cat NS10.vcf | awk '$6>=50.' | awk '{print $1" "$2" "$10}' > NS10_qual_short.vcf
cat NS10.vcf | awk '{print $1" "$2" "$10}' > NS10_short.vcf

grep chr1[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short1.vcf
grep chr2[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short2.vcf
grep chr3[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short3.vcf
grep chr4[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short4.vcf
grep chr5[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short5.vcf
grep chr6[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short6.vcf
grep chr7[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short7.vcf
grep chr8[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short8.vcf
grep chr9[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short9.vcf
grep chr10[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short10.vcf
grep chr11[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short11.vcf
grep chr12[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short12.vcf
grep chr13[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short13.vcf
grep chr14[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short14.vcf
grep chr15[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short15.vcf
grep chr16[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short16.vcf
grep chr17[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short17.vcf
grep chr18[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short18.vcf
grep chr19[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short19.vcf
grep chr20[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short20.vcf
grep chr21[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short21.vcf
grep chr22[^_,0-9] NS10_short.vcf > NS10_short22.vcf

filtshortvcf2 < NS10_short1.vcf > NS10_1.geno
filtshortvcf2 < NS10_short2.vcf > NS10_2.geno
filtshortvcf2 < NS10_short3.vcf > NS10_3.geno
filtshortvcf2 < NS10_short4.vcf > NS10_4.geno
filtshortvcf2 < NS10_short5.vcf > NS10_5.geno
filtshortvcf2 < NS10_short6.vcf > NS10_6.geno
filtshortvcf2 < NS10_short7.vcf > NS10_7.geno
filtshortvcf2 < NS10_short8.vcf > NS10_8.geno
filtshortvcf2 < NS10_short9.vcf > NS10_9.geno
filtshortvcf2 < NS10_short10.vcf > NS10_10.geno
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filtshortvcf2 < NS10_short22.vcf > NS10_22.geno
