cat NS11.vcf | awk '$6>=50.' | awk '{print $1" "$2" "$10}' > NS11_qual_short.vcf
cat NS11.vcf | awk '{print $1" "$2" "$10}' > NS11_short.vcf

grep chr1[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short1.vcf
grep chr2[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short2.vcf
grep chr3[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short3.vcf
grep chr4[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short4.vcf
grep chr5[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short5.vcf
grep chr6[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short6.vcf
grep chr7[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short7.vcf
grep chr8[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short8.vcf
grep chr9[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short9.vcf
grep chr10[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short10.vcf
grep chr11[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short11.vcf
grep chr12[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short12.vcf
grep chr13[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short13.vcf
grep chr14[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short14.vcf
grep chr15[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short15.vcf
grep chr16[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short16.vcf
grep chr17[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short17.vcf
grep chr18[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short18.vcf
grep chr19[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short19.vcf
grep chr20[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short20.vcf
grep chr21[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short21.vcf
grep chr22[^_,0-9] NS11_short.vcf > NS11_short22.vcf

filtshortvcf2 < NS11_short1.vcf > NS11_1.geno
filtshortvcf2 < NS11_short2.vcf > NS11_2.geno
filtshortvcf2 < NS11_short3.vcf > NS11_3.geno
filtshortvcf2 < NS11_short4.vcf > NS11_4.geno
filtshortvcf2 < NS11_short5.vcf > NS11_5.geno
filtshortvcf2 < NS11_short6.vcf > NS11_6.geno
filtshortvcf2 < NS11_short7.vcf > NS11_7.geno
filtshortvcf2 < NS11_short8.vcf > NS11_8.geno
filtshortvcf2 < NS11_short9.vcf > NS11_9.geno
filtshortvcf2 < NS11_short10.vcf > NS11_10.geno
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filtshortvcf2 < NS11_short21.vcf > NS11_21.geno
filtshortvcf2 < NS11_short22.vcf > NS11_22.geno
