
MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [12684876,12708930] =>     24055 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2446] =>      2446 nucs 'mol-32-1f16-021772_2446'

Score:        2371
Aligned:      2461        nucs
Identic:      2443 ( 99%) nucs =>      1889 ( 99%)       554 (100%)
Gaps:           15 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [12692971,12694876] EXCISED REGION [12698931,12699485]
 second seq =>  [       1,    1891] EXCISED REGION [    1892,    2446]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4054 nucs [12694877,12698930]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         8 nucs [12694877,12694884] to [12698931,12698938]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [12694876,12694876] to [12698931,12698931]
 second seq =>         1 nucs [1891,1891] to [1892,1892]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [12694877,12694880] to [12698927,12698930]
 second seq =>         0 nucs

 12692971 TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCAGGATTTTTAAATGCT 12693030
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCAGGATTTTTAAATGCT 60

 12693031 GTTTCATAGTGATTTCTTCTCACACCCTGAACATCTATTGCTTTTTTTTTTTTCCTGTAG 12693090
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
       61 GTTTCATAGTGATTTCTTCTCACACCCTGAACATCTATTGCTTTTTTTTTTT-CCTGTAG 119

 12693091 AGACAGGTTTTCACTATGTTGACCAGGCTGGTGTTGAACTCCTGGCCTCAAGCAATTCTC 12693150
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      120 AGACAGGTTTTCGCTATGTTGACCAGGCTGGTGTTGAACTCCTGGCCTCAAGCAATTCTC 179

 12693151 CAGCCTTCACCTACCAAAGGCTGGGATTAGAGGTATTCGCTACCTTACCCAGCCAATGAC 12693210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 CAGCCTTCACCTACCAAAGGCTGGGATTAGAGGTATTCGCTACCTTACCCAGCCAATGAC 239

 12693211 AGTTTCTGTTGTTTTTTTAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGCAGTGCAGTGGAT 12693270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 AGTTTCTGTTGTTTTTTTAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGCAGTGCAGTGGAT 299

 12693271 CGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCT 12693330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 CGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCT 359

 12693331 CCCGAGTAGCTGGGACTATAGGTGCACGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTA 12693390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 CCCGAGTAGCTGGGACTATAGGTGCACGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTA 419

 12693391 GTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCATGATCC 12693450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 GTAGAGACAGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCATGATCC 479

 12693451 ACTGGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATGAGCCACCACGCCTGGCTGCC 12693510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 ACTGGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATGAGCCACCACGCCTGGCTGCC 539

 12693511 CATGACAGTTTCAATGAAACACCTTCAGTAAAAATTTTCTAAGAATGAATAAACCTGAAA 12693570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 CATGACAGTTTCAATGAAACACCTTCAGTAAAAATTTTCTAAGAATGAATAAACCTGAAA 599

 12693571 CTCTGCTTATTGTTTTGCTTGCTTGGCTTTTGAAATTTATGAAATACTAAGATTCTCTCA 12693630
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 CTCTGCTTATTGTTTTGCTTGCTTGGCTTTTGAAATTTATGAAATACTAAGATTCTCTCA 659

 12693631 GGGGCTATATAATTATTTGTGAATGCAACTCACCTTAGATTTCTTCCCTGGTTTTTGTGT 12693690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 GGGGCTATATAATTATTTGTGAATGCAACTCACCTTAGATTTCTTCCCTGGTTTTTGTGT 719

 12693691 TCATCTTCAATATCCTGGTCTTTCCATTTTTCCCCTAAAATACAAGCCCAGAGAACTCAC 12693750
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 TCATCTTCAATATCCTGGTCTTTCCATTTTTCCCCTAAAATACAAGCCCAGAGAACTCAC 779

 12693751 AATAAATTATTAGAAATTATAGAAAATTATAACACTCTAAGATCCATGATTAGCTATTGA 12693810
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 AATAAATTATTAGAAATTATAGAAAATTATAACACTCTAAGATCCATGATTAGCTATTGA 839

 12693811 TTAGCTATGACACTGTCTGATCTACTTACTAAAGTATTCTCTTCCCACATTTTTTTTTTT 12693870
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      840 TTAGCTATGACACTGTCTGATCTACTTACTAAAGTATTCTCTTCCCACATTTTTTTTTTT 899

 12693871 TTTTTGAGACAGAGTCTCGCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGGTCTCAGCTCA 12693930
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      900 TTTTTGAGACAGAGTCTCGCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGGTCTCAGCTCA 959

 12693931 CTGCAACCTCGGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCCAG 12693990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      960 CTGCAACCTCGGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCCAG 1019

 12693991 AATTACAGGCACCTGCCACCAGGCCTGGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTT 12694050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1020 AATTACAGGCACCTGCCACCAGGCCTGGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTT 1079

 12694051 CACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAGACTCCTGACCTCTTAATCCGCCCGCCTCAGCCTC 12694110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
     1080 CACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAGACTCCTGACCTCGTAATCCGCCCGCCTCAGCCTC 1139

 12694111 CCAAAGCACTGGGATTACAGGCGCGAGCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAAC 12694170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1140 CCAAAGCACTGGGATTACAGGCGCGAGCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAAC 1199

 12694171 CTTGGAACTCAGTTGTTGTGCAAGAAACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATT 12694230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1200 CTTGGAACTCAGTTGTTGTGCAAGAAACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATT 1259

 12694231 ATGTCACCCTTACCTATACAGGCCAGGTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAG 12694290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1260 ATGTCACCCTTACCTATACAGGCCAGGTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAG 1319

 12694291 ATATTCCTCTGGCCAGGATCCAGCAAAGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACA 12694350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1320 ATATTCCTCTGGCCAGGATCCAGCAAAGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACA 1379

 12694351 TCCTCAAGGGAGATGGAGTCCTAAAACATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGA 12694410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1380 TCCTCAAGGGAGATGGAGTCCTAAAACATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGA 1439

 12694411 TTCGCAGTAGTGAGGATCCATTCTCAGAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTC 12694470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1440 TTCGCAGTAGTGAGGATCCATTCTCAGAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTC 1499

 12694471 TCGGTTTAGTGGTATAACTTGGTTGTCAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTC 12694530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TCGGTTTAGTGGTATAACTTGGTTGTCAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTC 1559

 12694531 ATAAATTTAACACTATCGTGAACATACAAAAATTATTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT 12694590
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||
     1560 ATAAATTTAACACTATCGTGAACATACAAAAATTATTGC----------TCTCTCTCTCT 1609

 12694591 CTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACA 12694650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||
     1610 CTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATAT----TTTTTTTTTTTTTTTTGAAACA 1665

 12694651 TTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCC 12694710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1666 TTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCC 1725

 12694711 GCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCG 12694770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1726 GCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCG 1785

 12694771 CCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTT 12694830
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1786 CCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTT 1845

 12694831 AGCCAAGATGGTTTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 12694876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1846 AGCCAAGATGGTTTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 1891

EXCISED REGION

 12698931 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 12698990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1892 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 1951

 12698991 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 12699050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1952 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 2011

 12699051 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 12699110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2012 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 2071

 12699111 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 12699170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2072 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 2131

 12699171 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 12699230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2132 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 2191

 12699231 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 12699290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2192 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 2251

 12699291 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 12699350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2252 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 2311

 12699351 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 12699410
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
     2312 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAATGACATAATTAAA 2371

 12699411 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 12699470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2372 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 2431

 12699471 CAGCAGAATATACAT 12699485
          |||||||||||||||
     2432 CAGCAGAATATACAT 2446

Alignment time is 2.45989 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [12684876,12708930] =>     24055 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2015] =>      2015 nucs 'mol-32-20fa-071345_2015'

Score:        1955
Aligned:      2024        nucs
Identic:      2012 ( 99%) nucs =>        92 (100%)      1920 ( 99%)
Gaps:            9 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [12694785,12694876] EXCISED REGION [12698931,12700862]
 second seq =>  [       1,      92] EXCISED REGION [      93,    2015]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4054 nucs [12694877,12698930]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         8 nucs [12694877,12694884] to [12698931,12698938]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [12694876,12694876] to [12698931,12698931]
 second seq =>         1 nucs [92,92] to [93,93]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [12694877,12694880] to [12698927,12698930]
 second seq =>         0 nucs

 12694785 CAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTT 12694844
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 CAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTT 60

 12694845 CCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 12694876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 CCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 92

EXCISED REGION

 12698931 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 12698990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       93 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 152

 12698991 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 12699050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      153 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 212

 12699051 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 12699110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      213 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 272

 12699111 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 12699170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      273 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 332

 12699171 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 12699230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      333 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 392

 12699231 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 12699290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      393 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 452

 12699291 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 12699350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      453 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 512

 12699351 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 12699410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      513 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 572

 12699411 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 12699470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      573 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 632

 12699471 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 12699530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      633 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 692

 12699531 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 12699590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      693 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 752

 12699591 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 12699650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      753 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 812

 12699651 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 12699710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      813 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 872

 12699711 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 12699770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      873 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 932

 12699771 AATGTAGACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 12699830
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      933 AATGTATACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 992

 12699831 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 12699890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      993 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 1052

 12699891 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 12699950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1053 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 1112

 12699951 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCATGTACTCTA 12700010
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
     1113 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCAAGTACTCTA 1172

 12700011 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 12700070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1173 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 1232

 12700071 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 12700130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1233 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 1292

 12700131 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 12700190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1293 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 1352

 12700191 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 12700250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1353 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 1412

 12700251 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTGTTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 12700310
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1413 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTATTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 1472

 12700311 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 12700370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1473 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 1532

 12700371 TTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 12700430
          |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1533 TTCTTCTTCTTC-TTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 1591

 12700431 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 12700490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1592 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 1651

 12700491 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 12700550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1652 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 1711

 12700551 GGGCAAGAGGAACTTCTTGAGAAAGTACATACAAGAAACCTGCAGTTAACATCACGCTTA 12700610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1712 GGGCAAGAGGAACTTCTTGAGAAAGTACATACAAGAAACCTGCAGTTAACATCACGCTTA 1771

 12700611 ATGTGAAAAACTAGATGTTTTCCCAGTAATATGAGGAACAAGGTAAGAAAGACCCTTCTC 12700670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1772 ATGTGAAAAACTAGATGTTTTCCCAGTAATATGAGGAACAAGGTAAGAAAGACCCTTCTC 1831

 12700671 ACACTCTCACCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTA 12700730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||
     1832 ACACTCTCACCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG--------TA 1883

 12700731 TTTATTTATTTATTTAGTGAGAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCACTGGCA 12700790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1884 TTTATTTATTTATTTAGTGAGAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCACTGGCA 1943

 12700791 CGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCT 12700850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1944 CGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCT 2003

 12700851 CCGGAGTAGCTG 12700862
          ||||||||||||
     2004 CCGGAGTAGCTG 2015

Alignment time is 1.85834 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [12684876,12708930] =>     24055 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    3689] =>      3689 nucs 'mol-32-2110-093527_3689'

Score:        3609
Aligned:      3700        nucs
Identic:      3686 (100%) nucs =>      3262 (100%)       424 (100%)
Gaps:           11 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [12691601,12694876] EXCISED REGION [12698931,12699354]
 second seq =>  [       1,    3265] EXCISED REGION [    3266,    3689]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4054 nucs [12694877,12698930]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         8 nucs [12694877,12694884] to [12698931,12698938]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [12694876,12694876] to [12698931,12698931]
 second seq =>         1 nucs [3265,3265] to [3266,3266]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [12694877,12694880] to [12698927,12698930]
 second seq =>         0 nucs

 12691601 AATAAAGAAAGGCTTTACCACATTCTTTACATTCGTAAGTTTTCTCGCCAGTGTGAACTC 12691660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AATAAAGAAAGGCTTTACCACATTCTTTACATTCGTAAGTTTTCTCGCCAGTGTGAACTC 60

 12691661 TTTCGTGCAACTGAAGGTAACTTGAAGAATTGAAGGCTTTACCACATTGTTTACATTCAT 12691720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 TTTCGTGCAACTGAAGGTAACTTGAAGAATTGAAGGCTTTACCACATTGTTTACATTCAT 120

 12691721 AGGGTTTTTCTCCAAAATGAGTTCTTTCGTGCACTTCACAGGAACTAGATGACTTGAAGG 12691780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 AGGGTTTTTCTCCAAAATGAGTTCTTTCGTGCACTTCACAGGAACTAGATGACTTGAAGG 180

 12691781 CTTCCCCACATTTCTTACATGTATAAGGTTGAACTCCGGTGTGGGTTTTCACGTGTTTTC 12691840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 CTTCCCCACATTTCTTACATGTATAAGGTTGAACTCCGGTGTGGGTTTTCACGTGTTTTC 240

 12691841 GAAGGCTTGAGTGAGAAAAGAAGGCTCTCCCACATTCCCTACATACAAAAGGTTTCTCTC 12691900
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GAAGGCTTGAGTGAGAAAAGAAGGCTCTCCCACATTCCCTACATACAAAAGGTTTCTCTC 300

 12691901 CAGTATGAGTTTTCTCATGACTCCGTAAGTACGTGGGACAACTGAAGGCTTTCCCACATT 12691960
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 CAGTATGAGTTTTCTCATGACTCCGTAAGTACGTGGGACAACTGAAGGCTTTCCCACATT 360

 12691961 GCTTACATTCATAAGGTTTCTCTCCAGTGTGAGTCCTTTCGTGGGTTAGAAAAGGCTGGT 12692020
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
      361 GCTTACATTCATAAGGTTTCTCTCCAGTGTGAGTCCTTTCATGGGTTAGAAAAGGCTGGT 420

 12692021 AATATATAAAGGCTTTTCCACACTGTTTACATTTGTAGGGTTTCTCTCCAGTGTGATTTT 12692080
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 AATATATAAAGGCTTTTCCACACTGTTTACATTTGTAGGGTTTCTCTCCAGTGTGATTTT 480

 12692081 TTTCATGGCGCCGAAGAGCAGTGAGATATCTGAATGCCTTCCCACATTCCTTACATTCAT 12692140
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 TTTCATGGCGCCGAAGAGCAGTGAGATATCTGAATGCCTTCCCACATTCCTTACATTCAT 540

 12692141 AGGGTGTCTCTCCAGTATGAATTCTTATATGGTTTCGAAAGGAAAAGAGAAATGCGAAGG 12692200
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 AGGGTGTCTCTCCAGTATGAATTCTTATATGGTTTCGAAAGGAAAAGAGAAATGCGAAGG 600

 12692201 CTTTGCCACATTCCTTACATTCATAGGGTTTCTCTCCAGTGTGAATTCTTTCATGGGTTC 12692260
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      601 CTTTGCCACATTCCTTACATTCATAGGGTTTCTCTCCAGTGTGAATTCTTTCATGGGTTC 660

 12692261 GAATACTGGAGCTGCGAGTGAAGGTTTTCCCACATTCTTTGCATTTATGTGGCTTCTCTC 12692320
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      661 GAATACTGGAGCTGCGAGTGAAGGTTTTCCCACATTCTTTGCATTTATGTGGCTTCTCTC 720

 12692321 CATATTCGTGACACTCATTTGGTTTCTGTTCAGTGTGAGATCTCATGTGCCTATTAAGGG 12692380
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      721 CATATTCGTGACACTCATTTGGTTTCTGTTCAGTGTGAGATCTCATGTGCCTATTAAGGG 780

 12692381 AGACCTGATGCATGAAGACTTCCCCACACACACTGCAGTCACATGGTTTTAATCCAGTAG 12692440
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      781 AGACCTGATGCATGAAGACTTCCCCACACACACTGCAGTCACATGGTTTTAATCCAGTAG 840

 12692441 GAGTTTCCAGGTTCGTATTAAGATCAGGAATCTGGCTAGTGCTTTTTCCACATGGACAAT 12692500
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      841 GAGTTTCCAGGTTCGTATTAAGATCAGGAATCTGGCTAGTGCTTTTTCCACATGGACAAT 900

 12692501 CTTCTTTATTTTCACAGAGTGCTTCAACCATAGGACTTCTGTAAAGAATGAGTACCGTAT 12692560
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      901 CTTCTTTATTTTCACAGAGTGCTTCAACCATAGGACTTCTGTAAAGAATGAGTACCGTAT 960

 12692561 TATTAATAGTTTTGTATTAATGATCTTATATTTATTAGCAAGTACCAGAATTACATTTTA 12692620
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      961 TATTAATAGTTTTGTATTAATGATCTTATATTTATTAGCAAGTACCAGAATTACATTTTA 1020

 12692621 AATATTTTCACAGAAACTGTATGTTATCTGCCCTGTCTAAATTGTTTTGAAAGCTAATAT 12692680
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1021 AATATTTTCACAGAAACTGTATGTTATCTGCCCTGTCTAAATTGTTTTGAAAGCTAATAT 1080

 12692681 ACTCAATAGTCTAGAACAGGCCGTGACCATAGCTATTATCAAAATAGTTAAAAAAAAATT 12692740
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1081 ACTCAATAGTCTAGAACAGGCCGTGACCATAGCTATTATCAAAATAGTTAAAAAAAAATT 1140

 12692741 ATTATTATTATTTTTGAGACGGAGTCTCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGA 12692800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1141 ATTATTATTATTTTTGAGACGGAGTCTCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGA 1200

 12692801 TCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCC 12692860
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1201 TCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCC 1260

 12692861 AAGTAGCTGGGATTGCAGACATGCACCACCACGCCCCGCTAATTTTATATCTTTTTTAGT 12692920
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1261 AAGTAGCTGGGATTGCAGACATGCACCACCACGCCCCGCTAATTTTATATCTTTTTTAGT 1320

 12692921 AGAGACGGGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCTCGCCTCAGCCTCCCAAAGTG 12692980
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1321 AGAGACGGGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCTCGCCTCAGCCTCCCAAAGTG 1380

 12692981 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCAGGATTTTTAAATGCTGTTTCATAGT 12693040
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1381 CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCAGCCAGGATTTTTAAATGCTGTTTCATAGT 1440

 12693041 GATTTCTTCTCACACCCTGAACATCTATTGCTTTTTTTTTTTTCCTGTAGAGACAGGTTT 12693100
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
     1441 GATTTCTTCTCACACCCTGAACATCTATTGCTTTTTTTTTTT-CCTGTAGAGACAGGTTT 1499

 12693101 TCACTATGTTGACCAGGCTGGTGTTGAACTCCTGGCCTCAAGCAATTCTCCAGCCTTCAC 12693160
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1500 TCGCTATGTTGACCAGGCTGGTGTTGAACTCCTGGCCTCAAGCAATTCTCCAGCCTTCAC 1559

 12693161 CTACCAAAGGCTGGGATTAGAGGTATTCGCTACCTTACCCAGCCAATGACAGTTTCTGTT 12693220
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1560 CTACCAAAGGCTGGGATTAGAGGTATTCGCTACCTTACCCAGCCAATGACAGTTTCTGTT 1619

 12693221 GTTTTTTTAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGCAGTGCAGTGGATCGATCTCAGC 12693280
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1620 GTTTTTTTAGACGGAGTCTCGCTCTGTCACCAGGCTGCAGTGCAGTGGATCGATCTCAGC 1679

 12693281 TCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGC 12693340
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1680 TCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGC 1739

 12693341 TGGGACTATAGGTGCACGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAG 12693400
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1740 TGGGACTATAGGTGCACGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAG 1799

 12693401 GGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCATGATCCACTGGCCTCA 12693460
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1800 GGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGATCTCATGATCCACTGGCCTCA 1859

 12693461 GCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATGAGCCACCACGCCTGGCTGCCCATGACAGTT 12693520
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1860 GCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACATGAGCCACCACGCCTGGCTGCCCATGACAGTT 1919

 12693521 TCAATGAAACACCTTCAGTAAAAATTTTCTAAGAATGAATAAACCTGAAACTCTGCTTAT 12693580
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1920 TCAATGAAACACCTTCAGTAAAAATTTTCTAAGAATGAATAAACCTGAAACTCTGCTTAT 1979

 12693581 TGTTTTGCTTGCTTGGCTTTTGAAATTTATGAAATACTAAGATTCTCTCAGGGGCTATAT 12693640
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1980 TGTTTTGCTTGCTTGGCTTTTGAAATTTATGAAATACTAAGATTCTCTCAGGGGCTATAT 2039

 12693641 AATTATTTGTGAATGCAACTCACCTTAGATTTCTTCCCTGGTTTTTGTGTTCATCTTCAA 12693700
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2040 AATTATTTGTGAATGCAACTCACCTTAGATTTCTTCCCTGGTTTTTGTGTTCATCTTCAA 2099

 12693701 TATCCTGGTCTTTCCATTTTTCCCCTAAAATACAAGCCCAGAGAACTCACAATAAATTAT 12693760
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2100 TATCCTGGTCTTTCCATTTTTCCCCTAAAATACAAGCCCAGAGAACTCACAATAAATTAT 2159

 12693761 TAGAAATTATAGAAAATTATAACACTCTAAGATCCATGATTAGCTATTGATTAGCTATGA 12693820
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2160 TAGAAATTATAGAAAATTATAACACTCTAAGATCCATGATTAGCTATTGATTAGCTATGA 2219

 12693821 CACTGTCTGATCTACTTACTAAAGTATTCTCTTCCCACATTTTTTTTTTTTTTTTGAGAC 12693880
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
     2220 CACTGTCTGATCTACTTACTAAAGTATTCTCTTCCCACATTTTTTTTTTTTTTT-GAGAC 2278

 12693881 AGAGTCTCGCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGGTCTCAGCTCACTGCAACCTC 12693940
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2279 AGAGTCTCGCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGGTCTCAGCTCACTGCAACCTC 2338

 12693941 GGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCCAGAATTACAGGC 12694000
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2339 GGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCCAGAATTACAGGC 2398

 12694001 ACCTGCCACCAGGCCTGGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTG 12694060
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2399 ACCTGCCACCAGGCCTGGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTG 2458

 12694061 GTCAGGCTGGTCTCAGACTCCTGACCTCTTAATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGCACT 12694120
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     2459 GTCAGGCTGGTCTCAGACTCCTGACCTCGTAATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGCACT 2518

 12694121 GGGATTACAGGCGCGAGCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAACCTTGGAACTC 12694180
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2519 GGGATTACAGGCGCGAGCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAACCTTGGAACTC 2578

 12694181 AGTTGTTGTGCAAGAAACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATTATGTCACCCT 12694240
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2579 AGTTGTTGTGCAAGAAACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATTATGTCACCCT 2638

 12694241 TACCTATACAGGCCAGGTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAGATATTCCTCT 12694300
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2639 TACCTATACAGGCCAGGTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAGATATTCCTCT 2698

 12694301 GGCCAGGATCCAGCAAAGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACATCCTCAAGGG 12694360
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2699 GGCCAGGATCCAGCAAAGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACATCCTCAAGGG 2758

 12694361 AGATGGAGTCCTAAAACATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGATTCGCAGTAG 12694420
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2759 AGATGGAGTCCTAAAACATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGATTCGCAGTAG 2818

 12694421 TGAGGATCCATTCTCAGAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTCTCGGTTTAGT 12694480
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2819 TGAGGATCCATTCTCAGAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTCTCGGTTTAGT 2878

 12694481 GGTATAACTTGGTTGTCAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTCATAAATTTAA 12694540
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2879 GGTATAACTTGGTTGTCAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTCATAAATTTAA 2938

 12694541 CACTATCGTGAACATACAAAAATTATTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT 12694600
          |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||
     2939 CACTATCGTGAACATACAAAAATTATTGC--------TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT 2990

 12694601 CTCTCTATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACATTCTTGCTCT 12694660
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
     2991 CTCTCTATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAAACATTCTTGCTCT 3049

 12694661 GTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCTGGG 12694720
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3050 GTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCTGGG 3109

 12694721 TTCACACCATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCA 12694780
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3110 TTCACACCATTCTCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCA 3169

 12694781 CACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATG 12694840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3170 CACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATG 3229

 12694841 GTTTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 12694876
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3230 GTTTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 3265

EXCISED REGION

 12698931 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 12698990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3266 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 3325

 12698991 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 12699050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3326 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 3385

 12699051 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 12699110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3386 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 3445

 12699111 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 12699170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3446 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 3505

 12699171 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 12699230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3506 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 3565

 12699231 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 12699290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3566 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 3625

 12699291 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 12699350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3626 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 3685

 12699351 ATAA 12699354
          ||||
     3686 ATAA 3689

Alignment time is 3.21412 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [12684876,12708930] =>     24055 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2724] =>      2724 nucs 'mol-32-220d-028628_2724'

Score:        2640
Aligned:      2739        nucs
Identic:      2721 ( 99%) nucs =>      1090 ( 99%)      1631 (100%)
Gaps:           15 (  1%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [12693773,12694876] EXCISED REGION [12698931,12700565]
 second seq =>  [       1,    1091] EXCISED REGION [    1092,    2724]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4054 nucs [12694877,12698930]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         8 nucs [12694877,12694884] to [12698931,12698938]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [12694876,12694876] to [12698931,12698931]
 second seq =>         1 nucs [1091,1091] to [1092,1092]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [12694877,12694880] to [12698927,12698930]
 second seq =>         0 nucs

 12693773 AAAATTATAACACTCTAAGATCCATGATTAGCTATTGATTAGCTATGACACTGTCTGATC 12693832
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 AAAATTATAACACTCTAAGATCCATGATTAGCTATTGATTAGCTATGACACTGTCTGATC 60

 12693833 TACTTACTAAAGTATTCTCTTCCCACATTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTG 12693892
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
       61 TACTTACTAAAGTATTCTCTTCCCACATTTTTTTTTTTTTTT-GAGACAGAGTCTCGCTG 119

 12693893 TTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGGTCTCAGCTCACTGCAACCTCGGCCTCCCGGGT 12693952
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      120 TTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCGGTCTCAGCTCACTGCAACCTCGGCCTCCCGGGT 179

 12693953 TCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCCAGAATTACAGGCACCTGCCACCAG 12694012
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      180 TCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCCAGAATTACAGGCACCTGCCACCAG 239

 12694013 GCCTGGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTC 12694072
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      240 GCCTGGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTC 299

 12694073 TCAGACTCCTGACCTCTTAATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGCACTGGGATTACAGGC 12694132
          ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      300 TCAGACTCCTGACCTCGTAATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGCACTGGGATTACAGGC 359

 12694133 GCGAGCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAACCTTGGAACTCAGTTGTTGTGCA 12694192
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      360 GCGAGCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAACCTTGGAACTCAGTTGTTGTGCA 419

 12694193 AGAAACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATTATGTCACCCTTACCTATACAGG 12694252
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      420 AGAAACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATTATGTCACCCTTACCTATACAGG 479

 12694253 CCAGGTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAGATATTCCTCTGGCCAGGATCCA 12694312
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      480 CCAGGTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAGATATTCCTCTGGCCAGGATCCA 539

 12694313 GCAAAGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACATCCTCAAGGGAGATGGAGTCCT 12694372
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      540 GCAAAGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACATCCTCAAGGGAGATGGAGTCCT 599

 12694373 AAAACATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGATTCGCAGTAGTGAGGATCCATT 12694432
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      600 AAAACATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGATTCGCAGTAGTGAGGATCCATT 659

 12694433 CTCAGAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTCTCGGTTTAGTGGTATAACTTGG 12694492
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      660 CTCAGAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTCTCGGTTTAGTGGTATAACTTGG 719

 12694493 TTGTCAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTCATAAATTTAACACTATCGTGAA 12694552
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      720 TTGTCAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTCATAAATTTAACACTATCGTGAA 779

 12694553 CATACAAAAATTATTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATAT 12694612
          |||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||
      780 CATACAAAAATTATTGC----------TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATAT 829

 12694613 ATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACATTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCT 12694672
          ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
      830 ATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTT--GAAACATTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCT 887

 12694673 GGAGTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACACCATTC 12694732
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      888 GGAGTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACACCATTC 947

 12694733 TCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACACCCAGCTAAT 12694792
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      948 TCCTGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACACCCAGCTAAT 1007

 12694793 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTTCCATCTCC 12694852
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1008 TTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTTCCATCTCC 1067

 12694853 TGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 12694876
          ||||||||||||||||||||||||
     1068 TGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 1091

EXCISED REGION

 12698931 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 12698990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1092 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 1151

 12698991 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 12699050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1152 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 1211

 12699051 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 12699110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1212 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 1271

 12699111 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 12699170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1272 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 1331

 12699171 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 12699230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1332 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 1391

 12699231 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 12699290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1392 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 1451

 12699291 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 12699350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1452 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 1511

 12699351 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 12699410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1512 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 1571

 12699411 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 12699470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1572 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 1631

 12699471 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 12699530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1632 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 1691

 12699531 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 12699590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1692 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 1751

 12699591 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 12699650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1752 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 1811

 12699651 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 12699710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1812 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 1871

 12699711 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 12699770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1872 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 1931

 12699771 AATGTAGACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 12699830
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1932 AATGTATACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 1991

 12699831 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 12699890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1992 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 2051

 12699891 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 12699950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2052 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 2111

 12699951 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCATGTACTCTA 12700010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2112 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCATGTACTCTA 2171

 12700011 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 12700070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2172 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 2231

 12700071 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 12700130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2232 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 2291

 12700131 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 12700190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2292 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 2351

 12700191 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 12700250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2352 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 2411

 12700251 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTGTTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 12700310
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     2412 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTATTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 2471

 12700311 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 12700370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2472 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 2531

 12700371 TTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 12700430
          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2532 TTCTTCTTCTTC--TTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 2589

 12700431 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 12700490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2590 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 2649

 12700491 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 12700550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2650 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 2709

 12700551 GGGCAAGAGGAACTT 12700565
          |||||||||||||||
     2710 GGGCAAGAGGAACTT 2724

Alignment time is 2.34568 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [12684876,12708930] =>     24055 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    6150] =>      6150 nucs 'mol-32-2874-076575_6150'

Score:        5919
Aligned:      6171        nucs
Identic:      6135 ( 99%) nucs =>       851 ( 99%)      5284 (100%)
Gaps:           24 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [12694017,12694876] EXCISED REGION [12698931,12704238]
 second seq =>  [       1,     853] EXCISED REGION [     854,    6150]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4054 nucs [12694877,12698930]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         8 nucs [12694877,12694884] to [12698931,12698938]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [12694876,12694876] to [12698931,12698931]
 second seq =>         1 nucs [853,853] to [854,854]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [12694877,12694880] to [12698927,12698930]
 second seq =>         0 nucs

 12694017 GGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAG 12694076
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 GGCTAATTTTTTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAG 60

 12694077 ACTCCTGACCTCTTAATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGCACTGGGATTACAGGCGCGA 12694136
          ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACTCCTGACCTCGTAATCCGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGCACTGGGATTACAGGCGCGA 120

 12694137 GCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAACCTTGGAACTCAGTTGTTGTGCAAGAA 12694196
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      121 GCCACCGTGCCTGGCCCCTTCCCCCATTTTAAACCTTGGAACTCAGTTGTTGTGCAAGAA 180

 12694197 ACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATTATGTCACCCTTACCTATACAGGCCAG 12694256
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      181 ACACCTGTTCCCTCCTTAATTAAGTAGAGAAATTATGTCACCCTTACCTATACAGGCCAG 240

 12694257 GTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAGATATTCCTCTGGCCAGGATCCAGCAA 12694316
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      241 GTTCTTGAAGGTTGCCCGCATCACATCTCTGTAGATATTCCTCTGGCCAGGATCCAGCAA 300

 12694317 AGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACATCCTCAAGGGAGATGGAGTCCTAAAA 12694376
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      301 AGCCCACTCCTCCAGGGTGAAGTTCACAGCCACATCCTCAAGGGAGATGGAGTCCTAAAA 360

 12694377 CATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGATTCGCAGTAGTGAGGATCCATTCTCA 12694436
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      361 CATCCCCCATGTGTGTTTAGGAGGAGGAGAGAGATTCGCAGTAGTGAGGATCCATTCTCA 420

 12694437 GAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTCTCGGTTTAGTGGTATAACTTGGTTGT 12694496
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      421 GAATTCCTGAGAAATTCCATATAATCCTGTAGTCTCGGTTTAGTGGTATAACTTGGTTGT 480

 12694497 CAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTCATAAATTTAACACTATCGTGAACATA 12694556
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      481 CAGAACTCTTGACTCTTTCCATACTCACTTCCTCATAAATTTAACACTATCGTGAACATA 540

 12694557 CAAAAATTATTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATAT 12694616
          |||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      541 CAAAAATTATTGC--------TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATAT 592

 12694617 ATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTT-GAAACATTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGA 12694675
          |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
      593 ATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACATTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGA 652

 12694676 GTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCC 12694735
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      653 GTGCAGTGGCACAATGTCGGCTCACTGAAAGCTCCGCCTCCTGGGTTCACACCATTCTCC 712

 12694736 TGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACACCCAGCTAATTTT 12694795
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      713 TGTCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACACCCAGCTAATTTT 772

 12694796 TTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTTCCATCTCCTGA 12694855
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      773 TTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTTCCATCTCCTGA 832

 12694856 CCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 12694876
          |||||||||||||||||||||
      833 CCTCGTGATCCGCCCGCCTCG 853

EXCISED REGION

 12698931 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 12698990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      854 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 913

 12698991 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 12699050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      914 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 973

 12699051 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 12699110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      974 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 1033

 12699111 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 12699170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1034 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 1093

 12699171 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 12699230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1094 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 1153

 12699231 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 12699290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1154 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 1213

 12699291 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 12699350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1214 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 1273

 12699351 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 12699410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1274 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 1333

 12699411 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 12699470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1334 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 1393

 12699471 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 12699530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1394 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 1453

 12699531 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 12699590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1454 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 1513

 12699591 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 12699650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1514 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 1573

 12699651 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 12699710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1574 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 1633

 12699711 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 12699770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1634 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 1693

 12699771 AATGTAGACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 12699830
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1694 AATGTATACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 1753

 12699831 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 12699890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1754 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 1813

 12699891 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 12699950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1814 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 1873

 12699951 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCATGTACTCTA 12700010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1874 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCATGTACTCTA 1933

 12700011 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 12700070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1934 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 1993

 12700071 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 12700130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1994 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 2053

 12700131 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 12700190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2054 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 2113

 12700191 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 12700250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2114 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 2173

 12700251 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTGTTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 12700310
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     2174 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTATTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 2233

 12700311 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 12700370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2234 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 2293

 12700371 TTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 12700430
          ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2294 TTCTTCTTCTTC---TTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 2350

 12700431 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 12700490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2351 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 2410

 12700491 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 12700550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2411 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 2470

 12700551 GGGCAAGAGGAACTTCTTGAGAAAGTACATACAAGAAACCTGCAGTTAACATCACGCTTA 12700610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2471 GGGCAAGAGGAACTTCTTGAGAAAGTACATACAAGAAACCTGCAGTTAACATCACGCTTA 2530

 12700611 ATGTGAAAAACTAGATGTTTTCCCAGTAATATGAGGAACAAGGTAAGAAAGACCCTTCTC 12700670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2531 ATGTGAAAAACTAGATGTTTTCCCAGTAATATGAGGAACAAGGTAAGAAAGACCCTTCTC 2590

 12700671 ACACTCTCACCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTA 12700730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||
     2591 ACACTCTCACCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG--------TA 2642

 12700731 TTTATTTATTTATTTAGTGAGAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCACTGGCA 12700790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2643 TTTATTTATTTATTTAGTGAGAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCACTGGCA 2702

 12700791 CGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCT 12700850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2703 CGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCT 2762

 12700851 CCGGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTT 12700910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2763 CCGGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTT 2822

 12700911 AGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGACCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTTGTGATA 12700970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2823 AGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGACCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTTGTGATA 2882

 12700971 CGCCCGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCCTT 12701030
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2883 CGCCCGTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCCTT 2942

 12701031 TTTTTTTTTTTCTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCACTGGTGC 12701090
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2943 TTGTTTTTTTTCTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCACTGGTGC 3002

 12701091 CATCTCAGCTCACTGTAACCACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGAGATTTTCCTGCCTCAGC 12701150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3003 CATCTCAGCTCACTGTAACCACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGAGATTTTCCTGCCTCAGC 3062

 12701151 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCACCCAACCATGTCCAGCTAATTTGTATATTTTT 12701210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3063 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCACCCAACCATGTCCAGCTAATTTGTATATTTTT 3122

 12701211 AGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTC-CTGAACTCTTGACCTCAATGA 12701269
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
     3123 AGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCTGAACTCTTGACCTCAATGA 3182

 12701270 TCCCCCCAACCCCTGCCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGC 12701329
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3183 TCCCCCCAACCCCTGCCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGC 3242

 12701330 CTGGCCCCTCTCACCATTTCTATTCAATATTGTACAACAGTGAAACTAAGAAAAAGAAAA 12701389
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3243 CTGGCCCCTCTCACCATTTCTATTCAATATTGTACAACAGTGAAACTAAGAAAAAGAAAA 3302

 12701390 AGAAATAAAAGATATACCAACTGGGAAGGAAGAACTAAAGCTGTCTATCTGCATATGACA 12701449
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3303 AGAAATAAAAGATATACCAACTGGGAAGGAAGAACTAAAGCTGTCTATCTGCATATGACA 3362

 12701450 TGACTGCGTATGTAGAGAATTTCAAAAATCTACAACAAAGAAAATTCCTGGAACCAATAA 12701509
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3363 TGACTGCGTATGTAGAGAATTTCAAAAATCTACAACAAAGAAAATTCCTGGAACCAATAA 3422

 12701510 GAGCAAGGTTGAAGGACACAAGCTCAACATATAAGGCCAACTCCTTTCCTACACAGCCAC 12701569
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3423 GAGCAAGGTTGAAGGACACAAGCTCAACATATAAGGCCAACTCCTTTCCTACACAGCCAC 3482

 12701570 ACAAATATAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAACCAAAGGCAGCTGGGTGTGGTGGCTCAC 12701629
          |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3483 ACAAATAGAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAACCAAAGGCAGCTGGGTGTGGTGGCTCAC 3542

 12701630 GCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAAGATGGGGTGGATCACTTCAGCCCAGGAGTT 12701689
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3543 GCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAAGATGGGGTGGATCACTTCAGCCCAGGAGTT 3602

 12701690 CAAGACCAATGTGGGCAACATAACAACACTCCATCTCTATTTCTTT-AAAAAAAAAAAAA 12701748
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
     3603 CAAGACCAATGTGGGCAACATAACAACACTCCATCTCTATTTCTTTAAAAAAAAAAAAAA 3662

 12701749 TTTTTTTTAAATAAAAGAAAAATTAAATGAAAATAGATCAAAGATGTAACTGTAAAATAC 12701808
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3663 TTTTTTTTAAATAAAAGAAAAATTAAATGAAAATAGATCAAAGATGTAACTGTAAAATAC 3722

 12701809 AATAAGACTCCTAGAGGATAATATATAAAATCTAGATGACCTTGGGTTTGATGATGAATT 12701868
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3723 AATAAGACTCCTAGAGGATAATATATAAAATCTAGATGACCTTGGGTTTGATGATGAATT 3782

 12701869 ATAACATAAATTATAAGTTTGACTTCATTAAAATAAAAAAGTCCTGCTCTGGGGCCGGGC 12701928
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3783 ATAACATAAATTATAAGTTTGACTTCATTAAAATAAAAAAGTCCTGCTCTGGGGCCGGGC 3842

 12701929 ACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACTCTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATGACTTGA 12701988
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3843 ACGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACTCTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATGACTTGA 3902

 12701989 GGTCAGGAATTTGAGACCAGTCTAGCCGACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATAC 12702048
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     3903 GGTCAGGAATTTGAGACCAGTCTAGCCGACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATAC 3962

 12702049 AAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGCAGGCTGAGGT 12702108
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
     3963 AAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGCGGGCTGAGGT 4022

 12702109 AGAATAAATCGCTTGAACCTGAGAAGCTGATGTTGCAGTGAGCCGAGATTACGCCACTGC 12702168
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4023 AGAATAAATCGCTTGAACCTGAGAAGCTGATGTTGCAGTGAGCCGAGATTACGCCACTGC 4082

 12702169 ACTCCAGCCTGACTGACAGAGACTCCATCCCCGCCGCCCCCCCAAAAAAGAGTCCTGCTC 12702228
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4083 ACTCCAGCCTGACTGACAGAGACTCCATCCCCGCCGCCCCCCCAAAAAAGAGTCCTGCTC 4142

 12702229 TGGGAAAGACCATGTTAAGAAAATGAAAAGACAAGCTACAGACAGGGAGAAATTCTTTGC 12702288
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4143 TGGGAAAGACCATGTTAAGAAAATGAAAAGACAAGCTACAGACAGGGAGAAATTCTTTGC 4202

 12702289 AAAACACCTATCTGACAAAGGACTGATATTCCAACTACTAAAAGAACTATTAAAACTCAG 12702348
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4203 AAAACACCTATCTGACAAAGGACTGATATTCCAACTACTAAAAGAACTATTAAAACTCAG 4262

 12702349 TAACAGGAAGACAATCCAATTAAAAATGGGCAAAAGATATGAACATACACATCACCAGAG 12702408
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4263 TAACAGGAAGACAATCCAATTAAAAATGGGCAAAAGATATGAACATACACATCACCAGAG 4322

 12702409 AAGATTTAGAGATGGTAAAGCAGCACATCAAAACATGCTCAACGTCACACAGCATTAGGG 12702468
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     4323 AAGATTTAGAGATGGTAAAGCAGCACATGAAAACATGCTCAACGTCACACAGCATTAGGG 4382

 12702469 AATAAAAAAAAACTAAGATAAATAAAACTGAGTAAGATATTACCACACTCACTAAATGGC 12702528
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4383 AATAAAAAAAAACTAAGATAAATAAAACTGAGTAAGATATTACCACACTCACTAAATGGC 4442

 12702529 TAAATTTTAAAACACTAAAAACACCAAATGATGGTGAAGATGGAGAACAATAAGTATCAT 12702588
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4443 TAAATTTTAAAACACTAAAAACACCAAATGATGGTGAAGATGGAGAACAATAAGTATCAT 4502

 12702589 CATTATTTGCTGCTGGCAATGGAAAATGATACTCCCACTTTGAAAGGCAGACAGTTACAA 12702648
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
     4503 CATTATTTGCTGCTGGCAATGGAAAATGATACTCCCACTTTGAAAGGCAGACAGTTAC-A 4561

 12702649 AAAAAAAAAAAACACACTCTTAAATTGTAATCTAGCCATCATGCTCCTAGGTATTTACTA 12702708
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4562 AAAAAAAAAAAACACACTCTTAAATTGTAATCTAGCCATCATGCTCCTAGGTATTTACTA 4621

 12702709 AAAAGAGTTGAAAATTTATGTTCATGCCAAAACCTGCACATGAATGCTTATAGTTTTATT 12702768
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4622 AAAAGAGTTGAAAATTTATGTTCATGCCAAAACCTGCACATGAATGCTTATAGTTTTATT 4681

 12702769 CAAAACCTTGCAAACCTTAGAGTGAACCAAGATACCTCTCAATAGACAAATGGATAAACC 12702828
          ||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
     4682 CAAAACCTTGCAAACCTTAGAGTGAACCCAGATACCTCTCAATAGACAAATGGATAAACC 4741

 12702829 ATCTGGTTCACCTACAGAATGATAAAAAGAAATCAGGTATCAGCTGGGCGCGGTGGCTCA 12702888
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4742 ATCTGGTTCACCTACAGAATGATAAAAAGAAATCAGGTATCAGCTGGGCGCGGTGGCTCA 4801

 12702889 CGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGACCATGAGGTCAGGAGATCG 12702948
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4802 CGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAGGGCAGACCATGAGGTCAGGAGATCG 4861

 12702949 AGACTATCCTGGCCAACATGGTGAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGA 12703008
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4862 AGACTATCCTGGCCAACATGGTGAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGA 4921

 12703009 GTGTGGTGGCGCTTGCCTATCATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCAGGT 12703068
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4922 GTGTGGTGGCGCTTGCCTATCATCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCAGGT 4981

 12703069 ATCAAGCCATGAAAAGACATGGAGGCTAGGTATGGTGGCTCTCACCTGTAGTACCAGCTA 12703128
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     4982 ATCAAGCCATGAAAAGACATGGAGGCTAGGTATGGTGGCTCTCACCTGTAGTACCAGCTA 5041

 12703129 CTCAGGGCACTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGTCTGGGAGTTCAAGACCAGCATGGGTGT 12703188
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5042 CTCAGGGCACTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGTCTGGGAGTTCAAGACCAGCATGGGTGT 5101

 12703189 TATGATGAGACCCCATCTCAATTTAAAAAAAAAAAAAAGACGTGGAGAAACCTTGACTTG 12703248
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
     5102 TATGATGAGACCCCATCTCAATTTAAAAAAAAAAAAAAGACATGGAGAAACCTTGACTTG 5161

 12703249 AACATATATTATTAAGTGAAAGAAGCCAATCTAAATGGTTATATACTGTGTAGTTTCAAA 12703308
          ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5162 AACATATATTATTAGGTGAAAGAAGCCAATCTAAATGGTTATATACTGTGTAGTTTCAAA 5221

 12703309 GATGACATTCAGGAAAAGGCAAAATTATGACAGAGTAAAAAGGCTTTTGACTGTCAAGAA 12703368
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5222 GATGACATTCAGGAAAAGGCAAAATTATGACAGAGTAAAAAGGCTTTTGACTGTCAAGAA 5281

 12703369 TTTGGGAAGAGGGAGGGACTAATGAATAGGAGAAGCACAGGGGATATTTAGGTGAGGGAA 12703428
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5282 TTTGGGAAGAGGGAGGGACTAATGAATAGGAGAAGCACAGGGGATATTTAGGTGAGGGAA 5341

 12703429 AGCATCCTACATGATGCAGCTATGATGAATAGCAGTTATTATACATTTGCCAAAACCCAC 12703488
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5342 AGCATCCTACATGATGCAGCTATGATGAATAGCAGTTATTATACATTTGCCAAAACCCAC 5401

 12703489 AGATTGTATAACAGAGTCAGCCCTAATGTAAACTGTGGACTCTGAGGCATCAATATTGGT 12703548
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5402 AGATTGTATAACAGAGTCAGCCCTAATGTAAACTGTGGACTCTGAGGCATCAATATTGGT 5461

 12703549 ACATCACTTATAACAGATGTATTAAAGTAATAGAAAATATAAAAAGGATAAACTATGTGG 12703608
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5462 ACATCACTTATAACAGATGTATTAAAGTAATAGAAAATATAAAAAGGATAAACTATGTGG 5521

 12703609 AGGCAGAGGGATCAAGTGGGAACACTACACTTTCTCATCAATTTTTCTGTAACTCTGAAA 12703668
          |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5522 AGGCAGAGGGATCAAGTGGGAACACAACACTTTCTCATCAATTTTTCTGTAACTCTGAAA 5581

 12703669 TAGCTCTACAAAAATAAAGTCTACTAGAAAAAGAAAAACGATGAGGACAGGCTAATGACA 12703728
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5582 TAGCTCTACAAAAATAAAGTCTACTAGAAAAAGAAAAACGATGAGGACAGGCTAATGACA 5641

 12703729 ATTCACACCATGACTGGTTGATGAATGAAACATACAACCTTTCACTCAATTCATGAATTT 12703788
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5642 ATTCACACCATGACTGGTTGATGAATGAAACATACAACCTTTCACTCAATTCATGAATTT 5701

 12703789 TATTTTAGTAAGCCTTTATGGTGCTTCGTGAGCCAGAGACTGGTAAAGGCAATGAAAGTT 12703848
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5702 TATTTTAGTAAGCCTTTATGGTGCTTCGTGAGCCAGAGACTGGTAAAGGCAATGAAAGTT 5761

 12703849 CCACAGGATGCCTTGTTCAAAAGCCCATCACTCTCTATTTTGAGAAGTGAAATAAGAGCT 12703908
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5762 CCACAGGATGCCTTGTTCAAAAGCCCATCACTCTCTATTTTGAGAAGTGAAATAAGAGCT 5821

 12703909 TTGATTAGTATCAGTAGTGTCCGGAACTCTTGCACGAATATGAGTGTCCAGGCGGAGCCT 12703968
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5822 TTGATTAGTATCAGTAGTGTCCGGAACTCTTGCACGAATATGAGTGTCCAGGCGGAGCCT 5881

 12703969 TGGATTGTGGGATTACCCTCTGTAGAGGTGTGTATTATCTTGACTTATATGGCTAGCCGT 12704028
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     5882 TGGATTGTGGGATTACCCTCTGTAGAGGTGTGTATTATCTTGACTTATATGGCTAGCCGT 5941

 12704029 GAGGTAAAAAAAGATTCCCAGAGTTTTGTGGGTTTTTTTTTTTTTCCCTTTGAGATGAAG 12704088
          |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
     5942 GAGGTAAAAAAAGATTCCCAGAGTTTTGTGGG-TTTTTTTTTTTTCCCTTTGAGATGAAG 6000

 12704089 TCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGAAATGCAGAGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCG 12704148
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6001 TCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGAAATGCAGAGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCG 6060

 12704149 CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCAC 12704208
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     6061 CCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCAC 6120

 12704209 GAGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTTGTA 12704238
          ||||||||||||||||||||||||||||||
     6121 GAGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTTGTA 6150

Alignment time is 5.25688 s


MATCH = 1, MISMATCH = -10, GAP OPEN = -10, GAP EXTEND = -1, INDEL

First  seq [12684876,12708930] =>     24055 nucs '19 dna:chromosome chromosome:GRCh37:19:1:59128983:1'
Second seq [       1,    2906] =>      2906 nucs 'mol-32-2e15-185319_2906'

Score:        2823
Aligned:      2916        nucs
Identic:      2901 ( 99%) nucs =>       124 (100%)      2777 ( 99%)
Gaps:           10 (  0%) nucs

Alignment:
 first  seq =>  [12694753,12694876] EXCISED REGION [12698931,12701722]
 second seq =>  [       1,     124] EXCISED REGION [     125,    2906]

EXCISED REGION(S):
 first  seq =>      4054 nucs [12694877,12698930]
 second seq =>         0 nucs

Identity at breakpoints: 
 first  seq =>         8 nucs [12694877,12694884] to [12698931,12698938]
 second seq =>         0 nucs
Identity outside breakpoints: 
 first  seq =>         1 nucs [12694876,12694876] to [12698931,12698931]
 second seq =>         1 nucs [124,124] to [125,125]
Identity inside breakpoints: 
 first  seq =>         4 nucs [12694877,12694880] to [12698927,12698930]
 second seq =>         0 nucs

 12694753 TAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAG 12694812
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        1 TAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAG 60

 12694813 ACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGC 12694872
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       61 ACAGAGTTTCACCGTGTTAGCCAAGATGGTTTCCATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGC 120

 12694873 CTCG 12694876
          ||||
      121 CTCG 124

EXCISED REGION

 12698931 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 12698990
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      125 GCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAAGCGTGAGACACCATGCCTGGTCAATTTTTATATTT 184

 12698991 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 12699050
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      185 TTAGTAGAGATAGGGTTTCACCACGTTGGTTAGGCTGGTGGCAAACTCCCGACCTCGTGA 244

 12699051 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 12699110
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      245 TGTGCCCGCCTTGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAACCACCATGCCCGGCC 304

 12699111 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 12699170
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      305 AACACTAATTTTTTAAAAGCTGGCACAGCCTTATTAATTTCAGAAAAAGCTGACTTCATA 364

 12699171 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 12699230
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      365 GCATGAAATTATCAGTGATAGAAGGGCATTACATACTGACAAAGGGGTTAATTCACCAAG 424

 12699231 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 12699290
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      425 AAGACAAGGCAATCCTTACTGTGTATGTACATAACCACAGAGTGGCAAAATATATGAGGG 484

 12699291 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 12699350
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      485 GAAAACTAATACAACTGCAGGAAGAAATACATGAATTCACTGGTACAGCTGTATATTTCA 544

 12699351 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 12699410
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      545 ATAACCCCCAGCATTAATTTAGAGATCCAGCAGGCAGAAATCAGGAAGGACATAATTAAA 604

 12699411 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 12699470
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      605 TTGAACAGCACCATCAAAACAACTGGACTTAATTGAAATCCAGAATAATTCATTCAGTAA 664

 12699471 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 12699530
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      665 CAGCAGAATATACATTCTTCTCAAGTTCACATGGAATATTCACCAAGATATCTCACATTC 724

 12699531 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 12699590
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      725 TGGTAAATAAAATACTTCCTAGCAAATTTAAAAGACTAGAGAATACAAAACATGTTCTCA 784

 12699591 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 12699650
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      785 GATCCAGAATTGATAACAGAAAGATAGCTTGAAAACCCACAAATATTTGGATATTAAATC 844

 12699651 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 12699710
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      845 CTGAACTTCTAAATAATGCATGGATGAGAAAAGTCTCAAGATATTAAAAATTATTTTGAA 904

 12699711 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 12699770
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      905 TTAAATAAAAATAGAACTTATCAAAACACGTAGAATGCAGCAAAAGGAGTGCCTGGCTGA 964

 12699771 AATGTAGACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 12699830
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
      965 AATGTATACGATTGAACACATATACCACCAAAGAATGATCTGTAATCAATAATCTCAGTG 1024

 12699831 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 12699890
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1025 TCTAACTTAAAAAACTAATAACAGGCCAGGTATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCGC 1084

 12699891 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 12699950
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1085 TTTGGGAGGCTGAGTCAGGCAGATCACCTGAGGTCAGGACTTCGAGACCAGCCTGGCCAA 1144

 12699951 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCATGTACTCTA 12700010
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1145 CATGGTGAAACCCCATCTCTACAAATACAAAATTACAAAAATACTCTCTCATGTACTCTA 1204

 12700011 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 12700070
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1205 AAATACAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACAGGCCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGC 1264

 12700071 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 12700130
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1265 TGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCCAGATCGCGCC 1324

 12700131 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 12700190
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1325 ATCACACTGCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAGATAGAGAAA 1384

 12700191 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 12700250
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1385 AACCAACAAAACCAAAAGGTGGTCTTGTGAAAATATCAATAATTAACTGAAAAATGTCTC 1444

 12700251 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTGTTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 12700310
          |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
     1445 CTCAAGCTAGCTAACAACAAAAAGACAAAGATTATTAATATGACGAAAGGGGGAAAATGA 1504

 12700311 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 12700370
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1505 AGAAGCACTTGACAAAATTGAACATCTATTTATGATAGCAAACTAGGAATAGAAGGGAAT 1564

 12700371 TTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 12700430
          ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1565 TTCTTCTTCTTC--TTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGTCTCACTAAATTGCCCAGGCTG 1622

 12700431 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 12700490
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1623 GAGTATATTGGCTATTCAGAGGCGCCGTCATAGTGCTATAGCCTCAAACTGGTGGGCTCC 1682

 12700491 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 12700550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1683 AGCAATCTTCTTGCCTTGGCCCCGCAAGCAGCAAAGACTATAGGTGCATGCCACTGCATC 1742

 12700551 GGGCAAGAGGAACTTCTTGAGAAAGTACATACAAGAAACCTGCAGTTAACATCACGCTTA 12700610
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1743 GGGCAAGAGGAACTTCTTGAGAAAGTACATACAAGAAACCTGCAGTTAACATCACGCTTA 1802

 12700611 ATGTGAAAAACTAGATGTTTTCCCAGTAATATGAGGAACAAGGTAAGAAAGACCCTTCTC 12700670
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1803 ATGTGAAAAACTAGATGTTTTCCCAGTAATATGAGGAACAAGGTAAGAAAGACCCTTCTC 1862

 12700671 ACACTCTCACCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTA 12700730
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||
     1863 ACACTCTCACCATTCATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG--------TA 1914

 12700731 TTTATTTATTTATTTAGTGAGAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCACTGGCA 12700790
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1915 TTTATTTATTTATTTAGTGAGAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCACTGGCA 1974

 12700791 CGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCT 12700850
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     1975 CGATCTCGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCT 2034

 12700851 CCGGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTT 12700910
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2035 CCGGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCACGCCCCGCTAATTTTTTTGTATTTTT 2094

 12700911 AGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGACCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTTGTGATA 12700970
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2095 AGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGACCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTTGTGATA 2154

 12700971 CGCCCGTCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCCTT 12701030
          ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2155 CGCCCGTCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCCTT 2214

 12701031 TTTTTTTTTTTCTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCACTGGTGC 12701090
          ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2215 TTGTTTTTTTTCTTTGAGATGGAGTTTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCACTGGTGC 2274

 12701091 CATCTCAGCTCACTGTAACCACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGAGATTTTCCTGCCTCAGC 12701150
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2275 CATCTCAGCTCACTGTAACCACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGAGATTTTCCTGCCTCAGC 2334

 12701151 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCACCCAACCATGTCCAGCTAATTTGTATATTTTT 12701210
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2335 CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCACCCAACCATGTCCAGCTAATTTGTATATTTTT 2394

 12701211 AGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCCTGAACTCTTGACCTCAATGAT 12701270
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2395 AGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCCTGAACTCTTGACCTCAATGAT 2454

 12701271 CCCCCCAACCCCTGCCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCC 12701330
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2455 CCCCCCAACCCCTGCCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCC 2514

 12701331 TGGCCCCTCTCACCATTTCTATTCAATATTGTACAACAGTGAAACTAAGAAAAAGAAAAA 12701390
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2515 TGGCCCCTCTCACCATTTCTATTCAATATTGTACAACAGTGAAACTAAGAAAAAGAAAAA 2574

 12701391 GAAATAAAAGATATACCAACTGGGAAGGAAGAACTAAAGCTGTCTATCTGCATATGACAT 12701450
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2575 GAAATAAAAGATATACCAACTGGGAAGGAAGAACTAAAGCTGTCTATCTGCATATGACAT 2634

 12701451 GACTGCGTATGTAGAGAATTTCAAAAATCTACAACAAAGAAAATTCCTGGAACCAATAAG 12701510
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2635 GACTGCGTATGTAGAGAATTTCAAAAATCTACAACAAAGAAAATTCCTGGAACCAATAAG 2694

 12701511 AGCAAGGTTGAAGGACACAAGCTCAACATATAAGGCCAACTCCTTTCCTACACAGCCACA 12701570
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2695 AGCAAGGTTGAAGGACACAAGCTCAACATATAAGGCCAACTCCTTTCCTACACAGCCACA 2754

 12701571 CAAATATAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAACCAAAGGCAGCTGGGTGTGGTGGCTCACG 12701630
          ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2755 CAAATAGAGTCAACTGATCTTTGATGAAGAACCAAAGGCAGCTGGGTGTGGTGGCTCACG 2814

 12701631 CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAAGATGGGGTGGATCACTTCAGCCCAGGAGTTC 12701690
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
     2815 CCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAAGATGGGGTGGATCACTTCAGCCCAGGAGTTC 2874

 12701691 AAGACCAATGTGGGCAACATAACAACACTCCA 12701722
          ||||||||||||||||||||||||||||||||
     2875 AAGACCAATGTGGGCAACATAACAACACTCCA 2906

Alignment time is 2.51731 s

