Hox Gene Chr Start End Strand Uxons 24A 24B UnA UnB Gene Models.strong Models.weak Models.intron Models.cisnat ncRNA.strong ncRNA.weak ncRNA.intron ncRNA.cisnat cDNA.strong cDNA.weak cDNA.intron cDNA.cisnat intergenic HoxA XLOC_C_017579 chr6 51808092 51962557 - 13 227.75 234.51 200.25 171.16 Skap2 ENSMUSG00000059182 HoxA XLOC_W_017966 chr6 52052832 52056774 + 2 294.50 402.97 87.33 41.63 Gm15055 ENSMUSG00000085412 HoxA XLOC_W_017967 chr6 52053875 52054232 + 1 14.95 16.82 0.00 1.73 Gm15055 ENSMUSG00000085412 HoxA XLOC_W_017969 chr6 52055043 52055769 + 1 17.27 21.11 0.83 0.00 Gm15055 ENSMUSG00000085412 HoxA XLOC_W_017970 chr6 52055846 52056523 + 1 17.30 17.48 0.89 1.52 Gm15055 ENSMUSG00000085412 HoxA XLOC_W_017971 chr6 52056859 52062596 + 2 268.35 376.22 93.07 50.98 Gm15055 ENSMUSG00000085412 ENSMUSG00000085412 HoxA XLOC_W_017972 chr6 52062665 52065158 + 1 206.96 228.80 40.15 21.98 linc1547 n424058 HoxA XLOC_W_017974 chr6 52066691 52068913 + 1 17.31 21.94 7.60 3.24 Gm8078 ENSMUSG00000081979 HoxA XLOC_W_017975 chr6 52069004 52069462 + 1 12.11 6.77 0.44 0.45 BF022490-AS BF022490 HoxA XLOC_C_017580 chr6 52107624 52107899 - 1 111.11 137.97 2.19 0.75 Hoxa1 BC138098 HoxA XLOC_W_017978 chr6 52108413 52112492 + 2 143.52 155.48 3.85 3.20 Gm15051 ENSMUSG00000087658 ENSMUSG00000087658 HoxA XLOC_W_017979 chr6 52108881 52108962 + 1 286.12 263.00 4.90 0.00 Gm15051 ENSMUSG00000087658 HoxA XLOC_C_017582 chr6 52112846 52113395 - 1 13.47 22.26 0.37 0.00 Hoxa2 BC117105; BC117107; M93292; AK134501; AB221621 HoxA XLOC_W_017982 chr6 52115713 52118401 + 3 13.78 16.26 0.84 0.00 5730446D14Rik ENSMUSG00000056445 ENSMUSG00000056445 HoxA XLOC_W_017983 chr6 52116160 52116406 + 1 16.66 8.65 0.00 0.00 5730446D14Rik ENSMUSG00000056445 HoxA XLOC_C_017585 chr6 52119525 52119976 - 1 21.86 26.22 0.00 0.00 Hoxa3 AK053218 HoxA XLOC_W_017987 chr6 52122958 52124039 + 2 12.66 19.64 0.88 0.45 Gm15050 ENSMUSG00000087626 ENSMUSG00000087626 HoxA XLOC_W_017988 chr6 52125226 52143029 + 2 11.10 13.21 0.00 0.24 2700086A05Rik ENSMUSG00000085696 HoxA XLOC_W_017989 chr6 52126920 52127779 + 1 9.57 11.30 0.00 0.00 5730596B20Rik ENSMUSG00000056468 HoxA XLOC_W_017990 chr6 52127807 52128309 + 1 8.59 12.75 0.00 0.00 5730596B20Rik ENSMUSG00000056468 HoxA XLOC_C_017590 chr6 52139684 52140285 - 1 97.43 104.57 1.34 1.03 Hoxa4 ENSMUSG00000000942 HoxA XLOC_C_017591 chr6 52151852 52154441 - 2 111.54 151.93 0.74 0.25 Hoxa5 ENSMUSG00000038253 HoxA XLOC_C_017594 chr6 52173421 52173934 - 1 10.41 8.69 0.39 0.00 Hoxa9 ENSMUSG00000038227 HoxA chr6 52263492 52268372 + 3 Evx1 HoxB XLOC_W_003887 chr11 96014549 96015049 + 1 9.45 13.19 0.00 0.00 Ttll6 ENSMUSG00000038756 HoxB XLOC_W_003888 chr11 96015368 96015928 + 1 12.11 10.74 1.79 0.73 Ttll6 ENSMUSG00000038756 HoxB XLOC_W_003889 chr11 96055633 96057925 + 2 30.71 28.28 1.76 0.75 Hoxb13 ENSMUSG00000049604 HoxB XLOC_C_003885 chr11 96060220 96060462 - 1 30.49 19.19 0.83 3.39 "CF970519,CF970521(5':63);DV055146(3':1343)" HoxB XLOC_W_003890 chr11 96109912 96110053 + 1 23.19 19.16 22.65 31.93 Gm11539 ENSMUSG00000083337 HoxB XLOC_W_003892 chr11 96123633 96124392 + 1 4.33 10.23 0.53 0.54 AK078566 AK078566 HoxB XLOC_W_003893 chr11 96126055 96126746 + 1 8.62 12.35 2.61 2.38 Gm53;mir196a1 ENSMUSG00000065546;ENSMUSG00000078706 HoxB XLOC_W_003895 chr11 96127692 96128164 + 1 14.79 11.91 2.13 1.74 AK085288 AK085288 HoxB XLOC_W_003896 chr11 96128222 96128676 + 1 6.33 6.41 0.44 0.45 ENSMUSG00000020875(3':4095);BX527833(5':159) HoxB XLOC_W_003898 chr11 96133194 96135968 + 2 50.96 90.67 0.00 0.98 Hoxb9 ENSMUSG00000020875 HoxB XLOC_W_003899 chr11 96136613 96137969 + 1 42.01 64.00 2.67 2.73 Hoxb9 ENSMUSG00000020875 HoxB XLOC_W_003900 chr11 96143663 96144237 + 2 12.02 27.65 0.00 0.00 Hoxb8 ENSMUSG00000056648 HoxB XLOC_W_003902 chr11 96144668 96145654 + 2 31.66 25.22 0.00 0.00 Hoxb8 ENSMUSG00000056648 HoxB XLOC_W_003904 chr11 96148211 96151483 + 2 28.14 45.16 0.59 0.40 Hoxb7 ENSMUSG00000038721 HoxB XLOC_W_003906 chr11 96164843 96167434 + 2 107.18 122.60 0.00 0.00 Hoxb5 ENSMUSG00000038700 HoxB XLOC_W_003908 chr11 96178563 96179467 + 1 31.61 39.72 0.00 0.00 Hoxb4;mir10a ENSMUSG00000038692;ENSMUSG00000065519 HoxB XLOC_W_003909 chr11 96179536 96180242 + 1 28.24 27.76 0.00 0.00 Hoxb4 BC095947 HoxB XLOC_W_003910 chr11 96180327 96182975 + 2 83.53 128.30 0.65 0.11 Hoxb4 ENSMUSG00000038692 ENSMUSG00000038692 HoxB XLOC_W_003911 chr11 96183399 96183757 + 1 6.88 5.95 0.00 0.00 BQ084983(5':188); S35738(3':687) HoxB XLOC_W_003914 chr11 96203977 96204308 + 1 11.78 17.56 0.00 0.00 Hoxb3 ENSMUSG00000048763 HoxB XLOC_W_003918 chr11 96207963 96209194 + 1 41.60 60.24 0.98 0.00 Hoxb3 ENSMUSG00000048763 HoxB XLOC_C_003888 chr11 96207965 96208906 - 1 18.79 24.34 0.00 0.00 Hoxb3os ENSMUSG00000084844 HoxB XLOC_C_003889 chr11 96208953 96214397 - 2 28.98 35.90 0.26 0.00 Hoxb3os ENSMUSG00000084844 HoxB XLOC_W_003919 chr11 96213118 96214540 + 1 66.96 64.31 0.14 0.00 Hoxb2 ENSMUSG00000075588 HoxB XLOC_W_003921 chr11 96227027 96228373 + 2 66.61 81.87 0.00 0.00 Hoxb1 ENSMUSG00000018973 HoxB XLOC_W_003922 chr11 96228497 96229692 + 1 198.58 247.74 0.17 0.00 Hoxb1 ENSMUSG00000018973 HoxB chr11 96325907 96620791 + 16 Skap1 HoxC XLOC_C_008182 chr15 102538129 102538606 - 1 5.17 10.57 1.68 0.43 Calcoco1 ENSMUSG00000023055 HoxC XLOC_W_007890 chr15 102844572 102845689 + 2 30.44 31.93 0.00 0.00 Hoxc4 ENSMUSG00000022485 ENSMUSG00000022485;ENSMUSG00000092585 HoxC XLOC_W_007893 chr15 102866800 102867267 + 1 15.39 24.49 0.00 0.00 Hoxc4 ENSMUSG00000075394 HoxC XLOC_C_008185 chr15 102983764 102988734 - 2 18.69 22.41 9.07 9.82 Smug1 ENSMUSG00000036061 ENSMUSG00000036061 HoxD chr2 74491049 74497918 - 3 Evx2 HoxD XLOC_W_012036 chr2 74537322 74537717 + 1 7.28 10.79 0.51 0.52 Hoxd9 ENSMUSG00000043342 HoxD XLOC_W_012037 chr2 74601768 74602576 + 2 6.08 7.65 0.00 0.00 Hoxd1 ENSMUSG00000042448 HoxD XLOC_W_012038 chr2 74706384 74707501 + 3 182.59 247.61 195.01 269.61 Mtx2 ENSMUSG00000027099 HoxD XLOC_W_012039 chr2 74714437 74714769 + 1 29.67 41.43 42.87 51.37 Mtx2 AK169048; AB041562; AK168000; AK168045; AK087933; AF053550; AK168021; BC006641; AK005233; AK207939; AK212919