACTAACTCTGTGTGATCTTTGCCTAGATAAACTT 1655

   723641 TCATCAAACGACTAATGAACAGAAAGTTTAAAAAATAGATTAATCACCAAATAATTGCGT 723700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1656 TCATCAAACGACTAATGAACAGAAAGTTTAAAAAATAGATTAATCACCAAATAATTGCGT 1715

   723701 TCGGAGTGTGTCCAAGTATAGAAAAATCAGGGCATTCGCAGATAAGAACAGATTTCAATA 723760
          |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1716 TCGGAGTGTGTCCAAGTGTAGAAAAATCAGGGCATTCGCAGATAAGAACAGATTTCAATA 1775

   723761 TTTATGAAGTACTTTTTCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGTCATTA 723820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1776 TTTATGAAGTACTTTTTCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGTCATTA 1835

   723821 TTCTTTTGAATCTTAATCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTATAACCC 723880
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1836 TTCTTTTGAATCTTAATCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTATAACCC 1895

   723881 CAACATGAATTATCTTTCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGTGTTTG 723940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1896 CAACATGAATTATCTTTCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGTGTTTG 1955

   723941 GATCACTTTTGAGGATACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGTCTGAA 724000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1956 GATCACTTTTGAGGATACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGTCTGAA 2015

   724001 AACAGGGGCAGAAAAGAAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGGAGTGAGAGA 724060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     2016 AACAGGGGCAGAAAAGAAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGCAGTGAGAGA 2075

   724061 CATTGTGACATCCAGATGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTGGAAGT 724120
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2076 CATTGTGACATCCAGATGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTGGAAGT 2135

   724121 TCTCTAAAGATGGAATATATTCTGTGTCATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTAAGGGT 724180
          |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
     2136 TCTCTAAAGATGGAATATATTCTGT--CATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTAAGGGT 2193

   724181 TTGAACCCATTGAACCTTTTTTTTTTT-GAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGG 724239
          ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2194 TTGAACCCATTGAACCTTTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGG 2253

   724240 AGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGGATTCTC 724299
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
     2254 AGTGCAGTGGCAAAATCTCGGCTCGCTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCAAGGGATTCTC 2313

   724300 CTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTAATTT 724359
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2314 CTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTAATTT 2373

   724360 TTGTATTTTTG 724370
          |||||||||||
     2374 TTGTATTTTTG 2384

EXCISED REGION

   725392 GTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCC 725451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2385 GTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCC 2444

   725452 ACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTACAGGCATGTGCCACCGCGCCCACCTAAT 725511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2445 ACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTACAGGCATGTGCCACCGCGCCCAGCTAAT 2504

   725512 TTTTTTGTATTTATAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGTTGGTCTCGAACTC 725571
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
     2505 TTTTTTGTATTTATAGTAGAGACGGGGTTTCTCCAAGTTGGTCAGGTTGGTCTCGAACTC 2564

   725572 CTGACTTCAGGTGATCCACCTGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATGACAGGCGTGAGC 725631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2565 CTGACTTCAGGTGATCCACCTGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATGACAGGCGTGAGC 2624

   725632 CATTGCACCTGGCCAATAAACTCGCTTTTATATATT 725667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2625 CATTGCACCTGGCCAATAAACTCGCTTTTATATATT 2660

Alignment time is 2.01073 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [714370,735391] =>     21022 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [     1,  2611] =>      2611 nucs 'mol-32-2081-041143_2611'

Score:        2601
Aligned:      2601        nucs
Identic:      2601 (100%) nucs =>      2594 (100%)         7 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [723777,726370] EXCISED REGION [733380,733386]
 second seq =>  [     1,  2594] EXCISED REGION [  2602,  2608]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      7009 nucs [726371,733379]
 second seq =>         7 nucs [2595,2601]
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>      1253 nucs [726371,727623]
 second seq =>         1 nucs [2595,2595]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

   723777 TCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGTCATTATTCTTTTGAATCTTAA 723836
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGTCATTATTCTTTTGAATCTTAA 60

   723837 TCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTATAACCCCAACATGAATTATCTT 723896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTATAACCCCAACATGAATTATCTT 120

   723897 TCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGTGTTTGGATCACTTTTGAGGAT 723956
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGTGTTTGGATCACTTTTGAGGAT 180

   723957 ACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGTCTGAAAACAGGGGCAGAAAAG 724016
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGTCTGAAAACAGGGGCAGAAAAG 240

   724017 AAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGGAGTGAGAGACATTGTGACATCCAGA 724076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 AAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGGAGTGAGAGACATTGTGACATCCAGA 300

   724077 TGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTGGAAGTTCTCTAAAGATGGAAT 724136
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTGGAAGTTCTCTAAAGATGGAAT 360

   724137 ATATTCTGTGTCATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTAAGGGTTTGAACCCATTGAACC 724196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ATATTCTGTGTCATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTAAGGGTTTGAACCCATTGAACC 420

   724197 TTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATC 724256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 TTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATC 480

   724257 TCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCA 724316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCA 540

   724317 GTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 724376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAG 600

   724377 ATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGGACTCTTGACCTCATGATCCGCCCGC 724436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 ATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGGACTCTTGACCTCATGATCCGCCCGC 660

   724437 CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTCTGAGTCACCACGCCTGGCCTGAACTGAC 724496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTCTGAGTCACCACGCCTGGCCTGAACTGAC 720

   724497 CCTCTCTTAACCAAGGAGACTCCAGAGAAAAACTAGATTCCTGGCTGGGATGGTGAATAT 724556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CCTCTCTTAACCAAGGAGACTCCAGAGAAAAACTAGATTCCTGGCTGGGATGGTGAATAT 780

   724557 TGAGTGTCAACTTGATTGGATTGAAGAATGCAAAGTATTCATTGAGGCTGTGTCTGTGAG 724616
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGAGTGTCAACTTGATTGGATTGAAGAATGCAAAGTATTCATTGAGGCTGTGTCTGTGAG 840

   724617 GTTCTTGCCAAAGGATATTCACACTGGAGCCAGTGGACTGAGAGAGGCAGACCCACCTTC 724676
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GTTCTTGCCAAAGGATATTCACACTGGAGCCAGTGGACTGAGAGAGGCAGACCCACCTTC 900

   724677 TCTCTGGGTGGGCACCATCCCATCAGCTGCCAGCTGGGCTAGGATAGAAGCAGGCAGAGG 724736
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 TCTCTGGGTGGGCACCATCCCATCAGCTGCCAGCTGGGCTAGGATAGAAGCAGGCAGAGG 960

   724737 TTGGTGGGAGGACTAGACTGGCTGAGTCTTCCGGCCTCCATCTTTCTCCCACGCTGGATG 724796
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TTGGTGGGAGGACTAGACTGGCTGAGTCTTCCGGCCTCCATCTTTCTCCCACGCTGGATG 1020

   724797 CTTCCTGCCTTTGACCATAGACTCCATCACGCTCCATCAGTTTTTAGACTATTGGATGTG 724856
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTTCCTGCCTTTGACCATAGACTCCATCACGCTCCATCAGTTTTTAGACTATTGGATGTG 1080

   724857 CACCACTGGTTTGCCAGGGACTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGG 724916
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CACCACTGGTTTGCCAGGGACTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGG 1140

   724917 CTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAC 724976
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAC 1200

   724977 CTGGGACTACAGGCACCCGCCACCAAGCACGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACG 725036
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CTGGGACTACAGGCACCCGCCACCAAGCACGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACG 1260

   725037 GGGTTTCAGCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGAAGTCTGCCCTGTTGGCCTCCCTGCTTTT 725096
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GGGTTTCAGCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGAAGTCTGCCCTGTTGGCCTCCCTGCTTTT 1320

   725097 GATGTTTTGGGATGTGGACGGGATTCACCACTGGCTTTCTGGCTTCTCAACTTGCAGATG 725156
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GATGTTTTGGGATGTGGACGGGATTCACCACTGGCTTTCTGGCTTCTCAACTTGCAGATG 1380

   725157 GCCTGTTGTGGGATTTTCACCTTGTGATGGGGTGAGTCAATTCTCCTAATAAAATCCCCT 725216
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 GCCTGTTGTGGGATTTTCACCTTGTGATGGGGTGAGTCAATTCTCCTAATAAAATCCCCT 1440

   725217 TTATTTTATTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCAGGCTTGAGTGCAGTGGTGCAATC 725276
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 TTATTTTATTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCAGGCTTGAGTGCAGTGGTGCAATC 1500

   725277 TCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCTTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGGA 725336
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 TCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCTTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGGA 1560

   725337 GTACCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGA 725396
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 GTACCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGA 1620

   725397 GATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCG 725456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCG 1680

   725457 CCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTACAGGCATGTGCCACCGCGCCCACCTAATTTTTT 725516
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATTACAGGCATGTGCCACCGCGCCCACCTAATTTTTT 1740

   725517 TGTATTTATAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGTTGGTCTCGAACTCCTGAC 725576
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TGTATTTATAGTAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGTTGGTCTCGAACTCCTGAC 1800

   725577 TTCAGGTGATCCACCTGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATGACAGGCGTGAGCCATTG 725636
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 TTCAGGTGATCCACCTGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCAGGGATGACAGGCGTGAGCCATTG 1860

   725637 CACCTGGCCAATAAACTCGCTTTTATATATTAATCAATCCTATTAGTTCTGTCCCTCTAG 725696
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CACCTGGCCAATAAACTCGCTTTTATATATTAATCAATCCTATTAGTTCTGTCCCTCTAG 1920

   725697 CCAACCCTGATTAATATGCTGGCCATGATGAAAATGGAGATCAGATAGCACTTGTTATAC 725756
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 CCAACCCTGATTAATATGCTGGCCATGATGAAAATGGAGATCAGATAGCACTTGTTATAC 1980

   725757 CTGGCACCCTTGGAGTTTAGGCCCAGCTGACCATTAATGTTGAAAAAAGGTAAATAAAGG 725816
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CTGGCACCCTTGGAGTTTAGGCCCAGCTGACCATTAATGTTGAAAAAAGGTAAATAAAGG 2040

   725817 TTAAAAAAGGGGGTCATAAGACACAAGAACATACTCTTGGCAGCAATAAGATACCAAATT 725876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TTAAAAAAGGGGGTCATAAGACACAAGAACATACTCTTGGCAGCAATAAGATACCAAATT 2100

   725877 CCTGCCTGACTCTGGTGTACCCTTATGTGACACAGAGCAGGACCTGGAGGAAATCTAAAT 725936
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 CCTGCCTGACTCTGGTGTACCCTTATGTGACACAGAGCAGGACCTGGAGGAAATCTAAAT 2160

   725937 ATTTTACCCTAAAATGTATTTTTTTGGCCGGGTGCAGTGGCTCACGGCTGTAATCCCAGC 725996
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 ATTTTACCCTAAAATGTATTTTTTTGGCCGGGTGCAGTGGCTCACGGCTGTAATCCCAGC 2220

   725997 ACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGGTCACAGGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAA 726056
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 ACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGGTCACAGGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCAA 2280

   726057 CATGGTGAAACTCCGTGTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCAGGCAC 726116
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CATGGTGAAACTCCGTGTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGCAGGCAC 2340

   726117 CTGTCATGCCAGGTGGGTTTTACTCAGTCACCATTAATAAGACAAACCAACACAGGGAGG 726176
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CTGTCATGCCAGGTGGGTTTTACTCAGTCACCATTAATAAGACAAACCAACACAGGGAGG 2400

   726177 GGTCCATTGTGAAGCTGTAACTCAATTTTATAAACAAAATAATAAAAATAATACAAAAAC 726236
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2401 GGTCCATTGTGAAGCTGTAACTCAATTTTATAAACAAAATAATAAAAATAATACAAAAAC 2460

   726237 ATGAGACATTTGCTGCTGGAGAGAGGAAGAGAGAAAGAAAGGGGCAGACAGAAGACACAC 726296
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2461 ATGAGACATTTGCTGCTGGAGAGAGGAAGAGAGAAAGAAAGGGGCAGACAGAAGACACAC 2520

   726297 AAAATAAAAAACTTTGGAGGTTGGGTATGGTGGCTCCCGCTTGTCATCCCAACACTTTGG 726356
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2521 AAAATAAAAAACTTTGGAGGTTGGGTATGGTGGCTCCCGCTTGTCATCCCAACACTTTGG 2580

   726357 GAGACCGAGGCGGG 726370
          ||||||||||||||
     2581 GAGACCGAGGCGGG 2594

EXCISED REGION

   733380 TGAGGTC 733386
          |||||||
     2602 TGAGGTC 2608

Alignment time is 1.95776 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [714370,735391] =>     21022 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [     1,  3343] =>      3343 nucs 'mol-32-2383-001161_3343'

Score:        3342
Aligned:      3342        nucs
Identic:      3342 (100%) nucs =>       432 (100%)      2910 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [722063,722494] EXCISED REGION [722496,725405]
 second seq =>  [     1,   432] EXCISED REGION [   434,  3343]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [722495,722495]
 second seq =>         1 nucs [433,433]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [433,433] to [434,434]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

   722063 TCCTCCTCCTTCTCCCCGTACTTCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTTTTCC 722122
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCTCCTCCTTCTCCCCGTACTTCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTTTTCC 60

   722123 TTCTCCTTCTTCTTGTTTTTTTGTTCTTCTTCCTCTCTCCACCCCACCCCTCATCCTTCC 722182
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTCTCCTTCTTCTTGTTTTTTTGTTCTTCTTCCTCTCTCCACCCCACCCCTCATCCTTCC 120

   722183 ACAGTCTGGGGAGCTTAAACAACAAATATTTATATTCTCTGTTCTGGAGATCAGAAGTTT 722242
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 ACAGTCTGGGGAGCTTAAACAACAAATATTTATATTCTCTGTTCTGGAGATCAGAAGTTT 180

   722243 GAGATGAAGGTGTCTCAGGATTGCACTTCCTCTGCAGGCTTTAGGGGAGGATGCTTCCTG 722302
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAGATGAAGGTGTCTCAGGATTGCACTTCCTCTGCAGGCTTTAGGGGAGGATGCTTCCTG 240

   722303 CCACTCCCAGCTCCTGGGGGGTCCAGGCGTCCCTGGGCTTGTGGCCTCATCACTCCAGTC 722362
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 CCACTCCCAGCTCCTGGGGGGTCCAGGCGTCCCTGGGCTTGTGGCCTCATCACTCCAGTC 300

   722363 TCTGCCTCCATCTCCATGTGACCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTA 722422
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 TCTGCCTCCATCTCCATGTGACCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTA 360

   722423 GAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGGCCCAGCCTAATCCAGGATAACCTCATCTCAAAC 722482
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGGCCCAGCCTAATCCAGGATAACCTCATCTCAAAC 420

   722483 TCCTTCAGTTCA 722494
          ||||||||||||
      421 TCCTTCAGTTCA 432

EXCISED REGION

   722496 TGTATCTGCAAAGACCCTATTTTCAAATAAGTTCTCGTTCACAGATACTGGGAGCTTAAA 722555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      434 TGTATCTGCAAAGACCCTATTTTCAAATAAGTTCTCGTTCACAGATACTGGGAGCTTAAA 493

   722556 ACTACAGAAATTTATTCTCTCTCTGTCCTGGAGACCATGACTCTGAGATGAAGATATCTC 722615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      494 ACTACAGAAATTTATTCTCTCTCTGTCCTGGAGACCATGACTCTGAGATGAAGATATCTC 553

   722616 AGGGCCGTGCTCCCTCCACAGTCTCTAGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTG 722675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      554 AGGGCCGTGCTCCCTCCACAGTCTCTAGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTG 613

   722676 GGTGCTCCAGGCATCCCTGGCTTGTGGCCGCCTCACTCCAGTCTCTGCCTCCGTCTCCAC 722735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      614 GGTGCTCCAGGCATCCCTGGCTTGTGGCCGCCTCACTCCAGTCTCTGCCTCCGTCTCCAC 673

   722736 GTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACATTTACCATT 722795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      674 GTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACATTTACCATT 733

   722796 GCATTTAGGGCCCATCCTAATCCAGGATTATCTCATCTCCAGATCCTTAATTACATCTAC 722855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      734 GCATTTAGGGCCCATCCTAATCCAGGATTATCTCATCTCCAGATCCTTAATTACATCTAC 793

   722856 AAATAACCTTTTTCCAAATGAGGTCCCATTCCCAGGTTCCTGGGCTTAGGACATGGACAT 722915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      794 AAATAACCTTTTTCCAAATGAGGTCCCATTCCCAGGTTCCTGGGCTTAGGACATGGACAT 853

   722916 ATCTTTTGGACGTCACCACCCAACCCATTGCAGTTGTGTTTTGTTCTTCCTGGAGGCTCT 722975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      854 ATCTTTTGGACGTCACCACCCAACCCATTGCAGTTGTGTTTTGTTCTTCCTGGAGGCTCT 913

   722976 AGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGGGCTCCAGGCATCCCTGGGCTTGA 723035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      914 AGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGGGCTCCAGGCATCCCTGGGCTTGA 973

   723036 GGCCCCATCACTCCAGTCTCTGCCTCTGTCTCCACGTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGT 723095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      974 GGCCCCATCACTCCAGTCTCTGCCTCTGTCTCCACGTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGT 1033

   723096 CTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGATCCACCCTAATCCAG 723155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1034 CTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGATCCACCCTAATCCAG 1093

   723156 AATGATGTCATTCTAACTTAACTGCATTGGTAAAGACTGTCTTTCCAAATAAGACGACGT 723215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1094 AATGATGTCATTCTAACTTAACTGCATTGGTAAAGACTGTCTTTCCAAATAAGACGACGT 1153

   723216 TGCCTAGTTGTAGGGCTTTGGAGTTCAACATTTTTTTTTTTTTGGAGAGCCCCCTATTCA 723275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1154 TGCCTAGTTGTAGGGCTTTGGAGTTCAACATTTTTTTTTTTTTGGAGAGCCCCCTATTCA 1213

   723276 ACCTGTAACATTAAATATTATATATTATTCCCCTCTTCAACCCATAACATCATATATTAT 723335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1214 ACCTGTAACATTAAATATTATATATTATTCCCCTCTTCAACCCATAACATCATATATTAT 1273

   723336 ATATTATAAATGGTTGTTCTTTCTACATTATCAACATATCATTATCTATTTATATTTTAT 723395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1274 ATATTATAAATGGTTGTTCTTTCTACATTATCAACATATCATTATCTATTTATATTTTAT 1333

   723396 AAGTGCTTTAGAAAGAAAGAAAATGAATGGGGTTATATGATGAATGAGTCAGCTGTGTTC 723455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1334 AAGTGCTTTAGAAAGAAAGAAAATGAATGGGGTTATATGATGAATGAGTCAGCTGTGTTC 1393

   723456 ATCCCTCCTGATGGAAAATGAAGGTGGCCAAAATGCTAAATTGAGAATTCATTTGTCCCC 723515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1394 ATCCCTCCTGATGGAAAATGAAGGTGGCCAAAATGCTAAATTGAGAATTCATTTGTCCCC 1453

   723516 TAAAGATATAGCCTTAGTAGGCCAGCATGAGGCCATTTTCTTGTCTTCCTTTTCCGTTCA 723575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1454 TAAAGATATAGCCTTAGTAGGCCAGCATGAGGCCATTTTCTTGTCTTCCTTTTCCGTTCA 1513

   723576 TACGATGATCTATATTCTATTCTCCTTATACACTAACTCTGTGTGATCTTTGCCTAGATA 723635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1514 TACGATGATCTATATTCTATTCTCCTTATACACTAACTCTGTGTGATCTTTGCCTAGATA 1573

   723636 AACTTTCATCAAACGACTAATGAACAGAAAGTTTAAAAAATAGATTAATCACCAAATAAT 723695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1574 AACTTTCATCAAACGACTAATGAACAGAAAGTTTAAAAAATAGATTAATCACCAAATAAT 1633

   723696 TGCGTTCGGAGTGTGTCCAAGTATAGAAAAATCAGGGCATTCGCAGATAAGAACAGATTT 723755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 TGCGTTCGGAGTGTGTCCAAGTATAGAAAAATCAGGGCATTCGCAGATAAGAACAGATTT 1693

   723756 CAATATTTATGAAGTACTTTTTCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGT 723815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 CAATATTTATGAAGTACTTTTTCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGT 1753

   723816 CATTATTCTTTTGAATCTTAATCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTAT 723875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1754 CATTATTCTTTTGAATCTTAATCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTAT 1813

   723876 AACCCCAACATGAATTATCTTTCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGT 723935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1814 AACCCCAACATGAATTATCTTTCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGT 1873

   723936 GTTTGGATCACTTTTGAGGATACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGT 723995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1874 GTTTGGATCACTTTTGAGGATACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGT 1933

   723996 CTGAAAACAGGGGCAGAAAAGAAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGGAGTG 724055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1934 CTGAAAACAGGGGCAGAAAAGAAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGGAGTG 1993

   724056 AGAGACATTGTGACATCCAGATGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTG 724115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1994 AGAGACATTGTGACATCCAGATGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTG 2053

   724116 GAAGTTCTCTAAAGATGGAATATATTCTGTGTCATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTA 724175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2054 GAAGTTCTCTAAAGATGGAATATATTCTGTGTCATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTA 2113

   724176 AGGGTTTGAACCCATTGAACCTTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGG 724235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2114 AGGGTTTGAACCCATTGAACCTTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGG 2173

   724236 CTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGGAT 724295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2174 CTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGGAT 2233

   724296 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTA 724355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2234 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTA 2293

   724356 ATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGGACTC 724415
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2294 ATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGGACTC 2353

   724416 TTGACCTCATGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTCTGAGTCA 724475
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2354 TTGACCTCATGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTCTGAGTCA 2413

   724476 CCACGCCTGGCCTGAACTGACCCTCTCTTAACCAAGGAGACTCCAGAGAAAAACTAGATT 724535
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2414 CCACGCCTGGCCTGAACTGACCCTCTCTTAACCAAGGAGACTCCAGAGAAAAACTAGATT 2473

   724536 CCTGGCTGGGATGGTGAATATTGAGTGTCAACTTGATTGGATTGAAGAATGCAAAGTATT 724595
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2474 CCTGGCTGGGATGGTGAATATTGAGTGTCAACTTGATTGGATTGAAGAATGCAAAGTATT 2533

   724596 CATTGAGGCTGTGTCTGTGAGGTTCTTGCCAAAGGATATTCACACTGGAGCCAGTGGACT 724655
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2534 CATTGAGGCTGTGTCTGTGAGGTTCTTGCCAAAGGATATTCACACTGGAGCCAGTGGACT 2593

   724656 GAGAGAGGCAGACCCACCTTCTCTCTGGGTGGGCACCATCCCATCAGCTGCCAGCTGGGC 724715
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2594 GAGAGAGGCAGACCCACCTTCTCTCTGGGTGGGCACCATCCCATCAGCTGCCAGCTGGGC 2653

   724716 TAGGATAGAAGCAGGCAGAGGTTGGTGGGAGGACTAGACTGGCTGAGTCTTCCGGCCTCC 724775
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2654 TAGGATAGAAGCAGGCAGAGGTTGGTGGGAGGACTAGACTGGCTGAGTCTTCCGGCCTCC 2713

   724776 ATCTTTCTCCCACGCTGGATGCTTCCTGCCTTTGACCATAGACTCCATCACGCTCCATCA 724835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2714 ATCTTTCTCCCACGCTGGATGCTTCCTGCCTTTGACCATAGACTCCATCACGCTCCATCA 2773

   724836 GTTTTTAGACTATTGGATGTGCACCACTGGTTTGCCAGGGACTCTTGTCACCCAGGCTGG 724895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2774 GTTTTTAGACTATTGGATGTGCACCACTGGTTTGCCAGGGACTCTTGTCACCCAGGCTGG 2833

   724896 AGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTC 724955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2834 AGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTC 2893

   724956 CTGCCTCAGCCTCCTGAGTACCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCAAGCACGGCTAATTT 725015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2894 CTGCCTCAGCCTCCTGAGTACCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCAAGCACGGCTAATTT 2953

   725016 TTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAGCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGAAGTCTGC 725075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2954 TTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAGCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGAAGTCTGC 3013

   725076 CCTGTTGGCCTCCCTGCTTTTGATGTTTTGGGATGTGGACGGGATTCACCACTGGCTTTC 725135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3014 CCTGTTGGCCTCCCTGCTTTTGATGTTTTGGGATGTGGACGGGATTCACCACTGGCTTTC 3073

   725136 TGGCTTCTCAACTTGCAGATGGCCTGTTGTGGGATTTTCACCTTGTGATGGGGTGAGTCA 725195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3074 TGGCTTCTCAACTTGCAGATGGCCTGTTGTGGGATTTTCACCTTGTGATGGGGTGAGTCA 3133

   725196 ATTCTCCTAATAAAATCCCCTTTATTTTATTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCAGG 725255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3134 ATTCTCCTAATAAAATCCCCTTTATTTTATTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTTGCCAGG 3193

   725256 CTTGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCTTGGGTTCAAGCGAT 725315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3194 CTTGAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCTGCCTCTTGGGTTCAAGCGAT 3253

   725316 TCTCCTGCCTCAGCCTCTGGAGTACCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTA 725375
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3254 TCTCCTGCCTCAGCCTCTGGAGTACCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCAGCTA 3313

   725376 ATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTT 725405
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     3314 ATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTT 3343

Alignment time is 2.45643 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [714370,735391] =>     21022 nucs 'X dna:chromosome chromosome:GRCh37:X:1:155270560:1'
Second seq [     1,  2004] =>      2004 nucs 'mol-32-34a8-138504_2004'

Score:        2003
Aligned:      2003        nucs
Identic:      2003 (100%) nucs =>        98 (100%)      1905 (100%)
Gaps:            0 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [722397,722494] EXCISED REGION [722496,724400]
 second seq =>  [     1,    98] EXCISED REGION [   100,  2004]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [722495,722495]
 second seq =>         1 nucs [99,99]

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         1 nucs [99,99] to [100,100]
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

   722397 GTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGGCCCAGCC 722456
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGGCCCAGCC 60

   722457 TAATCCAGGATAACCTCATCTCAAACTCCTTCAGTTCA 722494
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TAATCCAGGATAACCTCATCTCAAACTCCTTCAGTTCA 98

EXCISED REGION

   722496 TGTATCTGCAAAGACCCTATTTTCAAATAAGTTCTCGTTCACAGATACTGGGAGCTTAAA 722555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      100 TGTATCTGCAAAGACCCTATTTTCAAATAAGTTCTCGTTCACAGATACTGGGAGCTTAAA 159

   722556 ACTACAGAAATTTATTCTCTCTCTGTCCTGGAGACCATGACTCTGAGATGAAGATATCTC 722615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      160 ACTACAGAAATTTATTCTCTCTCTGTCCTGGAGACCATGACTCTGAGATGAAGATATCTC 219

   722616 AGGGCCGTGCTCCCTCCACAGTCTCTAGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTG 722675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      220 AGGGCCGTGCTCCCTCCACAGTCTCTAGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTG 279

   722676 GGTGCTCCAGGCATCCCTGGCTTGTGGCCGCCTCACTCCAGTCTCTGCCTCCGTCTCCAC 722735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      280 GGTGCTCCAGGCATCCCTGGCTTGTGGCCGCCTCACTCCAGTCTCTGCCTCCGTCTCCAC 339

   722736 GTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACATTTACCATT 722795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      340 GTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGTCTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACATTTACCATT 399

   722796 GCATTTAGGGCCCATCCTAATCCAGGATTATCTCATCTCCAGATCCTTAATTACATCTAC 722855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      400 GCATTTAGGGCCCATCCTAATCCAGGATTATCTCATCTCCAGATCCTTAATTACATCTAC 459

   722856 AAATAACCTTTTTCCAAATGAGGTCCCATTCCCAGGTTCCTGGGCTTAGGACATGGACAT 722915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      460 AAATAACCTTTTTCCAAATGAGGTCCCATTCCCAGGTTCCTGGGCTTAGGACATGGACAT 519

   722916 ATCTTTTGGACGTCACCACCCAACCCATTGCAGTTGTGTTTTGTTCTTCCTGGAGGCTCT 722975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      520 ATCTTTTGGACGTCACCACCCAACCCATTGCAGTTGTGTTTTGTTCTTCCTGGAGGCTCT 579

   722976 AGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGGGCTCCAGGCATCCCTGGGCTTGA 723035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      580 AGGGGAGGGTCCTTCCTGCCTCTCCCAGCTCCTGGGGGCTCCAGGCATCCCTGGGCTTGA 639

   723036 GGCCCCATCACTCCAGTCTCTGCCTCTGTCTCCACGTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGT 723095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      640 GGCCCCATCACTCCAGTCTCTGCCTCTGTCTCCACGTGGCCTTCTCCTCTGTGTCTGTGT 699

   723096 CTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGATCCACCCTAATCCAG 723155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      700 CTCCTCTTCTGTCTCTTAGAAGGACACCTGTCATTGCATTTAGGATCCACCCTAATCCAG 759

   723156 AATGATGTCATTCTAACTTAACTGCATTGGTAAAGACTGTCTTTCCAAATAAGACGACGT 723215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      760 AATGATGTCATTCTAACTTAACTGCATTGGTAAAGACTGTCTTTCCAAATAAGACGACGT 819

   723216 TGCCTAGTTGTAGGGCTTTGGAGTTCAACATTTTTTTTTTTTTGGAGAGCCCCCTATTCA 723275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      820 TGCCTAGTTGTAGGGCTTTGGAGTTCAACATTTTTTTTTTTTTGGAGAGCCCCCTATTCA 879

   723276 ACCTGTAACATTAAATATTATATATTATTCCCCTCTTCAACCCATAACATCATATATTAT 723335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      880 ACCTGTAACATTAAATATTATATATTATTCCCCTCTTCAACCCATAACATCATATATTAT 939

   723336 ATATTATAAATGGTTGTTCTTTCTACATTATCAACATATCATTATCTATTTATATTTTAT 723395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      940 ATATTATAAATGGTTGTTCTTTCTACATTATCAACATATCATTATCTATTTATATTTTAT 999

   723396 AAGTGCTTTAGAAAGAAAGAAAATGAATGGGGTTATATGATGAATGAGTCAGCTGTGTTC 723455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1000 AAGTGCTTTAGAAAGAAAGAAAATGAATGGGGTTATATGATGAATGAGTCAGCTGTGTTC 1059

   723456 ATCCCTCCTGATGGAAAATGAAGGTGGCCAAAATGCTAAATTGAGAATTCATTTGTCCCC 723515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1060 ATCCCTCCTGATGGAAAATGAAGGTGGCCAAAATGCTAAATTGAGAATTCATTTGTCCCC 1119

   723516 TAAAGATATAGCCTTAGTAGGCCAGCATGAGGCCATTTTCTTGTCTTCCTTTTCCGTTCA 723575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1120 TAAAGATATAGCCTTAGTAGGCCAGCATGAGGCCATTTTCTTGTCTTCCTTTTCCGTTCA 1179

   723576 TACGATGATCTATATTCTATTCTCCTTATACACTAACTCTGTGTGATCTTTGCCTAGATA 723635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1180 TACGATGATCTATATTCTATTCTCCTTATACACTAACTCTGTGTGATCTTTGCCTAGATA 1239

   723636 AACTTTCATCAAACGACTAATGAACAGAAAGTTTAAAAAATAGATTAATCACCAAATAAT 723695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1240 AACTTTCATCAAACGACTAATGAACAGAAAGTTTAAAAAATAGATTAATCACCAAATAAT 1299

   723696 TGCGTTCGGAGTGTGTCCAAGTATAGAAAAATCAGGGCATTCGCAGATAAGAACAGATTT 723755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1300 TGCGTTCGGAGTGTGTCCAAGTATAGAAAAATCAGGGCATTCGCAGATAAGAACAGATTT 1359

   723756 CAATATTTATGAAGTACTTTTTCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGT 723815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1360 CAATATTTATGAAGTACTTTTTCTATAATTAAGAAGAATTCTGCAAAAGATTTTTATTGT 1419

   723816 CATTATTCTTTTGAATCTTAATCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTAT 723875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1420 CATTATTCTTTTGAATCTTAATCCATAAATGGTTATCAAATCATTAAAAGAAAAATGTAT 1479

   723876 AACCCCAACATGAATTATCTTTCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGT 723935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1480 AACCCCAACATGAATTATCTTTCCTTTGATGAGCCTGGCAGAATATCAGTCGTTTTAGGT 1539

   723936 GTTTGGATCACTTTTGAGGATACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGT 723995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1540 GTTTGGATCACTTTTGAGGATACATAAATGGCATTAGAAGTTTTCAGTCTAATTATAAGT 1599

   723996 CTGAAAACAGGGGCAGAAAAGAAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGGAGTG 724055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1600 CTGAAAACAGGGGCAGAAAAGAAGAGACACAAACAAAAGAGGAAGACAAAAAGTGGAGTG 1659

   724056 AGAGACATTGTGACATCCAGATGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTG 724115
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1660 AGAGACATTGTGACATCCAGATGATGGAGGGGAATGAGGCATTTGTGCATTATTACCTTG 1719

   724116 GAAGTTCTCTAAAGATGGAATATATTCTGTGTCATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTA 724175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1720 GAAGTTCTCTAAAGATGGAATATATTCTGTGTCATCGTGTAAGCCAAAAATGAAATCTTA 1779

   724176 AGGGTTTGAACCCATTGAACCTTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGG 724235
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1780 AGGGTTTGAACCCATTGAACCTTTTTTTTTTTGAGATAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGG 1839

   724236 CTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGGAT 724295
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1840 CTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCGCTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGGGAT 1899

   724296 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTA 724355
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1900 TCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGACTACTGGCACATGCCACCACGCTCAGCTA 1959

   724356 ATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAG 724400
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1960 ATTTTTGTATTTTTGGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAG 2004

Alignment time is 1.50025 s

