
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [1087750,1108205] =>     20456 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2887] =>      2887 nucs 'mol-32-20fa-125286_2887'

Score:        2825
Aligned:      2890        nucs
Identic:      2880 (100%) nucs =>      2773 (100%)       107 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [1094971,1097750] EXCISED REGION [1098206,1098312]
 second seq =>  [      1,   2780] EXCISED REGION [   2781,   2887]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       455 nucs [1097751,1098205]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        10 nucs [1097751,1097760] to [1098206,1098215]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  1094971 GTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAGCAGTAGGGGTGTGGAAGAAGAAC 1095030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAGCAGTAGGGGTGTGGAAGAAGAAC 60

  1095031 AGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCACCTGCTACCTGCGCCCAGGCTGC 1095090
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCACCTGCTACCTGCGCCCAGGCTGC 120

  1095091 CGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTCACCGTGCCACACGACCGCTCCAG 1095150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 CGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTCACCGTGCCACACGACCGCTCCAG 180

  1095151 GAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTTCTCCAACAGGAGGGAAAGAGCGC 1095210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 GAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTTCTCCAACAGGAGGGAAAGAGCGC 240

  1095211 TCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTGCCACTAACTTGCTGTGTGACTCT 1095270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTGCCACTAACTTGCTGTGTGACTCT 300

  1095271 GAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCTCACCTCGACACGAAGAGATGTAA 1095330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCTCACCTCGACACGAAGAGATGTAA 360

  1095331 GTCCCAGGCAGTAGCTGATAAAGGAAGGGGGAAACTTTCCTGTTTCCCGCCCTTCAGTTC 1095390
          ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTCCCAGGCAGTAGCTGATAAATGAAGGGGGAAACTTTCCTGTTTCCCGCCCTTCAGTTC 420

  1095391 CTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAGAAAAGTTATTATTATTATTATTT 1095450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAGAAAAGTTATTATTATTATTATTT 480

  1095451 TGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGAACTCGTAGGCTCAAGCAA 1095510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGAACTCGTAGGCTCAAGCAA 540

  1095511 TCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACGGCGCCCTGCA 1095570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 TCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACGGCGCCCTGCA 600

  1095571 GAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTGTATAAACCAGAGTTC 1095630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 GAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTGTATAAACCAGAGTTC 660

  1095631 CTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGAAATCACAGAGAGGGA 1095690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGAAATCACAGAGAGGGA 720

  1095691 AAGACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAGGGAGGTACCACTTCA 1095750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 AAGACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAGGGAGGTACCACTTCA 780

  1095751 AACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGCTGGGCACGGGGGCTCACAC 1095810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGCTGGGCACGGGGGCTCACAC 840

  1095811 CTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGCCACGAGTTCAA 1095870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 CTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGCCACGAGTTCAA 900

  1095871 GACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAAAATACAAAAAATTAGCTGG 1095930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 GACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAAAATACAAAAAATTAGCTGG 960

  1095931 GCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCC 1095990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCC 1020

  1095991 GAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT 1096050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 GAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAAT 1080

  1096051 ACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGA 1096110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGA 1140

  1096111 GGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTGACCAATATGGTGAAACCC 1096170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTGACCAATATGGTGAAACCC 1200

  1096171 CCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCT 1096230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 CCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCT 1260

  1096231 ACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGCTGTAGTGAGCC 1096290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 ACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGCTGTAGTGAGCC 1320

  1096291 GAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAAACTCTATCTCAAAACAAA 1096350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 GAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAAACTCTATCTCAAAACAAA 1380

  1096351 AAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAAATGGAGCGAAGAGCTAGA 1096410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAAATGGAGCGAAGAGCTAGA 1440

  1096411 ATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGAATATAGAAACTGCTACTA 1096470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 ATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGAATATAGAAACTGCTACTA 1500

  1096471 ATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGAATTAGCAGCTTTTCTTAG 1096530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 ATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGAATTAGCAGCTTTTCTTAG 1560

  1096531 ATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCCCTCAATACCCACAAGGATT 1096590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 ATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCCCTCAATACCCACAAGGATT 1620

  1096591 CAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTTCGGCCGACGTGTCCCGAG 1096650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTTCGGCCGACGTGTCCCGAG 1680

  1096651 CATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTAACCTTCACTCTTCGCAAG 1096710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTAACCTTCACTCTTCGCAAG 1740

  1096711 CAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTACAGAAGAGGCTCAAGTTC 1096770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 CAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTACAGAAGAGGCTCAAGTTC 1800

  1096771 ACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCTGGCTCGGTCCAGAGCAAT 1096830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCTGGCTCGGTCCAGAGCAAT 1860

  1096831 TGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCTGACCAGATGCCGCCCGACA 1096890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 TGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCTGACCAGATGCCGCCCGACA 1920

  1096891 TTCACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGTACTGGCAACTGACGCTAATT 1096950
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
     1921 TTCACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGCACTGGCAACTGACGCTAATT 1980

  1096951 CAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATGTTTGAGATAGAGTCTCCC 1097010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 CAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATGTTTGAGATAGAGTCTCCC 2040

  1097011 TCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCATCCTCC 1097070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCATCCTCC 2100

  1097071 GCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAATAACTGGGACTACAGGCA 1097130
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2101 GCCTCCCAGGTTGAAGTGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAATAACTGGGACTACAGGCA 2160

  1097131 CCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCG 1097190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCG 2220

  1097191 TGTTAGCCAGGATGGTTTT---GATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCTC 1097247
          ||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 TGTTAGCCAGGATGGT---CTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCTC 2277

  1097248 AAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCAGCTCTTAAAGCTTAC 1097307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2278 AAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCAGCTCTTAAAGCTTAC 2337

  1097308 TCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTTCCATCCTCTTTCTCC 1097367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2338 TCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTTCCATCCTCTTTCTCC 2397

  1097368 TCTACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTGAACATGAGGTTTGTA 1097427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2398 TCTACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTGAACATGAGGTTTGTA 2457

  1097428 CCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTTATTTATTTATATTTT 1097487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 CCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTTATTTATTTATATTTT 2517

  1097488 GATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGAT 1097547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 GATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGAT 2577

  1097548 CTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCA 1097607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 CTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCA 2637

  1097608 AGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTTTTGTTTTGTTTTGTA 1097667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 AGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTTTTGTTTTGTTTTGTA 2697

  1097668 TTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCAACTCCTGACCTCAGG 1097727
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 TTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCAACTCCTGACCTCAGG 2757

  1097728 TGATCTGCCTGCCTCGTCTTCCC 1097750
          |||||.|||||||||||||||||
     2758 TGATCCGCCTGCCTCGTCTTCCC 2780

EXCISED REGION

  1098206 AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTTTTTTTTTAATTTT 1098265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2781 AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTTTTTTTTTAATTTT 2840

  1098266 GTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAAGTCCT 1098312
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2841 GTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAAGTCCT 2887

Alignment time is 2.87308 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [1087750,1108205] =>     20456 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2376] =>      2376 nucs 'mol-32-2fcd-089621_2376'

Score:        2325
Aligned:      2379        nucs
Identic:      2370 (100%) nucs =>      2292 (100%)        78 (100%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [1095453,1097750] EXCISED REGION [1098206,1098283]
 second seq =>  [      1,   2298] EXCISED REGION [   2299,   2376]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       455 nucs [1097751,1098205]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        10 nucs [1097751,1097760] to [1098206,1098215]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  1095453 TAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGAACTCGTAGGCTCAAGCAATC 1095512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGAACTCGTAGGCTCAAGCAATC 60

  1095513 CTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACGGCGCCCTGCAGA 1095572
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACGGCGCCCTGCAGA 120

  1095573 AAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTGTATAAACCAGAGTTCCT 1095632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTGTATAAACCAGAGTTCCT 180

  1095633 TTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGAAATCACAGAGAGGGAAA 1095692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGAAATCACAGAGAGGGAAA 240

  1095693 GACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAGGGAGGTACCACTTCAAA 1095752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAGGGAGGTACCACTTCAAA 300

  1095753 CTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGCTGGGCACGGGGGCTCACACCT 1095812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGCTGGGCACGGGGGCTCACACCT 360

  1095813 GTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGCCACGAGTTCAAGA 1095872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 GTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGCCACGAGTTCAAGA 420

  1095873 CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGC 1095932
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGC 480

  1095933 ATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCCGA 1095992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 ATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCCGA 540

  1095993 GGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC 1096052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 GGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC 600

  1096053 AAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGG 1096112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 AAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGG 660

  1096113 CAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTGACCAATATGGTGAAACCCCC 1096172
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 CAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTGACCAATATGGTGAAACCCCC 720

  1096173 TCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTAC 1096232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 TCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTAC 780

  1096233 TGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGCTGTAGTGAGCCGA 1096292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 TGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGCTGTAGTGAGCCGA 840

  1096293 GATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAAACTCTATCTCAAAACAAAAA 1096352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAAACTCTATCTCAAAACAAAAA 900

  1096353 ACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAAATGGAGCGAAGAGCTAGAAT 1096412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 ACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAAATGGAGCGAAGAGCTAGAAT 960

  1096413 GGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGAATATAGAAACTGCTACTAAT 1096472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGAATATAGAAACTGCTACTAAT 1020

  1096473 CTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGAATTAGCAGCTTTTCTTAGAT 1096532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGAATTAGCAGCTTTTCTTAGAT 1080

  1096533 CCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCCCTCAATACCCACAAGGATTCA 1096592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 CCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCCCTCAATACCCACAAGGATTCA 1140

  1096593 GGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTTCGGCCGACGTGTCCCGAGCA 1096652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 GGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTTCGGCCGACGTGTCCCGAGCA 1200

  1096653 TCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTAACCTTCACTCTTCGCAAGCA 1096712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTAACCTTCACTCTTCGCAAGCA 1260

  1096713 GCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTACAGAAGAGGCTCAAGTTCAC 1096772
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTACAGAAGAGGCTCAAGTTCAC 1320

  1096773 ACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCTGGCTCGGTCCAGAGCAATTG 1096832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCTGGCTCGGTCCAGAGCAATTG 1380

  1096833 TACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCTGACCAGATGCCGCCCGACATT 1096892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 TACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCTGACCAGATGCCGCCCGACATT 1440

  1096893 CACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGTACTGGCAACTGACGCTAATTCA 1096952
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     1441 CACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGCACTGGCAACTGACGCTAATTCA 1500

  1096953 AGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATGTTTGAGATAGAGTCTCCCTC 1097012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATGTTTGAGATAGAGTCTCCCTC 1560

  1097013 TGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCATCCTCCGC 1097072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 TGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCATCCTCCGC 1620

  1097073 CTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAATAACTGGGACTACAGGCACC 1097132
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 CTCCCAGGTTGAAGTGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAATAACTGGGACTACAGGCACC 1680

  1097133 CGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCGTG 1097192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 CGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCGTG 1740

  1097193 TTAGCCAGGATGGTTTT---GATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCTCAA 1097249
          ||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 TTAGCCAGGATGGT---CTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCTCAA 1797

  1097250 AGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCAGCTCTTAAAGCTTACTC 1097309
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1798 AGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCAGCTCTTAAAGCTTACTC 1857

  1097310 TCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTTCCATCCTCTTTCTCCTC 1097369
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1858 TCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTTCCATCCTCTTTCTCCTC 1917

  1097370 TACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTGAACATGAGGTTTGTACC 1097429
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1918 TACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTGAACATGAGGTTTGTACC 1977

  1097430 TGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTTATTTATTTATATTTTGA 1097489
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1978 TGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTTATTTATTTATATTTTGA 2037

  1097490 TTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCT 1097549
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2038 TTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCT 2097

  1097550 TGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCAAG 1097609
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2098 TGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCAAG 2157

  1097610 TAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTTTTGTTTTGTTTTGTATT 1097669
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2158 TAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTTTTGTTTTGTTTTGTATT 2217

  1097670 TTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCAACTCCTGACCTCAGGTG 1097729
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2218 TTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCAACTCCTGACCTCAGGTG 2277

  1097730 ATCTGCCTGCCTCGTCTTCCC 1097750
          |||.|||||||||||||||||
     2278 ATCCGCCTGCCTCGTCTTCCC 2298

EXCISED REGION

  1098206 AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTTTTTTTTTAATTTT 1098265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2299 AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTTTTTTTTTAATTTT 2358

  1098266 GTACAGACAGAACCTCAC 1098283
          ||||||||||||||||||
     2359 GTACAGACAGAACCTCAC 2376

Alignment time is 2.14036 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [1087750,1108205] =>     20456 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   2611] =>      2611 nucs 'mol-32-300f-120926_2611'

Score:        2514
Aligned:      2613        nucs
Identic:      2604 (100%) nucs =>       330 ( 99%)      2274 (100%)
Gaps:            3 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [1095566,1095896] EXCISED REGION [1096033,1098313]
 second seq =>  [      1,    332] EXCISED REGION [    333,   2611]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       136 nucs [1095897,1096032]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         9 nucs [1095897,1095905] to [1096033,1096041]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [1095897,1095897] to [1096032,1096032]
 second seq =>         0 nucs

  1095566 CTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTGTATAAACCAG 1095625
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTGTATAAACCAG 60

  1095626 AGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGAAATCACAGAG 1095685
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGAAATCACAGAG 120

  1095686 AGGGAAAG-ACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAGGGAGGTACC 1095744
          |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGGAAAGCACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAGGGAGGTACC 180

  1095745 ACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGCTGGGCACGGGGGC 1095804
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
      181 ACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGGGCTGGGCACGGGGGC 240

  1095805 TCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGCCACGA 1095864
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 TCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGCCACGA 300

  1095865 GTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAAT 1095896
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 GTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAAT 332

EXCISED REGION

  1096033 CCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCC 1096092
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      333 CCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCC 392

  1096093 AGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTG 1096152
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      393 AGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTG 452

  1096153 ACCAATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGG 1096212
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      453 ACCAATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGG 512

  1096213 GCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGG 1096272
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      513 GCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGG 572

  1096273 CGGAGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAA 1096332
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      573 CGGAGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAA 632

  1096333 ACTCTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAA 1096392
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      633 ACTCTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAA 692

  1096393 ATGGAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGA 1096452
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      693 ATGGAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGA 752

  1096453 ATATAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGA 1096512
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      753 ATATAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGA 812

  1096513 ATTAGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCCC 1096572
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
      813 ATTAGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCC-CCCCC 871

  1096573 TCAATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTT 1096632
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      872 TCAATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTT 931

  1096633 CGGCCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTA 1096692
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      932 CGGCCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTA 991

  1096693 ACCTTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTA 1096752
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      992 ACCTTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTA 1051

  1096753 CAGAAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCT 1096812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1052 CAGAAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCT 1111

  1096813 GGCTCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCTG 1096872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     1112 GGCTCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGGTTCAGGAAAGCATCCTG 1171

  1096873 ACCAGATGCCGCCCGACATTCACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGTAC 1096932
          |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1172 ACCAGATGCCGCCCGACATTCACTCA-GAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGCAC 1230

  1096933 TGGCAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATG 1096992
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1231 TGGCAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATG 1290

  1096993 TTTGAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCT 1097052
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1291 TTTGAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCT 1350

  1097053 CGGCTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAA 1097112
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1351 CGGCTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAA 1410

  1097113 TAACTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAAT 1097172
          |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1411 TAACTGGGACTACGGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAAT 1470

  1097173 AGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTTTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGC 1097232
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1471 AGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTTTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGC 1530

  1097233 CCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCA 1097292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1531 CCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCA 1590

  1097293 GCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTT 1097352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1591 GCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTT 1650

  1097353 CCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTG 1097412
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     1651 CCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACGAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTG 1710

  1097413 AACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTT 1097472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1711 AACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTT 1770

  1097473 ATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGA 1097532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1771 ATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGA 1830

  1097533 GTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCT 1097592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1831 GTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCT 1890

  1097593 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTT 1097652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1891 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTT 1950

  1097653 TTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCA 1097712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1951 TTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCA 2010

  1097713 ACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGTCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGT 1097772
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2011 ACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTCGTCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGT 2070

  1097773 GAGACACTTCGCCCAGCCTTCTTTATTTTTTAGAGACAAGTCTCACTCTATCGCCCAGAC 1097832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2071 GAGACACTTCGCCCAGCCTTCTTTATTTTTTAGAGACAAGTCTCACTCTATCGCCCAGAC 2130

  1097833 TGGAGTGTAGTGGTGCAATCATAGCTCACTACAGTCTCGACCTCCCAGGCTCAAGCCATC 1097892
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2131 TGGAGTGTAGTGGTGCAATCATAGCTCACTACAGTCTCGACCTCCCAGGCTCAAGCCATC 2190

  1097893 CCCCTGCCTCAACTTCTTGCATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACCCAGCTAA 1097952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2191 CCCCTGCCTCAACTTCTTGCATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACCCAGCTAA 2250

  1097953 TTTTTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGG 1098012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2251 TTTTTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGG 2310

  1098013 TCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCCCCCC 1098072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2311 TCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCCCCCC 2370

  1098073 TAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCTAAAAATTTTGTATTTTTAGTAGA 1098132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2371 TAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCTAAAAATTTTGTATTTTTAGTAGA 2430

  1098133 GACAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACTCAGGTGATTCACCC 1098192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2431 GACAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACTCAGGTGATTCACCC 2490

  1098193 ACCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTT 1098252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2491 ACCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTT 2550

  1098253 TTTTTTTAATTTTGTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAAGTCCT 1098312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2551 TTTTTTTAATTTTGTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAAGTCCT 2610

  1098313 G 1098313
          |
     2611 G 2611

Alignment time is 2.32468 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [1087750,1108205] =>     20456 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   3739] =>      3739 nucs 'mol-32-3143-080196_3739'

Score:        3587
Aligned:      3741        nucs
Identic:      3727 (100%) nucs =>        26 (100%)      3701 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [1094686,1094711] EXCISED REGION [1094713,1098426]
 second seq =>  [      1,     26] EXCISED REGION [     28,   3739]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [1094712,1094712]
 second seq =>         1 nucs [27,27]
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         1 nucs [1096567,1096567]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [1094711,1094711] to [1094713,1094713]
 second seq =>         1 nucs [26,26] to [28,28]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  1094686 CTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 1094711
          ||||||||||||||||||||||||||
        1 CTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGG 26

EXCISED REGION

  1094713 GCAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGTCTCAGCC 1094772
          |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
       28 GCAATCTCAGCTCACTGCAGCCTCCACCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGTCTCAGCC 87

  1094773 TCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCAGCAATTTTGTATTTTTAGT 1094832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       88 TCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCAGCAATTTTGTATTTTTAGT 147

  1094833 AGAAACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCC 1094892
          |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
      148 AGAAATGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGCGATCC 207

  1094893 ACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTCCAGGCGTGAGCACCTGGCCTGTTCTGAC 1094952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      208 ACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTCCAGGCGTGAGCACCTGGCCTGTTCTGAC 267

  1094953 ATATTCAATAGTGTCAGGGTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAGCAGTA 1095012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      268 ATATTCAATAGTGTCAGGGTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAGCAGTA 327

  1095013 GGGGTGTGGAAGAAGAACAGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCACCTGC 1095072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      328 GGGGTGTGGAAGAAGAACAGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCACCTGC 387

  1095073 TACCTGCGCCCAGGCTGCCGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTCACCGT 1095132
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      388 TACCTGCGCCCAGGCTGCCGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTCACCGT 447

  1095133 GCCACACGACCGCTCCAGGAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTTCTCCA 1095192
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      448 GCCACACAACCGCTCCAGGAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTTCTCCA 507

  1095193 ACAGGAGGGAAAGAGCGCTCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTGCCACT 1095252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      508 ACAGGAGGGAAAGAGCGCTCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTGCCACT 567

  1095253 AACTTGCTGTGTGACTCTGAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCTCACCT 1095312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      568 AACTTGCTGTGTGACTCTGAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCTCACCT 627

  1095313 CGACACGAAGAGATGTAAGTCCCAGGCAGTAGCTGATAAAGGAAGGGGGAAACTTTCCTG 1095372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      628 CGACACGAAGAGATGTAAGTCCCAGGCAGTAGCTGATAAAGGAAGGGGGAAACTTTCCTG 687

  1095373 TTTCCCGCCCTTCAGTTCCTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAGAAAAG 1095432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      688 TTTCCCGCCCTTCAGTTCCTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAGAAAAG 747

  1095433 TTATTATTATTATTATTTTGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGA 1095492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      748 TTATTATTATTATTATTTTGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGA 807

  1095493 ACTCGTAGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCAT 1095552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      808 ACTCGTAGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCAT 867

  1095553 GAGCCACGGCGCCCTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTA 1095612
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      868 GAGCCACGGCGCCCTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTA 927

  1095613 CTGTATAAACCAGAGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCC 1095672
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      928 CTGTATAAACCAGAGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCC 987

  1095673 AGAAATCACAGAGAGGGAAAG-ACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCA 1095731
          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      988 AGAAATCACAGAGAGGGAAAGCACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCA 1047

  1095732 GGAGGGAGGTACCACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGC 1095791
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
     1048 GGAGGGAGGTACCACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGGGC 1107

  1095792 TGGGCACGGGGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCA 1095851
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1108 TGGGCACGGGGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCA 1167

  1095852 CCTGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAA 1095911
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1168 CCTGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAA 1227

  1095912 AATACAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGC 1095971
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1228 AATACAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGC 1287

  1095972 CGAGGCAGGAGGATCACCCGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAA 1096031
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1288 CGAGGCAGGAGGATCACCCGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAA 1347

  1096032 CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCC 1096091
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1348 CCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCC 1407

  1096092 CAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCT 1096151
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1408 CAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCT 1467

  1096152 GACCAATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCG 1096211
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1468 GACCAATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCG 1527

  1096212 GGCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAG 1096271
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1528 GGCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAG 1587

  1096272 GCGGAGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGA 1096331
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1588 GCGGAGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGA 1647

  1096332 AACTCTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGA 1096391
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1648 AACTCTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGA 1707

  1096392 AATGGAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCG 1096451
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1708 AATGGAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCG 1767

  1096452 AATATAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAG 1096511
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1768 AATATAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAG 1827

  1096512 AATTAGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCC 1096571
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
     1828 AATTAGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCC-CCCC 1886

  1096572 CTCAATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCT 1096631
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1887 CTCAATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCT 1946

  1096632 TCGGCCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGT 1096691
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1947 TCGGCCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGT 2006

  1096692 AACCTTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTT 1096751
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2007 AACCTTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTT 2066

  1096752 ACAGAAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTC 1096811
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2067 ACAGAAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTC 2126

  1096812 TGGCTCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCT 1096871
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
     2127 TGGCTCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGGTTCAGGAAAGCATCCT 2186

  1096872 GACCAGATGCCGCCCGACATTCACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGTA 1096931
          ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||.|
     2187 GACCAGATGCCGCCCGACATTCACTCA-GAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGCA 2245

  1096932 CTGGCAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTAT 1096991
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2246 CTGGCAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTAT 2305

  1096992 GTTTGAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATC 1097051
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2306 GTTTGAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATC 2365

  1097052 TCGGCTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGA 1097111
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2366 TCGGCTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGA 2425

  1097112 ATAACTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAA 1097171
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2426 ATAACTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAA 2485

  1097172 TAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTTTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTG 1097231
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2486 TAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTTTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTG 2545

  1097232 CCCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGC 1097291
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2546 CCCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGC 2605

  1097292 AGCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATT 1097351
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2606 AGCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATT 2665

  1097352 TCCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTT 1097411
          ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
     2666 TCCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACGAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTT 2725

  1097412 GAACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTT 1097471
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2726 GAACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTT 2785

  1097472 TATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGG 1097531
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2786 TATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGG 2845

  1097532 AGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTC 1097591
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2846 AGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTC 2905

  1097592 TTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTT 1097651
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2906 TTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTT 2965

  1097652 TTTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTC 1097711
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2966 TTTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTC 3025

  1097712 AACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGTCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTG 1097771
          |||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3026 AACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTCGTCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTG 3085

  1097772 TGAGACACTTCGCCCAGCCTTCTTTATTTTTTAGAGACAAGTCTCACTCTATCGCCCAGA 1097831
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3086 TGAGACACTTCGCCCAGCCTTCTTTATTTTTTAGAGACAAGTCTCACTCTATCGCCCAGA 3145

  1097832 CTGGAGTGTAGTGGTGCAATCATAGCTCACTACAGTCTCGACCTCCCAGGCTCAAGCCAT 1097891
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3146 CTGGAGTGTAGTGGTGCAATCATAGCTCACTACAGTCTCGACCTCCCAGGCTCAAGCCAT 3205

  1097892 CCCCCTGCCTCAACTTCTTGCATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACCCAGCTA 1097951
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3206 CCCCCTGCCTCAACTTCTTGCATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACCCAGCTA 3265

  1097952 ATTTTTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCG 1098011
          | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3266 A-TTTTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCG 3324

  1098012 GTCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCCCCC 1098071
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3325 GTCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAGCCCCC 3384

  1098072 CTAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCTAAAAATTTTGTATTTTTAGTAG 1098131
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3385 CTAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCTAAAAATTTTGTATTTTTAGTAG 3444

  1098132 AGACAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACTCAGGTGATTCACC 1098191
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3445 AGACAGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACTCAGGTGATTCACC 3504

  1098192 CACCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATT 1098251
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3505 CACCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATT 3564

  1098252 TTTTTTTTAATTTTGTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAAGTCC 1098311
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3565 TTTTTTTTAATTTTGTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGAAGTCC 3624

  1098312 TGGCCTCAGGCCAGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG 1098371
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3625 TGGCCTCAGGCCAGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG 3684

  1098372 CGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACC 1098426
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3685 CGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACC 3739

Alignment time is 3.32793 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [1087750,1108205] =>     20456 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   3076] =>      3076 nucs 'mol-32-3240-072167_3076'

Score:        3003
Aligned:      3079        nucs
Identic:      3068 (100%) nucs =>      2968 (100%)       100 ( 99%)
Gaps:            6 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [1094776,1097750] EXCISED REGION [1098206,1098306]
 second seq =>  [      1,   2975] EXCISED REGION [   2976,   3076]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>       455 nucs [1097751,1098205]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>        10 nucs [1097751,1097760] to [1098206,1098215]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  1094776 CGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCAGCAATTTTGTATTTTTAGTAGA 1094835
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCAGCAATTTTGTATTTTTAGTAGA 60

  1094836 AACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACC 1094895
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 AACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACC 120

  1094896 TGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTCCAGGCGTGAGCACCTGGCCTGTTCTGACATA 1094955
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 TGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTCCAGGCGTGAGCACCTGGCCTGTTCTGACATA 180

  1094956 TTCAATAGTGTCAGGGTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAGCAGTAGGG 1095015
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 TTCAATAGTGTCAGGGTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAGCAGTAGGG 240

  1095016 GTGTGGAAGAAGAACAGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCACCTGCTAC 1095075
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTGTGGAAGAAGAACAGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCACCTGCTAC 300

  1095076 CTGCGCCCAGGCTGCCGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTCACCGTGCC 1095135
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CTGCGCCCAGGCTGCCGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTCACCGTGCC 360

  1095136 ACACGACCGCTCCAGGAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTTCTCCAACA 1095195
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 ACACGACCGCTCCAGGAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTTCTCCAACA 420

  1095196 GGAGGGAAAGAGCGCTCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTGCCACTAAC 1095255
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GGAGGGAAAGAGCGCTCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTGCCACTAAC 480

  1095256 TTGCTGTGTGACTCTGAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCTCACCTCGA 1095315
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTGCTGTGTGACTCTGAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCTCACCTCGA 540

  1095316 CACGAAGAGATGTAAGTCCCAGGCAGTAGCTGATAAAGGAAGGGGGAAACTTTCCTGTTT 1095375
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
      541 CACGAAGAGATGTAAGTCCCAGGCAGTAGCTGATAAATGAAGGGGGAAACTTTCCTGTTT 600

  1095376 CCCGCCCTTCAGTTCCTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAGAAAAGTTA 1095435
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CCCGCCCTTCAGTTCCTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAGAAAAGTTA 660

  1095436 TTATTATTATTATTTTGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGAACT 1095495
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 TTATTATTATTATTTTGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGTCTCGAACT 720

  1095496 CGTAGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAG 1095555
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CGTAGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAG 780

  1095556 CCACGGCGCCCTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTG 1095615
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 CCACGGCGCCCTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAGCCCTACTG 840

  1095616 TATAAACCAGAGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGA 1095675
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 TATAAACCAGAGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACATGCCCAGA 900

  1095676 AATCACAGAGAGGGAAAGACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAG 1095735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 AATCACAGAGAGGGAAAGACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGGGGGCAGGAG 960

  1095736 GGAGGTACCACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGCTGGG 1095795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 GGAGGTACCACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATGTGAGCTGGG 1020

  1095796 CACGGGGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTG 1095855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 CACGGGGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTG 1080

  1095856 AGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAAAATA 1095915
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 AGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTGCTAAAAATA 1140

  1095916 CAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAG 1095975
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 CAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGGGAGGCCGAG 1200

  1095976 GCAGGAGGATCACCCGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCC 1096035
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 GCAGGAGGATCACCCGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCC 1260

  1096036 GTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCCAGC 1096095
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 GTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTATAATCCCAGC 1320

  1096096 ACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTGACC 1096155
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 ACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGCAGCCTGACC 1380

  1096156 AATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGGGCG 1096215
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 AATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGGTGGCGGGCG 1440

  1096216 CCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGGCGG 1096275
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1441 CCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCCAGGAGGCGG 1500

  1096276 AGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAAACT 1096335
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1501 AGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAGAGCGAAACT 1560

  1096336 CTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAAATG 1096395
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1561 CTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGACGTGGAAATG 1620

  1096396 GAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGAATA 1096455
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1621 GAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGGGGGCGAATA 1680

  1096456 TAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGAATT 1096515
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1681 TAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAACAACAGAATT 1740

  1096516 AGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCCCTCA 1096575
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1741 AGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCCTCCCCCTCA 1800

  1096576 ATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTTCGG 1096635
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1801 ATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAACGCCCTTCGG 1860

  1096636 CCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTAACC 1096695
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1861 CCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAGCACGTAACC 1920

  1096696 TTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTACAG 1096755
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1921 TTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCCGCTTTACAG 1980

  1096756 AAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCTGGC 1096815
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1981 AAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTCGGGTCTGGC 2040

  1096816 TCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCTGACC 1096875
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2041 TCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGCATCCTGACC 2100

  1096876 AGATGCCGCCCGACATTCACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGTACTGG 1096935
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
     2101 AGATGCCGCCCGACATTCACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGGGAGCACTGG 2160

  1096936 CAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATGTTT 1096995
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2161 CAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTTTTTATGTTT 2220

  1096996 GAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGG 1097055
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2221 GAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGG 2280

  1097056 CTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAATAA 1097115
          |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
     2281 CTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGTGATTCACCTGCCTCAGCCTCCTGAATAA 2340

  1097116 CTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAATAGA 1097175
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2341 CTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATTTTTAATAGA 2400

  1097176 GACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTTTT---GATCTCCTGACCTCGTGATCTGC 1097232
          |||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||
     2401 GACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGT---CTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGC 2457

  1097233 CCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCA 1097292
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2458 CCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCCACTGCA 2517

  1097293 GCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTT 1097352
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2518 GCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGATGAATTT 2577

  1097353 CCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTG 1097412
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2578 CCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTCTCCTTG 2637

  1097413 AACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTT 1097472
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2638 AACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTTTTTTTT 2697

  1097473 ATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGA 1097532
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2698 ATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAGGCTGGA 2757

  1097533 GTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCT 1097592
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2758 GTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAATTCTCT 2817

  1097593 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTT 1097652
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2818 TGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCTATTTTT 2877

  1097653 TTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCA 1097712
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2878 TTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCA 2937

  1097713 ACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGTCTTCCC 1097750
          ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
     2938 ACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTCGTCTTCCC 2975

EXCISED REGION

  1098206 AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTTTTTTTTTAATTTT 1098265
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2976 AAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGACCCTAATTTTTTTTTTAATTTT 3035

  1098266 GTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCAGGCTGCTCTTGA 1098306
          ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     3036 GTACAGACAGAACCTCACTATGTTGCCCGGGCTGCTCTTGA 3076

Alignment time is 2.72757 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [1087750,1108205] =>     20456 nucs '17 dna:chromosome chromosome:GRCh37:17:1:81195210:1'
Second seq [      1,   3295] =>      3295 nucs 'mol-32-3306-238467_3295'

Score:        3165
Aligned:      3297        nucs
Identic:      3285 (100%) nucs =>        40 (100%)      3245 (100%)
Gaps:            4 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [1094847,1094886] EXCISED REGION [1094888,1098143]
 second seq =>  [      1,     40] EXCISED REGION [     42,   3295]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>         1 nucs [1094887,1094887]
 second seq =>         1 nucs [41,41]
ALTERNATIVE REGION(S): 2
 first  seq =>         1 nucs [1096567,1096567]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [1094886,1094886] to [1094888,1094888]
 second seq =>         1 nucs [40,40] to [42,42]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         0 nucs
 second seq =>         0 nucs

  1094847 TCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGG 1094886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGG 40

EXCISED REGION

  1094888 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTCCAGGCGTGAGCACCTGGCCTGTT 1094947
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       42 GATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGACTCCAGGCGTGAGCACCTGGCCTGTT 101

  1094948 CTGACATATTCAATAGTGTCAGGGTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAG 1095007
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      102 CTGACATATTCAATAGTGTCAGGGTTCTTCTGTCTCCTGAAATGAGGGGCCTGTTGAAAG 161

  1095008 CAGTAGGGGTGTGGAAGAAGAACAGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCA 1095067
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      162 CAGTAGGGGTGTGGAAGAAGAACAGAGGGTAACATAGAAACGAGGCAGCAAACACTTGCA 221

  1095068 CCTGCTACCTGCGCCCAGGCTGCCGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTC 1095127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      222 CCTGCTACCTGCGCCCAGGCTGCCGTCAGGACTCTGCATGTATTAAATCACTTCATTGTC 281

  1095128 ACCGTGCCACACGACCGCTCCAGGAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTT 1095187
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      282 ACCGTGCCACACAACCGCTCCAGGAGCCACACATGAGCCCCTCAACACTCTGCTGCCTTT 341

  1095188 CTCCAACAGGAGGGAAAGAGCGCTCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTG 1095247
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      342 CTCCAACAGGAGGGAAAGAGCGCTCGACCGAGCACAGCCTGAATCCAGCTGCTGGTTCTG 401

  1095248 CCACTAACTTGCTGTGTGACTCTGAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCT 1095307
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      402 CCACTAACTTGCTGTGTGACTCTGAAGAACTGCCTTTCCCTGTCTGTCCCTTGATGTTCT 461

  1095308 CACCTCGACACGAAGAGATGTAAGTCCCAGGCAGTAGCTGATAAAGGAAGGGGGAAACTT 1095367
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      462 CACCTCGACACGAAGAGATGTAAGTCCCAGGCAGTAGCTGATAAAGGAAGGGGGAAACTT 521

  1095368 TCCTGTTTCCCGCCCTTCAGTTCCTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAG 1095427
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      522 TCCTGTTTCCCGCCCTTCAGTTCCTATATTCCAGGAAGTTTAATGGGTTTTCAGGGCTAG 581

  1095428 AAAAGTTATTATTATTATTATTTTGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGT 1095487
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      582 AAAAGTTATTATTATTATTATTTTGTAGAGCCAGAGTCTCACTATGTTACCCAGGCTGGT 641

  1095488 CTCGAACTCGTAGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 1095547
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      642 CTCGAACTCGTAGGCTCAAGCAATCCTCCTGCCTCATCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA 701

  1095548 GGCATGAGCCACGGCGCCCTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAG 1095607
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      702 GGCATGAGCCACGGCGCCCTGCAGAAAAGTTACTTATTATTTCACTGAATATTCCCTGAG 761

  1095608 CCCTACTGTATAAACCAGAGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACA 1095667
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      762 CCCTACTGTATAAACCAGAGTTCCTTTTCCCAGGCTGCTTATGATAATAGACTTCAGACA 821

  1095668 TGCCCAGAAATCACAGAGAGGGAAAG-ACAGACAGTGGTCTGGACAGTGAGTTATGGAGG 1095726
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||.|||||||||||||||||||||
      822 TGCCCAGAAATCACAGAGAGGGAAAGCACAGACAGTGGCCTGGACAGTGAGTTATGGAGG 881

  1095727 GGGCAGGAGGGAGGTACCACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATG 1095786
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      882 GGGCAGGAGGGAGGTACCACTTCAAACTGAGCTGATGACTAAAAGCTTCTAGAAAGAATG 941

  1095787 TGAGCTGGGCACGGGGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCG 1095846
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      942 TGGGCTGGGCACGGGGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTCTGGGAGGCCGAGGTGGGCG 1001

  1095847 GATCACCTGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTG 1095906
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1002 GATCACCTGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCGTCTCTG 1061

  1095907 CTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGG 1095966
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1062 CTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGAAGGCACCTGTAATTCCAGCACTTTGG 1121

  1095967 GAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCCGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGG 1096026
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1122 GAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCCGAGGCCACGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGG 1181

  1096027 TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTAT 1096086
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1182 TGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATAGCTGGGCGTGGTGGAAGGCACCTAT 1241

  1096087 AATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGC 1096146
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1242 AATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACCTGAGGTTGGGAGTTTGAGAGC 1301

  1096147 AGCCTGACCAATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGG 1096206
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1302 AGCCTGACCAATATGGTGAAACCCCCTCTCTACTAAAAATAGAAAATTAGTGGGGTGTGG 1361

  1096207 TGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCC 1096266
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1362 TGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTGGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCCCTTGAACCC 1421

  1096267 AGGAGGCGGAGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAG 1096326
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1422 AGGAGGCGGAGGCTGTAGTGAGCCGAGATTGCGCCATTGCACTCCAGCCTGAGCAAAAAG 1481

  1096327 AGCGAAACTCTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGAC 1096386
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1482 AGCGAAACTCTATCTCAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAAAACTTGCACAGAGGCAGAC 1541

  1096387 GTGGAAATGGAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGG 1096446
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1542 GTGGAAATGGAGCGAAGAGCTAGAATGGATGACTGTGGAGAAGGTTCTTTTGGGAACTGG 1601

  1096447 GGGCGAATATAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAAC 1096506
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1602 GGGCGAATATAGAAACTGCTACTAATCTAACGTGTGGCCTCAGCATGAATTCAGGAAAAC 1661

  1096507 AACAGAATTAGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCC 1096566
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1662 AACAGAATTAGCAGCTTTTCTTAGATCCACCTTATAGAGAAGCCTTTCTGGGACACCCCC 1721

  1096567 TCCCCCTCAATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAAC 1096626
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1722 -CCCCCTCAATACCCACAAGGATTCAGGACTCCCCCGCTCTCCCGGCGAGTTTGCTGAAC 1780

  1096627 GCCCTTCGGCCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAG 1096686
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1781 GCCCTTCGGCCGACGTGTCCCGAGCATCGCCAGTATTTACGTTCTAGGCACCCTGTTAAG 1840

  1096687 CACGTAACCTTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCC 1096746
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1841 CACGTAACCTTCACTCTTCGCAAGCAGCCTCTCTATGTGGAAGCCACAGTCACCACGCCC 1900

  1096747 GCTTTACAGAAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTC 1096806
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1901 GCTTTACAGAAGAGGCTCAAGTTCACACTGCTAGTGAGTGACAGAGCCAAGTTCTCACTC 1960

  1096807 GGGTCTGGCTCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGCTTCAGGAAAGC 1096866
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     1961 GGGTCTGGCTCGGTCCAGAGCAATTGTACCTGGCCACCAGTCCTGAAGGTTCAGGAAAGC 2020

  1096867 ATCCTGACCAGATGCCGCCCGACATTCACTCAGGAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGG 1096926
          |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
     2021 ATCCTGACCAGATGCCGCCCGACATTCACTCA-GAAGAGCTCGGTTTCCAGCACGCCAGG 2079

  1096927 GAGTACTGGCAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTT 1096986
          |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2080 GAGCACTGGCAACTGACGCTAATTCAAGCACATCAGTGCAGCCCTTTTTGTTTGTGTGTT 2139

  1096987 TTTATGTTTGAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCA 1097046
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2140 TTTATGTTTGAGATAGAGTCTCCCTCTGTCCCCCAGGCTGGAGTGTGGAGTGCAGTGGCA 2199

  1097047 CAATCTCGGCTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCT 1097106
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2200 CAATCTCGGCTCACTGCATCCTCCGCCTCCCAGGTTGAAGCGATTCACCTGCCTCAGCCT 2259

  1097107 CCTGAATAACTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTTTGTATT 1097166
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
     2260 CCTGAATAACTGGGACTACAGGCACCCGCCACCACGCCCAGCTAA-TTTTTTTTTGTATT 2318

  1097167 TTTAATAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTTTTGATCTCCTGACCTCGTG 1097226
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2319 TTTAATAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTTTTGATCTCCTGACCTCGTG 2378

  1097227 ATCTGCCCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCC 1097286
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2379 ATCTGCCCACCTTGGCCTCTCAAAGTGCTGGGATAACAGGCGTGAGCCCCGCGCCTGGCC 2438

  1097287 ACTGCAGCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGAT 1097346
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2439 ACTGCAGCTCTTAAAGCTTACTCTCCAGGGGAAGTGGCAGAGGAAGGAAGACACAAAGAT 2498

  1097347 GAATTTCCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACAAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTC 1097406
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
     2499 GAATTTCCATCCTCTTTCTCCTCTACTGAAATCTGACGAGCTCCTGGGTCTTTTGATTTC 2558

  1097407 TCCTTGAACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGTTTCCTTTGTTT 1097466
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
     2559 TCCTTGAACATGAGGTTTGTACCTGGAGGATCTCTGGTGGCAAGGGTGGTTCCTTTGTTT 2618

  1097467 TTTTTTATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAG 1097526
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2619 TTTTTTATTTATTTATATTTTGATTGATTGATTGAGACAGAGTCTCTCTCTGTCGCCCAG 2678

  1097527 GCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAA 1097586
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2679 GCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTAA 2738

  1097587 TTCTCTTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCT 1097646
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2739 TTCTCTTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAAGATTACAGGTACACGCCACCACGCCCAGCT 2798

  1097647 ATTTTTTTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTG 1097706
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2799 ATTTTTTTGTTTTGTTTTGTATTTTTAGTAGAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTG 2858

  1097707 GTCTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGTCTTCCCAAAGTGCTGGGATTAC 1097766
          ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
     2859 GTCTCAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTGCCTCGTCTTCCCAAAGTGCTGGGATTAC 2918

  1097767 AGGTGTGAGACACTTCGCCCAGCCTTCTTTATTTTTTAGAGACAAGTCTCACTCTATCGC 1097826
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2919 AGGTGTGAGACACTTCGCCCAGCCTTCTTTATTTTTTAGAGACAAGTCTCACTCTATCGC 2978

  1097827 CCAGACTGGAGTGTAGTGGTGCAATCATAGCTCACTACAGTCTCGACCTCCCAGGCTCAA 1097886
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2979 CCAGACTGGAGTGTAGTGGTGCAATCATAGCTCACTACAGTCTCGACCTCCCAGGCTCAA 3038

  1097887 GCCATCCCCCTGCCTCAACTTCTTGCATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACCC 1097946
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3039 GCCATCCCCCTGCCTCAACTTCTTGCATAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCACACCC 3098

  1097947 AGCTAATTTTTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 1098006
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3099 AGCTAATTTTTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTG 3158

  1098007 GTGCGGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAG 1098066
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3159 GTGCGGTCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCAATCCTCCTGCCTCAG 3218

  1098067 CCCCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCTAAAAATTTTGTATTTTT 1098126
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3219 CCCCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCTAAAAATTTTGTATTTTT 3278

  1098127 AGTAGAGACAGGGTTTC 1098143
          |||||||||||||||||
     3279 AGTAGAGACAGGGTTTC 3295

Alignment time is 2.95452 s

